CN110964806A - 检测sos1基因突变的方法、引物和试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了检测Noonan综合征相关的SOS1基因突变的方法、引物和试剂盒,所述引物、试剂盒均包括针对SOS1基因致病突变对应显子的扩增引物和测序引物。基于PCR扩增和Sanger测序,本发明可快速地检测Noonan综合征相关的SOS1基因突变位点的突变情况。
Description
技术领域
本发明属生命科学和生物技术领域,特别涉及检测Noonan综合征相关的SOS1基因突变的方法、引物和试剂盒。
背景技术
Noonan综合征(NS)是一种先天遗传性疾病,为常染色体显性遗传病,呈完全外显率,但表现度不一,而且大多数的病例属散发类型。该病由Noonan在1968年首次报道,存活的新生儿中发病率约为1/25001~1/1000,男女均可发病。该病的主要特征包括特殊面容、身材矮小、胸部畸形,并且会伴有先天性心脏病等。Noonan综合征的病理生理机制还不明确,但是目前已经确定该病与RAS/RAF/MEK/ERK信号转导通路上的部分基因突变相关,RAS/RAF/MEK/ERK信号转导通路是细胞生长的重要调控因素。其中约50%的患者出现PTPN11基因突变,10%~13%患者出现SOS1突变,另外RAF1、RIT1、RAS、NRAS、BRAF等基因突变也有出现,但患者数量较少。因此检测非PTPN11基因突变的Noonan综合征的患者可以尝试检测SOS1基因的突变。
SOS1基因定位于人的2号染色体q24.1,该基因编码一种蛋白质,该蛋白质是RAS蛋白的鸟嘌呤核苷酸交换因子,RAS蛋白是结合鸟嘌呤核苷酸并参与信号转导途径的膜蛋白。GTP结合激活,GTP水解使RAS蛋白失活。该基因的产物可通过促进GTP与GDP的交换来调节RAS蛋白。该基因的突变与4型Noonan综合征有关。该基因由23个外显子和25个内含子组成,编码的蛋白产物为1333个氨基酸长度的蛋白前体。SOS1基因突变以错义突变为主,已报到的热点突变有R552G、Q477R、P894R和I733F等。
发明内容
本发明采用Sanger测序法检测Noonan综合征相关的SOS1基因突变,并且设计的引物分别扩增包含基因SOS1全外显子上的DNA片段,通过测序结果的分析,可以很直观地了解Noonan综合征相关的SOS1基因突变位点的突变情况,扩增引物设计时加上了M13接头,并使用M13作为测序引物,简化操作步骤和节约了检测成本。
本发明提供了检测SOS1基因突变的引物,其特征在于,SOS1基因突变选自R552G、Q477R、P894R、I733F突变,所述引物包括至少一对用于扩增SOS1基因的扩增引物和一对测序引物M13F和M13R,所述扩增引物选自自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R,其碱基序列为:
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SOS1-E2-F:AGTGCTGGCATTACAGGCATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E2-R:GTGCTGGGATTACAGGCTTGAACAGCTATGACCATG
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SOS1-E5-F:GTTGGCATTGATGAAGTGTAGGTAACAGCTATGACCATG
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M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
本发明还提供了一种检测检测样品中SOS1基因突变的方法,其包括如下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)利用至少一对扩增引物对步骤(1)中的DNA进行扩增,获得扩增产物,所述扩增引物选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R;
(3)利用测序引物M13F与M13R对步骤(2)中的扩增产物分别进行正向和反向测序,获得所述扩增产物的基因序列;
(4)将步骤(3)中的基因序列与野生型SOS1基因序列进行比较,确定SOS1基因是否发生突变;
其中所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
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SOS1-E10-R:CAATAAACCCATGCAGGAAAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E11_12-F:TGGCAAAACATTTTGGAACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E11_12-R:GTCACCCCTCTCCTTGTTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E13-F:AATTTGGTAAGAGTTACTGCATTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E13-R:TTACTGAGCCCCAATGACATCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E14-F:ACCGGGAAATGGAAAAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E14-R:AGAACAGGAACTGCCTGCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E15-F:AGAGGCTCAGGCAGGAGAATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E15-R:TGGGAGGTGGAGGTTTCAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E16_17-F:CTGCCTTCCTTCTATCAGTCACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E16_17-R:TCTAATGGCTGCCTAAGATGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E18_19-F:TCAAATAACAATGGCTTGGAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E18_19-R:ATCTTGGGAGAGGCTTAGGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E20-F:ACCAGGGCTTTAGCAAAATAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E20-R:GAAATTTCAAGTTGGTGGAGTTTAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E21-F:TTTTGCTTGAATTGGGTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E21-R:AGGTACCAATGCTGCCAGACAACAGCTATGACCATG
SOS1-E22-F:TGGTTTATTGAACAGCTTTTGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E22-R:CTGCATGCTAAATCTATATGTAATCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E23-F:TTTGAAAACCCCAACTTAATTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E23-R:ATTGCCAGCAATGGATTTGAACAGCTATGACCATG
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
本发明还提供了一种检测样品中SOS1基因突变的试剂盒,所述试剂盒包括扩增体系PCR反应液和测序体系反应液,其中扩增体系PCR反应液包括至少一对扩增引物,测序体系反应液包括一对测序引物M13F和M13R,所述至少一对扩增引物选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R,所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
SOS1-E1-F:TAGTCATCACCCACCCTTGCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E1-R:ATGTCAACACCGAGAGCCAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E2-F:AGTGCTGGCATTACAGGCATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E2-R:GTGCTGGGATTACAGGCTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E3-F:AGGACAAGTGAGTGAGAACTGGATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E3-R:TCTAACCAACAAGAAAGGAGGAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E4-F:AAATGTTGTTGGTAAGCACAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E4-R:GCGACAGAGTGAGATTCCGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E5-F:AATAAAGTGATGATGGCAGGGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E5-F:GTTGGCATTGATGAAGTGTAGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E6-F:GGAGTCCTGAGACCAGAAAGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E6-R:GTCACACAACTAATAAGCAGCAGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E7_8-F:ATTGTGCTCGCATAGTCGTGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E7_8-R:TGAGTCCCTGAGTCTGCTGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E9-F:CCCAAGGTCACACAGAAGTAGAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E9-R:GACAGAATAACGATGCCAACATAACAGCTATGACCATG
SOS1-E10-F:TTACATGAGCTCTAGGTTTTCTGTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E10-R:CAATAAACCCATGCAGGAAAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E11_12-F:TGGCAAAACATTTTGGAACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E11_12-R:GTCACCCCTCTCCTTGTTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E13-F:AATTTGGTAAGAGTTACTGCATTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E13-R:TTACTGAGCCCCAATGACATCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E14-F:ACCGGGAAATGGAAAAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E14-R:AGAACAGGAACTGCCTGCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E15-F:AGAGGCTCAGGCAGGAGAATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E15-R:TGGGAGGTGGAGGTTTCAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E16_17-F:CTGCCTTCCTTCTATCAGTCACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E16_17-R:TCTAATGGCTGCCTAAGATGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E18_19-F:TCAAATAACAATGGCTTGGAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E18_19-R:ATCTTGGGAGAGGCTTAGGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E20-F:ACCAGGGCTTTAGCAAAATAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E20-R:GAAATTTCAAGTTGGTGGAGTTTAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E21-F:TTTTGCTTGAATTGGGTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E21-R:AGGTACCAATGCTGCCAGACAACAGCTATGACCATG
SOS1-E22-F:TGGTTTATTGAACAGCTTTTGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E22-R:CTGCATGCTAAATCTATATGTAATCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E23-F:TTTGAAAACCCCAACTTAATTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E23-R:ATTGCCAGCAATGGATTTGAACAGCTATGACCATG
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
进一步地,所述扩增体系PCR反应液还包括2×PCR Buffer、dNTPs和KOD FX DNA聚合酶。
进一步地,所述测序体系反应液还包括测序纯化液、EDTA、无水乙醇、75%乙醇、HIDI和Bigdye Terminator V3.1。
进一步地,所述测序纯化液包括核酸外切酶I和牛小肠碱性磷酸酶。
进一步地,所述试剂盒还包括阳性对照品、阴性对照品和空白对照品。
进一步地,所述突变选自R552G、Q477R、P894R和I733F等常见突变。
有益效果:(1)本发明设计了扩增基因SOS1全外显子的正、反向引物,并创新性地在PCR扩增上游引物前端和下游引物前端分别加了一段长18bp的的M13F引物序列和长16bp的M13R引物序列,这样扩增以后的产物两端都会带上所引入的M13F及M13R引物序列,随后进行测序反应的时候,所有的扩增产物可以使用统一的M13F和M13R引物就可以进行正反向测序了,而不用针对每个扩增产物都设计一对测序引物,这样就可以显著地降低检测成本;(2)在设计扩增引物时,通过分析这几种热点突变所在的外显子位置,让扩增第7和8外显子的正反向引物共用一对正反向扩增引物:SOS1-E7_8-F和SOS1-E7_8-R,让扩增第11和12外显子的正反向引物共用一对正反向扩增引物:SOS1-E11_12-F和SOS1-E11_12-R,让扩增第16和17外显子的正反向引物共用一对正反向扩增引物:SOS1-E16_17-F和SOS1-E 16_17-R,让扩增第18和19外显子的正反向引物共用一对正反向扩增引物:SOS1-E 18_19-F和SOS1-E18_19-R,从而降低扩增引物的使用数量,这会进一步降低检测成本;(3)对送检样本进行PCR扩增,过调整正反向引物的浓度、退火温度等反应条件,可使扩增效率达到最佳,随后采用Sanger测序法,对PCR产物进行正反向测序反应扩增、纯化后变性、直接测序可以全面地检测基因SOS1全外显子突变位点的突变情况;(5)利用本发明所述扩增引物和测序引物,可以扩增基因SOS1全外显子,通过测序结果的分析,可以很直观的了解基因SOS1全外显子突变位点基因突变情况,并不受基因突变多样化的影响,可覆盖待检测的所有突变位点;(6)采用本发明的扩增引物对目的基因进行扩增并利用Sanger测序法检测基因SOS1的热点突变,具有有很高的特异性、准确性和灵敏度,以及操作简单、成本低等优点。
附图说明
图1为外显子1测序截图。
图2为外显子2测序截图。
图3为外显子3测序截图。
图4为外显子4测序截图。
图5为外显子5测序截图。
图6为外显子6测序截图。
图7为外显子7、8测序截图。
图8为外显子9测序截图。
图9为外显子10测序截图。
图10为外显子11测序截图。
图11为外显子12、13测序截图。
图12为外显子14测序截图。
图13为外显子15测序截图。
图14为外显子16、17测序截图。
图15为外显子18、19测序截图。
图16为外显子20测序截图。
图17为外显子21测序截图。
图18为外显子22测序截图。
图19为外显子23测序截图。
具体实施方式
下面结合具体实施例和附图,进一步阐述本发明。应当注意的是,实施例中未说明的常规条件和方法,通常按照所属领域实验人员常规采用方法:譬如,奥斯柏和金斯顿主编的《精编分子生物学实验指南》第四版,或者按照制造厂商所建议的步骤和条件。
实施例1
检测基因SOS1突变位点的试剂盒,包括:组织DNA抽提试剂盒(例如使用天根生物的DNA提取试剂盒);无水乙醇;扩增体系PCR反应液、测序体系反应液、阳性对照品、阴性对照品和空白对照品,其中
扩增体系PCR反应液包括:2×PCR Buffer;2mMdNTPs;KOD FX DNAPolymerase(1U/μl);至少一对扩增引物用于扩增基因SOS1,扩增引物选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R,其碱基序列为:
SOS1-E1-F:TAGTCATCACCCACCCTTGCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E1-R:ATGTCAACACCGAGAGCCAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E2-F:AGTGCTGGCATTACAGGCATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E2-R:GTGCTGGGATTACAGGCTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E3-F:AGGACAAGTGAGTGAGAACTGGATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E3-R:TCTAACCAACAAGAAAGGAGGAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E4-F:AAATGTTGTTGGTAAGCACAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E4-R:GCGACAGAGTGAGATTCCGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E5-F:AATAAAGTGATGATGGCAGGGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E5-F:GTTGGCATTGATGAAGTGTAGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E6-F:GGAGTCCTGAGACCAGAAAGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E6-R:GTCACACAACTAATAAGCAGCAGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E7_8-F:ATTGTGCTCGCATAGTCGTGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E7_8-R:TGAGTCCCTGAGTCTGCTGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E9-F:CCCAAGGTCACACAGAAGTAGAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E9-R:GACAGAATAACGATGCCAACATAACAGCTATGACCATG
SOS1-E10-F:TTACATGAGCTCTAGGTTTTCTGTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E10-R:CAATAAACCCATGCAGGAAAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E11_12-F:TGGCAAAACATTTTGGAACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E11_12-R:GTCACCCCTCTCCTTGTTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E13-F:AATTTGGTAAGAGTTACTGCATTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E13-R:TTACTGAGCCCCAATGACATCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E14-F:ACCGGGAAATGGAAAAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E14-R:AGAACAGGAACTGCCTGCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E15-F:AGAGGCTCAGGCAGGAGAATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E15-R:TGGGAGGTGGAGGTTTCAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E16_17-F:CTGCCTTCCTTCTATCAGTCACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E16_17-R:TCTAATGGCTGCCTAAGATGAAACAGCTATGACCATG
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SOS1-E22-F:TGGTTTATTGAACAGCTTTTGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E22-R:CTGCATGCTAAATCTATATGTAATCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E23-F:TTTGAAAACCCCAACTTAATTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E23-R:ATTGCCAGCAATGGATTTGAACAGCTATGACCATG。
测序体系包括:测序纯化液、EDTA(125mmol)、无水乙醇、75%乙醇、HIDI(高度去离子甲酰胺)、测序引物:M13F(3.2μm)与M13R(3.2μm),以及Bigdye Terminator V3.1(购买自美国Applied Biosystems公司),其中测序纯化液包括虾碱性磷酸酶(SAP)0.6U和核酸外切酶I(EXONI)1.2U,所述测序引物的碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
扩增体系PCR反应液配制如下:
其中,PrimerF/Primer选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R。
阳性对照品:含有SOS1序列的溶液。
阴性对照品:无SOS1序列的溶液。
空白对照品:2μl生理盐水或不加任何物质。
实施例2血液样本DNA检测流程
(1)抽提血液中的基因组DNA:
1)抽取500uL血液加入1000uL红细胞裂解液,颠倒混匀,室温放置5分钟,期间再颠倒混匀几次,接着3000rpm离心5min,吸去上清,留下白细胞沉淀,加200uL缓冲液GA,振荡至彻底混匀;
2)加入20μl蛋白酶K溶液,混匀;
3)加入200μl缓冲液GB,充分颠倒混匀,70℃放置10分钟,溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的水珠;
4)加入200μl无水乙醇,充分振荡混匀15秒,此时可能会出现絮状沉淀,简短离心以去除管盖内壁的水珠;
5)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放回收集管中;
6)向吸附柱CB3中加入500μl缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
7)向吸附柱CB3中加入700μl漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
8)向吸附柱CB3中加入500μl漂洗液PW,12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液;
9)将吸附柱CB3放回收集管中,12,000rpm(13,400×g)离心2分钟,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液;
10)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加100μl洗脱缓冲液TE,室温放置2~5分钟,12,000rpm(13,400×g)离心2分钟,将溶液收集到离心管中,从而获得血液样本DNA溶液。
(2)试剂配置:按检测人份数配置扩增体系PCR反应液各Xμl,每人份18μl分装:
X=18μl反应液×(n份标本+1份阳性对照+1份阴性对照+1份空白对照)n为检测标本数。
(3)加样:将2μl步骤(1)中获得的DNA加入到检测体系PCR反应液中;对阳性对照而言,直接加2μl阳性对照品;对阴性对照实验而言,直接加2μl阴性对照品;对空白对照实验而言,加2μl生理盐水或不加任何物质。
(4)扩增:检测在常规PCR仪上进行,获得扩增产物,可用仪器包括ABI veriti(美国Applied Biosystems公司)等。扩增反应条件如表1所示。
表1.扩增反应条件
(5)Sanger测序:
取9μl(4)中的PCR扩增产物与2μl测序纯化反应液。按照如表2所示的程序进行纯化,获得纯化产物。
表2
将1μl纯化产物分别与测序引物M13F(3.2μm)、M13R(3.2μm)按照如表3、表4所示的体系进行混合。
表3
测序反应程序如表5所示。
表5
沉淀环节:
向完成测序反应的产物中加入2μl 125mmol的EDTA,静置5min;加入15ml无水乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心30min;倒置离心15sec,加入50ml70%乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心15min;倒置离心15sec,置于95℃金属浴上;加入10μl HiDi后进行变性试验。变性程序如表6所示。
表6
变性程序结束后,上测序仪(ABI3500)测序。
(6)结果判断:将测序结果与野生型参考序列进行比对,根据实际突变情况对结果进行报告。
实施例3
取临床全血样本3份,检测每份样本Noonan综合征相关的SOS1基因全外显子突变情况。按实施例2所述方法提取基因组、配制试剂并检测。对每份样品而言,将2μl提取出的基因组DNA,加入到扩增体系PCR反应液中,同时做阳性、阴性、空白对照实验各一次。一台96孔的普通PCR仪可同时检测46份样品,每份样品2次重复,一份阳性对照,一份阴性对照和一份空白对照。检测时间为160分钟。
另外,样本3的测序结果如图1-19所示,均为野生型。样本1和2的测序结果也均为野生型。
从检测结果可以看出,本发明所述引物已经把想要检测的SOS1基因全外显子都包括在内了,能够扩增出SOS1基因的这些外显子,并且测序结果完全准确。本发明所述引物可以准确地扩增出SOS1基因全外显子,无论是野生型还是突变型。
序列表
<110> 武汉艾迪康医学检验所有限公司
<120> 检测SOS1基因突变的方法、引物和试剂盒
<160> 40
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tagtcatcac ccacccttgc tgtaaaacga cggccagt 38
<210> 2
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
atgtcaacac cgagagccag aacagctatg accatg 36
<210> 3
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
agtgctggca ttacaggcat tgtaaaacga cggccagt 38
<210> 4
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gtgctgggat tacaggcttg aacagctatg accatg 36
<210> 5
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aggacaagtg agtgagaact ggattgtaaa acgacggcca gt 42
<210> 6
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
tctaaccaac aagaaaggag gagtaacagc tatgaccatg 40
<210> 7
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aaatgttgtt ggtaagcaca ggtgtaaaac gacggccagt 40
<210> 8
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gcgacagagt gagattccgt aacagctatg accatg 36
<210> 9
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
aataaagtga tgatggcagg gttgtaaaac gacggccagt 40
<210> 10
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gttggcattg atgaagtgta ggtaacagct atgaccatg 39
<210> 11
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
ggagtcctga gaccagaaag ttgtaaaacg acggccagt 39
<210> 12
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gtcacacaac taataagcag cagaaacagc tatgaccatg 40
<210> 13
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
attgtgctcg catagtcgtg tgtaaaacga cggccagt 38
<210> 14
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
tgagtccctg agtctgctga aacagctatg accatg 36
<210> 15
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
cccaaggtca cacagaagta gagtgtaaaa cgacggccag t 41
<210> 16
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
gacagaataa cgatgccaac ataacagcta tgaccatg 38
<210> 17
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
ttacatgagc tctaggtttt ctgtctgtaa aacgacggcc agt 43
<210> 18
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
caataaaccc atgcaggaaa gaacagctat gaccatg 37
<210> 19
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
tggcaaaaca ttttggaact gtaaaacgac ggccagt 37
<210> 20
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
gtcacccctc tccttgtttg aacagctatg accatg 36
<210> 21
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
aatttggtaa gagttactgc attttctgta aaacgacggc cagt 44
<210> 22
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
ttactgagcc ccaatgacat caacagctat gaccatg 37
<210> 23
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
accgggaaat ggaaaaggtg taaaacgacg gccagt 36
<210> 24
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
agaacaggaa ctgcctgcca acagctatga ccatg 35
<210> 25
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
agaggctcag gcaggagaat tgtaaaacga cggccagt 38
<210> 26
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
tgggaggtgg aggtttcagt aacagctatg accatg 36
<210> 27
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
ctgccttcct tctatcagtc actgtaaaac gacggccagt 40
<210> 28
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
tctaatggct gcctaagatg aaacagctat gaccatg 37
<210> 29
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
tcaaataaca atggcttgga ggtgtaaaac gacggccagt 40
<210> 30
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
atcttgggag aggcttaggg taacagctat gaccatg 37
<210> 31
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
accagggctt tagcaaaata gtgtaaaacg acggccagt 39
<210> 32
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gaaatttcaa gttggtggag tttagaacag ctatgaccat g 41
<210> 33
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ttttgcttga attgggtttc tgtaaaacga cggccagt 38
<210> 34
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
aggtaccaat gctgccagac aacagctatg accatg 36
<210> 35
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
tggtttattg aacagctttt ggtgtaaaac gacggccagt 40
<210> 36
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
ctgcatgcta aatctatatg taatccaaca gctatgacca tg 42
<210> 37
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
tttgaaaacc ccaacttaat tctgtaaaac gacggccagt 40
<210> 38
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
attgccagca atggatttga acagctatga ccatg 35
<210> 39
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
tgtaaaacga cggccagt 18
<210> 40
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
aacagctatg accatg 16
Claims (8)
1.检测SOS1基因突变的引物,其特征在于,SOS1基因突变选自R552G、Q477R、P894R、I733F突变;所述引物包括至少一对用于扩增SOS1基因的扩增引物和一对测序引物M13F和M13R,所述扩增引物选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R,其碱基序列为:
SOS1-E1-F:TAGTCATCACCCACCCTTGCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E1-R:ATGTCAACACCGAGAGCCAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E2-F:AGTGCTGGCATTACAGGCATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E2-R:GTGCTGGGATTACAGGCTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E3-F:AGGACAAGTGAGTGAGAACTGGATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E3-R:TCTAACCAACAAGAAAGGAGGAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E4-F:AAATGTTGTTGGTAAGCACAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E4-R:GCGACAGAGTGAGATTCCGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E5-F:AATAAAGTGATGATGGCAGGGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E5-F:GTTGGCATTGATGAAGTGTAGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E6-F:GGAGTCCTGAGACCAGAAAGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E6-R:GTCACACAACTAATAAGCAGCAGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E7_8-F:ATTGTGCTCGCATAGTCGTGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E7_8-R:TGAGTCCCTGAGTCTGCTGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E9-F:CCCAAGGTCACACAGAAGTAGAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E9-R:GACAGAATAACGATGCCAACATAACAGCTATGACCATG
SOS1-E10-F:TTACATGAGCTCTAGGTTTTCTGTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E10-R:CAATAAACCCATGCAGGAAAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E11_12-F:TGGCAAAACATTTTGGAACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E11_12-R:GTCACCCCTCTCCTTGTTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E13-F:AATTTGGTAAGAGTTACTGCATTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E13-R:TTACTGAGCCCCAATGACATCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E14-F:ACCGGGAAATGGAAAAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E14-R:AGAACAGGAACTGCCTGCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E15-F:AGAGGCTCAGGCAGGAGAATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E15-R:TGGGAGGTGGAGGTTTCAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E16_17-F:CTGCCTTCCTTCTATCAGTCACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E16_17-R:TCTAATGGCTGCCTAAGATGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E18_19-F:TCAAATAACAATGGCTTGGAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E18_19-R:ATCTTGGGAGAGGCTTAGGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E20-F:ACCAGGGCTTTAGCAAAATAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E20-R:GAAATTTCAAGTTGGTGGAGTTTAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E21-F:TTTTGCTTGAATTGGGTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E21-R:AGGTACCAATGCTGCCAGACAACAGCTATGACCATG
SOS1-E22-F:TGGTTTATTGAACAGCTTTTGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E22-R:CTGCATGCTAAATCTATATGTAATCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E23-F:TTTGAAAACCCCAACTTAATTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E23-R:ATTGCCAGCAATGGATTTGAACAGCTATGACCATG
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
2.一种检测SOS1基因突变的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)利用至少一对扩增引物对步骤(1)中的DNA进行扩增,获得扩增产物,其中,所述扩增引物选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R;
(3)利用测序引物M13F与M13R对步骤(2)中的扩增产物分别进行正向和反向测序,获得扩增产物的基因序列;
(4)将步骤(3)中的基因序列与野生型SOS1基因序列进行比较,确定SOS1基因是否发生突变;
所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
SOS1-E1-F:TAGTCATCACCCACCCTTGCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E1-R:ATGTCAACACCGAGAGCCAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E2-F:AGTGCTGGCATTACAGGCATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E2-R:GTGCTGGGATTACAGGCTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E3-F:AGGACAAGTGAGTGAGAACTGGATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E3-R:TCTAACCAACAAGAAAGGAGGAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E4-F:AAATGTTGTTGGTAAGCACAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E4-R:GCGACAGAGTGAGATTCCGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E5-F:AATAAAGTGATGATGGCAGGGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E5-F:GTTGGCATTGATGAAGTGTAGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E6-F:GGAGTCCTGAGACCAGAAAGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E6-R:GTCACACAACTAATAAGCAGCAGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E7_8-F:ATTGTGCTCGCATAGTCGTGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E7_8-R:TGAGTCCCTGAGTCTGCTGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E9-F:CCCAAGGTCACACAGAAGTAGAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E9-R:GACAGAATAACGATGCCAACATAACAGCTATGACCATG
SOS1-E10-F:TTACATGAGCTCTAGGTTTTCTGTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E10-R:CAATAAACCCATGCAGGAAAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E11_12-F:TGGCAAAACATTTTGGAACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E11_12-R:GTCACCCCTCTCCTTGTTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E13-F:AATTTGGTAAGAGTTACTGCATTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E13-R:TTACTGAGCCCCAATGACATCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E14-F:ACCGGGAAATGGAAAAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E14-R:AGAACAGGAACTGCCTGCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E15-F:AGAGGCTCAGGCAGGAGAATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E15-R:TGGGAGGTGGAGGTTTCAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E16_17-F:CTGCCTTCCTTCTATCAGTCACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E16_17-R:TCTAATGGCTGCCTAAGATGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E18_19-F:TCAAATAACAATGGCTTGGAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E18_19-R:ATCTTGGGAGAGGCTTAGGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E20-F:ACCAGGGCTTTAGCAAAATAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E20-R:GAAATTTCAAGTTGGTGGAGTTTAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E21-F:TTTTGCTTGAATTGGGTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E21-R:AGGTACCAATGCTGCCAGACAACAGCTATGACCATG
SOS1-E22-F:TGGTTTATTGAACAGCTTTTGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E22-R:CTGCATGCTAAATCTATATGTAATCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E23-F:TTTGAAAACCCCAACTTAATTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E23-R:ATTGCCAGCAATGGATTTGAACAGCTATGACCATG
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
3.一种检测SOS1基因突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括扩增体系PCR反应液和测序体系反应液,其中扩增体系PCR反应液包括至少一对扩增引物,测序体系反应液包括一对测序引物M13F和M13R,扩增引物选自SOS1-E1-F/SOS1-E1-R、SOS1-E2-F/SOS1-E2-R、SOS1-E3-F/SOS1-E3-R、SOS1-E4-F/SOS1-E4-R、SOS1-E5-F/SOS1-E5-F、SOS1-E6-F/SOS1-E6-R、SOS1-E7_8-F/SOS1-E7_8-R、、SOS1-E9-F/SOS1-E9-R、SOS1-E10-F/SOS1-E10-R、SOS1-E11_12-F/SOS1-E11_12-R、SOS1-E13-F/SOS1-E13-R、SOS1-E14-F/SOS1-E14-R、SOS1-E15-F/SOS1-E15-R、SOS1-E16_17-F/SOS1-E16_17-R、SOS1-E18_19-F/SOS1-E18_19-R、SOS1-E20-F/SOS1-E20-R、SOS1-E21-F/SOS1-E21-R、SOS1-E22-F/SOS1-E22-R、SOS1-E23-F/SOS1-E23-R,所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
SOS1-E1-F:TAGTCATCACCCACCCTTGCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E1-R:ATGTCAACACCGAGAGCCAGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E2-F:AGTGCTGGCATTACAGGCATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E2-R:GTGCTGGGATTACAGGCTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E3-F:AGGACAAGTGAGTGAGAACTGGATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E3-R:TCTAACCAACAAGAAAGGAGGAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E4-F:AAATGTTGTTGGTAAGCACAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E4-R:GCGACAGAGTGAGATTCCGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E5-F:AATAAAGTGATGATGGCAGGGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E5-F:GTTGGCATTGATGAAGTGTAGGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E6-F:GGAGTCCTGAGACCAGAAAGTTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E6-R:GTCACACAACTAATAAGCAGCAGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E7_8-F:ATTGTGCTCGCATAGTCGTGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E7_8-R:TGAGTCCCTGAGTCTGCTGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E9-F:CCCAAGGTCACACAGAAGTAGAGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E9-R:GACAGAATAACGATGCCAACATAACAGCTATGACCATG
SOS1-E10-F:TTACATGAGCTCTAGGTTTTCTGTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E10-R:CAATAAACCCATGCAGGAAAGAACAGCTATGACCATG
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SOS1-E11_12-R:GTCACCCCTCTCCTTGTTTGAACAGCTATGACCATG
SOS1-E13-F:AATTTGGTAAGAGTTACTGCATTTTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E13-R:TTACTGAGCCCCAATGACATCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E14-F:ACCGGGAAATGGAAAAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E14-R:AGAACAGGAACTGCCTGCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E15-F:AGAGGCTCAGGCAGGAGAATTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E15-R:TGGGAGGTGGAGGTTTCAGTAACAGCTATGACCATG
SOS1-E16_17-F:CTGCCTTCCTTCTATCAGTCACTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E16_17-R:TCTAATGGCTGCCTAAGATGAAACAGCTATGACCATG
SOS1-E18_19-F:TCAAATAACAATGGCTTGGAGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E18_19-R:ATCTTGGGAGAGGCTTAGGGTAACAGCTATGACCATG
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SOS1-E20-R:GAAATTTCAAGTTGGTGGAGTTTAGAACAGCTATGACCATG
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SOS1-E22-F:TGGTTTATTGAACAGCTTTTGGTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E22-R:CTGCATGCTAAATCTATATGTAATCCAACAGCTATGACCATG
SOS1-E23-F:TTTGAAAACCCCAACTTAATTCTGTAAAACGACGGCCAGT;
SOS1-E23-R:ATTGCCAGCAATGGATTTGAACAGCTATGACCATG
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
4.如权利要求3所述的试剂盒,所述扩增体系PCR反应液还包括2×PCR Buffer、dNTPs和KOD FX DNA聚合酶。
5.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述测序体系反应液还包括测序纯化液、EDTA、无水乙醇、75%乙醇、HIDI和Bigdye Terminator V3.1。
6.如权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述测序纯化液包括核酸外切酶I和牛小肠碱性磷酸酶。
7.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括阳性对照品、阴性对照品和空白对照品。
8.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述突变选自R552G、Q477R、P894R、I733F突变。
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CN110358820A (zh) * | 2019-07-16 | 2019-10-22 | 南昌艾迪康医学检验实验室有限公司 | 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒 |
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20200407 |
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