RU2013101779A - Сравнение образцов белков - Google Patents

Abstract

1. Способ описания образца белка, включающий:(i) получение образца первого белка с известной аминокислотной последовательностью, где по меньшей мере одна аминокислота заменена на меченную изотопами аминокислоту;(ii) получение образца второго, немеченого белка, содержащего немеченую аминокислоту, соответствующую меченной изотопами аминокислоте первого белка;(iii) добавление первого образца ко второму образцу с получением смеси;(iv) подвергание смеси протеолизу с формированием первого гидролизата;(v) исследование первого гидролизата с помощью восходящей жидкостной хроматографии - масс-спектроскопии с получением первого спектра, включающего один или несколько дублетных или синглетных пиков, где каждый дублетный пик обозначает присутствие меченного изотопами пептида из первого образца и соответствующего немеченого пептида из второго образца, а каждый синглетный пик обозначает присутствие пептида с мутацией, модификацией или примесями, характеризующее таким образом второй образец белка.2. Способ по п.1, включающий далее шаг (vi) сравнения относительных интенсивностей пиков в дублетах для определения относительного содержания каждого пептида, где соотношение 1:1 обозначает существенную идентичность первого и второго пептидов, и где разница в интенсивности пиков отображает присутствие химически отличающегося пептида.3. Способ по п.1, включающий далее шаг количественного исследования химически отличающегося пептида, основанного на относительном снижении интенсивности пика.4. Способ по п.2, включающий далее шаг (vii) исследования гидролизата с помощью тандемной масс-спектроскопии для определения последовательно

Claims (24)

1. Способ описания образца белка, включающий:

(i) получение образца первого белка с известной аминокислотной последовательностью, где по меньшей мере одна аминокислота заменена на меченную изотопами аминокислоту;

(ii) получение образца второго, немеченого белка, содержащего немеченую аминокислоту, соответствующую меченной изотопами аминокислоте первого белка;

(iii) добавление первого образца ко второму образцу с получением смеси;

(iv) подвергание смеси протеолизу с формированием первого гидролизата;

(v) исследование первого гидролизата с помощью восходящей жидкостной хроматографии - масс-спектроскопии с получением первого спектра, включающего один или несколько дублетных или синглетных пиков, где каждый дублетный пик обозначает присутствие меченного изотопами пептида из первого образца и соответствующего немеченого пептида из второго образца, а каждый синглетный пик обозначает присутствие пептида с мутацией, модификацией или примесями, характеризующее таким образом второй образец белка.

2. Способ по п.1, включающий далее шаг (vi) сравнения относительных интенсивностей пиков в дублетах для определения относительного содержания каждого пептида, где соотношение 1:1 обозначает существенную идентичность первого и второго пептидов, и где разница в интенсивности пиков отображает присутствие химически отличающегося пептида.

3. Способ по п.1, включающий далее шаг количественного исследования химически отличающегося пептида, основанного на относительном снижении интенсивности пика.

4. Способ по п.2, включающий далее шаг (vii) исследования гидролизата с помощью тандемной масс-спектроскопии для определения последовательности пептида, представленного синглетным пиком на спектре.

5. Способ по п.1, где по существу все эквивалентные аминокислоты первого белка мечены изотопами.

6. Способ по пп.1, где меченная изотопами аминокислота включает по меньшей мере один тяжелый изотоп.

7. Способ по п.1, где тип протеолиза и меченная изотопами аминокислота выбраны из группы, включающей:

(a) трипсиновый протеолиз и один или нескольких тяжелых аргининов, тяжелых лизинов и их сочетания;

(b) протеолиз с эндопротеиназой GluC и тяжелую глутаминовую кислоту.

(c) протеолиз легкой цепи с энтерокиназой и меченная изотопами одна или несколько из следующих аминокислот: тяжелые аспарагиновые кислоты, тяжелые лизины и их сочетания.

(d) протеолиз с фактором Ха и один или несколько тяжелых изолейцинов, тяжелых глутаминовых кислот, тяжелых аспарагиновых кислот, тяжелых глицинов, тяжелых аргининов и их сочетания;

(e) фуриновый протеолиз и тяжелый аргинин;

(f) протеолиз с генеазой I и один или несколько тяжелых гистидинов, тяжелых тирозинов и их сочетания;

(г) химотрипсиновый протеолиз и тяжелая ароматическая аминокислота;

(h) протеолиз с Lys-C или Lys-N и тяжелый лизин; и

(i) протеолиз с эндопротеиназой ArgC и тяжелый аргинин.

8. Способ по п.1, включающий также шаг очистки меченого белка и немеченого белка перед протеолизом.

9. Способ по п.1, где белок принадлежит к группе, состоящей из рекомбинантного белка, биотерапевтического белка, антитела, моноклонального антитела, конъюгата лекарственного средства и антитела, антитела для визуализации, гибридного белка и PEG белка.

10. Способ по п.1, где белок является антителом.

11. Способ по п.1, где гидролизат включает группу пептидов с комбинированной последовательностью, составляющей, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% более от полной аминокислотной последовательности белка.

12. Способ по п.11, где комбинированная последовательность составляет полную аминокислотную последовательность белка.

13. Способ по п.1, далее включающий стадии:

(i) получение образца третьего, немеченого белка, включающего немеченую аминокислоту, соответствующую меченной изотопами кислоте первого белка;

(ii) смешивание первого и третьего образца с получением второй смеси;

(iii) подвергание второй смеси второму протеолизу с формированием второго гидролизата; и

(iv) исследование второго гидролизата с помощью восходящей жидкостной хроматографии - масс-спектроскопии с получением второго спектра, включающего один или несколько дублетных или синглетных пиков, где каждый дублетный пик обозначает присутствие меченного изотопами пептида из первого образца и соответствующего немеченого пептида из третьего образца, а каждый синглетный пик обозначает присутствие пептида с мутацией, модификацией или примесями, характеризующее таким образом третий образец белка.

14. Способ по п.13, включающий далее шаг (v) сравнения относительных интенсивностей дублетных пиков из спектра второго гидролизата для определения относительного содержания каждого пептида.

15. Способ по п.13, включающий далее сравнение результатов для первого и второго гидролизата для определения различий между вторым и третьим образцами белков.

16. Способ по п.13, где указанное сравнение включает сравнение соотношения сигнала пиков спектра из первого гидролизата с соответствующим соотношением сигнала пиков спектра второго гидролизата.

17. Способ по п.1, где первый образец белка является инновационным лекарственным средством, а второй образец белка является биоаналогом инновационного лекарственного средства.

18. Способ по п.1, где первый образец белка является не конъюгированным белком, а второй образец белка является конъюгированным белком.

19. Способ по п.1, где первый и второй образцы белков получены из разных клеточных линий, разных типов клеток или с помощью разных производственных процессов.

20. Способ по п.1, где первый и второй образцы белков содержались при разных условиях хранения.

21. Способ по п.1, где указанный способ применяют для выявления мутаций, модификаций или примесей во втором образце белка.

22. Способ по п.21, где мутация, модификация или примеси принадлежат к группе, состоящей из изменения олигосахаридного состава, конверсии N-концевых глутаминов, отщепления С-концевого лизина, изменения пироглутаматного состава и повышения уровня дезаминирования или окисления.

23. Способ по п.1, где первый и второй образцы являются в значительной мере гомогенными препаратами белков.

24. Способ по п.1, где первый и второй образцы являются фармацевтическими композициями.