WO2010110288A1 - 免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド - Google Patents

免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド Download PDF

Info

Publication number
WO2010110288A1
WO2010110288A1 PCT/JP2010/055030 JP2010055030W WO2010110288A1 WO 2010110288 A1 WO2010110288 A1 WO 2010110288A1 JP 2010055030 W JP2010055030 W JP 2010055030W WO 2010110288 A1 WO2010110288 A1 WO 2010110288A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
protein
domain
amino acid
gly
immunoglobulin
Prior art date
Application number
PCT/JP2010/055030
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
吉田慎一
村田大
高野昌行
赤木隼也
井口恵太
中野喜之
Original Assignee
株式会社カネカ
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 株式会社カネカ filed Critical 株式会社カネカ
Priority to CN201080013514.0A priority Critical patent/CN102365361B/zh
Priority to US13/258,655 priority patent/US9403883B2/en
Priority to JP2011506069A priority patent/JPWO2010110288A1/ja
Priority to EP10756084.9A priority patent/EP2412809B1/en
Publication of WO2010110288A1 publication Critical patent/WO2010110288A1/ja

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
    • B01J20/281—Sorbents specially adapted for preparative, analytical or investigative chromatography
    • B01J20/286—Phases chemically bonded to a substrate, e.g. to silica or to polymers
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
    • B01J20/30—Processes for preparing, regenerating, or reactivating
    • B01J20/32—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating
    • B01J20/3231—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating characterised by the coating or impregnating layer
    • B01J20/3242—Layers with a functional group, e.g. an affinity material, a ligand, a reactant or a complexing group
    • B01J20/3244—Non-macromolecular compounds
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J20/00—Solid sorbent compositions or filter aid compositions; Sorbents for chromatography; Processes for preparing, regenerating or reactivating thereof
    • B01J20/30—Processes for preparing, regenerating, or reactivating
    • B01J20/32—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating
    • B01J20/3231—Impregnating or coating ; Solid sorbent compositions obtained from processes involving impregnating or coating characterised by the coating or impregnating layer
    • B01J20/3242—Layers with a functional group, e.g. an affinity material, a ligand, a reactant or a complexing group
    • B01J20/3268—Macromolecular compounds
    • B01J20/3272—Polymers obtained by reactions otherwise than involving only carbon to carbon unsaturated bonds
    • B01J20/3274—Proteins, nucleic acids, polysaccharides, antibodies or antigens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/305—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Micrococcaceae (F)
    • C07K14/31—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Micrococcaceae (F) from Staphylococcus (G)
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01D—SEPARATION
    • B01D15/00—Separating processes involving the treatment of liquids with solid sorbents; Apparatus therefor
    • B01D15/08—Selective adsorption, e.g. chromatography
    • B01D15/26—Selective adsorption, e.g. chromatography characterised by the separation mechanism
    • B01D15/38—Selective adsorption, e.g. chromatography characterised by the separation mechanism involving specific interaction not covered by one or more of groups B01D15/265 - B01D15/36
    • B01D15/3804—Affinity chromatography
    • B01D15/3809—Affinity chromatography of the antigen-antibody type, e.g. protein A, G, L chromatography
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/20—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand
    • C07K2319/23—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand containing a GST-tag
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/20—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand
    • C07K2319/24—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand containing a MBP (maltose binding protein)-tag

Definitions

  • the present invention relates to a protein that specifically binds to an antibody, an affinity separation matrix using the protein as an immunoglobulin-binding affinity ligand, and a method for separating and purifying or adsorbing antibodies using the matrix.
  • the antibody has a function of specifically binding to a substance called an antigen, and a function of detoxifying and removing a factor having the antigen in cooperation with other biomolecules and cells.
  • the name “antibody” is a name that emphasizes the function of binding to such an antigen, and the substance is called “immunoglobulin”.
  • antibody pharmaceuticals using functions of antibodies.
  • antibody drugs work more specifically for target molecules, and are expected to reduce side effects and achieve high therapeutic effects. It contributes to the improvement.
  • Monoclonal IgG antibodies that have been developed as antibody pharmaceuticals are basically produced in large quantities using recombinant cultured cell technology or the like, and purified using proteins having affinity for IgG antibodies.
  • Protein A is well known as an immunoglobulin-binding protein having affinity for IgG antibodies.
  • Protein A is one of the cell wall proteins produced by the Gram-positive bacterium Staphylococcus aureus. Signal sequence S, five immunoglobulin binding domains (E domain, D domain, A domain, B) Domain, C domain) and an XM region which is a cell wall binding domain (Non-patent Document 1).
  • an affinity chromatography column (hereinafter referred to as protein A column) in which protein A is immobilized as a ligand on a water-insoluble carrier is generally used ( Non-patent document 1, Non-patent document 2, Non-patent document 3).
  • a typical recombinant protein A is recombinant protein A from which the XM region having no immunoglobulin binding activity has been removed (rProtein A Sepharose (trademark), manufactured by GE Healthcare Japan, Inc.). Columns using recombinant protein A from which the XM region has been removed as a ligand have the advantage that non-specific adsorption of proteins can be suppressed compared to conventional products, and are currently widely used industrially.
  • Patent Document 1 recombinant protein A
  • Patent Document 2 recombinant protein A
  • Protein A obtained by introducing these mutations has an effect in immobilization on a water-insoluble carrier, and has an advantage in reducing the binding capacity of the antibody to the column and the leakage of the immobilized ligand.
  • a technique using a modified domain in which a mutation is introduced into a B domain as a ligand is also well known (Patent Document 3, Non-Patent Document 1, Non-Patent Document 4).
  • the Z domain is a modified domain in which a mutation that replaces Gly at position 29 with Ala is introduced into the B domain.
  • a mutation that replaces Ala at position 1 of the B domain with Val is also introduced at the same time. This is intended to make it easier to produce a coding gene in which a plurality of domains are linked by genetic engineering.
  • Patent Document 4 includes an example using a mutant in which Val at the 1st position of the Z domain is replaced with Ala).
  • the Z domain is known to have higher alkali resistance than the B domain, and has an advantage in repeated use by alkali cleaning. Based on the Z domain, ligands imparted with further alkali resistance by substituting Asn with other amino acids have been invented (Patent Documents 5 and 6), and industrial use has also begun.
  • Non-patent Document 5 Another feature of the Z domain is that the ability to bind to the Fab region of immunoglobulin is weakened (Non-patent Document 5). This feature has the advantage that the antibody is easily dissociated in the step of dissociating the bound antibody with an acid (Non-patent Document 1, Patent Document 7).
  • Patent Document 4 In addition to the Z domain derived from the B domain, research based on the C domain of protein A is underway as a modified protein A ligand with high alkali resistance (Patent Document 4). These ligands are characterized by taking advantage of the high alkali resistance inherent in the wild-type C domain, and are attracting attention as a new base domain that replaces the Z domain. However, as a result of our verification on the C domain, it has been found that the antibody is not easily dissociated in the step of dissociating the antibody bound to the C domain with an acid.
  • Non-Patent Document 2 and Patent Document 4 show that the C domain has a strong ability to bind to the Fab region of an immunoglobulin, and this feature is presumed to cause the antibody to be difficult to dissociate with an acid. It was.
  • antibody acid dissociation characteristics were examined using a C domain into which a mutation that replaces Gly at position 29 with Ala was introduced. As a result, an improvement was seen compared to the wild type C domain. It was still inadequate.
  • the C domain introduced with a mutation that replaces Gly at position 29 with Ala may be caused by insufficient decrease in the ability to bind to the Fab region of immunoglobulin. I understood.
  • G29A the only known mutation at position 29 of the immunoglobulin A binding domain of protein A is “G29A”, which replaces Gly at position 29 with Ala, suggesting a mutation that introduces an amino acid residue other than Ala at this site. Things were not known.
  • G29A is a mutation introduced on the assumption that Ala, which has the smallest side chain next to Gly, is the most suitable in order to minimize the change in conformation, and has so far been an amino acid having a larger side chain. The substitution to was not considered (Non-Patent Document 4). Therefore, Gly at position 29, which has a greater change in conformation and may impair the original function (binding ability to immunoglobulin, etc.), is substituted with an amino acid having a larger side chain than Ala.
  • Non-patent Document 4 No mutation that replaces amino acids other than Ala has been introduced to date.
  • Another object is to create a novel modified protein A ligand having high alkali resistance.
  • the inventors of the present invention designed a number of recombinant protein A mutants, and obtained the mutants from transformants using protein engineering techniques and genetic engineering techniques.
  • the present invention was completed by comparing and examining the physical properties of the obtained mutants.
  • the present invention relates to an amino acid sequence derived from any one of the E, D, A, B, and C domains of protein A described in SEQ ID NOs: 1 to 5, wherein one or more Gly is an amino acid other than Ala.
  • Affinity to immunoglobulin characterized in that the affinity for the Fab region of the immunoglobulin is reduced compared to a protein having an amino acid sequence substituted with Gly and an amino acid sequence in which the Gly is substituted with Ala. It relates to a protein having sex.
  • the Gly is preferably Gly corresponding to position 29 of the C domain conserved in the E, D, A, B, and C domains of protein A.
  • Gly corresponding to position 29 in the C domain is Gly at position 27 in the E domain, Gly at position 32 in the D domain, Gly at position 29 in the A domain, Gly at position 29 in the B domain, and 29 in the C domain. It is preferable that the position is Gly.
  • the amino acid other than Ala is preferably any one of Val, Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp, Thr, Asp, Glu, Arg, His, Lys, Met, Cys, Asn, and Gln.
  • the amino acid other than Ala is preferably any one of Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp, Glu, Arg, and Met.
  • amino acid sequence before mutagenesis is the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 5.
  • the chemical stability under alkaline conditions is improved as compared with the protein consisting of the amino acid sequence before the mutation introduction.
  • amino acid sequence after the introduction of the mutation is preferably an amino acid sequence described in SEQ ID NOs: 6-18.
  • the present invention also relates to a protein comprising a plurality of domains in which two or more of the proteins are linked.
  • the present invention also relates to a protein consisting of a plurality of domains in which two or more kinds of the above-mentioned different types of proteins are linked.
  • the number of domains is preferably 2-5.
  • the present invention also relates to DNA encoding the protein or the protein consisting of the multiple domains.
  • sequence identity of the base sequences constituting the linked domains is preferably 90% or less.
  • the present invention also relates to a vector containing the DNA.
  • the present invention also relates to a transformant obtained by transforming the vector into a host.
  • the host is preferably a gram positive bacterium.
  • the Gram-positive bacterium is preferably a Brevibacillus bacterium.
  • the Brevibacillus bacterium is preferably Brevibacillus choshinensis.
  • the present invention also relates to a method for producing the protein or a protein comprising a plurality of domains, using the cell-free protein synthesis system using the transformant or DNA.
  • the production method it is preferable to accumulate the protein in the cell and / or periplasmic region of the transformant and / or to secrete the protein outside the cell of the transformant.
  • the present invention also relates to an affinity separation matrix, wherein the protein or a protein comprising a plurality of domains is immobilized on a carrier comprising a water-insoluble substrate as an affinity ligand.
  • the affinity separation matrix preferably binds to a protein containing an immunoglobulin Fc region.
  • the protein containing the Fc region of the immunoglobulin is preferably an antibody, an antibody derivative, a fragment antibody, or a fragment antibody derivative.
  • the antibody, antibody derivative, fragment antibody, and fragment antibody derivative are preferably either IgG or IgG derivative.
  • the invention also relates to the use of said affinity separation matrix in the separation of proteins comprising the Fc region of an immunoglobulin.
  • the protein of the present invention has higher alkali resistance than existing modified protein A ligands and sufficient antibody acid dissociation properties, leading to the creation of new modified protein A ligands.
  • an affinity separation matrix in which a modified protein A ligand containing the protein as a constituent is immobilized on a carrier, an antibody-like molecule, more specifically, an antibody containing an Fc region of an immunoglobulin, an antibody derivative, a fragment antibody, In addition, the fragment antibody derivative can be separated and purified.
  • the E, D, A, B, and C domains derived from protein A have highly homologous amino acid sequences, and Gly conserved between these domains is substituted with an amino acid other than Ala. Thus, even if any of the E, D, A, B, and C domains is used, the above-described effects are commonly obtained.
  • FIG. 4 is a graph showing residual IgG binding activity (%) after alkali treatment of various B-G29X, B-wild, and B-G29A according to Example 10 and Comparative Example 1 of the present invention.
  • FIG. 6 is a graph showing residual IgG binding activity (%) after alkali treatment of various C-G29X, C-wild, and C-G29A according to Example 11 and Comparative Example 1 of the present invention. It is the DNA sequence alignment figure of each connected domain in the DNA sequence created by carrying out back translation from the amino acid sequence of 5 connection type C-G29V based on Example 12 of this invention.
  • FIG. 8 shows the results of SDS-PAGE analysis of culture supernatants of (A) 5-linked C-G29V and (B) 5-linked C-wild-expressing recombinant bacteria according to Example 13 and Comparative Example 2 of the present invention. It is a figure.
  • the protein of the present invention comprises one or more Gly amino acids other than Ala in an amino acid sequence derived from any one of E, D, A, B, and C domains of protein A described in SEQ ID NOs: 1 to 5 Affinity to immunoglobulin, characterized by having a reduced affinity for the Fab region of an immunoglobulin compared to a protein having an amino acid sequence substituted with Gly and an amino acid sequence in which the Gly is substituted with Ala. It is characterized by having.
  • Protein A is a protein composed of five immunoglobulin-binding domains linked together.
  • a plurality of microorganisms express protein A. Examples of microorganisms that express protein A include Staphylococcus.
  • the E, D, A, B, and C domains of protein A described in SEQ ID NOs: 1 to 5 are immunoglobulin-binding proteins that can bind to regions other than the complementarity determining region (CDR) of immunoglobulins. Yes, each domain binds to a respective region of an immunoglobulin Fc region, Fab region, and particularly an Fv region in the Fab region. As shown in the sequence comparison table of FIG.
  • the E, D, A, B, and C domains derived from protein A have amino acid sequences that are highly homologous to each other, and the Gly at position 29 of the C domain. Furthermore, amino acid sequences corresponding to amino acid residues from positions 26 to 39 are conserved in all domains.
  • the amino acid sequence derived from the domain refers to the amino acid sequence before the mutation is introduced, and examples thereof include the wild-type amino acid sequences of any of E, D, A, B, and C domains of protein A. It is not limited to wild type. Even if the amino acid sequence is modified by partial amino acid substitution, insertion, deletion, and chemical modification, except for a mutation that replaces Gly corresponding to position 29 of the C domain with an amino acid other than Ala, the Fc region As long as it encodes a protein having the ability to bind to, it is included in the amino acid sequence derived from the domain before the mutation is introduced.
  • the Z domain in which mutations A1V and G29A are introduced into the B domain is a sequence derived from the B domain, and the protein obtained by introducing an amino acid residue other than Gly into Ala at position 29 of the Z domain Included in the protein of the invention.
  • protein includes any molecule having a polypeptide structure, and a polypeptide chain that is fragmented or linked by peptide bonds is also the term “protein”. Is included.
  • a “domain” is a unit in a higher-order structure of a protein, which is composed of a sequence of several tens to several hundreds of amino acid residues, and is sufficient for expressing any physicochemical or biochemical function. The unit.
  • G29A a mutation that replaces Gly at position 29 with Ala.
  • the number of Gly substituted with an amino acid other than Ala is not particularly limited, and the affinity for the Fab region of immunoglobulin is reduced and affinity for immunoglobulin compared to a protein having an amino acid sequence substituted with Ala. What is necessary is just to have sex.
  • the protein before the mutation is introduced preferably has a sequence identity of 85% or more, more preferably 90% or more with the wild-type amino acid sequence of any of E, D, A, B, and C domains of protein A And a protein having the ability to bind to the Fc region.
  • the Gly substituted with an amino acid other than Ala is not particularly limited as long as it is a Gly existing in any one of the E, D, A, B, and C domains of protein A shown in SEQ ID NOs: 1 to 5. , For example, Gly conserved between domains, specifically, Gly corresponding to position 29 of the C domain.
  • “corresponding” means that when the E, D, A, B, and C domains of protein A are aligned as shown in FIG.
  • Gly corresponding to position 29 in the C domain examples include Gly at position 27 in the E domain, Gly at position 32 in the D domain, Gly at position 29 in the A domain, and Gly at position 29 in the B domain.
  • the position of Gly in these amino acid sequences can be changed by insertion, deletion, or addition of an N-terminal amino acid residue. From the amino acid sequences conserved before and after the Gly residue, those skilled in the art The amino acid residue into which the mutation is introduced can be determined.
  • Amino acid substitution means a mutation that deletes the original amino acid and adds another amino acid at the same position.
  • Another amino acid to be added is not particularly limited, and examples thereof include natural protein-constituting amino acids, protein non-constituting amino acids, and non-natural amino acids. Among these, natural amino acids can be preferably used from the viewpoint of genetic engineering production.
  • the amino acid other than Ala introduced by substitution is not particularly limited, but any of Val, Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp, Thr, Asp, Glu, Arg, His, Lys, Met, Cys, Asn, Gln It is preferable that Among these, any of Val, Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp, Thr, Asp, Glu, Arg, His, and Met is more preferable.
  • the amino acid other than Ala introduced by substitution may be any of Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp, Glu, Arg, and Met in terms of improving chemical stability under alkaline conditions. Preferably, it is any of Phe, Tyr, Trp, and Met.
  • a protein comprising an amino acid sequence in which Gly is substituted with an amino acid other than Ala
  • an amino acid other than Ala in Gly at position 29 for example, in the amino acid sequence constituting the C domain of protein A shown in SEQ ID NO: 5, an amino acid other than Ala in Gly at position 29 And a protein consisting of an amino acid sequence obtained by substitution.
  • the protein of the present invention When the above-described amino acid substitution mutation is introduced in the protein of the present invention, there is an effect of improving chemical stability under alkaline conditions as compared with a protein into which a mutation for substituting Gly for Ala is introduced.
  • the protein obtained by introducing a mutation into the amino acid sequence constituting the C domain has chemical stability under alkaline conditions as compared to the case derived from other E, D, A, and B domains. high.
  • an alkaline solution may be used for the purpose of, for example, washing organic substances remaining on the column. “Conditions” refers to the degree of alkalinity that can achieve this washing purpose. More specifically, an aqueous sodium hydroxide solution of about 0.05 to 1.0 N is applicable, but is not limited thereto.
  • “Chemical stability” refers to the property that a protein retains the function of the protein without undergoing chemical modification such as a chemical change of an amino acid residue and chemical modification such as amide bond transfer or cleavage.
  • retention of protein function refers to the activity of binding to the Fc region of immunoglobulin (the proportion of protein that retains affinity without undergoing chemical denaturation). That is, the higher the “chemical stability”, the smaller the degree to which the binding activity of immunoglobulins to the Fc region decreases after the immersion treatment in an alkaline solution.
  • the affinity for the Fc region of an immunoglobulin after treatment in 0.5N sodium hydroxide solution at 30 ° C. for 25 hours respectively. If 40% of the wild-type protein remains and 50% of the protein after mutagenesis remains with respect to the binding activity exhibited by the same molar concentration of protein before each treatment, It can be said that the protein is more stable under alkaline conditions than the wild-type protein. By immersing in an alkaline solution so that the residual binding activity of the wild-type protein is 10 to 40%, the residual binding activity of the protein after mutagenesis is changed to the residual binding activity of the wild-type protein treated under the same conditions.
  • the protein obtained by introducing a substitution mutation is preferably a sequence of 85% or more, and more preferably 90% or more of the amino acid sequence of any of the E, D, A, B, and C domains of protein A Shows identity.
  • the protein of the present invention may be a protein consisting of only a single domain, but it is preferably a monomeric protein or a single domain of preferably 2 or more, more preferably 2 to 10, more preferably 2 to 5 Or a linked multimeric protein (multi-domain protein).
  • These multimeric proteins may be homopolymers such as homodimers or homotrimers that are linked to a single immunoglobulin-binding domain, or heterodimers that are linked to different types of immunoglobulin-binding domains. Or a heteropolymer such as a heterotrimer.
  • Examples of how the monomeric protein obtained by the present invention is linked include a method of linking with one or a plurality of amino acid residues, but is not limited to these methods. There is no particular limitation on the number of amino acid residues to be linked. Preferably, the one that does not destabilize the three-dimensional structure of the monomeric protein.
  • the protein of the present invention or a protein consisting of a plurality of domains can also be obtained as a fusion protein with a known protein that has an effect of assisting protein expression or has an advantage of facilitating purification.
  • fusion proteins include, but are not limited to, proteins fused with albumin, MBP (maltose binding protein) or GST (glutathione S-transferase).
  • MBP maltose binding protein
  • GST glutthione S-transferase
  • the present invention can be used as long as it utilizes the usefulness of the protein obtained in the present invention. Included in the invention.
  • the present invention also relates to a DNA having a base sequence encoding the protein obtained by the above method.
  • the DNA may be any amino acid sequence obtained by translating the base sequence constituting the DNA as long as it constitutes the protein.
  • Such DNA can be obtained by using a commonly used known method, for example, a polymerase chain reaction (hereinafter abbreviated as PCR) method. It can also be synthesized by a known chemical synthesis method, and can also be obtained from a DNA library.
  • the base sequence constituting the DNA may not be the same as the original base sequence as long as the codon may be replaced with a degenerate codon and it encodes the same amino acid when translated.
  • a recombinant DNA technique As a method for introducing a site-specific mutation into the DNA encoding the protein of the present invention, a recombinant DNA technique, a PCR method or the like can be used as follows.
  • the introduction of mutations by recombinant DNA technology can be performed when, for example, appropriate restriction enzyme recognition sequences exist on both sides of the target site where mutations are desired in the gene encoding the protein of the present invention.
  • the enzyme recognition sequence portion is cleaved with the restriction enzyme, and after removing the region including the site where mutation is desired, the cassette mutation method is performed in which a DNA fragment mutated only to the target site is inserted by chemical synthesis or the like. it can.
  • site-specific mutation by PCR is, for example, a double double-stranded plasmid in which PCR is performed using a double-stranded plasmid encoding a protein as a template and two kinds of synthetic oligo primers containing mutations complementary to the + and ⁇ strands. This can be done by the primer method.
  • a DNA encoding a multimeric protein can be prepared by linking a desired number of DNAs encoding the monomer protein (one domain) in series.
  • an appropriate restriction enzyme site is introduced into a DNA sequence, and double-stranded DNA fragmented with a restriction enzyme can be ligated with DNA ligase.
  • the method for producing DNA encoding a multimeric protein is not limited to these linking methods.
  • it can also be produced by applying the above-described mutation introduction method to DNA encoding protein A (for example, International Publication No. WO06 / 004067).
  • DNA encoding protein A for example, International Publication No. WO06 / 004067.
  • homologous recombination may be induced in the host. It is preferable that the sequence identity between the nucleotide sequences of DNA encoding the monomeric protein is 90% or less, more preferably 85% or less.
  • the vector includes the aforementioned protein, or DNA containing a base sequence encoding a partial amino acid sequence thereof, and a promoter that can function in a host operably linked to the base sequence. Usually, it can be obtained by ligating or inserting a DNA containing a gene encoding the above-described protein into an appropriate vector.
  • the vector for inserting the gene is not particularly limited as long as it can replicate autonomously in the host, and plasmid DNA or phage DNA can be used as the vector.
  • vectors such as pQE vectors (Qiagen), pET vectors (Merck), and pGEX vectors (GE Healthcare Japan) may be used. .
  • pUB110 known as a Bacillus subtilis vector
  • pHY500 Japanese Patent Laid-Open No. 2-31682
  • pNY700 Japanese Patent Laid-open No. Hei 4-
  • No. 278091 Japanese Patent Laid-Open No. 2-31682
  • pNU211R2L5 Japanese Unexamined Patent Publication No. 7-170984
  • pHT210 Japanese Unexamined Patent Publication No. 6-133782
  • pNCMO2 Japanese Unexamined Patent Publication No. 2002-238869
  • a transformant can be obtained by introducing the vector of the present invention into a host cell.
  • methods for transforming a vector into a host include a method using calcium ions, an electroporation method, a spheroplast method, a lithium acetate method, an Agrobacterium infection method, a particle gun method, or a polyethylene glycol method. Although it is mentioned, it is not limited to this.
  • a method for maintaining the vector in the host for example, a method of maintaining the vector by autonomous replication of the vector independently from the genome (chromosome) in the cell, or a method of integrating the prepared gene into the genome (chromosome) The method of maintaining depending on it is mentioned.
  • the host cell is not particularly limited, but for mass production at a low cost, it is preferably E. coli, Bacillus subtilis, Brevibacillus, Staphylococcus, Streptococcus, Streptomyces (Streptomyces). ) And bacteria (eubacteria) such as Corynebacterium can be preferably used. More preferably, Gram-positive bacteria such as Bacillus subtilis, Brevibacillus genus, Staphylococcus genus, Streptococcus genus, Streptomyces genus, and Corynebacterium genus are preferable. More preferably, a bacterium belonging to the genus Brevibacillus, for which an example of application to mass production of protein A (International Publication No. WO06 / 004067) is known, is preferred.
  • Brevibacillus bacteria include, but are not limited to, Brevibacillus agri, B. borstelensis, B.M. brevis, B.M. centrosporus, B.M. choshinensis, B. et al. formusus, B.M. invocatus, B.M. laterosporus, B.I. limnophilus, B. et al. parabrevis, B.I. reuszeri, B.M. A thermorubber is exemplified.
  • Brevibacillus brevis 47 strain JCM6285
  • Brevibacillus brevis 47K strain (FERM BP-2308)
  • Brevibacillus brevis 47-5Q strain (JCM8970)
  • Brevibacillus choshinensis HPD31 strain (FERM BP-1087)
  • Brevibacillus choshinensis HPD31-OK strain (FERM BP-4573).
  • a mutant strain (or derivative strain) such as a protease-deficient strain, a high-expressing strain, or a spore-forming-deficient strain of the genus Brevibacillus may be used depending on the purpose such as improvement of the production amount. .
  • Brevibacillus choshinensis HPD31-derived Brevibacillus choshinensis HPD31-OK JP-A-6-296485), which is a protease mutant derived from Brevibacillus choshinensis HPD31, and Brevibacillus choshinensis HPD31 having no spore-forming ability.
  • -SP3 International Publication No. WO05 / 045005
  • the protein of the present invention can be produced using a transformant or a cell-free protein synthesis system using the above DNA.
  • the protein When a protein is produced using a transformant, the protein can be collected and collected in the cells of the transformant (including the periplasmic region) or in a culture solution (extracellular). Accumulation in the cell is advantageous in that it prevents oxidation of the expressed protein and there is no side reaction with the medium components, and accumulation in the periplasmic region is advantageous in that degradation by intracellular protease can be suppressed. It is. On the other hand, secreting the protein outside the transformant is advantageous in that the production cost can be reduced because the cell disruption and extraction steps are unnecessary. As a specific method, when proteins are accumulated in cultured cells (including the periplasm region), for example, the cells are collected from the culture solution by centrifugation, filtration, etc., and then the cells are collected.
  • the protein accumulated and produced in the cells can be recovered by crushing the solution by ultrasonic crushing method, French press method, etc. and / or solubilizing by adding a surfactant or the like.
  • the assembly produced by separating the cultured cells and the supernatant containing the secreted protein by a general separation method such as centrifugation or filtration after the completion of the culture.
  • the replacement protein can be recovered.
  • the cell-free protein synthesis system is not particularly limited as long as it is a system that synthesizes proteins in vitro using a cell extract, for example, derived from prokaryotic cells Alternatively, synthetic systems derived from plant cells or higher animal cells can be used.
  • the protein of the present invention is obtained by culturing the above-mentioned transformant in a medium, expressing it in the form of a fusion protein with other proteins, collecting the fusion protein from the culture, and cleaving the fusion protein with an appropriate protease. And it can also manufacture by extract
  • the method of culturing the transformant of the present invention in a medium is performed according to a usual method used for culturing a host.
  • the medium used for culturing the obtained transformant is not particularly limited as long as the protein can be produced with high efficiency and high yield.
  • carbon sources and nitrogen sources such as glucose, sucrose, glycerol, polypeptone, meat extract, yeast extract, and casamino acid can be used.
  • inorganic salts such as potassium salt, sodium salt, phosphate, magnesium salt, manganese salt, zinc salt, iron salt and the like are added as necessary.
  • an auxotrophic host cell a nutrient substance required for growth may be added. If necessary, antibiotics such as penicillin, erythromycin, chloramphenicol and neomycin may be added.
  • the medium for culturing the transformant obtained using E. coli as a host is not particularly limited.
  • LB medium tryptone 1%, yeast extract 0.5%, NaCl 1%
  • 2xYT medium trypton 1 6%, yeast extract 1.0%, NaCl 0.5%) and the like.
  • the medium for culturing the transformant obtained using Brevibacillus bacteria as a host is not particularly limited.
  • TM medium peptone 1%, meat extract 0.5%, yeast extract 0.2%, glucose 1 %, PH 7.0
  • 2SL medium peptone 4%, yeast extract 0.5%, glucose 2%, pH 7.2
  • protease inhibitors namely phenylmethanesulfonylfluoride (PMSF), benzamidine, 4- (2-aminoethyl) ) -Benzenesulfonyl fluoride (AEBSF), Antipain, Chymostatin, Leupeptin, Pepstatin A, Phosphoramidon, Aprotinin, Ethylenediamine, and ED .
  • PMSF phenylmethanesulfonylfluoride
  • AEBSF 4- (2-aminoethyl) ) -Benzenesulfonyl fluoride
  • Antipain Chymostatin, Leupeptin, Pepstatin A, Phosphoramidon, Aprotinin, Ethylenediamine, and ED .
  • molecular chaperones such as GroEL / ES, Hsp70 / DnaK, Hsp90, Hsp104 / ClpB may be used.
  • the molecular chaperone can coexist with the protein of the present invention by a technique such as co-expression or fusion proteinization.
  • techniques such as adding an additive that promotes correct folding to the medium and culturing at a low temperature are possible, but are not limited thereto.
  • Proteins can be produced by culturing aerobically for several hours to several days under aeration and stirring conditions at a culture temperature of 15 to 42 ° C, preferably 20 to 37 ° C. In some cases, the culture may be performed anaerobically by blocking aeration.
  • Protein purification can be carried out by affinity chromatography, cation or anion exchange chromatography, gel filtration chromatography or the like alone or in combination.
  • Confirmation that the obtained purified substance is the target protein can be performed by usual methods such as SDS polyacrylamide gel electrophoresis, N-terminal amino acid sequence analysis, Western blotting and the like.
  • an affinity separation matrix can be obtained by immobilizing the protein of the present invention as an affinity ligand on a carrier comprising a water-insoluble substrate.
  • the “affinity ligand” is a substance that selectively collects (binds) a target molecule from a set of molecules based on the affinity between specific molecules represented by the binding of an antigen and an antibody. It is a term indicating (functional group), and in the present invention, it refers to a protein that specifically binds to immunoglobulin.
  • the expression “ligand” is also synonymous with “affinity ligand”.
  • Examples of the carrier composed of a water-insoluble substrate used in the present invention include inorganic carriers such as glass beads and silica gel, crosslinked polymers such as crosslinked polyvinyl alcohol, crosslinked polyacrylate, crosslinked polyacrylamide, and crosslinked polystyrene, crystalline cellulose, crosslinked Examples thereof include organic carriers composed of polysaccharides such as cellulose, crosslinked agarose and crosslinked dextran, and organic-organic, organic-inorganic and other composite carriers obtained by a combination thereof.
  • porous cellulose gel GCL2000 manufactured by Seikagaku Corporation
  • Sephacryl S-1000 manufactured by GE Healthcare Japan Co., Ltd.
  • allyl dextran and methylene bisacrylamide crosslinked by covalent bond acrylate type Toyopearl (manufactured by Tosoh Corp.), Sepharose CL4B (manufactured by GE Healthcare Japan Ltd.), Cellufine (manufactured by Chisso Corp.), which is a cellulosic cross-linking carrier, and the like It can be illustrated.
  • the water-insoluble carrier in the present invention is not limited to these exemplified carriers.
  • the water-insoluble carrier used in the present invention desirably has a large surface area in view of the purpose and method of use of the affinity separation matrix, and is preferably a porous material having a large number of pores of an appropriate size.
  • the form of the carrier can be any of beads, monoliths, fibers, membranes (including hollow fibers), and any form can be selected.
  • the method for immobilizing the ligand for example, it may be bound to the carrier by a conventional coupling method using an amino group, a carboxyl group, or a thiol group present in the ligand.
  • the support is activated by reacting the support with cyanogen bromide, epichlorohydrin, diglycidyl ether, tosyl chloride, tresyl chloride, hydrazine, sodium periodate, or the like (or on the support surface).
  • introducing a reactive functional group a method of immobilizing by coupling reaction with a compound to be immobilized as a ligand, a condensation reagent such as carbodiimide in a system in which a compound to be immobilized as a carrier and a ligand exists, or
  • the immobilization method include addition of a reagent having a plurality of functional groups in the molecule such as glutaraldehyde, condensation, and crosslinking.
  • a spacer molecule composed of a plurality of atoms may be introduced between the ligand and the carrier, or the ligand may be directly immobilized on the carrier. Therefore, for immobilization, the protein of the present invention may be chemically modified, or an amino acid residue useful for immobilization may be added.
  • amino acids useful for immobilization include amino acids having functional groups useful for immobilization chemical reactions in the side chain, such as Lys containing an amino group in the side chain, and thiol groups in the side chain. Cys containing is mentioned.
  • the essence of the present invention is that the effect imparted to the protein in the present invention is similarly imparted to the matrix in which the protein is immobilized as a ligand, and no matter how it is modified or altered for immobilization. And within the scope of the present invention.
  • the affinity separation matrix preferably binds to a protein containing an immunoglobulin Fc region.
  • the protein containing an immunoglobulin Fc region to which an affinity separation matrix binds include an antibody, an antibody derivative, a fragment antibody, and a fragment antibody derivative containing an immunoglobulin Fc region. These proteins can be separated and purified by affinity column chromatography purification method.
  • examples of the “antibody containing an Fc region of an immunoglobulin” include IgG.
  • “Antibody derivative” refers to an IgG derivative.
  • Examples include humanized antibodies that are fused by replacing the CDR portions of the antibodies.
  • Examples of the “fragment antibody” include a protein consisting only of the Fc region of human IgG.
  • Examples of the “fragment antibody derivative” include an artificial antibody in which the Fv region and Fc region of human IgG are fused.
  • the expression “antibody-like molecule” is used in the specification as a generic name for these antibodies, antibody derivatives, fragment antibodies, and fragment antibody derivatives.
  • An affinity separation matrix can be used to separate proteins containing the Fc region of an immunoglobulin. Separation of the protein containing the Fc region (the above-mentioned antibody, antibody derivative, fragment antibody, and fragment antibody derivative) is achieved by a procedure according to an affinity column / chromatography purification method using a protein A column that is already available on the market. (Non-Patent Document 3). That is, an antibody, an antibody derivative, a fragment antibody, and a buffer containing the fragment antibody derivative are adjusted to be neutral, and then the solution is passed through an affinity column packed with the affinity separation matrix of the present invention. The antibody derivative, the fragment antibody, and the fragment antibody derivative are adsorbed.
  • an appropriate amount of pure buffer is passed through the affinity column, and the inside of the column is washed. At this point, the desired antibody, antibody derivative, fragment antibody, and fragment antibody derivative are adsorbed to the affinity separation matrix of the present invention in the column.
  • an acidic buffer adjusted to an appropriate pH (which may contain a substance that promotes dissociation from the matrix) is passed through the column, and the desired antibody, antibody derivative, fragment antibody, and fragment antibody derivative are added to the column. By elution, high purity purification is achieved.
  • the affinity separation matrix of the present invention contains an appropriate strong acid or strong alkaline pure buffer (appropriate denaturing agent or organic solvent) that does not completely impair the function of the ligand compound or the carrier substrate. It may be reused by passing it through and washing it.
  • affinity to immunoglobulin of the protein of the present invention is essentially an expression indicating affinity for Fc region, and even if only the binding force to Fab region is changed, the affinity for immunoglobulin is increased. The size does not change greatly.
  • the protein of the present invention has a reduced secondary affinity for the Fab region of the immunoglobulin A binding domain of protein A, and can eliminate the influence of secondary binding on the interaction with immunoglobulin. There is an effect. On the other hand, since the affinity for the Fc region is maintained, the affinity for the entire immunoglobulin is maintained.
  • the affinity of the protein of the present invention for the immunoglobulin preferably has an affinity constant (KA) of 10 6 (M ⁇ 1 ) or more when the affinity for the human immunoglobulin G preparation is measured by a Biacore system described later. More preferably, it is 10 7 (M ⁇ 1 ) or more.
  • the affinity of the protein of the present invention for immunoglobulin can be measured by, for example, a biosensor such as a Biacore system (manufactured by GE Healthcare Japan Co., Ltd.) using the surface plasmon resonance principle. It is not limited to.
  • Examples of the target of the protein of the present invention include, but are not limited to, the Fab region and the immunoglobulin molecule containing the Fc region without a deficiency, and derivatives thereof.
  • the protein of the present invention also has affinity for a protein containing a portion on the Fc region side, and the binding target need not be a protein that completely contains the Fc region. Since the three-dimensional structure of the antibody is already known, it is possible to make further modifications (such as fragmentation) to the Fab region or Fc region while retaining the three-dimensional structure of the region to which the protein of the present invention binds by protein engineering. And the proteins of the invention can also bind to their derivatives.
  • the affinity for the Fab region of IgG belonging to the VH3 subfamily is lower than that of a protein into which a mutation that replaces Gly at position 29 of the C domain with Ala is introduced.
  • the immunoglobulin molecule used as a binding partner is not particularly limited as long as the binding to the Fab region can be detected, but when an immunoglobulin molecule containing an Fc region is used, Since binding to the Fc region is also detected, it is preferable to use Fab fragments or Fv fragments obtained by fragmenting immunoglobulin molecules so as to exclude the Fc region.
  • the binding of the protein of the present invention to the Fab region of an immunoglobulin can be confirmed using human IgG (monoclonal antibody) belonging to the VH3 subfamily. Furthermore, immunoglobulin Fab fragments belonging to the VH3 subfamily, in which the binding of protein A to the Fab region has already been confirmed, are more preferred. Almost half of the human VH germline gene belongs to the VH3 subfamily, and a pharmaceutical comprising an IgG antibody that actually belongs to the VH3 subfamily is on the market or under development.
  • the difference in affinity is that mutations that replace Gly corresponding to position 29 of the C domain with Ala in the binding parameters obtained when the binding reaction curves for the same immunoglobulin molecules are obtained under the same measurement conditions and analyzed.
  • Those skilled in the art can easily verify by comparing with the introduced protein.
  • a B domain mutation in which Gly at position 29 is replaced with Ala is suitable.
  • a C domain mutant in which Gly at position 29 is substituted with an amino acid other than Ala Comparison with is inappropriate.
  • an affinity constant (KA) or a dissociation constant (KD) can be used as the binding parameter (Nagata et al., “Real-time analysis experiment method of biological substance interaction”, Springer Fairlark Tokyo, 1998, 41. page).
  • the affinity constant between the variant of each domain of the present invention and Fab is determined by, for example, immobilizing an immunoglobulin Fab fragment belonging to the VH3 subfamily on a sensor chip using a Biacore system, Under the conditions, it can be determined in an experimental system in which each domain mutant is added to the flow path.
  • the affinity constant (KA) of the mutant in which Gly at position 29 is substituted with other than Ala is preferably a mutant whose Gly at position 29 is reduced to 1 ⁇ 2 or less compared to the mutant in which Gly at position 29 is substituted with Ala. It is possible to use a mutant that is preferably reduced to 1/5 or less, and more preferably 1/10 or less.
  • the KA for Fab of the C domain mutant in which Gly at position 29 was substituted with Ala was usually 1 ⁇ 10 4 to 1 ⁇ 10 5 (M ⁇ 1 ), but Gly at position 29 was substituted with other than Ala.
  • a C domain mutant that has a KA of less than 1 ⁇ 10 4 (M ⁇ 1 ) can be preferably used in the present invention, and has a KA of 0.5 ⁇ 10 4 (M ⁇ 1 ) or less.
  • the body can be used more suitably.
  • KA measurement only Fab regions obtained by fragmenting immunoglobulin G into Fab fragments and Fc fragments with papain, or only the Fab region of immunoglobulin G obtained by genetic engineering techniques are expressed. Fabs prepared using a production system can be used.
  • the binding activity to immunoglobulin after chemical treatment can be tested by a biosensor such as Biacore system (manufactured by GE Healthcare Japan Co., Ltd.) using the surface plasmon resonance principle as described above. It is not limited to this. However, in the binding activity after chemical treatment (comparison with before chemical treatment), the affinity constant (KA) and dissociation constant (KD) are inappropriate as binding parameters (by chemical treatment, The ability of one protein molecule to bind to immunoglobulin does not change).
  • KA affinity constant
  • KD dissociation constant
  • a binding parameter such as a signal magnitude or a theoretical maximum binding capacity (Rmax), but is not limited thereto.
  • Rmax theoretical maximum binding capacity
  • the affinity separation matrix has the property that the binding ability to the Fab region of the aforementioned immunoglobulin is reduced, it has excellent properties for dissociating the antibody in the step of eluting the antibody with an acidic solution.
  • an effect of suppressing damage to the antibody under acidic conditions can be obtained by enabling elution under more acidic side acidic elution conditions. More specifically, the acidic elution conditions on the neutral side are more acidic elution conditions on the more neutral side of pH 3.0 to 5.0 than the normal acidic elution conditions of pH 2.0 to 3.5. It is a condition, and when eluted under this condition, the damage to the antibody is small (Gose S.
  • the superior antibody acid dissociation characteristics refer to characteristics such that the antibody is dissociated under a more neutral acidic elution condition, and the elution peak profile when the antibody is eluted under an acidic condition is sharper. By making the elution peak profile of chromatography sharper, it is possible to recover a higher concentration of antibody-containing eluate with a smaller volume of eluate.
  • the matrix can be provided that has excellent characteristics for dissociating antibodies by an acidic solution and has high chemical stability under alkaline conditions. Specifically, in the washing with an aqueous sodium hydroxide solution (about 0.05M to 1M) for removing contaminants (host-derived proteins, carbohydrates, lipids, bacteria, viruses, etc.) from the matrix and reusing them, the ligand molecules It is possible to provide a matrix with less damage.
  • the cleaning method for reuse is not limited to cleaning with an aqueous sodium hydroxide solution, but the present technique that has a high cleaning and sterilizing effect and can be implemented at a lower cost can be applied.
  • Example 1 Preparation of DNA encoding wild-type C domain (C-wild) PCR was performed using the expression vector pNK3262NX encoding wild-type protein A as a template and using the oligonucleotide primers of SEQ ID NOs: 19 to 20, A DNA fragment (177 bp) encoding C-wild (SEQ ID NO: 5) was amplified.
  • PNK3262NX used as a template is a protein A expression vector obtained by modifying a part of the already known pNK3260, and encodes wild type protein A excluding a part of the cell wall binding domain X and the like (International Publication No. WO06). / 004067 publication).
  • the base sequence encoding C-wild obtained in this example is shown in SEQ ID NO: 21. It should be noted that the oligonucleotide primers shown in SEQ ID NOs: 19 to 20 are such that the DNA amplified using them has BamHI and EcoRI restriction enzyme recognition sites outside the gene encoding C-wild. , Designed to have a Cys residue on the C-terminal side of C-wild (after Lys-58).
  • the obtained DNA fragment was digested with restriction enzymes BamHI and EcoRI (both manufactured by Takara), and then purified and recovered.
  • PGEX-6P-1 (manufactured by GE Healthcare Japan Co., Ltd.), a GST fusion protein expression vector, is digested with BamHI and EcoRI, purified and recovered, and further subjected to dephosphorylation treatment with alkaline forphotase treatment went.
  • the DNA fragment encoding C-wild and the expression vector pGEX-6P-1 were ligated using Ligation High (manufactured by TOYOBO), which is a DNA ligase, to construct a GST-fused C-wild expression plasmid.
  • Escherichia coli HB101 (manufactured by Takara) was transformed with the expression plasmid containing the gene encoding C-wild obtained by the above operation, and plasmid DNA was amplified and extracted by a conventional method.
  • Example 2 Preparation of DNA encoding wild-type B domain (B-wild) As shown in FIG. 1, the amino acid sequence of B-wild (SEQ ID NO: 4) includes T23N, V40Q, K42A, This is a sequence obtained by introducing a mutation of E43N or I44L. Therefore, DNA encoding B-wild was prepared by introducing mutations of T23N, V40Q, K42A, E43N, and I44L into DNA encoding C-wild (SEQ ID NO: 21).
  • Example 1 Using the C-wild expression plasmid obtained in Example 1 as a template and the oligonucleotide primers shown in SEQ ID NOs: 22 to 23, the amino acid sequence in which the T23N mutation was introduced into C-wild by the quick change method is encoded. A plasmid containing the gene to be obtained was obtained. Further, using the resulting plasmid as a template, mutations of V40Q, K42A, E43N, and I44L are similarly introduced by the quick change method using the oligonucleotide primers shown in SEQ ID NOs: 24 to 25, and B-wild is encoded. A GST-fused B-wild expression plasmid containing the gene was obtained.
  • Escherichia coli HB101 (manufactured by Takara) was transformed with the expression plasmid, and plasmid DNA was amplified and extracted by a conventional method.
  • the DNA sequence obtained by this example and encoding B-wild is shown in SEQ ID NO: 26.
  • the quick change method was carried out according to the Stratagene protocol using DNA polymerase Pfu Turbo and methylated DNA (template DNA) cleaving enzyme DpnI (both from Stratagene).
  • Example 3 Introduction of mutation into Gly-29 Using the C-wild expression plasmid obtained in Example 1 and the B-wild expression plasmid obtained in Example 2 as templates, SEQ ID NOs: 27 to 27 shown in Table 1 Using 52 primers, various genes encoding mutants were obtained by the quick change method.
  • Gly-29 in the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5 is replaced with Val, Leu, Ile, Tyr, Phe, Thr, Trp, Ser, Asp, Glu, Arg, His, or Met using a C-wild expression plasmid as a template
  • C-G29X C domain mutant
  • Escherichia coli HB101 cells were transformed with each expression plasmid containing the gene encoding any one of SEQ ID NOs: 6 to 18 and SEQ ID NOs: 53 to 56, obtained by the above operation, and plasmids were obtained by a conventional method. DNA was amplified and extracted.
  • Table 1 shows which mutation each primer was used to introduce.
  • Example 4 Confirmation of DNA sequence Confirmation of the expression plasmid DNA base sequences of C-wild, various C-G29X, B-wild, and various B-G29X obtained in Examples 1 to 3, This was performed using a DNA sequencer 3130xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems). BigDye Terminator v. 1.1 Cycle sequencing of each plasmid DNA was performed using Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) according to the attached protocol, and the sequencing products were purified and used for sequence analysis.
  • Example 5 Expression of target protein
  • Each transformant expressing various C-G29X / B-G29X obtained in Example 3 as a GST fusion protein was cultured at 37 ° C in an LB medium containing ampicillin. Incubated overnight.
  • the culture solution (5 mL) was inoculated into 2 ⁇ YT medium (200 mL, containing ampicillin) and cultured at 37 ° C. for about 1 hour.
  • IPTG isopropyl 1-thio- ⁇ -D-galacside
  • the cells were collected by centrifugation and resuspended in 5 mL of PBS buffer containing EDTA (0.5 mM). The cells were disrupted by ultrasonic disruption, centrifuged, and fractionated into a supernatant fraction (cell-free extract) and an insoluble fraction.
  • Example 6 Purification of target protein From each cell-free extract containing a GST fusion protein obtained in Example 5, a GSTrap FF column having affinity for GST (manufactured by GE Healthcare Japan, Inc.) The GST fusion protein was purified (crudely purified) using affinity chromatography. Each cell-free extract is added to the GSTrap FF column, the column is washed with standard buffer (20 mM NaH 2 PO 4 -Na 2 HPO 4 , 150 mM NaCl, pH 7.4), followed by elution buffer (50 mM). The target GST fusion protein was eluted with Tris-HCl, 20 mM Glutathione, pH 8.0).
  • the target protein was fractionated by gel filtration chromatography using a Superdex 75 10/300 GL column (manufactured by GE Healthcare Japan, Inc.). Each reaction solution was added to a Superdex 75 10/300 GL column equilibrated with a standard buffer, and the target protein was separated and purified from the cleaved GST or PreScission Protease.
  • Example 7 Analysis of affinity of various C-G29X / B-G29X obtained with immunoglobulin Using biosensor Biacore 3000 (manufactured by GE Healthcare Japan Co., Ltd.) using surface plasmon resonance. The affinity of various C-G29X / B-G29X with immunoglobulins was analyzed.
  • a human immunoglobulin G preparation hereinafter referred to as human IgG
  • Human IgG Human immunoglobulin G preparation
  • Human IgG was immobilized on a sensor chip, and various C-G29X / B-G29X were allowed to flow on the chip to detect the interaction between them.
  • Immobilization of human IgG on the sensor chip CM5 is carried out by an amine coupling method using N-hydroxysuccinimide (NHS) and N-ethyl-N ′-(3-dimethylaminopropyl) carbohydrate hydride (EDC). Ethanolamine was used (sensor chips and immobilization reagents were all manufactured by GE Healthcare Japan Ltd.).
  • the human IgG solution was prepared by dissolving Gamma Guard (manufactured by Baxter) in a standard buffer (20 mM NaH 2 PO 4 -Na 2 HPO 4 , 150 mM NaCl, pH 7.4) at 1.0 mg / mL.
  • the human IgG solution was diluted 100 times with an immobilization buffer (10 mM CH 3 COOH—CH 3 COONa, pH 4.5), and human IgG was immobilized on the sensor chip according to the protocol attached to Biacore 3000.
  • a reference cell serving as a negative control was prepared by performing a process of fixing ethanolamine after activation by EDC / NHS for another flow cell on the chip.
  • Various C-G29X / B-G29X are used in a range of 10 to 1000 nM using a running buffer (20 mM NaH 2 PO 4 -Na 2 HPO 4 , 150 mM NaCl, 0.005% P-20, pH 7.4).
  • the obtained binding reaction curve (binding reaction curve obtained by subtracting the binding reaction curve of the reference cell) is subjected to a fitting analysis with a 1: 1 binding model using the system-attached software BIA evaluation, and the binding rate constant (kon)
  • Table 2 the binding parameters of various C-G29X to human IgG were comparable to those of C-wild (Comparative Example 1). Specifically, the dissociation constant for human IgG was on the order of 10 ⁇ 8 M for any C-G29X. Similar results were obtained for various B-G29X.
  • Example 8 Preparation of Fab Fragment Derived from Humanized Monoclonal Antibody “Affinity to Fab region” in the present invention was examined using a Fab fragment not containing an Fc region of an immunoglobulin.
  • a humanized monoclonal IgG preparation as a raw material, it was prepared by fragmenting it into a Fab fragment and an Fc fragment with papain, and separating and purifying only the Fab fragment.
  • Herceptin (manufactured by Chugai Pharmaceutical Co., Ltd.), a humanized monoclonal IgG preparation, is dissolved in papain digestion buffer (0.1 M AcOH-AcONa, 2 mM EDTA, 1 mM cysteine, pH 5.5) and immobilized on Papain Agarose from papalatex papain. Agarose (manufactured by SIGMA) was added, and the mixture was incubated at 37 ° C. for about 8 hours while mixing with a rotator. From a reaction solution separated from papain-immobilized agarose (a mixture of Fab fragment and Fc fragment), Fab fragment (hereinafter, monoclonal IgG-) (Designated as Fab) was separated and purified.
  • papain digestion buffer 0.1 M AcOH-AcONa, 2 mM EDTA, 1 mM cysteine, pH 5.5
  • the reaction solution diluted to pH 4.5 with ion exchange buffer A (50 mM CH 3 COOH—CH 3 COONa, pH 4.5) was equilibrated with ion exchange buffer A.
  • the salt concentration using ion exchange buffer A and ion exchange buffer B (50 mM CH 3 COOH-CH 3 COONa, 1M NaCl, pH 4.5) Monoclonal IgG-Fab eluted in the middle of the gradient (in the case of passing 10 column volumes of buffer through the column, the concentration of buffer B increases linearly from 0% to 50%) Sorted.
  • the collected monoclonal IgG-Fab solution was purified by gel filtration chromatography using a Superdex 75 10/300 GL column (standard buffer was used for equilibration and separation) to obtain a monoclonal IgG-Fab solution. .
  • Example 9 Analysis of Affinity of Various C-G29X Acquired with Monoclonal IgG-Fab Regarding the analysis of the affinity of various C domain mutants obtained with IgG-Fab, as in Example 7, Biacore This was carried out using 3000.
  • Example 8 The monoclonal IgG-Fab obtained in Example 8 was immobilized on the sensor chip CM5, and various C-G29X were flowed on the chip to detect the interaction. Human serum albumin (Sigma Aldrich) was immobilized on the reference cell. The method for immobilizing monoclonal IgG-Fab and human serum albumin is the same as in Example 6.
  • Various C-G29X to be measured are 4 ⁇ M, 8 ⁇ M, and 16 ⁇ M for each using a running buffer (20 mM NaH 2 PO 4 -Na 2 HPO 4 , 150 mM NaCl, 0.005% P-20, pH 7.4).
  • 32 ⁇ M (32 ⁇ M not prepared in some cases) of different protein concentrations were prepared, and each protein solution was added to the sensor chip for 30 seconds at a flow rate of 20 ⁇ L / min.
  • a binding reaction curve at the time of addition (binding phase, 30 seconds) and after completion of the addition (dissociation phase, 60 seconds) was observed in order.
  • FIG. 2 illustrates binding reaction curves of C-G29V and C-G29W to monoclonal IgG-Fab.
  • C-G29A still has monoclonal IgG-Fab
  • the binding signal with monoclonal IgG-Fab almost completely disappeared.
  • the illustrated binding reaction curve is a binding reaction curve obtained by subtracting the binding reaction curve of the reference cell from the obtained binding reaction curve.
  • the three reaction curves are, in order from the bottom, the reaction curves when the concentration of the added protein is 4 ⁇ M, 8 ⁇ M, and 16 ⁇ M, and these are superimposed and displayed.
  • the vertical axis represents the combined response difference (RU), and the horizontal axis represents time (seconds).
  • Table 3 shows the affinity constants of various C domain mutants for monoclonal IgG-Fab. Note that N. D. Indicates that no binding signal could be detected.
  • C-G29V, C-G29L, C-G29Y, C-G29F, C-G29T, C-G29W, C-G29D, C-G29E, C-G29R, C-G29H, and C-G29M are C-G29A Showed significantly lower affinity constants.
  • C-G29I could not detect a binding signal. This was data indicating that the binding to monoclonal IgG-Fab was significantly weaker than that of C-G29A.
  • the amount of binding to human IgG before and after alkali treatment was measured using a Biacore 3000.
  • alkali treatment a fixed amount of 0.625 M NaOH was added to 26.2 ⁇ M of various B domain mutants (10 ⁇ L) to a final concentration of 0.5 M, and the mixture was incubated at 30 ° C. for 20 hours.
  • HCl a fixed volume whose pH was confirmed to return to neutral in advance
  • running buffer (20 mM NaH 2 PO 4 -Na 2 HPO 4 , 150 mM NaCl, 0.005% P-20, pH 7.4) was diluted 2-fold to prepare various B-G29X solutions after alkali treatment.
  • Various B-G29X solutions before the alkali treatment were prepared by mixing a solution in which an NaOH solution added at the time of the alkali treatment and an HCl solution added at the time of the neutralization treatment were mixed in advance so that the protein concentration and the composition of the solution would be the same Prepared by adding to 2 ⁇ M of various B-G29X (10 ⁇ L).
  • the preparation of the sensor chip (immobilization of human IgG, etc.), the running buffer during measurement, the measurement temperature, and the chip regeneration process are the same as in Example 7.
  • Various BG29X solutions before and after the alkali treatment were added to the sensor chip at a flow rate of 20 ⁇ L / min for 150 seconds.
  • the binding reaction curves at the time of addition (binding phase, 150 seconds) and after the end of addition (dissociation phase, 210 seconds) were observed in order.
  • the analysis method is the same as that in Example 7, but the interpretation of the obtained binding parameters will be supplemented.
  • the protein concentration is the same before and after the alkali treatment, but the protein concentration that has binding activity to human IgG changes.
  • B-G29A (Comparative Example 1) had a residual IgG binding activity after alkali treatment of 41.2%, whereas B-G29W was significantly high at 55.7%. B-G29W showed higher alkali resistance than B-G29A.
  • Example 11 Evaluation of alkali resistance of various C-G29X The alkali resistance of various C-G29X was also evaluated in the same manner as in Example 10. However, unlike the example 10, the incubation time during the alkali treatment was incubated at 30 ° C. for 25 hours.
  • C-G29R, C-G29M, C-G29L, C-G29I, C-G29F, C-- than C-G29A (Comparative Example 1).
  • G29E, C-G29Y, and C-G29W were higher.
  • C-G29M, C-G29F, C-G29Y, and C-G29W showed high residual IgG binding activity and higher alkali resistance than C-G29A.
  • Example 12 Preparation of DNA Encoding Five-Linked C-G29V Back translation was performed from the amino acid sequence (SEQ ID NO: 57) of a protein in which five C-G29V were linked, and the base sequence encoding the protein was designed.
  • HWP Bisu S., “J. Bacteriol.”, 1990, No. 172, 1312-1320
  • the codons were distributed in consideration of the frequency of codon usage on page 5 and the sequence identity of the base sequences between the five domains.
  • a restriction enzyme recognition site for PstI on the 5 ′ side and XbaI on the 3 ′ side of the sequence encoding the 5-linked domain was prepared.
  • the production of DNA fragments was requested from Takara Bio Inc.
  • the sequence of the prepared DNA fragment is shown in SEQ ID NO: 58.
  • FIG. 5 shows a comparison of base sequences between each of the five domains
  • Table 4 shows the sequence identity of the base sequences between the respective domains as a percentage (for each domain, 1 in order from the N-terminal side). Numbers of ⁇ 5 were given).
  • the number of matched bases is expressed as a percentage with respect to a length of 174 bp encoding a single domain unit.
  • codon allocation even in the highest combination (domain 2 and domain 5), the sequence identity of the base sequence was reduced to 85% or less.
  • the prepared DNA fragment encoding 5-linked C-G29V was digested with PstI and XbaI (both manufactured by Takara), and fractionated and purified by agarose gel electrophoresis.
  • pNK3262 which is a plasmid vector for Brevibacillus bacteria, was digested with PstI and XbaI, purified and recovered, and further dephosphorylated by alkaline phosphatase (manufactured by Takara). Both were mixed and then ligated using Ligation High (manufactured by TOYOBO) to construct a 5-linked C-G29V expression plasmid vector pNK3262-C-G29V.
  • Brevibacillus choshinensis strain FY-1 was transformed using the plasmid vector obtained by the above-described operation. Transformation was carried out by an electrophoretic method according to a known method (“Biosci. Biotech. Biochem.”, 1997, 61, 202-203).
  • the Brevibacillus choshinensis FY-1 strain is a Phe ⁇ Tyr auxotrophic strain obtained by mutating the Brevibacillus choshinensis HPD31-OK strain (JP-A-6-296485).
  • Example 13 Expression of target protein of 5-linked C-G29V-expressing recombinant bacterium and analysis of plasmid vector retained
  • the Brevibacillus choshinensis FY-1 recombinant bacterium obtained in Example 12 was obtained at 60 ⁇ g / 5 mL of 3YC medium containing 3 mL of neomycin (polypeptone 3%, yeast extract 0.2%, glucose 3%, magnesium sulfate 0.01%, iron sulfate 0.001%, manganese chloride 0.001%, zinc chloride 0. (0001%) at 30 ° C. for 3 days.
  • a plasmid was prepared from cells obtained by shaking culture by a conventional method, digested with PstI and XbaI, and analyzed by agarose gel electrophoresis. As shown in FIG. 7A, 5-linked C-G29V was encoded. There was an approximately 890 bp fragment corresponding to the DNA fragment. The size that the number of encoded domains is thought to have decreased, as seen when a plasmid vector (Comparative Example 2) held by a 5-linked C-wild-expressing recombinant bacterium was similarly analyzed (FIG. 7B). The DNA fragment was not present.
  • Example 2 the sequences of the DNA fragments encoding the five linked domains were 100% identical, but in this example, as a result of changing the codon, the sequence identity of the base sequences between the domains was It decreased to 85% or less. For this reason, homologous recombination in the molecule was greatly suppressed, partial deletion of the DNA fragment did not occur, and the plasmid was stabilized.
  • DNA encoding 5-linked C-wild is used as a comparison target (Comparative Example 2), but it is not a comparison between the case where the amino acid sequence is C-wild and C-G29V. This is a comparison between the case where the sequence identity of the coding base sequences is 100% consistent with the case where the sequence identity is reduced to 85% or less.
  • Example 14 Preparation of 5-linked C-G29W and 5-linked C-G29Y
  • the gene encoding 5-linked C-G29V was divided into 5 from the plasmid pNK3262-C-G29V prepared in Example 13.
  • DNA fragments were prepared to contain Val-29 of each domain. Domain 1 digested with PstI and NarI, Domain 2 with NarI and HindIII, Domain 3 with HindIII and MluI, Domain 4 with MluI and BglII, Domain 5 with BglII and XbaI (NarI only from TOYOBO, others from Takara) Then, the DNA fragments were obtained by fractionation and purification on an agarose gel (SEQ ID NOs: 59 to 63).
  • the cloning vector pSL301 (manufactured by Invitrogen) is digested with the same two types of restriction enzymes used for the DNA fragments encoding each domain, mixed with the above DNA fragments, and then ligated with Ligation High to divide into five. A plasmid having the obtained DNA fragment was constructed. Each plasmid is represented by pSL301-V29-d1, pSL301-V29-d2, pSL301-V29-d3, pSL301-V29-d4, pSL301-V29-d5 corresponding to the number assigned to the domain.
  • plasmids pSL301-Y29-d1, pSL301- containing DNA fragments (SEQ ID NOs: 90 to 94) in which Val-29 is substituted with Tyr using oligonucleotide primers of SEQ ID NOs: 80 to 89 are used.
  • Y29-d2, pSL301-Y29-d3, pSL301-Y29-d4, and pSL301-Y29-d5 were prepared, and after confirming the mutation, the 5 fragments were sequentially ligated with Ligation High to form a 5-linked C- A DNA fragment (SEQ ID NO: 95) encoding G29Y was prepared.
  • the DNA fragments encoding the 5-linked C-G29W (SEQ ID NO: 79) and 5-linked C-G29Y (SEQ ID NO: 95) prepared by the above operation were digested with PstI and XbaI, and subjected to agarose gel electrophoresis. Fractionation and purification.
  • pNK3262 which is a plasmid vector for Brevibacillus bacteria, was digested with PstI and XbaI, purified and recovered, and further dephosphorylated by alkaline phosphatase treatment.
  • the Brevibacillus choshinensis FY-1 recombinant bacterium obtained by the above operation was subjected to shaking culture at 30 ° C. for 3 days in 5 mL of 3YC medium containing 60 ⁇ g / mL neomycin. After completion of the culture, the cells were separated by centrifugation, and 5 ⁇ L of the supernatant was analyzed by SDS-PAGE by a conventional method. As a result, the molecular weight of each of the 5-linked C-G29W and 5-linked C-G29Y is approximately 33,000 bands were identified.
  • Example 1 Experiments on wild type and G29A mutant C-Wild obtained in Example 1 and B-wild expression plasmid obtained in Example 2 were also used for each transformant. In the same manner as in Examples 5 to 6, purified protein solutions of C-Wild and B-wild were obtained. Further, using the primers of SEQ ID NOs: 96 to 97, transformants having C-G29A and B-G29A expression plasmids were obtained in the same manner as in Example 3. The protein sequence of C-G29A is shown in SEQ ID NO: 98, and the protein sequence of B-G29A is shown in SEQ ID NO: 99.
  • the base sequence of the coding DNA was confirmed by the same method as in Example 3, and purified protein solutions of C-G29A and B-G29A were obtained by the same method as in Examples 5-6.
  • C-wild and C-G29A as in the case of various C-G29X, experiments of the same steps as in Examples 7, 9, and 11 were performed as control experiments.
  • B-wild and B-G29A as in the case of various B-G29X, experiments of the same steps as in Examples 7 and 10 were performed as control experiments.
  • the oligonucleotide primers of SEQ ID NOS: 101 and 102 were used.
  • a second PCR was performed.
  • a DNA fragment of SEQ ID NO: 104 was prepared in which the first half and the second half of C-wild were interchanged and HindIII recognition sites were present at both ends.
  • the obtained DNA fragment was digested with HindIII (manufactured by Takara) and purified and recovered.
  • PBluescriptII KS (-) (Stratagene), a cloning vector of E. coli, was digested with HindIII, purified and recovered, and further dephosphorylated by alkaline phosphatase (Takara).
  • the DNA fragment of SEQ ID NO: 104 digested with Hind III was ligated using Ligation High (manufactured by TOYOBO), which is a DNA ligase, to construct a plasmid.
  • Escherichia coli HB101 (manufactured by Takara) was transformed with the obtained plasmid, and plasmid DNA was amplified and extracted by a conventional method.
  • the DNA fragment cleaved at only one site was fractionated and purified with an agarose gel, and further dephosphorylated by alkaline phosphatase treatment.
  • the DNA fragment of SEQ ID NO: 104 digested with HindIII was ligated to the plasmid using Ligation High, E. coli HB101 was transformed in the same manner to prepare plasmid DNA, and the DNA fragment of SEQ ID NO: 104 was converted into a HindIII site.
  • the plasmid DNA in which two tandem-linked DNA fragments were incorporated was obtained.
  • PCR was carried out using the plasmid DNA obtained by the above operation as a template and the oligonucleotide primers of SEQ ID NOS: 105 and 106.
  • Met-Ala-Phe-Ala is added to the N-terminal side (before Ala-1) of the C-wild domain, and that there is a stop codon on the C-terminal side (after Lys-58).
  • the oligonucleotide primers shown in SEQ ID NOs: 105 and 106 were designed so as to have a restriction enzyme recognition site of XhoI and NcoI on the 5 ′ side of the DNA sequence encoding the domain and BamHI on the 3 ′ side.
  • PBluescriptII KS ( ⁇ ), which is an E. coli cloning vector, was digested with XhoI and BamHI, purified and recovered, and further subjected to dephosphorylation by alkaline phosphatase treatment.
  • the DNA fragment of SEQ ID NO: 107 and pBluescript II KS (-) were ligated using Ligation High, Escherichia coli HB101 was transformed, and plasmid DNA was amplified and extracted by a conventional method.
  • the plasmid containing the DNA fragment encoding C-wild produced by the above method was digested with HindIII, purified and recovered, and further dephosphorylated by alkaline phosphatase treatment.
  • This and the DNA fragment represented by SEQ ID NO: 104 were ligated using Ligation High to construct a plasmid having a DNA fragment encoding C-wild linked in two tandems.
  • Escherichia coli HB101 was transformed with the obtained plasmid, and plasmid DNA was amplified and extracted by a conventional method.
  • the extracted plasmid was partially digested with HindIII, and the DNA fragment cleaved at only one site was fractionated and purified by agarose gel, and further dephosphorylated by alkaline phosphatase treatment.
  • This and the DNA fragment represented by SEQ ID NO: 104 were ligated using Ligation High to construct a plasmid having a DNA fragment encoding C-wild linked in three tandems.
  • a plasmid having a DNA fragment encoding C-wild linked in 5 tandems was constructed, E. coli HB101 was transformed, and plasmid DNA was amplified and extracted by a conventional method.
  • the plasmid was digested with NcoI and BamHI (both manufactured by Takara), fractionated on an agarose gel, purified and recovered to prepare a DNA fragment encoding 5-linked C-wild.
  • PNK3262 which is a plasmid vector for Brevibacillus bacteria, was digested with NcoI and BamHI, purified and recovered, and further subjected to dephosphorylation by alkaline phosphatase treatment. The previously prepared DNA fragment encoding 5-linked C-wild was ligated using Ligation High to construct 5-linked C-wild expression plasmid vector pNK3262-C-wild. Brevibacillus choshinensis strain FY-1 was transformed using the plasmid vector obtained by the above-described operation.
  • the Brevibacillus choshinensis FY-1 recombinant bacterium obtained by the above operation was subjected to shaking culture at 30 ° C. for 3 days in 5 mL of 3YC medium containing 60 ⁇ g / mL neomycin. After completion of the culture, the cells were separated by centrifugation, and 5 ⁇ L of the supernatant was analyzed by SDS-PAGE by a conventional method. As shown in FIG. 6B, in addition to the band of molecular weight of about 33,000, which is considered to be a pentamer of 5-linked C-wild, the number of domains connected is considered to have decreased to 4, 3, and 2. A band suggesting the presence of the protein was also confirmed.
  • a plasmid was prepared from cells obtained by shaking culture by a conventional method, digested with NcoI and BamHI, and analyzed by agarose gel electrophoresis. As shown in FIG. 7B, in addition to the band indicating the presence of a fragment of about 890 bp corresponding to a DNA fragment encoding 5-linked C-wild, the number of linked domains is 4, 3, 2 A band suggesting the presence of a DNA fragment of a size corresponding to was confirmed. The electrophoresis pattern was in good agreement with the protein band pattern by SDS-PAGE. As a result of analyzing the sequences of these DNA fragments, it was found that partial deletion of the gene in domain units occurred.

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Solid-Sorbent Or Filter-Aiding Compositions (AREA)

Abstract

既存の改変型プロテインＡリガンドよりも優れた抗体酸解離特性を有する新規改変プロテインＡリガンドを創出すること、さらに、高いアルカリ耐性を有する新規改変プロテインＡリガンドを創出することを課題とする。 プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかのドメインに由来したアミノ酸配列に対して、１以上のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したアミノ酸配列を有し、かつ、該ＧｌｙをＡｌａに置換したアミノ酸配列を有するタンパク質に比べて、免疫グロブリンのＦａｂ領域に対する親和性が低下していることを特徴とする、免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質を提供する。さらに、対応するドメインに比較してアルカリ性条件下での化学的安定性が向上していることを特徴とする、免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質を提供する。

Description

免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド
本発明は、抗体に特異的に結合するタンパク質、および、該タンパク質を免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンドとするアフィニティー分離マトリックス、および、該マトリックスを用いて抗体を分離精製または吸着除去する方法に関する。
抗体は、抗原と呼ばれる物質に特異的に結合する機能、および、他の生体分子や細胞と協同して抗原を有する因子を無毒化・除去する機能を有する。抗体という名は、このような抗原に結合するという機能を重視した名前であり、物質としては「免疫グロブリン」と呼ばれる。
近年、遺伝子工学、タンパク質工学、および、細胞工学の発展に伴い、抗体医薬と呼ばれる、抗体の有する機能を利用した医薬品の開発が盛んに行われている。抗体医薬は、従来の医薬と比べて、標的分子に対してより特異的に働くために、副作用をより軽減させ、かつ、高い治療効果が得られることが期待されており、実際に様々な病態の改善に寄与している。
一方、抗体医薬は、生体に大量に投与されることから、他の組換えタンパク質医薬品と比べた場合に、その純度が品質に与える影響は大きいと言われている。よって、純度の高い抗体を製造するために、抗体に対して特異的に結合する分子をリガンドとする吸着材料を利用する、アフィニティークロマトグラフィー等の手法が一般的に用いられている。
抗体医薬として開発されているのは、基本的にモノクローナルＩｇＧ抗体であり、組換え培養細胞技術等を用いて大量に生産され、ＩｇＧ抗体にアフィニティーを有するタンパク質を利用して精製されている。ＩｇＧ抗体にアフィニティーを有する免疫グロブリン結合性タンパク質として、プロテインＡがよく知られている。プロテインＡは、グラム陽性細菌スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ）によって生産される細胞壁タンパク質の１種であり、シグナル配列Ｓ、５つの免疫グロブリン結合性ドメイン（Ｅドメイン、Ｄドメイン、Ａドメイン、Ｂドメイン、Ｃドメイン）、および、細胞壁結合ドメインであるＸＭ領域から構成されている（非特許文献１）。抗体医薬製造工程における初期精製工程（キャプチャー工程）には、プロテインＡがリガンドとして水不溶性担体に固定化された、アフィニティークロマトグラフィー用カラム（以下、プロテインＡカラム）が一般的に利用されている（非特許文献１、非特許文献２、非特許文献３）。
プロテインＡカラムの性能を改良するために、様々な技術開発がなされてきた。リガンドの側面からの技術開発も進んでいる。最初は天然型のプロテインＡがリガンドとして利用されてきたが、タンパク質工学的に改変を加えた組み換えプロテインＡをリガンドとして、カラムの性能を改良する技術も多数見られるようになった。
代表的な組み換えプロテインＡとしては、免疫グロブリン結合活性がないＸＭ領域を除去した組み換えプロテインＡが挙げられる（ｒＰｒｏｔｅｉｎ　Ａ　Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ（商標）、ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）。ＸＭ領域を除去した組み換えプロテインＡをリガンドとしたカラムは、従来品よりもタンパク質の非特異吸着が抑えられるという利点があり、現在、工業的にも広く使用されている。
その他に、プロテインＡに１個のＣｙｓを変異導入した組み換えプロテインＡ（特許文献１）、または、複数のＬｙｓを変異導入した組み換えプロテインＡ（特許文献２）をリガンドとして利用する発明がある。これらの変異を導入して得られるプロテインＡは、水不溶性担体への固定化において効果を示し、抗体のカラムへの結合容量や固定化リガンドのリーク低減で利点を有する。
改変を加えた組み換えプロテインＡとして、Ｂドメインに変異を導入した改変ドメイン（Ｚドメインと呼ばれる）をリガンドに利用する技術もよく知られている（特許文献３、非特許文献１、非特許文献４）。Ｚドメインは、Ｂドメインに対して、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入した改変ドメインである。なお、Ｚドメインでは、Ｂドメイン１位のＡｌａをＶａｌに置換する変異も同時に導入されているが、これは、遺伝子工学的に複数のドメインを連結したコード遺伝子を作製し易くすることを目的とした変異で、ドメインの機能に対して影響は及ぼさない（例えば、特許文献４には、Ｚドメイン１位のＶａｌをＡｌａに置換した変異体を用いた実施例がある）。
Ｚドメインは、Ｂドメインよりもアルカリ耐性が高いことが知られており、アルカリ洗浄による繰返し使用に利点を有する。Ｚドメインをベースとして、Ａｓｎを他のアミノ酸に置換することによって更なるアルカリ耐性を付与したリガンドが発明され（特許文献５、特許文献６）、工業的使用も開始されている。
Ｚドメインのもう１つの特徴としては、免疫グロブリンのＦａｂ領域への結合能が弱くなっていることが挙げられる（非特許文献５）。この特徴によって、結合した抗体を酸で解離する工程において、抗体が解離され易いという利点がある（非特許文献１、特許文献７）。
Ｂドメインに由来するＺドメインの他に、アルカリ耐性の高い改変プロテインＡ・リガンドとして、プロテインＡのＣドメインをベースとした研究が進められている（特許文献４）。これらのリガンドは、野生型Ｃドメインが本来有しているアルカリ耐性の高さを生かすことを特徴としており、Ｚドメインに代わる新しいベース・ドメインとして注目されている。しかし、我々がＣドメインに関して検証した結果、Ｃドメインに結合した抗体を酸で解離する工程において、抗体が解離されにくいという欠点があることが判明した。非特許文献２や特許文献４において、Ｃドメインが免疫グロブリンのＦａｂ領域への結合能が強いことが示されており、この特徴が、抗体が酸で解離されにくい原因となっていると推測された。この欠点を改善するために、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入したＣドメインを用いて、抗体酸解離特性を検証したところ、野生型のＣドメインに比べれば改善が見られたが、まだ不十分であった。タンパク質レベルでの分子間相互作用解析の結果、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入したＣドメインでは、免疫グロブリンのＦａｂ領域への結合能の低下が十分でないことが原因であることが分かった。
このように、プロテインＡの免疫グロブリン結合性ドメイン（Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメイン）に対して、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入することの有用性は広く認知されている。実際に、１９８７年にこの「Ｇ２９Ａ」の変異が公開されてから、後に開発された改変プロテインＡに関する先行技術においても、この「Ｇ２９Ａ」の変異が導入されている（特許文献２、特許文献４、特許文献６）。
しかしながら、プロテインＡの免疫グロブリン結合性ドメインの２９位における公知の変異は２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する「Ｇ２９Ａ」のみであり、この部位に対するＡｌａ以外のアミノ酸残基を導入する変異を示唆するものは知られていなかった。Ｇ２９Ａは、立体構造上の変化を最小にするべく、Ｇｌｙの次に側鎖の小さいＡｌａが最も適していると考えて導入した変異であり、これまで、さらに大きな側鎖を有しているアミノ酸への置換は考慮されていなかった（非特許文献４）。したがって、立体構造上の変化がより大きくなり、本来の機能（免疫グロブリンへの結合能など）を損なう可能性のある、２９位のＧｌｙに対して、Ａｌａよりも側鎖の大きなアミノ酸へ置換する変異が、Ａｌａに置換する変異よりも優れた効果を示すかどうかは不明であった。２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異が１９８７年に公開された（非特許文献４）にもかかわらず、今日までＡｌａ以外のアミノ酸に置換する変異が導入されていない。
米国特許第６３９９７５０号公報 特開２００７－２５２３６８号公報 米国特許第５１４３８４４号公報 特開２００６－３０４６３３号公報 欧州特許第１１２３３８９号公報 国際公開第ＷＯ０３／０８０６５５号公報 米国公開第２００６／０１９４９５０号公報
Ｈｏｂｅｒ　Ｓ．　他　著、「Ｊ．　Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．　Ｂ」２００７年、８４８巻、４０－４７頁 Ｌｏｗ　Ｄ．　他　著、「Ｊ．　Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．　Ｂ」、２００７年、８４８巻、４８－６３頁 Ｒｏｑｕｅ　Ａ．Ｃ．Ａ．　他　著、「Ｊ．　Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．　Ａ」、２００７年、１１６０巻、４４－５５頁 Ｎｉｌｓｓｏｎ　Ｂ．　他　著、「Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ」、１９８７年、１巻、１０７－１１３頁 Ｊａｎｓｓｏｎ　Ｂ．　他　著、「ＦＥＭＳ　Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　Ｍｅｄｉｃａｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ」、１９９８年、２０巻、６９－７８頁
既存の改変型プロテインＡリガンドよりも優れた抗体酸解離特性を有する新規改変プロテインＡリガンドを創出する改変技術の開発が、本発明が解決しようとする課題である。さらに、高いアルカリ耐性を有する新規改変プロテインＡリガンドを創出することを課題とする。
本発明者らは、上記の課題を解決すべく、数多くの組み換えプロテインＡ変異体を分子設計し、タンパク質工学的手法および遺伝子工学的手法を用いて、該変異体を、形質転換体から取得し、取得した該変異体の物性を比較検討することにより、本発明を完成させるに至った。
すなわち、本発明は、配列番号１～５に記載のプロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかのドメインに由来するアミノ酸配列において、１以上のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したアミノ酸配列を有し、かつ、該ＧｌｙをＡｌａに置換したアミノ酸配列を有するタンパク質に比べて、免疫グロブリンのＦａｂ領域に対する親和性が低下していることを特徴とする、免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質に関する。
前記Ｇｌｙが、プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインで保存されているＣドメインの２９位に対応するＧｌｙであることが好ましい。
前記Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙが、Ｅドメインの２７位のＧｌｙ、Ｄドメインの３２位のＧｌｙ、Ａドメインの２９位のＧｌｙ、Ｂドメインの２９位のＧｌｙ、および、Ｃドメインの２９位のＧｌｙであることが好ましい。
前記Ａｌａ以外のアミノ酸が、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎのいずれかのアミノ酸であることが好ましい。
前記Ａｌａ以外のアミノ酸が、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｍｅｔのいずれかのアミノ酸であることが好ましい。
前記変異導入前のアミノ酸配列が、配列番号５に記載のアミノ酸配列であることが好ましい。
前記変異導入前のアミノ酸配列からなるタンパク質と比較してアルカリ性条件下での化学的安定性が向上していることを特徴とすることが好ましい。
前記変異導入後のアミノ酸配列が、配列番号６～１８に記載のアミノ酸配列であることが好ましい。
本発明は、また、前記タンパク質を２個以上連結した、複数ドメインからなるタンパク質に関する。
本発明は、また、前記の種類の異なるタンパク質を２種類以上連結した、複数ドメインからなるタンパク質に関する。
前記タンパク質において、ドメインの数が２～５個であることが好ましい。
本発明は、また、前記タンパク質、または、前記複数ドメインからなるタンパク質をコードするＤＮＡに関する。
前記ＤＮＡにおいて、連結されているドメインを構成する塩基配列の配列同一性が９０％以下であることが好ましい。
本発明は、また、前記ＤＮＡを含むベクターに関する。
本発明は、また、前記ベクターを宿主に形質転換して得られる形質転換体に関する。
前記宿主はグラム陽性菌であることが好ましい。
前記グラム陽性菌がブレビバチルス属細菌であることが好ましい。
前記ブレビバチルス属細菌がブレビバチルス・チョウシネンシスであることが好ましい。
本発明は、また、前記形質転換体、または、ＤＮＡを用いた無細胞タンパク質合成系を用いる、前記タンパク質、または、複数ドメインからなるタンパク質の製造方法に関する。
前記製造方法において、形質転換体の細胞内および／またはペリプラズム領域内にタンパク質を蓄積すること、および／または、形質転換体の細胞外にタンパク質を分泌することが好ましい。
本発明は、また、前記タンパク質、または、複数ドメインからなるタンパク質をアフィニティーリガンドとして、水不溶性の基材からなる担体に固定化したことを特徴とする、アフィニティー分離マトリックスに関する。
前記アフィニティー分離マトリックスは、免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質に結合することが好ましい。
前記免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質が、抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体のいずれかであることが好ましい。
前記抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体が、ＩｇＧ、および、ＩｇＧ誘導体のいずれかであることが好ましい。
本発明は、また、免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質の分離における、前記アフィニティー分離マトリックスの使用に関する。
本発明のタンパク質は、既存の改変型プロテインＡ・リガンドよりも高いアルカリ耐性を有し、かつ、十分な抗体酸解離特性を有し、新規改変プロテインＡ・リガンドの創出につながる。該タンパク質を構成成分とする改変プロテインＡリガンドを担体に固定化したアフィニティー分離マトリックスを用いることにより、抗体様分子、より具体的には、免疫グロブリンのＦｃ領域を含む抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体を分離精製することが可能となる。
プロテインＡ由来の、Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインは、互いに相同性の高いアミノ酸配列を有しており、これらのドメイン間で保存されているＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換することにより、Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれのドメインを使用した場合であっても、共通して上述の効果を有する。
スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）のプロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインの配列比較表である。なお、－（ハイフン）はＣドメインのアミノ酸残基と同じであることを示す。 本発明の実施例９および比較例１に係る、Ｃ－Ｇ２９Ｖ、Ｃ－Ｇ２９Ｗ、Ｃ－ｗｉｌｄ、および、Ｃ－Ｇ２９ＡのモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂに対する結合反応曲線を示した図である。 本発明の実施例１０および比較例１に係る、各種Ｂ－Ｇ２９Ｘ、Ｂ－ｗｉｌｄ、および、Ｂ－Ｇ２９Ａの、アルカリ処理後の残存ＩｇＧ結合活性（％）を示した図である。 本発明の実施例１１および比較例１に係る、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ、Ｃ－ｗｉｌｄ、および、Ｃ－Ｇ２９Ａの、アルカリ処理後の残存ＩｇＧ結合活性（％）を示した図である。 本発明の実施例１２に係る、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｖのアミノ酸配列から逆翻訳して作成したＤＮＡ配列における、連結された各ドメインのＤＮＡ配列アライメント図である。 本発明の実施例１３および比較例２に係る、（Ａ）５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｖ、および、（Ｂ）５連結型Ｃ－ｗｉｌｄ発現組換え菌の培養上清のＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析結果を示した図である。 本発明の実施例１３および比較例２に係る、（Ａ）５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｖ、および、（Ｂ）５連結型Ｃ－ｗｉｌｄ発現組換え菌のアガロース電気泳動による保持プラスミドの分析結果を示した図である。
本発明のタンパク質は、配列番号１～５に記載のプロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかのドメインに由来するアミノ酸配列において、１以上のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したアミノ酸配列を有し、かつ、該ＧｌｙをＡｌａに置換したアミノ酸配列を有するタンパク質に比べて、免疫グロブリンのＦａｂ領域に対する親和性が低下していることを特徴とし、免疫グロブリンに親和性を有することを特徴とする。
プロテインＡは、免疫グロブリン結合性ドメインが５個つながった形で構成されるタンパク質である。複数の微生物がプロテインＡを発現するが、プロテインＡを発現する微生物として、例えば、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）が挙げられる。配列番号１～５に記載のプロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインは、免疫グロブリンの相補性決定領域（ＣＤＲ）以外の領域に結合することができる免疫グロブリン結合性タンパク質であり、いずれのドメインも、免疫グロブリンのＦｃ領域、Ｆａｂ領域、および、Ｆａｂ領域中の特にＦｖ領域の、各々の領域に対して結合する。図１の配列比較表に示すように、プロテインＡ由来の、Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインは、互いに相同性の高いアミノ酸配列を有しており、Ｃドメインの２９位のＧｌｙ、さらに、２６位～３９位までのアミノ酸残基に対応するアミノ酸配列は全てのドメインにおいて保存されている。
ドメインに由来するアミノ酸配列は、変異を導入する前のアミノ酸配列のことを指し、例えば、プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかの野生型アミノ酸配列が挙げられるが、野生型に限定されるものではない。Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換する変異を除く、部分的なアミノ酸の置換、挿入、欠失、および、化学修飾により改変されたアミノ酸配列であっても、Ｆｃ領域への結合能を有しているタンパク質をコードする限り、変異を導入する前の、ドメインに由来するアミノ酸配列に含まれる。例えば、ＢドメインにＡ１ＶとＧ２９Ａという変異を導入したＺドメインも、Ｂドメインに由来する配列であり、Ｚドメインの２９位のＡｌａにＧｌｙ以外のアミノ酸残基を導入して得られるタンパク質も、本発明のタンパク質に含まれる。
なお、本発明において、「タンパク質」という用語は、ポリペプチド構造を有するあらゆる分子を含むものであって、断片化された、または、ペプチド結合によって連結されたポリペプチド鎖も、「タンパク質」という用語に包含される。また、「ドメイン」とは、タンパク質の高次構造上の単位であり、数十から数百のアミノ酸残基配列から構成され、なんらかの物理化学的または生物化学的な機能を発現するに十分なタンパク質の単位をいう。
また、アミノ酸を置換する変異の表記について、置換位置の番号の前に、野生型、または、非変異型のアミノ酸を付し、置換位置の番号の後に、変異したアミノ酸を付して表記する。例えば、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異は、Ｇ２９Ａと記載する。
Ａｌａ以外のアミノ酸に置換されるＧｌｙの数は特に限定されるものではなく、Ａｌａに置換したアミノ酸配列を有するタンパク質に比べて、免疫グロブリンのＦａｂ領域に対する親和性が低下し、かつ免疫グロブリンに親和性を有していればよい。
変異を導入する前のタンパク質は、プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかの野生型アミノ酸配列と、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上の配列同一性を有し、Ｆｃ領域への結合能を有するタンパク質である。
Ａｌａ以外のアミノ酸に置換されるＧｌｙとしては、配列番号１～５に示すプロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかのドメインに存在するＧｌｙであれば特に限定されないが、例えば、ドメイン間で保存されたＧｌｙが挙げられ、具体的には、Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙが挙げられる。ここで「対応する」とは、プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインを図１に示すようにアラインした時に、縦列に同じ位置となることをいう。
Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙとしては、Ｅドメインの２７位のＧｌｙ、Ｄドメインの３２位のＧｌｙ、Ａドメインの２９位のＧｌｙ、および、Ｂドメインの２９位のＧｌｙが挙げられる。これらのアミノ酸配列中のＧｌｙの位置はＮ末端側のアミノ酸残基の挿入・欠失・付加により変化し得るが、該Ｇｌｙ残基の前後に保存されるアミノ酸配列から、当業者は本発明の変異を導入するアミノ酸残基を決めることができる。
アミノ酸の置換は、元のアミノ酸を削除し、同じ位置に別のアミノ酸を追加する変異のことを意味する。追加される別のアミノ酸は特に限定されるものではなく、例えば、天然のタンパク質構成アミノ酸、タンパク質非構成アミノ酸、非天然アミノ酸が挙げられる。この中でも、遺伝子工学的生産の観点から、天然型アミノ酸を好適に用いることができる。
置換により導入されるＡｌａ以外のアミノ酸としては、特に限定されないが、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎのいずれかであることが好ましい。この中でも、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔのいずれかであることがより好ましい。置換により導入されるＡｌａ以外のアミノ酸としては、アルカリ性条件下での化学的安定性が向上する点で、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｍｅｔのいずれかであることがさらに好ましく、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｍｅｔのいずれかであることが最も好ましい。
上述のように、ＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したアミノ酸配列からなるタンパク質としては、例えば、配列番号５に示すプロテインＡのＣドメインを構成するアミノ酸配列において、２９位のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換して得られるアミノ酸配列からなるタンパク質が挙げられる。
本発明のタンパク質において上述のアミノ酸置換変異が導入されている場合、ＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入したタンパク質に比べて、アルカリ性条件下での化学的安定性が向上する効果がある。特に、Ｃドメインを構成するアミノ酸配列に変異を導入して得られるタンパク質は、他のＥ、Ｄ、Ａ、および、Ｂドメインに由来する場合に比べて、アルカリ性条件下での化学的安定性が高い。
なお、タンパク質医薬をアフィニティーカラム等のクロマトグラフィー精製用カラムを用いて精製する際に、該カラムに残留する有機物等を洗浄するなどの目的でアルカリ性溶液が用いられる場合があり、本発明における「アルカリ性条件下」とは、この洗浄の目的を達成し得る程度のアルカリ性を指す。より具体的には、約０．０５～１．０Ｎの水酸化ナトリウム水溶液などが該当するが、これに限定されるものではない。
「化学的安定性」とは、タンパク質がアミノ酸残基の化学変化などの化学修飾、および、アミド結合の転移や切断などの化学変性を受けず、タンパク質の機能を保持する性質を指す。本発明においては、タンパク質の機能保持とは、免疫グロブリンのＦｃ領域への結合活性（化学変性を受けずに親和性を保持しているタンパク質の割合）を指すものである。すなわち、「化学的安定性」が高い程、アルカリ性溶液への浸漬処理の後も、免疫グロブリンのＦｃ領域への結合活性が低下する度合いが小さい。
例えば、同一モル濃度の、野生型および変異導入後のタンパク質の２種類のタンパク質について、各々を、０．５Ｎ水酸化ナトリウム溶液中で３０℃、２５時間処理した後の免疫グロブリンのＦｃ領域に対する親和性が、各々の処理前の同一モル濃度のタンパク質が示した結合活性に対して、野生型のタンパク質が４０％残存し、変異導入後のタンパク質が５０％残存していれば、変異導入後のタンパク質は野生型のタンパク質に比べてアルカリ性条件下における安定性が高いと言える。野生型のタンパク質の残存結合活性が１０～４０％になるようなアルカリ性溶液への浸漬処理によって、変異導入後のタンパク質の残存結合活性が、同一条件で処理した野生型のタンパク質の残存結合活性に比べて、５％以上、好ましくは１０％以上、より好ましくは１５％以上向上した場合、本発明でいう「化学的安定性」が向上したと言える。なお、本明細書中における「アルカリ耐性」という用語も、「アルカリ性条件下における化学的安定性」と同義である。
置換変異を導入して得られるタンパク質は、プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、ＢおよびＣドメインのいずれかの野生型アミノ酸配列と、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上のアミノ酸の配列同一性を示す。
上述のタンパク質の具体例として、配列番号６～１８に記載のアミノ酸配列からなるタンパク質が挙げられる。
本発明のタンパク質は、単一のドメインのみからなるタンパク質であってもよいが、単量体タンパク質、単ドメインが好ましくは２個以上、より好ましくは２～１０個、さらに好ましくは２～５個、連結された多量体タンパク質（複ドメイン型タンパク質）であってもよい。これらの多量体タンパク質は、単一の免疫グロブリン結合性ドメインの連結体であるホモダイマー、ホモトリマー等のホモポリマーであっても良いし、種類の異なる免疫グロブリン結合性ドメインの連結体であるヘテロダイマー、ヘテロトリマー等のヘテロポリマーであってもよい。
本発明によって得られる単量体タンパク質の連結のされ方としては、１または複数のアミノ酸残基で連結する方法が挙げられるが、これらの方法に限定されるものではない。連結するアミノ酸残基数に特に制限は無い。好ましくは、単量体タンパク質の３次元立体構造を不安定化しないものが良い。
本発明のタンパク質、または複数ドメインからなるタンパク質は、タンパク質発現を補助する作用、または、精製を容易にする利点がある公知のタンパク質との融合タンパク質として取得することもできる。融合タンパク質の例としては、アルブミン、ＭＢＰ（マルトース結合タンパク質）或いはＧＳＴ（グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ）が融合したタンパク質を挙げることができるが、これに限定されるものではない。また、ＤＮＡアプタマーなどの核酸、抗生物質などの薬物、ＰＥＧ（ポリエチレングリコール）などの高分子が融合されている場合も、本発明で得られたタンパク質の有用性を利用するものであれば、本発明に包含される。
本発明は、上記方法により得られたタンパク質をコードする塩基配列を有するＤＮＡにも関する。該ＤＮＡは、そのＤＮＡを構成する塩基配列を翻訳して得られるアミノ酸配列が、該タンパク質を構成するものであればいずれでも良い。そのようなＤＮＡは、通常用いられる公知の方法、例えば、ポリメラーゼ・チェーン・リアクション（以下、ＰＣＲと略す）法を利用して取得できる。また、公知の化学合成法で合成することも可能であり、さらに、ＤＮＡライブラリーから得ることもできる。当該ＤＮＡを構成する塩基配列は、コドンが縮重コドンで置換されていても良く、翻訳されたときに同一のアミノ酸をコードしている限り、本来の塩基配列と同一である必要性は無い。
本発明のタンパク質をコードするＤＮＡに部位特異的に変異を導入する方法としては、以下のように、組換えＤＮＡ技術、ＰＣＲ法等を用いて行うことができる。
すなわち、組換えＤＮＡ技術による変異の導入は、例えば、本発明のタンパク質をコードする遺伝子中において、変異導入を希望する目的の部位の両側に適当な制限酵素認識配列が存在する場合に、それら制限酵素認識配列部分を前記制限酵素で切断し、変異導入を希望する部位を含む領域を除去した後、化学合成等によって目的の部位のみに変異導入したＤＮＡ断片を挿入するカセット変異法によって行うことができる。
また、ＰＣＲによる部位特異的変異の導入は、例えば、タンパク質をコードする二本鎖プラスミドを鋳型として、＋および－鎖に相補的な変異を含む２種の合成オリゴプライマーを用いてＰＣＲを行うダブルプライマー法により、行うことができる。
また、本発明の単量体タンパク質（１つのドメイン）をコードするＤＮＡを、意図する数だけ直列に連結することにより、多量体タンパク質をコードするＤＮＡを作製することもできる。例えば、多量体タンパク質をコードするＤＮＡの連結方法は、ＤＮＡ配列に適当な制限酵素部位を導入し、制限酵素で断片化した２本鎖ＤＮＡをＤＮＡリガーゼで連結することができる。制限酵素部位は１種類でもよいが、複数の異なる種類の制限酵素部位を導入することもできる。
多量体タンパク質をコードするＤＮＡを作製する方法は、これら連結する方法に限らない。例えば、プロテインＡをコードするＤＮＡ（例えば、国際公開第ＷＯ０６／００４０６７号公報）に上記の変異導入法を適用することで作製することも可能である。また、多量体タンパク質をコードするＤＮＡにおいて、各々の単量体タンパク質をコードする塩基配列が同一の場合には、宿主にて相同組み換えを誘発する可能性があるので、好ましくは連結されている単量体タンパク質をコードするＤＮＡの塩基配列間の配列同一性が９０％以下、より好ましくは８５％以下であることが好ましい。
ベクターは、前述したタンパク質、または、その部分アミノ酸配列をコードする塩基配列を含むＤＮＡ、およびその塩基配列に作動可能に連結された宿主で機能しうるプロモーターを含む。通常は、前述したタンパク質をコードする遺伝子を含むＤＮＡを、適当なベクターに連結もしくは挿入することにより得ることができる。遺伝子を挿入するためのベクターは、宿主中で自律複製可能なものであれば特に限定されず、プラスミドＤＮＡやファージＤＮＡをベクターとして用いることができる。例えば、大腸菌を宿主として用いる場合には、ｐＱＥ系ベクター（キアゲン社製）、ｐＥＴ系ベクター（メルク社製）、および、ｐＧＥＸ系ベクター（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）のベクターなどが挙げられる。
ベクターとしては、形質転換の宿主としてブレビバチルス属細菌を使用する場合には、例えば、枯草菌ベクターとして公知であるｐＵＢ１１０、または、ｐＨＹ５００（特開平２－３１６８２号公報）、ｐＮＹ７００（特開平４－２７８０９１号公報）、ｐＮＵ２１１Ｒ２Ｌ５（特開平７－１７０９８４号公報）、ｐＨＴ２１０（特開平６－１３３７８２号公報）、または、大腸菌とブレビバチルス属細菌とのシャトルベクターであるｐＮＣＭＯ２（特開２００２－２３８５６９号公報）などが挙げられる。
宿主となる細胞へ本発明のベクターを導入することにより形質転換体を得ることができる。宿主へのベクターの形質転換の方法としては、例えばカルシウムイオンを用いる方法、エレクトロポレーション法、スフェロプラスト法、酢酸リチウム法、アグロバクテリウム感染法、パーティクルガン法、または、ポリエチレングリコール法などが挙げられるが、これに限定されるものではない。また、ベクターを宿主で維持する方法としては、例えば、細胞内でゲノム（染色体）から独立してベクターの自律複製により維持する方法や、作製した遺伝子をゲノム（染色体）に組み込み、ゲノムの複製に依存して維持する方法などが挙げられる。
宿主となる細胞については、特に限定されるものではないが、安価に大量生産する上では、好ましくは、大腸菌、枯草菌、ブレビバチルス属、スタフィロコッカス属、ストレプトコッカス属、ストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）等のバクテリア（真正細菌）を好適に使用しうる。より好ましくは、枯草菌、ブレビバチルス属、スタフィロコッカス属、ストレプトコッカス属、ストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）等のグラム陽性菌がよい。さらに好ましくは、プロテインＡの大量生産への適応例（国際公開第ＷＯ０６／００４０６７号公報）が公知である、ブレビバチルス属細菌がよい。
ブレビバチルス属細菌としては、限定されないが、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｇｒｉ、Ｂ．ｂｏｒｓｔｅｌｅｎｓｉｓ、Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ、Ｂ．ｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｂ．ｃｈｏｓｈｉｎｅｎｓｉｓ、Ｂ．ｆｏｒｍｏｓｕｓ、Ｂ．ｉｎｖｏｃａｔｕｓ、Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｂ．ｌｉｍｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂ．ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｂ．ｒｅｕｓｚｅｒｉ、Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｒｕｂｅｒが例示される。好ましくは、ブレビバチルス・ブレビス４７株（ＪＣＭ６２８５）、ブレビバチルス・ブレビス４７Ｋ株（ＦＥＲＭ　ＢＰ－２３０８）、ブレビバチルス・ブレビス４７－５Ｑ株（ＪＣＭ８９７０）、ブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１株（ＦＥＲＭ　ＢＰ－１０８７）およびブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１－ＯＫ株（ＦＥＲＭ　ＢＰ－４５７３）が例示される。生産量の向上などの目的に応じて、上記ブレビバチルス属細菌のプロテアーゼ欠損株、高発現株、または、芽胞形成能欠失株のような変異株（または、誘導株）を使用しても良い。具体的に挙げれば、ブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１由来のプロテアーゼ変異株であるブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１－ＯＫ（特開平６－２９６４８５号公報）や、芽胞形成能を有しないブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１－ＳＰ３（国際公開第ＷＯ０５／０４５００５号公報）が使用できる。
本発明のタンパク質は、形質転換体、または上記のＤＮＡを用いた無細胞タンパク質合成系を利用して製造することができる。
形質転換体を使用してタンパク質を製造する場合、タンパク質は、形質転換体の細胞内（ぺリプラズム領域内を含む）、または、培養溶液（細胞外）に蓄積させて回収することができる。細胞内に蓄積すると、発現タンパク質の酸化を防ぐことができ、培地成分との副反応もない点で有利であり、ペリプラズム領域内に蓄積すると、細胞内プロテアーゼによる分解を抑えることができる点で有利である。一方、形質転換体の細胞外にタンパク質を分泌すると、菌体破砕や抽出の工程が不要となるため、製造コストが抑えられる点で有利である。
具体的方法として、タンパク質が培養細胞内（ぺリプラズム領域内を含む）に蓄積される場合には、例えば、培養液から遠心分離、ろ過などの方法により菌体を採取し、次いで、この菌体を超音波破砕法、フレンチプレス法などにより破砕し、および／または、界面活性剤等を添加して可溶化することにより、細胞内に蓄積生産されたタンパク質を回収することができる。組換えタンパク質が分泌生産される場合には、培養終了後に、遠心分離、ろ過などの一般的な分離方法で、培養細胞と分泌生産されたタンパク質を含む上清を分離することにより生産された組換えタンパク質を回収することができる。
本発明のタンパク質を無細胞タンパク質合成系により製造する場合、無細胞タンパク質合成系としては、細胞抽出液を使用してインビトロでタンパク質を合成する系であれば特に限定されず、例えば、原核細胞由来、植物細胞由来、高等動物細胞由来の合成系などを使用することができる。
本発明のタンパク質は、前記した形質転換体を培地で培養し、他のタンパク質との融合タンパク質の形態で発現させ、該培養物から該融合タンパク質を採取し、該融合タンパク質を適切なプロテアーゼによって切断し、所望のタンパク質を採取することにより製造することもできる。
本発明の形質転換体を培地で培養する方法は、宿主の培養に用いられる通常の方法に従って行われる。得られた形質転換体の培養に用いる培地は、該タンパク質を高効率、高収量で生産できるものであれば特に制限は無い。具体的には、グルコース、蔗糖、グリセロール、ポリペプトン、肉エキス、酵母エキス、カザミノ酸などの炭素源や窒素源を使用することが出来る。その他、カリウム塩、ナトリウム塩、リン酸塩、マグネシウム塩、マンガン塩、亜鉛塩、鉄塩等の無機塩類が必要に応じて添加される。栄養要求性の宿主細胞を用いる場合は、生育に要求される栄養物質を添加すればよい。また、必要であればペニシリン、エリスロマイシン、クロラムフェニコール、ネオマイシンなどの抗生物質が添加されても良い。
大腸菌を宿主として得られた形質転換体を培養する培地としては、特に限定されないが、例えば、ＬＢ培地（トリプトン　１％、酵母エキス　０．５％、ＮａＣｌ　１％）、または、２ｘＹＴ培地（トリプトン　１．６％、酵母エキス　１．０％、ＮａＣｌ　０．５％）等が挙げられる。
ブレビバチルス属細菌を宿主として得られた形質転換体を培養する培地としては、特に限定されないが、例えば、ＴＭ培地（ペプトン　１％、肉エキス　０．５％、酵母エキス　０．２％、グルコース　１％、ｐＨ　７．０）、または、２ＳＬ培地（ペプトン　４％、酵母エキス　０．５％　、グルコース　２％、ｐＨ　７．２）等が挙げられる。
さらに、菌体内外に存在する宿主由来のプロテアーゼによる当該目的蛋白質の分解、低分子化を抑えるために、公知の各種プロテアーゼ阻害剤、すなわちＰｈｅｎｙｌｍｅｔｈａｎｅ　ｓｕｌｆｏｎｙｌ　ｆｌｕｏｒｉｄｅ　（ＰＭＳＦ）、Ｂｅｎｚａｍｉｄｉｎｅ、４－（２－ａｍｉｎｏｅｔｈｙｌ）－ｂｅｎｚｅｎｅｓｕｌｆｏｎｙｌ　ｆｌｕｏｒｉｄｅ　（ＡＥＢＳＦ）、Ａｎｔｉｐａｉｎ、Ｃｈｙｍｏｓｔａｔｉｎ、Ｌｅｕｐｅｐｔｉｎ、Ｐｅｐｓｔａｔｉｎ　Ａ、Ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｏｎ、Ａｐｒｏｔｉｎｉｎ、Ｅｔｈｙｌｅｎｅｄｉａｍｉｎｅｔｅｔｒａ　ａｃｅｔｉｃ　ａｃｉｄ　（ＥＤＴＡ）、および／または、その他市販されているプロテアーゼ阻害剤を適当な濃度で添加しても良い。
さらに、本発明のタンパク質を正しくフォールディングさせるために、例えば、ＧｒｏＥＬ／ＥＳ、Ｈｓｐ７０／ＤｎａＫ、Ｈｓｐ９０、Ｈｓｐ１０４／ＣｌｐＢなどの分子シャペロンを利用しても良い。分子シャペロンは、例えば、共発現、または、融合タンパク質化などの手法で、本発明のタンパク質と共存させることができる。タンパク質の正しいフォールディングを目的とする場合には、正しいフォールディングを助長する添加剤を培地中に加える、および、低温にて培養するなどの手法も可能であるが、これらに限定されるものではない。
タンパク質は、培養温度は１５～４２℃、好ましくは２０～３７℃で、通気攪拌条件で好気的に数時間～数日培養することにより製造することができる。場合によっては、通気を遮断し嫌気的に培養してもよい。
タンパク質の精製はアフィニティークロマトグラフィー、陽イオンまたは陰イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー等を単独でまたは適宜組み合わせることによって行うことができる。
得られた精製物質が目的のタンパク質であることの確認は、通常の方法、例えばＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動、Ｎ末端アミノ酸配列分析、ウエスタンブロッティング等により行うことができる。
本発明のタンパク質をアフィニティーリガンドとして、水不溶性の基材からなる担体に固定化することにより、アフィニティー分離マトリックスを得ることができる。ここで、「アフィニティーリガンド」とは、抗原と抗体の結合に代表される、特異的な分子間の親和力に基づいて、ある分子の集合から目的の分子を選択的に捕集（結合）する物質（官能基）を指す用語であり、本発明においては、免疫グロブリンに対して特異的に結合するタンパク質を指す。本明細書においては、単に「リガンド」と表記した場合も、「アフィニティーリガンド」と同意である。
本発明に用いる水不溶性の基材からなる担体としては、ガラスビーズ、シリカゲルなどの無機担体、架橋ポリビニルアルコール、架橋ポリアクリレート、架橋ポリアクリルアミド、架橋ポリスチレンなどの合成高分子や、結晶性セルロース、架橋セルロース、架橋アガロース、架橋デキストランなどの多糖類からなる有機担体、さらにはこれらの組み合わせによって得られる有機－有機、有機－無機などの複合担体などが挙げられる。市販品としては、多孔質セルロースゲルであるＧＣＬ２０００（生化学工業株式会社製）、アリルデキストランとメチレンビスアクリルアミドを共有結合で架橋したＳｅｐｈａｃｒｙｌ　Ｓ－１０００（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）、アクリレート系の担体であるＴｏｙｏｐｅａｒｌ（東ソー株式会社製）、アガロース系の架橋担体であるＳｅｐｈａｒｏｓｅ　ＣＬ４Ｂ（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）、および、セルロース系の架橋担体であるＣｅｌｌｕｆｉｎｅ（チッソ株式会社製）などを例示することができる。ただし、本発明における水不溶性担体は、例示したこれらの担体のみに限定されるものではない。
また、本発明に用いる水不溶性担体は、本アフィニティー分離マトリックスの使用目的および方法からみて、表面積が大きいことが望ましく、適当な大きさの細孔を多数有する多孔質であることが好ましい。担体の形態としては、ビーズ状、モノリス状、繊維状、膜状（中空糸を含む）などいずれも可能であり、任意の形態を選ぶことができる。
リガンドの固定化方法については、例えば、リガンドに存在するアミノ基、カルボキシル基、または、チオール基を利用した、従来のカップリング法で担体に結合して良い。カップリング法としては、担体を臭化シアン、エピクロロヒドリン、ジグリシジルエーテル、トシルクロライド、トレシルクロライド、ヒドラジン、および、過ヨウ素酸ナトリウムなどと反応させて担体を活性化し（あるいは担体表面に反応性官能基を導入し）、リガンドとして固定化する化合物とカップリング反応を行い固定化する方法、また、担体とリガンドとして固定化する化合物が存在する系にカルボジイミドのような縮合試薬、または、グルタルアルデヒドのように分子中に複数の官能基を持つ試薬を加えて縮合、架橋することによる固定化方法が挙げられる。
また、リガンドと担体の間に複数の原子からなるスペーサー分子を導入しても良いし、担体にリガンドを直接固定化しても良い。したがって、固定化のために、本発明のタンパク質に対して、化学修飾しても良いし、固定化に有用なアミノ酸残基を加えても良い。固定化に有用なアミノ酸としては、側鎖に固定化の化学反応に有用な官能基を有しているアミノ酸が挙げられ、例えば、側鎖にアミノ基を含むＬｙｓや、側鎖にチオール基を含むＣｙｓが挙げられる。本発明の本質は、本発明においてタンパク質に付与した効果が、該タンパク質をリガンドとして固定化したマトリックスにおいても同様に付与されることにあり、固定化のためにいかように修飾・改変しても、本発明の範囲に含まれる。
上記アフィニティー分離マトリックスは、免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質に結合するものであることが好ましい。アフィニティー分離マトリックスが結合する、免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質としては、例えば、免疫グロブリンのＦｃ領域を含む抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体が挙げられる。これらのタンパク質を、アフィニティーカラム・クロマトグラフィ精製法により分離精製することが可能となる。
ここで「免疫グロブリンのＦｃ領域を含む抗体」としては、例えば、ＩｇＧが挙げられる。「抗体誘導体」とはＩｇＧ誘導体のことを指し、例えば、ヒトＩｇＧの一部のドメインを他生物種のＩｇＧ抗体のドメインに置き換えて融合させたキメラ抗体や、ヒトＩｇＧのＣＤＲ部分を他生物種抗体のＣＤＲ部分に置き換えて融合させたヒト型化抗体が挙げられる。「断片抗体」としては、例えば、ヒトＩｇＧのＦｃ領域のみからなるタンパク質が挙げられる。「断片抗体誘導体」としては、例えば、ヒトＩｇＧのＦｖ領域とＦｃ領域とを融合させた人工抗体が挙げられる。なお、これらの抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体を総称する名称として「抗体様分子」という表現を、明細書中で使用する。
アフィニティー分離マトリックスを使用して、免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質を分離することができる。Ｆｃ領域を含むタンパク質（上述の抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体）の分離は、すでに市販品として存在するプロテインＡカラムを用いたアフィニティーカラム・クロマトグラフィ精製法に準じる手順により達成することができる（非特許文献３）。すなわち、抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体を含有する緩衝液を中性となるように調整した後、該溶液を本発明のアフィニティー分離マトリックスを充填したアフィニティーカラムに通過させ、抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体を吸着させる。次いで、アフィニティーカラムに純粋な緩衝液を適量通過させ、カラム内部を洗浄する。この時点では所望の抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体はカラム内の本発明のアフィニティー分離マトリックスに吸着されている。次いで、適切なｐＨに調整した酸性緩衝液（該マトリックスからの解離を促進する物質を含む場合もある）をカラムに通液し、所望の抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体を溶出することにより、高純度な精製が達成される。
本発明のアフィニティー分離マトリックスは、リガンド化合物や担体の基材が完全に機能を損なわない程度の、適当な強酸性、または、強アルカリ性の純粋な緩衝液（適当な変性剤、または、有機溶剤を含む溶液の場合もある）を通過させて洗浄することにより、再利用が可能である。
一般的には、プロテインＡを構成する各々のドメインは、Ｆａｂ領域よりもＦｃ領域に対してより強く結合する（非特許文献３）。したがって、本発明のタンパク質の「免疫グロブリンに対する親和性」は、本質的にはＦｃ領域に対する親和性を指す表現であり、Ｆａｂ領域に対する結合力のみが変化しても、免疫グロブリンに対する親和性の強さは大きく変化しない。本発明のタンパク質は、プロテインＡの免疫グロブリン結合ドメインが有する、Ｆａｂ領域への２次的な親和性が低下しており、免疫グロブリンとの相互作用における２次的な結合の影響を排除できるという効果を奏する。一方で、Ｆｃ領域への親和性は維持されているので、免疫グロブリン全体に対する親和性は維持されている。本発明のタンパク質が有する免疫グロブリンに対する親和性は、ヒト免疫グロブリンＧ製剤に対する親和性を後述のＢｉａｃｏｒｅシステムにより測定した時に、親和定数（ＫＡ）が１０６（Ｍ－１）以上であることが好ましく、１０７（Ｍ－１）以上であることがより好ましい。
本発明のタンパク質の、免疫グロブリンに対する親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴原理を用いたＢｉａｃｏｒｅシステム（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）などのバイオセンサーによって測定することができるが、測定方法はこれに限定されるものではない。
測定条件としては、プロテインＡが免疫グロブリンのＦｃ領域に結合した時の結合シグナルが検出できれば良く、温度２０～４０℃（一定温度）にて、ｐＨ６～８の中性条件にて測定することで簡単に評価することができる。
本発明のタンパク質が親和性を示す対象としては、例えば、Ｆａｂ領域、および、Ｆｃ領域を不足なく含有する免疫グロブリン分子、および、その誘導体が挙げられるが、これらに限定されるものではない。本発明のタンパク質は、Ｆｃ領域側の一部分を含むタンパク質に対しても親和性を有し、結合対象は、Ｆｃ領域を完全に含むタンパク質である必要はない。抗体の立体構造はすでに既知であるので、タンパク質工学的に本発明のタンパク質が結合する領域の立体構造を保持した上で、Ｆａｂ領域やＦｃ領域にさらなる改変（断片化など）を施すことは可能であり、本発明のタンパク質はそれらの派生物にも結合しうる。本発明のタンパク質の例として、ＶＨ３サブファミリーに属するＩｇＧのＦａｂ領域に対する親和性が、Ｃドメインの２９位のＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入したタンパク質に比べて低下していることを特徴とする、サブタイプが１、２、および、４であるＩｇＧのＦｃ領域に親和性を有するタンパク質が挙げられる。
一方、免疫グロブリンのＦａｂ領域に対する親和性を測定する際に、結合相手として使用する免疫グロブリン分子は、Ｆａｂ領域への結合が検出できれば特に限定はされないが、Ｆｃ領域を含む免疫グロブリン分子を用いるとＦｃ領域への結合も検出されるので、Ｆｃ領域を除くように免疫グロブリン分子を断片化して得られるＦａｂフラグメントまたはＦｖフラグメントを用いることが好ましい。
本発明のタンパク質の、免疫グロブリンのＦａｂ領域への結合は、ＶＨ３サブファミリーに属するヒトＩｇＧ（モノクローナル抗体）を用いて確認することができる。さらには、Ｆａｂ領域へのプロテインＡの結合がすでに確認されている、ＶＨ３サブファミリーに属する免疫グロブリンのＦａｂフラグメントがより好ましい。ヒトのＶＨ生殖細胞遺伝子のほぼ半分がＶＨ３サブファミリーに属し、実際にＶＨ３サブファミリーに属するＩｇＧ抗体からなる医薬が市販中・開発中である。さらに、ＶＨ３サブファミリーに属する免疫グロブリンのＦａｂ領域への結合能が残っていることが、抗体の酸解離特性に悪影響を与えることは、すでに文献等によって公知の情報と言える（Ｇｈｏｓｅ　Ｓ．他、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、２００５年、９２巻、６号）。
親和性の違いは、同じ測定条件にて、同じ免疫グロブリン分子に対する結合反応曲線を得て、解析した時に得られる結合パラメータにて、Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙをＡｌａに置換する変異を導入したタンパク質と比較することで当業者が容易に検証することができる。ここで、親和性の違いを比較する両者の配列は、変異部位（Ｃドメインの場合は２９位）以外の配列は同一である必要があり、例えば２９位のＧｌｙをＡｌａに置換したＢドメイン変異体を比較対象とする場合、２９位のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したＢドメイン変異体との比較が適切であり、例えば、２９位のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したＣドメイン変異体との比較は不適切である。
結合パラメータとしては、例えば、親和定数（ＫＡ）や解離定数（ＫＤ）を用いることができる（永田他　著、「生体物質相互作用のリアルタイム解析実験法」、シュプリンガー・フェアラーク東京、１９９８年、４１頁）。本発明の各ドメインの変異体とＦａｂの親和定数は、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅシステムを利用して、センサーチップにＶＨ３サブファミリーに属する免疫グロブリンのＦａｂフラグメントを固定化して、温度２５℃、ｐＨ７．４の条件下にて、各ドメイン変異体を流路添加する実験系で求めることができる。２９位のＧｌｙをＡｌａ以外に置換した変異体の親和定数（ＫＡ）は、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換した変異体に比べて、好ましくは、１／２以下に低下した変異体を好適に用いることができ、より好ましくは１／５以下、さらにより好ましくは１／１０以下に低下した変異体を好適に用いることができる。特に、２９位のＧｌｙをＡｌａに置換したＣドメイン変異体のＦａｂに対するＫＡは、通常１×１０４～１×１０５（Ｍ－１）であるところ、２９位のＧｌｙをＡｌａ以外に置換したＣドメイン変異体であって、ＫＡが１×１０４（Ｍ－１）未満の変異体を本発明に好適に用いることができ、ＫＡが０．５×１０４（Ｍ－１）以下の変異体をより好適に用いることができる。なお、上記のＫＡの測定においては、免疫グロブリンＧをパパインによってＦａｂフラグメントとＦｃフラグメントに断片化して得たＦａｂ、または、遺伝子工学的な手法によって得られた、免疫グロブリンＧのＦａｂ領域のみを発現する生産系を用いて調製したＦａｂを使用することができる。
化学処理を行った後の免疫グロブリンに対する結合活性は、上記と同様に、表面プラズモン共鳴原理を用いたＢｉａｃｏｒｅシステム（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）などのバイオセンサーによって試験することができるが、これに限定されるものではない。ただし、化学処理を行った後の結合活性（化学処理を行う前との比較）において、結合パラメータとして、親和定数（ＫＡ）、および、解離定数（ＫＤ）は不適切である（化学処理によって、タンパク質１分子の免疫グロブリンに対する結合能は変化しない）。化学処理を行った後のタンパク質の残存結合活性を求める場合には、例えば、タンパク質をセンサーチップに固定化し、タンパク質を化学処理する前と後で、同一濃度の免疫グロブリンを添加したときの、結合シグナルの大きさ、または、理論的最大結合容量（Ｒｍａｘ）という結合パラメータを用いるのが好ましいが、これに限定されるものではない。例えば、免疫グロブリンを固定化し、化学処理前後のタンパク質を添加する実験系でも可能である。
アフィニティー分離マトリックスは、前述の免疫グロブリンのＦａｂ領域への結合能が低下しているという性質を有するため、抗体を酸性溶液で溶出する工程において、抗体を解離する特性に優れる。具体的には、より中性側の酸性溶出条件による溶出を可能とすることで、酸性条件下での抗体へのダメージを抑制する効果が得られる。より中性側の酸性溶出条件とは、具体的には、通常の酸性溶出条件であるｐＨ２．０～３．５程度に対し、ｐＨ３．０～５．０程度のより中性側の酸性溶出条件のことであり、この条件下で溶出すると、抗体へのダメージが小さい（Ｇｈｏｓｅ　Ｓ．　他、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、２００５年、９２巻、６号）。優れた抗体酸解離特性とは、より中性側の酸性溶出条件で解離される、抗体を酸性条件下で溶出させたときの溶出ピーク・プロファイルがよりシャープである、といった特性を指す。クロマトグラフィーの溶出ピーク・プロファイルがよりシャープになることで、より少ない容量の溶出液でより高濃度の抗体含有溶出液を回収可能とすることができる。
また、酸性溶液によって抗体を解離する特性に優れ、かつ、アルカリ性条件下で化学的安定性の高い、該マトリックスを提供し得る。具体的には、マトリックスから夾雑物（宿主由来タンパク質、炭水化物、脂質、細菌、ウイルスなど）を除去し再利用するために行う水酸化ナトリウム水溶液（０．０５Ｍ～１Ｍ程度）による洗浄において、リガンド分子へのダメージがより少ないマトリックスの提供を可能とする。なお、再利用のための洗浄方法は水酸化ナトリウム水溶液での洗浄に限られないが、洗浄・殺菌効果が高く、より安価に実施可能な本手法が適用できる。
以下に実施例に基づいて本発明をより詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。実施例で取得した各種タンパク質（ドメインが連結されていない単ドメイン型タンパク質）について、「ドメインを示すアルファベット－導入した変異（野生型ではＷｉｌｄ）」の形で表記する場合がある。例えば、野生型Ｃドメインは「Ｃ－ｗｉｌｄ」、変異Ｇ２９Ｖを導入したＣドメイン変異体は「Ｃ－Ｇ２９Ｖ」という形で表記する。また、本発明における、Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換する変異を総称して「Ｇ２９Ｘ」と表記し、例えば、Ｃドメインに本発明の変異を導入した各種Ｃドメイン変異体に関しては「Ｃ－Ｇ２９Ｘ」と表記する。
（実施例１）野生型Ｃドメイン（Ｃ－ｗｉｌｄ）をコードするＤＮＡの調製
野生型プロテインＡをコードする発現ベクターｐＮＫ３２６２ＮＸを鋳型とし、配列番号１９～２０のオリゴヌクレオチドプライマーを用いてＰＣＲを行い、Ｃ－ｗｉｌｄ（配列番号５）をコードするＤＮＡ断片（１７７ｂｐ）を増幅した。鋳型に用いたｐＮＫ３２６２ＮＸは、すでに公知であるｐＮＫ３２６０の一部を改変したプロテインＡ発現ベクターであり、細胞壁結合ドメインＸの一部などを除いた野生型プロテインＡをコードしている（国際公開第ＷＯ０６／００４０６７号公報）。本実施例によって得られた、Ｃ－ｗｉｌｄをコードする塩基配列を配列番号２１に示した。なお、配列番号１９～２０に示すオリゴヌクレオチドプライマーは、これを用いて増幅したＤＮＡが、Ｃ－ｗｉｌｄをコードする遺伝子の外側に、ＢａｍＨＩ、および、ＥｃｏＲＩの制限酵素認識部位を有するように、また、Ｃ－ｗｉｌｄのＣ末端側（Ｌｙｓ－５８の後ろ）にＣｙｓ残基を有するように設計した。
得られたＤＮＡ断片は制限酵素ＢａｍＨＩ、および、ＥｃｏＲＩ（ともにＴａｋａｒａ社製）により消化後、精製回収を行った。ＧＳＴ融合タンパク質発現ベクターであるｐＧＥＸ－６Ｐ－１（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）を、ＢａｍＨＩ、および、ＥｃｏＲＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォルフォターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。Ｃ－ｗｉｌｄをコードする該ＤＮＡ断片と該発現ベクターｐＧＥＸ－６Ｐ－１をＤＮＡリガーゼであるＬｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈ（ＴＯＹＯＢＯ社製）を用いて連結し、ＧＳＴ融合型Ｃ－ｗｉｌｄ発現プラスミドを構築した。
前記操作により得られた、Ｃ－ｗｉｌｄをコードする遺伝子を含む発現プラスミドを用いて、大腸菌ＨＢ１０１（Ｔａｋａｒａ社製）の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。
（実施例２）野生型Ｂドメイン（Ｂ－ｗｉｌｄ）をコードするＤＮＡの調製
図１に示すように、Ｂ－ｗｉｌｄのアミノ酸配列（配列番号４）は、Ｃ－ｗｉｌｄにＴ２３Ｎ、Ｖ４０Ｑ、Ｋ４２Ａ、Ｅ４３Ｎ、Ｉ４４Ｌの変異が導入されることで得られる配列である。よって、Ｂ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡは、Ｃ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ（配列番号２１）にＴ２３Ｎ、Ｖ４０Ｑ、Ｋ４２Ａ、Ｅ４３Ｎ、Ｉ４４Ｌの変異を導入することで調製した。実施例１で得られたＣ－ｗｉｌｄ発現プラスミドを鋳型として、配列番号２２～２３に示すオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、クイックチェンジ法にてＣ－ｗｉｌｄにＴ２３Ｎの変異が導入されたアミノ酸配列をコードする遺伝子を含むプラスミドを得た。さらに、得られたプラスミドを鋳型として、配列番号２４～２５に示すオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、同様にクイックチェンジ法にてＶ４０Ｑ、Ｋ４２Ａ、Ｅ４３Ｎ、Ｉ４４Ｌの変異を導入し、Ｂ－ｗｉｌｄをコードする遺伝子を含む、ＧＳＴ融合型Ｂ－ｗｉｌｄ発現プラスミドを得た。
該発現プラスミドを用いて、大腸菌ＨＢ１０１（Ｔａｋａｒａ社製）の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。本実施例によって得られた、Ｂ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ配列を配列番号２６に示した。
なお、クイックチェンジ法は、ＤＮＡポリメラーゼのＰｆｕ　Ｔｕｒｂｏ、および、メチル化ＤＮＡ（鋳型ＤＮＡ）切断酵素ＤｐｎＩ（ともにＳｔｒａｔａｇｅｎｅ社製）を用い、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社のプロトコルに従い実施した。
（実施例３）Ｇｌｙ－２９への変異の導入
実施例１で得たＣ－ｗｉｌｄ発現プラスミド、および、実施例２で得たＢ－ｗｉｌｄ発現プラスミドを鋳型として、表１に示す配列番号２７～５２のプライマーを用い、クイックチェンジ法にて変異体をコードする各種遺伝子を得た。
Ｃ－ｗｉｌｄ発現プラスミドを鋳型として、配列番号５のアミノ酸配列におけるＧｌｙ－２９が、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、または、Ｍｅｔに置換された、配列番号６～１８のいずれかに記載のＣドメイン変異体（Ｃ－Ｇ２９Ｘ）をコードする各種発現プラスミドを得た。同様に、Ｂ－ｗｉｌｄ発現プラスミドを鋳型として、配列番号４のアミノ酸配列におけるＧｌｙ－２９が、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ａｓｐ、または、Ｔｒｐに置換された、配列番号５３～５６のいずれかに記載のＢドメイン変異体（Ｂ－Ｇ２９Ｘ）をコードする各種発現プラスミドを得た。
前記操作により得られた、配列番号６～１８、および、配列番号５３～５６のいずれかをコードする遺伝子を含む、各々の発現プラスミドを用いて、大腸菌ＨＢ１０１細胞の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。
配列番号２７～５２のプライマーに関して、各々のプライマーがどの変異を導入するときに使用されたものかについて、表１に示した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
（実施例４）ＤＮＡの配列確認
実施例１～３で得られた、Ｃ－ｗｉｌｄ、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ、Ｂ－ｗｉｌｄ、および、各種Ｂ－Ｇ２９Ｘの各々の発現プラスミドＤＮＡ塩基配列の確認は、ＤＮＡシークエンサー３１３０ｘｌ　Ｇｅｎｅｔｉｃ　Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）を用いて行った。ＢｉｇＤｙｅ　Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ　ｖ．１．１　Ｃｙｃｌｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）を用いて、付属のプロトコルに従い、各々のプラスミドＤＮＡのシークエンシングＰＣＲ反応を行い、そのシークエンシング産物を精製し、配列解析に用いた。
（実施例５）目的タンパク質の発現
実施例３で得られた、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ／Ｂ－Ｇ２９ＸをＧＳＴ融合タンパク質として発現する、各々の形質転換体を、アンピシリンを含むＬＢ培地にて、３７℃で終夜培養した。該培養液（５ｍＬ）を、２×ＹＴ培地（２００ｍＬ、アンピシリン含有）に接種し、３７℃で約１時間培養した。終濃度０．１ｍＭになるようＩＰＴＧ（イソプロピル１－チオ－β－Ｄ－ガラクシド）を添加し、さらに、３７℃にて１８時間培養した。
培養終了後、遠心にて集菌し、ＥＤＴＡ（０．５ｍＭ）を含むＰＢＳ緩衝液５ｍＬに再懸濁した。超音波破砕にて細胞を破砕し、遠心分離して上清画分（無細胞抽出液）と不溶性画分に分画した。
ｐＧＥＸ－６Ｐ－１ベクターのマルチクローニングサイトに目的の遺伝子を導入するとＧＳＴがＮ末端に付与された融合タンパク質として発現される。ＳＤＳ電気泳動により分析したところ、各々の形質転換体培養液から調製した各無細胞抽出液のすべてについて、分子量約３３，０００の位置にＩＰＴＧにより誘導されたと考えられるタンパク質のバンドを確認した。
（実施例６）目的タンパク質の精製
実施例５で得られた、ＧＳＴ融合タンパク質を含む各々の無細胞抽出液から、ＧＳＴに対して親和性のあるＧＳＴｒａｐ　ＦＦカラム（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）を用いたアフィニティークロマトグラフィーにて、ＧＳＴ融合タンパク質を精製（粗精製）した。各々の無細胞抽出液をＧＳＴｒａｐ　ＦＦカラムに添加し、標準緩衝液（２０ｍＭ　ＮａＨ２ＰＯ４－Ｎａ２ＨＰＯ４、１５０ｍＭ　ＮａＣｌ，ｐＨ７．４）にてカラムを洗浄、続いて溶出用緩衝液（５０ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２０ｍＭ　Ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ、ｐＨ８．０）にて目的のＧＳＴ融合タンパク質を溶出した。
ｐＧＥＸ－６Ｐ－１ベクターのマルチクローニングサイトに遺伝子を導入すると、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎ　Ｐｒｏｔｅａｓｅ（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）でＧＳＴを切断することが可能なアミノ酸配列が、ＧＳＴと目的タンパク質の間に導入される。各々のＧＳＴ融合タンパク質にＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎ　Ｐｒｏｔｅａｓｅを添加し（ＧＳＴ融合タンパク質１ｍｇに対して、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎ　Ｐｒｏｔｅａｓｅを２Ｕｎｉｔの割合で添加した）、４℃にて１６時間インキュベートした。
ＧＳＴ切断反応を行った目的タンパク質を含む反応溶液から、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ　７５　１０／３００　ＧＬカラム（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）を用いたゲルろ過クロマトグラフィーにて、目的のタンパク質を分取した。標準緩衝液にて平衡化したＳｕｐｅｒｄｅｘ　７５　１０／３００　ＧＬカラムに、各々の反応溶液を添加し、目的のタンパク質を、切断したＧＳＴやＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎ　Ｐｒｏｔｅａｓｅから分離精製した。
これらの精製が完了した各種タンパク質溶液をトリシン－ＳＤＳ電気泳動にて分析したところ、分子量約６，８００の位置に目的のタンパク質と考えられるバンドを確認した。トリシン－ＳＤＳ電気泳動による分析の結果、９０％以上の高純度で存在すると考えられた。
また、本実施例で得られる各々のタンパク質の一次配列に関しては、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ／Ｂ－Ｇ２９Ｘの配列に対して、Ｎ末端側にベクターｐＧＥＸ－６Ｐ－１由来のＧｌｙ－Ｐｒｏ－Ｌｅｕ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒが付加され、Ｃ末端側にＣｙｓ残基が付加された配列となる。
なお、上記のカラムを用いたクロマトグラフィーによるタンパク質精製は、ＡＫＴＡｐｒｉｍｅ　ｐｌｕｓシステム（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）を利用して実施した。
（実施例７）取得した各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ／Ｂ－Ｇ２９Ｘの免疫グロブリンとの親和性の解析
表面プラズモン共鳴を利用したバイオセンサーＢｉａｃｏｒｅ　３０００（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）を用いて、取得した各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ／Ｂ－Ｇ２９Ｘの免疫グロブリンとの親和性を解析した。本実施例では、ヒト血漿から分画したヒト免疫グロブリンＧ製剤（以後は、ヒトＩｇＧと記する）を利用した。ヒトＩｇＧをセンサーチップに固定化し、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ／Ｂ－Ｇ２９Ｘをチップ上に流して、両者の相互作用を検出した。ヒトＩｇＧのセンサーチップＣＭ５への固定化は、Ｎ－ｈｙｄｒｏｘｙｓｕｃｃｉｎｉｍｉｄｅ（ＮＨＳ）、および、Ｎ－ｅｔｈｙｌ－Ｎ’－（３－ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｉｎｏｐｒｏｐｙｌ）ｃａｒｂｏｄｉｉｍｉｄｅ　ｈｙｄｒｏｃｈｒｏｒｉｄｅ（ＥＤＣ）を用いたアミンカップリング法にて行い、ブロッキングにはＥｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅを用いた（センサーチップや固定化用試薬は、全てＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）。ヒトＩｇＧ溶液は、ガンマガード（バクスター社製）を標準緩衝液（２０ｍＭ　ＮａＨ２ＰＯ４－Ｎａ２ＨＰＯ４、１５０ｍＭ　ＮａＣｌ、ｐＨ７．４）に１．０ｍｇ／ｍＬになるよう溶解して調製した。ヒトＩｇＧ溶液を、固定化用緩衝液（１０ｍＭ　ＣＨ３ＣＯＯＨ－ＣＨ３ＣＯＯＮａ、ｐＨ４．５）で１００倍に希釈し、Ｂｉａｃｏｒｅ　３０００付属のプロトコルに従い、ヒトＩｇＧをセンサーチップへ固定した。また、チップ上の別のフローセルに対して、ＥＤＣ／ＮＨＳにより活性化した後にＥｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅを固定化する処理を行うことで、ネガティブ・コントロールとなるリファレンスセルも用意した。各種Ｃ－Ｇ２９Ｘ／Ｂ－Ｇ２９Ｘは、ランニング緩衝液（２０ｍＭ　ＮａＨ２ＰＯ４－Ｎａ２ＨＰＯ４、１５０ｍＭ　ＮａＣｌ、０．００５％　Ｐ－２０、ｐＨ７．４）を用いて、１０～１０００ｎＭの範囲で適宜調製し（各々について、異なるタンパク質濃度の溶液を３種類調製）、各々のタンパク質溶液を、流速２０μＬ／ｍｉｎで３０秒間センサーチップに添加した。測定温度２５℃にて、添加時（結合相、３０秒間）、および、添加終了後（解離相、６０秒間）の結合反応曲線を順次観測した。各々の観測終了後に、５０ｍＭ　ＮａＯＨ（１５秒間）を添加してセンサーチップを再生した（センサーチップ上に残った添加タンパク質の除去が目的であり、固定化したヒトＩｇＧの結合活性がほぼ完全に戻ることを確認した）。得られた結合反応曲線（リファレンスセルの結合反応曲線を差し引いた結合反応曲線）に対して、システム付属ソフトＢＩＡ　ｅｖａｌｕａｔｉｏｎを用いた１：１の結合モデルによるフィッティング解析を行い、結合速度定数（ｋｏｎ）、解離速度定数（ｋｏｆｆ）、親和定数（ＫＡ　＝ｋｏｎ／ｋｏｆｆ）、および、解離定数（ＫＤ＝ｋｏｆｆ／ｋｏｎ）を算出した。表２に示したように、各種Ｃ－Ｇ２９ＸのヒトＩｇＧに対する結合パラメータは、Ｃ－ｗｉｌｄ（比較例１）と同程度であった。具体的には、ヒトＩｇＧに対する解離定数は、いずれのＣ－Ｇ２９Ｘに関しても、１０－８Ｍオーダーであった。各種Ｂ－Ｇ２９Ｘに関しても、同様の結果が得られた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
（実施例８）ヒト化モノクローナル抗体由来Ｆａｂフラグメントの調製
本発明における「Ｆａｂ領域への親和性」については、免疫グロブリンのＦｃ領域を含まないＦａｂフラグメントを用いて調べた。
ヒト化モノクローナルＩｇＧ製剤を原料として、これをパパインによって、ＦａｂフラグメントとＦｃフラグメントに断片化し、Ｆａｂフラグメントのみを分離精製することで調製した。
ヒト化モノクローナルＩｇＧ製剤のハーセプチン（中外製薬社製）を、パパイン消化用緩衝液（０．１Ｍ　ＡｃＯＨ－ＡｃＯＮａ、２ｍＭ　ＥＤＴＡ、１ｍＭ　システイン、ｐＨ５．５）に溶解し、Ｐａｐａｉｎ　Ａｇａｒｏｓｅ　ｆｒｏｍ　ｐａｐａｙａ　ｌａｔｅｘパパイン固定化アガロース、ＳＩＧＭＡ社製）を添加し、ローテーターで混和させながら、３７℃で約８時間インキュベートした。パパイン固定化アガロースから分離した反応溶液（ＦａｂフラグメントとＦｃフラグメントが混在）から、Ｒｅｓｏｕｒｃｅ　Ｓカラム（ＧＥヘルスケア・ジャパン株式会社製）を利用したイオン交換クロマトグラフィーにより、Ｆａｂフラグメント（以後、モノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂと表記する）を分離精製した。具体的には、イオン交換用緩衝液Ａ（５０ｍＭ　ＣＨ３ＣＯＯＨ－ＣＨ３ＣＯＯＮａ，　ｐＨ４．５）で、ｐＨ４．５になるよう希釈した反応溶液を、イオン交換用緩衝液Ａにて平衡化したＲｅｓｏｕｒｃｅ　Ｓカラムに添加し、イオン交換用緩衝液Ａで洗浄後、イオン交換緩衝液Ａとイオン交換緩衝液Ｂ（５０ｍＭ　ＣＨ３ＣＯＯＨ－ＣＨ３ＣＯＯＮａ，　１Ｍ　ＮａＣｌ，　ｐＨ４．５）を利用した塩濃度勾配（カラムに１０カラムボリューム分の緩衝液を通液する際に、緩衝液Ｂの濃度を０％から５０％に直線的に上げていく）にて、途中に溶出されるモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂを分取した。
分取したモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂ溶液を、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ　７５　１０／３００　ＧＬカラム（平衡化および分離には標準緩衝液を使用）を用いたゲルろ過クロマトグラフィーにて精製し、モノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂ溶液を得た。
なお、実施例６と同様に、クロマトグラフィーによるタンパク質精製は、ＡＫＴＡｐｒｉｍｅ　ｐｌｕｓシステムを利用して実施した。
（実施例９）取得した各種Ｃ－Ｇ２９ＸのモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂとの親和性の解析
取得した各種Ｃドメイン変異体のＩｇＧ－Ｆａｂとの親和性の解析に関しても、実施例７と同様に、Ｂｉａｃｏｒｅ　３０００を用いて実施した。
実施例８で得たモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂを、センサーチップＣＭ５に固定化し、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘを、チップ上に流して相互作用を検出した。リファレンスセルには、ヒト血清アルブミン（シグマ　アルドリッチ社製）を固定化した。モノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂ、および、ヒト血清アルブミンの固定化方法は、実施例６と同様である。
測定する各種Ｃ－Ｇ２９Ｘは、ランニング緩衝液（２０ｍＭ　ＮａＨ２ＰＯ４－Ｎａ２ＨＰＯ４、１５０ｍＭ　ＮａＣｌ、０．００５％　Ｐ－２０、ｐＨ７．４）を用いて、各々について、４μＭ、８μＭ、１６μＭ、３２μＭ（場合によって３２μＭは未調製）の異なるタンパク質濃度の溶液を調製し、各々のタンパク質溶液を、流速２０μＬ／ｍｉｎで３０秒間センサーチップに添加した。測定温度２５℃にて、添加時（結合相、３０秒間）、および、添加終了後（解離相、６０秒間）の結合反応曲線を順次観測した。各々の観測終了後に、１０ｍＭ　ＮａＯＨを３０秒間添加して、センサーチップを再生した。測定は２回に分けて実施しており、２回とも測定を行ったＣ－Ｇ２９Ａ（比較例１）、および、Ｃ－Ｇ２９Ｄにて実験間の整合性を確認した。解析の方法は、実施例７と同様である。ただし、解析時に結合パラメータの１種であるＲｍａｘ値は、定数としてフィッティングを行った。Ｒｍａｘ値は、固定化した分子の全てに添加した分子が結合した時のシグナル量であり、同一の分子（モノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂ）を固定化した本実験系では、この値が大きく変わることはあり得ない。しかし、結合シグナルが非常に弱い場合には、Ｒｍａｘが極端に小さな値になるような間違ったフィッティングがなされるために、Ｒｍａｘ値を定数としたフィッティングを行った。
図２に、Ｃ－Ｇ２９Ｖ、および、Ｃ－Ｇ２９ＷのモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂに対する結合反応曲線を例示した。一緒に例示したＣ－ｗｉｌｄ、および、Ｃ－Ｇ２９ＡのモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂに対する結合反応曲線（比較例１、同一のタンパク質濃度）と比較して分かるように、Ｃ－Ｇ２９Ａでは、まだモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂとの結合シグナルが残っているが、例えば、Ｃ－Ｇ２９Ｖでは、モノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂとの結合シグナルがほぼ完全に消失していた。
図２において、図示した結合反応曲線は、得られた結合反応曲線からリファレンスセルの結合反応曲線を差し引いた結合反応曲線である。３本の反応曲線は、下から順に、添加したタンパク質の濃度が４μＭ、８μＭ、１６μＭのときの反応曲線であり、各々を重ね合わせて表示した。縦軸は、結合レスポンス差（ＲＵ）であり、横軸は時間（秒）である。
表３に、各種Ｃドメイン変異体のモノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂに対する親和定数を示した。なお、Ｎ．Ｄ．は結合シグナルが検出できなかったことを示す。Ｃ－Ｇ２９Ｖ、Ｃ－Ｇ２９Ｌ、Ｃ－Ｇ２９Ｙ、Ｃ－Ｇ２９Ｆ、Ｃ－Ｇ２９Ｔ、Ｃ－Ｇ２９Ｗ、Ｃ－Ｇ２９Ｄ、Ｃ－Ｇ２９Ｅ、Ｃ－Ｇ２９Ｒ、Ｃ－Ｇ２９Ｈ、および、Ｃ－Ｇ２９Ｍは、Ｃ－Ｇ２９Ａよりも有意に低い親和定数を示した。また、Ｃ－Ｇ２９Ｉは結合シグナルが検出できなかった。これは、Ｃ－Ｇ２９Ａよりも、モノクローナルＩｇＧ－Ｆａｂに対する結合が有意に弱いことを示すデータであった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
（実施例１０）各種Ｂ－Ｇ２９Ｘのアルカリ耐性評価
各種Ｂ－Ｇ２９Ｘのアルカリ耐性については、アルカリ性条件下で一定時間インキュベートする処理を行った後の、ヒトＩｇＧに対する結合量の低下度合い（ヒトＩｇＧに対する残存結合活性）を比較することで評価した。
各種Ｂ－Ｇ２９Ｘについて、アルカリ処理の前後におけるヒトＩｇＧに対する結合量を、Ｂｉａｃｏｒｅ　３０００を用いて測定した。アルカリ処理に関しては、２６．２μＭの各種Ｂドメイン変異体（１０μＬ）に対して、最終濃度が０．５Ｍとなるように０．６２５Ｍ　ＮａＯＨを一定量加えて、３０℃にて２０時間インキュベートした。その後、０．５Ｍ　ＨＣｌ（あらかじめｐＨが中性に戻ることを確認した一定容量）を各種処理溶液に対して添加することで中和し、ランニング緩衝液（２０ｍＭ　ＮａＨ２ＰＯ４－Ｎａ２ＨＰＯ４、１５０ｍＭ　ＮａＣｌ、０．００５％　Ｐ－２０、ｐＨ７．４）により２倍希釈して、アルカリ処理後の各種Ｂ－Ｇ２９Ｘ溶液を調製した。アルカリ処理前の各種Ｂ－Ｇ２９Ｘ溶液は、タンパク質濃度、溶液の組成が同じになるように、アルカリ処理時に加えるＮａＯＨ溶液、および、中和処理時に加えるＨＣｌ溶液を、あらかじめ混合させた溶液を、２６．２μＭの各種Ｂ－Ｇ２９Ｘ（１０μＬ）に対して加えることで、調製した。センサーチップの準備（ヒトＩｇＧの固定化など）、測定時のランニング緩衝液、測定温度、チップの再生処理に関しては、実施例７と同じである。アルカリ処理前、および、処理後の各種Ｂ－Ｇ２９Ｘ溶液を、流速２０μＬ／ｍｉｎで１５０秒間センサーチップに添加した。添加時（結合相、１５０秒間）、および、添加終了後（解離相、２１０秒間）の結合反応曲線を順次観測した。解析方法は、実施例７と同様であるが、得られた結合パラメータの解釈について補足する。今回の解析方法では、アルカリ処理の前後でタンパク質濃度は同じであるが、ヒトＩｇＧに対して結合活性があるタンパク質濃度は変わる。しかし、濃度を変数としてフィッティングすることは難しいので、濃度は処理前後で一定としてフィッティングを行った。このとき、ＩｇＧに対して結合活性があるタンパク質濃度の変化は、最大結合容量を示すパラメータＲｍａｘに反映されるので、各々のＢ－Ｇ２９Ｘのアルカリ処理前のＲｍａｘに対するアルカリ処理後のＲｍａｘの相対値（残存ＩｇＧ結合活性［％］）を算出し、比較することで、アルカリ耐性の評価を行った。
図３に示すように、アルカリ処理後の残存ＩｇＧ結合活性について、Ｂ－Ｇ２９Ａ（比較例１）が４１．２％であったのに対し、Ｂ－Ｇ２９Ｗは５５．７％と有意に高く、Ｂ－Ｇ２９ＡよりもＢ－Ｇ２９Ｗの方が高いアルカリ耐性を示した。
（実施例１１）各種Ｃ－Ｇ２９Ｘのアルカリ耐性評価
各種Ｃ－Ｇ２９Ｘのアルカリ耐性に関しても、実施例１０と同様の手法にて評価を行った。ただし、アルカリ処理時のインキュベートの時間が実施例１０とは異なり、３０℃にて２５時間のインキュベートを行った。
図４に示すように、アルカリ処理後の残存ＩｇＧ結合活性について、Ｃ－Ｇ２９Ａ（比較例１）よりも、Ｃ－Ｇ２９Ｒ、Ｃ－Ｇ２９Ｍ、Ｃ－Ｇ２９Ｌ、Ｃ－Ｇ２９Ｉ、Ｃ－Ｇ２９Ｆ、Ｃ－Ｇ２９Ｅ、Ｃ－Ｇ２９Ｙ、Ｃ－Ｇ２９Ｗの方が高かった。特に、Ｃ－Ｇ２９Ｍ、Ｃ－Ｇ２９Ｆ、Ｃ－Ｇ２９Ｙ、Ｃ－Ｇ２９Ｗの残存ＩｇＧ結合活性が高く、Ｃ－Ｇ２９Ａよりも高いアルカリ耐性を示した。
（実施例１２）５連結型Ｃ－Ｇ２９ＶをコードするＤＮＡの調製
Ｃ－Ｇ２９Ｖを５連結したタンパク質のアミノ酸配列（配列番号５７）から逆翻訳を行い、該タンパク質をコードする塩基配列を設計した。該タンパク質のコドン使用頻度が、ブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１株で大量に発現している細胞表層タンパク質であるＨＷＰ（Ｅｂｉｓｕ　Ｓ．著、「Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．」、１９９０年、１７２号、１３１２－１３２０頁）のコドン使用頻度に近くなるように、かつ、５個の各ドメイン間での塩基配列の配列同一性が低くなるように考慮して、コドンを分配した。また、５連結ドメインをコードする配列の５’側にＰｓｔＩ、および、３’側にＸｂａＩの制限酵素認識部位を作製した。ＤＮＡ断片の作製はタカラバイオ社に依頼した。作製したＤＮＡ断片の配列を配列番号５８に記した。
５個の各ドメイン間での塩基配列の比較を図５に、各ドメイン間での塩基配列の配列同一性を百分率であらわしたものを表４に示した（各ドメインについてＮ末端側から順に１～５の番号を付与した）。表４において、単ドメイン単位をコードする長さ１７４ｂｐに対して、一致した塩基の数を、百分率で表示している。コドンを割り振った結果、最も高い組み合わせ（ドメイン２とドメイン５）でも塩基配列の配列同一性を８５％以下にまで低下させた。
作製した５連結型Ｃ－Ｇ２９ＶをコードするＤＮＡ断片をＰｓｔＩおよびＸｂａＩ（ともにＴａｋａｒａ社製）で消化し、アガロースゲル電気泳動で分画、精製した。一方、ブレビバチルス属細菌用のプラスミドベクターであるｐＮＫ３２６２を、ＰｓｔＩおよびＸｂａＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォスファターゼ（Ｔａｋａｒａ社製）処理により脱リン酸化処理を行った。両者を混合後、Ｌｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈ（ＴＯＹＯＢＯ社製）を用いて連結して、５連結Ｃ－Ｇ２９Ｖ発現プラスミドベクターｐＮＫ３２６２－Ｃ－Ｇ２９Ｖを構築した。前記操作により得られたプラスミドベクターを用いて、ブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１株の形質転換を行った。形質転換は、公知の方法による電気導入法にて実施した（「Ｂｉｏｓｃｉ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．」、１９９７年、６１号、２０２－２０３頁）。なお、ブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１株は、ブレビバチルス・チョウシネンシスＨＰＤ３１－ＯＫ株（特開平６－２９６４８５号公報）に変異処理をして得られたＰｈｅ・Ｔｙｒ要求性株である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
（実施例１３）５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｖ発現組換え菌の目的タンパク質発現、および、保持するプラスミドベクターの解析
実施例１２により得られたブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１組換え菌を、６０μｇ／ｍＬのネオマイシンを含む５ｍＬの３ＹＣ培地（ポリペプトン　３％、酵母エキス　０．２％、グルコース　３％、硫酸マグネシウム　０．０１％、硫酸鉄　０．００１％、塩化マンガン　０．００１％、塩化亜鉛　０．０００１％）にて、３０℃で３日間の振盪培養を行った。
培養終了後、遠心にて菌体を分離し、上清５μＬを定法によりＳＤＳ－ＰＡＧＥで解析したところ、図６Ａに示したように、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｖとみられる分子量約３３，０００のバンドが存在した。５連結型Ｃ－ｗｉｌｄ（比較例２）を発現する組換え菌の培養上清を同様にＳＤＳ－ＰＡＧＥにより解析したときに見られたような（図６Ｂ）、ドメイン数が減少したと考えられるタンパク質の存在を示すバンドは見られなかった。
振盪培養により得られた菌体から、定法にてプラスミドを調製し、ＰｓｔＩおよびＸｂａＩにより消化し、アガロースゲル電気泳動により解析したところ、図７Ａに示したように、５連結Ｃ－Ｇ２９ＶをコードするＤＮＡ断片に相当する約８９０ｂｐの断片が存在した。５連結型Ｃ－ｗｉｌｄ発現組換え菌の保持するプラスミドベクター（比較例２）を同様に解析したときに見られたような（図７Ｂ）、コードされているドメイン数が減少したと考えられるサイズのＤＮＡ断片は存在しなかった。
実施例２においては５連結した各ドメインをコードするＤＮＡ断片の配列は各々１００％一致していたが、本実施例においては、コドンを変更した結果、ドメイン間での塩基配列の配列同一性は８５％以下に低下した。そのために分子内での相同組換えが大幅に抑制されて、ＤＮＡ断片の一部欠失が起こらず、プラスミドが安定化した。本実施例では、５連結型Ｃ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡを比較対象としている（比較例２）が、アミノ酸配列がＣ－ｗｉｌｄである場合とＣ－Ｇ２９Ｖである場合の比較ではなく、各ドメイン間でのコード塩基配列の配列同一性が１００％一致している場合と配列同一性が８５％以下に低下している場合の比較である。
（実施例１４）５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｗ、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｙの作製
実施例１３にて作製したプラスミドｐＮＫ３２６２－Ｃ－Ｇ２９Ｖから、５連結したＣ－Ｇ２９Ｖをコードする遺伝子を５分割し、各ドメインのＶａｌ－２９を含むようにＤＮＡ断片を調製した。ドメイン１はＰｓｔＩとＮａｒＩ、ドメイン２はＮａｒＩとＨｉｎｄＩＩＩ、ドメイン３はＨｉｎｄＩＩＩとＭｌｕＩ、ドメイン４はＭｌｕＩとＢｇｌＩＩ、ドメイン５はＢｇｌＩＩとＸｂａＩ（ＮａｒＩのみＴＯＹＯＢＯ社製、他はＴａｋａｒａ社製）でそれぞれ消化し、アガロースゲルで分画精製して、各々のＤＮＡ断片を取得した（配列番号５９～６３）。
クローニングベクターｐＳＬ３０１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を、各々のドメインをコードするＤＮＡ断片に使用したものと同じ２種類の制限酵素で消化し、上記のＤＮＡ断片と混合後、Ｌｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈで連結して、５分割したＤＮＡ断片を有するプラスミドを構築した。各々のプラスミドについて、ドメインにつけた番号に対応させ、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ１、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ２、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ３、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ４、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ５と表記する。
ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ１、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ２、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ３、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ４、ｐＳＬ３０１－Ｖ２９－ｄ５を鋳型として、配列番号６４～７３のオリゴヌクレオチドプライマーを用いてクイックチェンジ法を実施し、各ドメインのＶａｌ－２９がＴｒｐに置換されたＤＮＡ断片（配列番号７４～７８）を含むプラスミドｐＳＬ３０１－Ｗ２９－ｄ１、ｐＳＬ３０１－Ｗ２９－ｄ２、ｐＳＬ３０１－Ｗ２９－ｄ３、ｐＳＬ３０１－Ｗ２９－ｄ４、ｐＳＬ３０１－Ｗ２９－ｄ５を作製し、変異導入を確認の後、５個の断片を順次Ｌｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈにより連結して、５連結型Ｃ－Ｇ２９ＷをコードするＤＮＡ断片（配列番号７９）を作製した。
また、上記手法と同様に、配列番号８０～８９のオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、Ｖａｌ－２９がＴｙｒに置換されたＤＮＡ断片（配列番号９０～９４）を含むプラスミドｐＳＬ３０１－Ｙ２９－ｄ１、ｐＳＬ３０１－Ｙ２９－ｄ２、ｐＳＬ３０１－Ｙ２９－ｄ３、ｐＳＬ３０１－Ｙ２９－ｄ４、ｐＳＬ３０１－Ｙ２９－ｄ５を作製し、変異導入を確認の後、５個の断片を順次Ｌｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈにより連結して、５連結型Ｃ－Ｇ２９ＹをコードするＤＮＡ断片（配列番号９５）を作製した。
前記の操作により作製した、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｗ（配列番号７９）、および、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｙ（配列番号９５）をコードするＤＮＡ断片をＰｓｔＩとＸｂａＩで消化し、アガロースゲル電気泳動で分画、精製した。一方、ブレビバチルス属細菌用のプラスミドベクターであるｐＮＫ３２６２を、ＰｓｔＩおよびＸｂａＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォスファターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。両者を混合後、Ｌｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈを用いて連結して、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｗ発現プラスミドｐＮＫ３２６２－Ｃ－Ｇ２９Ｗ、および、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｙ発現プラスミドｐＮＫ３２６２－Ｃ－Ｇ２９Ｙを取得した。これらのプラスミドを用いて、ブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１株の形質転換を行った。
前記操作により得られたブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１組換え菌を、６０μｇ／ｍＬのネオマイシンを含む５ｍＬの３ＹＣ培地にて、３０℃で３日間の振盪培養を行った。培養終了後、遠心にて菌体を分離し、上清５μＬを定法によりＳＤＳ－ＰＡＧＥで解析したところ、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｗ、および、５連結型Ｃ－Ｇ２９Ｙとみられる、各々の分子量が約３３，０００のバンドを確認した。
（比較例１）野生型、および、Ｇ２９Ａ変異体に関する実験
実施例１で得られたＣ－Ｗｉｌｄ、および、実施例２で得られたＢ－ｗｉｌｄの発現プラスミドを有する各々の形質転換体についても、実施例５～６と同様の方法で、Ｃ－Ｗｉｌｄ、および、Ｂ－ｗｉｌｄの精製タンパク質溶液を得た。また、配列番号９６～９７のプライマーを用いて、実施例３と同様の手法にて、Ｃ－Ｇ２９Ａ、および、Ｂ－Ｇ２９Ａの発現プラスミドを有する各々の形質転換体を得た。Ｃ－Ｇ２９Ａのタンパク質配列を配列番号９８に、Ｂ－Ｇ２９Ａのタンパク質配列を配列番号９９に示す。実施例３と同様の方法で、コードＤＮＡの塩基配列を確認し、実施例５～６と同様の方法で、Ｃ－Ｇ２９Ａ、および、Ｂ－Ｇ２９Ａの精製タンパク質溶液を得た。Ｃ－ｗｉｌｄ、および、Ｃ－Ｇ２９Ａについては、各種Ｃ－Ｇ２９Ｘと同様に、対照実験として、実施例７、９、１１と同じ工程の実験を実施した。Ｂ－ｗｉｌｄ、および、Ｂ－Ｇ２９Ａについては、各種Ｂ－Ｇ２９Ｘと同様に、対照実験として、実施例７、１０と同じ工程の実験を実施した。
（比較例２）５連結型Ｃ－ｗｉｌｄに関する実験
野生型プロテインＡをコードする発現ベクターｐＮＫ３２６２ＮＸを鋳型とし、配列番号１００および１０１のオリゴヌクレオチドプライマーを用いてＰＣＲを行い、Ｃ－ｗｉｌｄの前半部分を増幅した。また、配列番号１０２および１０３のオリゴヌクレオチドプライマーを用いてＰＣＲを行い、Ｃ－ｗｉｌｄの後半部分を増幅した。両ＰＣＲ断片を精製後、混合して、配列番号１００および１０３のオリゴヌクレオチドプライマーがアニーリングする部位にて両断片をオーバーラップさせ、これを鋳型として、配列番号１０１および１０２のオリゴヌクレオチドプライマーを用いて２回目のＰＣＲを実施した。前記の操作により、Ｃ－ｗｉｌｄの前半と後半が入れ替わり、かつ、両端にＨｉｎｄＩＩＩ認識部位が存在する配列番号１０４のＤＮＡ断片を作製した。得られたＤＮＡ断片をＨｉｎｄＩＩＩ（Ｔａｋａｒａ社製）により消化後、精製回収を行った。
大腸菌のクローニングベクターであるｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＩＩ　ＫＳ（－）（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社製）をＨｉｎｄＩＩＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォスファターゼ（Ｔａｋａｒａ社製）処理により脱リン酸化処理を行った。Ｈｉｎｄ　ＩＩＩにより消化した配列番号１０４のＤＮＡ断片を、ＤＮＡリガーゼであるＬｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈ（ＴＯＹＯＢＯ社製）を用いて連結し、プラスミドを構築した。得られたプラスミドを用いて大腸菌ＨＢ１０１（Ｔａｋａｒａ社製）の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。プラスミドＤＮＡをＨｉｎｄ　ＩＩＩにより部分消化後、１箇所のみ切断されたＤＮＡ断片をアガロースゲルにより分画、精製して、さらに、アルカリフォスファターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。ＨｉｎｄＩＩＩにより消化した配列番号１０４のＤＮＡ断片を、Ｌｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈを用いて該プラスミドと連結し、同様にして大腸菌ＨＢ１０１の形質転換を行い、プラスミドＤＮＡを調製して、配列番号１０４のＤＮＡ断片がＨｉｎｄＩＩＩ部位にて２個タンデム連結したＤＮＡ断片が組み込まれたプラスミドＤＮＡを取得した。
前記操作により得られたプラスミドＤＮＡを鋳型とし、配列番号１０５および１０６のオリゴヌクレオチドプライマーを用いてＰＣＲを行った。なお、Ｃ－ｗｉｌｄドメインのＮ末端側（Ａｌａ－１の前）にＭｅｔ－Ａｌａ－Ｐｈｅ－Ａｌａを付加するように、また、Ｃ末端側（Ｌｙｓ－５８の後ろ）に終止コドンを有するように、さらに、ドメインをコードするＤＮＡ配列の５’側に、ＸｈｏＩとＮｃｏＩ、および、３’側にＢａｍＨＩの制限酵素認識部位を有するように、配列番号１０５および１０６に示すオリゴヌクレオチドプライマーを設計した。前記操作により、Ｃ－ｗｉｌｄドメインをコードし、５’側に、ＸｈｏＩとＮｃｏＩ、中央付近にＨｉｎｄＩＩＩ、３’側にＢａｍＨＩの制限酵素認識部位が存在するＤＮＡ断片を増幅した。得られたＤＮＡ配列を配列番号１０７に示す。配列番号１０７のＤＮＡ断片を制限酵素ＸｈｏＩ、および、ＢａｍＨＩ（ともにＴａｋａｒａ社製）により消化後、精製回収を行った。
大腸菌のクローニングベクターであるｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＩＩ　ＫＳ（－）を、ＸｈｏＩ、および、ＢａｍＨＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォスファターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。配列番号１０７のＤＮＡ断片とｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＩＩ　ＫＳ（－）をＬｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈを用いて連結し、大腸菌ＨＢ１０１の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。
前記の方法で作製した、Ｃ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片を含むプラスミドを、ＨｉｎｄＩＩＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォスファターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。これと配列番号１０４で示すＤＮＡ断片をＬｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈを用いて連結し、２個タンデムに連結したＣ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片を持つプラスミドを構築した。得られたプラスミドを用いて大腸菌ＨＢ１０１の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。抽出したプラスミドをＨｉｎｄＩＩＩにより部分消化後、１箇所のみ切断されたＤＮＡ断片をアガロースゲルにより分画、精製して、さらに、アルカリフォスファターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。これと配列番号１０４で示すＤＮＡ断片をＬｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈを用いて連結し、３個タンデムに連結したＣ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片を持つプラスミドを構築した。以下、同様にして、５個タンデムに連結したＣ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片を持つプラスミドを構築し、大腸菌ＨＢ１０１の形質転換を行い、定法によってプラスミドＤＮＡを増幅および抽出した。該プラスミドをＮｃｏＩ、および、ＢａｍＨＩ（ともにＴａｋａｒａ社製）により消化後、アガロースゲルにより分画し、精製回収して、５連結型Ｃ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片を調製した。
ブレビバチルス属細菌用のプラスミドベクターであるｐＮＫ３２６２を、ＮｃｏＩ、および、ＢａｍＨＩにより消化後、精製回収し、さらに、アルカリフォスファターゼ処理により脱リン酸化処理を行った。先に調製した５連結型Ｃ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片をＬｉｇａｔｉｏｎ　Ｈｉｇｈを用いて連結し、５連結型Ｃ－ｗｉｌｄ発現プラスミドベクターｐＮＫ３２６２－Ｃ－ｗｉｌｄを構築した。前記操作により得られたプラスミドベクターを用いて、ブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１株の形質転換を行った。
前記操作により得られたブレビバチルス・チョウシネンシスＦＹ－１組換え菌を、６０μｇ／ｍＬのネオマイシンを含む５ｍＬの３ＹＣ培地にて、３０℃で３日間の振盪培養を行った。培養終了後、遠心にて菌体を分離し、上清５μＬを定法によりＳＤＳ－ＰＡＧＥで解析した。図６Ｂに示したように、５連結型Ｃ－ｗｉｌｄの５量体とみられる分子量約３３，０００のバンドの他に、連結しているドメイン数が４個、３個、２個に減少したとみられるタンパク質の存在を示唆するバンドも確認できた。
振盪培養により得られた菌体から、定法にてプラスミドを調製し、ＮｃｏＩおよびＢａｍＨＩにより消化し、アガロースゲル電気泳動により解析した。図７Ｂに示したように、５連結型Ｃ－ｗｉｌｄをコードするＤＮＡ断片に相当する約８９０ｂｐの断片の存在を示すバンドの他に、連結しているドメイン数が４個、３個、２個に相当するサイズのＤＮＡ断片の存在を示唆するバンドも確認できた。その電気泳動パターンは、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによるタンパク質のバンドのパターンとよく一致していた。これらのＤＮＡ断片の配列を解析した結果、ドメイン単位での遺伝子の一部欠失が起こっていることがわかった。５連結型Ｃ－ｗｉｌｄの各ドメインをコードするＤＮＡ断片の配列は各々１００％一致しているため、プラスミド分子内での相同組換えを起こし易く、ドメイン数が減少したプラスミドベクターが生ずる結果、それぞれから翻訳されるタンパク質が混在してくると考えられる。

Claims (25)

  1. 配列番号１～５に記載のプロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインのいずれかのドメインに由来するアミノ酸配列において、
    １以上のＧｌｙをＡｌａ以外のアミノ酸に置換したアミノ酸配列を有し、かつ、
    該ＧｌｙをＡｌａに置換したアミノ酸配列を有するタンパク質に比べて、免疫グロブリンのＦａｂ領域に対する親和性が低下していること
    を特徴とする、免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質。
  2. Ｇｌｙが、プロテインＡのＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ、および、Ｃドメインで保存されているＣドメインの２９位に対応するＧｌｙである、請求項１に記載のタンパク質。
  3. Ｃドメインの２９位に対応するＧｌｙが、
    Ｅドメインの２７位のＧｌｙ、
    Ｄドメインの３２位のＧｌｙ、
    Ａドメインの２９位のＧｌｙ、
    Ｂドメインの２９位のＧｌｙ、および、
    Ｃドメインの２９位のＧｌｙ
    である、請求項２に記載のタンパク質。
  4. Ａｌａ以外のアミノ酸が、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎのいずれかのアミノ酸である、請求項１～３のいずれか１項に記載のタンパク質。
  5. Ａｌａ以外のアミノ酸が、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ、Ｍｅｔのいずれかのアミノ酸である、請求項４に記載のタンパク質。
  6. 変異導入前のアミノ酸配列が、配列番号５に記載のアミノ酸配列である、請求項１～５のいずれか１項に記載のタンパク質。
  7. 変異導入前のアミノ酸配列からなるタンパク質と比較してアルカリ性条件下での化学的安定性が向上していることを特徴とする、請求項１～６のいずれか１項に記載のタンパク質。
  8. 変異導入後のアミノ酸配列が、配列番号６～１８に記載のアミノ酸配列である、請求項１～７に記載のタンパク質。
  9. 請求項１～８のいずれか１項に記載のタンパク質を２個以上連結した、複数ドメインからなるタンパク質。
  10. 請求項１～８のいずれか１項に記載の、種類の異なるタンパク質を２種類以上連結した、複数ドメインからなるタンパク質。
  11. ドメインの数が２～５個である、請求項９または１０に記載の複数ドメインからなるタンパク質。
  12. 請求項１～８のいずれか１項に記載のタンパク質、または、請求項９～１１のいずれか１項に記載の複数ドメインからなるタンパク質をコードするＤＮＡ。
  13. 連結されているドメインを構成する塩基配列の配列同一性が９０％以下であることを特徴とする、請求項１２に記載のＤＮＡ。
  14. 請求項１２または１３に記載のＤＮＡを含むベクター。
  15. 請求項１４に記載のベクターを宿主に形質転換して得られる形質転換体。
  16. 宿主がグラム陽性菌であることを特徴とする、請求項１５に記載の形質転換体。
  17. グラム陽性菌がブレビバチルス属細菌であることを特徴とする、請求項１６に記載の形質転換体。
  18. ブレビバチルス属細菌がブレビバチルス・チョウシネンシスであることを特徴とする、請求項１７に記載の形質転換体。
  19. 請求項１５～１８のいずれか１項に記載の形質転換体、または、請求項１２または１３に記載のＤＮＡを用いた無細胞タンパク質合成系を用いる、請求項１～８のいずれか１項に記載のタンパク質、または、請求項９～１１のいずれか１項に記載の複数ドメインからなるタンパク質の製造方法。
  20. 形質転換体の細胞内及び／又はペリプラズム領域内にタンパク質を蓄積すること、及び／又は、形質転換体の細胞外にタンパク質を分泌することを特徴とする、請求項１９に記載の製造方法。　
  21. 請求項１～８のいずれか１項に記載のタンパク質、または、請求項９～１１のいずれか１項に記載の複数ドメインからなるタンパク質をアフィニティーリガンドとして、水不溶性の基材からなる担体に固定化したことを特徴とする、アフィニティー分離マトリックス。
  22. 免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質に結合することを特徴とする、請求項２１に記載のアフィニティー分離マトリックス。
  23. 免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質が、抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体のいずれかである、請求項２２に記載のアフィニティー分離マトリックス。
  24. 抗体、抗体誘導体、断片抗体、および、断片抗体誘導体が、ＩｇＧ、および、ＩｇＧ誘導体のいずれかである、請求項２３に記載のアフィニティー分離マトリックス。
  25. 免疫グロブリンのＦｃ領域を含むタンパク質の分離における、請求項２１～２４のいずれか１項に記載のアフィニティー分離マトリックスの使用。
PCT/JP2010/055030 2009-03-24 2010-03-24 免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド WO2010110288A1 (ja)

Priority Applications (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201080013514.0A CN102365361B (zh) 2009-03-24 2010-03-24 对免疫球蛋白具有亲和性的蛋白质和免疫球蛋白结合性亲和配体
US13/258,655 US9403883B2 (en) 2009-03-24 2010-03-24 Protein having affinity for immunoglobulin, and immunoglobulin-binding affinity ligand
JP2011506069A JPWO2010110288A1 (ja) 2009-03-24 2010-03-24 免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド
EP10756084.9A EP2412809B1 (en) 2009-03-24 2010-03-24 Protein having affinity for immunoglobulin, and immunoglobulin-binding affinity ligand

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2009071766 2009-03-24
JP2009-071766 2009-03-24

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2010110288A1 true WO2010110288A1 (ja) 2010-09-30

Family

ID=42780982

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/JP2010/055030 WO2010110288A1 (ja) 2009-03-24 2010-03-24 免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド

Country Status (5)

Country Link
US (1) US9403883B2 (ja)
EP (1) EP2412809B1 (ja)
JP (2) JPWO2010110288A1 (ja)
CN (1) CN102365361B (ja)
WO (1) WO2010110288A1 (ja)

Cited By (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010075175A (ja) * 2008-08-11 2010-04-08 Millipore Corp 改善された特異性を有する新規免疫グロブリン結合タンパク質
WO2011118699A1 (ja) 2010-03-24 2011-09-29 株式会社カネカ 免疫グロブリンに特異的に結合するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド
WO2012086660A1 (ja) * 2010-12-21 2012-06-28 Jsr株式会社 アフィニティークロマトグラフィー用担体およびイムノグロブリンを単離する方法
WO2012133349A1 (ja) 2011-03-25 2012-10-04 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質
WO2012133342A1 (ja) 2011-03-25 2012-10-04 株式会社カネカ 免疫グロブリン結合性新規ポリペプチド
WO2014046278A1 (ja) 2012-09-21 2014-03-27 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質リガンド
US8754196B2 (en) 2011-06-08 2014-06-17 Emd Millipore Corporation Chromatography matrices including novel Staphylococcus aureus protein A based ligands
WO2015034056A1 (ja) 2013-09-06 2015-03-12 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用分離能強化リガンド
WO2015046473A1 (ja) 2013-09-27 2015-04-02 株式会社カネカ アルカリ水溶液を用いた多孔質セルロースビーズの製造方法、リガンド固定化用担体および吸着体
WO2015056681A1 (ja) 2013-10-15 2015-04-23 株式会社カネカ 多孔質セルロースビーズの製造方法およびそれを用いた吸着体
WO2015056679A1 (ja) 2013-10-15 2015-04-23 株式会社カネカ 多孔質セルロースビーズの製造方法及びそれを用いた吸着体
WO2015056680A1 (ja) 2013-10-15 2015-04-23 株式会社カネカ 多孔質セルロースビーズの製造方法
US9051375B2 (en) 2010-12-21 2015-06-09 The University Of Western Ontario Alkali-resistant variants of protein A and their use in affinity chromatography
JP2016079153A (ja) * 2014-10-21 2016-05-16 株式会社プロテイン・エクスプレス プロテインｇ変異体
US9382297B2 (en) 2011-06-03 2016-07-05 National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology Mutated protein of protein A having reduced affinity in acidic region and antibody-capturing agent
WO2017014257A1 (ja) * 2015-07-22 2017-01-26 株式会社カネカ 酸性ｐＨ領域での抗体結合能が低下した抗体結合性タンパク質
US9896486B2 (en) 2013-07-10 2018-02-20 Ge Healthcare Bioprocess R&D Ab Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
US10072050B2 (en) 2008-12-24 2018-09-11 Emd Millipore Corporation Caustic stable chromatography ligands
WO2019039602A1 (ja) * 2017-08-24 2019-02-28 Jsr株式会社 タンパク質、及び当該タンパク質を含む担体を用いる抗体又はその断片の単離方法
WO2020040307A1 (ja) 2018-08-24 2020-02-27 Jsr株式会社 イムノグロブリン結合タンパク質、及びそれを用いたアフィニティー担体
EP3757123A1 (en) 2014-11-17 2020-12-30 Cytiva BioProcess R&D AB Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
US11753450B2 (en) 2019-07-03 2023-09-12 Bioprocessia Technologies Llc Alkali-tolerant affinity chromatography ligands

Families Citing this family (30)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013081540A1 (en) * 2011-11-30 2013-06-06 Ge Healthcare Bio-Sciences Ab Affinity chromatography matrix
JP6285532B2 (ja) * 2013-03-14 2018-02-28 イー・エム・デイー・ミリポア・コーポレイシヨン タンパク質ａに基づくクロマトグラフィを使用するタンパク質純度を増加させる方法
CN104059133B (zh) * 2013-03-18 2019-03-15 南京金斯瑞生物科技有限公司 一类突变的具有高耐碱特性的蛋白a及其应用
GB201310544D0 (en) * 2013-06-13 2013-07-31 Ucb Pharma Sa Obtaining an improved therapeutic ligand
CN103540588B (zh) * 2013-10-08 2016-06-08 杨波 一种基因工程改造的免疫球蛋白-亲和蛋白
CN105916561B (zh) * 2014-01-17 2020-07-14 瑞普利根公司 灭菌层析柱
JP6663360B2 (ja) * 2015-01-26 2020-03-11 株式会社カネカ 変異型免疫グロブリンκ鎖可変領域結合性ペプチド
CN107849088A (zh) * 2015-07-22 2018-03-27 株式会社钟化 抗体样蛋白质的纯化方法
US10703774B2 (en) 2016-09-30 2020-07-07 Ge Healthcare Bioprocess R&D Ab Separation method
ES2914278T3 (es) * 2016-05-11 2022-06-08 Cytiva Bioprocess R & D Ab Polipéptidos de unión a inmunoglobulina mutados
EP3455243B1 (en) 2016-05-11 2021-03-24 Cytiva BioProcess R&D AB Separation matrix
US10654887B2 (en) 2016-05-11 2020-05-19 Ge Healthcare Bio-Process R&D Ab Separation matrix
CN109311948B (zh) 2016-05-11 2022-09-16 思拓凡生物工艺研发有限公司 清洁和/或消毒分离基质的方法
JP7106187B2 (ja) 2016-05-11 2022-07-26 サイティバ・バイオプロセス・アールアンドディ・アクチボラグ 分離マトリックスを保存する方法
US10730908B2 (en) 2016-05-11 2020-08-04 Ge Healthcare Bioprocess R&D Ab Separation method
US10889615B2 (en) 2016-05-11 2021-01-12 Cytiva Bioprocess R&D Ab Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
CN106117324A (zh) * 2016-07-29 2016-11-16 湖北爱晟生物科技有限公司 重组蛋白a及其编码基因和应用
BR112019011921A2 (pt) 2016-12-12 2019-11-05 Hurrah S A R L polipeptídeo engenheirado que liga imunoglobulinas ou compostos contendo imunoglobulina, matriz de separação, composição, proteína, meio cromatográfico e método de purificação de uma imunoglobulina
CN110177617A (zh) * 2017-01-04 2019-08-27 南京金斯瑞生物科技有限公司 高载量耐碱蛋白a磁珠及其使用方法
GB201708277D0 (en) 2017-05-24 2017-07-05 Ge Healthcare A Recombinant protein
CN109721645A (zh) * 2017-12-29 2019-05-07 兆生生物科技南京有限公司 一种基因突变的蛋白a及其应用
GB201904125D0 (en) 2019-03-26 2019-05-08 Ge Healthcare Bio Sciences Ab Method for sanitization of a chromatography column
CN113748128B (zh) * 2019-04-29 2024-05-14 思拓凡生物工艺研发有限公司 分离缺少能够结合至蛋白A的Fc区域的抗体或抗体片段的方法
CN111057153B (zh) * 2019-12-06 2021-09-07 广州康盛生物科技股份有限公司 一种免疫球蛋白结合蛋白及其制备方法和应用
CN110950969B (zh) * 2019-12-23 2021-03-30 北京全式金生物技术有限公司 一种具有免疫球蛋白结合能力的融合蛋白
GB202018588D0 (en) 2020-11-26 2021-01-13 Cytiva Bioprocess R & D Ab Separation matrix
GB202113626D0 (en) 2021-09-24 2021-11-10 Cytiva Bioprocess R & D Ab FC binding polypeptides
CN115881211B (zh) * 2021-12-23 2024-02-20 上海智峪生物科技有限公司 蛋白质序列比对方法、装置、计算机设备以及存储介质
GB202203478D0 (en) 2022-03-14 2022-04-27 Cytiva Bioprocess R & D Ab Vh3 binding polypeptides
CN115850408A (zh) * 2022-09-01 2023-03-28 西安蓝晓科技新材料股份有限公司 一种多肽、融合型多聚体蛋白质及其用途

Citations (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH0231682A (ja) 1988-01-25 1990-02-01 Juzo Udaka ヒトｅｇｆの製造法
US5143844A (en) 1985-12-13 1992-09-01 Kabigen Ab Construction of an igg binding protein to facilitate downstream processing using protein engineering
JPH04278091A (ja) 1991-03-05 1992-10-02 Higeta Shoyu Kk 高発現ベクター及び該高発現ベクター　を保有する微生物並びに該微生物を　用いる有用物質の製造法
JPH06133782A (ja) 1992-07-23 1994-05-17 Higeta Shoyu Co Ltd 高発現ベクタ−及び該高発現ベクタ−を 保有する微生物並びに該微生物を用いる 有用物質の製造法
JPH06296485A (ja) 1993-02-22 1994-10-25 Toyota Central Res & Dev Lab Inc 変異バチルス・ブレビス菌
JPH07170984A (ja) 1992-03-31 1995-07-11 Juzo Udaka 新規アミノ酸配列及び該アミノ酸配列をコード するｄｎａを保有する発現ベクターを 組み込んだバチルス・ブレビスを用いる 有用物質の製造法
EP1123389A1 (en) 1998-10-21 2001-08-16 Affibody Technology Sweden AB A method of affinity separation and ligands for use therein
US6399750B1 (en) 1995-11-07 2002-06-04 Pharmacia Biotech Ab IGG separation medium
JP2002238569A (ja) 2001-02-14 2002-08-27 Higeta Shoyu Co Ltd 大腸菌とブレビバチルス属細菌間のプラスミドシャトルベクター
WO2003080655A1 (en) 2002-03-25 2003-10-02 Amersham Biosciences Ab A mutated immunoglobulin-binding protein
WO2005045005A1 (ja) 2003-11-11 2005-05-19 Higeta Shoyu Co., Ltd. 新規ブレビバチルス・チョウシネンシス及び該微生物を宿主とするタンパク質の製造方法
WO2006004067A1 (ja) 2004-07-06 2006-01-12 Kaneka Corporation ブレビバチルス属細菌を用いたプロテインａ様蛋白質の生産方法
JP2006304633A (ja) 2005-04-26 2006-11-09 Apro Life Science Institute Inc イムノグロブリン結合タンパク質
JP2007252368A (ja) 2006-02-21 2007-10-04 Protenova Co Ltd イムノグロブリン親和性リガンド

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2002544237A (ja) * 1999-05-15 2002-12-24 ユニバーシティ オブ カリフォルニア，サン ディエゴ 望ましい活性を有するプロテインａに基づく結合ドメイン
WO2007097361A1 (ja) * 2006-02-21 2007-08-30 Protenova Co., Ltd. イムノグロブリン親和性リガンド
CN106422418B (zh) 2006-09-29 2022-03-01 思拓凡生物工艺研发有限公司 用于抗体分离的包含来自金黄色葡萄球菌a蛋白的结构域c的层析配体
US8592555B2 (en) * 2008-08-11 2013-11-26 Emd Millipore Corporation Immunoglobulin-binding proteins with improved specificity
SG195555A1 (en) * 2008-12-24 2013-12-30 Emd Millipore Corp Caustic stable chromatography ligands

Patent Citations (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5143844A (en) 1985-12-13 1992-09-01 Kabigen Ab Construction of an igg binding protein to facilitate downstream processing using protein engineering
JPH0231682A (ja) 1988-01-25 1990-02-01 Juzo Udaka ヒトｅｇｆの製造法
JPH04278091A (ja) 1991-03-05 1992-10-02 Higeta Shoyu Kk 高発現ベクター及び該高発現ベクター　を保有する微生物並びに該微生物を　用いる有用物質の製造法
JPH07170984A (ja) 1992-03-31 1995-07-11 Juzo Udaka 新規アミノ酸配列及び該アミノ酸配列をコード するｄｎａを保有する発現ベクターを 組み込んだバチルス・ブレビスを用いる 有用物質の製造法
JPH06133782A (ja) 1992-07-23 1994-05-17 Higeta Shoyu Co Ltd 高発現ベクタ−及び該高発現ベクタ−を 保有する微生物並びに該微生物を用いる 有用物質の製造法
JPH06296485A (ja) 1993-02-22 1994-10-25 Toyota Central Res & Dev Lab Inc 変異バチルス・ブレビス菌
US6399750B1 (en) 1995-11-07 2002-06-04 Pharmacia Biotech Ab IGG separation medium
EP1123389A1 (en) 1998-10-21 2001-08-16 Affibody Technology Sweden AB A method of affinity separation and ligands for use therein
JP2002238569A (ja) 2001-02-14 2002-08-27 Higeta Shoyu Co Ltd 大腸菌とブレビバチルス属細菌間のプラスミドシャトルベクター
WO2003080655A1 (en) 2002-03-25 2003-10-02 Amersham Biosciences Ab A mutated immunoglobulin-binding protein
US20060194950A1 (en) 2002-03-25 2006-08-31 Sophia Hober Mutant protein
WO2005045005A1 (ja) 2003-11-11 2005-05-19 Higeta Shoyu Co., Ltd. 新規ブレビバチルス・チョウシネンシス及び該微生物を宿主とするタンパク質の製造方法
WO2006004067A1 (ja) 2004-07-06 2006-01-12 Kaneka Corporation ブレビバチルス属細菌を用いたプロテインａ様蛋白質の生産方法
JP2006304633A (ja) 2005-04-26 2006-11-09 Apro Life Science Institute Inc イムノグロブリン結合タンパク質
JP2007252368A (ja) 2006-02-21 2007-10-04 Protenova Co Ltd イムノグロブリン親和性リガンド

Non-Patent Citations (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BIOSCI. BIOTECH. BIOCHEM., 1997, pages 202 - 203
EBISU S., J. BACTERIOL., 1990, pages 1312 - 1320
GHOSE S. ET AL., BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING, vol. 92, no. 6, 2005
HOBER S. ET AL., J. CHROMATOGR. B, vol. 848, 2007, pages 40 - 47
HOBER S. ET AL.: "Protein A chromatography for antibody purification", J. CHROMATOGR. B ANALYT. TECHNOL. BIOMED. LIFE SCI., vol. 848, no. 1, 2007, pages 40 - 47, XP005922826 *
JANSSON B. ET AL., FEMS IMMUNOLOGY AND MEDICAL MICROBIOLOGY, vol. 20, 1998, pages 69 - 78
LOW D. ET AL., J. CHROMATOGR. B, vol. 848, 2007, pages 48 - 63
NAGATA ET AL.: "Real-time analysis of biomolecular interactions", 1998, SPRINGER-VERLAG, pages: 41
NILSSON B. ET AL., PROTEIN ENGINEERING, vol. 1, 1987, pages 107 - 113
ROQUE A. C. A. ET AL., J. CHROMATOGR. A, vol. 1160, 2007, pages 44 - 55
See also references of EP2412809A4 *
TASHIRO M. ET AL.: "Structures of bacterial immunoglobulin-binding domains and their complexes with immunoglobulins", CURR. OPIN. STRUCT. BIOL., vol. 5, no. 4, 1995, pages 471 - 481, XP008133979 *

Cited By (53)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2013226148A (ja) * 2008-08-11 2013-11-07 Emd Millipore Corp 改善された特異性を有する新規免疫グロブリン結合タンパク質
JP2010075175A (ja) * 2008-08-11 2010-04-08 Millipore Corp 改善された特異性を有する新規免疫グロブリン結合タンパク質
JP2016121152A (ja) * 2008-08-11 2016-07-07 イー・エム・デイー・ミリポア・コーポレイシヨン 改善された特異性を有する新規免疫グロブリン結合タンパク質
US9920112B2 (en) 2008-08-11 2018-03-20 Emd Millipore Corporation Immunoglobulin-binding proteins with improved specificity
US8592555B2 (en) 2008-08-11 2013-11-26 Emd Millipore Corporation Immunoglobulin-binding proteins with improved specificity
US10072050B2 (en) 2008-12-24 2018-09-11 Emd Millipore Corporation Caustic stable chromatography ligands
US11084851B2 (en) 2008-12-24 2021-08-10 Emd Millipore Corporation Caustic stable chromatography ligands
US10273270B2 (en) 2010-03-24 2019-04-30 Kaneka Corporation Protein capable of binding specifically to immunoglobulin, and immunoglobulin-binding affinity ligand
WO2011118699A1 (ja) 2010-03-24 2011-09-29 株式会社カネカ 免疫グロブリンに特異的に結合するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド
JP5298242B2 (ja) * 2010-12-21 2013-09-25 Ｊｓｒ株式会社 アフィニティークロマトグラフィー用担体およびイムノグロブリンを単離する方法
CN103270044A (zh) * 2010-12-21 2013-08-28 Jsr株式会社 亲和色谱用载体和分离免疫球蛋白的方法
US9040661B2 (en) 2010-12-21 2015-05-26 Jsr Corporation Support for affinity chromatography and method for isolating immunoglobulin
WO2012086660A1 (ja) * 2010-12-21 2012-06-28 Jsr株式会社 アフィニティークロマトグラフィー用担体およびイムノグロブリンを単離する方法
CN103270044B (zh) * 2010-12-21 2016-03-09 Jsr株式会社 亲和色谱用载体和分离免疫球蛋白的方法
US9051375B2 (en) 2010-12-21 2015-06-09 The University Of Western Ontario Alkali-resistant variants of protein A and their use in affinity chromatography
US9284354B2 (en) 2011-03-25 2016-03-15 Kaneka Corporation Immunoglobulin-binding polypeptide
CN103443120A (zh) * 2011-03-25 2013-12-11 株式会社钟化 免疫球蛋白结合性新型多肽
WO2012133349A1 (ja) 2011-03-25 2012-10-04 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質
WO2012133342A1 (ja) 2011-03-25 2012-10-04 株式会社カネカ 免疫グロブリン結合性新規ポリペプチド
EP2690108A4 (en) * 2011-03-25 2014-12-31 Kaneka Corp NOVEL IMMUNOGLOBULIN BINDING POLYPEPTIDE
US10065995B2 (en) 2011-03-25 2018-09-04 Kaneka Corporation Protein for affinity-separation matrix
EP2690108A1 (en) * 2011-03-25 2014-01-29 Kaneka Corporation Novel immunoglobulin-binding polypeptide
JP2017070289A (ja) * 2011-03-25 2017-04-13 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質
AU2012233980B2 (en) * 2011-03-25 2016-10-13 Kaneka Corporation Novel immunoglobulin-binding polypeptide
JPWO2012133342A1 (ja) * 2011-03-25 2014-07-28 株式会社カネカ 免疫グロブリン結合性新規ポリペプチド
CN103443120B (zh) * 2011-03-25 2016-08-31 株式会社钟化 免疫球蛋白结合性新型多肽
JPWO2012133349A1 (ja) * 2011-03-25 2014-07-28 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質
JP5933526B2 (ja) * 2011-03-25 2016-06-08 株式会社カネカ 免疫グロブリン結合性新規ポリペプチド
US9382297B2 (en) 2011-06-03 2016-07-05 National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology Mutated protein of protein A having reduced affinity in acidic region and antibody-capturing agent
US9234010B2 (en) 2011-06-08 2016-01-12 Emd Millipore Corporation Chromatography matrices including novel Staphylococcus aureus protein A based ligands
US8754196B2 (en) 2011-06-08 2014-06-17 Emd Millipore Corporation Chromatography matrices including novel Staphylococcus aureus protein A based ligands
US9376474B1 (en) 2011-06-08 2016-06-28 Emd Millipore Corporation Chromatography matrices including novel Staphylococcus aureus protein a based ligands
US9018305B2 (en) 2011-06-08 2015-04-28 Emd Millipore Corporation Chromatography matrices including novel Staphylococcus aureus protein a based ligands
US8895706B2 (en) 2011-06-08 2014-11-25 Emd Millipore Corporation Chromatography matrices including novel Staphylococcus aureus protein A based ligands
US9920098B2 (en) 2012-09-21 2018-03-20 Kaneka Corporation Protein ligand for affinity isolation matrix
JPWO2014046278A1 (ja) * 2012-09-21 2016-08-18 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質リガンド
WO2014046278A1 (ja) 2012-09-21 2014-03-27 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用タンパク質リガンド
US11136359B2 (en) 2013-07-10 2021-10-05 Cytiva Bioprocess R&D Ab Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
US9896486B2 (en) 2013-07-10 2018-02-20 Ge Healthcare Bioprocess R&D Ab Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
WO2015034056A1 (ja) 2013-09-06 2015-03-12 株式会社カネカ アフィニティー分離マトリックス用分離能強化リガンド
WO2015046473A1 (ja) 2013-09-27 2015-04-02 株式会社カネカ アルカリ水溶液を用いた多孔質セルロースビーズの製造方法、リガンド固定化用担体および吸着体
EP3459631A1 (en) 2013-09-27 2019-03-27 Kaneka Corporation Process for producing porous cellulose beads using alkali aqueous solution and porous cellulose beads produced by this process
WO2015056681A1 (ja) 2013-10-15 2015-04-23 株式会社カネカ 多孔質セルロースビーズの製造方法およびそれを用いた吸着体
WO2015056679A1 (ja) 2013-10-15 2015-04-23 株式会社カネカ 多孔質セルロースビーズの製造方法及びそれを用いた吸着体
WO2015056680A1 (ja) 2013-10-15 2015-04-23 株式会社カネカ 多孔質セルロースビーズの製造方法
JP2016079153A (ja) * 2014-10-21 2016-05-16 株式会社プロテイン・エクスプレス プロテインｇ変異体
EP3757123A1 (en) 2014-11-17 2020-12-30 Cytiva BioProcess R&D AB Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
EP3757124A1 (en) 2014-11-17 2020-12-30 Cytiva BioProcess R&D AB Mutated immunoglobulin-binding polypeptides
JPWO2017014257A1 (ja) * 2015-07-22 2018-05-10 株式会社カネカ 酸性ｐＨ領域での抗体結合能が低下した抗体結合性タンパク質
WO2017014257A1 (ja) * 2015-07-22 2017-01-26 株式会社カネカ 酸性ｐＨ領域での抗体結合能が低下した抗体結合性タンパク質
WO2019039602A1 (ja) * 2017-08-24 2019-02-28 Jsr株式会社 タンパク質、及び当該タンパク質を含む担体を用いる抗体又はその断片の単離方法
WO2020040307A1 (ja) 2018-08-24 2020-02-27 Jsr株式会社 イムノグロブリン結合タンパク質、及びそれを用いたアフィニティー担体
US11753450B2 (en) 2019-07-03 2023-09-12 Bioprocessia Technologies Llc Alkali-tolerant affinity chromatography ligands

Also Published As

Publication number Publication date
CN102365361B (zh) 2015-09-02
CN102365361A (zh) 2012-02-29
EP2412809A1 (en) 2012-02-01
JP2016025872A (ja) 2016-02-12
US9403883B2 (en) 2016-08-02
US20120208234A1 (en) 2012-08-16
EP2412809A4 (en) 2013-05-29
JPWO2010110288A1 (ja) 2012-09-27
EP2412809B1 (en) 2017-08-09
JP6184463B2 (ja) 2017-08-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6184463B2 (ja) 免疫グロブリンに親和性を有するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド
JP6196343B2 (ja) 免疫グロブリンに特異的に結合するタンパク質および免疫グロブリン結合性アフィニティーリガンド
EP2690173B1 (en) Protein for affinity-separation matrix
JP6276694B2 (ja) アフィニティー分離マトリックス用タンパク質リガンド
JP5933526B2 (ja) 免疫グロブリン結合性新規ポリペプチド
US10974166B2 (en) Protein having affinity for immunoglobulin, affinity separation agent and column for liquid chromatography using the same
EP3040344A1 (en) Fab REGION-BINDING PEPTIDE
JP6464089B2 (ja) アフィニティー分離マトリックス用分離能強化リガンド
WO2017022759A1 (ja) 免疫グロブリン結合性改変型タンパク質

Legal Events

Date Code Title Description
WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 201080013514.0

Country of ref document: CN

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 10756084

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2011506069

Country of ref document: JP

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 4018/KOLNP/2011

Country of ref document: IN

REEP Request for entry into the european phase

Ref document number: 2010756084

Country of ref document: EP

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2010756084

Country of ref document: EP

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 13258655

Country of ref document: US