RU2008129127A - Анализ с использованием гибридизационных зондов и матрица - Google Patents

Abstract

1. Зонд, подходящий для связывания с подложкой в виде частиц, содержащий: ! а) связывающую группу, которая делает возможным связывание зонда с поверхностью подложки в виде частиц; ! б) спейсер; и ! в) мишень - специфическую олигонуклеотидную последовательность зонда, ! где спейсер содержит: ! 1) олигонуклеотидный спейсер из по меньшей мере 15 нуклеотидов между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой; и возможно ! 2) углеродный спейсер из 3-50 углеродных звеньев между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой. ! 2. Зонд по п.1, где спейсер включает как углеродный спейсер, так и олигонуклеотидный спейсер. ! 3. Зонд по п.1, где спейсер представляет собой олигонуклеотидный спейсер без углеродного спейсера и состоит из 25-150 нуклеотидов. ! 4. Зонд по п.1, где спейсер выбран таким образом, что он не гибридизуется с последовательностью - мишенью или фланкирующим участком данной мишени. ! 5. Зонд по п.1, где олигонуклеотидный спейсер содержит гомополимер или гетерополимер. ! 6. Зонд по п.5, где олигонуклеотидный спейсер содержит поли-Т-олигонуклеотид или TTG-повторы. ! 7. Зонд по п.1, где специфическая к мишени последовательность зонда является специфической к последовательности - мишени вируса папилломы человека. ! 8. Зонд по п.1, связанный с подложкой в виде частиц. ! 9. Зонд по п.8, где подложка представляет собой гранулу. ! 10. Зонд по п.8 или 9, где подложка выбрана из стекла или полистирола. ! 11. Набор зондов по любому из пп.1-10, содержащий по меньшей мере две разные специфические к мишени последовательности зондов, связанные с разными подложками в виде частиц, отличаю�

Claims (22)

1. Зонд, подходящий для связывания с подложкой в виде частиц, содержащий:

а) связывающую группу, которая делает возможным связывание зонда с поверхностью подложки в виде частиц;

б) спейсер; и

в) мишень - специфическую олигонуклеотидную последовательность зонда,

где спейсер содержит:

1) олигонуклеотидный спейсер из по меньшей мере 15 нуклеотидов между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой; и возможно

2) углеродный спейсер из 3-50 углеродных звеньев между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой.

2. Зонд по п.1, где спейсер включает как углеродный спейсер, так и олигонуклеотидный спейсер.

3. Зонд по п.1, где спейсер представляет собой олигонуклеотидный спейсер без углеродного спейсера и состоит из 25-150 нуклеотидов.

4. Зонд по п.1, где спейсер выбран таким образом, что он не гибридизуется с последовательностью - мишенью или фланкирующим участком данной мишени.

5. Зонд по п.1, где олигонуклеотидный спейсер содержит гомополимер или гетерополимер.

6. Зонд по п.5, где олигонуклеотидный спейсер содержит поли-Т-олигонуклеотид или TTG-повторы.

7. Зонд по п.1, где специфическая к мишени последовательность зонда является специфической к последовательности - мишени вируса папилломы человека.

8. Зонд по п.1, связанный с подложкой в виде частиц.

9. Зонд по п.8, где подложка представляет собой гранулу.

10. Зонд по п.8 или 9, где подложка выбрана из стекла или полистирола.

11. Набор зондов по любому из пп.1-10, содержащий по меньшей мере две разные специфические к мишени последовательности зондов, связанные с разными подложками в виде частиц, отличающимися друг от друга.

12. Набор зондов по п.11, где разные подложки в виде частиц мечены разными флуоресцентными молекулами.

13. Набор из 2-1000 разных, специфических к мишени зондов, где каждый зонд содержит:

а) связывающую группу, которая делает возможным связывание зонда с подложкой в виде частиц;

б) спейсер; и

в) мишень - специфическую олигонуклеотидную последовательность зонда,

где спейсер содержит один или оба из следующего:

1) углеродный спейсер из 13-50 углеродных звеньев между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой; и

2) олигонуклеотидный спейсер из по меньшей мере 15 нуклеотидов между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой, где олигонуклеотидный спейсер не гибридизуется с последовательностью - мишенью или фланкирующим участком данной мишени.

14. Спейсер, подходящий для присоединения к специфической к мишени последовательности зонда, содержащий углеродный спейсер из 13-50 звеньев и олигонуклеотид из по меньшей мере 15 нуклеотидов.

15. Набор, содержащий зонд, где указанный зонд содержит:

а) связывающую группу, которая делает возможным связывание зонда с поверхностью подложки в виде частиц;

б) спейсер; и

в) мишень - специфическую олигонуклеотидную последовательность зонда,

где спейсер содержит один или оба из следующего:

1) углеродный спейсер из 13-50 углеродных звеньев между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой; и

2) олигонуклеотидный спейсер из по меньшей мере 15 нуклеотидов между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой,

и подложку в виде частиц, такую как полистирольные гранулы.

16. Набор, содержащий зонд, где указанный зонд содержит:

а) связывающую группу, которая делает возможным связывание зонда с поверхностью подложки в виде частиц;

б) спейсер; и

в) мишень - специфическую олигонуклеотидную последовательность зонда,

где спейсер содержит один или оба из следующего:

1) углеродный спейсер из 13-50 углеродных звеньев между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой; и

2) олигонуклеотидный спейсер из по меньшей мере 15 нуклеотидов между специфической к мишени последовательностью зонда и группой, связывающейся с подложкой,

и инструкции по связыванию с подложкой в виде частиц, такой как полистирольные гранулы.

17. Набор по п.15 или 16, содержащий набор из двух или более разных, специфических к мишени последовательностей зондов для связывания с разными подложками в виде частиц, отличающимися друг от друга.

18. Способ детекции любого взаимодействия между зондом по п.1 и целевой нуклеиновой кислотой, включающий следующие стадии:

1) денатурация любой двухцепочечной полинуклеиновой кислоты-мишени, присутствующей в образце;

2) гибридизация денатурированной мишени с зондом в условиях, которые позволяют осуществиться специфической гибридизации между зондом и мишенью;

3) возможно жесткая промывка;

4) добавление репортерной молекулы и инкубация с ней, делающие возможным детекцию связывания зонда с мишенью;

5) возможно промывка; и

6) детекция связывания зонда с мишенью,

где указанный способ включает поддержание температуры гибридизации, начиная со стадии (2) до конца стадии (4).

19. Способ по п.18, где зонд связан с подложкой в виде частиц, такой как гранула.

20. Способ по п.18, где 2 или более разных зондов используют одновременно.

21. Способ по п.18, где длина специфической к мишени последовательности зонда разных специфических к мишени зондов является неидентичной.

22. Способ по пп.18-21, где гибридизацию между зондом и мишенью осуществляют в ионной среде.