TWI596113B - 抗ｋｉｔ抗體及其用途 - Google Patents

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TWI596113B
TWI596113B TW102126570A TW102126570A TWI596113B TW I596113 B TWI596113 B TW I596113B TW 102126570 A TW102126570 A TW 102126570A TW 102126570 A TW102126570 A TW 102126570A TW I596113 B TWI596113 B TW I596113B
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亞倫 哈達瑞
鮑琪 伊莉莎白Ｍ 曼朵
法蘭西絲 喬瑟夫 卡爾
堤蒙西 大衛 瓊斯
蘿拉 克萊兒 亞歷山卓 佩利
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塞爾德克斯醫療公司
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Description

抗KIT抗體及其用途
本申請案主張2012年7月25日申請之美國臨時申請案第61/675,751號及2012年7月25日申請之美國臨時申請案第61/675,762號之權益，各申請案以全文引用的方式併入本文中。
本申請案含有序列表，該序列表係作為名為「Sequence_Listing_12638-059-228.txt」、於2013年7月18日建立且大小為152,576個字節的ASCII文本文檔同時提交。該序列表以全文引用的方式併入本文中。
本文提供特異性結合於KIT多肽之抗體、其抗原結合片段、該等抗體之結合物、編碼該等抗體之聚核苷酸、用於產生該等抗體之載體及宿主細胞、包含免疫特異性結合於KIT抗原之抗體的套組及醫藥組合物、用於治療或控制KIT相關病症之用途及方法以及診斷方法。
KIT(或c-Kit)為由c-kit 基因編碼之III型受體酪胺酸激酶。KIT包含五個細胞外免疫球蛋白(Ig)樣域、單一跨膜區、抑制性細胞質近膜域及由激酶插入區段隔開之斷裂細胞質激酶域(參見例如Yarden等人，Nature,1986,323：226-232；Ullrich及Schlessinger,Cell,1990,61：203-212；Clifford等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464)。已如Yarden等人，EMBO J.,1987,6：3341-3351所描述選殖編碼KIT受體之人類c-kit 基因。KIT亦稱作CD117或幹細胞因子受體(「SCFR」)，此係 因為其為幹細胞因子(「SCF」)配位體(亦稱作Steel因子或Kit配位體)之受體之故。結合於KIT之前三個細胞外Ig樣域之SCF配位體誘導受體二聚，且進而藉由近膜域及激酶域中之特定酪胺酸殘基的磷酸化來活化固有酪胺酸激酶活性(參見例如Weiss及Schlessinger,Cell,1998,94：277-280；Clifford等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464)。已證明Stat、Src、ERK及AKT信號傳導路徑之成員為KIT信號傳導之下游信號轉導子。
咸信KIT之第四(D4)及第五(D5)細胞外Ig樣域介導受體二聚(參見例如國際專利申請公開案第WO 2008/153926號；Yuzawa等人，Cell,2007,130：323-334)。
已在諸如肥大細胞、幹細胞、腦細胞、黑色素母細胞、卵巢細胞及癌細胞(例如白血病細胞)之多種細胞類型中偵測到KIT之表現。對功能損失性KIT突變之研究指示KIT對造血祖細胞、肥大細胞、黑色素細胞、原始生殖細胞及Cajal間質細胞之正常生長非常重要(參見例如Besmer,P.,Curr.Opin.Cell Biol.,1991,3：939-946；Lyman等人，Blood,1998,91：1101-1134；Ashman,L.K.,Int.J.Biochem.Cell Biol.,1999,31：1037-1051；Kitamura等人，Mutat.Res.,2001,477：165-171；Mol等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464)。此外，KIT在血細胞生成、黑色素生成及配子生成中起重要作用(參見Ueda等人，Blood,2002,99：3342-3349)。
已暗示異常KIT活性與多種癌症有關。舉例而言，導致KIT之非SCF依賴性、組成性活化之功能獲得性KIT突變見於某些癌細胞中且與諸如白血病(例如慢性骨髓性白血病)及胃腸基質腫瘤之某些癌症相關(參見例如Mol等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464)。
在一個態樣中，本文提供免疫特異性結合於KIT(例如人類KIT) 之細胞外域之域4(D4)(或D4區)且抑制KIT活性的抗體、其抗原結合片段及其結合物以及相關組合物、試劑及方法。
在一個態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於人類KIT之D4的抗體或其抗原結合片段，其包含：(i)輕鏈可變區(「VL」)，其包含分別具有SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20及SEQ ID NO：21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3；及(ii)重鏈可變區(「VH」)，其包含分別具有SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17及SEQ ID NO：18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3。
在一個實施例中，本文所提供之抗體或其抗原結合片段之VL及VH在人類中為非免疫原性的。在一個特定實施例中，該抗體可在至少0.45μg/mL之效價下表現於中國倉鼠卵巢(CHO)細胞中。在一個特定實施例中，該抗體可在至少0.3μg/mL、至少0.6μg/mL、至少0.75μg/mL或至少1μg/mL之效價下表現於中國倉鼠卵巢(CHO)細胞中。
在某一態樣中，本文提供免疫特異性結合於人類KIT之D4的抗體或其抗原結合片段或其結合物，其包含：輕鏈可變區(「VL」)，其包含胺基酸序列： (SEQ ID NO：12)，其中XK1為具有芳族或脂族羥基側鏈之胺基酸，XK2為具有脂族或脂族羥基側鏈之胺基酸，XK3為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，XK4為具有脂族羥基側鏈之胺基酸或為P，XK5為具有帶電或酸性側鏈之胺基酸，且XK6為具有芳族側鏈之胺基酸；及重鏈可變區(「VH」)，其包含分別包含SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17及SEQ ID NO：18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3。
在一個特定態樣中，本文提供免疫特異性結合於人類KIT之D4的抗體(或其片段或其結合物)，其包含：(i)VL，其包含分別具有SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20及SEQ ID NO：21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3；及(ii)VH，其包含胺基酸序列： (SEQ ID NO：11)，其中XH1為具有脂族側鏈之胺基酸，XH2為具有脂族側鏈之胺基酸，XH3為具有極性或鹼性側鏈之胺基酸，XH4為具有脂族側鏈之胺基酸，XH5為具有脂族側鏈之胺基酸，XH6為具有酸性側鏈之胺基酸，XH7為具有酸性或醯胺衍生物側鏈之胺基酸，且XH8為具有脂族羥基側鏈之胺基酸。
在一個特定實施例中，XK1為胺基酸F或S，XK2為胺基酸A或S，XK3為胺基酸T或S，XK4為胺基酸S或P，XK5為胺基酸D或T，且XK6為胺基酸F或Y。
在某一實施例中，XK1為胺基酸S，XK2為胺基酸A，XK3為胺基酸T，XK4為胺基酸P，XK5為胺基酸D，且XK6為胺基酸F。
在一個特定實施例中，XK1為胺基酸F，XK2為胺基酸A，XK3為胺基酸T，XK4為胺基酸S，XK5為胺基酸D，且XK6為胺基酸F。
在一個特定實施例中，XK1為胺基酸F或S，XK2為胺基酸A，XK3為胺基酸T，XK4為胺基酸S或P，XK5為胺基酸D，且XK6為胺基酸F。
在一個特定實施例中，XK1為胺基酸S，XK2為胺基酸A，XK3為胺基酸T，XK4為胺基酸P，XK5為胺基酸D，且XK6為胺基酸F。
在一個特定實施例中，XK1 為胺基酸S，XK2 為胺基酸S，XK3 為胺基酸S，XK4 為胺基酸P，XK5 為胺基酸T，且XK6 為胺基酸Y。
在一個實施例中，XH1 為胺基酸L或V，XH2 為胺基酸L或V，XH3 為胺基酸K或R，XH4 為胺基酸V或A，XH5 為胺基酸L或I，XH6 為胺基酸E或D，XH7 為胺基酸Q或E，且XH8 為胺基酸S或T。
在一個特定實施例中，XH1 為胺基酸V，XH2 為胺基酸L或V，XH3 為胺基酸R或Q，XH4 為胺基酸A，XH5 為胺基酸L或I，XH6 為胺基酸D，XH7 為胺基酸Q或E，且XH8 為胺基酸T。
在一個特定實施例中，XH1 為胺基酸V，XH2 為胺基酸L，XH3 為胺基酸R，XH4 為胺基酸A，XH5 為胺基酸L，XH6 為胺基酸D，XH7 為胺基酸Q，且XH8 為胺基酸T。
在某一實施例中，XH1 為胺基酸V，XH2 為胺基酸V，XH3 為胺基酸R，XH4 為胺基酸A，XH5 為胺基酸I，XH6 為胺基酸D，XH7 為胺基酸E，且XH8 為胺基酸T。
在某一實施例中，XH1 為胺基酸L，XH2 為胺基酸L，XH3 為胺基酸K，XH4 為胺基酸A，XH5 為胺基酸L，XH6 為胺基酸E，XH7 為胺基酸Q，且XH8 為胺基酸S。
在某一實施例中，XH1 為胺基酸V，XH2 為胺基酸L，XH3 為胺基酸K，XH4 為胺基酸A，XH5 為胺基酸L，XH6 為胺基酸E，XH7 為胺基酸Q，且XH8 為胺基酸T。
在某一實施例中，XH1 為胺基酸V，XH2 為胺基酸V，XH3 為胺基酸R，XH4 為胺基酸V，XH5 為胺基酸I，XH6 為胺基酸D，XH7 為胺基酸E，且XH8 為胺基酸T。
在一個特定實施例中，XK1 至XK6 為表6A中所闡述之胺基酸，及/或XH1 至XH8 為表6B中所闡述之胺基酸。
在一個特定態樣中，本文提供免疫特異性結合於人類KIT之D4的 抗體或其抗原結合片段或其結合物，其包含：i)VL，其包含與SEQ ID NO：7至少90%一致、與SEQ ID NO：8至少88%一致、與SEQ ID NO：9至少87%一致或與SEQ ID NO：10至少84%一致的胺基酸序列；及ii)VH，其包含與SEQ ID NO：2至少93%一致、與SEQ ID NO：3至少92%一致、與SEQ ID NO：4至少90%一致、與SEQ ID NO：5至少87%一致或與SEQ ID NO：6至少86%一致的胺基酸序列。
在某一態樣中，本文提供免疫特異性結合於人類KIT之D4區的抗體或其抗原結合片段或其結合物，其包含：i)輕鏈可變區(「VL」)，其包含胺基酸序列： ，其中X K1 為具有芳族或脂族羥基側鏈之胺基酸，X K2 為具有芳族或脂族羥基側鏈之胺基酸，X K3 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，X K4 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸或為P，X K5 為具有帶電或酸性側鏈之胺基酸，且X K6 為具有芳族側鏈之胺基酸；及ii)VH，其包含胺基酸序列： (SEQ ID NO：11)，其中X H1 為具有脂族側鏈之胺基酸，X H2 為具有脂族側鏈之胺基酸，X H3 為具有極性或鹼性側鏈之胺基酸，X H4 為具有脂族側鏈之胺基酸，X H5 為具有脂族側鏈之胺基酸，X H6 為具有酸性側鏈之胺基酸，X H7 為具有酸性或醯胺衍生物側鏈之胺基酸，且X H8 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸。
在一個特定實施例中，XK1至XK6為表6A中所闡述之胺基酸，及/或XH1至XH8為表6B中所闡述之胺基酸。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於重組表現野生型KIT之CHO細胞，其中EC50 為約150pM或小於150pM，如藉由流動式細胞測量術所測定。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於人類KIT之重組D4/D5區，其中EC50 為約600pM或小於600pM，或約250pM至約600pM，如藉由流動式細胞測量術所測定。在某一實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT之酪胺酸磷酸化，其中IC50 為約600pM或小於約600pM，如藉由ELISA所測定。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體可表現於CHO細胞中，其效價為至少1.0μg/mL、或至少1.1μg/mL、或至少1.2μg/mL。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體進一步包含人類輕鏈恆定區及人類重鏈恆定區。在一個實施例中，本文所描述之抗體的人類輕鏈恆定區為人類κ輕鏈恆定區。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體的人類重鏈恆定區為人類γ重鏈恆定區。
在某一實施例中，本文所描述之抗體為人類IgG1或IgG4抗體。在某一實施例中，本文所描述之抗體為抗原結合片段或Fab片段。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體為抗原結合片段或Fab片段。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體為雙特異性抗體。在某一實施例中，本文所描述之抗體係被細胞內化。
在一個特定態樣中，本文提供一種結合物，其包含連接於藥劑之本文所描述之抗體或其KIT結合片段。在一個特定實施例中，該藥劑為毒素。在某一實施例中，該毒素為相思子毒素(abrin)、蓖麻毒素(ricin)A、假單胞菌外毒素、霍亂毒素或白喉毒素。在一個實施例中，該結合物係被細胞內化。
在某一態樣中，本文提供一種醫藥組合物，其包含本文所描述之結合物及醫藥學上可接受之載劑。
在另一態樣中，本文提供一種醫藥組合物，其包含本文所描述 之抗體及醫藥學上可接受之載劑。
在一個特定態樣中，本文提供一種聚核苷酸，其包含編碼本文所描述之抗體之VH鏈區、VL鏈區或VL鏈區與VH鏈區兩者的核苷酸序列。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)包含編碼VH之SEQ ID NO：22、23、24、25或26。在某一實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)包含編碼VL之SEQ ID NO：27、28、29或30。在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：22、23、24、25或26及編碼VL之SEQ ID NO：27、28、29或30。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：22及編碼VL之SEQ ID NO：27。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：22及編碼VL之SEQ ID NO：28。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：22及編碼VL之SEQ ID NO：29。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：22及編碼VL之SEQ ID NO：30。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：23及編碼VL之SEQ ID NO：27。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：23及編碼VL之SEQ ID NO：28。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：23及編碼VL之SEQ ID NO：29。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：23及編碼VL之SEQ ID NO：30。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：24及編碼VL之SEQ ID NO：27。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：24及編碼VL之SEQ ID NO：28。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：24及編碼VL之SEQ ID NO：29。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：24及編碼VL之SEQ ID NO：30。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：25及編碼VL之SEQ ID NO：27。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之 SEQ ID NO：25及編碼VL之SEQ ID NO：28。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：25及編碼VL之SEQ ID NO：29。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：25及編碼VL之SEQ ID NO：30。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：26及編碼VL之SEQ ID NO：27。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：26及編碼VL之SEQ ID NO：28。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：26及編碼VL之SEQ ID NO：29。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸(例如，經分離聚核苷酸)或聚核苷酸群體(例如，經分離聚核苷酸群體)包含編碼VH之SEQ ID NO：26及編碼VL之SEQ ID NO：30。
在一個態樣中，本文提供一種包含本文所描述之聚核苷酸的載體，其係用於表現抗KIT抗體或其片段。在某一實施例中，本文所提供之載體為哺乳動物表現載體。
在某一態樣中，本文提供一種包含本文所提供之載體或本文所提供之一或多種聚核苷酸的宿主細胞，其係用於表現抗KIT抗體或其片段。
在一個特定態樣中，本文提供一種產生本文所描述之抗體的細 胞。在一個實施例中，本文所提供之細胞包含一或多種本文所描述之聚核苷酸，其中該細胞可表現特異性結合於人類KIT之D4的抗體。在某一實施例中，該細胞包含本文所描述之載體。
在一個特定態樣中，本文提供一種包含本文所描述之抗體(或其抗原結合片段或其結合物)的套組。在一個特定實施例中，套組包含本文所描述之結合物。
在某一態樣中，本文提供一種用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)之方法，該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體或其抗原結合片段或其結合物。
在一個態樣中，本文提供一種用於治療或控制KIT相關病症之方法，該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之結合物。
在一個特定實施例中，該KIT相關病症為癌症、發炎性病狀或纖維化。在一個特定實施例中，該癌症為白血病、慢性骨髓性白血病、肺癌、小細胞肺癌或胃腸基質腫瘤。在一個實施例中，該癌症難以藉由酪胺酸激酶抑制劑治療。在另一實施例中，該酪胺酸激酶抑制劑為甲磺酸伊馬替尼(imatinib mesylate)或SU11248。
在某一實施例中，本文所提供之方法進一步包含投與第二藥劑。在一個特定實施例中，該第二藥劑為化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑、組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑、抗體或細胞激素。在一個特定實施例中，該酪胺酸激酶抑制劑為甲磺酸伊馬替尼或SU11248。
在一個特定態樣中，本文提供一種用於診斷患有KIT相關病症之個體的方法，該方法包含使獲自該個體之細胞或樣本與本文所描述之抗體(或其抗原結合片段或其結合物)接觸及偵測該等細胞或該樣本中之KIT表現量。舉例而言，對本文所描述之抗體與該細胞或樣本中所存在之KIT抗原之結合的偵測可能與該細胞或樣本中之KIT表現量有 關。在一個特定實施例中，該抗體係與可偵測分子結合。在某一實施例中，該可偵測分子為酶、螢光分子、發光分子或放射性分子。
在一個特定態樣中，本文提供一種用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法，該方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體(或其抗原結合片段或其結合物)接觸。
在一個特定態樣中，本文提供一種用於誘導或增強表現KIT之細胞中之細胞凋亡的方法，該方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體(或其抗原結合片段或其結合物)接觸。
在一個特定態樣中，本文提供一種用於誘導細胞分化之方法，該方法包含使表現KIT之細胞與有效量之本文所描述之抗體(或其抗原結合片段或其結合物)接觸。在一個特定實施例中，該細胞為幹細胞。
在某一態樣中，本文提供一種製造免疫特異性結合於人類KIT之D4區的抗體的方法，該方法包含培養本文所描述之細胞或宿主細胞。在某一態樣中，本文提供一種製造免疫特異性結合於人類KIT之D4區的抗體的方法，該方法包含使用本文所描述之細胞或宿主細胞表現該抗體。在一個特定實施例中，該細胞為經分離細胞。在一個特定實施例中，該方法進一步包含純化獲自該細胞或宿主細胞之抗體的步驟。
在一個態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於人類KIT之D4區的抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含：(i)輕鏈可變區(「VL」)，其包含選自表10-12中所闡述之群組的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3；及(ii)重鏈可變區(「VH」)，其包含選自表13-15中所闡述之群組的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3。
在某一態樣中，本文描述一種抗體或其抗原結合片段，其中該 抗體或其抗原結合片段包含：(i)VL，其包含選自表20-23中所闡述之群組的VL FR1、VL FR2、VL FR3及VL FR4；及(ii)VH，其包含選自表16-19中所闡述之群組的Vh FR1、VH FR2、VH FR3及VH FR4。
在一個特定態樣中，本文所描述之該抗體或抗原結合片段包含具有胺基酸修飾之Fc區。在某一態樣中，本文所描述之該抗體或抗原結合片段包含作為IgG1同型或IgG4同型的Fc區。在一個態樣中，本文所描述之該抗體或抗原結合片段為人類化抗體。在一個特定態樣中，本文所描述之該抗體或其抗原結合片段為雙特異性抗體。
在某一態樣中，本文描述一種抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段係結合於另一藥劑。
在一個態樣中，本文提供一種組合物，其包含本文所描述之抗體或其抗原結合片段。
在一個特定態樣中，本文提供一種聚核苷酸，其包含編碼本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如，包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)之VH鏈區、VL鏈區或VL鏈區與VH鏈區兩者的核苷酸序列。亦提供一種包含本文所描述之聚核苷酸的載體。在一個態樣中，該載體為哺乳動物表現載體。
在某一態樣中，本文提供一種包含本文所描述之載體或者一或多種聚核苷酸的宿主細胞。在一個態樣中，本文提供一種產生本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如，包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)的細胞。
在一個特定態樣中，本文提供一種包含本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)的套組。
在某一態樣中，本文提供一種用於治療或控制KIT相關病症之方法，該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如，包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)。在一個實施例中，該KIT相關病症為癌症、發炎性病狀或纖維化。在一個特定實施例中，該癌症為白血病、慢性骨髓性白血病、肺癌、小細胞肺癌或胃腸基質腫瘤。
在一個特定態樣中，本文所描述之用於治療或控制KIT相關病症之方法進一步包含投與第二藥劑。在一個特定實施例中，該第二藥劑為化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑、組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑、抗體、細胞激素、HSP90抑制劑、PGP抑制劑或蛋白體抑制劑。
在一個態樣中，本文提供一種用於診斷患有KIT相關病症之個體的方法，該方法包含使獲自該個體之細胞或樣本與本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如，包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)接觸及偵測該等細胞或該樣本中之KIT表現量。在某一實施例中，該抗體係結合於可偵測分子。
在某一態樣中，本文提供一種用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法，該方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如，包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)接觸。
一種用於誘導或增強表現KIT之細胞中之細胞凋亡的方法，該方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體或其抗原結合片段(例如，包含表10-15中所闡述之序列的抗體或其抗原結合片段)接觸。
一種製造免疫特異性結合於人類KIT之D4區的抗體的方法，該方法包含使用本文所描述之細胞培養及/或表現該抗體。
圖1 描繪全長人類KIT(SEQ ID NO：1)(GenBankTM 寄存編號 AAC50969)之胺基酸序列。指示第一至第五細胞外Ig樣域(亦即，D1、D2、D3、D4及D5)；「{」描繪各域之胺基末端殘基且「}」描繪各域之羧基末端殘基。D1域描繪於P34至R112處，D2域描繪於D113至P206處，D3域描繪於A207至D309處，D4域描繪於K310至N410處(SEQ ID NO：15)，D4與D5之間的鉸鏈區位於V409至N410處，且D5域描繪於T411至K509處。此外，D1/D2鉸鏈區位於D113至L117處；D2/D3鉸鏈區位於P206至A210處；且D3/D4鉸鏈區位於D309至G311處。D4/D5區包含K310至K509。跨膜域包含殘基F525至Q545，且激酶域包含殘基K589至S933。
圖2 描繪重組KIT D4/D5之胺基酸序列。以粗體描繪人類KIT胺基酸V308至H515(SEQ ID NO：73)。所描繪之多肽(SEQ ID NO：14)含有(i)人類KIT之胺基末端之前33個胺基酸(亦即，M1至E33)(包括加下劃線、非粗體之信號肽)；(ii)人類KIT之D4/D5區(粗體)；及(iii)羧基末端處之5×His標籤(斜體)。
圖3A 描繪H1 VH域之胺基酸序列(SEQ ID NO：2)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：22)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3B 描繪H2 VH域之胺基酸序列(SEQ ID NO：3)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：23)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3C 描繪H3 VH域之胺基酸序列(SEQ ID NO：4)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：24)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3D描繪H4 VH域之胺基酸序列(SEQ ID NO：5)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：25)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3E描繪H5 VH域之胺基酸序列(SEQ ID NO：6)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：26)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3F描繪L1 VL域之胺基酸序列(SEQ ID NO：7)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：27)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3G描繪L2 VL域之胺基酸序列(SEQ ID NO：8)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：28)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3H描繪L3 VL域之胺基酸序列(SEQ ID NO：9)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：29)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖3I描繪L4 VL域之胺基酸序列(SEQ ID NO：10)及編碼該胺基酸序列之DNA(SEQ ID NO：30)。指示構架區(FR1、FR2、FR3及FR4)及CDR(CDR1、CDR2及CDR3)。指示胺基酸殘基之Kabat編號及數字編號兩者。
圖4A描繪VH域之共同序列(SEQ ID NO：11)。XH1-H8指示可為任何胺基酸的胺基酸。
圖4B描繪VL域之共同序列(SEQ ID NO：12)。XK1-K6指示可為任何胺基酸的胺基酸。
圖5描繪抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10以及抗體37M嵌合體(「嵌合體」)對人類KIT之D4/D5區之重組多肽的結合活性，如藉由固相ELISA所測定。指示各抗體之EC50值。
圖6描繪藉由流動式細胞測量術利用重組表現野生型人類KIT之CHO細胞進行之用於表徵抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10與抗體37M嵌合體(「嵌合體」)相比之KIT結合活性的結合分析之結果的圖。指示各抗體之EC50值。
圖7描繪藉由ELISA利用重組表現野生型KIT之CHO細胞進行之用於表徵抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10與抗體37M嵌合體(「嵌合體」)相比之磷酸化阻斷活性的KIT磷酸化抑制分析之結果的圖。指示各抗體之IC50值。
除非另外定義，否則本文所使用之所有技術及科學術語具有與一般技術者通常所理解之含義相同的含義。
如本文所使用之術語「約」或「大約」意謂在指定值或範圍加或減10%以內。
本文提供免疫特異性結合於KIT多肽(例如，含有人類KIT D4域之KIT多肽)的抗體及其抗原結合片段以及其結合物。亦提供編碼該等抗體及其抗原結合片段之經分離核酸(聚核苷酸)。進一步提供包含編碼該等抗體或其抗原結合片段之核酸的載體(例如，表現載體)及細胞(例如，宿主細胞)。亦提供製造該等抗體、細胞(例如，宿主細胞)之方法。本文亦提供用於治療或控制KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀或纖維化)或該等KIT相關病症或疾病之一或多種效應的方法及用途，該等方法及用途包含投與一或多種本文所描述之抗體或其 抗原結合片段或其結合物。本文亦提供用於診斷KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀或纖維化)之方法，該等方法包含使樣本與一或多種本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)接觸及測定該樣本中相對於參考樣本(例如，對照樣本)之KIT表現量。本文進一步提供用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法及用途，該等方法及用途包含使該細胞與有效量之抗體或其抗原結合片段接觸。本文亦進一步提供用於誘導或增強表現KIT之細胞中之細胞分化或細胞凋亡的方法，該等方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸。
如本文所使用之術語「D4/D5區」或「D4/D5域」係指KIT多肽內按以下順序自胺基末端至羧基末端跨越KIT之第四Ig樣細胞外(「D4」)域、第五Ig樣細胞外(「D5」)域及D4及D5域之間的鉸鏈區(「D4-D5鉸鏈區」)的區域：D4、D4-D5鉸鏈區及D5。如本文所使用，本文圖1之胺基酸V308至H515及圖2所描繪之多肽被視為D4/D5區或域之實例。
如本文所使用之術語「KIT」或「KIT受體」或「KIT多肽」係指全長KIT之任何形式，包括(但不限於)原生KIT、KIT同功異型物、種間KIT同源物或KIT變異體，例如天然存在(例如對偶基因或剪接變異體，或突變體，例如體細胞突變體)或人工構築之變異體(例如重組或經化學修飾之變異體)。KIT為由c-kit 基因編碼之III型受體酪胺酸激酶(參見例如Yarden等人，Nature,1986,323：226-232；Ullrich及Schlessinger,Cell,1990,61：203-212；Clifford等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464；Yarden等人，EMBO J.,1987,6：3341-3351；Mol等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464)。GenBankTM 寄存編號NM_000222提供例示性人類KIT核酸序列。GenBankTM 寄存編號NP_001087241、P10721及AAC50969提供例示性人類KIT胺基酸序列。GenBankTM 寄存編號AAH75716提供例示性鼠類KIT胺基酸序列。 原生KIT包含五個細胞外免疫球蛋白(Ig)樣域(D1、D2、D3、D4、D5)、單一跨膜區、抑制性細胞質近膜域及由激酶插入區段隔開之斷裂細胞質激酶域(參見例如Yarden等人，Nature,1986,323：226-232；Ullrich及Schlessinger,Cell,1990,61：203-212；Clifford等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464)。人類KIT之D4/D5區之例示性胺基酸序列提供於圖1中胺基酸殘基V308至H515處。在一個特定實施例中，KIT為人類KIT。在一個特定實施例中，KIT可以單體、二聚體、多聚體、原生形式或變性形式存在。
在肽或多肽之情形下，如本文所使用之術語「片段」係指包含小於全長胺基酸序列之肽或多肽。該片段可例如由在胺基末端截短、在羧基末端截短及/或來自胺基酸序列之殘基之內部缺失而產生。片段可例如由交替RNA剪接或活體內蛋白酶活性而產生。在某些實施例中，KIT片段或抗體片段(例如免疫特異性結合於KIT多肽之抗體片段)包括分別包含KIT多肽或抗體(例如，免疫特異性結合於KIT多肽之抗體)之胺基酸序列的至少5個鄰接胺基酸殘基、至少10個鄰接胺基酸殘基、至少15個鄰接胺基酸殘基、至少20個鄰接胺基酸殘基、至少25個鄰接胺基酸殘基、至少40個鄰接胺基酸殘基、至少50個鄰接胺基酸殘基、至少60個鄰接胺基酸殘基、至少70個鄰接胺基酸殘基、至少80個鄰接胺基酸殘基、至少90個鄰接胺基酸殘基、至少鄰接100個胺基酸殘基、至少125個鄰接胺基酸殘基、至少150個鄰接胺基酸殘基、至少175個鄰接胺基酸殘基、至少200個鄰接胺基酸殘基或至少250個鄰接胺基酸殘基之胺基酸序列的多肽。在一個特定實施例中，KIT多肽或抗體(例如，免疫特異性結合於KIT多肽之抗體)之片段保留該多肽或抗體之至少1種、至少2種或至少3種功能。
如本文所使用之術語「宿主細胞」係指包含外源核酸分子之特定細胞，例如，已經核酸分子轉染或轉型之細胞及該親本細胞之子代 或潛在子代。該細胞之子代可能由於後代中可能出現之突變或環境影響或由於核酸分子整合至宿主細胞基因組中而與親本細胞不一致。
1.1 抗體
如本文所使用之術語「抗體」及「免疫球蛋白」為技術術語，且在本文中可互換使用，並且係指具有免疫特異性結合抗原之抗原結合位點的分子。
如本文所使用之「抗原」為含有抗原決定基且因而亦被抗體特異性結合之部分或分子。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體所結合之抗原為KIT(例如，人類KIT)或其片段，例如KIT(例如人類KIT)之細胞外域或KIT(例如，人類KIT)之D4區。
如本文所使用之「抗原決定基」為技術術語且係指抗體可特異性結合之抗原局部化區域。提供抗原決定基之區域或多肽可為多肽之鄰接胺基酸，或抗原決定基可同時來自多肽之兩個或兩個以上非鄰接區域。
如本文所使用之術語「抗原結合域」、「抗原結合區」、「抗原結合片段」及類似術語係指抗體分子中包含與抗原相互作用之胺基酸殘基且授予該抗體分子以其對該抗原之特異性的部分(例如，互補決定區(CDR))。抗原結合區可來源於任何動物種類，諸如嚙齒動物(例如小鼠、大鼠或倉鼠)及人類。抗體分子之CDR可藉由熟習此項技術者所熟知的任何方法來確定。詳言之，CDR可根據Kabat編號系統來確定(參見Kabat等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest. (美國衛生與公眾服務部(U.S.Department of Health and Human Services),Washington,D.C.)第5版)。在某些態樣中，抗體之CDR可根據以下確定：(i)Chothia編號方案，該等CDR在本文中將稱為「Chothia CDR」(參見例如Chothia及Lesk,1987,J.Mol.Biol.,196：901-917；Al-Lazikani等人，1997,J.Mol.Biol.,273：927-948；及 美國專利第7,709,226號)；或(ii)IMGT編號系統，例如，如Lefranc,M.-P.,1999,The Immunologist,7：132-136及Lefranc,M.-P.等人，1999,Nucleic Acids Res.,27：209-212中所描述。
如本文所使用之「構形抗原決定基」或「非線性抗原決定基」或「不連續抗原決定基」係指包含至少兩個胺基酸的抗原決定基，該至少兩個胺基酸不是單一蛋白質鏈中之連續胺基酸。舉例而言，構形抗原決定基可包含由一段插入胺基酸隔開但足夠接近以致可由本文所描述之抗體(例如抗KIT抗體)識別為單一抗原決定基的兩個或兩個以上胺基酸。作為另一實例，單一蛋白質鏈上由插入胺基酸隔開之胺基酸或獨立蛋白質鏈上存在之胺基酸可由於蛋白質結構或複合物之構形形狀而開始接近以變成可由本文所描述之抗KIT抗體結合之構形抗原決定基。熟習此項技術者應瞭解，一般而言，由本文所描述之抗KIT抗體結合之線性抗原決定基可能或可能不依賴KIT受體之二級、三級或四級結構。舉例而言，在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可結合一組胺基酸，無論其是否摺疊成天然三維蛋白質結構。在其他實施例中，本文所描述之抗KIT抗體並不識別構成抗原決定基之個別胺基酸殘基，且需要特定構形(彎曲、扭曲、扭轉或摺疊)以識別並結合抗原決定基。
如本文所使用之術語「恆定區」或「恆定域」係指抗體部分，例如輕鏈及/或重鏈中不直接參與抗體與抗原之結合但展現各種效應功能(諸如與Fc受體相互作用)的羧基末端部分。該術語係指免疫球蛋白分子中相對於免疫球蛋白可變域具有一般較保守胺基酸序列之部分。
如本文所使用之術語「重鏈」當關於抗體使用時係指基於恆定域之胺基酸序列的任何獨特類型，例如α、δ、ε、γ及μ，其分別產生抗體之IgA、IgD、IgE、IgG及IgM類別，包括IgG之亞類，例如 IgG1 、IgG2 、IgG3 及IgG4 。在一個特定實施例中，重鏈為人類重鏈。
如本文所使用之術語「免疫特異性結合」、「免疫特異性識別」、「特異性結合」及「特異性識別」在抗體之情形下為類似術語且係指結合抗原之分子(例如抗原決定基或免疫複合物)，因為該結合為熟習此項技術者所瞭解。舉例而言，特異性結合於抗原之分子可結合其他肽或多肽，一般具有較低親和力，如藉由例如免疫分析、BiacoreTM 、KinExA 3000儀器(Sapidyne Instruments，Boise，ID)或此項技術中已知的其他分析法所測定。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於抗原之分子以至少2log、2.5log、3log、4log或大於該等分子結合另一抗原時之Ka 的Ka 結合該抗原。在另一特定實施例中，免疫特異性結合於抗原之分子不與其他蛋白質交叉反應。在另一特定實施例中，免疫特異性結合於抗原之分子不與其他非KIT蛋白質交叉反應。
如本文所使用之「經分離」或「經純化」抗體實質上不含來自得到抗體之細胞或組織來源的細胞物質或其他污染蛋白質，或當化學合成時實質上不含化合物前驅物或其他化合物。
術語「Kabat編號」及類似術語在此項技術中是公認的且係指對抗體或其抗原結合部分之重鏈及輕鏈可變區中之胺基酸殘基進行編號的系統(Kabat等人(1971)Ann.NY Acad.Sci. 190：382-391及Kabat等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版，美國衛生與公眾服務部，NIH公開案第91-3242號)。使用Kabat編號系統，抗體重鏈分子內之CDR通常存在於胺基酸位置31至35(「CDR1」)、胺基酸位置50至65(「CDR2」)及胺基酸位置95至102(「CDR3」)處。使用Kabat編號系統，抗體輕鏈分子內之CDR通常存在於胺基酸位置24至34(CDR1)、胺基酸位置50至56(CDR2)及胺基酸位置89至97(CDR3)處。
如本文所使用之術語「輕鏈」當關於抗體使用時係指基於恆定 域之胺基酸序列的任何獨特類型，例如κ或λ。輕鏈胺基酸序列為此項技術中所熟知的。在特定實施例中，輕鏈為人類輕鏈。
如本文所使用之術語「單株抗體」係指獲自同源或實質上同源抗體之群體的抗體，且各單株抗體通常將識別該抗原上之單一抗原決定基。術語「單株」不限於任何特定的抗體製造方法。一般而言，單株抗體群體可由細胞、細胞群體或細胞株產生。在特定實施例中，如本文所使用之「單株抗體」為由單一融合瘤或其他細胞(例如產生重組抗體之宿主細胞)產生之抗體，其中該抗體免疫特異性結合於KIT抗原決定基(例如人類KIT之D4之抗原決定基)，如例如藉由ELISA或者此項技術中已知的或本文所提供之實例中的其他抗原結合或競爭性結合分析法所測定。本文所描述之單株抗體可例如藉由如Kohler等人；Nature,256：495(1975)中所描述之融合瘤方法來製造，或可例如使用如本文所描述之技術自噬菌體庫中分離。用於製備純系細胞株及藉此表現之單株抗體的其他方法在此項技術中為熟知的(參見例如Short Protocols in Molecular Biology ,(2002)第5版，Ausubel等人編，John Wiley and Sons,New York中的第11章)。
如本文所使用之術語「多株抗體」係指包括多種針對抗原內之相同及不同抗原決定基的不同抗體的抗體群體。用於產生多株抗體的方法在此項技術中為已知的(參見例如Short Protocols in Molecular Biology ,(2002)第5版，Ausubel等人編，John Wiley and Sons,New York中的第11章)。
如本文所使用之術語「重組人類抗體」包括藉由重組手段分離、製備、表現或產生的人類抗體，諸如使用轉染於宿主細胞中之重組表現載體表現的抗體、自重組型組合人類抗體文庫中分離之抗體、自針對人類免疫球蛋白基因而言轉殖基因及/或轉殖染色體之動物(例如，小鼠、兔、山羊或牛)分離之抗體(參見例如Taylor,L.D.等人 (1992)Nucl.Acids Res. 20：6287-6295)，或藉由涉及產生的任何其他手段，例如經由合成、對編碼人類免疫球蛋白序列之DNA序列進行基因工程改造、或將編碼人類免疫球蛋白之序列(例如，人類免疫球蛋白基因序列)剪接至其他此種序列)而製備、表現、產生或分離的抗體。此種重組人類抗體可具有來源於人類生殖系免疫球蛋白序列之可變區及恆定區。在某些實施例中，此種重組人類抗體之胺基酸序列已經修飾以使得重組抗體之VH及/或VL區之胺基酸序列為儘管來源於人類生殖系VH及VL序列且與其有關但並不天然存在於活體內人類抗體生殖系譜系內的序列。作為一個非限制性實例，重組人類抗體可藉由將若干人類序列片段組裝至重組人類抗體之複合人類序列中來獲得。
如本文所使用之術語「可變區」或「可變域」係指抗體之一部分，一般為輕鏈或重鏈之一部分，通常為成熟重鏈中之約110至120個胺基末端胺基酸及成熟輕鏈中之約90至100個胺基酸，其在抗體之中在序列上廣泛不同且用於特定抗體對其特定抗原之結合及特異性。序列可變性集中於稱作互補決定區(CDR)之區域中，而可變域中之較高度保守區稱作構架區(FR)。不希望受任何特定機制或理論束縛，咸信輕鏈及重鏈之CDR主要負責抗體與抗原之相互作用。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體之胺基酸位置之編號係根據EU指數，如在Kabat等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版，美國衛生與公眾服務部，NIH公開案第91-3242號(「Kabat等人」)中。在某些態樣中，抗體之CDR可根據以下確定：(i)Chothia編號方案，該等CDR在本文中將稱為「Chothia CDR」(參見例如Chothia及Lesk,1987,J.Mol.Biol.,196：901-917；Al-Lazikani等人，1997,J.Mol.Biol.,273：927-948；及美國專利第7,709,226號)；或(ii)IMGT編號系統，例如，如Lefranc,M.-P.,1999,The Immunologist,7：132-136及Lefranc,M.-P.等人，1999,Nucleic Acids Res.,27：209-212中所描述。 在某些實施例中，可變區為人類可變區。在某些實施例中，可變區包含嚙齒動物或鼠類CDR及人類構架區(FR)。在特定實施例中，可變區為靈長類動物(例如非人類靈長類動物)可變區。在某些實施例中，可變區包含嚙齒動物或鼠類CDR及靈長類動物(例如非人類靈長類動物)構架區(FR)。作為一個非限制性實例，本文所描述之可變區係由將人類序列之兩個或兩個以上片段組裝至複合人類序列中而獲得。
在特定態樣中，本文提供免疫特異性結合於人類KIT之D4及KIT(例如，人類KIT)之D4/D5區的抗體(包括其抗原結合片段)，諸如人類化抗體。圖1及2之胺基酸殘基V308至H515(SEQ ID NO：73)代表人類KIT之一個例示性D4/D5區，且如圖1及2中所描繪之胺基酸K310至N410(SEQ ID NO：15)代表人類KIT之一個例示性D4。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)以低於結合KIT(例如，人類KIT)之D4域的親和力免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之D5域。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)以高於結合KIT(例如，人類KIT)之D5域的親和力免疫特異性結合於KIT(例如人類KIT)之D4域，例如，該較高親和力為至少10倍、20倍、50倍、100倍、500倍或1000倍，如藉由此項技術中已知的方法(例如ELISA或Biacore分析法)所測定。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之D4或D4/D5區，且對基本上僅由D4域組成之KIT抗原具有比基本上僅由D5域組成之KIT抗原高的親和力。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之D4或D4/D5區，且對基本上僅由D4域組成之KIT抗原具有比基本上僅由D5域組成之KIT抗原高出至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍10倍的親和力。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於KIT (例如，人類KIT)之D4或D4/D5區，且對基本上僅由D4域或僅由D4/D5區組成之KIT抗原具有比基本上僅由D5域組成之KIT抗原高的結合親和力(例如，高出大約2倍至3倍的親和力)。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於包含SEQ ID NO：15之胺基酸序列或基本上由其組成的KIT抗原。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之D4域。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體免疫特異性結合於包含人類KIT之D4或基本上由其組成的KIT抗原。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於包含SEQ ID NO：14或73之胺基酸序列或基本上由其組成的KIT抗原。
在特定態樣中，本文提供免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區，例如，SEQ ID NO：15[人類D4序列])且包含如本文所描述之胺基酸序列的抗體或其抗原結合片段。
在特定態樣中，本文描述抗體(例如，人類或人類化抗體)，包括其抗原結合片段，該等抗體包含：(i)包含SEQ ID NO：31( )或SEQ ID NO：69( )之胺基酸序列的VH域的VH CDR；及(ii)包含SEQ ID NO：32( )之胺基酸序列的VL域的VL CDR。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體(例如，人類或人類化抗體)包含表1中所描述之VH CDR(SEQ ID NO：16-18)及VL CDR(SEQ ID NO：19-21)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體(例如，人類或人類化抗體)包含表2中所描述之VH CDR及VL CDR(例如，第1組或第2組)。在某一實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體(例如，人類或人類化抗體)包含表3中所描述之VH CDR及VL CDR(AbM CDR或接觸CDR)。
在某些態樣中，本文提供VH域(例如，分別包含SEQ ID NO：2-6之H1、H2、H3、H4及H5)及VL域(例如，分別包含SEQ ID NO：7-10之L1、L2、L3及L4)。在某些實施例中，本文提供包含諸如表4中所闡述之VH及VL域的抗體(亦即，抗體Hum1-Hum20)。在特定實施例中，此等抗體包含分別包含SEQ ID NO：16-18及19-21之VH CDR 1-3及VL CDR 1-3。
在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含有包含本文所描述之胺基酸序列，例如SEQ ID NO：7-10(例如，參見圖3F-3I)或SEQ ID NO：12中之任一者的可變輕(VL)鏈區。
在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含有包含本文所描述之胺基酸序列，例如SEQ ID NO：2-6(例如，參見圖3A-3E)或SEQ ID NO：11中之任一者的可變重(VH)鏈區。
舉例而言，本文描述一種抗體，該抗體免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)且包含(i)VH域H1(SEQ ID NO：2)、H2(SEQ ID NO：3)、H3(SEQ ID NO：4)、H4(SEQ ID NO：5)或H5(SEQ ID NO：6)及/或(ii)VL域L1(SEQ ID NO：7)、L2(SEQ ID NO：8)、L3(SEQ ID NO：9)或L4(SEQ ID NO：10)。在一個特定實例中，本文所 描述之抗體或其抗原結合片段可免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)且包含抗體Hum1-Hum20中之任一者的VH域及/或VL域(參見表4)。在一個特定實例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含抗體Hum4、Hum8、Hum10或Hum17中之任一者的VH域及/或VL域。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H1(SEQ ID NO：2)及L1(SEQ ID NO：7)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H1(SEQ ID NO：2)及L2(SEQ ID NO：8)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H1(SEQ ID NO：2)及L3(SEQ ID NO：9)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H1(SEQ ID NO：2)及L4(SEQ ID NO：10)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H2(SEQ ID NO：3)及L1(SEQ ID NO：7)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H2(SEQ ID NO：3)及L2(SEQ ID NO：8)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H2(SEQ ID NO：3)及L3(SEQ ID NO：9)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H2(SEQ ID NO：3)及L4(SEQ ID NO：10)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H3(SEQ ID NO：4)及L1(SEQ ID NO：7)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H3(SEQ ID NO：4)及L2(SEQ ID NO：8)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H3(SEQ ID NO：4)及L3(SEQ ID NO：9)。在一個特定 實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H3(SEQ ID NO：4)及L4(SEQ ID NO：10)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H4(SEQ ID NO：5)及L1(SEQ ID NO：7)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H4(SEQ ID NO：5)及L2(SEQ ID NO：8)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H4(SEQ ID NO：5)及L3(SEQ ID NO：9)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H4(SEQ ID NO：5)及L4(SEQ ID NO：10)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H5(SEQ ID NO：6)及L1(SEQ ID NO：7)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H5(SEQ ID NO：6)及L2(SEQ ID NO：8)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H5(SEQ ID NO：6)及L3(SEQ ID NO：9)。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含H5(SEQ ID NO：6)及L4(SEQ ID NO：10)。
在某些態樣中，抗體或其抗原結合片段在人類中為非免疫原性的。在一個特定實施例中，非免疫原性胺基酸序列缺乏經鑑別為針對人類MHC II類之結合子的抗原決定基，例如，作為針對人類MHC II類之非人類生殖系結合子的抗原決定基。在一個特定實施例中，胺基酸序列實質上缺乏經鑑別為針對人類MHC II類之結合子的抗原決定基，例如，作為針對人類MHC II類之非人類生殖系結合子的抗原決定基。舉例而言，已開發出用於鑑別B及T細胞抗原決定基兩者之位置且評估免疫原性潛能的電腦計算工具，且此種工具提供活體外或活體內免疫原性分析之替代方案。舉例而言，已開發出計算抗原決定基 預測法及含有實驗獲得之抗原決定基資料的人工註釋資料庫(參見Bryson等人，Biodrugs,2010,24(1)：1-8)。抗原決定基資料庫之非限制性實例包括Immune Epitope Database(IEDB)及專屬T Cell Epitope DatabaseTM (TCEDTM )。此種抗原決定基資料庫可單獨或與此項技術中所描述之活體外分析法(例如，MHC II類結合分析法及T細胞活化或增殖分析法)組合使用。或者，該等活體外分析法可不依賴該等抗原決定基資料庫而得以使用。此項技術中已描述用於確定藥劑(諸如抗體)之免疫原性或用於移除或降低藥劑(諸如抗體)之免疫原性的方法，參見例如Altschul等人，Nucleic Acids Res.,1997,25：3389-3402；Baker等人，Curr.Opin.Drug Discov.Devel.,2007,10：219；Hill等人，Arthritis Res.Ther.,2003,1：R40-R48；Jones等人，J.Thromb.Haemost.,2005,3：991-1000；Holgate等人，IDrugs,2009,12：233-237；Jones等人，Methods Mol.Biol.,2009,525：405-423；及Baker等人，Curr.Drug Saf.,2010,5：308-313。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於人類KIT之D4區的本文所描述之抗體包含如藉由T Cell Epitope DatabaseTM (TCEDTM )所測定不具免疫原性的VH域及VL域。在某一實施例中，本文所描述之抗體免疫特異性結合於人類KIT之D4區，且包含如藉由此項技術中所描述之活體外分析法所測定不具免疫原性之VH域及VL域，參見例如Wang等人，2008,PLoS Coomputational Biology,2008,4(4)：e1000048；及Arnold等人，2002,J.Immunol.,169：739-749。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與H1.(SEQ ID NO：2)具有至少93%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含與H1(SEQ ID NO：2)具 有至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，該VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與H2(SEQ ID NO：3)具有至少92%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與H2(SEQ ID NO：3)具有至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，該VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與H3(SEQ ID NO：4)具有至少90%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與H3(SEQ ID NO：4)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，該VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施 例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與H4(SEQ ID NO：5)具有至少87%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與H4(SEQ ID NO：5)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，該VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與H5(SEQ ID NO：6)具有至少86%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與H5(SEQ ID NO：6)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VH域。在一個特定實施例中，該VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結 合片段包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少90%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，該VL域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少88%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，該VL域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與L3(SEQ ID NO：9)具有至少87%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與L3(SEQ ID NO：9)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、 或至少98%、或至少99%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，該VL域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域。
在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少84%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少92%、至少93%、至少94%、或至少95%、或至少96%、或至少97%、或至少98%、或至少99%序列一致性的VL域。在一個特定實施例中，該VL域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H1(SEQ ID NO：2)具有至少93%或至少95%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H2(SEQ ID NO：3)具有至少92%或至少94%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H3(SEQ ID NO：4)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H4(SEQ ID NO：5)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如 藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H5(SEQ ID NO：6)具有至少86%或至少88%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L1(SEQ ID NO：7)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H1(SEQ ID NO：2)具有至少93%或至少95%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少88%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合 片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H2(SEQ ID NO：3)具有至少92%或至少94%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少88%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H3(SEQ ID NO：4)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少88%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H4(SEQ ID NO：5)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少88%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合 片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H5(SEQ ID NO：6)具有至少86%或至少88%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L2(SEQ ID NO：8)具有至少88%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H1(SEQ ID NO：2)具有至少93%或至少95%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L3(SEQ ID NO：9)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H2(SEQ ID NO：3)具有至少92%或至少94%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含 與L3(SEQ ID NO：9)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H3(SEQ ID NO：4)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L3(SEQ ID NO：9)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H4(SEQ ID NO：5)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L3(SEQ ID NO：9)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H5(SEQ ID NO：6)具有至少86%或至少88%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L3(SEQ ID NO：9)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H1(SEQ ID NO：2)具有至少93%或至少95%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少84%或至少86%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H2(SEQ ID NO：3)具有至少92%或至少94%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少84%或至少86%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如 藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H3(SEQ ID NO：4)具有至少90%或至少92%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少84%或至少86%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H4(SEQ ID NO：5)具有至少87%或至少90%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少84%或至少86%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
在特定實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合 片段，該抗體或其抗原結合片段包含(i)包含與H5(SEQ ID NO：6)具有至少86%或至少88%序列一致性的胺基酸序列的VH域；及(ii)包含與L4(SEQ ID NO：10)具有至少84%或至少86%序列一致性的胺基酸序列的VL域。在一個特定實施例中，VL及VH域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。在某一實施例中，此種抗體或其抗原結合片段包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR 1-3及分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR 1-3。
為測定兩個胺基酸序列或兩個核酸序列之一致性百分比，比對該等序列以便進行最佳比較(例如，可在第一胺基酸或核酸序列之序列中引入間隙以便與第二胺基酸或核酸序列進行最佳比對)。接著比較相應胺基酸位置或核苷酸位置處之胺基酸殘基或核苷酸。當第一序列中之某一位置被與第二序列中之相應位置相同的胺基酸殘基或核苷酸佔據時，則該等分子在該位置處為一致的。兩個序列之間的一致性百分比隨該等序列所共有之一致位置數目而變化(亦即，一致性%=一致重疊位置數目/總位置數目×100%)。在一個實施例中，兩個序列為相同長度。在某一實施例中，一致性百分比係在胺基酸序列或核苷酸序列之整個長度上進行測定。
亦可使用數學演算法來確定兩個序列(例如胺基酸序列或核酸序列)之間的一致性百分比。用於比較兩個序列之數學演算法的一個較佳非限制性實例為Karlin及Altschul,1990,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.87：2264 2268之演算法，該演算法係如Karlin及Altschul,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90：5873 5877中經改進。該演算法被併入Altschul等人，1990,J.Mol.Biol.215：403之NBLAST及XBLAST程式中。可用例如計分=100、字長=12之NBLAST核苷酸程式參數設定進行BLAST核苷酸搜尋以獲得與本文所描述之核酸分子同源的核苷酸序 列。可用例如計分50、字長=3之XBLAST程式參數設定進行BLAST蛋白質搜尋以獲得與本文所描述之蛋白質分子同源的胺基酸序列。為獲得空隙對準以便進行比較，可如Altschul等人，1997,Nucleic Acids Res.25：3389 3402中所描述利用空隙BLAST。或者，可使用PSI BLAST來進行迭代搜尋，其偵測分子之間的距離關係(Id. )。當利用BLAST、間隙BLAST及PSI Blast程式時，可使用各別程式(例如XBLAST及NBLAST)之預設參數(參見例如國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information；NCBI)www.ncbi.nlm.nih.gov。用於比較序列之數學演算法的另一較佳非限制性實例為Myers及Miller,1988,CABIOS 4：1117之演算法。該演算法被併入ALIGN程式(2.0版)中，其為GCG序列比對套裝軟體之一部分。當利用ALIGN程式比較胺基酸序列時，可使用PAM120權重殘差表、空隙長度罰分12及空隙罰分4。
可使用與上文所描述者類似之技術在允許或不允許間隙的情況下測定兩個序列之間的一致性百分比。在計算一致性百分比時，通常僅對精確匹配進行計數。
在一個特定態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及一、二、三或四個H1、H2、H3、H4或H5之構架區(參見表5A)；及/或(ii)包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及一、二、三或四個L1、L2、L3或L4之構架區(參見表5B)。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、 H3、H4或H5之構架區FR1。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR2。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5構架區FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1及FR2。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1、FR2及FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1、FR2、FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1及FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合 於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1、FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR1、FR2及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之人類或人類化抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR2及FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR2、FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域及H1、H2、H3、H4或H5之構架區FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之 胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR2。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1及FR2。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1、FR2及FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1、FR2、FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1及FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT 多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1、FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR1、FR2及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR2及FR3。在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR2、FR3及FR4。
在一個實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域及L1、L2、L3或L4之構架區FR3及FR4。
在一個特定態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域，及VH域HH257-HH281(參 見表5C)中之任一者的構架區FR1-FR4；及(ii)包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域，及VL域LL65-LL76(參見表5D)中之任一者的FR1-FR4。
在一個特定態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含有包含表2或3中所闡述之胺基酸序列組合的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域，及VH域H1-H5(表5A)及HH257-HH281(參見表5C)中之任一者的構架區FR1-FR4；及(ii)包含分別包含表2(第1組或第2組)或3(AbM或接觸CDR)中所闡述之胺基酸序列組合的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域，及VL域L1-L4(表5B)及LL65-LL76(參見表5D)中之任一者的FR1-FR4。
在一個特定態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含有包含表2或3中所闡述之胺基酸序列組合的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域，及例如圖3A-3I中之任一者中所描繪之包含側接VH CDR之序列的相應構架區FR1-FR4；及(ii)包含分別包含表2(第1組或第2組)或3(AbM或接觸CDR)中所闡述之胺基酸序列組合的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域，及例如圖3A-3I中之任一者中所描繪之包含側接VL CDR之序列的相應構架區FR1-FR4。
在一個特定態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含以下胺基酸序列之VH域： (SEQ ID NO：11)，其中Kabat位置11處之XH1 ，Kabat位置20處之XH2 、Kabat位置38處之XH3 、Kabat位置67處之XH4 、Kabat位置69處之XH5 、Kabat位置72處之XH6 、Kabat位置81處之XH7 及Kabat位置87處之XH8 係獨立地選自任何胺基酸；及/或(ii)包含以下胺基酸序列之VL域： (SEQ ID NO：12)，其中Kabat位置10處之XK1 、Kabat位置46處之XK2 、Kabat位置63處之XK3 、Kabat位置80處之XK4 、Kabat位置85處之XK5 及Kabat位置87處之XK6 係獨立地選自任何胺基酸。在一個特定實施例中，VH及/或VL域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。
在一個特定態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的抗體，該抗體包含：(i)包含以下胺基酸序列之VH域： (SEQ ID NO：11)，其中Kabat位置11處之XH1 ，Kabat位置20處之XH2 、Kabat位置38處之XH3 、Kabat位置67處之XH4 、Kabat位置69處之XH5 、Kabat位置72處之XH6 、Kabat位置81處之XH7 及Kabat位置87處之XH8 係選自表6B 中所闡述之胺基酸組合；及/或(ii)包含以下胺基酸序列之VL域： (SEQ ID NO：12)，其中Kabat位置10處之XK1 、Kabat位置46處之XK2 、Kabat位置63處之XK3 、Kabat位置80處之XK4 、Kabat位置85處之XK5 及Kabat位置87處之XK6 係選自表6A 中所闡述之胺基酸組合。在一個特定實施例中，VH及/或VL域為非免疫原性的，例如藉由不存在結合MHC II類之抗原決定基(例如，針對MHC II類之非人類生殖系結合子)所確定。
在一個實施例中，Kabat位置11處之XH1 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性側鏈或非極性側鏈分支鏈胺基酸(BCAA))，諸如L或 V。在一個實施例中，Kabat位置20處之XH2 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性側鏈或非極性側鏈分支鏈胺基酸(BCAA))，諸如L或V。在一個實施例中，Kabat位置38處之XH3 為具有極性側鏈(例如，親水性側鏈、鹼性側鏈或帶電側鏈，例如帶正電側鏈或帶負電側鏈)之胺基酸，諸如K或R。在一個實施例中，Kabat位置67處之XH4 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性側鏈或非極性側鏈分支鏈胺基酸(BCAA))，諸如V或A。在一個實施例中，Kabat位置69處之XH5 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性側鏈或非極性側鏈分支鏈胺基酸(BCAA))，諸如L或I。在一個實施例中，Kabat位置72處之XH6 為具有酸性側鏈之胺基酸，諸如E或D。在一個實施例中，Kabat位置81處之XH7 為具有酸性側鏈之胺基酸或其醯胺衍生物，諸如Q(E之不帶電/醯胺衍生物)或E。在一個實施例中，Kabat位置87處之XH8 為具有脂族羥基或親水性側鏈之胺基酸，諸如S或T。
在一個實施例中，Kabat位置11處之XH1 為脂族胺基酸，諸如分支鏈胺基酸(BCAA)，例如V；Kabat位置20處之XH2 為脂族胺基酸，諸如分支鏈胺基酸(BCAA)，例如L；Kabat位置38處之XH3 為具有極性側鏈之胺基酸，諸如R；Kabat位置67處之XH4 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如A；Kabat位置69處之XH5 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如L；Kabat位置72處之XH6 為具有極性側鏈之胺基酸，諸如D；Kabat位置81處之XH7 為具有酸性胺基酸之醯胺衍生物的胺基酸，諸如Q；且Kabat位置87處之XH8 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T。
在一個實施例中，Kabat位置11處之XH1 為脂族胺基酸，諸如分支鏈胺基酸(BCAA)，例如V；Kabat位置20處之XH2 為脂族胺基酸，諸如分支鏈胺基酸(BCAA)，例如V；Kabat位置38處之XH3 為具有極性側鏈之胺基酸，諸如R；Kabat位置67處之XH4 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如A；Kabat位置69處之XH5 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如I； Kabat位置72處之XH6 為具有極性側鏈之胺基酸，諸如D；Kabat位置81處之XH7 為酸性胺基酸，諸如E；且Kabat位置87處之XH8 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T。
在一個特定實施例中，Kabat位置10處之XK1 為芳族胺基酸，諸如F，或具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如S。在某一實施例中，Kabat位置46處之XK2 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性胺基酸)，諸如A，或具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如S。在一個實施例中，Kabat位置63處之XK3 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T或S。在一個特定實施例中，Kabat位置80處之XK4 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如S，或芳族胺基酸，諸如P。在某一實施例中，Kabat位置85處之XK5 為酸性胺基酸，諸如D，或具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T。在一個實施例中，Kabat位置87處之XK6 為芳族胺基酸，諸如F或Y。
在一個特定實施例中，Kabat位置10處之XK1 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如S；Kabat位置46處之XK2 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性胺基酸)，諸如A；Kabat位置63處之XK3 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T；Kabat位置80處之XK4 為芳族胺基酸，諸如P；Kabat位置85處之XK5 為酸性胺基酸，諸如D；且Kabat位置87處之XK6 為芳族胺基酸，諸如F。
在一個特定實施例中，Kabat位置10處之XK1 為芳族胺基酸，諸如F；Kabat位置46處之XK2 為具有脂族側鏈之胺基酸(例如，疏水性胺基酸)，諸如A；Kabat位置63處之XK3 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T；Kabat位置80處之XK4 為脂族羥基側鏈，諸如S；Kabat位置85處之XK5 為酸性胺基酸，諸如D；且Kabat位置87處之XK6 為芳族胺基酸，諸如F。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類 KIT之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含以下胺基酸序列之VH域： (SEQ ID NO：11)，其中Kabat位置11處之XH1 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如V；Kabat位置20處之XH2 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如L；Kabat位置38處之XH3 為具有極性側鏈之胺基酸，諸如K；Kabat位置67處之XH4 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如A；Kabat位置69處之XH5 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如L；Kabat位置72處之XH6 為酸性胺基酸，諸如D；Kabat位置81處之XH7 為酸性胺基酸或其醯胺衍生物，諸如Q；且Kabat位置87處之XH8 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T；及(ii)包含以下胺基酸序列之VL域： (SEQ ID NO：12)，其中Kabat位置10處之XK1 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如S；Kabat位置46處之XK2 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如A；Kabat位置63處之XK3 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T；Kabat位置80處之XK4 為芳族胺基酸，諸如P；Kabat位置85處之XK5 為酸性胺基酸，諸如D；且Kabat位置87處之XK6 為芳族胺基酸，諸如F。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含以下胺基酸序列之VH域： (SEQ ID NO：11)，其中Kabat位置11處之XH1 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如V；Kabat位置20處之XH2 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如V；Kabat位置38處之XH3 為具有極性側鏈之胺基酸，諸如R；Kabat位置67處之XH4 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如A；Kabat位置69處之XH5 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如I；Kabat位置72處之XH6 為酸性胺基酸，諸如D；Kabat位置81處之XH7 為酸性胺基酸，諸如E；且Kabat位置87處之XH8 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T；及(ii)包含以下胺基酸序列之VL域： (SEQ ID NO：12)，其中Kabat位置10處之XK1 為芳族胺基酸，諸如F；Kabat位置46處之XK2 為具有脂族側鏈之胺基酸，諸如A；Kabat位置63處之XK3 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如T；Kabat位置80處之XK4 為具有脂族羥基側鏈之胺基酸，諸如S；Kabat位置85處之XK5 為酸性胺基酸，諸如D；且Kabat位置87處之XK6 為芳族胺基酸，諸如F。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含(i)包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域；及(ii)包含SEQ ID NO：7、8、9或10之VL域。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含(i)包含分別包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH域；及(ii)包含胺基酸序列 (SEQ ID NO：12)之VL域，其中Kabat位置10處之XK1 、Kabat位置46處之XK2 、Kabat位置63處之XK3 、Kabat位置80處之XK4 、Kabat位置85處之XK5 及Kabat位置87處之XK6 係選自表6A 中所闡述之胺基酸組合。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含(i)包含SEQ ID NO：2、3、4或5之VH域；及(ii)包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含(i)包含以下胺基酸序列之VH域： (SEQ ID NO：11)，其中Kabat位置11處之XH1 、Kabat位置20處之XH2 、Kabat位置38處之XH3 、Kabat位置67處之XH4 、Kabat位置69處之XH5 、Kabat位置72處之XH6 、Kabat位置81處之XH7 及Kabat位置87處之XH8 係選自表6B 中所闡述之胺基酸組合；及(ii)包含分別包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL域。
在一個特定實施例中，本文所描述之VL鏈區相對於恆定區之位置(亦即邊界)可變化一、二、三或四個胺基酸位置，只要維持(例如，實質上維持，例如至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%)對KIT(例如，人類KIT之D4區)之免疫特異性結合即可。在一個特定實施例中，本文所描述之VH鏈區相對於恆定區之位置(亦即邊界)可變化一、二、三或四個胺基酸位置，只要維持(例如，實質上維持，例如至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少 90%、至少95%)對KIT(例如，人類KIT之D4區)之免疫特異性結合即可。
在特定態樣中，本文提供一種包含本文所描述之VH CDR及/或VL CDR(例如，如表1-3及10-15中所闡述)的部分，其中該等VH CDR及VL CDR經配置而呈可特異性結合於人類KIT之D4區的空間取向。
在特定態樣中，本文提供一種包含以下各物之部分：包含SEQ ID NO：16-18之胺基酸序列的VH CDR及包含SEQ ID NO：19-21之胺基酸序列的VL CDR、包含SEQ ID NO：56、62及63之胺基酸序列的VH CDR及包含SEQ ID NO：59-61之胺基酸序列的VL CDR、包含SEQ ID NO：70-72之胺基酸序列的VH CDR及包含SEQ ID NO：66-68之胺基酸序列的VL CDR，其中該等VH CDR及VL CDR經配置而呈可特異性結合於人類KIT之D4區的空間取向。在某些實施例中，該部分為抗體或其抗原結合片段。在一個特定實施例中，該部分為蛋白質，諸如包含Fc區之融合蛋白質。
在特定態樣中，本文提供一種包含選自表13-15之VH CDR及/或選自表10-12之VL CDR的部分，其中該等VH CDR及VL CDR經配置而呈可特異性結合於人類KIT之D4區的空間取向。在某些實施例中，該部分為抗體或其抗原結合片段。在一個特定實施例中，該部分為蛋白質，諸如包含Fc區之融合蛋白質。
在特定態樣中，本文提供一種部分，諸如抗體或其抗原結合片段，該部分包含選自表10-15中所提供者之VH CDR 1-3及/或VL CDR 1-3，其中該等VH CDR及VL CDR經配置而呈可特異性結合於人類KIT之D4區的空間取向。在特定態樣中，本文所描述之部分包含連接呈可特異性結合於人類KIT之D4區的空間取向的VH CDR 1-3及/或VL CDR 1-3的連接子，諸如肽連接子。
在特定態樣中，本文所描述之部分包含連接呈可特異性結合於 人類KIT之D4區的空間取向的VH CDR及/或VL CDR的連接子，諸如肽連接子。
在某些態樣中，本文提供一種包含選自表10-15中所提供者之VL CDR 1-3及VH CDR 1-3的抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段免疫特異性結合KIT(諸如人類KIT)之D4區。
在一個特定實施例中，表10-15中之任一者中之CDR的「X」胺基酸為可維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力的任何天然存在之胺基酸。在一個特定實施例中，表10-15中之任一者中之CDR的「X」胺基酸為可維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力的非天然胺基酸。在一個特定實施例中，表10-15中之任一者中之CDR的「X」胺基酸為具有SEQ ID NO：16-21之胺基酸序列之CDR的相應胺基酸之保守取代，其中維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力。
在一個特定實施例中，表10-15中之任一者中之CDR的「X」胺基酸獨立地為胺基酸A、G、T、K或L。在一個特定實施例中，表10-15中之任一者中之CDR的「X」胺基酸為胺基酸A、G、T、Y、C或S。在此等實施例之某些態樣中，維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力。
在某一實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含選自表10-15中所提供之彼等CDR的VH CDR及/或VL CDR。
在一個特定實施例中，CDR，諸如表10-15中所描繪之VL CDR 1-3及VH CDR 1-3中之任一者，包含一或多(例如，二、三、四或五)個「X」胺基酸，其中各「X」胺基酸可為可維持該抗體或其片段對人類KIT之D4區的特異性結合的任何胺基酸。
表10：VL CDR1
在某些態樣中，本文提供一種包含選自表20-23中所提供之VL FR的VL FR 1-4及/或選自表16-19中所提供之VH FR的VH FR 1-4的抗體或其抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段免疫特異性結合KIT(諸如人類KIT)之D4區。
在一個特定實施例中，表16-23中之任一者中之FR的「X」胺基酸為可維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力的任何天然存在之胺基酸。在一個特定實施例中，表16-23中之任一者中之FR的「X」胺基酸為可維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力的非天然胺基酸。在一個特定實施例中，表16-23中之任一者中之FR的「X」胺基酸為具有SEQ ID NO：16-21之胺基酸序列之FR的相應胺基酸之保守取代，其中維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力。
在一個特定實施例中，表16-23中之任一者中之FR的「X」胺基酸為胺基酸A、G、T、K或L。在一個特定實施例中，表16-23中之任一者中之FR的「X」胺基酸為胺基酸A、G、T、Y、C或S。在此等實施例之某些態樣中，維持對人類KIT之D4區的特異性結合親和力。在某一實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含選自表16-23中所提供之彼等FR的VH FR及/或VL FR。
在一個特定實施例中，FR，諸如表16-23中所描繪之VL FR 1-4及VH FR 1-4中之任一者，包含一或多(例如，二、三、四或五)個「X」胺基酸，其中各「X」胺基酸可為可維持該抗體或其片段對人類KIT之D4區的特異性結合的任何胺基酸。
表20：VL FR1
表22：VL FR3
在一個態樣中，本文所描述之抗體包含有包含一或多個胺基酸缺失、添加及/或修飾的Fc區。
如本文所使用之「Fc區」包括包含不包括第一恆定區免疫球蛋白域之抗體恆定區的多肽，且因此係指IgA、IgD及IgG之最後兩個恆定區免疫球蛋白域、IgE及IgM之最後三個恆定區免疫球蛋白域及此等域之N末端的可撓性鉸鏈。對於IgA及IgM，Fc區可包括J鏈。對於IgG，Fc區可包含免疫球蛋白域Cγ2及Cγ3以及Cγ1與Cγ2之間的鉸鏈。雖然Fc區之邊界可能變化，但人類IgG重鏈Fc區一般包含殘基C226或P230至其羧基末端，其中編號係根據如Kabat等人(1991,NIH公開案91-3242，國家技術資訊服務局(National Technical Information Service),Springfield,VA)中之EU指數。「如Kabat中所闡述之EU指數」係指如Kabat等人，同上中所描述之人類IgG1 EU抗體之殘基編號。在某一實施例中，Fc區包含非天然存在之Fc區。在某些態樣中，一或多個Fc位置，包括(但不限於)Kabat 270、272、312、315、356及358上存在一或多種多形現象。
在一個態樣中，本文提供一種如本文所描述之特異性結合於KIT之D4區的抗體或其抗原結合片段，該抗體或其抗原結合片段包含相對於相應抗體(例如，具有相同的胺基酸序列但具有野生型Fc區的抗體)對Fc配位體(例如，Fc受體，諸如C1q)具有經改變之結合性質的Fc區。
Fc區對其配位體之親和力及結合性質可藉由此項技術中已知用於測定Fc-FcγR相互作用(亦即，Fc區與FcγR之特異結合性)的多種活體外分析法(基於生物化學或免疫學之分析法)來測定，包括(但不限於)平衡法(例如，酶聯結免疫吸附劑分析法(enzyme-linked immunoabsorbent assay；ELISA)或放射免疫分析法(radioimmunoassay；RIA))或動力學(例如BIACORE®分析)，及其他方 法，諸如間接結合分析法、競爭性抑制分析法、螢光共振能量轉移(fluorescence resonance energy transfer；FRET)、凝膠電泳及層析(例如凝膠過濾)。此等及其他方法可利用一或多種檢測組分上之標記及/或使用多種偵測方法，包括(但不限於)發色、螢光、發光或同位素標記。
在一個實施例中，本文所描述抗體的Fc區對一或多個Fc配位體具有比相應分子增強之結合性。在一個特定實施例中，本文所描述抗體的Fc區對Fc受體具有增強之結合性。在另一特定實施例中，本文所描述抗體的Fc區對Fc受體FcγRIIIA具有增強之結合性。在一個特定實施例中，本文所描述抗體的Fc區對Fc受體FcRn具有增強之結合性。在另一特定實施例中，本文所描述抗體的Fc區對C1q具有比相應分子增強之結合性。
在某一態樣中，可藉由增加Fc區對FcRn之結合親和力來延長包含Fc區之蛋白質的血清半衰期。在一個實施例中，本文所描述抗體的Fc區具有比相應分子延長之血清半衰期。
「抗體依賴性細胞介導之細胞毒性」或「ADCC」係指一種細胞毒性形式，其中結合於某些細胞毒性細胞(例如天然殺手(NK)細胞、嗜中性白血球及巨噬細胞)上所存在之Fc受體(FcR)上的分泌Ig使得此等細胞毒性細胞能夠特異性結合於攜帶抗原之標靶細胞，且隨後以細胞毒素殺死標靶細胞。針對標靶細胞表面之特異性高親和力IgG抗體即「武裝」細胞毒性細胞，以便殺死該等細胞。標靶細胞之溶胞涉及直接細胞-細胞接觸，且不涉及補體。預期除抗體以外，能夠特異性結合於攜帶抗原之標靶細胞的其他包含Fc區之蛋白質(特定言之，Fc融合蛋白質)將能夠發揮細胞介導之細胞毒性。為簡便起見，由Fc融合蛋白質之活性引起的細胞介導之細胞毒性在本文中亦稱為ADCC活性。
可分析包含Fc區之任何特定蛋白質(例如抗體)藉由ADCC介導標靶細胞溶解的能力。為評估Fc區之ADCC活性，將包含Fc區之結合標靶細胞之抗體添加至標靶細胞與免疫效應細胞之組合中，該等細胞可藉由抗原-抗體複合物加以活化，從而引起標靶細胞之細胞溶解。一般藉由標記(例如，放射性基質、螢光染料或天然細胞內蛋白質)自溶解之細胞中釋放來偵測細胞溶解。用於該等分析之適用效應細胞包括周圍血液單核細胞(PBMC)及天然殺手(NK)細胞。活體外ADCC分析之特定實例描述於以下文獻中：Wisecarver等人，1985 79：277-282；Bruggemann等人，1987,J Exp.Med.166：1351-1361；Wilkinson等人，2001,J Immunol.Methods 258：183-191；Patel等人，1995 J Immunol.Methods 184：29-38。或者或另外，可在活體內，例如在動物模型(諸如Clynes等人，1998,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95：652-656中所揭示之動物模型)中評估包含Fc區之蛋白質的ADCC活性。
在一個實施例中，包含Fc區之蛋白質(例如，本文所描述之抗體)相對於相應蛋白質(例如，抗體)具有增強之ADCC活性。在另一特定實施例中，本文所描述之包含Fc區之抗體相對於相應抗體具有增強之Fc受體FcγRIIIA結合且具有增強之ADCC活性。在一些實施例中，本文所描述之包含Fc區之抗體相對於相應抗體具有增強之ADCC活性及增強之血清半衰期兩者。
「補體依賴性細胞毒性」及「CDC」係指標靶細胞在存在補體的情況下溶解。補體活化路徑係由補體系統之第一組分(C1q)與分子(例如與同源抗原複合之抗體)結合來引發。為評估補體活化，可進行例如Gazzano-Santoro等人，1996,J.Immunol.Methods,202：163中所描述之CDC分析。在一個實施例中，本文所描述之包含Fc區之抗體相對於相應抗體具有增強之CDC活性。在其他實施例中，本文所描述之包含Fc區之抗體相對於相應抗體具有增強之CDC活性及增強之血清半衰期 兩者。
在一個實施例中，本文所描述之抗體包含在如藉由如Kabat中所闡述之EU指數加以編號之一或多個位置處(例如，在一、二、三或四個位置處)包含胺基酸修飾(例如，取代、缺失或添加，或非天然存在之胺基酸殘基)的Fc區，該一或多個位置係選自由234、235、236、239、240、241、243、244、245、247、252、254、256、262、263、264、265、266、267、269、296、297、298、299、313、325、326、327、328、329、330、332、333及334組成之群。視情況，該Fc區可在熟習此項技術者已知的額外及/或替代位置處包含胺基酸修飾(例如，取代、缺失或添加)或非天然存在之胺基酸殘基(參見例如美國專利5,624,821、6,277,375、6,737,056；PCT專利公開案WO 01/58957、WO 04/016750、WO 04/029207、WO 04/035752及WO 05/040217，各文獻以全文併入本文中，但尤其是關於此種修飾之揭示內容)。在另一實施例中，藉由Fc區在一或多個位置處包含胺基酸修飾(例如，取代、缺失或添加)或非天然存在之胺基酸殘基來維持(例如，實質上維持，例如至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%)Fc區之一或多種功能。舉例而言，該等Fc功能可包括效應功能，諸如CDC或ADCC，或與Fc受體之結合親和力。在某一實施例中，在一或多個位置處包含胺基酸修飾(例如，取代、缺失或添加)或非天然存在之胺基酸殘基的Fc區展現至少一或多種增強之Fc活性(例如，增強之半衰期)或增強之效應功能(諸如ADCC或CDC)。在一個特定實施例中，在一或多個位置處包含胺基酸修飾(例如，取代、缺失或添加)或非天然存在之胺基酸殘基的Fc區展現降低之Fc活性(例如，降低之穩定性/半衰期)或降低之效應功能(諸如ADCC或CDC)。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體包含Fc區，其中該Fc區包含至少一個(例如，一、二、三或四個)胺基酸修飾(例如，取代、 缺失或添加)或至少一個如藉由如Kabat中所闡述之EU指數加以編號之非天然存在之胺基酸殘基(例如，一、二、三或四個)，該至少一個非天然存在之胺基酸殘基係選自由234D、234E、234N、234Q、234T、234H、234Y、234I、234V、234F、235A、235D、235R、235W、235P、235S、235N、235Q、235T、235H、235Y、235I、235V、235F、236E、239D、239E、239N、239Q、239F、239T、239H、239Y、240I、240A、240T、240M、241W、241 L、241Y、241E、241R、243W、243L、243Y、243R、243Q、244H、245A、247V、247G、252Y、254T、256E、262I、262A、262T、262E、263I、263A、263T、263M、264L、264I、264W、264T、264R、264F、264M、264Y、264E、265G、265N、265Q、265Y、265F、265V、265I、265L、265H、265T、266I、266A、266T、266M、267Q、267L、269H、269Y、269F、269R、296E、296Q、296D、296N、296S、296T、296L、296I、296H、269G、297S、297D、297E、298H、298I、298T、298F、299I、299L、299A、299S、299V、299H、299F、299E、313F、325Q、325L、325I、325D、325E、325A、325T、325V、325H、327G、327W、327N、327L、328S、328M、328D、328E、328N、328Q、328F、328I、328V、328T、328H、328A、329F、329H、329Q、330K、330G、330T、330C、330L、330Y、330V、330I、330F、330R、330H、332D、332S、332W、332F、332E、332N、332Q、332T、332H、332Y及332A組成之群。視情況，該Fc區可包含熟習此項技術者已知的額外及/或替代非天然存在之胺基酸殘基(參見例如美國專利5,624,821、6,277,375、6,737,056；PCT專利公開案WO 01/58957、WO 04/016750、WO 04/029207、WO 04/035752及WO 05/040217)。
在某一態樣中，本文提供一種包含Fc區之抗體，其中該Fc區在 如藉由如Kabat中所闡述之EU指數加以編號之一或多個位置處包含至少一個非天然存在之胺基酸，該一或多個位置係選自由239、330及332組成之群。在一個特定實施例中，本文提供一種包含Fc區之抗體，其中該Fc區至少一個如藉由如Kabat中所闡述之EU指數加以編號之非天然存在之胺基酸，該至少一個非天然存在之胺基酸係選自由239D、330L及332E組成之群。視情況，該Fc區可進一步在如藉由如Kabat中所闡述之EU指數加以編號之一或多個位置處包含額外非天然存在之胺基酸，該一或多個位置係選自由252、254及256組成之群。在一個特定實施例中，本文提供一種包含Fc區之抗體，其中該Fc區包含如藉由Kabat中所闡述之EU指數加以編號之選自由239D、330L及332E組成之群的至少一個非天然存在之胺基酸，且如藉由Kabat中所闡述之EU指數加以編號，一或多個位置處之至少一個非天然存在之胺基酸係選自由252Y、254T及256E組成之群。在一個實施例中，包含該序列之Fc區展現一或多種Fc活性(例如，與Fc受體之結合親和力)或效應功能(諸如ADCC或CDC)。在一個特定實施例中，包含該序列之Fc區展現降低之Fc活性(例如，降低之Fc受體結合親和力)或降低之效應功能(諸如ADCC或CDC)。在一個特定實施例中，包含該序列之Fc區展現增強之Fc活性(例如，增強之半衰期、增強之Fc受體結合親和力)或增強之效應功能(諸如ADCC或CDC)。
Fc區修飾之非限制性實例提供於以下文獻中：Ghetie等人，1997,Nat Biotech.15：637-40；Duncan等人，1988,Nature 332：563-564；Lund等人，1991,J.Immunol 147：2657-2662；Lund等人，1992,Mol Immunol 29：53-59；Alegre等人，1994,Transplantation 57：1537-1543；Hutchins等人，1995,Proc Natl.Acad Sci U S A 92：11980-11984；Jefferis等人，1995,Immunol Lett.44：111-117；Lund等人，1995,Faseb J 9：115-119；Jefferis等人，1996,Immunol Lett 54：101-104；Lund等人， 1996,J Immunol 157：4963-4969；Armour等人，1999,Eur J Immunol 29：2613-2624；Idusogie等人，2000,J Immunol 164：4178-4184；Reddy等人，2000,J Immunol 164：1925-1933；Xu等人，2000,Cell Immunol 200：16-26；Idusogie等人，2001,J Immunol 166：2571-2575；Shields等人，2001,J Biol Chem 276：6591-6604；Jefferis等人，2002,Immunol Lett 82：57-65；Presta等人，2002,Biochem Soc Trans 30：487-490)；美國專利第5,624,821號、第5,885,573號、第5,677,425號、第6,165,745號、第6,277,375號、第5,869,046號、第6,121,022號、第5,624,821號、第5,648,260號、第6,528,624號、第6,194,551號、第6,737,056號、第6,821,505號、第6,277,375號、第8,163,882號、第7,355,008號、第7,960,512號、第8,039,592號、第8,039,359號、第8,101,720號、第7,214,775號、第7,682,610號、第7,741,442號；美國專利公開案第2004/0002587號；及PCT公開案WO 94/29351、WO 99/58572、WO 00/42072、WO 04/029207、WO 04/099249、WO 04/063351。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體包含對IgG1 Fc區(諸如人類IgG1 Fc區)之一或多(例如，一、二、三或四)個修飾。在某一實施例中，本文所描述之抗體包含對IgG2 Fc區(諸如人類IgG2 Fc區)之一或多(例如，一、二、三或四)個修飾。在一個實施例中，本文所描述之抗體包含對IgG4 Fc區(諸如人類IgG4 Fc區)之一或多(例如，一、二、三或四)個修飾。
在一些態樣中，本文所描述之抗體包含Fc區，其中該Fc區包含一或多(例如，一、二、三或四)個糖型修飾(例如，對一或多個糖型之移除或取代)，諸如經工程改造之糖型，亦即，共價連接於包含Fc區之分子的碳水化合物組合物。經工程改造之糖型可適用於多種目的，包括(但不限於)增強或降低效應功能。經工程改造之糖型可藉由熟習此項技術者已知的任何方法，例如藉由使用經工程改造或變異表現 株、藉由與一或多種酶(例如DI N-乙醯葡糖胺基轉移酶III(GnTI11))共表現、藉由在各種生物體或來自各種生物體之細胞株中表現包含Fc區之分子、或藉由在已表現包含Fc區之分子後修飾碳水化合物來產生。用於產生經工程改造之糖型的方法在此項技術中為已知的，且包括(但不限於)以下文獻中所描述者：Umana等人，1999,Nat.Biotechnol 17：176-180；Davies等人，20017 Biotechnol Bioeng 74：288-294；Shields等人，2002,J Biol Chem 277：26733-26740；Shinkawa等人，2003,J Biol Chem 278：3466-3473；美國專利第6,602,684號；美國申請案第10/277,370號；美國申請案第10/113,929號；PCT WO 00/61739A1；PCT WO 01/292246A1；PCT WO 02/311140A1；PCT WO 02/30954A1；WO 00061739；US 20030115614；及Okazaki等人，2004,JMB,336：1239-49。用於產生本文所描述之抗體的經修飾之糖型的方法描述於此項技術中，且包括(但不限於)以下文獻中所描述者：美國專利第7,517,670號、美國專利第8,021,856號、美國專利第8,080,415號、美國專利第8,084,222號、美國專利第7,700,321號及美國專利第8,071,336號。
在一個特定實施例中，Fc區糖基化可經修飾以增加或降低效應功能。因此，在一個實施例中，本文所描述之抗體之Fc區包含胺基酸殘基之經修飾之糖基化。在另一實施例中，胺基酸殘基之經修飾之糖基化引起降低之效應功能，諸如ADCC或CDC。在另一實施例中，胺基酸殘基之經修飾之糖基化引起增加之效應功能。在一些實施例中，本文所提供之抗體之糖基化模式經修飾以增強ADCC及CDC效應功能(參見例如Shields等人，(2002)JBC.277：26733；Shinkawa等人，(2003)JBC.278：3466；及Okazaki等人，(2004)J.Mol.Biol.,336：1239)。在一個特定實施例中，此種經修飾之糖基化不同於活體內天然發現之Fc區糖基化，或此種經修飾之糖基化為非天然存在之Fc區糖基化。舉例 而言，經修飾之Fc區糖基化可藉由修飾胺基酸或藉由在已經工程改造而含有與其未曾經修飾之親本細胞不同的糖基化機制的細胞中表現蛋白質/抗體來達成。就此而言，此種細胞可經工程改造以便不表現某一糖基化酶或表現親本細胞中不存在的某一糖基化酶。
用於產生非天然存在之Fc區的方法在此項技術中為已知的。舉例而言，胺基酸取代及/或缺失可藉由突變誘發方法來產生，包括(但不限於)定點突變誘發(Kunkel,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82：488-492(1985))、PCR突變誘發(Higuchi,「PCR Protocols：A Guide to Methods and Applications」,Academic Press,San Diego，第177-183頁(1990))及卡匣突變誘發(Wells等人，Gene 34：315-323(1985))。定點突變誘發可藉由重疊-延伸PCR方法來進行(Higuchi,「PCR Technology：Principles and Applications for DNA Amplification」,Stockton Press,New York，第61-70頁(1989))。或者，重疊-延伸PCR技術(Higuchi，同上)可用於向標靶序列(起始DNA)中引入任何所要突變。適用於產生Fc區修飾之其他方法在此項技術中為已知的(參見例如美國專利第5,624,821號、第5,885,573號、第5,677,425號、第6,165,745號、第6,277,375號、第5,869,046號、第6,121,022號、第5,624,821號、第5,648,260號、第6,528,624號、第6,194,551號、第6,737,056號、第6,821,505號、第6,277,375號；美國專利公開案第2004/0002587號；及PCT公開案WO 94/29351、WO 99/58572、WO 00/42072、WO 02/060919、WO 04/029207、WO 04/099249、WO 04/063351)。
在一個特定實施例中，該Fc區具有減少之岩藻糖基化。在另一實施例中，該Fc區經去海藻糖基化(參見例如美國專利申請公開案第2005/0226867號)。
在某一態樣中，本文所描述之抗體為未經岩藻糖基化之抗體，例如該抗體之Fc區不含具有岩藻糖(例如，結合於N-乙醯葡糖胺之岩藻 糖)之糖鏈(參見例如美國專利第7,214,775號、第7,682,610號及第7,741,442號)。用於製造未經岩藻糖基化之抗體的方法在此項技術中為已知的，參見例如美國專利第7,708,992號。舉例而言，未經岩藻糖基化之抗體可使用經工程改造之宿主細胞產生，參見例如美國專利第6,946,292號、第7,425,446號、第8,067,232號、第7,846,725號及第7,393,683號。亦已描述用於產生未經岩藻糖基化之抗體的基因剔除動物，參見例如美國專利第7,737,325號。在一個特定實施例中，本文所描述之特異性結合於人類KIT之D4區的未經岩藻糖基化之抗體展現增加之ADCC。
在一個特定態樣中，相對於參考抗體之岩藻糖含量，本文所描述之抗體包含小於100%，例如小於65%之岩藻糖含量(參見例如美國專利第7,931,895號及第7,846,434號)。在某一實施例中，本文所描述之抗體的特徵在於岩藻糖含量，其中至少約60%之N連接寡醣(例如，來源於CH2之域中的N連接寡醣)不含岩藻糖。在特定實施例中，不含岩藻糖之N連接寡醣(例如，來源於CH2之域中的N連接寡醣)之百分比為至少約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%或95%以上，並且展現改變之效應功能，例如增強之ADCC或降低之ADCC。在一個特定實施例中，本文所描述之特異性結合於人類KIT之D4區的抗體包含小於65%之岩藻糖含量且展現增加之ADCC。
在特定態樣中，本文所描述之抗體包含具有改變之FcγR結合活性從而呈現減少之FcγR結合的Fc區，且在該Fc區之胺基酸位置238、239、248、249、252、254、265、268、269、270、272、278、289、292、293、294、295、296、298、301、303、322、324、327、329、333、335、338、340、373、376、382、388、389、414、416、419、434、435、437、438或439中之任何一或多(例如，一、二、三或四)者處包含胺基酸修飾，其中該Fc區中之殘基編號為如Kabat中之EU指 數的編號(參見例如美國專利第7,183,387號)。舉例而言，本文所描述之抗體包含呈現減少之FcγRI結合的Fc區，且在該Fc區之胺基酸位置238、265、269、270、327或329中之任何一或多(一、二、三或四)者處包含胺基酸修飾，其中該Fc區中之殘基編號為如Kabat中之EU指數的編號。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體包含呈現減少之FcγRII結合的Fc區，且在該Fc區之胺基酸位置238、265、269、270、292、294、295、298、303、324、327、329、333、335、338、373、376、414、416、419、435、438或439中之任何一或多(例如，一、二、三或四)者處包含胺基酸修飾，其中該Fc區中之殘基編號為如Kabat中之EU指數的編號。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體包含呈現減少之FcγRIII結合的Fc區，且在該Fc區之胺基酸位置238、239、248、249、252、254、265、268、269、270、272、278、289、293、294、295、296、301、303、322、327、329、338、340、373、376、382、388、389、416、434、435或437中之一或多(例如，一、二、三或四)者處包含胺基酸修飾，其中該Fc區中之殘基編號為如Kabat中之EU指數的編號。
在某些態樣中，藉由增加Fc區對FcRn之結合親和力來增加包含Fc區之蛋白質(諸如本文所描述之抗體)的血清半衰期。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)，其中EC50 (半最大有效濃度)值為約50nM或50nM以下，如藉由ELISA所測定。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)，其中EC50 值為約150pM或150pM以下，如藉由FAC利用CHO-WT-KIT細胞(經工程改造以 重組表現野生型人類KIT之CHO細胞)所測定。
在一個特定實施例中，特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體或其抗原結合片段能夠阻斷KIT磷酸化，其中IC50 (50%抑制濃度)值為約600pM或600pM以下。
在一個特定實施例中，特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體或其抗原結合片段重組表現於CHO細胞中，其中平均效價為至少0.5μg/mL。在一個特定實施例中，特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體或其抗原結合片段重組表現於CHO細胞中，其中平均效價為至少1.0μg/mL。
在一個特定實施例中，特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT之D4區)的本文所描述之抗體或其抗原結合片段包含非免疫原性VH域及VL域，例如該VH域及VL域不含T細胞抗原決定基。
在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)不結合KIT之細胞外配位體結合位點，例如KIT之SCF結合位點。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)不抑制配位體結合於KIT，例如不抑制KIT配位體(例如SCF)結合於KIT。
在特定態樣中，本文所描述之抗體(例如，人類或人類化抗體)為抑制性抗體，亦即，抑制(例如，部分抑制)KIT活性(亦即，一或多種KIT活性)的抗體。在一個特定實施例中，對KIT活性之部分抑制引起例如約25%至約65%或75%抑制。在一個特定實施例中，對KIT活性之部分抑制引起例如約35%至約85%或95%抑制。KIT活性之非限制性實例包括KIT二聚、KIT磷酸化(例如酪胺酸磷酸化)、KIT下游之信號傳導(例如Stat、AKT、MAPK或Ras信號傳導)、誘導或增強基因轉錄(例如c-Myc)、誘導或增強細胞增殖或細胞存活。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT磷酸化(例如，配位體誘導之磷酸化)。在 一個特定實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT細胞質域中之KIT酪胺酸磷酸化。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體抑制細胞增殖。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體抑制細胞存活。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體誘導細胞凋亡。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體誘導細胞分化，例如，表現KIT(例如，人類KIT)之細胞中的細胞分化。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT活性但不抑制KIT二聚。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT活性且不抑制配位體結合於KIT，例如，不抑制KIT配位體(例如，SCF)結合於KIT，但抑制KIT二聚。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT活性，諸如配位體誘導之KIT細胞質域酪胺酸磷酸化，抑制程度為約25%至約65%或75%，如藉由此項技術中所熟知的基於細胞之磷酸化分析法(例如，本文所描述之基於細胞之磷酸化分析法)所測定。在某一實施例中，本文所描述之抗體抑制KIT活性，諸如配位體誘導之KIT細胞質域酪胺酸磷酸化，抑制程度為約35%至約85%或95%，如藉由此項技術中所熟知的基於細胞之磷酸化分析法(例如，本文所描述之基於細胞之磷酸化分析法)所測定。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段或其結合物抑制KIT活性，諸如配位體誘導之KIT細胞質域酪胺酸磷酸化，其中50%抑制濃度(IC50 )小於約600pM、或小於約500pM、或小於約250pM，如藉由此項技術中所熟知的基於細胞之磷酸化分析法(例如，本文所描述之基於細胞之磷酸化分析法)所測定。在一個特定實施例中，IC50 小於約550pM或200pM。在一個特定實施例中，IC50 在約50pM至約225pM範圍內，或在100pM至約600pM範圍內。在一個特定實施例中，IC50 在約50pM至約550pM、或約50pM至約600pM、或約150pM至約550pM範圍內。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段或 其結合物(i)免疫特異性結合於包含人類KIT之D4區的KIT多肽，(ii)抑制KIT磷酸化(例如，酪胺酸磷酸化)，且(iii)不影響KIT配位體(例如，SCF)結合於KIT。在另一特定實施例中，此種抗體不抑制KIT二聚。在另一特定實施例中，此種抗體可由CHO細胞重組表現，其中平均效價為至少0.5μg/mL，例如至少1.0μg/mL。在另一特定實施例中，此種抗體包含非免疫原性VH域及VL域，例如該VH域及VL域不含T細胞抗原決定基。
在其他特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段或其結合物免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之單體形式。在特定實施例中，本文所描述之抗體不免疫特異性結合於KIT(例如人類KIT)之單體形式。在特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段或其結合物免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之二聚體形式。在特定實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段或其結合物不結合於KIT之單體形式且特異性結合於KIT之二聚體形式或KIT之多聚體形式。在某些實施例中，抗體對KIT單體之親和力高於對KIT二聚體之親和力。在某些實施例中，抗體對KIT單體之親和力高於對KIT多聚體之親和力。
在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體(或其抗原結合片段或其結合物)特異性結合於KIT之原生同功異型物或原生變異體(即動物(例如，猴、小鼠、山羊、驢、狗、貓、兔、豬、大鼠、人類、蛙或鳥)中之可自動物(較佳為人類)中分離之天然存在之KIT同功異型物或變異體)。在特定實施例中，本文所描述之抗體免疫特異性結合於人類KIT或其片段。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體(或其抗原結合片段或其結合物)特異性結合於人類KIT或其片段，且不特異性結合於非人類KIT(例如，猴、小鼠、山羊、驢、狗、貓、兔、豬、大鼠或鳥)或其片段。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體 (或其抗原結合片段或其結合物)特異性結合於人類KIT或其片段，且不特異性結合於鼠類KIT。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體特異性結合於人類KIT或其片段(例如，人類KIT之D4區)以及犬科動物(狗)及非人類靈長類動物(例如，猴)KIT。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體特異性結合於人類KIT或其片段(例如，人類KIT之D4區)及犬科動物(狗)KIT。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體特異性結合於人類KIT或其片段(例如，人類KIT之D4區)及非人類靈長類動物(例如，猴)KIT。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體特異性結合於人類KIT或其片段(例如，人類KIT之D4區)以及犬科動物(狗)及非人類靈長類動物(例如，猴)KIT，但不特異性結合於鼠類KIT或其片段(例如，鼠類KIT之D4區)。
在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段結合於包含突變之人類KIT之細胞外域，該突變為例如與癌症(例如，GIST)相關之體細胞突變，諸如人類KIT之外顯子9中的突變，其中502及503位之Ala及Tyr殘基重複出現。在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段結合於野生型人類KIT之細胞外域及包含突變之人類KIT之細胞外域，該突變為例如與癌症(例如，GIST)相關之體細胞突變，諸如人類KIT之外顯子9中的突變，其中502及503位之Ala及Tyr殘基重複出現(參見例如描述KIT突變之Marcia等人，(2000)Am.J.Pathol.156(3)：791-795；及Debiec-Rychter等人，(2004)European Journal of Cancer.40：689-695，該等文獻均以全文引用的方式併入本文中)。
在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段結合於經糖基化之人類KIT之細胞外域。在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段結合於人類KIT之細胞外域之兩種不同的糖基化形式。舉例而言，已藉由免疫墨點法觀測到具有不同的分子量，從而 指示不同的糖基化模式的兩種人類KIT形式。在某些實施例中，本文所描述之抗體可特異性結合於此兩種人類KIT形式，該兩種形式具有不同的糖基化模式，例如一種形式之糖基化程度大於另一種形式。在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段結合於未經糖基化之人類KIT之細胞外域。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不免疫特異性結合於國際專利申請案第WO 2008/153926號所描述之KIT抗原決定基，例如基本上由胺基酸序列SELHLTRLKGTEGGTYT(SEQ ID NO：38)或LTRLKGTEGG(SEQ ID NO：39)組成之抗原決定基。
在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不是選自由以下組成之群的抗體：SR-1抗體(參見美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號、國際專利申請公開案第WO 2007/127317號)；獲自融合瘤細胞株DSM ACC 2007、DSM ACC 2008或DSM ACC 2009之抗KIT抗體，該等融合瘤細胞株已寄存於Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH,DSM,Mascheroder Weg 1 b,D-38124 Braumschweig,Germany(參見美國專利第5,545,533號、國際專利申請公開案第WO 92/021766號)；由融合瘤細胞株DSM ACC 2247(或A3C6E2；寄存號DSM ACC2247，寄存於Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH,DSM,Mascheroder Weg 1 b,D-38124 Braumschweig,Germany)產生之抗體(參見美國專利第5,808,002號)；及指定為K27、K44、K45、K49、k57、K69及K94之抗KIT抗體(參見例如Blechman等人，Stem Cells,1993,11：12-21；Blechman等人，Cell,1995,80：103-113；Lev等人，Mol.Cell.Biol.,1993,13：2224-2234；及歐洲專利申請公開案第EP0548867 A2號)。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不包含選自該群組之抗體的CDR。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不包含選自該群組 之抗體的一或多(例如，二、三、四、五或六)個CDR(例如，3個VL CDR及/或3個VH CDR)。在另一實施例中，本文所描述之抗體不會被該等抗體之一競爭性阻斷(例如，以劑量依賴性方式競爭性阻斷)，例如，如藉由競爭結合分析法(例如，ELISA)所測定。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不是2010年12月22日申請之美國臨時申請案第61/426,387號中所描述的抗體Ab1或Ab21。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不是選自由以下組成之群的抗體：如2010年12月22日申請之美國臨時申請案第61/426,387號中所描述之Ab1、Ab2、Ab3、Ab4、Ab5、Ab6、Ab7、Ab8、Ab9、Ab10、Ab11、Ab12、Ab13、Ab14、Ab15、Ab16、Ab17、Ab18、Ab19、Ab20及Ab21，以及如2011年3月25日申請之PCT國際專利申請案第PCT/US2011/29980號中所描述之Ab24-Ab192。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不包含選自由以下組成之群的抗體的CDR或一或多個CDR(例如，3個VL CDR及/或3個VH CDR)：如2010年12月22日申請之美國臨時申請案第61/426,387號中所描述之Ab1、Ab2、Ab3、Ab4、Ab5、Ab6、Ab7、Ab8、Ab9、Ab10、Ab11、Ab12、Ab13、Ab14、Ab15、Ab16、Ab17、Ab18、Ab19、Ab20及Ab21，以及如2011年3月25日申請之PCT國際專利申請案第PCT/US2011/29980號中所描述之Ab24-Ab192。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不包含選自2010年12月22日申請之美國臨時申請案第61/426,387號或2011年3月25日申請之PCT國際專利申請案第PCT/US2011/29980號中所描述之抗體的抗體之CDR或一或多個CDR(例如，3個VL CDR及/或3個VH CDR)、VL鏈區或VH鏈區。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不是如2010年12月22日申請之美國臨時申請案第61/426,387號中所描述之抗體Ab1或Ab21或者包含抗體Ab1或Ab21之CDR(例如，一、二、三、四、五或六個CDR)的抗體。在一個特定實 施例中，本文所描述之抗體不是如2012年1月25日申請之PCT國際專利申請案第PCT/US2012/022471號中所描述之抗體37M或37C。在某一實施例中，本文所描述之抗體不含包含SEQ ID NO：32之VL域或包含SEQ ID NO：31之VH域。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如，人類KIT)之D4區)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段不包含美國專利申請公開案第US 2008/0287309號中所描述之抗體(例如抗體36C1、84H7、63C10或65A12)的一或多(例如，二、三、四、五或六)個CDR(例如，VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3)。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不是由如例如美國專利第5,919,911號或美國專利第5,489,516號中所描述具有美國菌種保藏中心(American Type Culture Collection，ATCC)寄存編號HB10716之融合瘤(BA7.3C.9)所產生之抗體的人類或人類化型式。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體不包含如美國專利第5,919,911號或美國專利第5,489,516號所描述具有美國菌種保藏中心(ATCC)寄存編號HB10716之融合瘤(BA7.3C.9)所產生之抗體的CDR(例如，VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH CDR1、VH CDR2及/或VH CDR3)。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體不包含例如美國專利第5,919,911號或美國專利第5,489,516號或美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號(參見例如¶[0032]或¶[0023])中所描述之SR-1抗體的CDR。在另一實施例中，本文所描述之抗體不是由如例如美國專利第5,919,911號或美國專利第5,489,516號中所描述具有美國菌種保藏中心(ATCC)寄存編號HB10716之融合瘤(BA7.3C.9)所產生之抗體的抗體。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不是如美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所描述之SR-1抗體的人類化抗體。 在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不包含選自由美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所提及之SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8及SEQ ID NO：10組成之群的一或多個胺基酸序列。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不包含美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所提及之SEQ ID NO：2及4或SEQ ID NO：2及6之胺基酸序列。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不包含與選自由美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所提及之SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8及SEQ ID NO：10組成之群的胺基酸序列至少90%一致的一或多個胺基酸序列。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不包含美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所描述之一或多個CDR，例如，SEQ ID NO：8之胺基酸44至58(抗體SR-1之VL CDR1；RASESVDIYGNSFMH)、SEQ ID NO：8之胺基酸74至80(抗體SR-1之VL CDR2；LASNLES)、SEQ ID NO：8之胺基酸111至121(抗體SR-1之VL CDR3；QQNNEDPYT)、SEQ ID NO：10之胺基酸50至54(抗體SR-1之VH CDR1；SYNMH)、SEQ ID NO：10之胺基酸69至85(抗體SR-1之VH CDR2；VIYSGNGDTSYNQKFKG)及/或SEQ ID NO：10之胺基酸118至125(抗體SR-1之VH CDR3；RDTRFGN)，其中SEQ ID NO：8及10為美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號(參見例如¶[0032]或¶[0023])中所提及者。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不包含美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所描述之一或多個CDR，例如，SEQ ID NO：2之胺基酸43至58(VL CDR1)、SEQ ID NO：2之胺基酸74至80(VL CDR2)、SEQ ID NO：2之胺基酸113至121(VL CDR3)、SEQ ID NO：4之胺基酸50至54(VH CDR1)、SEQ ID NO：4之胺基酸69至85(VH CDR2)及/或SEQ ID NO：4之胺基酸118至125(VH CDR3)，其中SEQ ID NO：2及4為美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所提及者。在一個特定實施例 中，本文所描述之抗體不是如美國專利申請公開案第US 2007/0253951 A1號中所描述之抗體SR-1的抗體。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不是選自由如美國專利第6,989,248號或美國專利第7,449,309號中所描述之抗體抗S100、ACK2及ACK4組成之群的抗體。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不是選自該群組之抗體的人類或人類化型式。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不是包含選自由如美國專利第6,989,248號或美國專利第7,449,309號中所描述之抗體抗S100、ACK2及ACK4組成之群的抗體的一或多個CDR(例如3個VL CDR及/或3個VH CDR)的抗體。
在某些態樣中，競爭結合分析可用於輔助鑑別抗體之標靶抗原決定基或確定當兩個抗體在諸如競爭ELISA分析之競爭結合分析中識別一致或空間上重疊之抗原決定基時抗體是否被另一抗體(例如，基本上結合相同抗原決定基或重疊抗原決定基之抗體)例如以劑量依賴性方式競爭性阻斷，該等分析可使用經標記抗原或經標記抗體加以配置而呈許多不同的格式。已知許多類型競爭性結合分析，例如：固相直接或間接放射免疫分析(RIA)、固相直接或間接酶免疫分析(EIA)、夾心競爭分析(參見Stahli等人，(1983)Methods in Enzymology 9：242)；固相直接生物素-抗生物素EIA(參見Kirkland等人，(1986)J.Immunol.137：3614)；固相直接標記分析、固相直接標記夾心分析(參見Harlow及Lane,(1988)Antibodies：A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press)；使用I-125標記之固相直接標記RIA(參見Morel等人，(1988)Mol.Immunol.25(1)：7)；固相直接生物素-抗生物素EIA(Cheung等人，(1990)Virology 176：546)；及直接標記RIA(Moldenhauer等人，(1990)Scand J.Immunol.32：77)。通常，此種分析法涉及使用結合於攜帶此等未經標記之測試免疫球蛋白及經標記之參考免疫球蛋白中之任一者的固體表面或細胞的經純化抗原(例如KIT， 諸如KIT之細胞外域或KIT之D4區)。可藉由測定在測試免疫球蛋白存在下結合於固體表面或細胞之標記的量來量測競爭性抑制。測試免疫球蛋白通常過量存在。在某些態樣中，當競爭抗體過量存在時，其將抑制參考抗體與共同抗原之特異性結合，抑制程度為至少50-55%、55-60%、60-65%、65-70%、70-75%或75%以上。在此分析法之常用型式中，抗原係固定於96孔板上。隨後使用放射性標記或酶標記來量測未經標記之抗體阻斷經標記抗體與抗原結合的能力。關於其他細節，參見例如Wagener等人，J.Immunol.,1983,130：2308-2315；Wagener等人，J.Immunol.Methods,1984,68：269-274；Kuroki等人，Cancer Res.,1990,50：4872-4879；Kuroki等人，Immunol.Invest.,1992,21：523-538；Kuroki等人，Hybridoma,1992,11：391-407；及Using Antibodies：A Laboratory Manual,Harlow及David Lane編輯編(Cold Springs Harbor Laboratory Press,Cold Springs Harbor,N.Y.,1999)，第386-389頁。
在某些態樣中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT多肽)之D4區的本文所描述之抗體可藉由其VL鏈區(例如，SEQ ID NO：7-10中之任一者)或VH鏈區(例如，SEQ ID NO：2-6中之任一者)或藉由其3個VL CDR或其3個VH CDR來描述。參見例如Rader等人，1998,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95：8910-8915，該文獻以全文引用的方式併入本文中，該文獻描述藉由分別自人類輕鏈或重鏈文庫中鑑別補體輕鏈或重鏈來人類化小鼠抗αvβ3抗體，從而產生具有與原始抗體之親和力同樣高或更高之親和力的人類化抗體變異體。亦參見Clackson等人，1991,Nature,352：624-628，該文獻以全文引用的方式併入本文中，該文獻描述藉由使用特異性VL(或VH)域且篩選文庫中之互補可變域來產生結合特異性抗原之抗體的方法。該篩選產生針對特定VH域之14種新搭配物及針對特定VL域之13種新搭配物，該等搭配物為強結合子，如藉由ELISA所測定。
因此，在某些態樣中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT多肽)之D4區的抗體，該抗體包含有包含SEQ ID NO：7或8之胺基酸序列的VL域。在一些實施例中，本文提供一種免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT多肽)之D4區的抗體，該抗體包含有包含SEQ ID NO：4或5之胺基酸序列的VH域。
在某些態樣中，本文所描述之抗體的CDR係根據Chothia及Lesk,1987,J.Mol.Biol.,196：901-917之方法測定，其在本文中將稱作「Chothia CDR」(亦參見例如美國專利第7,709,226號)。使用對VH鏈區及VL鏈區中之胺基酸殘基進行編號之Kabat編號系統，抗體重鏈分子內之Chothia CDR通常存在於胺基酸位置26至32(「CDR1」)、胺基酸位置53至55(「CDR2」)及胺基酸位置96至101(「CDR3」)處。使用對VH鏈區及VL鏈區中之胺基酸殘基進行編號之Kabat編號系統，抗體輕鏈分子內之Chothia CDR通常存在於胺基酸位置26至33(CDR1)、胺基酸位置50至52(CDR2)及胺基酸位置91至96(CDR3)處。
在一個特定實施例中，沿本文所描述之抗體之VH及/或VL區之CDR位置可改變一、二、三或四個胺基酸位置，只要維持(例如，實質上維持，例如至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%)免疫特異性結合於KIT(例如，人類KIT之D4區)即可。舉例而言，在一個實施例中，定義本文所描述之抗體之CDR的位置可藉由使該CDR之N末端及/或C末端邊界相對於圖3A-3I中所描繪之CDR位置位移一、二、三或四個胺基酸而加以改變，只要維持(例如，實質上維持，例如至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%)免疫特異性結合於KIT(例如，D4區)即可。
在特定態樣中，本文提供一種包含抗體輕鏈及重鏈(例如，另一輕鏈及重鏈)之抗體。關於輕鏈，在一個特定實施例中，本文所描述之抗體的輕鏈為κ輕鏈。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體的輕鏈為λ輕鏈。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體的輕鏈為人 類κ輕鏈或人類λ輕鏈。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，包含KIT(例如人類KIT)之D4區(例如，SEQ ID NO：15)的KIT多肽)之本文所描述之抗體包含輕鏈，其中該VL鏈區之胺基酸序列包含本文所描述之任何胺基酸序列(例如，SEQ ID NO：7、8、9或10)，且其中該輕鏈之恆定區包含人類κ輕鏈恆定區之胺基酸序列。此項技術中已描述人類輕鏈恆定區序列之非限制性實例，例如，參見美國專利第5,693,780號及Kabat等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版，美國衛生與公眾服務部，NIH公開案第91-3242號。
關於重鏈，在一個特定實施例中，本文所描述之抗體的重鏈可為α、δ、ε、γ或μ重鏈。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體的重鏈可包含人類α、δ、ε、γ或μ重鏈。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，包含KIT(例如人類KIT(例如，SEQ ID NO：15))之D4區的KIT多肽)之本文所描述之抗體包含重鏈，其中該VH鏈區之胺基酸序列可包含本文所描述之任何胺基酸序列(例如，SEQ ID NO：2-6中之任一者)，且其中該重鏈之恆定區包含人類γ重鏈恆定區之胺基酸序列。此項技術中已描述人類重鏈恆定區序列之非限制性實例，例如，參見美國專利第5,693,780號及Kabat等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版，美國衛生與公眾服務部，NIH公開案第91-3242號。
在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)之本文所描述之抗體包含有包含本文所描述之任何胺基酸序列的VL鏈區及VH鏈區，且其中恆定區包含IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY免疫球蛋白分子或人類IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY免疫球蛋白分子之恆定區之胺基酸序列。在另一特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)之 本文所描述之抗體包含有包含本文所描述之任何胺基酸序列的VL鏈區及VH鏈區，且其中恆定區包含IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY免疫球蛋白分子、免疫球蛋白分子之任何類別(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)或任何子類(例如，IgG2a及IgG2b)之恆定區之胺基酸序列。在一個特定實施例中，恆定區包含人類IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY免疫球蛋白分子、免疫球蛋白分子之任何類別(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)或任何子類(例如，IgG2a及IgG2b)之恆定區之胺基酸序列。
在另一特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含本文所描述之任何胺基酸序列(例如，SEQ ID NO：2-6中之任一者及/或SEQ ID NO：7-10中之任一者)的VL鏈區及VH鏈區，且其中恆定區包含人類IgG1或人類IgG4之恆定區之胺基酸序列。在一個特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)的本文所描述之抗體包含有包含本文所描述之任何胺基酸序列的VL鏈區及VH鏈區，且其中恆定區包含人類IgG1之恆定區之胺基酸序列。
在特定實施例中，免疫特異性結合於KIT多肽，例如，人類KIT多肽，例如KIT之D4區(例如人類KIT，例如SEQ ID NO：15)的本文所描述之抗體包含作為人類構架區或來源於人類構架區之構架區(例如，VL域及/或VH域之構架區)。此項技術中已描述人類構架區之非限制性實例，例如，參見Kabat等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版，美國衛生與公眾服務部，NIH公開案第91-3242號。在某一實施例中，本文所描述之抗體包含作為靈長類動物(例如，非人類靈長類動物)構架區或來源於靈長類動物(例如，非人類靈長類動物)構架區之構架區(例如，VL域及/或VH域之構架區)。
在某些實例中，本文所描述之抗體包含並非靈長類動物(例如，非人類靈長類動物，例如猿，諸如舊世界猿)構架區或來源於靈長類動物(例如，非人類靈長類動物)構架區之構架區(例如，VL域及/或VH域之構架區)。
在某些實例中，關於本文所描述之此等抗體中之任一者，VL鏈區不包含非人類靈長類動物(例如，猿，諸如舊世界猿)構架區或來源於非人類靈長類動物(例如，猿，諸如舊世界猿)構架區。在某些其他實施例中，VH鏈區不包含非人類靈長類動物(例如，猿，諸如舊世界猿)構架區或來源於非人類靈長類動物(例如，猿，諸如舊世界猿)構架區。
非人類靈長類動物構架區之非限制性實例包括得自以下各物之構架區：舊世界猿，例如，黑猩猩(Pan troglodytes)、倭黑猩猩或金剛猩猩(Gorilla gorilla)；非洲大猩猩(chimpanzee Pan troglodytes)；舊世界猴，諸如來自獼猴屬之舊世界猴；及食蟹猴食蟹獼猴(Macaca cynomolgus)。非人類靈長類動物構架序列之非限制性實例描述於美國專利申請公開案第US 2005/0208625號中。
在某些態樣中，本文亦提供免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)之抗體，該抗體例如在VL鏈區或VH鏈區(例如CDR或FR)中包含一或多個胺基酸殘基取代。在特定實施例中，該等胺基酸殘基取代中無一者位於CDR內。在特定實施例中，所有胺基酸取代均在FR中(參見例如表5A-6B)。在某一實施例中，胺基酸取代為保守胺基酸取代。
如本文所使用之「保守胺基酸取代」為其中胺基酸殘基經具有帶相似電荷之側鏈之胺基酸殘基置換的胺基酸取代。此項技術中已定義具有帶相似電荷之側鏈之胺基酸殘基家族。此等家族包括具有鹼性側鏈之胺基酸(例如，離胺酸、精胺酸、組胺酸)、具有酸性側鏈之胺 基酸(例如，天冬胺酸、麩胺酸)、具有不帶電極性側鏈之胺基酸(例如，甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、具有非極性側鏈之胺基酸(例如，丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、具有β分支側鏈之胺基酸(例如，蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及具有芳族側鏈之胺基酸(例如，酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。
在特定實施例中，本文所描述之抗體的糖基化經修飾。舉例而言，可製造去糖基化抗體(亦即，該抗體缺乏糖基化)或可製造在一或多個糖基化位點處包含突變或取代以消除一或多個糖基化位點處之糖基化的抗體。可改變糖基化以便例如增加抗體對標靶抗原(例如，人類KIT，例如，人類KIT之D4區)之親和力。可藉由例如改變抗體序列內之一或多個糖基化位點來實現該等碳水化合物修飾。舉例而言，可進行一或多個胺基酸取代以便消除一或多個可變區(例如，VL及/或VH CDR或者VL及/或VH FR)糖基化位點，進而消除該位點處之糖基化。該去糖基化可增加抗體對抗原(例如，人類KIT，例如，人類KIT之D4區)之親和力。此種方法更詳細描述於美國專利第5,714,350號及第6,350,861號中。
糖基化可經由N連接(或天冬醯胺連接)之糖基化或O連接之糖基化而發生。N連接之糖基化涉及多肽中之天冬醯胺胺基酸之側鏈NH2 基團處的碳水化合物修飾。O連接之糖基化涉及絲胺酸、蘇胺酸或羥基離胺酸胺基酸之側鏈上之羥基處的碳水化合物修飾。
在特定實施例中，本文所描述之抗體之VH(例如，SEQ ID NO：2、3、4、5或6)或VL區(例如，SEQ ID NO：7、8、9或10)內之天冬醯胺(N)殘基經絲胺酸(S)或另一胺基酸(例如，丙胺酸、甘胺酸、麩醯胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)取代。在其他特定實施例中，本文所描述之抗體之VH CDR(例如，分別包含SEQ ID NO：16-18之序列的 VH CDR1、VH CDR2及/或VH CDR3)及/或VL CDR(例如，分別包含SEQ ID NO：19-21之序列的VL CDR1、VL CDR2及/或VL CDR3)內之天冬醯胺(N)殘基經絲胺酸(S)或另一胺基酸(例如，丙胺酸、甘胺酸、麩醯胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)取代。在其他特定實施例中，本文所描述之抗體之VH FR(例如，如表5A、5C及6B中所闡述之VH FR1、VH FR2、VH FR3及/或VH FR4)及/或VL FR(例如，如表5B、5D及6A中所闡述之VL FR1、VL FR2、VL FR3及/或VL FR4)內之天冬醯胺(N)殘基經絲胺酸(S)或另一胺基酸(例如，丙胺酸、甘胺酸、麩醯胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)取代。
在某些實施例中，可在缺乏必要糖基化機制之細菌細胞中產生去糖基化抗體。此項技術中已描述具有經改變之糖基化機制的細胞，且其可用作表現本文所描述之重組抗體，藉此產生具有經改變之糖基化之抗體的宿主細胞。參見例如Shields,R.L.等人，(2002)J.Biol.Chem.277：26733-26740；Umana等人，(1999)Nat.Biotech.17：176-1；以及歐洲專利第EP 1,176,195號；PCT公開案WO 03/035835、WO 99/54342。
在某些實施例中，一般可對本文所描述之抗體的Fc區進行一或多個修飾，以改變該抗體之一或多種功能性質，諸如血清半衰期、補體固定、Fc受體結合及/或抗體依賴性細胞毒性。此等修飾描述於例如國際專利申請公開案第WO 2008/153926 A2號中。
在特定實施例中，本文所描述之抗體之重鏈恆定區及/或輕鏈區恆定區內之天冬醯胺(N)殘基經絲胺酸(S)或另一胺基酸(例如，丙胺酸、甘胺酸、麩醯胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)取代。
在特定實施例中，本文所描述之抗體之重鏈及/或輕鏈區內之天冬醯胺(N)殘基經絲胺酸(S)或另一胺基酸(例如，丙胺酸、甘胺酸、麩醯胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)取代。
本文提供免疫特異性結合於KIT抗原且可調節KIT活性之抗體。在某些實施例中，本文所提供之抗體免疫特異性結合於KIT多肽(例如，人類KIT多肽)，且抑制KIT活性。KIT活性可關於此項技術中已知或描述的任何KIT活性，例如，KIT受體二聚、KIT受體磷酸化(酪胺酸磷酸化)、KIT受體下游之信號傳導(例如，AKT、MAPK/ERK、Ras、Stat1、Stat3或Stat5信號傳導)、KIT配位體(例如，SCF)誘導之轉錄調節(例如，SCF誘導之c-Myc轉錄活化)、誘導或增強細胞增殖或細胞存活。KIT活性或KIT功能在本文中可互換使用。在某些態樣中，KIT活性係由結合於KIT受體之KIT配位體(例如，SCF)誘導。在特定態樣中，KIT活性可藉由功能獲得性突變來誘導或增強，其可導致例如二聚及組成性活性KIT信號傳導(參見例如Mol等人，J.Biol.Chem.,2003,278：31461-31464；Hirota等人，J.Pathology,2001,193：505-510)。此種功能獲得可允許在無KIT配位體(例如，SCF)結合於KIT受體之情況下發生KIT受體二聚及KIT信號傳導。在某些實施例中，在無KIT配位體(例如，SCF)結合KIT受體之情況下，由於KIT受體之高度表現(或過度表現)，可發生KIT活性或信號傳導增加。細胞中KIT之高度或過度表現係指比已知具有正常KIT表現或KIT活性之參考細胞之表現量或比已知具有正常KIT表現或KIT活性之細胞群體或樣本中之平均KIT表現量高出至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的表現量。可藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，西方墨點法(Western blotting)或免疫組織化學)來評估KIT之表現量。在特定實施例中，高於正常KIT活性之KIT活性可導致細胞轉型、瘤形成及腫瘤生成。在特定實施例中，高於正常KIT活性的KIT活性可導致其他KIT相關病症或疾病。
在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不阻斷或抑制KIT配位體(例如，SCF)結合於KIT受體。在某些實施例中，本文所描述之抗 KIT抗體僅可忽略地(例如，小於約2%或3%)抑制或降低KIT配位體(例如，SCF)結合於KIT受體。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不誘導或增強KIT配位體(例如，SCF)與KIT受體解離。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體僅可忽略地(例如，小於約2%或3%)誘導或增強KIT配位體(例如，SCF)與KIT受體解離。
在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不阻斷或抑制KIT受體二聚。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體僅可忽略地(例如，小於約2%或3%或在誤差或偏差之標準值內)抑制或降低KIT受體二聚。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體不誘導或增強KIT受體二聚體解離。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體僅可忽略地(例如，小於約2%或3%或在誤差或偏差之標準值內)誘導或增強KIT受體二聚體解離。在一個特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可特異性結合於KIT受體二聚體且不阻斷或抑制KIT受體二聚。在一個特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可特異性結合於KIT受體單體且不阻斷或抑制KIT受體二聚。
在某些態樣中，作為KIT活性抑制劑，本文所描述之抗體可阻斷或抑制(例如，部分抑制)KIT二聚。一般而言，當KIT配位體結合於KIT時誘導KIT受體二聚。因此，在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制(例如，部分抑制)KIT受體二聚，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之KIT受體二聚，阻斷或抑制程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，免疫沈澱分析法)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且部分抑制KIT受體二聚，抑制程度為約25% 至75%。可在存在KIT配位體刺激時評估本文所描述之抗體對KIT受體二聚之阻斷或抑制(例如，部分抑制)。舉例而言，在存在或不存在本文所描述之抗KIT抗體的情況下使表現KIT之細胞與KIT配位體接觸，且測定KIT受體二聚程度。在某些實施例中，不存在抗KIT抗體時KIT配位體誘導之KIT受體二聚比存在抗KIT抗體時之KIT受體二聚高出至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如免疫沈澱分析法)所評估。KIT細胞質域中之一或多個殘基之酪胺酸磷酸化可為KIT受體二聚之指標。
在某些實施例中，本文所描述之抗體可抑制(例如，部分抑制)KIT活性，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)下存在KIT配位體刺激時之KIT活性，抑制程度為至少約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述及/或熟習此項技術者已知的方法所評估。在某些實施例中，本文所描述之抗體可抑制(例如，部分抑制)KIT活性，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之KIT活性，抑制程度為至少約25%至約65%，如藉由本文所描述及/或熟習此項技術者已知的方法所評估。KIT活性之非限制性實例可包括KIT受體磷酸化、KIT受體信號傳導、KIT配位體(例如，SCF)介導之細胞增殖、KIT配位體(例如，SCF)介導之細胞存活及KIT標靶基因(例如，c-Myc)之轉錄活化。
作為KIT活性抑制劑，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)可阻斷(例如，部分阻斷)或抑制(例如，部分抑制)KIT磷酸化，特定言之，KIT細胞質域中之一或多個殘基之酪胺酸磷酸化。 一般而言，當KIT配位體結合於KIT時誘導KIT受體二聚及磷酸化。然而，在某些態樣中，KIT受體二聚及/或磷酸化與KIT配位體結合於KIT受體可獨立地發生。舉例而言，可由於KIT之功能獲得性突變或過度表現而發生KIT受體二聚及/或磷酸化。
可例如在配位體刺激後磷酸化之鼠類KIT細胞質域中之酪胺酸殘基之非限制性實例包括544、546、552、567、569、577、608、645、671、674、702、719、728、745、772、821、844、853、868、878、898及934(參見Ueda等人，Blood,2002,99：3342-3349)。可容易地測定人類KIT細胞質域中之相應酪胺酸殘基。可例如在配位體刺激後磷酸化之人類KIT(例如，GenBank寄存編號P10721)細胞質域中之酪胺酸殘基之非限制性實例包括殘基568、570、703、721、730、747、823、900及936。在一個特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制鼠類KIT之酪胺酸殘基719處的受體磷酸化。在另一特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制人類KIT之酪胺酸殘基703或721處的受體磷酸化。
因此，在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域中之酪胺酸磷酸化，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，阻斷或抑制程度為至少約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域中之酪胺酸磷酸化，阻斷或抑制程度為至少約25%視情況至約65%或75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法 (例如，如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在某些實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域中之酪胺酸磷酸化，阻斷或抑制程度為至少約25%至約80%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化，其中IC50 小於約600pM、或小於約550pM、或小於約500pM、或小於約400pM、或小於約300pM，如藉由本文所描述之方法(例如，如下文第2章節中所描述之利用表現野生型KIT之CHO細胞的磷酸化抑制分析法)或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化，其中IC50 小於約600pM。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化，其中IC50 小於約550pM。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化，其中IC50 在約100pM至約500pM、約25pM至約550pM、或約40pM至約600pM、或約50pM至約350pM範圍內。舉例而言，可藉由在例如下文第2章節中所描述之偵測酪胺酸磷酸化之ELISA中分析來自重組表現KIT之細胞(例如，CHO細胞)之溶胞物來測定抑制酪胺酸磷酸化之IC50 。在某些實施例中，在用於磷酸化抑制分析法中之前，淘選重組表現KIT之細胞(例如，CHO細胞)，例如淘選以選擇高度表現KIT之細胞。在一些實施例中，細胞在用於磷酸化抑制分析法中之前未經淘選。
在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且使KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的 情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化降低至少約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且降低KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，降低程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。
在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且阻斷或抑制KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，阻斷或抑制程度為至少約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，免疫墨點分析法)所評估。在特定實施例中，可在KIT配位體刺激後評估本文所描述之抗體對KIT細胞質域之一或多個酪胺酸殘基之磷酸化的阻斷或抑制(例如，部分抑制)。舉例而言，在存在或不存在本文所描述之抗KIT抗體的情況下使表現KIT之細胞與KIT配位體接觸，且可測定KIT細胞質域中之一或多個酪胺酸殘基的磷酸化程度。在某些實施例中，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，不存在抗KIT抗體時KIT配位體誘導之KIT細胞質域中一或多個酪胺酸殘基之磷酸化比存在抗KIT抗體時KIT配位 體誘導之KIT細胞質域中一或多個酪胺酸殘基之磷酸化高出至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，免疫墨點分析法)所評估。
在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體內在化，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之內在化，誘導或增強程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體內在化，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之內在化，誘導或增強程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體內在化，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之內在化，誘導或增強程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。用於定量或觀測細胞表面受體之技術在此項技術中為熟知的且包括多種螢光及放射性技術。舉例而言，一種方法包括將細胞與經放射性標記之抗受體抗體一起培育。或者，可使受體之天然配位體結合於螢光分子或放射性標記且與細胞一起培育。其他受體內在化分析法在此項技 術中為熟知的且描述於例如Jimenez等人，Biochemical Pharmacology,1999,57：1125-1131；Bernhagen等人，Nature Medicine,2007,13：587-596；及Conway等人，J.Cell Physiol.,2001,189：341-55中。
在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體轉換，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之轉換，誘導或增強程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，脈衝追蹤分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體轉換，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之轉換，誘導或增強程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，脈衝追蹤分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體轉換，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之轉換，誘導或增強程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，脈衝追蹤分析法)所評估。用於測定受體轉換之方法在此項技術中為熟知的。舉例而言，可使用35 S-EXPRESS蛋白質標記混合物(NEG772，NEN Life Science Products)對表現KIT之細胞進行脈衝標記，洗滌且用未經標記之介質追蹤一段時間，隨後使用抗KIT抗體使來自經標記細胞之蛋白質溶解產物免疫沈澱，且藉由SDS-PAGE解析並且觀測(例如，暴露於PhosphoImager螢幕(Molecular Dynamics)、使 用Typhoon8600掃描器(Amersham)掃描且使用ImageQuant軟體(Molecular Dynamics)分析)(參見例如Chan等人，Development,2004,131：5551-5560)。
在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體降解，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之降解，誘導或增強程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，脈衝追蹤分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體降解，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之降解，誘導或增強程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，脈衝追蹤分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強KIT受體降解，相對於存在無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)時之降解，誘導或增強程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，脈衝追蹤分析法)所評估。用於定量或監測細胞表面受體之泛素化及/或降解(例如，降解動力學或速率)之技術在此項技術中為熟知的且包括多種螢光及放射性技術(參見例如國際專利申請公開案第WO 2008/153926 A2號)。舉例而言，可進行脈衝追蹤實驗或使用經放射性標記之配位體(諸如125 I-SCF)的實驗來定量量測KIT降解。
此外，KIT受體磷酸化下游之信號傳導事件可充當KIT活性指 示。舉例而言，KIT配位體(例如，SCF)結合於其受體KIT將刺激若干不同的信號傳導路徑，包括例如Src家族激酶、磷脂醯肌醇(PI)3-激酶及Ras有絲分裂原活化之蛋白激酶(MAPK)之成員(參見Munugalavadla等人，Mol.Cell.Biol.,2005,25：6747-6759)。KIT細胞質域中之磷酸化酪胺酸為含SH2域之蛋白質提供結合位點，該等蛋白質包括(但不限於)p21Ras有絲分裂原活化之蛋白激酶(MAPK)路徑之蛋白質、PI 3激酶之p85次單元、磷脂酶C-γ1 、Grb2接附蛋白、Src家族激酶(SFK)、Cbl、CRKL、p62Dok-1、SHP1及SHP2(參見Ueda等人，Blood,2002,99：3342-3349)。
因此，在某些態樣中，充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體可抑制Src家族激酶、PI 3激酶或Ras-MAPK之成員的信號傳導。在特定實施例中，充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體可抑制一或多種含SH2域之蛋白質(諸如p21Ras-MAPK路徑之蛋白質、PI 3激酶之p85次單元、磷脂酶C-γ1、Grb2接附蛋白、SFK成員、Cbl、CRKL、p62Dok-1、SHP1及SHP2)與KIT細胞質域之結合(或抑制相互作用)。在某些實施例中，充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體可抑制KIT被一或多種含SH2域之蛋白質(諸如p21Ras-MAPK路徑之蛋白質、PI 3激酶之p85次單元、磷脂酶C-γ1、Grb2接附蛋白、SFK成員、Cbl、CRKL、p62Dok-1、SHP1及SHP2)活化。
在特定實施例中，充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體可抑制下游信號傳導，諸如MAPK磷酸化、AKT磷酸化、或Stat1、Stat3或Stat5之磷酸化。因此，在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制或降低MAPK磷酸化(例如，KIT配位體(例如，SCF)誘導之MAPK磷酸化)，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，抑制或降低程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、 35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，西方墨點法或如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制或降低AKT磷酸化(例如，KIT配位體(例如，SCF)誘導之AKT磷酸化)，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，抑制或降低程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，西方墨點法或如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制或降低Stat3磷酸化(例如，KIT配位體(例如，SCF)誘導之Stat3磷酸化)，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，抑制或降低程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，西方墨點法或如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制或降低Stat1或Stat5之磷酸化(例如，KIT配位體(例如，SCF)誘導之磷酸化)，相對於在無任何抗體或有無關抗體(例如，不免疫特異性結合於KIT之抗體)的情況下在存在KIT配位體刺激時之磷酸化，抑制或降低程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法 (例如，西方墨點法或如第2章節中所描述之ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。
在某些態樣中，可充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體可抑制表現KIT且回應KIT信號傳導之細胞(例如，回應於KIT配位體刺激及KIT信號傳導而增殖的細胞)(例如，癌細胞，諸如TF-1細胞)的細胞增殖。細胞增殖分析法係描述於此項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可藉由量測溴脫氧尿苷(BrdU)併入(參見例如Hoshino等人，1986,Int.J.Cancer 38,369；Campana等人，1988,J.Immunol.Meth.107：79)或(3H)胸苷併入(參見例如Blechman等人，Cell,1995,80：103-113；Chen,J.,1996,Oncogene 13：1395-403；Jeoung,J.,1995,J.Biol.Chem.270：18367 73)，藉由在各種時間間隔(例如，12小時或24小時的間隔)進行直接細胞計數，或藉由偵測已知基因(諸如原致癌基因，例如fos、myc)或細胞週期標記物(Rb、cdc2、細胞週期素A、D1、D2、D3、E等)之轉錄、轉譯或活性變化來分析細胞增殖。可藉由此項技術中熟知的任何方法來測定該蛋白質及mRNA之含量及活性。舉例而言，可藉由已知免疫診斷方法(諸如ELISA、西方墨點法或免疫沈澱)使用抗體(包括市售抗體)來定量蛋白質。可使用此項技術中熟知且常規的方法，例如使用北方分析法(northern analysis)、RNase保護或與反轉錄有關之聚合酶鏈反應，來定量mRNA。
在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且抑制細胞增殖，抑制程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BrdU併入分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且抑制細胞增殖，抑制程度為至少約 1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BrdU併入分析法)所評估。
在某些態樣中，可充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體可降低或抑制表現KIT且回應於KIT信號傳導之細胞(例如，回應於KIT配位體刺激及KIT信號傳導而增殖之細胞)的存活。細胞存活分析法係描述於此項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可藉由使用錐蟲藍(trypan-blue)染色或此項技術中已知的其他細胞死亡或活力標記物來評估細胞活力。在一個特定實施例中，量測細胞ATP含量以確定細胞活力。在特定實施例中，使用此項技術中之標準分析法，諸如量測細胞內ATP含量之CellTiter-Glo分析套組(Promega)，在三天及七天週期中量測細胞活力。細胞ATP降低指示細胞毒性效應。在另一特定實施例中，可用中性紅吸收分析法(neutral red uptake assay)量測細胞活力。在其他實施例中，對形態變化之直觀觀測可包括擴大、粒度、具有粗糙邊緣之細胞、膜狀外觀、圓化、自孔表面脫離或其他變化。給予此等變化以下名稱：T(100%毒性)、PVH(部分毒性-極嚴重-80%)、PH(部分毒性-嚴重-60%)、P(部分毒性-40%)、Ps(部分毒性-輕微-20%)或0(無毒性-0%)，與所見細胞毒性程度相符。藉由對此等資料之回歸分析確定50%細胞抑制(細胞毒性)濃度(IC50 )。
在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且抑制(例如，部分抑制)細胞(例如，癌細胞)存活，抑制程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，錐蟲藍排除分析 法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且抑制細胞(例如，癌細胞)存活，抑制程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，錐蟲藍分析法)所評估。
在某些態樣中，可充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體能夠誘導表現KIT且回應KIT信號傳導之細胞(例如，回應於KIT配位體刺激及KIT信號傳導而增殖的細胞)(例如，癌細胞，諸如MO7E細胞)之細胞凋亡(亦即，漸進式細胞死亡)。細胞凋亡係描述於此項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可使用流動式細胞測量術來偵測經歷細胞凋亡之細胞中的活化卡斯蛋白酶3(一種介導細胞凋亡之酶)，或可使用西方墨點法來偵測聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)之裂解(參見例如Smolich等人，Blood,2001,97：1413-1421)。PARP之裂解為細胞凋亡之指標。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強細胞凋亡，誘導或增強程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，用於偵測活化卡斯蛋白酶3之流動式細胞測量術)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且誘導或增強細胞凋亡，誘導或增強程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，用於偵測活化卡斯蛋白酶3之流動式細胞測量術)所評估。
在某些態樣中，可充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體能夠抑制或降低表現KIT且回應KIT信號傳導之細胞(例如，回應於KIT配位體刺激及KIT信號傳導而增殖之細胞)(例如表現外源KIT之H526細胞或CHO細胞)的固著非依賴性細胞生長(例如群落形成)，如藉由此項技術中通常已知的方法(例如，軟瓊脂分析法)所量測。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且抑制或降低固著非依賴性細胞生長，抑制或降低程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，軟瓊脂分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且抑制或降低固著非依賴性細胞生長，抑制或降低程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，軟瓊脂分析法)所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且抑制或降低固著非依賴性細胞生長，抑制或降低程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，軟瓊脂分析法)所評估。
用於本文所描述之與KIT活性有關之分析法中的細胞及細胞株容易購得(例如，ATCC)或可使用此項技術中已知的方法容易地鑑別。舉例而言，內源性表現KIT或具有KIT信號傳導或活性之細胞及/或細胞株為熟習此項技術者已知的。在某些實施例中，內源性表現KIT或具有KIT信號傳導或活性之細胞及/或細胞株為熟習此項技術者已知的。在某些實施例中，用於本文所描述之分析法中的細胞或細胞株可 內源性或重組性表現KIT。用於本文所描述之細胞活力分析法中的細胞或細胞株可內源性或重組性表現KIT，且回應於KIT配位體(例如，SCF)刺激而施加細胞活力變化。用於細胞凋亡分析法中之細胞或細胞株可內源性或重組性表現KIT，且回應於KIT配位體(例如SCF)刺激而施加細胞凋亡變化。
可用於本文所描述之方法及分析法中的細胞的非限制性實例包括初級細胞、癌細胞、轉型細胞、幹細胞、肥大細胞、原始生殖細胞、卵細胞、精母細胞、胚胎幹細胞、造血細胞、紅白血病細胞(例如，F36P及TF-1細胞株)；人類骨髓白血病細胞株，諸如MO7E細胞；胃腸基質腫瘤細胞株，諸如ST-882、GIST-T1、GIST48、GIST48B、GIST430及GIST882；神經母細胞瘤細胞株，諸如SK-N-SH、SK-SY5Y、H-EP1、SK-N-BE(2)、SK-N-BE(ZkM17)、SK-N-BE(2)C、LA-N-1或LA-N-1-5s；尤文氏肉瘤(Ewing's sarcoma)細胞株，諸如TC71、TC32、RD-ES、5838、A4573、EWS-925、NCI-EWS-94及NCI-EWS-95；及小細胞肺癌細胞株，諸如H526、ECC12、TMK1、MKN7、GCIY及HGC27。
或者，表現KIT(例如，人類KIT)之細胞及細胞株可以常規方式重組產生。可經工程改造以重組表現KIT之細胞之非限制性實例包括COS細胞、HEK 293細胞、CHO細胞、纖維母細胞(例如，人類纖維母細胞，諸如NIH3T3細胞)及MEFS。在一個特定實施例中，用於本文所描述之方法中的細胞為CHO細胞，例如得自CHO GS SystemTM (Lonza)之CHO細胞。在一個特定實施例中，此等經工程改造之細胞外源性表現全長人類KIT(例如，SEQ ID NO：1)。
在某些態樣中，可充當KIT活性抑制劑之本文所描述之抗KIT抗體在小鼠模型研究中能夠抑制腫瘤生長或誘導腫瘤消退。舉例而言，可將腫瘤細胞株引入裸小鼠中，且可向該等小鼠投與本文所描述之抗 KIT抗體一或多次，且可在數週及/或數月之時期內監測所注入腫瘤細胞之腫瘤消退。在一些情況下，可在引入腫瘤細胞株之前向裸小鼠投與抗KIT抗體。任何適當之腫瘤細胞株(例如，表現KIT之腫瘤細胞株)均可用於本文所描述之小鼠異種移植模型中。用於此等異種移植小鼠模型中之腫瘤細胞株之非限制性實例包括巨核母細胞白血病細胞株，諸如MO7e；胃腸基質腫瘤細胞株，諸如ST-882、GIST-T1、GIST430、GIST48、GIST48B及GIST882；人類紅白血病細胞株，諸如HEL及TF-1；人類前髓細胞白血病細胞株，HL60；神經母細胞瘤細胞株，諸如SK-N-SH、SK-SY5Y、H-EP1、SK-N-BE(2)、SK-N-BE(ZkM17)、SK-N-BE(2)C、LA-N-1或LA-N-1-5s；尤文氏肉瘤細胞株，諸如TC71、TC32、RD-ES、5838、A4573、EWS-925、NCI-EWS-94及NCI-EWS-95；及小細胞肺癌細胞株，諸如H526、DMS153、DMS79、ECC12、TMK1、MKN7、GCIY及HGC27。在一個特定實施例中，用於異種移植小鼠模型中之腫瘤細胞株為GIST882、GIST430、GIST48、GIST48B、HEL、HL60、H526、DMS153或DMS79細胞株。在某些實施例中，適用於異種移植腫瘤模型中之細胞株可藉由在細胞中重組表現KIT而產生。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且在小鼠模型中抑制腫瘤生長或誘導腫瘤消退，抑制或誘導程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且在小鼠模型中抑制腫瘤生長或誘導腫瘤消退，抑制或誘導程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描 述之抗體特異性結合於KIT且在小鼠模型中抑制腫瘤生長或誘導腫瘤消退，抑制或誘導程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。測定腫瘤生長抑制或腫瘤消退可藉由監測一段時間內之腫瘤尺寸，諸如藉由物理量測明顯腫瘤或其他直觀偵測方法加以評估。舉例而言，可產生腫瘤細胞株以重組表現觀測劑(visualization agent)，諸如綠色螢光蛋白(GFP)或螢光素酶，隨後可藉由顯微鏡活體內觀測GFP，且可藉由向異種移植小鼠投與螢光素酶受質且偵測由於螢光素酶具有螢光素酶受質所致之發光來進行活體內觀測螢光素酶。GFP或螢光素酶之偵測程度或含量與異種移植小鼠中之腫瘤尺寸相關。
在某些態樣中，本文所描述之抗KIT抗體特異性結合於KIT抗原且可增加腫瘤異種移植模型中動物之存活。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且增加腫瘤異種移植模型中之小鼠存活，增加程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)特異性結合於KIT且增加腫瘤異種移植模型中之小鼠存活，增加程度為至少約25%或35%視情況至約75%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。在特定實施例中，本文所描述之抗體特異性結合於KIT且增加腫瘤異種移植模型中之小鼠存活，增加程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、 60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法所評估。存活可藉由在腫瘤細胞株注入之後將存活小鼠之數目針對時間(例如天或週)繪製曲線來確定。
本文提供以特定親和力免疫特異性結合KIT多肽(例如，人類KIT多肽)，例如KIT(例如人類KIT)之D4區的抗體。
本文所描述之抗體對抗原決定基(例如，KIT抗原決定基)之「親和力」為此項技術中充分瞭解之術語且係指抗體與抗原決定基結合之程度或強度。可用此項技術中已知的多種方式量測及/或表述親和力，包括(但不限於)平衡解離常數(KD 或Kd )、表觀平衡解離常數(KD '或Kd ')及IC50 (競爭分析法中實現50%抑制所需的量)。應瞭解，出於本文所描述之目的，親和力為指定抗體群體結合於抗原決定基之平均親和力。本文所描述之KD '值(毫克(mg)Ig/mL或mg/mL計)指示血清之mg Ig/mL，但亦可使用血漿。當使用抗體親和力作為投與本文所描述之治療方法或選擇本文所描述之治療方法之基礎時，可在治療之前及/或期間量測抗體親和力，且臨床醫師在評估人類患者是否為治療之適當候選者時可使用所獲得之值。
在特定態樣中，本文提供對KIT抗原，較佳對人類KIT抗原，詳言之對人類KIT之D4/D5區具有高結合親和力的抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)(例如，具有小於250nM、100nM、50nM、10nM、1nM、500pM、200pM、100pM或50pM之KD 的抗體)。
在特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT之D4/D5區，例如人類KIT)，且具有小於500,000pM(500nM)、小於100,000pM(100nM)、小於50,000pM(50nM)、小於10,000pM(10nM)、小於3,000pM(3nM)、小於2,500pM(2.5nM)、小於2,000pM、小於1,500pM、小於1,000pM、小於750pM、小於500pM、小於250pM、小於200pM、 小於150pM、小於100pM、小於75pM之解離常數(KD )，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的分析法(例如，BiacoreTM 分析法)(BiacoreTM International AB,Uppsala,Sweden)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4/D5區)且具有在25至100,000pM、25至75,000pM、25至50,000pM、25至40,000pM、25至30,000pM、25至20,000pM、25至10,000pM、25至1,000pM、25至500pM、25至250pM、25至100pM、或25至50pM範圍內的KD ，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BiacoreTM 分析法、使用KinExA 3000儀器之分析法)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且具有約100pM至約250nM或為兩者之間的任何值的KD ，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BiacoreTM 分析法、使用KinExA 3000儀器之分析法)所評估。
在特定實施例中，抗KIT抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且在50%結合於抗原時具有小於3000pM(3nM)、小於2500pM(2.5nM)、小於2000pM、小於1500pM、小於1000pM、小於750pM、小於500pM、小於250pM、小於200pM、小於150pM、小於100pM、小於75pM之濃度，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的分析法(例如，如第2章節中所描述之固相ELISA)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且在50%結合於抗原時具有在25至500,000pM(500nM)、25至250,000pM(250nM)、25至100,000pM(100nM)、25至75,000pM(75nM)、25至50,000pM (50nM)、25至40,000pM(40nM)、25至30,000pM(30nM)、25至20,000pM(20nM)、25至10,000pM(10nM)、25至1,000pM(1nM)、25至500pM、25至250pM、25至100pM或25至50pM範圍內的濃度，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之固相ELISA)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且在50%結合於抗原時具有約1nM至約25nM或為兩者之間的任何值的濃度，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之固相ELISA)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且在50%結合於抗原時具有約50pM至約500pM或為兩者之間的任何值的濃度，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之固相ELISA)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體(或其抗原結合片段，或其結合物)免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且在50%結合時具有約0.5nM、0.25nM、0.1nM、1nM、1.5nM、2nM、2.5nM、3nM、3.5nM、4nM、4.5nM、5nM、5.5nM、6nM、6.5nM、7nM、8nM、9nM、10nM、11nM、12nM、13nM、14nM、15nM、16nM、17nM、18nM、19nM、20nM、30nM、40nM、50nM、60nM、70nM、80nM、90nM、100nM、150nM、200nM、250nM、300nM、350nM、400nM或500nM或小於500nM之濃度，如使用本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之固相ELISA)所評估。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，且在50%結合時具有約100pM至約10nM之濃度，如使用本文所描述 或熟習此項技術者已知的方法(例如，ELISA、使用KinExA 3000儀器之分析法或BiacoreTM 分析法)所評估。
用於測定抗體對其標靶抗原之親和力的方法容易獲得且描述於此項技術中。舉例而言，可藉由此項技術中已知的多種活體外分析方法(基於生物化學或免疫學之分析法)來測定抗體對其標靶抗原之親和力及結合性質，諸如平衡方法(例如酶聯結免疫吸附劑分析法(ELISA)或放射免疫分析法(RIA))、或動力學(例如BiacoreTM 分析)，及其他方法，諸如間接結合分析法、競爭性抑制分析法、螢光共振能量轉移(fluorescence resonance energy transfer，FRET)、免疫沈澱、凝膠電泳及層析法(例如凝膠過濾)。此等及其他方法可在一或多種研究組分上利用標記及/或使用多種偵測方法，包括(但不限於)發色、螢光、發光或同位素標記。在某些實施例中，不必使用標記，例如BiacoreTM 系統利用表面電漿子共振(surface plasmon resonance，SPR)之天然現象來即時傳遞資料，而不使用標記。關於結合親和力及動力學之詳細描述可見於Paul,W.E.編，Fundamental Immunology ，第4版(Lippincott-Raven,Philadelphia 1999)中，其著重於抗體-免疫原相互作用。
在某些態樣中，本文所描述之抗體對KIT抗原(例如人類KIT，例如KIT(例如人類KIT)之D4區)的親和力可使用基於細胞之分析法間接表徵。舉例而言，可使表現KIT之細胞在其細胞膜表面上與抗KIT抗體接觸，且可使用此項技術中已知的分析法測定KIT下游之細胞活性。舉例而言，可在使細胞與抗KIT抗體接觸之後藉由免疫墨點法(或西方墨點法)測定KIT細胞質域之磷酸化；獲得細胞提取物且利用特異性結合於KIT細胞質域中之磷酸化酪胺酸、但不結合未磷酸化酪胺酸之抗體加以處理以進行免疫墨點法(例如，使細胞提取物經受十二烷基硫酸鈉聚丙烯醯胺凝膠電泳(SDS-PAGE)且將凝膠上分離之蛋白質轉移至膜(例如硝基纖維素或聚偏二氟乙烯(PVDF))。
在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體特異性結合於KIT抗原(例如，人類KIT，例如KIT(例如人類KIT)之D4區)，且誘導或增強KIT在存在或不存在KIT配位體SCF的情況下之二聚及磷酸化。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可抑制或降低KIT配位體(例如，SCF)結合於KIT(亦即，抗KIT抗體可與KIT配位體(例如，SCF)競爭結合於KIT)。在此種情況下，可使細胞與抗KIT抗體及KIT配位體接觸，且可測定對KIT磷酸化之抑制程度作為抗KIT抗體與KIT配位體競爭結合於KIT之程度的指示。
抗體包括(但不限於)單株抗體、重組產生之抗體、多特異性抗體(包括雙特異性抗體)、人類抗體、人類化抗體、嵌合抗體、合成抗體、包含兩個重鏈及兩個輕鏈分子之四聚抗體、抗體輕鏈單體、抗體重鏈單體、抗體輕鏈二聚體、抗體重鏈二聚體、抗體輕鏈-抗體重鏈配對、胞內抗體、異結合抗體、單域抗體、單價抗體、單鏈抗體或單鏈Fv(scFv)(例如，包括單特異性的、雙特異性等)、駱駝化抗體、親和抗體(affibody)、Fab片段、F(ab')片段、二硫化物連接之Fv(sdFv)、抗個體基因型(抗Id)抗體(包括例如抗-抗Id抗體)及以上任一者之抗原決定基結合片段。在某些實施例中，本文所描述之抗體係指多株抗體群體。抗體可為任何類型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY)、任何類別(例如，IgG1 、IgG2 、IgG3 、IgG4 、IgA1 或IgA2 )或任何子類(例如，IgG2a或IgG2b)之免疫球蛋白分子。在某些實施例中，本文所描述之抗體為IgG抗體或其一個種類(例如，人類IgG1 或IgG4 )或子類。在特定實施例中，單株抗體為由單一融合瘤或其他細胞產生之抗體，其中該抗體免疫特異性結合於人類KIT抗原決定基之D4區，如例如藉由此項技術中已知或本文所提供之實例中的ELISA或其他抗原結合或競爭性結合分析法所測定。術語「單株」不限於任何特定的抗體製造方法。
在一個特定實施例中，本文所提供之抗體為免疫特異性結合於KIT多肽(諸如KIT之D4區)的Fab片段。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體為單株抗體或經分離單株抗體。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體為人類化單株抗體。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體為重組抗體，例如重組人類抗體、重組人類化抗體或重組單株抗體。在某些實施例中，本文所描述之抗體含有非人類胺基酸序列，例如非人類CDR或非人類(例如非人類靈長類動物)構架殘基。
在本文所提供之特定實施例中，可藉由重組手段分離、製備、表現或產生重組抗體，諸如使用轉染於宿主細胞中之重組表現載體表現的抗體、自重組型組合抗體文庫中分離之抗體、或藉由涉及產生的任何其他手段，例如，經由合成、藉由對編碼人類免疫球蛋白序列之DNA序列進行基因工程改造、或將編碼人類免疫球蛋白之序列(例如，人類免疫球蛋白基因序列)剪接至其他此種序列而製備、表現、產生或分離之抗體。在某些實施例中，該等重組抗體之胺基酸序列已經修飾，使得該等抗體之胺基酸序列，例如VH及/或VL區，為不天然存在於生物體之活體內抗體生殖系譜系(例如鼠類或人類生殖系譜系)內之序列。在一個特定實施例中，重組抗體可藉由將天然存在於生物體(例如，靈長類動物，諸如人類)中之若干序列片段組裝於重組抗體之複合序列中來獲得，其中該複合序列不天然存在於生物體(例如，靈長類動物，諸如人類)內。
本文所提供之抗體包括任何類型之免疫球蛋白分子(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA及IgY)、免疫球蛋白分子之任何類別(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)或子類。在一個特定實施例中，本文所提供之抗體為IgG抗體(例如，人類IgG抗體)，或其一個類別(例如，人類IgG1或IgG4)或子類。在另一特定實施例中，本文所描述之抗體為IgG1(例如，人類IgG1(同型a、z或f))或IgG4抗體。在某 些實施例中，本文所描述之抗體為完整或整個抗體，例如，完整或整個人類化、人類或複合人類抗體。
本文所提供之抗體可包括保留特異性結合於抗原，例如KIT抗原決定基(例如，含有人類KIT之D4區的KIT多肽內的KIT抗原決定基)的能力的抗體片段。在一個特定實施例中，片段包括Fab片段(含有抗原結合域且包含由二硫鍵橋接之輕鏈及一部分重鏈(亦即，重鏈之VH及CH1域)的抗體片段)；Fab'(含有包含Fab之單一抗原結合域及另一重鏈部分至鉸鏈區的抗體片段)；F(ab')2 (在重鏈鉸鏈區中藉由鏈間二硫鍵接合的兩個Fab'分子；該等Fab'分子可針對於相同或不同的抗原決定基)；雙特異性Fab(具有兩個抗原結合域之Fab分子，該等抗原結合域各自可針對不同的抗原決定基)；包含可變區之單鏈Fab鏈，亦稱作sFv(抗體中由10-25個胺基酸之鏈連接在一起的單一輕鏈及重鏈的可變抗原結合決定區)；二硫鍵連接之Fv或dsFv(抗體中由二硫鍵連接在一起的單一輕鏈及重鏈的可變抗原結合決定區)；駱駝化VH(VH界面處之一些胺基酸為天然存在之駱駝抗體之重鏈中所發現之胺基酸的抗體之單一重鏈之可變抗原結合決定區)；雙特異性sFv(具有兩個抗原結合域之sFv或dsFv分子，該等抗原結合域各自可針對不同的抗原決定基)；雙功能抗體(當第一sFv之VH域與第二sFv之VL域組裝且第一sFv之VL域與第二sFv之VH域組裝時所形成的二聚sFv；該雙功能抗體之兩個抗原結合區可針對相同或不同的抗原決定基)；及三功能抗體(用與雙功能抗體類似之方式形成、但其中三個抗原結合域係產生於單一複合物中的三聚sFv；該三個抗原結合域可針對相同或不同的抗原決定基)。本文所提供之抗體亦可包括抗體之一或多個CDR序列。當存在兩個或兩個以上CDR序列時，該等CDR序列可一起連接於骨架上。在某些實施例中，抗體包含單鏈Fv(「scFv」)。scFv為包含抗體VH域及VL域之抗體片段，其中此等域存在於單一多肽鏈中。一般而 言，scFv多肽另外包含VH與VL域之間使得scFv能夠形成抗原結合所需結構之多肽連接子。為回顧scFv，參見Pluckthun,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies ，第113卷，Rosenburg及Moore編，Springer-Verlag,New York，第269-315頁(1994)。不希望受任何特定理論束縛，Fv分子可由於其小尺寸而能夠穿透組織。完整抗體可藉由胃蛋白酶而酶促裂解以產生F(ab')2 片段，或可藉由木瓜蛋白酶而酶促裂解以產生兩個Fab片段。
在某些實施例中，本文所描述之抗體為人類、複合人類或人類化單株抗體。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體為經工程改造之抗體，例如藉由重組方法產生之抗體。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體為包含一或多個非人類(例如嚙齒動物或鼠類)CDR及一或多個人類構架區(FR)及視情況存在之人類重鏈恆定區及/或輕鏈恆定區的人類化抗體。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體包含一或多個靈長類動物(或非人類靈長類動物)構架區。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體不包含非人類靈長類動物構架區。
本文所提供之抗體可包括包含化學修飾之抗體，例如已藉由例如使任何類型之分子共價連接於該抗體而經化學修飾之抗體。舉例而言(但並不作為限制)，抗KIT抗體可經糖基化、乙醯基化、聚乙二醇化、磷酸化或醯胺化，可經由保護基團/封端基團衍生化，或可進一步包含細胞配位體及或其他蛋白質或肽等。舉例而言，本文所提供之抗體可例如藉由糖基化、乙醯基化、聚乙二醇化、磷酸化、醯胺化、藉由已知保護基團/封端基團進行之衍生化、蛋白質裂解、連接於細胞配位體或其他蛋白質等而經化學修飾。此外，本文所描述之抗KIT抗體可含有一或多個非經典胺基酸。
在一個特定實施例中，本文提供抗KIT抗體，其已以適於大規模製造(例如Lonza(Basel,Switzerland)之製造平台)之方式經修飾。舉例 而言，可使用BI-HEX® 技術平台(Boehringer Ingleheim,Germany)以使本文所描述之抗KIT抗體適應於重組哺乳動物細胞表現系統中之適當大規模製造。該適應可包括將編碼抗KIT抗體之必要域(諸如一或多個CDR或FR)之聚核苷酸序列選殖至適合表現載體(其亦含有編碼適合恆定區之聚核苷酸序列)中，以產生整個抗體。由表現載體提供之聚核苷酸序列為可經最佳化以使細胞培養製造條件及純化方法之抗體產率及穩定性最大化的核苷酸序列。
1.1.1結合物
在一些實施例中，本文提供與診斷劑、偵測劑或治療劑或任何其他分子結合或重組融合之抗體(例如，人類或人類化抗體)或其抗原結合片段。結合或重組融合之抗體可用於例如監測或診斷KIT相關病症或疾病之發作、發展、進展及/或嚴重程度，例如作為臨床測試程序之一部分，諸如測定特定療法之功效。結合或重組融合之抗體可用於例如治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)，或用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)之效應。本文所描述之抗體亦可結合於可影響抗體之一或多種生物及/或分子性質(例如穩定性(例如，在血清中)、半衰期、溶解度及抗原性)的分子(例如聚乙二醇)。
在一個特定態樣中，本文提供一種結合物，其包含連接於本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)的藥劑(例如，治療劑)，該抗體免疫特異性結合於人類KIT之D4區(例如，SEQ ID NO：15)。在一個特定實施例中，結合之抗體特異性結合KIT(例如，人類KIT)之D4區，且包含有包含表1或表2或表3中所闡述之CDR的抗體。在一個特定實施例中，結合之抗體特異性結合KIT(例如，人類KIT)之D4區且包含有包含分別具有SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3的VL鏈區及/或包含分別具有SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH鏈區。在一 個特定實施例中，結合之抗體特異性結合KIT(例如，人類KIT)之D4區，且包含抗體Hum1-Hum20中之任一者。在一個特定實施例中，本文所提供之結合之抗體特異性結合KIT(例如，人類KIT)之D4區，且包括包含有包含選自表1或表2或表3之CDR及選自表5A-5D之FR的VL及/或VH的抗體。在一個特定實施例中，本文所提供之結合之抗體特異性結合於KIT(例如，人類KIT)之D4區，且包括包含有包含SEQ ID NO：12之VL及/或含SEQ ID NO：11之VH的抗體。在一個實施例中，結合之抗體為例如以約200pM或小於200pM之EC50 結合人類KIT之D4區的抗體。在另一實施例中，結合之抗體為抑制KIT之生物活性的抗體。在特定實施例中，結合物包含本文所描述之抗體及分子(例如，治療部分或藥物部分)，其中該抗體係直接連接於該分子或藉助於一或多個連接子連接於該分子。在某些實施例中，抗體係共價結合於分子。在一個特定實施例中，抗體係非共價結合於分子。在特定實施例中，本文所描述之抗體(例如，結合於藥劑之抗體)結合於野生型人類KIT。在某些實施例中，本文所描述之抗體(例如，結合於藥劑之抗體)結合於包含突變之人類KIT之細胞外域，例如與癌症(例如，GIST)相關之體細胞突變，諸如人類KIT之外顯子9中的突變，其中位置502及503處之Ala及Tyr殘基經複製。
該診斷及偵測可藉由例如使抗體與可偵測分子或物質偶合來實現，該等可偵測分子或物質包括(但不限於)各種酶，諸如(但不限於)辣根過氧化酶、鹼性磷酸酶、β半乳糖苷酶或乙醯膽鹼酯酶；輔基，諸如(但不限於)抗生蛋白鏈菌素/生物素及抗生物素/生物素；螢光物質，諸如(但不限於)傘酮、螢光素、異硫氰酸螢光素、若丹明(rhodamine)、二氯三嗪基胺螢光素、丹磺醯氯或藻紅素；發光物質，諸如(但不限於)魯米諾(luminol)；生物發光物質，諸如(但不限於)螢光素酶、螢光素及水母素(aequorin)；放射性物質，諸如(但不限於)碘 (131 I、125 I、123 I及121 I)、碳(14 C)、硫(35 S)、氚(3 H)、銦(115 In、113 In、112 In及111 In)、鍀(99 Tc)、鉈(201 Ti)、鎵(68 Ga、67 Ga)、鈀(103 Pd)、鉬(99 Mo)、氙(133 Xe)、氟(18 F)、153 Sm、177 Lu、159 Gd、149 Pm、140 La、175 Yb、166 Ho、90 Y、47 Sc、186 Re、188 Re、142 Pr、105 Rh、97 Ru、68 Ge、57 Co、65 Zn、85 Sr、32 P、153 Gd、169 Yb、51 Cr、54 Mn、75 Se、113 Sn及117 Sn；及用於各種正電子發射斷層攝影術之正電子發射金屬，及非放射性順磁性金屬離子。
提供結合或重組融合於治療部分(或一或多個治療部分)之本文所描述之抗體或其抗原結合片段及該等抗體之用途。該等抗體可結合或重組融合於治療部分，諸如細胞毒素，例如細胞抑制劑或殺細胞劑、治療劑或放射性金屬離子，例如α發射體。細胞毒素或細胞毒性劑包括對細胞有害之任何藥劑。治療劑部分包括(但不限於)阿瑞他汀(auristatin)或其衍生物，例如單甲基阿瑞他汀E(MMAE)、單甲基阿瑞他汀F(MMAF)、阿瑞他汀PYE及阿瑞他汀E(AE)(參見例如美國專利第7,662,387號及美國專利申請公開案第2008/0300192號及第2008/0025989號，各文獻係以引用的方式併入本文中)；微管破壞劑，例如美登素(maytansine)或其衍生物，例如美登素DM1(參見例如美國專利第7,851,432號、第7,575,748號及第5,416,064號，各專利係以引用的方式併入本文中)；前藥，例如CC-1065(拉夏黴素(rachelmycin))類似物之前藥；抗代謝物(例如，甲胺喋呤(methotrexate)、6-巰基嘌呤(6-mercaptopurine)、6-硫鳥嘌呤(6-thioguanine)、阿糖胞苷(cytarabine)、5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)、達卡巴嗪(decarbazine))；烷基化劑(例如，甲氮芥(mechlorethamine)、噻替哌(thioepa)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、美法侖(melphalan)、卡莫司汀(carmustine；BCNU)及洛莫司汀(lomustine；CCNU)、環磷醯胺(cyclothosphamide)、白消安(busulfan)、二溴甘露醇、鏈脲佐菌素 (streptozotocin)、絲裂黴素C(mitomycin C)及順二氯二胺鉑(II)(DDP)及順鉑)；結合小溝之烷基化劑；蒽環黴素(anthracycline)(例如，道諾黴素(daunorubicin)(先前之柔紅黴素(daunomycin))及多柔比星(doxorubicin))；抗生素(例如，D放線菌素(d actinomycin)(先前之放線菌素)、博來黴素(bleomycin)、米拉黴素(mithramycin)及安麯黴素(anthramycin；AMC))；阿瑞他汀分子(例如，阿瑞他汀PHE、苔蘚蟲素(bryostatin)1及索拉他汀(solastatin)10；參見Woyke等人，Antimicrob.Agents Chemother.46：3802-8(2002)；Woyke等人，Antimicrob.Agents Chemother.45：3580-4(2001)；Mohammad等人，Anticancer Drugs 12：735-40(2001)；Wall等人，Biochem.Biophys.Res.Commun.266：76-80(1999)；Mohammad等人，Int.J.Oncol.15：367-72(1999)，所有文獻係以引用的方式併入本文中)；激素(例如，糖皮質激素、孕激素、雄激素及雌激素)、DNA修復酶抑制劑(例如，依託泊苷(etoposide)或拓撲替康(topotecan))、激酶抑制劑(例如，化合物ST1571、甲磺酸伊馬替尼(imatinib mesylate)(Kantarjian等人，Clin Cancer Res.8(7)：2167-76(2002))；細胞毒性劑(例如，太平洋紫杉醇(paclitaxel)、細胞鬆弛素B(cytochalasin B)、短桿菌肽D(gramicidin D)、溴化乙錠(ethidium bromide)、依米丁(emetine)、絲裂黴素、依託泊苷、特諾波賽(tenoposide)、長春新鹼(vincristine)、長春鹼(vinblastine)、秋水仙鹼(colchicin)、多柔比星(doxorubicin)、道諾黴素、二羥基炭疽菌素二酮(dihydroxy anthracin dione)、米托蒽醌(mitoxantrone)、米拉黴素、放線菌素D、1-脫氫睪固酮、糖皮質素(glucorticoid)、普魯卡因(procaine)、丁卡因(tetracaine)、利多卡因(lidocaine)、普萘洛爾(propranolol)及嘌呤黴素及其類似物或同源物以及美國專利第6,245,759號、第6,399,633號、第6,383,790號、第6,335,156號、第6,271,242號、第6,242,196號、第6,218,410號、第 6,218,372號、第6,057,300號、第6,034,053號、第5,985,877號、第5,958,769號、第5,925,376號、第5,922,844號、第5,911,995號、第5,872,223號、第5,863,904號、第5,840,745號、第5,728,868號、第5,648,239號、第5,587,459號中所揭示之化合物，各專利中關於此種化合物之揭示內容係以引用的方式併入本文中)；法尼基轉移酶抑制劑(例如R115777、BMS-214662及例如美國專利第6,458,935號、第6,451,812號、第6,440,974號、第6,436,960號、第6,432,959號、第6,420,387號、第6,414,145號、第6,410,541號、第6,410,539號、第6,403,581號、第6,399,615號、第6,387,905號、第6,372,747號、第6,369,034號、第6,362,188號、第6,342,765號、第6,342,487號、第6,300,501號、第6,268,363號、第6,265,422號、第6,248,756號、第6,239,140號、第6,232,338號、第6,228,865號、第6,228,856號、第6,225,322號、第6,218,406號、第6,211,193號、第6,187,786號、第6,169,096號、第6,159,984號、第6,143,766號、第6,133,303號、第6,127,366號、第6,124,465號、第6,124,295號、第6,103,723號、第6,093,737號、第6,090,948號、第6,080,870號、第6,077,853號、第6,071,935號、第6,066,738號、第6,063,930號、第6,054,466號、第6,051,582號、第6,051,574號及第6,040,305號中所揭示者，各專利中關於此種抑制劑之揭示內容係以引用的方式併入本文中)；拓撲異構酶抑制劑(例如，喜樹鹼(camptothecin)、伊立替康(irinotecan)、SN-38、拓撲替康(topotecan)、9-胺基喜樹鹼、GG-211(GI 147211)、DX-8951f、IST-622、魯比替康(rubitecan)、吡唑并吖啶、XR-5000、聖特平(saintopin)、UCE6、UCE1022、TAN-1518A、TAN 1518B、KT6006、KT6528、ED-110、NB-506、ED-110、NB-506及蝴蝶黴素(rebeccamycin))；布爾加瑞恩(bulgarein)；DNA小溝結合劑，諸如Hoescht染料33342及Hoechst染料33258；光葉花椒鹼；花椒路寧 (fagaronine)；表小檗鹼；科拉林(coralyne)；β-拉杷醌；BC-4-1；雙膦酸鹽(例如，阿侖膦酸鹽(alendronate)、西瑪膦酸鹽(cimadronte)、氯屈膦酸鹽(clodronate)、替魯膦酸鹽(tiludronate)、依替膦酸鹽(etidronate)、伊班膦酸鹽(ibandronate)、奈立膦酸鹽(neridronate)、奧潘膦酸鹽(olpandronate)、利塞膦酸鹽(risedronate)、吡利膦酸鹽(piridronate)、帕米膦酸鹽(pamidronate)、左倫膦酸鹽(zolendronate))；HMG-CoA還原酶抑制劑(例如，洛伐他汀(lovastatin)、辛伐他汀(simvastatin)、阿托伐他汀(atorvastatin)、普伐他汀(pravastatin)、氟伐他汀(fluvastatin)、斯他汀(statin)、西立伐他汀(cerivastatin)、來適可(lescol)、立普妥(lupitor)、羅蘇伐他汀(rosuvastatin)及阿托伐他汀(atorvastatin))；反義寡核苷酸(例如，美國專利第6,277,832號、第5,998,596號、第5,885,834號、第5,734,033號及第5,618,709號中所揭示者，各專利中關於該等寡核苷酸之內容係以引用的方式併入本文中)；腺苷脫胺酶抑制劑(例如，氟達拉賓磷酸鹽及2-氯去氧腺苷)；替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan；Zevalin® )；托西莫單抗(tositumomab；Bexxar® ))及其醫藥學上可接受之鹽、溶劑合物、籠形物及前藥。在一個實施例中，結合於該/藥物部分之抗體為以小於200pM之親和力結合人類KIT之D4區的抗體。在另一實施例中，結合於該治療/藥物部分之抗體為抑制KIT之生物活性的抗體。在一個特定實施例中，結合於該/藥物部分之抗體為包含表1(例如，分別具有SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3，及/或包含分別具有SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH鏈區)或表2或表3中所闡述之CDR的抗體。在一個特定實施例中，結合於該/藥物部分之抗體為包含以下各物的抗體：包含SEQ ID NO：7、8、9、10或12或表5B及5D中所闡述之序列的VL及/或包含有SEQ ID NO：2、3、4、5、6或11 或表5A及5C中所闡述之序列的VH。
在特定實施例中，治療部分或藥物部分為抗微管蛋白藥物，諸如阿瑞他汀或其衍生物。阿瑞他汀之非限制性實例包括單甲基阿瑞他汀E(MMAE)、單甲基阿瑞他汀F(MMAF)、阿瑞他汀PYE及阿瑞他汀E(AE)(參見例如美國專利第7,662,387號及美國專利申請公開案第2008/0300192號及第2008/0025989號，各文獻係以引用的方式併入本文中)。在某些實施例中，治療部分或藥物部分為微管破壞劑，諸如美登素或其衍生物，例如，美登素DM1或DM4(參見例如美國專利第7,851,432號、第7,575,748號及第5,416,064號，各專利係以引用的方式併入本文中)。在某些實施例中，治療部分或藥物部分為前藥，例如，CC-1065(拉夏黴素)類似物之前藥(參見例如美國專利申請公開案第2008/0279868號及PCT國際專利申請公開案第WO 2009/017394號、第WO 2010/062171號及第WO 2007/089149號，各文獻係以引用的方式併入本文中)。在一個實施例中，結合於該/藥物部分之抗體為以小於200pM之親和力結合人類KIT之D4區的抗體。在另一實施例中，結合於該治療/藥物部分之抗體為抑制KIT之生物活性的抗體。在一個特定實施例中，結合於該治療/藥物部分之抗體(例如，人類或人類化抗體)為包含表1(例如，分別具有SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3及/或包含分別具有SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH鏈區)或表2或表3中所闡述之CDR的抗體。在一個特定實施例中，結合於該治療/藥物部分之抗體(例如，人類或人類化抗體)為包含有包含SEQ ID NO：7、8、9、10或12或表5B及5D中所闡述之序列的VL及/或包含SEQ ID NO：2、3、4、5、6或11或表5A及5C中所闡述之序列的VH的抗體。
在一個特定實施例中，該抗體與治療/藥物藥劑係藉助於一或多 個連接子結合。在另一特定實施例中，該抗體與治療/藥物藥劑係直接結合。
在特定實施例中，結合於本文所描述之抗體的治療部分或藥物部分之非限制性實例包括卡奇黴素(例如，LL-E33288複合物，例如γ-卡奇黴素，參見例如美國專利第4,970,198號)及其衍生物(例如，γ卡奇黴素醯肼衍生物)、奧唑米星(ozogamicin)、度卡黴素(duocarmycin)及其衍生物(例如，CC-1065(NSC 298223)，或度卡黴素之非對掌性類似物(例如AS-1-145或森坦黴素(centanamycin))、紫杉烷及其衍生物以及烯二炔類及其衍生物(參見例如PCT國際專利申請公開案第WO2009/017394號、第WO2010/062171號、第WO2007/089149號、第WO2011/021146號、第WO2008/150261號、第WO2006/031653號、第WO2005/089809號、第WO2005/089807號及第WO2005/089808號，各公開案係以全文引用的方式併入本文中)。在一個特定實施例中，結合於該治療/藥物部分之抗體為包含表1中所闡述之CDR(例如，分別具有SEQ ID NO：20、21及22之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3，及/或包含分別具有SEQ ID NO：23、24及25之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH鏈區)的抗體。在一個特定實施例中，結合於該/藥物部分之抗體為包含以下各物的抗體：包含SEQ ID NO：7、8、9、10或12或表5B及5D中所闡述之序列的VL及/或包含有SEQ ID NO：2、3、4、5、6或11或表5A及5C中所闡述之序列的VH。在一個特定實施例中，抗體與治療劑係藉助於一或多個連接子結合。在另一特定實施例中，抗體與治療劑係直接結合。
適用於結合於本文所描述之抗體的卡奇黴素之非限制性實例係揭示於例如美國專利第4,671,958號、第5,053,394號、第5,037,651號、第5,079,233號及第5,108,912號以及PCT國際專利申請公開案第WO 2011/021146號、第WO 2008/150261號、第WO 2006/031653號、 第WO 2005/089809號、第WO 2005/089807號及第WO 2005/089808號中，各文獻中關於該卡奇黴素之揭示內容係以引用的方式併入本文中。在特定實施例中，此等化合物可含有三硫甲烷，其與適當硫醇反應以形成二硫化物，且同時引入官能基，諸如醯肼或可用於使卡奇黴素結合於本文所描述之抗體的其他官能基。在某些實施例中，藉由添加二甲基取代基來穩定卡奇黴素結合物中所存在之二硫鍵可產生經改良之抗體/藥物結合物。在特定實施例中，卡奇黴素衍生物為N-乙醯基γ卡奇黴素二甲基醯肼或NAc-γ DMH(CL-184,538)，作為最佳化衍生物之一以供結合。卡奇黴素之可結合於本文所描述之抗體的二硫化物類似物描述於例如美國專利第5,606,040號及第5,770,710號中，各專利中關於該化合物之揭示內容係以引用的方式併入本文中。在某一實施例中，部分(例如卡奇黴素或其衍生物)係由連接子結合於抗體。在一個特定實施例中，部分(例如卡奇黴素或其衍生物)係由抗體-藥物結合物在連接子處水解而來。在一個實施例中，部分(例如卡奇黴素或其衍生物)係由抗體結合物在連接子處在約pH 3.0與pH 4.0之間在20℃至50℃、較佳37℃之溫度下水解1-24小時而來。
在特定實施例中，結合於本文所描述之抗體的治療部分或藥物部分之非限制性實例包括吡咯并苯并二氮呯(PBD)及其衍生物，例如PBD二聚體(例如，SJG-136或SG2000)、C2不飽和PBD二聚體、攜帶C2芳基取代之吡咯并苯并二氮呯二聚體(例如，SG2285)、由水解活化之PBD二聚體前藥(例如，SG2285)及聚吡咯-PBD(例如，SG2274)(參見例如PCT國際專利申請公開案第WO 2000/012507號、第WO 2007/039752號、第WO 2005/110423號、第WO 2005/085251號及第WO 2005/040170號以及美國專利第7,612,062號，各文獻中關於該化合物之揭示內容係以引用的方式併入本文中)。在一個特定實施例中，結合於該治療/藥物部分之抗體為包含表1(例如，分別具有SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列的VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3，及/或包含分別具有SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列的VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3的VH鏈區)或表2或表3中所闡述之CDR的抗體。在一個特定實施例中，結合於該/藥物部分之抗體為包含以下各物的抗體：包含SEQ ID NO：7、8、9、10或12或表5B及5D中所闡述之序列的VL及/或包含有SEQ ID NO：2、3、4、5、6或11或表5A及5C中所闡述之序列的VH。在一個特定實施例中，抗體與治療劑係藉助於一或多個連接子結合。
此外，本文所描述之抗體可結合或重組融合於可改良指定生物反應之治療部分或藥物部分。治療部分或藥物部分不應理解為侷限於經典化學治療劑。舉例而言，藥物部分可為具有所需生物活性之蛋白質、肽或多肽。該等蛋白質可包括例如毒素，諸如相思子毒素、蓖麻毒素A、假單胞菌外毒素、霍亂毒素或白喉毒素；蛋白質，諸如腫瘤壞死因子、γ-干擾素、α-干擾素、神經生長因子、血小板衍生生長因子、組織纖維蛋白溶酶原活化因子；細胞凋亡劑，例如，TNF-γ、TNF-γ、AIM I(參見國際公開案第WO97/33899號)、AIM II(參見國際公開案第WO97/34911號)、Fas配位體(Takahashi等人，1994,J.Immunol.,6：1567-1574)及VEGF(參見國際公開案第WO99/23105號)；抗血管生成劑，例如，血管生長抑素、內皮生長抑素或凝血路徑之組分(例如組織因子)；或生物反應調節劑，諸如淋巴介質(例如，干擾素γ、介白素-1(「IL-1」)、介白素-2(「IL-2」)、介白素-5(「IL-5」)、介白素-6(「IL-6」)、介白素-7(「IL-7」)、介白素9(「IL-9」)、介白素-10(「IL-10」)、介白素-12(「IL-12」)、介白素-15(「IL-15」)、介白素-23(「IL-23」)、顆粒球巨噬細胞群落刺激因子(「GM-CSF」)及顆粒球細胞群落刺激因子(「G-CSF」))或生長因子(例如，生長激素(「GH」))或凝血劑(例如，鈣、維生素K、組織因子 (諸如但不限於哈格曼因子(Hageman factor；因子XII)、高分子量激肽原(HMWK)、前激肽釋放酶(PK)、凝血蛋白因子II(凝血酶原)、因子V、XIIa、VIII、XIIIa、XI、XIa、IX、IXa、X、磷脂及纖維蛋白單體)。
本文提供重組融合或化學結合(共價或非共價結合)於異源蛋白質或多肽(或其片段，較佳為具有約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90或約100個胺基酸之多肽)以產生融合蛋白質的抗體。特定言之，本文提供包含本文所描述之抗體之抗原結合片段(例如，Fab片段、Fd片段、Fv片段、F(ab)2 片段、VH域、VH CDR、VL域或VL CDR)及異源蛋白質、多肽或肽的融合蛋白質。在一個實施例中，與抗體融合之異源蛋白質、多肽或肽適用於使該抗體靶向特定細胞類型，諸如表現KIT之細胞。舉例而言，免疫特異性結合於由特定細胞類型(例如免疫細胞)所表現之細胞表面受體的抗體可融合或結合於本文所描述之經修飾抗體。在特定實施例中，異源蛋白質或多肽(或其片段)結合於第二標靶(例如，除KIT以外之標靶)(參見例如PCT國際專利申請公開案第WO 2009/088805號及美國專利申請公開案第US 2009/0148905號)。
本文提供包含本文所描述之任何抗體或其抗原結合片段及異源多肽(例如除KIT以外之多肽)的結合或融合蛋白質。在一個實施例中，本文所描述之結合或融合蛋白質包含本文所描述之抗KIT抗體及異源多肽。在另一實施例中，本文所提供之結合或融合蛋白質包含本文所描述之抗KIT抗體之抗原結合片段及異源多肽。在另一實施例中，本文所描述之結合或融合蛋白質包含具有本文所描述之抗KIT抗體之VH域中之任一者之胺基酸序列的VH域，及/或具有本文所描述之抗KIT抗體之VL域中之任一者之胺基酸序列的VL域，及異源多肽。在另一實施例中，本文所描述之結合或融合蛋白質包含一或多個具有 SEQ ID NO：16、17及18中之任一者之胺基酸序列(參見例如表1)或表2或3中所闡述之CDR中之任一者之胺基酸序列的VH CDR及異源多肽。在另一實施例中，結合或融合蛋白質包含一或多個具有本文所描述之抗KIT抗體之VL CDR(例如，表1中之VL CDR，SEQ ID NO：19、20及21，或表2或表3之VL CDR)中之任一者之胺基酸序列的VL CDR及異源多肽。在另一實施例中，本文所描述之結合或融合蛋白質包含本文所描述之抗KIT抗體之至少一個VH域及至少一個VL域，及異源多肽。在另一實施例中，本文所描述之結合或融合蛋白質包含至少一個VH域及至少一個包含SEQ ID NO：7、8、9、10或12或表5B及5D中所闡述之序列的VL域及/或包含SEQ ID NO：2、3、4、5、6或11或表5A及5C中所闡述之序列的VH域，及異源多肽。在另一實施例中，本文所描述之結合或融合蛋白質包含本文所描述之抗KIT抗體之至少一個VH CDR及至少一個VL CDR(例如，表1或表2或表3中之VL CDR及VH CDR)，及異源多肽。
另外，本文所描述之抗體可結合於治療部分，諸如放射性金屬離子，諸如α-發射體，諸如213 Bi；或適用於使放射性金屬離子(包括(但不限於)131 In、131 LU、131 Y、131 Ho、131 Sm)結合於多肽之巨環螯合劑。在某些實施例中，巨環螯合劑為1,4,7,10-四氮雜環十二烷-N,N',N",N'''-四乙酸(DOTA)，其可經由連接子分子附接於抗體。該等連接子分子在此項技術中為普遍已知的且描述於以下文獻中：Denardo等人，1998,Clin Cancer Res.4(10)：2483-90；Peterson等人，1999,Bioconjug.Chem.10(4)：553-7；及Zimmerman等人，1999,Nucl.Med.Biol.26(8)：943-50，該等文獻各自以全文引用的方式併入本文中。
在某些實施例中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段係經由一或多個連接子分子直接或間接結合於一或多個分子(例如，治療或 藥物部分)。在特定實施例中，連接子為酶可裂解連接子或二硫化物連接子。在一個特定實施例中，可裂解連接子可經由諸如胺基肽酶、胺基酯酶、二肽基羧基肽酶或凝血級聯蛋白酶之酶而裂解。在特定實施例中，連接子包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或20個胺基酸殘基。在某些實施例中，連接子由1至10個胺基酸殘基、1至15個胺基酸殘基、5至20個胺基酸殘基、10至25個胺基酸殘基、10至30個胺基酸殘基或10至50個胺基酸殘基組成。
在某些實施例中，部分係由一或多個連接子結合於抗體。在一個特定實施例中，部分係由抗體-藥物結合物在連接子處水解而來。在一個實施例中，部分係由抗體結合物在連接子處在約pH 3.0與pH 4.0之間且在20℃至50℃、較佳為37℃之溫度下水解1-24小時。在一個特定實施例中，連接子在血流中為穩定的，但在其處於標靶細胞內部後即釋放結合之部分。在某些實施例中，部分經由一或多個含三唑之連接子結合於本文所描述之抗體(參見例如國際專利申請公開案第WO 2007/018431號，該公開案係以引用的方式併入本文中)。供併入本文所描述之抗體-藥物結合物中的連接子及間隔物之非限制性實例係揭示於PCT國際專利申請公開案第WO 2007/018431號、第WO 2004/043493號及第WO 2002/083180號中。
此外，本文所描述之抗體可融合於標記序列(諸如肽)以促進純化。在較佳實施例中，標記胺基酸序列為六組胺酸肽，尤其諸如pQE載體(QIAGEN,Inc.)中所提供之標籤，其中許多可購自市面。如Gentz等人，1989,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：821-824中所描述，例如，六組胺酸提供融合蛋白質之適宜純化。適用於純化之其他肽標籤包括(但不限於)血球凝集素(「HA」)標籤，其對應於來源於流感血球凝集素蛋白之抗原決定基(Wilson等人，1984,Cell 37：767)；及「FLAG」標籤。
用於使治療部分(包括多肽)融合或結合於抗體的方法為熟知的，參見例如：Arnon等人，「Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy」,Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy,Reisfeld等人(編)，第243-56頁(Alan R.Liss,Inc.1985)；Hellstrom等人，「Antibodies For Drug Delivery」,Controlled Drug Delivery(第2版)，Robinson等人(編)，第623-53頁(Marcel Dekker,Inc.1987)；Thorpe,「Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy：A Review」,Monoclonal Antibodies 84：Biological And Clinical Applications,Pinchera等人(編)，第475-506頁(1985)；「Analysis,Results,And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy」,Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy,Baldwin等人(編)，第303-16頁(Academic Press 1985),Thorpe等人，1982,Immunol.Rev.62：119-58；美國專利第5,336,603號、第5,622,929號、第5,359,046號、第5,349,053號、第5,447,851號、第5,723,125號、第5,783,181號、第5,908,626號、第5,844,095號及第5,112,946號；EP 307,434、EP 367,166、EP 394,827；PCT公開案WO 91/06570、WO 96/04388、WO 96/22024、WO 97/34631及WO 99/04813；Ashkenazi等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88：10535-10539,1991；Traunecker等人，Nature,331：84-86,1988；Zheng等人，J.Immunol.,154：5590-5600,1995；Vil等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89：11337-11341,1992，該等文獻係以全文引用的方式併入本文中。
融合蛋白質可藉由例如基因改組、基元改組、外顯子改組及/或密碼子改組技術(統稱為「DNA改組」來產生。DNA改組可用於改變本文所描述之抗體(例如，具有較高親和力及較低解離速率之抗體)的活性。一般參見美國專利第5,605,793號、第5,811,238號、第 5,830,721號、第5,834,252號及第5,837,458號；Patten等人，1997,Curr.Opinion Biotechnol.8：724-33；Harayama,1998,Trends Biotechnol.16(2)：76-82；Hansson等人，1999,J.Mol.Biol.287：265-76；及Lorenzo及Blasco,1998,Biotechniques 24(2)：308-313(此等專利及出版物各自以引用的方式併入本文中)。抗體或編碼抗體可藉由在重組之前利用易錯PCR(error-prone PCR)、隨機核苷酸插入或其他方法經受隨機突變誘發而改變。編碼本文所描述之抗體之聚核苷酸可與一或多個異源分子之一或多個組分、基元、區段、部分、域、片段等重組。
本文所描述之抗體亦可結合於第二抗體以形成抗體異結合物，如美國專利第4,676,980號中所描述，該專利係以引用的方式併入本文中。
可選擇與免疫特異性結合於KIT抗原之本文所描述之抗體結合或重組融合之治療部分或藥物以達成所需預防或治療效應，例如減小腫瘤尺寸或負荷、降低癌細胞生長或增殖，或誘導癌細胞死亡。在某些實施例中，抗體為經修飾抗體。臨床醫師或其他醫學人員在決定何種治療部分或藥物與本文所描述之抗體結合或重組融合時應考慮以下因素：疾病性質、疾病嚴重程度及個體狀況。
本文所描述之抗體亦可連接於尤其適用於對標靶抗原進行免疫分析法或純化的固體支撐物。該等固體支撐物包括(但不限於)玻璃、纖維素、聚丙烯醯胺、耐綸(nylon)、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。
在某一態樣中，本文所描述之抗體或其抗原結合片段為包含視情況由連接子連接於藥物之抗體的細胞外藥物結合物(ECD)(參見例如PCT國際專利申請公開案第WO 2011/031870號)。藥物可在細胞外起作用，且因此不需要將結合物內在化。在ECD結合標靶細胞之後，藥物向該細胞中發送一個信號。
在一個實施例中，ECD之連接子為非可裂解連接子。非可裂解連 接子之實例包括含有聚乙二醇鏈或聚乙烯鏈且對酸或鹼不敏感(諸如含腙連接子)、對還原或氧化劑不敏感(諸如含二硫鍵之連接子)及對細胞或循環系統中可發現之酶不敏感的連接子。非可裂解連接子之特定實例包括SMCC連接子(美國專利申請案20090202536)。出於說明性目的，可裂解連接子之實例包括含有未受阻麩胱甘肽敏感性二硫化物、酯、對諸如組織蛋白酶或纖維蛋白溶酶之肽酶敏感之肽序列、pH值敏感性腙(參見Bioconjugate Chem.,2010,21(1)，第5-13頁)及未受阻二硫化物連接子SPP(美國專利申請案20090202536)的連接子。
在某些態樣中，ECD包含作為強心苷(例如海蔥次苷或糖增強型海蔥次苷)的藥物或藥劑。在一個實施例中，該藥劑由強心苷構成且無糖。在各種實施例中，該強心苷為PCT公開案第WO 2010/017480號(PCT/US2009/053159)中所鑑別之化合物。
1.2 聚核苷酸
在某些態樣中，本文提供包含編碼免疫特異性結合於KIT抗原之本文所描述之抗體(例如，人類或人類化抗體)或其片段(例如，可變輕鏈區及/或可變重鏈區)的核苷酸序列的聚核苷酸，及載體，例如包含該等聚核苷酸以供重組表現於宿主細胞(例如，大腸桿菌及哺乳動物細胞)中的載體。本文提供包含編碼本文所提供之任何抗體之核苷酸序列的聚核苷酸，以及包含該等聚核苷酸序列之載體，例如於宿主細胞(例如哺乳動物細胞)中有效表現之表現載體。本文亦提供編碼KIT抗原(例如，SEQ ID NO：14或15)的聚核苷酸以供產生本文所描述之抗KIT抗體。
如本文所使用之「經分離」聚核苷酸或核酸分子為與該核酸分子之天然來源中(例如，人類中)所存在之其他核酸分子分離的聚核苷酸或核酸分子。此外，「經分離」核酸分子(諸如cDNA分子)當藉由重組技術產生時可實質上不含其他細胞物質或培養基，或當化學合成時 實質上不含化學前驅物或其他化學物質。舉例而言，措辭「實質上不含」包括具有小於約15%、10%、5%、2%、1%、0.5%或0.1%(詳言之小於約10%)之其他物質(例如細胞物質、培養基、其他核酸分子、化學前驅物及/或其他化學物質)的聚核苷酸或核酸分子製劑。在一個特定實施例中，編碼本文所描述之抗體之核酸分子經分離或經純化。
在特定態樣中，本文提供包含編碼免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)且包含如本文所描述之胺基酸序列之抗體(例如，人類化抗體)或其抗原結合片段之核苷酸序列的聚核苷酸，以及與該等抗體競爭結合於KIT多肽(例如，以劑量依賴性方式)或與該等抗體結合於相同抗原決定基的抗體。
在某些態樣中，本文提供包含編碼本文所描述之抗體之輕鏈或重鏈之核苷酸序列的聚核苷酸。聚核苷酸可包含編碼包含本文所描述之抗體之VL FR及CDR(參見例如表1及5B)之輕鏈的核苷酸序列。聚核苷酸可包含編碼包含本文所描述之抗體之VH FR及CDR(參見例如表1及5A)之重鏈的核苷酸序列。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸編碼包含SEQ ID NO：7、8、9或10之胺基酸序列的VL鏈區。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸編碼包含SEQ ID NO：2-6中之任一者之胺基酸序列的VH鏈區。
在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸編碼VL鏈區，其中該聚核苷酸包含核酸序列SEQ ID NO：27、28、29或30。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸編碼VH鏈區，其中該聚核苷酸包含核酸序列SEQ ID NO：22、23、24、25或26。在特定實施例中，聚核苷酸編碼本文所描述之抗體，其中該聚核苷酸包含編碼L2 VL鏈區之核酸序列SEQ ID NO：28及編碼H3 VH鏈區之核酸序列SEQ ID NO：24。在特定實施例中，一或多個聚核苷酸包含編碼VL鏈區之核酸序列SEQ ID NO：28及編碼VH鏈區之核酸序列SEQ ID NO：24。在特定實施例 中，聚核苷酸編碼本文所描述之抗體，其中該聚核苷酸包含編碼L1 VL鏈區之核酸序列SEQ ID NO：27及編碼H4 VH鏈區之核酸序列SEQ ID NO：25。在特定實施例中，一或多個聚核苷酸包含編碼VL鏈區之核酸序列SEQ ID NO：27及編碼VH鏈區之核酸序列SEQ ID NO：25。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸編碼VL鏈區，其中該聚核苷酸包含與核酸序列SEQ ID NO：27、28、29或30至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%一致的核酸序列。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸編碼VH鏈區，其中該聚核苷酸包含與核酸序列SEQ ID NO：22、23、24、25或26至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%一致的核酸序列。
在特定實施例中，本文提供包含編碼包含VL鏈區(例如，含有FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4)、包含本文所描述之胺基酸序列(例如，參見表1、5A-5B及6A-6B)的抗KIT抗體之核苷酸序列的聚核苷酸。在特定實施例中，本文提供包含編碼包含VH鏈區(例如，含有FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4)、包含本文所描述之胺基酸序列(例如，參見表1、5A-5B及6A-6B)的抗KIT抗體之核苷酸序列的聚核苷酸。
在某些實施例中，本文所描述之聚核苷酸包含編碼本文所提供之包含有包含本文所描述之胺基酸(例如，參見圖3A-3I)之可變輕(VL)鏈區之抗體的核苷酸序列，其中該抗體免疫特異性結合於KIT多肽，例如，人類KIT多肽，例如KIT(例如，人類KIT)之D4區，例如SEQ ID NO：15。
在某些實施例中，本文所描述之聚核苷酸包含編碼本文所提供之包含有包含本文所描述之胺基酸序列(例如，參見圖3A-3I)之可變重(VH)鏈區之抗體的核苷酸序列，其中該抗體免疫特異性結合於KIT多肽，例如，人類KIT多肽，例如KIT(例如，人類KIT)之D4區，例如 SEQ ID NO：15。
在某些態樣中，聚核苷酸包含編碼本文所描述之包含有包含一或多個具有本文所描述之胺基酸序列之VL FR(例如，參見表5B及5D)之VL鏈區之抗體(例如，人類或人類化抗體)的核苷酸序列，其中該抗體免疫特異性結合於KIT多肽，例如，人類KIT多肽，例如KIT(例如，人類KIT)之D4區，例如SEQ ID NO：15。在某些態樣中，聚核苷酸包含編碼本文所描述之包含有包含一或多個具有本文所描述之胺基酸序列之VH FR(例如，參見表5A及5C)之VH鏈區之抗體的核苷酸序列，其中該抗體免疫特異性結合於KIT多肽，例如，人類KIT多肽，例如KIT(例如，人類KIT)之D4區，例如SEQ ID NO：15。
在特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼本文所描述之包含以下各物之抗體(例如，人類或人類化抗體)的核苷酸序列：為人類構架區之構架區(例如，VL域及VH域之構架區)，其中該抗體免疫特異性結合於KIT多肽，例如，人類KIT多肽，例如KIT(例如，人類KIT，例如SEQ ID NO：15)之D4區。
在特定態樣中，本文提供聚核苷酸，其包含編碼包含輕鏈及重鏈(例如，獨立的輕鏈及重鏈)之抗體的核苷酸序列。關於輕鏈，在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼κ輕鏈之核苷酸序列。在另一特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼λ輕鏈之核苷酸序列。在另一特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼包含人類κ輕鏈或人類λ輕鏈之本文所描述之抗體的核苷酸序列。在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼本文所描述之抗體的核苷酸序列，該抗體免疫特異性結合於KIT多肽(例如，包含KIT(例如人類KIT(例如，SEQ ID NO：15))之D4區的KIT多肽)，其中該抗體包含輕鏈，且其中VL鏈區之胺基酸序列可包含本文所描述之任何胺基酸序列(例如，SEQ ID NO：7、8、9或10或12)，且其中該輕鏈之 恆定區包含人類κ輕鏈恆定區之胺基酸序列。在一個特定實施例中，該輕鏈包含SEQ ID NO：12之胺基酸序列。在另一特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼本文所描述之抗體的核苷酸序列，該抗體免疫特異性結合於KIT多肽(例如，包含KIT(例如人類KIT(例如，SEQ ID NO：15))之D4區的KIT多肽)，且包含輕鏈，其中VL鏈區之胺基酸序列可包含本文所描述之任何胺基酸序列(例如，SEQ ID NO：7、8、9或10或12)，且其中該輕鏈之恆定區包含人類λ輕鏈恆定區之胺基酸序列。舉例而言，人類恆定區序列可為美國專利第5,693,780號中所描述之序列。
在一個特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼本文所描述之抗體的核苷酸序列，該抗體免疫特異性結合於KIT多肽(例如，包含KIT(例如人類KIT(例如，SEQ ID NO：15))之D4區的KIT多肽)，其中該抗體包含重鏈，且其中VH鏈區之胺基酸序列可包含本文所描述之任何胺基酸序列(例如，SEQ ID NO：2、3、4、5或6或11)，且其中該重鏈之恆定區包含人類γ重鏈恆定區之胺基酸序列。
在另一特定實施例中，本文所提供之聚核苷酸包含編碼本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)之核苷酸序列，該抗體(或其抗原結合片段)免疫特異性結合於KIT多肽(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)，其中該抗體包含有包含本文所描述之任何胺基酸序列之VL鏈區及VH鏈區，且其中恆定區包含人類IgG1(例如，同型a、z或f)或人類IgG4之恆定區之胺基酸序列。
在一個特定實施例中，本文提供編碼本文所指定之抗KIT抗體或其抗原結合片段或域(參見例如表1-6B及圖3A-3I，例如抗體Hum1-Hum20)的聚核苷酸。
本文亦提供編碼抗KIT抗體或其片段之聚核苷酸，該等聚核苷酸係例如藉由密碼子/RNA最佳化、用異源信號序列置換及消除mRNA不 穩定性元件而經最佳化。因此，用於產生編碼抗KIT抗體或其片段(例如，輕鏈、重鏈、VH域或VL域)之藉由在mRNA中引入密碼子變化及/或消除抑制區而產生之最佳化核酸以供重組表現的方法可藉由改適例如美國專利第5,965,726號、第6,174,666號、第6,291,664號、第6,414,132號及第6,794,498號中所描述之最佳化方法來進行。舉例而言，可在不改變由核酸序列編碼之胺基酸的情況下使RNA內之潛在剪接位點及不穩定性元件(例如，富含A/T或A/U之元件)突變以增加RNA在重組表現時之穩定性。該等改變利用遺傳密碼之簡併性，例如，對一致胺基酸使用替代密碼子。在一些實施例中，可能需要改變一或多個密碼子以編碼保守突變，例如與原始胺基酸具有類似化學結構及性質及/或功能的類似胺基酸。該等方法可使抗KIT抗體或其片段之表現相對於由未經最佳化之聚核苷酸編碼之抗KIT抗體的表現增加至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍或100倍以上。
在某些實施例中，編碼本文所描述之抗KIT抗體或其片段(例如，VL域及/或VH域)之最佳化聚核苷酸序列可與編碼本文所描述之抗KIT抗體或其片段(例如，VL域及/或VH域)之未經最佳化之聚核苷酸序列之反義(例如，互補)聚核苷酸雜交。在特定實施例中，編碼本文所描述之抗KIT抗體或片段之最佳化核苷酸序列在高嚴格度條件下與編碼本文所描述之抗KIT抗體或其片段之未經最佳化之聚核苷酸序列的反義聚核苷酸雜交。在一個特定實施例中，編碼本文所描述之抗KIT抗體或片段之最佳化核苷酸序列與編碼本文所描述之抗KIT抗體或其片段之未經最佳化之聚核苷酸序列的反義聚核苷酸在高嚴格度、中間嚴格度或較低嚴格度雜交條件下雜交。已描述關於雜交條件之資訊，參見例如美國專利申請公開案第US 2005/0048549號(例如段落72-73)，該公開案係以引用的方式併入本文中。
在某些實施例中，編碼本文所描述之抗體之VL區的最佳化聚核苷酸序列與SEQ ID NO：27、28、29或30之核苷酸序列至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%一致。在某些實施例中，編碼本文所描述之抗體之VH區的最佳化聚核苷酸序列與SEQ ID NO：22、23、24、25或26之核苷酸序列至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%一致。
可獲得該等聚核苷酸，且藉由此項技術中已知的任何方法來測定該等聚核苷酸之核苷酸序列。編碼本文所描述之抗體，例如，表1-6B及圖3A-3I中所描述之抗體的核苷酸序列及此等抗體之經修飾形式可使用此項技術中所熟知的方法來測定，亦即，用產生編碼該抗體之核酸的方式組裝已知編碼特定胺基酸之核苷酸密碼子。該編碼抗體之聚核苷酸可由化學合成之寡核苷酸組裝(例如，如Kutmeier等人，1994,BioTechniques 17：242中所描述)，簡言之，其涉及合成含有編碼抗體之序列之部分的重疊寡核苷酸，黏接及接合該等寡核苷酸，隨後藉由PCR擴增所接合之寡核苷酸。
或者，可使用此項技術中熟知的方法(例如，PCR及其他分子選殖方法)由來自適當來源(例如，融合瘤)之核酸產生編碼本文所描述之抗體的聚核苷酸。舉例而言，使用可與已知序列之3'端及5'端雜交的合成引子的PCR擴增可使用獲自產生相關抗體之融合瘤細胞的基因組DNA來進行。該等PCR擴增方法可用於獲得包含編碼抗體之輕鏈及/或重鏈之序列的核酸。該等PCR擴增方法可用於獲得包含編碼抗體之可變輕鏈區及/或可變重鏈區之序列的核酸。可經擴增核酸選殖於供表現於宿主細胞中且進一步選殖之載體中，例如，以產生嵌合及人類化抗體。
若含有編碼特定抗體之核酸的純系無法獲得，但抗體分子之序列為已知的，則可藉由使用可與該序列之3'端及5'端雜交之合成引子 的PCR擴增或藉由使用對特定基因序列具特異性之寡核苷酸探針自編碼該抗體之cDNA文庫中鑑別例如cDNA純系的選殖自適當來源(例如，由表現該抗體之任何組織或細胞(諸如選擇用於表現本文所描述之抗體的融合瘤細胞)產生的抗體cDNA文庫或cDNA文庫，或自該等組織或細胞中分離的核酸，較佳為聚A+RNA)化學合成或獲得編碼免疫球蛋白之核酸。隨後可使用此項技術中熟知的任何方法將藉由PCR產生之經擴增核酸選殖至可複製選殖載體中。
可使用習知程序(例如藉由使用能夠特異性結合於編碼抗KIT抗體之重鏈及輕鏈之基因的寡核苷酸探針)容易地分離並且定序編碼本文所描述之抗KIT抗體的DNA。融合瘤細胞可充當該DNA之來源。在分離後，可將該DNA置於表現載體中，隨後轉染於諸如大腸桿菌細胞、猿COS細胞、中國倉鼠卵巢(CHO)細胞(例如，得自CHO GS SystemTM (Lonza)之CHO細胞)或不另外產生免疫球蛋白之骨髓瘤細胞之宿主細胞中，以便在重組宿主細胞中合成抗KIT抗體。
為產生完整抗體，可使用包括VH或VL核苷酸序列、限制位點及用於保護限制位點之側接序列的PCR引子來擴增scFv純系中之VH或VL序列。利用熟習此項技術者已知的選殖技術，可將經PCR擴增之VH域選殖於表現重鏈恆定區(例如，人類γ4恆定區)之載體中，且可將經PCR擴增之VL域選殖於表現輕鏈恆定區(例如，人類κ或λ恆定區)之載體中。在某些實施例中，用於表現VH或VL域之載體包含EF-1α啟動子、分泌信號、針對可變域、恆定域之選殖位點及諸如新黴素(neomycin)之選擇標記物。亦可將VH域及VL域選殖於表現必要恆定區的一種載體中。隨後使用熟習此項技術者已知的技術將重鏈轉化載體及輕鏈轉化載體共同轉染於細胞株中以產生表現全長抗體(例如，IgG)的穩定或短暫細胞株。
亦可例如藉由用人類重鏈及輕鏈恆定域之編碼序列替代鼠類序 列，或藉由使非免疫球蛋白多肽之全部或部分編碼序列共價接合於免疫球蛋白編碼序列來修飾DNA。
亦提供在高嚴格度、中間或較低嚴格度雜交條件下與編碼本文所描述之抗體的聚核苷酸雜交的聚核苷酸。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸在高嚴格度、中間或較低嚴格度雜交條件下與本文所提供之編碼VH鏈區(例如，SEQ ID NO：2、3、4、5或6)及/或VL鏈區(例如，SEQ ID NO：7、8、9或10)之聚核苷酸雜交。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸在高嚴格度或中間嚴格度雜交條件下與作為編碼本文所提供之VH鏈區(例如，SEQ ID NO：3或5)及/或VL鏈區(例如，SEQ ID NO：2)之聚核苷酸之互補序列的聚核苷酸雜交。
在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸在高嚴格度、中間或較低嚴格度雜交條件下與作為包含編碼VL域之SEQ ID NO：27、28、29或30之聚核苷酸的互補序列的聚核苷酸雜交。在特定實施例中，本文所描述之聚核苷酸在高嚴格度或中間嚴格度雜交條件下與作為包含編碼VH域之SEQ ID NO：22、23、24、25或26之聚核苷酸的互補序列的聚核苷酸雜交。
雜交條件已描述於此項技術中且為熟習此項技術者已知的。舉例而言，在嚴格條件下雜交可涉及在6×氯化鈉/檸檬酸鈉(SSC)中在約45℃下與過濾器所結合之DNA雜交，隨後在0.2×SSC/0.1% SDS中在約50℃-65℃下進行一或多次洗滌；在高度嚴格條件下雜交可涉及在6×SSC中在約45℃下與過濾器所結合之核酸雜交，隨後在0.1×SSC/0.2% SDS中在約68℃下進行一或多次洗滌。在其他嚴格雜交條件下雜交為熟習此項技術者已知的且已加以描述，參見例如Ausubel,F.M.等人編，1989,Current Protocols in Molecular Biology，第I卷，Green Publishing Associates,Inc.及John Wiley & Sons,Inc.,New York，第6.3.1-6.3.6及2.10.3頁。
1.3 宿主細胞及抗體之重組表現
在某些態樣中，本文提供重組表現本文所描述之抗體(或其抗原結合片段)的宿主細胞及相關表現載體。本文提供載體(例如表現載體)，其所包含之聚核苷酸含有編碼抗KIT抗體或片段供於宿主細胞中(較佳於哺乳動物細胞中)重組表現之核苷酸序列。本文亦提供包含用於重組表現本文所描述之抗KIT抗體(例如，人類或人類化抗體)之該等載體的宿主細胞。在一個特定態樣中，本文提供用於產生本文所描述之抗體的方法，該方法包含由宿主細胞表現該抗體。
免疫特異性結合於KIT抗原之本文所描述之抗體(例如，全長抗體、抗體之重鏈及/或輕鏈、或本文所描述之單鏈抗體)之重組表現涉及構築含有編碼該抗體之聚核苷酸的表現載體。一旦已獲得編碼本文所描述之抗體分子、抗體之重鏈及/或輕鏈、或其片段(較佳但不一定要含有重鏈及/或輕鏈可變域)的聚核苷酸後，即可使用此項技術中熟知的技術，藉由重組DNA技術產生用於產生抗體分子的載體。因此，本文描述藉由表現含有抗體編碼核苷酸序列之聚核苷酸來製備蛋白質的方法。可採用熟習此項技術者所熟知的方法構築含有抗體編碼序列及適當轉錄及轉譯控制信號的表現載體。該等方法包括例如活體外重組DNA技術、合成技術及活體內遺傳重組。亦提供可複製載體，其包含可依操作方式連接於啟動子的編碼本文所描述之抗體分子、抗體之重鏈或輕鏈、抗體之重鏈或輕鏈可變域或其片段、或重鏈或輕鏈CDR的核苷酸序列。該等載體可例如包括編碼抗體分子之恆定區的核苷酸序列(參見例如國際公開案第WO 86/05807號及第WO 89/01036號；及美國專利第5,122,464號)，且可將抗體之可變域選殖至用於表現整個重鏈、整個輕鏈或整個重鏈與輕鏈兩者的該載體中。
可藉由習知技術將表現載體轉移至細胞(例如，宿主細胞)中且隨後可藉由習知技術培養所得細胞，以產生本文所描述之抗體或其片 段。因此，本文提供宿主細胞，其含有可依操作方式連接於啟動子的編碼本文所描述之抗體或其片段、或其重鏈或輕鏈、或其片段、或本文所描述之單鏈抗體的聚核苷酸，以便在該宿主細胞中表現該等序列。在某些實施例中，為表現雙鏈抗體，可將個別地編碼重鏈及輕鏈之載體共同表現於宿主細胞中，以表現整個免疫球蛋白分子，如下文所詳述。在某些實施例中，宿主細胞含有包含編碼本文所描述之抗體或其片段之重鏈及輕鏈之聚核苷酸的載體。在特定實施例中，宿主細胞含有兩個不同的載體，第一載體包含編碼本文所描述之抗體或其片段之重鏈的聚核苷酸，且第二載體包含編碼本文所描述之抗體或其片段之輕鏈的聚核苷酸。在其他實施例中，第一宿主細胞包含有包含編碼本文所描述之抗體或其片段之重鏈之聚核苷酸的第一載體，且第二宿主細胞包含有包含編碼本文所描述之抗體之輕鏈之聚核苷酸的第二載體。
可利用多種宿主-表現載體系統來表現本文所描述之抗體分子(參見例如美國專利第5,807,715號)。該等宿主-表現系統表示可產生相關編碼序列且隨後加以純化之媒劑，但亦表示在用適當核苷酸編碼序列轉型或轉染時原位表現本文所描述之抗體分子的細胞。此等包括(但不限於)經含有抗體編碼序列之重組噬菌體DNA、質體DNA或黏質體DNA表現載體轉型之微生物，諸如細菌(例如，大腸桿菌(E.coli )及枯草芽孢桿菌(B.subtilis ))；經含有抗體編碼序列之重組酵母表現載體轉型之酵母(例如，畢赤酵母(Saccharomyces Pichia ))；經含有抗體編碼序列之重組病毒表現載體(例如，桿狀病毒)感染之昆蟲細胞系統；經重組病毒表現載體(例如，花椰菜花葉病毒CaMV；菸草花葉病毒TMV)感染或經含有抗體編碼序列之重組質體表現載體(例如，Ti質體)轉型之植物細胞系統(例如，綠藻，諸如萊茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii ))；或藏有含來源於哺乳動物細胞基因組之啟動子(例如， 金屬硫蛋白啟動子)或來源於哺乳動物病毒之啟動子(例如，腺病毒晚期啟動子；痘苗病毒7.5K啟動子)的重組表現構築體之哺乳動物細胞系統(例如，COS、CHO、BHK、MDCK、HEK 293、NS0、PER.C6、VERO、CRL7O3O、HsS78Bst、HeLa及NIH 3T3細胞)。在一個特定實施例中，用於表現本文所描述之抗體(例如，Hum1-Hum20)或其抗原結合片段的細胞為CHO細胞，例如來自CHO GS SystemTM (Lonza)之CHO細胞。在一個特定實施例中，哺乳動物表現載體為pOptiVECTM 或pcDNA3.3。較佳使用細菌細胞(諸如大腸桿菌)且更佳使用真核細胞(尤其在表現完整重組抗體分子時)來表現重組抗體分子。舉例而言，與載體(諸如來自人類細胞巨大病毒之主要中間早期基因啟動子元件)結合的哺乳動物細胞(諸如中國倉鼠卵巢(CHO)細胞)為抗體之有效表現系統(Foecking等人，1986,Gene 45：101；及Cockett等人，1990,Bio/Technology 8：2)。在某些實施例中，本文所描述之抗體係由CHO細胞或NS0細胞產生。在一個特定實施例中，編碼免疫特異性結合於KIT抗原之本文所描述之抗體的核苷酸序列的表現受組成性啟動子、誘導性啟動子或組織特異性啟動子調節。
在細菌系統中，宜視所表現之抗體分子的預定用途而選擇許多表現載體。舉例而言，當欲產生大量該抗體以產生抗體分子之醫藥組合物時，可能需要引導容易純化之融合蛋白質產物之高表現量的載體。該等載體包括(但不限於)大腸桿菌表現載體pUR278(Ruther等人，1983,EMBO 12：1791)，其中抗體編碼序列可個別地接合於與lac Z編碼區同框之載體中以便產生融合蛋白質；pIN載體(Inouye & Inouye,1985,Nucleic Acids Res.13：3101-3109；Van Heeke及Schuster,1989,J.Biol.Chem.24：5503-5509)；及其類似物。pGEX載體亦可用於表現呈與麩胱甘肽5-轉移酶(GST)之融合蛋白質形式的外來多肽。一般而言，該等融合蛋白質為可溶的且可藉由吸附及結合於基質麩胱甘肽瓊 脂糖珠粒，隨後在游離麩胱甘肽存在下溶離而自溶解之細胞中容易地純化。pGEX載體經設計以包括凝血酶或因子Xa蛋白酶裂解位點以便可自GST部分釋放所選殖之標靶基因產物。
在昆蟲系統中，使用加洲苜蓿夜蛾核多角體病毒(Autographa californica nuclear polyhedrosis virus，AcNPV)作為表現外來基因之載體。該病毒生長於草地黏蟲(Spodoptera frugiperda )細胞中。可將抗體編碼序列個別地選殖於病毒之非必要區域(例如多角體蛋白基因)中且置於AcNPV啟動子(例如多角體蛋白啟動子)控制下。
在哺乳動物宿主細胞中，可利用多種基於病毒之表現系統。在使用腺病毒作為表現載體的情況下，可將相關抗體編碼序列接合於腺病毒轉錄/轉譯控制複合物，例如晚期啟動子及三聯前導序列。隨後可藉由活體外或活體內重組將此嵌合基因插入腺病毒基因組中。插入病毒基因組之非必要區域(例如，區域E1或E3)中將產生具有活力且能夠在感染宿主中表現抗體分子的重組病毒(例如，參見Logan及Shenk,1984,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 8 1：355-359)。經插入之抗體編碼序列之有效轉譯亦可需要特定起始信號。此等信號包括ATG起始密碼子及鄰近序列。此外，起始密碼子必須與所要編碼序列之閱讀框架同相，以確保轉譯全部插入物。此等外生轉譯控制信號及起始密碼子可具有多種來源，天然及合成皆可。可藉由包括適當轉錄增強子元件、轉錄終止子等來增強表現效率(參見例如Bittner等人，1987,Methods in Enzymol.153：51-544)。
另外，可選擇調節插入序列之表現或以所需特定方式修飾且加工基因產物的宿主細胞株。對蛋白質產物進行之該等修飾(例如，糖基化)及加工(例如，裂解)可能對於蛋白質功能非常重要。不同的宿主細胞具有針對蛋白質及基因產物之轉譯後加工及修飾的特徵及特定機制。可選擇適當細胞株或宿主系統以確保對所表現之外來蛋白質進行 正確修飾及加工。為此目的，可使用具有用於對初級轉錄物進行適當加工、對基因產物進行糖基化及磷酸化之細胞機構的真核宿主細胞。該等哺乳動物宿主細胞包括(但不限於)CHO、VERO、BHK、Hela、COS、MDCK、HEK 293、NIH 3T3、W138、BT483、Hs578T、HTB2、BT2O及T47D、NS0(不內源性產生任何免疫球蛋白鏈之鼠類骨髓瘤細胞株)、CRL7O3O及HsS78Bst細胞。在某些實施例中，本文所描述之人類化單株抗KIT抗體係於哺乳動物細胞(諸如CHO細胞)中產生。
為長期高產率產生重組織蛋白，穩定表現為較佳的。舉例而言，可工程改造穩定表現抗體分子之細胞株。宿主細胞可經受適當表現控制元件(例如，啟動子、增強子、序列、轉錄終止子、聚腺苷酸化位點等)控制之DNA及可選標記物轉型，而非使用含有病毒複製起點之表現載體。繼引入外來DNA之後，可使經工程改造之細胞於增濃培養基中生長1-2天，且隨後轉變為選擇性培養基。重組質體中之可選標記物賦予選擇抗性且允許細胞將質體穩定併入其染色體中且生長以形成變異區，該變異區又可經選殖且擴增成細胞株。此方法宜用於工程改造表現抗體分子之細胞株。該等經工程改造之細胞株可尤其適用於篩選及評估直接或間接與抗體分子相互作用之組合物。
可使用多種選擇系統，包括(但不限於)單純疱疹病毒胸苷激酶(Wigler等人，1977,Cell 11：223)、次黃嘌呤鳥嘌呤磷酸核糖基轉移酶(Szybalska及Szybalski,1992,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 48：202)及腺嘌呤磷酸核糖基轉移酶(Lowy等人，1980,Cell 22：8-17)，基因可分別用於tk-、hgprt-或aprt-細胞中。此外，抗代謝物抗性可用作以下基因之選擇基礎：dhfr ，其賦予對甲胺喋呤之抗性(Wigler等人，1980,Natl.Acad.Sci.USA 77：357；O'Hare等人，1981,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78：1527)；gpt，其賦予對黴酚酸之抗性(Mulligan及Berg,1981,Proc. Natl.Acad.Sci.USA 78：2072)；neo，其賦予對胺基醣苷G-418之抗性(Wu及Wu,1991,Biotherapy 3：87-95；Tolstoshev,1993,Ann.Rev.Pharmacol.Toxicol.32：573-596；Mulligan,1993,Science 260：926-932；及Morgan及Anderson,1993,Ann.Rev.Biochem.62：191-217；May,1993,TIB TECH 11(5)：155-215)；及hygro，其賦予對潮黴素之抗性(Santerre等人，1984,Gene 30：147)。通常可應用重組DNA技術領域中普遍已知的方法來選擇所要重組純系，且該等方法係描述於例如以下文獻中：Ausubel等人(編)，Current Protocols in Molecular Biology ,John Wiley & Sons,NY(1993)；Kriegler,Gene Transfer and Expression ,A Laboratory Manual,Stockton Press,NY(1990)；及Dracopoli等人(編)，Current Protocols in Human Genetics ,John Wiley & Sons,NY(1994)第12及13章；Colberre-Garapin等人，1981,J.Mol.Biol.150：1，該等文獻係以全文引用的方式併入本文中。
可藉由載體擴增來增加抗體分子之表現量(關於綜述，參見Bebbington及Hentschel,The use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA cloning，第3卷(Academic Press,New York,1987))。當表現抗體之載體系統中之標記物可擴增時，宿主細胞培養物中所存在之抑制劑含量的增加將增加標記基因之複本數目。因為擴增區域與抗體基因相關，故抗體之產量亦將增加(Crouse等人，1983,Mol.Cell.Biol.3：257)。
宿主細胞可用兩種或兩種以上本文所描述之表現載體共同轉染，第一載體編碼重鏈衍生之多肽且第二載體編碼輕鏈衍生之多肽。兩種載體可含有使得能夠均等表現重鏈及輕鏈多肽之相同可選標記物。宿主細胞可用不同量之兩種或兩種以上表現載體共同轉染。舉例而言，宿主細胞可用以下第一表現載體與第二表現載體比率中任一者共同轉染：1：1、1：2、1：3、1：4、1：5、1：6、1：7、1：8、1：9、1：10、 1：12、1：15、1：20、1：25、1：30、1：35、1：40、1：45或1：50。
或者，可使用編碼且能夠表現重鏈及輕鏈多肽之單一載體。在該等情形下，應將輕鏈置於重鏈之前以避免過量無毒性重鏈(Proudfoot,1986,Nature 322：52；及Kohler,1980,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77：2197-2199)。重鏈及輕鏈之編碼序列可包含cDNA或基因組DNA。表現載體可為單順反子型或多順反子型。多順反子核酸構築體可編碼2、3、4、5、6、7、8、9、10或10個以上或在2-5、5-10或10-20範圍內之基因/核苷酸序列。舉例而言，雙順反子核酸構築體可按以下順序包含啟動子、第一基因(例如，本文所描述之抗體之重鏈)及第二基因(例如，本文所描述之抗體之輕鏈)。在該表現載體中，兩種基因之轉錄可由啟動子驅動，而來自第一基因之mRNA之轉譯可為利用帽依賴性掃描機制(cap-dependent scanning mechanism)且來自第二基因之mRNA之轉譯可為利用帽非依賴性機制，例如利用IRES。
在已藉由重組表現產生本文所描述之抗體分子後，即可藉由此項技術中已知用於純化免疫球蛋白分子的任何方法加以純化，例如藉由層析法(例如，離子交換層析法、親和層析法(尤其利用在蛋白質A之後對特異性抗原之親和力)及篩分管柱層析法)、離心、差異性溶解度或藉由用於純化蛋白質之任何其他標準技術。此外，本文所描述之抗體可融合於本文所描述或此項技術中另外已知的異源多肽序列以促進純化。
在特定實施例中，本文所描述之抗體經分離或經純化。一般而言，經分離抗體為實質上不含具有與該經分離抗體不同的抗原特異性的其他抗體的抗體。舉例而言，在一個特定實施例中，本文所描述之抗體之製劑實質上不含細胞物質及/或化學前驅物。措辭「實質上不含細胞物質」包括將抗體與自其中分離或重組產生該抗體之細胞組分分離的抗體製劑。因此，實質上不含細胞物質之抗體包括具有小於約 30%、20%、10%、5%、2%、1%、0.5%或0.1%(以乾重計)異源蛋白質(本文中亦稱作「污染蛋白質」)及/或抗體變異體(例如，抗體之不同轉譯後修飾形式或抗體之其他不同型式(例如，抗體片段))的抗體製劑。當抗體係重組產生時，其一般亦實質上不含培養基，亦即，培養基佔蛋白質製劑體積之小於約20%、10%、2%、1%、0.5%或0.1%。當抗體係藉由化學合成產生時，其一般實質上不含化學前驅物或其他化學物質，亦即，將其與蛋白質合成中所涉及之化學前驅物或其他化學物質分離。因此，除相關抗體以外，該等抗體製劑具有小於約30%、20%、10%或5%(以乾重計)之化學前驅物或化合物。在一個特定實施例中，本文所描述之抗體經分離或經純化。
1.4 產生抗體之方法
免疫特異性結合於KIT抗原之本文所描述之抗體(例如，人類或人類化抗體)(或其抗原結合片段)可藉由此項技術中已知的任何抗體合成方法來產生，例如，藉由化學合成或藉由重組表現技術。除非另外說明，否則本文所描述之方法利用分子生物學、微生物學、遺傳分析、重組DNA、有機化學、生物化學、PCR、寡核苷酸合成及修飾、核酸雜交及技術技能內之相關領域中的習知技術。此等技術描述於本文所引用之參考文獻中且於文獻中充分說明。參見例如Maniatis等人，(1982)Molecular Cloning：A Laboratory Manual ,Cold Spring Harbor Laboratory Press；Sambrook等人，(1989),Molecular Cloning：A Laboratory Manual ，第二版，Cold Spring Harbor Laboratory Press；Sambrook等人，(2001)Molecular Cloning：A Laboratory Manual ,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY；Ausubel等人，Current Protocols in Molecular Biology ,John Wiley & Sons(1987及每年修正版)；Current Protocols in Immunology ,John Wiley & Sons(1987及每年修正版)；Gait(編)(1984)Oligonucleotide Synthesis：A Practical Approach ,IRL Press；Eckstein(編)(1991)Oligonucleotides and Analogues：A Practical Approach ,IRL Press；Birren等人(編)(1999)Genome Analysis：A Laboratory Manual ,Cold Spring Harbor Laboratory Press。
舉例而言，可使用此項技術中已知的多種技術產生人類化抗體，包括(但不限於)CDR移植(歐洲專利第EP 239,400號；國際公開案第WO 91/09967號；及美國專利第5,225,539號、第5,530,101號及第5,585,089號)、面飾法或表面重整法(歐洲專利第EP 592,106號及第EP 519,596號；Padlan,1991,Molecular Immunology 28(4/5)：489-498；Studnicka等人，1994,Protein Engineering 7(6)：805-814；及Roguska等人，1994,PNAS 91：969-973)、鏈改組(美國專利第5,565,332號)及例如以下文獻中所揭示之技術：美國專利第6,407,213號、美國專利第5,766,886號、WO 9317105；Tan等人，J.Immunol.169：1119 25(2002)；Caldas等人，Protein Eng.13(5)：353-60(2000)；Morea等人，Methods 20(3)：267 79(2000)；Baca等人，J.Biol.Chem.272(16)：10678-84(1997)；Roguska等人，Protein Eng.9(10)：895 904(1996)；Couto等人，Cancer Res.55(增刊23)：5973s-5977s(1995)；Couto等人，Cancer Res.55(8)：1717-22(1995)；Sandhu JS,Gene 150(2)：409-10(1994)；及Pedersen等人，J.Mol.Biol.235(3)：959-73(1994)。亦參見美國專利公開案第US 2005/0042664 A1號(2005年2月24日)，該公開案係以引用的方式併入本文中。
在特定態樣中，人類化抗體能夠結合於預定抗原且包含實質上具有人類免疫球蛋白之胺基酸序列的構架區及實質上具有非人類免疫球蛋白(例如，鼠類免疫球蛋白)之胺基酸序列的CDR。在特定實施例中，人類化抗體亦包含免疫球蛋白恆定區(Fc)之至少一部分，通常為人類免疫球蛋白之至少一部分。抗體亦可包括重鏈之CH1、鉸鏈、 CH2、CH3及CH4區。人類化抗體可選自任何免疫球蛋白類別，包括IgM、IgG、IgD、IgA及IgE及任何同型，包括IgG1 、IgG2 、IgG3 及IgG4 。
單株抗體可使用此項技術已知的多種技術製備，包括使用融合瘤、重組及噬菌體呈現技術或其組合。舉例而言，可使用融合瘤技術產生單株抗體，包括此項技術中已知且例如以下文獻中所教示的融合瘤技術：Harlow等人，Antibodies：A Laboratory Manual ,(Cold Spring Harbor Laboratory Press，第2版，1988)；Hammerling等人，Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563 681(Elsevier,N.Y.,1981)。使用融合瘤技術產生且篩選特異性抗體之方法為常規且為此項技術中所熟知。舉例而言，可藉由重組技術產生單株抗體，例如由宿主細胞(諸如哺乳動物宿主細胞)表現之重組單株抗體。
使用融合瘤技術產生且篩選特異性抗體之方法為常規的且在此項技術中為熟知的。舉例而言，在融合瘤方法中，小鼠或其他適當宿主動物(諸如綿羊、山羊、兔、大鼠、倉鼠或獼猴)經免疫以引起淋巴細胞產生或能夠產生將特異性結合於免疫接種所用蛋白質(例如，人類KIT之D4區)的抗體。或者，可活體外免疫淋巴細胞。隨後使用適合融合劑(諸如聚乙二醇)使淋巴細胞與骨髓瘤細胞融合，以形成融合瘤細胞(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice ，第59-103頁(Academic Press,1986))。另外，可使用多位點重複免疫(repetitive immunization multiple sites；RIMMS)技術來免疫動物(Kilptrack等人，1997 Hybridoma 16：381-9，該文獻係以引用的方式併入本文中)。
骨髓瘤細胞株之非限制性實例包括鼠類骨髓瘤細胞株，諸如來源於購自薩克研究院細胞配送中心(Salk Institute Cell Distribution Center,San Diego,CA,USA)之MOPC-21及MPC-11小鼠腫瘤及購自美 國菌種保藏中心(Rockville,MD,USA)之SP-2或X63-Ag8.653細胞之細胞株。亦已描述人類骨髓瘤及小鼠-人類雜交骨髓瘤細胞株用於產生人類單株抗體(Kozbor,J.Immunol .,133：3001(1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications ，第51-63頁(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987))。
本文所描述之抗體包括識別特異性KIT抗原之抗體片段且可藉由熟習此項技術者已知的任何技術產生。舉例而言，本文所描述之Fab及F(ab')2 片段可藉由使用諸如木瓜蛋白酶(用於產生Fab片段)或胃蛋白酶(用於產生F(ab')2 片段)之酶對免疫球蛋白分子進行蛋白水解裂解而產生。Fab片段對應於抗體分子之兩條相同臂之一且含有與重鏈之VH域及CH1域配對的完全輕鏈。F(ab')2 片段含有抗體分子之由鉸鏈區中之二硫鍵連接的兩個抗原結合臂。
在一個態樣中，為產生完整抗體，可使用包括VH或VL核苷酸序列、限制位點及用於保護該限制位點之側接序列的PCR引子自模板(例如，scFv純系)擴增VH或VL序列。利用熟習此項技術者已知的選殖技術，可將經PCR擴增之VH域選殖於表現VH恆定區之載體中，且將經PCR擴增之VL域選殖於表現VL恆定區(例如人類κ或λ恆定區)之載體中。亦可將VH域及VL域選殖於表現必要恆定區的一種載體中。隨後使用熟習此項技術者已知的技術將重鏈轉化載體及輕鏈轉化載體共同轉染於細胞株中以產生表現全長抗體(例如，IgG)的穩定或短暫細胞株。
可藉由此項技術中熟知的方法來產生單域抗體，例如缺乏輕鏈之抗體。參見Riechmann等人，1999,J.Immunol.231：25-38；Nuttall等人，2000,Curr.Pharm.Biotechnol.1(3)：253-263；Muylderman,2001,J.Biotechnol.74(4)：277302；美國專利第6,005,079號；及國際公開案第WO 94/04678號、第WO 94/25591號及第WO 01/44301號。
在某些態樣中，可藉由此項技術中已知的重組技術來產生本文所描述之抗體，諸如異結合抗體、單鏈抗體及雙特異性抗體。舉例而言，在適於抗體產生的條件下培養表現本文所描述之抗體的包含哺乳動物宿主細胞之載體。
此外，免疫特異性結合於KIT抗原之抗體可使用熟習此項技術者熟知的技術轉而用於產生「模擬」抗原之抗-個體基因型抗體(參見例如Greenspan及Bona,1989,FASEB J.7(5)：437-444；及Nissinoff,1991,J.Immunol.147(8)：2429-2438)。
1.5 醫藥組合物及套組
本文提供包含一或多種本文所描述之抗體(例如，人類化抗體)或其抗原結合片段或其結合物的組合物、醫藥組合物及套組。在特定態樣中，本文所描述之組合物可供活體外、活體內或離體使用。在特定實施例中，本文提供包含本文所描述之抗體(例如，人類化抗體)(或其抗原結合片段)及醫藥學上可接受之載劑或賦形劑的醫藥組合物。
如本文所使用之術語「醫藥學上可接受」意謂經聯邦或州政府管理機構批准，或列於美國藥典、歐洲藥典或其他一般公認之藥典中供用於動物且更特定言之用於人類。
可藉由混合具有所要純度之抗體與視情況選用之生理學上可接受之載劑、賦形劑或穩定劑(Remington's Pharmaceutical Sciences (1990)Mack Publishing Co.,Easton,PA；Remington：The Science and Practice of Pharmacy ，第21版(2006)Lippincott Williams & Wilkins,Baltimore,MD)來製備呈凍乾調配物或水溶液形式之含有一或多種本文所提供之抗體(例如，人類化抗體)的治療調配物供儲存。可接受之載劑、賦形劑或穩定劑在所用劑量及濃度下對接受者無毒，且包括緩衝劑，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；及/或非離子型界面活性劑，諸如TWEENTM 、PLURONICSTM 或聚乙二醇(PEG)。
調配物(諸如本文所描述者)亦可含有一種以上對所治療之特定適應症而言必需的活性化合物(例如分子，例如本文所描述之抗體)。在某些實施例中，調配物包含本文所提供之抗體及一或多種不會不利地影響彼此的具有互補活性的活性化合物。該等分子適合以組合形式以可有效達成預定目的之量存在。舉例而言，本文所描述之抗體可與一或多種其他治療劑(例如，酪胺酸激酶抑制劑，諸如甲磺酸伊馬替尼或舒尼替尼(sunitinib)；或組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑，諸如伏立諾他(vorinostat))組合。該組合療法可連續或同時或依序投與至患者。
欲用於活體內投藥之調配物可為無菌的。此無菌係藉由經由例如無菌過濾膜過濾而容易地實現。
在特定態樣中，本文所提供之醫藥組合物含有處於醫藥學上可接受之載劑中的治療有效量之一或多種本文所提供之抗體(例如，人類化抗體)及視情況一或多種額外預防或治療劑。該等醫藥組合物適用於預防、治療、控制或改善KIT相關病症或疾病，諸如癌症(例如，GIST)或發炎性腸病，或其一或多種症狀。
適於投與本文所提供之抗體的醫藥載劑包括熟習此項技術者已知適於特定投藥模式的任何該等載劑。
另外，本文所描述之抗體可調配為組合物中之唯一醫藥活性成分或可與其他活性成分(諸如一或多種其他預防或治療劑)組合。
組合物可含有一或多種本文所提供之抗體。在一個實施例中，將抗體調配成適合醫藥製劑，諸如用於經口投藥之溶液、懸浮液、錠劑、可分散錠劑、丸劑、膠囊、散劑、持續釋放調配物或酏劑，或用於非經腸投藥之無菌溶液或懸浮液，以及經皮貼片製劑及乾粉吸入器。
在組合物中，一或多種本文所提供之抗體(或其結合物)係與適合醫藥載劑混合。組合物中之抗體濃度可例如在投藥後有效遞送可治 療、預防或改善KIT相關病症或疾病或其症狀的量。在特定實施例中，組合物中之抗體-藥物結合物濃度可例如在投藥後有效遞送可治療、預防或改善KIT相關病症或疾病或其症狀的藥物量。
在一個實施例中，組合物經調配以供用於單劑量投藥。為調配組合物，將一定重量分數之化合物以減輕、預防所治療病狀或改善一或多種症狀之有效濃度溶解、懸浮、分散或以其他方式混合於所選載劑中。
在某些態樣中，本文所提供之抗體(例如，人類化抗體)(或其抗體-藥物結合物)係以足以對所治療之患者發揮治療上有用之效應而不存在或存在極少或可忽略之不理想副作用的有效量包括在醫藥學上可接受之載劑中。可藉由使用常規方法測試活體外及活體內系統中之化合物而憑經驗確定治療有效濃度且隨後由其外推用於人類之劑量。
醫藥組合物中之抗體濃度將視例如抗體之物理化學特徵、給藥時程及投與量以及熟習此項技術者已知的其他因素而定。在某些態樣中，醫藥組合物中之抗體-藥物結合物濃度將視例如抗體及/或藥物之物理化學特徵、給藥時程及投與量以及熟習此項技術者已知的其他因素而定。
在一個實施例中，治療有效劑量產生約0.1ng/ml至約50-100μg/ml之抗體血清濃度。在另一實施例中，醫藥組合物提供每公斤體重約0.001mg至約2000mg之抗體劑量以供投與一段時間，例如每天、每週、每2週或每3週。可製備醫藥單位劑型以提供每單位劑型約0.01mg至約2000mg且在一個實施例中約10mg至約500mg抗體及/或其他視情況選用之必要成分之組合。
在一個特定實施例中，本文所描述之抗體-藥物結合物係以每公斤體重約1mg至100mg抗體-藥物結合物之有效劑量投與以供投與一段時間，例如每天、每週、每2週或每3週。
抗體可一次投與或可分成多個較小劑量以一定的時間間隔投與。應瞭解，精確劑量及治療持續時間隨所治療疾病而變化，且可使用已知的測試方案或藉由自活體內或活體外測試資料外推而憑經驗確定。應注意，濃度及劑量值亦可隨待減輕病狀之嚴重程度而改變。應進一步瞭解，對於任何特定個體，特定給藥方案可根據個別需要及投與或監督組合物投與之人員的專業判斷而隨時間調整，且本文所闡述之濃度範圍僅為例示性的且不意欲限制所主張組合物之範疇或實務。
在混合或添加抗體後，所得混合物可為溶液、懸浮液、乳液或其類似物。所得混合物之形式視多種因素而定，包括預定投藥模式及化合物在所選載劑或媒劑中之溶解度。有效濃度足以改善所治療疾病、病症或病狀之症狀且可憑經驗確定。
提供呈單位劑型之醫藥組合物供投與人類及動物，諸如含有適量化合物或其醫藥學上可接受之衍生物的無菌非經腸(例如，經靜脈內)溶液或懸浮液。亦提供呈單位劑型之醫藥組合物供投與人類及動物，諸如含有適量化合物或其醫藥學上可接受之衍生物的片劑、膠囊劑、丸劑、散劑、顆粒劑及經口溶液或懸浮液，以及油-水乳液。在一個實施例中，將抗體調配呈單位劑型或多次劑型且投與。如本文所使用之單位劑型係指適於人類及動物個體且如此項技術中已知進行個別包裝之物理離散單元。各單位劑量含有足以產生所需治療效應之預定量之抗體，以及所需醫藥載劑、媒劑或稀釋劑。單位劑型之實例包括安瓿及注射器，以及個別包裝之錠劑或膠囊。單位劑型可以其分數或倍數投與。多次劑型為欲以分隔單位劑型投予之包裝在單一容器中之複數個相同單位劑型。多次劑型之實例包括小瓶、錠劑或膠囊瓶、或品脫或加侖瓶。因此，多次劑型為在包裝時未分隔之多個單位劑量。
在某些實施例中，一或多種本文所描述之抗KIT抗體呈液體醫藥 調配物形式。醫藥學上可投與之液體組合物可例如藉由將如上文所定義之活性化合物與視情況選用之醫藥佐劑在載劑(諸如水、生理食鹽水、右旋糖水溶液、甘油、二醇、乙醇及其類似物)中溶解、分散或以其他方式混合進而形成溶液或懸浮液來製備。必要時，欲投與之醫藥組合物亦可含有少量無毒輔助物質，諸如濕潤劑、乳化劑、增溶劑及pH值緩衝劑及其類似物。
製備該等劑型之實際方法為已知的，或對於熟習此項技術者將顯而易見；舉例而言，參見例如Remington' Pharmaceutical Sciences (1990)Mack Publishing Co.,Easton,PA；Remington：The Science and Practice of Pharmacy ，第21版.(2006)Lippincott Williams & Wilkins,Baltimore,MD。
可製備劑型或組合物，其含有0.005%至100%範圍內之抗體，且其餘由無毒載劑補足。製備此等組合物之方法為熟習此項技術者已知的。
在一個實施例中，非經腸投與之特徵在於注射，本文亦涵蓋經皮下、經肌肉內或經靜脈內注射。注射劑可製成習知形式，呈液體溶液或懸浮液形式、適於在注射前溶解或懸浮於液體中之固體形式或呈乳液形式。注射劑、溶液及乳液亦含有一或多種賦形劑。適合賦形劑為例如水、生理食鹽水、右旋糖、甘油或乙醇。另外，必要時，欲投與之醫藥組合物亦可含有少量無毒輔助物質，諸如濕潤或乳化劑、pH值緩衝劑、穩定劑、溶解增強劑及其他該等試劑。其他投藥途徑可包括經腸投藥、經腦內投藥、經鼻投藥、經動脈內投藥、經心臟內投藥、經骨內輸注、經鞘內投藥及經腹膜內投藥。
供非經腸投藥之製劑包括備用於注射之無菌溶液、備用於在即將使用前與溶劑組合之無菌乾燥可溶性產物(諸如凍乾粉末)(包括皮下注射錠劑)、備用於注射之無菌懸浮液、備用於在即將使用前與媒 劑組合之無菌乾燥不溶性產物及無菌乳液。該等溶液可為水性或非水性的。
若經靜脈內投藥，則適合載劑包括生理食鹽水或磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)，以及含有諸如葡萄糖、聚乙二醇及聚丙二醇及其混合物之增稠劑及增溶劑的溶液。
用於非經腸製劑中之醫藥學上可接受之載劑包括水性媒劑、非水性媒劑、抗微生物劑、等張劑、緩衝劑、抗氧化劑、局部麻醉劑、懸浮及分散劑、乳化劑、錯隔劑(sequestering)、螯合劑(chelating agent)及其他醫藥學上可接受之物質。
醫藥載劑亦包括水可混溶性媒劑乙醇、聚乙二醇及丙二醇及用於pH調節之氫氧化鈉、鹽酸、檸檬酸或乳酸。
作為說明，含有活性化合物之無菌水溶液之靜脈內或動脈內輸注為有效投藥模式。另一實施例為含有按需要注射以產生所需藥理學效應之活性物質的無菌水性或油性溶液或懸浮液。
抗體可以微米尺寸化或其他適合形式懸浮。所得混合物之形式視多種因素而定，包括預定投藥模式及化合物在所選載劑或媒劑中之溶解度。有效濃度足以改善病狀之症狀且可憑經驗確定。
在其他實施例中，醫藥調配物為凍乾粉末，其可復原成溶液、乳液及其他混合物形式供投藥。其亦可復原並調配成固體或凝膠形式。
藉由將本文所提供之抗體溶解於適合溶劑中來製備凍乾粉末。在一些實施例中，凍乾粉末為無菌的。溶劑可含有改良粉末或由粉末製備之復原溶液之穩定性或其他藥理學組分的賦形劑。可使用之賦形劑包括(但不限於)右旋糖、山梨聚糖、果糖、玉米糖漿、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其他適合藥劑。溶劑亦可含有緩衝劑，諸如檸檬酸鹽、磷酸鈉或磷酸鉀或(在一個實施例中)熟習此項技術者已知的約 中性pH值的其他該種緩衝劑。隨後將溶液無菌過濾，接著在熟習此項技術者已知的標準條件下凍乾，得到所需調配物。在一個實施例中，將所得溶液分配至小瓶中供凍乾。各小瓶將含有單劑量或多劑量化合物。凍乾粉末可儲存在適當條件下，諸如在約4℃至室溫下。
用注射用水復原此凍乾粉末得到用於非經腸投藥之調配物。關於復原，將凍乾粉末添加至無菌水或其他適合載劑中。精確量視所選化合物而定。該量可憑經驗確定。
本文所提供之抗體可經調配供局部或經皮應用，諸如以凝膠、乳膏及洗劑形式經皮應用於皮膚及黏膜(諸如眼中)及應用於眼睛或用於腦池內或脊柱內應用。經皮投藥涵蓋經皮遞送且亦涵蓋投與眼睛或黏膜，或用於吸入療法。亦可投與單獨或與其他醫藥學上可接受之賦形劑組合之活性化合物的鼻用溶液。
本文所提供之抗體及其他組合物亦可經調配以靶向特定組織、受體或欲治療個體之其他身體區域。許多該等靶向方法為熟習此項技術者所熟知。所有該等靶向方法在本文中預期用於本發明組合物。關於靶向方法之非限制性實例，參見例如美國專利第6,316,652號、第6,274,552號、第6,271,359號、第6,253,872號、第6,139,865號、第6,131,570號、第6,120,751號、第6,071,495號、第6,060,082號、第6,048,736號、第6,039,975號、第6,004,534號、第5,985,307號、第5,972,366號、第5,900,252號、第5,840,674號、第5,759,542號及第5,709,874號。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體係靶向(或以其他方式投與)骨髓，諸如在患有白血病或處於患白血病風險中之患者中。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體係靶向(或以其他方式投與)胃腸道，諸如在患有胃腸基質腫瘤或處於患胃腸基質腫瘤風險中之患者中。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體係靶向(或以其他方式投與)肺部，諸如在患有肺癌(例如小細胞肺癌)或處於患肺 癌(例如小細胞肺癌)風險中之患者中。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體係靶向(或以其他方式投與)腦部，諸如在患有神經母細胞瘤或處於患神經母細胞瘤風險中之患者中。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體能夠越過血腦障壁。
本文提供醫藥包裝或套組，其包含一或多個填充有本文所描述之醫藥組合物之一或多種成分(諸如一或多種本文所提供之抗體)的容器。視情況與該(等)容器相關聯者可為由管理醫藥或生物產品之製造、使用或銷售之政府機構所規定之形式的通知，該通知體現由製造、使用或銷售機構批准用於人類投藥。
本文亦提供可用於上述方法中之套組。在一個實施例中，套組包含處於一或多個容器中之本文所描述之抗體，較佳為經純化抗體。在一個特定實施例中，本文所描述之套組含有實質上經分離之KIT抗原作為對照。在另一特定實施例中，本文所描述之套組進一步包含不與KIT抗原反應之對照抗體。在另一特定實施例中，本文所描述之套組含有一或多種用於偵測經修飾抗體與KIT抗原之結合(例如，抗體可結合於諸如螢光化合物、酶受質、放射性化合物或發光化合物之可偵測受質，或識別第一抗體之第二抗體可結合於可偵測受質)的要素。在特定實施例中，套組可包括重組產生或化學合成之KIT抗原。套組中所提供之KIT抗原亦可連接於固體支撐物。在一個更特定實施例中，上述套組之偵測構件包括與KIT抗原連接之固體支撐物。該套組亦可包括未連接之經報導體標記之抗-人類抗體。在此實施例中，抗體與KIT抗原之結合可藉由該經報導體標記之抗體的結合來偵測。
1.6 方法
本文提供用於阻礙、預防、治療及/或控制KIT相關病症或疾病(例如，癌症)之方法。該等方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗KIT抗體(例如，人類化抗體，及其抗原結合片段或 其結合物)。在某些態樣中，本文亦提供用於預防、阻礙、治療或控制KIT相關病症或疾病之一或多種症狀的方法。
如本文所使用之「投與」或「投藥」係指向個體或患者(例如，人類)注射或另外以物理方式遞送物質(例如，本文所提供之人類化抗KIT抗體或其抗原結合片段或其結合物)，諸如藉由經黏膜、經局部、經皮內、經靜脈內、經肌肉內遞送及/或本文所描述或此項技術中已知的任何其他物理遞送方法。
如本文所使用之術語「有效量」或「治療有效量」係指足以降低及/或改善指定疾病及/或其相關症狀之嚴重程度及/或持續時間的療法(例如，本文所提供之人類化抗體或醫藥組合物)的量。此等術語亦涵蓋降低或改善指定疾病之發展或進展、降低或改善指定疾病之復發、發展或發作及/或改良或增強另一療法(例如除本文所提供之抗KIT抗體以外的療法)之預防或治療效應所必需的量。在一些實施例中，如本文所使用之「有效量」亦係指本文所描述之抗體達成指定結果(例如，抑制(例如，部分抑制)細胞之KIT生物活性，諸如抑制細胞增殖或細胞存活，或增強或誘導細胞凋亡或細胞分化)的量。
如本文所使用之術語「組合」在投與其他療法的情形下係指使用多於一種療法。術語「組合」之使用並不限制投與療法之順序。該等療法可例如連續、相繼、同時或相伴投與。
如本文所使用之術語「控制」係指個體自療法(例如，預防或治療劑)獲得之有利效應，其不會治癒KIT相關疾病或病症。在某些實施例中，對個體投與一或多種療法(例如，預防或治療劑，諸如本文所描述之抗體)以「控制」KIT相關疾病(例如，癌症、發炎性病狀或纖維化)、其一或多種症狀，以預防該疾病之進展或惡化。
如本文所使用之術語「阻礙」在KIT相關病症或疾病之情形下係指由於投與本文所提供之療法或療法組合(例如，諸如本文所描述之 抗體之預防或治療劑之組合)而完全或部分抑制(例如，小於100%、95%、90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%或5%)或阻斷KIT相關疾病及/或其相關症狀之發展、復發、發作或擴散。
如本文所使用之術語「預防劑」係指可完全或部分抑制個體之KIT相關疾病及/或其相關症狀之發展、復發、發作或擴散的任何藥劑。在某些實施例中，術語「預防劑」係指本文所描述之抗體。在某些其他實施例中，術語「預防劑」係指除本文所描述之抗體以外的藥劑。一般而言，預防劑為已知適用於或已用於或目前正用於預防KIT相關疾病及/或其相關症狀或阻礙KIT相關疾病及/或其相關症狀之發作、發展、進展及/或嚴重化的藥劑。在特定實施例中，預防劑為人類抗KIT抗體，諸如人類化或完全人類抗KIT單株抗體。
如本文所使用之術語「副作用」涵蓋療法(例如，預防或治療劑)之不合需要且不利之效應。不合需要之效應未必不利。來自療法(例如預防或治療劑)之不利效應可為有害的或令人不適的或有風險的。副作用之實例包括腹瀉、咳嗽、胃腸炎、喘鳴、噁心、嘔吐、厭食、腹部絞痛、發熱、疼痛、體重減輕、脫水、脫髮、呼吸困難、失眠、眩暈、黏膜炎、神經及肌肉效應、疲乏、口腔乾燥及食慾不振、投藥部位發疹或腫脹、流感樣症狀(諸如發熱、發冷及疲乏)、消化道問題及過敏反應。患者所經歷之其他不合需要之效應眾多且在此項技術中為已知的。許多描述於Physician's Desk Reference (第63版，2009)中。
如本文中所使用，術語「個體」與「患者」可互換使用。如本文所使用，個體較佳為哺乳動物，諸如非靈長類動物(例如，牛、豬、馬、貓、狗、山羊、兔、大鼠、小鼠等)或靈長類動物(例如，猴及人類)，最佳為人類。在一個實施例中，個體為患有KIT相關病症或疾病之哺乳動物，較佳為人類。在另一實施例中，個體為有發展KIT 相關病症或疾病之風險的哺乳動物，較佳為人類。在另一實施例中，個體為非人類靈長類動物。在一個特定實施例中，個體為至少18歲之成年人類個體。
如本文所使用，術語「療法」可係指可用於預防、治療、控制或改善病狀或病症或其症狀(例如，癌症或一或多種與其相關之症狀或病狀；發炎性病狀或一或多種與其相關之症狀或病狀；纖維化或一或多種與其相關之症狀或病狀)之任何方案、方法、組合物、調配物及/或藥劑。在某些實施例中，術語「療法」係指適用於治療、控制、預防或改善病狀或病症或其一或多種症狀(例如，癌症或一或多種與其相關之症狀或病狀；發炎性病狀或一或多種與其相關之症狀或病狀；纖維化或一或多種與其相關之症狀或病狀)的藥物療法、輔助療法、輻射、手術、生物療法、支持療法及/或其他療法。在某些實施例中，術語「療法」係指除本文所描述之抗KIT抗體或其醫藥組合物以外的療法。在特定實施例中，「額外療法」係指除使用本文所描述之抗KIT抗體或醫藥組合物之治療以外的療法。在一個特定實施例中，療法包括使用本文所描述之抗KIT抗體作為輔助療法。舉例而言，與藥物療法、生物療法、手術及/或支持療法結合使用本文所描述之抗KIT抗體。
如本文所使用，術語「治療劑」係指可用於治療、控制或改善KIT相關疾病及/或其相關症狀之任何藥劑。在某些實施例中，術語「治療劑」係指本文所描述之抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20中之任一者)、其抗原結合片段或其結合物。在某些其他實施例中，術語「治療劑」係指除本文所描述之抗體以外的藥劑。治療劑較佳為已知適用於或已用於或目前正用於治療、控制或改善KIT相關疾病或與其相關之一或多種症狀的藥劑。在特定實施例中，治療劑為人類抗KIT抗體，諸如完全人類抗KIT單株抗體。
如本文所使用，術語「KIT相關病症」或「KIT相關疾病」可互換使用且係指完全或部分由KIT表現及/或活性或其缺乏導致、與其相關或作為其結果的任何疾病。在一個態樣中，KIT相關病症或疾病可為熟習此項技術者已知的，或可由熟習此項技術者確定。在某一實施例中，KIT相關疾病或病症與KIT表現及/或活性相關。舉例而言，KIT表現及/或活性可與一或多種其他因素(例如，另一基因之突變或表現及/或活性)組合造成KIT相關疾病或病症之發展及/或進展。在某一實施例中，KIT相關疾病或病症與KIT之一或多個突變相關。
在某些實施例中，KIT相關疾病為纖維化或發炎性病症，例如，發炎性腸病(IBD)，諸如克羅恩氏病(Crohn's disease，CD)或潰瘍性結腸炎(UC)。在其他實施例中，KIT相關疾病為癌症，諸如肺癌(例如，小細胞肺癌)、白血病、神經母細胞瘤、黑色素瘤、肉瘤(例如，尤文氏肉瘤(Ewing's sarcoma))或胃腸基質腫瘤(GIST)。
如本文所使用，術語「治療」係指由於投與一或多種療法(包括(但不限於)投與一或多種預防或治療劑，諸如本文所提供之抗體)而降低或改善KIT相關疾病(例如，癌症、發炎性病症或纖維化)之進展、嚴重程度及/或持續時間。
在特定實施例中，本文所描述之用於治療KIT相關病症或疾病之方法提供由於投與一或多種療法(包括(但不限於)投與一或多種預防或治療劑，諸如本文所描述之抗KIT抗體)而降低或改善KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀或纖維化)之進展、嚴重程度及/或持續時間的。在另一特定實施例中，本文所描述之用於治療KIT相關病症或疾病之方法係關於減少KIT相關病症或疾病之一或多種症狀。在特定實施例中，本文所描述之抗體，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，例如抗體Hum8或Hum4或Hum17或Hum10，或其抗原結合片段或其結合物係用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)。在一個特定 實施例中，用本文所描述之抗KIT抗體或其抗原結合片段或其結合物治療或控制之KIT相關疾病或病症與KIT表現及/或活性相關，例如，涉及表現KIT及/或展現KIT活性之細胞，但並非由KIT表現或活性導致或為其結果。
在一個特定實施例中，本文提供用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者或Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段或其結合物，其中該抗體包含(i)具有SEQ ID NO：7、8、9或10之胺基酸序列的VL鏈區，及/或(ii)具有SEQ ID NO：2、3、4、5或6之胺基酸序列的VH鏈區。在另一特定實施例中，本文提供用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體包含選自表4中所提供之群組的VH域(例如，H1-H5，SEQ ID NO：2-6)與VL域(L1-L4，SEQ ID NO：7-10)之組合。在一個特定實施例，本文提供用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段或其結合物，其中該抗體包含(i)包含SEQ ID NO：12之胺基酸序列(參見例如圖4B)的VL鏈區，及/或(ii)包含SEQ ID NO：11之共同胺基酸序列(參見例如圖4A)的VH鏈區。在一個特定實施例，本文提供用於治療或控制KIT相關病症(例如，癌症)之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段或其結合物，其中該抗體包含(i)包含表6A中所闡述之胺基酸序列(例如，L1-L4及LL1-LL62)的VL鏈區，及/或(ii)包含表6B中所闡述之胺基酸序列(例如，H1-H5及HH1-HH256)的VH鏈區。
在一個特定實施例中，本文所描述之方法中所使用之抗體係由其所結合之細胞內在化。在一個特定實施例中，本文所描述之方法中 使用結合物，其中該結合物包含本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體，例如Hum4或Hum8)或其KIT結合片段。在一個特定實施例中，該結合物包含共價或非共價連接於諸如毒素之治療劑的本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其KIT結合片段。在某一實施例中，本文所描述之方法中所使用之結合物係內在化至其所結合之細胞中。
在某些實施例中，KIT由細胞異常(例如，高度)表現，例如，KIT經過度表現。在特定實施例中，KIT表現(例如，於細胞表面上)比對照細胞(例如，表現正常量之KIT的細胞，例如正常(例如，人類)肥大細胞、幹細胞、腦細胞、黑色素母細胞或卵巢細胞)表面上之KIT表現高出至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。在特定實施例中，KIT表現產生比對照細胞群體(例如，表現正常量之KIT的細胞群體，例如，正常(例如，人類)肥大細胞群體、幹細胞群體、腦細胞群體、黑色素母細胞群體或卵巢細胞群體)表面上之平均KIT表現高出至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%細胞表面KIT表現。在特定實施例中，該等對照細胞可獲自或來源於健康個體(例如，健康人類)。在一些實施例中，KIT可在特定細胞類型中異常上調，無論KIT是否異常表現於細胞表面上。在特定實施例中，KIT信號傳導或活性可在特定細胞類型中異常上調，無論KIT是否異常表現於細胞表面上。在特定實施例中，KIT信號傳導比對照細胞(例如，含有正常KIT信號傳導之細胞，例如肥大細胞、幹細胞、腦細胞、黑色素母細胞或卵巢細胞)之KIT信號傳導高出至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。在特定實施例中，KIT信號傳導比對照細胞群體(例如，展現正常KIT信號傳導之細胞群體，例如，正常(例 如，人類)肥大細胞群體、幹細胞群體、腦細胞群體、黑色素母細胞群體或卵巢細胞群體)之平均KIT信號傳導高出至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。在某些實施例中，正常、異常或過度細胞信號傳導係由KIT結合於KIT配位體造成。在其他實施例中，異常或過度細胞信號傳導之發生與KIT結合於KIT配位體無關。
在某些態樣中，KIT相關病症或疾病之特徵可在於功能獲得性KIT活性、KIT活性增加或KIT過度表現。在一個實施例中，KIT相關病症或疾病係完全或部分由功能獲得性KIT活性或KIT表現(例如，過度表現)造成或為功能獲得性KIT活性或KIT表現(例如過度表現)之結果。在某些實施例中，功能獲得性KIT活性之發生與KIT配位體(例如，SCF)結合KIT受體無關。在特定態樣中，KIT於細胞中之高度表現或過度表現係指表現量比已知具有正常KIT表現或KIT活性之參考細胞之表現量或比已知具有正常KIT表現或KIT活性之細胞群體或樣本中之平均KIT表現量高出至少約35%、45%、55%或65%。可藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，西方墨點法或免疫組織化學)評估KIT之表現量。在特定實施例中，KIT相關病症或疾病之特徵在於KIT活性高於正常KIT活性且造成細胞轉型、瘤形成及腫瘤生成。在特定態樣中，細胞中之KIT活性較高或增加係指比已知具有正常KIT活性之參考細胞之表現量或比已知具有正常KIT活性之細胞群體或樣本中之平均KIT活性程度高出至少約35%、45%、55%或65%的KIT活性程度。KIT活性之非限制性實例包括KIT細胞質域之酪胺酸磷酸化及KIT下游之信號傳導，諸如Stat或Akt信號傳導。
病症或KIT相關病症或疾病之非限制性實例包括癌症，諸如乳癌、白血病(例如，慢性骨髓性白血病、急性骨髓白血病、肥大細胞白血病)、肺癌(例如，小細胞肺癌)、神經母細胞瘤、胃腸基質腫瘤 (GIST)、黑色素瘤、結腸直腸癌、肉瘤(例如，尤文氏肉瘤)及生殖細胞腫瘤(例如，精原細胞瘤)。在一個特定實施例中，藉由本文所提供之方法加以治療或控制之癌症的特徵在於功能獲得性KIT突變或KIT過度表現。
在一個特定實施例中，本文所描述之方法係用於治療癌症(例如，GIST、肺癌或肉瘤(例如，尤文氏肉瘤))，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在某些態樣中，本文亦提供用於預防、治療或控制癌症之一或多種症狀的方法，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在一個特定實施例中，用於本文所描述之癌症治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列(L2)的VL域及/或包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列(H3)的VH域。在一個特定實施例中，用於本文所描述之癌症治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列(L1)的VL域及/或包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列(H4)的VH域。
在一個特定實施例中，本文所描述之方法係用於治療GIST，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在某些態樣中，本文亦提供用於預防、治療或控制GIST之一或多種症狀的方法，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段， 或其結合物。在一個特定實施例中，用於本文所描述之GIST治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列(L2)的VL域及/或包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列(H3)的VH域。在一個特定實施例中，用於本文所描述之GIST治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列(L1)的VL域及/或包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列(H4)的VH域。
在一個特定實施例中，本文所描述之方法係用於治療肺癌(例如，小細胞肺癌)，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在某些態樣中，本文亦提供用於預防、治療或控制肺癌(例如，小細胞肺癌)之一或多種症狀的方法，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在一個特定實施例中，用於肺癌(例如，小細胞肺癌)治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列(L2)的VL域及/或包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列(H3)的VH域。在一個特定實施例中，用於肺癌(例如，小細胞肺癌)治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列(L1)的VL域及/或包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列(H4)的VH域。
在一個特定實施例中，本文所描述之方法係用於治療黑色素瘤，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在某些態樣中，本文亦提供用於預防、治療或控制黑色素瘤之一或多種症狀的方法，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量 之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在一個特定實施例中，用於本文所描述之黑色素瘤治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列(L2)的VL域及/或包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列(H3)的VH域。在一個特定實施例中，用於本文所描述之黑色素瘤治療方法中之抗體包含有包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列(L1)的VL域及/或包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列(H4)的VH域。
在特定實施例中，根據本文所描述之方法加以治療之癌症可為任何類型之癌症，其包含表現細胞表面KIT或其突變形式之癌症或腫瘤細胞，其可藉由熟習此項技術者已知的任何組織學或細胞學方法來確認。
在某些實施例中，癌症為轉移性的。在某些實施例中，癌症為已藉由局部侵襲或轉移擴散至起源部位或器官外部的晚期癌症。
在特定實施例中，癌症為在對初始療法作出反應之後(例如，在移除腫瘤之手術及手術後之輔助療法之後)，已在初始部位或遠端部位再生長之復發性癌症。在一些實施例中，癌症為即使正向癌症患者投與或已投與抗腫瘤劑(諸如化學治療劑)亦有所進展之頑抗性癌症。頑抗性癌症之非限制性實例為對諸如GLEEVEC® (甲磺酸伊馬替尼)、SUTENT® (SU11248或舒尼替尼)、IRESSATM (吉非替尼(gefitinib))、TARCEVA® (埃羅替尼(erlotinib))、NEXAVAR® (索拉非尼(sorafenib))或VOTRIENTTM (帕唑帕尼(pazopanib))之酪胺酸激酶抑制劑具頑抗性之癌症。在一些實施例中，癌症為即使正向癌症患者投與或已投與輻射或化學療法亦有所進展之頑抗性癌症。
在特定實施例中，本文提供治療有需要患者之頑抗性癌症的方法，該方法包含向該患者投與治療有效量之本文所描述之抗體，其中 該頑抗性癌症對諸如酪胺酸激酶抑制劑(例如，GLEEVEC® (甲磺酸伊馬替尼)或SUTENT® (SU11248或舒尼替尼))之抗癌劑具有頑抗性或抗性。酪胺酸激酶抑制劑之其他非限制性實例包括706及AMNI07(尼勒替尼(nilotinib))、RAD00I、PKC412、吉非替尼(IRESSATM )、埃羅替尼(TARCEVA® )、索拉非尼(NEXAVAR® )、帕唑帕尼(VOTRIENTTM )、阿西替尼(axitinib)、博索替尼(bosutinib)、西地尼布(cediranib；RECENTIN® )、SPRYCEL® (達沙替尼(dasatinib))、拉帕替尼(lapatinib；TYKERB® )、來他替尼(lestaurtinib)、尼拉替尼(neratinib)、尼勒替尼(TASIGNA® )、司馬沙尼(semaxanib)、托西尼布(toceranib；PALLADIATM )、凡德他尼(vandetanib；ZACTIMATM )及瓦他拉尼(vatalanib)。在某些實施例中，頑抗性癌症最初對諸如酪胺酸激酶抑制劑(例如，GLEEVEC® 或SU11248(亦即，舒尼替尼))之抗癌劑有反應，但已發展出抗癌劑抗性。在某些實施例中，個體具有一或多個可賦予諸如酪胺酸激酶抑制劑之抗癌劑抗性之KIT突變。
在特定實施例中，將本文所描述之抗體投與先前已接受或目前正接受一或多種抗癌療法之患者，該一或多種抗癌療法例如化學治療劑或酪胺酸激酶抑制劑(例如，GLEEVEC® (甲磺酸伊馬替尼)、SUTENT® (SU11248或舒尼替尼)、IRESSATM (吉非替尼)、TARCEVA® (埃羅替尼)、NEXAVAR® (索拉非尼)或VOTRIENTTM (帕唑帕尼))或組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑(例如伏立諾他或辛二醯苯胺異羥肟酸(SAHA))。在其他特定實施例中，將本文所描述之抗體投與對抗癌療法(例如，酪胺酸激酶抑制劑，例如GLEEVEC® (甲磺酸伊馬替尼)、SUTENT® (SU11248或舒尼替尼)、IRESSATM (吉非替尼)、TARCEVA® (埃羅替尼)、NEXAVAR® (索拉非尼)或VOTRIENTTM (帕唑帕尼))具有或疑似具有抗性或頑抗性之患者。
在特定實施例中，將本文所描述之抗體(例如，抗體Hum1- Hum20中之任一者，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)，或其結合物)投與先前已接受或目前正接受一或多種抗癌療法之患者，該一或多種抗癌療法例如抗生長因子受體抗體(例如，抗HER2抗體、抗EGFR抗體、抗VEGFR抗體或抗KIT抗體)或抗生長因子抗體(例如，抗EGF抗體、抗VEGF抗體)。在其他特定實施例中，將本文所描述之抗體投與對抗癌療法(例如，抗生長因子受體抗體(例如，抗HER2抗體、抗EGFR抗體、抗VEGFR抗體或抗KIT抗體)或抗生長因子抗體(例如，抗EGF抗體、抗VEGF抗體))具有或疑似具有抗性或頑抗性之患者。
在一個特定實施例中，本文所描述之用於治療或控制有需要之個體之癌症之方法由於投與治療有效量之本文所描述之抗KIT抗體而可達成以下效應中之至少一者、兩者、三者、四者或四者以上：(i)降低或改善癌症(例如，白血病、肺癌或胃腸基質癌)及/或一或多種與其相關之症狀的嚴重程度；(ii)減少一或多種與癌症(例如，白血病、肺癌或胃腸基質癌)相關之症狀的持續時間；(iii)預防腫瘤(例如，肺腫瘤或胃腸基質腫瘤)復發；(iv)癌症(例如，白血病、肺癌或胃腸基質腫瘤)及/或一或多種與其相關之症狀消退；(v)減少個體之住院期；(vi)減少住院期時長；(vii)增加個體之存活；(viii)抑制癌症(例如，白血病、肺癌或胃腸基質腫瘤)及/或一或多種與其相關之症狀的進展；(ix)增強或改良另一療法(例如，手術、輻射、化學療法或另一酪胺酸激酶抑制劑)之治療效應；(x)減少或消除癌細胞群體(例如，白血病細胞群體、肺癌細胞群體、胃腸基質腫瘤細胞群體)；(xi)減少腫瘤或贅瘤之生長；(xii)降低腫瘤尺寸(例如，體積或直徑)；(xiii)減少新形成腫瘤之形成；(xiv)消除、移除或控制原發性、區域性及/或轉移性癌症；(xv)藉由在手術之前減少腫瘤及/或水腫相關之血管形成而逐漸移除腫瘤；(xvi)降低轉移之數目或尺寸；(xvii)降低死亡率；(xviii)增加 患者之無腫瘤存活率；(xvix)增加無復發存活；(xx)增加病徵減輕之患者數目；(xxi)降低住院率；(xxii)腫瘤尺寸得以維持且不增加或增加小於投與標準療法後之腫瘤增加，如藉由熟習此項技術者可利用之習知方法所量測，諸如電腦斷層攝影術(CT)掃描、磁共振成像(MRI)、動態對比度增強型MRI(DCE-MRI)或正電子發射斷層攝影術(PET)掃描；(xxiii)預防一或多種癌症相關症狀之發展或發作；(xxiv)增加患者之病徵減輕時長；(xxv)減少與癌症相關之症狀數目；(xxvi)增加癌症患者之無症狀存活；(xxvii)降低患有癌症(例如，白血病、肺癌或胃腸基質癌)之個體之生物樣本(例如，血漿、血清、腦脊髓液、尿液或任何其他生物流體)中一或多種發炎介體(例如，細胞激素或介白素)之濃度；(xxviii)患有癌症(例如，白血病、肺癌或胃腸基質癌)之個體之血液中的循環腫瘤細胞(CTC)減少；(xxix)抑制(例如，部分抑制)或降低腫瘤代謝或灌注；及(xxx)提高生活品質，如藉由此項技術中熟知的方法(例如，問卷法)所評估。
在某些態樣中，本文提供殺死個體中之癌細胞的方法，其中該方法包含向有需要之個體投與有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在某些態樣中，本文提供抑制個體中之癌細胞生長或增殖的方法，其中該方法包含向有需要之個體投與有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。在某些實施例中，達成癌細胞生長或增殖之部分抑制，例如，對癌細胞之生長或增殖抑制至少約20%至約55%。
在某些態樣中，本文提供降低有需要之個體中之腫瘤尺寸或負載的方法，其中該方法包含向該個體投與有效量之本文所描述之抗體 (例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum17、Hum10、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段，或其結合物。
KIT相關病症或疾病之其他非限制性實例包括全身性肥大細胞病症(例如，肥大細胞增多症)、血液科病症、纖維化(例如，特發性肺纖維化(TPF)、硬皮病或骨髓纖維化)及發炎性病狀(諸如哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)。
在一個特定實施例中，本文所描述之用於治療或控制有需要個體之KIT相關病症(例如，纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症))的方法由於投與治療有效量之本文所描述之抗KIT抗體而可達成以下效應中之至少一者、兩者、三者、四者或四者以上：(i)降低或改善纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)及/或一或多種與其相關之症狀的嚴重程度；(ii)減少一或多種與纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)相關之症狀之持續時間；(iii)預防纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)之復發；(iv)減少個體之住院期；(v)減少住院期時長；(vi)抑制(例如，部分抑制)纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)及/或一或多種與其相關之症狀之進展；(vii)增強或改良另一療法(例如，消炎療法，諸如類固醇)之治療效應；(viii)增加病徵減輕(亦即，特徵為與發炎性病狀相關之症狀不存在或程度極小之時期)之患者數目；(ix)患者病徵減輕之時長增加；(x)降低住院率；(xi)降低與纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)相關之症狀數目；(xii)降低患有纖維化或發炎性病狀(例如，哮喘、類風濕性關節炎、發炎性腸病及過敏性炎症)之個體之生物樣本(例如，血漿、血清、腦脊髓液、尿液或任何其他生物流體)中一或多種發炎介 體(例如，細胞激素或介白素)之濃度；及(xiii)提高生活品質，如藉由此項技術中熟知之方法(例如，問卷法)所評估。
在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可藉由任何適合方法投與有需要之個體。投藥方法之非限制性實例包括經黏膜、經皮內、經靜脈內、經腫瘤內、經皮下、經肌肉內遞送及/或本文所描述或此項技術中已知的任何其他物理遞送方法。在一個實施例中，抗KIT抗體或其醫藥組合物係經全身(例如，非經腸)投與有需要之個體。在另一實施例中，抗KIT抗體或其醫藥組合物係經局部(例如，經腫瘤內)投與有需要之個體。各劑量可能或可能不藉由相同投藥途徑投與。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體可經由多種投藥途徑與其他劑量之相同或不同的本文所描述之抗KIT抗體同時或相繼投與。
當治療疾病或其症狀時，通常在疾病或其症狀發作後投與物質。當預防疾病或其症狀時，通常在疾病或其症狀發作前投與物質。在某些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體係預防性或治療性投與個體。本文所描述之抗KIT抗體可預防性或治療性投與個體以預防、減輕或改善KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)或其症狀。
根據本文所提供之治療KIT相關病症或疾病之方法投與有需要之個體的本文所描述之抗KIT抗體或其醫藥組合物的投藥劑量及頻率應在有效的同時將副作用減至最小。欲投與特定個體之本文所描述之抗KIT抗體或其醫藥組合物的準確劑量可由行醫者根據與需要治療之個體相關的因素來確定。可考慮之因素包括疾病病況之嚴重程度、個體之一般健康狀況、個體之年齡及體重、飲食、投藥時間及頻率、與其他治療劑或藥物之組合、反應敏感性及對療法之耐受性/反應。可隨時間調節本文所描述之抗KIT抗體或其醫藥組合物之投藥劑量及頻率以提供足量之抗KIT抗體或維持所需效應。
欲用於調配物中之精確劑量亦將視投藥途徑及KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之嚴重程度而定，且應根據行醫者之判斷及各患者之情形來決定。
在一個實施例中，對於本文所描述之抗KIT抗體而言，投與患者以控制KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之劑量通常為每公斤患者體重0.1mg至100mg。一般而言，人類抗體在人體內比來自其他物種之抗體具有更長半衰期，此係由於對外來多肽之免疫反應。因此，較低人類抗體劑量及較低投藥頻率通常為可能的。此外，可藉由利用修飾(諸如，脂質化)增強抗體之吸收及組織滲透來降低本文所描述之抗體之投藥劑量及頻率。
在一個實施例中，投與約0.001mg/kg(毫克抗體/公斤個體體重)至約500mg/kg本文所描述之抗KIT抗體以控制KIT相關病症或疾病(例如癌症、發炎性病狀、纖維化)。
在一些實施例中，本文所提供之抗體之有效量為約0.01mg至約1,000mg。在特定實施例中，本文所描述之抗KIT抗體之「有效量」係指足以達成以下效應中之至少一者、兩者、三者、四者或四者以上的本文所描述之抗KIT抗體量：(i)降低或改善KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)及/或一或多種與其相關之症狀的嚴重程度；(ii)減少一或多種與KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)相關之症狀的持續時間；(iii)預防腫瘤(例如，胃腸基質腫瘤)復發；(iv)使KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)及/或一或多種與其相關之症狀消退；(v)減少個體之住院期；(vi)減少住院期時長；(vii)增加個體之存活；(viii)抑制(例如，部分抑制)KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)及/或一或多種與其相關之症狀的進展；(ix)增強或改良另一療法之治療效應；(x)減少或消除癌細胞群體(例如，白血病細胞群體、肺癌細胞 群體、胃腸基質癌細胞群體)；(xi)減少腫瘤或贅瘤之生長；(xii)降低腫瘤尺寸(例如，體積或直徑)；(xiii)減少新形成腫瘤之形成；(xiv)消除、移除或控制原發性、區域性及/或轉移性癌症；(xv)藉由在手術之前減少腫瘤及/或水腫相關之血管形成而逐漸移除腫瘤；(xvi)降低轉移之數目或尺寸；(xvii)降低死亡率；(xviii)增加患者之無腫瘤存活率；(xvix)增加無復發存活；(xx)增加病徵減輕之患者數目；(xxi)降低住院率；(xxii)腫瘤尺寸得以維持且不增加或增加小於投與標準療法後之腫瘤增加，如藉由熟習此項技術者可利用之習知方法所量測，諸如電腦斷層攝影術(CT)掃描、磁共振成像(MRI)、動態對比度增強型MRI(DCE-MRI)或正電子發射斷層攝影術(PET)掃描；(xxiii)預防一或多種癌症相關症狀之發展或發作；(xxiv)增加患者之病徵減輕時長；(xxv)減少與癌症相關之症狀數目；(xxvi)增加癌症患者之無症狀存活；(xxvii)降低患有KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之個體之生物樣本(例如，血漿、血清、腦脊髓液、尿液或任何其他生物流體)中一或多種發炎介體(例如，細胞激素或介白素)之濃度；(xxviii)減少患有癌症之個體之血液中的循環腫瘤細胞(CTC)；(xxix)抑制(例如，部分抑制)或降低腫瘤代謝或灌注；及(xxx)提高生活品質，如藉由此項技術中熟知的方法(例如，問卷法)所評估。在一些實施例中，如本文所使用之「有效量」亦係指本文所描述之抗體達成規定結果(例如，抑制細胞之一或多種KIT生物活性，諸如抑制細胞增殖)之量。
在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體係在必要時投與，例如，每週、每兩週(亦即，每兩週一次)、每月、每兩個月、每三個月等，如醫師所確定。
在一些實施例中，將單一劑量之本文所描述之抗KIT抗體一或多次投與患者以阻礙、預防、控制、治療及/或改善KIT相關病症或疾病 (例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)。
在特定實施例中，抗KIT抗體或其醫藥組合物係根據本文所提供之治療KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之方法循環投與個體，其中在一段時間內投與該抗KIT抗體或醫藥組合物，隨後為休息時期(亦即，在一段時間內不投與抗KIT抗體或醫藥組合物)。
本文亦提供用於治療KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之組合療法，其包括向有需要之個體投與本文所描述之抗KIT抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)，或其抗體結合物，與一或多種額外療法(例如，化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑、PGP抑制劑、HSP-90抑制劑、蛋白體抑制劑或組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑)之組合。在一個特定實施例中，本文提供用於治療KIT相關病症或疾病(例如癌症、發炎性病狀、纖維化)之組合療法，其包括向有需要之個體投與一定量(例如，治療有效量或次最佳量)之本文所描述之抗KIT抗體與一定量(例如，治療有效量或次最佳量)之另一療法(例如，化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑或組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑)的組合。
在組合療法中，一或多種本文所提供之抗KIT抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)，或其抗體結合物，可在投與一或多種用於治療、控制及/或改善KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之額外療法(例如，藥劑、手術或輻射)之前、同時或之後投與。使用術語「組合」並不限制一或多種抗KIT抗體及一或多種額外療法投與個體之順序。在特定實施例中，該等療法可連續或相繼投與。
在特定實施例中，一或多種本文所提供之抗KIT抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)，或其抗體結合物，可在投與一或多種用於治療、控制及/或改善KIT相關病症或疾病(例如，癌症，例如GIST、黑色素瘤或肺癌)之額外療法(諸如抗癌劑，例如酪胺酸激酶抑制劑(例如，甲磺酸伊馬替尼(Gleevec® )或舒尼替尼(SUTENT)或組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑(例如，伏立諾他或辛二醯苯胺異羥肟酸(SAHA))之前、同時或之後投與。
在另一特定實施例中，本文提供用於治療KIT相關病症或疾病(例如，癌症、發炎性病狀、纖維化)之組合療法，其包括向有需要之個體投與一定量之本文所描述之抗KIT抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)，或其抗體結合物，與一定量之另一療法(例如，化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑或組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑)之組合。在一個特定實施例中，組合療法產生協同效應。在某些實施例中，組合療法產生加和效應。
在一個特定實施例中，本文提供用於治療癌症之組合療法，其包括向有需要之個體投與一定量之本文所描述之抗KIT抗體與一定量之另一療法(例如，手術、輻射、幹細胞移植或化學療法)的組合。在一個特定實施例中，組合療法產生協同效應。在另一特定實施例中，組合療法產生加和效應。
在一個特定實施例中，本文提供用於治療發炎性病狀之組合療法，其包括向有需要之個體投與一定量之本文所描述之抗KIT抗體與一定量之另一療法(例如，消炎療法，例如類固醇療法)的組合。在一個特定實施例中，組合療法產生協同效應。在另一特定實施例中，組 合療法產生加和效應。
與本文所描述之抗體組合使用之另一療法之非限制性實例包括免疫特異性結合於不同的KIT抗原決定基的另一抗KIT抗體、一或多種其他抗體(例如，抗HER2抗體、抗EGFR抗體、抗VEGF抗體)、消炎療法、化學療法(例如，微管分解阻斷劑、抗代謝物、拓撲異構酶抑制劑及DNA交聯劑或損傷劑)、輻射、手術、PGP抑制劑(例如，環孢素A(cyclosporine A)、維拉帕米(Verapamil))、HSP-90抑制劑(例如，17-AAG、STA-9090)、蛋白體抑制劑(例如，硼替佐米(Bortezomib))及酪胺酸激酶抑制劑(例如，甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC® )、舒尼替尼(SUTENT® 或SU11248)、吉非替尼(IRESSATM )、埃羅替尼(TARCEVA® )、索拉非尼(NEXAVAR® )、帕唑帕尼(VOTRIENTTM )、阿西替尼、博索替尼、西地尼布(RECENTIN® )、SPRYCEL® (達沙替尼)、拉帕替尼(TYKERB® )、來他替尼、尼拉替尼、尼勒替尼(TASIGNA® )、司馬沙尼、托西尼布(PALLADIATM )、凡德他尼(ZACTIMATM )及瓦他拉尼)。在一個特定實施例中，與本文所描述之抗體組合使用之另一療法為甲磺酸伊馬替尼。
與本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)或其抗體結合物組合使用之另一療法的其他非限制性實例包括組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑，諸如伏立諾他或辛二醯苯胺異羥肟酸(SAHA)或具有如下文所闡述之化學式(I)、(II)或(III)之化合物。在一個特定實施例中，本文提供一種治療癌症(例如，GIST或肺癌)之方法，其包含(i)投與本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結 合片段)，或其抗體結合物；及(ii)組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑，例如伏立諾他或辛二醯苯胺異羥肟酸(SAHA)或具有如下文所闡述之化學式(I)、(II)或(III)之化合物。
在一個實施例中，本文提供用於與抗KIT抗體組合用於本文所描述之方法中的式(I)化合物
或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，其中R1 為羥基胺基；R2 及R3 各自獨立地彼此相同或不同，經取代或未經取代，分支或未分支，且為氫、羥基、烷基、烯基、環烷基、芳基、烷氧基、芳氧基、芳基烷氧基或吡啶；或R2 與R3 鍵結在一起以形成哌啶；且n為5至7之整數。
在一個實施例中，R2 為氫原子且R3 為經取代或未經取代之苯基。在某一實施例中，R3 為經以下基團取代之苯基：甲基、氰基、硝基、三氟甲基、胺基、胺基羰基、甲基氰基、氯、氟、溴、碘、2,3-二氟、2,4-二氟、2,5-二氟、3,4-二氟、3,5-二氟、2,6-二氟、1,2,3-三氟、2,3,6-三氟、2,4,6-三氟、3,4,5-三氟、2,3,5,6-四氟、2,3,4,5,6-五氟、疊氮基、己基、第三丁基、苯基、羧基、羥基、甲氧基、苯氧基、苄氧基、苯基胺氧基、苯基胺基羰基、甲氧基羰基、甲基胺基羰基、二甲基胺基、二甲基胺基羰基或羥基胺基羰基。在另一實施例中，R3 為未經取代之苯基。在另一實施例中，n為6。
在一個實施例中，本文提供用於與抗KIT抗體組合用於本文所描述之方法中的式(II)化合物
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物，其中n為5至8之整數。在一個實施例中，n為6。
在一個實施例中，本文提供用於與抗KIT抗體組合用於本文所描述之方法中的式(III)化合物(SAHA)
或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
可根據美國再頒予專利第RE38,506號及美國專利第6,087,367號中所描述之方法來合成式I-III化合物，各專利係以全文引用的方式併入本文中。
在一個實施例中，本文提供用於與抗KIT抗體組合用於本文所描述之方法中的SAHA之I型多晶型物，其特徵在於與美國專利第7,456,219號之圖13A中所闡述者實質上類似的X射線繞射圖，該專利係以全文引用的方式併入本文中。在一個實施例中，SAHA之I型多晶型物之特徵在於包括處於約9.0、9.4、17.5、19.4、20.0、24.0、24.4、24.8、25.0、28.0及43.3度2θ處之特徵峰的X射線繞射圖，如利用Siemens D500自動化粉末繞射儀(範圍：4-40度2θ；來源：Cu；λ=1.54埃，50kV，40mA)所量測。
在某一實施例中，SAHA之I型多晶型物之特徵在於在約164.4±2.0℃下具有單一最大值之差示掃描熱量測定(DSC)熱分析圖，如藉由Perkins Elmer DSC 6儀器以10℃/min之加熱速率自50℃至所觀測熔融溫度以上至少30℃所量測。
SAHA之I型多晶型物可根據美國專利第7,456,219號中所描述之方法合成。
在一個實施例中，本文提供包含離胺酸及SAHA之結晶組合物，其特徵在於與國際專利申請公開案第WO2008/042146號之圖1中所闡述者實質上類似的X射線繞射圖，該公開案係以全文引用的方式併入本文中。在另一實施例中，結晶組合物之特徵在於包括處於約6.8、20.1及23.2度2θ處之特徵峰的X射線繞射圖，如利用PANanalytical X'Pert Pro X射線粉末繞射儀(範圍：2-40度2θ；來源：Cu Kα1及Kα2)所量測。在另一實施例中，結晶組合物之特徵在於包括處於約6.8、12.6、18.7、20.1、23.2及24.0度2θ處之特徵峰的X射線繞射圖，如利用PANanalytical X'Pert Pro X射線粉末繞射儀(範圍：2-40度2θ；來源：Cu Kα1及Kα2)所量測。在另一實施例中，結晶組合物之特徵在於包括處於約6.8、12.0、12.6、16.4、18.7、20.1、23.2、24.0、29.3度2θ處之特徵峰的X射線繞射圖，如利用PANanalytical X'Pert Pro X射線粉末繞射儀(範圍：2-40度2θ；來源：Cu Kα1及Kα2)所量測。
在某一實施例中，包含離胺酸及SAHA之結晶組合物之特徵在於差示掃描熱量測定(DSC)熱分析圖，其中結晶組合物之吸熱曲線展現約182℃之外推起始溫度，如藉由TA Instruments Q1000差示掃描熱量測定儀以10℃/min之加熱速率自室溫至300℃所量測。
包含離胺酸及SAHA之結晶組合物可根據國際專利申請公開案第WO2008/042146號中所描述之方法來合成。
在某些實施例中，本文所描述之組合療法產生協同或協同效應。在一個特定實施例中，組合療法之協同效應允許對個體使用較低劑量(例如，次最佳劑量)之本文所描述之抗KIT抗體及/或額外療法及/或較低頻率投與本文所描述之抗KIT抗體或額外療法。在某些實施例中，利用較低劑量之抗KIT抗體及/或額外療法及/或以較低頻率投與 抗KIT抗體或該額外療法之能力降低與分別向個體投與抗KIT抗體或該額外療法相關之毒性，而不會降低抗KIT抗體或該額外療法分別用於治療KIT相關病症或疾病之功效。在一些實施例中，協同效應使得本文所描述之抗KIT抗體及/或該等額外療法在治療KIT相關病症或疾病方面之功效得以改良。在一些實施例中，本文所描述之抗KIT抗體與一或多種額外療法之組合的協同效應避免或降低與使用任何單一療法相關之不利或不合需要之副作用。
本文提供用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法，該方法包含使該細胞與有效量本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)，或其抗體結合物接觸。本文亦提供誘導或增強表現KIT之細胞中之細胞凋亡的方法，該方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸。本文亦提供誘導或增強表現KIT之細胞中之細胞分化的方法，其包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸。
可使用例如基於細胞之分析法(諸如本文所描述者)以常規方式評估KIT活性及例如抗體對KIT活性之效應。
可藉由本文所提供之方法加以抑制之KIT活性之非限制性實例可包括此項技術中已知或描述的任何KIT活性，例如，KIT受體二聚、KIT受體磷酸化(酪胺酸磷酸化)、KIT受體下游信號傳導(例如，Stat、AKT、MAPK或Ras信號傳導)、KIT配位體(例如，SCF)誘導之轉錄調節(例如，SCF誘導之c-Myc轉錄活化)、誘導或增強細胞增殖或細胞存活。
在某些實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如 Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)或其抗體結合物接觸，從而足以抑制或拮抗KIT活性，抑制或拮抗程度為至少約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述及/或熟習此項技術者已知的方法(例如，ELISA)所評估。在某些實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)或其抗體結合物接觸，從而足以抑制或拮抗KIT活性，抑制或拮抗程度為至少約25%、35%、45%、50%、55%或65%，如藉由本文所描述及/或熟習此項技術者已知的方法(例如，ELISA)所評估。KIT活性之非限制性實例可包括KIT受體磷酸化、KIT受體信號傳導、KIT配位體(例如，SCF)介導之細胞增殖、KIT配位體(例如，SCF)介導之細胞存活及KIT標靶基因(例如，c-Myc)之轉錄活化。
在一個特定實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體(例如，人類化抗KIT抗體)，例如抗體Hum1-Hum20中之任一者，諸如Hum10、Hum17、Hum8或Hum4，或其抗原結合片段(例如，其KIT結合片段)或其抗體結合物接觸，從而足以抑制(例如，部分抑制)或拮抗下游KIT信號傳導(例如，Src家族激酶成員、PI3激酶或Ras-MAPK之信號傳導)。
在另一特定實施例中，抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之一或多種KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制或拮抗下游KIT信號傳導，諸如MAPK磷酸 化、AKT磷酸化，或Stat1、Stat3或Stat5之磷酸化。
在某些實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制或降低AKT磷酸化(例如，KIT配位體(例如，SCF)誘導之AKT磷酸化)，抑制或降低程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述及/或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之西方墨點法或ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。在某些實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制或降低AKT磷酸化(例如，KIT配位體(例如，SCF)誘導之AKT磷酸化)，抑制或降低程度為至少約25%、35%、45%、55%或65%，如藉由本文所描述及/或熟習此項技術者已知的方法(例如，如第2章節中所描述之西方墨點法或ELISA分析法或免疫墨點分析法)所評估。
在某些態樣中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞(例如，癌細胞)中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制該細胞增殖。細胞增殖分析法係描述於此項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可藉由量測溴脫氧尿苷(BrdU)併入(參見例如Hoshino等人，1986,Int.J.Cancer 38,369；Campana等人，1988,J.Immunol.Meth.107：79)或(3H)胸苷併入(參見例如Blechman等人，Cell,1995,80：103-113；Chen,J.,1996,Oncogene 13：1395-403；Jeoung,J.,1995,J.Biol.Chem.270：18367 73)，藉由在各種時間間隔(例如，12小時或24小時的間隔)進行直接細胞計數，或藉由偵測已知基因(諸如原致癌基因，例如fos、myc)或細胞週期標記物(Rb、cdc2、細胞週期素A、D1、D2、D3、E等)之轉 錄、轉譯或活性變化來分析細胞增殖。可藉由此項技術中熟知的任何方法來測定該蛋白質及mRNA之含量及活性。舉例而言，可藉由已知免疫診斷方法(諸如ELISA、西方墨點法或免疫沈澱)使用抗體(包括市售抗體)來定量蛋白質。可使用此項技術中熟知且常規的方法，例如使用北方分析法、RNase保護或與反轉錄相關之聚合酶鏈反應，來定量mRNA。
在特定實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞(例如，癌細胞)中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制細胞增殖，抑制程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BrdU併入分析法)所評估。在特定實施例中，用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制細胞增殖，抑制程度為至少約25%、35%、45%、55%或65%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BrdU併入分析法)所評估。在特定實施例中，用於抑制或拮抗表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以抑制細胞增殖，抑制程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，BrdU併入分析法)所評估。
在某些態樣中，本文所提供之用於抑制表現KIT之細胞(例如，癌細胞)中之KIT活性的方法包含使該細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以降低或抑制細胞存活。細胞存活分析法係描述於此 項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可藉由使用錐蟲藍染色或此項技術中已知的其他細胞死亡或活力標記物來評估細胞活力。在一個特定實施例中，量測細胞ATP含量以確定細胞活力。在特定實施例中，使用此項技術中之標準分析法，諸如量測細胞內ATP含量之CellTiter-Glo分析套組(Promega)，在三天及七天週期中量測細胞活力。細胞ATP降低指示細胞毒性效應。在另一特定實施例中，可用中性紅吸收分析法(neutral red uptake assay)量測細胞活力。在其他實施例中，對形態變化之直觀觀測可包括擴大、粒度、具有粗糙邊緣之細胞、膜狀外觀、圓化、自孔表面脫離或其他變化。給予此等變化以下名稱：T(100%毒性)、PVH(部分毒性-極嚴重-80%)、PH(部分毒性-嚴重-60%)、P(部分毒性-40%)、Ps(部分毒性-輕微-20%)或0(無毒性-0%)，與所見細胞毒性程度相符。藉由對此等資料之回歸分析確定50%細胞抑制(細胞毒性)濃度(IC50 )。
在特定實施例中，本文所提供之用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以降低或抑制細胞存活，降低或抑制程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，錐蟲藍排除分析法)所評估。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以降低或抑制細胞存活，降低或抑制程度為至少約25%、35%、45%、55%或65%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，錐蟲藍排除分析法)所評估。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸， 從而足以降低或抑制細胞存活，降低或抑制程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，錐蟲藍分析法)所評估。
在一個特定實施例中，本文所提供之用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導細胞凋亡(亦即，漸進式細胞死亡)。偵測細胞凋亡之方法係描述於此項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可使用流動式細胞測量術來偵測經歷細胞凋亡之細胞中的活化卡斯蛋白酶3(一種介導細胞凋亡之酶)，或可使用西方墨點法來偵測聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)之裂解(參見例如Smolich等人，Blood,2001,97：1413-1421)。PARP之裂解為細胞凋亡之指標。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制或拮抗表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導或增強細胞凋亡，誘導或增強程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，偵測活化卡斯蛋白酶3之流動式細胞測量術)所評估。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制或拮抗表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導或增強細胞凋亡，誘導或增強程度為至少約25%、35%、45%、55%或65%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，偵測活化卡斯蛋白酶3之流動式細胞測量術)所評估。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與 有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導或增強細胞凋亡，誘導或增強程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，偵測活化卡斯蛋白酶3之流動式細胞測量術)所評估。
在一個特定實施例中，本文所提供之用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導細胞分化。偵測分化之方法係描述於此項技術中且可由熟習此項技術者容易地進行。舉例而言，可使用流動式細胞測量術在與本文所描述之抗體接觸之細胞中偵測一或多種分化標記物之表現或者一或多種未分化標記物之表現的缺乏。類似地，亦可使用西方墨點法來偵測分化標記物。已描述適合分化標記物及未分化標記物且其為熟習此項技術者已知的。
在特定實施例中，本文所提供之用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導分化，誘導程度為至少約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，流動式細胞測量術)所評估。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制(例如，部分抑制)表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導分化，誘導程度為至少約25%、35%、45%、55%或65%，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，流動式細胞測量術)所評估。在特定實施例中，本文所提供之用於抑制表現KIT之細胞中之KIT活性的方法包含使該等細胞 與有效量之本文所描述之抗體接觸，從而足以誘導分化，誘導程度為至少約1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍，如藉由本文所描述或熟習此項技術者已知的方法(例如，流動式細胞測量術)所評估。
可藉由本文所描述之方法分化之細胞的非限制性實例包括幹細胞(例如，胚胎幹細胞、造血幹細胞)及祖細胞。例示性造血幹細胞標記物包括CD38、CD34、CD59、CD133、Sca-1及ABCG2。神經幹細胞標記物之非限制性實例包括巢蛋白(Nestin)、PSA-NCAM、p75神經營養蛋白R(Neurotrophin R)及波形蛋白(Vimentin)。幹細胞標記物之其他非限制性實例包括Oct4、Sox2、Klf4、LIN28、Nanog、SSEA-3、SSEA-4、Notch及Wnt。
1.7 診斷方法
免疫特異性結合於KIT抗原(例如，KIT(例如人類KIT)之D4區)之經標記或以其他方式可偵測之抗體可用於診斷性目的以偵測、診斷或監測KIT相關疾病。
本文提供用於偵測獲自患有KIT相關病症或疾病之患者的樣本中的KIT表現的方法。在一個特定實施例中，用於偵測獲自患者之樣本中的KIT表現的方法包含使該樣本與本文所描述之抗KIT抗體接觸及偵測該樣本中之KIT表現量，例如，藉由將抗KIT抗體與KIT之結合與KIT表現量相關聯。偵測方法為熟習此項技術者已知的。
在某些態樣中，本文提供用於診斷患有KIT相關病症或疾病之患者的方法。在某一態樣中，診斷患有KIT相關病症或疾病之個體的方法包含使獲自該個體之樣本與本文所描述之抗KIT抗體(或其抗原結合片段)接觸及偵測該樣本中之KIT表現量。在某些實施例中，用於診斷 患有KIT相關病症或疾病之患者的方法為活體外方法。在特定實施例中，用於診斷患有KIT相關病症或疾病之患者的方法為離體方法。
在某些態樣中，本文提供用於偵測KIT相關疾病之方法，其包含：(a)使用一或多種本文所描述之抗體分析個體之細胞或組織樣本中KIT抗原之表現；及(b)比較KIT抗原含量與對照含量(例如正常組織樣本(例如，得自未患KIT相關疾病之患者，或在疾病發作前得自同一患者)中之含量)，其中KIT抗原分析含量相較於KIT抗原對照含量有所增加指示KIT相關疾病。
偵測方法為熟習此項技術者已知的。舉例而言，抗KIT抗體可結合於可偵測分子(例如，如第1.1.1章節中所描述)，且可使用標準技術(例如，顯微鏡)觀測可偵測分子。可使用本文所描述之抗體，使用如本文所描述或如熟習此項技術者已知的經典免疫組織學方法(例如，參見Jalkanen等人，1985,J.Cell.Biol.101：976-985；及Jalkanen等人，1987,J.Cell.Biol.105：3087-3096)來分析生物樣本中之KIT抗原含量。適用於偵測蛋白質基因表現之其他基於抗體之方法包括免疫分析法，諸如ELISA及放射免疫分析法(RIA)。適合抗體分析標記為此項技術中已知的且包括酶標記，諸如葡萄糖氧化酶；放射性同位素，諸如碘(125 I、121 I)、碳(14 C)、硫(35 S)、氚(3 H)、銦(121 In)及鍀(99 Tc)；發光標記，諸如魯米諾(luminol)；及螢光標記，諸如螢光素及若丹明及生物素。在特定實施例中，本文所描述之診斷方法包括使用未結合於可偵測標記物之裸抗體或未經標記抗體，且該等裸抗體或未經標記抗體係例如藉由使用可經標記之二級抗體間接偵測。
在某些實施例中，樣本相對於正常對照樣本(例如，獲自未罹患KIT相關病症或疾病之健康患者的樣本)之高KIT表現指示該患者罹患KIT相關病症或疾病。
在獲自患者之樣本中診斷患有KIT相關病症或疾病(諸如癌症)之 患者的方法包含使該樣本與本文所描述之抗KIT抗體接觸及偵測該樣本中之KIT表現量。在某些實施例中，樣本相對於正常對照樣本(例如，獲自未罹患KIT相關病症或疾病之健康患者的樣本)之高KIT表現指示該患者罹患KIT相關病症或疾病。
在某些實施例中，樣本可為來源於患者腫瘤或包含來自患者腫瘤之腫瘤細胞的腫瘤樣本。本文腫瘤樣本之實例包括(但不限於)腫瘤活檢體、循環腫瘤細胞、循環血漿蛋白、腹水、來源於腫瘤或展現腫瘤樣性質之原發性細胞培養物或細胞株，以及保存之腫瘤樣本，諸如經福馬林固定、經石蠟包埋之腫瘤樣本或冷凍腫瘤樣本。在某些實施例中，樣本為已使用固定劑進行組織學保存之固定腫瘤樣本。在一些實施例中，樣本為已使用甲醛作為固定劑加以保存之經福馬林固定之腫瘤樣本。在某些實施例中，樣本為由牢固且一般堅固之介質(諸如石蠟、蠟、火棉或樹脂)圍繞的經包埋之腫瘤樣本。包埋使得可切割薄切片以用於顯微鏡檢查或用於產生組織微陣列(TMA)。在特定實施例中，樣本為由來源於石油之固態烴之經純化混合物圍繞的經石蠟包埋之腫瘤樣本。在某些實施例中，樣本為經冷凍或已經冷凍之冷凍腫瘤樣本。在一個特定實施例中，將樣本(例如經石蠟包埋之樣本或冷凍樣本)切片。
在某些態樣中，顯示KIT表現、擴增或活化之癌症或生物樣本為在診斷測試中表現(包括過度表現)KIT受體，具有經擴增之KIT基因及/或以其他方式顯示KIT受體活化或磷酸化的樣本。
本文亦提供對人類中之KIT相關疾病之偵測及診斷。在一個實施例中，診斷包含：a)向個體投與(例如，非經腸、經皮下或經腹膜內)有效量之經標記之本文所描述之抗體；b)在投藥後等待一定的時間間隔以允許經標記抗體優先集中在個體中表現KIT抗原之部位(且將未結合之經標記分子清除至本底含量)；c)測定本底含量；及d)偵測個體中 之經標記抗體，從而偵測到經標記抗體高於本底含量指示個體患有KIT介導之疾病。可藉由各種方法測定本底含量，包括將所偵測之經標記分子之量與先前針對特定系統所測定之標準值進行比較。
在此項技術中應理解，個體之體型及所用成像系統將決定產生診斷影像所需之成像部分的量。在放射性同位素部分的情況下，對於人類個體而言，所注射之放射活性量將通常在約5至20毫居里99 Tc之範圍內。經標記抗體隨後將優先積聚在細胞中含有特定蛋白質之位置。活體內腫瘤成像描述於S.W.Burchiel等人，「Immunopharmacokinetics of Radiolabeled Antibodies and Their Fragments.」(Tumor Imaging：The Radiochemical Detection of Cancer第13章，S.W.Burchiel及B.A.Rhodes編，Masson Publishing Inc.(1982))中。
視若干變數(包括所用標記類型及投藥模式)而定，投藥後用於允許經標記抗體優先集中在個體中之部位且使未結合之經標記抗體清除至本底含量的時間間隔為6至48小時或6至24小時或6至12小時。在另一實施例中，投藥後之時間間隔為5至20天或5至10天。
在一個實施例中，藉由重複診斷KIT介導之疾病之方法，例如初次診斷後一個月、初次診斷後六個月、初次診斷後一年等，來監測KIT介導之疾病。
可使用此項技術中已知用於活體內掃描之方法來偵測個體中經標記分子之存在。此等方法視所用標記類型而定。技術熟習者將能夠確定用於偵測特定標記之適當方法。可用於本發明診斷方法中之方法及裝置包括(但不限於)電腦斷層攝影術(CT)、全身掃描(諸如正電子發射斷層攝影術(PET))、磁共振成像(MRI)及超音波掃描。
在一個特定實施例中，該分子係經放射性同位素標記且使用輻射反應性手術儀器在患者中加以偵測(Thurston等人，美國專利第 5,441,050號)。在另一實施例中，該分子經螢光化合物標記且使用螢光反應性掃描儀器在患者中加以偵測。在另一實施例中，該分子係經正電子發射金屬標記且使用正電子發射斷層攝影術在患者中加以偵測。在另一實施例中，該分子經順磁性標記標記且使用磁共振成像(MRI)在患者中加以偵測。
2. 實例
提供此章節(亦即，第2章節)中之實例作為說明而非作為限制。
2.1 實例1：產生抗KIT抗體
藉由使用Composite Human AntibodyTM 技術(Antitope Ltd.,Cambridge,United Kingdom)及免疫特異性結合於人類KIT D4區之小鼠抗體37M(2012年1月25日申請之美國專利申請案第13/358,210號)之胺基酸序列產生具有人類胺基酸序列之抗KIT抗體來設計抗KIT抗體，其中該等抗體結合人類KIT D4區。選擇五個重鏈可變區序列(H1、H2、H3、H4及H5)及四個輕鏈可變區序列(L1、L2、L3及L4)用於基因合成、在哺乳動物細胞中表現及測試與重組KIT域之直接結合以及在阻斷幹細胞因子(SCF)誘導之磷酸化方面的活性。H1-H5、L1-L4之胺基酸序列及編碼之其核酸序列示於圖3A-3I中。
將編碼H(重鏈)及L(輕鏈)可變區胺基酸序列之核酸分子直接選殖於針對人類IgG1 VH鏈及人類Vκ鏈之表現載體中。藉由定序確認所有構築體。將編碼IgG1 VH(H1-H5)及Vκ(L1-L4)鏈之載體以不同的組合形式轉染於CHO細胞(例如，CHOdhfr-細胞)中以產生二十種抗體(參見表4，抗體Hum1-Hum20)。將編碼嵌合抗體37C(一種具有人類恆定域及小鼠37M可變域之嵌合抗體)的載體(2012年1月25日申請之美國專利申請案第13/358,210號)亦轉染於CHO細胞中。將經非線性化DNA短暫轉染之細胞培育四天，隨後收集上清液，將其直接用於分析或用於純化。使用線性化DNA進行穩定轉染以產生表現該等抗體之細 胞株，且隨後進行藥物選擇。使用IgG1 ELISA測試各構築體之抗藥性群落之上清液的IgG效價，且基於該上清液中之高於本底(通常>0.1μg/ml)之IgG效價來選擇最佳表現株，且在藉由24孔及6孔培養板、T75及T175組織培養燒瓶之藥物選擇存在下加以擴增，其中在每個階段篩選IgG表現。0.1-1μg/ml之效價對於未經最佳化之CHOdhfr-細胞株為典型的。藉由經庫馬斯藍(Coomassie Blue)染色之SDS-PAGE確認抗體表現。
在此等特定細胞中，大部分抗體之表現效價在0.1-1.0μg/ml範圍內，且詳言之，抗體Hum4之表現效價為1.2μg/ml。
2.2 實例2：與人類KIT Ig樣域D4/D5之結合親和力
藉由直接結合ELISA來評估抗KIT抗體與標靶抗原KIT Ig樣域D4/D5之結合親和力。在室溫下在經稀釋於硼酸鹽緩衝液中且用1% BSA預先阻斷1小時之50ng/孔重組c-Kit Ig樣域D4/D5(參見圖2)預先塗佈之平底微量培養板上將嵌合抗體37C及Hum1-Hum20抗體之約1×10-8 M至4.7×10-13 M之稀釋系列(三倍)培育1小時。用抗人類Ig-HRP偵測已結合抗體，隨後使用TMB受質進行偵測。結果提供於以下表7中。
計算抗KIT抗體Hum1-20之EC50 值(pM)，且將抗體之值針對相應實驗中嵌合抗體37C之值進行校正。值愈高指示結合活性愈強。在表底部展示各實驗中嵌合抗體之實際EC50 值以及平均化以得到該值之重複實驗次數。(上清液)=含抗體之上清液；(經純化)=自上清液中純化之抗體。
藉由固相ELISA使用含人類KIT之D4/D5區(參見圖2)的抗原進一步表徵某些抗體以及嵌合抗體37C之結合活性。下文描述固相ELISA實驗所使用之一般方案。
材料：
‧重組抗原：KIT細胞外區之第四及第五重組IG域
‧TBS-T：50mM Tris pH 7.4、150mM NaCl、0.1% Tween 20
‧TBS：50mM Tris pH 7.4、150mM NaCl
‧阻斷溶液：含1%牛血清白蛋白(BSA)之TBS
‧稀釋緩衝液：含1% BSA之TBS-T
‧偵測抗體溶液：與辣根過氧化酶(Thermo scientific 31414)特異性結合之山羊抗小鼠IgG HRP抗體及Pierce山羊抗人類F(ab')2
‧偵測受質：TMB(3,3',5,5'-四甲基聯苯胺)受質套組(Thermo scientific # 34021)
使對應於KIT細胞外域之D4/D5區(參見圖2)的重組抗原吸附於96孔微量培養板上。詳言之，將重組抗原(5μg)稀釋於10mL硼酸鹽緩 衝液中，且向96孔培養板之各孔中添加100μL抗原溶液，並且在4℃下培育隔夜。
用稀釋緩衝液製備抗體樣本之連續稀釋液以供用於ELISA。
ELISA：在用TBS-T沖洗一次後，將阻斷緩衝液(200μL)添加至培養板之含所吸附抗原之各孔中且在室溫下培育一小時。隨後，移除阻斷緩衝液，且以50μL體積向培養板中添加測試抗體及對照之連續稀釋溶液。移除抗體溶液，且在培養板洗滌器上用100μL洗滌緩衝液將培養板洗滌三次。最終洗滌後，將板吸乾。對二級抗體溶液進行1：8000稀釋且以100μL體積添加至各孔中並且允許在室溫下培育一小時。移除經稀釋之二級抗體溶液，且在培養板洗滌器上用100μL洗滌緩衝液將培養板洗滌三次。隨後，將新混合之TMB受質溶液以100μL體積添加至各孔中，且允許在室溫下培育30分鐘。隨後，向各孔中添加100μL 2N H2 SO4 且立即在培養板讀數器上讀數。無關抗體充當陰性對照，且針對KIT細胞外區之D4及/或D5域的抗KIT抗體充當陽性對照。在450nm波長下獲得各樣本之OD值。
使用Graph Pad Prism及Excel分析結果，以獲得50%結合於抗原時之抗體濃度。
圖5描繪由抗KIT抗體之OD450 相對於對數濃度(M)繪製之圖。對於抗體37M嵌合體及抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10與人類KIT之D4/D5區的結合親和力，50%結合時之有效濃度(EC50 )經計算分別約為12pM、6.6pM、11pM、7.5pM及23pM。
圖5中所提供之結果顯示，抗體37M嵌合體及抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10之結合親和力相當。
額外結合分析顯示，Hum17、Hum8、Hum4及Hum10展現與犬科動物KIT及猴KIT以及人類KIT特異性結合，但其不展現與鼠類KIT特異性結合。
2.3 實例3：抗KIT抗體對表現於CHO細胞上之人類KIT的結合親和力
為確認抗KIT抗體可結合於表現於細胞表面上之KIT，使用外源性表現(CHO/KIT-WT)及不外源性表現(親本CHO細胞)全長野生型人類KIT受體之CHO細胞進行流動式細胞測量術分析。簡言之，洗滌親本CHO細胞及CHO/KIT-WT細胞且與0.01nM、0.1nM、1nM或10nM嵌合(人類-小鼠)37M抗體、抗體Hum17、Hum8、Hum4或Hum10、陰性對照同型IgG抗體或作為陽性對照之市售抗KIT抗體一起培育。處理樣本以進行流動式細胞測量術分析。更特定言之，使用EDTA自培養燒瓶中移出細胞且用PBS洗滌。隨後，將細胞再懸浮於培養基中且計數。將含有約200,000至250,000個細胞之各樣本旋轉，移除培養基，且將細胞再懸浮於FC緩衝液(含1% BSA、0.01%疊氮化鈉之1×PBS)中以進行阻斷步驟。將細胞在FC緩衝液中於冰上培育1小時。隨後，將初級抗體(例如，嵌合(人類-小鼠)37M抗體、Hum17、Hum8、Hum4、Hum10、陽性對照抗KIT抗體或陰性對照抗體)添加至如上文所述之含細胞之FC緩衝液中。將樣本混合且於冰上培育1小時，隨後用0.5-1mL FC緩衝液洗滌細胞。藉由在4℃下以1200rpm旋轉細胞3分鐘，傾析出液體來移除FC緩衝液。將細胞小球再懸浮於200μL FC緩衝液中，且將二級抗體(DyLight 488 AffiniPure山羊抗小鼠IgG，Jackson Laboratories)以1：1000至1：2000稀釋添加至細胞中。將樣本混合且於冰上培育1小時，隨後如上文所描述加以洗滌。在螢光活化細胞淘選器(fluorescence activated cell sorter；FACS)機器(Accuri FlowCytometer C6)上運作樣本。藉由追蹤通道FLA-1分析樣本中之DyLight結合樣本。
圖6概述得自流動式細胞測量術分析之結果。對於抗體37M嵌合體(人類-小鼠)及抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10與人類KIT之 D4/D5區的結合親和力，50%結合時之有效濃度(EC50)經計算分別約為47pM、139pM、83pM、106pM及132pM。
圖6中所提供之結果顯示，嵌合37M抗體及抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10對細胞表面表現之人類KIT的結合親和力相當。
2.4 實例4：基於細胞之磷酸-KIT分析中對由SCF誘導之KIT磷酸化的抑制
在基於細胞之分析中如下評估抗KIT嵌合37M抗體及某些本文所描述之抗KIT抗體對幹細胞因子(SCF)介導之細胞表面KIT磷酸化的抑制：在24孔或96孔培養板中在不存在血清的情況下將針對高細胞表面抗原表現淘選之CHO-KIT細胞培養隔夜，接著添加測試抗體(嵌合抗體或自上清液中純化而來之本文所描述之抗KIT抗體)或對照阻斷抗體(BioLegend，純系A3C6E2)自1×10-8 M至1.4×10-11 M之三倍稀釋系列。
在37℃下培育2小時後，在37℃下用30ng/mL SCF(R & D Systems，目錄號255-SC/CF)刺激細胞10分鐘，在蛋白酶及磷酸酶抑制劑存在下進行細胞溶解，且自完整溶胞物中將KIT蛋白質捕捉於經KIT捕捉抗體(Thermo Scientific，目錄號LVMS289-PABX)預先塗佈之白壁96孔Maxisorp培養板中。對於96孔形式，針對各條件設置一式兩份之孔且進行細胞溶解並且獨立地轉移至捕捉板，而對於24孔形式，自同一孔獲取一式兩份溶胞物樣本。將培養板在4℃下隔夜培育且充分洗滌後，使用HRP結合之抗磷酸酪胺酸純系4G10(Millipore，目錄號16-105)及West PICO化學發光受質(Fisher，目錄號PN34087)偵測酪胺酸磷酸化之KIT。結果提供於以下表8中。
計算此等抗體之IC50 值(pM)，且將該等值針對相應實驗中嵌合37M抗體之值進行校正。值愈高指示阻斷活性愈強。「(96孔)」係指在96孔培養板形式下進行的分析，與24孔形式(24孔)相對。
表8中之結果顯示，抗體Hum4、Hum8、Hum9、Hum10、Hum13、Hum14、Hum15、Hum17、Hum18及Hum19之阻斷活性與抗體37M嵌合體之阻斷活性相當。
為進一步表徵此等抗體對KIT活性之效應，特定言之，SCF誘導之KIT細胞質域酪胺酸磷酸化，如下進行基於細胞之磷酸-KIT分析。
材料：
‧經編碼全長人類KIT(參見圖1)之質體穩定轉染之CHO細胞，其係自人類卵巢cDNA文庫中選殖(OriGene,Rockville,Maryland)
‧完全細胞培養基(參見表9)
‧饑餓培養基：表9中所描述之無FBS之細胞培養基
‧胰蛋白酶-EDTA
‧PBS
‧SCF溶液：rhSCF(RD Systems 255-SC/CF)；最終濃度30ng/mL
‧溶解緩衝液：50mM Tris pH 7.4、150mM NaCl、1mM EDTA、1% Triton X-100、無EDTA型蛋白酶抑制劑混合片(Roche Diagnostics 04693132001)、1mM NaVO4
‧TBS-T：50mM Tris pH 7.4、150mM NaCl、0.1% Tween 20
‧阻斷溶液：含5%牛血清白蛋白(BSA)之TBS-T
‧稀釋緩衝液：1% BSA/含1mM NaVO4 之TBS-T
‧偵測抗體溶液：與辣根過氧化酶結合之抗磷酸酪胺酸抗體(Millipore，4G10)；稀釋因子1：500
‧捕捉抗體：得自Thermo Scientific之抗KIT抗體Ab3(MS-289-PABX)
CHO/KIT-WT細胞繼代：用無菌PBS將匯合細胞洗滌一次，在室溫下與0.25%胰蛋白酶-EDTA一起培育直至細胞自塑膠組織培養板脫離。將含有FBS之完全培養基添加至培養板中以結束胰蛋白酶消化。
計數細胞：將10微升細胞懸浮液與10μL 0.4%錐蟲藍混合。將此混合物之一半(10μL)轉移至細胞計數腔室(Invitrogen)中，且對細胞進行計數。將細胞(200,000個/孔)轉移至24孔細胞培養板中，且在正常細胞培養條件(亦即，95%含濕氣空氣及5% CO2 氛圍，37℃)下在完全培養基(表9)中培養24小時。
細胞處理：將細胞塗於24孔培養板中且培養隔夜後，移除培養基，且用饑餓培養基將細胞單層洗滌一次。隨後在正常細胞培養條件下在饑餓培養基中培養細胞24小時。隨後在正常細胞培養條件下用嵌合(人類-小鼠)37M抗體、Hum4、Hum8、Hum10、Hum17或對照抗體溶液處理細胞2小時。抗體溶液之最終濃度為100nM(5μg/mL)或100nM以下。隨後，將SCF溶液添加至在正常細胞培養條件下經抗KIT抗 體或對照抗體預處理10分鐘之細胞中，最終濃度為30ng/mL。
對照：
‧陰性對照：未經處理且未經刺激之饑餓細胞
‧陽性對照：未經處理且經SCF刺激之饑餓細胞
‧藥物對照：經1μM Gleevec處理且經SCF刺激之饑餓細胞
‧抗體對照：經100nM阻斷抗體(結合於SCF結合位點之經純化小鼠抗人類KIT抗體(BioLegend A3C6E2))處理之饑餓細胞
製備細胞溶胞物：在刺激後，將24孔培養板中之細胞立即置於冰上，用冷PBS將細胞洗滌一次，且用100μL冷溶解緩衝液溶解。
製備具有捕捉抗體之96孔ELISA板：將捕捉抗體(5μL)稀釋於10mL 50mM硼酸鹽緩衝液中，且將捕捉抗體溶液(每孔100μL或50ng)添加至96孔ELISA板之各孔中。在室溫下將96孔板培育5-6小時或在4℃下培育隔夜。在阻斷步驟之前移除捕捉抗體溶液。藉由將100μL阻斷溶液添加至各孔中來進行阻斷且允許在室溫下培育1小時。移除阻斷溶液，用稀釋緩衝液將各孔洗滌一次，且向各孔中添加50μL稀釋緩衝液。
磷酸-KIT分析法：將來自24孔培養板之孔的各樣本的50μL細胞溶胞物轉移至所製備之含50μL稀釋緩衝液之96孔培養板的1個孔中，且在4℃下將96孔培養板培育隔夜。在隔夜培育後，移出上清液，且用TBS-T將培養板洗滌3次(每次培育5分鐘)。將偵測抗體稀釋液(100μL)添加至各孔中且在室溫下在黑暗中培育1小時。用TBS-T將培養板洗滌3次，用TBS洗滌一次，且移除TBS。將「SuperSignal West Dura Extended Duration Substrate」試劑(Thermo Scientific)混合(1：1)，且向各孔中添加100μL混合物。
使用GEN5TM 方案「Luminescence Glow」在ELISA板讀數器中偵測發光且使用Microsoft Excel分析資料。
圖7描繪由此等實驗之資料繪製的圖。該圖為任意發光單位相對於抗體37M嵌合體(人類-小鼠)或抗體Hum17、Hum8、Hum4或Hum10之對數濃度(M)的曲線圖。嵌合體37M、Hum17、Hum8、Hum4及Hum10抗體之50%抑制濃度(IC50 )經計算分別約為344pM、510pM、542pM、470pM及510pM。結果指示如同37M嵌合體抗體，抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10為配位體(SCF)誘導之KIT細胞質域酪胺酸磷酸化之有效抑制劑。
此等抗KIT抗體可表現於多種不同的細胞類型中而不會實質上影響抗體之性質，例如結合活性及阻斷活性。舉例而言，抗KIT抗體Hum17、Hum8、Hum4及Hum10係表現於基於HEK293-Freestyle(293F)細胞之不同重組表現系統中，且展現阻斷活性，如藉由KIT磷酸化抑制分析法所測定。此等結果指示，多種細胞系統可用於表現本文所描述之抗KIT抗體，諸如抗體Hum1-Hum20，而不損害抗體活性。
2.5 實例5：表現野生型KIT之CHO細胞的抗體內在化
進行免疫螢光染色分析法以評估表現野生型KIT之CHO細胞(「CHO/KIT-WT」)對抗體Hum4、Hum10、Hum17及Hum8的內在化。
基本上如下文所描述進行免疫螢光染色分析法。用於免疫螢光分析法之材料及試劑包括以下：
‧初級抗體：抗體Hum4、Hum8、Hum10、Hum17、37M及β-微管蛋白(9F3)兔單株抗體(mAb)(Cell Signaling #2128)。
‧二級抗體：結合於Oregon Green® 488(Invitrogen #011038)之山羊抗小鼠抗體、結合於Texas Red(Invitrogen #T2767)之山羊抗兔抗體及結合於Alexa Fluor 488(Invitrogen #A11013)之山羊抗人類抗體。
‧固定劑：4%三聚甲醛(PFA)(以40% PFA顯微鏡級儲存於冰箱 中且在即將使用前用PBS以1：10稀釋)
‧滲透溶液：經無菌過濾之含0.1% Triton X-100及0.5% BSA之PBS
‧阻斷/稀釋溶液：經無菌過濾之含2% BSA之PBS
‧封固劑：含DAPI(P36931 Invitrogen)(4',6-二甲脒基-2-苯基吲哚)之ProLong® Gold抗褪色試劑
‧經工程改造以表現外源人類野生型KIT(全長)之CHO細胞(「CHO/KIT-WT」)
將CHO細胞(例如，75,000個細胞/孔)接種於每孔含有一個圓形玻璃蓋片的24孔組織培養板中。將細胞培養至少6小時，隨後在不含胎牛血清之培養基中饑餓隔夜。在饑餓後，自細胞移除培養基，且在時間0分鐘、30分鐘、45分鐘或55分鐘時將於含有1%牛血清白蛋白之饑餓培養基中稀釋至33.3nM之抗體37M、Hum4、Hum10、Hum17或Hum8轉移至細胞層上以產生時程。在標準培養條件(37℃及5% CO2 )下將細胞培育指定時間。在添加抗體後5至60分鐘用PBS(室溫)將細胞層洗滌一次。在室溫下用4% PFA將細胞層固定20分鐘，且用PBS洗滌3次。藉由添加滲透溶液來滲透細胞膜3分鐘，隨後用PBS洗滌3次。將阻斷溶液添加至各孔中，且在室溫下阻斷細胞20分鐘。將β-微管蛋白(9F3)兔mAb以1：100稀釋於稀釋溶液中且在室溫下與細胞層一起培育1小時，隨後用PBS洗滌2次且用阻斷溶液洗滌一次。將兩種二級抗體一起以1：200稀釋於稀釋溶液中，隨後添加至細胞中。在室溫下在黑暗中在二級抗體中將細胞培育1小時，接著用PBS洗滌3次。使用一滴含DAPI之ProLong® Gold抗褪色試劑與玻璃載片相抵來封固蓋片上之細胞，且在室溫下保持隔夜。在曝露於抗體37M、Hum4、Hum10、Hum17或Hum8之後的不同時間點，例如5分鐘及60分鐘，藉由螢光顯微術分析抗體之內在化。
免疫螢光染色分析法顯示，在CHO/KIT-WT細胞中，類似於抗體37M，抗體Hum4、Hum10、Hum17及Hum8結合於此等細胞之表面且由此等細胞內在化。詳言之，曝露於此等抗體之細胞的影像顯示膜相關結構在較早時間點(諸如在曝露於抗KIT抗體後5分鐘時)之染色，且顯示內部結構(例如，小泡)在稍晚時間點(諸如在曝露於抗體後60分鐘時)之染色。相比之下，曝露於抗β-微管蛋白抗體(作為對照)之細胞之影像顯示細胞之整個細胞質中之細長結構染色。此等結果指示，抗體Hum4、Hum10、Hum17及Hum8由表現KIT之細胞內在化。抗體之有效內在化適用於例如向表現KIT之細胞(例如癌細胞)遞送毒素。
2.6 實例6：穩定性資料
治療性抗體之成功開發部分地視抗體活體內穩定性之表徵而定。為此，表徵本文所描述之抗KIT抗體之子集在模擬之生理條件(亦即，血清，37℃)下的相對熱穩定性及相對穩定性。
差示掃描熱量測定：差示掃描熱量測定(DSC)為用於測定相關樣本經歷相轉變(諸如熔融或結晶)之點的熱分析技術。因此，DSC為用於比較多種抗體之相對熱穩定性的適用工具。為此，使用DSC分析本文所描述之抗KIT抗體之子集(例如，抗體Hum1-Hum20)，且測定此等抗體之熔融溫度。各抗KIT抗體之熔融分佈顯示一個主要熔融峰及一或兩個次要峰。主要熔點在85.7℃至86.6℃範圍內，而次要峰經計算為71.6℃至71.9℃。此等結果顯示熔融溫度顯著高於37℃，指示此等抗KIT抗體在治療配置下，例如在37℃下可為穩定的。
血清穩定性：為更透徹理解本文所描述之抗KIT抗體在生理條件下之穩定性，在胎牛血清中在37℃下長期培育後評估抗體活性。簡言之，在無血清培養基或含50%胎牛血清之培養基中將抗KIT抗體稀釋至0.2mg/mL。 在37℃下將樣本培育1、2及3週，在該等時間點處，將等分試樣與如先前實例中所描述之結合ELISA分析法及基於細胞之磷酸化分析法中在4℃下儲存相同持續時間之抗體相比較。使用4℃抗體作為參考，結合ELISA分析法顯示在一週後，EC50 值之最大變化為4倍，但低達1.1倍，而使用4℃抗體作為對照，在兩週後，最大變化為4倍。一致地，在有或無血清的情況下在37℃下儲存之此等相同抗KIT抗體在基於細胞之磷酸化分析法中之IC50 值與在4℃下儲存之抗體的IC50 值相比改變小於兩倍。
總而言之，此等資料表明本文所描述之抗KIT抗體之長期穩定性，因為在血清中及高溫下培育後各抗體之結合及阻斷活性得以維持。此等結果指示，本文所描述之抗KIT抗體(例如，Hum1-Hum20)可展現經維持之活性，且可例如用於較小頻率之給藥療程。
2.7 實例7：阻斷配位體誘導之AKT磷酸化
分析本文所描述之抗KIT抗體(例如，Hum1-Hum20)抑制或阻斷AKT磷酸化的能力，AKT磷酸化為KIT信號傳導之下游信號傳導事件。如上文所述進行該分析法，但進行以下修改。首先，將小鼠抗AKT抗體固定於ELISA板上作為捕捉抗體。第二，使用兩步法偵測AKT磷酸化(磷酸-AKT)。在將細胞溶胞物與經塗佈之ELISA板一起培育之後，在室溫下以1：500稀釋將識別磷酸-AKT之經生物素標記小鼠單株抗體(Ser473)添加至各孔中後維持1小時。在此培育及隨後之洗滌之後，用蛋白Western C抗生蛋白鏈菌素-HRP抗體(BioRad)在1：2500稀釋下偵測磷酸-AKT抗體。如本文(例如，第2.2及2.4章節)所描述利用TMB受質溶液進行最終偵測步驟。
2.8 實例8：抗KIT抗體用於治療癌症之動物模型研究
使用人類腫瘤之小鼠模型(諸如異種移植小鼠模型)確定本文所描述之抗KIT抗體之抗腫瘤作用。已描述用於研究癌症之各種小鼠模型 (參見例如Fernandez等人，J.Clin.Invest.,2007,117(12)：4044-4054)。下文描述來源於多種源自患者之人類細胞株之小鼠模型(例如異種移植小鼠模型)。下文亦描述用於評估毒性之小鼠模型。
胃腸基質腫瘤(GIST)
已描述GIST之小鼠模型，例如，參見Fernández等人，J.Clin.Invest.,2007,117(12)：4044-4054。舉例而言，藉由短暫曝露於0.05%胰蛋白酶-EDTA(Invitrogen)而自亞匯合培養物中收集GIST細胞。用含有10% FBS之培養基終止胰蛋白酶化。隨後用不含血清之培養基將細胞洗滌兩次且再懸浮於不含血清之HBSS(Invitrogen)中。將如藉由錐蟲藍排除法所測定具有大於95%活力之單細胞懸浮液用於注射液。為產生腫瘤，將100μl 1×105 至1×107 個GIST細胞，例如6×106 個GIST細胞經皮下注入各SCID小鼠(例如，購自Harlan Sprague Dawley Inc.之雌性C.B-17/IcrHsd-PrkdcSCID 小鼠；圈養在美國實驗室動物保護評估與認證協會(American Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care)、美國農業部(the United States Department of Agriculture)、美國健康與公共事業部(the United States Department of Health and Human Services)及NIH批准且符合其要求的研究室中；且根據制度規則加以使用)之單側腹部。每個媒劑組及抗KIT抗體組使用五至十隻小鼠。在腫瘤明顯(例如，距注射約8-11週)後，小鼠即開始注射正常生理食鹽水(媒劑)或抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20或其抗體-藥物結合物)之療法，例如，每日、每週或每兩週經腹膜內注射。持續治療一段時間，例如，約6週，其中每週對腫瘤尺寸進行二維量測。亦可使用偵測腫瘤尺寸之成像方法，例如，MRI。當對照組中之腫瘤尺寸接近約1.5cm時，將所有小鼠處死。收集腫瘤，固定於福馬林中，且藉由H&E染色加以分析。使用光學顯微鏡在40倍及100倍放大率下獲取各腫瘤之代表性影像。
產生各小鼠之腫瘤尺寸或體積針對腫瘤注入後之時間(例如，天或週)繪製之圖，以確定相對於媒劑陰性對照，抗KIT抗體對小鼠中之腫瘤生長的影響。
可用於此等小鼠模型中之GIST細胞之非限制性實例包括GIST 430細胞(表現突變KIT之人類GIST細胞，該突變KIT具有外顯子11(V560-L576)缺失及外顯子13中之V654A突變)及GIST882細胞(KIT中具有同種接合外顯子13錯義突變(亦即，K642E)之永生GIST細胞(參見例如Tuveson等人，Oncogene,2001,20：5054-5058))。
白血病
為研究抗KIT抗體對白血病之效應，基本上如上文所描述，但改用白血病細胞(例如，K562、HEL或HL60細胞)替代GIST細胞注入小鼠中來建立使用人類白血病細胞(例如，K562、HEL或HL60細胞)之異種移植小鼠模型。詳言之，自亞匯合懸浮液中收集腫瘤細胞。為產生腫瘤，將100μl 1×105 至1×107 個腫瘤細胞注入至各SCID小鼠中。隨後將小鼠隨機分於以下各組(n=5-10隻/組)中：(a)每日正常生理食鹽水；及(b)抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20或其抗體-藥物結合物)。對小鼠開始注射正常生理食鹽水(媒劑)或抗KIT抗體(例如，每天、每週或每兩週經腹膜內注射)之療法(例如，在第0天、第7天或第14天或當腫瘤可偵測時)。持續治療一段時間，例如，約6週，其中每週對腫瘤尺寸進行二維量測。亦可使用偵測腫瘤尺寸之成像方法，例如，MRI。在治療期間每週一次及在驗屍時量測腫瘤。
產生各小鼠之腫瘤尺寸或體積針對腫瘤注入後之時間(例如，天或週)繪製之圖，以確定相對於媒劑陰性對照，抗KIT抗體對小鼠中之腫瘤生長的影響。
亦可藉由經由其他途徑(諸如靜脈內途徑)將人類白血病細胞注入裸小鼠或經照射小鼠中且在用或不用抗KIT抗體治療的情況下監測動 物死亡作為白血病進展之指示來產生人類白血病之小鼠模型。產生各小鼠之存活曲線以確定抗KIT抗體對存活之效應。
肺癌(例如小細胞肺癌)
基本上如上文所描述但進行一些改進來建立使用人類肺癌細胞，例如，人類小細胞肺癌細胞(例如，H526細胞、WBA細胞或NCI-H209細胞)之異種移植小鼠模型。舉例而言，用肺癌細胞(例如，小細胞肺癌細胞)替代GIST細胞注入小鼠中。收集肺癌細胞，例如，H526腫瘤細胞，且將100μl 1×105 至1×107 個肺癌細胞注入各小鼠(例如，SCID小鼠)中。隨後將小鼠隨機分於以下各組(例如，n=5-10隻/組)中：(a)每日正常生理食鹽水；及(b)抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20或其抗體-藥物結合物)。對小鼠開始注射(例如，每天、每週或每兩週經腹膜內注射)正常生理食鹽水(媒劑)或抗KIT抗體之療法(例如，在第0天、第7天或第14天或當腫瘤可偵測時)。持續治療一段時間(例如，約6週或6週以上)，其中每週對腫瘤尺寸進行二維量測。亦可使用偵測腫瘤尺寸之成像方法，例如，MRI。在治療期間每週一次及在驗屍時量測腫瘤。
產生各小鼠之腫瘤尺寸或體積針對腫瘤注入後之時間(例如，天或週)繪製之圖，以確定相對於媒劑陰性對照，抗KIT抗體對小鼠中之腫瘤生長的影響。產生存活曲線以確定抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20中之任一者，或其抗原結合片段，或其結合物)對動物存活之效應。
已描述肺癌(例如，小細胞肺癌)之小鼠模型(參見例如Garton等人，2006,Cancer Res.66(2)：1015-24；及Wolff等人，2004,Clin Cancer Res.10：3528-3534)，且可據此加以改適以研究本文所描述之抗KIT抗體的效應。
肉瘤
使用來源於尤文氏腫瘤家族之細胞株(諸如RD-ES、SK-ES-1或SK-N-MC或橫紋肌肉瘤，諸如A-673)建立異種移植模型。細胞株係獲自美國菌種保藏中心(ATCC；Manassas,VA)。一般而言，利用與上文所描述類似之方法。舉例而言，將2.5-5×106 個細胞用胰蛋白酶/EDTA懸浮，或再懸浮於100-200μL生長培養基中且經皮下植入6-8週齡免疫缺乏小鼠(NuNu,SCID)(Charles River Laboratories,Wilmington,MA)之側腹部。在媒劑組及抗KIT抗體組中每組使用五至十隻小鼠。在腫瘤明顯或已達到100-200mm3 後，即對小鼠開始注射(例如，每天、每週或每兩週經腹膜內注射)正常生理食鹽水(媒劑)或抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20或其抗體-藥物結合物)之療法。持續治療一段時間(例如，約6週或6週以上)，且評估腫瘤尺寸(例如，藉助於二維量測每週兩次)。可使用偵測腫瘤尺寸之成像方法，例如，MRI。當對照組中之腫瘤尺寸接近某一尺寸(例如，約1.5cm)時處死小鼠。收集腫瘤，固定於福馬林中，且藉由H&E染色加以分析。使用光學顯微鏡在例如40倍及100倍放大率下獲取各腫瘤之代表性影像。
產生各小鼠之腫瘤尺寸或體積針對腫瘤注入後之時間(例如，天或週)繪製之圖，以確定相對於媒劑陰性對照，抗KIT抗體對小鼠中之腫瘤生長的影響。
已描述肉瘤(例如，尤文氏肉瘤)之小鼠模型，例如，參見以下出版物清單，且可據此加以改適以評估抗KIT抗體(例如，抗體Hum1-Hum20中之任一者)之效應：González等人，2004,Clin Cancer Res.10(2)：751-61；Landuzzi等人，2000,Am J Pathol.157(6)：2123-31(6647細胞)；Merchant等人，2002,JNCI 94(22)：1673-1679(TC71細胞)；Sturla等人，2000,Cancer Res.60(21)：6160-70(TC32及RD-ES細胞)； Powis等人，2006,Mol Cancer Ther.5(3)：630-636(A-673細胞)；Watanabe等人，2008,Hum Gene Ther.19(3)：300-10(A-673細胞)；Rouleau等人，2008,Clin Cancer Res.14(22)：7223-7236(A-673細胞)；Karmakar等人，2011,World J Oncol.2(2)：53-63(RD-ES及SK-N-MC細胞)；Wang等人，2009,In vivo 23(6)：903-9(TC71細胞)；及Ikeda等人，2010,Mol Cancer Ther.(3)：653-60(TC71細胞及A4573細胞)。
人類化小鼠模型
利用抗KIT抗體(包括抗KIT抗體藥物結合物)，例如Hum1-Hum20抗體(包括其抗體-藥物結合物)進行之研究可利用藉由將免疫缺陷小鼠移植人類免疫系統之組分產生的小鼠模型，例如，人類化NSG小鼠(The Jackson Laboratory,Bar Harbor,Maine)來進行。人類化NSG小鼠為植入人類造血幹細胞(hCD34+ 細胞)以重構人類免疫系統之NODscid IL-2受體γ鏈基因剔除小鼠(NSG)。
此等小鼠可充當研究抗KIT抗體毒性之平台。舉例而言，在一段時間(例如，4-16週)內向各組小鼠(例如，1-5隻小鼠)中注射各種濃度之抗KIT抗體。評估小鼠之毒性指標，例如體重、存活時長。
2.9 實例9：在軟瓊脂分析法中藉由表現KIT之CHO細胞抑制群落形成
在軟瓊脂分析法中測試本文所描述之抗KIT抗體(例如Hum1-Hum20)抑制CHO/KIT-WT細胞之固著非依賴性細胞生長的能力。關於群落形成之軟瓊脂分析法為一種固著非依賴性生長分析法，其為用於偵測細胞惡性轉型之適用分析法。活體外轉型與某些表型變化相關，諸如喪失接觸抑制(細胞可彼此疊加生長)及固著非依賴性(細胞在軟瓊 脂中形成群落)。一般而言，未轉型細胞當懸浮於黏性流體或凝膠(例如，瓊脂或瓊脂糖)中時不能生長，但當此等細胞經轉型時，其能夠在黏性流體或凝膠中生長且變成固著非依賴性。假定發生此等表型變化之過程與活體內癌發生過程緊密相關。
如下進行軟瓊脂分析法。將基礎瓊脂層(含有瓊脂及細胞培養基)添加至96孔培養板之各孔中。細胞瓊脂層(含有瓊脂、細胞培養基及細胞懸浮液)添加於基礎瓊脂層之頂部。將抗KIT抗體稀釋於細胞培養基中且吸移於該等層之頂部。對照樣本不含任何抗體。在37℃及5% CO2 下在存在或不存在30ng/mL SCF的情況下將培養板培育5-8天。將配位體SCF及抗KIT抗體(100nM)同時添加至瓊脂。
當完成處理時，瓊脂得以溶解且細胞得以溶解。將綠色螢光Cyquant® GR染料與溶胞物混合。此染料在結合於細胞核酸時展現螢光。在480nm激發及520nm發射下量測螢光。
本文所描述之實施例意欲僅為例示性的，且熟習此項技術者將僅使用常規實驗即能認識到或能夠確定本文所描述之特定程序的眾多等效物。所有該等等效物均被視為在本發明之範疇內且由以下申請專利範圍涵蓋。此外，除非上下文另外明確指示，否則如本說明書及申請專利範圍中所使用，單數形式「一」及「該」包括複數形式。因此，舉例而言，提及「抗體」包括兩種或兩種以上該等抗體之混合物，以及其類似情形。另外，一般熟練技術者應認識到出於說明及主張之目的必須按某一特定順序闡述操作順序，但本發明涵蓋該特定順序以外的各種變化。
本文中所引用之所有參考文獻(包括專利申請案、專利及公開案)係以全文引用的方式併入本文中，且出於所有目的，該引用程度達到如同已出於所有目的而特定且個別地將各個別公開案或專利或專利申請案以全文引用的方式併入一般。
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<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之共同序列
<220>
<221> VARIANT
<222> 11,20,38,68,70,73,82,91
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 11
<210> 12
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之共同序列
<220>
<221> VARIANT
<222> 10,46,63,80,85,87
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 12
<210> 13
<400> 13
000
<210> 14
<211> 246
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重組KIT D4/D5多肽
<400> 14
<210> 15
<211> 101
<212> PRT
<213> 智人
<220>
<223> 人類KIT之K310至N410(D4域)
<400> 15
<210> 16
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR1
<400> 16
<210> 17
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR2
<400> 17
<210> 18
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR3
<400> 18
<210> 19
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<400> 19
<210> 20
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 20
<210> 21
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<400> 21
<210> 22
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> H1 VH域
<400> 22
<210> 23
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> H2 VH域
<400> 23
<210> 24
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> H3 VH域
<400> 24
<210> 25
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> H4 VH域
<400> 25
<210> 26
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> H5 VH域
<400> 26
<210> 27
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> L1 VL域
<400> 27
<210> 28
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> L2 VL域
<400> 28
<210> 29
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> L3 VL域
<400> 29
<210> 30
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> L4 VL域
<400> 30
<210> 31
<211> 116
<212> PRT
<213> 小鼠
<220>
<223> 抗KIT抗體37M之可變重鏈區
<400> 31
<210> 32
<211> 108
<212> PRT
<213> 小鼠
<220>
<223> 抗KIT抗體37M及37C之VL鏈區
<400> 32
<210> 33
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR1
<400> 33
<210> 34
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR2
<400> 34
<210> 35
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR3
<400> 35
<210> 36
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR4
<400> 36
<210> 37
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR1
<400> 37
<210> 38
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR3
<400> 38
<210> 39
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR2
<400> 39
<210> 40
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR3
<400> 40
<210> 41
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR1
<400> 41
<210> 42
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR3
<400> 42
<210> 43
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH域之FR3
<400> 43
<210> 44
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR1
<400> 44
<210> 45
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR2
<400> 45
<210> 46
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR3
<400> 46
<210> 47
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR4
<400> 47
<210> 48
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR1
<400> 48
<210> 49
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR3
<400> 49
<210> 50
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR3
<400> 50
<210> 51
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR2
<400> 51
<210> 52
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL域之FR3
<400> 52
<210> 53
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ab1之VL鏈區
<400> 53
<210> 54
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ab21之VL鏈區
<400> 54
<210> 55
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ab1或Ab21之VH鏈區
<400> 55
<210> 56
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR1(表2)
<400> 56
<210> 57
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR2(表2)
<400> 57
<210> 58
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR3(表2)
<400> 58
<210> 59
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1(表2)
<400> 59
<210> 60
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2(表2)
<400> 60
<210> 61
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3(表2)
<400> 61
<210> 62
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR2(表2)
<400> 62
<210> 63
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR3(表2)
<400> 63
<210> 64
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR1(表3)
<400> 64
<210> 65
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR2(表3)
<400> 65
<210> 66
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1(表3)
<400> 66
<210> 67
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2(表3)
<400> 67
<210> 68
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3(表3)
<400> 68
<210> 69
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗KIT抗體37C之可變重鏈區
<400> 69
<210> 70
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR1(表3)
<400> 70
<210> 71
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR2(表3)
<400> 71
<210> 72
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH CDR3(表3)
<400> 72
<210> 73
<211> 208
<212> PRT
<213> 智人
<220>
<223> 人類KIT胺基酸V308至H515
<400> 73
<210> 74
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 1
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 74
<210> 75
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 75
<210> 76
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 76
<210> 77
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 77
<210> 78
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 5
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 78
<210> 79
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 5
<223> Xaa=Ala或Gly或Thr或Tyr或Cys或Ser
<400> 79
<210> 80
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 80
<210> 81
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 81
<210> 82
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 8
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 82
<210> 83
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 9
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 83
<210> 84
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 9
<223> Xaa=Ala或Gly或Thr或Tyr或Cys或Ser
<400> 84
<210> 85
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 85
<210> 86
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 11
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 86
<210> 87
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<400> 87
<210> 88
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<400> 88
<210> 89
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<400> 89
<210> 90
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<400> 90
<210> 91
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR1
<400> 91
<210> 92
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 1
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 92
<210> 93
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 93
<210> 94
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 94
<210> 95
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 95
<210> 96
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 5
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 96
<210> 97
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 97
<210> 98
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 98
<210> 99
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 99
<210> 100
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 100
<210> 101
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 101
<210> 102
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 102
<210> 103
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 103
<210> 104
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR2
<400> 104
<210> 105
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 105
<210> 106
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 106
<210> 107
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 107
<210> 108
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 5
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 108
<210> 109
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 109
<210> 110
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 110
<210> 111
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 8
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 111
<210> 112
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 9
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 112
<210> 113
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<400> 113
<210> 114
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<400> 114
<210> 115
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL CDR3
<400> 115
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<221> VARIANT
<222> 11,20
<223> Xaa=Leu或Val
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 191
<210> 192
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 11,20
<223> Xaa=Leu或Val
<220>
<221> VARIANT
<222> 26
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 192
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<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 11,20
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<220>
<221> VARIANT
<222> 27
<223> Xaa=任何胺基酸
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<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR1
<220>
<221> VARIANT
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<220>
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR1
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 29
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<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 11,20
<223> Xaa=Leu或Val
<220>
<221> VARIANT
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
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<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<220>
<221> VARIANT
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<220>
<221> VARIANT
<222> 5
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=Arg或Lys
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
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<400> 202
<210> 203
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=Arg或Lys
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=任何胺基酸
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<210> 204
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=Arg或Lys
<220>
<221> VARIANT
<222> 8
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 204
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=Arg或Lys
<220>
<221> VARIANT
<222> 9
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<210> 206
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 206
<210> 207
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=Arg或Lys
<220>
<221> VARIANT
<222> 11
<223> Xaa=任何胺基酸
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 12
<223> Xaa=任何胺基酸
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
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<220>
<221> VARIANT
<222> 13
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<400> 209
<210> 210
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR2
<220>
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=Arg或Lys
<220>
<221> VARIANT
<222> 14
<223> Xaa=任何胺基酸
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<210> 211
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 1
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<223> Xaa=Ser或Thr
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<210> 212
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
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<210> 213
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
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<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 213
<210> 214
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=Ala或Val
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 214
<210> 215
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 5
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 215
<210> 216
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 216
<210> 217
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 217
<210> 218
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 8
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 218
<210> 219
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 9
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 219
<210> 220
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 220
<210> 221
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
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<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 11
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 221
<210> 222
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 12
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 222
<210> 223
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
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<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 13
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 223
<210> 224
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 14
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 224
<210> 225
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 15
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 225
<210> 226
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 17
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 226
<210> 227
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 17
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 227
<210> 228
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 18
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 228
<210> 229
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=Ile或Leu
<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 19
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
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<400> 229
<210> 230
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> VARIANT
<222> 20
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=Ser或Thr
<400> 230
<210> 231
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
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<220>
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<222> 16
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<220>
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<211> 23
<212> PRT
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<220>
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<220>
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<212> PRT
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<220>
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<221> VARIANT
<222> 10
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<220>
<221> VARIANT
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<210> 273
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=Phe或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 20
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 273
<210> 274
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=Phe或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 21
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 274
<210> 275
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=Phe或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 22
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 275
<210> 276
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR1
<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=Phe或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 23
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 276
<210> 277
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 1
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 12
<223> Xaa=Ser或Ala
<400> 277
<210> 278
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 12
<223> Xaa=Ser或Ala
<400> 278
<210> 279
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 12
<223> Xaa=Ser或Ala
<400> 279
<210> 280
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 12
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<400> 280
<210> 281
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
<220>
<221> VARIANT
<222> 5
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<221> VARIANT
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<400> 281
<210> 282
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR2
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<212> PRT
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<211> 15
<212> PRT
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<212> PRT
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<211> 32
<212> PRT
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<220>
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<220>
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<211> 32
<212> PRT
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<220>
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<220>
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<221> VARIANT
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<220>
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<211> 32
<212> PRT
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<212> PRT
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<211> 32
<212> PRT
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<220>
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<211> 32
<212> PRT
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<220>
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<221> VARIANT
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<221> VARIANT
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<211> 32
<212> PRT
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<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<211> 32
<212> PRT
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<220>
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
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<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
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<220>
<221> VARIANT
<222> 12
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<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 303
<210> 304
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
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<220>
<221> VARIANT
<222> 13
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
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<220>
<221> VARIANT
<222> 29
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<220>
<221> VARIANT
<222> 31
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 14
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
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<220>
<221> VARIANT
<222> 29
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<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 305
<210> 306
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
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<220>
<221> VARIANT
<222> 15
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<220>
<221> VARIANT
<222> 24
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<220>
<221> VARIANT
<222> 29
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<220>
<221> VARIANT
<222> 31
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
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<220>
<221> VARIANT
<222> 16
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<220>
<221> VARIANT
<222> 24
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<400> 307
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 24
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
<222> 18
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
<221> VARIANT
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<220>
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<400> 309
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
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<220>
<221> VARIANT
<222> 19
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<220>
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<220>
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<220>
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<400> 310
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<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 20
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
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<220>
<221> VARIANT
<222> 29
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<220>
<221> VARIANT
<222> 31
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<400> 311
<210> 312
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 21
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 312
<210> 313
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 22
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 313
<210> 314
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 23
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 314
<210> 315
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 315
<210> 316
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 25
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 316
<210> 317
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 26
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
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<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 317
<210> 318
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 27
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 318
<210> 319
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 28
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 319
<210> 320
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 320
<210> 321
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 30
<223> Xaa=任何胺基酸
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<400> 321
<210> 322
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 322
<210> 323
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR3
<220>
<221> VARIANT
<222> 7
<223> Xaa=Ser或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 24
<223> Xaa=Pro或Ser
<220>
<221> VARIANT
<222> 29
<223> Xaa=Asp或Thr
<220>
<221> VARIANT
<222> 31
<223> Xaa=Phe或Tyr
<220>
<221> VARIANT
<222> 32
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 323
<210> 324
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 1
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 324
<210> 325
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 2
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 325
<210> 326
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 3
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 326
<210> 327
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 4
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 327
<210> 328
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<220>
<221> VARIANT
<222> 5
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 328
<210> 329
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 6
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 329
<210> 330
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
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<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 330
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<220>
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<222> 8
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 331
<210> 332
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<212> PRT
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<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 9
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 332
<210> 333
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL FR4
<220>
<221> VARIANT
<222> 10
<223> Xaa=任何胺基酸
<400> 333

Claims (48)

  1. 一種經分離之抗體或其抗原結合片段，其免疫特異性結合於人類KIT，該抗體或其抗原結合片段包含輕鏈可變區(「VL」)及重鏈可變區(「VH」)，其中：(i)該VL包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列；(ii)該VL包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列；(iii)該VL包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列；(iv)該VL包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列；(v)該VL包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列；(vi)該VL包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列；(vii)該VL包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列；(viii)該VL包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列；(ix)該VL包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列；(x)該VL包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列；(xi)該VL包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列；(xii)該VL包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列；(xiii)該VL包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列；(xiv)該VL包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列；(xv)該VL包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列；(xvi)該VL包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列；(xvii)該VL包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列；(xviii)該VL包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列；(xix)該VL包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列；或(xx)該VL包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列，且該VH包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列。
  2. 如請求項1之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG單株抗體。
  3. 如請求項1之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG1單株抗體。
  4. 如請求項1之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG4單株抗體。
  5. 如請求項1之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG 單株抗體且包含人類κ輕鏈恆定區。
  6. 如請求項1之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG1單株抗體且包含人類κ輕鏈恆定區。
  7. 如請求項1之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG4單株抗體且包含人類κ輕鏈恆定區。
  8. 一種經分離之抗體或其抗原結合片段，其免疫特異性結合於人類KIT，其中該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列之VH；(ii)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列之VH；(iii)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列之VH；(iv)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列之VH；(v)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：19、20及21之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列之VH；(vi)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：59、60及61之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列之VH；(vii)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：59、60及61之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列之VH；(viii)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：59、60及61之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列之VH；(ix)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：59、60及61之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列之VH；(x)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：59、60及61之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列之VH；(xi)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：66、67及68之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列之VH；(xii)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：66、67及68之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：3之胺基酸序列之VH；(xiii)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：66、67及68之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：4之胺基酸序列之VH；(xiv)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：66、67及68之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：5之胺基酸序列之VH；(xv)包含VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3之VL，該VL CDR1、VL CDR2及VL CDR3分別包含SEQ ID NO：66、67及68之胺基酸序列；及包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列之VH； (xvi)包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列；(xvii)包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列；(xviii)包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列；(xix)包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：16、17及18之胺基酸序列；(xx)包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、57及58之胺基酸序列；(xxi)包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、57及58之胺基酸序列；(xxii)包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、57及58之胺基酸序列；(xxiii)包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、57及58之胺基酸序列；(xxiv)包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及 VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、62及63之胺基酸序列；(xxv)包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、62及63之胺基酸序列；(xxvi)包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、62及63之胺基酸序列；(xxvii)包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：56、62及63之胺基酸序列；(xxviii)包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：64、65及58之胺基酸序列；(xxix)包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：64、65及58之胺基酸序列；(xxx)包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：64、65及58之胺基酸序列；(xxxi)包含SEQ ID NO：10之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：64、65及58之胺基酸序列；(xxxii)包含SEQ ID NO：7之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：70、71及72之胺基酸序列；(xxxiii)包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：70、71及72之胺基酸序列；或(xxxiv)包含SEQ ID NO：9之胺基酸序列之VL，及包含VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3之VH，該VH CDR1、VH CDR2及VH CDR3分別包含SEQ ID NO：70、71及72之胺基酸序列。
  9. 如請求項8之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體包含人類重鏈恆定區及人類輕鏈恆定區。
  10. 如請求項9之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG抗體。
  11. 如請求項9之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG1抗體。
  12. 如請求項11之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體包含人類κ輕鏈恆定區。
  13. 如請求項12之經分離之抗體或其抗原結合片段，其為單株抗體。
  14. 如請求項9之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體為IgG4抗體。
  15. 如請求項14之經分離之抗體或其抗原結合片段，其中該抗體包含人類κ輕鏈恆定區。
  16. 如請求項15之經分離之抗體或其抗原結合片段，其為單株抗體。
  17. 一種結合物，其包含連接於藥劑之如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段。
  18. 如請求項17之結合物，其中該藥劑為毒素。
  19. 如請求項17之結合物，其中該結合物係被細胞內化。
  20. 一種醫藥組合物，其包含如請求項17之結合物及醫藥學上可接受之載劑。
  21. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段及醫藥學上可接受之載劑。
  22. 一種聚核苷酸或聚核苷酸組合，其包含編碼如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段之VL鏈區與VH鏈區的核苷酸序列。
  23. 一種載體或載體組合，其包含如請求項22之聚核苷酸或聚核苷酸組合。
  24. 如請求項23之載體或載體組合，其為哺乳動物表現載體或哺乳動物表現載體組合。
  25. 一種宿主細胞，其包含如請求項23之載體或載體組合。
  26. 一種宿主細胞，其包含如請求項22之聚核苷酸或聚核苷酸組合。
  27. 一種經分離之細胞，其產生如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段。
  28. 一種套組，其包含如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段。
  29. 一種套組，其包含如請求項17之結合物。
  30. 一種如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段之用途，其係用以製備用於治療或控制KIT相關病症之藥物，其中該KIT相關病症係選自由癌症、發炎性病狀及纖維化所組成之群。
  31. 如請求項30之用途，其中該癌症為白血病、慢性骨髓性白血病、肺癌、小細胞肺癌或胃腸基質腫瘤。
  32. 如請求項30之用途，其中該癌症對於酪胺酸激酶抑制劑之治療具頑抗性。
  33. 如請求項32之用途，其中該酪胺酸激酶抑制劑為甲磺酸伊馬替 尼(imatinib mesylate)或SU11248。
  34. 如請求項30之用途，其中該用途進一步包括投與第二治療劑。
  35. 如請求項34之用途，其中該第二治療劑為化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑、組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑、抗體或細胞激素。
  36. 如請求項35之用途，其中該酪胺酸激酶抑制劑為伊馬替尼甲磺酸或SU11248。
  37. 一種如請求項17之結合物之用途，其係用以製備用於治療或控制KIT相關病症之藥物，其中該KIT相關病症係選自由癌症、發炎性病狀及纖維化所組成之群。
  38. 如請求項37之用途，其中該癌症為白血病、慢性骨髓性白血病、肺癌、小細胞肺癌或胃腸基質腫瘤。
  39. 如請求項37之用途，其中該癌症對於酪胺酸激酶抑制劑之治療具難治性。
  40. 如請求項39之用途，其中該酪胺酸激酶抑制劑為伊馬替尼甲磺酸或SU11248。
  41. 如請求項37之用途，其中該用途進一步包括投與第二治療劑。
  42. 如請求項41之用途，其中該第二治療劑為化學治療劑、酪胺酸激酶抑制劑、組織蛋白脫乙醯基酶抑制劑、抗體或細胞激素。
  43. 如請求項42之用途，其中該酪胺酸激酶抑制劑為甲磺酸伊馬替尼或SU11248。
  44. 一種於表現KIT之細胞中抑制KIT活性的活體外方法，該方法包括使該細胞與有效量之如請求項1至16中任一項之經分離之抗體或其抗原結合片段接觸。
  45. 一種製造免疫特異性結合於人類KIT之抗體的方法，該方法包括培養如請求項25之細胞，及/或利用該細胞表現該抗體。
  46. 如請求項45之方法，其進一步包括純化獲自該宿主細胞之抗 體。
  47. 一種製造免疫特異性結合於人類KIT之抗體的方法，該方法包括培養如請求項26之細胞，及/或利用該細胞表現該抗體。
  48. 如請求項47之方法，其進一步包括純化獲自該宿主細胞之抗體。
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