TW202200613A - 抗ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２抗體及其用途 - Google Patents

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Abstract

本發明提供經修飾之抗SARS-COV-2抗體或其抗原結合片段，其具有延長之半衰期及最佳化之免疫活性。本發明亦揭露關於包括上述抗體或其抗原結合片段之醫藥組合物及一種用於治療或預防人類患者之由SARS-COV-2感染所引起或與其有關之疾病的方法。

Description

抗SARS-COV-2抗體及其用途
本發明大體上係關於新穎的抗SARS-COV-2抗體、含有上述抗SARS-COV-2抗體之醫藥組合物及其用途。
新冠狀病毒SARS-CoV-2之近期爆發造成嚴重的全球健康緊急情況。SARS-CoV-2為正義單鏈RNA (+ssRNA)病毒，其屬於β冠狀病毒家族且與包含嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒(SARS-CoV，亦稱作SARS-CoV-1)及中東呼吸道症候群冠狀病毒(MERS-CoV)之其他病原性人類β冠狀病毒共有實質性基因及功能類似性。類似於其他冠狀病毒，SARS-CoV-2具有四種結構蛋白，稱為S (刺突)蛋白、E (包膜)蛋白、M (膜)蛋白及N (核衣殼)蛋白；S蛋白、E蛋白及M蛋白一起產生病毒包膜；內部的包膜為束縛於連續串珠型構形中之RNA基因體(約30 kb)之N蛋白。
刺突蛋白為負責允許SARS-CoV-2病毒連接至宿主細胞之膜的蛋白質，SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)識別且連接至宿主細胞之血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體以將其用作細胞進入之機制。總體ACE2結合機制在SARS-CoV-2 RBD與SARS-CoV RBD之間幾乎相同，從而指示此等兩種病毒之間的趨同ACE2結合演變。此表明RBD及ACE2相互作用之破壞將阻斷SARS-CoV-2進入至目標細胞中。實際上，已顯示少數此類靶向ACE2之破壞性藥劑抑制SARS-CoV感染。然而，鑒於活體內ACE2之重要生理學作用，此等藥劑可具有非所需之副作用。在另一方面，抗RBD抗體因此更有利。此外，在實驗動物中基於SARS-CoV-RBD或MERS-CoV RBD之疫苗研究亦已顯示抑制病毒進入之強多株抗體反應。此類關鍵概念驗證結果指示抗RBD抗體可能有效阻斷SARS-CoV-2進入。
目前沒有SARS-CoV-2特異性治療或疫苗可用，且目前用於SARS-CoV-2感染之現有偵測量測為耗時的及不靈敏的。因此，迫切需要新穎的抗SARS-CoV-2抗體。
在一個態樣中，本發明係關於一種經修飾抗體或其抗原結合片段，其包括至少一種具有抗原結合親和力之抗原結合域及共價連接之經修飾人類IgG恆定域，其中上述抗原結合親和力包括SARS-CoV-2結合親和力，相較於上述SARS-CoV-2結合親和力，上述抗原結合親和力包括比SARS-CoV或MERS-CoV低至少50%之結合親和力或包括不可偵測之結合親和力，且其中上述經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號，相較於具有野生型人類IgG恆定域之抗體對FcRn的親和力，上述經修飾抗體對FcRn之親和力增加。
在另一態樣中，本發明係關於一種醫藥組合物，其包括至少一種本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段、至少一種編碼上述經修飾抗體或其抗原結合片段之核酸或其組合，以及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
在另一態樣中，本發明係關於一種用於治療或預防有需要之個體之疾病的方法，上述方法包括向上述個體投與有效劑量的本文所揭露之醫藥組合物中之任一者； 其中上述醫藥組合物經組態以向上述個體投與以在投與上述醫藥組合物之後，使上述經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在10 µg/mL至3500 µg/mL之治療有效範圍內，持續1天至12個月之範圍內之時間段；及 其中上述個體感染有上述SARS-CoV-2，展現感染有上述SARS-CoV-2之一或多種症狀或具有感染有上述SARS-CoV-2之風險。
在另一態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其能夠特異性結合至SARS-CoV-2且展現比對SARS-CoV或MERS-CoV低至少50%之結合或展現不可偵測的結合。
在另一態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其具有一或多個選自由以下組成之群的特徵：a ) 能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白且展現比對SARS-CoV之刺突蛋白或MERS-CoV之刺突蛋白低至少50%之結合；b ) 能夠特異性結合至包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白的受體結合域(RBD)；c ) 展現與包括SEQ ID NO: 124之胺基酸序列的SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合，其水準為不可偵測的或不超過與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合之50%；d ) 展現與包括SEQ ID NO: 126之胺基酸序列的MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合，其水準為不可偵測的或不超過與上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合之50%；e ) 能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，其Kd 值不超過1×10- 7 M，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測；f ) 展現結合至SARS-CoV之刺突蛋白之上述RBD或MERS-CoV之刺突蛋白之上述RBD，其Kd 值為至少1×10- 6 M，如藉由SPR所量測；g ) 能夠展現在1 µM下與2 µM血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體至少30%之競爭以結合至以250之共振單位(RU)固定的SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，如藉由SPR所量測；h ) 能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，其在IC50 值下之中和活性不超過100 μg/ml (例如，不超過50 μg/ml、不超過40 μg/ml、不超過30 μg/ml、不超過25 μg/ml、不超過20 μg/ml、不超過15 μg/ml、不超過10 μg/ml、不超過8 μg/ml、不超過6 μg/ml、不超過4 μg/ml、不超過2 μg/ml或不超過1 μg/ml)，如藉由假病毒中和檢定所量測；及i ) 能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，其在IC50 值下之中和活性不超過1 μg/ml (例如，不超過50 ng/ml、不超過40 ng/ml、不超過30 ng/ml、不超過25 ng/ml、不超過20 ng/ml、不超過15 ng/ml、不超過10 ng/ml、不超過8 ng/ml、不超過6 ng/ml、不超過4 ng/ml、不超過2 ng/ml或不超過1 ng/ml)，如藉由活病毒中和檢定使用病灶減少中和測試(focus reduction neutralization test；FRNT)方法所量測。
在又一態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD。
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在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 139、SEQ ID NO: 140及SEQ ID NO: 141。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 149、SEQ ID NO: 150及SEQ ID NO: 151。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 159、SEQ ID NO: 160及SEQ ID NO: 161。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 169、SEQ ID NO: 170及SEQ ID NO: 171。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 179、SEQ ID NO: 180及SEQ ID NO: 181。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 189、SEQ ID NO: 190及SEQ ID NO: 191。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 199、SEQ ID NO: 200及SEQ ID NO: 201。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 209、SEQ ID NO: 210及SEQ ID NO: 211。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 219、SEQ ID NO: 220及SEQ ID NO: 221。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 229、SEQ ID NO: 230及SEQ ID NO: 231。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 239、SEQ ID NO: 240及SEQ ID NO: 241。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 249、SEQ ID NO: 250及SEQ ID NO: 251。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 259、SEQ ID NO: 260及SEQ ID NO: 261。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 269、SEQ ID NO: 270及SEQ ID NO: 271。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 279、SEQ ID NO: 280及SEQ ID NO: 281。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 289、SEQ ID NO: 290及SEQ ID NO: 291。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 299、SEQ ID NO: 300及SEQ ID NO: 301。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 309、SEQ ID NO: 310及SEQ ID NO: 311。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 319、SEQ ID NO: 320及SEQ ID NO: 321。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 329、SEQ ID NO: 330及SEQ ID NO: 331。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 339、SEQ ID NO: 340及SEQ ID NO: 341。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 349、SEQ ID NO: 350及SEQ ID NO: 351。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 359、SEQ ID NO: 360及SEQ ID NO: 361。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 369、SEQ ID NO: 370及SEQ ID NO: 371。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 379、SEQ ID NO: 380及SEQ ID NO: 381。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 389、SEQ ID NO: 390及SEQ ID NO: 391。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 399、SEQ ID NO: 400及SEQ ID NO: 401。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 409、SEQ ID NO: 410及SEQ ID NO: 411。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 419、SEQ ID NO: 420及SEQ ID NO: 421。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 429、SEQ ID NO: 430及SEQ ID NO: 431。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 1之序列的重鏈CDR1 (HCDR1)、包括SEQ ID NO: 2之序列的重鏈CDR2 (HCDR2)、包括SEQ ID NO: 3之序列的重鏈CDR3 (HCDR3)、包括SEQ ID NO: 4之序列的輕鏈CDR1 (LCDR1)、包括SEQ ID NO: 5之序列的輕鏈CDR2 (LCDR2)及包括SEQ ID NO: 6之序列的輕鏈CDR3 (LCDR3)。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 11之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 12之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 13之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 14之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 15之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 16之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 21之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 22之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 23之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 24之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 25之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 26之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 31之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 32之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 33之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 34之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 35之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 36之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 41之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 42之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 43之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 44之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 45之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 46之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 51之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 52之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 53之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 54之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 55之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 56之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 65之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 66之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 67之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 68之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 69之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 70之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 75之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 76之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 77之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 78之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 79之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 80之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 85之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 86之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 87之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 88之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 89之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 90之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 95之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 96之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 97之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 98之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 99之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 100之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 105之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 136之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或SEQ ID NO: 448之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 146之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 147之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 148之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 149之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 150之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 151之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 156之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 157之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 158之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 159之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 160之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 161之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 166之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 167之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 168之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 169之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 170之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 171之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 176之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 177之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 178之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 179之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 180之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 181之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 186之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 187之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 188之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 189之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 190之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 191之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 196之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 197之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 198之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 199之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 200之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 201之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 206之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 207之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 208之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 209之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 210之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 211之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 216之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 217之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 218之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 219之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 220之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 221之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 226之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 227之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 228之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 229之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 230之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 231之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 236之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 237之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 238之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 239之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 240之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 241之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 246之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 247之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 248之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 249之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 250之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 251之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 256之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 257之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 258之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 259之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 260之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 261之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 266之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 267之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 268之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 269之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 270之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 271之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 276之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 277之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 278之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 279之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 280之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 281之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 286之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 287之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 288之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 289之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 290之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 291之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 296之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 297之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 298之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 299之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 300之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 301之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 306之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 307之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 308之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 309之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 310之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 311之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 316之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 317之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 318之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 319之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 320之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 321之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 326之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 327之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 328之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 329之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 330之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 331之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 336之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 337之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 338之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 339之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 340之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 341之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 346之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 347之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 348之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 349之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 350之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 351之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 356之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 357之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 358之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 359之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 360之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 361之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 366之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 367之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 368之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 369之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 370之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 371之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 376之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 377之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 378之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 379之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 380之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 381之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 386之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 387之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 388之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 389之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 390之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 391之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 396之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 397之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 398之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 399之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 400之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 401之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 406之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 407之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 408之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 409之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 410之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 411之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 416之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 417之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 418之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 419之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 420之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 421之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 426之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 427之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 428之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 429之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 430之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 431之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括來自包括選自由以下組成之群之胺基酸序列的重鏈可變區之HCDR1、HCDR2及HCDR3：SEQ ID NO：7、17、27、37、47、57、61、71、81、91、101、111、142、152、162、172、182、192、202、212、222、232、242、252、262、272、282、292、302、312、322、332、342、352、362、372、382、392、402、412、422、432及449。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括來自包括選自由以下組成之群之胺基酸序列的輕鏈可變區之LCDR1、LCDR2及LCDR3：SEQ ID NO：8、18、28、38、48、58、62、72、82、92、102、112、143、153、163、173、183、193、203、213、223、233、243、253、263、273、283、293、303、313、323、333、343、353、363、373、383、393、403、413、423及433。
本文所揭露之抗體及抗原結合片段的CDR邊界可藉由Kabat、IMGT、Chothia或Al-Lazikani之慣例界定或認定(Al-Lazikani, B., Chothia, C., Lesk, A. M.,J . Mol . Biol . , 273(4), 927 (1997)；Chothia, C.等人,J Mol Biol . Dec 5;186(3):651-63 (1985)；Chothia, C.及Lesk, A.M.,J . Mol . Biol . , 196,901 (1987)；Chothia, C.等人,Nature . Dec 21-28;342(6252):877-83 (1989)；Kabat E.A.等人, Sequences of Proteins of immunological Interest, 第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)；Marie-Paule Lefranc等人,Developmental and Comparative Immunology , 27: 55-77 (2003)；Marie-Paule Lefranc等人,Immunome Research , 1(3), (2005)；Marie-Paule Lefranc, Molecular Biology of B cells (第二版), 第26章, 481-514, (2015))。在一些實施例中，使用IMGT編號判定HCDR及LCDR。
在一些實施例中，使用Kabat編號判定HCDR及LCDR。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 437及SEQ ID NO: 438。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 439、SEQ ID NO: 440及SEQ ID NO: 441。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 441之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 443及SEQ ID NO: 444。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 445、SEQ ID NO: 446及SEQ ID NO: 447。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括：包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 447之序列的LCDR3。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括重鏈可變區，上述重鏈可變區包括選自由以下組成之群的序列：SEQ ID NO：7、17、27、37、47、57、61、71、81、91、101、111、142、152、162、172、182、192、202、212、222、232、242、252、262、272、282、292、302、312、322、332、342、352、362、372、382、392、402、412、422及432，或與其具有至少80%序列一致性之同源序列。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括輕鏈可變區，上述輕鏈可變區包括選自由以下組成之群的序列：SEQ ID NO：8、18、28、38、48、58、62、72、82、92、102、112、143、153、163、173、183、193、203、213、223、233、243、253、263、273、283、293、303、313、323、333、343、353、363、373、383、393、403、413、423及433，或與其具有至少80%序列一致性之同源序列。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括一對選自由以下組成之群的重鏈可變區及輕鏈可變區序列：SEQ ID NO：7/8、17/18、27/28、37/38、47/48、57/58、61/62、71/72、81/82、91/92、101/102、111/112、及142/143、152/153、162/163、172/173、182/183、192/193、202/203、212/213、222/223、232/233、242/243、252/253、262/263、272/273、282/283、292/293、302/303、312/313、322/323、332/333、342/343、352/353、362/363、372/373、382/383、392/393、402/403、412/413、422/423及432/433，或一對與其具有至少80%序列一致性但仍保持與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的特異性結合親和力之同源序列。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段進一步包括免疫球蛋白恆定區。在一些實施例中，上述免疫球蛋白恆定區為人類免疫球蛋白之恆定區。在一些實施例中，上述免疫球蛋白恆定區為人類IgG之恆定區。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括人類IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2或IgM之重鏈恆定區。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括人類IgG1之重鏈恆定區。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括人類免疫球蛋白κ 1 輕鏈之恆定區。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括人類免疫球蛋白λ輕鏈之恆定區。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段包括一或多個胺基酸殘基取代或修飾，但仍保持與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的特異性結合親和力。
在一些實施例中，上述抗體或抗原結合片段為親和力變體、糖基化變體、半胱胺酸工程化變體或Fc變體。
在一些實施例中，糖基化變體包括在N297 (例如，N297A、N297Q或N297G)之突變，例如以修飾糖基化位點。
在一些實施例中，Fc變體包括一或多個引起相對於野生型Fc增加之效應功能的胺基酸殘基修飾或取代。在一些實施例中，Fc變體包括在Fc區之選自由以下組成之群的位置中之一或多者的一或多個胺基酸取代：234、235、236、238、239、240、241、243、244、245、246、247、248、249、252、254、255、256、258、260、262、263、264、265、267、268、269、270、272、274、276、278、280、283、285、286、289、290、292、293、294、295、296、298、299、300、301、303、304、305、307、309、312、313、315、320、322、324、325、326、327、329、330、331、332、333、334、335、337、338、339、340、345、360、373、376、378、382、388、389、396、398、414、416、419、430、433、434、435、436、437、438、439及440，其中Fc區中之殘基的編號為如Kabat中之EU索引之編號。在一些實施例中，Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群之胺基酸取代：234Y、235Q、236A、236W、239D、239E、239M、243L、247I、267E、268D、268E、268F、270E、280H、290S、292P、298A、298D、298V、300L、305I、324T、326A、326D、326W、330L、330M、333S、332D、332E、333A、334A、334E、339D、339Q、345R、396L、430G、440Y及其任何組合。在一些實施例中，具有增加之效應功能的Fc變體包括選自由以下組成之群的突變組合：a) S239D、I332E及A330L；b) F243L、R292P、Y300L、V305I及P396L；c) S239D及I332E；d) S239D、I332E及A330L；e) S298A、E333A及K334A；f) L234Y、L235Q、G236W、S239M、H268D、D270E及S298A (在一個重鏈中)及D270E、K326D、A330M及K334E (在對置重鏈中)；G236A、S239D及I332E；g) K326W及E333S；h) S267E、H268F及S324T；i) E345R、E430G及S440Y。
在一些實施例中，Fc變體包括一或多個引起相對於野生型Fc降低之效應功能的胺基酸殘基修飾或取代。在一些實施例中，Fc變體包括在Fc區之選自由以下組成之群之位置處的一或多個胺基酸取代：220、226、229、233、234、235、236、237、238、267、268、269、270、297、309、318、320、322、325、328、329、330及331，其中Fc區中之殘基的編號為如Kabat中之EU索引之編號。在一些實施例中，Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群之胺基酸取代：220S、226S、228P、229S、233P、234V、234G、234A、234F、234A、235A、235G、235E、236E、236R、237A、237K、238S、267R、268A、268Q、269R、297A、297Q、297G、309L、318A、322A、325L、328R、330S、331S及其任何組合。在一些實施例中，具有降低之效應功能的Fc變體包括選自由以下組成之群的突變組合：a) K322A、L234A及L235A；b) P331S、L234F及L235E；c) L234A及L235A；c) N297A；d) N297Q；e) N297G；f) L235E；g) L234A及L235A (IgG1)；h) F234A及L235A (IgG4)；i) H268Q、V309L、A330S及P331S (IgG2)；j) V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S (IgG2)。
在一些實施例中，Fc變體包括一或多個胺基酸殘基修飾或取代，其引起在pH 6.0下與新生兒Fc受體(FcRn)之結合親和力改善同時在pH 7.4下保持最小結合，或引起抗體之血清半衰期增加。在一些實施例中，Fc變體包括在選自由以下組成之群之位置處的一或多個胺基酸取代：234 (例如具有F)、235 (例如具有Q)、238 (例如具有D)、250 (例如具有E或Q)、252 (例如具有L/Y/F/W或T)、254 (例如具有S或T)、256 (例如具有S/R/Q/E/D或T)、259 (例如具有I)、272 (例如具有A)、305(例如具有A)、307 (例如具有A或P)、308 (例如具有F、C或P)、311 (例如具有A或R)、312 (例如具有A )、322 (例如Q)、328 (例如E)、331 (例如具有A)、378 (例如具有A)、380 (例如具有A)、382 (例如具有A)、428 (例如具有L或F)、432 (例如具有C)、433 (例如具有H/L/R/S/P/Q或K)、 434 (例如具有H/F或Y或S或A或W)、435 (例如具有H)、436 (例如具有L)及437 (例如具有C) (所有位置按Eu編號)。在一些實施例中，Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群之胺基酸取代：234F、235Q、238D、250Q、252T、252Y、254T、256E、259I、272A、305A、307A、308F、311A、322Q、328E、331S、380A、428L、432C、433K、433S、434S、434Y、434F、434W、434A、435H、436L、437C及其任何組合。在一些實施例中，具有增加之血清半衰期或對FcRn改善之pH依賴性結合的Fc變體包括選自由以下組成之群的突變組合：a) M428L及N434S；b) P238D及L328E；c) M252Y、S254T及T256E；d) L234F、L235Q、K322Q、M252T、S254T及T256E；e) M428L、V259I及V308F；f) H433K及N434Y；g) H433K及N434F；h) T250Q及M428L；i) T307A、E380A及N434A；及j) 432C、433S、434W、435H、436L、437C。
在一些實施例中，取代或修飾中之至少一者處於CDR序列中之一或多者中。在一些實施例中，取代或修飾中之至少一者處於重鏈可變區或輕鏈可變區之非CDR序列中之一或多者中。在一些實施例中，取代中之至少一者為保守取代。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段為單株抗體、雙特異性抗體、多特異性抗體、重組抗體、經標記抗體、二價抗體、抗個體基因型抗體、融合蛋白或二聚抗體或聚合抗體，或經修飾抗體(例如，糖基化抗體)。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段為雙功能抗體、Fab、Fab'、F(ab')2 、Fd、Fv片段、二硫鍵穩定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2 、雙特異性dsFv (dsFv-dsFv')、二硫鍵穩定的雙功能抗體(ds diabody)、單鏈抗體分子(scFv)、scFv二聚體(二價雙功能抗體)、雙特異性scFv二聚體、多特異性抗體、重鏈抗體、駱駝化單域抗體(camelized single domain antibody)、奈米抗體(nanobody)、域抗體(domain antibody)或二價域抗體。在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段為完全人類抗體。
在一些實施例中，本發明之抗體或抗原結合片段連接至一或多個綴合物部分。在一些實施例中，綴合物部分包括治療劑、放射性同位素、可偵測標記、藥物動力學修飾部分或純化部分。在一些實施例中，綴合物部分直接或經由連接子共價連接。
在一個態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其與本文所描述之抗體或其抗原結合片段競爭結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD。
在另一態樣中，本發明提供雙特異性抗體分子，其包括如本文所揭露之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段。
在某些實施例中，本文所提供之雙特異性或二價抗體包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一抗原結合域源自選自由以下組成之群之單株抗體：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。第二抗原結合域可源自任何適合之抗體。
在某些實施例中，本文所提供之雙特異性抗體包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一及第二抗原結合域源自任何兩種選自由以下組成之群的單株抗體：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2B-1G5。
在某些實施例中，雙特異性抗體分子具有至少兩個具有不同特異性之獨特抗原結合位點。
在某些實施例中，本文所提供之雙特異性抗體分子能夠結合至SARS-CoV-2病毒之刺突蛋白上的不同抗原決定基。在一些實施例中，兩種或更多種抗體結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD中的不同抗原決定基。
在某些實施例中，本文所提供之雙特異性抗體分子具有針對SARS-CoV-2病毒之刺突蛋白之RBD的第一抗原結合域特異性及針對第二抗原之第二抗原結合域特異性。
在另一態樣中，本發明提供一種經分離多核苷酸，其編碼如本文所描述之抗體或其抗原結合片段。
在一些實施例中，本發明之經分離多核苷酸包括選自由以下組成之群的核苷酸序列：SEQ ID NO：9-10、19-20、29-30、39-40、49-50、59-60、63-64、73-74、83-84、93-94、103-104、113-114、144-145、154-155、164-165、174-175、184-185、194-195、204-205、214-215、224-225、234-235、244-245、254-255、264-265、274-275、284-285、294-295、304-305、314-315、324-325、334-335、344-345、354-355、364-365、374-375、384-385、394-395、404-405、414-415、424-425及434-435，或與其具有至少80%序列一致性之同源序列。
在一些實施例中，同源序列編碼與由選自由以下組成之群的任何核苷酸序列編碼相同的蛋白質：SEQ ID NO：9-10、19-20、29-30、39-40、49-50、59-60、63-64、73-74、83-84、93-94、103-104、113-114、144-145、154-155、164-165、174-175、184-185、194-195、204-205、214-215、224-225、234-235、244-245、254-255、264-265、274-275、284-285、294-295、304-305、314-315、324-325、334-335、344-345、354-355、364-365、374-375、384-385、394-395、404-405、414-415、424-425及434-435。
在一個態樣中，本發明提供一種載體，其包括本發明之經分離多核苷酸。在一些實施例中，上述載體為表現載體。
在一個態樣中，本發明提供一種宿主細胞，其包括本發明之載體。
在一個態樣中，本發明提供一種產生本發明之抗體或抗原結合片段之方法。在一些實施例中，上述方法包括在表現本發明之表現載體之條件下培養本發明之宿主細胞。在一些實施例中，本發明之方法進一步包括純化由宿主細胞產生之抗體。
在一些實施例中，本文所揭露之醫藥組合物可包括兩種或更多種本發明之抗體或抗原結合片段之組合。在一些實施例中，醫藥組合物包括兩種或更多種單株抗體之組合，上述單株抗體中之每一者包括源自選自由以下組成之群之抗體的重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。
在某些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括源自P2C-1F11之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列；及第二抗體，其包括源自抗體P2B-2F6之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列。在某些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括源自P2C-1F11之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列；及第二抗體，其包括源自抗體P2B-1G5之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列。
在一些實施例中，兩種或更多種抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD中的不同抗原決定基。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1F11或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1A3、P2C-1C10、P2B-2F6、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1A3或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2B-2F6或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2A-1B3或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1A3、P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-2F6及P2A-1A10，或其抗原結合片段。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1C10或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1A3、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。
在一些實施例中，醫藥組合物包括編碼抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之多核苷酸及一或多種醫藥學上可接受之載劑。本發明進一步提供醫藥組合物，其包括編碼兩種或更多種抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之組合的多核苷酸及一或多種醫藥學上可接受之載劑。在某些實施例中，多核苷酸包括表現載體。在某些實施例中，表現載體包括病毒載體或非病毒載體。在某些實施例中，表現載體適用於人類之基因療法。在某些實施例中，表現載體包括DNA載體或RNA載體。
在一些實施例中，醫藥組合物進一步包括第二生物活性劑，諸如第二治療劑或第二預防劑。
在一個態樣中，本發明提供一種用於偵測SARS-CoV-2抗原之套組，其包括本發明之抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，上述套組進一步包括對照試劑，其包括SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD。在一些實施例中，上述套組進一步包括一組用於偵測抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2抗原結合之複合物的試劑。
在一個態樣中，本發明提供一種治療個體之SARS-CoV-2感染之方法。本發明亦提供一種治療個體之與SARS-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的方法。在一些實施例中，上述方法包括向上述個體投與治療有效量的抗體、抗原結合片段中之一或多者，或一或多種編碼本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者的多核苷酸，或本發明之醫藥組合物。
在一個態樣中，本發明提供一種預防個體之SARS-CoV-2感染之方法。本發明亦提供一種預防個體之與SARS-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的方法。在一些實施例中，上述方法包括向上述個體投與預防有效量的抗體或抗原結合片段中之一或多者，或本發明之醫藥組合物。
在某些實施例中，個體認定為具有包括突變體RBD之SARS-CoV-2之感染，上述突變體RBD包括位置K417、E484或N501處之至少一種突變或其任何組合，且其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。
在某些實施例中，位置K417處之突變係選自K417N或K417T。在某些實施例中，位置E484處之突變為E484K。在某些實施例中，位置N501處之突變為N501Y。
在某些實施例中，抗體中和包括突變體RBD之SARS-CoV-2，其IC50不超過抗體中和包括RBD之SARS-CoV-2的IC50之10倍(或不超過8倍、6倍、5倍、4倍、3倍、2倍、不超過150%、不超過120%或不超過100%)，上述RBD具有SEQ ID NO: 134之胺基酸序列，上述IC50如藉由假病毒中和檢定所量測(例如，如本文所提供之實例中所描述)。
在一些實施例中，投與係經由經口、經鼻、靜脈內、皮下或肌肉內投與。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，可藉由例如轉染技術，諸如電穿孔或流體動力注射向個體投與本文所提供之多核苷酸。在一些實施例中，多核苷酸包括諸如AAV之病毒載體，且可經由局部注射(例如，肌肉內、鼻內、皮內、皮下等)或全身性投與(例如靜脈內投與)投與。
在一些實施例中，上述方法進一步包括投與治療有效量的可為治療劑或預防劑之第二生物活性劑。在一些實施例中，第二治療劑為抗病毒劑。在一些實施例中，抗病毒劑包括抗病毒肽、抗病毒抗體、抗病毒化合物、抗病毒細胞介素或抗病毒寡核苷酸。在一些實施例中，第二治療劑為RNA依賴性RNA聚合酶抑制劑、非核苷逆轉錄酶抑制劑(NNRTI)、核苷逆轉錄酶抑制劑(NRTI)、嘌呤核苷、抗病毒干擾素、金剛烷抗病毒化合物或任何其他適合抗病毒劑。在一些實施例中，第二治療劑為瑞德西韋(remdesivir)、氯奎(chloroquine)、羥氯奎(hydroxychloroquine)、咯匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、APN01、法維拉韋(favilavir)、美沙拉嗪(mesalazine)、托瑞米芬(toremifene)、依普利酮(eplerenone)、帕羅西汀(paroxetine)、西羅莫司(sirolimus)、放線菌素d (dactinomycin)、依貝沙坦(irbesartan)、大黃素、巰基嘌呤、褪黑激素、奎納克林(quinacrine)、卡維地洛(carvedilol)、秋水仙鹼(colchicine)、樟腦、馬烯雌酮(equilin)、羥甲烯龍(oxymetholone)、萘莫司他(nafamosta)、卡莫司他(camostat)、巴瑞替尼(baricitinib)、達盧那韋(darunavir)、利巴韋林(ribavirin)、加利司韋(galidesivir)、BCX-4430、阿比朵爾(Arbidol)、硝唑尼特(nitazoxanide)、其衍生物，或其任何組合。
在一個態樣中，本發明提供一種偵測樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或量的方法。在一些實施例中，上述方法包括使上述樣品與本發明之抗體或抗原結合片段中之一或多者接觸，及測定上述樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或量。
在一個態樣中，本發明提供本發明之抗體或抗原結合片段中之一或多者在製造用於治療或預防SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的藥物中之用途。在一個態樣中，本發明提供本發明之抗體或抗原結合片段中之一或多者在製造用於預防、管理、治療及/或緩解個體中由冠狀病毒(例如SARs-COV-2)感染所引起或與其相關之疾病或病症及/或與上述疾病或病症相關之症狀或呼吸道病狀的藥物中之用途。
在一個態樣中，本發明提供本發明之抗體或抗原結合片段中之一或多者在製造用於偵測SARS-CoV-2感染之診斷試劑中的用途。
在一個態樣中，本發明提供一種用於偵測能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)的抗體之套組，其包括含有胺基酸序列之多肽，上述胺基酸序列包括SEQ ID NO: 128。在一些實施例中，多肽固定於基質上。在一些實施例中，上述套組進一步包括一組用於偵測抗體與多肽結合之複合物的試劑。
在一個態樣中，本發明提供一種偵測樣品中能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的抗體之存在或量的方法，其包括使上述樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的多肽接觸，及測定上述樣品中抗體之存在或含量。在一些實施例中，樣品中不存在抗體或樣品中抗體之含量低於閾值指示個體更可能遭受疾病進展。
在另一態樣中，本發明提供一種判定感染有SARS-CoV-2之個體之疾病進展可能性的方法，上述方法包括：使自個體獲得之樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的多肽接觸，及偵測上述樣品中抗體之存在或含量，其中上述抗體能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，其中當上述樣品中之上述抗體不存在或低於閾值時，上述個體有可能經歷疾病進展。
在又一態樣中，本發明提供一種監測感染有SARS-CoV-2且接受治療之個體之治療反應的方法，上述方法包括：(i)使來自上述個體之樣品與包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的肽接觸；(ii)偵測上述樣品中抗體之第一含量，其中上述抗體能夠特異性結合至上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD；及(iii)比較上述抗體之第一含量與在上述治療之前上述個體中偵測的上述抗體之第二含量；其中上述第一含量高於上述第二含量指示上述個體對上述治療有反應。
在又一態樣中，本發明提供一種中和個體中或活體外樣品中之SARS-CoV-2的方法，其包括向上述個體或上述樣品投與治療有效量的本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者或本文所提供之醫藥組合物。
在又一態樣中，本發明提供一種SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗體複合的晶體。在一些實施例中，與RBD複合之抗體包括SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區。在一些實施例中，與RBD複合之抗體包括SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區。
在一些實施例中，晶體具有P21 21 21 空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=70.23 Å，b=90.15 Å且c=112.35 Å。
在一些實施例中，晶體具有C121空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=194.88 Å，b=85.39 Å且c=58.51 Å。
在一些實施例中，晶體具有C2空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=193.34 Å，b=86.60 Å且c=57.16 Å。
在一些實施例中，晶體具有C2空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=158.75 Å，b=67.51 Å且c=154.37 Å。
在一些實施例中，晶體具有P21 21 21 空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=112.54 Å，b=171.57 Å且c=54.87 Å。
在整個本發明中，冠詞「一(a/an)」及「上述(the)」在本文中用於指一種或多於一種(亦即，至少一種)該冠詞之文法對象。藉助於實例，「一抗體」意謂一種抗體或多於一種抗體。
所屬技術領域中具有通常知識者將自閱讀以下詳細描述開始更容易地理解所揭露組合物及方法之特徵及優勢。應瞭解，上文及下文為清楚起見而在單獨實施例之情形下描述的所揭露組合物及方法之某些特徵亦可以單個實施例之組合形式提供。相反地，所揭露組合物及方法為了簡便起見在單個實施例之情形下描述的各種特徵亦可單獨或以任何子組合形式提供。另外，除非上下文另外特定陳述，否則單數形式之參考亦可包含複數(例如，「一(a/an)」可係指一個或一或多個)。
儘管在所陳述範圍內之最小值及最大值均由字語「約」進行，但除非另外明確指示，否則在本申請案中指定之各種範圍中的數值之使用陳述為近似值。以此方式，高於及低於所陳述範圍之微小變化可用於實現與範圍內之值實質上相同的結果。此外，此等範圍之揭露內容意欲為包含最小值與最大值之間的每個數值之連續範圍。
如本文中關於參考數值及其文法等效物所使用之術語「約」及其文法等效物可包含自該值加或減10%的值範圍，諸如自該值加或減10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%或1%之值範圍。舉例而言，量「約10」包含9至11之量。
定義
抗體相關術語
如本文中所使用之術語「抗體」包含結合至特定抗原之任何免疫球蛋白、單株抗體、多株抗體、單價抗體、二價抗體、多價抗體、雙特異性抗體、多特異性抗體。天然的完整抗體包括兩個重(H)鏈及兩個輕(L)鏈。哺乳動物的重鏈可分為α、δ、ε、γ及μ，每條重鏈由一個可變區(VH)以及第一、第二、第三及第四(視情況存在的)恆定區(分別為CH1、CH2、CH3、CH4)組成；哺乳動物的輕鏈可分為λ或κ，而每條輕鏈由一個可變區(VL)以及一個恆定區組成。抗體呈「Y」型，「Y」型結構的莖部由經由二硫鍵結合的兩條重鏈的第二及第三恆定區組成。「Y」型結構的每條臂包括與單條輕鏈的可變區及恆定區結合的單條重鏈的可變區及第一恆定區。輕鏈及重鏈的可變區決定抗原的結合。每條鏈的可變區通常含有三個高變區，稱互補決定區(CDR)(輕鏈CDR包含LCDR1、LCDR2、LCDR3，重鏈CDR包含HCDR1、HCDR2、HCDR3)。本發明中揭示之抗體及抗原結合片段之CDR邊界可藉由Kabat、IMGT、Chothia或Al-Lazikani命名法命名或識別(Al-Lazikani, B., Chothia, C., Lesk, A. M.,J. Mol. Biol. , 273(4), 927 (1997); Chothia, C.等人,J Mol Biol. Dec 5;186(3):651-63 (1985); Chothia, C.及Lesk, A.M.,J. Mol. Biol. , 196,901 (1987); Chothia, C.等人,Nature . Dec 21-28;342(6252):877-83 (1989); Kabat E.A.等人, Sequences of Proteins of immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991); Marie-Paule Lefranc等人,Developmental and Comparative Immunology , 27: 55-77 (2003); Marie-Paule Lefranc等人,Immunome Research , 1(3), (2005); Marie-Paule Lefranc, Molecular Biology of B cells (第二版), 第26章, 481-514, (2015))。其中，三個CDR由稱為框架區(FR)(輕鏈FR包含LFR1、LFR2、LFR3及LFR4，重鏈FR包含HFR1、HFR2、HFR3及HFR4)的側翼部分間隔開，框架區比CDR更加高度保守，且形成一個支架支撐高度可變環。重鏈及輕鏈的恆定區與抗原結合無關，但具有多種效應功能。抗體依據其重鏈恆定區的胺基酸序列可分成幾類。根據是否含有α、δ、ε、γ及μ重鏈，抗體可分別分為五個主要的分類或同種型：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM。幾個主要的抗體分類亦可分為亞類，如IgG1(γ1重鏈)、IgG2(γ2重鏈)、IgG3(γ3重鏈)、IgG4(γ4重鏈)、IgA1(α1重鏈)或IgA2(α2重鏈)等。……
本發明中之術語「抗原結合片段」係指由含有一或多個CDR的抗體的一部分形成的抗體片段，或與抗原結合但不具有完整的天然抗體結構的任何其他抗體片段。抗原結合片段的例子包括，但不限於，如雙功能抗體(diabody)、Fab、Fab'、F(ab')2 、Fv片段、二硫鍵穩定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2 、雙特異性dsFv(dsFv－dsFv')、二硫鍵穩定的雙功能抗體(ds diabody)、單鏈抗體分子(scFv)、scFv二聚體(雙價的雙功能抗體)、雙特異性抗體、多特異性抗體、駱駝化單域抗體(camelized single domain antibody)、奈米抗體(nanobody)、域抗體(domain antibody)及雙價域抗體(bivalent domain antibody)。抗原結合片段能夠與親本抗體結合相同的抗原。
如本文中所使用，「雙特異性」抗體係指具有源自兩種不同單株抗體之片段的人工抗體。雙特異性抗體可結合至重疊抗原決定基或兩個不同抗原決定基。兩個抗原決定基可存在於同一抗原上，或其可存在於兩個不同抗原上。因此，術語「多特異性」抗體係指具有源自多個不同單株抗體之片段的人工抗體，且可能能夠結合至超過一個抗原決定基。
如本文中所使用之術語「嵌合」意謂具有源自一種物種之重鏈及/或輕鏈之一部分且上述重鏈及/或輕鏈之其餘部分源自不同物種的抗體或抗原結合片段。
如本文中所使用之術語「抗原決定基」係指抗體所結合之抗原上之特定原子或胺基酸基團。若兩種抗體展現對抗原之競爭性結合，則其可結合抗原內之相同或緊密相關的抗原決定基。抗原決定基可為線性或構形的(亦即，包含間隔開之胺基酸殘基)。舉例而言，若抗體或抗原結合片段使參考抗體與抗原之結合阻斷至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%或至少90%或至少95%，則抗體或抗原結合片段可視為與參考抗體結合相同/緊密相關之抗原決定基。阻斷或競爭本發明之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2之結合的能力通常指示待篩選之抗體或抗原結合片段結合至SARS-CoV-2上之抗原決定基或結合位點，上述抗原決定基或結合位點在結構上與由本發明之抗體或抗原結合片段免疫特異性識別的SARS-CoV-2上之結合位點重疊。替代地，此可指示待篩選的本發明之抗體或抗原結合片段結合至足夠接近於由本發明之抗體或抗原結合片段免疫特異性識別之結合位點的抗原決定基或結合位點，以在空間上或以其他方式抑制本發明之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2之結合。
抗體之「Fab」係指由單條輕鏈(包括可變區及恆定區)及單條重鏈的可變區及第一恆定區經二硫鍵結合起來組成的抗體的一部分。Fab之重鏈片段稱為「Fd」。
「Fab'」係指包含部分鉸鏈區之Fab片段。
「F(ab')2 」係指Fab'之二聚體。
抗體(例如IgG、IgA或IgD同種型)的「Fc」係指由第一重鏈的第二及第三恆定區經由二硫鍵與第二重鏈的第二及第三恆定區連接組成的抗體的一部分。IgM及IgE同種型抗體的Fc亦包含第四恆定區。抗體的Fc部分負責多種不同的效應功能，例如，抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)，抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)及補體依賴性細胞毒性(CDC)，但不在抗原結合中起作用。
抗體的「Fv」係指含有完整抗原結合位點的最小抗體片段。Fv片段由單條輕鏈的可變區與單條重鏈的可變區結合組成。
「單鏈Fv抗體」或「scFv」係指由輕鏈可變區與重鏈可變區直接相互連接或藉由肽連接子序列連接而成的經改造的抗體(Huston JS等人,Proc Natl Acad Sci USA , 85:5879 (1988))。。
「ScFab」係指融合多肽，其中Fd經由多肽連接子連接至輕鏈，從而引起單鏈Fab片段(scFab)之形成。
「單鏈Fv-Fc抗體」或「scFv-Fc」係指由與抗體Fc部分連接的scFv組成的經改造的抗體。
「駱駝化單域抗體(camelized single domain antibody)」、「重鏈抗體」或「HCAb(Heavy-chain-only antibody)」均指含有兩個VH 域而不含有輕鏈的抗體(Riechmann L.及Muyldermans S.,J Immunol Methods. Dec 10; 231(1-2):25-38 (1999); Muyldermans S.,J Biotechnol. Jun; 74(4):277-302 (2001); WO94/04678; WO94/25591; 美國專利號6,005,079)。重鏈抗體最初來源於駝科(駱駝、單峰駝及美洲駝)。雖然缺失輕鏈，但駱駝化抗體(camelized antibody)有確證的抗原結合全部功能(Hamers-Casterman C.等人,Nature . Jun 3; 363(6428):446-8 (1993); Nguyen VK.等人,Immunogenetics. Apr; 54(1):39-47 (2002); Nguyen VK.等人, Immunology. May; 109(1):93-101 (2003))。重鏈抗體的可變區(VHH域)為獲得性免疫產生的已知最小的抗原結合單位(Koch-Nolte F.等人,FASEB J. Nov; 21(13):3490-8. Epub 2007 Jun 15 (2007))。
「奈米抗體(nanobody)」係指一種抗體片段，其由來自重鏈抗體的VHH域以及兩個恆定區CH2及CH3組成。
「域抗體」係指僅含有重鏈可變區或輕鏈可變區之抗體片段。在某些情況下，兩個或多個VH 域由肽連接子共價接合以產生二價或多價域抗體。二價域抗體之兩個VH 域可靶向相同或不同抗原。
如本文中所使用之術語「價」係指給定分子中存在指定數目之抗原結合位點。術語「單價」係指僅具有一個單一抗原結合位點之抗體或抗原結合片段；且術語「多價」係指具有多個抗原結合位點之抗體或抗原結合片段。由此，術語「二價」、「四價」及「六價」分別表示抗原結合分子中存在兩個結合位點、四個結合位點及六個結合位點。在一些實施例中，抗體或其抗原結合片段為二價。
「TriFab」係指由三個具有Fab官能基之單元構成之三價雙特異性融合蛋白。TriFab具有兩個與不對稱Fab樣部分融合之常規Fab。
「Fab-Fab」係指藉由將第一Fab臂之Fd鏈融合至第二Fab臂之Fd鏈之N端而形成的融合蛋白。
「Fab-Fv」係指藉由將重鏈可變域融合至Fd鏈之C端且將輕鏈可變域融合至輕鏈之C端而形成的融合蛋白。「Fab-dsFv」分子可藉由在重鏈可變域與重鏈可變域之間引入域間二硫鍵而形成。
「scFv二聚體」為二價雙功能抗體或雙特異性scFv (BsFv)，其包括二聚的VH -VL (由肽連接子連接)與另一VH -VL 部分，使得一個部分之VH 與另一部分之VL 協作且形成可靶向相同抗原(或抗原決定基)或不同抗原(或抗原決定基)之兩個結合位點。
雙特異性「scFv二聚體」為雙特異性雙功能抗體，其包括與VL1 -VH2 (亦由肽連接子連接)相關聯的VH1 -VL2 (由肽連接子連接)，使得VH1 及VL1 協作且VH2 及VL2 協作並且各協作之配對具有不同抗原特異性。
「dsFv」係指二硫鍵穩定的Fv片段，其單條輕鏈之可變區與單條重鏈之可變區之間的鍵聯為二硫鍵。在一些實施例中，「(dsFv)2 」或「(dsFv-dsFv')」包括三條肽鏈：兩個VH 部分藉由肽連接子(例如，長的可撓性連接子)連接，且經由二硫橋鍵分別結合至兩個VL 部分。在一些實施例中，dsFv-dsFv'具有雙特異性，其中各經二硫鍵配對的重鏈及輕鏈具有不同之抗原特異性。
「雙鏈抗體(Bibody)」係指藉由將scFv融合至輕鏈之C端(Fab-L-scFv)或Fd之C端(Fab-H-scFv)而形成的融合蛋白。
「三鏈抗體(Tribody)」係指藉由將scFv融合至輕鏈及重鏈兩者(Fab-(scFv)2 )而形成之融合蛋白。
「MAb-Fv」或「IgG-Fv」係指藉由將重鏈可變域(VH域)融合至一條Fc鏈之C端及VL域而形成的融合蛋白，上述VL域分開表現或融合至另一鏈之C端產生雙特異性三價IgG-Fv (mAb-Fv)融合蛋白，其中Fv藉由域間二硫鍵穩定。
「ScFab-Fc-scFv2 」及「ScFab-Fc-scFv」係指藉由將單鏈Fab與Fc及二硫鍵穩定的Fv域融合而形成之融合蛋白。
「附接IgG (Appended IgG)」係指其中Fab臂融合至IgG以形成雙特異性(Fab)2 - Fc格式的融合蛋白。其可與在具有或不具有連接子之情況下融合至IgG分子之C端或N端的Fab形成「IgG-Fab」或「Fab-IgG」。在某些實施例中，附接IgG可進一步修飾為IgG-Fab4 格式(參見Brinkman等人,mAbs , 9(2), 第182–212頁(2017))。
「DVD-Ig」係指藉由將具有第二特異性之額外VH域及VL域融合至IgG重鏈及輕鏈而形成的雙重可變域抗體。「CODV-Ig」係指一種相關格式，其中兩個VH域及兩個VL域以允許可變VH域-VL域之交叉配對的方式連接，其係(自N端至C端)以VH域A-VH域B及VL域B-VL域A之次序排列，或以VH域B-VH域A及VL域A-VL域B之次序排列。
「CrossMab」係指使未經修飾之輕鏈與對應未經修飾之重鏈配對以及使經修飾輕鏈與對應經修飾重鏈配對，從而產生輕鏈中之錯配減少之抗體的技術。
「WuxiBody」係指包括具有抗體之可變域及TCR之恆定域的嵌合蛋白之雙特異性抗體，其中TCR恆定域之次單元(諸如α域及β域)藉由工程化二硫鍵締合(參見WO2019057122A1中之更多細節)。
「BiTE」為雙特異性T細胞接合分子，其包括在VL域-VH域定向上具有第一抗原特異性之第一scFv，其連接至在VH域-VL域定向上具有第二特異性之第二scFv。
「雙功能抗體(diabody)」或「dAb」包括帶有兩個抗原結合位點的小抗體片段，其中上述片段含有在同一條多肽鏈上相連的VH 域及VL 域(VH -VL 或VL -VH )(請參見，例如，Holliger P.等人,Proc Natl Acad Sci USA . Jul 15;90(14):6444-8 (1993); EP404097; WO93/11161)。兩個域之間的連接子很短，使同一條鏈上的兩個域不能互相配對，從而迫使兩個域與另一條鏈的互補域配對，從而形成兩個抗原結合位點。此兩個抗原結合位點可靶向相同或不同的抗原(或抗原決定基)。在一些實施例中，「雙特異性ds雙功能抗體」為靶向兩種不同抗原(或抗原決定基)的雙功能抗體。
「DART」為雙功能抗體樣實體，其具有連接至第二可變區之VL的第一可變區之VH，及連接至第一可變區之VL的第二可變區的VH。
「TandAb」為具有四個結合位點之雙特異性融合蛋白，上述結合位點中之兩者結合至第一抗原且其他兩者結合至第二抗原。
「雙特異性ds雙功能抗體」為靶向兩個不同抗原(或抗原決定基)之雙功能抗體。
當參考抗體使用時，術語「完全人類」係指直接源自人類或基於人類序列之抗體。當抗體源自或基於人類序列且隨後經修飾時，其仍被視為如整個說明書中所使用之完全人類。換言之，當參考抗體使用時，術語「完全人類」意欲包含具有源自人類生殖系免疫球蛋白序列之可變區及恆定區或基於人類或人類淋巴球中發生且以某種形式修飾之可變區或恆定區的結合分子。因此，完全人類抗體可包含不由人類生殖系免疫球蛋白序列編碼之胺基酸殘基，包括取代及/或缺失(例如，藉由例如活體外隨機或位點特異性突變誘發或藉由活體內體細胞突變引入之突變)。如本文中所使用之「基於」係指核酸序列可完全自模板複製，或具有輕微突變(諸如藉由易錯PCR方法)，或以合成方式使模板完全匹配或具有輕微修飾之情形。基於人類序列之半合成分子亦被視為如本文中所使用之人類。
其他術語
本發明中使用之術語「親和力」係指免疫球蛋白分子(即，抗體)或其片段與抗原之間非共價相互作用的強度。
本發明所用之術語「胺基酸」係指含有胺基(-NH2)及羧基(-COOH)官能基以及每個胺基酸特有的側鏈的有機化合物。胺基酸名稱在本發明中亦以標準的單字母或三字母代碼表示，總結如下：
胺基酸之名稱 三字母代碼 單字母代碼
丙胺酸 Ala A
精胺酸 Arg R
天冬醯胺 Asn N
天冬胺酸 Asp D
半胱胺酸 Cys C
麩胺酸 Glu E
麩醯胺酸 Gln Q
甘胺酸 Gly G
組胺酸 His H
異白胺酸 Ile I
白胺酸 Leu L
離胺酸 Lys K
甲硫胺酸 Met M
苯丙胺酸 Phe F
脯胺酸 Pro P
絲胺酸 Ser S
蘇胺酸 Thr T
色胺酸 Trp W
酪胺酸 Tyr Y
纈胺酸 Val V
關於胺基酸序列之「保守取代」係指用具有含有類似生理化學特性之側鏈的不同胺基酸殘基置換胺基酸殘基。舉例而言，保守取代可在具有疏水性側鏈之胺基酸殘基(例如，Met、Ala、Val、Leu及Ile)中、具有中性親水性側鏈之殘基(例如，Cys、Ser、Thr、Asn及Gln)中、在具有酸性側鏈之殘基(例如，Asp、Glu)中、在具有鹼性側鏈之胺基酸(例如，His、Lys及Arg)中或在具有芳族側鏈之殘基(例如，Trp、Tyr及Phe)中進行。如所屬技術領域中已知，保守取代一般不會引起蛋白質構形結構之顯著變化，且因此可保持蛋白質之生物活性。
術語「診斷(diagnosis/diagnose/diagnosing)」係指病理狀態、疾病或病狀之認定，諸如SARS-CoV-2感染之認定，或係指可受益於特定治療方案之患有SARS-CoV-2感染的個體之認定。在一些實施例中，診斷含有SARS-CoV-2之存在或量之認定。在一些實施例中，診斷係指在個體中認定SARS-CoV-2感染。
如本文中所使用之「效應功能」係指由抗體之Fc區與其效應子(諸如C1複合物及Fc受體)結合引起之生物活性。例示性效應功能包含：由抗體與C1複合物上之C1q之相互作用介導的補體依賴性細胞毒性(CDC)；由抗體之Fc區與效應細胞上之Fc受體之結合介導的抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)；以及吞噬作用。可使用各種檢定(諸如Fc受體結合檢定、C1q結合檢定及細胞裂解檢定)評估效應功能。
術語「抗體依賴性細胞介導之細胞毒性」及「ADCC」係指細胞介導之反應，其中表現FcR之非特異性細胞毒性細胞(例如，自然殺手(NK)細胞、嗜中性球及巨噬細胞)識別目標細胞上之所結合抗體且隨後造成目標細胞裂解。用於介導ADCC之初級細胞NK細胞僅表現FcγRIII，而單核球表現FcγRI、FcγRII及FcγRIII。FcR在造血細胞上之表現概述於Ravetch及Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)之第464頁的表3中。
關於結合分子(例如抗體)及其結合配偶體(例如抗原)之相互作用的術語「特異性結合(specific binding/specifically binds)」意謂相互作用視結合配偶體上之特定結構(例如，抗原決定子或抗原決定基)之存在而定。換言之，即使當結合配偶體存在於其他分子或生物體之混合物中時，抗體優先結合或識別結合配偶體。結合可藉由共價或非共價相互作用或兩者之組合介導。免疫特異性結合至抗原之抗體或其片段可與攜帶相同抗原決定基之相關抗原交叉反應。特異性結合可藉由結合親和力表徵，例如由Kd 值(亦即，抗原與抗原結合分子之間的解離常數)表示。Kd 可藉由使用所屬技術領域中已知之任何習知方法，包含(但不限於)放射免疫檢定(RIA)、酶聯免疫吸附檢定(ELISA)、表面電漿子共振方法、微量熱泳方法、HPLC-MS方法及流式細胞量測術(諸如FACS)方法來測定。≤10- 6 M (例如，≤5×10- 7 M、≤2×10- 7 M、≤10- 7 M、≤5×10- 8 M、≤2×10- 8 M、≤10- 8 M、≤5×10- 9 M、≤4×10- 9 M、≤3×10- 9 M、≤2×10- 9 M或≤10- 9 M)之Kd 值可指示抗體或其抗原結合片段與SARS-CoV-2 (例如SARS-CoV-2之刺突蛋白，或SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域)之間的特異性結合。
如本文中所使用之「競爭結合至RBD」的能力係指SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段抑制SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與其結合配偶體(例如第二SARS-CoV-2抗體，或ACE2受體)之間的結合相互作用達至任何可偵測程度的能力。在某些實施例中，競爭結合至SARS-CoV-2之抗體或抗原結合片段抑制SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD與其結合配偶體之間的結合相互作用至少85%或至少90%。在某些實施例中，此抑制可大於95%或大於99%。一般而言，競爭性抑制藉助於檢定來量測，其中將抗原組合物(亦即，包括SARS-CoV-2或其片段之組合物)與參考結合分子(例如本發明之抗體或抗原結合片段，或ACE受體(例如其重組結合部分))及待篩選之抗體或抗原結合片段摻合。通常，待篩選之抗體或抗原結合片段係以過量存在。基於ELISA及西方墨點法之協定適用於此類簡單競爭研究。
在某些實施例中，抗體或抗原結合片段展現在1 µM下與2 µM血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體至少30%之競爭以結合至以250之共振單位(RU)固定的SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，如藉由SPR所量測。
本發明所述之術語「同源的」係指當最佳比對時核酸序列(或其互補鏈)或胺基酸序列與另一條序列具有至少60%(例如，至少65%、70%、75%、80%、85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)的序列同一性。
如本文中所使用之片語「宿主細胞」係指可引入或已引入外源性多核苷酸及/或載體之細胞。
術語「分離的」意謂一種物質已藉由人工自天然狀態改變。若自然界中出現「分離的」組合物或物質，則其已被改變或自其原始環境移除，或兩者均有發生。舉例而言，天然存在於活動物中之多核苷酸或多肽不為「分離的」，但若相同多核苷酸或多肽已與其天然狀態之共存物質充分分離以便以實質上純的狀態存在，則其為「分離的」。「分離的核酸序列」係指分離的核酸分子之序列。在某些實施例中，「分離的抗體或其抗原結合片段」係指純度為至少60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%之抗體或其抗原結合片段，上述純度如藉由電泳方法(例如，SDS-PAGE、等電聚焦、毛細管電泳)或層析法(例如，離子交換層析或逆相HPLC)測定。在一些實施例中，分離的抗體或抗原結合片段為重組蛋白或抗原結合片段。
如本文中所使用之術語「經修飾之抗體(modified antibody/modified antibodies)」或文法變化形式係指已修飾、生物工程化或與一或多個修飾元件組合以使其不為天然存在之抗體的抗體。
如本文中所使用之術語「套組」係指預定量之試劑與用於執行治療法，或診斷或偵測檢定之說明書的封裝組合。
如本文中關於本發明之抗體或抗原結合片段所使用的術語「中和」係指抑制SARS-CoV-2病毒感染目標細胞以進行複製之抗體或抗原結合片段，不論達成中和之機制如何。因此，中和可例如藉由抑制SARS-CoV-2病毒或攜帶刺突蛋白之假SARS-CoV-2病毒連接或黏附至細胞表面，或藉由在將病毒連接至目標細胞之後抑制病毒及細胞膜之融合，及其類似者來達成。用於測定中和活性之例示性檢定描述於本文所提供之實例中。
在一些實施例中，抗體之中和活性可表示為抗體針對與ACE2之結合的半最大抑制濃度(IC50 )。
如本文中所使用之術語「核酸」或「多核苷酸」係指單股或雙股形式之脫氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)及其聚合物。除非另外指示，否則特定多核苷酸序列亦隱含地涵蓋其保守修飾之變體(例如簡併密碼子取代)、對偶基因、異種同源物、SNP及互補序列以及明確指示之序列。具體而言，簡併密碼子取代可藉由產生如下序列來達成：其中一或多個所選(或全部)密碼子之第三位置經混合鹼基及/或去脫氧肌苷殘基取代(參見Batzer等人,Nucleic Acid Res . 19:5081 (1991)；Ohtsuka等人,J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985)；及Rossolini等人,Mol. Cell. Probes 8:91-98 (1994))。
當「百分比(%)序列同一性」用於胺基酸序列(或核酸序列)時，係指在進行序列比對，且必要時引入間隔使相同胺基酸(或核酸)數目達到最多後，在候選序列中，與參比序列相同的胺基酸(或核酸)殘基占上述候選序列的胺基酸(或核酸)殘基的百分比。換言之，可藉由用與其比較的參比序列相同的胺基酸殘基(或鹼基)數除以候選序列或參比序列(以較短者為準)中的胺基酸殘基(或鹼基)總數來計算胺基酸序列(或核酸序列)的百分比(%)序列同一性。上述胺基酸殘基的保守取代可視為或可不視為相同殘基。可藉由此項技術中揭示之工具，例如BLASTN、BLASTp(美國國家生物技術資訊中心網站(NCBI)，亦可參見Altschul S.F.等人, J. Mol. Biol., 215:403–410 (1990); Stephen F.等人, Nucleic Acids Res., 25:3389–3402 (1997))、ClustalW2(歐洲生物資訊研究所網站，可參見Higgins D.G.等人, Methods in Enzymology, 266:383-402 (1996); Larkin M.A.等人, Bioinformatics (Oxford, England), 23(21): 2947-8 (2007))及ALIGN或Megalign(DNASTAR)軟體，對序列進行比對以確定胺基酸(或核酸)序列的百分比序列同一性。熟習此項技術者可使用上述工具的默認參數或根據比對的需要適當調整參數，例如藉由挑選合適的算法。
術語「多肽」或「蛋白質」意謂藉由肽鍵彼此連接之至少兩個胺基酸之鏈帶。多肽及蛋白質可包含除胺基酸以外之部分(例如，可經糖基化)及/或可以其他方式處理或修飾。所屬技術領域中具有通常知識者應瞭解「多肽」或「蛋白質」可為如藉由細胞(含或不含訊息序列)產生之完整多肽鏈，或可為其功能部分。所屬技術領域中具有通常知識者應進一步瞭解，多肽或蛋白質有時可包含超過一個多肽鏈，其例如藉由一或多個二硫鍵連接或藉由其他手段締合。上述術語亦包含胺基酸聚合物，其中一或多個胺基酸為對應天然存在之胺基酸及聚合物的化學類似物。
術語「醫藥學上可接受之」指示指定載劑、媒劑、稀釋劑、賦形劑及/或鹽通常在化學上及/或物理上與包括調配物之其他成分相容，且在生理學上與其接受體相容。
當參考多肽(例如，抗體、抗原)或多核苷酸使用時，術語「重組」係指由重組方法產生之多肽或多核苷酸。「重組多肽」包含由重組多核苷酸表現之任何多肽。「重組多核苷酸」包含已藉由引入至少一種外源性(亦即外源的，且通常為異源的)核苷酸或改變多核苷酸之至少一種天然核苷酸組分來修飾之任何多核苷酸，且無需包含所有編碼序列或與編碼序列自然相關之調節元件。「重組載體」係指非天然存在之載體，包含例如包括重組多核苷酸序列之載體。
如本文中所使用，術語「樣品」係指獲自或源自所關注個體之生物試樣。樣品含有例如基於物理、生物化學、化學及/或生理學特徵進行表徵及/或認定的細胞及/或其他分子實體。
術語「個體」包含人類及非人類動物。非人類動物包含所有脊椎動物，例如哺乳動物及非哺乳動物，諸如非人類靈長類動物、小鼠、大鼠、貓、兔、綿羊、狗、牛、雞、兩棲動物及爬行動物。除另有說明外，否則術語「患者」或「個體」在本文中可互換使用。
如本文中所使用的疾病、病症或病狀之術語「治療(treating/treatment)」包含緩解疾病、病症或病狀；減緩疾病、病症或病狀之發展速率；減少或終止與疾病、病症或病狀相關之症狀；產生疾病、病症或病狀之完全或部分消退；治癒疾病、病症或病狀；或其某一組合。
如本文中所使用的疾病、病症或病狀之術語「預防(prevent/preventing)」包含減緩疾病、病症或病狀之發作；降低發展疾病、病症或病狀之風險；預防或延緩與疾病、病症或病狀相關之症狀之發展；降低疾病、病症或病狀之後續收縮或發展的嚴重程度；緩解相關症狀；及誘導保護免受疾病、病症或病狀影響之免疫。
如本文中所使用之術語「SARS-CoV-2病毒抗原」係指SARS-CoV-2病毒粒子或在SARS-CoV-2病毒粒子中發現之抗原(例如，包膜蛋白或刺突蛋白之蛋白質或蛋白質片段(包含刺突蛋白之胞外域或刺突蛋白之RBD)及其類似者)。刺突蛋白由S1蛋白(其含有RBD)及S2蛋白構成，其最初在一個蛋白質分子中直至藉由蛋白酶裂解成S1及S2。
本發明中之術語「載體」係指可將遺傳元件操作性地插入其中且使該遺傳元件獲得表現的一種運載工具，例如生產由該遺傳元件編碼的蛋白質、RNA或DNA，或複製上述遺傳元件。載體可用於轉化、轉導或轉染宿主細胞，使其攜帶的遺傳元件在宿主細胞內得以表現。舉例而言，載體包括：質體、噬菌粒、黏質體(cosmid)、人工染色體如酵母人工染色體(YAC)、細菌人工染色體(BAC)或P1衍生的人工染色體(PAC)、噬菌體如λ噬菌體或M13噬菌體，以及動物病毒等。載體可含有多種控制表現的元件，包括啟動子序列、轉錄起始序列、增強子序列、選擇元件及報導基因。另外，載體亦可含有複製起始位點。載體亦可包括協助其進入細胞的成分，包括但不限於，病毒顆粒、脂質體或蛋白外殼。載體可為表現載體或選殖載體。本發明提供的載體(例如表現載體)含有本發明所述的編碼抗體或其抗原結合片段的核酸序列、至少一個可操作地連接至上述核酸序列的啟動子(例如，SV40、CMV、EF-1α)，以及至少一個選擇標記。
抗 SARS - CoV - 2 抗體
在一個態樣中，本發明提供抗SARS-CoV-2抗體及其抗原結合片段。
在一些實施例中，本發明係關於一種經修飾抗體或其抗原結合片段，其包括至少一種具有抗原結合親和力之抗原結合域及共價連接之經修飾人類IgG恆定域，其中上述抗原結合親和力包括SARS-CoV-2結合親和力，相較於上述SARS-CoV-2結合親和力，上述抗原結合親和力包括比SARS-CoV或MERS-CoV低至少50%之結合親和力或包括不可偵測之結合親和力，且其中上述經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號，相較於具有野生型人類IgG恆定域之抗體對FcRn的親和力，上述經修飾抗體對FcRn之親和力增加。
經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號，可稱為YTE域或YTE域Fc。
在一些情況下，抗原結合親和力可包括：
a)對SARS-CoV-2之刺突蛋白的結合親和力，其比對SARS-CoV之刺突蛋白或MERS-CoV之刺突蛋白的結合親和力低至少50%；
b)對包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)的結合親和力；
c)對包括SEQ ID NO: 124之胺基酸序列的上述SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合親和力，其水準為不可偵測的或不超過對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的上述結合親和力之50%；
d)對包括SEQ ID NO: 126之胺基酸序列的上述MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合親和力，其水準為不可偵測的或不超過對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的上述結合親和力之50%；
e)對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其Kd 值不超過1×10- 7 M，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測；
f)對上述SARS-CoV之刺突蛋白之上述RBD或MERS-CoV之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其Kd 值為至少1×10- 6 M，如藉由SPR所量測；
g)展現在1 µM下與2 µM血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體至少30%之競爭以結合至以250之共振單位(RU)固定的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，如藉由SPR所量測；
h)對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其在IC50值下之中和活性不超過100 μg/ml (例如，不超過50 μg/ml、不超過40 μg/ml、不超過30 μg/ml、不超過25 μg/ml、不超過20 μg/ml、不超過15 μg/ml、不超過10 μg/ml、不超過8 μg/ml、不超過6 μg/ml、不超過4 μg/ml、不超過2 μg/ml或不超過1 μg/ml)，如藉由假病毒、活病毒微量中和、不活化病毒中和檢定或其組合所量測；
i ) 能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，其在IC50 值下之中和活性不超過1 μg/ml (例如，不超過50 ng/ml、不超過40 ng/ml、不超過30 ng/ml、不超過25 ng/ml、不超過20 ng/ml、不超過15 ng/ml、不超過10 ng/ml、不超過8 ng/ml、不超過6 ng/ml、不超過4 ng/ml、不超過2 ng/ml或不超過1 ng/ml)，如藉由活病毒中和檢定使用病灶減少中和測試(FRNT)方法所量測，或
其組合。
在一些情況下，抗原結合親和力可選自由以下組成之群：
a)對SARS-CoV-2之刺突蛋白的結合親和力，其比對SARS-CoV之刺突蛋白或MERS-CoV之刺突蛋白的結合親和力低至少50%；
b)對包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)的結合親和力；
c)對包括SEQ ID NO: 124之胺基酸序列的上述SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合親和力，其水準為不可偵測的或不超過對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的上述結合親和力之50%；
d)對包括SEQ ID NO: 126之胺基酸序列的上述MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合親和力，其水準為不可偵測的或不超過對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的上述結合親和力之50%；
e)對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其Kd 值不超過1×10- 7 M，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測；
f)對上述SARS-CoV之刺突蛋白之上述RBD或MERS-CoV之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其Kd 值為至少1×10- 6 M，如藉由SPR所量測；
g)展現在1 µM下與2 µM血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體至少30%之競爭以結合至以250之共振單位(RU)固定的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，如藉由SPR所量測；
h)對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其在IC50 值下之中和活性不超過100 μg/ml，如藉由假病毒、活病毒、微量中和、不活化病毒中和檢定或其組合所量測；
i ) 能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，其在IC50 值下之中和活性不超過1 μg/ml (例如，不超過50 ng/ml、不超過40 ng/ml、不超過30 ng/ml、不超過25 ng/ml、不超過20 ng/ml、不超過15 ng/ml、不超過10 ng/ml、不超過8 ng/ml、不超過6 ng/ml、不超過4 ng/ml、不超過2 ng/ml或不超過1 ng/ml)，如藉由活病毒中和檢定使用病灶減少中和測試(FRNT)方法所量測；
及其組合。
在一些實施例中，本文所提供之抗SARS-CoV-2抗體及抗原結合片段能夠特異性結合至SARS-CoV-2。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段以如藉由SPR所量測之不超過10- 7 M的Kd值特異性結合至SARS-CoV-2。
在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段能夠以如藉由SPR所量測之不超過1×10- 7 M (例如，不超過5×10- 7 M、不超過2×10- 7 M、不超過10- 7 M、不超過5×10- 8 M、不超過2×10- 8 M、不超過10- 8 M、不超過5×10- 9 M、不超過4×10- 9 M、不超過3×10- 9 M、不超過2×10- 9 M或不超過10- 9 M)的Kd值結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD。
在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段以顯著較低的親和力或程度結合至SARS-CoV之刺突蛋白的RBD或MERS-CoV之刺突蛋白的RBD。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段展現以如藉由SPR所量測之至少1×10- 6 M (例如，至少2×10- 6 M、至少5×10- 6 M、至少10- 5 M)的Kd值結合至SARS-CoV之刺突蛋白的RBD或MERS-CoV之刺突蛋白的RBD。
在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段不可偵測地結合至SARS-CoV或MERS-CoV。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段對SARS-CoV或MERS-CoV展現比在等效檢定條件下對SARS-CoV-2的結合低至少50% (例如，至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%)的結合或展現不可偵測之結合。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白，且對SARS-CoV之刺突蛋白或MERS-CoV之刺突蛋白展現比在等效檢定條件下對SARS-CoV-2之刺突蛋白的結合低至少50% (例如，至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%)之結合。在某些實施例中，SARS-CoV-2之刺突蛋白之全長可包括SEQ ID NO: 134之胺基酸序列，其視情況由SEQ ID NO: 135之多核苷酸序列編碼。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段能夠特異性結合至包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段展現與包括SEQ ID NO: 124之胺基酸序列的SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合，其水準為不可偵測的或不超過在等效檢定條件下與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合之50% (例如，不超過45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、2%、1%)。在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段展現與包括SEQ ID NO: 126之胺基酸序列的MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合，其水準為不可偵測的或不超過在等效檢定條件下與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合之50% (例如，不超過45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、2%、1%)。
在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段能夠展現在1 µM下與2 µM ACE2受體至少30%之競爭以結合至以250之RU固定的SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，如藉由SPR所量測。舉例而言，SARS-CoV-2 RBD可經由胺基固定至CM5感測器晶片以得到約250之最終RU。1 μM本文所提供之抗體或其抗原結合片段可注射至晶片上直至達到結合穩態。可注射2 μM之人類ACE2或人類ACE2肽酶域持續60秒。可藉由在存在及不存在抗體培育之情況下反應單位之比較來判定阻斷效力。用於SPR之儀器及套組可以例如Biacore T200，GE Healthcare形式商購。
在某些實施例中，本文所提供之抗體及其抗原結合片段能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD，其在IC50 值下之中和活性不超過100 μg/ml (例如，不超過90 μg/ml、80 μg/ml、70 μg/ml、60 μg/ml、50 μg/ml、40 μg/ml、30 μg/ml、20 μg/ml、10 μg/ml、5 μg/ml、2 μg/ml、1 μg/ml、0.5 μg/ml、0.2 μg/ml、0.1 μg/ml、0.05 μg/ml、0.03 μg/ml)，如藉由假病毒中和檢定所量測。假病毒中和檢定為所屬技術領域中已知的，且一般涉及產生表現報導體基因及所關注病毒蛋白(諸如SEQ ID NO: 134之SARS-CoV-2之全長刺突蛋白)之假病毒。本文所提供之抗體及其抗原結合片段可與假病毒一起培育，且可經由報導基因測定假病毒之效價。IC50 為抗體或其抗原結合片段在檢定中可抑制假病毒效價之50%的濃度。
說明性 抗 SARS - CoV - 2 抗體
在某些實施例中，本發明提供SARS-CoV-2抗體及其抗原結合片段，其包括來自本文所提供之抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1之重鏈可變區及輕鏈可變區的一或多個(例如1、2、3、4、5或6個) CDR。
在某些實施例中，本發明提供SARS-CoV-2抗體及其抗原結合片段，其包括一或多個(例如1、2、3、4、5或6個) CDR，上述CDR包括選自由以下組成之群的序列：SEQ ID NO：1-6、11-16、21-26、31-36、41-46、51-56、65-70、75-80、85-90、95-100、105-110、136-141、146-151、156-161、166-171、176-181、186-191、196-201、206-211、216-221、226-231、236-241、246-251、256-261、266-271、276-281、286-291、296-301、306-311、316-321、326-331、336-341、346-351、356-361、366-371、376-381、386-391、396-401、406-411、416-421、426-431、136/137/448/139/140/141、436-441及442-447。
如本文中所使用之抗體「P2A-1A8」係指具有含有SEQ ID NO: 7之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 8之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2A-1A9」係指具有含有SEQ ID NO: 17之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 18之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2A-1A10」係指具有含有SEQ ID NO: 27之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 28之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2A-1B3」係指具有含有SEQ ID NO: 37之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 38之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-2F6」係指具有含有SEQ ID NO: 47之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 48之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-2G4」係指具有含有SEQ ID NO: 57之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 58之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-2G11」係指具有含有SEQ ID NO: 61之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 62之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2C-1A3」係指具有含有SEQ ID NO: 71之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 72之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2C-1C8」係指具有含有SEQ ID NO: 81之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 82之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2C-1C10」係指具有含有SEQ ID NO: 91之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 92之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2C-1D5」係指具有含有SEQ ID NO: 101之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 102之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2C-1F11」係指具有含有SEQ ID NO: 111之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 112之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-1G5」係指具有含有SEQ ID NO: 142或449之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 143之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-1A1」係指具有含有SEQ ID NO: 152之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 153之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2C-1D7」係指具有含有SEQ ID NO: 162之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 163之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-1A10」係指具有含有SEQ ID NO: 172之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 173之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-1D9」係指具有含有SEQ ID NO: 182之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 183之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-1E4」係指具有含有SEQ ID NO: 192之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 193之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P2B-1G1」係指具有含有SEQ ID NO: 202之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 203之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P4A-2D9」係指具有含有SEQ ID NO: 212之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 213之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-2G7」係指具有含有SEQ ID NO: 222之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 223之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-3C8」係指具有含有SEQ ID NO: 232之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 233之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1D2」係指具有含有SEQ ID NO: 242之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 243之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-2F11」係指具有含有SEQ ID NO: 252之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 253之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-2E1」係指具有含有SEQ ID NO: 262之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 263之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1C8」係指具有含有SEQ ID NO: 272之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 273之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P1A-1C10」係指具有含有SEQ ID NO: 282之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 283之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P4A-1H6」係指具有含有SEQ ID NO: 292之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 293之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P4B-1F4」係指具有含有SEQ ID NO: 302之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 303之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1B6」係指具有含有SEQ ID NO: 312之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 313之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1B8」係指具有含有SEQ ID NO: 322之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 323之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1B9」係指具有含有SEQ ID NO: 332之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 333之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1D1」係指具有含有SEQ ID NO: 342之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 343之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-1D10」係指具有含有SEQ ID NO: 352之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 353之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-2D11」係指具有含有SEQ ID NO: 362之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 363之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-2G9」係指具有含有SEQ ID NO: 372之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 373之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-2H3」係指具有含有SEQ ID NO: 382之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 383之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-3A1」係指具有含有SEQ ID NO: 392之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 393之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-3A6」係指具有含有SEQ ID NO: 402之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 403之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-3B4」係指具有含有SEQ ID NO: 412之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 413之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P5A-3C12」係指具有含有SEQ ID NO: 422之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 423之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
如本文中所使用之抗體「P22A-1D1」係指具有含有SEQ ID NO: 432之序列的重鏈可變區及含有SEQ ID NO: 433之序列的輕鏈可變區之單株完全人類抗體。
下表1顯示抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1之CDR胺基酸序列。表 1 . 42 種抗體之 CDR 胺基酸序列
      CDR1 CDR2 CDR3
P2A-1A8 HCDR SEQ ID NO: 1 SEQ ID NO: 2 SEQ ID NO: 3
GFAFDDYA STWNSGTI AKLGGYSDYDYPRPGDHYYGLDV
LCDR SEQ ID NO: 4 SEQ ID NO: 5 SEQ ID NO: 6
SSDVGSYNL DVN RSYTDSNTYV
P2A-1A9 HCDR SEQ ID NO: 11 SEQ ID NO: 12 SEQ ID NO: 13
GFTFDDYA ISWNGGII AKVAGRGDYDYYYGMDV
LCDR SEQ ID NO: 14 SEQ ID NO: 15 SEQ ID NO: 16
SSNIGAGYD GNN QSYDSSLSGSV
P2A-1A10 HCDR SEQ ID NO: 21 SEQ ID NO: 22 SEQ ID NO: 23
GYTFTGYY INPNSGGT ARVPYCSSTSCHRDWYFDL
LCDR SEQ ID NO: 24 SEQ ID NO: 25 SEQ ID NO: 26
QSLLDSDDGNTY TLS MQRIEFPLT
P2A-1B3 HCDR SEQ ID NO: 31 SEQ ID NO: 32 SEQ ID NO: 33
GFSFNRYS ISASGNTI ARPAMVREGTYNWFDP
LCDR SEQ ID NO: 34 SEQ ID NO: 35 SEQ ID NO: 36
QSVSNDY YAS QQYGDSPPIT
P2B-2F6 HCDR SEQ ID NO: 41 SEQ ID NO: 42 SEQ ID NO: 43
GYSISSGYY IYHSGST ARAVVGIVVVPAAGRRAFDI
LCDR SEQ ID NO: 44 SEQ ID NO: 45 SEQ ID NO: 46
SSDVGGYNY EVS SSYAGSNNLV
P2B-2G4 HCDR SEQ ID NO: 51 SEQ ID NO: 52 SEQ ID NO: 53
GFTFSSYG IWYDGSNK ARGAAMVWLDY
LCDR SEQ ID NO: 54 SEQ ID NO: 55 SEQ ID NO: 56
SSDVGGYNY DVS CSYAGSYTFVV
P2B-2G11 HCDR SEQ ID NO: 11 SEQ ID NO: 12 SEQ ID NO: 13
GFTFDDYA ISWNGGII AKVAGRGDYDYYYGMDV
LCDR SEQ ID NO: 14 SEQ ID NO: 15 SEQ ID NO: 16
SSNIGAGYD GNN QSYDSSLSGSV
P2C-1A3 HCDR SEQ ID NO: 65 SEQ ID NO: 66 SEQ ID NO: 67
GFTFSDYY ISSSGSTI ARDFSHQQLVPS
LCDR SEQ ID NO: 68 SEQ ID NO: 69 SEQ ID NO: 70
QGISSY AAS QQLNSYPLT
P2C-1C8 HCDR SEQ ID NO: 75 SEQ ID NO: 76 SEQ ID NO: 77
GFTFRSYG IWYDGSNK ARDIEIVVVNIDY
LCDR SEQ ID NO: 78 SEQ ID NO: 79 SEQ ID NO: 80
QSLVYSDGNTY KVS MQGTHWPYT
P2C-1C10 HCDR SEQ ID NO: 85 SEQ ID NO: 86 SEQ ID NO: 87
GGTFSSYA IIPIFGTA ARVVTGYYFDY
LCDR SEQ ID NO: 88 SEQ ID NO: 89 SEQ ID NO: 90
QSVSSY DAS QQRSNWPS
P2C-1D5 HCDR SEQ ID NO: 95 SEQ ID NO: 96 SEQ ID NO: 97
GFTFSSFA ISGSGGST AKDPDGSGSWYFDY
LCDR SEQ ID NO: 98 SEQ ID NO: 99 SEQ ID NO: 100
NIGSKS YDS QVWDSSSDHHV
P2C-1F11 HCDR SEQ ID NO: 105 SEQ ID NO: 106 SEQ ID NO: 107
GITVSSNY (基於IMGT編號) IYSGGST (基於IMGT編號) ARDLVVYGMDV (基於IMGT編號)
SEQ ID NO: 436 SNYMN (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 437 LIYSGGSTYYADSVKG (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 438 DLVVYGMDV (基於Kabat編號)
LCDR SEQ ID NO: 108 SEQ ID NO: 109 SEQ ID NO: 110
QSVSSSY (基於IMGT編號) GAS (基於IMGT編號) QQYGSSPT (基於IMGT編號)
SEQ ID NO: 439 RASQSVSSSYLA (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 440 GASSRAT (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 441 QQYGSSPT (基於Kabat編號)
P2B-1G5 HCDR SEQ ID NO: 136 GYTFTTYV (基於IMGT編號) SEQ ID NO: 137 INTNTGNP (基於IMGT編號) SEQ ID NO: 138 SCEITTLGGMDV (基於IMGT編號)
      SEQ ID NO: 448 S S EITTLGGMDV (基於IMGT編號)
SEQ ID NO: 442 TYVMN (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 443 WINTNTGNPTYAQGFTG (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 444 EITTLGGMDV (基於Kabat編號)
LCDR SEQ ID NO: 139 NIGSKS (基於IMGT編號) SEQ ID NO: 140 YDS (基於IMGT編號) SEQ ID NO: 141 QVWDSISDHRV (基於IMGT編號)
SEQ ID NO: 445 GGNNIGSKSVH (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 446 YDSDRPS (基於Kabat編號) SEQ ID NO: 447 QVWDSISDHRV (基於Kabat編號)
P2B-1A1 HCDR SEQ ID NO: 146 GGSISSYY SEQ ID NO: 147 IYYSGST SEQ ID NO: 148 ARLERDWPLDAFDI
LCDR SEQ ID NO: 149 SSDVGGYNY SEQ ID NO: 150 DVS SEQ ID NO: 151 SSYTSNNTFA
P2C-1D7 HCDR SEQ ID NO: 156 GFTVSSNY SEQ ID NO: 157 IYSGGST SEQ ID NO: 158 ARELYEVGATDY
LCDR SEQ ID NO: 159 QSLVYSDGNTY SEQ ID NO: 160 KVS SEQ ID NO: 161 MQRYTLAGV
P2B-1A10 HCDR SEQ ID NO: 166 GFTVSSNY SEQ ID NO: 167 IYSGGST SEQ ID NO: 168 AREGPKSITGTAFDI
LCDR SEQ ID NO: 169 QDISNY SEQ ID NO: 170 DAS SEQ ID NO: 171 QQYDNLPMYT
P2B-1D9 HCDR SEQ ID NO: 176 GFSLSTSGVG SEQ ID NO: 177 IYWDDDK SEQ ID NO: 178 AHTRILYYGSGSYYDY
LCDR SEQ ID NO: 179 SSNIGSNY SEQ ID NO: 180 SNN SEQ ID NO: 181 AAWDDSLSGVV
P2B-1E4 HCDR SEQ ID NO: 186 GFSLSTSGVG SEQ ID NO: 187 IYWDDDK SEQ ID NO: 188 AHQIVATIIDY
LCDR SEQ ID NO: 189 SSDVGGYNY SEQ ID NO: 190 DVS SEQ ID NO: 191 SSYTSSSVV
P2B-1G1 HCDR SEQ ID NO: 196 GFTVSSNY SEQ ID NO: 197 IYSGGST SEQ ID NO: 198 ARDYGDYWFDP
LCDR SEQ ID NO: 199 QSVSSSY SEQ ID NO: 200 GAS SEQ ID NO: 201 QQYGSSPRT
P4A-2D9 HCDR SEQ ID NO: 206 GFTFSSYG SEQ ID NO: 207 ISDDGSNQ SEQ ID NO: 208 AKRGGYCSTTSCLVRWVYFDY
LCDR SEQ ID NO: 209 QFISSY SEQ ID NO: 210 ATS SEQ ID NO: 211 QQSYNTLT
P5A-2G7 HCDR SEQ ID NO: 216 GDSVSSGSYY SEQ ID NO: 217 IYYSGST SEQ ID NO: 218 ARERCYYGSGRAPRCVWFDP
LCDR SEQ ID NO: 219 SSDVGGYNY SEQ ID NO: 220 DVS SEQ ID NO: 221 SSYTSSSTLVV
P5A-3C8 HCDR SEQ ID NO: 226 GFTVSSNY SEQ ID NO: 227 IYSGGST SEQ ID NO: 228 ARDLQEHGMDV
LCDR SEQ ID NO: 229 QGISSY SEQ ID NO: 230 AAS SEQ ID NO: 231 QHLNSYPPGYT
P5A-1D2 HCDR SEQ ID NO: 236 GFIVSSNY SEQ ID NO: 237 IYSGGST SEQ ID NO: 238 ARALQVGATSDYFDY
LCDR SEQ ID NO: 239 SSNIGAGYD SEQ ID NO: 240 GNS SEQ ID NO: 241 QSCDSSLSVVV
P5A-2F11 HCDR SEQ ID NO: 246 GYTFTSYD SEQ ID NO: 247 MNPNSGNT SEQ ID NO: 248 ARYIVVVPAAKGFDP
LCDR SEQ ID NO: 249 QSVLYSSNNKNY SEQ ID NO: 250 WAS SEQ ID NO: 251 QQYYSTPLT
P5A-2E1 HCDR SEQ ID NO: 256 GYSFTSYW SEQ ID NO: 257 IYPGDSDT SEQ ID NO: 258 AQTSVTRNWFDP
LCDR SEQ ID NO: 259 NIGSKS SEQ ID NO: 260 YDS SEQ ID NO: 261 QVWDSSSDHVV
P5A-1C8 HCDR SEQ ID NO: 266 GYTFTSYY SEQ ID NO: 267 INPSGGST SEQ ID NO: 268 ARSARDYYDSSGYYYRAEYFQH
LCDR SEQ ID NO: 269 QDISNY SEQ ID NO: 270 DAS SEQ ID NO: 271 QQYDNLPSIT
P1A-1C10 HCDR SEQ ID NO: 276 GGTSSFYD SEQ ID NO: 277 IIPRLDIA SEQ ID NO: 278 ARGRPGSEWAYGPFDL
LCDR SEQ ID NO: 279 QSSRAW SEQ ID NO: 280 KAS SEQ ID NO: 281 HQYNSSPFT
P4A-1H6 HCDR SEQ ID NO: 286 GFTFSSYG SEQ ID NO: 287 ISDDGSNQ SEQ ID NO: 288 AKRGGYCSTTSCLLRWVYFDF
LCDR SEQ ID NO: 289 QSISSY SEQ ID NO: 290 AAS SEQ ID NO: 291 QQSYNTPT
P4B-1F4 HCDR SEQ ID NO: 296 GFTFSSYG SEQ ID NO: 297 ISYDGSNK SEQ ID NO: 298 AKGPRYSSSWYISLYYYYGMDV
LCDR SEQ ID NO: 299 QSLVYSDGNTY SEQ ID NO: 300 KVS SEQ ID NO: 301 MQATHWPLYT
P5A-1B6    HCDR SEQ ID NO: 306 GFTFSSYA SEQ ID NO: 307 ISYDGSNK SEQ ID NO: 308 ARDGQAITMVQGVIGPPFDY
LCDR SEQ ID NO: 309 QDISNY SEQ ID NO: 310 DAS SEQ ID NO: 311 QQYDNLPYT
P5A-1B8    HCDR SEQ ID NO: 316 GFTVSSNY SEQ ID NO: 317 IYPGGST SEQ ID NO: 318 ARETLAFDY
LCDR SEQ ID NO: 319 QGISSY SEQ ID NO: 320 AAS SEQ ID NO: 321 QQLNSYPPA
P5A-1B9    HCDR SEQ ID NO: 326 GGSISSYY SEQ ID NO: 327 ISYSGST SEQ ID NO: 328 ASNGQYYDILTGQPPDYWYFDL
LCDR SEQ ID NO: 329 QSVLYSSNNKNY SEQ ID NO: 330 WAS SEQ ID NO: 331 QQYYSTPLT
P5A-1D1    HCDR SEQ ID NO: 336 GLTVSSNY SEQ ID NO: 337 IYSGGST SEQ ID NO: 338 ARDLYYYGMDV
LCDR SEQ ID NO: 339 QGISSY SEQ ID NO: 340 AAS SEQ ID NO: 341 QQLNSYPT
P5A-1D10    HCDR SEQ ID NO: 346 QFTFSDYS SEQ ID NO: 347 ISQSGSTI SEQ ID NO: 348 ARGVSPSYVWGSYRSLYHFDY
LCDR SEQ ID NO: 349 SSDVGGYNY SEQ ID NO: 350 DVS SEQ ID NO: 351 SSFTSSTTVVV
P5A-2D11    HCDR SEQ ID NO: 356 GYSFTSYW SEQ ID NO: 357 IYPGDSDT SEQ ID NO: 358 ARRDSTYGGNTDY
LCDR SEQ ID NO: 359 SSNIGSNT SEQ ID NO: 360 SNN SEQ ID NO: 361 AAWDDSLNGVV
P5A-2G9    HCDR SEQ ID NO: 366 GFTFSSYG SEQ ID NO: 367 IWYDGSNK SEQ ID NO: 368 ARWFHTGGYFDY
LCDR SEQ ID NO: 369 SDINVSSYN SEQ ID NO: 370 YYSDSDK SEQ ID NO: 371 MIWPSNALYV
P5A-2H3    HCDR SEQ ID NO: 376 GYSFTSYW SEQ ID NO: 377 IYPGDSDT SEQ ID NO: 378 ARRDSTYGGNTDY
LCDR SEQ ID NO: 379 SSNIGSNT SEQ ID NO: 380 SNN SEQ ID NO: 381 AAWDDSLNGVV
P5A-3A1    HCDR SEQ ID NO: 386 GFTVSSNY SEQ ID NO: 387 IYSGGST SEQ ID NO: 388 ARDYGDFYFDY
LCDR SEQ ID NO: 389 QSVSSSY SEQ ID NO: 390 GAS SEQ ID NO: 391 QQYGSSPRT
P5A-3A6    HCDR SEQ ID NO: 396 GFTFDDYA SEQ ID NO: 397 ISWNSGTI SEQ ID NO: 398 AGGGTMVRGVIAGGGTHPVDDYYGMDV
LCDR SEQ ID NO: 399 SSDVGGYNY SEQ ID NO: 400 DVS SEQ ID NO: 401 SSYTSSSTVV
P5A-3B4    HCDR SEQ ID NO: 406 GYSFTSYW SEQ ID NO: 407 IYPGDSDT SEQ ID NO: 408 ARRDSTYGGNTDY
LCDR SEQ ID NO: 409 SSNIGSNT SEQ ID NO: 410 SNN SEQ ID NO: 411 AAWDDSLNGVV
P5A-3C12    HCDR SEQ ID NO: 416 GFSLSTSGVG SEQ ID NO: 417 IYWDDDK SEQ ID NO: 418 AHSLFLTVGYSSSWSPFDY
LCDR SEQ ID NO: 419 QSVLYSSNNKNY SEQ ID NO: 420 WAS SEQ ID NO: 421 QQYYSTPHT
P22A-1D1    HCDR SEQ ID NO: 426 GFTVSSNY SEQ ID NO: 427 IYSGGST SEQ ID NO: 428 ARDRDYYGMDV
LCDR SEQ ID NO: 429 QGISSY SEQ ID NO: 430 AAS SEQ ID NO: 431 LHLNSYRT
下表2顯示抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1之重鏈及輕鏈可變區胺基酸序列，且對應核酸編碼序列示於表3中。表 2 . 42 種抗體之可變區胺基酸序列
   VH VL
P2A-1A8 SEQ ID NO: 7 SEQ ID NO: 8
EVQLVESGGDLVQPGRSLRLSCAASGFAFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVSGSTWNSGTIAYADSVKGRFTISRDNAKKSLYLQMNSLRTEDTALYYCAKLGGYSDYDYPRPGDHYYGLDVWGQGTTVTVSS QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNLVSWYQQHPGKVPKLLIYDVNKRPSGISNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCRSYTDSNTYVFGTGTKVTVL
P2A-1A9 SEQ ID NO: 17 SEQ ID NO: 18
EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFDDYAMHWVRQVPGKGLEWVSGISWNGGIIGYADSVKGRFTISRDNAKTSLYLQMNSLRAEDTALYYCAKVAGRGDYDYYYGMDVWGQGTTVTVSS QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGSVFGGGTKLTVL
P2A-1A10 SEQ ID NO: 27 SEQ ID NO: 28
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGRINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARVPYCSSTSCHRDWYFDLWGRGTLVTVSS DIVMTQTPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLDSDDGNTYLDWYLQKPGQSPQLLIYTLSYRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQRIEFPLTFGGGTKVEIK
P2A-1B3 SEQ ID NO: 37 SEQ ID NO: 38
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCVASGFSFNRYSMNWLRQTPRKGLEWLSYISASGNTIYYADSVRGRFTTSRDNAKNTLYLQMNSLRDDDTAVYFCARPAMVREGTYNWFDPWGQGTLVTVSS EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSNDYLAWYQQKPGQAPRLLIYYASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPGDSAVYYCQQYGDSPPITFGQGTRLEIK
P2B-2F6 SEQ ID NO: 47 SEQ ID NO: 48
QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGYSISSGYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSTYYNPSLKTRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAVVGIVVVPAAGRRAFDIWGQGTMVTVSS QSALTQPPSASGSPGQSVTISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYEVSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTVSGLQAEDEADYYCSSYAGSNNLVFGGGTKLTVL
P2B-2G4 SEQ ID NO: 57 SEQ ID NO: 58
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGAAMVWLDYWGQGTLVTVSS    QSALTQPRSVSGSPGQSVTISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCCSYAGSYTFVVFGGGTKLTVL
P2B-2G11 SEQ ID NO: 61 SEQ ID NO: 62
EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVSGISWNGGIIGYADSVKGRFTISRDNAKTSLYLQMNSLKPEDTALYYCAKVAGRGDYDYYYGMDVWGQGTTVTVSS    QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGSVFGGGTKLTVL
P2C-1A3 SEQ ID NO: 71 SEQ ID NO: 72
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDFSHQQLVPSWGQGTLVTVSS DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQQLNSYPLTFGGGTKVEIK
P2C-1C8 SEQ ID NO: 81 SEQ ID NO: 82
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFRSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDIEIVVVNIDYWGQGTLVTVSS DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVYSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYKVSIWDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGTHWPYTFGQGTKLEIK
P2C-1C10 SEQ ID NO: 91 SEQ ID NO: 92
QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAIIWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARVVTGYYFDYWGQGTLVTVSS EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWPSFGQGTKLEIK
P2C-1D5 SEQ ID NO: 101 SEQ ID NO: 102
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDPDGSGSWYFDYWGQGTLVTVSS SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGNNIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSSSDHHVFGTGTKVTVL
P2C-1F11 SEQ ID NO: 111 SEQ ID NO: 112
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGITVSSNYMNWVRQAPGKGLEWVSLIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYHCARDLVVYGMDVWGQGTTVTVSS EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPTFGQGTKLEIK
P2B-1G5 SEQ ID NO: 142 QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTTYVMNWVRQAPGQGLEWMGWINTNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVSTASLQISSLKAEDTAVYYCSCEITTLGGMDVWGQGTTVTVSS SEQ ID NO:143 SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGNNIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGVEAGDEADYYCQVWDSISDHRVFGGGTKLTVL
SEQ ID NO: 449 QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTTYVMNWVRQAPGQGLEWMGWINTNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVSTASLQISSLKAEDTAVYYCS S EITTLGGMDVWGQGTTVTVSS   
P2B-1A1 SEQ ID NO: 152 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKKQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLERDWPLDAFDIWGQGTMVTVSS SEQ ID NO:153 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKFMIYDVSKRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSNNTFAFGGGTKLTVL   
P2C-1D7 SEQ ID NO: 162 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARELYEVGATDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:163 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVYSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYKVSNWDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQRYTLAGVFGPGTKVDIK
P2B-1A10 SEQ ID NO: 172 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGPKSITGTAFDIWGQGTIVTVSS SEQ ID NO:173        DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISNYFNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQYDNLPMYTFGQGTKLEIK
P2B-1D9 SEQ ID NO: 182 QITLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKYYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHTRILYYGSGSYYDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:183 QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGVVFGGGTKLTVL
P2B-1E4 SEQ ID NO: 192 QITLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHQIVATIIDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:193 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSKRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSVVFGGGTKLTVL
P2B-1G1 SEQ ID NO: 202 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDYGDYWFDPWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:203 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPRTFGQGTKLEIK
P4A-2D9 SEQ ID NO: 212 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQSPGKGLEWVAVISDDGSNQYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLEINSLRVEDTAVYYCAKRGGYCSTTSCLVRWVYFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:213 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQFISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYATSILQTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYNTLTFGPGTKVDIK
P5A-2G7 SEQ ID NO: 222 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGDSVSSGSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARERCYYGSGRAPRCVWFDPWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:223 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTLVVFGGGTKLTVL
P5A-3C8 SEQ ID NO: 232 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSFIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLQEHGMDVWGQGTTVTVSS SEQ ID NO:233 DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQHLNSYPPGYTFGQGTKLEIK
P5A-1D2 SEQ ID NO: 242 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFIVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSIIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSNNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARALQVGATSDYFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:243 QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDETDYYCQSCDSSLSVVVFGGGTKLTVL
P5A-2F11 SEQ ID NO: 252 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYDINWVRQATGQGLEWMGWMNPNSGNTGYAQKFQGRVTMTRNTSISTAYMELSSLRSEDTAVYYCARYIVVVPAAKGFDPWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:253 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPLTFGGGTKVEIK
P5A-2E1 SEQ ID NO: 262    EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCAQTSVTRNWFDPWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:263 SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGNNIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSSSDHVVFGGGTKLTVL
P5A-1C8 SEQ ID NO: 272 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPSGGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARSARDYYDSSGYYYRAEYFQHWGQGTLVTVSS SEQ ID NO:273 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQYDNLPSITFGQGTRLEIK
P1A-1C10 SEQ ID NO: 282 QVQLVQSGAEVKNPGSSVKVSCKAGGGTSSFYDINWVRQAPGQGLEWIGKIIPRLDIADYAQKSQGRVTITADKSTSTVYLELSSLKSDDTAVYFCARGRPGSEWAYGPFDLWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 283 DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSSRAWLAWYQQKPGKAPKLLISKASSLESGVPSRFSGSGYGTEFTLTISSLQPDDSATYYCHQYNSSPFTFGPGTKVQIK
P4A-1H6 SEQ ID NO: 292 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQSPGKGLEWVAVISDDGSNQYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRVEDTAVYYCAKRGGYCSTTSCLLRWVYFDFWGQGTLATVSS SEQ ID NO: 293 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLHWYQQKPGKAPNLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYNTPTFGPGTKVDIK
P4B-1F4 SEQ ID NO: 302 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQINSLRAEDTAVYYCAKGPRYSSSWYISLYYYYGMDVWGQGTTVTVSS SEQ ID NO: 303 DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVYSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYKVSNRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQATHWPLYTFGQGTKLEIK
P5A-1B6 SEQ ID NO: 312 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDGQAITMVQGVIGPPFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 313 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQYDNLPYTFGQGTKLEIK
P5A-1B8 SEQ ID NO: 322 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYPGGSTFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARETLAFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 323 DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQQLNSYPPAFGGGTKVEIK
P5A-1B9 SEQ ID NO: 332 QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYISYSGSTNYNPSLKSRVTISLDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCASNGQYYDILTGQPPDYWYFDLWGRGTLVTVSS SEQ ID NO: 333 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPLTFGGGTKVEIK
P5A-1D1 SEQ ID NO: 342 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGLTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLYYYGMDVWGQGTTVTVST SEQ ID NO: 343 DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQLNSYPTFGQGTRLEIK
P5A-1D10 SEQ ID NO: 352 QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASQFTFSDYSMTWIRQAPGKGLEWVSYISQSGSTIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGVSPSYVWGSYRSLYHFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 353 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSASKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSFTSSTTVVVFGGGTKLTVL
P5A-2D11 SEQ ID NO: 362 EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARRDSTYGGNTDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 363 QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGVVFGGGTKLTVL
P5A-2G9 SEQ ID NO: 372 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARWFHTGGYFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 373 QPVLTQPPSSSASPGESARLTCTLPSDINVSSYNIYWYQQKPGSPPRYLLYYYSDSDKGQGSGVPSRFSGSKDASANTGILLISGLQSEDEADYYCMIWPSNALYVFGTGTKVTVL
P5A-2H3 SEQ ID NO: 382 EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISAEKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARRDSTYGGNTDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 383 QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGVVFGGGTKLTVL
P5A-3A1 SEQ ID NO: 392 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDYGDFYFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 393 EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPRTFGQGTKLEIK
P5A-3A6 SEQ ID NO: 402 EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVSGISWNSGTIGYADSVKGRFIISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTALYYCAGGGTMVRGVIAGGGTHPVDDYYGMDVWGQGTTVTVSS SEQ ID NO: 403 QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTVVFGGGTKLTVL
P5A-3B4 SEQ ID NO: 412 EVQLVQSGAEVKEPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARRDSTYGGNTDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 413 QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGVVFGGGTKLTVL
P5A-3C12 SEQ ID NO: 422 QITLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHSLFLTVGYSSSWSPFDYWGQGTLVTVSS SEQ ID NO: 423 DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPHTFGQGTKLEIK
P22A-1D1 SEQ ID NO: 432 EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDRDYYGMDVWGQGTTVTVSS SEQ ID NO: 433 DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLHLNSYRTFGLGTKVEIK
表 3 . 42 種抗體之可變區核苷酸序列
   VHnu (核酸) VLnu (核酸)
P2A-1A8 SEQ ID NO: 9 SEQ ID NO: 10
GAAGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGACTTGGTACAGCCTGGCAGGTCCCTGAGACTCTCCTGCGCAGCCTCTGGATTCGCCTTTGATGATTATGCCATGCACTGGGTCCGGCAAGCTCCAGGGAAGGGCCTGGAGTGGGTCTCAGGTAGTACTTGGAATAGTGGGACCATAGCCTATGCGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAACGCCAAGAAGTCCCTGTATCTGCAAATGAACAGTCTGAGAACTGAGGACACGGCCTTATATTACTGTGCAAAGTTGGGGGGCTACAGTGACTACGATTACCCGAGGCCGGGAGACCACTATTACGGTTTGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGATGTTGGGAGTTATAACCTTGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGTCCCCAAACTCTTGATTTATGATGTCAATAAGCGGCCCTCAGGGATTTCCAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGATCATATACAGACAGCAACACTTATGTCTTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTA
P2A-1A9 SEQ ID NO: 19 SEQ ID NO: 20
GAAGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGCAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTTGATGATTATGCCATGCACTGGGTCCGGCAAGTTCCAGGGAAGGGCCTGGAGTGGGTCTCAGGTATTAGTTGGAATGGTGGTATCATAGGCTACGCGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAACGCCAAGACTTCCCTGTATCTGCAAATGAACAGTCTGAGAGCTGAGGACACGGCCTTGTATTACTGTGCAAAAGTCGCGGGAAGGGGGGATTACGACTATTACTATGGTATGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA CAGTCTGTGCTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGGGGCCCCAGGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGCACTGGGAGCAGCTCCAACATCGGGGCAGGTTATGATGTACACTGGTACCAGCAACTTCCAGGAACAGCCCCCAAACTCCTCATCTATGGTAACAACAATCGCCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCACTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGCCAGTCCTATGACAGCAGCCTGAGTGGTTCGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2A-1A10 SEQ ID NO: 29 SEQ ID NO: 30
CAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGACGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGTCCCCTATTGTAGTAGTACCAGCTGCCATCGGGACTGGTACTTCGATCTCTGGGGCCGTGGCACCCTGGTCACTGTCTCCTCA GATATTGTGATGACCCAGACTCCACTCTCCCTGCCCGTCACCCCTGGAGAGCCGGCCTCCATCTCCTGCAGGTCTAGTCAGAGCCTCTTGGATAGTGATGATGGAAACACCTATTTGGACTGGTACCTGCAGAAGCCAGGGCAGTCTCCACAGCTCCTGATCTATACGCTTTCCTATCGGGCCTCTGGAGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCAGGCACTGATTTCACACTGAAAATCAGCAGGGTGGAGGCTGAGGATGTTGGAGTTTATTACTGCATGCAACGTATAGAGTTTCCGCTCACTTTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAA
P2A-1B3 SEQ ID NO: 39 SEQ ID NO: 40
GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGGGGGTCCCTCAGACTCTCCTGTGTCGCCTCTGGATTCTCCTTCAATCGATATAGTATGAATTGGCTCCGCCAGACTCCACGGAAGGGGCTGGAGTGGCTTTCATACATCAGTGCCAGTGGAAACACCATATACTACGCTGACTCTGTGAGGGGCCGATTCACCACCTCCAGAGACAATGCCAAGAACACACTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGCGAGACGACGACACGGCTGTCTATTTCTGTGCGCGACCCGCTATGGTTCGGGAGGGGACCTACAACTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAACGACTACTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTACTATGCATCCAGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGGAGATTCTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTGACTCACCTCCGATCACCTTCGGCCAAGGGACACGACTGGAGATTAAA
P2B-2F6 SEQ ID NO: 49 SEQ ID NO: 50
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTTACTCCATCAGCAGTGGTTACTACTGGGGCTGGATCCGGCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGAGTATCTATCATAGTGGGAGCACCTACTACAACCCGTCCCTCAAGACTCGAGTCACCATATCAGTAGACACGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGAGCTCTGTGACCGCCGCAGACACGGCCGTCTATTACTGTGCGAGAGCGGTGGTAGGGATTGTAGTAGTACCAGCTGCCGGTCGTCGGGCTTTTGATATCTGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCCTCA CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTCCCTCCGCGTCCGGGTCTCCTGGACAGTCAGTCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTTATAACTATGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGAGGTCAGTAAGCGGCCCTCAGGGGTCCCTGATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCGTCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATGCAGGCAGCAACAATTTGGTGTTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2B-2G4 SEQ ID NO: 59 SEQ ID NO: 60
CAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCGTCTGGATTCACCTTCAGTAGCTATGGCATGCACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATATGGTATGATGGAAGTAATAAATACTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAGAGGGGCAGCTATGGTTTGGCTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTCGCTCAGTGTCCGGGTCTCCTGGACAGTCAGTCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGATGTTGGTGGTTATAACTATGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGATGTCAGTAAGCGGCCCTCAGGGGTCCCTGATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGCTGCTCATATGCAGGCAGCTACACTTTCGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2B-2G11 SEQ ID NO: 63 SEQ ID NO: 64
GAAGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGCAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTTGATGATTATGCCATGCACTGGGTCCGGCAAGCTCCAGGGAAGGGCCTGGAGTGGGTCTCAGGTATTAGTTGGAATGGTGGTATCATAGGCTATGCGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAACGCCAAGACTTCCCTGTATCTGCAAATGAACAGTCTGAAACCTGAGGACACGGCCTTGTATTACTGTGCAAAAGTCGCGGGAAGGGGGGATTACGACTACTACTACGGTATGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA CAGTCTGTGCTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGGGGCCCCAGGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGCACTGGGAGCAGCTCCAACATCGGGGCAGGTTATGATGTACACTGGTACCAGCAACTTCCAGGAACAGCCCCCAAACTCCTCATCTATGGGAACAACAATCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCACTGGGCTCCAGGCTGAGGATGAGGCTGATTATTACTGCCAGTCCTATGACAGCAGCCTGAGTGGTTCGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2C-1A3 SEQ ID NO: 73 SEQ ID NO: 74
CAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTCAAGCCTGGAGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGATCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTTTCATACATTAGTAGTAGTGGTAGTACCATATACTACGCAGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGGGACAACGCCAAGAACTCACTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAGAGATTTTTCTCATCAGCAGCTGGTACCTTCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA GACATCCAGTTGACCCAGTCTCCATCCTTCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCGGGCCAGTCAGGGCATTAGCAGTTATTTAGCCTGGTATCAGCAAAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTATGCTGCATCCACTTTGCAAAGTGGGGTCCCATCAAGGTTCAGCGGCAGTGGATCTGGGACAGAATTCACTCTCACAATCAGCAGCCTGCAGCCTGAAGATTTTGCAACTTATTACTGTCAACAGCTTAATAGTTACCCGCTCACTTTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAA
P2C-1C8 SEQ ID NO: 83 SEQ ID NO: 84
CAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCGTCTGGATTCACCTTCAGGAGCTATGGCATGCACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATCTGGTATGATGGAAGTAATAAATACTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAGAGATATAGAGATAGTAGTGGTAAATATTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA GATGTTGTGATGACTCAGTCTCCACTCTCCCTGCCCGTCACCCTTGGACAGCCGGCCTCCATCTCCTGCAGGTCTAGTCAAAGCCTCGTATACAGTGATGGAAACACCTACTTGAATTGGTTTCAGCAGAGGCCAGGCCAATCTCCAAGGCGCCTAATTTATAAGGTTTCTATCTGGGACTCTGGGGTCCCAGACAGATTCAGCGGCAGTGGGTCAGGCACTGATTTCACACTGAAAATCAGCAGGGTGGAGGCTGAGGATGTTGGGGTTTATTACTGCATGCAAGGTACACACTGGCCGTACACTTTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAA
P2C-1C10 SEQ ID NO: 93 SEQ ID NO: 94
CAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGTCCTCGGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGAGGCACCTTCAGCAGCTATGCTATCATCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGAGGGATCATCCCTATCTTTGGTACAGCAAACTACGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACGATTACCGCGGACGAATCCACGAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCTGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGTGGTAACGGGGTACTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA GAAATTGTGTTGACACAGTCTCCAGCCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCTACTTAGCCTGGTACCAACAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGATGCATCCAACAGGGCCACTGGCATCCCAGCCAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTAGAGCCTGAAGATTTTGCAGTTTATTACTGTCAGCAGCGTAGCAACTGGCCTTCTTTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAA
P2C-1D5 SEQ ID NO: 103 SEQ ID NO: 104
GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTACAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTTAGCAGCTTTGCCATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGCTATTAGTGGTAGTGGTGGTAGCACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGGTTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATTTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTATATTACTGTGCGAAAGATCCGGATGGTTCGGGGAGTTGGTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA TCCTATGTGCTGACTCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGGCCCCAGGAAAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTAAAAGTGTGCACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCATCTATTATGATAGCGACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACCGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTAGTAGTGATCATCATGTCTTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTA
P2C-1F11 SEQ ID NO: 113 SEQ ID NO: 114
GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGAATCACCGTCAGTAGCAACTACATGAACTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCACTTATTTATAGCGGTGGTAGCACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCAGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGTTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATCACTGTGCGAGAGATCTGGTGGTATACGGTATGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGCTACTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCCAGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTAGCTCACCCACTTTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAA
P2B-1G5 SEQ ID NO: 144 CAGGTGCAGCTGGTGCAATCTGGGTCTGAGTTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACTACCTATGTTATGAATTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACACCAACACTGGGAACCCAACGTATGCCCAGGGCTTCACAGGACGGTTTGTCTTCTCCTTGGACACCTCTGTCAGCACGGCATCTCTGCAGATCAGCAGCCTAAAGGCTGAGGACACTGCCGTGTATTACTGTTCGTGTGAAATAACCACCTTGGGCGGTATGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:145 TCCTATGTGCTGACTCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGGCCCCAGGAAAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTAAAAGTGTGCACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCATCTATTATGATAGCGACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACGGCCACCCTGACCATCAGCGGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTATTAGTGATCATCGGGTGTTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2B-1A1 SEQ ID NO: 154 CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGTAGTTACTACTGGAGCTGGATCCGGCAGCCCCCAGGGAAGGGACTGGAGTGGATTGGGTATATCTATTACAGTGGGAGCACCAACTACAACCCCTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACACGTCCAAGAAGCAGTTCTCCCTGAAGCTGAGCTCTGTGACCGCTGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGGCTCGAACGAGACTGGCCACTTGATGCTTTTGATATCTGGGGCCAAGGGACAATGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:155 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTTATAACTATGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAATTCATGATTTATGATGTCAGTAAGCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACAAGCAACAACACTTTCGCGTTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2C-1D7 SEQ ID NO: 164 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGTTCACCGTCAGTAGCAACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATAGCGGTGGTAGCACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGAATTGTACGAAGTGGGAGCTACGGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:165 GATGTTGTGATGACTCAGTCTCCACTCTCCCTGCCCGTCACCCTTGGACAGCCGGCCTCCATCTCCTGCAGGTCTAGTCAAAGCCTCGTATACAGTGATGGAAACACCTACTTGAATTGGTTTCAGCAGAGGCCAGGCCAATCTCCAAGGCGCCTAATTTATAAGGTTTCTAACTGGGACTCTGGGGTCCCAGACAGATTCAGCGGCAGTGGGTCAGGCACTGATTTCACACTGAAAATCAGCAGGGTGGAGGCTGAGGATGTTGGGGTTTATTACTGCATGCAACGGTACACACTGGCCGGCGTTTTCGGCCCTGGGACCAAAGTGGATATCAAA
P2B-1A10 SEQ ID NO: 174 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGTTCACCGTCAGTAGCAACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATAGCGGTGGTAGCACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTTTATTACTGTGCGAGAGAGGGCCCAAAGTCTATTACAGGGACGGCTTTTGATATCTGGGGCCAAGGGACAATTGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:175 GACATCCAGATGACCCAGTCTCCATCCTCCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCAGGCGAGTCAGGACATTAGCAACTATTTTAATTGGTATCAGCAGAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTACGATGCATCCAATTTGGAAACAGGGGTCCCATCAAGGTTCAGTGGAAGTGGATCTGGGACAGATTTTACTTTCACCATCAGCAGCCTGCAGCCTGAAGATATTGCAACATATTACTGTCAACAGTATGATAATCTCCCCATGTACACTTTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAA
P2B-1D9 SEQ ID NO: 184 CAGATCACCTTGAAGGAGTCTGGTCCTACGCTGGTGAAACCCACACAGACCCTCACGCTGACCTGCACCTTCTCTGGGTTCTCACTCAGCACTAGTGGAGTGGGTGTGGGCTGGATCCGTCAGCCCCCAGGAAAGGCCCTGGAGTGGCTTGCACTCATTTATTGGGATGATGATAAATACTACAGCCCATCTCTGAAGAGCAGGCTCACCATCACCAAGGACACCTCCAAAAACCAGGTGGTCCTTACAATGACCAACATGGACCCTGTGGACACAGCCACATATTACTGTGCACACACTCGCATCTTATACTATGGTTCGGGGAGTTATTATGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:185 CAGTCTGTGCTGACTCAGCCACCCTCAGCGTCTGGGACCCCCGGGCAGAGGGTCACCATCTCTTGTTCTGGAAGCAGCTCCAACATCGGAAGTAATTATGTATACTGGTACCAGCAGCTCCCAGGAACGGCCCCCAAACTCCTCATCTATAGTAATAATCAGCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCAGTGGGCTCCGGTCCGAGGATGAGGCTGATTATTACTGTGCAGCATGGGATGACAGCCTGAGTGGTGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2B-1E4 SEQ ID NO: 194 CAGATCACCTTGAAGGAGTCTGGTCCTACGCTGGTGAAACCCACACAGACCCTCACGCTGACCTGCACCTTCTCTGGGTTCTCACTCAGCACTAGTGGAGTGGGTGTGGGCTGGATCCGTCAGCCCCCAGGAAAGGCCCTGGAGTGGCTTGCACTCATTTATTGGGATGATGATAAGCGCTACAGCCCATCTCTGAAGAGCAGGCTCACCATCACCAAGGACACCTCCAAAAACCAGGTGGTCCTTACAATGACCAACATGGACCCTGTGGACACAGCCACATATTACTGTGCACACCAAATAGTGGCTACGATTATTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:195 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTTATAACTATGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGATGTCAGTAAGCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACAAGCAGCAGCGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P2B-1G1 SEQ ID NO: 204 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCGTCAGTAGCAACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAGTTATTTATAGCGGTGGTAGCACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCAGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAGAGACTACGGTGACTACTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:205 GAAATTGTGTTGACGCAGTCTCCAGGCACCCTGTCTTTGTCTCCAGGGGAAAGAGCCACCCTCTCCTGCAGGGCCAGTCAGAGTGTTAGCAGCAGCTACTTAGCCTGGTACCAGCAGAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGGTGCATCCAGCAGGGCCACTGGCATCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCACTCTCACCATCAGCAGACTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTGTATTACTGTCAGCAGTATGGTAGCTCACCGAGGACTTTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAA
P4A-2D9 SEQ ID NO: 214 CAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCGTGGTCCAGCCTGGGAGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTAGCTATGGCATGCACTGGGTCCGCCAGTCTCCAGGCAAGGGGCTGGAGTGGGTGGCAGTTATATCAGATGATGGAAGTAATCAATACTATGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTGGAAATCAACAGCCTGAGAGTTGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCGAAAAGGGGCGGATATTGTAGTACTACCAGCTGCCTCGTTAGGTGGGTCTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:215        GACATCCAGATGACCCAGTCTCCATCCTCCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCGGGCAAGTCAGTTCATTAGCAGCTACTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTATGCTACATCCATTTTGCAAACTGGGGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGATCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGTCTGCAACCTGAAGATTTTGCAACTTACTACTGTCAACAGAGTTACAATACCCTTACTTTCGGCCCTGGGACCAAAGTCGATATCAAA
P5A-2G7 SEQ ID NO: 224 CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTGACTCCGTCAGCAGTGGTAGTTACTACTGGAGCTGGATCCGGCAGCCCCCAGGGAAGGGACTGGAGTGGATTGGGTATATCTATTACAGTGGGAGCACCAACTACAACCCCTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACACGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGAGCTCTGTGACCGCTGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGAGCGATGTTACTATGGTTCAGGGAGAGCCCCCCGTTGTGTCTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA    SEQ ID NO:225 CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGACGTTGGTGGTTATAACTATGTCTCCTGGTACCAACAACACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGATGTCAGTAATCGGCCCTCAGGGGTTTCTAATCGCTTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACGGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACAAGCAGCAGCACTCTCGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P5A-3C8 SEQ ID NO: 234 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGTTCACCGTCAGTAGCAACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAATGGGTCTCATTTATTTATAGCGGTGGTAGTACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAAGAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCTACAGGAACACGGTATGGACGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:235 GACATCCAGTTGACCCAGTCTCCATCCTCCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCGGGCCAGTCAGGGCATTAGCAGTTATTTAGCCTGGTATCAGCAAAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTATGCTGCATCCACTTTGCAAAGTGGGGTCCCATCAAGGTTCAGCGGCAGTGGATCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGCCTGAAGATTTTGCAACTTATTACTGTCAACACCTTAATAGTTACCCTCCGGGGTACACTTTTGGCCAGGGGACCAAGCTGGAGATCAAA
P5A-1D2 SEQ ID NO: 244 GAGGTGCAGCTGGTGGAGTCTGGAGGAGGCTTGATCCAGCCTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGGTTCATCGTCAGTAGCAACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTCTCAATTATTTATAGCGGTGGTAGCACATACTACGCAGACTCCGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATTCCAACAACACGCTGTATCTTCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTATATTACTGTGCGAGAGCCCTCCAGGTGGGAGCTACTTCGGACTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:245 CAGTCTGTGCTGACGCAGCCGCCCTCAGTGTCTGGGGCCCCAGGGCAGAGGGTCACCATCTCCTGCACTGGGAGCAGCTCCAACATCGGGGCAGGTTATGATGTACACTGGTACCAGCAACTTCCAGGAACAGCCCCCAAACTCCTCATCTATGGTAACAGCAATCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCACCTCAGCCTCCCTGGCCATCACTGGGCTCCAGGCTGAAGATGAGACTGATTATTACTGCCAGTCCTGTGACAGCAGCCTGAGTGTTGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P5A-2F11 SEQ ID NO: 254 CAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCAGTTATGATATCAACTGGGTGCGACAGGCCACTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATGAACCCTAACAGTGGTAACACAGGCTATGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCAGGAACACCTCCATAAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCTGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGATATATTGTAGTAGTACCAGCTGCAAAAGGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:255 GACATCGTGATGACCCAGTCTCCAGACTCCCTGGCTGTGTCTCTGGGCGAGAGGGCCACCATCAACTGCAAGTCCAGCCAGAGTGTTTTATACAGCTCCAACAATAAGAACTACTTAGCTTGGTACCAGCAGAAACCAGGACAGCCTCCTAAGCTGCTCATTTACTGGGCATCTACCCGGGAATCCGGGGTCCCTGACCGATTCAGTGGCAGCGGGTCTGGGACAGATTTCACTCTCACCATCAGCAGCCTGCAGGCTGAAGATGTGGCAGTTTATTACTGTCAGCAATATTATAGTACTCCTCTCACTTTCGGCGGAGGGACCAAGGTGGAGATCAAA
P5A-2E1 SEQ ID NO: 264               GAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCAGAGGTGAAAAAGCCCGGGGAGTCTCTGAAGATCTCCTGTAAGGGTTCTGGATACAGCTTTACCAGCTACTGGATCGGCTGGGTGCGCCAGATGCCCGGGAAAGGCCTGGAGTGGATGGGGATCATCTATCCTGGTGACTCTGATACCAGATACAGCCCGTCCTTCCAAGGCCAGGTCACCATCTCAGCCGACAAGTCCATCAGCACCGCCTACCTGCAGTGGAGCAGCCTGAAGGCCTCGGACACCGCCATGTATTACTGTGCCCAGACGTCAGTGACTCGCAACTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:265 TCCTATGTGCTGACTCAGCCACCCTCAGTGTCAGTGGCCCCAGGAAAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTAAAAGTGTGCACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCATCTATTATGATAGCGACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACGGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTAGTAGTGATCATGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTA
P5A-1C8 SEQ ID NO: 274 CAGGTGCAGCTGGTGCAGTCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCATCTGGATACACCTTCACCAGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGAATAATCAACCCTAGTGGTGGTAGCACAAGCTACGCACAGAAGTTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCAGGGACACGTCCACGAGCACAGTCTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGATCTGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGGTCGGCCCGGGATTACTATGATAGTAGTGGTTATTACTACCGCGCTGAATACTTCCAGCACTGGGGCCAGGGCACCCTGGTCACCGTCTCCTCA SEQ ID NO:275 GACATCCAGATGACCCAGTCTCCATCCTCCCTGTCTGCATCTGTAGGAGACAGAGTCACCATCACTTGCCAGGCGAGTCAGGACATTAGCAACTATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGGGAAAGCCCCTAAGCTCCTGATCTACGATGCATCCAATTTGGAAACAGGGGTCCCATCAAGGTTCAGTGGAAGTGGATCTGGGACAGATTTTACTTTCACCATCAGCAGCCTGCAGCCTGAAGATATTGCAACATATTACTGTCAACAGTATGATAATCTCCCCTCTATCACCTTCGGCCAAGGGACACGACTGGAGATTAAA
P1A-1C10 SEQ ID NO: 284 caggtgcagctggtgcagtctggggctgaggtgaagaacccggggtcctcggtgaaggtctcctgtaaggctggtggaggcacctccagtttctatgatatcaactgggtgcgacaggcccctggacaagggcttgagtggataggaaaaatcatccctaggcttgatatagcagactacgcacagaagtcccagggcagagtcacgattaccgcggacaaatccacgagtacagtatacttggaattgagcagcctgaagtcagacgacacggccgtgtatttctgtgcgagaggtcggccgggttcggagtgggcgtatggcccatttgacctctggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 285 gacatccagatgacccagtctccttccaccctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccgggccagtcagagttctagggcctggttggcctggtatcagcagaaaccagggaaagcccctaaactcctgatctctaaggcgtctagtttagaaagtggggtcccatcaaggttcagcggcagtggatatgggacagaattcactctcaccatcagcagcctgcagcctgatgattctgcaacttattactgccaccagtataacagtagcccattcactttcggccctgggaccaaagtgcagatcaaa
P4A-1H6 SEQ ID NO: 294 caggtgcagctggtggagtctgggggaggcgtggtccagcctgggaggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcaccttcagtagctatggcatgcactgggtccgccagtctccaggcaaggggctggagtgggtggcagttatatcagatgatggaagtaatcaatactatgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatctgcaaatgaacagcctgagagttgaggacacggctgtgtattactgtgcgaaaaggggcggatattgtagtactaccagctgcctccttaggtgggtctactttgacttctggggccagggaaccctggccaccgtctcctca SEQ ID NO: 295 gacatccagatgacccagtctccatcctccctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccgggcaagtcagagcattagcagctatttacattggtatcagcaaaaaccagggaaagcccctaacctcctgatctatgctgcatccagtttgcaaagtggggtcccatcaaggttcagtggcagtggatctgggacagatttcactctcaccatcagcagtctgcaacctgaagactttgcaacttactactgtcaacagagttacaatacccctactttcggccctgggaccaaagtggatatcaaa
P4B-1F4 SEQ ID NO: 304 caggtgcagctggtggagtctgggggaggcgtggtccagcctgggaggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcaccttcagtagctatggcatgcactgggtccgccaggctccaggcaaggggctggagtgggtggcagttatatcatatgatggaagtaataaatactatgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatctgcaaatcaacagcctgagagctgaggacacggctgtgtattactgtgcgaaagggcctcggtatagcagcagctggtacataagcctttactactactacggtatggacgtctggggccaagggaccacggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 305 gatgttgtgatgactcagtctccactctccctgcccgtcacccttggacagccggcctccatctcctgcaggtctagtcaaagcctcgtatacagtgatggaaacacctacttgaattggtttcagcagaggccaggccaatctccaaggcgcctaatttataaggtttctaaccgggactctggggtcccagacagattcagcggcagtgggtcaggcactgatttcacactgaaaatcagcagggtggaggctgaggatgttggggtttattactgcatgcaagctacacactggcccctgtacacttttggccaggggaccaagctggagatcaaa
P5A-1B6 SEQ ID NO: 314 caggtgcagctggtggagtctgggggaggcgtggtccagcctgggaggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcaccttcagtagctatgctatgcactgggtccgccaggctccaggcaaggggctggagtgggtggcagttatatcatatgatggaagtaataaatactacgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatctgcaaatgaacagcctgagagctgaggacacggctgtgtattactgtgcgagagatggacaggctattactatggttcagggagttatcggcccaccctttgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 315 gacatccagatgacccagtctccatcctccctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccaggcgagtcaggacattagcaactatttaaattggtatcagcagaaaccagggaaagcccctaagctcctgatctacgatgcatccaatttggaaacaggggtcccatcaaggttcagtggaagtggatctgggacagattttactttcaccatcagcagcctgcagcctgaagatattgcaacatattactgtcaacagtatgataatctcccgtacacttttggccaggggaccaagctggagatcaaa
P5A-1B8 SEQ ID NO: 324 gaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctgggttcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtctcagttatttatcccggtggtagcacattctacgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacaccctgtatcttcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggccgtgtattactgtgcgagagagaccctagcctttgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 325 gacatccagttgacccagtctccatccttcctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccgggccagtcagggcattagcagttatttagcctggtatcagcaaaaaccagggaaagcccctaagctcctgatctatgctgcatccactttgcaaagtggggtcccatcaaggttcagcggcagtggatctgggacagaattcactctcacaatcagcagcctgcagcctgaagattttgcaacttattactgtcaacagcttaatagttaccctccagctttcggcggagggaccaaggtggagatcaaa
P5A-1B9 SEQ ID NO: 334 caggtgcagctgcaggagtcgggcccaggactggtgaagccttcggagaccctgtccctcacctgcactgtctctggtggctccatcagtagttactactggagctggatccggcagcccccagggaagggactggagtggattgggtatatctcttacagtgggagcaccaactacaacccctccctcaagagtcgagtcaccatatcactagacacgtccaagaaccagttctccctgaagctgagctctgtgaccgctgcggacacggccgtgtattactgtgcgagcaacggccagtattacgatattttgactggtcaacctcctgactactggtacttcgatctctggggccgtggcaccctggtcactgtctcctca SEQ ID NO: 335 gacatcgtgatgacccagtctccagactccctggctgtgtctctgggcgagagggccaccatcaactgcaagtccagccagagtgttttatacagctccaacaataagaactacttagcttggtaccagcagaaaccaggacagcctcctaagctgctcatttactgggcatctacccgggaatccggggtccctgaccgattcagtggcagcgggtctgggacagatttcactctcaccatcagcagcctgcaggctgaagatgtggcagtttattactgtcagcaatattatagtactccgctcactttcggcggagggaccaaggtggagatcaaa
P5A-1D1 SEQ ID NO: 344 gaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctgggctcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtctcagttatttatagcggtggtagcacatactacgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatcttcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggccgtgtattactgtgcgagagatttgtactactacggtatggacgtctggggccaagggaccacggtcaccgtctccaca SEQ ID NO: 345 gacatccagttgacccagtctccatccttcctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccgggccagtcagggcattagcagttatttagcctggtatcagcaaaaaccagggaaagcccctaagctcctgatctatgctgcatccactttgcaaagtggggtcccatcaaggttcagcggcagtggatctgggacagatttcactctcaccatcagcagcctgcagcctgaagattttgcaacttattactgtcaacagcttaatagttaccctaccttcggccaagggacacgactggagattaaa
P5A-1D10 SEQ ID NO: 354 caggtgcagctggtggagtctgggggaggcttggtcaagcctggagggtccctgagactctcctgtgcagcctctcaattcaccttcagtgactactccatgacctggatccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtttcatacattagtcaaagtggtagtaccatatactacgcagactctgtgaagggccgattcaccatctccagggacaacgccaagaactcactgtatctgcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggccgtgtattactgtgcgagaggtgtcagcccatcctacgtttgggggagttatcgttccttgtaccactttgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 355 cagtctgccctgactcagcctgcctccgtgtctgggtctcctggacagtcgatcaccatctcctgcactggaaccagcagtgacgttggtggttataactatgtctcctggtaccaacaacacccaggcaaagcccccaaactcatgatttatgatgtcagtaatcggccctcaggggtttctaatcgcttctctgcctccaagtctggcaacacggcctccctgaccatctctgggctccaggctgaggacgaggctgattattactgcagctcatttacaagcagcaccactgtcgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtccta
P5A-2D11 SEQ ID NO: 364 gaggtgcagctggtgcagtctggagcagaggtgaaaaagcccggggagtctctgaagatctcctgtaagggttctggatacagctttaccagctactggatcggctgggtgcgccagatgcccgggaaaggcctggagtggatggggatcatctatcctggtgactctgataccagatacagcccgtccttccaaggccaggtcaccatctcagccgacaagtccatcagcaccgcctacctgcagtggagcagcctgaaggcctcggacaccgccatgtattactgtgcgagacgggattcgacctacggtggtaacactgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 365 cagtctgtgctgactcagccaccctcagcgtctgggacccccgggcagagggtcaccatctcttgttctggaagcagctccaacatcggaagtaatactgtaaactggtaccagcagctcccaggaacggcccccaaactcctcatctatagtaataatcagcggccctcaggggtccctgaccgattctctggctccaagtctggcacctcagcctccctggccatcagtgggctccagtctgaggatgaggctgattattactgtgcagcatgggatgacagcctgaatggtgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtccta
P5A-2G9 SEQ ID NO: 374 caggtgcagctggtggagtctgggggaggcgtggtccagcctgggaggtccctgagactctcctgtgcagcgtctggattcaccttcagtagctatggcatgcactgggtccgccaggctccaggcaaggggctggagtgggtggcagttatatggtatgatggaagtaataaatactatgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatctgcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggctgtgtattactgtgcgagatggttccacacgggggggtactttgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 375 cagcctgtgctgactcagccaccttcctcctccgcatctcctggagaatccgccagactcacctgcaccttgcccagtgacatcaatgttagtagctacaacatatactggtaccagcagaagccagggagccctcccaggtatctcctgtactactactcagactcagataagggccagggctctggagtccccagccgcttctctggatccaaagatgcttcagccaatacagggattttactcatctccgggctccagtctgaggatgaggctgactattactgtatgatttggccaagcaatgctctttatgtcttcggaactgggaccaaggtcaccgtccta
P5A-2H3 SEQ ID NO: 384 gaggtgcagctggtgcagtctggagcagaggtgaaaaagcccggggagtctctgaagatctcctgtaagggttctggatacagctttaccagctactggatcggctgggtgcgccagatgcccgggaaaggcctggagtggatggggatcatctatcctggtgactctgataccagatacagcccgtccttccaaggccaggtcaccatctcagccgagaagtccatcagcaccgcctacctgcagtggagcagcctgaaggcctcggacaccgccatgtattactgtgcgagacgggattcgacctacggtggtaacactgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 385 cagtctgtgctgactcagccaccctcagcgtctgggacccccgggcagagggtcaccatctcttgttctggaagcagctccaacatcggaagtaatactgtaaactggtaccagcagctcccaggaacggcccccaaactcctcatctatagtaataatcagcggccctcaggggtccctgaccgattctctggctccaagtctggcacctcagcctccctggccatcagtgggctccagtctgaggatgaggctgattattactgtgcagcatgggatgacagcctgaatggtgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtccta
P5A-3A1 SEQ ID NO: 394 gaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctgggttcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtctcagttatttatagcggtggtagcacatactacgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatcttcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggccgtgtattactgtgcgagagactacggtgacttttactttgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 395 gaaattgtgttgacgcagtctccaggcaccctgtctttgtctccaggggaaagagccaccctctcctgcagggccagtcagagtgttagcagcagctacttagcctggtaccagcagaaacctggccaggctcccaggctcctcatctatggtgcatccagcagggccactggcatcccagacaggttcagtggcagtgggtctgggacagacttcactctcaccatcagcagactggagcctgaagattttgcagtgtattactgtcagcagtatggtagctcacctcgcacttttggccaggggaccaagctggagatcaaa
P5A-3A6 SEQ ID NO: 404 gaagtgcagctggtggagtctgggggaggcttggtacagcctggcaggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcacctttgatgattatgccatgcactgggtccggcaagctccagggaagggcctggagtgggtctcaggtattagttggaatagtggtaccataggctatgcggactctgtgaagggccgattcatcatctccagagacaacgccaagaactccctgtatctgcaaatgaacagtctgagagctgaggacacggccttgtattactgtgcagggggtggtactatggttcggggagttattgccggagggggaactcatccggtggatgactactacggtatggacgtctggggccaagggaccacggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 405 cagtctgccctgactcagcctgcctccgtgtctgggtctcctggacagtcgatcaccatctcctgcactggaaccagcagtgacgttggtggttataactatgtctcctggtaccaacaacacccaggcaaagcccccaaactcatgatttatgatgtcagtaatcggccctcaggggtttctaatcgcttctctggctccaagtctggcaacacggcctccctgaccatctctgggctccaggctgaggacgaggctgattattactgcagctcatatacaagcagcagcactgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtccta
P5A-3B4 SEQ ID NO: 414 gaggtgcagctggtgcagtctggagcagaggtgaaagagcccggggagtctctgaagatctcctgtaagggttctggatacagctttaccagctactggatcggctgggtgcgccagatgcccgggaaaggcctggagtggatggggatcatctatcctggtgactctgataccagatacagcccgtccttccaaggccaggtcaccatctcagccgacaagtccatcagcaccgcctacctgcagtggagcagcctgaaggcctcggacaccgccatgtattactgtgcgagacgggattcgacctacggtggtaacactgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 415 cagtctgtgctgactcagccaccctcagcgtctgggacccccgggcagagggtcaccatctcttgttctggaagcagctccaacatcggaagtaatactgtaaactggtaccagcagctcccaggaacggcccccaaactcctcatctatagtaataatcagcggccctcaggggtccctgaccgattctctggctccaagtctggcacctcagcctccctggccatcagtgggctccagtctgaggatgaggctgattattactgtgcagcatgggatgacagcctgaatggtgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtccta
P5A-3C12 SEQ ID NO: 424 cagatcaccttgaaggagtctggtcctacgctggtgaaacccacacagaccctcacgctgacctgcaccttctctgggttctcactcagcactagtggagtgggtgtgggctggatccgtcagcccccaggaaaggccctggagtggcttgcactcatttattgggatgatgataagcgctacagcccatctctgaagagcaggctcaccatcaccaaggacacctccaaaaaccaggtggtccttacaatgaccaacatggaccctgtggacacagccacatattactgtgcacacagtttgtttctcacggtagggtatagcagcagctggtccccttttgactactggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 425 gacatcgtgatgacccagtctccagactccctggctgtgtctctgggcgagagggccaccatcaactgcaagtccagccagagtgttttatacagctccaacaataagaactacttagcttggtaccagcagaaaccaggacagcctcctaagctgctcatttactgggcatctacccgggaatccggggtccctgaccgattcagtggcagcgggtctgggacagatttcactctcaccatcagcagcctgcaggctgaagatgtggcagtttattactgtcagcaatattatagtactcctcacacttttggccaggggaccaagctggagatcaaa
P22A-1D1 SEQ ID NO: 434 gaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctgggttcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtctcagttatttatagcggtggtagcacatactacgcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtatcttcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggccgtgtattactgtgcgagagatcgagactactacggtatggacgtctggggccaagggaccacggtcaccgtctcctca SEQ ID NO: 435 gacatccagttgacccagtctccatccttcctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccgggccagtcagggcattagcagttatttagcctggtatcagcaaaaaccagggaaagcccctaagctcctgatctatgctgcatccactttgcaaagtggggtcccatcaaggtttagcggcagtggatctgggacagaattcactctcacaatcagcagcctgcagcctgaagattttgcaacttattactgtctacaccttaatagttacaggacgttcggcctagggaccaaggtggaaatcaaa
在某些實施例中，本發明所述抗體或其抗原結合片段進一步包括免疫球蛋白(Ig)恆定區，其視情況進一步包含重鏈及/或輕鏈恆定區。在某些實施例中，重鏈恆定區包含CH1、鉸鏈及/或CH2-CH3區(或視情況存在之CH2-CH3-CH4區)。在某些實施例中，本發明所述抗體或其抗原結合片段包括人類IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2或IgM之重鏈恆定區。在某些實施例中，輕鏈恆定區包含Cκ或Cλ。本發明所述抗體或其抗原結合片段可與野生型恆定區序列相同或在一或多個突變點上不同。
替代地，本文所提供之抗體及其抗原結合片段包括IgG4或IgG2同種型之恆定區，其具有降低或耗乏的效應功能。在某些實施例中，抗SARS-COV-2抗體或其抗原結合片段包括野生型人類IgG1 Fc區，其包括SEQ ID NO: 115之序列或其他野生型人類IgG1對偶基因。
表4顯示以下單株抗體之重鏈及輕鏈恆定區的胺基酸序列：P2A-1A8、P2A-1A9、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2B-2G11、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1，其中抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2F6、P2B-2G4、P2B-2G11、P2C-1D5、P2B-1G5、P2B-1A1、P2B-1D9、P2B-1E4、P5A-2G7、P5A-1D2、P5A-2E1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A6及P5A-3B4具有λ輕鏈(具有SEQ ID NO: 116之λ輕鏈恆定區序列)，抗體P2A-1A10、P2A-1B3、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1F11、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-3C8、P5A-2F11、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-3A1、P5A-3C12及P22A-1D1具有κ輕鏈(具有SEQ ID NO: 117之κ輕鏈恆定區序列)，且所有42種抗體具有相同重鏈恆定區(SEQ ID NO: 115)。
表 4 . 恆定區之胺基酸及核酸序列
HC (重鏈恆定區) 胺基酸 SEQ ID NO: 115
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
核酸 SEQ ID NO: 118
GCGTCGACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCCGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAAAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGATGAGCTGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCCGGGTAAA
LC (λ鏈恆定區) 胺基酸 SEQ ID NO: 116
GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
核酸 SEQ ID NO: 119
GGTCAGCCCAAGGCTGCCCCCTCGGTCACTCTGTTCCCACCCTCGAGTGAGGAGCTTCAAGCCAACAAGGCCACACTGGTGTGTCTCATAAGTGACTTCTACCCGGGAGCCGTGACAGTGGCCTGGAAGGCAGATAGCAGCCCCGTCAAGGCGGGAGTGGAGACCACCACACCCTCCAAACAAAGCAACAACAAGTACGCGGCCAGCAGCTACCTGAGCCTGACGCCTGAGCAGTGGAAGTCCCACAGAAGCTACAGCTGCCAGGTCACGCATGAAGGGAGCACCGTGGAGAAGACAGTGGCCCCTACAGAATGTTCA
KC (κ鏈恆定區) 胺基酸 SEQ ID NO: 117
RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
核酸 SEQ ID NO: 120
CGTACGGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTACCCCAGAGAAGCCAAAGTGCAGTGGAAGGTGGACAACGCCCTGCAGAGCGGAAACAGCCAGGAAAGCGTGACAGAGCAGGATTCCAAGGATTCCACATACAGCCTGAGCAGCACACTGACACTGTCCAAGGCCGACTACGAGAAGCACAAGGTGTACGCCTGCGAAGTGACACACCAGGGACTGTCCTCCCCTGTGACAAAGAGCTTCAACAGAGGAGAATGC
在一些實施例中，當表現本發明之抗體時，可添加訊息肽，此等訊息肽可在抗體分泌期間藉由宿主細胞部分或全部移除。在某些實施例中，為了表現26種本發明之例示性抗體，當表現重鏈時包含訊息肽(SEQ ID NO: 130：MGWSCIILFLVATATGVHS)，當表現輕鏈時包含訊息肽(SEQ ID NO: 131: MGWSCIILFLVATATGSWA)。
在本說明書結束時隨附之表11顯示本申請案中所提及或使用之序列及SEQ ID NO。
抗體變體
在某些實施例中，本文所提供之抗體或其抗原結合片段包括上文表1中所提供之CDR序列中之一或多者、表2中所提供之重鏈可變區或輕鏈可變區之非CDR序列中之一或多者及/或表4中之恆定區(例如Fc區)的一或多個突變，但仍保持與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的特異性結合親和力。此等突變亦稱作抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12、P22A-1D1或其抗原結合片段之變體。如本文中所使用之「突變」或「經突變」包含胺基酸序列或多核苷酸序列之取代、插入及/或缺失。在某些實施例中，突變中之至少一者(或全部)包括保守取代。
在某些實施例中，變體包括1、2或3個與上文表1中所列出之序列(或彼等序列)具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性的CDR序列，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於其親本抗體之水準下具有結合親和力。
在某些實施例中，變體包括一或多個與上文表2中所列出之序列(或彼等序列)具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性的可變區序列，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於其親本抗體之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。在一些實施例中，已在上文表2中所列出之可變區序列中突變總共1至10個胺基酸。在一些實施例中，突變發生在非CDR序列中(例如在FR中)。在一些實施例中，突變為保守取代。
在某些實施例中，本發明提供抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12、或P22A-1D1之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與表1中所列出之親本抗體之HCDR1序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與表1中所列出之親本抗體之HCDR2序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與表1中所列出之親本抗體之HCDR3序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與表1中所列出之親本抗體之LCDR1序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與表1中所列出之親本抗體之LCDR2序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與表1中所列出之親本抗體之LCDR3序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於其親本抗體之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，本文所提供之抗體變體包括：HCDR1，其在表1中所列出之親本抗體之HCDR1序列中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在表1中所列出之親本抗體之HCDR2序列中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在表1中所列出之親本抗體之HCDR3序列中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR1，其在表1中所列出之親本抗體之LCDR1序列中具有不超過2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在表1中所列出之親本抗體之LCDR2序列中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在表1中所列出之親本抗體之LCDR3序列中具有不超過3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於其親本抗體之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，本文所提供之抗體變體包括： a)至少一個重鏈CDR序列，其在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 b)至少兩個重鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 c)三個重鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 d)至少一個輕鏈序列，其在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 e)至少兩個輕鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 f)三個輕鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於其親本抗體之水準下具有結合親和力。
在某些實施例中，本文所提供之抗體變體保留其親本抗體之至少部分(或全部)互補位。如本文中所使用，關於抗體之術語「互補位」係指與抗原直接接觸且形成可變區之抗原結合位點的抗體之可變區上之一組胺基酸殘基。互補位通常包括一或多個CDR序列中之胺基酸殘基或由其組成。
在某些實施例中，本發明提供抗體P2B-2F6之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 41具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 42具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 43具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 44具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 45具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 46具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2B-2F6之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P2B-2F6之抗體變體包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 41中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 42中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 43中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 44中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 45中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 46中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2B-2F6之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P2B-2F6之變體保留抗體P2B-2F6之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。在某些實施例中，抗體P2B-2F6之互補位包括或由以下組成：HCDR1之Y27、S28、S30、S31及Y33；HCDR2之H54；HCDR3之G102、I103、V105、V106及P107；及/或LCDR1之G31、Y32及N33；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 47，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 48。
在某些實施例中，抗體P2B-2F6之變體保留抗體P2B-2F6之至少部分互補位。舉例而言，抗體P2B-2F6之變體保留抗體P2B-2F6之互補位之殘基的至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些實施例中，抗體P2B-2F6之變體在抗體P2B-2F6之互補位中包括一或多個突變(例如保守取代)。在某些實施例中，抗體P2B-2F6之變體在抗體P2B-2F6之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個突變(例如取代)。在某些實施例中，抗體P2B-2F6之變體在抗體P2B-2F6之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個保守取代。
在某些實施例中，本發明提供抗體P2C-1F11之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 105或436具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 106或437具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 107或438具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 108或439具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 109或440具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 110或441具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2C-1F11之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P2C-1F11之抗體變體包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 105中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 106中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 107中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR1，其在SEQ ID NO: 108中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 109中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 110中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2C-1F11之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P2C-1F11之變體保留抗體P2C-1F11之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。在某些實施例中，抗體P2C-1F11之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、I27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；HCDR3之R97、L99、V100、V101、Y102及D105；及/或LCDR1之S28、S30及Y33；其中重鏈中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 111，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 112。
在某些實施例中，抗體P2C-1F11之變體保留抗體P2C-1F11之至少部分互補位。舉例而言，抗體P2C-1F11之變體保留抗體P2C-1F11之互補位之殘基的至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些實施例中，抗體P2C-1F11之變體在抗體P2C-1F11之互補位中包括一或多個突變或取代(例如保守取代)。在某些實施例中，抗體P2C-1F11之變體在抗體P2C-1F11之互補位中包括不超過6、5、4、3、2或1個突變(例如取代)。在某些實施例中，抗體P2C-1F11之變體在抗體P2C-1F11之互補位中包括不超過6、5、4、3、2或1個保守取代。在某些實施例中，抗體P2C-1F11之變體至少保留抗體P2C-1F11的HCDR2之Y52及LCDR1之Y33。
在某些實施例中，本發明提供抗體P2B-1G5之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 136或442具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 137或443具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 138或444或448具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 139或445具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 140或446具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 141或447具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2B-1G5之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P2B-1G5之抗體變體包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 136或442中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 137或443中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 138或444中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 139或445中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 140或446中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 141或447中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2B-1G5之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，本發明提供抗體P22A-1D1之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 426具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 427具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 428具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 429具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 430具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 431具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P22A-1D1之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P22A-1D1之抗體變體包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 426中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 427中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 428中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 429中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 430中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 431中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P22A-1D1之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P22A-1D1之變體保留抗體P22A-1D1之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。在某些實施例中，抗體P22A-1D1之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、F27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；重鏈構架區3之Y58；HCDR3之R97、R99、D100、Y101、Y102及D105；LCDR1之Q27、G28、I29、S30及Y32；LCDR2之S67；及/或LCDR3之H90、L91、N92及Y94；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 432，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 433。
在某些實施例中，抗體P22A-1D1之變體保留抗體P22A-1D1之至少部分互補位。舉例而言，抗體P22A-1D1之變體保留抗體P22A-1D1之互補位之殘基的至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些實施例中，抗體P22A-1D1之變體在抗體P22A-1D1之互補位中包括一或多個突變(例如保守取代)。在某些實施例中，抗體P22A-1D1之變體在抗體P22A-1D1之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個突變(例如取代)。在某些實施例中，抗體P22A-1D1之變體在抗體P22A-1D1之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個保守取代。
在某些實施例中，本發明提供抗體P5A-1D2之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 236具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 237具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 238具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 239具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 240具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 241具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-1D2之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P5A-1D2之抗體變體包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 236中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 237中具有不超過9、8、7、6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 238中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 239中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 240中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 241中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-1D2之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P5A-1D2之變體保留抗體P5A-1D2之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。在某些實施例中，抗體P5A-1D2之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、F27、I28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；重鏈構架區3之Y58及R87；HCDR3之R97、L99、Q100、V101、G102、A103、T104及D106；LCDR1之A31及Y33；及/或LCDR3之S95；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 242，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 243。
在某些實施例中，抗體P5A-1D2之變體保留抗體P5A-1D2之至少部分互補位。舉例而言，抗體P5A-1D2之變體保留抗體P5A-1D2之互補位之殘基的至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些實施例中，抗體P5A-1D2之變體在抗體P5A-1D2之互補位中包括一或多個突變(例如保守取代)。在某些實施例中，抗體P5A-1D2之變體在抗體P5A-1D2之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個突變(例如取代)。在某些實施例中，抗體P5A-1D2之變體在抗體P5A-1D2之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個保守取代。
在某些實施例中，本發明提供抗體P5A-3C8之變體，其中上述變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 226具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 227具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 228具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 229具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 230具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 231具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-3C8之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P5A-3C8之抗體變體包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 226中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 227中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 228中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 229中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 230中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 231中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-3C8之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。
在某些實施例中，抗體P5A-3C8之變體保留抗體P5A-3C8之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。在某些實施例中，抗體P5A-3C8之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、F27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；重鏈構架區3之Y58；HCDR3之R97、L99、Q100、E101及H102；及LCDR1之G28、I29、S30、S31及Y32；LCDR2之S67；輕鏈構架區3之G68；LCDR3之H90、L91、N92、S93及Y94；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 232，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 233。
在某些實施例中，抗體P5A-3C8之變體保留抗體P5A-3C8之至少部分互補位。舉例而言，抗體P5A-3C8之變體保留抗體P5A-3C8之互補位之殘基的至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些實施例中，抗體P5A-3C8之變體在抗體P5A-3C8之互補位中包括一或多個突變(例如保守取代)。在某些實施例中，抗體P5A-3C8之變體在抗體P5A-3C8之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個突變(例如取代)。在某些實施例中，抗體P5A-3C8之變體在抗體P5A-3C8之互補位中包括不超過5、4、3、2或1個保守取代。
抗體或其抗原結合片段之變體可保持其親本抗體與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合特異性，或可進一步具有一或多個藉由突變賦予之所需特性。舉例而言，變體可具有改善之抗原結合親和力、改善之糖基化模式、降低之糖基化風險、減少之脫胺基作用、降低或耗乏之效應功能、改善之呈pH依賴性方式的FcRn受體結合、增加之藥物動力學半衰期、pH敏感性及/或對綴合之相容性(例如一或多個引入之半胱胺酸殘基)。此類變體亦稱為親和力變體、糖基化變體、半胱胺酸變體、Fc變體等，其如下進行更詳細地描述。
a ) 親和力變體
親和力變體可在如上文表1中所提供之一或多個CDR序列、本文所提供之一或多個框架(FR)序列或上文表2中所提供之重鏈或輕鏈可變區序列中含有修飾或取代。所屬技術領域中具有通常知識者基於上文表1中之CDR序列及上文表2中之可變區序列可容易地認定FR序列，因為在所屬技術領域中眾所周知，在可變區中CDR區藉由兩個FR區側接。
親和力變體保持親本抗體的與SARS-COV-2之刺突蛋白之RBD的特異性結合親和力，或甚至相對於親本抗體具有改善的與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的特異性結合親和力。可使用所屬技術領域中已知之各種方法來達成此目的。舉例而言，可生成抗體變體庫(諸如Fab或scFv變體)且用噬菌體展示技術表現，且接著針對與SARS-COV-2之刺突蛋白之RBD的結合親和力對其進行篩選。另舉例而言，可使用電腦軟體虛擬模擬抗體與SARS-COV-2之刺突蛋白之RBD的結合，且認定抗體上形成結合界面之胺基酸殘基。在取代中可避開此類殘基以便防止結合親和力降低，或作為取代之目標以提供更強結合。
在某些實施例中，本文所提供之親和力變體在一或多個CDR序列及/或一或多個FR序列中包括一或多個胺基酸殘基取代。在某些實施例中，親和性變體在CDR序列及/或FR序列中包含總共不超過20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個取代。
b ) 糖基化變體
本文所提供之抗SARS-COV-2抗體及抗原結合片段亦涵蓋糖基化變體，其可獲得以提高或降低抗體或其抗原結合片段之糖基化程度。
上述抗體或其抗原結合片段可包括一或多個引入或移除糖基化位點的修飾。糖基化位點為一種帶有側鏈的胺基酸殘基，碳水化合物部分(例如，寡糖結構)可附接至上述側鏈。抗體的糖基化通常為N連接的或O連接的。N連接的係指碳水化合物部分附接至天冬胺酸殘基的側鏈，例如，三肽序列中的天冬胺酸殘基，如天冬胺酸-X-絲胺酸及天冬胺酸-X-蘇胺酸，其中X為除脯胺酸以外的任何胺基酸。O連接的糖基化係指N-乙醯半乳糖胺、半乳糖或木糖之一的糖附接至羥基胺基酸，最常見的為附接至絲胺酸或蘇胺酸。可方便地移除天然糖基化位點，例如藉由改變胺基酸序列，使得存在於該序列中的上述三肽序列(對於N連接的糖基化位點)或絲胺酸或蘇胺酸殘基(對於O連接的糖基化位點)中的一個經取代。用相似的方式，可藉由引入此類三肽序列或絲胺酸或蘇胺酸殘基，產生新的糖基化位點。
在某些實施例中，本文所提供之抗SARS-COV-2抗體及抗原結合片段包括在N297 (例如N297A、N297Q或N297G)之突變以移除糖基化位點。
c ) 半胱胺酸工程化變體
本文所提供之抗SARS-COV-2抗體及抗原結合片段亦涵蓋半胱胺酸工程化變體，其包括一或多個引入的游離半胱胺酸胺基酸殘基。
游離半胱胺酸殘基為並非二硫鍵之一部分的半胱胺酸殘基。半胱胺酸工程化的變體可用於藉由例如順丁烯二醯亞胺或鹵乙醯基，在工程化的半胱胺酸的位點與例如細胞毒性化合物及/或成像化合物、標籤或放射性同位素以及其他物質綴合。用於改造抗體或其抗原結合片段以引入游離半胱胺酸殘基的方法為此項技術中熟知的，參見例如WO2006/034488。
d)  Fc 變體
本發明所述之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段亦包括Fc變體，其包括在Fc區及/或鉸鏈區的一或多個胺基酸殘基修飾或取代，例如，以提供改變的效應功能，例如ADCC，ADCP及CDC。藉由抗體工程化改變ADCC活性的方法已經描述於先前技術中，參見，例如Shields RL.等人, J Biol Chem. 2001. 276(9): 6591-604; Idusogie EE.等人, J Immunol. 2000.164(8):4178-84; Steurer W.等人, J Immunol. 1995, 155(3): 1165- 74; Idusogie EE.等人, J Immunol. 2001, 166(4): 2571-5; Lazar GA.等人, PNAS, 2006, 103(11): 4005-4010; Ryan MC.等人, Mol. Cancer Ther., 2007, 6: 3009-3018; Richards JO,.等人, Mol Cancer Ther. 2008, 7(8): 2517-27; Shields R. L.等人, J. Biol. Chem, 2002, 277: 26733-26740; Shinkawa T.等人, J. Biol. Chem, 2003, 278: 3466-3473。
本發明提供之抗體或抗原結合片段的CDC活性亦可例如藉由改善或減少C1q結合及/或CDC而改變(參見，例如WO99/51642；Duncan & Winter Nature 322:738-40 (1988)；美國專利號5648260；美國專利號5624821；及關於Fc區變體的其他實例的WO94/29351)。可將選自Fc區的胺基酸殘基329、331及322的一或多個胺基酸替換為不同的胺基酸殘基，以改變C1q結合及/或減少或消除補體依賴性細胞毒性(CDC)(參見No. Idusogie等人的美國專利號6194551)。亦可引入一或多個胺基酸取代，以改變抗體固定補體的能力(參見Bodmer等人的PCT公開號WO 94/29351)。
術語「抗體依賴性細胞吞噬作用」及「ADCP」係指藉由結合至免疫球蛋白Fc區之吞噬免疫細胞(例如，巨噬細胞、嗜中性球及樹突狀細胞)完全或部分地內化包覆抗體之細胞或粒子的過程。用於藉由抗體工程化來改變抗體之ADCP活性的方法為所屬技術領域中已知的，參見例如Kellner C等人, Transfus Med Hemother, (2017)44:327-336及Chung AW等人, AIDS, (2014) 28:2523-2530。
Fc變體之實例為所屬技術領域中已知的，參見例如Wang等人, Protein Cell 2018, 9(1): 63-73及Kang等人, Exp & Mol., Med. (2019) 51:138，其全文併入本文中。
i) 效應功能增強之 Fc 變體
在某些實施例中，相對於野生型Fc(例如IgG1之Fc)，本文所提供之Fc變體對Fcγ受體(例如，FcγRI (CD64)、FcγRII (CD32)及/或FcγRIII (CD16))具有增加之ADCC及/或增加之親和力。在某些實施例中，Fc變體包括Fc區之以下位置中之一或多者的一或多個胺基酸取代：234、235、236、238、239、240、241、243、244、245、246、247、248、249、252、254、255、256、258、260、262、263、264、265、267、268、269、270、272、274、276、278、280、283、285、286、289、290、292、293、294、295、296、298、299、300、301、303、304、305、307、309、312、313、315、320、322、324、325、326、327、329、330、331、332、333、334、335、337、338、339、340、345、360、373、376、378、382、388、389、396、398、414、416、419、430、433、434、435、436、437、438、439及440 (參見Presta之WO 00/42072、Lazar之WO2006/019447及WO2016/196228，其全文併入本文中)，其中Fc區中之殘基的編號為如Kabat中之EU索引之編號(參見Kabat E.A.等人, Sequences of Proteins of immunological Interest, 第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991))。效應功能增加之例示性取代包含(但不限於) 234Y、235Q、236A、236W、239D、239E、239M、243L、247I、268D、267E、268D、268E、268F、270E、280H、290S、292P、298A、298D、298V、300L、305I、324T、326A、326D、326W、330L、330M、333S、332D、332E、298A、333A、334A、334E、326A、247I、339D、339Q、345R、280H、290S、298D、298V、243L、292P、300L、396L、305I、396L、430G、440Y，或其任何組合(諸如239D/332E、239D/332E/330L、236A/332E、236A/239D/332E、268F/324T、267E/268F、267E/324T及267E/268F/324T)(參見WO2016/196228；Richards等人(2008)Mol. Cancer Therap. 7:2517；Moore等人( 2010)mAbs 2:181；及Strohl (2009)Current Opinion in Biotechnology 20:685-691)。
位置256、290、298、333、334及339處之特異性突變顯示改善與FcγRIII之結合。另外，以下組合突變顯示改善FcγRIII結合：一條重鏈中之T256A/S298A、S298A/E333A、S298A/K224A、F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L、S298A/E333A/K334A及L234Y/L235Q/G236W/S239M/H268D/D270E/S298A，及對置重鏈中之D270E/K326D/A330M/K334E (具有增強的FcγRIII結合及ADCC活性)。與FcγRIIIa具有強烈增強之結合的其他Fc變體包含具有S239D/I332E及S239D/I332E/A330L突變之變體，其顯示對FcγRIIIa之親和力增加最大、FcγRIIb結合減少及強細胞毒性活性；及具有L235V、F243L、R292P、Y300L、V305I及P396L突變之變體，其展現增強的FcγRIIIa及同時增強的ADCC活性。(參見Lazar等人(2006) Proc. Nat'l Acad Sci. (USA) 103:4005；Awan等人(2010) Blood 115: 1204；Desjarlais & Lazar (2011) Exp. Cell Res, Stavenhagen等人(2007)Cancer Res 67:8882)。可引入增加與Clq之結合的修飾以便增強CDC活性。例示性修飾包含IgG2中之K326 (例如，K326W)及/或E333修飾，或IgGl中之單獨或任何組合的S267E/H268F/S324T修飾(參見Idusogie等人(2001) J. Immunol. 166:2571, Moore等人(2010) mAbs 2: 181)。其他例示性修飾包含K326W/E333S、S267E/H268F/S324T及E345R/E430G/S440Y。
ii) 效應功能降低之 Fc
在某些實施例中，本文所提供之Fc變體相對於野生型Fc (例如IgG1之Fc)具有降低之效應功能，且包括在Fc區之選自由以下組成之群之位置處的一或多個胺基酸取代：220、226、229、233、234、235、236、237、238、267、268、269、270、297、309、318、320、322、325、328、329、330及331(參見WO2016/196228；Richards等人(2008)Mol . Cancer Therap . 7:2517；Moore等人( 2010)mAbs 2:181；及Strohl (2009)Current Opinion in Biotechnology 20:685-691)，其中Fc區中之殘基的編號為如Kabat中之EU索引之編號。效應功能降低之例示性取代包含(但不限於) 220S、226S、228P、229S、233P、234V、234G、234A、234F、234A、235A、235G、235E、236E、236R、237A、237K、238S、267R、268A、268Q、269R、297A、297Q、297G、309L、318A、322A、325L、328R、330S、331S，或其任何組合(參見WO2016/196228；及Strohl (2009)Current Opinion in Biotechnology 20:685-691)。
在某些實施例中，本文所提供之Fc變體具有IgG1同種型且包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：L234A、L234F、L234V、F234A、V234A、L235A、L235E、G237A、P238S、H268Q、H268A、N297A、N297Q、N297G、V309L、A330S及P331S，或其任何組合(諸如L234A/L235A)。在某些實施例中，本文所提供之Fc變體具有IgG2同種型，且包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：H268Q、V309L、A330S、P331S、V234A、G237A、P238S、H268A及其任何組合。在某些實施例中，本文所提供之Fc變體具有IgG4同種型，且包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：S228P、F234A、L235E、L235A、G237A、E318A、N297A、N297Q、N297G及其任何組合。在某些實施例中，本文所提供之抗SARS-COV-2抗體及抗原結合片段具有IgG2/IgG4交叉同種型。IgG2/IgG4交叉同種型之實例描述於Rother RP等人, Nat Biotechnol 25:1256-1264 (2007)中。
iii ) 與 FcRn 之 結合改變的 Fc
在某些實施例中，Fc變體包括一或多個在pH 6.0下改善與新生兒Fc受體(FcRn)之結合親和力同時在pH 7.4下保持最小結合的胺基酸取代。此類變體可具有延長之藥物動力學半衰期，因為其在酸性pH下結合至FcRn，此使其以免於在溶酶體中降解且接著經易位並且釋放至細胞外。工程化抗體及其抗原結合片段以改善與FcRn之結合親和力的方法為所屬技術領域中熟知的，參見例如Vaughn, D.等人, Structure, 6(1): 63-73, 1998；Kontermann, R.等人, Antibody Engineering, 第1卷, 第27章: Engineering of the Fc region for improved PK, 由Springer出版, 2010；Yeung, Y.等人, Cancer Research, 70: 3269-3277 (2010)；Hinton, P.等人, J. Immunology, 176:346-356 (2006)；Petkova等人(2006) Int. Immunol. 18:1759、Ball Acqua等人Journal of Immunology 2002, 169:5171-5180、Dall'Acqua WF.等人, J Biol Chem. 281:23514–23524 (2006)；Zalevsky J等人, Nat Biotechnol.;28:157–159 (2010)；WO 2009/086320；US 6,277,375；US 6,821,505；WO 97/34631；及WO 2002/060919。
當投與時可引起抗體之血清半衰期增加之Fc修飾的非限制性實例包含例如在選自以下之一或多個位置的取代：234 (例如具有F)、235 (例如具有Q)、238 (例如具有D)、250 (例如具有E或Q)、252 (例如具有L/Y/F/W或T)、254 (例如具有S或T)、256 (例如具有S/R/Q/E/D或T)、259 (例如具有I)、272 (例如具有A)、305(例如具有A)、307(例如具有A或P)、308 (例如具有F、C或P)、311(例如具有A或R)、312 (例如具有A )、322 (例如Q)、328 (例如E)、331 (例如具有A)、378 (例如具有A)、380 (例如具有A)、382 (例如具有A)、428 (例如具有L或F)、432 (例如具有C)、433 (例如具有H/L/R/S/P/Q或K)、434 (例如具有H/F或Y或S或A或W)、435 (例如具有H)、436 (例如具有L)及437 (例如具有C) (所有位置藉由Eu編號) (參見WO2016049000A2；WO2020052692；WO2016196228)。在一些實施例中，Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：234F、235Q、238D、250Q、252T、252Y、254T、256E、259I、272A、305A、307A、308F、311A、322Q、328E、331S、380A、428L、432C、433K、433S、434S、434Y、434F、434W、434A、435H、436L、437C，及其任何組合。在一些實施例中，Fc修飾包括選自以下之修飾中之一者或數對或數組：a) 428L (例如M428L)及434S (例如N434S)取代；428L、259I (例如V259I)及308F (例如V308F)取代；b) 433K (例如H433K)及434 (例如，N434Y或N434F)取代；c) 252Y、254T及256E (例如，M252Y、S254T及T256E)取代；d) 250Q及428L取代(例如，T250Q及M428L)；e) 307A、380A及434A取代(例如，T307A、E380A及N434A)；f) P238D及L328E取代；g) L234F、L235Q、K322Q、M252T、S254T及T256E取代；及h)及L432C、H433S、N434W、Y436L及T437C取代。
在一些實施例中，雜交IgG同種型可用於增加抗體之FcRn結合及半衰期。雜交Ig可由兩個或更多個同種型生成。舉例而言，IgGl/IgG3雜交變體可藉由用來自IgG3的兩種同種型不同之位置處的胺基酸取代CH2及/或CH3區中之IgGl位置來構築。在一些實施例中，雜交Ig可包括一或多個本文所揭露之修飾(例如取代)。
抗原結合片段
本文亦提供抗SARS-CoV-2抗原結合片段。在一些實施例中，本文所提供之抗體及抗原結合片段包括重鏈可變域之全部或一部分及/或輕鏈可變域之全部或一部分。
抗原結合片段之各種類型為所屬技術領域中已知的，且可基於本文所提供之抗SARS-CoV-2抗體進行研發，包含例如例示性抗體(其CDR示於上文表1中且可變序列示於表2及3中)及其不同變體(諸如親和力變體、糖基化變體、Fc變體、半胱胺酸工程化變體等)。
在某些實施例中，本文所提供之抗SARS-CoV-2抗原結合片段為雙功能抗體、Fab、Fab'、F(ab')2 、Fd、Fv片段、二硫鍵穩定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2 、雙特異性dsFv (dsFv-dsFv')、二硫鍵穩定的雙功能抗體(ds diabody)、單鏈抗體分子(scFv)、scFv二聚體(二價雙功能抗體)、雙特異性scFv二聚體、多特異性抗體、重鏈抗體、駱駝化單域抗體、奈米抗體、域抗體及二價域抗體。
多種技術可用於此類抗原結合片段的生產。例示性方法包括對完整抗體進行酶消化(參見例如Morimoto等人, Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117 (1992); 以及Brennan等人, Science, 229:81 (1985))、由宿主細胞(如大腸桿菌)重組表現(例如對於Fab、Fv及ScFv抗體片段)、如上文討論的噬菌體展示庫篩選(例如對於ScFv)，以及化學耦合兩個Fab'-SH片段以形成F(ab')2片段(Carter等人, Bio/Technology 10:163-167 (1992))。生產抗體片段的其他技術對於熟習此項技術者將為顯而易見的。
在某些實施例中，上述抗原結合片段為scFv。scFv的生成記述於例如WO 93/16185；美國專利號5571894；及5587458。scFv可在胺基末端或羧基末端與效應蛋白融合以獲得融合蛋白(參見例如Antibody Engineering，Borrebaeck編)。
在某些實施例中，本發明提供之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段為二價、四價、六價或多價的。任何大於二價的分子被視為多價的，包括例如三價、四價、六價等。
若兩個結合位點均能特異性結合相同抗原或相同抗原決定基，則二價分子可為單特異性的。在某種實施例中，此提供了比對應的單價分子更強的與抗原或抗原決定基的結合。類似地，多價分子亦可為單特異性的。在某些實施例中，在二價或多價抗原結合部分中，結合位點的第一價及結合位點的第二價在結構上相同(即，具有相同的序列)或在結構上不同(即，具有不同的序列，但具有相同的特異性)。
若兩個結合位點對不同的抗原或抗原決定基具有特異性，則二價亦可為雙特異性的。此亦適用於多價分子。例如，當兩個結合位點對於第一抗原(或抗原決定基)而言為單特異性的，而第三結合位點對第二抗原(或抗原決定基)而言為特異性時，三價分子可為雙特異性的。
雙特異性 ( 或二價 ) 抗體或抗原結合片段
在另一態樣中，本發明提供雙特異性(或二價)抗體分子，其包括如本文所揭露之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段。在某些實施例中，本文所提供之雙特異性(或二價)抗體包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一抗原結合域源自選自由以下組成之群的單株抗體：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。第二抗原結合域可源自任何適合之抗體。
在某些實施例中，本文所提供之雙特異性(或二價)抗體包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一及第二抗原結合域源自任何兩種選自由以下組成之群的單株抗體：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。可組合來自上述42種抗體之任何兩種單株抗體，如同兩種抗體之每一種及每種可能的組合已個別地闡述於本文中一般。在某些實施例中，本文所提供之雙特異性(或二價)抗體包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一及第二抗原結合域源自任何兩種選自由以下組成之群的單株抗體：P2B-2F6、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。可組合來自上述32種抗體之任何兩種單株抗體，如同兩種抗體之每一種及每種可能的組合已個別地闡述於本文中一般。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2A-1A8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2A-1A9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2B-2G11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2A-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2A-1B3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2C-1D5。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1F11及P2C-1F11。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2A-1A9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2B-2G11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2A-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2A-1B3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A8及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及2B-2G11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2A-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2A-1B3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A9及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2A-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2A-1B3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G11及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2A-1B3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1A10及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1B3及P2B-2F6。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1B3及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1B3及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1B3及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1B3及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2A-1B3及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2F6及P2B-2G4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2F6及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2F6及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2F6及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2F6及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G4及P2C-1A3。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G4及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G4及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2B-2G4及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1A3及P2C-1C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1A3及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1A3及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1C8及P2C-1C10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自P2C-1C8及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1C10及P2C-1D5。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2B-1G5。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2B-1A1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2C-1D7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2B-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2B-1D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1F11及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2B-1G5。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2B-1A1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2C-1D7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2B-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2B-1D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-2F6及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P2B-1A1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P2C-1D7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P2B-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P2B-1D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G5及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P2C-1D7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P2B-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P2B-1D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A1及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P2B-1A10。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P2B-1D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2C-1D7及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P2B-1D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1A10及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P2B-1E4。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1D9及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P2B-1G1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1E4及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P4A-2D9。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P2B-1G1及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P4A-2D9及P5A-2G7。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P4A-2D9及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P4A-2D9及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P4A-2D9及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P4A-2D9及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P4A-2D9及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2G7及P5A-3C8。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2G7及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2G7及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2G7及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2G7及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-3C8及P5A-1D2。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-3C8及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-3C8及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-3C8及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-1D2及P5A-2F11。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-1D2及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-1D2及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2F11及P5A-2E1。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2F11及P5A-1C8。
在某些實施例中，第一及第二抗原結合域分別源自或來自P5A-2E1及P5A-1C8。
在某些實施例中，雙特異性抗體分子可具有至少兩個具有不同特異性之獨特抗原結合位點。在某些實施例中，本文所提供之雙特異性抗體分子能夠結合至SARS-CoV-2病毒之刺突蛋白上的不同抗原決定基。在一些實施例中，本文所提供之雙特異性抗體分子包括源自兩種或更多種本文所提供之抗體的抗原結合片段。在一些實施例中，兩種或更多種抗體結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD中的不同抗原決定基。在一些實施例中，兩種或更多種抗體在與SARS-CoV-2病毒之刺突蛋白之RBD的結合時相對於彼此之競爭性不超過70% (或不超過60%，或不超過50%)。在某些實施例中，雙特異性抗體包括源自P2C-1F11之第一抗原結合域及源自選自由以下組成之群的抗體之第二抗原結合域：P2C-1A3、P2C-1C10、P2B-2F6、P2B-1G5及P2A-1B3。在某些實施例中，雙特異性抗體包括源自P2C-1A3之第一抗原結合域及源自選自由以下組成之群的抗體之第二抗原結合域：P2C-1F11及P2A-1B3。在某些實施例中，雙特異性抗體包括源自P2B-2F6之第一抗原結合域及源自選自由以下組成之群的抗體之第二抗原結合域：P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-1G5及P2A-1B3。在某些實施例中，雙特異性抗體包括源自P2A-1B3之第一抗原結合域及源自選自由以下組成之群的抗體之第二抗原結合域：P2C-1A3、P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-2F6及P2A-1A10。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1C10或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1A3、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。
如本文中關於抗原結合域所使用之術語「源自」意謂抗原結合域包括如本文所揭露之指定單株抗體或其變體的至少一個重鏈CDR序列(例如包括重鏈CDR3或三個重鏈CDR)或至少一個輕鏈CDR序列(例如包括輕鏈CDR3或三個重鏈CDR)。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域包括如本文所揭露之指定單株抗體或其變體的重鏈CDR序列，及/或如本文所揭露之指定單株抗體或其變體的輕鏈CDR序列。在某些實施例中，第一及第二抗原結合域包括如本文所揭露之指定單株抗體或其變體的重鏈可變區序列，及/或如本文所揭露之指定單株抗體或其變體的輕鏈可變區序列。特定單株抗體之所有CDR序列及可變區序列提供於本發明之表1及2中。
在某些實施例中，本文所提供之雙特異性抗體分子具有針對SARS-CoV-2病毒之刺突蛋白之RBD的第一抗原結合域特異性及針對第二抗原之第二抗原結合域特異性。在某些實施例中，第二抗原可為例如SARS-CoV-2之刺突蛋白、S2蛋白(亦即，其自刺突蛋白裂解)、SARS-CoV-2之核衣殼蛋白上之RBD外部的抗原決定基，或替代地第二抗原可為人類免疫細胞，諸如T細胞巨噬細胞、自然殺手細胞或抗原呈現細胞上之抗原。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子係基於「完整」抗體，諸如完整IgG或IgG樣分子之格式。此類雙特異性抗體之實例包含(但不限於)由四源雜交瘤(quadroma)細胞株產生之彼等雙特異性抗體。在另一實施例中，雙特異性IgG樣分子可為附接IgG，其藉由使具有第一特異性的IgG之輕鏈或重鏈之胺基端或羧基端附接有具有第二特異性之額外抗原結合單元來工程化。附接抗原結合單元可為例如單域抗體(例如未配對之VL或VH，或VHH (亦即，重鏈抗體之重鏈可變域))、配對之抗體可變域(例如Fv或scFv)或工程化蛋白質骨架。附接IgG之實例包含(但不限於)雙重可變域(DVD)-Ig，其具有融合至第一重鏈之VH的第二重鏈可變域(VH)及融合至IgG之第一輕鏈的第二輕鏈可變域(VL)。當第一VH/VL及第二VH/VL經選擇以結合至兩個不同抗原時，DVD-Ig可為雙特異性的。在某些實施例中，雙特異性IgG或IgG樣分子對於各抗原可為單價的且可藉由在單一宿主細胞中共表現兩個輕鏈及兩個重鏈來產生。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子可為基於可變域之小型重組雙特異性格式(諸如單域抗體、Fv及Fab)，其可缺少抗體恆定域之一些或所有。小型重組雙特異性格式之實例包含(但不限於)串聯單鏈可變片段分子(taFv)、雙功能抗體(Db)、單鏈雙功能抗體(scDb)及此等之各種其他衍生物(參見如Byrne H.等人(2013) Trends Biotech, 31 (11): 621-632所描述之雙特異性抗體格式)、BiTE (雙特異性T細胞接合子)、DART以及TandAb。在某些實施例中，兩種抗原結合部分可藉由肽連接子連接。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子呈選自雙特異性IgG樣抗體(BsIgG)的雙特異性格式，包括CrossMab；DAF (二合一(two-in-one))；DAF (四合一(four-in-one))；DutaMab；DT-IgG；杵-臼(Knobs-in-holes)共用LC；杵-臼總成；電荷對；Fab臂交換；SEED體；三功能單抗(Triomab)；LUZ-Y；Fcab；κ-λ體(kappa-lamda-body)；及正交Fab (Orthogonal Fab)。對於雙特異性抗體格式之詳細描述，請參見Spiess C.、Zhai Q.及Carter P. J. (2015) Molecular Immunology 67: 95-106，其以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子呈選自具有額外抗原結合部分的IgG附接之抗體之雙特異性格式，其由以下組成：DVD-IgG；IgG(H)-scFv；scFv-(H)IgG；IgG(L)-scFv；scFV-(L)IgG；IgG(L,H)-Fv；IgG(H)-V；V(H)-IgG；IgG(L)-V；V(L)-IgG；IgG-scFab；2scFv-IgG；IgG-2scFv；scFv4-Ig；scFv4-Ig；及Zybody (參見同上)。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子呈選自以下之雙特異性格式：WuxiBody (WuXi Biologics，參見WO2019057122A1，其全文併入本文中)；三功能單抗；雜交融合瘤(四源雜交瘤)；多特異性抗運載蛋白平台(Pieris)；雙功能抗體；單鏈雙功能抗體；串聯單鏈Fv片段；TandAb，三特異性Ab (Affimed)；Darts (雙重親和力再靶向(dual affinity retargeting)；Macrogenics)；雙特異性Xmabs (Xencor)；雙特異性T細胞接合子(Bites；Amgen；55 kDa)；三重抗體(Triplebodies)；三鏈抗體(Fab-scFv)；融合蛋白(CreativeBiolabs)；多官能重組抗體衍生物；Duobody平台(Genmab)；鎖鑰結構平台(Dock and lock platform)；臼包杵(Knob into hole；KIH)平台；人類化雙特異性IgG抗體(REGN1979) (Regeneron)；Mab2 雙特異性抗體(F-Star)；DVD-Ig (雙重可變域免疫球蛋白) (Abbvie)；κ-λ體；TBTI (四價雙特異性串聯Ig)；及CrossMab。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子呈選自雙特異性抗體片段之格式，包括奈米抗體；奈米抗體-HAS；BiTE；雙功能抗體；DART；TandAb；sc雙功能抗體(scDiabody)；sc雙功能抗體-CH3；雙功能抗體-CH3；三重抗體；微型抗體(Miniantibody)；微抗體(Minibody)；TriBi微抗體；scFv-CH3 KIH；Fab-scFv；scFv-CH-CL-scFv；F(ab')2；F(ab')2-scFv2；scFv-KIH；Fab-scFv-Fc；四價HCAb；sc雙功能抗體-Fc；雙功能抗體-Fc；串聯scFv-Fc；及胞內抗體(參見同上)。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子呈雙特異性格式，諸如鎖鑰結構；ImmTAC；HSAbody；sc雙功能抗體-HAS；及串聯scFv-Toxin (參見同上)。
在某些實施例中，如本文中所提供之雙特異性抗體分子係基於選自雙特異性抗體綴合物之格式，其包括IgG-IgG；Cov-X-Body；及scFv1-PEG-scFv2 (參見同上)。
可用所屬技術領域中已知之任何適合的方法製造本文所提供之雙特異性抗體分子。在習知方法中，具有不同抗原結合特異性之兩個免疫球蛋白重鏈-輕鏈對可以重組方式共表現於宿主細胞中以產生雙特異性抗體(參見例如Milstein及Cuello, Nature, 305: 537 (1983))，隨後藉由親和性層析純化。
亦可使用重組方法，其中編碼針對兩種特異性之抗體重鏈可變結構域的序列分別融合至免疫球蛋白恆定域序列，隨後插入表現載體，上述表現載體與針對輕鏈序列之表現載體共轉染至適合宿主細胞以重組表現雙特異性抗體(參見例如WO 94/04690；Suresh等人, Methods in Enzymology, 121:210 (1986))。類似地，scFv二聚體亦可以重組方式構築且自宿主細胞表現(參見例如Gruber等人, J. Immunol., 152:5368 (1994).)。
可由雙特異性抗體，例如藉由蛋白質裂解或藉由化學連接生成雙特異性抗體分子。舉例而言，可製備抗體之抗原結合片段(例如Fab')且將其轉化為Fab'-硫醇衍生物，且隨後混合並且與另一轉化的具有不同抗原特異性之Fab'衍生物反應，以形成雙特異性抗體分子(參見例如Brennan等人, Science, 229: 81 (1985))。
在某些實施例中，雙特異性抗體分子可經工程化以促進兩個不同抗原結合位點之重鏈異二聚化。在某些實施例中，在界面處修飾Fc區，使得可形成杵-臼締合以促進異二聚化。如本文中所使用，「臼包杵(Knob-into-hole)」係指兩個多肽(諸如CH3域)之間的相互作用，其中一個多肽由於存在具有龐大側鏈之胺基酸殘基(例如酪胺酸或色胺酸)而具有突起(亦即，「杵」)，且另一多肽具有其中小側鏈胺基酸殘基駐存(例如丙胺酸或蘇胺酸)之空腔(亦即，「臼」)，且突起可定位於空腔中以便促進兩個多肽之相互作用，從而形成異二聚體或複合物。生成具有臼包杵之多肽的方法為所屬技術領域中已知的，例如如美國專利第5,731,168號中所描述。
在一些實施例中，可將「帶電荷對」引入Fc多肽中以靜電操縱朝向異二聚化之形成。例示性對包含與D221R/P228R/K409R配對之D221E/P228E/L368E及與C220R/E224R/P228R/K409R配對之C220E/P228E/368E (參見Gunasekaran等人, 2010, J. Biol. Chem. 285(25):19637.)。
在一些實施例中，兩個Fc多肽鏈之結合界面可經工程化以使得在異二聚體組態中，殘基與具有類似物理性質之殘基相互作用(例如，極性殘基與極性殘基相互作用，或疏水性殘基與疏水性殘基相互作用)，而在均二聚體組態中，殘基與具有不同物理性質之殘基相互作用。例示性修飾包含在位置364、368、399、405、409、411或其任何組合處之取代(參見例如WO2014/145806、WO2014/110601、WO2016/086186、WO2016/086189、WO2016/086196及WO2016/182751)。
在一些實施例中，雙特異性抗體分子可經工程化以減少兩個不同輕鏈可變區與兩個不同重鏈可變區之隨機配對。在一些實施例中，雙特異性抗體分子包括能夠與兩個重鏈可變區配對之共同輕鏈。在一些其他實施例中，將一條重鏈之CH1域與對應輕鏈之恆定區(CL)交換(諸如CrossMab技術中所應用之交換)。在一些其他實施例中，將突變引入Fab片段之CH1-CL界面及/或VH-VL界面中，以便強迫輕鏈與對應重鏈之正確配對。在一些其他實施例中，一個抗原結合域中之CH1域及CL域經TCR恆定域置換，以使第一抗原結合域之重鏈與第二抗原結合域之輕鏈之間的錯配降至最低(諸如WuxiBody技術中所應用之錯配)。
在一些實施例中，本發明之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中抗原結合域可包括：a. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2及SEQ ID NO: 3；b. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12及SEQ ID NO: 13；c. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22及SEQ ID NO: 23；d. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32及SEQ ID NO: 33；e. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 42及SEQ ID NO: 43；f. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 52及SEQ ID NO: 53；g. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 66及SEQ ID NO: 67；h. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 76及SEQ ID NO: 77；i. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86及SEQ ID NO: 87；j. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 96及SEQ ID NO: 97；k. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 106及SEQ ID NO: 107；l. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 437及SEQ ID NO: 438；m. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 106及SEQ ID NO: 438；n. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 138；o. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 448；p. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 443及SEQ ID NO: 444；q. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 444；r. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 146、SEQ ID NO: 147及SEQ ID NO: 148；s. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 156、SEQ ID NO: 157及SEQ ID NO: 158；t. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 166、SEQ ID NO: 167及SEQ ID NO: 168；u. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 176、SEQ ID NO: 177及SEQ ID NO: 178；v. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 186、SEQ ID NO: 187及SEQ ID NO: 188；w. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 196、SEQ ID NO: 197及SEQ ID NO: 198；x. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 206、SEQ ID NO: 207及SEQ ID NO: 208；y. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 216、SEQ ID NO: 217及SEQ ID NO: 218；z. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 226、SEQ ID NO: 227及SEQ ID NO: 228；aa. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 236、SEQ ID NO: 237及SEQ ID NO: 238；bb. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 246、SEQ ID NO: 247及SEQ ID NO: 248；cc. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 256、SEQ ID NO: 257及SEQ ID NO: 258；dd. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 266、SEQ ID NO: 267及SEQ ID NO: 268；ee. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 276、SEQ ID NO: 277及SEQ ID NO: 278；ff. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 286、SEQ ID NO: 287及SEQ ID NO: 288；gg. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 296、SEQ ID NO: 297及SEQ ID NO: 298；hh. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 306、SEQ ID NO: 307及SEQ ID NO: 308；ii. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 316、SEQ ID NO: 317及SEQ ID NO: 318；jj. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 326、SEQ ID NO: 327及SEQ ID NO: 328；kk. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 336、SEQ ID NO: 337及SEQ ID NO: 338；ll. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 346、SEQ ID NO: 347及SEQ ID NO: 348；mm. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 356、SEQ ID NO: 357及SEQ ID NO: 358；nn. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 366、SEQ ID NO: 367及SEQ ID NO: 368；oo. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 376、SEQ ID NO: 377及SEQ ID NO: 378；pp. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 386、SEQ ID NO: 387及SEQ ID NO: 388；qq. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 396、SEQ ID NO: 397及SEQ ID NO: 398；rr. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 406、SEQ ID NO: 407及SEQ ID NO: 408；ss. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 416、SEQ ID NO: 417及SEQ ID NO: 418；tt. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 426、SEQ ID NO: 427及SEQ ID NO: 428；或 其組合。
在一些實施例中，上文所揭露之經修飾抗體或抗原結合片段，其中抗原結合域包括：a. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5及SEQ ID NO: 6；b. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15及SEQ ID NO: 16；c. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25及SEQ ID NO: 26；d. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35及SEQ ID NO: 36；e. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 45及SEQ ID NO: 46；f. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 55及SEQ ID NO: 56；g. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69及SEQ ID NO: 70；h. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 79及SEQ ID NO: 80；i. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 89及SEQ ID NO: 90；j. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99及SEQ ID NO: 100；k. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109及SEQ ID NO: 110；l. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 439、SEQ ID NO: 440及SEQ ID NO: 441；m. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 139、SEQ ID NO: 140及SEQ ID NO: 141；n. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 445、SEQ ID NO: 446及SEQ ID NO: 447；o. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 149、SEQ ID NO: 150及SEQ ID NO: 151；p. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 159、SEQ ID NO: 160及SEQ ID NO: 161；q. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 169、SEQ ID NO: 170及SEQ ID NO: 171；r. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 179、SEQ ID NO: 180及SEQ ID NO: 181；s. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 189、SEQ ID NO: 190及SEQ ID NO: 191；t. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 199、SEQ ID NO: 200及SEQ ID NO: 201；u. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 209、SEQ ID NO: 210及SEQ ID NO: 211；v. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 219、SEQ ID NO: 220及SEQ ID NO: 221；w. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 229、SEQ ID NO: 230及SEQ ID NO: 231；x. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 239、SEQ ID NO: 240及SEQ ID NO: 241；y. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 249、SEQ ID NO: 250及SEQ ID NO: 251；z. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 259、SEQ ID NO: 260及SEQ ID NO: 261；aa. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 269、SEQ ID NO: 270及SEQ ID NO: 271；bb. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 279、SEQ ID NO: 280及SEQ ID NO: 281；cc. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 289、SEQ ID NO: 290及SEQ ID NO: 291；dd. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 299、SEQ ID NO: 300及SEQ ID NO: 301；ee. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 309、SEQ ID NO: 310及SEQ ID NO: 311；ff. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 319、SEQ ID NO: 320及SEQ ID NO: 321；gg. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 329、SEQ ID NO: 330及SEQ ID NO: 331；hh. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 339、SEQ ID NO: 340及SEQ ID NO: 341；ii. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 349、SEQ ID NO: 350及SEQ ID NO: 351；jj. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 359、SEQ ID NO: 360及SEQ ID NO: 361；kk. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 369、SEQ ID NO: 370及SEQ ID NO: 371；ll. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 379、SEQ ID NO: 380及SEQ ID NO: 381；mm. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 389、SEQ ID NO: 390及SEQ ID NO: 391；nn. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 399、SEQ ID NO: 400及SEQ ID NO: 401；oo. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 409、SEQ ID NO: 410及SEQ ID NO: 411；pp. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 419、SEQ ID NO: 420及SEQ ID NO: 421；qq. 1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 429、SEQ ID NO: 430及SEQ ID NO: 431；或 其組合。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中抗原結合域可包括：a. 包括SEQ ID NO: 1之序列的重鏈CDR1 (HCDR1)、包括SEQ ID NO: 2之序列的重鏈CDR2 (HCDR2)、包括SEQ ID NO: 3之序列的重鏈CDR3 (HCDR3)、包括SEQ ID NO: 4之序列的輕鏈CDR1 (LCDR1)、包括SEQ ID NO: 5之序列的輕鏈CDR2 (LCDR2)及包括SEQ ID NO: 6之序列的輕鏈CDR3 (LCDR3)；b. 包括SEQ ID NO: 11之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 12之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 13之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 14之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 15之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 16之序列的LCDR3；c. 包括SEQ ID NO: 21之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 22之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 23之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 24之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 25之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 26之序列的LCDR3；d. 包括SEQ ID NO: 31之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 32之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 33之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 34之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 35之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 36之序列的LCDR3；e. 包括SEQ ID NO: 41之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 42之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 43之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 44之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 45之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 46之序列的LCDR3；f. 包括SEQ ID NO: 51之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 52之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 53之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 54之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 55之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 56之序列的LCDR3；g. 包括SEQ ID NO: 65之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 66之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 67之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 68之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 69之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 70之序列的LCDR3；h. 包括SEQ ID NO: 75之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 76之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 77之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 78之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 79之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 80之序列的LCDR3；i. 包括SEQ ID NO: 85之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 86之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 87之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 88之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 89之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 90之序列的LCDR3；j. 包括SEQ ID NO: 95之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 96之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 97之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 98之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 99之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 100之序列的LCDR3；k. 包括SEQ ID NO: 105之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3；l. 包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 441之序列的LCDR3；m. 包括SEQ ID NO: 105或436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106或437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107或438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108或439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109或440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110或441之序列的LCDR3；n. 包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3；o. 包括SEQ ID NO: 136之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3；p. 包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 447之序列的LCDR3；q. 包括SEQ ID NO: 136或442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137或443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448或444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139或445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140或446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141或447之序列的LCDR3；r. 包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3；s. 包括SEQ ID NO: 146之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 147之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 148之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 149之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 150之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 151之序列的LCDR3；t. 包括SEQ ID NO: 156之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 157之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 158之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 159之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 160之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 161之序列的LCDR3；u. 包括SEQ ID NO: 166之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 167之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 168之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 169之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 170之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 171之序列的LCDR3；v. 包括SEQ ID NO: 176之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 177之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 178之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 179之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 180之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 181之序列的LCDR3；w. 包括SEQ ID NO: 186之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 187之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 188之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 189之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 190之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 191之序列的LCDR3；x. 包括SEQ ID NO: 196之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 197之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 198之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 199之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 200之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 201之序列的LCDR3；y. 包括SEQ ID NO: 206之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 207之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 208之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 209之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 210之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 211之序列的LCDR3；z. 包括SEQ ID NO: 216之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 217之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 218之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 219之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 220之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 221之序列的LCDR3；aa. 包括SEQ ID NO: 226之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 227之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 228之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 229之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 230之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 231之序列的LCDR3；bb. 包括SEQ ID NO: 236之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 237之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 238之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 239之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 240之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 241之序列的LCDR3；cc. 包括SEQ ID NO: 246之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 247之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 248之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 249之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 250之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 251之序列的LCDR3；dd. 包括SEQ ID NO: 256之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 257之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 258之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 259之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 260之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 261之序列的LCDR3；ee. 包括SEQ ID NO: 266之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 267之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 268之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 269之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 270之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 271之序列的LCDR3；ff. 包括SEQ ID NO: 276之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 277之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 278之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 279之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 280之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 281之序列的LCDR3；gg. 包括SEQ ID NO: 286之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 287之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 288之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 289之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 290之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 291之序列的LCDR3；hh. 包括SEQ ID NO: 296之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 297之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 298之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 299之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 300之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 301之序列的LCDR3；ii. 包括SEQ ID NO: 306之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 307之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 308之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 309之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 310之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 311之序列的LCDR3；jj. 包括SEQ ID NO: 316之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 317之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 318之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 319之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 320之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 321之序列的LCDR3；kk. 包括SEQ ID NO: 326之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 327之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 328之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 329之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 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391之序列的LCDR3；rr. 包括SEQ ID NO: 396之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 397之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 398之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 399之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 400之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 401之序列的LCDR3；ss. 包括SEQ ID NO: 406之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 407之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 408之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 409之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 410之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 411之序列的LCDR3；tt. 包括SEQ ID NO: 416之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 417之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 418之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 419之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 420之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 421之序列的LCDR3；uu. 包括SEQ ID NO: 426之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 427之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 428之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 429之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 430之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 431之序列的LCDR3；或 其組合。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中抗原結合域可包括：
包括SEQ ID NO: 105或436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106或437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107或438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108或439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109或440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110或441之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 105之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 441之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 136或442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137或443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448或444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139或445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140或446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141或447之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 136之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 447之序列的LCDR3；
包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3；
或其組合。
在一些實施例中，經修飾抗體可包括第一抗原結合域，其包括： 包括SEQ ID NO: 105或436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106或437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107或438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108或439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109或440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110或441之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 105之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 441之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3； 及第二抗原結合域，其包括： 包括SEQ ID NO: 136或442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137或443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448或444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139或445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140或446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141或447之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 136之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 447之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3； 且其中抗體包括經修飾人類IgG恆定域，其包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中經修飾抗體或抗原結合片段在活體內，諸如在人類個體中之半衰期(T1 / 2 )可在50至120天之範圍內。經修飾抗體或抗原結合片段之半衰期(T1 / 2 )可在50至120天、60至120天、70至120天、80至120天、90至120天、100至120天或110至120天之範圍內。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中經修飾抗體在抗原結合域、人類IgG恆定域、經修飾抗體之輕鏈、經修飾抗體之重鏈或其組合中可包括至少一個胺基酸後續取代。在一些情況下，後續取代可包括將半胱胺酸殘基取代為非半胱胺酸殘基。在一些情況下，半胱胺酸殘基可經絲胺酸殘基取代。在一些實施例中，經修飾抗體可包括C106S取代，其中半胱胺酸106在重鏈可變區HCDR3中經絲胺酸取代(根據國際免疫遺傳學系統(international ImMunoGeneTics system；IMGT)獨特編號進行編號)。在一些實施例中，C106S取代之HCDR3包括SEQ ID NO: 448之胺基酸序列。視所界定之CDR邊界而定，C106S取代可在HCDR3區之外部，例如當HCDR3基於Kabat編號判定時，在此情況下C106S取代將在構架區中。
在一些實施例中，經修飾抗體可包括具有抗原結合親和力及共價連接之經修飾人類IgG恆定域的抗原結合域，其中抗原結合親和力包括表 1 中所列出的LCDR中之至少一者及HCDR中之至少一者，其中經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代(根據如Kabat中之EU索引進行編號)，以及C106S取代，其中胱胺酸106在重鏈可變區HDR3中經絲胺酸取代(根據國際免疫遺傳學系統(IMGT)獨特編號進行編號)。在一些實施例中，經修飾抗體可包括具有抗原結合親和力及共價連接之經修飾人類IgG恆定域的抗原結合域，其中抗原結合親和力包括HCDR SEQ ID No.: 136、SEQ ID No.: 137、SEQ ID No.: 138、LCDR SEQ ID No.: 139、SEQ ID. No.: 140及SEQ ID. No.: 141 (P2B-1G5)，其中經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代(根據如Kabat中之EU索引進行編號)，以及C106S取代，其中胱胺酸106在重鏈可變區中經絲胺酸取代(根據國際免疫遺傳學系統(IMGT)獨特編號進行編號)。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段可進一步包括一或多種後續修飾之抗體，上述後續修飾之抗體選自：第一後續修飾之抗體，其包括兩個各自對SARS-CoV-2具有相同或不同親和力之抗原結合域；第二後續修飾之抗體，其包括對SARS-CoV-2具有結合親和力的第一抗原結合域及對與SARS-CoV-2不同之第二病原體具有結合親和力的第二抗原結合域；第三後續修飾之抗體，其包括兩個各自對第二病原體具有結合親和力之抗原結合域；或其組合。術語「對SARS-CoV-2之不同親和力」係指可結合至SARS-CoV-2之不同抗原決定基或結合位點的親和力、可結合至SARS-CoV-2之同一抗原決定基或結合位點的不同親和力水準，或其組合。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中對第二病原體之結合親和力可選自對SARS-CoV、MERS-CoV、一或多種細菌、一或多種真菌、一或多種病毒、一或多種寄生蟲、其部分或其組合之結合親和力。
在一些實施例中，本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中經修飾抗體或其抗原結合片段為單鏈抗體、雙功能抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fd、Fv片段、二硫鍵穩定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2、雙特異性dsFv (dsFv-dsFv')、二硫鍵穩定的雙功能抗體(ds diabody)、單鏈抗體分子(scFv)、scFv二聚體(二價雙功能抗體)、雙特異性scFv二聚體、多特異性抗體、重鏈抗體、駱駝化單域抗體、奈米抗體、域抗體或二價域抗體，如上下文所揭露。
競爭性結合、晶體結構及抗原決定基
在一個態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其與本文所描述之抗體或其抗原結合片段競爭結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD。
與本文所提供之抗體或抗原結合片段競爭結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的抗體或抗原結合片段包含(但不限於)結合至本文所提供之抗體或抗原結合片段結合之抗原決定基或結合位點，或結合至足夠接近之抗原決定基或結合位點的抗體、抗體片段及其他結合劑。較佳地，本發明之競爭性抗體或抗原結合片段在以過量存在時，將使本文所提供之抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的特異性結合抑制至少10%，較佳至少25%，更佳至少50%，且最佳至少75%-90%或甚至更大。認定與本發明之抗體或抗原結合片段結合至大約、實質上、基本上相同或相同的抗原決定基的一或多種競爭性抗體或抗原結合片段為直接的技術問題。由於競爭性結合分子之認定係相較於參考結合分子(例如本發明之抗體或抗原結合片段)來判定，應理解，為了認定與參考結合分子結合至相同或實質上相同之抗原決定基的競爭性結合分子，實際上不需要以任何方式判定參考結合分子及競爭性結合分子所結合之抗原決定基。
在一個態樣中，本發明提供一種SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗體複合的晶體。在某些實施例中，在晶體中與RBD複合之抗體為本文所提供之任何抗體，或其抗原結合片段(例如Fab片段)。
在一些實施例中，本文所提供之晶體包括與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD複合的抗體P2B-2F6之Fab片段。在一些實施例中，晶體由P21 21 21 空間群組成，其中單位晶胞尺寸為a=70.23 Å，b=90.15 Å且c=112.35 Å。
在一些實施例中，本文所提供之晶體包括與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD複合的抗體P2C-1F11之Fab片段。在一些實施例中，晶體具有C121空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=194.88 Å，b=85.39 Å且c=58.51 Å。
在一些實施例中，本文所提供之晶體包括與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD複合的抗體P22A-1D1之Fab片段。在一些實施例中，晶體具有C2空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=193.34 Å，b=86.60 Å且c=57.16 Å。
在一些實施例中，本文所提供之晶體包括與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD複合的抗體P5A-1D2之Fab片段。在一些實施例中，晶體具有C2空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=158.75 Å，b=67.51 Å且c=154.37 Å。
在一些實施例中，本文所提供之晶體包括與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD複合的抗體P5A-3C8之Fab片段。在一些實施例中，晶體具有P21 21 21 空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=112.54 Å，b=171.57 Å且c=54.87 Å。
對結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的抗體之X射線晶體學分析可用於判定抗體抗原決定基。特定言之，可以此方式藉由在抗體互補位殘基之4 Å內判定SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD上之殘基來認定抗原決定基。在另一態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD上之抗原決定基，其中抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個或十二個)選自以下之殘基：K444、G446、G447、N448、Y449、N450、L452、V483、E484、G485、F490及S494，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括Y449、L452及F490。在某些實施例中，抗原決定基包括Y449及G446。在某些實施例中，本文所提供之抗體或其抗原結合片段對SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD之結合親和力(Kd )不超過50 nM (例如，不超過40 nM、不超過30 nM、不超過20 nM、不超過10 nM或不超過5 nM)，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測。
在另一態樣中，本發明提供一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD上之抗原決定基，其中抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個或十二個)選自以下之殘基：Y453、L455、F456、R457、K458、S459、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489、Q493、G502、Y505、R403、T415、G416、K417、D420及Y421，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個或十二個)選自以下之殘基：Y453、L455、F456、R457、K458、S459、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489、Q493、G502及Y505，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括或進一步包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個或六個)選自以下之殘基：R403、T415、G416、K417、D420及Y421，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個)選自以下之殘基：T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個或十二個)選自以下之殘基：T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、N487、Y489、Q493及Y505，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個或十二個)選自以下之殘基：T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個或十二個)選自以下之殘基：T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個或七個)選自以下之殘基：L455、K458、Y473、A475、G476、S477及N487。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個、四個、五個、六個或七個)選自以下之殘基：T415、G416、K417、D420、Y421、K458及N460。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個或至少兩個Y449及G446。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個或四個)選自以下之殘基：K417、Y421、L455及F456。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個(至少兩個、三個或四個)選自以下之殘基：F456、N487、Y489及Q493。在某些實施例中，抗原決定基包括L455。在某些實施例中，抗原決定基包括至少一個或至少兩個選自Y421及D420之殘基。在某些實施例中，抗原決定基包括Y421。在某些實施例中，抗原決定基包括Y505。在某些實施例中，抗原決定基包括Y421A及F456A，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括T415A、Y473A及N487A，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括K417A、D420A、L455A、R457A、N460A及Y489A，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，抗原決定基包括T415A、Y421A、L455A、F456A、R457A、Y473A、N487A、Y489A及Y505A，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，本文所提供之抗體或其抗原結合片段對SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD之結合親和力(Kd )不超過50 nM (例如，不超過40 nM、不超過30 nM、不超過20 nM或不超過10 nM或不超過5 nM)，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測。
在一態樣中，本發明提供一種用於引起SARS-CoV-2之刺突蛋白的RBD與本文所提供之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合之晶體之一部分的結構之圖形三維表示之展示的電腦實施方法，其中上述方法包括：藉由用指令程式化之電腦系統引起上述圖形三維表示之上述展示，上述指令用於將結構座標轉換成上述結構之上述圖形三維表示且展示上述圖形三維表示，其中上述圖形三維表示係藉由將上述結構座標轉換成上述結構之上述圖形三維表示而產生，其中上述結構座標包括上述晶體之上述部分的主鏈原子之結構座標，其中上述晶體之上述部分包括RBD結合位點，且其中上述晶體具有空間群對稱性P21 21 21 或C121。
在另一態樣中，本發明提供一種機器可讀資料儲存媒體，其包括用機器可讀指令編碼之資料儲存材料，上述機器可讀指令：(a)將資料轉換成SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與本文所提供之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的晶體之一部分之結構的圖形三維表示；及(b)引起上述圖形三維表示之展示；其中上述資料包括界定RBD結合位點的胺基酸之主鏈原子之結構座標；且其中晶體或結構同源物具有空間群對稱性P21 21 21 或C121。
在另一態樣中，本發明提供一種用於展示SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與如本文中所提供之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的晶體之一部分之結構的三維圖形表示之電腦系統，其包括：(a)機器可讀資料儲存媒體，其包括編碼有機器可讀資料之資料儲存材料，其中上述資料包括界定RBD結合位點的胺基酸之主鏈原子之結構座標，其中晶體具有空間群對稱性P21 21 21 或C121；(b)工作記憶體；(c)中央處理單元，其耦接至上述工作記憶體及上述機器可讀資料儲存媒體以用於將上述機器可讀資料處理成上述三維圖形表示；及(d)顯示器，其耦接至上述中央處理單元以用於展示上述三維圖形表示。
對於上文所列之態樣，在某些實施例中，RBD包括如SEQ ID NO: 124中所示之胺基酸序列。在某些實施例中，抗體包括一對如表2中所列出之重鏈可變區及輕鏈可變區，或其同源序列(例如具有至少80%序列一致性)。在某些實施例中，抗體包括：a) SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區；或b) SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區；或c) SEQ ID NO: 432之重鏈可變區及SEQ ID NO: 433之輕鏈可變區；或d) SEQ ID NO: 242之重鏈可變區及SEQ ID NO: 243之輕鏈可變區；或e) SEQ ID NO: 232之重鏈可變區及SEQ ID NO: 233之輕鏈可變區。在某些實施例中，結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之K444、G446、G447、N448、Y449、N450、L452、V483、E484、G485、F490及/或S494，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之Y453、L455、F456、R457、K458、S459、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489、Q493、G502、Y505、R403、T415、G416、K417、D420及/或Y421，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及/或Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、N487、Y489、Q493及/或Y505，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及/或Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及/或Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。
在另一態樣中，本發明提供一種篩選可為SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合分子之分子的方法，其包括：(a)針對三維模型以計算方式篩選媒介物以認定RBD之潛在結合分子；其中三維模型包括SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的晶體之至少一部分的三維模型；其中三維模型係藉由用於產生適用於認定媒介物之晶體之三維模型的電腦演算法由晶體之結構座標之至少一部分生成，上述媒介物為RBD之潛在結合分子。
在某些實施例中，晶體包括含有胺基酸序列SEQ ID NO: 124或其同源序列之多肽，例如源自突變體SARS-CoV-2之多肽。在某些實施例中，晶體進一步包括抗體或其抗原結合片段，其包括一對如表2中所列出之重鏈可變區及輕鏈可變區，或其同源序列(例如具有至少80%序列一致性)。在某些實施例中，晶體進一步包括抗體或其抗原結合片段，其包括：a) SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區，或b) SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區，其中晶體使x射線繞射以判定原子座標為5 Å或更佳之解析度。
一種用於獲得關於分子或分子複合物之結構資訊的方法，其包括將SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與本文所提供之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的結構座標之至少一部分應用於分子或分子複合物之晶體結構的X射線繞射圖，以使得產生分子或分子複合物之至少一部分的三維電子密度圖。在某些實施例中，晶體包括含有胺基酸序列SEQ ID NO: 124或其同源序列之多肽，例如源自突變體SARS-CoV-2之多肽。在某些實施例中，晶體進一步包括抗體或其抗原結合片段，其包括一對如表2中所列出之重鏈可變區及輕鏈可變區，或其同源序列(例如具有至少80%序列一致性)。在某些實施例中，晶體進一步包括抗體或其抗原結合片段，其包括：a) SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區，或b) SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區，其中晶體使x射線繞射以判定原子座標為5 Å或更佳之解析度。
綴合物
在一些實施例中，抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段進一步包括一或多個綴合物部分。綴合物部分為可直接或經由連接子或經由另一綴合物部分連接至抗體或其抗原結合片段之部分。經考慮，各種綴合物部分可連接至本文所提供之抗體或其抗原結合片段(參見例如「Conjugate Vaccines」, Contributions to Microbiology and Immunology, J. M. Cruse及R. E. Lewis, Jr. (編), Carger Press, New York, (1989))。此等綴合物部分可藉由共價結合、親和力結合、嵌入、協同結合(coordinate binding)、複合(complexation)、締合(association)、摻合(blending)或添加以及其他方法連接至抗體或其抗原結合片段。
在某些實施例中，本文所提供之抗體或其抗原結合片段可經工程化以在可用於結合至一或多個綴合物部分之抗原決定基結合部分外含有特定位點。舉例而言，此類位點可包含一或多個反應性胺基酸殘基(諸如半胱胺酸或組胺酸殘基)，以有助於與綴合物部分之共價鍵聯。
此類綴合物部分之實例包含(但不限於)治療劑、放射性同位素、可偵測標記、藥物動力學修飾部分或純化部分。在某些實施例中，所述的抗體或其抗原結合片段可間接地或藉由另一綴合物部分與綴合物部分連接。例如，本發明提供之抗體或其抗原結合片段可與生物素綴合，然後間接地與第二綴合物綴合，上述第二綴合物與抗生物素蛋白綴合。在某些實施例中，上述綴合物部分包括清除修飾劑(例如，延長半衰期的聚合物(例如PEG))、化療劑、毒素、放射性同位素、鑭系元素、可偵測標記(例如，發光標記、螢光標記、酶受質標記)、DNA烷化劑、拓樸異構酶抑制劑、微管蛋白結合劑、純化部分或其他抗癌藥物。
可偵。測標記之實例可包括螢光標記(例如螢光素、若丹明、丹磺醯、藻紅蛋白或德克薩斯紅)、酶-受質標記(例如辣根過氧化物酶、鹼性磷酸酶、螢光素酶、葡糖澱粉酶、溶菌酶、糖氧化酶或β-D-半乳糖苷酶)、放射性同位素(例如123 I、124 I、125 I、131 I、35 S、3 H、111 In、112 In、14 C、64 Cu、67 Cu、86 Y、88 Y、90 Y、177 Lu、211 At、186 Re、188 Re、153 Sm、212 Bi及32 P、其他鑭系元素)、發光標記、發色團部分、地高辛、生物素/親和素、DNA分子或用於偵測的金。
在某些實施例中，綴合物部分可為清除修飾劑，其有助於增加抗體的半衰期。說明性實例包括水溶性聚合物(例如PEG、羧甲基纖維素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯啶酮、乙二醇/丙二醇共聚物等)。該聚合物可具有任何分子量，且可為支鏈或非支鏈的。連接至抗體的聚合物的數量可變化，且若連接的聚合物多於一種，則其可為相同或不同的分子 。在某些實施例中，綴合物部分可為純化部分，例如磁珠。在某些實施例中，本發明提供之抗體或其抗原結合片段用作綴合物的基礎。
多核苷酸及重組方法
本發明提供編碼本文所提供之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之經分離多核苷酸。使用習知程序(例如，藉由使用能夠特異性地結合至編碼抗體之重鏈及輕鏈之基因的寡核苷酸探針)，例如自B細胞容易地分離及定序編碼單株抗體的DNA。亦可藉由合成方法獲得編碼DNA。
使用所屬技術領域中已知之重組技術，可將編碼抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之經分離多核苷酸插入至載體中，用於進一步選殖(DNA之擴增)或用於表現(亦即，表現載體)。許多載體為可用的。載體組分通常包含(但不限於)以下中之一或多者：訊息序列、複製起點、一或多種標記基因、增強子元件、啟動子(例如SV40、CMV、EF-1α)及轉錄終止序列。
本發明提供包括分離的多核苷酸的載體。在某些實施例中，本發明提供的多核苷酸編碼抗體或其抗原結合片段、與核酸序列可操作連接的至少一種啟動子(例如SV40、CMV、EF-1α)及至少一種選擇標記。載體的實例包括但不限於：逆轉錄病毒(包括慢病毒)、腺病毒、腺相關病毒、疱疹病毒(例如單純疱疹病毒)、痘病毒、桿狀病毒、乳頭瘤病毒、乳多空病毒(例如SV40)、λ噬菌體及M13噬菌體、質體pcDNA3.3、pMD18-T、pOptivec、pCMV、pEGFP、pIRES、pQD-Hyg-GSeu、pALTER、pBAD、pcDNA、pCal、pL、pET、pGEMEX、pGEX、pCI、pEGFT、pSV2、pFUSE、pVITRO、pVIVO、pMAL、pMONO、pSELECT、pUNO、pDUO、Psg5L、pBABE、pWPXL、pBI、p15TV-L、pPro18、pTD、pRS10、pLexA、pACT2.2、pCMV-SCRIPT.RTM.、pCDM8、pCDNA1.1/amp、pcDNA3.1、pRc/RSV、PCR 2.1、pEF-1、pFB、pSG5、pXT1、pCDEF3、pSVSPORT、pEF-Bos等。
可將包含編碼上述抗體或其抗原結合片段之多核苷酸序列之載體引入宿主細胞，用於選殖或基因表現。適用於選殖或表現本發明中所述的載體中的DNA的宿主細胞為上述的原核、酵母或高等真核細胞。適用於本發明用途的原核細胞包括真細菌，如革蘭氏陰性菌或革蘭氏陽性菌，例如，腸桿菌科(Enterobacteriaceae )，例如，埃希氏菌屬(Escherichia )(例如，大腸桿菌(E. coli ))、腸桿菌屬(Enterobacter )、歐文氏菌屬(Erwinia )、克雷白氏桿菌屬(Klebsiella )、變形桿菌屬(Proteus )、沙門氏菌屬(Salmonella )(例如，鼠傷寒沙門(氏)桿菌(Salmonella typhimurium ))、沙雷氏菌屬(Serratia )(例如，黏質沙雷氏菌(Serratia marcescans ))、志賀氏菌屬(Shigella )、桿菌屬(Bacilli )(例如，枯草芽孢桿菌(B. subtilis )及地衣芽孢桿菌(B. licheniformis ))、假單胞菌屬(Pseudomonas )(例如，綠膿桿菌(P. aeruginosa )、以及鏈黴菌屬(Streptomyces )。
除了原核細胞以外，真核微生物如絲狀真菌或酵母亦可用作編碼抗SARS-CoV-2抗體之載體之合適的選殖或表現宿主。釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae )，或麵包酵母為最常用的低等真核宿主微生物。但是，許多其他屬、種及株均比較常用且在本發明中適用，例如，粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe )；克魯維酵母屬(Kluyveromyces )宿主，例如，乳酸克魯維酵母(K. lactis )、脆壁克魯維酵母(K. fragilis )(ATCC 12,424)、保加利亞克魯維酵母(K. bulgaricus )(ATCC 16,045)、魏氏克魯維酵母(K. wickeramii )(ATCC 24,178)、克魯雄酵母(K. waltii )(ATCC 56,500)、果蠅克魯維酵母(K. drosophilarum )(ATCC 36,906)、耐熱克魯維酵母(K. thermotolerans )及馬克斯克魯維酵母(K. marxianus )；解脂耶氏酵母(yarrowia )(EP 402,226)；巴斯德畢赤酵母(Pichia pastoris )(EP 183,070)；假絲酵母(Candida )；里氏木黴(Trichoderma reesia )(EP 244,234)；鏈孢黴(Neurospora crassa )；西方許旺酵母(Schwanniomyces )，例如，西方許旺酵母(Schwanniomyces occidentali )；及絲狀真菌，例如，脈孢菌(Neurospora )、青黴菌(Penicillium )、彎頸黴(Tolypocladium )及曲黴菌(Aspergillus )(例如，鉤巢麴黴(A. nidulans )及黑麴黴(A. niger ))。
本發明中提供的適用於表現糖基化抗體或其抗原結合片段的宿主細胞由多細胞生物衍生得到。無脊椎細胞之實例包括植物及昆蟲細胞。已發現多種桿狀病毒株(baculoviral strains)及其變體以及對應的許可性昆蟲宿主細胞(permissive insect host cells)，來自於諸如以下的宿主：草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)(毛蟲)、埃及斑蚊(Aedes aegypti)(蚊子)、白紋伊蚊(Aedes albopictus)(蚊子)、黑腹果蠅(Drosophila melanogaster)(果蠅)及家蠶(Bombyx mori)。多種用於轉染的病毒株為公眾可得，例如苜蓿銀紋夜蛾核型多角體病毒(Autographa californica NPV)的L-1變種，以及家蠶核型多角體病毒(Bombyx mori NPV)的Bm-5變種，此等病毒均可在本發明中使用，特別是用於轉染草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)細胞。棉花、玉米、土豆、大豆、矮牽牛花、番茄及菸草的植物細胞培養亦可用作宿主。
但是，最感興趣的為脊椎細胞，且脊椎細胞的培養(組織培養)已經成為習知操作。可用的哺乳動物宿主細胞實例有，SV40轉化的猴腎細胞CV1系(COS-7，ATCC CRL 1651)；人胚胎腎細胞株(293或懸浮培養的293細胞次純系，Graham等人,J. Gen Virol. 36:59 (1977))；幼地鼠腎細胞(BHK，ATCC CCL 10)；中國倉鼠卵巢細胞/-DHFR(CHO, Urlaub等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))；小鼠睾丸支持細胞(TM4，Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980))；猴腎細胞(CV1 ATCC CCL 70)；非洲綠猴腎細胞(VERO-76，ATCC CRL-1587)；人子宮頸癌細胞(HELA，ATCC CCL 2)；犬腎細胞(MDCK，ATCC CCL 34)；布法羅大鼠肝細胞(BRL 3A，ATCC CRL 1442)；人肺細胞(W138，ATCC CCL 75)；人肝細胞(Hep G2，HB 8065)；小鼠乳腺瘤(MMT 060562，ATCC CCL51)；TRI細胞(Mather等人,Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982))；MRC 5細胞；FS4細胞；及人肝癌細胞株(Hep G2)。在某些實施例中，上述宿主細胞為哺乳動物培養的細胞株，例如CHO、BHK、NS0、293及其衍生物。
用上述的可產生抗SARS-CoV-2抗體的表現或選殖載體轉化宿主細胞，且將其在習知營養培養基中培養，上述營養培養基經修飾後適宜於誘導啟動子、選擇轉化細胞或擴增編碼目的序列的基因。在另一實施例中，上述抗體可藉由此項技術中熟知的同源重組的方法製得。在某些實施例中，上述宿主細胞能夠產生本發明中之抗體或其抗原結合片段。
本發明亦提供了一種表現本發明的抗體或其抗原結合片段的方法，包括在表現本發明所述的載體的條件下培養本發明提供的宿主細胞。本發明中用於產生上述抗體或其抗原結合片段的宿主細胞可在多種培養基中培養。市售的培養基如Ham's F10(Sigma)、最低基本培液(MEM，(Sigma))、RPMI-1640(Sigma)及Dulbecco's Modified Eagle's Medium(DMEM)，Sigma)可用於培養上述宿主細胞。另外，任何在Ham等人,Meth. Enz. 58:44 (1979), Barnes等人,Anal. Biochem. 102:255 (1980)，美國專利號4767704；4657866；4927762；4560655；或5122469；WO 90/03430；WO 87/00195；或美國專利號Re. 30985中描述的培養基均可用作上述宿主細胞的培養基。此等培養基均可添加必要的激素及/或其他生長因子(如胰島素、轉鐵蛋白或表皮生長因子)、鹽類(如氯化鈉、氯化鈣、氯化鎂及磷酸鹽)、緩衝液(如HEPES)、核苷酸(如腺苷酸及胸腺嘧啶)、抗生素(如慶大黴素)、微量元素(定義為終濃度通常在微莫耳範圍無機化合物)，及葡萄糖或與之等同的能量源。上述培養基亦可含有此項技術中熟知的適當濃度的任何其他必要的添加劑。上述培養基之條件，如溫度、pH值等類似條件，為選擇用於表現的宿主細胞此前所使用的條件，為一般熟習此項技術者所熟知。
使用重組技術時，可在壁膜間隙細胞內產生抗體，或直接分泌進入基質。若在細胞內產生抗體，則第一步為移除顆粒碎片(宿主細胞或裂解的片段)，例如藉由離心或超濾。Carter等人,Bio/Technology 10:163-167 (1992)描述了將分泌至大腸桿菌的壁膜間隙的抗體分離的方法。簡要地說，在乙酸鈉(pH 3.5)、EDTA及苯甲基磺醯氟(PMSF)的存在下將細胞漿解凍30分鐘以上。可藉由離心移除細胞碎片。抗體分泌進入基質時，通常首先使用市售的蛋白濃縮過濾器，例如Amicon或Millipore Pellicon超濾裝置，將來自該表現系統的上清濃縮。任何前述步驟可包括蛋白酶抑制劑，如PMSF，以抑制蛋白水解，且可包括抗生素，以防止偶然污染物的生長。
自上述細胞中製得的抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段可採用純化方法進行純化，例如羥磷灰石層析、凝膠電泳、透析、DEAE-纖維素離子交換層析管柱、硫酸銨沈澱、鹽析以及親和層析，其中親合層析為較佳的純化技術。
在某些實施例中，固定於固相之蛋白A用於上述抗體及其抗原結合片段的免疫親和純化。上述抗體之種類以及上述抗體中存在任何免疫球蛋白之Fc域決定了蛋白A作為親和配體是否適合。蛋白A可用於純化基於人γ1、γ2或γ4重鏈的抗體(Lindmark等人, J. Immunol. Meth. 62:1-13 (1983))。蛋白G適用於所有鼠源同種型及人γ3(Guss等人,EMBO J. 5:1567 1575 (1986))。瓊脂糖為最常用的親和配體附著基質，但亦可選用其他基質。機械力穩定的基質如可控孔度玻璃或聚(苯乙烯)苯與用瓊脂糖相比可實現更快的流速及更短的處理時間。如該抗體含有CH3域，則可用Bakerbond ABXTM 樹脂進行純化(J. T. Baker, Phillipsburg, N.J.)。亦可根據需要獲得的抗體確定其他蛋白純化的技術，如離子交換管柱中的分餾、乙醇沈澱、反相HPLC、矽膠層析、基於肝素SEPHAROSE（TM）的凝膠層析基於陰離子或陽離子交換樹脂的瓊脂糖凝膠層析(如聚天冬胺酸管柱)、層析聚焦、SDS-PAGE、以及硫酸銨沈澱。
在任何初步純化步驟之後，可用低pH疏水相互作用層析的方法處理包含目標抗體及雜質的混合物，用pH約2.5-4.5的洗滌緩衝液，較佳在低鹽濃度下進行(例如，約0至0.25M鹽濃度)。
醫藥組合物
本發明進一步提供包含本發明所述之抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之醫藥組合物，及一或多個醫藥學上可接受之載劑。
本發明進一步提供一種醫藥組合物，其包括本文所揭露之經修飾抗體或其抗原結合片段中之至少一或多者、至少一種編碼經修飾抗體或其抗原結合片段之核酸或其組合，以及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
在一些實施例中，醫藥組合物包括兩種或更多種本發明之抗體或抗原結合片段之組合。在一些實施例中，醫藥組合物包括兩種或更多種單株抗體之組合，上述單株抗體中之每一者包括源自選自由以下組成之群之抗體的重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12及P22A-1D1。在一些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括源自P2C-1F11之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列；及第二抗體，其包括源自抗體P2B-2F6之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列。
在一些實施例中，兩種或更多種抗體或其抗原結合片段結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD中的不同抗原決定基。在某些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括P2C-1F11或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1A3、P2C-1C10、P2B-2F6、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在某些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括P2C-1A3或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在某些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括P2B-2F6或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在某些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括P2A-1B3或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1A3、P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-2F6及P2A-1A10，或其抗原結合片段。在一些實施例中，醫藥組合物包括：第一抗體，其包括P2C-1C10或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1A3、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。
本發明進一步提供醫藥組合物，其包括編碼抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之多核苷酸及一或多種醫藥學上可接受之載劑。本發明進一步提供醫藥組合物，其包括編碼兩種或更多種抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段之組合的多核苷酸及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
本發明進一步提供醫藥組合物，其包括：表現載體，包括編碼抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段中之一或多者的多核苷酸；及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
在某些實施例中，表現載體包括病毒載體或非病毒載體。病毒載體之實例包含(但不限於)腺相關病毒(AAV)載體、慢病毒載體、逆轉錄病毒載體及腺病毒載體。非病毒載體之實例包含(但不限於)裸DNA、質體、胞外體、mRNA等。在某些實施例中，表現載體適用於人類之基因療法。用於基因療法之適合載體包含例如腺相關病毒(AAV)或腺病毒載體。在某些實施例中，表現載體包括DNA載體或RNA載體。在某些實施例中，醫藥學上可接受之載劑為聚合賦形劑，諸如但不限於微球體、微膠囊、聚合微胞及樹狀體。本發明之多核苷酸或多核苷酸載體可藉由所屬技術領域中已知之方法囊封、黏附於基於聚合物之組分或塗佈於基於聚合物之組分上(參見例如W. Heiser, Nonviral gene transfer techniques, 由Humana Press出版, 2004；美國專利6025337；Advanced Drug Delivery Reviews, 57(15): 2177-2202 (2005))。
在一些實施例中，醫藥組合物進一步包括第二生物活性劑，諸如第二治療劑或第二預防劑。
用於本發明中揭示之醫藥組合物的醫藥學上可接受之載劑可包括，例如，醫藥學上可接受之液體、凝膠或固體載劑、水相溶媒、非水相溶媒、抗微生物物質、等滲物質、緩衝液、抗氧化劑、麻醉劑、懸浮劑/分散劑、螯合劑、稀釋劑、佐劑、輔料或無毒輔助物質，其他此項技術中熟知的組分或以上的多種組合。
適用的組分可包括，例如，抗氧劑、填充劑、黏合劑、崩解劑、緩衝液、防腐劑、潤滑劑、攪味劑、增稠劑、著色劑、乳化劑或穩定劑例如糖及環糊精。適用的抗氧劑可包括，例如，甲硫胺酸、抗壞血酸、EDTA、硫代硫酸鈉、鉑、過氧化氫酶、檸檬酸、半胱胺酸、巰基甘油、巰基乙酸、巰基山梨醇、丁基甲基茴香醚、丁基化羥基甲苯及/或沒食子酸丙酯。如本發明所揭示，在包含本發明揭示之抗體或其抗原結合片段的組合物中包括一或多種抗氧劑如甲硫胺酸，可降低上述抗體或其抗原結合片段的氧化。對氧化作用的減少可防止或減少結合親和力的降低，從而提高抗體穩定性且延長保質期。因此，在某些實施例中，本發明提供的醫藥組合物中包含一或多種本發明所述之抗體或其抗原結合片段以及一或多種抗氧化劑例如甲硫胺酸。本發明進一步提供多種防止上述抗體或其抗原結合片段氧化、延長其保質期及/或提高其活性的方法，例如，藉由將本發明中提供的抗體或其抗原結合片段與一或多種抗氧劑(例如，甲硫胺酸)混合來實現。
進一步的說，醫藥學上可接受之載劑可包括，例如，水相介質如氯化鈉注射液、林格氏液注射液、等滲葡萄糖注射液、無菌水注射液、或葡萄糖及乳酸林格注射液、非水介質例如：植物來源的不揮發性油、棉花子油、玉米油、芝麻油、或花生油、細菌抑制或真菌抑制濃度下的抗菌物質、等滲劑如：氯化鈉或葡萄糖、緩衝液如：磷酸鹽或檸檬酸酸鹽緩衝液，抗氧化劑如：硫酸氫鈉，局部麻醉劑如：鹽酸普魯卡因，助懸劑及分散劑如：羧甲基纖維素鈉、羥丙基甲基纖維素或聚乙烯吡咯啶酮，乳化劑如：聚山梨醇酯80(Tween-80)、螯合試劑如EDTA(乙二胺四乙酸)或EGTA(乙二醇雙(2-胺基乙基醚)四乙酸)、乙醇、聚乙二醇、丙二醇、氫氧化鈉、鹽酸、檸檬酸或乳酸。作為載劑的抗菌劑可加入多劑量容器中的醫藥組合物中，其包括酚類或甲酚、汞製劑、苯甲醇、氯代丁醇、甲基及丙基對羥基苯甲酸酯、噻汞撒、氯苯甲烷銨及氯苯乙銨。適用的輔料可包括，例如，水、鹽、葡萄糖、甘油或乙醇。適用的無毒輔助物質可包括，例如，濕潤劑、乳化劑、pH緩衝劑、穩定劑、增溶劑，或醋酸鈉、去水山梨糖醇月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯或環糊精之類的物質。
上述醫藥組合物可為液體溶液、懸浮液、乳劑、丸劑、膠囊、片劑、持續釋放製劑或粉末。口服製劑可包括標準載劑如醫藥級的甘露醇、乳糖、澱粉、硬脂酸鎂、聚乙烯吡咯啶酮、糖精鈉、纖維素、碳酸鎂等。
醫藥組合物之形式視多個標準，包含(但不限於)投藥途徑、疾病程度或投與之劑量而定。醫藥組合物可經調配用於靜脈內、經口、經鼻、經直腸、經皮或肌肉內投與。舉例而言，用於靜脈內投與之劑型可調配為凍乾粉末或流體調配物；用於經鼻投與之劑型可適宜地調配為氣溶膠、溶液、滴劑、凝膠或乾燥粉末。根據所需投藥途徑，醫藥組合物可以錠劑、膠囊、丸劑、糖衣藥丸、散劑、顆粒、藥囊、扁囊劑、口含錠、懸浮液、乳液、溶液、糖漿、氣溶膠(呈固體形式或在液體介質中)、噴霧劑、吸入劑或栓劑形式調配。
在某些實施例中，上述醫藥組合物被製備成可注射組合物。可注射醫藥組合物可以任何習知形式製備，例如，液體溶劑、懸浮劑、乳化劑或適用於產生液體溶劑、懸浮劑或乳化劑的固體形式。注射製劑可包括現用的無菌及/或無熱原溶液、使用前現與溶劑結合的無菌乾燥的可溶物，如凍乾粉，包括皮下片、注射即用的無菌懸浮劑、使用前現與介質結合的無菌乾燥不溶產品，及無菌及/或無熱原的乳劑。溶劑可為水相或非水相。
在某些實施例中，單位劑量的注射製劑包裝在一個安瓿、一支管或一支帶有針的針筒中。此項技術中習知，所有注射給藥的製劑應為無菌無熱原。
在某些實施例中，藉由將本發明中揭示之抗體或其抗原結合片段溶解於某適當的溶劑中可製備無菌凍乾的粉末。上述溶劑可含有一種可提高粉末或由粉末製得的重組溶液的穩定性，或改善粉末或重組溶液的其他藥理組分。適用的輔料包括，但不限於，水、葡萄糖、三梨糖醇、果糖、玉米糖漿、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其他適用的物質。溶劑可含有緩衝液，如檸檬酸緩衝液、磷酸鈉或磷酸鉀緩衝液或其他熟習此項技術者熟知的緩衝液，在一種實施例中，緩衝液的pH為中性。在此項技術中熟知的標準條件下進行對上述溶解進行隨後的過濾除菌，然後凍乾製得理想的製劑。在一個實施例中，將所得的溶劑分裝至小管中凍乾。每支小管可容納單次劑量或多次劑量的上述抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段或其組合物。每支小管中的裝入量可略微高於每次劑量所需或多次劑量所需(例如10%過量)，從而保證取樣精確及給藥精確。凍乾粉可在適當的條件下儲存，如在約4℃至室溫範圍。
用注射用水將凍乾粉重溶得到用於注射給藥的製劑。在一個實施例中，可將凍乾粉加至無菌無熱原水或其他適用的液體載劑中重溶。精確的量由選擇的療法決定，可根據經驗值決定。
本文所揭露之醫藥組合物可以10 mg/mL至150 mg/mL之範圍內的濃度包括經修飾抗體或其抗原結合片段。可基於總蛋白質濃度、抗體特定蛋白質濃度或其組合來測定經修飾抗體或其抗原結合片段之濃度。所屬技術領域中具有通常知識者已知之用於量測蛋白質濃度的典型量測方法可為適合的。
在一些實施例中，醫藥組合物可經組態以經由靜脈內注射(IV)、肌肉內注射(IM)、皮下(SC)注射或其組合向個體投與。
在一些實施例中，醫藥組合物可經組態用於預防不具有SARS-CoV-2之症狀或沒有SARS-CoV-2之已知感染的個人，或治療患者之疾病，上述治療患者為任何年齡之症狀性非住院個人或患有由SARS-CoV-2感染所引起之COVID-19的成年人，60歲及更年長，具有以下條件中之至少一者的任何年齡，上述條件選自：抽菸；具有其中CD4計數＜200個細胞/立方毫米之HIV感染的外源性或內源性免疫抑止；在與醫藥組合物投與之前的30天內每日接受等效於普賴松(prednisone)之皮質類固醇≥20 mg持續至少14個連續日；在與醫藥組合物投與之前的90天內接受一或多種生物製劑治療劑、一或多種免疫調節劑、癌症化學療法；患有慢性肺疾病，慢性哮喘；身體質量指數[BMI] ＞35之肥胖症；具有選自以下之COVID-19症狀：發熱、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、肌肉痛、噁心、嘔吐、腹瀉、味覺及嗅覺之喪失或其組合；具有呼吸短促、呼吸困難或異常胸部成像，具有臨床評估或成像期間的下部呼吸道疾病之證據；具有在海平面之室內空氣中≥94%的血氧飽和度(SpO2)；具有SARS-CoV-2之感染之嚴重症狀，具有在海平面之室內空氣中＜94%之SpO2，具有＜300 mmHg的氧氣動脈分壓與吸入氧氣分數之比率(PaO2/FiO2)、每分鐘＞30個呼吸之呼吸道頻率、＞50%之肺浸潤；具有抗體依賴性增強(ADE)之活性症狀；具有抗體依賴性增強(ADE)之病史；對抗體治療過敏；為需要支援管理SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症以及來自長期住院之併發症的醫院住院病人，上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症選自肺炎、低氧血症型呼吸衰竭/ARDS、敗血症及敗血性休克、心肌病及心律不整、急性腎損傷，上述來自長期住院之併發症包括二次細菌及真菌感染、血栓栓塞、胃腸道出血、危重病多發性神經病變/肌病；或其組合。
在一些實施例中，醫藥組合物可進一步包括一或多種生物活性劑，其可包括選自以下之治療劑或預防劑：抗病毒劑、抗病毒肽、抗病毒抗體、抗病毒化合物、抗病毒細胞介素、抗病毒寡核苷酸、RNA依賴性RNA聚合酶抑制劑、非核苷逆轉錄酶抑制劑(NNRTI)、核苷逆轉錄酶抑制劑(NRTI)、嘌呤核苷、抗病毒干擾素、金剛烷抗病毒化合物、瑞德西韋、氯奎、羥氯奎、咯匹那韋、利托那韋、APN01、法維拉韋、美沙拉嗪、托瑞米芬、依普利酮、帕羅西汀、西羅莫司、放線菌素d、依貝沙坦、大黃素、巰基嘌呤、褪黑激素、奎納克林、卡維地洛、秋水仙鹼、樟腦、馬烯雌酮、羥甲烯龍、萘莫司他、卡莫司他、巴瑞替尼、達盧那韋、利巴韋林、加利司韋、BCX-4430、阿比朵爾、硝唑尼特、其一或多種衍生物，或其任何組合。在一些情況下，醫藥組合物可進一步包括英利昔單抗(infliximab)、阿巴珠單抗(abalizumab)、烏司奴單抗(ustekinumab)、諸如甲胺喋呤、6MP、硫唑嘌呤(azathioprine)之免疫調節劑，或其組合。
治療或預防之方法
本發明亦提供治療個體的SARs-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀之方法，其包括向個體投與治療有效量的本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者，或一或多種編碼本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者的多核苷酸，或本文所提供之醫藥組合物。
在某些實施例中，治療有效量可為在所治療個體或群體中有效降低SARs-COV-2效價，或緩解SARS-CoV-2感染之一或多種疾病症狀、病毒血症或任何其他可量測表現的量，不論藉由誘導與任何臨床上可量測程度之SARs-COV-2感染相關的症狀之消退或抑制其進展。可在肺中，例如藉由痰樣品中SARs-COV-2之濃度或來自哺乳動物之肺的灌洗物來量測SARs-COV-2效價之降低。疾病症狀之緩解可藉由醫師或其他熟練醫療保健提供者通常用以評定該症狀之嚴重程度或進展狀態的任何臨床量測來評定。與SARs-COV-2感染相關之例示性症狀包含(但不限於)發熱、乾咳、呼吸短促、胸部疼痛或壓力、新的意識模糊或不能喚醒、藍色唇部或面部、嗅覺喪失及/或味覺喪失。
需要治療之個體包含例如已經感染有SARS-CoV-2 (症狀性或無征狀)或罹患有由SARS-CoV-2感染引起之病狀的彼等個體。自SARS-CoV-2之感染部分或全部恢復之個體可能亦需要治療。在某些實施例中，個體為人類。
本發明亦提供預防個體的SARs-CoV-2感染或與SARs-COV-2感染相關之疾病、病症或病狀之方法，其包括向個體投與預防有效量的本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者，或一或多種編碼本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者的多核苷酸，或本文所提供之醫藥組合物。預防涵蓋抑制或減少SARS-CoV-2之擴散或抑制或降低與SARS-CoV-2之感染相關的症狀中之一或多者之發作、發展或進展。
在某些實施例中，預防有效量可為有效中和呼吸道、肺及/或其他受影響區域(諸如眼睛、鼻子及口腔)中之SARs-COV-2以便阻斷感染，或有效改善與SARs-COV-2感染相關之至少一種症狀的量。症狀是否已改善可藉由醫師或其他熟練醫療保健提供者通常用以評定該症狀之嚴重強度或進展狀態的任何臨床量測來評定或在某些情況下將改善住院需求。
需要預防之個體包含例如預防SARS-CoV-2感染之彼等個體，或具有SARS-CoV-2感染風險之彼等個體。在某些實施例中，個體為人類。
如本文中所使用之術語「與SARS-COV-2感染相關之疾病、病症或病狀」包含由SARs-COV-2感染所引起或與其有關之彼等疾病、病症或病狀，諸如上部或下部呼吸道感染、咽炎、肺炎、氣管支氣管炎、細支氣管炎、支氣管炎、急性呼吸窘迫症候群、腹瀉及任何相關感染或發炎性病症。
在某些實施例中，如本文中所使用之SARS-CoV-2可包含包括突變體RBD之SARS-CoV-2。最近已出現SARS-CoV-2之新變體且在刺突蛋白中已獲得突變。已認定出RBD之某些突變使得病毒變體能夠獲得對靶向RBD之某些中和抗體的抗性。然而，本發明人意外地發現，本文所提供之某些抗體不受RBD之突變影響，且保持針對突變病毒變體之大部分中和活性或至少部分中和活性。
在某些實施例中，如本文中所使用之SARS-CoV-2包括位置K417、E484或N501或其任何組合處之至少一種突變，且其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。在某些實施例中，如本文中所使用之SARS-CoV-2包括位置N501處之至少一種突變。在某些實施例中，位置N501處之突變為N501Y。
在某些實施例中，如本文中所使用之SARS-CoV-2包括或進一步包括位置K417處之至少一種突變。在某些實施例中，位置K417處之突變係選自K417N或K417T。
在某些實施例中，如本文中所使用之SARS-CoV-2包括或進一步包括位置E484處之至少一種突變。在某些實施例中，位置E484處之突變為E484K。
在某些實施例中，本文所提供之抗體能夠以與中和具有野生型RBD之SARS-CoV-2相當的IC50中和具有如本文所揭露之突變體RBD的SARS-CoV-2。在某些實施例中，抗體中和包括突變RBD之SARS-CoV-2，其IC50不超過抗體中和包括RBD之SARS-CoV-2的IC50之10倍(或不超過8倍、6倍、5倍、4倍、3倍、2倍)，上述RBD具有SEQ ID NO: 134之胺基酸序列，上述IC50如藉由假病毒中和檢定所量測。
在某些實施例中，此類抗體包含(但不限於) P2C-1F11及P2B-1G5，或包括P2C-1F11或P2B-1G5之6個CDR之集合的任何抗體或抗原結合片段。
在某些實施例中，在本文所提供的用於治療或預防個體之SARs-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的方法中，抗體包括P2C-1F11、P2B-1G5或如本文中所提供之P2C-1F11之變體或如本文中所提供之P2B-1G5之變體的6個CDR序列之集合。
在某些實施例中，如本文中所提供之P2C-1F11之變體至少保留抗體P2C-1F11的HCDR2之Y52及LCDR1之Y33。已發現，抗體P2C-1F11的HCDR2之Y52及LCDR1之Y33保持與RBD中K417處之突變殘基的結合，且因此咸信適用於中和在位置K417、E484、N501或其任何組合處具有一或多個突變之SARS-CoV-2。
本文所提供之治療或預防方法亦適用於藉由在個體中轉移編碼抗體產物或其片段之多核苷酸序列進行基因療法，使得多核苷酸可在個體中表現以在活體內產生抗體。可藉由例如適用於投與裸多核苷酸之轉染技術，諸如電穿孔及流體動力注射向個體投與本文所提供之多核苷酸。對於呈病毒載體(諸如AAV)形式之多核苷酸，其可經由局部注射(例如，肌肉內、鼻內、皮內、皮下等)或全身性投與(例如靜脈內投與)投與。
在某些實施例中，方法可包括向個體投與治療有效量或預防有效量的本文所提供之抗體(或其抗原結合片段)中之兩者或更多者之組合。在某些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括源自P2C-1F11之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列；及第二抗體，其包括源自抗體P2B-2F6之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列。在某些實施例中，兩種或更多種抗體或其抗原結合片段結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD中的不同抗原決定基。在某些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1F11；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1A3、P2C-1C10、P2B-2F6、P2B-1G5及P2A-1B3。在某些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1A3；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在某些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2B-2F6；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段。在某些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2A-1B3；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1A3、P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-2F6及P2A-1A10，或其抗原結合片段。在一些實施例中，兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1C10或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P5A-3C8、P5A-1D2、P22A-1D1、P2C-1A3、P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。
本發明中揭示之抗體或其抗原結合片段可藉由此項技術中熟知的給藥方式給藥，例如腸胃外給藥(如，皮下注射、腹腔注射、靜脈注射，包括靜脈滴注，肌肉注射或皮內注射)或非腸胃外給藥途徑(如，口服給藥、鼻腔給藥、舌下給藥、直腸給藥或外用給藥)。
在一些實施例中，本發明係關於一種用於治療或預防有需要之個體之疾病的方法，上述方法可包括向上述個體投與有效劑量的本文所揭露之醫藥組合物中之任一者；
其中上述醫藥組合物可經組態以向上述個體投與以在投與上述醫藥組合物之後，使經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在10 µg/mL至3500 µg/mL之治療有效範圍內，持續1天至12個月之範圍內之時間段；及
其中上述個體可感染有SARS-CoV-2，展現感染有SARS-CoV-2之一或多種症狀或具有感染有SARS-CoV-2之風險。
本文所揭露之方法可用於預防具有受感染之風險的個體之SARS-CoV-2感染，上述個體諸如可與患有或曾患有伴有或不伴有症狀之SARS-CoV-2感染之另一個人接觸的健康個人、向患有或曾患有伴有或不伴有症狀之SARS-CoV-2感染之另一個人提供病例或處理與其相關之材料的個人，諸如醫療保健人員、緊急情況回應者、醫學診斷服務人員、高級家庭服務提供者或其組合。
在一些實施例中，在個體感染有SARS-CoV-2之前，在個體展現感染SARS-CoV-2之任何症狀或其組合之前，可向不具有SARS-CoV-2之症狀或沒有SARS-CoV-2之已知感染的個體投與醫藥組合物。
在一些實施例中，醫藥組合物可經組態以向個體投與以在投與之後，使經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在10 µg/mL至1500 µg/mL之治療有效範圍內，持續3至12個月之範圍內之時間段，且其中投與為單次投與。在一些實施例中，醫藥組合物可經組態以向個體投與以使經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在以下治療有效範圍內：10 µg/mL至1500 µg/mL、20 µg/mL至1500 µg/mL、30 µg/mL至1500 µg/mL、40 µg/mL至1500 µg/mL、50 µg/mL至1500 µg/mL、60 µg/mL至1500 µg/mL、70 µg/mL至1500 µg/mL、80 µg/mL至1500 µg/mL、90 µg/mL至1500 µg/mL、100 µg/mL至1500 µg/mL、150 µg/mL至1500 µg/mL、200 µg/mL至1500 µg/mL、300 µg/mL至1500 µg/mL、400 µg/mL至1500 µg/mL、500 µg/mL至1500 µg/mL、600 µg/mL至1500 µg/mL、700 µg/mL至1500 µg/mL、800 µg/mL至1500 µg/mL、900 µg/mL至1500 µg/mL、1000 µg/mL至1500 µg/mL、1100 µg/mL至1500 µg/mL、1200 µg/mL至1500 µg/mL、1300 µg/mL至1500 µg/mL或1400 µg/mL至1500 µg/mL，其中此等範圍之揭露內容意欲為包含最小值與最大值之間的每個值之連續範圍。在一些實施例中，在投與醫藥組合物之後，時間段可在3至12個月、4至12個月、5至12個月、6至12個月、7至12個月、8至12個月、9至12個月、10至12個月或11至12個月之範圍內，且其中投與可為單次投與。經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度在一天內達到上文所提及之範圍且可在上文所提及之範圍內維持上文所揭露之指示時間段。
在一些實施例中，個體可為不具有SARS-CoV-2之症狀或沒有SARS-CoV-2之已知感染的個人，或治療患者，其為患有由SARS-CoV-2感染所引起之COVID-19的症狀性非住院成年人，60歲及更年長，具有以下條件中之至少一者的任何年齡，上述條件選自：抽菸；具有其中CD4計數＜200個細胞/立方毫米之HIV感染的外源性或內源性免疫抑止；在與醫藥組合物投與之前的30天內每日接受等效於普賴松之皮質類固醇≥20 mg持續至少14個連續日；在與醫藥組合物投與之前的90天內接受一或多種生物製劑治療劑、一或多種免疫調節劑、癌症化學療法；患有慢性肺疾病，慢性哮喘；身體質量指數[BMI] ＞35之肥胖症；具有選自以下之COVID-19症狀：發熱、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、肌肉痛、噁心、嘔吐、腹瀉、味覺及嗅覺之喪失或其組合；具有呼吸短促、呼吸困難或異常胸部成像，具有臨床評估或成像期間的下部呼吸道疾病之證據；具有在海平面之室內空氣中≥94%的血氧飽和度(SpO2)；具有SARS-CoV-2之感染之嚴重症狀，具有在海平面之室內空氣中＜94%之SpO2，具有＜300 mmHg的氧氣動脈分壓與吸入氧氣分數之比率(PaO2/FiO2)、每分鐘＞30個呼吸之呼吸道頻率、＞50%之肺浸潤；具有抗體依賴性增強(ADE)之活性症狀；具有抗體依賴性增強(ADE)之病史；對抗體治療過敏；為需要支援管理SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症以及來自長期住院之併發症的醫院住院病人，上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症選自肺炎、低氧血症型呼吸衰竭/ARDS、敗血症及敗血性休克、心肌病及心律不整、急性腎損傷，上述來自長期住院之併發症包括二次細菌及真菌感染、血栓栓塞、胃腸道出血、危重病多發性神經病變/肌病；或其組合。
在一些實施例中，個體可為60歲及更年長、65歲及更年長、70歲及更年長、75歲及更年長、80歲及更年長、85歲及更年長或90歲及更年長的個人。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，醫藥組合物可經組態以向個體投與以在投與之後，使經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在30 µg/mL至3500 µg/mL之治療有效範圍內，持續1至4週之範圍內的時間段，且其中投與為單次投與。在一些實施例中，醫藥組合物可經組態以向個體投與以使經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在以下治療有效範圍內：10 µg/mL至3500 µg/mL、20 µg/mL至3500 µg/mL、30 µg/mL至3500 µg/mL、40 µg/mL至3500 µg/mL、50 µg/mL至3500 µg/mL、60 µg/mL至3500 µg/mL、70 µg/mL至3500 µg/mL、80 µg/mL至3500 µg/mL、90 µg/mL至3500 µg/mL、100 µg/mL至3500 µg/mL、150 µg/mL至3500 µg/mL、200 µg/mL至3500 µg/mL、300 µg/mL至3500 µg/mL、400 µg/mL至3500 µg/mL、500 µg/mL至3500 µg/mL、600 µg/mL至3500 µg/mL、700 µg/mL至3500 µg/mL、800 µg/mL至3500 µg/mL、900 µg/mL至3500 µg/mL、1000 µg/mL至3500 µg/mL、1100 µg/mL至3500 µg/mL、1200 µg/mL至3500 µg/mL、1300 µg/mL至3500 µg/mL、1400 µg/mL至3500 µg/mL、1500 µg/mL至3500 µg/mL、1600 µg/mL至3500 µg/mL、1700 µg/mL至3500 µg/mL、1800 µg/mL至3500 µg/mL、1900 µg/mL至3500 µg/mL、2000 µg/mL至3500 µg/mL、2100 µg/mL至3500 µg/mL、2200 µg/mL至3500 µg/mL、2300 µg/mL至3500 µg/mL、2400 µg/mL至3500 µg/mL、2500 µg/mL至3500 µg/mL、2600 µg/mL至3500 µg/mL、2700 µg/mL至3500 µg/mL、2800 µg/mL至3500 µg/mL、2900 µg/mL至3500 µg/mL、3000 µg/mL至3500 µg/mL、3100 µg/mL至3500 µg/mL、3200 µg/mL至3500 µg/mL、3300 µg/mL至3500 µg/mL或3400 µg/mL至3500 µg/mL，其中此等範圍之揭露內容意欲為包含最小值與最大值之間的每個值之連續範圍。在一些實施例中，時間段可在投與醫藥組合物之後的1至4週、2至4週或3至4週之範圍內，且其中投與可為單次投與。經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度在一天內達到上文所提及之範圍且可在上文所提及之範圍內維持上文所揭露之指示時間段。
在一些實施例中，可投與醫藥組合物以緊接在投與之後(諸如1天至數天或1至4週)，維持經修飾抗體或其抗原結合片段之高血漿濃度(諸如30 µg/mL至3500 µg/mL)，以治療患有SARS-CoV-2感染之疾病或症狀的患者。在一些實施例中，可投與醫藥組合物以維持經修飾抗體或其抗原結合片段之所需血漿濃度(諸如10 µg/mL至1500 µg/mL)且在所需範圍內維持3至12個月，以防止個人感染有SARS-CoV-2。如本文中所使用，對於患者之血液中經修飾抗體或其抗原結合片段之濃度，「血漿濃度」或「血清濃度」可互換使用。
在一些實施例中，經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度可為活體外IC90 之約100-300倍，持續至少3至6週以治療具有SARS-CoV-2感染或SARS-CoV-2感染之症狀的患者。在一些實施例中，經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度可為活體外IC90 之約10-50倍，持續至少6個月以預防SARS-CoV-2感染或SARS-CoV-2感染之症狀。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，經修飾抗體或其抗原結合片段可經組態以在個體中具有50至120天之範圍內的半衰期(T1 / 2 )。在一些實施例中，個體中之半衰期(T1 / 2 )可在50至120天、60至120天、70至120天、80至120天、90至120天、100至120天或110至120天之範圍內。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，醫藥組合物可經組態以在150 mg/m2 至5000 mg/m2 範圍內向個體投與。在一些情況下，可在以下劑量範圍內向個體投與醫藥組合物：150至5000 mg/m2 、200至5000 mg/m2 、300至5000 mg/m2 、400至5000 mg/m2 、500至5000 mg/m2 、600至5000 mg/m2 、700至5000 mg/m2 、800至5000 mg/m2 、900至5000 mg/m2 、1000至5000 mg/m2 、1200至5000 mg/m2 、1400至5000 mg/m2 、1600至5000 mg/m2 、1800至5000 mg/m2 、2000至5000 mg/m2 、2200至5000 mg/m2 、2400至5000 mg/m2 、2600至5000 mg/m2 、2800至5000 mg/m2 、3000至5000 mg/m2 、3200至5000 mg/m2 、3400至5000 mg/m2 、3600至5000 mg/m2 、3800至5000 mg/m2 、4000至5000 mg/m2 、4200至5000 mg/m2 、4400至5000 mg/m2 、4600至5000 mg/m2 或4800至5000 mg/m2 ，其中此等範圍之揭露內容意欲為包含最小值與最大值之間的每個值之連續範圍。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，醫藥組合物可經組態以在300 mg至8000 mg範圍內向個體投與。在一些情況下，可在以下範圍內向個體投與醫藥組合物：300至8000 mg、400至8000 mg、500至8000 mg、600至8000 mg、700至8000 mg、800至8000 mg、900至8000 mg、1000至8000 mg、1200至8000 mg、1400至8000 mg、1600至8000 mg、1800至8000 mg、2000至8000 mg、2500至8000 mg、3000至8000 mg、3500至8000 mg、4000至8000 mg、4500至8000 mg、5000至8000 mg、5500至8000 mg、6000至8000 mg、6500至8000 mg、7000至8000 mg或7500至8000 mg。在一些情況下，可在個體體重之以下範圍內向個體投與醫藥組合物：5至150 mg/kg、10至150 mg/kg、15至150 mg/kg、20至150 mg/kg、25至150 mg/kg、30至150 mg/kg、35至150 mg/kg、40至150 mg/kg、45至150 mg/kg、50至150 mg/kg、55至150 mg/kg、60至150 mg/kg、65至150 mg/kg、70至150 mg/kg、75至150 mg/kg、80至150 mg/kg、85至150 mg/kg、90至150 mg/kg、95至150 mg/kg、100至150 mg/kg、110至150 mg/kg、120至150 mg/kg、130至150 mg/kg或140至150 mg/kg。
在一些實施例中，醫藥組合物可經組態以具有濃度在10 mg/mL至150 mg/mL範圍內的經修飾抗體。在一些情況下，醫藥組合物可經組態以具有經修飾抗體，其濃度為10 mg/mL至150 mg/mL、20 mg/mL至150 mg/mL、30 mg/mL至150 mg/mL、40 mg/mL至150 mg/mL、50 mg/mL至150 mg/mL、60 mg/mL至150 mg/mL、70 mg/mL至150 mg/mL、80 mg/mL至150 mg/mL、90 mg/mL至150 mg/mL、100 mg/mL至150 mg/mL、110 mg/mL至150 mg/mL、120 mg/mL至150 mg/mL、130 mg/mL至150 mg/mL或140 mg/mL至150 mg/mL。濃度可為抗體在醫藥組合物中總蛋白質濃度。
在本文所揭露之方法之一些情況下，醫藥組合物可經由靜脈內注射(IV)、肌肉內注射(IM)、皮下(SC)注射或其組合向個體投與。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，有效劑量可藉由給藥製程測定，上述給藥製程可包括基於所計算或量測之藥物動力學(PK)測定濃度進展資料，測試經修飾抗體或其抗原結合片段在測試時間段內之血漿濃度、在預測時間段內之經預測血漿濃度或其組合且基於濃度進展資料產生有效劑量。在一些實施例中，有效劑量可藉由預測時間段內之經預測血漿濃度測定，其中經預測血漿濃度可藉由在量測時間段內量測經修飾抗體在選自靈長類動物或人類之個體中之實際血漿濃度以產生量測的濃度資料且內插及外插量測的濃度資料以在所選預測時間段內產生經預測血漿濃度來產生。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，有效劑量可經選擇以在投與之後3至12個月內使血漿濃度維持在10 µg/mL至1500 µg/mL之範圍內。此類有效劑量可適用於預防個體之疾病持續延長的時間段，諸如3至12個月。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，有效劑量可經選擇以在投與之後1天至2個月內使血漿濃度維持在1500 µg/mL至3500 µg/mL之範圍內。此類高有效劑量可適用於治療疾病持續較短時間段，例如1天至60天。
在本文所揭露之方法之一些實施例中，醫藥組合物進一步包括一或多種後續修飾之抗體，上述後續修飾之抗體選自：第一後續修飾之抗體，其包括兩個各自對SARS-CoV-2具有相同或不同親和力之抗原結合域；第二後續修飾之抗體，其包括對SARS-CoV-2具有結合親和力的第一抗原結合域及對與SARS-CoV-2不同之第二病原體具有結合親和力的第二抗原結合域；第三後續修飾之抗體，其包括兩個各自對第二病原體具有相同或不同之結合親和力之抗原結合域；或其組合。如上文所提及，術語「對SARS-CoV-2之不同親和力」係指可結合至SARS-CoV-2之不同抗原決定基或結合位點的親和力、可結合至SARS-CoV-2之同一抗原決定基或結合位點的不同親和力水準，或其組合。對第二病原體之結合親和力可選自：對SARS-CoV、MERS-CoV、一或多種細菌、一或多種真菌、一或多種病毒、一或多種寄生蟲、其部分或其組合之結合親和力。
在本文所揭露之方法之一些實施例中可進一步包括向個體同時或依序投與醫藥學上有效量的一或多種生物活性劑與醫藥組合物，其中生物活性劑包括選自以下之治療劑或預防劑：抗病毒劑、抗病毒肽、抗病毒抗體、抗病毒化合物、抗病毒細胞介素、抗病毒寡核苷酸、RNA依賴性RNA聚合酶抑制劑、非核苷逆轉錄酶抑制劑(NNRTI)、核苷逆轉錄酶抑制劑(NRTI)、嘌呤核苷、抗病毒干擾素、金剛烷抗病毒化合物、瑞德西韋氯奎、羥氯奎、咯匹那韋、利托那韋、APN01、法維拉韋、美沙拉嗪、托瑞米芬、依普利酮、帕羅西汀、西羅莫司、放線菌素d、依貝沙坦、大黃素、巰基嘌呤、褪黑激素、奎納克林、卡維地洛、秋水仙鹼、樟腦、馬烯雌酮、羥甲烯龍、萘莫司他、卡莫司他、巴瑞替尼、達盧那韋、利巴韋林、加利司韋、BCX-4430、阿比朵爾、硝唑尼特、其一或多種衍生物，或其任何組合。
在一些實施例中，本文所提供之抗體或其抗原結合片段可單獨或組合投與治療有效量之第二生物活性劑。第二生物活性劑可為治療劑或預防劑。
在一些實施例中，第二治療劑為抗病毒劑。在一些實施例中，抗病毒劑包括抗病毒肽、抗病毒抗體、抗病毒化合物、抗病毒細胞介素或抗病毒寡核苷酸。在一些實施例中，抗病毒劑為RNA依賴性RNA聚合酶抑制劑、非核苷逆轉錄酶抑制劑(NNRTI)、核苷逆轉錄酶抑制劑(NRTI)、嘌呤核苷、抗病毒細胞介素(諸如干擾素)、金剛烷抗病毒化合物、抗RBD抗體、抗S1抗體、抗S2抗體、冠狀病毒蛋白M、N或E之siRNA靶向mRNA (中國專利申請案CN101173275及CN1648249)、siRNA靶向複製酶及RNA聚合酶區(美國專利申請案US20050004063)、RNA適體(韓國專利申請案KR2009128837及KR 2012139512)、核糖核酸酶(日本專利申請案JP2007043942)、反義寡核苷酸(PCT專利申請案WO2005023083)，或任何其他適合的抗病毒劑。在某些實施例中，抗病毒化合物係選自由以下組成之群：瑞德西韋、氯奎、羥氯奎、咯匹那韋、利托那韋、APN01、法維拉韋美沙拉嗪、托瑞米芬、依普利酮、帕羅西汀、西羅莫司、放線菌素d、依貝沙坦、大黃素、巰基嘌呤、褪黑激素、奎納克林、卡維地洛、秋水仙鹼、樟腦、馬烯雌酮、羥甲烯龍、萘莫司他、卡莫司他、巴瑞替尼、達盧那韋、利巴韋林、加利司韋、BCX-4430、阿比朵爾、硝唑尼特、其衍生物，或其任何組合。針對SARS-CoV-2之可能適用之抗病毒劑的更多實例由C. Liu等人, ACS Cent. Sci. 2020, 6, 3, 315-331綜述，其全文併入本文中。
在某些實施例中，第二生物活性劑(例如預防劑)可為SARS-CoV-2疫苗(例如，Moderna之mRNA-1273、能夠表現SARS-CoV-2免疫原的基於AAV之疫苗)、抗體(例如針對SARS-CoV-2)、淋巴介質、造血生長因子(諸如IL-2、IL-3、IL-7及IL-15)，其可例如用以增加與抗體相互作用之效應細胞之數目或活性。
在某些實施例中，第二生物活性劑可包括激素療法、免疫療法及抗炎劑。
在某些此類實施例中，本發明揭示之抗體或其抗原結合片段與一或多種另外的治療劑聯用時，可與所述的一或多種另外的治療劑同時給藥，在某些此類實施例中，上述的抗體或其抗原結合片段及上述另外的治療劑可作為同一個醫藥組合物的一部分同時給藥。但是，與其他治療劑「聯用」的抗體或其抗原結合片段不需要同時給藥或與該治療劑在同一組合物中給藥。本發明中「聯用」的含義亦包括，在另一個治療劑之前或之後給藥的抗體或其抗原結合片段亦被視為與該治療劑「聯用」，即使上述抗體或其抗原結合片段與第二種物質藉由不同給藥方式給藥。在可能的情況下，與本發明中揭示之抗體或其抗原結合片段聯用的其他治療劑可參照該其他治療劑的產品說明書的方法用藥，或參照外科醫生的案頭參考書2003(Physicians' Desk Reference, 第57版; Medical Economics Company; ISBN: 1563634457; 第57版 (2002年11月))，或參照其他此項技術中熟知的方法。
本文所揭露之經修飾抗體、醫藥組合物及方法的一種優勢為經修飾抗體或其抗原結合片段包括至少一種具有抗原結合親和力之抗原結合域及共價連接之經修飾人類IgG恆定域，其中經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號，相較於具有野生型人類IgG恆定域之抗體對FcRn的親和力，上述經修飾抗體對FcRn之親和力增加。此類抗體在活體內可具有延長之半衰期。不希望受特定理論或機制束縛，申請人認為對FcRn之親和力增加可幫助抗體逃脫胞內降解且增加抗體再循環，從而增加個體血流中殘留之抗體預防或治療疾病之量。
本文所揭露之經修飾抗體、醫藥組合物及方法的另一優勢為經修飾抗體對屬於免疫球蛋白超家族之人類Fcγ受體(FcγR)可具有降低之親和力。對人類FcγR之親和力降低可幫助減少某些免疫反應副作用，諸如抗體依賴性增強(ADE)。
病毒偵測之方法
在另一態樣中，本發明提供一種偵測樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或量的方法。在一些實施例中，SARS-CoV-2病毒抗原包括刺突蛋白，或包括SARS-CoV-2病毒粒子。在一些實施例中，方法包括使樣品與本文所揭露之抗體或抗原結合片段接觸，及測定樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或量。
在某些實施例中，本文所揭露之抗SARS-CoV-2抗體用於診斷罹患病症(例如SARS-CoV-2感染)之個體的方法中，上述方法包括：藉由使樣品與本發明之抗SARS-CoV-2抗體接觸且偵測所結合抗體之存在來測定自個體獲得之樣品中SARS-CoV-2病毒抗原的存在或量。
可使用疑似含有SARS-CoV-2病毒之任何樣品。在一些實施例中，適合樣品可獲自個體之呼吸道，例如上部呼吸道鼻咽拭子(NP)、口咽拭子(OP)、痰、下部呼吸道抽吸物、支氣管肺泡灌洗樣品、鼻咽洗液、鼻咽抽吸物、鼻抽吸物、鼻交換、咽喉交換、支氣管肺泡灌洗液(BALF)、來自呼吸道或來自肺之細胞或組織樣品，及其類似者。在一些實施例中，適合樣品可為體液樣品，諸如全血樣品、血清樣品或血漿樣品。在一些實施例中，適合樣品可為尿液樣品或大便樣品。
樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或含量可基於偵測本文所揭露之抗體或其抗原結合片段所結合之病毒抗原之複合物的存在或含量來測定。任何適合之方法均可用於此類偵測，例如藉由免疫檢定，諸如免疫組織化學(IHC)、免疫螢光(IF)、免疫墨點法(例如西方墨點法)、流式細胞量測術(例如FACS™)、酶聯免疫吸附檢定(ELISA)、酶免疫檢定(EIA)及放射免疫檢定(RIA)。
關於免疫程序及免疫檢定程序之綜述，參見Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr編, 第7版1991)。此外，可在若干組態中之任一者中進行免疫檢定，上述組態廣泛綜述於Enzyme Immunoassay (Maggio編, 1980)；及Harlow & Lane, 同上。關於通用免疫檢定之綜述，亦參見Methods in Cell Biology : Antibodies in Cell Biology , 第37卷(Asai編, 1993)；Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr編, 第7版1991)。
在某些實施例中，本文所揭露之抗體或其抗原結合片段經可偵測地標記，或未經標記，但可與可偵測地標記之第二分子(例如，可偵測地標記之二級抗體)反應。
在某些實施例中，本文所揭露之抗體或其抗原結合片段可固定於固體基質上。固定可經由共價連接或非共價連接(例如包覆)。固體基質之實例包含多孔及無孔材料、乳膠粒子、磁性粒子、微粒、條帶、珠粒、膜、微量滴定孔及塑膠管。固相材料及可偵測地標記之方法的選擇可基於所需檢定格式效能特徵來判定。
SARS-CoV-2抗原之含量可例如藉由正規化為對照值或標準曲線來測定。對照值可為預定的，或同時進行測定。
本文所提供之用於量測SARS-CoV-2抗原含量的檢定及方法可經調適或最佳化以用於自動及半自動系統或定點照護(point of care)檢定系統。
抗體偵測之方法
在另一態樣中，本發明提供一種偵測樣品中能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的抗體之存在或量的方法，其包括使樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的多肽接觸，及測定樣品中抗體之存在或含量。在一些實施例中，樣品中不存在抗體或樣品中抗體之含量低於閾值指示個體更可能遭受疾病進展。
在另一態樣中，本發明提供一種判定或預測感染有SARS-CoV-2之個體之疾病進展可能性的方法，上述方法包括：使自個體獲得之樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的多肽接觸，及偵測樣品中抗體之存在或含量，其中抗體能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，其中當樣品中之抗體不存在或低於閾值時，個體有可能經歷疾病進展。
感染有SARS-CoV-2之個體可產生抵抗SARS-CoV-2抗原之抗體。由人類免疫系統產生之此類抗體為多株的，且可結合至SARS-CoV-2之不同抗原或抗原決定基。在不希望受任何理論束縛之情況下，本發明人意外地發現，對SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD具有特異性的抗體之存在或含量可指示個體之疾病進展之可能性。本發明人發現能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的抗體(「RBD特異性抗體」)能夠與ACE2受體有效競爭以結合至RBD，且亦提供SARS-CoV-2病毒中和活性。此類RBD特異性抗體之存在可與對SARS-CoV-2之有效免疫反應相關，且此類RBD特異性抗體在體內之效價可與SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的預後相關。
RBD特異性抗體含量之閾值可為預定的。閾值係指RBD特異性抗體之水準，高於上述水準，樣品評分為對RBD特異性抗體呈陽性。舉例而言，閾值可為一位準，高於上述水準，樣品評分為對SARS-CoV-2具有足夠中和活性。若RBD特異性抗體之含量低於閾值，則其可指示個體之保護性免疫不足，且因此指示疾病進展之可能性。相比之下，若樣品中之RBD特異性抗體含量達到或高於閾值，則其可指示個體之保護性免疫，且因此不大可能遭受疾病進展。
可使用疑似含有抗體之任何樣品。在一些實施例中，適合樣品可獲自血液，例如全血樣品、血清樣品或血漿樣品。在一些實施例中，上述樣品係獲自疑似患有、罹患有SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀，或處於SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的治療下之個體。
包括SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的多肽可用於本文提供之方法中以偵測個體中RBD特異性抗體之存在或含量。在某些實施例中，SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列。在某些實施例中，多肽可進一步包括標籤。例示性標籤包含(但不限於) 6xHis標籤或其融合物，諸如SEQ ID NO: 132或SEQ ID NO: 133。包括RBD之多肽可藉由重組方法(例如，藉由原核表現系統或真核表現系統)，或化學合成(例如，藉由固相合成或溶液合成方法)來產生。固相合成方法由Merrifield描述於J.A.C.S. 85: 2149-2154 (1963)中，或標準溶液合成方法描述於Bodanszky等人之「Peptide Synthesis」, 第二版, John Wiley and Sons, 1976中。可藉由所屬技術領域中已知之方法純化多肽。可採用蛋白質純化之各種方法且此類方法為所屬技術領域中已知的並且描述於例如Deutscher,Methods in Enzymology , 182 (1990)；Scopes,Protein Purification: Principles and Practice , Springer-Verlag, New York (1982)中。所選之純化步驟將視例如所使用之生產製程之性質及所產生的本申請案之特定多肽而定。
樣品中RBD特異性抗體之存在或含量可基於偵測RBD特異性抗體所結合之RBD之複合物的存在或含量來測定。任何適合之方法均可用於此類偵測，例如藉由免疫檢定，諸如免疫組織化學(IHC)、免疫螢光(IF)、免疫墨點法(例如西方墨點法)、流式細胞量測術(例如FACS™)、酶聯免疫吸附檢定(ELISA)、酶免疫檢定(EIA)及放射免疫檢定(RIA)，如上文所描述。
在某些實施例中，包括SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的多肽可固定於固體基質上。固定可經由共價連接或非共價連接(例如包覆)。可使疑似含有RBD特異性抗體之樣品與所結合多肽接觸。在適合之培育時段之後，即足以允許經由形成抗體-抗原複合物來捕捉RBD特異性抗體的時間段。在洗滌掉任何未反應之材料之後，可添加對所捕捉抗體具有特異性之偵測抗體，此可產生可偵測訊息以允許偵測所捕捉抗體。結果可藉由簡單地觀測可見訊息進行定性，或可藉由與含有已知量的可偵測訊息之對照樣品相比較進行定量。
在另一態樣中，本發明提供一種監測感染有SARS-CoV-2且接受治療之個體之治療反應的方法，上述方法包括：(i)使來自上述個體之樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的肽接觸；(ii)偵測上述樣品中抗體之第一含量，其中上述抗體能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD；及(iii)比較上述抗體之第一含量與在上述治療之前上述個體中偵測的上述抗體之第二含量；其中上述第一含量高於上述第二含量指示上述個體對上述治療有反應。
在一個實施例中，樣品係獲自任何治療之前的個體或患者。在另一實施例中，在治療(諸如抗病毒治療)期間或之後獲得測試樣品。
在一個態樣中，本發明提供一種用於偵測能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)的抗體之套組，其包括含有胺基酸序列之多肽，上述胺基酸序列包括SEQ ID NO: 128。在一些實施例中，多肽固定於基質上。在一些實施例中，上述套組進一步包括一組用於偵測抗體與多肽結合之複合物的試劑。
套組
在某些實施例中，本發明提供一種套組，其包括本文所提供之抗體或其抗原結合片段中之一或多者。在某些實施例中，本文所揭露之套組為治療套組。在某些實施例中，本文所揭露之套組為診斷套組。
必要時，此類套組可進一步包含各種習知套組組分中之一或多者，諸如具有一或多種醫藥學上可接受之載體的容器、額外容器等，如對於所屬技術領域中具有通常知識者而言將為顯而易見的。套組中亦可包含呈插頁或標籤形式的指示待投與之組分之數量、投藥指南及/或用於混合組分之指南的說明書。
在某些實施例中，在抗體用酶標記之情況下，套組將包含酶所需之基質及輔因子(例如提供可偵測發色團或螢光團之基質前驅體)。另外，可包含其他添加劑，諸如穩定劑、緩衝劑(例如阻斷緩衝液或裂解緩衝液)及其類似者。各種試劑之相對量可廣泛變化以提供實質上最佳化檢定靈敏度之試劑溶液中之濃度。特定言之，試劑可以乾燥粉末(通常凍乾)形式提供，包含賦形劑，其一旦溶解將提供具有適當濃度之試劑溶液。
亦提供診斷或偵測試劑及包括一或多種此類試劑之套組以用於多種偵測檢定，包含例如免疫檢定，諸如ELISA (夾心型或競爭形式)。套組之組分可預附接至固體支撐物，或可在使用套組時施加至固體支撐物之表面。在一些實施例中，訊息產生構件可預先與本發明之抗體相關，或在使用前可能需要與一或多種組分，例如緩衝劑、抗體-酶綴合物、酶基質或其類似者組合。套組亦可包含額外試劑，例如用於減少與固相表面之非特異性結合的阻斷劑、洗滌劑、酶基質及其類似者。固相表面可呈管、珠粒、微量滴定盤、微球體或適用於固定蛋白質、肽或多肽之其他材料的形式。在特定態樣中，催化化學發光或發色產物形成或化學發光或發色基質還原的酶為訊息產生構件之組分。此類酶為所屬技術領域中熟知的。套組可包括本文所描述之捕捉劑及偵測試劑中之任一者。視情況套組亦可包括用於進行本發明之方法的說明書。
亦可製備本文所揭露之偵測套組，其包括本文所揭露之抗體或抗原結合片段中之至少一者以及使用組合物作為偵測試劑之說明書。用於此類套組中之容器通常可包括至少一個小瓶、試管、燒瓶、瓶子、注射器或其他適合容器，偵測組合物中之一或多者可置放於其中，且較佳進行適當等分。本文所揭露之套組通常亦將包含用於嚴密地容納小瓶以便商業出售之構件，諸如使所需小瓶保持在內之注塑或吹塑塑膠容器。在放射性標記、發色、螢光生成或其他類型之可偵測標記或偵測構件包含於套組內的情況下，標記試劑可提供於與偵測組合物自身相同之容器中，或可替代地置於其中可置放且適當等分此第二組合物之第二不同容器構件中。替代地，偵測試劑可製備於單一容器構件中，且在大多數情況下，套組亦將通常包含用於嚴密地容納小瓶以便商業出售及/或便於封裝及遞送之構件。
亦提供用於進行本文所描述之偵測或監測方法的裝置或設備。此類設備可包含其中可輸入樣品之腔室或管、視情況包含閥或泵以引導樣品流穿過裝置之流體處理系統、視情況選用的將血漿或血清與血液分離的過濾器、用於添加捕捉劑或偵測試劑之混合腔室及視情況選用的用於偵測與捕捉劑免疫複合物結合之可偵測標記之量的偵測裝置。樣品流可為被動的(例如，藉由毛細管、流體靜力或一旦添加樣品則不需要進一步操縱裝置的其他力)或主動的(例如，藉由施加經由機械泵、電滲透泵、離心力或增加氣壓所產生之力)或藉由主動力與被動力之組合。
以下實例旨在更好地說明本發明，且不應理解為限制本發明的範圍。所有下述的特定組合物、材料及方法，其整體或部分，均在本發明的範圍內。此等特定的組合物、材料及方法並非為了限制本發明，而僅為說明特定的實施例在本發明的範圍內。熟習此項技術者可不經過創造性勞動以及不偏離本發明範圍而開發出等同的組合物、材料及方法。應理解，在對本發明的方法作出的多種改動仍可包括在本發明範圍內。發明人意在將此類變動包括在本發明的範圍內。實例 1
材料及方法
患者及血液樣品。 參與總共八名感染有SARS-CoV-2之年齡為10歲至66歲的患者(表 5 )。亦包含來自健康對照之血漿樣品。在此等八名患者中，六名患者(P#1至P#4、P#8、及P#16)經由個人問診具有暴露病史且兩名患者與來自暴露區之個體具有直接接觸。四名個體(P#1至P#4)為所感染之家族叢集(P#1至P#5)之一部分且隨後在返回至深圳之後將感染傳播至P#5。所有患者在症狀發作之後三至九天均在深圳第三人民醫院住院，其為用於治療COVID-19感染患者之指定城市醫院。所有患者均呈現有發熱、疲乏及乾咳且三名患者(P#1、P#2及P#5)出現重度肺炎。四名患者(P#1、P#2、P#5及P#22)為60歲或更年長的，其中三名患者(P#1、P#2及P#22)患有潛在疾病，諸如高血壓。SARS-CoV-2感染狀態由鼻咽拭子及咽喉拭子試樣之RT-PCR驗證。無患者具有可偵測的A型流感、B型流感、呼吸道融合病毒(RSV)或腺病毒共感染。胸部電腦斷層掃描顯示了不同程度之雙側肺片狀陰影或不透明度。所有患者接受干擾素及利巴韋林及/或甲基潑尼松龍(methylprednisolone)治療，恢復且除在醫院時死於疾病之P#1以外均離開。在住院及隨訪問診期間收集單個(P#1、P#3、P#5、P#8、P#16及P#22)或連續(P#2及P#4)血液樣品且利用Ficoll-Hypaque梯度(GE Healthcare)離心將其分離成血漿及外周血單核細胞(PBMC)。在儲存於-80℃下之前，將所有血漿樣品在56℃下熱滅活1 h。將PBMC維持於冷凍培養基中且儲存於液氮中直至使用。
來自 SARS - CoV - 2 、 SARS - CoV 及 MERS - CoV 之 重組 RBD 及三聚刺突 以 及受體 ACE2 。 使用如先前所描述之Bac-to-Bac桿狀病毒系統(Invitrogen)表現MERS-CoV、SARS-CoV及SARS-CoV-2之重組RBD及三聚刺突以及人類ACE2之N端肽酶域(殘基Ser19-Asp615) (Gui, M.等人Cell Res 27, 119-129 (2017)；Song, W.等人PLoS Pathog 14, e1007236-e1007236 (2018)；Wang, N.等人Cell Res 23, 986-993 (2013)；Jiang, L.等人Sci Transl Med 6, 234ra259-234ra259 (2014)；Zhang, S.等人Cell Rep 24, 441-452 (2018))。MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 126中，且多核苷酸序列示於SEQ ID NO: 127中。MERS-CoV之刺突蛋白之胞外域的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 123中。SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 124中，且多核苷酸序列示於SEQ ID NO: 125中。SARS-CoV之刺突蛋白之胞外域的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 122中。SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 128中，且多核苷酸序列示於SEQ ID NO: 129中。SARS-CoV-2之刺突蛋白之胞外域的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 121中。將刺突蛋白之胞外域融合至人工序列以使得能夠在活體外形成三聚刺突結構。
將含有gp67分泌訊息肽(SEQ ID NO: 130)及C端六組胺酸標籤(SEQ ID NO: 132)或條帶標籤之SARS-CoV-2 RBD (殘基Arg319-Phe541)插入至pFastBac-Dual載體(Invitrogen)中且轉移至DH10Bac組分細胞中。萃取穿梭載體(bacmid)且使用Cellfectin II試劑(Invitrogen)進一步轉染至Sf9細胞中。自轉染之上清液採集重組病毒且擴增以產生高效價病毒原液。接著病毒用於感染High Five細胞以供RBD及三聚刺突表現。自上清液採集所分泌的RBD及三聚刺突且藉由如先前所報導之凝膠過濾層析進行純化(Gui, M.等人Cell Res 27, 119-129 (2017)；Song, W.等人PLoS Pathog 14, e1007236-e1007236 (2018)；Wang, N.等人Cell Res 23, 986-993 (2013)；Jiang, L.等人Sci Transl Med 6, 234ra259-234ra259 (2014)；Zhang, S.等人Cell Rep 24, 441-452 (2018))。
對結合至 RBD 、 三聚刺突及 NP 蛋白質之血漿及抗體的 ELISA 分析。 將源自SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之重組RBD及三聚刺突以及SARS-CoV-2 NP蛋白(Sino Biological, Beijing)稀釋至0.5 μg/ml或2μg/ml之最終濃度，接著塗佈於96孔盤上且在4℃下培育隔夜。樣品用PBS-T (含有0.05% Tween 20的PBS)洗滌且在室溫下用阻斷緩衝液(含有5%脫脂牛奶及2% BSA的PBS)阻斷1 h。向盤中添加連續稀釋之血漿樣品或經分離之mAb，且在37℃下培育1 h。接著將各孔與用HRP (ZSGB-BIO, Beijing)及TMB基質(Kinghawk, Beijing)標記之二級抗人類IgG一起培育且在450 nm及630 nm下藉由分光光度計量測光學密度(OD)。將來自健康個體之連續稀釋血漿或針對SARS-CoV、MERS-CoV或HIV-1之mAb用作對照。
藉由 FACS 分離 RBD 特異性 單一 B 細胞 。 如先前所描述分選RBD特異性單一B細胞(Kong, L.等人Immunity 44, 939-950 (2016); Wu, X.等人Science 329, 856-861 (2010))。簡言之，收集來自感染及恢復期的個體之PBMC且將其與抗體及RBD混合物一起培育以認定RBD特異性B細胞。混合物由上文所描述的CD19-PE-Cy7、CD3-Pacific Blue、CD8-Pacific Blue、CD14-Pacific Blue、CD27-APC-H7、IgG-FITC (BD Biosciences)及重組RBD-Strep或RBD-His組成。進行三個連續染色步驟。第一染色為於50 μl磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)中之活/死可固定死細胞染色套組(LIVE/DEAD Fixable Dead Cell Stain Kit) (Invitrogen)，其在室溫下應用20分鐘以排除死細胞。第二染色在4℃下利用抗體及RBD混合物持續額外30 min。在4℃下持續30 min之第三染色涉及：靶向RBD之Strep標籤的抗生蛋白鏈菌素-APC (eBioscience)及/或抗生蛋白鏈菌素-PE (BD Biosciences)，或靶向RBD之His標籤的抗his-APC及抗his-PE抗體(Abcam)。洗滌所染色之細胞且在經由70 μm細胞網狀物(BD Biosciences)篩濾之前將其再懸浮於PBS中。將RBD特異性單一B細胞閘控為CD19+CD3-CD8-CD14-IgG+RBD+且分選至含有每孔20 μl裂解緩衝液(5 μl之5×第一股緩衝液、0.5 μl之RNase out、1.25 μl之0.1 M DTT (Invitrogen)及0.0625 μl之Igepal (Sigma)之96孔PCR盤中。接著將盤在乾冰上速凍且儲存於-80℃下直至RT反應。
單株抗體 ( mAb ) 之單一 B 細胞 PCR 、 選殖及表現 。IgG重鏈及輕鏈可變基因係藉由巢式PCR擴增且選殖於線性表現卡匣或表現載體中以產生如先前所描述之完全IgG1抗體(Liao, H.-X.等人 J Virol Methods, 2009；Tiller, T.等人 J. Immunol Methods, 2008)。具體言之，所有含有標籤序列之第二輪PCR引子用於藉由重疊PCR產生線性Ig表現卡匣。含有特定限制酶切割位點之獨立引子對(重鏈，5'-AgeI/3'-SalI；κ鏈，5'-AgeI/3'-BsiWI；及λ鏈，5'-AgeI/3'-XhoI)用於擴增所選殖之PCR產物。將PCR產物純化且選殖至含有人類IgG1之恆定區的抗體表現載體之主鏈中。人類IgG1之重鏈恆定區的DNA序列闡述於SEQ ID NO: 118中，且人類IgG1之重鏈恆定區的胺基酸序列示於SEQ ID NO: 115中。將配對之重鏈及輕鏈表現卡匣之重疊PCR產物共轉染至生長於24孔盤中之293T細胞(ATCC)中。抗原特異性ELISA用於偵測經轉染之培養物上清液與SARS-CoV-2 RBD之結合能力。藉由用等量之配對的重鏈及輕鏈質體瞬時轉染293F細胞(Life Technologies)來產生單株抗體。
具體言之，表4顯示包含以下之單株抗體之重鏈及輕鏈恆定區的胺基酸序列及編碼DNA序列：P2A-1A8、P2A-1A9、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2B-2G11、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12、及P22A-1D1。抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2F6、P2B-2G4、P2B-2G11、P2C-1D5、P2B-1G5、P2B-1A1、P2B-1D9、P2B-1E4、P5A-2G7、P5A-1D2、P5A-2E1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A6、及 P5A-3B4抗體具有λ輕鏈，且λ恆定區之胺基酸序列及編碼DNA序列分別示於SEQ ID NO: 116及SEQ ID NO: 119中。P2A-1A10、P2A-1B3、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1F11、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-3C8、P5A-2F11、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-3A1、P5A-3C12、及P22A-1D1抗體具有κ輕鏈，且κ恆定區之胺基酸序列及編碼DNA序列分別示於SEQ ID NO: 117及SEQ ID NO: 120中。
培養物上清液中之抗體係根據製造商之方案，藉由親和性層析使用蛋白A珠粒管柱(National Engineering Research Center for Biotechnology, Beijing)純化。濃度由BCA蛋白質檢定套組(Thermo Scientific)測定。亦包含SARS-CoV、MERS-CoV及HIV-1 mAb作為對照。合成先前藉由其他法(Zhu, Z.等人 Proc Natl Acad Sci USA 104, 12123-12128 (2007))分離的SARS-CoV抗體(S230及m396)，在293T細胞中表現且藉由蛋白A層析純化。根據先前所報導來衍生MERS-CoV抗體(Mab-GD33) (Niu, P.等人J Infect Dis 218, 1249-1260 (2018))。HIV-1抗體VRC01為靶向包膜醣蛋白40之CD4結合位點的自患者直接分離之廣泛中和抗體。
藉由 SPR 量測之抗體結合動力學、抗原決定基定位及與受體 ACE2 之 競爭 。藉由SPR (Biacore T200, GE Healthcare)分析mAb與SARS-CoV-2 RBD之結合動力學及親和力。具體言之，將經純化之RBD在10 mM乙酸鈉緩衝液(pH 5.0)中經由胺基共價固定至CM5感測器晶片，最終RU約250。SPR檢定在HEPE緩衝液中以30 ml/min之流動速率運行。感測圖譜用BIA評估軟體(GE Healthcare)擬合於1:1結合模型中。對於抗原決定基定位，依序注射兩種不同抗體且監測結合活性，以判定兩種mAb是否識別到分開的或緊密定位的抗原決定基。為判定與人類ACE2肽酶域之競爭，SARS-CoV-2 RBD經由胺基固定至CM5感測器晶片，最終RU約250。將抗體(1 μM)注射至晶片上直至達到結合穩態。接著注射如上文所產生及純化之ACE2 (2 μM)，持續60秒。藉由在存在及不存在先前抗體培育之情況下反應單位之比較來判定阻斷效力。
對結合至細胞表面表現之三聚刺突蛋白的血漿及抗體之分析。 將HEK 293T細胞用編碼SARS-CoV-2、SARS-CoV或MERS-CoV之全長刺突的表現質體轉染且在37℃下培育36 h。使用胰蛋白酶自盤移除細胞且將其分配至96孔盤中用於個別染色。細胞在以下中之每一者之間用200 μl染色緩衝液(具有2%熱滅活FBS之PBS)洗滌兩次。將細胞與血漿之1:100稀釋液或20 μg/ml單株抗體在室溫下於100 μl染色緩衝液中染色30分鐘。接著細胞用PE標記之抗人類IgG Fc二級抗體(Biolegend)以1:20稀釋度在室溫下於50 μl染色緩衝液中染色30分鐘。最後，再懸浮細胞且用FACS Calibur儀器(BD Biosciences, USA)及FlowJo 10軟體(FlowJo, USA)進行分析。亦染色不具有轉染之HEK 293T細胞作為背景對照。靶向SARS-CoV刺突之RBD的S230及m396 (Zhu, Z.等人 Proc Natl Acad Sci USA 104, 12123-12128 (2007))及靶向MERS-CoV刺突之RBD的Mab-GD33 (Niu, P.等人J Infect Dis 218, 1249-1260 (2018))用作陽性初級抗體對照，而靶向HIV-1 env之VRC01 (Wu, X.等人Science 329, 856-861 (2010))用作不相關的初級抗體對照。
針對假病毒及活 SARS - CoV - 2 之 mAb 的中和活性。 SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV假病毒係藉由將表現螢火蟲螢光素酶(pNL43R-E-螢光素酶)之人類免疫缺乏病毒主鏈及編碼各別全長S蛋白之pcDNA3.1 (Invitrogen)表現載體共轉染至293T細胞(ATCC)中來產生(Wang, N.等人 Cell Res 23, 986-993 (2013)；Jiang, L.等人Sci Transl Med 6, 234ra259-234ra259 (2014)；Jia, W.等人Emerg Microbes Infect 8, 760-772 (2019)；Zhang, L.等人J Med Virol 78, 1-8 (2006))。48 h之後收集病毒上清液。病毒效價量測為以相對光單位計之螢光素酶活性(Bright-Glo螢光素酶檢定載體系統，Promega Biosciences)。源自人類免疫缺乏病毒(HIV)-1之對照包膜糖蛋白及其對應假病毒係以相同方式產生。對照mAb包含針對HIV-1 40之VRC01；針對SARS-CoV之S230及m396 (Zhu, Z.等人 Proc Natl Acad Sci USA 104, 12123-12128 (2007))；以及針對MERS-CoV 43之Merb-GD33。藉由將假病毒與純化mAb之連續稀釋液在37℃下一起培育1 h來進行中和檢定。將Huh7細胞(ATCC) (每孔約1.5×104 個)一式兩份地添加至病毒-抗體混合物中。在暴露於病毒-抗體混合物之後48 h，使用GraphPad Prism 6 (GraphPad Software Inc.)由螢光素酶活性判定所評估mAb之半最大抑制濃度(IC50 )，資料示於表6及表7a、7b及7c中。
針對活 SARS - CoV - 2 之 mAb 的中和活性。 在經認證的生物安全3級實驗室中進行SARS-CoV-2病灶減少中和測試(FRNT)。進行測試抗體之連續稀釋，將其與75 μl之SARS-CoV-2 (8×103個病灶形成單位/毫升，FFU/ml)混合於96孔微孔盤中且在37℃下培育1小時。接著將混合物轉移至接種有Vero E6細胞之96孔盤中，且使其在37℃下吸收1小時。接著在添加疊對培養基(100 μl含有1.6%羧甲基纖維素，CMC之MEM)之前，移除接種物。接著將盤在37℃下培育24小時。細胞用4%多聚甲醛溶液固定30 min，且移除重疊物。細胞經0.2% Triton X-100滲透且在添加HRP綴合之山羊抗兔IgG(H+L)抗體(Jackson ImmunoResearch)之前，在室溫下與交叉反應性兔抗SARS-CoV-N IgG (Sino Biological, Inc)一起培育1小時。將細胞在室溫下進一步培育。反應物用KPL TrueBlue過氧化酶基質(Seracare Life Sciences Inc)顯影。使用EliSpot讀取器(Cellular Technology Ltd)計算SARS-CoV-2病灶之數目。
mAb 之基因家族使用及譜系學分析 。程式IMGT/V-QUEST (http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest)用於分析各抗體無性系的生殖系基因、體細胞超突變(SHM)之生殖系分歧(divergence)或程度、構架區(FR)及互補決定區3 (CDR3)之環路長度。使用BioEdit序列分析包裝中之Clustal W比對IgG重鏈及輕鏈可變基因(https://bioedit.software.informer.com/7.2/)。 使用MEGA X (跨計算平台之分子進化遺傳學分析(Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms))，藉由最大概度法(Maximum Likelihood method)進行譜系學分析。為了清楚起見，呈現系統樹之若干形式，資料示於表9a、表9b、圖 4U 及圖 4V 中。
抗體產生 。如先前所描述進行抗體之產生(Jiang, L.等人Sci Transl Med 6, 234ra259-234ra259 (2014)；Zhang, Q.等人Sci Rep 6, 25856-25856 (2016))。將編碼經分離抗體之重鏈及輕鏈的基因分開選殖至含有IgG1恆定區之表現載體中，且使用聚乙烯亞胺(PEI) (Sigma)將載體瞬時轉染至HEK293T細胞或293F細胞中。72 h後，收集分泌至上清液中之抗體且藉由蛋白A瓊脂糖凝膠(GE Healthcare)捕捉。溶離所結合抗體且使用Superdex 200高效管柱(GE Healthcare)藉由凝膠過濾層析進一步純化。純化抗體用於結合或中和檢定中。
結晶及資料收集。 將SARS-CoV-2 RBD分別以1:1.2之莫耳比與P2B-2F6、P5A-1D2、P5A-3C8或P22A-1D1之Fab片段混合，在4℃下培育2 h且藉由凝膠過濾層析進一步純化。在HBS緩衝液(10 mM HEPES，pH 7.2，150 mM NaCl)中濃縮至約10 mg/mL之純化複合物用於結晶。在18℃下使用沉滴式蒸氣擴散法(sitting-drop vapor-diffusion method)，藉由混合0.2 μL蛋白質與0.2 μL儲集溶液來進行篩選試驗。在0.2 M甲酸鎂二水合物、0.1 M乙酸鈉三水合物(pH 4.0)、18% PEG5000mme中成功地獲得晶體。使用類似製程分別獲得SARS-CoV-2 RBD與P2C-1F11、P5A-1D2、P5A-3C8或P22A-1D1之Fab片段的純化複合物。對於P2C-1F11，在0.2 M甲酸鎂二水合物、0.1 M乙酸鈉三水合物(pH 4.0)、18% PEG5000mme中；對於P5A-1D2，在0.2 M氯化鎂六水合物、0.1 M Tris (pH 8.5)、3.4 M 1,6-己二醇中；對於P5A-3C8，在0.2 M硫酸鋰單水合物、0.1 M HEPES (pH 7.5)、25% w/v PEG 3350中；以及對於P22A-1D1，在0.1M氯化鉀、0.1 M NaHEPES (pH 7.0)、15% PEG 5000MME中分別成功地獲得晶體。收集晶體，將其短暫浸沒於具有20%甘油之母液中，且在液氮中快速冷凍。在100 K及0.97918 Å之波長下，在上海同步加速器研究設施(Shanghai Synchrotron Research Facility；SSRF)之BL17U光束線上收集繞射資料。用水族箱管線自動處理繞射資料，且資料處理統計資料列於表10a及表10b及表10c中。(McCoy, A. J.等人Journal of applied crystallography 40 , 658-674, (2007))。
結構判定及改進。 藉由分子置換法用CCP4套件中之PHASER判定結構(Cohen, S. X.等人Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 64 , 49-60, (2008))。搜尋模型為SARS-CoV-2 RBD結構(PDB ID：6M0J)及具有最高序列一致性的PDB中可用之重鏈及輕鏈可變域的結構。分別使用COOT及PHENIX進行後續模型建立及改進(Emsley, P. & Cowtan, K.Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 60 , 2126-2132, (2004)；Adams, P. D.等人Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 58 , 1948-1954, (2002))。最終Ramachandran統計：對於最終RBD-P2C-1F11複合物結構，90.02%有利，8.24%允許及1.74%異常值。最終Ramachandran統計：對於最終RBD-P22A-1D1複合物結構，95%有利，3.9%允許及0.81%異常值；最終Ramachandran統計：對於最終RBD-P5A-1D2複合物結構，94.23%有利，5.44%允許及0.32%異常值；最終Ramachandran統計：對於最終RBD-P5A-3C8複合物結構，97%有利，3.1%允許及0.33%異常值。結構改進統計列於表10a及表10b中。使用PyMOL生成所有結構圖式(Janson, G., Zhang, C., Prado, M. G. & Paiardini, A.Bioinformatics (Oxford, England) 33 , 444-446, (2017))。
對結合至細胞表面表現之野生型及突變型刺突蛋白之抗體的分析。 遵循製造商之說明書，使用QuickChange定點突變誘發套組(Agilent 210518)進行單一丙胺酸突變。將HEK 293T細胞用編碼野生型或突變型全長SARS-Cov-2之表現質體轉染且在37℃下培育36 h。使用胰蛋白酶自盤移除細胞且將其分配至96孔盤中用於個別染色。將細胞在以下培育或洗滌步驟中保持在4℃下或冰上。細胞在以下中之每一者之間用200 µL冰冷染色緩衝液(具有2%熱滅活FBS之PBS)洗滌兩次。將細胞與10 μg/mL ACE2蛋白質或2 μg/mL單株抗體在100 μL染色緩衝液中染色1 h。接著用以下二級抗體中之一者染色細胞：針對ACE2之抗his PE (Miltyni 130120787)、針對nAb之抗人類IgG Fc PE (Biolegend 410718)或針對S2 mAb (MP 08720401)之抗小鼠IgG Fc FTIC (ThermoFisher A10673)。最後，再懸浮細胞且用FACS Calibur儀器(BD Biosciences, USA)及FlowJo 10軟體(FlowJo, USA)進行分析。染色不具有模擬轉染之HEK 293T細胞作為背景對照。實例 2
此實例說明對SARS-CoV-2 RBD具有特異性反應之人類血漿及B細胞之認定。
在深圳之早期爆發期間收集來自八個感染SARS-CoV-2及恢復期的個體之橫截面及縱向血液樣品(參見表5)。樣品依據患者編號命名且視收集順序而命名為A、B或C。六名患者(P#1至P#4、P#8及P#16)具有暴露區之旅行史且其餘兩名患者(P#5及P#22)與來自暴露區之彼等患者具有直接接觸。P#1至P#5為具有深圳市首次記載的SARS-CoV-2之人傳人(human-to-human transmission)病例之家族叢集。除儘管強化干預但死於疾病之P#1以外，所有個體均恢復且自醫院離開。為了分析抗體結合，將連續血漿稀釋液施加至酶聯免疫吸附檢定(ELISA)盤，上述盤塗佈有源自SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之重組RBD或三聚刺突或來自SARS-CoV-2之重組NP。使用抗人類IgG二級抗體在450 nm之光學密度(OD)下觀測結合活性。在個體及來自相同個體之樣品中發現不同程度之結合。來自P#1、P#2、P#5及P#16之樣品表明與SARS-CoV-2 RBD及NP兩者之結合高於其餘樣品(圖 1A )。在早期感染期間九天內自P#2收集之三個連續血漿樣品顯示了與SARS-CoV-2 RBD及NP類似之結合且在感染過程中保持相對穩定。出人意料地，幾乎沒有偵測到SARS-CoV RBD與MERS-CoV RBD之間的交叉反應性(圖 1A )，儘管陽性對照抗體之識別較強。然而，在ELISA (圖 1B )及細胞表面染色(圖 6A 至 圖 6C )兩者中偵測到針對來自SARS-CoV及MERS-CoV之三聚刺突的強交叉反應性。除P#4A外之所有樣品表明與SARS-CoV三聚刺突之交叉結合的顯著水準，而僅來自P#1、P#2及P#4B之彼等樣品交叉識別MERS-CoV三聚刺突(圖 1B )。血漿樣品中無一者對源自菌株BG505之HIV-1包膜三聚體具有反應性。(Sanders, R. W.等人J Virol 76 , 8875-8889, (2002))。亦評估用於中和攜帶SARS-CoV-2、SARS-CoV或MERS-CoV之刺突蛋白的假病毒之相同血漿樣品。與抗體結合結果一致，在個體中發現不同程度的針對SARS-CoV-2之中和活性(圖 1C )。然而，針對SARS-CoV及MERS-CoV之交叉中和相當小，因為測試之所有血漿樣品(包含健康對照血漿)具有可忽略的中和水準(圖 1C )。對於任何針對攜帶HIV-1包膜MG04之假病毒對照的血漿樣品，未發現可偵測中和(圖 1C )。綜合而言，此等結果表明，不管實質性序列及結構類似性如何，但來自SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之RBD可能為免疫學上不同的。因此，RBD以外的區域可能有助於觀測到的針對SARS-CoV及MERS-CoV刺突蛋白之交叉反應性。
具有一系列閘控策略之流式細胞測量術用於研究SARS-CoV-2特異性B細胞反應及識別螢光標記之RBD探針的標識B細胞(圖 1D 及圖 7A 至圖 7K )。如圖 1E 至圖 1F 中所示，RBD特異性B細胞在總B細胞群體中佔約0.005-0.065%且在記憶體亞群中佔0.023-0.329%。RBD特異性B細胞之數目在P#2、P#5、P#16及P#22中相對較高(圖 1E 至圖 1F )，此似乎與對應血漿樣品與SARS-CoV-2 RBD及三聚刺突蛋白之結合活性良好相關(圖 1A 及圖 1B )。然而，樣品P#1A表明RBD特異性B細胞反應最小，不管高階血漿結合如何。由於P#1為唯一死於疾病之患者，此高血漿結合活性及低水準之RBD特異性B細胞的二分法有可能為快速疾病進展之替代標記物。實例 3
此實例說明針對SARS-CoV-2 RBD之單一B細胞抗體的選殖及分析。
將實例2中所認定之RBD結合B細胞分離成單細胞懸浮液用於選殖及評估mAb反應(圖 1D 及圖 7A 至圖 7K )。免疫球蛋白重鏈及輕鏈係藉由RT-PCR使用巢式引子擴增。將擴增產物選殖至線性表現卡匣中以產生如先前所描述之完全IgG1抗體(Kong, L.等人Immunity 44, 939-950 (2016)；Liao, H.-X.等人J Virol Methods 158, 171-179)。在個體中B細胞無性系之數目在10至106 之間變化(圖 8 )。個別IgG係藉由線性表現卡匣之轉染產生且藉由ELISA測試SARS-CoV-2 RBD反應性。平均而言，百分之五十五的抗體無性系具有反應性，但在不同個體之間存在極大可變性(圖 8 )。在358種抗體中，發現206種抗體特異性結合至SARS-CoV-2 RBD，且藉由B細胞選殖及定序，獲得165個不同序列(表 9 )。此等206種抗體表明結合活性之顯著差異。舉例而言，來自樣品P#2B、P#2C、P#4A、P4#B、P#5A、P#16A及P#22A之大量抗體具有遠超過4.0之OD 450值，而來自樣品P#1A之彼等抗體中無一者超出4.0。來自P#3A及P#8A之抗體太少而不能作出有意義的評估(圖 8 )。此外，來自不同研究個體之樣品亦表明重鏈可變基因(VH)使用之實質性差異(圖 2A )。舉例而言，P#1樣品由VH3-53、3-13及1-69主導，其分別佔整個VH庫之約21.4%、14.3%及14.3%。來自P#2及P#5之樣品在其VH使用之分佈及頻率方面更多樣化。然而，在研究個體中無單一或一組VH家族突出，從而表明患者對SARS-CoV-2感染具有免疫學上不同的反應。此假設係藉由所有206個VH序列之譜系學分析支援，上述VH序列與其對應結合活性疊加，如圖 2B 中所呈現。在多個重鏈家族中廣泛地分佈高結合叢集(80%叢集，其中OD 450 ＞ 3)。實際上，大部分高結合抗體係藉由P#2、P#4及P#5中之特定VH家族之無性擴增得到。類似地，中等(60-80%叢集，其中OD 450 ＞ 3)結合叢集及低(＜ 60%叢集，其中OD 450 ＞ 3)結合簇亦廣泛分佈且各自由不均衡表示之VH基因家族組成。
由於P#2顯示出大量RBD結合抗體且為唯一具有三個連續血液樣品之患者，因此對P#2抗體進行了更詳細表徵。在來自P#2之總共69種抗體中，大部分(59%)分散在各個分支中且其餘部分(41%)無性擴增成三個主要叢集(圖 3A )。來自三個時間點(A、B、C)之抗體似乎不歸併而是在其間相互交錯，表明其在早期感染期間高度相關。顯著富集三個無性系且各自佔整個測試庫之12至14%之間(圖 3A )。其重鏈可變區屬於VH1-2*06、VH3-48*02及VH3-9*01家族。對應輕鏈κ (Igk)屬於2-40*01/2D-40*01、3-20*01，且對應輕鏈λ (Igl)屬於具有各別的接合區段κ 4 (Jk4)、Jk5及接合區段λ 1 (Jl1)之2-14*02 (表 9 )。更重要地，在所有三個樣品中認定出此等無性擴增之抗體，指示其在感染期間經強選擇。當在各叢集內比較其表示時，VH1-2*06及VH3-9*01似乎自約33%增加至45%，而在三個時間點內VH3-48*02自33%降低至9%，儘管無性系數目對於統計顯著性而言太少。關注的係，VH1-2*06之體細胞超突變(SHM)或生殖系分歧為0%且此叢集在研究時段期間保持。然而，相較於69個VH序列中之2.2% ± 3.3%之總體平均值，VH3-48*02之SHM達到高達9.6%且VH3-9*01之SHM達到3.8%。此外，與69個VH序列中之16±4aa之總體平均值相比，VH1-2*06、VH3-48*02及VH3-9*01之CDR3長度分別為19aa、16aa及23aa。來自VH3-9*01叢集之最長CDR3的緊密檢查揭示了酪胺酸之豐富度，指示與周圍殘基之可能的氫鍵結及疏水相互作用。此等結果闡明在早期感染期間RBD特異性抗體之無性擴增及廣泛多樣性以及其在控制SARS-CoV-2感染方面的潛在作用。
此外，吾等亦進行基因體分析且比較13種mAb (P22A-1D1、P5A-1B9、P5A-2G7、P5A-2G9、P5A-1D1、P5A-1B8、P5A-1D2、P5A-3B4、P5A-3C8、P5A-3C12、P2C-1F11、P2B-2F6及P2B-1A10)中之重鏈可變基因(VH)及κ或λ輕鏈可變(VK/VL)基因使用，其中在實例6中之假病毒中和分析中認定的IC50 最小。在此等13種mAb中，發現7種使用IGHV3-53/3-66且主要與IGK1-9*01配對(表9b)。七個中之四個源自P#5 (P5A-1D1、P5A-1B8、P5A-1D2及P5A-3C8)，而兩個源自P#2 (P2C-1F11及P2B-1A10)且一個源自P#22 (P22A-1D1)。在主要中和劑中來自不同個體之此類高發病率(53.8%)指示IGHV3-53/3-66表示一種針對SARS-CoV-2之主要及公開的抗體反應(圖 3B 至圖 3E )。此結果與近期報導一致，上述近期報導亦已認識到IGHV3-53/3-66在SARS-CoV-2患者中之不均衡的高發病率(Barnes等人, 2020；Yuan等人, 2020)。此外，抗體之CDR3長度在9至15之間變化，在所認定之總165個RBD特異性抗體中位於較短範圍內(圖 3F )。其體細胞超突變(SHM)通常較低且重鏈(P22A-1D1)或輕鏈(P5A-1B8及P2C-1F11)之一些體細胞超突變達到0%。實例 4
在以下實例中進一步定義本發明。應理解，此等實例儘管指示本發明之較佳實施例時，但僅以說明之方式給出。根據以上論述及此等實例，所屬技術領域中具有通常知識者可確定本發明之基本特徵，且在不脫離本發明之精神及範疇的情況下可對本發明作出各種改變及修改以使其適應各種用途及條件。
此實例說明針對SARS-CoV-2 RBD之抗體的結合特性。
基於其在系統樹上之表示及分佈，選擇69個P#2抗體序列中之13個以供進一步分析(圖 3A ，星形)。五個P#1A抗體無性系用作對照。與SARS-CoV-2 RBD之表面電漿子共振(SPR)顯示出P#2抗體具有範圍介於1.38至21.29 nM之解離常數(Kd)，而P#1之彼等解離常數範圍為8.48至260.50 nM或根本偵測不到(圖 4U 及圖 9A 至圖 9B )。SHM似乎與Kd不相關；在VH及VL基因兩者中具有0%分歧之一些生殖系無性系(P2A-1A10、P2B-2G4、P2C-1A3及P2C-1E1)具有範圍介於2.47至21.19 nM之Kd值，其與具有較高水準之SHM之無性系的Kd值(1.38至17.57 nM)相當(圖 4U )。來自三個無性擴增叢集之代表性無性系(P2A-1A8、P2A-1A10及P2A-1B3)之Kd在4.65 至8.91 nM之間跨越，表明其擴增可不由親和力成熟驅動。亦測試抗體P2B-1G5之RBD結合，且Kd值為0.1 nM (表 7a )。接著，量測各抗體與ACE2之競爭以結合至SARS-CoV-2 RBD (圖 4B 、圖 4U 、圖 4V 及圖 10A 至圖 10B )。具體言之，RBD共價固定於CM5感測器晶片上且首先經抗體飽和且接著用可溶性ACE2流過。各抗體之競爭能力量測為ACE2與RBD結合之降低百分比。如(圖 4U 、圖 10A 、圖 10B )中所示，所評估之抗體與ACE2展現出各種競爭能力。最有力的為P2C-1F11。來自無性擴增叢集之三種代表性抗體中之兩者(P2A-1A10及P2A-1B3)亦具有強降低。第三代表性(P2A-1A8)僅顯示出輕度降低。儘管Kd值明顯，但許多抗體與ACE2僅具有有限的競爭力，從而表明結合親和力不預測ACE2競爭能力。亦測試抗體P2B-1G5之ACE2競爭，且顯示17.54%的與ACE2之競爭(表 7a )。來自P#1之對照抗體與ACE2展現出甚至更低之競爭力。出人意料地，除P1A-1C7 (Kd=4.85 μM)外，所測試之抗體中無一者展現出與SARS-CoV及MERS-CoV RBD之交叉結合，其中僅偵測到與SARS-CoV RBD之有限交叉反應性(圖 9A 至圖 9F )。
亦認定另一組13種中和抗體(參見實例5)。此等中和抗體對SARS-CoV-2 RBD展現出高但不同的結合親和力，藉由表面電漿子共振(SPR)所量測(圖 9G 及表 9b )。最關注的係，在主要13種中和抗體中，發現7種中和抗體使用IGHV3-53/3-66且主要與IGK1-9*01配對(表 9b )。七個中之四個源自P#5 (P5A-1D1、P5A-1B8、P5A-1D2及P5A-3C8)，而兩個源自P#2 (P2C-1F11及P2B-1A10)且一個源自P#22 (P22A-1D1) (圖 3D 至 3E )。在主要中和劑中來自不同個體之此類高發病率(53.8%)指示IGHV3-53/3-66表示一種針對SARS-CoV-2之主要及公開的抗體反應。此外，其CDR3長度在9至15之間變化，在所認定之總165個RBD特異性抗體中位於較短範圍內(圖 3F )。其體細胞超突變(SHM)通常較低且重鏈(P22A-1D1)或輕鏈(P5A-1B8及P2C-1F11)之一些體細胞超突變達到0%。近期報導亦已認識到IGHV3-53/3-66在SARS-CoV-2患者中之不均衡的高發病率(Barnes等人, 2020；Yuan等人, 2020)。
此等13種mAb對SARS-CoV-2 RBD展現出高但不同的結合親和力，藉由表面電漿子共振(SPR)所量測(圖 10C 及表 9b )。除P2B-1A10外，全部均展示單數位或更小奈莫耳的結合親和力。除P5A-3B4之外，此等mAb與ACE2在結合至SARS-CoV-2 RBD時具有強競爭性能力，表明其可能的中和機制(圖 10C 及表 9b )。
實例 5
此實例說明針對攜帶SARS-CoV-2之刺突蛋白的慢病毒之抗體之中和特性。
對於第一組抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2B-2G11、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5及P2C-1F11，測試RBD結合及假病毒中和活性。與競爭能力結果一致，中和活性顯著變化，其中IC50 值在0.03至＞ 50 μg/ml之範圍內(圖 4C 至圖 4M )。在此第一組抗體內，P2C-1F11、P2B-2F6及P2C-1A3最有效，其中IC50 分別為0.03、0.05及0.63 μg/ml。總體而言，ACE2競爭容量與中和活性良好相關，儘管此相關性在一些情況下並不準確。值得注意地，未發現針對攜帶SARS-CoV或MERS-CoV之全長刺突的假病毒之交叉中和或具有三聚SARS-CoV及MERS-CoV刺突之細胞表面染色的交叉中和(圖 11A 至圖 11B )。
亦測試抗體P2B-1G5之假病毒中和活性，其中IC50 值為0.11 μg/ml。結果示於表 7a 中。
進一步使用第二組抗體P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P2B-1G1、P5A-1C8、P5A-2F11、P5A-2E1、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4及P4A-2D9測試假病毒中和活性。結果顯示大部分此等抗體有效，且發現抗體P2B-1G5、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-1C8、P5A-2F11、P2B-1A1、P2C-1D7及P2B-1A10之IC50 均低於1 μg/ml (表 7b )。
亦使用第三組抗體P1A-1C10、 P4A-1H6、 P4B-1F4、 P5A-1B6、 P5A-1B8、 P5A-1B9、 P5A-1D1、 P5A-1D10、 P5A-2D11、 P5A-2G9、 P5A-2H3、 P5A-3A1、 P5A-3A6、 P5A-3B4、 P5A-3C12、 及P22A-1D1測試假病毒中和活性。結果顯示大部分此等抗體有效，且發現对于P4A-1H6、 P5A-1B6、 P5A-1B8、 P5A-1B9、 P5A-1D1、 P5A-1D10、 P5A-2D11、 P5A-2G9、 P5A-2H3、 P5A-3A1、 P5A-3A6、 P5A-3B4、 P5A-3C12、 及 P22A-1D1抗體(表 7c 及 圖 4V )之IC50 均低於1 μg/ml。其中P5A-1B9、 P22A-1D1、 P5A-1D1、 P5A-1B8、 P5A-2G9、 P5A-3B4 and P5A-3C12最顯著，其IC50 小於0.1 μg/ml (分別為0.0014、0.0038、0.0096、0.0115、0.0158、0.0993及0.0996 μg/ml)。
藉由概述使用假病毒進行之初始篩選結果，吾等認定13種mAb (P22A-1D1、P5A-1B9、P5A-2G7、P5A-2G9、P5A-1D1、P5A-1B8、P5A-1D2、P5A-3B4、P5A-3C8、P5A-3C12、P2C-1F11、P2B-2F6及P2B-1A10)，其中IC50 在0.0014 μg/mL至0.0996 μg/mL範圍內(圖 4N 至圖 4R )。然而，其餘抗體之IC50 在0.1 μg/mL與50 μg/mL或更高之間跨越(表 7d )。
吾等在第一組抗體中選擇針對假病毒之主要七種有效中和抗體以使用病灶減少中和測試(FRNT)分析其對活SARS-CoV-2之抑制活性(圖 4S 及圖 12A 至圖 12D )。與其各別假病毒檢定發現一致，P2C-1F11、P2B-2F6及P2C-1A3展現出最有效的中和活性，其中IC50 分別為0.03、0.41及0.28 μg/ml (圖 4U )。其餘抗體展現出中等中和活性，其中IC50在1.64至35.87 μg/ml範圍內(圖 4U )。基於病灶減少中和測試(FRNT)，進一步認定之主要13種中和抗體對活SARS-CoV-2亦展現出強抑制活性(圖 4T )。舉例而言，最佳抗體P5A-1B9之IC50 達到低至0.0043 μg/mL且IC80 達到0.0441 μg/mL，比第一組中測試之彼等抗體的效力大至少10倍(圖 4V )。
為判定此等抗體是否競爭SARS-CoV-2 RBD上之類似抗原決定基，總共六種具有相對強ACE2競爭性能力及中和效能之抗體且使用SPR以成對競爭方式分析。如表 8 及圖 13 中所示，在抗體對中發現不同程度之競爭。舉例而言，P2C-1A3對具有強降低能力之所測試的所有抗體具有競爭性(圖 13 )。在另一方面，P2C-1F11與其他抗體之競爭性較小，且特定言之僅與P2C-1C10具有最小競爭性。P2B-2F6 (另一有效中和抗體)與所測試之所有抗體廣泛地競爭。此等結果指示所分析之抗體識別重疊及不同的抗原決定基兩者。不同mAb可因此經由不同機制發揮其中和活性。
亦使用SPR以成對競爭方式分析抗體P2B-1G5與P2C-1F11。結果示於表 7a 中，此表明P2B-1G5僅與P2C-1F11具有最小競爭性。將C106S取代引入P2B-1G5中，且顯示出C106S取代之變體在RBD結合、假病毒檢定以及中和檢定中展現與親本抗體相當的活性。實例 6
此實例說明抗體中和之結構基礎。
測定第一組抗體中之主要三種最有效中和抗體(P2C-1F11、P2B-2F6及P2C-1A3)的晶體結構。其中，結合至SARS-CoV-2 RBD之P2B-2F6 Fab及P2C-1F11 Fab能夠形成晶體，且其結構係在2.85埃之解析度下解析(圖 5A 及圖 5F )。
抗體P2B-2F6主要使用重鏈與RBD相互作用，且互補位區域由14個來自重鏈之殘基(HCDR1之Y27、S28、S30、S31及Y33；HCDR2之H54；HCDR3之G102、I103、V105、V106及P107)及3個來自輕鏈之殘基(LCDR1之G31、Y32及N33)組成(圖 5E )。RBD上之內埋表面積(buried surface area)為534 A2 且識別之抗原決定基殘基全部來自RBD之受體結合模體(receptor-binding motif；RBM)，包含殘基K444、G446、G447、N448、Y449、N450、L452、V483、E484、G485、F490及S494 (圖 5E )。藉由P2B-2F6進行之SARS-CoV-2識別主要由RBD殘基Y449、L452及F490周圍之疏水相互作用驅動(圖 5B )。RBD-P2B-2F6及RBD-ACE2晶體結構之結構疊加指示P2B-2F6之結合將與ACE2發生衝突(圖 5C )。在P2B-2F6輕鏈(殘基R56、S58、G59、R63、S78、G79)與ACE2 (殘基D67、K68、A71、K74、E110、K114)之間將發生衝突。藉由P2B-2F6及ACE2識別之重疊殘基僅包含G446及Y449，此主要係由於其在接近RBD時之角度差異。然而，預期P2B-2F6與RBD之高親和力結合(5.14 nM) (其與RBD與ACE2之間的結合親和力(4.70 nM)相當)阻止受體ACE2接合，進一步藉由SPR分析中P2B-2F6之高ACE2競爭效率(在圖 4O 中為98.80%，第二行)支援。吾等亦將RBD-P2B-2F6晶體結構疊加至SARS-COV-2刺突三聚體的cryo-EM結構上，其中RBD具有兩種不同的「上」構形及「下」構形。不同於僅結合「上」RBD之ACE2，P2B-2F6 Fab能夠結合至「上」構形及「下」構形之RBD而不與刺突三聚體中之兩個其他單體發生衝突(圖 5D )。因此，吾等表明P2B-2F6中和之結構基礎依賴於與受體ACE2在刺突結合時之直接競爭。
抗體P2C-1F11主要使用重鏈與RBD相互作用，且互補位區域由17個來自重鏈之殘基(HCDR1之G26、I27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；HFR3之Y58；HCDR3之R97、L99、V100、V101、Y102及D105)及4個來自輕鏈之殘基(LFR1之I2；LCDR1之S28、S30及Y33)組成(圖 5G )。RBD上之內埋表面積示於圖 5G 中，且所識別之23個抗原決定基殘基位於SARS-CoV-2 RBD的RBM (Y453、L455、F456、R457、K458、S459、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489、Q493、G502及Y505)及核心(R403、T415、G416、K417、D420及Y421)中(圖 5G )。氫鍵結相互作用之網路(18個在重鏈與RBD之間及2個在輕鏈與RBD之間)在1F11識別SARS-CoV-2時占主導。
亦分別在2.40 Å、2.36 Å及2.60 Å之解析度下判定P22A-1D1、P5A-3C8及P5A-1D2與SARS-CoV-2 RBD複合之晶體結構(圖 5H 及表10c)。其使用抗體P2C-1F11 (2.96 Å)以用於面對面比較(head to head comparison)。如圖5H、5I、5J及5K中所示，此等四種抗體(P22A-1D1、P5A-3C8、P5A-1D2及P2C-1F11)以幾乎相同的接近角結合至RBD。所估計的與ACE2之碰撞體積為大概約20,000 Å3 (圖 5H )，與顯示與ACE2競爭結合至SARS-CoV-2 RBD之強能力的生物化學資料一致(表9b)。抗體P22A-1D1、P5A-3C8、P5A-1D2及P2C-1F11之重鏈在RBD上共用類似內埋表面。所估計的面積對於P22A-1D1為726 Å2 ，對於P5A-3C8為668 Å2 ，對於P5A-1D2為823 Å2 且對於P2C-1F11為725 Å2 (圖 5I )。相比之下，輕鏈之內埋表面積截然不同。P22A-1D1 (413 Å2 )及P5A-3C8 (480 Å2 )顯著大於P5A-1D2 (152 Å2 )及P2C-1F11 (230 Å2 ) (圖 5I )。將較大內埋區域轉譯成更多的抗原決定基殘基。舉例而言，P22A-1D1及P5A-3C8在RBD上具有28個及31個抗原決定基殘基，而P5A-1D2及P2C-1F11分別具有22個及23個抗原決定基殘基(圖 5S )。此外，此等抗體之抗原決定基與RBD上之ACE2結合殘基顯著重疊。在RBD上之17個ACE2結合殘基中，P22A-1D1共用15個，P5A-3C8共用16個，P5A-1D2共用10個，且P2C-1F11共用11個(圖 5L )。與RBD上之結合殘基類似的接近角及RBD上之結合殘基的大重疊表明此等四種公開抗體在結合至SARS-CoV-2方面類似於ACE2。P5A-1D2、P5A-3C8及P22A-1D1/SARS-CoV-2 RBD複合物之座標及結構因子檔案分別以寄存編號7CHO、7CHP、7CHS寄存於蛋白質資料庫(Protein Data Bank；PDB)中。
如實例3中所描述，發現四種抗體P22A-1D1、P5A-3C8、P5A-1D2及P2C-1F11均使用IGHV3-53或IGHV3-66(表9b)。除一個殘基以外，IGHV3-53及IGHV3-66共用相同的生殖系胺基酸序列。因此，預期四種抗體主要經由重鏈中之殘基共有其與RBD之結合特徵。如圖 5M 中所示，全部三個HCDR參與此等四種抗體與RBD之結合。重鏈序列比對顯示出HCDR1及HCDR2為高度保守的，而HCDR3為截然不同的(圖 5P 至圖 5S )。值得注意的係，P5A-1D2具有比其餘三種抗體(11個殘基)更長的HCDR3 (15個殘基)。
抗體P22A-1D1主要使用重鏈與RBD相互作用，且互補位區域由17個來自重鏈之殘基(G26、F27、T28、S31、N32、Y33、H52、S53、G54、S56、Y58、R97、R99、D100、Y101、Y102 及 D105)及10個來自輕鏈之殘基(Q27、G28、I29、S30、Y32、S67、H90、L91、N92及Y94)組成(圖 5T )。RBD上之內埋表面積示於圖 5T 中，且所識別之18個抗原決定基殘基位於SARS-CoV-2 RBD (T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489 及 Q493)中(圖 5T )。
抗體P5A-1D2主要使用重鏈與RBD相互作用，且互補位區域由20個來自重鏈之殘基(G26、F27、I28、S31、N32、Y33、Y52、S53、G54、S56、Y58、R87、R97、L99、Q100、V101、G102、A103、T104及D106)及3個來自輕鏈之殘基(A31、Y33、S95)組成(圖 5T )。RBD上之內埋表面積示於圖 5T 中，且所識別之20個抗原決定基殘基位於SARS-CoV-2 RBD (T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、N487、Y489、Q493 及Y505)中(圖 5T )。
抗體P5A-3C8主要使用重鏈與RBD相互作用，且互補位區域由16個來自重鏈之殘基(G26、F27、T28、S31、N32、Y33、Y52、S53、G54、S56、Y58、R97、L99、Q100、E101及H102)及12個來自輕鏈之殘基(G28、I29、S30、S31、S67、G68、H90、L91、N92、S93及Y94)組成(圖 5T )。RBD上之內埋表面積示於圖 5T 中，且所識別之19個抗原決定基殘基位於SARS-CoV-2 RBD (T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及Q493))中(圖 5T )。
抗體P2C-1F11主要使用重鏈與RBD相互作用，且互補位區域由16個來自重鏈之殘基(G26、I27、T28、S31、N32、Y33、Y52、S53、G54、S56、R97、L99、V100、V101、Y102及D105)及3個來自輕鏈之殘基(S28、S30及Y33)組成(圖 5T )。RBD上之內埋表面積示於圖 5T 中，且所識別之19個抗原決定基殘基位於SARS-CoV-2 RBD ()中(圖 5T )。
在共用的HCDR1-RBD界面中，保守HCDR1殘基G26、F27、T28/I28、S31、N32及Y33與RBD殘基L455、K458、Y473、A475、G476、S477及N487相互作用。在共用的HCDR2-RBD界面中，相互作用主要經由HCDR2殘基Y52、S53、G54、S56及Y58以及RBD殘基T415、G416、K417、D420、Y421、K458及N460介導。特定言之，四種抗體共有之一種獨特特徵為在與RBD形成疏水相互作用及親水相互作用之網路時使三個保守酪胺酸(Y33、Y52及Y58)參與(圖 5N )。舉例而言，Y33與RBD K417、Y421、L455及F456形成廣泛的疏水相互作用(圖 5N )。其側鏈-OH亦與RBD L455之主鏈氧原子形成保守氫鍵(圖 5N )。另一獨特及共有的特徵為由HCDR2中之-SGGS-區段介導的相互作用。除經由凡得瓦爾力(Van der Waals force)的緊密接觸之外，亦在開端S53與末端S56之間與RBD Y421及D420分別發生特定的氫鍵結相互作用(圖 5O )。另外，RBD Y421亦與G44之主鏈N原子形成保守氫鍵(圖 5O )。
不管共同及共有的特徵如何，四種抗體亦由於其序列及結構變化而展現出一些微小差異。P22A-1D1、P5A-3C8及P2C-1F11具有相同的11-殘基長HCDR3，但實際序列不同。舉例而言，P22A-1D1中之-RDYYG-經P5A-3C8中之-LQEHG-置換且經P2C-1F11中之-LVVYG-置換(表9b)。因此，儘管與同一RBD殘基(諸如F456、N487、Y489及Q493)相互作用，但在介導此類相互作用時HCDR3中之特定殘基為不同的。相較於其他三者，P5A-1D2具有含有15個殘基之相對較長HCDR3 (圖 5K 及表9b)，從而提供更多殘基以與RBD相互作用。舉例而言，P5A-1D2 HCDR3之尖端處之T104與RBD Y505具有相互作用，此在其他三個HCDR3-RBD界面中不存在(圖 5K )。RBD Y505實際上由P22A-1D1、P5A-3C8及P2C-1F11之輕鏈識別，且似乎充當輕鏈結合之錨定殘基(圖 5P 至圖 5S )。然而，P5A-1D2之長HCDR3的識別引起Y505之側鏈構形顯著改變，排除了Y505充當P5A-1D2輕鏈結合之錨定物(圖 5P 至圖 5S )。
為了進一步剖析抗原決定基殘基對公開抗體之結合的影響，吾等對公開抗體中共有之15個抗原決定基殘基進行了單點丙胺酸掃描突變誘發。所有突變刺突成功地表現於HEK 293T細胞之表面上，如藉由經由流式細胞量測術的對照S2抗體之中值螢光強度(median fluorescence intensity；MFI)所量測。然而，在15個突變殘基中，12個突變殘基引起四種公開抗體之結合減少超過80%，儘管一些抗體比其他抗體更敏感(圖 6C ，以灰色框突出顯示)。舉例而言，Y421A及F456A對所有四種公開抗體具有廣泛影響，而T415A、Y473A及N487A對四種公開抗體中之三者具有廣泛影響。在另一方面，K417A、D420A、L455A、R457A、N460A及Y489A僅降低四種抗體中之兩者的結合。特定言之，相比於其餘三種抗體，Y505A似乎對P5A-1D2具有更深遠的影響。此可能係由於Y505在經由如上文所說明之HCDR3之尖端處的T104進行的重鏈識別中之重要性。綜合而言，此等結果指示，不管其總體類似性如何，在四種公開抗體中確實存在一些微小差異，此可對其在結合活性及中和活性方面之微小差異做出解釋。最後，15個突變殘基中之9個亦引起ACE2與表面表現之棘狀醣蛋白的結合顯著減少。以橙色框突出顯示此等殘基，包含T415A、Y421A、L455A、F456A、R457A、Y473A、N487A、Y489A及Y505A。此等殘基對ACE2及公開抗體之共同影響支援上述結構分析(圖 5H 至圖 5L )。實例 7
健康成年個體中之半衰期及人類PK結果。
測定單株抗體(mAb)在典型70 kg個體中之半衰期： mAb T1/2 = 23.2天(具有野生型人類恆定域Fc之mAb) mAb-YTE T1/2 = 89.5天(具有YTE恆定域Fc之mAb)
構築且產生mAb1及mAb2抗體以分別含有抗原結合域P2C-1F11及P2B-1G5。兩種抗體含有經修飾人類IgG恆定域，其包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號。
在根據機構審查委員會(institutional review board；IRB)批准之方案(IRB批准號(025)-02及(026)-02，Ethical Committee of the Beijing Ditan Hospital，Capital Medical University)獲得同意之後，健康人類成年個體係以特定劑量投與抗體。在指定時間點獲取血液樣品。mAb1及mAb2血清濃度之定量係使用經驗證之夾心ELISA方法，使用可商購的His標籤SARS-CoV-2刺突蛋白受體結合域作為捕捉試劑，及用辣根過氧化酶標記之可商購的小鼠抗人類IgG Fc抗體作為偵測試劑進行。
進行三種劑量水準：第1組(750 mg)、第2組(1500 mg)及第3組(3000 mg)。
使用已建立之人類群體PK模型，使用蒙地卡羅模擬(Monte Carlo simulation)量測及預測不同劑量水準之mAb1及mAb2 PK曲線。對於各組，預測中值以實線示於圖 15A 至圖 15B 中。虛線及點表示個體中之量測濃度。陰影區表示第5至第95百分位數。實例 8
中和作用。
使用病灶減少中和測試(FRNT)方法量測針對活病毒SARS-CoV-2之單獨或組合的mAb1及mAb2之中和活性。兩種抗體展現有效抗病毒活性且兩種抗體之組合在中和活SARS-CoV-2病毒時展現出中等累加效應(圖 16 )。實例 9
活體內藥物動力學檢定。
在分別向雄性及雌性未經治療的食蟹獼猴以10 mg/kg IV灌注投與mAb1及mAb2 60分鐘之後，表徵mAb1及mAb2單劑量PK (n = 3隻動物/性別組)。根據批准方案進行動物研究。
在給藥前，輸注結束後5分鐘、30分鐘、1小時、2小時、4小時、8小時、24小時、48小時、72小時、96小時、120小時、168小時、240小時、336小時、504小時、672小時、840小時、1008小時、1176小時及1344小時收集血液樣品。在給藥前，輸注結束後336小時、504小時、672小時、840小時、1008小時、1176小時及1344小時收集抗藥物抗體(ADA)樣品。藉由ELISA方法測定血清樣品中之mAb1或mAb2之濃度。使用經驗證之ECL方法測定所收集樣品中之ADA反應程度。藥物動力學非房室分析(non-compartmental analyses；NCA)係基於IV灌注起始時間之時間。
食蟹獼猴中之mAb1及mAb2的藥物動力學(PK)資料示於圖 17A (mAb1)及圖 17B (mAb2)中。mAb1在劑量水準下未顯示出明顯的性別差異。在單次10 mg/kg IV劑量之後，血清mAb1及mAb2濃度以雙相方式下降，具有指示線性消除之濃度-時間曲線。實例 10
假病毒中和檢定
在假病毒中和檢定中，P2C-1F11幾乎不受UK501Y.V1 (在RBD中含有N501Y突變)、SA501Y.V2 (在RBD中含有K417N、E484K、N501Y突變)及BR501Y.V3 (RBD中之K417T、E484K及N501Y突變)突變株之影響，P2B-1G5亦如此(圖18)。吾等隨後研究能夠維持對變體之中和之P2C-1F11的結構基礎。吾等在2.10 Å之解析度下測定了P2C-1F11所結合的攜帶K417N-E484K-N501Y突變之SARS-CoV-2 RBD (RBD-3M)之晶體結構(PDB ID：7E8M) (圖19)。與吾等先前報導的在3.0 Å下野生型RBD與P2C-1F11之晶體結構(PDB ID：7CDI)相比，吾等發現三種突變並不改變P2C-1F11與RBD之總體結合模式(圖20)，如藉由所有581個Cα原子之0.52 Å rmsd值所證明。然而，認定到若干微妙變化。一種變化與殘基417之相互作用力有關且其他變化與501處之殘基的相互作用力有關。類似於其他I類及RBS-A類抗體，P2C-1F11經由疏水相互作用及氫鍵相互作用結合至野生型K417。此主要由其重鏈生殖系殘基Y33及Y52介導。K417N突變將減少此等相互作用，但僅經Y52與突變N417之間的一個氫鍵置換(圖20B及圖21)。此外，不同於I類或RBS-A類中之彼等，P2C-1F11在天冬胺酸(D)與K417之間不形成鹽橋相互作用(圖20B及20C)。因此，相比於I類或RBS-A類中之彼等(諸如在此處研究之P5A-1D2、P22A-1D1、CB6及在別處表徵之CC12.1、CC12.3、COVA2-04以及COVA2-07)，K417N突變將對P2C-1F11之破壞性較小。K417N-E484K-N501Y突變不位於P2B-1G5之抗原決定基上，且吾等假設由此等突變誘導之構形變化導致P2B-1G5對SA501Y.V2之中和效能降低6倍(圖22)。
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鑒於本發明，本文中所揭露及主張之所有組合物及方法均可在無不當實驗之情況下製備及執行。雖然已根據較佳實施例描述本發明之組合物及方法，但所屬技術領域中具有通常知識者應顯而易知，可在不脫離本發明之概念、精神及範疇之情況下對上述方法施加變化及在本文所描述之方法的步驟或步驟順序中施加變化。更具體而言，顯而易見的係，化學上及生理學上均相關之某些藥劑可取代本文所描述之藥劑，同時達成相同或類似結果。對所屬技術領域中具有通常知識者顯而易見之所有此類類似取代及修改均視為在如由隨附申請專利範圍所定義的本發明之精神、範疇及概念內。本發明之經編號實施例
在以下經編號實施例中闡明本發明涵蓋之其他主題： 1. 一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其能夠特異性結合至SARS-CoV-2，且展現比對SARS-CoV或MERS-CoV低至少50%之結合或展現不可偵測之結合。 2. 一種經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其具有一或多個選自由以下組成之群之特徵： a)能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白且展現比對SARS-CoV之刺突蛋白或MERS-CoV之刺突蛋白低至少50%之結合； b)能夠特異性結合至包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)； c)展現與包括SEQ ID NO: 124之胺基酸序列的SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合，其水準為不可偵測的或不超過與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合之50%； d)展現與包括SEQ ID NO: 126之胺基酸序列的MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合，其水準為不可偵測的或不超過與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合之50%； e)能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，其Kd 值不超過1×10- 7 M，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測； f)展現與SARS-CoV之刺突蛋白的RBD之結合或MERS-CoV之刺突蛋白的RBD之結合，其Kd 值為至少1×10- 6 M，如藉由SPR所量測； g)能夠展現在1 µM下與2 µM血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體至少30%之競爭以結合至以250之共振單位(RU)固定的SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，如藉由SPR所量測；及 h)能夠結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD，其在IC50 值下之中和活性不超過100 μg/ml，如藉由假病毒中和檢定所量測。 3. 一種能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的經分離或重組抗體或其抗原結合片段，其包括： a)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2及SEQ ID NO: 3； b)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12及SEQ ID NO: 13； c)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22及SEQ ID NO: 23； d)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32及SEQ ID NO: 33； e)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 42及SEQ ID NO: 43； f)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 52及SEQ ID NO: 53； g)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 66及SEQ ID NO: 67； h)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 76及SEQ ID NO: 77； i)         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86及SEQ ID NO: 87； j)         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 96及SEQ ID NO: 97； k)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 106及SEQ ID NO: 107； l)         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 437及SEQ ID NO: 438； m)      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 106及SEQ ID NO: 438； n)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 138； o)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 448； p)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 443及SEQ ID NO: 444；uu. 1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 444； q)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 146、SEQ ID NO: 147及SEQ ID NO: 148； r)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 156、SEQ ID NO: 157及SEQ ID NO: 158； s)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 166、SEQ ID NO: 167及SEQ ID NO: 168； t)         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 176、SEQ ID NO: 177及SEQ ID NO: 178； u)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 186、SEQ ID NO: 187及SEQ ID NO: 188； v)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 196、SEQ ID NO: 197及SEQ ID NO: 198； w)       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 206、SEQ ID NO: 207及SEQ ID NO: 208； x)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 216、SEQ ID NO: 217及SEQ ID NO: 218； y)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 226、SEQ ID NO: 227及SEQ ID NO: 228； z)        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 236、SEQ ID NO: 237及SEQ ID NO: 238； aa)      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 246、SEQ ID NO: 247及SEQ ID NO: 248； bb)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 256、SEQ ID NO: 257及SEQ ID NO: 258； cc)      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 266、SEQ ID NO: 267及SEQ ID NO: 268； dd)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 276、SEQ ID NO: 277及SEQ ID NO: 278； ee)      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 286、SEQ ID NO: 287及SEQ ID NO: 288； ff)       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 296、SEQ ID NO: 297及SEQ ID NO: 298； gg)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 306、SEQ ID NO: 307及SEQ ID NO: 308； hh)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 316、SEQ ID NO: 317及SEQ ID NO: 318； ii)       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 326、SEQ ID NO: 327及SEQ ID NO: 328； jj)       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 336、SEQ ID NO: 337及SEQ ID NO: 338； kk)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 346、SEQ ID NO: 347及SEQ ID NO: 348； ll)       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 356、SEQ ID NO: 357及SEQ ID NO: 358； mm)  1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 366、SEQ ID NO: 367及SEQ ID NO: 368； nn)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 376、SEQ ID NO: 377及SEQ ID NO: 378； oo)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 386、SEQ ID NO: 387及SEQ ID NO: 388； pp)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 396、SEQ ID NO: 397及SEQ ID NO: 398； qq)     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 406、SEQ ID NO: 407及SEQ ID NO: 408； rr)       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 416、SEQ ID NO: 417及SEQ ID NO: 418；或 ss)      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 426、SEQ ID NO: 427及SEQ ID NO: 428。 4.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其包括： a)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5及SEQ ID NO: 6； b)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15及SEQ ID NO: 16； c)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25及SEQ ID NO: 26； d)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35及SEQ ID NO: 36； e)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 45及SEQ ID NO: 46； f)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 55及SEQ ID NO: 56； g)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69及SEQ ID NO: 70； h)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 79及SEQ ID NO: 80；及 i)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 89及SEQ ID NO: 90； j)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99及SEQ ID NO: 100； k)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109及SEQ ID NO: 110； l)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 439、SEQ ID NO: 440及SEQ ID NO: 441； m)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 139、SEQ ID NO: 140及SEQ ID NO: 141； n)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 445、SEQ ID NO: 446及SEQ ID NO: 447； o)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 149、SEQ ID NO: 150及SEQ ID NO: 151； p)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 159、SEQ ID NO: 160及SEQ ID NO: 161； q)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 169、SEQ ID NO: 170及SEQ ID NO: 171； r)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 179、SEQ ID NO: 180及SEQ ID NO: 181； s)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 189、SEQ ID NO: 190及SEQ ID NO: 191； t)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 199、SEQ ID NO: 200及SEQ ID NO: 201； u)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 209、SEQ ID NO: 210及SEQ ID NO: 211； v)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 219、SEQ ID NO: 220及SEQ ID NO: 221； w)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 229、SEQ ID NO: 230及SEQ ID NO: 231； x)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 239、SEQ ID NO: 240及SEQ ID NO: 241； y)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 249、SEQ ID NO: 250及SEQ ID NO: 251； z)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 259、SEQ ID NO: 260及SEQ ID NO: 261； aa)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 269、SEQ ID NO: 270及SEQ ID NO: 271； bb)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 279、SEQ ID NO: 280及SEQ ID NO: 281； cc)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 289、SEQ ID NO: 290及SEQ ID NO: 291； dd)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 299、SEQ ID NO: 300及SEQ ID NO: 301； ee)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 309、SEQ ID NO: 310及SEQ ID NO: 311； ff)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 319、SEQ ID NO: 320及SEQ ID NO: 321； gg)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 329、SEQ ID NO: 330及SEQ ID NO: 331； hh)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 339、SEQ ID NO: 340及SEQ ID NO: 341； ii)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 349、SEQ ID NO: 350及SEQ ID NO: 351； jj)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 359、SEQ ID NO: 360及SEQ ID NO: 361； kk)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 369、SEQ ID NO: 370及SEQ ID NO: 371； ll)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 379、SEQ ID NO: 380及SEQ ID NO: 381； mm)  1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 389、SEQ ID NO: 390及SEQ ID NO: 391； nn)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 399、SEQ ID NO: 400及SEQ ID NO: 401； oo)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 409、SEQ ID NO: 410及SEQ ID NO: 411； pp)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 419、SEQ ID NO: 420及SEQ ID NO: 421；或 qq)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 429、SEQ ID NO: 430及SEQ ID NO: 431。 5. 如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其包括： a)          包括SEQ ID NO: 1之序列的重鏈CDR1 (HCDR1)、包括SEQ ID NO: 2之序列的重鏈CDR2 (HCDR2)、包括SEQ ID NO: 3之序列的重鏈CDR3 (HCDR3)、包括SEQ ID NO: 4之序列的輕鏈CDR1 (LCDR1)、包括SEQ ID NO: 5之序列的輕鏈CDR2 (LCDR2)及包括SEQ ID NO: 6之序列的輕鏈CDR3 (LCDR3)； b)          包括SEQ ID NO: 11之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 12之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 13之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 14之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 15之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 16之序列的LCDR3； c)          包括SEQ ID NO: 21之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 22之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 23之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 24之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 25之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 26之序列的LCDR3； d)          包括SEQ ID NO: 31之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 32之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 33之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 34之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 35之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 36之序列的LCDR3； e)          包括SEQ ID NO: 41之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 42之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 43之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 44之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 45之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 46之序列的LCDR3； f)           包括SEQ ID NO: 51之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 52之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 53之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 54之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 55之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 56之序列的LCDR3； g)          包括SEQ ID NO: 65之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 66之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 67之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 68之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 69之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 70之序列的LCDR3； h)          包括SEQ ID NO: 75之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 76之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 77之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 78之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 79之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 80之序列的LCDR3； i)           包括SEQ ID NO: 85之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 86之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 87之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 88之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 89之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 90之序列的LCDR3； j)           包括SEQ ID NO: 95之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 96之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 97之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 98之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 99之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 100之序列的LCDR3； k)          包括SEQ ID NO: 105或436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106或437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107或438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108或439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109或440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110或441之序列的LCDR3； l)           包括SEQ ID NO: 136或442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137或443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448或444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139或445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140或446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141或447之序列的LCDR3； m)         包括SEQ ID NO: 146之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 147之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 148之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 149之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 150之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 151之序列的LCDR3； n)          包括SEQ ID NO: 156之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 157之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 158之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 159之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 160之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 161之序列的LCDR3； o)          包括SEQ ID NO: 166之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 167之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 168之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 169之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 170之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 171之序列的LCDR3； p)          包括SEQ ID NO: 176之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 177之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 178之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 179之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 180之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 181之序列的LCDR3； q)          包括SEQ ID NO: 186之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 187之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 188之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 189之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 190之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 191之序列的LCDR3； r)           包括SEQ ID NO: 196之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 197之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 198之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 199之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 200之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 201之序列的LCDR3； s)           包括SEQ ID NO: 206之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 207之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 208之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 209之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 210之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 211之序列的LCDR3； t)           包括SEQ ID NO: 216之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 217之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 218之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 219之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 220之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 221之序列的LCDR3； u)          包括SEQ ID NO: 226之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 227之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 228之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 229之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 230之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 231之序列的LCDR3； v)          包括SEQ ID NO: 236之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 237之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 238之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 239之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 240之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 241之序列的LCDR3； w)         包括SEQ ID NO: 246之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 247之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 248之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 249之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 250之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 251之序列的LCDR3； x)          包括SEQ ID NO: 256之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 257之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 258之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 259之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 260之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 261之序列的LCDR3； y)          包括SEQ ID NO: 266之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 267之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 268之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 269之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 270之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 271之序列的LCDR3； z)          包括SEQ ID NO: 276之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 277之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 278之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 279之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 280之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 281之序列的LCDR3； aa)        包括SEQ ID NO: 286之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 287之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 288之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 289之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 290之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 291之序列的LCDR3； bb)       包括SEQ ID NO: 296之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 297之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 298之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 299之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 300之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 301之序列的LCDR3； cc)        包括SEQ ID NO: 306之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 307之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 308之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 309之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 310之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 311之序列的LCDR3； dd)       包括SEQ ID NO: 316之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 317之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 318之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 319之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 320之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 321之序列的LCDR3； ee)        包括SEQ ID NO: 326之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 327之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 328之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 329之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 330之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 331之序列的LCDR3； ff)         包括SEQ ID NO: 336之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 337之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 338之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 339之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 340之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 341之序列的LCDR3； gg)       包括SEQ ID NO: 346之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 347之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 348之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 349之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 350之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 351之序列的LCDR3； hh)       包括SEQ ID NO: 356之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 357之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 358之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 359之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 360之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 361之序列的LCDR3； ii)         包括SEQ ID NO: 366之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 367之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 368之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 369之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 370之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 371之序列的LCDR3； jj)         包括SEQ ID NO: 376之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 377之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 378之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 379之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 380之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 381之序列的LCDR3； kk)       包括SEQ ID NO: 386之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 387之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 388之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 389之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 390之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 391之序列的LCDR3； ll)         包括SEQ ID NO: 396之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 397之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 398之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 399之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 400之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 401之序列的LCDR3； mm)     包括SEQ ID NO: 406之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 407之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 408之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 409之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 410之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 411之序列的LCDR3； nn)       包括SEQ ID NO: 416之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 417之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 418之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 419之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 420之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 421之序列的LCDR3；或 oo)       包括SEQ ID NO: 426之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 427之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 428之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 429之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 430之序列的LCDR2、包括SEQ ID NO: 431之序列的LCDR3。 6. 如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其包括一對選自由以下組成之群的重鏈可變區及輕鏈可變區序列：SEQ ID NO：7/8、17/18、27/28、37/38、47/48、57/58、61/62、71/72、81/82、91/92、101/102、111/112、142/143、152/153、162/163、172/173、182/183、192/193、202/203、212/213、222/223、232/233、242/243、252/253、262/263、272/273、282/283、292/293、302/303、312/313、322/323、332/333、342/343、352/353、362/363、372/373、382/383、392/393、402/403、412/413、422/423 及432/433，或一對與其具有至少80%序列一致性但仍保持與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合特異性之同源序列。 7. 如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為抗體P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12、或P22A-1D1之變體，上述變體包括： a) 重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與表1中所列出之親本抗體之HCDR1序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b) 重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與表1中所列出之親本抗體之HCDR2序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c) 重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與表1中所列出之親本抗體之HCDR3序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d) 輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與表1中所列出之親本抗體之LCDR1序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e) 輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與表1中所列出之親本抗體之LCDR2序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)  輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與表1中所列出之親本抗體之LCDR3序列具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 其保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於其親本抗體之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 8. 如實施例7之抗體或其抗原結合片段，其包括：HCDR1，其在表1中所列出之親本抗體之HCDR1序列中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在表1中所列出之親本抗體之HCDR2序列中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在表1中所列出之親本抗體之HCDR3序列中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR1，其在表1中所列出之親本抗體之LCDR1序列中具有不超過2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在表1中所列出之親本抗體之LCDR2序列中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在表1中所列出之親本抗體之LCDR3序列中具有不超過3、2或1個胺基酸突變。 9. 如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其包括： a) 至少一個重鏈CDR序列，其在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 b) 至少兩個重鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 c) 三個重鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 d) 至少一個輕鏈序列，其在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 e) 至少兩個輕鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代，或 f)  三個輕鏈CDR序列，其各自在表1中所列出之親本抗體之重鏈CDR序列中具有不超過3、2或1個胺基酸取代。 10.     如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為抗體P2B-2F6之變體且包括： a) 重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 41具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b) 重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 42具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c) 重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 43具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d) 輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 44具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e) 輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 45具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)  輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 46具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 其保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2B-2F6之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 11.     如實施例10之抗體或其抗原結合片段，其包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 41中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 42中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 43中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 44中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 45中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 46中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變。 12.     如實施例10或11之抗體或其抗原結合片段，其保留抗體P2B-2F6之全部或至少部分互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。 13.     如實施例12之抗體或其抗原結合片段，其中抗體P2B-2F6之互補位包括或由以下組成：HCDR1之Y27、S28、S30、S31及Y33；HCDR2之H54；HCDR3之G102、I103、V105、V106及P107；以及LCDR1之G31、Y32及N33，其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 47，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 48。 14.     如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為抗體P2C-1F11之變體，上述變體包括： a) 重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 105或436具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b) 重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 106或436具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c) 重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 107或438具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d) 輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 108或439具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e) 輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 109或440具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)  輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 110或441具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 其保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2C-1F11之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 15.     如實施例14之抗體或其抗原結合片段，其包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 105或436中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 106或436中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 107或438中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR1，其在SEQ ID NO: 108或439中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 109或440中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 110或441中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P2C-1F11之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 16.     如實施例14之抗體或其抗原結合片段，其保留抗體P2C-1F11之全部或至少部分互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。 17.     如實施例16之抗體或其抗原結合片段，其中抗體P2C-1F11之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、I27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；HCDR3之R97、L99、V100、V101、Y102及D105；以及LCDR1之S28、S30及Y33，其中重鏈中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 111，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 112。 17-1.如實施例17之抗體或其抗原結合片段，其中抗體P2C-1F11之所保留互補位至少包括抗體P2C-1F11的HCDR2之Y52及LCDR1之Y33。 18.     如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為抗體P22A-1D1之變體，其中變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 426具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 427具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 428具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 429具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 430具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 431具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P22A-1D1之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 19.     如實施例18之抗體或其抗原結合片段，其包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 426中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 427中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 428中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 429中具有不超過5、4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 430中具有不超過1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 431中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P22A-1D1之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 20.     如實施例18之抗體或其抗原結合片段，其保留抗體P22A-1D1之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。 21.     如實施例20之抗體或其抗原結合片段，其中抗體P22A-1D1之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、F27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；重鏈構架區3之Y58；HCDR3之R97、R99、D100、Y101、Y102及D105；LCDR1之Q27、G28、I29、S30及Y32；LCDR2之S67；及/或LCDR3之H90、L91、N92及Y94；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 432，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 433。 22.     如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為抗體P5A-1D2之變體，其中變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 236具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 237具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 238具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 239具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 240具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 241具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-1D2之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 23.     如實施例22之抗體或其抗原結合片段，其包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 236中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 237中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 238中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 239中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 240中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 241中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-1D2之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 24.     如實施例22之抗體或其抗原結合片段，其保留抗體P5A-1D2之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。 25.     如實施例24之抗體或其抗原結合片段，其中抗體P5A-1D2之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、F27、I28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；重鏈構架區3之Y58及R87；HCDR3之R97、L99、Q100、V101、G102、A103、T104及D106；LCDR1之A31及Y33；及/或LCDR3之S95；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 242，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 243。 26.     如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為抗體P5A-3C8之變體，其中變體包括： a)重鏈CDR1 (HCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 226具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 b)重鏈CDR2 (HCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 227具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 c)重鏈CDR3 (HCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 228具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 d)輕鏈CDR1 (LCDR1)序列，其與SEQ ID NO: 229具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 e)輕鏈CDR2 (LCDR2)序列，其與SEQ ID NO: 230具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及/或 f)輕鏈CDR3 (LCDR3)序列，其與SEQ ID NO: 231具有至少80% (例如至少85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)序列一致性，及 同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-3C8之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 27.     如實施例26之抗體或其抗原結合片段，其包括：HCDR1，其在SEQ ID NO: 226中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；HCDR2，其在SEQ ID NO: 227中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；HCDR3，其在SEQ ID NO: 228中具有不超過6、5、4、3、2或1個胺基酸取代；LCDR1，其在SEQ ID NO: 229中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變；LCDR2，其在SEQ ID NO: 230中具有不超過3、2或1個胺基酸突變；及/或LCDR3，其在SEQ ID NO: 231中具有不超過4、3、2或1個胺基酸突變，且同時保持與SARS-COV-2之結合特異性，視情況在類似於或甚至高於抗體P5A-3C8之水準下對SARS-COV-2具有結合親和力。 28.     如實施例26之抗體或其抗原結合片段，其保留抗體P5A-3C8之全部互補位，同時抗體之互補位外部的胺基酸殘基中之一或多者可經突變。 29.     如實施例28之抗體或其抗原結合片段，其中抗體P5A-3C8之互補位包括或由以下組成：HCDR1之G26、F27、T28、S31、N32及Y33；HCDR2之Y52、S53、G54及S56；重鏈構架區3之Y58；HCDR3之R97、L99、Q100、E101及H102；及LCDR1之G28、I29、S30、S31及Y32；LCDR2之S67；輕鏈構架區3之G68；LCDR3之H90、L91、N92、S93及Y94；其中重鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 232，且輕鏈CDR中之殘基之編號係根據SEQ ID NO: 233。 30.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其進一步包括免疫球蛋白恆定區、視情況存在之人類免疫球蛋白恆定區或視情況存在之人類IgG恆定區。 31.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其進一步包括一或多個胺基酸殘基突變但仍保持與SARS-CoV-2之結合特異性，視情況保持與SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合親和力。 32.如實施例31之抗體或其抗原結合片段，其為親和力變體、糖基化變體、半胱胺酸工程化之變體或Fc變體。 33.如實施例32之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括一或多個引起相對於野生型Fc增加之效應功能的胺基酸殘基修飾或取代。 34.如實施例33之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括在Fc區之以下位置中之一或多者處的一或多個胺基酸取代：234、235、236、238、239、240、241、243、244、245、246、247、248、249、252、254、255、256、258、260、262、263、264、265、267、268、269、270、272、274、276、278、280、283、285、286、289、290、292、293、294、295、296、298、299、300、301、303、304、305、307、309、312、313、315、320、322、324、325、326、327、329、330、331、332、333、334、335、337、338、339、340、345、360、373、376、378、382、388、389、396、398、414、416、419、430、433、434、435、436、437、438、439 及440，其中Fc區中之殘基的編號為如Kabat中之EU索引之編號。 35.如實施例34之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：234Y、235Q、236A、236W、239D、239E、239M、243L、247I、267E、268D、268E、268F、270E、280H、290S、292P、298A、298D、298V、300L、305I、324T、326A、326D、326W、330L、330M、333S、332D、332E、298A、333A、334A、334E、339D、339Q、345R、396L、430G、440Y，或其任何組合。 36.如實施例33之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括一或多個引起相對於野生型Fc降低之效應功能的胺基酸殘基修飾或取代。 37.如實施例36之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括在Fc區之選自由以下組成之群之位置處的一或多個胺基酸取代：220、226、229、233、234、235、236、237、238、267、268、269、270、297、309、318、320、322、325、328、329、330、及331，其中Fc區中之殘基的編號為如Kabat中之EU索引之編號。 38.如實施例36之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：220S、226S、228P、229S、233P、234V、234G、234A、234F、234A、235A、235G、235E、236E、236R、237A、237K、238S、267R、268A、268Q、269R、297A、297Q、297G、309L、318A、322A、325L、328R、330S、331S，及其任何組合。 39.如實施例33之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括一或多個胺基酸殘基修飾或取代，其引起血清半衰期改善或在pH 6.0下與新生兒Fc受體(FcRn)之結合親和力改善，同時在pH 7.4下保持最小結合。 40.如實施例39之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括選自由以下組成之群之位置處的一或多個胺基酸取代：234、235、238、250、252、254、256、259、272、305、307、308、311、312、322、328、331、378、380、382、428、432、433、434、435、436 及 437 (所有位置藉由EU編號)。 41.如實施例40之抗體或其抗原結合片段，其中Fc變體包括一或多個選自由以下組成之群的胺基酸取代：234F、235Q、238D、250Q、252T、252Y、254T、256E、259I、272A、305A、307A、308F、311A、322Q、328E、331S、380A、428L、432C、433K、433S、434S、434Y、434F、434W、434A、435H、436L、437C，及其任何組合。 42.     如實施例31之抗體或其抗原結合片段，其中上述取代或修飾中之至少一者處於CDR序列中之一或多者中，及/或處於重鏈可變區或輕鏈可變區的非CDR序列中之一或多者中。 43.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其為單株抗體、雙特異性抗體、多特異性抗體、重組抗體、嵌合抗體、經標記抗體、二價抗體、抗個體基因型抗體、融合蛋白、二聚抗體或聚合抗體，或經修飾抗體(例如，糖基化抗體)。 44.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其為雙功能抗體、Fab、Fab'、F(ab')2 、Fd、Fv片段、二硫鍵穩定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2 、雙特異性dsFv (dsFv-dsFv')、二硫鍵穩定的雙功能抗體(ds diabody)、單鏈抗體分子(scFv)、scFv二聚體(二價雙功能抗體)、雙特異性scFv二聚體、多特異性抗體、重鏈抗體、駱駝化單域抗體、奈米抗體、域抗體或二價域抗體。 45.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其為雙特異性的且包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一抗原結合域及第二抗原結合域源自任何兩種選自由以下組成之群的單株抗體：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12、及P22A-1D1。 46.     如實施例45之抗體或其抗原結合片段，其中第一抗原結合域及第二抗原結合域： a)          分別源自P2C-1F11及P2B-2F6； b)          分別源自P2C-1F11及P2A-1A8； c)          分別源自P2C-1F11及P2A-1A9； d)          分別源自P2C-1F11及P2B-2G11； e)          分別源自P2C-1F11及P2A-1A10； f)           分別源自P2C-1F11及P2A-1B3； g)          分別源自P2C-1F11及P2B-2G4； h)          分別源自P2C-1F11及P2C-1A3； i)           分別源自P2C-1F11及P2C-1C8； j)           分別源自P2C-1F11及P2C-1C10； k)          分別源自P2C-1F11及P2C-1D5； l)           分別源自P2A-1A8及P2A-1A9； m)         分別源自P2A-1A8及P2B-2G11； n)          分別源自P2A-1A8及P2A-1A10； o)          分別源自P2A-1A8及P2A-1B3； p)          分別源自P2A-1A8及P2B-2F6； q)          分別源自P2A-1A8及P2B-2G4； r)           分別源自P2A-1A8及P2C-1A3； s)           分別源自P2A-1A8及P2C-1C8； t)           分別源自P2A-1A8及P2C-1C10； u)          分別源自P2A-1A8及P2C-1D5； v)          分別源自P2A-1A9及2B-2G11； w)         分別源自P2A-1A9及P2A-1A10； x)          分別源自P2A-1A9及P2A-1B3； y)          分別源自P2A-1A9及P2B-2F6； z)          分別源自P2A-1A9及P2B-2G4； aa)        分別源自P2A-1A9及P2C-1A3； bb)       分別源自P2A-1A9及P2C-1C8； cc)        分別源自P2A-1A9及P2C-1C10； dd)       分別源自P2A-1A9及P2C-1D5； ee)        分別源自P2B-2G11及P2A-1A10； ff)         分別源自P2B-2G11及P2A-1B3； gg)       分別源自P2B-2G11及P2B-2F6； hh)       分別源自P2B-2G11及P2B-2G4； ii)         分別源自P2B-2G11及P2C-1A3； jj)         分別源自P2B-2G11及P2C-1C8； kk)       分別源自P2B-2G11及P2C-1C10； ll)         分別源自P2B-2G11及P2C-1D5； mm)     分別源自P2A-1A10及P2A-1B3； nn)       分別源自P2A-1A10及P2B-2F6； oo)       分別源自P2A-1A10及P2B-2G4； pp)       分別源自P2A-1A10及P2C-1A3； qq)       分別源自P2A-1A10及P2C-1C8； rr)         分別源自P2A-1A10及P2C-1C10； ss)        分別源自P2A-1A10及P2C-1D5； tt)         分別源自P2A-1B3及P2B-2F6； uu)       分別源自P2A-1B3及P2B-2G4； vv)       分別源自P2A-1B3及P2C-1A3； ww)     分別源自P2A-1B3及P2C-1C8； xx)       分別源自P2A-1B3及P2C-1C10； yy)       分別源自P2A-1B3及P2C-1D5； zz)        分別源自P2B-2F6及P2B-2G4； aaa)      分別源自P2B-2F6及P2C-1A3； bbb)     分別源自P2B-2F6及P2C-1C8； ccc)      分別源自P2B-2F6及P2C-1C10； ddd)     分別源自P2B-2F6及P2C-1D5； eee)      分別源自P2B-2G4及P2C-1A3； fff)       分別源自P2B-2G4及P2C-1C8； ggg)     分別源自P2B-2G4及P2C-1C10； hhh)     分別源自P2B-2G4及P2C-1D5； iii)        分別源自P2C-1A3及P2C-1C8； jjj)        分別源自P2C-1A3及P2C-1C10； kkk)     分別源自P2C-1A3及P2C-1D5； lll)        分別源自P2C-1C8及P2C-1C10； mmm) 分別源自P2C-1C8及P2C-1D5；或 nnn)     分別源自P2C-1C10及P2C-1D5。 47.     如實施例1或2之抗體或其抗原結合片段，其為雙特異性的且包括第一抗原結合域及第二抗原結合域，其中第一抗原結合域及第二抗原結合域源自任何兩種選自由以下組成之群的單株抗體：，或其變體。 48.     如實施例47之抗體或其抗原結合片段，其中第一抗原結合域及第二抗原結合域： a)               分別源自P2C-1F11 (或其變體)及P2B-1G5 (或其變體)； b)               分別源自P2C-1F11及P2B-1A1； c)               分別源自P2C-1F11及P2C-1D7； d)               分別源自P2C-1F11及P2B-1A10； e)               分別源自P2C-1F11及P2B-1D9； f)                分別源自P2C-1F11及P2B-1E4； g)               分別源自P2C-1F11及P2B-1G1； h)               分別源自P2C-1F11及P4A-2D9； i)                分別源自P2C-1F11及P5A-2G7； j)                分別源自P2C-1F11及P5A-3C8； k)               分別源自P2C-1F11及P5A-1D2； l)                分別源自P2C-1F11及P5A-2F11； m)              分別源自P2C-1F11及P5A-2E1； n)               分別源自P2C-1F11及P5A-1C8； o)               分別源自P2B-2F6及P2B-1G5； p)               分別源自P2B-2F6及P2B-1A1； q)               分別源自P2B-2F6及P2C-1D7； r)                分別源自P2B-2F6及P2B-1A10； s)               分別源自P2B-2F6及P2B-1D9； t)                分別源自P2B-2F6及P2B-1E4； u)               分別源自P2B-2F6及P2B-1G1； v)               分別源自P2B-2F6及P4A-2D9； w)              分別源自P2B-2F6及P5A-2G7； x)               分別源自P2B-2F6及P5A-3C8； y)               分別源自P2B-2F6及P5A-1D2； z)               分別源自P2B-2F6及P5A-2F11； aa)             分別源自P2B-2F6及P5A-2E1； bb)            分別源自P2B-2F6及P5A-1C8； cc)             分別源自P2B-1G5及P2B-1A1； dd)            分別源自P2B-1G5及P2C-1D7； ee)             分別源自P2B-1G5及P2B-1A10； ff)              分別源自P2B-1G5及P2B-1D9； gg)            分別源自P2B-1G5及P2B-1E4； hh)            分別源自P2B-1G5及P2B-1G1； ii)              分別源自P2B-1G5及P4A-2D9； jj)              分別源自P2B-1G5及P5A-2G7； kk)            分別源自P2B-1G5及P5A-3C8； ll)              分別源自P2B-1G5及P5A-1D2； mm)          分別源自P2B-1G5及P5A-2F11； nn)            分別源自P2B-1G5及P5A-2E1； oo)            分別源自P2B-1G5及P5A-1C8； pp)            分別源自P2B-1A1及P2C-1D7； qq)            分別源自P2B-1A1及P2B-1A10； rr)              分別源自P2B-1A1及P2B-1D9； ss)             分別源自P2B-1A1及P2B-1E4； tt)              分別源自P2B-1A1及P2B-1G1； uu)            分別源自P2B-1A1及P4A-2D9； vv)            分別源自P2B-1A1及P5A-2G7； ww)          分別源自P2B-1A1及P5A-3C8； xx)            分別源自P2B-1A1及P5A-1D2； yy)            分別源自P2B-1A1及P5A-2F11； zz)             分別源自P2B-1A15及P5A-2E1； aaa)          分別源自P2B-1A1及P5A-1C8； bbb)          分別源自P2C-1D7及P2B-1A10； ccc)          分別源自P2C-1D7及P2B-1D9； ddd)          分別源自P2C-1D7及P2B-1E4； eee)          分別源自P2C-1D7及P2B-1G1； fff)            分別源自P2C-1D7及P4A-2D9； ggg)          分別源自P2C-1D7及P5A-2G7； hhh)          分別源自P2C-1D7及P5A-3C8； iii)             分別源自P2C-1D7及P5A-1D2； jjj)             分別源自P2C-1D7及P5A-2F11； kkk)          分別源自P2B-1A15及P5A-2E1； lll)             分別源自P2B-1A1及P5A-1C8； mmm)      分別源自P2B-1A10及P2B-1D9； nnn)          分別源自P2B-1A10及P2B-1E4； ooo)          分別源自P2B-1A10及P2B-1G1； ppp)          分別源自P2B-1A10及P4A-2D9； qqq)          分別源自P2B-1A10及P5A-2G7； rrr)            分別源自P2B-1A10及P5A-3C8； sss)           分別源自P2B-1A10及P5A-1D2； ttt)             分別源自P2B-1A10及P5A-2F11； uuu)          分別源自P2B-1A10及P5A-2E1； vvv)          分別源自P2B-1A10及P5A-1C8； www)      分別源自P2B-1D9及P2B-1E4； xxx)          分別源自P2B-1D9及P2B-1G1； yyy)          分別源自P2B-1D9及P4A-2D9； zzz)          分別源自P2B-1D9及P5A-2G7； aaaa)        分別源自P2B-1D9及P5A-3C8； bbbb)       分別源自P2B-1D9及P5A-1D2； cccc)        分別源自P2B-1D9及P5A-2F11； dddd)       分別源自P2B-1D9及P5A-2E1； eeee)        分別源自P2B-1D9及P5A-1C8； ffff)          分別源自P2B-1E4及P2B-1G1； gggg)       分別源自P2B-1E4及P4A-2D9； hhhh)       分別源自P2B-1E4及P5A-2G7； iiii)           分別源自P2B-1E4及P5A-3C8； jjjj)           分別源自P2B-1E4及P5A-1D2； kkkk)       分別源自P2B-1E4及P5A-2F11； llll)           分別源自P2B-1E4及P5A-2E1； mmmm)  分別源自P2B-1E4及P5A-1C8； nnnn)       分別源自P2B-1G1及P4A-2D9； oooo)       分別源自P2B-1G1及P5A-2G7； pppp)       分別源自P2B-1G1及P5A-3C8； qqqq)       分別源自P2B-1G1及P5A-1D2； rrrr)          分別源自P2B-1G1及P5A-2F11； ssss)         分別源自P2B-1G1及P5A-2E1； tttt)           分別源自P2B-1G1及P5A-1C8； uuuu)       分別源自P4A-2D9及P5A-2G7； vvvv)       分別源自P4A-2D9及P5A-3C8； wwww)   分別源自P4A-2D9及P5A-1D2； xxxx)       分別源自P4A-2D9及P5A-2F11； yyyy)       分別源自P4A-2D9及P5A-2E1； zzzz)        分別源自P4A-2D9及P5A-1C8； aaaaa)      分別源自P5A-2G7及P5A-3C8； bbbbb)    分別源自P5A-2G7及P5A-1D2； ccccc)      分別源自P5A-2G7及P5A-2F11； ddddd)    分別源自P5A-2G7及P5A-2E1； eeeee)      分別源自P5A-2G7及P5A-1C8； fffff)        分別源自P5A-3C8及P5A-1D2； ggggg)    分別源自P5A-3C8及P5A-2F11； hhhhh)    分別源自P5A-3C8及P5A-2E1； iiiii)         分別源自P5A-3C8及P5A-1C8； jjjjj)         分別源自P5A-1D2及P5A-2F11； kkkkk)    分別源自P5A-1D2及P5A-2E1； lllll)         分別源自P5A-1D2及P5A-1C8； mmmmm) 分別源自P5A-2F11及P5A-2E1； nnnnn)    分別源自P5A-2F11及P5A-1C8； ooooo)    分別源自P5A-2E1及P5A-1C8。 49.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其為完全人類抗體。 50.     如前述實施例中任一項之抗體或其抗原結合片段，其連接至一或多個綴合物部分。 51.     如實施例50之抗體或其抗原結合片段，其中綴合物部分包括治療劑、放射性同位素、可偵測標記、藥物動力學修飾部分或純化部分，且視情況綴合物部分直接或經由連接子共價連接。 52.     一種抗體或其抗原結合片段，其與如實施例1至44中任一項之抗體或其抗原結合片段競爭結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD。 53.     一種經分離多核苷酸，其編碼如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段。 54.     如實施例53之經分離多核苷酸，其包括選自由以下組成之群的核苷酸序列：SEQ ID NO：9-10、19-20、29-30、39-40、49-50、59-60、63-64、73-74、83-84、93-94、103-104、113-114、144-145、154-155、164-165、174-175、184-185、194-195、204-205、214-215、224-225、234-235、244-245、254-255、264-265、274-275、284-285、294-295、304-305、314-315、324-325、334-335、344-345、354-355、364-365、374-375、384-385、394-395、404-405、414-415、424-425、及434-435，或與其具有至少80%序列一致性之同源序列。 55.     如實施例54之經分離多核苷酸，其中上述同源物序列編碼與由選自由以下組成之群的任何核苷酸序列編碼相同的蛋白質：SEQ ID NO：9-10、19-20、29-30、39-40、49-50、59-60、63-64、73-74、83-84、93-94、103-104、113-114、144-145、154-155、164-165、174-175、184-185、194-195、204-205、214-215、224-225、234-235、244-245、254-255、264-265、274-275、284-285、294-295、304-305、314-315、324-325、334-335、344-345、354-355、364-365、374-375、384-385、394-395、404-405、414-415、424-425、及434-435。 56.     一種載體，其包括如實施例53至55中任一項之經分離多核苷酸，視情況上述載體為表現載體。 57.     一種宿主細胞，其包括如實施例56之載體。 58.     一種醫藥組合物，其包括如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段及醫藥學上可接受之載劑，或包括如技術方案53之多核苷酸及醫藥學上可接受之載劑。 59.如實施例58之醫藥組合物，其包括兩種或更多種如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段及醫藥學上可接受之載劑的組合。 60.如實施例59之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體或其抗原結合片段結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD中的不同抗原決定基。 61.如實施例60之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體包括第一抗體及選自由以下組成之群的第二抗體：P2A-1A8、P2A-1A9、P2B-2G11、P2A-1A10、P2A-1B3、P2B-2F6、P2B-2G4、P2C-1A3、P2C-1C8、P2C-1C10、P2C-1D5、P2C-1F11、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、P5A-1C8、P1A-1C10、P4A-1H6、P4B-1F4、P5A-1B6、P5A-1B8、P5A-1B9、P5A-1D1、P5A-1D10、P5A-2D11、P5A-2G9、P5A-2H3、P5A-3A1、P5A-3A6、P5A-3B4、P5A-3C12、及P22A-1D1,，或其抗原結合片段。 62.如實施例60之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體包括第一抗體及選自由以下組成之群的第二抗體：P2C-1F11、P2B-2F6、P2B-1G5、P2B-1A1、P2C-1D7、P2B-1A10、P2B-1D9、P2B-1E4、P2B-1G1、P4A-2D9、P5A-2G7、P5A-3C8、P5A-1D2、P5A-2F11、P5A-2E1、及P5A-1C8，或其抗原結合片段。 63.如實施例60之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1F11或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1A3、P2C-1C10、P2B-2F6、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段，視情況上述醫藥組合物包括：第一抗體，其包括源自P2C-1F11之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列；及第二抗體，其包括源自抗體P2B-2F6之重鏈CDR序列及輕鏈CDR序列。 64.如實施例60之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2C-1A3或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1F11及P2A-1B3，或其抗原結合片段。 65.如實施例60之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2B-2F6或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-1G5及P2A-1B3，或其抗原結合片段。 66.如實施例60之醫藥組合物，其中兩種或更多種抗體包括：第一抗體，其包括P2A-1B3或其抗原結合片段；及第二抗體，其選自由以下組成之群：P2C-1A3、P2C-1C10、P2C-1F11、P2B-2F6及P2A-1A10，或其抗原結合片段。 67.     一種產生如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段的方法，其包括在表現如實施例56之載體之條件下培養如實施例57之宿主細胞。 68.     如實施例67之方法，其進一步包括純化由宿主細胞產生之抗體。 69.     一種用於偵測SARS-CoV-2抗原之套組，其包括如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段。 70.     如實施例69之套組，其進一步包括含有SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的對照試劑，視情況上述套組進一步包括一組用於偵測抗體或抗原結合片段與SARS-CoV-2抗原結合之複合物的試劑。 71.     一種治療個體之SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的方法，其包括向個體投與治療有效量的如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段中之一或多者，或如實施例53至55中任一項之多核苷酸中之一或多者，或如實施例56之載體中之一或多者，或如實施例58至66中任一項之醫藥組合物。 72.一種預防個體之SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀的方法，其包括向個體投與治療有效量的如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段中之一或多者，或如實施例53至55中任一項之多核苷酸中之一或多者，或如實施例56之載體中之一或多者，或如實施例58至66中任一項之醫藥組合物。 73.     如實施例71或72之方法，其中投與係經由經口、經鼻、靜脈內、皮下或肌肉內投與。 74.     如實施例73之方法，其中個體為人類。 75.     如實施例71至74中任一項之方法，其進一步包括投與治療有效量之第二生物活性劑，視情況上述第二生物活性劑為治療劑或預防劑。 76.     如實施例75之方法，其中治療劑為抗病毒劑，視情況上述抗病毒劑包括抗病毒肽、抗病毒抗體、抗病毒化合物、抗病毒細胞介素或抗病毒寡核苷酸。 77.     一種偵測樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或量的方法，其包括使樣品與如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段中的一或多者接觸，及測定樣品中SARS-CoV-2病毒抗原之存在或量。 78.一種如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段中的一或多者在製造用於治療SARS-CoV-2感染或與SARs-CoV-2感染相關之疾病、病症或病狀之藥物中的用途。 79.一種如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段中的一或多者在製造用於偵測SARS-CoV-2感染之診斷試劑中的用途。 80.     一種用於偵測能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)的抗體之套組，其包括含有胺基酸序列之多肽，上述胺基酸序列包括SEQ ID NO: 128。 81.     如實施例80之套組，其中多肽固定在基質上。 82.     如實施例81之套組，其進一步包括一組用於偵測抗體與多肽結合之複合物的試劑。 83.     一種偵測樣品中能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的抗體之存在或量的方法，其包括使樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的多肽接觸，及測定樣品中抗體之存在或含量。 84.     如實施例83之方法，其中樣品中不存在抗體或樣品中抗體之含量低於閾值指示個體更可能遭受疾病進展。 85.     一種判定感染有SARS-CoV-2之個體之疾病進展可能性的方法，上述方法包括：使自個體獲得之樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的多肽接觸，及偵測樣品中抗體之存在或含量，其中抗體能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD， 其中當樣品中之抗體不存在或低於閾值時，個體可能經歷疾病進展。 86.     一種監測感染有SARS-CoV-2且接受治療之個體之治療反應的方法，上述方法包括： (i)使來自個體之樣品與包括含有SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的肽接觸； (ii)偵測樣品中抗體之第一含量，其中抗體能夠特異性結合至SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD；及 (iii)比較抗體之第一含量與在治療之前個體中所偵測的抗體之第二含量； 其中第一含量高於第二含量指示個體對上述治療有反應。 87.     一種中和個體中或活體外樣品中之SARS-CoV-2之方法，其包括向個體或樣品投與治療有效量的如實施例1至52中任一項之抗體或其抗原結合片段中之一或多者，或如實施例58至66中任一項之醫藥組合物。 88.一種SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗體複合的晶體。 89.如實施例88之晶體，上述晶體具有P21 21 21 空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=70.23 Å，b=90.15 Å且及c=112.35 Å，上述晶體具有C121空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=194.88 Å，b=85.39 Å且c=58.51 Å，上述晶體具有C2空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=193.34 Å，b=86.60 Å且c=57.16 Å，上述晶體具有C2空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=158.75 Å，b=67.51 Å且c=154.37 Å，或上述晶體具有P21 21 21 空間群或由其組成，其中單位晶胞尺寸為a=112.54 Å，b=171.57 Å且c=54.87 Å。 90.如實施例88之晶體，其中抗體包括SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區。 91.如實施例88之晶體，其中抗體包括SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區。 92.如實施例88之晶體，其中抗體包括SEQ ID NO: 432之重鏈可變區及SEQ ID NO: 433之輕鏈可變區。 93.如實施例88之晶體，其中抗體包括SEQ ID NO: 242之重鏈可變區及SEQ ID NO: 243之輕鏈可變區。 94.如實施例88之晶體，其中抗體包括SEQ ID NO: 232之重鏈可變區及SEQ ID NO: 233之輕鏈可變區。 95.     一種用於引起SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的晶體之一部分之結構的圖形三維表示展示之電腦實施方法，其中上述方法包括： 藉由用指令程式化之電腦系統引起上述圖形三維表示之上述展示，上述指令用於將結構座標轉換成上述結構之上述圖形三維表示且展示上述圖形三維表示， 其中上述圖形三維表示係藉由將上述結構座標轉換成上述結構之上述圖形三維表示而產生， 其中上述結構座標包括上述晶體之上述部分的主鏈原子之結構座標， 其中上述晶體之上述部分包括RBD結合位點，且 其中上述晶體具有空間群對稱性P21 21 21 或C121。 96.     如實施例95之電腦實施方法，其中RBD包括如SEQ ID NO: 124中所示之胺基酸序列，且抗體包括：a) SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區；或b) SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區；或c) SEQ ID NO: 432之重鏈可變區及SEQ ID NO: 433之輕鏈可變區；或d) SEQ ID NO: 242之重鏈可變區及SEQ ID NO: 243之輕鏈可變區；或e) SEQ ID NO: 232之重鏈可變區及SEQ ID NO: 233之輕鏈可變區。 97.     如實施例95之電腦實施方法，其中結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之K444、G446、G447、N448、Y449、N450、L452、V483、E484、G485、F490及/或S494，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。 98.     如實施例95之電腦實施方法，其中結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之Y453、L455、F456、R457、K458、S459、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489、Q493、G502、Y505、R403、T415、G416、K417、D420及/或Y421，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。 99.     如實施例95之電腦實施方法，其中結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489及/或Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。 100.   如實施例95之電腦實施方法，其中結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、N487、Y489、Q493 及/或 Y505，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。 101.   如實施例95之電腦實施方法，其中結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、Y453、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、A475、G476、S477、F486、N487、Y489 及/或 Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。 102.   如實施例95之電腦實施方法，其中結構座標包括對應於以下之胺基酸殘基之主鏈原子的結構座標：RBD之T415、G416、K417、D420、Y421、L455、F456、R457、K458、N460、Y473、Q474、A475、G476、S477、F486、N487、Y489 及/或Q493，其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。 103.   一種機器可讀資料儲存媒體，其包括用機器可讀指令編碼之資料儲存材料，上述機器可讀指令用於： (a)將資料轉換成SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的晶體之一部分之結構的圖形三維表示；及 (b)引起上述圖形三維表示之展示； 其中上述資料包括界定RBD結合位點的胺基酸之主鏈原子之結構座標；且其中晶體或結構同源物具有空間群對稱性P21 21 21 或C121。 104.   一種篩選可為SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD的結合分子之分子的方法，其包括： (a)針對三維模型以計算方式篩選媒介物以認定RBD之潛在結合分子； 其中三維模型包括SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗SARS-CoV-2或其抗原結合片段複合的晶體之至少一部分的三維模型； 其中三維模型係藉由用於產生適用於認定媒介物之晶體之三維模型的電腦演算法由晶體之結構座標之至少一部分生成，上述媒介物為RBD之潛在結合分子； 其中晶體包括含有胺基酸序列SEQ ID NO: 124之多肽，且進一步包括抗體，上述抗體包括：a) SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區，或b) SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區；且 其中晶體使x射線繞射以判定原子座標為5 Å或更佳之解析度。 105.   一種用於獲得關於分子或分子複合物之結構資訊的方法，其包括將SARS-CoV-2之刺突蛋白之RBD與抗SARS-CoV-2抗體或其抗原結合片段複合的結構座標之至少一部分應用於分子或分子複合物之晶體結構的X射線繞射圖，以使得產生分子或分子複合物之至少一部分的三維電子密度圖； 其中晶體包括含有胺基酸序列SEQ ID NO: 124之多肽，且進一步包括抗體，上述抗體包括：a) SEQ ID NO: 47之重鏈可變區及SEQ ID NO: 48之輕鏈可變區，或b) SEQ ID NO: 111之重鏈可變區及SEQ ID NO: 112之輕鏈可變區， 其中晶體使x射線繞射以判定原子座標為5 Å或更佳之解析度。 106.   一種包括經修飾抗體或其抗原結合片段及一或多種醫藥學上可接受之載劑的組合物用於製造治療或預防疾病之藥物的用途，其中組合物包括上述經修飾抗體或其上述抗原結合片段，上述經修飾抗體或其抗原結合片段包括至少一種具有抗原結合親和力之抗原結合域及共價連接之經修飾人類IgG恆定域，其中上述抗原結合親和力包括SARS-CoV-2結合親和力，相較於上述SARS-CoV-2結合親和力，上述抗原結合親和力包括比SARS-CoV或MERS-CoV低至少50%之結合親和力或包括不可偵測之結合親和力，且其中上述經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號，相較於具有野生型人類IgG恆定域之抗體對FcRn的親和力，上述經修飾抗體對FcRn之親和力增加，且其中上述疾病由上述SARS-CoV-2所引起或與上述個體之上述SARS-CoV-2之感染有關。 107.   如實施例106之用途，其中上述個體為患有由SARS-CoV-2感染所引起之COVID-19的症狀性非住院成年人，為60歲及更年長，為具有以下條件中之至少一者的任何年齡，上述條件選自：抽菸；具有患有其中CD4計數＜200個細胞/立方毫米之HIV感染的外源性或內源性免疫抑止；在治療之前的30天內每日接受等效於普賴松之皮質類固醇≥20 mg持續至少14個連續日；在治療之前的90天內用一或多種生物製劑治療劑、一或多種免疫調節劑、癌症化學療法治療；患有慢性肺疾病，慢性哮喘；身體質量指數[BMI] ＞35之肥胖症；選自以下之COVID-19症狀：發熱、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、肌肉痛、噁心、嘔吐、腹瀉、味覺及嗅覺之喪失或其組合；具有呼吸短促、呼吸困難或異常胸部成像，具有臨床評估或成像期間的下部呼吸道疾病之證據；具有在海平面之室內空氣中≥94%的血氧飽和度(SpO2)；具有上述SARS-CoV-2之感染之嚴重症狀，具有在海平面之室內空氣中＜94%之SpO2，具有＜300 mmHg的氧氣動脈分壓與吸入氧氣分數之比率(PaO2/FiO2)、每分鐘＞30個呼吸之呼吸道頻率、＞50%之肺浸潤；抗體依賴性增強(ADE)之活性症狀；抗體依賴性增強(ADE)之病史；對抗體治療過敏；為需要支援管理選自肺炎的上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症的醫院住院病人；具有低氧血症型呼吸衰竭/ARDS、敗血症及敗血性休克、心肌病及心律不整、急性腎損傷及來自長期住院之併發症，包括二次細菌及真菌感染、血栓栓塞、胃腸道出血、危重病多發性神經病變/肌病；或其組合。參考文獻 1        Li, Q. et al. 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無
以下圖式形成本說明書之一部分且包含以進一步展現本發明之某些態樣。結合本文中呈現之特定實施例之詳細描述參考此等圖式中之一或多者可更好地理解本發明。
圖 1A 至圖 1F 。對SARS-CoV-2具有特異性反應之血漿及B細胞的分析。藉由ELISA分析血漿樣品之連續稀釋液與SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之(A) RBD或(B)三聚刺突的結合，及(C)針對攜帶SARS-CoV-2、SARS-CoV及MERS-CoV之包膜醣蛋白之假病毒的中和活性。亦評估與SARS-CoV-2 NP蛋白之結合(A)。所有結果均源自至少兩個獨立實驗。(D)用於分析及分離RBD特異性記憶B細胞之閘控策略以及(E及F)其在八個研究個體中之B細胞的總亞群及記憶亞群中的表示。樣品視收集順序而命名為A、B或C。FSC-W，正向散射寬度；FSC-A，正向散射面積；且SSC-A，側面散射面積。
圖 2A 至圖 2B 。(A)藉由個別個體或(B)在八個個體中分析SARS-CoV-2 RBD特異性抗體的重鏈庫(repertoire)。(A)沿著水平條顯示的各個體中之重鏈可變(VH)基因使用的分佈及頻率。針對所有研究個體中之各VH家族使用相同色彩方案。在經分離抗體中占主導之VH由其各別顏色框中之實際頻率指示。在右側顯示了RBD結合抗體相對於所分離之總抗體的數目。(B)藉由無根系統樹(unrooted phylogenetic tree)分析的在八個個體中VH基因之叢集化及其與ELISA結合活性之關聯。按比例繪製分支長度以使得可容易地評定序列相關性。來自同一研究個體之序列以相同顏色顯示於分支尖端處。有色圓圈表示結合至SARS-CoV-2 RBD之VH叢集的比例(淺橙色，＞ 80%；淺黃色，60%-80%；淺綠色＜ 60%)，其中OD 450值大於3。顯示了最高結合叢集之VH基因家族。
圖 3A 至圖 3F 。P#2抗體庫中之特定重鏈及輕鏈家族的無性擴增。(A)所有RBD結合抗體之VH (左)及VL 20 (右)基因的譜系學分析。無性擴增之VH及VL叢集配對且以三種不同顏色突出顯示。按比例繪製分支長度以使得可容易地評定序列相關性。(B)至(C)基於體細胞超突變(SHM)及CDR3環路長度，關於其他VH及VL家族之成員的無性擴增。對於VH (左)及VL (右)基因之餅圖，半徑表示CDR3環路長度且色標指示SHM之程度。沿著餅環顯示了各抗體之重鏈庫及輕鏈庫。(D)至(E)餅圖中之重鏈及輕鏈的譜系分析。中心之數目表示RBD特異性抗體之數目。各條帶表示獨特無性且與其自身大小成比例。(F)來自IGHV3-53及IGHV3-66以及RBD結合子之各種HCDR3長度的計數。
圖 4A 至圖 4V 。藉由假病毒及活SARS-CoV-2分析的抗體結合、與ACE2競爭及中和。(A)藉由SPR量測之代表性mAb與SARS-CoV-2 RBD的結合動力學。黑線指示以實驗方式導出之曲線，而灰線表示基於實驗資料之擬合曲線。(B)藉由SPR量測的結合至SARS-CoV-2 RBD之抗體及ACE2競爭。感測圖譜顯示在存在或不存在先前與各代表性抗體一起培育之情況下ACE2與SARS-CoV-2 RBD的獨特結合模式。(C及D)藉由SARS-CoV-2 RBD結合檢定分析之抗體中和。(E至R)藉由假病毒檢定分析之抗體中和。(S)至(T)藉由活SARS-CoV-2中和檢定分析之抗體中和，其中虛線指示病毒感染性降低50%。VRC01為HIV-1特異性抗體且在此用作陰性對照。(U)至(V)來自圖4A至圖4T中之研究之實際值的概述。抗體與RBD之結合藉由Kd或藉由與ACE2之競爭來呈現，其中「+++」指示＞80%競爭；「++」指示50-80%；「+」指示20-50%；且「-」指示＜20%。IC50 表示半最大，而IC80 表示80%抑制濃度且IC90 表示假病毒及活SARS-CoV-2中和檢定中所測試之90%抑制濃度。對於抗體重鏈相對於對應生殖系祖系體序列之家族名稱、CDR3長度及SHM，僅在左上角下指示抗體重鏈。n.d.，未進行。
圖 5 至圖 5T 。2F6及P2C-1F11分別與SARS-CoV-2 RBD複合的晶體結構，以及在抗體/SARS-CoV-2界面處判定之接觸殘基的清單。(A) 2F6 Fab與SARS-CoV-2 RBD複合之整體結構。(B) 2F6與SARS-CoV-2 RBD之間的關鍵相互作用。(C) 2F6/RBD複合物與ACE2/RBD複合物(PDB ID：6M0J)比對。圓圈指示ACE2與2F6之間的不一致。(D) SARS-CoV-2刺突(PDB ID：6VSB)顯示為分子表面，其中各原聚體著色淺橙色、淺藍色及淺綠色。2F6/RBD複合物可與刺突中之「上」RBD (淡橙色)及「下」RBD (淺藍色)兩者比對。2F6重鏈以紫紅色著色，2F6輕鏈以黃色著色，SARS-CoV-2 RBD以青色著色，且ACE2以綠色著色。(E)在SARS-CoV-2/2F6界面處之接觸殘基。(F) P2C-1F11 Fab與SARS-CoV-2 RBD複合之整體結構。(G)在SARS-CoV-2/1F11界面處之接觸殘基。(H)至(K)分別針對抗體P22A-1D1、P5A-1D2、P5A-3C8及P2C-1F11顯示了RBD及Fab複合物之總體結構、晶體結構以及與ACE2共用之RBD結合殘基。(I) SARS-CoV-2 RBD上之Fab及ACE2之覆蓋面積。抗原決定基之顏色如圖(H)中所描繪。ACE2之抗原決定基以綠色著色。(J) (M)保守性HCDR1、HCDR2及不同HCDR3。RBD顯示為表面。重鏈之CDR環路顯示為條帶。(N)在HCDR1及HCDR2處三種保守性酪胺酸之間的相互作用。(O) HCDR2-SGGS區段與RBD之間的相互作用。氫鍵顯示為黑色虛線且P5A-3C8/RBD複合物用作圖L及M中之一實例。對於P22A-1D1 (Q)、P5A-3C8 (R)及P2C-1F11 (S)，RBD上之Y505殘基突起至輕鏈之楔形孔中，然而對於P5A-1D2 (P)，Y505由於長HCDR3之結合而展示不同構形。(T) SARS-CoV-2 RBD與P22A-1D1、P5A-3C8、P5A-1D2、P2C-1F11之間的接觸之概述(距離截止值4 Å)。
圖 6A 至圖 6C 。對結合至細胞表面表現之三聚刺突蛋白之血漿的分析。(A)及(B)將用編碼SARS-CoV-2、SARS-CoV或MERS-CoV之全長刺突的表現質體轉染之HEK 293T細胞與來自研究個體之恢復期血漿之1:100稀釋液一起培育。細胞接著用經PE標記之抗人類IgG Fc二級抗體染色且藉由FACS分析。陽性對照抗體包含靶向SARS-CoV刺突之RBD的S230及m396，以及靶向MERS-CoV刺突之RBD的Mab-GD33。VRC01為靶向HIV-1包膜醣蛋白之陰性對照抗體。(C)抗原決定基突變對抗體P22A-1D1、P5A-1D2、P5A-3C8、P2C-1F11及P2B-2F6之結合的影響。將細胞表面表現之SARS-CoV-2之野生型或突變型刺突醣蛋白與ACE2、測試抗體及對照抗體S2 mAb一起培育，隨後用抗人類IgG Fc PE (針對認定之人類抗體)、抗小鼠IgG FITC (針對S2 mAb)或抗his PE (針對ACE2)二級抗體染色且藉由FACS分析。P2B-2F6識別SARS-CoV-2 RBD上與彼等公開抗體不同的抗原決定基，且在此用作針對刺突之S1蛋白的陽性對照。S2為對刺突之S2蛋白具有特異性之小鼠單株。顯示閘控中之細胞百分比。引起結合減少超過80%之突變係以針對公開抗體之灰色框或以針對ACE2之橙色框突出顯示。減少百分比係藉由MFI所測定，上述MFI藉由乘以所選閘控中之陽性細胞之數目且相對於野生型及S2對照正規化來加權。所示之資料來自至少兩個獨立實驗。
圖 7A 至圖 7K 。經由FACS分析及分離的RBD特異性記憶B細胞(A)至(K)。重組RBD經Strep標籤或His標籤標記且單獨或組合使用，以經由用抗生蛋白鏈菌素-APC及/或抗生蛋白鏈菌素-PE或抗His-APC及抗His-PE抗體染色來認定及分離RBD特異性單一B細胞。以框或橢圓形突出顯示待分離之B細胞。樣品視收集順序而命名為A、B或C。FSC-W，正向散射寬度；FSC-A，正向散射面積；且SSC-A，側面散射面積。
圖 8 。經轉染細胞之上清液中SARS-CoV-2 RBD特異性抗體的ELISA篩選。在頂部指示研究個體及取樣之日期。樣品視收集順序而命名為A、B或C。儘可能將針對各樣品測試之抗體排列於一個豎直行中。對於各評估抗體，進行至少兩次獨立量測且鄰近地呈現於同一列。結合活性係藉由OD 450評定且藉由右側之色彩方案指示。對於OD 450值小於0.1，以灰色顯示陰性(無結合活性)。
圖 9A 至圖 9G 。分別藉由SPR及ELISA量測的經分離mAb與SARS-CoV-2 RBD之結合動力學。(A、B)對於SPR，將純化之可溶性SARS-CoV-2 RBD、SARS-CoV RBD及MERS-CoV2 RBD共價固定至CM5感測器晶片上，隨後注射五個不同濃度之個別抗體。黑線指示以實驗方式導出之曲線，而灰線表示基於SPR實驗資料之擬合曲線。對於ELISA分析，將重組SARS-CoV RBD及MERS-CoV2 RBD塗佈於ELISA盤上，且分別針對經SARS-CoV RBD及MERS-CoV2 RBD塗佈之盤評估各抗體之連續稀釋液並且在450 nm及630 nm之光學密度(OD)下記錄其結合活性。(C至F)對於ELISA分析，S230用作針對SARS-COV之陽性對照抗體，MAB-GD33用作針對MERS-COV之陽性對照抗體，且VRC01用作陰性對照抗體。(G)藉由SPR量測經分離mAb與SARS-CoV-2 RBD之結合動力學。
圖 10A 至圖 10C 。針對患者#2 (A)、患者#1 (B)以及患者#5、#22及#2 (C)，藉由SPR量測的結合至SARS-CoV-2 RBD之抗體及ACE2競爭。感測圖譜顯示在存在(對應於「抗體+ ACE2」之曲線)或不存在(對應於「ACE2」之曲線)先前與各測試抗體一起培育的情況下，ACE2與SARS-CoV-2 RBD之獨特結合模式。與或不與先前抗體培育相比，各抗體之競爭能力藉由ACE2之反應單位的降低水準來指示。
圖 11A 至圖 11B 。對結合至細胞表面表現之三聚刺突蛋白之抗體的分析。將用編碼SARS-CoV-2、SARS-CoV或MERS-CoV之全長刺突的表現質體轉染之HEK 293T細胞與20 μg/ml測試抗體一起培育(A)及(B)。細胞接著用經PE標記之抗人類IgG Fc二級抗體染色且藉由FACS分析。陽性對照抗體包含靶向SARS-CoV刺突之RBD的S230及m396，以及靶向MERS-CoV刺突之RBD的Mab-GD33。VRC01為靶向HIV-1包膜醣蛋白之陰性對照抗體。
圖 12A 至圖 12D 。藉由病灶減少中和測試(FRNT)分析的針對活SARS-CoV-2之mAb之中和活性。針對活SARS-CoV-2感染測試各抗體之連續稀釋液。其中和活性係藉由由EliSpot讀取器(Cellular Technology Ltd)計算的SARS-CoV-2病灶數目之減少表示(A)至(D)。
圖 13 。經由競爭性結合藉由SPR量測的抗原決定基定位。當將測試抗體對依序施加至共價固定至CM5感測器晶片上之純化SARS-CoV-2 RBD時，感測圖譜顯示獨特結合模式。與或不與先前抗體培育相比，反應單位之降低水準為用於判定兩種mAb識別分開的或緊密定位的抗原決定基之關鍵標準。
圖 14 。來自公開無性系型之重鏈序列之CDR1至CDR3區的多重序列比對。包含抗體P22A-1D1、P5A-1D2、P5A-3C8及P2C-1F11以及IGVH3-53/3-66 (用於所示之公開抗體之頂部生殖系對偶基因分配)。灰色字母顯示來自生殖系之突變。
圖 15A 至圖 15B 。單次投與之抗體個別PK曲線擬合群體PK預測模型以及mAb1 (A)及mAb2 (B)之量測資料。實線：預測中值。虛線及點：個體中之量測濃度。陰影區表示第5至第95百分位數。
圖 16 。在SARS-CoV-2活病毒微量中和檢定中mAb1及mAb2組合的活體外中和活性。
圖 17A 至圖 17B 。在食蟹獼猴中在以10 mg/kg單次IV灌注投與mAb1 (A)及mAb2 (B)之後的平均血清濃度曲線。
圖 18A 至圖 18C 。 P2C-1F11 (A)及P2B-1G5 (B)對SARS-CoV-2變體的中和效能(IC50)。列出IC50值(C)。
圖 19 。RBD-K417N-E484K-N501Y及P2C-1F11之複合物的資料收集及改進統計(分子置換)。
圖 20A 至 20C 。針對P2C-1F11 (A、B)及其他抗體(C)之抗體之中和及脫離的結構基礎。
圖 21 。 P2C-1F11與突變體RBD-K417N-E484K-N501Y之間的分子相互作用。
圖 22 。P2B-1G5及P2C-1F11中和的結構基礎。
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Claims (39)

  1. 一種經修飾抗體或其抗原結合片段，其包括至少一種具有抗原結合親和力之抗原結合域及共價連接之經修飾人類IgG恆定域，其中上述抗原結合親和力包括SARS-CoV-2結合親和力，相較於上述SARS-CoV-2結合親和力，上述抗原結合親和力包括比SARS-CoV或MERS-CoV低至少50%之結合親和力或包括不可偵測之結合親和力，且其中上述經修飾人類IgG恆定域包括胺基酸殘基252處之酪胺酸取代、胺基酸殘基254處之蘇胺酸取代及胺基酸殘基256處之麩胺酸取代，上述胺基酸殘基根據如Kabat中之EU索引進行編號，相較於具有野生型人類IgG恆定域之抗體對FcRn的親和力，上述經修飾抗體對FcRn之親和力增加。
  2. 如請求項1之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述抗原結合親和力包括： a)對SARS-CoV-2之刺突蛋白的結合親和力，其比對SARS-CoV之刺突蛋白或MERS-CoV之刺突蛋白的結合親和力低至少50%； b)對包括SEQ ID NO: 128之胺基酸序列的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之受體結合域(RBD)的結合親和力； c)對包括SEQ ID NO: 124之胺基酸序列的上述SARS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合親和力，其水準為不可偵測的或不超過對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的上述結合親和力之50%； d)對包括SEQ ID NO: 126之胺基酸序列的上述MERS-CoV之刺突蛋白之RBD的結合親和力，其水準為不可偵測的或不超過對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的上述結合親和力之50%； e)對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其Kd 值不超過1×10- 7 M，如藉由表面電漿子共振(SPR)所量測； f)對上述SARS-CoV之刺突蛋白之上述RBD或MERS-CoV之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其Kd 值為至少1×10- 6 M，如藉由SPR所量測； g)展現在1 µM下與2 µM血管收縮素轉化酶2 (ACE2)受體至少30%之競爭以結合至以250之共振單位(RU)固定的上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD，如藉由SPR所量測； h)對上述SARS-CoV-2之刺突蛋白之上述RBD的結合親和力，其在IC50 值下之中和活性不超過100 μg/ml，如藉由假病毒、活病毒、微量中和、不活化病毒中和檢定或其組合所量測；或 其組合。
  3. 如請求項1至2中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述抗原結合域包括： a.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2及SEQ ID NO: 3； b.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12及SEQ ID NO: 13； c.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22及SEQ ID NO: 23； d.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32及SEQ ID NO: 33； e.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 42及SEQ ID NO: 43； f.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 52及SEQ ID NO: 53； g.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 66及SEQ ID NO: 67； h.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 76及SEQ ID NO: 77； i.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86及SEQ ID NO: 87； j.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 96及SEQ ID NO: 97； k.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 106及SEQ ID NO: 107； l.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 437及SEQ ID NO: 438； m.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 436、SEQ ID NO: 106及SEQ ID NO: 438； n.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 138； o.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 448； p.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 443及SEQ ID NO: 444； q.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 442、SEQ ID NO: 137及SEQ ID NO: 444； r.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 146、SEQ ID NO: 147及SEQ ID NO: 148； s.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 156、SEQ ID NO: 157及SEQ ID NO: 158； t.         1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 166、SEQ ID NO: 167及SEQ ID NO: 168； u.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 176、SEQ ID NO: 177及SEQ ID NO: 178； v.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 186、SEQ ID NO: 187及SEQ ID NO: 188； w.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 196、SEQ ID NO: 197及SEQ ID NO: 198； x.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 206、SEQ ID NO: 207及SEQ ID NO: 208； y.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 216、SEQ ID NO: 217及SEQ ID NO: 218； z.        1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 226、SEQ ID NO: 227及SEQ ID NO: 228； aa.      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 236、SEQ ID NO: 237及SEQ ID NO: 238； bb.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 246、SEQ ID NO: 247及SEQ ID NO: 248； cc.      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 256、SEQ ID NO: 257及SEQ ID NO: 258； dd.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 266、SEQ ID NO: 267及SEQ ID NO: 268； ee.      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 276、SEQ ID NO: 277及SEQ ID NO: 278； ff.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 286、SEQ ID NO: 287及SEQ ID NO: 288； gg.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 296、SEQ ID NO: 297及SEQ ID NO: 298； hh.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 306、SEQ ID NO: 307及SEQ ID NO: 308； ii.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 316、SEQ ID NO: 317及SEQ ID NO: 318； jj.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 326、SEQ ID NO: 327及SEQ ID NO: 328； kk.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 336、SEQ ID NO: 337及SEQ ID NO: 338； ll.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 346、SEQ ID NO: 347及SEQ ID NO: 348； mm.   1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 356、SEQ ID NO: 357及SEQ ID NO: 358； nn.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 366、SEQ ID NO: 367及SEQ ID NO: 368； oo.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 376、SEQ ID NO: 377及SEQ ID NO: 378； pp.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 386、SEQ ID NO: 387及SEQ ID NO: 388； qq.     1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 396、SEQ ID NO: 397及SEQ ID NO: 398； rr.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 406、SEQ ID NO: 407及SEQ ID NO: 408； ss.      1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 416、SEQ ID NO: 417及SEQ ID NO: 418； tt.       1、2或3個選自以下之重鏈CDR序列：SEQ ID NO: 426、SEQ ID NO: 427及SEQ ID NO: 428； 與其具有至少80%序列一致性之序列；或 其組合。
  4. 如請求項1至2中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述抗原結合域包括： a)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5及SEQ ID NO: 6； b)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15及SEQ ID NO: 16； c)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25及SEQ ID NO: 26； d)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35及SEQ ID NO: 36； e)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 45及SEQ ID NO: 46； f)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 55及SEQ ID NO: 56； g)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69及SEQ ID NO: 70； h)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 79及SEQ ID NO: 80；及 i)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 89及SEQ ID NO: 90； j)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99及SEQ ID NO: 100； k)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109及SEQ ID NO: 110； l)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 439、SEQ ID NO: 440及SEQ ID NO: 441； m)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 139、SEQ ID NO: 140及SEQ ID NO: 141； n)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 445、SEQ ID NO: 446及SEQ ID NO: 447； o)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 149、SEQ ID NO: 150及SEQ ID NO: 151； p)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 159、SEQ ID NO: 160及SEQ ID NO: 161； q)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 169、SEQ ID NO: 170及SEQ ID NO: 171； r)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 179、SEQ ID NO: 180及SEQ ID NO: 181； s)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 189、SEQ ID NO: 190及SEQ ID NO: 191； t)         1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 199、SEQ ID NO: 200及SEQ ID NO: 201； u)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 209、SEQ ID NO: 210及SEQ ID NO: 211； v)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 219、SEQ ID NO: 220及SEQ ID NO: 221； w)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 229、SEQ ID NO: 230及SEQ ID NO: 231； x)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 239、SEQ ID NO: 240及SEQ ID NO: 241； y)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 249、SEQ ID NO: 250及SEQ ID NO: 251； z)        1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 259、SEQ ID NO: 260及SEQ ID NO: 261； aa)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 269、SEQ ID NO: 270及SEQ ID NO: 271； bb)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 279、SEQ ID NO: 280及SEQ ID NO: 281； cc)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 289、SEQ ID NO: 290及SEQ ID NO: 291； dd)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 299、SEQ ID NO: 300及SEQ ID NO: 301； ee)      1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 309、SEQ ID NO: 310及SEQ ID NO: 311； ff)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 319、SEQ ID NO: 320及SEQ ID NO: 321； gg)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 329、SEQ ID NO: 330及SEQ ID NO: 331； hh)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 339、SEQ ID NO: 340及SEQ ID NO: 341； ii)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 349、SEQ ID NO: 350及SEQ ID NO: 351； jj)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 359、SEQ ID NO: 360及SEQ ID NO: 361； kk)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 369、SEQ ID NO: 370及SEQ ID NO: 371； ll)       1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 379、SEQ ID NO: 380及SEQ ID NO: 381； mm)  1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 389、SEQ ID NO: 390及SEQ ID NO: 391； nn)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 399、SEQ ID NO: 400及SEQ ID NO: 401； oo)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 409、SEQ ID NO: 410及SEQ ID NO: 411； pp)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 419、SEQ ID NO: 420及SEQ ID NO: 421； qq)     1、2或3個選自以下之輕鏈CDR序列：SEQ ID NO: 429、SEQ ID NO: 430及SEQ ID NO: 431； 與其具有至少80%序列一致性之序列；或 其組合。
  5. 如請求項1至2中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述抗原結合域包括： a.   包括SEQ ID NO: 1之序列的重鏈CDR1 (HCDR1)、包括SEQ ID NO: 2之序列的重鏈CDR2 (HCDR2)、包括SEQ ID NO: 3之序列的重鏈CDR3 (HCDR3)、包括SEQ ID NO: 4之序列的輕鏈CDR1 (LCDR1)、包括SEQ ID NO: 5之序列的輕鏈CDR2 (LCDR2)及包括SEQ ID NO: 6之序列的輕鏈CDR3 (LCDR3)； b.   包括SEQ ID NO: 11之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 12之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 13之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 14之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 15之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 16之序列的LCDR3； c.   包括SEQ ID NO: 21之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 22之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 23之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 24之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 25之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 26之序列的LCDR3； d.   包括SEQ ID NO: 31之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 32之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 33之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 34之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 35之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 36之序列的LCDR3； e.   包括SEQ ID NO: 41之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 42之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 43之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 44之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 45之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 46之序列的LCDR3； f.    包括SEQ ID NO: 51之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 52之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 53之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 54之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 55之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 56之序列的LCDR3； g.   包括SEQ ID NO: 65之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 66之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 67之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 68之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 69之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 70之序列的LCDR3； h.   包括SEQ ID NO: 75之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 76之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 77之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 78之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 79之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 80之序列的LCDR3； i.    包括SEQ ID NO: 85之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 86之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 87之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 88之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 89之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 90之序列的LCDR3； j.    包括SEQ ID NO: 95之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 96之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 97之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 98之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 99之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 100之序列的LCDR3； k.   包括SEQ ID NO: 105或436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106或437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107或438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108或439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109或440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110或441之序列的LCDR3； l.    包括SEQ ID NO: 105之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3； m.  包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 441之序列的LCDR3； n.   包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3； o.   包括SEQ ID NO: 136或442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137或443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448或444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139或445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140或446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141或447之序列的LCDR3； a.      包括SEQ ID NO: 136之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3； b.      包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 447之序列的LCDR3； c.      包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3； d.      包括SEQ ID NO: 146之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 147之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 148之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 149之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 150之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 151之序列的LCDR3； e.      包括SEQ ID NO: 156之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 157之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 158之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 159之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 160之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 161之序列的LCDR3； f.       包括SEQ ID NO: 166之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 167之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 168之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 169之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 170之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 171之序列的LCDR3； g.      包括SEQ ID NO: 176之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 177之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 178之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 179之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 180之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 181之序列的LCDR3； h.      包括SEQ ID NO: 186之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 187之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 188之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 189之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 190之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 191之序列的LCDR3； i.       包括SEQ ID NO: 196之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 197之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 198之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 199之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 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  6. 如請求項1至5中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述抗原結合域包括： 包括SEQ ID NO: 105或436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106或437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107或438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108或439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109或440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110或441之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 105之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 107之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 437之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 439之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 440之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 441之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 436之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 106之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 438之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 108之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 109之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 110之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 136或442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137或443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448或444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139或445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140或446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141或447之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 136之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 138或448之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 443之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 445之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 446之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 447之序列的LCDR3； 包括SEQ ID NO: 442之序列的HCDR1、包括SEQ ID NO: 137之序列的HCDR2、包括SEQ ID NO: 444之序列的HCDR3、包括SEQ ID NO: 139之序列的LCDR1、包括SEQ ID NO: 140之序列的LCDR2及包括SEQ ID NO: 141之序列的LCDR3； 與其具有至少80%序列一致性之序列；或 或其組合。
  7. 如請求項1至6中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述經修飾抗體或上述抗原結合片段具有活體內50至120天之範圍內之半衰期(T1 / 2 )。
  8. 如請求項1至7中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述經修飾抗體或上述抗原結合片段在上述抗原結合域、上述人類IgG恆定域、上述經修飾抗體之輕鏈、上述經修飾抗體之重鏈或其組合中包括至少一個胺基酸後續取代。
  9. 如請求項8之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述後續取代包括將半胱胺酸殘基取代為非半胱胺酸殘基。
  10. 如請求項9之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述半胱胺酸殘基經絲胺酸殘基取代。
  11. 如請求項1至10中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其進一步包括一或多種後續修飾之抗體，上述後續修飾之抗體選自：第一後續修飾之抗體，其包括兩個各自對上述SARS-CoV-2具有相同或不同親和力之抗原結合域；第二後續修飾之抗體，其包括對上述SARS-CoV-2具有結合親和力的第一抗原結合域及對與上述SARS-CoV-2不同之第二病原體具有結合親和力的第二抗原結合域；第三後續修飾之抗體，其包括兩個各自對上述第二病原體具有結合親和力之抗原結合域；或其組合。
  12. 如請求項11之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中對上述第二病原體之上述結合親和力係選自：對SARS-CoV、MERS-CoV、一或多種細菌、一或多種真菌、一或多種病毒、一或多種寄生蟲、其部分或其組合之結合親和力。
  13. 如請求項1至12中任一項之經修飾抗體或其抗原結合片段，其中上述經修飾抗體或其上述抗原結合片段為單鏈抗體、雙功能抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fd、Fv片段、二硫鍵穩定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2、雙特異性dsFv (dsFv-dsFv')、二硫鍵穩定的雙功能抗體(ds diabody)、單鏈抗體分子(scFv)、scFv二聚體(二價雙功能抗體)、雙特異性scFv二聚體、多特異性抗體、重鏈抗體、駱駝化單域抗體(camelized single domain antibody)、奈米抗體(nanobody)、域抗體(domain antibody)或二價域抗體。
  14. 一種醫藥組合物，其包括至少一種如請求項1至13中任一項之上述經修飾抗體或其抗原結合片段、至少一種編碼上述經修飾抗體或其抗原結合片段之核酸或其組合，以及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
  15. 如請求項14之醫藥組合物，其中上述醫藥組合物以10 mg/mL至150 mg/mL之範圍內的濃度包括上述經修飾抗體或其抗原結合片段。
  16. 如請求項14至15中任一項之醫藥組合物，其中上述醫藥組合物經組態以經由靜脈內注射(IV)、肌肉內注射(IM)、皮下(SC)注射或其組合向個體投與。
  17. 如請求項14至16中任一項之醫藥組合物，其中上述醫藥組合物經組態以用於預防不具有上述SARS-CoV-2之症狀或沒有上述SARS-CoV-2之已知感染的個人，或治療患者之疾病，上述治療患者為患有由SARS-CoV-2感染所引起之COVID-19的症狀性非住院成年人，60歲及更年長，具有以下條件中之至少一者的任何年齡，上述條件選自：抽菸；具有其中CD4計數＜200個細胞/立方毫米之HIV感染的外源性或內源性免疫抑止；在與上述醫藥組合物投與之前的30天內每日接受等效於普賴松(prednisone)之皮質類固醇≥20 mg持續至少14個連續日；在與上述醫藥組合物投與之前的90天內接受一或多種生物製劑治療劑、一或多種免疫調節劑、癌症化學療法；患有慢性肺疾病，慢性哮喘；身體質量指數[BMI] ＞35之肥胖症；具有選自以下之COVID-19症狀：發熱、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、肌肉痛、噁心、嘔吐、腹瀉、味覺及嗅覺之喪失或其組合；具有呼吸短促、呼吸困難或異常胸部成像，具有臨床評估或成像期間的下部呼吸道疾病之證據；具有在海平面之室內空氣中≥94%的血氧飽和度(SpO2)；具有上述SARS-CoV-2之感染之嚴重症狀，具有在海平面之室內空氣中＜94%之SpO2，具有＜300 mmHg的氧氣動脈分壓與吸入氧氣分數之比率(PaO2/FiO2)、每分鐘＞30個呼吸之呼吸道頻率、＞50%之肺浸潤；具有抗體依賴性增強(antibody-dependent enhancement；ADE)之活性症狀；具有抗體依賴性增強(ADE)之病史；對抗體治療過敏；為需要支援管理上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症以及來自長期住院之併發症的醫院住院病人，上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症選自肺炎、低氧血症型呼吸衰竭/ARDS、敗血症及敗血性休克、心肌病及心律不整、急性腎損傷，上述來自長期住院之併發症包括二次細菌及真菌感染、血栓栓塞、胃腸道出血、危重病多發性神經病變/肌病；或其組合。
  18. 一種用於治療或預防有需要之個體之疾病的方法，上述方法包括向上述個體投與有效劑量的如請求項14至17中任一項之上述醫藥組合物； 其中上述醫藥組合物經組態以向上述個體投與以在投與上述醫藥組合物之後，使上述經修飾抗體或其抗原結合片段之血漿濃度維持在10 µg/mL至3500 µg/mL之治療有效範圍內，持續1天至12個月之範圍內之時間段；及 其中上述個體感染有上述SARS-CoV-2，展現感染有上述SARS-CoV-2之一或多種症狀或具有感染有上述SARS-CoV-2之風險。
  19. 如請求項18之方法，其中在上述個體感染有上述SARS-CoV-2之前，在上述個體展現感染上述SARS-CoV-2之任何症狀或其組合之前，上述醫藥組合物係向不具有上述SARS-CoV-2之症狀或沒有上述SARS-CoV-2之已知感染的上述個體投與。
  20. 如請求項19之方法，其中上述醫藥組合物經組態以向上述個體投與以在上述投與之後，使上述經修飾抗體或其抗原結合片段之上述血漿濃度維持在10 µg/mL至1500 µg/mL之治療有效範圍內，持續3至12個月之範圍內之時間段，且其中上述投與為單次投與。
  21. 如請求項18之方法，其中上述個體為不具有上述SARS-CoV-2之症狀或沒有上述SARS-CoV-2之已知感染的個人，或治療患者，其為患有由SARS-CoV-2感染所引起之COVID-19的症狀性非住院成年人，60歲及更年長，具有以下條件中之至少一者的任何年齡，上述條件選自：抽菸；具有其中CD4計數＜200個細胞/立方毫米之HIV感染的外源性或內源性免疫抑止；在與上述醫藥組合物投與之前的30天內每日接受等效於普賴松之皮質類固醇≥20 mg持續至少14個連續日；在與上述醫藥組合物投與之前的90天內接受一或多種生物製劑治療劑、一或多種免疫調節劑、癌症化學療法；患有慢性肺疾病，慢性哮喘；身體質量指數[BMI] ＞35之肥胖症；具有選自以下之COVID-19症狀：發熱、咳嗽、喉嚨痛、不適、頭痛、肌肉痛、噁心、嘔吐、腹瀉、味覺及嗅覺之喪失或其組合；具有呼吸短促、呼吸困難或異常胸部成像，具有臨床評估或成像期間的下部呼吸道疾病之證據；具有在海平面之室內空氣中≥94%的血氧飽和度(SpO2)；具有上述SARS-CoV-2之感染之嚴重症狀，具有在海平面之室內空氣中＜94%之SpO2，具有＜300 mmHg的氧氣動脈分壓與吸入氧氣分數之比率(PaO2/FiO2)、每分鐘＞30個呼吸之呼吸道頻率、＞50%之肺浸潤；具有抗體依賴性增強(ADE)之活性症狀；具有抗體依賴性增強(ADE)之病史；對抗體治療過敏；為需要支援管理上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症以及來自長期住院之併發症的醫院住院病人，上述SARS-CoV-2之嚴重感染之併發症選自肺炎、低氧血症型呼吸衰竭/ARDS、敗血症及敗血性休克、心肌病及心律不整、急性腎損傷，上述來自長期住院之併發症包括二次細菌及真菌感染、血栓栓塞、胃腸道出血、危重病多發性神經病變/肌病；或其組合。
  22. 如請求項21之方法，其中上述醫藥組合物經組態以向上述個體投與以在上述投與之後，使上述經修飾抗體或其抗原結合片段之上述血漿濃度維持在30 µg/mL至3500 µg/mL之治療有效範圍內，持續1至4週之範圍內之時間段，且其中上述投與為單次投與。
  23. 如請求項18至22中任一項之方法，其中上述經修飾抗體或其上述抗原結合片段經組態以在上述個體中具有50至120天之範圍內之半衰期(T1 / 2 )。
  24. 如請求項18至23中任一項之方法，其中上述醫藥組合物經組態以在150 mg/m2 至5000 mg/m2 之範圍內向上述個體投與。
  25. 如請求項18至24中任一項之方法，其中上述醫藥組合物經組態以在300 mg至8000 mg之範圍內向上述個體投與。
  26. 如請求項18至25中任一項之方法，其中上述醫藥組合物經組態以具有濃度為10 mg/mL至150 mg/mL之範圍內之上述經修飾抗體。
  27. 如請求項18至26中任一項之方法，其中上述醫藥組合物經由靜脈內注射(IV)、肌肉內注射(IM)、皮下(SC)注射或其組合向上述個體投與。
  28. 如請求項18至27中任一項之方法，其中上述個體為60、70或80歲或更年長年齡之患者。
  29. 如請求項18至28中任一項之方法，其中上述有效劑量係藉由給藥製程測定，上述給藥製程包括基於所計算或量測之藥物動力學(PK)測定濃度進展資料，測試上述經修飾抗體或其上述抗原結合片段在測試時間段內之血漿濃度、在預測時間段內之經預測血漿濃度或其組合且基於上述濃度進展資料產生上述有效劑量。
  30. 如請求項29之方法，其中上述有效劑量經選擇以在上述投與之後3至12個月內使上述血漿濃度維持在10 µg/mL至1500 µg/mL之範圍內。
  31. 如請求項29之方法，其中上述有效劑量經選擇以在上述投與之後1天至2個月內使上述血漿濃度維持在1500 µg/mL至3500 µg/mL之範圍內。
  32. 如請求項18至31中任一項之方法，其中上述醫藥組合物進一步包括一或多種後續修飾之抗體，上述後續修飾之抗體選自：第一後續修飾之抗體，其包括兩個各自對上述SARS-CoV-2具有相同或不同親和力之抗原結合域；第二後續修飾之抗體，其包括對上述SARS-CoV-2具有結合親和力的第一抗原結合域及對與上述SARS-CoV-2不同之第二病原體具有結合親和力的第二抗原結合域；第三後續修飾之抗體，其包括兩個各自對上述第二病原體具有相同或不同之結合親和力之抗原結合域；或其組合。
  33. 如請求項32之方法，其中對上述第二病原體之上述結合親和力係選自：對SARS-CoV、MERS-CoV、一或多種細菌、一或多種真菌、一或多種病毒、一或多種寄生蟲、其部分或其組合之結合親和力。
  34. 如請求項18至33中任一項之方法，其中上述SARS-CoV-2包括突變體RBD，上述突變體RBD包括位置K417、E484或N501處之至少一種突變或其任何組合，且其中殘基編號係根據SEQ ID NO: 134。
  35. 如請求項34之方法，其中位置K417處之突變係選自K417N或K417T。
  36. 如請求項34之方法，其中位置E484處之突變為E484K。
  37. 如請求項34之方法，其中位置N501處之突變為N501Y。
  38. 如請求項34至37中任一項之方法，其中上述抗體中和包括上述突變體RBD之上述SARS-CoV-2，其IC50不超過抗體中和包括RBD之SARS-CoV-2的IC50之10倍(或不超過8倍、6倍、5倍、4倍、3倍、2倍、不超過150%、不超過120%或不超過100%)，上述RBD具有SEQ ID NO: 134之胺基酸序列，上述IC50如藉由假病毒中和檢定所量測。
  39. 如請求項18至38中任一項之方法，其進一步包括向上述個體同時或依序投與醫藥學上有效量的一或多種生物活性劑與上述醫藥組合物，其中上述生物活性劑包括選自以下之治療劑或預防劑：抗病毒劑、抗病毒肽、抗病毒抗體、抗病毒化合物、抗病毒細胞介素、抗病毒寡核苷酸、RNA依賴性RNA聚合酶抑制劑、非核苷逆轉錄酶抑制劑(NNRTI)、核苷逆轉錄酶抑制劑(NRTI)、嘌呤核苷、抗病毒干擾素、金剛烷抗病毒化合物、瑞德西韋(remdesivir)、氯奎(chloroquine)、羥氯奎(hydroxychloroquine)、咯匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、APN01、法維拉韋(favilavir)、美沙拉嗪(mesalazine)、托瑞米芬(toremifene)、依普利酮(eplerenone)、帕羅西汀(paroxetine)、西羅莫司(sirolimus)、放線菌素d (dactinomycin)、依貝沙坦(irbesartan)、大黃素、巰基嘌呤、褪黑激素、奎納克林(quinacrine)、卡維地洛(carvedilol)、秋水仙鹼(colchicine)、樟腦、馬烯雌酮(equilin)、羥甲烯龍(oxymetholone)、萘莫司他(nafamosta)、卡莫司他(camostat)、巴瑞替尼(baricitinib)、達盧那韋(darunavir)、利巴韋林(ribavirin)、加利司韋(galidesivir)、BCX-4430、阿比朵爾(Arbidol)、硝唑尼特(nitazoxanide)、其一或多種衍生物，或其任何組合。
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