CN110358820A - 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒 - Google Patents

检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN110358820A
CN110358820A CN201910640482.XA CN201910640482A CN110358820A CN 110358820 A CN110358820 A CN 110358820A CN 201910640482 A CN201910640482 A CN 201910640482A CN 110358820 A CN110358820 A CN 110358820A
Authority
CN
China
Prior art keywords
ldlr
sequencing
primer
kit
gene
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201910640482.XA
Other languages
English (en)
Inventor
柏忠良
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Nanchang Adicon Clinical Laboratories Ltd
Original Assignee
Nanchang Adicon Clinical Laboratories Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Nanchang Adicon Clinical Laboratories Ltd filed Critical Nanchang Adicon Clinical Laboratories Ltd
Priority to CN201910640482.XA priority Critical patent/CN110358820A/zh
Publication of CN110358820A publication Critical patent/CN110358820A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869Methods for sequencing
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了检测家族性高胆固醇血症相关的LDLR基因突变的方法、引物和试剂盒,所述引物、试剂盒均包括针对LDLR基因7~14外显子的扩增引物和测序引物。基于PCR扩增和Sanger测序,本发明可快速地检测家族性高胆固醇血症相关的LDLR基因突变位点的突变情况。

Description

检测LDLR基因突变的方法、引物和试剂盒
技术领域
本发明属生命科学和生物技术领域,特别涉及检测家族性高胆固醇血症相关的LDLR基因突变的方法、引物和试剂盒。
背景技术
家族性高胆固醇血症(FH)是由于LDLR基因突变导致的一种严重的常染色体显性遗传病,也是最早被明确其临床和基因特征的脂代谢絮乱疾病。世界范围内FH杂合患者的发病率约为1/500,成为最常见的代谢性疾病之一。其发病机制是由于低密度脂蛋白(LDL)受体(LDLR)基因突变,导致血浆TC清除障碍,TC 浓度升高并在组织内过度淤积引起动脉硬化性疾病。目前已报道6种致病基因可引起FH,如:低密度脂蛋白受体(LDLR)、载脂蛋白B100(ApoB100)枯草溶菌素转化酶9(PCSK9)等。LDLR基因突变是FH的主要病理基础,载临床确诊的 FH患者中约50%可检测到LDLR基因突变。因此检测LDLR基因突变对于FH的筛查具有重要意义。
LDLR基因位于第19号染色体p13.1到p13.3之间,全长45kb,由18个外显子和17个内含子组成,编码长860个氨基酸的前体蛋白。LDLR载结构上分为5个区域:(1)为配体结合域,由2~6号外显子编码;(2)为表皮生长因子前体同源域(EGF),由第7~14外显子编码,为受体与配基载胞浆内吞体重的酸依赖性解离所必需,同时该域还为配体结合域处于适当的位置提供了方面,使之能细胞膜上结合LDL;(3)为O-连接糖链结构域,由外显子15编码,位于膜外;(4)为跨膜结构域,由第16外显子和第17外显子的5′端编码;(5)为胞浆结构域,由第17外显子的其余部分和第18外显子5′端编码,位于受体的C-末端,深埋于胞浆中。在基因水平,第1外显子作为信号序列在加工过程中被切除,并不表达氨基酸序列。根据结构和功能的关系,发生在以上不同区域的基因突变会导致不同类型的功能障碍。
目前我国发现的突变大多位于第7~14外显子,即中国人LDLR基因突变高发区可能位于编码表皮生长因子(EGF)的第7~14外显子上,且多为单个碱基置换所致的错义突变,说明中国人FH患者可能有其独特的基因突变谱。EGF由大学400个氨基酸残基组成,该区域高度保守,单个碱基的突变就会导致其功能障碍,引起LDLR发生循环缺陷及结合功能障碍。因此对于该区域的检测能够较为快速的对大规模的中国人群进行FH缺陷的筛查。
发明内容
本发明采用Sanger测序法检测家族性高胆固醇血症相关的LDLR基因突变,并且设计的引物分别扩增包含基因LDLR第7~14外显子上的DNA片段,通过测序结果的分析,可以很直观地了解家族性高胆固醇血症相关的LDLR基因突变位点的突变情况,扩增引物设计时加上了M13接头,并使用M13作为测序引物,简化操作步骤和节约了检测成本。
本发明提供了检测LDLR基因突变的引物,其特征在于,包括至少一对用于扩增LDLR基因的扩增引物和一对测序引物M13F和M13R,所述扩增引物选自LDLR-E7-F/LDLR-E7-R、LDLR-E8-F/LDLR-E8-R、LDLR-E9_10-F/LDLR- E9_10-R、LDLR-E11-F/LDLR-E11-R、LDLR-E112-F/LDLR-E12-R和 LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R,其碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAGTG
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC;
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
进一步地,所述突变选自W462X、R574S、D601Y、A627T等中国人常见突变。
本发明还提供了一种检测检测样品中LDLR基因突变的方法,其包括如下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)利用至少一对扩增引物对(1)中的DNA进行扩增,获得扩增产物,所述至少一对扩增引物选自LDLR-E7-F/LDLR-E7-R,LDLR-E8-F/LDLR-E8-R, LDLR-E9_10-F/LDLR-E9_10-R,LDLR-E11-F/LDLR-E11-R,LDLR-E112-F/LDLR- E12-R,LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R,(3)利用测序引物M13F与M13R对 (2)中的扩增产物分别进行正向和反向测序,获得所述扩增产物的基因序列;
(4)将(3)中的基因序列与野生型LDLR基因序列进行比较,确定LDLR基因是否发生突变;
其中所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAGTG
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC;
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
本发明还提供了一种检测样品中LDLR基因突变的试剂盒,所述试剂盒包括扩增体系PCR反应液和测序体系反应液,其中扩增体系PCR反应液包括至少一对扩增引物,测序体系反应液包括一对测序引物M13F和M13R,所述至少一对扩增引物选自LDLR-E7-F/LDLR-E7-R,LDLR-E8-F/LDLR-E8-R, LDLR-E9_10-F/LDLR-E9_10-R,LDLR-E11-F/LDLR-E11-R,LDLR-E112-F/LDLR- E12-R,LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R,所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAGTG
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC;
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
进一步地,所述扩增体系PCR反应液还包括2×PCR Buffer、dNTPs和KOD FX DNA聚合酶。
进一步地,所述测序体系反应液还包括测序纯化液、EDTA、无水乙醇、75%乙醇、HIDI和Bigdye Terminator V3.1。
进一步地,所述测序纯化液包括核酸外切酶I和牛小肠碱性磷酸酶。
进一步地,所述试剂盒还包括阳性对照品、阴性对照品和空白对照品。
进一步地,所述突变选自W462X、A627T、D601Y等中国人常见突变。
有益效果:(1)本发明设计了扩增基因LDLR第7~14外显子的正、反向引物,并创新性地在PCR扩增上游引物前端和下游引物前端分别加了一段长 18bp的的M13F引物序列和长16bp的M13R引物序列,这样扩增以后的产物两端都会带上所引入的M13F及M13R引物序列,随后进行测序反应的时候,所有的扩增产物可以使用统一的M13F和M13R引物就可以进行正反向测序了,而不用针对每个扩增产物都设计一对测序引物,这样就可以显著地降低检测成本;(2) 在设计扩增引物时,通过分析这几种热点突变所在的外显子位置,让扩增第9 外显子的正反向引物和扩增第10外显子的正反向引物共用一对正反向扩增引物: LDLR-E9_10-F和LDLR-E9_10-R,让扩增第13外显子的正反向引物和扩增第 14外显子的正反向引物共用一对正反向扩增引物:LDLR-E13_14-F和 LDLR-E13_14-R,从而降低扩增引物的使用数量,这会进一步降低检测成本;(3) 对送检样本进行PCR扩增,过调整正反向引物的浓度、退火温度等反应条件,可使扩增效率达到最佳,随后采用Sanger测序法,对PCR产物进行正反向测序反应扩增、纯化后变性、直接测序可以全面地检测基因LDLR第7~14外显子突变位点的突变情况;(4)利用本发明所述扩增引物和测序引物,可以扩增基因 LDLR第7~14外显子,通过测序结果的分析,可以很直观的了解基因LDLR第 7~14外显子突变位点基因突变情况,并不受基因突变多样化的影响,可覆盖待检测的所有突变位点;(5)采用本发明的扩增引物对目的基因进行扩增并利用 Sanger测序法检测基因LDLR的热点突变,具有有很高的特异性、准确性和灵敏度,以及操作简单、成本低等优点。
附图说明
图1为外显子7测序截图。
图2为外显子8测序截图。
图3为外显子9、10测序截图。
图4为外显子11测序截图。
图5为外显子12测序截图。
图6为外显子13、14测序截图。
图7为外显子8测序图谱的局部截图。
具体实施方式
下面结合具体实施例和附图,进一步阐述本发明。应当注意的是,实施例中未说明的常规条件和方法,通常按照所属领域实验人员常规采用方法:譬如,奥斯柏和金斯顿主编的《精编分子生物学实验指南》第四版,或者按照制造厂商所建议的步骤和条件。
实施例1
检测基因LDLR突变位点的试剂盒,包括:组织DNA抽提试剂盒(例如使用天根生物的DNA提取试剂盒);无水乙醇;扩增体系PCR反应液、测序体系反应液、阳性对照品、阴性对照品和空白对照品,其中
扩增体系PCR反应液包括:2×PCR Buffer;2mM dNTPs;KOD FX DNA Polymerase(1U/μl);至少一对扩增引物用于扩增基因LDLR,扩增引物选自 LDLR-E6-F/LDLR-E6-R,LDLR-E7-F/LDLR-E7-R,LDLR-E8-F/LDLR-E8-R, LDLR-E9_10-F/LDLR-E9_10-R,LDLR-E11-F/LDLR-E11-R,LDLR-E112-F/LDLR- E12-R,LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R,其碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAG TG;
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC。
测序体系包括:测序纯化液、EDTA(125mmol)、无水乙醇、75%乙醇、HID I(高度去离子甲酰胺)、测序引物:M13F(3.2μm)与M13R(3.2μm),以及Bigd ye Terminator V3.1(购买自美国Applied Biosystems公司),其中测序纯化液包括虾碱性磷酸酶(SAP)0.6U和核酸外切酶I(EXONI)1.2U,所述测序引物的碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
扩增体系PCR反应液配制如下:
其中,PrimerF/Primer选自LDLR-E6-F/LDLR-E6-R,LDLR-E7-F/LDLR-E7-R, LDLR-E8-F/LDLR-E8-R,LDLR-E9_10-F/LDLR-E9_10-R,LDLR-E11-F/LDLR- E11-R,LDLR-E112-F/LDLR-E12-R,LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R。
阳性对照品:含有LDLR序列的溶液。
阴性对照品:无LDLR序列的溶液。
空白对照品:2μl生理盐水或不加任何物质。
实施例2血液样本DNA检测流程
(1)抽提血液中的基因组DNA:
1)抽取500uL血液加入1000uL红细胞裂解液,颠倒混匀,室温放置5分钟,期间再颠倒混匀几次,接着3000rpm离心5min,吸去上清,留下白细胞沉淀,加 200uL缓冲液GA,振荡至彻底混匀;
2)加入20μl蛋白酶K溶液,混匀;
3)加入200μl缓冲液GB,充分颠倒混匀,70℃放置10分钟,溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的水珠;
4)加入200μl无水乙醇,充分振荡混匀15秒,此时可能会出现絮状沉淀,简短离心以去除管盖内壁的水珠;
5)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放回收集管中;
6)向吸附柱CB3中加入500μl缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
7)向吸附柱CB3中加入700μl漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm(13,400×g)离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
8)向吸附柱CB3中加入500μl漂洗液PW,12,000rpm(13,400×g)离心 30秒,倒掉废液;
9)将吸附柱CB3放回收集管中,12,000rpm(13,400×g)离心2分钟,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液;
10)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加 100μl洗脱缓冲液TE,室温放置2~5分钟,12,000rpm(13,400×g)离心2分钟,将溶液收集到离心管中,从而获得血液样本DNA溶液。
(2)试剂配置:按检测人份数配置扩增体系PCR反应液各Xμl,每人份18μl 分装:
X=18μl反应液×(n份标本+1份阳性对照+1份阴性对照+1份空白对照)
n为检测标本数。
(3)加样:将2μl步骤(1)中获得的DNA加入到检测体系PCR反应液中;对阳性对照而言,直接加2μl阳性对照品;对阴性对照实验而言,直接加2μl阴性对照品;对空白对照实验而言,加2μl生理盐水或不加任何物质。
(4)扩增:检测在常规PCR仪上进行,获得扩增产物,可用仪器包括ABI veriti (美国Applied Biosystems公司)等。扩增反应条件如表1所示。
表1.扩增反应条件
(5)Sanger测序:
取9μl(4)中的PCR扩增产物与2μl测序纯化反应液。按照如表2 所示的程序进行纯化,获得纯化产物。
表2
将1μl纯化产物分别与测序引物M13F(3.2μm)、M13R(3.2μm)按照如表3、表4所示的体系进行混合。
表3
表4
测序反应程序如表5所示。
表5
沉淀环节:
向完成测序反应的产物中加入2μl 125mmol的EDTA,静置5min;加入15ml 无水乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心30min;倒置离心15sec,加入50ml70%乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心15min;倒置离心15sec,置于95℃金属浴上;加入10μl HiDi后进行变性试验。变性程序如表6所示。
表6
变性程序结束后,上测序仪(ABI3500)测序。
(6)结果判断:将测序结果与野生型参考序列进行比对,根据实际突变情况对结果进行报告。
实施例3
取临床全血样本3份,检测每份样本家族性高胆固醇血症相关的LDLR基因7~14外显子突变情况。按实施例2所述方法提取基因组、配制试剂并检测。对每份样品而言,将2μl提取出的基因组DNA,加入到扩增体系PCR反应液中,同时做阳性、阴性、空白对照实验各一次。一台96孔的普通PCR仪可同时检测46份样品,每份样品2次重复,一份阳性对照,一份阴性对照和一份空白对照。检测时间为160分钟。
另外,样本1的测序结果如图1~7所示,均为野生型。样本2的测序结果也均为野生型。
样本3的测序结果除外显子9、10之外,其他外显子均为野生型,其中样本3 的第12外显子测序图谱的局部截图如图7(b)所示。为了比较,样本2的第12外显子测序图谱的局部截图如图7(a)所示。由图7可知,样本3在第12外显子上发生R574S突变,而且是杂合型突变。
从检测结果可以看出,本发明所述引物已经把想要检测的LDLR基因第7~ 14外显子都包括在内了,能够扩增出LDLR基因的这些外显子,并且测序结果完全准确。本发明所述引物可以准确地扩增出LDLR基因第7~14外显子,无论是野生型还是突变型。
序列表
<110> 南昌艾迪康医学检验实验室有限公司
<120> 检测LDLR基因突变的方法、引物和试剂盒
<160> 14
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tgtaaaacga cggccagtgg agaatcactt gaacccg 37
<210> 2
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aacagctatg accatgatgt tggtcaggct ggtct 35
<210> 3
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tgtaaaacga cggccagtcc ttgattacat ctcccgag 38
<210> 4
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
aacagctatg accatgggtt cctgttccac cagtag 36
<210> 5
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tgtaaaacga cggccagtga ggcactcttg gttcca 36
<210> 6
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
aacagctatg accatgacag gtgctttgag ccac 34
<210> 7
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
tgtaaaacga cggccagtgt tcccagcagg actatttc 38
<210> 8
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
aacagctatg accatggaca gaccaagacc tcatctc 37
<210> 9
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
tgtaaaacga cggccagtgt tcccagcagg actatttc 38
<210> 10
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
aacagctatg accatggaca gaccaagacc tcatctc 37
<210> 11
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tgtaaaacga cggccagtcc tgtgtctcat cccagtg 37
<210> 12
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
aacagctatg accatgagga cgcagaaaca aggc 34
<210> 13
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tgtaaaacga cggccagt 18
<210> 14
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
aacagctatg accatg 16

Claims (9)

1.检测LDLR基因突变的引物,其特征在于,包括至少一对用于扩增LDLR基因的扩增引物和一对测序引物M13F和M13R,所述扩增引物选自LDLR-E7-F/LDLR-E7-R、LDLR-E8-F/LDLR-E8-R、LDLR-E9_10-F/LDLR-E9_10-R、LDLR-E11-F/LDLR-E11-R、LDLR-E112-F/LDLR-E12-R和LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R,其碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAGTG
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC;
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
2.如权利要求1所述的引物,其特征在于,所述突变选自W462X、R574S、D601Y、A627T突变。
3.一种检测样品中LDLR基因突变的方法,其特征在于,其包括如下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)利用至少一对扩增引物对(1)中的DNA进行扩增,获得扩增产物,其中,所述至少一对扩增引物选自LDLR-E7-F/LDLR-E7-R,LDLR-E8-F/LDLR-E8-R,LDLR-E9_10-F/LDLR-E9_10-R,LDLR-E11-F/LDLR-E11-R,LDLR-E112-F/LDLR-E12-R,LDLR-E13_14-F/LDLR-E13_14-R;
(3)利用测序引物M13F与M13R对(2)中的扩增产物分别进行正向和反向测序,获得所述扩增产物的基因序列;
(4)将(3)中的基因序列与野生型LDLR基因序列进行比较,确定LDLR基因是否发生突变;
所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAGTG
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC;
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
4.一种检测样品中LDLR基因突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括扩增体系PCR反应液和测序体系反应液,其中扩增体系PCR反应液包括至少一对扩增引物,测序体系反应液包括一对测序引物M13F和M13R,扩增引物选自LDLR-E7-F/LDLR-E7-R,LDLR-E8_9-F/LDLR-E8_9-R,LDLR-E10-F/LDLR-E10-R,LDLR-E11-F/LDLR-E11-R,LDLR-E13-F/LDLR-E13-R,所述扩增引物和测序引物的碱基序列为:
LDLR-E7-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAGAATCACTTGAACCCG
LDLR-E7-R:AACAGCTATGACCATGATGTTGGTCAGGCTGGTCT;
LDLR-E8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTTGATTACATCTCCCGAG
LDLR-E8-R:AACAGCTATGACCATGGGTTCCTGTTCCACCAGTAG;
LDLR-E9_10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGCACTCTTGGTTCCA
LDLR-E9_10-R:AACAGCTATGACCATGACAGGTGCTTTGAGCCAC;
LDLR-E11-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E11-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E12-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTCCCAGCAGGACTATTTC
LDLR-E12-R:AACAGCTATGACCATGGACAGACCAAGACCTCATCTC;
LDLR-E13_14-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGTCTCATCCCAGTG
LDLR-E13_14-R:AACAGCTATGACCATGAGGACGCAGAAACAAGGC;
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT;
M13R:AACAGCTATGACCATG。
5.如权利要求4所述的试剂盒,所述扩增体系PCR反应液还包括2×PCR Buffer、dNTPs和KOD FX DNA聚合酶。
6.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述测序体系反应液还包括测序纯化液、EDTA、无水乙醇、75%乙醇、HIDI和Bigdye Terminator V3.1。
7.如权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述测序纯化液包括核酸外切酶I和牛小肠碱性磷酸酶。
8.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括阳性对照品、阴性对照品和空白对照品。
9.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述突变选自W462X、R574S、D601Y、A627T突变。
CN201910640482.XA 2019-07-16 2019-07-16 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒 Pending CN110358820A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910640482.XA CN110358820A (zh) 2019-07-16 2019-07-16 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910640482.XA CN110358820A (zh) 2019-07-16 2019-07-16 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110358820A true CN110358820A (zh) 2019-10-22

Family

ID=68219542

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910640482.XA Pending CN110358820A (zh) 2019-07-16 2019-07-16 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110358820A (zh)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110951862A (zh) * 2019-12-26 2020-04-03 福州艾迪康医学检验所有限公司 检测cyp21a2基因突变的方法、引物和试剂盒
CN110964806A (zh) * 2019-12-30 2020-04-07 武汉艾迪康医学检验所有限公司 检测sos1基因突变的方法、引物和试剂盒
CN113684215A (zh) * 2021-09-07 2021-11-23 华中科技大学同济医学院附属协和医院 高胆固醇血症相关的新突变基因及其应用

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1780910A (zh) * 2003-01-28 2006-05-31 拉塞有限公司 对与家族性高胆固醇血症有关的分离的低密度脂蛋白受体(ldl-r)的基因序列中的突变进行检测的方法和装置
CN105803099A (zh) * 2016-05-16 2016-07-27 钟诗龙 一种同时检测slco1b1、apoe和ldlr基因多位点突变的试剂盒
CN108048553A (zh) * 2017-12-29 2018-05-18 上海艾迪康医学检验所有限公司 检测slc25a13基因突变的方法、引物和试剂盒
CN108531573A (zh) * 2018-04-11 2018-09-14 杭州艾迪康医学检验中心有限公司 检测高铁血红蛋白血症cyb5r基因突变的引物、试剂盒和方法
CN109517884A (zh) * 2018-09-30 2019-03-26 北京安智因生物技术有限公司 一种家族性高胆固醇血症的基因检测文库的构建方法及其试剂盒

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1780910A (zh) * 2003-01-28 2006-05-31 拉塞有限公司 对与家族性高胆固醇血症有关的分离的低密度脂蛋白受体(ldl-r)的基因序列中的突变进行检测的方法和装置
CN105803099A (zh) * 2016-05-16 2016-07-27 钟诗龙 一种同时检测slco1b1、apoe和ldlr基因多位点突变的试剂盒
CN108048553A (zh) * 2017-12-29 2018-05-18 上海艾迪康医学检验所有限公司 检测slc25a13基因突变的方法、引物和试剂盒
CN108531573A (zh) * 2018-04-11 2018-09-14 杭州艾迪康医学检验中心有限公司 检测高铁血红蛋白血症cyb5r基因突变的引物、试剂盒和方法
CN109517884A (zh) * 2018-09-30 2019-03-26 北京安智因生物技术有限公司 一种家族性高胆固醇血症的基因检测文库的构建方法及其试剂盒

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
C K M HO等: "Genetic mutations in patients with possible familial hypercholesterolaemia in South East Scotland", 《SCOTTISH MEDICAL JOURNAL》 *
代艳芳等: "中国人群家族性高胆固醇血症LDLR基因突变研究进展", 《遗传》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110951862A (zh) * 2019-12-26 2020-04-03 福州艾迪康医学检验所有限公司 检测cyp21a2基因突变的方法、引物和试剂盒
CN110964806A (zh) * 2019-12-30 2020-04-07 武汉艾迪康医学检验所有限公司 检测sos1基因突变的方法、引物和试剂盒
CN113684215A (zh) * 2021-09-07 2021-11-23 华中科技大学同济医学院附属协和医院 高胆固醇血症相关的新突变基因及其应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110358820A (zh) 检测ldlr基因突变的方法、引物和试剂盒
CN107955835A (zh) 一种检测brca1/2基因突变的引物池及检测方法
CN108048553A (zh) 检测slc25a13基因突变的方法、引物和试剂盒
CN109593841A (zh) 检测f13a1基因突变的方法、试剂盒、寡核苷酸及其应用
CN104745697B (zh) 检测nf1基因第31‑34号全外显子的方法和引物
CN113025701B (zh) 非酒精性脂肪性肝病易感基因的早筛方法及试剂盒
CN106987642A (zh) 检测mpl基因全外显子的试剂盒和方法
CN105936940A (zh) 检测耳聋基因的核酸序列及其应用
CN109486938A (zh) 检测smn1和smn2基因突变的方法、引物及应用
CN109402234A (zh) 检测DMD A827T、DMD A5741T和DMD 6436 insC位点突变的引物和方法
CN108998525A (zh) 检测atrx基因位点突变的引物、方法和试剂盒
CN104862407A (zh) 检测ezh2基因的引物和方法
CN108048565A (zh) 一种检测ApoE基因多态性的引物及其检测方法和应用
CN106399567A (zh) 检测wrap53基因突变的引物及其应用
CN105755132A (zh) 检测was基因多态突变位点的方法、寡核苷酸和试剂盒
CN106222287A (zh) 检测ela2基因的方法和引物
CN109628563A (zh) 检测piga基因启动子区域4972a&gt;g突变位点的引物、试剂盒和方法
US20140378334A1 (en) Method for quantifying renal markers by assaying urine
CN107841554A (zh) 检测凝血因子xii(f12)基因突变的引物、试剂盒和方法
CN110144386A (zh) 用于检测pole基因突变的引物、探针及试剂盒
CN110656171A (zh) 小核仁核糖核酸snord33作为生物标记物用于制备检测试剂盒中的用途
CN114032303A (zh) 检测基因abcb11新突变的寡核苷酸和方法
CN108531573A (zh) 检测高铁血红蛋白血症cyb5r基因突变的引物、试剂盒和方法
CN107058531A (zh) 一种检测尼曼‑匹克病smpd1基因突变的试剂盒和方法
CN113215258A (zh) 一种用于检测结直肠癌相关基因甲基化的核酸组合物、试剂盒和检测方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20191022

RJ01 Rejection of invention patent application after publication