WO2005113587A2 - Differentiell in tumoren exprimierte genprodukte und deren verwendung - Google Patents

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WO2005113587A2
WO2005113587A2 PCT/EP2005/005410 EP2005005410W WO2005113587A2 WO 2005113587 A2 WO2005113587 A2 WO 2005113587A2 EP 2005005410 W EP2005005410 W EP 2005005410W WO 2005113587 A2 WO2005113587 A2 WO 2005113587A2
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Ugur Sahin
Michael Koslowski
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    • C07K2317/75—Agonist effect on antigen

Definitions

  • cancer remains one of the leading causes of death.
  • More recent therapeutic concepts aim to integrate the patient's own immune system into the overall therapeutic concept by using recombinant tumor vaccines and other specific measures such as antibody therapy.
  • the prerequisite for the success of such a strategy is the recognition by the immune system of the patient of tumor-specific or tumor-associated antigens or epitopes whose effector functions are to be intensified interventionally.
  • Tumor cells differ biologically significantly from their non-malignant cells of origin. These differences are due to genetic alterations acquired during tumor development and also lead, inter alia, to the formation of qualitatively or quantitatively altered molecular structures in the cancer cells.
  • tumor-associated antigens are recognized by the specific immune system of the tumor-bearing host, one speaks of tumor-associated antigens.
  • Cellular and humoral mechanisms are involved in the specific recognition of tumor-associated antigens, representing two functionally cross-linked units: CD4 + and CD8 + T lymphocytes recognize processed antigens that are located on the molecules of the MHC (Major Histocompatibility Complex) histocompatibility antigens.
  • MHC Major Histocompatibility Complex
  • B lymphocytes produce circulating antibody molecules that bind directly to unprocessed antigens.
  • tumor-associated antigens stems from the fact that the recognition of antigens on neoplastic cells by the immune system leads to the initiation of cytotoxic effector mechanisms and in the presence of T helper cells can cause the elimination of cancer cells (Pardoll, Nat. Med. 4: 525-31, 1998). Accordingly, a central goal of tumor immunology is to define these structures molecularly. The molecular nature of these antigens has long remained enigmatic.
  • CTL cytotoxic T lymphocyte
  • circulating autoantibodies Sahin et al, Curr Opin Immunol 9: 709-16, 1997) as probes to screen tumor cDNA expression libraries systematically for tumor-associated antigens.
  • CTL cytotoxic T lymphocyte
  • cDNA expression libraries were prepared from fresh tumor tissue and recombinantly expressed in suitable systems as proteins. Immune effectors isolated from patients, namely CTL clones with tumor specific lysis patterns or circulating autoantibodies were used to clone the respective antigens.
  • a strategy for identifying and providing tumor-associated expressed antigens and the nucleic acids coding therefor was pursued.
  • This strategy is based on the fact that certain genes that are organ-specific, e.g. exclusively in the colon, lung or kidney tissue, in the corresponding organs also of tumor cells and moreover in other tissues
  • Tumor cells ectopically and unauthorized to be reactivated By data mining, a complete list of all known organ-specific genes is first set up and then evaluated by expression analysis by means of specific RT-PCR on their aberrant activation in different tumors. Data mining is a well-known method for identifying tumor-associated genes. In the conventional strategies, however, transcriptomes from normal tissue banks are typically electronically subtracted from tumor tissue banks, assuming that the remaining genes are tumor specific (Schmitt et al., Nucleic Acids Res. 27: 4251-60, 1999, Vasmatzis et al., Proc Natl. Acad., USA, 95: 300-4, 1998; Scheurle et al, Cancer Res. 60: 4037-43, 2000). However, the inventive concept, which has proven to be much more successful, relies on utilizing data mining for the electronic extraction of all organ-specific genes and then evaluating them for expression in tumors.
  • the invention relates to a strategy for identifying tissue-specific and differentially expressed genes in tumors.
  • This strategy combines data mining of public sequence banks ("in silico") with subsequent evaluating laboratory-experimental (“wet bench”) investigations.
  • a combined strategy based on two different bioinformatic scripts enabled the invention to identify new tumor genes. These have hitherto been classified as purely organ-specific. The recognition that these genes are aberrantly activated in tumor cells allows them to assign them a substantially new quality with functional implications. The identification and provision of these tumor-associated genes and the gene products encoded thereby took place according to the invention independently of an immunogenic effect.
  • the tumor-associated antigens identified according to the invention have an amino acid sequence encoded by a nucleic acid selected from the group consisting of (a) a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 -8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 and 138, a part or derivative thereof, (b) a nucleic acid which hybridizes under stringent conditions with the nucleic acid under (a), (c) a Nucleic acid which is degenerate with respect to the nucleic acid in (a) or (b) and (d) a nucleic acid belonging to the
  • Nucleic acid in (a), (b) or (c) is complementary.
  • a tumor-associated antigen identified according to the invention has an amino acid sequence encoded by a nucleic acid selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 and 138 is selected.
  • a tumor-associated antigen identified according to the invention comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 9-19, 45-48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 118, 120, 123, 124, 135-137, 139 and 142-150, a part or derivative thereof.
  • the present invention generally relates to the use of tumor-associated antigens identified in accordance with the invention or of parts or derivatives thereof, of nucleic acids coding therefor or of nucleic acids directed against the coding nucleic acids or of antibodies which are in contrast to the tumor-associated antigens identified according to the invention or parts or derivatives thereof are for therapy and diagnosis.
  • This use may involve single but also combinations of several of these antigens, functional fragments, nucleic acids, antibodies, etc., in one embodiment also in combination with other tumor-associated genes and antigens for diagnosis, therapy and follow-up.
  • Preferred disorders for therapy and / or diagnosis are those in which there is selective expression or abnormal expression of one or more of the tumor-associated antigens identified according to the invention.
  • the invention also relates to nucleic acids and gene products which are expressed tumor cell-associated.
  • the invention relates to gene products, i. Nucleic acids and proteins or peptides that arise through altered splicing (splice variants) of known genes or through altered translation using alternative open reading frames.
  • the invention relates to nucleic acids comprising a nucleic acid sequence selected from the group consisting of the sequences according to SEQ ID NO: 3-5 of the sequence listing.
  • the invention in this aspect relates to proteins or peptides comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of the sequences according to SEQ ID NO: 10 and 12-14 of the Sequence Listing.
  • the splice variants according to the invention are usable according to the invention as targets for the diagnosis and therapy of tumor diseases.
  • the invention relates to the amino acid sequence according to SEQ ID NO: 10 of the Sequence Listing, which is encoded by an alternative open reading frame identified according to the invention and from the above-described protein sequence (SEQ ID NO: 9) by 85 additional amino acids at the N-terminus of the protein different.
  • splice variant The altered splicing of a gene sympathomimetic to an altered transcript sequence (splice variant). If a splice variant is translated in the region of its altered sequence, this results in a modified protein, which may differ significantly from the original structure and function.
  • tumor-associated splice variants tumor-associated transcripts and tumor-associated proteins / antigens can arise. These can Detection of tumor cells, for example, in blood, serum, bone marrow, sputum, bronchial lavage fluid, body secretions and tissue biopsies as molecular markers both for detecting "of tumor cells also be used for therapeutic targeting of tumors.
  • Suitable oligonucleotides are, in particular, pairs of primers, of which at least one binds under stringent conditions to the region of the splice variant which is tumor-associated, Suitable for this purpose are those described in the examples Oligonucleotides, in particular oligonucleotides, which comprise or comprise a sequence selected from SEQ ID NO: 34-36, 39, 40 and 107-110 of the Sequence Listing According to the invention, all sequence-dependent detection systems are suitable For the detection, these are eg Genchip - / Microarray Systems, Northe blot, RNAse protection assays (RDA) and others.
  • RDA RNAse protection assays
  • the detection of tumor cells can also be carried out according to the invention by antibodies that recognize a coded by the splice variant specific epitope.
  • the invention particularly relates to peptides having a sequence selected from SEQ ID NO: 17-19, 111-115, 120 and 137 of the sequence listing and / or directed specific antibodies.
  • the detection of tumor cells can also be carried out by antibodies that recognize tumor-specific altered Glykosyl istslinen.
  • peptide regions can be used which differ in tumor cells and healthy cells due to glycosylation.
  • the invention relates to peptides comprising a sequence selected from SEQ ID NOS: 17-19, 111-115, 120, 137, and 142-145 of the Sequence Listing, and specific antibodies directed thereto.
  • SEQ ID NOS: 17-19, 111-115, 120, 137, and 142-145 of the Sequence Listing By endogenous deglycosylation of N-linked sugar residues, asparagine is transformed into aspartic acid.
  • the proteins described herein may be tumor-specific sequence-altered and thus have different biochemical and antibody binding properties.
  • the invention relates to peptides comprising a sequence selected from SEQ ID NO: 146-150 of the Sequence Listing and to specific antibodies directed against it.
  • Particularly suitable for the immunization are the amino acids which have distinct epitope differences to the variant (s) of the gene product which is (are) preferably produced in healthy cells.
  • the detection of tumor cells with antibodies can be carried out on a sample isolated from the patient or as imaging with intravenously applied antibodies.
  • splice variants that have new or altered epitopes are attractive targets for immunotherapy.
  • the epitopes of the invention can be used to target therapeutically effective monoclonal antibodies or T lymphocytes.
  • antibodies or T lymphocytes that recognize splice variant-specific epitopes are adoptively transferred.
  • the generation of antibodies, as with other antigens, can also be done using standard technologies (immunization of animals, panning strategies for the isolation of recombinant antibodies) using polypeptides containing these epitopes.
  • nucleic acids encoding oligo- or polypeptides containing these epitopes may be used.
  • glycosylations which as a rule have a size of several kDa, lead to a larger total mass of the target protein, which can be separated by SDS-PAGE.
  • protein lysates are incubated with O- or N-glycosylases prior to denaturation by SDS (according to the manufacturer's instructions, for example PNgase, endoglycosidase F, endoglycosidase H, Roche Diagnostics). This is followed by a Western blot.
  • a differential glycosylation in tumors could be detected for claudin-18.
  • Gastrointestinal carcinomas, pancreatic carcinomas, esophageal tumors, prostate tumors as well as lung tumors have a less glycosylated form of Stephan-18.
  • Glycosylation in healthy tissues mimics claudin-18 protein epitopes exposed on tumor cells due to lack of glycosylation. Accordingly, it is possible according to the invention to select ligands and antibodies which bind to these domains. Such ligands and antibodies according to the invention do not bind to the
  • differential glycosylation can thus be used to distinguish between normal and tumor cells with diagnostic as well as therapeutic intent.
  • the invention relates to a pharmaceutical composition
  • a pharmaceutical composition comprising an agent which recognizes the tumor-associated antigen identified according to the invention and which is preferably selective for cells expressing or abnormally expressing a Having identified tumor-associated antigen according to the invention.
  • the agent may cause induction of cell death, reduction of cell growth, damage to the cell membrane, or secretion of cytokines, and preferably has antitumor activity.
  • the agent is an antisense nucleic acid that selectively hybridizes to the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen.
  • the agent is an antibody that selectively binds to the tumor-associated antigen, particularly a complement-activated or toxin-conjugated antibody that selectively binds to the tumor-associated antigen.
  • the agent comprises a plurality of agents, each of which selectively recognizes various tumor-associated antigens, wherein at least one of the tumor-associated antigens is a tumor-associated antigen identified according to the invention. The recognition need not be directly associated with an inhibition of the activity or expression of the antigen.
  • the antigen selectively restricted to tumors preferably serves as a label for recruiting effector mechanisms at that specific site.
  • the agent is a cytotoxic T lymphocyte which recognizes the antigen on an HLA molecule and lyses the cells so labeled.
  • the agent is an antibody that selectively binds to the tumor-associated antigen, thus recruiting natural or artificial effector mechanisms to that cell.
  • the agent is a T helper lymphocyte that enhances effector functions of other cells that specifically recognize that antigen.
  • the invention relates to a pharmaceutical composition
  • a pharmaceutical composition comprising an agent which inhibits the expression or activity of a tumor-associated antigen identified according to the invention.
  • the agent is an antisense nucleic acid that selectively hybridizes to the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen.
  • the agent is an antibody that selectively binds to the tumor-associated antigen.
  • the agent comprises a plurality of agents each selectively inhibiting the expression or activity of various tumor-associated antigens, wherein at least one of the tumor-associated antigens is a tumor-associated antigen identified according to the invention.
  • the invention relates to a pharmaceutical composition
  • a pharmaceutical composition comprising an agent which, when administered, selectively increases the amount of complexes between one HLA molecule and a peptide epitope from the inventively identified tumor associated antigen increases.
  • the agent in one embodiment comprises one or more components selected from the group consisting of (i) the tumor-associated antigen or a portion thereof, (ii) a nucleic acid encoding the tumor-associated antigen or a portion thereof (iii) a host cell expressing the tumor-associated antigen or portion thereof, and (iv) isolated complexes between peptide epitopes from the tumor-associated antigen and an MHC molecule.
  • the agent comprises a plurality of agents, each of which selectively increases the amount of complexes between MHC molecules and peptide epitopes of various tumor-associated antigens, wherein at least one of the tumor-associated antigens is a tumor-associated antigen identified according to the invention.
  • the invention further relates to a pharmaceutical composition which comprises one or more constituents selected from the group consisting of (i) a tumor-associated antigen identified in accordance with the invention or a part thereof, (ii) a nucleic acid which is suitable for the invention (iii) an antibody that binds to a tumor-associated antigen or part thereof identified according to the invention, (iv) an antisense nucleic acid that specifically binds with a nucleic acid that is in accordance with the invention (v) a host cell expressing a tumor-associated antigen or part thereof identified according to the invention, and (vi) isolated complexes between a tumor-associated antigen identified in accordance with the invention or a part thereof and an HLA -Molecule.
  • a pharmaceutical composition which comprises one or more constituents selected from the group consisting of (i) a tumor-associated antigen identified in accordance with the invention or a part thereof, (ii) a nucleic acid which is suitable for the invention (iii) an antibody
  • a nucleic acid encoding a tumor-associated antigen or part thereof identified according to the invention may be present in the pharmaceutical composition in an expression vector and operably linked to a promoter.
  • a host cell contained in a pharmaceutical composition of the present invention may secrete the tumor-associated antigen or portion thereof, express it on the surface, or may additionally express an HLA molecule that binds to the tumor-associated antigen or portion thereof.
  • the host cell expresses the HLA molecule endogenously.
  • the host cell expresses the HLA molecule and / or the tumor-associated antigen or the part thereof recombinant.
  • the host cell is non-proliferative.
  • the host cell is an antigen-presenting cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a macrophage.
  • An antibody contained in a pharmaceutical composition of the invention may be a monoclonal antibody.
  • the antibody is a chimeric or humanized antibody, a fragment of a natural antibody, or a synthetic antibody, all of which can be prepared by combinatorial techniques.
  • the antibody may be coupled to a therapeutically or diagnostically useful agent or agent.
  • An antisense nucleic acid contained in a pharmaceutical composition according to the invention may comprise a sequence of 6-50, in particular 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the nucleic acid which codes for the tumor-associated antigen identified according to the invention.
  • a tumor-associated antigen or portion thereof provided by a pharmaceutical composition of the invention binds to MHC molecules on the surface of cells, which binding preferably causes a cytolytic response and / or cytokine release induced.
  • a pharmaceutical composition of the invention may comprise a pharmaceutically acceptable carrier and / or adjuvant.
  • the adjuvant may be selected from saponin, GM-CSF, CpG nucleotides, RNA, a cytokine or a chemokine.
  • a pharmaceutical composition according to the invention is preferably used for the treatment of a disease characterized by the selective expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen. In a preferred embodiment, the disease is cancer.
  • the invention relates to methods for the treatment, diagnosis and / or monitoring of a disease which is characterized by the expression or abnormal expression of one or more tumor-associated antigens.
  • the treatment comprises the administration of a pharmaceutical composition according to the invention.
  • the disease is cancer
  • cancer includes, but is not limited to, leukemias, seminomas, melanomas, teratomas, gliomas, kidney, adrenal, thyroid, intestinal, liver, colon, gastric, gastrointestinal , Lymph node, esophageal, colorectal, pancreatic, cervical, nasal, ear (ENT), breast, prostate, uterine, ovarian, and lung cancers and their metastases.
  • the invention relates to a method of diagnosing a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention.
  • the method comprises detecting (i) a nucleic acid encoding the tumor-associated antigen, or a portion thereof, and / or (ii) detecting the tumor-associated antigen or a portion thereof, and / or (iii) detecting an antibody against the tumor-associated antigen or a part thereof and / or (iv) the detection of cytotoxic or helper T lymphocytes specific for the tumor-associated antigen or a part thereof in a biological sample isolated from a patient ,
  • detection comprises (i) contacting the biological sample with an agent that specifically binds to the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen, or the portion thereof, to the tumor-associated antigen or portion thereof the antibody or to cytotoxic or helper T lymphocytes specific for the tumor-associated antigen or parts thereof, and (ii) the detection of complex formation between the
  • the disease is characterized by the expression or abnormal expression of a plurality of different tumor-associated antigens
  • the detection comprises detection of multiple nucleic acids encoding the plurality of different tumor-associated antigens or portions thereof, detection of multiple different tumor-associated antigens. associated antigens or portions thereof, the detection of multiple antibodies that bind to the several different tumor-associated antigens or portions thereof, or the detection of multiple cytotoxic or helper T lymphocytes specific for the several different tumor-associated antigens.
  • the isolated biological sample from the patient is compared with a comparable normal biological sample.
  • the invention relates to a method for determining the regression, the course or the onset of a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention, comprising monitoring a sample from a patient receiving the Disease or suspected of contracting the disease with respect to one or more parameters selected from the group consisting of (i) the amount of the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen or a portion thereof , (ii) the amount of tumor-associated antigen or portion thereof, (iii) the amount of antibody that binds to the tumor-associated antigen or portion thereof, and (iv) the amount of cytolytic T cell or helper T cells specific for a complex between the tumor-associated antigen or a part thereof and an MHC molecule.
  • the method preferably comprises the determination of the parameter (s) at a first time in a first sample and at a second time in another sample, wherein the course of the disease is determined by comparing the two samples.
  • the disease is characterized by the expression or abnormal expression of a plurality of different tumor-associated antigens and monitoring includes monitoring (i) the amount of multiple nucleic acids encoding the several different tumor-associated antigens, or portions thereof and / or (ii) the amount of the several different tumor-associated antigens or parts thereof and / or (iii) the amount of multiple antibodies that bind to the several different tumor-associated antigens or parts thereof, and / or (iv) the amount of multiple cytolytic T cells or helper T cells specific for complexes between the several different tumor-associated antigens or portions thereof and MHC molecules.
  • a detection of a nucleic acid or a part thereof or a monitoring of the amount of a nucleic acid or a part thereof may according to the invention with a polynucleotide
  • the polynucleotide probe comprises a sequence of 6-50, in particular 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the nucleic acid.
  • the tumor-associated antigen or portion thereof to be detected is present intracellularly or on the cell surface. Detection of a tumor-associated antigen or portion thereof or monitoring the amount of a tumor-associated antigen or portion thereof can be accomplished according to the invention with an antibody that specifically binds to the tumor-associated antigen or portion thereof.
  • the tumor-associated antigen or the part thereof to be detected is present in a complex with an MHC molecule, in particular an HLA molecule.
  • Detection of an antibody or monitoring of the amount of antibodies may be carried out according to the invention with a protein or peptide which specifically binds to the antibody.
  • Detection of cytolytic T cells or helper T cells, or monitoring the amount of cytolytic T cells or helper T cells specific for complexes between an antigen or a portion thereof and MHC molecules can be used in accordance with the invention a cell presenting the complex between the antigen or part thereof and an MHC molecule.
  • the polynucleotide probe used for detection or monitoring, the antibody, protein or peptide or cell are preferably detectably labeled.
  • the detectable marker is a radioactive marker or an enzyme label.
  • Detection of T lymphocytes may additionally be accomplished by detection of their proliferation, cytokine production, as well as their cytotoxic activity elicited by specific stimulation with the MHC-tumor associated antigen complex or portions thereof.
  • the detection of T-lymphocytes may further comprise a recombinant MHC molecule or even a complex of several MHC molecules loaded with the respective immunogenic fragment from one or more of the tumor-associated antigens and by contacting the specific T-cell Receptor, whereby specific T lymphocytes can be identified.
  • the invention relates to a method of treating, diagnosing or monitoring a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention comprising administering to the tumor-associated antigen or antibody an antibody binds a part thereof and is coupled with a therapeutic or diagnostic agent or substance.
  • the antibody may be a monoclonal antibody.
  • the antibody is a chimeric or humanized antibody or a fragment of a natural antibody.
  • the methods of the invention are for diagnosing or monitoring a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention by means of or by detection of disseminating tumor cells or tumor metastases. Detection of disseminating tumor cells can take place, for example, in the blood, serum, bone marrow, sputum, bronchial aspirate and / or bronchial lavage.
  • the invention also relates to a method for treating a patient with a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention, comprising (i) removing a sample from the patient with immunoreactive cells, (ii) Contacting the sample with a host cell expressing the tumor-associated antigen or portion thereof, under conditions favoring production of cytolytic T cells against the tumor-associated antigen or portion thereof, and (iii) introducing the cytolytic T - Cells in the patient in an amount that is suitable to lyse cells expressing the tumor-associated antigen or a part thereof.
  • the invention also relates to the cloning of the T-cell receptor of cytolytic T-cells against the tumor-associated antigen. This can be transferred to other T cells, which thus obtain the desired specificity and as in (iii) can be introduced into the patient.
  • the host cell endogenously expresses an HLA molecule.
  • the host cell recombinantly expresses an HLA molecule and / or the tumor-associated antigen or part thereof.
  • the host cell is non-proliferative.
  • the host cell is an antigenic presenting cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a macrophage.
  • the invention relates to a method of treating a patient with a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen, comprising (i) identifying a nucleic acid encoding a tumor-associated antigen identified according to the invention which is derived from (Ii) the transfection of a host cell with the nucleic acid or a part thereof, (iii) the cultivation of the transfected host cell for an expression of the nucleic acid (this is not obligatory when a high transfection rate is reached) and (iv) introducing the host cells or an extract thereof into the patient in an amount effective to increase the immune response to the patient's cells associated with the disease.
  • the method may further comprise identifying an MHC molecule presenting the tumor-associated antigen or a portion thereof, wherein the host cell expresses the identified MHC molecule and presents the tumor-associated antigen or portion thereof.
  • the immune response may include a B-cell response or a T-cell response.
  • a T cell response may involve the production of cytolytic T cells and / or helper T cells specific to the host cells presenting the tumor-associated antigen or portion thereof, or specific to patient cells which express the tumor-associated antigen or a part thereof.
  • the invention also relates to a method of treating a disorder characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen identified according to the invention comprising (i) the identification of cells from the patient which express abnormal amounts of the tumor-associated antigen (ii) isolating a sample of the cells, (iii) culturing the cells, and (iv) introducing the cells into the patient in an amount effective to induce an immune response to the cells.
  • the host cells used in the invention are non-proliferative or rendered non-proliferative.
  • a disease characterized by the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen is, in particular, cancer.
  • the present invention relates to a nucleic acid selected from the group consisting of (a) a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 3-5, a part or derivative thereof (b) a nucleic acid which hybridizes under stringent conditions with the nucleic acid under (a), (c) a nucleic acid which is degenerate with respect to the nucleic acid under (a) or (b), and (d) a nucleic acid, which is complementary to the nucleic acid of (a), (b) or (c).
  • the invention further relates to a nucleic acid encoding a protein or polypeptide comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 10, 12-14 and 146-150, a part
  • the invention relates to promoter sequences of nucleic acids according to the invention. These may be operatively linked to another gene, preferably in an expression vector, thus ensuring selective expression of that gene in corresponding cells.
  • the invention relates to a recombinant nucleic acid molecule, in particular a DNA or RNA molecule, which comprises a nucleic acid according to the invention.
  • the invention also relates to host cells which contain a nucleic acid according to the invention or a recombinant nucleic acid molecule which comprises a nucleic acid according to the invention.
  • the host cell may further comprise a nucleic acid encoding an HLA molecule.
  • the host cell expresses the HLA molecule endogenously.
  • the host cell expresses the HLA molecule and / or the nucleic acid according to the invention or a part thereof recombinantly.
  • the host cell is non-proliferative.
  • the host cell is an antigen-presenting cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a macrophage.
  • the invention relates to oligonucleotides which hybridize with a nucleic acid identified according to the invention and as genetic probes or can be used as "antisense" molecules.
  • Nucleic acid molecules in the form of oligonucleotide primers or competent probes which hybridize to a nucleic acid or parts thereof identified according to the invention can be used to find nucleic acids which are homologous to the nucleic acid identified according to the invention.
  • PCR amplification, Southern and Northern hybridization can be used to detect homologous nucleic acids. Hybridization can occur under low, better under medium, and most preferably under high stringency conditions.
  • stringent conditions according to the invention relates to conditions that allow specific hybridization between polynucleotides.
  • the invention relates to a protein, polypeptide or peptide encoded by a nucleic acid selected from the group consisting of (a) a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO (B) a nucleic acid which hybridizes under stringent conditions with the nucleic acid under (a), (c) a nucleic acid which, with respect to the nucleic acid, is selected from (a) or ( b) is degenerate, and (d) a nucleic acid complementary to the nucleic acid of (a), (b) or (c).
  • the invention relates to a protein or polypeptide or peptide comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 10, 12-14 and 146-150, a part or derivative thereof.
  • the invention relates to an immunogenic fragment of a tumor-associated antigen identified according to the invention.
  • the fragment preferably binds to a human HLA receptor or human antibody.
  • a fragment according to the invention preferably comprises a sequence of at least 6, in particular at least 8, at least 10, at least 12, at least 15, at least 20, at least 30 or at least 50 amino acids.
  • the invention relates to a peptide comprising a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 17-19, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-
  • the invention relates to an agent which binds to a tumor-associated antigen identified according to the invention or to a part thereof.
  • the agent is an antibody.
  • the antibody is a chimeric antibody, a humanized or combinatorial antibody, or a fragment of an antibody.
  • the invention relates to an antibody which binds selectively to a complex of (i) a tumor-associated antigen identified in accordance with the invention or a part thereof and (ii) an MHC molecule to which the tumor-associated antigen identified according to the invention or the part binds, wherein the antibody does not bind alone to (i) or (ii).
  • a erfmdungs proper antibody may be a monoclonal antibody.
  • the antibody is a chimeric or humanized antibody or a fragment of a natural antibody.
  • the invention relates to such an agent, in particular an antibody which specifically binds to a peptide having a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 17-19, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 120, 123, 124, 135-137, 139 and 142-150, part or derivative thereof.
  • the invention also relates to agents, in particular antibodies, which specifically bind to a variant of claudin-18.
  • the agent in particular an antibody, specifically binds to the variant Claudin-18A1 (SEQ ID NO: 118).
  • the agent, in particular an antibody binds specifically to the variant Claudin-18A2 (SEQ ID NO: 16).
  • Such specific antibodies can be obtained, for example, by immunizing with the peptides described in Example 4.
  • the invention relates to claudin-18 agents, in particular antibodies which bind specifically to a form of claudin-18A2 which has a specific glycosylation pattern.
  • the agent particularly an antibody, binds specifically to a form of claudin-18A2 which is non-glycosylated at one or more possible glycosylation sites.
  • the agent particularly an antibody, specifically binds to a form of claudin-18A2 which is glycosylated at one or more possible glycosylation sites.
  • such a possible glycosylation site refers to one or more of those positions of the group consisting of the amino acid positions 37, 38, 45, 116, 141, 146 and 205 of claudin-18A2.
  • such a possible glycosylation preferably relates to an N-glycosylation.
  • An agent specific for a variant or form of claudin-18 in particular an antibody specific for a variant or form of claudin-18, means in this context that the agent or the antibody is more strongly bound to the variant or form for the it is specific, binds as to another variant or form.
  • An agent, in particular antibody binds more strongly to a first variant or form or to a first epitope in comparison with a second variant or form or a second epitope, if it binds to the first variant or form or to the first epitope with a dissociation constant (K D ) which is lower than the dissociation constant for the second variant or form or the second epitope.
  • K D dissociation constant
  • the dissociation constant (KD) for the variant or form or epitope to which the agent, in particular an antibody specifically binds more than 10-fold, preferably more than 20-fold, more preferably more than 50-fold even more preferably more than 100 times and in particular more than 200 times, 500 times or 1000 times lower than the dissociation constant (K D ) for the variant or form or epitope to which the agent, in particular an antibody that does not bind specifically.
  • an agent, in particular an antibody does not bind or substantially does not bind to the variant or form or epitope for which the agent, in particular the antibody, is not specific.
  • agents described above in particular antibodies and derivatives thereof as described herein which specifically bind to a variant or form of Claudin-18, are also intended for use in the compositions and methods of the invention.
  • the invention further relates to a conjugate between an agent according to the invention which binds to a tumor-associated antigen identified according to the invention or to a part thereof, or an antibody according to the invention and a therapeutic or diagnostic agent or substance.
  • the therapeutic or diagnostic agent is a toxin.
  • the invention relates to a kit for detecting the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen according to the invention.
  • a kit for detecting the expression or abnormal expression of a tumor-associated antigen comprising means for detecting (i) the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen, or a portion thereof, (ii) the tumor-associated antigen or portion thereof, (iii) antibodies to the tumor-associated antigen or a portion thereof, and / or (iv) T cells specific for a complex between the tumor-associated antigen or a portion thereof and an MHC molecule.
  • the means for detecting the nucleic acid or the part thereof are nucleic acid molecules for the selective amplification of the nucleic acid, which comprise in particular a sequence of 6-50, in particular 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the nucleic acid.
  • genes are described which are selectively expressed or aberrantly expressed in tumor cells and represent tumor-associated antigens.
  • these genes and / or their gene products and / or their derivatives and / or parts are preferred target structures for therapeutic approaches.
  • the therapeutic approaches may target an inhibition of the activity of the selectively expressed tumor-associated gene product. This is useful if the aberrant or selective expression is functionally of tumor pathogenetic importance and their suppression is accompanied by a selective damage to the corresponding cells.
  • Other therapeutic concepts regard tumor-associated antigens as labels that selectively recruit effector mechanisms with cell-damaging potential to tumor cells.
  • tumor-associated antigens as labels that selectively recruit effector mechanisms with cell-damaging potential to tumor cells.
  • a nucleic acid is preferably deoxyribonucleic acid (DNA) or ribonucleic acid (RNA).
  • Nucleic acids according to the invention comprise genomic DNA, cDNA, mRNA, recombinantly produced and chemically synthesized molecules. According to the invention, a nucleic acid can be present as a single-stranded or double-stranded and linear or covalently circular closed molecule.
  • isolated nucleic acid means according to the invention that the nucleic acid (i) has been amplified in vitro, for example by polymerase chain reaction (PCR), (ii) was produced recombinantly by cloning, (iii) was purified, for example by cleavage and gel electrophoretic separation, or (iv) was synthesized, for example by chemical synthesis.
  • An isolated nucleic acid is a nucleic acid available for manipulation by recombinant DNA techniques.
  • nucleic acid is "complementary" to another nucleic acid if the two sequences can hybridize to each other and form a stable duplex, preferably hybridizing under conditions allowing specific hybridization between polynucleotides (stringent conditions)
  • stringent conditions Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook et al., Eds., 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989 or Current Protocols in Molecular Biology, FM Ausubel et al., Eds.
  • hybridization buffer at 65 ° C in hybridization buffer (3.5 x SSC, 0.02% Ficoll, 0.02% polyvinylpyrrolidone, 0.02% bovine serum albumin, 2, 5 mM NaH 2 PO (pH 7), 0.5% SDS, 2 mM EDTA) SSC is 0.15 M sodium chloride / 0.15 M sodium citrate, pH 7.
  • the membrane to which the DNA has been transferred becomes, for example e in 2 x SSC at room temperature and then in 0.1-0.5 x SSC / 0.1 x SDS at temperatures up to 68 ° C.
  • Complementary nucleic acids according to the invention have at least 40%, in particular at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 80%, at least 90% and preferably at least 95%, at least 98% or at least 99% identity of the nucleotides.
  • Nucleic acids which code for tumor-associated antigens can be present according to the invention alone or in combination with other nucleic acids, in particular heterologous nucleic acids.
  • a nucleic acid is operably linked to expression control sequences or regulatory sequences which may be homologous or heterologous relative to the nucleic acid.
  • a coding sequence and a regulatory sequence are then "operably linked together" if covalently linked such that the expression or transcription of the coding sequence is under the control or under the influence of the regulatory sequence. If the coding sequence is to be translated into a functional protein, upon functional association of a regulatory sequence with the coding sequence, induction of the regulatory sequence results in transcription of the coding sequence without resulting in frameshifting in the coding sequence or in failure The coding sequence comes to be translated into the desired protein or peptide.
  • expression control sequence or “regulatory sequence” according to the invention comprises promoters, enhancers and other control elements which control the expression of a gene.
  • the expression control sequences are regulatable.
  • the precise structure of regulatory sequences may vary species-dependent or cell-type dependent, but generally includes 5'-untranscribed and 5'-untranslated sequences involved in the initiation of transcription, such as TATA box, capping sequence , CAAT sequence and the like.
  • 5 'untranscribed regulatory sequences include a promoter region that includes a promoter sequence for a transcriptional control of the functionally linked gene.
  • Regulatory sequences can also be enhancer
  • the tumor-associated antigens shown here can be combined with any expression control sequences and promoters.
  • the promoters of the tumor-associated gene products shown here can be combined with any other genes. This allows to exploit the selective activity of these promoters.
  • a nucleic acid may be present in association with another nucleic acid encoding a polypeptide that directs secretion of the nucleic acid-encoded protein or polypeptide from a host cell.
  • a nucleic acid may be present in association with another nucleic acid encoding a polypeptide that causes anchoring of the encoded protein or polypeptide on the cell membrane of the host cell or its compartmentalization into particular organelles of that cell.
  • a compound can be made with a nucleic acid that is a repeat or any "tag”.
  • a recombinant DNA molecule according to the invention is a vector, optionally with a promoter which promotes the expression of a nucleic acid, e.g. a nucleic acid encoding a tumor-associated antigen of the invention.
  • the term "vector” is used herein in its most general meaning and includes any intermediate vehicle for a nucleic acid, e.g. enable the nucleic acid to be introduced into prokaryotic and / or eukaryotic cells and optionally integrated into a genome. Such vectors are preferably replicated and / or expressed in the cell.
  • An intermediate vehicle may e.g. adapted for use in Elel troporation, microprojectile bombardment, liposomal delivery, Agrobacterium transfer, or insertion via DNA or RNA viruses.
  • Vectors include plasmids, phagemids or viral genomes.
  • nucleic acids encoding a tumor-associated antigen identified according to the invention can be used for transfection of host cells.
  • nucleic acids is meant both recombinant DNA and RNA.
  • Recombinant RNA can be made by in vitro transcription from a DNA template. It can also be modified prior to application by stabilizing sequences, capping and polyadenylation.
  • the term “host cell” refers to any cell that is transformable or transfectable with an exogenous nucleic acid.
  • the term “host cells” comprises according to the invention prokaryotic (eg E. coli) or eukaryotic (eg dendritic cells, B cells, CHO cells, COS cells, K562 cells, yeast cells and insect cells). Particularly preferred are mammalian cells such as human, mouse, hamster, pig, goat, primate cells.
  • the cells can be derived from a variety of tissue types and include primary cells and cell lines. Specific examples include keratinocytes, peripheral blood leukocytes, bone marrow stem cells and embryonic stem cells.
  • the host cell is an antigen-presenting cell, in particular a dendritic cell, a monocyte or a macrophage.
  • a nucleic acid may be present in the host cell in single or multiple copies and in one embodiment is expressed in the host cell.
  • RNA or of RNA and protein are preferred expression systems in mammalian cells.
  • pcDNA3.1 and pRc / CMV include pcDNA3.1 and pRc / CMV (Invitrogen, Carlsbad, CA) containing a selectable marker such as a gene conferring resistance to G418 (thus allowing selection of stably transfected cell lines) and the enhancer-promoter Sequences of cytomegalovirus (CMV).
  • CMV cytomegalovirus
  • an expression vector may also comprise a nucleic acid sequence encoding the HLA molecule.
  • the nucleic acid sequence encoding the HLA molecule can be located on the same expression vector as the nucleic acid encoding the HLA molecule
  • Tumor-associated antigen or part thereof encoded, or both nucleic acids may be present on different expression vectors.
  • the two expression vectors can be cotransfected into a cell. If a host cell expresses neither the tumor-associated antigen or the part thereof nor the HLA molecule, both nucleic acids coding for it are transfected into the cell either on the same expression vector or on different expression vectors. If the cell already expresses the HLA molecule, only the nucleic acid sequence encoding the tumor-associated antigen or portion thereof can be transfected into the cell.
  • kits for the amplification of a nucleic acid which codes for a tumor-associated antigen include, for example, a pair of amplification primers that hybridize to the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen.
  • the primers preferably comprise a sequence of 6-50, in particular 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the nucleic acid and are not overlapping to avoid the formation of primer dimers.
  • One of the primers will hybridize to one strand of the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen, and the other primer will hybridize to the complementary strand in an arrangement that permits amplification of the nucleic acid encoding the tumor-associated antigen ,
  • Antisense molecules or “antisense” nucleic acids can be used for the regulation, in particular the reduction of the expression of a nucleic acid.
  • the term “antisense molecule” or “antisense nucleic acid” refers according to the invention to an oligonucleotide which is an oligoribonucleotide, oligodeoxyribonucleotide, modified Is oligoribonucleotide or modified oligodeoxyribonucleotide and which under physiological conditions hybridizes to DNA comprising a particular gene or mRNA of that gene, thereby inhibiting transcription of said gene and / or translation of said mRNA
  • An antisense molecule according to the invention also comprises A construct containing a nucleic acid or a portion thereof in reverse orientation relative to its natural promoter
  • An antisense transcript of a nucleic acid or portion thereof may duplex with the naturally occurring mRNA that specifies the enzyme and thus accumulate or prevent the translation of the mRNA into the active enzyme.
  • Preferred antisense oligonucleotides according to the invention have a sequence of 6-50, in particular 10-30, 15-30 or 20-30 contiguous nucleotides from the target nucleic acid and are preferably completely complementary to the target nucleic acid or a part thereof.
  • the antisense oligonucleotide hybridizes to an N-terminal or 5'-upstream site such as a translation initiation, transcription initiation or promoter site. In further embodiments, the antisense oligonucleotide hybridizes to a 3 'untranslated region or mRNA splicing site.
  • an oligonucleotide of the invention consists of ribonucleotides, deoxyribonucleotides or a combination thereof.
  • ribonucleotides deoxyribonucleotides or a combination thereof.
  • deoxyribonucleotides deoxyribonucleotides or a combination thereof.
  • 5 'end of a nucleotide and the 3' end of another nucleotide by a Phosphodiester bond linked together.
  • These oligonucleotides can be synthesized in a conventional manner or produced recombinantly.
  • an oligonucleotide of the invention is a "modified" oligonucleotide.
  • the oligonucleotide for example, to increase its stability or therapeutic efficacy, be modified in a variety of ways without its ability to bind to its target is impaired.
  • modified oligonucleotide means according to the invention an oligonucleotide in which (i) at least two of its nucleotides are linked together by a synthetic internucleoside bond (ie an internucleoside linkage that is not a phosphodiester bond) and / or (ii) a chemical moiety is covalently linked to the oligonucleotide which does not normally occur with nucleic acids.
  • a synthetic internucleoside bond ie an internucleoside linkage that is not a phosphodiester bond
  • a chemical moiety is covalently linked to the oligonucleotide which does not normally occur with nucleic acids.
  • Preferred synthetic internucleoside linkages are phosphorothioates, alkylphosphonates, phosphorodithioates, phosphate esters, alkylphosphonothioates, phosphoramidates, carbamates, carbonates, phosphate triesters, acetamidates, carboxymethyl esters and peptides.
  • modified oligonucleotide also includes oligonucleotides with a covalently modified base and / or sugar.
  • modified oligonucleotides include oligonucleotides having sugar moieties covalently bonded to low molecular weight organic groups that are not a hydroxyl group at the 3'-position and no phosphate group at the 5'-position.
  • Modified oligonucleotides may include, for example, a 2'-O-alkylated ribose residue or another sugar instead of ribose, such as arabinose.
  • proteins and polypeptides described according to the invention are preferably isolated.
  • isolated protein or isolated polypeptide is meant that the protein or polypeptide is isolated from its natural environment.
  • An isolated protein or polypeptide may be in a substantially purified state.
  • substantially purified means that the protein or polypeptide is substantially free of other substances present in nature or in vivo.
  • proteins and polypeptides serve, for example, for the production of antibodies and can be used in an immunological or diagnostic assay or as therapeutics.
  • Proteins and polypeptides described according to the invention can be obtained from biological samples how tissue or cell homogenates are isolated and can also be expressed recombinantly in a variety of pro- or eukaryotic expression systems.
  • “Derivatives" of a protein or polypeptide or an amino acid sequence for the purposes of this invention include amino acid insertion variants, amino acid deletion variants and / or amino acid substitution variants.
  • Amino acid insertion variants include amino- and / or carboxy-terminal fusions, as well as insertions of single or multiple amino acids in a particular amino acid sequence.
  • amino acid sequence variants with an insertion one or more amino acid residues are introduced into a predetermined site in an amino acid sequence, although random insertion with appropriate screening of the resulting product is also possible.
  • Amino acid deletion variants are characterized by the removal of one or more amino acids from the sequence.
  • Amino acid substitution variants are characterized in that at least one residue in the sequence is removed and another residue is inserted in its place. Preferably, the modifications are at positions in the amino acid sequence that are not conserved between homologous proteins or polypeptides.
  • amino acids are replaced by others with similar properties, such as hydrophobicity, hydrophilicity, electronegativity, side chain volume, and the like (conservative substitution).
  • conservative substitutions refer to the replacement of one amino acid with another, listed below in the same group as the substituted amino acid:
  • small aliphatic, non-polar or slightly polar radicals Ala, Ser, Thr (Pro, Gly) 2. negatively charged radicals and their amides: Asn, Asp, Glu, Gin
  • Derivatives of proteins, polypeptides or peptides according to the invention also encompass single or multiple substitutions, deletions and / or additions of any molecules associated with the enzyme such as carbohydrates, lipids and / or proteins, polypeptides or peptides "Derivative” also applies to all functional chemical equivalents of proteins, polypeptides or peptides.
  • a portion or fragment of a tumor-associated antigen has a functional property of the polypeptide from which it is derived. Such functional properties include interaction with antibodies, interaction with other polypeptides or proteins, selective binding of nucleic acids, and enzymatic activity.
  • An important feature is the ability to complex with HLA and, where appropriate, to produce an immune response. This immune response may be due to stimulation of cytotoxic or helper T cells.
  • a part or fragment of a tumor-associated antigen according to the invention comprises a sequence of at least 6, in particular at least 8, at least 10, at least 12, at least 15, at least 20, at least 30 or at least 50 consecutive amino acids from the tumor-associated antigen.
  • a part or a fragment of a nucleic acid which codes for a tumor-associated antigen relates, according to the invention, to the part of the nucleic acid which codes at least for the tumor-associated antigen and / or for a part or a fragment of the tumor-associated antigen as defined above coded.
  • the isolation and identification of genes that code for tumor-associated antigens also allows the diagnosis of a disease characterized by the expression of a or several tumor-associated antigens.
  • These methods include the determination of one or more nucleic acids encoding a tumor-associated antigen and / or the determination of the encoded tumor-associated antigens and / or peptides derived therefrom.
  • the present invention allows also bind the isolation of proteins, the tumor associated to described 'herein antigens, including antibodies and cellular binding partners of the tumor-associated antigens.
  • certain embodiments also provide "dominant negative" polypeptides derived from tumor-associated antigens.
  • a dominant negative polypeptide is an inactive variant of a protein that, by interacting with the cellular machinery, displaces an active protein from its interaction with the cellular machinery or competes with the active protein, thereby reducing the effect of the active protein.
  • a dominant negative receptor that binds a ligand but does not generate a signal in response to binding of the ligand can reduce the biological activity of the ligand.
  • a dominant negative catalytically-inactive kinase which normally interacts with target proteins but does not phosphorylate the target proteins, can reduce phosphorylation of the target proteins in response to a cellular signal.
  • a dominant negative transcription factor that binds to a promoter site in the control region of a gene but does not increase the transcription of the gene can reduce the effect of a normal transcription factor by occupying promoter binding sites without increasing transcription.
  • the result of expression of a dominant negative polypeptide in a cell is a reduction in the function of active proteins.
  • the expert can be dominant negative Produce variants of a protein, for example, by conventional mutagenesis and assessing the dominant negative effect of the variant polypeptide.
  • substances such as polypeptides that bind to tumor-associated antigens.
  • binding agents may e.g. in screening assays for detection of tumor-associated antigens and complexes of tumor-associated antigens with their binding partners and in a purification of the tumor-associated antigens and complexes thereof with their binding partners use.
  • substances may also find use for inhibiting the activity of tumor-associated antigens, for example by binding to such antigens.
  • binding agents such as e.g. Antibodies or antibody fragments having the ability to bind selectively to tumor-associated antigens.
  • Antibodies include polyclonal and monoclonal antibodies prepared in a conventional manner.
  • Such antibodies can recognize proteins in the native and / or denatured state (Anderson et al., J. Immunol., 143: 1899-1904, 1989; GardsvoU, J. Immunol., Methods 234: 107-116, 2000; Kayyem et al. Eur. J. Biochem 208: 1-8, 1992, Spiller et al., J. Immunol. Methods 224: 51-60, 1999).
  • Antisera containing specific antibodies that specifically bind to the target protein can be prepared by a variety of standard methods; see. For example, “Monoclonal Antibodies: A Practical Approach” by Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9, “Antibodies: A Laboratory Manual” by Ed Hariow, David Lane ISBN: 0879693142 and "Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable It is also possible to generate affine and specific antibodies which recognize complex membrane proteins in their native form (Azorsa et al, J. Immunol., Methods 229: 35- 48, 1999; Anderson et al, J. Immunol., 143: 1899-1904, 1989; GardsvoU, J.
  • the pFc 'and Fc regions are, for example, effectors of the complement cascade but are not involved in antigen binding.
  • an antibody from which the Fc region has been enzymatically cleaved or which has been produced without the Fc region referred to as the Fab fragment
  • Fab fragments consist of a covalently linked light chain of an antibody and part of the heavy chain of the antibody, designated Fd.
  • the Fd fragments are the major determinants of the antibody
  • Antibody specificity (a single Fd fragment can be associated with up to ten different light chains without altering the specificity of the antibody) and Fd fragments retain the ability to bind to an epitope upon isolation.
  • CDRs complementarity determining regions
  • FRs framework regions
  • Both the Fd fragment of the heavy chain and the IgG immunoglobulin light chain contain four framework regions (FR1 to FR4), each separated by three complementarity determining regions (CDR1 to CDR3).
  • the CDRs and in particular the CDR3 regions, and more particularly the CDR3 heavy chain region, are largely responsible for antibody specificity. It is known that the non-CDR regions of a mammalian antibody can be replaced by similar regions of antibodies of the same or different specificity, while retaining the specificity for the epitope of the original antibody. This has allowed the development of so-called "humanized" antibodies in which non-human CDRs are covalently linked to human FR and / or Fc / pFc 'regions for the production of a functional antibody.
  • B cells are isolated from whole blood and the cells are monoclonalized, and the supernatant of the isolated B cell is analyzed for antibody specificity, which, in contrast to hybridoma technology, is followed by the variable region of the antibody gene monoclonal antibodies are amplified in this way (de Wildt et al., J. Immunol., Methods 207: 61-67, 1997).
  • WO 92/04381 describes the preparation and use of mouse humanized RSV antibodies in which at least a portion of mouse FR regions have been replaced by FR regions of a human origin. Such antibodies, including fragments of intact antibodies having antigen-binding ability, are often referred to as "chimeric" antibodies.
  • F (ab ') 2 , Fab, Fv and Fd fragments of antibodies chimeric antibodies in which the Fc and / or FR and / or CDRl and / or CDR2 and / or light Chain CDR3 regions have been replaced by homologous human or non-human sequences
  • polypeptides that specifically bind to tumor-associated antigens.
  • polypeptide binding agents can be provided by degenerate peptide libraries that can be readily prepared in solution in immobilized form or as phage display libraries.
  • Combinatorial libraries of peptides with one or more amino acids can also be prepared.
  • libraries of peptoids and non-peptidic synthetic residues can be prepared.
  • Phage display may be particularly effective in identifying binding peptides of the invention.
  • a phage library using, for example, the ml3, fd, or lambda phage
  • Phages are then selected that carry inserts that bind to the tumor-associated antigen. This process can be repeated over several cycles of reselection of phages that bind to the tumor-associated antigen. Repeated rounds lead to an escape of phages that carry certain sequences.
  • An analysis of DNA sequences may be made to identify the sequences of the expressed polypeptides. The smallest linear portion of the sequence that binds to the tumor-associated antigen can be determined.
  • the yeast two-hybrid system can also be used to identify polypeptides that bind to a tumor-associated antigen.
  • Tumor-associated antigens or fragments thereof described in accordance with the present invention can be used for screening peptide libraries, including phage display libraries, to identify and select peptide binding partners of the tumor-associated antigens.
  • Such molecules may be used, for example, for screening assays, purification protocols, for interference with the function of the tumor-associated antigen, and for other purposes known to those skilled in the art.
  • the antibodies and other binding molecules described above can be used to identify tissue that expresses a tumor-associated antigen.
  • Antibodies may also be coupled to specific diagnostic agents for imaging cells and tissues that express tumor-associated antigens. They can also be coupled to therapeutically useful substances.
  • Diagnostic agents include, but are not limited to, barium sulfate, iocetamic acid, iopanoic acid, calcium iodate, sodium diatrizoate, megmine diatrizoate, metrizamide, sodium tyropanoate, and Radiodiagnostics, including positron emitters such as fluorine-18 and carbon-11, gamma-emitters such as iodine-123, technetium-99m, iodine-131 and indium-111, nuclides for nuclear magnetic resonance such as fluorine and gadolinium.
  • positron emitters such as fluorine-18 and carbon-11
  • gamma-emitters such as iodine-123, technetium-99m, iodine-131 and indium-111
  • nuclides for nuclear magnetic resonance such as fluorine and gadolinium.
  • therapeutically useful substance means according to the invention any therapeutic molecule desirably selectively delivered to a cell expressing one or more tumor-associated antigens, including anti-cancer agents, radioactive iodine-containing compounds, toxins, cytostatic or cytolytic drugs, etc.
  • Anticancer agents include, for example, aminoglutethimide, azathioprine, bleomycin sulfate, busulfan, carmustine, chlorambucil, cisplatin, cyclophosphamide, cyclosporine, cytarabidine, dacarbazine, dactinomycin, daunorubin, doxorubicin, taxol, etoposide, fluorouracil, interferon- ⁇ , lomustine, mercaptopurine, methotrexate, mitotane, procarbazine HCl, thioguanine, vinblastine sulfate and vincristine sulfate.
  • Toxins may be proteins such as pokeweed antiviral protein, cholera toxin, pertussis toxin, ricin, gelonin, abrin, diphtheria exotoxin or Pseudomonas exotoxin.
  • Toxin residues can also be high energy emitting radionuclides such as cobalt-60.
  • patient means according to the invention human, non-human primate or another animal, in particular mammal such as cow, horse, pig, sheep, goat, dog, cat or rodent such as mouse and rat.
  • patient is a human.
  • abnormal expression means that the expression is changed, preferably increased, in relation to the condition in a healthy individual
  • An increase in expression relates to an increase of at least 10%, in particular at least 20%, at least 50% or at least 100%
  • the tumor-associated antigen is expressed only in tissue of a diseased subject, while expression is repressed in a healthy individual.
  • cancer wherein the term “cancer” in the present invention includes leukemias, seminomas, melanomas, teratomas, gliomas, kidney , Adrenal, Thyroid, Intestinal, Liver, Colon, Stomach, gastrointestinal, lymph node, esophageal, colorectal, pancreatic, cervical, nasal, ear (ENT), breast, prostate, uterine, ovarian and lung cancers and their metastases.
  • a biological sample may be a tissue and / or cellular sample according to the invention and may be recovered for use in the various methods described herein in a conventional manner, such as tissue biopsy, including punch biopsy, and sampling blood, bronchial aspirate, sputum, urine, Feces or other body fluids.
  • immunoreactive cell means according to the invention a cell which can mature into an immune cell (such as B cell, T helper cell or cytolytic T cell) with appropriate stimulation.
  • Immunoreactive cells include CD34 + hematopoietic stem cells, immature and mature T cells, and immature and mature B cells. If the production of cytolytic or helper T cells recognizing a tumor-associated antigen is desired, the immunoreactive cell is contacted with a cell expressing a tumor-associated antigen under conditions involving production, differentiation, and / or or favoring selection of cytolytic as well as helper T cells. Differentiation of T cell progenitors into a cytolytic T cell upon exposure to an antigen is similar to clonal selection of the immune system.
  • Some therapeutic methods rely on a response of a patient's immune system that results in lysis of antigen-presenting cells, such as cancer cells, that present one or more tumor-associated antigens.
  • antigen-presenting cells such as cancer cells
  • cytotoxic T lymphocytes specific for a complex of a tumor-associated antigen and an MHC molecule are administered to a patient having a cellular abnormality.
  • the production of such cytotoxic T lymphocytes in vitro is known.
  • An example of a method of differentiating T cells can be found in WO-A-9633265.
  • a sample containing cells, such as blood cells is removed from the patient and the cells are contacted with a cell that presents the complex and can cause an increase of cytotoxic T-lymphocytes (eg dendritic cells).
  • the target cell may be a transfected cell, such as a COS cell. These transfected cells present the desired complex on their surface and stimulate their proliferation when contacted with cytotoxic T lymphocytes. The clonally expanded autologous cytotoxic T lymphocytes are then administered to the patient.
  • fluorogenic tetramers of MHC class I molecule / peptide complexes are used for detection of specific clones of cytotoxic T lymphocytes (Altman et al., Science 274: 94-96 , Dunbar, et al., Curr. Biol. 8: 413-416, 1998).
  • Soluble MHC class I molecules are folded in vitro in the presence of ⁇ 2 -microglobulin and a peptide antigen that binds to the class I molecule. After purification of the MHC / peptide complexes, they are labeled with biotin.
  • Tetramers are formed by mixing the biotinylated peptide-MHC complexes with labeled avidin (eg, phycoerythrin) at a 4: 1 molar ratio. Tetramers are then contacted with cytotoxic T lymphocytes such as peripheral blood or lymph nodes. The tetramers bind to cytotoxic T lymphocytes that recognize the peptide antigen / MHC class I complex. Cells that bind to the tetramers can be sorted by fluorescence-directed cell sorting to isolate reactive cytotoxic T lymphocytes. The isolated cytotoxic T lymphocytes can then be propagated in vitro.
  • avidin eg, phycoerythrin
  • cells that present the desired complex eg, dendritic cells
  • cytotoxic T lymphocytes of the patient to be treated resulting in an increase in specificity cytotoxic T lymphocytes.
  • the increased cytotoxic T lymphocytes are then administered to a patient with a cellular abnormality characterized by certain abnormal cells presenting the specific complex.
  • the cytotoxic T lymphocytes then lyse the abnormal cells, thereby achieving a desired therapeutic effect.
  • T cell receptor itself.
  • cells are also the desired complex present (eg, dendritic cells) combined with cytotoxic T lymphocytes from healthy individuals or from another species (eg, mouse). This results in proliferation of high affinity specific cytotoxic T lymphocytes when the T lymphocytes come from a donor organism that has not previously been in contact with the specific complex.
  • the high T cell receptor from these increased specific T lymphocytes is cloned.
  • the high affinity T cell receptors have been cloned from another species, they can be humanized to varying degrees.
  • T cell receptors By gene transfer, eg with retroviral vectors, such T cell receptors are then arbitrarily transduced into T cells of patients. Adoptive transfer then occurs with these genetically altered T lymphocytes (Stanislawski et al, Nat Immunol., 2: 962-70, 2001, Kessels et al., Nat Immunol., 2: 957-61, 2001).
  • the foregoing therapeutic aspects assume that at least some of the patient's abnormal cells present a complex of a tumor-associated antigen and an HLA molecule. An identification of such cells can take place in a manner known per se. Once cells presenting the complex have been identified, they can be combined with a sample from the patient containing cytotoxic T lymphocytes. If the cells presenting the complex are lysed by the cytotoxic T lymphocytes, it can be assumed that a tumor-associated antigen is presented.
  • Cytotoxic T lymphocytes can also be generated in vivo in a manner known per se.
  • One method uses non-proliferative cells expressing the complex.
  • the cells used will be those that normally express the complex, such as irradiated tumor cells or cells transfected with one or both genes necessary for presentation of the complex (ie, the antigenic peptide and the presenting HLA -Molecule). Different cell types can be used.
  • vectors carrying one or both of the genes of interest may be used. Viral or bacterial vectors are particularly preferred.
  • nucleic acids encoding a tumor-associated antigen or portion thereof may be operably linked to promoter and enhancer sequences that direct expression of the tumor-associated antigen or fragment thereof in particular tissues or cell types.
  • the Nucleic acid can be incorporated into an expression vector.
  • Expression vectors may be unmodified extrachromosomal nucleic acids, plasmids or viral genomes capable of inserting exogenous nucleic acids.
  • Nucleic acids encoding a tumor-associated antigen can also be inserted into a retroviral genome, thereby enabling integration of the nucleic acid into the genome of the target tissue or cell.
  • a microorganism such as vaccinia virus, poxvirus, herpes simplex virus, retrovirus or adenovirus carries the gene of interest and "infects" de facto host cells.
  • Another preferred form is the introduction of the tumor-associated antigen in the form of recombinant RNA. This can be introduced, for example, by liposomal transfer or by electroporation into cells. The resulting cells present the complex of interest and are recognized by autologous cytotoxic T lymphocytes, which then multiply.
  • a similar effect can be achieved by combining the tumor-associated antigen or a fragment thereof with an adjuvant to allow incorporation into antigen-presenting cells in vivo.
  • the tumor-associated antigen or a fragment thereof may be represented as protein, as DNA (eg within a vector) or as RNA.
  • the tumor-associated antigen is processed to yield a peptide partner for the HLA molecule, while a fragment thereof can be presented without the need for further processing. The latter is especially the case when they can bind to HLA molecules.
  • Forms of administration in which the total antigen is processed in vivo by a dendritic cell are preferred, as it is also possible for helper T cell responses to arise here. An effective immune response requires these (Ossendorp et al., Immunol Lett.
  • an effective amount of the tumor-associated antigen can be administered to a patient, for example, by intradermal injection. Injection may also be intranodal to a lymph node (Maloy et al., Proc Natl Acad. USA 98: 3299-303, 2001). It can also be used in combination with reagents that facilitate uptake into dendritic cells.
  • Preferred tumor-associated antigens include those that react with allogeneic cancer antisera or with T cells from many cancer patients. Of particular interest, however, are also those against which no spontaneous immune responses exist.
  • compositions described according to the invention can also be used as vaccines for immunization.
  • immunization or “vaccination” mean an increase or activation of an immune reaction to an antigen
  • Animal models can be used to test an immunizing effect against cancer by using a tumor-associated antigen or a nucleic acid coding for it can be administered into a mouse for the creation of a tumor and one or more nucleic acids encoding tumor-associated antigens can be administered
  • the effect on the cancer cells e.g., reduction in tumor size
  • one or more tumor-associated antigens or stimulating fragments thereof are administered with one or more adjuvants for induction of an immune response or enhancement of an immune response.
  • An adjuvant is a substance that is incorporated into or coadministered with the antigen and enhances the immune response.
  • Adjuvants may enhance the immune response by providing an antigen reservoir (extracellular or in macrophages), activating macrophages, and / or stimulating certain lymphocytes.
  • Adjuvants include, but are not limited to, monophosphoryl lipid A (MPL, SmithKline Beecham), saponins such as QS21 (SmithKline Beecham), DQS21 (SmithKline Beecham, WO 96/33739), QS7, QS17, QS18 and QS-Ll ( So et al., Mol.
  • the peptides are administered in a mixture with DQS21 / MPL.
  • the ratio of DQS21 to MPL is typically about 1:10 to 10: 1, preferably about 1: 5 to 5: 1, and more preferably about 1: 1.
  • DQS21 and MPL are typically present in a vaccine formulation ranging from about 1 ⁇ g to about 100 ⁇ g.
  • Other substances that stimulate a patient's immune response may also be administered.
  • cytokines are useful in vaccination because of their regulatory properties on lymphocytes.
  • cytokines include, for example, interleukin-12 (IL-12), which has been shown to enhance the protective effects of vaccines (see Science 268: 1432-1434, 1995), GM-CSF and IL-18.
  • co-stimulatory molecules provided in the form of proteins or nucleic acids.
  • co-stimulatory molecules are, for example, B7-1 and " B7-2 (CD80 or CD86), which are expressed on dendritic cells (DC) and interact with the CD28 molecule expressed on the T cells Stimulation (signal 2) for an antigen / MHC / TCR-stimulated (signal 1) T cell, thereby enhancing T cell proliferation and effector function
  • B7 also interacts with CTL A4 (CD 152) on T-cell Cells and studies involving CTLA4 and B7 ligands show that the B7 CTLA4 interaction can enhance anti-tumor immunity and CTL proliferation (Zheng, P. et al., Proc. Natl. Acad 95 (II): 6284-6289 (1998)).
  • B7 is typically not expressed on tumor cells, so they are not effective antigen presenting cells (APCs) for T cells. Induction of B7 expression would allow tumor cells to more effectively stimulate proliferation of cytotoxic T lymphocytes and effector function. Co-stimulation by a combination of B7 / IL-6 / IL-12 demonstrated induction of the IFN gamma and Th1 cytokine profiles in a T cell population resulting in further enhanced T cell activity (Gajewski et al., J. Immunol., 154: 5637-5648 (1995)).
  • cytotoxic T lymphocytes and complete effector function requires involvement of T helper cells through the interaction between the CD40 ligand on T helper cells and the CD40 molecule expressed by dendritic cells (Ridge et al. Nature 393: 474 (1998), Bennett et al., Nature 393: 478 (1998), Schonberger et al., Nature 393: 480 (1998)).
  • the mechanism of this co-stimulatory signal is likely to be related to the enhancement of B7 and associated IL-6 / IL-12 production by the dendritic cells (antigen-presenting cells).
  • the CD40-CD40L interaction thus complements the interactions of signal 1 (antigen / MHC-TCR) and signal 2 (B7-CD28).
  • anti-CD40 probes for dendritic cell stimulation would be expected to directly enhance a response to tumor antigens that are normally out of the range of an inflammatory response or presented by non-professional antigen presenting cells (tumor cells). In these situations, T helper and B7 co-stimulating signals are not provided. This mechanism could be used in the context of therapies based on antigen-pulsed dendritic cells.
  • nucleic acids may be administered in a manner known per se.
  • administration of nucleic acids is by ex vfvo methods, i. by removing cells from a patient, genetically altering the cells to incorporate a tumor-associated antigen, and reintroducing the altered cells into the patient. This generally involves introducing a functional copy of a gene into the cells of a patient in vitro and returning the genetically altered cells to the patient. The functional copy of the gene is under the functional control of regulatory elements that allow expression of the gene in the genetically engineered cells. Transfection and transduction methods are known in the art.
  • a viral vector for the administration of a nucleic acid encoding a tumor-associated antigen is selected from the group consisting of adenoviruses, adeno-associated viruses, poxviruses, including vaccinia virus and attenuated poxviruses, Semliki forest virus, Retroviruses, Sindbis virus and Ty virus-like particles. Particularly preferred are adenoviruses and retroviruses.
  • the retroviruses are usually replication-deficient (ie, they are unable to produce infectious particles).
  • Various methods can be used to introduce according to the invention nucleic acids in cells in vitro or in vivo.
  • Such methods include transfection of nucleic acid CaPO precipitates, transfection of nucleic acids associated with DEAE, transfection or infection with the above viruses carrying the nucleic acids of interest, liposome-mediated transfection, and the like.
  • control of the nucleic acid to particular cells is preferred.
  • a carrier used to deliver a nucleic acid to a cell eg, a retrovirus or a liposome
  • a molecule such as an antibody specific for a surface membrane protein on the target cell or a ligand for a receptor on the target cell can be incorporated into or bound to the nucleic acid carrier.
  • Preferred antibodies include antibodies that selectively bind a tumor-associated antigen.
  • proteins that bind to a surface membrane protein associated with endocytosis may be incorporated into the liposome formulation to facilitate targeting and / or uptake.
  • proteins include capsid proteins or fragments thereof that are specific for a particular cell type, antibodies to proteins that are internalized, proteins that target an intracellular site, and the like.
  • compositions of the invention may be administered in pharmaceutically acceptable preparations.
  • Such formulations may ordinarily contain pharmaceutically acceptable concentrations of salts, buffers, preservatives, carriers, supplemental immunity enhancing agents such as adjuvants, CpG and cytokines, and optionally other therapeutic agents.
  • the therapeutic agents according to the invention can be administered by any conventional route, including injection or infusion.
  • the administration may be, for example, oral, intravenous, intraperitoneal, intramuscular, subcutaneous or transdermal.
  • Therapeutic administration of antibodies is preferably by a lung aerosol.
  • the administration of antisense nucleic acids is preferably by slow intravenous administration.
  • the compositions of the invention are administered in effective amounts.
  • An "effective amount" refers to the amount that achieves a desired response or effect alone or with other doses.
  • the desired response relates to the inhibition of the history of the disease. This includes slowing the progression of the disease and, in particular, interrupting the progression of the disease.
  • the desired response in treating a disease or condition may also be the delay in the onset or prevention of the onset of the disease or condition.
  • compositions according to the invention will depend on the condition being treated, the severity of the disease, the individual parameters of the patient, including age, physiological condition, height and weight, duration of treatment, type of concomitant therapy (if any), depend on the specific route of administration and similar factors.
  • compositions of the invention are preferably sterile and contain an effective amount of the therapeutically active substance for the production of the desired reaction or effect.
  • compositions of the present invention administered may depend on various parameters such as mode of administration, condition of the patient, desired administration period, etc. In the event that a patient's response is insufficient at an initial dose, higher doses (or effectively higher doses achieved by a different, more localized route of administration) may be employed.
  • doses of the tumor-associated antigen will be from 1 ng to 1 mg, preferably from
  • compositions of the invention are generally administered in pharmaceutically acceptable amounts and in pharmaceutically acceptable compositions.
  • pharmaceutically acceptable refers to a non-toxic material that does not interfere with the action of the active ingredient of the pharmaceutical composition. Such preparations may usually contain salts, buffers, preservatives, carriers and optionally other therapeutic agents. When used in medicine, the salts should be pharmaceutically acceptable. However, non-pharmaceutically acceptable salts can be used for the preparation of pharmaceutically acceptable salts thereof and are included in the invention.
  • Such pharmacologically and pharmaceutically acceptable salts include, but are not limited to, those made from the following acids: hydrochloric, hydrobromic, sulfuric, nitric, phosphoric, maleic, acetic, salicylic, citric, formic , Malonic, succinic and the like.
  • Pharmaceutically acceptable salts may also be prepared as alkali metal or alkaline earth metal salts such as sodium, potassium or calcium salts.
  • a pharmaceutical composition of the invention may comprise a pharmaceutically acceptable carrier.
  • pharmaceutically acceptable carrier refers to one or more compatible solid or liquid fillers, diluents or capsule substances suitable for administration to a human.
  • carrier refers to an organic or inorganic ingredient, natural or synthetic, in which the active ingredient is combined to facilitate application.
  • the components of the pharmaceutical composition according to the invention are usually such that no interaction occurs which substantially impairs the desired pharmaceutical activity.
  • compositions according to the invention may contain suitable buffering agents such as acetic acid in a salt, citric acid in a salt, boric acid in a salt and phosphoric acid in a salt.
  • suitable buffering agents such as acetic acid in a salt, citric acid in a salt, boric acid in a salt and phosphoric acid in a salt.
  • compositions may also optionally contain suitable preservatives such as benzalkonium chloride, chlorobutanol, parabens and thimerosal.
  • suitable preservatives such as benzalkonium chloride, chlorobutanol, parabens and thimerosal.
  • the pharmaceutical compositions are usually presented in a unit dosage form and can be prepared in a manner known per se.
  • pharmaceutical compositions of the present invention may be in the form of capsules, tablets, lozenges, suspensions, syrups, elixirs or as an emulsion.
  • compositions suitable for parenteral administration usually comprise a sterile aqueous or non-aqueous preparation of the active ingredient, which is preferably isotonic with the blood of the recipient.
  • Compatible carriers and solvents include Ringer's solution and isotonic sodium chloride solution.
  • sterile, fixed oils are usually used as the solution or suspension medium.
  • Fig. 1 GPR35 mRNA expression in colon tumor biopsies
  • RT-PCR studies with DNA-free RNA show GPR35 expression in the majority of colon tumor biopsies. In contrast, expression in normal tissues is undetectable. (1: breast, 2: lung, 3: lymph nodes, 4: thymus, 5: colon, .6-15: colon tumors, 16: negative control).
  • PCR products from normal colon tissues and colon tumors were cloned and clones from both groups checked by restriction analysis (EcoR I) and sequenced.
  • RT-PCR analysis with gene-specific SCGB3A2 primers shows a cDNA amplification exclusively in normal lung (lanes 8, 14-15) and in lung tumor biopsies (lanes 16-24).
  • Fig. 5 Claudin-18A2.1 expression in stomach and esophagus as well as gastric and pancreatic tumors
  • RT-PCR analysis with Claudin-18A2.1 -specific primers showed according to the invention in 8/10 gastric tumor biopsies as well as in 3/6 pancreatic tumor biopsies a pronounced claudin-18A2.1 expression.
  • Claudin-18A2.1 -specific primers SEQ ID NO: 39, 40
  • RT-PCR analysis with SLC 13 AI-specific primers showed expression in 7/8 kidney tumor samples. Otherwise, transcripts within the normal tissues were detected exclusively in the kidney. (1-2: renal normal tissue, 3-10: kidney tumors, 11: breast, 12: lung, 13: liver, 14: colon, 15: lymph node, 16: spleen, 17: esophagus, 18: thymus, 19: thyroid, 20: PBMC, 21: ovarian, 22: testis normal).
  • Fig. 7 CLCA1 expression in colon normal tissue and in colon and stomach tumors RT-PCR studies with CLCA1-specific primers (SEQ ID NO: 67, 68) confirmed selective expression in the colon and showed high expression in 3 / 7 examined colon and 1/3 investigated gastric tumor samples. The remaining normal tissues showed no or only a very weak expression.
  • RT-PCR studies with FLJ21477-specific primers showed a selective expression in the colon and, in addition, different degrees of expression in 7/12 colon tumor samples examined. The remaining normal tissues did not show any expression.
  • RT-PCR studies with FLJ20694-specific primers showed a selective expression in the colon and, in addition, different degrees of expression in 5/9 colon tumor samples examined. The remaining normal tissues showed no expression.
  • FIG. 10 Ebner expression in gastric and lung normal tissues and lung tumors RT-PCR studies with Ebner-specific primers (SEQ ID NO: 73, 74) showed selective expression in the stomach, in the lung and in FIG / 10 examined lung tumor samples. The remaining normal tissues showed no expression.
  • RT-PCR studies with SLC26A9-specific primers showed selective expression in the lung and in all (13/13) lung tumor samples examined. The other normal tissues showed no expression except for the thyroid gland.
  • RT-PCR studies with THC943866-specific primers showed a selective expression in the kidney and in 4/8 kidney tumor biopsies examined.
  • Immunofluorescence to detect the cellular localization of GPR35 after transfection of a plasmid expressing a GPR35-GFP fusion protein The arrows indicate the membrane-bound fluorescence of the fluorescent GFP.
  • GPR35 Prevalence of GPR35 in colon tumors and their metastases. In more than 90% of cases, GPR35 is expressed in both tumors and metastases.
  • COS7 cells were transfected with a plasmid encoding a SCGB3A2-GFP fusion protein.
  • FIG. 22 Schematic representation of claudin-18 conformations
  • the claudin-18A2 polypeptide can be present in two conformations on the cell.
  • the protein In conformation 1, the protein is present as a membrane molecule with 4 transmembrane domains (TM) and has two separate, extracellularly located domains.
  • the two middle hyrophobic regions (h-phob) exert no transmembrane domain function.
  • h-phob the two middle hyrophobic regions
  • h-phob exert no transmembrane domain function.
  • 1 additional peptide regions are located extracellularly in this conformation compared to the conformation.
  • this conformation results in an additional N-glycosylation site at position 116 (thicker arrow). All predicted glycosylation domains are listed in the lower part of the figure.
  • Exl extracellular domain 1
  • Ex2 extracellular domain 2
  • TM transmembrane domain
  • H-phob extracellular hydrophobic region.
  • Claudin-18A1 is not detectable in any normal tissue except lung and stomach tissue. Claudin-18A1 is highly expressed in a variety of tumor tissues. Particularly strong expression is found in gastric tumors, lung tumors, pancreatic tumors and esophageal tumors.
  • Fig. 24 Quantitative expression of claudin-18, variant A2
  • Claudin-18A2 is not detectable in any normal tissue except stomach tissue. Claudin-18A2 is expressed in a variety of tumor tissues, in particular gastric tumors, lung tumors, pancreatic tumors and esophageal tumors.
  • Fig. 25 Use of CIaudin ⁇ 18A2-specific antibody (extracellular domain)
  • A Staining of claudin-18A2-positive gastric tumor cells (SNU-16, methanol-fixed) with an antibody prepared by immunization with a peptide (SEQ ID NO: 17).
  • Membrane staining is particularly pronounced in the cell / cell interaction areas. The protein aggregates in focal membrane areas.
  • B, C, D Detection of the specificity of the antibody by colocalization analysis in claudin-18A2-GFP-transfected 293T cells.
  • Fig. 26 Use of claudin-18A2-specific antibody (extracellular domain) Membrane staining of claudin-18A2-positive gastric tumor cells (SNU-16) with an antibody obtained by immunization with a peptide (SEQ ID NO: 113, N-terminal extracellular Domain). For counterstaining, a monoclonal antibody directed against E-cadherin was used.
  • Fig. 27 Use of antibodies against the C-terminal extracellular domain of claudin-18 Left pictures: Membrane staining of claudin-18 A2-positive gastric tumor cells (SNU-16) with an antibody obtained by immunization with a peptide (SEQ ID NO: 1). 116, C-terminal extracellular domain). For counterstaining, a monoclonal antibody directed against E-cadherin was used (right panels).
  • Fig. 28 Use of Claudin-18Al-specific antibody
  • Fig. 29 Detection of claudin-18A2 in Western blot.
  • Fig. 30 Western blot of Claudin-18A2 with gastric and gastric tumors and various tumor cell lines.
  • Lysates from stomach and stomach tumors (A, B) and tumor cell lines (C, D) were blotted and tested with a claudin-18A2-specific antibody against the epitope with SEQ ID NO: 17.
  • Gastric tumors have a lower glycosylated form of claudin-18A2.
  • PNGase F treatment of gastric lysates leads to the formation of the low-glycosylated form.
  • A 1: gastric normal tissue #A; 2: gastric tumor #A; 3: gastric normal tissue #B; 4:
  • Gastric tumor #B B 1: gastric normal tissue #A; 2: gastric normal tissue #B; 3: Gastric normal tissue #B
  • Fig. 32 Immunohistochemical analysis of claudin-18 with claudin-18A2-specific antibodies in normal tissues
  • AdenoCa adenocarcinoma
  • SCC adenocarcinoma
  • squamous cell carcinoma squamous cell carcinoma
  • RCC renal cell carcinoma
  • SLC 13 AI-specific primers SEQ ID NO: 121, 122 show high and selective expression in normal kidney tissue (A) as well as SLC 13 AI-specific expression in kidney tumors (B). SLC 13 AI transcription is detectable in 5/8 kidney tumors.
  • Fig. 36 Quantitative expression of CLCA1 Quantitative RT-PCR studies with CLCA1-specific primers (SEQ ID NO: ' 125, 126) show high and selective expression in normal colon and gastric tissue (A) as well as CLCA1-specific expression in colon and stomach tumor samples (B). CLCAl is detectable in 6/12 colon tumors and 7/10 gastric tumors.
  • FLJ21477-specific primers SEQ ID NO: 127, 1228 show high and selective expression in normal colon and stomach tissue as well as weak expression in the thymus, esophagus and brain (A) and the FLJ21477-specific Expression in colon tumor samples (B). FLJ21477 is detectable in 11/12 colon tumors.
  • Quantitative RT-PCR studies with -FLJ20694-specific primers show high and selective expression in normal colon and stomach tissue (A) and FLJ20694-specific overexpression in colonic and gastric tumor samples ( B).
  • FLJ20694 is detectable in 11/12 colon tumors and 7/10 gastric tumors.
  • FLJ21458-specific primers SEQ ID NO: 133, 134.
  • FLJ21458-specific transcripts were detected in 20/20 colon tumors and in 7/11 colon metastases.
  • the following normal tissues were analyzed: liver, lung, lymph node, spleen, adrenal gland, kidney, esophagus, ovary, testis, thymus, skin, breast, pancreas, lymphocytes, activated lymphocytes, prostate, thyroid, ovary, endometrium, cerebellum, brain.
  • A Protein detection with a FLJ21458-specific rabbit antiserum (immunization with SEQ ID NO: 136).
  • B Detection of the membrane protein E-cadherin.
  • C Overlay of the two fluorescence sequences from A and B. The yellow coloration occurs at the sites where both fluorescences are superimposed, and detects the membrane localization of FLJ21458.
  • Fig. 42 Detection of extracellular regions of claudin-18A2
  • a marker sequence myc or HA tag
  • claudin-18A2 may exist in conformation 2, with the inner two hydrophobic domains not integrally passing through the cell membrane.
  • glycosylation domains which according to our data are glycosylated in gastric normal tissue, but not in tumors. This results in pure tumor tissue specific epitopes.
  • Fig. 44 FACS analysis to determine the extracellular localization of claudin
  • the figure shows flow cytometric analysis on non-permeabilized cells transfected with full-length claudin-18 AI, claudin-18A2, and mock, as well as sections from claudin-18A2.
  • the antibody mAB1 in contrast to mAB2, also specifically binds the extracellular domain 1 (Ex., 4th column).
  • GenBank Keyword Search was constructed using NCBI's ENTREZ Search and Retrieval System . (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez) conducted a search for candidate genes in the GenBank that are annotated as being specifically expressed in certain tissues (Wheeler et al, Nucleic Acids Research 28: 10-14 , 2000).
  • Search queries with keywords such as "colon-specific genes”, “stomach-specific genes” or “kidney-specific genes” were used to extract candidate genes (GOI, genes of interest) from the databases.
  • the search was restricted to a part of the total information of these databases by using “homo sapiens” as limit for the organism and "mRNA” for the molecular species.
  • the list of found GOIs was curated by identifying different names for the same sequence and correcting such redundancies.
  • eNorthern is based on matching the sequence of a GOI against an EST (expressed sequence tag) database (Adams et al., Science 252: 1651, 1991) (http://www.ncbi.nim.nih.gov/ BLAST). For each EST that is homologous to the inputted GOI, the origin of the tissue can be determined and the sum of all ESTs can be used to obtain a preliminary assessment of the tissue distribution of the GOI. Only those GOIs were submitted to further studies that had no homologies to EST from non-organ-specific normal tissues.
  • pool A We have defined a pool A to which, for example, all expression libraries made from colon have been assigned, excluding mixed libraries.
  • Pool B was assigned all cDNA libraries made from normal tissues except colon. In general, all cDNA libraries were used regardless of the underlying manufacturing process, but only those with a thickness> 1000 admitted. Pool B was digitally subtracted from Pool A using the BUT NOT operator. Also, the set of GOI found in this way was subjected to eNorthern studies and verified by a literature search.
  • This combined data mining involves all of the approximately 13,000 full-length genes in the public domain and predicts from these genes with potential organ-specific expression.
  • RNA from native tissue material was extracted using guanidium isothiocyanate as a chaotrophic agent (Chomczynski & Sacchi, Anal. Biochem., 162: 156-9, 1987). After extraction with acidic phenol and precipitation with isopropanol, the RNA was dissolved in DEPC-treated water.
  • RNA From 2-4 ⁇ g of total RNA, a first-strand cDNA synthesis was carried out in a 20 ⁇ l reaction mixture using Superscript II (Invitrogen) according to the manufacturer's instructions.
  • the primer used was a dT (18) oligonucleotide. Integrity and quality of the cDNA were checked by amplification of p53 in a 30-cycle PCR (sense CGTGAGCGCTTCGAGATGTTCCG, antisense CCTAACCAGCTGCCCAACTGTAG, hybridization temperature 67 ° C).
  • the primers were chosen to be in 2 different exons, and elimination of interference from contaminating genomic DNA as the cause of false positives was confirmed by testing non-reverse transcribed DNA as a template. After 15 minutes at 95 ° C to activate the HotStarTaq DNA polymerase 35 cycles of PCR were performed (1 min 94 ° C, 1 min each hybridization temperature, 2 min 72 ° C and final elongation at 72 ° C for 6 min). 20 ⁇ l of this reaction was separated on an ethidium bromide stained agarose gel and analyzed.
  • the following primers were used for the expression analysis of the corresponding antigens at the indicated hybridization temperature.
  • Antisense 1 5 '-CGGCTTTGTAGTTGGTTTCTTCTGGTG-3'
  • Antisense2 5'-TGTTGGCTTTGGCAGAGTCC-3 'Claudinl ⁇ Al (64 ° C)
  • Antisense 5'-CAATGAGAACACATGGACATG-3 '
  • Antisense 5'-AGAGATGGCACATATTCTGTC Ebner (70 ° C)
  • the expression of several genes was quantified by means of real-time PCR.
  • the PCR products were detected with SYBR-Green as intercalating reporter dye.
  • the reporter fluorescence of SYBR-Green is suppressed in solution and only after binding to double-stranded DNA fragments is the dye active.
  • the increase in SYBR Green fluorescence as a result of specific amplification by GOI specific primers after each PCR cycle is used for quantification.
  • the expression quantification of the target gene is absolute or relative to the expression of a control gene with constant expression in the tissues to be examined.
  • the expression was determined after normalization of the samples against 18s RNA as a so-called housekeeping gene by means of the ⁇ method (PE Biosystems, USA). The reactions were performed in duplex approaches and determined in triplicates.
  • the QuantiTect SYBR-Green PCR Kit (Qiagen, Hilden) was used according to the manufacturer's instructions.
  • the synthesis of the cDNA was carried out using the High Capacity cDNA Archive Kit (PE Biosystems, USA) using hexamer primers according to the manufacturer.
  • 5 ⁇ l of the diluted cDNA were used in 25 ⁇ l total volume for the PCR: sense primer 300 nM, antisense primer 300 nM; initial denaturation 95 ° C 15 min; 95 ° C for 30 sec; Annealing 30 sec; 72 ° C for 30 sec; 40 cycles.
  • the sequences of the primers used are listed in the respective examples.
  • Cloning of full-length or gene fragments was carried out according to common methods. To determine the sequence, corresponding antigens were amplified by means of the proofreading polymerase pfu (Stratagene). After completion of the PCR adenosine was analyzed using HotStarTaq DNA polymerase ligated to the ends of the amplicon to clone the fragments according to the manufacturer's instructions in the TOPO TA vector. The sequencing was performed by a commercial service. The sequences were analyzed using common prediction programs and algorithms.
  • Cells from cell culture (endogenous expression of the target gene or synthesis of the target protein after transfection of an expression vector encoding the target protein) or tissue samples that might contain the target protein are lysed in a 1% SDS solution.
  • the SDS denatures the proteins contained in the lysate.
  • the lysates of an experimental approach are size fractionated by electrophoresis (SDS-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE) on 8-15% denaturing polyacrylamide gels (containing 1% SDS) depending on the expected protein size. Subsequently, the proteins are transferred by the semi-dry electroblotting method (Biorad) to nitrocellulose membrane (Schleicher & Schull), on which the desired protein can be detected.
  • the membrane is first blocked (for example with milk powder) and then incubated with the specific antibody in a dilution of 1: 20-1: 200 (depending on the specificity of the antibody) for 60 minutes.
  • the membrane is incubated with a second antibody coupled to a label (e.g., enzymes such as peroxidase or alkaline phosphatase) that recognizes the first antibody.
  • a label e.g., enzymes such as peroxidase or alkaline phosphatase
  • the target protein is then visualized in a staining or chemiluminescent reaction on the membrane by means of an enzyme reaction (e.g., ECL, Amersham Bioscience). The result is documented by recording with a suitable camera.
  • Immunofluorescence Cells of established cell lines are used which either endogenously synthesize the target protein (detection of the RNA in the RT-PCR or of the protein in the Westem blot) or else have been transfected with plasmid DNA before the IF.
  • a variety of methods e.g., electroporation, liposome-based transfection, calcium phosphate precipitation
  • the transfected plasmid can encode the unmodified protein in immunofluorescence or else couple different amino acid markers to the target protein. The most important markers are e.g.
  • the fluorescent green fluorescent protein in its various differentially fluorescent forms and short peptide sequences of 6-12 amino acids, for which high affinity and specific antibodies are available, and cells that synthesize the target protein are treated with paraformaldehyde, saponin or methanol
  • the cells may then be permeabilized as needed by incubation with detergents (eg, 0.2% Triton X-100) After fixation / permeabilization, the cells are incubated with a primary antibody directed against the target protein or against one of the coupled markers After a washing step, the mixture is incubated with a second antibody coupled with a fluorescent marker (eg, fluorescein, Texas Red, Dako) that binds to the first antibody, then the glycoproteins are overlaid with glycerol and spiked with a Fluorescence microscope according to the manufacturer Depending on the substances used, specific fluorescence emissions can be achieved by specific excitation
  • a fluorescent marker eg, fluorescein, Texas Red, Dako
  • Target protein wherein the coupled amino acid markers or other marker proteins are stained in addition to the target protein to confirm the antibody quality and the target protein in double colors; their localization is already described in the literature.
  • a special case is the GFP and its derivatives, which can be excited directly and fluoresce itself, so that no antibodies are needed for detection.
  • the IHC serves to (1) estimate the amount of target protein in tumor and normal tissues, (2) analyze how many cells in tumor and normal tissues healthy tissue to synthesize the target gene, and / or (3) to define the cell type in a tissue (tumor, healthy cells) in which the target protein is detectable.
  • Different protocols must be used depending on the individual antibody (eg "Diagnostic Immunohistochemistry by David J., MD Dabbs ISBN: 0443065667” or "Microscopy, Immunohistochemistry, and Antigen Retrieval Methods: For Light and Electron Microscopy ISBN: 0306467704").
  • Immunohistochemistry (IHC) on specific tissue samples serves to detect proteins in the corresponding tissue.
  • the aim of this method is to identify the localization of a protein in a functionally intact tissue association.
  • the IHC serves to (1) estimate the amount of target protein in tumor and normal tissues, (2) to analyze how many cells in tumor and healthy tissue synthesize the target gene, and (3) the cell type in to define a tissue (tumor, healthy cells) in which the target protein is detectable.
  • protein levels of a target gene can be quantified by tissue immunofluorescence using a digital camera and appropriate software (e.g., Tillvision, Till-photonics, Germany). The technology has been widely published, details for staining and microscopy are therefore e.g.
  • histologically defined tumor tissue and healthy tissue comparable to reference are used in the MC.
  • positive and negative controls can also serve cell lines in which the presence of the target gene by RT-PCR analysis is known. A background check is always to be carried.
  • an incubation is carried out for about 30-60 minutes with a second antibody coupled with an alkaline phosphatase (alternatively: eg peroxidase) and directed against the first antibody.
  • a color reaction is carried out using color substrates reacted by the bound enzyme (see, for example, Shi et al., J. Histochem Cytochem., 39: 741-748, 1991; Shin et al., Lab. Invest : 693-702, 1991).
  • the reaction can be competed by the prior addition of the immunogen.
  • Immunization of the animals is usually via one of four well-established methods, although other methods are available. It can be immunized with peptides that are specific for the target protein, the entire protein or extracellular partial sequences of a protein that can be identified experimentally or via prediction programs.
  • KLH keyhole limpet hemocyanin conjugated peptides (8-12 amino acids in length) are synthesized by a standard in vitro method and these peptides are used for immunization.
  • 3 immunizations are carried out at a concentration of 5-1000 ⁇ g / immunization.
  • the implementation of the immunization can also be done as a service by service providers.
  • immunization may be by recombinant proteins.
  • the cloned DNA of the target gene is cloned into an expression vector and the target protein analogously to the conditions of the respective manufacturer (eg Roche Diagnostics, Invitrogen, Clontech, Qiagen) eg cell-free in vitro, in bacteria (eg E. coli), in yeast (eg S. pombe), in insect cells or in mammalian cells.
  • the target protein is purified, the purification usually being carried out by means of standardized chromatographic methods.
  • proteins for immunization which have a molecular anchor as a cleaning aid
  • a molecular anchor eg His-Tag, Qiagen, FLAG-Tag, Roche Diagnostics, Gst-fusion proteins.
  • a variety of protocols are found, for example, in the "Cunent Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience.
  • a cell line is available that endogenously synthesizes the desired protein, then this cell line can also be used
  • the immunization is carried out in 1-3 injections with approximately 1-5 x 10 7 cells each.
  • the immunization can also be carried out by injection of DNA (DNA immunization) an expression vector is cloned so that the target sequence is under the control of a strong eukaryotic promoter (eg CMV promoter) . Then 5-100 ⁇ g of DNA are transferred as a gene gene immunogen into strongly perfused, capillary regions of an organism (eg mouse , Rabbit). The transferred DNA is taken up by cells of the animal, the target gene is expressed and the animal finally develops an immune response against the target gene (Jung et al., Mol Cells 12: 41-49, 2001; Kasinrerk et al., Hybrid Hybridomics 21: 287 -293, 2002).
  • a strong eukaryotic promoter eg CMV promoter
  • the membrane is first incubated with the antibody which recognizes the target protein (dilution about 1: 20-1: 200, depending on the specificity of the antibody) for 60 minutes.
  • the membrane is incubated with a second antibody coupled with a marker (eg enzymes such as peroxidase or alkaline phosphatase) which recognizes the first antibody.
  • a marker eg enzymes such as peroxidase or alkaline phosphatase
  • the target protein can subsequently be visualized on the membrane (eg ECL, Amersham Bioscience).
  • An antibody with a high specificity for the target protein should ideally recognize only the desired protein itself.
  • Various methods are used to confirm the membrane localization of the target protein identified in the in silico approach.
  • IF immunofluorescence
  • cells of established cell lines which either synthesize the target protein (detection of the RNA in the RT-PCR or the protein in the Western Blot) or have been transfected with - plasmid DNA.
  • the most diverse processes eg electroporation, liposome-based transfection, calcium phosphate precipitation
  • the transfected into the cells plasmid can encode the unmodified protein in immunofluorescence or even couple different amino acid marker to the target protein.
  • the most important markers are, for example, the fluorescent green fluorescent protein (GFP) in its various differentially fluorescent forms, short peptide sequences of 6-12 amino acids for which high affinity and specific antibodies are available, or the short amino acid sequence Cys-Cys-XX -Cys-Cys, which can bind specific fluorescent substances via its cysteines (Invitrogen) Synthesize target protein, for example, be fixed with paraformaldehyde or methanol. Subsequently, if required, the cells can be permeabilized by incubation with detergents (eg 0.2% Triton X-100). Subsequently, the cells are incubated with a primary antibody directed against the target protein or against one of the coupled markers.
  • GFP fluorescent green fluorescent protein
  • a primary antibody directed against the target protein or against one of the coupled markers.
  • the batch is incubated with a second antibody coupled with a fluorescent marker (eg, fluorescein, Texas Red, Dako) which binds to the first antibody.
  • a fluorescent marker eg, fluorescein, Texas Red, Dako
  • the cells marked in this way are covered with glycerol and analyzed with the aid of a fluorescence microscope according to the manufacturer's instructions. Specific fluorescence emissions are achieved by specific excitation, depending on the substances used.
  • the analysis usually allows the safe localization of the target protein, which is stained in addition to the target protein and the coupled amino acid marker or other marker proteins for confirmation of antibody quality and the target protein in double staining, the localization is already described in the literature.
  • a special case is the GFP and its derivatives, which can be excited directly and fluoresce themselves.
  • Membrane permeability which can be controlled by the use of detergents, allows detection in immunofluorescence of whether an immunogenic epitope is located inside or outside the cell. The prediction of the selected proteins can thus be confirmed experimentally.
  • the detection of extracellular domains can be done by flow cytometry. For this purpose, cells are fixed under non-permeabilizing conditions (eg with PBS / Na-azide / 2% FCS / 5 mM EDTA) and analyzed in the flow cytometer according to the manufacturer's instructions. Only extracellular epitopes can be recognized in this method by the antibody to be analyzed. In contrast to immunofluorescence, it is possible to distinguish between dead and living cells by using, for example, propidium iodide or trypan blue, thus avoiding false-positive results.
  • the purification of the polyclonal sera was carried out in the case of peptide antibodies wholly or in the case of antibodies against recombinant proteins partly as a service by the contracted companies.
  • the corresponding peptide or recombinant protein was covalently bound to a matrix in both cases, this equilibrated after coupling with a native buffer (PBS: phosphate buffered saline) and subsequently incubated with the crude serum.
  • PBS phosphate buffered saline
  • the antibody was eluted with 100 mM glycine, pH 2.7, and the eluate was immediately neutralized in 2 M TRIS, pH 8.
  • the thus purified antibodies could then be used for specific detection of the target proteins by both Western blotting and immunofluorescence.
  • GFP transfectants For immunofluorescence microscopy of heterologously expressed tumor-associated antigens, the complete ORF of the antigens was cloned into pGFP-Cl and pGFP-N3 vectors (Clontech). CHO and NIH3T3 cells cultured on object frames were transfected with the appropriate plasmid constructs using Fugene transfection reagent (Roche) according to the manufacturer's instructions and analyzed after 12-24 h by means of immunofluorescence microscopy.
  • Fugene transfection reagent Fugene transfection reagent
  • Flow cytometric measurements were performed according to known methods (e.g., Robinson (Editor) Handbook of flow cytometry methods, Wiley-Liss, New York, 1993).
  • GPR35 (SEQ ID NO: 1) and its translation product (SEQ ID NO: 9) have been described as putative G protein-coupled receptor.
  • the sequence is in the Genbank under the accession no. AF089087 published. This transcript codes for a protein of 309 amino acids with a molecular weight of 34 kDa. It has been predicted that GPR35 belongs to the superfamily of 7-transmembrane domain G protein-coupled receptors (O'Dowd et al., Genomics 47: 310-13, 1998). To confirm the predicted localization of GPR35 in the cell, the protein was fused to GFP as a reporter molecule and heterologously expressed in 293 cells after transfection of the corresponding plasmid.
  • GPR35 is an integral transmembrane molecule (FIG. 17).
  • Previous research on human GPR35 see Horikawa Y, Oda N, Cox NJ, Li X, Orho-Melander M, Hara M, Hinokio Y, Lindner TH, Mashima H, Black PE, Bosque-Plata L, Horikawa Y, Oda Y) , Yoshiuchi I, Colilla S, Polonsky KS, Wei S, Concannon P, Iwasaki N, Schulze J, Baier LJ, Bogardus C, Groop L, Boerwinkle E, Hanis CL, Bell GI Nat Genet 2000 Oct; 26 (2): 163-75) suggested that GPR35 is activated in many healthy tissues.
  • the reading frame of the gene contains a single exon.
  • cDNA was amplified in normal colon tissue and in colon tumors (13/26) using a gene-specific primer pair (SEQ ID NO: 20, 21) for GPR35 in RT-PCR analyzes.
  • significant expression in other normal tissues is not detectable.
  • genomic DNA contaminants can not be detected with intron-spanning primers. Therefore, to exclude genomic contamination of the RNA samples, all RNAs were treated with DNAse.
  • GPR35 transcripts were detected with DNA-free RNA only in the colon, in the rectum, in testis and in colon tumors. Tab. 1.
  • GPR35 transcripts in the normal colon tissue, as well as in colon tumor biopsies was hitherto unknown and can according to the invention for molecular diagnostic procedures such as RT-PCR for the detection of disseminating tumor cells in serum and bone marrow and for the detection of metastases in others. Tissues are used.
  • Quantitative RT-PCR with specific primers SEQ ID NOS: 88 and 89
  • GPR35 is a highly selective colon-specific differentiation antigen also present in colon tumors and in colon tumor metastases. In some colon tumors, it is overexpressed by about a factor of 10 compared to the normal colon ( Figure 18).
  • Antibodies were prepared by immunizing rabbits to detect GPR35 protein. The following peptides were used to propagate these antibodies: SEQ ID NO: 90: GSSDLTWPPAIKLGC (AS 9-23)
  • SEQ ID NO: 92 VAPRAKAHKSQDSLC (C-terminus)
  • sequences coding for proteins can be used as vaccines (RNA, DNA, peptide, protein) for the induction of tumor-specific immune responses (T-cell and B-cell-mediated immune reactions).
  • RNA, DNA, peptide, protein for the induction of tumor-specific immune responses (T-cell and B-cell-mediated immune reactions).
  • T-cell and B-cell-mediated immune reactions tumor-specific immune responses
  • GPR35 a protein previously described as ubiquitously expressed, GPR35, is selectively overexpressed tumor-associated in gastrointestinal tumors, especially in tumors of the colon. GPR35 is therefore particularly suitable as a molecular target for the diagnosis and treatment of these tumors.
  • GPR35 is not significantly detectable in most normal tissues, and in contrast is strongly activated in primary and metastatic colon tumors. Furthermore, according to the invention, in addition to the described GPR35 sequence, a new translation variant has been found which makes use of an alternative start codon (SEQ ID NO: 10).
  • GPR35 is a member of the group of G-coupled receptors (GPCR), a very large family of proteins that has been very well studied structurally and functionally. GPCR are outstandingly suitable as target structures for the development of pharmaceutically active substances, since the necessary procedures (eg receptor expression, purification, ligand screening, mutagenization, functional inhibition, selection of agonistic and antagonistic ligands, radioactive labeling of ligands) are very well developed and extensively described, see. e.g. "G Protein-Coupled Receptors" by Tatsuya Haga, Gabriel Berstein and Gabriel Bernstein ISBN: 0849333849 or in "Identification and Expression of G-Protein Coupled Receptors Receptor Biochemistry and Methodology" by Kevin R.
  • GPCR G-coupled receptors
  • GPR35 is undetectable in most healthy tissues, but is expressed tumor-associated on the cell surface, allows its use as a tumor-associated target, eg for pharmaceutically active ligands, in particular in conjugation z, B. with radioactive molecules as pharmaceutical substances.
  • radiolabeled ligands that bind to GPR35 can be used to detect tumor cells or to treat colon tumors in vivo.
  • Example 2 Identification of GUCY2C in liver and ovarian tumors and novel GUCY2C splice variants as diagnostic and therapeutic cancer targets
  • Guanylate cyclase 2C (GUCY2C, SEQ ID NO: 2, translation product: SEQ ID NO: 11) - a type I transmembrane protein - belongs to the family of natriuretic peptide receptors. The sequence is published in Genbank under accession number NM_004963.
  • STa heat-stable enterotoxins
  • GUCY2C also extends to extraintestinal areas, such as gastric and esophageal primary and metastatic adenotumors (Park et al, Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 11: 739-44, 2002).
  • a splice variant of GUCY2C found in both normal and transformed tissue of the intestine contains a 142 bp deletion in exon 1, thereby preventing translation of a GUCY2C-like product (Pearlman et al., Dig. Dis : 298-05, 2000). The only splice variant described so far does not lead to any translation product.
  • An object of the present invention was to identify tumor-associated splice variants for GUCY2C that are useful both diagnostically and therapeutically.
  • RT-PCR studies with a GUCY2C-specific primer pair show a pronounced expression of GUCY2C transcripts in the normal colon and stomach, as well as a weak expression in liver, testis, ovary, thymus , Spleen, brain and lungs (Table 2, Fig. 19). Expression in the colon and stomach was at least 50-fold higher than in all other normal tissues. Pronounced GUCY2C transcript levels were detected in colon and gastric tumors (Table 2).
  • GUCY2C-118s / GUCY2C-498as SEQ ID NO: 24, 29
  • GUCY2C-621s / GUCY2C-1140as SEQ ID NO: 25, 30
  • GUCY2C-1450s / GUCY2C-1790as SEQ ID NO: 26, 31
  • GUCY2C-1993s / GUCY2C-2366as SEQ ID NO: 27, 32
  • GUCY2C-2717s / GUCY2C-3200as SEQ ID NOs: 28, 33
  • GUCY2C-118s / GUCY2C-1140as SEQ ID NO: 24, 30
  • GUCY2C-621s / GUCY2C-1790as SEQ ID NO: 25, 31
  • GUCY2C-1450s / GUCY2C-2366as SEQ ID NO: 26, 32
  • GUCY2C-621s / GUCY2C-1790as SEQ ID NO: 25, 31
  • the splicing variants according to the invention with deletions in exon 3 or exon 6 are distinguished, above all, by the fact that the translation products (SEQ ID NO: 12, 13) have no transmembrane domain.
  • a neoepitope of C-terminal 13 amino acids which has no homology to previously known proteins.
  • the splice variant according to the invention with base deletions at positions 1606-1614 (SEQ ID NO: 5) and its translation product (SEQ ID NO: 14) also contains a neopitope.
  • antibodies were made by immunizing rabbits. The following peptides were used to propagate these antibodies:
  • SEQ ID NO: 100 HNGSYEISVLMMGNS (AS 31-45)
  • SEQ ID NO: 101 NLPTPPTVENQQRLA (AS 1009-1023)
  • Such antibodies can be used in principle for diagnostic as well as therapeutic purposes.
  • the extracellular domain of GUCY2C (position of the predicted extracellular domain from the sequence of SEQ ID NO: 11: AS 454-1073 (SEQ ID NO: 102) can be used according to the invention as the target structure of monoclonal antibodies, but the structural prediction is not entirely unambiguous In this case, amino acids 1-431 would be extracellular and suitable as starting points for monoclonal antibodies . These antibodies bind specifically to the cell surface of tumor cells and can be used for both diagnostic and therapeutic purposes also be used for therapeutic procedures, overexpression of GUCY2C, especially in colon tumors, supports such use even more. Furthermore, according to the invention, the sequences coding for proteins can be used as vaccines (RNA, DNA, peptides, protein) for the induction of tumor-specific immune responses (T-cell and B-cell-mediated immune reactions).
  • vaccines RNA, DNA, peptides, protein
  • cGMP is a known cellular signaling molecule with a wide variety of functions (Tremblay et al., Mol Cell Biochem 230, 31, 2002).
  • SCGB3A2 (SEQ ID NO: 6) (translation product: SEQ ID NO: 15) belongs to the gene family of secretoglobins. The sequence is published in GenBank under accession number NM_054023. SCGB3A2 (UGRP1) is a 17 kDa homodimeric secretory protein expressed exclusively in the lung and in the tracheae (Kiimi et al, Am J Hum Genet 70: 718-25, 2002). RT-PCR studies with a primer pair (SEQ ID NOs: 37, 38) confirmed selective expression in normal lung tissue. Lung and airway specific genes, e.g. for surfactant proteins, are strongly down-regulated in malignant tumors in the context of dedifferentiation and can not usually be detected in lung tumors.
  • SCGB3A2 is active in primary and metastatic lung tumors.
  • the investigations according to the invention showed that SCGB3A2 is strongly and frequently expressed in lung tumors (FIG. 4). All other 23 normal tissues tested have no expression except for the lungs and trachea (see Fig. 20).
  • FIG. 20 This was additionally confirmed with a specific quantitative RT-PCR (SEQ ID NO: 103, 104) (FIG. 20), which additionally has an over-expression of at least a factor of 10 in more than 50% of the lung tumors.
  • the selective and high expression of SCGB3A2 in normal lung tissue as well as in lung tumor biopsies can according to the invention for molecular diagnostic methods such as RT-PCR to detect disseminating tumor cells in the blood and bone marrow, sputum, bronchial aspirate or lavage and for the detection of metastases in others Tissues, eg used in local lymph nodes.
  • SCGB3A2 is secreted by specialized cells exclusively into the bronchi. Accordingly, SCGB3A2 protein can not be detected in body fluids outside the respiratory tract in healthy individuals. In contrast, especially metastatic tumor cells secrete their protein products directly into the bloodstream.
  • One aspect of the invention therefore relates to the detection of SCGB3A2 products in the serum or plasma of patients via a specific antibody test as a diagnostic finding for lung tumors.
  • Antibodies were produced by immunizing rabbits to detect SCGB3A2 protein. The following peptides were used to propagate these antibodies: SEQ ID NO: 105: LLNKVPLPVDKLAPL SEQ ID NO: 106: SEAVKKLLEALSHLV
  • Such antibodies may be used according to the invention e.g. in the form of immunoassays for diagnostic as well as therapeutic purposes.
  • Example 4 Identification of claudin-18A1 and claudin-18A2 splice variants as diagnostic and therapeutic cancer targets
  • the "claudin-18 gene codes for a surface membrane molecule with four hydrophobic regions. According to the prediction programs (TMHMM, TMpred) and described for many other members of this family, according topology claudin-18 has four transmembrane domains and thus two exträzelluläre EX1 and EX2 whose extracellular localization (conformation 1) is shown in Fig. 22. Domain D3, which is located between the two extracellular epitopes, is reported in the literature for claudin-18 and others Members of this family are described as intracellular and thus predicted with conventional prediction programs. The N- as well as C-terminus are intracellular. Niimi and colleagues (Mol. Cell. Biol.
  • splice variants Claudin-18A2 (SEQ ID NO: 7) and Claudin-18A1 (SEQ ID NO: 117) and their respective translation products (SEQ ID NO: 16 and 118) serve as markers or therapeutic target structures for tumors can be used.
  • a quantitative PCR was established which can distinguish between the two variants by selecting AI-specific (SEQ ID NO: 109, 110) or A2-specific (SEQ ID NO: 107, 108) primer pairs.
  • the splice variant A2 was additionally tested with a second primer pair in a conventional PCR (SEQ ID NO: 39, 40). For the variant AI is described that it is active only in healthy lung tissue.
  • the variant AI is also active in the gastric mucosa (FIG. 23).
  • the stomach and lungs are the only normal tissues that show significant activation. All other normal tissues are negative for Claudin-Al.
  • claudin-Al is strongly activated in a large number of tumor tissues. Particularly strong expression is found in gastric tumors, lung tumors, pancreatic tumors,
  • Esophageal tumors (Fig. 23), ENT tumors and prostate tumors.
  • the expression levels of claudin-Al in ENT, prostate, pancreatic and esophageal tumors are 100-10000 higher than the levels in the normal tissues.
  • oligonucleotides were used which specifically allow the amplification of this transcript (SEQ ID NO: 39, 40 or 107, 108).
  • the study revealed that the splice variant A2 is not expressed in any of the more than 20 normal tissues except gastric mucosa and, to a lesser extent, testis tissue (Figure 24).
  • variant A2 is also activated in many tumors ( Figure 24). These include gastric tumors, pancreatic tumors, esophageal tumors and liver tumors.
  • Claudin 18 A2 can be detected, it was surprisingly found that a part of the lung tumors express the splice variant A2.
  • Table 3A Expression of claudin-18A2 in normal and tumor tissues
  • the splice variants according to the invention represent highly specific molecular markers for tumors of the upper gastrointestinal tract as well as lung tumors, ENT tumors, prostate tumors and their metastases. According to the invention, these molecular markers can be used to detect tumor cells.
  • the detection of the tumors can be carried out according to the invention with the stated oligonucleotides (SEQ ID NO: 39, 40, 107-110).
  • Particularly suitable oligonucleotides are primer pairs, of which at least one binds under stringent conditions to a 180 base pair section of the transcript which is specific for one (SEQ ID NO: 8) or another splice variant (SEQ ID NO: 119).
  • the N-terminal extracellular domain EX1 differs in sequence in the two splice variants AI and A2 (SEQ ID NO: 111 for AI and SEQ ID NO: 112 for A2).
  • the C-terminal extracellular domain EX2 is identical for both variants (SEQ ID NO: 137). So far, no antibodies have been described which bind to the extracellular domains of claudin-18. Also, no antibodies have been described that can specifically distinguish between AI and A2 variants.
  • extracellularly located peptide epitopes and protein fragments were selected for the immunization for the generation of antibodies which are specific for the variant AI or A2 or occur in both variants. Among others, the following peptides were selected for the production of antibodies for immunization:
  • SEQ ID NO: 17 DQWSTQDLYN (N-terminal extracellular domain, A2-specific, binding independent of glycosylation)
  • SEQ ID NO: 18 NNPVTAVFNYQ (N-terminal extracellular domain, A2-specific, binding mainly to unglycosylated form, N37)
  • SEQ ID NO: 113 STQDLYNNPVTAVF (N-terminal extracellular domain, A2-specific,
  • SEQ ID NO: 114 DMWSTQDLYDNP (N-terminal extracellular domain, AI-specific)
  • SEQ ID NO: 115 CRP.YFTILGLPA (N-terminal extracellular domain, mainly specific for AI)
  • SEQ ID NO: 116 TKFWMSTANMYTG (C-terminal extracellular domain, recognizes both AI and A2).
  • the data for an A2-specific antibody produced by immunization with SEQ ID NO: 17 are shown.
  • the specific antibody can be used under different fixation conditions for immunofluorescence studies.
  • the corresponding protein is specifically detectable in a quantity, i.a. detectable in the positively typed gastric tumor, esophageal tumor and pancreatic cancer cell lines ( Figure 25).
  • the endogenous protein is membrane-localized and forms larger focal aggregates on the membrane ( Figure 25). Immunohistochemical staining was performed on human tissues with this antibody. We confirmed the selective tissue distribution of this protein.
  • Variant of claudin-18 is indeed detectable in the differentiated cells of the gastric mucosa, but not in the stem cells.
  • Differentiated gastric mucosal cells are subject to constant renewal.
  • the entire gastric epithelium is continuously replaced from the stem cells of the stomach.
  • stem cells of the stomach as the indispensible cell population of the gastric mucosa as well as all other healthy organs do not carry the A2 variant and thus of a specifically directed against the A2 variant Substance can not be attacked.
  • stem cells of the stomach as the indispensible cell population of the gastric mucosa as well as all other healthy organs do not carry the A2 variant and thus of a specifically directed against the A2 variant Substance can not be attacked.
  • Fig. 33 In a series of human tumors we detected the A2 variant of claudin-18 by means of this antibody (Fig. 33), especially in tumors of
  • Claudin-18 itself is a highly selective differentiation antigen of the stomach (variant A2) or of the lung and stomach (variant AI).
  • variant A2 the glycosylation machinery
  • variant AI the lung and stomach
  • the results of PNGaseF treatment show that claudin-18A2 differs in tumor and normal tissues in terms of its N-glycosylation.
  • the glycosylation of an epitope may be the binding of one specific for this epitope
  • Antibodies prevent and contribute in the present case that such an antibody can not bind to Claudin-18 A2 in normal tissues, but exclusively to the non-glycosylated form in cancer cells. 'To produce the invention antibodies that exclusively bind to non-glycosylated epitopes, this was considered in the selection of the immunogens.
  • glycosylation-specific antibodies we have considered these different conformational options in addition to the glycosylation domains.
  • protein fragments from the D3 region of claudin-18A2 are suitable for the immunization of animals. This is exemplified by two antibodies mAB1 and mAB2 ( Figure 44).
  • mAB1 and mAB2 Figure 44.
  • mAB1 shows that the binding properties of the antibody are not affected thereby and the actual epitope is located in the D3 domain.
  • the generated antibodies can be used diagnostically as well as therapeutically. Immune sera such as the one described here (against peptide SEQ ID NO: 17) can be used diagnostically, for example, in Westem blot. According to the invention, by immunization with peptides containing at least one of these regions (eg, peptide SEQ ID NO: 113 ( Figure 26), peptides SEQ ID NO: 142-145), antibodies can be made that can not bind to the glycosylated epitope at all.
  • peptides containing at least one of these regions eg, peptide SEQ ID NO: 113 ( Figure 26), peptides SEQ ID NO: 142-145
  • such antibodies bind specifically to the deglycosylated epitopes on tumor cells.
  • the lack of glycosylation at one of these positions compared to normal tissues could also be due to secondary endogenous deglycosylation in tumor cells.
  • Such deglycosylation is associated with an Asn (N) ⁇ Asp (D) transformation of the amino acid in question.
  • Claudin-18 A2-derived peptides can be used in which the amino acid Asn (N) at least one of the positions 37, 38, 45, 116, 141, 146, 205 of Claudin-18 A2 peptide is replaced by an Asp (D) (eg, SEQ ID NO: 146-150).
  • D Asp
  • Such antibodies can be used therapeutically since they are highly selective for tumor cells.
  • the antibodies produced can also be used directly for the production of chimeric or humanized recombinant antibodies. This can also be done directly with antibodies derived from rabbits (see J Biol Chem.
  • lymphocytes were also conserved for immunotherapeutic procedures such as vaccines or For the adoptive transfer of antigen-specific T lymphocytes, amino acids 1-47 (SEQ ID NOS: 19 and 120) are particularly good epitopes.
  • SLC 13 AI belongs to the family of sodium sulfate cotransporters.
  • the human gene unlike the mouse homolog of this gene, is selectively expressed in the kidney (Lee et al., Genomics 70: 354-63, 2000).
  • SLC13A1 encodes a protein of 595 amino acids and contains 13 putative transmembrane domains. Alternative splicing results in 4 various transcripts (SEQ ID NO: 41-44) and its corresponding translation products (SEQ ID NO: 45-48). It was investigated whether SLC13A1 can be used as a marker for kidney tumors. For this purpose, oligonucleotides (SEQ ID NO: 49, 50) were used, which allow a specific amplification of SLC 13 AI.
  • RT-PCR studies with an SLC13 AI-specific primer pair confirmed a nearly selective expression in the kidney, and according to the invention showed a high expression in almost all (7/8) investigated kidney tumor biopsies (Table 4, Fig. 6).
  • Quantitative RT-PCR studies with specific primers also confirm this data (FIG. 34). Weak signals were detectable in the following normal tissues: colon, stomach, testis, breast, liver and brain. The expression in kidney tumors was at least 100 times higher than in all other normal tissues,
  • Antibodies were prepared by immunizing rabbits to detect the SLC 13 Al protein. To propagate these antibodies, the peptides of SEQ ID NO: 123 and 124 were used. Such antibodies can be used in principle for diagnostic as well as therapeutic purposes.
  • the SLC 13 AI protein has 13 transmembrane domains and 7 extracellular regions. In particular, these extracellular domains of SLC 13 Al can be used according to the invention as target structures of monoclonal antibodies.
  • SLC 13 AI is involved as a channel protein in the transport of ions.
  • the extracellular domains of SLC 13 AI in the healthy kidney are polar in the direction of the hamstrings (luminal).
  • Therapeutically used high molecular weight monoclonal antibodies are not excreted into the hamstrings, so that no binding to SLC 13 AI takes place in the healthy kidney.
  • the polarity of SLC 13 AI is abolished in tumor cells and the protein is directly accessible to the antibody via the bloodstream.
  • SLC 13 Al The pronounced expression and high incidence of SLC 13 Al in kidney tumors make this protein according to the Invention a highly interesting diagnostic and therapeutic marker. According to the invention, this includes the detection of disseminated tumor cells in serum, bone marrow, urine and the detection of metastases in other organs by means of RT-PCR. Furthermore, the extracellular domains of SLC 13 Al can be used according to the invention as a target structure for immunoassay and therapy by means of monoclonal antibodies. Furthermore, SLC 13 AI according to the invention as a vaccine (RNA, DNA, protein, peptides) for the induction of tumor-specific immune responses (T- and B-cell mediated immune reactions) can be used. This includes according to the invention also the development of so-called "small Compounds ", which modulate the biological activity of SLC 13 AI and can be used for the therapy of renal tumors.
  • CLCA1 (SEQ ID NO: 51, translation product: SEQ ID NO: 60) belongs to the family of Ca " ⁇ -activated Cl " channels. The sequence is in the Genbank under the accession no. NM_001285 published. CLCA1 is expressed exclusively in the intestinal crypt epithelium and in the goblet cells (Gruber et al., Genomics 54: 200-14, 1998). It was investigated whether CLCAl can be used as a marker for colon and stomach tumors. For this purpose, oligonucleotides (SEQ ID NO: 67, 68) were used, which allow a specific amplification of CLCAl.
  • RT-PCR studies with this primer set confirmed a selective expression in the colon, and according to the invention showed a high expression in 3/7 colon and 1/3 investigated gastric tumor samples (FIG. 7).
  • the remaining normal tissues showed no or only a very weak expression. This was additionally confirmed by a specific quantitative RT-PCR (SEQ JO NO: 125, 126), whereby no expression could be detected in the analyzed normal tissues (FIG. 36).
  • SEQ JO NO: 125, 126 specific quantitative RT-PCR
  • these extracellular domains of CLCAl can 'be used according to the invention as target structures of monoclonal antibodies.
  • the pronounced expression and the high incidence of CLCA1 for gastric and colon tumors make this protein according to the invention an interesting diagnostic and therapeutic marker.
  • this includes the detection of disseminated tumor cells in serum, bone marrow, urine and the detection of metastases in other organs by means of RT-PCR.
  • the extracellular domains of CLCA1 can be used according to the invention as a target structure for immunoassay and therapy by means of monoclonal antibodies.
  • CLCA1 can be used as a vaccine (RNA, DNA, protein, peptides) for the induction of tumor-specific immune responses (T and B). Zeil mediated immune reactions) can be used.
  • this also includes the development of so-called "small compounds” which modulate the biological activity as a transport protein of CLCA1 and can be used for the therapy of gastrointestinal tumors.
  • FLJ21477 (SEQ ID NO: 52) and its predicted translation product (SEQ ID NO: 61) was used as a hypothetical protein in Genbank under accession no. NM_025153 published. It is an integral membrane protein with ATPase activity and 4 transmembrane domains, which is accordingly suitable for therapy with specific antibodies.
  • RT-PCR studies with FLJ21477-specific primers (SEQ ID NO: 69, 70) showed a selective expression in the colon, and, in addition, different degrees of expression in 7/12 colon tumor samples examined (FIG. 8). The remaining normal tissues showed no expression. This was additionally confirmed with a specific quantitative RT-PCR (SEQ ID NO: 127, 128).
  • these extracellular domains of FLJ21477 can be used according to the invention as target structures of monoclonal antibodies.
  • the expression and high incidence of FLJ21477 for gastric and colon tumors make this protein according to the invention a valuable diagnostic and therapeutic marker. In accordance with the invention, this includes the detection of disseminated tumor cells in serum, bone marrow, urine and the detection of metastases in other organs by means of RT-PCR.
  • the extracellular domains of FLJ21477 can be used according to the invention as a target structure for immunoassay and therapy by means of monoclonal antibodies become.
  • FLJ21477 can be used as a vaccine (RNA, DNA, protein, peptides) for the induction of tumor-specific immune responses (T- and B-cell-mediated immune reactions).
  • Example 8 Identification of FLJ20694 as a Diagnostic and Therapeutic Cancer Target
  • FLJ20694 (SEQ ID NO: 53) and its translation product (SEQ ID NO: 62) were used as a hypothetical protein in Genbank under accession no. NM_017928 published. This protein is an integral transmembrane molecule (transmembrane domain AS 33-54), most likely with TMoredoxin function.
  • RT-PCR studies with FLJ20694-specific primers (SEQ ID NO: 71, 72) showed a selective expression in the colon, and, in addition, different degrees of expression in 5/9 colon tumor samples examined (FIG. 9). The remaining normal tissues showed no expression. This was additionally confirmed with a specific quantitative RT-PCR (SEQ ID NO: 129, 130) (FIG. 38).
  • FLJ20694 can be used as a vaccine (RNA, DNA, protein, peptides) for the induction of tumor-specific immune responses (T- and B-cell-mediated immune reactions). According to the invention, this also includes the development of so-called "small compounds" which modulate the biological activity of FLJ20694 and can be used for the therapy of gastrointestinal tumors.
  • Example 9 Identification of the Ebner protein (c20orfll4) as a diagnostic and therapeutic cancer target
  • Ebner protein-encoding mRNA (SEQ ID NO: 54) and its translation product (SEQ ID NO: 63) were reported as Plunc-related upper respiratory tract and nasal protein proteins. Pharyngeal epithelium in the Genbank under the accession no. AF364078 published. According to the invention, it was investigated whether Ebner protein can be used as a marker of lung tumors. For this purpose, oligonucleotides (SEQ ID NO: 73, 74) were used, which allow a specific amplification of Ebner protein-encoding cDNA. RT-PCR studies with this primer set showed selective expression in the lung and in 5/10 lung tumor samples examined ( Figure 10). Within the group of normal tissues also expressed in the stomach. The remaining normal tissues showed no expression.
  • Plunc (SEQ ID NO: 55) and its translation product (SEQ ID NO: 64) were listed in Genbank under accession no. NM_016583 published.
  • the human Plunc mRNA encodes a protein of 256 amino acids and has 72% homology with the murine Plunc protein (Bingle and Bingle, Biochim Biophys Acta 1493: 363-7, 2000).
  • the expression of Plunc is limited to the trachea, the upper airways, nasopharyngeal epithelium and salivary gland. According to the invention, it was investigated whether Plunc can be used as a marker of lung tumors.
  • oligonucleotides SEQ ID NO: 75, 76 were used, which allow a specific amplification of Plunc.
  • SLC26A9 (SEQ ID NO: 56) and its translation product (SEQ ID NO: 65) were identified in Genbank under accession no. NM_134325 published.
  • SLC26A9 belongs to the family of anion exchangers. The expression of SLC26A9 is limited to the bronchiolar and alveolar epithelium of the lung (Lohi et al., J Biol Chem 277: 14246-54, 2002). It was investigated whether SLC26A9 can be used as a marker of lung tumors. For this purpose, oligonucleotides (SEQ ID NO: 77, 78) were used which allow a specific amplification of SLC26A9.
  • RT-PCR studies with SLC26A9-specific primers showed selective expression in the lung and in all (13/13) lung tumor samples examined (FIG. 12). The other normal tissues showed no expression except for the thyroid gland.
  • SEQ ID NO: 131 and 132 these results were confirmed and additional findings obtained.
  • high expression levels for SLC26A9-specific RNA were detected in lung, colon, pancreatic, and gastric tumors.
  • SLC26A9 is a member of a family of transmembrane anion transporters. In the healthy lung, the protein is directed luminally in the direction of the airways and thus not directly accessible to IgG antibodies from the blood.
  • SLC26A9 in the defined tumors including lung, gastric and pancreatic tumors, can be addressed as a therapeutic target by monoclonal antibodies.
  • the pronounced, high expression and high incidence of SLC26A9 for lung, stomach, pancreatic and esophageal tumors make this protein an excellent diagnostic and therapeutic marker according to the invention.
  • this includes the detection of disseminated tumor cells in serum, bone marrow and urine, as well as the detection of metastases in other organs by means of RT-PCR.
  • SLC26A9 can be used according to the invention as a target structure for immunoassay and therapy by means of monoclonal antibodies.
  • SLC26A9 can be used according to the invention as a vaccine (RNA, DNA, protein, peptides) for the induction of tumor-specific immune responses (T- and B-cell-mediated immune reactions).
  • T- and B-cell-mediated immune reactions T- and B-cell-mediated immune reactions.
  • this also includes the development of so-called "small compounds” which modulate the biological activity of SLC26A9 and can be used for the therapy of lung tumors and gastrointestinal tumors.
  • Example 12 Identification of THC1005163 as a diagnostic and therapeutic cancer target
  • THC1005163 (SEQ ID NO: 57) is a gene fragment from the TIGR gene index. The gene is defined only in the 3 'region while an ORF is missing.
  • RT-PCR investigations were carried out a THC1005163 specific primer (SEQ ID NO: 79) and an oligo dT 18 primer having a specific tag of 21 specific bases at the 5 'end. This tag was checked for homology with known sequences using database search engines. This particular primer was initially used in cDNA synthesis to exclude genomic DNA contamination. RT-PCR studies with this primer set revealed expression in the stomach, ovary, lung and in 5/9 lung tumor biopsies ( Figure 13). The remaining normal tissues showed no expression.
  • LOC134288 (SEQ ID NO: 58) and its predicted translation product (SEQ ID NO: 66) were listed in Genbank under accession no. XM_059703 released. According to the invention, it was investigated whether LOC134288 can be used as a marker of kidney tumors. For this purpose, oligonucleotides (SEQ ID NO: 80, 81) were used, which allow a specific amplification of LOC134288. RT-PCR studies showed selective expression in the kidney and in 5/8 kidney tumor biopsies ( Figure 14).
  • THC943866 (SEQ ID NO: 59) is a gene fragment from the TIGR gene index. It was investigated whether THC943866 can be used as a marker of kidney tumors. For this purpose, oligonucleotides (SEQ ID NO: 82, 83) were used, which allow a specific amplification of THC943866. RT-PCR studies with THC943866-specific primers (SEQ ID NO: 82, 83) showed selective expression in the kidney and in 4/8 kidney tumor biopsies examined (FIG. 15).
  • Example 15 Identification of FLJ21458 and B7h.4 as Diagnostic and Therapeutic Cancer Targets
  • FLJ21458 (SEQ ID NO: 84) and B7h.4 (SEQ ID NO: 138) and their predicted translation products (SEQ ID NOS: 85, 139) represent splice variants of a gene and were identified in Genbank under accession no. NM_034850 or AY358523 published. Sequence analyzes revealed that the proteins are members of the butyrophillin family. Fragmentation analyzes revealed that they are Type 1 transmembrane proteins with an extracellular immunoglobulin domain. For the expression study oligonucleotides (SEQ ID NO: 86, 87 or SEQ ID NO: 140, 141) were used, which allow a specific amplification of FLJ21458 or B7h.4.
  • RT-PCR studies with FLJ21458-specific primers showed selective expression in the colon and in 7/10 colon tumor biopsies examined (FIG. 16, Tab. 5).
  • Quantitative RT-PCR with specific primers confirmed this selective expression profile (FIG. 39).
  • FLJ21458 was detected in the gastrointestinal-specific colon, gastric, endovascular, appendicidal, and testis. Also 7/11 colon metastasis samples were positive in the quantitative PCR. FLJ21458-specific expression was extended to other tumors and protein-specific expression was detected in gastric, pancreatic and hepatic tumors (Table 5).
  • SEQ ID NO: 136 AKWKGPQGQDLSTDS
  • FLJ21458 The pronounced expression and high incidence of FLJ21458 for gastric and colon tumors make this protein according to the invention a highly interesting diagnostic and therapeutic marker.
  • the extracellular domains of FLJ21458 can be used as the target structure for immunodiagnosis and therapy by means of monoclonal antibodies.
  • FLJ21458 can be used as a vaccine (RNA, DNA, protein, peptides) for the induction of tumor-specific immune responses (T- and B-cell-mediated immune reactions).
  • T- and B-cell-mediated immune reactions T- and B-cell-mediated immune reactions.

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Abstract

Erfindungsgemäss wurden Tumor-assoziiert exprimierte Genprodukte und die dafür kodierenden Nukleinsäuren identifiziert. Die vorliegende Erfindung betrifft die Therapie und Diagnose von Erkrankungen, bei denen diese Tumor-assoziiert exprimierten Genprodukte aberrant exprimiert werden. Des weiteren betrifft die Erfindung Proteine, Polypeptide und Peptide, die Tumor-assoziiert exprimiert werden und die dafür kodierenden Nukleinsäuren.

Description

Differentiell in Tumoren exprimierte Genprodukte und deren Verwendung
Trotz interdisziplinärer Ansätze und Ausreizung klassischer Therapiemodalitäten gehören Krebserkrankungen weiterhin zu den führenden Todesursachen. Neuere therapeutische Konzepte zielen darauf ab, das patienteneigene Immunsystem durch Einsatz von rekombinanten Tumorvakzinen und anderen spezifischen Maßnahmen wie Antikörpertherapie in das therapeutische Gesamtkonzept mit einzubeziehen. Voraussetzung für den Erfolg einer solchen Strategie ist die Erkennung von Tumor-spezifischen oder Tumor-assoziierten Antigenen bzw. Epitopen durch das Immunsystem des Patienten, dessen Effektorfunktionen interventionell verstärkt werden sollen. Tumorzellen unterscheiden sich biologisch wesentlich von ihren nichtmalignen Ursprungszellen. Diese Differenzen sind durch während der Tumorentwicklung erworbene genetische Veränderungen bedingt und führen u.a. auch zur der Bildung qualitativ oder quantitativ veränderter molekularer Strukturen in den Krebszellen. Werden solche Tumor-assoziierten Strukturen vom spezifischen Immunsystem des tumortragenden Wirtes erkannt, spricht man von Tumor-assoziierten Antigenen. An der spezifischen Erkennung von Tumor-assoziierten Antigenen sind zelluläre und humorale Mechanismen beteiligt, die zwei miteinander funktioneil vernetzte Einheiten darstellen: CD4+ und CD8+ T-Lymphozyten erkennen prozessierte Antigene, die auf den Molekülen der MHC- (Major Histocompatibility complex = Histokompatibilitätsantigene) Klassen II bzw. I präsentiert werden, während B-Lymphozyten zirkulierende Antikörpermoleküle produzieren, die direkt an unprozessierte Antigene binden. Die potentielle klinisch-therapeutische Bedeutung von Tumor-assoziierten Antigenen ergibt sich aus der Tatsache, dass die Erkennung von Antigenen auf neoplastischen Zellen durch das Immunsystem zur Initiierung von cytotoxischen Effektormechanismen führt und bei Vorhandensein von T-Helferzellen die Elimination der Krebszellen bewirken kann (Pardoll, Nat. Med. 4:525-31, 1998). Entsprechend ist es eine zentrale Zielsetzung der Tumorimmunologie, diese Strukturen molekular zu definieren. Die molekulare Natur dieser Antigene blieb lange enigmatisch. Erst als entsprechende Klonierungstechniken entwickelt wurden, gelang es, durch Analyse der Zielstrukturen von cytotoxischen T-Lymphozyten (CTL) (van der Bruggen et al., Science 254:1643-7, 1991) bzw. mit zirkulierenden Autoantikörpern (Sahin et al, Curr. Opin. Immunol. 9:709-16, 1997) als Sonden cDNA-Expressionsbanken von Tumoren systematisch auf Tumor-assoziierte Antigene zu screenen. Hierzu wurden cDNA-Expressionsbanken aus frischem Tumorgewebe hergestellt und in geeigneten Systemen als Proteine rekombinant exprimiert. Aus Patienten isolierte Immuneffektoren, nämlich CTL-Klone mit Tumor- spezifischem Lysemuster oder zirkulierende Autoantikörper, wurden genutzt, um die respektiven Antigene zu klonieren.
Durch diese Ansätze sind in den letzten Jahren eine Vielzahl von Antigenen in verschiedenen Neoplasien definiert worden. Allerdings nutzen die oben dargestellten klassischen Verfahren zur Antigenidentifizierung Immuneffektoren (zirkulierende Autoantikörper oder CTL-Klone) aus Patienten mit in der Regel bereits fortgeschrittenem Krebs als Sonden. Aus einer Reihe von Daten geht hervor, dass Tumoren z.B. zur Tolerisierung und Anergisierung von T-Zellen führen können und gerade im Verlauf der Erkrankung diejenigen Spezifitäten aus dem Immuneffektorenrepertoire verloren gehen, die eine effektive Immunerkennung bewirken könnten. Aus laufenden Patientenstudien hat sich noch kein gesicherter Beweis für eine tatsächliche Wirkung der bisher entdeckten und genutzten Tumor-assoziierten Antigene ergeben. Entsprechend kann nicht ausgeschlossen werden, dass spontane Immunantworten evozierende Proteine die falschen Zielstrukturen sind.
Es war die Aufgabe der vorliegenden Erfindung Zielstrukturen für eine Diagnose und Therapie von Krebserkrankungen bereitzustellen.
Diese Aufgabe wird erfϊndungsgemäß durch den Gegenstand der Patentansprüche gelöst.
Erfindungsgemäß wurde eine Strategie für eine Identifizierung und Bereitstellung Tumorassoziiert exprimierter Antigene und der dafür kodierenden Nukleinsäuren verfolgt. Diese Strategie beruht auf der Tatsache, dass bestimmte Gene, die Organ-spezifisch, z.B. ausschließlich im Kolon-, Lungen- oder Nieren-Gewebe, exprimiert werden, in den entsprechenden Organen auch von Tumorzellen und darüber hinaus in anderen Geweben in
Tumorzellen ektop und unerlaubt reaktiviert werden. Durch Datamining wird zunächst eine möglichst komplette Liste aller bekannten Organ-spezifischen Gene aufgestellt und diese sodann durch Expressionsanalysen mittels spezifischer RT-PCR auf ihre aberrante Aktivierung in unterschiedlichen Tumoren evaluiert. Datamining ist ein bekanntes Verfahren zur Identifizierung von Tumor-assoziierten Genen. Bei den herkömmlichen Strategien werden allerdings in der Regel Transkriptome von Normalgewebebanken elektronisch von Tumorgewebsbanken subtrahiert unter der Annahme, dass die verbleibenden Gene Tumorspezifisch sind (Schmitt et al., Nucleic Acids Res. 27:4251-60, 1999; Vasmatzis et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 95:300-4, 1998; Scheurle et al, Cancer Res. 60:4037-43, 2000). Das erfindungsgemäße Konzept, das sich als viel erfolgreicher erwiesen hat, beruht jedoch darauf, Datamining zur elektronischen Extraktion aller Organ-spezifischer Gene zu nutzen und diese sodann auf Expression in Tumoren zu evaluieren.
Somit betrifft die Erfindung in einem Aspekt eine Strategie zur Identifizierung von Gewebe- spezifischen und differentiell in Tumoren exprimierten Genen. Diese Strategie kombiniert Datamining von öffentlichen Sequenzbanken ("in silico") mit darauf folgenden evaluierenden labor-experimentellen ("wet bench") Untersuchungen.
Eine kombinierte Strategie basierend auf zwei unterschiedlichen bioinformatischen Skripten ermöglichte erfindungsgemäß die Identifizierung neuer Tumor-Gene. Diese sind bisher als rein Organ-spezifisch eingestuft: worden. Die Erkenntnis, dass diese Gene aberrant in Tumorzellen aktiviert werden, erlaubt, ihnen eine substantiell neue Qualität mit funktionellen Implikationen zuzuordnen. Die Identifizierung und Bereitstellung dieser Tumor-assoziierten Gene und der dadurch kodierten Genprodukte erfolgte erfindungsgemäß unabhängig von einer immunogenen Wirkung.
Die erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene weisen eine Aminosäuresequenz auf, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und (d) einer Nukleinsäure, die zu der
Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist. In einer bevorzugten Ausführungsform weist ein erfmdungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen eine Aminosäuresequenz auf, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117 , 119 und 138 ausgewählt ist. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform umfasst ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumorassoziiertes Antigen eine Aminosäuresequenz, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 9-19, 45-48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 118, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist. Die vorliegende Erfindung betrifft allgemein die Verwendung von erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigenen oder von Teilen oder Derivaten davon, von dafür kodierenden Nukleinsäuren oder von Nukleinsäuren, die gegen die kodierenden Nukleinsäuren gerichtet sind, oder von Antikörpern, die gegen die erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigene oder Teile oder Derivate davon gerichtet sind, für die Therapie und Diagnose. Diese Nutzung kann einzelne, aber auch Kombinationen von mehreren dieser Antigene, funktionalen Fragmente, Nukleinsäuren, Antikörper etc. betreffen, in einer Ausfuhrungsform auch in Kombination mit anderen Tumor-assoziierten Genen und Antigenen für eine Diagnose, Therapie und Verlaufskontrolle.
Bevorzugte Erkrankungen für eine Therapie und/oder Diagnose sind solche, bei denen eine selektive Expression oder abnormale Expression von einem oder mehreren der erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigenen vorliegt.
Die Erfindung betrifft auch Nukleinsäuren und Genprodukte, die tumorzellassoziiert exprimiert werden.
Desweiteren betrifft die Erfindung Genprodukte, d.h. Nukleinsäuren und Proteine bzw. Peptide, die durch verändertes Spleißen (Spleißvarianten) bekannter Gene bzw. durch veränderte Translation unter Nutzung alternativer offener Leserahmen entstehen. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung Nukleinsäuren, die eine Nukleinsäuresequenz ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus den Sequenzen gemäß SEQ ID NO: 3-5 des Sequenzprotokolls umfassen. Außerdem betrifft die Erfindung in diesem Aspekt Proteine bzw. Peptide, die eine Aminosäuresequenz ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus den Sequenzen gemäß SEQ ID NO: 10 und 12-14 des Sequenzprotokolls umfassen. Die erfindungsgemäßen Spleißvarianten sind erfindungsgemäß als Targets für die Diagnostik und Therapie von Tumorerkrankungen verwendbar.
Insbesondere betrifft die Erfindung die Aminosäuresequenz gemäß SEQ ID NO: 10 des Sequenzprotokolls, die durch einen erfindungsgemäß identifizierten alternativen offenen Leseraster kodiert wird und sich von der vorbeschriebenen Protein-Sequenz (SEQ ID NO: 9) durch 85 zusätzliche Aminosäuren am N-Terminus des Proteins unterscheidet. Für die Entstehung von Spleißvarianten können verschiedenste Mechanismen ursächlich sein, beispielsweise
- die Nutzung variabler Transkriptionsinitiationsstellen,
- die Nutzung zusätzlicher Exons, - das vollständige oder unvollständige Ausspleißen von einzelnen oder mehreren Exons, durch Mutation veränderte Spleißregulatorsequenzen (Deletion bzw. Schaffung neuer Donor/Acceptorsequenzen), die unvollständige Elimination von Intronsequenzen.
Das veränderte Spleißen eines Gens fülirt zu einer veränderten Transkriptsequenz (Spleißvariante). Wird eine Spleißvariante im Bereich ihrer veränderten Sequenz translatiert, resultiert ein verändertes Protein, welches sich von dem ursprünglichen in Struktur und Funktion deutlich unterscheiden kann. Bei Tumor-assoziierten Spleißvarianten können Tumor-assoziierte Transkripte und Tumor-assoziierte Proteine/Antigene entstehen. Diese können als molekulare Marker sowohl zum Nachweis" von Tumorzellen als auch zum therapeutischen Targeting von Tumoren genutzt werden. Die Detektion von Tumorzellen z.B. im Blut, Serum, Knochenmark, Sputum, Bronchial-Lavage, Körpersekreten und Gewebsbiopsien kann erfindungsgemäß z.B. nach Extraktion von Nukleinsäuren durch PCR- Amplifikation mit Spleißvarianten-spezifischen Oligonukleotiden erfolgen. Als Oligonukleotide eignen sich insbesondere Paare von Primern, von denen mindestens einer unter stringenten Bedingungen an die Region der Spleißvariante bindet, die Tumor-assoziiert ist. Erfindungsgemäß geeignet sind die in den Beispielen für diesen Zweck beschriebenen Oligonukleotide, insbesondere Oligonukleotide, die eine Sequenz ausgewählt aus SEQ ID NO: 34-36, 39, 40 und 107-110 des Sequenzprotokolls aufweisen bzw. umfassen. Zum Nachweis eignen sich erfindungsgemäß alle Sequenz-abhängigen Detektionssysteme. Neben der PCR sind diese z.B. Genchip-/Microarray Systeme, Northern-Blot, RNAse protection assays (RDA) und andere. Allen Detektionssystemen ist gemeinsam, dass die Detektion auf einer spezifischen Hybridisierung mit mindestens einer Spleißvarianten-spezifischen Nukleinsäuresequenz basiert. Die Detektion von Tumorzellen kann jedoch auch erfindungsgemäß durch Antikörper erfolgen, die ein durch die Spleißvariante kodiertes spezifisches Epitop erkennen. Für die Herstellung der Antikörper können Peptide zur Immunisierung verwendet werden, die für diese Spleißvariante spezifisch sind. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere Peptide, die eine Sequenz ausgewählt aus SEQ ID NO: 17-19, 111-115, 120 und 137 des Sequenzprotokolls aufweisen bzw. umfassen und dagegen gerichtete spezifische Antikörper. Die Detektion von Tumorzellen kann auch durch Antikörper erfolgen, die tumorspezifisch veränderte Glykosylierungsvarianten erkennen. Für die Generierung von derartigen Antikörpern können Peptidregionen genutzt werden, die sich in Tumorzellen und gesunden Zellen glykosylierungsbedingt unterscheiden. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere Peptide, die eine Sequenz ausgewählt aus SEQ ID NO: 17-19, 111-115, 120, 137 und 142-145, des Sequenzprotokolls aufweisen bzw. umfassen und dagegen gerichtete spezifische Antikörper. Durch endogene Deglykosylierung von N- gekoppelten Zuckerresten wird Asparagin in Asparaginsäure transformiert. Erfindungs gemäß können daher die hier beschriebenen Proteine tumorspezifisch sequenzverändert sein und damit andere biochemische und Antikörper-Bindungseigenschaften aufweisen. In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere Peptide, die eine Sequenz ausgewählt aus SEQ ID NO: 146-150 des Sequenzprotokolls aufweisen bzw. umfassen und dagegen gerichtete spezifische Antikörper. Für die Immunisierung eignen sich besonders die Aminosäuren, die deutliche Epitopunterschiede zu der (den) Variante(n) des Genprodukts aufweisen, welche(s) bevorzugt in gesunden Zellen gebildet wird (werden). Der Nachweis der Tumorzellen mit Antikörpern kann dabei an einer vom Patienten isolierten Probe oder als Imaging mit intravenös applizierten Antikörpern erfolgen. Neben der diagnostischen Nutzbarkeit stellen Spleißvarianten, die neue oder veränderte Epitope aufweisen, attraktive Targets für die Immuntherapie dar. Die erfindungsgemäßen Epitope können zum Targeting von therapeutisch wirksamen monoklonalen Antikörpern oder T-Lymphozyten genutzt werden. Bei der passiven Immuntherapie werden hierbei Antikörper oder T-Lymphozyten adoptiv transferriert, die Spleißvarianten-spezifische Epitope erkennen. Die Generierung von Antikörpern kann wie bei anderen Antigenen auch unter Nutzung von Standardtechnologien (Immunisierung von Tieren, Panningstrategien zur Isolation von rekombinanten Antikörpern) unter Nutzung von Polypeptiden, die diese Epitope beinhalten, erfolgen. Alternativ können zur Immunisierung Nukleinsäuren genutzt werden, die für Oligo- oder Polypeptide kodieren, die diese Epitope beinhalten. Verschiedene Techniken zur in vitro oder in vivo Generierung von epitopspezifischen T-Lymphozyten sind bekannt und ausführlich beschrieben ( vgl. z.B. Kessler JH, et al. 2001, Sahin et al., 1997) und basieren ebenfalls auf der Nutzung von Oligo- oder Polypeptiden, die die Spleißvarianten-spezifischen Epitope beinhalten oder Nukleinsäuren, die für diese kodieren. Oligo- oder Polypeptiden, die die Spleißvarianten- spezifischen Epitope beinhalten, oder Nukleinsäuren, die für diese Polypeptide kodieren, sind auch als pharmazeutisch wirksame Substanzen bei der aktiven Immuntherapie (Vakzinierung, Vakzintherapie) verwendbar. Erfindungsgemäß werden auch Proteine beschrieben, die sich durch Art und Menge ihrer sekundären Modifikationen in Normal- und Tumorgewebe unterscheiden (z.B. Durand & Seta, 2000; Clin. Chem. 46: 795-805; Hakomori, 1996; Cancer Res. 56: 5309-18).
Die Analyse von Proteinmodifikationen kann im - Western-Blot erfolgen. Vor allem Glykosylierungen, die in der Regel eine Größe von mehreren kDa haben, fuhren zu einer größeren Gesamtmasse des Zielproteins, die sich in der SDS-PAGE auftrennen lässt. Zum Nachweis von spezifischen O- und N-glycosidischen Bindungen werden Proteinlysate vor der Denaturierung durch SDS mit O- oder N-Glykosylasen inkubiert (nach Angaben des jeweiligen Herstellers, z.B. PNgase, Endoglykosidase F, Endoglykosidase H, Röche Diagnostics). Anschließend erfolgt ein Western-Blot. Bei Verringerung der Größe eines Zielproteins kann so nach Inkubation mit einer Glykosidase eine spezifische Glykosylierung nachgewiesen und auf diesem Weg auch die Tumorspezifität einer Modifikation analysiert werden. Von besonderem Interesse sind Proteinbereiche, die in Tumorzellen und gesunden Zellen differenziell glykosyliert sind. Derartige Glykosylierungsunterschiede sind jedoch bisher für wenige Zelloberflächenproteine (z.B. Mucl) beschrieben.
Erfindungsgemäß konnte für Claudin-18 eine differentielle Glykosylierung in Tumoren nachgewiesen werden. Gastrointestinale Karzinome, Pankreaskarzinome, Osophagustumoren, Prostatatumoren als auch Lungentumoren weisen eine weniger glykosylierte Form von Claudia- 18 auf. Die Glykosylierung in gesunden Geweben maskiert Proteinepitope von Claudin-18, die auf Tumorzellen aufgrund fehlender Glykosylierung freigelegt sind. Entsprechend lassen sich erfindungsgemäß Liganden und Antikörper selektieren, die an diese Domänen binden. Derartige Liganden und Antikörper binden erfindungsgemäß nicht an das
Claudin-18 auf gesunden Zellen, da hier die Epitope durch die Glykosylierung verdeckt sind.
Ähnlich wie oben für von Tumor-assoziierten Spleißvarianten abgeleitete Proteinepitope beschrieben kann somit die differenzielle Glycosylierung zur Unterscheidung von Normal- und Tumorzellen mit diagnostischer wie auch therapeutischer Intention genutzt werden.
In einem Aspekt betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung umfassend ein Mittel, das das erfindungsgemäß identifizierte Tumor-assoziierte Antigen erkennt und vorzugsweise selektiv für Zellen ist, die eine Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens aufweisen. Das Mittel kann in bestimmten Ausführungsformen die Induktion des Zelltods, die Reduktion des Zellwachstums, die Schädigung der Zellmembran oder die Sekretion von Zytokinen bewirken und weist vorzugsweise eine tumorhemmende Aktivität auf. In einer Ausführungsform ist das Mittel eine Antisense-Nukleinsäure, die selektiv mit der Nukleinsäure hybridisiert, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet, insbesondere ein komplementaktivierter oder Toxin-konjugierter Antikörper, der selektiv an das Tumorassoziierte Antigen bindet. In einer weiteren Ausführungsform umfasst das Mittel mehrere Mittel, die jeweils selektiv verschiedene Tumor-assoziierte Antigene erkennen, wobei mindestens eines der Tumor-assoziierten Antigene ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen ist. Die Erkennung muss nicht direkt mit einer Hemmung von Aktivität oder Expression des Antigens einhergehen. In diesem Aspekt der Erfindung dient das selektiv auf Tumoren beschränkte Antigen vorzugsweise als Markierung zur Rekrutierung von Effektormechanismen an diesen spezifischen Ort. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Mittel ein cytotoxischer T-Lymphozyt, der das Antigen auf einem HLA-Molekül erkennt und die derartig markierte Zellen lysiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet und somit natürliche oder artifizielle Effektormechanismen zu dieser Zelle rekrutiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein T-Helfer-Lymphozyt, der Effektorfunktionen von anderen Zellen, die spezifisch dieses Antigen erkennen, stärkt.
In einem Aspekt betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung umfassend ein Mittel, das die Expression oder Aktivität eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor- assoziierten Antigens hemmt. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Mittel eine Antisense-Nukleinsäure, die selektiv mit der Nukleinsäure hybridisiert, die für das Tumorassoziierte Antigen kodiert. In einer weiteren Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet. In einer weiteren Ausführungsform umfasst das Mittel mehrere Mittel, die jeweils selektiv die Expression oder Aktivität verschiedener Tumor-assoziierter Antigene hemmen, wobei mindestens eines der Tumorassoziierten Antigene ein erfindungs gemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen ist.
Des weiteren betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung, die ein Mittel umfasst, das bei einer Verabreichung selektiv die Menge an Komplexen zwischen einem HLA-Molekül und einem Peptidepitop aus dem erfindungsgemäß identifizierten Tumorassoziierten Antigen erhöht. Das Mittel umfasst in einer Ausführungsform einen oder mehrere Bestandteile, die aus der Gruppe ausgewählt sind, bestehend aus (i) dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon, (ii) einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon kodiert, (iii) einer Wirtszelle, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimiert, und (iv) isolierten Komplexen zwischen Peptidepitopen aus dem Tumor-assoziierten Antigen und einem MHC-Molekül. In einer Ausführungsform umfasst das Mittel mehrere Mittel, die jeweils selektiv die Menge an Komplexen zwischen MHC- Molekülen und Peptidepitopen verschiedener Tumor-assoziierter Antigene erhöhen, wobei mindestens eines der Tumor-assoziierten Antigene ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen ist.
Des weiteren betrifft die Erfindung eine pharmazeutische Zusammensetzung, die einen oder mehrer Bestandteile umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt sind, bestehend aus (i) einem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon, (ii) einer Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodiert, (iii) einem Antikörper, der an ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon bindet, (iv) einer Antisense-Nukleinsäure, die spezifisch mit einer Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor- assoziiertes Antigen kodiert, hybridisiert, (v) einer Wirtszelle, die ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon exprimiert, und (vi) isolierten Komplexen zwischen einem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem HLA-Molekül.
Eine Nukleinsäure, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodiert, kann in der pharmazeutische Zusammensetzung in einem Expressionsvektor vorliegen und funktioneil mit einem Promotor verbunden sein.
Eine in einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung enthaltene Wirtszelle kann das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon sekretieren, auf der Oberfläche exprimieren oder kann zusätzlich ein HLA-Molekül expri ieren, das an das Tumorassoziierte Antigen oder den Teil davon bindet. In einer Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül endogen. In einer weiteren Ausfuhrungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül und/oder das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon rekombinant. Vorzugsweise ist die Wirtszelle nicht-proliferativ. In einer bevorzugten Ausfuhrungsform ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle,, ein Monozyt oder ein Makrophage.
Ein in einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung enthaltener Antikörper kann ein monoklonaler Antikörper sein. In weiteren Ausfuhrungsformen ist der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper, ein Fragment eines natürlichen Antikörpers, oder ein synthetischer Antikörper, die alle durch kombinatorische Techniken hergestellt werden können. Der Antikörper kann mit einem therapeutisch oder diagnostisch nützlichen Mittel oder Stoff gekoppelt sein.
Eine in einer erfindungs gemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung enthaltene Antisense- Nukleinsäure kann eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure, die für das erfindungsgemäß identifizierte Tumor-assoziierte Antigen kodiert, umfassen.
In weiteren Ausführungsformen bindet ein durch eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung entweder direkt oder durch die Expression einer Nukleinsäure bereitgestelltes Tumor-assoziiertes Antigen oder ein Teil davon an MHC-Moleküle auf der Oberfläche von Zellen, wobei die Bindung vorzugsweise eine cytolytische Reaktion hervorruft und/oder eine Cytokinausschüttung induziert.
Eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung kann einen pharmazeutisch verträglichen Träger und/oder ein Adjuvans umfassen. Das Adjuvans kann aus Saponin, GM- CSF, CpG-Nukleotiden, RNA, einem Cytokin oder einem Chemokin ausgewählt sein. Eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung wird vorzugsweise zur Behandlung einer Erkrankung eingesetzt, die sich durch die selektive Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Erkrankung Krebs.
Des weiteren betrifft die Erfindung Verfahren zur Behandlung, Diagnose und/oder Überwachung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines oder mehrerer Tumor-assoziierter Antigene auszeichnet. In einer Ausführungsform umfasst die Behandlung die Verabreichung einer erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung.
Vorzugsweise ist die Erkrankung Krebs, wobei der Begriff „Krebs" in nicht-begrenzender Weise Leukämien, Seminome, Melanome, Teratome, Gliome, Nieren-, Nebennieren-, Schilddrüsen-, Darm-, Leber-, Colon-, Magen-, Gastrointestinal-, Lymphknoten-, Speiseröhren-, Kolorektal-, Pankreas-, Hals, Nasen, Ohren (HNO)-, Brust-, Prostata-, Gebärmutter-, Ovarial-, und Lungenkrebs und deren Metastasen umfasst.
In einem Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Diagnose einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungs gemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet. Das Verfahren umfasst den Nachweis (i) einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon und/oder (ii) den Nachweis des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, und/oder (iii) den Nachweis eines Antikörpers gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon und/oder (iv) den Nachweis von cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon spezifisch sind in einer aus einem Patienten isolierten biologischen Probe. In bestimmten Ausführungsformen umfasst der Nachweis (i) die Kontaktierung der biologischen Probe mit einem Mittel, das spezifisch an die Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder den Teil davon, an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon, an den Antikörper oder an cytotoxische oder Helfer-T-Lymphozyten, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder Teile davon spezifisch sind, bindet und (ii) den Nachweis der Komplexbildung zwischen dem Mittel und der Nukleinsäure oder dem Teil davon, dem Tumor-assoziierten Antigen oder dem Teil davon, dem Antikörper oder den cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten. In einer Ausführungsform zeichnet sich die Erkrankung durch die Expression oder abnormale Expression mehrerer verschiedener Tumor-assoziierter Antigene aus und der Nachweis umfasst einen Nachweis mehrerer Nukleinsäuren, die für die mehreren verschiedenen Tumorassoziierten Antigene kodieren, oder von Teilen davon, den Nachweis der mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder von Teilen davon, den Nachweis mehrerer Antikörper, die an die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder an Teile davon binden oder den Nachweis mehrerer cytotoxischer oder Helfer-T-Lymphozyten, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene spezifisch sind. In einer weiteren Ausfuhrungsform wird die isolierte biologische Probe aus dem Patienten mit einer vergleichbaren normalen biologischen Probe verglichen.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Bestimmung der Regression, des Verlaufs oder des Ausbruchs einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Überwachung einer Probe aus einem Patienten, der die Erkrankung aufweist oder in Verdacht steht, an der Erkrankung zu erkranken in Bezug auf einen oder mehrere Parameter, die aus der Gruppe ausgewählt sind, bestehend aus (i) der Menge der Nuklemsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teil davon, (ii) der Menge des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, (iii) der Menge an Antikörpern, die an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon binden, und (iv) der Menge an cytolytischen T-Zellen oder Helfer-T-Zellen, die für einen Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem MHC-Molekül spezifisch sind. Vorzugsweise umfasst das Verfahren die Bestimmung des oder der Parameter zu einem ersten Zeitpunkt in einer ersten Probe und zu einem zweiten Zeitpunkt in einer weiteren Probe, wobei durch einen Vergleich der beiden Proben der Verlauf der Erkrankung ermittelt wird. In bestimmten Ausführungsformen zeichnet sich die Erkrankung durch die Expression oder abnormale Expression mehrerer verschiedener Tumor-assoziierter Antigene aus und die Überwachung umfasst eine Überwachung (i) der Menge mehrerer Nukleinsäuren, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene kodieren, oder von Teilen davon und/oder (ii) der Menge der mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder von Teilen davon und/oder (iii) der Menge mehrerer Antikörper, die an die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder an Teile davon binden, und/oder (iv) der Menge mehrerer cytolytischer T-Zellen oder Helfer-T-Zellen, die für Komplexe zwischen den mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigenen oder von Teilen davon und MHC- Molekülen spezifisch sind.
Ein Nachweis einer Nukleinsäure oder eines Teils davon oder eine Überwachung der Menge einer Nukleinsäure oder eines Teils davon kann erfindungsgemäß mit einer Polynukleotid-
Sonde erfolgen, die spezifisch mit der Nukleinsäure oder dem Teil davon hybridisiert, oder kann durch selektive Amplifikation der Nukleinsäure oder des Teils davon erfolgen. In einer Ausführungsform umfasst die Polynukleotid-Sonde eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10- 30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure. In bestimmten Ausfuhrungsformen liegt das nachzuweisende Tumor-assoziierte Antigen oder der Teil davon intrazellulär oder auf der Zelloberfläche vor. Ein Nachweis eines Tumorassoziierten Antigens oder eines Teils davon oder eine Überwachung der Menge eines Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon kann erfindungsgemäß mit einem Antikörper erfolgen, der spezifisch an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon bindet.
In weiteren Ausfuhrungsformen liegt das nachzuweisende Tumor-assoziierte Antigen oder der Teil davon in einem Komplex mit einem MHC-Molekül, insbesondere einem HLA- Molekül vor.
Ein Nachweis eines Antikörpers oder die Überwachung der Menge an Antikörpern kann erfindungs gemäß mit einem Protein oder Peptid erfolgen, das spezifisch an den Antikörper bindet.
Ein Nachweis von cytolytischen T-Zellen oder Helfer-T-Zellen oder die Überwachung der Menge an cytolytischen T-Zellen oder Helfer-T-Zellen, die für Komplexe zwischen einem Antigen oder einem Teil davon und MHC-Molekülen spezifisch sind, kann erfindungsgemäß mit einer Zelle erfolgen, die den Komplex zwischen dem Antigen oder dem Teil davon und einem MHC-Molekül präsentiert.
Die für einen Nachweis oder für eine Überwachung verwendete Polynukleotid-Sonde, der Antikörper, das Protein oder Peptid oder die Zelle sind vorzugsweise nachweisbar markiert. In bestimmten Ausführungsformen ist der nachweisbare Marker ein radioaktiver Marker oder ein Enzymmarker. Der Nachweis von T-Lymphozyten kann zusätzlich durch Nachweis ihrer Proliferation, ihrer Zytokinproduktion, sowie ihrer cytotoxischen Aktivität erfolgen, die durch die spezifische Stimulation mit dem Komplex aus MHC und Tumor-assoziiertem Antigen oder Teilen davon ausgelöst wird. Der Nachweis von T-Lymphozyten kann ferner durch ein rekombinantes MHC-Molekül oder auch einen Komplex aus mehreren MHC-Molekülen, die mit dem jeweiligen immunogenen Fragment aus einem oder mehreren der Tumor-assoziierten Antigene beladen sind, und durch Kontaktierung des spezifischen T-Zell-Rezeptors erfolgen, wodurch spezifische T-Lymphozyten identifiziert werden können. In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Behandlung, Diagnose oder Überwachung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungs gemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Verabreichung eines Antikörpers, der an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon bindet und mit einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel oder Stoff gekoppelt ist. Der Antikörper kann ein monoklonaler Antikörper sein. In weiteren Ausfuhrungsformen ist der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper oder ein Fragment eines natürlichen Antikörpers.
In manchen Ausführungsformen erfolgen die erfindungsgemäßen Verfahren zur Diagnose oder Überwachung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, mit Hilfe von oder durch Nachweis von disseminierenden Tumorzellen oder von Tumormetastasen. Ein Nachweis disseminierender Tumorzellen kann beispielsweise im Blut, Serum, Knochenmark, Sputum, Bronchialaspirat und/oder Bronchiallavage erfolgen.
Die Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Behandlung eines Patienten mit einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend (i) die Entfernung einer Probe mit immunreaktiven Zellen aus dem Patienten, (ii) die Kontaktierung der Probe mit einer Wirtszelle, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimiert, unter Bedingungen, die eine Produktion cytolytischer T-Zellen gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon begünstigen, und (iii) das Einbringen der cytolytischen T- Zellen in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, Zellen zu lysieren, die das Tumor- assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimieren. Die Erfindung betrifft ebenfalls die Klonierung des T-Zell-Rezeptors von cytolytischen T-Zellen gegen das Tumor-assoziierte Antigen. Dieser kann in andere T-Zellen transferiert werden, die damit die erwünschte Spezifität erhalten und wie unter (iii) in den Patienten eingebracht werden können.
In einer Ausfuhrungsform exprimiert die Wirtszelle ein HLA-Molekül endogen. In einer weiteren Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle ein HLA-Molekül und/oder das Tumorassoziierte Antigen oder den Teil davon rekombinant. Vorzugsweise ist die Wirtszelle nicht- proliferativ. In einer bevorzugten Ausfuhrungsform ist die Wirtszelle eine Antigen- präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder ein Makrophage.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Behandlung eines Patienten mit einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumorassoziierten Antigens auszeichnet, umfassend (i) die Identifizierung einer für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen kodierenden Nukleinsäure, die von Zellen exprimiert wird, die mit der Erkrankung assoziiert sind, (ii) die Transfektion einer Wirtszelle mit der Nukleinsäure oder einem Teil davon, (iii) die Kultivierung der transfizierten Wirtszelle für eine Expression der Nukleinsäure (dies ist bei Erreichen einer hohen Transfektionsrate nicht obligat), und (iv) das Einbringen der Wirtszellen oder eines Extrakts davon in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, die Immunreaktion gegen die Zellen des Patienten, die mit der Erkrankung assoziiert sind, zu erhöhen. Das Verfahren kann ferner die Identifizierung eines MHC-Moleküls, das das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentiert, umfassen, wobei die Wirtszelle das identifizierte MHC-Molekül exprimiert und das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentiert. Die Immunreaktion kann eine B-Zellen-Reaktion oder eine T-Zellen-Reaktion umfassen. Des weiteren kann eine T-Zellen-Reaktion die Produktion von cytolytischen T-Zellen und/oder Helfer-T-Zellen umfassen, die spezifisch für die Wirtszellen sind, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentieren oder spezifisch für Zellen des Patienten sind, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimieren.
Die Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Behandlung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines erfindungs gemäß identifizierten Tumor- assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend (i) die Identifikation von Zellen aus dem Patienten, die abnormale Mengen des Tumor-assoziierten Antigens exprimieren, (ii) die Isolierung einer Probe der Zellen, (iii) die Kultivierung der Zellen und (iv) das Einbringen der Zellen in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, eine Immunreaktion gegen die Zellen auszulösen.
Vorzugsweise sind die erfindungsgemäß verwendeten Wirtszellen nicht-proliferativ oder werden nicht-proliferativ gemacht. Eine Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, ist insbesondere Krebs. Des weiteren betrifft die vorliegende Erfindung eine Nukleinsäure, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 3-5, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist, und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist. Des weiteren betrifft die Erfindung eine Nukleinsäure, die für ein Protein oder Polypeptid kodiert, das eine Aminosäuresequenz umfasst, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 10, 12-14 und 146-150, einem Teil oder Derivat davon.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung Promotorsequenzen von erfindungsgemäßen Nukleinsäuren. Diese können funktionell mit einem anderen Gen vorzugsweise in einem Expressionsvektor verbunden werden und somit die selektive Expression dieses Gens in entsprechenden Zellen gewährleisten.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein rekombinantes Nukleinsäuremolekül, insbesondere DNA- oder RNA-Molekül, das eine erfindungsgemäße Nukleinsäure umfasst.
Die Erfindung betrifft auch Wirtszellen, die eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein rekombinantes Nukleinsäuremolekül, das eine erfindungs gemäße Nukleinsäure umfasst, enthalten.
Die Wirtszelle kann ferner eine Nukleinsäure umfassen, die für ein HLA-Molekül kodiert. In einer Ausführungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül endogen. In einer weiteren Ausfuhrungsform exprimiert die Wirtszelle das HLA-Molekül und/oder die erfindungsgemäße Nukleinsäure oder einen Teil davon rekombinant. Vorzugsweise ist die Wirtszelle nicht-proliferativ. In einer bevorzugten Ausfuhrungsform ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder ein Makrophage.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung Oligonukleotide, die mit einer erfindungsgemäß identifizierten Nukleinsäure hybridisieren und als genetische Sonden oder als "Antisense"-Moleküle verwendet werden können. Nukleinsäuremoleküle in der Form von Oligonukleotid-Primern oder kompetenten Proben, die mit einer erfindungsgemäß identifizierten Nukleinsäure oder Teilen davon hybridisieren, können zum Auffinden von Nukleinsäuren verwendet werden, die zu der erfindungsgemäß identifizierten Nukleinsäure homolog sind. PCR-Amplifikation, Southern- und Northern-Hybridisierung können zum Auffinden homologer Nukleinsäuren eingesetzt werden. Die Hybridisierung kann unter niedrig-, besser unter mittel- und am besten unter hoch-stringenten Bedingungen erfolgen. Der Begriff „stringente Bedingungen" betrifft erfindungsgemäß Bedingungen, die eine spezifische Hybridisierung zwischen Polynukleotiden erlauben.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Protein, Polypeptid oder Peptid, das von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 3-5, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist, und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist. In einer bevorzugten Ausfuhrungsform betrifft die Erfindung ein Protein oder Polypeptid oder Peptid, das eine Aminosäuresequenz umfasst, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 10, 12-14 und 146-150, einem Teil oder Derivat davon.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein immunogenes Fragment eines erfindungs gemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens. Das Fragment bindet vorzugsweise an einen menschlichen HLA-Rezeptor oder menschlichen Antikörper. Vorzugsweise umfasst ein erfindungsgemäßes Fragment eine Sequenz von mindestens 6, insbesondere mindestens 8, mindestens 10, mindestens 12, mindestens 15, mindestens 20, mindestens 30 oder mindestens 50 Aminosäuren.
In diesem Aspekt betrifft die Erfindung insbesondere ein Peptid, das eine Sequenz, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 17-19, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-
116, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon aufweist oder umfasst. In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung ein Mittel, das an ein erfmdungs gemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder an einen Teil davon bindet. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Mittel ein Antikörper. In weiteren Ausführungsformen ist der Antikörper ein chimärer, ein humanisierter oder mit kombinatorischen Techniken hergestellter Antikörper oder ein Fragment eines Antikörpers. Des weiteren betrifft die Erfindung einen Antikörper, der selektiv an einen Komplex aus (i) einem erfindungsgemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und (ii) einem MHC- Molekül bindet, an das das erfindungsgemäß identifizierte Tumor-assoziierte Antigen oder der Teil davon bindet, wobei der Antiköper nicht alleine an (i) oder (ii) bindet. Ein erfmdungs gemäßer Antikörper kann ein monoklonaler Antikörper sein. In weiteren Ausführungsfoπnen ist der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper oder ein Fragment eines natürlichen Antikörpers.
Insbesondere betrifft die Erfindung ein solches Mittel, insbesondere einen Antikörper, das/der spezifisch an ein Peptid bindet, das eine Sequenz ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 17-19, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon aufweist oder umfasst.
Hinsichtlich Claudin-18 betrifft die Erfindung auch Mittel, insbesondere Antikörper, die spezifisch an eine Variante von Claudin-18 binden. In einer Ausführungsform bindet das Mittel, insbesondere ein Antikörper, spezifisch an die Variante Claudin-18A1 (SEQ ID NO: 118). In einer anderen Ausführungsform bindet das Mittel, insbesondere ein Antikörper, spezifisch an die Variante Claudin-18A2 (SEQ ID NO: 16). Solche spezifischen Antikörper können beispielweise durch Immunisieren mit den in Beispiel 4 beschriebenen Peptiden erhalten werden. <-
Des weiteren betrifft die Erfindung hinsichtlich Claudin-18 Mittel, insbesondere Antikörper, die spezifisch an eine Form von Claudin-18A2 binden, die ein bestimmtes Glykosylierungmuster aufweist. In einer Ausführungsform bindet das Mittel, insbesondere ein Antikörper, spezifisch an eine Form von Claudin-18A2, die an einer oder mehreren möglichen Glykosylierungsstellen nicht-glykosyliert ist. In einer anderen Ausführungsform bindet das Mittel, insbesondere ein Antikörper, spezifisch an eine Form von Claudin-18A2, die an einer oder mehreren möglichen Glykosylierungsstellen glykosyliert ist. Vorzugsweise betrifft eine derartige mögliche Glykosylierungsstelle eine oder mehrere Positionen, die aus der Gruppe ausgewählt sind, bestehend aus den Aminόsäurepositionen 37, 38, 45, 116, 141, 146 und 205 von Claudin-18A2. Des weiteren betrifft eine derartige mögliche Glykosylierung vorzugsweise eine N-Glykosylierung.
Ein für eine Variante bzw. Form von Claudin-18 spezifisches Mittel, insbesondere ein für eine Variante bzw. Form von Claudin-18 spezifischer Antikörper, meint in diesem Zusammenhang, dass das Mittel bzw. der Antikörper stärker an die Variante bzw. Form für die es/er spezifisch ist, bindet als an eine andere Variante bzw. Form. Ein Mittel, insbesondere Antikörper, bindet stärker an eine erste Variante bzw. Form oder an ein erstes Epitop im Vergleich zu einer zweiten Variante bzw. Form oder einem zweiten Epitop, wenn es/er an die erste Variante bzw. Form oder an das erste Epitop mit einer Dissoziationskonstante (KD) bindet, die geringer ist als die Dissoziationskonstante für die zweite Variante bzw. Form oder das zweite Epitop. Vorzugsweise ist die Dissoziationskonstante (KD) für die Variante bzw. Form oder das Epitop, an die/das das Mittel, insbesondere ein Antikörper, spezifisch bindet mehr als 10-fach, vorzugsweise mehr als 20-fach, mehr bevorzugt mehr als 50-fach, noch mehr bevorzugt mehr als 100-fach und insbesondere mehr als 200-fach, 500-fach oder 1000- fach geringer als die Dissoziationskonstante (KD) für die Variante bzw. Form oder das Epitop, an die/das das Mittel, insbesondere ein Antikörper, nicht spezifisch bindet. Vorzugsweise bindet ein Mittel, insbesondere ein Antikörper, nicht oder im wesentlichen nicht an die Variante bzw. Form oder das Epitop für die/das das Mittel, insbesondere der Antikörper, nicht spezifisch ist.
Die vorstehend beschriebenen Mittel, insbesondere Antikörper und Derivate davon wie hierin beschrieben, die an eine Variante bzw. Form von Claudin-18 spezifisch binden, sind auch für eine Verwendung in den erfindungsgemäßen Zusammensetzungen und Verfahren vorgesehen.
Des weiteren betrifft die Erfindung ein Konjugat zwischen einem erfmdungs gemäßen Mittel, das an ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen oder an einen Teil davon bindet, oder einem erfindungsgemäßen Antikörper und einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel oder Stoff. In einer Ausführungsform ist das therapeutische oder diagnostische Mittel ein Toxin.
In einem weiteren Aspekt betrifft die Erfindung einen Kit zum Nachweis der Expression oder abnormalen Expression eines erfmdungs gemäß identifizierten Tumor-assoziierten Antigens, umfassend Mittel zum Nachweis (i) der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon, (ii) des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, (iii) von Antikörpern, die an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon binden, und/oder (iv) von T-Zellen, die für einen Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem MHC-Molekül spezifisch sind. In einer Ausführungsform sind die Mittel zum Nachweis der Nukleinsäure oder des Teils davon Nukleinsäuremoleküle für die selektive Amplifikation der Nukleinsäure, die insbesondere eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure umfassen.
Detaillierte Beschreibung der Erfindung
Erfindungsgemäß werden Gene beschrieben, die in Tumorzellen selektiv exprimiert oder aberrant exprimiert werden und Tumor-assoziierte Antigene darstellen.
Erfindungsgemäß sind diese Gene und/oder deren Genprodukte und/oder ihre Derivate und/oder Teile bevorzugte Zielstrukturen für therapeutische Ansätze. Konzeptionell können die therapeutischen Ansätze auf eine Hemmung der Aktivität des selektiv exprimierten Tumor-assoziierten Genproduktes zielen. Dies ist dann sinnvoll, wenn die aberrante respektive selektive Expression funktioneil von tumorpathogenetischer Bedeutung ist und ihre Unterbindung mit einer selektiven Schädigung der entsprechenden Zellen einhergeht. Andere therapeutische Konzepte betrachten Tumor-assoziierte Antigene als Markierungen, die Effektormechanismen mit zeilschädigendem Potential selektiv zu Tumorzellen rekrutieren. Hierbei ist die Funktion des Zielmoleküls selbst und seine Rolle bei der Tumorentstehung ''* vollkommen unerheblich.
Mit "Derivat" einer Nukleinsäure ist erfmdungsgemäß gemeint, dass einzelne oder multiple Nukleotidsubstitutionen, -deletionen und/oder -additionen in der Nukleinsäure vorliegen. Weiterhin umfasst der Begriff „Derivat" auch eine chemische Derivatisierung einer Nukleinsäure an einer Nukleotidbase, am Zucker oder am Phosphat. Der Begriff „Derivat" umfasst auch Nukleinsäuren, die nicht in der Natur vorkommende Nukleotide und Nukleotidanaloga enthalten. Eine Nukleinsäure ist erfindungsgemäß vorzugsweise Desoxyribonukleinsäure (DNA) oder Ribonukleinsäure (RNA). Nukleinsäuren umfassen erfindungsgemäß genomische DNA, cDNA, mRNA, rekombinant hergestellte und chemisch synthetisierte Moleküle. Eine Nukleinsäure kann erfindungsgemäß als einzelsträngiges oder doppelsträngiges und lineares oder kovalent kreisförmig geschlossenes Molekül vorliegen.
Die erfindungsgemäß beschriebenen Nukleinsäuren sind vorzugsweise isoliert. Der Begriff "isolierte Nukleinsäure" bedeutet erfindungsgemäß, dass die Nukleinsäure (i) in vitro amplifiziert wurde, zum Beispiel durch Polymerase-Kettenreakfion (PCR), (ii) rekombinant durch Klonierung produziert wurde, (iii) gereinigt wurde, zum Beispiel durch Spaltung und gelelektrophoretische Auftrennung, oder (iv) synthetisiert wurde, zum Beispiel durch chemische Synthese. Eine isolierte Nukleinsäure ist eine Nukleinsäure, die für eine Manipulierung durch rekombinante DNA-Techniken zur Verfügung steht.
Eine Nukleinsäure ist dann zu einer anderen Nukleinsäure „komplementär", wenn die beiden Sequenzen miteinander hybridisieren und ein stabiles Duplex eingehen können, wobei die Hybridisierung vorzugsweise unter Bedingungen erfolgt, die eine spezifische Hybridisierung zwischen Polynukleotiden erlauben (stringente Bedingungen). Stringente Bedingungen sind beispielsweise in Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook et al., Hrsg., 2. Auflage, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989 oder Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel et al., Hrsg., John Wiley & Sons, Inc., New York beschrieben und betreffen beispielsweise die Hybridisierung bei 65°C in Hybridisierungspuffer (3,5 x SSC, 0,02% Ficoll, 0,02% Polyvinylpyrrolidon, 0,02% Rinderserumalbumin, 2,5mM NaH2PO (pH7), 0,5% SDS, 2mM EDTA). SSC ist 0,15 M Natriumchlorid/ 0,15 M Natriumeitrat, pH 7. Nach der Hybridisierung wird die Membran, auf die die DNA übertragen wurde beispielsweise in 2 x SSC bei Raumtemperatur und sodann in 0,1 - 0,5 x SSC/ 0,1 x SDS bei Temperaturen bis 68°C gewaschen.
Komplementäre Nukleinsäuren weisen erfmdungs gemäß mindestens 40%, insbesondere mindestens 50%, mindestens 60%, mindestens 70%, mindestens 80%, mindestens 90% und vorzugsweise mindestens 95%, mindestens 98% oder mindestens 99% Identität der Nukleotide auf. Nukleinsäuren, die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, können erfindungsgemäß alleine oder in Kombination mit anderen Nukleinsäuren, insbesondere heterologen Nukleinsäuren, vorliegen. In bevorzugten Ausführungsformen liegt eine Nukleinsäure funktioneil in Verbindung mit Expressionskontrollsequenzen oder regulatorischen Sequenzen vor, die in Bezug zu der Nukleinsäure homolog oder heterolog sein können. Eine kodierende Sequenz und eine regulatorische Sequenz sind dann "funktioneU" miteinander verbunden, falls sie derart kovalent miteinander verknüpft sind, dass die Expression oder Transkription der kodierenden Sequenz unter der Kontrolle oder unter dem Einfluss der regulatorischen Sequenz steht. Falls die kodierende Sequenz in ein funktionelles Protein translatiert werden soll, fuhrt bei einer funktioneilen Verbindung einer regulatorischen Sequenz mit der kodierenden Sequenz eine Induktion der regulatorischen Sequenz zu einer Transkription der kodierenden Sequenz, ohne dass es zu einer Leserasterverschiebung in der kodierenden Sequenz oder zu einem Unvermögen der kodierenden Sequenz kommt, in das gewünschte Protein oder Peptid translatiert zu werden.
Der Begriff „Expressionskontrollsequenz" oder „regulatorische Sequenz" umfasst erfindungsgemäß Promotoren, Enhancer und andere Kontrollelemente, die die Expression eines Gens steuern. In bestimmten erfindungsgemäßen Ausführungsformen sind die Expressionskontrollsequenzen regulierbar. Die genaue Struktur von regulatorischen Sequenzen kann speziesabhängig oder zelltypusabhängig variieren, umfasst jedoch im allgemeinen 5'-nicht-transkribierte und 5'-nicht-translatierte Sequenzen, die an der Initiation der Transkription bzw. Translation beteiligt sind wie TATA-Box, Capping-Sequenz, CAAT- Sequenz und ähnliches. Insbesondere umfassen 5'-nicht-transkribierte Regulationssequenzen eine Promotorregion, die eine Promotorsequenz für eine transkriptioneile Kontrolle des funktionell verbundenen Gens einschließt. Regulatorische Sequenzen können auch Enhancer-
Sequenzen oder stromaufwärts gelegene Aktivatorsequenzen umfassen.
Zum einen können also die hier dargestellten Tumor-assoziierten Antigene mit beliebigen Expressionskontrollsequenzen und Promotoren kombiniert werden. Zum anderen aber können erfindungsgemäß die Promotoren der hier dargestellten Tumor-assoziierten Genprodukte mit beliebigen anderen Genen kombiniert werden. Dies erlaubt, die selektive Aktivität dieser Promotoren zu nutzen. Des weiteren kann eine Nukleinsäure erfindungsgemäß in Verbindung mit einer anderen Nukleinsäure vorliegen, die für ein Polypeptid kodiert, das eine Sekretion des durch die Nukleinsäure kodierten Proteins oder Polypeptids aus einer Wirtszelle steuert. Auch kann eine Nukleinsäure erfindungsgemäß in Verbindung mit einer anderen Nukleinsäure vorliegen, die für ein Polypeptid kodiert, das eine Verankerung des kodierten Proteins oder Polypeptids auf der Zellmembran der Wirtszelle oder seine Kompartimentalisierung in bestimmte Organellen dieser Zelle herbeiführt. Gleichermaßen kann eine Verbindung mit einer Nuklemsäure erfolgen, die ein Repqrtergen oder einen beliebigen „Tag" darstellt.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist ein rekombinantes DNA-Molekül erfindungs gemäß ein Vektor, gegebenenfalls mit einem Promotor, der die Expression einer Nukleinsäure, z.B. einer Nukleinsäure, die für eine erfindungsgemäßes Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, steuert. Der Begriff "Vektor" wird dabei in seiner allgemeinsten Bedeutung verwendet und umfasst jegliche intermediären Vehikel für eine Nuklemsäure, die es z.B. ermöglichen, die Nukleinsäure in prokaryotische und/oder in eukaryotische Zellen einzubringen und gegebenenfalls in ein Genom zu integrieren. Solche Vektoren werden vorzugsweise in der Zelle repliziert und/oder exprimiert. Ein intermediäres Vehikel kann z.B. für den Gebrauch bei der Elel troporation, beim Mikroprojektilbeschuss, bei der liposomalen Verabreichung, beim Transfer mit Hilfe von Agrobakterien oder bei der Insertion über DNA- oder RNA- Viren angepasst sein. Vektoren umfassen Plasmide, Phagemide oder Virusgenome.
Die Nukleinsäuren, die für ein erfindungsgemäß identifiziertes Tumor-assoziiertes Antigen kodieren, können für eine Transfektion von Wirtszellen eingesetzt werden. Mit Nukleinsäuren ist dabei sowohl rekombinante DNA wie auch RNA gemeint. Rekombinante RNA kann durch in vitro-Transkription von einer DNA-Matritze hergestellt werden. Sie kann des weiteren vor Applikation durch stabilisierende Sequenzen, Capping und Poly-Adenylierung modifiziert werden.
Der Begriff „Wirtszelle" betrifft erfindungsgemäß jede Zelle, die mit einer exogenen Nukleinsäure transformierbar oder transfizierbar ist. Der Begriff „Wirtszellen" umfasst erfindungs gemäß prokaryontische (z.B. E. coli) oder eukaryontische (z.B. dendritische Zellen, B-Zellen, CHO-Zellen, COS-Zellen, K562-Zellen, Hefezellen und Insektenzellen). Besonders bevorzugt sind Säugerzellen wie Zellen aus Mensch, Maus, Hamster, Schwein, Ziege, Primaten. Die Zellen können aus einer Vielzahl von Gewebetypen abgeleitet sein und umfassen primäre Zellen und Zelllinien. Spezifische Beispiele umfassen Keratinozyten, periphere Blutleukozyten, Stammzellen des Knochenmarks und embryonale Stammzellen. In weiteren Ausführungsformen ist die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle, insbesondere eine dendritische Zelle, ein Monozyt oder ein Makrophage. Eine Nukleinsäure kann in der Wirtszelle in einer einzigen oder in mehreren Kopien vorliegen und wird in einer Ausführungsform in der Wirtszelle exprimiert.
Der Begriff "Expression" wird erfindungsgemäß in seiner allgemeinsten Bedeutung verwendet und umfasst die Produktion von RNA oder von RNA und Protein. Er umfasst auch eine teilweise Expression von Nukleinsäuren. Des weiteren kann die Expression transient oder stabil erfolgen. Bevorzugte Expressionssysteme in Säugerzellen umfassen pcDNA3.1 und pRc/CMV (Invitrogen, Carlsbad, CA), die einen selektierbaren Marker enthalten wie ein Gen, das eine Resistenz gegenüber G418 verleiht (und somit eine Selektion stabil transfizierter Zelllinien ermöglicht) und die Enhancer-Promotor-Sequenzen von Cytomegalovirus (CMV) .
In den Fällen der Erfindung, in denen ein HLA-Molekül ein Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon präsentiert, kann ein Expressionsvektor auch eine Nukleinsäuresequenz umfassen, die für das HLA-Molekül kodiert. Die Nukleinsäuresequenz, die für das HLA- Molekül kodiert, kann auf demselben Expressionsvektor wie die Nukleinsäure, die für das
Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon kodiert, vorliegen oder beide Nukleinsäuren können auf verschiedenen Expressionsvektoren vorliegen. Im letzteren Fall können die beiden Expressionsvektoren in eine Zelle cotransfiziert werden. Falls eine Wirtszelle weder das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon noch das HLA-Molekül exprimiert, werden beide dafür kodierenden Nukleinsäuren entweder auf demselben Expressionsvektor oder auf verschiedenen Expressionsvektoren in die Zelle transfiziert. Falls die Zelle bereits das HLA- Molekül exprimiert, kann nur die Nukleinsäuresequenz, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon kodiert, in die Zelle transfiziert werden.
Erfindungsgemäß umfasst sind Kits zur Amplifikation einer Nukleinsäure, die für ein Tumorassoziiertes Antigen kodiert. Solche Kits umfassen beispielsweise ein Paar von Amplifikationsprimern, die an die Nukleinsäure hybridisieren, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert. Die Primer umfassen vorzugsweise eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10- 30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure und sind nicht- überlappend, um die Bildung von Primer-Dimeren zu vermeiden. Einer der Primer wird an einen Strang der Nukleinsäure hybridisieren, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, und der andere Primer wird an den komplementären Strang in einer Anordnung hybridisieren, die eine Amplifikation der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, erlaubt.
"Antisense"-Moleküle oder „Antisense"-Nukleinsäuren können zur Regulierung, insbesondere der Reduktion der Expression einer Nukleinsäure verwendet werden. Der Begriff "Antisense-Molekül" oder "Antisense-Nukleinsäure" betrifft erfindungsgemäß ein Oligonukleotid, das ein Oligoribonukleotid, Oligodesoxyribonukleotid, modifiziertes Oligoribonukleotid oder modifiziertes Oligodesoxyribonukleotid ist und das unter physiologischen Bedingungen an DNA, die ein bestimmtes Gen umfasst, oder mRNA dieses Gens hybridisiert, wodurch die Transkription dieses Gens und/oder die Translation dieser mRNA gehemmt wird. Ein "Antisense-Molekül" umfasst erfindungsgemäß auch ein Konstrukt, das eine Nukleinsäure oder einen Teil davon in reverser Orientierung in Bezug auf ihren natürlichen Promotor enthält. Ein Antisense-Transkript einer Nukleinsäure oder eines Teils davon kann eine Duplex mit der natürlich vorkommenden mRNA, die das Enzym spezifiziert, eingehen und so eine Akkumulation von oder die Translation der mRNA in das aktive Enzym verhindern. Eine weitere Möglichkeit ist die Verwendung von Ribozymen zur Inaktivierung einer Nukleinsäure. Bevorzugte erfindungsgemäße Antisense-Oligonukleotide weisen eine Sequenz von 6-50, insbesondere 10-30, 15-30 oder 20-30 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Ziel-Nukleinsäure auf und sind vorzugsweise vollständig zu der Ziel- Nukleinsäure oder einem Teil davon komplementär.
In bevorzugten Ausführungsformen hybridisiert das Antisense-Oligonukleotid mit einer N- terminalen oder 5'-stromaufwärts gelegenen Stelle wie einer Translationsinitiations-, Transkriptionsinitiations- oder Promotorstelle. In weiteren Ausführungsformen hybridisiert das Antisense-Oligonukleotid mit einer 3'-nicht-translatierten Region oder mRNA-Splicing- Stelle.
In einer Ausführungsform besteht ein erfindungsgemäßes Oligonukleotid aus Ribonukleotiden, Desoxyribonukleotiden oder einer Kombination davon. Dabei sind das 5'- Ende eines Nukleotids und das 3'-Ende eines anderen Nukleotids durch eine Phosphodiesterbindung miteinander verknüpft. Diese Oligonukleotide können in herkömmlicher Weise synthetisiert oder rekombinant produziert werden.
In bevorzugten Ausführungsformen ist ein erfindungsgemäßes Oligonukleotid ein "modifiziertes" Oligonukleotid. Dabei kann das Oligonukleotid, um beispielsweise seine Stabilität oder therapeutische Wirksamkeit zu erhöhen, auf verschiedenste Art und Weise modifiziert sein ohne dass seine Fähigkeit, an sein Ziel zu binden, beeinträchtigt wird. Der Begriff "modifiziertes Oligonukleotid" bedeutet erfindungsgemäß ein Oligonukleotid, bei dem (i) mindestens zwei seiner Nukleotide durch eine synthetische Internukleosidbindung (d.h. eine Internukleosidbindung, die keine Phosphodiesterbindung ist) miteinander verknüpft sind und/oder (ii) eine chemische Gruppe kovalent mit dem Oligonukleotid verbunden ist, die normalerweise nicht bei Nukleinsäuren auftritt. Bevorzugte synthetische Internukleosidbindungen sind Phosphorothioate, Alkylphosphonate, Phosphorodithioate, Phosphatester, Alkylphosphonothioate, Phosphoramidate, Carbamate, Carbonate, Phosphattriester, Acetamidate, Carboxymethylester und Peptide.
Der Begriff "modifiziertes Oligonukleotid" umfasst auch Oligonukleotide mit einer kovalent modifizierten Base und/oder Zucker. "Modifizierte Oligonukleotide" umfassen beispielsweise Oligonukleotide mit Zuckerresten, die kovalent an organische Gruppen mit einem geringen Molekulargewicht gebunden sind, die keine Hydroxylgruppe an der 3'-Position und keine Phosphatgruppe an der 5 '-Position sind. Modifizierte Oligonukleotide können beispielsweise einen 2'-O-alkylierten Riboserest oder einen anderen Zucker anstelle von Ribose wie Arabinose umfassen.
Die erfindungsgemäß beschriebenen Proteine und Polypeptide sind vorzugsweise isoliert. Die
Begriffe "isoliertes Protein" oder "isoliertes Polypeptid" bedeuten, dass das Protein oder Polypeptid von seiner natürlichen Umgebung getrennt ist. Ein isoliertes Protein oder P,olypeptid kann in einem im Wesentlichen aufgereinigten Zustand vorliegen. Der Begriff "im Wesentlichen aufgereinigt" bedeutet, dass das Protein oder Polypeptid im Wesentlichen frei von anderen Substanzen vorliegt, mit denen es in der Natur oder in vivo vorliegt.
Solche Proteine und Polypeptide dienen beispielsweise der Herstellung von Antikörpern und sind in einem immunologischen oder diagnostischen Assay oder als Therapeutika einsetzbar. Erfindungsgemäß beschriebene Proteine und Polypeptide können aus biologischen Proben wie Gewebe- oder Zellhomogenaten isoliert werden und können auch rekombinant in einer Vielzahl pro- oder eukaryontischer Expressionssysteme exprimiert werden.
„Derivate" eines Proteins oder Polypeptids oder einer Aminosäuresequenz im Sinne dieser Erfindung umfassen Aminosäure-Insertionsvarianten, Aminosäure-Deletionsvarianten und/oder Aminosäure-Substitutionsvarianten.
Aminosäure-Insertionsvarianten umfassen amino- und/oder carboxyterminale Fusionen, sowie Insertionen von einzelnen oder mehreren Aminosäuren in einer bestimmten Aminosäuresequenz. Bei Aminosäure-Sequenzvarianten mit einer Insertion werden ein oder mehrere Aminosäurereste in eine vorbestimmte Stelle in einer Aminosäuresequenz eingebracht, obwohl eine zufällige Insertion mit geeignetem Screening des resultierenden Produkts auch möglich ist. Aminosäure-Deletionsvarianten sind durch das Entfernen von einer oder mehreren Aminosäuren aus der Sequenz charakterisiert. Aminosäure- Substitutionsvarianten zeichnen sich dadurch aus, dass wenigstens ein Rest in der Sequenz entfernt und ein anderer Rest an dessen Stelle eingefügt wird. Vorzugsweise befinden sich die Modifikationen an Positionen in der Aminosäuresequenz, die zwischen homologen Proteinen oder Polypeptiden nicht konserviert sind. Vorzugsweise werden Aminosäuren durch andere mit ähnlichen Eigenschaften ersetzt, wie Hydrophobizität, Hydrophilizität, Elektronegativität, Volumen der Seitenkette und ähnliches (konservative Substitution). Konservative Substitutionen betreffen beispielsweise den Austausch einer Aminosäure durch eine andere, nachstehend in derselben Gruppe wie die substituierte Aminosäure aufgeführte Aminosäure:
1. kleine aliphatische, nicht-polare oder leicht-polare Reste: Ala, Ser, Thr (Pro, Gly) 2. negativ geladene Reste und ihre Amide: Asn, Asp, Glu, Gin
3. positiv geladene Reste: His, Arg, Lys
4. große aliphatische, nicht-polare Reste: Met, Leu, Ile, Val (Cys)
5. große aromatische Reste: Phe, Tyr, Trp.
Drei Reste sind aufgrund ihrer besonderen Rolle für die Proteinarchitektur in Klammern gesetzt. Gly ist der einzige Rest ohne eine Seitenkette und verleiht der Kette somit Flexibilität. Pro besitzt eine ungewöhnliche Geometrie, die die Kette stark einschränkt. Cys kann eine Disulfidbrücke bilden. Die oben beschriebenen Aminosäure-Varianten können leicht mit Hilfe von bekannten Peptidsynthesetecnniken wie z.B. durch „Solid Phase Synthesis" (Merrifield, 1964) und ähnliche Verfahren oder durch rekombinante DNA-Manipulation hergestellt werden. Techniken, um Substitutionsmutationen an vorbestimmten Stellen in DNA einzubringen, die eine bekannte oder teilweise bekannte Sequenz besitzt, sind gut bekannt und umfassen z.B. M13-Mutagenese. Die Manipulation von DNA-Sequenzen zur Herstellung von Proteinen mit Substitutionen, Insertionen oder Deletionen ist z.B. in Sambrook et. al. (1989) ausführlich beschrieben.
„Derivate" von Proteinen, Polypeptiden oder Peptiden umfassen erfindungsgemäß auch einzelne oder multiple Substitutionen, Deletionen und/oder Additionen jeglicher Moleküle, die mit dem Enzym assoziiert sind, wie Kohlenhydrate, Lipide und/oder Proteine, Polypeptide oder Peptide. Ferner erstreckt sich der Begriff "Derivat" auch auf alle funktioneilen chemischen Äquivalente der Proteine, Polypeptide oder Peptide.
Ein Teil oder Fragment eines Tumor-assoziierten Antigens weist erfϊndungsgemäß eine funktioneile Eigenschaft des Polypeptids auf, aus dem es abgeleitet ist. Solche funktionellen Eigenschaften umfassen die Interaktion mit Antikörpern, die Interaktion mit anderen Polypeptiden oder Proteinen, die selektive Bindung von Nukleinsäuren und eine enzymatische Aktivität. Eine bedeutende Eigenschaft ist die Fähigkeit, einen Komplex mit HLA einzugehen und gegebenenfalls eine Immunreaktion zu erzeugen. Diese Immunreaktion kann auf Stimulation von cytotoxischen oder Helfer T-Zellen beruhen. Vorzugsweise umfasst ein erfindungsgemäßer Teil oder Fragment eines Tumor-assoziierten Antigens eine Sequenz von mindestens 6, insbesondere mindestens 8, mindestens 10, mindestens 12, mindestens 15, mindestens 20, mindestens 30 oder mindestens 50 aufeinanderfolgenden Aminosäuren aus dem Tumor-assoziierten Antigen.
Ein Teil oder ein Fragment einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, betrifft erfindungsgemäß den Teil der Nukleinsäure, der zumindest für das Tumor- assoziierte Antigen kodiert und/oder für einen Teil oder ein Fragment des Tumor-assoziierten Antigens wie vorstehend definiert kodiert.
Die Isolierung und Identifizierung von Genen, die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, ermöglicht auch die Diagnose einer Erkrankung, die sich durch die Expression von einem oder mehreren Tumor-assoziierten Antigenen auszeichnet. Diese Verfahren umfassen die Bestimmung einer oder mehrerer Nukleinsäuren, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodieren, und/oder die Bestimmung der kodierten Tumor-assoziierten Antigene und/oder von davon abgeleiteten Peptiden. Eine Bestimmung der Nukleinsäure kann in herkömmlicher Weise erfolgen, einschließlich durch Polymerase-Kettenrealction oder Hybridisierung mit einer markierten Sonde. Eine Bestimmung von Tumor-assoziierten Antigenen oder davon abgeleiteten Peptiden kann durch ein Screening von Patienten-Antiseren in Bezug auf eine Erkennung des Antigens und/oder der Peptide erfolgen. Sie kann auch durch ein Screening von T-Zellen des Patienten auf Spezifität für das entsprechende Tumor-assoziierte Antigen erfolgen.
Die vorliegende Erfindung ermöglicht auch die Isolierung von Proteinen, die an' hier beschriebene Tumor-assoziierte Antigene binden, einschließlich Antikörper und zelluläre Bindepartner der Tumor-assoziierten Antigene.
Erfindungsgemäß werden auch in bestimmten Ausführungsformen "dominant negative" Polypeptide bereitgestellt, die von Tumor-assoziierten Antigenen abgeleitet sind. Ein dominant negatives Polypeptid ist eine inaktive Variante eines Proteins, die durch Interaktion mit der zellulären Maschinerie ein aktives Protein von seiner Interaktion mit der zellulären Maschinerie verdrängt oder mit dem aktiven Protein kompetitiert, wodurch die Wirkung des aktiven Proteins verringert wird. Zum Beispiel kann ein dominant negativer Rezeptor, der einen Liganden bindet, jedoch kein Signal in Reaktion auf die Bindung des Liganden erzeugt, die biologische Wirkung des Liganden verringern. In ähnlicher Weise kann eine dominant negative katalytisch-inaktive Kinase, die normalerweise mit Zielproteinen interagiert, jedoch die Zielproteine nicht phosphoryliert, die Phosphorylierung der Zielproteine in Reaktion auf ein zelluläres Signal verringern. In ähnlicher Weise kann ein dominant negativer Transkriptionsfaktor, der an eine Promotorstelle in der Kontrollregion eines Gens bindet, jedoch die Transkription des Gens nicht erhöht, die Wirkung eines normalen Transkriptionsfaktors durch die Besetzung von Promotorbindestellen ohne eine Erhöhung der Transkription verringern.
Das Ergebnis der Expression eines dominant negativen Polypeptids in einer Zelle ist eine Verringerung der Funktion aktiver Proteine. Der Fachmann kann dominant negative Varianten eines Proteins beispielsweise durch herkömmliche Mutageneseverfahren und Bewerten der dominant negativen Wirkung des Varianten-Polypeptids herstellen.
Erfindungsgemäß umfasst sind auch Stoffe wie Polypeptide, die an Tumor-assoziierte Antigene binden. Solche Bindestoffe können z.B. in Screening-Assays für einen Nachweis von Tumor-assoziierten Antigenen und Komplexen von Tumor-assoziierten Antigenen mit ihren Bindepartnern sowie bei einer Aufreinigung der Tumor-assoziierten Antigene und von Komplexen davon mit ihren Bindepartnern Verwendung finden. Solche Stoffe können auch für eine Hemmung der Aktivität Tumor-assoziierter Antigene beispielsweise durch Bindung an solche Antigene Verwendung finden.
Erfindungsgemäß umfasst sind daher Bindestoffe wie z.B. Antikörper oder Antikörperfragmente, die die Fähigkeit aufweisen, selektiv an Tumor-assoziierte Antigene zu binden. Antikörper umfassen polyklonale und monoklonale Antikörper, die in herkömmlicher Weise hergestellt werden.
Solche Antikörper können Proteine in nativem und/oder denaturiertem Zustand erkennen (Anderson et al., J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; GardsvoU, J. Immunol. Methods 234: 107-116, 2000; Kayyem et al., Eur. J. Biochem. 208: 1-8, 1992; Spiller et al., J. Immunol Methods 224: 51-60, 1999).
Antiseren, die spezifische Antikörper enthalten, die an das Zielprotein spezifisch binden, können über verschiedene Standardverfahren hergestellt werden; vgl. beispielsweise „Monoclonal Antibodies: A Practical Approach" von Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9, „Antibodies: A Laboratory Manual" von Ed Hariow, David Lane ISBN: 0879693142 und „Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO" von Edward Hariow, David Lane, Ed Hariow ISBN: 0879695447. Dabei ist auch möglich, affine und spezifische Antikörper zu generieren, die komplexe Membranproteine in ihrer nativen Form erkennen (Azorsa et al, J. Immunol. Methods 229: 35-48, 1999; Anderson et al, J. Immunol. 143: 1899-1904, 1989; GardsvoU, J. Immunol. Methods. 234: 107-116, 2000). Dies ist vor allem für die Herstellung von Antikörpern von Bedeutung, die therapeutisch eingesetzt werden sollen, aber auch für viele diagnostische Anwendungen. Dazu kann sowohl mit dem gesamten Protein, mit extrazellulären Teilsequenzen, wie auch mit Zellen, die das Zielmolekül in physiologisch gefalteter Form exprimieren, immunisiert werden. Monoklonale Antikörper werden traditionell mit Hilfe der Hybridoma-Technologie hergestellt (Technische Details: siehe „Monoclonal Antibodies: A Practical Approach" von Philip Shepherd, Christopher Dean ISBN 0-19-963722-9; „Antibodies: A Laboratory Manual" von Ed Hariow, David Lane ISBN: 0879693142, „Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol NO" von Edward Hariow, David Lane, Ed Hariow ISBN: 0879695447).
Es ist bekannt, dass nur ein kleiner Teil eines Antikörpermoleküls, das Paratop, an der Bindung des Antikörpers an sein Epitop beteiligt ist (vgl. Clark, W.R. (1986), The Experimentell Foundations of Modern Immunology, Wiley & Sons, Inc., New York; Roitt, I. (1991), Essential Immunology, 7. Auflage, Blackwell Scientific Publications, Oxford). Die pFc'- und Fc-Regionen sind z.B. Effektoren der Komplementkaskade, sind jedoch nicht an der Antigenbindung beteiligt. Ein Antikörper, von dem die pFc'-Region enzymatisch abgespalten wurde oder der ohne die pFc'-Region hergestellt wurde, bezeichnet als F(ab')2-Fragment, trägt beide Antigenbindestellen eines vollständigen Antikörpers. In ähnlicher Weise trägt ein Antikörper, von dem die Fc-Region enzymatisch abgespalten wurde oder der ohne die Fc- Region hergestellt wurde, bezeichnet als Fab-Fragment, eine Antigenbindestelle eines intakten Antikörpermoleküls. Des weiteren bestehen Fab-Fragmente aus einer kovalent gebundenen leichten Kette eines Antikörpers und einem Teil der schweren Kette des Antikörpers, bezeichnet als Fd. Die Fd-Fragmente sind die Haupt-Determinanten der
Antikörper-Spezifität (ein einzelnes Fd-Fragment kann mit bis zu zehn verschiedenen leichten Ketten assoziiert werden, ohne die Spezifität des Antikörpers zu verändern) und Fd- Fragmente behalten bei einer Isolierung die Fähigkeit, an ein Epitop zu binden.
Innerhalb des Antigen-bindenden Teils eines Antikörpers befinden sich komplementaritätsbestimmende Regionen (CDRs), die direkt mit dem Epitop des Antigens wechselwirken, und Gerüstregionen (FRs), die die Tertiärstruktur des Paratops aufrechterhalten. Sowohl in dem Fd-Fragment der schweren Kette als auch in der leichten Kette von IgG-Immunglobulinen befinden sich vier Gerüstregionen (FR1 bis FR4), die jeweils durch drei komplementaritätsbestimmende Regionen (CDR1 bis CDR3) getrennt sind.
Die CDRs und insbesondere die CDR3-Regionen und noch mehr die CDR3-Region der schweren Kette sind größtenteils für die Antikörper-Spezifität verantwortlich. Man weiß, dass die Nicht-CDR-Regionen eines Säuger- Antikörpers durch ähnliche Regionen von Antikörpern mit der gleichen oder einer anderen Spezifität ersetzt werden können, wobei die Spezifität für das Epitop des ursprünglichen Antikörpers erhalten bleibt. Dies ermöglichte die Entwicklung sogenannter "humanisierter" Antikörper, bei denen nicht-menschliche CDRs kovalent mit menschlichen FR- und/oder Fc/pFc'-Regionen für die Herstellung eines fünktionellen Antikörpers verbunden sind.
Dies nutzt die sogenannte „SLAM"-Technologie. Hierbei werden B-Zellen aus Vollblut isoliert und die Zellen monoklonalisiert. Anschließend wird der Überstand der vereinzelten B- Zelle auf ihre Antikörperspezifität hin analysiert. Im Gegensatz zur Hybridomatechnologie wird anschließend die variable Region des Antikörpergens durch eine Einzelzell-PCR amplifiziert und in einen geeigneten Vektor Moniert. Auf diese Art und Weise wird die Gewinnung von monoklonalen Antikörpern beschleunigt (de Wildt et al. J. Immunol. Methods 207:61-67, 1997).
Als anderes Beispiel beschreibt die WO 92/04381 die Herstellung und Verwendung von humanisierten RSV-Antikörpern aus Maus, bei denen mindestens ein Teil der FR-Regionen aus Maus durch FR-Regionen eines menschlichen Ursprungs ersetzt wurden. Solche Antikörper, einschließlich Fragmente intakter Antikörper mit einer Antigen-Bindefähigkeit werden oft als "chimäre" Antikörper bezeichnet.
Erfindungsgemäß werden auch F(ab')2-, Fab-, Fv- und Fd-Fragmente von Antikörpern, chimäre Antikörper, bei denen die Fc- und/oder FR- und/oder CDRl- und/oder CDR2- und/oder leichte Kette-CDR3-Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, chimäre F(ab')2-Fragment-Antikörper, bei denen die FR- und/oder CDRl- und/oder CDR2- und/oder leichte Kette-CDR3 -Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, chimäre Fab-Fragment- Antikörper, bei denen die FR- und/oder CDRl- und/oder CDR2- und/oder leichte Kette- CDR3 -Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, und chimäre Fd-Fragment- Antikörper, bei denen die FR- und/oder CDRl- und/oder CDR2-Regionen durch homologe menschliche oder nicht-menschliche Sequenzen ersetzt wurden, bereitgestellt. Erfindungs gemäß umfasst sind auch sogenannte einzelkettige Antikörper. Erfindungsgemäß umfasst sind auch Polypeptide, die spezifisch an Tumor-assoziierte Antigene binden. Beispielsweise können solche Polypeptid-Bindestoffe durch degenerierte Peptid-Bibliotheken bereitgestellt werden, die einfach in Lösung in einer immobilisierten Form oder als Phagen-Display-Bibliotheken hergestellt werden können. Kombinatorische Bibliotheken aus Peptiden mit einer oder mehreren Aminosäuren können ebenfalls hergestellt werden. Ferner können Bibliotheken aus Peptoiden und nicht-peptidischen synthetischen Resten hergestellt werden. .
Phagen-Display kann besonders wirksam bei der Identifizierung erfindungsgemäßer Bindepeptide sein. Dabei wird beispielsweise eine Phagen-Bibliothek (durch Verwendung beispielsweise des ml3-, fd- oder lambda-Phagen) hergestellt, die Inserts einer Länge von 4 bis etwa 80 Aminosäureresten präsentiert. Es werden sodann Phagen ausgewählt, die Inserts tragen, die an das Tumor-assoziierte Antigen binden. Dieser Prozess kann über mehrere Zyklen einer Rückselektion von Phagen wiederholt werden, die an das Tumor-assoziierte Antigen binden. Wiederholte Runden führen zu einer Ameicherung von Phagen, die bestimmte Sequenzen tragen. Es kann eine Analyse von DNA-Sequenzen erfolgen, um die Sequenzen der exprimierten Polypeptide zu identifizieren. Der kleinste lineare Anteil der Sequenz, der an das Tumor-assoziierte Antigen bindet, kann bestimmt werden. Das "two- hybrid-System" aus Hefe kann auch für die Identifizierung von Polypeptiden eingesetzt werden, die an ein Tumor-assoziiertes Antigen binden. Erfindungsgemäß beschriebene Tumor-assoziierte Antigene oder Fragmente davon können für ein Screening von Peptid- Bibliotheken, einschließlich Phagen-Display-Bibliotheken, eingesetzt werden, um Peptid- Bindepartner der Tumor-assoziierten Antigene zu identifizieren und selektieren. Solche Moleküle können beispielsweise für Screening-Assays, Aufreinigungsprotokolle, für eine Interferenz mit der Funktion des Tumor-assoziierten Antigens und für andere Zwecke, die dem Fachmann bekannt sind, verwendet werden.
Die vorstehend beschriebenen Antikörper und andere Bindemoleküle können beispielsweise für die Identifizierung von Gewebe verwendet werden, das ein Tumor-assoziiertes Antigen exprimiert. Antikörper können auch an spezifische diagnostische Stoffe für eine Darstellung von Zellen und Geweben gekoppelt werden, die Tumor-assoziierte Antigene exprimieren. Sie können ferner an therapeutisch nützliche Stoffe gekoppelt werden. Diagnostische Stoffe umfassen in nicht begrenzender Weise Bariumsulfat, Iocetaminsäure, Iopansäure, Calcium- Ipodat, Natrium-Diatrizoat, Megmmin-Diatrizoat, Metrizamid, Natrium-Tyropanoat und Radiodiagnostika, einschließlich Positronen-Emitter wie Fluor- 18 und Kohlenstoff-11, gamma-Emitter wie Iod-123, Technetium-99m, Iod-131 und Indium-111, Nuklide für magnetische Kernresonanz wie Fluorin und Gadolinium. Der Begriff "therapeutisch nützlicher Stoff" meint erfindungsgemäß jedes therapeutische Molekül, das wunschgemäß selektiv zu einer Zelle geführt wird, die ein oder mehrere Tumor-assoziierte Antigene exprimiert, einschließlich Antikrebsmittel, mit radioaktivem Iod versehene Verbindungen, Toxine, cytostatische oder cytolytische Arzneistoffe, usw. Antikrebsmittel umfassen beispielsweise Aminoglutethimid, Azathioprin, Bleomycinsulfat, Busulfan, Carmustin, Chlorambucil, Cisplatin, Cyclophosphamid, Cyclosporin, Cytarabidin, Dacarbazin, Dactinomycin, Daunorubin, Doxorubicin, Taxol, Etoposid, Fluoruracil, Interferon-α, Lomustin, Mercaptopurin, Methotrexat, Mitotan, Procarbazin-HCl, Thioguanin, Vinblastinsulfat und Vincristinsulfat. Weitere Antikrebsmittel sind beispielsweise in Goodman und Gilman, "The Pharmacological Basis of Therapeutics", 8. Auflage, 1990, McGraw-Hill, Inc., insbesondere Kapitel 52 (Antineoplastic Agents (Paul Calabresi und Bruce A. Chabner)) beschrieben. Toxine können Proteine wie Pokeweed-antivirales Protein, Choleratoxin, Pertussistoxin, Ricin, Gelonin, Abrin, Diphtherie-Exotoxin oder Pseudomonas- Exotoxin sein. Toxinreste können auch Hochenergie-emittierende Radionuklide wie Kobalt- 60 sein.
Der Begriff "Patient" bedeutet erfmdungsgemäß Mensch, nicht menschlicher Primat oder ein anderes Tier, insbesondere Säugetier wie Kuh, Pferd, Schwein, Schaf, Ziege, Hund, Katze oder Nagetier wie Maus und Ratte. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der Patient ein Mensch.
Der Begriff "Erkrankung" betrifft erfmdungsgemäß jeden pathologischen Zustand, bei dem Tumor-assoziierte Antigene exprimiert oder abnormal exprimiert werden. „Abnormale Expression" bedeutet erfindungsgemäß, dass die Expression gegenüber dem Zustand bei einem gesunden Individuum verändert, vorzugsweise erhöht ist. Eine Erhöhung der Expression betrifft eine Erhöhung um mindestens 10%, insbesondere mindestens 20%, mindestens 50% oder mindestens 100%. In einer Ausführungsform wird das Tumorassoziierte Antigen nur in Gewebe eines erkrankten Individuums exprimiert, während die Expression bei einem gesunden Individuum reprimiert ist. Ein Beispiel einer solchen Erkrankung ist Krebs, wobei der Begriff „Krebs" erfindungsgemäß Leukämien, Seminome, Melanome, Teratome, Gliome, Nieren-, Nebennieren-, Schilddrüsen-, Darm-, Leber-, Colon-, Magen-, Gastrointestinal-, Lymphknoten-, Speiseröhren-, Kolorektal-, Pankreas-, Hals, Nasen, Ohren (HNO)-, Brust-, Prostata-, Gebärmutter-, Ovarial-, und Lungenkrebs und deren Metastasen umfasst.
Eine biologische Probe kann erfindungsgemäß eine Gewebe- und/oder zelluläre Probe sein und kann für eine Verwendung in den verschiedenen, hier beschriebenen Verfahren in herkömmlicher Weise gewonnen werden, wie durch Gewebebiopsie, einschließlich Stanzbiopsie, und Entnahme von Blut, Bronchialaspirat, Sputum, Urin, Fäces oder anderen Körperflüssigkeiten.
Der Begriff "immunreaktive Zelle" bedeutet erfindungsgemäß eine Zelle, die in eine Immunzelle (wie B-Zelle, T-Helferzelle oder cytolytische T-Zelle) bei geeigneter Stimulierung reifen kann. Immunreaktive Zellen umfassen CD34+ hämatopoietische Stammzellen, unreife und reife T-Zellen sowie unreife und reife B-Zellen. Falls die Herstellung cytolytischer oder Helfer T-Zellen, die ein Tumor-assoziiertes Antigen erkennen, gewünscht ist, wird die immunreaktive Zelle mit einer Zelle, die ein Tumor-assoziiertes Antigen exprimiert, unter Bedingungen in Kontakt gebracht, die eine Produktion, Differenzierung und/oder Selektion von cytolytischen sowie Helfer T-Zellen begünstigen. Die Differenzierung von T-Zell- Vorläufern in eine cytolytische T-Zelle bei einer Exposition gegenüber einem Antigen ist ähnlich zur klonalen Selektion des Immunsystems.
Manche therapeutische Verfahren beruhen auf einer Reaktion des Immunsystems eines Patienten, die zu einer Lyse Antigen-präsentierender Zellen führt, wie Krebszellen, die ein oder mehrere Tumor-assoziierte Antigene präsentieren. Dabei werden beispielsweise autologe cytotoxische T-Lymphozyten, die für einen Komplex aus einem Tumor-assoziierten Antigen und einem MHC-Molekül spezifisch sind, an einen Patienten mit einer Zellabnormalie verabreicht. Die Produktion solcher cytotoxischer T-Lymphozyten in vitro ist bekannt. Ein Beispiel für ein Verfahren zur Differenzierung von T-Zellen findet sich in der WO-A- 9633265. Im Allgemeinen wird eine Probe mit Zellen wie Blutzellen aus dem Patienten entnommen und die Zellen werden mit einer Zelle in Kontakt gebracht, die den Komplex präsentiert und eine Vermehrung von cytotoxischen T-Lymphozyten auslösen kann (z.B. dendritische Zellen). Die Zielzelle kann eine transfizierte Zelle wie eine COS-Zelle sein. Diese transfizierten Zellen präsentieren den gewünschten Komplex auf ihrer Oberfläche und stimulieren bei einer Kontaktierung mit cytotoxischen T-Lymphozyten deren Vermehrung. Die klonal expandierten autologen cytotoxischen T-Lymphozyten werden sodann an den Patienten verabreicht.
Bei einem anderen Verfahren zur Selektion Antigen-spezifischer cytotoxischer T- Lymphozyten werden fluorogene Tetramere von MHC-Klasse I-Molekül/Peptid-Komplexen für einen Nachweis spezifischer Klone von cytotoxischen T-Lymphozyten verwendet (Altman et al., Science 274:94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol. 8:413-416, 1998). Lösliche MHC-Klasse I-Moleküle werden in vitro in Gegenwart von ß2-Mikroglobulin und eines Peptid-Antigens, das an das Klasse I-Molekül bindet, gefaltet. Nach Aufreinigung der MHC/Peptid-Komplexe werden diese mit Biotin markiert. Tetramere werden durch Mischen der biotinylierten Peptid-MHC-Komplexe mit markiertem Avidin (z.B. Phycoerythrin) bei einem molaren Verhältnis von 4:1 gebildet. Tetramere werden sodann mit cytotoxischen T- Lymphozyten wie peripherem Blut oder Lymphknoten in Kontakt gebracht. Die Tetramere binden an cytotoxische T-Lymphozyten, die den Peptid-Antigen/MHC -Klasse I-Komplex erkennen. Zellen, die an die Tetramere gebunden werden, können durch Fluoreszenzgesteuerte Zellsortierung für eine Isolierung reaktiver cytotoxischer T-Lymphozyten sortiert werden. Die isolierten cytotoxischen T-Lymphozyten können sodann in vitro vermehrt werden.
Bei einem therapeutischen Verfahren, das als adoptiver Transfer bezeichnet wird (Greenberg, J Immunol. 136(5):1917, 1986; Riddel et al., Science 257:238, 1992; Lynch et al., Eur. J. Immunol. 21:1403-1410, 1991; Käst et al, Cell 59:603-614, 1989), werden Zellen, die den gewünschten Komplex präsentieren (z.B. dendritische Zellen) mit cytotoxischen T- Lymphozyten des zu behandelnden Patienten kombiniert, was zu einer Vermehrung spezifischer cytotoxischer T-Lymphozyten führt. Die vermehrten cytotoxischen T- Lymphozyten werden sodann an einen Patienten mit einer zellulären Abnormalie verabreicht, die sich durch bestimmte abnormale Zellen auszeichnet, die den spezifischen Komplex präsentieren. Die cytotoxischen T-Lymphozyten lysier,en sodann die abnormalen Zellen, wodurch eine gewünschte therapeutische Wirkung erreicht wird.
Oft lassen sich aus dem T-Zell-Repertoire eines Patienten lediglich niedrig-affine T-Zellen gegen einen solchen spezifischen Komplex vermehren, da die hochaffinen durch Toleranzentwicklung ausgelöscht worden sind. Eine Alternative kann hier ein Transfer des T- Zell-Rezeptors selbst sein. Hierfür werden ebenfalls Zellen, die den gewünschten Komplex präsentieren (z.B. dendritische Zellen) mit cytotoxischen T-Lymphozyten von gesunden Personen oder von einer anderen Spezies (z.B. Maus) kombiniert. Dies führt zu einer Vermehrung hochaffiner spezifischer cytotoxischer T-Lymphozyten, wenn die T- Lymphozyten aus einem Spenderorganismus kommen, der mit dem spezifischen Komplex bisher keinen Kontakt hatte. Der hochaf me T-Zell-Rezeptor aus diesen vermehrten spezifischen T-Lymphozyten wird kloniert. Wurden die hochaffinen T-Zellrezeptoren aus einer anderen Spezies kloniert, können diese in unterschiedlichem Ausmaß humanisiert werden. Durch Gentransfer z.B. mit retroviralen Vektoren werden solche T-Zell-Rezeptoren dann beliebig in T-Zellen von Patienten transduziert. Adoptiver Transfer erfolgt dann mit diesen genetisch veränderten T-Lymphozyten (Stanislawski et al, Nat Immunol. 2:962-70, 2001 ; Kessels et al., Nat Immunol. 2:957-61, 2001).
Die vorstehenden therapeutischen Aspekte gehen davon aus, dass zumindest manche der abnormalen Zellen des Patienten einen Komplex aus einem Tumor-assoziierten Antigen und einem HLA-Molekül präsentieren. Eine Identifizierung solcher Zellen kann in an sich bekannter Weise erfolgen. Sobald Zellen, die den Komplex präsentieren, identifiziert wurden, können sie mit einer Probe aus dem Patienten, die cytotoxische T-Lymphozyten enthält, kombiniert werden. Falls die Zellen, die den Komplex präsentieren, durch die cytotoxischen T-Lymphozyten lysiert werden, kann angenommen werden, dass ein Tumor-assoziiertes Antigen präsentiert wird.
Der adoptive Transfer ist nicht die einzige Therapieform, die erfindungsgemäß anwendbar ist. Cytotoxische T-Lymphozyten können auch in vivo in an sich bekannter Weise erzeugt werden. Bei einem Verfahren werden nicht-proliferative Zellen verwendet, die den Komplex exprimieren. Die Zellen, die dabei verwendet werden, werden diejenigen sein, die normalerweise den Komplex exprimieren, wie bestrahlte Tumorzellen oder Zellen, die mit einem oder beiden Genen transfiziert wurden, die für eine Präsentation des Komplexes notwendig sind (d.h. das antigene Peptid und das präsentierende HLA-Molekül). Verschiedene Zelltypen können eingesetzt werden. Des weiteren können Vektoren verwendet werden, die eines oder beide der interessierenden Gene tragen. Virale oder bakterielle Vektoren sind besonders bevorzugt. Zum Beispiel können Nukleinsäuren, die für ein Tumorassoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodieren, funktionell mit Promotor- und Enhancersequenzen verknüpft werden, die eine Expression des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Fragments davon in bestimmten Geweben oder Zelltypen steuern. Die Nukleinsäure kann in einen Expressionsvektor eingebaut werden. Expressionsvektoren können nicht-modifizierte extrachromosomale Nukleinsäuren, Plasmide oder virale Genome sein, in die eine Insertion exogener Nukleinsäuren möglich ist. Nukleinsäuren, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodieren, können auch in ein retrovirales Genom inseriert werden, wodurch die Integration der Nukleinsäure in das Genom des Zielgewebes oder der Zielzelle ermöglicht wird. Bei diesen Systemen trägt ein Mikroorganismus wie Vacciniavirus, Poxvirus, Herpes simplex- Virus, Retrovirus oder Adenovirus das interessierende Gen und "infiziert" de facto Wirtszellen. Eine weitere bevorzugte Form ist die Einbringung des Tumorassoziierten Antigenes in Form von rekombinanter RNA. Diese kann z.B. durch liposomalen Transfer oder durch Elektroporation in Zellen eingebracht werden. Die resultierenden Zellen präsentieren den interessierenden Komplex und werden von autologen cytotoxischen T- Lymphozyten erkannt, die sich sodann vermehren.
Eine ähnliche Wirkung kann durch Kombination des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Fragments davon mit einem Adjuvans erreicht werden, um einen Einbau in Antigen- präsentierende Zellen in vivo zu ermöglichen. Das Tumor-assoziierte Antigen oder ein Fragment davon können als Protein, als DNA (z.B. innerhalb eines Vektors) oder als RNA repräsentiert sein. Das Tumor-assoziierte Antigen wird prozessiert, um einen Peptidpartner für das HLA-Molekül zu ergeben, während ein Fragment davon präsentiert werden kann, ohne dass eine weitere Prozessierung erforderlich ist. Letzteres ist insbesondere der Fall, wenn diese an HLA-Moleküle binden können. Verabreichungsformen, bei denen das Gesamt- Antigen in vivo von einer dendritischen Zelle prozessiert wird, sind bevorzugt, da hier auch Helfer T-Zell-Antworten entstehen können. Eine effektive Immunantwort benötigt diese (Ossendorp et al, Immunol Lett. 74:75-9, 2000; Ossendorp et al, J. Exp. Med. 187:693-702, 1998). Im Allgemeinen kann eine wirksame Menge des Tumor-assoziierten Antigens an einen Patienten z.B. durch eine intradermale Injektion verabreicht werden. Die Injektion kann aber auch intranodal in einen Lymphknoten erfolgen (Maloy et al., Proc Natl Acad Sei USA 98:3299-303, 2001). Sie kann auch in Kombination mit Reagenzien erfolgen, die eine Aufnahme in dendritische Zellen erleichtern. Bevorzugte Tumor-assoziierte Antigene umfassen diejenigen, die mit allogenen Krebs- Antiseren oder mit T-Zellen vieler Krebs- Patienten reagieren. Von besonderem Interesse sind aber auch solche, gegen die keine spontanen Immunantworten vorbestehen. Gegen diese können nachweislich Immunantworten induziert werden, die Tumoren lysieren können (Keogh et al., J Immunol. 167:787-96, 2001; Appella et al., Biomed Pept Proteins Nucleic Acids 1:177-84, 1995; Wentworth et al., Mol Immunol. 32:603-12, 1995).
Die erfindungsgemäß beschriebenen pharmazeutischen Zusammensetzungen können auch als Vakzinen für die Immunisierung eingesetzt werden. Die Begriffe "Immunisierung" oder „Vakzinierung" bedeuten erfindungsgemäß eine Erhöhung oder Aktivierung einer Immunreaktion gegenüber einem Antigen. Tiermodelle können zum Testen einer immunisierenden Wirkung gegenüber Krebs durch Verwendung eines Tumor-assoziierten Antigens oder einer dafür kodierenden Nukleinsäure eingesetzt werden. Zum Beispiel können menschliche Krebszellen in eine Maus für die Schaffung eines Tumors eingebracht werden und eine oder mehrere Nukleinsäuren, die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, können verabreicht werden. Die Wirkung auf die Krebszellen (beispielsweise Verringerung der Tumorgröße) kann als Maß für die Wirksamkeit einer Immunisierung durch die Nukleinsäure gemessen werden.
Als Teil der Zusammensetzung für eine Immunisierung werden eines oder mehrere Tumorassoziierte Antigene oder stimulierende Fragmente davon mit einem oder mehreren Adjuvanzien für eine Induktion einer Immunreaktion oder eine Erhöhung einer Immunreaktion verabreicht. Ein Adjuvans ist eine Substanz, die in das Antigen eingebaut oder gemeinsam mit diesem verabreicht wird und die Immunreaktion verstärkt. Adjuvanzien können die Immunreaktion durch Bereitstellen eines Antigen-Reservoirs (extrazellulär oder in Makrophagen), Aktivierung von Makrophagen und/oder Stimulierung bestimmter Lymphozyten verstärken. Adjuvanzien sind bekannt und umfassen in nicht begrenzender Weise Monophosphoryl-Lipid-A (MPL, SmithKline Beecham), Saponine wie QS21 (SmithKline Beecham), DQS21 (SmithKline Beecham; WO 96/33739), QS7, QS17, QS18 und QS-Ll (So et al., Mol. Cells 7:178-186, 1997), unvollständiges Freundsches Adjuvans, vollständiges Feundsches Adjuvans, Vitamin E, Montanid, Alaun, CpG-Oligonukleotide (vgl. Kreig et al., Nature 374:546-9, 1995) und verschiedene Wasser-in-Öl-Emulsionen, die aus biologisch abbaubaren Ölen wie Squalen und/oder Tocopherol hergestellt werden. Vorzugsweise werden die Peptide in einer Mischung mit DQS21/MPL verabreicht. Das Verhältnis vonDQS21 zu MPL beträgt typischerweise etwa 1:10 bis 10:1, vorzugsweise etwa 1:5 bis 5:1 und insbesondere etwa 1:1. Für eine Verabreichung an den Menschen sind DQS21 und MPL typischerweise in einer Vakzine-Formulierung in einem Bereich von etwa 1 μg bis etwa 100 μg vorhanden. Andere Stoffe, die eine Immunreaktion des Patienten stimulieren, können auch verabreicht werden. Zum Beispiel sind Cytokine bei einer Vakzinierung aufgrund ihrer regulatorischen Eigenschaften auf Lymphozyten verwendbar. Solche Cytokine umfassen z.B..Interleukin-12 (IL-12), von dem gezeigt wurde, dass es die schützenden Wirkungen von Vakzinen verstärkt (vgl. Science 268:1432-1434, 1995), GM-CSF und IL-18.
Es gibt eine Reihe von Verbindungen, die eine Immunreaktion verstärken und die daher bei einer Vakzinierung eingesetzt werden können. Diese umfassen co-stimulierende Moleküle, die in Form von Proteinen oder Nukleinsäuren bereitgestellt werden. Solche co- stimulierenden Moleküle sind beispielsweise B7-1 und" B7-2 (CD80 bzw. CD86), die auf dendritischen Zellen (DC) exprimiert werden und mit dem auf den T-Zellen exprimierten CD28-Molekül interagieren. Diese Interaktion stellt eine Co-Stimulierung (Signal 2) für eine Antigen/MHC/TCR-stimulierte (Signal 1) T-Zelle bereit, wodurch die Vermehrung der T- Zelle und die Effektorfunktion verstärkt wird. B7 interagiert auch mit CTL A4 (CD 152) auf T- Zellen und Untersuchungen, die CTLA4- und B7-Liganden einbeziehen, zeigen, dass die B7- CTLA4-Interaktion eine Antitumor-Immunität und CTL-Vermehrung verstärken kann (Zheng, P. et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 95(l l):6284-6289 (1998)).
B7 wird typischerweise nicht auf Tumorzellen exprimiert, so dass diese keine wirksamen Antigen-präsentierenden Zellen (APCs) für T-Zellen sind. Eine Induktion der B7-Expression würde ermöglichen, dass Tumorzellen wirksamer eine Vermehrung von cytotoxischen T- Lymphozyten und eine Effektorfunktion stimulieren. Eine Co-Stimulierung durch eine Kombination von B7/IL-6/IL-12 zeigte eine Induktion des IFN-gamma- und Thl-Cytokin- Profils in einer T-Zell-Population, was zu einer weiter verstärkten T-Zell- Aktivität führt (Gajewski et al, J. Immunol. 154:5637-5648 (1995)).
Eine vollständige Aktivierung von cytotoxischen T-Lymphozyten und eine vollständige Effektorfunktion erfordert eine Mitwirkung von T-Helferzellen durch die Interaktion zwischen dem CD40-Liganden auf den T-Helferzellen und dem CD40-Molekül, das von dendritischen Zellen exprimiert wird (Ridge et al., Nature 393:474 (1998), Bennett et al., Nature 393:478 (1998), Schönberger et al., Nature 393:480 (1998)). Der Mechanismus dieses co-stimulierenden Signals betrifft wahrscheinlich die Steigerung der B7- und assoziierten IL- 6/IL-12-Produktion durch die dendritischen Zellen (Antigen-präsentierenden Zellen). Die CD40-CD40L-Interaktion komplementiert so die Interaktionen des Signals 1 (Antigen/MHC- TCR) und des Signals 2 (B7-CD28).
Die Verwendung von anti-CD40-Anfikörpern für eine Stimulierung von dendritischen Zellen würde erwartungsgemäß direkt eine Reaktion gegenüber Tumor-Antigenen verstärken, die normalerweise außerhalb des Bereichs einer entzündlichen Reaktion liegen oder von nichtprofessionellen Antigen-präsentierenden Zellen (Tumorzellen) präsentiert werden. In diesen Situationen werden T-Helfer- und B7-co-stimulierende Signale nicht bereitgestellt. Dieser Mechanismus könnte im Zusammenhang mit Therapien verwendet werden, die auf Antigen- gepulsten dendritischen Zellen basieren.
Erfindungsgemäß vorgesehen ist auch eine Verabreichung von Nukleinsäuren, Polypeptiden oder Peptiden. Eine Verabreichung von Polypeptiden und Peptiden kann in an sich bekannter Weise erfolgen. In einer Ausführungsform erfolgt die Verabreichung von Nukleinsäuren durch ex vfvo-Verfahren, d.h. durch Entfernung von Zellen aus einem Patienten, genetische Veränderung der Zellen, um ein Tumor-assoziiertes Antigen einzubauen, und Wiedereinbringung der veränderten Zellen in den Patienten. Dies umfasst im Allgemeinen das Einbringen einer funktionellen Kopie eines Gens in die Zellen eines Patienten in vitro und die Rückführung der genetisch veränderten Zellen in den Patienten. Die funktionelle Kopie des Gens steht unter funktioneller Kontrolle von regulatorischen Elementen, die eine Expression des Gens in den genetisch veränderten Zellen erlauben. Transfektions- und Transduktionsverfahren sind dem Fachmann bekannt. Erfindungsgemäß vorgesehen ist auch eine Verabreichung von Nukleinsäuren in vivo durch die Verwendung von Vektoren wie Viren und zielgesteuerten Liposomen.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist ein viraler Vektor für die Verabreichung einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen kodiert, aus der Gruppe ausgewählt bestehend aus Adenoviren, Adeno-assoziierten Viren, Poxviren, einschließlich Vacciniavirus und attenuierten Poxviren, Semliki-Forest- Virus, Retroviren, Sindbis-Virus und Ty-Virus- ähnlichen Partikeln. Besonders bevorzugt sind Adenoviren und Retroviren. Die Retroviren sind üblicherweise replikationsdefizient (d.h. sie sind unfähig, infektiöse Partikel zu erzeugen). Verschiedene Verfahren können eingesetzt werden, um erfindungsgemäß Nukleinsäuren in Zellen in vitro oder in vivo einzubringen. Solche Verfahren umfassen die Transfektion von Nukleinsäure-CaPO -Präzipitaten, die Transfektion von Nukleinsäuren, die mit DEAE assoziiert sind, die Transfektion oder Infektion mit den vorstehenden Viren, die die interessierenden Nukleinsäuren tragen, die Liposomen-vermittelte Transfektion und ähnliches. In bestimmten Ausführungsformen ist eine Steuerung der Nukleinsäure an bestimmte Zellen bevorzugt. In solchen Ausführungsformen kann ein Träger, der für die Verabreichung einer Nukleinsäure an eine Zelle (z.B. ein Retrovirus oder ein Liposom) eingesetzt wird, ein gebundenes Zielsteuerungsmolekül aufweisen. Zum Beispiel kann ein Molekül wie ein Antikörper, der für ein Oberflächenmembran-Protein auf der Zielzelle spezifisch ist, oder ein Ligand für einen Rezeptor auf der Zielzelle in den Nukleinsäureträger eingebaut oder daran gebunden werden. Bevorzugte Antikörper umfassen Antikörper, die selektiv ein Tumor-assoziiertes Antigen binden. Falls eine Verabreichung einer Nukleinsäure durch Liposomen erwünscht ist, können Proteine, die an ein Oberflächenmembran-Protein binden, das mit der Endozytose assoziiert ist, in die Liposomenformulierung eingebaut werden, um eine Zielsteuerung und/oder Aufnahme zu ermöglichen. Solche Proteine umfassen Kapsid-Proteine oder Fragmente davon, die für einen bestimmten Zelltyp spezifisch sind, Antikörper gegen Proteine, die internalisiert werden, Proteine, die eine intrazelluläre Stelle ansteuern, und ähnliches.
Die erfindungsgemäßen ~ therapeutischen Zusammensetzungen können in pharmazeutisch verträglichen Zubereitungen verabreicht werden. Solche Zubereitungen können gewöhnlich pharmazeutisch verträgliche Konzentrationen von Salzen, Pufferstoffen, Konservierungsstoffen, Trägern, ergänzenden immunitätssteigernden Stoffen wie Adjuvanzien, CpG und Cytokinen und gegebenenfalls andere therapeutische Wirkstoffe enthalten.
Die erfindungs gemäßen therapeutischen Wirkstoffe können auf jedem herkömmlichen Weg verabreicht werden, einschließlich durch Injektion oder durch Infusion. Die Verabreichung kann beispielsweise oral, intravenös, intraperitoneal, intramuskulär, subkutan oder transdermal erfolgen. Eine therapeutische Verabreichung von Antikörpern erfolgt vorzugsweise durch ein Lungenaerosol. Die Verabreichung von Antisense-Nukleinsäuren erfolgt vorzugsweise durch langsame intravenöse Verabreichung. Die erfindungsgemäßen Zusammensetzungen werden in wirksamen Mengen verabreicht. Eine "wirksame Menge" betrifft die Menge, die alleine oder zusammen mit weiteren Dosen eine gewünschte Reaktion oder eine gewünschte Wirkung erzielt. Im Fall einer Behandlung einer bestimmten Erkrankung oder eines bestimmten Zustands, der sich durch die Expression eines oder mehrerer Tumor-assoziierter Antigene auszeichnet, betrifft die gewünschte Reaktion die Hemmung des Kr ankheits Verlaufs. Dies umfasst die Verlangsamung des Fortschreitens der Erkrankung und insbesondere eine Unterbrechung des Fortschreitens der Erkrankung. Die gewünschte Reaktion bei einer Behandlung einer Krankheit oder eines Zustands kann auch die Verzögerung des Ausbruchs oder eine Verhinderung des Ausbruchs der Krankheit oder des Zustands sein.
Eine wirksame Menge einer erfindungs gemäßen Zusammensetzung wird von dem zu behandelnden Zustand, der Schwere der Krankheit, den individuellen Parametern des Patienten, einschließlich Alter, physiologischer Zustand, Größe und Gewicht, der Dauer der Behandlung, der Art einer begleitenden Therapie (falls vorhanden), dem spezifischen Verabreichungsweg und ähnlichen Faktoren abhängen.
Die erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen sind vorzugsweise steril und enthalten eine wirksame Menge der therapeutisch wirksamen Substanz für die Erzeugung der gewünschten Reaktion oder der gewünschten Wirkung.
Die Dosen der erfindungsgemäßen Zusammensetzungen, die verabreicht werden, können von verschiedenen Parametern wie der Verabreichungsart, dem Zustand des Patienten, dem gewünschten Verabreichungszeitraum, usw. abhängen. Für den Fall, dass eine Reaktion bei einem Patienten bei einer anfänglichen Dosis unzureichend ist, können höhere Dosen (oder effektiv höhere Dosen, die durch einen anderen, stärker lokalisierten Verabreichungsweg erzielt werden) eingesetzt werden.
Im Allgemeinen werden für eine Behandlung oder für eine Erzeugung oder Erhöhung einer Immunreaktion Dosen des Tumor-assoziierten Antigens von 1 ng bis 1 mg, vorzugsweise von
10 ng bis 100 μg formuliert und verabreicht. Falls die Verabreichung von Nukleinsäuren (DNA sowie RNA), die für Tumor-assoziierte Antigene kodieren, erwünscht ist, werden Dosen von 1 ng bis 0,1 mg formuliert und verabreicht. Die erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen werden im Allgemeinen in pharmazeutisch verträglichen Mengen und in pharmazeutisch verträglichen Zusammensetzungen verabreicht. Der Begriff "pharmazeutisch verträglich" betrifft ein nichttoxisches Material, das nicht mit der Wirkung des aktiven Bestandteils der pharmazeutischen Zusammensetzung wechselwirkt. Solche Zubereitungen können gewöhnlich Salze, Pufferstoffe, Konservierungsstoffe, Träger und gegebenenfalls andere therapeutische Wirkstoffe enthalten. Bei einer Verwendung in der Medizin sollten die Salze pharmazeutisch verträglich sein. Nicht-pharmazeutisch verträgliche Salze können jedoch für die Herstellung pharmazeutisch verträglicher Salze davon verwendet werden und sind erfindungsgemäß umfasst. Solche pharmakologisch und pharmazeutisch verträglichen Salze umfassen in nicht begrenzender Weise diejenigen, die aus den nachstehenden Säuren hergestellt werden: Chlorwasserstoff-, Bromwasserstoff-, Schwefel-, Salpeter-, Phosphor-, Malein-, Essig-, Salicyl-, Citronen-, Ameisen-, Malon-, Bernsteinsäure und ähnliches. Pharmazeutisch verträgliche Salze können auch als Alkalimetall- oder Erdalkalimetallsalze wie Natrium-, Kalium- oder Calciumsalze hergestellt werden.
Eine erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzung kann einen pharmazeutisch verträglichen Träger umfassen. Der Begriff "pharmazeutisch verträglicher Träger" betrifft erfindungsgemäß einen oder mehrere kompatible feste oder flüssige Füllstoffe, Verdünnungsmittel oder Kapselsubstanzen, die für eine Verabreichung an einen Menschen geeignet sind. Der Begriff "Träger" betrifft einen organischen oder anorganischen Bestandteil, natürlicher oder synthetischer Natur, in dem der aktive Bestandteil kombiniert wird, um eine Anwendung zu erleichtern. Die Bestandteile der erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzung sind gewöhnlich derart, dass keine Interaktion auftritt, die die gewünschte pharmazeutische Wirksamkeit wesentlich beeinträchtigt.
Die erfindungs gemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen können geeignete Pufferstoffe wie Essigsäure in einem Salz, Citronensäure in einem Salz, Borsäure in einem Salz und Phosphorsäure in einem Salz enthalten.
Die pharmazeutischen Zusammensetzungen können auch gegebenenfalls geeignete Konservierungsstoffe wie Benzalkoniumchlorid, Chlorbutanol, Parabene und Thimerosal enthalten. Die pharmazeutischen Zusammensetzungen werden gewöhnlich in einer einheitlichen Dosisform dargeboten und können in an sich bekannter Weise hergestellt werden. Erfindungsgemäße pharmazeutische Zusammensetzungen können beispielsweise in Form von Kapseln, Tabletten, Lutschpastillen, Suspensionen, Sirupen, Elixieren oder als Emulsion vorliegen.
Zusammensetzungen, die für eine parenterale Verabreichung geeignet sind, umfassen gewöhnlich eine sterile wässrige oder nicht-wässrige Zubereitung des Wirkstoffs, die vorzugsweise mit dem Blut des Empfängers isotonisch ist. Verträgliche Träger und Lösungsmittel sind beispielsweise Ringer-Lösung und isotonische Natriumchloridlösung. Zusätzlich werden gewöhnlich sterile, fixierte Öle als Lösungs- oder Suspensionsmedium eingesetzt.
Die vorliegende Erfindung wird durch die nachstehenden Abbildungen und Beispiele ausfuhrlich beschrieben, die ausschließlich der Erläuterung dienen und nicht begrenzend zu verstehen sind. Dem Fachmann sind aufgrund der Beschreibung und der Beispiele weitere Ausführungsformen zugänglich, die ebenfalls erfindungsgemäß umfasst sind.
Abbildungen:
Abb. 1. GPR35-mRNA-Expression in Kolontumor-Biopsien
RT-PCR-Untersuchungen mit DNA-freier RNA zeigen GPR35-Expression in der Mehrzahl der Kolontumor-Biopsien. Hingegen ist eine Expression in Normalgeweben nicht nachweisbar. (1: Brust, 2: Lunge, 3: Lymphknoten, 4: Thymus, 5: Kolon, .6-15: Kolontumore, 16: Negativ-Kontrolle).
Abb. 2. Quantitative PCR-Analyse der GUCY2C-mRNA-Expression in Normal- und Tumor-Geweben
Real-Time-PCR-Untersuchungen mit GUCY2C-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 22-23) zeigen eine selektive mRNA-Expression in Ileum- und Kolon-Normalgeweben sowie in allen Kolontumor-Biopsien. Deutliche GUCY2C-Transkriptmengen wurden auch in einer Kolontumor-Metastase in der Leber detektiert. Abb. 3. Identifikation von tumorspezifischen GUCY2C-Spleißvarianten
PCR-Produkte von normalen Kolongeweben und Kolontumoren wurden kloniert und Klone aus beiden Gruppen durch Restriktionsanalyse (EcoR I) überprüft und sequenziert.
Abb. 4. Selektive SCGB3A-Expression in normaler Lunge und Lungentumoren
Die RT-PCR-Analyse mit Gen-spezifischen SCGB3A2-Primern (SEQ ID NO: 37, 38) zeigt eine cDNA-Amplifikation ausschließlich in normaler Lunge (Spuren 8, 14-15) und in Lungentumor-Biopsien (Spuren 16-24). (1-15: Normalgewebe, 1: Leber, 2: PBMC, 3: Lymphknoten, 4: Magen, 5: Testis, 6: Brust, 7: Niere, 8: Lunge, 9: Thymus, 10: Ovar, 11: Nebenniere, 12: Milz, 14-15: Lunge, 16-24: Lungentumore, 25: Negativ-Kontrolle).
Abb. 5. Claudin-18A2.1-Expression in Magen und Osophagus sowie Magen- und Pankreastumoren
RT-PCR-Analyse mit Claudin-18A2.1 -spezifischen Primern (SEQ ID NO: 39, 40) zeigte erfindungsgemäß in 8/10 Magentumor-Biopsien sowie in 3/6 Pankreastumor-Biopsien eine ausgeprägte Claudin-18A2.1 -Expression. In Magen- und Ösophagus-Normalgeweben wurde ebenfalls eine deutliche Expression nachgewiesen. Im Gegensatz dazu wurde im Ovar und in Ovarialtumoren keine Expression detektiert.
Abb. 6. SLC13A1 -Expression in der Niere und Nierentumoren
RT-PCR-Analyse mit SLC 13 AI -spezifischen Primern (SEQ ID NO: 49, 50) zeigte in 7/8 Nierentumor-Proben eine Expression. Ansonsten wurden Transkripte innerhalb der Normalgewebe ausschließlich in der Niere detektiert. (1-2: Nieren-Normalgewebe, 3-10: Nierentumore, 11: Brust-, 12: Lungen-, 13: Leber-, 14: Kolon-, 15: Lymphknoten-, 16: Milz-, 17: Osophagus-, 18: Thymus-, 19: Schilddrüsen-, 20: PBMC-, 21 : Ovar-, 22: Testis- Normalgewebe).
Abb. 7. CLCAl-Expression in Kolon-Normalgewebe sowie in Kolon- und Magentumoren RT-PCR-Untersuchungen mit CLCAl -spezifischen Primern (SEQ ID NO: 67, 68) bestätigten eine selektive Expression im Kolon und zeigten eine hohe Expression in 3/7 untersuchten Kolon- und 1/3 untersuchten Magentumor-Proben. Die übrigen Normalgewebe zeigten keine oder nur eine sehr schwache Expression. Abb. 8. FLJ21477-Expression in Kolon-Normalgewebe und Kolontumoren
RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ21477-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 69, 70) zeigten eine selektive Expression im Kolon und darüber hinaus unterschiedlich stark ausgeprägte Expression in 7/12 untersuchten Kolontumor-Proben. Die übrigen Normalge webe zeigten keine Expression.
Abb. 9. FLJ20694-Expression in Kolon-Normalgewebe und Kolontumoren
RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ20694-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 71, 72) zeigten eine selektive Expression im Kolon und darüber hinaus unterschiedlich stark ausgeprägte Expression in 5/9 untersuchten Kolontumor-Proben. Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression.
Abb. 10. von Ebner-Expression in Magen- und Lunge-Normalgeweben sowie Lungentumoren RT-PCR-Untersuchungen mit von Ebner-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 73, 74) zeigten eine selektive Expression im Magen, in der Lunge und in 5/10 untersuchten Lungentumor- Proben. Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression.
Abb. 11. Plunc-Expression in Thymus- und Lunge-Normalgewebe sowie Lungentumoren
RT-PCR-Untersuchungen mit Plunc-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 75, 76) zeigten eine selektive Expression im Thymus, in der Lunge und in 6/10 untersuchten Lungentumor- Proben. Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression.
Abb. 12. SLC26A9-Expression in Lunge, Lungentumoren und Schilddrüse
RT-PCR-Untersuchungen mit SLC26A9-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 77, 78) zeigten eine selektive Expression in der Lunge und in allen (13/13) untersuchten Lungentumor- Proben. Die übrigen Normalgewebe zeigten mit Ausnahme der Schilddrüse keine Expression.
Abb. 13. THC1005163-Expression in Magen, Ovar, Lunge und Lungentumoren
RT-PCR-Untersuchungen mit einem THC1005163-spezifischen Primer (SEQ ID NO: 79) und einem unspezifischen Oligo dT-Tag-Primer zeigten eine Expression in Magen, Ovar, Lunge und in 5/9 Lungentumor-Biopsien. Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression. Abb. 14. LOC134288-Expression in Niere und Nierentumoren
RT-PCR-Untersuchungen mit LOC134288-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 80, 81) zeigten eine selektive Expression in der Niere und in 5/8 untersuchten Nierentumor-Biopsien.
Abb. 15. THC943866-Expression in Niere und Nierentumoren
RT-PCR-Untersuchungen mit THC943866-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 82, 83) zeigten eine selektive Expression in der Niere und in 4/8 untersuchten Nierentumor-Biopsien.
Abb. 16. FLJ21458-Expression in Kolon und Kolontumoren RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ21458-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 86, 87) zeigten eine selektive Expression im Kolon und in 7/10 untersuchten Kolontumor-Biopsien. (1-2: Kolon-, 3: Leber-, 4: PBMC-, 5: Milz-, 6: Prostata-, 7: Niere- , 8: Ovar-, 9: Haut-, 10: Ileum-, 11 : Lunge-, 12: Testis-Normalgewebe, 13-22: Kolontumore, 23: Negativ- Kontrolle).
Abb. 17. Zelluläre Lokalisation von GPR35
Immunfluoreszenz zum Nachweis der zellulären Lokalisation von GPR35 nach Transfektion eines Plasmides, dass ein GPR35-GFP Fusionsprotein exprimiert. Die Pfeile kennzeichnen die membranständige Fluoreszenz des fluoreszierenden GFP.
Abb. 18. Quantitative Expression von GPR35
A. Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit GPR35-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 88, 89) zeigen die selektive Expression in verschiedenen Darmbereichen, in Kolontumorproben und in Metastasen aus Kolontumoren. Folgende Normalgewebe wurden analysiert: Leber, Lunge, Lymphknoten, Magen, Milz, Nebenniere, Niere, Osophagus, Ovar, Testis, Thymus, Haut, Brust, Pankreas, Lymphozyten, aktivierte Lymphozyten, Prostata, Schilddrüse, Ovar, Endometrium, Kleinhirn, Gehirn.
B. Prävalenz von GPR35 in Kolontumoren und deren Metastasen. In über 90% der Fälle ist GPR35 sowohl in Tumoren als auch in Metastasen exprimiert.
Abb. 19. Quantitative Expression von GUCY2C
Quantitative RT-PCR Untersuchungen mit GUCY2C-spezifischen Primern (SEQ ID NO: 98, 99) zeigen die hohe und selektive Expression im normalen Kolon- und Magengewebe (A) sowie die GUCY2C-spezifische Expression in Kolon- und Magentumor-Proben (B). GUCY2C ist nachweisbar in 11/12 Kolontumoren und in 7/10 Magentumoren. Abb. 20. Quantitative Expression von SCGB3A2
Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit SCGB3A2-sρezifischen Primem (SEQ ID NO: 103, 104) zeigen die selektive Expression in Lungen- und Lungentumor-Proben. 19/20 Lungentumor-Proben sind SCGB3A2-positiv, in mehr als 50 % der Proben ist SCGB3A2 um mindestens den Faktor 10 überexprimiert. Folgende Normalgewebe wurden analysiert: Leber, Lunge, Lymphknoten, Magen, Milz, Nebenniere, Niere, Osophagus, Ovar, Testis, Thymus, Haut, Brust, Pankreas, Lymphozyten, aktivierte Lymphozyten, Prostata, Schilddrüse, Ovar, Endometrium, Kleinhirn, Gehirn.
Abb. 21. Immunfluoreszenz mit SCGB3A2-spezifϊschen Antikörpern
COS7-Zellen wurden mit einem Plasmid transfiziert, das für ein SCGB3A2-GFP- Fusionsprotein kodiert.
A. Nachweis des transfizierten Fusionsproteins mit einem SCGB3A2-spezifischen Kaninchen- Antiserum (Immunisierung mit SEQ ID NO: 105).
B. Nachweis des transfizierten Fusionsproteins durch GFP -Fluoreszenz.
C. Überlagerung der beiden Fluoreszenzen aus A und B. Die gelbe Färbung entsteht an den Stellen, an denen sich beide Fluoreszenzen überlagern und weist damit die Spezifität des SCGB3A2-Antiserums nach.
Abb. 22. Schematische Darstellung von Claudin-18-Konformationen Erfindungsgemäß kann das Claudin-18A2-Polypeptid in zwei Konformationen auf der Zelle vorliegen. In der Konformation 1 liegt das Protein als Membranmolekül mit 4 Transmembrandomänen (TM) vor und weist zwei separate, extrazellulär gelegene Domänen auf. In der Konformation 2 üben die beiden mittleren hyrophoben Bereiche (h-phob) keine Transmembrandomänen-Funktion aus. Dadurch sind in dieser Konformation im Vergleich zu der Konformation 1 zusätzliche Peptidregionen extrazellulär gelegen. Außerdem resultiert aus dieser Konformation eine zusätzliche N-Glykosylierungsstelle an Position 116 (dickerer Pfeil). Alle prädizierten Glykosylierungsdomänen sind im unteren Teil der Abbildung aufgeführt. Exl: extrazelluläre Domäne 1, Ex2: extrazelluläre Domäne 2, TM: Transmembrandomäne, H-phob: extrazelluläre hydrophobe Region. Abb. 23. Quantitative Expression von Claudin-18, Variante AI
Claudin-18A1 ist in keinem Normalgewebe außer Lungen- und Magenge webe detektierbar. Claudin-18Ä1 ist in einer Vielzahl von Tumorgeweben stark exprimiert. Eine besonders starke Expression findet sich in Magentumoren, Lungentumoren, Pankreastumoren und Osophagustumoren.
Abb. 24. Quantitative Expression von Claudin-18, Variante A2
Claudin-18A2 ist in keinem Normalgewebe ausser Magengewebe detektierbar. Claudin-18A2 ist in einer Vielzahl von Tumorgeweben insbesondere Magentumoren, Lungentumoren, Pankreastumore und Osophagustumoren exprimiert.
Abb. 25. Verwendung CIaudin~18A2-spezifischer Antikörper (extrazelluläre Domäne)
A: Färbung von Claudin-18A2-positiven Magentumorzellen (SNU- 16, Methanol-fixiert) mit einem Antikörper, der durch Immunisierung mit einem Peptid (SEQ ID NO: 17) hergestellt wurde. Eine Membranfärbung tritt besonders stark in den Zell/Zell-Interaktionsbereichen auf. Das Protein aggregiert in fokalen Membranbereichen.
B, C, D: Nachweis der Spezifität des Antikörpes durch Kolokalisationsanalyse in Claudin- 18A2-GFP-transfizierten 293T-Zellen. B: GFP-Fluoreszenz; C: anti-Claudin-18A2; D: Überlagerung.
Abb. 26. Verwendung Claudin-18A2-spezifischer Antikörper (extrazelluläre Domäne) Membranfärbung von Claudin-18A2-positiven Magentumorzellen (SNU- 16) mit einem Antikörper, der durch Immunisierung mit einem Peptid (SEQ ID NO: 113, N-terminal gelegene extrazelluläre Domäne) hergestellt wurde. Zur Gegenfärbung wurde ein monoklonaler Antikörper verwendet, der gegen E-Cadherin gerichtet ist. A: Claudin-18A2- Antikörper; B: anti E-Cadherin-Gegenfärbung; C: Überlagerung.
Abb. 27. Verwendung von Antikörpern gegen die C-terminale extrazelluläre Domäne von Claudin-18 Linke Abbildungen: Membranfärbung von Claudin- 18 A2-positiven Magentumorzellen (SNU- 16) mit einem Antikörper, der durch Immunisierung mit einem Peptid (SEQ ID NO: 116, C- terminal gelegene extrazelluläre Domäne) hergestellt wurde. Zur Gegenfärbung wurde ein monoklonaler Antikörper verwendet, der gegen E-Cadherin gerichtet ist (rechte Abbildungen). Abb. 28. Verwendung Claudin-18Al-spezifischer Antikörper
Oben: schwache bis fehlende Färbung von Magentumorzellen (SNU- 16; Claudinl8A2- positiv) mit einem Antikörper, der durch Immunisierung mit einem Claudin-18A1- spezifischen Peptid (SEQ ID NO: 115) hergestellt wurde. A: anti-E-Cadherin; B: anti-
Claudin-18A1; C: Überlagerung.
Unten: Nachweis der Spezifität des Antikörpes durch Kolokalisationsanalyse in Claudin-
18Al-GFP-transfizierten 293T-Zellen. A: GFP-Fluoreszenz; B: anti-Claudin-18Al; C:
Überlagerung.
Abb. 29. Nachweis von Claudin-18A2 im Western-Blot.
Westem-Blot mit Lysaten aus verschiedenen gesunden Geweben mit einem Claudin-18A2- spezifischen Antikörper, gerichtet gegen das Epitop mit SEQ ID NO: 17. 1: Magen-; 2: Testis-; 3: Haut-; 4: Brust-; 5: Leber-; 6: Kolon-; 7: Lunge-; 8: Niere-; 9: Lymphknoten- Normalgewebe.
Abb. 30. Western-Blot von Claudin-18A2 mit Proben aus Magen und Magentumoren sowie verschiedenen Tumorzelllinien.
Lysate aus Magen und Magentumoren (A, B) und Tumorzelllinien (C, D) wurden geblottet und mit einem Claudin-18A2-spezifischen Antikörper gegen das Epitop mit SEQ ID NO: 17 getestet. Magentumore weisen eine geringer glykosylierte Form von Claudin-18A2 auf. Eine
PNGase F-Behandlung von Magenlysaten führt zur Bildung der niedrigglykosylierten Form.
A: 1: Magen-Normalgewebe #A; 2: Magentumor #A; 3: Magen-Normalgewebe #B; 4:
Magentumor #B B: 1: Magen-Normalgewebe #A; 2: Magen-Normalgewebe #B; 3: Magen-Normalgewebe #B
+ PNGase F; 4: Magentumor #C; 5: Magentumor #D; 6: Magentumor #D + PNGase F
C: . 1: Magen-Normalgewebe; 2: MDA-MB-231; 3: SK-MEL-37; 4: AGS; 5: SNU-1; 6:
SNU-16; 7: EFO27; 8: TOV-112D; 9: OVCAR. Zu beachten ist, dass die Tumorzelllinien die deglykosylierte Variante von Claudin-18A2 exprimieren. D: Tabellarische Zusammenfassung der Westem-Blot-Daten für eine Auswahl von Zelllinien, die mit dem Claudin-18A2-spezifischen Antikörper getestet wurden. Abb. 31. Expression von Claudin-18 in Lungentumoren
Entsprechend zu Abb. 30 erfolgte ein Nachweis von niedrigglykosylierten Claudin- 18 A2- Varianten in Lungentumoren. 1: Magen-Normalgewebe; 2: Magentumor; 3-9: Lungentumore.
Abb. 32. Immunhistochemische Analyse von Claudin-18 mit Claudin-18A2-spezifischen Antikörpern in Normalgeweben
In der Magenschleimhaut werden lediglich differenzierte epitheliale Zellen an der Öffnung wie auch am Boden der Drüsen gefärbt. Claudin- 18 A2 ist in Stammzellen des Magens nicht nachweisbar. Alle "anderen von uns untersuchten Normalgewebe exprimieren dieses Gen ebenfalls nicht, wie beispielhaft für Niere, Lunge und Kolon dargestellt.
Abb. 33. Resultate der Immunhistologie mit Claudin-18A2-spezifischem polyklonalen Antiserum
A: Beispiele für spezifische Färbungen von Lungentumor-Geweben. Zu beachten ist, dass das normale Lungengewebe, welches die Variante Claudin- 18 AI exprimiert, durch das Claudin-
18A2-spezifische Antiserum nicht erkannt wird.
B: Beispiele für spezifische Tumorfärbung von Osophagustumoren. Zu beachten ist, dass gesunde Zellen in der Umgebung nicht gefärbt werden.
C: Beispiele für spezifische Tumorfärbung von Magentumorepithelien. Auch hier werden gesunde Zellen in der Umgebung nicht gefärbt.
D: Beispeilhafte tabellarische Zusammenfassung immunhistochemischer Färbedaten mit
Claudin- 18 A2-spezifischen Antikörpern. AdenoCa: Adenokarzinom; SCC:
Plattenepithelkarzinom; RCC: Nierenzellkarzinom.
Abb. 34. Quantitative Expression von SLC13A1
Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit SLC 13 AI -spezifischen Primem (SEQ ID NO: 121, 122) zeigen die hohe und selektive Expression in normalem Nierengewebe (A) sowie die SLC 13 AI -spezifische Expression in Nierentumoren (B). SLC 13 AI -Transkription ist in 5/8 Nierentumoren nachweisbar.
Abb. 35. Zelluläre Lokalisation von SLC13A1
Immunfluoreszenz zum Nachweis der zellulären Lokalisation von SLC 13 AI nach Transfektion eines Plasmides, das ein SLC13Al-GFP-Fusionsprotein bereitstellt. Deutlich zu sehen ist die membranständige Fluoreszenz (als Ring um die transfizierte Zelle) des SLC 13 AI -Fusionsproteiris.
Abb. 36. Quantitative Expression von CLCAl Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit CLCAl -spezifischen Primem (SEQ ID NO:' 125, 126) zeigen die hohe und selektive Expression im normalen Kolon- und Magengewebe (A) sowie die CLCAl -spezifische Expression in Kolon- und Magentumorproben (B). CLCAl ist nachweisbar in 6/12 Kolontumoren und in 7/10 Magentumoren.
Abb. 37. Quantitative Expression von FLJ21477
Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ21477-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 127, 128) zeigen die hohe und selektive Expression im normalen Kolon- und Magengewebe sowie eine schwache Expression in Thymus, Osophagus und Gehirn (A) sowie die FLJ21477- spezifische Expression in Kolontumor-Proben (B). FLJ21477 ist nachweisbar in 11/12 Kolontumoren.
Abb. 38. Quantitative Expression von FLJ20694
Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit -FLJ20694-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 129, 130) zeigen die hohe und selektive Expression im normalen Kolon- und Magengewebe (A) sowie die FLJ20694-spezifische Überexpression in Kolon- und Magentumor-Proben (B).
FLJ20694 ist nachweisbar in 11/12 Kolontumoren und in 7/10 Magentumoren.
Abb. 39. Quantitative Expression von FLJ21458
Quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ21458-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 133, 134) zeigen die selektive Expression in Testis, Magengewebe und verschiedenen Darmarealen. Außerdem konnten FLJ21458-spezifische Transkripte in 20/20 Kolontumoren und in 7/11 Kolonmetastasen nachgewiesen werden. Folgende Normalgewebe wurden analysiert: Leber, Lunge, Lymphknoten, Milz, Nebenniere, Niere, Osophagus, Ovar, Testis, Thymus, Haut, Brust, Pankreas, Lymphozyten, aktivierte Lymphozyten, Prostata, Schilddrüse, Ovar, Endometrium, Kleinhirn, Gehirn.
Abb. 40. Immunfluoreszenz mit FLJ21458-spezifischen Antikörpern
Oben: 293-Zellen wurden mit einem Plasmid transfiziert, das für ein FLJ21458-GFP- Fusionsprotein kodiert. A: Nachweis des transfizierten Fusionsproteins mit einem FLJ21458- spezifischen Kaninchen-Antiserurn (Immunisierung mit SEQ ID NO: 136). B: Nachweis des transfizierten Fusionsproteins durch GFP -Fluoreszenz. C: Überlagerung der beiden Fluoreszenzen aus A und B. Die gelbe Färbung entsteht an' den Stellen, an denen sich beide Fluoreszenzen überlagern und weist damit die Spezifität des FLJ21458-Antiserums nach. Unten: Analyse von Snul6-Zellen, die endogen FLJ21458 synthetisieren. A: Proteinnachweis mit einem FLJ21458-spezifischen Kaninchen-Antiserurn (Immunisierung mit SEQ ID NO: 136). B: Nachweis des Membranproteins E-Cadherin. C: Überlagerung der beiden Flureszenzen aus A und B. Die gelbe Färbung entsteht an den Stellen, an denen sich beide Fluoreszenzen überlagern, und weist die Membranlokalisation von FLJ21458 nach.
Abb. 41. Sequenzen
Gezeigt sind die Sequenzen, auf die hierin verwiesen wird.
Abb. 42. Ermittlung extrazellulärer Bereiche von Claudin-18A2 Drei Konstrukte wurden hergestellt, die jeweils eine Marker-Sequenz (myc- oder HA-Tag) in einer der Domänen EX1 (= extrazelluläre Domäne 1), EX2 (= extrazelluläre Domäne 2), oder D3 (= Domäne 3) trugen (oben). Diese wurden in Zelllinien transfiziert und daraufhin getestet, ob ein gegen diese Markersequenzen gerichteter Antikörper an nichtpermeabilisierte Zellen bindet. Dies erfordert, dass der entsprechende Bereich des Proteins topologisch extrazellulär ist. In der Durchflusszytometrie erwies sich, dass alle drei Bereiche des Moleküls für die Antikörper zugänglich sind (unten).
Abb. 43. Claudin-18A2-Membrantopologie
Entsprechend unserer Daten kann Claudin- 18 A2 in der Konformation 2 vorliegen, wobei die inneren beiden hydrophoben Domänen nicht integral durch die Zellmembran Mndurchführen.
Dadurch sind größere Bereiche dieses Moleküls extrazellulär. Hier befinden sich auch Glykosylierungsdomänen, die nach unseren Daten in Magennormalgewebe glykosyliert sind, in Tumoren aber nicht. Es entstehen somit rein tumorgewebsspezifische Epitope.
Abb. 44. FACS-Analyse zur Bestimmung der extrazellulären Lokalisation von Claudin
18
Die Abbildung zeigt durchflusszytometrische Analysen an nichtpermeabilisierten Zellen, die mit Voll-Langen Claudin- 18 AI, Claudin- 18 A2 und Mock sowie Abschnitten aus Claudin- 18A2 transfiziert wurden. Erkennbar ist, dass die Antikörper mABl und mAB2 spezifisch Claudin- 18 A2 (linke Spalte) und die extrazelluläre Domäne 2 (Ex2, 3. Spalte) an der Zelloberfläche erkennen, während Claudin-18A1 (2. Spalte) und die Negativ-Kontrolle (letzte Spalte) negativ sind. Der Antikörper mABl bindet, im Gegensatz zu mAB2, auch spezifisch die extrazelluläre Domäne 1 (Exl, 4. Spalte).
Beispiele:
Material und Methoden
Die Begriffe "in silico", "elektronisch" und "virtuell klonieren" beziehen sich rein auf die Nutzung von auf Datenbanken beruhenden Verfahren, mit denen auch Labor-experimentelle Vorgänge simuliert werden können.
Alle anderen Begriffe und Termini werden, falls nicht explizit anders definiert, so verwendet, wie sie der Fachmann versteht. Die genannten Techniken und Methoden erfolgen in an sich bekannter Weise und sind z.B. in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Auflage (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y beschrieben. Alle Verfahren, die die Verwendung von Kits und Reagenzien einschließen, sind entsprechend den Angaben der Hersteller durchgeführt.
Datamining-basierte Strategie zur Ermittlung von neuen Tumor-assoziierten Genen
Zwei in silico Strategien nämlich GenBank-Schlagwort-Suche und der cDNAxProfiler wurden kombiniert. Es wurde unter Nutzung des ENTREZ Search and Retrieval Systems des NCBI. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez) eine Suche nach Kandidaten-Genen in der GenBank durchgeführt, die annotiert sind als spezifisch exprimiert in bestimmten Geweben (Wheeler et al, Nucleic Acids Research 28: 10-14, 2000).
Durch Suchabfragen mit Schlagworten wie beispielsweise "colon-specific gene", " stomach- specific gene", oder "kidney-specific gene" wurden Kandidatengene (GOI, genes of interest) aus den Datenbanken herausextrahiert. Die Suche wurde auf einen Teil der Gesamtinformation dieser Datenbanken eingeschränkt, indem als Limits "homo sapiens" für den Organismus und "mRNA" für die Molekülart eingesetzt wurden.
Die Liste der gefundenen GOI wurde kuratiert, indem unterschiedliche Bezeichnungen für dieselbe Sequenz ermittelt und solche Redundanzen behoben wurden.
Alle Kandidatengene, die sich durch die Schlagwort-Suche ergaben, wurden wiederum durch das Verfahren des "electronic Northern" (eNorthern) bezüglich ihrer Gewebeverteilung untersucht. Der eNorthern basiert darauf, dass die Sequenz eines GOI gegenüber einer EST- (expressed sequence tag) Datenbank (Adams et al., Science 252:1651, 1991) abgeglichen wird (http://www.ncbi.nim.nih.gov/BLAST). Zu jedem EST, das sich als homolog zum eingegebenen GOI ergibt, lässt sich die Gewebeherkunft ermitteln und durch die Summe aller ESTs auf diese Weise eine vorläufige Einschätzung der Gewebeverteilung des GOI erreichen. Nur diejenigen GOI wurden weiteren Untersuchungen zugeführt, die keine Homologien zu EST aus nicht Organ-spezifischen Normalgeweben hatten. Für dies Beurteilung wurde auch berücksichtigt, dass es falsch-annotierte cDNA-Banken in der öffentlichen Domäne gibt (Scheurle et al., Cancer Res. 60: 4037-4043, 2000) (www.fau.edu/cmbb/publications/cancergenes6.htm). Als zweites Datamining-V erfahren wurde der cDNA xProfiler des Cancer Genome Anatomy Projekts des NCBI (http://cgap.nci.nih.gov/Tissues/xProfiler) genutzt (Hillier et al., Genome Research 6:807- 828, 1996; Pennisi, Science 276:1023-1024, 1997). Dieser erlaubt, Pools von in Datenbanken abgelegten Transkriptomen durch logische Operatoren in Beziehung zueinander zu setzen. Wir haben einen Pool A definiert, dem beispielsweise alle aus Colon hergestellten Expressionsbibliotheken, unter Ausschluss von gemischten Bibliotheken zugeordnet wurden. Dem Pool B wurden alle cDNA-Bibliotheken zugeordnet, die von Normalgeweben mit Ausnahme von Colon hergestellt waren. Generell wurden alle cDNA-Banken unabhängig vom zugrundeliegenden Herstellungsverfahren genutzt, allerdings lediglich solche mit einer Mächtigkeit > 1000 zugelassen. Mittels des BUT NOT Operators wurde Pool B digital von Pool A subtrahiert. Auch das Set der auf diese Weise gefundenen GOI wurde eNorthern- Studien unterzogen, sowie durch eine Literaturrecherche abgesichert.
Dieses kombinierte Datamining schließt alle etwa 13 000 Volllänge-Gene in der öffentlichen Domäne ein und prädiziert aus diesen Gene mit potentieller Organ-spezifischer Expression.
Alle anderen Gene wurden zunächst durch spezifische RT-PCR in Normalgeweben evaluiert. Alle GOI, die sich als in nicht Organ-spezifischen Normalgeweben exprimiert erwiesen, hatten als Falsch-Positive zu gelten und wurden aus weiteren Untersuchungen ausgeschlossen. Die verbliebenen wurden in einem großen Panel an verschiedensten Tumorgeweben untersucht. Die unten dargestellten Antigene erwiesen sich dabei als in Tumorzellen aktiviert. RNA-Extraktion, Herstellung von poly-d(T) geprimter cDNA und konventionelle RT- PCR Analyse
Gesamt-RNA aus nativem Gewebematerial wurde unter Verwendung von Guanidium- isothiocyanat als chaotrophem Agens extrahiert (Chomczynski & Sacchi, Anal. Biochem. 162: 156-9, 1987). Nach Extraktion mit saurem Phenol und Fällung mit Isopropanol wurde die RNA in DEPC-behandeltem Wasser gelöst.
Aus 2-4 μg Gesamt-RNA wurde in einem 20μl Reaktionsansatz mittels Superscript II (Invitrogen) entsprechend den Angaben des Herstellers eine Erststrang-cDNA-Synthese durchgeführt. Als Primer wurde ein dT(18) Oligonukleotid verwendet. Integrität und Qualität der cDNA wurden durch Amplifikation von p53 in einer 30 Zyklen-PCR (sense CGTGAGCGCTTCGAGATGTTCCG, antisense CCTAACCAGCTGCCCAACTGTAG, Hybridisierungstemperatur 67°C) überprüft.
Es wurde ein Archiv aus Erststrang-cDNAs aus einer Reihe von Normalgeweben und Tumorentitäten hergestellt. Für Expressionsstudien wurden 0,5 μl dieser cDNAs in einem 30μl Reaktionsansatz mit GOI-spezifischen Primem (siehe unten) und 1 U HotStarTaq DNA Polymerase (Qiagen) amplifiziert. Der Reaktionsansatz enthielt jeweils 0,3 mM dNTPs, je 0,3 μM jeden Primers und 3 μl 10 x Reaktionspuffer.
Die Primer wurden so ausgewählt, dass sie in 2 verschiedenen Exons liegen, und die Beseitigung der Interferenz durch kontaminierende genomische DNA als Grund für falsch positive Resultate wurde durch Testen von nicht revers transkribierter DNA als Matrize bestätigt. Nach 15 Minuten bei 95 °C zur Aktivierung der HotStarTaq DNA Polymerase wurden 35 Zyklen PCR durchgeführt (1 min 94°C, 1 min jeweilige Hybridisierungstemperatur, 2 min 72°C und abschließende Elongation bei 72°C für 6 min). 20 μl dieser Reaktion wurden auf einem mit Ethidiumbromid gefärbten Agarosegel aufgetrennt und analysiert.
Folgende Primer wurden für die Expressionsanalyse der entsprechenden Antigene bei der angegebenen Hybridisierungstemperatur verwendet.
GPR35 (65°C)
Sense: 5'-AGGTACATGAGCATCAGCCTG-3' Antisense: 5'-GCAGCAGTTGGCATCTGAGAG-3* GUCY2C (62°C) Sense: 5 '-GC AATAGACATTGCCAAGATG-3 ' Antisense: 5 '-AACGCTGTTGATTCTCCACAG-3 '
SCGB3A2 (66°C)
Sense: 5'-CAGCCTTTGTAGTTACTCTGC-3 '
Antisense: 5'-TGTCACACCAAGTGTGATAGC-3' Claudinl8A2 (68°C)
Sensel : 5 '-GGTTCGTGGTTTCACTGATTGGGATTGC-3 '
Antisense 1 : 5 '-CGGCTTTGTAGTTGGTTTCTTCTGGTG-3 '
Sense2: 5 '- TGTTTTCAACTACCAGGGGC-3 '
Antisense2: 5'- TGTTGGCTTTGGCAGAGTCC-3' ClaudinlδAl (64°C)
Sense: 5 '-GAGGCAGAGTTCAGGCTTCACCGA-3 '
Antisense: 5'- TGTTGGCTTTGGCAGAGTCC-3'
SLC13A1 (64°C)
Sense: 5'-CAGATGGTTGTGAGGAGTCTG-3 ' Antisense: 5'-CCAGCTTTAACCATGTCAATG-3 '
CLCAl (62°C)
Sense: 5'-ACACGAATGGTAGATACAGTG-3 '
Antisense: 5 '-ATACTTGTGAGCTGTTCCATG-3 '
FLJ21477 (68°C) Sense: 5'- ACTGTTACCTTGCATGGACTG-3 '
Antisense: 5'- CAATGAGAACACATGGACATG-3 '
FLJ20694 (64°C)
Sense: 5'- CCATGAAAGCTCCATGTCTA-3 '
Antisense: 5'- AGAGATGGCACATATTCTGTC Ebner (70°C)
Sense: 5'-ATCGGCTGAAGTCAAGCATCG-3'
Antisense: 5'-TGGTCAGTGAGGACTCAGCTG-3 '
Plunc (55°C)
Sense: 5'-TTTCTCTGCTTGATGCACTTG-3 ' Antisense: 5'-GTGAGCACTGGGAAGCAGCTC-3' SLC26A9 (67°C)
Sense: 5'-GGCAAATGCTAGAGACGTGA-3 '
Antisense: 5 '-AGGTGTCCTTCAGCTGCCAAG-3 '
THC 1005163 (60°C) Sense: 5 '- GTTAAGTGCTCTCTGGATTTG-3 ' LOC 134288 (64°C)
Sense. 5'-ATCCTGATTGCTGTGTGCAAG-3 ' Antisense: 5 ' -CTCTTCTAGCTGGTCAACATC-3 ' THC943866 (59°C)
Sense: 5'-CCAGCAACAACTTACGTGGTC-3 ' Antisense: 5'-CCTTTATTCACCCAATCACTC-3' FLJ21458 (62°C)
Sense: 5'-ATTCATGGTTCCAGCAGGGAC-3' Antisense: 5'-GGGAGACAAAGTCACGTACTC-3'
Herstellung von Random-Hexamer-geprimter cDNA und quantitative Real-Time-PCR
Die Expression mehrere Gene wurde mittels Real-Time-PCR quantifiziert. Dabei wurden die PCR-Produkte mit SYBR-Green als interkalierendem Reporterfarbstoff detektiert. Die Reporterfluoreszenz von SYBR-Green ist in Lösung supprimiert und erst nach Bindung an dopplesträngige DNA-Fragmente ist der Farbstoff aktiv. Das Ansteigen der SYBR-Green- Fluoreszenz als Folge der spezifischen Amplifikation mittels GOI-spezifischen Primem nach jedem PCR-Zyklus wird zur Quantifizierung genutzt. Die Expressionsquantifizierung des Zielgens erfolgt absolut oder relativ zur Expression eines Kontrollgens mit konstanter Expression in den zu untersuchenden Geweben. Die Expression wurde nach Normalisierung der Proben gegen 18s RNA als sog. Housekeeping-Gen mittels der ΔΔ- Methode (PE Biosystems, USA) ermittelt. Die Reaktionen wurden in Duplex-Ansätzen durchgeführt und in Triplikaten bestimmt. Verwendet wurde der QuantiTect SYBR-Green PCR Kit (Qiagen, Hilden) nach Angaben des Herstellers. Die Synthese der cDNA erfolgte mit dem High Capacity cDNA Archive Kit (PE Biosystems, USA) unter Verwendung von Hexamer- Primern nach Angaben des Herstellers. Jeweils 5 μl der verdünnten cDNA wurden in 25 μl Gesamtvolumen für die PCR eingesetzt: sense-Primer 300nM, antisense-Primer 300nM; initiale Denaturierung 95°C 15 min; 95°C 30 sec; Annealing 30 sec; 72°C 30 sec; 40 Zyklen. Die Sequenzen der verwendeten Primer sind in den jeweiligen Beispielen aufgeführt.
Klonierung und Sequenzanalyse
Klonierung von Vollängen bzw. Genfragmenten erfolgte nach gängigen Methoden. Zur Ermittlung der Sequenz wurden entsprechende Antigene mittels der Proofreading-Polymerase pfu (Stratagene) amplifiziert. Nach Beendigung der PCR wurde Adenosin mittels HotStarTaq DNA Polymerase an die Enden des Amplikons ligiert, um die Fragmente entsprechend den Angaben des Herstellers in den TOPO-TA- Vektor zu klonieren. Die Sequenzierung wurde durch einen kommerziellen Service durchgeführt. Die Sequenzen wurden mittels gängiger Prädiktionsprogramme und Algorithmen analysiert.
Western-Blot
Zellen aus Zellkultur (endogene Expression des Zielgens oder Synthese des Zielproteins nach Transfektion eines Expressionsvektors, der das Zielprotein kodiert) oder Gewebeproben, die das Zielprotein enthalten könnten, werden in einer l%igen SDS Lösung lysiert. Das SDS denaturiert dabei die im Lysat enthaltenen Proteine. Die Lysate eines experimentellen Ansatzes werden abhängig von der erwarteten Proteingröße auf 8-15 %igen denaturierenden Polyacrylamidgelen (enthalten 1% SDS) der Größe nach elektrophoretisch aufgetrennt (SDS- Polyacrylamid-Gelelektrophorese, SDS-PAGE). Anschließend werden die Proteine durch das semi-dry Elektroblot Verfahren (Biorad) auf Nitrozellulose-Membran (Schleicher & Schüll) transferiert, auf der das gewünschte Protein nachgewiesen werden kann. Dazu wird die Membran zunächst blockiert (z.B. mit Milchpulver) und anschließend mit dem spezifischen Antikörper in einer Verdünnung von 1:20-1:200 (je nach Spezifität des Antikörpers) für 60 Minuten inkubiert. Nach einem Waschschritt wird die Membran mit einem zweiten, mit einem Marker (z.B. Enzyme wie Peroxidase oder alkalische Phosphatase) gekoppelten Antikörper inkubiert, der den ersten Antikörper erkennt. Nach einem weiteren Waschschritt wird anschließend das Zielprotein in einer Färb- oder Chemilumineszenz-Reaktion auf der Membran mittels einer Enzymreaktion sichtbar gemacht (z.B. ECL, Amersham Bioscience). Das Ergebnis wird durch Aufnahme mit einer geeigneten Kamera dokumentiert.
Die Analyse von Proteinmodifikationen erfolgt in der Regel im Westem-Blot. Glykosylierungen, die in der Regel eine Größe von mehreren kDa haben, führen zu einer größeren Gesamtmasse des Zielproteins, die sich in der SDS-PAGE auftrennen lässt. Zum Nachweis von spezifischen O- und N-glykosidischen Bindungen werden Proteinlysate aus Geweben oder Zellen vor der Denaturierung durch SDS mit O- oder N-Glykosidasen inkubiert (nach Angaben des jeweiligen Herstellers, z.B. PNgase, Endoglykosidase F, Endoglykosidase H, Röche Diagnostics). Anschließend erfolgt ein Westem-Blot wie vorstehend beschrieben. Bei Verringerung der Größe eines Zielproteins kann so nach Inkubation mit einer Glykosidase eine spezifische Glykosylierung nachgewiesen und auf diesem Weg auch die Tumorspezifität einer Modifikation analysiert werden. Mit Algorithmen und Prädiktionsprogrammen kann die genaue Position der glykosylierten Aminosäure prädiziert werden.
Immunfluoreszenz Es werden Zellen etablierter Zelllinien benutzt, die entweder das Zielprotein endogen synthetisieren (Nachweis der RNA in der RT-PCR oder des Proteins im Westem-Blot) oder aber vor der IF mit Plasmid-DNA transfiziert worden sind. Zur Transfektion von Zelllinien mit DNA sind die verschiedensten Methoden (z.B. Elektroporation, Liposomen-basierte Transfektion, Calciumphosphatpräzipitation) gut etabliert (z.B. Le oine et al. Methods Mol. Biol. 1997; 75: 441-7). Das transfizierte Plasmid kann bei der Immunfluoreszenz das unmodifizierte Protein kodieren oder aber auch unterschiedliche Aminosäuremarker an das Zielprotein koppeln. Die- wichtigsten Marker sind z.B. das fluoreszierende „green fluorescent protein" (GFP) in seinen verschiedenen differentiell fluoreszierenden Formen und kurze Peptidsequenzen von 6-12 Aminosäuren, für die hoch affine und spezifische Antikörper zur Verfügung stehen. Zellen, die das Zielprotein synthetisieren, werden mit Paraformaldehyd, Saponin oder Methanol fixiert. Anschließend können die Zellen bei Bedarf durch Inkubation mit Detergenzien (z.B. 0,2% Triton X-100) permeabilisiert werden. Nach der Fixierung/Permeabilisierung werden die Zellen mit einem primären Antikörper inkubiert, der gegen das Zielprotein oder gegen einen der gekoppelten Marker gerichtet ist. Nach einem Waschschritt wird der Ansatz mit einem zweiten, mit einem fluoreszierenden Marker (z.B. Fluorescin, Texas Red, Dako) gekoppelten Antikörper inkubiert, der an den ersten Antikörper bindet. Anschließend werden die so markierten Zellen mit Glycerin überschichtet und mit Hilfe eines Fluoreszenzmikroskops nach den Angaben des Herstellers analysiert. Spezifische Fluoreszenzemissionen werden dabei, abhängig von den eingesetzten Substanzen, durch spezifische Anregung eneicht, Die Analyse erlaubt in. der Regel die sichere Lokalisation des
Zielproteins, wobei zur Bestätigung der Antikörperqualität und des Zielproteins in Doppelfarbungen zusätzlich zum Zielprotein auch die gekoppelten Aminosäuremarker oder andere Markerproteine angefärbt werden; deren Lokalisation bereits in der Literatur beschrieben ist. Ein Sonderfall stellt das GFP und seine Derivate dar, dass direkt angeregt werden kann und selbst fluoresziert, so dass zum Nachweis keine Antikörper benötigt werden.
Immunhistochemie
Die IHC dient im einzelnen dazu, um (1) die Menge an Zielprotein in Tumor- und Normalgeweben abschätzen zu können, (2) zu analysieren, wie viele Zellen in Tumor- und gesundem Gewebe das Zielgen synthetisieren, und/oder (3) den Zelltyp in einem Gewebe (Tumor, gesunde Zellen) zu definieren, in dem das Zielprotein nachweisbar ist. Je nach dem individuellen Antikörper müssen unterschiedliche Protokolle verwendet werden (z.B. „Diagnostic Immunohistochemistry by David J., MD Dabbs ISBN: 0443065667" oder in „Microscopy, Immunohistochemistry, and Antigen Retrieval Methods: For Light and Electron Microscopy ISBN: 0306467704").
Die Immunhistochemie (IHC) an spezifischen Gewebeproben dient dem Proteinnachweis im entsprechenden Gewebe. Ziel dieses Verfahrens ist es, die Lokalisation eines Proteins in einem funktionell intakten Gewebeverband zu identifizieren. Die IHC dient im einzelnen dazu, um (1) die Menge an Zielprotein in Tumor- und Normalgeweben abschätzen zu können, (2) zu analysieren, wie viele Zellen in Tumor- und gesundem Gewebe das Zielgen synthetisieren, und (3) den Zelltyp in einem Gewebe (Tumor, gesunde Zellen) zu definieren, in dem das Zielprotein nachweisbar ist. Alternativ können die Proteinmengen eines Zielgens durch Gewebsimmunfluoreszenz mittels Digitalkamera und geeigneter Software (z.B. Tillvision, Till-photonics, Deutschland) quantifiziert werden. Die Technologie ist häufig publiziert worden, Details für Färbung und Mikroskopie sind daher z.B. „Diagnostic Immunohistochemistry" von David J., MD Dabbs ISBN: 0443065667 oder „Microscopy, Immunohistochemistry, and Antigen Retrieval Methods: For Light and Electron Microscopy" ISBN: 0306467704 zu entnehmen. Zu beachten ist, dass aufgrund der Eigenschaften von Antikörpern unterschiedliche Protokolle verwendet werden müssen (nachstehend ist ein Beispiel beschrieben), um zu einem aussagekräftigen Ergebnis zu kommen.
In der Regel werden histologisch definierte Tumorgewebe und als Referenz vergleichbare gesunde Gewebe in der MC eingesetzt. Als Positiv- und Negativkontrollen können dabei auch Zelllinien dienen, bei denen die Präsenz des Zielgens durch RT-PCR-Analysen bekannt ist. Eine Hintergrundkontrolle ist immer mitzuführen.
Fixierte Gewebe (z.B. Fixation mit aldehydhaltigen Substanzen, Formaldehyd, Paraformaldehyd oder in alkoholischen Lösungen) oder schockgefrorene Gewebestücke mit einer Dicke von 1-1 Oμm werden auf einem Glasträger aufgebracht. Paraffineingebettete Proben werden z.B. mit Xylol deparaffiniert. Die Proben werden mit TBS-T gewaschen und in Serum blockiert. Anschließend erfolgt die Inkubation mit dem ersten Antikörper (Verdünnung: 1:2 bis 1:2000) für 1-18 Stunden, wobei in der Regel affinitätsgereinigete Antikörper verwendet werden. Nach einem Waschschritt erfolgt eine ca. 30-60 minütige Inkubation mit einem zweiten Antikörper, der mit einer Alkalischen Phosphatase (alternativ: z.B. Peroxidase) gekoppelt und gegen den ersten Antikörper gerichtet ist. Anschließend erfolgt eine Farbreaktion unter Verwendung der von Farbsubstraten, die von dem gebundenen Enyzmen umgesetzt werden (vgl. beispielsweise Shi et al., J. Histochem. Cytochem. 39: 741- 748, 1991; Shin et al., Lab. Invest. 64: 693-702, 1991). Zum Nachweis der Antikörper- Spezifität kann die Reaktion durch vorherige Zugabe des Immunogens kompetitiert werden.
Immunisierung (Siehe auch Monoclonal Antibodies: A Practical Approach by Philip Shepherd, Christopher Dean isbn 0-19-963722-9; Antibodies: A Laboratory Manual by Ed Hariow, David Lane ISBN: 0879693142; Using Antibodies : A Laboratory Manual : Portable Protocol NO. by Edward Hariow, David Lane, Ed Hariow ISBN: 0879695447). Im Folgenden wird der Herstellungsprozess von Antikörpern kurz beschrieben, Details sind den zitierten Publikationen zu entnehmen. Zunächst werden Tiere (z.B. Kaninchen) durch eine erste Injektion des gewünschten Zielproteins immunisiert. Durch eine zweite oder dritte Immunisierung innerhalb eines definierten Zeitraums (ca. 2-4 Wochen nach der vorangegangenen Immunisierung) lässt sich die Immunantwort des Tieres gegen das Immunogen verstärken. Wiederum nach verschiedenen definierten Zeitabständen (1. Blutung nach 4 Wochen, anschließend ca. alle 2 Wochen mit insgesamt bis zu 5 Entnahmen) wird den Tieren Blut entnommen und daraus ein Immunserum gewonnen.
Die Immunisierung der Tiere erfolgt in der Regel über eines von vier gut etablierten Verfahren, wobei auch andere Verfahren verfügbar sind. Immunisiert werden kann dabei mit Peptiden, die für das Zielprotein spezifisch sind, dem gesamten Protein oder mit extrazellulären Teilsequenzen eines Proteins, das experimentell oder über Prediktionsprogramme identifiziert werden kann. (1) Im ersten Fall werden an KLH (keyhole limpet hemocyanin) konjugierte-Peptide (Länge: 8-12 Aminosäuren) über ein standardisiertes in vitro-Verfahren synthetisiert und diese Peptide zur Immunisierung verwendet. In der Regel erfolgen 3 Immunisierungen mit einer Konzentration von 5-1000 μg/Immunisierung. Die Durchführung der Immunisierung kann auch als Service von Dienstleistem erfolgen. (2) Alternativ kann die Immunisierung durch rekombinante Proteine erfolgen. Dazu wird die klonierte DNA des Zielgens in einen Expressionsvektor kloniert und das Zielprotein analog den Bedingungen des jeweiligen Herstellers (z.B. Röche Diagnostics, Invitrogen, Clontech, Qiagen) z.B. zellfrei in vitro, in Bakterien (z.B. E. coli), in Hefe (z.B. S. pombe), in Insektenzellen oder in mammalen Zellen synthetisiert. Nach Synthese in einem der Systeme wird das Zielprotein aufgereinigt, wobei die Aufreinigung dabei in der Regel über standardisierte chromatografische Methoden erfolgt. Dabei können auch Proteine für die Immunisierung verwendet werden, die über einen molekularen Anker als Hilfsmittel zur Reinigung verfügen (z.B. His-Tag, Qiagen; FLAG-Tag, Röche Diagnostics; Gst-Fusionsproteine). Eine Vielzahl von Protokollen finden sich z.B. in den „Cunent Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience. (3) Falls eine Zelllinie zur Verfügung steht, die das gewünschte Protein endogen synthetisiert, kann auch diese Zelllinie zur Herstellung des spezifischen Antiserums verwendet werden. Die Immunisierung erfolgt dabei in 1-3 Injektionen mit jeweils ca. 1-5 x lO7 Zellen. (4) Die Immunisierung kann auch durch Injektion von DNA (DNA Immunisierung) erfolgen. Dazu wird das Zielgen zunächst in einen Expressionsvektor kloniert, so dass die Zielsequenz unter der Kontrolle eines starken eukaryontischen Promotors steht (z.B. CMV-Promotor). Anschließend werden 5-100 μg DNA als Immunogen mit einer „gene gun" in stark durchblutete, kapillare Bereiche eines Organismus transferiert (z.B. Maus, Kaninchen). Die transferierte DNA wird von Zellen des Tieres aufgenommen, das Zielgen wird exprimiert und das Tier entwickelt schließlich eine Immunantwort gegen das Zielgen (Jung et al., Mol Cells 12: 41-49, 2001; Kasinrerk et al., Hybrid Hybridomics 21 : 287-293, 2002).
Qualitätskontrolle des polyklonalen Serums bzw. Antikörpers Zum Spezifitätsnachweis eignen sich am besten auf Zellkultur-basierende Tests mit anschließendem Westem-Blot (verschiedene Variationen sind z.B. in „Cu ent Protocols in Proteinchemistry", John Wiley & Sons Ltd., Wiley InterScience, beschrieben). Für den Nachweis werden Zellen mit einer cDNA für das Zielprotein transfiziert, die unter der Kontrolle eines starken eukaryontischen Promotors steht (z.B. Cvtomegalovirus-Promotor). Zur Transfektion von Zelllinien mit DNA sind die verschiedensten Verfahren (z.B. Elektroporation, auf Liposomen basierende Transfektion, Kalziumphosphatpräzipitation) gut etabliert (z.B. Lemoine et al., Methods Mol Biol. 75: 441-7, 1997). Alternativ können auch Zelllinien verwendet werden, die das Zielgen endogen exprimieren (Nachweis über Zielgen- spezifische RT-PCR). Zur Kontrolle werden im Experiment im Idealfall homologe Gene mit transfiziert, um im folgenden Westem-Blot die Spezifität des analysierten Antikörpers nachweisen zu können.
Im anschließenden Westem-Blot werden Zellen aus Zellkultur oder Gewebeproben, die das Zielprotein enthalten könnten, in einer l%igen SDS Lösung lysiert und die Proteine dabei denaturiert. Die Lysate werden auf 8-15%igen denaturierenden Polyacrylamidgelen (enthalten 1% SDS) der Größe nach elekrophoretisch aufgetrennt (SDS-Polyacrylamid- Gelelektrophorese, SDS-PAGE). Anschließend werden die Proteine durch eines von mehreren Blotting-Verfahren (z.B. semi-dry Elektroblot; Biorad) auf eine spezifische Membran transferiert (z.B. Nitrozellulose, Schleicher & Schüll). Auf dieser Membran kann das gewünschte Protein sichtbar gemacht werden. Dazu wird die Membran zunächst mit dem Antikörper, der das Zielprotein erkennt (Verdünnung ca. 1:20-1:200, je nach Spezifität des Antikörpers), für 60 Minuten inkubiert. Nach einem Waschschritt wird die Membran mit einem zweiten, mit einem Marker (z.B. Enzyme wie Peroxidase oder alkalische Phosphatase) gekoppelten Antikörper inkubiert, der den ersten Antikörper erkennt. In einer Färb- oder chemilumineszenten Reaktion kann anschließend das Zielprotein auf der Membran sichtbar gemacht werden (z.B. ECL, Amersham Bioscience). Ein Antikörper mit einer hohen Spezifität für das Zielprotein sollte im Idealfall nur das gewünschte Protein selbst erkennen. Zur Bestätigung der im in silico- Ansatz identifizierten Membranlokalisation des Zielproteins werden verschiedene Verfahren verwendet. Ein wichtiges und gut etabliertes Verfahren unter Verwendung der vorstehend beschriebenen Antikörper ist die Immunfluoreszenz (IF). Dazu werden Zellen etablierter Zelllinien benutzt, die entweder das Zielprotein synthetisieren (Nachweis der RNA in der RT-PCR oder des Proteins im Westem-Blot) oder aber mit - Plasmid-DNA transfiziert worden sind. Zur Transfektion von Zelllinien mit DNA sind die verschiedensten Vefahren (z.B. Elektroporation, auf Liposomen basierende Transfektion, Kalziumphosphatpräzipitation) gut etabliert (z.B. Lemoine et al., Methods Mol. Biol. 75: 441- 7, 1997). Das in die Zellen transfizierte Plasmid kann bei der Immunfluoreszenz das unmodifizierte Protein kodieren oder aber auch unterschiedliche Aminosäuremarker an das Zielprotein koppeln. Die wichtigsten Marker sind z.B. das fluoreszierende „green fluorescent protein" (GFP) in seinen verschiedenen differentiell fluoreszierenden Formen, kurze Peptidsequenzen von 6-12 Aminosäuren, für die hoch affine und spezifische Antikörper zur Verfügung stehen, oder die kurze Aminosäuresequenz Cys-Cys-X-X-Cys-Cys, die über ihre Cysteine spezifische fluoreszierende Substanzen binden kann (Invitrogen). Zellen, die das Zielprotein synthetisieren, werden z.B. mit Paraformaldehyd oder Methanol fixiert. Anschließend können die Zellen bei Bedarf durch Inkubation mit Detergenzien (z.B. 0,2% Triton X-100) permeabilisiert werden. Anschließend werden die Zellen mit einem primären Antikörper inkubiert, der gegen das Zielprotein oder gegen einen der gekoppelten Marker gerichtet ist. Nach einem Waschschritt wird der Ansatz mit einem zweiten, mit einem fluoreszierenden Marker (z.B. Fluorescin, Texas Red, Dako) gekoppelten Antikörper inkubiert, der an den ersten Antikörper bindet. Anschließend werden die so markierten Zellen mit Glycerin überschichtet und mit Hilfe eines Fluoreszenzmikroskops nach den Angaben des Herstellers analysiert. Spezifische Fluoreszenzemissionen werden dabei, abhängig von den eingesetzten Substanzen, durch spezifische Anregung erreicht. Die Analyse erlaubt in der Regel die sichere Lokalisation des Zielproteins, wobei zur Bestätigung der Antikörperqualität und des Zielproteins in Doppelfärbungen zusätzlich zum Zielprotein auch die gekoppelten Aminosäuremarker oder andere Markerproteine angefärbt werden, deren Lokalisation bereits in der Literatur beschrieben ist. Ein Sonderfall stellt das GFP und seine Derivate dar, die direkt angeregt werden können und selbst fluoreszieren. Die Membranpermeabilität, die durch den Einsatz von Detergenzien gesteuert werden kann, erlaubt in der Immunfluoreszenz den Nachweis, ob ein immunogenes Epitop innerhalb oder außerhalb der Zelle lokalisiert ist. Die Prädiktion der ausgewählten Proteine kann so experimentell untermauert werden. Alternativ kann der Nachweis von extrazellulären Domänen mittels Durchflusszytometrie erfolgen. Dazu werden Zellen unter nicht permeabilisierenden Bedingungen (z.B. mit PBS/Na-Azid/2% FCS/ 5 mM EDTA) fixiert und im Durchflusszytometer nach Angaben des Herstellers analysiert. Nur extrazelluläre Epitope können bei diesem Verfahren von dem zu analysierenden Antikörper erkannt werden. Im Unterschied zur Immunfluoreszenz kann durch Verwendung von z.B. Propidiumiodid oder Trypanblau zwischen toten und lebenden Zellen unterschieden werden und damit falsch positive Ergebnisse vermieden werden.
Affinitätsreinigung
Die Reinigung der polyklonalen Seren erfolgte im Fall der Peptidantikörper gänzlich oder im Fall der Antikörper gegen rekombinante Proteine teilweise als Service durch die beauftragten Firmen. Hierzu wurde in beiden Fällen das entsprechende Peptid bzw. rekombinante Protein kovalent an eine Matrix gebunden, diese nach der Kopplung mit einem nativen Puffer (PBS: phosphate buffered saline) äquilibriert und im Anschluß mit dem Rohserum inkubiert. Nach einem weiteren Waschschritt mit PBS wurde der Antikörper mit 100 mM Glycin, pH 2,7 eluiert und das Eluat sogleich in 2 M TRIS, pH 8 neutralisiert. Die so gereinigten Antikörper konnten dann zur spezifischen Detektion der Zielproteine sowohl durch Westernblotting als auch durch Immunfluoreszenz eingesetzt werden.
Herstellung von GFP-Transfektanten Für die Immunfluoreszenz-Mikroskopie von heterolog exprimierten Tumor-assoziierten Antigenen wurde der komplette ORF der Antigene in pGFP-Cl- und pGFP-N3-Vektoren (Clontech) kloniert. Auf Objekträgem kultivierte CHO- und NIH3T3 -Zellen wurden mit den entsprechenden Plasmidkonstrukten unter Verwendung von Fugene-Transfektionsreagenz (Röche) nach Herstellerangaben transfiziert und nach 12-24h mittels Immunfluoreszenz- Mikroskopie analysiert.
Durchflusszytometrie
Durchflusszytometrische Messungen wurden gemäß bekannter Verfahren durchgeführt (z. B. Robinson (Editor) Handbook of flow cytometry methods. Wiley-Liss, New York, 1993).
Beispiel 1: Identifizierung von GPR35 als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
GPR35 (SEQ ID NO: 1) und sein Translationsprodukt (SEQ ID NO: 9) wurden als putativer G-Protein-gekoppelter Rezeptor beschrieben. Die Sequenz ist in der Genbank unter der Zugangs-Nr. AF089087 veröffentlicht. Dieses Transkript kodiert für ein Protein von 309 Aminosäuren mit einem Molekulargewicht von 34 kDa. Es wurde prädiziert, dass GPR35 zur Super-Familie der G-Protein-gekoppelten Rezeptoren mit 7 Transmembran-Domänen gehört (O'Dowd et al., Genomics 47:310-13, 1998). Um die prädizierte Lokalisation von GPR35 in der Zelle zu bestätigen, wurde das Protein mit GFP als Reportermolekül fusioniert und nach Transfektion des entsprechenden Plasmids heterolog in 293 -Zellen exprimiert. Anschließend wurde die Lokalisation im Fluoreszensmikroskop analysiert. Erfindungsgemäß wurde bestätigt, dass GPR35 ein integrales Transmembranmolekül ist (Abb. 17). Bisherige Untersuchung zu humanem GPR35 (sua Horikawa Y, Oda N, Cox NJ, Li X, Orho-Melander M, Hara M, Hinokio Y, Lindner TH, Mashima H, Schwarz PE, del Bosque-Plata L, Horikawa Y, Oda Y, Yoshiuchi I, Colilla S, Polonsky KS, Wei S, Concannon P, Iwasaki N, Schulze J, Baier LJ, Bogardus C, Groop L, Boerwinkle E, Hanis CL, Bell GI Nat Genet. 2000 Oct;26(2): 163-75) legten nahe, dass GPR35 in vielen gesunden Geweben aktiviert ist. Das Leseraster des Gens enthält ein einzelnes Exon. Erfindungsgemäß wurde mit einem Gen- spezifischen Primerpaar (SEQ ID NO: 20, 21) für GPR35 in RT-PCR-Analysen cDNA in Kolon-Normalgewebe und in Kolontumoren (13/26) amplifiziert. Dagegen ist eine signifikante Expression in anderen Normalgeweben nicht nachweisbar. Aufgrund der Besonderheit, dass GPR35 aus einem einzelnen Exon besteht, können genomische DNA- Verunreinigungen nicht mit Intron-überspannenden Primem nachgewiesen werden. Um eine genomische Verunreinigung der RNA-Proben auszuschließen, wurden deshalb alle RNAs mit DNAse behandelt. Erfmdungsgemäß wurden mit DNA-freier RNA GPR35-Transkripte nur im Kolon, im Enddarm, in Testis und in Kolontumoren nachgewiesen. Tab. 1. GPR35 -Expression in Normalgeweben
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(nd = nicht bestimmt)
Die selektive und hohe Expression von GPR35-Transkripten im normalen Kolon-Gewebe, sowie in Kolontumor-Biopsien (Abb. 1) war bisher nicht bekannt und kann erfindungsgemäß für molekulare diagnostische Verfahren wie RT-PCR zum Nachweis disseminierender Tumorzellen im Serum und Knochenmark und zum Nachweis von Metastasen in anderen. Geweben genutzt werden. Auch die quantitative RT-PCR mit spezifischen Primem (SEQ ID NO: 88 und 89) bestätigt, dass GPR35 ein hochselektives kolonspezifisches und auch in Kolontumoren und in Kolontumor-Metastasen enthaltenes Differenzierungsantigen ist. In einigen Kolontumoren ist es im Vergleich zum normalen Kolon sogar um ca. den Faktor 10 überexprimiert (Abb. 18). Zum Nachweis von GPR35-Protein wurden Antikörper durch Immunisieren von Kaninchen hergestellt. Folgende Peptide wurden zur Propagierung dieser Antikörper genutzt: SEQ ID NO: 90: GSSDLTWPPAIKLGC (AS 9-23)
SEQ TO NO: 91 : DRYVAVRHPLRARGLR (AS 112-127)
SEQ ID NO: 92: VAPRAKAHKSQDSLC (C-Terminus)
SEQ ID NO: 93: CFRSTRHNFNSMR (extrazelluläre Domäne 2)
Färbungen mit diesen Antikörpern z.B. im Western-Blot bestätigen die Expression in Tumoren. Alle 4 extrazellulären Domänen von GPR35 (Position der prädizierten extrazellulären Domänen in der Sequenz^von SEQ ID NO: 9: AS 1-22 (SEQ ID NO: 94); AS 81-94 (SEQ ID NO: 95); AS 156-176 (SEQ ED NO: 96); AS 280-309 (SEQ JD NO: 97)) können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Diese Antikörper binden spezifisch an die Zelloberfläche von Tumorzellen und können sowohl für diagnostische als auch für therapeutische Verfahren genutzt werden. Die Überexpression von GPR35 in Tumoren unterstützt einen solchen Einsatz noch zusätzlich. Des weiteren können die für Proteine kodierenden Sequenzen erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Peptid, Protein) zur Induktion von Tumor-spezifischen Immun-Antworten (T- Zell- und B-Zell-vermittelte Immun-Reaktionen) genutzt werden. Darüberhinaus wurde übenaschenderweise festgestellt, dass 5' vor dem allgemein bekannten Startcodon ein weiteres Startcodon existiert, welches ein N-terminal verlängertes Protein exprimiert.
Somit wurde erfindungsgemäß festgestellt, dass ein zuvor als ubiquitär exprimiert beschriebenes Protein, GPR35, selektiv in gastrointestinalen Tumoren, insbesondere in Tumoren des Kolons Tumor-assoziiert überexprimiert wird. GPR35 eignet sich daher insbesondere als molekulare Zielstxiiktur für die Diagnose und Behandlung dieser Tumoren. Bisherige Untersuchung zu humanem GPR35, vgl. z.B. Horikawa Y, Oda N, Cox NJ, Li X, Orho-Melander M, Hara M, Hinokio Y, Lindner TH, Mashima H, Schwarz PE, del Bosque- Plata L, Horikawa Y, Oda Y, Yoshiuchi I, Colilla S, Polonsky KS, Wei S, Concannon P, Iwasaki N, Schulze J, Baier LJ, Bogardus C, Groop L, Boerwinkle E, Hanis CL, Bell GI Nat Genet. 2000 Oct;26(2): 163-75, legten nahe, dass GPR35 in vielen gesunden Geweben exprimiert ist. Die erfindungsgemäßen Untersuchungen zeigten dagegen, dass GPR35 in den meisten Normalgeweben übenaschenderweise nicht signifikant nachweisbar ist und im Gegensatz dazu stark in primären und metastasierenden Kolontumoren aktiviert ist. Femer wurde erfindungsgemäß neben der beschriebenen GPR35-Sequenz eine neue Translationsvariante gefunden, die von einem alternativen Startcodon Gebrauch macht (SEQ ED NO: 10).
GPR35 ist ein Mitglied der Gruppe von G-gekoppelten Rezeptoren (GPCR), eine sehr große Proteinfamilie, die strukturell und funktionell sehr gut untersucht ist. GPCR eignen sich hervonagend als Zielstrukturen für die Entwicklung pharmazeutisch wirksamer Substanzen, da die dafür notwendigen Verfahren (z.B. Rezeptorexpression, Aufreinigung, Ligandenscreening, Mutagenisierung, funktioneile Inhibition, Auswahl agonistischer und antagonistischer Liganden, radioaktive Markierung von Liganden) sehr gut entwickelt und ausführlich beschrieben sind, vgl. z.B. „G Protein-Coupled Receptors" von Tatsuya Haga, Gabriel Berstein und Gabriel Bernstein ISBN: 0849333849 bzw. in „Identification and Expression of G-Protein Coupled Receptors Receptor Biochemistry and Methodology" von Kevin R. Lynch ASIN: 0471183105. Die erfindungsgemäße Erkenntnis, dass GPR35 in den meisten gesunden Geweben nicht nachweisbar ist, jedoch Tumor-assoziiert an der Zelloberfläche exprimiert wird, ermöglicht dessen Verwendung als Tumor-assoziierte Zielstruktur z.B. für pharmazeutisch aktive Liganden, insbesondere in Konjugation z,B. mit radioaktiven Molekülen als pharmazeutische Substanzen. In einer besonderen Ausführungsform können radioaktiv markierte Liganden, die an GPR35 binden, zum Nachweis von Tumorzellen oder zur Behandlung von Kolontumoren in vivo verwendet werden.
Beispiel 2: Identifizierung von GUCY2C in Leber- und Ovarialtumoren und neuen GUCY2C-Spleißvarianten als diagnostische und therapeutische Krebs-Targets
Die Guanylatcyclase 2C (GUCY2C; SEQ ID NO: 2; Translationsprodukt: SEQ ID NO: 11) - ein Typ I Transmembranprotein - gehört zur Familie der natriuretischen Peptidrezeptoren. Die Sequenz ist in der Genbank unter der Zugangsnummer NM_004963 veröffentlicht. Durch Bindung der Peptide Guanylin bzw. Uroguanylin oder auch hitzestabiler Enterόtoxine (STa) wird die intrazelluläre cGMP -Konzentration erhöht, wodurch Signaltransduktionsprozesse innerhalb der Zelle induziert werden.
Neuere Untersuchungen weisen darauf hin, dass sich, die Expression von GUCY2C auch auf extraintestinale Bereiche, wie beispielsweise primäre und metastasierende Adenotumore des Magens und des Osophagus erstreckt (Park et al, Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 11 : 739-44, 2002). Eine Spleißvariante des GUCY2C, die sowohl in normalem als auch transformiertem Gewebe des Intestinums gefunden wird, beinhaltet eine 142 bp Deletion im Exon 1, wodurch die Translation eines GUCY2C-ähnlichen Produktes verhindert wird (Pearlman et al., Dig. Dis. Sei. 45:298-05, 2000). Die bisher beschriebene einzige Spleißvariante führt zu keinem Translationsprodukt.
Ein erfindungsgemäßes Ziel war, Tumor-assoziierte Spleißvarianten für GUCY2C zu identifizieren, die sowohl diagnostisch als auch therapeutisch nutzbar sind. RT-PCR-Untersuchungen mit einem GUCY2C-spezifischen Primerpaar (SEQ ID NO: 22, 23, 98, 99) zeigen eine ausgeprägte Expression von GUCY2C-Transkripten im normalen Kolon und Magen, sowie eine schwache Expression in Leber, Testis, Ovar, Thymus, Milz, Gehirn und Lunge (Tab. 2, Abb. 19). Die Expression in Kolon und Magen war dabei mindestens 50- fach höher als in allen anderen Normalgeweben. Ausgeprägte GUCY2C-Transkript-Spiegel wurden in Kolon- und Magen-Tumoren nachgewiesen (Tab. 2). Diese Ergebnisse wurden durch eine quantitative PCR-Analyse präzisiert und zeigten eine ausgeprägte GUCY2C- Expression im normalen Kolon, Ileum sowie in fast allen untersuchten Kolontumor-Proben (Abb. 2, 19B). In manchen Kolontumor-Proben war eine massive Überexpression nachweisbar. Weiterhin findet sich eine Expression in 7/10 Magentumoren. Darüberhinaus stellten wir übenaschenderweise fest, dass das Gen in vielen anderen bisher nicht beschriebenen Tumoren, u.a. Ovarial-, Brust-, Leber- und Prostatatumoren, aktiviert ist (Abb. 19B, Tab. 2). Tabelle 2: GUCY2C-Expression in Normal- und Tumorgeweben
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Für die Detektion von Spleißvarianten in Kolon- und Kolontumor-Gewebe wurden folgende Primerpaare verwendet: GUCY2C-118s/GUCY2C-498as (SEQ ID NO: 24, 29); GUCY2C- 621s/GUCY2C-1140as (SEQ ID NO: 25, 30); GUCY2C-1450s/GUCY2C-1790as (SEQ ID NO: 26, 31); GUCY2C-1993s/GUCY2C-2366as (SEQ ID NO: 27, 32); GUCY2C- 2717s/GUCY2C-3200as (SEQ ID NO: 28, 33); GUCY2C-118s/GUCY2C-1140as (SEQ ID NO: 24, 30); GUCY2C-621s/GUCY2C-1790as (SEQ ID NO: 25, 31); GUCY2C- 1450s/GUCY2C-2366as (SEQ ID NO: 26, 32); GUCY2C-1993s/GUCY2C-3200as (SEQ ID NO: 27, 33). Bei der Untersuchung von Spleißvarianten im Kolontumor-Gewebe wurden erfindungsgemäß drei bisher unbekannte Formen identifiziert. a) Eine Deletion von Exon 3 (SEQ ID NO: 3), die zu einer nur 111 Aminosäuren langen Variante der GUCY2C führt, bei der das Asparagin an Position 111 durch ein Prolin ersetzt ist. b) Eine Deletion von Exon 6 (SEQ ID NO: 4), die in einem 258 Aminosäuren langen Expressionprodukt resultiert. C-terminal entstünde hierbei ein 13 Aminosäuren umfassendes Neoepitop. c) Eine Variante, bei der die Nukleotide an den Positionen 1606-1614 bzw. die korespondierenden Aminosäuren L(536), L(537) und Q(538) deletiert sind (SEQ ID NO: 5). Die erfindungs gemäßen Spleißvarianten mit Deletionen im Exon 3 bzw. Exon 6 (SEQ ID NO: 3, 4) zeichnen sich vor allem dadurch aus, dass die Translationsprodukte (SEQ ID NO: 12, 13) über keine Transmembrandomäne verfügen. Im Fall der Exon 6-Deletion entsteht C- terminal ein Neoepitop von 13 Aminosäuren, welches keinerlei Homologie zu bisher bekannten Proteinen aufweist. Dadurch ist dieses Neoepitop als Zielstruktur für eine Immuntherapie prädestiniert. Die erfindungsgemäße Spleißvariante mit Basendeletionen an den Positionen 1606-1614 (SEQ ID NO: 5) und ihr Translationsprodukt (SEQ JD NO: 14) beinhaltet ebenfalls ein Neopitop. Zum Nachweis des GUCY2C-Proteins wurden Antikörper durch Immunisieren von Kaninchen hergestellt. Folgende Peptide wurden zur Propagierung dieser Antikörper genutzt:
SEQ ID NO: 100: HNGSYEISVLMMGNS (AS 31-45) SEQ ID NO: 101 : NLPTPPTVENQQRLA (AS 1009-1023) Solche Antikörper können prinzipiell für diagnostische wie auch therapeutische Zwecke genutzt werden.
Insbesondere die extrazelluläre Domäne von GUCY2C (Position der prädizierten extrazellulären Domäne aus der Sequenz von SEQ ID NO:l l: AS 454-1073 (SEQ ID NO: 102) kann erfindungsgemäß als Zielstruktur von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Allerdings ist die Strukturvorhersage nicht ganz eindeutig und experimentell noch nicht belegt, so dass auch eine alternative Membranorientierung denkbar ist. In diesem Fall würden die Aminosäuren 1-431 extrazellulär sein und sich als Ansatzpunkt für monoklonale Antikörper eignen. Diese Antikörper binden spezifisch an die Zelloberfläche von Tumorzellen und können sowohl für diagnostische als auch für therapeutische Verfahren genutzt werden. Die Überexpression von GUCY2C, insbesondere in den Kolontumoren, unterstützt einen solchen Einsatz noch zusätzlich. Des weiteren können die für Proteine kodierenden Sequenzen erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Peptide, Protein) zur Induktion von Tumor-spezifischen Immun-Antworten (T-Zell- und B-Zell-vermittelte Immun-Reaktionen) genutzt werden.
Des weiteren können entsprechend der zellulären Funktion des GUCY2C-Moleküls erfindungsgemäß Substanzen, insbesondere kleine Moleküle entwickelt werden, die die Funktion des Enzyms auf Tumorzellen modulieren. Das Produkt der Enzymreaktion, cGMP, ist ein bekanntes zelluläres Signalmolekül mit unterschiedlichsten Funktionen (Tremblay et al. Mol Cell Biochem 230, 31, 2002).
Beispiel 3: Identifizierung von SCGB3A2 als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
SCGB3A2 (SEQ ID NO: 6) (Translationsprodukt: SEQ ID NO: 15) gehört zur Genfamilie der Sekretoglobine. Die Sequenz ist in der GenBank unter der Zugangsnummer NM_054023 veröffentlicht. SCGB3A2 (UGRP1) ist ein homodimerisches sekretorisches Protein von 17 kDa Größe, das ausschließlich in der Lunge und in den Tracheen exprimiert wird (Kiimi et al, Am J Hum Genet 70:718-25, 2002). RT-PCR-Untersuchungen mit einem Primerpaar (SEQ ID NO: 37, 38) bestätigten eine selektive Expression in normalem Lungen-Gewebe. Lungen- und luftröhrenspezifische Gene, z.B. für Surfactant-Proteine, werden in malignen Tumoren im Rahmen der Dedifferenzierung stark herunterreguliert und lassen sich üblicherweise nicht in Lungentumoren nachweisen. Übenaschenderweise wurde festgestellt, dass SCGB3A2 in primären und metastasierenden Lungentumoren aktiv ist. Die erfindungsgemäßen Untersuchungen zeigten, dass SCGB3A2 in Lungentumoren stark und frequent exprimiert wird (Abb. 4). Alle anderen getesteten 23 Normalgewebe weisen bis auf Lunge und Trachea keine Expression auf (vgl. Abb. 20).
Dies wurde mit einer spezifischen quantitativen RT-PCR (SEQ ID NO: 103, 104) zusätzlich bestätigt (Abb. 20), die zusätzlich in mehr als 50 % der Lungentumoren eine Überexpression von mindestens Faktor 10 aufweist.
Die selektive und hohe Expression von SCGB3A2 im normalen Lungen-Gewebe sowie in Lungentumor-Biopsien kann erfindungsgemäß für molekulare diagnostische Verfahren wie RT-PCR zum Nachweis disseminierender Tumorzellen im Blut und Knochenmark, Sputum, Bronchial- Aspirat oder Lavage und zum Nachweis von Metastasen in anderen Geweben, z.B. in lokalen Lymphknoten, genutzt werden. In der gesunden Lunge wird SCGB3A2 von spezialisierten Zellen ausschliesslich in die Bronchien ausgeschüttet. Dementsprechend ist nicht zu erwarten, dass sich bei gesunden Individuen SCGB3A2-Protein in Körperflüssigkeiten ausserhalb der Atemwege nachweisen lässt. Dagegen sekretieren insbesondere metastasierende Tumorzellen ihre Proteinprodukte direkt in die Blutbahn. Ein Aspekt der Erfindung betrifft daher die Detektion von SCGB3A2-Produkten im Serum oder Plasma von Patienten über einen spezifischen Antikörpertest als diagnostischer Befund für Lungentumoren.
Zum Nachweis von SCGB3A2-Protein wurden Antikörper durch Immunisieren von Kaninchen hergestellt. Folgende Peptide wurden zur Propagierung dieser Antikörper genutzt: SEQ ID NO: 105: LLNKVPLPVDKLAPL SEQ ID NO: 106: SEAVKKLLEALSHLV
Eine SCGB3 A2-spezifische Reaktion konnte in der Immunfluoreszenz nachgewiesen werden (Abb. 21). Wie für ein sezerniertes Protein erwartet, ergab sich eine Verteilung von SCGB3A2 in der Zelle, die dem endoplasmatischem Retikulum und Sekretionsgranula zugeordnet werden konnte (Abb. 21A). Zur Spezifitätskontrolle wurden die Zellen parallel mit einem Plasmid transfiziert, dass ein SCGB3A2-GFP -Fusionsprotein synthetisiert. Der Proteinnachweis erfolgte hier über das autofluoreszierende GFP (grünes fluoreszierendes Protein) (Abb. 21B). Eine Überlagerung beider Fluoreszenzbilder zeigt eindeutig, dass das Immunserum spezifisch SCGB3A2-Protein erkennt (Abb. 21 C).
Solche Antikörper können erfindungsgemäß z.B. in Form von Immuntests für diagnostische wie auch therapeutische Zwecke genutzt werden.
Beispiel 4: Identifizierung von Claudin-18A1- und Claudin-18A2-Spleißvarianten als diagnostische und therapeutische Krebs-Targets
Das" Claudin- 18-Gen kodiert für ein Oberflächenmembranmolekül mit 4 hydrophoben Bereichen. Entsprechend der Prädiktionsprogramme (TMHMM, TMPred) und der für viele andere Mitglieder dieser Familie beschriebenen Topologie zufolge besitzt Claudin- 18 vier Transmembran- und somit zwei exträzelluläre Domänen EX1 und EX2, deren extrazelluläre Lokalisation (Konformation 1) in Abb. 22 dargestellt ist. Die Domäne D3, die zwischen den beiden extrazellulären Epitopen lokalisiert ist, ist in der Literatur für Claudin- 18 und andere Mitglieder dieser Familie als intrazellular beschrieben und wird mit herkömmlichen Prädiktionsprogrammen auch so prädiziert. Der N- wie auch C-Terminus sind intrazellulär. Niimi und Kollegen (Mol. Cell. Biol. 21:7380-90, 2001) beschrieben zwei Spleißvarianten des Maus- und humanen Claudin-18, die als selektiv in Lungengewebe (Claudin- 18 AI) bzw. in Magengewebe (Claudin- 18 A2) exprimiert beschrieben wurden. Diese Varianten unterscheiden sich im N-Terminus.
Erfindungsgemäß wurde untersucht, inwieweit die Spleißvarianten Claudin- 18 A2 (SEQ ID NO: 7) und Claudin-18A1 (SEQ ID NO: 117) sowie ihre jeweiligen Translationsprodukte (SEQ ID NO: 16 und 118) als Marker bzw. therapeutische Zielstrukturen für Tumoren genutzt werden können. Es wurde eine quantitative PCR etabliert, die zwischen beiden Varianten unterscheiden kann, indem AI -spezifische (SEQ ID NO: 109, 110) bzw. A2-spezifische (SEQ ID NO: 107, 108) Primerpaare ausgewählt wurden. Die Spleißvariante A2 wurde zusätzlich mit einem zweiten Primerpaar in einer konventionellen PCR getestet (SEQ ID NO: 39, 40). Für die Variante AI ist beschrieben, dass sie nur in gesundem Lungengewebe aktiv ist. Jedoch stellten wir erfindungsgemäß übenaschenderweise fest, dass die Variante AI auch in der Magenschleimhaut aktiv ist (Abb. 23). Magen und Lunge sind die einzigen Normalgewebe, die eine signifikante Aktivierung aufweisen. Alle anderen Normalgewebe sind negativ für Claudin-Al. Bei der Untersuchung von Tumoren wurde übenaschend festgestellt, dass Claudin-Al in einer Vielzahl von Tumorgeweben stark aktiviert ist. Ein besonders starke Expression findet sich in Magentumoren, Lungentumoren, Pankreastumoren,
Osophagustumoren (Abb. 23), HNO-Tumoren und Prostatatumoren. Die Expressionsspiegel von Claudin-Al in HNO-, Prostata-, Pankreas- und Osophagustumoren sind 100-10000 höher als die Spiegel in den konespondierenden Normalgeweben. Für die Untersuchung der Claudin-A2-Spleißvariante wurden Oligonukleotide verwendet, die spezifisch die Amplifikation dieses Transkripts ermöglichen (SEQ ID NO: 39, 40 bzw. 107, 108). Die Untersuchung ergab, dass die Spleißvariante A2 in keinem der mehr als 20 untersuchten Normalgewebe außer in Magenschleimhaut und in geringem Ausmaß auch Testisgewebe exprimiert wird (Abb. 24). Wir stellten fest, dass wie die Variante AI auch die Variante A2 in vielen Tumoren aktiviert ist (Abb. 24). Hierzu zählen Magentumore, Pankreastumore, Osophagustumore und Lebertumore. Obwohl sich in gesunder Lunge keine Aktivierung von
Claudin- 18 A2 nachweisen lässt, wurde übenaschend festgestellt, dass ein Teil der Lungentumoren die Spleißvariante A2 exprimieren. Tabelle 3A. Expression von Claudin-18A2 in Normal- und Tumor-Geweben
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Tabelle 3B. Expression von Claudin-18A1 in Normal- und Tumor-Geweben
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Auch die konventionelle PCR als unabhängige Kontrolluntersuchung bestätigte die Resultate der quantitativen PCR. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 39, 40) verwendet, die eine spezifische Amplifikation der Spleißvariante A2 erlauben. Erfindungsgemäß wurde gezeigt, dass die meisten Magentumore und die Hälfte der getesteten Pankreastumore eine starke Expression dieser Spleißvariante aufweisen (Abb. 5). Dagegen ist eine Expression mit konventioneller PCR in anderen Geweben nicht nachweisbar. Insbesondere findet sich in wichtigen Normalgeweben wie Lunge, Leber, Blut, Lymphknoten, Brust und Niere keine Expression (Tab. 3). Hiermit stellen die Spleißvarianten erfindungsgemäß hochspezifische molekulare Marker für Tumoren des- oberen Magendarmtraktes wie auch Lungentumoren, HNO-Tumoren, Prostatatumoren und ihre Metastasen dar. Diese molekulare Marker können erfindungsgemäß zum Nachweis von Tumorzellen genutzt werden. Die Detektion der Tumoren kann erfindungsgemäß mit den genannten Oligonukleotiden (SEQ ID NO: 39, 40, 107-110) erfolgen. Als Oligonukleotide eignen sich insbesondere Primerpaare, von denen mindestens einer unter stringenten Bedingungen an einen 180 Basenpaare langen Abschnitt des Transkripts bindet, der spezifisch für die eine (SEQ ID NO: 8) oder andere Spleißvariante (SEQ ID NO: 119) ist. Diese Genprodukte sind attraktive therapeutische Zielstukturen, da durch ihr Fehlen in den meisten toxizitätsrelevanten Organen an diesen keine Nebenwirkungen zu erwarten sind, während die starke Aktivierung in Zellen der genannten Krebsarten eine gute Bindung an diese und Vermittlung ensprechender zellschädigender Effekte erwarten lässt. Um diese Daten auf Proteinebene zu bestätigen, wurden Claudin-spezifische Antikörper bzw. Immunseren durch Immunisierung von Tieren generiert.
Die N-terminale extrazelluläre Domäne EX1 unterscheidet sich in der Sequenz bei den beiden Spleißvarianten AI und A2 (SEQ ID NO: 111 für AI und SEQ ID NO: 112 für A2). Die C- terminale extrazelluläre Domäne EX2 ist für beide Varianten identisch (SEQ ID NO: 137). Bisher sind noch keine Antikörper beschrieben, die an die extrazelluläre Domänen von Claudin- 18 binden. Auch wurden bisher keine Antikörper beschrieben, die spezifisch zwischen AI- und A2-Varianten unterscheiden können. Erfindungsgemäß wurden für die Immunisierung zur Generierung von Antikörpern extrazellulär gelegene Peptidepitope und Proteinfragemente ausgewählt, die spezifisch für die Variante AI oder A2 sind bzw. in beiden Varianten vorkommen. Unter anderem wurden zur Immunisierung folgende Peptide für die Herstellung von Antikörpern ausgewählt:
SEQ ID NO: 17: DQWSTQDLYN (N-terminal-extrazelluläre Domäne, A2-sρezifisch, Bindung unabhängig von Glykosylierung)
SEQ ID NO: 18: NNPVTAVFNYQ (N-terminal-extrazelluläre Domäne, A2-spezifisch, Bindung hauptsächlich an unglykosylierte Form, N37) SEQ ID NO: 113: STQDLYNNPVTAVF (N-terminal-extrazelluläre Domäne, A2-spezifisch,
Bindung nur an nicht glykosylierte Form, N37)
SEQ ID NO: 114: DMWSTQDLYDNP (N-terminal-extrazelluläre Domäne, AI -spezifisch) SEQ ID NO: 115: CRP.YFTILGLPA (N-terminal-extrazelluläre Domäne, hauptsächlich spezifisch für AI) SEQ ID NO: 116: TKFWMSTANMYTG (C-terminal-extrazelluläre Domäne, erkennt sowohl AI als auch A2).
Wir konnten unter anderem Antikörper generieren, die selektiv die N-terminale Domäne der Spleißvariante Claudin-18-Al erkennen, aber nicht die A2-Variante (Abb. 28). Durch Nutzung von Epitopen für Immunisierungen, welche in der C-terminal-extrazellulären Domäne liegen, die identisch in beiden Spleißvarianten ist, konnten wir Antikörper herstellen, die beide Varianten erkennen (Abb. 27).
Beispielhaft werden die Daten für einen A2-spezifischen Antikörper, der durch Immunisierung mit SEQ JD NO: 17 hergestellt wurde, dargestellt. Der spezifische Antikörper lässt sich unter verschiedenen Fixierungsbedingungen für Immunfluoreszenz-Untersuchungen nutzen. Bei vergleichenden Färbungen von RT-PCR-positiven wie auch negativen-Zelllinien ist das entsprechende Protein in gut nachweisbarer Menge spezifisch u.a. in den als positiv typisierten Magentumor-, Ösophagustumor- und Pankreastumor-Zelllinien detektierbar (Abb. 25). Das endogene Protein ist membranlokalisiert und bildet größere fokale Aggregate an der Membran (Abb. 25). Mit diesem Antikörper wurden immunhistochemische Färbungen an menschlichen Geweben durchgeführt. Wir bestätigten die selektive Gewebeverteilung dieses Proteins. Ein umfangreiches Sortiment verschiedender Normalgewebe wurde untersucht, von denen in fast allen Claudin- 18 A2-Protein nicht nachweisbar ist, wie beispielhaft für Leber, Lunge, Niere und Kolon dargestellt wurde. Wir fanden lediglich eine Aktivierung dieses Proteins in normalem Magengewebe (Abb. 32). Übenaschenderweise sahen wir, dass die A2-
Variante von Claudin- 18 zwar in den differenzierten Zellen der Magenschleimhaut nachweisbar ist, aber nicht in den Stammzellen. Differenzierte Magenschleimhautzellen sind einer ständigen Erneuerung unterworfen. Physiologischerweise wird das gesamte Magenepithel ausgehend von den Stammzellen des Magens kontinuierlich ersetzt. Dies unterstützt die Nutzbarkeit der A2-Variante als therapeutische Zielstuktur, da wir erfindungsgemäß zeigen, dass Stammzellen des Magens als die indispensible Zellpopulation der Magenschleimhaut genauso wie alle anderen gesunden Organe die A2-Variante nicht tragen und somit von einer spezifisch gegen die A2-Variante gerichteten Substanz nicht angegriffen werden können. Wir wiesen in einer Reihe humaner Tumoren mittels dieses Antikörpers die A2 -Variante von Claudin-18 nach (Abb. 33), insbesondere in Tumoren von
Magen, Osophagus und Lunge, die uns bereits in RT-PCR-Untersuchungen aufgefallen waren. Erfindungs gemäß sind diese Tumoren therapeutisch zugänglich. Der oben beschriebene Antikörper wurde des Weiteren für einen Proteinnachweis im Westem-Blot eingesetzt. Erwartungsgemäß wird Protein lediglich in Magen und keinem anderen Normalge webe, auch nicht Lunge, in der lediglich die AI -Variante aktiviert ist, detektiert (Abb. 29). Bei der vergleichenden Färbung von Magentumoren und adjazentem normalem Magengewebe aus Patienten fiel übenaschend auf, dass in allen Magentumoren, in denen Claudin- 18 A2 detektiert wird, dieses Protein ein kleineres Massenge wicht hat (Abb. 30, links). In einer Serie von Experimenten wurde erfindungsgemäß festgestellt, dass eine Bande auf dieser Höhe sich dadurch ergibt, dass man Lysat normalen Magengewebes mit dem deglykosylierenden Agens PNGase F behandelt (Abb. 30, rechts). Während in allen normalen Magengeweben ausschließlich die glykosylierte Form der Variante A2 nachweisbar ist, ist A2 als solches in über 60% der untersuchten Magentumore, und zwar ausschließlich in der deglykosylierten Form, nachweisbar. Obwohl die A2-Variante von Claudin- 18 in normaler Lunge auch auf Proteinebene nicht detektiert wird, ist sie wie auch schon in der quantitativen RT-PCR in Lungentumoren zu finden. Auch hier liegt lediglich die deglykosylierte Variante vor (Abb. 31). Claudin- 18 selbst ist ein hochselektives Differenzierungsantigen von Magen (Variante A2) bzw. von Lunge und Magen (Variante AI). Unsere Daten weisen daraufhin, dass es offensichtlich von Tumor-assoziierten Veränderungen der Glykosylierungmaschinerie betroffen ist und in Tumoren eine besondere Form der Variante A2 entsteht, die deglykosyliert ist. Die Resultate der PNGaseF-Behandlung zeigen, dass Claudin-18A2 sich in Tumor-und Normalgewebe hinsichtlich seiner N-Glykosylierung unterscheidet. Die Glykosylierung eines Epitops kann die Bindung eines für dieses Epitop-spezifischen
Antikörpers verhindern und im vorliegenden Fall dazu beitragen, dass ein solcher Antikörper nicht an Claudin- 18 A2 in Normalgeweben binden kann, sondern exklusiv an die nicht- glykosylierte Form in Krebszellen. ' Um erfindungsgemäß Antikörper herzustellen, die exklusiv an nicht-glykosylierte Epitope binden, wurde dies bei der Auswahl der Immunogene berücksichtigt. Erfindungsgemäß haben wir verschiedene Regionen von Claudin- 18 A2 identifiziert, die in Tumor- und Normalgewebe unterschiedlich glykosyliert vorliegen können. Als potenzielle Glykosylierungsstellen für Claudin-18A2 haben wir u.a. die Regionen, die die Aminosäuren 37, 38, 45, 116, 141, 146, 205 von Claudin-18A2 umfassen, identifiziert (Abb. 22 unten). Erfindungsgemäß unterscheiden sich Tumorzellen und Normalgewebe durch eine unterschiedliche Glykosylierung in einer oder mehrerer dieser Positionen. Die meisten dieser
Bereiche stellen keine klassische Glykosylierungsstelle dar, aber enthalten Asparagin, Serin und Threonin, die in seltenen Fällen auch glykosyliert werden können (Prädiktion Abb. 22 unten). Beide Varianten von Claudin-18 haben ein einziges klassisches Glykosylierungsmotiv in der D3-Domäne, die in der Literatur und entsprechend gängigen Prädiktionsalgorithmen als intrazellulär gilt.
Allerdings konnte bei einem strukturell dem Claudin- 18 ähnlichen Tetraspanin, dem PMP 22, gezeigt werden, dass die hydrophoben Membrandomänen 2 und 3 von PMP 22 nicht vollständig durch die Zellmembran laufen, sondern nur partiell in die Plasmamembran interkalieren (Taylor et al., J Neurose. Res. 62:15-27, 2000). Aus diesem Grund ist der gesamte Bereich zwischen den zwei äusseren Transmembrandomänen bei PMP22 extrazellulär lokalisiert. Wir haben die Möglichkeit einer solchen Topologie für Claudin- 18A2 hypothetisiert und überprüft. Hierzu haben wir 3 Konstrukte hergestellt, die jeweils eine Marker-Sequenz (His- oder HA-Tag) in einer der Domänen EX1, EX2, oder D3 trugen (Abb. 42 oben). Diese wurden in Zelllinien transfiziert und daraufhin getestet, ob ein gegen diese Markersequenzen gerichteter Antikörper an nichtpermeabilisierte Zellen bindet, was erfordert, dass der entsprechende Bereich des Proteins topologisch extrazellulär ist. Da alle drei Bereiche des Moleküls durchflusszytometrisch als extrazellulär gemessen wurden (Abb. 42 unten), konnten wir bestätigen, dass Claudin- 18 A2 in einer Konformation mit zwei Transmembrandomänen und einer großen extrazellulär gelegenen Domäne vorliegen kann (Abb. 22, Konformation 2). Diese Konformation ist biochemisch und therapeutisch relevant, da sie zusätzliche Bindungsstellen für therapeutische Antikörper (SEQ ID NO: 142, 143) beinhaltet. Erfindungsgemäß und vorzugsweise können Antikörper hergestellt werden, die zwischen glykosylierten und nicht glykosylierten Varianten von Claudin- 18 A2 unterscheiden. Diese haben eine besonders hohe Spezifität für Tumorzellen. Bei der Herstellung glykosilierungsspezifischer Antikörper haben wir neben den Glykosylierungsdomänen auch diese unterschiedlichen Konformationsoptionen berücksichtigt. Vorzugsweise, aber nicht ausschließlich, eignen sich Proteinfragmente aus dem D3-Bereich von Claudin- 18 A2 zur Immunisierung von Tieren. Beispielhaft ist dies für zwei Antikörper mABl und mAB2 dargestellt (Abb. 44). Wir untersuchten die Bindeeigenschaften dieser Antikörper an Zelllinien, die entweder die AI- oder die A2-Variante des Claudin- 18 exprimieren. Wir konnten zeigen, dass Claudin- 18 A2 für Antikörper auf der Zelloberfläche zugänglich ist. Erfindungsgemass sind solche Antikörper spezifisch für die A2- Variante und binden nicht an die AI -Variante (Abb. 44). Wir haben kurze Fremdsequenzen (mye-tag) jeweils in den Bereich der Extrazellulärdomänen Exl und Ex2 eingeführt. Am Beispiel von mABl ist dargestellt, dass die Bindeeigenschaften des Antikörpers dadurch nicht beeinträchtigt werden und das eigentliche Epitop sich in der D3-Domäne befindet. Die generierten Antikörper können diagnostisch wie auch therapeutisch genutzt werden. Immunseren wie das hier beschriebene (gegen Peptid SEQ LD NO: 17) können z.B. im Westem-Blot diagnostisch genutzt werden. Erfindungsgemäß können durch Immunisierung mit Peptiden, die mindestens eine diese Regionen beinhalten (z.B. Peptid SEQ ID NO: 113 (Abbildung 26), Peptide SEQ LD NO: 142-145), Antikörper hergestellt werden, die an das glykosylierte Epitop gar nicht binden können. Erfmdungsgemäß binden derartige Antikörper spezifisch an die deglykosylierten Epitope auf Tumorzellen. Die im Vergleich zu Normalgeweben fehlende Glykosylierung an einer der genannten Positionen könnte auch durch eine sekundäre,, endogene Deglykosylierung in Tumorzellen bedingt sein. Eine derartige Deglykosylierung ist mit einer Asn (N)-> Asp (D) Transformation der betreffenden Aminosäure assoziiert. Für die Herstellung von Antikörpern gegen derartig veränderte tumorasssoziierte Varianten können daher erfindunggemäß Claudin- 18 A2-derivierte Peptide genutzt werden, in denen die Aminosäure Asn (N) an mindestens einer der Positionen 37, 38, 45, 116, 141, 146, 205 des Claudin- 18 A2-Peptids durch ein Asp (D) ersetzt ist (z.B. SEQ ID NO: 146-150). insbesondere können solche Antikörper therapeutisch eingesetzt werden, da sie hochselektiv für Tumorzellen sind. Die hergestellten Antikörper können direkt auch zur Herstellung von chimären oder humanisierten rekombinanten Antikörpern verwendet werden. Dies kann auch direkt mit Antikörpern erfolgen, die aus Kaninchen gewonnen wurden (s. dazu J Biol Chem. 2000 May 5;275(18):13668-76 von Rader C, Ritter G, Nathan S, Elia M, Gout I, Jungbluth AA, Cohen LS, Welt S, Old LJ, Barbas CF 3rd. „The rabbit antibody repertoire as a novel source for the generation of therapeutic human antibodies"). Hierzu wurden von den immunisierten Tieren Lymphozyten asserviert. Auch für immuntherapeutische Verfahren wie Vakzinen bzw. den adoptiven Transfer von Antigen- spezifischen T-Lymphozyten stellen die Aminosäuren 1-47 (SEQ ID NO: 19 und 120) besonders gute Epitope dar.
Beispiel 5: Identifizierung von SLC13A1 als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
SLC 13 AI gehört zur Familie der Natrium-Sulfat-Cotransporter. Das humane Gen ist im Gegensatz zum Maus-Homolog dieses Gens selektiv in der Niere exprimiert (Lee et al., Genomics 70:354-63, 2000). SLC13A1 kodiert für ein Protein von 595 Aminosäuren und enthält 13 putative Transmembran-Domänen. Durch alternatives Spleißen entstehen 4 verschiedene Transkripte (SEQ TD NO: 41-44) und seine entsprechenden Translationsprodukte (SEQ ID NO: 45-48). Es wurde untersucht, ob SLC13A1 als Marker für Nierentumore genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 49, 50) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von SLC 13 AI ermöglichen.
Tabelle 4. Expression von SLC13A1 in Normal- und Tumorgeweben
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RT-PCR-Untersuchungen mit einem SLC13 AI -spezifischen Primerpaar (SEQ ID NO: 49, 50) bestätigten eine nahezu selektive Expression in der Niere, und zeigten erfindungsgemäß eine hohe Expression in nahezu allen (7/8) untersuchten Nierentumor-Biopsien (Tab. 4, Abb. 6). Auch quantitative RT-PCR-Untersuchungen mit spezifischen Primem (SEQ ID NO: 121, 122) bestätigen diese Daten (Abb. 34). Schwache Signale waren in folgenden Normalgeweben nachweisbar: Kolon, Magen, Testis, Brust, Leber und Gehirn. Die Expression in Nierentumoren war aber mindestens 100-fach höher als in allen anderen Normalgeweben,
Um die subzelluläre Lokalisation von SLC 13 AI in der Zelle zu analysieren, wurde das Protein mit GFP als Reportermolekül fusioniert und nach Transfektion des entsprechenden Plasmids heterolog in 293-Zellen exprimiert. Anschließend wurde die Lokalisation im Fluoreszenzmikroskop analysiert. Unsere Daten bestätigen nachdrücklich, dass SLC 13 AI ein integrales Transmembranmolekül ist (Abb. 35).
Zum Nachweis des SLC 13 AI -Proteins wurden Antikörper durch Immunisieren von Kaninchen hergestellt. Zur Propagierung dieser Antikörper wurden die Peptide der SEQ ID NO: 123 und 124 genutzt. Solche Antikörper können prinzipiell für diagnostische wie auch therapeutische Zwecke genutzt werden.
Das SLC 13 AI -Protein hat 13 Transmembrandomänen und 7 extrazelluläre Regionen. Insbesondere diese extrazellulären Domänen von SLC 13 AI können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. SLC 13 AI ist als Kanalprotein an dem Transport von Ionen beteiligt. Die extrazellulären Domänen von SLC 13 AI in der gesunden Niere sind polar in Richtung Hamwege (luminal) gerichtet. Therapeutisch eingesetzte hochmolekulare monoklonale Antikörper werden jedoch nicht in die Hamwege ausgeschieden, so dass keine Bindung an SLC 13 AI in der gesunden Niere stattfindet. Dagegen ist die Polarität von SLC 13 AI in Tumorzellen aufgehoben und das Protein direkt über den Blutkreislauf für Antikörper zugänglich. Die ausgeprägte Expression und hohe Inzidenz von SLC 13 AI in Nierentumoren machen dieses Protein erfindungs gemäß zu einem hochinteressanten diagnostischen und therapeutischen Marker. Dies umfasst erfindungsgemäß den Nachweis disseminierter Tumorzellen im Serum, Knochenmark, Urin, sowie die Detektion von Metastasen in anderen Organen mittels RT-PCR. Des weiteren können die extrazellulären Domänen von SLC 13 AI erfindungsgemäß als Zielstruktur zur Immun- Diagnostik und Therapie mittels monoklonaler Antikörper verwendet werden. Des weiteren kann SLC 13 AI erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Protein, Peptide) zur Induktion Tumor-spezischer Immunantworten (T-und B-Zell vermittelte Immunreaktionen) eingesetzt werden. Dies umfasst erfindungsgemäß auch die Entwicklung von sogenannten „small compounds", die die biologische Aktivität von SLC 13 AI modulieren und zur Therapie von renalen Tumoren eingesetzt werden können.
Beispiel 6: Identifizierung von CLCAl als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
CLCAl (SEQ ID NO: 51; Translationsprodukt: SEQ ID NO: 60) gehört zur Familie der Ca"^- aktivierten Cl"-Kanäle. Die Sequenz ist in der Genbank unter der Zugangs-Nr. NM_001285 veröffentlicht. CLCAl ist ausschließlich im intestinalen Kryptenepithel und in den Becherzellen exprimiert (Gruber et al., Genomics 54:200-14, 1998). Es wurde untersucht, ob CLCAl als Marker für Kolon- und Magentumoren genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 67, 68) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von CLCAl ermöglichen. RT-PCR-Untersuchungen mit diesem Primer-Set bestätigten eine selektive Expression im Kolon, und zeigten erfindungsgemäß eine hohe Expression in 3/7 untersuchten Kolon- und 1/3 untersuchten Magentumor-Proben (Abb. 7). Die übrigen Normalgewebe zeigten keine oder nur eine sehr schwache Expression. Dies wurde mit einer spezifischen quantitativen RT-PCR (SEQ JO NO: 125, 126) zusätzlich bestätigt, wobei in den analysierten Normalgeweben keine Expression nachgewiesen werden konnte (Abb. 36). Bei den in diesem Experiment untersuchten Tumorproben waren 6/12 Kolontumor-Proben und 5/10 Magentumor-Proben positiv für CLCAl. Insgesamt scheint die Expression des Genes in Tumoren dysreguliert zu sein. Neben sehr stark exprimierenden Proben war CLCAl in anderen Proben deutlich herunteneguliert. Für das Protein sind 4 Transmembrandomänen mit insgesamt 2 extrazellulären Regionen prädiziert. Insbesondere diese extrazellulären Domänen von CLCAl können 'erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Die ausgeprägte Expression und die hohe Inzidenz von CLCAl für Magen- und Kolontumore machen dieses Protein erfindungsgemäß zu einem interessanten diagnostischen und therapeutischen Marker. Dies umfasst erfindungsgemäß den Nachweis disseminierter Tumorzellen im Serum, Knochenmark, Urin, sowie die Detektion von Metastasen in anderen Organen mittels RT-PCR. Des weiteren können die extrazellulären Domänen von CLCAl erfindungsgemäß als Zielstruktur zur Immun-Diagnostik und Therapie mittels monoklonaler Antikörper verwendet werden. Des weiteren kann CLCAl erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Protein, Peptide) zur Induktion Tumor-spezischer Immunantworten (T-und B- Zeil vermittelte Immunreaktionen) eingesetzt werden. Dies umfasst erfindungsgemäß auch die Entwicklung von sogenannten „small compounds", die die biologische Aktivität als Transportprotein von CLCAl modulieren und zur Therapie von gastrointestinalen Tumoren eingesetzt werden können.
Beispiel 7: Identifizierung von FLJ21477 als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
FLJ21477 (SEQ ID NO: 52) und sein prädiziertes Translationsprodukt (SEQ ID NO: 61) wurde als hypothetisches Protein in der Genbank unter der Zugangs-Nr. NM_025153 veröffentlicht. Es handelt es sich um ein integrales Membranprotein mit ATPase-Aktivität und 4 Transmembrandomänen, das entsprechend für die Therapie mit spezifischen Antikörpern geeignet ist. RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ21477-sρezifϊschen Primem (SEQ ID NO: 69, 70) zeigten eine selektive Expression im Kolon, und darüber hinaus unterschiedlich stark ausgeprägte Expression in 7/12 untersuchten Kolontumor-Proben (Abb. 8). Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression. Dies wurde mit einer spezifischen quantitativen RT-PCR (SEQ ID NO: 127, 128) zusätzlich bestätigt. Sowohl in Kolon (Abb. 37A) als auch in 11/12 Kolontumoren war eine FLJ21477-spezifische Expression nachweisbar. Neben der Expression in Kolongewebe konnte zusätzlich eine Expression in Magengewebe nachgewiesen werden. Außerdem war unter den Bedingungen der quantitativen RT-PCR eine im Vergleich mit Kolon und Magen deutlich schwächere Expression in Gehirn, Thymus und Osophagus nachweisbar (Abb. 37A). Zusätzlich konnte außerdem in den folgenden Tumorproben eine FLJ21477-spezifische Expression nachgewiesen werden: Magen, Pankreas, Osophagus und Leber.
Für das Protein sind 4 Transmembrandomänen mit insgesamt 2 extrazellulären Regionen prädiziert. Insbesondere diese extrazellulären Domänen von FLJ21477 können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden. Die Expression und hohe Inzidenz von FLJ21477 für Magen- und Kolontumore machen dieses Protein erfindungsgemäß zu einem wertvollen diagnostischen und therapeutischen Marker. Dies umfasst erfindungsgemäß den Nachweis disseminierter Tumorzellen im Serum, Knochenmark, Urin, sowie die Detektion von Metastasen in anderen Organen mittels RT- PCR. Des Weiteren können die extrazellulären Domänen von FLJ21477 erfindungsgemäß als Zielstruktur zur Immun-Diagnostik und Therapie mittels monoklonaler Antikörper verwendet werden. Des weiteren kann FLJ21477 erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Protein, Peptide) zur Induktion Tumor-spezischer Immunantworten (T-und B-Zell vermittelte Immunreaktionen) eingesetzt werden.
Beispiel 8: Identifizierung von FLJ20694 als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
FLJ20694 (SEQ ID NO: 53) und sein Translationsprodukt (SEQ JD NO: 62) wurden als hypothetisches Protein in der Genbank unter der Zugangs-Nr. NM_017928 veröffentlicht. Bei diesem Protein handelt es sich um ein integrales Transmembranmolekül (Transmembrandomäne AS 33-54), höchstwahrscheinlich mit TMoredoxinfunktion. RT-PCR- Untersuchungen mit FLJ20694-spezifϊschen Primem (SEQ ID NO: 71, 72) zeigten eine selektive Expression im Kolon, und darüber hinaus unterschiedlich stark ausgeprägte Expression in 5/9 untersuchten Kolontumor-Proben (Abb. 9). Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression. Dies wurde mit einer spezifischen quantitativen RT-PCR (SEQ ID NO: 129, 130) zusätzlich bestätigt (Abb. 38). In keinem anderen Normalgewebe außer in Kolon und Magen (im ersten Experiment nicht analysiert) konnte eine FLJ20694-Expression nachgewiesen werden. Für das Protein ist eine Transmembrandomäne mit einer extrazellulären Region prädiziert. Insbesondere diese extrazellulären Domänen von FLJ20694 können erfindungsgemäß als Zielstrukturen von monoklonalen Antikörpern genutzt werden.
Des weiteren kann FLJ20694 erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Protein, Peptide) zur Induktion Tumor-spezifischer Immunantworten (T-und B-Zell vermittelte Immumeaktionen) eingesetzt werden. Dies umfasst erfindungsgemäß auch die Entwicklung von sogenannten „small compounds", die die biologische Aktivität von FLJ20694 modulieren und zur Therapie von gastrointestinalen Tumoren eingesetzt werden können.
Beispiel 9: Identifizierung des von Ebner-Proteins (c20orfll4) als diagnostisches und therapeutisches Krebs-Target
Die von Ebner-Protein-kodierende mRNA (SEQ ID NO: 54) und sein Translationsprodukt (SEQ ID NO: 63) wurden als Plunc-verwandtes Protein der oberen Luftwege und des Nasen- Rachen-Epithels in der Genbank unter der Zugangs-Nr. AF364078 veröffentlicht. Erfindungsgemäß wurde untersucht, ob das von Ebner-Protein als Marker von Lungentumoren genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 73, 74) verwendet, die eine spezifische Amplifikation des Ebner-Proteins-kodierender cDNA ermöglichen. RT-PCR-Untersuchungen mit diesem Primer-Set zeigten eine selektive Expression in der Lunge und in 5/10 untersuchten Lungentumor-Proben (Abb. 10). Innerhalb der Gruppe der Normalgewebe zeigte sich auch eine Expression im Magen. Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression.
Beispiel 10: Identifizierung von Plunc als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
Plunc (SEQ ID NO: 55) und sein Translationsprodukt (SEQ ID NO: 64) wurden in der Genbank unter der Zugangs-Nr. NM_016583 veröffentlicht. Die humane Plunc-mRNA kodiert für ein Protein von 256 Aminosäuren und weist eine 72%ige Homologie mit dem murinen Plunc-Protein auf (Bingle und Bingle, Biochim Biophys Acta 1493:363-7, 2000). Die Exression von Plunc beschränkt sich auf die Trachea, die oberen Luftwege, Nasen- Rachen-Epithel und Speicheldrüse. Erfindungsgemäß wurde untersucht, ob Plunc als Marker von Lungentumoren genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 75, 76) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von Plunc ermöglichen.
RT-PCR-Untersuchungen mit diesem Primer-Set zeigten eine selektive Expression im Thymus, in der Lunge und in 6/10 untersuchten Lungentumor-Proben (Abb. 11). Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression.
Beispiel 11: Identifizierung von SLC26A9 als diagnostisches und therapeutisches Krebs- Target
SLC26A9 (SEQ ID NO: 56) und sein Translationsprodukt (SEQ ID NO: 65) wurden in der Genbank unter der Zugangs-Nr. NM_134325 veröffentlicht. SLC26A9 gehört zur Familie der Anionen-Austauscher. Die Expression von SLC26A9 beschränkt sich auf das bronchioläre und alveoläre Epithel der Lunge (Lohi et al., J Biol Chem 277:14246-54, 2002). Es wurde untersucht, ob SLC26A9 als Marker von Lungentumoren genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 77, 78) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von SLC26A9 ermöglichen. RT-PCR-Untersuchungen mit SLC26A9- spezifischen Primem (SEQ ID NO: 77,, 78) zeigten eine selektive Expression in der Lunge und in allen (13/13) untersuchten Lungentumor-Proben (Abb. 12). Die übrigen Normalgewebe zeigten mit Ausnahme der Schilddrüse keine Expression. In quantitativen RT- PCR-Experimenten mit den Primem SEQ ID NO: 131 und 132 konnten diese Ergebnisse zum einen bestätigt sowie zusätzliche Erkenntnisse gewonnen werden. In gepoolten Proben von 4- 5 Tumorgeweben konnten hohe Expressionsspiegel für SLC26A9-spezifische RNA in Lungen-, Kolon-, Pankreas- und Magentumoren detektiert werden. SLC26A9 ist Mitglied einer Familie von Transmembran-Anionentransportem. In der gesunden Lunge ist das Protein in Richtung Luftwege luminal gerichtet und damit IgG-Antikörpern aus dem Blut nicht direkt zugänglich. Dagegen ist die Polarität des Proteins in Tumoren aufgehoben. Erfindungs gemäß kann daher SLC26A9 in den definierten Tumoren, u.a. Lungen-, Magen- und Pankreastumore, als therapeutisches Target durch monoklonale Antikörper addressiert werden. Die ausgeprägte, hohe Expression und hohe Inzidenz von SLC26A9 für Lungen-, Magen-, Pankreas- und Osophagustumore machen dieses Protein erfindungsgemäß zu einem exzellenten diagnostischen und therapeutischen Marker. Dies umfasst erfindungsgemäß den Nachweis disseminierter Tumorzellen im Serum, Knochenmark und Urin, sowie die Detektion von Metastasen in anderen Organen mittels RT-PCR. Des weiteren können die extrazellulären Domänen von SLC26A9 erfindungsgemäß als Zielstruktur zur Immun- Diagnostik und Therapie mittels monoklonaler Antikörper verwendet werden. Des weiteren kann SLC26A9 erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Protein, Peptide) zur Induktion Tumor-spezischer Immunantworten (T-und B-Zell vermittelte hnmunreaktionen) eingesetzt werden. Dies umfasst erfindungsgemäß auch die Entwicklung von sogenannten „small compounds", die die biologische Aktivität von SLC26A9 modulieren und zur Therapie von Lungentumoren und gastrointestinalen Tumoren eingesetzt werden können.
Beispiel 12: Identifizierung von THC1005163 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-Target
THC1005163 (SEQ ID NO: 57) ist ein Genfragment aus dem TIGR-Gen-Index. Das Gen ist nur im 3 '-Bereich definiert, während ein ORF fehlt. RT-PCR-Untersuchungen erfolgten mit einem THC1005163-spezifischen Primer (SEQ ID NO: 79) und einem Oligo dT18 -Primer, der am 5'-Ende ein spezifisches Tag von 21 spezifischen Basen hatte. Dieses Tag wurde mit Datenbank-Suchprogrammen auf Homologie mit bekannten Sequenzen überprüft. Dieser spezielle Primer wurde initial bei der cDNA-Synthese eingesetzt, um genomische DNA- Verunreinigungen auszuschließen. RT-PCR-Untersuchungen mit diesem Primer-Set zeigten eine Expression in Magen, Ovar, Lunge und in 5/9 Lungentumor-Biopsien (Abb. 13). Die übrigen Normalgewebe zeigten keine Expression.
Beispiel 13: Identifizierung von LOC134288 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-Target
LOC134288 (SEQ ID NO: 58) und sein prädiziertes Translationsprodukt (SEQ ID NO: 66) wurden in der Genbank unter der Zugangs-Nr. XM_059703 veröffentlicht. Erfindungsgemäß wurde untersucht, ob LOC134288 als Marker von Nierentumoren genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 80, 81) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von LOC134288 ermöglichen. RT-PCR-Untersuchungen zeigten eine selektive Expression in der Niere und in 5/8 untersuchten Nierentumor-Biopsien (Abb. 14).
Beispiel 14: Identifizierung von THC943866 als diagnostisches und therapeutisches Krebs-Target
THC943866 (SEQ ID NO: 59) ist ein Genfragment aus dem TIGR-Gen-Index. Es wurde untersucht, ob THC943866 als Marker von Nierentumoren genutzt werden kann. Hierzu wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 82, 83) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von THC943866 ermöglichen. RT-PCR-Untersuchungen mit THC943866-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 82, 83) zeigten eine selektive Expression in der Niere und in 4/8 untersuchten Nierentumor-Biopsien (Abb. 15). Beispiel 15: Identifizierung von FLJ21458 und B7h.4 als diagnostische und therapeutische Krebs-Targets
FLJ21458 (SEQ ID NO: 84) und B7h.4 (SEQ ID NO: 138) und ihre prädizierten Translationsprodukte (SEQ ID NO: 85, 139) stellen Spieissvarianten eines Gens dar und wurden in der Genbank unter der Zugangs-Nr. NM_034850 bzw. AY358523 veröffentlicht. Sequenzanalysen ergaben, dass die Proteine Mitglieder der Butyrophillin-Familie darstellen. Stnikturanalysen ergaben, dass es sich um Typ- 1 -Transmembranproteine mit einer extrazellulären Immunglobulindomäne handelt. Zur Expressionsuntersuchung wurden Oligonukleotide (SEQ ID NO: 86, 87 bzw. SEQ ID NO: 140, 141) verwendet, die eine spezifische Amplifikation von FLJ21458 bzw. B7h.4 ermöglichen. RT-PCR-Untersuchungen mit FLJ21458-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 86, 87) zeigten eine selektive Expression im Kolon und in 7/10 untersuchten Kolontumor-Biopsien (Abb. 16, Tab. 5). Eine quantitative RT-PCR mit spezifischen Primem (SEQ ID NO: 133, 134) bestätigte dieses selektive Expressionsprofil (Abb. 39). Darüberhinaus konnte in dem Experiment FLJ21458 gastrointestinal-spezifisch im Kolon sowie in Magen, im End- und Blinddarmund und in Testis nachgewiesen werden. Auch 7/11 Kolonmetastasen-Proben waren in der quantitativen PCR positiv. Die FLJ21458-spezifische Expression wurde auf andere Tumore erweitert und eine proteinspezifische Expression konnte in Magen-, Pankreas- und Lebertumoren nachgewiesen werden (Tab. 5). RT-PCR-Untersuchungen mit B7h.4-spezifischen Primem (SEQ ID NO: 140, 141) zeigten eine starke, selektive Expression im Lungentumoren, jedoch nicht im normalen Lungengewebe. Damit zeigen beide Spieissvarianten dieses Butyrophyllins eine tumorassoziierte Expression und können als diagnostische und therapeutische Tumortargets genutzt werden. Zum Nachweis von FLJ21458- und B7h.4-Proteins wurden Antikörper durch Immunisieren von Kaninchen hergestellt. Als Epitope zur Propagierung dieser Antikörper wurden Peptide genutzt, die in beiden Proteinen (FLJ21458 und B7h.4) enthalten sind. SEQ ID NO: 135 : QWQVFGPDKP VQAL
SEQ ID NO: 136: AKWKGPQGQDLSTDS
Eine FLJ21458- bzw. B7h.4-spezifische Reaktion konnte in der Immunfluoreszenz nachgewiesen werden (Abb. 40). Zur Spezifitätskontrolle der Antikörper wurden 293-Zellen mit einem Plasmid transfiziert, dass für ein FLJ21458-GFP-Fusionsprotein kodiert. Der Spezifitätsnachweis erfolgte durch Kolokalisationsuntersuchungen mit dem spezifischen Antikörper und mit dem autofluoreszierenden GFP. Eine Überlagerung beider Fluoreszenzbilder zeigte eindeutig, dass das Immunserum das FLJ21458-Protein erkennt (Abb. 40 oben). Aufgrund der identischen Epitope in B7h.4 können diese Antikörper auch zur Bindung und Erkennung des B7h.4 Proteins in Tumoren genutzt werden. Bedingt durch die Überexpression des Proteins ergab sich eine diffuse Zellfärbung, die keine eindeutige Proteinlokalisation zuließ. Aus diesem Grund wurde mit der magentumorspezifischen Zelllinie Snul6, die FLJ21458 endogen exprimiert, ein weiteres Immunfluoreszenzexperiment durchgeführt (Abb. 40 unten). Die Zellen wurden mit dem FLJ21458 -spezifischen Antiserum sowie mit einem weiteren Antikörper angefärbt, der das Membranprotein E-Cadherin erkennt. Der FLJ21458-spezifische Antikörper färbt zumindest schwach die Zellmembranen an, was somit ein Beleg dafür ist, dass FLF21 58 in der Zellmembran lokalisiert ist.
Bioinformatische Untersuchungen zeigten, dass das von FLJ21458 kodierte Protein ein Zelloberflächenrnolekül darstellt und über eine Immunglobulinsupermolekül-Domäne verfügt. Die selektive Expression dieses Oberflächenmoleküls macht es zu einem guten Target für die Entwicklung von diagnostischen Verfahren zur Detektion von Tumorzellen und therapeutischen Verfahren zur Elimination von Tumorzellen.
Die ausgeprägte Expression und hohe Inzidenz von FLJ21458 für Magen- und Kolontumore machen dieses Protein erfindungsgemäß zu einem hochinteressanten diagnostischen und therapeutischen Marker. Dies umfasst erfindungsgemäß den Nachweis disseminierter Tumorzellen im Serum, Knochenmark und Urin sowie die Detektion von Metastasen in anderen Organen mittels RT-PCR. Des Weiteren können die extrazellulären Domänen von FLJ21458 erfindungsgemäß als Zielstruktur zur Immu -Diagnostik und -Therapie mittels monoklonaler Antikörper verwendet werden. Des Weiteren kann FLJ21458 erfindungsgemäß als Vakzine (RNA, DNA, Protein, Peptide) zur Induktion Tumor-spezischer Immunantworten (T-und B-Zell vermittelte Immunreaktionen) eingesetzt werden. Dies umfasst erfindungsgemäß auch die Entwicklung von sogenannten „small compounds", die die biologische Aktivität von FLJ21458 modulieren und zur Therapie von gastrointestinalen Tumoren eingesetzt werden können. Tab. 5 FLJ21458 bzw. B7h.4*-Expression in Normal- und Tumorgewebe
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Claims

Patentansprüche
1. Pharmazeutische Zusammensetzung, umfassend ein Mittel, das die Expression oder Aktivität eines Tumor-assoziierten Antigens hemmt, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
2. Pharmazeutische Zusammensetzung, umfassend ein Mittel mit tumorhemmender Aktivität, das selektiv ist für Zellen, die eine Expression oder abnormale Expression eines tumorassoziierten Antigens aufweisen, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
3. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Ansprach 2, wobei das Mittel die Induktion des Zelltods, die Reduktion des Zellwachstums, eine Schädigung der Zellmembran oder eine Sekretion von Zytokinen bewirkt.
4. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Mittel eine Antisense-Nukleinsäure ist, die selektiv mit der Nukleinsäure hybridisiert, die für das Tumorassoziierte Antigen kodiert.
5. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Mittel ein Antikörper ist, der selektiv an das Tumor-assoziierte Antigen bindet.
6. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 2, wobei das Mittel ein komplementaktivierender Antikörper ist, der selektiv an das Tumor-assoziierter Antigen bindet.
7. Pharmazeutische Zusammensetzung, umfassend ein Mittel, das bei einer Verabreichung selektiv die Menge an Komplexen zwischen einem HLA-Molekül und einem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon erhöht, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist, (b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
8. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 7, wobei das Mittel einen oder mehrere Bestandteile umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt sind, bestehend aus:
(i) dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon,
(ii) einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon kodiert, (iii) einer Wirtszelle, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimiert, und
(iv) isolierten Komplexen zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem HLA-Molekül.
9. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 1, 2 oder 7, wobei das Mittel mehrere Mittel umfasst, die jeweils selektiv die Expression oder Aktivität verschiedener Tumor-assoziierter Antigene hemmen, jeweils selektiv für Zellen sind, die verschiedene Tumor-assoziierte Antigene exprimieren oder die, Menge an Komplexen zwischen HLA- Molekülen und verschiedenen Tumor-assoziierten Antigenen oder Teilen davon erhöhen, wobei mindestens eines der Tumor-assoziierten Antigene eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
10. Pharmazeutische Zusammensetzung umfassend einen oder mehrer Bestandteile, die aus der Gruppe ausgewählt sind, bestehend aus:
(i) einem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon, (ii) einer Nukleinsäure, die für ein Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon kodiert, (iii) einem Antikörper, der an ein Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon bindet, (iv) einer Antisense-Nukleinsäure, die spezifisch mit einer Nukleinsäure, die für ein Tumorassoziiertes Antigen kodiert, hybridisiert, (v) einer Wirtszelle, die ein Tumor-assoziiertes Antigen oder einen Teil davon exprimiert, und (vi) isolierten Komplexen zwischen einem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem HLA-Molekül, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
11. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 8 oder 10, wobei die Nukleinsäure unter (ii) in einem Expressionsvektor vorliegt.
12. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 8 oder 10, wobei die Nukleinsäure unter (ii) funktioneil mit einem Promotor verbunden ist.
13. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 8 oder 10, wobei die Wirtszelle das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon sekretiert.
14. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 8 oder 10, wobei die Wirtszelle zusätzlich ein HLA-Molekül exprimiert, das an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon bindet.
15. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 14, wobei die Wirtszelle das HLA-Molekül und/oder das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon rekombinant exprimiert.
16. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 14, wobei die Wirtszelle das HLA-Molekül endogen exprimiert.
17. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 8, 10, 14 oder 16, wobei die Wirtszelle eine Antigen-präsentierende Zelle ist.
18. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 17, wobei die Antigen- präsentierende Zelle eine dendritische Zelle oder ein Makrophage ist.
19. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 8, 10 und 13-18, wobei die Wirtszelle nicht-proliferativ ist.
20. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Ansprach 5 oder 10, wobei der Antikörper ein monoklonaler Antikörper ist.
21. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 5 oder 10, wobei der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper ist.
22. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 5 oder 10, wobei der Antikörper ein Fragment eines natürlichen Antikörpers ist.
23. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 5 oder 10, wobei der Antikörper mit einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel gekoppelt ist.
24. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 4 oder 10, wobei die Antisense- Nukleinsäure eine Sequenz von 6-50 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, umfasst.
25. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 8 und 10-13, wobei das durch die pharmazeutische Zusammensetzung bereitgestellte Tumor-assoziierte Antigen oder der Teil davon an MHC -Moleküle auf der Oberfläche von Zellen bindet, die eine abnormale Menge des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon exprimieren.
26. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 25, wobei die Bindung eine cytolytische Reaktion hervonuft und/ oder eine Cytokinausschüttung induziert
27. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 1-26, ferner umfassend einen pharmazeutisch verträglichen Träger und/oder ein Adjuvans.
28. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 27, wobei das Adjuvans Saponin, GM-CSF, CpG, Zytokin oder ein Chemokin ist.
29. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 1-28, die zur Behandlung einer Erkrankung eingesetzt werden kann, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet.
30. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 29, wobei die Erkrankung Krebs ist.
31. Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 29, wobei die Erkrankung ein Lungentumor, ein Brusttumor, ein Prostatatumor, ein Melanom, ein Kolontumor, ein
Magentumor, ein Pankreastumor, ein HNO-Tumor, Nierenzellkarzinom oder ein Zervixkarzinom, ein Kolonkarzinom oder ein Mammakarzinom ist.
32. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 1-31, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Aminosäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 9-19, 45-48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 118, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist.
33. Verfahren zur Diagnose einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten'Antigens auszeichnet, umfassend
(i) den Nachweis einer Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon, und/oder
(ii) den Nachweis des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, und/oder (iii) den Nachweis eines Antikörpers gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder eines Teils davon und/oder
(iv) den Nachweis von cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten, die für das Tumorassoziierte, Antigen oder einen Teil davon spezifisch sind in einer aus einem Patienten isolierten biologischen Probe, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
34. Verfahren nach Ansprach 33, wobei der Nachweis
(i) die Kontaktierung der biologischen Probe mit einem Mittel, das spezifisch an die Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder den Teil davon, an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon, an den Antikörper oder an die cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten bindet, und
(ii) den Nachweis der Komplexbildung zwischen dem Mittel und der Nukleinsäure oder dem Teil davon, dem Tumor-assoziierten Antigen oder dem Teil davon, dem Antikörper oder den cytotoxischen oder Helfer-T-Lymphozyten umfasst.
35. Verfahren nach Ansprach 33 oder 34, wobei der Nachweis mit dem Nachweis in einer vergleichbaren normalen biologischen Probe verglichen wird.
36. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-35, wobei sich die Erkrankung durch die Expression oder abnormale Expression mehrerer verschiedener Tumor-assoziierter Antigene auszeichnet und der Nachweis einen Nachweis mehrerer Nukleinsäuren, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene kodieren, oder von Teilen davon, den Nachweis der mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder von Teilen davon, den Nachweis mehrerer Antikörper, die an die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder an Teile davon binden, oder den Nachweis mehrerer cytotoxischer oder Helfer- T-Lymphozyten, die für die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene spezifisch sind, umfasst.
37. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-36, wobei der Nachweis der Nukleinsäure oder des Teils davon mit einer Polynukleotid-Sonde erfolgt, die spezifisch mit der Nukleinsäure oder dem Teil davon hybridisiert.
38. Verfahren nach Anspruch 37, wobei die Polynukleotid-Sonde eine Sequenz von 6-50 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, umfasst.
39. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-36, wobei der Nachweis der Nukleinsäure oder des Teils davon durch selektive Amplifikation der Nukleinsäure oder des Teils davon erfolgt.
40. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-36, wobei das nachzuweisende Tumorassoziierte Antigen oder der Teil davon in einem Komplex mit einem MHC-Molekül vorliegt.
41. Verfahren nach Anspruch 40, wobei das MHC-Molekül ein HLA-Molekül ist.
42. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-36 und 40-41, wobei der Nachweis des Tumor-assoziierten Antigens oder des Teils davon mit einem Antikörper erfolgt, der spezifisch an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon bindet.
43. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-36, wobei der Nachweis des Antikörpers mit einem Protein oder Peptid erfolgt, das spezifisch an den Antikörper bindet.
44. Verfahren zur Bestimmung der Regression, des Verlaufs oder des Ausbruchs einer
Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor- assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Überwachung einer Probe aus einem
Patienten, der die Erkrankung aufweist oder in Verdacht steht, an der Erkrankung zu erkranken in Bezug auf einen oder mehrere Parameter, ausgewählt aus der Gruppe, bestehend aus:
(i) der Menge der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teil davon,
(ii) der Menge des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon,
(iii) der Menge an Antikörpern, die an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon binden, und
(iv) der Menge an cytolytischen oder Cytokin-ausschüttenden T-Zellen, die für einen Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem MHC-
Molekül spezifisch sind, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
45. Verfahren nach Ansprach 44, wobei das Verfahren die Bestimmung des oder der Parameter zu einem ersten Zeitpunkt in einer ersten Probe und zu einem zweiten Zeitpunkt in einer weiteren Probe umfasst und durch einen Vergleich der beiden Proben der Verlauf der Erkrankung ermittelt wird.
46. Verfahren nach Ansprach 44 oder 45, wobei die Erkrankung sich durch die Expression oder abnormale Expression mehrerer verschiedener Tumor-assoziierter Antigene auszeichnet und die Überwachung eine Überwachung
(i) der Menge mehrerer Nukleinsäuren, die für die mehreren verschiedenen Tumorassoziierten Antigene kodieren, oder von Teilen davon,
(ii) der Menge der mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder von Teilen davon, (iii) der Menge mehrerer Antikörper, die an die mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigene oder an Teile davon binden, und/oder
(iv) der Menge mehrerer cytolytischer oder Cytokine-ausschüttender T-Zellen, die für Komplexe zwischen den mehreren verschiedenen Tumor-assoziierten Antigenen oder von Teilen davon und MHC-Molekülen spezifisch sind, umfasst.
47. Verfahren nach einem der Ansprüche 44-46, wobei die Überwachung der Menge der Nukleinsäure oder des Teils davon mit einer Polynukleotid-Sonde erfolgt, die spezifisch mit der Nukleinsäure oder dem Teil davon hybridisiert.
48. Verfahren nach Anspruch 47, wobei die Polynukleotid-Sonde eine Sequenz von 6-50 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, umfasst.
49. Verfahren nach einem der Ansprüche 44-46, wobei die Überwachung der Menge der Nukleinsäure oder des Teils davon durch selektive Amplifikation der Nukleinsäure oder des Teils davon erfolgt.
50. Verfahren nach einem der Ansprüche 44-46, wobei die Überwachung der Menge des Tumor-assoziierten Antigens oder des Teils davon mit einem Antikörper erfolgt, der spezifisch an das Tumor-assoziierte Antigen oder den Teil davon bindet.
51. Verfahren nach einem der Ansprüche 44-46, wobei die Überwachung der Menge an Antikörpern mit einem Protein oder Peptid erfolgt, das spezifisch an den Antikörper bindet.
52. Verfahren nach einem der Ansprüche 44-46, wobei die Überwachung der Menge an cytolytischen oder Cytokin-ausschüttenden T-Zellen mit einer Zelle erfolgt, die den Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder dem Teil davon und einem MHC-Molekül präsentiert.
53. Verfahren nach einem der Ansprüche 37-38, 42-43, 47-48 und 50-52, wobei die Polynukleotid-Sonde, der Antikörper, das Protein oder Peptid oder die Zelle nachweisbar markiert sind.
54. Verfahren nach Anspruch 53, wobei der nachweisbare Marker ein radioaktiver Marker oder ein Enzymmarker ist.
55. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-54, wobei die Probe Körperflüssigkeit und/oder Körpergewebe umfasst.
56. Verfahren zur Behandlung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Verabreichung einer pharmazeutischen Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 1-32, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
57. Verfahren zur Behandlung, Diagnose oder Überwachung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend die Verabreichung eines Antikörpers, der an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon bindet und mit einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel gekoppelt ist, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
58. Verfahren nach Anspruch 42, 50 oder 57, wobei der Antikörper ein monoklonaler Antikörper ist.
59. Verfahren nach Ansprach 42, 50 oder 57, wobei der Antikörper ein chimärer oder humanisierter Antikörper ist.
60. Verfahren nach Anspruch 42, 50 oder 57, wobei der Antikörper ein Fragment eines natürlichen Antikörpers ist.
61. Verfahren zur Behandlung eines Patienten mit einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend: (i) die Entfernung einer Probe mit immunreaktiver Zellen aus dem Patienten,
(ii) die Kontaktierung der Probe mit einer Wirtszelle, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimiert, unter Bedingungen, die eine Produktion cytolytischer oder Cytokine-ausschüttender T-Zellen gegen das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon begünstigen, und (iii) das Einbringen der cytolytischen oder Cytokine-ausschüttenden T-Zellen in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, Zellen zu lysieren, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimieren, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus: (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und (d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
62. Verfahren nach Ansprach 61, wobei die Wirtszelle ein HLA-Molekül rekombinant exprimiert, das an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon bindet.
63. Verfahren nach Anspruch 62, wobei die Wirtszelle ein HLA-Molekül endogen exprimiert, das an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon bindet.
64. Verfahren zur Behandlung eines Patienten mit einer Erkrankung, die sich durch die
Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend:
(i) die Identifizierung einer Nukleinsäure, die von Zellen exprimiert wird, die mit der Erkrankung assoziiert sind, wobei die Nukleinsäure aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist, (ii) die Transfektion einer Wirtszelle mit der Nukleinsäure oder einem Teil davon, (iii) die Kultivierung der transfizierten Wirtszelle für eine Expression der Nukleinsäure, und (iv) das Einbringen der Wirtszellen oder eines Extrakts davon in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, die Immunreaktion gegen die Zellen des Patienten, die mit der Erkrankung assoziiert sind, zu erhöhen.
65. Verfahren nach Anspruch 64, femer umfassend die Identifizierung eines MHC- Moleküls, das das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentiert, wobei die Wirtszelle das identifizierte MHC-Molekül exprimiert und das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentiert.
66. Verfahren nach Ansprach 64 oder 65, wobei die Immunreaktion eine B-Zellen- Reaktion oder eine T-Zellen-Reaktion umfasst.
67. Verfahren nach Anspruch 66, wobei die Immunreaktion eine T-Zellen-Reaktion ist, umfassend die Produktion cytolytischer oder Cytokine-ausschüttenden T-Zellen, die spezifisch für die Wirtszellen sind, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon präsentieren oder spezifisch für Zellen des Patienten sind, die das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon exprimieren.
68. Verfahren nach einem der Ansprüche 61-67, wobei die Wirtszellen nicht-proliferativ sind.
69. Verfahren zur Behandlung einer Erkrankung, die sich durch die Expression oder abnormale Expression eines Tumor-assoziierten Antigens auszeichnet, umfassend: (i) die Identifikation von Zellen aus dem Patienten, die abnormale Mengen des Tumorassoziierten Antigens exprimieren, (ii) die Isolierung einer Probe der Zellen, (iii) die Kultivierung der Zellen, und (iv) das Einbringen der Zellen in den Patienten in einer Menge, die geeignet ist, eine Immunreaktion gegen die Zellen auszulösen, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus: (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
70. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-69, wobei die Erkrankung Krebs ist.
71. Verfahren zur Hemmung der Entwicklung von Krebs bei einem Patienten, umfassend die Verabreichung einer wirksamen Menge einer pharmazeutischen Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 1-32.
72. Verfahren nach einem der Ansprüche 33-71, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Aminosäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 9-19, 45- 48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105j 106, 111-116, 118, 120, 123, 124 , 135-137, 139 und 142- 150, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist.
73. Nukleinsäure, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 3-5, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
74. Nukleinsäure, die für ein Protein oder Poljφeptid kodiert, das eine Aminosäuresequenz umfasst, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 10, 12- 14, und 146-150, einem Teil oder Derivat davon.
75. Rekombinantes DNA- oder RNA-Molekül, das eine Nukleinsäure nach Anspruch 73 oder 74 umfasst.
76. Rekombinantes DNA-Molekül nach Ansprach 75, wobei das rekombinante DNA- Molekül ein Vektor ist.
77. Rekombinantes DNA-Molekül nach Anspruch 76, wobei der Vektor ein viraler Vektor oder ein Bakteriophage ist.
-78. Rekombinantes DNA-Molekül nach einem der Ansprüche 75-77, das femer Expressionskontrollsequenzen umfasst, die die Expression der Nukleinsäure steuern.
79. Rekombinantes DNA-Molekül nach Anspruch 78, wobei die Expressionskontrollsequenzen homo- oder heterolog zu der Nukleinsäure sind.
80. Wirtszelle, die eine Nukleinsäure nach Ansprach 73 oder 74 oder ein rekombinantes DNA-Molekül nach einem der Ansprüche 75-79 umfasst.
81. Wirtszelle nach Anspruch 80, die femer eine Nukleinsäure umfasst, die für ein HLA- Molekül kodiert.
82. Protein oder Polypeptid, das von einer Nukleinsäure nach Anspruch 73 kodiert wird.
83. Protein oder Polypeptid, das eine Aminosäuresequenz umfasst, ausgewählt aus der Grappe bestehend aus SEQ ID NOs: 10, 12-14, 17-19, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116,
120, 123, 124, 135-137 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon.
84. Immunogenes Fragment des Proteins oder Polypeptids nach Ansprach 82 oder 83.
85. Fragment des Proteins oder Polypeptids nach Anspruch 82 oder 83, das an menschlichen HLA-Rezeptor oder menschlichen Antikörper bindet.
86. Mittel, das spezifisch an ein Protein oder Polypeptid oder an einen Teil davon bindet, wobei das Protein oder Polypeptid von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus: .
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert,
(c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
87. Mittel nach Anspruch 86, wobei das Protein oder Polypeptid eine Aminosäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus SEQ ID NOs: 9-19, 45-48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 118, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon.
88. Mittel nach Anspruch 86 oder 87, wobei das Mittel ein Antikörper ist.
89. Mittel nach Anspruch 88, wobei der Antikörper ein monoklonaler, chimärer oder humanisierter Antikörper oder ein Fragment eines Antikörpers ist.
90. Antikörper, der selektiv an einen Komplex aus: (i) einem Protein oder Polypeptid oder einem Teil davon und (ii) einem MHC-Molekül bindet, an das das Protein oder Polypeptid oder der Teil davon bindet, wobei der Antiköper nicht alleine an (i) oder (ii) bindet und das Protein oder Polypeptid von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus:
(a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
91. Antikörper nach Ansprach 90, wobei das Protein oder Polypeptid eine Aminosäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus SEQ ID NOs: 9-19, 45-48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 118, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon.
92. Antikörper nach Anspruch 90 oder 91, wobei der Antikörper ein monoklonaler, chimärer oder humanisierter Antikörper oder ein Fragment eines Antikörpers ist.
93. Konjugat zwischen einem Mittel nach einem der Ansprüche 86-89 oder einem Antikörper nach einem der Ansprüche 90-92 und einem therapeutischen oder diagnostischen Mittel.
94. Konjugat nach Anspruch 93, wobei das therapeutische oder diagnostische Mittel ein Toxin ist.
95. Kit zum Nachweis der Expression oder abnormalen Expression eines Tumorassoziierten Antigens, umfassend Mittel zum Nachweis
(i) der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon, (ii) des Tumor-assoziierten Antigens oder eines Teils davon, (iii) von Antikörpern, die an das Tumor-assoziierte Antigen oder einen Teil davon binden, und/oder
(iv) von T-Zellen, die für einen Komplex zwischen dem Tumor-assoziierten Antigen oder einem Teil davon und einem MHC-Molekül spezifisch sind, wobei das Tumor-assoziierte Antigen eine Sequenz aufweist, die von einer Nukleinsäure kodiert wird, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus: (a) einer Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41-44, 51-59, 84, 117, 119 und 138, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist,
(b) einer Nukleinsäure, die unter stringenten Bedingungen mit der Nukleinsäure unter (a) hybridisiert, (c) einer Nukleinsäure, die in Bezug auf die Nukleinsäure unter (a) oder (b) degeneriert ist und
(d) einer Nukleinsäure, die zu der Nukleinsäure unter (a), (b) oder (c) komplementär ist.
96. Kit nach Ansprach 95, wobei die Mittel zum Nachweis der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, oder eines Teils davon Nukleinsäuremoleküle für die selektive Amplifikation der Nukleinsäure sind.
97. Kit nach Anspruch 96, wobei die Nukleinsäuremoleküle für die selektive Amplifikation der Nukleinsäure eine Sequenz von 6-50 zusammenhängenden Nukleotiden aus der Nukleinsäure, die für das Tumor-assoziierte Antigen kodiert, umfassen.
98. Rekombinantes DNA-Molekül, umfassend eine Promotonegion, die von einer Nukleinsäuresequenz abgeleitet ist, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 1-8, 41- 44, 51-59, 84, 117, 119 und 138 ausgewählt ist.
99. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 5, 10 und 20-23, oder Verfahren nach einem der Ansprüche 42, 50, 53 und 57-60, wobei der Antikörper durch Immunisieren mit einem Protein, Peptid oder Polypeptid erhältlich ist, das eine Aminosäuresequenz umfasst, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NOs: 9-19, 45-48, 60-66, 85, 90-97, 100-102, 105, 106, 111-116, 118, 120, 123, 124, 135-137, 139 und 142-150, einem Teil oder Derivat davon ausgewählt ist.
100. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 5, 10 und 20-23, oder Verfahren nach einem der Ansprüche 42, 50, 53 und 57-60, wobei die selektive Bindung des
Antikörpers an das Tumor-assoziierte Antigen die Erkennung einer Glykosylierung an dem Tumor-assoziierten Antigen einbezieht.
101. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 5, 10 und 20-23, oder Verfahren nach einem der Ansprüche 42, 50, 53 und 57-60, wobei der Antikörper selektiv an eine bestimmte Glykosylierungsform des Tumor-assoziierten Antigens, vorzugsweise die nicht glykosylierte Form, bindet.
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