PL203708B1 - Cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca białko fuzyjne, wektor ekspresyjny zawierający tę cząsteczkę oraz komórka gospodarza bakteryjnego zawierająca ten wektor - Google Patents
Cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca białko fuzyjne, wektor ekspresyjny zawierający tę cząsteczkę oraz komórka gospodarza bakteryjnego zawierająca ten wektorInfo
- Publication number
- PL203708B1 PL203708B1 PL353090A PL35309000A PL203708B1 PL 203708 B1 PL203708 B1 PL 203708B1 PL 353090 A PL353090 A PL 353090A PL 35309000 A PL35309000 A PL 35309000A PL 203708 B1 PL203708 B1 PL 203708B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- pro
- polypeptide
- leu
- gly
- arg
- Prior art date
Links
- 230000000468 autoproteolytic effect Effects 0.000 title claims description 25
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title description 57
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title description 44
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 title description 42
- 230000007017 scission Effects 0.000 title description 41
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 47
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 47
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 47
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims description 45
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 44
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 44
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 33
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 24
- 241000710778 Pestivirus Species 0.000 claims description 21
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 20
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 19
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 19
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 16
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 12
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 10
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 10
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 8
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 3
- LXWYCLOUQZZDBD-LIYNQYRNSA-N csfv Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 LXWYCLOUQZZDBD-LIYNQYRNSA-N 0.000 claims 6
- 241000710780 Bovine viral diarrhea virus 1 Species 0.000 claims 1
- PPBOKXIGFIBOGK-BDTUAEFFSA-N bvdv Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CN=CN1 PPBOKXIGFIBOGK-BDTUAEFFSA-N 0.000 claims 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 33
- 235000013351 cheese Nutrition 0.000 description 30
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 28
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 27
- 241000710777 Classical swine fever virus Species 0.000 description 16
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 14
- 101001076408 Homo sapiens Interleukin-6 Proteins 0.000 description 12
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 11
- 229940116886 human interleukin-6 Drugs 0.000 description 11
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 9
- PGSWNLRYYONGPE-JYJNAYRXSA-N Pro-Val-Tyr Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O PGSWNLRYYONGPE-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 8
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical group CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 8
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 8
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 8
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 7
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 6
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 6
- MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N Thr-Leu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 6
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 5
- 239000006137 Luria-Bertani broth Substances 0.000 description 5
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 5
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 5
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 5
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 5
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 5
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 5
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 5
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 5
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 230000008569 process Effects 0.000 description 5
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 5
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 4
- WKJKBELXHCTHIJ-WPRPVWTQSA-N Gly-Arg-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N WKJKBELXHCTHIJ-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 4
- DUYYPIRFTLOAJQ-YUMQZZPRSA-N Gly-Asn-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)CN DUYYPIRFTLOAJQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 4
- RVKIPWVMZANZLI-UHFFFAOYSA-N H-Lys-Trp-OH Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)CCCCN)C(O)=O)=CNC2=C1 RVKIPWVMZANZLI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- YFBBUHJJUXXZOF-UWVGGRQHSA-N Leu-Gly-Pro Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O YFBBUHJJUXXZOF-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 4
- SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-valine Natural products CC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 4
- KKYHKZCMETTXEO-AVGNSLFASA-N Phe-Cys-Glu Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KKYHKZCMETTXEO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 4
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 4
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 4
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 4
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 4
- QHDXUYOYTPWCSK-RCOVLWMOSA-N Val-Asp-Gly Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)NCC(=O)O)N QHDXUYOYTPWCSK-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 4
- GVNLOVJNNDZUHS-RHYQMDGZSA-N Val-Thr-Lys Chemical compound [H]N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O GVNLOVJNNDZUHS-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 4
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 4
- 125000000151 cysteine group Chemical class N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 4
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 4
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 4
- 108010057821 leucylproline Proteins 0.000 description 4
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 4
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 4
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 4
- 108010061238 threonyl-glycine Proteins 0.000 description 4
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 4
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 4
- KWTVWJPNHAOREN-IHRRRGAJSA-N Arg-Asn-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O KWTVWJPNHAOREN-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 3
- KRQSPVKUISQQFS-FJXKBIBVSA-N Arg-Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N KRQSPVKUISQQFS-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 3
- ZPWMEWYQBWSGAO-ZJDVBMNYSA-N Arg-Thr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZPWMEWYQBWSGAO-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 3
- PZXPWHFYZXTFBI-YUMQZZPRSA-N Asp-Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O PZXPWHFYZXTFBI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 3
- BPAUXFVCSYQDQX-JRQIVUDYSA-N Asp-Tyr-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O BPAUXFVCSYQDQX-JRQIVUDYSA-N 0.000 description 3
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 3
- 241001198387 Escherichia coli BL21(DE3) Species 0.000 description 3
- KKBWDNZXYLGJEY-UHFFFAOYSA-N Gly-Arg-Pro Natural products NCC(=O)NC(CCNC(=N)N)C(=O)N1CCCC1C(=O)O KKBWDNZXYLGJEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010093488 His-His-His-His-His-His Proteins 0.000 description 3
- JBSLJUPMTYLLFH-MELADBBJSA-N His-His-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)NC(=O)[C@H](CC3=CN=CN3)N)C(=O)O JBSLJUPMTYLLFH-MELADBBJSA-N 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 3
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 3
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- KWTVLKBOQATPHJ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ala-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N KWTVLKBOQATPHJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- REPPKAMYTOJTFC-DCAQKATOSA-N Leu-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O REPPKAMYTOJTFC-DCAQKATOSA-N 0.000 description 3
- LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N Leu-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 3
- QMKFDEUJGYNFMC-AVGNSLFASA-N Leu-Pro-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O QMKFDEUJGYNFMC-AVGNSLFASA-N 0.000 description 3
- GPJGFSFYBJGYRX-YUMQZZPRSA-N Lys-Gly-Asp Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O GPJGFSFYBJGYRX-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 3
- PDIDTSZKKFEDMB-UWVGGRQHSA-N Lys-Pro-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O PDIDTSZKKFEDMB-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 3
- XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N N-alpha-L-glutamyl-L-phenylalanine Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-proline Natural products NCC(=O)N1CCCC1C(O)=O KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DDYIRGBOZVKRFR-AVGNSLFASA-N Phe-Asp-Glu Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N DDYIRGBOZVKRFR-AVGNSLFASA-N 0.000 description 3
- SRBFGSGDNNQABI-FHWLQOOXSA-N Pro-Leu-Trp Chemical compound N([C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C(=O)[C@@H]1CCCN1 SRBFGSGDNNQABI-FHWLQOOXSA-N 0.000 description 3
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- VASYSJHSMSBTDU-LKXGYXEUSA-N Thr-Asn-Cys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N)O VASYSJHSMSBTDU-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 3
- BQASAMYRHNCKQE-IHRRRGAJSA-N Tyr-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N BQASAMYRHNCKQE-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 3
- XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N Val-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010062796 arginyllysine Proteins 0.000 description 3
- 108010077245 asparaginyl-proline Proteins 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 3
- 108010060199 cysteinylproline Proteins 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 3
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 description 3
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 3
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 3
- 108010004914 prolylarginine Proteins 0.000 description 3
- 108010003137 tyrosyltyrosine Proteins 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N Ala-Leu-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- 102000004400 Aminopeptidases Human genes 0.000 description 2
- 108090000915 Aminopeptidases Proteins 0.000 description 2
- AXXCUABIFZPKPM-BQBZGAKWSA-N Asp-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O AXXCUABIFZPKPM-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- MNQMTYSEKZHIDF-GCJQMDKQSA-N Asp-Thr-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O MNQMTYSEKZHIDF-GCJQMDKQSA-N 0.000 description 2
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 description 2
- 101710117545 C protein Proteins 0.000 description 2
- 108010059378 Endopeptidases Proteins 0.000 description 2
- 102000005593 Endopeptidases Human genes 0.000 description 2
- 241000588722 Escherichia Species 0.000 description 2
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 2
- VXKCPBPQEKKERH-IUCAKERBSA-N Gly-Arg-Pro Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O VXKCPBPQEKKERH-IUCAKERBSA-N 0.000 description 2
- 102000002265 Human Growth Hormone Human genes 0.000 description 2
- 108010000521 Human Growth Hormone Proteins 0.000 description 2
- 239000000854 Human Growth Hormone Substances 0.000 description 2
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 2
- 102000004889 Interleukin-6 Human genes 0.000 description 2
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- LAGPXKYZCCTSGQ-JYJNAYRXSA-N Leu-Glu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O LAGPXKYZCCTSGQ-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 2
- KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N Leu-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N 0.000 description 2
- INCJJHQRZGQLFC-KBPBESRZSA-N Leu-Phe-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(O)=O INCJJHQRZGQLFC-KBPBESRZSA-N 0.000 description 2
- MUCIDQMDOYQYBR-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-His Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N MUCIDQMDOYQYBR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- OZTZJMUZVAVJGY-BZSNNMDCSA-N Leu-Tyr-His Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N OZTZJMUZVAVJGY-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- 241001625930 Luria Species 0.000 description 2
- WXHHTBVYQOSYSL-FXQIFTODSA-N Met-Ala-Ser Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WXHHTBVYQOSYSL-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- 101710181812 Methionine aminopeptidase Proteins 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 2
- HFNPOYOKIPGAEI-SRVKXCTJSA-N Pro-Leu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 HFNPOYOKIPGAEI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- 101100084022 Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) lapA gene Proteins 0.000 description 2
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 2
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 2
- ADECJAKCRKPSOR-ULQDDVLXSA-N Tyr-His-Arg Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N)O ADECJAKCRKPSOR-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 2
- YTUABZMPYKCWCQ-XQQFMLRXSA-N Val-His-Pro Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)N2CCC[C@@H]2C(=O)O)N YTUABZMPYKCWCQ-XQQFMLRXSA-N 0.000 description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 2
- 238000005273 aeration Methods 0.000 description 2
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 2
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 2
- 108010087924 alanylproline Proteins 0.000 description 2
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 210000001723 extracellular space Anatomy 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 108010085325 histidylproline Proteins 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 229940047124 interferons Drugs 0.000 description 2
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 2
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000013411 master cell bank Methods 0.000 description 2
- 108010016686 methionyl-alanyl-serine Proteins 0.000 description 2
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 2
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 2
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 2
- 230000004526 pharmaceutical effect Effects 0.000 description 2
- 108010012581 phenylalanylglutamate Proteins 0.000 description 2
- 108010073025 phenylalanylphenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 101150009573 phoA gene Proteins 0.000 description 2
- 230000001323 posttranslational effect Effects 0.000 description 2
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 2
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 2
- 108010053725 prolylvaline Proteins 0.000 description 2
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- IGXNPQWXIRIGBF-KEOOTSPTSA-N (2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-amino-3-(1h-imidazol-5-yl)propanoyl]amino]-3-(1h-imidazol-5-yl)propanoyl]amino]-3-(1h-imidazol-5-yl)propanoyl]amino]-3-(1h-imidazol-5-yl)propanoyl]amino]-3-(1h-imidazol-5-yl)propanoic acid Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(O)=O)C1=CN=CN1 IGXNPQWXIRIGBF-KEOOTSPTSA-N 0.000 description 1
- SXOUIMVOMIGLHO-AATRIKPKSA-N (E)-3-(indol-2-yl)acrylic acid Chemical compound C1=CC=C2NC(/C=C/C(=O)O)=CC2=C1 SXOUIMVOMIGLHO-AATRIKPKSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- ODWSTKXGQGYHSH-FXQIFTODSA-N Ala-Arg-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ODWSTKXGQGYHSH-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- HMRWQTHUDVXMGH-GUBZILKMSA-N Ala-Glu-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN HMRWQTHUDVXMGH-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- WGDNWOMKBUXFHR-BQBZGAKWSA-N Ala-Gly-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N WGDNWOMKBUXFHR-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- HQIZDMIGUJOSNI-IUCAKERBSA-N Arg-Gly-Arg Chemical compound N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O HQIZDMIGUJOSNI-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- QYLJIYOGHRGUIH-CIUDSAMLSA-N Arg-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N QYLJIYOGHRGUIH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NGTYEHIRESTSRX-UWVGGRQHSA-N Arg-Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@@H](C(=O)NCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N NGTYEHIRESTSRX-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- HUZGPXBILPMCHM-IHRRRGAJSA-N Asn-Arg-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O HUZGPXBILPMCHM-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- JGIAYNNXZKKKOW-KKUMJFAQSA-N Asn-His-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N JGIAYNNXZKKKOW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- GADKFYNESXNRLC-WDSKDSINSA-N Asn-Pro Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O GADKFYNESXNRLC-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- FANQWNCPNFEPGZ-WHFBIAKZSA-N Asp-Asp-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O FANQWNCPNFEPGZ-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- FMWHSNJMHUNLAG-FXQIFTODSA-N Asp-Cys-Arg Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N FMWHSNJMHUNLAG-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- BIVYLQMZPHDUIH-WHFBIAKZSA-N Asp-Gly-Cys Chemical compound C([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N)C(=O)O BIVYLQMZPHDUIH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- OAMLVOVXNKILLQ-BQBZGAKWSA-N Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O OAMLVOVXNKILLQ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- XWKBWZXGNXTDKY-ZKWXMUAHSA-N Asp-Val-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O XWKBWZXGNXTDKY-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- 241000194110 Bacillus sp. (in: Bacteria) Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000863013 Caulobacter sp. Species 0.000 description 1
- 241000010804 Caulobacter vibrioides Species 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- PKNIZMPLMSKROD-BIIVOSGPSA-N Cys-Ala-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N PKNIZMPLMSKROD-BIIVOSGPSA-N 0.000 description 1
- GGIHYKLJUIZYGH-ZLUOBGJFSA-N Cys-Cys-Asp Chemical compound C([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CS)N)C(=O)O GGIHYKLJUIZYGH-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- BUXAPSQPMALTOY-WHFBIAKZSA-N Cys-Glu Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O BUXAPSQPMALTOY-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- OXFOKRAFNYSREH-BJDJZHNGSA-N Cys-Ile-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N OXFOKRAFNYSREH-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- NXTYATMDWQYLGJ-BQBZGAKWSA-N Cys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CS NXTYATMDWQYLGJ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- DQUWSUWXPWGTQT-DCAQKATOSA-N Cys-Pro-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CS DQUWSUWXPWGTQT-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 108010090461 DFG peptide Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 206010012735 Diarrhoea Diseases 0.000 description 1
- 108010013369 Enteropeptidase Proteins 0.000 description 1
- 102100029727 Enteropeptidase Human genes 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000003951 Erythropoietin Human genes 0.000 description 1
- 108090000394 Erythropoietin Proteins 0.000 description 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 1
- 108010074860 Factor Xa Proteins 0.000 description 1
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 1
- 101000930822 Giardia intestinalis Dipeptidyl-peptidase 4 Proteins 0.000 description 1
- MPZWMIIOPAPAKE-BQBZGAKWSA-N Glu-Arg Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N MPZWMIIOPAPAKE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- YLJHCWNDBKKOEB-IHRRRGAJSA-N Glu-Glu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O YLJHCWNDBKKOEB-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- VMKCPNBBPGGQBJ-GUBZILKMSA-N Glu-Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N VMKCPNBBPGGQBJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- MWMJCGBSIORNCD-AVGNSLFASA-N Glu-Leu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O MWMJCGBSIORNCD-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- LKOAAMXDJGEYMS-ZPFDUUQYSA-N Glu-Met-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O LKOAAMXDJGEYMS-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- NNQDRRUXFJYCCJ-NHCYSSNCSA-N Glu-Pro-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O NNQDRRUXFJYCCJ-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- LWYUQLZOIORFFJ-XKBZYTNZSA-N Glu-Thr-Cys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)O LWYUQLZOIORFFJ-XKBZYTNZSA-N 0.000 description 1
- ZALGPUWUVHOGAE-GVXVVHGQSA-N Glu-Val-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N ZALGPUWUVHOGAE-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- XRTDOIOIBMAXCT-NKWVEPMBSA-N Gly-Asn-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)CN)C(=O)O XRTDOIOIBMAXCT-NKWVEPMBSA-N 0.000 description 1
- SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- FIQQRCFQXGLOSZ-WDSKDSINSA-N Gly-Glu-Asp Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FIQQRCFQXGLOSZ-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- XVYKMNXXJXQKME-XEGUGMAKSA-N Gly-Ile-Tyr Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XVYKMNXXJXQKME-XEGUGMAKSA-N 0.000 description 1
- BMWFDYIYBAFROD-WPRPVWTQSA-N Gly-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)CN BMWFDYIYBAFROD-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- YOBGUCWZPXJHTN-BQBZGAKWSA-N Gly-Ser-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YOBGUCWZPXJHTN-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- SYOJVRNQCXYEOV-XVKPBYJWSA-N Gly-Val-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O SYOJVRNQCXYEOV-XVKPBYJWSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 108010017080 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 1
- 102100039619 Granulocyte colony-stimulating factor Human genes 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TVQGUFGDVODUIF-LSJOCFKGSA-N His-Arg-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)N TVQGUFGDVODUIF-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- LYSMQLXUCAKELQ-DCAQKATOSA-N His-Asp-Arg Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N LYSMQLXUCAKELQ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- WGVPDSNCHDEDBP-KKUMJFAQSA-N His-Asp-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O WGVPDSNCHDEDBP-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- WTJBVCUCLWFGAH-JUKXBJQTSA-N His-Ile-Tyr Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)N WTJBVCUCLWFGAH-JUKXBJQTSA-N 0.000 description 1
- LNCFUHAPNTYMJB-IUCAKERBSA-N His-Pro Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(O)=O)C1=CN=CN1 LNCFUHAPNTYMJB-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- PZAJPILZRFPYJJ-SRVKXCTJSA-N His-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O PZAJPILZRFPYJJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 101000599951 Homo sapiens Insulin-like growth factor I Proteins 0.000 description 1
- 108090000144 Human Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003839 Human Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010002231 IgA-specific serine endopeptidase Proteins 0.000 description 1
- GLYJPWIRLBAIJH-FQUUOJAGSA-N Ile-Lys-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N GLYJPWIRLBAIJH-FQUUOJAGSA-N 0.000 description 1
- GLYJPWIRLBAIJH-UHFFFAOYSA-N Ile-Lys-Pro Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)N1CCCC1C(O)=O GLYJPWIRLBAIJH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100037852 Insulin-like growth factor I Human genes 0.000 description 1
- 108010078049 Interferon alpha-2 Proteins 0.000 description 1
- 102100039350 Interferon alpha-7 Human genes 0.000 description 1
- 108010063738 Interleukins Proteins 0.000 description 1
- 102000015696 Interleukins Human genes 0.000 description 1
- 206010056254 Intrauterine infection Diseases 0.000 description 1
- PWWVAXIEGOYWEE-UHFFFAOYSA-N Isophenergan Chemical compound C1=CC=C2N(CC(C)N(C)C)C3=CC=CC=C3SC2=C1 PWWVAXIEGOYWEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- CQQGCWPXDHTTNF-GUBZILKMSA-N Leu-Ala-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O CQQGCWPXDHTTNF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- MLTRLIITQPXHBJ-BQBZGAKWSA-N Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O MLTRLIITQPXHBJ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- ULXYQAJWJGLCNR-YUMQZZPRSA-N Leu-Asp-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O ULXYQAJWJGLCNR-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N Leu-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- BGZCJDGBBUUBHA-KKUMJFAQSA-N Leu-Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BGZCJDGBBUUBHA-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- YQFZRHYZLARWDY-IHRRRGAJSA-N Leu-Val-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN YQFZRHYZLARWDY-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- PNPYKQFJGRFYJE-GUBZILKMSA-N Lys-Ala-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PNPYKQFJGRFYJE-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- GAOJCVKPIGHTGO-UWVGGRQHSA-N Lys-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O GAOJCVKPIGHTGO-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- FACUGMGEFUEBTI-SRVKXCTJSA-N Lys-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN FACUGMGEFUEBTI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- FLCMXEFCTLXBTL-DCAQKATOSA-N Lys-Asp-Arg Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N FLCMXEFCTLXBTL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- GJJQCBVRWDGLMQ-GUBZILKMSA-N Lys-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O GJJQCBVRWDGLMQ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- WGLAORUKDGRINI-WDCWCFNPSA-N Lys-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O WGLAORUKDGRINI-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- VUTWYNQUSJWBHO-BZSNNMDCSA-N Lys-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O VUTWYNQUSJWBHO-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- XOQMURBBIXRRCR-SRVKXCTJSA-N Lys-Lys-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN XOQMURBBIXRRCR-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- YSPZCHGIWAQVKQ-AVGNSLFASA-N Lys-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CCCCN YSPZCHGIWAQVKQ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- SJDQOYTYNGZZJX-SRVKXCTJSA-N Met-Glu-Leu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O SJDQOYTYNGZZJX-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 101001055320 Myxine glutinosa Insulin-like growth factor Proteins 0.000 description 1
- XZFYRXDAULDNFX-UHFFFAOYSA-N N-L-cysteinyl-L-phenylalanine Natural products SCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XZFYRXDAULDNFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AUEJLPRZGVVDNU-UHFFFAOYSA-N N-L-tyrosyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 AUEJLPRZGVVDNU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 1
- 125000001429 N-terminal alpha-amino-acid group Chemical group 0.000 description 1
- BQVUABVGYYSDCJ-UHFFFAOYSA-N Nalpha-L-Leucyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 BQVUABVGYYSDCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- KIAWKQJTSGRCSA-AVGNSLFASA-N Phe-Asn-Glu Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KIAWKQJTSGRCSA-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- JXWLMUIXUXLIJR-QWRGUYRKSA-N Phe-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 JXWLMUIXUXLIJR-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- KJJROSNFBRWPHS-JYJNAYRXSA-N Phe-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KJJROSNFBRWPHS-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- WLYPRKLMRIYGPP-JYJNAYRXSA-N Phe-Lys-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 WLYPRKLMRIYGPP-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- KAJLHCWRWDSROH-BZSNNMDCSA-N Phe-Phe-Asp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 KAJLHCWRWDSROH-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- LCUOTSLIVGSGAU-AVGNSLFASA-N Pro-His-Arg Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O LCUOTSLIVGSGAU-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- GBRUQFBAJOKCTF-DCAQKATOSA-N Pro-His-Asp Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GBRUQFBAJOKCTF-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- DRKAXLDECUGLFE-ULQDDVLXSA-N Pro-Leu-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H]1CCCN1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O DRKAXLDECUGLFE-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- VTFXTWDFPTWNJY-RHYQMDGZSA-N Pro-Leu-Thr Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O VTFXTWDFPTWNJY-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 description 1
- 241000589774 Pseudomonas sp. Species 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- NADLKBTYNKUJEP-KATARQTJSA-N Ser-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O NADLKBTYNKUJEP-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- 101800001098 Serine protease NS3 Proteins 0.000 description 1
- 101800001838 Serine protease/helicase NS3 Proteins 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- QQWNRERCGGZOKG-WEDXCCLWSA-N Thr-Gly-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O QQWNRERCGGZOKG-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- DJDSEDOKJTZBAR-ZDLURKLDSA-N Thr-Gly-Ser Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DJDSEDOKJTZBAR-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- YJCVECXVYHZOBK-KNZXXDILSA-N Thr-Ile-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N YJCVECXVYHZOBK-KNZXXDILSA-N 0.000 description 1
- DXPURPNJDFCKKO-RHYQMDGZSA-N Thr-Lys-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O)C(O)=O DXPURPNJDFCKKO-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- MUAFDCVOHYAFNG-RCWTZXSCSA-N Thr-Pro-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O MUAFDCVOHYAFNG-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- AAZOYLQUEQRUMZ-GSSVUCPTSA-N Thr-Thr-Asn Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O AAZOYLQUEQRUMZ-GSSVUCPTSA-N 0.000 description 1
- VGNLMPBYWWNQFS-ZEILLAHLSA-N Thr-Thr-His Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N)O VGNLMPBYWWNQFS-ZEILLAHLSA-N 0.000 description 1
- ZESGVALRVJIVLZ-VFCFLDTKSA-N Thr-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N)O ZESGVALRVJIVLZ-VFCFLDTKSA-N 0.000 description 1
- GQHAIUPYZPTADF-FDARSICLSA-N Trp-Ile-Arg Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O)=CNC2=C1 GQHAIUPYZPTADF-FDARSICLSA-N 0.000 description 1
- RWTFCAMQLFNPTK-UMPQAUOISA-N Trp-Val-Thr Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O)=CNC2=C1 RWTFCAMQLFNPTK-UMPQAUOISA-N 0.000 description 1
- MNMYOSZWCKYEDI-JRQIVUDYSA-N Tyr-Asp-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O MNMYOSZWCKYEDI-JRQIVUDYSA-N 0.000 description 1
- ZQOOYCZQENFIMC-STQMWFEESA-N Tyr-His Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1N=CNC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 ZQOOYCZQENFIMC-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- KSCVLGXNQXKUAR-JYJNAYRXSA-N Tyr-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KSCVLGXNQXKUAR-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- SINRIKQYQJRGDQ-MEYUZBJRSA-N Tyr-Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 SINRIKQYQJRGDQ-MEYUZBJRSA-N 0.000 description 1
- ZZDYJFVIKVSUFA-WLTAIBSBSA-N Tyr-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O ZZDYJFVIKVSUFA-WLTAIBSBSA-N 0.000 description 1
- XTDDIVQWDXMRJL-IHRRRGAJSA-N Val-Leu-His Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N XTDDIVQWDXMRJL-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- DOFAQXCYFQKSHT-SRVKXCTJSA-N Val-Pro-Pro Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N1[C@H](C(O)=O)CCC1 DOFAQXCYFQKSHT-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- JPBGMZDTPVGGMQ-ULQDDVLXSA-N Val-Tyr-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N JPBGMZDTPVGGMQ-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000009697 arginine Nutrition 0.000 description 1
- 108010068380 arginylarginine Proteins 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 108010093581 aspartyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 1
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 1
- 108010092854 aspartyllysine Proteins 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011210 chromatographic step Methods 0.000 description 1
- 238000005352 clarification Methods 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 230000000120 cytopathologic effect Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 229940066758 endopeptidases Drugs 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- 229940105423 erythropoietin Drugs 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 1
- 108010077515 glycylproline Proteins 0.000 description 1
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 101150023479 hsdS gene Proteins 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 1
- PLVPPLCLBIEYEA-UHFFFAOYSA-N indoleacrylic acid Natural products C1=CC=C2C(C=CC(=O)O)=CNC2=C1 PLVPPLCLBIEYEA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003262 industrial enzyme Substances 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 1
- 229940047122 interleukins Drugs 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 108010044056 leucyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 235000018977 lysine Nutrition 0.000 description 1
- 230000001320 lysogenic effect Effects 0.000 description 1
- 108010003700 lysyl aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 238000001471 micro-filtration Methods 0.000 description 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 102000034288 naturally occurring fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006048 naturally occurring fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 231100000989 no adverse effect Toxicity 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 101150093139 ompT gene Proteins 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- OXCMYAYHXIHQOA-UHFFFAOYSA-N potassium;[2-butyl-5-chloro-3-[[4-[2-(1,2,4-triaza-3-azanidacyclopenta-1,4-dien-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol Chemical compound [K+].CCCCC1=NC(Cl)=C(CO)N1CC1=CC=C(C=2C(=CC=CC=2)C2=N[N-]N=N2)C=C1 OXCMYAYHXIHQOA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000004886 process control Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012723 sample buffer Substances 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 108010072986 threonyl-seryl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 1
- 108010078580 tyrosylleucine Proteins 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 108010015385 valyl-prolyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 230000029663 wound healing Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P21/00—Preparation of peptides or proteins
- C12P21/06—Preparation of peptides or proteins produced by the hydrolysis of a peptide bond, e.g. hydrolysate products
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/62—DNA sequences coding for fusion proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
- C12N9/50—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
- C12N9/503—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from viruses
- C12N9/506—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from viruses derived from RNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/50—Fusion polypeptide containing protease site
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/70—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction
- C07K2319/74—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor
- C07K2319/75—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor containing a fusion for activation of a cell surface receptor, e.g. thrombopoeitin, NPY and other peptide hormones
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Virology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Description
Opis wynalazku
Wynalazek dotyczy cząsteczki kwasu nukleinowego kodującej białko fuzyjne zawierające pierwszy polipeptyd o autoproteolitycznej funkcji autoproteazy Npro pestiwirusa, oraz drugi polipeptyd przyłączony do C-końca pierwszego polipeptydu, odcinany z białka fuzyjnego w komórce bakteryjnej w wyniku autoproteolitycznego dział ania pierwszego polipeptydu, przy czym drugi polipeptyd jest polipeptydem heterologicznym, zaś pierwszy polipeptyd zawiera sekwencję aminokwasów określoną w opisie. Ponadto, wynalazek dotyczy wektora ekspresyjnego zgodnego z określoną komórką bakteryjną i zawierającego cząsteczkę kwasu nukleinowego według wynalazku, oraz komórki gospodarza bakteryjnego zawierającej ten wektor.
Wynalazek znajduje zastosowanie w sposobie wytwarzania pożądanego heterologicznego polipeptydu z jednoznacznie określonym homogennym N-końcem w komórce gospodarza bakteryjnego, w którym to sposobie pożądany polipeptyd heterologiczny jest autoproteolitycznie odcinany od bia ł ka fuzyjnego po wstępnej ekspresji.
Podczas otrzymywania zrekombinowanych białek w heterologicznych organizmach, takich, jak ekspresja białek ludzkich lub innych eukariontów w komórkach bakterii, często trudne jest uzyskać jednoznacznie określony N-końca o prawie 100% homogeniczności. Dotyczy to w szczególności wykorzystywanych w farmacji rekombinowanych białek, których sekwencja aminokwasów powinna w wielu przypadkach być identyczna z sekwencją aminokwasów naturalnie wystę pują cej u ludzi/zwierząt.
Przy naturalnej ekspresji na przykład u człowieka, wiele stosowanych w farmacji białek jest transportowanych do przestrzeni zewnątrzkomórkowej, a odcięcie sekwencji sygnałowej, obecnej w tym celu w prekursorze białka, daje w efekcie jednoznacznie okreś lony N-koniec. Taki homogenny N-koniec nie zawsze jest łatwy do uzyskania, na przykład w komórkach bakterii, z kilku powodów.
Jedynie w rzadkich przypadkach możliwy jest eksport do peryplazmy bakteryjnej za pomocą prokariotycznej lub eukariotycznej sekwencji sygnałowej, ponieważ zwykle możliwa jest akumulacja w tym miejscu jedynie bardzo małych ilości produktu ze względu na małą pojemność transportową bakteryjnego układu eksportującego.
Jednak cytoplazma bakteryjna znacznie różni się od zewnątrzkomórkowej przestrzeni eukariontów. Z jednej strony są w niej obecne warunki redukujące, a z drugiej strony nie posiada ona mechanizmu umożliwiającego odcinanie N-końcowych sekwencji liderowych w celu uzyskania dojrzałych białek. Synteza wszystkich białek cytoplazmatycznych rozpoczyna się od metioniny, która jest określona przez odpowiedni kodon startowy (ATG = inicjacja translacji). Ta N-końcowa metionina jest zachowywana w wielu białkach, podczas gdy w innych jest odcinana przez aminopeptydazę metionionową (MAP) obecną w cytoplazmie i właściwą dla gospodarza. Wydajność odcinania zależy od dwóch parametrów: (1) natury następnego aminokwasu i (2) położenia N-końca w trójwymiarowej strukturze białka. N-końcowa metionina jest usuwana szczególnie łatwo, gdy następnym aminokwasem jest seryna, alanina, glicyna, metionina lub walina oraz gdy N-koniec jest eksponowany tzn. nie jest „ukryty wewnątrz struktury białkowej. Z drugiej strony, gdy kolejny aminokwas jest odmienny, a w szczególności gdy jest to aminokwas zawierający dodatkową grupę karboksylową lub aminową (przykładowo: kwas glutaminowy, kwas asparaginowy, lizyna, arginina) lub jeśli N-koniec znajduje się wewnątrz struktury białkowej, w większości przypadków nie zachodzi odcięcie N-końcowej metioniny (Knippers, Rolf (1995) Molekulare Genetik, wydanie 6, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, Nowy Jork, ISBN 3-13-103916-7).
Nawet jeśli aminokwas sprzyjający odcięciu jest obecny w pozycji 2, odcięcie rzadko jest kompletne. Zazwyczaj spora część (1-50%) pozostaje nienaruszona przez MAP.
Na początku wytwarzania zrekombinowanych farmaceutycznych białek w komórkach bakterii, procedura polegała po prostu na umieszczenie kodonu start ATG kodującego metioninę na początku otwartej ramki odczytu (ORF) dla dojrzałego białka (tzn. bez sekwencji sygnałowej lub innego przedłużenia N-końcowego). Wyrażane białko wówczas miało sekwencję H2N-Met-białko docelowe. Tylko w kilku przypadkach było możliwe uzyskanie całkowitego cięcia N-końcowej metioniny przez MAP właściwy dla gospodarza. Większość białek otrzymywanych w ten sposób to białka niehomogenne względem ich N-końca (mieszanina formy Met i formy bez Met) albo wszystkie białka mają dodatkowy obcy aminokwas (Met) na N-końcu (tylko forma Met).
Ta niehomogenność lub odchylenie od naturalnej sekwencji jest jednak w wielu przypadkach nie do przyjęcia, ponieważ te produkty często wykazują odmienne właściwości immunologiczne (na
PL 203 708 B1 przykład indukcja tworzenia przeciwciał) i farmakologiczne (okres półtrwania, farmakokinetyka). Z tych powodów obecnie w większości przypadków konieczne jest wytwarzanie produktu identycznego z naturalnym (homogennego i bez obcych aminokwasów na N-koń cu). W przypadku ekspresji cytoplazmatycznej, w większości przypadków odpowiednie jest przeprowadzenie fuzji sekwencji cięcia (lidera) dla specyficznej endopeptydazy (na przykład czynnika Xa, enterokinazy, endopeptydaz KEX, proteazy IgA) lub aminopeptydazy (na przykład aminopeptydazy dipeptydylowej) do N-końca docelowego białka. Stanowi to jednak dodatkowy etap obarczony znacznym nakładem kosztów i materiałów potrzebnych w dalszej obróbce, tak zwanej posyntetycznej obróbce produktu.
Istnieje więc zapotrzebowanie na sposób wytwarzania docelowego białka w komórkach bakterii, tak, aby docelowe białko mogło być przygotowane z jednorodnym, pożądanym N-końcem bez dodatkowych złożonych etapów in vitro (zwijanie, oczyszczanie, cięcie za pomocą proteazy, ponowne oczyszczanie, itd). Taki proces z wykorzystaniem wirusowej autoproteazy Npro z pestiwirusów opracowano w ramach niniejszego wynalazku.
Pestiwirusy tworzą grupę patogenów, które powodują poważne straty ekonomiczne u świń i gryzoni na cał ym ś wiecie. Jako patogen poważ nej choroby zakaź nej szczególnie istotny jest klasyczny wirus gorączki świń (CSFV). Znaczne są także straty powodowane przez wirusa biegunki bydlęcej (BVDV), szczególnie ze względu na regularne występowanie wewnątrzmacicznego zakażenia płodów.
Pestiwirusy są małymi wirusami w otoczkach z genomem, który działa bezpośrednio jako mRNA i ma dł ugość 12,3 kb i którego produkty podlegają trabskrypcji w cytoplazmie. Produktem transkrypcji jest pojedyncza poliproteina, która zawiera około 4000 aminokwasów i która jest rozkładana przez zarówno wirusowe i komórkowe proteazy na około 12 dojrzałych białek.
Dotychczas u pestiwirusów zidentyfikowano dwie kodowane przez wirusa proteazy, autoproteazę Npro i proteazę serynową NS3. N-końcowa proteaza Npro jest umieszczona na N-końcu poliproteiny i ma pozorną masę cząsteczkową 23 kDa. Katalizuje cięcie, które odbywa się między jego własnym C-końcem (Cys168) i N-końcem (Ser169) białka C nukleokapsydu (R. Stark i wsp. J. Yirol. 67 (1993), 7088-7095). W dodatku opisano duplikacje genu Npro w cytopatogennych wirusach BVDV. Występuje w nich druga kopia Npro na N-końcu podobnie zduplikowanej proteazy NS3. Autoproteolityczne cięcie białka Npro-NS3 obserwowano także w tym przypadku (R. Stark i wsp., patrz powyżej).
Npro jest autoproteazą o długości 168 aa i pozornej Mr około 20000 Da (in vivo). Jest pierwszym białkiem w poliproteinie pestiwirusów (takich jak CSFV, BDV (wirus choroby granicznej) lub BVDV) i podlega autoproteolitycznemu odcięciu od kolejnego biał ka C nukleokapsydu (M. Wiskerchen i wsp., J. Virol. 65 (1991), 4508-4514; Stark i wsp., J. Virol. 67 (1993), 7088-7095). To odcięcie zachodzi po ostatnim aminokwasie w sekwencji Npro, Cys168.
Nieoczekiwanie stwierdzono, że autoproteolityczna funkcja autoproteazy Npro pestiwirusa jest utrzymywana w bakteryjnych układach ekspresyjnych, w szczególności przy ekspresji białka heterologicznego.
Przedmiotem wynalazku jest zatem cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca białko fuzyjne zawierające pierwszy polipeptyd o autoproteolitycznej funkcji autoproteazy Npro pestiwirusa, oraz drugi polipeptyd przyłączony do C-końca pierwszego polipeptydu, odcinany z białka fuzyjnego w komórce bakteryjnej w wyniku autoproteolitycznego działania pierwszego polipeptydu, przy czym drugi polipeptyd jest polipeptydem heterologicznym, zaś pierwszy polipeptyd zawiera sekwencję aminokwasów wybraną z grupy obejmującej :
(a) sekwencję aminokwasów
1)-MELNHFELLYKTSKQKPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRT
TLRDLPRKGDCRSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRI
GRVTGSDGKLYHIYVCVDGCILLKLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSC-(168);
(b) sekwencję aminokwasów Glu22 - Cys168 autoproteazy Npro CSFV, przy czym pierwszy polipeptyd zawiera dodatkowo Met jako N-koniec, zaś polipeptyd heterologiczny jest bezpośrednio połączony z aminokwasem Cys168 autoproteazy Npro CSFV;
(c) sekwencję aminokwasów Pro17 - Cys168 autoproteazy Npro CSFV, przy czym pierwszy polipeptyd zawiera dodatkowo Met jako N-koniec, zaś polipeptyd heterologiczny jest bezpośrednio połączony z aminokwasem Cys168 autoproteazy Npro CSFV.
W jednym z korzystnych wariantów czą steczki kwasu nukleinowego według wynalazku pestiwirus jest wybrany z grupy CSFV, BDV i BVDV, a w szczególnie korzystnym przypadku pestiwirusem jest CSFV.
PL 203 708 B1
W kolejnym korzystnym wariancie cząsteczką kwasu nukleinowego według wynalazku jest cząsteczka DNA.
Przedmiotem wynalazku jest także wektor ekspresyjny, który jest zgodny z określoną komórką gospodarza bakteryjnego, zawierający cząsteczkę kwasu nukleinowego według wynalazku oraz co najmniej jedną sekwencję kontrolującą ekspresję. W jednym z korzystnych wariantów wektora według wynalazku komórką gospodarza bakteryjnego jest komórka E. coli. W innym korzystnym wariancie wektorem ekspresyjnym jest plazmid.
Ponadto, przedmiotem wynalazku jest komórka gospodarza bakteryjnego zawierająca wektor według wynalazku, przy czym w korzystnym przypadku komórką gospodarza jest komórka E. coli.
Polipeptyd o autoproteolitycznej funkcji autoproteazy Npro pestiwirusa to w szczególności autoproteaza Npro pestiwirusa.
W zakresie tego wynalazku okreś lenie „polipeptyd heterologiczny oznacza polipeptyd, który nie jest naturalnie odcinany przez autoproteazę Npro pestiwirusa z naturalnie występującego białka fuzyjnego lub poliproteiny. Przykładem polipeptydów heterologicznych są enzymy przemysłowe (enzymy procesowe) lub polipeptydy o działaniu farmaceutycznym, a w szczególności wykazujące działanie farmaceutyczne w stosunku do ludzi.
Przykładami korzystnych polipeptydów z aktywnością farmaceutyków dla ludzi są cytokiny, takie, jak interleukiny, na przykład IL-6, interferony takie, jak interferony leukocytów, na przykład interferon α2Β, czynniki wzrostu, w szczególności hematopoetyczne czynniki wzrostu lub czynniki wzrostu gojące rany, takie, jak G-CSF, erytropoetyna, lub IGF, hormony takie, jak ludzki hormon wzrostu (hGH), przeciwciała lub szczepionki.
Pochodne z autoproteolityczną aktywnością autoproteazy Npro pestiwirusa to autoproteazy Npro wytworzone za pomocą mutagenezy, w szczególności podstawienie, delecję, addycję i/lub wstawienie aminokwasu o ile utrzymana jest wymagana autoproteolityczna aktywność, w szczególności dla generacji pożądanego białka z homogennym N-końcem. Sposoby otrzymywania takich pochodnych za pomocą mutagenezy są znane specjalistom. Za pomocą takich mutacji możliwa jest optymalizacja aktywności autoproteazy Npro, na przykład, w stosunku do różnych białek heterologicznych, które mają być cięte. Po uzyskaniu kwasu nukleinowego, który koduje białko fuzyjne, które oprócz pożądanego białka heterologicznego zawiera pochodną autoproteazy Npro wykazującą jedną lub większą liczbę mutacji w porównaniu z naturalnie występującą autoproteazą Npro, ustala się czy wymagana funkcja jest obecna przez określenie aktywności autoproteolitycznej w układzie ekspresyjnym.
Aktywność autoproteolityczna można być na przykład początkowo wykryta w układzie in vitro. W tym celu konstrukt DNA jest poddawany transkrypcji na RNA i ulega translacji do białka za pomocą zestawu do translacji in vitro. Aby zwiększyć czułość powstałe białko w niektórych przypadkach jest znakowane przez włączenie aminokwasu radioaktywnego. Powstałe białko fuzyjne docelowe białko-Npro przechodzi ko- i/lub posttranslacyjne cięcie autokatalityczne; na skutek aktywności autoproteolitycznej zachodzi dokładne odcięcie N-końcowej części Npro od następującego białka docelowego. Powstałe produkty odcięcia mogą być łatwo wykryte i mieszanina może być poddawana obróbce zaraz po zakończeniu reakcji translacji in vitro. Mieszaninę następnie nakłada się na żel białkowy (na przykład Lammli SDS-PAGE) i poddaje elektroforezie. Żel następnie barwi się odpowiednimi barwnikami lub poddaje autoradiografii. Możliwa jest też analiza techniką Western blot z następnym immunobarwieniem. Wydajność cięcia białka fuzyjnego może być oceniona na podstawie intensywności uzyskanych prążków dla białka.
W dalszym etapie fragment kwasu nukleinowego dla białka fuzyjnego może być sklonowany do bakteryjnego wektora ekspresyjnego (jeśli to już nie zaszło przy translacji in vitro), który może być użyty do transformacji odpowiedniego gospodarza (np. E. coli). Powstały szczep ekspresyjny wyraża białko fuzyjne konstytutywnie lub po dodaniu induktora. W tym drugim przypadku konieczna jest dalsza hodowla przez jedną lub większą liczbę godzin po dodaniu induktora, aby uzyskać dostateczne miano produktu. Npro autoproteaza wówczas odcina się ko- lub posttranslacyjnie z wyrażanej fuzji białkowej tak, że powstałe fragmenty cięcia są samą Npro autoproteazą i docelowym białkiem z określonym N-końcem. Aby ocenić wydajność tej reakcji cięcia, pobiera się próbkę po końcu hodowli lub fazy indukcji i analizuje się za pomocą SDS-PAGE jak opisano powyżej.
Korzystna pochodna uzyskana za pomocą autoproteazy Npro opisanego białka fuzyjnego ma, na przykład, N-końcowy region w którym jeden lub większą liczbę aminokwasów poddano delecji lub podstawiono w regionie aminokwasów o długości 2 do 21, o ile powstała pochodna nadal wykazuje autoproteolityczną funkcję autoproteazy Npro w pożądanym stopniu. W kontekście tego wynalazku,
PL 203 708 B1 korzystne pochodne autoproteazy Npro w białku fuzyjnym zawierają na przykład sekwencję aminokwasów autoproteazy Npro CSFV z delecją aminokwasów od 2 do 16 lub od 2 do 21. Jest też możliwe przez podstawienie lub dodanie aminokwasów zamienienie lub wprowadzenie sekwencji aminokwasów, na przykład aby wprowadzić sekwencję aminokwasów, która pomaga w oczyszczaniu (patrz przykłady).
Szczególnie korzystną cząsteczką kwasu nukleinowego według wynalazku jest ta, w której pierwszy polipeptyd zawiera sekwencję aminokwasów Glu22 do Cys168 autoproteazy Npro CSFV lub jej pochodną z aktywnością autoproteolityczną, przy czym pierwszy polipeptyd dalej posiada Met jako N-koniec i polipeptyd heterologiczny jest połączony bezpośrednio do aminokwasu Cys168 autoproteazy Npro CSFV.
Podobnie korzystną cząsteczką kwasu nukleinowego według wynalazku jest ta, w której pierwszy polipeptyd zawiera sekwencję aminokwasów Pro17 do Cys168 autoproteazy Npro CSFV lub jej pochodną z aktywnością autoproteolityczną, pierwszy polipeptyd dalej posiada Met jako N-koniec i polipeptyd heterologiczny jest połączony bezpośrednio do aminokwasu Cys168 autoproteazy Npro CSFV.
Cząsteczka kwasu nukleinowego według wynalazku jest w szczególności w postaci cząsteczki DNA.
Jak wskazano powyżej, wektor ekspresyjny według wynalazku zawiera cząsteczkę kwasu nukleinowego według wynalazku i przynajmniej jedną sekwencję kontroli ekspresji. Sekwencje kontroli ekspresji są w szczególności promotorami (takie jak lac, tac, T3, T7, trp, gac, vhb, lambda pL lub phoA), miejscami wiązania rybosomu (na przykład naturalne miejsca wiązania rybosomu, które należą do powyżej wymienionych promotorów, cro lub syntetyczne miejsca wiązania rybosomów) lub terminatory transkrypcji (na przykład rrnB T1T2 lub bla). O ile korzystnie komórką gospodarza jest komórka bakterii z rodzaju Escherichia, w szczególności E. coli, to jednak jest też możliwe stosowanie innych komórek bakterii (patrz poniżej). W korzystnym wykonaniu wektor ekspresyjny według wynalazku jest plazmidem.
Jak wskazano powyżej wynalazek dotyczy również komórki gospodarza bakteryjnego, która zawiera wektor ekspresyjny według wynalazku. Taka komórka gospodarza bakteryjnego może być wybrana na przykład z grupy następujących mikroorganizmów: bakterie Gram-ujemne takie, jak Escherichia, na przykład E. coli, lub inne bakterie Gram-ujemne, na przykład Pseudomonas sp., takie jak Pseudomonas aeruginosa, lub Caulobacter sp., takie jak Caulobacter crescentus, lub bakterie Gram-dodatnie takie jak Bacillus sp., w szczególności Bacillus subtilis. E. coli jest szczególnie korzystna jako komórka gospodarza.
Sposób wytwarzania pożądanego heterologicznego polipeptydu obejmuje (i) hodowlę komórki gospodarza bakteryjnego według tego wynalazku, który zawiera wektor ekspresyjny według wynalazku, który z kolei zawiera cząsteczkę kwasu nukleinowego według wynalazku, przy czym hodowla zachodzi w warunkach, które powodują ekspresję białka fuzyjnego i dalej autoproteolityczne odcięcie polipeptydu heterologicznego z białka fuzyjnego w komórce gospodarza w wyniku aktywnoś ci autoproteolitycznej pierwszego polipeptydu oraz (ii) izolację odciętego polipeptydu heterologicznego.
Sposób jest realizowany zasadniczo przez wstępne hodowanie komórki gospodarza bakteryjnego tzn. szczepu ekspresyjnego zgodnie z praktyką mikrobiologiczną znaną per se. Szczep na ogół jest hodowany przy wyjściu od pojedynczej kolonii na podłożu odżywczym, ale jest też możliwe stosowanie przechowywanych w stanie zamrożenia zawiesin komórek (banków komórek). Szczep na ogół jest hodowany w procesie wieloetapowym, aby uzyskać dostateczną biomasę do dalszego stosowania.
Na małą skalę może odbywać to się w kolbach poddawanych ciągłemu wstrząsaniu, możliwe w większości przypadków jest stosowanie poż ywki złoż onej (na przykład bulionu LB). Jednak jest też możliwe stosowanie zdefiniowanych podłoży (na przykład podłoże cytrynianowe). Dla celów hodowli, hoduje się prehodowlę małej objętości szczepu gospodarza (zaszczepionego pojedynczą kolonią lub zawiesiną komórek z zamrożonej hodowli), temperatura dla tej hodowli na ogół nie jest krytyczna dla późniejszego wyniku ekspresji tak, że jest możliwe rutynowo pracowanie w stosunkowo wysokich temperaturach (na przykład 30°C lub 37°C). Główną hodowlę zakłada się w większej objętości (na przykład 500 ml), gdzie jest w szczególności konieczne zapewnienie dobrego napowietrzania (kolba o dużej pojemności w porównaniu z zawartą objętością, rotacja z wysoką częstością). Ponieważ celem jest, aby ekspresja zachodziła w formie rozpuszczalnej, główna hodowla będzie także przeprowadzana w większości przypadków w nieco niższej temperaturze (na przykład 22 lub 28°C). Do wytwarzania rozpuszczalnego białka odpowiednie są zarówno układy indukowalne (na przykład z promotorem trp, lac, tac lub phoA) i konstytutywne. Po osiągnięciu późnej fazy logarytmicznej (zazwyczaj przy
PL 203 708 B1 gęstości optycznej 0,5 do 1,0 w kolbach poddawanych ciągłemu wstrząsaniu) w układach indukowalnych dodawana jest substancja indukująca (na przykład kwas indoloakrylowy, izopropylo-p-D-tiogalaktopiranozyd = IPTG) i kontynuuje się inkubację przez 1 do 5 godzin. Stężenie substancji indukującej będzie w tym przypadku na ogół wybierane przy dolnej granicy, aby umożliwić staranną ekspresję. W tym czasie otrzymywana jest większość białka fuzyjnego Npro-białko docelowe, i zachodzi ko- lub post-translacyjne odcięcie części Npro tak, że po zakończeniu hodowli dwie cięte części występują oddzielnie. Powstałe komórki mogą być zebrane i dalej poddawane obróbce.
Na większą skalę układ wieloetapowy składa się z szeregu bioreaktorów (fermentatorów), jest korzystne w tym przypadku stosowanie podłoży o określonym składzie, aby móc ulepszać kontrolę procesu. Dodatkowo jest możliwe duże zwiększenie tworzenia biomasy i produktu przez odmierzanie poszczególnych składników odżywczych (odmierzane partie). Poza tym proces podobny jest do procesu prowadzonego w kolbie poddawanej ciągłemu wstrząsaniu. Przykładowo, stosuje się fermentator wstępnego stadium i fermentator głównego stadium, a temperatura hodowli jest wybierana podobna jak w kolbie poddawanej ciągłemu wstrząsaniu. Fermentator wstępnego stadium zaszczepia się tak zwanym inokulum, które jest na ogół hodowane z pojedynczej hodowli lub zamrożonej kultury w kolbie poddawanej ciągłemu wstrząsaniu. Dobre napowietrzanie i wystarczające stężenie induktora musi być także zapewnione w fermentatorze, a w szczególności w stadium głównym. Faza indukcji musi jednak w niektórych przypadkach być wyraźnie dłuższa w porównaniu z procesem prowadzonym w kolbie poddawanej ciągłemu wstrząsaniu. Powstałe komórki są ponownie dostarczane do dalszego przetwarzania.
Heterologiczne białko docelowe, które było odcięte z białka fuzyjnego może być izolowane za pomocą znanych specjalistom metod oczyszczania białek (patrz na przykład M.P. Deutscher, w: Methods in Enzymology: Guide to Protein Purification, Academic Press Inc., (1990), 309-392). Sekwencja oczyszczania na ogół obejmuje rozbicie komórek, etap klarowania (wirowanie lub mikrosączenie) i róż ne etapy chromatograficzne, są czenia i strącenia.
Następujące przykłady służą jako ilustracja wynalazku, nie ograniczając w jakikolwiek sposób jego zakresu.
P r z y k ł a d y
P r z y k ł a d 1: Ekspresja i cięcie in vivo białka fuzyjnego Npro-C w gospodarzu bakteryjnym
Plazmid NPC-pET skonstruowano dla ekspresji białka fuzyjnego Npro-C w gospodarzu bakteryjnym. Zastosowany wektor ekspresyjny jest wektorem pET11a (F.W. Studier i wsp., Methods. Enzymol. 185 (1990), 60-89). Naturalny gen struktury (z genomu CSFV RNA) dla białka fuzyjnego Npro-C wklonowano do tego wektora ekspresyjnego. Gen struktury dla tego białka fuzyjnego jest dostarczony za pomocą amplifikacji PCR z genomu wirusa, który był przepisany na cDNA (i sklonowany w wektorze). Co więcej, pierwsze 16 aminokwasów naturalnej sekwencji Npro (MELNHFELLYKTSKQK) zastąpiono 10 aminokwasową oligohistydynową sekwencją wspomagającą czyszczenie (MASHHHHHHH). Powstały konstrukt nazwano NPC-pET. Sekwencja części Npro i miejsce cięcia autoproteolitycznego białka fuzyjnego Npro-C kodowanego na NPC-pET ma następującą strukturę, przy czym miejsce cięcia jest umieszczone między aminokwasami Cys168 i Ser(169):
MASHHHHHHHPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTTLRDLPRKGDCRSG NHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVTGSDGKLYHIYVCVDGCILL KLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSC (168) S(169)DDGAS-(białko C nukleokapsydu)
Sekwencja proliny 17 (pozycja 2 białka fuzyjnego) z naturalnej sekwencji Npro jest podana kursywą i początek sekwencji C jest wytłuszczony. Białko fuzyjne ma przybliżony Mr 32 kDa, z tego po odcięciu autoproteolitycznym część Npro ma 18 kDa, a część C ma 30 14 kDa.
Aby ocenić znaczenie pierwszego aminokwasu na C-końcu miejsca cięcia, zastąpiono serynę 169, która tam naturalnie występuje, 19 innymi naturalnie występującymi aminokwasami za pomocą mutagenezy ukierunkowanej. Konstrukty w ten sposób uzyskane nazwano NPC-pET-Ala, NPC-pET-Gly itd. Szczepy ekspresyjne uzyskano stosując te plazmidy.
Escherichia coli BL21(DE3) stosowano jako szczep gospodarza Escherichia coli dla ekspresji białek fuzyjnych Npro-C. Ten szczep ma następujący genotyp:
E. coli B F dcm ompT hsdS(rb-mb-) gal λ (DE3)
Szczep jest handlowo dostępny w postaci komórek kompetentnych od Stratagene. Niesie lizogenny fag lambda w genomie, który zawiera gen dla polimerazy RNA 17 pod kontrolą promotora lacUV5. Wytwarzanie polimerazy RNA T7 i w efekcie także docelowego białka może być zatem indukowane przez dodanie izopropylo-p-D-tiogalaktopiranozydu (IPTG). Ten dwuetapowy układ pozwala na uzyskanie bardzo wysokiego poziomu ekspresji specyficznej i całkowitej dla wielu białek docelowych.
PL 203 708 B1
Szczepy ekspresyjne BL21(DE3)[MPC-pET], BL21(DE3)[MPC-pET-Ala] itd. uzyskuje się przez transformację odpowiednich plazmidów ekspresyjnych do BL21(DE3). Transformacja zachodzi zgodnie z informacją producenta komórek kompetentnych (Stratagene lub Novagen). Mieszaninę transformacyjną wysiewano na podłożach z agarem Lurii z 100 mg/l ampicyliny. Ta transformacja daje liczne klony w każdym przypadku po inkubacji w 37°C (przez noc).
Wybrano kolonię średniej wielkości z wyraźnymi brzegami i ustanowiono ją jako podstawę odpowiedniego szczepu ekspresyjnego. Klon hodowano i przetrzymywano w ampułkach do zamrażania w -80°C (bank wyjś ciowy komórek ang. master cell bank - MCB). Szczep wysiewano na pł ytkach z agarem Lurii (z ampicyliną) do codziennego użytku.
Dany szczep stosowany jest do zaszczepienia prekultury z pojedynczej hodowli podhodowanej na płytce z agarem. Próbkę prekultury zastosowano do zaszczepienia hodowli głównej (10 do 200 ml w kolbach poddawanych ciągłemu wstrząsaniu) i hodowano do OD600 od 0,5 do 1,0. Wytwarzanie białka fuzyjnego następnie indukowano 1,0 mM IPTG 30 (stężenie końcowe). Hodowle następnie hodowano przez 2-4 godz. osiągając wartość OD600 od około 1,0 do 2,0. Temperatura hodowli wynosiła 30°C +/- 2°C i stosowano podłoże LB + 2 g/l glukozy + 100 mg/l ampicyliny.
Próbki pobierano z hodowli przed indukcją i w różnych momentach po indukcji i wirowano je, osady gotowano w denaturującym buforze do próbek i analizowano za pomocą SDS-PAGE oraz barwienia Coomassie lub techniką Western blot. Próbki pobierano w standaryzowanych warunkach, a różnice w gęstości hodowli kompensowano przez objętość buforu do nakładania próbek, stosowaną do ponownego sporządzania zawiesiny.
Prążki pojawiające się po indukcji są zlokalizowane nieco powyżej kDa (Npro) i przy około 14 kDa (C). Wydajność cięcia białka fuzyjnego z każdym konstruktem oceniano na podstawie intensywności prążków w żelu barwionym Coomassie i za pomocą techniki Western blot. Stwierdzono, że większość aminokwasów jest tolerowanych w pozycji zaraz na C-końcu miejsca cięcia (tj. na N-końcu docelowego białka), tj. zachodzi bardzo wydajne cięcie autoproteolityczne.
Dane te wykazują że jest zasadniczo możliwe wykorzystywanie z powodzeniem autoproteolitycznej aktywności autoproteazy Npro dla specyficznego cięcia zrekombinowanego białka fuzyjnego w komórce gospodarza bakteryjnego.
P r z y k ł a d 2: Ekspresja i cięcie in vivo białka fuzyjnego Npro i ludzkiej interleukiny 6 (hIL6) w celu wytwarzania homogennej dojrzał ej hIL6
Skonstruowano plazmid NP6-pET do ekspresji fuzji białkowej Npro-hIL6. pET11a (F.W. Studier i wsp., Methods. Enzymol. 185 (1990), 60-89) zastosowano jako wektor ekspresyjny. Najpierw sklonowano białko fuzyjne złożone z Npro i białka nukleokapsydu CSFV w tym wektorze ekspresyjnym (patrz przykład 1). Gen struktury tego białka fuzyjnego uzyskano za pomocą PCR. To powoduje zastąpienie pierwszych 16 aa naturalnej sekwencji Npro (MELNHFELLYKTSKQK) przez oligohistydynową sekwencję o długości 10 aa, która pomaga w oczyszczeniu (MASHHHHHHH).
Miejsce cięcia Spel wprowadzono do powstałego plazmidu ekspresyjnego na styku między Npro i biał kiem nukleokapsydu za pomoc ą mutagenezy ukierunkowanej. Umoż liwia to delecję genu struktury dla białka nukleokapsydu z wektora przez cięcie Spel na końcu 5' (odpowiadającym N-końcowi białka) i Xhol na końcu 3' (odpowiadającym C-końcowi białka). Odpowiedni zlinearyzowany wektor Npro-pET11a oddzielono od fragmentu genu nukleokapsydu za pomocą elektroforezy preparatywnej w żelu. Wówczas możliwe jest wprowadzenie genu struktury hIL6 za pomocą „lepkich końców Spel i Xhol.
Następujące prace przygotowawcze są do tego konieczne. Gen struktury amplifikowano za pomocą wysoce precyzyjnego PCR (na przykład system Pwo od Roche Biochemicals, procedura jak podaje producent) z klonu cDNA hIL6, który można pozyskać z komórek C10-MJ2. W tym celu stosowano następujące oligonukleotydy:
Oligonukleotyd 1 („N-końcowy):
5'-ATAATTACTA GTTGTGCTCC AGTACCTCCA GGTGAAG-3'
Oligonukleotyd 2 („C-końcowy):
5'- ATAATTGGAT CCTCGAGTTA TTACATTTGC CGAAGAGCCC TCAGGC -3'
Wprowadzono miejsce cięcia Spel na końcu 5' i miejsce cięcia Xhol wprowadzono na końcu 3' za pomocą stosowanych oligonukleotydów. Dodatkowo wprowadzono podwójny kodon stop ochre (TAATAA) na końcu 3' genu struktury dla wydajnej terminacji translacji. Miejsce Spel z przodu pozwala na ligację w fazie z wektorem Npro-pET11a opisanym powyżej. Miejsce cięcia Xhol z tyłu umożliwia ukierunkowane klonowanie.
PL 203 708 B1
Sekwencja fragmentu PCR (593 bp) z genem struktury dla hIL6 jest przedstawiona poniżej (czytana w kierunku od N-końca do C-końca). Miejsca cięcia przez enzymy restrykcyjne zaznaczono kursywą a pierwszy kodon hIL6 (Ala) i kodon stop wytłuszczono.
ATAATTACTAGTTGTGCTCCAGTACCTCCAGGTGAAGATTCTAAAGATGTAGCCGCCCCACACAG
ACAGCCACTCACCTCTTCAGAACGAATTGACAAACAAATTCGGTACATCCTCGACGGCATCTCAG
CCCTGAGAAAGGAGACATGTAACAAGAGTAACATGTGTGAAAGCAGCAAAGAGGCACTGGCAGA
AAACAACCTGAACCTTCCAAAGATGGCTGAAAAAGATGGATGCTTCCAATCTGGATTCAATGAGG
AGACTTGCCTGGTAAAAATCATCACTGGTCTTTTGGAGTTTGAGGTATACCTAGAGTACCTCCAGA
ACAGATTTGAGAGTAGTGAGGAACAAGCCAGAGCTGTGCAGATGAGTACAAAAGTCCTGATCCA
GTTCCTGCAGAAAAAGGCAAAGAATCTAGATGCAATAACCACCCCTGACCCCCACAAATGCCAGC
CTGCTGACGAAGCTGCAGGCACAGAACCAGTGGCTGCAGGACATGACAACTCATCTCATTCTGC
GCAGCTTTAAGGAGTTCCTGCAGTCCAGCCTGAGGGCTCTTCGGCAAATGTAATAACTCGAGGA
TCCAATTAT
Konstrukt uzyskany przez ligację z plazmidem Npro-Pet11a nazwano NP6-pET.
Sekwencja białka fuzyjnego Npro-hIL6 (347 aminokwasów, z czego 162 aminokwasy dla części Npro i 185 aminokwasów dla części hIL6), kodowana na NP6-pET jest przedstawiona poniżej, sekwencja hIL6 jest wytłuszczona:
MASHHHHHHHPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTTLRDLPRKGDCRSG
NHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVTGSDGKLYHIYVCVDGCILL
KLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSCAPVPPGEDSKDVAAPHRQPLTSSERIDKQIRYILDGISALR
KETCNKSNMCESSKEALAENNLNLPKMAEKDGCFQSGFNEETCLVKITGLLEFEVYLEYLQNRFES
SEEQARAVQMSTKVLIQFLQKKAKNLDAITTPDPTTNASLLTKLQAQNQWLQDMTTHLILRSFKEFL
QSSLRALRQM
Białko fuzyjne ma Mr 39303,76 Da w stanie zredukowanym i po możliwym odcięciu część Npro (zredukowana) miałaby Mr 18338,34 Da, a część hIL6 (zredukowana) miałaby 20983,63 Da. Npro ma sześć cystein a hIL6 cztery. Jest prawdopodobne, że cysteiny są głównie w formie zredukowanej w cytoplazmie bakterii. W czasie nastę pnej obróbki prawdopodobnie przynajmniej częściowo zachodzi tworzenie mostków dwusiarczkowych. Należy oczekiwać, że N-końcowa metionina w białku fuzyjnym (lub w części Npro) jest głównie cięta przez aminopeptydazę metioninową (MAP) właściwą dla gospodarza, co obniżyłoby Mr o około 131 Da, w każdym przypadku do 39172,76 Da (białko fuzyjne) i 18207,13 Da (Npro).
Szczepem gospodarza Escherichia coli do ekspresji białka fuzyjnego Npro-hIL6 jest Escherichia coli BL21 (DE3) (patrz przykład 1).
Szczep ekspresyjny BL21(DE3)[MP6-pET] uzyskuje się przez transformację plazmidem ekspresyjnym MP6-pET jak opisano powyżej do BL21 (DES) jak opisano w Przykładzie 1.
Szczep BL21(DE3)[MP6-pET] hodowano z pojedynczej kolonii na płytce agarowej i następnie używano do zaszczepienia prekultury w bulionie Lurii + 100 mg/l ampicyliny (200 ml w 1 l kolbie z wypukł o ś ciami). Prekulturę poddawano wytrząsaniu przy 250 obr./min. i 30°C przez 14 godz., która osiągała w tym czasie OD600 około 1,0. Następnie porcje prekultury po 10 ml stosowano do zaszczepienia głównych hodowli (330 ml bulionu Lurii w każdej 1 l kolbie z wypukłościami) (3% inokulum). Główne hodowle prowadzono w 30°C (250 obr./min.) aż OD600 wzrosło do 0,8, a następnie indukowano wytwarzanie białka fuzyjnego za pomocą 0,5 lub 1,0 mM IPTG (stężenie końcowe). Hodowle prowadzono dalej w 30°C i 250 obr./min. przez 3 godz., w tym czasie OD600 osiągało około 1,0 do 2,0.
Hodowle przenoszono do sterylnych 500 ml butelek do wirowania i wirowano przy 10000 g przez 30 min. Supernatant z wirowania całkowicie odrzucano i osady zamrażano w -80°C do czasu dalszej obróbki.
Pojawienie się nowych prążków białkowych dla lizatu całkowitego można łatwo wykryć za pomocą barwienia Coomassie po SDS-PAGE. Prążki z pozornymi masami cząsteczkowymi około 19 kDa, 21 kDa i 40 kDa pojawiły się dla lizatu BL21(DE3)[MP6-pET]. Analiza tej ekspresji stosując specyficzne przeciwciała anty-hIL6 zasadniczo potwierdza wyniki uzyskane po barwieniu Coomassie.
Aby zoptymalizować cięcie Npro-hIL6 przeprowadzono indukcję w różnych temperaturach i stężeniach IPTG i ponownie analizowano zarówno w barwionym żelu i techniką Western bLot. Zaobserwowano nieomal kompletne odcinanie Npro-IL6 w temperaturze hodowli 22°C.
Ten eksperyment pokazuje, że heterologiczne białka mogą też być połączone z C końcem Npro w bakteryjnych ukł adach ekspresyjnych i zachodzi bardzo wydajne cięcie. Zmiana w aminokwasie N-Końcowym następującego białka (alanina zamiast seryny) także nie ma niekorzystnego wpływu.
PL 203 708 B1
Ten układ jest zatem odpowiedni do wytwarzania zrekombinowanych białek z homogennym autentycznym N-końcem zgodnie z wynalazkiem, szczególnie w heterologicznym układzie ekspresyjnym takim, jak bakteryjny układ ekspresyjny bez dalszych etapów obróbki.
P r z y k ł a d 3: Ekspresja i cię cie in vivo białka fuzyjnego zł o ż onego z Npro i ludzkiego interferonu α2Β (IFNa2B) w celu uzyskania homogennego dojrzałego IFNa2B
Sposób klonowania IFNa2B dla uzyskania wektora NPI-pET odpowiada sposobowi opisanemu dla hIL6 w przykładzie 2. Gen struktury amplifikowano za pomocą wysoce precyzyjnego PCR (na przykład system Pwo od Roche Biochemicals, procedura jak podaje producent). Stosowana matryca jest klonem cDNA IFNa2B, który można otrzymać z ludzkich leukocytów standardowymi sposobami znanymi specjaliście. Alternatywnym sposobem jest też przeprowadzenie pełnej syntezy genu. Sekwencję genu struktury można uzyskać w formie elektronicznej z bazy danych Genbank pod numerem dostępu V00548. Do amplifikacji stosowano następujące oligonukleotydy:
Oligonukleotyd 1 („N-końcowy):
5'- ATAATTACTA GTTGTTGTGA TCTGCCTCAA ACCCACAGCC -3'
Oligonukleotyd 2 („C-końcowy):
5' - ATAATTGGAT CCTCGAGTTA TTATTCCTTA CTTCTTAAAC TTTCTTGCAA G -3'
Sekwencja fragmentu PCR fragment (533 bp) z genem struktury IFNa2B jest przedstawiona poniżej. Miejsca cięcia przez enzymy restrykcyjne zaznaczono kursywą, a pierwszy kodon IFNa2B (Cys) i kodon stop wytłuszczono.
ATAATTACTAGTTGTTGTGATCTGCCTCAAACCCACAGCCTGGGTAGCAGGAGGACCTTGATGCTCC
TGGCACAGATGAGGAGAATCTCTCTTTTCTCCTGCTTGAAGGACAGACATGACTTTGGATTTCCC
CAGGAGGAGTTTGGCAACCAGTTCCAAAAGGCTGAAACCATCCCTGTCCTCCATGAGATGATCCA
GCAGATCTTCAATCTCTTCAGCACAAAGGACTCATCTGCTGCTTGGGATGAGACCCTCCTAGACA
AATTCTACACTGAACTCTACCAGCAGCTGAATGACCTGGAAGCCTGTGTGATACAGGGGGTGGG
GGTGACAGAGACTCCCCTGATGAAGGAGGACTCCATTCTGGCTGTGAGGAAATACTTCCAAAGA
ATCACTCTCTATCTGAAAGAGAAGAAATACAGCCCTTGTGCCTGGGAGGTTGTCAGAGCAGAAAT
CATGAGATCTTTTTCTTTGTCAACAAACTTGCAAGAAAGTTTAAGAAGTAAGGAATAATAACTCGA
GGATCCAATTAT
Konstrukt uzyskany za pomocą ligacji do plazmidu Npro-pETl la plazmid nazwano NPI-pET.
Sekwencja białkowa fuzyjnego Npro-IFNa2B (327 aa, z czego 162 Npro i 165 IFNa2B) 15 kodowana na NPI-pET jest przedstawiona poniżej, sekwencja IFNa2B jest wytłuszczona (przedstawiona w kierunku od N-końca do C-końca):
MASHHHHHHHPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRTTLRDLPRKGDCRSG
NHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRIGRVTGSDGKLYHIYYCYDGCILL
KLAKRGTPRTLKWIRNFTNCPLWVTSCCDLPQTHSLGSRRTLMLLAQMRRISLFSCLKDRHDFGFPQ
EEFGNQFQKAETIPVLHEMIQQIFNLFSTKDSSAAWDETLLDKFYTELYQQLNDLEACVIQGVGVTET
PLMKEDSILAVRKYFQRITLYLKEKKYSPCAWEWRAEIMRSFSLSTNLQESLRSKE
Białko fuzyjne ma Mr 37591,44 Da w stanie zredukowanym i po możliwym odcięciu część Npro (zredukowana) miałaby Mr 18338,34 Da i część IFNa2B (zredukowana) miałaby 19271,09 Da. Npro ma sześć cystein a IFNa2B cztery. Jest prawdopodobne, że cysteiny są głównie w formie zredukowanej w cytoplazmie bakterii. W czasie następnej obróbki prawdopodobnie przynajmniej częściowo zachodzi tworzenie mostków dwusiarczkowych. Należy oczekiwać, że N-końcowa metionina w białku fuzyjnym (lub w części Npro) jest głównie cięta przez aminopeptydazę metioninową (MAP) właściwą dla gospodarza, co obniżyłoby Mr o około 131 Da w każdym przypadku do 37460,23 Da (białko fuzyjne) i 30 18207,13 Da (Npro).
Szczepem gospodarza Escherichia coli do ekspresji białka fuzyjnego Npro-IFNa2B jest Escherichia coli BL21(DE3) (patrz przykład 1).
Szczep ekspresyjny BL21(DE3)[NPl-pET] uzyskuje się przez transformację plazmidu ekspresyjnego NPI-pET jak opisano powyżej do BL21(DE3) jak opisano w przykładzie 1.
Szczep BL21(DE3)[NPI-pET] hodowano z pojedynczej kolonii na płytce agarowej i następnie używano zaszczepienia prekultury w bulionie Lurii + 100 mg/l ampicyliny (200 ml w 1 l kolbie z wypukłościami). Prehodowlę poddawano wytrząsaniu przy 250 obr./min. i 30°C przez 14 godz., która w tym czasie osiąga wartość OD600 około 1,0. Następnie 10 ml porcje prekultury stosowano do zaszczepienia głównych hodowli (330 ml bulionu Lurii w każdej 1 l kolbie z wypukłościami) (3% inokulum). Główne hodowle prowadzono w 30°C (250 obr./min.) aż wartość OD600 wzrosła do 0,8, a następnie indukowano wytwarzanie białka fuzyjnego za pomocą 0,5 lub 1,0 mM IPTG (stężenie końco10
PL 203 708 B1 we). Hodowle prowadzono dalej w 30°C i 250 obr./min. przez 3 godz., w którym to czasie wartość OD600 osiągała około 1,0 do 2,0.
Hodowle przenoszono do sterylnych 500 ml butelek do wirowania i wirowano przy 10000 g przez 30 min. Supernatant z wirowania całkowicie odrzucano i osady zamrażano w -80°C do czasu dalszej obróbki.
Pojawienie się nowych prążków białkowych dla lizatu całkowitego można łatwo wykryć za pomocą barwienia Coomassie po SDS-PAGE. Prążki dla pozornych mas cząsteczkowych około 38 kDa i około 19 kDa pojawiły się dla lizatu BL21(DE3)[MP6-pET]. Prążek IFNa2B nie daje się oddzielić od prążka Npro za pomocą SDS-PAGE.
Analizy tych próbek z zastosowaniem specyficznych przeciwciał anty-IFNa2B potwierdzają obecność odciętego prążka IFNa2B.
Aby zoptymalizować cięcie Npro-IFNa2B, przeprowadzono indukcje w różnych temperaturach i stężeniach IPTG także w tym przypadku, i ponownie analizowano zarówno w barwionym żelu, jak i techniką Western blot. Także w tym przypadku stwierdzono, że optymalne cięcie zachodzi przy obniżonych temperaturach (22 do 30°C).
PL 203 708 B1
LISTA SEKWENCJI <110> Biochemie Gesellschaft m.b.H.
<120> Wytwarzanie białek przez cięcie autoproteoiityczne <130> G-31109/A/BCK <140> PCT/EPOO/07642 <141> 2000-08-07 <160> 12 <170> Patentln Ver. 2.1 <210> 1 <2il> 168 <212> PRT <213> Pestiwirus, gat.
<400> 1
Met 1 | Glu Leu Asn | His 5 | Phe | Glu | Leu Leu | Tyr 10 | Lys | Thr | Ser | Lys | Gin 15 | Lys | |||
Pro | Val | Gly | Val | Glu | Glu | Pro | Val | Tyr | Asp | Thr | Ala | Gly | Arg | Pro | Leu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Phe | Giy | Asn | Pro | Ser | Glu | Val | His | Pro | Gin | Ser | Thr | Leu | Lys | Leu | Pro |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
His | Asp | Arg | Gly | Arg | Gly | Asp | Ile | Arg | Thr | Thr | Leu | Arg | Asp | Leu | Pro |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Arg | Lys | Gly | Asp | Cys | Arg | Ser | Gly | Asn | His | Leu | Gly | Pro | Val | Ser | Gly |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ile | Tyr | Ile | Lys | Pro | Gly | Pro | Val | Tyr | Tyr | Gin | Asp | Tyr | Thr | Gly | Pro |
85 | 90 | 95 |
PL 203 708 B1
Val | Tyr | His | Arg Ala 100 | Pro | Leu | Glu | Phe 105 | Phe | Asp | Glu | Ala | Gin 110 | Phe | Cys | |
Glu | Val | Thr | Lys | Arg | Ile | Gly | Arg | Val | Thr | Gly | Ser | Asp | Gly | Lys | Leu |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Tyr | His | Ile | Tyr | Val | Cys | Val | Asp | Gly | Cys | Ile | Leu | Leu | Lys | Leu | Ala |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Lys | Arg | Gly | Thr | Pro | Arg | Thr | Leu | Lys | Trp | Ile | Arg | Asn | Phe | Thr | Asn |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Cys | Pro | Leu | Trp | Val | Thr | Ser | Cys | ||||||||
165 | |||||||||||||||
<210> 2 | |||||||||||||||
<211> 168 | |||||||||||||||
<212> PRT |
<213> Syntetyczna sekwencja <220>
<223> Określenie syntetycznej sekwencji:
Oligo-histydynowy fragment ułatwiający oczyszczanie połączony
Z | sekwencj | ią pestiwirusa | |||||||||||||
<400> 2 | |||||||||||||||
Met | Ala | Ser | His | His | His | His | His | His | His | Pro | Val | Gly | Val | Glu | Glu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Pro | Val | Tyr | Asp | Thr | Ala | Gly | Arg | Pro | Leu | Phe | Gly | Asn | Pro | Ser | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Val | His | Pro | Gin | Ser | Thr | Leu | Lys | Leu | Pro | His | Asp | Arg | Gly | Arg | Gly |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Asp | Ile | Arg | Thr | Thr | Leu | Arg | Asp | Leu | Pro | Arg | Lys | Gly | Asp | Cys | Arg |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Ser | Gly | Asn | His | Leu | Gly | Pro | Val | Ser | Gly | Ile | Tyr | Ile | Lys | Pro | Gly |
65 | 70 | 75 | 80 |
PL 203 708 B1
Pro | Val | Tyr | Tyr | Gin Asp 85 | Tyr | Thr | Gly Pro Val 90 | Tyr | His | Arg | Ala 95 | Pro | |||
Leu | Glu | Phe | Phe | Asp | Glu | Ala | Gin | Phe | Cys | Glu | Val | Thr | Lys | Arg | Ile |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gly | Arg | Val | Thr | Gly | Ser | Asp | Gly | Lys | Leu | Tyr | His | Tle | Tyr | Val | Cys |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Val | Asp | Gly | Cys | Ile | Leu | Leu | Lys | Leu | Ala | Lys | Arg | Gly | Thr | Pro | Arg |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Thr | Leu | Lys | Trp | Ile | Arg | Asn | Phe | Thr | Asn | Cys | Pro | Leu | Trp | Val | Thr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ser | Cys | Ser | Asp | Asp | Gly | Ala | Ser |
165 <210> 3 <211> 16 <212> PRT <213> Pestiwirus, gat.
<400> 3
Met Glu Leu Asn His Phe Glu Leu Leu Tyr Lys Thr Ser Lys Gin Lys 15 10 15 <210> 4 <211> 10 <212> PRT <213> Syntetyczna sekwencja <220>
<223> Określenie syntetycznej sekwencji:
Oligo-histydynowy fragment ułatwiający oczyszczanie <400> 4
Met Ala Ser His His His His His His His 15 10
PL 203 708 B1 <210> 5 <211> 37 <212> DNA <213> Syntetyczna sekwencja <220 <223> Określenie syntetycznej sekwencji:
Oligonukleotyd <400> 5 ataattacta gttgtgctcc agtacctcca ggtgaag 37 <210> 6 <211> 46 <212> DNA <213> Syntetyczna sekwencja <220>
<223> Określenie syntetycznej sekwencji: Oligonukleotyd
<400> 6 ataattggat | cctcgagtta | ttacatttgc | cgaagagccc | tcaggc | 46 | |
<210> 7 | ||||||
<211> 593 | ||||||
<212> DNA | ||||||
<213> Homo | sapiens | |||||
<400 7 | ||||||
ataattacta | gttgtgctcc | agtacctcca | ggtgaagatt | ctaaagatgt | agccgcccca | 60 |
cacagacagc | cactcacctc | ttcagaacga | attgacaaac | aaattcggta | catcctcgac | 120 |
ggcatctcag | ccctgagaaa | ggagacatgt | aacaagagta | acatgtgtga | aagcagcaaa | 180 |
gaggcactgg | cagaaaacaa | cctgaacctt | ccaaagatgg | ctgaaaaaga | tggatgcttc | 240 |
caatctggat | tcaatgagga | gacttgcctg | gtaaaaatca | tcactggtct | tttggagttt | 300 |
gaggtatacc | tagagtacct | ccagaacaga | tttgagagta | gtgaggaaca | agccagagct | 360 |
gtgcagatga | gtacaaaagt | cctgatccag | ttcctgcaga | aaaaggcaaa | gaatctagat | 420 |
gcaataacca | cccctgaccc | aaccacaaat | gccagcctgc | tgacgaagct | gcaggcacag | 480 |
aaccagtggc | tgcaggacat | gacaactcat | ctcattctgc | gcagctttaa | ggagttcctg | 540 |
cagtccagcc | tgagggctct | tcggcaaatg | taataactcg | aggatccaat | tat | 593 |
PL 203 708 B1 <210> 8 <211> 347 <212> ΡΒΤ <213> Syntetyczna sekwencja <220>
<223> Określenie syntetycznej sekwencji:
Oligo-histydynowy fragment ułatwiający oczyszczanie połączony
z | sekwencj | ą pe | istiwirus | la i | Homo | sap | ilens | ||||||||
<40C | » 8 | ||||||||||||||
Met | Ala | Ser | His | His | His | His | His | His | His | Pro | Val | Gly | Val | Glu | Glu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Pro | Val | Tyr | Asp | Thr | Al a | Gly | Arg | Pro | Leu | Phe | Gly | Asn | Pro | Ser | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Val | His | Pro | Gin | Ser | Thr | Leu | Lys | Leu | Pro | His | Asp | Arg | Gly | Arg | Gly |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Asp | Ile | Arg | Thr | Thr | Leu | Arg | Asp | Leu | Pro | Arg | Lys | Gly | Asp | Cys | Arg |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Ser | Gly | Asn | His | Leu | Gly | Pro | Val | Ser | Gly | Ile | Tyr | Ile | Lys | Pro | Gly |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Pro | Val | Tyr | Tyr | Gin | Asp | Tyr | Thr | dy | Pro | Val | Tyr | His | Arg | Ala | Pro |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Leu | Glu | Phe | Phe | Asp | Glu | Ala | Gin | Phe | Cys | Glu | Val | Thr | Lys | Arg | Ile |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gly | Arg | Val | Thr | Gly | Ser | Asp | Gly | Lys | Leu | Tyr | His | Ile | Tyr | Val | Cys |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Val | Asp | Gly | Cys | Ile | Leu | Leu | Lys | Leu | Ala | Lys | Arg | Gly | Thr | Pro | Arg |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Thr | Leu | Lys | Trp | Ile | Arg | Asn | Phe | Thr | Asn | Cys | Pro | Leu | Trp | Val | Thr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ser | Cys | Ala | Pro | Val | Pro | Pro | Gly | Glu | Asp | Ser | Lys | Asp | Val | Ala | Ala |
165 | 170 | 175 |
PL 203 708 B1
Pro | His | Arg | Gin 180 | Pro | Leu | Thr | Ser | Ser 185 | Glu | Arg | Ile | Asp | Lys 190 | Gin | Ile |
Arg | Tyr | I le | Leu | Asp | Gly | Ile | Ser | Ala | Leu | Arg | Lys | Glu | Thr | Cys | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Lys | Ser | Asn | Met | Cys | Glu | Ser | Ser | Lys | Glu | Ala | Leu | Ala | Glu | Asn | Asn |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Leu | Asn | Leu | Pro | Lys | Met | Ala | Glu | Lys | Asp | Gly | Cys | Phe | Gin | Ser | Gly |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Phe | Asn | Glu | Glu | Thr | Cys | Leu | Val | Lys | Ile | Ile | Thr | Gly | Leu | Leu | Glu |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Phe | Glu | Vai | Tyr | Leu | Glu | Tyr | Leu | Gin | Asn | Arg | Phe | Glu | Ser | Ser | Glu |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Glu | Gin | Ala | Arg | Ala | Val | Gin | Met | Ser | Thr | Lys | Val | Leu | Ile | Gin | Phe |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Leu | Gin | Lys | Lys | Ala | Lys | Asn | Leu | Asp | Ala | Ile | Thr | Thr | Pro | Asp | Pro |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Thr | Thr | Asn | Ala | Ser | Leu | Leu | Thr | Lys | Leu | Gin | Ala | Gin | Asn | Gin | Trp |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Leu | Gin | Asp | Met | Thr | Thr | His | Leu | Ile | Leu | Arg | Ser | Phe | Lys | Glu | Phe |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Leu | Gin | Ser | Ser | Leu | Arg | Ala | Leu | Arg | Gin | Met | |||||
340 | 345 | ||||||||||||||
<210> 9 | |||||||||||||||
<211> 40 | |||||||||||||||
<212> DNA | |||||||||||||||
<213> Syntetyczna s | ekwencja | ||||||||||||||
<220> | |||||||||||||||
<223> Określenie syntetycznej sekwencji |
Oligonukleotyd
PL 203 708 B1 <400> 9 ataattacta gttgttgtga tctgcctcaa acccacagcc 40 <210> 10 <211> 51 <212> DNA <213> Syntetyczna sekwencja <220>
<223> Określenie syntetycznej sekwencji:
Oligonukleotyd
<400> 10 | tttcttgcaa g | 51 | ||||
ataattggat | cctcgagtta | ttattcctta | cttcttaaac | |||
<210> 11 | ||||||
<211> 533 | ||||||
<212> DNA | ||||||
<213> Homo | sapiens | |||||
<400> 11 | ||||||
ataattacta | gttgttgtga | tctgcctcaa | acccacagcc | tgggtagcag | gaggaccttg | 60 |
atgctcctgg | cacagatgag | gagaatctct | cttttctcct | gcttgaagga | cagacatgac | 120 |
tttggatttc | cccaggagga | gtttggcaac | cagttccaaa | aggctgaaac | catccctgtc | 180 |
ctccatgaga | tgatccagca | gatcttcaat | ctcttcagca | caaaggactc | atctgctgct | 240 |
tgggatgaga | ccctcctaga | caaattctac | actgaactct | accagcagct | gaatgacctg | 300 |
gaagcctgtg | tgatacaggg | ggtgggggtg | acagagactc | ccctgatgaa | ggaggactcc | 360 |
attctggctg | tgaggaaata | cttccaaaga | atcactctct | atctgaaaga | gaagaaatac | 420 |
agcccttgtg | cctgggaggt | tgtcagagca | gaaatcatga | gatctttttc | tttgtcaaca | 480 |
aacttgcaag | aaagtttaag | aagtaaggaa | taataactcg | aggatccaat | tat | 533 |
<210> 12 <211> 327 <212> PRT <213> Syntetyczna sekwencja <220>
<223> Określenie syntetycznej sekwencji:
Oligo-histydynowy fragment ułatwiający oczyszczanie połączony z sekwencją pestiwirusa i Homo sapiens
PL 203 708 B1 <400> 12
Met Ala Ser His His His His His 1 5
Pro Val Tyr Asp Thr Ala Gly Arg 20
Val His Pro Gin Ser Thr Leu Lys 35 40
Asp Ile Arg Thr Thr Leu Arg Asp 50 55
Ser Gly Asn His Leu Gly Pro Val 65 70
Pro Val Tyr Tyr Gin Asp Tyr Thr 85
Leu Glu Phe Phe Asp Glu Ala Gin 100
Gly Arg Val Thr Gly Ser Asp Gly 115 120
Val Asp Gly Cys Ile Leu Leu Lys 130 135
Thr Leu Lys Trp Ile Arg Asn Phe 145 150
Ser Cys Cys Asp Leu Pro Gin Thr 165
Leu Met Leu Leu Ala Gin Met Arg 180
Lys Asp Arg His Asp Phe Gly Phe 195 200
Phe Gin Lys Ala Glu Thr Ile Pro 210 215
His His Pro Val Gly Val Glu Glu 10 15
Pro Leu Phe Gly Asn Pro Ser Glu 25 30
Leu Pro His Asp Arg Gly Arg Gly 45
Leu Pro Arg Lys Gly Asp Cys Arg 60
Ser Gly Ile Tyr Ile Lys Pro Gly 75 80
Gly Pro Val Tyr His Arg Ala Pro 90 95
Phe Cys Glu Val Thr Lys Arg Ile 105 110
Lys Leu Tyr His Ile Tyr Val Cys 125
Leu Ala Lys Arg Gly Thr Pro Arg 140
Thr Asn Cys Pro Leu Trp Val Thr 155 160
His Ser Leu Gly Ser Arg Arg Thr 170 175
Arg Ile Ser Leu Phe Ser Cys Leu 185 190
Pro Gin. Glu Glu Phe Gly Asn Gin 205
Val Leu His Glu Met Ile Gin Gin 220
PL 203 708 B1
Claims (9)
1. Cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca białko fuzyjne zawierające pierwszy polipeptyd o autoproteolitycznej funkcji autoproteazy Npro pestiwirusa, oraz drugi polipeptyd przyłączony do C-końca pierwszego polipeptydu, odcinany z białka fuzyjnego w komórce bakteryjnej w wyniku autoproteolitycznego działania pierwszego polipeptydu, przy czym drugi polipeptyd jest polipeptydem heterologicznym, zaś pierwszy polipeptyd zawiera sekwencję aminokwasów wybraną z grupy obejmującej:
(a) sekwencję aminokwasów
1)-MELNHFELLYKTSKQKPVGVEEPVYDTAGRPLFGNPSEVHPQSTLKLPHDRGRGDIRT
TLRDLPRKGDCRSGNHLGPVSGIYIKPGPVYYQDYTGPVYHRAPLEFFDEAQFCEVTKRI GRVTGSDGKLYHIYVC VDGCILLKLAKRGTPRTLK WIRNFTNCPLWVTSC-(168);
(b) sekwencję aminokwasów Glu22 - Cys168 autoproteazy Npro CSFV, przy czym pierwszy polipeptyd zawiera dodatkowo Met jako N-koniec, zaś polipeptyd heterologiczny jest bezpośrednio połączony z aminokwasem Cys168 autoproteazy Npro CSFV;
(c) sekwencję aminokwasów Pro17 - Cys168 autoproteazy Npro CSFV, przy czym pierwszy polipeptyd zawiera dodatkowo Met jako N-koniec, zaś polipeptyd heterologiczny jest bezpośrednio połączony z aminokwasem Cys168 autoproteazy Npro CSFV.
2. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 1, znamienna tym, że pestiwirus jest wybrany z grupy CSFV, BDV i BVDV.
3. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 2, znamienna tym, że pestiwirusem jest CSFV.
4. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 1 albo 2 albo 3, znamienna tym, że cząsteczką kwasu nukleinowego jest cząsteczka DNA.
5. Wektor ekspresyjny, który jest zgodny z określoną komórką gospodarza bakteryjnego, zawierający cząsteczkę kwasu nukleinowego określoną w zastrz. 1 albo 2 albo 3 albo 4 oraz co najmniej jedną sekwencję kontrolującą ekspresję.
PL 203 708 B1
6. Wektor ekspresyjny według zastrz. 5, znamienny tym, że komórką gospodarza bakteryjnego jest komórką E. coli.
7. Wektor ekspresyjny według zastrz. 5 albo 6, znamienny tym, że wektorem ekspresyjnym jest plazmid.
8. Komórka gospodarza bakteryjnego zawierająca wektor określony w zastrz. 5 albo 6 albo 7.
9. Komórka gospodarza bakteryjnego według zastrz. 8, znamienna tym, że komórką gospodarza jest komórka E. coli.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
AT136899 | 1999-08-09 | ||
PCT/EP2000/007642 WO2001011056A1 (en) | 1999-08-09 | 2000-08-07 | Production of proteins by autoproteolytic cleavage |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
PL353090A1 PL353090A1 (pl) | 2003-10-06 |
PL203708B1 true PL203708B1 (pl) | 2009-11-30 |
Family
ID=3512383
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
PL353090A PL203708B1 (pl) | 1999-08-09 | 2000-08-07 | Cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca białko fuzyjne, wektor ekspresyjny zawierający tę cząsteczkę oraz komórka gospodarza bakteryjnego zawierająca ten wektor |
Country Status (17)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7378512B2 (pl) |
EP (1) | EP1200603B1 (pl) |
JP (1) | JP5480458B2 (pl) |
KR (1) | KR100735791B1 (pl) |
CN (1) | CN1230542C (pl) |
AU (1) | AU775681B2 (pl) |
CA (1) | CA2380302C (pl) |
CZ (1) | CZ303341B6 (pl) |
HK (1) | HK1047127B (pl) |
HU (1) | HU230117B1 (pl) |
IL (2) | IL147411A0 (pl) |
MX (1) | MXPA02001425A (pl) |
NO (1) | NO329246B1 (pl) |
PL (1) | PL203708B1 (pl) |
SK (1) | SK288290B6 (pl) |
TR (1) | TR200200048T2 (pl) |
WO (1) | WO2001011056A1 (pl) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
FR2823220B1 (fr) | 2001-04-04 | 2003-12-12 | Genodyssee | Nouveaux polynucleotides et polypeptides de l'erythropoietine (epo) |
JP2005510244A (ja) * | 2001-11-26 | 2005-04-21 | ザ・ユニヴァーシティ・オヴ・クイーンズランド | フラビウイルスワクチン送達系 |
GB0508435D0 (en) * | 2005-04-26 | 2005-06-01 | Sandoz Ag | Organic compounds |
JP2008538897A (ja) | 2005-04-26 | 2008-11-13 | サンド・アクチエンゲゼルシヤフト | 融合タンパク質の自己タンパク質分解切断による組換えタンパク質の産生 |
AU2011253661B2 (en) * | 2005-04-26 | 2013-06-13 | Boehringer Ingelheim Rcv Gmbh & Co Kg | Production of recombinant proteins by autoproteolytic cleavage of a fusion protein |
GB0508434D0 (en) * | 2005-04-26 | 2005-06-01 | Sandoz Ag | Organic compounds |
US20100137563A1 (en) * | 2008-12-03 | 2010-06-03 | Northwestern University | Cysteine Protease Autoprocessing of Fusion Proteins |
EP2684951A1 (en) | 2012-07-13 | 2014-01-15 | Sandoz Ag | Method for producing a recombinant protein of interest |
EP2746390A1 (en) | 2012-12-19 | 2014-06-25 | Sandoz Ag | Method for producing a recombinant protein of interest |
EP2746391A1 (en) | 2012-12-19 | 2014-06-25 | Sandoz Ag | Method for producing a recombinant protein of interest |
UY35874A (es) | 2013-12-12 | 2015-07-31 | Novartis Ag | Un proceso para la preparación de una composición de proteínas pegiladas |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4743679A (en) * | 1986-02-24 | 1988-05-10 | Creative Biomolecules, Inc. | Process for producing human epidermal growth factor and analogs thereof |
EP0321973B1 (de) * | 1987-12-23 | 1993-11-03 | BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GmbH | Expression der viral kodierten Protease P2A des HRV2 |
US6077694A (en) * | 1990-09-21 | 2000-06-20 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Method for over-expression and rapid purification of biosynthetic proteins |
MX219629B (es) * | 1997-04-25 | 2004-03-30 | Sembiosys Genetics Inc | Metodo para separar proteinas de fusion |
DE59812768D1 (de) * | 1997-08-22 | 2005-06-09 | Roche Diagnostics Gmbh | Autokatalytisch aktivierbare zymogene vorstufen von proteasen und deren verwendung |
WO1999010483A2 (de) * | 1997-08-22 | 1999-03-04 | Roche Diagnostics Gmbh | Autokatalytisch aktivierbare vorstufen von proteasen und deren verwendung |
HU230231B1 (hu) * | 1999-08-09 | 2015-10-28 | Sandoz Ag | Fehérjék termelése |
-
2000
- 2000-08-07 EP EP00954596.3A patent/EP1200603B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-08-07 HU HU0203051A patent/HU230117B1/hu unknown
- 2000-08-07 AU AU66998/00A patent/AU775681B2/en not_active Expired
- 2000-08-07 JP JP2001515841A patent/JP5480458B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2000-08-07 IL IL14741100A patent/IL147411A0/xx unknown
- 2000-08-07 CN CNB008110719A patent/CN1230542C/zh not_active Expired - Lifetime
- 2000-08-07 SK SK187-2002A patent/SK288290B6/sk not_active IP Right Cessation
- 2000-08-07 WO PCT/EP2000/007642 patent/WO2001011056A1/en active IP Right Grant
- 2000-08-07 CZ CZ20020480A patent/CZ303341B6/cs not_active IP Right Cessation
- 2000-08-07 CA CA2380302A patent/CA2380302C/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-08-07 KR KR1020027001667A patent/KR100735791B1/ko active IP Right Grant
- 2000-08-07 TR TR2002/00048T patent/TR200200048T2/xx unknown
- 2000-08-07 MX MXPA02001425A patent/MXPA02001425A/es active IP Right Grant
- 2000-08-07 PL PL353090A patent/PL203708B1/pl unknown
-
2001
- 2001-12-31 IL IL147411A patent/IL147411A/en active IP Right Grant
-
2002
- 2002-01-31 NO NO20020507A patent/NO329246B1/no not_active IP Right Cessation
- 2002-09-24 HK HK02106953.0A patent/HK1047127B/zh not_active IP Right Cessation
-
2004
- 2004-01-23 US US10/763,619 patent/US7378512B2/en not_active Expired - Lifetime
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU6699800A (en) | 2001-03-05 |
JP2003506092A (ja) | 2003-02-18 |
JP5480458B2 (ja) | 2014-04-23 |
EP1200603B1 (en) | 2014-12-24 |
HUP0203051A2 (hu) | 2002-12-28 |
TR200200048T2 (tr) | 2002-04-22 |
AU775681B2 (en) | 2004-08-12 |
CZ2002480A3 (cs) | 2002-05-15 |
HK1047127A1 (en) | 2003-02-07 |
HUP0203051A3 (en) | 2003-12-29 |
PL353090A1 (pl) | 2003-10-06 |
MXPA02001425A (es) | 2002-08-12 |
KR100735791B1 (ko) | 2007-07-06 |
WO2001011056A1 (en) | 2001-02-15 |
CA2380302C (en) | 2013-02-26 |
SK288290B6 (sk) | 2015-07-01 |
EP1200603A1 (en) | 2002-05-02 |
CA2380302A1 (en) | 2001-02-15 |
NO329246B1 (no) | 2010-09-20 |
CN1367837A (zh) | 2002-09-04 |
HK1047127B (zh) | 2015-08-21 |
IL147411A (en) | 2013-12-31 |
CZ303341B6 (cs) | 2012-08-08 |
HU230117B1 (hu) | 2015-08-28 |
KR20020021175A (ko) | 2002-03-18 |
NO20020507L (no) | 2002-04-05 |
US20040215008A1 (en) | 2004-10-28 |
SK1872002A3 (en) | 2002-07-02 |
NO20020507D0 (no) | 2002-01-31 |
US7378512B2 (en) | 2008-05-27 |
IL147411A0 (en) | 2002-08-14 |
CN1230542C (zh) | 2005-12-07 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20050186564A1 (en) | Production of proteins | |
EP0682709B1 (en) | Method for producing tobacco proteinase nla | |
JP4871960B2 (ja) | 優れたシャペロン活性およびフォールディング活性を有するキメラ融合タンパク質 | |
Elce et al. | Recombinant calpain II: improved expression systems and production of a C105A active-site mutant for crystallography | |
PL203708B1 (pl) | Cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca białko fuzyjne, wektor ekspresyjny zawierający tę cząsteczkę oraz komórka gospodarza bakteryjnego zawierająca ten wektor | |
EP1597369B1 (en) | Use of caspase enzymes for maturation of engineered recombinant polypeptide fusions | |
EP1621556A1 (en) | Method of producing target protein, fused protein and gene thereof, partial sequence protein of intein and gene thereof, expression vector and transformant | |
Chaudhuri et al. | A modified Kex2 enzyme retained in the endoplasmic reticulum prevents disulfide-linked dimerisation of recombinant human insulin-like growth factor-1 secreted from yeast | |
Whitmarsh et al. | Protein fusions as an aid to purification | |
KR20090025482A (ko) | Tsf를 융합파트너로 이용한 재조합 단백질의 제조방법 |