CN101909631B - 制备噻吩并嘧啶化合物的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了对P13K抑制剂式Ⅰ和Ⅱ化合物进行制备、分离和纯化的方法和用于制备式Ⅰ和Ⅱ化合物的新中间体。

Description

制备噻吩并嘧啶化合物的方法
对相关申请的交叉引用
根据37CFR§1.53(b)提交的本非临时申请根据35USC§119(e)要求2007年10月25日提交的美国临时申请60/982,562的优先权，将其全部内容通过引用的方式并入本文。
技术领域
本发明大体上涉及对具有抗癌活性的噻吩并嘧啶化合物进行制备和纯化的方法，且更具体地涉及抑制PI3激酶活性的化合物。
背景技术
磷脂酰肌醇(下文缩写为“PI”)是细胞膜中存在的多种磷脂中的一种。在最近几年已经变得清楚的是，PI在细胞内信号转导(intracellular signaltransduction)中起着重要作用。已经在多种细胞过程例如恶性转化(malignanttransformation)、生长因子信号传导、炎症和免疫中牵涉经由3’-磷酸化的磷酸肌醇(3’-phosphorylated phosphoinositide)进行的细胞信号传导(cellsignaling)(Rameh et al(1999)J.Biol Chem，274：8347-8350)。导致这些磷酸化信号传导产物产生的酶即磷脂酰肌醇3-激酶(phosphaidylinositol 3-kinase)(也称为PI3-激酶或PI3K)最初鉴定为与病毒癌蛋白(viral oncoprotein)和生长因子受体酪氨酸激酶相关的活性物(activity)，其在肌醇环的3’-羟基处对磷脂酰肌醇(PI)及其磷酸化衍生物进行磷酸化(Panayotou et al(1992)Trends CellBiol 2：358-60)。
磷酸肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase，PI3K)是在肌醇环的3’-羟基残基处对脂质进行磷酸化的脂类激酶(lipid kinase)(Whitman etal(1988)Nature，332：664)。通过PI3-激酶产生的3-磷酸化的磷脂(PIP3)充当对具有脂质结合域(lipid binding domain)(包括plekstrin同源(plekstrin homology，PH)区)的激酶(如Akt和磷酸肌醇依赖性激酶-1(phosphoinositide-dependentkinase-1，PDK1))进行募集的第二信使。Akt与膜PIP3的结合引起Akt向质膜的易位，使得Akt与PDK1接触，这导致对Akt进行活化。肿瘤抑制因子磷酸酶(tumor-suppressor phosphatase)即PTEN对PIP3进行去磷酸化，因此充当Akt活化的负调节剂。PI3-激酶、Akt和PDK1在调节多种细胞过程(包括细胞周期调节、增殖、存活、细胞凋亡(apoptosis)和运动性(motility))中是重要的，并且是疾病如癌症、糖尿病和免疫炎症(immune inflammation)的分子机理的重要组成部分(Vivanco et al(2002)Nature Rev.Cancer 2：489；Phillipset al(1998)Cancer 83：41)。
癌症中主要的PI3-激酶同工型为I类PI3-激酶即p110α(US 5824492；US 5846824；US 6274327)。在心血管疾病和免疫炎症性疾病中涉及其它同工型(Workman P(2004)Biochem Soc Trans 32：393-396；Patel etal(2004)Proceedings of the American Association of Cancer Research(AbstractLB-247)95th Annual Meeting，March 27-31，Orlando，Florida，USA；Ahmadi Kand Waterfield MD(2004)Encyclopedia of Biological Chemistry(Lennarz W J，Lane M D eds)Elsevier/Academic Press)。
就癌症药物开发而言PI3激酶/Akt/PTEN途径是有吸引力的靶标，这是因为预期这样的药物可在癌细胞中抑制增殖、逆转对细胞凋亡的阻抑及克服对细胞毒剂(cytotoxic agent)的抗药性。已经报道了PI3激酶抑制剂(Yaguchi et al(2006)Jour.of the Nat.Cancer Inst.98(8)：545-556；US 7173029；US 7037915；US 6608056；US 6608053；US 6838457；US 6770641；US6653320；US 6403588；US 6703414；WO 97/15658；WO 2006/046031；WO2006/046035；WO 2006/046040；WO 2007/042806；WO 2007/042810；WO2004/017950；US 2004/092561；WO 2004/007491；WO 2004/006916；WO2003/037886；US 2003/149074；WO 2003/035618；WO 2003/034997；US2003/158212；EP 1417976；US 2004/053946；JP 2001247477；JP 08175990；JP 08176070)。
噻吩并嘧啶化合物(包括式I和II化合物)具有p110α结合、PI3激酶抑制活性且抑制癌细胞的生长(WO 2006/046031；US 2008/0039459；US2008/0076768；US 2008/0076758；WO 2008/070740；WO 2008/073785)。
式I化合物即GDC-0941(Genentech Inc.)是选择性的口服可生物利用的PI3K抑制剂，其具有有希望的药代动力学性质和药学性质(Folkes等人(2008)Jour.Med.Chem.51：5522-5532；Belvin等人，American Association forCancer Research Annual Meeting 2008，99th：April 15，Abstract 4004；Folkes等人，American Association for Cancer Research Annual Meeting 2008，99th：April 14，Abstract LB-146；Friedman等人，American Association forCancer Research Annual Meeting 2008，99th：April 14，Abstract LB-110)。
式I和II化合物及某些化学治疗药物的治疗组合参见“COMBINATIONS OF PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE INHIBITORCOMPOUNDS AND CHEMOTHERAPEUTIC AGENTS，AND METHODS OFUSE”(Belvin等人，提交日期为2008年9月10日，美国专利号为12/208,227)。
发明内容
本发明的一个方面包括对式I和II化合物进行制备、分离和纯化的方法。
式I化合物的名称为4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉，且具有以下结构：
Figure BPA00001167990600031
式II化合物的名称为4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉，且具有以下结构：
Figure BPA00001167990600032
式I和II化合物包括它们的所有立体异构体、几何异构体、互变异构体、代谢物和药用盐。式I和II化合物是PI3K的强效抑制剂，其具有如药物那样的理化性质和药代动力学性质。式I和II化合物相对于Ib类PI3K对Ia类PI3K呈现出选择性，具体为对P110α亚型呈现出选择性(US2008/0039459；US 2008/0076768；US 2008/0076758)。
本发明的另一方面包括可用于制备式I和II化合物的新中间体，所述新中间体包括4-氯-2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑13和2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10：
Figure BPA00001167990600041
4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14和THP区域异构体(regioisomer)4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(1-(四氢-2H-吡喃-2-基)-1H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14A：
4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉21和THP区域异构体4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(1-(四氢-2H-吡喃-2-基)-1H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉21A：
Figure BPA00001167990600051
具体实施方式
现详细说明本发明的某些实施方案即结合结构和化学式所说明的实施例。当本发明结合所列举的实施方案描述时，应该理解都是，它们并非意在将本发明限于那些实施方案。本发明意在涵盖可包括在本发明范围内的所有变更、修改和等价形式。本领域技术人员会认识到与本申请描述的方法和物质类似或等价的多种方法和物质，这些方法和物质可用于实践本发明。本发明决不限于所描述的方法和物质。如果所引入的一篇或多篇文献、专利和类似材料与本申请(包括但不限于所定义的术语、术语的用法、所描述的技术等)不同或矛盾，以本申请为准。
定义
词语“包含”和“包括”，当在本说明书和所附权利要求书中使用时，意在指明所述特征、整体、组成或步骤的存在，但是它们不排除一种或多种其它特征、整体、组成、步骤或其组群的存在或加入。
术语“手性”是指具有镜像配对体(mirror image partner)不可重叠性的分子，而术语“非手性”是指可与其镜像配对体重叠的分子。
术语“立体异构体”是指具有相同的化学组成但原子或基团的空间排列不同的化合物。
“非对映异构体”是指具有两个或更多个手性中心并且其分子不互为镜像的立体异构体。非对映异构体具有不同的物理性质，如熔点、沸点、光谱性质和反应性。非对映异构体的混合物可通过高分辨率分析操作如电泳和色谱来分离。
“对映异构体”是指化合物的互为不可重叠镜像的两种立体异构体。
本申请使用的立体化学定义和常识大体上按照S.P.Parker，Ed.，McGraw-Hill Dictionary of Chemical Terms(1984)McGraw-Hill Book Company，New York；and Eliel，E.and Wilen，S.，“Stereochemistry of Organic Compounds”，John Wiley & Sons，Inc.，New York，1994。本发明化合物可含有不对称中心或手性中心，因此以不同的立体异构形式存在。所预期的是，本发明化合物的所有立体异构形式，包括但不限于非对映异构体、对映异构体和阻转异构体(atropisomer)及它们的混合物如外消旋混合物，形成了本发明的部分。许多有机化合物以光学活性形式存在，即它们具有使平面偏振光的平面发生旋转的能力。当描述具有光学活性的化合物时，使用前缀D和L或R和S来表示就分子中的手性中心(或多个手性中心)而言分子的绝对构型。前缀d和l或(+)和(-)是用于指定化合物所致平面偏振光旋转的符号，其中(-)或l表示化合物是左旋的。前缀为(+)或d的化合物是右旋的。就给定的化学结构而言，除了这些立体异构体互为镜像外，这些立体异构体是相同的。具体的立体异构体也可称为对映异构体，并且所述异构体的混合物通常称作对映异构体的混合物。对映异构体的50∶50混合物称为外消旋混合物或外消旋体，当在化学反应或方法中没有立体选择性或立体特异性时，可出现所述外消旋混合物或外消旋体。术语“外消旋混合物”和“外消旋体”是指两种对映异构物质的等摩尔混合物，其没有光学活性。
术语“互变异构体”或“互变异构形式”是指具有不同能量的可通过低能垒(low energy barrier)互相转化的结构异构体。例如，质子互变异构体(protontautomer)(也称为质子转移互变异构体(prototropic tautomer))包括通过质子迁移来进行的互相转化，如酮-烯醇异构化和亚胺-烯胺异构化。价键互变异构体(valence tautomer)包括通过一些成键电子的重组来进行的互相转化。
本申请使用的短语“药用盐”是指本发明化合物的药用有机或无机盐。示例性的盐包括但不限于硫酸盐、枸橼酸盐、乙酸盐、草酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、硝酸盐、硫酸氢盐、磷酸盐、酸式磷酸盐、异烟酸盐、乳酸盐、水杨酸盐、酸式枸橼酸盐、酒石酸盐、油酸盐、鞣酸盐(tannate)、泛酸盐(pantothenate)、酒石酸氢盐、抗坏血酸盐、琥珀酸盐、马来酸盐、龙胆酸盐(gentisinate)、富马酸盐、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、糖酸盐(saccharate)、甲酸盐、苯甲酸盐、谷氨酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、乙磺酸盐、苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐和扑酸盐(pamoate)(即1，1’-亚甲基-二(2-羟基-3-萘甲酸盐))。药用盐可涉及另一种分子如乙酸根离子、琥珀酸根离子或其它抗衡离子的引入(inclusion)。抗衡离子可以是使母体化合物电荷稳定的任何有机或无机部分。此外，药用盐可在其结构中具有多于一个带电原子。当多个带电原子为药用盐的部分时，药用盐可具有多个抗衡离子。因此，药用盐可具有一个或多个带电原子和/或一个或多个抗衡离子。
若本发明化合物为碱，则期望的药用盐可通过本领域可得的任何合适方法来制备，例如用无机酸(如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、甲磺酸、磷酸等)或用有机酸(如乙酸、马来酸、琥珀酸、扁桃酸、富马酸、丙二酸、丙酮酸、草酸、羟乙酸、水杨酸、吡喃糖基酸(pyranosidyl acid)如葡萄糖醛酸或半乳糖醛酸、α-羟基酸如枸橼酸或酒石酸、氨基酸如天冬氨酸或谷氨酸、芳族酸如苯甲酸或肉桂酸、磺酸如对甲苯磺酸或乙磺酸等)处理游离碱。
若本发明化合物为酸，则期望的药用盐可通过任何合适方法来制备，例如用无机或有机碱(如胺(伯胺、仲胺或叔胺)、碱金属氢氧化物或碱土金属氢氧化物等)处理游离酸。合适盐的示例性实例包括但不限于由以下物质得到的有机盐：氨基酸如甘氨酸和精氨酸、氨、伯胺、仲胺和叔胺及环状胺如哌啶、吗啉和哌嗪；及由以下物质得到的无机盐：钠、钙、钾、镁、锰、铁、铜、锌、铝和锂。
“溶剂化物”是指一个或多个溶剂分子与本发明化合物的缔合物(association)或络合物(complex)。形成溶剂化物的溶剂的实例包括但不限于水、异丙醇、乙醇、甲醇、DMSO、乙酸乙酯、乙酸和乙醇胺。术语“水合物”是指当溶剂分子是水时的络合物。
式I和II化合物的制备
本发明的式I和II化合物可含有不对称中心或手性中心，因此以不同的立体异构形式存在。所预期的是，本发明化合物的所有立体异构形式，包括但不限于非对映异构体、对映异构体和阻转异构体及它们的混合物如外消旋混合物，形成了本发明的部分。另外，本发明涵盖所有几何异构体和位置异构体。在本申请所示的结构中，当任何具体手性原子的立体化学未指定时，则预期了所有立体异构体并且都包括在本发明的化合物中。当立体化学通过表示具体构型的实楔形线(solid wedge)或虚线来指定时，则所述立体异构体被如此指定和定义。
本发明化合物可按非溶剂化形式及与可药用溶剂如水、乙醇等形成的溶剂化形式存在，预期的是本发明包括溶剂化形式和非溶剂化形式。
本发明化合物也可按不同的互变异构形式存在，并且所有这些形式都包括在本发明的范围内。术语“互变异构体”或“互变异构形式”是指具有不同能量的可通过低能垒互相转化的结构异构体。例如，质子互变异构体(也称为质子转移互变异构体)包括通过质子迁移来进行的互相转化，如酮-烯醇异构化和亚胺-烯胺异构化。价互变异构体包括通过一些成键电子的重组来进行的互相转化。
本发明还包括同位素标记的本发明化合物，其除以下事实外与本申请所述的那些化合物相同：一个或多个原子被原子质量或质量数不同于天然常见原子质量或质量数的原子代替。预期所指定的任何具体原子或元素的所有同位素都包括在本发明化合物和其用途的范围内。可引入本发明化合物中的示例性同位素包括氢、碳、氮、氧、磷、硫、氟、氯和碘的同位素，如2H、3H、11C、13C、14C、13N、15N、15O、17O、18O、32P、33P、35S、18F、36Cl、123I和125I。某些同位素标记的本发明化合物(例如用3H和14C标记的那些化合物)可用于化合物和/或底物组织分布测定。氚(3H)和碳-14(14C)同位素由于其易于制备及可检测性而是有用的。此外，用较重的同位素如氘(即2H)进行代替可得到由于较好的代谢稳定性(例如体内半衰期增加或剂量需求降低)而带来的某些治疗优点，因此在一些情况下可以是优选的。发射正电子的同位素如15O、13N、11C和18F可用于正电子发射断层扫描术(PET)研究以检查底物受体占领。同位素标记的本发明化合物通常可如下制备：按照与本申请下述实施例中所披露相似的操作，用同位素标记的试剂代替非同位素标记的试剂。
用于制备式I和II化合物的原料和试剂通常可得自商业来源如Sigma-Aldrich Chemical(Milwaukee，WI)或使用本领域技术人员公知的方法来容易地制备(例如通过在Louis F.Fieser and Mary Fieser，Reagents forOrganic Synthesis，v.1-19，Wiley，N.Y.(1967-1999ed.)或Beilsteins Handbuchder organischen Chemie，4，Aufl.ed.Springer-Verlag，Berlin(包括增补)(也可通过Beilstein在线数据库来得到)中一般性描述的方法来制备)。
以下方案1-8说明了式I和II化合物及某些中间体和试剂的合成。
Figure BPA00001167990600091
方案1
方案1示出了4-(2-氯噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉4的合成：首先在乙酸和水中在室温使3-氨基-噻吩-2-羧酸甲酯1和氰酸钾环化，得到噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2。这是对1与脲的环化(其需要高温并放出氨气)进行的改进。在乙腈中用磷酰氯和催化量的N，N-二甲基苯胺(0.75当量)将噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2转化成2，4-二氯噻吩并[3，2-d]嘧啶3。用吗啉在4位进行选择性取代，由此得到4。
将3-氨基噻吩-2-羧酸甲酯1环化成噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2和将2-氨基噻吩-3-羧酸甲酯15环化成噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16先前是用脲进行的，其需要高温并由于放出氨气而导致压力增加(Robba，et al(1975)Bulletin de la Societe Chimique de France(3-4，Pt.2)587-91)。本发明用氰酸钾代替脲来将1环化成2(实施例1)及用异氰酸氯磺酰基酯(chlorosulfonyl isocyanate)代替脲来将15环化成16(方案6，实施例12)。
Figure BPA00001167990600092
方案2
方案2示出了4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8的合成：首先用甲磺酰氯对1-(叔丁氧基羰基)哌嗪6(BOC-哌嗪)进行N-磺酰化，得到4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯7，所述7在1，4-二噁烷中用氯化氢水溶液处理，得到8。
方案3
方案3示出了2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10的合成：首先用乙酸钾、乙酸酐和亚硝酸异戊酯对3-氯-2-甲基苯胺11进行环化，得到4-氯-1H-吲唑12。在二氯甲烷中用3，4-二氢-2H-吡喃和吡啶鎓对甲苯磺酸盐(pyridinium p-toluenesulfonate)以四氢吡喃基(THP)的形式对4-氯-1H-吲唑12的吲唑氮进行保护，得到4-氯-2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑13和少量(约10％)的THP区域异构体4-氯-1-(四氢-2H-吡喃-2-基)-1H-吲唑。使混合物在DMSO中与PdCl2(PPh3)2(二(三苯基膦)二氯化钯)、三环己基膦、联硼酸二频哪醇酯(bis(pinacolato)diboron)和乙酸钾反应，加热至130℃并保持16小时，得到10(含少量(约10％)的THP区域异构体1-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1H-吲唑)。
Figure BPA00001167990600111
方案4
方案4示出了4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉9的合成：首先在THF中用n-BuLi(正丁基锂)/己烷对4-(2-氯噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉4(1.0当量)的7位进行甲酰化以在酸化后得到2-氯-4-吗啉代噻吩并[3，2-d]嘧啶-6-甲醛5。对醛5的还原胺化用4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8和乙酸钠(无水粉末)在1，2-二氯乙烷中实现。加入原甲酸三甲酯并搅拌6小时，接着加入三乙酰氧基硼氢化钠，得到9。
Figure BPA00001167990600112
方案5
方案5示出了4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉I二甲磺酸盐的合成：在l，4-二噁烷中用2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10和二(三苯基膦)二氯化钯(II)/碳酸钠水溶液对4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉9进行苏楚基(Suzuki)偶联。将含粗制的经THP保护的中间体14及少量的THP区域异构体14A的混合物浓缩，加入乙腈，并过滤浆液。干燥所得滤饼，得到14，其为棕色-黄色固体，其中残留的Pd含量为2000ppm。将滤饼溶解在二氯甲烷中，然后加入
Figure BPA00001167990600121
(60-100目，Sigma-Aldrich Chemical Company，Inc)作为钯清除剂(palladium scavenger)。
Figure BPA00001167990600122
(U.S.Silica Company)是一种硅酸镁即高选择性吸附剂。
将浆液在环境温度搅拌至少5小时，然后加入
Figure BPA00001167990600123
Thiol(Silicycle Inc)。搅拌至少12小时后，将混合物过滤并用二氯甲烷和乙酸乙酯淋洗。浓缩滤液和淋洗液，得到14，其为灰白色固体，其中Pd含量少于20ppm。
将4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14溶解在甲醇和水的混合物中。缓慢加入甲磺酸，并将浆液在环境温度搅拌1小时，然后加热至65℃并搅拌16小时，得到I，其为二甲磺酸盐。然后所述盐在水和甲醇的混合物中在额外甲磺酸的存在下重结晶。
多种钯催化剂可在苏楚基偶联步骤期间使用以形成化合物14和21。苏楚基偶联是芳基卤化物如9和20与硼酸如10的钯所介导的交叉偶联反应。低价的Pd(II)和Pd(0)催化剂可用于制备14和21，包括PdCl2(PPh3)2、Pd(t-Bu)3、PdCl2dppfCH2Cl2、Pd(PPh3)4、Pd(OAc)/PPh3、Cl2Pd[(Pet3)]2、Pd(DIPHOS)2、Cl2Pd(Bipy)、[PdCl(Ph2PCH2PPh2)]2、Cl2Pd[P(o-tol)3]2、Pd2(dba)3/P(间甲苯基)3、Pd2(dba)/P(呋喃基)3、Cl2Pd[P(呋喃基)3]2、Cl2Pd(PMePh2)2、Cl2Pd[P(4-F-Ph)3]2、Cl2Pd[P(C6F6)3]2、Cl2Pd[P(2-COOH-Ph)(Ph)2]2、Cl2Pd[P(4-COOH-Ph)(Ph)2]2及包胶催化剂(encapsulated catalyst)Pd EnCatTM30、Pd EnCatTMTPP30和Pd(II)EnCatTMBINAP30(US 2004/0254066)。
多种固体吸附剂钯清除剂可用于在苏楚基偶联步骤后除去钯以形成化合物14和21。本申请所述钯清除剂的示例性实施方案(实施例10和17)包括
Figure BPA00001167990600131
Thiol和Thiourea。其它钯清除剂包括硅胶、孔度可控的玻璃(controlled-pore glass)(TosoHaas)和衍生的低交联聚苯乙烯QuadraPureTMAEA、QuadraPureTMIMDAZ、QuadraPureTMMPA、QuadraPureTMTU(Reaxa Ltd.，Sigma-Aldrich Chemical Co.)。
Figure BPA00001167990600133
方案6
方案6示出了4-(2-氯噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉18的合成：首先用异氰酸氯磺酰基酯在低温(维持在-60℃至-55℃)对2-氨基-噻吩-3-羧酸甲酯15(95g)进行环化，得到噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16。将磷酰氯缓慢加到噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16和N，N-二甲基苯胺(0.75当量)在乙腈中的冷溶液中，同时维持温度低于25℃。然后将混合物加热至80-85℃并搅拌24小时，得到2，4-二氯噻吩并[2，3-d]嘧啶17。将吗啉(2.2当量)加到2，4-二氯噻吩并[2，3-d]嘧啶17在甲醇中的溶液中并在环境温度搅拌1小时，得到18。
方案7
方案7示出了4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉20的合成：在THF中在-78℃用n-BuLi(正丁基锂)(1.2当量)/己烷对4-(2-氯噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉18进行甲酰化。所得浆液升温至-60℃，冷却至-78℃并缓慢加入DMF(1.5当量)，得到2-氯-4-吗啉代噻吩并[2，3-d]嘧啶-6-甲醛19。向19、4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8(或称为1-(甲基磺酰基)哌嗪盐酸盐)(1.45当量)和无水乙酸钠在1，2-二氯乙烷中的悬浮液中加入原甲酸三甲酯(10当量)。将浆液在环境温度搅拌至少6小时，然后加入三乙酰氧基硼氢化钠并将反应混合物搅拌24小时，得到20。
Figure BPA00001167990600151
方案8
方案8示出了4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉II硫酸盐的合成：首先在1，4-二噁烷中用2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10(1.25当量)和二(三苯基膦)二氯化钯(II)(0.02当量)/碳酸钠水溶液对4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉20进行苏楚基偶联。将混合物加热至88℃并搅拌14小时。将反应混合物冷却，过滤，用水淋洗并在二氯甲烷中在环境温度与
Figure BPA00001167990600152
(60-100目，Sigma-Aldrich Chemical Company，Inc)一起搅拌5小时。将混合物过滤，用二氯甲烷和乙酸乙酯淋洗，并将滤液和淋洗液合并且浓缩，得到固体21，其中Pd含量为150ppm。将固体溶解在二氯甲烷中并加入Thiourea(Silicycle Inc)。将混合物搅拌5小时，过滤，用二氯甲烷和乙酸乙酯淋洗。将所有滤液和淋洗液合并且浓缩，得到4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉21(其为固体，收率为70％，其中Pd含量＜10ppm)及少量的THP区域异构体21A。
将经THP保护的21与甲醇和水混合，冷却至0℃并缓慢加入冷的硫酸(1.20当量)水溶液，同时维持温度低于10℃。使混合物升温至环境温度并搅拌20小时。将浆液冷却至5℃，过滤并用冷的甲醇淋洗。将滤饼在含水甲醇中在50℃搅拌3小时，然后冷却至0-5℃，过滤并用冷的甲醇淋洗，得到滤饼，在真空烘箱中干燥所述滤饼，得到II，其为呈浅黄色固体的硫酸盐(94％收率)。
分离方法
在制备本发明化合物的方法中，将反应产物彼此分离和/或与原料分离可能是有利的。通过本领域常见技术将每个步骤或多个步骤的期望产物分离和/或纯化(下文称为分离)至期望的同质程度。这样的分离通常涉及多相萃取、从溶剂或溶剂混合物中结晶、蒸馏、升华或色谱。色谱可涉及任何数目的方法，包括例如反相和正相色谱；尺寸排阻色谱；离子交换色谱；高压、中压和低压液相色谱方法和装置；小规模分析性色谱；模拟移动床(SMB)色谱和制备性薄层或厚层色谱；及小规模薄层和快速色谱技术。
另一类分离方法涉及用试剂处理混合物，选择所述试剂以与期望的产物、未反应的原料、反应的副产物等结合或使期望的产物、未反应的原料、反应的副产物等能够以其它方式分离。这样的试剂包括吸附剂(adsorbent)或吸收剂(absorbent)，如活性炭、分子筛、离子交换介质等。可选择地，所述试剂可以是酸(在碱性物质的情况下)，碱(在酸性物质的情况下)，结合试剂如抗体，结合蛋白，选择性螯合剂如冠醚，液/液离子萃取试剂(liquid/liquidion extraction reagent，LIX)等。
对适当的分离方法的选择取决于所涉及的物质的性质。例如，沸点和分子量(在蒸馏和升华中)、存在或不存在极性官能团(在色谱中)、物质在酸性和碱性介质中的稳定性(在多相萃取中)等。本领域技术人员应该使用最有可能实现所期望分离的技术。
可通过本领域技术人员公知的方法，例如通过色谱和/或分级结晶，基于非对映异构体的物理化学差异，将非对映异构体的混合物分离为其单独的非对映异构体。对映异构体可如下分离：通过使对映异构体的混合物与适当的光学活性化合物(例如手性助剂如手性醇或莫希尔酰氯(Mosher’s acidchloride))反应，将对映异构体的混合物转化为非对映异构体的混合物，分离非对映异构体，然后将单独的非对映异构体转化(例如水解)为相应的纯对映异构体。此外，本发明一些化合物可以是阻转异构体(例如取代的联芳基化合物(biaryl))并被视为本发明的一部分。对映异构体也可使用手性HPLC柱来分离。
基本不含其立体异构体的单一立体异构体(例如对映异构体)可如下得到：通过诸如形成非对映异构体那样的方法，使用光学活性拆分试剂来拆分外消旋混合物(Eliel，E.and Wilen，S.“Stereochemistry of OrganicCompounds，”John Wiley & Sons，Inc.，New York，1994和Lochmuller，C.H.，(1975)J.Chromatogr.，113(3)：283-302)。本发明手性化合物的外消旋混合物可通过任何合适的方法来分离和拆析，所述方法包括(1)与手性化合物形成离子性非对映异构盐，然后通过分级结晶或其它方法来分离；(2)与手性衍生试剂形成非对映异构化合物，分离非对映异构体，然后转化为纯的立体异构体；及(3)在手性条件下对基本纯的或基本富集的立体异构体进行直接分离。参见“Drug Stereochemistry，Analytical Methods and Pharmacology，”Irving W.Wainer，Ed.，Marcel Dekker，Inc.，New York(1993)。
在方法(1)中，非对映异构盐可如下形成：使对映异构体纯的手性碱如马钱子碱、奎宁、麻黄碱、番木鳖碱、α-甲基-β-苯基乙胺(安非他命)等与具有酸性官能团(如羧酸和磺酸)的不对称化合物反应。可通过分级结晶或离子色谱来促使非对映异构盐的分离。就分离氨基化合物的光学异构体而言，手性羧酸或手性磺酸如樟脑磺酸、酒石酸、扁桃酸或乳酸的加入可引起非对映异构盐的形成。
可选择地，通过方法(2)，使待拆分的底物与手性化合物的一种对映异构体反应，形成一对非对映异构体(E.and Wilen，S.“Stereochemistry ofOrganic Compounds”，John Wiley & Sons，Inc.，1994，p.322)。非对映异构的化合物可如下形成：使不对称的化合物与对映异构体纯的手性衍生试剂如薄荷基衍生物反应，接着分离非对映异构体，然后水解，得到纯的或富集的对映异构体。确定光学纯度的方法涉及制备外消旋混合物的手性酯，如薄荷基酯[例如在碱的存在下制备的氯甲酸(-)薄荷基酯]、莫希尔酯或乙酸α-甲氧基-α-(三氟甲基)苯基酯(Jacob III.J.Org.Chem.(1982)47：4165)，然后就两种阻转异构的对映异构体或非对映异构体的存在而分析1H NMR光谱。阻转异构化合物的稳定非对映异构体可通过正相和反相色谱按照对阻转异构的萘基-异喹啉进行分离的方法(WO 96/15111)来分离和拆析。通过方法(3)，两种对映异构体的外消旋混合物可通过使用手性固定相的色谱来分离(“Chiral Liquid Chromatography”(1989)W.J.Lough，Ed.，Chapman and Hall，New York；Okamoto，J.Chromatogr.，(1990)513：375-378)。富集的或纯化的对映异构体可通过用于辨别具有不对称碳原子的其它手性分子的方法(如旋光性或圆二色性)来辨别。
药物制剂
为了将本发明化合物用于对哺乳动物(包括人类)进行治疗性处置(包括预防性处置)，通常根据标准药学实践将其配制为药物组合物。本发明的这个方面提供了药物组合物，其包含本发明化合物及结合有可药用稀释剂或载体。
典型的制剂通过将本发明化合物与载体、稀释剂或赋形剂混合来制备。合适的载体、稀释剂和赋形剂是本领域技术人员公知的，并且包括以下物质：如碳水化合物、蜡、水溶性聚合物和/或可溶胀聚合物、亲水性物质或疏水性物质、明胶、油、溶剂、水等。所用的具体的载体、稀释剂或赋形剂将取决于应用本发明化合物的方式和目的。通常基于本领域技术人员认为给予哺乳动物是安全的溶剂(GRAS)来选择溶剂。一般而言，安全溶剂为无毒性含水溶剂如水和可在水中溶解或混溶的其它无毒性溶剂。合适的含水溶剂包括水、乙醇、丙二醇、聚乙二醇(例如PEG 400或PEG 300)等及它们的混合物。所述制剂还可包含以下物质中的一种或多种：缓冲剂、稳定剂、表面活性剂、润湿剂、润滑剂、乳化剂、助悬剂、防腐剂、抗氧化剂、遮光剂、助流剂、加工助剂、着色剂、增甜剂、芳香剂、矫味剂和提供药物(即本发明化合物或其药物组合物)优质外观或辅助药物产品(即药品)制备的其它已知添加剂。
可制备本发明化合物的药物制剂用于多种给药途径和类型。例如，具有所期望纯度的式I或II化合物可任选与可药用稀释剂、载体、赋形剂或稳定剂混合(Remington’s Pharmaceutical Sciences(1980)16th edition，Osol，A.Ed.)而呈冻干制剂、研细粉末剂或含水溶液剂的形式。配制可如下进行：在环境温度、在适当的pH及在所期望的纯度与生理学上可接受的载体(即在所用剂量和浓度时对受体是无毒性的载体)混合。所述制剂的pH主要取决于化合物的具体用途和浓度，但范围可为约3至约8。在乙酸盐缓冲液中的pH为5的制剂是合适的实施方案。用于本申请的本发明化合物优选是无菌的。具体地，用于体内给药的制剂必须是无菌的。这样的灭菌通过过滤经过无菌滤膜来容易地实现。所述化合物通常可按固体组合物、冻干制剂或含水溶液剂的形式贮存。
可接受的稀释剂、载体、赋形剂和稳定剂在所用剂量和浓度时对受体是无毒性的，并且包括缓冲剂，如磷酸盐、枸橼酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸(methionine)；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲氯铵(hexamethonium chloride)；苯扎氯铵、苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚(resorcinol)；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯基吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐抗衡离子，如钠离子；金属复合物(metal complex)(如Zn-蛋白质复合物(Zn-protein complex))；和/或非离子型表面活性剂，如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。还可将所述活性药物成分包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合而制备的微囊中，例如在胶体药物递送系统(例如脂质体、白蛋白微球、微乳、纳米粒和纳米囊)中或在巨乳液(macroemulsion)中分别为羟甲基纤维素或明胶微囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微囊。所述技术披露在Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition，Osol，A.Ed.(1980)中。
可制备式I和II化合物的持续释放制剂。持续释放制剂的合适实例包括固态疏水性聚合物的半透性基质，其含有式I或II化合物，所述基质以成形制品的形式(例如膜或微囊)存在。持续释放基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如聚(甲基丙烯酸2-羟基乙酯)或聚(乙烯醇))、聚丙交酯(US 3773919)、L-谷氨酸和γ-乙基-L-谷氨酸的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯基酯、可降解的乳酸-羟乙酸共聚物如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-羟乙酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球)和聚D-(-)-3-羟基丁酸。
所述制剂包括适于本申请详述的给药途径的那些制剂。所述制剂可方便地以单位剂量形式存在并可通过药学领域公知的任何方法来制备。技术和制剂通常参见Remington’s Pharmaceutical Sciences(Mack Publishing Co.，Easton，PA)。所述方法包括对活性成分与构成一种或多种助剂的载体进行混合的步骤。所述制剂通常如下制备：对活性成分与液态载体或微细分散的固态载体或这两种载体进行均匀和密切的混合，然后如果需要，对产品进行成形。
可将适于口服给药的式I或II化合物的制剂制备成离散的单位，如各自含有预定量的式I或II化合物的丸剂、胶囊剂、扁囊剂或片剂。
压制片可如下制备：在合适的机器中对活性成分进行压制，所述活性成分呈自由流动的形式，如粉末或颗粒，其任选混合有粘合剂、润滑剂、惰性稀释剂、防腐剂、表面活性剂或分散剂。模制片可如下制备：在合适的机器中对用惰性液态稀释剂润湿的粉末状活性成分的混合物进行模制。可任选对片剂进行包衣或压痕，并任选进行配制以提供活性成分从所述片剂中的缓慢或控制释放。
可制备片剂、含片(troche)、锭剂、水性混悬剂或油性混悬剂、可分散粉末剂或颗粒剂、乳剂、硬胶囊剂或软胶囊剂例如明胶胶囊、糖浆剂或酏剂以供口服。意在用于口服的式I或II化合物的制剂可根据药物组合物制备领域已知的任何方法来制备，并且所述组合物可含有一种或多种物质，包括增甜剂、矫味剂、着色剂和防腐剂，从而提供适口的制剂。含有活性成分及适于制备片剂的无毒性可药用赋形剂的片剂是可接受的。这些赋形剂可以是例如惰性稀释剂，如碳酸钙或碳酸钠、乳糖、磷酸钙或磷酸钠；制粒剂(granulating agent)和崩解剂，如玉米淀粉或海藻酸；粘合剂，如淀粉、明胶或阿拉伯胶；及润滑剂，如硬脂酸镁、硬脂酸或滑石。片剂可不包衣或可通过已知技术(包括微囊化)来包衣以在胃肠道中延迟崩解和吸收，由此提供历时较长时间的持续作用。例如，可使用时间延迟物质，如单独的或与蜡在一起的单硬脂酸甘油酯或二硬脂酸甘油酯。
式I或II化合物的水性混悬剂含有活性物质及适于制备水性混悬剂的赋形剂。所述赋形剂包括助悬剂，如羧甲基纤维素钠、交联羧甲基纤维素、聚维酮、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、海藻酸钠、聚乙烯基吡咯烷酮、西黄蓍胶和阿拉伯胶；及分散剂或润湿剂，如天然存在的磷脂(例如卵磷脂)、烯化氧与脂肪酸的缩合产物(例如聚氧乙烯硬脂酸酯)、氧化乙烯与长链脂肪醇的缩合产物(例如十七亚乙氧基十六烷基醇(heptadecaethyleneoxycetanol))、氧化乙烯与由脂肪酸和己糖醇酐(hexitolanhydride)衍生的偏酯(partial ester)的缩合产物(例如聚氧乙烯失水山梨醇单油酸酯(polyoxyethylene sorbitan monooleate))。所述水性混悬剂还可含有一种或多种防腐剂如对羟基苯甲酸乙酯或对羟基苯甲酸正丙酯、一种或多种着色剂、一种或多种矫味剂和一种或多种增甜剂如蔗糖或糖精。
式I或II化合物的药物组合物可呈无菌注射剂如无菌注射用水性或油性混悬剂的形式。所述混悬剂可根据本领域已知的方法使用上文提及的那些合适的分散剂或润湿剂和助悬剂来配制。无菌注射剂还可以是在肠胃外可接受的无毒性稀释剂或溶剂中的无菌注射用溶液剂或混悬剂，如在1，3-丁二醇中的溶液剂，或制备成冻干粉末剂。可使用的可接受的媒介物和溶剂包括水、林格溶液(Ringer’s solution)和等渗氯化钠溶液。此外，无菌不挥发性油通常可用作溶剂或助悬介质。出于此目的，可使用任何温和的不挥发性油，包括合成的甘油一酯或甘油二酯。此外，脂肪酸如油酸同样可用于制备注射剂。
可与载体物质组合以制备单一剂量形式的活性成分量将基于所治疗的宿主和具体的给药模式而变化。例如，意在用于口服给药于人类的定时释放制剂(time-release formulation)可含有约1至1000mg活性物质及混合有适当和适宜量的载体物质，所述载体物质可占总组合物的约5至约95％(重量：重量)。可制备所述药物组合物以提供可容易测量的给药量。例如，意在用于静脉内输注的水性溶液剂在每毫升溶液中可含有约3至500μg活性成分，从而可出现速率为约30mL/hr的合适输注体积。
适于肠胃外给药的制剂包括水性和非水性无菌注射溶液剂，其可含有抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂和使所述制剂与所预期受体的血液等渗的溶质；及水性和非水性无菌混悬剂，其可包含助悬剂和增稠剂。
适于局部给药至眼部的制剂还包括滴眼剂，其中将活性成分溶于或悬浮于合适的载体(尤其是用于活性成分的含水溶剂)中。存在于所述制剂中的活性成分的浓度优选为约0.5至20％w/w，例如约0.5至10％w/w，例如约1.5％w/w。
适于在口中局部给药的制剂包括糖锭(lozenge)，其含有在矫味基质(通常为蔗糖和阿拉伯胶或西黄蓍胶)中的活性成分；锭剂(pastille)，其含有在惰性基质(如明胶和甘油或蔗糖和阿拉伯胶)中的活性成分；及口腔清洗剂(mouthwash)，其含有在合适液态载体中的活性成分。
所述制剂可包装在单位剂量容器或多剂量容器例如密封的安瓿和小瓶中，并且可在冷冻干燥(冻干)条件下贮存，其在使用前仅需要加入无菌液态载体例如水以供注射。现用现配的注射溶液剂和混悬剂(extemporaneousinjection solution and suspension)由前述种类的无菌粉末剂、颗粒剂和片剂来制备。优选的单位剂量制剂是含有本申请上文所述的日剂量或单位日亚剂量(unit daily sub-dose)或其适当分数的活性成分的那些制剂。
实施例
为了阐述本发明，本申请包括以下实施例。然而，应该理解的是，这些实施例对本发明没有限制，而仅意在提出实施本发明的方法。本领域技术人员应该理解的是，可容易地将所述的化学反应调整成制备本发明化合物的可选方法，这些可选方法被认为在本发明的范围内。
在下述实施例中，除非另有说明，所有温度均以摄氏度(℃)给出。除非另有说明，反应试剂购自商业供应商如Sigma-Aldrich Chemical Company，且无需进一步纯化即使用。
下述反应通常在氮气或氩气的正压力下或在干燥管条件下(除非另有说明)且在无水溶剂中进行，且反应烧瓶通常装有用于经由注射器引入底物和反应试剂的橡胶隔片。对玻璃器皿进行烘箱干燥和/或加热干燥。
柱色谱在具有硅胶柱的Biotage系统(制造商为Dyax Corporation)上或在硅胶SEP筒(Waters)上进行。在氘代CDCl3、d6-DMSO、CH3OD或d6-丙酮溶液中得到1H NMR光谱(以ppm报道)，其中使用氯仿作为参比标准(7.25ppm)。当报道峰的多重性时，使用以下缩写：s(单峰)、d(二重峰)、t(三重峰)、m(多重峰)、br(宽峰)、dd(双二重峰)、dt(双三重峰)。偶合常数，当给出时，以赫兹(Hz)报道。
实施例1噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2
Figure BPA00001167990600222
历时1小时向3-氨基-噻吩-2-羧酸甲酯1(850g，5.41mol，1.0当量)、乙酸(6L)和水(5L)的混合物中缓慢加入氰酸钾(KOCN，1316g，16.22摩尔，3.0当量)在水(3.2L)中的溶液。将所得混合物在环境温度搅拌20小时，过滤并用水(4L)淋洗。将滤饼加到合适尺寸的反应器中并加入2M氢氧化钠水溶液(14L)。将浆液搅拌2小时，LCMS证实所需产物的形成。将混合物冷却至10℃，加入3M盐酸水溶液(～11L)，直到pH＝5.0-6.0(通过pH试纸来确定)。将浆液过滤，用水(6L)淋洗，在50℃的真空烘箱中干燥24小时，得到噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2，其为灰白色固体(834g，92％)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ6.90(d，J＝5.2Hz，1H)，8.10(d，J＝5.2Hz，1H)，5.40-5.55(宽单峰，2H)。LCMS(ESI pos)m/e 169(M+1)。
实施例22，4-二氯噻吩并[3，2-d]嘧啶3
Figure BPA00001167990600231
将磷酰氯(299ml，3.27mol，5.0当量)缓慢加到冷的噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2(110g，0.654mol，1.0当量)和N，N-二甲基苯胺(62ml，0.49lmol，0.75当量)在乙腈(550ml)中的溶液中，同时维持温度低于20℃。然后将混合物加热至80-85℃并搅拌24小时。LCMS表明反应完成。将反应混合物冷却至15℃，然后缓慢倒在冰和冷水的混合物(1.0L)上。将所得浆液过滤，用冷水(300ml)淋洗。将滤饼在40℃的真空烘箱中干燥24小时，得到2，4-二氯噻吩并[3，2-d]嘧啶3，其为灰白色固体(93.4g，67％收率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.56(d，J＝5.5Hz，1H)，8.76(d，J＝5.5Hz，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 205(M+1)。
实施例34-(2-氯噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉4
Figure BPA00001167990600232
将吗啉(87ml，1.00mol，2.2当量)加到2，4-二氯-噻吩并[3，2-d]嘧啶3(93.4g，0.456mol，1.0当量)的溶液中。将反应混合物在环境温度搅拌1小时并将所得浆液过滤，用水(500ml)淋洗。将滤饼在40℃的真空烘箱中干燥24小时，得到4-(2-氯噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉4，其为灰白色固体(109g，94％收率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ3.74(t，J＝4.9Hz，4H)，3.90(t，J＝4.9Hz，4H)，7.40(d，J＝5.6Hz，1H)，8.30(d，J＝5.6Hz，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 257(M+1)。
实施例42-氯-4-吗啉代噻吩并[3，2-d]嘧啶-6-甲醛5
Figure BPA00001167990600241
在-78℃向4-(2-氯噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉4(50g，195mmol，1.0当量)在THF(无水，800ml)中的悬浮液中缓慢加入n-BuLi(正丁基锂)在己烷中的2.5M溶液(93.9ml，234.6mmol，1.2当量)。将所得浆液升温至-60℃，观察到透明棕色溶液。然后将溶液冷却至-78℃并缓慢加入DMF(无水，22.7ml，293mmol，1.5当量)。将所得溶液在-78℃搅拌0.5小时，然后历时1-1.5小时缓慢升温至0℃。然后将溶液缓慢倒入0.25M盐酸水溶液(1.65L)和冰水(800ml)的混合物中。将所得浆液在0-10℃搅拌0.5小时，过滤并用冷水(200ml)淋洗。将滤饼在40℃的真空烘箱中干燥24小时，得到2-氯-4-吗啉代噻吩并[3，2-d]嘧啶-6-甲醛5，其为浅黄色固体(54.9g，99％收率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ3.76(t，J＝4.9Hz，1H)，3.95(t，J＝4.9Hz，4H)，8.28(s，1H)，10.20(s，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 285(M+1)。
实施例54-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8
Figure BPA00001167990600242
将甲磺酰氯(34.38ml，443mmol，1.1当量)缓慢加到1-(叔丁氧基羰基)哌嗪6(BOC-哌嗪，75g，403mmol，1.0当量)和三乙胺(67.4ml，483mmol，1.2当量)在二氯甲烷(750ml)中的溶液中，同时维持内部温度低于20℃。将溶液在环境温度搅拌24小时。将溶液倒在冰和水的混合物(1.5L)上。分离各相，且水相用二氯甲烷(800ml×2)萃取。将有机相合并，经MgSO4干燥，过滤并浓缩，得到4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯7，其为灰白色固体(105g)。1HNMR(400MHz，CDCl3)δ1.45(s，9H)，2.75(s，3H)，3.15(m，4H)，3.50(m，4H)。
将4M盐酸在1，4-二噁烷(1.2L)中的溶液缓慢加到4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯7(105g)在二氯甲烷(1.1L)中的冷溶液中，同时维持内部温度低于20℃。将溶液搅拌20小时，1H NMR表明反应完成。将所得浆液过滤并用二氯甲烷(300ml)淋洗。将滤饼在50℃的真空烘箱中干燥20小时，得到4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8，其为白色固体(78.4g，2步收率为97％)。1HNMR(400MHz，CDCl3)δ3.00(s，3H)，3.17(m，4H)，3.38(m，4H)，9.45(宽单峰，2H)。
实施例64-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉9
Figure BPA00001167990600251
向2-氯-4-吗啉代噻吩并[3，2-d]嘧啶-6-甲醛5(20.6g，72.6mmol，1.0当量)、4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8(18.9g，94.4mmol，1.30当量)和乙酸钠(无水粉末，7.74g，94.4mmol，1.30当量)在1，2-二氯乙烷(无水，412ml)中的悬浮液中加入原甲酸三甲酯(79.5ml，726mmol，10当量)。将浆液在环境温度搅拌至少6小时。加入三乙酰氧基硼氢化钠(测定＞90％，20.5g，87.1mmol，1.2当量)，并将反应混合物搅拌24小时。LC/MS表明反应完成。反应混合物用水(1.0L)和二氯甲烷(1.0L)淬灭。分离各相，且有机相经MgSO4干燥，过滤并浓缩，得到黄色固体(35g)。然后在乙酸乙酯(500ml)中将粗固体在80℃搅拌2小时。将浆液冷却至30-40℃，过滤并用乙酸乙酯(50ml)淋洗。将滤饼在45℃的真空烘箱中干燥，得到4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉9，其为灰白色固体(24g，75％收率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ2.53-2.60(m，4H)，2.90(s，3H)，3.09-3.19(m，4H)，3.73(t，J＝4Hz，4H)，3.89(t，J＝4Hz，4H)，3.91(s，2H)，7.31(s，1H)。LCMS(ESI pos)m/e432(M+1)。
实施例74-氯-1H-吲唑12
Figure BPA00001167990600261
向具有搅拌棒的250ml烧瓶中加入3-氯-2-甲基苯胺11(8.4ml，9.95g，70.6mmol)、乙酸钾(8.3g，84.7mmol)和氯仿(120ml)。在搅拌下将该混合物冷却至0℃。历时2分钟向冷却的混合物中滴加乙酸酐(20.0ml，212mmol)。将反应混合物升温至25℃并搅拌1小时。此时将反应混合物加热至60℃。加入亚硝酸异戊酯(18.9ml，141mmol)，并将反应混合物在60℃搅拌过夜。一旦完成，就加入水(75ml)和THF(150ml)，并将反应混合物冷却至0℃。加入氢氧化锂(LiOH，20.7g，494mmo1)并将反应混合物在0℃搅拌3小时。加入水(200m1)且产物用EtOAc(300ml，100ml)萃取。将有机层合并，经MgSO4干燥并浓缩，得到4-氯-1H-吲唑12，其为橙色固体(11.07g，100％)。1HNMR(400MHz，CDCl3)δ8.18(d，J＝1Hz，1H)，7.33(d，J＝8Hz 1H)，7.31(t，J＝7Hz，1H)，7.17(dd，J＝7Hz，1Hz 1H)。LCMS(ESI pos)m/e 153(M+1)。
实施例84-氯-2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑13
Figure BPA00001167990600262
向具有机械搅拌子的1L烧瓶中加入4-氯-1H-吲唑12(75.0g，0.492mol)、吡啶鎓对甲苯磺酸盐(1.24g，4.92mmol)、CH2Cl2(500ml)和3，4-二氢-2H-吡喃(98.6ml，1.08mol)。在搅拌下将该混合物加热至45℃并保持16小时。对反应混合物的分析显示两种产物异构体的生成。将反应混合物冷却至25℃并加入CH2Cl2(200ml)。溶液用水(300ml)和饱和NaHCO3(250ml)洗涤。有机相经MgSO4干燥并浓缩至干。粗产物如下纯化：将其溶解在EtOAc/己烷(4∶6，1L)中并加入SiO2(1.2L)。过滤混合物并用EtOAc/己烷(4∶6，2L)洗涤滤饼。浓缩有机相，得到4-氯-2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑13，其为橙色固体(110.2g，95％)，且得到少量(约10％)的THP区域异构体4-氯-1-(四氢-2H-吡喃-2-基)-1H-吲唑。异构体1：1H NMR(400MHz，CDCl3)δ8.10(d，J＝1Hz，1H)，7.50(dd，J＝9Hz，1Hz 1H)，7.29(dd，J＝9Hz，8Hz 1H)，7.15(dd，J＝8Hz，1Hz1H)5.71(dd，J＝9Hz，3Hz 1H)4.02(m，1H)3.55(m，1H)2.51(m，1H)2.02(m，2H)1.55(m，3H)。LCMS(ESI pos)m/e 237(M+1)。异构体2：1H NMR(400MHz，CDCl3)δ8.25(d，J＝1Hz，1H)，7.62(dd，J＝9Hz，1Hz 1H)，7.20(dd，J＝9Hz，8Hz1H)，7.06(dd，J＝8Hz，1Hz 1H)5.69(dd，J＝9Hz，3Hz 1H)4.15(m，1H)3.80(m，1H)2.22(m，2H)2.05(m，1H)1.75(m，3H)。LCMS(ESI pos)m/e 237(M+1)。
实施例92-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10
Figure BPA00001167990600271
向具有搅拌棒的500ml烧瓶中加入4-氯-2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑13(10.0g，42.2mmol)、DMSO(176ml)、PdCl2(PPh3)2(6.2g，8.86mmol)、三环己基膦(0.47g，1.69mmol)、联硼酸二频哪醇酯(16.1g，63.4mmol)和乙酸钾(12.4g，0.127mol)。在搅拌下将混合物加热至130℃并保持16小时。将反应混合物冷却至25℃，加入EtOAc(600ml)并用水(2×250ml)洗涤。有机相经MgSO4干燥并浓缩至干。粗产物通过SiO2塞(120g)来纯化，其中用10％EtOAc/己烷(1L)和30％EtOAc/己烷(1L)洗脱。浓缩滤液，得到2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10(13.9g，100％)，其是浓度为20％(wt/wt)的乙酸乙酯溶液。1H NMR显示存在约20％(wt/wt)的联硼酸二频哪醇酯和少量(约10％)的THP区域异构体1-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1H-吲唑。1H NMR(400MHz，CDCl3)δ8.37(s，1H)，7.62(dd，J＝14Hz，2Hz 1H)，7.60(dd，J＝7Hz，1Hz 1H)，7.31(dd，J＝8Hz，7Hz 1H)5.65(dd，J＝9Hz，3Hz1H)4.05(m，1H)3.75(m，1H)2.59(m，1H)2.15(m，1H)2.05(m，1H)1.75(m，3H)1.34(s，12H)。LCMS(ESI pos)m/e 245(M+1)。
实施例104-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14
Figure BPA00001167990600281
向4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉9(96.5g，223mmol，1.0当量)在1，4-二噁烷(1.75L)中的溶液中加入水(772ml)、碳酸钠(47.4g，447mmol，2.0当量)和2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10(73w/w％，150.7g，325mmol，1.5当量)。将混合物脱气3次。加入二(三苯基膦)二氯化钯(II)(6.28g，9.94mmol，0.04当量)，并将所得浆液脱气4次。将混合物加热至88℃并搅拌14小时。将反应混合物冷却至50℃，真空浓缩至一半总体积，然后冷却至15℃，并加入乙腈(900ml)。搅拌2小时后，将所得浆液冷却至-5℃，过滤并用乙腈(40ml)、水(90ml)和乙腈(40ml)淋洗。将滤饼在50℃的真空烘箱中干燥24小时，得到棕黄色固体(140g，Pd含量为2000ppm)。将滤饼溶解在二氯甲烷(1930ml)中，然后加入
Figure BPA00001167990600282
(60-100目，193g，购自Aldrich Chemical Company，Inc)。将浆液在环境温度搅拌至少5小时，并加入
Figure BPA00001167990600283
Thiol(28g)。将混合物在环境温度搅拌至少12小时，过滤并用二氯甲烷(2L)淋洗，接着用二氯甲烷(2L)和乙酸乙酯(2L)的混合物淋洗。将所有滤液和淋洗液合并，浓缩，得到4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14，其为灰白色固体(93g)，其中Pd含量小于20ppm，并含有少量的THP区域异构体14A。1H NMR(300MHz，CDCl3)δ1.20-4.30(宽峰，8H)，2.61-2.64(m，4H)，2.74(s，3H)，3.23-3.26(m，4H)，3.83-3.86(m，6H)，3.99-4.02(m，J＝4.15Hz，4H)，5.66-5.70(m，1H)，7.32(s，1H)，7.32-7.37(dd，8.6Hz，7.1Hz，1H)，7.77-7.80(d，8.6Hz，1H)，8.22-8.25(d，6.99Hz，1H)，9.04(s，1H)。LCMS(ESIpos)m/e 598(M+1)。
实施例114-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉I
Figure BPA00001167990600291
在氮气下将4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14(200g，0.3346摩尔)加到合适尺寸的反应器中，接着加入甲醇(3.0L)和水(0.16L)。将甲磺酸(160.8g，1.673摩尔，5.00当量)缓慢加到反应器中(观察到温和的放热)。将浆液在环境温度搅拌1小时，然后加热至65℃并搅拌16小时。从反应器中取出样品并进行HPLC分析。HPLC表明残留原料的含量为0.5％(规定＜1％)。将反应混合物冷却至0-5℃并搅拌＞3小时，过滤并用冷的甲醇(0-5℃，600ml)淋洗。将滤饼转移至合适尺寸的反应器中，接着加入乙酸乙酯(1L)和甲基叔丁基醚(2L)。将所得浆液在环境温度搅拌＞4小时，过滤并用甲基叔丁基醚(200ml)淋洗。将滤饼在55℃的真空烘箱中干燥至少12小时，得到4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉I二甲磺酸盐，其为灰白色固体(224g)。
将固体转移至合适尺寸的反应器中，接着加入水(1.34L)。将所得混合物加热至30℃，得到透明溶液。然后将溶液过滤通过双重串联滤器(doublein-line filters)(1微米和0.45微米)，除去任何外来杂质。将滤液在55℃真空浓缩，直到除去约80％的水。经由串联滤器(in-line filter)(0.45微米)将甲醇(3.36L)加到反应器中，将所得混合物冷却至5℃并缓慢加入甲磺酸(60.5g)。在5℃搅拌30分钟后，将混合物加热至55℃并搅拌至少16小时。在过程中进行的(in-process)XRPD(X射线粉末衍射)和DSC(差示扫描量热法)证实了所需晶形，将浆液冷却至0℃至5℃并搅拌至少3小时，过滤并用冷的甲醇(0℃至5℃，0.47L)淋洗。将滤饼转移至合适尺寸的反应器中，接着加入乙酸乙酯(1.0L)和叔丁基甲基醚(2.0L)。将所得浆液在环境温度搅拌至少4小时，过滤并用叔丁基甲基醚(1.50倍重量[1.50wt])淋洗。将滤饼在55℃的真空烘箱中干燥至少12小时，得到4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉I二甲磺酸盐，其为灰白色固体(204g，87％)。1H NMR(300MHz，DMSO-d6)δ2.40(s，6H)，3.02(s，3H)，3.01(s，3H)，3.00-3.87(宽峰，8H)，3.88-3.89(m，4H)，4.10-4.12(m，4H)，4.77(宽峰，2H)，7.52-7.57(t，7.8Hz，1H)，7.77-7.83(t，8.7Hz，2H)，8.14-8.16(d，7.17Hz，1H)，8.76(s，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 514(M+1)。
通过气流粉碎机使用氮气作为加工气体(process gas)对产物I二甲磺酸盐进行粉碎。粉碎条件如下：文丘里(Venturi)压力：100psi(磅/平方英寸)；粉碎压力：35至50psi；进料速率：3.6至4.4kg/hr。典型的回收率为93％至97％。
实施例12噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16
Figure BPA00001167990600301
将2-氨基-噻吩-3-羧酸甲酯15(95g)和二氯甲烷(2.85L)的溶液冷却至-60℃，并加入异氰酸氯磺酰基酯(89.81g)，其加入速率使内部温度维持在-60℃至-55℃。然后将所得混合物升温至20℃并通过LCMS证实原料完全消耗。然后通过旋转蒸发器将混合物浓缩至干，并将固体在5L烧瓶中与水(1.9L)一起在75℃搅拌1小时。然后将浆液冷却至30℃并加入10M NaOH溶液(200mL)。将混合物加热至85℃并搅拌20分钟，然后冷却至室温。加入浓HCl，直到pH＝1，并将混合物在环境温度搅拌18小时。然后将浆液过滤并用冷水(3×300ml)淋洗。将滤饼在55℃的真空烘箱中干燥24小时，得到噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16，其为灰白色固体(80.05g，79％)1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.08(d，J＝5.6Hz，1H)，δ7.12(d，J＝5.6Hz，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 169(M+1)。LCMS(ESI pos)m/e 169(M+1)。
实施例132，4-二氯噻吩并[2，3-d]嘧啶17
Figure BPA00001167990600302
将磷酰氯(365g，2.38mol，5.0当量)缓慢加到噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16(80g，0.476mol，1.0当量)和N，N-二甲基苯胺(42g，0.347mol，0.75当量)在乙腈(400ml)中的冷溶液，同时维持温度低于25℃。然后将混合物加热至80-85℃并搅拌24小时。LCMS表明反应完成。将反应混合物冷却至15℃，然后缓慢倒在冰和冷水的混合物(1.0L)上。将所得浆液过滤，用冷水(300ml)淋洗。将滤饼在40℃的真空烘箱中干燥24小时，得到二氯噻吩并[2，3-d]嘧啶17，其为灰白色固体(93.4g，67％收率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.62(d，J＝6.4Hz，1H)，δ8.16(d，J＝6.4Hz，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 205(M+1)。
实施例144-(2-氯噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉18
Figure BPA00001167990600311
将吗啉(85.1g，0.977mol，2.2当量)加到2，4-二氯噻吩并[2，3-d]嘧啶17(91g，0.444mol，1.0当量)的溶液中。将反应混合物在环境温度搅拌1小时，并将所得浆液过滤，用水(500ml)淋洗。将滤饼在55℃的真空烘箱中干燥24小时，得到4-(2-氯噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉18，其为灰白色固体(100.3g，88％收率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ3.736(t，J＝4.8Hz，4H)，δ3.897(t，J＝5.2Hz，4H)，δ7.658(d，J＝6.4Hz，1H)，δ7.682(t，J＝6.4Hz，4H)。LCMS(ESI pos)m/e257(M+1)。
实施例152-氯-4-吗啉代噻吩并[2，3-d]嘧啶-6-甲醛19
Figure BPA00001167990600312
在-78℃向4-(2-氯噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉18(90.2g，0.350mol，1.0当量)在THF(无水，1400ml)中的悬浮液中缓慢加入n-BuLi在己烷中的2.5M溶液(169ml，0.522mol，1.2当量)。将所得浆液升温至-60℃，观察到透明棕色溶液。然后将溶液冷却至-78℃并缓慢加入DMF(无水，38.67g，0.530摩尔，1.5当量)。将所得溶液在-78℃搅拌0.5小时，并历时1-1.5小时缓慢升温至0℃。然后将溶液缓慢倒入0.25M盐酸水溶液(3.0L)和冰水(1.4L)的混合物中。将所得浆液在0-10℃搅拌0.5小时，过滤并用冷水(0.5L)淋洗。将滤饼在55℃的真空烘箱中干燥24小时，得到2-氯-4-吗啉代噻吩并[2，3-d]嘧啶-6-甲醛19，其为浅黄色固体(90.8g，91％收率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ3.778(t，J＝4.8Hz，4H)，3.990(t，J＝4.8Hz，4H)，8.756(s，1H)，10.022(s，1H)。LCMS(ESIpos)m/e 285(M+1)。
实施例164-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉20
Figure BPA00001167990600321
向2-氯-4-吗啉代噻吩并[2，3-d]嘧啶-6-甲醛19(90.8g，0.320mol，1.0当量)、4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8(也称为1-(甲基磺酰基)哌嗪盐酸盐，92.3g，0.460mol，1.45当量)和乙酸钠(无水粉末，37.7g，0.460mol，1.45当量)在1，2-二氯乙烷(无水，1.8L)中的悬浮液中加入原甲酸三甲酯(340g，3.20mol，10当量)。将浆液在环境温度搅拌至少6小时。加入三乙酰氧基硼氢化钠(测定＞90％，101.3g，0.430mol，1.35当量)并将反应混合物搅拌24小时。LC/MS表明反应完成。反应混合物用水(4.4L)和二氯甲烷(4.4L)淬灭。分离各相，有机相经MgSO4干燥，过滤并浓缩，得到黄色固体。然后在乙酸乙酯(2.0L)中将粗固体在80℃搅拌2小时。将浆液冷却至30-40℃，过滤并用乙酸乙酯(50ml)淋洗。将滤饼在45℃的真空烘箱中干燥，得到4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉20，其为灰白色固体(110.2g，80％收率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ2.52-2.55(m，4H)，2.89(s，3H)，3.12-3.14(m，4H)，3.73(t，J＝4.4Hz，4H)，3.81(s，2H)，3.86(t，J＝4.8Hz，4H)，7.59(s，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 432(M+1)。
实施例174-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氧-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉21
Figure BPA00001167990600331
向4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉20(110g，0.250mol，1.0当量)在1，4-二噁烷(1.98L)中的溶液中加入水(0.88L)、碳酸钠(54.1g，0.50mol，2.0当量)和2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10(50w/w％，209.4g，0.310mol，1.25当量)。将混合物脱气3次。加入二(三苯基膦)二氯化钯(II)(3.57g，0.005mol，0.02当量)，并将所得浆液脱气4次。将混合物加热至88℃并搅拌14小时。通过LCMS确定反应完成，并将反应混合物冷却至环境温度，过滤并用水(2.0L)淋洗。
然后在环境温度将粗产物与
Figure BPA00001167990600332
(60-100目，101g，购自AldrichChemical Company，Inc)一起在二氯甲烷(2L)中搅拌至少5小时，然后过滤，用二氯甲烷(3L)淋洗，接着用二氯甲烷(2L)和乙酸乙酯(2L)的混合物淋洗。将所有滤液和淋洗液合并并浓缩，得到固体(110g，Pd含量为150ppm)。将固体溶解在二氯甲烷中并加入
Figure BPA00001167990600333
Thiourea(50g，Silicycle Inc.，Crawford Scientific Ltd.)。将混合物搅拌5小时，过滤，用二氯甲烷(3L)淋洗，接着用二氯甲烷(2L)和乙酸乙酯(2L)的混合物淋洗。将所有滤液和淋洗液合并并浓缩，得到4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉21，其为固体(98g，Pd含量＜10ppm，70％)，及少量的THP区域异构体21A。1H NMR(300MHz，CDCl3)δ1.20-2.40(宽峰，6H)，2.66-2.69(m，4H)，2.81(s，3H)，3.28-3.31(m，4H)，3.78-3.86(m，3H)，3.91-3.94(m，J＝4.15Hz，4H)，3.97-4.00(m，J＝4.21，4H)，4.15-4.19(d，1H)，5.74-5.78(dd，8.9Hz，3.2Hz，1H)，7.16(s，1H)，7.39-7.44(dd，8.6Hz，7.1Hz，1H)，7.84-7.87(d，8.7Hz，1H)，8.30-8.32(dd，7.08Hz，0.72Hz，1H)，9.11(s，1H)。LCMS(ESI pos)m/e 598(M+1)。
实施例184-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉II
Figure BPA00001167990600341
将4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉21(500g，0.836摩尔)加到合适尺寸的反应器中，接着加入甲醇(9.5L)和水(250ml)。将所得浆液冷却至0℃并搅拌0.5小时。缓慢加入浓硫酸(H2SO4，5.54ml，测定95-98％，1.004摩尔，1.20当量)和水(250ml)的冷溶液，同时维持温度低于10℃。将混合物升温至环境温度并搅拌20小时。将浆液冷却至5℃，过滤并用冷的甲醇(2L)淋洗。将滤饼加到反应器中并在50℃在甲醇(9.5L)和水(25ml)的混合物中搅拌3小时。将浆液冷却至0-5℃，过滤并用冷的甲醇(2L)淋洗。将滤饼在50℃的真空烘箱中干燥24小时，得到4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉II硫酸盐，其为浅黄色固体(482g，94％)。1H NMR(300MHz，DMSO-d6)δ3.00-4.00(宽峰，8H)，3.01(s，3H)，3.85-3.87(m，4H)，4.00-4.02(m，4H)，4.69(s，2H)，7.46-7.52(t，7.8Hz，1H)，7.70-7.73(d，8.3Hz，1H)，7.91(宽峰，1H)，8.22-8.25(d，7.2Hz，1H)，8.82(s，1H)。LCMS(ESI pos)m/e514(M+1)。

Claims (16)

1.制备式I的4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉的方法
Figure FSB00000730388100011
所述方法包括下述步骤：
使3-氨基噻吩-2-羧酸甲酯1和氰酸钾反应，得到噻吩并[3，2-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮2
Figure FSB00000730388100012
使2、磷酰氯和N，N-二甲基苯胺反应，得到2，4-二氯噻吩并[3，2-d]嘧啶3
Figure FSB00000730388100013
使3和吗啉反应，得到4-(2-氯噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉4
Figure FSB00000730388100014
使4先后与正丁基锂和二甲基甲酰胺反应，得到2-氯-4-吗啉代噻吩并[3，2-d]嘧啶-6-甲醛5
Figure FSB00000730388100021
使5和4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8反应，得到4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉9
Figure FSB00000730388100022
使9、2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10和钯催化剂反应，得到4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉14
Figure FSB00000730388100023
使14与酸反应，得到式I。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述钯催化剂选自PdCl2(PPh3)2、Pd(t-Bu)3、PdCl2dppfCH2Cl2、Pd(PPh3)4、Pd(OAc)/PPh3、Cl2Pd[(Pet3)]2、Pd(DIPHOS)2、Cl2Pd(Bipy)、[PdCl(Ph2PCH2PPh2)]2、Cl2Pd[P(o-tol)3]2、Pd2(dba)3/P(o-tol)3、Pd2(dba)/P(呋喃基)3、Cl2Pd[P(呋喃基)3]2、Cl2Pd(PMePh2)2、Cl2Pd[P(4-F-Ph)3]2、Cl2Pd[P(C6F6)3]2、Cl2Pd[P(2-COOH-Ph)(Ph)2]2和Cl2Pd[P(4-COOH-Ph)(Ph)2]2。
3.如权利要求1所述的方法，其还包括用钯清除剂处理含14的反应混合物，由此除去残留的钯，且分离到含有少于20ppm钯的14。
4.如权利要求3所述的方法，其中所述钯清除剂为
Figure FSB00000730388100031
Figure FSB00000730388100032
或
Figure FSB00000730388100033
5.如权利要求1所述的方法，其还包括在选自甲醇、乙醇、异丙醇和丁醇的醇中用甲磺酸形成式I的二甲磺酸盐。
6.如权利要求1所述的方法，其还包括在异丁醇中用甲磺酸形成式I的二甲磺酸盐。
7.制备式II的4-(2-(1H-吲唑-4-基)-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[3，2-d]嘧啶-4-基)吗啉的方法
Figure FSB00000730388100034
所述方法包括下述步骤：
使2-氨基噻吩-3-羧酸甲酯15和异氰酸氯磺酰基酯反应，得到噻吩并[2，3-d]嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮16
Figure FSB00000730388100035
使16、磷酰氯和N，N-二甲基苯胺反应，得到2，4-二氯噻吩并[2，3-d]嘧啶17
Figure FSB00000730388100041
使17和吗啉反应，得到4-(2-氯噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉18
Figure FSB00000730388100042
使18先后与正丁基锂和二甲基甲酰胺反应，得到2-氯-4-吗啉代噻吩并[2，3-d]嘧啶-6-甲醛19
Figure FSB00000730388100043
使19和4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-氯化鎓8反应，得到4-(2-氯-6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉20
Figure FSB00000730388100044
使20、2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-4-(4，4，5，5-四甲基-1，3，2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-2H-吲唑10和钯催化剂反应，得到4-(6-((4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基)甲基)-2-(2-(四氢-2H-吡喃-2-基)-2H-吲唑-4-基)噻吩并[2，3-d]嘧啶-4-基)吗啉
Figure FSB00000730388100051
使21与酸反应，得到式II。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述钯催化剂选自PdCl2(PPh3)2、Pd(t-Bu)3、PdCl2dppfCH2Cl2、Pd(PPh3)4、Pd(OAc)/PPh3、Cl2Pd[(Pet3)]2、Pd(DIPHOS)2、Cl2Pd(Bipy)、[PdCl(Ph2PCH2PPh2)]2、Cl2Pd[P(o-tol)3]2、Pd2(dba)3/P(o-tol)3、Pd2(dba)/P(呋喃基)3、Cl2Pd[P(呋喃基)3]2、Cl2Pd(PMePh2)2、Cl2Pd[P(4-F-Ph)3]2、Cl2Pd[P(C6F6)3]2、Cl2Pd[P(2-COOH-Ph)(Ph)2]2和Cl2Pd[P(4-COOH-Ph)(Ph)2]2。
9.如权利要求7所述的方法，其还包括用钯清除剂处理含21的反应混合物，由此除去残留的钯，且分离到含有少于20ppm钯的21。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述钯清除剂为
Figure FSB00000730388100052
或
Figure FSB00000730388100053
11.如权利要求7所述的方法，其还包括在选自甲醇、乙醇、异丙醇和丁醇的醇中用硫酸形成式II的硫酸盐。
12.如权利要求7所述的方法，其还包括在异丁醇中用硫酸形成式II的硫酸盐。
13.化合物13：
Figure FSB00000730388100054
14.化合物10：
Figure FSB00000730388100061
15.选自14和14A的化合物：
Figure FSB00000730388100062
16.选自21和21A的化合物：
Figure FSB00000730388100071
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