JP2003536067A - 共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を評価するための基準デバイス、およびその評価を行うための方法およびシステム - Google Patents
共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を評価するための基準デバイス、およびその評価を行うための方法およびシステムInfo
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Abstract
Description
レイ等、例えば米国特許第5143854号に記載されているタイプのDNA結
合アレイの2次元定量的蛍光測定を行うために使用される種類の共焦点レーザー
走査顕微鏡の性能を評価するための基準デバイスに関する。
めの方法に関する。
たっての共焦点容積の均一性と、走査プロセスの空間分解能と、走査視野にわた
って受光される蛍光すなわち測定信号の動的挙動とに関して、上述した種類の共
焦点レーザー走査顕微鏡の特徴付けを可能にする評価方法に関する。
行うために使用するのに適した共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を評価するため
のシステムに関する。
に例示されている。図1は、レーザー・ビーム11と、ダイクロイック・ビーム
・スプリッタ12と、2つの直交方向(X−Y)に空間ビームを偏向するための
2次元走査エンジン13と、対象面15内にレーザー・ビームを合焦(すなわち
焦点合わせ)するためのレンズ14とを使用して蛍光励起する、2D飛点共焦点
レーザー走査顕微鏡の光学セットアップを示す。対象面15内の蛍光分子を励起
することによって、励起レーザー11よりも長い波長の蛍光が発生する。
14によって収集され、次いで、走査エンジン13およびダイクロイック・ビー
ム・スプリッタ12によって蛍光ビーム17として伝送され、蛍光ビーム17は
、光検出デバイス22の前にある共役面21のピンホール・アパーチャ19内に
、レンズ18によって合焦される。
されている共焦点イメージングの概念が、図2に例示される。共焦点容積Vc内
部からの光放射線、すなわち蛍光信号のみが、光検出器22によって検出される
。Vcは、検出光学系の光伝達関数(OTFem)と、共役面21にある検出器
ピンホール19のサイズとによって定義される。より高いバックグラウンド抑制
率が、より小さい共焦点容積Vcをもたらす。
積は通常、Vc=5×5×50立方マイクロメートル程度であり、ここで、Ac
=5×5平方マイクロメートルおよびzc=50マイクロメートルが、それぞれ
ほぼ合焦レーザー・ビームのスポット・サイズおよびレイリー範囲となる。視野
内でレーザー・ビーム11を走査するための走査エンジン13の画素サイズは通
常、1〜20マイクロメートルである。
DNA結合アレイは、一般にフィーチャと呼ばれる、隣接セル内に細分化された
化学システムを担持するガラス・チップからなる。フィーチャは、特定のプロー
ブによって特徴付けられる。特定の核酸配列が、プローブによって不動化(捕捉
)され、蛍光色素でラベル付けされる。個々のフィーチャ上にある捕捉された核
酸の量が、フィーチャの順次画素読取り(走査)によって定量的蛍光測定を用い
て検出される(所与の波長の光エネルギーによって励起されたときに蛍光色素が
光を放出する)。フィーチャは、走査処置によって空間的にオーバーサンプルさ
れて(すなわち、画素の数>フィーチャの数)、数的データ解析によってガラス
・チップが正確に空間参照され、物理的に測定される光強度の平均を取ることに
よってフィーチャ信号品質が高まる。典型的な画素サイズは1〜20マイクロメ
ートル程度である。
が通常高く、すなわち「走査視野」/「共焦点容積の断面Ac」>>1であり、
これはx−y位置依存光伝達関数OTF(x,y)=OTFex*OTFemを
容易に導く。ここで、OTFexとOTFemは、それぞれ励起および放出光学
系の光伝達関数である。x−y位置依存は主に、例えば走査に使用される走査エ
ンジン等の光学構成要素および光学機械構成要素の機械的位置合わせ不良および
不完全性によるものである。これは、図3a、図3b、および図3cに概略的に
示されるように、走査視野にわたって不均質な感度をもたらし、それにより異常
な定量的蛍光測定が生じる。一例として、図4は、DNA結合アレイ、例えば米
国特許第5143854号に記載されているタイプの走査イメージを概略的に示
しており、このアレイはチェスボード・パターンを有している。図4に関連して
本明細書で以後説明するように、走査イメージは、走査される対象の不均質な蛍
光体密度、または走査視野にわたっての共焦点レーザー走査顕微鏡の不均質な感
度により、右上コーナで、より低い信号レベルを有してる。
度の信頼可能な定量的測定および評価が求められている。
具の寄与と走査対象(例えば米国特許第5143854号に記載されているタイ
プのDNA結合アレイ)の寄与との区別を可能にする。しかし、共焦点レーザー
走査顕微鏡の重要な性能、すなわち感度、検出限界、走査視野にわたっての均一
性、空間分解能、および信号動的挙動を特徴付けるための参照蛍光ターゲット体
はまだ報告されていない。
の寄与とを区別できるようにする適切な参照基準ターゲット体が求められている
。
ザー走査顕微鏡の性能を定量的に評価することができるようにする、上述した種
類の基準デバイス、方法、およびシステムを提供することである。
を備える基準デバイスを用いて達成される。
方法を用いて達成される。
システムを用いて達成される。
点は、上述した種類のDNA結合アレイを走査するための共焦点レーザー顕微鏡
の性能の、定量的で非常に正確な評価を可能にすること、およびこの評価が、そ
のような顕微鏡を用いて(例えば)解析すべき試料DNA結合アレイを走査する
ことによって得られる測定結果を定量的に評価できるようにすることである。こ
の文脈では、本発明に従って実施される評価が以下の特性の測定を含むことに留
意することが重要である。 a)定量的信号検出感度 b)定量的信号検出限界 c)走査視野にわたっての共焦点容積の均一性 d)走査プロセスの空間分解能、および e)受け取り蛍光に対応する測定信号の、走査視野にわたっての動的挙動
形態は、本発明の理解を助けるために記載するものであり、限定するものと解釈
すべきでない。
鏡の基本的なセットアップを概略的に示す。ダイクロイック・ビーム・スプリッ
タ12を通して伝送される励起レーザー・ビーム11が、互いに垂直な2軸X、
Yで2軸走査エンジン13、例えばガルバノスキャナによって空間的に走査され
、レンズ14によって対象面15に合焦される。この対象面15は、軸Xおよび
Yによって定義されるX−Y平面に平行であり、X−Y平面に垂直な第3の軸Z
に垂直である。
16によって励起され、それら蛍光体の励起によって発生される蛍光17は、共
役面21にある検出器ピンホール19内にレンズ18によって収集され、結像さ
れ、光検出器22によって検出される。
示す。共焦点容積Vcは、理想的には、Z軸に平行な回転軸と円形断面とを有す
る円柱形ボリュームである。共焦点容積Vcは、検出光学系の光伝達関数(OT
Fem)と、共役面21にある検出器ピンホール19のサイズおよび形状とによ
って定義される。共焦点容積Vc内部からの光放射のみが光検出器22によって
検出される。共焦イメージングの概念は、一般に蛍光測定の場合と同様に、弱い
信号レベルを検出するためにバックグラウンド抑制率を高くすることができる。
均一性、すなわち図2に表される理想的な形状からの容積形状のずれを平面Y−
Zで概略的に示す。このずれは、走査領域にわたって測定される蛍光強度信号の
振幅の不均質性をもたらす。
点容積24を示す。図3bは、幅が一定でなく、したがって公称共焦点容積23
に比べて不均一な走査共焦点容積25を示す。図3cは、公称共焦点容積23に
関して歪曲した形状を有する走査共焦点容積26を示す。
び不完全性が、図3a、図3b、および図3cで表される共焦点容積の不均一性
の主な理由である。
31の走査イメージの概略図を示す。アレイ31は、励起光を照射されたときに
蛍光を放出するようになっている蛍光点32のチェスボード・アレイを有する。
以下の説明のために、アレイ31の2つの区域、すなわち対角線34からアレイ
31の右上コーナに広がる第1の区域33と、対角線34からアレイ31の左下
コーナに広がる第2の区域35とを区別すると簡便である。走査対象内の不均質
な蛍光体密度、または走査視野下における共焦点レーザー走査顕微鏡の不均質な
感度により、図4によって表されるイメージは、アレイ31の区域33内に位置
する蛍光点32が、区域35内に位置する蛍光点32よりも低い強度の蛍光を提
供することを示している。本発明による基準デバイス、方法、およびシステムの
目的は、検出される蛍光の強度のそのようなばらつきが、どの程度まで、特に走
査視野にわたっての共焦点レーザー走査顕微鏡の不均質感度によるものであるか
を定量的に評価することである。
感度を定量的に特徴付けるための本発明による基準デバイス41の第1の実施形
態の上面図を示し、図5bはその断面図を示す。図5aおよび図5bでは、寸法
がミリメートル単位で示されている。
に接合された上部ガラス・プレート42からなる。16×16平方ミリメートル
のガラス基板(厚さ=1ミリメートル)が、5マイクロメートルだけエッチング
された平坦キャビティ44(斜線領域)を有する。ガラス上部プレート42(厚
さ=0.7ミリメートル)は、それぞれ流体入口および出口用の2つのドリル穴
45および46を有する。別の取り得る実施形態では、ドリル穴45および46
を有していない上部ガラス・プレート42が、ガラス基板43上に接合されてい
なくてもよい。
基板と同一の寸法、および好ましくは同じ光学性質を有する。
布をもたらす所定の濃度とされた溶解蛍光体で満たされている。蛍光体は均一に
溶解されるので、この空間分布は、キャビティ44の構造によって決定され、溶
解蛍光体自体によっては決定されない。図5aおよび図5bを参照して説明する
例では、キャビティ44が平坦であり、したがって、蛍光体の空間分布がキャビ
ティ44の領域全体にわたって均一なものになる。
は、図4を参照して上述したタイプの所与のDNA結合アレイのガラス基板と同
一の寸法および光学性質を有している。したがって、基準デバイス41は、同じ
光学条件下で共焦点レーザー走査顕微鏡によって走査することができる。よく定
義されたキャビティ・サイズと、走査領域にわたって所定の空間分布を有する制
御された蛍光体の濃度とが、走査視野にわたる感度(検出限界)および均質性に
関する測定信号の検査を可能にする。上述したように、溶解蛍光体の空間分布は
、キャビティ44の構造によって決定され、均一に溶解された蛍光体自体によっ
ては決定されない。
点を有する。したがって、溶解蛍光体の液体を充填たされたこの基準デバイスは
、通常であれば比較的長時間貯蔵されると生じる可能性があるブリーチング効果
の影響を受けない。このブリーチング効果は、走査視野にわたって基準デバイス
の蛍光の非定量的能力をもたらす可能性がある。さらに、様々な濃度の溶解蛍光
体を有する様々な溶液を簡単に調製することができ、様々な強度レベルでの蛍光
測定を可能にする。特に、検出可能な強度レベルの限界を求めることができる。
cの深さよりもはるかに小さく、そのためキャビティ44内の蛍光体の薄い平坦
層は、基準デバイス41が走査視野全体にわたって走査されているときに、例え
ば(走査視野に垂直な)Z方向における共焦点容積Vcの起こり得る位置ずれに
ついての信頼できる評価をもたらす。
いて得られる走査イメージのうちの列1024の588の信号プロフィルを示す
。ここで、デバイスのキャビティ44は、その広がり全体にわたって一定の厚さ
を有し、200mg/mlフルオレセインTRIS溶液(水成0.1モルTRI
S緩衝液pH8.3中のフルオレセイン)で満たされている。列1024の58
8のライン・プロフィルに関して図6に示されるように、共焦点レーザー走査顕
微鏡の感度および均一性に関してイメージを解析することができる(視野=10
×10平方ミリメートル、画素サイズ=10マイクロメートル、走査の分解能は
1024×1024画素、走査時間は126秒、使用されるトランスインピーダ
ンス増幅器の検出感度は10マイクロアンペア/ボルト、トランスインピーダン
ス増幅器と共に使用される低域フィルタのカットオフまたは6dB周波数は30
kHzであり、積分間隔tdwellは40マイクロ秒の持続時間を有する)。
図6から理解することができるように、いくつかのノイズ信号が、得られたライ
ン・プロフィル上に重畳されている。図6では、信号強度が任意の単位で示され
ている。
れる所定の値からの各画素の信号強度のずれが、共焦点レーザー走査顕微鏡の性
能に関する定量的パラメータを与える。
光体の数は、溶解された蛍光体の濃度から評価することができる。したがって、
測定される信号強度、および測定感度は、領域当たりの蛍光体の数に定量的に関
連付けられる。
に関する本発明による基準デバイスの第2の実施形態の上面図を示し、図7bは
その断面図を示す。
bでは、ミリメートル単位でのいくつかの寸法が示されている。
トルの領域を有するガラス基板53上にある上部ガラス・プレート52からなる
。ガラス基板53(厚さ=1ミリメートル)の上面は、底部内面を有するキャビ
ティ54を形成する5マイクロメートル・エッチング・マイクロ構造凹部を有す
る。キャビティ54は、所定の濃度を有する均一に溶解された蛍光体を充填され
、これはキャビティ54の領域にわたって蛍光区域の所定の空間分布をもたらす
。この空間分布は、均一に溶解された蛍光体自体によってではなくキャビティ5
4の構造によって決定される。キャビティ54は、下側外面を有するガラス上部
プレート52によってカバーされる。プレート52の下側外面と凹部54の底部
内面との間に設けられた空間は、凹部54の領域全体にわたって、式D=f(x
,y)の所定の関数に従って変化する厚さDを有する。この空間は、溶解された
蛍光体で少なくとも部分的に満たされている。
基板と同一の寸法、および好ましくは同じ光学性質を有する。
与のDNA結合アレイ31のガラス基板と同一の光学性質を有する。したがって
、基準デバイス51を、同じ光学条件下で共焦点レーザー走査顕微鏡によって走
査することができる。
では、各非蛍光区域が、影付き面によって表されている。
いるただ2つの非蛍光区域を備える。図7aでは、この第1のパターンを有する
蛍光区域が、基準デバイス51の各コーナ区域55、56、57、58に位置す
る。これらのコーナ区域から放出される蛍光の強度に対応する測定信号を評価し
て、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて行われる走査の走査視野にわたる均一性
の度合を査定する。
ャの空間分布の第2のパターンを有する。参照番号61および62等の区域から
放出される蛍光に対応する測定信号を評価して、共焦点レーザー走査顕微鏡を用
いて行われる走査の分解能を査定する。さらに、区域61および62の寸法がわ
かっているので、走査エンジンによって行われる走査ステップの精度を査定する
ことができる。図7aに示されるように、区域61および62は細分化されてお
り、それによりキャビティは、溶解された蛍光体によって充填される1つの接続
されたリザーバを形成する。
デバイス51で利用可能な蛍光フィーチャの第3のパターンを表す。区域63等
の区域から放出される蛍光に対応する測定信号を評価して、共焦点レーザー走査
顕微鏡を用いて行われる走査に関連する動的信号挙動を査定する。
、2次元定量的蛍光測定用共焦点レーザー走査顕微鏡の定量的評価のために使用
される基準デバイスに関する。本発明による基準デバイス、当該の方法で決定さ
れる典型的な特性は、 a)定量的信号検出感度 b)定量的信号検出限界 c)走査視野にわたっての共焦点容積の均一性 d)走査プロセスの空間分解能 e)走査視野にわたっての、受け取られた蛍光に対応する測定信号の動的挙動
である。
質的に、 評価する顕微鏡を用いて本発明による基準デバイスを走査し、第1のセットの
測定値を得るステップ、 前記第1のセットの測定値を処理して、補正因子を得るステップ、 前記補正因子を記憶するステップ、 評価された顕微鏡を用いて試料、例えばDNA結合アレイを走査して、第2の
セットの測定値を得るステップ、および 前記補正因子を用いて前記第2のセットの測定値を補正して、スキャナの性能
によるずれがなく、したがって検査される特定の試料の特徴に、より正確に対応
した第3のセットの値を得るステップ を含む。
説明は例示目的にすぎず、本特許出願の特許請求の範囲の精神または範囲を逸脱
することなく変更および変形を加えることができることを理解されたい。
ップの概略図である。
の1つである。
の1つである。
の1つである。
れる蛍光を測定することによって得られる典型的な電気信号の形状を示す図であ
る。
Claims (10)
- 【請求項1】 共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を評価するための基準デバ
イスであって、 (a)基板(43、53)と、 (b)前記基板(43、53)の表面にわたって分布する基準蛍光物質であっ
て、前記基板の表面にわたって所定の空間分布を有する基準蛍光物質とを有する
基準デバイス。 - 【請求項2】 前記基準蛍光物質が、前記基板の前記表面にわたって一定の
厚さを有することを特徴とする請求項1に記載の基準デバイス。 - 【請求項3】 前記基準蛍光物質が、共焦点レーザー走査顕微鏡の共焦点容
積(Vc)の深さ(zc)よりも小さい厚さを有することを特徴とする請求項1
または請求項2に記載の基準デバイス。 - 【請求項4】 前記基準蛍光物質が液体であることを特徴とする請求項1か
ら請求項3までのいずれか1項に記載の基準デバイス。 - 【請求項5】 前記基準蛍光物質が、前記基板の前記表面にわたって均一に
分布されており、且つ所定の濃度を有している請求項4に記載の基準デバイス。 - 【請求項6】 (a)上面に凹部(54)を有するベース・プレート(43
、53)であって、前記凹部が、一定の厚さを有し、前記上面の大部分にわたっ
て延在し、前記凹部(54)の底部が底部内面を有しているベース・プレート(
43、53)と、 (b)光学的に透明であり、前記ベース・プレートの前記凹部を覆うカバー・
プレート(42、52)であって、該カバー・プレート(42、52)が下側外
面を有しており、該下側外面と、前記ベース・プレートの凹部の前記底部内面と
の間に設けられた空間が、前記凹部(54)の領域全体にわたって一定の厚さを
有しているカバー・プレート(42、52)と、 (c)各区域の厚さ全体にわたって延在する前記基準蛍光物質で完全に満たさ
れた前記空間内部の1つまたは複数の区域と を有することを特徴とする請求項1に記載の基準デバイス。 - 【請求項7】 第1の基板(31)の平面上に分布する試験物質の2次元定
量的蛍光測定を行うために使用される種類の共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を
評価するための方法であって、 前記顕微鏡を用いて基準デバイスの2次元定量的蛍光測定を行うステップを含
む性能評価方法において、前記基準デバイスが、 (a)第2の基板(43、53)と、 (b)前記第2の基板(43、53)の表面にわたって分布する基準蛍光物質
であって、前記基板表面にわたって所定の空間分布を有する基準蛍光物質とを有
している、共焦点レーザー走査顕微鏡の性能評価方法。 - 【請求項8】 第1の基板(31)の平面上に分布する試験物質の2次元定
量的蛍光測定を行うために使用される種類の共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を
評価するための方法であって、 前記顕微鏡を用いて基準デバイスの2次元定量的蛍光測定を行うステップを含
む性能評価方法において、前記基準デバイスが、 (a)上面に凹部(54)を有するベース・プレート(43、53)であって
、前記凹部が、一定の厚さを有し、前記上面の大部分にわたって延在し、前記凹
部(54)の底部が底部内面を有しているベース・プレート(43、53)と、 (b)光学的に透明であり、前記ベース・プレートの前記凹部を覆うカバー・
プレート(42、52)であって、該カバー・プレート(42、52)が下側外
面を有しており、該下側外面と、前記ベース・プレートの凹部の前記底部内面と
の間に設けられた空間が、前記凹部(54)の領域全体にわたって一定の厚さを
有しているカバー・プレート(42、52)と、 (c)各区域の厚さ全体にわたって延在する前記基準蛍光物質で完全に充填さ
れた前記空間内部の1つまたは複数の区域とを有している、共焦点レーザー走査
顕微鏡の性能評価方法。 - 【請求項9】 前記第1の基板が、DNA結合アレイ等の一部である請求項
7または請求項8に記載の方法。 - 【請求項10】 基板の平面上に分布する試験物質の2次元定量的蛍光測定
を行うために使用されるのに適した共焦点レーザー走査顕微鏡の性能を評価する
ためのシステムであって、 共焦点レーザー走査顕微鏡と、 請求項1に記載の基準デバイスと を有する共焦点レーザー走査顕微鏡の性能評価システム。
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