CN107841554A - 检测凝血因子xii(f12)基因突变的引物、试剂盒和方法 - Google Patents
检测凝血因子xii(f12)基因突变的引物、试剂盒和方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种检测与先天性凝血因子XII缺陷症有关的基因突变的引物和方法,其包括扩增检测凝血因子XII(F12)热点区域全外显子序列的14对引物;采用Sanger测序技术和测序引物。本发明可快速地将与先天性凝血因子XII缺陷症相关基因的突变检测出来。利用本发明完成的检测结果准确,可以辅助诊断先天性凝血因子XII缺陷症,对早期干预、早期治疗和产前诊断有重要的参考意义。
Description
技术领域
本发明属生命科学和生物技术领域,特别涉及检测与遗传性凝血因子XII(F12)有关的基因突变的引物和方法。
背景技术
先天性凝血因子XII缺陷症或称为Hageman特性,为常染色体隐性遗传,有近亲婚配史,男女都可患病。凝血因子XII是凝血反应中第1个启动的凝血因子,激活的凝血因子XII(FXIIa)在凝血过程中激活凝血因子XI,也激活纤溶系统,增强血管通透性。FXIIa在体内的抑制剂有活化补体C1抑制剂、纤溶酶原激活物抑制剂和抗凝血酶III(AT-III)。肝素具有加速AT-III对FXIIa抑制作用。凝血因子XII在血浆中处于不活动状态,血管损伤或内皮受损时,其与内皮下胶原接触被激活,启动内源性凝血系统。患者平日无出血倾向,仅在手术后或创伤后才有轻度出血表现,因为凝血因子XII缺乏时,凝血因子XI可替代凝血因子XII作为启动因子。凝血因子XII基因位于人5号染色体的短臂上。亚洲人本症发病率要高于其他人群。自20世纪80年代以来,凝血因子XII的基因突变相继被发现,从基因水平揭示出许多先天性凝血因子XII缺陷症的病因。Oguchi S等对来自日本的先天性凝血因子XII缺陷症病例进行突变分析和体外转染分析,发现因子XII Ala392Thr突变蛋白能够在胞内合成,但不能有效分泌到细胞外。
发明内容
本发明的目的是提供一种检测遗传性凝血因子XII(F12)基因多态突变热点的引物,采用PCR技术,可用于快速检测遗传性凝血因子XII(F12)缺陷症患者体内凝血因子XII(F12)基因多态位点的突变情况。所述检测凝血因子XII(F12)基因多态热点突变情况的引物,包括:
扩增凝血因子XII(F12)基因的引物,其碱基序列为:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC。
进一步地,还包括测序引物,其碱基序列为:
检测凝血因子XII(F12)基因的测序引物碱基序列为:
M13 F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13 R:AACAGCTATGACCATG。
进一步地,引物序列XII E1 F和XII E1 R是扩增凝血因子XII(F12)基因第1外显子序列的引物,引物序列XII E2 F和XII E2 R是扩增凝血因子XII(F12)基因第2外显子序列的引物,以此类推,引物序列XII E14 F和XII E14 R是扩增凝血因子XII(F12)基因第14外显子序列的引物。
本发明还提供了检测凝血因子XII(F12)基因全外显子突变情况的方法,包括以下步骤:
1.抽提外周血中的基因组DNA;
2.用PCR扩增步骤1中提取的DNA;
3.对步骤2中的扩增产物进行测序;
4.对测序结果进行判断,确定凝血因子XII(F12)基因是否发生突变;
其中PCR扩增引物为:
扩增凝血因子XII(F12)基因的引物,其碱基序列为:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC。
进一步地,测序引物碱基序列为:
M13 F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13 R:AACAGCTATGACCATG。
本发明还提供了一种检测凝血因子XII(F12)基因多态突变位点的试剂盒,包括:
(i)全血基因组DNA抽提试剂;
(ii)检测体系PCR扩增反应液;
(iii)测序体系试剂;
其中PCR扩增反应液引物为:
扩增凝血因子XII(F12)基因的引物,其碱基序列为:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC。
进一步地,测序引物碱基序列为:
M13 F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13 R:AACAGCTATGACCATG。
有益效果:本发明设计了扩增凝血因子XII(F12)14个外显子序列的引物。凝血因子XII(F12)基因的突变类型种类多且遍布整个基因,因此本发明所述引物在基因的内含子区域设计,这样既能将所述F12全部外显子序列都扩增出来,也保证无论这些外显子的何处位置发生突变,都不会出现漏检的情况。为了保证特异性,所述引物在设计上不存在前后引物错配的现象,就不会有二聚体及发夹结构的出现,同时,前引物和后引物的Tm相差不大,引物GC含量在40%—60%,可以增加引物的稳定性。通过加接头,使所有14对引物的PCR产物均可以用一种测序引物进行测序,简化了测序过程,而且此接头5′端为A/T碱基不仅可以降低错配的概率,还能增加引物稳定性,而且不会因为接头序列的添加与所设计引物产生二级结构及发夹结构。采用PCR技术,构建了稳定的扩增体系。通过调整引物浓度、退火温度等反应条件,可使扩增效率达到最佳。相比较荧光定量PCR法降低了检测的成本和难度。荧光定量PCR法要针对不同的突变类型设计多个探针,成本高,检测难度大。本发明的14对引物涵盖了凝血因子XII(F12)基因全部外显子区域,使得后续测序时的上下游引物均能测出目的片段,一定程度上保证了测序的准确性。
附图说明
图1为凝血因子XII(F12)基因在染色体上定位图。
图2为14对扩增引物1.5%琼脂糖凝胶电泳图,结果M为Marker DL500。如图2所示,引物扩增有效,且条带单一。
图3-图16为引物1-14的凝血因子XII(F12)外显子序列测序截图。
具体实施方式
下面结合具体实施例和附图,进一步阐述本发明。应当注意的是,实施例中未说明的常规条件和方法,通常按照所属领域实验人员常规采用方法:譬如,奥斯柏和金斯顿主编的《精编分子生物学实验指南》第四版,或者按照制造厂商所建议的步骤和条件。
实施例1
一种检测凝血因子XII(F12)基因多态突变位点的引物,该引物的设计是针对凝血因子XII(F12)全外显子设计的扩增引物,包括:
扩增凝血因子XII(F12)基因全外显子序列的引物,其碱基序列为:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC
一种检测凝血因子XII(F12)基因多态突变位点的试剂盒,包括
(i)全血基因组DNA抽提试剂;
(ii)检测体系PCR反应液;
(iii)测序体系试剂;
其中,外周血基因组DNA提取所用试剂盒由天根生物科技有限公司提供。检测体系PCR扩增反应液包括:
PCR所用KOD FOX由TOYOBO公司提供。引物由上海英潍捷基公司合成。
测序体系试剂包括:测序纯化液(ExoI:0.6U,CIP:1.2U)、EDTA(125mmol)、无水乙醇、75%乙醇、HIDI(高度去离子甲酰胺)、测序引物:M13F和M13R(3.2μm)。
实施例2
血液/细胞/组织基因组DNA抽提试剂盒(天根生物)的操作流程:
抽提人血液中的组织DNA:
1)抽取300μl血液加入900μl红细胞裂解液,颠倒混匀,室温放置5分钟,期间再颠倒混匀几次。12,000rpm离心1min,吸去上清,留下白细胞沉淀,加200μl缓冲液GA,振荡至彻底混匀。
2)加入20μl蛋白酶K溶液,混匀。
3)加入200μl缓冲液GB,充分颠倒混匀,70℃放置10分钟,溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的水珠。
4)加入200μl无水乙醇,充分振荡混匀15秒,此时可能会出现絮状沉淀,简短离心以去除管盖内壁的水珠。
5)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12,000rpm离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放回收集管中。
6)向吸附柱CB3中加入500μl缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。
7)向吸附柱CB3中加入700μl漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。
8)向吸附柱CB3中加入500μl漂洗液PW,12,000rpm离心30秒,倒掉废液。
9)将吸附柱CB3放回收集管中,12,000rpm离心2分钟,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
10)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加100μl洗脱缓冲液TE,室温放置2-5分钟,12,000rpm离心2分钟,将溶液收集到离心管中。
实施例3
按照实施例2抽提的血液样本DNA,然后利用实施例1中的扩增引物扩增凝血因子XII(F12)全外显子。扩增时在常规PCR仪上进行,详情如下所示:
取临床样品,按实施例2所述方法提取基因组、配制试剂并检测。同时做阳性,阴性,空白对照各一份。
(1)试剂配置:按检测人份数配置检测体系PCR反应液各Xμl,每人份18μl分装:
X=18μl反应液×(n份标本+1份阳性对照+1份阴性对照+1份空白对照)
n为检测标本数。
(2)加样:加入检测体系PCR反应液中2μl DNA;阳性对照和阴性对照直接加2μl阳性对照品和阴性对照品;空白对照加2μl生理盐水或不加任何物质。
PCR扩增体系试剂配制方法如下:
其中,引物序列为:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC
(3)扩增:检测在常规PCR仪上进行,可用仪器包括ABI veriti(美国AppliedBiosystems公司)等。反应条件如下:
(4)利用所获得的扩增产物,开展DNA电泳,电泳条件为1.5%琼脂糖凝胶电泳,110V,25min,凝胶成像系统观察。电泳结果如图2所示。
从左至右第1对引物E1扩增产物长度为276bp;第2对引物E2扩增产物长度为242bp;第3对引物E3扩增产物长度为261bp;第4对引物E4扩增产物长度为254bp;第5对引物E5扩增产物长度为258bp;第6对引物E6扩增产物长度为275bp;第7对引物E7扩增产物长度为329bp;第8对引物E8扩增产物长度为334bp;第9对引物E9扩增产物长度为354bp;第10对引物E10扩增产物长度为393bp;第11对引物E11扩增产物长度为350bp;第12对引物E12扩增产物长度为334bp;第13对引物E13扩增产物长度为291bp;第14对引物E14扩增产物长度为332bp。由图2可知,这14对引物扩增有效,且条带单一。
(5)Sanger测序:
取9μl PCR产物与2μl纯化体系。按照以下程序进行纯化:
将1μl纯化产物分别与上、下测序引物按照如下体系进行混合:
测序反应程序:
沉淀环节:
向完成测序反应的产物中加入2μl 125mmol的EDTA,静置5min;加入15μl无水乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心30min;倒置离心15sec,加入50ml70%乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心15min;倒置离心15sec,置于95℃金属浴上;加入10μl CBL后进行变性5min,最后-20℃2min上测序仪(ABI3730)测序。
(6)结果判断:分别将测序结果与凝血因子XII(F12)基因参考序列(Genbankaccn:NC_000005.10)进行比对,如图3~图16。根据实际突变情况对结果进行报告。
图3显示是该样本的F12基因第1外显子野生型测序截图,说明样本的该基因第1外显子未发生突变。
图4显示是该样本的F12基因第2外显子野生型测序截图,说明样本的该基因第2外显子未发生突变。
以此类推图5~图16分别显示是该样本的F12基因第3~14外显子野生型测序截图,说明样本的该基因第3~16外显子未发生突变。
从检测结果可以看出,本发明所述引物已经把F12基因热点区域外显子序列包括在内了,能够扩增出F12基因热点区域全部外显子,并且测序结果完全准确。由检测结果可知,这例样本的F12基因全外显子均为野生型。
序列表
<110> 南京艾迪康医学检验所有限公司
<120> 检测凝血因子XII(F12)基因突变的引物、试剂盒和方法
<160> 30
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tgtaaaacga cggccagtaa ggaagttgct ccacttggc 39
<210> 2
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aacagctatg accatgcatg gctcatggct gtgata 36
<210> 3
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tgtaaaacga cggccagtgg aagctgcaga ctagcaacag a 41
<210> 4
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
aacagctatg accatgacct agcaccaggt aggcacta 38
<210> 5
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tgtaaaacga cggccagtct tttcctgacc agaccctgag 40
<210> 6
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
aacagctatg accatgagca gagttccttg gacagaagg 39
<210> 7
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
tgtaaaacga cggccagtag gaactctgct tggagagag 39
<210> 8
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
aacagctatg accatgccag aatcccaggt gtgtgg 36
<210> 9
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
tgtaaaacga cggccagtag gttcaagaag ggccttggc 39
<210> 10
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
aacagctatg accatgcaac ctattctgta ggcccaggg 39
<210> 11
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tgtaaaacga cggccagttt gctggatact cggagacttg gc 42
<210> 12
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
aacagctatg accatggcac accacccggc ctcct 35
<210> 13
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tgtaaaacga cggccagtga tggttgggaa cgggccaggg a 41
<210> 14
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
aacagctatg accatgtctc atctgctttc cgcactctc 39
<210> 15
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tgtaaaacga cggccagttg cggaaagcag atgagaggga g 41
<210> 16
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
aacagctatg accatgttgt ccgggttcct gtagcca 37
<210> 17
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tgtaaaacga cggccagttg ggtgacccct ccgcccca 38
<210> 18
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
aacagctatg accatgccgg ctggccggaa tctagct 37
<210> 19
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
tgtaaaacga cggccagtga aggaggagcc gagagggc 38
<210> 20
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
aacagctatg accatgtgca gcgtggaagc tgcgct 36
<210> 21
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
tgtaaaacga cggccagtag gaagctggaa cacgggattg 40
<210> 22
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
aacagctatg accatggtcc gcatcctcct gaaggc 36
<210> 23
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
tgtaaaacga cggccagtcc cgtcagctac cagcacga 38
<210> 24
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
aacagctatg accatgtacc aaagtcgcgg gcttct 36
<210> 25
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
tgtaaaacga cggccagtga gcagctttgt ccatcgtcc 39
<210> 26
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
aacagctatg accatgcagc gctgtggacc tgagatt 37
<210> 27
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
tgtaaaacga cggccagtca ggtgagctct tagcccggt 39
<210> 28
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
aacagctatg accatgcttg ccttccatgc cccagcc 37
<210> 29
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
tgtaaaacga cggccagt 18
<210> 30
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
aacagctatg accatg 16
Claims (7)
1.检测凝血因子XII(F12)基因突变情况的引物,其特征在于,包括:
扩增凝血因子XII(F12)基因14个外显子序列的引物:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC。
2.如权利要求1所述的引物,其特征在于,还包括测序引物,其碱基序列为:
M13 F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13 R:AACAGCTATGACCATG。
3.如权利要求2所述的引物,其特征在于,引物序列M13-F和M13-R是测序凝血因子XII(F12)基因扩增产物1~14外显子序列的引物。
4.检测凝血因子XII(F12)基因多态热点突变情况的方法,包括以下步骤:
(1)抽提外周血中的基因组DNA;
(2)用PCR扩增步骤1中提取的DNA;
(3)对步骤2中的扩增产物进行测序;
(4)对测序结果进行判断,确定凝血因子XII(F12)基因是否发生突变;
其中PCR扩增引物为:
XII E1 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGAAGTTGCTCCACTTGGC
XII E1 R:AACAGCTATGACCATGCATGGCTCATGGCTGTGATA
XII E2 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGAAGCTGCAGACTAGCAACAGA
XII E2 R:AACAGCTATGACCATGACCTAGCACCAGGTAGGCACTA
XII E3 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTTTCCTGACCAGACCCTGAG
XII E3 R:AACAGCTATGACCATGAGCAGAGTTCCTTGGACAGAAGG
XII E4 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAACTCTGCTTGGAGAGAG
XII E4 R:AACAGCTATGACCATGCCAGAATCCCAGGTGTGTGG
XII E5 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGTTCAAGAAGGGCCTTGGC
XII E5 R:AACAGCTATGACCATGCAACCTATTCTGTAGGCCCAGGG
XII E6 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGCTGGATACTCGGAGACTTGGC
XII E6 R:AACAGCTATGACCATGGCACACCACCCGGCCTCCT
XII E7 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGATGGTTGGGAACGGGCCAGGGA
XII E7 R:AACAGCTATGACCATGTCTCATCTGCTTTCCGCACTCTC
XII E8 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGCGGAAAGCAGATGAGAGGGAG
XII E8 R:AACAGCTATGACCATGTTGTCCGGGTTCCTGTAGCCA
XII E9 F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGGGTGACCCCTCCGCCCCA
XII E9 R:AACAGCTATGACCATGCCGGCTGGCCGGAATCTAGCT
XII E10 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAAGGAGGAGCCGAGAGGGC
XII E10 R:AACAGCTATGACCATGTGCAGCGTGGAAGCTGCGCT
XII E11 F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGGAAGCTGGAACACGGGATTG
XII E11 R:AACAGCTATGACCATGGTCCGCATCCTCCTGAAGGC
XII E12 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCCGTCAGCTACCAGCACGA
XII E12 R:AACAGCTATGACCATGTACCAAAGTCGCGGGCTTCT
XII E13 F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGCAGCTTTGTCCATCGTCC
XII E13 R:AACAGCTATGACCATGCAGCGCTGTGGACCTGAGATT
XII E14 F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGTGAGCTCTTAGCCCGGT
XII E14 R:AACAGCTATGACCATGCTTGCCTTCCATGCCCCAGCC。
5.如权利要求4所述的方法,其特征在于,测序引物碱基序列为:
M13 F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13 R:AACAGCTATGACCATG。
6.一种检测凝血因子XII(F12)基因多态突变位点的试剂盒,包括:
(i)全血基因组DNA抽提试剂;
(ii)检测体系PCR扩增反应液;
(iii)测序体系试剂;
其中PCR扩增反应液引物为:如权利要求1所述的扩增凝血因子XII(F12)基因的引物。
7.如权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,还包括测序引物为:
M13 F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13 R:AACAGCTATGACCATG。
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