CZ2002480A3 - Molekula nukleové kyseliny kódující fúzní protein, který obsahuje polypeptid s autoproteolytickou aktivitou - Google Patents

Molekula nukleové kyseliny kódující fúzní protein, který obsahuje polypeptid s autoproteolytickou aktivitou Download PDF

Info

Publication number
CZ2002480A3
CZ2002480A3 CZ2002480A CZ2002480A CZ2002480A3 CZ 2002480 A3 CZ2002480 A3 CZ 2002480A3 CZ 2002480 A CZ2002480 A CZ 2002480A CZ 2002480 A CZ2002480 A CZ 2002480A CZ 2002480 A3 CZ2002480 A3 CZ 2002480A3
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
polypeptide
fusion protein
pro
nucleic acid
autoprotease
Prior art date
Application number
CZ2002480A
Other languages
English (en)
Other versions
CZ303341B6 (cs
Inventor
Tillmann Rümenapf
Heinz-Jürgen Thiel
Jörg Windisch
Franz Knauseder
Original Assignee
Biochemie Gesellschaft M. B. H.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Biochemie Gesellschaft M. B. H. filed Critical Biochemie Gesellschaft M. B. H.
Publication of CZ2002480A3 publication Critical patent/CZ2002480A3/cs
Publication of CZ303341B6 publication Critical patent/CZ303341B6/cs

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P21/00Preparation of peptides or proteins
    • C12P21/06Preparation of peptides or proteins produced by the hydrolysis of a peptide bond, e.g. hydrolysate products
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/62DNA sequences coding for fusion proteins
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/48Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/50Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
    • C12N9/503Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from viruses
    • C12N9/506Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from viruses derived from RNA viruses
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/50Fusion polypeptide containing protease site
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/70Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction
    • C07K2319/74Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor
    • C07K2319/75Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor containing a fusion for activation of a cell surface receptor, e.g. thrombopoeitin, NPY and other peptide hormones

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Description

Oblast techniky
Předkládaný vynález se týká způsobu výroby požadovaného heterologního polypeptidu s jasně definovaným homogenním N-koncem v bakteriální hostitelské buňce, přičemž požadovaný heterologní polypeptid autoproteolyticky vyštěpen autoproteolytickou aktivitou Npro z původně exprimovaného fúzního proteinu, který obsahuje peptid s autoproteolytickou aktivitou autoproteázy Npro pestiviru a heterologní polypeptid.
Dosavadní stav techniky
Při přípravě rekombinantních proteinů v heterologních organismech jako např. při expresi humánních nebo jiných eukaryotických proteinů v bakteriálních buňkách je často obtížné získat jasně definovaný N-konec, který by byl pokud možno 100% homogenní, až se týká především rekombinantních farmaceutických proteinů, jejichž aminokyselinová sekvence by v mnoha případech měla být shodná s aminokyselinovou sekvencí proteinů přirozeně se vyskytujících u člověka/zvířete.
Při normální, přirozené expresi, např. u člověka, mnohé farmaceutické proteiny, které se užívají, jsou transportovány do extracelulárního prostoru, přičemž štěpení signální sekvence přítomné v prekurzorovém proteinu právě pro tento účel vede ke vzniku jasně definovaného N-konce. Takový homogenní N-konec φφ Φφφφ β« *♦ ·· ·· φ φ φ · · · * · φ φ φ φ φ · ΦΦΦ φφφφ φ • Φφ ΦΦΦ ΦΦΦ φφ φ φφ φφφφ φφ φφφφ
- 2 není vždy snadné připravit, např. při expresi v bakteriálních buňkách, a až z několika důvodů.
Jen ve výjimečných případech je možný export do bakteriálního periplazmatického prostoru pomocí eukaryotické prosekvence nebo signální sekvence, protože se zde může akumulovat jen velmi malé množství produktu z důvodu nízké transportní kapacity bakteriálního exportního mechanismu.
Bakteriální cytoplazma se výrazně liší od extracelulárního prostoru eukaryot. Na jedné straně jsou zde redukující podmínky, na druhé straně zde není žádný mechanismus pro odštěpení N-koncové vedoucí (leader) sekvence z maturovaného (zralého) proteinu. Syntéza všech cytoplazmatických proteinů začíná methioninem, který je kódován příslušným iniciačním (startovním) kodonem (ATG = iniciace translace). Tento N-koncový methionin je u mnoha proteinů zachován, zatímco u jiných je odštěpen methioninaminopeptidázou (MAP), která je přítomna v cytoplazmě a je vlastní hostiteli. Účinnost štěpení závisí v podstatě na dvou parametrech:
1. Povaha následující aminokyseliny a
2. Lokalizace N-konce v trojrozměrné struktuře proteinu.
N-koncový methionin je přednostně ' odstraněn, když následující aminokyselinou je serin, alanin, glycin, methionin nebo valin a když N-konec je exponován, tzn. když není ukryt uvnitř proteinu. Na druhé straně, když je následující aminokyselina jiná, především nabitá aminokyselina (kyselina glutamová, kyselina asparagová, lysin, arginin), nebo když je N-konec lokalizován uvnitř proteinu, ve většině případů k odštěpení N-koncového methioninu nedojde (Knippers, Rolf (1995) Molekulare Genetik, 6th edition, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, New York. ISBN 3-13-103916-7).
- 3 •· ··»· • ·'· φ φ φφ φ φ φ φ φ Φ ΦΦΦ φ φ φ φφφ φ · φ ·· φ «φ φφφφ φφ ΦΦΦΦ
Dokonce i když aminokyselina podporující štěpení je přítomna v poloze 2, štěpení je zřídkakdy úplné. Obvykle významné množství (1-50%) zůstane neovlivněno MAP.
V časných dobách produkce rekombinantních farmaceutických proteinů v bakteriálních buňkách se jednoduše vkládal methionin-kódující ATG startovní kodon před otevřený čtecí rámec (ORF) pro maturovaný protein (tj . bez signální sekvence nebo jiných extenzí N-konce). Exprimovaný protein pak měl sekvenci H2N-Met-cílový protein. Pouze v několika případech bylo možné dosáhnout úplného odštěpené N-koncového methioninu MAP hostitele. Většina proteinů připravovaných tímto způsobem byla tudíž buďto nehomogenní na svém N-konci (jednalo se o směs Met-formy a formy bez Met) nebo měly všechny molekuly dodatečnou cizorodou aminokyselinu (Met) ne svém N-konci(pouze Met-forma).
Tato nehomogenita nebo odchylka od přírodní sekvence je však v mnoha případech nepřijatelná, neboť, takové produkty často vykazují odlišné imunologické (např. indukce protilátek) a farmakologické vlastnosti (biologický poločas, farmakokinetika). Z těchto důvodů je nyní nutné produkovat většinou přírodně identické produkty (homogenní a bez cizorodé aminokyseliny na N-konci). V případě cytoplazmatické exprese je nápravou zpravidla fúze štěpné sekvence (leader sekvence) pro specifickou endopeptidázu (např. Faktor Xa, enterokináza, KEX endopeptidázy, IgA proteáza) nebo aminopeptidázu (např. dipeptidylaminopeptidáza) na N-konec cílového proteinu. Avšak až představuje další krok a vynaložení dalších nákladů a materiálu při následném (tzv. downstream) zpracování produktu.
• * « *· · ··
- 4 Takže existuje stálá potřeba nových způsobů přípravy cílového proteinu v bakteriálních buňkách, kdy by byl cílový protein s požadovaným uniformním N-koncem bez potřeby dalších in vitro kroků (nové svinutí, purifikace, štěpení proteázou, nová purifikace atd.). Právě takový způsob využívající virové autoproteázy Npro z pestiviru je předmětem předkládaného vynálezu.
Pestiviry tvoří skupinu patogenů, které způsobují značné ekonomické ztráty v chovech prasat a přežvýkavců po celém světě. Zvláště významným patogenem je klasický virus horečky prasat (CSFV, Clasical swine fever virus), který způsobuje přenosné onemocnění a podléhá tudíž ohlašovací povinnosti. Ztráty způsobené virem průjmu hovězího dobytka (BVDV, bovine viral diarrhoea virus) jsou také značné, zejména z důvodu pravidelného výskytu intrauterinní infekce plodů.
Pestiviry jsou malé obalové viry, jejichž genom velikosti 12,3 kb působí přímo jako mRNA, ze které jsou v cytoplazmě transkribovány virové produkty. K tomu dochází ve formě jediného polyproteinu, který obsahuje přibližně 4000 aminokyselin a který je naštěpen virovým a buněčnými proteázami na 12 zralých proteinů.
Do nynějška byly identifikovány dvě virově kódované proteázy u pestivirů, a sice autoproteáza Npro a serinová proteáza NS3. N-koncová proteáza Npro je lokalizována na N-konci polyproteinu a má zjevnou molekulovou hmotnost 23000 (D). Katalyzuje štěpení, ke kterému dochází mezi jejím vlastním C-koncem (Cysl68) a N-koncem (Serl69) nukleokapsidového proteinu C (R. Stark et al., J. Virol. 67 (1993), 7088-7095).
Navíc duplikace genu Npro byly popsány u cytopatogenních virů «9*9
- 5 • 9·
9 «9 9999
BVDV. V nich je druhá kopie Npro na N-konci podobně dup li kované NS3 proteázy. Autoproteolytické štěpení proteinu Npro-NS3 bylo pozorováno i v tomto případě (R. Stark et al., viz výše).
Npro je autoproteáza délky 168 aminokyselin (aa) a zjevnou Mr 20,000 (D) (in vivo). Je prvním proteinem v polyproteinu pestivirů (jako je např. CSFV, BVDV nebo BDV (border disease virus)) a podléhá autoproteolytickému odštěpení od následujícího nukleokapsidového proteinu C
(M. Wiskerchen et al., J. Virol. 65 (1991), 4508-4514; Stark et
al., J. Virol. 67 (1993), 7088-7095). Toto štěpení se
uskutečňuje za tj. Cysl68. poslední aminokyselinou sekvence Npro,
Podstata vynálezu
Nyní bylo překvapivě zj ištěno, že autoproteolytická
funkce autoproteázy Npro pestivirů je zachována v bakteriálním expresním systému, především při expresi heterologních proteinů. Předkládaný vynález se tudíž týká způsobu výroby požadovaného heterologního polypeptidu s jasňě definovaným Nkoncem v bakteriální hostitelské buňce, přičemž požadovaný heterologní polypeptid je autoproteolytickou aktivitou Npro odštěpen z na počátku exprimovaného fúzního proteinu, který obsahuje peptid s autoproteolytickou aktivitou autoproteázy Npro pestivirů a heterologní polypeptid. Předkládaný vynález se dále týká prostředků klonování, které se užívají při způsobech podle vynálezu.
φφ φφφφ • φ · » · « φφφφ φ φφφ φφφ φφφ φφ φ φφ φφφφ φφ φφφφ
- 6 Polypeptid s autoproteolytickou aktivitou autoproteázy Npro pestiviru nebo polypeptid s autoproteolytickou funkcí autoproteázy Npro pestiviru je především autoproteáza Npr0 pestiviru, nebo její derivát autoproteolytickou aktivitou.
V předkládaném vynálezu termín heterologní polypeptid znamená polypeptid, který není v přírodě odštěpován autoproteázou Npro pestiviru z přírodně se vyskytujícího fúzního proteinu nebo polyproteinu. K příkladům heterologních polypeptidů patří průmyslové enzymy nebo polypeptidy s farmaceutickou aktivitou, především farmaceutickou aktivitou u člověka.
K příkladům výhodných polypeptidů s humánní farmaceutickou aktivitou patří cytokiny jako jsou interleukiny, např. IL-6, interferony jako jsou leukocytární interferony, např. interferon a2B, růstové faktory, především růstové faktory účastnící se hematopoezy hojení poranění, jako jsou např. G-CSF, erythropoetin nebo IGF, hormony jako je např. humánní růstový hormon (hGH), protilátky anebo vakcíny.
Jeden aspekt předkládaného vynálezu se týká molekuly nukleové kyseliny, která kóduje fúzní protein, přičemž tento fúzní protein obsahuje první polypeptid, který má autoproteolytickou funkci autoproteázy Npro pestiviru, a druhý polypeptid, který je spojen s prvním polypeptidem na C-konci prvního polypeptidů takovým způsobem, že druhý polypeptid může být odštěpen z fúzního proteinu autoproteolytickou aktivitou prvního polypeptidů, a přitom druhý polypeptid je heterologní polypeptid.
Pestivirus je pro účely vynálezu výhodně vybrán ze skupiny obsahuj CSFV, BDV a BVDV, zvláště výhodný je CSFV.
- 7 «« ·· ·· ·· 9 9 · · ♦ · ♦ « · · «·· · · · · · · 99 » 99 9999 99 ···
Výhodná molekula nukleové kyseliny podle vynálezu je taková molekula, kde první polypeptid fúzního proteinu obsahuje následující aminokyselinovou sekvenci autoproteázy Npro z CSFV (viz také sekvence s přístupovým číslem X87939 v databázi EMBL) (aminokyseliny 1 až 168, čtení ve směru od N-konce do C-konce) (1)-MELNHFELLYKTSKQKPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTT LRDLPRKGDCRSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVT GSDGKLYHIYVCVDGCILLKLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSC-(168), nebo aminokyselinovou sekvenci jejího derivátu, který má autoproteolytickou aktivitu.
Deriváty s autoproteolytickou aktivitou autoproteázy Npr° pestiviru jsou autoproteázy Npro připravené mutagenezí, především užitím substitucí, delecí, adicí a/nebo inzercí aminokyselin, pokud je uchována požadovaná autoproteolytická aktivita, především pro vytváření požadovaných proteinů s homogenním N-koncem. Způsoby přípravy takových derivátů mutagenezí jsou odborníkům známy. Takovými mutacemi je možné optimalizovat aktivitu autoproteázy Npro, např. ve vztahu k různým heterologním proteinům, které mají být štěpeny. Po přípravě nukleové kyseliny, která kóduje fúzní protein, který kromě požadovaného heterologního proteinu obsahuje derivát autoproteázy Npro vykazující jednu nebo více mutací vzhledem k přírodně se vyskytující autoproteáza Npro, se určí, zda je požadovaná funkce přítomna stanovením autoproteolytické aktivity v expresním systému.
Autoproteolytická aktivita může být na počátku např. detekována v systému in vitro. Pro tento účel je DNA konstrukt transkribován do RNA a pak translatován do proteinu pomocí »»4· ·
444 444 94 4 ·· 4449 ·4 4494
- 8 soupravy pro in vitro translaci. Pro zvýšení citlivosti může být v některých případech výsledný protein označen inkorporací radioaktivních aminokyselin. Výsledný fúzní protein Npr°-cílový protein je podroben kotranslačnímu a/nebo post-translačnímu autokatalytickému štěpení, kdy dojde k přesnému odštěpení Nkoncového Npro úseku od zbytku proteinu jeho vlastní autoproteolytickou aktivitou. Výsledné produkty štěpení lze snadno detekovat a směs může být snadno zpracována ihned po ukončení in vitro translace. Směs se nanese na gel pro analýzu proteinů (SDS-PAGE podle Lámmliho) a podrobí se elektroforéze. Pak se gel obarví vhodnými barvivý nebo se provede autoradiografie. Analýza užitím Western přenosu (Western blot) s následným imunobarvením je také možná. Účinnost štěpení fúzního proteinu může být vyhodnocena na základě intenzity výsledných proteinových pásů.
V dalším kroku fragment nukleové kyseliny pro fúzní protein může být klonován do bakteriálního expresního vektoru (pokud to nebylo provedeno již kvůli in vitro translaci) a ten je pak transformací vnesen do vhodného hostitele (např. E. coli) . Vzniklý expresní kmen exprimuje fúzní protein buďto konstitutivně nebo po přidání induktoru. ' V případě užití induktoru je třeba hostitele po přidání induktoru dále kultivovat 1 až více hodin, aby bylo dosaženo dostatečného titru produktu. Npro autoproteáza pak sama štěpí ko- nebo posttranslačně fúzní protein, takže výsledné fragmenty jsou samotná Npro autoproteáza a samotný cílový protein s definovaným N-koncem. Pro stanovení účinnosti štěpné reakce je na konci kultivace nebo indukční fáze odebrán vzorek a analyzován SDSPAGE, jak bylo popsáno výše.
- 9 φ· · φφφ ·« «φ ·φ φφ φ ♦ φ · φ · · φφφφ φφφ * · φφφ φ «φφ φφφ φφφ φφ φ φφ φφφφ φφ φφφφ
Výhodný derivát autoproteázy Npro popisovaného fúzního proteinu má např. N-koncový úsek, kde byla jedna nebo několik aminokyselin deletováno nebo substituováno v úsek aminokyselin 2 až 21, pokud vzniklý derivát nadále vykazuje autoproteolytickou funkci autoproteázy Npro v požadovaném rozsahu.
Výhodný derivát autoproteázy Npro ve fúzním proteinu obsahuje např. aminokyselinovou sekvenci autoproteázy Npro z CSFV s delecí aminokyselin 2 až 16 nebo 2 až 21. Je také možné prostřednictvím substituce nebo adice aminokyselin změnit nebo vložit aminokyselinovou sekvenci, např. se vnese aminokyselinová sekvence, která usnadňuje purifikaci (viz příklady).
Zvláště vynálezu je výhodná molekula nukleové kyseliny podle taková, kde první polypeptid obsahuje aminokyselinovou sekvenci Glu22 až Cysl68 autoproteázy Npro z
CSFV nebo její derivát s autoproteolytickou aktivitou, přičemž první polypeptid dále má Met jakožto N-konec a heterologní polypeptid je napojen přímo na aminokyselinu Cysl68 autoproteázy Npro z CSFV.
Podobně výhodná molekula nukleové' kyseliny podle vynálezu je taková, kde první polypeptid obsahuje aminokyselinovou sekvenci Prol7 až Cysl68 autoproteázy Npro z CSFV nebo její derivát s autoproteolytickou aktivitou, přičemž první polypeptid dále má Met jakožto N-konec a heterologní polypeptid je napojen přímo na aminokyselinu Cysl68 autoproteázy Npro z CSFV.
Molekula nukleové kyseliny podle vynálezu je především ve formě molekuly DNA.
- 10 • ·♦ · *· ♦ · 99 99
9 9 «>·« »·** » » ♦ · · · « · « ·· · 99 9999 99 9999
Předkládaný vynález se dále týká klonovacích elementů, především expresních vektorů a hostitelských buněk, které obsahují molekulu nukleové kyseliny podle předkládaného vynálezu. Vynález se dále týká expresního vektoru, který je kompatibilní s předem definovanou bakteriální hostitelskou buňkou, a který obsahuje molekulu nukleové kyseliny podle vynálezu a alespoň jednu sekvenci pro kontrolu exprese. Sekvence pro kontrolu exprese jsou především promotory (např. lac, tac, T3, T7, trp, gac, vhb, lambda pL nebo phoA) , vazebná místa ribozomů (např. přirozená vazebná místa ribozomů patřící k výše zmíněným promotorům, cro nebo syntetická vazebná místa ribozomů), nebo terminátory transkripce (např. rrnB T1T2 nebo bia) . Hostitelské buňky jsou výhodně bakteriální buňky rodu Escherichia, především E. coli. Avšak mohou být užity i jiné bakteriální buňky. Ve výhodném provedení vynálezu je expresním vektorem podle vynálezu plazmid.
Předkládaný vynález se dále týká bakteriální hostitelské buňky, která obsahuje expresní vektor podle vynálezu. Takové bakteriální hostitelské buňky mohou být vybrány ze skupiny obsahující následující mikroorganismy: Gram-negativní baktérie rodu Escherichia, např. E. coli, nebo jiné Gram-negativní baktérie, např. Pseudomonas sp., jako je např. Pseudomonas aeruginosa, nebo Caulobacter sp., jako je např. Caulobacter crescentus, nebo Gram-pozitivní baktérie jako jsou baktérie rodu Bacillus sp., především Bacillus subtilis. Zvláště výhodné hostitelské buňky jsou E. coli.
Předkládaný vynález se dále týká způsobu výroby požadovaného heterologního polypeptidu, který obsahuje kroky: (i) kultivace bakteriálních hostitelských buněk podle vynálezu, které obsahují expresní vektor podle vynálezu, který obsahuje ·♦ ·»*« ♦ Φ
- 11 ♦ · #· • · φ · · · · · · · « φφφ φ» φ • · φ · φ φ • Φ ·«·« φφ ΦΦΦ· molekulu nukleové kyseliny podle vynálezu, přičemž kultivace probíhá v podmínkách, které způsobí expresi fúzního proteinu a dále autoproteolytické odštěpení heterologního polypeptidu z fúzního proteinu v hostitelské buňce autoproteolytickou aktivitou prvního polypeptidu, a (ii) izolace odštěpeného heterologního polypeptidu.
Způsob podle vynálezu se provádí v principu počáteční kultivací bakteriálních hostitelských buněk, tj . expresního kmenu těchto buněk, obvyklým mikrobiologickým způsobem, který je odborníkovi znám. Kmen je kultivován z jedné výchozí kolonie na živném médiu, ale je také možné jako výchozího materiálu užít kryoprezervovanou suspenzi buněk (buněčné banky). Kmen se obecně kultivuje v několika stupňovém procesu, aby byla získána dostatečná biomasa pro další zpracování.
V malém měřítku probíhá kultivace v protřepávaných kultivačních lahvích, ve většině případů je možné užít úplné médium (např. LB živné médium). Avšak může se užít také specificky definované médium (např. citrátové médium). Pro kultivaci se připraví maloobjemová překultura hostitelského kmenu (inokulovaná jedinou kolonií nebo kryoprezervovanou buněčnou suspenzí), teplota při této kultivaci obvykle není kritická pro pozdější výsledky exprese, takže se rutinně provádí při vyšších teplotách (např. 30°C nebo 37°C). Hlavní kultura se nasadí ve větším (např. 500 ml) , kde je především nutné zajistit dobré provzdušnění (velký objem kultivační lahve proti objemu obsahu, vysoká rychlost rotace). Vzhledem k úmyslu dosáhnout exprese v rozpustné formě, hlavní kultura se ve většině případů provádí při poněkud nižších teplotách (např. 22 nebo 28°C). Jak indukovatelné systémy (např. s promotory trp, lac, tac nebo phoA) tak konstitutivní systémy jsou vhodné pro »4 ♦· 44 • · · *444 4 · 4
4 4»4 · • •4 · 4 4 4 4 4 44 4 4« 4444 44 444
- 12 produkci rozpustných proteinů. Po té, co bylo dosaženo pozdní logaritmické fáze (obvykle při optické hustotě 0,5 až 1,0 v třepaných lahvích) se v indukovatelných systémech přidá induktor (např. indolylakrylová kyselina, isopropyl-p-D-thiogalaktopyranosid = IPTG) a inkubace pokračuje dále 1 až 5 hodin. Koncentrace induktoru se v takovém případě volí na spodní hranici, aby se dosáhlo mírné exprese. V průběhu této doby se vytvoří většina fúzního proteinu Npr°-cílový protein přičemž současně dojde ke ko- nebo post-translačnímu odštěpení úseku Npr0, takže na konci kultivace v kultivačním systému existují dva odštěpené úseky samostatně. Buňky je možné sklidit a dále zpracovat.
Ve velkém měřítku vícestupňový kultivační proces probíhá v řadě bioreaktorů (fermentorů), přičemž je výhodné užít definovaná živná média, aby bylo možné zlepšit ovládání a kontrolu procesu. Kromě toho je možné významně zvýšit nárůst biomasy a tvorbu produktu dávkováním určitých živin (krmná dávka). Jinak je proces analogický procesu v malém měřítku v třepaných lahvích. Tak např. se užije fermentor pro předběžnou fázi a fermentor pro hlavní fázi a zvolí se kultivační teploty shodné s teplotami při kultivaci v lahvích. Fermentor pro předběžnou fázi je inokulován inokulem, které se vypěstuje z jediné kolonie nebo z kryokultury v kultivační lahvi. Ve fermentorů je také třeba zajistit dobré provzdušňování a přítomnost dostatečné koncentrace induktoru, zejména pak v hlavní fázi. Indukční fáze však musí být někdy jinak dlouhá než indukce v kultivační lahvi. Výsledné buňky se pak užijí pro další zpracování.
*· ·· 4· *· ·· * · 9 9 9 9 9 9 9 9 9
9 9 9 9 9 9 9 9 · «4 44*4 99 9999
- 13 Heterologní cílový protein, který byl odštěpen z fúzního proteinu, může být izolován metodami purifikace proteinů, které jsou odborníkům známy (viz např. M.P. Deutscher, in: Methods in Enzymology: Guide to Protein Purification, Academie Press lne., (1990), 309-392). Postup purifikace obvykle obsahuje kroky rozrušení buněk, pročištění média (centrifugací nebo mikrofiltrací) a pak různé kroky chromatografie, filtrace a precipitace.
Následující příklady slouží k ilustraci a předkládaného vynálezu, aniž by jakkoliv omezovaly jeho rozsah.
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1
Exprese a in vivo štěpení fúzního proteinu Npro-C v bakteriálním hostiteli
Plazmid NPC-pET byl konstruován pro expresi Npro-C fúzního proteinu v bakteriálním hostiteli. 'Použitý expresní vektor byl vektor pETlla (F.W. Studier et al., Methods. Enzymol. 185 (1990), 60-89). Přírodní strukturní gen (z RNA genomu CSFV) pro Npro-C fúzni protein byl klonován do tohoto expresního vektoru. Strukturní gen pro fúzni protein byl připraven PCR amplifikací z virového genomu, který byl transkribován do cDNA (a klonován do vektoru). Navíc prvních 16 aminokyselin přírodní Npro-sekvence (MELNHFELLYKTSKQK) bylo nahrazeno 10 aminokyselin dlouhým oligo-histidinovým úsekem napomáhajícím purifikaci (MASHHHHHHH). Výsledný konstrukt byl *· ·*·» • · · · · » · · « · ·«· · · * « · · ·· · ·» ·· ··*
- 14 označen NPC-pET. Sekvence úseku Npro a autoproteolytické štěpné místo fúzního proteinu Npro-C kódované NPC-pET mají následující strukturu, kde štěpné místo je lokalizováno mezi aminokyselinami Cysl68 a Ser(169) :
MASHHHHHHHPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTTLRDLPRKGDC RSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVTGSDGKLYHIY VCVDGCILLKLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSC(168)S(169)DDGAS(nukleokapsidový protein C)
V této sekvenci je prolin 17 (poloha 2 fúzního proteinu) z přírodní Npro sekvence označena kurzívou, a začátek C sekvence je označen tučně. Fúzní protein má Mr přibližně 32000 (D) , kde po autoproteolytickém štěpení úsek Npr° odpovídá asi 18000 (D) a úsek C odpovídá asi 14000 (D).
Aby bylo možné zhodnotit význam první aminokyseliny C-koncově od štěpného místa, přirozeně se vyskytující serin 169 v této poloze byl nahrazen postupně každou z 19 přirozeně se vyskytujících aminokyselin cílenou mutagenezí. Takto připravené konstrukty byly označeny NPC-pET-Ala, NPC-pET-Gly atd. Z těchto plazmidů pak byly připraveny expresní kmeny.
Kmen Escherichia coli BL21(DE3) byl užit jako Escherichia coli hostitelský kmen pro expresi fúzního proteinu Npro-C. Tento kmen měl následující genotyp:
E. coli B F dcm ompT hsdS (rbmb‘) gal λ(ΌΕ3)
Kmen byl připraven z komerčně dostupných kompetentních buněk (Stratagen). Nese lysogenní fág lambda, v jehož genomu je gen pro T7 RNA polymerázu řízený promotorem lacUV5. Produkce T7 RNA polymerázy a tudíž i cílového proteinu může být indukovaná isopropyl-p-D-thiogalaktopyranosidem (IPTG). Tento dvoufázový ·· ···· ·· ·« ·* ·· • · 9 ···· · ·» · • •4 · * ··· · • · · · · · · · · ·· · ·« MM ·· ··«· systém dovoluje vysoce specifickou a velmi vysokou expresi mnoha cílových proteinů.
Expresní kmeny BL21(DE3)[MPC-pET], BL21(DE3)[MPC-pETAla] atd. byly připraveny transformací příslušných expresních plazmidů do BL21(DE3). Transformace byla provedena podle instrukcí výrobce kompetentních buněk (Stratagen nebo Novagen). Transformační směs byla nanesena na plotny s Luriovým agarem obsahujícím 100 mg/1 ampicilinu. Transformace po inkubaci přes noc ve 37 °C poskytla několik klonů.
Středně velké kolonie s odlišitelnými okraji byly odebrány a staly se základem pro příslušné expresní kmeny. Klony byly kultivovány a pak konzervovány v kryoampulích v teplotě -80°C (hlavní buněčná banka, MCB, master cell bank). Pro běžnou denní práci byl kmen vždy nanesen na plotnu s Luriovým agarem (obsahujícím ampicilin).
Jednotlivý kmen byl použit pro inokulaci předkultury v třepané kultivační lahvi z jediné kolonie na agarové plotně. Alikvot předkultury byl užit k inokulaci hlavní kultury (10 až 200 ml v třepané kultivační lahvi) a ta pak byla kultivována až do dosažení OD600 0,5 až 1,0. Produkce fúzního proteinu pak byla indukována 1,0 mM IPTG (výsledná koncentrace). Kultury byly dále kultivovány 2 až 4 hodiny, dokud nebylo dosaženo OD600 1,0 až 2,0. Kultivační teplota byla 30°C +/- 2°C, a bylo užito médium LB + 2g/l glukózy + 100mg/l ampicilin.
Vzorky byly z kultur odebrány před indukcí a v různých časových intervalech po indukci, centrifugovány a pelety byly denaturovány povařením ve vzorkovém pufru a pak analyzovány SDS-PAGE a Coomassie barvením nebo Western přenosem (Western blot). Vzorky byly odebírány za standardizovaných podmínek a ·· ···· ·» ·» ·· ·· • · · · · · r · * · · • · · ·· 4·· * ·*· · · · ··· r· · ·· ···· ·· ····
- 16 rozdíly v hustotě kultur byly kompenzovány objemem nanášecího pufru užitého k resuspendování vzorku.
Pásy, které se objevily po indukci, byl lokalizovány mírně nad 20000 (D) (odpovídá Npro) a přibližně 14000 (D) (odpovídá C) . Účinnost štěpení fúzního proteinu v každém konstruktu byla stanovena na základě intenzity pásů na gelu obarveném Coomassie modří a pak podle Western blotu. Bylo zjištěno, že většina aminokyselin byla tolerována v poloze bezprostředně sousedící C-koncově se štěpným místem (tj . na N-konci cílového proteinu), tzn. Že docházelo k velmi účinnému autoproteolytickému štěpení.
Tato data ukazují, že je možné v principu úspěšně využít autoproteolytickou aktivitu autoproteázy Npro ke specifickému štěpení rekombinantního fúzního proteinu v bakteriální hostitelské buňce.
Příklad 2
Exprese a in-vivo štěpení fúzního proteinu Npro a humánního interleukinu 6 (hIL6) pro produkci homogenního zralého hIL6
Plazmid NP6-pET byl konstruován pro expresi fúzního proteinu Npro-hIL6. Jako expresní vektor byl užit pETlla (F.W. Studier et al. , Methods. Enzymol. 185 (1990), 60-89). Nejdříve byl do expresního vektoru klonován fúzní protein sestávající z Npro a nukleokapsidového proteinu CSFV (viz Příklad 1) . Strukturní gen pro fúzní protein byl připraven PCR. To umožnilo prvních 16 aa přírodní sekvence Npr0 (MELNHFELLYKTSKQK) nahradit • · · · < · • · · · · · • · · ··♦♦ · · · « • * * · · * · · · • 4 · ··· ···* · • · · · · · ··· <·· · ·· ···· ·· ····
- 17 10 aa dlouhou oligo-histidinovou sekvencí (MASHHHHHHH) napomáhaj ící purifikaci.
Štěpné místo Spěl bylo vneseno do výsledného expresního plazmidu v místě spojení mezi Npro a nukleokapsidovým proteinem cílenou mutagenezí. To umožnilo deletovat strukturní gen pro nukleokapsidový protein z vektoru restrikcí Spěl na 5'-konci (odpovídá N-konci proteinu) a Xhol na 3'-konci (odpovídá C-konci proteinu). Odpovídající linearizovaný vektor
Npro-pETlla byl oddělen od fragmentu nukleokapsidového genu preparátivní gelovou elektroforézou. Pak bylo možné vložit strukturní gen hIL6 prostřednictvím lepivých konců Spěl a Xhol.
Byly potřebné následující přípravné práce. Strukturní gen byl amplifikován pomocí vysoce přesného systému PCR (například Pwo systém od firmy Roche Biochemicals, postup byl proveden podle pokynů výrobce) hIL6 cDNA klonu, který lze získat z buněk C10-MJ2. Pro tento účel byly použity následující oligonukleotidy:
Oligonukleotid 1 (N-koncový):
5'- ATAATTACTA GTTGTGCTCC AGTACCTCCA GGTGAAG -3'
Oligonukleotid 2 (C-koncový):
5'- ATAATTGGAT CCTCGAGTTA TTACATTTGC CGAAGAGCCC TCAGGC -3'
Pomocí těchto oligonukleotidů bylo vneseno štěpné místo Spěl na 5'-konec, a štěpné místo Xhol bylo vneseno na
3'-konec. Navíc byl na 3'-konec strukturního genu vložen dvojitý stop kodon ochre (TAATAA) kvůli účinné terminaci translace. Štěpné místo Spěl na předním konci dovoluje ligaci • · · 9 • · ·· ·| • * «9
- 18 ve shodě se čtecím rámcem vektoru Npro-pETlla popsaného výše. Štěpné místo Xhol na zadním konci umožňuje přímé klonování.
Sekvence PCR fragmentu (593 bp) se strukturním genem hIL6 je zde dále uvedena (čtena ve směru od N-konce do C-konce), přičemž restrikční místo je podtrženo a první kodon hIL6 (Ala) a stop kodon jsou vyznačeny tučně:
ATAATTACTAGTTGTGCTCCAGTACCTCCAGGTGAAGATTCTAAAGATGTAGCCGCCCCACAC
AGACAGCCACTCACCTCTTCAGAACGAATTGACAAACAAATTCGGTACATCCTCGACGGCATC
TCAGCCCTGAGAAAGGAGACATGTAACAAGAGTAACATGTGTGAAAGCAGCAAAGAGGCACTG
GCAGAAAACAACCTGAACCTTCCAAAGATGGCTGAAAAAGATGGATGCTTCCAATCTGGATTC
AATGAGGAGACTTGCCTGGTAAAAATCATCACTGGTCTTTTGGAGTTTGAGGTATACCTAGAG
TACCTCCAGAACAGATTTGAGAGTAGTGAGGAACAAGCCAGAGCTGTGCAGATGAGTACAAAA
GTCCTGATCCAGTTCCTGCAGAAAAAGGCAAAGAATCTAGATGCAATAACCACCCCTGACCCA
ACCACAAATGCCAGCCTGCTGACGAAGCTGCAGGCACAGAACCAGTGGCTGCAGGACATGACA
ACTCATCTCATTCTGCGCAGCTTTAAGGAGTTCCTGCAGTCCAGCCTGAGGGCTCTTCGGCAA
ATGTAATAACTCGAGGATCCAATTAT
Konstrukt připravený ligací s plazmidem Npro-pETlla byl nazván NP6-pET.
Dále je uvedena Sekvence Npro-hIL6 fúzriího proteinu (347 aminokyselin, z nichž 162 aminokyselin tvoří Npro a 185 aminokyselin tvoří hIL6), kódovaného NP6-pET, přičemž sekvence hIL6 je vyznačena tučně:
MASHHHHHHHPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTTLRDLPRKGDC
RSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVTGSDGKLYHIY
VCVDGCILLKLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSCAPVPPGEDSKDVAAPHRQPLTSSERID
KQIRYILDGISALRKETCNKSNMCESSKEALAENNLNLPKMAEKDGCFQSGFNEETCLVKIIT • · • · · · • ·
GLLEFEVYLEYLQNRFESSEEQARAVQMSTKVLIQFLQKKAKNLDAITTPDPTTNASLLTKLQ
AQNQWLQDMTTHLILRSFKEFLQSSLRALRQM
Fúzní protein má Mr 39303,76 (D) v redukovaném stavu, a po případném odštěpení úseku Npro (redukovaný) by měl Mr 18338,34 (D) a úsek hIL6 (redukovaný) by měl 20983,63 (D) . Npro obsahuje šest cysteinů a hIL6 čtyři. Je pravděpodobné, že v bakteriální cytoplazmě jsou tyto cysteiny většinou v redukované formě. V průběhu dalšího opracování dochází pravděpodobně alespoň k částečnému vytvoření disulfidických můstků. Je třeba očekávat, že N-koncový methionin ve fúzním proteinu (nebo části Npr0) je většinou štěpen methioninaminopeptidázou (MAP) vlastní hostiteli, redukovalo Mr přibližně o 131 (D) na 39172,76 (D) protein) a 18,207,13 (D) (Npro) .
Hostitelský kmen Escherichia coli pro expresi fúzního proteinu Npro-hIL6 je Escherichia coli BL21(DE3) (viz Příklad 1) ·
Expresní kmen BL21(DE3)[MP6-pET] byl připraven transformací expresního plazmidu MP6-pET popsaného výše do BL21(DE3), jak bylo popsáno v příkladu 1.
Kmen BL21(DE3)[MP6-pET] byl inokulován z jediné kolonie na agarovou plotnu, která pak byla užita k inokulaci předkultur do L média (Luria Broth) obsahujícího 100 mg/1 ampicilinu (200 ml v 1 1 kultivační lahvi s míchacími přepážkami). Předkultura byla třepána při 250 rpm a 30°C po 14 hodin až dosáhla OD600 přibližně 1,0. 10 ml alikvoty předkultury byly užity k inokulaci hlavní kultury (330 ml Luria Broth vil kultivační lahvi s míchacími přepážkami) (3% inokulum). Hlavní kultury byly udržovány na 30°C (250 rpm) do dosažení OD600 0,8 , a pak což by (fúzní * φ • · · φ • t> φ φ φ φ • * φ φ · φ φ φ 4 · ΦΦ· · · · · φ • φ · ΦΦ· Φ··· · Φ 4 · · · · Φφφ
Φ· Φ ΦΦ φφφφ φφ φφ·
- 20 byla produkce fúzního proteinu indukována 0,5 nebo 1,0 mM IPTG (výsledná koncentrace). Kultury byly dále kultivovány při 30°C a 250 rpm po 3 hodiny, OD600 dosáhla přibližně 1,0 až 2,0.
Pak byly kultury přeneseny do sterilních 500 ml centrifugačních kyvet a centrifugovány 30 minut při 10000 g. Supernatant byl zcela odstraněn a pelety byly zamraženy v -80°C až do dalšího zpracování.
Výskyt nových proteinových pásů v úplném lyzátu byl snadno detekován Coomassie barvením po provedení SDS-PAGE. Pásy v lyzátu BL21(DE3)[MP6-pET] odpovídaly zjevné molekulové hmotnosti přibližně 19000 (D) , 21000 (D) a 4000 (D) . Analýzy exprese užitím protilátek anti-hIL6 nutně potvrdila výsledky získané Coomassie barvením.
Pro optimalizaci Npr°-hIL6 štěpení byla provedena indukce při různých teplotách a koncentracích IPTG a výsledné produkty byly analyzovány barvením gelů a Western blotem. Téměř úplné štěpení Npro-IL6 bylo pozorováno při kultivaci v teplotě 22°C.
Tento experiment také ukázal, že heterologní proteiny mohou být fúzovány k C-konci Npro v bakteriálním expresním systému, kde dochází k velmi účinnému štěpení. Změna N-koncové aminokyseliny následného proteinu (alanin místo šeřinu) také nemá žádný nepříznivý účinek. Tento systém podle předkládaného vynálezu je tudíž vhodný k produkci rekombinantních proteinů s homogenním autentickým N-koncem, zejména v heterologním expresním systému jako je např. bakteriální expresní systém, bez nutnosti dalších kroků zpracování.
• · · * • · · 9 · · * « « · •f· · W 9·· • 4 · 9 · · · 9 * · • 4 · «·· 9 « ·
9· 9 · · 9 9 99 9 · 99
- 21 Příklad 3
Exprese a in-vivo štěpení fúzního proteinu sestávajícího z Npro a humánního interferonu a2B (IFNa2B) pro produkci homogenního zralého IFNa2B
Postup klonování IFNa2B až po přípravu vektoru NPI-pET odpovídal postupu užitému pro hIL6 v příkladu 2. Strukturní gen byl amplifikován PCR s vysokou přesností (například Pwo systém od firmy Roche Biochemicals, postup podle pokynů výrobce). Jako templát byl použit IFNa2B-cDNA klon, který byl připraven z humánních leukocytů standardním odborníkům známým postupem. Alternativní možností by bylo povést syntézu úplného genu. Sekvenci strukturního genu je možné získat v elektronické formě z databáze Genbank pod přístupovým číslem V00548. Pro amplifikaci byly užity následující oligonukleotidy:
Oligonukleotid 1 (N-koncový):
5'- ATAATTACTA GTTGTTGTGA TCTGCCTCAA ACCCACAGCC -3'
Oligonukleotid 2 (C-koncový):
5'-ATAATTGGAT CCTCGAGTTA TTATTCCTTA CTTCTTAAAC TTTCTTGCAA G-3'
Sekvence PCR fragmentu (533 bp) se strukturním genem IFNa2B je uvedena níže. Štěpná místa pro restrikční enzymy jsou podtržena a první kodon IFNa2B (Cys) a stop-kodon jsou vyznačeny tučně:
ATAATTACTAGTTGTTGTGATCTGCCTCAAACCCACAGCCTGGGTAGCAGGAGGACCTTGATG
CTCCTGGCACAGATGAGGAGAATCTCTCTTTTCTCCTGCTTGAAGGACAGACATGACTTTGGA ·· · · ·· · · ·· ·· ·· • * « * · · φ » » · « ••f «·· « · « • Φ * ·· ···· ·· ····
- 22 TTTCCCCAGGAGGAGTTTGGCAACCAGTTCCAAAAGGCTGAAACCATCCCTGTCCTCCATGAG
ATGATCCAGCAGATCTTCAATCTCTTCAGCACAAAGGACTCATCTGCTGCTTGGGATGAGACC
CTCCTAGACAAATTCTACACTGAACTCTACCAGCAGCTGAATGACCTGGAAGCCTGTGTGATA
CAGGGGGTGGGGGTGACAGAGACTCCCCTGATGAAGGAGGACTCCATTCTGGCTGTGAGGAAA
TACTTCCAAAGAATCACTCTCTATCTGAAAGAGAAGAAATACAGCCCTTGTGCCTGGGAGGTT
GTCAGAGCAGAAATCATGAGATCTTTTTCTTTGTCAACAAACTTGCAAGAAAGTTTAAGAAGT
AAGGAATAATAACTCGAGGATCCAATTAT
Konstrukt připravený ligací k plazmidu Npro-pETlla byl označen NPI-pET.
Sekvence fúzniho proteinu Npro-IFNa2B (celkem 327 aa, z toho 162 aa je Npro a 165 aa je IFNa2B) kódovaného NPI-pET je uvedena dále, přičemž sekvence IFNa2B je vyznačena tučně (znázorněna ve směru od N-konce k C-konci):
MASHHHHHHHPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTTLRDLPRKGDC RSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVTGSDGKLYHIY VCVDGCILLKLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSCCDLPQTHSLGSRRTLMLLAQMRRISLF SCLKDRHDFGFPQEEFGNQFQKAETIPVLHEMIQQIFNLFSTKDSSAAWDETLLDKFYTELYQ QLNDLEACVIQGVGVTETPLMKEDSILAVRKYFQRITLYLKEKKYSPCAWEWRAEIMRSFSL STNLQESLRSKE
Fúzní protein má Mr 37591,44 (D) v redukovaném stavu a po možném rozštěpení by Npro část (redukovaná) měla Mr 18338,34 (D) a IFNa2B část (redukovaná) by měla 19271,09 (D) . Npr0 má šest cysteinových zbytků a IFNa2B má čtyři. Je pravděpodobné, že tyto cysteinové zbytky jsou v bakteriální cytoplazmě z větší části v redukovaném stavu. V průběhu následného opracování pravděpodobně dochází k alespoň částečnému vytváření disulfidických můstků. Je nutno počítat s tím, že N-koncový ♦ · • ·
- 23 methionin ve fúzním proteinu (nebo v části Npro) je většinou odštěpen methioninaminopeptidázou (MAP) vlastní hostiteli, což by snížilo Mr o 131 (D) na 37460,23 (D) (fúzní protein) a 18207,13 (D) (Npro) .
Hostitelský kmen Escherichia coli pro expresi fúzního proteinu Npro-IFNcc2B byl Escherichia coli BL21(DE3) (viz Příklad 1) ·
Expresní kmen BL21(DE3)[NPI-pET] byl připraven transformací expresního plazmidu NPI-pET popsaného výše do BL21(DE3), jak bylo popsáno v příkladu 1.
Kmen BL21(DE3)[NPI-pET] byl inokulován z jediné kolonie na agarovou plotnu, která pak byla užita k inokulaci předkultur do L média (Luria Broth) obsahujícího 100 mg/1 ampicilinu (200 ml v 1 1 kultivační lahvi s míchacími přepážkami). Předkultura byla třepána při 250 rpm a 3 0°C po 14 hodin až dosáhla OD600 přibližně 1,0. 10 ml alikvoty předkultury byly užity k inokulaci hlavní kultury (330 ml Luria Broth vil kultivační lahvi s míchacími přepážkami) (3% inokulum). Hlavní kultury byly udržovány na 30°C (250 rpm) do dosažení ODeoo 0,8, a pak byla produkce fúzního proteinu indukována 0,5 nebo 1,0 mM IPTG (výsledná koncentrace). Kultury byly dále kultivovány při 30°C a 250 rpm po 3 hodiny, OD600 dosáhla přibližně 1,0 až 2,0.
Pak byly kultury přeneseny do sterilních 500 ml centrifugačních kyvet a centrifugovány 30 minut při 10000 g. Supernatant byl zcela odstraněn a pelety byly zamraženy v -80°C až do dalšího zpracování.
Výskyt nových proteinových pásů v úplném lyzátu byl snadno detekován Coomassie barvením po provedení SDS-PAGE. Pásy v lyzátu BL21(DE3)[MP6-pET] odpovídaly zjevné molekulové » · φ <Φ 9 • · φφ ► * φ *
ΦΦΦ φ φ φ • · φ··Φ ΦΦ ΦΦΦΦ
- 24 hmotnosti přibližně 38000 (D) a 19000 (D) . Pás IFNa2B nebylo možné technikou SDS-PAGE oddělit od pásu Npro.
Analýzy exprese užitím protilátek anti-IFNa2B potvrdily přítomnost vyštěpeného pásu IFNa2B.
Pro optimalizaci štěpení Npro- IFNa2B byla také v tomto případě provedena indukce při různých teplotách a koncentracích IPTG a výsledné produkty byly opět analyzovány barvením gelů a Western blotem. Bylo také zjištěno, že k úplnému štěpení došlo při snížené teplotě (22 až 23 °C).

Claims (11)

1. Molekula nukleové kyseliny kódující fúzní protein, který obsahuje první polypeptid, který má autoproteolytickou funkci autoproteázy Npro z pestiviru, a druhý polypeptid, který je navázán na první polypeptid na C-konci prvního polypeptidu takovým způsobem, že druhý polypeptid může být vyštěpen z fúzního proteinu autoproteolytickou aktivitou prvního polypeptidu, přičemž druhý polypeptid je heterologní polypeptid.
2 . Molekula nukleové kyseliny podle nároku 1, kde pestivirus je vybrán ze skupiny obsahující CSFV, BDV a BVDV. 3. Molekula nukleové kyseliny podle nároku 2, kde pestivirus je CSFV.
4. Molekula nukleové kyseliny podle nároku 3, kde první polypeptid obsahuje následující sekvenci aminokyselin:
(1)-MELNHFELLYKTSKQKPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTT LRDLPRKGDCRSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVT GSDGKLYHIYVCVDGCILLKLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSC-(168), nebo aminokyselinovou sekvenci, která je derivátem uvedené sekvence a má autoproteolytickou aktivitu.
5. Molekula nukleové kyseliny podle nároku 3, kde první polypeptid obsahuje aminokyselinovou sekvenci Glu22 až Cysl68 z autoproteázy Npro z CSFV nebo její derivát s autoproteolytickou aktivitou, přičemž první polypeptid navíc má Met jakožto N-konec a heterologní polypeptid je navázán přímo na aminokyselinu Cysl68 autoproteázy Npro z CSFV.
6. Molekula nukleové kyseliny podle nároku 3, kde první polypeptid obsahuje aminokyselinovou sekvenci Prol7 až Cysl68 z autoproteázy Npro z CSFV nebo její derivát s autoproteolytickou aktivitou, přičemž první polypeptid navíc má Met jakožto N-konec a heterologní polypeptid je navázán přímo na aminokyselinu Cysl68 autoproteázy Npro z CSFV.
7. Molekula nukleové kyseliny podle kteréhokoliv z nároku 1 to 6, přičemž molekula nukleové kyseliny je molekula DNA.
8. Expresní vektor kompatibilní s předem určenými bakteriálními hostitelskými buňkami, který obsahuje molekulu nukleové kyseliny podle kteréhokoliv z nároků' 1 až 7 a alespoň jednu sekvenci řídící expresi.
9. Expresní vektor podle nároku 8, kde bakteriální hostitelské buňky jsou buňky E. coli.
10. Expresní vektor podle nároku 8 nebo 9, přičemž expresní vektor je plazmid.
• · * ♦ · * • · · • · · • » ····
- 27
11. Bakteriální hostitelská buňka obsahující vektor podle kteréhokoliv z nároků 8 až 10.
12. Bakteriální hostitelská buňka podle nároku 11, přičemž bakteriální hostitelská buňka je buňka E. coli.
13. Způsob produkce požadovaného heterologního polypeptidu vyznačující se tím, že obsahuje kroky, kdy (I) kultivují se bakteriální hostitelské buňky podle nároku 11 nebo 12 za podmínek, které vedou k expresi fúzního proteinu a k autoproteolytickému vyštěpení heterologního polypeptidu z fúzního proteinu v hostitelské buňce autoproteolytickou aktivitou prvního polypeptidu, a (II) izoluje se vyštěpený heterologní polypeptid.
CZ20020480A 1999-08-09 2000-08-07 Molekula nukleové kyseliny kódující fúzní protein, který obsahuje polypeptid s autoproteolytickou aktivitou CZ303341B6 (cs)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
AT136899 1999-08-09

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CZ2002480A3 true CZ2002480A3 (cs) 2002-05-15
CZ303341B6 CZ303341B6 (cs) 2012-08-08

Family

ID=3512383

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ20020480A CZ303341B6 (cs) 1999-08-09 2000-08-07 Molekula nukleové kyseliny kódující fúzní protein, který obsahuje polypeptid s autoproteolytickou aktivitou

Country Status (17)

Country Link
US (1) US7378512B2 (cs)
EP (1) EP1200603B1 (cs)
JP (1) JP5480458B2 (cs)
KR (1) KR100735791B1 (cs)
CN (1) CN1230542C (cs)
AU (1) AU775681B2 (cs)
CA (1) CA2380302C (cs)
CZ (1) CZ303341B6 (cs)
HK (1) HK1047127B (cs)
HU (1) HU230117B1 (cs)
IL (2) IL147411A0 (cs)
MX (1) MXPA02001425A (cs)
NO (1) NO329246B1 (cs)
PL (1) PL203708B1 (cs)
SK (1) SK288290B6 (cs)
TR (1) TR200200048T2 (cs)
WO (1) WO2001011056A1 (cs)

Families Citing this family (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2823220B1 (fr) 2001-04-04 2003-12-12 Genodyssee Nouveaux polynucleotides et polypeptides de l'erythropoietine (epo)
US20060204523A1 (en) * 2001-11-26 2006-09-14 Khromykh Alexander A Flavivirus vaccine delivery system
WO2006113957A2 (en) * 2005-04-26 2006-11-02 Sandoz Ag Production of recombinant proteins by autoproteolytic cleavage of a fusion protein
GB0508434D0 (en) * 2005-04-26 2005-06-01 Sandoz Ag Organic compounds
AU2011253661B2 (en) * 2005-04-26 2013-06-13 Boehringer Ingelheim Rcv Gmbh & Co Kg Production of recombinant proteins by autoproteolytic cleavage of a fusion protein
GB0508435D0 (en) * 2005-04-26 2005-06-01 Sandoz Ag Organic compounds
US20100137563A1 (en) 2008-12-03 2010-06-03 Northwestern University Cysteine Protease Autoprocessing of Fusion Proteins
EP2684951A1 (en) 2012-07-13 2014-01-15 Sandoz Ag Method for producing a recombinant protein of interest
EP2746390A1 (en) 2012-12-19 2014-06-25 Sandoz Ag Method for producing a recombinant protein of interest
EP2746391A1 (en) 2012-12-19 2014-06-25 Sandoz Ag Method for producing a recombinant protein of interest
UY35874A (es) 2013-12-12 2015-07-31 Novartis Ag Un proceso para la preparación de una composición de proteínas pegiladas

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4743679A (en) * 1986-02-24 1988-05-10 Creative Biomolecules, Inc. Process for producing human epidermal growth factor and analogs thereof
DE3885431D1 (de) 1987-12-23 1993-12-09 Boehringer Ingelheim Int Expression der viral kodierten Protease P2A des HRV2.
US6077694A (en) * 1990-09-21 2000-06-20 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Method for over-expression and rapid purification of biosynthetic proteins
IL132259A0 (en) * 1997-04-25 2001-03-19 Sembiosys Genetics Inc Method for cleavage of fusion proteins
AU9260598A (en) 1997-08-22 1999-03-16 Boehringer Mannheim Gmbh Zymogenic protease precursors that can be autocatalytically activated and their use
AU9341398A (en) * 1997-08-22 1999-03-16 Boehringer Mannheim Gmbh Protease precursors that can be autocatalytically activated and their use
JP4820512B2 (ja) * 1999-08-09 2011-11-24 サンド・アクチエンゲゼルシヤフト タンパク質の製造

Also Published As

Publication number Publication date
HUP0203051A2 (hu) 2002-12-28
KR20020021175A (ko) 2002-03-18
PL203708B1 (pl) 2009-11-30
WO2001011056A1 (en) 2001-02-15
HK1047127A1 (en) 2003-02-07
SK1872002A3 (en) 2002-07-02
JP2003506092A (ja) 2003-02-18
MXPA02001425A (es) 2002-08-12
JP5480458B2 (ja) 2014-04-23
EP1200603B1 (en) 2014-12-24
HU230117B1 (hu) 2015-08-28
IL147411A (en) 2013-12-31
TR200200048T2 (tr) 2002-04-22
KR100735791B1 (ko) 2007-07-06
US20040215008A1 (en) 2004-10-28
NO20020507L (no) 2002-04-05
SK288290B6 (sk) 2015-07-01
AU6699800A (en) 2001-03-05
NO329246B1 (no) 2010-09-20
AU775681B2 (en) 2004-08-12
CA2380302A1 (en) 2001-02-15
HUP0203051A3 (en) 2003-12-29
CA2380302C (en) 2013-02-26
NO20020507D0 (no) 2002-01-31
HK1047127B (zh) 2015-08-21
EP1200603A1 (en) 2002-05-02
CZ303341B6 (cs) 2012-08-08
CN1367837A (zh) 2002-09-04
PL353090A1 (en) 2003-10-06
IL147411A0 (en) 2002-08-14
CN1230542C (zh) 2005-12-07
US7378512B2 (en) 2008-05-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20050186564A1 (en) Production of proteins
EP0539530B1 (en) Purification directed cloning of peptides
US4727028A (en) Recombinant DNA cloning vectors and the eukaryotic and prokaryotic transformants thereof
KR101374149B1 (ko) 융합 단백질의 자가단백질분해성 절단에 의한 재조합단백질 생산
EP0682709A1 (en) Fusion proteins including a cleavage site recognized by a plant virus protease
JPH06500006A (ja) ユビキチン特異的プロテアーゼ
McCoy et al. Expression and purification of thioredoxin fusion proteins
CZ2002480A3 (cs) Molekula nukleové kyseliny kódující fúzní protein, který obsahuje polypeptid s autoproteolytickou aktivitou
KR20030031979A (ko) 파아지를 이용한 생리 활성 단백질 및 펩티드의 대량생산법
AU740816B2 (en) Fusion proteins comprising sequence derived from bovine IF1 ATPase inhibitor protein
KR100714116B1 (ko) 췌장의 프로카복시펩티다제 b를 사용한 인슐린의 제조
Suryawanshi et al. Optimization of Media and Growth Conditions Improve Overall Quality of Yeast Superoxide Dismutase in Escherichia coli Periplasm.

Legal Events

Date Code Title Description
MK4A Patent expired

Effective date: 20200807