CN106222287A - 检测ela2基因的方法和引物 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种检测先天性中性粒细胞减少症患者ELA2基因突变的引物和方法,其包括扩增ELA2基因全外显子序列的引物;采用Sanger测序技术和测序引物。本发明可快速地将先天性中性粒细胞减少症患者体内ELA2基因全外显子的突变检测出来。利用本发明完成的检测结果准确,可以辅助诊断先天性中性粒细胞减少症,对早期干预、早期治疗和产前诊断有重要的参考意义。
Description
技术领域
本发明属生命科学和生物技术领域,特别涉及检测ELA2基因的引物和方法。
背景技术
先天性中性粒细胞减少症是一组异质性疾病,包括重型先天性中性粒细胞减少症(SCN)、周期性中性粒细胞减少症(CN)、网状组织发育不全等一系列疾病。近年来研究表明ELA2基因在中性粒细胞减少症中扮演重要角色。1999年Horwitz等确定CN的异常基因为19号染色体上的ELANE/ELA2基因,并且现在已确定几乎所有的CN患者均存在ELA2基因的突变。2000年Dale等发现,大多数常染色体显性遗传的SCN患者中存在中性粒细胞弹性蛋白酶基因(ELANE/ELA2)的突变。
ELA2基因位于19p13.3,由5个外显子组成,参与编码中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)。而NE是一种髓系细胞特异性丝氨酸蛋白酶,在中性粒细胞分化的早幼粒阶段产生,存在于成熟中性粒细胞的初级颗粒中,参与切割降解多种细菌蛋白,在先天防御中发挥重要作用,当NE发生突变时将引发“未折叠蛋白反应”(UPR)使粒细胞凋亡。有试验应用突变的ELA2基因转染U037细胞可诱导UPR发生,研究表明ELA2突变所导致的细胞ER应激反应会引发UPR,增加分子伴侣、ER相关的降解和促凋亡基因的转录,最终导致细胞凋亡。由于ELA2基因在中性粒细胞凋亡中扮演如此重要的角色,因此开展ELA2基因的突变检测项目显得十分必要。
发明内容
本发明的目的是提供一种检测ELA2基因多态突变热点的引物,采用PCR技术,可用于快速检测ELA2综合征患者体内ELA2基因多态位点的突变情况。所述检测ELA2基因多态热点突变情况的引物,包括:
扩增ELA2基因的引物,其碱基序列为:
ELA2-1F:TGTAAAACGACGGCCAGTATCTGACATTTGAATGCGATTG
ELA2-1R:AACAGCTATGACCATGGCACAGACAGACCTGGACTTG
ELA2-2/3F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGCCTCAGTTTCCTCATC
ELA2-2/3R:AACAGCTATGACCATGCGTTTCACAGAGGTGCAGAC
ELA2-4/5F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGAGGGTCATCATCACTG
ELA2-4/5R:AACAGCTATGACCATGCATTTTCAACACCCAATCACA
进一步地,还包括测序引物,其碱基序列为:
检测ELA2基因的测序引物碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG
进一步地,引物序列ELA2-1F和ELA2-1R是扩增ELA2基因第1外显子序列的引物,引物序列ELA2-2/3F和ELA2-2/3R是扩增ELA2基因第2、3外显子序列的引物,引物序列ELA2-4/5F和ELA2-4/5R是扩增ELA2基因第4、5外显子序列的引物。
本发明还提供了检测ELA2基因全外显子突变情况的方法,包括以下步骤:
1.抽提血液/中的DNA;
2.用PCR扩增步骤1中提取的DNA;
3.对步骤2中的扩增产物进行测序;
4.对测序结果进行判断,确定ELA2基因是否发生突变;
其中PCR扩增引物为:
扩增ELA2基因的引物,其碱基序列为:
ELA2-1F:TGTAAAACGACGGCCAGTATCTGACATTTGAATGCGATTG
ELA2-1R:AACAGCTATGACCATGGCACAGACAGACCTGGACTTG
ELA2-2/3F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGCCTCAGTTTCCTCATC
ELA2-2/3R:AACAGCTATGACCATGCGTTTCACAGAGGTGCAGAC
ELA2-4/5F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGAGGGTCATCATCACTG
ELA2-4/5R:AACAGCTATGACCATGCATTTTCAACACCCAATCACA
进一步地,测序引物碱基序列为:
检测ELA2基因的测序引物碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG
本发明还提供了一种检测ELA2基因多态突变位点的试剂盒,包括:
(i)血液DNA抽提试剂;
(ii)检测体系PCR扩增反应液;
(iii)测序体系试剂;
其中PCR扩增反应液引物为:
(ⅰ)扩增ELA2基因的引物,其碱基序列为:
ELA2-1F:TGTAAAACGACGGCCAGTATCTGACATTTGAATGCGATTG
ELA2-1R:AACAGCTATGACCATGGCACAGACAGACCTGGACTTG
ELA2-2/3F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGCCTCAGTTTCCTCATC
ELA2-2/3R:AACAGCTATGACCATGCGTTTCACAGAGGTGCAGAC
ELA2-4/5F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGAGGGTCATCATCACTG
ELA2-4/5R:AACAGCTATGACCATGCATTTTCAACACCCAATCACA
进一步地,测序引物碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG
有益效果:本发明设计了扩增ELA2全部5个外显子序列的引物。通过加接头,使所有3对引物的PCR产物均可以用一种测序引物进行测序。采用PCR技术,构建了稳定的扩增体系。通过调整引物浓度、退火温度等反应条件,可使扩增效率达到最佳。ELA2基因的突变类型种类多且遍布整个基因,因此本发明所述引物既能将所述ELA2全外显子序列都扩增出来,也保证无论这些外显子的何处位置发生突变,都不会出现漏检的情况。相比较荧光定量PCR法降低了检测的成本和难度。荧光定量PCR法要针对不同的突变类型设计多个探针,成本高,检测难度大。本发明设计的3对引物涵盖了ELA2基因全部5个外显子区域,在使用尽量少引物条件下确保了每对引物所扩增的产物长度低于1000bp,使得后续测序时的上下游引物均能测出目的片段,一定程度上保证了测序的准确性。
附图说明
图1为ELA2基因在染色体上定位图
图2为ELA2-1F/R、ELA2-2/3F/R、ELA2-4/5F/R的电泳图,M为Marker DL2000,1-3为送检的血液样本1-3号,如图2所示,引物ELA2-1F/R、ELA2-2/3F/R、ELA2-4/5F/R扩增有效,且条带单一。
图3、4、5分别为样本1的ELA2第1、2/3、4/5号外显子野生型测序截图。
具体实施方式
下面结合具体实施例和附图,进一步阐述本发明。应当注意的是,实施例中未说明的常规条件和方法,通常按照所属领域实验人员常规采用方法:譬如,奥斯柏和金斯顿主编的《精编分子生物学实验指南》第四版,或者按照制造厂商所建议的步骤和条件。
实施例1
一种检测ELA2基因多态突变位点的引物,该引物的设计是针对ELA2全外显子设计的扩增引物,包括:
扩增ELA2基因全外显子序列的引物,其碱基序列为:
ELA2-1F:TGTAAAACGACGGCCAGTATCTGACATTTGAATGCGATTG
ELA2-1R:AACAGCTATGACCATGGCACAGACAGACCTGGACTTG
ELA2-2/3F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGCCTCAGTTTCCTCATC
ELA2-2/3R:AACAGCTATGACCATGCGTTTCACAGAGGTGCAGAC
ELA2-4/5F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGAGGGTCATCATCACTG
ELA2-4/5R:AACAGCTATGACCATGCATTTTCAACACCCAATCACA
一种检测ELA2基因多态突变位点的试剂盒,包括
(i)血液DNA抽提试剂;
(ii)检测体系PCR反应液;
(iii)测序体系试剂;
其中,组织DNA抽提试剂可购自天根DNA抽提试剂盒等商品化试剂。
检测体系PCR扩增反应液包括:2×PCR Buffer;2mM dNTPs;KOD FX DNAPolymerase(1U/μl);ELA2基因5个外显子序列的上、下游引物ELA2-1-F(10μM)、ELA2-1-R(10μM)、ELA2-2/3-F(10μM)、ELA2-2/3-R(10μM)、ELA2-4/5-F(10μM)、ELA2-4/5-R(10μM)。
测序体系试剂包括:测序纯化液(ExoI:0.6U,CIP:1.2U)、EDTA(125mmol)、无水乙醇、75%乙醇、HIDI(高度去离子甲酰胺)、测序引物:检测ELA2基因全外显子序列的上、下游引物分别为M13-F(3.2μm)、M13-R(3.2μm),以及Bigdye Terminator V3.1(购买自美国Applied Biosystems公司)。
实施例2
血液/细胞/组织基因组DNA抽提试剂盒(天根生物)的操作流程:
(1)抽提血液中的组织DNA:1)抽取300μl血液加入900μl红细胞裂解液,颠倒混匀,室温放置5分钟,期间再颠倒混匀几次。12,000rpm离心1min,吸去上清,留下白细胞沉淀,加200μl缓冲液GA,振荡至彻底混匀。2)加入20μl蛋白酶K溶液,混匀。3)加入200μl缓冲液GB,充分颠倒混匀,70℃放置10分钟,溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的水珠。4)加入200μl无水乙醇,充分振荡混匀15秒,此时可能会出现絮状沉淀,简短离心以去除管盖内壁的水珠。5)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12,000rpm离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放回收集管中。6)向吸附柱CB3中加入500μl缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。7)向吸附柱CB3中加入700μl漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm离心30秒,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。8)向吸附柱CB3中加入500μl漂洗液PW,12,000rpm离心30秒,倒掉废液。9)将吸附柱CB3放回收集管中,12,000rpm离心2分钟,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。10)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加100μl洗脱缓冲液TE,室温放置2-5分钟,12,000rpm离心2分钟,将溶液收集到离心管中。
(2)试剂配置:按检测人份数配置检测体系PCR反应液各Xμl,每人份19μl分装:
X=19μl反应液×(n份标本+1份空白对照)
n为检测标本数。
(3)加样:加入检测体系PCR反应液中1μl DNA;空白对照加1μl生理盐水或不加任何物质。
(4)扩增:检测在常规PCR仪上进行,可用仪器包括ABI veriti(美国AppliedBiosystems公司)等。反应条件如下:
PCR扩增体系试剂配制方法如下:
其中,引物序列为:
(5)电泳:1.5%琼脂糖凝胶电泳,110V,25min,凝胶成像系统观察。
如图2所示,即为3例血液样本以ELA2-1F/R、ELA2-2/3F/R、ELA2-4/5F/R引物扩增后所得产物的电泳图谱。本发明扩增的片段长度分别为550bp、882bp、786bp,通过电泳图的分析表明本发明所述ELA2-1F/R、ELA2-2/3F/R、ELA2-4/5F/R扩增有效,且条带单一。
(6)Sanger测序:
取9μl PCR产物与2μl纯化体系。按照以下程序进行纯化:
将1μl纯化产物分别与上、下测序引物按照如下体系进行混合:
测序反应程序:
沉淀环节:
向完成测序反应的产物中加入2μl 125mmol的EDTA,静置5min;加入15 l无水乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心30min;倒置离心15sec,加入50l70%乙醇,漩涡混匀;3700rpm离心15min;倒置离心15sec,置于95℃金属浴上;加入10μl Hi-Di后进行变性试验。变性程序:
变性程序结束后,上测序仪(ABI3730)测序。
(7)结果判断:分别将测序结果与ELA2野生型参考序列(Genbank accn:NC_000019.10)进行比对,根据实际突变情况对结果进行报告。
实施例3
取3例的临床样本(样本编号为1-3)按实施例1和2的试剂和方法提取基因组、配制试剂、扩增和测序。每份样本加入检测体系PCR反应液中1μl。电泳结果如图2所示,表明本发明所述引物ELA2-1F/R、ELA2-2/3F/R、ELA2-4/5F/R对血液样本能有效扩增,且条带单一。
样本1的检测结果如图3、4、5所示:
图3显示是样本1的ELA2 1号外显子野生型测序截图,说明样本1的1号外显子未发生突变。
图4显示是样本1的ELA2 2、3号外显子野生型测序截图,说明样本1的2、3号外显子未发生突变。
图5显示是样本1的ELA2 4、5号外显子野生型测序截图,说明样本1的4、5号外显子未发生突变。
从检测结果可以看出,本发明所述引物已经把外显子序列包括在内了,能够扩展出ELA2基因全部5个外显子,并且测序结果完全准确。本发明所述引物可以准确的扩展出ELA2基因全外显子,无论是野生型还是突变型。对阳性标本的检测表明本发明所述引物和方法及试剂盒能够检测出ELA2基因突变。
Claims (6)
1.检测ELA2基因突变情况的引物,其特征在于,包括:
扩增ELA2基因的引物,其碱基序列为:
ELA2-1F:TGTAAAACGACGGCCAGTATCTGACATTTGAATGCGATTG
ELA2-1R:AACAGCTATGACCATGGCACAGACAGACCTGGACTTG
ELA2-2/3F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGCCTCAGTTTCCTCATC
ELA2-2/3R:AACAGCTATGACCATGCGTTTCACAGAGGTGCAGAC
ELA2-4/5F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGAGGGTCATCATCACTG
ELA2-4/5R:AACAGCTATGACCATGCATTTTCAACACCCAATCACA。
2.如权利要求1所述的引物,其特征在于,还包括测序引物,所述测序碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG。
3.如权利要求1所述的引物,其特征在于,引物序列ELA2-1F和ELA2-1R是扩增ELA2基因第1外显子序列的引物,引物序列ELA2-2/3F和ELA2-2/3R是扩增ELA2基因第2、3外显子序列的引物,引物序列ELA2-4/5F和ELA2-4/5R是扩增ELA2基因第4、5外显子序列的引物。
4.如权利要求2所述的引物,其特征在于,引物序列M13-F和M13-R是测序ELA2基因扩增产物全外显子序列的引物。
5.检测ELA2基因多态热点突变情况的方法,包括以下步骤:
(1)抽提血液中的组织DNA;
(2)用PCR扩增步骤1中提取的DNA;
(3)对步骤2中的扩增产物进行测序;
(4)对测序结果进行判断,确定ELA2基因是否发生突变;
其中PCR扩增引物为:
ELA2-1F:TGTAAAACGACGGCCAGTATCTGACATTTGAATGCGATTG
ELA2-1R:AACAGCTATGACCATGGCACAGACAGACCTGGACTTG
ELA2-2/3F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGCCTCAGTTTCCTCATC
ELA2-2/3R:AACAGCTATGACCATGCGTTTCACAGAGGTGCAGAC
ELA2-4/5F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGAGGGTCATCATCACTG
ELA2-4/5R:AACAGCTATGACCATGCATTTTCAACACCCAATCACA。
6.如权利要求5所述的方法,其特征在于,测序引物碱基序列为:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG。
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