RU2017137788A - Бесклеточное получение рибонуклеиновой кислоты - Google Patents

Бесклеточное получение рибонуклеиновой кислоты Download PDF

Info

Publication number
RU2017137788A
RU2017137788A RU2017137788A RU2017137788A RU2017137788A RU 2017137788 A RU2017137788 A RU 2017137788A RU 2017137788 A RU2017137788 A RU 2017137788A RU 2017137788 A RU2017137788 A RU 2017137788A RU 2017137788 A RU2017137788 A RU 2017137788A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
rna
cell lysate
sequence
promoter
cells
Prior art date
Application number
RU2017137788A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2017137788A3 (ru
Inventor
Уильям Джереми БЛЕЙК
Дрю С. КАННИНГЭМ
Дэниэл МАСИЧРЭН
Original Assignee
Гринлайт Байосайенсис, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Гринлайт Байосайенсис, Инк. filed Critical Гринлайт Байосайенсис, Инк.
Publication of RU2017137788A publication Critical patent/RU2017137788A/ru
Publication of RU2017137788A3 publication Critical patent/RU2017137788A3/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/06—Lysis of microorganisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1229—Phosphotransferases with a phosphate group as acceptor (2.7.4)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1247—DNA-directed RNA polymerase (2.7.7.6)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/127—RNA-directed RNA polymerase (2.7.7.48), i.e. RNA replicase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides
    • C12P19/30—Nucleotides
    • C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • C40B40/08—Libraries containing RNA or DNA which encodes proteins, e.g. gene libraries
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/034—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a motif for targeting to the periplasmic space of Gram negative bacteria as a soluble protein, i.e. signal sequence should be cleaved
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/635—Externally inducible repressor mediated regulation of gene expression, e.g. tetR inducible by tetracyline
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2330/00—Production
    • C12N2330/50—Biochemical production, i.e. in a transformed host cell
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2840/00—Vectors comprising a special translation-regulating system
    • C12N2840/002—Vectors comprising a special translation-regulating system controllable or inducible
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides
    • C12P19/30—Nucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
    • C12Q2521/119—RNA polymerase

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)

Claims (72)

1. Способ получения лизата клеток для бесклеточного получения рибонуклеиновой кислоты (РНК), причем способ включает
(а) культивирование клеток до желаемой плотности клеток, причем клетки содержат по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей нуклеазу, которая включает в себя узнаваемый протеазой сайт и связана с последовательностью, обеспечивающей попадание в периплазму, где по меньшей мере одна эндогенная рибонуклеаза генетически инактивирована или инактивируется с помощью направленного протеолиза в клетках;
(b) лизис клеток, полученных на стадии (а), с получением таким образом первого клеточного лизата, и
(c) инкубирование первого клеточного лизата в условиях, которые приводят к деполимеризации РНК, с получением таким образом первого клеточного лизата, содержащего нуклеозид-5'-монофосфаты.
2. Способ по п. 1, в котором промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей нуклеазу, является индуцируемым.
3. Способ по п. 1 или 2, дополнительно включающий:
(d) культивирование клеток, которые включают (i) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей соответствующую протеазу, которая расщепляет узнаваемый протеазой сайт в нуклеазе, причем соответствующая протеаза соединена с последовательностью, обеспечивающей попадание в периплазму, (ii) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей нуклеотидкиназу, (iii) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК-полимеразу, и (iv) сконструированную матрицу дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК, причем по меньшей мере одна эндогенная рибонуклеаза генетически инактивирована или инактивируется посредством направленного протеолиза в клетках; и
(e) лизис культивируемых клеток, полученных на стадии (d), с получением второго клеточного лизата.
4. Способ по п. 3, в котором по меньшей мере один из промоторов (d)(i), (d)(ii) или (d)(iii) является индуцируемым.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором нуклеаза выбрана из группы, состоящей из нуклеазы S1, NucA, PNPазы, РНКазы II, РНКазы III и РНКазы R.
6. Способ по любому из п.п. 1-5, в котором клетки содержат по меньшей мере одну эндогенную рибонуклеазу-мишень для протеазы и/или по меньшей мере одну хромосомную делецию в гене, кодирующем эндогенную рибонуклеазу.
7. Способ по п. 6, в котором по меньшей мере одна эндогенная рибонуклеаза выбрана из группы, состоящей из РНКазы III, РНКазы I, РНКазы R, PNPазы, РНКазы II, РНКазы Т, РНКазы Е и их комбинаций.
8 Способ по любому из пп. 1-7, в котором нуклеотидкиназа представляет собой нуклеозидмонофосфаткиназу.
9. Способ по любому из 8, в котором нуклеозидмонофосфаткиназа выбрана из группы, состоящей из уридилаткиназы, цитидилаткиназы, гуанилаткиназы и аденилаткиназы.
10. Способ по любому из пп. 1-7, в котором нуклеотидкиназа представляет собой нуклеозиддифосфаткиназу.
11. Способ по п. 10, в котором нуклеозиддифосфаткиназа выбрана из группы, состоящей из нуклеозидфосфаткиназы, пируваткиназы и полифосфаткиназы.
12. Способ по п. 1, в котором по меньшей мере один эндогенный фермент, который разрушает полифосфат, генетически инактивируется в клетках.
13. Способ по п. 12, в котором по меньшей мере один из эндогенного (эндогенных) фермента(ов), обеспечивающих деградацию полифосфата, выбран из группы, состоящей из нуклеозидмонофосфатазы (так называемой 5'-нуклеотидазы), нуклеозиддифосфатазы, нуклеозидтрифосфатазы, нуклеозидтрифосфатфосфогиролазы и экзополифосфатазы.
14. Способ по любому из пп. 12 или 13, в котором клетки содержат по меньшей мере один служащий мишенью для протеазы фермент, обеспечивающий деградацию полифосфата, и/или по меньшей мере одну хромосомную делецию в гене, кодирующем фермент, обеспечивающий деградацию полифосфата.
15. Способ по любому из пп. 1-14, в котором РНК-полимераза представляет собой ДНК-зависимую РНК-полимеразу.
16. Способ по п. 15, в котором ДНК-зависимая РНК-полимераза представляет собой Т7 РНК-полимеразу.
17. Способ по любому из пп. 15 или 16, в котором последовательность сконструированной ДНК-матрицы кодирует мРНК, содержащую дополнительные домены, соединенные шарнирной областью.
18. Способ по п. 17, в котором промотор представляет собой промотор Т7, и в котором транскрипционный терминатор Т7 расположен на 3'-конце последовательности, кодирующей мРНК, содержащей дополнительные домены, соединенные шарнирной областью.
19. Способ по любому из пп. 3-14, в котором клетки на стадии (d) содержат по меньшей мере две сконструированные нуклеиновые кислоты, причем каждая из них содержит промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК-полимеразу, где одна из сконструированных нуклеиновых кислот кодирует ДНК-зависимую РНК-полимеразу и одна из сконструированных нуклеиновых кислот кодирует РНК-зависимую РНК-полимеразу.
20. Способ по п. 19, в котором ДНК-зависимая РНК-полимераза представляет собой Т7 РНК-полимеразу, и РНК-зависимая РНК-полимераза представляет собой Ф6 RdRP.
21. Способ по п. 20, в котором последовательность сконструированной ДНК-матрицы содержит промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей мРНК, содержащую единственный целевой домен.
22. Способ по п. 21, в котором промотор представляет собой промотор Т7, и в котором транскрипционный терминатор Т7 расположен на 3'-конце последовательности, кодирующей мРНК, содержащей единственный целевой домен.
23. Способ по любому из пп. 18-22, в котором спроектированная ДНК-матрица расположена на экспрессионном векторе, содержащем сайт рестрикции эндонуклеазы.
24. Способ по п. 23, в котором сайт рестрикции эндонуклеазы представляет собой сайт расщепления эндонуклеазы I-SceI.
25. Способ по любому из пп. 23 или 24, в котором клетки на стадии (d) дополнительно содержат нуклеиновую кислоту, кодирующую эндонуклеазу, которая расщепляет эндонуклеазный сайт расщепления.
26. Способ по любому из пп. 1 -25, в котором клетки содержат по меньшей мере одну эндогенную служащую мишенью для протеазы РНК-полимеразу и/или по меньшей мере одну хромосомную делецию в гене, кодирующем эндогенную РНК-полимеразу.
27. Способ по любому из пп. 1-25, в котором клетки на стадии (а) и/или стадии (d) дополнительно содержат сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую индуцируемый промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей Т7-фаговый белок Gp2.
28. Способ по любому из пп. 1-27, в котором клетки на стадии (а) и/или стадии (d) культивируют в присутствии сахара.
29. Способ по п. 28, в котором сахар представляет собой глюкозу.
30. Способ по любому из предыдущих пп. 3-29, дополнительно включающий:
объединение первого клеточного лизата, полученного на стадии (b), со вторым клеточным лизатом, полученным на стадии (е), и полифосфатом, в результате чего получают смесь; а также
инкубацию смеси в условиях, которые приводят к получению РНК.
31. Способ по любому из пп. 1-30, в котором РНК является двухцепочечной РНК (дцРНК).
32. Способ получения лизата клеток для бесклеточного получения рибонуклеиновой кислоты (РНК), причем способ включает
(а) культивирование клеток до желаемой плотности клеток, в котором клетки содержат (i) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей нуклеазу, которая включает в себя узнаваемый протеазой сайт и связана с последовательностью, обеспечивающей попадание в периплазму, и (ii) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей нуклеотидкиназу, где по меньшей мере одна эндогенная рибонуклеаза генетически инактивирована или инактивируется посредством направленного протеолиза в клетках;
(b) лизис клеток, полученных на стадии (а), с получением таким образом первого клеточного лизата, и
(c) инкубирование первого клеточного лизата в присутствии полифосфата в условиях, которые приводят к деполимеризации РНК, с получением таким образом первого клеточного лизата, содержащего смесь нуклеозид-5'-трифосфатов.
33. Способ по п. 32, дополнительно включающий
(d) культивирование клеток, которые включают (i) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей соответствующую протеазу, которая расщепляет узнаваемый протеазой сайт в нуклеазе, причем соответствующая протеаза связана с последовательностью, обеспечивающей попадание в периплазму, (ii) по меньшей мере одну сконструированную нуклеиновую кислоту, содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК-полимеразу, и (iii) сконструированную матрицу дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК, причем по меньшей мере одна эндогенная рибонуклеаза генетически инактивирована или инактивируется посредством направленного протеолиза в клетках; и
(е) лизирование культивируемых клеток, полученных на стадии (d), с получением второго клеточного лизата.
34. Способ по п. 33, дополнительно включающий
объединение первого клеточного лизата, полученного на стадии (b), второго клеточного лизата, полученного на стадии (е), и необязательно полифосфата, в результате чего получают смесь; и
инкубацию смеси в условиях, которые приводят к получению РНК.
35. Способ по любому из предыдущих пп. 32-34, в котором РНК является двухцепочечной РНК (дцРНК).
36. Клеточный лизат, полученный способом по любому из пп. 1-35.
37. Клеточный лизат, содержащий
нуклеазу, которая включает в себя узнаваемый протеазой сайт;
нуклеотидкиназу; и
нуклеозид-5'-монофосфаты.
38. Клеточный лизат, содержащий
РНК-полимеразу; и
сконструированную ДНК-матрицу, кодирующую РНК.
39. Композиция, содержащая клеточный лизат по п. 37 и клеточный лизат по п. 38.
40. Клеточный лизат по любому из пп.37 или 38, причем клеточный лизат свободен от нуклеазной активности.
41. Бесклеточный способ получения рибонуклеиновой кислоты (РНК), причем способ включает
(а) объединение первого клеточного лизата со вторым клеточным лизатом, причем
первый клеточный лизат содержит (i) нуклеазу, который включает в себя узнаваемый протеазой сайт, и (ii) нуклеозид-5'-монофосфаты, и
второй клеточный лизат содержит (iii) соответствующую протеазу, которая расщепляет узнаваемый протеазой сайт нуклеазы, (iv) нуклеотидкиназу, (v) РНК-полимеразу и (vi) сконструированную матрицу дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК, представляющей интерес, образуя таким образом реакционную смесь; и
(b) инкубацию реакционной смеси в условиях, которые приводят к получению РНК, представляющей интерес.
42. Способ по п. 41, в котором интересующая РНК представляет собой двухцепочечную РНК.
43. Бесклеточной способ получения рибонуклеиновой кислоты (РНК), причем способ включает
(a) объединение первого клеточного лизата со вторым клеточным лизатом, причем
первый клеточный лизат содержит (i) нуклеазу, которая включает в себя узнаваемый протеазой сайт, (b) нуклеотидкиназу и (iii) нуклеозид-5'-трифосфаты, и
второй клеточный лизат содержит (iv) соответствующую протеазу, которая расщепляет узнаваемый протеазой сайт нуклеазы, (v) РНК-полимеразу и (vi) сконструированную матрицу дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), содержащую промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей РНК, представляющей интерес, образуя таким образом реакционную смесь; и
(b) инкубацию реакционной смеси в условиях, которые приводят к получению РНК, представляющей интерес.
44. Способ по п. 43, в котором интересующая РНК представляет собой двухцепочечную РНК.
45. Способ по любому из предыдущих пп. 41-44, в котором первый клеточный лизат и/или второй клеточный лизат свободны от нуклеазной активности.
RU2017137788A 2015-03-30 2016-03-30 Бесклеточное получение рибонуклеиновой кислоты RU2017137788A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562140407P 2015-03-30 2015-03-30
US62/140,407 2015-03-30
PCT/US2016/024937 WO2016160936A1 (en) 2015-03-30 2016-03-30 Cell-free production of ribonucleic acid

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2017137788A true RU2017137788A (ru) 2019-04-30
RU2017137788A3 RU2017137788A3 (ru) 2020-07-28

Family

ID=57007296

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017137788A RU2017137788A (ru) 2015-03-30 2016-03-30 Бесклеточное получение рибонуклеиновой кислоты

Country Status (16)

Country Link
US (2) US11274284B2 (ru)
EP (1) EP3277808A4 (ru)
JP (2) JP6843065B2 (ru)
KR (2) KR20180002636A (ru)
CN (1) CN107614682B (ru)
AU (1) AU2016243623B2 (ru)
BR (1) BR112017020690A2 (ru)
CA (1) CA2980172A1 (ru)
CL (1) CL2017002427A1 (ru)
CR (1) CR20170485A (ru)
IL (1) IL254413B (ru)
MX (1) MX2017012665A (ru)
MY (1) MY193444A (ru)
RU (1) RU2017137788A (ru)
SG (1) SG11201707370WA (ru)
WO (1) WO2016160936A1 (ru)

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2611922A1 (en) 2010-08-31 2013-07-10 Greenlight Biosciences, Inc. Methods for control of flux in metabolic pathways through protease manipulation
EP3460069B1 (en) 2013-08-05 2021-10-20 Greenlight Biosciences, Inc. Therapeutically active compounds and their methods of use
EP3277808A4 (en) 2015-03-30 2019-05-22 Greenlight Biosciences, Inc. ACELLULAR PRODUCTION OF RIBONUCLEIC ACID
WO2016174195A1 (en) * 2015-04-30 2016-11-03 Universität Für Bodenkultur Wien Uncoupling growth and protein production
MY195729A (en) * 2016-04-06 2023-02-07 Greenlight Biosciences Inc Cell-Free Production of Ribonucleic Acid
EP3562940B1 (en) * 2016-12-30 2022-06-15 Nature's Toolbox, Inc. Cell-free expression system having novel inorganic polyphosphate-based energy regeneration
AU2018205503A1 (en) 2017-01-06 2019-07-25 Greenlight Biosciences, Inc. Cell-free production of sugars
MX2020003841A (es) 2017-10-11 2020-11-06 Greenlight Biosciences Inc Métodos y composiciones para la producción de nucleósido trifosfatos y ácidos ribonucleicos.
BR112023000784A2 (pt) 2020-07-17 2023-03-28 Greenlight Biosciences Inc Terapêuticos de ácido nucleico para transtornos genéticos

Family Cites Families (179)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US2844514A (en) 1953-11-04 1958-07-22 Pabst Brewing Co Process for the production of nucleotides
US3223592A (en) 1957-09-27 1965-12-14 Yamasa Shoyu Kk Production of 5'-nucleotides
USRE28886E (en) 1969-08-04 1976-06-29 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Method for preparing cytidine diphosphate choline
JPS4841555B1 (ru) 1969-08-04 1973-12-07
US4006060A (en) 1974-11-25 1977-02-01 Merck & Co., Inc. Thienamycin production
US3950357A (en) 1974-11-25 1976-04-13 Merck & Co., Inc. Antibiotics
US4194047A (en) 1975-11-21 1980-03-18 Merck & Co., Inc. Substituted N-methylene derivatives of thienamycin
US4266034A (en) 1978-04-14 1981-05-05 Exxon Research And Engineering Company Method for producing microbial cells and use thereof to produce oxidation products
US4248966A (en) 1979-05-17 1981-02-03 Massachusetts Institute Of Technology Synthesis of isopenicillin derivatives in the absence of living cells
US4270537A (en) 1979-11-19 1981-06-02 Romaine Richard A Automatic hypodermic syringe
US4458066A (en) 1980-02-29 1984-07-03 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4292436A (en) 1980-06-25 1981-09-29 Merck & Co., Inc. Process for the preparation of N-protected N-formimidoyl 2-aminoethanethiol
US4329481A (en) 1980-06-25 1982-05-11 Merck & Co., Inc. Process for the preparation of N-protected N-formimidoyl 2-aminoethanethiol
US4374772A (en) 1981-03-19 1983-02-22 Merck & Co., Inc. Process for the preparation of N-formimidoyl thienamycin and reagents therefor
JPS585189A (ja) 1981-07-01 1983-01-12 Sanraku Inc 新規なアミドヒドロラ−ゼ
JPS58129992A (ja) 1982-01-26 1983-08-03 Kazutomo Imahori アデノシン一リン酸をアデノシン三リン酸へ変換する方法
US4460689A (en) 1982-04-15 1984-07-17 Merck & Co., Inc. DNA Cloning vector TG1, derivatives, and processes of making
US4596556A (en) 1985-03-25 1986-06-24 Bioject, Inc. Hypodermic injection apparatus
JPS61260895A (ja) 1985-05-13 1986-11-19 Unitika Ltd 生理活性物質の製造方法
EP0202094B1 (en) 1985-05-13 1988-09-21 Unitika Ltd. Process for producing physiologically active substance
US5672497A (en) 1986-03-21 1997-09-30 Eli Lilly And Company Method for increasing the antibiotic-producing ability of antibiotic-producing microorganisms
JPS637788A (ja) 1986-06-25 1988-01-13 Kanegafuchi Chem Ind Co Ltd 補酵素の回収方法
CA1283827C (en) 1986-12-18 1991-05-07 Giorgio Cirelli Appliance for injection of liquid formulations
US4946783A (en) 1987-01-30 1990-08-07 President And Fellows Of Harvard College Periplasmic protease mutants of Escherichia coli
GB8704027D0 (en) 1987-02-20 1987-03-25 Owen Mumford Ltd Syringe needle combination
US4941880A (en) 1987-06-19 1990-07-17 Bioject, Inc. Pre-filled ampule and non-invasive hypodermic injection device assembly
US4940460A (en) 1987-06-19 1990-07-10 Bioject, Inc. Patient-fillable and non-invasive hypodermic injection device assembly
US4790824A (en) 1987-06-19 1988-12-13 Bioject, Inc. Non-invasive hypodermic injection device
US4950603A (en) 1987-11-02 1990-08-21 Eli Lilly And Company Recombinant DNA expression vectors and DNA compounds that encode isopenicillin N synthetase from Streptomyces lipmanii
JPH01228473A (ja) 1988-03-08 1989-09-12 Hikari Kimura 新規な組み換え体ｄｎａおよびグルタチオンの製造法
US5339163A (en) 1988-03-16 1994-08-16 Canon Kabushiki Kaisha Automatic exposure control device using plural image plane detection areas
US5070020A (en) 1988-05-09 1991-12-03 Eli Lilly And Company Recombinant dna expression vectors and dna compounds that encode deacetoxycephalosporin c synthetase
US5000000A (en) 1988-08-31 1991-03-19 University Of Florida Ethanol production by Escherichia coli strains co-expressing Zymomonas PDC and ADH genes
FR2638359A1 (fr) 1988-11-03 1990-05-04 Tino Dalto Guide de seringue avec reglage de la profondeur de penetration de l'aiguille dans la peau
IL92740A0 (en) 1988-12-22 1990-09-17 Lilly Co Eli Recombinant dna expression vectors and dna compounds that encode isopenicillin n epimerase(racemase)activity
US5312335A (en) 1989-11-09 1994-05-17 Bioject Inc. Needleless hypodermic injection device
US5064413A (en) 1989-11-09 1991-11-12 Bioject, Inc. Needleless hypodermic injection device
CA2034735A1 (en) 1990-01-26 1991-07-27 Barbara J. Weigel Recombinant dna expression and dna compounds that encode isopenicillin n epimerase activity
DE4004633A1 (de) 1990-02-15 1991-08-22 Huels Chemische Werke Ag Verfahren zur herstellung von hefebiomasse
US5190521A (en) 1990-08-22 1993-03-02 Tecnol Medical Products, Inc. Apparatus and method for raising a skin wheal and anesthetizing skin
US5527288A (en) 1990-12-13 1996-06-18 Elan Medical Technologies Limited Intradermal drug delivery device and method for intradermal delivery of drugs
GB9118204D0 (en) 1991-08-23 1991-10-09 Weston Terence E Needle-less injector
SE9102652D0 (sv) 1991-09-13 1991-09-13 Kabi Pharmacia Ab Injection needle arrangement
KR0177841B1 (ko) 1992-01-30 1999-04-01 나까무라 간노스께 시티딘 디인산 콜린의 제조방법
US5328483A (en) 1992-02-27 1994-07-12 Jacoby Richard M Intradermal injection device with medication and needle guard
US5383851A (en) 1992-07-24 1995-01-24 Bioject Inc. Needleless hypodermic injection device
US5569189A (en) 1992-09-28 1996-10-29 Equidyne Systems, Inc. hypodermic jet injector
US5334144A (en) 1992-10-30 1994-08-02 Becton, Dickinson And Company Single use disposable needleless injector
US5319122A (en) 1992-11-12 1994-06-07 Merck & Co., Inc. Process for the preparation of benzylformimidate
DE69432787D1 (de) 1993-01-15 2003-07-10 Inst Genetics Llc Klonierung von Enterokinase und Verfahren zu deren Verwendung
US6746859B1 (en) 1993-01-15 2004-06-08 Genetics Institute, Llc Cloning of enterokinase and method of use
US5436131A (en) 1993-04-02 1995-07-25 Merck & Co., Inc. Color screening assay for identifying inhibitor resistant HIV protease mutants
WO1995024176A1 (en) 1994-03-07 1995-09-14 Bioject, Inc. Ampule filling device
US5466220A (en) 1994-03-08 1995-11-14 Bioject, Inc. Drug vial mixing and transfer device
KR0131166B1 (ko) 1994-05-04 1998-04-11 최차용 무세포시스템에서 단백질을 제조하는 방법
GB9410142D0 (en) 1994-05-20 1994-07-06 Univ Warwick Carbapenems
US5599302A (en) 1995-01-09 1997-02-04 Medi-Ject Corporation Medical injection system and method, gas spring thereof and launching device using gas spring
JPH08196284A (ja) 1995-01-19 1996-08-06 Canon Inc 酵素反応素子およびその製造方法、酵素反応器ならびに酵素反応方法
US5730723A (en) 1995-10-10 1998-03-24 Visionary Medical Products Corporation, Inc. Gas pressured needle-less injection device and method
JP3633629B2 (ja) 1995-07-06 2005-03-30 ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティ ポリケチドの無細胞合成
US6537776B1 (en) 1999-06-14 2003-03-25 Diversa Corporation Synthetic ligation reassembly in directed evolution
US5893397A (en) 1996-01-12 1999-04-13 Bioject Inc. Medication vial/syringe liquid-transfer apparatus
GB9607549D0 (en) 1996-04-11 1996-06-12 Weston Medical Ltd Spring-powered dispensing device
KR100205768B1 (en) 1996-08-24 1999-07-01 Choongwae Pharm Co Stereo-selective composition of 4-acetoxyazetidinone
GB9622516D0 (en) 1996-10-29 1997-01-08 Univ Cambridge Tech Enzymic cofactor cycling
CA2243406A1 (en) 1996-11-19 1998-05-28 Yamasa Corporation Process for producing nucleoside 5'-triphosphates and application of the same
AU5960498A (en) 1997-01-14 1998-08-03 Bio-Technical Resources Process for production of (n)-glucosamine
US5993412A (en) 1997-05-19 1999-11-30 Bioject, Inc. Injection apparatus
IT1298087B1 (it) 1998-01-08 1999-12-20 Fiderm S R L Dispositivo per il controllo della profondita' di penetrazione di un ago, in particolare applicabile ad una siringa per iniezioni
US6159693A (en) 1998-03-13 2000-12-12 Promega Corporation Nucleic acid detection
ATE386102T1 (de) 1998-03-30 2008-03-15 Metabolix Inc Mikrobielle stämme und verfahren für die herstellung von biomaterialien
GB9815666D0 (en) 1998-07-17 1998-09-16 Smithkline Beecham Plc Novel compounds
EP1142992A4 (en) 1998-12-24 2003-05-14 Takara Bio Inc POLYPEPTIDES
US6613552B1 (en) 1999-01-29 2003-09-02 Board Of Trustees Operating Michigan State University Biocatalytic synthesis of shikimic acid
EP1177311B1 (en) 1999-03-17 2014-11-12 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University In vitro macromolecule biosynthesis methods using exogenous amino acids and a novel atp regeneration system
US6168931B1 (en) 1999-03-17 2001-01-02 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Enhanced in vitro synthesis of biological macromolecules using a novel ATP regeneration system
US6994986B2 (en) 1999-03-17 2006-02-07 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford University In vitro synthesis of polypeptides by optimizing amino acid metabolism
RU2169154C2 (ru) 1999-03-25 2001-06-20 Институт белка РАН Способ получения полипептидов в бесклеточной системе
IL129427A0 (en) 1999-04-13 2000-02-17 Yeda Res & Dev Preparation of biologically active molecules
WO2000062804A2 (en) 1999-04-15 2000-10-26 The Regents Of The University Of California Identification of sortase gene
US6284483B1 (en) 1999-10-06 2001-09-04 Board Of Trustees Operating Michigan State University Modified synthetases to produce penicillins and cephalosporins under the control of bicarbonate
AU785036B2 (en) 1999-12-21 2006-08-31 Rna-Line Oy RNA polymerases from bacteriophage PHI 6-PHI 14 and use thereof
CA2293852A1 (fr) 1999-12-30 2001-06-30 Purecell Technologies Inc. Procede de preparation d'extraits de plantes actifs et utiles a la capture de radicaux libres; les extraits, et compositions et dispositifs les comprenant
WO2001053513A1 (fr) 2000-01-17 2001-07-26 Satake Corporation Systemes et procede de reaction de regeneration atp permettant d'examiner le nucleotide d'adenine, procede de detection d'arn et procede d'amplification d'atp
WO2001066705A1 (en) 2000-03-07 2001-09-13 Akzo Nobel N.V. Rna polymerase mutants with increased thermostability
US6548276B2 (en) 2000-09-06 2003-04-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Enhanced in vitro synthesis of active proteins containing disulfide bonds
US7041479B2 (en) 2000-09-06 2006-05-09 The Board Of Trustess Of The Leland Stanford Junior University Enhanced in vitro synthesis of active proteins containing disulfide bonds
WO2002024902A1 (fr) 2000-09-19 2002-03-28 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha Procede permettant de synthetiser un polynucleotide
WO2002081440A2 (en) 2001-04-04 2002-10-17 Genencor International, Inc. Methods for the production of products in host cells
WO2002088325A2 (en) 2001-05-02 2002-11-07 University Of South Florida Vector system for selection of genes encoding secreted proteins and membrane-bound proteins
EP1279736A1 (en) 2001-07-27 2003-01-29 Université de Nantes Methods of RNA and protein synthesis
US20050153276A1 (en) 2001-08-06 2005-07-14 Vanderbilt University System and methods for discriminating an agent
WO2003027301A1 (fr) 2001-09-06 2003-04-03 Ajinomoto Co., Inc. Procede permettant de produire un alcool au moyen d'un micro-organisme
JP4831932B2 (ja) 2001-09-13 2011-12-07 ジェネンテック， インコーポレイテッド アミノペプチダーゼ
WO2003038117A2 (en) * 2001-10-30 2003-05-08 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Enhanced in vitro nucleic acid synthesis using nucleoside monophosphates
CN2563643Y (zh) 2001-12-28 2003-07-30 深圳市华美龙防伪网络系统有限公司 动态变码电子防伪装置
US20040038250A1 (en) 2002-04-04 2004-02-26 Astur-Pharma, S.A. Gene cluster for thienamycin biosynthesis, genetic manipulation and utility
DE10219714A1 (de) 2002-05-02 2003-11-27 Holland Sweetener Co Verfahren zur mikrobielien Herstellung von aromatischen Aminosäuren und anderen Metaboliten des aromatischen Aminosäurebiosyntheseweges
ATE437956T1 (de) 2002-05-08 2009-08-15 Kyowa Hakko Bio Co Ltd Verfahren zur herstellung von cytidin 5'- diphosphatcholin
ES2344552T3 (es) 2002-05-29 2010-08-31 Yamasa Corporation Metodo para producir nucleosido difosfato usando polifosfato: amp fosfotransferasa.
CN101365785A (zh) 2002-07-01 2009-02-11 阿基昂生命科学公司,以生物技术资源部的名义经营 用于生产葡糖胺和n-乙酰氨基葡糖的方法和物质
AU2003259912B2 (en) 2002-08-19 2008-10-23 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Improved methods of in vitro protein synthesis
DK1587947T3 (da) 2003-01-27 2010-05-10 Dsm Ip Assets Bv Fremstilling af 5'-ribonucleotider
AU2004238843B2 (en) 2003-05-09 2009-04-23 Research Development Foundation Insertion of furin protease cleavage sites in membrane proteins and uses thereof
US20080199915A1 (en) 2003-06-06 2008-08-21 Rna-Line Oy Methods and Kits For Mass Production Of Dsrna
US20050054044A1 (en) 2003-07-18 2005-03-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Method of alleviating nucleotide limitations for in vitro protein synthesis
US7341852B2 (en) 2003-07-18 2008-03-11 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods of decoupling reaction scale and protein synthesis yield in batch mode
AU2004276790A1 (en) 2003-09-23 2005-04-07 University Of Missouri Methods of synthesizing polynucleotides using thermostable enzymes
US7790431B2 (en) 2003-09-24 2010-09-07 Board Of Trustees Operating Michigan State University Methods and materials for the production of shikimic acid
DK1685240T3 (en) 2003-11-20 2015-02-16 Univ Leland Stanford Junior Improved methods for in vitro protein synthesis
JP2005160446A (ja) 2003-12-05 2005-06-23 Toyobo Co Ltd 改良されたｒｎａ合成用反応組成物
WO2005059157A2 (en) 2003-12-11 2005-06-30 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University METHODS AND COMPOSITIONS FOR USE IN PREPARING HAIRPIN RNAs
US8298759B2 (en) 2004-03-25 2012-10-30 The Board Of Trustee Of The Leland Stanford Junior University Protein expression yield enhancement in cell-free protein synthesis systems by addition of antifoam agents
CA2564678C (en) 2004-04-27 2014-09-02 Archer-Daniels-Midland Company Enzymatic decarboxylation of 2-keto-l-gulonic acid to produce xylose
US8257943B2 (en) 2004-06-25 2012-09-04 Kyowa Hakko Bio Co., Ltd. Process for producing dipeptides or dipeptide derivatives
MX2007006780A (es) 2004-12-10 2007-08-06 Dsm Ip Assets Bv Produccion de beta-lactamas en celulas individuales.
WO2006090385A2 (en) 2005-02-22 2006-08-31 Ramot At Tel-Aviv University Ltd. Protease inhibitors and method of screening thereof
JPWO2006109751A1 (ja) 2005-04-08 2008-11-20 国立大学法人京都大学 無細胞タンパク質合成系によるタンパク質の製造方法
US7351563B2 (en) 2005-06-10 2008-04-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Cell-free extracts and synthesis of active hydrogenase
US7312049B2 (en) 2005-06-14 2007-12-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Total amino acid stabilization during cell-free protein synthesis
TW200741005A (en) 2005-08-10 2007-11-01 Kyowa Hakko Kogyo Kk A purification method of cytidine diphosphate
CN1329506C (zh) 2005-09-06 2007-08-01 清华大学 一种具有颗粒状甲烷单加氧酶活性的重组菌及其应用
WO2007030772A2 (en) 2005-09-09 2007-03-15 The Johns Hopkins University Improved production of clavulanic acid by genetic engineering of streptomyces clavuligerus
US8183010B2 (en) 2005-10-31 2012-05-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Cell-free synthesis of membrane bound polypeptides
JP4961544B2 (ja) 2005-11-28 2012-06-27 国立大学法人広島大学 大腸菌を用いたリン酸化反応方法
US7579005B2 (en) 2005-11-28 2009-08-25 E. I. Du Pont De Nemours And Company Process for recombinant expression and purification of antimicrobial peptides using periplasmic targeting signals as precipitable hydrophobic tags
GB0606112D0 (en) 2006-03-28 2006-05-03 Product and process
WO2007137144A2 (en) 2006-05-17 2007-11-29 University Of Medicine And Dentistry Of New Jersey Single protein production in living cells facilitated by a messenger rna interferase
US7846712B2 (en) 2006-06-01 2010-12-07 Alliance For Sustainable Energy, Llc L-arabinose fermenting yeast
WO2007140816A1 (en) 2006-06-09 2007-12-13 Metabolic Explorer Glycolic acid production by fermentation from renewable resources
WO2007144018A1 (en) 2006-06-12 2007-12-21 Metabolic Explorer Ethanolamine production by fermentation
US20100063258A1 (en) 2006-06-28 2010-03-11 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Fusion protein constructs
US20110129438A1 (en) 2006-06-28 2011-06-02 James Robert Swartz Immunogenic protein constructs
CA2657811C (en) 2006-06-29 2014-10-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Cell-free synthesis of proteins containing unnatural amino acids
WO2008002673A2 (en) 2006-06-29 2008-01-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Cell-free synthesis of virus like particles
WO2008062279A2 (en) 2006-11-20 2008-05-29 Orchid Chemicals & Pharmaceuticals Limited An improved process for the preparation of carbapenem antibiotic
US20110020888A1 (en) 2006-12-15 2011-01-27 Biofuelchem Co., Ltd. METHOD FOR PREPARING BUTANOL THROUGH BUTYRYL-CoA AS AN INTERMEDIATE USING BACTERIA
KR100832740B1 (ko) 2007-01-17 2008-05-27 한국과학기술원 분지쇄 아미노산 생성능이 개선된 변이 미생물 및 이를이용한 분지쇄 아미노산의 제조방법
WO2008088884A2 (en) 2007-01-18 2008-07-24 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Enhanced cell-free synthesis of active proteins containing disulfide bonds
WO2008094546A2 (en) 2007-01-31 2008-08-07 The Regents Of The University Of California Genetically modified host cells for increased p450 activity levels and methods of use thereof
US20090124012A1 (en) 2007-08-08 2009-05-14 Mazef Biosciences, Llc Toxin/antitoxin systems and methods for regulating cellular growth, metabolic engineering and production of recombinant proteins
WO2009102205A1 (en) 2008-02-14 2009-08-20 Wageningen Universiteit Nucleotide sequences coding for cis-aconitic decarboxylase and use thereof
DK2262901T3 (en) 2008-03-05 2019-01-21 Genomatica Inc ORGANISMS PRODUCING PRIMARY ALCOHOL
JP2011519561A (ja) 2008-05-01 2011-07-14 ジェノマティカ， インコーポレイテッド メタクリル酸の産生のための微生物
RU2521502C2 (ru) 2008-07-28 2014-06-27 Б.Р.Э.И.Н. БАЙОТЕКНОЛОДЖИ РИСЕРЧ ЭНД ИНФОРМЕЙШН НЕТВОРК АГ,Германия Микробиологический способ получения 1,2-пропандиола
GB0819563D0 (en) 2008-10-24 2008-12-03 Isis Innovation Methods for preparing heterocyclic rings
BRPI0914521A2 (pt) 2008-10-27 2016-07-26 Butamax Advanced Biofuels Llc célula hospedeira microbiana recombinante, método de aumento da produção de isobutanol e método de produção de isobutanol
US20100143997A1 (en) 2008-10-31 2010-06-10 Thomas Buelter Engineered microorganisms capable of producing target compounds under anaerobic conditions
EP2376619A4 (en) 2008-12-15 2012-07-04 Greenlight Biosciences Inc METHODS FOR CONTROLLING FLOWS IN METABOLIC PATHWAYS
EP2379728A4 (en) 2008-12-22 2016-04-13 Greenlight Biosciences Inc COMPOSITIONS AND METHOD FOR PRODUCING A COMPOUND
EP2204453B1 (en) 2008-12-30 2013-03-13 Süd-Chemie IP GmbH & Co. KG Process for cell-free production of chemicals
US8597923B2 (en) 2009-05-06 2013-12-03 SyntheZyme, LLC Oxidation of compounds using genetically modified Candida
US8272816B2 (en) 2009-05-12 2012-09-25 TDY Industries, LLC Composite cemented carbide rotary cutting tools and rotary cutting tool blanks
US10385367B2 (en) 2009-06-01 2019-08-20 Ginkgo Bioworks, Inc. Methods and molecules for yield improvement involving metabolic engineering
WO2011017560A1 (en) 2009-08-05 2011-02-10 Genomatica, Inc. Semi-synthetic terephthalic acid via microorganisms that produce muconic acid
EP2513112A4 (en) 2009-12-11 2013-05-08 Univ Johns Hopkins METHOD FOR THE LATE INTRODUCTION OF THE (8R) -HYDROXYL GROUP IN THE SYNTHESIS OF CARBAPENEMIC ANTIBIOTICS DERIVED FROM BETA-LACTAMES
US9040253B2 (en) 2010-04-14 2015-05-26 Sutro Biopharma, Inc. Method for enhancing recombinant protein production by cell-free protein expression system
US9193959B2 (en) 2010-04-16 2015-11-24 Roche Diagnostics Operations, Inc. T7 RNA polymerase variants with enhanced thermostability
JP2013526277A (ja) 2010-05-07 2013-06-24 グリーンライト バイオサイエンシーズ インコーポレーテッド 酵素リロケーションにより代謝経路のフラックスを制御する方法
RU2435862C1 (ru) 2010-06-15 2011-12-10 Общество с ограниченной ответственностью "ВИТАЛАНГ" Способ получения высокополимерной рнк из отработанных пивных дрожжей
EP2611922A1 (en) 2010-08-31 2013-07-10 Greenlight Biosciences, Inc. Methods for control of flux in metabolic pathways through protease manipulation
WO2012135902A1 (en) 2011-04-08 2012-10-11 James Cook University Protease activity assay
JP5800218B2 (ja) 2011-07-20 2015-10-28 国立大学法人広島大学 Ａｔｐの製造方法およびその利用
CN104093848A (zh) 2011-09-09 2014-10-08 绿光生物科学公司 碳青霉烯(carbapenem)的无细胞制备
CA2896079A1 (en) 2012-12-21 2014-06-26 Greenlight Biosciences, Inc. Cell-free system for converting methane into fuel and chemical compounds
WO2014110205A1 (en) 2013-01-11 2014-07-17 Children's Medical Center Corporation Methods and compositions for the production of sirnas
US9580705B2 (en) 2013-03-15 2017-02-28 Butamax Advanced Biofuels Llc DHAD variants and methods of screening
AU2014233711B2 (en) 2013-03-15 2020-05-28 Monsanto Technology Llc Compositions and Methods for the Production and Delivery of RNA
JP2016520324A (ja) 2013-06-05 2016-07-14 グリーンライト バイオサイエンシーズ インコーポレーテッドＧｒｅｅｎｌｉｇｈｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ． 無細胞生合成系における代謝フラックスの制御
CN104471771B (zh) 2013-06-05 2018-12-07 中国科学院天津工业生物技术研究所 使用无细胞合成酶促通路将糖完全氧化成电能
EP3460069B1 (en) 2013-08-05 2021-10-20 Greenlight Biosciences, Inc. Therapeutically active compounds and their methods of use
CL2014003146A1 (es) 2014-11-20 2015-06-12 Univ Santiago Chile Método para producir virus arn monocatenario negativo; plásmido recombinante funcional en células animales, que consta de un esqueleto pss-urg; método de obtención de partículas virales; y uso para expresar arn, proteínas autógenas o exógenas al virus.
WO2016149631A2 (en) 2015-03-19 2016-09-22 Greenlight Biosciences, Inc. Cell-free production of butanol
EP3277808A4 (en) 2015-03-30 2019-05-22 Greenlight Biosciences, Inc. ACELLULAR PRODUCTION OF RIBONUCLEIC ACID
CN105219822A (zh) 2015-09-24 2016-01-06 北京化工大学 一种体外酶法生产谷胱甘肽的方法
MY195729A (en) 2016-04-06 2023-02-07 Greenlight Biosciences Inc Cell-Free Production of Ribonucleic Acid
EP3562940B1 (en) 2016-12-30 2022-06-15 Nature's Toolbox, Inc. Cell-free expression system having novel inorganic polyphosphate-based energy regeneration
AU2018205503A1 (en) 2017-01-06 2019-07-25 Greenlight Biosciences, Inc. Cell-free production of sugars
MX2020003841A (es) 2017-10-11 2020-11-06 Greenlight Biosciences Inc Métodos y composiciones para la producción de nucleósido trifosfatos y ácidos ribonucleicos.

Also Published As

Publication number Publication date
AU2016243623B2 (en) 2022-04-14
BR112017020690A2 (pt) 2018-06-26
MY193444A (en) 2022-10-13
JP6843065B2 (ja) 2021-03-17
US20220403355A1 (en) 2022-12-22
EP3277808A4 (en) 2019-05-22
JP2018509927A (ja) 2018-04-12
KR20230048162A (ko) 2023-04-10
EP3277808A1 (en) 2018-02-07
IL254413B (en) 2021-12-01
CL2017002427A1 (es) 2018-04-13
JP2021100406A (ja) 2021-07-08
US11274284B2 (en) 2022-03-15
US20180087045A1 (en) 2018-03-29
MX2017012665A (es) 2018-04-24
CR20170485A (es) 2018-02-05
RU2017137788A3 (ru) 2020-07-28
CN107614682B (zh) 2021-11-09
CN107614682A (zh) 2018-01-19
KR20180002636A (ko) 2018-01-08
IL254413A0 (en) 2017-11-30
SG11201707370WA (en) 2017-10-30
WO2016160936A1 (en) 2016-10-06
CA2980172A1 (en) 2016-10-06
AU2016243623A1 (en) 2017-10-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017137788A (ru) Бесклеточное получение рибонуклеиновой кислоты
JP2018509927A5 (ru)
JP6886962B2 (ja) Ｒｎａシークエンシングライブラリーを生成する方法
Frindert et al. Identification, biosynthesis, and decapping of NAD-capped RNAs in B. subtilis
JP2019510504A5 (ru)
Munafó et al. Optimization of enzymatic reaction conditions for generating representative pools of cDNA from small RNA
CN107567501A (zh) 新用途
EP2545183B1 (en) Production of single-stranded circular nucleic acid
CN104583413B (zh) 用于自rna模板开始的等温dna扩增试剂盒
JP7058839B2 (ja) ローリングサークル増幅産物を使用した無細胞タンパク質発現
KR20210029845A (ko) 리가제-연관 핵산 원형화 및 증폭
JP7013069B2 (ja) 低塩条件下での等温増幅
JP2022516446A (ja) 相補的ｄｎａを調製するための方法およびキット
WO2009012644A1 (en) A pcr based high throughput method for construction of full sites small interfering rna (sirna) polynucleotides and related compositions
AU2019315179A1 (en) Method for editing dna in cell-free system
Kandeel et al. Bioenergetics and gene silencing approaches for unraveling nucleotide recognition by the human EIF2C2/Ago2 PAZ domain
WO2019236644A1 (en) Encoded libraries and methods of use for screening nucleic acid targets
ATE319861T1 (de) Verbesserte methoden zur erzeugung einer vielzahl von rna-kopien
Ondruš et al. Traceless enzymatic synthesis of monodispersed hypermodified oligodeoxyribonucleotide polymers from RNA templates
US20140057322A1 (en) Method of amplifying dna from rna in a sample
Nawale et al. Incorporation of 4′-C-aminomethyl-2′-O-methylthymidine into DNA by thermophilic DNA polymerases
Kimoto et al. Unique thermal stability of unnatural hydrophobic ds bases in double-stranded DNAs
Ghadessy et al. Compartmentalized self-replication: a novel method for the directed evolution of polymerases and other enzymes
Yang et al. The network of replication, transcription, and reverse transcription of a synthetic genetic cassette
US20140004508A1 (en) Method for isothermal dna amplification starting from an rna template

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20201210