RU2017116989A - Транспозиция с сохранением сцепления генов - Google Patents

Транспозиция с сохранением сцепления генов Download PDF

Info

Publication number
RU2017116989A
RU2017116989A RU2017116989A RU2017116989A RU2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
target nucleic
sequence
fragments
immobilized
Prior art date
Application number
RU2017116989A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2017116989A3 (ru
RU2709655C2 (ru
Inventor
Джейсон Ричард БЕТЛИ
Кевин Л. ГУНДЕРСОН
Фань Чжан
Ваутер МЕЛЕМАН
Нил Энтони ГОРМЛИ
Августа ИОАННОУ
Жаклин УИР
Розамонд ДЖЕКСОН
Гарет ДЖЕНКИНС
Натали МОРРЕЛЛ
Дмитрий К. ПОХОЛОК
Фрэнк Дж. СТИМЕРС
Стивен Дж. НОРБЕРГ
Молли ХИ
Амирали КИА
Игорь ГОРЫШИН
Риго ПАНТОЯ
Original Assignee
Иллумина Кембридж Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллумина Кембридж Лимитед filed Critical Иллумина Кембридж Лимитед
Publication of RU2017116989A publication Critical patent/RU2017116989A/ru
Publication of RU2017116989A3 publication Critical patent/RU2017116989A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2709655C2 publication Critical patent/RU2709655C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1082—Preparation or screening gene libraries by chromosomal integration of polynucleotide sequences, HR-, site-specific-recombination, transposons, viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B70/00—Tags or labels specially adapted for combinatorial chemistry or libraries, e.g. fluorescent tags or bar codes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/191—Modifications characterised by incorporating an adaptor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/514—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the use of the arrayed oligonucleotides as identifier tags, e.g. universal addressable array, anti-tag or tag complement array
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Virology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Immobilizing And Processing Of Enzymes And Microorganisms (AREA)
  • Glass Compositions (AREA)
  • Inorganic Insulating Materials (AREA)
  • Transition And Organic Metals Composition Catalysts For Addition Polymerization (AREA)

Claims (124)

1. Способ получения библиотеки фрагментов ДНК нуклеиновой кислоты-мишени со штрих-кодами, где указанный способ включает:
а) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с множеством транспозомных комплексов, каждый из которых включает:
транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, и где по меньшей мере один из транспозонов транспозомного комплекса включает последовательность адаптера, способную гибридизоваться с комплементарной последовательностью для захвата;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов, и встраивание множества перенесенных цепей в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов с сохранением сцепления нуклеиновой кислоты-мишени;
с) контактирование множества фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, каждый из которых содержит множество иммобилизованных олигонуклеотидов, где каждый из этих олигонуклеотидов включает комплементарную последовательность для захвата и первую последовательность со штрих-кодом, и где первая последовательность со штрих-кодом, происходящая от каждого твердого носителя из множества твердых носителей, отличается от первой последовательности со штрих-кодом, происходящей от других твердых носителей из множества твердых носителей;
d) перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени с получением библиотеки двухцепочечных фрагментов, где по меньшей мере одна цепь помечена у 5ʹ-конца первым штрих-кодом, и где по меньшей мере два фрагмента одной и той же нуклеиновой кислоты-мишени получают идентичную информацию по штрих-коду.
2. Способ получения информации о сцеплении последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
а) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с множеством транспозомных комплексов, каждый из которых включает:
транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, и где по меньшей мере один из транспозонов транспозомного комплекса включает последовательность адаптера, способную гибридизоваться с комплементарной последовательностью для захвата;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов, и встраивание множества перенесенных цепей с сохранением сцепления нуклеиновой кислоты-мишени;
c) контактирование множества фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, каждый из которых содержит множество иммобилизованных олигонуклеотидов, где каждый из этих олигонуклеотидов включает комплементарную последовательность для захвата и первую последовательность со штрих-кодом, и где первая последовательность со штрих-кодом, происходящая от каждого твердого носителя из множества твердых носителей, отличается от первой последовательности со штрих-кодом, происходящей от других твердых носителей среди множества твердых носителей;
d) перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, где по меньшей мере два фрагмента одной и той же нуклеиновой кислоты-мишени получают идентичную информацию по штрих-коду;
e) определение последовательности фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени и последовательностей со штрих-кодом;
f) получение информации о сцеплении нуклеиновой кислоты-мишени путем идентификации последовательностей со штрих-кодом.
3. Способ одновременного получения информации о фазировании и определения статуса метилирования последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с множеством транспозомных комплексов, каждый из которых включает:
транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, и где по меньшей мере один из транспозонов транспозомного комплекса включает последовательность адаптера, способную гибридизоваться с комплементарной последовательностью для захвата;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов и встраивание множества перенесенных цепей с сохранением сцепления нуклеиновой кислоты-мишени;
c) контактирование множества фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, каждый из которых содержит множество иммобилизованных олигонуклеотидов, где каждый из этих олигонуклеотидов включает комплементарную последовательность для захвата и первую последовательность со штрих-кодом, и где первая последовательность со штрих-кодом, происходящая от каждого твердого носителя из множества твердых носителей, отличается от первой последовательности со штрих-кодом, происходящей от других твердых носителей из множества твердых носителей;
d) перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, где по меньшей мере два фрагмента одной и той же нуклеиновой кислоты-мишени получают идентичную информацию по штрих-коду;
e) обработку фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды, бисульфитом с получением обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды;
f) определение последовательности обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени и последовательностей со штрих-кодом;
g) получение информации о сцеплении нуклеиновой кислоты-мишени путем идентификации последовательностей со штрих-кодом,
где информация о последовательности представляет собой информацию о статусе метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, а информация о сцеплении представляет собой информацию о гаплотипе.
4. Способ по любому из пп.1-3, где одна последовательность со штрих-кодом присутствует во множестве иммобилизованных олигонуклеотидов на каждом отдельном твердом носителе.
5. Способ по любому из пп.1-3, где различные последовательности со штрих-кодом присутствуют во множестве иммобилизованных олигонуклеотидов на каждом отдельном твердом носителе.
6. Способ по любому из пп.1-5, где перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют путем лигирования.
7. Способ по любому из пп.1-5, где перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют путем удлинения под действием полимеразы.
8. Способ по любому из пп.1-5, где перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют путем лигирования и удлинения под действием полимеразы.
9. Способ по любому из пп.7-8, где удлинение под действием полимеразы осуществляют путем удлинения 3ʹ-конца нелигированной транспозонной цепи под действием ДНК-полимеразы с использованием лигированного иммобилизованного олигонуклеотида в качестве матрицы.
10. Способ по любому из пп.1-9, где по меньшей мере часть последовательностей адаптера также включает вторую последовательность со штрих-кодом.
11. Способ по любому из пп.1-10, где транспозомные комплексы являются мультимерными, и где последовательности адаптера транспозонов каждой мономерной единицы отличаются от другой мономерной единицы в одном и том же транспозомном комплексе.
12. Способ по любому из пп.1-11, где последовательность адаптера включает первую последовательность, связывающуюся с праймером.
13. Способ по п.12, где первый сайт связывания с праймером не имеет последовательности, гомологичной последовательности для захвата или комплементу последовательности для захватa.
14. Способ по любому из пп.1-13, где олигонуклеотиды, иммобилизованные на твердом носителе, также содержат вторые последовательности, связывающиеся с праймером.
15. Способ по пп.1-14, где транспозомные комплексы являются мультимерными, и где транспозомные мономерные единицы связаны друг с другом в одном и том же транспозомном комплексе.
16. Способ по п.15, где транспозаза транспозомной мономерной единицы связана с другой транспозазой другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
17. Способ по п.15, где транспозоны транспозомной мономерной единицы связаны с транспозонами другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
18. Способ по любому из пп.1-17, где информация о сцеплении последовательности нуклеиновой кислоты-мишени представляет собой информацию о гаплотипе.
19. Способ по любому из пп.1-17, где информация о сцеплении последовательности нуклеиновой кислоты-мишени представляет собой информацию о геномных вариантах.
20. Способ по п.19, где геномные варианты выбраны из группы, состоящей из делеций, транслокаций, межхромосомных сцеплений генов, дупликаций и паралогов.
21. Способ по любому из пп.1-20, где олигонуклеотиды, иммобилизованные на твердом носителе, содержат частично двухцепочечную область и частично одноцепочечную область.
22. Способ по п.21, где частично одноцепочечная область олигонуклеотида содержит вторую последовательность со штрих-кодом и вторую последовательность, связывающуюся с праймером.
23. Способ по любому из пп.1-22, где фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, имеющие штрих-коды, амплифицируют, а затем определяют последовательность фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени.
24. Способ по п.23, где стадии (a)-(d) и последующую амплификацию проводят в одном реакционном сосуде до определения последовательности фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени.
25. Способ по п.23, где третью последовательность со штрих-кодом вводят во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени во время амплификации.
26. Способ по любому из пп.1-24, который также включает:
объединение фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды стадии (d) из множества первой серии реакционных сосудов в пул фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды;
перераспределение пула фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды, с получением множества второй серии реакционных сосудов; и
введение третьего штрих-кода во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени путем амплификации фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени во вторую серию реакционных сосудов до секвенирования.
27. Способ по любому из пп.1-26, который также включает предварительное фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени до контактирования нуклеиновой кислоты-мишени с транспозомными комплексами.
28. Способ по п.27, где предварительное фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени представляет собой способ, выбранный из группы, состоящей из обработки ультразвуком и расщеплением рестриктирующими ферментами.
29. Способ получения иммобилизованной библиотеки меченных фрагментов ДНК, включающий:
а) получение множества твердых носителей, имеющих транспозомные комплексы, иммобилизованные на этих носителях, где указанные транспозомные комплексы являются мультимерными, а транспозомные мономерные единицы одного и того же транспозомного комплекса являются сцепленными друг с другом, и где указанные транспозомные мономерные единицы содержат транспозазу, связанную с первым полинуклеотидом, где указанный первый полинуклеотид включает:
(i) 3ʹ-часть, содержащую концевую последовательность транспозона, и
(ii) первый адаптер, содержащий первый штрих-код;
b) нанесение ДНК-мишени на множество твердых носителей в условиях, при которых ДНК-мишень фрагементируется транспозомными комплексами, и перенос 3ʹ-концевой последовательности транспозона первого полинуклеотида в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов с получением иммобилизованной библиотеки двухцепочечных фрагментов, в которых по меньшей мере одна цепь помечена у 5ʹ-конца первым штрих-кодом.
30. Способ по п.29, где транспозаза транспозомной мономерной единицы связана с другой транспозазой другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
31. Способ по п.29, где транспозоны транспозомной мономерной единицы связаны с транспозонами другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
32. Способ получения секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с получением двух или более фрагментов;
b) введение первой общей последовательности адаптера в 5ʹ-конец фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, где указанная последовательность адаптера содержит первую последовательность, связывающуюся с праймером и аффинную группу, где указанная аффинная группа является одним из членов связывающейся пары;
c) денатурацию фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени;
d) иммобилизацию фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе, где указанный твердый носитель включает другой член связывающейся пары, и иммобилизацию нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют посредством связывания со связывающейся парой;
е) обработку иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени бисульфитом;
f) включение второй общей последовательности адаптера в иммобилизованные фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, обработанные бисульфитом, где указанная вторая общая последовательность адаптера включает второй сайт связывания с праймером;
g) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, иммобилизованные на твердом носителе, с использованием первого и второго праймера с получением секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени.
33. Способ по п.32, где первую общую последовательность адаптера встраивают в 5ʹ-конец фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени посредством односторонней транспозиции.
34. Способ по п.32, где первую общую последовательность адаптера встраивают в 5ʹ-конец фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени посредством лигирования.
35. Способ по любому из пп.32-34, где введение второй общей последовательности адаптера в обработанные бисульфитом иммобилизованные фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени включает:
(i) удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени с использованием концевой трансферазы так, чтобы 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени содержал гомополимерный «хвост»;
(ii) гибридизацию олигонуклеотида, содержащего первую часть и вторую часть, где первая часть включает одноцепочечную гомополимерную часть, комплементарную гомополимерному «хвосту» иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, и где вторая часть включает двухцепочечную часть, содержащую вторую общую последовательность адаптера; и
(iii) лигирование второй общей последовательности адаптера с иммобилизованными фрагментами нуклеиновой кислоты-мишени для включения второй общей последовательности адаптера в обработанные бисульфитом иммобилизованные фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени.
36. Способ по любому из пп.1-35, где нуклеиновую кислоту-мишень выделяют из одной клетки.
37. Способ по любому из пп.1-36, где нуклеиновую кислоту-мишень выделяют из одной органеллы.
38. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновой кислотой-мишенью является геномная ДНК.
39. Способ по любому из пп.1-38, где нуклеиновую кислоту-мишень подвергают перекрестному связыванию с другими нуклеиновыми кислотами.
40. Способ по любому из пп.1-39, где нуклеиновой кислотой-мишенью является неклеточная опухолевая ДНК.
41. Способ по п.40, где неклеточную опухолевую ДНК выделяют из плацентарной жидкости.
42. Способ по п.40, где неклеточную опухолевую ДНК выделяют из плазмы.
43. Способ по п.42, где плазму выделяют из цельной крови с использованием мембранного сепаратора, имеющего зону сбора плазмы.
44. Способ по п.43, где зона для сбора плазмы включает транспозомные комплексы, иммобилизованные на твердом носителе.
45. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновой кислотой-мишенью является кДНК.
46. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновую кислоту-мишень выделяют из залитого в парафин образца ткани, фиксированного формалином.
47. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновой кислотой-мишенью является ДНК, защищенная гистоном.
48. Способ по любому из пп.1-47, где твердым носителем является сферa.
49. Способ по пп.1-31, где множество твердых носителей представляет собой множество сфер, и где множество сфер имеют различные размеры.
50. Способ получения секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) получение множества твердых носителей, содержащих транспозомные комплексы, иммобилизованные на этих носителях, где транспозомные комплексы включают транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, где перенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 3ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 5ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей первую последовательность адаптера и первый член связывающейся пары, где первый член связывающейся пары связывается со вторым членом связывающейся пары на твердом носителе, что приводит к иммобилизации транспозона на твердом носителе, и где первый адаптер включает первую последовательность, связывающуюся с праймером;
неперенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 5ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 3ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей вторую последовательность адаптера, где концевой нуклеотид у 3ʹ-конца является блокированным, и где второй адаптер включает вторую последовательность, связывающуюся с праймером;
b) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, содержащих иммобилизованные транспозомные комплексы;
c) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов и встраивание множества перенесенных цепей в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов с последующей иммобилизацией фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе;
d) удлинение 3ʹ-конца фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени с использованием ДНК-полимеразы;
е) лигирование неперенесенной цепи с 3ʹ-концом фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени;
f) обработку иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени бисульфитом;
g) удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом, с использованием ДНК-полимеразы так, чтобы 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени содержал гомополимерный «хвост»;
h) введение второй последовательности адаптера в 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом;
i) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, иммобилизованных на твердом носителе, с использованием первого и второго праймера с получением секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени.
51. Способ получения секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с транспозомными комплексами, где транспозомные комплексы содержат транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, где перенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 3ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 5ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей первую последовательность адаптера и первый член связывающейся пары, где первый член связывающейся пары связывается со вторым членом связывающейся пары;
неперенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 5ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 3ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей вторую последовательность адаптера, где концевой нуклеотид у 3ʹ-конца является блокированным, и где второй адаптер включает вторую последовательность, связывающуюся с праймером;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов и встраивание множества перенесенных цепей в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов, что приводит к иммобилизации фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе;
c) контактирование фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих транспозонный конец, со множеством твердых носителей, содержащих второй член связывающейся пары, где связывание первого члена связывающейся пары со вторым членом связывающейся пары приводит к иммобилизации нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе;
d) удлинение 3ʹ-конца фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени с использованием ДНК-полимеразы;
е) лигирование неперенесенной цепи с 3ʹ-концом фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени;
f) обработку иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени бисульфитом;
g) удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом, с использованием ДНК-полимеразы так, чтобы 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени содержал гомополимерный «хвост»;
h) введение второй последовательности адаптера в 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом;
i) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, иммобилизованных на твердом носителе, с использованием первого и второго праймера с получением секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени.
52. Способ по любому из пп.50-51, где твердым носителем является сферa.
53. Способ по любому из пп.50-52, где первый и второй члены связывающейся пары представляют собой биотин и стрептавидин.
54. Способ по любому из пп.50-51, где первый адаптер также содержит штрих-код.
55. Способ по любому из пп.50-51, где второй адаптер также содержит штрих-код.
56. Способ по любому из пп.50-51, где первым и вторым адаптерами являются первый и второй адаптеры, содержащие первый и второй штрих-коды.
57. Способ по любому из пп.50-51, где удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом, осуществляют с использованием концевой трансферазы.
58. СПОСОБ ПО ЛЮБОМУ ИЗ ПП.50-57, ГДЕ КОНЦЕВОЙ НУКЛЕОТИД У 3ʹ-КОНЦА ВТОРОГО АДАПТЕРА БЛОКИРУЮТ ЧЛЕНОМ, ВЫБРАННЫМ ИЗ ГРУППЫ, СОСТОЯЩЕЙ ИЗ ДИДЕЗОКСИ-НУКЛЕОТИДА, ФОСФАТНОЙ ГРУППЫ, ТИОФОСФАТНОЙ ГРУППЫ И АЗИДОГРУППЫ.
RU2017116989A 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов RU2709655C2 (ru)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462065544P 2014-10-17 2014-10-17
US62/065,544 2014-10-17
US201562157396P 2015-05-05 2015-05-05
US62/157,396 2015-05-05
US201562242880P 2015-10-16 2015-10-16
PCT/US2015/056040 WO2016061517A2 (en) 2014-10-17 2015-10-16 Contiguity preserving transposition
US62/242,880 2015-10-16

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019138705A Division RU2736728C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017116989A true RU2017116989A (ru) 2018-11-19
RU2017116989A3 RU2017116989A3 (ru) 2019-05-20
RU2709655C2 RU2709655C2 (ru) 2019-12-19

Family

ID=55747561

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019138705A RU2736728C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов
RU2017116989A RU2709655C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019138705A RU2736728C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов

Country Status (10)

Country Link
US (3) US11873480B2 (ru)
JP (3) JP6808617B2 (ru)
KR (2) KR102643955B1 (ru)
AU (2) AU2015331739B2 (ru)
BR (3) BR122021026781B1 (ru)
CA (1) CA2964799A1 (ru)
IL (3) IL299976A (ru)
RU (2) RU2736728C2 (ru)
SG (2) SG10201903408VA (ru)
WO (1) WO2016061517A2 (ru)

Families Citing this family (133)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
ES2663234T3 (es) 2012-02-27 2018-04-11 Cellular Research, Inc Composiciones y kits para recuento molecular
BR112015003354A8 (pt) 2012-08-14 2018-01-16 10X Genomics Inc métodos e composições de microcápsula
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10400280B2 (en) 2012-08-14 2019-09-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10273541B2 (en) 2012-08-14 2019-04-30 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
CA2894694C (en) 2012-12-14 2023-04-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
WO2014124336A2 (en) 2013-02-08 2014-08-14 10X Technologies, Inc. Partitioning and processing of analytes and other species
DK2970951T3 (da) 2013-03-13 2019-05-13 Illumina Inc Fremgangsmåder til nukleinsyresekventering
AU2014312208B2 (en) 2013-08-28 2019-07-25 Becton, Dickinson And Company Massively parallel single cell analysis
US9824068B2 (en) 2013-12-16 2017-11-21 10X Genomics, Inc. Methods and apparatus for sorting data
CN110548550B (zh) 2014-04-10 2022-03-08 10X基因组学有限公司 用于封装和分割试剂的流体装置、系统和方法及其应用
CA2953374A1 (en) 2014-06-26 2015-12-30 10X Genomics, Inc. Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations
US10526641B2 (en) 2014-08-01 2020-01-07 Dovetail Genomics, Llc Tagging nucleic acids for sequence assembly
AU2015339148B2 (en) 2014-10-29 2022-03-10 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
MX367432B (es) 2015-01-12 2019-08-08 10X Genomics Inc Procesos y sistemas para la preparación de bibliotecas de secuenciación de ácido nucleico y bibliotecas preparadas con estos.
SG10202000731WA (en) 2015-02-17 2020-03-30 Dovetail Genomics Llc Nucleic acid sequence assembly
EP4286516A3 (en) 2015-02-24 2024-03-06 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
CA2975958A1 (en) 2015-02-24 2016-09-01 10X Genomics, Inc. Methods for targeted nucleic acid sequence coverage
US9727810B2 (en) 2015-02-27 2017-08-08 Cellular Research, Inc. Spatially addressable molecular barcoding
WO2016154540A1 (en) * 2015-03-26 2016-09-29 Dovetail Genomics Llc Physical linkage preservation in dna storage
CN107406888A (zh) 2015-03-30 2017-11-28 赛卢拉研究公司 用于组合条形编码的方法和组合物
CN107580632B (zh) 2015-04-23 2021-12-28 贝克顿迪金森公司 用于全转录组扩增的方法和组合物
US11453875B2 (en) 2015-05-28 2022-09-27 Illumina Cambridge Limited Surface-based tagmentation
US11479805B2 (en) 2015-08-21 2022-10-25 The General Hospital Corporation Combinatorial single molecule analysis of chromatin
JP6940484B2 (ja) 2015-09-11 2021-09-29 セルラー リサーチ， インコーポレイテッド ライブラリー正規化のための方法および組成物
AU2016341198B2 (en) 2015-10-19 2023-03-09 Dovetail Genomics, Llc Methods for genome assembly, haplotype phasing, and target independent nucleic acid detection
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
SG11201804086VA (en) 2015-12-04 2018-06-28 10X Genomics Inc Methods and compositions for nucleic acid analysis
CN108431223A (zh) 2016-01-08 2018-08-21 生物辐射实验室股份有限公司 每液滴分辨率下的多个珠
WO2017123758A1 (en) * 2016-01-12 2017-07-20 Seqwell, Inc. Compositions and methods for sequencing nucleic acids
CN108779491B (zh) 2016-02-11 2021-03-09 10X基因组学有限公司 用于全基因组序列数据的从头组装的系统、方法和介质
SG11201807117WA (en) 2016-02-23 2018-09-27 Dovetail Genomics Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
US20170283864A1 (en) 2016-03-31 2017-10-05 Agilent Technologies, Inc. Use of transposase and y adapters to fragment and tag dna
EP4299803A3 (en) 2016-05-02 2024-03-27 Encodia, Inc. Macromolecule analysis employing nucleic acid encoding
SG11201810088SA (en) * 2016-05-13 2018-12-28 Dovetail Genomics Llc Recovering long-range linkage information from preserved samples
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
US10894990B2 (en) 2016-05-17 2021-01-19 Shoreline Biome, Llc High throughput method for identification and sequencing of unknown microbial and eukaryotic genomes from complex mixtures
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
US20180016632A1 (en) * 2016-07-12 2018-01-18 Kapa Biosystems, Inc. System and method for transposase-mediated amplicon sequencing
KR20230003255A (ko) * 2016-07-22 2023-01-05 오레곤 헬스 앤드 사이언스 유니버시티 단일 세포 전체 게놈 라이브러리 및 이의 제조를 위한 조합 인덱싱 방법
AU2017311306A1 (en) * 2016-08-10 2019-03-14 President And Fellows Of Harvard College Methods of de novo assembly of barcoded genomic DNA fragments
WO2018057779A1 (en) * 2016-09-23 2018-03-29 Jianbiao Zheng Compositions of synthetic transposons and methods of use thereof
KR102522023B1 (ko) 2016-09-26 2023-04-17 셀룰러 리서치, 인크. 바코딩된 올리고뉴클레오티드 서열을 갖는 시약을 이용한 단백질 발현의 측정
US11021738B2 (en) 2016-12-19 2021-06-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet tagging contiguity preserved tagmented DNA
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
EP4310183A3 (en) 2017-01-30 2024-02-21 10X Genomics, Inc. Methods and systems for droplet-based single cell barcoding
US11319583B2 (en) 2017-02-01 2022-05-03 Becton, Dickinson And Company Selective amplification using blocking oligonucleotides
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
IL311544A (en) * 2017-02-21 2024-05-01 Illumina Inc Tegumentation using fixed transpososomes with linkers
EP4345159A3 (en) 2017-05-05 2024-06-05 Scipio Bioscience Methods for trapping and barcoding discrete biological units in hydrogel
EP4230746A3 (en) * 2017-05-26 2023-11-01 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
US20180340169A1 (en) 2017-05-26 2018-11-29 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
WO2018226293A1 (en) 2017-06-05 2018-12-13 Becton, Dickinson And Company Sample indexing for single cells
CA3066424A1 (en) * 2017-06-07 2018-12-13 Oregon Health & Science University Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
WO2019060722A2 (en) * 2017-09-22 2019-03-28 X Gen Us Co. METHODS AND COMPOSITIONS FOR USE IN PREPARING POLYNUCLEOTIDES
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
WO2019076768A1 (en) * 2017-10-16 2019-04-25 Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus As METHOD AND KIT FOR PREPARING DNA BANK
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
CN111479631B (zh) 2017-10-27 2022-02-22 10X基因组学有限公司 用于样品制备和分析的方法和系统
AU2018358057B2 (en) 2017-10-31 2023-03-02 Encodia, Inc. Kits for analysis using nucleic acid encoding and/or label
EP4180534A1 (en) 2017-11-02 2023-05-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Transposase-based genomic analysis
EP3625361A1 (en) 2017-11-15 2020-03-25 10X Genomics, Inc. Functionalized gel beads
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
EP3714052A1 (en) 2017-11-21 2020-09-30 Arima Genomics, Inc. Preserving spatial-proximal contiguity and molecular contiguity in nucleic acid templates
WO2019108851A1 (en) 2017-11-30 2019-06-06 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis
EP3752832A1 (en) 2018-02-12 2020-12-23 10X Genomics, Inc. Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
WO2019195166A1 (en) 2018-04-06 2019-10-10 10X Genomics, Inc. Systems and methods for quality control in single cell processing
EP3788170A1 (en) 2018-05-03 2021-03-10 Becton, Dickinson and Company Molecular barcoding on opposite transcript ends
CN112272710A (zh) * 2018-05-03 2021-01-26 贝克顿迪金森公司 高通量多组学样品分析
CN112639094A (zh) 2018-05-08 2021-04-09 深圳华大智造科技股份有限公司 用于准确且经济高效的测序、单体型分型和组装的基于单管珠粒的dna共条形码化
WO2019222688A1 (en) 2018-05-17 2019-11-21 Illumina, Inc. High-throughput single-cell sequencing with reduced amplification bias
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
EP4249651A3 (en) 2018-08-20 2023-10-18 Bio-Rad Laboratories, Inc. Nucleotide sequence generation by barcode bead-colocalization in partitions
CN112739829A (zh) * 2018-09-27 2021-04-30 深圳华大生命科学研究院 测序文库的构建方法和得到的测序文库及测序方法
CN112805389A (zh) 2018-10-01 2021-05-14 贝克顿迪金森公司 确定5’转录物序列
CA3113270A1 (en) * 2018-10-25 2020-04-30 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
CN112969789A (zh) 2018-11-08 2021-06-15 贝克顿迪金森公司 使用随机引发的单细胞全转录组分析
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
WO2020123384A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 Cellular Research, Inc. Selective extension in single cell whole transcriptome analysis
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
SG11202102918WA (en) 2019-01-11 2021-04-29 Illumina Cambridge Ltd Complex surface-bound transposome complexes
CN113574178A (zh) 2019-01-23 2021-10-29 贝克顿迪金森公司 与抗体关联的寡核苷酸
EP3918088B1 (en) * 2019-01-29 2024-03-13 MGI Tech Co., Ltd. High coverage stlfr
TW202043486A (zh) 2019-01-29 2020-12-01 美商伊路米納有限公司 定序套組
TW202045709A (zh) 2019-01-29 2020-12-16 美商伊路米納有限公司 流體槽
TW202100247A (zh) 2019-01-29 2021-01-01 美商伊路米納有限公司 流通槽
WO2020168013A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
AU2020220461A1 (en) 2019-02-14 2021-08-05 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Haplotagging - haplotype phasing and single-tube combinatorial barcoding of nucleic acid molecules using bead-immobilized Tn5 transposase
US11655499B1 (en) 2019-02-25 2023-05-23 10X Genomics, Inc. Detection of sequence elements in nucleic acid molecules
US11920183B2 (en) 2019-03-11 2024-03-05 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing optically tagged beads
EP3963070A4 (en) 2019-04-30 2023-02-22 Encodia, Inc. METHODS OF PREPARATION OF ANALYTES AND RELATED KITS
BR112021012751A2 (pt) 2019-07-12 2021-12-14 Illumina Cambridge Ltd Preparação de biblioteca de ácidos nucleicos usando eletroforese
US20220154173A1 (en) * 2019-07-12 2022-05-19 Iiiumina Cambridge Limited Compositions and Methods for Preparing Nucleic Acid Sequencing Libraries Using CRISPR/CAS9 Immobilized on a Solid Support
WO2021011803A1 (en) 2019-07-16 2021-01-21 Omniome, Inc. Synthetic nucleic acids having non-natural structures
CN114051534A (zh) 2019-07-22 2022-02-15 贝克顿迪金森公司 单细胞染色质免疫沉淀测序测定
US20220298545A1 (en) * 2019-08-19 2022-09-22 Universal Sequencing Technology Corporation Methods and Compositions for Tracking Nucleic Acid Fragment Origin for Nucleic Acid Sequencing
AU2020351230A1 (en) * 2019-09-20 2022-01-20 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
CN114391043B (zh) 2019-10-25 2024-03-15 昌平国家实验室 哺乳动物dna的甲基化检测及分析
EP4055160B1 (en) 2019-11-08 2024-04-10 Becton Dickinson and Company Using random priming to obtain full-length v(d)j information for immune repertoire sequencing
SG11202109768PA (en) * 2019-12-02 2021-10-28 Illumina Cambridge Ltd Time-based cluster imaging of amplified contiguity preserved liarary fragments of genomic dna
MX2021011847A (es) 2019-12-19 2021-11-17 Illumina Inc Genotecas de celulas unicas de alto rendimiento y metodos para elaborarlas y usarlas.
EP4090763A1 (en) 2020-01-13 2022-11-23 Becton Dickinson and Company Methods and compositions for quantitation of proteins and rna
US20230081062A1 (en) * 2020-02-12 2023-03-16 Universal Sequencing Technology Corporation Methods for intracellular barcoding and spatial barcoding
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11851700B1 (en) 2020-05-13 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules
CN115605614A (zh) 2020-05-14 2023-01-13 贝克顿迪金森公司（Us） 用于免疫组库谱分析的引物
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
CA3198842A1 (en) * 2020-10-21 2022-04-28 Illumina, Inc. Sequencing templates comprising multiple inserts and compositions and methods for improving sequencing throughput
WO2022109343A1 (en) 2020-11-20 2022-05-27 Becton, Dickinson And Company Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins
AU2022227563A1 (en) 2021-02-23 2023-08-24 10X Genomics, Inc. Probe-based analysis of nucleic acids and proteins
CN112950101B (zh) * 2021-05-13 2021-08-17 北京富通东方科技有限公司 一种基于产量预测的汽车工厂混流线排产方法
WO2023086847A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
EP4272764A1 (en) 2022-05-03 2023-11-08 Scipio Bioscience Method of complexing biological units with particles
WO2023230553A2 (en) * 2022-05-26 2023-11-30 Illumina, Inc. Preparation of long read nucleic acid libraries
WO2023239907A1 (en) * 2022-06-09 2023-12-14 The Regents Of The University Of California Single cell co-sequencing of dna methylation and rna

Family Cites Families (120)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA1323293C (en) 1987-12-11 1993-10-19 Keith C. Backman Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
CA1341584C (en) 1988-04-06 2008-11-18 Bruce Wallace Method of amplifying and detecting nucleic acid sequences
WO1989009835A1 (en) 1988-04-08 1989-10-19 The Salk Institute For Biological Studies Ligase-based amplification method
AU634969B2 (en) 1988-06-24 1993-03-11 Amgen, Inc. Method and reagents for detecting nucleic acid sequences
US5130238A (en) 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
WO1990001069A1 (en) 1988-07-20 1990-02-08 Segev Diagnostics, Inc. Process for amplifying and detecting nucleic acid sequences
US5185243A (en) 1988-08-25 1993-02-09 Syntex (U.S.A.) Inc. Method for detection of specific nucleic acid sequences
CA2044616A1 (en) 1989-10-26 1991-04-27 Roger Y. Tsien Dna sequencing
US5573907A (en) 1990-01-26 1996-11-12 Abbott Laboratories Detecting and amplifying target nucleic acids using exonucleolytic activity
EP0439182B1 (en) 1990-01-26 1996-04-24 Abbott Laboratories Improved method of amplifying target nucleic acids applicable to both polymerase and ligase chain reactions
US5223414A (en) 1990-05-07 1993-06-29 Sri International Process for nucleic acid hybridization and amplification
US5455166A (en) 1991-01-31 1995-10-03 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification
AU694187B2 (en) 1994-02-07 1998-07-16 Beckman Coulter, Inc. Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysis TM of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis
US5677170A (en) 1994-03-02 1997-10-14 The Johns Hopkins University In vitro transposition of artificial transposons
JPH09510351A (ja) 1994-03-16 1997-10-21 ジェン−プローブ・インコーポレイテッド 等温鎖置換核酸増幅法
US5552278A (en) 1994-04-04 1996-09-03 Spectragen, Inc. DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
US5641658A (en) 1994-08-03 1997-06-24 Mosaic Technologies, Inc. Method for performing amplification of nucleic acid with two primers bound to a single solid support
ES2178101T3 (es) 1994-12-09 2002-12-16 Imp College Innovations Ltd Genes de virulencia en la region vgc2 de salmonella.
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
US5925545A (en) 1996-09-09 1999-07-20 Wisconsin Alumni Research Foundation System for in vitro transposition
US5965443A (en) 1996-09-09 1999-10-12 Wisconsin Alumni Research Foundation System for in vitro transposition
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
US5858671A (en) 1996-11-01 1999-01-12 The University Of Iowa Research Foundation Iterative and regenerative DNA sequencing method
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
JP2001517948A (ja) 1997-04-01 2001-10-09 グラクソ、グループ、リミテッド 核酸配列決定法
ATE545710T1 (de) 1997-04-01 2012-03-15 Illumina Cambridge Ltd Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäuren
FI103809B (fi) 1997-07-14 1999-09-30 Finnzymes Oy In vitro -menetelmä templaattien tuottamiseksi DNA-sekventointia varten
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
US20010046669A1 (en) 1999-02-24 2001-11-29 Mccobmie William R. Genetically filtered shotgun sequencing of complex eukaryotic genomes
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
US20050191698A1 (en) 1999-04-20 2005-09-01 Illumina, Inc. Nucleic acid sequencing using microsphere arrays
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
CA2390309C (en) 1999-11-08 2012-09-25 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha Method for synthesizing the nucleic acid
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7611869B2 (en) 2000-02-07 2009-11-03 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7001792B2 (en) 2000-04-24 2006-02-21 Eagle Research & Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
US6828098B2 (en) 2000-05-20 2004-12-07 The Regents Of The University Of Michigan Method of producing a DNA library using positional amplification based on the use of adaptors and nick translation
DE60131194T2 (de) 2000-07-07 2008-08-07 Visigen Biotechnologies, Inc., Bellaire Sequenzbestimmung in echtzeit
US6846658B1 (en) 2000-10-12 2005-01-25 New England Biolabs, Inc. Method for cloning and producing the Msel restriction endonuclease
AU2002227156A1 (en) 2000-12-01 2002-06-11 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
AR031640A1 (es) 2000-12-08 2003-09-24 Applied Research Systems Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido
US20040110191A1 (en) 2001-01-31 2004-06-10 Winkler Matthew M. Comparative analysis of nucleic acids using population tagging
US7138267B1 (en) 2001-04-04 2006-11-21 Epicentre Technologies Corporation Methods and compositions for amplifying DNA clone copy number
US6777187B2 (en) 2001-05-02 2004-08-17 Rubicon Genomics, Inc. Genome walking by selective amplification of nick-translate DNA library and amplification from complex mixtures of templates
GB0115194D0 (en) 2001-06-21 2001-08-15 Leuven K U Res & Dev Novel technology for genetic mapping
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
US7399590B2 (en) 2002-02-21 2008-07-15 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
US20040002090A1 (en) 2002-03-05 2004-01-01 Pascal Mayer Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype
EP3002289B1 (en) 2002-08-23 2018-02-28 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides for polynucleotide sequencing
US7595883B1 (en) 2002-09-16 2009-09-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biological analysis arrangement and approach therefor
WO2004042078A1 (en) 2002-11-05 2004-05-21 The University Of Queensland Nucleotide sequence analysis by quantification of mutagenesis
US7575865B2 (en) 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
US20060236413A1 (en) 2003-02-10 2006-10-19 Zoltan Ivics Transposon-based targeting system
US7670810B2 (en) 2003-06-20 2010-03-02 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US20060024681A1 (en) 2003-10-31 2006-02-02 Agencourt Bioscience Corporation Methods for producing a paired tag from a nucleic acid sequence and methods of use thereof
ES2949821T3 (es) 2004-01-07 2023-10-03 Illumina Cambridge Ltd Matrices moleculares
US7595160B2 (en) 2004-01-13 2009-09-29 U.S. Genomics, Inc. Analyte detection using barcoded polymers
WO2005100585A2 (en) 2004-03-30 2005-10-27 Epicentre Methods for obtaining directionally truncated polypeptides
WO2006047183A2 (en) 2004-10-21 2006-05-04 New England Biolabs, Inc. Recombinant dna nicking endonuclease and uses thereof
US7319142B1 (en) 2004-08-31 2008-01-15 Monsanto Technology Llc Nucleotide and amino acid sequences from Xenorhabdus and uses thereof
AU2005296200B2 (en) 2004-09-17 2011-07-14 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and method for analysis of molecules
US7449297B2 (en) 2005-04-14 2008-11-11 Euclid Diagnostics Llc Methods of copying the methylation pattern of DNA during isothermal amplification and microarrays
WO2007145612A1 (en) 2005-06-06 2007-12-21 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
DK2463386T3 (en) 2005-06-15 2017-07-31 Complete Genomics Inc Nucleic acid analysis using random mixtures of non-overlapping fragments
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
US20070128610A1 (en) 2005-12-02 2007-06-07 Buzby Philip R Sample preparation method and apparatus for nucleic acid sequencing
US7537897B2 (en) 2006-01-23 2009-05-26 Population Genetics Technologies, Ltd. Molecular counting
US20080009420A1 (en) 2006-03-17 2008-01-10 Schroth Gary P Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays
CN101460953B (zh) 2006-03-31 2012-05-30 索雷克萨公司 用于合成分析的序列的系统和装置
US20100022403A1 (en) 2006-06-30 2010-01-28 Nurith Kurn Methods for fragmentation and labeling of nucleic acids
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
EP2089517A4 (en) 2006-10-23 2010-10-20 Pacific Biosciences California POLYMERASEENZYME AND REAGENTS FOR ADVANCED NUCKIC ACID SEQUENCING
US20090088331A1 (en) 2006-11-07 2009-04-02 Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Influenza virus nucleic acid microarray and method of use
US20080242560A1 (en) 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
EP2092322B1 (en) 2006-12-14 2016-02-17 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale fet arrays
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
CA2921557C (en) 2007-01-19 2022-02-08 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for analyses of cell proliferative disorders
US8277628B2 (en) 2007-07-13 2012-10-02 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Method and apparatus using electric field for improved biological assays
EP2188389A4 (en) 2007-08-15 2011-12-07 Univ Hong Kong METHOD AND COMPOSITIONS FOR BISULFIT DNA SEQUENCING WITH HIGH PERFORMANCE AND BENEFITS
US8415099B2 (en) 2007-11-05 2013-04-09 Complete Genomics, Inc. Efficient base determination in sequencing reactions
WO2009092035A2 (en) 2008-01-17 2009-07-23 Sequenom, Inc. Methods and compositions for the analysis of biological molecules
DK2279263T3 (da) 2008-04-30 2013-11-11 Integrated Dna Tech Inc Rnase-h-baserede assays med anvendelse af modificerede rna-monomerer
US8628919B2 (en) 2008-06-30 2014-01-14 Bionano Genomics, Inc. Methods and devices for single-molecule whole genome analysis
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
EP3272879B1 (en) 2008-10-24 2019-08-07 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
WO2010099301A2 (en) 2009-02-25 2010-09-02 The Johns Hopkins University Piggybac transposon variants and methods of use
US8709717B2 (en) 2009-04-03 2014-04-29 Illumina, Inc. Generation of uniform fragments of nucleic acids using patterned substrates
PL2539450T3 (pl) 2010-02-25 2016-08-31 Advanced Liquid Logic Inc Sposób wytwarzania bibliotek kwasu nukleinowego
US9029103B2 (en) 2010-08-27 2015-05-12 Illumina Cambridge Limited Methods for sequencing polynucleotides
CA2803693A1 (en) * 2010-08-27 2012-03-01 Genentech, Inc. Methods for nucleic acid capture and sequencing
WO2012048341A1 (en) * 2010-10-08 2012-04-12 President And Fellows Of Harvard College High-throughput single cell barcoding
US9096899B2 (en) 2010-10-27 2015-08-04 Illumina, Inc. Microdevices and biosensor cartridges for biological or chemical analysis and systems and methods for the same
US8829171B2 (en) * 2011-02-10 2014-09-09 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
EP2635679B1 (en) 2010-11-05 2017-04-19 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
DK3037536T3 (da) * 2011-01-28 2020-01-13 Illumina Inc Oligonukleotiderstatning for di-taggede og retnings biblioteker
EP2670894B1 (en) * 2011-02-02 2017-11-29 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Massively parallel continguity mapping
US9365897B2 (en) * 2011-02-08 2016-06-14 Illumina, Inc. Selective enrichment of nucleic acids
CA2834291A1 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Biorad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
US20130017978A1 (en) 2011-07-11 2013-01-17 Finnzymes Oy Methods and transposon nucleic acids for generating a dna library
NO2694769T3 (ru) * 2012-03-06 2018-03-03
SG11201405669XA (en) 2012-03-13 2014-10-30 Swift Biosciences Inc Methods and compositions for size-controlled homopolymer tailing of substrate polynucleotides by a nucleic acid polymerase
CN109082462B (zh) 2012-05-21 2022-10-28 斯克利普斯研究所 样品制备方法
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
US9644199B2 (en) 2012-10-01 2017-05-09 Agilent Technologies, Inc. Immobilized transposase complexes for DNA fragmentation and tagging
US9683230B2 (en) * 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
WO2014124336A2 (en) * 2013-02-08 2014-08-14 10X Technologies, Inc. Partitioning and processing of analytes and other species
US10550426B2 (en) * 2013-03-07 2020-02-04 Sekisui Medical Co., Ltd. Method for detecting methylated DNA
DK2970951T3 (da) 2013-03-13 2019-05-13 Illumina Inc Fremgangsmåder til nukleinsyresekventering
AU2014312208B2 (en) 2013-08-28 2019-07-25 Becton, Dickinson And Company Massively parallel single cell analysis
PL3089822T3 (pl) 2013-12-30 2022-09-19 Atreca, Inc. Analiza kwasów nukleinowych powiązanych z pojedynczymi komórkami z użyciem kodów kreskowych kwasów nukleinowych

Also Published As

Publication number Publication date
RU2019138705A3 (ru) 2020-05-22
IL251737A0 (en) 2017-06-29
BR112017007912A2 (pt) 2018-01-23
WO2016061517A3 (en) 2016-06-23
IL251737B (en) 2021-12-01
AU2022201205A1 (en) 2022-03-17
IL299976A (en) 2023-03-01
US20190040382A1 (en) 2019-02-07
SG10201903408VA (en) 2019-05-30
WO2016061517A2 (en) 2016-04-21
JP7127104B2 (ja) 2022-08-29
KR102643955B1 (ko) 2024-03-07
US11873480B2 (en) 2024-01-16
AU2015331739B2 (en) 2021-12-02
IL287853A (en) 2022-01-01
US20190048332A1 (en) 2019-02-14
RU2019138705A (ru) 2020-01-27
BR122021026779B1 (pt) 2023-12-19
BR122021026781B1 (pt) 2023-11-14
IL287853B2 (en) 2023-06-01
KR20170107423A (ko) 2017-09-25
RU2017116989A3 (ru) 2019-05-20
JP2021052779A (ja) 2021-04-08
US20220282242A1 (en) 2022-09-08
RU2709655C2 (ru) 2019-12-19
JP2022172158A (ja) 2022-11-15
JP6808617B2 (ja) 2021-01-06
RU2736728C2 (ru) 2020-11-19
KR102472027B1 (ko) 2022-11-30
KR20220162873A (ko) 2022-12-08
CA2964799A1 (en) 2016-04-21
AU2015331739A1 (en) 2017-05-11
SG11201703139VA (en) 2017-07-28
JP2018501776A (ja) 2018-01-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017116989A (ru) Транспозиция с сохранением сцепления генов
AU2017361521B2 (en) Chemical compositions and methods of using same
CN110191961B (zh) 制备经不对称标签化的测序文库的方法
US9255291B2 (en) Oligonucleotide ligation methods for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing
US20210155985A1 (en) Surface concatemerization of templates
JP7033602B2 (ja) ロングレンジ配列決定のためのバーコードを付けられたｄｎａ
AU2018280131A1 (en) Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
US20190194648A1 (en) Construction method for serial sequencing libraries of rad tags
US20150050657A1 (en) Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support
WO2009106308A2 (en) System and method for improved processing of nucleic acids for production of sequencable libraries
EP3207134A2 (en) Contiguity preserving transposition
JP2016520326A (ja) マルチプレックス配列決定のための分子バーコード化
WO2015112949A2 (en) Isothermal methods and related compositions for preparing nucleic acids
KR20160138168A (ko) 카피수 보존 rna 분석 방법
WO2019005763A1 (en) METHOD FOR REGROUPING DNA SEQUENCES
KR20220160661A (ko) 핵산 라이브러리를 제조하기 위한 방법 및 조성물
CN113795594A (zh) 核酸扩增和识别方法
EP3433379B1 (en) Primers with self-complementary sequences for multiple displacement amplification
RU2020137454A (ru) Транспозиция с сохранением сцепления генов
CN117015603A (zh) 使用基于转座子的技术与用于误差校正的独特分子标识符制备定向标签化测序文库的方法
JP2024512463A (ja) 増幅されたライブラリからの望ましくない断片の選択的枯渇のためのブロッキングオリゴヌクレオチド
WO2016193676A1 (en) Improvements in and relating to nucleic acid probes and hybridisation methods