UA122675C2 - Пептид для застосування для імунотерапії раку легенів, включаючи ндрл та інші види раку - Google Patents

Пептид для застосування для імунотерапії раку легенів, включаючи ндрл та інші види раку Download PDF

Info

Publication number
UA122675C2
UA122675C2 UAA201705953A UAA201705953A UA122675C2 UA 122675 C2 UA122675 C2 UA 122675C2 UA A201705953 A UAA201705953 A UA A201705953A UA A201705953 A UAA201705953 A UA A201705953A UA 122675 C2 UA122675 C2 UA 122675C2
Authority
UA
Ukraine
Prior art keywords
cancer
peptide
cell
cells
peptides
Prior art date
Application number
UAA201705953A
Other languages
English (en)
Inventor
Андреа Мар
Тоні Вайншенк
Тони Вайншенк
Олівер Шор
Оливер Шор
Йенс Фрітше
Йенс Фритше
Харпреет Зінгх
Харпреет Зингх
Клаудія Вагнер
Клаудия Вагнер
Юлія Лейболд
Юлия Лейболд
Колетт Зонг
Original Assignee
Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх
Имматикс Биотекнолоджис Гмбх
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх, Имматикс Биотекнолоджис Гмбх filed Critical Імматікс Біотекнолоджіс Гмбх
Publication of UA122675C2 publication Critical patent/UA122675C2/uk

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14—Blood; Artificial blood
    • A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4613—Natural-killer cells [NK or NK-T]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4615—Dendritic cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4632—T-cell receptors [TCR]; antibody T-cell receptor constructs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464499—Undefined tumor antigens, e.g. tumor lysate or antigens targeted by cells isolated from tumor
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70514—CD4
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70517—CD8
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2833—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C12N5/0638—Cytotoxic T lymphocytes [CTL] or lymphokine activated killer cells [LAK]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0639—Dendritic cells, e.g. Langherhans cells in the epidermis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • G01N33/57492—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds localized on the membrane of tumor or cancer cells
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5154—Antigen presenting cells [APCs], e.g. dendritic cells or macrophages
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/804—Blood cells [leukemia, lymphoma]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/812—Breast
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/82—Colon
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/828—Stomach
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/836—Intestine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/844—Liver
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/852—Pancreas
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/86—Lung
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/868—Vaccine for a specifically defined cancer kidney
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/876—Skin, melanoma
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/884—Vaccine for a specifically defined cancer prostate
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/892—Reproductive system [uterus, ovaries, cervix, testes]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/31—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by the route of administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
    • A61K2239/55—Lung
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/30—Non-immunoglobulin-derived peptide or protein having an immunoglobulin constant or Fc region, or a fragment thereof, attached thereto
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/33—Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/55—Fusion polypeptide containing a fusion with a toxin, e.g. diphteria toxin
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/70—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction
    • C07K2319/74—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/10—Plasmid DNA
    • C12N2800/106—Plasmid DNA for vertebrates
    • C12N2800/107—Plasmid DNA for vertebrates for mammalian
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)

Abstract

Винахід стосується пептидів, білків, нуклеїнових кислот та клітин для їх застосування в імунотерапії. Зокрема, цей винахід стосується імунотерапії рака. Цей винахід також стосується епітопів пухлино-асоційованих пептидів Т-клітин, які самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованими пептидами можуть, наприклад, служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні відповіді, або стимулювати Т-клітини ex vivo і переносити їх в організм пацієнта. Пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС), або пептиди як такі можуть також бути мішенями для антитіл, розчинних Т-клітинних рецепторів та інших зв'язувальних молекул.

Description

Цей винахід стосується пептидів, білків, нуклеїнових кислот та клітин для їх застосування в імунотерапії. Зокрема, цей винахід стосується імунотерапії раку. Цей винахід також стосується епітопів пухлино-асоційованих пептидів Т-клітин, які самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованими пептидами можуть, наприклад, служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні відповіді, або стимулювати Т-клітини ех мімо і переносити їх в організм пацієнта. Пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС), або пептиди як такі можуть також бути мішенями для антитіл, розчинних Т-клітинних рецепторів та інших зв'язувальних молекул.
Цей винахід стосується декількох нових пептидних послідовностей та їх варіантів, отриманих із молекул НГА І класу і молекул НГА ІЇ класу пухлинних клітин людини, які можуть застосовуватися у вакцинних композиціях з метою викликати протипухлинну імунну відповідь або являють собою мішені для розробки фармацевтично або імунологічно активних сполук і клітин.
ПЕРЕДУМОВА СТВОРЕННЯ ВИНАХОДУ
Рак легенів є найпоширенішою причиною смерті від раку як у чоловіків, так і у жінок. Рак легенів є найбільш поширеним типом раку на земній кулі що стосується як захворюваності, так і смертності. У 2012 році було виявлено більш ніж 1,8 мільйона нових випадків (13 95 від загальної кількості ракових захворювань) і зареєстровано 1,6 мільйона смертей (20 965 від загальної смертності від раку) від раку легенів. Рак легенів є головною причиною серед чоловіків у 87 країнах світу і серед жінок у 26 країнах. Більш ніж третина із щойно діагностованих хворих проживає в Китаї. Найвищий рівень захворюваності спостерігається у
Північній Америці, Європі і Східній Азії (Ууопа Сапсег Вероп, 2014).
Починаючи з 1987 року, більше жінок помирає щороку від раку легенів, ніж від раку молочної залози. Смертність серед чоловіків продовжує істотно зменшуватися приблизно на 1,9 95 на рік, починаючи з 1991-2003 років. Смертність від раку легенів у жінок зараз виходить на плато після невпинного зростання протягом декількох десятиріч. Ця тенденція для смертності від раку легенів відображає зменшення кількості тих, хто палить, на протязі останніх 30 років.
Відповідно до прогнозу Національного інституту раку (МСІ) США, у 2013 році очікується приблизно 230 000 вперше виявлених випадків раку легенів і 160 000 смертей від раку легенів у
Коо) США.
Історично дрібноклітинну карциному легенів відділили від недрібноклітинної карциноми легенів (НДРЛ), яка включає гістологічні типи аденокарциноми, пласкоклітинної карциноми і великоклітинної карциноми. Однак у минулому десятиріччі різниця між аденокарциномою і пласкоклітинною карциномою була все більше визнана завдяки істотній різниці у генетиці і також у відповіді на специфічні види терапії. Таким чином, види раку легенів все більш класифікуються відповідно до молекулярних підтипів, що грунтується на конкретних генетичних змінах, які провокують і підтримують пухлиногенез у легенях (Тгаміз єї аї., 2013).
Прогноз в цілому несприятливий. Серед хворих на рак легенів виживаність становить 10-- 15 95 через п'ять років після встановлення діагнозу. Причиною низької виживаності хворих на рак легенів є, принаймні частково, той факт, що захворювання у 80 9о пацієнтів діагностується на стадії метастатичної хвороби, і більш ніж половина пацієнтів має віддалені метастази (5ЕЕВ
Зіаї Тасів5, 2014). Серед вперше виявлених хворих на НДРЛ у 30-40 95 спостерігається стадія ІМ, а серед хворих на ДРЛ стадія ІМ спостерігається у 60 95.
Однорічна виживаність у хворих на рак легенів дещо підвищилась із 35 95 у 1975-1979 роках до 4495 у 2010 році, головним чином за рахунок удосконалення хірургічних методів і комбінованої терапії. Однак 5-річна виживаність для всіх стадій разом становить лише 17 95.
Виживаність становить 5495 у хворих, у яких рак виявлено, коли захворювання ще є локалізованим, однак лише 1695 випадків раку легенів діагностується на цій ранній стадії (ЗЕЕНВ 51аї Гасів, 2014).
Методи лікування залежать від типу (дрібноклітинний або недрібноклітинний) і стадії раку і включають хірургію, променеву терапію, хіміотерапію і таргетну терапію біологічними препаратами, такими засобами як бевацизумаб АМАЗТІМФ) і ерлотиніб (ТАКСЕМАФ). Для локалізованих ракових пухлин лікуванням вибору зазвичай є хірургія. Нещодавні дослідження показали, що виживання для хворих на недрібноклітинний рак легенів на ранніх стадіях покращується при застосуванні хіміотерапії після хірургічного лікування. Оскільки захворювання є звичайно поширеним на час виявлення, часто застосовують променеву терапію і хіміотерапію, іноді в комбінації з хірургічним лікуванням. Хіміотерапія окремо і в поєднанні з променевою терапією є звичайно лікуванням вибору для дрібноклітинного раку. При застосуванні цієї схеми лікування у високого відсотка пацієнтів спостерігається ремісія, яка є у деяких випадках бо тривалою після хірургічного втручання (53-І ейіпіє І ипдепКаггіпот, 2011).
Поширений рак легенів також буває резистентним до традиційної хіміотерапії. Однак нещодавні досягнення привели до вражаючого прогресу у розвитку методів лікування, які залежать від гістологічних і генетичних особливостей. Прикладами рівня дослідження є випробування ад'ювантних хіміотерапевтичних препаратів, призначених для того, щоб розрізняти не тільки мутації ККА5 в кодонах 12 і 13, але також між різними амінокислотними заміщеннями, які визначаються конкретними мутаціями у кодоні 12 (ЗНернега еї а!., 2013).
Для розширення кола варіантів лікування НДРЛ вивчалися і все ще продовжують досліджуватися різні імунотерапевтичні підходи. У той час як вакцинація І -ВІ Р25 або МАСЕАЗ не продемонструвала переваги щодо виживання за рахунок застосування вакцин у пацієнтів із
НДРЛ, алогенна вакцина, отримана з клітинних ліній, показала багатообіцяючі результати у клінічних дослідженнях. Крім того, у даний час продовжується проведення досліджень вакцин, мішенями яких є гангліозиди, рецептор епідермального фактору росту і ряд інших антигенів.
Альтернативна стратегія посилення протипухлинної відповіді Т-клітин пацієнта полягає у блокуванні Т-клітинних рецепторів або їх лігандів специфічними антитілами. У даний час у клінічних випробуваннях оцінюється терапевтичний потенціал щодо НДРЛ декількох таких антитіл, включаючи іпілімумаб, ніволумаб, пембролізумаб, МРОЇІ 3280А і МЕ0І-4736 (Веіптий еїа!ї., 2015).
Зважаючи на важкі побічні ефекти і витрати, пов'язані з лікуванням раку, існує потреба ідентифікувати чинники, які можуть застосовуватися у лікуванні раку взагалі і рак легенів, включаючи, зокрема, НДРЛ. Є також потреба в ідентифікації інших чинників, які виконують роль біомаркерів раку взагалі і раку легенів зокрема, знання яких веде до кращої діагностики раку, прогностичної оцінки перебігу захворювання і передбачення успіху лікування.
Імунотерапія раку є варіантом специфічного націлювання на ракові клітини, і у той же час зведення до мінімуму побічних ефектів. В імунотерапії раку використовуються пухлино- асоційовані антигени.
Сучасна класифікація пухлино-асоційованих антигенів (ТАА) охоплює наступні головні групи: а) Раково-тестикулярні антигени: перші будь-коли ідентифіковані ТАА, які можуть бути розпізнані Т-клітинами, належать до цього класу, які були спочатку названі раково- тестикулярними (СТ) антигенами завдяки експресії його представників у гістологічно різних пухлинах людини і, поряд із нормальними тканинами, тільки в сперматоцитах/сперматогоніальних клітинах яєчок і іноді в плаценті. Оскільки клітини яєчок не експресують молекули НГА І та ІЇ класу, ці антигени не можуть розпізнаватися Т-клітинами у нормальних тканинах і можуть, таким чином, вважатися пухлино-специфічними, з точки зору імунології. Добре відомими прикладами СТ антигенів є члени сімейства МАСЕ і МУ-ЕБО-1. б) Антигени диференціації: ці ТАА розподілені між пухлинами та нормальними тканинами, з яких виникла пухлина. Більшість з відомих антигенів диференціації знайдена в меланомах і нормальних меланоцитах. Багато цих білків, пов'язаних із диференціацією у меланоцити, беруть участь у біосинтезі меланіну і тому не є пухлино-специфічними, але, тим не менше, широко застосовуються для імунотерапії раку. Приклади включають, без обмеження, тирозиназу і Меіап-А/МАВТ-1 для меланоми або ПСА для раку передміхурової залози. в) Надмірно експресовані ТАА: гени, що кодують ТАА, які широко експресуються, були виявлені в гістологічно різних типах пухлин, а також у багатьох нормальних тканинах, загалом з нижчими рівнями експресії. Можливо, що багато епітопів, що були процесовані і, можливо, презентовані нормальними тканинами, присутні у кількості, що нижча за пороговий рівень розпізнання Т-клітинами, в той час як їх надекспресія в пухлинних клітинах може запустити антиракову реакцію, порушивши раніш встановлену толерантність. Відомими прикладами для цього класу ТАА є Нег-2/пеи, сурвівін, теломераза або М/11. г) Пухлино-специфічні антигени: ці унікальні ТАА утворюються в результаті мутацій нормальних генів (таких як бета-катенін, СОКА тощо). Деякі з цих молекулярних змін зв'язані з неопластичною трансформацією і (або) прогресуванням пухлини. Пухлино-специфічні антигени загалом можуть викликати сильні імунні відповіді, не спричиняючи ризику аутоіїмунних реакцій проти нормальних тканин. З іншого боку, ці ТАА у більшості випадків мають відношення тільки до певної пухлини, на якій вони були ідентифіковані, і зазвичай не є спільними для багатьох окремих пухлин. Специфічність пептиду до пухлини (або асоціація з пухлиною) може також виникати, якщо пептид походить із екзону пухлини (пухлино-асоційованого екзону) у випадку білків з пухлино-специфічними (-асоційованими) ізоформами. д) ТАА, що виникають в результаті посттрансляційних модифікацій: такі ТАА можуть виникати з білків, які не є ні специфічними, ні надмірно експресованими у пухлинах, але, незважаючи на це, стають асоційованими з пухлинами в результаті посттрансляційних процесів, бо первинно активних у пухлинах. Прикладами ТАА цього класу є антигени, що виникають в результаті змін характеру гликозилювання, що приводить до утворення у пухлинах нових епітопів, таких як МОСТІ, або таких подій як білковий сплайсинг під час деградації, які можуть бути пухлино-специфічними, а можуть і не бути. е) Онковірусні білки: ці ТАА є вірусними білками, які можуть відігравати вирішальну роль в онкогенному процесі і, оскільки вони є чужорідними (не походять від людини), вони можуть викликати відповідь Т-клітин. Прикладами таких білків є білки вірусу папіломи людини типу 16,
Еб і Е7, які експресуються клітинами карциноми шийки матки.
Мішенями імунотерапії з використанням Т-клітин є пептидні епітопи, отримані з пухлино- асоційованих або пухлино-специфічних білків, які презентуються молекулами головного комплексу гістосумісності (МНС). Антигенами, які розпізнаються пухлино-специфічними Т- лімфоцитами, тобто їхніми епітопами, можуть бути молекули, що отримані з усіх класів білків, таких як ферменти, рецептори, фактори транскрипції тощо, які експресуються і, у порівнянні з незміненими клітинами того ж походження, активність яких підвищена у клітинах відповідної пухлини.
Існує два класи молекул МНС, МНС І класу і МНС І класу. Молекули МНС І класу складаються з альфа-важких ланцюгів і бета-2-мікроглобуліну, а молекули МНС ІІ класу - з альфа- і бета-ланцюгів. Їхня тримірна конформація приводить до утворення зв'язувальної щілини, що використовується для нековалентної взаємодії з пептидами.
Молекули МН І класу можна виявити в більшості клітин, що мають ядро. Вони презентують пептиди, які утворюються в результаті розщеплення протеолітичними ферментами переважно ендогенних білків, дефектних рибосомальних продуктів (ОКІР) та більш великих пептидів.
Однак пептиди, одержані з ендосомальних компартментів чи екзогенних джерел, також часто зустрічаються на молекулах МНС | класу. Цей некласичний спосіб презентації | класом називається у науковій літературі крос-презентацієй (Вго55ап апа Вемап, 1997; Носк еї аї., 1990). Молекули МНС Ії класу містяться головним чином на професійних антигенпрезентуючих клітинах (АПК) і презентують головним чином пептиди екзогенних або трансмембранних білків, які поглинаються АПК, наприклад, в ході ендоцитозу і згодом процесуються.
Комплекси пептидів і молекул МНС І класу розпізнаються СО8-позитивними Т-клітинами, що несуть відповідний Т-клітинний рецептор (ТКР), в той час як комплекси пептиду і молекул МНС
Зо МП класу розпізнаються СО4-позитивними Т-хеллплерами, що несуть відповідний ТКР.
Загальновідомо, що ТКР, пептид і МНС, таким чином, є присутніми у стехіометричних кількостях у співвідношенні 1:1:1.
Сора-позитивні Т-хелпери відіграють важливу роль, викликаючи та підтримуючи ефективну відповідь СЮО8-позитивних цитотоксичних Т-клітин. Ідентифікація епітопів СО4-позитивних Т- клітин, отриманих із пухлино-асоційованих антигенів (ТАА), може мати велике значення під час розробки фармацевтичних засобів для ініціювання протипухлинних імунних реакцій (Спайс єї а!., 2003). У місці локалізації пухлини Т-хелперні клітини підтримують сприятливе для Т-клітин (ЦТЛ) цитокінове середовище (Мопага евї а!., 2006) і притягують ефекторні клітини, такі як ЦТЛ, природні кілерні (МК) клітини, макрофаги і гранулоцити (Нулапа еї аї., 2007).
За відсутності запалення експресія молекул МНС ІІ класу обмежується головним чином клітинами імунної системи, особливо професійними антиген-презентуючими клітинами (АПК), наприклад, моноцитами, клітинами, що походять з моноцитів, макрофагами, дендритними клітинами. Було виявлено, що клітини пухлин у хворих на рак пацієнтів експресують молекули
МНЄе Ії класу (Оеєпадіеї! єї а!., 2006).
Подовжені пептиди за винаходом можуть діяти як епітопи, активні по відношенню до молекул МНС ІІ класу.
Т-хелперні клітини, активовані зв'язаними з молекулами МНС ІІ класу епітопами, відіграють важливу роль в регуляції ефекторної функції ЦТЛ у протипухлинному імунітеті. Епітопи Т- хелперних клітин, які ініціюють реакцію Т-хелперів типу ТНІ, підтримують ефекторні функції
СОв-позитивних Т-кілерів, котрі включають цитотоксичні функції, спрямовані проти клітин пухлини, що презентують комплекси пухлино-асоційованого пептиду/мНсС на поверхнях своїх клітин. У такий спосіб епітопи пухлино-асоційованих пептидів Т-хелперів самостійно або в комбінації з іншими пухлино-асоційованих пептидами можуть служити активними фармацевтичними інгредієнтами композицій вакцин, які стимулюють протипухлинні імунні реакції.
На моделях тварин-ссавців, наприклад, на мишах, було показано, що навіть за відсутності
СОрв8-позитивних Т-лімфоцитів, присутності СЮО4-позитивних Т-клітин виявляється достатньо для послаблення клінічних проявів пухлин шляхом інгібування ангіогенезу за рахунок секреції бо інтерферону-гамма (ІФН-гама) (Веайу апа Раїегзоп, 2001; Митрбега еї аї., 1999). Існують докази,
що СО4 Т-клітини є ефекторними клітинами прямої протипухлинної дії (Вгаштиїпег еї аї., 2013;
Тгап егаї., 2014).
Оскільки конститутивна експресія молекул НГА ІЇ класу зазвичай обмежується клітинами імунної системи, вважалося неможливим виділити пептиди ЇЇ класу безпосередньо з первинних пухлин. Однак Репдіеєї і співавт. вдалося ідентифікувати декілька зв'язаних з молекулами МН ІЇ класу епітопів безпосередньо із пухлин (МО 2007/028574, ЕР 1760088 В1).
Оскільки обидва типи відповіді, залежні від СО8 та СО4, спільно та синергічно роблять свій внесок у протипухлинну дію, для розробки протипухлинних вакцин важливими є ідентифікація та визначення характеристик пухлино-асоційованих антигенів, які розпізнаються або СОвТ- клітинами (ліганд: молекули МНС І! класу ї- пептидний епітоп), або СО4- позитивними Т- хелперними клітинами (ліганд: молекули МН ІІ класу т пептидний епітоп).
Щоб пептид, зв'язаний з молекулою МНС Іі класу, ініціював (викликав) клітинну імунну відповідь, він також має зв'язатися з молекулою МНС. Цей процес залежить від алеля молекули
МНС ії специфічних поліморфізмів амінокислотної послідовності пептиду. Пептиди, що зв'язуються з молекулами МНС І! класу, зазвичай мають 8-12 амінокислотних залишків у довжину і зазвичай містять два консервативні залишки ("якорі") у своїй послідовності, які взаємодіють з відповідною зв'язувальною щілиною молекули МНС. У такий спосіб кожний алель
МНС має "зв'язувальний мотив", що визначає, які пептиди зможуть специфічно зв'язатися зі зв'язувальною щілиною.
В імунній реакції, залежній від молекул МНС І класу, пептиди не тільки мають бути здатними зв'язатися з певними молекулами МН І класу, що експресуються клітинами пухлини, але вони також мають розпізнаватися Т-клітинами, що несуть специфічний Т-клітинний рецептор (ТКР).
Для того, щоб білки розпізнавалися Т-лімфоцитами як пухлино-специфічні або пухлино- асоційовані антигени, та щоб їх було можливо застосовувати в терапії, необхідно створити особливі передумови. Антиген має експресуватися, головним чином, пухлинними клітинами і не експресуватися або експресуватися у порівняно невеликих кількостях нормальними здоровими тканинами. В переважному втіленні вищезгаданий пептид має надмірно презентуватися пухлинними клітинами у порівнянні з нормальними здоровими тканинами. До того ж бажано, щоб відповідний антиген не тільки був присутнім у пухлині певного типу, але також був
Зо присутнім у високих концентраціях (тобто як декілька копій відповідного пептиду на клітину).
Пухлино-специфічні та пухлино-асоційовані антигени часто отримують із білків, які беруть безпосередню участь у трансформації нормальної клітини в пухлинну клітину, завдяки їх функції, наприклад, в контролі клітинного циклу або пригніченні апоптозу. Крім цього, низхідні мішені білків, що також є безпосередньою причиною трансформації, можуть мати підвищену активність і, таким чином, можуть бути опосередковано пухлино-асоційованими. Такі опосередковано пухлино-асоційовані антигени також можуть бути мішенями у вакцинаційному підході (біпдп-Уазціа єї а!., 2004). Важливим є те, щоб в амінокислотній послідовності антигену були присутні епітопи, оскільки такий пептид ("їмуногенний пептид"), отриманий із пухлино- асоційованого антигену, має приводити до відповіді Т-клітин іп міїго або іп мімо.
По суті, будь-який пептид, що здатний зв'язуватися з молекулою МНС, може відігравати роль епітопу Т-клітини. Передумовою індукції відповіді Т-клітин іп міго або іп мімо є присутність
Т-клітин із відповідним ТКР ії відсутність імунологічної толерантності до цього конкретного епітопу.
Таким чином, ТАА є стартовою точкою для розробки Т-клітинної терапії, включаючи, але не обмежуючись ними, протипухлинні вакцини. Методи ідентифікації та визначення характеристик
ТАА зазвичай базуються на використанні Т-клітин, які можна виділити з організму пацієнтів або здорових суб'єктів, або вони грунтуються на генерації різних профілів транскрипції або різному характері експресії пептидів тканинами пухлин і нормальними тканинами. Проте ідентифікація генів, які надмірно експресуються пухлинними тканинами або лініями пухлинних клітин людини, або селективно експресуються в таких тканинах або клітинних лініях, не дає точної інформації щодо використання антигенів, що кодуються цими генами, в імунній терапії. Причиною цього є те, що тільки окрема субпопуляція епітопів цих антигенів придатна для такого застосування, оскільки має бути присутня Т-клітина з відповідним ТКР, і імунологічна толерантність по відношенню до цього епітопу повинна бути відсутньою або мінімальною. Отже, у більш переважному втіленні цього винаходу важливо вибрати тільки ті надмірно або селективно презентовані пептиди, проти яких можна знайти функціонуючу Т-клітину і (або) Т-клітину, здатну до проліферації. Така функціонуюча Т-клітина визначається як Т-клітина, яка за стимуляції специфічним антигеном може бути клонована і здатна виконувати функції ефектору
Сефекторна Т-клітина"). бо У випадку націлювання на комплекс пептид-МНО специфічних ТКР (наприклад, розчинних
ТКР) їі антитіл або інших зв'язувальних молекул (каркасів) за цим винаходом, імуногенність базових пептидів є вторинним фактором. У цих випадках визначальним фактором є презентація.
КОРОТКЕ ФОРМУЛЮВАННЯ СУТНОСТІ ВИНАХОДУ
Згідно з першим аспектом цього винаходу, пропонується пептид, що містить амінокислотну послідовність, вибрану з групи послідовностей від 5ЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або варіант його послідовності, який принаймні на 7795, переважно принаймні на 8895 гомологічний (переважно принаймні на 77 95 або принаймні на 88 95 ідентичний) послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110, де згаданий варіант зв'язується з МНС і (або) викликає перехресну реакцію Т-клітин із згаданим пептидом або його фармацевтично прийнятною сіллю, де згаданий пептид не є базовим повнорозмірним поліпептидом.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від 5ЕО ІЮО МО: 1 до ЗЕО ІЮ МО: 162, переважно від 5ЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО І
МО: 110, або його варіант, який принаймні на 77 95, переважно принаймні на 88 95 гомологічний (переважно принаймні на 77 95 або принаймні на 88 95 ідентичний) послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 110, де згаданий пептид або його варіант має загальну довжину між 8 і 100, переважно між 8 і 30 і найбільш переважно між 8 і 20 амінокислот.
У нижче наведених таблицях описані пептиди за цим винаходом, їх відповідні ФЕО ІЮО МО і очікувані вихідні (основні) гени для пептидів. Усі пептиди у Таблиця 1 і Таблиця 2 зв'язуються з
НГ А-А"02. Усі пептиди у Таблиця 1 зв'язуються з НІ А-А"24. Усі пептиди у Таблиця 1 і Таблиця 2 зв'язуються НІ А-ОВ. Пептиди у Таблиця 1 і Таблиця 2 були розкриті раніше у великих списках як результати високопродуктивного скринінгу з великою частотою помилок або були розраховані з використанням алгоритмів, але їхній зв'язок з раковими захворюваннями взагалі не було встановлено. Наведені у Таблиці 6, Таблиці 7 і Таблиці 8 пептиди є додатковими пептидами, які можуть використовуватися у комбінації з іншими пептидами за цим винаходом.
Наведені у Таблиці 9 і Таблиці 10 пептиди також можуть використовуватися в діагностиці і (або) лікуванні різних інших злоякісних пухлин, пов'язаних з надмірною експресією або надмірною презентацією відповідного базового поліпептиду.
Таблиця 1
Пептиди за цим винаходом генас(генів) 6 |5ООБІМТМ | 653509,729238 |Б5ЕТРАТ,Б5ЕТРА? ГО 8 ФАШМИЗЕМ | 55236 (ОВАб6///:///////-/:(И ЕЕ: 9 ФАЇБОТІВОМ | 77774174 |МоМ5б////7/7//7/7/:/(: 3303, 3304, 3305, 3306, НОРАТА, НОРАТВ, / Н5РАТІ,
Таблиця 2
Додаткові пептиди за цим винаходом генас(генів) 3858, 3859, 3860, 3861, | КАТ10, КАТ12, КАТ13, КАТ14,
ЗІ С25А4, 51ІС25Б5А5, 5І С25А6, 1160 05УРАКІЗ ///1777777740297 0ПЛВЕТ ССС: 166 0ОМРОГАКЕ 17777777 2744 |0іІ5777/7/7/7/7/7/7/777777777777 68 вВМІРУМОВ 177777 55686 |МВЕб6//::')ч4чб/сС/С/С:УУ) 169 ТМААІМУКАТЕ 77778826, МОБАРІ С: 72
Таблиця 2
Додаткові пептиди за цим винаходом генас(генів) 80 АМІКЕМЕОС | 7777/8087. |ЕХВ///7/7/:://
Таблиця З
Пептиди за цим винаходом, що зв'язуються з молекулами НГА-ОВ
Ідентифікатор(и) гена(генів) | Символ(и) гена(генів) 86 Ц|ІЗАОСІВСІОВІМООРК | 77774321 |ММРІ2//ГЗ 89 |КІМОМЗЕМААР5 | 70643 МоРгвВРЗГ//-/:ГО 80 |ОАМОММІТЕАОКУЮТА | 77773918 МАМС2 З
Таблиця 4
Додаткові пептиди за цим винаходом, щодо яких зв'язок з раковими захворюваннями не був встановлений генас(генів) 96 ЩФАМСАРРКМ 77777 |777777119129. |РВРЕЗ///:/ССС:З 98 |МОУРНЕРТАМ | 29980,5523 |0ОМ5ОМ,РРРОВЗА ГГ Ж 89 ЩФАСРОВРРІ 77777777 1736, (ОК
Таблиця 5
Додаткові пептиди за цим винаходом, що зв'язуться з молекулами НІ А-ОК, щодо яких зв'язок з раковими захворюваннями не був встановлений генас(генів)
Таблиця 6
Інші пептиди, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку генас(генів) 3857, 3858, 3859, | КАТ9, КАТ10, КАТ12, КАТІ, 3868, 3872, 3880 | КНТ19
Таблиця 6
Інші пептиди, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку генас(генів) 152 пОсВІМОМ 77777777 77711990 60066 .:Й..ЙЙ4ЙЙ:ЇЙСЇС(:КССЩС(У
Таблиця 7
Інші пептиди, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку
Ідентифікатор(и) гена(генів) Символи) гена(генів)
Таблиця 8
Пептиди, що зв'язуться з молекулами НІ А-ОК, які доцільно використовувати, наприклад, для персоналізованої терапії раку
Ідентифікатор(и) гена(генів) | Символ(и) гена(генів)
Цей винахід також загалом стосується пептидів за цим винаходом для застосування для лікування проліферативних захворювань, таких як, наприклад, рак головного мозку, рак молочної залози, колоректальний рак, рак стравоходу, рак нирки, рак печінки, рак яєчника, рак підшлункової залози, рак передміхурової залози, рак шлунка, меланома, карцинома з клітин
Меркеля, лейкоз (ГМЛ, ХЛЛ), неходжкінська лімфома (НХЛ), рак стравоходу, включаючи рак шлунково-стравохідного сполучення (РОС), рак жовчного міхура і холангіокарцинома (РЖМ ХГК), рак сечового міхура (РСМ), рак матки (РМЕ).
Особливо переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - за цим винаходом, вибрані з групи послідовностей від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЗЕО ІЮ МО: 110. Особливо переважними є пептиди - для застосування самостійно або в комбінації - за цим винаходом, вибрані з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО МО: 1 до ЗЕО ІО МО: 14 (див. Таблиця 1) і від ФЕО ІЮ
МО: 23 до 5ЕО ІЮ МО: 47 (див. Таблиця 1) і їх застосовування в імунотерапії раку легенів (включаючи НДРЛ), раку головного мозку, раку молочної залози, колоректального раку, раку стравоходу, раку нирки, раку печінки, раку яєчника, раку підшлункової залози, раку передміхурової залози, раку шлунка, меланоми, карциноми з клітин Меркеля, лейкозу (ГМЛ,
ХЛЛ), неходжкінської лімфоми (НХЛ), раку стравоходу, включаючи рак шлунково-стравохідного сполучення (РС), раку жовчного міхура і холангіокарциноми (РЖМ ХГК), раку сечового міхура (РСМ), раку матки (РМЕ) і переважно раку легенів, включаючи НДРЛ.
Як наведено далі у Таблиці 9, 9-2 і Таблиці 10 ї 10-2, багато пептидів за цим винаходом також виявлено в інших видах пухлин, і вони можуть також застосовуватися в імунотерапії за іншими показаннями. Див. також Фігуру 1 і Приклад 1.
Таблиця 3. Пептиди за цим винаходом, які зв'язуються з НІ А-А"02, та їх конкретне застосування для лікування інших проліферативних захворювань, особливо інших ракових захворювань. Із таблиці видно, на яких додаткових видах пухлин вони були виявлені і демонструють або надмірну презентацію на більш ніж 5 96 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх
Зо геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж 3.
Зга Іо Інші відповідні органи / захворювання
КИРУМОМ
ЕСІРХУАЇМІ. Шлунок, товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза
ЕГУОМУКЗВІ.
ЕМЕЗЕРУ5У Шлунок, підшлункова залоза, молочна залоза, меланома, яєчник
АІГТЗТИБУ
МЕ-ОМІЕКУ 8 ТАМИ 5ЕМ Головний мозок, печінка, передміхурова залоза, яєчник 9 ТА! 5ОТІ5О0М Головний мозок, печінка, лейкоцити, меланома, яєчник, стравохід
КМАСІСІВЕА /|Передміхурова залоза, яєчник
ХМ ММОМКЕЇ.
РІ ЕОС5АМІ. Товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, молочна залоза, стравохід
ПООВМАЕМ
ЕГОВТРРЕМ
ПЕРО ОСОТЕОМ Головний мозок, печінка, передміхурова залоза, меланома, яєчник
ШІ ТЕОІМІ. Нирка, шлунок, печінка, підшлункова залоза, передміхурова залоза, молочна залоза, яєчник, стравохід
МІ-Т5О5РАЇГ.
ІМТКЕЇІ55У
МІ 850 ТАА
УВУ ОМ Нирка, головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, меланома, яєчник
КІСІМЕЕМ Нирка, ККМ, стравохід 96 |АМОІАРРКМУ Товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, лейкоцити
Т.ЕРУВИ М вв МІУРНЕРТАУ | Ирка, головний мозок, товста кишка, пряма кишка, печінка, ККМ, меланома, яєчник 99 ГАГРОВРРИЇ
КІМОЕ5У5У Головний мозок, товста кишка, пряма кишка, ККМ, яєчник
ПТ ЕННЕЇ Нирка, печінка, підшлункова залоза, молочна залоза, яєчник
ЗІ 5ЕГОНА |Нирка, молочна залоза, яєчник, стравохід
КИ-5ОРМУСМ 5ІМАМЕЇЕКМ | Головний мозок, печінка, підшлункова залоза, ККМ, яєчник, стравохід
ІМАЕ5І ОСОМ Нирка, шлунок, підшлункова залоза, молочна залоза, яєчник, стравохід
ЗІЕНОСЮМ
БУКВИ БУ
МІ АРІ ЕУМІ. Нирка, підшлункова залоза, молочна залоза, меланома
РИ ОС5АМУ Шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, молочна залоза, яєчник, стравохід
Головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка,
АМЗЗКРАНМ підшлункова залоза, передміхурова залоза, яєчник, стравохід
УУЖОМММІ. Шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, молочна залоза, меланома, яєчник, стравохід
КІОЕМОНЕГ.
ШОУ УСМ Нирка, головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, меланома, яєчник
ІМООЇТУММ Печінка, підшлункова залоза, молочна залоза, стравохід
КІОЕІ. ТОМ Нирка, головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, лейкоцити, яєчник, стравохід
ВГ О5М5ВІ. Нирка, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, яєчни
КІБМ/ВИМІ.
СІТОМІНІ У Нирка, товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, яєчник, стравохід
МИ ОЇ ОМЕЇ. Шлунок, товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, молочна
ЗЕО І . . а, є,
МО. Послідовність Інші відповідні органи / захворювання 17111111 залозааяєчникюстравохід.:.:.:/://НОС:((/ СГ
ВІООІКМТМ /|Товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, яєчник, стравохід 1260 |КИТЕУНАА Нирка, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, молочна залоза, яєчник
ІЕРОПАВА Нирка, головний мозок, лейкоцити, стравохід лав |і віку Нирка, шлунок, товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, передміхурова залоза, молочна залоза, меланома, яєчник
СИПЕПОЗМА Головний мозок, товста кишка, пряма кишка, печінка, яєчник, стравохід
КІ ЕОМУУСУ Нирка, шлунок, товста кишка, пряма кишка, меланома, яєчник, стравохід 31. |АІМООІАКА Нирка, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, яєчник 132 |АІРУВИЛАіА Нирка, головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, підшлункова залоза, меланома, яєчник, стравохід
ВІАБУГОКМ /|Підшлункова залоза, молочна залоза, стравохід 134 |ТІМУУВАРЕМ 135 ГАІСОММНЕМ
АГ МОНТРУЇ. Нирки, печінка, підшлункова залоза 137 |вісооемувм Шлунок, товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, яєчник, стравохід
Нирка, головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, 138. | ЛИМЕЕАСАЦІ. підшлункова залоза, ККМ, меланома, яєчник, стравохід передміхурова залоза, меланома, яєчник, стравохід
МІЛЕКВІМІ.
МИРУЕМАТНУЦЯєчник.їу//./77ССССССССССССССССС 143, |АМОКУРБУ Нирка, печінка, підшлункова залоза, передміхурова залоза, яєчник, стравохід
КІЕОЕП УМА Шлунок, товста кишка, пряма кишка, меланома, яєчник, стравохід стравохід 4460 |РОУОНЕАНІ. Нирка, шлунок, товста кишка, пряма кишка, підшлункова залоза, меланома, стравохід 147 |МІЕРМІКТУ 148 |АГРСАГАА 449 |КІМЕРОРІ СА Головний мозок, шлунок, товста кишка, пряма кишка, печінка, ККМ, яєчник, стравохід
СМІЕМІЕСМ Нирка, головний мозок, печінка, яєчник, стравохід
АММЕРТ5М Головний мозок, ККМ, стравохід
ІОрВІМОМ
АГМОБМІШ. Шлунок, передміхурова залоза, стравохід 155 |АГОЕМІНОЇ.
ТМАЕМІОБМ Підшлункова залоза, молочна залоза, стравохід
КІЕСЕКТУ.
Таблиця 9-2. Пептиди за цим винаходом, які зв'язуються з НІ А-А"02, та їх конкретне застосування для лікування інших проліферативних захворювань, особливо інших ракових захворювань (поправка до Таблиці 9). Із таблиці видно, як і з Таблиці 9, для вибраних пептидів, на яких додаткових видах пухлин вони були виявлені і демонструють надмірну презентацію (включаючи специфічну презентацію) на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж 3. Надмірна презентація визначається як більш висока презентація на зразку пухлини у порівнянні із зразком нормальної тканини з найвищим рівнем презентації. Нормальними тканинами, у порівнянні з якими була досліджена надмірна презентація, були: жирова тканина, надниркова залоза, клітини крові, кровоносні судини, кістковий мозок, головний мозок, хрящ, стравохід, око, жовчний міхур, серце, нирка, товста кишка, печінка, легеня, лімфатичний вузол, нервова тканина, підшлункова залоза, паращитоподібна залоза, очеревина, гіпофіз, плевра, слинна залоза, скелетні м'язи, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, тимус, щитоподібна залоза, трахея, сечовід, сечовий міхур. оте
КИ РММСУ дело КК, меланома, рак стравоходу, рак жовчного міхура, рак жовчних
ЕИРУАІМІ. ко рак сечового міхура, рак жовчного міхура, рак жовчни
РІМОММУКОІ |ДРЛ, КРК, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків гуєеЕРУєу | ДРЛ, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак жовчного міхура, ра жовчних протоків, НХЛ
Мі1ОМіЕКУ | ДРЛ, РЯ, рак сечового міхура, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків 8 ТАМИ 5ЕМ ДРЛ, РМ3У, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак матки 9 ТАЇ5СТІ5ОМ |ХЛЛ, РМ3У, рак сечового міхура, рак матки, ГМЛ, НХЛ
КМАСІСІВЕА
11. МІММУОУКЕї. ДРЛ, меланома, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, ГМЛ ві ЕОСеАМі | ДРЛ, РШ, меланома, РЯ, рак сечового міхура, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків
ПООВМАЕМ /|Рак стравоходу, рак сечового міхура 15 ЕІ ОВТРРЕМ ДРЛ, РПШЗ, ХЛЛ, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, ГМЛ, НХЛ, уогосткт ДРЛ, рак стравоходу, рак сечового міхура
І-ТЕОЇІМІ. ДРЛ, меланома, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків (МмткЕІ5бУу |РЯ, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків
МІ55СІТАА /|КРК, РМУ, рак сечового міхура, рак матки
МИМОЄЇІМІ. РМ3, меланома, рак сечового міхура 94 ПУЛ МОМ ДРЛ, РМ3, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, ГМЛ, НХЛ
КПСІМЕЕМ ДРЛ, рак головного мозку, РШ, КРК, меланома, ГМЛ, НХЛ 96 |АМСІАРРКМ |ДРЛ, РМЗ, меланома, НХЛ 98 |ММРНЕРТАМ |ДРЛ, РМЗ, рак стравоходу, рак сечового міхура, НХЛ
АГ ЕОВРРИ! ДРЛ, ХЛЛ, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків, НХЛ
КІМОЕ5У5М | ДРЛ, РМ3, меланома, рак сечового міхура, рак матки
ПГЕПНЕЇ ДРЛ, ХЛЛ, рак сечового міхура
СИ ЗЕГОНА де, меланома, рак матки, рак жовчного міхура, рак жовчних протоків,
КИ ЗОРМУСУ РМЗ, меланома, рак сечового міхура, рак жовчного міхура, рак жовчни
ІМАЕБІООМ |ДРЛ, меланома, НХЛ
ЗІГЕНОЇЮМ КРК, РМ3У, рак стравоходу, рак сечового міхура, рак матки, ГМЛ, НХЛ
АІ-ЗЕВАМАМ
ТИСОРІМАМ
МІЕММЕЕМ | ХЛлл, ГМЛ
ДРЛ - дрібноклітинний рак легенів, РН - рак нирки, КРК - рак товстої і прямої кишки, РШ - рак шлунка, ГЦК - рак печінки, РПШЗ - рак підшлункової залози, РПМЗ - рак передміхурової залози, РМЗ - рак молочної залози, ККМ - карцинома з клітин Меркеля, РЯ - рак яєчника, НХЛ - неходжкінська лімфома, ГМЛ - гострий мієлоїдний лейкоз, ХЛЛ - хронічний лімфоцитарний лейкоз.
Таблиця 4. Пептиди за цим винаходом, які зв'язуються з НІ А-А"02, та їх конкретне застосування для лікування інших проліферативних захворювань, особливо інших ракових захворювань. Із таблиці видно, на яких додаткових видах пухлин вибрані пептиди були виявлені і демонструють або надмірну презентацію на більш ніж 5 95 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж 3. 60 |Ї5УРАКІЗЕ 00 |Печінка.у7////777777777777777711111111111111111111ссСсСсС 66 |ОМІРОСГАКЕ 000 |Ниркаапечнкаду///////777777777777777ССсСсС 69 |ТМААІМЗКАТЕ //// |Печінка.Ї7///77777777777777711111111111111111ссСсСсС 80 |АМІКЕМЕОЇ (Головний мозок передміхуровазалоза.//-:/ /-:/ (г
Таблиця 10-2. Пептиди за цим винаходом, які зв'язуються з НІ А-А"24, та їх конкретне застосування для лікування інших проліферативних захворювань, особливо інших ракових захворювань (поправка до Таблиці 10). Із таблиці видно, як і з Таблиці 10, для вибраних пептидів, на яких додаткових видах пухлин вони були виявлені і демонструють надмірну презентацію (включаючи специфічну презентацію) на більш ніж 5 95 досліджених зразків пухлин, або презентацію на більш ніж 595 досліджених зразків пухлин зі співвідношенням середніх геометричних показників для пухлин і для нормальних тканин більшим ніж 3. Надмірна презентація визначається як більш висока презентація на зразку пухлини у порівнянні із зразком нормальної тканини з найвищим рівнем презентації. Нормальними тканинами, у порівнянні з якими була досліджена надмірна презентація, були: надниркова залоза, артерія, головний мозок, серце, нирка, товста кишка, печінка, легеня, підшлункова залоза, гіпофіз, шкіра, селезінка, шлунок, тимус.
РШ - рак шлунка, ГЦК -- рак печінки.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з «ЕО ІЮ Мо. 7, 14, 15, 18, 94, 95, 97, 98, 101, 102, 105, 106, 111, 112, 117, 118, 120, 121, 122, 123, 126, 127, 128, 130, 131, 132, 136, 138, 139, 143, 146, 147, 150, 28, 29, 42, 47, 50, 54, 56, 59, 66, 67 і 161 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку нирки.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з «ЕО ІЮ Мо. 8, 9, 15, 16, 20, 94, 98, 100, 103, 104, 111, 114, 117, 118, 120, 127, 129, 132, 135, 138, 139, 145, 149, 150, 151, 29, 36, 37, 41, 45, 54, 59, 70, 73, 79, 80 і 82 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку головного мозку.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮ Мо. 2, 4, 18, 94, 105, 113, 114, 115, 117, 120, 124, 126, 128, 130, 131, 132, 134, 137, 138, 144, 146, 149, 153, 26, 31, 33, 36, 41, 42, 44, 49, 50, 56, 58, 63, 67, 77, 78, 85, 159, 160 і 161 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку шлунка.
Зо Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮ Мо. 2, 7, 11, 13, 94, 96, 98, 99, 100, 111, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 129, 130, 131, 132, 137, 138, 139, 144, 145, 146, 149 і 152 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування колоректального раку.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮ Мо. 7, 8, 9, 11, 15, 16, 18, 19, 20, 21, 94, 96, 98, 99, 101, 104, 111, 113, 114, 115, 117, 118, 119, 120, 121, 126, 129, 131, 132, 135, 136, 138, 139, 143, 149, 150, 152, 26, 27, 28, 29, 37, 38, 39, 41, 44, 46, 50, 51, 52, 56, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 66,67, 69, 70, 71, 72, 73, 75, 76, 77, 79, 81, 82, 84 і 161 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку печінки.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮ Мо. 1, 2, 3, 4, 13, 18, 96, 101, 103, 104, 105, 112, 113, 114, 115, 117, 119, 120, 121, 123, 124, 125, 126, 128, 131, 132, 133, 135, 136, 137, 138, 139, 143, 146 і 156 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку підшлункової залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮ Мо. 8, 10, 16, 18, 114, 128, 139, 143, 153, 27, 37, 41, 43, 53, 59, 61, 67, 72, 76, 78, 80, 82 і 84 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку передміхурової залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЗЕО ІЮО Мо. 9, 15, 96, 97, 120 і 127 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування лейкозу (ГМЛ, ХЛЛ).
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮО Мо. 1, 3, 4, 5, 7, 13, 16, 18, 101, 102, 105, 112, 113, 115, 119, 124, 126, 128, 133, 145 і 156 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку молочної залози.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮ Мо. 95, 98, 100, 104, 138, 149 і 151 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування карциноми з клітин Меркеля.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з ЖЕО ІЮ Мо. 4, 5, 9, 16,19, 20, 94, 98, 112, 115, 117, 118, 128, 130, 132, 134, 138, 139, 144, 146 і 148 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування меланоми.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з БЕО ІЮ Мо. 4, 8, 9, 10, 16, 18, 94, 98, 99, 100, 101, 102, 104, 105, 111, 113, 114, 115, 117, 118, 120, 121, 123, 124, 125, 126, 128, 129, 130, 131, 132, 134, 137, 138, 139, 142, 143, 144, 148, 149, 150 і 152 для - у одному переважному втіленні комбінованого -- лікування раку яєчника.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з «ФЕО ІЮ Мо. 5, 9, 13, 18, 19, 21, 95, 102, 104, 105, 113, 114, 115, 119, 120, 123, 124, 125, 127, 129, 130, 132, 133, 137, 138, 139, 141, 143, 144, 145, 146, 149, 150, 151, 153, 155, 156 і 157 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку стравоходу.
Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування принаймні одного пептиду за цим винаходом відповідно до будь-якої з 5ЕО ІЮ Мо. 13, 25, 113, 114, 115, 120, 121, 128, 1591 161 для - у одному переважному втіленні комбінованого - лікування раку легенів (включаючи
НДРЛ).
Зо Отже, у ще одному аспекті цей винахід стосується застосування пептидів за цим винаходом для - бажано комбінованого - лікування проліферативного захворювання, вибраного з групи раку легенів (включаючи НДРЛ), раку головного мозку, раку молочної залози, колоректального раку, раку стравоходу, раку нирки, раку печінки, раку яєчника, раку підшлункової залози, раку передміхурової залози, раку шлунка, меланоми, карциноми з клітин Меркеля, лейкозу (ГМЛ, ХЛЛ).
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, які здатні зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І класу або - у подовженій формі, такій як відмінний за довжиною варіант - МН ІІ класу.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згадані пептиди (кожний із них) складаються або по суті складаються з амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО
ІО МО: 162, переважно 5ЕО ІО МО: 1 до БЕО ІО МО: 110.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є модифікованим і (або) включає непептидні зв'язки.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є частиною злитого білка, зокрема злитого з М-термінальними амінокислотами НІГА-ОК антиген- асоційованого інваріантного ланцюга (Ії) або злитого з послідовністю (або вбудованого у послідовність) антитіла, наприклад, антитіла, що є специфічним до дендритних клітин.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти, що кодує пептиди за цим винаходом.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти за цим винаходом, яка являє собою ДНК,
БО КДНК, ПНК, РНК чи їх комбінацію.
Цей винахід також стосується вектора експресії, що здатний експресувати і (або) експресує нуклеїнову кислоту за цим винаходом.
Цей винахід також стосується пептиду за цим винаходом, нуклеїнової кислоти за цим винаходом або вектора експресії за цим винаходом для застосування у лікуванні захворювань і в медицині, зокрема в лікуванні раку.
Цей винахід також стосується антитіл, специфічних до пептидів за цим винаходом або комплексів згаданих пептидів за цим винаходом з МНС та способів їх отримання.
Цей винахід також стосується Т-клітинних рецепторів (ТКР), зокрема розчинних ТКР (ртТКР), і клонованих ТКР, вбудованих у аутологічні або алогенні Т-клітини, та способів їх отримання, а бо також МК-клітин або інших клітин, що несуть згаданий ТКР або вступають у перехресну реакцію із згаданими ТКР.
Антитіла і (або) ТКР є додатковими втіленнями імунотерапевтичного застосування пептидів за винаходом що розглядається.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, що містить нуклеїнову кислоту за цим винаходом або вектор експресії, як зазначено вище. Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина є дендритною клітиною, і переважно дендритною клітиною.
Цей винахід також стосується способу отримання пептиду за цим винаходом, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна за цим винаходом і виділення пептиду зі згаданого клітини-хазяїна або її культурального середовища.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген навантажують на молекули МНС І або ІЇ класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини або штучної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина містить вектор експресії, що здатний експресувати або експресує згаданий пептид, що містить послідовність від 5ЕО ІО Мо. 1 до 5БЕО ІЮО Мо.: 110, переважно, що містить послідовність від
ЗЕО ІО Мо. 1 до БЕО ІО Мо. 14 і від БЕО ІО Мо. 23 до ЗЕО ІЮ Мо. 47 або варіант амінокислотної послідовності.
Цей винахід також стосується активованих Т-клітин, отриманих згідно способу за цим винаходом, де згадана Т-клітина селективно розпізнає клітину, яка експресує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за цим винаходом.
Цей винахід також стосується способу знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить будь-яку амінокислотну послідовність за цим винаходом, причому спосіб включає введення в організм пацієнта ефективної кількості Т-клітин за цим винаходом.
Цей винахід також стосується застосування будь-якого пептиду, що описаний тут, нуклеїнової кислоти за цим винаходом, вектора експресії за цим винаходом, клітини за цим винаходом або активованого Т-лімфоцита, Т-клітинного рецептора або антитіла або інших молекул, що зв'язують пептид або комплекс пептид-МНОС, за цим винаходом як лікарського засобу або в процесі виробництва лікарського засобу. Переважно, якщо згаданий лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Переважно, якщо згаданий лікарський засіб прийнятний і застосовується для клітинної терапії, є вакциною або білком на основі розчинного ТКР або антитілом. Переважно, якщо згаданий лікарський засіб є засобом клітинної терапії, вакциною або білком, отриманим із розчинного ТКР або антитілом, наприклад, РТКР, що містить антитіло проти СОЗ або його частину.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де згадані ракові клітини є клітинами ракової пухлини легенів (включаючи НДРЛ), раку головного мозку, раку молочної залози, колоректального раку, раку стравоходу, раку нирки, раку печінки, раку яєчника, раку підшлункової залози, раку передміхурової залози, раку шлунка, меланоми, карциноми з клітин
Меркеля, лейкозу (ГМЛ, ХЛЛ), неходжкінської лімфоми (НХЛ), раку стравоходу, включаючи рак шлунково-стравохідного сполучення (РОС), раку жовчного міхура і холангіокарциноми (РЖМ,
ХГК), раку сечового міхура (РСМ), раку матки (РМЕ) і переважно раку легенів.
Цей винахід також стосується біомаркерів на основі пептидів за цим винаходом, які у цьому документі іменуватимуться як "мішені", які можуть використовуватися в діагностиці раку, переважно раку легенів (включаючи НДРЛ). Цим маркером може бути надмірна презентація самого(-их) пептиду(-ів) або надмірна експресія відповідного(-их) гену(-ів). Ці маркери можуть використовуватися для передбачення вірогідності успіху лікування, переважно імунотерапії, і найбільш переважно імунотерапії, націленої на ту саму мішень, яка ідентифікується біомаркером. Наприклад, антитіло або розчинний ТКР може використовуватися для барвлення зрізів пухлини для виявлення присутності досліджуваного пептиду у комплексі з МНС.
Необов'язково, антитіло містить додаткову функціональну ділянку, таку як імуностимулюючий домен або токсин.
Цей винахід також стосується застосування цих нових мішеней у контексті лікування раку.
Колаген, тип МІ, альфа-3 (СОЇ бАЗ) -- СОЇ 6АЗ кодує альфа З-ланцюг, один із трьох альфа- ланцюгів колагену МІ типу. Було показано, що домени білка зв'язують білки позаклітинного матриксу. Ця взаємодія пояснює важливість цього колагену в організації компонентів матриксу.
Ремоделювання позаклітинного матриксу шляхом надекспресії колагену МІ сприяє розвитку бо резистентності клітин раку яєчника до дії цисплатину. Присутність колагену МІ має зв'язок із ступенем злоякісності пухлини, прогностичним фактором для раку яєчника (ЗПпептап-Вацві єї аі,, 2003). СОЇ бАЗ надмірно експресується у колоректальній пухлині (тій еї аї., 2009а), карциномі слинної залози (і єїмо еї аї., 2005) і є диференційно-експресованим у пухлині раку шлунка (Мапод єї аЇ., 2007). СОЇ бАЗ був ідентифікований як один із семи генів із пухлино- специфічними сплайс-варіантами. Підтверджені пухлино-специфічні зміни сплайсингу були послідовними, даючи змогу легко розділити нормальні і ракові зразки і у деяких випадках навіть зразки різних стадій розвитку пухлини (Тогзеп еїаї., 2008).
Сімейство переносників розчинених речовин 6 (переносник амінокислот), член 14 (5І СбА14) - ЗІ СбА14 кодує члена 14 сімейства переносників розчинених речовин 6 (5І СбА14). 5І СбА14 є переносником амінокислот і членом сімейства переносників розчинених речовин 6. Члени цього сімейства є натрій- і хлорид-залежними переносниками кислот і нейротрансмітерами. 5І СбА14 транспортує нейтральні амінокислоти і амінокислоти в катіонній формі. Цей переносник експресується на низьких рівнях у нормальних тканинах (5іІсап апа Мадег", 1999). Було показано, що ЗІ СбА14 має підвищену активність у тканинах і лініях клітин раку шийки матки (Сиріа еї аї., 2006), колоректального раку (Сиріа еї аїЇ., 2005) і естроген-рецептор (ЕК)-позитивного раку молочної залози (КагипакКагап еї а!., 2011), а також у клітинах гепатоми (Риснз еї аї., 2004). У той час як 5 СбА14 мінімально експресується у відповідних нормальних тканинах і клітинах, активність ЗІ СбА14 у ракових клітинах є підвищеною завдяки їх підвищеній потребі у цих амінокислотах. Альфа-метил- ОІ-триптофан (альфа-МТ), селективний блокатор 5ІСбА14, викликає амінокислотне виснаження та апоптоз клітинних ліній ЕК-позитивного раку молочної залози (КагипакКагап еї а!., 2011).
Фосфатаза 4 з подвійною специфічністю (ОБР) -- Цей білок, що кодується геном ВОЗРА, є членом підсімейства білків фосфатаз, які мають подвійну специфічність. ОПЮО5РА. інактивує
ЕРКТ, ЕККЗ і МК, він експресується у багатьох тканинах і локалізується у ядрі. Повідомлялося, що ВБО5РА (інакше - МКР2) надмірно експресується у злоякісних зразках раку молочної залози у порівнянні з незлоякісними (У/апа еї аї., 2003). Аналіз масивів мікрочіпових даних пацієнтів, хворих на колоректальний рак, виявив диференційну експресію ВО5РА, а її найвищий рівень спостерігався у пухлинах із мутацією у гені ВКАЕ. Більш того, виявилася залежність між високим рівнем ВО5РА і гіршою загальною виживаністю (Оеє, М еї а!., 2013).
Зо Глікопротеїн (трансмембранний) птб (ЗРММВ) -- Ген СРММВ кодує трансмембранний глікопротеїн типу Її. Було показано, що СРММВ експресується широкою групою різних видів ракових пухлин і, головним чином, підвищує агресивність пухлин шляхом сприяння міграції і інвазії клітин пухлини і утворення метастазів. На молекулярному рівні, як було показано,
СРММВ підвищує експресію ММР-2, З і 9, а експресія його самого регулюється р53 (Меї? вї аї., 2005; Меї? єї а|І., 2007; Розе еї аї., 2007; БРіотепіїпі еї аї!., 2014). Високі рівні ОРММВ також корелюють із зниженою загальною виживаністю хворих на ДРЛ, ГБМ і скНКК (Оіп еї аї!.,2014;1Її еїаї., 2014; Киап еї а!., 2006).
Кератин, тип ЇЇ цитоскелетний 80 (КЕТ80) -- КЕТ80 кодує кератин 80 (ККТ80). ККТ80 був знайдений фактично у всіх видах епітелію і зв'язаний з поглибленим диференціюванням тканин або клітин. Проміжні мікрофіламенти, які містять ККТ80, локалізовані на межі клітин поблизу десмосомних бляшок, і тільки у клітинах, що входять у стадію термінального диференціювання,
ККТ80 локалізується у цитоплазмі (І апдбвеїп сеї а!., 2010).
Білок 4 структурної підтримки хромосом (5МС4) -- Білок 5«МС4 є ключовим компонентом конденсинового комплексу, що бере участь у конденсації хроматину, і також зв'язаний із сегрегацією ядерець, репарацією ДНК і підтримкою хроматинового скелету (Сегмуапієз 6вї аї., 2006).
Член 4 сімейства 1 переносників розчинених речовин (переносник глутамату/нейтральних амінокислот)(5 С1А4) -- 51 СТ1А4 є переносником амінокислот, який опосередковує натрій- залежний обмін невеликих нейтральних амінокислот (див. огляд (Капаї єї аї., 2013)). Як було описано, 5І С1А4 експресується у значно вищій мірі у аденокарциномах стравоходу у порівнянні з пласкоклітинними карциномами (Моипев єї аї., 2000). Показано, що експресія 5ІС1А4 у клітинах раку передміхурової залози підвищується у відповідь на лікування андрогенами (У/апд ега!., 2013а).
Кератин 5 (КЕТ5), кератин бА (КЕТбА), кератин 6В (КЕТ6В), кератин 6С (ККТ6С) -- КАТ5,
КАТбА, ККТ6В і ККТбС є гомологічними кератиновими білками, які є білками проміжного філаменту. Кератини широко застосовуються як маркерні білки при діагностиці пухлин, оскільки їх профілі експресії зв'язані з тканиною, з якої походить пухлина (див. огляд (Кагапіга, 2011)).
Очевидно, що за нормальних обставин ККТбА і ККТ6В інгібують міграцію клітин шляхом секвестрування проміграційної 5гсо-кінази, інгібуючи у такий спосіб її активність. Чи працює цей
Ге) механізм також і у ракових клітинах, поки що не досліджувалося (Койу апа Соціотрье, 2012).
Забарвлювання ККТ5/6 було запропоновано як один із декількох маркерів для розрізняння слабодиференційованої аденокарциноми від пласкоклітинної карциноми у випадку НДРЛ (7Нпао еї аїІ., 2014р; Хи єї аїІ., 2014). Ендокринні пухлини легені також є негативними щодо ККТ5/6 (/папо єї а!., 2014).
Хемокін ССІ18 (із С-С мотивом) (легеневий, що регулюється активацією) -- Цей антимікробний ген є одним із кількох генів цитокінів з послідовністю Субз-Суб (СС), що знаходяться у кластері на д-плечі хромосоми 17. Цитокін, що кодується цим геном, виявляє хемотаксичну активність по відношенню до наївних Т-клітин, СО4- і СО8-Т-клітин і неактивованих лімфоцитів, але не моноцитів або гранулоцитів. Підвищені рівні ССІ 18 як у пухлинній тканині, так і у крові були описані для ракових пухлин, і рівні ССІ 18 у сироватці пропонувалися використовувати як біомаркер для декількох видів пухлин. У багатьох випадках була продемонстрована кореляція між пізніми стадіями пухлин і несприятливим прогнозом (наприклад, для раку шлунка (У/и єї а!., 201За), раку молочної залози (СНеп еї а!., 2011; Мапа єї аІ., 2011), раку передміхурової залози (Спеп еї аї!., 2014), раку сечового міхура (Огоціаї єї аї., 2012)). Рівні ССІ18 у сироватці були підвищені у пацієнтів із НДРЛ у порівнянні з групою здорових добровольців. Крім того, підвищені рівні у сироватці були передбаченням зменшеної тривалості життя пацієнтів з аденокарциномою (Ріопез евї а!., 2012). ССІ 18 є членом групи з 12 сироваткових біомаркерів, запропонованих для ідентифікації НДРЛ (О5гої еїа!., 2010).
Матрична металопротеїназа 12 (еластаза макрофагів) (ММР12) -- ММР 12, також відома під назвою металоеластази людини (МЕл) або металоеластази макрофагів (МЕМ), є цинк- залежною ендопептидазою, що розпізнається за її здатністю розкладати еластин. Окрім цього, вона має широкий діапазон субстратів, що поширюється на інші матричні білки, такі як колаген, фібронектин, ламінін, протеоглікани, та нематричні білки, такі як альфа-1-антитрипсин. У хворих на астму, емфізему та хронічне обструктивне захворювання легенів (ХОЗЛ)У ММР12 може сприяти деструкції альвеол і структурним змінам в дихальних шляхах (СаїаїЇдо еї аї., 2003;
МУаїїасе еї аі., 2008). ММР12 бере участь у міграції макрофагів, і оскільки за її участю з плазміногену утворюється ангіостатин, вона сприяє інгібуванню ангіогенезу (СпакКгабогпі еї аї., 2003; СНнапаїйег єї а!., 1996; бЗапа, 1998). Як їі інші металопротеїнази, ММР12 бере участь у фізіологічних процесах, таких як ембріогенез, загоєння ран, та у менструальному циклі
Зо (Спакгтарогії єї аї!., 2003; І абієйд єї аї., 2009), але також і у патологічних процесах деструкції тканин. Хоча у ряді випадків дані базуються на спостереженні за невеликою кількістю паціє нтів, існує достатньо доказів у літературі, що ММР12 часто надмірно експресована у хворих на рак (Оєпуз вї аї!., 2004; Надетапп єї а!., 2001; Ма евї а!., 2009; Магайег-Опі?» еї а!., 2005; Ме еї аї., 2008). У той же час, дані щодо впливу надмірної експресії ММР12 на клінічні параметри та прогноз захворювання є суперечливими. Хоча вона може мати відношення до розчинення матриксу і, у такий спосіб, до утворення метастазів, вона може також інгібувати ріст пухлин шляхом продукування ангіостатину, що негативно впливає на ангіогенез (Сюогіп-Віма5 еї аї., 2000; Сопіп Вімав єї аї., 1998; Кіт еї а!І., 2004). Для раку легенів зв'язок з рівнем експресії
ММРІ12 є суперечливим. Надекспресія ММР12 у епітеліальних клітинах була зареєстрована у випадку структурних змін у легенях внаслідок їх запалення. Експресія ММР12 на високому рівні може відігравати роль у розвитку раку легенів як ускладнення емфіземи (Ои еї аї., 2009).
Дослідження на тваринах свідчать, що експресія ММР12 клітинами строми або макрофагами пригнічує ріст пухлин легенів (Асиїй еї а!., 2006; Ношднпюп еї аї., 2006). Однак існують також звіти, які свідчать, що надмірна експресія ММР12 у пухлинах легенів корелює з рецидивами, метастатичною хворобою та більш короткою безрецидивною виживаністю після резекції (Спо єї а!І., 2004; Ноїтапп еї аї!., 2005).
Асоційований з лізосомами мембранний білок З (АМРЗ) -- Г(АМРЗ є трансмембранним білком типу !, знайденим у лізосомальному компартменті; він містить невеликий цитоплазматичний домен та люмінальний домен із високим ступенем глікозилювання (М/їКе єї а!., 2012). Доповідалося про високу активність ГАМРЗ у декількох видах раку, однак експресія
АМРЗ клітинами самої пухлини продемонстрована не була. ГАМРЗ(жї) ДК були виявлені специфічно на межі інвазивної пухлини, де вони утворюють кластери з проліферуючими Т- лімфоцитами, внаслідок чого було зроблено припущення, що це відображає місцеву протипухлинну імунну відповідь, наприклад, у нирковоклітинній карциномі (Мідае! еї а!., 2010), пласкоклітинній карциномі стравоходу (Гіи єї аї., 2010), колоректальній карциномі (мУцап еї аї., 2008; Запаві еї а!., 2005), а також у меланомі (І адапуї єї аі!., 2007). Метааналіз транскриптомних даних дозволив зробити припущення, що низькі півні експресії ГАМРЗ при раку легенів можна пов'язати з коротшим загальним виживанням (І іпазкод еї а!., 2014).
Центромерний білок М (СЕМРМ) -- Цей білок, який кодується геном СЕМРМ, утворює бо частину комплексу, асоційованого з нуклеосомою, і є важливим для збірки кінетохору. СЕМРМ розпізнає центромер-специфічний варіант гістону (СЕМР-А), і, таким чином, є необхідним для визначення сайту рекрутингу для багатьох інших центромерних білків (Са!тої!Ї еї аї., 2009).
Вичерпання СЕМРМ та інших білків комплексу, асоційованого з нуклеосомою (МАС), не заважає формуванню біполярного веретена, але призводить до дефектів хромосомної конгресії (Месіеїїапа еї аї!., 2007). СЕМРМ, разом із іншими білками МАС, рекрутується до дволанцюгових розривів. Було зроблено припущення, що комплекс відіграє певну роль у репарації молекул ДНК (7ешіп еї а!., 2009).
Проколаген-лізин, 2-оксоглутарат 5-диоксигеназа 2 (РГОЮ2) -- Білок, що кодується цим геном, є зв'язаним з мембраною гомодимерним ферментом, який локалізується у цистернах гранулярного ендоплазматичного ретикулуму. Мутації у кодуючій ділянці цього гена зв'язані з синдромом Брука. Підвищена активність Р ОЮ02 була описана при колоректальному раку (Місавіні еї аі., 2014), множинній мієломі (5іапу еї а!., 2014) і раку шийки матки (Ва)Китаг еї аї., 2011), ії асоціювалася з утворенням метастазів у кістках (Віапсо сеї аї., 2012) Була продемонстрована кореляція підвищеної експресії РІ 002 з несприятливим прогнозом у хворих на гліобластому (0опд еї аї., 2005), а також на рак молочної залози (СіїКев5 еї аї!., 2013) і гепатоцелюлярну карциному, для якої вона також асоціювалася з збільшеним розміром пухлини і утворенням внутрішньопечінкових метастазів (Мода еї а!., 2012).
Матрична металопротеїназа 1 (ММРІ) - ММРІ є членом сімейства матричних металопротеїназ (ММР). Загалом, ММР відіграють суттєву роль у регуляції функціонування, ремоделювання і ангіогенезу судин. Шляхом деградації ЕСМ та інших молекул позаклітинного матриксу вони прискорюють міграцію і інвазію ендотеліальних клітин і гладком'язових клітин судин і впливають на проліферацію і апоптоз судинних клітин (Степ евї а!., 2013). Надекспресія
ММРІ була описана для декількох видів раку і асоціювалася з ангіогенезом, інвазією і низькою виживаністю. Наприклад, було виявлено, що підвищені рівні ММРІ є незалежним фактором у виживанні хворих на рак товстої кишки (І апдеп5кКіоїа еї аї!., 2013), а експресія ММРІ у пухлині і стромі асоціюється з прогресуванням пухлин і несприятливим прогнозом при раку молочної залози (Вов5ігот еї аї., 2011). Було показано, що рівні ММР1 є підвищеними як у плазмі, так само і в пухлинній тканині пацієнтів, хворих на рак легенів, і асоціюються з пізніми стадіями і скороченням виживаності (І і еї а)., 20105). Метааналіз підтвердив зв'язок поліморфізму ММР 1-
Зо 1607 10/20 з підвищеним ризиком розвитку раку легенів (Хіао єї а!., 2012).
Кератин 10 (ККТ10), кератин 12 (ККТ12), кератин 13 (ККТ13), кератин 14 (ККТ14), кератин 15 (ККТ15), кератин 16 (КЕТ16), кератин 17 (КЕКТ17), кератин 19 (ККТ19) -- Гомологічні білки- кератини ККТ10, ККТ12, ККТ13, КЕТ14, ККТ15, КЕТ16, ККТ17 і КЕТ19 є білками проміжного філаменту. Деякі з цих кератинів асоціювалися з властивостями стовбурових клітин, такий як
ККТ14, який вважається маркером стовбурових ракових клітин (Наїпа апа 5спиці7, 2012;
ЗсНаІКеп апа мап, 2003). ККТ15 використовується як маркер для ідентифікації епідермальних стовбурових клітин і націлювання на них (АаНікагу еї аї., 2013; Тгтоу єї аї., 2011), і ККТ17 експресується у стовбурових клітинах базального шару волосяної цибулини (Вгаашіа апа
НотрБрегдег, 2009). Профілі експресії різних кератинів аналізувалися для різних видів раку, і повідомлялося як про їх позитивну, так і негативну регуляцію. Наприклад, високі рівні ККТ17 пов'язувалися з несприятливим прогнозом (Уапд еї аї., 20136; Евсобаг-Ноуоз еї аї., 2014) і пізніми стадіями (Кіт еї а!., 2012). Для КЕТ13 у більшості досліджень були отримані свідчення негативної регуляції у ракових тканинах (Ношійап еї аї., 2003; ІЗа-Мопетосні еї аї., 2012).
Експресія ККТ13, напевно, заміщається на експресію ККТ17 під час трансформації плоских клітин (Мікаті єї а!., 2011). У різних дослідженнях раку були продемонстровані як позитивна, так і негативна регуляція ККТ10 і ККТ15. Послідовно повідомлялося про надмірну експресію ККТ19 при багатьох видах раку, він асоціювався з метастазами і низькою виживаністю (70п9 еї аї., 2012; ее сеї аї.,, 2012). ККТ12 експресується в епітелії рогівки. Рогівки характеризуються негативною регуляцією кератину 12, який вважають за маркер диференціювання (2Папао еї аї., 20106).
Муцин 16, зв'язаний з клітинною поверхнею (МОС16б) -- МОС16 є найбільшим із зв'язаних з мембраною муцинів. МОС16 є однопрохідним мембранним білком із позаклітинним доменом, що має високий ступінь глікозилювання. МОС16 є пухлино-асоційованим антигеном, що злущується з поверхні клітин раку яєчника і потрапляє у кров. Він використовується як добре відомий біомаркер для моніторингу розвитку раку яєчника (Ваїпа еї а!., 2010). Підвищені рівні експресії МОС16 були описані для пласкоклітинної карциноми легенів (Улапо еї аї., 2014). Крім того, спостерігалася кореляція високих рівнів МОС16б у сироватці з коротшою виживаністю пацієнтів з НДРЛ (Ми еї аї., 2013; Сеєдгев5 єї аї., 2011). У поєднанні з іншими біомаркерами,
МИиС16 може бути частиною генетичного підпису для підтипів раку легенів (І і еї а!., 2012). бо Інтегрин, альфа-2 (СО0498, альфа-2 субодиниця рецептора МІ А-2) (ІТаАг) -- ІТОА2 кодує альфа-субодиницю трансмембранного рецептора для колагенів і споріднених білків. У обмеженій кількості досліджень повідомлялося про дерегуляцію ІТОА2 при раку, зі свідоцтвами як підвищених, так і знижених рівнів: При аденокарциномі протоків підшлункової залози ІТОА2 був гіпометильованим і надмірно експресованим, а підвищена експресія асоціювалася з низькою виживаністю (Мопез еї аї!., 2014). Навпроти, негативна регуляція ІТСА2 спостерігалася при карциномі передміхурової залози (ЗНаїКпірганіт еї аї!., 2011). Знижена експресія ІТОА2 асоціювалася з утворенням метастазів і низькою виживаністю при раку молочної і передміхурової залози (Натіге? єї аї., 2011).
Олфактомедин-подібний 28 (ОГЕМІ 28) - ОЇ ЕМІ2В належить до сімейства білків, які містять олфактомединовий домен, які є позаклітинними глікопротеїнами, головним чином задіяними у диференціюванні хемосенсорних війок, ранніх стадіях нейрогенезу, дорсалізації нейральних мікротрубочок, нервово-м'язовій передачі, екзоцитозі синаптичних везикул і патогенезі глаукоми. Транскрипти ОЇ ЕМ2В можна виявити у багатьох різних тканинах миші, включаючи легені, шлунок і передміхурову залозу, але відсутні у печінці (Ригшапі еї аї., 2005).
Ген ОГЕМІ2В картується в хромосомі 1423.3, який, як було показано в аналізі зчеплення, є локусом схильності до шизофренії (Ритгі єї а!., 2007).
Домен тетратрикопептидного повтору 13 (ТТС13) -- ТТС13 належить до сімейства білків, що містять домени тетратрикопептидного повтору (ТРК). Очевидно, що домени ТРЕК є важливими для здійснення функцій шаперонів, клітинного циклу, транскрипції і транспорту білків, і білки, що містять ТРЕ-мотив, часто асоціюються з мультибілюовими комплексами (Віаїсп! апа І авзвіє, 1999). Ген ТСС13 картується в хромосомі 1442.2. Хромосома 1442.2-43 була описана як локус гаданого гена схильності до раку передміхурової залози в одному аналізі зчеплення (Вепоп єї а!І., 1998), але це не вдалося підтвердити у подальших дослідженнях на більш великій популяції пацієнтів (біпдни, 2000; С1ррз еї аї., 1999).
Присвячений цитокінезу 2 (0ОСК2) -- Білок, що кодується геном СОСК2, належить до сімейства білків СОМ. Відомо, що БОСК2 є важливим фактором для міграції і хемотаксису лімфоцитів. Дослідження екзомного секвенування і повногеномного секвенування ідентифікували мутації в гені ОСКО2 при колоректальному раку, аденокарциномі стравоходу і інтрадуктальних папілярно-муцинозних неоплазіях підшлункової залози (Ми єї а!., 2014; Ошак єї
Ко) аім, 2013; ЕРипиКаула єї аї., 2011). Крім того, було показано, що БОСК2 є диференційно- експресованим у зразках астроцитоми у дітей і може, таким чином, являти собою цікаву терапевтичну мішень для цього захворювання (2Пао еї а!., 2014а).
Поліовірусний рецептор-споріднений 1 (посередник С проникнення вірусу герпесу) (РМКІ 1) - РМК кодує білок клітинної адгезії, який відіграє роль в утворенні адгезивних контактів і щільних контактів у клітинах епітелію і ендотелію. Ген РМКІ1 картується в хромосомі 11423, на ділянці, яка, як було виявлено, ампліфікується при аденокістозній карциномі (7Напа еї а!., 2013).
У зв'язку з важливою функцією в адгезії клітин, РУКІ1 асоціювався з регулюванням інвазивних і міграційних властивостей клітин, а також із епітеліально-мезенхімальним переходом. Обидва процеси є критичними для розвитку пухлини. РУКІ1 був ідентифікований як характерна ознака такого підтипу раку шийки матки як пласкоклітинна карцинома (Ітадоте еї аї., 2010). Було визначено, що експресія РУКІ1 є підвищеною у пухлинах щитоподібної залози у порівнянні з нормальною тканиною щитоподібної залози і ще більше підвищена при папілярному раку щитоподібної залози (депзеп еї а!., 2010). Експресія РУМКІ 1 /2 асоціюється з більш сприятливим прогнозом для гострого мієлоїдного лейкозу (Стаї еї а!., 2005).
ЕКБОб-зв'язувальний білок 10, 65 кДа (ЕКВР10) -- ЕКБ5Об-зв'язувальний білок 10, (ЕКВР10) належить до сімейства пептидил-проліл-цис/транс-ізомераз ЕКВР-типу. Його виділяють із ендоплазматичного ретикулуму, і він діє як молекулярний шаперон (Іспікажа еї аї., 2008;
Райцегзоп еї аї., 2000). Він надмірно експресується під час розвитку легенів і після уражень легенів його можна реактивувати у координаційний спосіб білками позаклітинного матриксу (Рацегзоп єї аї., 2005).
АТФ-зв'язувальні касетні транспортери, підсімейство С (СЕТК/МЕР), член 1 (АВСС1) --
Білок, що кодується геном АВСС11, є членом суперсімейства АТФ-зв'язувальних касетних (АВС) транспортерів. Білки АВС транспортують різні молекули через зовнішні клітинні і внутрішньоклітинні мембрани. АВССІ відіграє важливу роль насоса, що виводить з клітини лікарські препарати, як у здорових, так і у пухлинних клітинах (СНнеп апа Тімагі, 2011). У декількох дослідженнях була описана надмірна експресія АВССІ1 у пухлинах різних видів, і у багатьох випадках був виявлений зв'язок рівнів експресії АВСС1 зі стадією пухлини, метастазами і несприятливим прогнозом (наприклад, при ракових захворюваннях молочній залозі, передміхурової залози і легенів) (ОєєІєу еї аїЇ., 2006). Дослідження на китайських бо пацієнтах ідентифікувало однонуклеотидний поліморфізм (ЗМР) у гені АВССІ, який підвищує схильність до НДРЛ (Міп єї аї., 2011). У іншому дослідженні повідомлялося про асоціацію 5МР у гені АВССІ1 і виживаністю без прогресування у пацієнтів із НДРЛ (І атба єї а!., 2014).
Арахідонат 15-ліпоксигеназа, тип В (АГОХ158) -- АГОХ15ЩВ кодує члена сімейства ліпоксигеназ структурно споріднених діоксигеназ, які містять негемове залізо, задіяних у продукції гіпероксидів жирних кислот. Найбільш інтенсивно вивчалася роль, яку АГОХ15В, більш відома як 15-10Х-2, і продукт ферментативної реакції, яку вона каталізує, 15-5- гідроксиейкозатетраєнова кислота (155-НЕТЕ), відіграють у розвитку пухлини у випадку раку передміхурової залози. У декількох дослідженнях було продемонстровано, що рівні експресії
АГ ОХ15БВ, а також рівні продукції 155-НЕТЕ, значуще знижені при раку передміхурової залози у порівнянні з нормальною тканиною або клітинними лініями (Ни еї а!ї., 2013; Зпарреї! єї а!., 2001).
У нормальних легенях експресія АГОХ15В обмежена пневмоцитами типу 1. Експресія підвищена при НДРЛ, і була описана зворотня кореляція між рівнями АГОХ15В і ступенем злоякісності пухлини, а також індексом проліферативної активності клітин пухлини (Соплаїег єї а!., 2004).
Сфінгомієлін фосфодиестераза, кислотоподібна ЗВ (ЗМРОЇ 38) -- 5МРОЇІ ЗВ є сфінгомієлін фосфодиестеразою, що експресується у подоцитах, експресія якої асоціювалася з захворюванням нирок при цукровому діабеті і фокально-сегментарним гломерулосклерозом.
Знижена експресія ЗМРОЇЗВ при захворюванні нирок асоціювалася з ремоделювання актинового цитоскелета і апоптозом (Мегз5спег апа Еотопі, 2014). Ген БМРОГЇ ЗВ картується на хромосомі 1р35.3.
Глутамінфруктозо-6-фосфат-трансаміназа 2 (СЕРТ2) -- СЕРТ2 бере участь у рості аксонів, ранніх стадіях розвитку нейронів, нейропептидній сигнальній трансдукції/синтезі нейропептидів та у нейрональних рецепторах (Топагєаи есеї аї., 2008). Генні варіанти СЕРТ2 асоціюються з цукровим діабетом типу 2 та діабетичною нефропатією (7Напа еї аї!., 2004). Крім цього, асоціація
ЗМР і СЕРТЗО свідчить, що ген, який бере участь у модуляції окислювального шляху, може бути головною причиною діабетичної хронічної ниркової недостатності (Ргазай еї аї., 2010).
Метилювання ДНК гена СЕРТ2 було підтверджене у зразках первинної гострого лімфобластного лейкозу (ГЛЛ). У пацієнтів з метилюванням багатьох Сро-мотивів спостерігалась гірша загальна виживаність (Киапод єї а!., 2008). СЕРТ2 відіграє певну роль у
Зо метаболізмі глютаміну, і спостерігається більш висока його експресія в лініях мезенхімальних клітин. Метаболізм глютаміну може відігравати важливу роль у прогресуванні пухлин, і можливо, що інгібітори шляхів клітинного метаболізму стануть засобами епігенетичної терапії (бітрзоп вії а!., 2012).
Геліказа бокса ОЕАЮ 5 (Азр-СІШ-Аіа-Азр), (00Х5) - 0 00Х5 (рб8) є АТФ-залежною РНК- геліказою, яка відіграє роль у сплайсингу, процесингу рРНК, рибосомном біогенезі, процесингу тіРНК, а також у регуляції транскрипції. 0ОХ5 є коактиватором транскрипції декількох факторів, які відіграють роль у розвитку раку, таких як рецептор до андрогенів, р53, і Кипх2. Надмірна експресія БОХ5 була показана для цілого ряду різних видів раку, наприклад, для колоректального раку, раку молочної залози, раку передміхурової залози, гліоми, гепатоцелюлярній карциноми і лейкозу (Оаї єї а!., 2014; Єшег-Расе, 2013).
Енолаза 1, (альфа) (ЕМО1) -- Ген ЕМО1 кодує альфа-енолазу (ЕМОА), один із трьох енолазних білків, іншими з яких є бета-енолаза і гама-енолаза, відповідно. Надмірна експресія
ЕМО1/ЕМОА була продемонстрована при багатьох видах раку (Сареїо еї аї., 2011). ЕМОА є металоферментом, який виявляє свої функції у гліколізі при синтезі фосфоенолпірувату.
Підвищені рівні ЕМОА корелювали з низькою виживаністю пацієнтів з НДРЛ (СНапо евї а!., 2006).
Аналогічно, у іншому дослідженні спостерігалася позитивна регуляція експресії ЕМО! у групі пацієнтів, хворих на аденокарциному легенів, яка мала несприятливий прогноз (Регпетаїт єї а. 2013). Було показано, що ЕМОА є пухлино-асоційованим антигеном, і у пацієнтів з аденокарциномою підшлункової залози були виявлені антитіла проти ЕМОА, а також ЕМОА- специфічні Т-клітини (Сарреїо єї а!., 2009). Аутоантитіла проти ЕМОА були виявлені у хворих на
НДРЛ пацієнтів, причому була показана підвищена експресія ЕМОА у тканині НДРЛ (Не еї аї., 2007; 1 еїа!., 2006).
Підсімейство Ю подібних лектинам рецепторів клітин-кілерів, член 1 (КІКО1) -- КІ ВО, більш відомий як СО9У4, зв'язується з молекулами МКО2 з утворенням гетеродимеру, який експресується на природних кілерних (МК) клітинах і на цитотоксичних Т-лімфоцитах (ЦТЛ).
Було показано, що рецептор пригнічення КГКО1 (С094):МКО2А надмірно експресується на лімфоцитах, які інфільтрують пухлину, наприклад, у нирково-клітинній карциномі і пухлинах раку шийки матки, що може сприяти порушенням протипухлинних імунних відповідей (5спієуреп єї аі, 2003; пе єї аїЇ. 2005). Аналогічно, надмірна експресія НІ А-Е, ліганду КІГ КО1 бо (С094):МКО2А, на пухлинних клітинах може додатково сприяти уникненню імунної відповіді
(Воззага єї а!., 2012; Соодеп вї аї., 2011).
Колаген типу ХІЇ, альфа-1 (СОЇ 12А1) -- Ген СОЇ 12А1 кодує альфа-ланцюг колагену типу
ХІЇ, члена сімейства колагенів ЕРАСІТ (фібрил-асоційованих колагенів із розривами у потрійній спіралі). Колаген типу ХІЇ є гомотримером, який, як було виявлено, асоційований із колагеном типу І, причому ця асоціація, як вважається, модифікує взаємодію між фібрилами колагену | і оточуючим матриксом (ОП еї аї., 1992). СОЇ 12А1 може брати участь у регуляції базальних мембран, забезпечуючи утворення особливих молекулярних містків між фібрилами та іншими компонентами матриксу (ТПіегту єї а!., 2004). СОЇ 12А1 експресується у серці, плаценті, легенях, м'язах скелету і підшлункові залозі (Опаттамагат сеї а!., 1998), у багатьох сполучних тканинах, включаючи суглобові і епіфізарні хрящі (Стедогу еї а!., 2001; УУаїснії еї а!., 1994; Май еї а!., 1992).
Експресія СОЇ 12А1 була зниженою у пухлинах із високою мікросателітною нестабільністю у порівнянні зі стабільною групою з низькою мікросателітною нестабільністю або з її відсутністю (Опеда єї а!., 2010).
АТФ-зв'язувальні касетні транспортери, підсімейство А (АВС1), член 13 (АВСА13) - У людини сімейство АТФ-зв'язувальних касетних (АВС) трансмембранних транспортерів складається з 48 генів і 7 підсімейств генів. Очікуваний білок АВСА13 складається з 5058 амінокислотних залишків, що робить його найбільшим білюм АВС, описаним на цей час (Ргадез єї а!., 2002). Кпідні і співавтори визначили, що білок АВСА13 експресується у гіпокампу та корі головного мозку мишей та людини і що обидві структури мають відношення до шизофренії та біполярного розладу (Кпісдні еї аї!., 2009). Ген АВСА13З картується в локусі 7р12.3 хромосоми, на ділянці, що містить джерело спадкового порушення, яке вражає підшлункову залозу (синдром Швахмана-Даймонда), а також є локусом, задіяним в участі Т-клітин у пухлинній інвазії та розвитку метастазів (ІММ?7), і таким чином є позиційним кандидатом на спричинення цих патологій (Ргадез еї аї., 2002).
Циклін В2 (ССМВ2) -- ССМВ2 є одним із декількох циклінів, які асоціюються з головним регулятором клітинного циклу, кіназою СОК1 (СОС2). Рівні цикліну регулюються транскрипцією на протязі клітинного циклу, забезпечуючи різні рівні активності і специфічності СОКІЛ, у такий спосіб контролюючи проходження клітин через клітинний цикл. Експресія цикліну В2 регулюється генами-супресорами пухлин р5З і ВЕКСАТ, які діють шляхом пригнічення транскрипції цикліну В2 (Оцааз еї аї!., 2012; Ое єї аї., 2011). Підвищена експресія ССМВ2 була описана для декількох видів пухлин, таких як рак шийки матки (Е5ріпоза еї а!., 2013; На)китаг єї а!., 2011), рак сечового міхура (Ги еї аї., 2010), колоректальна карцинома (РаїкК 6ї аї., 2007), астроцитома (Гім еї аї., 2013) і гліобластома (Ноддзоп еї аї., 2009). Рівні експресії ССМВ2 асоціювалися з несприятливим прогнозом при раку молочної залози і були ідентифіковані як незалежний прогностичний маркер виживаності (Зпирраг єї аїЇ., 2013). ССМВ2 надмірно експресується при НДРЛ (Ноїтапт вї а!., 2004). Він був ідентифікований як незалежний фактор передбачення несприятливого прогнозу у пацієнтів з аденокарциномою легенів, але не з пласкоклітинною карциномою (ТаКазпіта еї а!., 2014).
Ми гомолог 6 (М5Нб) -- М5НбЄ кодує члена сімейства білків Миї5, які беруть участь у репарації помилково спарованих нуклеотидів у структурі ДНК. Білки М5Н, включаючи М5Нб, розпізнають помилки, що виникають у геномній послідовності під час реплікації, попереджаючи подвоєння ланцюгів із пошкодженнями і здійснюючи репарацію одноланцюгових розривів (Сопде-Регегрііпа еї аїЇ., 2012). При декількох видах раку були виявлені мутації МЗНб і помилковий механізм репарації помилково спарованих нуклеотидів у структурі ДНК (ММК) (наприклад, при колоректальному раку (Затеег єї аї., 2014; Міаг апа Стирег, 2010; 5іма еї аї., 2009; Кавігіпоз апа бупдаї, 2007; Оамідзоп, 2007), раку підшлункової залози (Боіотоп еї аї., 2012), раку яєчника (Хіао єї а!., 2014), раку молочної залози (Мапа еї а!., 2013)).
Гомолог РКРЗ пре-мРНК процесинг-фактора З (5. сегемізіае) (РКЕРЕЗ) - РЕРЕЗ кодує процесинг-фактор З пре-МРНК. РКРЕЗ опосередковує залучення механізму деградації ядерної
РНК до сплайсосоми (Мад апа 5іейг, 2012). Активність РЕРЕЗ підвищується у гепатоцелюлярній карциномі за участю раково-специфічного сплайс-варіанту фактора транскрипції НМЕ4альфа (дослідження на ембріональній тканині) (Мівеної апа Вопак, 2008).
Лізофосфатидилхолін ацетилтрансфераза 1 (ГРСАТІ) -- | РСАТІ1 каталізує перетворення лізофосфатидилхоліну (РОС) на фосфатидилхолін. Крім того, | РСАТІ1 здатний перетворити лізо-РАЕ (алкілований І РС) на фактор активації тромбоцитів (РАК). Надмірна експресія І РСАТ1 була описана у пухлинах колоректального раку (Мапзійа єї аї., 2009), гепатоцелюлярної карциноми (Моїйа єї аї., 2013), раку молочної залози (АБраєІ2апег апа Мозіаїа, 2015), раку передміхурової залози (Хи єї а!., 2013; Стирр єї аї., 2013; 7пои еї аї!., 2012) і раку легенів (У/и еї аІ., 20130). Надмірна експресія РСАТІ сприяла проліферації, міграції і інвазії клітин іп міго (510) (Моїтйа єї а)ї., 2013).
Ген, що кодує білок, який є наступним після БОМ у транскрипційному каскаді (ФОМЗОМ). -
РОМОМ кодує білок, який є наступним після ЗОМ у транскрипційному каскаді (ОМ5ОМ) роОМБ5ОМ є центросомальним білком, рівні якого регулюються впродовж клітинного циклу, досягаючи найвищого значення під час фази 5. БОМ5БОМ необхідний для формування належного мітотичного веретена. Очевидно, він відіграє роль у відповіді на ушкодження ДНК (Гисиб5 оеї а), 2010). Відомості щодо літературних посилань, пов'язаних з раковими захворювання, відсутні.
Брунькування, що не інгібується гомологом бензімідазолу 1 бета (дріжджі) (ВОВ1В) --
ВИВІВ кодує серин/греонін кіназу В контрольної точки мітозу -- білок серин/гтреонін кіназу.
Вона виконує функцію регулятора мітозу, який забезпечує належну сегрегацію хромосом, беручи участь у контрольній точці мітотичного циклу і встановлення належного прикріплення кінетохору до мікротрубочок. Як підвищена, так і знижена експресія ВОВ1В була виявлена у різних пухлинах. Взагалі, також у літературних звітах була описана надмірна експресія ВОВ1В при ракових захворюваннях і її зв'язок із прогресуванням пухлини і несприятливим прогнозом, наприклад, при назофарингеальній карциномі (Ниапд єї аї., 2012а), карциномі мигдалин (Наппізааї! єї аїІ., 2010), раку молочної залози (МасієЇс2гукК еї аї., 2013), епітеліальному раку яєчника (І єе єї аї., 2009) і протоковій аденокарциномі підшлункової залози (Сщіаднацо еї аї., 2010). Аналогічно, зниження рівня білюка ВОВ1В асоціювалося з довшою виживаністю хворих на рак передміхурової залози (Сігак єї а!., 2013).
Компонент олігомерного комплексу Гольджі 4 (2004) -- СОб4 є компонентом олігомерного білкового комплексу, задіяного у формуванні структури і функціонуванні апарату Гольджі.
Дослідження взаємодій свідчать, що СО(034 є ключовим компонентом комплексу і відіграє вирішальну роль у збірці ії функціонуванні комплексу (Гой апа Нопа, 2004). Субодиниці СОС,
СО, 6 і 8, здатні взаємодіяти з певними білками родини 5МАКЕ в апараті Гольджі та беруть участь у визначенні специфічності везикулярного сортування в апараті Гольджі (М/Шей еї аї., 2013). Більш того, було показано, що комплекс СОС регулює підтримку шляхів глікозилювання в апараті Гольджі (РоКгому5Кауа еї а!., 2011). 265-субодиниця протеасоми (просоми; макропаїну); не-АТФазна, 14 (РМО14) -- РОМО14 є компонентом 265 протеасоми, мультибілкового комплексу, що розкладає білки, спрямовані на
Зо порушення убіквітинового шляху. Білок РОМО14 у складі комплексу 195 (195 структура сар;
РА?7О0) забезпечує деубіквітинування субстрату під час протеасомної деградації (браїаго еї аї., 1997). Аберантна експресія і дисфункція субодиниць протеасоми задіяні у злоякісному переродженні і резистентності до дії різних цитотоксичних лікарських препаратів. Надмірна експресія РОМО14 у клітинах ссавців впливає на проліферацію клітин і відповідь на дію цитотоксичних лікарських препаратів, таких як вінбластин, цисплатин і доксорубіцин (браїаго єї аІ,, 2002). Інгібування експресії РЗЬМО14 шляхом трансфекції міРНК суттєво впливає на життєздатність клітин, призводячи до затримки клітин у (30-(31-фазі, що зрештою веде до старіння (Вутпе евї а!., 2010).
Гомолог В КАЮ54 (5. сегемізіає) (КАОЮ5Б4В) -- Білок КАОЮ5Б4В репарації і рекомбінації ДНК є білком, що у людини кодується геном КАО54В. КАЮО54 зв'язується з дволанцюговою ДНК і виявляє АТФазну активність у присутності ДНК. Білок КАЮ54В людини є паралогом білка
ЕАОЗ5БА4, який відіграє важливу роль у гомологічній рекомбінації. Гомологічна рекомбінація (НЕ) є важливою для точної репарації дволанцюгових розривів (0О5В) у молекулі ДНК (Загаї еї аї., 2008). Нокдаун КАО5Б4АВ, гена, про який відомо, що він є соматично мутованим при раку, викликає хромосомну нестабільність (СІМ) у клітинах ссавців (МеМапиз евї а!., 2009) Підвищена експресія гена КАЮ5Б4В значуще пов'язана з більш коротким часом до прогресування і пов'язана з гіршою загальною виживаністю у пацієнтів із ГБМ (Стипаа єї аї., 2010).
Білок 1 сімейства рецепторів, що завиваються (Е20О1), білок 2 сімейства рецепторів, що завиваються (Е202), білок 7 сімейства рецепторів, що завиваються (207) -
Усі гени Е202, Е20О1 і 207 належать до сімейства генів "що завиваються". Члени цього сімейства генів кодують білки із 7 трансмембранними доменами, які є рецепторами для білків сигнального шляху МУпі. Очевидно, що експресія гена Е202 активується у процесі розвитку, з високими рівнями експресії у нирках і легенях плоду і товстій кишці і яєчниках дорослих (Задага еї а!., 1998; 7Нао евї аї., 1995). Білок Е2О1 містить сигнальний пептид, зі збагаченими цистеїном доменами у М-термінальній ділянці позаклітинного простору, 7 трансмембранних доменів і С- термінальний РО2-домен-зв'язувальний мотив. Е20О1-транскрипт експресується у різних тканинах, включаючи легені, а також серце, нирки, підшлункову залозу, передміхурову залозу і яєчники (Задага єї а!., 1998). Було знайдено, що рецептори, "що завиваються", 1 і 2 надмірно експресуються при раку молочної залози (Міїомапоміс еї аІ., 2004). Білок Е2О07 містить М- бо термінальну сигнальну послідовність, 10 залишків цистеїну, що типово для збагаченого цистеїном позаклітинного домена членів сімейства Е7, 7 передбачуваних трансмембранних доменів і внутрішньоклітинний С-термінальний хвіст з РО2-домен-зв'язувальним мотивом.
Експресія гена Е2О07 може пригнічувати функціональну активність АПК і підсилювати сигнали, що передаються за допомогою бета-катеніну, у слабо диференційованих карциномах стравоходу (Задага єї а!., 1998; Тапака евї а!., 1998).
Сімейство сигнальних білків типу М/іпдіеєз55 вірусів ММТУ, що мають інтеграційний модуль, член 5А (МУМТ5А) -- Взагалі М/піза регулює багато клітинних функцій, таких як проліферація, диференціація, міграція, адгезія і полярність (Кікиспі еї аї., 2012). Він експресується у недиференційованих ембріональних стовбурових клітинах людини (Каїой, 2008). ММТ5А класифікується як нетрансформуючий член сімейства УУМТ, роль якого у канцерогенезі залишається невизначеною. Він виявляє пригнічуючу дію на пухлини деяких типів раку (щитоподібної залози, головного мозку, молочної залози, товстої і прямої кишки), але має місце його аберантна позитивна регуляція при раку легенів, шлунка і передміхурової залози (І і єї аї., 2010ба). Онкогенний УУМТ5А активує канонічний сигнальний шлях М/МТ у ракових стовбурових клітинах для самовідновлення і неканонічний сигнальний шлях УУМТ на межі поділу пухлина/строма для інвазії та метастазування (Каїой апа Каюн, 2007). Експресія М/МТ5А була описана для багатьох типів пухлин. Наприклад, аномальна експресія білка УУпіба спостерігалася у 2895 випадків раку передміхурової залози, де вона сприяє агресивності пухлини (Мататоїй еї аї., 2010). Більш того, було описано, що надмірна експресія УУМТ5А асоціюється з несприятливим прогнозом і (або) зростанням ступеню злоякісності раку яєчнику (Вадідійап єї а!., 2009), меланоми (ба Еото еї аї!., 2008; М/еегагаїна еї а!., 2002), ГБМ (ми еї аї., 2007), раку легенів (Ниапо еї а!., 2005) і раку підшлункової залози (НіркКа еї а!., 2007). Вірогідно, що у ГЦК канонічний сигнальний шлях УМУМТ сприяє ініціації пухлини, а неканонічний сигнальний шлях МУМТ -- прогресії пухлини (Мигидиїи еї а!., 2009).
Білок активації фібробластів, альфа (БАР) -- Білок активації фібробластів (БАР) є інтегральним мембранним глікопротеїном ІІ типу, що належить до сімейства серинових протеаз.
Передбачувана протеазна активність серинового типу ЕАР-альфа та характер її індукції іп мімо можуть свідчити про роль цієї молекули у контролі росту фібробластів або епітеліально- мезенхімальних взаємодіях під час розвитку і відновлення тканин і епітеліального
Зо канцерогенезу (Зсапіап еї аЇ., 1994). Більшість нормальних тканин дорослого організму і доброякісних епітеліальних пухлин демонструють невелику або невиявлювану експресію БАР.
Однак експресія ГАР виявлена у стромі більш ніж 90 95 злоякісних пухлин молочної залози, товстої і прямої кишки, легенів, шкіри і підшлункової залози, фібробластів ран, що загоюються, сарком м'яких тканин і деяких мезенхімальних ембріональних клітин БАР може відігравати певну роль у рості ракової пухлини і розвитку метастазів за рахунок процесів адгезії і міграції клітин, а також швидкої деградації компонентів ЕСМ. Таким чином, він є присутнім на пухлинних клітинах, які проникають до ЕСМ, і клітинах ендотелію, що беруть участь в ангіогенезі, але не експресується в неактивних клітинах того ж типу (Оо1І2під єї аї., 2005; Кеппеду єї а!., 2009; Веніа еї а!., 1993; Венід єї а!., 1994; бсапіап єї аї., 1994; 7Нпапо еї а!., 2010а).
Циклін В1 (ССМВ1) -- ССМВІ1 кодує циклін ВІ, один із декількох мітотичних циклінів, який зв'язується з СОК1/СОС2 для прискорення проходження мітозу. Надмірна експресія СМВІ1 була описана у багатьох видах ракових пухлин і асоціювалася з прогресуванням розвитку пухлини і несприятливим прогнозом, наприклад, при колоректальній карциномі (Гі еї аїЇ., 2003), раку молочної залози (Ааїюпеп еї аї., 2009; Адагма! еї аіІ., 2009), НДРЛ (Соорег еї аї., 2009) ії пласкоклітинній карциномі стравоходу (Ниапа еї а!., 2014). При раку шлунка експресія ССМВ1 також асоціювалася з метастазами у регіонарні лімфатичні вузли і з несприятливим прогнозом (Ведпаті еї а!., 2010; Еційа єї а!., 2012). Антитіла проти ССМВІ були виявлені у пацієнтів, хворих на рак легенів або передміхурової залози. Їх було запропоновано використовувати як біомаркер для раннього виявлення раку легенів (Едіої еї аї!., 2005; 2Напа еї а!., 2003).
АТФаза, що переносить Сажя, м'яза міокарда, волокна швидкого типу 1 (АТР2АТ), АТФаза, що переносить Сажж, м'яза міокарда, волокна швидкого типу 2 (АТР2А2) -- Обидва гени (АТР2АТ і АТР2А?) кодують Са(2ж)-АТФази ЗЕКСА-типу. Кальцієві АТФази (5ЕКСА) саркоплазматичного ретикулуму (ЗК)1/ЕК є кальцієвими насосами, у яких поєднується гідроліз
АТФ із кальцієвим транспортом крізь мембрану ЗК/ЕК (Масі еппап єї аїЇ.,, 1997). 5ЕВСА кодуються трьома гомологічними генами: БЕКСАТ1 (АТР2АТ), БЕКСА2 (АТР2АЗ) і БЕКСАЗ (Ми еї а. 1995). З'явилися деякі докази, які свідчать про те, що 5ЕКСА можуть також безпосередньо впливати на процеси апоптозу, диференціювання і проліферації клітин (Снаті єї аІ,, 2000; Ма еї аї., 1999; ЗаКипіарнаї єї аЇ., 1999). Мутації в АТР2АТ, що кодує ЗЕКСАТ, викликають деякі аутосомно-рецисивні форми хвороби Броді, для якої характерне підвищене бо пошкодження м'язової релаксації під час фізичних вправ (Одептаїй єї а!., 1996). АТР2А2 є
АТФазою, пов'язаною з хворобою Дар'є, рідкісним аутосомно-домінантним спадковим захворюванням шкіри, для якого характерна патологічна кератинізація і акантоліз (Нио еї аї., 2010). Зміни у гені АТР2А2 можуть бути причиною схильності до раку легенів і товстої кишки, а пошкоджений ген АТР2А2 може відігравати певну роль у канцерогенезі (Когозес еї а!., 2006). У клітинних лініях дрібноклітинного раку легенів (НІ1339) і аденокарциноми легенів (НСС) вміст
Сага у ендоплазматичному ретикулумі (ЕК) знижується у порівнянні з нормальним епітелієм бронхів людини. Зменшений вміст Са2-- корелює зі зниженою експресією ЗЕКСА 2, що накачує кальцій у ЕК (Вегопег вї а!., 2009). АТР2А2 може бути потенційним прогностичним маркером для пацієнтів, хворих на колоректальний рак КРК. Його виявили у циркулюючих пухлинних клітинах (ЦПК), ї післяопераційний рецидив значуще корелював із підвищеною експресією цього гена (Ниапо еїаї., 20126).
Фібронектин 1 (ЕМ1) -- ЕМІ кодує фібронектин, глікопротеїн, що присутній у розчинній димерній формі у плазмі і у димерній або мультимерній формі на поверхні клітин і у позаклітинному матриксі. Повідомлялося, що у більшості пухлин ЕМ1 переважно експресується раково-асоційованими фібробластами (САБЕ) і ендотеліальними клітинами, але не пухлинними клітинами (Ве!ттоаї еї а!., 2010). Про підвищені рівні ЕМ1 повідомлялося у випадку деяких видів раку. Вони асоціювалися з несприятливим прогнозом або з прогресуванням раку, наприклад, раку жовчного міхура (Сао еї аі!., 2015), раку передміхурової залози (моп еї аї., 2013) і нирково- клітинної карциноми (СіеПйепве єї аіЇ., 2012; МааїКе5 єї аЇ., 2010). ЕМІбув також задіяний у стимуляцію патогенезу раку легенів, включаючи ріст клітин, хіміорезистентність і інгібування апоптозу (див. огляд (Ніїгепіпа|ег єї а!., 2008)).
Зв'язувальний білок З ІРНК гена, що кодує інсуліноподібний фактор росту 2 (ІСЕ2ВРЗ) --
ІСЕ2ВРЗ є членом сімейства РНК-зв'язувальних білків ІРНК інсуліноподібного фактору росту ЇЇ, що бере участь у локалізації, обороті і контролі трансляції ІРНК. Цей білок містить декілька КН- доменів (К-гомологічних), які Є важливими для зв'язування РНК і про які відомо, що вони беруть участь у синтезі і метаболізмі РНК. Експресія відбувається головним чином під час розвитку ембріону, і вона була описана для деяких пухлин. Таким чином, вважається, що ІСЕ2ВРЗ є онкофетальним білком (Гіао еї аі., 2005). ІСЕ2ВРЗ може сприяти проліферації пухлинних клітин, підвищуючи синтез білка ІСЕ-ІЇ та викликаючи адгезію і інвазію клітин через стабілізацію
Зо Ср44-ІРНК (Ріпаєїз-Нозеу апа Хи, 2012). Крім цього, експресія ІСЕ2ВРЗ вивчалася у багатьох новоутвореннях людини. Отримується все більше свідоцтв, що він є посередником у міграції, інвазії і виживанні клітин і у розвитку метастазів пухлин (Уепа еї аї., 2009; Каббаган еї а!., 2010;
М еї аї.,, 2011; І іао еї а!., 2011; и єї аї.,, 2011; Нулапо еї аї., 2012; Затапіа еї а!., 2012), і також можливо, що він бере участь у ангіогенезі (Зимавзіпі еї аїЇ,, 2011; Спеп єї аї., 2012). У аденокарциномах легенів більш висока частота експресії ІСЕ2ВРЗ може спостерігатися у помірно- або слабодиференційованих аденокарциномах, що може бути пов'язано з їхньою агресивною біологічною поведінкою (Ріпаєїбз-Нозеу вї а!., 2010; Ведап еї аї., 2012; Ріпаєів-Нозеу апа Хи, 2012).
Ламінін, гама 2 (АМС2) --
Ламініни, сімейство позаклітинних матричних глікопротеїнів, Ламініни є головними неколагенними компонентами базальних мембран. Вони причетні до широкого спектру біологічних процесів, включаючи адгезію клітин, їх диференціювання, міграцію, передачу сигналів, ріст аксонів і розвиток метастазів. Ген ГАМС2 кодує гама-2-ланцюг ламініну-5, який є частиною ламініну-5, одного з головних компонентів зони базальної мембрани. Часто спостерігається позитивна регуляція ГАМС2 під дією промотора деметилювання при раку шлунка (Кмоп еї аї., 2011). Було виявлено надмірну експресію Г(АМС2 у ангіотропних зонах меланоми порівняно з аваскулярними зонами меланоми (Іидаззу еї а!., 2009). ГАМС2 є маркером метастазів раку сечового міхура, і рівень його експресії пов'язаний із ступенем злоякісності раку (Зтіїй еї аі., 20095). Гени ГАМВЗ і ГАМС2 коекспресувалися у 21 із 32 клітинних ліній НДРЛ (66 95), але лише в одній із 13 клітинних ліній ДРЛ (8 95). Коекспресія генів
ГАМВЗ і ГАМС2 також спостерігалася в усіх чотирьох випадках досліджених клітин первинного
НДРЛ, але не в відповідних неракових клітинах легенів (Мапаа евї а!., 2000).
Молекула клітинної адгезії ендотелію головного мозку (СЕКСАМ) -- ССЕКСАМ локалізовані на поверхні ендотеліальних клітин (5іаг7укК єї аї., 2000) і картовані в локусі 9434.11 хромосоми, ділянка на 94, ідентифікована як кандидат на джерело виникнення сімейного ідіопатичного сколіозу (МіШег єї а!., 2012). Ген СЕЕСАМІ активно транскрибується у нервовій системі і у декількох секреторних тканинах, таких як слинні залози, підшлункова залоза, печінка і плацента (Зспедао єї аї., 2009). Білок СЕКСАМ структурно подібний до ферментів СІ Т2501 і І 12502 групи СоїбЗаІї. Але, хоча його функціональне призначення досі невідоме, він видається бо функціонально відмінним від спорідненого білка С1Т2501, і цей білок не є глікозилтрансферазою, як білки СІ Т2501 і СІ 72502 (Рептіп-Тгісаца еї а!., 2011).
Фактор ремоделювання матриксу 5 (МХКА5) -- МХКА5, відомий також під назвою "адлікан", кодує адгезивний білок протеоглікан і належить до групи генів, що беруть участь у ремоделюванні позаклітинного матриксу та міжклітинній адгезії (Нодпіпдеп еї аї., 2008). Хоча функція МХКА5 у ракових захворюваннях невідома, у зразках пухлин, що вразили різні тканини, таких як шкіра, головний мозок, легеня і яєчник, були виявлені соматичні мутації в МХЕА5
Проведене дослідження адлікану (МХКА5) методом ЗТ-ПЛР підтвердило результати, отримані методами на базі мікрочіпів, що свідчать про надекспресію у ракових пухлинах товстої кишки у порівнянні з нормальними тканинами товстої кишки (13 пухлин і 13 нормальних тканин товстої і прямої кишки) (/0и еї а, 2002). У нещодавно проведеному дослідженні фактор ремоделювання матриксу 5 виявився другим за частотою мутованим геном для НДРЛ (першим є ТРБЗ) (Хіопа єї а!., 2012).
АБАМ металопептидазний домен 8 (АБАМ8) -- АБАМ8 є членом сімейства АБАМ (домен дезінтегрину і металопротеїнази). Багато видів АЮБАМ, включаючи АБАМВ8, експресуються у злоякісних пухлинах людини, де вони беруть участь у регулюванні активності фактора росту і функцій інтегрина, що призводить до стимулювання росту і інвазії пухлин (Моспіикі апа ОКада, 2007). Експресія АБАМ8 показала позитивну кореляцію з ЕСЕК. Обидва головним чином експресувалися у цитоплазмі і на клітинній мембрані (УУи єї аї., 2008). АСАМ8 інтенсивно експресувався у більшості досліджених видів раку легенів. Екзогенна експресія АБАМ8 підвищувала міграційну активність клітин ссавців, що є показником того, що АБАМ8 може відігравати значну роль у прогресуванні раку легенів (Іспікаула еї а!., 2004). АСАМВ8 пов'язаний з несприятливим прогнозом раку легенів (Негпапає2 еї аїІ., 2010). Надмірна експресія АБАМ8 асоціюється з меншою тривалістю життя пацієнтів, і він служив хорошим провісником ризику віддалених метастазів при НКК (Ноеєтег єї а!., 2004р; Роетег" сеї аї., 2004а). Крім цього, рівні експресії і протеазна активність АСАМ8 корелювали з інвазійною активністю клітин гліоми, що свідчить про те, що АБАМ8 може відігравати значну роль у інвазії пухлин при раку головного мозку (У/ПІдероег еїа!., 2006).
Сімейство антигенів меланоми Е, 1 (МАСЕРЕ1) -- Найбільш відомі члени суперсімейства
МАСЕ (меланома-асоційовані антигени) експресуються у пухлинах, сім'яниках і тканинах плоду.
Зо Вони були описані як раково-тестикулярні антигени підгрупи МАСЕ-Ї. Пептиди підгрупи МАСЕ-Ї успішно використовувалися для вакцинації пептид-нсавантаженими ДК (Мезе еї аї., 1998;
Магснпапа еї аї., 1999; Магснапа еї аї!., 1999; МагсНнапа еї аї., 1995; ТНигпег еї аї., 1999). У протилежність цьому, деякі гени МАСЕ (підгрупи МАСБЕ-ЇІ), такі як МАСЕРК1, повсюдно експресуються в усіх досліджених тканинах дорослого організму і плодів, а також у пухлинах багатьох видів, включаючи пухлини яєчників, молочної залози, шийки матки, меланоми і при лейкозі (Мезіе еї а!., 1998; МагсНапа еї аї., 1999; Магснапоа еї аї., 1999; Магснапа еї аї., 1995;
Тпитег еї аї!., 1999). Тим не менш, надекспресія МАСЕН1 була виявлена у клітинах НДРЛ (Тзаї еї аї., 2007) ї у 79 95 із групи пацієнтів тайванського походження, хворих на колоректальний рак (Спипа єї а!., 2010).
Малий ядерний рибонуклеопротеїн 200 кДа (05) (ЗМЕМР200) -- Сплайсинг пре-іРНнК каталізується сплайсосомою, комплексом спеціалізованої РНК і субодиниць білка, який видаляє інтрони з транскрибованого сегменту пре-ІРНК. Сплайсосома складається з малих ядерних
РНК-білків (МЯРНІП) 01, 02, 04, 5 ї Об, разом із приблизно 80 консервативними білками.
ЗМКМР200 є геном, необхідним для розплітання дуплексу 04/06, стадія, яка є суттєвою для каталітичної активації сплайсосоми (Маєодег єї аї!., 2009). Експресію БМКМР200 виявили у серці, головному мозку, плаценті, легенях, печінці, скелетних м'язах, нирках і підшлунковій залозі (7/Нао вї аї., 2009а). Нещодавно були відкрито, що мутації в ЗМЕМР200 пов'язані з аутосомно- домінантною пігментною дистрофією сітківки (аакР) (Вепадіїйо еї а!., 2011; и еї а!., 2012).
ТРХ2, зв'язаний із мікротрубочками, гомолог (Хепорих Іаемі5) (ТРХ2) -- ТРХ2 є фактором формування веретена поділу. Він є необхідним для нормального формування мітотичного веретена і мікротрубочок у процесі апоптозу. ТРХ2 є необхідним для залежної від хроматину і (або) кінетохору нуклеації мікротрубочок (Віта апа Нутап, 2008; Моз5 еєї аї., 2009). Щойно синтезований ТРХ2 є необхідним для майже всієї активації Аєцгога А і для повного синтезу роз і фосфорилювання іп мімо під час дозрівання ооцитів (Рабзстєеац еї аїЇ., 2009). ТРХ2 є асоційованим з клітинним циклом білком, який надмірно експресується у багатьох типах пухлин, таких як менінгіома (5щанп еї аї., 2010), пласкоклітинна карцинома гортані (ЗССІ) (Согаеєз еї аї., 2010), пласкоклітинна карцинома порожнини рота (5СС) (ЗпідеієНі єї аї., 2009), гепатоцелюлярні карциноми (ГЦК) (Зайюу» єї аі., 2010), пухлина підшлункової залози (Ууагттег єї а!., 2009), рак яєчників (НатакКіиізНпа есеї а!., 2010), пласкоклітинна карцинома легенів (Гіп еї аї., 60 2006; Ма єї аї., 2006). Він часто надмірно експресується сумісно з Аєйгога-А, приводячи до утворення нової функціональної одиниці з онкогенними властивостями (Авіеєгії єї аї!., 2010).
Експресія ТРХ2 є прогностичним індикатором раку легенів (Кадага єї а!., 2009).
Трансформуючий фактор росту бета, 68 кДа (ТОЕВІ) -- ТОЕВІ був вперше ідентифікований як білок, що індукується ТОЕ-бета, у лінії клітин аденокарциноми легенів людини. Він кодує секретований позаклітинний матричний білок, який, як вважають, впливає на прикріплення клітин і на склад позаклітинного матриксу. Зазвичай експресія ТОЕВІ виявляється головним чином у фібробластах, кератиноцитах і клітинах м'язів (Ває єї аЇ., 2002). ТОЕВІ надмірно експресується у декількох солідних пухлинах таких як пухлини товстої кишки (Кітанага есеї аї., 2001), підшлункової залози (Зсппеїдег еї аї., 2002) і нирки (Імапом еї аі!., 2008). Експресія ТОЕВІ знижена у хворих на рак легенів (7Нао еї а!., 2004; 5Нао еї а!., 2006), він зменшує метастатичний потенціал клітин пухлини легенів (У/еп еї аї., 2011) і, якщо експресується надмірно, робить свій внесок у загибель клітин шляхом апоптозу (7Нао еї аї., 2006). У зразках НДРЛ спостерігався тісний взаємозв'язок між підвищеною експресією ТОНВІ і відповіддю на хіміотерапію (Ігідоуеп еї а!., 2010).
Циклін-залежна кіназа 4 (СОК4), циклін-залежна кіназа 6 (СОКб) - СОК4 є членом сімейства протеїнкіназ бег/ТПг. Вона є каталітичною субодиницею протеїнкіназного комплексу, який відіграє важливу роль у проходженні фази С1 клітинного циклу. Активність цієї кінази проявляється тільки під час переходу клітини від фази 51 до 5-фази клітинного циклу, та її експресія головним чином регулюється на рівні транскрипції (Хіао еї аї!., 2007). Ферменти СОКА і
СОКб та регулятори їхньої активності, наприклад, цикліни, відіграють ключову роль у ембріогенезі, гомеостазі та канцерогенезі (Стгаї єї а!., 2010). У тканинах ракових пухлин легенів рівень експресії біле»а СОК4 був значно вищим у порівнянні з нормальними тканинами (Р « 0,001). У пацієнтів з більш високою експресією СОКА спостерігалась значно менша тривалість життя, ніж у пацієнтів з низькою експресією СОК4. Багатовимірний аналіз дав підстави для припущення, що рівень експресії СОК4 є незалежним прогностичним індикатором (Р « 0,001) для оцінки виживання пацієнтів з раком легенів. Крім цього, пригнічення експресії СОК4 також значно підвищує експресію регулятору клітинного циклу р21 (Ми еї аї., 2011). У клітинах легенів, які експресують К-Каб5 онкоген, пригнічення Сак4, але не Сак2 або Сакб, негайно індукує клітинне старіння. Ніяких подібних реакцій не спостерігається у легенях за умов
Зо експресії лише алеля СакаА або у інших клітинах, що експресують К-Каз. Цілеспрямована дія на алелі гена Сак4 у поширених пухлинах, що виявляються під час комп'ютерної томографії, також призводить до клітинного старіння і попереджає прогресування пухлини (Риуо! єї а!., 2010).
Версикан (МСАМ) -- МСАМ є членом сімейства протеогліканів, що складається з агрекану і версикану. Відомо, що МСАМ асоціюється з рядом молекул позаклітинного матриксу, включаючи гіалуронан, тенасцин, фібулін-ї, фібронектин, СО44 і І-селектин, фібрилін, інтегрин і зв'язувальний білок (7Непа єї а!І., 2004). МСАМ експресується у багатьох видах тканин. Він експресується на високому рівні на ранніх стадіях розвитку тканини, та його експресія зменшується після визрівання клітин тканини. Його експресія є також підвищеною під час загоєння ран і росту пухлин (СПпозп еї аї., 2010). Нокдаун МСАМ у клітинах аденокарциноми легенів людини (А549) інтерференцією РНК значно інгібує ріст пухлини іп мімо, але не іп міго (Стеідноп еї аї!., 2005). МСАМ є безпосередньою мішенню для р53. Висока експресія МСАМ була виявлена у навколопухлинних тканинах строми на ранніх стадіях раку передміхурової залози і раку молочної залози, і вона пов'язана з агресивною поведінкою пухлини (мМооп еїаї.,2002).
Фермент, що кон'югує з убіквітином Е25 (ШВЕ25) -- ОВЕ25 є допоміжним фактором, що сприяє виходу клітин зі стадії мітотичного поділу. Його виснаження подовжує викликану ліками затримку клітини в мітозі і затримує зупинку мітозу (Сатеїй єї аіЇ., 2009). ОВЕ25 надмірно експресується у пухлинах поширених видів раку людини. При раку стравоходу ОВЕ25 значуще взаємопов'язаний з інтенсивністю пухлинного навантаження. Позитивний результат аналізу на цей білок пов'язаний з незадовільною відповіддю на терапію неоад'ювантними препаратами і гіршою виживаністю (Спеп єї аї., 2009). У промоторі ОВЕ25 були ідентифіковані сайти зв'язування для фактора 1 транскрипції генів ранньої відповіді (Едг-1) ії фактора відповіді сироватки (ЗКЕ). Надмірна експресія цих факторів підвищувала експресію ОВЕ25, який є необхідним для проліферації ракових клітин (І іт еїаї.,2008).
Білок 3, що містить домени ЕТ і МУМО (5МУ03) -- Раніше повідомлялося, що підвищена регуляція ЗМУОЗ, лізин-4-специфічної метилтрансферази гістону НЗ, відіграє ключову роль у проліферації клітин колоректальної карциноми (КРК) і гепатоцелюлярної карциноми (ГЦК). В іншому дослідженні було виявлено, що експресія 5МУЮОЗ також є підвищеною у тканинах переважної більшості типів раку молочної залози. Аналогічно до КРК і ГЦК, сайленсинг цього гена ЗМУОЗ малими інтерферуючими РНК приводить до інгібування росту клітин раку молочної бо залози, що дозволяє припустити, що підвищена експресія 5«МУЮОЗ є також суттєвим чинником для проліферації клітин раку молочної залози (Нататоїй еї аї., 2006). Нокдаун БМУОЗ РНК- інтерференцією знижує експресію с-Меї і інгібує міграцію клітин і їх інвазію, індуковану фактором росту гепатоцитів (НСЕ) (70и еї аї., 2009). 5МУО3З відіграє вирішальну роль у проліферації клітин Неї а та їх міграції/Інвазії, і він може бути прийнятною терапевтичною мішенню в карциномах шийки матки людини (У/апо еї а!., 2008).
Дистонін (0517) --
О5тТ (ВРАСІ1-е) кодує члена сімейства плакінових білків у складі білків бляшок зчеплення.
ВРАСІ1-е експресується в епітеліальних тканинах, забезпечуючи заякорювання проміжних мікрофіламентів, які містять кератин, на гемідесмосомах (НО). НО являють собою мультибілкові адгезивні комплекси, що сприяють адгезії епітелію до строми у багатошаровому і складному епітелії. Модуляція їх функції є надзвичайно важливою для багатьох біологічних процесів, таких як диференціювання та міграція кератиноцитів під час загоєння ран та інвазія карциноми, за яких клітини відділяються від субстрату та набувають мобільний фенотип (І Щеп5 єї аї., 2006).
Злоякісна меланома є однією з найбільш агресивних типів пухлин. ВРАСІ1 експресується у лініях клітин меланоми людини (АЗ75 і (3361) і у нормальних меланоцитах людини. Рівні аутоантитіл проти ВРАСІ у сироватці пацієнтів з меланомою були істотно вищими, ніж у сироватці здорових добровольців (р«0,01). Аутоантитіла проти ВРАСІ можуть служити багатообіцяючим маркером для діагностики меланоми (5пітбо еї аї., 2010). О5Т зв'язаний з інвазією раку молочної залози (Зспивї» еї а!., 2006). Ймовірно, що ген ВРАСІ1 залучений до процесів проліферації, апоптозу, інвазії та метастазування назофарингеальної карциноми МРС (Рапо єї а!., 2005).
Сімейство переносників розчинних речовин 34 (фосфат натрію), член 2 (5І СЗ4А2) --
ЗІ С34А2 є рН-чутливим натрій-залежним переносником фосфатів. Підвищена експресія гена 5І С34А2 у високодиференційованих пухлинах може відображати процеси диференціації клітин під час канцерогенезу пухлин яєчників і може служити потенційним маркером у діагностиці і прогнозі перебігу раку яєчників (Зпуїап сеї аї!., 2011). Дослідження методом ЗТ-ПЛР підтвердило підвищену експресію ЗІ СЗ34А?2 у хворих на папілярний рак щитоподібної залози (Кіт еї аї., 20105). Спостерігається також значно підвищений рівень експресії гена 5ІС34А2 у тканинах раку молочної залози у порівнянні з нормальними тканинами (СНеп єї а!., 2010).
Зо Тенасцин С (гексабрахіон) (ТМС) -- Тенасцин С (ТМС) є позаклітинним матричним білком, - який експресується на надзвичайно високому рівні у процесах, які тісно пов'язані з підвищеною міграційною активністю, таких як розвиток ембріону (Вапізснп евї а!., 1992), загоєння ран (Маскіє єї аім, 1988) і неопластичні процеси (СпідоеЇ-ЕНгізтапп, 1993; СпідоеЇ-Енгізтапп апа СнНідиеї, 2003). Крім цього, ТМС надмірно експресується у судинах пухлин, які мають високий проліферативний потенціал, що означає участь ТМС у ангіогенезі пухлин (Кіт еї а!., 2000). Про надекспресію ТМС також повідомлялося у пухлинах раку товстої кишки (Оеє еї аї., 2013), аденокістозній карциномі, де вона асоціювалася з найгіршим прогнозом (5ім еї аї., 2012), ювенільній назофарингеальній ангіофібромі, де, можливо, вона сприяє ангіогенезу (ВепКопеп еїаї., 2012), меланомі на пізніх стадіях (ГиКипада-Каїабізв єї а!., 2010), раку підшлункової залози, де він відіграє роль у проліферації, міграції і метастазуванні (Рагоп еї а!ї., 2011).
Ретикулокальбін 1, кальцій-зв'язуючий білок із доменом "ЕЕР-папа" (КСМІ1), ретикулокальбін 3, кальцій-зв'язуючий білок із доменом "ЕЕ-папа" (ВСМЗ) -- Ретикулокальбін 1 є кальцій- зв'язуючим білком, що міститься у порожнині ендоплазматичного ретикулуму (ЕВ).
Імуногістохімічне дослідження показало широке розповсюдження КСМ по різних органах ембріонів та дорослих людей, головним чином, по органах ендокринної та екзокринної систем.
Надекспресія КСМ може відігравати певну роль у онкогенезі, інвазії пухлини та резистентності до дії ліків (РикКида єї аї., 2007). Ретикулокальбін 1 (КСМ'І) є білком, зв'язаним з клітинною поверхнею як на лініях клітин ендотелію (ЕС), так і на лініях клітин раку передміхурової залози (РСа). Експресія КСМІ1 на поверхні клітин ставала підвищеною під впливом лікування фактором некрозу пухлини альфа, отриманому з ендотеліальних клітин кісткового мозку (Соорег вї аї., 2008). Має місце позитивна регуляція КСМІ1 у колоректальної карциномі (КРК), ії він локалізований у ракових клітинах або у стромальних клітинах, що оточують ракові клітини. Він може бути новим кандидатом у маркери КРК (Уаїапабе есеї а!., 2008). ЕСМ3З є членом сімейства
СРЕС (Сабі45/ретикулокальбін/!ЕКС45/калуменін) Саг--зв'язуючих білків із доменом "ЕБЕ-Напа", які належать до секреторному каскаду (Твціі еї аї!., 2006). Вважається, що у олігодендрогліомах
КСМІЗ є потенційно важливим геном-кандидатом. Хоча про функцію ЕСМЗ відомостей обмаль (ОгискКег єї аї., 2009).
Базонуклін 1 (ВМС1) -- Базонуклін є білком, що містить домен типу "7іпс Яйпдег", із надзвичайно обмеженим розподілом серед тканин (Т5епд, 1998). На цей час базонуклін був 60 виявлений головним чином у базальних кератиноцитах багатошарового пласкоклітинного епітелію (шкіра, епітелій порожнини рота, стравохід, піхва і рогівка) і в гаметогенних клітинах яєчок та яєчників (Тзепуд апа Стееп, 1994; М/віпег апа Стеєп, 1998). Зараз існує достатньо доказів, що базонуклін є фактором транскрипції генів РРНК (рДНК), специфічним до типу клітин.
Домени "цинкові пальці" базонукліну взаємодіють з трьома еволюційно консервативними сайтами всередині промотору РДНК (Ішсні апа Стеєп, 1999; Твзепд еї а!., 1999). Епігенетична регуляція метилюванням Сро відіграє важливу роль у онкогенезі, а також у відповіді на протиракову терапію. ВМС1 був підданий гіпометилюванню у стійких до дії опромінення лініях клітин Н1299 недрібноклітинного раку легенів (НДРЛ) людини. Пригнічення експресії клітин
НІ1Т299 під дією мРНК каналів ВМС1 також знижувало стійкість цих клітин до дії іонізуючого випромінювання (Кіт єї аіЇ., 2010а). Аберантне метилювання ДНК гена ВМС1 було також виявлене у зразках хворих на хронічний лімфолейкоз (ХЛЛ) (Топа еї а!., 2010). При нирково- клітинній карциномі (НКК) метилювання ВМС1 було асоційоване з більш несприятливим прогнозом незалежно від розміру пухлини, стадії або ступеню злоякісності (Моттіз єї а!., 2010).
Трансформуючий кислий біспіральний білок З (ТАССЗ) -- ТАССЗ існує у комплексі з сп-ТОСІ (надмірно експресованим геном пухлин товстої кишки і печінки) і клатрином, який перехресно зшиває мікротрубочки у кінетохорних волокнах. ТАССЗ експресується у певних проліферативних тканинах, включаючи сім'яники, легені, селезінку, кістковий мозок, тимус і лейкоцити периферичної крові Експресія ТАССЗ змінюється у деяких типах пухлин людини. У клітинах ТАССЗ локалізований як у центросомах, так у мікротрубочках веретена, але не в астральних мікротрубочках (Носа апа Роуїє, 2011). Експресія ТАССЗ корелювала з експресією роз, і пацієнти, у пухлинах яких спостерігалася підвищена експресія ТАССЗ і р53, мали значно гірший прогноз, ніж пацієнти, у пухлинах яких був виявлений низький рівень експресії у обох препаратів після імунозабарвлювання (Р-0,006). Вважається, що підвищення рівню ТАССЗ може сприяти проліферації НДРЛ і прогресуванню пухлини, і що рівень експресії ТАССЗ є значущим прогностичним фактором для кінцевого клінічного результату для НДРЛ (дипао еї аї., 2006). Тасс3 може бути негативним регулятором сигнального шляху Моїсі (Вагоо вї аї., 2010).
Пеканекс-подібний З (дрозофіла) (РСМХІ 3) -- Пеканекс-подібний білок З (РСМХІ З) є білком, що проходить крізь мембрану декілька разів. Він належить до сімейства пеканексів. Ген
РСМХІЗ картували на ділянці хромосоми 11412.1-4д413. Три нових пухлино-асоційованих точки
Зо розриву для транслокацій локалізовані на ділянці хромосоми 11413 між маркерами 01154933 і 0115546. Таким чином, РСМХІЗ, можливо, є асоційованим із хромосомою 11413 геном, відповідальним за розвиток хвороб (мап сеї а!., 2000).
Рибонуклеаза Ії Огохпа (ОКОЗНА) -- Огозпа є ферментом РНазою ІІІ класу 2, що запускає процесинг молекул мікроРНК (міРНК) або коротких молекул РНК, що природно експресуються клітиною, який регулює велику кількість інших генів шляхом взаємодії з РНК-індукованим сайлесинг-комплексом (КІЗС) з метою викликати розщеплення комплементарної матричної РНК (ІРНК) як частини процесу РНК-інтерференції (КМАї). Молекула мікроРНК синтезується як довгий первинний транскрипт РНК, відомий як первинна мікроРНК (ргі-пікМА), яка розщеплюється за допомогою ЮОго5па з утворенням характерної структури типу стебло-петля довжиною приблизно 70 пар основ, відомої як попередник мікроРНК (рге-тіРНК) (І ее еї аї., 2003). Огозпа існує у вигляді частини білкового комплексу, що має назву мікропроцесорного комплексу, який також містить білок Рахпйа (відомий також під назвою ЮССКВ8), що зв'язує дволанцюгову РНК (Оепії еї аІ., 2004), що є необхідним для функціонування ЮОго5па, і який є здатним зв'язувати одноланцюгові фрагменти ргі-тіРНК, необхідні для належного процесингу (Нап еї аї., 2006). Огозпа людини був клонований у 2000 р., коли його ідентифікували як ядерну а5РНК рибонуклеазу, що бере участь у процесингу попередників рибосомальної РНК (У/и еї аї., 2000). Огозпа був першим ферментом РНазою ПІ людини, який ідентифікували і клонували.
Двома іншими ферментами людини, що беруть участь у процесингу і роботі тіРНК, є білки Рісег і Агаопашіе. Як Огозпа, так і Рахйа локалізовані у ядрах клітин, де відбувається процесинг ргі- тРНК до рге-тіРНК. Остання молекула потім перероблюється ферментом РНазою бісег у зрілі тіРНК у клітинній цитоплазмі (Іеє єї аїЇ., 2003). Ого5па та інші ферменти, які забезпечують процесинг тіРНК, можуть виявитися важливими для прогнозу перебігу раку (5іасК апа
М/еіднаавз, 2008)
Гомолог білка 6 циклу поділу клітин (5.сегемізіаеє) (СОСб) -- Білок СОСб виконує функцію регулятора на ранніх стадіях реплікації ДНК. Він локалізований у ядрі під час фази с1 клітинного циклу, але переходить у цитоплазму на початку фази 5. Крім цього, припускається, що СОСб регулює активацію контрольної точки реплікації шляхом взаємодії з АТК у клітинах вищих еукаріотів (Мо5піда еї а!І., 2010). СОСб є також суттєвим чинником для реплікації ДНК, і його дерегуляція відіграє роль у канцерогенезі. Було знайдено, що негативна регуляція СОС за бо допомогою РНК-інтерференції (КМАЇї) перешкоджає проліферації клітин і сприяє апоптозу (Іаи еї аІ,, 2006). Була виявлена надекспресія СОСб при декількох типах раку. Серед типів раку, пухлини яких надмірно експресують СОСб, можна згадати рак шлунка (Т5иКатоїй еїаї., 2008), пухлини головного мозку (ОНіа вї аї., 2001), пласкоклітинну карциному порожнини рота (Еепа єї а!., 2008), карциному шийки матки (У/апао еї а!., 2009) і злоякісну мезотеліому (Нотадодпоїї еї аї., 2009).
Дейодиназа, йодтиронін, тип ІЇ (0102) -- Білок, що кодується геном 0ІО2, належить до сімейства йодтиронін-дейодиназ. Він експресується на високому рівні у щитоподібній залозі і може значно сприяти відносному підвищенню продукції ТЗ щитоподібною залозою у пацієнтів з хворобою Грейвса і аденомою щитоподібної залози (Меуєг" єї аї., 2008); (де Бога Меуег вї аї., 2005)). Картина експресії генів значно відрізняється для різних типів розповсюдження назофарингеальної карциноми (МРС), "нагору" і "донизу". Експресія гена 0І0О2 вище для типу прогресування "донизу" (донизу - віддалені метастази), ніж для типу прогресування "нагору" (локальний ріст і інвазія у основі черепа), що може мати безпосередній зв'язок із метастатичним потенціалом МРС (апа еї а!., 2008а). ІРНК 0ІС2, так само як і власне 0ІС2, експресуються у пухлинах головного мозку (МигаКаті еї аІ., 2000). 0102 є присутньою у легенях, її рівень подібний у тканинах периферичного раку легенів і центрального раку легенів (У/амгг2уп5Ка еї а!., 2003).
Член сімейства кінезинів 268 (КІБ268В) -- Кінезин -- це білок, що належить до класу моторних, він виявлений у клітинах еукаріотів. Кінезини рухаються вздовж філаментів мікротрубочок і приводяться в рух за допомогою гідролізу АТФ (таким чином, кінезини є
АТФазами). КіТ26Б, ген сімейства кінезинів, є низхідною мішенню за (МібпіпаКатига еї аї., 2011). КИ2б6р є важливим для розвитку нирок, оскільки він регулює адгезію мезенхімальних клітин у контакті з зачатками сечоводу. Надекспресія Кії26бр іп міго спричиняє підвищену адгезію клітин за рахунок взаємодій з нем'язовим міозином (Тегабауабні єї аї., 2012; Оспіуата еї аї., 2010).
Інгібітор серпінпептидази, клада В (овальбумін), член З (5ЕКРІМВЗ3) -- Антиген пласкоклітинної карциноми (ЗССА), що також має назву 5ЕКРІМВЗ3, є членом сімейства високомолекулярних речовин, інгібіторів серинпротеази (серпінів) (Зитіпаті еї аї., 1991).
Доповідалося про його високі рівні у тканинах ракових пухлин голови та шиї та інших видів
Зо епітеліального раку (Тоїте, 1998). Доповідалося, що ЗССА надмірно експресується у пухлинній тканині у порівнянні з навколопухлинними тканинами, що означає перспективність його використання як маркера для гістологічного виявлення ГЦК (Ропіїв50 еї аї., 2004). Очевидно, що серпіни В3/В4, особливо серпін В4, відіграють важливу роль у аберантній проліферації епітелію.
Визначення серпінів 83/84 може мати прогностичну цінність у передбаченні прогресування хвороби, особливо у пацієнтів з підвищеною схильністю до раку легенів (Саїабгезе еї аї., 2012).
З одного боку, ЗССА!1 (5ЕБРІМВЗ) інгібує клітинну смерть, яку викликають лізосомні хвороби, а з другого боку, він сенсибілізує стрес клітин ЕК, активуючи каспазу-8 незалежно від апоптозного шляху за участі рецепторів загибелі клітини (ШІІтап еї а!., 2011). Деякі факти свідчать про те, що
ЗЕРРІМВЗ відіграє важливу роль у індукції порушення епідермального бар'єру. ЗЕЕРІМВЗ може бути критичним вирішальним фактором бар'єрної функції епідермісу (Каїадігі еї а!., 2010).
Циклін-залежна кіназа 1 (Сак!) - (СОсС2) білок циклу 2 поділу клітин, також відомий під назвою раса або СОК1 (циклін-залежна кіназа 1), належить до сімейства кіназ СОК, сімейства білків серин/греонінкіназ, і відіграє ключову роль у контролі клітинного циклу (Мептешієп еї аї., 2003). Була виявлена надекспресія СОСб при декількох типах раку, хоча, відповідно до (Мептецієп єї аї., 2003), експресія інших білків клітинного циклу, таких як цикліни, є дерегульованою навіть частіше. Надмірна експресія СОС2 була описана для НДРЛ (Хи 6ї аї., 2011; /Напо еї аї., 2011). Регитаї і співавт. (2012) доповідали, що надмірна експресія СОС2 корелює з несприятливим прогнозом (Регитаї еї а!., 2012). Крім цього, результати дослідження свідчать про можливість клінічного застосування СОС2 як фактора передбачення рецидиву недрібноклітинного раку легенів на ранніх стадіях (Кибо еї аї., 2014).
Колаген типу ХІ, альфа-1 (СОЇ 11А1) -- Ген СОЇ 12А1 кодує один із двох альфа-ланцюгів колагену типу ХІ, мінорного фібрілярного колагену. Повідомлялося, що експресія СОЇ 11А1 підвищена у декількох видах раку, наприклад, у пухлинах колоректального раку (Нгєїге еїаї., 2014), раку молочної залози (ЕїЇвУойи еї аї., 2009), раку шлунка (2пао есеї аї!., 20090), у пухлинах сечового міхура (Ємаїд єї аї., 2013) Експресія СОЇ 11А1 при раку яєчника була пов'язана з рецидивом раку і низькою виживаністю. Нокдаун СОЇ 11А1 знижував міграцію клітин іп міїго, їх інвазію і прогресування розвитку пухлини у мишей (Спеоп еї аї., 2014; Ми єї а!., 20145). Було виявлено різну експресію СОЇ 11А1 тканинами раку легенів, отриманими від пацієнтів-жінок, що не курять, і здорових добровольців, про що свідчать результати аналізу методом на базі бо мікрочіпів (Їм апа У/апо, 2015).
Зо
Колаген типу І, альфа-2 (СОЇ Т1А2) -- СОЇ Т1А2 кодує ланцюг проальфа-2 колагену типу Ї, потрійна спіраль якого містить два альфа-1ї ланцюги і один альфа-2 ланцюг. У зразках раку шлунка були знайдено, що експресія СОЇ 1А2 підвищена у порівнянні з нормальними тканинами (Уап еї аїІ., 2014; Мапу еї аїІ., 2007) ії асоціювалася з пізньою стадією (Мавзиїі еї аї., 2004).
Повідомлялося, що експресія СОЇ ТА2 підвищена в остеосаркомі (Ми еї а!., 2014а), пухлинах раку сечового міхура на пізніх стадіях (Рапо еї аї., 2013), пласкоклітинній карциномі голови та шиї/порожнини рота (НМО5СС) (Ме вї аї!., 2008) і медулобластомі, найбільш поширеній пухлині головного мозку у дітей (І іЇапд єї а!., 20086).
Періостин, остеобласт-специфічний фактор (РОБТМ) - РОБТМ, ген, який кодує білок, подібний до сімейства фасциклінів, причетний до виживання клітин і ангіогенезу, привернув увагу як перспективний маркер прогресування пухлин людини для раку різних типів (Ацап еї аї., 2009). Високий рівень експресії білка періостину або ІРНК був виявлений у більшості солідних пухлин, включаючи карциноми молочної залози (7Напа еї аї!., 2010с), товстої кишки (КіКиспі еї а!., 2008), голови і шиї (Кисдо сеї а!., 2006), підшлункової залози (Каппо евї аї., 2008), папілярного раку щитоподібної залози (Рирріп еї а!., 2008), карциноми передміхурової залози (Тівспіег евї аї., 2010), яєчників (Стпої єї а!., 2010), легенів (ТаКапаті єї аї., 2008) і печінки. (іврап еї а!., 2010), а також пласкоклітинній карциномі стравоходу (Куоп еї аї.,2009). Періостин експресується на аномально високому рівні при раку легенів, це корелює з ангіогенезом, інвазією і метастазуванням (ТаКапаті еї аї., 2008). Сайленсинг періостину у клітинах недрібноклітинного раку легенів (НДРЛ) А549 інгібує ріст пухлинних клітин і зменшує інвазію клітин (М/и еї аї., 2013с).
Білок 1, що містить домен АТ пооК, ДНК-зв'язувальний мотив (АНОСІ) -- Цей ген кодує білок, який містить два домени АТ ПооК, який, ймовірно, бере участь у зв'язуванні ДНК. Мутації у цьому гені асоціювалися з погіршенням зору, пов'язаним із патологією головного мозку (Во5сп еї а!., 2015). За допомогою повноекзомного секвенування були виявлені "усічені" мутації де помо гена АНОСТІ у індивідів із розладами експресивного мовлення, гіпотонією і нападами нічного апное. Ці мутації, найбільш ймовірно, є причиною цього генетичного синдрому (Хіа єї аї., 2014).
Фактор, що індукує апоптоз, мітохондрія-асоційований, 2 (АІЕМ2) -- Цей ген кодує флавопротеїн-оксидоредуктазу, яка зв'язує одноланцюгову ДНК і, як вважають, робить свій
Зо внесок у апоптоз у присутності бактерійних і вірусних ДНК АІЕМ2 вивчена недостатньо, але обмежені дані свідчать про те, що він може служити супресором пухлинного росту. Експресія
АЇРМ2 активується супресором пухлини р53, і було продемонстровано, що ектопічна експресія роз3 індукує апоптоз. Більш того, було показано, що експресія АІЕМ2 є низькою у ряді пухлин людини, включаючи пухлини нирки, шлунка, колоректальні пухлини та інші зразки ракових пухлин (Опіго єї аї!., 2002; Ми єї аї., 2004). Однак на моделі нокаутних мишей виявилося, що
АЇЕМ2 не є необхідним для р53-залежного пригнічення пухлини (Меї еї а!., 2006). У клітинній культурі АЇЕМ2 бере участь як посередник у аденозин-індукованому апоптозі (Мапа еї аї., 2011).
Відкрита рамка зчитування 132 хромосоми 6 (Сбогі132) -- Сбоп132 кодується відкритою рамкою зчитування 132 хромосоми 6. Ген Сбогі132 локалізується на хромосомі бр21.1 (Мипааї! еї аї., 2003). Функція цього гена досі невідома.
Гомолог білка СС271, асоційованого з транспортом у вакуолі і біогенезом (5. сегемівіає) (СС71), СС21 гомолог В білка, асоційованого з транспортом у вакуолі і біогенезом (5. сегемізіає) (СС2718) -- СС71 кодує СС/1 гомолог білка, асоційованого з транспортом у вакуолі і біогенезом (5. сегемібіає). СС21В кодує гомолог В білка СС71, асоційованого з транспортом у вакуолі і біогенезом (5. сегемізіае). СС21 і СС/1В були ідентифіковані методом порівняльної протеоміки як гени людини, еволюційно консервативні щодо Саепотпабайі5 еїЇедапз (Іаї єї аї!., 2000). Гени
СС1 їі СС718 локалізуються на хромосомі 7р22.1 (Нійег єї а!., 2003). Очевидно, що СС21 бере участь у біогенезі лізосом і визріванні фагосом, залучаючи ГП Фазу КАВ7А?7 до фагосоми (Міеїо еїаї., 2010). СС21В досі не вивчений.
Колаген типу М, альфа-2 (СОЇ 5А2) - СОЇ 1А2 кодує альфа-ланцюг одного з мінорних фібрілярних колагенів. Повідомлялося, що активність СОЇ 5А2 підвищена у зразках тканин колоректального раку у порівнянні з прилеглими незлоякісними тканинами (Різспег еї аї., 2001).
Відповідні зразки протокової карциноми іп 5йи (ПКІС), інвазивної протокової карциноми (ІПК) і строми пацієнтів з раком молочної залози виявили підвищену експресію СОЇ 5А2 у зразках ІПК (Магоаз єї аї., 2012). Повідомлялося, що при остеосаркомі активність СОЇ 5А2 підвищена і що він є важливим для пухлиногенезу (Ми єї а!., 2014).
Член 12 підсімейства колектинів (СОЇ ЕС12) -- Цей ген кодує члена сімейства С-лектинів, білків, що містять колагеноподібні послідовності і домени впізнавання вуглеводів. Білок
СО ЕС12 є скавенджер-рецептором, глікопротеїном клітинної поверхні, який виконує декілька бо функцій, пов'язаних з імунним захистом організму. Щодо гена СОЇ ЕС12 було зроблено припущення, що він є кандидатом у біомаркери анапластичного раку щитоподібної залози (ЕвріпаІ-Епіідие еї аї., 2015). СОГЕС12 є диференційно-експресованим у клітинних лініях
ВТ474 Нег-позитивного раку молочної залози, і він може робити свій внесок у ефективність трастузумабу (хоп дег Неуае сеї аї., 2015).
Комплекс білка Соатег, субодиниця гама 1 (СОРО1) -- СОРО1 кодує субодиницю білка комплексу білка Соай тег 1 (СОРІ). Везикули, що покриті СОРІ, є посередниками ретроградного транспорту із апарату Гольджі назад до ЕК і транспорту всередині апарату Гольджі.
Цитозольний попередник покриття СОРІ, гептамерний комплекс соаїтег, як можна очікувати, складається з двох субкомплексів. Перший складається з бета-, гама-, дельта- і зета- субодиниць СОР, які віддалено гомологічні субодиницям клатрин-асоційованого адапторного білка АР (УМ/аївоп еї а!Ї., 2004). Залежний від ЕСЕ ядерний транспорт ЕСЕК регулюється ретроградним транспортом із апарату Гольджі до ЕК, що включає асоціацію ЕСЕЕ з гама-СОР, однією з субодиниць комплексу соаїотег СОРІ (М/апа єї аї., 20100). Імуногістохімічними методами було підтверджено, що СОРОС1 інтенсивно експресується у клітинах ендотелію, отриманих із пухлин раку легенів, і у клітинах раку легенів (РаїкК еїаї., 2008).
С5МК2А2 -- Альфа-прайм(с)-субодиниця казеїнкінази ЇЇ є ферментом, який в організмі людини кодується геном СЗМК2А2. Ретроспективне дослідження показало, що С5МК2АТ може бути прийнятним прогностичним маркером у пацієнтів із НДРЛ після повної резекції, незалежно від статусу щодо метастазів у лімфатичні вузли (У/апод сеї а!., 2010с). С5МК2А?2 асоціювався з прогресуванням пухлин на пізніх стадіях колоректального раку людини (Мірбе еї аї!., 2009).
Ген семипрохідного трансмембранного білку, експресованого дендроцитами (ФС5ТАМР) --
Цей ген кодує білок із сімома трансмембранними доменами, який головним чином експресується у дендритних клітинах. Кодований білок бере участь у цілій низці імунних функцій, що здійснюються дендритними клітинами. ЮСЗТАМР був ідентифікований як диференційно-експресований ген у папілярній карциномі щитоподібної залози (і еє єї а!., 2009), їі було пізніше підтверджено, що він експресується на підвищених рівнях у цих зразках (Кіт еї аї., 2010).
Ген вродженого дискератозу 1, дискерин (ОКС1) -- Ген ОКСІ1 здійснює свої функції у двох різних комплексах. Дискерин опосередковує як модифікацію уридину на рибосомальних і малих
Зо ядерних РНК, так і стабілізацію РНК-компоненту теломерази (ТЕКС). Було виявлено, що експресія дискерину пухлинами людини асоціюється як з модифікацією рРНК, так і з рівнями
ТЕНС (Репо еї аїЇ., 2015). Більш того, надмірна експресія дискерину пов'язувалася з несприятливим прогнозом для багатьох видів пухлин, наприклад, ГЦК (І іш єї аї., 2012).
Кіназа з подвійною специфічністю 2, що регулюється (ЮУКК2), регульована тирозин-(х)- фосфорилюванням (ОУКК2)/кіназа з подвійною специфічністю 4, що регулюється (ОУКК), регульована тирозин-(У)-фосфорилюванням (0УКК4) - 0УКК2 і ОУКК4 належать до сімейства протеїнкіназ Бугк (сімейства ссавців, із 5 членами), які беруть участь у регулюванні диференціації, проліферації і виживанні клітин (Рарадорошціоз еї аї., 2011). ОМАКК2 контролює епітеліально-мезенхімальний перехід при раку молочної залози, розкладаючи фактор 5паї! (Мітою есеї аї., 2013). ЮМКК2 регулює р53, викликаючи апоптоз, і підсилює відповідь на пошкодження ДНК: за умов генотоксичного стресу ОЖМКК2 переходить у ядро і активує роз шляхом фосфорилювання (Мецтеезієгї апа Чдоспетвзеп, 2008; Таїга сеї аї., 2007). Ген ОУККА картується на хромосомі 12р13.32, яка була описана як локус схильності до КРК, оскільки ураженим є ген ССМО2 (а єї аїЇ., 2013; Реїє!5 єї аї., 2013). У деяких дослідженнях підкреслювалася роль ОУККА у нейрональній диференціації (І еуроїаії єї а!., 2001; ЗіІерак еї аї., 2012).
ЕВО'-подібний (5. сегемізіае) ЕКОТІ -- ЕВО'1-подібний білок альфа є білком, який у людини кодується геном ЕКО1І. ЕКО1-альфа є окислювальним ферментом, який міститься у ендоплазматичному ретикулумі і індукується за умов гіпоксії ЕКО1-альфа надмірно експресується у різних видах пухлин. Більш того, раково-асоційований ЕКО1-альфа регулює експресію молекул МНС | класу через окислювальний фолдинг (КиКійїа еї аї., 2015). Було висловлено припущення, що експресія ПЕКО1-альфа у ракових клітинах асоціюється з невтішним прогнозом і, таким чином, може служити прогностичним фактором для пацієнтів, хворих на рак молочної залози (Кшоті єї а!., 2013). У природних пухлинах людини ІРНК ЕКО. утворювався специфічно у гіпоксичному мікрооточенні, яке співпадає з мікрооточенням, що стимулює підвищення експресії МЕСЕ. Було показано, що зменшення утворення ЕКО. через міРНК приводить до значного інгібування секреції МЕСЕ, зниженої проліферативної здатності і підвищеного апоптозу (Мау еї а!., 2005).
Сімейство зі схожістю послідовностей 83, член А (БАМ8ЗА) -- Було визначено, що
Ге) активність ЕАМ83ЗА підвищена у декількох різних видах ракових тканин (Сіргіапо сеї аї., 2014).
Однак функція ЕАМ8ЗА залишається неясною (Воуєеєг" вї а!., 2013). Було висловлено очікування, що ЕГАМ8ЗА є пухлиноспецифічним геном при раку легенів, і його експресія у зразках ракових пухлин легенів була підтверджена експериментально. Експресія була особливо високою у аденокарциномі (Гі еї аї., 2005). Інші дослідники повідомляли про кореляцію з прогресуванням ракової хвороби легенів (Гіши єї а!., 2008).
Розумова відсталість при синдромі ламкості Х-хромосоми, аутосомний гомолог 1 (ЕХК1) --
Цей білок, що кодується геном ЕХК1, є РНК-зв'язувальним білком, який взаємодіє з функціонально подібними білками ЕХКІ і ЕХК2. Спостерігається дерегуляція ЕХКІ при багатьох захворюваннях людини, включаючи рак. ЕХК1! діяв як онкоген, який може прискорювати проліферацію, міграцію і інвазію ракових клітин (іп еї аЇ., 2015). ЕХКІ1 є новим геном раку при НДРЛ, і ЕХКІ1 здійснює свою регуляторну функцію шляхом утворення нового комплексу з двома іншими онкогенами, протеїнкіназою С-йота (РЕККСІ) і геном 2, що трансформує епітеліальні клітини (ЕСТ2) у межах того ж амплікону в клітині раку легенів (Оіап еї аї., 20150). Повідомлялося, що підвищена експресія ЕХКІ при НДРЛ є кандидатом у біомаркери, що передбачає низьку виживаність і може являти собою нову терапевтичну мішень.
Крім цього, експресія ЕХК1 корелює з несприятливим клінічним прогнозом при багатьох видах раку людини, наводячи на думку про більшу причетність цього РНК-зв'язувального білка до прогресування раку (Оіап єї а!., 2015а).
ЕЗ убіквітинлігаза, специфічна для з2/М фази (52ЕЗ3) -- ЕЗ убіквітинлігаза, специфічна для
О2/М фази, є ферментом, що у людини кодується геном 52ЕЗ. З2ЕЗ курсує між цитоплазмою і ядром, концентруючись у ядерцях і переходячи у нуклеоплазму у відповідь на пошкодження
ДНК. С2ЕЗ є убіквітинлігазою з подвійною функцією, яка є суттєвою для попередження апоптозу на ранніх стадіях ембріогенезу (Вгоокз евї аї!., 2008). Деякі результати свідчать про те, що С2ЕЗ є молекулярною детермінантою відповіді на пошкодження ДНК і виживання клітин, і що її втрата підвищує чутливість пухлинних клітин до лікування, яке пошкоджує ДНК (5сПтіаї єї а!., 201560).
Більш того, втрата 52ЕЗ ініціювала апоптоз і знижувала проліферацію ракових клітин. Таким чином, 52ЕЗ діє як фактор виживання (5сптійаї єї аї!., 2015а).
Гуанілат-зв'язувальний білок 5 (СВР5) -- Гуанілат-зв'язувальний білок людини 5 (пПОВРБ) належить до сімейства інтерферон-гама-індуцибельних великих ГТФаз, які, як добре відомо,
Зо характеризуються здатністю суттєво індукуватися прозапальними цитокінами (М/еппег апа
Неттапп, 2010). пОВРБ існує у трьох сплайс-варіантах, утворюючи два різних білки, з яких пухлиноспецифічний білок вкорочений з С-кінця на 97 амінокислот (Ееїепьега еї аї., 2004).
Глутаміназа (СІ 5) -- Ген СІ 5 кодує мітохондріальну глутаміназу К-типу. Глутаміназа (І 5), яка перетворює глутамін у глутамат, відіграє ключову роль у метаболізмі, рості і проліферації ракових клітин. У деяких дослідженнях продемонстровано, що (15 є необхідною для пухлиногенезу, і вони свідчать на користь застосування інгібування невеликими молекулами і генетичного інгібування сі 5 як потенційних підходів для терапії раку шляхом націлювання на пухлинні клітини із автономною залежністю від С 5 (Хіапо еї а!., 2015). Тимчасовий нокдаун сплайс-варіантів БІ 5 показав, що втрата БАС зумовлює шкідливий ефект на ріст ракових клітин НДРЛ (мап деп Нешишмеї еї аї., 2012). Експресія СІ 51 є підвищеною і корелює з клініко- патологічними чинниками при колоректальному раку (Ниапа есеї аї!., 2014а), гепатоцелюлярній карциномі (ГДК) (Ми єї аїЇ., 2015) ії аденокарциномах протоків підшлункової залози (АППЗ) (Спакгабвапі еї а!., 2015).
Білок теплового шоку 2, 70 кДа (НБРА2) -- НБОРА2 був ідентифікований як потенційний онкогенний білок, що експресується на аномальному рівні у підгрупі ракових захворювань людини, таких як рак молочної залози (Мевзвіїгі еї а)., 2001), рак шийки матки (Саго єї а!., 2010а), уротеліальний рак сечового міхура (Сага еї аї!., 2010с), назофарингеальна карцинома (даїЇроші єї а!., 2003) і злоякісні пухлини (СпоисНнапе еї аї., 1997). Деякий рівень активності гена Н5РА2 спостерігався також у лініях клітин, виділених із пухлин декількох типів раку людини (5сієдіїпеКа еї а!., 2008), у той час як сайленсинг гена Н5бРАЗ2 у ракових клітинах приводив до затримки їх росту і зменшення онкогенного потенціалу (Нопає еї аї., 2005; Хіа еї а!І., 2008). Крім цього, поліморфізм гена Н5РАЗ2 асоціюється з підвищенням ризику розвитку раку легенів (УМапо еї аї., 2010а). Надекспресія НБРА2 корелює з підвищенням проліферації клітин, низьким ступенем диференціювання і метастазами у лімфатичні вузли при раку молочної залози людини, раку шийки матки і уротеліальному раку сечового міхура (Сага еї аї!., 2010а; Сагу єї а!., 2010с; Мезіїгі еїа!., 2001).
Білок теплового шоку 8, 70 кДа (НБРАВ) -- Ген НЗРАВ кодує білок Нес70 члена сімейства білків теплового шоку 70, який містить як індукований теплом член, так і член, що експресуються конститутивно. НО5РАВ зв'язується з поліпептидами, що ростуть, для сприяння бо правильному фолдингу білків (ВесКтапп єї аї., 1990). Н5с70 виконує функції молекулярних шаперонів, сприяючи синтезу, фолдингу, збірці, транспорту між компартментами клітини і розщепленню білків (ВиКаи апа Ногмісн, 1998; Напі апа Науег-Напі, 2002). Н5зс70 експресується у незлоякісних клітинах ссавців, а також у клітинах раку молочної залози (Као еї аї., 2003;
Магдаз-Воїд еї а!., 1998), і надекспресія Н5р/п5с70 у хіміорезистентних ракових клітинах (Сіосса еї а!., 1992; І алагіз єї аіІ., 1997) стимулювала проведення досліджень цих білків як потенційних клінічних маркерів (Сіосса апа СаІдегмоса, 2005). Саме ця можлива роль цього секретованого шаперону п5с70 у проліферації клітин може пояснити більший ріст пухлини, що складається з ракових клітин, які надмірно експресують катепсин О (Мігає єї аї., 2010). Крім цього, Київіп і співавт. сповістили про взаємозв'язок між поліморфізмом цього гена і ризиком захворювання на рак легенів (Вивіп єї аї., 2004).
Білок теплового шоку 1А, 70 кДа (Н5РАТА) -- Було показано, що ген Н5РАТА, також відомий під назвою НО5Р72, експресується на дуже високому рівні у ракових пухлинах і відіграє вирішальну роль у рості пухлинних клітин, пригнічуючи р5о5З-залежні і роЗ-незалежні сигнальні шляхи, що ведуть до старіння (ЗПпептап, 2010). Надмірна експресія описана для НКК (Акжіпв5 еї а. 2005), карцином шлунково-кишкового тракту (МУапуд єї аї., 201За), причому останні продемонстрували значущу кореляцію з прогресуванням, інфільтрацією і наявністю метастазів у лімфатичні вузли і віддалених метастазів.
Білок теплового шоку 18, 70 кДа (НБРА1ТВ) -- Ген НЗРА!ТВ, також відомий під назвою
Н5Р7О-2, кодує присутній у сім'яниках білок теплового шоку 70-2, який є суттєвим чинником для росту сперматоцитів і ракових клітин (НайієЇй апа І омаз, 2012). Результати різних досліджень надають можливість припустити важливу роль НОР70-2 у прогресування хвороби на рак шийки матки (Сагу еї аї., 20105), нирково-клітинну карциному (Зіпдй апа зигі, 2014) і рак сечового міхура, і поліморфізм гену зв'язаний з розвитком раку шлунка (РЕе!теї-Реттег еї а!., 2013). Деякі функціональні варіанти Н5РА1В асоціюється з ризиком розвитку раку легенів і з виживанням. Ці варіанти гену Нер70 можуть виявитися прийнятними біомаркерами для передбачення ризику розвитку і прогнозу для раку легенів (520пау єї аї!., 2012; Спо еї а!., 2011).
Подібний до білка теплового шоку 1, 70 кДа (НБ5РАТІ) -- Білок теплового шоку 1ї., 70 кДа, є білком, який в організмі людини кодується геном НЗРАТЇ. на хромосомі 6. Хоча він є близьким гомологом Н5ОРАТА і НЗРАТВ, він регулюється у інший спосіб, а його експресія не індукується
Зо під впливом тепла (Мо сеї аї., 1998). Поліморфізм гену зв'язаний зі схильністю до раку передміхурової залози і прогнозом (баг еї аїЇ., 2010) і зі схильністю до гепатоцелюлярної карциноми (Меоді еї а!., 2013).
Білок теплового шоку 6, 70 кДа (Н5Р7ОВ) (НБРАб) -- Білок теплового шоку (Нр) 70В' є шапероном Нер70 людини, який є безумовно індуцибельним і має нульові або незначні рівні базальної експресії у більшості клітин (Моопап сеї аї., 2007). Було показано, що НЗРАб, також відомий під назвою білка теплового шоку 70В', експресується на високому рівні після обробки
У15 у клітинах гліобластоми (Ниапа еї а!., 20145) і після теплового шоку у клітинах раку голови і шиї (Маїйа єї аї., 2002). Високі рівні НЗРАЄ можуть бути зв'язані з ранніми рецидивами ГЦК (Уапо єї а!., 2015).
Білок теплового шоку 7, 70 кДа (НБР70В) (НБРА?) -- Н5РА?7 є псевдогеном.
Н5РА (білок теплового шоку 70 кДа)-зв'язувальний білок, цитоплазматичний кошаперон 1 (НБРВРІ) -- Зв'язувальний білок теплового шоку НерВРІ є членом сімейства кошаперонів
Незр70. Н5рВР1 є кошапероном, який зв'язується з шапероном Нзр7бі регулює його активність.
Рівні Н5рВРІ1 ї Нор70 виявилися значуще вищими у сироватці пацієнтів, хворих на рак молочної залози, у порівнянні з рівнями у сироватці здорових добровольців (50и1й7а еї аї., 2009). НЕРВРІ1 був надмірно експресованим у пацієнтів з лейкозом (5едіасКома еї аї!., 2011). Активність Н5рвРІ1 була підвищеною при взаємопов'язаних гепатиті С і гепатоцелюлярній карциномі, це підвищення корелювало з підвищенням рівнів Н5р70 (МоКоуата еї а!., 2008).
Білок 1, який активує ГГФазу, що містить Ю мотив -- ІЮСАРІ, також відомий під назвою р195, є повсюдно експресованим білком, який в організмі людини кодується геном ІОСАРІ1.
ІОСАРІ є ключовим медіатором декількох певних клітинних процесів, зокрема перегрупування цитоскелета. Нещодавно проведені дослідження виявили можливу причетність ІОЗАРІ до ракових захворювань, що підтверджується тим, що спостерігається підвищена експресія
ІОСАРІ і чітка його локалізація у мембрані у ряді пухлин (Чоппзоп еї аї., 2009). Надмірна експресія ІОБАРІ може відігравати важливу роль у захворюваності на рак підшлункової залози і у його прогресуванні (Умапао еї а!ї., 2013с). Пригнічення експресії ІОСАРІ знизило ріст, міграцію і інвазію пухлинних клітин при пласкоклітинній карциномі стравоходу (ПККС) (УМапо еї аї!., 20140).
Більш того, підвищена експресія ІОСАРІ під час диференціації подібних до стовбурових клітин раку яєчника (ПСКРЯ) відіграє роль у агресивній поведінці клітин, що може робити свій внесок у бо метастазування при раку яєчника (Ниапо еї а!., 2015а).
Інтегрин, бета 6 (ІТОВб) -- ІТОВб є підтипом інтегринів, які виключно експресуються на поверхні епітеліальних клітин і є рецептором білків позаклітинного матриксу (М/єіпаскКег еї аї., 1994). У дослідженні виявлена підвищена експресія ІТОВ6 у 10 видах пухлин людини, вивчених разом із нормальними тканинами. Найвища частота експресії ІТОВб була зареєстрована у пласкоклітинних карциномах шийки матки, шкіри, стравоходу і голови та шиї. Між іншим, опосередкована антитілами блокада ІТОВ6 уповільнювала прогресування пухлини іп мімо (Мап
Аагзеп еї аї., 2008). ІТОВб використовувався як мішень у пухлиноспецифічній доставці лікарських препаратів, і він підвищував терапевтичну ефективність при карциномі товстої кишки (ШЦапо єї аї., 2015; 7пао-Мапо еї аї., 2008). При раку молочної залози висока експресія ІРНК або білка для ІТОВ6 асоціювалася з дуже низькою виживаністю і підвищеним метастазуванням у віддалені органи. Антитіла проти ІТОВб інгібували ріст пухлин на мишачих моделях раку молочної залози (АПеп еї а!., 2014).
Лізин «(К)-специфічна деметилаза 6В (КОМбВ) -- КОМБВ, також відома під назвою /МОЮОЗ, є гістон-деметилазою, яка у людини кодується геном КОМб6В. КОМбВ впливає на регуляцію транскрипції шляхом деметилювання залишку лізину 27 гістону 3. Низький рівень експресії
КОМ6В був незалежним фактором передбачення несприятливого прогнозу (Р-0,042) у пацієнтів після хірургічної резекції КРК (мМоКоуата есеї а!., 2008). Більш того, надмірна експресія КОМбВ інгібувало ріст клітин шляхом ініціювання мітохондрія-залежного апоптозу і сповільнення каскаду інвазії і метастазування у клітинах НДРЛ (Ма вї а!., 2015). З іншого боку, спостерігалися високий рівень експресії КОМБбВ у світлоклітинній нирково-клітинній карциномі (СкНКК) і його позитивна кореляція з несприятливим прогнозом щодо скНКК. Нокдаун КОМБбВ інгібував пухлиногенез СКНКК іп міїго (Гі еї а!., 2015). Більш того, дерегуляція КОМб6В може робити свій внесок у гліомагенез через інгібування р5З3-залежного шляху, що призводило до блокування термінальної диференціації (Епе еї а!., 2012).
Кератин 9, тип І (ККТ9) -- Кератин 9 є цитокератином типу І, який у людини кодується геном
ККТУ. Він виявлений тільки у термінально диференційованому епідермісі долоней і підошв.
Мутації гену, що кодує цей білок, викликають епідермолітичну долонно-підошовну кератодерму (Веїз єї аї., 1994). Активність ККТ9 була підвищеною при ГЦК. Ця надмірна експресія може відігравати вирішальну роль у метастазуванні ГЦК і може служити потенційним сироватковим
Зо маркером у передбаченні метастазів ГЦК (Ри єї а!., 2009).
ПІМЕ1 ретротранспозонний елемент 1 (1КЕ1) -- Ген Ї1КЕ1, також відомий під назвою
КЕ, кодує ретротранспозон (КЕ) "ПІМЕ" (довгий диспергований ядерний елемент), послідовність ДНК, яка може переміщатися по геному клітини 3 автономною ретротранспозиційною активністю. Повідомлялося, що сімейство ретротранспозонів ГІМЕТ є гіпометильованим у багатьох видах раку і відображає статус метилювання у геномі (Ов5ієпад апа Кагаліап, дуг., 2001). Один довгий диспергований ядерний елемент ділянки повтору, І КЕ1, локалізований на 22411-412, є надійним індикатором загального статусу метилювання (Спаійснадот еї аї., 2004; О5іепад апа Кагаліап, уг., 2001). Деякі дані надають можливість припустити, що відносний рівень метилювання І РКЕ1 є незалежним епігенетичним біомаркером пласкоклітинної карциноми голови та шиї (НМЗСС) (Нвішипа еї а!., 2007).
Ламінін, бета-3 (І АМВЗ) -- АМВЗ кодує бета-3 субодиницю ламініну, яка разом із альфа- і гама-субодиницями утворює ламінін-5. Активність ГАМВЗ була високою у папілярній карциномі щитоподібної залози (РТС) (Ваїтов5-РіЇНо єї аї., 2015), пласкоклітинній карциномі шийки матки (ЗСС шийки матки) (Уататой еї аї., 2013) і пласкоклітинні карциномі порожнини рота (05(0250) (Тапіб єї аї., 2014). Результати аналізу експресії з генною матрицею і аналізу методом біоїнформатики наводить на думку, що ГАМВЗ є ключовим геном, задіяним у розвиток раку легенів. Нокдаун цього гена пригнічував інвазію клітин раку легенів людини і метастазування іп міго та іп ммо. ГАМВЗ виявився надмірно експресованим у пацієнтів з раком легенів, і його експресія корелювала з метастазами у лімфатичні вузли (У/апо еї а!., 20136).
Лізосомний трансмембранний білок 5 (АРТМ5) -- Ген ГАРТМ5 кодує мембранний білок внутрішньоклітинних везикул, асоційований з лізосомами. ГАРТМ5 є аберантно метильованим у пухлинах раку легенів, і рівень метилювання корелював із ступенем диференціації пухлини (Сопезе еї аї.,, 2008). Накопичення ГАРТМ»5-позитивних везикул було тісно пов'язано з програмованою клітинною смертю, що відбувалася під час спонтанної регресії нейробластом (Іпоце єї аї!., 2009). Білок СЮОТе бере участь у презентації ліпідних антигенів у дендритних клітинах. ГАТРМ5 контролює або убіквітинування СОТе, або генерацію розчинних лізосомних білків СО1е (Апдепієих еї аї., 2012).
Мініхромосомний компонент 4 комплексу обслуговування (МСМ4) -- Цей білок, який кодується геном МСМ4, є одним із висококонсервативних білків мініхромосомного бо обслуговування мініхромосом (МСМ), які є суттєвим фактором ініціації реплікації геному еукаріотичних клітин. МСМА мав низьку активність при раку молочної залози (7екКії вї а!., 2015) і диференційно експресувався в аденокациномі легенів у порівнянні з нормальними клітинами легені (2папад еї аї., 2014). Надмірна експресія МСМА асоціювалася з коротшим виживанням пацієнтів з раком молочної залози (Кмок еї а!., 2015).
Мініхромосомний компонент 5 комплексу обслуговування (МСМ5) -- МСМ5 бере участь у реплікації ДНК ії регуляції клітинного циклу. Було показано, що високі рівні експресії МСМ5 асоціюються з прогресуванням і гіршим прогнозом для пласкоклітинної карциноми порожнини рота (Ми єї аі., 2014), раку шийки матки (Ваз єї а!., 2013), раку шлунка (Сіадіпів єї аї!., 2011) і раку товстої кишки (Вигдег, 2009).
Меланорегулін (МКЕС) -- МКЕС відіграє роль у розподілі меланосом усередині клітини (Уи еї а!., 2012), через регуляцію ретроградного залежного від мікротрубочок транспорту меланосом (ОНбауазвні вї а!., 2012). Більш того, МКЕС також бере участь у регуляції включення пігментів у меланосоми (Наснеї! еї аїІ., 2012). Було показано, що МКЕС є мішенню міРНК-26 у його 3'- нетрансльованій ділянці (3 ШТК) у клітинах естроген-рецептор-позитивного раку молочної залози. Однак не вдалося продемонструвати безпосередню участь МКЕС у проліферації клітин, опосередкованій міРНК-26 (Тап сеї а!., 2014).
МОБВАГ. модулятор 1 (МОМОТУМОБАГ. модулятор 2 (МОМО2)УМОБВАГ. модулятор З (МОМОЗ) - Гени МОМО1, МОМО2 і МОМОЗ є трьома подібними генами, локалізованими на ділянці дуплікації р-плеча хромосоми 16. Ці три гени кодують близько споріднені білки, які можуть мати однакову функцію. МОМОТ був ідентифікований як надмірно експресований ген у лінії клітин
Нит178 Т-клітинної лімфоми шкіри (І апде єї аї!., 2009). МОМО1! є антагоністом сигнального шляху
Моааї. Гени Мода! є факторами сигнального шляху суперсімейства трансформуючих факторів росту бета (ТОБЕ-бета), які відіграють ключову роль у розвитку організму хребетних (Найпег єї а!., 2004).
Нуклеопорин 153 кДа (МОР153) -- Нуклеопорин 153 (Мир153), компонент комплексу ядерних пор (МРС), бере участь у взаємодії МРС з ядерною ламіною. Виснаження Мир153 викликає кардинальну перебудову цитоскелету, яка перешкоджає міграції клітин карциноми молочної залози людини (2пои апа Рапіє, 2010). Нуклеопорин МОР153 регулює розподіл специфічних білків між ядром і цитоплазмою, причому, що цікаво, включаючи передавач сигнального шляху
ТаБ-бета, ЗМАЮ2 (Хи єї аї., 2002). Нещодавно проведений аналіз виявив нові можливі онкогенні функції нуклеопорину МОР153 (очевидно, шляхом модуляції сигнального шляху ТОЕ- бета) при раку підшлункової залози (ЗНаїп єї а!., 2013).
РЕЕР, ефектор апоптозу, опосередкованого ТР5З (РЕКР) -- РЕЕР є р53/рб3-регульованим геном, який кодує білок, що бере участь у формуванні десмосоми, який відіграє вирішальну роль у міжклітинній адгезії і пригніченні розвитку пухлини. Втрата експресії РЕКР корелює з перетворенням клітин при пласкоклітинній карциномі (5СС) і з підвищенням частоти місцевих рецидивів у пацієнтів з ЗСС порожнини рота (Копоа вї аі!., 2013). Експресія РЕБЕР була зниженою у багатьох лініях клітин раку молочної залози людини (Юивзек єї аїЇ., 2012). У деяких дослідженнях було висловлене припущення, що дефіцит Регр сприяє розвитку раку шляхом підвищення виживаності клітин, втрати десмосом і запалення (Веєацагу єї аї., 2010). РЕКР є пов'язана з апоптозом мішень р53, і самої лише його активації виявляється достатньо для індукції апоптозного шляху, що веде до загибелі клітин (СНеп еї а!., 2011).
Передбачуваний гомеодоменний фактор транскрипції 1 (РНТЕ1) / Передбачуваний гомеодоменний фактор транскрипції 2 (РНТЕ2) -- РНТЕ1 (передбачуваний гомеодоменний фактор транскрипції) є передбачуваним геном, що містить гомеобокс, локалізованим у регіоні 1Тр11-рїз геному людини. Цей ген є еволюційно консервативним і головним чином експресується у сім'янику (Мапиєї! єї аїІ., 2000). Як фактор транскрипції, ген РНТЕ1 переважно задіяний у біологічних процесах, таких як ДНК-залежна транскрипція і регуляція біологічних процесів. Надмірна експресія РНТЕ1 є відповідальною за регуляцію проліферації і апоптоз клітин у лініях клітин Т-клітинного гострого лімфобластного лейкозу (Т-клітинного-ГЛЛ). РНТЕ1 може виявитися геном, подібним до гена-супресора клітин, і терапевтичною мішенню для ініціювання апоптозного шляху РНТЕ1-РЕМ1Б-Араї-1 (Ниапо єї а!., 20156).
Передбачуваний гомеодоменний фактор транскрипції 2 (РНТЕ2) є білком, який у людини кодується геном РНТЕ2. РНТЕ2 переважно експресується у м'язах і локалізований у регіоні 79411.23-дД21 геному людини (Мапивеї! еї а!ї., 2000).
Білковий домен, гомологічний плекстрину, член 1 сімейства М (з доменом КИМ) (РІГ ЕКНМІ1) - Цей білок, який кодується геном РІ ЕКМІ, є суттєвим чинником резорбції кістки і може відігравати вирішальну роль у транспорті везикул в остеокласті. Мутації цього гена асоціюються з аутосомно-рецесивним остеопетрозом типу 6 (ОРТВб) (мап еї аїЇ., 2004). Було зроблено бо припущення, що РГЕКНМІ є кандидатом у гени схильності до епітеліального раку яєчника
(Рептиш-М/єу еїа!., 2013).
Білок-переносник фосфоліпідів (РІТР) -- Білок-переносник фосфоліпідів (РІТР) відіграє важливу роль у регуляції запалення. Деякі дані надають можливість припустити, що РІГ ТР має протизапальні властивості у макрофагах (Миїеїйс еї аїЇ., 2011). Крім цього, РГТР є суттєвим посередником асоціації триацил-ліпіду А з ліпопротеїнами, що приводить до подовження часу його перебування і до посилення його прозапальних і протиракових властивостей (Сашієг еї аї., 2010). РІГТР диференційно експресувався у пацієнтів з раком молочної залози і може асоціюватися з відповіддю на хіміотерапію (Снеп еї а!., 2012).
Протеїнфосфатаза 2, регуляторна субодиниця В", альфа (РРР2КЗА) -- Цей ген кодує одну з регуляторних субодиниць протеїнфосфатази 2. Протеїнфосфатаза 2 (яка раніш мала назву "тип 2А") є одним із чотирьох ключових 5ег/ППг-фосфатаз і бере участь у негативному контролі росту і поділу клітин (Ниєдідег єї аї.,, 2001). РРРОКЗА є часто метильованою у гострому лімфобластному лейкозі (ГЛЛ) дітей (Юипмеї! єї а!., 2009).
Гомолог протеїнфосфатази РТС7 (5. сегемізіае) (РРТС7) - РРТС7 кодує гомолог протеїнфосфатази РТС7 і локалізуються на хромосомі 12424.11. РРТС7 був нещодавно ідентифікований як новий ген схильності до підвищеної відповіді на дію екотоксикантів (2пи єї а!., 2015).
Протеїнкіназа, ДНК-активована, каталітичний поліпептид (РЕКОС) - РАКОС кодує каталітичну субодиницю ДНК-залежної протеїнкінази (ОМА-РК), члена сімейства РІЗ/РІ4-кіназ.
Було показано, що РЕКОС може стабілізувати онкобілок с-Мус через сигнальний шлях
АКУСОКЗ (Апоеї аїЇ., 2008). Спостерігалася позитивна кореляція активації РЕКОС з проліферацією клітин ГЦК, геномною нестабільністю і щільністю мікросудин і негативна кореляція з апоптозом і виживаністю пацієнтів (Еметі єї а!., 2013).
Альфа-субодиниця протеасоми (просоми, макропаїну) 4 (РОЕМА4) -- РІМАЯ4 кодує альфа- субодиницю протеасоми 4, яка розщеплює пептиди у АТФ/убіквітин-залежному процесі через нелізосомальний шлях. Однонуклеотидний поліморфізм у гені РАМАЯ4 асоціювався з ризиком розвитку раку легенів у китайської етнічної групи хань (У/апд сеї аїЇ., 2015). З іншого боку, повідомлялося, що однонуклеотидний поліморфізм у гені РАМА4 не є головною причиною схильності до захворювання недрібноклітинним раком легенів (Мопд|ішп 2Напа еї аї., 2013).
Зо Більш того, надмірна експресія РОМА4 спостерігалася у пухлинах легенів у порівнянні з нормальними тканинами легенів. Негативна регуляція експресії РОМА4 знижує активність протеосоми і викликає апоптоз (Ім єї а!., 2009)
Білок тирозинпротеїнфосфатаза, нерецепторного типу 13 (РТРМ13) -- Цей ген кодує члена сімейства білків тирозинфосфатаз (РТР). РТР є сигнальними молекулами, які регулюють різноманітні клітинні процеси, включаючи ріст і диференціацію клітин, мітотичний цикл і перетворення нормальної клітини у пухлинну. Біло з'ясовано, що РТРМ1З3 взаємодіє з рецептором Раз і може, таким чином, відігравати певну роль у програмованій клітинній смерті, опосередкованій Бах. Більш того, РТРМ13 взаємодіє з ГФаза-активуючим білком і у такий спосіб може виконувати функцію регулятору Епо-ГГФазного сигнального шляху. У злоякісних захворюваннях крові РТРМ13 виявляє протилежні ефекти, або пригнічуючи або стимулюючи ріст пухлини у випадку лімфоми і мієлоїдного лейкозу, відповідно (У/апад єї аї., 20140). Це можна пояснити здатністю РТРМ1З3 протидіяти активності онкогенних тирозинкіназ і його інгібуючій взаємодії з рецептором смерті Раз (Ргєїзз апа СНаІро5, 2011). При раку молочної залози
РТРМІ3З вважали за унікальний маркер відповіді пухлин молочної залози на дію антиестрогенів і за можливу терапевтичну мішень для активації відповідних стимуляторів апоптозу у пухлинних клітинах (Нгєї55 евї аї!., 2004). Інгібування зв'язування Баз/РТРМ1З3 може виявитися прийнятною мішенню для розробки протиракових лікарських засобів (ТаКапавзні апа КаїаокКа, 1997).
КАБ р21 білковий активатор 2 (КАБА?2) -- КАБ5 р21 білковий активатор 2 кодує члена сімейства САРІ ГТФаза-активуючих білків. Діючи як супресор функції КА5, КАБЗА2 підвищує слабку природну активність ГГФази білків КА5, що призводить до утворення неактивної ГДФф- зв'язаної форми КАБ, тим самим забезпечуючи контроль проліферації і диференціації клітин.
Залежно від конкретної генетичної зміни, його місцезнаходження у гені і ефектів, що він здійснює на функції білків, теоретично КАБА2 може виступати у ролі онкогену або гену- супресору пухлин (Нгіедтап, 1995). За умов слабкого стресу КАЗА2розщеплюється каспазою-3, що приводить до утворення фрагменту, що має назву фрагменту М, що ініціює антиапоптогенні сигнали. Якщо активність каспази-3 надалі підвищується, це генерує фрагмент під назвою М2, який більше не захищає клітини. З іншого боку, повнорозмірний КАБА2 сприяє активності АКІ, екрануючи його від деактивації фосфатазами (СаїйПацй єї аїІ., 2015). При раку молочної залози стрес-активована каспаза-3 може робити свій внесок у пригнічення метастазів шляхом генерації бо фрагменту М2 (Ваїтаз вї аї!., 2014). КАБА був охарактеризований як ген-супресор пухлин, який є мутованим у 5 9о меланом (Агагїен еї а!., 2015).
Рекомбінаційний сигнал-зв'язувальний білок для .)-ділянки каппа-імуноглобуліну (ЕВРУ) --
Рекомбінаційний сигнал-зв'язувальний білок для ).-ділянки каппа-імуноглобуліну кодує регулятор транскрипції, важливий для функціонування сигнального шляху Моїсп. КВРУ діє як супресор, якщо він не зв'язаний з білками Моїсп-каскаду і як активатор, якщо він зв'язаний з ними. Вважають, що його функції полягають у залученні хроматин-ремоделюючих комплексів, які містять білки гістондеацетилазу і гістонацетилазу, до генів сигнального шляху Моїсп. Моделі ксенотрансплантатів у мишей показали, що нокдаун ЕВР.) інгібує пухлиногенез і знижує об'єм пухлини, наводячи на думку, що гіпоксія сприяє транскрипції білка Зтооїйепей шляхом підвищеної експресії КВР.) для індукції проліферації, інвазивності і пухлиногенезу при раку підшлункової залози (ОпівНі єї аі., 2016). Ефект нокдауну КВРУ, що проявився у значному зниженні росту клітин, був також зареєстрований у клітин раку передміхурової залози і легенів, що наводить на думку, що вплив на експресію КВРУО може виявитися багатообіцяючим терапевтичним підходом до лікування раку у людини (Хиеє еї аї., 2015; Їм еї аї., 2015). Більш того, надмірна експресія КВРУ сприяла без'якірному росту клітин рабдоміосаркоми (Мадао ві аї., 2012). ВВРО-опосередкований сигнальний шлях Моїсі є також суттєвим чинником для залежної від дендритних клітин протипухлинної імунної відповіді (Реп еї аї., 2010).
Білок, подібний до білка 9, що містить домен стерильного альфа-мотиву (БАМО9І) --
ЗАМООЇ кодує білок, подібний до білка 9, що містить домен стерильного альфа-мотиву, і локалізується на хромосомі 7д421.2. Гени БАМОЗ9 їі БАМООЇГ. мають аналогічну генну структуру і кодують білки з амінокислотною ідентичністю, що становить 60 95. Припускається, що їх роль полягає у гальмуванні запальних шляхів. БАМО9ІЇ локалізується у ранніх ендосомах і діє, полегшуючи злиття ендосом. Гаплонедостатність гена БАМООЇ. робить свій внесок у мієлоїдну трансформацію, і БЗАМООЇ. був ідентифікований як кандидат у гени-супресору мієлоїдних пухлин (Мадатасті єї аї., 2013). Нокдаун БАМООЇ. значуще сприяв проліферації клітин і формуванню колоній ліній клітин гепатоцелюлярної карциноми, оскільки пригнічення ЗАМО9ІЇ. прискорювало
С1/5 перехід при проходженні клітин через клітинний цикл і приводило до підвищення активності УУпі/бета-катенінового сигнального шляху. Нещодавно отримані результати підкреслюють пухлино-супресивну роль інактивації БАМО9Ї шляхом соматичної мутації і
Зо зниження експресії у ракових клітинах людини (У/апо сеї аї!., 2014а) БАМО9І. продемонстрував значно знижену експресію популяцій Т- і В-клітин пацієнтів з метастатичною меланомою у порівнянні з цими клітинами нормальних здорових добровольців (СтіїсНІеу- Гпогпе евї а!., 2007).
Фактор сплайсингу 30, субодиниця 3, 130 кДа (5Е3В3) - 5ЕЗВЗ кодує субодиницю З білкового комплексу фактора сплайсингу 30. Надмірна експресія 5ЕЗВЗ значуще корелює з загальною виживаністю і резистентністю до ендокринної терапії при естроген-рецептор- позитивному раку молочної залози (соКтеп-Роїаг евї а!., 2015).
Сурфактантний білок АТ (ЗЕТРАЇТ) / Сурфактантний білок А2 (ЗЕТРАФ) -- Ці гени кодують сурфактантні білки легенів, які є членами субсімейства лектинів С-типу, що мають назву колектинів. ЗЕТРА зв'язують специфічні вуглеводні компоненти на ліпідах і на поверхні мікроорганізмів і відіграють суттєву роль у гомеостазі сурфактанту і в захисті від респіраторних патогенів. Мутації цих генів асоціювалися з ідіопатичним легеневим фіброзом. Специфічний для раку легенів генетичний підпис, що містить гени ЗЕТРАЇ і БЕТРА2, дозволяє надійно відрізнити рак легенів від інших ракових зразків (Репа еї а!., 2015). Мутації ЕСЕК є значно поширенішими у аденокарциномі легенів з експресією ЗЕТРА, ніж у цієї пухлини без експресії (Ле еї аї!., 2014).
ЗЕТРА пригнічує прогресування раку легенів шляхом регулювання поляризації пухлино- асоційованих макрофагів (МіїзиНавнпі єї а!., 2013). Експресія мутантної форми ЗЕТРАЗ у клітинах епітелію легенів приводить до секреції латентного ТОЕ-бета! і ТОБ-бета1-опосередкованого
ЕМП (Маїта є! а!., 2012). Більш того, розвиток раку передміхурової залози може біти пов'язаним зі зниженим рівнем 5ЕТРА (КапкКамі єї а)ї., 2014).
Сімейство переносників розчинних речовин 25 (мітохондріальний переносник, аденін- нуклеотидний переносник), член 31 (5І С25АЗ1) / сімейство переносників розчинних речовин 25 (мітохондріальний переносник, аденін-нуклеотидний переносник), член 4 (5І С25А4) / сімейство переносників розчинних речовин 25 (мітохондріальний переносник, аденін-нуклеотидний переносник), член 5 (51С25А5) / сімейство переносників розчинних речовин 25 (мітохондріальний переносник, аденін-нуклеотидний переносник), член 6 (5І/С25Аб6) -- Білки сімейства 25 переносників розчинних речовин є переносниками ДФ/АТФ, які здійснюють заміну
АДФ цитозолю на АТФ матриксу у мітохондріях. Вони діють як пори, які здійснюють "гейтування", забезпечуючи перехід АДФ/АТФ і утворюючи гомодимер, вбудований у внутрішню мітохондріальну мембрану. Було показано, що клітини, які надмірно експресують гени цього бо сімейства, набувають антиапоптотичний фенотип. Пригнічена експресія генів цього сімейства,
як було показано, індукує апоптоз і інгібує ріст пухлин. У той час як 5І/С25А4 є переважно присутнім у диференційованих тканинах і є специфічним для м'язів і головного мозку, ЗІ С25А5 експресується у тканинах, які проліферують, таких як пухлини. 5ІС25А6 експресується повсюдно, а 5І С25А31 присутній у клітинах печінки і у зародкових клітинах (Ооіїсе еї аї., 2005).
Особливо помітним є внесок 5ІС25А5 у канцерогенез. Оскільки експресія 5І С25А5 тісно пов'язана з мітохондріальною біоенергетикою пухлин, він є багатообідуяючою мішенню для індивідуалізованого лікування раку і для розвитку протиракових стратегій (Спемгоїег єї аї., 2011). Більш того, стабільна надекспресія 5І С25А31 захищала ракові клітини йонідамінового і стауроспоринового апоптозу, незалежного від експресії ВсІ-2. Таким чином, була виявлена дихотомія у субсімействі ізоформ 5І С25 людини, яка виявилася у тому, що ізоформи 5І С25А4 і
ЗІ С25А6 діють як проапоптотичні фактори, у той час як ізоформи 5І С25А5 і 5І С25А31 надають клітинам резистентність по відношенню до стимулів, що викликають їх загибель (Саїетпе еї аї., 2010).
Білок ядерних тілець 5Р140 -- 5Р140 кодує білок тіла ядра 5РІ140 і локалізуються на хромосомі 2437.1. Було показано, що активність 5РІ140 підвищена при пласкоклітинній карциномі гортані (по єї аї!., 2007). Показаний зв'язок 5Р140 із хронічним лімфоцитарним лейкозом (ап ооеї аї., 2010) множинною мієломою (Копйит еї аїЇ., 2015) їі гострим промієлоцитарним лейкозом (Віоснп еї аї!., 1996).
Перетворювач сигналу і активатор транскрипції 1, 91 кДа (ЗТАТ1) -- ЗТАТІ1 активується шляхом тирозин-фосфорилювання у відповідь на дію усіх інтерферонів (ОескКег еї аї., 2002) і відіграє роль у диференціації ТИ1-клітин (5спиці2 єї а)І., 2009). На молекулярному рівні 5ТАТ1 інгібує проліферацію клітин пухлин як мишей, так і людини, які були оброблені ІЄМ-гама, за рахунок його здатності підвищувати експресію інгібітору циклін-залежної кінази р21сСір1, або знижувати експресію с-тус (Натапа есеї а!., 2000). Протипухлинна активність 5ТАТІ додатково підтримується його здатністю інгібувати ангіогенез і метастазування пухлин на моделі миші (Ниапо еї аї., 2002). Було показано, що підвищені рівні ІРНК 5ТАТІ1 є частиною "молекулярного підпису", пов'язаного з кращим передбаченням результатів лікування метастатичного раку у пацієнтів, хворих на негативний за експресією рецепторів гормонів або потрійний негативний рак молочної залози (Уа еї аї., 2010).
Зо Трансмембранний білок 43 (ТМЕМА43) -- Цей ген кодує трансмембранний білок 43. Дефекти цього гену є причиною сімейної аритмогенної дисплазії правого шлуночка 5 (АКМО5), також відомої під назвою аритмогенної кардіоміопатії правого шлуночка 5 (АКМС5). АКМО є спадковим захворюванням і характеризується вентрикулярною тахікардією, серцевою недостатністю, раптовою зупинкою серця і заміни кардіоміоцитів фіброзною і жировою тканиною (5ігадат еї аї., 2014). ТМЕМ43 може відігравати важливу роль у підтриманні структури ядерної оболонки шляхом організації білкових комплексів на внутрішній поверхні ядерної мембрани (Вепдівзоп апа Оно, 2008).
Топоїзомераза (ДНК) І-альфа, 170 кДа (ТОРА) / Топоіїзомераза (ДНК) ІІ-бета, 180 кДа (ТОР2В) -- ТОРА і ТОР2В кодують високогомологічні ізоформи ДНК-топоізомерази, ферменту, який регулює і змінює топологічні стани ДНК під час транскрипції. Цей ядерний фермент бере участь у таких процесах як конденсація хромосом, розділення хроматид, і знімання стресу торсійно напруженої ДНК, що спостерігається під час реплікації і транскрипції ДНК. ТОРА є суттєвою для проліферації клітин, вона експресується на високому рівні у клітинах, що енергійно ростуть, у той час як ТОР2В не є суттєвою для росту, а нещодавно була виявлена її роль у виникненні пов'язаних із лікуванням вторинних злоякісних захворювань (Тоуода есї аї., 2008). Було показано, що ТОР2А надмірно експресується при декількох видах раку (наприклад, при злоякісній мезотеліомі плеври (Роє евї аї.,2010), злоякісній пухлині оболонок периферійних нервів (Кгезве єї аїЇ., 2008), клітин аденокарциноми легенів (Кобауабвні еї аї., 2004), раку сечового міхура (5ітоп еї аї., 2003), гліобластомах (мап деп Воот еї аї!., 2003)). ТОР2В бере участь у транскрипції, реплікації, рекомбінації ДНК і у мітозі, а разом із ТОРІ вона є другим геном-партнером при злитті з МОРО8, який належить до сімейства генів топоїзомераз (Мербгаї єї а!., 2005).
Триптаза альфа/бета 1 (ТРБЗАВІ) / триптаза бета 2 (ТРОВ2) -- Триптаза альфа/бета 1 (ТРЗАВІ) / триптаза бета 2 (ТРЗВ2) разом з двома іншим ізоформами триптази експресуються мастоцитами. Триптази беруть участь як медіатори у патогенезі астми та інших алергічних та запальних захворювань. Триптаза, що секретується мастоцитами, має проангіогенну активність і бере участь у васкуляризації пухлин. Триптаза діє шляхом активації рецептора-2, що активується протеїназами (РАК-2), і додатково бере участь у деградації позаклітинного матриксу, таким чином прискорюючи ріст судин. Більш того, наявність триптазо-позитивних бо мастоцитів у тканині пухлини корелює з ангіогенезом при декількох видах раку (Аттепаоїа єї а. 2014). Повідомлялося про підвищені рівні триптаза-позитивних мастоцитів при раку передміхурової залози, і це корелювало з щільністю мікросудин, стадією розвитку пухлини і коротшим виживанням (Мопотига єї аїЇ., 2007; еіамегзкКі єї а!., 2013). Аналогічно, триптаза- позитивні мастоцити також асоціювалися зі стадією розвитку пухлини і ангіогенезом при раку шлунка (2пао 6вї а!., 2012; Нівбайі еї а!., 2010), а також при аденокарциномі легенів (Іпада 6ї аї., 2000; ТаКапаті єї аї., 2000).
Білок 11, що містить потрійний мотив (ТКІМ11) -- Білок 11, що містить потрійний мотив, є білком, що у людини кодується геном ТКІМ11. Відомо, що ТКІМ11 задіяний у розвитку центральної нервової системи і дестабілізує хуманін, інгібітор нейрональних пошкоджень, подібний таким, що спостерігаються при хворобі Альцгеймера (Міїкига єї а!., 2003) ТВІМ11 надмірно експресується у гліомах високого ступеню злоякісності і сприяє проліферації, інвазії, міграції клітин і росту гліальних пухлин (Оі єї аї., 2013).
Катіонний канал тимчасового рецепторного потенціалу, підсімейство М, член 2 (ТКЕРМ2) --
Білок, кодований цим геном, є кальцій-проникним катіонним каналом, який регулюється вільною внутрішньоклітинною АДФ-рибозою. Можливо, що за певних обставин ТКРМ2 задіяний у опосередкуванні апоптозу (ІвнНії єї аі., 2007; Сао еї а!., 2015). Однак його дія на проліферацію і ріст клітин менш ясна і може залежати від умов клітинної культури і від експресії альтернативно сплайсованих ізоформ (Спеп еї аї., 2014). При меланомі і раку передміхурової залози був ідентифікований антисенсовий РНК-транскрипт ТКЕРМ2, яким збагачені пухлинні клітини, що корелює з апоптозом і клінічним результатом (Опапвеїї еїа!., 2015).
Білок 3, асоційований з гама-тубуліновим комплексом (ТОВОСРЗ) -- Білок 3, асоційований з гама-тубуліновим комплексом, є частиною комплексу, що складається з декількох субодиниць, і є критичним для нуклеації мікротрубочок у клітинах еукаріотів (Гупсй єї аї., 2014).
Цитоплазматичні гама-тубулінові комплекси націлюються на центросоми або на інші центри організації мікротрубочок через набір так званих білків, що зв'язують гама-тубуліновий комплекс (Зспіебеї, 2000). Було виявлене значне підвищення експресії транскриптів ТОВОСРЗ у клітинах гліобластоми у порівнянні з нормальними астроцитами людини, і імунореактивність ТОВОСРЗ у пухлині була значно вищою, ніж у нормальних тканинах головного мозку. ТОВОСРЗ також асоціювався з мікросудинною проліферацією і з взаємодією з сигнальними шляхами, що ведуть до злоякісного фенотипу (Огарегома єї аї., 2015). Більш того, були виявлено, що ТОВОСРЗ значно вище експресується у зразках лімфом з клітин мантійної зони із майже тетраплоїдних, ніж із диплоїдних клітин (Мебеп еї аї., 2007).
Фермент 6, що активує убіквітин-подібний модифікатор (ШВАб) -- Фермент 6, що активує убіквітин-подібний модифікатор, є білком, який у людини кодується геном ОВАб. ОВАб є убіквітин-активуючим ферментом, який найбільш інтенсивно експресується у сім'яниках. До того ж він є необхідним для клітинної відповіді на пошкодження ДНК (Мопагу евї а!., 2012).
Ксенотропний і політропний ретровірусний рецептор 1 (ХРКІ) -- ХРКІ1 є політопною мембранною молекулою, яка містить амінокінцевий домен 5РХ (назва походить від 51,
Рпо81 і ХРЕК!) довжиною у 180 залишків. Доповідалося, що ХРКТ опосередковує експорт фосфату (Сіомаппіпі еї а!., 2013). Після диференціації остеокластів кількість транскриптів ІРНК
ХРА1 зростає (5Ннапта еї аїЇ., 2010). Спочатку ХРК1 описували як ретровірусний рецептор, використовуваний ксенотропним і політропним вірусами МІМ (Х-МІ М ії Р-МІМ), двома гама- ретровірусами, які можуть інфікувати клітини людини, а також клітини різних інших біологічних видів, таких як миші і птахи (Когак, 2010; Мапіп еї а!., 2013).
Білок 5, ВЕО-типу, що містить домен 2іпс їпдег (2ВЕО5) -- Білок 5, ВЕЮО-типу, що містить домен 7іпс їїпдег характеризується кодуючою послідовністю, яка головним чином отримана з
Спапіе-подібного ДНК-транспозону, однак він не сприймається як активний ДНК-транспозон, оскільки на його краях немає термінальних інвертованих повторів. -ВЕЮО5 споріднений з ДНК- транспозоном Визіег і філогенетично відокремлений від інших 2ВЕЮО. Гени 2ВЕО широко експресуються тканинами хребетних і разом вони регулюють дивовижне різноманіття функцій (Наумага еї а!ї., 2013).
Білок 697 з доменом 7іпс їїпдег (2МЕ697) -- Ген 2МЕ697 кодує білок 697 з доменом 7іпс
Тіпдег, він локалізуються на хромосомі 1р12 ії, ймовірно, відіграє певну роль у зв'язуванні ДНК (Ми еїаї., 2011).
Стимуляція імунної відповіді залежить від присутності антигенів, що сприймаються імунною системою хазяїна як чужорідні. Відкриття пухлино-асоційованих антигенів зробило можливим використання імунної системи хазяїна для втручання в ріст пухлини. Зараз вивчається можливість використання для імунотерапії раку різних механізмів задіяння як гуморальної, так і клітинної ланки імунної системи. бо Специфічні елементи клітинної імунної відповіді здатні специфічно розпізнавати та знищувати пухлинні клітини. Виділення Т-клітин із популяції пухлино-інфільтруючих клітин або з периферичної крові говорить про те, що такі клітини відіграють важливу роль у природному імунному захисті проти раку. Важливу роль у цій відповіді відіграють, зокрема, СО8-позитивні Т- клітини, які розпізнають пептиди, зв'язані з молекулами головного комплексу гістосумісності І класу (МНС). Ці пептиди зазвичай складаються з 8-10 амінокислотних залишків, що отримані з білків або дефектних рибосомальних продуктів (ОРІР), які містяться у цитозолі. Молекули МНС людини також визначаються як лейкоцитарні антигени людини (НІ А).
Якщо не зазначено інше, під нижче наведеними термінами, що використовуються у цьому описі, розуміються наступні поняття.
Термін "Т-клітинна відповідь" означає специфічну проліферацію та активацію ефекторних функцій, індукованих пептидом іп міїго чи іп мімо. Для цитотоксичних Т-клітин, обмежених МНЕ |І класу, ефекторними функціями можуть бути лізис клітин-мішеней, оброблених пептидом чи пептидним прекурсором чи клітин-мішеней, природно презентуючих пептид, секреція цитокінів, переважно гамма-інтерферону, ТМЕ-альфа або ІЛ-2, індукована пептидом, секреція ефекторних молекул, переважно гранзимів чи перфоринів, індукована пептидом, або дегрануляція.
Термін "пептид" використовується в цьому описі для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один 3 одним зазвичай пептидним зв'язком між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Бажано, щоб пептиди були довжиною у 9 амінокислот, але можуть бути такими короткими, як довжиною у 8 амінокислот, і такими довгими, як довжиною у 10, 11, 12 або 13 амінокислот або довше, а у випадку пептидів, що зв'язані з молекулами МНС І класу (подовжені варіанти пептидів за цим винаходом), вони можуть досягати такої довжини, як 14, 15, 16, 17, 18, 19 або 20 або більше амінокислот.
Термін "пептид" використовується також для позначення солей серії амінокислотних залишків, що з'єднані один 3 одним зазвичай пептидним зв'язком між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Переважно, щоб ці солі були фармацевтично прийнятними солями пептидів, наприклад, такими як хлорид або ацетат (трифторацетат). Треба зазначити, що солі пептидів за цим винаходом суттєво відрізняються від пептидів у їхньому стані іп мімо, оскільки пептиди не є солями іп мімо.
Термін "пептид" повинен також включати "олігопептид". Термін "олігопептид"
Зо використовується в цьому описі для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один з одним зазвичай пептидними зв'язками між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Довжина олігопептиду не є критичною для цього винаходу за умови, що він містить правильний епітоп чи епітопи. Олігопептиди зазвичай коротші, ніж довжиною близько амінокислотних залишків, і довші, ніж довжиною близько 15 амінокислотних залишків.
Термін "поліпептид" використовується для позначення серії амінокислотних залишків, що з'єднані один з одним зазвичай пептидними зв'язками між альфа-аміно та карбонільними групами сусідніх амінокислот. Довжина поліпептиду не є критичною для цього винаходу за умови, що він містить правильні епітопи. На відміну до термінів "пептид" і "олігопептид", під терміном "поліпептид" маються на увазі молекули, що містять більш ніж 30 амінокислотних залишків.
Пептид, олігопептид, білок або полінуклеотид, що кодує таку молекулу, має назву "Імуногенного" (і, отже, є ""імуногеном" в межах цього винаходу), якщо він здатний індукувати імунну відповідь. У межах цього винаходу імуногенність точніше визначається як здатність викликати відповідь Т-клітин. Отже, "іімуногеном" може бути молекула, яка здатна індукувати імунну відповідь, і що стосується цього винаходу, молекула, що здатна індукувати відповідь Т- клітин. В іншому аспекті імуноген може бути пептидом, комплексом пептиду з МНС, олігопептидом і/або білком, який використовується для продукції специфічних антитіл або ТКР проти нього. "Епітоп" І класу Т-клітини потребує короткого пептиду, який зв'язаний із рецептором молекули МН І класу, утворюючи потрійний комплекс (альфа-ланцюг молекули МН І класу, бета-2-мікроглобулін і пептид), який може розпізнаватися Т-клітиною, що несе відповідний Т- клітинний рецептор, який зв'язується із комплексом МНС/пептид із належної афінністю.
Пептиди, які зв'язані з молекулами МНе І класу, зазвичай мають довжину в 8-14 амінокислот, і, найбільш типово, довжину в 9 амінокислот.
У людини є три різні генетичні локуси, які кодують молекули МНС І класу (молекули МНС людини мають також визначаються як лейкоцитарні антигени людини (НГА)): НГА-А, НІ А-В і
НІГА-С. НІ А-А"О1, НІ А-А"О02 і НГ А-В"07 є прикладами різних алелів МНС І класу, які можуть експресуватися з цих локусів.
Таблиця 11. Частоти експресії Е для НІ А"АО2 і НІ А-А"24 і найбільш поширених серотипів 60 НГА-ОК. Частоти, отримані з частот виявлення гаплотипів Її серед населення США,
адаптовано з публікації Могі і співавт. (Могі еї аЇ., 1997) з використанням формули Харді-
Вайнберга: Е-1-(1-597. Комбінація А"02 або А"24 з певними алелями НІГ А-ОК внаслідок неврівноваженого зчеплення може бути збагаченою або збідненою у порівнянні з передбачуваною на основі індивідуальних частот виявлення. Докладну інформацію див. у СПапоск і співавт. (Спапоск еї а!., 2004). частоти алелів рвб |Європеоїднараса(ПівнчнаАмерика)ї 17777111 267961
ОВУ |Європеоїднараса(ПівнічнаАмерика)їд /-/-:// | 2196111
Овб 000 |Афроамериканці(ПівнчнаАмерика)д 17711111 3370961 рве |Афроамериканці(ПівнчнаАмерика)ї 17711111 580961
Вб 0 |Американцімонголоїдної раси (Північна Америка) | 25096
ВУ | Американцімонголоїдноїраси (Північна Америка) | 18,60956
Вб 0 |Латиноамериканці(ПівнічнаАмерика)д 17771111
Во |Латиноамериканці(ПівнічнаАмерика)д /-/://177777111 21
АТЯЮг 00 |Японіяд///777777777717171717171717111111111111111111111111111111111115996С1СС
ПЕ КТ: Т: ПОН НО У
ПЕРІ КІТ: ПН НО:
частоти алелів
Пептиди за винаходом, переважно якщо введені до складу вакцини за винаходом, як описано в цьому документі, зв'язуються з НІ А-А"02 і НІ А-А"24. Пептиди за винаходом, що зв'язуються з молекулами МН Ії класу, зв'язуються з декількома різними молекулами МНе Ії класу і називаються проміскуїтетними зв'язувачами (пептиди, що зв'язують універсально).
Вакцина може також містити пептиди, що універсально зв'язуються з молекулами МНС ІІ! класу.
Таким чином, вакцина за винаходом може застосовуватися для лікування раку у пацієнтів, що є
А"02- або А"24-позитивними, у той час як немає необхідності вибору алотипів МНС ЇЇ класу завдяки здатності цих пептидів до універсальності зв'язування.
Якщо пептиди за винаходом, що зв'язуються з А"02,, поєднати з пептидами за винаходом, які зв'язуються з А"24, лікуванню можна піддати більший відсоток будь-якої популяції пацієнтів, у порівнянні з охопленням пацієнтів, у яких кожний алель МНС І класу наявний окремо. У той час як у більшості популяцій менше ніж 50 95 пацієнтів може бути охоплено кожним алелем індивідуально, вакцина, що містить епітопи, рестриктовані за НІ А-А"24 і НІ А-А"02, дозволяє вакцинувати принаймні 60 9о пацієнтів у кожній відповідній популяції. Конкретно, наступні відсоткові долі пацієнтів будуть позитивними принаймні до одного з цих алелів у різних регіонах:
США - 61 95, Західна Європа - 62 95, Китай - 75 95, Південна Корея - 77 95, Японія - 86 95 (розраховано з даних улум.аПеІетедиепсіев.пед.
У переважному втіленні термін "нуклеотидна послідовність" стосується гетерополімеру дезоксирибонуклеотида.
Нуклеотидна послідовність, що кодує конкретний пептид, олігопептид або поліпептид, може зустрічатися в природі або може бути сконструйована синтетично. Загалом, сегменти ДНК, які кодують пептиди, поліпептиди та білки за цим винаходом, зібрані з фрагментів кКДНК їі коротких олігонуклеотидних лінкерів або з серії олігонулеотидів з утворенням синтетичного гена, що здатний експресуватися в рекомбінантній транскрипційній одиниці, що містить регуляторні елементи, які отримані з оперона мікроорганізму або вірусу.
Термін "нуклеотидне кодування пептиду" в контексті цього винаходу означає нуклеотидну послідовність, що кодує пептид, включаючи штучні (створені руками людини) старт- і стоп- кодони, сумісні з біологічною системою, якою ця послідовність буде експресуватися, наприклад, з дендритними клітинами або іншою системою клітин, застосовних для отримання ТКР.
Для цілей цього винаходу посилання на нуклеїново-кислотну послідовність означає як одноланцюгову, так і дволанцюгову нуклеїнову кислоту. Отже, наприклад, щодо ДНК, конкретна послідовність, якщо контекст на вказує на інше, відноситься до одноланцюгової ДНК такої послідовності, дуплекса такої послідовності з її комплементом (дволанцюгова ДНК), і комплементу такої послідовності.
Термін "кодуюча ділянка" відноситься до тієї частини гена, яка або природно, або нормально кодує продукт експресії цього гена в його природному геномному оточенні, тобто до ділянки, що кодує іп мімо природний продукт експресії гена.
Кодуюча ділянка може бути ділянкою немутованого ("нормального"), мутованого або зміненого гена, або навіть ділянкою послідовності ДНК або гена, повністю синтезованого в лабораторії з використанням методів, добре відомих фахівцям у галузі синтезу ДНК.
Термін "продукт експресії" означає поліпептид або білок, котрий є природним трансляційним продуктом гена та будь-якої нуклеїново-кислотної послідовності, що кодує еквіваленти, які є результатом виродження генетичного коду, і, таким чином, кодує ту ж амінокислоту (ті ж амінокислоти).
Термін "фрагмент", стосовно кодуючої послідовності, означає частину ДНК, яка містить менш ніж повну кодуючу ділянку, і продукт експресії якої зберігає по суті ту ж біологічну функцію чи активність, що й продукт експресії повної кодуючої ділянки.
Термін "сегмент ДНК" відноситься до полімеру ДНК у формі окремого фрагмента чи як компонент більшої конструкції ДНК, що одержаний з ДНК, виділеної принаймні один раз по суті в чистій формі, тобто без забруднюючих ендогенних матеріалів та в кількості чи концентрації, яка дає змогу ідентифікувати, виконувати маніпуляції та відновлювати сегмент і його складові нуклеотидні послідовності за допомогою стандартних біохімічних методів, наприклад, з використанням вектора клонування. Такі сегменти надаються у формі відкритої рамки зчитування, без порушень внутрішніми нетрансльованими послідовностями, чи інтронів, які зазвичай присутні в еукаріотичних генах. Послідовності нетрансльованих ДНК можуть бути присутні за відкритою рамкою зчитування, де вони не заважають маніпуляціям або експресії кодуючих ділянок.
Термін "праймер" означає коротку нуклеїново-кислотну послідовність, котра може бути спарена з одним ланцюгом ДНК та надає вільний З'ОН-кінець, на якому ДНК-полімераза починає синтез дезоксирибонуклеотидного ланцюга.
Термін "промотор" означає ділянку ДНК, яка бере участь у зв'язуванні РНК-полімерази для ініціації транскрипції.
Термін "виділений" означає, що матеріал видаляється зі свого первісного середовища (наприклад, природного середовища, якщо він має природне походження). Наприклад, існуючий у природі полінуклеотид чи поліпептид, присутній у живих тваринах, не є виділеним, але той самий полінуклеотид чи поліпептид, відокремлений від якихось чи всіх співіснуючих матеріалів в природній системі, є виділеним. Такі полінуклеотиди можуть бути часткою вектора, і (або) такі полінуклеотиди чи поліпептиди можуть становити частину композиції і все ж таки бути виділеними, якщо такий вектор чи композиція не є частиною свого природного середовища.
Ці полінуклеотиди та рекомбінантні чи імуногенні поліпептиди, розкриті відповідно до цього винаходу, також можуть бути в "очищеній" формі. Термін "очищений" не вимагає абсолютної чистоти; скоріше він має відносне значення та може включати препарати високого ступеню очищення або препарати, які тільки частково очищені, в тому сенсі, як спеціалісти в цій галузі розуміють такі терміни. Наприклад, окремі клони, виділені з бібліотеки кКДНК, були стандартним чином очищені до електрофоретичної однорідності. Очищення вихідного матеріалу чи природного матеріалу принаймні на порядок величини, переважно на два-три порядки, та більш переважно, на чотири-п'ять порядків величини, чітко передбачається в цьому винаході. Крім того, заявлений поліпептид, котрий має чистоту переважно в 99,999 95, або принаймні в 99,99 95 чи 99,9 9б; і навіть бажано 99 95 за масою чи більше, також чітко пропонується у винаході.
Нуклеїнові кислоти та поліпептиди як продукти експресі, що розкриваються відповідно до цього винаходу, а також вектори експресії, які містять такі нуклеїнові кислоти і (або) такі
Зо поліпептиди, можуть бути в "збагаченій формі". Термін "збагачений" в тому виді, в якому він використовується тут, означає, що концентрація матеріалу принаймні приблизно в 2, 5, 10, 100 або 1000 разів перевищує його природну концентрацію (наприклад), бажано 0,01 95, за масою, принаймні краще приблизно 0,195 за масою. Також маються на увазі збагачені препарати приблизно в 0,5 9, 1 У, 5 Уо, 10 95 та 20 95 за масою. Послідовності, конструкції, вектори, клони та інші матеріали, які складають цей винахід, можуть, що більш сприятливо, бути у збагаченій чи виділений формі. Термін "активний фрагмент" означає фрагмент, зазвичай пептиду, поліпептиду або нуклеїново-кислотної послідовності, що генерує імунну реакцію (тобто має імуногенну активність) при введенні індивідуально чи, необов'язково, з прийнятним ад'ювантом або у векторі, тварині, наприклад, ссавцю, такому як кролик чи миша, і також включаючи людину, до того ж така імунна реакція має вид стимуляції Т-клітинної відповіді у тварини- реципієнта, такої як людина. Альтернативно, "активний фрагмент" також може використовуватись для індукції Т-клітинної відповіді іп міго.
В цьому винаході терміни "частка", "сегмент" і "фрагмент", якщо вони використовуються по відношенню до поліпептидів, означають безперервну послідовність залишків, таких як амінокислотні залишки, причому ця послідовність утворює підгрупу більшої послідовності.
Наприклад, якщо поліпептид був підданий обробці будь-якою з типових ендопептидаз, таких як трипсин або хімотрипсин, олігопептиди, одержані в результаті такої обробки, будуть представляти частки, сегменти чи фрагменти початкового поліпептиду. Якщо такі терміни використовуються стосовно полінуклеотидів, вони означають продукти, одержані після обробки згаданих полінуклеотидів будь-якою з типових ендонуклеаз.
Відповідно до цього винаходу, термін "відсоткова ідентичність" або "відсоток ідентичності" відносно послідовності означає, що послідовність порівнюється із заявленою або описаною послідовністю після вирівнювання послідовності, яка порівнюється ("Послідовність, що порівнюється"), з описаною або заявленою послідовністю ("Контрольна послідовність").
Відсоткова ідентичність визначається відповідно до наведеної нижче формули:
Відсоткова ідентичність - 100 (1 - (С/А)) де С - кількість відмінностей між Контрольною послідовністю та Послідовністю, що порівнюється, на довжині вирівнювання між Контрольною послідовністю та Послідовністю, що порівнюється, де 60 () кожна основа чи амінокислота в Контрольній послідовності, котра не має відповідної вирівняної основи чи амінокислоти у Послідовності, що порівнюється, і (ії) кожний розрив у Контрольній послідовності та () кожна вирівняна основа чи амінокислота в Контрольній послідовності, котра не має відповідної вирівняної основи чи амінокислоти у Послідовності, що порівнюється, становить відмінність, і (ійї) вирівнювання повинне починатися з позиції 1 вирівняних послідовностей; і К є числом основ або амінокислот у Контрольній послідовності по довжині вирівнювання з
Послідовністю, що порівнюється, причому будь-який розрив, створений у Контрольній послідовності, також вважається основою або амінокислотою.
Якщо існує вирівнювання між Послідовністю, що порівнюється, та Контрольною послідовністю, для якої відсоткова ідентичність, що розрахована вище, є приблизно рівною чи більшою, ніж зазначена мінімальна Відсоткова ідентичність, то Послідовність, що порівнюється, має зазначену мінімальну відсоткову ідентичність до Контрольної послідовності, хоча можуть існувати вирівнювання, в яких розрахована, як описано вище, Відсоткова ідентичність є меншою, ніж зазначена Відсоткова ідентичність.
Як згадано вище, цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 110 або їхній варіант, який на 88 95 є гомологічним послідовностям від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЗЕО ІЮ МО: 110 або їхнього варіанту, який викликає перехресну реакцію Т-клітин із зазначеним пептидом. Пептиди за винаходом здатні зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини | класу, або подовжені версії згаданих пептидів - з молекулою ЇЇ класу.
У цьому винаході термін "гомологічний" означає ступінь ідентичності (див. "Відсоткова ідентичність" вище) послідовностей двох амінокислотних послідовностей, тобто пептидних або поліпептидних послідовностей. Згадана вище "гомологія" визначається порівнянням двох послідовностей, що були вирівняні в оптимальних умовах щодо послідовностей, які порівнюються. Таку гомологічність послідовностей можна розрахувати, створивши вирівнювання за допомогою, наприклад, алгоритму СіивіаіМУ. Загальнодоступне програмне забезпечення для аналізу послідовностей, більш конкретно, Месіог МТІ, СЕМЕТУХ або інші інструменти для аналізу можна знайти у базах даних у вільному доступі.
Зо Фахівець у цій галузі в змозі оцінити, чи будуть Т-клітини, індуковані варіантом конкретного пептиду, вступати в перехресну реакцію із самим пептидом (Аррау вї а!., 2006; Соіотрені еї аї., 2006; Бопа еї а!., 2001; 7агетрбва еї а!., 1997).
Під терміном "варіант" даної амінокислотної послідовності автори винаходу мають на увазі, що бокові ланцюги, наприклад, одного чи двох амінокислотних залишків змінюються (зокрема, шляхом заміни їх боковим ланцюгом залишку іншої природно існуючої амінокислоти чи якимось іншим боковим ланцюгом) таким чином, що пептид все ще здатний зв'язуватися з молекулою
НГА, по суті, у такий же спосіб, як і пептид, що складається з даної амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІО МО: 110. Наприклад, пептид може бути модифікований так, що він буде принаймні зберігати, чи навіть поліпшувати, здатність взаємодіяти та зв'язуватися зі зв'язувальною щілиною прийнятної молекули МНС, такої як НІ А-А"02 або -ОЕК, і у такий спосіб принаймні зберігати чи навіть поліпшувати здатність зв'язуватися з ТКР активованих Т-клітин.
Ці Т-клітини можуть згодом вступати в перехресну реакцію із клітинами і знищувати клітини, які експресують поліпептид, що містить природну амінокислотну послідовність спорідненого пептиду як визначено в аспектах цього винаходу. Як можна дізнатися з наукових публікацій і баз даних (ВНаттепзев вї аї., 1999; СюакКіп еї а!., 1997), окремі позиції пептидів, що зв'язують НГА, є типово якірними залишками, які формують ключову послідовність, що відповідає зв'язувальному мотиву рецептора НІА, який визначається полярністю, електрофізичними, гідрофобними властивостями і просторовою структурою поліпептидних ланцюгів, що утворюють зв'язувальну щілину. Отже, фахівець у цій галузі зможе модифікувати амінокислотну
БО послідовність від 5ЕО ІЮ МО: 1 до ЗЕО ІЮО МО 110, зберігаючи відомі якірні залишки, і буде здатний визначити, чи зберігають такі варіанти здатність зв'язувати молекули МНС |І або І класу. Варіанти за цим винаходом зберігають здатність зв'язуватися з ТКР активованої Т- клітини, який потім може вступати в перехресну реакцію з- і знищувати клітини, які експресують поліпептид, що містить природну амінокислотну послідовність спорідненого пептиду як визначено в аспектах винаходу.
Первісні (немодифіковані) пептиди, що розкриваються в цьому винаході, можуть модифікуватися заміщенням одного чи кількох залишків на різних, можливо, селективних, ділянках пептидного ланцюга, якщо не зазначено інакше. Переважно, щоб ці заміщення знаходилися на кінці амінокислотного ланцюга. Такі заміщення можуть бути консервативного бо характеру, наприклад, коли одна амінокислота замінюється амінокислотою подібної структури та характеристик, наприклад, коли гідрофобна амінокислота замінюється іншою гідрофобною амінокислотою. Навіть більш консервативною буде заміна амінокислот такого ж чи подібного розміру та хімічного характеру, наприклад, коли лейцин замінюється на ізолейцин. В дослідженнях варіацій послідовностей в сімействах природних гомологічних білків певні амінокислотні заміщення допускаються частіше, ніж інші, ії вони часто демонструють кореляцію зі схожістю за розміром, зарядом, полярністю та гідрофобністю між первісною амінокислотою та її заміною, і це є основою для визначення "консервативних заміщень".
Консервативні заміщення визначаються в цьому документі як обмін в межах однієї з наведених нижче п'яти груп: група 1 - малі аліфатичні, неполярні чи слабо полярні залишки (Аа, зег, Тпг, Рго, Су); група 2 - полярні, негативно заряджені залишки та їх аміди (А5р, Авп,
Сім, СІп); група З - полярні, позитивно заряджені залишки (Ні, Аго, І уз); група 4 - великі аліфатичні неполярні залишки (Меї, Геи, Пе, Маї, Сув); та група 5 - великі ароматичні залишки (Ре, Тут, Пр).
Менш консервативні заміщення можуть включати заміну однієї амінокислоти іншою, котра має подібні характеристики, але дещо відрізняється за розміром, наприклад, заміна аланіну залишком ізолейцину. Високо-неконсервативні заміни можуть включати заміщення кислої амінокислоти полярною, або навіть такою, що є основною за своїм характером. Такі "радикальні" заміщення не можуть, однак, відхилятись як потенційно неефективні, оскільки їх хімічні наслідки не є повністю прогнозованими, та радикальні заміщення також можуть несподівано призвести до сприятливих ефектів, які неможливо передбачити за простими хімічними принципами.
Звичайно, такі заміщення можуть включати структури, що відрізняються від звичайних | - амінокислот. Отже, Ю-амінокислоти можуть заміщуватися І-амінокислотами, котрі зазвичай виявляються в антигенних пептидах цього винаходу та все ж охоплюються розкриттям в ньому.
Крім того, нестандартні амінокислоти (тобто інші, ніж стандартні амінокислоти природних білків), також можуть використовуватись для заміщення з метою отримання імуногенів та імуногенних поліпептидів відповідно до цього винаходу.
Якщо виявляється, що заміщення в більш ніж одній позиції приводять до утворення пептиду по суті з еквівалентною чи більшою антигенною активністю, як визначено нижче, тоді комбінації
Зо цих заміщень будуть досліджуватись з метою визначення, чи мають комбіновані заміщення додатковий чи синергічний вплив на антигенність пептиду. Як правило, в пептиді замінюються одночасно не більш ніж чотири позиції.
Пептид, що по суті складається з амінокислотної послідовності як зазначено у цьому документі, може мати одну або дві неякірні амінокислоти (див. нижче пояснення щодо якірного мотиву), що були замінені без того, щоб здатність пептиду зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або Ії класу суттєво змінилася або піддалася негативному впливу у порівнянні з немодифікованим пептидом. У іншому пептиді, що складається або по суті складається з цієї амінокислотної послідовності як зазначено у цьому документі, одна або дві амінокислоти можуть бути замінені партнерами по консервативній заміні (також див. нижче у цьому документі) без того, щоб здатність пептиду зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або І класу суттєво змінилася або піддалася негативному впливу у порівнянні з немодифікованим пептидом.
Ті амінокислотні залишки, що не є суттєвими для взаємодії з Т-клітинним рецептором, можуть бути модифіковані шляхом заміни іншою амінокислотою, введення якої не має суттєвого впливу на реактивність Т-клітин та не виключає зв'язування із відповідним МНС. Отже, за винятком зазначеної умови, пептид за винаходом може бути будь-яким пептидом (до цього терміну автори винаходу відносять олігопептид чи поліпептид), котрий включає амінокислотні послідовності або їхню частину чи її варіант, як він є.
Таблиця 12
Переважні варіанти і мотив пептидів, що зв'язують НІ А-А"02, відповідно до 5ЕО ІЮ МО: 1,214
Позиця. | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 59
ЗОВ! ІК | (1 Р М |! ЇМ 4 м шими а а а По Я ПО ПО Ж ПО шими а а а По Я ПО ПО КТ шили а а а о Я ПО ПО МОН м пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ НО Ж НО пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ ОХ КТ пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ ОХ МОН
ЛА 11Г1ГТ1Т пи те а Я ПО ПО ПО ПО Ж НО пи те п Я ПО ПО ОО ПО КТ пи т а Я ПО ПО ОО ПО МОН
Варіант пили КТ я Я ПОЛЯ ПОН КОНЯ ПО КОХ пили КТ я Я ПО ПОН ПООЯ ПО Ж ОХ пили КТ я Я ПОЛЯ ПОООНЯ КОНЯ ПОХНЯ КТДИ пили КТ я Я ПО ПОН ПООНЯ ПОХХ М ЧОН пи ко я Я ПО ПОЛЯ ПООНЯ ПОХХ КОХО пи ко я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО Ж НО пи ко я Я ПОЛЯ ПОЛЯ ПООНЯ ПОХЯ КТДИ пи ки я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО МОН пи Ге Я Я ПО ПОООНЯ КОНЯ ПОХХ КОХ пи Ге я Я ПО ПОН ПООЯ ПО К НОХ пи Ге Я Я ПО ПООООНЯ КОНЯ ПОХНЯ КТДИ пили Ге ПО Я ПОН ПОООНЯ КОНЯ ОХ МОН
Позиця | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 5 502 || 01 (Р М ФА п м (с шили а а а о Я ПО ПО БУХ шили а а а о Я ПО ПО Ж ПО шили а а а о Я ПО ПО КСО пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ НО БУХ пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ НО Ж ОХ м пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ ОХ МОН пи те а Я ПО ПО ПО ПО БУХ пи те а Я ПО ПО ПО ПО Ж НО пи те п Я ПО ПО ОО ПО КО пи т а Я ПО ПО ОО ПО МОН
Варіант и мМ пили КТ я Я ПО ПОН ПООЯ ПО Ж НО пили КТ я Я ПОЛЯ ПОН КОНЯ ПО КОХ пили КТ я Я ПО ПОН ПООНЯ ПОХХ М ЧОН мМ пи ко я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО Ж НО пи ко я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО КОХ пи ки я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО МОН пи Ге я Я ПО ПОН ПООЯ ПОя БУХ пи Ге я Я ПО ПОН ПООЯ ПО К НОХ пи Ге ПО Я ПО ПОООНЯ КОНЯ ПО КОХ 3191 ї1171777717177777171711117171117171111 А
Позиця. | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 59
ЗЕОІЮЯ (є ЇМ (є |5 0 |Р |М 5 Її пили Ге Я Я ПОН ПОН КОНЯ ОХ КОХ пили Ге Я Я ПОЛЯ ПОН КОНЯ ПО Ж НО пили Ге Я ПНЯ ПОЛЯ ПОН КОНЯ ОХ КТ пи Ге Я Я ПОЛЯ ПОН КОНЯ ОХ МОН м пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ НО Ж НО пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ ОХ КТ пили ГТ Я Я ПОН ПОН КОНЯ ОХ МОН
ЛА 11Г1ГТ1Т пи те а Я ПО ПО ПО ПО Ж НО пи те п Я ПО ПО ОО ПО КТ
Варіант пи т а Я ПО ПО ОО ПО МОН шили а а а о Я ПО ПО Ж ПО шими а а а По Я ПО ПО КТ шими а а а По Я ПО ПО МОН пи ко я Я ПО ПОЛЯ ПООНЯ ПОХХ КОХО пи ко я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО Ж НО пи ко я Я ПОЛЯ ПОЛЯ ПООНЯ ПОХЯ КТДИ пи ки я Я ПО ПОЛЯ ОО ПО МОН пи Ге Я Я ПО ПОООНЯ КОНЯ ПОХХ КОХ пи Ге я Я ПО ПОН ПООЯ ПО К НОХ пи Ге Я Я ПО ПООООНЯ КОНЯ ПОХНЯ КТДИ 3191 ї1171777717177777171711117171117171111 А
Таблиця 128
Переважні варіанти і мотив пептидів, що зв'язують НІ А-А"02, відповідно до ЗЕО ІЮО МО: 13
Позиця | 1 | 2 | З | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | з
ЗЕОІЮІЗ (є | с (0 (64 |(5 А
Варант//////// ЇЇ ЇМ пило и а я п ПНЯ ПО ПО КОХ КП 111 ім М ім ім ім 11111111 їА пило и ТВ Я По ПО ПОЛЯ ПО КОХ БО пило и ТВ Я По ПО ПОЛОН ПОН КОХ КП пило и ТВ Я По ПО ПОЛОН ПОН КОХ НО
ГА 111171 Г11171Г1117111711111711117 А
М пед І БТ Я ПО ПО ПОЛОН ПОН КОХ КП пед І БТ Я ПО ПОЯ ПОЛОН ПОН КОХ НО
Мт 11 їА
М недо і Ел Я ПОЯ ПОЯ ПОЛОН ПОН КОХ КП недо і Ел Я ПОЯ ПОЯ ПОЛОН ПОН КОХ НО г 111
М пед І Ге Я ПОЛЯ ПОЛЯ ПОЛОН ПОН КОХ КП пед І Ге Я ПОЛЯ ПОЛЯ ПОЛОН ПОН КОХ НО о 11111111 їА
Таблиця 5
Переважні варіанти і мотив пептидів, що зв'язують НІ А-А"24, відповідно до ЗЕО ІО МО: 23, 24 ї 25
Позиця | 1 | 2 | з | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | тло | " 5ЗЕОІр2гз ЇМ М | |5 м 0 | Р 0 (Кк (в пи п я ПЯ ПО ПОЛЯ КОНЯ ПОЛОН КОНЯ КОНЯ Ж ПОН ни п я Я ПО ПНЯ КОНЯ ПОЛОН КОНЯ КОНЯ КЕ
Варіант ЕЕ 1711
ЕЕ 17 ГГ
ЕС
Позиця | 1 / 2 | З | 4 / 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | ло | " 5ЗЕОІ024 |М М |Р |К 5 | (Ін 5 | ЇЇ Її пи п я ПНЯ ПО ПОЛЯ КОНЯ ПОЛОН КОНЯ НОЯ НОЯ ни п я Я ПО ПНЯ КОНЯ ПОЛОН КОНЯ НОЯ НОЯ
Варіант 34Е 171 34Е 17 ГГ
ЕС
Позиця | 1 2 | З | 4 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | ло | " 5ЗЕОІр25 | є |М (0 6 |н 07 (є Її Її гг пи ли п Я ПО ПНЯ ПОН ПОЛОН КН НОЯ НОЯ
Варіант ни ли п Я ПО ПНЯ КОНЯ ПОЛОН КОНЯ НОЯ НОЯ ни п я Я ПО ПНЯ КОНЯ ПОЛОН КОНЯ НОЯ НОЯ пи п я ПЯ ПО КОХ НОЯ ПОН КО НОЯ НОЯ
Більш довгі (подовжені) пептиди також можуть бути придатними. Також можливо, щоб епітопи комплексу МНС | класу, хоча вони мають зазвичай довжину 8-11 амінокислот, утворювались шляхом процесингу з більш довгих пептидів чи білків, які включають фактичний епітоп. Бажано, щоби бокові залишки фактичного епітопу не завдавали значного впливу на протеолітичне розщеплення, необхідне для презентації фактичного епітопу під час процесингу.
Пептиди за цим винаходом можуть бути подовжені аж до чотирьох амінокислот, тобто 1, 2, З або 4 амінокислоти можуть біти додані до будь-якого кінця у будь-якій комбінації між 4:0 і 04.
Комбінації подовжень за цим винаходом можуть бути проілюстровані у Таблиця.
Таблиця 14
Комбінації подовжень пептидів за винаходом а 01111111 б,абої,абог,абоЗ,абод4../-/-://:ЗО а 01111111 б, абої,абог,абоЗ,абод4../-/:///:ЗО
Амінокислотами для подовжень/елонгацій можуть бути пептиди вихідної послідовності білка або будь-яка інша амінокислота. Подовження може використовуватися для підвищення стабільності або розчинності пептидів.
Отже, епітопи відповідно цього винаходу можуть бути ідентичними природним пухлино- асоційованим та пухлино-специфічним епітопам або можуть включати епітопи, які відрізняються не більше ніж на чотири залишки від контрольного пептиду, за умови, що вони мають по суті ідентичну антигенну активність.
У альтернативному втіленні пептид є подовженим з одного боку або з обох боків на більш ніж 4 амінокислоти, переважно до загальної довжини до 30 амінокислот Це може привести до утворення пептидів, що зв'язують МНС І класу. Зв'язування з МНС ІІ класу може бути перевірене методами, відомими в цій галузі.
Відповідно, за цим винаходом також пропонуються пептидні епітопи і епітопи пептидних варіантів, що зв'язуються з молекулами МНС І класу, де згаданий пептид або його варіант має загальну довжину від 8 до 100, переважно від 8 до 30, та найбільш переважно від 8 до 14, а саме 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 амінокислот, а у випадку подовжених пептидів, що зв'язуються з молекулами НГА ЇЇ класу, вони можуть також досягати довжини 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 або 22 амінокислоти.
Зрозуміло, що пептид або його варіант за цим винаходом здатний зв'язуватися з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або ІІ класу. Зв'язування пептиду або його варіанту з комплексом МНС може бути досліджено методами, відомими в цій галузі.
Переважно, коли Т-клітини, специфічні по відношенню до пептиду за цим винаходом, досліджують у порівнянні із заміщеними пептидами, причому концентрація пептиду, за якої заміщені пептиди досягають половини максимального росту лізису відносно фонових значень, є не більше ніж 1 мМ, переважно не більше ніж 1 мкМ, ще більш переважно не більше ніж приблизно 1 НМ, і ще більш переважно не більше ніж приблизно 100 пМ, і найбільш переважно не більше ніж приблизно 10 пМ. Переважно також, щоб заміщений пептид розпізнавався Т- клітинами, отриманими від більш ніж однієї особи, принаймні двох, і більш переважно трьох осіб.
У особливо переважному втіленні цього винаходу пептид складається або по суті складається з амінокислотної послідовності від «ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110. "По суті складається 3" означає, що пептид за винаходом, на додаток до послідовності відповідно до будь якої послідовності від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮО МО: 110, чи його варіант, містить додаткові М- і (або) С-термінальні фрагменти послідовності амінокислот, які не обов'язково формують частину пептиду, що функціонує як епітоп для молекул МНС.
Зо Проте ці фрагменти можуть бути важливими для забезпечення ефективного введення пептиду відповідно до цього винаходу в клітини. В одному з втілень цього винаходу пептид є частиною гібридного білка, який містить, наприклад, 80 М-термінальних амінокислот НІ А-ОВ- антиген-асоційованого інваріантного ланцюга (р33, надалі "Ії"), одержаного з МСВІ, інвентарний номер в генному банку (СепВапкК) Х00497. У інших злиттях пептиди за цим винаходом можуть бути злиті з антитілом, як описано в цьому документі, або з його функціональною частиною, зокрема з послідовністю антитіла, щоби бути специфічно націленими згаданими антитілами, або, наприклад, злиті з антитілом або з послідовністю антитіла, що є специфічним до дендритних клітин, як описано в цьому документі.
Крім того, пептид чи його варіант може бути додатково модифікований для поліпшення його стабільності і (або) зв'язку з молекулами МНС, щоб викликати сильнішу імунну відповідь.
Методи такої оптимізації пептидної послідовності добре відомі в цій галузі та включають, наприклад, введення реверсованих пептидних зв'язків чи непептидних зв'язків.
В реверсованому пептидному зв'язку амінокислотні залишки не з'єднуються пептидними зв'язками (-СО-МН-), а пептидний зв'язок реверсується. Такі ретро-інверсивні пептидні міметики можуть бути отримані методами, відомими в даній галузі, наприклад, описаними в роботі
Мелієге і співавт. (1997) (Ме?івге еї а!., 1997), яка включена в цей документ шляхом посилання
Такий підхід включає формування псевдо-пептидів, які містять зміни із залученням остова, а не орієнтації бокових ланцюгів. Автори Ме?іеге і співавт. (Ме?ієге еї аї., 1997) показують, що для зв'язування МНС і відповіді Т-клітин-хелперів зазначені псевдо-пептиди є прийнятними. Ретро- інверсивні пептиди, які містять зв'язки МН-СО замість пептидних зв'язків СО-МН, набагато більш стійкі до протеолізу.
Непептидний зв'язок - це, наприклад, -СН2-МН, -СНе5-, -СНаСНе-, -«СН-СН-, -СОСН»-, -
СнН(ОН)СН»- та -СНг5О-. У патенті США 4 897 445 пропонується метод твердофазного синтезу непептидних зв'язків (-СН2-МН) в поліпептидних ланцюгах, що включає поліпептиди, синтезовані за допомогою стандартних методик, та непептидний зв'язок, синтезований шляхом реакції аміноальдегіду та амінокислоти в присутності МасСМВН»з.
Пептиди, що включають послідовності, описані вище, можуть бути синтезовані з додатковими хімічними групами, присутніми на їхніх аміно- і (або) карбоксильних кінцях, для посилення стабільності, біологічної доступності і (або) афінності пептидів. Наприклад, 60 гідрофобні групи, такі як карбобензоксильні, данзильні чи трет-бутилоксикарбонільні, можуть додаватися до аміно-кінців пептидів. Подібним чином, на аміно-кінцях пептидів може розміщуватись ацетильна група чи 9-флуоренілметоксикарбонільна група. До карбоксильних кінців пептидів може бути додана також гідрофобна група, трет-бутилоксикарбонільна чи амідо- група.
Крім того, пептиди за винаходом можуть бути синтезовані для зміни їхньої просторової конфігурації. Наприклад, може використовуватися О-ізомер одного чи кількох амінокислотних залишків пептиду, а не звичайний І-ізомер. До того ж, принаймні один з амінокислотних залишків пептидів за винаходом може замінюватись одним з добре відомих амінокислотних залишків неприродного походження. Такі заміни можуть служити для підвищення стабільності, біологічної доступності і (або) здатності до зв'язування пептидів за винаходом.
Подібним чином, пептид чи його варіант за винаходом може модифікуватися хімічно, шляхом реакції окремих амінокислот до чи після синтезу пептиду. Приклади таких модифікацій добре відомі в цій галузі та узагальнені, зокрема, в роботі К. І ипабіад, Спетіса! Кеадепів ог
Ргоївіп Моаіїісайоп, За еа. САС Ргев5, 2004 (І ипаріад, 2004), яка включена в цей документ шляхом посилання. Хімічна модифікація амінокислот включає, але не обмежується ними, модифікацію шляхом ацилювання, амідинування, піридоксилювання лізину, відновлювального алкілування, тринітробензилювання аміногруп 2,4,6-тринітробензолсульфоновою кислотою (ТМВ5), амідну модифікацію карбоксильних груп та сульфгідрильну модифікацію шляхом окиснення пермурашиною кислотою цистеїну в цистеїнову кислоту, формування похідних ртуті, утворення змішаних дисульфідів з іншими тіольними сполуками, реакцію з імідом малеїнової кислоти, карбоксиметилювання йодоцтовою кислотою чи йодацетамідом та карбамоїлування ціанатом при лужному рнН, хоча способи модифікації не обмежуються наведеними тут. В цьому відношенні досвідчений фахівець може звернутися до Глави 15 публікації Ситепі Ргоїосої5 Іп
Ргоївіп бсіепсе, Ед5. Соїїдап еї аї. (ойп Уміеу апа 5оп5 МУ 1995-2000) (Соїїдап еї а!., 1995), де докладно описано методику відносно хімічної модифікації білків.
Стисло, модифікація, наприклад, аргінільних залишків часто базується на реакції віцинальних дикарбонільних сполук, таких як фенілгліоксаль, 2,3-бутандіон і 1,2- циклогександіон, з утворенням адукту. Іншим прикладом є реакція метилгліоксалю з аргініновими залишками. Цистеїн може бути модифікований без супутньої модифікації інших
Зо нуклеофільних сайтів, таких як лізин та гістидин. В результаті велика кількість реагентів є доступною для модифікації цистеїну. Веб-сайти таких компаній, як Зідта-Аїагісн (перулумли.відта-аїІагісп.сот), надають інформацію щодо конкретних реагентів.
Селективне відновлення дисульфідних зв'язків також є поширеним. Дисульфідні зв'язки можуть утворюватися і окислюватися під час теплової обробки біофармацевтичних препаратів.
К-реагент Вудворда може використовуватися для модифікації деяких залишків глутамінової кислоти. М-(З-диметиламінопропіл)-М'-етилкарбодіїмід може використовуватися для утворення внутрішньомолекулярних зшивок між залишками лізину і глутамінової кислоти. Наприклад, діетилпірокарбонат є реагентом для модифікації гістидильних залишків у білках. Для модифікації гістидину може також використовуватися 4-гідрокси-2-ноненаль. Реакція залишків лізину та інших альфа-аміногруп є, наприклад, прийнятною для зв'язування пептидів з поверхнями або поперечного зшивання білків/лпептидів. Лізин є сайтом для прикріплення поліетиленглікюлю і головним сайтом модифікації при глікозилюванні білків. Метіонінові залишки у білках можна модифікувати, наприклад, йодацетамідом, брометиламіном і хлораміном Т.
Тетранітрометан і М-ацетилімідазол можуть використовуватися для модифікації тирозильних залишків. Поперечне зшивання шляхом утворення дитирозину може здійснюватися пероксидом водню/іонами міді.
У недавніх дослідженнях модифікації триптофану використовувалися М-бромсукцинімід, 2- гідрокси-о-нітробензилбромід або 3-бром-3-метил-2-(2-нітрофенілмеркапто)-ЗН-індол.: (ВМРЗ- скатол).
Успішна модифікація ПЕГ (поліетиленгліколем) терапевтичних білків та пептидів, що часто асоціюється з подовженням напівперіоду циркуляції при перехресному зшиванні білків із глутаральдегідом, поліетиленглікольдіакрилатом та формальдегідом, використовується для приготування гідрогелів. Хімічна модифікація алергенів для використання в імунотерапії часто досягається шляхом карбамоїлування ціанатом калію.
Пептид чи його варіант, де пептид є модифікованим або включає непептидні зв'язки, є переважним втіленням цього винаходу. Загалом, пептиди і їх варіанти (принаймні такі, що містять пептидні зв'язки між амінокислотними залишками) можуть бути синтезовані Етос- поліамідним методом твердофазного синтезу пептидів, як це розкрито у роботі І иКах і співавт. бо (І иКаз еї аї., 1981) і в посиланнях, що є в ній. Тимчасовий захист М-аміногрупи забезпечується
9-флуоренілметилоксикарбонільною (Етос) групою. Повторювальне розщеплення цієї дуже нестійкої до дії луг захисної групи виконується за допомогою 2095 піперидину у М, М- диметилформаміді. Можна захистити функціональні групи бокових ланцюгів, такі як бутилові етери (у випадку серину, треоніну та тирозину), бутилові естери (у випадку глутамінової кислоти і аспарагінової кислоти), бутилоксикарбонільне похідне (у випадку лізину і гістидину), тритильне похідне (у випадку цистеїну) і 4-метокси-2,3,6-триметилбензосульфонільне похідне (у випадку аргініну). У сполуках, в яких С-термінальними залишками є глутамін або аспарагін, для захисту амідогруп бокових ланцюгів використовують 4,4"-диметоксибензгідрильну групу. Основою твердофазного носія є полідиметилакриламідний полімер, що складається з трьох мономерів: диметилакриламіду (каркасний мономер), біс-акрилоїлетилендіаміну (компонент для перехресного зшивання) і акрилоїлсаркозинметилового естеру (функціоналізуючий агент). Як агент, що утворює зв'язок пептиду і смоли, який піддається розщепленню, використовується нестійке до дії кислот похідне 4-гідроксиметилфеноксиоцтової кислоти. Всі амінокислотні похідні додають у вигляді заздалегідь синтезованих симетричних ангідридних похідних за винятком аспарагіну і глутаміну, які додають з використанням зворотної М, М-дициклогексилкарбодіїмід/1- гідроксибезотриазол-опосередкованої реакції сполучення. Усі реакції сполучення і зняття захисту відслідковували за допомогою методів контролю з використанням нінгідрину, тринітробензолсульфонової кислоти і ізотину. Після завершення синтезу пептиди відщеплюють від смоли-носія з супутнім видаленням захисних груп бокових ланцюгів шляхом обробки 95 95 трифтороцтовою кислотою, що містить 50 9о суміші поглиначів. Зазвичай використовувані поглиначі включають етандитіол, фенол, анізол і воду, конкретний вибір залежить від амінокислотних складових пептиду, що синтезується. Для синтезу пептидів можливе також використання комбінації твердофазних і рідкофазних методик (див., наприклад (Вгискаопег єї а!., 2004), і посилання, наведені в цій роботі).
Трифтороцтову кислоту видаляють випаровуванням у вакуумі з подальшим подрібнюванням із діетиловим етером, що забезпечує отримання сирого пептиду. Будь-які поглиначі, які присутні в матеріалі, видаляються простою процедурою екстракції, яка після ліофілізації водної фази дозволяє отримати сирий пептид, вільний від поглиначів. Реагенти для синтезу пептидів, як правило, можна придбати, наприклад, у компанії Саібіоспет-Момабріоспет (Нотінггем, Велика
Зо Британія).
Очищення може виконуватися за допомогою одного будь-якого методу або їх комбінації, таких як перекристалізація, ексклюзійна хроматографія, іонообмінна хроматографія, хроматографія гідрофобної взаємодії та (зазвичай) зворотно-фазова високоефективна рідинна хроматографія із градієнтним розділенням, наприклад, з використанням системи ацетонітрил/вода.
Аналіз пептидів може виконуватися за допомогою тонкошарової хроматографії, електрофорезу, зокрема, капілярного електрофорезу, твердофазної екстракції (ТФЕ), зворотно- фазної високоефективної рідинної хроматографії, амінокислотного аналізу після кислотного гідролізу та мас-спектрометрії із бомбардуванням прискореними атомами (ЕАВ), а також мас- спектрометричного аналізу МАО та Е5І-О-ТОБЕ.
Щоб вибрати надмірно презентовані пептиди, розраховується профіль презентації, який дозволяє оцінити медіану презентації у зразку, а також варіацію повторних вимірювань.
Профіль зіставляє зразки досліджуваної пухлини з фоновим рівнем зразків нормальних тканин.
Кожний із цих профілів можна потім консолідувати у показник надмірної презентації, підрахувавши р-значення за допомогою лінійної моделі змішаних ефектів (Ріпнеїго еїаї.,2015), з поправкою на багаторазове тестування за методом оцінки долі хибних відхилень (Вепіатіпі апа Носпрего, 1995).
З метою ідентифікації і відносного кількісного визначення НІ А-лігандів методом мас- спектрометрії молекули НІГ А зразків тканин після шокової заморозки були очищені, і були виділені пептиди, що зв'язуються з молекулами НІ А. Виділені пептиди були розділені, а їх послідовності були ідентифіковані методом рідинної хроматографії і мас-спектрометрії (РХ-МС) у режимі реального часу з іонізацією у наноелектроспреї. Отримані пептидні послідовності були перевірені порівнянням шаблону фрагментації природних ТОМАР, записаного для зразків раку легенів (НДРЛ) (М-91 А"02-позитивний зразок і М-80 А"24-позитивних зразків), із шаблонами фрагментації відповідних синтетичних контрольних пептидів із ідентичними послідовностями.
Оскільки було безпосередньо виявлено, що пептиди є лігандами молекул НІ А на клітинах первинних пухлин, ці результати надали прямі докази природного процесингу і презентації ідентифікованих пептидів на тканинах первинних ракових пухлин, отриманих від 155 пацієнтів, хворих на рак легенів (НДРЛ). бо Патентовані інформаційні канали з наукової розробки ХРЕЕБІСЕМТФ м2.1 (див., наприклад,
заявку США 2013-0096016, яка таким чином включена в цей документ шляхом посилання в усій повноті) дозволяють ідентифікувати і виділяти відповідні кандидати у вакцини на базі надмірно презентованих пептидів, застосовуючи метод прямого відносного кількісного визначення рівнів
НІГ А-рестриктованих пептидів на ракових тканинах у порівнянні з декількома різними нераковими тканинами і органами. Цього вдалося досягти за рахунок розробки методу диференційного кількісного визначення на основі даних РХ-МС без використання ізотопної мітки, що були оброблені патентованими інформаційними каналами аналізу даних, в яких об'єднані алгоритми для ідентифікації послідовностей, спектральної кластеризації, підрахунку іонів, вирівнювання часу утримання, деконволюції за зарядовими станами і нормалізації.
Були встановлені рівні презентації, включаючи оцінку похибок для кожного пептиду і зразка.
Були ідентифіковані пептиди, що презентуються виключно на пухлинних тканинах, і пептиди, надмірно презентовані на пухлинних тканинах у порівнянні з нераковими тканинами і органами.
Комплекси НГА-пептид, отримані із зразків первинних пухлин раку легенів (НДРЛ), очищували, і пептиди, зв'язані з молекулами НГА, були виділені і проаналізовані методом РХ-
МС (див. приклади). Усі ТОМАР, включені у цю заявку, були за допомогою цього підходу ідентифіковані на зразках тканин первинного раку легенів (НДРЛ), що підтвердило факт їх презентації на тканинах первинного раку легенів (НДРЛ).
Ідентифіковані на тканинах багатьох пухлин раку легенів (НДРЛ) і на нормальних тканинах
ТОМАР були кількісно визначені методом РХ-МС без застосування ізотопних міток з реєстрацією спектрів у режимі підрахунку іонів. Цей метод базується на припущенні, що площі піків РХ-МС пептиду корелюють з його кількістю у зразку. Усі сигнали, які залежать від кількості пептиду, у різних експериментах за методом РХ-МС, були нормалізовані на основі середніх значень, усереднені по зразках і злиті у гістограму, що має назву профілю презентації. Профіль презентації об'єднує дані різних методів аналізу, таких як пошук по базах даних для білків, спектральної кластеризації, деконволюції за зарядовими станами (розрядження) і вирівнювання часу утримання і нормалізації.
Крім того, патентовані інформаційні канали з наукової розробки ХРКЕБІОЕМТФ м2.х дозволяють провести пряме кількісне визначення абсолютних значень рівнів МНО-, переважно
НГА-рестриктованих пептидів на ракових та інших інфікованих тканинах. Стисло, загальне
Зо число клітин було розраховано з сумарного вмісту ДНК у зразку тканини, яку аналізують.
Загальну кількість пептиду для ТОМАР у зразку тканини вимірювали методом наноРх-МС/МС як співвідношення природного ТОМАР і відомої кількості версії ТОМАР із міченням ізотопом, так званим внутрішнім стандартом. Ефективність виділення ТОМАР була визначена методом введення стандартних добавок комплексів пептид-МНО всіх вибраних ТОМАР до тканинного лізату у найранішній можливій точці процедури виділення ТОМАР і визначенням методом наноРхХ-МС/МС, після чого відбувалося закінчення процедури виділення пептидів. Загальне число клітин їі загальна кількість пептиду були розраховані з результатів трьох паралельних вимірювань на кожний зразок тканини. Ефективності виділення конкретних пептидів розраховували як середнє 10 дослідів введення стандартних добавок, кожну у трьох паралельних вимірюваннях (див. приклади і Таблицю 22).
Предметом цього винаходу є пептиди для лікування раку та інших пухлин, переважно раку легенів, які надмірно чи виключно презентують пептиди за цим винаходом. Ці пептиди, за даними мас-спектрометрії, презентуються природно молекулами НІА на зразках тканин первинного раку легенів (НДРЛ) людини.
Багато вихідних генів/білків (які також визначаються як "повнорозмірний білок" або "базовий білок"), із яких отримані пептиди, як було показано, відзначаються високою надекспресією у клітинах раку у порівнянні з нормальними тканинами - "нормальні тканини" у контексті даного винаходу означає або клітини здорової легені, або клітини інших здорових тканин, що свідчить про високий ступінь зв'язку пухлин із вихідними генами (див. Приклад 2). Більш того, самі пептиди дуже надмірно презентуються на тканинах пухлини - "пухлинні тканини" у контексті даного винаходу означає зразок від пацієнта, що страждає на рак легенів (НДРЛ), але не на нормальних тканинах (див. Приклад 1).
Зв'язані з НГА пептиди можуть розпізнаватися імунною системою, а саме Т-лімфоцитами. Т- клітини можуть руйнувати клітини, що презентують розпізнаний комплекс НіА/пептид, наприклад, клітини раку легенів, що презентують отримані пептиди.
Було показано, що пептиди за цим винаходом здатні стимулювати відповідь Т-клітин і (або) надмірно презентуються, і, таким чином, можуть використовуватися для отримання антитіл і (або) ТКР, таких як розчинні ТКР за цим винаходом (див. Приклад 3, Приклад 4). Більш того, пептиди, якщо вони утворюють комплекси з відповідними молекулами МНС, також можуть бо використовуватися для продукції антитіл, які специфічно зв'язуються з їх фрагментами,
подібних до антитіл зв'язувачів і (або) ТКР, особливо рТІКР за цим винаходом. Відповідні способи добре відомі фахівцю у цій галузі, і їх описи можна знайти також у відповідній літературі. Отже, пептиди за цим винаходом можуть використовуватись для генерації імунної відповіді організму пацієнта, завдяки чому клітини пухлини можуть бути зруйновані. Імунна відповідь організму пацієнта може індукуватися прямим введенням пацієнту описаних пептидів або відповідних прекурсорних речовин (наприклад, подовжених пептидів, білків або нуклеїнових кислот, які кодують ці пептиди), ідеально в комбінації з агентом, що підвищує імунну реакцію (тобто ад'ювантом). Можна очікувати, що імунна відповідь, що виникає в результаті такої терапевтичної вакцинації, є високо специфічною по відношенню до клітин пухлини, оскільки цільові пептиди за цим винаходом не є присутніми на нормальних тканинах у достатній кількості копій, що попереджає ризик небажаних аутоїмунних реакцій проти нормальних клітин в організмі пацієнта.
У ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання розчинного Т-клітинного рецептора (рТКР), що розпізнає конкретний комплекс пептиду і МНС. Такі розчинні Т-клітинні рецептори можуть бути отримані зі специфічних клонів Т-клітин, і їх спорідненість можна підвищити мутагенезом, націленим на комплементарні детермінантні групи. З метою вибору Т- клітинних рецепторів може використовуватися метод фагового дисплея (Заявка США 2010/0113300, (ГПідау єї аїЇ., 2012)). З метою стабілізації Т-клітинних рецепторів у процесі фагового дисплея і у разі застосування як лікарського препарату альфа- і бета-ланцюги можуть бути зв'язані, наприклад, ненативними дисульфідними зв'язками, іншими ковалентними зв'язками (одноланцюговий Т-клітинний рецептор) або доменами димеризації (ВошНег єї аї., 2003; Сага єї аї!., 2004; М/йсох єї аїЇ., 1999). Т-клітинний рецептор може бути зв'язаний з токсинами, лікарськими препаратами, цитокінами (див., наприклад, заявку США 2013/0115191), доменами, що залучають ефекторні клітини, такі як домени антитіл проти СОЗ тощо, щоб виконувати конкретні функції на клітинах-мішенях. Більш того, він може експресуватися у Т- клітинах, що використовуються для адоптивного переносу. Додаткову інформацію можна знайти у заявках УМО 2004/033685А1 і УМО 2004/074322А1. Комбінація рРТКР описана у заявці УМО 2012/056407А1. Інші способи отримання розкриті у заявці МО 2013/057586А1. "Фармацевтична композиція" є композицією, прийнятною для введення людині у медичній
Зо установі. Переважно, фармацевтична композиція є стерильною і виробляється відповідно до вимог належної виробничої практики (ЗМР).
Фармацевтичні композиції включають пептиди або у вільній формі, або у формі фармацевтично прийнятної солі (див. також вище). Термін "фармацевтично прийнятна сіль" в контексті цього винаходу означає похідну сполуку розкритих пептидів, в якій пептид модифікується шляхом створення кислої чи основної солі речовини. Наприклад, кислі солі готуються з вільної основи (як правило, де нейтральна форма лікарського засобу має нейтральну -МН2-групу), за участю реакції з прийнятною кислотою. Прийнятні кислоти для приготування кислих солей включають органічні кислоти, такі, наприклад, як оцтова кислота, пропіонова кислота, гліколева кислота, піровиноградна кислота, щавлева кислота, яблучна кислота, малонова кислота, бурштинова кислота, малеїнова кислота, фумарова кислота, винна кислота, лимонна кислота, бензойна кислота, корична кислота, мигдальна кислота, метансульфокислота, етансульфокислота, п-толуолсульфокислота, саліцилова кислота і т. ін., а також неорганічні кислоти, наприклад, соляна кислота, бромистоводнева кислота, сірчана кислота, азотна кислота, фосфорна кислота і т. ін. | навпаки, приготування основних солей кислотних компонентів, які можуть бути присутніми на пептиді, здійснюється з використанням фармацевтично прийнятної основи, такої як гідроксид натрію, гідроксид калію, гідроксид амонію, гідроксид кальцію, триметиламін і тому подібні.
В особливо переважному втіленні фармацевтичні композиції містять пептиди у вигляді солей оцтової кислоти (ацетати), трифторацетатів або солей соляної кислоти (хлориди).
Переважно, лікарський засіб за цим винаходом є імунотерапевтичним препаратом, таким як вакцина. Вона може вводитися безпосередньо пацієнту, в уражений орган або системно в/ш, в/м, п/ш, в/ч і в/в, або вноситися ех мімо у клітини, отримані від пацієнта, чи у клітинну лінію людини, котрі згодом вводяться пацієнту, або використовуватись іп мйго для селекції субпопуляції з клітин імунної системи, які отримані від пацієнта і які потім знов вводяться йому.
Якщо нуклеїнова кислота вводиться у клітини іп міго, тоді може бути корисним, щоб клітини були трансфекованими, щоб спільно експресувати імуностимулюючі цитокіни, наприклад, інтерлейкін-2. Пептид може бути, по суті, чистим, або поєднаним з імуностимулюючим ад'ювантом (див. нижче), чи використовуватись в комбінації з імуностимулюючими цитокінами, або вводитися з належною системою доставки, наприклад, ліпосомами. Пептиди також можуть бо бути кон'юговані з належним носієм, таким як гемоціанін фісурели (КІН) або маннан (див.
патентну заявку УМО 95/18145 та роботу (І опдепескКег еї а!., 1993)). Пептид також може бути міченим або бути злитим білком чи гібридною молекулою. Очікується, що пептиди, послідовності яких наведені у цьому винаході, стимулюють СО4 або СО8 Т-клітини. Проте стимуляція СО8Т-клітин є більш ефективною за умови сприяння з боку СО4 Т-хелперних клітин.
Таким чином, для епітопів МНС І класу, які ссимулюють СО8 Т-клітини, партнер по злиттю або сегменти гібридної молекули принагідно постачають епітопи, які ссимулюють СО4-позитивні Т- клітини. СО4- ії СО8-стимулюючі епітопи добре відомі фахівцям в цій галузі і включають епітопи, ідентифіковані в цьому винаході.
Згідно з одним аспектом винаходу, вакцина містить принаймні один пептид, який має амінокислотну послідовність від хЕО ІЮО Мо. 1 до 5ЕО ІЮ Мо. 110, і принаймні один додатковий пептид, переважно, від двох до 50, більш переважно, від двох до 25, ще більш переважно, від двох до 20, і найбільш переважно, два, три, чотири, п'ять, шість, сім, вісім, дев'ять, десять, одинадцять, дванадцять, тринадцять, чотирнадцять, п'ятнадцять, шістнадцять, сімнадцять або вісімнадцять пептидів. Пептид(и) може (можуть) бути виділений (виділені) з одного або більшої кількості специфічних ТАА і може (можуть) зв'язатися з молекулами МН І класу.
Згідно з ще одним аспектом винаходу пропонується нуклеїнова кислота (наприклад, полінуклеотид), що кодує пептид чи його варіант за винаходом. Полінуклеотид може бути, наприклад, ДНК, кКДНК, ПНК, СНК, РНК чи їх комбінацією, як одноланцюговою, так і (або) дволанцюговою, або природними чи стабілізованими формами полінуклеотидів, такими як, наприклад, полінуклеотиди з фосфоротіоатним скелетом; він може містити або не містити інтрони, за умови, що він кодує пептид. Звичайно, що тільки пептиди, що містять природно існуючі амінокислотні залишки, з'єднані природно існуючими пептидними зв'язками, можуть бути кодовані полінуклеотидом. Згідно з ще одним аспектом цього винаходу, пропонується вектор експресії, здатний експресувати поліпептид відповідно до винаходу.
Було розроблено багато способів зв'язування полінуклеотидів, особливо ДНК, з векторами, наприклад, за допомогою комплементарних липких кінців. Наприклад, можуть бути додані комплементарні гомополімерні хвости до сегменту ДНК, щоб бути вставленими у вектор ДНК.
Цей вектор і сегмент ДНК потім з'єднують водневим зв'язком між комплементарними гомополімерними хвостами з утворенням молекул рекомбінантної ДНК.
Зо Синтетичні лінкери, що містять один або більше сайтів рестрикції, забезпечують альтернативний спосіб об'єднання фрагментів ДНК у вектори. Синтетичні лінкери, що містять різноманітні сайти впізнавання рестрикційних ендонуклеаз, комерційно доступні у декількох джерелах, включаючи компанію Іпіегпайопа! ВіосФесппоіодіеє Іпс., Нью Хейвен, Коннектикут,
США.
У бажаному методі модифікації ДНК, що кодує поліпептид за винаходом, використовується полімеразна ланцюгова реакція, як це розкрито у роботі ЗаїКі КК і співавт. (ЗаїКі єї аї!., 1988).
Цей метод може використовуватися для введення цієї ДНК у відповідний вектор, наприклад, шляхом створення відповідних сайтів рестрикції, або його можна застосовувати для модифікації
ДНК у інший прийнятний спосіб, відомий фахівцеві у цій галузі. Якщо використовуються вірусні вектори, переважними є вектори на основі поксвірусу або аденовірусу.
Ця ДНК (або, у випадку ретровірусного вектора, РНК) може потім експресуватися у відповідному організмі-хазяїні, утворюючи поліпептид, що містить пептид або чи його варіант за винаходом. Таким чином, ДНК, яка кодує пептид чи його варіант за винаходом, може використовуватися відповідно до відомих методик, належним чином модифікованих виходячи з ідей, розкритих у цьому описі, для конструювання вектора експресії, який після цього використовується для трансформації відповідних клітин-хазяїв таким чином, щоб вони набули здатність експресувати і виробляти пептиди за винаходом. Ці методики включають такі, що розкриті, наприклад, у патентах США 4 440 859, 4 530 901, 4 582800,4 677 063,4 678 751, 4 704 362, 4 710 463, 4 757 006, 4 76607514 810 648.
Ця ДНК (або, у випадку ретровірусного вектора, РНК), яка кодує поліпептид, що є предметом цього винаходу, може бути з'єднана з широким спектром інших послідовностей ДНК для введення у відповідну клітину-хазяїна. Ця супутня ДНК буде залежати від природи хазяїна, способу представлення ДНК хазяїну, і від того, необхідне утримання в епісомальній чи інтегрованій формі.
Зазвичай ДНК вставляється у вектор експресії, такий як плазміда, у належній орієнтації і коректній рамці зчитування для експресії. Якщо необхідно, ДНК може бути зв'язаною з відповідними нуклеотидними послідовностями, що забезпечують координацію транскрипції і трансляції, що розпізнаються бажаним хазяїном, хоча такі контрольні елементи зазвичай містяться у векторі експресії. Вектор згодом вводиться хазяїну із використанням стандартних 60 методик. Загалом, не всі хазяї трансформуються вектором. Отже, необхідно виділити трансформовані клітини-хазяї. Одна з методик виділення включає введення до складу вектора експресії такої послідовності ДНК із будь-якими необхідними контрольними елементами, яка кодує вибрану ознаку у трансформованій клітині, таку як резистентність до антибіотиків.
Як альтернатива, ген для такої вибраної ознаки може бути вбудованим в інший вектор, який використовується для спільної трансформації бажаної клітини-хазяїна.
Клітини-хазяї, які були трансформовані рекомбінантною РНК за винаходом, потім культивують протягом достатнього періоду часу у відповідних умовах, які відомі фахівцеві в цій галузі з точки зору ідей, розкритих тут, з метою дати можливість експресувати поліпептид, який потім може бути виділений.
Фахівцям відомі багато експресійних систем, включаючи бактерії (наприклад, Е. сої ії Васійи5 5,иБій5), дріжджі (наприклад, Засспаготусеб5 сегемізіає), міцеліальні гриби (наприклад,
АзрегодіНи5 5рес.), клітини рослин, тварин і комах. Переважно, система може бути клітинами ссавців, таких як клітини СНО, які комерційно доступні від Американської колекції типових культур АТСС.
Типова векторна плазміда клітин ссавців для конститутивної експресії включає вірус СММ або опромотор 5М40 з відповідним поліаденільним хвостом роїу(А)-їай і маркером резистентності, таким є неоміцин. Одним із прикладів є рем, доступний від компанії Рпагтасіа,
Піскатеуей, Нью-Джерсі, США. Прикладом вектора індуцибельної експресії у ссавців є рРМ5О, також доступний від компанії Рпагтасіа. Корисними є плазмідні вектори дріжджів рК5403-406 і рАб413-416, які доступні від компанії Зігаїадепе Сіопіпд Зузіет5, Ла Джола, Каліфорнія 92037,
США. Плазміди рКк5403, рК5404, рїК5405 і рК5406 є дріжджовими інтегруючими плазмідами (МІр) і включають дріжджові селективні маркери НІ5ЗЗ, ТКРІ, ГЕЦ2 ї ОКАЗ. Плазміди рК5413- 416 є дріжджовими плазмідами з центромерами (Уср). Вектори на базі промотору СММ (наприклад, від компанії бідта-АїЇдгісй) забезпечують тимчасову або стабільну експресію, цитоплазматичну експресію або секрецію і М-термінальне або С-термінальне мічення для різних комбінацій РГАС, ЗхХРГАС, с-тус або МАТ. Ці злиті білюи можна використовувати для виявлення, очищення і аналізу рекомбінантного білка. Злиття з використанням двох міток забезпечує гнучкість під час виявлення.
Сильна регуляторна область промотора цитомегаловірусу (СММ) людини підвищує рівні
Зо конститутивної експресії білка у клітинах лінії СО5 до таких високих значень, як 1 мг/л. У разі не таких активних ліній клітин рівні білка зазвичай становлять «0,1 мл/л. Присутність ділянки початку реплікації у фрагменті 5440 приводить до високих рівнів реплікації ДНК у пермісивних клітинах СО5. Вектори СМУ, наприклад, можуть містити РМВ1 (похідне рВК322) ділянку початку реплікації у клітинах бактерій, ген бета-лактамази для вибору резистентності бактерій до ампіциліну, роїу(А) гормону росту людини і ділянку початку реплікації 7. Вектори, що містять лідерну послідовність препротрипсину (РРТ), можуть направляти секрецію злитих білків БІ АС в культуральному середовищі на очищення антитіл проти ЕГАсС, смол і планшетів. Інші вектори і експресійні системи також добре відомі у цій галузі для використанні у багатьох клітинах- хазяїнах.
В іншому втіленні два або більше пептидів або варіантів пептидів за винаходом кодуються і, отже, експресуються послідовно (подібно до конструкцій "вузли на мотузці"). При цьому пептиди або варіанти пептидів можуть бути зв'язані або злиті одне з одним фрагментами лінкерних амінокислотних послідовностей, такими, наприклад, які ГГ І, або можуть зв'язатися без будь- яких додаткових пептидів між ними. Ці конструкції можуть також застосовуватися для терапії раку і можуть індукувати імунну відповідь за участі як молекул МНС І класу, так і МНС ІІ класу
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна, трансформованої полінуклеотидною векторною конструкцією за винаходом. Клітина-хазяїн може бути або прокаріотичною, або еукаріотичною. Бактеріальні клітини можуть бути переважно прокаріотичними клітинами- хазяїнами у деяких обставинах, а зазвичай це штам Е. соїї, такий як, наприклад, штам ОН5 Е. соїї, доступний від компанії Ве(пезаа Кезеагсі І арогайгіезх Іпс., Бетесда, Меріленд, США, і КК, доступний від Американської колекції типових культур АТСС, Роквіл, Меріленд, США (Номер
АТСС 31343). Переважні еукаріотичні клітини-хазяї включають клітини дріжджів, комах і ссавців, переважно клітини хребетних, такі як лінії фібробластних клітин і клітин товстої кишки від мишей, пацюків, мавп або людини. Дріжджові клітини-хазяї включають УРІН499, УРН5БОО і
УРН5БОЇ, які зазвичай доступні від компанії Зігаїадепе Сіопіпд Зузіет5, Ла Джола, 92037,
Каліфорнія, США. Переважні клітини-хазяї ссавців включають клітини яєчника китайського хом'яка (СНО), доступні як штам АТСС ССІ161, клітини ембріонів швейцарської миші штаму
МІН/ЗТЗ, доступні з колекції АТСС СК. 1658, клітини СО5-1 з нирок мавп, доступні з колекції
АТСС СНІ 1650 і клітини 293 нирок ембріонів людини. Переважними клітинами комах є клітини 60 59, що можуть бути трансфековані векторами експресії бациловірусу. Огляд публікацій щодо вибору відповідних клітин-хазяїв для експресії можна знайти, наприклад, у підручнику: Рашіпа
Ваїбазх апа Агодеїїа І огепсе "Меїпод» іп МоїІесшіаг Віоїюду Кесотбріпапі Сепе Ехргеззіоп, Кеміем/5 апа РгоїосоЇ5, " Рай Опе, Зесопа Еайайоп, ІЗ5ВМ 978-1-58829-262-9, і інших літературних джерелах, відомих фахівцю у цій галузі.
Трансформація відповідних клітин-хазяїв за допомогою ДНК-конструкції за цим винаходом здійснюється добре відомими методами, вибір яких, як правило, залежить від типу вектора, що використовується. Щодо трансформації прокаріотичних клітин-хазяїв див., наприклад, Сопеп і співавт. (СоНеп еї аї., 1972) і (Стеєп апа Затргоок, 2012). Трансформація дріжджових клітин описана в роботі Зпептап і співавт. (Зпептап єї аї., 1986). Також прийнятним є метод Ведо5 (Вед95, 1978). Щодо клітин хребетних, реагенти, придатні для трансфекції таких клітин, наприклад, фосфат кальцію і ДЕАЕ-декстран або ліпосомні препарати, доступні від компанії
Зігаїадепе Сіопіпд Зубіет5, або І їе Тесппоіодіе5 Іпс., Гейтерсберг, Меріленд 20877, США.
Електропорація також придатна для трансформації і (або) трансфекції клітин і відома в цій галузі як метод трансформації клітин дріжджів, клітин бактерій, клітин комах і клітин хребетних.
Успішно трансформовані клітини, наприклад, клітини, що містять ДНК-конструкцію за цим винаходом, можуть бути ідентифіковані добре відомими методами, такими як ПлР.
Альтернативно, присутність білка у супернатанті можна виявити за допомогою антитіл.
Зрозуміло, що певні клітини-хазяї за винаходом здатні синтезувати пептиди за винаходом, наприклад, клітини бактерій, дріжджів і комах. Проте в певних терапевтичних методах можуть використовуватися інші клітини-хазяї. Наприклад, антиген-презентуючі клітини, такі як дендритні клітини, можуть принагідно використовуватися, щоби експресувати пептиди за винаходом, які можуть бути навантажені на відповідні молекули МНС. Отже, цей винахід також стосується клітини-хазяїна, що містить нуклеїнову кислоту або вектор експресії за цим винаходом.
У переважному втіленні клітина-хазяїн є антиген-презентуючою клітиною, зокрема дендритною клітиною або антиген-презентуючою клітиною. Управління з контролю за харчовими продуктами та лікарськими засобами (ЕСА) США 29 квітня 2010 року схвалило застосування АПК, навантажених рекомбінантним злитим білком, що містить простатичну кислу фосфатазу (РАР), для лікування метастатичного НКРС (гормон-рефрактерного раку передміхурової залози), що протікає безсимптомно або з мінімально вираженими симптомами
Зо (сіпулейцел-Т) (Віпі єї а!., 2006; Зтаї! єї а!., 2006).
Згідно з ще одним аспектом винаходу пропонується спосіб отримання пептиду або його варіанту, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна і виділення пептиду з клітини- хазяїна або її культурального середовища.
В іншому втіленні пептид, нуклеїнова кислота або вектор експресії за винаходом застосовуються у медицині. Наприклад, пептид або його варіант може бути приготований для внутрішньовенного (в/в) введення, підшкірного (п/ш) введення, внутрішньошкірного (в/ш) введення, внутрішньочеревного (в/ч) введення, внутрішньом'язового (в/м) введення. Переважні способи введення пептиду - це п/ш, в/ш, в/ч, в/м і в/в. Переважними способами введення ДНК є в/ш, в/м, п/ш, в /ч ії в/в. Можуть вводитись дози від 50 мкг до 1,5 мг, переважно від 125 мкг до 500 мкг пептиду або ДНК залежно від відповідного пептиду чи ДНК. Дози в цьому діапазоні успішно використовувались в попередніх дослідженнях (Уаїег еї аї., 2012).
Полінуклеотид, що використовується для активної вакцинації, може бути по суті чистим або включеним в належний вектор чи в систему доставки. Нуклеїнова кислота може бути, наприклад, ДНК, кКДНК, ПНК, РНК чи їхньою комбінацією. Методи конструювання і введення такої нуклеїнової кислоти добре відомі фахівцям в цій галузі. Їх огляд наведений, наприклад, у роботі Тешеї! і співавт. (Тешєї єї а), 2005). Полінуклеотидні вакцини легко приготувати, але механізм дії цих векторів у виникненні імунної відповіді повністю не з'ясований. Прийнятні векторні системи і системи доставки включають вірусну ДНК і (або) РНК, такі як системи на базі аденовірусу, вірусу коров'ячої віспи, ретровірусу, вірусу герпесу, аденоасоційованого вірусу або гібридів, що містять елементи більш ніж одного вірусу. Невірусні системи доставки включають катіонні ліпіди та катіонні полімери, добре відомі в галузі засобів доставки ДНК. Також може використовуватись фізична доставка, наприклад, за допомогою "генної гармати". Пептид або пептиди, що кодуються нуклеїновою кислотою, може (можуть) бути злитим білком, наприклад, з епітопом, що стимулює Т-клітини щодо відповідних протилежних СОК, як відзначається вище.
Лікарський засіб за винаходом може також включати один або більше ад'ювантів. Ад'юванти є речовинами, які у неспецифічний спосіб підвищують або підсилюють імунну відповідь (наприклад, імунну відповідь на антиген, яку опосередкують СО8-позитивні Т-клітини і Т- хелпери (ТН), і, отже, можуть вважатися корисними для використання у лікарському засобі за винаходом. Відповідні адюванти включають, але не обмежуються ними, 1018 І55, солі 60 алюмінію, АМРІ ІМАХФ, А5ЗІ15, ВСО, СР-870,893, Сро7909, СуаА, азі ІМ, флагелін чи ліганди
ТІК5, які походять з флагеліну, ліганд ЕГТ3, ЗМ-С5Е, ІСЗО, ІСЗ1, іміквімод (АГОАКАФ), резиквімод, ІтигРасі ІМР321, інтерлейкіни, такі як ІЛ-2, ІЛ-13, ІЛ-21, інтерферон-альфа чи -бета, або їхні пегільовані похідні, І5 Раїсі, І55, ІЗСОМАТЕЇХ, імуностимулюючі комплекси ІЗСОМ,
УиміттипеФф, ГіромМас, МАГР2, МЕ59, монофосфориловий ліпід А, монтанід ІМ5 1312, монтанід
ІЗА 206, монтанід ІЗА 50У, монтанід ІЗА-51, емульсії "вода у маслі" та "масло у воді", ОК-432,
ОМ-174, ОМ-197-МР-ЕС, ОМТАК, О5рА, векторну систему Рертеїб, мікрочастинки на основі полілактиду когліколіду ІРІС| та декстрану, талактоферин, З5КІ172, віросоми та інші вірусоподібні частинки, ХЕ-170, МЕСЕ гар, К848, бета-глюкан, РатЗСув, стимулон 0521 Адиіїа, який виділяється з сапоніну, мікобактеріальні екстракти та синтетичні імітатори стінок бактеріальних клітин, а також інші патентовані ад'юванти, наприклад, Кіріє ЮОейох, ОицїЇ чи
Зирего5. Переважними є такі ад'юванти, як ад'ювант Фрейнда або СМ-С5Е. Декілька імунологічних ад'ювантів (наприклад, МЕ59), специфічних до дендритних клітин, та способи їх приготування були описані раніше (АїЇЇїзоп апа Киттвеї!, 1995). Також можуть застосовуватися цитокіни. Окремі цитокіни були прямо співвіднесені з впливом на міграцію дендритних клітин до лімфоїдних тканин (наприклад, ТМЕ-), прискорюючи дозрівання дендритних клітин до ефективних антиген-презентуючих клітин для Т-лімфоцитів (наприклад, З5М-С5Е, ІЛ-1 та ІЛ-4) (Патент США 5 849 589, конкретно включений в цей документ шляхом посилання в усій повноті) та діючі як імуноад'юванти (наприклад, ІЛ-12, ІЛ-15, ІЛ-23, ІЛ-7, ІФН-альфа, ІФН-бета) (Сабпоміснй єї а!., 1996).
Також доповідалося про те, що імуностимулюючі Сро-олігонуклеотиди посилюють ефект ад'ювантів у складі вакцин. Якщо не вдаватися у подробиці теорії, Сро-олігонуклеотиди діють шляхом активації природної (не здобутої) імунної системи за допомогою ТоїІ-подібних рецепторів (ТІК), переважно ТІКУ. Активація ТІКУ, ініційована Сро, посилює антиген- специфічні гуморальні та клітинні реакції на широкий спектр антигенів, включаючи пептидні чи білкові антигени, живі або знищені віруси, вакцини на основі дендритних клітин, аутологічні клітинні вакцини та полісахаридні кон'юЮгати як в профілактичних, так і в терапевтичних вакцинах. Важливішим є те, що посилюється визрівання та диференціація дендритних клітин, що в результаті збільшує активацію ТНІ-клітин та інтенсивну генерацію цитотоксичних Т- лімфоцитів (ЦТЛ) навіть за відсутності підтримки з боку СО4 Т-клітин. Активація ТНІ, індукована
Зо стимуляцією ТІ КУ, зберігається навіть у присутності вакцинних ад'ювантів, таких як галун чи неповний ад'ювант Фрейнда (ІРА), котрі зазвичай сприяють активації ТН2. СрОо-олігонуклеотиди демонструють навіть більшу ад'ювантну активність, коли переводяться в лікарську форму або вводяться разом з іншими ад'ювантами чи в таких формах, як мікрочастинки, наночастинки, ліпідні емульсії або подібні композиції, особливо необхідні для індукування сильної відповіді, коли антиген відносно слабкий. Вони також прискорюють імунну відповідь та дозволяють зменшити дози антигену приблизно на два порядки в порівнянні з відповідями антитіл на вакцину в повній дозі без Сро, як спостерігалося в деяких експериментах (Кгієд, 2006). У патенті США б 406 705 В1 описується комбіноване застосування Сро-олігонуклеотидів, ад'ювантів, що не містять нуклеїнові кислоти, та антигену для індукування антиген-специфічної імунної відповіді. Сро ТІ КУ-антагоністом є азіІМ (імуномодулятор із структурою типу дволанцюжкове стебло-петля) компанії Моіодеп (Берлін, Німеччина), котрий є переважним компонентом фармацевтичної композиції за цим винаходом. Також можуть використовуватись інші ТІ К-зв'язувальні молекули, наприклад, ТІ Р. 7, ТІ К 8 і (або) ТІ К 9, що зв'язуються з РНК.
Інші приклади прийнятних ад'ювантів включають, без обмежень, хімічно модифіковані Сро (наприклад, Срк, Ідега), аналоги аз5-РНК, такі як полі(І:С) та їхні похідні (наприклад, АтріїсепФф),
НійопоїФ, полі-(ІСІ С), полі(ІС-К), полі(:С12)), бактеріальні ДНК або РНК, відмінні від Сро, а також невеликі імунологічно активні молекули та антитіла, такі як циклофосфамід, сунітиніб, бевацизумаб, целебрекс, МСХ-4016, сілденафіл, тадалафіл, варденафіл, сорафеніб, темозоломід, темзиролімус, ХІ -999, СР-547632, пазопаніб, МЕСЕ Тгар, 202171, А2О2171, анти-
СТІ А4, інші антитіла, націлені на ключові структури імунної системи (наприклад, анти-С040-, анти-ТоЕбета-, анти-ТМЕальфа-рецептори) та 5058175, які можуть діяти терапевтично і (або) як ад'юванти. Кількості та концентрації ад'ювантів та добавок, прийнятних в контексті цього винаходу, можуть бути легко визначені досвідченим фахівцем без зайвого експериментування.
Переважними ад'ювантами є анти-СО40-антитіла, іміквімод, резиквімод, «М-С5Е, циклофосфамід, сунітиніб, бевацизумаб, інтерферон-альфа, Сро олігонуклеотиди та їх похідні, полі-(І:С) та її похідні, РНК, сілденафіл і композиції з твердих мікрочастинок з РІ С або віросоми.
В переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювант вибирається з групи, що складається з колонієстимулюючих факторів, таких як Фактор стимулювання утворення колоній гранулоцитів-макрофагів (ЗМ-С5Е, сарграмостим), циклофосфамід, бо іміквімод, резиквімод та інтерферон-альфа.
В переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювант вибирається з групи, що складається з колонієстимулюючих факторів, таких як Фактор стимулювання утворення колоній гранулоцитів-макрофагів (ЗМ-С5Е, сарграмостим), циклофосфамід, іміквімод і резиквімод. У переважному втіленні фармацевтичної композиції за винаходом ад'ювантом є циклофосфамід, іміквімод чи резиквімод. Навіть більш переважними ад'ювантами є монтанід
ІМ5 1312, монтанід ІЗА 206, монтанід ІЗА 50М, монтанід ІЗА-51, полі-ІСЇ С (Нінкопоїт)) і моноклональні анти-СО040-антитіла або їх комбінація.
Ця композиція може застосовуватися для парентерального введення, наприклад, підшкірного, внутрішньошкірного, внутрішньом'язового або для перорального застосування Для цього пептиди і необов'язково інші молекули розчиняють або суспендують у фармацевтично прийнятному, переважно водному носієві. Крім того, композиція може містити допоміжні речовини, такі як буфери, зв'язувальні речовини, баластні речовини, розріджувачі, ароматизатори, антифрикційні речовини тощо. Пептиди можна також ввести разом із імуностимуляторами, такими як цитокіни. Великий перелік допоміжних речовин, які можна використовувати у такій композиції, можна знайти, наприклад, у посібнику А. Кірбе, Напабоок ої
Рпаптасешіса! Ехсіріепі5 (Кіррбе, 2000). Ця композиція може застосовуватися для попередження, профілактики і (або) лікування аденоматозних або ракових захворювань.
Приклади фармацевтичних композицій наведені, наприклад, у ЕР2113253.
Важливо розуміти, що імунна відповідь, ініційована вакциною за винаходом, спрямована проти ракових клітин на різних стадіях клітинного циклу і на різних стадіях розвитку пухлини.
Більш того, атака здійснюється на різні асоційовані з раковими пухлинами сигнальні шляхи. Це є перевагою над вакцинами, які направлені тільки на одну чи малу кількість мішеней, що може привести до легкої адаптації пухлини до атаки (уникання пухлиною). Більш того, не усі індивідуальні пухлини експресують одну й ту саму картину антигенів. Таким чином, комбінація декількох пухлино-асоційованих пептидів гарантує, що кожна окрема пухлина несе принаймні деякі з мішеней. Композиція спеціально створена виходячи з того, що, як очікується, кожна пухлина експресує декілька антигенів і охоплює декілька незалежних сигнальних шляхів, необхідних для росту і розвитку пухлини. Таки чином, вакцину може легко використовувати у "готовому для застосування" вигляді для більшої популяції пацієнтів. Це означає, що
Зо попередній відбір пацієнтів, що потребують лікування цією вакциною, можна обмежити типуванням за НІ А, не потребує будь-якого додаткового дослідження біомаркерів експресії антигенів, але все ж забезпечується одночасна атака декількох мішеней у вигляді індукованої імунної відповіді, що є важливим для ефективності (Вапспегеаий евї а!., 2001; УУанег єї аї., 2012).
Термін "каркас" в контексті цього винаходу означає молекулу, яка специфічно зв'язується з (наприклад, антигенною) детермінантою. В одному з втілень каркас здатний направляти об'єкт, до якого він приєднаний (наприклад, (другий) антиген-зв'язувальний елемент) до сайта-мішені, наприклад, до клітини конкретного виду пухлини або до строми пухлини, що несе антигенну детермінанту (наприклад, комплекс пептиду з МНС відповідно до цього підходу). В іншому втіленні каркас здатний активувати сигнальний шлях через його антиген-мішень, наприклад, антиген комплексу Т-клітинного рецептора. Каркаси включають, але не обмежуються ними, антитіла і їх фрагменти, антиген-зв'язувальні домени антитіл, що містять варіабельну ділянку важкого ланцюга антитіла і варіабельну ділянку легкого ланцюга антитіла, зв'язувальні білки, що містять принаймні один модуль анкіринового повтору і однодоменні антиген-зв'язувальні (ЗОАВ) молекули, аптамери, (розчинні) ТКР і (модифіковані) клітини, такі як алогенні або аутологічні Т-клітини. Щоб оцінити, чи буде молекула каркасом, що зв'язується з мішенню, можна провести аналіз зв'язування. "Специфічне" зв'язування означає, що каркас зв'язує досліджуваний комплекс пептид-МНО краще ніж інші природно існуючі комплекси пептид-МНС до такої міри, що каркас, споряджений активною молекулою, яка здатна знищувати клітину, що несе специфічну мішень, не здатний знищувати іншу клітину без конкретної мішені, але таку, що презентує інший(-ї) комплекс(-и) пептид-МНС. У зв'язуванні з іншими комплексами пептид-МНС немає потреби, якщо пептид із утвореного в результаті перехресної реакції комплексу пептид-МНС не зустрічається в природі, тобто не отриманий із пептидому НЕГА людини. Дослідження для оцінки знищення клітин- мішеней добре відомі фахівцям у цій галузі. Їх слід проводити з використанням клітин-мішеней (первинних клітин або клітинних ліній) з незміненою презентацією комплексів пептид-МНС або клітин, навантажених пептидами, у такий спосіб, щоб досягти рівнів природно існуючих комплексів пептид-МНО.
Кожний каркас може містити мітку, яка забезпечує можливість виявлення зв'язаного каркаса шляхом визначення присутності або відсутності сигналу, який генерує мітка. Наприклад, каркас 60 може бути міченим флуоресцентним барвником або іншою застосовною маркерною молекулою клітини. Такі маркерні молекули добре відомі в цій галузі. Наприклад, флуоресцентне мічення, наприклад, флуоресцентним барвником, може забезпечити візуалізацію зв'язаного аптамеру за допомогою флуоресценції або лазерної сканувальної мікроскопії або проточної цитометрії.
Кожний каркас може бути кон'югованим з другою активною молекулою, такою як, наприклад,
ІЛ-21, антитіло проти СОЗ і антитіло проти СО28.
Додаткову інформацію щодо поліпептидних каркасів дивись, наприклад, у розділі про передумови створення винаходу патентної заявки УМО 2014/071978А1 і у посиланнях, наведених у ній.
Цей винахід також стосується аптамерів. Аптамери (див., наприклад, М/О 2014/191359 і посилання, наведені в цій роботі) є молекулами коротких одноланцюгових нуклеїнових кислот, які можуть складатися у певні тримірні структури і розпізнавати специфічні структури-мішені.
Вони, очевидно, є прийнятними альтернативами для розробки таргетної терапії. Було показано, що аптамери селективно зв'язуються з багатьма складними мішенями з високою афінністю і специфічністю.
Аптамери, що розпізнають розташовані на поверхні молекули, були ідентифіковані у минулому десятиріччі і забезпечують засоби для розробки діагностичних і терапевтичних підходів. Оскільки було показано, що аптамери майже не проявляють жодної токсичності і імуногенності, вони є перспективними кандидатами у речовини для біомедичних застосувань.
Справді, аптамери, наприклад, такі, що розпізнають простат-специфічні мембранні антигени, були успішно застосовані для таргетної терапії, і було показано, що вони виявляють ці функції в трансплантатних моделях іп мімо. Більш того, були ідентифіковані аптамери, які розпізнають конкретні лінії пухлинних клітин.
Можуть бути вибрані аптамери ДНК, що проявляють розпізнавальні властивості широкого спектру по відношенню до різних ракових клітин, особливо до таких, що отримані з солідних пухлин, у той час як непухлиногенні і первинні здорові клітини ними не розпізнаються. Якщо ідентифіковані аптамери розпізнають не тільки підтип конкретної пухлини, але скоріше взаємодіють з рядом пухлин, це надає аптамерам властивість бути застосовними в якості так званих діагностичних і терапевтичних засобів широкого спектру.
Далі, дослідження зв'язувальних властивостей по відношенню до клітин методом проточної
Зо цитометрії показало, що аптамери виявляють дуже добру позірну афінність у наномолярному діапазоні.
Аптамери можуть використовуватися для діагностичних і терапевтичних цілей. Далі, можна показати, що деякі аптамери поглинаються пухлинними клітинами і таким чином можуть використовуватися як молекулярні носії для цілеспрямованої доставки протиракових препаратів, таких як міРНК, у пухлинні клітини.
Аптамери можуть бути вибрані проти складних мішеней, таких як клітини і тканини і комплекси пептидів, що включають, переважно що складаються з послідовності відповідно до будь якої послідовності від ЗЕО ІЮ МО 1 до ЗЕО ІЮО МО 110 за цим винаходом із молекулою
МНС оз використанням методики ЗБЕЇЕХ (Систематична еволюція лігандів шляхом експоненційного збагачення).
Пептиди за цим винаходом можуть використовуватися для продукції і розробки антитіл, специфічних до комплексів МНС/пептид. Вони можуть застосовуватися для лікування, націлюючи токсини або радіоактивні речовини на хворі тканини. Іншим використанням цих антитіл може бути націлювання радіонуклідів на хворі тканини з метою формування зображень, таких як позитронна емісійна томографія (ПЕТ). Таке використання може виявляти невеликі метастази або визначати розмір і точну локалізацію хворих тканин.
Таким чином, в ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання рекомбінантного антитіла, яке специфічно зв'язується з головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу, який входить до складу комплексу з антигенами, обмеженими за
НІА, причому спосіб включає: імунізацію клітинами ссавців нелюдського походження, отриманих методами генної інженерії що експресують згаданий головний комплекс гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу із розчинною формою молекули МН І або ІІ класу, яка входить до складу комплексу зі згаданими антигенами, обмеженими за НІГА; виділення молекул ІРНК із клітин згаданих ссавців нелюдського походження, що продукують антитіла; отримання бібліотеки фагового дисплея, що містить фаги, які експонують молекули білка, який кодується згаданими молекулами іРНК; і виділення принаймні одного фага із згаданої бібліотеки фагового дисплея, причому згаданий принаймні один фаг експонує згадане антитіло, що специфічно зв'язується із згаданим головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або ІЇ класу, який входить до складу комплексу із згаданим антигеном, обмеженим за НІ А. бо У ще одному аспекті цей винахід стосується антитіла, яке специфічно зв'язується з бо головним комплексом гістосумісності (МНС) людини І або І класу, який входить до складу комплексу з антигенами, рестриктованими за НіА, в якому антитіло переважно є поліклональним антитілом, моноклональним антитілом, біспецифічним антитілом і (або) хімерним антитілом.
Відповідні способи отримання таких антитіл і одноланцюгових головних комплексів гістосумісності | класу, а також інші інструменти отримання цих антитіл розкриті в заявках УМО 03/068201, МО 2004/084798, МО 01/72768, МО 03/070752 і статтях (Сопеп еї аї!., 200За; Сопеп еї аї., 20030; Оепкбрего еї а!., 2003), які для цілей цього винаходу всі у прямій формі включені в цей документ шляхом посилання в усій повноті.
Переважно, антитіло зв'язується з спорідненістю на рівні нижче 20 наномолів, переважно нижче 10 наномолів, у комплекс, який також вважається "специфічним" у контексті цього винаходу.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або їхній варіант, який принаймні на 88 95 є гомологічним (переважно ідентичним) послідовностям від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або їхнього варіанту, що викликає перехресну реакцію Т-клітин із зазначеним пептидом, де зазначений пептид не є базовим повнорозмірним поліпептидом.
Цей винахід також стосується пептиду, що містить послідовність, вибрану з групи послідовностей від ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або їхній варіант, який принаймні на 88 95 є гомологічним (переважно ідентичним) послідовностям від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110, де зазначений пептид або його варіант має загальну довжину між 8 і 100, переважно між 8 і 30 і найбільш переважно між 8 і 14 амінокислот.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, які здатні зв'язуватись з молекулою головного комплексу гістосумісності (МНС) людини І або ЇЇ класу.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згадані пептиди складаються або по суті складаються з амінокислотної послідовності від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є (хімічно) модифікованим і (або) включає непептидні зв'язки.
Цей винахід також стосується пептидів за цим винаходом, де згаданий пептид є частиною
Зо злитого білка, зокрема злитим із М-термінальними амінокислотами НІА-ОК антиген- асоційованого інваріантного ланцюга (Ії), або де пептид є злитим із антитілом (або вбудованим в антитіло), наприклад, із антитілом, що є специфічним до дендритних клітин.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти, що кодує пептиди за цим винаходом за умови, що пептид не є повністю (цілковито) людським білком.
Цей винахід також стосується нуклеїнової кислоти за цим винаходом, яка являє собою ДНК,
КДНК, ПНК, РНК чи їх комбінацію.
Цей винахід також стосується вектора експресії що здатний експресувати нуклеїнову кислоту за цим винаходом.
Цей винахід також стосується пептиду за цим винаходом, нуклеїнової кислоти за цим винаходом або вектора експресії за цим винаходом для застосування в медицині, зокрема в лікуванні раку легенів.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна, що містить нуклеїнову кислоту за цим винаходом або вектор експресії за цим винаходом.
Цей винахід також стосується клітини-хазяїна за цим винаходом, яка є антиген- презентуючою клітиною, і переважно дендритною клітиною.
Цей винахід також стосується способу отримання пептиду за цим винаходом, причому спосіб включає культивування клітини-хазяїна за цим винаходом і виділення пептиду зі згаданого клітини-хазяїна або її культурального середовища.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген навантажують на молекули МНС І або ІІ класу, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини шляхом контакту достатньої кількості антигену з антиген-презентуючою клітиною.
Цей винахід також стосується способу за цим винаходом, де антиген-презентуюча клітина містить вектор експресії, здатний експресувати згаданий пептид, що містить послідовність від
ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або згаданий варіант амінокислотної послідовності.
Цей винахід також стосується активованих Т-клітин, отриманих згідно способу за цим винаходом, де згадана Т-клітина селективно розпізнає клітину, яка аберантно експресує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за цим винаходом.
Цей винахід також стосується способу знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить будь-яку амінокислотну бо послідовність за цим винаходом, причому спосіб включає введення в організм пацієнта ефективної кількості Т-клітин за цим винаходом.
Цей винахід також стосується застосування будь-якого пептиду, що описаний тут, нуклеїнової кислоти за цим винаходом, вектора експресії за цим винаходом, клітини за цим винаходом, або активованого цитотоксичного Т-лімфоцита за цим винаходом, як лікарського
Б засобу або в процесі виробництва лікарського засобу. Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб являє собою вакцину. Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де лікарський засіб виявляє протиракову активність.
Цей винахід також стосується застосування за цим винаходом, де згадані ракові клітини є клітинами раку легенів або клітинами інших солідних або гематологічних пухлин, таких як, наприклад, рак головного мозку, рак молочної залози, колоректальний рак, рак стравоходу, рак нирки, рак печінки, рак яєчника, рак підшлункової залози, рак передміхурової залози, рак шлунка, меланома, карцинома з клітин Меркеля, лейкоз (ГМЛ, ХЛЛ), неходжкінська лімфома (НХЛ), рак стравоходу, включаючи рак шлунково-стравохідного сполучення (РС), рак жовчного міхура і холангіокарцинома (РЖМ, ХГК), рак сечового міхура (РСМ) і рак матки (РМЕ).
Цей винахід також стосується конкретних маркерних білків і біомаркерів на основі пептидів за цим винаходом, які у цьому документі іменуватимуться як "мішені", які можуть використовуватися в діагностиці і (або) визначенні прогнозу перебігу раку легенів. Цей винахід також стосується застосування цих нових мішеней для лікування раку.
Термін "антитіло" або "антитіла" використовується в тут у широкому сенсі і включає як поліклональні, так і моноклональні антитіла. На додаток до інтактних або "повнорозмірних" молекул імуноглобуліну, до терміну "антитіла" також входять фрагменти (наприклад, фрагменти
СОК, Ем, Раб і Ес) або полімери цих молекул імуноглобуліну і гуманізовані версії молекул імуноглобуліну, за умови, що вони виявляють будь-які з бажаних властивостей (наприклад, специфічне зв'язування (полі)пептидних маркерів раку легенів, доставку токсину до клітини раку легенів, що експресує ген-маркер раку на підвищеному рівні, і (або) інгібування активності поліпептидного маркера раку легенів) відповідно до цього винаходу.
За найменшої можливості антитіла за винаходом слід закуповувати у комерційних
Зо підприємств. Антитіла за винаходом можуть бути отримані з використанням добре відомих методів. Кваліфікований фахівець зрозуміє, що для отримання антитіл за винаходом можуть бути використані як повнорозмірні поліпептидні маркери раку легенів, так і їх фрагменти.
Поліпептид, який буде використовуватися для отримання антитіл за винаходом, може бути повністю чи частково очищеним компонентом природного джерела або може бути отриманий за допомогою технології рекомбінантних ДНК.
Наприклад, кКДНК, що кодує пептид за цим винаходом, такий як пептид з послідовністю від
ЗБЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або його варіант чи фрагмент, може експресуватися в прокаріотичних клітинах (наприклад, бактерій) або еукаріотичних клітинах (наприклад, клітинах дріжджів, комах або ссавців), після чого рекомбінантний білок можна очистити і використати для отримання препарату моноклональних або поліклональних антитіл, які специфічно зв'язують поліпептидний маркер раку легенів, що був використаний для отримання антитіл за цим винаходом.
Фахівцю ов цій галузі відомо, що отримання двох або більше різних комплектів моноклональних або поліклональних антитіл максимально збільшує ймовірність отримання антитіла, що буде мати специфічність та афінність, необхідні для використання за призначенням (наприклад, для ЕГІ5А, імуногістохімічних методів, візуалізації іп мімо, лікування імунотоксинами). Антитіла досліджують на бажану активність добре відомими методами, відповідно до цілей, у яких мають використовуватися антитіла (наприклад, ЕГІ5А, імуногістохімічні методи, імунотерапія тощо; додаткові відомості щодо отримання і перевірки антитіл див., наприклад, Сгеепієїа, 2014 (Стеепіїєїд, 2014)). Наприклад, антитіла можуть бути досліджені методами ЕГІЗА, Вестерн-блотингу, імуногістохімічним забарвлюванням фіксованих формаліном зрізів тканини раку легенів або заморожених зрізів тканини. Після попередніх досліджень іп міго антитіла, які мають використовуватися для терапевтичних цілей або для діагностики іп мімо, досліджують з використанням відомих методів клінічного дослідження.
Термін "моноклональне антитіло" в тому виді, в якому він використовується тут, означає антитіло, отримане із по суті гомогенної популяції антитіл, тобто індивідуальні антитіла, що складають популяцію, є ідентичними, за винятком мутантних форм, що спостерігаються в природі, які можуть бути присутніми в незначній кількості. Моноклональні антитіла за цим патентом конкретно включають "химерні" антитіла, у яких частина важкого і (або) легкого 60 ланцюга ідентична або гомологічна відповідним послідовностям в антитілах, отриманих із окремого виду, або які належать до окремого класу чи підкласу антитіл, в той час як решта ланцюга (ланцюгів) ідентична або гомологічна відповідним послідовностям в антитілах, отриманих із іншого виду або які належать до іншого класу чи підкласу антитіл, а також фрагментів таких антитіл, за умови, що вони виявляють бажану антагоністичну активність (Пат.
США 4 816 567, включений в цей документ шляхом посилання в усій повноті).
Моноклональні антитіла за винаходом можуть бути отримані гібридомними технологіями. У гібридомних технологіях мишу або іншу прийнятну тварину-хазяїна, як правило, імунізують імунізуючим агентом для створення лімфоцитів, які продукують або здатні продукувати антитіла, які специфічно зв'язуються з імунізуючим агентом. Альтернативно, лімфоцити можуть бути імунізовані іп міїго.
Моноклональні антитіла можуть також бути створені технологіями рекомбінантних ДНК, такими як описані в патенті США 4 816 567. ДНК, що кодує моноклональні антитіла за винаходом, можна легко виділити і секвенувати з використанням традиційних методик (наприклад, використовуючи олігонуклеотидні зонди, здатні специфічно зв'язуватися з генами, що кодують важкі та легкі ланцюги антитіл миші).
Методи Іп міго також придатні для створення одновалентних антитіл. Розщеплення антитіл з метою отримання їх фрагментів, зокрема, Рар-фрагментів, можна провести з використанням стандартних методик, відомих у галузі. Наприклад, розщеплення можна виконати за допомогою папаїну. Приклади розщеплення за допомогою папаїну описані у заявці УУО 94/29348 і в патенті
США 4 342 566. При розщепленні антитіл за допомогою папаїну, як правило, утворюються два ідентичних антиген-зв'язувальних фрагменти, які звуться Еаб-фрагментами, кожний з одним антиген-зв'язувальним сайтом, і залишковим Ес фрагментом. Обробка пепсином дає фрагмент
К(абв)2 і фрагмент рЕс'.
Фрагменти антитіл, чи то з'єднані з іншими послідовностями, чи ні, можуть також включати вставки, делеції, заміни або інші вибрані модифікації окремих частин або амінокислотних залишків за умови, що активність фрагмента не є значно зміненою або пошкодженою у порівнянні з немодифікованим антитілом або фрагментом антитіла. Ці модифікації можуть надати деякі додаткові властивості, такі як видалити/додати амінокислоти, що здатні до дисульфідного зв'язування, підвищити біологічну довговічність, змінити секреторні властивості
Зо тощо. У будь-якому випадку, фрагмент антитіла має виявляти біологічну активність, таку як зв'язувальна активність, регулювання зв'язування у зв'язувальному домені тощо. Функціональні або активні центри антитіла можуть бути ідентифіковані шляхом мутагенезу конкретної ділянки білка, який супроводжується експресією і перевіркою експресованого поліпептиду. Такі методи є цілююм очевидними для фахівця у цій галузі і можуть включати сайт-специфічний мутагенез нуклеїнової кислоти, що кодує фрагмент антитіла.
Антитіла за винаходом можуть додатково включати гуманізовані антитіла або людські антитіла. Гуманізованими формами антитіл нелюдського походження (наприклад, мишачі) є химерні імуноглобуліни, ланцюги імуноглобулінів або їх фрагменти (такі як Ем, Раб, Рар' та інші антиген-зв'язувальні послідовності антитіл), які містять мінімальну послідовність, отриману з імуноглобуліну нелюдського походження. Гуманізовані антитіла включають імуноглобуліни людини (антитіло-реципієнт), в яких залишки від комплементарної детермінантної групи (СОК) реципієнта заміщені залишками від СОК нелюдського походження (антитіло-донор), такого як від миші, пацюка або кроля, що має бажану специфічність, афінність і зв'язувальну здатність. У деяких випадках Ем каркасні (ЕК) залишки імуноглобуліну людини є заміщеними відповідними залишками нелюдського походження. Гуманізовані антитіла можуть включати залишки, які не були виявлені ні в антитілі-реципієнті, ні в імпортованих СОК або послідовностях каркаса. Як правило, гуманізоване антитіло буде містити по суті всі з принаймні одного, а зазвичай двох варіабельних доменів, в яких всі або по суті всі із діллнок СОК відповідають ділянкам імуноглобуліну нелюдського походження і всі або по суті всі із ділянок ЕК є ділянками консенсусної послідовності імуноглобуліну людини. Оптимально, якщо гуманізоване антитіло містить також принаймні частину константної ділянки імуноглобуліну (Ес), зазвичай ділянку імуноглобуліну людини.
Методи гуманізації нелюдських антитіл добре відомі фахівцю у цій галузі. Загалом, гуманізоване антитіло має один або більше амінокислотних залишків, введених в нього з джерела, яке є нелюдського походження. Ці амінокислотні залишки нелюдського походження часто називають "імпортними" залишками, які зазвичай беруть із "імпортного" варіабельного домену. Гуманізацію можна по суті провести шляхом заміщення СОК або послідовностей СОМ гризунів відповідними послідовностями людського антитіла. Відповідно, такі "гуманізовані" антитіла є химерними антитілами (патент США 4 816 567), в яких суттєво менша частина ніж 60 інтактний варіабельний домен людини була заміщена відповідною послідовністю біологічних видів, відмінних від людини. На практиці гуманізовані антитіла є зазвичай людськими антитілами, в яких деякі залишки СОК і, можливо, залишки ЕК є заміщеними залишками з аналогічних сайтів антитіл гризунів.
Можуть використовуватися трансгенні тварини (наприклад, миші), які після імунізації набувають здатність продукувати повний спектр людських антитіл в умовах відсутності виробки ендогенного імуноглобуліну. Наприклад, було описано, що гомозиготна делеція гена, що кодує ділянку з'єднання важких ланцюгів антитіла, у химерних клітин і лінії клітин зародків мутантних мишей приводить до повного інгібування виробки ендогенних антитіл. Перенесення генної матриці імуноглобуліну клітин зародків людини у лінію клітин зародків мутантних мишей приводить до виробки людських антитіл після антигенної стимуляції. Людські антитіла можуть також бути виділені методом фагового дисплея з комбінаторної бібліотеки.
Антитіла за винаходом переважно вводять суб'єкту у фармацевтично прийнятному носієві.
Як правило, для надання фармацевтичній композиції ізотонічності використовують відповідну кількість фармацевтично прийнятної солі. Приклади фармацевтично прийнятного носія включають фізіологічний розчин, розчин Рінгера і розчин глюкози. рН розчину переважно має становити приблизно від 5 до 8, і більш переважно приблизно від 7 до 7,5. Додатково пропонуються носії, що включають препарати з тривалим вивільненням, такі як напівпроникні матриці твердих гідрофобних полімерів, які містять антитіла, причому ці матриці мають вигляд сформованих предметів, наприклад, плівок, ліпосом або мікрочастинок. Фахівцю в цій галузі зрозуміло, що певні носії можуть бути більш переважними, залежно від, наприклад, способу введення і концентрації антитіла, що вводиться.
Антитіла можна вводити суб'єкту, пацієнту або в клітину шляхом ін'єкції (наприклад, внутрішньовенної, внутрішньочеревної, підшкірної, внутрішньом'язової) або іншими методами, такими як інфузія, яка гарантує їх доставку у кровотік у ефективній формі. Антитіла можуть також бути введені внутрішньопухлинним або перитуморальним шляхом з метою отримати місцевий, а також системний терапевтичний ефект. Кращими є місцеве або внутрішньовенне введення.
Ефективні дози і режими дозування для введення антитіл можна визначити емпіричним шляхом, такі визначення знайомі фахівцю в цій галузі. Фахівцю в цій галузі зрозуміло, що дози антитіл, які необхідно вводити, залежать, наприклад, від суб'єкта, який отримує антитіла, шляху введення, конкретного типу використовуваних антитіл та інших лікарських препаратів, які вводяться. Типова щоденна доза при застосуванні антитіл як монотерапії може становити від приблизно 1 мкг/кг до 100 мг/кг маси тіла або більше на добу, залежно від вищезгаданих факторів. Після введення антитіл, переважно з метою лікування раку легенів, ефективність терапевтичної дії антитіл можна оцінити різними способами, відомими фахівцю в цій галузі.
Наприклад, розмір, кількість і (або) розповсюдження раку в організмі суб'єкта, що отримує лікування, можна контролювати за допомогою стандартних методик візуалізації пухлин.
Введене з терапевтичними цілями антитіло, яке затримує ріст пухлини, приводить до скорочення пухлини і (або) запобігає розвитку нових пухлин у порівнянні з перебігом захворювання, який би спостерігався за відсутності введення антитіла, є ефективним антитілом для лікування раку легенів.
У ще одному аспекті цей винахід стосується способу отримання розчинного Т-клітинного рецептора (ртТКР), що розпізнає конкретний комплекс пептиду і МНС. Такі розчинні Т-клітинні рецептори можуть бути отримані зі специфічних клонів Т-клітин, і їх спорідненість можна підвищити мутагенезом, націленим на комплементарні детермінантні групи. З метою вибору Т- клітинних рецепторів може використовуватися метод фагового дисплея (Заявка США 2010/0113300, (ГПідау єї аїЇ., 2012)). З метою стабілізації Т-клітинних рецепторів у процесі фагового дисплея і у разі застосування як лікарського препарату альфа- і бета-ланцюги можуть бути зв'язані, наприклад, ненативними дисульфідними зв'язками, іншими ковалентними зв'язками (одноланцюговий Т-клітинний рецептор) або доменами димеризації (ВошНег єї аї., 2003; Сага єї аї., 2004; М/йсох єї аїЇ., 1999). Т-клітинний рецептор може бути зв'язаний з токсинами, лікарськими препаратами, цитокінами (див., наприклад, заявку США 2013/0115191), доменами, що залучають ефекторні клітини, такі як домени антитіл проти СОЗ тощо, щоб виконувати конкретні функції на клітинах-мішенях. Більш того, він може експресуватися у Т- клітинах, що використовуються для адоптивного переносу. Додаткову інформацію можна знайти у заявках УМО 2004/033685А1 і УМО 2004/074322А1. Комбінація рРТКР описана у заявці УМО 2012/056407А1. Інші способи отримання розкриті у заявці УМО 2013/057586А1.
Крім того, пептиди і (або) ТКР, або антитіла, або інші зв'язувальні молекули за цим винаходом можуть використовуватися для підтвердження діагнозу "рак", поставленому бо патоморфологом на основі дослідження біоптату.
Ці антитіла або ТКР можуть використовуватися також для діагностики іп мімо. Зазвичай антитіла мітять радіонуклідами (такими як "и, 99Тс, 120, 191|, ЗН, 82 Р або 955), щоб пухлину можна було локалізувати, використовуючи імуносцинтіграфію. В одному з втілень антитіла або їх фрагменти зв'язуються з зовнішньоклітинними доменами двох або більше таких мішеней білка, вибраного з групи, що складається з вищезгаданих білків., із константою зв'язування (Ка) меншою ніж 1 х 10 мкМ.
Антитіла для діагностичного застосування можна мітити зондами, що підходять для виявлення різними методами візуалізації Методи виявлення зондів включають, але не обмежуються ними, флуоресценцію, світлову, конфокальну і електронну мікроскопію, магнітно- резонансну візуалізацію і спектроскопію, флуороскопію, комп'ютерну томографію та позитронну емісійну томографію. Відповідні зонди включають, але не обмежуються ними, флуоресцеїн, родамін, еозин та інші флуорофори, радіоіїзотопи, золото, гадоліній та інші лантаноїди, парамагнітне залізо, фтор-18 та інші радіонукліди, що випромінюють позитрони. Крім цього, зонди можуть бути бі- або багатофункціональними і виявлятися більш ніж одним із зазначених методів. Ці антитіла можуть бути безпосередньо або опосередковано мічені вищезгаданими зондами. Прикріплення зондів до антитіл включає ковалентне зв'язування зонда, включення зонда в антитіло і ковалентне прикріплення хелатуючої сполуки для зв'язування зонда, серед інших методів, добре відомих фахівцю у цій галузі. У разі імуногістохімічних методів зразок хворої тканини може бути свіжим чи замороженим або може бути залитим у парафін і фіксованим за допомогою консерванту, такого як формалін. Фіксовані або залиті зразки зрізів тканин приводять у контакт із міченим первинним антитілом і вторинним антитілом, де антитіло використовується для виявлення експресії цих білків іп іш.
Згідно з іншим аспектом цього винаходу пропонується спосіб отримання активованих Т- клітин іп мійго, причому спосіб включає контактування іп мійго Т-клітин із навантаженими антигеном молекулами МНС, що експресуються на поверхні відповідної антиген-презентуючої клітини протягом періоду часу, достатнього для активації Т-клітини шляхом набуття нею специфічності до антигену, де згаданий антиген є пептидом за винаходом. Переважно з антиген-презентуючою клітиною використовують достатню кількість антигену.
Переважно клітина ссавців не має пептидного транспортера ТАР чи має його знижений
Зо рівень або знижену функціональну активність. Відповідні клітини з дефіцитом пептидного транспортера ТАР включають клітини Т2, КМА-5 і клітини дрозофіли. ТАР є транспортером, асоційованим із процесингом антигену.
Лінія людських клітин з недостатністю Т2, на які завантажуються пептиди, доступна для придбання у Американській колекції типових культур АТСС за адресою 12301 РагКіамлт Огіме,
КоскКміїе, Магуїапа 20852, США, номер за каталогом СК. 1992; лінія клітин дрозофіли Зсппеїдег 2 доступна для придбання в АТСС, номер за каталогом СК 19863; клітинна лінія миші ЕМА-5 описана у Ципдаогеп і співавт. (І їипддгеп апа Каїте, 1985).
Переважно, клітина-хазяїн до трансфекції не експресує суттєвої кількості молекул МНС І класу. Також переважно клітина-стимулятор експресує молекулу, яка є важливою для забезпечення додаткового стимулюючого сигналу для Т-клітин, таку як будь-яка з молекул В7.1,
В7.2, ІСАМ-1 ії БА 3. Послідовності нуклеїнових кислот багатьох молекул МНС І класу і костимуляторних молекул є у вільному доступі в базах даних СепВапк і ЕМВІ.
У випадку, коли роль антигенів відіграють епітопи комплексу МНС І класу, Т-клітини є СО8- позитивними Т-клітинами.
Якщо антиген-презентуючи клітину трансфекують для експресії такого епітопу, клітина переважно містить вектор експресії, здатний експресувати пептид, що містить послідовності від
ЗЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 110 або варіант його амінокислотної послідовності.
Ряд інших способів може використовуватися для отримання Т-клітин іп міго. Наприклад, для отримання ЦТЛ можуть використовуватися аутологічні лімфоцити, які інфільтрують пухлину.
Ріебапзкі і співавт. (Ріерап:хкі еї а!., 1995) використовували аутологічні лімфоцити периферійної крові (РІВ) для отримання Т-клітин. Більш того, можливе створення аутологічних Т-клітин шляхом обробки дендритних клітин пептидом або поліпептидом або інфікуванням рекомбінантним вірусом. Для отримання аутологічних Т-клітин можуть також використовуватися
В-клітини. Крім того, для отримання аутологічних Т-клітин можуть використовуватися макрофаги, оброблені пептидом або поліпептидом або інфіковані рекомбінантним вірусом. 5.
Умацег і співавт. (У/аег еї а!., 2003) описують примування Т-клітин іп міго за допомогою штучних антиген-презентуючих клітин (штучні АПК), що також є прийнятним способом отримання Т- клітин проти вибраного пептиду. В цьому винаході штучні АПК отримували шляхом прикріплення заздалегідь сформованих комплексів МНС-пептид до поверхні полістирольних бо частинок (мікрогранул)у за допомогою системи біотин-стрептавідин. Ця система забезпечує точний контроль щільності МНС на штучних АПК, що дозволяє селективно викликати високо- або низькоавідні специфічні до антигену відповіді Т-клітин з високою ефективністю для зразків крові. Окрім комплексів МНО-пептид, штучні АПК мають нести інші білки з костимулювальною активністю, такі як антитіла проти СО28, прикріплені до їхньої поверхні. До того ж такі системи на базі штучних АПК часто вимагають додавання відповідних розчинних елементів, наприклад, цитокінів, таких як інтерлейкін-12.
Алогенні клітини також можуть використовуватися для отримання Т-клітин, і відповідний спосіб докладно описаний у заявці М/О 97/26328, яка включена в цей документ шляхом посилання. Наприклад, окрім клітин ЮОго5орпйа і клітин Т2, інші клітини можуть використовуватися для презентації антигенів, такі як клітини СНО, інфіковані бациловірусом клітин комах, бактеріальні, дріжджові клітини та клітини-мішені, інфіковані коров'ячою віспою.
Крім того, можуть використовуватись віруси рослин (див., наприклад, роботу Рогіа і співавт. (Ропа єї аї., 1994), в якій описується розробка мозаїчного вірусу вігни як високопродуктивної системи для презентації чужорідних пептидів.
Активовані Т-клітини, які спрямовані проти пептидів за винаходом, є корисними в терапії.
Отже, згідно з ще одним аспектом винаходу пропонуються активовані Т-клітини, які можна отримати за допомогою вищезгаданих способів за винаходом.
Активовані Т-клітини, які отримані вищезгаданим способом, селективно розпізнають клітину, яка аберантно експресує поліпептид, який містить амінокислотну послідовність від 5ЕО ІЮ МО: 1 до 5ЕОІЮ МО 110.
Переважно, Т-клітина розпізнає цю клітину шляхом взаємодії свого Т-клітинного рецептора з комплексом НІ А/пептид (наприклад, зв'язуванням). Т-клітини є корисними у способі знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за винаходом, за яким пацієнту вводиться ефективна кількість активованих Т-клітин. Ці Т-клітини, що вводяться пацієнту, можуть бути виділені з організму пацієнта і активовані як описано вище (тобто вони є аутологічними Т-клітинами). Як альтернатива, ці Т-клітини одержуються не з організму пацієнта, а від іншої людини. Зрозуміло, що переважно ця людина є здоровою людиною. Під терміном "здорова людина" автори винаходу мають на увазі, що людина має хороший загальний стан здоров'я, переважно має
Зо адекватну імунну систему та, ще більш переважно, не страждає від якогось захворювання, на яке її можна легко перевірити і виявити.
Іп мімо клітини-мішені для СО8-позитивних Т клітин за цим винаходом можуть бути клітинами пухлини (які іноді експресують МНС ЇЇ класу) і (або) клітинами строми, що оточують пухлину (пухлинні клітини) (які іноді також експресують МН ІІ класу; (Оеєпадіеє! еї а!., 2006)).
Т-клітини за цим винаходом можуть використовуватися як активні інгредієнти терапевтичної композиції. Отже, предметом цього винаходу також є спосіб знищення клітин-мішеней в організмі пацієнта, клітини-мішені якого аберантно експресують поліпептид, що містить амінокислотну послідовність за винаходом, причому спосіб включає введення пацієнту ефективної кількості Т-клітин згідно визначеному вище.
Під терміном "аберантно експресовані" автори винаходу мають на увазі, що поліпептид є надмірно експресованим у порівнянні з нормальними рівнями експресії або що ген є "мовчазним" у тканині, з якої походить пухлина, але він експресується в пухлині. Під терміном "надмірно експресований" автори винаходу мають на увазі, що поліпептид присутній на рівні, що принаймні у 1,2 рази вищий за рівень у нормальній тканині, переважно принаймні у 2 рази, та більш переважно принаймні у 5 або 10 разів вищий за рівень у нормальній тканині.
Т-клітини можуть бути отримані способами, що відомі в галузі, наприклад, тими, що описані вище.
Протоколи для цього так званого адоптивного перенесення Т-клітин добре відомі в цій галузі. Огляди можна знайти, наприклад, у роботах Ссайціопі і співавт. і Могдап і співавт. (Саціпопі еї а!., 2006; Могдап еї а)ї., 2006).
Згідно з іншим аспектом цього винаходу пропонується використання пептидів, які входять до складу комплексу з МНС, для отримання Т-клітинного рецептора, нуклеїнова кислота якого клонована і введена у клітину-хазяїн, переважно Т-клітину. Ця отримана методами генної інженерії Т-клітина може бути перенесеною в організм пацієнта для лікування раку.
Будь-яка молекула за винаходом, тобто пептид, нуклеїнова кислота, антитіло, вектор експресії, клітина, активована Т-клітина, Т-клітинний рецептор або нуклеїнова кислота, яка її кодує, є прийнятною для лікування захворювань, для яких є характерним те, що клітини уникають імунної відповіді. Таким чином, будь-яка молекула за цим винаходом може застосовуватися як лікарський засіб або в процесі виробництва лікарського засобу. Згадана бо молекула може використовуватися сама по собі або у комбінації з іншою молекулою (іншими молекулами) за винаходом або відомою молекулою (відомими молекулами).
За цим винаходом також пропонується комплект, що включає: (а) контейнер, який містить фармацевтичну композицію як зазначено вище, у розчині або у ліофілізованій формі; (б) необов'язково, другий контейнер, що містить розріджувач або розчин для відновлення ліофілізованої композиції, і (в) необов'язково, інструкції із (ї) застосування розчину або (ії) відновлення і (або) застосування ліофілізованої композиції.
Комплект може додатково включати один або більше (ії) буферів, (ім) розріджувачів, (м) фільтрів, (мі) голок або (мії) шприців. Контейнер є переважно пляшкою, флаконом, шприцом або пробіркою; і він може бути контейнером багаторазового застосування. Фармацевтична композиція є переважно ліофілізованою.
Комплекти за винаходом, переважно, включають ліофілізовану композицію за цим винаходом в належному контейнері та інструкції з її відновлення і (або) застосування. Належні контейнери включають, наприклад, пляшки, флакони (наприклад, двокамерні флакони), шприци (такі як двокамерні шприци) і пробірки. Контейнер може бути виготовленим із багатьох видів матеріалів, таких як скло або пластмаса. Переважно, комплект і (або) контейнер містить(ять) інструкції із застосування контейнера або пов'язані з контейнером, які містять вказівки щодо відновлення і (або) застосування. Наприклад, на етикетці може вказуватися, що ліофілізована лікарська форма має бути відновлена до таких концентрацій пептидів як зазначено вище. На етикетці, крім того, може бути зазначено, що лікарська форма є прийнятною для або призначена для підшкірного введення.
Контейнер із лікарською формою може бути флаконом багаторазового застосування, котрий дозволяє робити повторні введення (наприклад, від 2 до б введень) відновленої лікарської форми. Комплект додатково може включати другий контейнер, що містить прийнятний розріджувач (наприклад, розчин бікарбонату натрію).
Після змішування розріджувача та ліофілізованої форми остаточна концентрація пептиду у відновленій формі переважно становить принаймні 0,15 мг/мл/пептиду (-75 мкг) та переважно не більше З мг/мл/пептиду (-1500 мкг). Комплект додатково може включати інші матеріали,
Зо бажані з комерційної точки зору та з точки зору користувача, включаючи інші буфери, розріджувачі, фільтри, голки, шприци та вкладиші в упаковку з інструкціями із застосування.
Комплекти за цим винаходом можуть включати один контейнер, який містить лікарську форму фармацевтичних композицій відповідно до цього винаходу з іншими компонентами чи без них (наприклад, інші сполуки або фармацевтичні композиції цих інших сполук) чи включати окремі контейнери для кожного компоненту.
Переважно, комплекти за винаходом включають композицію за винаходом, упаковану для використання, в комбінації з одночасним введенням другої сполуки, такої, як ад'юванти (наприклад, 4М-С5Е), хіміотерапевтичний агент, природний продукт, гормон чи антагоніст, анти-ангіогенезний агент чи інгібітор, апоптоз-індукуючий агент або хелатор) чи їхню фармацевтичну композицію Компоненти комплекту до введення пацієнту можуть бути завчасно змішані, чи кожний компонент може бути в окремому контейнері. Компоненти комплекту можуть бути надані в одному чи кількох рідких розчинах, переважно, водному розчині, більш переважно, стерильному водному розчині Компоненти комплекту також можуть надаватись як речовини у твердому стані, які можуть бути переведені на рідини шляхом додання прийнятних розчинників, котрі переважно містяться в іншому окремому контейнері.
Контейнер терапевтичного комплекту може являти собою флакон, пробірку, колбу, пляшку, шприц або будь-який інший засіб для вміщення твердої речовини чи рідини. Зазвичай, коли є більш ніж один компонент, комплект включає другий флакон чи другий контейнер, який дозволяє окреме дозування. Комплект може також включати інший контейнер для фармацевтично прийнятної рідини. Переважно, терапевтичний комплект буде включати апарат (наприклад, одну чи кілька голок, шприци, очні піпетки, піпетку та ін.), який робить можливим введення речовин відповідно винаходу, що є компонентами цього комплекту.
Ця лікарська форма є формою, прийнятною для введення пептидів будь-яким зручним способом, наприклад, пероральним (ентеральним), назальним, очним, підшкірним, внутрішньошкірним, внутрішньом'язовим, внутрішньовенним або трансдермальним. Переважно, введення може здійснюватися підшкірно, та найбільш переважно, внутрішньошкірно інфузійним насосом.
Оскільки пептиди за винаходом були виділені з тканин раку легенів, лікарський засіб за винаходом переважно застосовується для лікування раку легенів. бо Цей винахід також стосується способу отримання персоналізованого фармацевтичного засобу (фармацевтичної композиції) для застосування для конкретного пацієнта, який включає виготовлення фармацевтичної композиції, яка містить принаймні один пептид, вибраний із "сховища" заздалегідь "просіяних" ТОМАР, в якому щонайменше один пептид, використаний у фармацевтичній композиції, вибраний таким чином, щоб підходити конкретному пацієнту. В одному з втілень фармацевтична композиція є вакциною. Спосіб може також бути пристосованим для отримання клонів Т-клітин для подальшого використання, такого як виділення ТКР, або розчинних антитіл та інших варіантів лікування. "Персоналізований фармацевтичний засіб" означає засоби лікування, спеціально адаптовані для конкретного пацієнта, які будуть застосовані для лікування лише цього конкретного пацієнта, включаючи активно персоналізовані протиракові вакцини і засоби адоптивної клітинної терапії з використанням аутологічних тканин, отриманих від пацієнта.
Термін "сховище" в контексті цього винаходу означає групу пептидів, яка заздалегідь пройшла "просіяння" (скринінг) на імуногенність і (або) надмірну презентацію у конкретному виді пухлин. Термін "сховище" не означає, що конкретні пептиди, що входять до складу вакцини, були заздалегідь виготовлені і зберігалися у фізичному об'єкті, хоча така можливість мається на увазі. Прямо передбачається, що пептиди можуть бути виготовлені де помо для кожної отриманої персоналізованої вакцини або вони можуть бути виготовлені заздалегідь і зберігатися. "Сховище" (наприклад, у формі бази даних) складається з пухлино-асоційованих пептидів, що були дуже надмірно експресовані тканинами пухлин хворих на рак легенів із різними алелями НІ А-А, НІ А-В і НГА-С. Воно може містити пептиди, що зв'язані з молекулами
МНС І класу і з молекулами МНС ЇЇ класу або подовжені пептиди, що зв'язані з молекулами
МН І класу. На додаток до пухлино-асоційованих пептидів, отриманих із декількох тканин раку легенів, сховище може містити маркерні пептиди, що зв'язані з НІ А-А"02 і НІ А-А"24. Ці пептиди дозволяють кількісно порівняти інтенсивність Т-клітинної відповіді, індукованої ТОМАР, і таким чином дозволяє зробити важливий висновок відносно здатності вакцини викликати протипухлинну відповідь. По-друге, вони виконують функцію важливих пептидів позитивного контролю, отриманих з "не-свого" антигену, у випадку, якщо у пацієнта не спостерігаються жодні вакцино-індуковані Т-клітинні відповіді на ТОМАР, отримані зі "своїх" власних антигенів пацієнта. І по-третє, воно дозволяє зробити висновки щодо стану імунокомпетентності пацієнта.
Пептиди ТОМАР для "сховища" ідентифікуються за допомогою підходу інтегрованої функціональної геноміки, що поєднує аналіз генної експресії, мас-спектрометрію і Т-клітинну імунологію (ХРгезідепі Ф). Цей підхід гарантує, що тільки ТОМАР, насправді присутні у великому відсотку пухлин, але не взагалі неекспресовані або лише мінімально експресовані на нормальних тканинах, будуть вибрані для подальшого аналізу. Для первинного вибору пептидів зразки раку легенів, отримані у пацієнтів, і зразки крові від здорових донорів аналізували з використанням поетапного підходу: 1. НІ А-ліганди зі злоякісного матеріалу ідентифікували методом мас-спектрометрії 2. Аналіз експресії інформаційної рибонуклеїнової кислоти (ІРНК) в усьому геномі використовували для ідентифікації генів, що надмірно експресуються у злоякісній тканині (раку легенів) у порівнянні з рядом нормальних органів і тканин 3. Ідентифіковані НІ А-ліганди порівнювали з даними генної експресії Пептиди, надмірно або селективно презентовані на пухлинній тканині, переважно такі, що кодуються селективно експресованими або надмірно-експресованими генами, як було визначено на етапі 2, вважали прийнятними ТОМАР-кандидатами для включення до складу мультипептидної вакцини. 4. Пошук літератури був проведений для ідентифікації додаткових свідоцтв, що підтверджують доречність використання ідентифікованих пептидів як ТОМАР 5. Доречність надмірної експресії на рівні ІРНК була підтверджена повторним виявленням вибраних ТОМАР етапу 3 на пухлинній тканині і їх відсутністю (або рідким виявленням) на здорових тканинах. 6. Для оцінки того, чи є здійсненною індукція вибраними пептидами Т-клітинної відповіді іп мімо, був проведений аналіз імуногенності іп міго з використанням Т-клітин людини, отриманих від здорових донорів, а також від пацієнтів, хворих на рак легенів.
В одному з аспектів пептиди проходять попередній скринінг на імуногенність перед тим, як їх включать до "сховища". Як приклад, що не має обмежувального значення, імуногенність пептидів, доданих до "сховища", визначають методом, що включає примування Т-клітин іп міго шляхом повторних стимуляцій СО8--Т-клітин від здорових донорів клітинами, що презентують штучний антиген, навантаженими комплексами пептид/МНе і антитілами проти СО28.
Цей метод є переважним для видів раку, що рідко спостерігаються, і для пацієнтів з рідкісними профілями експресії. На відміну від мультипептидних коктейлів зі сталим складом, 60 які у даний час вже розроблені, "сховище" дозволяє забезпечити значно кращий збіг з вакциною реальної експресії антигенів у пухлині. Вибрані "готові для застосування" індивідуальні пептиди або комбінації декількох пептидів будуть використані для кожного пацієнта у багатоцільовому підході. Теоретично, підхід, який базується на виборі, наприклад, 5 різних антигенних пептидів із бібліотеки з 50 пептидів, вже мав би привести приблизно до 17 мільйонів можливих складів лікарських препаратів.
В одному варіанті винаходу пептиди вибираються для включення до складу вакцини на основі їхньої прийнятності для конкретного пацієнта на основі способу за цим винаходом як вже описано в цьому документі або як викладено нижче.
З матеріалу пухлини і зразків крові пацієнта будуть зібрані дані щодо фенотипу НГА, транскриптомного і пептидомного аналізу з метою ідентифікувати найбільш прийнятні для кожного пацієнта пептиди "сховища" і унікальні для пацієнта (тобто мутовані) ТОМАР. Будуть вибрані ті пептиди, які селективно або надмірно експресуються в пухлинах пацієнтів і, де можливо, демонструють сильну імуногенність іп міго, якщо вони були досліджені на зразках
МКПК індивідуальних пацієнтів.
Переважно, пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифіковані методом, що включає: (а) ідентифікацію пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта; (б) порівняння пептидів, ідентифікованих в (а), зі сховищем (базою даних) пептидів як зазначено вище; і (в) вибір принаймні одного пептиду зі сховища (бази даних), який корелює з пухлино-асоційованим пептидом, ідентифікованим у пацієнта.
Наприклад, ТОМАР, які презентуються зразком пухлини, ідентифікуються за допомогою: (а1) порівняння даних експресії зі зразка пухлини з даними експресії зі зразка нормальної тканини, що відповідає типу тканини зразка пухлини, для ідентифікації білків, які надмірно експресуються або аберантно експресуються у зразку пухлини; і (а2) проведення кореляції даних експресії з послідовностями лігандів МНС, зв'язаних із молекулою МНС І класу і (або) ІІ класу, в зразку пухлини для ідентифікації лігандів МНС, отриманих із білків, що надмірно експресуються або аберантно експресуються пухлиною. Переважно, послідовності лігандів МНС ідентифікуються елююванням зв'язаних пептидів із їхніх комплексів із молекулами МНС, виділених із зразка пухлини, і секвенуванням елюйованих лігандів. Переважно, зразок пухлини і нормальна тканина отримані від того самого пацієнта.
Зо На додаток до (або як альтернатива йому) вибору пептидів з використанням моделі "сховища", ТОМАР можуть бути ідентифіковані у пацієнта де помо і потім введені до складу вакцини. Як один приклад, ТОМАР-кандидати можуть бути ідентифіковані у пацієнта шляхом (а1) порівняння даних експресії зі зразка пухлини з даними експресії зі зразка нормальної тканини, що відповідає типу тканини зразка пухлини, для ідентифікації білків, які надмірно експресуються або аберантно експресуються у зразку пухлини; і (а2) проведення кореляції даних експресії з послідовностями лігандів МНС, зв'язаних із молекулою МНС І класу і (або) ЇЇ класу, в зразку пухлини для ідентифікації лігандів МНС, отриманих із білків, що надмірно експресуються або аберантно експресуються пухлиною. Як інший приклад, білки можуть бути ідентифіковані як такі, що містять мутації, які є унікальними для зразка пухлини, по відношенню до відповідної нормальної тканини конкретного пацієнта, а ТОМАР можуть бути ідентифіковані як такі, що специфічно націлені на цю мутацію. Наприклад, геном пухлинної клітини і геном клітин відповідної нормальної тканини можливо секвенувати методом повногеномного секвенування: для викриття несинонімічних мутацій у білок-кодуючій ділянці генів геномні ДНК і
РНК екстрагують із пухлинних тканин, а нормальну немутовану геномну ДНК лінії зародкових клітин екстрагували з мононуклеарних клітин периферичної крові (МКПК). Використаний метод секвенування нового покоління (МО5) зводиться до повторного секвенування білок-кодуючих ділянок (ресеквенування екзому). З цією метою екзонну ДНК із зразків людини уловлюють за допомогою комплектів збагачення цільовими фрагментами, придбаних у постачальника, з наступним секвенуванням, наприклад, за допомогою Нібзед2000 (Шиптіпа). Крім цього, ІРНК пухлинних клітин секвенують для прямого кількісного визначення генної експресії і підтвердження того, що мутовані гени експресуються у пухлинах пацієнтів. Отримані мутації послідовностей зчитування обробляють з використанням програмно-реалізованих алгоритмів.
Таблиця результатів містить мутації і показники генної експресії. Пухлино-специфічні соматичні мутації визначають шляхом порівняння з варіаціями зародкових ліній, що походять від МКПК, і розміщують у відповідності до пріоритету. Ідентифіковані де помо пептиди можуть згодом бути досліджені на імуногенність як викладено вище для "сховища", а і ТОМАР-кандидати, що мають прийнятну імуногенність, вибирають для включення до складу вакцини.
В одному з прикладів втілень пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифікуються таким чином: (а) ідентифікацією пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються бо зразком пухлини від конкретного пацієнта описаними вище методами; (б) порівнянням пептидів,
ідентифікованих в а), зі сховищем пептидів, які пройшли попередній скринінг на імуногенність і на надмірну експресію у пухлинах у порівнянні з відповідною нормальною тканиною; (в) вибором принаймні одного пептиду зі сховища, який корелює з пухлино-асоційованим пептидом, ідентифікованим у пацієнта, і г) необов'язково, вибором принаймні одного пептиду, ідентифікованого де помо в (а) і підтвердженням його імуногенності.
В одному з прикладів втілень пептиди, що входять до складу вакцини, ідентифікуються таким чином: (а) ідентифікацією пухлино-асоційованих пептидів (ТОМАР), які презентуються зразком пухлини від конкретного пацієнта; і (б) вибором принаймні одного пептиду, ідентифікованого де помо в (а) і підтвердженням його імуногенності.
Після вибору пептидів для персоналізованої вакцини на основі пептиді виготовляється вакцина. Ця вакцина переважно є рідкою лікарською формою, що складається з окремих пептидів, розчинених у ДМСО концентрацією від 20 до 40 95, переважно приблизно від 30 до 35 95, такій як приблизно 33 95 ДМСО.
Кожен пептид, який належить включити до композиції, розчиняють у ДМСО. Концентрацію розчинів окремих пептидів необхідно вибирати залежно від кількості пептидів, які належить включити до складу продукту. Розчини окремих пептидів у ДМСО змішують у рівних частинах, щоб отримати розчин, який містить усі пептиди, які належить включити до складу продукту, з концентрацією -2,5 мг/мл для кожного пептиду. Змішаний розчин потім розводять у співвідношенні 1:3 водою для ін'єкцій з метою досягти концентрацію 0,826 мг/мл для кожного пептиду у 33 96 ДМСО. Розведений розчин фільтрують через стерильний фільтр із розміром пор 0,22 мкм. Отримують нерозфасований кінцевий розчин.
Нерозфасований кінцевий розчин розливають по флаконах і зберігають при температурі - 20 7С аж до використання. Один флакон вміщує 700 мкл розчину, що містить 0,578 мг кожного пептиду. 500 мкл цього розчину (приблизно 400 мкг кожного пептиду) будуть використані для внутрішньошкірної ін'єкції.
На додаток до можливості використання для лікування раку, пептиди за цим винаходом можуть також використовуватися як діагностичні реактиви. Оскільки пептиди генерувалися з клітин раку легенів і оскільки було визначено, що ці пептиди не є присутніми у нормальних тканинах або присутні у низькій кількості, ці пептиди можуть використовуватися для діагностики
Зо наявності раку.
Присутність пептидів за цим винаходом на біоптатах тканин у зразках крові може допомогти патоморфологу в діагностуванні раку. Виявлення певних пептидів за допомогою антитіл, мас- спектрометрії або інших методів, відомих фахівцям у цій галузі, може надати патоморфологу інформацію, чи є тканина злоякісною або запаленою або взагалі ураженою хворобою, або може використовуватися як біомаркер раку легенів. Наявність груп пептидів може дозволити віднести хворі тканини до певного класу чи підкласу.
Виявлення пептидів на зразках хворої тканини дає можливість прийняти рішення відносно користі від методів лікування за участю імунної системи, особливо якщо відомо або передбачається, що Т-лімфоцити причетні до механізму дії. Втрата експресії МНС є добре відомим механізмом, за яким інфіковані або злоякісні клітини уникають імунного контролю.
Отже, наявність пептидів свідчить про те, що цей механізм не використовується клітинами, що аналізуються.
Пептиди за цим винаходом можливо використовувати для аналізу відповіді лімфоцитів на дію таких пептидів, такої як реакція Т-клітин або відповідь антитіл на пептид або комплекс пептиду і молекул МНС. Ці відповіді лімфоцитів можливо використовувати як прогностичні маркери для прийняття рішень щодо наступних терапевтичних дій. Ці відповіді можна також використовувати як сурогатні маркери відповіді в імунотерапевтичних підходах, що мають на меті викликати відповіді лімфоцитів у різний спосіб, наприклад, вакцинацією білками, нуклеїновими кислотами, аутологічними матеріалами, адоптивним перенесенням лімфоцитів. В закладах, де застосовують генну терапію, для оцінки побічних ефектів рекомендується проаналізувати реакції лімфоцитів на пептиди. Моніторинг реакцій лімфоцитів може також бути цінним інструментом під час обстеження при подальшому спостереженні після трансплантації, наприклад, для виявлення реакцій "трансплантат проти хазяїна" та "хазяїн проти трансплантата".
Цей винахід буде проілюстрований наведеними нижче прикладами, які описують його переважні втілення, і з посиланнями на супроводжувальні фігури, але не обмежуються наведеними тут. Для цілей цього винаходу всі цитовані джерела включені в цей документ шляхом посилання в усій повноті.
На фігурах: бо На Фігурах 1 А-О показана надмірна презентація різних пептидів на нормальних тканинах і на зразках НДРЛ. На Фігурах 1Е-Е показані усі лінії клітин, нормальні тканини і ракові тканини, на яких були виявлені типові пептиди (ЕМЕЗЕРУЗМ, ЗЕО ІЮ МО: 4 (А"02) і УУТКагАЇІЇ МЕ, 5ЕО
ІЮО МО: 29 (А"24)). Фігура ТА - Ген: 5І СбА14, Пептид: ЕГІРМАЇМІ (А"02; 5ЕО ІЮ МО.2) --
Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 5 артерій, З кісткових мозки, 8 головних мозків, З молочні залози, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 7 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 16 нирок, 4 зразки лейкоцитів, 21 печінка, 1 лімфатичний вузол, 1 яєчник, 7 підшлункових залоз, 2 периферичних нерви, 1 очеревина, 1 гіпофіз, 1 плацента, З плеври, 6 прямих кишок, 2 слинні залози, З скелетні м'язи, З шкір, 2 тонких кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, З сім'яники, 2 тимуси, З щитоподібні залози, 1 сечовід, 2 матки, 2 вени, 46 легенів, 91
НДРЛ. Цей пептид був також виявлений на зразках раку підшлункової залози, раку шлунка, колоректального раку, раку стравоходу (не показані). Фігура 18 -- Ген: СОІ 6АЗ, Пептид:
ЕГРЕразАМІ. (А"02; 5ЕО ІЮО МО.:13) -- Тканини зліва направо: 1 жирова тканина, З надниркові залози, 5 артерій, З кісткових мозки, 8 головних мозків, З молочні залози, 13 товстих кишок, 1 дванадцятипала кишка, 7 стравоходів, 2 жовчних міхури, 5 сердець, 16 нирок, 4 зразки лейкоцитів, 21 печінка, 1 лімфатичний вузол, 1 яєчник, 7 підшлункових залоз, 2 периферичних нерви, 1 очеревина, 1 гіпофіз, 1 плацента, З плеври, б прямих кишок, 2 слинні залози, З скелетні м'язи, З шкіри, 2 тонких кишки, 4 селезінки, 7 шлунків, З сім'яники, 2 тимуси, З щитоподібні залози, 1 сечовід, 2 матки, 2 вени, 46 легенів, 91 НДРЛ. Цей пептид був також виявлений на зразках раку передміхурової залози, раку молочної залози, колоректального раку, раку печінки, меланоми, раку яєчника, раку стравоходу, раку підшлункової залози, раку шлунка (не показані).
Фігура 1С -- Ген: ССІ18, Пептид: МУТ5УМОІРОКЕ (А"24; 5БО ІЮО МО.23) -- Тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямі кишки, З шкіри, 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки, 9 легенів, 80 НДРЛ. Цей пептид був також виявлений на зразках раку передміхурової залози, раку шлунка (не показані). Фігура 10 - Ген: СЕМРМ, Пептид:
ВУГО5І КАЇМЕ (А"24; 5ЕО І МО. 28) -- Тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямих кишки, З шкіри, 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки, 9 легенів, 80 НДРЛ. Цей пептид був також виявлений на зразках раку печінки, раку
Зо шлунка, НКК (не показані). Фігура 1Е - Ген: ОБРА, Пептид: ЕМЕЗЕРУЗМ (А"02; Зед ІО МО.:4) --
Тканини зліва направо: 5 ліній клітин підшлункової залози, З шкіри, 15 нормальних тканин (2 стравоходи, 7 легенів, З селезінки, З шлунка), 126 ракових тканин (1 рак головного мозку, 2 раки молочної залози, 5 раків товстої кишки, 5 раків стравоходу, 2 раки жовчного міхура, 8 раків нирки, 5 раків печінки, 58 раків легенів, 11 раків яєчника, 9 раків підшлункової залози, 2 раки передміхурової залози, 1 рак прямої кишки, 4 раки шкіри, 12 раків шлунка, 1 рак яєчка). Набір нормальних тканин був таким самим, як у А-В, але тканини без виявлення не показані. Фігура 1 - Ген: РГОО2, Пептид: УУТКОБАГІМЕ (А"24; 5ЕО ІЮ МО.:29) -- Тканини зліва направо: 30 ракових тканин (1 рак головного мозку, З раки нирки, 2 раки печінки, 22 раки легенів, 2 раки шлунка). Набір нормальних тканин був таким самим, як у С-О, але тканини без виявлення не показані. На Фігурі 15 показана надмірна презентація А"24 пептиду в нормальних тканинах і зразках НДРЛ. Ген: ГАМРЗ, Пептид: КЕМОСНІТЕ (А"24; 5ЕБО ІЮО МО.:25) -- Тканини зліва направо: 2 надниркові залози, 1 артерія, 4 головних мозки, 1 молочна залоза, 5 товстих кишок, 1 серце, 13 нирок, 9 печінок, З підшлункові залози, 1 гіпофіз, 2 прямі кишки, З шкіри, 1 селезінка, 12 шлунків, 1 тимус, 2 матки і 9 легенів, 80 НДРЛ. Цей пептид був також виявлений на зразках раку передміхурової залози, раку шлунка (не показані).
На Фігурі 2 показані приклади профілів експресії (відносна експресія у порівнянні з нормальною ниркою) вихідних генів за цим винаходом, які в значній мірі надмірно або виключно експресуються у пухлинах раку легенів у панелі нормальних тканин і 38 зразках раку легенів.
Тканини зліва направо: надниркова залоза, артерія, кістковий мозок, головний мозок (весь), молочна залоза, товста кишка, стравохід, серце, нирка (три паралельні вимірювання), лейкоцити, печінка, легеня, лімфатичний вузол, яєчник, підшлункова залоза, плацента, передміхурова залоза, слинна залоза, скелетний м'яз, шкіра, тонка кишка, селезінка, шлунок, сім'яник, тимус, щитоподібна залоза, сечовий міхур, шийка матки, матка, вена, 1 нормальний (здоровий) зразок легені, 38 зразків НДРЛ. А) 5МСЯ4, В) І АМВ3З; С) ММРІ12 і О) І АМРЗ.
На Фігурі З показані типові дані дослідження імуногенності: результати проточної цитометрії після пептид-специфічного мультимерного забарвлювання. А) ЗІ СТА4-001 (ЗЕО ІО Мо. 12), В)
ІСЖЕ2ВРЗ3-001 (5ЕО ІО Мо. 120), С) ГАМОС2-001 (5ЕО ІО Мо. 121), 0) СОЇ бАЗ3-008 (5ЕО ІО Мо. 13) і Е) ГАМРЗ-001 (ЗЕО ІЮ Мо. 25).
На Фігурі 4 показані результати антиген-стимульованої проліферації СО4-Т-клітин. На фігурі 60 наведено число позитивних донорів для кожного пептиду.
На Фігурі 5 показаний приклад СО4 Т-клітинної відповіді на введення вакцини проти СЕА- 006, виявленої методом внутрішньоклітинного забарвлювання цитокінів класу Іі. Після сенсибілізації іп міго були проаналізовані МКПК пацієнта 36-031 на СО4--Т-клітинну відповідь на
СЕА-006 (верхня панель) і на імітатор (нижня панель) у пулі часових точок В8В/ВЗД. Клітини стимулювали відповідними пептидами і забарвлювали для визначення життєздатності, антитіл проти СОЗ, СО8, С04 і ефекторних маркерів (справа наліво: СО154, ТМЕ-альфа, ІЕМ-гама, ІЛ-г,
ІЛ-10), відповідно. Життєздатні СО4 Т-клітини аналізували на частку клітин, позитивних по відношенню до однієї або кількох ефекторних молекул.
На Фігурі 6 показана імуногенність контрольних пептидів у комплексі з молекулами НГА ІІ класу: На діаграмі наведені показники імунної відповіді на 5 пептидів у комплексі з молекулами
НГА ІІ класу, виявлених у 16 пацієнтів для пептидів ІМА95О і у 71 пацієнта для пептидів ІМА9У1О методом внутрішньоклітинного забарвлювання цитокінів.
ПРИКЛАДИ
ПРИКЛАД 1
Ідентифікація і кількісне визначення рівнів пухлино-асоційованих пептидів, презентованих на поверхні клітин
Зразки тканин
Зразки тканин пухлин пацієнтів були отримані з лікарні Університету Гейдельберга; лікарні
Університету Мюнхена. Зразки нормальних (здорових) тканин були отримані з Віо-Орійоп5 Іпс.,
Каліфорнія, США, Віобегме, Белтсвілл, Меріленд, США, Сарйа! ВіозЗсіепсе Іпс., Роквілл,
Меріленд, США, Сепеїсіві Іпс., Глендейл, Каліфорнія, США, Університетської клініки Женеви,
Університетської клініки Гейдельберга, Університету медицини префектури Кіото (КРОМ);
Університету міста Осака (ОС), Університетської клініки Мюнхена, РгоїеосСепех Іпс., Калвер
Сіті, Каліфорнія, СЩА, Університетської клініки Тюбінгена.
До хірургічного видалення тканин або аутопсії була одержана письмова інформована згода від усіх пацієнтів. Тканини були заморожені шоковим способом безпосередньо після вирізування та зберігались до виділення ТОМАР при температурі -70 "С або нижче.
Виділення пептидів НГА із зразків тканин
Пули пептидів НГА із заморожених шоковим способом зразків тканин були одержані імунним осадженням із твердих тканин відповідно до незначно зміненого протоколу (гаїК еї аї., 1991; зЗеедег єї а!Ї., 1999) з використанням НІ А-А"02-специфічного антитіла ВВ7.2, використанням
НІА-А, -В, -С-специфічного антитіла УУб/32, використанням СМВг-активованої сефарози, кислотної обробки та ультрафільтрації.
Аналіз методом мас-спектрометрії
Одержані пули пептидів НІГА розділялися відповідно до їхньої гідрофобності із використанням зворотно-фазної хроматографії (папоАсдийу ШРІС зуєїет, УмМаїегв), та елюйовані пептиди були проаналізовані на гібридному мас-спектрометрі ГТО-уєЇо5 (ТпегптоЕїПІесігоп) з джерелом іонів типу електроспрей (Е5І). Пептидні пули були завантажені безпосередньо на аналітичну мікрокапілярну колонку з плавленого кварцу (75 мкм в. д. х 250 мм), заповнену зворотно-фазним сорбентом С18 розміром 1,7 мкм (Умаїег5), із застосуванням швидкості потоку 400 нл на хвилину. Згодом пептиди були розділені з використанням двоетапного 180-хвилинного бінарного градієнту з 10 95 до 33 96 розчинника В при швидкості потоку 300 нл на хвилину. Градієнт був забезпечений розчинником А (0,1 95 мурашиної кислоті у воді) та розчинником В (0,1 96 мурашиної кислоті в ацетонітрилі). Був використаний скляний капіляр із золотим покриттям (РісоТір, Мем/ ОБіесіїме) для введення в джерело іонів нано-ЕбІ.
Мас-спектрометри ГТО-Огбйгар працювали в інформаційно-залежному режимі з використанням стратегії ТОР5. Стисло, цикл сканування був ініційований з повним скануванням при високій точності визначення маси на Огріїгар (К-30 000) з наступними сканами МС/МС також на Огрігар (К-7500) на 5 найбільш поширених прекурсорних іонах з динамічним виключенням раніше вибраних іонів. Тандемні мас-спектри були інтерпретовані програмою ЗБЕОШЕ5Т з додатковим контролем в ручному режимі. Ідентифікована пептидна послідовність була підтверджена порівнянням генерованої моделі фрагментації природного пептиду з моделлю фрагментації синтетичного контрольного пептиду з ідентичною послідовністю.
Відносне кількісне визначення на основі даних РХ-МС без використання ізотопної мітки здійснювалось підрахунком іонів, тобто екстракцією і аналізом компонентів РХ-МС (Миеїег еї аї., 2007). Цей метод базується на припущенні, що площі піків РХ-МС сигналів пептиду корелюють з його кількістю у зразку. Екстраговані компоненти були потім піддані обробці методами деконволюції за зарядовими станами і вирівнювання часу утримання (Миеїег еї аї., 2008; 5їШтт еї а!., 2008). Нарешті, компоненти РХ-МС були піддані обробці методом перехресних посилань з бо результатами ідентифікації послідовностей з метою об'єднати кількісні дані різних зразків і тканин у профілі презентації пептидів. Кількісні дані пройшли двоярусну нормалізацію відповідно до основної тенденції, з урахуванням варіабельності технічних і біологічних повторних вимірів. Отже, кожний ідентифікований пептид можна зв'язати з кількісними даними, що дозволяє провести відносний кількісний аналіз між зразками і тканинами. Крім того, усі кількісні дані, отримані для пептидів-кандидатів, були перевірені вручну для забезпечення погодженості даних і перевірки точності автоматичного аналізу. Профілі презентації були розраховані для кожного пептиду, які дозволяють оцінити середній рівень презентації у зразку, а також варіацію повторних вимірювань. На профілях зіставляються зразки раку легенів з фоновим рівнем зразків нормальних тканин.
Профілі презентації типових надмірно презентованих пептидів показані на Фігурі 1.
Показники презентації типових пептидів наведені у Таблиці 15 і Таблиці 16.
Таблиця 6: Показники презентації. У таблиці наведений перелік пептидів, що зв'язуються з
НГА-А"02, які надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жї-ж), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних (здорових) тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (тк). 77.79 АЗОТОМ 0 0МеМ5001 Їж 11796 ЇАМОІАРРКМ////////////// РАРЕЗ00ТЇЇГ/З | 7777777 кс 98 |МІУРНЕРТАМ 0 оОМБОМО0ї |! 77777172 17789 ЇАШОВРРІ 7777777 оКб00177/Ї11111111сксИсИЙ20
Таблиця 7: Показники презентації. У таблиці наведений перелік пептидів, що зв'язуються з
НІГА-А"24, які надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жї-), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (жк).
11160 |5УРАКІЗЕ 7 0РІШЯ4796001 | 77777721 66 (ОМРОСГАКЕ 7777777 0615-0017 Ї77171717171717171сяннюс72 68 |АВМЕММОВ 0 0МВЕб00Ї | 77771717янню77сИ720 1.69 |ТМААІМ5КАТЕ /////////// ОБАРТОЇ /-З-/| 2 -:: - я- 49щб б
ПРИКЛАД 2
Профілі експресії генів, що кодують пептиди за винаходом
Надмірна презентація або специфічна презентація пептиду пухлинних клітинах у порівнянні з нормальними клітинами є достатньою для можливості його використання в імунотерапії, а деякі пептиди є пухлино-специфічними незважаючи на те, що їхній вихідний білок зустрічається також у нормальних тканинах. Все ж, отримання профілю експресії ІРНК додає додатковий рівень безпеки у виборі пептидних мішеней для імунотерапії. Це особливо важливо для варіантів терапії з високим ризиком для безпеки, таких як ТКР із дозрілою афінністю, де ідеальний пептид буде отриманий з білка, унікального для пухлини і який не виявлений у нормальних тканинах.
Джерела та приготування РНК
Зразки тканин, видалені хірургічним шляхом, були придбані у зазначених вище джерел (див.
Приклад 1) після одержання письмової інформованої згоди від кожного пацієнта. Зразки пухлинної тканини були миттєво заморожені в рідкому азоті безпосередньо після хірургічної операції та пізніше гомогенізовані з використанням ступки та товкача під рідким азотом.
Тотальна РНК була приготована з цих зразків з використанням реактиву ТКІ (Атріоп,
Дармштадт, Німеччина), з наступним очищенням за допомогою КМеазу (ОІАСЕМ, Хільден,
Німеччина); обидві методики виконувались за протоколом виробника.
Тотальна РНК зі здорових тканин людей була одержана комерційним шляхом (Атріоп,
Хантингтон, Велика Британія; Сіопіесп, Гейдельберг, Німеччина; 5бігаїадепе, Амстердам,
Нідерланди; ВіоСпаіїп, Хейард, Каліфорнія, США). РНК від кількох осіб (від 2 до 123 осіб) були змішані таким чином, щоб РНК від кожної особи була рівнозважена.
Якість та кількість усіх зразків РНК були оцінені на біоаналізаторі Адіепі 2100 (Адіїепі,
Вальдброн, Німеччина), з використанням комплекту ЕМА 6000 Рісо І арсСпір Кії (АдіїепО).
Експерименти з використанням мікрочипів
Аналіз генної експресії усіх зразків РНК пухлинних і нормальних тканин був виконаний з використанням олігонуклеотидних мікрочипів Айутеїгіх Нитап Сепоте (НС) О133А або НОо- 133 Ріюиз 2.0 (Апутеїгіх, Санта Клара, Каліфорнія, США). Усі етапи виконувалися відповідно до посібника АПутеїгіх. Стисло, дволанцюгова кДНК була синтезована з 5-8 мкг тотальної РНК, з використанням Зирегзогірі КЕТІ! (Іпмігодеп) та оліго-4Т-Т7-праймеру (МУУС Віоїесі, Еберсберг,
Німеччина), як описано в посібнику. Транскрипція Іп міго була виконана з використанням комплекту маркування РНК-транскриптів ВіоАггау Нідп місій КЕМА Тгапвзосгірі Гарейпо Ки (ЕМ2О ріадповійсв, Іпс., Фармінгдейл, Нью-Йорк, США) для чипів О1З3ЗА або комплекту СепесСпір ІМТ
І абеїїїпо Кії (АПутеїгіх) для чипів 0133 Рів 2.0, після чого були здійснені КРНК- фрагментація, гібридизація та забарвлювання стрептавідин-фікоеритрином та біотинільованим анти- стрептавідиновим антитілом (МоїІесціаг Ргобе5, Лейден, Нідерланди). Зображення були скановані приладом Адііепі 2500А СепеАітау бсаппег (01З3ЗА) або АпПутеїйіх Ссепе-СНпір Зсаппег 3000 (0133 Ріє 2.0). Дані аналізувалися за допомогою програми 5СО5 (АПутейіх), з використанням стандартних установок для усіх параметрів. Для нормалізації були застосовані 100 службових генів, наданих компанією АйЙугптеїйіх. Відносні значення експресії були розраховані по відношенням логарифмів зареєстрованих сигналів, наданим комп'ютерною програмою, причому значення для нормального зразка тканин нирки було довільно встановлене на 1,0. Типові профілі експресії вихідних генів цього винаходу, які дуже надмірно або виключно експресуються у тканинах раку легенів, показані на Помилка! Джерело посилання не знайдено.. Показники презентації додаткових типових генів наведені у Таблиці 17 і Таблиці 18.
Таблиця 8: Показники презентації У таблиці наведений перелік пептидів, що зв'язуються з
НІГА-А"02, які отримані з генів, що надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (ї--), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (її) або надмірно презентуються на
Зо пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (тк). 7.6 |80о5ІМІМ 7 Ї8ЕТ0О0ЇЇ 7771/1111 1178 ФАШМЕЗЕМ 0 ФОБВАб0О02 77777777 17171711
Таблиця 9. Показники презентації У таблиці наведений перелік пептидів, що зв'язуються з
НІГА-А"24, які отримані з генів, що надзвичайно надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (ї--), в значній мірі надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (їж) або надмірно презентуються на пухлинах у порівнянні з панеллю нормальних тканин (тк).
ПРИКЛАД З
Імуногенність іп міго пептидів, презентованих молекулами МНС І класу
Щоб отримати інформацію стосовно імуногенності ТОМАР за цим винаходом, автори винаходу провели дослідження з використанням примування Т-клітин іп мійго на основі повторної стимуляції СО8-Т-клітин штучними антиген-презентуючими клітинами (штучними
АПК), навантаженими комплексами пептид/МНе і антитілами проти СО28. У такий спосіб автори винаходу змогли показати імуногенність на цей час 84 ТОМАР за цим винаходом, рестриктованих за НІ А-А"02, що продемонструвало, що ці пептиди є епітопами Т-клітин, проти яких в організмі людини існують попередники СО8--Т-клітин (Таблиця 19).
Примування СО8 Т-клітин іп міго
Для проведення стимуляцій іп міго штучними антиген-презентуючими клітинами, завантаженими комплексом пептид-МНС (рмнНео) та антитілами проти СО28, спочатку були виділені СО8--Т-клітини зі свіжих продуктів лейкаферезу НІ А-А"02 шляхом позитивного відбору з використанням анти-СО8 мікрогранул (Мінепуі Віоїес, Бергіш-Гладбах, Німеччина) здорових донорів, отриманих із Клініки Університету міста Мангейм, Німеччина, після одержання інформованої згоди.
МКПК і виділені СОвж-лімфоцити інкубували аж до використання в Т-клітинному середовищі (ТОМ), що складається з КРМІ-СІшщатах (Іпмігодеп, Карлсрує, Німеччина) з додаванням 10 95 термічно інактивованої АВ-сироватки людини (РАМ-Віоїесі, Ейденбах, Німеччина), 100 Од/мл пеніциліну/100 мкг/мл стрептоміцину (Сатбгех, Кельн, Німеччина), 1 мМ пірувату натрію (СС
Рго, Обердорла, Німеччина), 20 мкг/мл гентаміцину (Сатбгех). Цитокіни у концентраціях 2,5 нг/мл ІЛ-7 (РготосеїЇ, Гейдельберг, Німеччина) та 10 Од/мл ІЛ-2 (Момапів Рпагта, Нюрнберг,
Німеччина) також додавалися до ТСМ на цьому етапі культивування.
Приготування мікросфер, покритих рМНе і антитілами проти СО28, Т-клітинні стимуляції та зчитування виконувалися у добре вивченій системі іп міго з використанням чотирьох різних молекул рМНеС для кожної стимуляції і 8 різних молекул рРМНеС для кожної умови зчитування.
Очищені костимулювальні антитіла мишачого І(дДо2а проти СО28 людини АБ 9.3 (ипа еї аї.,
1987) були хімічно біотинільовані за допомогою сульфо-М-гідроксисукцинімідобіотину, як рекомендовано виробником (Регбіо, Бонн, Німеччина). Використовували полістирольні гранули діаметром 5,6 мкм, покриті стрептавідином (Вапоз І арогайогіе5, Іллінойс, США). рМНС, використаними як позитивний і негативний контроль, були А"0201/МІ А-001 (пептид
ЕГАСІСІИ ТМ (ЗЕБЕО ІЮ МО. 163) з модифікованого Меїап-А/МАВТ-1) та А"0201/00Х5-001 (У РАЇМНІ з 0ОХ5 (ЗЕО ІО МО. 164), відповідно.
В 96-лункові планшети вносили 800 000 мікрогранул/200 мкл у присутності 4 х 12,5 нг різних біотинільованих комплексів РМНС, промивали та додавали 600 нг біотинільованих антитіл проти СО28 в об'ємі 200 мкл. Стимуляція була проведена в планшетах на 96 лунок шляхом спільного інкубування 1 х 105 СО8--Т-клітин із 2 х 105 промитих мікрогранул з покриттям у 200 мкл ТОМ з доданням 5 нг/мл ІЛ-12 (Рготосеї|) протягом З днів за температури 37 "С. Половина середовища була потім замінена свіжим ТОМ з доданням 80 Од/мл ІЛ-2, та інкубування продовжували 4 дні за 37 "С. Цей цикл стимуляцій був виконаний загалом три рази. Для зчитування з РМНО-мультимерів з використанням 8 різних молекул РМНС для кожної умови зчитування застосовувалося двомірне структурне кодування як описано раніше (Апаегзеп еї аї., 2012) з невеликими модифікаціями, які стосуються зв'язування з п'ятьма різними флуорохромами. Нарешті, був проведений аналіз мультимерів за допомогою забарвлювання клітин барвником для визначення їхньої життєздатності І іме/деай у ближньому ІК-діапазоні (Іпмігодеп, Карлесрує, Німеччина), клону антитіл СО8-РІТС 5КІ1 (ВО, Гейдельберг, Німеччина) і флуоресцентних РМНОС-мультимерів. Для аналізу використовували цитометр ВО І ЗКІІ БОКР, обладнаний відповідними лазерами і фільтрами. Пептидо-специфічні клітини були розраховані як відсоток від загальної кількості СО8-позитивних клітин. Оцінка результатів мультимерного аналізу була виконана за допомогою комп'ютерної програми Ріомл)о (Тгее Заг, Орегон, США).
Примування іп міго специфічних мультимер-позитивних СО8- лімфоцитів було визначене порівнянням зі стимуляціями негативних контролів. Імуногенність для даного антигену визначалася, якщо було виявлено, що принаймні одна оцінювана іп міго стимульована лунка одного здорового донора містить специфічні СО8--Т-клітини після стимуляції іп міго (тобто коли ця лунка містила хоча б 195 специфічних мультимер-позитивних серед СО8-Т-клітин та відсоток специфічних мультимер-позитивних клітин був принаймні в 10 разів більше медіанного
Зо значення стимуляцій відповідних негативних контролів).
Імуногенність іп міго пептидів із тканин раку легенів
Для перевірених пептидів НГА | класу імуногенність іп міго можна продемонструвати генерацією пептидо-специфічних Т-клітинних ліній. Типові результати проточної цитометрії після ТОМАР-специфічного мультимерного забарвлювання для З пептидів за винаходом показані на Фігурі 3, разом із відповідними негативними контролями. Результати для 84 пептидів за винаходом зведені у Таблиця 19.
Таблиця 19. Імуногенність іп міго пептидів НІ А-А"02 за винаходом
Типові результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго, проведених подавцем заявки, для пептидів за винаходом. «20 96 - -; 20 90-49 95 - ---; 50 90-69 95 - ян; » - 70 96 - нижня 1116 Ї8ЕЛО0МЇ 1111111111111111111янЇ11111сння 1118 ФОВАбОЮВЄ 77777771 Ї111сння 019 фмМемМмбо0ї 11111717111111111ю1Ї111111снни
1111196 0РАРЕЗЮЮЇ 77777771 | ння | 77 яння 111798 дроМБоМо 77777771 || лню 189 0оКе00111111111111111111111111111сяю | ян
Таблиця 20. Імуногенність іп міго пептидів НІ А-А"24 за винаходом
Типові результати експериментів по визначенню імуногенності іп міго, проведених подавцем заявки, для пептидів за винаходом. «20 96 - -; 20 90-49 95 - ---; 50 90-69 95 - ян; » - 70 96 - я 11166 (8і5001777777777771111111111111111111я1Ї11111янні1 11168 ЇМВЕ6О01Ї 77777771 177171717171лянняю|11111янні 111169 ПОвАРІЯЮТЇ ЗУ" '//ССС/С|17777ССсяї11 111
ПРИКЛАД 4
Синтез пептидів
Усі пептиди були синтезовані стандартним і широко використовуваним методом твердофазного синтезу пептидів за стратегією Етос. Ідентичність і чистоту кожного окремого пептиду визначали методами мас-спектрометрії і аналітичної ЗФ-ВЕРХ. Пептиди одержували у вигляді білих або брудно-білих ліофілізатів (солей фторацетатів) чистотою »85 95. Усі ТОМАР переважно вводять у вигляді трифторацетатних солей або ацетатних солей, використання інших солей також можливе.
ПРИКЛАД 5
Аналіз зв'язування з МНС
Пептиди-кандидати для Т-клітинної терапії за цим винаходом були додатково перевірені на здатність зв'язуватися з МНС (афінність). Окремі комплекси пептид-МНСО були отримані УФф- індукованим обміном лігандів, за якого УФ-чутливі пептиди розщеплюються під дією Уф- випромінювання, і аналізується продукт обміну з пептидом, що вивчається. Тільки пептиди- кандидати, які здатні ефективно зв'язуватися з пептид-сприйнятливими молекулами МНС і стабілізувати їх, попереджають дисоціацію комплексів із МНС. Для визначення виходу реакції обміну проводили аналіз методом ЕЇІ5А на основі виявлення легких ланцюгів (В2т) стабілізованих комплексів із МНС. Аналіз проводили згідно з загальним описом у роботі
Коаепко і співавт. (Нодепко еї а!., 2006). 9б-лункові планшети МАХІЗогр (МОМС) були покриті протягом ночі розчином 2 мкг/мл стрептавідину у РВ5 при кімнатній температурі, 4 рази промиті і блоковані протягом 1 год. при 37"С у 295 розчині БСА, що містить блокувальний буфер. Ренатуровані мономери НІА-
А"02:01/МІ А-001 використовувались як стандарти, охоплюючи діапазон 115-500 нг/мл.
Мономерні комплекси пептид-МНСОС, продукти реакції обміну, що протікає під дією Уф- випромінювання, розводили у 100 разів у блокувальному буфері. Зразки інкубували протягом 1 год. за температури 37 "С, промивали чотири рази, інкубували з 2 мкг/мл кон'югованих із пероксидазою хріну антитіл проти В2т протягом 1 год. за температури 37 "С, знову промивали і визначали з розчином ТМБ, реакцію зупиняли за допомогою МНаг5О». Поглинання вимірювали
Зо при 450 нм Пептиди-кандидати, що демонстрували високий вихід реакції обміну (переважно вище 50 95, найбільш переважно вище 75 95) є зазвичай переважними для синтезу і продукції антитіл або їх фрагментів і (або) рецепторів Т-клітин або їх фрагментів, оскільки вони показують достатню авідність до молекул МНС і попереджають дисоціацію комплексів МНС.
Таблиця 21. Показники зв'язування з молекулами МН І класу «20 95 - -; 20 95-49 95 - ---; 50 90-75 90 -- нн; з - 75 96 - Я
11101060 |РШЯ4796:001..ЙЙЙЙЙ777777771711711711111111111111сяннсС2 11008010 |ЕХВТО 117 Ї1711111111111111сянс2
ПРИКЛАД 6
Абсолютне кількісне визначення рівнів пухлино-асоційованих пептидів, презентованих на поверхні клітин
Отримання зв'язувачів, таких як антитіла і (або) ТКР, є трудомістким процесом, який можна провести лише для обмеженої кількості вибраних мішеней. У випадку пухлино-асоційованих і пухлино-специфічних пептидів критерії вибору включають, але не обмежуються ними, винятковість презентації і щільність пептиду, презентованого на поверхні клітини. На додаток до виділення і відносного кількісного визначення пептидів, як описано у прикладі 1, автори цього винаходу проаналізували абсолютну кількість копій пептиду на одну клітину Підрахунок числа копій пептиду ТОМАР на одну клітину в зразках солідних пухлин потребує абсолютного кількісного визначення пептидів ТОМАР, визначення ефективності виділення ТОМАР і числа клітин на зразку тканини, що аналізується. Експериментальні етапи описані нижче.
Кількісне визначення пептидів методом нано РХ-МС/МС
Для точного кількісного визначення пептидів методом мас-спектрометрії для кожного пептиду була побудована калібрувальна крива з використанням методу внутрішнього стандарту. Внутрішнім стандартом є подвійно мічений ізотоп версії кожного пептиду, тобто дві мічені ізотопом амінокислоти були введені під час синтезу ТОМАР. Він відрізняється від пухлино-асоційованого пептиду лише своєю масою, але не має відмінностей у інших фізико- хімічних властивостях (Апаегзоп еї аї., 2012). Внутрішній стандарт вводили як стандартну добавку у кожний зразок для МС, і усі МС сигнали були нормалізовані відносно МС сигналу внутрішнього стандарту для згладжування можливих технічних флуктуацій між результатами
МС вимірювань. Калібрувальні криві були зняті принаймні у трьох різних матрицях, тобто елюатах пептиду НІ А з природних зразків, подібних до звичайних зразків для МС, і кожний препарат пройшов вимірювання у двох прогонах на мас-спектрометрі. Для оцінки МС сигнали були нормалізовані відносно сигналу внутрішнього стандарту, а калібрувальну криву розраховували методом логістичного регресійного аналізу. Для кількісного визначення пухлино- асоційованих пептидів із зразків тканини у відповідні зразки також вводили внутрішній стандарт
Зо як стандартну добавку; здійснювали нормалізацію МС сигналів відносно сигналу внутрішнього стандарту і кількісне визначення за допомогою калібрувальної кривої пептиду.
Ефективність виділення комплексів пептид/МНСО
Як і для кожного процесу очищення білків, виділення білків із зразків тканини пов'язано з певними втратами білка, що вивчається. Для визначення ефективності виділення ТОМАР були отримані комплекси пептид-МНОС для всіх пептидів ТОМАР, вибраних для абсолютного кількісного визначення. Щоб розрізнити комплекси пептид-МНС, до яких вводили стандартні добавки, і комплекси з природними пептидами, були використані версії ТОМАР із однократним міченням ізотопом, тобто одна мічена ізотопом амінокислота була введена під час синтезу
ТОМАР. Ці комплекси були додані як стандартні добавки до свіжеприготованих лізатів тканин, тобто у найранішій можливій точці процедури виділення ТОМАР, а потім уловлені у вигляді комплексів природний пептид-МНС у подальшому афінному очищенні. Таким чином, вимірювання ступеня вилучення однократно мічених ТОМАР дозволяє зробити висновки щодо ефективності виділення індивідуальних природних ТИОМАР. Ефективність виділення аналізували на низькій кількості зразків, і її значення були зіставні для цих зразків тканин.
Навпаки, ефективність виділення індивідуальних пептидів є різною. Це наводить на думку, що ефективність виділення, хоча й визначена лише у невеликій кількості зразків тканин, можна екстраполювати на будь-який інший тканинний препарат. Однак є необхідним аналізувати кожний ТОМАР індивідуально, оскільки ефективність виділення неможливо екстраполювати з одного зразка на інші.
Визначення числа клітин у твердій замороженій тканині
Щоб визначити число клітин у зразках тканин, для яких проводили підрахунок абсолютної кількості пептиду, автори винаходу застосували аналіз вмісту ДНК. Цей метод є застосовним до широкого діапазону зразків різного походження і, що найбільш важливо, до заморожених зразків
(ЕГогзеу апа Спацйанигі, 2009; АїЇсовзег єї аїЇ., 2011; 5йма єї аЇ., 2013). Під час стандартної процедури виділення пептидів із зразка тканини отримували гомогенний лізат, із якого відбирали невелику аліквоту. Аліквоту ділили на три частини, із яких виділяли ДНК (набір
ОіаАтр ОМА Міпі, Оіадеп, Хільден, Німеччина). Сумарний вміст ДНК у кожному зразку виділеної
ДНК кількісно визначали флуоресцентним методом кількісного визначення ДНК (набір для кількісного визначення ОцбБії азхоОМА Н5, І Ме ТесппоЇодіеєх, Дармштадт, Німеччина) щонайменше у двох повторних вимірюваннях. Щоб розрахувати число клітин, була побудована стандартна крива ДНК за результатами вимірювань на аліквотах одиничних здорових клітин крові у діапазоні певних чисел клітин. Стандартну криву використовували для розрахунку загального вмісту клітин із сумарного вмісту ДНК у кожному зразку виділеної ДНК. Середнє значення загального числа клітин у зразку тканини, який використовували для виділення пептидів, екстраполювали з урахуванням відомого об'єму аліквот лізату і загального об'єму лізату.
Кількість копій пептиду на одну клітину
Використовуючи дані згаданих вище експериментів, автори винаходу розрахували кількість копій ТОМАР на одну клітину, розділивши загальну кількість пептиду на загальне число клітин у зразку, з наступним діленням на ефективність виділення. Кількість копій клітин для вибраних пептидів наведена у Таблиці 22.
Таблиця 10: Абсолютні кількості копій. У таблиці наведені результати абсолютного кількісного визначення у зразках пухлин НДРЛ. Медіанні кількості копій на клітину наведені для кожного пептиду: «100 -: ж; 25-100 -:--; 51000 - ж--я 5-10 000 - -ні-. Наводиться кількість зразків, для яких є в наявності оцінювані високоякісні дані МО. 98 (роМБоМо0ї Їж 11111118
ПРИКЛАД 6
Кількісне визначення проліферації Т-клітин у відповідь на пептиди, презентовані молекулами НГА ЇЇ класу
Описані нижче експерименти підсумовують результати кількісного визначення проліферації
Т-клітин під дією вибраних пептидів ТОМАР, що зв'язуються з молекулами МН ІІ класу. Дев'ять із 10 перевірених пептидних антигенів виявилися імуногенними. Одинадцять із 21 оцінюваних зразків Т-клітин показали позитивну відповідь на принаймні один пептид. Індивідуальні пептидні антигени стимулювали проліферацію СО4--Т-клітин у аж до 6 донорів. Ці показники порівнянні з результатами для п'яти контрольних пептидів, досліджених у тих самих прогонах експериментів з кількісного визначення, і з імуногенністю, яку продемонструвала більшість пацієнтів у клінічних випробування вакцини. Таким чином, можна зробити висновок, що нові досліджені пептиди також мають високий потенціал індукції Т-клітинних відповідей у випробуваннях вакцин.
З метою оцінки вибраних пептидів щодо їх потенціалу, особливо як кандидатів для включення у вакцини, була визначена їх імуногенність іп міго шляхом аналізу проліферації Т- клітин з використанням комерційно доступного Набору для визначення проліферації Т-клітин компанії Ргоїттипе.
Для вибраних пептидів були проаналізовані зразки СО8-виснажених клітин крові, отриманих у здорових донорів. Пептиди, які викликають проліферацію СО4-Т-клітин, потенційно можуть сприяти залученню до імунної відповіді Т-хелперів і, таким чином, вважатися імуногенними.
Проліферацію СО4-Т-клітин визначали за допомогою мічення карбоксифлюоресцеїн- сукцинімідиловим естером (СЕБЕ). У клітинах, що проліферують, СЕБЕ розподіляється рівномірно між клітинами, що діляться. Таким чином, проліферацію можна виміряти як зменшення флуоресценції СЕЗЕ у клітинах, що вивчаються.
Таблиця 23. Вибрані пептиди, що зв'язується з молекулами НІ А ЇЇ класу 86 |ММРІ2007 ІЗАОСІВСІЮБІУМОЮОРК 0 |Цязаявка./7/ 7.80 (САМС2003 |ОАМОМУІТЕАОКУЮТА 0 |Цязаявка./7/ 89 МОР2ВРЗ-002 КІМОМІЗЕМААР5 (Ця заявка./7/
Принцип методу
Зразки мононуклеарних клітин периферичної крові (МКПК), отримані від здорових добровольців, біли вибрані із банку клітин РгоІттипе виходячи з експресії алеля НІ А-ОВВІ1.
СО8:Т-клітини зі зразків крові донорів перед використанням були піддані виснаженню, щоб запобігти отриманню хибно-позитивних результатів. СО4-Т-клітини, що залишилися, були мічені
СЕЗЕ ії згодом піддані інкубації з 5 мкМ кожного вибраного пептиду. Кожний пептид пройшов аналіз у шести паралельних лунках. Фонове значення було отримане на кожному планшеті в шести нестимульованих контрольних лунках.
Після періоду інкубації 7 днів клітини були піддані сумісному забарвлюванню антитілами проти СО4 і проаналізовані методом проточної цитометрії. Ступінь проліферації визначали шляхом вимірювання зменшення інтенсивності флуоресценції СЕБЕ.
Обробку даних проточної цитометрії проводили з використанням програмного забезпечення
Ріомо Зоїмаге (Тгее Заг, Іпс.). Результати аналізу методом проточної цитометрії виражали як відношення популяції СО4"аіт-клітин до загальної популяції СО4" клітин. Ступінь проліферації виражали як відсоток стимуляції вище фону, тобто як частку антиген-стимульованих СО4СЕЗЕ діт-клітин мінус частка СО4-СЕ5БЕ діт-клітин із нестимульованих контрольних лунок. Для кожного зразка розраховували середнє значення і відповідну середньоквадратичну похибку для середнього значення (ЕМ) шести повторних вимірювань.
Вибір донорів
Донорів вибирали виходячи з експресії алелів НІ А-ОРВІ1. Інші два локуси НГА ІІ класу (0О і
ОР) не включали в аналіз. Цікаві алелі ОМКВІ були вибрані відповідно до частот передбачуваного зв'язування з пептидами на основі алгоритму ЗУЕРЕЇТНІ (Ваттепзвзеє вї аї., 1999). Для НГА-ОК зв'язування визначали через прогнозований показник специфічності зв'язування за 5УЕРЕЇТНІ, який дорівнює 18 або вищий за нього. Цей пороговий показник специфічності зв'язування був визначений на основі результатів аналізу показників специфічності зв'язування лігандів НІГ А-ОК, про які відомо з публікацій, що вони здатні до проміскуїтетного зв'язування (Таблиця 24).
Таблиця 24: Прогнозовані показники специфічності зв'язування за ЗМЕРЕЇТНІ для зв'язування НГА-ОК з пептидами, щодо яких є експериментальні свідчення зв'язування з кількома алелями НІГА-ЮОК. Прогнозовані показники наведені лише для випадків, якщо зв'язування з зазначеним алелем ОК було виявлено експериментально. Якщо інформація для алелів ОК, отримана методами з високою розділювальною здатністю, відсутня, результат має позначку "7. 23 із 26 (89 95) показників за ЗУЕРЕЇТНІ становлять 2-18, якщо зв'язування для алеля показане експериментально.
З5Х2 45-59
Ше
ЗЕО І МО: 170
МАСЕ АЗ:11-125
ВАВКМАЕЇ МНЕ КУА ре 26" 23"
ЗЕО ІО МО: 171
МАСЕ АЗ:а46-16о
ПруївКавввіді Зі" 28" рей рей
ЗЕО І МО: 172
МАСЕ АЗ'91-205
СОМОІМРКАСІТ ПМ ре 207 14
ЗЕО ІЮ МО: 173
МАСЕ АЗгві1-з95
ТЗУМКМІ ННМУКІЗОа аг 28" 28"
ЗЕО ІЮ МО: 174
МУ-ЕБО-1121-138
МІ 'КЕЄТУБОМІЇ ТІВ Т 22 24 14
ЗЕО ІЮ МО: 175
НЕН2/пеиввз-воо се 1511
ЗЕО ІЮ МО: 176
РАОВЕ
ІО-Аа|КЦІ -циклогексил-Аїа
МААМ/ТІ КААГО-АІа) 26 Щ 28 28 17 24
ЗЕО І МО: 177
Згідно до запиту компанії Рго!ттипе, усі алелі ОКВІ1 з частотою зв'язування, вищою ніж 20 95, по всіх вибраних пептидах мають бути включені у панель донорів. На 4 інші малопоширені алелі ОКВІ (0КВ1710:01, ОКВ1716:01, ОКВ1"08:01 і ОКВ1713:03) був додатковий запит.
Комбінована панель донорів наведена у Таблиці 26.
Таблиця 26
Панель донорів. Розподіл алелів НГ А-ОРВІ для 21 вибраного донора
Результати дослідження імуногенності іп міго
Антиген-стимульована проліферація СО4-Т-клітин вважалася за індикатор імуногенності іп міго і була проаналізована на комерційно доступному Наборі для визначення проліферації Т- клітин компанії РгоІттипе. Ступінь антиген-стимульованої проліферації СО4-Т-клітин виражали як відсоток стимуляції вище фону. Позитивною вважалася відповідь вища за 0,02 95 стимуляції вище фону з величиною 5ЕМ-2 (тобто величини на дві стандартні похибки вищі ніж фон)
Дев'ять із 10 вибраних пептидних антигенів (за виключенням ЕМ1-002) були визнані позитивними. Одинадцять із 21 оцінюваних зразків Т-клітин показали позитивну відповідь на принаймні один пептид (Фігура 4). Індивідуальні пептидні антигени стимулювали проліферацію
Сра-Т-клітин у аж до 6 донорів.
Порівняння імуногенності іп мімо з іп міго
Аналіз проліферації Т-клітин включав 5 пептидів з відомою імуногенністю іп мімо як позитивні контролі. Імуногенність цих пептидів іп мімо була визначена у зразках крові вакцинованих цими пептидами пацієнтів у клінічному випробуванні методом внутрішньоклітинного забарвлювання (ІС5) цитокінів СО4 Т-клітин.
В принципі, методом ІС5 аналізують якість конкретних Т-клітин що стосується їхньої ефекторної функції. З цією метою мононуклеарні клітині периферичної крові (МКПК) рестимулювали іп міо досліджуваним пептидом, контрольним пептидом і негативним контролем (у цьому документі -- ІМІТАТОР). Після цього рестимульовані клітини забарвлювали для виявлення продукції ІЕМ-гама, ТМЕ-альфа, ІЛ-2 та ІЛ-10, а також експресії костимуляторної молекули СО154. Підрахунок забарвлених клітин здійснювали на проточному цитометрі (Фігура 5).
Аналіз імуногенності виявив 100 Фо-ну імунну відповідь після вакцинації пептгидами ІМА950 (ВІВ-002 ії МЕТ-005) у 16 пацієнтів (випробування ІМА950-101) і імунну відповідь від 44 95 до 86 95 після вакцинації пепгидами ІМАУ1О (СЕА-006, ТОЕВІ-004 і ММР-001) у 71 пацієнта (випробування ІМАУ910-101) (Фігура 6).
Результати дослідження імуногенності іп міго пептидів з відомою імуногенністю іп мімо були
Зо порівняні з результатами вибраних пептидів (Таблиця 27). Результати показали, що пептиди позитивного контролю стимулюють проліферацію СО4-Т-клітин у 7 з 21 дослідженого зразка донорів. Інтенсивність стимульованої відповіді у середньому була вище фону на від 0,09 95 до 0,31 95 у аж до 4 зразків донорів на пептид. Наприклад, інтенсивність стимуляції ВІК-002 для становила 0,24 95. У різних клінічних випробуваннях було виявлено, що ВІК-002 має високий низьким рівень імуногенності. ВІК-002 досліджували як компонент пептидної вакцини, специфічної проти раку передміхурової залози, у клінічному випробуванні на 19 оцінюваних пацієнтах, організм яких експресує різні алелі НГА-ОА (Реуегабепа еї а!., 2009). У шістнадцяти (84 95) пацієнтів виробилася сильна СО4кТ-клітинна відповідь проти ВІК-002 (М/ідептеуєег вї аї., 2008), що свідчить про його високий імуногенетичний потенціал. У випробуванні ІМАУ5БО 100 95 (п-16) пацієнтів виявили імунну відповідь проти ВІК-002.
У порівнянні, за виключенням ЕМ1-002, вибрані для даного аналізу пептиди стимулювали проліферацію СО4-Т-клітин у загалом 11 досліджених зразках донорів. Таким чином, інтенсивність стимульованої відповіді у середньому була вище фону на від 0,19 95 до 0,48 95 у аж до 6 зразків донорів на пептид. Ці величини біли аналогічні інтенсивності стимульованої відповіді на високо імуногенний пептид ВІК-002. Що цікаво, для усіх пептидів позитивного контролю частка позитивних зразків донорів у аналізі імуногенності іп міго (діапазон від 4 до 19 95) була значно нижчою, ніж частка пацієнтів, у яких виробилася імунна відповідь проти цих пептидів у клінічних випробуваннях (діапазон від 44 до 100 95). Ці спостереження означають, то сучасне налаштування аналізу імуногенності іп мій досить консервативне і, вірогідно, недооцінює імуногенність пептидів у клінічних умовах. Таким чином, можна очікувати, що 9 із 10 досліджуваних пептидів, дуже ймовірно, викликають імунну відповідь іп мімо у більшості пацієнтів у клінічних випробуваннях.
Таблиця 27
Результати визначення проліферації Т-клітин в умовах дії вибраних пептидів і пептидів позитивного контролю з відомою імуногенністю іп мімо
Число позитивних Інтенсивність відповіді: 111186 |ММРІ2007Ї | 77771712 17717171717171717111028СсС1С 88 МТевВбО0ї 7 | 77777767 17717171717171111023СсС2С 71717790 ф|БАМС2003 7 Ї7777771771731111171111111111111027сСсС1С 189 фМР2вВРАО02 | 77777773 7777 17771711 о40ссСсС2С 11010167 |ММРб0ї 7 Ї77771717171712111111711711171717171717111009сС21С
Перелік посилань
АаІюпеп, К. єї аї., Вг.У Сапсег 100 (2009): 1055-1060
Арає!2анНетг, Е. еїаї!., Титоиг.Віої. (2015)
Асиі, Н. В. єї аі., Сапсег Везєагсі 66 (2006): 7968-7975
Аанікагу, С. ега!., РІ о5.ОМЕ. 8 (2013): ев4324
Адагмаї, В. єї а)!., Сііпіса! Сапсег Везєагсі 15 (2009): 3654-3662
АїІсозег, 5. У. ві аІ., ВМО.Віоїеснпої. 11 (2011): 124
АЇІзоп, у). Р. вегаі., Зсієпсе 270 (1995): 932-933
Коо) Апаегзеп, В. 5. еї аї., Маї. Ргоїос. 7 (2012): 891-902
Апаегзоп, М. І... еї а!., У Рготеоте.Нез 11 (2012): 1868-1878
Аррау, М. егаї., Єиг.У Іттипої!. 36 (2006): 1805-1814
Авіенії), І. А. єї а!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1806 (2010): 230-239
Вадіадіїан, Ріїно І. єї аї., Опсої! Вер. 21 (2009): 313-320
Ває, 9. 5. вї аІ., Віоспет.Віорпуз.Ве5.Соттип. 294 (2002): 940-948
Ваїпа, 5. єї аІ., Опсодепе 29 (2010): 2893-2904
ВапснНегеаи, 5. єї а)І., Сапсег Вев. 61 (2001): 6451-6458
Вагоо, 5. еї аІ., Віоспет.Віорпуз.Ве5 Соттип. 400 (2010): 606-612
Вагізси, 5. єї а!., У Мешговсі. 12 (1992): 736-749
Веацу, а. єї а!., У Іттипої 166 (2001): 2276-2282
Ведазв, «4. 0., Маїшге 275 (1978): 104-109
Ведпаті, М. 0. еїаї., Нит. Раїної. 41 (2010): 1120-1127
Ве|ап, Регак Н. еї аї., Оіадп.Раїної. 7 (2012): 165
Вепасдіїйо, Р. еї аІ., Нит.Миаї. 32 (2011): Е2246-Е2258
Вепіатіпі, М. єї аї., Чоштаї! ої Ше Воуаї 5аїйвіїса! босівеїу.бегієз В (Меїподоіодіса!), Мої.57 (1995): 289-300
Вегопег, А. еї аї., У Ехр.Сіїп Сапсег Вевз. 28 (2009): 25
Вега, А. евї а!., Нівїоспет.Сеї! Віої. 133 (2010): 467-475
Вепоп, Р. єї аІ., Ат.) Нит.Сіепеї. 62 (1998): 1416-1424
Віга, А. МУ. еї аї., У Сеї! Віої. 182 (2008): 289-300
Віапсо, М. А. єї аї., СеїІ Без 22 (2012): 1339-1355
Віаєси, а. Ї... еї аі!., Віоєззаув 21 (1999): 932-939
Воззаго, б. єї аї., Ії.) Сапсег 131 (2012): 855-863
Возіюот, Р. єї аІ., ВМО.Сапсег 11 (2011): 348
Воипег, у. М. еї а!., Реоївїп Епод 16 (2003): 707-711
Вгадипа, Н. Н. єї а!., У Апаї. 214 (2009): 516-559
Вгаштипет", Н. еї аї., Маїиге (2013)
Вгоззані, Р. єї а!., Віоса 90 (1997): 1594-1599
Вгпискаогтетг", Т. егаі!., Сит.РНагт.Віоїеснпої. 5 (2004): 29-43
Вуте, А. евї аі!., Ехр.Сеї!І Нез 316 (2010): 258-271
Саїабгезе, РК. еї а!., Раїпоіоду 44 (2012): 192-198
Сао, У. еї а)., Сапсег І ейї. (2015)
Сареї!іо, М. єї аІ., РЕВ5 У 278 (2011): 1064-1074
Саррег!о, Р. єї а!., Іпї У Сапсег 125 (2009): 639-648
Сага, К. Р. єї а)., Сапсег Іттипої.ІттипоїНег. 53 (2004): 345-357
Са!тої, С. МУ. еї а!., Маї Сеї! Віої. 11 (2009): 896-902
Саїа!до, 0. 0. єї аї., СеїЇ Мої.Віо!.(Моіву.-Іе-Ягапа) 49 (2003): 875-884
Сеагезв, 5. єї аї., Сіїп пд Сапсег 12 (2011): 172-179
Коо) Сегуапієз, М. 0. еїа!., Мої.Сеї! Вісі. 26 (2006): 4690-4700
Спакгабогі, 5. єї а!., Мо!.СеїІ Віоспет. 253 (2003): 269-285
Снаті, М. еї аІ., Опсодепе 19 (2000): 2877-2886
Спапаїег, 5. еї аІ., Віоспет.Віорпуз.Ве5 Соттитп. 228 (1996): 421-429
СНнапа, О. б. єї а)ї., СііпісаІ Сапсег Везвєагсі 12 (2006): 5746-5754
Спапоск, 5. .). еї аІ., Нит.Іттипої. 65 (2004): 1211-1223
Снеп, 0. В. єї а!., Апіісапсег Рез. 30 (2010): 4135-4140
Снеп, а. єї аі., Віотеєд. Рез Іпі. 2014 (2014): 230183
Снеп, у). ега!., Сапсег Сеї! 19 (2011): 541-555
Спеп, М. РЕ. еїаї!., У Мої.Меа 87 (2009): 307-320
СнНеп, Р. єї аї., У Мо/.Нівєю!. 43 (2012): 63-70
Снеп, 0. єї а!., Медіаютгз.ІпПатт. 2013 (2013): 928315
Спеп, 2. 5. вії аІ., РЕВ5 У 278 (2011): 3226-3245
Спеоп, 0. у. еї а!., Сіп.Сапсег Вев. 20 (2014): 711-723
СНідпеї-Енгізтапи, В., Зетіп.Сапсег Віої. 4 (1993): 301-310
СНідпеї-Енгізтапи, В. еї аї., ) Раїної. 200 (2003): 488-499
Сно, М. Н. еїаї., Опсодепе 23 (2004): 845-851
Сної, К. ). єї аї., Іпг ) Сапсег (2010)
Спипо, КЕ. М. єї аї., У ЗБ!игу.Опсої 102 (2010): 148-153
Сігак, М. єї аі., Мед.Опсої 30 (2013): 526
Сопеп, С. у. еї аї., У Мої.Несодпії. 16 (200За): 324-332
Сопеп, С. У. єї аї., У Іттипої. 170 (20035): 4349-4361
Сопеп, 5. М. еї а!., Ргос.Маї!.Асад.5сі.0.5.А 69 (1972): 2110-2114
Соїїдап, 4. Е. еї аіІ., Ситепі Ргоїосоїв іп Ргоївіп Зсієпсе (1995)
СоІотрбенцйі, 5. єї аї., У Іттипої. 176 (2006): 2730-2738
Сопае-Регегргіпа, «у. С. еїа!., Охіа.Меа.Сеї! Гопдеум. 2012 (2012): 728430
Соорег, С. В. єї аї., У Сеї! Віоспет. 104 (2008): 2298-2309
Соорег, МУ. А. еї аї., Нівіораїпоіоду 55 (2009): 28-36
Согаеєв, С. єї а!., Апіісапсег Нез 30 (2010): 3541-3547
Стеідніоп, С. у. еї аІ., МоЇ.Сапсег Нез З (2005): 119-129 (510) Ба Еого, Р. 0. єї а!., Сііпіса! Сапсег Незеагсі 14 (2008): 5825-5832
Оаї, Т. М. єеї аї., У Ехр.Сіїп Сапсег Нез 33 (2014): 64
Рамідзоп, М. О., Кеїо У Меа. 56 (2007): 14-20 де 5оцйга Меуєг, Е. І... ега|., Сіїп Епдостіпо!(Ох) 62 (2005): 672-678 ре, Воєеск А. евї аї., Ргоїєотісв. 13 (2013): 379-388 ре, са Р. єї аЇ., Мої Сапсег Нез 9 (2011): 1078-1090 ре, Мпієпаї, М ега!., Віотаткеїз 18 (2013): 516-524
Оееіеу, В. а. єї а!., Рпузіо! Рем. 86 (2006): 849-899
Оепа)еї, «. єї аї., Сіїп Сапсег Вев. 12 (2006): 4163-4170
ОепкКбрего, а. еї а!., У Іттипої. 171 (2003): 2197-2207
Оепії, А. М. еї а)ї., Маїшге 432 (2004): 231-235
Оепувз, Н. єї а!., Вг.) Сапсег 90 (2004): 1443-1449
Опагтамагат, Н. М. еї а!., Маїсіх Віо!ї. 16 (1998): 343-348 роіг2під, Н. єї а)., Сапсег Іттип. 5 (2005): 10 опо, 5. еї а!., У Мештораїної!.Ехр.Меишго!. 64 (2005): 948-955
ОгискКег, К. Ї.. єї аІ., Фепе5 Спготозотевз.Сапсег 48 (2009): 854-864
ОшШак, А. М. еї а)ї., Маї Сепеї. 45 (2013): 478-486
ЕЗІоїї, А. М. єї аї., Апп М.У.Асай.5сі. 1062 (2005): 29-40
ЕПвуоп, В. Е. єї аї., Сіїп. Ехр.Меїавзіавів 26 (2009): 205-213
Евсобваг!-Ноуоз, І. Е. егаіІ., Мод. Раїної. 27 (2014): 621-630
Езріпоза, А. М. еї а!., РІ о5.ОМЕ. 8 (2013): е55975
Ема!й, 9. А. еїга!., РІГ о5.ОМЕ. 8 (2013): е55414 еак, К. еї а!ї., Майте 351 (1991): 290-296
Еапо, МУ. У. єї а!ї., Асіа Віоспіт.Віорпув.5іп.(Зпаподнаї) 37 (2005): 541-546
ЕРапо, 7. О. еї аї., Сепеї.Мо!.Вев. 12 (2013): 1479-1489
Еепа, С. у. єї а!., Апіїсапсег Вез 28 (2008): 3763-3769
Еіпаєї5-Нозеу, «. у. єї а!., Віоїтесп.Нівіоспет. 87 (2012): 24-29
Ріпдеїв-Нозеу, «). у. еїаіІ., Нит.Раїної. 41 (2010): 477-484
Еіогепіїпі, С. єї а)І., Ехр.СеїЇ Без 323 (2014): 100-111
Еопа, Г. єї аї!., Ргос.Маїй.Асай.5сі.0.5.А 98 (2001): 8809-8814
Зо Еогзеу, В. МУ. єї а!., ВіоїесНппої!.Г ен. 31 (2009): 819-823
Еееїге, «. еї а!., Раїпо!.Невз. Ргасі. 210 (2014): 879-884
Еиснвз, В. С. егаіІ., Ат.У РНузіо! Савігоіпіеві І їмег РНузіо! 286 (2004): С467-с2478
Еиснв, РЕ. еї аї., Мої Зузі.Віо!. 6 (2010): 370
Еційа, А. еї аї., Міиспом/в Агеп. 460 (2012): 163-169
Еикиаа, Т. єї а!., У Нізюснет.Суюспет. 55 (2007): 335-345
ЕиКипада-Каїабів, М. еї а!І., Опсодепе 29 (2010): 6115-6124
Ешег-Расе, Р. У., ВМА.Віої. 10 (2013): 121-132
ЕшикКаума, Т. еї аі., Зсі.Вер. 1 (2011):161
Ешгшагпі, У. еї аі!., Віоспет..) 389 (2005): 675-684
Сабтомісн, 0. І. егаі., Маї.Меа 2 (1996): 1096-1103
Сагпеї, М. .. еї а!., Маї.Сеї! Віої. 11 (2009): 1363-1369
Саціпопі, І. єї а)., Маї.Вем.Іттипої. 6 (2006): 383-393
Ссіпози, 5. егаІ., Ссупесої.Опсої 119 (2010): 114-120 сиібрз, М. еї аІ., Ат.) Нит.Сепеї. 64 (1999): 1087-1095 сіїКев, 0. М. еї а!., Мо! Сапсег Вез 11 (2013): 456-466
СпІаднацо, І. Р. ега!., Нізіораїйоіоду 56 (2010): 345-355
Спайс, 5. єї а)., Ргос Маїй.Асайд.5сі.0.5.А 100 (2003): 8862-8867
Соакіп, А. еї аї., п Іттипої! 9 (1997): 905-911
Сюопла!є?, А. І. вї а)І., Нит.Раїної. 35 (2004): 840-849
Соодеп, М. еї а!., Ргос.Маїй.Асай.5сі.0.5.А 108 (2011): 10656-10661
Согтіп Вімав, М. .). єї а)., Нерашюіоду 28 (1998): 986-993
Согтіп-Вімав, М. у. егаі., Апп 5игу 231 (2000): 67-73 стгаї, Р. єї а!., Міпі.Вем.Мейа.Снет. 10 (2010): 527-539
Стгаї, М. егаї., Ємг.) Наєтай!і. 75 (2005): 477-484
Стееп, М. В. еї аї!., МоїІесшіаг Сіопіпу, А ІГарогаїюгу Мапиаї 4 (2012)
Стеепів!а, Е. А., Апіїродієв: А І арогаюгу Мапиаї 2па (2014)
Стгедогу, К. Е. єї а!., / Вопе Міпег.Рез. 16 (2001): 2005-2016
Стипаа, .. М. єї а!., Сіїп Сапсег Вев. 16 (2010): 2890-2898
Стирр, К. єї а!., Мої Опсої 7 (2013): 1001-1011 (510) Сира, М. єї а!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1741 (2005): 215-223
Сиріа, М. еї аІ., супесої.Опсої 100 (2006): 8-13
Надетапт, Т. єї аі., Єшг.) Сапсег 37 (2001): 1839-1846
Нататою, В. евї а!., Сапсег 5сі. 97 (2006): 113-118
Нап, «. еї аї., Сеї!! 125 (2006): 887-901
НаппізааїЇ, К. єї а!., Неай Меск 32 (2010): 1354-1362
Наїпа, . еї аІ., Меоріазта 59 (2012): 728-736
Не, Р. ві аЇ., Сапсег 5сі. 98 (2007): 1234-1240
Негапава, І. єї аі., Опсодепе 29 (2010): 3758-3769
Нодозоп, 9. сх. єеї аі., Мешиго Опсої 11 (2009): 477-487
Ноїтапп, Н. 5. єї аіІ., Ат.) Везріг.Стії Саге Меа. 170 (2004): 516-519
Ноїтапп, Н. 5. еї а!., Сіїпіса! Сапсег Везвагсі 11 (2005): 1086-1092
Ноос, ЕК. Е. еї а!., Віоагспіесішиге. 1 (2011): 105-109
Нопатоп, А. М. єї а!., Сапсег Везвєагсі 66 (2006): 6149-6155
Ношгтпап, В. М. еї а)., Апіісапсег Нез 23 (2003): 161-165
Ни, ХУ. ві а)., Сагсіподепевів 34 (2013): 176-182
Ниапо, С. ега!., Сапсег Ерідетіо!.ВіотаКегв Ргєум. 21 (2012а): 166-175
Ниапо, С. ї. еї а!., У Сіїп Опсої 23 (2005): 8765-8773
Ниапо, М. У. єї а!., ОМА Сеїі Віо!. 31 (20125): 625-635
Ниапо, Т. еї аї., Іі.) Сіїп Ехр.Раїної. 7 (2014): 1544-1552
Нио, чу. еїга!., Агсп.Оептацй|!.Нев. 302 (2010): 769-772
Нулапа, М. Г. еї аї., У Іттипої. 179 (2007): 5829-5838
Нулапа, У. 5. єї аі., Неай Меск 34 (2012): 1329-1339
Іда-Мопетосні, Н. еї а!., Мод. Раїної. 25 (2012): 784-794
Ітадоте, К. єї а)., Сапсег ВіоІ. Тег 10 (2010): 1019-1026
Індоуеп, М. еї аї., Мо!.Сапсег 9 (2010): 130
Івпікама, М. єї аї., Сіїп Сапсег Вев. 10 (2004): 8363-8370
Івпікаума, У. еї а!., У Віої.Спет. 283 (2008): 31584-31590
Іоспі, 5. еї аї., Ргос.МаїйІ.Асай.Зсі.0.5.А 96 (1999): 9628-9632
Імапом, 5. М. єї аі!., Віоспет.Віорпуз.Нез.Соттип. 370 (2008): 536-540
Зо Уепо, У. М. еї а!., Вг.) Зига 96 (2009): 66-73
Уепзеп, К. еї аї., У Раїйпої. 221 (2010): 193-200
У,ппа, С. К. еї аї., Раїної пі 56 (2006): 503-509
Уипо, С. єї аї., Ргос Маї! Асай 5сі 0 5 А 84 (1987): 4611-4615
Карбаган, о. еїаї., РІ о5.ОМЕ. 5 (2010): е10770
Кадага, Н. еї аі!., Сапсег Ргєм.Нез (Ра) 2 (2009): 702-711
Капаї, У. еї аї!., Мої Азресів Меа. 34 (2013): 108-120
Каппо, А. ві аї., Іпі у) Сапсег 122 (2008): 2707-2718
Кагапіга, М., Опсодепе 30 (2011): 127-138
КагипакКагап, 5. єї аї., У Віої.Спет. 286 (2011): 31830-31838
Кавігіпов, КЕ. вї аІ., Зетіп.Опсої! 34 (2007): 418-424
Каїасдіїї, С. еї а!., У Оєптайю|.5сі. 57 (2010): 95-101
Катю, М., Сит.Огид Тагодеїв. 9 (2008): 565-570
Каюн, М. еїаї., Іпі У Мої.Меа 19 (2007): 273-278
Кеппеаду, А. евї аї., Іпі У Сапсег 124 (2009): 27-35
Кірре, А. Н., НапароокК ої Рпаптасецшіїса! Ехсірієпів га (2000)
Кікисні, А. еї а!., Асіа Рнпузіої! (Ох) 204 (2012): 17-33
Кікисні, У. еї аї., ) Нізїоспет.Суїоспет. 56 (2008): 753-764
Кіт, С. Н. єї аї., Бига Мешгої. 54 (2000): 235-240
Кіт, С. М. еїа|., Опсо!.Вер. 27 (2012): 608-620
Кіт, Е. Н. ега|., Опсодепе 29 (2010а): 4725-4731
Кіт, Н. 5. єї аї., Когеап У Іпіегт.Меа. 25 (20105): 399-407
Кіт, 5. еї а!., Когєап У) Нерапй!. 10 (2004): 62-72
Кіанага, 0. єї а!., Сапсег Вев. 61 (2001): 3544-3549
Кпідні, Н. М. еї аІ., Ат У Нит.Сепеї. 85 (2009): 833-846
Когозес, В. вії аІ., Сапсег Сепеї. Суюдепеї. 171 (2006): 105-111
Кіїєд, А. М., Маї.Рем.Огпа бівсоу. 5 (2006): 471-484
Киап, б. Т. єї а)ї., СііпісаІ Сапсег Везеагсі 12 (2006): 1970-1982
Киапа, 5. О. єї аї., еикетіа 22 (2008): 1529-1538
Кибо, Н. ега!., ВМО.Сапсег 14 (2014): 755 60 Кидо, У. єї а)І., Сапсег Везвєагсі 66 (2006): 6928-6935
Кмоп, 0. Н. ега!., Віоспет.Віорпуз.Ке5.Соттип. 406 (2011): 539-545
КуУсп, У. У. єї аІ., Опсої! Рез 18 (2009): 141-151
І абрієд, 5. єї аІ., Нит.Рергоа. 24 (2009): 113-121
І адапуї, А. єї аЇ., Сапсег Іттипої.ІттипоїНег. 56 (2007): 1459-1469
І атба, 4. К. ега)І., Рпатптасодепотісв. 15 (2014): 1565-1574
І аподбеїп, Ї. єї а!., У Віої.Спет. 285 (2010): 36909-36921
Ї апдепекКіоїд, М. еїа!., Зсапа.у Савзітоепієгої!. 48 (2013): 563-569
І ам, Е. егаІ., ЕМВО Вер. 7 (2006): 425-430
Ї еє, «. І. еї аї., Мопа у Сіавігоепіегої. 18 (2012): 4751-4757
Ї еє, У. еї аї., Маїшге 425 (2003): 415-419
Ї ее, У. К. єеїга!., Вг.) Сапсег 101 (2009): 504-510
І еіїмо, І. еї аІ., Сапсег Сепеї. Суюодепеї. 156 (2005): 104-113
Ії, б. ві аї., Ргоїеотісв. 6 (2006): 547-558
Ії, Н. В. вї а!., У Стапіотас.Зигу. 22 (2011): 2022-2025
Її, у. вії аі!., Сапсег Вісі. Тег. 10 (2010а): 617-624
Її, у. О. еї а)... Ії.) Опсої! 22 (2003): 1101-1110
Її, М. ега!., па Сапсег 69 (20105): 341-347
ЇИї, Х. ві аї., Меоріазта 59 (2012): 500-507
М, М. М. єї аі., АРМІБ5 122 (2014): 140-146
Папо, МУ. у. еї аї., Аі.2Непад. 27 (2008а): 460-465
Пап, У. еї аї!., У Мешгоопсої!. 86 (20086): 133-141
Мао, В. еї а/.., У Віої.Спет. 286 (2011): 31145-31152
Мао, В. еї а/.., У Віої.Спет. 280 (2005): 18517-18524
Паау, М. єї аї., Маї.Меа. 18 (2012): 980-987
Гіт, «. Н. єї а)!., У Сеї! Віоспет. 105 (2008): 1117-1127
Мп, 0. М. еї аї., попоапиа Віпа.Гі Хие.7а пі. 35 (2006): 540-544
Ііпазкод, С. єї аІ., ЕАБЕВ У (2014)
І Щепв, 5. Н. ві а!., Ттепаз Сеї! Віої!. 16 (2006): 376-383
Пи, 9. егаі., Раїйої.Нез Ргасі. 206 (2010): 602-606
Ко) Пи, Т. егаї., Р о5.ОМЕ. 7 (2012): е45464
Пи, 2. еїа|., Мої Мешигобіо!. 47 (2013): 325-336
Циподгеп, Н. а. єї аї., У Ехр.Мес 162 (1985): 1745-1759
Гон, Е. ві а!.., У Віоії.Спет. 279 (2004): 24640-24648
Ї опдепескег", В. М. єї аї!., Апп М.У.Асад.5сі. 690 (1993): 276-291
Ги, О. егаі., Ат.) Би!игоу.Раїної. 35 (2011): 1638-1645
Ги, У. ега)І., Ат.) Тгапві.Нез З (2010): 8-27 идавззу, С. еї аї., У Сшап.Раїйої. 36 (2009): 1237-1243
І иКа»в, Т. у. еї аі., Ргос.Маї!.Асайд.5сі.0.5.А 78 (1981): 2791-2795
Ї опабіад, В. І, Снетіса! Неадепів юг Ргоїєїп Модіїїсайоп Зга (2004)
Гм, М. еї аІ., Ехр.Г пд Невз. 41 (2015): 74-83
Ма, І. У. еї а!., Агсп.Мей Рез 40 (2009): 114-423
Ма, Т. 5. еїга., СеїЇ Саїсішт 26 (1999): 25-36
Ма, У. єї а!., Сііпіса! Сапсег Везеагсі 12 (2006): 1121-1127
Масіє/|сгук, А. еї а!., ) Нівїоспет.Суюоспет. 61 (2013): 330-339
Маскіє, Е. 5. еї а!., У Сеї! Віої. 107 (1988): 2757-2767
Масі еппап, 0. Н. еї а!., У ВіоЇ.Спет. 272 (1997): 28815-28818
Маєабет, С. еї аї., Маї Бігисі.Мої!.Віої. 16 (2009): 42-48
Магнаї, К. М. еїа!., Азіап Рас.) Сапсег Ргєу. 14 (2013): 3403-3409
Мапаа, В. еї а!., Віоспет.Віорпуз.ВНе5.Соттип. 275 (2000): 440-445
Мапзійа, РЕ. еї а!., У Мої Меа (Ве) 87 (2009): 85-97
Магеснапоа, М. еї аї., Іпї.уУ.Сапсег 80 (1999): 219-230
Магеснапоа, М. еї аї!., Іпї.уУ Сапсег 63 (1995): 883-885
МесіеїПапа, 5. Е. ег аіІ., ЕМВО У 26 (2007): 5033-5047
МеМапизє, К. У. еї а!., Ргос.Маїй.Асайд.5сі.0.5.А 106 (2009): 3276-3281
Мегзенет, 5. еї а)., Егопі Епдостіпо!(І аизаппе) 5 (2014): 127
Меїг, В. І. ві а)ї., Вгеазі Сапсег Вез 9 (2007): 58
Меїг, В. І. ега)ї., СеїЇ Сусіє 4 (2005): 315-322
Меуєг, Е. Ї.. ві а!., Мої.СеїЇ Епаостіпо!. 289 (2008): 16-22
Меієге, С. єї а!., У Іттипої 159 (1997): 3230-3237 60 Міаає!, Р. ес аІ., ВМО.Сапсег 10 (2010): 578
Мікаті, Т. єї а!., Ога! Опсої. 47 (2011): 497-503
Міетг, М. Н. еїаї., Нит.Нетгеа. 74 (2012): 36-44
Мііомапоміс, Т. еї аї., Іпі.У Опсої 25 (2004): 1337-1342
Моспігикі, 5. еї аІ., Сапсег 5сі. 98 (2007): 621-628
Могаап, В. А. вії а!., 5сіепсе (2006)
Моті, М. еї аї., Тгапзріапіайоп 64 (1997): 1017-1027
Могіа, У. еї а!., У Нераїо!. 59 (2013): 292-299
Мотгті5, М. В. еї аІ., Опсодепе 29 (2010): 2104-2117
Мопага, І. єї аї., Сіїп Сапсег Вев. 12 (2006): 3435-3443
Моз55, 0. К. еї а!., У СеїЇ сі. 122 (2009): 644-655
Миеї!ег, Г.. М. еї аї., У Реоїєоте.Нев. 7 (2008): 51-61
Миеї!ег, Г.. М. єї а!., Ргоїєотісв. 7 (2007): 3470-3480
Митрего, 0. єї аї., Ргос.Маї.Асайд.5сі.0.5.А 96 (1999): 8633-8638
Мигакаті, М. еї аї!., У Сіїпй Епдостіпо!.Метаб 85 (2000): 4403-4406
Маод, А. єї а!., АМА.Віої. 9 (2012): 334-342
Мага, 0. еї аІ., Нот.У Могрпої.Етьгуо!. 52 (2011): 1261-1267
Мезпе, Е. О. еї а!., Маї Меа. 4 (1998): 328-332
Місавігі, А. єї аї., У Ргоїеоте.Нез (2014)
Мієної, М. єї аї., савігоепіегоіоду 134 (2008): 1191-1202
МізпіпаКатига, Н. єї аї!., Редіаї".Мернгої. 26 (2011): 1463-1467
Мода, Т. еї аі., мет Ії. 32 (2012): 110-118
Мопез, К. еї аї., Іі.) Сапсег 135 (2014): 1110-1118
Одеттаїй;, А. евї аї!., Маї Сепеї. 14 (1996): 191-194
ОН, 5. Р. ві а)., аепотісв 14 (1992): 225-231
Ота, 5. єї аї., Опсої! Вер. 8 (2001): 1063-1066
Опеада, Р. е! аї., Іпі.уУ Опсої 36 (2010): 1209-1215
Овігоїї, В. М. еї а!., РІ о5.ОМЕ. 5 (2010): е15003
Рак, 5. Н. еіга!., Сіїпіса! Сапсег Везвєагсй 13 (2007): 858-867
Рагоп, І. егаї., Р о5.ОМЕ. 6 (2011): е21684
Разстеєаи, а. евї а!., ) ВіоЇ.Спет. 284 (2009): 5497-5505
Райцегзоп, С. Е. еї а!., Сеї! Бігез5.Спарегопев. 10 (2005): 285-295
Райцегзоп, С. Е. еї аї., Мої.Віо!.Сеї! 11 (2000): 3925-3935
Регпетаї!т, М. еї аї., / Ргоїеоте.Нез 12 (2013): 3934-3943
Ретіп-Тгісаца, б. єї а), РІ о5.ОМЕ. 6 (2011): е29390
Регитаї, 0. ега!., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е43589
Ріпнеїго, у). єї аїЇ., піте: Ііпеаг апО Мопіпеаг Міхей ЕЧесі5 Модеїв (пир./СвВАМ.В- рго|есі.ога/расКе-піте) (2015)
Ріебап:»кі, М. еїа!., Єик.у Іттипої 25 (1995): 1783-1787
Ріопев, Т. єї аї., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е41746
РоКгоузКауа, І. О. єї аї., Сіусобвіоіоду 21 (2011): 1554-1569
Ропіїзвзо, Р. єї а!., Вг.) Сапсег 90 (2004): 833-837
Ропа, С. еї а!., Мігоїюду 202 (1994): 949-955
Ргадез, С. єї аі., Суюдепеї бепоте Нез 98 (2002): 160-168
Ргазад, Р. єї аІ., ВМО.Меа.Сепеї. 11 (2010): 52
Рирріп, С. єї аї., У Епдостіпої. 197 (2008): 401-408
Ритгі, М. еїа)., Віої. Рзуспіайгу 61 (2007): 873-879
Риуо), М. еї а!., Сапсег Сеї! 18 (2010): 63-73
Оп, С. єї аї., Мо! Меа.Рер. 9 (2014): 851-856
Ои, Р. еї а)., Сапсег Незеагсі 69 (2009): 7252-7261
Опаазв, М. еї аї., Сеї! Сусіє 11 (2012): 4661-4672
Ва)китаг", Т. єї аіІ., ВМО.Сапсег 11 (2011): 80
ВатакгізНпа, М. єї а!., РІ о5.ОМЕ. 5 (2010): е9983
Ватігег, М. Е. еї аї., У Сіїп Іпмеві 121 (2011): 226-237
Ваттепзев, Н. а. єї аї!., Іттиподепеїїсв 50 (1999): 213-219
ВеіптшШ, М. еї аі., Оібсп. Мей. Моспепзенг. 140 (2015): 329-333
ВепкКкопеп, 5. вї а!., Неай Меск (2012)
Венцід, МУ. У. еї аї., Сапсег Везєагсі 53 (1993): 3327-3335
Венід, МУ. У. єї аї., Іпї у) Сапсег 58 (1994): 385-392
Віпі, В. І. егаіІ., Сапсег 107 (2006): 67-74 бо ВіркКа, 5. вї аі!., Сагсіподепевзів 28 (2007): 1178-1187
Віїгепіпаї!ег, у. 0. еї аї., Мої Віозуві. 4 (2008): 1160-1169
Воск, К. Ї. єї а)., 5сіепсе 249 (1990): 918-921
Водепко, В. єї а!., Маї. Ргоїос. 1 (2006): 1120-1132
Воадпіпадєп, 0. К. єї аі!., Вадіоїег.Опсої! 86 (2008): 314-320
Воетег, А. вї а!., Опсої Вер. 11 (2004а): 529-536
Воетвег, А. еї аї., У Огої. 172 (20045): 2162-2166
Вотаопгоїї, 5. ег аІ., Ат .) Раїної. 174 (2009): 762-770
Возе, А. А. вї а!., Мої! Сапсег Нез 5 (2007): 1001-1014
Воцну, ». 0. еї аї., У Сеї! Віої. 197 (2012): 381-389
Виап, К. еїа!., Сеї! Мої.Сіте Зсі. 66 (2009): 2219-2230
З3-І ейіпіє | ипдепКаггіпот, 020/007, (2011) задага, М. єї а)І., Віоспет.Віорпуз.Нез.Соттип. 252 (1998): 117-122 заїкі, В. К. егаІ., Зсієпсе 239 (1988): 487-491 закипіабйнаї|, А. єї а!., Маї Сепеї. 21 (1999): 271-277
Затапіа, 5. вії аІ., Опсодепе 31 (2012): 4689-4697 затеег", А. 5. еї а!., Биг.уУ Сапсег Ргем. 23 (2014): 246-257 запавеї, М. Н. єї а)ї., Сііпіса! Сапсег Везеагсі 11 (2005): 2576-2582 запа, 0. Х., СеїЇ Нез 8 (1998): 171-177 загаї, М. єї аї., Мисівїс Асіаз Ве. 36 (2008): 5441-5450 заїому, В. єї а!., Сііпіса! Сапсег Везеагсі 16 (2010): 2518-2528 зсапіап, М. У. єї аі., Ргос Май.Асайд.5сі.0.5.А 91 (1994): 5657-5661 зЗесНаїКеп, 4). А. еїаі., Отоіоду 62 (2003): 11-20 зЗепеда, В. еї аї., Мої.Сеї! Віої. 29 (2009): 943-952 зЗеПівуреп, у. 5. еї аї., Ії.) Сапсег 106 (2003): 905-912
ЗесНпеїаег, 0. єї а!., Віоспіт.Віорпуз.Асіа 1588 (2002): 1-6 зЗепиеїг, 0. 5. ві а|І., Сапсег Везеагсі 66 (2006): 5278-5286 зЗеедег, КЕ. Н. евї а!., Іттиподепеїйсзв 49 (1999): 571-576
ЗЕЕНВ 5іаї Гасів, (2014), пир'//веег.сапсег.дом/ зпаїкпірганіт, 2. еї а!., Іпі.) Мої Мед. 28 (2011): 605-611
Зпао, ОВ. єї а)І., Сапсег Ве. 66 (2006): 4566-4573
ЗПарреї), 5. В. єї аї!., Меоріазіа. З (2001): 287-303 зперпего, ЕК. А. еї аї., у СіІіп.Опсої. 31 (2013): 2173-2181
ЗПпептанп, РЕ. еї а!., арогаїюгу Сошгзе Мапиаї ог Меїнод3з іп Меазі Сепеїйсз (1986)
ЗПпептап-Вашисві, С. А. єї а)., Сапсег Сеї! З (2003): 377-386 зЗпеи, В. С. еї а)І., Сапсег ВНез. 65 (2005): 2921-2929 зЗпідеївні, Н. єї аї., Іпї У Опсої! 34 (2009): 1565-1571
Зпітбро, Т. еї а)., Р о5.ОМЕ. 5 (2010): е10566 зпибрбаг, Е. ве а!І., ВМО.Сапсег 13 (2013): 1
Зпуїап, М. єї аіІ., Ехр.Опсої 33 (2011): 94-98 зіма, Е. С. єї а)І., Зао Рашо Меа.у 127 (2009): 46-51 зіма, Ї.. Р. ві а)., АпаІ.Спет. 85 (2013): 9536-9542
Зітрзоп, М. Е. еї а!., Вгеазі Сапсег Нез.Ттгєаї. 133 (2012): 959-968 зіпай, В., Вг.) Сапсег 83 (2000): 1654-1658 зЗіпдйп-Уавзціа, Н. еї аї., Сапсег Іттипої.ІттипоїНег. 53 (2004): 187-195
Зім, А. єї аї!., Апіїісапсег Вев. 32 (2012): 3683-3688 зіаск, Р. у. еї а!., М.Епа/.) Меа. 359 (2008): 2720-2722
Зіапу, А. еї а!., У Рготєоте.Нез 13 (2014): 844-854 зіоап, ». Ї.. еї а!., У ВіоЇ.Спет. 274 (1999): 23740-23745 зтаї,, Е. ». еї аї., У Сіїп Опсої. 24 (2006): 3089-3094 т, М. .. еї а!., Вг.) Сапсег 100 (2009а): 1452-1464
Зтійй, 5. С. еї а)І., Ат У Раїної. 174 (20095): 371-379
Зоіотоп, 5. єї аі!., Сапсег / 18 (2012): 485-491 зЗраїаго, У. ві а!., Апіісапсег Нез 22 (2002): 3905-3909 зЗраїаго, М. еї а!., У ВіоЇ.Спет. 272 (1997): 30470-30475 зЗіаг2укК, В. М. еї аї., У Іптесі.Оів. 181 (2000): 181-187
ЗіеПепв, 5. єї аі!., Опсої! І ей. З (2012): 787-790 зімагі, чу. Е. вї а!., У Мештораїйно!.Ехр.Мешигої. (2010)
ЗіШпт, М. еї а!., ВМСО.Віоіптоптаїісв. 9 (2008): 163 зитіпаті, У. єї а!., Віоспет.Віорпув.Не5з.Соттип. 181 (1991): 51-58 60 зЗимавзвіпі, В. єї аї., У Віої.Снет. 286 (2011): 25882-25890
ТаКапаті, І. еї аї., Іпї У ВіоІ.МагїКегз 23 (2008): 182-186
ТаКазніта, 5. єї а), Титоиг.Віо!. 35 (2014): 4257-4265
Тапака, 5. єї а!., Ргос.Маї!.Асад.5сі.0.5.А 95 (1998): 10164-10169
Тегарауабвні, Т. ев аї., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е39714
Тешеі, В. евї а!., Сеї! Мої. те сі. 62 (2005): 1755-1762
Тпіету, Ї. еїгаї., У Мо/.Нівіої. 35 (2004): 803-810
ТНогзеп, К. єї аї., Мої.Сеї! Ргоїеотісв. 7 (2008): 1214-1224
Тпитег", В. еї а!., У Ехр.Меай 190 (1999): 1669-1678
Тівзспіег, М. егаІ., ВМО.Сапсег 10 (2010): 273
Топагеаи, Т. єї аі., ВМО.Сепотісзв 9 (2008): 166
Топо, МУ. С. еї а!., Ерідепеїсв. 5 (2010): 499-508
Тоте, С. 0., Титоиг.Віо!. 19 (1998): 517-526
Тгап, Е. єег аіІ., Зсієпсе 344 (2014): 641-645
Тгамів, МУ. 0. еї а!., У Сіїп.Опсої. 31 (2013): 992-1001
Теоу, Т. б. єї а)., 5ієт Сеї! Веу. 7 (2011): 927-934
Тваї, у. А. єї аї., Гипуд Сапсег 56 (2007): 185-192
Твепо, Н., Ргопі Віовсі. З (1998): 0985-0988
Твепо, Н. єї а!., У Сеї! сі. 112 Рі 18 (1999): 3039-3047
Тзепа, Н. ега!., ) Сеї! Віо!. 126 (1994): 495-506
Твції, А. єї аі., Віоспет../) 396 (2006): 51-59
Твикатоїо, У. єї аї!., У Раїнпої. 216 (2008): 471-482
Оспіуата, У. єї аї., Ргос.Маї.Асайд.5сі.0.5.А 107 (2010): 9240-9245
Шітап, Е. еї аї!., Мої.Сеї! Вісі. 31 (2011): 2902-2919
Огаціаї, М. еї аї., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е37797
ІЛізрап, К. єї аї!., МоЇ.Сапсег 9 (2010):13 мап, АвзеЇдопк М. єї а!., Чепотісв 66 (2000): 35-42
Магаце:-Опі7, С. егаі., ВМО.Сапсег 5 (2005): 68
Меттеціеп, К. еї а!., Сеї! Ргоїїї. 36 (2003): 131-149
Міаг, Е. єї аї., Маї Вем.Сіїп Опсої! 7 (2010): 153-162
Зо моп, Ай А. вї а!., Меоріавзіа. 15 (2013): 925-938
МуааїКев, 5. еї аі., ВМО.Сапсег 10 (2010): 503 маї!-снії, С. еї а!., У Сеї! 5сі. 107 (РІ 2) (1994): 669-681
УаїІасе, А. М. еїгаІ., СОРО. 5 (2008): 13-23
Муапнетг, 5. еї аї., У Іттипої. 171 (2003): 4974-4978
Манег 5 еї аї., У ІттипоїНег (5ІТС Аппиаї! Мевїїіпд 2011) 35, (2012)
Мапа, Н. УМ. єї аї., Сапсег І ей. 191 (2003): 229-237
Мапо, Ї. еї а!ї., У Трогас.Оів. 6 (2014): 1380-1387
Мапа, 9. єї аї., У Май.Сапсег Іпві. 105 (201За): 1463-1473
Мапа, 5. 7. егаІ., ВМВ.Рер. 41 (2008): 294-299
Мапа, МУ. Х. еї а!., зіснцап.Са.Хиеє.Хие.Вао.хі.Хиеє.Вап. 40 (2009): 857-860
Мапа, У. ЕР. еїгаї., Титоиг.Віої!. 34 (20135): 1685-1689
Магетг", 5. Ї. єї аї., Сііпіса! Сапсег Везєагсі 15 (2009): 6519-6528
Муазапабре, М. єї аї., Ргоїєотісв.Сіїп Аррі. 2 (2008): 925-935 май, 5. І. еїа!., У Віої.Спет. 267 (1992): 20093-20099
Мамггупзка, Г. еї а!., Мопаїді Агсп.СтНеві Рів. 59 (2003): 140-145
Меегагаїпа, А. Т. єї а)І., Сапсег Сеї! 1 (2002): 279-288
Меіпег, С. еї аі!., ОйШегепіаноп 63 (1998): 263-272
Меп, С. еї а)., Сапсег І вії. 308 (2011): 23-32
Уміаероег, 0. еї аї., У Меигораїно!.Ехр.Меишгої. 65 (2006): 516-527
МїїКе, 5. еї а!., ВМО.Віо!. 10 (2012): 62
М сох, В. Е. єї а!., Ргоївіп 5сі. 8 (1999): 2418-2423
МУ Пен, В. єї аї., Мах Соттип. 4 (2013): 1553
УМопа Сапсег Вероні, (2014)
МИ, А. еї а!., У Ткапві.Меа. 9 (2011): 38
Ми, 0. єї аї., МоІ.Меа.Рер. 10 (2014а): 2415-2420
Муи, а. б. єї а!., Аі.пепод. 27 (2008): 874-878
МИ, Н. єї а/., У ВіоЇ.Спет. 275 (2000): 36957-36965
МИ, «У. еї аі., ВМО. Сіїп Раїйої. 13 (201За): 15
Ми, К. О. егаІ., Ат.У РНузіо! 269 (1995): С775-С0784 60 Ми, М. еї а!., ВМСО.Сапсег 13 (20135): 44
Ми, 5. О. єї а!., Мо!.Мед.Рер. 7 (2013Зс): 875-880
Ми, У. Н. егаІ., Опсодепе 33 (20145): 3432-3440
Хіао, Г.. еїаї., Віоспет.у 403 (2007): 573-581
Хіао, Х. єї а)І., супесоїІ.Опсої! 132 (2014): 506-512
Хіао, Х. У. еї аІ., Гитоиг.Віої. 393 (2012): 2385-2392
Хіопо, 0. еї аі., Сагсіподепевзів 33 (2012): 1797-1805
Хи, В. єї а!., Вг.) Сапсег 109 (2013): 1279-1286
ХИи, Х. У. еї а!., Раїної.Нез Ргасі. (2014)
ХИи, У. еї аї., РІ о5.ОМЕ. 6 (2011): е21119
Уататою, Н. єї а!І., Опсодепе 29 (2010): 2036-2046
Уап, 2. еї а, Віотажк.Іпвіднів. 9 (2014): 67-76
Мапа, 95. еї аї., Віоспіт.Віорпувз.Асіа 1772 (2007): 1033-1040
Уазиі, МУ. єї а)., Сапсег осі. 95 (2004): 385-392
Хе, Н. еїаІ., ВМО.Сепотісз 9 (2008): 69
Уіп, у. М. еї а, Сіїп Ехр.Рнаптасої!.РНузіої! 38 (2011): 632-637
Уооп, Н. ві а!., Ргос Май. Асай.5сі.0.5.А 99 (2002): 15632-15637
ХУозпіда, К. еї а!., У СеїЇ сі. 123 (2010): 225-235
Уоипев, М. еї а!., Апіісапсег Нез 20 (2000): 3775-3779
Ми, 0. еїа1., Іпї.У Мої 5сі. 14 (2013): 11145-11156
ХУИ, у. еїаї., сш (2014)
ХИ, у. М. ві аї., Сапсег І ей. 257 (2007): 172-181
Учап, А. еї а)І., АРМІЗ 116 (2008): 445-456
Уи?идиїи, Н. єї а)., МоІ.Сапсег 8 (2009): 90 7агетрва, 5. єї аіІ., Сапсег Нев. 57 (1997): 4570-4577 72ейшіп, 5. сх. егаі., Ргос.Маїй.Асайд.5сі.0.5.А 106 (2009): 15762-15767 7папо, С. єї а!., РІ о5.ОМЕ. 6 (2011): ене23849 7папо, С. еї а)., Ат.) Сіїп Раїної. 142 (2014): 320-324 "папа, Н. єї а!., ) Сіїп Епдостгіпої.Меїаб 89 (2004): 748-755 «папа, «9. еї аї., Егопі Віовсі.(ЕІШе.Еа) 2 (2010а): 1154-1163
Зо папа, ». М. еї аІ., Сапсег Ерідетіо!.Віота!Кег!5 Ргєм. 12 (2003): 136-143 папа, І. егаІ., Ат. Раїної. 182 (2013): 2048-2057 «папа, У. еї аї., У Сеї! сі. 123 (20105): 1285-1294 7папо, У. еї а!., У Зигу Вез 160 (2010с): 102-106 7пао, С. егаІ., Ат.) Нит.Сзепеї. 85 (2009а): 617-627 7пао, Н. ві аіІ., Сапсег Сепе ТНег 21 (2014а): 448-455 «пас, МУ. еї аї., Іпі.У Сіїп Ехр.Раїної. 7 (201460): 4247-4253 7Нпао, У. ві аї., Мої.Сагсіпод. 45 (2006): 84-92 паб, У. еї аі., Вадіаї.Резв. 162 (2004): 655-659 «паб, У. еї а!., Апаї.Рес.(НорокКеп.) 292 (20095): 692-700 7пао, 7. ві а)ї., дПепотісв 27 (1995): 370-373 пепа, Р. 5. ег аіІ., ЕАЗЕВ У 18 (2004): 754-756 7пои, Х. еї аІ., Ехр.Мої Раїної. 92 (2012): 105-110 7опа, у. еї а!., Сі. Ттап5іІ.Опсої. 14 (2012): 21-30 70и, у. М. ег а!., Сапсег І ен. 280 (2009): 78-85 70и, Т. Т. егаі., Опсодепе 21 (2002): 4855-4862
АПеп, М. 0. єї а)ї., Сіїп Сапсег Вев. 20 (2014): 344-357
Аттепабоіа, М. еї а!., Віотеа.Нез.Іпі. 2014 (2014): 154702
Ап, у. еїтаї., Мої Сапсег 7 (2008): 32
Ападепієих, С. еї аі., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е42634
Агаген, В. еї аї., Маї Сепеї. 47 (2015): 1408-1410
АКіпв, 0. єї аі., Сопігір.Мернго!. 148 (2005): 35-56
Ва!гтав, 0. єї аї., Іпі.) Сапсег 135 (2014): 242-247
Ва!то5-РІіЇНО, М. б. еї аї., У Сіїп Епдостіпо!Ї.Меїаб 100 (2015): Е8В90-Е899
Веацагу, У. С. егаі., Рі о5.Сіепеї. 6 (2010): е1001168
ВесКтапп, В. Р. єї аі!., Зсієпсе 248 (1990): 850-854
Вепадівзоп, І. єї а!., У СеїІ сі. 121 (2008): 536-548
Віоси, 0. В. еї аї., У Віої Снет 271 (1996): 29198-29204
Возсни, 0. а. еї аі., Єиг.У Нит.Сіепеї. (2015)
Воуєг", А. Р. єї а!., Мої.Сеї! Ргоїєотісв. 12 (2013): 180-193 бо ВгоокКз5, МУ. 5. еї а!., У Віої Спет 283 (2008): 22304-22315
Викаи, В. еї а!., Сеї! 92 (1998): 351-366
Вигдетг, М., Оід.Оів.5сі. 54 (2009): 197-198
Саїїїаи, К. еї а!., У Віої Снет 290 (2015): 19653-19665
Сао, 0. Е. єї а)., Сапсег Віоїнег.Вадіорнатт. 30 (2015): 87-93
Спакгавапі, а. єї аі., Сапсег Меїаь З (2015): 12
СНнаїІйснадот, К. еї аІ., Опсодепе 23 (2004): 8841-8846
Снеп, К. єї а!., Сапсег Віо! ТНег. 12 (2011): 1114-1119
Спеп, 5. у. єї а!., У Віої.Спет 289 (2014): 36284-36302
Снеп, У. 7. еї аІ., Сапсег СпетоїНег.РНаптасої!. 70 (2012): 637-644
СпемгоїІег, А. еї аї., Віоспіт.Віорпувз.Асіа 1807 (2011): 562-567
Споиснапе, Г. еї а!І., Сапсег 80 (1997): 1489-1496
Сіосса, 0. В. єї аї!., СеїЇ Біге55.СПарегопев. 10 (2005): 86-103
Сіосса, 0. В. єї аІ., Сапсег Вев. 52 (1992): 3648-3654
Сірпапо, В. еї а!., МоІ.Сапсег Вев. 12 (2014): 1156-1165
Сопезе, В. еї аї., Іі.) Віоспет.Сеї! Віо! 40 (2008): 1494-1508
Спіспіву- Тпотпе, В. У. еї аі., РІ о5.Меа. 4 (2007): е176 рав, М. еїа!., РГо5.ОМЕ. 8 (2013): е69607
Оескег", Т. еї а!., У Сіїп Іпме5і 109 (2002): 1271-1277
ОРІ, К. еі аІ., Опсодепе 32 (2013): 5038-5047 роїсе, М. еї аІ., РЕВЗ ГГ ей. 579 (2005): 633-637
Огабегома, Е. єї аї., У Меигораїпої!.Ехр.Мешгої. 74 (2015): 723-742
Випумеї!, Т. С. еї аі!., Ерідепеїйсв5. 4 (2009): 185-193 ризек, В. Ї. єї а!., Вгєаві Сапсег Нез 14 (2012): НбБ
Епе, 0. І. вії а!., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е51407
Езріпа!І-Епіідиег, 9. єї аі., ВМО.сепотісв 16 (2015): 207
Емен, М. єї аї., Вг.У Сапсег 109 (2013): 2654-2664
Ееіепбего, ЕК. єї а!., У Іпме5і Оеєептаїйої. 122 (2004): 1510-1517
Еепа, Е. єї а)., МоІЇ.Сапсег 9 (2010): 90
Евітег-ГРе!тетг, М. еї а!., Атсп.Меад. Рез 44 (2013): 467-474
Коо) Еізспег", Н. єї а!., Сагсіподепевів 22 (2001): 875-878
Егеів5, Сх. єї аї., Виїї.Сапсег 91 (2004): 325-332
Егеївв, С. ві а!., Апіісапсег Адепі5 Мейд.СНет 11 (2011): 78-88
Еівдтап, Е., Раїййобіоіоду 63 (1995): 348-350
Еи, В. 5. еїаіІ., Мап.Рапо Хі.Ке.ба.Хие.Хиеє.Вао. 29 (2009): 1775-1778
Саїете, С. еї аї., Ії.) Віоспет.Сеї! Віо! 42 (2010): 623-629
Сага, М. єї а)., Сапсег 116 (2010а): 3785-3796
Сага, М. єї аІ., Сапсег 116 (20106): 3785-3796
Саго, М. егаї., Єиг.уУ Сапсег 46 (2010с): 207-215
Сашіег, Т. еї аі., РАБЕВ У 24 (2010): 3544-3554
Сіадіпів, С. еї а!., Оід.Оів.осі. 56 (2011): 777-785
Сіомаппіпі, 0. еї аї., СеїІ Вер. З (2013): 1866-1873
СюКтеп-Роїаг, У. еї а!., Мод. Раїної. 28 (2015): 677-685
Спо, Н. еїаі!., Сапсег Везвєагсі 71 (2011): 7576-7586
Наїйпет, С. єї аІ., ЕМВО У 23 (2004): 3041-3050
Напті, Е. Ц. еїга)ї., Зсієпсе 295 (2002): 1852-1858
Найіє!а, М. Р. еї а!., Ргоївіп Рері.! еїї. 19 (2012): 616-624
Наумаго, А. еї аї!., РІ о5.ОМЕ. 8 (2013): е59940
НіШег, І. МУ. еї аї., Майте 424 (2003): 157-164
Нвзішпо, 0. Т. ега)., Сапсег Ерідетіо!.ВіотаКегв Ргем. 16 (2007): 108-114
Ниапо, РЕ. єї а!., Ії. Сіїп Ехр.Раїної. 7 (2014а): 1093-1100
Ниапо, В. єї аї., Апіїсапсег Адепіз Мед.Спет 14 (20145): 9-17
Ниапо, І. еї аї., Ії.) Супесої.Сапсег 25 (2015а): 559-565
Ниапо, 5. вії аІ., Опсодепе 21 (2002): 2504-2512
Ниапо, Х. вії а!., Сапсег Сеї| Іпї. 15 (20155): 93
Ітада, А. єї аї., Єиг.Резріг.у 15 (2000): 1087-1093
Іпоце, «). еї аї., Р о5.ОМЕ. 4 (2009): е7099
ІсПії, М. егаї., Апіїсапсег Нев. 27 (2007): 3987-3992
ПО, У. єї аї., У Віоспет. 124 (1998): 347-353
УаїІроці, М. єї а!., Сапсег І еії. 193 (2003): 75-81 60 Ла, МУ. Н. ега!., Маї.Сепеї. 45 (2013): 191-196
Ле, Пи еї аї., Раїйої. Рез Ргасі. 210 (2014): 176-181
Зп, Х. еї аІ., Гитоиг.Віо! (2015)
УЧоппзоп, М. еї аї., Сеї! Зідпаї. 21 (2009): 1471-1478
Капкамі, О. еї а!., Веп Раї. 36 (2014): 258-265
Као, В. Н. єї а!., Іпї.у Ехр.Раїштої. 84 (2003): 207-212
Кіт, Н. 5. єї аї., Когеап У Іпіет.Меа. 25 (2010): 399-407
Кобауазвні, К. еї аІ., Опсодепе 23 (2004): 3089-3096
Копо, С. 5. єї аі., Ога! Зиго.Ога! Меа.Огаї Раїнпої.Огаї Вадіо!. 115 (2013): 95-103
Копит, К. М. еїаї!., Апп.Нетаїої. 94 (2015): 1205-1211
Когак, С. А., Неїгомігоіоду. 7 (2010): 101
Ктеззе, 5. Н. ві аІ., МоїЇ.Сапсег 7 (2008): 48
Кикіа, К. еї а!., У Іттипої. 194 (2015): 4988-4996
Кшоті, а. єї а!І., Сапсег сі. 104 (2013): 1091-1096
Кук, Н. Е. еі а)., Ат.) Сапсег Вез 5 (2015): 52-71
І аі, С. Н. егаіІ., сепоте Вез 10 (2000): 703-713
І ап, 9. єї аї., Єиг.уУ Наєтаїййо!. 85 (2010): 492-495
І апде, А. єї аі., Ехр.ЮОептаю!. 18 (2009): 527-535
І агат, А. б. єї аї., Вгєаві Сапсег Вез.Ттєаї. 43 (1997): 43-51
Ї ее, К. У. єї аї., Мопзеї Меа.у 50 (2009): 60-67
І еуроїсі, Е. еї аї., У Меигоспет. 76 (2001): 806-814
Її, 0. еїа1., Іпі.у СіІїп Ехр.Раїної. 8 (2015): 6334-6344
Її, М. еї аї., Меоріазіа. 7 (2005): 1073-1080
Папа, В. еї а!., Сіїп Сапсег Рез. 21 (2015): 1183-1195
Пи, В. еїа!., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е43147
Пи, М. егаї., Віоспет.Віорпуз.Ве5.Соттип. 372 (2008): 756-760
Пи, У. єї а)., Сапсег Везвєагсі 69 (2009): 7844-7850
Їм, О. егаі., Титоиг.Віої! 36 (2015): 3751-3756
Гупси, Е. М. єї а1., Ситт.Віо! 24 (2014): 896-903
Ма, ». еї а!., Сеї! Рнузіо! Віоснет. 37 (2015): 201-213
Ко) Маїгга, М. еї а!., Ргос.Маїй.Асай.5сі.0.5.А 109 (2012): 21064-21069
Мапиєїі, А. єї а)І., Чепотісв 64 (2000): 216-220
Мапіп, С. еї а!., У Мігої. 87 (2013): 10094-10104
Мау, 0. ега!., Опсодепе 24 (2005): 1011-1020
Меані, 5. еї а!., У) Міга! Нераї. 20 (2013): е141-е147
Меі, «у. єї аІ., Опсодепе 25 (2006): 849-856
Мевзії, 5. еї аІ., Сапсег 91 (2001): 672-678
Мецітеезівг, Е. еї аі!., Сит.Сапсег Огид Тагодеїв. 8 (2008): 87-97
Мітоїо, В. єї аї!., Сапсег І ей. 339 (2013): 214-225
Міїзипавцні, А. єї а!., Ат.) Раїної. 182 (2013): 1843-1853
Моцпагу, Р. єї а)ї., СеїЇ Сусіе 11 (2012): 1573-1582
Мипааї!, А. У. еї а!., Маїште 425 (2003): 805-811
Мадатасні, А. єї а!., Сапсег Сеї! 24 (2013): 305-317
Мадао, Н. єї а!., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е39268
Мага, М. еї а!., Іпі.У Вадіаї.Опсої Віо! Рнувз. 53 (2002): 190-196
Мебеп, К. еї аї., Іпі.У Сапсег 120 (2007): 1669-1677
Мебгаї, К. еї а!., Сіїпіса! Сапсег Везвєагсі 11 (2005): 6489-6494
Мірбе, В. К. еї а!., Мо!.СеїЇ Ргоїєотісв. 8 (2009): 827-845
Мієтю, С. єї а!., У Сеї! сі. 123 (2010): 2001-2007
Міїкига, Т. еїаї., Єик.) Мешговсі. 17 (2003): 1150-1158
Мігає, Р. егаіІ., Опсодепе 29 (2010): 117-127
Мопотига, М. єї а!., Вг.У Сапсег 97 (2007): 952-956
Моопанп, Е. ». єї аї., СеїЇ Зігез5.Спарегопев. 12 (2007): 219-229
Опбауавні, М. еї аї., У Сеї! сі. 125 (2012): 1508-1518
ОпПіто, У. еї аІ., РЕВ5 Г ей. 524 (2002): 163-171
Огпівні, Н. єї аї., Сапсег І ей. 371 (2016): 143-150
Опапвеїї, 0. еї аІ., Опсодепе 34 (2015): 2094-2102
Озвієпаод, Е. М. ві аІ., Аппи.Вем Сіепеї. 35 (2001): 501-538
Рарадороціозв, С. еї аї., у Віої.Спет 286 (2011): 5494-5505
Раж, Н. .. єї аї., У Ргоїєоте.Нез 7 (2008): 1138-1150 бо Реп, Г. еїа!., зсі.Нер. 5 (2015): 13413
Репо, М. єї аї!., Опсоїагодеєї. 6 (2015): 21755-21760
Рептишй-М/еу, «). еї а)., Маї Соттип. 4 (2013): 1627
Реїегв, М. єї а)І., чазігоепіегоіоду 144 (2013): 799-807
Оіап, у. еїаї., Ргос.Маї.Асайд.5сі.0.5.А 112 (2015а): 3469-3474
Оїап, «. еї аІ., бепот.Оаїа 5 (20155): 272-274
Васнеї, В. А. еї а)ї., РІ о5.ОМЕ. 7 (2012): е42446
Ватапа, С. М. еї аІ., ЕМВО У 19 (2000): 263-272
Веїв, А. евї а!., Маї Сепеї. 6 (1994): 174-179
Вібаці, 0. еї аї., Іл.) Ехр.Раїної. 91 (2010): 350-356
Вое, О. 0. єї аї., пуд Сапсег 67 (2010): 57-68
Вопавє, М. еї а!І., сепез Ювєм. 19 (2005): 570-582
Виеадідег, В. єї аІ., Опсодепе 20 (2001): 1892-1899
Визіп, М. єї аї., Мої.Сагсіпод. 39 (2004): 155-163 зЗепіебеї, Е., Сит.Оріп.Сеї! Віо! 12 (2000): 113-118 зЗептіаії, Р. еїа!., Адіпд (АІрапу. ММ) 7 (2015а): 527-528 зЗептіаії, Р. ега!., Опсоїагодеї. 6 (20155): 617-632 зЗепиі2, Б. а. еї аї., Іттипійу. 30 (2009): 673-683 зЗсіедіїн5Ка, 0. еї а!., У Сеї! Віоспет. 104 (2008): 2193-2206 зЗедіаскома, І. єї аіІ., Титоиг.Віо! 32 (2011): 33-44 заг, 5. ві а). Нит.Іттипої. 71 (2010): 377-382 зпаїп, А. Н. еї аіІ., ВМСО.Сепотісв 14 (2013): 624 зпапта, Р. ега!., Віоспет.Віорпуз.Нез.Соттип. 399 (2010): 129-132 зЗпептап, М., Апп.М.У.Асай.5сі. 1197 (2010): 152-157
Зітоп, В. еї аї., Іпї У Сапсег 107 (2003): 764-772 зЗіпай, 5. еії аіІ., Гитоигк.Віо! 35 (20143: 12695-12706
Зігадат, М. єї а!., РІ о5.ОМЕ. 9 (2014): е109128
Зіерак, Т. І. єї аі., СуюзКеїєюп (НорокКеп.) 69 (2012): 514-527 зЗоила, А. Р. єї аї., СеїЇ Зіге55.СПпарегопез. 14 (2009): 301-310
Зіамегзкі, Р. еї аІ., Сопіетр.Опсої (Рогп.) 17 (2013): 378-382
Ко) зЗ2гопау, К. еї а!., Сапсег Іпмеві 30 (2012): 317-322
Таїга, М. еїа!., Мої.Сеї! 25 (2007): 725-738
ТакКапнавні, М. еї а!., Сап То КадаКи ВБуого 24 (1997): 222-228
ТаКапаті, І. єї аі., Сапсег 88 (2000): 2686-2692
Тап, 5. єї а!., Вгєаві Сапсег Нез 16 (2014): В40
Тапів, Т. єї а!., Атсп.Огаї Віо! 59 (2014): 1155-1163
Тоуода, Е. єї а!., У Віої.Спет. 283 (2008): 23711-23720
Мап Аагзеп, І. А. єї а)., Сапсег Вез. 68 (2008): 561-570 мап деп Вооп, «. єї аіІ., Ат.) Раїйої. 163 (2003): 1033-1043 мап деп Неимеї, А. Р. єї а)!., Сапсег Віо! ТНег. 13 (2012): 1185-1194 мап, Мезепрееск І. еї аї., ) Вопе Міпег.Нез 19 (2004): 183-189
Магдазв, А. б. єї аї., Вгеавзі Сапсег Вез.Ттєаї. 135 (2012): 153-165
Магдаз-Ноїад, Г.. М. еї аї., Іпї.уУ Сапсег 79 (1998): 468-475 хоп дег, Неуде 5. еї аї., РІ о5.ОМЕ. 10 (2015): е0117818
МУиеїіс, 5. еї а!., Віоспіт.Віорпувз.Асіа 1813 (2011): 1917-1924
Мапа, 9. єї аї., Іл. Віо! сі. 10 (2014а): 807-816
Мапа, Т. єї а!., Сіїп Тгап5іІ.Опсої 17 (2015): 564-569
М/апд, МУ. М. єї аі., 2попддано пі Мап.Хие.Ме.Хие.7а пі. 22 (20145): 1744-1747
Мапа, Х. евї а!., Сіїй Спіт.Асіа 417 (201За): 73-79
М/апо, Х. М. єї а!., Р о5.ОМЕ. 8 (20135): е55714
Мапа, Х. Х. еї а!., Нераюбіїагу.Рапсгеаї.Оів.Іпі. 12 (201Зс): 540-545
Мапа, Х. Х. еї а!., РІ о5.ОМЕ. 9 (2014с): е96501
Мапа, У. еї а!., Сіп Спет.І ар Меа. 48 (2010а): 1657-1663
М/апод, У. М. еї аІ., Віоспет.Віорпуз.Ке5 Соттип. 399 (20105): 498-504
Мапа, 7. егаі., Мед. 5сі.Мопії. 16 (2010с): СВ357-СНЗ64
Маївзоп, Р. 4). еї аї., Гкайіс. 5 (2004): 79-88
М/еппег, М. еї аІ., РЕВ5З У 277 (2010): 1597-1605
МУ/віпаскег, А. єї аї., У Віої-Снет 269 (1994): 6940-6948
Ми, 0. еї а!., Мо!.Мейд.Рер. 10 (2014): 2415-2420
МИ, М. еї аІ., Опсодепе 23 (2004): 6815-6819 бо МИ, Х. 5. еї а!., Ргос.Ма!й.Асайд.5сі.0.5.А 109 (2012): Е2101-Е2109
Хіа, Е. ес аІ.,, Ат.) Нит.Сзепеї. 94 (2014): 784-789
Хіа, І. М. ві аІ., попудпца Сап 7апод.Віпд.7а 2пі. 16 (2008): 678-682
Хіапо, У. еї аї., У Сіїп Іпмеві 125 (2015): 2293-2306
Хи, М. егаі., Мої.Сеї! 10 (2002): 271-282
Хие, Ї. еі а!., Сеї! Рнузіо! Віоснет. 36 (2015): 1982-1990
Уататої!о, М. еї а!., Іі.) Опсої 42 (2013): 1523-1532
Мапа, 0. еї а!., Сеї! Рнувзіо! Віоспет. 27 (2011): 37-44
Уапо, 2. еї аї., Іпї.У Мед.5сі. 12 (2015): 256-263
Уаи, б. єї а!., Вгеазі Сапсег Вез 12 (2010): НВО
УоКоуата, У. еїаі., МоІ.Меа. ер. 1 (2008): 197-201
Мопа|шп 2Напо, М. М. еїаї., У Сапсег Нез Тег. 9 (2013): 660-663
МУи, 0. єї аї., Опсоїагодеєї. 6 (2015): 7619-7631
Ми, Н. єї а!., Маї Меїносдв 8 (2011): 478-480
Ми, 5. У. еї а!., У Огаї! Раїйої.Меад. 43 (2014): 344-349 7екКгії, А. В. ві а!., Авіап Рас.) Сапсег Ргєм. 16 (2015): 3543-3549 «папа, МУ. еї аї., Титогі 100 (2014): 338-345 7Нао, У. егаї., Опсо! І еїї. 4 (2012): 755-758 7Ппао-Мапа, 7. єї а)., Сапсег І ей. 266 (2008): 209-215 «по, у. В. еї аІ., попдпиа Ег.Ві Мап.Нои Тои.Ліпд.УМаї Ке.7а пі. 42 (2007): 934-938 по, М. егаі., РЕВ5 І ей. 584 (2010): 3013-3020 ли, у. егаї., У Рнаптасої. ТохісоЇ.Меїшйоавз 76 (2015): 76-82
ПЕРЕЛІК ПОСЛІДОВНОСТЕЙ
«1105» іттайіс БіотесппоЇІоріеєх ОТЬН «120» Нові пептиди та комбінації пептидів для застосування для імунотерапії раку легенів, включаючи НДРЛ, та інших видів раку «130» І32809М/0 «1505» 15 62/152,258 «151» 2015-04-24 «1505» ОВ 1507030.3 «151» 2015-04-24 «160» 177 «170» Рагепйнп мегвіоп 3.5 «21051 «21159 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005 1
Гуз Ге Ге Рго Туг Пе Маї су Маї 1 5 «2105» 2 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 2
Рпе Геи Пе Рго Туг Аа Пе Мег Гец 1 5 «2105» З «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» З
Рпе Геи Туг Ар Маї Маї Гу бегТеи 1 5 «21054
«2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 4
Ре Маї Рпе 5ег Ре Рго Маї 5ег Маї 1 5 «210» 5 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 5
АІа Геи ТНг 5ег ТАг Геи ІПе 5ег Маї 1 5 «2105 6 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 6 5егГеи Сп Оу 5ег Пе Меї Тиг Маї 1 5 «2105» 7 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріепе «400» 7
Азп Гец Геи Сп Маї Ге См Гух Маї 1 5 «210» 8 «2115 9
Коо) «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 8
Аа Ге Геи Азп Пе Геи 5ег ОЇм Маї 1 5 «2105» 9 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 9
АІа Геи 5ег Оу Тиг Геи 5ег СсІу Маї 1 5 «2105» 10 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 10
Гу5 Меї АїЇа СІу Пе Оу Пе Аге Ом Аа 1 5 10 «2105 11 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е
«4005» 11
ТугТГеи Азп Маї СІп Маї Гу СІМ Геи 1 5 «2105» 12 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 12
Пе Маї Азр Аге ТНг ТНиг Тнг Маї Ма! 1 5 «2105 13 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 13
Рпе Геи Ре Ар Оу 5ег Аа Атп Геи 1 5 «2105» 14 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 14
Ге ІМе СіІп Ар Аге Маї Аа СЇши Маї 1 5 «210» 15 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 15
Ом Гец Ар Аге ТАг Рго Рго См Маї 1 5 «210» 16 «2115» 12 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 16
Гец Ме Рпе Ар Гей Су Су Су Тиг РНе Ар Маї 1 5 10 «2105» 17 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 17
ТигІеи Ге Сп сш Сп Оу ТАг Гуз ТАг Маї 1 5 10 «2105» 18 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 18
Пе Гец Геи ТАг ОЇм Сп Пе Азп Геи 1 5 «2105» 19 «2115 9 «212» РТ «213» Ното заріеп5е «400» 19 ма! Геи Тиг 5ег Ар 5ег Рго Аа Гец 1 5 «210» 20 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 20
Гей Ме ТНг Гух ОЇми Пе 5ег 5ег Маї 1 5 «2105 21 «2115 9 «2125 РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 21 ма! Геи 5ег 5ег Оу Геи ТНг Аа Аа 1 5 «2105 22 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 22
Зо Азп Гей Пе Азп Сп СОЇ Пе Мей Гей 1 5 «210» 23 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 23 маї Тук ТАиг 5ег Тгр Сп Пе Рго Сп Гу Ре 1 5 10 «2105» 24 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 24
Азп Туг Рго Гух 5ег Пе Ні бег Ре 1 5 «2105» 25 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 25
Аге Рпе Меї Ар ОСіу Ні Пе Тиг Рпе 1 5 «210» 26 «2115 9 «212» РТ «213» Ното заріеп5е «400» 26
Аге Туг Гец Си Гу Ре Туг Оу Геи 1 5 «2105» 27 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 27
Аге Туг Рго Рго Рго Маї Аге ОЇ Рпе 1 5 «210» 28 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 28
Аге Туг Геи Ар 5ег Геиц Гуз Аа Пе Маї Ре 1 5 10 «210» 29 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 29
Туг Туг Тиг Туз Оу Ре Аа Гец Геи Ап Ре
Коо) 1 5 10 «210» 30 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 30
Гуз ТугГец Ом Гуз Туг Туг Азп Геи 1 5 «2105» 31 «2115 9 «2125 РТ «213» Ното заріеп5е «400» 31 5ег ТугІеци Ар Гуз Маї Аге Аа Гец 1 5 «2105» 32 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 32
Ом Туг Сп Рго ОЇ Меї Геи Ом Гу Рпе 1 5 10
«2105» 33 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 33
ТАиг Туг бег Ом Гу ТАг Тиг Геи Ре 1 5 «2105» 34 «211» 10 «2125 РТ «213» Ното заріеп5е «400» 34 маїЇ Рпе Меї Гух Ар Оу Ре Ре Туг Ре 1 5 10 «2105» 35 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 35
ТАиг Туг Азп Рго ОЇ Пе Туг Ма! Пе 1 5 «2105» 36 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 36
Туг Туг Оу Азп ТАг Геи Маї сОЇм Ре 1 5 «210» 37 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 37
Аге Туг Геи Си Туг Ре ОСЇи Гу Пе 1 5 «2105» 38 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 38 ма! Рпе Гец Азп Аге Аа Гух Аа Ма! Рне Ре 1 5 10 «210» 39 «2115» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 39
Гу Рпе Геши Си Ні Тиг Азп Ре Ом Рпе 1 5 10 «210» 40
«2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 40
Пе Туг Азп Рго 5ег Меї су Маї 5ег Ма! Геи 1 5 10 «210» 41 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 41
ТАиг Туг Пе Оу СІп Су Туг Пе Пе 1 5 «210» 42 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 42 маї Тугк Маї Тиг Пе Ар См Азп Азп Пе Гей 1 5 10 «210» 43 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 43
Аге Туг Тиг Гени Ні Пе Азп Тиг Ге 1 5 «2105» 44 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 44
Пе Туг Азп Сп Пе Аа См Геи Тгр 1 5 «210» 45 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 45
Гу Рпе Геи См 5ег Гух Су Туг ОЇш Ре 1 5 10 «210» 46 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 46
Азп Туг Тиг Азп Су 5ег Рпе Су 5ег Ап Рпе 1 5 10 «210» 47 «2115 11 «212» РЕТ
«213» Ното заріеп5е «400» 47
Аге Туг Пе 5ег Рго Ар СІп Геи Аа Ар Геи 1 5 10 «210» 48 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 48
Туг Туг Туг Оу Азхп ТАг Геи Маї См Ре 1 5 10 «210» 49 «211» 10 «2125 РТ «213» Ното заріеп5е «400» 49
Сп Туг Геи Ре Рго 5ег Ре Ом Тиг Рае 1 5 10 «2105» 50 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 50
Геи Туг Пе СОІУ Тгр Азр Гуз Ні Туг су Рпе 1 5 10 «2105» 51 «211» 10 «212» РЕТ
Зо «213» Ното заріеп5е «4005» 51
Азп ТугІец Ге См 5ег Рго Ні Аге Ре 1 5 10 «2105» 52 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005 52 5ег Туг Меї См Маї Рго Тиг Туг Геи Азп Ре 1 5 10 «2105» 53 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 53
Пе Туг Аа Су Сп Тгр Азп Ар Рпе 1 5 «2105 54 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е
«4005» 54
Аа Туг Гу Ар Гуз Ар Пе 5ег Рпе Ре 1 5 10 «2105» 55
Б «2115» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 55
Пе Туг Рго Маї Гу Туг Тиг СІп Тиг Ре 1 5 10 «2105» 56 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 56
Аге Туг Рпе Рго ТНг СІп Аа Геи Ап Рпе 1 5 10 «2105 57 «2115 9 «2125 РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005 57 5ег Туг бег Ме СОІУ Пе АІа Ахп Ре 1 5 «2105» 58 «211» 13 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 58
Зо ма! Туг Ре Гуз Рго 5ег Геи ТАг Рго 5ег ОЇу См Ре 1 5 10 «2105» 59 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 59
Ні Туг Рпе Азп ТАг Рго РНе сСіп Геи 1 5 «210» 60 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 60 5ег Туг Рго Аа Гуз Геи б5ег Ре Пе 1 5 2105 61 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 61
Аге Туг Оу 5ег Рго Ме Азп ТАиг Ре 1 5
«2105» 62 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 62
Аа Туг Гух Рго Оу АІа Геи Тиг Ре 1 5 «2105» 63 «2115 9 «2125 РТ «213» Ното заріеп5е «400» 63
Гец Туг Пе Азп Гу: АїЇа Азп Пе Тгр 1 5 «2105» 64 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 64 маї Тук Рго Геи Аа Геи Туг СОІУ Ре 1 5 «2105» 65 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 65
Пе Туг Сп Аге Тгр Гух Ар Гец Гец 1 5 «210» 66 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 66
Азр Туг Пе Рго Сп Геи Аа Гух Ре 1 5 «2105» 67 «211» 12 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 67
Пе Рпе Геи Ар Туг СЇм Аа СОІУ Ні Геи бег Ре 1 5 10 «210» 68 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 68
Аге Туг Геи РНе Маї Маї Ар Агр Гей 1 5 «2105» 69
«2115» 11 «212» РВТ «213» Ното заріеп5 «400» 69
ТАиг Туг Аа Аа Гей Ап 5ег Гух Аа Тиг Ре 1 5 10 «2105» 70 «2115 9 «212» РВТ «2135» Ното 5арієп5 «400» 70 ма! Туг Ні 5зег ТугТеи Тиг Пе Рпе 1 5 «2105 71 «21159 «212» РВТ «213» Ното 5заріепе «400» 71
ТАг Туг Геи ТАг Авп Ні Геи Аге Гец 201 5 «2105 72 «2115» 10 «212» РВТ «213» Ното заріеп5е «400» 72
Туг Туг Ма! Аор Гуз Геи Рпе Азп Тнг Іе 1 5 10 «2105 73 «2115 10 «212» РВТ «213» Ното заріеп5 «4005» 73
Аге Туг Гени Ні Ма! СЇми Су СІу Азп Рпе 1 5 10 «2105» 74 «2115» 10 «212» РВТ «213» Ното заріеп5 «400» 74
СІ ТугТеи Рго Сію Рпе Гени Ні Тиг Ре 1 5 10 «2105 75 «211» 12 «2125 РВТ «213» Ното заріеп5 «4005 75
Аа Туг Рго Ар Ге Азп См Пе Туг Аге 5ег Ре 1 5 10 «2105 76 «2115 9
«212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005 76 маї Тук Тиг Сх Пе Сп 5ег Аге Ре 1 5 «2105 77 «211» 12 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005 77
Аге Туг Гец См Аа Оу Аїа Аа Оу Геи Аге Тгр 1 5 10 «2105 78 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріепе «4005 78
Пе Туг ТНг Аге Маї ТАг Туг Туг Тец 1 5 «2105 79 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005 79
Аге Туг Оу су 5ег РНе Аа сіни Геи 1 5 «2105» 80 «2115 9
Коо) «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 80
Аа ТугГеи Гуз ОЇш Маї ОЇи Сп Гей 1 5 2105» 81 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 81
Гуз Туг Пе Сім Аа Пе сСіІп Тгр Пе 1 5 «2105» 82 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 82
Рпе Туг СІп су Пе Маї СІп Сп Ре 1 5 «2105» 83 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е
«400» 83
Ом Туг бег Азр Маї Геи Аа Гуз Ге Аа Рне 1 5 10 «210» 84 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 84
Тнг Рне Ар Маї Аа Рго 5ег Агро Геи Ар Рпе 1 5 10 «2105» 85 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 85
Рго Рпе Геи СІп Аїа 5ег Рго Ні Рпе 1 5 «2105» 86 «2115» 17 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 86
Гец 5ег АІа Азр Ар Іе Аге Су Пе Сп бег Геи Туг Оу Ар Рго 1 5 10 15
Гу «2105 87 «211» 19 «212» РЕТ
Зо «213» Ното заріеп5е «400» 87
Ом Оу Ар Пе Сп Сп Ре Геи Пе ТАг Оу Ар Рго Гуз Аа Аа 1 5 10 15
Туг Авр Туг «2105» 88 «2115 17 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 88
Азп Рго Маї бег СІп Маї ОЇи Пе Геи Гуз Азп Гуз Рго Геи 5ег Маї 1 5 10 15 су «210» 89 «211» 14 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 89
Гуз Геи Туг Пе Оу Азп Ге 5ег См Азп АїЇа Аа Рго 5ег 1 5 10 «2105» 90 «211» 16 «212» РЕТ
«213» Ното заріеп5е «400» 90
Азр Аа Маї СІп Меї Ма! Пе ТАиг Сім Аа Сп Гух Маї Ар Тиг Аге 1 5 10 15 «2105» 91 «211» 18 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 91 маї АІа Агр Геи Рго Пе Пе Ар Геи АїЇа Рго Маї Ар Маї ОЇу ОЇу 1 5 10 15
ТАиг Азр «2105» 92 «2115» 20 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 92
Азп Гуз Рго 5ег Аге Геи Рго Рпе Геи Ар Іе Аїа Рго Геи Ар Пе 1 5 10 15
Оу Оу Аа Азр 20 «2105» 93 «211» 18 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 93 5ег Аге Рго Сп Аа Рго Пе ТНг Оу Туг Аге Пе Маї Туг 5ег Рго 1 5 10 15
Коо) 5ег Ма! «2105» 94 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 94
Пе Геи Маї Ар Тгр Геи Маї СІп Маї 1 5 «2105» 95 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 95
Гуз Пе Пе су Пе Меї см си Маї 1 5 «2105» 96 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 96
Аа Меї Оу Пе АЇа Рго Рго Гуз Маї
1 5 «2105» 97 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 97
ТигТеи РНе Рго Маї Агр Геи Геи Маї 1 5 «2105» 98 «2115» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 98 маї Геи Туг Рго Ні См Рго ТНг Аа Маї 1 5 10 «2105» 99 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 99
Аа Геим Ре СіІп Аге Рго Рго Геи Ме 1 5 «2105» 100 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 100
Гуз Пе Маї Азр РНе 5ег Туг 5ег Маї
Коо) 1 5 «2105» 101 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «4005» 101
Ге Гепй Ге СІ Пе Ге Ні Си Пе 1 5 «2105» 102 «2115 9 «2125 РТ «213» Ното заріеп5е «400» 102 5егІеци Ге 5ег сш Геи Сп Ні Аа 1 5 «2105» 103 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 103
Гуз Гец Геи 5ег Ар Рго Асп Туг Оу Маї 1 5 10
«2105» 104 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 104 5егГеи Маї Аа мМаї см Гей См ГГ ух Маї 1 5 10 «2105» 105 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 105
Пе Маї Аа сім 5ег Гей Сп сп Маї 1 5 «2105» 106 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріепе «400» 106 5ег Пе Гей Си Ні СІп Пе СІп Маї 1 5 «2105» 107 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 107
Аа Геи 5ег ОЇш Аге Аа Маї Аа Маї 1 5
Коо) «2105» 108 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 108 ТигІецйГеи Ар РНе Пе Азп Аа Маї 1 5 «2105» 109 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 109
Азп Гец Пе ОЇши Маї Азп СЇши Си Маї 1 5 «210» 110 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 110
Пе СІп Геи Пе Маї СІп Ар Гух ОЇм 5ег Ма! Ре 5ег Рго Аге 1 5 10 15 «2105» 111
«2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 111 5егТеи Туг Ту су Ге Гец 5ег Маї 1 5 «210» 112 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 112 маї Геи Аїа Рго Геим Рпе Маї Туг Геи 1 5 «210» 113 «21159 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 113
Рпе Гец Геи Ар Оу 5ег Аа Азп Маї 1 5 «210» 114 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 114
Аа Меї 5ег 5ег Гу Рпе Ре Геи Маї 1 5 «210» 115 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 115
Туг Ма! Туг СбІп Азп Авп Пе Туг Гей 1 5 «210» 116 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 116
Гуз Пе СІп сОЇш Меї сп Ні Рпе Гец 1 5 «210» 117 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 117
Пе Геш Пе Ар Тгр Геш Маї Сп Маї 1 5 «210» 118 «2115 9 «212» РЕТ
«213» Ното заріеп5е «400» 118 5егеи Ні Рпе Геи Іе Геи Туг Маї 1 5 «210» 119 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 119
Пе маї Азр Ар Іе ТНг Туг Азп Маї 1 5 «2105» 120 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 120
Гуз Пе СІп ОЇш Пе Гей ТАг СІп Маї 1 5 «2105» 121 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 121
Аге Гец Гей Ар 5ег Маї бег Агро Геи 1 5 «2105» 122 «2115 9 «212» РЕТ
Зо «213» Ното заріеп5е «400» 122
Гуз Ге 5ег Тгр Ар Ге Пе Туг Гей 1 5 «2105» 123 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 123
Оу Геи ТНиг Азр Азп Пе Ні Гей Маї 1 5 «2105» 124 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 124
Ап Гец Геи Ар Геи Ар Туг СЇи Геи 1 5 «2105» 125 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е
«400» 125
Агв Гей Ар Ар Гей Гу Меї ТНг Маї 1 5 «2105» 126 «21159 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 126
Гуз Ге Геи ТАг См Маї Ні АЇа Аа 1 5 «2105» 127 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 127
Пе Геши Ре Рго Ар Іе Іе Аа Аге Аа 1 5 10 «2105» 128 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 128
ТигІеи 5ег 5ег Пе Гуз Маї Їм Маї 1 5 «2105» 129 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 129
Оу Ге Пе Ом Пе Пе 5ег Азп Аа 1 5 «2105» 130 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріепе «400» 130
Гуз Пе Геи Си Ар Маї Маї Оу Маї 1 5 «210» 131 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 131
Аа Геи маї СІп Ар Гей Аїа Гух Аа 1 5 «210» 132 «211» 10 «212» РВТ «213» Ното заріеп5е «400» 132
Аа Геим Ре Маї Аге Гец Гец Аа Геи Аа 1 5 10 «2105» 133 «2115 9 «212» РТ «213» Ното заріеп5е «400» 133
Агев Гей Аа 5ег Туг Геим Ар Гух Маї 1 5 «2105» 134 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 134 15. ТигІеи Тгр Туг Аге Аа Рго ОЇм Маї 1 5 «2105» 135 «2115 9 «2125 РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 135
Аа Пе Ар Су Авп Авп Ніх ОЇш Маї 1 5 «210» 136 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 136
Зо АІа Геи Маї Ар Ні ТАг Рго ТугІеи 1 5 «210» 137 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 137
Рпе Геи Маї Ар Оу 5ег Тгр 5ег Маї 1 5 «2105» 138 «2115 11 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 138
Аа Геим Азп См Ом Аа Оу Аге Гец Гец Гец 1 5 10 «2105» 139 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 139 5егІеи Пе ОЇш Азр Ге Пе Гей Гей
1 5 «210» 140 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 140
ТигТеи Туг Рго Ні ТАг 5ег Сп Маї 1 5 «210» 141 «21159 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 141
Азп Геиц Пе Ом Гуз 5ег Пе ТугІеи 1 5 «2105» 142 «211» 12 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 142 ма! Геи Геи Рго Маї сім Маї Аа ТНг Ні Туг Геи 1 5 10 «2105» 143 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 143
Аа Пе Ммаї Ар Гуз Маї Рго 5ег Маї
Коо) 1 5 «2105» 144 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 144
Гуз Пе Рпе Ар Сім Пе Геи Маї Азп Аа 1 5 10 «2105» 145 «2115 9 «2125 РТ «213» Ното заріеп5е «400» 145
Аа Меї Тнг сІп Геи Ге Аа су Маї 1 5 «210» 146 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 146
Ре СІп Туг Ар Ні См Аа Ре Гей 1 5
«2105» 147 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 147 маї Геим Ре Рго Азп Гец Гуз Тиг Маї 1 5 «2105» 148 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 148
Аа Геим Ре СІу Аа Геи РНе Ге АїЇа 1 5 «210» 149 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 149
Гуз Геи Маї ОЇи Рпе Азр Ріе Геи су АІа 1 5 10 «2105» 150 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 150
Оу мМаїЇ Геш См Азп Іе РНе ОСіу Маї 1 5
Коо) «210» 151 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 151
Аа Ма! Ма! ОЇи Рпе Геи ТНг 5ег Маї 1 5 «2105» 152 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 152
Пе Ге Сп Ар Аге Геи Азп Сп Маї 1 5 «2105» 153 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 153
Аа Геи Туг Азр 5ег Ма! Пе Геи Гей 1 5 «2105» 154 «2115 9
«212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 154
Пе Геши Ріє Си Пе Авсп Рго Гуз Гей 1 5 «2105» 155 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 155
Аа Геи Ар См Азп Геи Ні Сп Гей 1 5 «2105» 156 «21159 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 156
ТАг маї Аа Ом Маї Пе Сп 5ег Маї 1 5 «2105» 157 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 157
Гуз Ге РНе Оу ОЇми Гу Тиг ТугТец 1 5 «2105» 158 «2115 9 «2125» РТ «213» Ното заріеп5е «400» 158
Гуз Геи Ар СЇи ТАг Ап Азп ТНг Гей 1 5 «2105» 159 «211» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 159
ТАиг Туг Гу Туг Маї Азр Пе Азп Тиг Ре 1 5 10 «2105» 160 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 160 5ег ТугІец Сп Аа Аа Азп Аа Геи 1 5 «2105» 161 «211» 10 «212» РЕТ
«213» Ното заріеп5е «400» 161
Геи Туг СІп Пе Геи Сп Оу Пе Маї Рне 1 5 10 «2105» 162 «2115 17 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 162
ТНг Азп су Ма! Пе Ні Маї МаїЇ Азр Гуз Геи Гей Туг Рго Аа Азр 1 5 10 15
ТАг «2105» 163 «2115» 10 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 163
Ом Ге Аа Су Пе Су Пе Геци ТАг Маї 1 5 10 «2105» 164 «2115 9 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 164
ТугІец Геиц Рго АїЇа Пе Маї Ні Пе 1 5 «2105» 165 «211» 15 «2125» РТ «213» Ното заріеп5е «400» 165
ТигТеи су сш Ре Геи Гуз Геи Ар Аге Ом Аге Аа Гу Ап 1 5 10 15 «210» 166 «2115 17 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 166
Тнг РНе 5ег Туг Маї Азр Рго Ма! Пе ТАг 5ег Пе 5ег Рго Гуз Туг 1 5 10 15 су «2105» 167 «211» 16 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 167 5ег СІп Ар Ар Пе Гух Оу Пе Сп Гуз Гей Туг Оу Гу Агр 5ег 1 5 10 15 «210» 168 «211» 16 «212» РЕТ
«213» Ното заріеп5е «400» 168 5ег Рго СІп Туг 5ег Тгр Аге Пе Азп су Пе Рго СіІп Сп Ні ТАг 1 5 10 15 «210» 169 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 169
Те Рго Рго Ме Азр Аїйа Ні ТНг Аге Азп Гей Геиц Аге Авзп Ні 1 5 10 15 «2105» 170 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріепе «400» 170
Гуз Пе Ре Туг Ма! Туг Меї Гух Аге Гух Туг ОЇм АіІа Меї ТАг 1 5 10 15 «2105 171 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 171
Аге Гуз Маї АІа ОЇи Геи Маї Ні Рне Ге Ге Геиц Гуз Туг Аге 1 5 10 15 «2105 172 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 172
Рпе Ре Рго Маї Іе Ре 5ег Гу: Айа 5ег 5ег бег Ге Сп Гей 1 5 10 15 «2105 173 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 173
Оу Ар Азп сп Пе Меї Рго Гух Аа су Ге Геи Пе Пе Маї 1 5 10 15 «210» 174 «211» 15 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 174 ТНг 5ег Туг Маї Гух Ма! Гей Ніх Ніх Меї Маї Гуз Пе 5ег су 1 5 10 15 «2105 175 «211» 18 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 175 ма! Геи Геи Гу ОЇм РНе ТНг Маї 5ег Оу Азп Пе Геи ТАг Пе Аге 1 5 10 15
Гей ТАг «2105 176 «211» 17 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 176
Гуз Маї Рго Пе Гух Тгр Меї Аа Геи См 5ег Пе Геци Аге Агер Аге 1 5 10 15
Рпе «2105 177 «2115» 13 «212» РЕТ «213» Ното заріеп5е «400» 177
Аа Гух Аа Маї Аа Аа Тгр ТНг Геи Гух Аа Аа Аа

Claims (22)

1 5 10 ФОРМУЛА ВИНАХОДУ
1. Пептид довжиною до 30 амінокислот, що містить амінокислотну послідовність 5ЕО ІО МО: 30 та/або 34, або його фармацевтично прийнятна сіль.
2. Пептид за п. 1, що має загальну довжину від 9 до 16 амінокислот.
3. Пептид за п. 1 або п. 2, де пептид є модифікованим і/або включає непептидні зв'язки.
4. Пептид за будь-яким з пп. 1-3, де згаданий пептид є частиною злитого білка, зокрема який містить М-термінальні амінокислоти антигенасоційованого інваріантного ланцюга (Ії) НСА-ОВ.
5. Т-клітинний рецептор - ТКР, що реагує з лігандом НІГА, де згаданий ліганд складається з амінокислотної послідовності, вибраної з БЕО ІЮО МО: 30 та/або 34.
6. Т-клітинний рецептор за п. 5, у якому зазначений ліганд є частиною комплексу пептид-МНО.
7. Т-клітинний рецептор за п. 5 або п. б, який є розчинним або зв'язаним з мембраною.
8. Т-клітинний рецептор за будь-яким з пп. 5-7, який має додаткову ефекторну функцію, таку як імуностимулюючий домен або токсин.
9. Нуклеїнова кислота, що кодує пептид за будь-яким з пп. 1-4 або ТКР за будь-яким з пп. 5-8.
10. Нуклеїнова кислота за п. 9, яка зв'язана з гетерологічною послідовністю промотору або вектором експресії, здатним експресувати вказану нуклеїнову кислоту.
11. Рекомбінантна клітина-хазяїн, що містить пептид за будь-яким з пп. 1-4 або нуклеїнову кислоту, або вектор експресії за п. 9 або п. 10.
12. Рекомбінантна клітина-хазяїн за п. 11, яка є антигенпрезентуючою клітиною, переважно дендритною клітиною.
13. Спосіб отримання пептиду за будь-яким з пп. 1-4 або Т-клітинного рецептора за будь-яким з пп. 5-8, де спосіб включає культивування клітини-хазяїна за п. 11 або п. 12, яка презентує пептид за будь-яким з пп. 1-4 або яка експресує нуклеїнову кислоту або вектор експресії за п. 9 або п. 10, і виділення пептиду або згаданого Т-клітинного рецептора з клітини-хазяїна або її культурального середовища.
14. Активована Т-клітина, одержана способом, який включає контактування /л уйго Т-клітин з навантаженими антигенами молекулами МНС людини І або ЇЇ класу, експресованими на поверхні придатної антигенпрезентуючої клітини, протягом періоду часу, достатнього для активації згаданих Т-клітин шляхом набуття ними специфічності до антигену, де згаданий антиген є пептидом згідно з п. 1 або п. 2, який селективно розпізнає клітину, що презентує поліпептид, що містить амінокислотну послідовність, визначену в будь-якому з пп. 1 або 4.
15. Застосування пептиду за будь-яким з пп. 1-4, ТКР за будь-яким з пп. 5-8, нуклеїнової кислоти або вектора експресії за п. 9 або п. 10, клітини за п. 11 або п. 12 або активованої Т-клітини за п. 14 у приготуванні лікарського засобу проти раку.
16. Застосування за п. 15, де рак вибраний з групи, що включає рак легень, рак головного мозку, рак молочної залози, колоректальний рак, рак стравоходу, рак нирки, рак печінки, рак яєчника, рак підшлункової залози, рак передміхурової залози, рак шлунка, меланому, карциному з клітин Меркеля, лейкоз, а саме ГМЛ та ХЛЛ, і інші пухлини, які проявляють надмірну експресію білка ММРІ, з якого походить пептид з послідовністю 5ЕО ІЮО МО: 30 та/або 34.
17. Комплект, що містить контейнер, який містить фармацевтичну композицію, що містить пептид(и) за будь-яким з пп. 1-4, ТКР за будь-яким з пп. 5-8, нуклеїнову(ї) кислоту(и) або вектор(и) експресії за п. 9 або п. 10, клітину(и) за п. 11 або п. 12, або активовану Т-клітину за п. 14 у розчині або у ліофілізованій формі.
18. Комплект за п. 17, який додатково містить другий контейнер, що містить розріджувач або розчин для відновлення ліофілізованої композиції.
19. Комплект за п. 17 або п. 18, який додатково містить принаймні ще один пептид, що містить послідовність, вибрану з групи від ЗЕО ІЮО МО: 1 до 5ЕО ІЮ МО: 162.
20. Комплект за будь-яким з пп. 17-19, який додатково містить інструкції із (ї) застосування розчину або (ії) відновлення і/або застосування ліофілізованої композиції.
21. Фармацевтична композиція, що містить принаймні один активний інгредієнт, вибраний з групи, що складається з: а) пептиду, вибраного з БЕО ІЮ МО: 30 та/або 34; б) Т-клітинного рецептора, що реагує з пептидом і/або комплексом пептид-МНЄС за (а); в) злитого білка, що містить пептид за (а) і М-термінальні амінокислоти від ї до 80 НІ А-ОВ антиген-асоційованого інваріантного ланцюга (ЇЇ); г) нуклеїнової кислоти, що кодує будь-що від а) до в), або вектора експресії, що містить згадану нуклеїнову кислоту; д) клітини-хазяїна, що містить вектор експресії за г); е) активованої Т-клітини, отриманої згідно зі способом, що включає контактування Т-клітин /л уйго з пептидом за а), експресованим на поверхні відповідної антигенпрезентуючої клітини протягом періоду часу, достатнього для активації згаданої Т-клітини шляхом набуття нею специфічності до антигену, а також способу перенесення цих активованих Т-клітин в організми аутологічних або інших пацієнтів; Зо є) розчинного Т-клітинного рецептора, що реагує з пептидом і/або комплексом пептид-МНС за а) і/або клітини, що презентує пептид за а), і потенційно модифікованої злиттям з, наприклад, імуноактивуючими доменами або токсинами; ж) аптамеру, який розпізнає пептид, вибраний з ЗЕО ІЮ МО: 30 та/або 34, і/або комплекс пептиду, вибраний з ЗЕО ІЮ МО: 30 та/або 34, з молекулою МНС; 3) кон'югованого або міченого пептиду або каркаса за будь-яким з пунктів від а) до ж), і фармацевтично прийнятний носій.
22. Фармацевтична композиція за п. 21, яка додатково містить фармацевтично прийнятну допоміжну речовину і/або стабілізатор.
- ше хх «ріж «ЕЕ их Пептяид. ЕРА ГАЗОВІ БІО МС о ї гі Е : СЕ : о: : В Я : Хо: й : г І ї у ї І ї 7 я ОБЕОММЮК ЕМ АА ВВККОВ м Й - Е їЇ35 нармальких тканин іжнповатизнмна, З наднирисвізачази, 5 вртерій, З пісткових моряки ЗІ тнаняна В гозовиих мохаків, ХтовочнІ ззлозк. ІЗ траєтах ямок, дп їі дезанадцятмпвла купина, 7 стравсходнв, ? жовчних мікурн, з сердець їб нирок, 4 зрахим лейкоцьтів, 51 печінка 3 ліпафатичнийх вузол» Її жечнми. У піджелункових залоз, З периферичних зер, Її омеравина, ї пілефіз іллацента. З повер, й прядамх хниом, 2 сявнні залом, З сяелетні вх, З швіри, г таня иУнюнн З келехіням, Й кюкунків. З м'яники, й тяатусю. З щиталодкні залохі, 1 сечовід. 2 матих, 2 вени, З5 легенів Фкуратб ОЯ-г - КА зу ЕК жа І Та. Певтидо КЕР ЗАМО АЧОВІ БЕС ЮО МО: 13 щщ-- 1 Бе :
о . З : . Е Е : В ЕШНЕ ї : ЕЕ 3 БЕ і: ї : її Зідй хх І: ї В ї г: ГКУ В, : НЕ я; З а що КІ : 15: Міша МН. Зк пек ккеекини, г. того пись питекою сийкей жк дики лк сег піожитиник - н Н ТВО В хх г 5-5. ї : ОКЕАН ДЕК Я КОВО КЕ КВ У В об ВВ о В В іон о ЕК ж зов ря 155 нормальних твакмн Я жирова тканяка, З наднииркові залоз. 5 артерій, З кісткових махи, Зі тканика Б гпииних лови, З олачні залози, 13 товстих киш, ндял ідванадцеЕткталь нм, 7 стравомодів, г жовчних міхури, х кердЕць, їв ннирок, й зрази лейкоцитів, Хі печікха, і лікфатичнюх вузол, їі лечник, 7 підшлунканнх залоз, 2 пержферичних нерем, і охедевина, З іпощів, і ллацента, З плевтю. 5 прямих иивиак, Я слинні зала З скелетні мязи, З шир в ким мужня, З желе, Х лунка, З «сім'язкми. 2 тивууєсть З кр сподихні заоюті, Ї сечовід, Х ати. З вени де легенів
Фура Пдптдя сек оту ав ту жі, ух Певтяд УУПИДМІРОКЕА"ЛЯ ЗБОЮ МО; 23 - що: З ш СІ ої Е: й . : х Ин кн не не Ки боже ж. ї то нормальних повин І нарнворковізилови, і вртерія, й головних мазки, Ж пювник ісхслочна залоз я, З товстих ямок, і серце. 1Я нирок, ная Зпечінск, ЕХ підшлуюкові халохняя. Е гіпофів, о праг кишки, З квкірм, Ї сяелехіния, ВХ мінунніво Я тилу й лати м, З легені праллит ж оНя гіда с ПЕК т Пептид.ї ВМИЦОКАРУК ТА ЗЕ ОО БО 28 ї : :
ої . Ех Н . З ЩЕ : : ) іч х шк Ж Н - : Км Ж т . і АК КК ОА А КК З ЗКХА ЕК НКИ КК КН КА Би но и я я Ж ТЕ ноерхгальних тзанин їв : 4 : Ва теанкя 2 наднярновізалози, ії артерія, 4 головних казки, нара ї молючна залога, ? товстих Хуан, І серце, 13 кидок, де З лачіком, З підцетункові залози, спе; Е пн мими. З іомійн, і селезінязх, 1 мілуюків, З тижеук, 2 катки. З легенів фра ТЕ - зп Ко А Ви : рух Педтия БУКБОРРУЗУ АТО ВК Я г Б : Не : Я гЯ : : 4 : ЕЗ їх : : й 3 В ія т : : ї І ї 5 й : : : Х : Я ї : : Ко і : «ЕХ ї М : У 5 ї ж : 35 р 3 : Ї ЕН: Ко ще 5 54 : м : Не К хі ТЕ: о. 2 : ї НЯ УТ ЯК ще 1 ЖЖ: Ж . хх г жи ї Я си ВЕН ЯКЕ НЕ ЕРИЕ НИ ЗК : 5 Ес пови ОЇ Н : х Я ЕН ВЕН КУКА МЕНЕ Ж ї З 4 КУ її ОО ЕЖ: оп: В |і ЧК я за НЕ ЗЕ ЕНЯ Кк 355 5 Кв я: тої ї ї КУН АННУ МЕЖ ВВ ЗЕ М: ЗЕ ЗЕ 5 Гм : з яв: З хі М Ж: МІН В і ІК МНЕ Я Гак У ж- «ВЕЖ: її ї КН ЗІ ЖИ ЗБ и ЕВВКВИВ С Бі Я ЩЕЗ КЗ пава: 05 ЕХ з Са «З ЖОВ ціх ОО І В М В ВВ Б їх гі : К АК М А НО КМ дою щ-К Ж т льш Норкхальні Фонові тканини клі хтхвнини Девкид» виявлених ха: 5 лініях клітин підівлуюновсї звлози, Хітизрах 15 нормальних тижинмназх іс стравосясдя, У легенів, З селизіним, З мотункаї, 12 дахових зканинах ії ран головного мозку, 2 даки молочна залози, 5 раків ковстої якеки, З раків стравоходу, З рани жовчного міхура, й панів нирджи. з ванів печінки, 55 ранів легенів, 3 раків яєчника, З денів підбилуннової залози, З дак переджіутрової залозу» Її рак прямої ння, й пани вніри, 12 раків вільния, і рак лечиаіізліза направо!
Фитупв ЕЕ пептид, УУТКОКАМ МЕ ГА ЕЛ НО МО: 25 щ С ШЕ З ш З я ї СЕ с ах НК КК пох КО щ ян. . і» - ; БЕВЗ ще паж ек бно Ме еВ Шння Її Рахові ваними Пелптид, енавлений на: ЗВ ракових тканинах 5 рак роловного коозку, З рий нирки.
І паки печіним, 32 Вакя легенів, ? ракжівлукнаізліза направої Фиувя Но Пептяд ДЕМОН (АТЗЯ ЕС ЛО МО: 75 де Ж ! ї ! А ! ШЕ Ша Ії, інв Мен я КО ЗК М Фе зо зах: я 73 нерзкальних ткани т надниркові залоз.
Е зртеннь головних мовкн, 8 тканим імрслочна зхлози 5 товстих кишок, Її серце, І нирок; НАрРА печін, З підзнлунксві залози, Ї пплофів, х пряваах яко,
Я шкізм. і секезінка, 12 хюкуннків, ХК тик, й каатим, У легакки шеерв А гені БИКЯ я Н ях їх З ж - і Ж 5 З ж В х т Н 55 ТЕ 5 4 ще Воді Я ї 38 м я "ж В ї ї ЕЕ "Я шо «В: й 5 ВВ в 5 8 о. їж В ВХ ДМ В: ВН Во як я 1 Мом ХВ 5 Бе ох ЗО В ях ще Н х Мною В ТВ С. ВИН БЕ ЗМО к. Б «й т хх УНН У с ВК. М М В. У НВ: Н х пе :Х ВОННЯЕ БК о ЯК ВО ВАНН: В : Х Ж о ВЕНИ Ва МОН Ки ВОК. ЗОНИ ть : з х Ка В ДО: Ве ВО ВО Б М «8 т 8 МОВОЮ С в 1 се БУ і ї х Х КОХ ВУ УК В В В ї В х З ххїяй |і хх 8. х ОВ ОО КЕ Ко СНАХ МАМ МОВ КВ Зразих нзрмальнух тмазим ікюжний зюваси келях собою пух зв ів НдРЯ н й 4 зразків НДІ від декількох донор ій наднирксва зкаохз, артерія, зістювих мохом, голоаннй якозшківась) молочна вата, ст ревскід, серце, ния Три язвапальні витжіни), пейкомити, тефиха, катенк, дукефекткнох нузс, вечних, підоняуюксвх заарза, пивщекта, передксжурова заява, слнкна залоза, скелеЕТКИЙ КСЯХ, секкіра, хзека кигока, пежезка, меопрєк, смм'ямни, теку, емтопздібха зтиоха, гечлами кіхур, шийка матки, мате, вка, 5 гнавон коржаленої летеніізяіва направо)
черга ЗВ Ген 1АМЕЗ т : ях їх 2 Б я В Е: і х 5 я ща С я 5 Ще й щі в я 5 я В : х ях У Іс ІК СУЩЕ -з 8 ЩЕ 58 5 5 К; Н ях жу У: ШУ - В НИ ох я 55. Б ЖЖ 5. В Ж о ї Я БО В В Як ВК ЗИ ВК зи: : о З З ЗНОХ со: В КВК : Я о МВ Щи ЗНМ ЯК оо зе ЖК ВК ЯК ВО. : 5 Б Ви В я З: 8 В В В : с НО ЯКНЮНУ и: ЗНМ сени: СА М ЗНУ Ве Я: : х МО З о оо ех о І В З.
Тож М кат вх що х КА ЯК З ВОНИ ЗХ КК ох 1 ЛК мото ТАЖ Кн МКМ ее Кох о и: МН В: ВОК я ха ЕКО шле З КЕ, Ех МЕС ие МО В В АК Еш В ПАК КА МАЕ, МО в ВВ МО В и КО ЗО.
ЗМ КК ОО МОХ Здазми коржальних тканин ікожним зиззои квяке гайкою плуя ЗВ зразків КДРЯ від деБількиХ ДОНОВНІ: кадкирхсея залоза, гутьвя ектиовий мозок, поатожени жозви івяетьр клочна зас стІзвома, серце, нирка ітом ларахельні вижри), лейкощнти, леми, легеня, поафатичних зжзал, нених, Лідпоуняспа звлоза, плацента, пере дкурова зааюза, слхжни аопва ккельтном мсяз, міра, зсеха кхежа, сЕЛВІІНИг, (ОлуноМ, СК ЯНХе, тимус, МТоподіяна 2228, кеш міхур, шик кати», ліяснг, века, ї зразох ноулвламої пегенміфзкез жаптравої шШитува ЛО Ген МРІЇ - Ї КУ «а й У В 5 3; ЖЖ ІВ 5 В х М х "Ж х за ж ї ск З х яко - цк ще : я ЕВ в ве Б53У М Ж. х я ВХ я ВО : Ме бе я В я В В : : їх ВИ Ше и Ж . Ж М Ж ї з 5 ШОН я.
ШК са ЖК їх Я ВК Я ї ЗВ Б ОН.
М Я з» ЖК: ВН: МИ ї х "тк МОМ.
КИ ни о. о.
МК: Пон.
МИ шШЗажмхве ххх Хм мох м м мом З. зона ЗК и З МКМ В донлновипипиинмі.
ВБИВ ВОМ Зуззки мнокальних гама ікожикй зразох еБЛяЄ сийою пуд Зх зразків НДЕЛ : и - Е: скв КЕКВ звід денількох донамівк надкажрхава залоза, автедія, пкстиовки мозюх, холавних тапеюх еєсь), ксоюошесна Заможа, правок, серюе, кра тей пграпельні зикери), лейкоцити пеня, легеня, лююфатичнай вузи, ягзинк підлункова лаз, позцента, плередкіхурова затв, глинна завоза, скелетних ксяз, ззМідж, пнов вюцсюа, хелезінев, меню, сім'яних, тус, шщитолодна залоза семсоеюи жіхув, шийка ксатан, мати, денна, ї зразок кормахьниї пета фзкна каправи
Фкура ДО - «их Ген: СЕКРМ : ї - 5 і З З м Ук я що 5 як КЗ : 3 я В З ; » : Ж: я Б є Ух БЖ: Як у х ме я ях їй В -і У з х КІ я й З КО КСВ ї як. т ЖК: Ве шо : В З щ х В а А В : - БО В З. як ВВ 5 в ОВО, В : КУ В ЯК Ж ож Ж ЯК ПИШИ Я сх же ВО : « х Ж Ж В оон: Я ПН Я З о З Ю хі іх СЯ БВ ВК Ям 3 М х ВВ ЯЗ ЯК З х ще ЯКО Ї й ДЕ НЯ З по В за ех З. Ми Й : С те х ХК В ВМО иа. о ВК КУ 4 5 в хх Я ОМ: ВЕНА ЕМ ОЩ ю хм У Хек х. ОН НН ВИ ЖИи НК КУ Ко: пл лтх МО КЕ щу МАВ ОО В и М В Бема ОКХ М АХ УУВОІМІВИММВи ОО зразяи нержальних тозним кожних зразая лежяє спдою пк ; ств х т БІД дЕКТЬКОХх донорів): ЗБ зразитв НДАЕТ задкмрхсва залоза, адтедвія, кктиапвки фозюн, поясеаннй вксзсах іщеге), Мохочна закоза, странскід, герце, навка ік парахельні вжяіри), пехкоцити, печенка, латеня, лімфатиченмий кузюх, яєчна, підшлункова залоза, плацентг, лерелкіхурова завоза, сямина залоз», Макети кяз, веківа, тонка хека, селаннка, шетТуриок, СПА БНИК, ТИС, мтоподіка зако, сечових хохур. вий ха пматнях матка, вена, зразсх наджалької пегеніізжіва мапражої турх Стимуляція Хлимулвція КІ МОНА тА 0 МАСАХ вагдтив, кохтле ЙО ЖЕ 00 ухууууууууууууу ух уююу уекююююю юю сві шоком! ї ех ма: т ДЕН. 0 Ощо З НЯ НН а Н А ще НИ | ! мор ЖЖ сит і их я под о і ше ще : м ВЕН Н ПК Н МОР: хм НУ Не Я Н и НН СРО Я І РРО і ОН У ! ше МТ РО слини Н БЕ і і о и ДІ ВРЮ; В'ДОТАНЯКИ СЕБО Ю Мо, 183 Плуляцоя стимуляція во 0 НЕБА ОСЬ МЕеОА Од кави коклесле ШУ іп у ово в оо вии чи пив вии в в в в зроде оре С ІК ЇЇ Ба: ГО ! кі У Й рей Н Її КЗ ті І ї ха Н ШИ хі г Її Б и їі Н ї і ЯН ЕЗи дея ї і диню ре ІННИ ДИДиНХ хі пана ї Бея Н «ЕЛЕ хі пи ї
Рос. хо ї Б о: пе : ко КО т ОО ; НЯ ПЕ ОРОС М. ї ХУ Н ПЕК жі ЗЕ І ЕН по ПОККУМИТХ жі СЕП В М Я НУ Н ІЗ я ро Ше и ання ШУМ ВИТОЛОКОЕНН ТАКИ Ма ка ОО
«прув міродовх і ХетЕктюлиия Стамупяція НААУ АВ КИ НА АД каатив. коктосле є шЖЕ НЕ БУННН НОТ. шу Н НН Н А т І Н СИНЯ ; Н гешН 1 ї Е І г : їі Н ЖЕ дл, іні пдв Аня ж ши ШІ Шне Е і я Бо Б НЕ ЖЕ: | НН п : ж ШИ НУ СТЕК : Бо 1 леми сх 1: СО Кк Ж Я М Ся " 1 дО Й Н ННЯ НЕ 7 В Б о ня РАМ ДЯ АМОСОВА НО ЯК НМ ТИМИ Кі Стуюсулящія М ЗАЧ АНК 0 Мед нетятив. коегроль НЕ І ОУДЕК: х ТОК Б : Я Я і Н В ПЕН ї ; ші ЩЕ: ак МУ їх кави шої НН і х КВН. Н ІК ОЇ СК Н їх «2 ся : зу ї Ж. ч Мо А дя ї БЕ МЕЖ о Н їх ке М Н СЕ ЗК: Я ОО Н киш нн : БЕАЧНУ СОДА ІКВ ІБК ЕМО. СІ УУІХХ Х пулу Мкаї плисулація Хлимулиціх ЖО 00 віААВТМО М АМЕНОГВІ ВААС МаІнЖеяТиЕ МОНТЕ м нама оче ая мно парове ХЕ І БОВЖ : НАЕК І : ї р 2 : Бе: : ї ї : : ее А е ї ; ; Н КІ КЕ ї ї ч : 11 а ї Її кеВ я : х і Ух ЗВ ї ї Ви с : їх ОК ї ІК. : мо Е ВОМ Ї : Б Я : У ення ї КОЛЕ : : 7 Е т Хек зр, ББЖ УЛ ЛАМКІ С Ю Мо я Фкзра птттиннчтижлтдилжлдлдлдлєд,длдлдлд,дл,нлииинмашамаанлннннннммм мм пп пп пп пп пп пп п пп п пп пп пп пп пп пи і Чиспо позитивних донорів МІ іСтмалуляція внще фону і і з ще - ПН : Ве з вепичиною 5БЕЩА-І ШОЕ Н Н Н ШИ ! і НЯ !
ЩОБ. осідддддтттттттттттт и ИЙ тт труду тт тт ПЕТ Д Н в ее ШЕ ши БОБ ТЕ Ще ! :Ш ЕЕ ХЕ | і ее ПКЕЕ Ех «чу Н г : 5 са МЕ ЖЖ ЖЕ ЖЕ ня Н Е : НИ ей ИН ЕК, ПИШИ. В ПВ. ше - ВВ ШЕ Р ак ща Вк ак Б щ ВО ан і Н ІЩЩО жене С ЦД Б В ВЕ КО Я МХ нхЯ і Ко фр Н.І. Ж Я нн В ння. ВВІВ Н 15 ТК МН ОК: ПИПИу ЯК си ПИ: ЗВ Н Н 1 ос ВО |і . | |і ще . Я ос ПІ ЗВ Н Н ІК с ВИ ПИПИу ЯН сини: ОП: ЗО чих Н 1: 1 І - а. Ж. В МК (КБ Я ання ВОЮ Н Н їж зу я СЯ Ж - : з ж Н шк ши ми ди м и ВИ НИ М НК В МКС ИН Н я а хо НИ ШИК БОУЖУ І ша а МЕ МК ШЕ ше у : не и ОВК й і Й ШІ Гедтисн дозгнтяенохо шожтролю лгуре ката ТМЕрНВ МН аа НЯ що Б М ХЕ ВЕК : рен : їх ща ї Бан ца ї Б КИ Мк хм ЩЕ м НН НЕ; В А «ДІ. сені Я : їх : шу МОТО : Бр ВН 7 : Комети | Убуечею : Укоужхеекуютнк Метки МК ржемею тт : Б 0 ше ши Е шен Щі ОМ 03 г: і-ї о. 11.3 000 да З Е «8 З З ЗК ТІ о РТ ОКУ ФР С Я 11 й ЗК ши ши ши ши й нн нн НН НН нн п СН ВИ С ВЕ С пекан АКА АЖ АКА Аа АКА АЖ Аа Аа АКА Ана АкАк Аа Ана Ак кана акк ак кнаккнаккнинннкк В івуногенність різних пептидів й класу ж зов зак за Ж у Ко ря ДАНО тт В АВТО пс
UAA201705953A 2015-04-24 2016-04-22 Пептид для застосування для імунотерапії раку легенів, включаючи ндрл та інші види раку UA122675C2 (uk)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562152258P 2015-04-24 2015-04-24
GBGB1507030.3A GB201507030D0 (en) 2015-04-24 2015-04-24 Immunotherapy against lung cancers, in particular NSCLC
PCT/EP2016/059053 WO2016170139A1 (en) 2015-04-24 2016-04-22 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against lung cancer, including nsclc and other cancers

Publications (1)

Publication Number Publication Date
UA122675C2 true UA122675C2 (uk) 2020-12-28

Family

ID=53488628

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
UAA201705953A UA122675C2 (uk) 2015-04-24 2016-04-22 Пептид для застосування для імунотерапії раку легенів, включаючи ндрл та інші види раку

Country Status (27)

Country Link
US (16) US10925948B2 (uk)
EP (5) EP3760225A3 (uk)
JP (3) JP6901065B2 (uk)
KR (1) KR20170137119A (uk)
CN (4) CN112661838A (uk)
AR (1) AR104675A1 (uk)
AU (6) AU2016251621B2 (uk)
BR (1) BR112017017560A2 (uk)
CA (1) CA2983064A1 (uk)
CL (8) CL2017001819A1 (uk)
CO (1) CO2017008902A2 (uk)
EA (1) EA201792044A1 (uk)
GB (1) GB201507030D0 (uk)
HK (1) HK1244666A1 (uk)
IL (2) IL292411A (uk)
MA (5) MA51761A (uk)
MX (2) MX2017013688A (uk)
MY (1) MY173099A (uk)
NZ (1) NZ734197A (uk)
PE (2) PE20230768A1 (uk)
PH (1) PH12017501275A1 (uk)
RU (2) RU2723092C2 (uk)
SG (2) SG10202001482YA (uk)
TW (2) TW202130658A (uk)
UA (1) UA122675C2 (uk)
WO (1) WO2016170139A1 (uk)
ZA (1) ZA201704939B (uk)

Families Citing this family (43)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
PE20230321A1 (es) 2015-07-01 2023-02-22 Immatics Biotechnologies Gmbh Nuevos peptidos y nuevas combinaciones de peptidos para el uso en la inmunoterapia contra el cancer de ovario y otros tipos de cancer
GB201511546D0 (en) 2015-07-01 2015-08-12 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against ovarian cancer and other cancers
GB201512369D0 (en) 2015-07-15 2015-08-19 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against epithelial ovarian cancer and other cancers
CN108601731A (zh) 2015-12-16 2018-09-28 磨石肿瘤生物技术公司 新抗原的鉴别、制造及使用
US20190117751A1 (en) 2015-12-28 2019-04-25 Sapporo Medical University Tumor antigen peptide
JP7075125B2 (ja) 2016-05-25 2022-05-25 イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー 標的としてのおよび胆嚢がんおよび胆管がんおよびその他のがんに対する免疫療法で使用するための新規ペプチド、ペプチド組み合わせ
GB201609193D0 (en) 2016-05-25 2016-07-06 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides, combination of peptides as targets for use in immunotherapy against gallbladder cancer and cholangiocarcinoma and other cancers
DE102016123893A1 (de) 2016-12-08 2018-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung
KR102639592B1 (ko) 2016-12-08 2024-02-21 이매틱스 바이오테크놀로지스 게엠베하 짝짓기가 향상된 t 세포 수용체
SG10202100326SA (en) 2017-04-10 2021-02-25 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against leukemias and other cancers
CA3059644A1 (en) * 2017-04-10 2018-10-18 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination thereof for use in the immunotherapy against cancers
US11427614B2 (en) 2017-04-10 2022-08-30 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination thereof for use in the immunotherapy against cancers
TW201841937A (zh) 2017-04-10 2018-12-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 用於白血病和其他癌症免疫治療的新穎肽和肽組合物
US10800823B2 (en) * 2017-07-07 2020-10-13 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against lung cancer, including NSCLC, SCLC and other cancers
DE102017115966A1 (de) 2017-07-14 2019-01-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Polypeptidmolekül mit verbesserter zweifacher Spezifität
US20190016804A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Dual specificity polypeptide molecule
CA3078744A1 (en) 2017-10-10 2019-04-18 Gritstone Oncology, Inc. Neoantigen identification using hotspots
CA3083097A1 (en) 2017-11-22 2019-05-31 Gritstone Oncology, Inc. Reducing junction epitope presentation for neoantigens
JP7418337B2 (ja) * 2018-02-09 2024-01-19 ジェネンテック， インコーポレイテッド マスト細胞媒介性炎症性疾患の治療法及び診断法
TW202016131A (zh) * 2018-05-16 2020-05-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 用於抗癌免疫治療的肽
CN109116023B (zh) * 2018-06-14 2021-06-04 郑州大学第一附属医院 一种肺癌标志物抗-mmp12自身抗体及其应用
EP3846845A1 (en) 2018-09-04 2021-07-14 Treos Bio Limited Peptide vaccines
TW202039535A (zh) * 2018-12-18 2020-11-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 B*08限制肽和肽組合物抗癌免疫治療和相關方法
CN110706742B (zh) * 2019-09-30 2020-06-30 中生康元生物科技(北京)有限公司 泛癌种肿瘤新生抗原高通量预测方法及其应用
CN111233972B (zh) * 2020-01-19 2021-08-10 华南理工大学 一种抗炎三肽及其提取分离方法和在改善记忆中的应用
CN111575283A (zh) * 2020-04-20 2020-08-25 中山大学肿瘤防治中心 Dkc1特异小干扰rna及其应用
CA3188501A1 (en) * 2020-08-07 2022-02-10 Todd Golub Therapeutic targeting of phosphate dysregulation in cancer via the xpr1:kidins220 protein complex
US11885886B2 (en) 2020-10-23 2024-01-30 Ford Global Technologies, Llc Systems and methods for camera-LiDAR fused object detection with LiDAR-to-image detection matching
US11430224B2 (en) 2020-10-23 2022-08-30 Argo AI, LLC Systems and methods for camera-LiDAR fused object detection with segment filtering
US12050273B2 (en) 2020-10-23 2024-07-30 Ford Global Technologies, Llc Systems and methods for camera-LiDAR fused object detection with point pruning
US12118732B2 (en) 2020-11-23 2024-10-15 Ford Global Technologies, Llc Systems and methods for object detection with LiDAR decorrelation
CN113185597B (zh) * 2021-04-06 2022-08-23 中山大学孙逸仙纪念医院 一种可激活患者的抗肿瘤免疫反应的人肿瘤抗原及其应用
CN113181350B (zh) * 2021-04-27 2023-04-25 浙江大学 以活化成纤维fap为基础的肽类疫苗及其制备方法
CN113136434A (zh) * 2021-05-14 2021-07-20 北京化工大学 Lpcat1基因在制备治疗癌症药物及诊断性试剂盒中的应用
EP4387668A1 (en) * 2021-08-20 2024-06-26 Hunilife Biotechnology, Inc. Use of alpha-enolase antagonist in treating fibrotic diseases
EP4398903A1 (en) * 2021-09-09 2024-07-17 Kartos Therapeutics Methods of treating cancer dependent on myc gene expression
IT202100024779A1 (it) * 2021-09-28 2023-03-28 Univ Degli Studi Di Torino Vaccino a DNA per l’uso nel trattamento profilattico o terapeutico dell’adenocarcinoma duttale pancreatico
CN113995841A (zh) * 2021-11-04 2022-02-01 上海市胸科医院 Mettl3/alkbh5/eno1调控轴作为靶位点在制备治疗肺腺癌药物中的应用
CN116083434A (zh) * 2021-11-08 2023-05-09 成都医学院 一种mcm5基因及其新用途
WO2023180552A1 (en) * 2022-03-24 2023-09-28 Institut Curie Immunotherapy targeting tumor transposable element derived neoantigenic peptides in glioblastoma
CN114957399B (zh) * 2022-06-29 2023-05-09 湖北工业大学 一种多肽、多肽衍生物及其在制备抗肿瘤药物中的应用
CN116059361B (zh) * 2023-02-27 2023-08-15 华中科技大学协和深圳医院 三价铬离子和/或金属铬在制备肿瘤免疫治疗药物中的应用
CN116270523B (zh) * 2023-05-15 2023-08-08 四川厌氧生物科技有限责任公司 一种耐酸的口服双层胶囊及其制备方法

Family Cites Families (70)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA92037A (en) 1904-11-25 1905-03-07 The Hooven, Owens, Rentchler Company Turbine bearings
US4440859A (en) 1977-05-27 1984-04-03 The Regents Of The University Of California Method for producing recombinant bacterial plasmids containing the coding sequences of higher organisms
US4704362A (en) 1977-11-08 1987-11-03 Genentech, Inc. Recombinant cloning vehicle microbial polypeptide expression
ES487106A0 (es) 1978-12-22 1981-05-16 Biogen Nv Un metodo para producir al menos un polipeptido que muestra antigenicidad de hbv
US4530901A (en) 1980-01-08 1985-07-23 Biogen N.V. Recombinant DNA molecules and their use in producing human interferon-like polypeptides
US4342566A (en) 1980-02-22 1982-08-03 Scripps Clinic & Research Foundation Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes
US4678751A (en) 1981-09-25 1987-07-07 Genentech, Inc. Hybrid human leukocyte interferons
US4766075A (en) 1982-07-14 1988-08-23 Genentech, Inc. Human tissue plasminogen activator
US4582800A (en) 1982-07-12 1986-04-15 Hoffmann-La Roche Inc. Novel vectors and method for controlling interferon expression
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4757006A (en) 1983-10-28 1988-07-12 Genetics Institute, Inc. Human factor VIII:C gene and recombinant methods for production
US4677063A (en) 1985-05-02 1987-06-30 Cetus Corporation Human tumor necrosis factor
US4810648A (en) 1986-01-08 1989-03-07 Rhone Poulenc Agrochimie Haloarylnitrile degrading gene, its use, and cells containing the gene
US4897445A (en) 1986-06-27 1990-01-30 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Method for synthesizing a peptide containing a non-peptide bond
US6252052B1 (en) 1996-10-03 2001-06-26 Cornell Research Foundation, Inc Antibodies which bind to NY-ESO-1 cancer associated proteins, and hybridomas which produce these antibodies
ES2108460T3 (es) 1993-06-03 1997-12-16 Therapeutic Antibodies Inc Fragmentos de anticuerpos en terapeutica.
AUPM322393A0 (en) 1993-12-24 1994-01-27 Austin Research Institute, The Mucin carbohydrate compounds and their use in immunotherapy
PT879282E (pt) 1996-01-17 2003-11-28 Imp College Innovations Ltd Imunoterapia utilizando linfocitos t citotoxicos (ctl)
US5849589A (en) 1996-03-11 1998-12-15 Duke University Culturing monocytes with IL-4, TNF-α and GM-CSF TO induce differentiation to dendric cells
US6406705B1 (en) 1997-03-10 2002-06-18 University Of Iowa Research Foundation Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide as an adjuvant
US6221585B1 (en) * 1998-01-15 2001-04-24 Valigen, Inc. Method for identifying genes underlying defined phenotypes
US7579160B2 (en) 1998-03-18 2009-08-25 Corixa Corporation Methods for the detection of cervical cancer
US20030236209A1 (en) * 1998-03-18 2003-12-25 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of lung cancer
WO2000061779A1 (en) * 1999-04-09 2000-10-19 Human Genome Sciences, Inc. 49 human secreted proteins
US6703491B1 (en) * 1999-03-17 2004-03-09 Exelixis, Inc. Drosophila sequences
CA2311201A1 (en) * 1999-08-05 2001-02-05 Genset S.A. Ests and encoded human proteins
AU2001229682A1 (en) 2000-01-21 2001-07-31 Cornell Research Foundation Inc. Small cell lung cancer associated antigens and uses therefor
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
AU785493B2 (en) 2000-03-27 2008-01-03 Technion Research & Development Foundation Ltd. Single chain class I major histo-compatibility complexes, constructs encoding same and methods of generating same
CN101712721A (zh) 2000-06-05 2010-05-26 阿尔托生物科学有限公司 T细胞受体融合物及共轭物以及其使用方法
AU2002254615A1 (en) * 2001-04-17 2002-10-28 The Board Of Trustees Of The University Of Arkansas Repeat sequences of the ca125 gene and their use for diagnostic and therapeutic interventions
US7892559B2 (en) 2002-01-30 2011-02-22 Survac Aps Survivin-derived peptides and use thereof
EP1332760A1 (en) * 2002-02-04 2003-08-06 Academisch Ziekenhuis Leiden Novel epitopes for celiac disease and autoimmune diseases, methods for detecting those and novel non-antigenic food compounds
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
CA2476625A1 (en) 2002-02-20 2003-08-28 Dyax Corp. Mhc-peptide complex binding ligands
JP2006518982A (ja) * 2002-10-02 2006-08-24 エフ．ホフマン−ラ　ロシュ　アーゲー Ｍｈｃｉｉ結合ペプチド
JP4436319B2 (ja) 2002-10-09 2010-03-24 メディジーン リミテッド 単鎖組換えｔ細胞レセプター
EP2048159B1 (en) 2002-11-09 2014-01-01 Immunocore Ltd. T cell receptor display
GB0304068D0 (en) 2003-02-22 2003-03-26 Avidex Ltd Substances
CN100393745C (zh) 2005-05-27 2008-06-11 北京大学 一种肿瘤抗原蛋白质和肿瘤抗原肽
DK1760089T3 (da) * 2005-09-05 2009-11-16 Immatics Biotechnologies Gmbh Tumor-associeret peptides bindende til human leukocyte antigen (HLA) class I eller II molecules og relateret anti-cancer vaccine
DK1806359T3 (da) 2005-09-05 2010-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh Tumorassocierede peptider, der bindes promiskuøst til Humant Leukocyt-Antigen (HLA) klasse II molekyler
US20070292869A1 (en) * 2006-03-02 2007-12-20 Ppd Biomarker Discovery Sciences, Llc Compositions and Methods for Analyzing Renal Cancer
AU2007284651B2 (en) * 2006-08-09 2014-03-20 Institute For Systems Biology Organ-specific proteins and methods of their use
PL2338907T3 (pl) * 2007-07-27 2016-03-31 Immatics Biotechnologies Gmbh Nowe immunogenne epitopy do immunoterapii
KR20100075483A (ko) * 2007-09-20 2010-07-02 더 제이. 데이비드 글래드스톤 인스티튜트 장산재 핵 요소 폴리펩티드 조성물 및 그것의 사용방법
WO2009067546A2 (en) 2007-11-19 2009-05-28 Celera Corpration Lung cancer markers and uses thereof
WO2009075883A2 (en) * 2007-12-12 2009-06-18 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Glycoprotein cancer biomarker
WO2009126805A2 (en) 2008-04-11 2009-10-15 The Board Of Regents Of The Univeristy Of Texas System Therapeutic tarageting of mmps in neutral liposomes
US20090263574A1 (en) 2008-04-21 2009-10-22 Quinn Daniel E Method of restoring an article
ITMI20081119A1 (it) * 2008-06-19 2009-12-20 Menarini Internat Operation Luxembourg Sa Frammenti di muc16 ad attivita antigenica e composizioni farmaceutiche che li contengono
EP2431464A4 (en) * 2009-05-15 2013-07-03 Nec Software Ltd APTAMERE RECOGNIZING A PEPTIDE
CA2772551A1 (en) 2009-08-26 2011-03-03 Immunotope, Inc. Cytotoxic t-lymphocyte-inducing immunogens for prevention, treatment, and diagnosis of cancer
GB201019331D0 (en) * 2010-03-19 2010-12-29 Immatics Biotechnologies Gmbh Methods for the diagnosis and treatment of cancer based on AVL9
GB201004551D0 (en) * 2010-03-19 2010-05-05 Immatics Biotechnologies Gmbh NOvel immunotherapy against several tumors including gastrointestinal and gastric cancer
GB201004575D0 (en) * 2010-03-19 2010-05-05 Immatics Biotechnologies Gmbh Composition of tumor associated peptides and related anti cancer vaccine for the treatment of gastric cancer and other cancers
EP2550529B1 (en) * 2010-03-23 2021-11-17 Iogenetics, LLC. Bioinformatic processes for determination of peptide binding
GB201006360D0 (en) 2010-04-16 2010-06-02 Immatics Biotechnologies Gmbh Method for differentially quantifying naturally processed HLA-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development
EP2569633B1 (en) 2010-05-14 2016-02-10 The General Hospital Corporation Compositions and methods of identifying tumor specific neoantigens
WO2012048291A2 (en) 2010-10-08 2012-04-12 Proteapex Therapeutics Llc Compositions and methods for inhibition of mmp:mmp-substrate interactions
CA2816225A1 (en) 2010-10-26 2012-05-03 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibodies which bind soluble t-cell receptor ligands
WO2012100023A1 (en) 2011-01-19 2012-07-26 Thomas Jefferson University Detection of pancreatic ductal adenocarcinoma
CN103957943A (zh) 2011-09-07 2014-07-30 Mida科技有限公司 纳米颗粒肿瘤疫苗
WO2013057586A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for producing soluble t - cell receptors
WO2014071978A1 (en) 2012-11-08 2014-05-15 Roche Diagnostics Gmbh Nucleic acids encoding chimeric polypeptides for library screening
TWI643867B (zh) 2013-05-24 2018-12-11 日商腫瘤療法 科學股份有限公司 對於ｔｈ１細胞之ｉｍｐ－３抗原決定位胜肽及含此之疫苗
EP2808392A1 (en) 2013-05-28 2014-12-03 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Aptamers and use of the aptamers in the diagnosis and treatment of cancer
TWI819228B (zh) 2013-08-05 2023-10-21 德商伊瑪提克斯生物科技有限公司 新穎肽類，細胞及其用於治療多種腫瘤的用途，其製造方法及包含其等之醫藥組成物（八）
GB201512369D0 (en) * 2015-07-15 2015-08-19 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against epithelial ovarian cancer and other cancers
GB201515321D0 (en) * 2015-08-28 2015-10-14 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides, combination of peptides and scaffolds for use in immunotherapeutic treatment of various cancers

Also Published As

Publication number Publication date
HK1244666A1 (zh) 2018-08-17
NZ734197A (en) 2019-03-29
GB201507030D0 (en) 2015-06-10
MA51763A (fr) 2020-12-16
PE20171765A1 (es) 2017-12-21
US11071773B2 (en) 2021-07-27
US20220184194A1 (en) 2022-06-16
CL2020000988A1 (es) 2020-12-28
CL2020000986A1 (es) 2020-12-28
AU2019203625A1 (en) 2019-06-13
AU2020223638A1 (en) 2020-09-10
US20200397880A1 (en) 2020-12-24
TW202130658A (zh) 2021-08-16
TWI737605B (zh) 2021-09-01
PH12017501275A1 (en) 2018-01-15
US20200384093A1 (en) 2020-12-10
MA51762A (fr) 2020-12-16
CN107624118A (zh) 2018-01-23
RU2723092C2 (ru) 2020-06-08
EP3285801A1 (en) 2018-02-28
US20220040277A1 (en) 2022-02-10
US20200102360A1 (en) 2020-04-02
EA201792044A1 (ru) 2018-02-28
EP3750559A1 (en) 2020-12-16
CO2017008902A2 (es) 2018-01-31
US10898559B2 (en) 2021-01-26
WO2016170139A1 (en) 2016-10-27
EP3760225A2 (en) 2021-01-06
CN112679604A (zh) 2021-04-20
MX2017013688A (es) 2018-03-02
CN113045642A (zh) 2021-06-29
US20190338005A1 (en) 2019-11-07
US10925948B2 (en) 2021-02-23
CL2020000983A1 (es) 2020-11-13
AU2019203625B2 (en) 2020-08-20
RU2020113032A (ru) 2020-05-14
CA2983064A1 (en) 2016-10-27
IL292411A (en) 2022-06-01
JP7525442B2 (ja) 2024-07-30
MA41939A (fr) 2018-02-28
AU2016251621A1 (en) 2017-07-06
US10898560B2 (en) 2021-01-26
AU2020223637A1 (en) 2020-09-10
AU2021203138A1 (en) 2021-06-10
US20190270784A1 (en) 2019-09-05
MY173099A (en) 2019-12-26
US10526389B2 (en) 2020-01-07
PE20230768A1 (es) 2023-05-09
US20220184193A1 (en) 2022-06-16
AU2016251621B2 (en) 2019-03-14
AU2020223637B2 (en) 2021-04-08
EP3760225A3 (en) 2021-03-24
CN107624118B (zh) 2022-01-04
AU2020223639B2 (en) 2021-05-13
MA51761A (fr) 2020-12-16
CL2020000985A1 (es) 2020-12-28
MA52115A (fr) 2021-03-24
ZA201704939B (en) 2019-06-26
IL254626A0 (en) 2017-11-30
US11324812B2 (en) 2022-05-10
US20220211833A1 (en) 2022-07-07
CL2020000984A1 (es) 2020-12-28
US10662233B2 (en) 2020-05-26
US10577402B2 (en) 2020-03-03
JP2018518937A (ja) 2018-07-19
TW201706297A (zh) 2017-02-16
US11027002B2 (en) 2021-06-08
US20190338006A1 (en) 2019-11-07
KR20170137119A (ko) 2017-12-12
JP2024069322A (ja) 2024-05-21
JP6901065B2 (ja) 2021-07-14
US20220313805A1 (en) 2022-10-06
EP3750557A1 (en) 2020-12-16
CL2020000989A1 (es) 2020-12-28
US20190375809A1 (en) 2019-12-12
AU2020223638B2 (en) 2021-04-08
CL2017001819A1 (es) 2018-02-09
RU2017137142A3 (uk) 2019-05-24
BR112017017560A2 (pt) 2018-05-08
US20220193212A1 (en) 2022-06-23
AR104675A1 (es) 2017-08-09
JP2021168652A (ja) 2021-10-28
US20210145952A1 (en) 2021-05-20
CL2020000987A1 (es) 2020-12-28
US20210275655A1 (en) 2021-09-09
SG10202001482YA (en) 2020-04-29
EP3750558A1 (en) 2020-12-16
SG11201704966YA (en) 2017-07-28
MX2022005060A (es) 2022-05-18
CN112661838A (zh) 2021-04-16
US10550167B2 (en) 2020-02-04
US20210093702A1 (en) 2021-04-01
AU2020223639A1 (en) 2020-09-10
RU2017137142A (ru) 2019-05-24
AU2021203138B2 (en) 2022-12-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
UA122675C2 (uk) Пептид для застосування для імунотерапії раку легенів, включаючи ндрл та інші види раку
NZ754139A (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against ovarian cancer and other cancers