DK2725125T3 - High-throughput methyleringsdetektionsfremgangsmåde - Google Patents

High-throughput methyleringsdetektionsfremgangsmåde Download PDF

Info

Publication number
DK2725125T3
DK2725125T3 DK12789707.2T DK12789707T DK2725125T3 DK 2725125 T3 DK2725125 T3 DK 2725125T3 DK 12789707 T DK12789707 T DK 12789707T DK 2725125 T3 DK2725125 T3 DK 2725125T3
Authority
DK
Denmark
Prior art keywords
nucleic acid
acid fragment
sequencing
sequence
methylation
Prior art date
Application number
DK12789707.2T
Other languages
English (en)
Inventor
Huijuan Luo
Guanyu Ji
Hui Jiang
Mingzhi Wu
Jihua Sun
Renhua Wu
Junwen Wang
Fei Gao
Original Assignee
Bgi Tech Solutions Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Bgi Tech Solutions Co Ltd filed Critical Bgi Tech Solutions Co Ltd
Application granted granted Critical
Publication of DK2725125T3 publication Critical patent/DK2725125T3/da

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (13)

1. Fremgangsmåde til at konstruere et sekvensbibliotek, omfattende: at fragmentere en nukleinsyreprøve for at opnå et nukleinsyrefragment; at ligere nukleinsyrefragmentet til en adapter for at opnå et nukleinsyrefragment ligeret til adapteren, hvor adapteren er en m et hy lering sindeksadapt er; at udsætte nukleinsyrefragmentet ligeret til adapteren for sekvensindfangning under anvendelse af en probe for at opnå et nukleinsyrefragment fra en forudbestemt region; at udsætte nukleinsyrefragmentet fra den forudbestemte region for en bisulfitbehandling for at omdanne et ikke-methyleret cytosin i nukleinsyrefragmentet fra den forudbestemte region til en uracil for at opnå et omdannet nukleinsyrefragment; og at amplificere det omdannede nukleinsyrefragment for at opnå et amplificeret produkt, hvor det amplificerede produkt udgør sekvensbiblioteket, hvor at ligere nukleinsyrefragmentet til adapteren omfatter: at ende-reparere nukleinsyrefragmentet for at opnå et enderepareret nukleinsyrefragment; at tilsætte en base A til det ende-reparerede nukleinsyrefragment ved 3’-enden for at opnå et nukleinsyrefragment med basen A ved 3’-enden; og at ligere nukleinsyrefragmentet med basen A ved 3’-enden til en Paired-end-indeksmethyleret adapter for at opnå nukleinsyrefragmentet ligeret til adapteren, hvor nukleinsyrefragmentet er ende-repareret under anvendelse af T4-DNA-polymerase, Klenow-fragment og T4-polynukleotidkinase, hvor basen A tilsættes til det ende-reparerede nukleinsyrefragment ved 3’-enden under anvendelse af Klenow-fragment (3'-5’ exo-) polymerase og dATP, og hvor nukleinsyrefragmentet med basen A ved 3’-enden er ligeret til den Paired-end-indeksmethylerede adapter under anvendelse af T4-DNA-ligase.
2. Fremgangsmåden ifølge krav 1, hvor nukleinsyreprøven er mindst en valgt fra humant genomisk DNA, plante genomisk DNA og insekt genomisk DNA, hvor nukleinsyreprøven fragmenteres med en ultralydsfragmenteringsfremgangsmåde, og hvor nukleinsyreprøven fragmenteres for at opnå nukleinsyrefragmentet med en længde på 200 bp til 300 bp.
3. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor nukleinsyrefragmentet har en mængde på 5 mikrogram.
4. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor den Paired-end-indeksmethylerede adapter er mindst en valgt fra Phos/ TCAAGTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC. og T ACACT CTTT CCCT ACACG ACGCT CTT CCG AT CT ACTT GAT. hvor alle baser C af den Paired-end-indeksmethylerede adapter modificeres ved methylering.
5. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor proben har en længde på 60 mér til 120 mér, fortrinsvis proben har en længde på 1 20 mér.
6. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor sekvensindfangningen udføres på en væske-fase hybridiseringsplatform, hvor nukleinsyrefragmentet ligeret til adapteren i en mængde på 500 ng til 1000 ng udsættes for sekvensindfangning, og en adapter-blokerende reagens tilsættes til hybridiseringsplatformen, hvor den adapter-blokerende reagens har en nukleinsyresekvens komplementær til adapteren.
7. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor den forudbestemte region er en exon-region.
8. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, yderligere omfattende: at tilsætte et fragmenteret eksogent genomisk DNAtil et system i hvilket nukleinsyrefragmentet fra den forudbestemte region udsættes for bisulfitbehandlingen, fortrinsvis hvor det eksogene genomiske DNA er • DNA.
9. Fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor det omdannede nukleinsyrefragment udsættes for en PCR-amplifikation for at opnå det amplificerede produkt, hvor Taq-polymerase anvendes i PCR-amplifikationen, og PCR-amplifikationen udføres under anvendelse af en første primer og en anden primer, hvor mindst en af den første primer og den anden primer omfatter en indekssekvens med en længde på 6 bp til 8 bp, hvor den første primer har en sekvens af AAT GAT ACGGCG ACCACCG AGAT CT ACACT CTTT CCCT ACACG ACGCT CT TCCGATCT; og den anden primer har en sekvens af mindst en valgt fra: CAAGCAG AAG ACGGCAT ACG AG ATCTT G ATGT G ACTGG AGTT CAG A CGTGTGCTCTTCCGATCT; og C AAGCAGAAG ACGGCAT AC GAGATT C AAGT GT GACTGGAGTT C AGA CGTGTGCTCTTCCGATCT.
0. Fremgangsmåde til at bestemme en methyleringsinformation af en nukleinsyreprøve, omfattende: at konstruere et sekvensbibliotek til nukleinsyreprøven i henhold til fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af de foregående krav; at sekventere sekvensbiblioteket for at opnå et sekventeringsresultat; og at bestemme methyleringsinformationen af nukleinsyreprøven baseret på sekventeringsresultat et.
11. Fremgangsmåden ifølge krav 1 0, hvor sekventeringen udføres under anvendelse af en Next-Generation sekventeringsplatform.
12. Fremgangsmåden ifølge krav 10 eller 11, hvor sekventeringen udføres under anvendelse af en Solexa sekventeringsplatform.
3. Fremgangsmåde til at bestemme en methyleringsdistributionsinformation af et exom i et humant helgenom, omfattende: at konstruere et sekvensbibliotek af exomet for det humane helgenom-DNA i henhold til fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 9; at sekventere sekvensbiblioteket for at opnå et sekventeringsresultat; og at bestemme methyleringsdistributionsinformationen af exomet i det humane helgenom baseret på sekventeringsresultatet.
14. Fremgangsmåden ifølge krav 13, hvor sekventeringen udføres under anvendelse af en Next-Generation sekventeringsplatform.
15. Fremgangsmåden ifølge krav 13 eller 14, hvor sekventeringen udføres under anvendelse af en Solexa sekventeringsplatform.
DK12789707.2T 2011-05-23 2012-05-22 High-throughput methyleringsdetektionsfremgangsmåde DK2725125T3 (da)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201110133858.1A CN102796808B (zh) 2011-05-23 2011-05-23 甲基化高通量检测方法
PCT/CN2012/075919 WO2012159564A1 (zh) 2011-05-23 2012-05-22 甲基化高通量检测方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DK2725125T3 true DK2725125T3 (da) 2018-04-23

Family

ID=47196105

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK12789707.2T DK2725125T3 (da) 2011-05-23 2012-05-22 High-throughput methyleringsdetektionsfremgangsmåde

Country Status (6)

Country Link
US (1) US9133513B2 (da)
EP (1) EP2725125B1 (da)
CN (1) CN102796808B (da)
DK (1) DK2725125T3 (da)
HK (1) HK1178211A1 (da)
WO (1) WO2012159564A1 (da)

Families Citing this family (33)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014149356A1 (en) * 2013-03-15 2014-09-25 Abbott Molecular Inc. Detection of bisulfite converted nucleotide sequences
CN104450872A (zh) * 2013-09-25 2015-03-25 上海市肿瘤研究所 一种高通量多样本多靶点单碱基分辨率的甲基化水平检测方法
CN105400776B (zh) * 2014-09-12 2019-12-31 深圳华大智造科技有限公司 寡核苷酸接头及其在构建核酸测序单链环状文库中的应用
CN104611453B (zh) * 2015-02-28 2016-08-24 基因科技（上海）有限公司 诊断基因甲基化的探针组及其应用
WO2016160965A1 (en) * 2015-03-30 2016-10-06 Rubicon Genomics, Inc. Methods and compositions for repair of dna ends by multiple enzymatic activities
CN104894233B (zh) * 2015-04-22 2018-04-27 上海昂朴生物科技有限公司 一种多样本多片段dna甲基化高通量测序方法
CN105002567B (zh) * 2015-06-30 2017-10-13 北京百迈客生物科技有限公司 无参考基因组高通量简化甲基化测序文库的构建方法
CN105332063B (zh) * 2015-08-13 2017-04-12 厦门飞朔生物技术有限公司 一种单管高通量测序文库的构建方法
CN105506109A (zh) * 2015-12-31 2016-04-20 安诺优达基因科技(北京)有限公司 一种单细胞简化代表性重亚硫酸氢盐测序的方法及试剂盒
CN105462960B (zh) * 2016-01-08 2019-02-12 杭州千基生物科技有限公司 一种dna亚硫酸盐转化及纯化的方法
CN105925562A (zh) * 2016-05-10 2016-09-07 广州嘉检医学检测有限公司 一种富集4000人类致病靶基因的方法及试剂盒
CN108504651B (zh) * 2017-02-27 2020-09-08 深圳乐土生物科技有限公司 基于高通量测序的pcr产物大样本量混合建库的文库构建方法和试剂
CN108728903A (zh) * 2017-04-21 2018-11-02 深圳市乐土精准医疗科技有限公司 基于高通量测序用于地中海贫血大样本筛查的建库方法
CN107451419B (zh) * 2017-07-14 2020-01-24 浙江大学 通过计算机程序模拟产生简化dna甲基化测序数据的方法
CN107475779A (zh) * 2017-09-22 2017-12-15 上海美吉医学检验有限公司 适用于单细胞rrbs测序的文库建立方法及其应用
CN107937985A (zh) * 2017-10-25 2018-04-20 人和未来生物科技（长沙）有限公司 一种微量碎片化dna甲基化检测文库的构建方法和检测方法
CN108300766A (zh) * 2018-01-16 2018-07-20 四川大学 利用转座酶对染色质开放区和线粒体甲基化研究的方法
CN113166809B (zh) * 2018-12-29 2023-12-26 深圳华大生命科学研究院 一种dna甲基化检测的方法、试剂盒、装置和应用
CN109609613B (zh) * 2019-01-25 2022-03-11 艾吉泰康生物科技(北京)有限公司 一种dna羟甲基化目标区域捕获测序方法
CN113811618B (zh) * 2019-05-21 2024-02-09 深圳华大智造科技股份有限公司 基于甲基化dna目标区域构建测序文库及系统和应用
CN112553298B (zh) * 2019-09-10 2023-06-23 深圳华大生命科学研究院 一种可以改善全基因组甲基化测序偏向性的建库方法
CN110878298B (zh) * 2019-11-22 2023-09-15 深圳市易基因科技有限公司 rRNA捕获探针及其应用
CN111020017A (zh) * 2019-12-31 2020-04-17 北京优迅医学检验实验室有限公司 Dna甲基化转化效率的评估方法及其应用
CN112662760A (zh) * 2020-02-25 2021-04-16 博尔诚（北京）科技有限公司 一种癌症基因甲基化检测系统和在该系统在中执行的癌症体外检测方法
CN112126987A (zh) * 2020-08-19 2020-12-25 深圳思凝一云科技有限公司 一种用于甲基化扩增子测序的建库方法
CN111945232A (zh) * 2020-08-27 2020-11-17 天津诺禾医学检验所有限公司 构建rrbs文库的y型接头、试剂盒及方法
CN112226486B (zh) * 2020-09-24 2021-11-30 上海英基生物科技有限公司 基因组甲基化dna靶向富集的文库构建方法及其应用
CN112779320B (zh) * 2020-12-04 2023-07-14 深圳市易基因科技有限公司 多区域dna甲基化检测探针设计及其检测方法
CN114974417A (zh) * 2021-06-03 2022-08-30 广州燃石医学检验所有限公司 一种甲基化测序方法和装置
CN114058681A (zh) * 2021-12-01 2022-02-18 大连晶泰生物技术有限公司 一种基于目标区域捕获的甲基化突变检测方法及试剂盒
CN113948150B (zh) * 2021-12-21 2022-04-19 北京迈基诺基因科技股份有限公司 Jmml相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法
CN114540497B (zh) * 2022-02-25 2024-02-27 博尔诚（北京）科技有限公司 用于膀胱癌筛查的标志物、探针组合物及其应用
WO2023192635A2 (en) * 2022-04-01 2023-10-05 Twist Bioscience Corporation Libraries for methylation analysis

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003035860A1 (en) * 2001-10-24 2003-05-01 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York A method for gene identification based on differential dna methylation
AU2003224978A1 (en) * 2002-04-12 2003-10-27 Curators Of The University Of Missouri ECIST microarrays for dual screening of DNA hypermethylation and gene silencing
WO2005090607A1 (en) * 2004-03-08 2005-09-29 Rubicon Genomics, Inc. Methods and compositions for generating and amplifying dna libraries for sensitive detection and analysis of dna methylation
WO2008096146A1 (en) * 2007-02-07 2008-08-14 Solexa Limited Preparation of templates for methylation analysis
CN101802223A (zh) * 2007-08-15 2010-08-11 香港大学 用于高通量亚硫酸氢盐dna-测序的方法和组合物及其用途
CN102409408B (zh) 2010-09-21 2013-08-07 深圳华大基因科技服务有限公司 一种利用微量基因组dna进行全基因组甲基化位点精确检测的方法
WO2012058634A2 (en) * 2010-10-28 2012-05-03 Salk Institute For Biological Studies Epigenomic induced pluripotent stem cell signatures

Also Published As

Publication number Publication date
US20140256563A1 (en) 2014-09-11
EP2725125B1 (en) 2018-01-17
WO2012159564A1 (zh) 2012-11-29
EP2725125A4 (en) 2014-12-24
HK1178211A1 (en) 2013-09-06
CN102796808B (zh) 2014-06-18
CN102796808A (zh) 2012-11-28
EP2725125A1 (en) 2014-04-30
US9133513B2 (en) 2015-09-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DK2725125T3 (da) High-throughput methyleringsdetektionsfremgangsmåde
CN113166797A (zh) 基于核酸酶的rna耗尽
US11649492B2 (en) Deep sequencing profiling of tumors
CN105886608B (zh) ApoE基因引物组、检测试剂盒和检测方法
CN102409042B (zh) 一种高通量基因组甲基化dna富集方法及其所使用标签和标签接头
TW201321518A (zh) 微量核酸樣本的庫製備方法及其應用
US20100035249A1 (en) Rna sequencing and analysis using solid support
JP2018514205A (ja) 次世代の塩基配列分析技法を利用した臓器移植の拒否反応の予測方法
CN109536579B (zh) 单链测序文库的构建方法及其应用
CN112041459A (zh) 核酸扩增方法
CN109576346B (zh) 高通量测序文库的构建方法及其应用
WO2016049878A1 (zh) 一种基于snp分型的亲子鉴定方法及应用
CN107858409B (zh) 一种微量降解基因组dna甲基化建库测序方法及其试剂盒
CN106011230A (zh) 用于检测碎片化dna目标区域的引物组合物及其应用
CN110760936A (zh) 构建dna甲基化文库的方法及其应用
JP2022160425A (ja) 次世代配列決定法を用いた標的タンパク質の集団的定量方法とその用途
CN109971843B (zh) 一种单细胞转录组的测序方法
CN109280696B (zh) Snp检测技术拆分混合样本的方法
WO2021006353A1 (ja) 固相担体を用いた核酸増幅方法
CN110951827B (zh) 一种转录组测序文库快速构建方法及其应用
CN108342385A (zh) 一种接头和通过高效率环化方式构建测序文库的方法
US20230304069A1 (en) Methods and compositions for single cell analysis
Shcheglov et al. Normalization of cDNA libraries
CN108130366A (zh) 一种构建人miRNA测序文库进行高通量测序的方法
WO2020199127A1 (zh) 测序引物的设计及基于 pcr 的全基因组测序方法