WO2000050451A2 - An der entwicklung des nervensystems beteiligtes protein (tp) - Google Patents

An der entwicklung des nervensystems beteiligtes protein (tp) Download PDF

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Annemarie Poustka
Johannes Coy
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Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/475Growth factors; Growth regulators
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00Drugs for disorders of the nervous system
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01KANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2217/00Genetically modified animals
    • A01K2217/05Animals comprising random inserted nucleic acids (transgenic)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides

Definitions

  • TP Protein (TP) involved in the development of the nervous system
  • the present invention relates to a protein (T-protein) and related proteins which are involved in the development of the nervous system and are expressed in a tissue and development-specific manner, the variants of these proteins described below and DNA sequences coding for these proteins.
  • the present invention further relates to antibodies or fragments thereof directed against these proteins, and to antisense RNAs or ribozymes directed against the expression of these proteins.
  • the present invention relates to pharmaceuticals and diagnostic methods using the above compounds.
  • the present invention is therefore based on the technical problem of providing means with which disorders in the development and function of the nervous system are diagnosed and can be treated if necessary.
  • the present invention thus relates to a DNA sequence which encodes a protein which is involved in the development and function of the nervous system, in particular the CNS, and which is expressed in a tissue- and development-specific manner, the DNA sequence comprising the following DNA sequences:
  • (k) a DNA sequence that differs from the DNA sequence of (a), (b), (c), (d), (e), (f), (g), (h), (i ) or (j) differs due to the degeneration of the genetic code.
  • the present invention is based on the isolation of a human DNA sequence (called gene "T” or T gene; see Figures 1-8, which encodes the protein TP), it being found that the protein encoded by this DNA sequence is needed in the nervous system. The expression of the gene encoding this protein is increased in the nervous system. The sequence analysis showed that this is a new gene. In addition, other genes could be isolated Have homologies to this gene (murine gene "T”, FIGS. 9 and 10; human gene "T2", FIG. 16; human gene "T3", FIGS. 17 and 18; murine gene T2, FIGS. 12 and 13; murine gene T3, Fig. 19).
  • the T gene, T2 gene and T3 gene are members of the T (gene) family and preferably originate from vertebrates such as humans, mice or rats. Defects in these genes lead to restrictions in the functions of the nervous system, particularly the CNS. Furthermore, these genes have an important function in the control of cell growth and changes in these genes or their expression lead to errors in the control of cell growth, for example also to tumor formation, especially of the neuroblastoma. This cancer almost exclusively affects younger children up to the age of 8. In 25 to 30 percent of cases, the first signs appear within the first 12 months of life. With neuroblastoma, very young cells of the autonomic nervous system degenerate.
  • a neuroblastoma can be diagnosed by the doctor through blood, urine and ultrasound examinations as well as by taking biopsies from the tumor and a bone marrow examination. Once the exact location of the tumor is diagnosed, it is surgically removed. The early formation of metastases is problematic. By isolating and analyzing the T gene, it is now possible to develop novel diagnostic and therapeutic measures for neuroblastoma. This makes it possible to diagnose the cancer at an early stage and to establish forms of therapy that promise improved chances of recovery.
  • T gene family leads to disorders in the development and differentiation of the nervous system, especially the brain. In many cases, this leads to mental illnesses, such as mental retardation or Alzheimer's.
  • the T gene also plays an important role in the interconnection of individual brain areas, for example the forebrain and midbrain. Mutations in this gene in some cases lead to schizophrenic diseases or autism pussy syndromes.
  • human and murine genes important, fundamental conclusions can be drawn about the development of the nervous system and especially the brain. This offers good starting points for researching pathological changes in the nervous system and especially in the brain.
  • the genomic sequences make it easier for patients to be examined for possible mutations.
  • the genomic sequences of the T gene are particularly advantageous when little (tumor) material is available for analysis. This makes it possible, for example, to examine even the smallest tumors for mutations in this gene. Furthermore, it opens up the possibility of checking the success of a therapy (in particular radiation and / or chemotherapy), since tumor cells circulating in the blood with genomic primers which are specific for the genomic DNA are detected by a PCR reaction can.
  • hybridize used in the present invention refers to conventional hybridization conditions, preferably to hybridization conditions in which 5xSSPE, 1% SDS, 1xDenhardts solution is used and the hybridization temperatures between 35 ° C. and 70 ° C., preferably be at 65 ° C.
  • washing is preferably carried out first with 2xSSC, 1% SDS and then with 0, 2xSSC at temperatures between 35 ° C and 70 ° C, preferably at 65 ° C (for the definition of SSPE, SSC and Denhardts solution see Sambrook et al ., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor NY (1989)).
  • variants or fragment used in the present invention encompass DNA sequences which differ from the sequences indicated in the figures by deletion (s), insertion (s), exchange (s) and / or other im Distinguish modifications known in the art or comprise a fragment of the original nucleic acid molecule, the protein or peptide encoded by these DNA sequences still having the properties mentioned above.
  • Functional equivalents, derivatives and precursors are therefore included.
  • Derivatives are, for example, mutation derivatives (generated by, for example, deletions or insertions), fusions, allele variants, muteins and splice variants.
  • FIGS. 14 and 15 Two selected examples of such splice variants are shown in FIGS. 14 and 15. Methods for generating the above changes in the nucleic acid sequence are known to the person skilled in the art and are described in standard works in molecular biology, for example in Sambrook et al. , supra. The person skilled in the art is also able to determine whether a protein encoded by a nucleic acid sequence modified in this way still has the properties mentioned above.
  • the present invention relates to a DNA sequence that encodes a protein that contains the amino acid sequence of FIGS. 1, 9, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 or 19, wherein the protein has the biological activity defined above.
  • a further preferred embodiment of the present invention relates to antisense RNA, which is characterized in that it is complementary to the above D ⁇ A sequences and the synthesis of the protein encoded by these D ⁇ A sequences can reduce or inhibit and a ribozyme, which is characterized in that it can bind to a part of the above DNA sequences and to the RNA transcribed from these DNA sequences and cleave them, thereby the synthesis of the protein encoded by these D ⁇ A sequences is reduced or inhibited.
  • antisense RNAs and ribozymes are preferably complementary to a coding region of the mRNA.
  • the person skilled in the art is able to prepare and use suitable antisense RNAs based on the disclosed D ⁇ A sequences. Suitable procedures are described for example in EB-Bl 0 223 399 or EP-AI 0 458.
  • Ribozymes are RNA enzymes and consist of a single strand of RNA. These can cleave other RNAs intermolecularly, for example the mRNAs transcribed by the D ⁇ A sequences according to the invention.
  • these ribozymes must have two domains, (1) a catalytic domain and, (2) a domain that is complementary to the target RNA and can bind to it, which is a prerequisite for cleaving the target RNA.
  • a catalytic domain a domain that is complementary to the target RNA and can bind to it, which is a prerequisite for cleaving the target RNA.
  • the D ⁇ A sequences according to the invention or the D ⁇ As coding for the antisense RNAs or ribozymes described above can also be inserted into a vector or expression vector.
  • the present invention also includes these D ⁇ A sequences containing vectors or expression vectors.
  • vector refers to a plasmid (eg pUC18, pBR322, pBlueScript), a virus or another suitable vehicle.
  • the D ⁇ A molecule according to the invention is functionally linked in the vector to regulatory elements which allow its expression in prokaryotic or eukaryotic host cells.
  • such vectors typically contain an origin of replication and specific genes which represent the phenotypic Allow selection of a transformed host cell.
  • the regulatory elements for expression in prokaryotes include the lac, trp promoter or T7 promoter, and for expression in eukaryotes the AOXl or GALl promoter in yeast, and the CMV, SV40 , RVS-40 promoter, CMV or SV40 enhancer for expression in animal cells.
  • suitable promoters are the metalothionein I and the polyhedrin promoter.
  • the vector contains the promoter of the human T gene or an orthologist of the T gene. Suitable expression vectors for E.
  • coli include, for example, pGEMEX, pUC derivatives, pGEX-2T, pET3b and pQE-8, the latter being preferred.
  • Vectors suitable for expression in yeast include pYlOO and Ycpadl, pMSXND, pKCR, pEFBOS, cDM8 and pCEV4 for expression in mammalian cells.
  • the expression vectors according to the invention also include vectors derived from baculovirus for expression in insect cells, for example pAcSGHisNT-A.
  • DNA sequences according to the invention can also be inserted in connection with a DNA coding for another protein or peptide, so that the DNA sequences according to the invention can be expressed, for example, in the form of a fusion protein.
  • these other DNAs are reporter sequences encoding a reporter molecule comprising a detectable protein, e.g. a dye, an antibiotic resistance, ß-galactosidase or a substance detectable by spectropshotometric, spectro-fluorometric, luminescent or radioactive assays.
  • the present invention also relates to the above written vectors containing host cells.
  • host cells include bacteria (for example the E. coli strains HB101, DH1, xl776, JM101, JM109, BL21 and SG13009), fungi, for example yeasts, preferably S. cerevisiae, plant cells, insect cells, preferably sf9 cells, and animal cells, preferably vertebrate or mammalian cells.
  • Preferred mammalian cells are CHO, VERO, BHK, HeLa, COS, MDCK, 293 and WI38 cells. Methods for transforming these host cells, for phenotypically selecting transformants and for expressing the DNA molecules of the invention using the vectors described above are known in the art.
  • the genes belonging to the sequences according to the invention can be amplified using suitable primer sequences.
  • the primer sequences indicated in FIG. 20 are particularly suitable for amplifying the T2 and T3 genes.
  • the present invention further relates to proteins encoded by the DNA sequences according to the invention and methods for producing the proteins encoded by the DNA sequences according to the invention.
  • the skilled worker is familiar with conditions for culturing transformed or transfected host cells.
  • the method according to the invention comprises the cultivation of the host cells described above under conditions which allow the expression of the protein (or fusion protein) (preferably stable expression), and the extraction of the protein from the culture or from the host cells. Suitable purification methods (for example preparative chromatography, affinity chromatography, for example immunoaffinity chromatography, HPLC etc.) are generally known.
  • the proteins according to the invention preferably have those in FIGS. 1, 9, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 or 19 shown amino acid sequences or represent fusions, fragments, derivatives or precursors (bioprecursors) thereof, the above-mentioned properties in the sense of functional equivalents remain.
  • Derivatives are to be understood in particular as those modified proteins or peptides which differ from the sequences shown in the figures by conservative amino acid exchanges or which contain non-conservative amino acid exchanges which do not significantly change the function of the T proteins.
  • the inventors have identified the following amino acid motifs which are suitable for identifying previously unknown proteins which belong to the family of the T / T2 / T3 family according to the invention and a protein superfamily comprising pore membrane proteins and filament-binding proteins. Motif 1:
  • (A, T) means amino acid A or T on this
  • X (2,4) means two to four X's on this
  • a further preferred embodiment of the present invention relates to antibodies against the proteins according to the invention described above or a fragment thereof.
  • This Antibodies can be monoclonal, polyclonal or synthetic antibodies or fragments thereof.
  • fragment means all parts of the monoclonal antibody (for example Fab, Fv or "single chain Fv” fragments) which have the same epitope specificity as the complete antibody. The production of such fragments is known to the person skilled in the art.
  • the antibodies according to the invention are preferably monoclonal antibodies.
  • the antibodies according to the invention can be produced according to standard methods, the protein encoded by the DNA sequences according to the invention or a synthetic fragment thereof serving as an immunogen.
  • Methods for obtaining monoclonal antibodies are known to the person skilled in the art and comprise, for example, as a first step the preparation of polyclonal antibodies using the proteins according to the invention or fragments thereof (for example synthetic peptides) as immunogen for the immunization of suitable animals, for example rabbits or chickens, and the extraction of the polyclonal Antibodies from the serum or egg yolk.
  • Zeil hybrids are produced and cloned from antibody-producing cells and bone marrow tumor cells. A clone is then selected which produces an antibody which is specific for the antigen used. This antibody is then made.
  • Examples of cells that produce antibodies are spleen cells, lymph node cells, B-lymphocytes, etc.
  • animals that can be immunized for this purpose are mice, rats, horses, goats and rabbits.
  • the myeloma cells can be obtained from mice, rats, humans or other sources.
  • Cell fusion can be carried out, for example, by the well-known Köhler and Milstein method.
  • the hybridomas obtained by cell fusion are screened by means of the antigen by the enzyme-antibody method or by a similar method.
  • clones are obtained using the limit dilution method.
  • the clones obtained For example, BALB / c mice are implanted intraperitoneally, the ascites are removed from the mouse after 10 to 14 days, and the monoclonal antibody is purified by known methods (for example ammonium sulfate fractionation, PEG fractionation, ion exchange chromatography, gel chromatography or affinity chromatography).
  • the monoclonal antibody mentioned is an antibody derived from an animal (for example a mouse), a humanized antibody or a chimeric antibody or a fragment thereof.
  • Chimeric, human antibody-like or humanized antibodies have a reduced potential antigenicity, but their affinity for the target is not reduced.
  • the production of chimeras and humanized antibodies or of antibodies similar to human antibodies has been described in detail (see, for example, Queen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86 (1989), 10029, and Verhoeyan et al., Science 239 (1988), 1534).
  • Humanized immunoglobulins have variable scaffold areas, which essentially come from a human immunoglobulin (called acceptor immunoglobulin) and the complementary determinants, which essentially come from a non-human immunoglobulin (e.g. from the mouse) (with the name donor immunoglobulin).
  • acceptor immunoglobulin human immunoglobulin
  • non-human immunoglobulin e.g. from the mouse
  • donor immunoglobulin The constant region (s), if present, originate essentially from a human immunoglobulin.
  • humanized (as well as human) antibodies offer a number of advantages over antibodies from mice or other species: (a) the human immune system should not recognize the framework or constant region of the humanized antibody as foreign, and therefore should Antibody response against such an injected antibody is lower than against a completely foreign mouse antibody or a partially foreign chimeric antibody; (b) since the effector region of the humanized antibody is human, it is likely to interact better with other parts of the human immune system, and (c) Injected humanized antibodies have a half-life that is essentially equivalent to that of naturally occurring human antibodies, allowing smaller and less frequent doses to be administered compared to antibodies from other species.
  • the antibodies according to the invention can be used, for example, for immunoprecipitation of the proteins discussed above, for the isolation of related proteins from cDNA expression banks or for the purposes disclosed below (diagnosis / therapy).
  • the present invention also relates to a hybridoma that produces the monoclonal antibody described above.
  • the present invention relates to antibodies against the individually listed peptides of genes T2 and T3 (cf. FIG. 20).
  • amino acid sequence of the suitable peptide is:
  • the present invention makes it possible to investigate disorders of the development and function of the nervous system at the genetic level. These include neurological and psychiatric diseases (including Alzheimer's, Parkinson's disease, schizophrenia, manic-depressive diseases, autism, mental retardation), injuries to the nervous system, with congenital damage to the nervous system or with degenerative diseases of the nervous system. Furthermore, the invention enables the treatment of cancer, including tumors of the nervous system, such as neuroblastoma, astrocytoma, glioblastoma, medulloblastoma. This diagnosis can be not only postnatal, but also already happen prenatally.
  • neurological and psychiatric diseases including Alzheimer's, Parkinson's disease, schizophrenia, manic-depressive diseases, autism, mental retardation
  • injuries to the nervous system with congenital damage to the nervous system or with degenerative diseases of the nervous system.
  • the invention enables the treatment of cancer, including tumors of the nervous system, such as neuroblastoma, astrocytoma, glioblastoma,
  • DNA sequence according to the invention it can be determined in mammals, in particular humans, whether they contain a gene which codes and / or expresses the protein according to the invention or whether this gene forms a mutated form of the protein leads that is no longer biologically active.
  • the person skilled in the art can carry out conventional methods such as reverse transcription, PCR, LCR, hybridization and sequencing.
  • the antibodies according to the invention are also suitable for diagnostics, ie for example for the detection of the presence and / or the concentration of the protein according to the invention, a shortened or extended form of the protein etc. in a sample.
  • the antibodies can be bound, for example, in liquid phase immunoassays or to a solid support.
  • the antibodies can be labeled in different ways. Suitable markers and labeling methods are known in the art. Examples of immunoassays are ELISA and RIA.
  • the present invention thus also relates to a diagnostic method for the detection of a disturbed expression of the protein according to the invention or for the detection of a modified form of this protein, in which a sample is brought into contact with the DNA sequences according to the invention or the antibody or fragment thereof according to the invention and then wise directly or indirectly determines whether the concentration of the protein and / or its amino acid sequence differ from a protein obtained from a healthy patient.
  • the present invention also allows therapeutic measures to be carried out for the disorders discussed above, ie the above-described DNA sequences according to the invention, antisense RNAs, ribozymes and antibodies can also be used to prepare a medicament, for example to control the expression of the protein according to the invention or to Exchange of a mutated form of the gene can be used for a functional form and thus also for the manufacture of a medicament for the prevention or treatment of diseases of the nervous system, in particular tumor diseases of the CNS.
  • the protein according to the invention can be introduced into mammals, in particular humans, by customary measures.
  • a DNA sequence, antisense RNA or ribozyme according to the invention can also be introduced and expressed in mammals, in particular humans.
  • the expression of the protein (TP) according to the invention or the related proteins can be controlled and regulated.
  • the present invention thus also relates to a medicament which contains the DNA sequences described above, antisense RNA, the ribozyme, the expression vector, the protein according to the invention or the antibody or the fragment thereof.
  • This drug may also contain a pharmaceutically acceptable carrier.
  • Suitable carriers and the formulation of such medicaments are known to the person skilled in the art. Suitable carriers include, for example, phosphate-buffered saline solutions, water, emulsions, for example oil / water emulsions, surfactants, sterile solutions, etc.
  • the medicaments can be administered orally or parenterally.
  • Methods for parenteral administration include topical, intra-arterial, intramuscular, subcutaneous, intramedullary, intrathecal, intravenous, intravenous, intraperitoneal, or intranasal.
  • the appropriate dosage is determined by the attending physician and depends on various factors, for example the age, gender, weight of the patient, the stage of the disease, the type of administration, etc.
  • the nucleic acids described above are preferably inserted into a vector suitable for gene therapy and introduced into the cells, for example under the control of a tissue-specific vector.
  • the vector containing the nucleic acids described above is a virus, for example an adenovirus, vaccinia virus or adenovirus. Retroviruses are particularly preferred.
  • nucleic acids according to the invention can also be transported to the target cells in the form of colloidal dispersions. These include, for example, liposomes or lipoplexes (Mannino et al., Biotechniques 6 (1988), 682).
  • the present invention relates to a diagnostic kit for carrying out the diagnostic method described above, which contains a DNA sequence according to the invention or the above-described antibody according to the invention or a fragment thereof.
  • a diagnostic kit for carrying out the diagnostic method described above, which contains a DNA sequence according to the invention or the above-described antibody according to the invention or a fragment thereof.
  • the DNA sequence or the antibody or the fragment thereof can be immobilized.
  • Sequences of the T genes can be applied to nylon membranes or glass slides and hybridized with complex cDNA samples from tumors and associated normal tissues, or sick and associated healthy tissues. This enables the (fully automated) detection of the expression of these genes.
  • the sequences used for this can be, for example, the entire cDNA sequence or short sequence sections, for example 10-15 bp oligomers (see, inter alia, FIG. 20).
  • the therapy including cancer therapy, can then be specifically selected or adapted according to the individual situation of the patient. Genes whose altered expression are already influencing the treatment of the patient are, for example, the N-Myc gene in neuroblastoma.
  • the isolation and characterization of the human gene according to the invention and in particular the mouse homologue thereof furthermore allow the establishment of an animal model, which is very valuable for the further study of diseases of the nervous system and cancer at the molecular level.
  • the present invention thus also relates to a non-human mammal whose T gene or T2 or T3 gene is changed, e.g. by inserting a heterologous sequence, in particular a selection marker sequence.
  • non-human mammal includes any mammal whose T gene, or T2 or T3 gene, may be altered. Examples of such mammals are mouse, rat, rabbit, horse, cattle, sheep, goat, monkey, pig, dog and cat, with mouse being preferred.
  • T gene or T2 or T3 gene that has been changed means that the gene which occurs naturally in the non-human mammal is modified by standard methods by means of standard methods to change the gene structure or the gene sequence. This can be achieved, inter alia, by introducing a deletion of approximately 1-2 kb, in the place of which a heterologous sequence, for example a construct for mediating antibiotic resistance (for example a “neo-cassette”), is introduced . Furthermore, heterologous sequences can be introduced into the T gene, which allow time and tissue-specific deletions to be carried out in vivo. Furthermore, heterologous sequences can be introduced into the T gene, which make it possible to follow the expression of the T gene in vivo.
  • GFP green fluorescent protein
  • Figure 9 represents part of the cDNA sequence of the mouse T gene.
  • Figure 10 shows an intron sequence of the mouse T gene flanked by two exons. These murine sequences can now be used for the targeted modification of the mouse T gene. For example, the splicing sequences of the intron can be deleted or changed so that the T gene is no longer spliced correctly. Furthermore, by inserting a splice acceptor sequence of another exon of the mouse T gene into the intron sequence, a sequence can be inserted into this intron which is recognized as an exon and which is spliced to the exons of the T gene located in front of it.
  • This inserted sequence can be, for example, an exon that encodes the EGFP protein (Enhanced Green Fluorescent Protein).
  • This turns the original mouse T gene into a fusion protein that contains the EGFP protein.
  • a mouse can preferably be generated which allows the expression of the T gene to be monitored in vivo.
  • the inserted sequence can be designed in the end (eg polyA signal, splice signals, etc.) such that no further exons of the T gene are spliced to the inserted exon or the spliced exon is no longer translated. This results in a deletion of the mouse T protein at the C-terminal end or a premature termination of the reading frame and an (at least partial) inactivation of the protein function of the mouse T gene can be achieved.
  • sequences can also be inserted as new exon sequences which result in an mRNA sequence in which this new mRNA sequence is located at the 3 'end. Suitable sequences can then be used to change the stability of the mRNA or to change its location in the cell. The associated phenotype of the mice modified in this way can then provide important conclusions about the Function of the T gene. These mice can then also be used to find new active substances that compensate for the loss of function of the T gene.
  • the sequence from FIG. 13 is used to produce a knock-out mouse.
  • Figure 13 describes a mouse sequence of the T2 gene. Switching off the mouse T2 gene can be achieved in different ways. For example, the splicing sequence (GT) (underlined in FIG. 13) can be deleted or changed so that the T2 gene is not spliced correctly anymore. Furthermore, by inserting a splice acceptor sequence of another exon of the mouse T2 gene into the subsequent intron sequence, a sequence can be inserted into this intron which is recognized as an exon and which is spliced to the exons of the T2 gene located in front of it. This inserted exon can be, for example, an exon that encodes the EGFP protein.
  • the inserted sequence can be designed in the end (eg polyA signal, etc.) in such a way that no further exons are spliced from the T2 gene to the inserted exon. This results in a deletion of the mouse T2 protein at the C-terminal end and an (at least partial) inactivation of the protein function of the mouse T2 gene can be achieved. Furthermore, such sequences can also be inserted as new exon sequences which result in an mRNA sequence in which this new mRNA sequence is located at the 3 'end.
  • Suitable sequences can then be used to change the stability of the mRNA or to change its location in the cell.
  • the associated phenotypes of the mice modified in this way can then provide important conclusions about the function of the T2 gene.
  • These mice can then also be used to find new active substances that compensate for the loss of function of the T gene.
  • a mammal can be generated that has a change in the T3 gene.
  • the sequence in FIG. 19 represents part of the murine cDNA sequence of the T3 gene.
  • Targeted changes to the mouse T3 gene can be achieved by deletions or insertions.
  • the inserted sequence can be, for example, an exon that encodes the EGFP protein.
  • the original mouse T3 gene becomes a fusion protein that carries the EGFP protein at the C-terminus.
  • a mouse can be generated which allows the expression of the T3 gene to be monitored in vivo.
  • the inserted sequence can be designed in the end (eg polyA signal, etc.) in such a way that no further exons are spliced from the T3 gene to the inserted exon. This results in a deletion of the mouse T3 protein at the C-terminal end and an (at least partial) inactivation of the protein function of the mouse T3 gene can be achieved.
  • sequences can also be inserted as new exon sequences which result in an mRNA sequence in which this new mRNA sequence is located at the 3 'end.
  • Suitable sequences can then be used to change the stability of the mRNA or to change its location in the cell.
  • the associated phenotype of the mice modified in this way can then provide important conclusions about the function of the T3 gene. These mice can then also be used to find new active substances that compensate for the loss of function of the T3 gene.
  • Another object of the present invention are cells obtained from the above non-human mammal. These cells can be in any form, e.g. in a primary or long-term culture.
  • a non-human mammal according to the invention can be provided by conventional methods.
  • a method is favorable which comprises the following steps: (a) Production of a DNA fragment, in particular a vector, containing an altered T, T2 or T3 gene, the gene having been altered by inserting a heterologous sequence, in particular a selectable marker;
  • step (c) transforming the embryonic stem cells from step (b) with the DNA fragment from step (a), the T gene in the embryonic stem cells being changed by homologous recombination with the DNA fragment from (a),
  • step (d) culturing the cells of step (c;
  • step (e) selection of the cultured cells from step (d) for the presence of the heterologous sequence, in particular the selectable marker,
  • step (f) Generating chimeric non-human mammals from the cells of step (e) by injecting these cells into mammalian blastocysts (preferably mouse blastocysts), transferring the blastocysts into pseudo-pregnant female mammals (preferably mouse) and analyzing the progeny obtained for a change in the T gene.
  • mammalian blastocysts preferably mouse blastocysts
  • pseudo-pregnant female mammals preferably mouse
  • step (c) the mechanism of homologous recombination (cf. RM Torres, R. kuhn, Laboratory Protocols for Conditional Gene Targeting, Oxford University Press, 1997) is used to transfect embryonic stem cells.
  • the homologous recombination between the DNA sequences present in a chromosome and new, added cloned DNA Sequences allows a cloned gene to be inserted into the genome of a living cell instead of the original gene.
  • embryonic germ cells can be used to obtain via chimeras animals that are homozygous for the desired gene or the desired gene part or the desired mutation.
  • embryonic stem cells refers to any embryonic stem cells from a non-human mammal that are suitable for mutating the T gene.
  • the embryonic stem cells are preferably from the mouse, in particular the cells E14 / 1 or 129 / SV.
  • vector encompasses any vector which, by recombination with the DNA of embryonic stem cells, enables a change in the T, T2 or T3 gene.
  • the vector preferably has a marker which can be used to select for existing stem cells in which the desired recombination has taken place.
  • a marker is e.g. the loxP / tk neo-cassette, which can be removed from the genome again using the Cre / loxP system.
  • the present invention provides a non-human mammal whose T, T2 or T3 gene is altered. This change can be a switching off of the gene expression regulating function. With such a mammal or cells from it, the gene expression-controlling function of the TP protein can be investigated selectively. It is also possible to find substances, drugs and therapeutic approaches that can be used to selectively influence the controlling function.
  • the present invention therefore provides a basis for responding to a wide variety of diseases. to act. Such diseases are, for example, restrictions on the CNS functions, which extend to mental retardation, or the induction of cancer due to errors in the control of cell proliferation.
  • the T2 gene in the coding region of the cDNA sequence contains CGG trinucleotides which are known to be sensitive to methylation.
  • the T2 gene therefore has a methylation-sensitive and unstable sequence in the coding region (N-terminal region of the protein which has no homology to Protein T or Protein T3), which leads to the failure of the gene with accompanying mental retardation and uncontrolled cell growth, like cancer.
  • the T gene is affected by genomic rearrangements in many tumors. For example, in neuroblastoma, genomic changes in the DNA of tumors compared to the DNA of the associated healthy tissue can be detected. Furthermore, the expression of the T gene is e.g. changed in brain tumors. In glioblastomas in advanced stages, among other things, a strongly changed expression can be determined. In meningiomas, tumor-specific changes in the expression of the T gene and the appearance of the T protein can also be detected.
  • the T2 gene is also affected by genomic rearrangements and an altered expression can be demonstrated in tumors.
  • genomic rearrangements of the T2 gene can be identified in melanoma and lung tumors. Differences in expression are also detectable, for example, in gliomas, glioblastomas, astrocytomas and PNETs (primitive neuro-ectodermal tumors).
  • the T3 gene is also affected by genomic rearrangements and expression changes in many tumors. In the case of colon carcinomas, for example, rearrangements can be demonstrated. Differences in expression can be found in gliomas, glioblastomas, astrocytomas and PNETs (primitive neuro-ectodermal tumors).
  • the inventors have now discovered that the T protein has a certain relationship to proteins that perform very different functions in the cell. Sequence analysis of these proteins showed that the genes encoding these proteins are probably due to a common or similar precursor gene. Proteins such as the POM121 protein (Hallberg et al., J. Cell Biol. 122, pp. 513-522, 1993) belong in these protein superfamilies. It is one of two known core pore membrane proteins in vertebrates. This family also includes the CLIP-170 protein, which binds vesicles and other organelles within the cell to microtubules (Pierre et al., Cell 70, pp. 887-900, 1992).
  • the T protein family is evolutionarily and functionally between the CLIP (cytoplasmic linker protein-170) and the POM121 protein. This intermediate position is also determined by the sequence analysis and the putative protein structure underpinned.
  • the nuclear pore membrane protein POM121 has no pronounced coiled-coil structure, whereas the CLIP-170 protein shows a very pronounced coiled-coil structure between the N and C terminus (cf. FIG. 29).
  • the family of T proteins contains coiled-coil structures, which are, however, significantly less pronounced than with CLIP-170.
  • the family of T proteins takes a similar intermediate position with regard to the presence of hydrophobic domains.
  • the POM121 protein has a hydrophobic domain at the N-terminus, which is embedded in the core membrane and positions the protein in the core pore.
  • the CLIP-170 protein has no pronounced hydrophobic domain.
  • the T protein and the T3 protein have a hydrophobic domain with three hydrophobic partial regions (cf. FIG. 30).
  • the exchange of the N-terminus in the T2 protein in comparison to the basic evolutionary form led to the loss of this pronounced hydrophobic domain.
  • all three T-proteins have in common the very similar structure of the C-terminus.
  • the T3 protein is most similar to the T protein within the T protein family. But the T3 protein has also undergone a change in the course of evolution.
  • the N-terminus was changed compared to the T-protein. This insertion resulted in a further coiled-coil structure compared to the otherwise very similar T protein.
  • the T protein and T3 protein perform functions in the nuclear membrane localized form that are similar to that of the POM121. Interestingly, part of the C-terminus in the POM121 protein was lost in the course of evolution. Compared to the POM121 protein, the T proteins have a longer C terminus. This longer C-terminus enables many interactions with other proteins. It is also worth mentioning that a leucine zipper structure was discovered in the T protein, which facilitates interactions with other proteins.
  • the T protein family plays an important role in mediating interactions between cell organelles and filaments, including microtubules.
  • Microtubules play an important role in nerve cells, for example; for axons, for example, the plus ends of the microtubules point from the body away, while the microtubules in dendrites have both orientations. This cell polarity is of great importance for the functioning of a cell or living being. Furthermore, microtubules open up efficient organelle transport and they are essential for the general organization of membrane structures in a cell.
  • the T proteins play an important mediating role between membrane structures and microtubules.
  • the T gene and the T3 gene perform their function in particular as membrane proteins in the core pore, while the T2 protein acts in particular as a cytoplasmic protein.
  • the T gene and the T3 gene are part of the nuclear pore complex.
  • Nuclear pore complexes are extremely complex structures that mediate the bidirectional transport of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm.
  • the nuclear pore complex is embedded in the nuclear envelope and surrounds a central channel with a structure that has so far been insufficiently defined.
  • Peripheral structures, short cytoplasmic filaments and a basket-like structure are attached to both sides of the central core pore complex. This basket-like structure interacts with molecules that pass through the nuclear pore complex. The mechanism of opening the nuclear pore complex has so far been poorly understood.
  • the nuclear envelope is deliberately dissolved and its components, including the nuclear pore proteins, are distributed within the mitotic cytoplasm. At the end of mitosis, all of these components are reused to form the core shells of the daughter cells.
  • the N-terminal half of the T protein has poor homology to the pore membrane protein POM121. The homology extends over the entire area of the POM121 protein and has an identity of approx. 18% at the protein level, so that the DNAs on which these proteins are based do little even stringent conditions should not hybridize with each other.
  • the protein T according to the invention plays a very fundamental role with regard to the formation and structure of the core pore.
  • a detailed analysis of the protein revealed a lipophilic domain at the N-terminus of the T protein.
  • this sequence has no homology to the lipophilic sequence of the POM121 protein.
  • a short section of amino acids which may serve as a signal sequence.
  • various constructs of the T gene were produced.
  • Various parts of the N-terminus of the T-protein were fused with the EnhancedGreenFluorescentProtein (EGFP).
  • EGFP EnhancedGreenFluorescentProtein
  • the fusion protein which contained the unchanged N-terminus of the T protein (putative signal sequence with lipophilic membrane domain), was actually embedded in the nuclear membrane.
  • the fusion construct in which the putative signal sequence and the lipophilic domain are missing, was not embedded in the core membrane and accumulated in the cytoplasm. This showed that the N-terminus of the T protein is necessary and sufficient to lead to localization within the nuclear membrane.
  • Antibodies against a peptide sequence of the T protein were generated to show that the T protein is actually located in the nuclear membrane. With these antibodies, immuno-isotochemical studies were carried out on human, mouse and rat tissues. It was found that the antibody detects a protein that is located in the core membrane.
  • the results of the analysis of the expression at the protein level with the aid of the antibody are in very good agreement with the results of the analysis of the RNA expression.
  • the mouse ortholog of the T gene was used in the RNA in situ analyzes. With the help of the human T gene cD ⁇ A clones, murine cD ⁇ A cones of the mouse ortholog were first isolated and sequenced. Sequence analysis confirmed that the isolated cD ⁇ A clones were the mouse ortholog. Such a murine cD ⁇ A clone of the T gene was then used for the R ⁇ A in situ hybridization (cf. FIGS. 25, 26, 27, 28). An expression analysis of the mouse T gene was then possible with the aid of this technique.
  • T gene plays a crucial role in the development, formation and maintenance of the nervous system in vertebrates.
  • pc post coneeptionem
  • no expression can be seen yet.
  • pc post coneeptionem
  • an expression in the ventral mesencephalon and in the telencephalon is detectable.
  • pc expression of the T gene can be determined in the telencephalon, in the ventral mesencephalon and in the myelencephalon.
  • T gene or T2 or T3 gene were carried out in order to find out where the T gene or T2 or T3 gene are expressed.
  • the T gene is predominantly expressed in the brain, hardly or not at all in the heart, lungs, placenta, liver, skeletal muscle, kidney or pancreas (regardless of adult or fetal tissue).
  • the T2 gene on the other hand, is hardly expressed in the brain, but rather in the heart (adult and fetal), adult liver, adult skeletal muscle and adult kidney.
  • the T3 gene is expressed in all tissues tested (adult and fetal heart, brain, liver, kidney; placenta, adult skeletal muscle, adult pancreas), except in the fetal lung.
  • the bidirectional transport of molecules through the nuclear membrane is of crucial importance for the function of every eukaryotic cell.
  • the information that is stored in the nucleus in the form of DNA (chromosomes) is transcribed into RNA, however, the information is only translated into protein in the cytoplasm. If the transcribed information (mRNA) does not get into the cytoplasm, the information is lost and there can be dramatic disturbances within the cell. But this transprot is not a one-way street; it is just as important that certain substances and proteins get into the nucleus so that cell function can be maintained.
  • T protein is also embedded in the core membrane.
  • the T protein is almost twice as large as the POM121 protein, ie it has a much larger binding capacity than the POM121 protein.
  • the T protein is therefore very well suited to isolating possible binding partners that attach to the T protein, in particular the C terminus of the T protein.
  • the tissue-specific expression of the T gene shows impressively that nuclear pore proteins (in particular nuclear pore membrane proteins) do not have to be expressed in all cells and at all times like 'housekeeping' genes.
  • the predominant expression of the T gene in the nervous system shows that the T protein has a very specific function in the nervous system.
  • the predominant expression of the T gene in the nervous system can now be used for the development of new drugs and new drug classes.
  • new substances can now be isolated which specifically influence the bidirectional transport in the core pores of the nervous system.
  • the localization of the T protein within the nuclear membrane is of great advantage.
  • chemical compounds can be tested become. Many pharmaceutical companies have suitable screening procedures in which more than 200,000 chemicals can be tested.
  • reporter assays eg GFP fusion proteins, colored substances, etc.
  • GFP fusion proteins eg GFP fusion proteins, colored substances, etc.
  • new active substances can be isolated which specifically influence the transport of molecules in nuclear pores, in particular those of the nervous system.
  • T proteins according to the invention T, T2, T3 protein
  • possible binding partners which can represent active substances in the above-mentioned sense
  • T, T2, T3 protein T proteins according to the invention
  • binding partners which can represent active substances in the above-mentioned sense
  • Yeast Two- Hybrid system This system is based on the discovery that cellular transcription activators, such as GAL4 or lexA from yeast, can be broken down into two independent functional domains. Both domains are normally part of a protein in the nucleus of the yeast cell, which binds to certain activating sequences of different target genes and regulates their transcription.
  • the DNA binding domain (BD) specifically binds to a specific DNA target sequence (upstream activating sequence) in the vicinity of the target gene promoter.
  • the other domain, the activation domain (AD) increases the transcription rate of the target gene by interacting with the transcription initiation complex which is bound to the promoter of the target gene.
  • the DNA binding domain (BD) of GAL4 or lexA is expressed there as a fusion protein with a "bait protein or peptide" (here: T, T2 or T3 protein / peptide) in yeast cells.
  • This fusion protein also has a nuclear localization signal through which it is transported into the cell nucleus of the yeast.
  • the bait fusion protein binds there to a target sequence (UAS) which is located in the yeast strain used in the vicinity of the promoters of two reporter genes (eg auxotrophic markers (HIS3) and enzymatic marker (lacZ)) is located.
  • UAS target sequence
  • HIS3 auxotrophic markers
  • lacZ enzymatic marker
  • a second fusion protein is now additionally expressed in the same yeast cell. This consists of the activation domain (AD) of GAL4 or lexA and a prey protein or peptide. It also has a core localization signal.
  • the prey fusion protein is also transported in the cell nucleus of the yeast.
  • the prey protein and the bait protein exposed at the UAS enter into a physical interaction with one another, then the statistical probability increases that the activation domain is in the vicinity of the reporter gene promoter. This leads to an increase in the transcription of the reporter genes, the extent of which is proportional to the strength of the interaction between bait and prey protein.
  • a cDNA library or a combinatorial peptide library can be used as prey proteins.
  • the present invention also relates to a method for identifying inhibitors or enhancers of the T protein family according to the invention.
  • the nucleic acid sequences or parts of these sequences which are part of the T gene or its paralogues or orthologs are inserted into suitable vectors and used for the transfection or transformation of cells, tissues or organisms.
  • These modified cells, tissues or organisms are then used to identify inhibitors or enhancers of the T protein or its paralogenous or orthologous proteins (for example T2 and T3) or proteins which interact directly or indirectly with these proteins.
  • the inhibitors or enhancers identified by this approach can be used for active pharmaceutical ingredients or medicaments or for their production and can be used for the treatment of diseases such as cancer, neurological and psychiatric disorders and injuries to the nervous system.
  • the nervous system or in the case of degenerative diseases of the nervous system can, among other things, be targeted to promote neuronal regeneration or to improve the interconnection of individual nerve areas (application including Alzheimer's disease, Parkinson's disease, schizophrenia, manic-depressive diseases, autism, mental retardation).
  • the present invention makes it possible to test which substances or therapeutic agents are suitable for increasing or reducing the action of the T protein or the family of T proteins.
  • the changed core pore properties which are influenced by the proteins T and T3, can be detected by suitable screening methods. These include, for example, the visualization of the bidirectional transport through the nuclear pore or the detection of an altered transcription of cellular or reporter genes.
  • substances or therapeutic agents can be identified that inhibit or promote the action of proteins that are directly or indirectly involved in the action of the T protein or the family of T proteins.
  • Substances or therapeutic agents that show an increase or decrease in the activity of the T protein (or T2 or T3) in the above-mentioned screening methods can be used to determine whether the increase or decrease in the effect of the T protein is too therapeutically desirable Effects. Above all, this includes inhibiting the growth or spread of tumor cells or promoting neuronal regeneration, for example after nerve injuries (including paraplegia and craniocerebral trauma).
  • the identified substances can then be used as drugs or for the manufacture of these drugs. These drugs then make it possible to inhibit or block the spread of the disease-inducing cells and thus to contain or cure the disease as a whole.
  • T protein (or T2 or T3) can also be used in those screening processes which not only allow the detection of the changed nuclear pore properties but also to identify upstream or downstream or parallel signal cascades. This makes it possible, for example, to identify tyrosine kinases or tyrosine phosphatases that regulate proteins, which in turn directly or indirectly influence the action of the T protein (or T2 or T3). In this way, suitable targets for positively influencing cell events can be identified and characterized.
  • the T protein although it occurs as a nuclear pore protein, plays an important role in the interactions and interactions with filaments of the cell, for example microtubules and actin. These interactions can now be examined, for example by fusion proteins of the T protein with the EGFP protein.
  • Cells that have been stably or transiently transformed or transfected with constructs for such fusion reporter proteins can be incubated with substances or pharmaceuticals in order to identify substances that can interact with the T protein with filaments such as the actin filaments or the Increase or decrease microtubules.
  • active substances can be isolated which, among other things, positively influence the growth of nerve cells or the inhibition of the growth of tumor cells.
  • immunoprecipitation should be mentioned as a method for identifying such possible active substances. It can be used to isolate proteins that bind to the T protein family. With these proteins, further immunoprecipitations can then be carried out in order to isolate new proteins which then no longer interact directly with the T protein.
  • the present invention relates to a method for the identification of further proteins which play a role in the development and function of the nervous system and / or are a nuclear pore protein, the method comprising the following steps: (a) producing an antibody against a protein of the T family (T, T2 or T3 protein),
  • Figure 1 human cDNA sequence (gene T) and deduced amino acid sequence
  • FIG. 2 human genomic DNA sequence (gene T)
  • FIG. 3 human genomic DNA sequence (gene T)
  • FIG. 4 human genomic DNA sequence (gene T)
  • FIG. 5 human genomic DNA sequence (gene T)
  • FIG. 6 human genomic DNA sequence (gene T)
  • FIG. 7 human genomic DNA sequence (gene T)
  • FIG. 8 human genomic DNA sequence (gene T)
  • Figure 9 partial murine cDNA sequence (gene T) and deduced amino acid sequence
  • FIG. 10 partial murine genomic DNA sequence (gene T)
  • Figure 11 partial human cDNA sequence (gene T2) and deduced amino acid sequence
  • Figure 12 partial murine cDNA sequence (gene T2) and deduced amino acid sequence
  • Figure 13 partial murine cDNA sequence (gene T2) and deduced amino acid sequence
  • Figure 14 Splice variant of the human T gene with a deduced amino acid sequence
  • Figure 15 Splice variant of the human T gene with a deduced amino acid sequence
  • Fig. 21 Sequence comparison within the T family
  • Fig. 22 Protein alignment of POM121 protein and T protein
  • Fig. 23 Northern blot analysis
  • Fig. 24 Immunohistochemical examinations and electron micrographs
  • Fig. 25 In situ hybridization with embryonic RNA
  • Fig. 26 In situ hybridization with RNA from the brain
  • Fig. 27 In situ hybridization with RNA from fetal brain
  • Fig. 28 In situ hybridization with RNA from mouse nerve tissue
  • Fig. 29 Comparison of the coiled-coil regions between CLIP protein, T protein and POM121
  • Fig. 30 Hydrophobicity blots for POM 121, T protein and T3 protein The following clones were deposited in accordance with the Budapest Treaty with the DSMZ (German Collection for Microorganisms and Cell Cultures GmbH), Mascheroder Weg 1b, Braunschweig, on August 18, 1998:
  • Clone JFC955 (DSM12375); human genomic clone; represents human genomic sequence; includes start of the cDNA sequence
  • Clone JFC N2112 (DSM12376); human genomic clone; has been fully sequenced. The sequence is shown in Figure 2 and contains the sequence of bp 1756-4228 of the human cDNA sequence.
  • Clone JFC-BN27 (DSM 12659); contains the sequence of Bp 4370-8690 of the human cDNA sequence
  • Clone JFC-BN20 contains the sequence of bp 2025-6280 of the human cDNA sequence On February 1, 2000, the following clone was deposited with the DSMZ in accordance with the Budapest Treaty:
  • cDNA clone pL70 (DSM13270); represents essential parts of the T3 gene.
  • the sequences shown in Figs. 2-8 come from the clones JFC955 (DSM 12375) and JFC950 (DSM 12374).
  • the sequence shown in Fig. 1 comes from the clones JFC277 (DSM 12371), JFC405 (DSM 12372) and JFC-BN27 (DSM 12659) and JFC-BN20 (DSM 12698).
  • the sequence shown in Fig. 9 comes from the clone JFC610 (DSM12373).
  • the selected cDNA clones originate from genes that have CNS-specific expression.
  • the cDNA pieces ('inserts') contained in the individual cDNA clones were isolated and used for hybridization with Northern blots.
  • the Northern blots used included polyA-RNA from various human tissues (e.g. brain, skeletal muscle, liver and kidney) and various stages of development (fetal and adult tissues). As not only brain-specific genes are expressed in the fetal brain, as mentioned above, hybridization with the Northern blots was used to identify cDNA clones that are expressed primarily in the brain and less in other tissues.
  • This differential analysis identified a cDNA clone that has a brain-specific expression pattern.
  • the entire mRNA sequence for the new protein encoded therein could be isolated and decrypted (gene T with protein TP encoded therein) by repeated hybridization of the fetal cDNA library.
  • the Baltimore Biological Lab. (BBL) agar plates, and BBL top agarose can be prepared.
  • the phages human or murine cDNA library, Stratagene
  • the phages were diluted 1:10 3 and 1:10 4 with SM medium in order to obtain individual plaques after plating.
  • BBL agar For the BBL agar (pH 7.2), 10 g of BBL trypticase, 5 g of NaCl and 10 g of select agar are weighed in and made up to 1 1 with H 2 0. The agar is released by autoclaving. After cooling to approx. 60 ° C, pour the plates. The plates are preheated to 37 ° C before use to prevent premature solidification of the top agarose.
  • the BBL top agarose (pH 7.2) was made up to 1 1 H 2 0 with 10 g BBL trypticase, 5 g NaCl, 6.5 g agarose and 10 ml IM MgS0 4 solution. Dissolve by autoclaving and prepare in a water bath at 41 ° C.
  • the cDNA libraries used (human and murine fetal brain cDNA library; from Stratagene, Heidelberg) were cloned in the vector ⁇ -ZAPII. This made it possible to avoid subcloning the phage insert into a plasmid vector.
  • This protocol allows cDNA, which is an insert in the ⁇ -ZAPII vector, to be converted in a simple manner by an in vivo approach into an insert which is now in the plasmid bluescript SK (-).
  • the principle of this approach is that a helper phage introduces information for proteins that only allow DNA amplification in the area of the phage genome that has the genetic information for the plasmid with cDNA insert. It was largely carried out according to the manufacturer's protocol (Stratagene).
  • plating was carried out in such a way that individual phage plaques were on the plate.
  • the in vivo exeption test okol 1 was then carried out with these individual plaques.
  • the plasmid DNA and its plasmid inserts were isolated from the bacterial clones and then hydrided with Northern blots. The selection of the clones to be investigated was based on the expression pattern in the Northern blots.
  • radioactive labeling of the double-stranded insert DNA of the cDNA clone was carried out as follows for the further isolation of overlapping cDNA clones.
  • the unincorporated nucleotides were separated using a self-made Sephadex G-50 column.
  • the separation principle of the column is based on the Exclusion chromatography.
  • the smaller unincorporated nucleotides fit into small pores of the column material, while the DNA remains excluded from them.
  • the volume in which the nucleotides can move is therefore larger than the volume available to the DNA. If you now carry a mixture of DNA and nucleotides on the column, the DNA runs through the column faster than the nucleotides. This allows the unincorporated nucleotides to be separated.
  • a Pasteur pipette was sealed with a small glass bead. Fill the Pasteur pipette with Sephadex G-50 ("Fine") dissolved in water until the filling material is 5 cm below the top edge of the Pasteur pipette. 2x rinsing the column with TE. Apply the above radioactive labeling approach. Add 320 ⁇ l TE. Discard the solution that has passed through the column. Place the Eppendorf tube under the column. Add 350 ⁇ l TE. Collect the radioactive solution that has passed through the column.
  • Sephadex G-50 Sephadex G-50
  • the plaque "blot” was carried out for the analysis of the cDNA library in order to make the cDNA located in phage clones accessible for hybridization.
  • the hybridization is based on the binding of complementary, single stranded nucleic acids.
  • the DNA to be examined was immobilized on a membrane and hybridized with a radioactively labeled probe.
  • the complementary binding is retained even after washing off the non-specific adherent probes and can be made visible by autoradiography.
  • single-stranded molecules were incubated under salt and temperature conditions, which favor the formation of base-paired double strands.
  • a crucial factor in association and dissociation kinetics are the hydrogen bonds between the base pairs G-C and A-T.
  • the hybridization reaction is influenced by changes in the temperature and the salt and sample concentration.
  • the filters were packed in cling film.
  • the autoradiography was carried out at -80 ° C. in an X-ray cassette which contained an intensifying film made of calcium tungstate. The exposure lasted 30 minutes to a few days, depending on the strength of the signal.
  • the complete mRNA coding for the protein of the T gene could be isolated. Furthermore, using cD ⁇ A clones of this newly isolated gene T, two further genes (T2 and T3) could be isolated, which have pronounced homologies with this gene. The techniques mentioned above were used again for this. In order to isolate the related genes T2 and T3, the hybridization temperature was reduced to 55 ° C.
  • the multiple tissue Northern blots were purchased from CLONTECH (Palo Alto, California, USA) and used according to the manufacturer's instructions.
  • the respective DNA samples of the genes T, T2 and T3 were radioactively labeled and hybridized with the Northern.
  • the sequence of bp 1-4200 of FIG. 1 was used for the analysis of the expression pattern at the Northern blot level for the T gene.
  • the sequence of bp 1310-4870 of FIG. 17 was used for hybridization.
  • the sequence of bp 3120-4230 of FIG. 16 was used for the gene T2.
  • the "random priming" method was used for the radioactive labeling of double-stranded DNA.
  • the unincorporated nucleotides were separated using a self-made Sephadex G-50 column.
  • the separation of the column is based on the exclusion chromatography.
  • the smaller unincorporated nucleotides fit into small pores of the column material, while the DNA remains excluded from them.
  • the volume in which the nucleotides can move is therefore larger than the volume available to the DNA. If you now carry a mixture of DNA and nucleotides on the column, the DNA runs through the column faster than the nucleotides. This allows the unincorporated nucleotides to be separated. To do this, a Pasteur pipette is sealed with a small glass bead.
  • the Northern blots were hybridized as described below. First, the Northern blots were pre-hybridized in 10 ml hybridization solution (350 ml 20% SDS, 500 ml IM phosphate buffer, pH 7.2; 150 ml distilled water) at 65 ° C. The Northern blots were used in a Glass tube in a hybridization roller oven for the duration of
  • the pre-hybridization solution was discarded.
  • the radiolabelled sample was added to the filters with 10 ml hybridization solution (65 ° C).
  • Hybridization took place overnight at 65 ° C. The filters were then washed twice for 30 min with about 500 ml wash buffer (80 ml
  • IM phosphate buffer pH 7.2; 100 ml 20% SDS, 1820 ml dist.
  • the filters were sealed in plastic film.
  • the autoradiography was carried out at -80 ° C. in an X-ray cassette which contained an intensifying film made of calcium tungstate. The exposure lasted 1-4 days depending on the strength of the signal.
  • Embryos at various stages of development have been isolated from pregnant NMRI mice.
  • the embryos and other tissue samples were fixed overnight with 4% paraformaldehyde in PBS at 4 ° C. 10 ⁇ m frozen sections of the embryos were transferred to slides coated with 3-aminopropyltriethoxysilane.
  • Sense strand and antisense samples were prepared by in vitro transcription with a- 35 S-UTP, with a specific activity of> 10 9 decays per minute / ⁇ g.
  • the linearized mouse T gene cDNA clone from FIG. 9 was transcribed with T7 or Sp6 RNA polymerase. The sample length was reduced to 150-200 nucleotides by alkaline lysis.
  • the slides were in a solution containing 50% formamide, 10% dextran sulfate, 0.3 M NaCL, 10 mM Tris, 10 mM sodium phosphate pH 6.8, 20 mM dithiothreitol, 0.2% Denhardt's solution, 0.1 Triton X-100, 0.1 mg / ml Escherichia coli RNA and 0.1 mM non-radioactive aS-UTP, prehybridized at 54 ° C.
  • the 35 S-labeled sample (8 x 10 4 decays per minute per ml) was added to the hybridization mix and the hybridization then continued for 16 h at 54 ° C. in a moist chamber.
  • the slides were then washed in the hybridization solution for 2 hours.
  • the remaining non-hybridized RNA sample was then digested with RNase A.
  • the slides were then washed for 30 min at 37 ° C with 2x SSC, 0.1% SDS and for 30 min with 0.1x SSC, 0.1% SDS.
  • the slides were then dehydrated with increasing ethanol concentrations.
  • the slides were then covered with Ilford K5 autoradiography emulsion. After 1-2 weeks of exposure at 4 ° C, the slides were incubated in Kodak Dl9b developer and then stained with Giemsa.
  • the sections were analyzed in dark and bright field illumination using a Zeiss SV8 stereomicroscope and an Axiophot microscope and photographed with an Agfa Ortho black and white film.
  • Fig. 26 Expression of the mouse T gene in the postnatal brain.
  • Fig. 28 Expression of the T gene during the development of the nervous system. Expression of the T gene in neurons in the mantle zone of the developing brain and in nuclei of peripheral nerves (arrow in b). No expression is visible in proliferating neurons in the subventricular layer or in migrating neurons in the intermediate zone (c, d). On day 16.5 dcp a strong expression in differentiating neurons of the mantle zone of the telencephalon is visible (e, d). Expression in neurons of the spinal cord and spinal ganglia is also visible (g, h). Furthermore, low expression is visible in a single layer under the skin (g, h).
  • iz intermediate zone
  • mz mantle zone
  • sc spinal cord
  • sga spinal ganglia
  • sk skin
  • svl subventricular layer
  • the rabbit's serum is tested in an immunoblot.
  • the peptide used for immunization is subjected to SDS-polyacrylamide gel electrophoresis and transferred to a nitrocellulose filter (cf. Khyse-Andersen, J., J. Biochem. Biophys. Meth. 10, (1984), 203-209).
  • Western blot analysis was performed as in Bock, C.-T. et al. , Virus Genes 8, (1994), 215-229.
  • the nitrocellulose filter is incubated for one hour at 37 ° C. with a first antibody. This antibody is rabbit serum (1: 10000 in PBS). After several washing steps with PBS, the nitrocellulose filter is incubated with a second antibody.
  • This antibody is an alkaline phosphatase-linked monoclonal goat anti-rabbit IgG antibody (Dianova) (1: 5000) in PBS. After 30 minutes of incubation at 37 ° C, there are several washing steps with PBS and then the alkaline phosphatase detection reaction with developer solution (36 ⁇ M 5 'bromo-4-chloro-3-indolylphosphate, 400 ⁇ M nitroblue tetrazolium, 100mm Tris-HCl, pH 9.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl 2 ) at room temperature until bands become visible.
  • developer solution 36 ⁇ M 5 'bromo-4-chloro-3-indolylphosphate, 400 ⁇ M nitroblue tetrazolium, 100mm Tris-HCl, pH 9.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl 2
  • Antibodies are extracted from egg yolk and tested in a Western blot. Polyclonal antibodies according to the invention are detected.
  • the immunohistochemical tests shown in FIG. 24 were carried out with an affinity-purified polyclonal rabbit antibody against the T protein (hereinafter referred to as first antibody) prepared as above.
  • Mouse brain was removed and treated as follows.
  • Liquid can run out more.
  • the enzyme on the second antibody leads to the formation of a dye (DAB), whereby the T protein can be detected.
  • DAB dye
  • Fig. 24 (ad): light microscopic images showing that the T protein is located in or on the nucleus of the cell.
  • the electron microscopic image in e shows that the T protein is not located in the nucleus but in the membrane.
  • the images are in very good agreement with a function as a membrane-bound nuclear pore protein.
  • the arrows in e show the dye formed, which can be seen on the cytoplasmic side of the core membrane.

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Abstract

Beschrieben werden ein Protein (TP) und dazu verwandte Proteine, die an der Entwicklung des Nervensystems, insbesondere des ZNS, beteiligt sind und gewebe- und entwicklungsspezifisch exprimiert werden, sowie diese Proteine codierende DNA-Sequenzen. Beschrieben werden ferner gegen diese Proteine gerichtete Antikörper oder Fragmente davon, sowie gegen die Expression dieser Proteine gerichtete Antisense-RNA bzw. Ribozyme. Schliesslich werden Arzneimittel und Diagnoseverfahren beschrieben, bei denen die vorstehenden Verbindungen zur Anwendung kommen. Ausserdem wird ein nicht-menschliches Säugetier beschrieben, dessen für TP codierendes Gen verändert ist.

Description

An der Entwicklung des Nervensystems beteiligtes Protein (TP)
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Protein (T-Protein) und dazu verwandte Proteine, die an der Entwicklung des Nervensystems beteiligt sind und gewebe- und entwicklungsspezifisch exprimiert werden, die nachstehend beschriebenen Varianten dieser Proteine sowie diese Proteine codierende DNA-Sequenzen. Die vorliegende Erfindung betrifft ferner gegen diese Proteine gerichtete Antikörper oder Fragmente davon, sowie gegen die Expression dieser Proteine gerichtete Antisense-RNAs bzw. Ribozyme. Schließlich betrifft die vorliegende Erfindung Arzneimittel und Diagnoseverfahren, bei denen die vorstehenden Verbindungen zur Anwendung kommen .
Mutationen in Genen, die eine Rolle bei der Bildung und Aufrechterhaltung des Nervensystems spielen, sind von größter wissen- und wirtschaftlicher Bedeutung, da Erkrankungen am Nervensystem, insbesondere ZNS, sehr häufig vorkommen, oft durch einen schweren, zum Teil tödlichen Krankheitsverlauf gekennzeichnet sind und bisher nur sehr begrenzt therapierbar sind. Mit dem Anstieg der Lebenserwartung ist eine drastische Zunahme von neurologischen und psychischen Erkrankungen verbunden. Diese verursachen eine starke Einschränkung der Lebensqualität der betroffenen Personen sowie erhebliche Kosten sowohl für den Betroffenen als auch für die Gesellschaft.
Die Isolierung und Analyse für das Nervensystem spezifischer Gene bietet eine gute Möglichkeit, Erkrankungen, wie z.B. Schizophrenie, Alzheimer, Autismus, manische Depression und mentale Retardierungen untersuchen und schließlich auch behandeln zu können.
Somit liegt der vorliegenden Erfindung das technische Problem zugrunde, Mittel bereitzustellen, mit denen Störungen bei der Entwicklung und Funktion des Nervensystems diagnostiziert und gegebenenfalls therapiert werden können.
Die Lösung dieses technischen Problems wird durch die Bereitstellung der in den Patentansprüchen gekennzeichneten Ausführungsformen erzielt.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist somit eine DNA-Sequenz, die ein Protein codiert, das an der Entwicklung und Funktion des Nervensystems, insbesondere des ZNS, beteiligt ist und gewebe- und entwicklungsspezifisch exprimiert wird, wobei die DNA-Sequenz folgende DNA-Sequenzen umfaßt:
(a) die DNA-Sequenz von Fig. 1, Fig. 2, Fig. 3, Fig. 4, Fig. 5, Fig. 6, Fig. 7 oder Fig. 8 ;
(b) die DNA-Sequenz von Fig. 9 oder Fig. 10;
(c) die DNA-Sequenz von Fig. 11;
(d) die DNA-Sequenz von Fig. 12 oder Fig. 13;
(e) die DNA-Sequenz von Fig. 14 oder Fig. 15,
(f) die DNA-Sequenz von Fig. 16,
(g) die DNA-Sequenz von Fig. 17 oder 18, (h) die DNA-Sequenz von Fig. 19,
(i) eine mit (a) , (b) , (c) , (d) , (e) , (f ) , (g) oder (h) hybridisierende DNA-Sequenz;
(j) Varianten, Derivate, Vorläufer oder Fragmente der DNA-Sequenz von (a) , (b) , (c) , (d) , (e) , (f), (g) , (h) oder (i) ; oder
(k) eine DNA-Sequenz, die sich von der DNA-Sequenz von (a), (b) , (c), (d) , (e), (f), (g) , (h) , (i) oder (j) aufgrund der Degeneration des genetischen Codes unterscheidet .
Die vorliegende Erfindung beruht auf der Isolierung einer humanen DNA-Sequenz (Gen "T" oder T-Gen genannt; siehe die Figuren 1-8, das das Protein TP codiert), wobei sich herausstellte, daß das von dieser DNA-Sequenz codierte Protein im Nervensystem benötigt wird. Dabei ist die Expression des dieses Protein codierenden Gens im Nervensystem erhöht. Die Sequenzanalyse ergab, daß es sich hierbei um ein neues Gen handelt. Darüber hinaus konnten weitere Gene isoliert werden, die Homologien zu diesem Gen aufweisen (murines Gen "T", Figuren 9 und 10; humanes Gen "T2", Figur 16; humanes Gen "T3", Figuren 17 und 18; murines Gen T2 , Figuren 12 und 13; murines Gen T3 , Fig. 19) . Das T-Gen, T2-Gen und T3-Gen stellen, wie nachfolgend bezeichnet, Mitglieder der T- (Gen) -Familie dar und stammen bevorzugt aus Vertebraten, wie Mensch, Maus oder Ratte. Defekte in diesen Genen führen zu Einschränkungen der Funktionen des Nervensystems, insbesondere des ZNS. Desweiteren üben diese Gene eine wichtige Funktion bei der Kontrolle des Zellwachstums aus und Veränderungen in diesen Genen bzw. deren Expression führen zu Fehlern in der Kontrolle des Zellwachs- tums, beispielsweise auch zur Tumorbildung, insbesondere des Neuroblastoms . Von dieser Krebserkrankungen sind fast ausschließlich kleinere Kinder bis ca. 8 Jahre betroffen. In 25 bis 30 Prozent der Fälle treten die ersten Anzeichen bereits innerhalb der ersten 12 Lebensmonate auf. Beim Neuroblastom entarten sehr junge Zellen des autonomen Nervensystems. Da diese Nerven an der Rückseite des Bauchraums und des Brustkorbes entlanglaufen, treten die meisten Neuroblastome im Bauch-, Becken-, Brust- oder Halsbereich auf. Mehr als die Hälfte der Erkrankungen gehen vom Nebennierenmark aus, welches auch von Nervenzellen gebildet wird. Zeichen, die beim Kleinkind auf ein Neuroblastom hinweisen können, sind Knoten, Schwellungen, Knochenschmerzen, Hinken, Müdigkeit, Fieber, Blässe, Schwitzen, hartnäckiger Husten, Blutergüsse ums Auge. Vom Arzt diagnostiziert werden kann ein Neuroblastom durch Blut-, Urin- und Ultraschalluntersuchungen sowie durch Entnahme von Biop- sien aus dem Tumor und eine Knochenmarksuntersuchung. Ist der genaue Sitz der Geschwulst diagnostiziert, wird sie operativ entfernt. Problematisch ist die frühe Bildung von Metastasen. Durch die Isolation und Analyse des T-Gens ist es nun möglich, neuartige Diagnose- und Therapiemaßnahmen für das Neuroblastom zu entwickeln. Hierdurch wird es dann möglich, eine frühzeitige Diagnose der Krebserkrankung durchzuführen und Therapieformen zu etablieren, die verbesserte Heilungschancen verheißen.
Desweiteren führen Mutationen in Genen der T-Gen-Familie zu Entwicklungs- und Differenzierungsstörungen des Nervensystems, insbesondere des Gehirns. Dies führt in vielen Fällen zu geistigen Erkrankungen, z.B. mentalen Retardierungen oder Alzheimer. Das T-Gen übt auch eine wichtige Rolle bei der Verschaltung einzelner Gehirnareale, z.B. Vorder- und Mittelhirn, aus. Mutationen in diesem Gen führen in einigen Fällen zu schizophrenen Erkrankungen oder Autismussyndromen. Mit Hilfe der humanen und murinen Gene können wichtige, prinzipielle Rückschlüsse auf die Entstehung des Nervensystems und insbesondere des Gehirns gezogen werden. Hierbei bieten sich gute Ansatzpunkte für die Erforschung krankhafter Veränderungen des Nervensystems und insbesondere des Gehirns .
Mit Hilfe der genomischen Sequenzen können Patienten auf mögliche Mutationen hin einfacher untersucht werden. Die genomischen Sequenzen des T-Gens sind besonders dann von Vorteil, wenn wenig (Tumor) material für die Analyse zur Verfügung steht. Hierdurch ist es beispielsweise möglich, schon kleinste Tumoren auf Mutationen in diesem Gen zu untersuchen. Weiterhin eröffnet es die Möglichkeit, eine Therapie (insbesondere Be- strahlungs- und/oder Chemotherapie) auf ihren Erfolg hin zu überprüfen, da im Blut zirkulierende Tumorzellen mit genomischen Primern, die spezifisch für die genomische DNA sind, durch eine PCR-Reaktion detektiert werden können.
Der in der vorliegenden Erfindung verwendete Begriff "hybridisieren" bezieht sich auf konventionelle Hybridisierungsbedin- gungen, vorzugsweise auf Hybridisierungsbedingungen, bei denen als Lösung 5xSSPE, 1% SDS, lxDenhardts-Lösung verwendet wird und die Hybridisierungstemperaturen zwischen 35°C und 70°C, vorzugsweise bei 65°C liegen. Nach der Hybridisierung wird vorzugsweise zuerst mit 2xSSC, 1% SDS und danach mit 0 , 2xSSC bei Temperaturen zwischen 35°C und 70°C, vorzugsweise bei 65°C gewaschen (zur Definition von SSPE,SSC und Denhardts-Lösung siehe Sambrook et al . , Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Ausgabe, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor NY (1989)). Besonders bevorzugt sind stringente Hybridisierungsbedingungen, wie sie beispielsweise in Sambrook et al . , supra, beschrieben sind. Die in der vorliegenden Erfindung verwendeten Begriffe "Varianten" oder "Fragment" umfassen DNA-Sequenzen, die sich gegenüber den in den Figuren angegebenen Sequenzen durch Dele- tion(en), Insertion(en) , Austausch(e) und/oder andere im Stand der Technik bekannte Modifikationen unterscheiden bzw. ein Fragment des ursprünglichen Nucleinsäuremoleküls umfassen, wobei das durch diese DNA-Sequenzen codierte Protein bzw. Peptid noch die vorstehend erwähnten Eigenschaften aufweist. Es zählen deshalb funktioneile Äquivalente, Derivate, Vorläufer (bioprecursors) dazu. Unter Derivaten sind beispielsweise Mutationsderivate (erzeugt durch z.B. Deletionen oder Inser- tionen) , Fusionen, Allelvarianten, Muteine und Spleißvarianten zu verstehen. Zwei ausgesuchte Beispiele von solchen Spleißvarianten sind in den Fig. 14 und 15 gezeigt. Verfahren zur Erzeugung der vorstehenden Änderungen in der Nucleinsäurese- quenz sind dem Fachmann bekannt und in Standardwerken der Molekularbiologie beschrieben, beispielsweise in Sambrook et al . , supra. Der Fachmann ist auch in der Lage, zu bestimmen, ob ein von einer so veränderten Nucleinsäuresequenz codiertes Protein noch über die vorstehend erwähnten Eigenschaften verfügt .
In einer bevorzugten Ausführungsform betrifft die vorliegende Erfindung eine DNA-Sequenz, die ein Protein codiert, das die Aminosäuresequenz von Fig. 1, Fig. 9, Fig. 11, Fig. 12, Fig. 13, Fig. 14, Fig. 15, Fig. 16, Fig. 17, Fig. 18 oder Fig. 19 umfaßt, wobei das Protein die vorstehend definierte biologische Aktivität hat.
Durch die Erniedrigung oder Hemmung der Expression der vorstehend beschriebenen DNA-Sequenzen, kann die Synthese der von diesen codierten Proteine, beispielsweise des T-Proteins, verringert oder eliminiert werden, was beispielsweise bei bestimmten Krankheitszuständen wünschenswert ist. Daher betrifft eine weitere bevorzugte Ausführungsform der vorliegenden Erfindung Antisense-RNA, die dadurch gekennzeichnet ist, daß sie zu den vorstehenden DΝA-Sequenzen komplementär ist und die Synthese des von diesen DΝA-Sequenzen codierten Proteins verringern oder hemmen kann und ein Ribozym, das dadurch gekennzeichnet, daß es zu einem Teil der vorstehenden DNA-Sequenzen und an die von diesen DNA-Sequenzen transkribierte RNA spezifisch binden und diese spalten kann, wodurch die Synthese des von diesen DΝA-Sequenzen codierten Proteins verringert oder gehemmt wird. Vorzugsweise sind diese Antisense-RNAs und Ribozyme zu einer codierenden Region der mRNA komplementär. Der Fachmann ist in der Lage, ausgehend von den offenbarten DΝA-Sequenzen, geeignete Antisense-RNAs herzustellen und anzuwenden. Geeignete Vorgehensweisen sind beispielsweise in EB- Bl 0 223 399 oder EP-AI 0 458 beschrieben. Ribozyme sind RNA- Enzyme und bestehen aus einem einzelnen RNA-Strang . Diese können andere RNAs intermolekular spalten, beispielsweise die von den erfindungsgemäßen DΝA-Sequenzen transkribierten mRNAs . Diese Ribozyme müssen prinzipiell über zwei Domänen verfügen, (1) eine katalytische Domäne und, (2) eine Domäne, die zu der Ziel-RNA komplementär ist und an diese binden kann, was die Voraussetzung für eine Spaltung der Ziel-RNA ist. Ausgehend von in der Literatur beschriebenen Vorgehensweisen ist es inzwischen möglich, spezifische Ribozyme zu konstruieren, die eine gewünschte RNA an einer bestimmten, vorgewählten Stelle schneiden (siehe beispielsweise Tanner et al . , in: Antisense Research and Applications, CRC Press, Inc. (1993), 415-426).
Die erfindungsgemäßen DΝA-Sequenzen bzw. die die vorstehend beschriebenen Antisense-RNAs oder Ribozyme codierenden DΝAs können auch in einen Vektor bzw. Expressionsvektor inseriert werden. Somit umfaßt die vorliegende Erfindung auch diese DΝA- Sequenzen enthaltende Vektoren bzw. Expressionsvektoren. Die Bezeichnung "Vektor" bezieht sich auf ein Plasmid (z.B. pUC18, pBR322, pBlueScript) , auf ein Virus oder ein anderes geeignetes Vehikel. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das erfindungsgemäße DΝA-Molekül im Vektor mit regulatorischen Elementen funktionell verknüpft, die dessen Expression in prokaryontischen oder eukaryontisehen Wirtszellen erlauben. Solche Vektoren enthalten neben den regulatorischen Elementen, beispielsweise einem Promotor, typischerweise einen Replika- tionsursprung und spezifische Gene, die die phänotypische Selektion einer transformierten Wirtszelle erlauben. Zu den regulatorischen Elementen für die Expression in Prokaryonten, beispielsweise E.coli, zählen der lac-, trp-Promotor oder T7- Promotor, und für die Expression in Eukaryonten der AOXl- oder GALl-Promotor in Hefe, und der CMV- , SV40-, RVS-40-Promotor, CMV- oder SV40-Enhancer für die Expression in tierischen Zellen. Weitere Beispiele für geeignete Promotoren sind der Me- tallothionein I- und der Polyhedrin-Promotor . In einer bevorzugten Ausführungsform enthält der Vektor den Promotor des humanen T-Gens oder eines Orthologen des T-Gens . Zu geeigneten Expressionsvektoren für E.coli zählen beispielsweise pGEMEX, pUC-Derivate, pGEX-2T, pET3b und pQE-8, wobei letzterer bevorzugt ist. Zu den für die Expression in Hefe geeigneten Vektoren zählen pYlOO und Ycpadl , für die Expression in Säugerzellen pMSXND, pKCR, pEFBOS , cDM8 und pCEV4. Zu den erfindungsgemäßen Expressionsvektoren zählen auch von Baculovirus abgeleitete Vektoren für die Expression in Insektenzellen, beispielsweise pAcSGHisNT-A.
Allgemeine, auf dem Fachgebiet bekannte Verfahren können zur Konstruktion von Expressionsvektoren, die die erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen und geeignete Kontrollsequenzen enthalten, verwendet werden. Zu diesen Verfahren zählen beispielsweise in vitro-Rekombinationstechniken, synthetische Verfahren, sowie in vivo-Rekombinationsverfahren, wie sie beispielsweise in Sambrook et al . , supra, beschrieben sind. Die erfindungs- gemäßen DNA-Sequenzen können auch in Verbindung mit einer für ein anderes Protein bzw. Peptid codierenden DNA inseriert werden, sodaß die erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen beispielsweise in Form eines Fusionsproteins exprimiert werden können. Bevorzugt sind diese anderen DNAs Reportersequenzen, die ein Reportermolekül codieren, das ein detektierbares Protein umfaßt, z.B. einen Farbstoff, eine Antibiotikaresistenz , ß-Ga- lactosidase oder eine durch spektropshotometrische, spektro- fluorometrische, luminescente oder radioaktive Assays nachweisbare Substanz.
Die vorliegende Erfindung betrifft auch die vorstehend be- schriebenen Vektoren enthaltende Wirtszellen. Zu diesen Wirtszellen zählen Bakterien (beispielsweise die E. coli-Stämme HB101, DH1, xl776, JM101, JM109, BL21 und SG13009), Pilze, z.B. Hefen, vorzugsweise S. cerevisiae, Pflanzenzellen, Insektenzellen, vorzugsweise sf9-Zellen, und Tierzellen, vorzugsweise Vertebraten- oder Säugerzellen. Bevorzugte Säugerzellen sind CHO-, VERO-, BHK- , HeLa- , COS-, MDCK, 293- und WI38-Zel- len. Verfahren zur Transformation dieser Wirtszellen, zur phänotypischen Selektion von Transformanten und zur Expression der erfindungsgemäßen DNA-Moleküle unter Verwendung der vorstehend beschriebenen Vektoren sind auf dem Fachgebiet bekannt .
Anhand von geeigneten Primersequenzen können die zu den erfindungsgemäßen Sequenzen gehörigen Gene amplifiziert werden. Zur Amplifikation der Gene T2 und T3 eignen sich insbesondere die in Fig. 20 angegebenen Primersequenzen.
Die vorliegende Erfindung betrifft ferner von den erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen codierte Proteine sowie Verfahren zur Herstellung der von den erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen codierten Proteine. Dem Fachmann sind Bedingungen bekannt, transformierte bzw. transfizierte Wirtszellen zu kultivieren. Das erfindungsgemäße Verfahren umfaßt die Kultivierung der vorstehend beschriebenen Wirtszellen unter Bedingungen, die die Expression des Proteins (bzw. Fusionsproteins) erlauben (vorzugsweise stabile Expression) , und die Gewinnung des Proteins aus der Kultur oder aus den Wirtszellen. Geeignete Reinigungsverfahren (beispielsweise präparative Chromatographie, Affinitätschromatographie, beispielsweise Immunoaffinität- schromatographie, HPLC etc.) sind allgemein bekannt.
Die erfindungsgemäßen Proteine weisen bevorzugt die in den Fig. 1, Fig. 9, Fig. 11, Fig. 12, Fig. 13, Fig. 14, Fig. 15, Fig. 16, Fig. 17, Fig. 18 oder Fig. 19 gezeigten Aminosäuresequenzen auf bzw. stellen Fusionen, Fragmente, Derivate oder Vorläufer (bioprecursors) davon dar, wobei die vorstehend erwähnten Eigenschaften im Sinne funktioneller Äquivalente erhalten bleiben. Hinsichtlich der Definitionen dieser Begriffe wird auf die jeweiligen vorstehenden Ausführungen verwiesen. Unter Derivaten sind insbesondere solche veränderten Proteine bzw. Peptide zu verstehen, die sich von den in den Figuren gezeigten Sequenzen durch konservative Aminosäuren- austauche unterscheiden oder solche nichtkonservativen Aminosäureaustausche enthalten, die die Funktion der T-Proteine nicht wesentlich verändern.
Von den Erfindern wurden folgende Aminosäurenmotive identifiziert, die sich dazu eignen bisher unbekannte Proteine, die zu der Familie der erfindungsgemäßen T-/T2-/T3-Familie und einer Protein-Superfamilie aus Porenmembranproteinen und Filament- bindenden Proteinen gehören, zu identifizieren. Motiv 1:
(A,T) (I,P,V) (L,T) (G,A,Q) (L, V) XXX (L, V) Motiv 2 : IYTDWAN Motiv 3 :
AXXXXXXXXXGXXXXXXAXXXXXXXXXXXXXXXXXXQ Motiv 4 :
SXXXXDX ( 12 , 20 ) KX ( 17 , 22 ) AXXXXXXXXL Motiv 5 :
IYTDWANXXLX (K, R) Motiv 6 :
KX ( 18 , 21 ) AXXXXXXXXLX ( 15 , 24 ) S Motiv 7 : NX ( 3 , 11 ) SXXXAXXXXXXXL
Erläuterung: X bedeutet jede Aminosäure
(A,T) bedeutet Aminosäure A oder T an dieser
Stelle
X(2,4) bedeutet zwei bis vier X's an dieser
Stelle
Eine weitere bevorzugte Ausführungsform der vorliegenden Erfindung betrifft Antikörper gegen die vorstehend beschriebenen erfindungsgemäßen Proteine oder ein Fragment davon. Diese Antikörper können monoclonale, polyclonale oder synthetische Antikörper sein oder Fragmente davon. In diesem Zusammenhang bedeutet der Begriff "Fragment" alle Teile des monoclonalen Antikörpers (z.B. Fab- , Fv- oder "single chain Fv" -Fragmente) , welche die gleiche Epitopspezifität wie der vollständige Antikörper aufweisen. Die Herstellung solcher Fragmente ist dem Fachmann bekannt .
Vorzugsweise handelt es sich bei den erfindungsgemäßen Antikörpern um monoclonale Antikörper. Die erfindungsgemäßen Antikörper können gemäß Standardverfahren hergestellt werden, wobei das von den erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen codierte Protein oder ein synthetisches Fragment davon als Immunogen dienen. Verfahren zur Gewinnung monoclonaler Antikörper sind dem Fachmann bekannt und umfassen beispielsweise als ersten Schritt die Herstellung von polyclonalen Antikörpern unter Verwendung der erfindungsgemäßen Proteine oder Fragmente davon (beispielsweise synthetische Peptide) als Immunogen zur Immunisierung geeigneter Tiere, beispielsweise Kaninchen oder Hühner, und die Gewinnung der polyclonalen Antikörper aus dem Serum bzw. Eigelb.
Dann werden beispielsweise Zeil-Hybride aus Antikörper produzierenden Zellen und Knochenmark-Tumorzeilen hergestellt und cloniert. Anschließend wird ein Clon selektioniert , der einen Antikörper produziert, der für das verwendete Antigen spezifisch ist. Dieser Antikörper wird dann hergestellt. Beispiele von Zellen, die Antikörper produzieren, sind Milzzellen, Lymphknotenzellen, B-Lymphozyten etc.. Beispiele von Tieren, die zu diesem Zweck immunisiert werden können, sind Mäuse, Ratten, Pferde, Ziegen und Kaninchen. Die Myelomzellen lassen sich aus Mäusen, Ratten, Menschen oder anderen Quellen erhalten. Die Zellfusion kann man beispielsweise durch das allgemein bekannte Verfahren von Köhler und Milstein durchführen. Die durch Zellfusion erhaltenen Hybridome werden mittels dem Antigen nach dem Enzym-Antikörper-Verfahren oder nach einem ähnlichen Verfahren abgesucht. Clone werden beispielsweise mit dem Grenz-Verdünnungsverfahren erhalten. Die erhaltenen Clone werden beispielsweise BALB/c-Mäusen intraperitoneal implantiert, nach 10 bis 14 Tagen wird der Ascites der Maus entnommen, und der monoclonale Antikörper durch bekannte Verfahren (beispielsweise Ammoniumsulfatfraktionierung, PEG-Fraktionie- rung, Ionenaustauschchromatographie, Gelchromatographie oder Affinitätschromatographie) gereinigt .
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der genannte monoclonale Antikörper ein aus einem Tier (z.B. Maus) stammender Antikörper, ein humanisierter Antikörper oder ein chimärer Antikörper oder ein Fragment davon. Chimäre, menschlichen Antikörper ähnelnde oder humanisierte Antikörper besitzen eine herabgesetzte potentielle Antigenität, jedoch ist ihre Affinität gegenüber dem Ziel nicht herabgesetzt. Die Herstellung von Chimären und humanisierten Antikörpern bzw. von den menschlichen Antikörpern ähnelnden Antikörpern wurde ausführlich beschrieben (siehe beispielsweise Queen et al . , Proc. Natl. Acad. Sei. USA 86 (1989), 10029, und Verhoeyan et al . , Science 239 (1988), 1534). Humanisierte Immunglobuline weisen variable Grundgerüstbereiche auf, die im wesentlichen von einem humanen Immunglobulin stammen (mit der Bezeichnung Akzeptor-Immunglobulin) und die Komplementär!tat der determinierenden Bereiche, die im wesentlichen von einem nicht-menschlichen Immunglobulin (z.B. von der Maus) stammen (mit der Bezeichnung Donor-Immunglobulin) . Die (der) konstante (n) Be- reich(e) stammt/stammen, falls vorhanden, auch im wesentlichen von einem menschlichen Immunglobulin. Bei der Verabreichung an menschliche Patienten bieten humanisierte (sowie die menschlichen) Antikörper eine Reihe von Vorteilen gegenüber Antikörpern von Mäusen oder anderen Spezies: (a) das menschliche Immunsystem sollte das Grundgerüst oder den konstanten Bereich des humanisierten Antikörpers nicht als fremd erkennen und daher sollte die Antikörper-Antwort gegen einen solchen injizierten Antikörper geringer ausfallen als gegen einen vollständig fremden Maus-Antikörper oder einen partiell fremden Chimären Antikörper; (b) da der Effektorbereich des humanisierten Antikörpers menschlich ist, dürfte er mit anderen Teilen des menschlichen Immunsystems besser interagieren, und (c) injizierte humanisierte Antikörper weisen eine Halbwertszeit auf, die im wesentlichen zu der von natürlich vorkommenden menschlichen Antikörpern äquivalent ist, was es erlaubt, kleinere und weniger häufige Dosen im Vergleich zu Antikörpern anderer Spezies zu verabreichen.
Die erfindungsgemäßen Antikörper können beispielsweise zur Immunpräzipitation der vorstehend diskutierten Proteine, zur Isolierung verwandter Proteine aus cDNA-Expressionsbanken oder zu den nachstehend offenbarten Zwecken (Diagnose/Therapie) verwendet werden.
Die vorliegende Erfindung betrifft auch ein Hybridom, das den vorstehend beschriebenen monoclonalen Antikörper erzeugt.
In einer bevorzugten Ausführungsform betrifft die vorliegende Erfindung Antikörper gegen die einzeln aufgeführten Peptide der Gene T2 und T3 (vgl. Fig. 20).
Es wurde herausgefunden, daß das nachstehende Peptid speziell für die Generierung von Antikörpern gegen das Protein T verwendet werden kann. Die Aminosäuresequenz des geeigneten Pep- tids lautet:
EKGEDPETRRMRTVKNIAD
Die vorliegende Erfindung ermöglicht es, Störungen der Entwicklung und Funktion des Nervensystems auf genetischer Ebene zu untersuchen. Hierzu zählen unter anderem neurologische und psychiatrische Erkrankungen (u.a. Alzheimer, Morbus Parkinson, Schizophrenie, Manisch-depressive Erkrankungen, Autismus, mentale Retardierung), Verletzungen des Nervensystems, bei angeborenen Schädigungen des Nervensystems oder bei degenerativen Erkrankungen des Nervensystems. Desweiteren ermöglicht die Erfindung die Behandlung von Krebs, u.a von Tumoren des Nervensystems, wie Neuroblastom, Astrozytom, Glioblastom, Medulloblastom. Diese Diagnose kann nicht nur postnatal, son- dern bereits pränatal erfolgen. Mit einer erfindungsgemäßen DNA-Sequenz bzw. davon abgeleiteten Sonden oder Primern kann in Säugern, insbesondere dem Menschen, festgestellt werden, ob sie ein Gen enthalten, das das erfindungsgemäße Protein codiert und/oder exprimiert bzw. ob dieses Gen zu einer mutierten Form des Proteins führt, die nicht länger biologisch aktiv ist. Dazu kann der Fachmann übliche Verfahren, wie Reverse Transkription, PCR, LCR, Hybridisierung und Sequenzierung durchführen. Auch die erfindungsgemäßen Antikörper eignen sich für die Diagnostik, d.h. beispielsweise zum Nachweis des Vorhandensein und/oder der Konzentration des erfindungsgemäßen Proteins, einer verkürzten oder verlängerten Form des Proteins etc., in einer Probe. Die Antikörper können beispielsweise in Immunoassays in Flüssigphase oder an einen festen Träger gebunden werden. Dabei können die Antikörper auf verschiedene Art und Weise markiert sein. Geeignete Marker und Markierungsverfahren sind auf dem Fachgebiet bekannt. Beispiele für Immu- nassays sind ELISA und RIA.
Somit betrifft die vorliegende Erfindung auch ein Diagnoseverfahren zum Nachweis einer gestörten Expression des erfindungsgemäßen Proteins oder zum Nachweis einer veränderten Form dieses Proteins, bei dem man eine Probe mit den erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen oder dem erfindungsgemäßen Antikörper oder Fragment davon in Berührung bringt und sodann besipiels- weise direkt oder indirekt bestimmt, ob sich die Konzentration des Proteins und/oder seine Aminosäuresequenz im Vergleich zu einer aus einem gesunden Patienten gewonnenen Protein unterscheiden.
Die vorliegende Erfindung erlaubt auch die Durchführung therapeutischer Maßnahmen bei den vorstehend diskutierten Störungen, d.h. die vorstehend beschriebenen, erfindungsgemäßen DNA- Sequenzen, Antisense-RNAs , Ribozyme und Antikörper können auch zur Herstellung eines Arzneimittels, beispielsweise zur Kontrolle der Expression des erfindungsgemäßen Proteins oder zum Austausch einer mutierten Form des Gens gegen eine funktionel- le Form verwendet werden und somit auch zur Herstellung eines Arzneimittels zur Prävention oder der Behandlung von Erkrankungen des Nervensystems, insbesondere Tumorerkrankungen des ZNS. Beispielsweise kann das erfindungsgemäße Protein in Säugern, insbesondere den Menschen, durch übliche Maßnahmen eingebracht werden. Hierzu kann es günstig sein, das Protein an ein vom jeweiligen Körper nicht als fremd angesehenes Protein, z.B. Transferrin oder Rinderserumalbumin (BSA) zu koppeln. Auch kann eine erfindungsgemäße DNA-Sequenz, Antisense-RNA oder Ribozym in Säuger, insbesondere den Menschen, eingebracht und exprimiert werden. Mit einem erfindungsgemäßen Antikörper kann die Expression des erfindungsgemäßen Proteins (TP) bzw. der verwandten Proteine kontrolliert und reguliert werden.
Somit betrifft die vorliegende Erfindung auch ein Arzneimittel, das die vorstehend beschriebenen DNA-Sequenzen, Antisense-RNA, das Ribozym, den Expressionsvektor, das erfindungsgemäße Protein oder den Antikörper bzw. das Fragment davon enthält. Dieses Arzneimittel enthält gegebenenfalls zusätzlich einen pharmazeutisch verträglichen Träger. Geeignete Träger und die Formulierung derartiger Arzneimittel sind dem Fachmann bekannt. Zu geeigneten Trägern zählen beispielsweise Phosphat-gepufferte Kochsalzlösungen, Wasser, Emulsionen, beispielsweise Öl/Wasser-Emulsionen, Νetzmittel, sterile Lösungen etc. Die Verabreichung der Arzneimittel kann oral oder parenteral erfolgen. Zu den Verfahren für die parenterale Verabreichung gehören die topische, intra-arterielle, intramuskuläre, subkutane, intramedulläre, intrathekale, intraven- trikuläre, intravenöse, intraperitoneale oder intranasale Verabreichung. Die geeignete Dosierung wird von dem behandelnden Arzt bestimmt und hängt von verschiedenen Faktoren ab, beispielsweise von dem Alter, dem Geschlecht, dem Gewicht des Patienten, dem Stadium der Erkrankung, der Art der Verabreichung etc .. Vorzugsweise werden die vorstehend beschriebenen Nucleinsäuren in einen für die Gentherapie geeigneten Vektor inseriert und, beispielsweise unter Kontrolle eines gewebespezifischen Vektors in die Zellen eingeschleust. In einer bevorzugten Ausführungsform ist der die vorstehend beschriebenen Nucleinsäuren enthaltende Vektor ein Virus, beispielsweise ein Adenovirus, Vaccinia-Virus oder Adenovirus. Besonders bevorzugt sind Retroviren. Beispiele für geeignete Retroviren sind MoMuLV, HaMuSV, MuMTV, RSV oder GaLV. Für Zwecke der Gentherapie können die erfindungsgemäßen Nucleinsäuren auch in Form von kolloidalen Dispersionen zu den Zielzellen transportiert werden. Dazu zählen beispielsweise Liposomen oder Lipoplexe (Mannino et al . , Biotechniques 6 (1988), 682).
Schließlich betrifft die vorliegende Erfindung einen diagnostischen Kit zur Durchführung des vorstehend beschriebenen Diagnoseverfahrens, der eine erfindungsgemäße DNA-Sequenz oder den vorstehend beschriebenen, erfindungsgemäßen Antikörper oder ein Fragment davon enthält. Je nach Ausgestaltung des diagnostischen Kits können die DNA-Sequenz bzw. der Antikörper oder das Fragment davon immobilisiert sein.
Sequenzen der T-Gene können auf Nylonmembranen oder Glasträger aufgebracht werden und mit komplexen cDNA-Proben aus Tumoren und zugehörigen Normalgeweben, oder krankem und zugehörigen gesundem Gewebe hybridisiert werden. Hierdurch ist die (vollautomatisierte) Erfassung der Expresssion dieser Gene möglich. Die hierzu verwendeten Sequenzen können z.B. die gesamte cDNA- Sequenz oder kurze Sequenzabschnitte z.B. 10-15 bp-Oligomere (siehe u.a. Fig. 20) sein. Nach Determination der Expression der T-Gene kann dann die Therapie, unter anderem die Krebstherapie gezielt der nach der jeweiligen individuellen Situation des Patienten ausgewählt oder angepasst werden. Gene, deren veränderte Expression bereits jetzt Einfluß nehmen auf die Behandlung des Patienten ist z.B. das N-Myc Gen beim Neuroblastom. Durch die Erfassung der Expression der T-Gene kann somit die Bandlung sehr schnell und effizient den jeweiligen Erfordernisssen angepaßt werden und trägt somit wesentlich zur verbesserten Therapie bei .
Die Isolierung und Charakterisierung des menschlichen erfindungsgemäßen Gens und insbesondere der Maushomologe davon erlauben darüberhinaus die Etablierung eines Tiermodells, was für das weitere Studium von Erkrankungen des Nervensytems und von Krebserkrankungen auf molekularer Ebene sehr wertvoll ist. Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist somit ferner ein nicht-menschliches Säugetier, dessen T-Gen bzw. T2- oder T3- Gen verändert ist, z.B. durch Insertion einer heterologen Sequenz, insbesondere einer Selektionsmarkersequenz .
Der Ausdruck "nicht-menschliches Säugetier" umfaßt jegliches Säugetier, dessen T-Gen bzw. T2- oder T3-Gen verändert sein kann. Beispiele solcher Säugetiere sind Maus, Ratte, Kaninchen, Pferd, Rind, Schaf, Ziege, Affe, Schwein, Hund und Katze, wobei Maus bevorzugt ist.
Der Ausdruck "T-Gen bzw. T2- oder T3-Gen, das verändert ist" bedeutet, daß in dem im nicht-menschlichen Säugetier natürlich vorkommenden entsprechenden Gen durch Standardmethoden eine Veränderung der Genstruktur oder der Gensequenz durchgeführt wird. Dies kann unter anderem durch die Einführung einer Dele- tion von ca. 1-2 kb, an dessen Stelle eine heterologe Sequenz, z.B. ein Konstrukt zur Vermittlung von Antibiotika-Resistenz (z.B. eine "neo-Kassette"), eingeführt wird, erreicht werden. Desweiteren können heterologe Sequenzen in das T-Gen eingeführt werden, die es erlauben, in vivo zeit- und gewebespezifische Deletionen durchzuführen. Weiterhin können heterologe Sequenzen in das T-Gen eingeführt werden, die es erlauben, die Expression des T-Gens in vivo zu verfolgen. Dies kann unter anderem durch die Insertion einer für das GFP (green fluo- rescent protein) -Protein codierenden Sequenz innrerhalb eines Exons oder als eigenständiges Exon durchgeführt werden. Diese Methoden sind allgemein in Schwartzberg et al . , Proc. Natl . Acad. Sei. USA, Vol. 87, S. 3210-3214, 1990 beschrieben, worauf hier Bezug genommen wird.
Insbesondere kann die Veränderung wie nachfolgend beschrieben durch geführt werden. Figur 9 repäsentiert einen Teil der cDNA-Sequenz des T-Gens der Maus. Die Abbildung 10 zeigt eine Intronsequenz des T-Gens der Maus, die von zwei Exons flankiert wird. Diese murinen Sequenzen können nun zur gezielten Veränderung des Maus T-Gens verwendet werden. So kann man z.B. die Spleiß-Sequenzen des Introns deletieren oder so verändern, dass das T-Gen nicht mehr korrekt gespleißt wird. Desweitern kann durch Einbau einer Spleißakzeptorsequenz eines anderen Exons des Maus T-Gens in die Intronsequenz eine Sequenz in dieses Intron inseriert werden, die als Exon erkannt wird und an die davor liegenden Exons des T-Gens herangespleißt wird. Diese inserierte Sequenz kann z.B. ein Exon sein, das das EGFP-Protein (EnhancedGreenFluorescentProtein) kodiert. Hierdurch wird aus dem ursprünglichen Maus T-Gen ein Fusionsprotein, das das EGFP-Protein beinhaltet. Hierdurch kann bevorzugt eine Maus generiert werden, die es erlaubt, die Expression des T-Gens in vivo zu verfolgen. Die inserierte Sequenz kann am Ende so gestaltet sein (z.B PolyA-Signal , Spleißsignale usw. ) , daß keine weiteren Exons des T-Gens an das inserierte Exon herangespleißt werden oder das heranspleißte Exons nicht mehr translatiert werden. Hierdurch entsteht eine Dele- tion des Maus T-Proteins am C-terminalen Ende oder ein vorzeitiger Abbruch des Leserahmens und eine (zumindest teilweise) Inaktitivierung der Proteinfunktion des Maus T-Gens kann erreicht werden. Desweiteren können auch solche Sequenzen als neue Exonsequenzen inseriert werden, die eine mRNA-Sequenz ergeben, bei der am 3 ' -Ende diese neue mRNA-Sequenz lokalisiert ist. Durch geeignete Sequenzen ist dann eine Veränderung der Stabilität der mRNA oder eine veränderte Lokalisation in der Zelle zu erreichen. Die damit einhergenden Phänotype der so veränderten Mäuse können dann wichtige Rückschlüsse auf die Funktion des T-Gens ergeben. Diese Mäuse können dann auch zum Auffinden neuer Wirkstoffe verwendet werden, die den Funktionsverlust des T-Gens kompensieren.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird die Sequenz von Fig. 13 zur Herstellung einer Knock-out-Maus eingesetzt. Figur 13 beschreibt eine Maussequenz des Gens T2. Das Ausschalten des Maus T2-Gens kann hierbei auf unterschiedliche Wege erreicht werden. So kann man z.B. die Spleiß-Sequenz (GT) unterstrichen in Figur 13) deletieren oder so verändern, dass das T2-Gen nicht merh korrekt gespleißt wird. Desweiteren kann durch Einbau einer Spleißakzeptorsequenz eines anderen Exons des Maus T2-Gens in die anschließende Intronsequenz eine Sequenz in dieses Intron inseriert werden, die als Exon erkannt wird und an die davor liegenden Exons des T2-Gens herangespleißt werden. Dieses inserierte Exon kann z.B. ein Exon sein, das das EGFP-Protein kodiert. Hierdurch wird aus dem ursprünglichen Maus T2-Gen ein Fusionsprotein, das am C-Termi- nus das EGFP-Protein trägt. Hierdurch kann eine Maus generiert werden, die es erlaubt, die Expression des T2-Gens in vivo zu verfolgen. Die inserierte Sequenz kann am Ende so gestaltet sein (z.B PolyA-Signal usw.), dass keine weiteren Exons von dem T2-Gen an das inserierte Exon herangespleißt werden. Hierdurch entsteht eine Deletion des Maus T2-Proteins am C-termi- nalen Ende und eine (zumindest teilweise) Inaktitivierung der Proteinfunktion des Maus T2-Gens kann erreicht werden. Des- weiteren können auch solche Sequenzen als neue Exonsequenzen inseriert werden, die eine mRNA-Sequenz ergeben, bei der am 3 ' -Ende diese neue mRNA-Sequenz lokalisiert ist. Durch geeignete Sequenzen ist dann eine Veränderung der Stabilität der mRNA oder eine veränderte Lokalisation in der Zelle zu erreichen. Die damit einhergenden Phänotypen der so veränderten Mäuse können dann wichtige Rückschlüsse auf die Funktion des T2-Gens ergeben. Diese Mäuse können dann auch zum Auffinden neuer Wirkstoffe verwendet werden, die den Funktionsverlust des T-Gens kompensieren. Desweiteren kann ein Säugetier generiert werden, das eine Veränderung des T3-Gens aufweist. Die Sequenz in Fig. 19 repä- sentiert einen Teil des murinen cDNA-Sequenz des T3 Gens. Durch Deletionen oder Insertionen können gezielte Veränderungen am T3-Gen der Maus erreicht werden. Die inserierte Sequenz kann z.B. ein Exon sein, das das EGFP-Protein kodiert. Hierdurch wird aus dem ursprünglichen Maus T3-Gen ein Fusionsprotein, das am C-Terminus das EGFP-Protein trägt. Hierdurch kann eine Maus generiert werden, die es erlaubt, die Expression des T3-Gens in vivo zu verfolgen. Die inserierte Sequenz kann am Ende so gestaltet sein (z.B PolyA-Signal usw.), dass keine weiteren Exons von dem T3-Gen an das inserierte Exon herangespleißt werden. Hierdurch entsteht eine Deletion des Maus T3-Proteins am C-terminalen Ende und eine (zumindest teilweise) Inaktitivierung der Proteinfunktion des Maus T3- Gens kann erreicht werden. Desweiteren können auch solche Sequenzen als neue Exonsequenzen inseriert werden, die eine mRNA-Sequenz ergeben, bei der am 3 ' -Ende diese neue mRNA-Sequenz lokalisiert ist. Durch geeignete Sequenzen ist dann eine Veränderung der Stabilität der mRNA oder eine veränderte Lokalisation in der Zelle zu erreichen. Die damit einhergenden Phänotype der so veränderten Mäuse können dann wichtige Rückschlüsse auf die Funktion des T3-Gens ergeben. Diese Mäuse können dann auch zum Auffinden neuer Wirkstoffe verwendet werden, die den Funktionsverlust des T3-Gens kompensieren.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind Zellen, die aus dem vorstehenden nicht-menschlichen Säugetier erhalten werden. Diese Zellen können in jeglicher Form vorliegen, z.B. in einer Primär- oder Langzeit-Kultur.
Ein erfindungsgemäßes nicht-menschliches Säugetier kann durch übliche Verfahren bereitgestellt werden. Günstig ist ein Verfahren, das folgende Schritte umfaßt: (a) Herstellung eines DNA-Fragments, insbesondere eines Vektors, enthaltend ein verändertes T-, T2- oder T3-Gen, wobei das Gen durch Insertion einer heterologen Sequenz, insbesondere eines selektierbaren Markers, verändert worden ist;
(b) Präparation embryonaler Stammzellen aus einem nicht-menschlichen Säuger (bevorzugt Maus) ;
(c) Transformation der embryonalen Stammzellen von Schritt (b) mit dem DNA-Fragment von Schritt (a) , wobei das T-Gen in den embryonalen Stammzellen durch homologe Rekombination mit dem DNA-Fragment von (a) verändert wird,
(d) Kultivieren der Zellen von Schritt (c;
(e) Selektion der kultivierten Zellen von Schritt (d) auf das Vorhandensein der heterologen Sequenz, insbesondere des selektierbaren Markers,
(f) Erzeugen chimerer nicht-menschlicher Säuger aus den Zellen von Schritt (e) durch Injektion dieser Zellen in Säuger-Blastozysten (bevorzugt Maus-Blastozysten) , Übertragen der Blastozysten in pseudo-schwangere weibliche Säuger (bevorzugt Maus) und Analyse der erhaltenen Nachkommen auf eine Veränderung des T-Gens .
In Schritt (c) wird der Mechanismus der homologen Rekombination (vgl. R.M. Torres, R. Kühn, Laboratory Protocols for Conditional Gene Targeting, Oxford University Press, 1997) ausgenutzt, um embryonale Stammzellen zu transfizieren. Die homologe Rekombination zwischen den in einem Chromosom vorhandenen DNA-Sequenzen und neuen, hinzugefügten clonierten DNA- Sequenzen ermöglicht das Einfügen eines klonierten Gens in das Genom einer lebenden Zelle anstelle des ursprünglichen Gens. Mit dieser Methode können bei Verwendung embryonaler Keimzellen via Chimären Tiere erhalten werden, die für das gewünschte Gen oder den gewünschten Genteil oder die gewünschte Mutation homozygot sind.
Der Ausdruck "embryonale Stammzellen" betrifft jegliche embryonalen Stammzellen eines nicht-menschlichen Säugetiers, die sich zur Mutierung des T-Gens eignen. Vorzugsweise sind die embryonalen Stammzellen von der Maus, insbesondere die Zellen E14/1 oder 129/SV.
Der Ausdruck "Vektor" umfaßt jeglichen Vektor, der durch Rekombination mit der DNA von embryonalen Stammzellen eine Veränderung des T-, T2- oder T3-Gens ermöglicht. Vorzugsweise weist der Vektor einen Marker auf, mit dem auf vorhandene Stammzellen selektioniert werden kann, in denen die gewünschte Rekombination erfolgt ist. Ein solcher Marker ist z.B. die loxP/tk neo-Cassette, die mit Hilfe des Cre/loxP-Systems wieder aus dem Genom entfernt werden kann.
Desweiteren kennt der Fachmann Bedingungen und Materialien, um die Schritte (a)-(f) durchzuführen.
Mit der vorliegenden Erfindung wird ein nicht-menschliches Säugetier bereitgestellt, dessen T-, T2- oder T3-Gen verändert ist. Diese Veränderung kann ein Ausschalten der Genexpression- regulierenden Funktion sein. Mit einem solchen Säugetier bzw. Zellen daraus kann selektiv die Genexpression-kontrollierende Funktion des TP-Proteins untersucht werden. Ferner ist es hiermit möglich, Substanzen, Arzneimittel und Therapieansätze zu finden, mit denen selektiv auf die kontrollierde Funktion eingewirkt werden kann. Daher liefert die vorliegende Erfindung eine Basis, um auf die verschiedensten Erkrankungen ein- zuwirken. Solche Erkrankungen sind z.B. Einschränkungen der ZNS-Funktionen, die bis zu mentalen Retardierungen reichen oder die Induktion von Krebs durch Fehler bei der Kontolle der Zeilproliferation.
Von den Erfindern wurde bei der Sequenzanalyse herausgefunden, daß das T2-Gen in der kodierenden Region der cDNA-Sequenz CGG- Trinukleotide enthält, die als methylierungssensitiv bekannt sind. Das T2-Gen besitzt also im kodierenden Bereich (N-termi- naler Bereich des Proteins, der keine Homologie zu Protein T oder Protein T3 aufweist) eine methylierungssensitive und instabile Sequenz, die zum Ausfall des Gens mit einhergender mentaler Retardierung und nicht kontrolliertem Zellwachstum, wie Krebs, führt.
Alle drei Gene der T-Familie spielen eine große Rolle bei Tumoren. Das T-Gen ist bei vielen Tumoren von genomischen Rearrangierungen betroffen. So sind z.B. beim Neuroblastom genomische Veränderungen in der DNA von Tumoren im Vergleich zur DNA des dazugehörigen gesunden Gewebes feststellbar. Desweiteren ist die Expression des T-Gens z.B. in Tumoren des Gehirns verändert. So läßt sich unter anderem bei Glioblasto- men in fortgeschrittenen Stadien eine stark veränderte Expression feststellen. In Meningiomen sind auch tumorspezische Veränderungen der Expression des T-Gens und des Auftretens des T-Proteins nachweisbar.
Das T2-Gen ist bei vielen Tumorerkrankungen auch von genomischen Rearrangierungen betroffen und eine veränderte Expression ist in Tumoren nachzuweisen. So lassen sich z.B. bei Melanomen und bei Lungentumoren genomische Rearrangierungen des T2-Gens feststellen. Expressionsunterschiede sind z.B. auch in Gliomen, Glioblastomen, Astrozytomen und PNETs (Primitive Neuro-Ektodermale Tumoren) nachweisbar. Das T3-Gen ist auch bei vielen Tumoren von genomischen Rearrangierungen und Expressionsveränderungen betroffen. So lassen sich z.B. bei Coloncarcinomen Rearrangierungen nachweisen. Expressionsunterschiede sind unter anderem in Gliomen, Glioblastomen, Astrozytomen und PNETs (Primitive Neuro-Ekto- dermale Tumoren) feststellbar.
Durch die Isolierung und genaue Analyse des T-Gens wurde von den Erfindern nun entdeckt, dass das T-Protein eine gewisse Verwandtschaft zu Proteinen aufweist, die ganz unterschiedliche Funktionen in der Zelle ausüben. Die Sequenzanalyse dieser Proteine ergab, dass die Gene, die diese Proteine kodieren, wohl auf ein gemeinsames oder ähnliche Vorläufergene zurückzuführen sind. In diese Proteinsuperfamile gehören Proteine wie das POM121-Protein (Hallberg et al . , J. Cell Biol . 122, S. 513-522, 1993) . Es ist eines von zwei bekannten Kernporenmem- branproteinen bei Vertebraten. Desweiteren gehört in diese Familie das CLIP-170-Protein, das Vesikel und andere Organellen innerhalb der Zelle an Microtubuli bindet (Pierre et al . , Cell 70, S. 887-900, 1992) Die unerwartete Entdeckung, dass Gene, die so unterschiedliche Aufgaben innerhalb der Zelle ausüben, zu einer gemeinsamen Protein-Superfamilie gehören, ist äußerst überraschend und bei erstem Anschein sogar widersprüchlich. Analysiert man aber die Funktionen der einzelen Gene, so lassen sich zwei Hauptfuntionen dieser Proteine ableiten. Das CLIP-170-Protein bindet an Microtubuli, die neu isolierten T-Proteine und das POM121-Protein sind im Kernporenkomplex lokalisiert. Aufgrund der Eigenschaften dieser Proteine wird von den Erfindern vorgeschlagen, diese Proteinsuperfamilie als POMIC-Proteinsuperfamilie zu bezeichnen. POMIC soll dabei für Poren- und/oder Microtubuli-bindendes Protein stehen. Im Rahmen der Isolierung und Analyse des T- Gens konnten zwei Paraloge des T-Gens isoliert werden, die oben näher beschriebenen T2- und T3-Gene. Die Familie der T- Proteine steht evolutionär und funktionell gesehen zwischen dem CLIP (cytoplasmic linker protein-170) und dem POM121- Protein. Diese Zwischenstellung wird auch durch die Sequenz- analyse und die putative Proteinstruktur untermauert. Das Kernporenmembranprotein POM121 besitzt keine ausgeprägte Coiled-Coil-Struktur, das CLIP-170-Protein dagegen zeigt zwischen dem N- und C-Terminus eine sehr ausgeprägte Coiled- Coil-Struktur (vgl. Fig. 29). Bei der Familie der T-Proteine sind Coiled-Coil-Strukuren vorhanden, die aber deutlich weniger ausgeprägt sind als bei CLIP-170. Eine ähnliche Zwischenstellung nimmt die Familie der T-Proteine in Hinsicht auf das Vorkommen von hydrophoben Domänen ein. Das Protein POM121 besitzt eine hydrophobe Domäne am N-Terminus, die in die Kernmembran eingelagert wird und das Protein in der Kernpore positioniert. Das CLIP-170-Protein besitzt keine ausgeprägte hydrophobe Domäne. Das T-Protein und das T3-Protein besitzen dagegen eine hydrophobe Domäne mit drei hydrophoben Teilbereichen (vgl. Fig. 30) . Der Austausch des N-Terminus im T2- Protein im Vergleich zu der evolutionären Grundform führte zum Verlust dieser ausgeprägten hydrophoben Domäne. Allen drei T- Proteinen dagegen gemeinsam ist der sehr ähnliche Aufbau des C-Terminus. Das T3-Protein ist dem T-Protein innerhalb der T- Proteinfamilie am ähnlichsten. Doch auch das T3-Protein hat im Laufe der Evolution eine Veränderung erfahren. Durch Insertion von ca. 400 Aminosäuren wurde der N-Terminus im Vergleich zum T-Protein verändert. Diese Insertion führte zu einer weiteren Coiled-Coil-Struktur im Vergleich zum ansonsten sehr ähnlichen T-Protein. Das T-Protein und das T3-Protein führen in der kernmembranlokalisierten Form Funktionen aus, die dem des POM121 ähneln. Interessanterweise kam es aber im Laufe der Evolution zu dem Verlust eines Teils des C-Terminus im POM121- Protein. Im Vergleich zum POM121-Protein haben die T-Proteine einen längeren C-Terminus . Durch diesen längeren C-Terminus sind vielerlei Wechselwirkungen mit anderen Proteinen möglich. Erwähnenswert ist hierbei auch, dass im T-Protein eine Leucin- Zipper-Struktur entdeckt wurde, die Wechselwirkungen mit anderen Protein erleichtert. Die Familie der T-Proteine spielt eine wichtige Rolle bei der Vermittlung von Interaktionen zwischen Zellorganellen und Filamenten, u.a. Mikrotubuli . Mikrotubuli spielen z.B. in Nervenzellen eine große Rolle; bei Axonen z.B. zeigen die Plus-Enden der Mikrotubuli vom Zeil- körper weg, während die Mikrotubuli bei Dendriten beide Orientierungen aufweisen. Diese Zellpolarität ist von großer Wichtigkeit für das Funktionieren einer Zelle oder Lebewesens. Desweiteren eröffnen Mikrotubuli einen effizienten Organellentransport und sie sind von essentieller Bedeutung für die generelle Organisation von Membranstrukturen in einer Zelle. Die T-Proteine üben eine wichtige Mittlerfunktion zwischen Membranstrukuren und Mikrotubuli aus. Das T-Gen und das T3-Gen üben insbesondere als Membranprotein in der Kernpore ihre Funktion aus, während das T2-Protein insbesondere als zytpo- plasmatisches Protein wirkt.
Anhand der Befunde der Erfinder sind das T-Gen und das T3-Gen Teil des Kernporenkomplexes. Kernporenkomplexe (Nuclear pore complexes - NPCs) sind extrem komplizierte Strukturen, die den bidirektionalen Transport von Makromolekülen zwischen dem Kern und dem Zytoplasma vermitteln. Der Kernporenkomplex ist in die Kernhülle (Nuclear envelope) eingebettet und umschließt einen zentralen Kanal mit bisher erst ungenügend definierter Struktur. An beiden Seiten des zentralen Kernporenkomplexes sind periphere Strukturen, kurze zytoplasmatische Filamente und ein korbähnliches Gebilde angeheftet. Diese korbähnliche Struktur interagiert mit Molekülen, die durch den Kernporenkomplex gelangen. Der Mechanismus des Auf aus des Kernporenkomplexes ist bisher erst kaum verstanden. Desweiteren wurden bisher bei Beobachtungen von Zellen, die eine Mitose durchlaufen, festgestellt, dass die Kernhülle gezielt aufgelöst wird und deren Komponenten, einschließlich der Kernporenproteine, innerhalb des mitotischen Zytoplasmas verteilt werden. Am Ende der Mitose werden alle diese Komponenten wiederverwendet, um die Kernhüllen der Tochterzellen zu bilden. Durch die detai- lierte Analyse des Gens T haben die Erfinder herausgefunden, dass die N-terminale Hälfte des Proteins T schwache Homologie zu dem Porenmembranprotein POM121 hat. Die Homologie erstreckt sich über den gesamten Bereich des POM121-Proteins und weist eine Identität von ca. 18% auf Proteinebene auf, so daß die diesen Proteine zugrundeliegenden DNAs selbst unter wenig stringenten Bedingungen nicht miteinander hybridisieren sollten. Dem erfindungsgemäßen Protein T kommt in Hinsicht auf das Entstehen und den Aufbau der Kernpore eine ganz fundamentale Rolle zu. Bei der detailierten Analyse des Proteins konnte eine lipophile Domäne am N-Terminus des T-Proteins festgestellt werden. Diese Sequenz hat aber keine Homologie zu der lipophilen Sequenz des POM121-Proteins . Vor der lipophilen Domäne im T-Protein befindet sich noch ein kurzer Abschnitt von Aminosäuren, die möglicherweise als Signalsequenz dienen. Um festzustellen, ob diese putative Signalsequenz und die lipophile Domäne in vivo an der Einlagerung in die Kernmembran beteiligt sind, wurden verschiedene Konstrukte des T-Gens hergestellt. Hierbei wurden verschiedene Teile des N-Terminus des T-Proteins mit dem EnhancedGreenFluorescentProtein (EGFP) fusioniert. Das EGFP wurde dabei an den C-Terminus des T- Proteins fusioniert. Das Fusionsprotein, das den unveränderten N-Terminus des T-Proteins (putative Signalsequenz mit lipophi- ler Membrandomäne) beinhaltete, wurde tatsächlich in die Kernmembran eingelagert. Das Fusionskonstrukt, bei dem die putative Signalsequenz und die lipophile Domäne fehlt, wurde dagegen nicht in die Kernmembran eingelagert und reicherte sich im Zytoplasma an. Dies zeigte, dass der N-Terminus des T- Proteins notwendig ist und ausreicht, um zu einer Lokalisation innerhalb der Kernmembran zu führen. Um zu zeigen, dass das T- Protein tatsächlich in der Kernmembran lokalisiert ist, wurden Antikörper gegen eine Peptidsequenz des T-Proteins generiert. Mit diesen Antikörpern wurden immunhisotchemische Untersuchungen an Geweben von Mensch, Maus und Ratte durchgeführt. Hierbei zeigte sich, dass der Antikörper ein Protein detektiert, das in der Kernmembran loaklisiert ist. Da es mit Hilfe eines Lichtmikroskopes schwierig ist zu unterscheiden, ob das Protein in der Kernmembran oder dem Kern selber lokalisiert ist, wurden mit Hilfe der hochauflösenden Methode der Elektronenmikroskopie weitere Analysen durchgeführt. Hierdurch ist es möglich gewesen eindeutig zu zeigen, dass das T-Protein in der Kernmembran lokalisiert ist. Als Nachweisreaktion wurde hierbei ein Zweitantikörper verwendet, an dem das Enzym Rettichpe- rodixase gekoppelt war und der zu einer Farbreaktion führte (DAB) . Der gebildete Farbstoff ist auf den elektronenmikroskopischen Aufnahmen nur auf der zytoplasmatischen Seite der Kernmembran zu sehen. Dies deutet darauf hin, dass der Antikörper ein Epitop des T-Proteins erkennt, das von der zytoplasmatischen Seite aus für den Antikörper zugänglich ist. Die Analyse der immunhistochemisehen Schnitte zeigte ferner, dass der Antikörper sehr spezifisch Neurone erkennt (vgl. Fig. 24) . Die Ergebnisse der Analyse der Expression auf Proteinebene mit Hilfe des Antikörpers stehen sehr gut in Einklang mit den Ergebnissen der Analyse der RNA-Expression . Bei den RNA-in situ-Analysen wurde das Mausortholog des T-Gens verwendet. Mit Hilfe der humanen T-Gen-cDΝA-Klone wurden hierfür zunächst murine cDΝA-Kone des Mausorthologs isoliert und sequenziert. Die Sequenzanalyse bestätigte, dass es sich bei den isolierten cDΝA-Klonen um das Mausortholog handelte. Ein solcher muriner cDΝA-Klon des T-Gens wurde dann für die RΝA-in situ Hybridisierung eingesetzt (vgl. Figs . 25, 26, 27, 28). Mit Hilfe dieser Technik war dann eine Expressionsanalyse des T-Gens der Maus möglich. Die genaue Analyse des räumlich-zeitlichen Expressionsverlaufes zeigte, dass das T-Gen eine entscheidende Rolle bei der Entstehung, Bildung und Aufrechterhaltung des Nervensystems bei Vertebraten spielt. Während der frühen Mausembryogenese am Tag 9,5 post coneeptionem (pc = post coneeptionem) ist noch keine Expression zu erkennen. Am Tag 10,5 pc ist eine Expression im ventralen Mesencephalon und im Telencephalon nachweisbar. In diesem Stadium liegt auch eine starke Expression im Bereich der Verbindung des Mesencephalons und des Telencephalons (forbrain-midbrain) vor. Am Tag 11,5 pc ist eine Expression des T-Gens im Telencephalon, im ventralen Mesencephalon und im Myelencephalon feststellbar. Am Tag 12.5 pc ist eine Expression in Neuronen der Mantelzone des sich entwickelnden Gehirns und in den Kernen der peripheren Nerven sichtbar. Desweiteren liegt eine Expression im Myelencephalon, Rückenmark, und Spinalganglien vor. Eine geringe Expression ist im Mesencephalon und Telencephalon detektierbar . Keine Expression ist z.B. in proliferierenden Neuronen in der sub- ventrikulären Schicht oder in migrierenden Neuronen der λ In- termediate' -Zone nachweisbar. Am Tag 14.5 pc ist auch eine Expression in mesenchymalen Geweben, z.B. um die Wirbelsäule oder im Bereich von sich entwickelnden Knochen, sichtbar. Am Tag 16.5 pc ist eine starke Expression in allen Teilen des Gehirns und des peripheren Nervensystems (z.B. Spinalganglien und Nervenfasern des Schwanzes) feststellbar. Deweiteren ist eine Expression in sich differenzierenden Neuronen der Mantelzone des Telencephalons zu detektieren. Weiterhin ist auch eine Expression in Neuronen des Rückenmarks und der Spinal- ganglien feststellbar. Bei der Entwicklung des Gehirns nach der Geburt ist vor allem eine Expression im Riechkolben (ol- factory bulb) , im cerebralen Cortex und im sich entwickelnden Hippocampus nachzuweisen. Eine geringe Expression ist dagegen im Coliculus und dem sich entwickelnden Cerebellum feststellbar. Im vollständig entwickelten Gehirn liegt ein ähnliches Expressionsmuster vor.
Um herauszufinden, wo das T-Gen bzw. T2- oder T3-Gen exprimiert werden, wurden Northern Blots (vgl. Fig. 23) durchgeführt. Das T-Gen wird vorwiegend im Gehirn, kaum oder überhaupt nicht in Herz, Lunge, Plazenta, Leber, Skelettmuskel, Niere oder Pankreas (unabhängig von adultem oder fötalem Gewebe) exprimiert. Das T2-Gen dagegen wird so gut wie nicht im Gehirn exprimiert, sondern stark in Herz (adult und fötal) , adulter Leber, adultem Skelettmuskel und adulter Niere. Das T3-Gen wird in allen getesteten Geweben (adultes und fötales Herz, Gehirn, Leber, Niere; Plazenta, adulter Skelettmuskel, adulter Pankreas), außer in fötaler Lunge, exprimiert.
Durch die Entdeckung des T-Gens und der detailierten Analyse dieses Gens mit all den daraus gewonnenen Informationen wurden die Grundlagen geschaffen, völlig neuartige Arzneimittel und Arznei ittelwirkstoffklassen zu entwickeln. Der bidirektionale Transport von Molekülen durch die Kernmembran ist von entscheidender Bedeutung für die Funktion einer jeden eukary- ontischen Zelle. Die Information, die in Form von DNA (Chromosomen) im Kern gespeichert ist, wird transkribiert in RNA, die Information allerdings wird erst im Zytoplasma in Protein übersetzt ( translatiert) . Gelangt die trankribierte Information (mRNA) nicht in das Zytoplasma, so geht die Information verloren und es kann zu dramatischen Störungen innerhalb der Zelle kommen. Dieser Transprot ist aber keine Einbanhnstraße; es ist genauso wichtig, dass bestimmte Stoffe und Proteine in den Kern gelangen, damit die Zellfunktion aufrechterhalten werden kann. Gelangt z.B. ein Transkriptionsfaktor, der ja - wie auch die anderen Proteine im Zytoplasma gebildet wird - nicht in den Zellkern, so kann dieser nicht die Transkription der anderen Gene auslösen. Damit sind dann oft dramatische Störungen des Zellgeschehens, bis hin zum Absterben der Zelle oder des Organsimus, verbunden. Dies macht deutlich, dass Kernporenproteine eine äußerst wichtige Funktion innerhalb der Zelle ausüben. Die Analyse des T-Gens hat nun gezeigt, dass das T-Protein auch in die Kernmembran eingelagert wird. Interessanterweise ist das T-Protein aber fast doppelt so groß wie das POM121-Protein, d.h. es besitzt eine sehr viel größere Bindungskapazität als das POM121-Protein. Das T-Protein ist daher sehr gut geeignet, mögliche Bindungspartner zu isolieren, die sich an das T-Protein, im besonderen den C-Terminus des T-Proteins anlagern.
Die gewebespezifische Expression des T-Gens zeigt auf eindrucksvolle Weise, dass Kernporenproteine (insbesondere Kern- porenmembranproteine) nicht wie 'housekeeping' -Gene in allen Zellen und zu allen Zeiten exprimiert werden müssen. Die vorwiegende Expression des T-Gens im Nervensystem zeigt, dass das T-Protein im Nervensytem eine sehr spezifische Funktion wahrnimmt. Die vorwiegende Expression des T-Gens im Nervensytem kann nun für die Entwicklung von neuen Arzneimitteln und neuer Arzneimittelwirkstoffklassen genutzt werden. Mit Hilfe des T-Proteins können nun neue Stoffe isoliert werden, die den bidirektionalen Transport in Kernporen des Nervensytems gezielt beeinflussen. Die Lokalisation des T-Proteins innerhalb der Kernmembran ist dabei von großem Vorteil. Mit Hilfe von automatisierten Tests können chemische Verbindungen getestet werden. Viele Pharmafirmen besitzen geeignete Screeningverfah- ren, bei denen mehr als 200.000 Chemikalien getestet werden können. Hierzu können z.B. Reporterassays (z.B. GFP-Fusions- proteine, farbige Stoffe, usw.) verwendet werden, die den erfolgreichen Transport eines Moleküls in den Kern oder in das Zytoplasma anzeigen. Hierdurch können dann neue Wirkstoffe isoliert werden, die den Transport von Molekülen in Kernporen, insbesondere deren des Nervensytems , gezielt beeinflussen.
Die Identifizierung und Analyse von Wechselwirkungen zwischen den erfindungsgemäßen T-Proteinen (T-, T2-, T3-Protein) bzw. Peptiden oder Fragmenten davon und möglichen Bindungspartnern, die Wirkstoffe im oben genannten Sinn darstellen können, kann beispielsweise mit dem "Yeast Two-Hybrid-System" (Fields, Nature 340, S. 245-247 (1989)) geschehen. Dieses System basiert auf der Entdeckung, daß zelluläre Transkriptionsaktivatoren, wie z.B. GAL4 oder lexA aus Hefe, in zwei unabhängige Funktionsdomänen zerlegt werden können. Beide Domänen sind normalerweise Bestandteil eines Proteins im Zellkern der Hefezelle, welches an bestimmte aktivierende Sequenzen verschiedener Zielgene bindet und deren Transkription reguliert. Dabei bindet die eine Domäne, die DNA-Bindungsdomäne (BD) , spezifisch an eine bestimmte DNA-ZielSequenz (upstream acti- vating sequence) in der Nähe des Zielgenpromotors. Die andere Domäne, die Aktivierungsdomäne (AD) , erhöht die Transkriptionsrate des Zielgens durch Wechselwirkung mit dem Trans- kriptionsinitiationskomplex, der am Promotor des Zielgens gebunden ist. Im "Yeast Two-Hybrid-System" wird diese Struktur von Transkriptionsfaktoren in veränderter Form ausgenutzt. Die DNA-Bindungsdomäne (BD) von GAL4 oder lexA wird dort als Fusionsprotein mit einem "Köderprotein oder -peptid" (hier: T- , T2- oder T3-Protein/Peptid) in Hefezellen exprimiert. Dieses Fusionsprotein besitzt außerdem ein Kernlokalisierungssignal , durch welches es in den Zellkern der Hefe transportiert wird. Das Köder-Fusionsprotein bindet dort an eine Zielsequenz (UAS) , die sich in dem verwendeten Hefestamm in der Nähe der Promotoren von zwei Reportergenen (z.B. auxotropher Marker (HIS3) und enzymatischer Marker (lacZ)) befindet. Dadurch entsteht eine Konstellation, in der das Köderprotein oder - peptid in direkter räumlicher Nähe des Reportergenpromotors exponiert wird. In derselben Hefezelle wird nun zusätzlich ein zweites Fusionsprotein exprimiert. Dieses besteht aus der Aktivierungsdomäne (AD) von GAL4 oder lexA und einem Beuteprotein -oder peptid. Es besitzt ebenfalls ein Kernlokalisierungssignal. Das Beute-Fusionsprotein wird also auch in der Zellkern der Hefe transportiert. Falls nun das Beuteprotein und das an der UAS exponierte Köderprotein eine physikalische Wechselwirkung miteinander eingehen, dann erhöht sich die statistische Wahrscheinlichkeit, daß die Aktivierungsdomäne sich in der Nähe des Reportergenpromotors aufhält. Dadurch kommt es zu einer Steigerung der Transkription der Reportergene, deren Ausmaß proportional zur Stärke der Wechselwirkung zwischen Köder- und Beuteprotein ist. Dabei kommen als Beuteproteine z.B. eine cDNA-Bibliothek oder auch eine kombinatorische Peptidbibliothek in Frage.
Die vorliegende Erfindung betrifft auch ein Verfahren, um Inhibitoren oder Enhancer der erfindungsgemäßen T-Protein- familie zu identifizieren. Dazu werden die Nukleinsäuresequen- zen oder Teile dieser Sequenzen, die Teil des T-Gens oder dessen Paraloge oder Orthologe sind, in geeignete Vektoren inseriert und für die Transfizierung oder Transformierung von Zellen, Geweben oder Organismen verwendet. Diese veränderten Zellen, Gewebe oder Organismen werden dann zur Identifizierung von Inhibitoren oder Enhancern des T-Proteins oder dessen paralogen oder orthologen Proteine (z.B. T2 und T3 ) oder Proteinen, die mit diesen Proteinen in direkter oder indirekter Wechselwirkung treten, eingesetzt. Die durch diesen Ansatz identifizierten Inhibitoren oder Enhancer können für pharmazeutische Wirkstoffe oder Medikamente oder zu deren Herstellung eingesetzt werden und für die Behandlung von Erkrankungen wie Krebs, neurologischen und psychiatrischen Erkrankungen und Verletzungen des Nervensystems angewendet werden. Bei Verletzungen des Nervensystems, bei angeborenen Schädigungen des Nervensystems oder bei degenerativen Erkrankungen des Nervensystems können durch diese Behandlung unter anderem gezielt die neuronale Regeneration gefördert oder die Verschaltung einzelner Nervenbereiche verbessert werden (Anwendung u.a. Alzheimer, Morbus Parkinson, Schizophrenie, Manisch-Depressive Erkrankungen, Autismus, mentale Retardierung) . Die vorliegende Erfindung eröffnet die Möglichkeit zu testen, welche Stoffe oder Therapeutika geeignet sind, die Wirkung des T-Proteins oder der Familie der T-Proteine zu verstärken oder zu verringern. Insbesondere können die veränderten Kernporeneigenschaften, die durch die Proteine T und T3 beeinflußt werden, durch geeignete Screeningverfahren erfaßt werden. Hierzu zählen die z.B. Visualisierung des bidirektionalen Transportes durch die Kernpore oder die Detektion einer veränderten Transkription von zellulären oder Reportergenen. Desweiteren können Stoffe oder Therapeutika identifiziert werden, die die Wirkung von Proteinen hemmen oder fördern, die direkt oder indirekt an der Wirkung des T-Proteins oder der Familie der T-Proteine beteiligt sind. Stoffe oder Therapeutika, die in oben genannten Screeningverfahren eine Verstärkung oder Verminderung der Wirkung des T-Proteins (oder T2 oder T3 ) zeigen, können eingesetzt werden, um zu determieren, ob die Verstärkung oder die Verminderung der Wirkung des T-Proteins zu therapeutisch wünschenswerten Efekten führt. Hierzu zählt vor allem die Inhibition des Wachstums oder der Ausbreitung von Tumorzellen oder die Förderung der neuronalen Regeneration z.B. nach Verletzungen der Nerven (u.a. Querschnittslähmung und Schädel- Hirntraumata) . Die identifizierten Stoffe können dann als Medikamente oder für die Herstellung dieser Medikamente eingesetzt werden. Durch diese Medikamente ist es dann möglich, die Ausbreitung der krankheitsinduzierenden Zellen zu inhibieren oder zu blockieren, und damit insgesamt die Krankheit einzudämmen oder zu heilen. Eine wichtige Anwendung dieser Medi- kamante ist u.a. die Verhinderung des Wachstums und der Ausbreitung von Tumorzellen. Ergänzend hierzu kommen die identi- fizerten Wirkstoffe als Medikamente in Einsatz, die das Wachstums von bestimmten Zellen gezielt anregen. Hierdurch ist es dann möglich, Zellen oder Strukturen des Nervensystems, die durch eine Verletzung oder durch degenerative Prozesse geschädigt sind, wiederherzustellen. Das T-Protein (oder T2 oder T3 ) kann auch in solchen Screeningverfahren eingesetzt werden, die es erlauben, nicht nur die veränderten Kernporeneigenschaften erfassen sondern auch vor- oder nachgeschaltete oder parallele Signalkaskaden zu identifizieren. Hierdurch ist es möglich z.B. Tyrosinkinasen ödere Tyrosinphosphatasen zu identifizieren, die Proteine regulieren, die wiederum direkt oder indirekt die Wirkung des T-Proteins (oder T2 oder T3 ) beeinflussen. Hierdurch können geeignete Ziele für die positive Beeinflussung des Zellgeschehens erkannt und charakterisiert werden. Weiterhin kommt dem T-Protein, obwohl es als Kernporenprotein vorkommt, eine wichtige Bedeutung bei der Interaktionen und Wechselwirkungen mit Filamenten der Zelle z.B. Mikrotubuli und Aktin bei. Diese Wechselwirkungen können nun untersucht werden, z.B. durch Fusionsproteine des T-Proteins mit dem EGFP-Protein. Zellen, die mit Konstrukten für solche Fusions-Reporter-Proteine stabil oder transient transformiert oder transfiziert wurden, können mit Stoffen oder Pharmazeuti- ka inkubiert werden um Stoffe die identifizieren, die die Wechselwirkung des T-Proteins mit Filamenten wie den Aktinfi- lamenten oder den Mikrotubuli verstärken oder verringern. Hierdurch können Wirkstoffe isoiert werden, die unter anderem das Wachstum von Nervenzellen oder die Hemmung des Wachstums von Tumorzellen positiv beeinflussen. Als Methode zur Identifizierung solcher möglicher Wirkstoffe ist beispielsweise die Immunpräzipitation zu nennen. Hiermit können Proteine isoliert werden, die an die T-Protein-Familie binden. Mit diesen Proteinen können dann weitere Immunpräzipitationen durchgeführt werden, um wieder neue Proteine zu isolieren, die dann nicht mehr direkt mit dem T-Protein interagieren.
Desweiteren betrifft die vorliegende Erfindund ein Verfahren zur Identifizierung von weiteren Proteinen, die bei der Entwicklung und Funktion des Nervensystems eine Rolle spielen und/oder ein Kernporenprotein sind, wobei das Verfahren folgende Schritte aufweist: (a) Herstellen eines Antikörpers gegen ein Protein der T-Familie (T-, T2- oder T3-Protein) ,
(b) Kontaktieren eines Zellextrakts mit dem Antikörper und Identifizieren des Antikörper/Protein-Komplexes ,
(c) Analysieren des Komplexes, um ein Protein zu identifizieren, das an das Protein des Komplexes gebunden hat und kein Antikörper ist, und
(d) ggf. Wiederholen der Schritte (a) bis (c) , um weitere Proteine dieser Funktion zu identifizieren.
Die Erfindung wird weiter anhand der Figuren beschrieben, welche zeigen:
Figur 1: humane cDNA-Sequenz (Gen T) und abgeleitete Aminosäuresequenz
Figur 2: humane genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 3 : humane genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 4: humane genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 5: humane genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 6: humane genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 7: humane genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 8: humane genomische DNA-Sequenz (Gen T) Figur 9: partielle murine cDNA-Sequenz (Gen T) und abgeleitete Aminosäuresequenz
Figur 10: partielle murine genomische DNA-Sequenz (Gen T)
Figur 11: partielle humane cDNA-Sequenz (Gen T2 ) und abgeleitete Aminosäuresequenz
Figur 12: partielle murine cDNA-Sequenz (Gen T2 ) und abgeleitete Aminosäuresequenz
Figur 13: partielle murine cDNA-Sequenz (Gen T2 ) und abgeleitete Aminosäuresequenz
Figur 14: Spleißvariante des humanen T-Gens mit abgeleiteter Aminosäuresequenz
Figur 15: Spleißvariante des humanen T-Gens mit abgeleiteter Aminosäuresequenz
Fig. 16: partielle humane cDNA-Sequenz (Gen T2 ) mit abgeleiteter Aminosäuresequenz
Fig. 17: partielle humane cDNA-Sequenz (Gen T3 ; Protein-Isoform 1) mit abgeleiteter Aminosäuresequenz
Fig. 18: partielle humane cDNA-Sequenz (Gen T3 ; Protein-Isoform 2) mit abgeleiteter Aminosäuresequenz Fig. 19: partielle murine cDNA-Sequenz mit abgeleiteter Aminosäuresequenz (Gen T3 )
Fig. 20: Oligonukleotide und Peptide (T-Gen)
Fig. 21: Sequenzvergleich innerhalb der T-Familie
Fig. 22: Proteinalignment von POM121-Protein und T-Protein
Fig. 23: Northern Blot Analyse
Fig. 24: Immunhistochemische Untersuchungen und elektronenmikroskopische Aufnahmen
Fig. 25: In-situ Hybridisierung mit embryonaler RNA
Fig. 26: In-situ Hybridisierung mit RNA aus Gehirn
Fig. 27: In-situ Hybridisierung mit RNA aus fötalem Gehirn
Fig. 28: In-situ Hybridisierung mit RNA aus Nervengeweben der Maus
Fig. 29: Vergleich der Coiled-Coil-Regionen zwischen CLIP-Protein, T-Protein und POM121
Fig. 30: Hydrophobizitätsblots für POM 121, T-Protein und T3 -Protein Folgende Clone wurden gemäß Budapester Vertrag bei der DSMZ (Deutsche Sammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH) , Mascheroder Weg 1b, Braunschweig, am 18. August 1998 hinterlegt :
Clon JFC277 (DSM12371); humane cDNA; repräsentiert die humane cDNA-Sequenz von Bp 1218-3690
Clon JFC405 (DSM12372); humane cDNA; repräsentiert die humane cDNA-Sequenz von Bp 1-1891
Clon JFC601 (DSM12373); murine cDNA; repräsentiert die murine cDNA-Sequenz von Bp 225-3026
Clon JFC950 (DSM12374); humaner genomischer Clon; repräsentiert humane genomische Sequenz
Clon JFC955 (DSM12375); humaner genomischer Clon; repräsentiert humane genomische Sequenz; beinhaltet Start der cDNA-Sequenz
Clon JFC N2112 (DSM12376) ; humaner genomischer Clon; wurde vollständig sequenziert. Die Sequenz ist in Fig. 2 gezeigt und enthält die Sequenz von Bp 1756-4228 der humanen cDNA- Sequenz .
Am 2. Februar 1999 wurde folgender Clon gemäß Budapester Vertrag bei der DSMZ hinterlegt:
Clon JFC-BN27 (DSM 12659); enthält die Sequenz von Bp 4370-8690 der humanen cDNA-Sequenz
Am 19. Februar 1999 wurde folgender Clon gemäß Budapester Vertrag bei der DSMZ hinterlegt:
Clon JFC-BN20 (DSM 12698); enthält die Sequenz von Bp 2025-6280 der humanen cDNA-Sequenz Am 1. Februar 2000 wurde folgender Clon gemäß Budapester Vertrag bei der DSMZ hinterlegt:
cDNA-Klon pL70 (DSM13270); repräsentiert wesentliche Teile des Gens T3.
Die in den Fig. 2-8 gezeigten Sequenzen entstammen den Klonen JFC955 (DSM 12375) und JFC950 (DSM 12374) . Die in Fig. 1 gezeigte Sequenz stammt aus den Clonen JFC277 (DSM 12371), JFC405 (DSM 12372) und JFC-BN27 (DSM 12659) und JFC-BN20 (DSM 12698) . Die in Fig. 9 gezeigte Sequenz stammt aus dem Clon JFC610 (DSM12373) .
Die Erfindung wird weiter anhand des nachfolgenden Ausführungsbeispiels beschrieben.
BEISPIELE
Hinsichtlich der verwendeten Methoden wird auch auf Sambrook, J., Fritsch, E.F. und Maniatis, T. (Molecular cloning; a laboratory manual ; second edition; Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989) und Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, 1994-1998) hingewiesen, wobei die nachfolgend erwähnten Techniken, insbesondere Präparation von DNA bzw. RNA oder Νorthern-Blot dem Fachmann hinreichend bekannt sind und beherrscht werden.
Bevor die Durchführung der Experimente im einzelnen beschrieben wird, soll im nächsten Abschnitt erst einmal die Arbeitsstrategie erläutert werden. Auf der Suche nach Genen, die im mutierten Zustand Erkrankungen des ZNS (z.B. neurodegenerative Erkrankungen, mentale Retardierungen, Tumorerkrankungen des ZNS) auslösen, wurden aus einer humanen fötalen Gehirn-cDNA-Bibliothek (Fa. Strata- gene, Heidelberg) 23 cDNA-Klone isoliert. Eine humane fötale Gehirn-cDNA-Bibliothek wurde als Ausgangsmaterial verwendet, da davon ausgegangen wurde, daß in einer fötalen Gehirn-cDNA- Bibliothek Gene, die in der Entwicklung des ZNS und insbesondere des Gehirns eine Rolle spielen, vorhanden sind. Da aber auch sogenannte Haushaltsgene (Gene, die in den meisten Geweben exprimiert werden) im ZNS exprimiert werden, wurde nun getestet, ob die ausgewählten cDNA-Klone von Genen stammen, die eine ZNS-spezifische Expression aufweisen. Hierzu wurden die in den einzelnen cDNA-Klonen enthaltenen cDNA-Stücke ('Inserts') isoliert und für die Hybridisierung mit Northernblots verwendet. Die verwendeten Northernblots beinhalteten polyA-RNA aus verschiedenen menschlichen Geweben (z.B. Gehirn, Skelettmuskel, Leber und Niere) und verschiedenen Entwicklungsstadien (fötale und adulte Gewebe) . Da, wie oben erwähnt, im fötalen Gehirn nicht nur gehirnspezifische Gene exprimiert werden, wurde die Hybrdisierung mit den Northernblots dazu verwendet, cDNA-Klone zu identifizieren, die vor allem im Gehirn exprimiert werden und weniger in anderen Geweben. Durch diese differentielle Analyse konnte ein cDNA-Klon identifiziert werden, der ein gehirnspezifisches Expressionsmuster aufweist. Unter Verwendung dieses cDNA-Klons konnte durch wiederholtes Hybridisieren der fötalen cDNA-Bibliothek die gesamte mRNA-Sequenz für das darin codierte neue Protein isoliert und entschlüsselt werden (Gen T mit darin codiertem Protein TP) .
BEISPIEL 1: Identifizierung der T-Gene 1. Titration der cDNA-Bibliotheken
Um eine effektive Infektion zu gewährleisten, war es zunächst notwendig, in einer Übernachtkultur phagenkompetente Bakterien herzustellen. Die in dem Medium enthaltenen Magnesium-Ionen induzieren den Maltose-Rezeptor der Bakterien, an dem der Phage bindet, um das Bakterium zu infizieren.
Durchführung :
50 μl E. coli XLl-Blue in 50 ml LB-Medium ansetzen, wobei dem Medium MgS04 in einer Konzentration von 10 mM zugesetzt wird. Bei 30°C und 220 rpm über Nacht inkubieren. Abzentrifugieren der Bakterien bei 4°C und 1000 xg für 10 min. In 25 ml 10 mM MgS04 resuspendieren. Die so erzeugten phagenkompetenten Bakterien waren bei 4°C bis zu einer Woche lagerfähig.
2. Ausplattieren der cDNA-Bibliotheken
Zum Ausplattieren der Bibliothek mußten Baltimore Biological Lab. (BBL) -Agarplatten, und BBL-Top-Agarose vorbereitet werden. Die Phagen (humane bzw. murine cDNA-Bibliothek, Fa. Stratagene) wurden, um nach dem Ausplattieren Einzelplaques zu erhalten, mit SM-Medium 1:103 und 1:104 verdünnt.
Durchführung :
Für den BBL-Agar (pH 7,2) werden 10 g BBL-Trypticase, 5 g NaCl, und 10 g Select Agar eingewogen und auf 1 1 mit H20 aufgefüllt. Der Agar wird durch Autoklavieren gelöst. Nach Abkühlen auf ca. 60°C die Platten gießen. Die Platten werden vor Gebrauch auf 37°C vorgewärmt, um ein vorzeitiges Erstarren der Top-Agarose zu vermeiden. Die BBL-Top-Agarose (pH 7,2) wurde mit 10 g BBL-Trypticase, 5 g NaCl, 6,5 g Agarose und 10 ml IM MgS04-Lösung auf 1 1 H20 angesetzt. Durch Autoklavieren lösen und im Wasserbad auf 41°C bereitstellen. 15 μl wie vorstehend angeben verdünnte Phagenlösung und 250 μl der kompetenten XL-1 Bakterien in ein 15 ml Falcontube geben. 20 min. bei Raumtemperatur inkubieren. 10 ml BBL-Top Agarose zugeben, schwenken und auf die angewärmte Agarplatte geben. Nach ca. 20 min ist die Top-Agarose-Schicht fest, und die Platten können mit der Agarseite nach oben gestapelt werden. Die Inkubation erfolgt über Nacht bei 37°C. Die Platten sind nach abgelaufener Inkubationszeit bei 4°C lagerbar oder können direkt zum Transfer der Phagenplaques verwendet werden. Zur Lagerung die Platten diese zusammen mit einem chloroformgetränkten Tuch in Plastiksäcken gut verschließen. Das Chloroform verhindert das Wachstum von kälteliebenden Bakterien und Pilzen.
3. In vivo Exeision
Die verwendeten cDNA-Banken (humane und murine fötale Gehirn- cDNA-Bibliothek; Fa. Stratagene, Heidelberg) waren in dem Vektor λ-ZAPII kloniert. Hierdurch bestand die Möglichkeit, die Subklonierung des Phageninserts in einen Plasmid-Vektor zu umgehen. Dieses Protokoll erlaubt es auf einfache Weise, cDNA, die sich als Insert im λ-ZAPII-Vektor befindet, durch einen in vivo Ansatz in ein Insert zu überführen, das sich nun im Plasmid Blueskript SK(-) befindet. Das Prinzip dieses Ansatzes liegt darin, daß durch einen Helferphagen Informationen für Proteine eingebracht werden, die eine DNA-Amplifikation nur in dem Bereich des Phagengenoms erlauben, die die genetische Information für das Plasmid mit cDNA-Insert besitzen. Es wurde weitgehend nach dem Protokoll des Herstellers (Stratagene) verfahren.
Insbesondere wurde so ausplattiert, daß Einzel-Phagenplaques auf der Platte waren. Mit diesen Einzelplaques wurde dann das in-vivo Exe i s i onspro t okol 1 durchgeführt. Aus den Bakterienklonen wurde die Plasmid-DNA und deren Plasmid- Inserts isoliert und anschließend mit Northern Blots hydridisiert . Die Auswahl der weiter zu untersuchenden Klone beruhte auf dem Expressionsmuster bei den Northern Blots.
Durchführung :
100 μl eines Einzel-Phagen λ-ZAPII-Klones mit 200 μl XL1- Bakterien und 2 μl Helferphagen (im Stratagene-Kit enthalten) versetzen. 15 min. bei 37°C und 80 rpm schütteln, wobei die spezifische Anlagerung beider Phagentypen an das Wirtsbakte- rium stattfindet. 3 ml LB-Medium zugeben. 2 h bei 37°C und 200 rpm inkubieren. Während dieser Zeit findet die DNA-Replikation des im 1-ZAPII-Vektors enthaltenen Plasmides, dessen Zirkularisierung, sowie die Verpackung in Hüllproteine und Ausschleusung aus dem Bakterium statt. Auf 70°C für 20 min. erhitzen. Im Anschluß 15 min. bei 4000g zentrifugieren. Dies tötet die noch verbliebenen Bakterien ab und trennt deren Bruchstücke von den in der Phagenhülle vorhandenen Plasmiden ab, die sich im Überstand befinden. 1 μl davon zu 200 μl SOLR- Wirtszellen geben, 15 min. bei 37°C inkubieren. 100 μl auf LB/Amp-Platten ausplattieren. Über Nacht bei 37°C lagern. Die nun gewachsenen Bakterienklone enthalten das Plasmid mit dem entsprechenden cDNA-Insert. Es wurde jeweils eine Mini-Prep- DNA-Präparation durchgeführt.
4. "random primed" DNA-Markierung
Die radioaktive Markierung der doppelsträngigen Insert-DNA des cDNA-Klons wurde für die weitere Isolation von überlappenden cDNA-Klonen wie folgt durchgeführt.
Durchführung :
Für einen typischen Markierungsansatz 100 ng DNA in einem Volumen von 12 μl H20 lösen. 10 minütiges Erhitzen auf 95°C bewirkt die Denaturierung der DNA in Einzelstränge. Ansatz auf Eis lagern, um eine Reassoziation der beiden komplementären DNA-Stränge zu verhindern. Den Reaktionsansatz durch 4 μl OLB (Oligo-labelling-buffer, 1 μl Klenow (1U) sowie 2 , 5 μl a-32P- dCTP und 2,5 l a-32P-dATP komplettieren. Über Nacht bei Raumtemperatur inkubieren. Während dieser Zeit findet die Bildung des Komplementärstranges, ausgehend von den an einen Einzelstrang angelagerten Hexanucleotiden, durch das Klenow- Fragment der E. coli DNA-Polymerase I statt. Die radioaktive Markierung der DNA erfolgt durch den Einbau des a-32P-dCTP und des a-32P-dATP.
5. Abtrennen von nicht-eingebauten radioaktiven Nucleotiden
Die Abtrennung der nichteingebauten Nucleotide erfolgte mit Hilfe einer selbst gefertigten Sephadex G-50 Säule. Das Au f t r ennung s p r i n z i p der Säule beruht auf der Ausschlußchromatographie. Die kleineren nichteingebauten Nucleotide passen in kleine Poren des Säulenmaterials, während die DNA von diesen ausgeschlossen bleibt. Das Volumen, in dem sich die Nucleotide bewegen können ist daher größer als das Volumen, das der DNA zur Verfügung steht. Trägt man nun ein Gemisch aus DNA und Nucleotiden auf die Säule, so läuft die DNA schneller als die Nucleotide durch die Säule. Dies erlaubt die Abtrennung der nichteingebauten Nucleotide.
Durchführung :
Eine Pasteurpipette wurde mit einem kleinen Glaskügelchen verschlossen. Auffüllen der Pasteurpipette mit in Wasser gelöstem Sephadex G-50 ("Fine") bis sich das Füllmaterial 5 cm unter der Oberkante der Pasteurpipette befindet. 2x Spülen der Säule mit TE . Auftragen des obigen radioaktiven Markierungsansatzes. Zugabe von 320 μl TE. Die Lösung, die durch die Säule gelaufen ist, verwerfen. Eppendorf-Tube unter die Säule stellen. Zugabe von 350 μl TE. Auffangen der durch die Säule gelaufenen radioaktiven Lösung.
6. Plaαue-"blot"
Der Plaque-"Blot" wurde für die Analyse der cDNA-Bibliothek vorgenommen, um die in Phagenklonen befindliche cDNA der Hybridisierung zugänglich zu machen.
Durchführung :
Eine beschriftete, markierte Hybond-N-Membran luftblasenfrei für 1 min auf die Platte mit den Phagenplaques legen. Das Markierungsmuster wurde übertragen. 10 min auf mit Denaturierungslösung (0,5 M NaOH; 1,5 M NaCl) getränktes Whatmanpapier legen, die Plaque-Seite nach oben. 10 min. in 50 mM Phosphatpuffer neutralisieren. Mit einem Phosphatpuffergetränkten Kleenex-Tuch werden die verbleibenden Reste des Bakterienrasens mit leichtem Druck abgewischt. Die Filter werden bei Raumtemperatur zum Trocknen ausgelegt. Anschließend wurden die Filter 1 h bei 90°C gebacken. 7. Hvbridisierunσ
Die Hybridisierung beruht auf der Bindung komplementärer, einzels trängiger Nucleinsäuren. Dazu wurde die zu untersuchende DNA auf einer Membran immobilisiert und mit einer radioaktiv markierten Sonde hybridisiert. Die komplementäre Bindung bleibt auch nach dem Abwaschen der unspezifisch adhärenten Sonden erhalten und kann autoradiographisch sichtbar gemacht werden. Bei der Hybridsierung wurden einzelsträngige Moleküle unter Salz- und Temperaturbedingungen inkubiert, die die Bildung von basengepaarten doppel s t rängen begünstigen. Einen entscheidenden Faktor bei der Assoziations- und der Dissoziationski- netik stellen die Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Basen-paaren G-C und A-T dar. Die Hybridisierungsreaktion wird durch Veränderungen der Temperatur und der Salz- und Probenkonzentration beeinflußt.
Durchführung :
Zunächst die DNA-Filter in Hybridisierungslösung (0,5 M NaPi
(pH 7,2); 7% SDS; 0,2% BSA; 0,2% PEG 6000; 0,05% Polyvinylpyrrolidon 360000; 0,05% Ficoll 70000; 0,5% Dextransulfat) mit 0,1 ml/cm2 bei 65°C prähybridisieren. Dazu die Filter in einer Kunststoffbox in einem Schüttelwasserbad für die Dauer von mindestens 1 h bei 65°C inkubieren. Die Prähybridisierungslösung verwerfen. Die radioaktiv markierte Probe (s. oben 4. und 5.) mit 0,5 ml/cπr Hybridisierungslösung
(65°C) auf die Filter geben. Die Aktivität der Probe sollte 50 cpm, gemessen im Abstand von 40 cm, nicht unterschreiten. Die Hybridisierung erfolgt über Nacht bei 65°C (humane cDNA- Bibliothek) oder 55°C (Interspezieshybridisierungen Mensch- Maus und zur Isolation der homologen Gene) . Die Filter zweimal 30 min mit etwa 500 ml Waschpuffer im Schüttelbad bei 65°C
(55°C) waschen. Daran anschließend wurde eine Autoradiographie durchgeführt . 8. Autoradiographie
Die Filter wurden in Frischhaltefolie verpackt. Die Autoradiographie erfolgte bei -80°C in einer Röntgenkassette, die eine Verstärkerfolie aus Calciumwolframat enthielt. Die Exponierung dauerte je nach Stärke des Signals 30 min bis einige Tage.
Mit Hilfe der oben genannten Techniken konnte die komplette mRNA, die für das Protein des Gens T codiert, isoliert werden. Desweiteren konnte unter der Verwendung von cDΝA-Klonen dieses neu isolierten Gens T zwei weitere Gene (T2 und T3 ) isoliert werden, die mit diesem Gen ausgeprägte Homologien aufweisen. Hierzu wurden wieder die oben erwähnten Techniken verwendet. Zur Isolation der verwandten Gene T2 und T3 wurde die Hybridisierungstemperatur auf 55°C erniedrigt.
BEISPIEL 2: Northern Blot
Die 'multiple tissue Northern blots' wurden von der Firma CLONTECH (Palo Alto, Kalifornien, USA) gekauft und nach den Anweisungen des Herstellers angewendet. Die jeweiligen DNA- Proben der Gene T, T2 und T3 wurden radioaktiv markiert und mit den Northern hybridisiert. Für die Analyse des Expressionsmusters auf Northern-Blot-Ebene wurde für das T-Gen die Sequenz von bp 1-4200 der Fig. 1 verwendet. Für das Gen T3 wurde die Sequenz von bp 1310-4870 der Fig. 17 für die Hybridisierung verwendet. Für das Gen T2 wurde die Sequenz von bp 3120-4230 der Fig. 16. Zur radioaktiven Markierung doppelsträngiger DNA wurde die "random priming" Methode verwendet .
a) Random Priming:
Für einen typischen Markierungsansatz 100 ng DNA in einem Volumen von 12 μl lösen. 10 inütiges Erhitzen auf 95°C bewirkt die Denaturierung der DNA in Einzelstränge. Ansatz auf Eis lagern, um eine Reassoziation der beiden komplementären DNA-Stränge zu verhindern. Den Reaktionsansatz durch 4 μl OLB, 1 μl Klenow (1U) sowie 2 , 5 μl a-32P- dCTP und 2 , 5 μl a-32P- dATP komplettieren. Über Nacht bei Raumtemperatur inkubieren. Während dieser Zeit findet die Bildung des KomplementärStranges, ausgehend von den an einen Einzelstrang angelagerten Hexanucleotiden, durch das Klenow-Fragment der E. coli DNA-Polymerase I statt. Die radioaktive Markierung der DNA erfolgt durch den Einbau des a-32P-dCTP und des a-32P- dATP.
Die Abtrennung der nichteingebauten Nucleotide erfolgte mit Hilfe einer selbst gefertigten Sephadex G-50 Säule. Das Au f t r ennung sp r i n z i p der Säule beruht auf der Ausschlußchromatographie. Die kleineren nichteingebauten Nucleotide passen in kleine Poren des Säulenmaterials, während die DNA von diesen ausgeschlossen bleibt. Das Volumen, in dem sich die Nucleotide bewegen können ist daher größer als das Volumen, das der DNA zur Verfügung steht. Trägt man nun ein Gemisch aus DNA und Nucleotiden auf die Säule, so läuft die DNA schneller als die Nucleotide durch die Säule. Dies erlaubt die Abtrennung der nichteingebauten Nucleotide. Dazu wird eine Pasteurpipette mit einem kleinen Glaskügelchen verschlossen. Auffüllen der Pasteurpipette mit in Wasser gelöstem Sephadex G-50 ("Fine") bis sich das Füllmaterial 5 cm unter der Oberkante der Pasteurpipette befindet. 2x Spülen der Säule mit TE. Auftragen des radioaktiven Markierungsansatzes. Zugabe von 320 μl TE. Die Lösung, die durch die Säule gelaufen ist, verwerfen. Eppendorf-Tube unter die Säule stellen. Zugabe von 350 μl TE. Auffangen der durch die Säule gelaufenen radioaktiven Lösung.
b) Hvbridisisieruncr:
Die Hybridisierung der Northern Blots erfolgte wie nachfolgend beschrieben. Zunächst wurden die Northern blots in 10 ml Hybridisierungslösung (350 ml 20%iges SDS, 500 ml IM Phosphatpuffer, pH 7,2; 150 ml dest. Wasser) bei 65°C prähybridisiert. Dazu die wurden Northern blots in einer Glasröhre in einem Hybridisierungs-Rollofen für die Dauer von
6 h bei 65°C inkubiert.
Die Prähybridisierungslösung wurde verworfen. Die radioaktiv markierte Probe wurde mit 10 ml Hybridisierungslösung (65°C) auf die Filter gegeben.
Die Hybridisierung erfolgte über Nacht bei 65°C. Die Filter wurden dann zweimal 30 min mit etwa 500 ml Waschpuffer (80 ml
IM Phosphatpuffer, pH 7,2; 100 ml 20% iges SDS, 1820 ml dest.
Wasser) im Schüttelbad bei 65°C gewaschen.
c) Autoradiographie:
Die Filter wurden in Kunststoffolie eingeschweißt. Die Autoradiographie erfolgte bei -80°C in einer Röntgenkassette, die eine Verstärkerfolie aus Calciumwolframat enthielt. Die Exponierung dauerte je nach Stärke des Signals 1-4 Tage.
Die Ergebnisse der durchgeführten Northern Blots sind in Fig. 23 gezeigt.
BEISPIEL 3: RNA in situ Hybridisierung
Embryos in verschiedenen Entwicklungstadien wurden aus schwangeren NMRI-Mäusen isoliert. Die Embryonen und andere Gewebeproben wurden über Nacht mit 4% Paraformaldehyd in PBS bei 4°C fixiert. 10 μm Gefrierschnitte der Embryos wurden auf mit 3-Aminopropyltriethoxysilane beschichteten Objektträgern transferiert. Sinnstrang ("Sense")- und Gegenstrang ( "Antisense" ) -Proben wurden durch in vi tro Transkription mit a-35S-UTP, mit einer spezifischen Aktivität von >109 Zerfälle pro Minute/μg, hergestellt. Hierzu wurde der linearisierte Maus-T-Gen cDNA-Klon aus Fig. 9 mit T7- oder Sp6-RNA- Polymerase transkribiert. Die Probenlänge wurde durch alkalische Lyse auf 150-200 Nucleotide reduziert. Die Objektträger wurden in einer Lösung, die 50% Formamid, 10% Dextransulfat, 0,3 M NaCL, 10 mM Tris, 10 mM Natriumphosphat pH 6.8, 20 mM Dithiothreitol , 0,2% Denhardt ' s Lösung, 0,1 Triton X-100, 0,1 mg/ml Escherichia coli RNA und 0,1 mM nichtradioaktives a-S-UTP enthielt, bei 54°C vorhybridisiert. Für die Hybridisierung wurde die 35S-markierte Probe (8 x 104 Zerfälle pro Minute pro ml) zum Hybridisierungsmix zugegeben und die Hybridisierung dann für 16 h bei 54°C in einer feuchten Kammer fortgesetzt. Die Objektträger wurden dann in der Hybridisierungslösung für 2 h gewaschen. Die verbliebene nichthybridisierte RNA-Probe wurde dann mit RNase A verdaut. Die Objektträger wurden dann 30 min bei 37°C mit 2x SSC, 0,1% SDS und 30 min mit 0 , lx SSC, 0,1% SDS gewaschen. Anschließend wurden die Objektträger mit ansteigenden Ethanol- Konzentrationen dehydriert. Die Objektträger wurden dann mit Ilford K5 Autoradiografieemulsion bedeckt. Nach 1-2 Wochen Exposition bei 4°C wurden die Objektträger in Kodak Dl9b- Entwickler inkubiert und dann mit Giemsa gefärbt. Die Schnitte wurden in Dunkel- und Hellfeld Ausleuchtung mit einem Zeiss SV8-Stereomikroskop und einem Axiophot Mikroskop analysiert und mit einem Agfa Ortho-Schwarz-Weiß-Film fotografiert.
Die Ergebnisse der RNA in-situ Hybridisierung sind in den Figs . 25, 26, 27 und 28 gezeigt.
Fig. 25: Expression des Maus T-Gens während der Mausembryogenese . Hellfeld- (a,c,e,g) und Dunkelfeldbilder (b, d, f, h) von Horizontal- (a,b) und Sagittalschnitten (c-h) durch einen 10,5 (a,b), 12,5 (c,d), 14,5 (e,f) und 16,5 (g,h) dpc Embryo (dpc = days post coneeptionem) , die mit einer Antisense-Riboprobe des Maus-T-Gens hybridisiert wurden, dec = Decidua, g = Darm, he = Herz, lab = Labyrinth, li = Leber, me = Myelcephalon, sc = Rückenmark, sga = Spinalganglien, sb = Zahnknospe, te = Telencephalon. Balken = 1 mm
Fig. 26: Expression des Maus-T-Gens im postnatalen Gehirn. Hellfeld- (a,d) und Dunkel feldbilder (b,c,e,f) von Horizontalschnitten durch einen 1 wpn (weeks post natalis) und 6 wpn Kopf, die mit einer T-Gen Antisense (b,e) und Senseprobe (c,f) hybridisiert wurden, ce = Cerebellum, cor = Cortex, cos = Colliculuε, ey = Auge, hi = Hippocampus, ne Nasalepithelium, ob = Riechkolben. Balken = 1 mm
Fig. 27: Stärkere Vergrößerung des 10,5 dcp Embryos von Fig. 25 a,b. Die Pfeile zeigen auf einen Bereich von geringer Expression in den Somiten (Pfeile in b) . Eine starke Expression ist in der Region zwischen Mesencephalon und Telencephalon ( "Forbrain-Midbrain-Junction" ) zu erkennen. Aod = Aorta dorsalis, me = Mesencephalon, sc = Rückenmark, te = Telencephalon. Balken = 100
Figure imgf000051_0001
Fig. 28: Expression des T-Gens während der Entwicklung des Nervensystems. Expression des T-Gens in Neuronen der Mantelzone des sich entwickelnden Gehirns und in Nuclei von peripheren Nerven (Pfeil in b) . In proliferierenden Neuronen in der subventrikulären Schicht oder in migrierenden Neuronen der Intermediate-Zone (c,d) ist keine Expression sichtbar. Am Tag 16,5 dcp ist eine starke Expression in sich differenzierenden Neuronen der Mantelzone des Telencephalons sichtbar (e,d) . Weiterhin ist eine Expression in Neuronen des Rückenmarks und der Spinalganglien sichtbar (g,h) . Desweiteren ist eine geringe Expression in einer einzelnen Schicht unter der Haut sichtbar (g,h). iz = Intermediatzone, mz = Mantelzone, sc = Rückenmark, sga = Spinalganglien, sk = Haut, svl = Subventricularschicht , vn = Ventrikel. Balken = 100 μm.
BEISPIEL 4: Herstellung von Antikörpern
Mit einen synthetisch hergestellten Peptid der Sequenz "EKGEDPETRRMRTVKNIAD " werden Tiere zur Erzeugung von Antikörpern gegen das T-Protein wie folgt immunisiert:
Immunisierunqsprotokoll für polyklonale Antikörper im
Kaninchen
Pro Immunisierung werden 600 μg gereinigtes KLH-gekoppeltes
Peptid in 0,7 ml PBS und 0,7 ml komplettem bzw. inkomplettem Freund 's Adjuvans eingesetzt.
Tag 0: 1. Immunisierung (komplettes Freund ' s Adjuvans) Tag 14: 2. Immunisierung (inkomplettes Freund' s Adjuvans; icFA)
Tag 28 3. Immunisierung (icFA) Tag 56 4. Immunisierung (icFA) Tag 80 Ausbluten
Das Serum des Kaninchens wird im Immunoblot getestet. Hierzu wird das zur Immunisierung eingesetzte Peptid einer SDS- Polyacrylamid-Gelelektrophorese unterzogen und auf ein Nitrocellulosefilter übertragen (vgl. Khyse-Andersen, J., J. Biochem. Biophys . Meth. 10, (1984), 203-209). Die Western Blot-Analyse wurde wie in Bock, C.-T. et al . , Virus Genes 8, (1994), 215-229, beschrieben, durchgeführt. Hierzu wird das Nitrocellulosefilter eine Stunde bei 37°C mit einem ersten Antikörper inkubiert. Dieser Antikörper ist das Serum des Kaninchens (1:10000 in PBS) . Nach mehreren Waschschritten mit PBS wird das Nitrocellulosefilter mit einem zweiten Antikörper inkubiert. Dieser Antikörper ist ein mit alkalischer Phospha- tase gekoppelter monoklonaler Ziege Anti-Kaninchen-IgG- Antikörper (Dianova) (1:5000) in PBS. Nach 30-minütiger Inkubation bei 37°C folgen mehrere Waschschritte mit PBS und anschließend die alkalische Phosphatase-Nachweisreaktion mit Entwicklerlösung (36μM 5' Bromo-4-chloro-3-indolylphosphat , 400μM Nitroblau-tetrazolium, lOOmM Tris-HCl, pH 9.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2) bei Raumtemperatur, bis Banden sichtbar werden .
Es zeigt sich, daß erfindungsgemäße, polyklonale Antikörper hergestellt werden können.
Immunisierungsprotokoll für polyklonale Antikörper im Huhn Pro Immunisierung werden 100 μg gereinigtes KLH-gekoppeltes Peptid in 0,8 ml PBS und 0,8 ml komplettem bzw. inkomplettem Freund 's Adjuvans eingesetzt. Tag 0. 1. Immunisierung (komplettes Freund' s Adjuvans)
Tag 28: 2. Immunisierung (inkomplettes Freund' s Adjuvans; icFA)
Tag 50: 3. Immunisierung (icFA)
Aus Eigelb werden Antikörper extrahiert und im Western Blot getestet. Es werden erfindungsgemäße, polyklonale Antikörper nachgewiesen.
Immunisierunqsprotokoll für monoklonale Antikörper der Maus Pro Immunisierung werden 250 μg gereinigtes KLH-gekoppeltes Peptid in 0,25 ml PBS und 0,25 ml komplettem bzw. inkomplettem Freund' s Adjuvans eingesetzt; bei der 4. Immunisierung ist das Peptid in 0,5 ml (ohne Adjuvans) gelöst.
Tag 0. 1. Immunisierung (komplettes Freund ' s Adjuvans)
Tag 28: 2. Immunisierung (inkomplettes Freund' s Adjuvans; icFA)
Tag 56: 3. Immunisierung (icFA)
Tag 84: 4. Immunisierung (PBS) Tag 87 : Fusion
Überstände von Hybridomen werden im Western Blot getestet. Erfindungsgemäße, monoklonale Antikörper werden nachgewiesen.
BEISPIEL 5: Immunhistochemische Untersuchungen
Mit einem wie oben hergestellten äffinitätsgereinigten polyklonalen Kaninchenantikörper gegen das T-Protein (nachfolgend Erstantikörper genannt) wurden die in Fig. 24 gezeigten immunhistochemisehen Untersuchungen gemacht. Mausgehirn wurde entnommen und wie folgt behandelt.
l.Tag
Schnittdicke 6-10 μm, übliche Fixierung auf Objektträgern,
Aufbewahrung bis etwa 2 Monate in -80°C Schnitte am Abend vorher rausnehmen und über Nacht bei RT trocknen lassen
Objektträger in PBS spülen, abkippen, nochmal spülen, danach
10 min in PBS stehen lassen, Objektträger herausnehmen und um das Gewebe herum die
Flüssigkeit mit einem Tuch abwischen.
Mit PAP-PEN (Eiweiß-Glycerin; Fa. Dako) einkreisen, daß keine
Flüssigkeit mehr herauslaufen kann.
100 μl Peroxidase Blocking Solution (Fa. Dako, Hamburg) zugeben, 20 min inkubieren
Objektträger in PBS spülen, abkippen, nochmals spülen, danach
10 min in PBS stehen lassen.
Objektträger herausnehmen und um das Gewebe herum die
Flüssigkeit mit einem Tuch abwischen. Normal- (Schaf ) -Serum mit PBS 1:10 verdünnen (z.B. Schaf Dako
X0503, Fa. Dako Hamburg), 100 μl hiervon zugeben und 20 min inkubieren
Objektträger in PBS spülen, abkippen, nochmal spülen, danach
10 min in PBS stehen lassen, Objektträger herausnehmen und um das Gewebe herum die
Flüssigkeit mit einem Tuch abwischen.
Erstantikörper in einer Verdünnungen von 1:100 zugeben.
100 μl Erstantikörper zugeben (in PBS) und im Kühlschrank in feuchter Kammer über Nacht inkubieren. Kontrolle: ohne Erstantikörper
2. Tag
Feuchte Kammer aus dem Kühlschrank nehmen und bei RT stehen lassen. Objektträger in PBS spülen, abkippen, nochmal spülen, danach 10 min in PBS stehen lassen, wenn viele Objektträger analysiert werden, zweimal mit PBS waschen.
Objektträger herausnehmen und um das Gewebe herum die Flüssigkeit mit einem Tuch abwischen.
Zweitantikörper 'Antirabbit-Biotinyliert ' 1:100 (Fa. Amersham, Braunschweig) in PBS verdünnen und 100 μl davon zugeben. 45 min in feuchter Kammer bei RT inkubieren. Objektträger in PBS spülen, abkippen, nochmal spülen, danach 10 min in PBS stehen lassen,
Objektträger herausnehmen und um das Gewebe herum die Flüssigkeit mit einem Tuch abwischen.
Streptavidin-Peroxidase (Streptavidin-horseraddish) (Fa. Amersham, Braunschweig) 1:100 mit PBS verdünnen und 100 μl davon zugeben.
45 min in feuchter Kammer bei RT inkubieren. Objektträger in PBS spülen, abkippen, nochmals spülen, danach 10 min in PBS stehen lassen,
Objektträger herausnehmen und um das Gewebe herum die Flüssigkeit mit einem Tuch abwischen.
Färben : Pro ml Puffer einen Tropfen Chromogen kurz vor
Benutzung zugeben. Vortexen und dunkel stellen.
100 μl Färbelösung (Fa. Dako, Hamburg) zugeben. Zum Schluß die
Kontrolle färben. Etwa 2 min inkubieren.
Objektträger in Wasser inkubieren. Unter dem Mikroskop anschauen.
1-2 Tropfen Crystal Mount auf Schnitt geben. Falls eine Luftblase vorhanden ist, mit einem Papiertaschentuch absaugen. Der Rest des Objektträgers wird mit HCl-EtOH zur Entfernung der Farbe abgewischt.
Auf Deckgals einen Strich Klebstoff (Eukitt) geben. Deckglas auf Objektträger ohne Erzeugung von Luftblasen andrücken.
Das Enzym am Zweitantikörper führt zu einer Farbstoffbildung (DAB) , wodurch das T-Protein nachgewiesen werden kann.
Fig. 24 (a-d) : lichtmikroskopische Aufnahmen, die zeigen, dass das T-Protein im oder am Kern der Zelle lokalisiert ist. Die elekronenmikrospopsiche Aufnahme in e zeigt, dass das T- Protein nicht im Kern, sondern in der Membran lokalisiert ist. Die Bilder sind in sehr guter Übereinstimmung mit einer Funktion als membranständiges Kernporenprotein. Die Pfeile in e zeigen den gebildeten Farbstoff , der auf der cytoplasmatischen Seite der Kernmembran zu sehen ist.

Claims

Patentansprüche
1. DNA-Sequenz, die ein Protein codiert, das an der Entwicklung des Nervensystems, insbesondere des ZNS, beteiligt ist und gewebe- und entwicklungsspezifisch exprimiert wird, wobei die DNA-Sequenz folgende DNA- Sequenzen umfaßt:
(a) die DNA-Sequenz von Fig. 1, Fig. 2, Fig. 3,
Fig. 4, Fig. 5, Fig. 6, Fig. 7 oder Fig. 8;
(b) die DNA-Sequenz von Fig. 9 oder Fig. 10;
(c) die DNA-Sequenz von Fig. 11;
(d) die DNA-Sequenz von Fig. 12 oder Fig. 13; (e) die DNA-Sequenz von Fig. 14 oder Fig. 15,
(f) die DNA-Sequenz von Fig. 16,
(g) die DNA-Sequenz von Fig. 17 oder 18, (h) die DNA-Sequenz von Fig. 19,
(i) eine mit (a) , (b) , (c) , (d) , (e) , (f ) , (g) oder (h) hybridisierende DNA-Sequenz;
(j) Fragmente, Varianten, funktioneile Äquivalente, Derivate oder Vorläufer der DNA- Sequenz von (a) , (b) , (c) , (d) , (e) , (f ) , (g) , (h) oder (i) ; oder (k) eine DNA-Sequenz, die sich von der DNA-Sequenz von (a), (b), (c) , (d) , (e) , (f ) , (g) , (h) , (i) oder (j) aufgrund der Degeneration des genetischen Codes unterscheidet.
2. DNA-Sequenz nach Anspruch 1, die ein Protein bzw. Peptid codiert, das die Aminosäuresequenz von Fig. 1, Fig. 9, Fig. 11, Fig, 12, Fig. 13, Fig. 14, Fig. 15, Fig. 16, Fig. 17, Fig. 18 oder Fig. 19 umfaßt, wobei das Protein bzw. Peptid die in Anspruch 1 definierte biologische Aktivität hat.
3. Antisense-RNA, dadurch gekennzeichnet, daß sie zu der DΝA-Sequenz von Anspruch 1 oder 2 komplementär ist und die Synthese des von dieser DNA-Sequenz codierten Proteins verringern oder hemmen kann.
Ribozym, dadurch gekennzeichnet, daß es zu der DNA- Sequenz von Anspruch 1 oder 2 komplementär ist und an die von dieser DNA-Sequenz transkribierte RNA spezifisch binden und diese spalten kann, wodurch die Synthese des von dieser DNA-Sequenz codierten Proteins verringert oder gehemmt wird.
5. Expressionsvektor, die DΝA-Sequenz nach Anspruch 1 oder 2 enthaltend oder die Antisense-RNA nach Anspruch 3 oder das Ribozym nach Anspruch 4 codierend.
6. Expressionsvektor nach Anspruch 5, wobei dieser zusätzlich den Promotor des humanen T-Gens oder eines Orthologen des T-Gens beinhaltet.
7. Expressionsvektor nach Anspruch 5 oder 6, der das T- , T2- oder T3-Protein oder Fragmente davon in Form eines
Reporterfusionsproteins kodiert.
8. Wirtszelle, die mit dem Expressionsvektor nach einem der Ansprüche 5-7 transformiert ist.
9. Protein, das von der DΝA-Sequenz nach Anspruch 1 oder 2 codiert wird und das an der Entwicklung des Nervensystems beteiligt ist und gewebe- und entwicklungsspezifisch exprimiert wird bzw. Fusionsproteine, Fragmente, Varianten, Derivate oder Vorläufer des Proteins.
10. Protein nach Anspruch 9, wobei dieses eines der folgenden Motive aufweist:
Motiv 1 (A,T) (I,P,V) (L,T) (G,A,Q) (L, V) XXX (L, V) Motiv 2 IYTDWAN Motiv 3 AXXXXXXXXXGXXXXXXAXXXXXXXXXXXXXXXXXXQ Motiv 4 SXXXXDX ( 12 , 20 ) KX ( 17 , 22 ) AXXXXXXXXL Motiv 5 IYTDWANXXLX (K, R) Motiv 6: KX(18,21)AXXXXXXXXLX(15,24)S Motiv 7: NX(3,11)SXXXAXXXXXXXL
mit : X = jede Aminosäure (A,T) = Aminosäure A oder T an dieser Stelle
X(Zahl 1, Zahl 2) = Zahl 1 bis Zahl 2 X's an dieser Stelle
11. Verfahren zur Herstellung des Proteins nach Anspruch 9, das die Züchtung der Wirtszelle nach Anspruch 8 unter geeigneten Bedingungen und die Gewinnung des Proteins aus der Zelle oder dem Zuchtmedium umfaßt.
12. Antikörper, der gegen das Protein nach Anspruch 9 gerichtet ist, oder Fragment davon.
13. Antikörper nach Anspruch 12, wobei dieser durch Immunisierung von Tieren mit einen Peptid mit der Sequenz "EKGEDPETRRMRTVKNIAD" erhalten wird.
14. Verwendung der DNA-Sequenz nach Anspruch 1 oder 2, der Antisense-RNA nach Anspruch 3 , des Ribozyms nach Anspruch 4, des Expressionsvektors nach einem der Ansprüche 5-7, des Proteins nach Anspruch 9 oder des Antikörpers oder des Fragments davon nach Anspruch 12 oder 13 zur Prävention oder Behandlung von Erkrankungen des Nervensystems, insbesondere des ZNS.
15. Verwendung nach Anspruch 14, wobei die Erkrankung des Nervensystems eine Tumorerkrankung des ZNS ist.
16. Verwendung nach Anspruch 14, wobei es sich bei der Behandlung von Erkrankungen des Nervensystems um die Förderung der neuronalen Regeneration bei Verletzungen des Nervensystems und bei degenerativen Erkrankungen des
Nervensystems hande11.
17. Verwendung nach Anspruch 14, wobei es sich bei der Behandlung von Erkrankungen des Nervensystems um die Wiederherstellung der neuronalen Verknüpfungen und der Wiederherstellung von angeborenen und erworbenen Fehlfunktionen des Nervensystems handelt.
18. Verwendung nach Anspruch 15 zur Hemmung des Wachstums und der Ausbreitung von Tumorzellen.
19. Diagnoseverfahren zum Nachweis einer gestörten Expression des Proteins nach Anspruch 9 oder zum Nachweis einer veränderten Form dieses Proteins, bei dem man eine Probe mit der DNA-Sequenz nach Anspruch 1 oder 2 oder dem Antikörper oder dem Fragment davon nach Anspruch 12 oder 13 in Berührung bringt und sodann direkt oder indirekt bestimmt, ob sich die Konzentration des Proteins und/oder seine Aminosäuresequenz im Vergleich zu einer aus einem gesunden Patienten gewonnenen Protein unterscheiden.
20. Diagnostischer Kit zur Durchführung des Verfahrens nach Anspruch 19, der die DNA-Sequenz nach Anspruch 1 oder 2 und/oder den Antikörper oder das Fragment davon nach Anspruch 12 oder 13 enthält.
21. Nicht-menschliches Säugetier, dessen natürlich vorkommendes T-, T2- oder T3-Gen eine Veränderung der
Genstruktur oder der Gensequenz aufweist.
22. Nicht-menschliches Säugetier, wobei eine Veränderung der Genstruktur des T-, T2- oder T3-Gens in dem Säugetier durch die Einführung einer Deletion, an dessen Stelle eine homologe oder heterologe Sequenz eingeführt wird, erreicht wird.
23. Nicht-menschliches Säugetier, wobei eine Veränderung der Genstruktur des T-, T2-oder T3-Gens durch Insertion einer homologen oder heterologen Sequenz in das in dem Säugetier natürlich vorkommenden entsprechenden Gen erreicht wird.
24. Nicht-menschliches Säugetier nach Anspruch 22 oder 23, wobei die heterologe Sequenz eine Selektionsmarkersequenz ist .
25. Nicht-menschliches Säugetier nach Anspruch 24, wobei die Selektionsmarkersequenz Resistenz gegen Neomycin vermittelt .
26. Verfahren zur Herstellung eines nicht-menschlichen Säugetiers nach einem der Ansprüche 21-25 gekennzeichnet durch die folgenden Schritte:
(a) Herstellung eines DNA-Fragments, insbesondere eines Vektors, enthaltend ein verändertes T-, T2- oder T3-Gen, wobei das T-, T2- oder T3-Gen durch
Insertion einer heterologen Sequenz, insbesondere eines selektierbaren Markers, verändert worden ist;
(b) Präparation embryonaler Stammzellen aus einem nicht-menschlichen Säuger (bevorzugt Maus); (c) Transformation der embryonalen Stammzellen von
Schritt (b) mit dem DNA-Fragment von Schritt (a) , wobei das T-Gen in den embryonalen Stammzellen durch homologe Rekombination mit dem DNA-Fragment von (a) verändert wird, (d) Kultivieren der Zellen von Schritt (c) ,
(e) Selektion der kultivierten Zellen von Schritt (d) auf das Vorhandensein der heterologen Sequenz, insbesondere des selektierbaren Markers,
(f) Erzeugen chimerer nicht-menschlicher Säuger aus den Zellen von Schritt (e) durch Injektion dieser
Zellen in Säuger-Blastocysten (bevorzugt Maus- Blastozyten) , Übertragen der Blastozysten in pseudo-schwangere weibliche Säuger (bevorzugt Maus) und Analyse der erhaltenen Nachkommen auf eine Veränderung des T-, T2- oder T3-Gens.
27. Transgene Zelle oder Gewebe, die bzw. das in der Lage ist, ein T-Protein oder ein Teil des T-Proteins bzw. ein Orthologes davon zu exprimieren.
28. Verwendung des nicht-menschlichen Säugetiers nach einem der Ansprüche 21-25 oder der transgenen Zelle oder des transgenen Gewebes nach Anspruch 27 für die Analyse der
Funktion der T-Gen-Familie.
29. Verwendung des nicht-menschlichen Säugetiers nach einem der Ansprüche 21-25 oder der transgenen Zelle oder des transgenen Gewebes nach Anspruch 27 zur Identifizierung von Inhibitoren und Enhancern der T-Gen-Familie.
30. Vertebratengen sowie funktionelles Äquivalent, Derivat oder ein Bioprecursor davon, wobei diese für ein Protein kodieren, das eine statistisch signifikante
Aminosäuresequenzhomologie zum T-Gen, T2-Gen oder T3-Gen gemäß einer der Figuren Fig. 1, Fig. 9, Fig. 11, Fig, 12, Fig. 13, Fig. 14, Fig. 15, Fig. 16, Fig. 17, Fig. 18 oder Fig. 19 aufweist.
31. T-Gen und dessen Ve r t e br a t e n o r t h o 1 o g e und Vertebratenparaloge, die ein Kernporenprotein kodieren.
32. Vertebratenprotein, das eine Aminosäuresequenz gemäß Fig. 1 aufweist oder eine Aminosäuresequenz, die sich von der
Aminosäuresequenz in Figur 1 in einer oder mehreren Aminosäuren unterscheidet.
33. Vertebraten T-, T2- oder T3-Gen und das darin kodierte Protein, in allen seinen in der Natur vorkommenden allelischen und mutierten Formen.
34. Arzneimittel enthaltend ein Protein gemäß Anspruch 9 oder ein funktionelles Äquivalent, ein Fragment oder einen Bioprecursor davon in Kombination mit einem pharmazeutisch geeigneten Träger.
35. Verfahren zur Identifizierung von Stoffen, die einen verstärkenden oder hemmenden Einfluß auf die Wirkung von T-Protein, T2-Protein oder T3-Protein haben, mittels
Bestimmung des bidirektionalen Transports durch die Kernporen, - Bestimmung der Bindung an Filamente der Zelle (z.B.
Aktinfilamente und Mikrotubuli) , oder Bestimmung der erhöhten bzw. verringerten Transkription von zellulären oder Reportergenen.
36. Verfahren zur Identifizierung von Stoffen, die einen verstärkenden oder hemmenden Einfluß auf die Wirkung von Proteinen haben, die mit dem T-Protein in direkter oder indirekter Weise funktioneil verbunden sind, oder parallele Signal- oder Funktionswege darstellen, mittels - Bestimmung des bidirektionalen Transports durch die
Kernporen,
Bestimmung der P h o s p h o r y 1 i e r u n g und Dephosphorylierung von Proteinen,
Bestimmung der Bindung des T-Proteins an Filamente der Zelle (z.B. Aktinfilamente und Mikrotubuli), oder
Bestimmung der erhöhten oder verringerten Transkription von zellulären oder Reportergenen.
37. Verfahren nach Anspruch 35 oder 36, wobei die veränderte Transkription mit Reportermolekülen, vorzugsweise dem Auftreten von bestimmten mRNAs oder dem EGFP-Protein, nachgewiesen wird.
38. Verfahren zur Identifizierung von weiteren Proteinen, die bei der Entwicklung und Funktion des Nervensystems eine Rolle spielen und/oder ein Kernporenprotein sind, wobei das Verfahren folgende Schritte aufweist:
(a) Herstellen eines Antikörpers gegen ein Protein gemäß Anspruch 9 ,
(b) Kontaktieren eines Zellextrakts mit dem Antikörper und Identifizieren des Antikörper / Pro tein- Komplexes, (c) Analysieren des Komplexes, um ein Protein zu identifizieren, das an das Protein des Komplexes gebunden hat und kein Antikörper ist, und
(d) ggf. Wiederholen der Schritte (a) bis (c) , um weitere Proteine dieser Funktion zu identifizieren.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE10042609A1 (de) * 2000-08-30 2002-03-28 Deutsches Krebsforsch Verwendung von T-Proteinen zur differentiellen Charakterisierung und Therapie von Verletzungen und Tumoren des Nervensystems
WO2003085134A2 (en) * 2002-04-05 2003-10-16 The University Of Tokyo Methods of diagnosing and treating colorectal cancer

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1993016178A2 (en) * 1992-02-12 1993-08-19 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Sequences characteristic of human gene transcription product
WO1995012677A2 (en) * 1993-11-04 1995-05-11 Innogenetics N.V. Immunodominant human t-cell epitopes of hepatitis c virus
EP0679716A1 (de) * 1993-11-12 1995-11-02 Kenichi Matsubara Genetische Signaturen
WO1996038555A2 (en) * 1995-05-31 1996-12-05 Thierry Bogaert Unc-53 from c. elegans and its uses in testing compounds involved in the control fo cell behaviour and pharmaceutical compositions
WO1998007748A2 (en) * 1996-08-22 1998-02-26 Vlaams Interuniversitair Instituut Voor Biotechnologie Plag gene family and tumorigenesis
WO1998024810A2 (en) * 1996-12-04 1998-06-11 Janssen Pharmaceutica N.V. Vertebrate homologues of unc-53 protein of c. elegans
WO1998046747A2 (en) * 1997-04-11 1998-10-22 Whitehead Institute For Biomedical Research Genes in the non-recombining region of the y chromosome
WO1999063080A1 (en) * 1998-06-03 1999-12-09 Janssen Pharmaceutica N.V. HUMAN HOMOLOGUE OF UNC-53 PROTEIN OF $i(C. ELEGANS)

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1993016178A2 (en) * 1992-02-12 1993-08-19 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Sequences characteristic of human gene transcription product
WO1995012677A2 (en) * 1993-11-04 1995-05-11 Innogenetics N.V. Immunodominant human t-cell epitopes of hepatitis c virus
EP0679716A1 (de) * 1993-11-12 1995-11-02 Kenichi Matsubara Genetische Signaturen
WO1996038555A2 (en) * 1995-05-31 1996-12-05 Thierry Bogaert Unc-53 from c. elegans and its uses in testing compounds involved in the control fo cell behaviour and pharmaceutical compositions
WO1998007748A2 (en) * 1996-08-22 1998-02-26 Vlaams Interuniversitair Instituut Voor Biotechnologie Plag gene family and tumorigenesis
WO1998024810A2 (en) * 1996-12-04 1998-06-11 Janssen Pharmaceutica N.V. Vertebrate homologues of unc-53 protein of c. elegans
WO1998046747A2 (en) * 1997-04-11 1998-10-22 Whitehead Institute For Biomedical Research Genes in the non-recombining region of the y chromosome
WO1999063080A1 (en) * 1998-06-03 1999-12-09 Janssen Pharmaceutica N.V. HUMAN HOMOLOGUE OF UNC-53 PROTEIN OF $i(C. ELEGANS)

Non-Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BIRREN B. ET AL.: "Homo sapiens chromosome 11, clone RP11-808N1, map11, WORKING DRAFT SEQUENCE, 18 unordered pieces" EMBL DATABASE ENRTY AC023950; ACCESSION NO. AC023950, 21. Februar 2000 (2000-02-21), XP002157899 *
HILLIER L. ET AL.: "Generation and analysis of 280,000 human expressed sequence tags" GENOME RESEARCH, Bd. 6, Nr. 9, September 1996 (1996-09), Seiten 807-828, XP002140684 ISSN: 1054-9803 -& HILLIER L. ET AL.: "z141a05.r1 Soares_pregnant_uterus_NbHPU Homo sapiens cDNA clone IMAGE:504464 5' mRNA sequence" EMBL DATABASE ENTRY HSAA50056; ACCESSION NO. AA150056, 15. Dezember 1996 (1996-12-15), XP002157903 -& HILLIER L. ET AL.: "ye32e03.r1 Stratagene lung (#937210) Homo sapiens cDNA clone IMAGE:119452 5', mRNA sequence" EMBL DATABASE ENTRY HS91170; ACCESSION NO. T94911, 14. April 1995 (1995-04-14), XP002157904 *
MARRA M. ET AL.: "The WashU-HHMI Mouse EST Project; mu51c03.r1 Soares mouse lymph node NbMLN Mus musculus cDNA clone IMAGE:642916 5', mRNA sequence " EMBL DATABASE ENTRY MMAA85349; AA185349, 21. Februar 1997 (1997-02-21), XP002157898 *
MARRA M. ET AL.: "The WashU-HHMI Mouse EST Project; mw75e12.r1 Soares mouse NML Mus musculus cDNA clone IMAGE:676558 5', mRNA sequence" EMBL DATABASE ENTRY MMAA81408; ACCESSION NO. AA208994, 1. Februar 1997 (1997-02-01), XP002157902 *
MARRA M. ET AL.: "The WashU-HHMI Mouse EST Project; uj15c04.y1 Sugano mouse kidney mkia Mus musculus cDNA clone IMAGE:1908102 5' similar to SW:GELA_DICDI P13466 GELATION FACTOR; mRNA sequence." EMBL DATABASE ENTRY AI226752; ACCESSION NO. AI226752, 31. Oktober 1998 (1998-10-31), XP002157901 *
MARRA M. ET AL.: "The WashU-HHMI Mouse EST Project; vd71a09.r1 Beddington mouse embryonic region Mus musculus cDNA clone IMAGE:806008 5', mRNA sequence" EMBL DATABASE ENTRY MMAA99795; AA399795, 29. April 1997 (1997-04-29), XP002157897 *
MUZNY D.M. ET AL.: "Homo sapiens chromosome 12 clone RP3-454B23, WORKING DRAFT SEQUENCE, 8 unordered pieces" EMBL DATABASE ENTRY AC005845; ACCESSION NO. AC005845, 23. Oktober 1998 (1998-10-23), XP002157900 *
NCI-CGAP: "National Cancer Institute, Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), Tumor Gene Index http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap; qb18e07.x1 Soares_pregnant_uterus_NbHPU Homo sapiens cDNA clone IMAGE:1696644 3',mRNA sequence" EMBL DATABASE ENTRY AI090184; ACCESSION NO. AI090184, 18. August 1998 (1998-08-18), XP002149581 *
VERHASSELT P.K. ET AL.: "Nucleotide sequence of BAC 585E09, containing the putative promoter region and 5' end of the human Steerin-1 gene which is homologous to the C. elegans UNC53 gene; Homo sapiens partial steerin-1 gene" EMBL DATABASE ENTRY HSA251973; ACCESSION NO. AJ251973, 14. Januar 2000 (2000-01-14), XP002157896 *
WOESSNER J. ET AL.: "Full Clone Sequencing of the Longest Available Member from Each Unigene Cluster" EMBL DATABASE ENTRY AF086348; ACCESSION NO. AF086348, 3. September 1998 (1998-09-03), XP002157895 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3816934A1 (de) 2019-11-04 2021-05-05 Nathan Vinçon Verfahren und computerisiertes system zur markierung eines bildes von zellen eines patienten
WO2021089589A1 (en) 2019-11-04 2021-05-14 Sapiens Biosciences Method of, and computerized system for labeling an image of cells of a patient

Also Published As

Publication number Publication date
EP1165607A2 (de) 2002-01-02
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