CN108411028B - 水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 - Google Patents
水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108411028B CN108411028B CN201810507997.8A CN201810507997A CN108411028B CN 108411028 B CN108411028 B CN 108411028B CN 201810507997 A CN201810507997 A CN 201810507997A CN 108411028 B CN108411028 B CN 108411028B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- skc1
- rice
- gene
- molecular marker
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 title claims abstract description 63
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 title claims abstract description 63
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title claims abstract description 24
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 22
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 title 1
- 241000209094 Oryza Species 0.000 claims abstract description 62
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 16
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims abstract description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 13
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 13
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims description 7
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 7
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 2
- 101000613883 Streptomyces lividans pH-gated potassium channel KcsA Proteins 0.000 abstract description 59
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 abstract description 24
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 abstract description 6
- 238000009394 selective breeding Methods 0.000 abstract 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 abstract 1
- 230000015784 hyperosmotic salinity response Effects 0.000 description 24
- 239000002585 base Substances 0.000 description 16
- 239000000463 material Substances 0.000 description 11
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- 238000011160 research Methods 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 4
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- 241001237160 Kallima inachus Species 0.000 description 3
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 3
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 101100420795 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) sck1 gene Proteins 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 241000242583 Scyphozoa Species 0.000 description 1
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 238000012271 agricultural production Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000012938 design process Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000010453 quartz Substances 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N silicon dioxide Inorganic materials O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了水稻耐盐基因SKC1基因内特异共显性SNP分子标记引物及应用。申请人通过将不同等位基因测序及序列比对鉴定到一个SKC1基因内特异性SNP位点并开发了一套鉴定该SNP的分子标记引物，分别为1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG;1451R:AATGTCCCAGGCCAGAGTA。利用该引物对水稻DNA进行PCR扩增，可快速判断待测水稻SKC1的基因型。方法简便快速、成本低廉，可广泛应用于分子标记辅助选择育种或者水稻种质资源SKC1基因型鉴定。
Description
技术领域
本发明属于分子遗传学领域，具体涉及水稻耐盐基因SKC1基因内特异共显性SNP分子标记引物及应用，本发明提供的分子标记引物适于在水稻育种中对SKC1基因型的大量筛选以及从水稻种质资源中筛选新的SKC1基因型耐盐亲本。
技术背景
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，世界上有一半以上的人口以稻米为主食。水稻生长过程中可能会遇到多种逆境，影响到其产量以及品质，包括寒冷、高盐、干旱、病虫害等逆境都会对水稻生长造成严重的影响，因此研究提高抗逆性是水稻高产稳产的重要途径与手段。中国有着约2000万公顷的盐碱土地，这些盐碱化土地严重阻碍了我国的农业生产以及粮食供应。因此，水稻耐盐性的深入研究以及水稻耐盐品种的培育，对于扩大水稻种植区域、提高盐碱区域水稻种植产量和保证盐碱稻区粮食安全生产有着十分重要的意义。
SKC1是第一个被图位克隆的水稻耐盐基因(Ren ZH et al.A rice quantitativetrait locus for salt tolerance encodes a sodium transporter.Nature Genetics,2005,37,1141-1146)，它的供体亲本来源于高度耐盐籼稻品种Nona Bokra，对在盐胁迫下，它通过维持水稻地上部K+，调节K+的动态平衡来提高水稻的耐盐性。SKC1对表型变异的贡献率达到40.1％，位于水稻1号染色体，是一个水稻耐盐的主效QTL。将SKC1导入到水稻优良骨干品种中，培育耐盐性好的新品种，具有较好的应用前景。
分子标记是一种快速、简便、成本低廉并可在水稻生长早期进行无损检测的一种技术，但目前还没有对SKC1基因内特异性共显性分子标记报导。本研究通过对耐盐性不同的品种的SKC1等位基因进行了PCR扩增、等位基因重测序，最终在SKC1基因ATG启动子后+994bp处获得一个特异性SNP位点，SKC1耐盐等位基因型为G碱基，其余基因型均为C碱基，针对该SNP位点设计引物，可以在水稻生长早期进行非破坏性检测，具有简单、准确、成本低等一系列优点，适于在育种中对群体大量筛选以及对于水稻种质资源中SKC1等位基因型鉴定。
发明内容
本发明的目的在于提供了水稻耐盐基因SKC1基因内特异性SNP分子标记引物，为：1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG；1451R:AATGTCCCAGGCCAGAGTA。引物特异性好，扩增效率高，可用于水稻耐盐基因SKC1的基因型鉴定。
本发明的另一个目的是提供了水稻耐盐基因SKC1特异性SNP分子标记引物的应用，利用该引物可以有效的对耐盐基因SKC1进行基因型选择，既可以用于水稻资源的筛选鉴定，又可以用于水稻耐盐基因SKC1的分子育种。
为了实现上述目的，本发明采取了以下技术措施：
本发明技术方案采取以下思路：SKC1位于水稻第1号染色体的短臂，cDNA全长2160bp，包含有3个外显子，编码一个由554氨基酸组成的蛋白产物，产物含有跨膜结构域。本研究通过对耐盐性不同的品种的SKC1等位基因进行了PCR扩增、等位基因重测序，最终在SKC1基因ATG启动子后+994bp处获得一个特异性SNP位点，SKC1耐盐等位基因型为G碱基，skc1感盐基因型为C碱基；因此，通过设计特异性引物对该SNP位点特异性扩增即可实现SKC1等位基因的鉴定。
针对上述位点，申请人设计的引物为：1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG；1451R:AATGTCCCAGGCCAGAGTA。
水稻耐盐基因SKC1基因内特异性SNP共显性分子标记引物的应用，包括利用本发明提供的引物用于水稻资源的筛选鉴定，或者用于水稻耐盐基因SKC1的分子育种，或是制备成耐盐基因SKC1的检测试剂盒；
以上所述的应用中，优选的，应用过程包括：
利用1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG；1451R:AATGTCCCAGGCCAGAGTA，对水稻DNA进行PCR扩增；纯合SCK1基因型扩增出430bp条带，其余等位基因类型扩增条带为320bp条带，杂合型的扩增条带为430bp和320bp条带。
与现有技术相比，本发明具有以下优点：
1.申请人设计引物对SKC1来源材料的SKC1编码区的等位基因进行了PCR扩增、等位基因重测序，最终在SKC1基因ATG启动子后+994bp处获得一个SKC1特异性SNP位点，SKC1等位基因型为G碱基，skc1基因型均为C碱基。
2.对单个SNP位点检测常用的方法有测序、荧光定量PCR方法，仪器设备较贵，检测成本较高，PCR-CTPP方法需要在SNP位点设计两对引物，本发明利用目标基因内SNP位点及下游特异序列开发出只需要一对引物即可进行SNP分型的特异性共显性分子标记，方法更简便，成本更低。
3.利用该引物进行SKC1分子标记辅助选择(MAS)回交改良，可以在水稻生长早期进行非破坏性检测，具有简单、准确、成本低等一系列优点，适于在育种中对群体大量筛选以及对于水稻种质资源中SKC1等位基因型鉴定。
附图说明
图1为利用PCR-CTPP方法对水稻SKC1基因内特异性SNP位点扩增示意图。
图2为PCR-CTPP的两对引物分开对不同SKC1基因型DNA模板PCR扩增的电泳图
M：DL2000DNA marker；泳道1、5、9的模板为明恢63；泳道2、6、10的模板为广陆矮4号；泳道3、7、11的模板为成农水晶；泳道4、8、12的模板为9311；泳道1～4引物组合为：811F+1039IR；泳道5～8的引物组合为811F+1451R；泳道9～12的引物组合为：1039IF+1451R。
图3为SKC1特异性分子标记对目标SNP位点分离的核心种质检测
M：DL2000DNA marker；泳道1和2是作为对照组的明恢63和广陆矮4号；泳道3～24的部分材料是：朝阳一号B、L301B、青四矮16B、献改B、江农早1号、京虎B、黎明B、包协-7B、珍汕97B、88B、包二幅、中楼一号1、兴国、雷火占、台中65号、台中在来1号、麻麻谷、梅花糯、水原300粒、叶里藏花、卫国、六十早。
具体实施方式
本实施例中未特别说明的实验方法即为分子生物学常规方法。本研究所用Taq酶及dNTP产自北京全式金生物技术有限公司，其余均为常规生化试剂。
实施例1：
SKC1基因内特异SNP共显性分子标记的获得：
申请人通过对耐盐性不同的品种(例如明恢63、日本晴及广陆矮4号等)的SKC1等位基因进行了PCR扩增、等位基因重测序在SKC1基因ATG启动子后+994bp处获得一个特异性SNP位点，SKC1耐盐等位基因型为G碱基，skc1感盐基因型为C碱基；针对该SNP设计引物，为利用1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG；1451R:AATGTCCCAGGCCAGAGTA。
引物设计过程如下(图1，表1)：
在设计C型等位基因鉴定引物时，最开始是根据PCR-CTPP(polymerase chainreaction with confronting two-pair primers)方法原理，首先在该SNP位点上游设计了正向引物811F，以该SNP位点C的互补碱基G作为3’端在该位点设计反向引物1039IR(表1)，理论上1039IR的3’端的G碱基与C型等位基因材料正常结合扩增而与G型材料形成G/G错配无法扩增，但实验结果表明该错配并不能完全区分两种基因型，在G型材料中也有较微弱的扩增，因此为增强该引物特异性在1039IR的倒数第三位引入了一个错配碱基C/C增强其特异性，结果表明该引物只有与C型等位基因材料扩增时有一条234bp条带，与G型材料没有条带扩增；在设计G型等位基因鉴定引物时，该SNP位点的G碱基作为3’端在该位点设计正向引物1039IF(表1)，以该SNP位点下游设计反向引物1451R，同理为增强该引物特异性在PR的倒数第三位引入了一个错配碱基G/T增强其特异性，发现1039IF/1451R引物对，在G等位基因材料扩增时有430bp的目的带型，在C型等位基因材料扩增时出现了稳定的320bp的条带(图2)；对这430bp和320bp的条带进行分离测序后发现，在目标SNP G/C的下游110bp有一段序列与引物1039IF有一定错配的序列(3’端连续7个碱基可以匹配)，基因型为C的时候目标位点不能扩增能够结合该区域扩增出320bp条带，基因型为G的时候目标序列能够匹配能够结合扩增出320bp条带；SKC1基因型为G/C杂合时有430bp和320bp两个条带。因此1039IF/1451R引物对可以作为一个特异的SNP共显性分子标记来对SKC1进行基因型鉴定。
表1引物序列
实施例2：
水稻耐盐基因SKC1基因内特异性SNP共显性分子标记引物的应用，应用方法包括：
1)按照本领域的常规方式提取待测水稻基因的DNA；
2)PCR：
PCR反应体系为15μL，含1.5μL 10×Buffer，1.0μL dNTPs(10mmol/L)，引物1039IF和1451R为0.2μL；Taq酶0.2μL(5U/μL)，2.0μL模板DNA(50ng/μL)，其余用ddH2O补齐；
1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG；1451R:AATGTCCCAGGCCAGAGTA；
PCR反应程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火40s，72℃延伸40s，共35个循环；72℃延伸5min，扩增产物在1.5％琼脂糖凝胶中电泳，用凝胶成像仪扫描记录结果。
3)判定：
纯合SCK1基因型扩增出430bp条带，为纯合耐盐基因植株，其余等位基因类型扩增条带为320bp条带，杂合型的扩增条带为430bp和320bp条带。
实施例3：
水稻耐盐基因SKC1特异性分子标记引物的应用，包括以下步骤：
1)生物材料
亲本对照为明恢63(SKC1，GG基因型)、广陆矮4号(skc1，CC基因型))，检测材料为160份中国栽培稻微核心种质。中国栽培稻微核心种质是在6万多份中国稻种资源中筛选出来的最具代表性的品种0.3％的品种保存了全部品种超过70％的标记多态性和表型多态性。CTAB方法提取上述材料的DNA。
2)按照实施例2的方法对DNA进行PCR扩增，并进行结果分析
160个品种中，出现与耐盐对照SKC1一样的条带有73个(GG基因型)，占总数的45.6％(部分结果见图3)，说明SKC1基因在国内水稻种质中分布频率较高，但是不注重选择也容易丢失。在三叶期以含有0.5％浓度NaCl的营养液进行耐盐处理15天，考察耐盐指数，考察方法参考国际水稻研究所(IRRI)提出的鉴定标准，评分标准如下：
盐害症状目测法分级标准与平均死叶百分比分级标准
死叶率(％)＝(供试值株总死叶率/供试值株总叶片数)×100％
结果表明，73个GG型品种的平均耐盐指数是5.2，87个CC型品种的平均耐盐指数6.8(耐盐性1级最高，9级最低)，两种基因型表型的差异达到显著水平(p<0.01)，这个位点可以解释耐盐性34.8％的变异。说明水稻耐盐性是一个复杂的多基因控制的性状，SKC1是其中的一个主效基因。SKC1特异分子标记的开发将为我国水稻品种的耐盐抗性改良提供便利，本发明提供的引物，可用于有效的对耐盐基因SKC1进行基因型选择，既可以用于水稻耐盐种质资源的鉴定筛选，又可以用于水稻耐盐基因SKC1的分子育种。
实施例4：
水稻耐盐基因SKC1特异性分子标记引物的应用，包括以下步骤：
本实施例是利用F2群体对水稻耐盐基因SKC1特异性分子标记引物的效果验证
1)生物材料
P1、P2为目标SNP位点分别为C和G碱基的亲本明恢63(SKC1)、广陆矮4号(skc1)，明恢63(SKC1)、广陆矮4号(skc1)杂交构建的F2群体。
2)PCR
PCR体系同实施例2。
3)结果分析
P1、P2分别为亲本明恢63(SKC1，SNP位点为GG)、广陆矮4号(skc1，SNP位点为CC)，利用亲本明恢63(SKC1)、广陆矮4号(skc1)杂交构建了F2群体，通过对180个F2单株基因型检测表明，3种不同基因型的分离比为42CC：88CG：50GG，经卡方检验符合1:2:1的孟德尔单基因分离比(χ2＝0.80<χ2 0.05＝5.99)，因此该标记为共显性标记，可以将两种不同的纯合子以及杂合子区分开，检测位点同时表现为单基因分离。
序列表
<110> 湖北省农业科学院粮食作物研究所
<120> 水稻耐盐基因SKC1基因内特异SNP共显性分子标记引物及应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gcggcggcga gggctgcg 18
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aatgtcccag gccagagta 19
Claims (4)
1.水稻耐盐基因SKC1基因内特异共显性SNP分子标记引物，为:1039IF:GCGGCGGCGAGGGCTGCG和1451R: AATGTCCCAGGCCAGAGTA。
2.一种对水稻耐盐基因SKC1的鉴定方法，包括：利用1039IF: GCGGCGGCGAGGGCTGCG;1451R: AATGTCCCAGGCCAGAGTA，对水稻DNA进行PCR扩增；纯合SCK1基因型扩增出430bp条带，其余等位基因类型扩增条带为320bp条带，杂合型的扩增条带为430bp和320bp条带。
3.权利要求1所述的引物在水稻耐盐基因分子育种中的应用。
4.权利要求1所述的引物在水稻资源的筛选鉴定中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810507997.8A CN108411028B (zh) | 2018-05-24 | 2018-05-24 | 水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810507997.8A CN108411028B (zh) | 2018-05-24 | 2018-05-24 | 水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108411028A CN108411028A (zh) | 2018-08-17 |
| CN108411028B true CN108411028B (zh) | 2020-06-09 |
Family
ID=63140506
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810507997.8A Active CN108411028B (zh) | 2018-05-24 | 2018-05-24 | 水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108411028B (zh) |
Families Citing this family (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109371162A (zh) * | 2018-12-14 | 2019-02-22 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 与水稻耐盐性相关的snp分子标记及其应用 |
| CN110628936B (zh) * | 2019-10-24 | 2022-06-21 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 水稻成株期耐盐基因LOC_Os03g28300的分子标记方法及应用 |
| CN111378781A (zh) * | 2020-04-28 | 2020-07-07 | 山东省水稻研究所 | 一种快速高效鉴别水稻耐盐基因skc1的分子标记引物及应用 |
| CN112048568B (zh) * | 2020-10-13 | 2023-10-03 | 湖北省农业科学院粮食作物研究所 | 玉米苗期耐渍主效QTL qWT7.02的获得及其分子标记引物的开发及应用 |
| CN112458199B (zh) * | 2020-12-24 | 2021-11-16 | 华智生物技术有限公司 | 一种水稻耐盐基因skc1的snp分子标记及其应用 |
| CN112813185A (zh) * | 2021-02-20 | 2021-05-18 | 嘉兴市农业科学研究院 | 一种用于鉴别水稻耐储藏基因lox3基因型的引物组合物、试剂盒及方法 |
| CN113462805B (zh) * | 2021-08-05 | 2023-12-29 | 浙江大学中原研究院 | 一种与大麦耐盐性相关的snp分子标记及其应用 |
| CN114214454B (zh) * | 2022-02-10 | 2024-03-26 | 黑龙江省农业科学院耕作栽培研究所 | 水稻低温萌发基因ctg6的分子标记及其应用 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103103270A (zh) * | 2013-01-23 | 2013-05-15 | 中国水稻研究所 | 检测控制水稻耐盐等位基因的特异性pcr分子标记 |
-
2018
- 2018-05-24 CN CN201810507997.8A patent/CN108411028B/zh active Active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103103270A (zh) * | 2013-01-23 | 2013-05-15 | 中国水稻研究所 | 检测控制水稻耐盐等位基因的特异性pcr分子标记 |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| Recent Progress on Rice Genetics in China;Hua Jiang，et al;《Journal of Integrative Plant Biology》;20071231;第49卷(第6期);第776-790页 * |
| TILLING 技术在水稻耐盐基因SKC1突变体筛选中的应用;王彩芬，等;《作物杂志》;20130531;第66-70页 * |
| 一种基于错配技术的SNP分型方法的改良;王柯，等;《遗传》;20110228;第33卷(第2期);摘要，第183页左栏第2段，第1.2.2和3.2节 * |
| 水稻耐盐基因SKC1 特异性CAPS标记的开发与验证;王彩芬，等;《分子植物育种》;20151231;第13卷(第11期);摘要、第2438页左栏第3段、第1.2节及第2440页表2 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108411028A (zh) | 2018-08-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108411028B (zh) | 水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 | |
| CN106755480B (zh) | 一种鉴定嘎拉苹果后代植株的ssr分子标记i及其应用 | |
| CN109468315B (zh) | 水稻耐淹基因Sub1共显性分子标记及应用 | |
| US20080028480A1 (en) | Markers for Salinity Tolerance in Wheat Plants and the Use Thereof in Breeding Programs | |
| CN107488659B (zh) | 一种与柑橘果皮红黄颜色性状相关的序列及其应用 | |
| CN107227373B (zh) | 一种粳稻抗倒伏基因的snp功能分子标记及应用 | |
| CN110904266A (zh) | 玉米茎秆抗倒伏性qtl的鉴定及分子标记的开发与应用 | |
| CN106498068B (zh) | 一种与烟草tmv抗性基因n紧密连锁的共显性ssr标记及其应用 | |
| CN107385053A (zh) | 一种鉴定水稻产生als基因突变的四引物分子标记方法 | |
| KR101822995B1 (ko) | 쥬빌리계 수박 호피 무늬 형질 선발용 dna 마커 | |
| US20130254927A1 (en) | Molecular markers for low palmitic acid content in sunflower (helianthus annus), and methods of using the same | |
| CN105543366B (zh) | 水稻抗稻瘟病基因Pi25基因内特异SNP共显性分子标记开发及应用 | |
| CN106755413B (zh) | 水稻氮素吸收利用位点qNUE6及其分子标记方法 | |
| CN110551843B (zh) | 可区分烟草抗斑萎病位点rtsw纯合杂合基因型的共显性标记引物、区分方法及其应用 | |
| CN109811077B (zh) | 与小麦矮秆基因紧密连锁的kasp标记及其应用 | |
| CN109554494B (zh) | 水稻抗褐飞虱bph9复等位基因的通用共显性分子标记及其检测方法和应用 | |
| CN107287210B (zh) | 一种水稻外观品质基因qAQ7及其分子标记方法和应用 | |
| CN111394502B (zh) | 鉴定大豆RN型CMS恢复基因的InDel标记及方法 | |
| CN110106270B (zh) | 一种与甜瓜黄色种皮共分离的分子标记及其应用 | |
| CN109652582B (zh) | 用于鉴定沪玉糯3号糯玉米的snp分子标记及其应用 | |
| CN109234438B (zh) | 与黄瓜无限生长型基因共分离的分子标记Indel-De3 | |
| CN116814846B (zh) | 与东乡普通野生稻耐盐基因qSST4相连锁的分子标记及其应用 | |
| CN111500761B (zh) | 一种与辣椒叶色黄化基因连锁的分子标记及应用 | |
| CN111304359B (zh) | 一种与水稻种子萌发耐盐紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN110484651B (zh) | 一种小麦产量相关基因TaNRT2-6D中的分子标记及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract | ||
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |
Application publication date: 20180817 Assignee: Hubei Changkai Seed Industry Co.,Ltd. Assignor: HUBEI ACADEMY OF AGRICULTURAL SCIENCES INSTITUTE OF FOOD CROPS Contract record no.: X2022420000056 Denomination of invention: Specific SNP codominant molecular marker primers in the SKC1 gene of salt tolerance in rice and their application Granted publication date: 20200609 License type: Common License Record date: 20220713 |
|
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |
Application publication date: 20180817 Assignee: WUHAN HONGGENG SEED INDUSTRY CO.,LTD. Assignor: HUBEI ACADEMY OF AGRICULTURAL SCIENCES INSTITUTE OF FOOD CROPS Contract record no.: X2022420000066 Denomination of invention: Co dominant molecular marker primers for specific SNPs in rice salt tolerant gene SKC1 and their application Granted publication date: 20200609 License type: Common License Record date: 20220728 |
|
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract | ||
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |
Application publication date: 20180817 Assignee: Hubei Longshangyuan Seed Technology Co., Ltd. Assignor: HUBEI ACADEMY OF AGRICULTURAL SCIENCES INSTITUTE OF FOOD CROPS Contract record no.: X2022420000068 Denomination of invention: Primer and application of specific SNP co-dominant molecular marker in rice salt tolerance gene SKC1 Granted publication date: 20200609 License type: Common License Record date: 20220801 Application publication date: 20180817 Assignee: Hubei huazhixia Seed Co.,Ltd. Assignor: HUBEI ACADEMY OF AGRICULTURAL SCIENCES INSTITUTE OF FOOD CROPS Contract record no.: X2022420000067 Denomination of invention: Primer and application of specific SNP co-dominant molecular marker in rice salt tolerance gene SKC1 Granted publication date: 20200609 License type: Common License Record date: 20220728 |
|
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract | ||
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |
Application publication date: 20180817 Assignee: ZHONGKEN JINXIU HUANONG WUHAN TECHNOLOGY CO.,LTD. Assignor: HUBEI ACADEMY OF AGRICULTURAL SCIENCES INSTITUTE OF FOOD CROPS Contract record no.: X2022420000073 Denomination of invention: Primer and application of specific SNP co-dominant molecular marker in rice salt tolerance gene SKC1 Granted publication date: 20200609 License type: Common License Record date: 20220818 |
|
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |