MXPA05005071A - Diagnostico de la sepsis o sirs usando perfiles de biomarcadores. - Google Patents

Abstract

La prediccion o diagnostico temprano de la sepsis permite de manera ventajosa la intervencion clinica antes de que el padecimiento progrese rapidamente mas alla de las etapas iniciales a las etapas mas severas, tal como sepsis severa o choque septico, que estan asociadas con alta mortalidad. La prediccion o diagnostico tempranos se realiza usando una metodologia de diagnostico molecular, que involucra comparar el perfil de un individuo de la expresion del biomarcador a los perfiles obtenidos de una o mas poblaciones de control o referencia, que pueden incluir una poblacion que desarrolle sepsis. El reconocimiento de las caracteristicas en el perfil del biomarcador individual que son caracteristicas del principio o aparicion de la sepsis, permite al medico clinico diagnosticar el principio de la sepsis a partir de un fluido corporal aislado en el individuo en un punto de tiempo unico. Se evita, por lo tanto la necesidad de monitorear al paciente a traves de un periodo de tiempo, permitiendo de manera ventajosa la intervencion clinica antes del principio de los sintomas serios de la sepsis.

Description

DIAGNÓSTICO DE LA SEPSIS O SIRS USANDO PERFILES DE BIOMARCADORES CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a métodos para el diagnóstico o predicción de la sepsis o sus etapas de avance o progresión en un individuo. La presente invención también se refiere a métodos para el diagnóstico del síndrome sistémico de respuesta inflamatoria en un individuo. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN La detección temprana de una condición de padecimiento típicamente permite un tratamiento terapéutico más efectivo-con un correspondiente resultado clínico más favorable. En muchos casos, sin embargo, la detección temprana de los síntomas del padecimiento es problemática; de ahí que, es posible que un padecimiento pueda llegar a avanzar relativamente antes del diagnóstico. Las condiciones inflamatorias, sistémicas, representan una de tales clases de padecimientos. Estas condiciones, en particular la sepsis, típicamente resultan a partir de una interacción entre un microorganismo patogénico y el sistema de defensa del hospedero que ocasiona una respuesta inflamatoria excesiva y descontrolada en el hospedero. La complejidad de la respuesta del hospedero durante la respuesta inflamatoria, sistémica, ha complicado los esfuerzos hacia la comprensión de la patogénesis del padecimiento. (Revisado en Healy, Annul . Pharmacother. 36: 648-54 (2002)). Una comprensión incompleta de la patogénesis del padecimiento, a su vez, contribuye a la dificultad en hallar biomarcadores de diagnóstico. El diagnóstico temprano y confiable es imperativo, sin embargo, debido al avance remarcablemente rápido de la sepsis a una condición de peligro de muerte. La sepsis sigue un curso de tiempo bien descrito, avanzando desde un síndrome de respuesta inflamatoria, sistémica ("SIRS" ) -negativo hasta SIRS-positivo hasta sepsis, la cual puede avanzar entonces a sepsis severa, choque séptico, disfunción de múltiples órganos ("MOD"), y en última estancia la muerte. La sepsis también puede surgir en un individuo infectado cuando el individuo subsecuentemente desarrolla SIRS. El "SIRS" comúnmente se define como la presencia de dos o más de los siguientes parámetros : temperatura corporal mayor a 38 °C o menor de 36°C; ritmo cardiaco mayor de 90 latidos por minuto; ritmo respiratorio mayor de 20 exhalaciones por minuto; ?82 menor de 32 mm Hg; y un conteo de glóbulos blancos ya sea menor de 4.0 x 109 células/L o mayor de 12.0 x 109 células/L, o que tenga más del 10% de formas de bandas inmaduras. La "sepsis" comúnmente se define como SIRS con un proceso infeccioso confirmado. La "sepsis severa" está asociada con MOD, hipotensión, coagulación intravascular diseminada ("DIC") o anormalidades por hipoperfusion, que incluyen acidosis láctica, oliguria, y cambios en el estado mental. El "choque séptico" comúnmente se define como una hipotensión inducida por la sepsis que es resistente a la resucitación de fluidos con la presencia adicional de anormalidades por hipoperfusion. Ha resultado difícil documentar la presencia de los microorganismos patogénicos clínicamente significativos para la sepsis. Típicamente se detectan microorganismos causativos cultivando la sangre, esputo, orina, secreción de heridas, superficies de catéter en línea permanentes de un paciente, etc. Los microorganismos causativos, sin embargo, pueden residir solamente en ciertos microambientes del cuerpo tales que el material particular que se cultiva puede no contener los microorganismos contaminantes. La detección se puede complicar además por el bajo número de microorganismos en el sitio de infección. El bajo número de patógenos en sangre presenta un problema particular para el diagnóstico de sepsis mediante el cultivo sangre. En un estudio, por ejemplo, se obtuvieron resultados positivos del cultivo en solamente el 17% de los pacientes que presentaban manifestaciones clínicas de sepsis. (Rangel-Frausto et al., JAMA 273: 117-23 (1995)). El diagnóstico se puede complicar además por la contaminación de muestras con microorganismos no-patogénicos. Por ejemplo, solamente el 12.4% de los microorganismos detectados fueron clínicamente significativos en un estudio de 707 pacientes con septicemia. (Weinstein et al., Clinical Infectious Diseases 24 : 584-602 (1997) ) . La dificultad en el diagnóstico temprano de sepsis se refleja por la alta morbilidad y mortalidad asociadas con el padecimiento. Actualmente la sepsis es la décima causa principal de muerte en los Estados Unidos y es especialmente predominante entre pacientes hospitalizados en unidades de cuidados intensivos (ICUs) no-coronarias, en donde es la causa más común de muerte . El índice total de mortalidad es tan alto como el 35%, con un estimado de 750,000 casos por año que se presentan solamente en los Estados Unidos . El costo anual para tratar la sepsis únicamente en los Estados Unidos es nada más y nada menos que de billones de dólares. Por lo tanto, existe la necesidad de un método para diagnosticar la sepsis lo suficientemente temprano para permitir una efectiva intervención y prevención. Los sistemas de puntuación de sepsis más actuales o modelos de predicción pronostican solamente el riesgo de complicaciones de etapa avanzada, incluyendo la muerte, en pacientes que ya están considerados como sépticos. Sin embargo, tales sistemas y modelos, no predicen el desarrollo de la sepsis misma. Lo que es particularmente necesario es una manera de categorizar a aquellos pacientes con SIRS que desarrollarán o no sepsis. Actualmente, los investigadores típicamente definen un solo biomarcador que se expresa a un nivel diferente en un grupo de paciente sépticos contra un grupo de control normal (es decir, no-séptico) de pacientes. La Solicitud de Patente Norteamericana No. de Serie 10/400,275, presentada el 26 de Marzo del 2003, el contenido total de la cual se incorpora en la presente como referencia, describe un método para indicar tempranamente la sepsis analizando cambios dependientes del tiempo en el nivel de expresión de varios biomarcadores. De conformidad con esto, los métodos óptimos para el diagnóstico temprano de la sepsis actualmente requieren tanto medir una pluralidad de biomarcadores como monitorear la expresión de estos biomarcadores durante un periodo de tiempo. Existe una continua necesidad urgente en la técnica para diagnosticar la sepsis con especificidad y sensibilidad, sin la necesidad de monitorear un paciente con el tiempo. En el mejor de los casos, el diagnóstico podría hacerse mediante una técnica que mida con exactitud, rapidez y simultáneamente una pluralidad de biomarcadores en un punto individual en el tiempo, minimizando así el avance del padecimiento durante el tiempo necesario para el diagnóstico. BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La presente invención permite una predicción exacta, rápida, y sensible y un diagnóstico de sepsis a través de una medición de más de un biomarcador tomado de una muestra biológica en un punto individual a tiempo. Esto se logra obteniendo un perfil biomarcador en un punto individual a tiempo de un individuo, particularmente un individuo en peligro de desarrollar sepsis, que tiene sepsis, o que se sospecha tiene sepsis, y comparando el perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. El perfil biomarcador de referencia se puede obtener de una población de individuos (una "población de referencia") que están, por ejemplo, enfermos de sepsis o que están padeciendo ya sea de la aparición de la sepsis o una etapa particular en el avance de la sepsis . Si el perfil biomarcador del individuo contiene rasgos apropiadamente característicos del perfil biomarcador de la población de referencia, entonces se diagnóstica que el individuo tiene un riesgo más probable de volverse séptico, por estar enfermo de sepsis o por estar en la etapa particular en el avance de la sepsis como la población de referencia. El perfil biomarcador de referencia también se puede obtener de varias poblaciones de individuos que incluyen aquéllos que padecen SIRS o aquéllos que padecen una infección pero que no padecen SIRS. De conformidad con esto, la presente invención permite al médico determinar, entre todos, a aquellos pacientes que no tienen SIRS, que tienen SIRS pero no están propensos a desarrollar sepsis dentro del margen de tiempo de la investigación, que tienen sepsis, o que están en peligro de volverse eventualmente sépticos . Aunque los métodos de la presente invención son particularmente útiles para detectar o predecir la aparición de sepsis en pacientes con SIRS, alguien con experiencia ordinaria en la técnica entenderá que los presentes métodos se pueden utilizar para cualquier paciente incluyendo, pero no limitado a, pacientes que se sospeche tengan SIRS o que estén en cualquier etapa de sepsis. Por ejemplo, se podría tomar una muestra biológica de un paciente, y un perfil de biomarcadores en la muestra se podría comparar con varios perfiles de biomarcadores de referencia diferentes, cada perfil derivado de individuos tales como, por ejemplo, aquéllos que tienen SIRS o que estén en una etapa particular de sepsis. La clasificación del perfil biomarcador del paciente que corresponde al perfil derivado de una población de referencia particular pronostica que el paciente cae dentro de la población de referencia. En base al diagnóstico resultante de los métodos de la presente invención, se podría iniciar un régimen de tratamiento apropiado. Los métodos existentes para el diagnóstico o predicción de SIRS, sepsis o una etapa en el avance de la sepsis, están basados en los signos clínicos y síntomas que son no-específicos; por lo tanto, el diagnóstico resultante frecuentemente tiene una utilidad clínica limitada. Debido a que los métodos de la presente invención detectan con exactitud varias etapas de sepsis, los mismos se pueden utilizar para identificar a aquellos individuos que podrían ser enlistados apropiadamente en un estudio terapéutico. Debido a que la sepsis se puede predecir o diagnosticar a partir de una "instantánea" de la expresión del biomarcador en una muestra biológica obtenida en un punto individual a tiempo, este estudio terapéutico se puede iniciar antes de la aparición de los síntomas clínicos serios. Debido a que la muestra biológica se analiza por su perfil biomarcador, es innecesaria la identificación de los biomarcadores particulares. No obstante, la presente invención proporciona métodos para identificar biomarcadores específicos de los perfiles que son característicos de la sepsis o de una etapa particular en el avance de la sepsis. Tales biomarcadores en sí mismos serán herramientas útiles en predecir o diagnosticar la sepsis. De conformidad con esto, la presente invención proporciona, entre otros, métodos para predecir la aparición de la sepsis en un individuo. Los métodos comprenden obtener un perfil biomarcador en un punto individual a tiempo del individuo y comparar el perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. La comparación de los perfiles biomarcadores puede predecir la aparición de la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente el 60%. El perfil biomarcador del individuo y el perfil biomarcador de referencia comprende características o aspectos que son características mensurables de un ácido nucleico. Este método se puede repetir de nuevo en cualquier momento antes de la aparición de la sepsis. La presente invención también proporciona, entre otros, un método para diagnosticar la sepsis en un individuo que tenga o se sospeche que tenga sepsis, que comprende obtener un perfil biomarcador en un punto individual a tiempo del individuo y comparar el perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. El perfil del biomarcador del individuo y el perfil del biomarcador de referencia comprenden características que son características mensurables de un ácido nucleico . La comparación de los perfiles biomarcadores puede diagnosticar la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente el 60%. Este método se puede repetir en el individuo en cualquier momento. La presente invención proporciona además, entre otros, un método para determinar el avance (es decir, la etapa) de la sepsis en un individuo que tiene o que se sospecha tiene sepsis. Este método comprende obtener un perfil biomarcador en un punto individual a tiempo del individuo y comparar el perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. La comparación de los perfiles biomarcadores puede determinar el avance de la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente el 60%. Este método también se puede repetir en el individuo en cualquier momento.

Adicionalmente, la presente invención proporciona, entre otros, un método para diagnosticar SIRS en un individuo que tenga o que se sospeche tenga SIRS . Este método comprende obtener un perfil biomarcador en un punto individual a tiempo del individuo y comparar el perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. La comparación de los perfiles biomarcadores puede diagnosticar SIRS en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente el 60%. Este método también se puede repetir en el individuo en cualquier momento . En otra modalidad, la invención proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis o para diagnosticar SIRS en un individuo, que comprende aplicar una regla de decisión. La regla de decisión comprende comparar (i) un perfil biomarcador generado a partir de una muestra biológica tomada del individuo en un punto individual a tiempo con (ii) un perfil biomarcador generado a partir de una población de referencia. La aplicación de la regla de decisión determina el estado de la sepsis o diagnostica SIRS en el individuo. El método se puede repetir en el individuo en uno o más puntos individuales separados a tiempo. La presente invención además proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis o para diagnosticar SIRS en un individuo, que comprende obtener un perfil biomarcador de una muestra biológica tomada del individuo y comparar el perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. Tal comparación individual es capaz de clasificar al individuo que tenga admisión en la población de referencia. La comparación del perfil biomarcador determina el estado de la sepsis o diagnostica SIRS en el individuo. La invención además proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis o para diagnosticar SIRS en un individuo, que comprende obtener un perfil biomarcador de una muestra biológica tomada del individuo y comparar el perfil biomarcador del individuo con el perfil biomarcador de referencia obtenido de las muestras biológicas de una población de referencia. La población de referencia se puede seleccionar del grupo que consiste de una población de referencia normal, una población de referencia SIRS-positiva, una población de referencia infectada/SIRS-negativa, una población de referencia sepsis-positiva, una población de referencia en una etapa particular en el avance de la sepsis, una población de referencia SIRS-positiva que será confirmada por tener sepsis mediante técnicas convencionales después de aproximadamente 0-36 horas, una población de referencia SIRS-positiva que será confirmada por tener SIRS mediante técnicas convencionales después de aproximadamente 36-60 horas, y una población de referencia SIRS-positiva que será confirmada por tener sepsis mediante técnicas convencionales después de aproximadamente 60-84 horas. El perfil biomarcador individual y el perfil biomarcador de referencia comprende aspectos o características que son características mensurables de un ácido nucleico . Tal comparación individual es capaz de clasificar al individuo por tener admisión en la población de referencia, y la comparación determina el estado de la sepsis o diagnostica SIRS en el individuo. En aún otra modalidad, la presente invención proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis o para diagnosticar SIRS en un individuo en donde el método comprende comparar una característica mensurable de al menos un biomarcador de ácido nucleico entre (i) un perfil biomarcador obtenido de una muestra biológica del individuo y (ii) un perfil biomarcador obtenido de las muestras biológicas de una población de referencia. En base a esta comparación, el individuo se clasifica como perteneciente o no perteneciente a la población de referencia. Entonces, la comparación determina el estado de la sepsis o diagnostica SIRS en el individuo. Los biomarcadores de ácido nucleico, en una modalidad, se seleccionan del grupo de biomarcadores mostrados en cualquiera de las TABLAS 2-10. En una modalidad adicional, la presente invención proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis o para diagnosticar SIRS en un individuo, que comprende seleccionar al menos dos rasgos de un conjunto de biomarcadores en un perfil generado a partir de una muestra biológica de un individuo. Estos aspectos se comparan con un conjunto de los mismos biomarcadores en un perfil generado de las muestras biológicas de una población de referencia. Tal comparación es capaz de clasificar al individuo que tenga admisión en la población de referencia con una exactitud de al menos aproximadamente el 60%, y la comparación determina el estado de la sepsis o diagnostica SIRS en el individuo. La presente invención también proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis o para diagnosticar SIRS en un individuo, que comprende determinar los cambios en la abundancia de al menos dos biomarcadores de ácido nucleico contenidos en una muestra biológica de un individuo y comparar los cambios en la abundancia de estos biomarcadores a los cambios en la abundancia de estos biomarcadores en las muestras biológicas de una población de referencia. Alternativamente, la abundancia de al menos dos biomarcadores de ácidos nucleicos en el perfil del biomarcador del individuo se puede comparar a la abundancia de al menos dos ácidos nucleicos en el perfil del biomarcador de la población de referencia. Ambas comparaciones son capaces de clasificar al individuo que tenga admisión en la población de referencia, y las comparaciones determinan el estado de la sepsis o diagnostica SIRS en el individuo. En otra modalidad, la invención proporciona, entre otros, un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, que comprende determinar los cambios en la abundancia de al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco, 10 ó 20 biomarcadores de ácidos nucleicos cuando se comparan con los cambios en la abundancia o la abundancia de al menos un biomarcador de ácido nucleico para las muestras biológicas de una población de referencia que contrae sepsis y una que no la contrae. Los biomarcadores de ácido nucleico se seleccionan del grupo que consiste de los ácidos nucleicos listados en cualquiera de las TABLAS 2-10. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La FIGURA 1 ilustra el avance de SIRS a sepsis. La condición de sepsis consiste de al menos tres etapas, con un avance del paciente séptico desde sepsis severa a choque séptico hasta la disfunción de múltiples órganos. La FIGURA 2 muestra la relación entre la sepsis y el SIRS . Los diversos conjuntos mostrados en el diagrama Venn corresponden a las poblaciones de individuos que tienen la condición indicada. DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LAS MODALIDADES PREFERIDAS La presente invención permite el diagnóstico o predicción rápida, sensible, y exacta de la sepsis utilizando una o más muestras biológicas obtenidas de un individuo en un punto individual a tiempo ("instantánea") o durante el transcurso del avance del padecimiento. Ventajosamente, la sepsis se puede diagnosticar o predecir antes de la aparición de los síntomas clínicos, permitiendo así una intervención terapéutica más efectiva. ¦"Síndrome de respuesta inflamatoria sistémica" , o "SIRS", se refiere a una respuesta clínica a una variedad de severos agravamientos clínicos, como se manifiesta por dos o más de las siguientes condiciones dentro de un periodo de 24 horas : • temperatura corporal mayor a 38°C (100.4°F) ó menor de 36°C (96.8°F); • ritmo cardiaco (HR) mayor de 90 latidos/minuto; • ritmo respiratorio (RR) mayor de 20 exhalaciones/minuto; ó ?82 menor de 32 mm Hg; o necesidad de ventilación mecánica; y • conteo de glóbulos blancos (WBC) ya sea mayor de 12.0 x 109/L O menor de 4.0 x 109/L o que tenga más del % de formas de inmaduras (bandas) . Estos síntomas de SIRS representan una definición general del SIRS que se pueden modificar o suplantar por una definición mejorada en el futuro. La presente definición se utiliza para clarificar la práctica clínica actual y no representa un aspecto critico de la invención. Un paciente con SIRS tiene una presentación clínica que se clasifica como SIRS, como se define anteriormente, aunque no está considerado clínicamente como séptico. Los individuos que están en peligro de desarrollar sepsis incluyen pacientes en una ICU y aquéllos que de otra forma han padecido un trauma fisiológico, tal como una quemadura u otro agravamiento. "Sepsis" se refiere a una condición SIRS-positiva que está asociada con un proceso infeccioso confirmado. La sospecha clínica de sepsis se origina de la sospecha de que la condición SIRS-positiva de un paciente con SIRS es el resultado de un proceso infeccioso. Como se utiliza en la presente, "sepsis" incluye todas las etapas de sepsis que incluyen, pero no están limitadas a, la aparición de la sepsis, sepsis severa y MOD asociados con las etapas finales de la sepsis. La "aparición de la sepsis" se refiere a una etapa temprana de sepsis, es decir, antes de una etapa cuando las manifestaciones clínicas son suficientes para apoyar una sospecha clínica de sepsis. Debido a que los métodos de la presente invención se utilizan para detectar la sepsis antes de un momento en que se podría tener sospecha de sepsis utilizando técnicas convencionales, el estado del padecimiento del paciente con sepsis temprana únicamente se puede confirmar retrospectivamente, cuando la manifestación de la sepsis es más obvia clínicamente. El mecanismo exacto mediante el cual un paciente se vuelve séptico no es un aspecto crítico de la invención. Los métodos de la presente invención pueden detectar cambios en el perfil biomarcador independiente del origen del proceso infeccioso. Independientemente de cómo surja la sepsis, los métodos de la presente invención permiten determinar el estado de un paciente que tiene, o se sospecha que tiene sepsis o SIRS, como se clasifica mediante los criterios previamente utilizados. "Sepsis severa" se refiere a la sepsis asociada con la disfunción de órganos, anormalidades por hipoperfusión, o hipotensión inducida por la sepsis. Las anormalidades por hipoperfusión incluyen, pero no están limitadas a, acidosis láctica, oliguria, o una alteración aguda en el estado mental. "Choque séptico" se refiere a la hipotensión inducida por sepsis que no es sensible al adecuado estímulo de fluidos intravenosos y con manifestaciones de hipoperfusión periférica. Un "paciente convertidor" se refiere a un paciente SIRS-positivo que avanza a sospecha clínica de sepsis durante el periodo en que el paciente es monitoreado, típicamente durante una estancia en UCI . Un "paciente no-convertidor" se refiere a un paciente SIRS-positivo que no avanza a sospecha clínica de sepsis durante el periodo en que el paciente es monitoreado, típicamente durante una estancia en UCI. Un "paciente no convertidor" se refiere a un paciente SIRS-positivo que no progresa o avanza a la sospecha clínica de sepsis durante el periodo en que el paciente es monitoreado, típicamente durante una estancia ICU. Un "biomarcador" virtualmente es cualquier compuesto biológico, tal como una proteína y un fragmento de la misma, un péptido, un polipéptido, un proteoglicano, o glicoproteína, una lipoproteína, un carbohidrato, un lípido, un ácido nucleico, un polímero orgánico o inorgánico químico, un polímero natural, y una molécula pequeña que están presentes en la muestra biológica y que se pueden aislar de, o medir en, la muestra biológica. Además, un biomarcador puede ser la molécula intacta, entera, o el mismo puede ser una porción de la misma que pueda ser parcialmente funcional o reconocido, por ejemplo, por un anticuerpo u otra proteína enlazadora específica. Se considera que un biomarcador es informativo si un aspecto mensurable del biomarcador está asociado con un estado dado del paciente, tal como una etapa particular de sepsis. Tal aspecto mensurable puede incluir, por ejemplo, la presencia, ausencia, o concentración del biomarcador en la muestra biológica del individuo y/o su presencia como parte de un perfil de biomarcadores . Tal aspecto mensurable de un biomarcador se define en la presente como un "aspecto" . Un aspecto también puede ser una relación de dos o más aspectos mensurables de biomarcadores, los cuales biomarcadores pueden o no pueden ser de identidad conocida, por ejemplo. Un "perfil biomarcador" comprende al menos dos de tales aspectos, donde los aspectos pueden corresponder a las mismas o diferentes clases de biomarcadores tales como, por ejemplo, un ácido nucleico y un carbohidrato. Un perfil biomarcador también puede comprender al menos tres, cuatro, cinco, 10, 20, 30 ó más aspectos . En una modalidad, un perfil biomarcador comprende cientos, o incluso miles, de aspectos. En otra modalidad, el perfil biomarcador comprende al menos un aspecto mensurable de al menos un estándar interno. Un "cambio fenotípico" es un cambio detectable en un parámetro asociado con un estado dado del paciente. Por ejemplo, un cambio fenotipico puede incluir un incremento o disminución de un biomarcador en un fluido corporal, donde el cambio está asociado con la sepsis o la aparición de la sepsis . Un cambio fenotipico puede incluir además un cambio en un aspecto detectable de un estado dado del paciente que no es un cambio en un aspecto mensurable de un biomarcador. Por ejemplo, un cambio en un fenotipo puede incluir un cambio detectable en la temperatura corporal, ritmo respiratorio, pulso, presión sanguínea, u otro parámetro fisiológico. Tales cambios se pueden determinar mediante observación y medición clínica utilizando técnicas convencionales que son bien conocidas para el artesano o técnico experto. Como se utiliza en la presente, "técnicas convencionales" son aquellas técnicas que clasifican a un individuo en base a los cambios fenotípicos sin obtener un perfil biomarcador de conformidad con la presente invención. Una "regla de decisión" es un método utilizado para clasificar pacientes. Esta regla puede tomar una o más formas que son conocidas en la técnica, como se ejemplifica en Hastie et al., en "The Elements of Statistical Learning," Springer-Verlag (Springer, New York (2001) ) , incorporada en la presente como referencia en su totalidad. El análisis de biomarcadores en la mezcla compleja de moléculas dentro de la muestra, genera aspectos en un conjunto de datos. Una regla de decisión se puede utilizar para actuar sobre un conjunto de datos de aspectos para, entre otros, predecir la aparición de la sepsis, para determinar el avance de la sepsis, para diagnosticar la sepsis, o para diagnosticar SIRS. La aplicación de la regla de decisión no requiere una clasificación perfecta. Se puede hacer una clasificación con al menos aproximadamente 90% de certeza, o aún más, en una modalidad. En otras modalidades, la certeza es al menos de aproximadamente 80%, de al menos aproximadamente 70%, ó al menos de aproximadamente 60%. El grado útil de certeza puede variar, dependiendo del método particular de la presente invención. "Certeza" se define como el número total de individuos clasificados con exactitud, dividido por el número total de individuos sometidos a la clasificación. Como se utiliza aquí, "certeza" significa "exactitud". La clasificación también se puede caracterizar por su "sensibilidad" . La "sensibilidad" de clasificación se refiere al porcentaje de pacientes con sepsis que fueron identificados correctamente que tienen sepsis. "Sensibilidad" se define en la técnica como el número de positivos verdaderos dividido por la suma de positivos verdaderos y negativos falsos. En contraste, la "especificidad" del método se define como el porcentaje de pacientes que se identificaron correctamente por que no tienen sepsis. Es decir, "especificidad" se refiere al número de negativos verdaderos dividido por la suma de negativos verdaderos y positivos falsos. En una modalidad, la sensibilidad y/o especificidad es de al menos 90%, al menos 80%, al menos 70% ó al menos 60%. El número de aspectos que se puede utilizar para clasificar un individuo con certeza adecuada típicamente es de alrededor de cuatro. Dependiendo del grado de certeza buscado, sin embargo, el número de aspectos puede ser más o menos, aunque en todos los casos es al menos uno. En una modalidad, se optimiza el número de rasgos que se pueden utilizar para clasificar a un individuo para permitir una clasificación de un individuo con alta certeza . "Determinar el estado" de sepsis o SIRS en un paciente abarca la clasificación de un perfil biomarcador del paciente para (1) detectar la presencia de sepsis o SIRS en el paciente, (2) predecir la aparición de la sepsis o SIRS en el paciente, o (3) medir el avance de la sepsis en un paciente. "Diagnosticar" sepsis o SIRS significa identificar o detectar sepsis o SIRS en el paciente. Debido a la gran sensibilidad de la presente invención para detectar la sepsis antes de una manifestación clínica abiertamente observable, la identificación o detección de sepsis incluye la detección de la aparición de la sepsis, como se define anteriormente. Es decir, "predecir la aparición de la sepsis" significa clasificar el perfil biomarcador del paciente como correspondiente al perfil derivado de individuos que están avanzando de una etapa particular de SIRS a sepsis o de una etapa de estar infectado a sepsis (es decir, de infección a infección con SIRS concomitante) . "Detectar el avance" o "determinar el avance" de sepsis o SIRS significa clasificar el perfil biomarcador de un paciente que ya está diagnosticado que tiene sepsis o SIRS. Por ejemplo, clasificar el perfil biomarcador de un paciente que ha sido diagnosticado que tiene sepsis puede abarcar detectar o determinar el avance del paciente de sepsis a sepsis severa o a sepsis con MOD. De conformidad con la presente invención, la sepsis se puede diagnosticar o predecir obteniendo un perfil de biomarcadores de una muestra obtenida de un individuo. Como se utiliza en la presente, "obtener" significa "entrar en posesión de" . La presente invención es particularmente útil en predecir y diagnosticar sepsis en un individuo que tiene una infección, o incluso sepsis, pero que aún no ha sido diagnosticado que tenga sepsis, que se sospecha tiene sepsis, o que está en peligro de desarrollar sepsis. De la misma manera, la presente invención se puede utilizar para detectar y diagnosticar SIRS en un individuo. Es decir, la presente invención se puede utilizar para confirmar una sospecha clínica de SIRS . La presente invención también se puede usar para detectar varias etapas del proceso de la sepsis tal como infección, bacteremia, sepsis, sepsis severa, choque séptico y similares . El perfil de biomarcadores obtenidos de un individuo, es decir, el perfil biomarcador de prueba, se compara con un perfil biomarcador de referencia. El perfil biomarcador de referencia se puede generar de un individuo o una población de dos o más individuos. La población, por ejemplo, puede comprender tres, cuatro, cinco, diez, 15, 20, 30, 40, 50 ó más individuos. Además, el perfil biomarcador de referencia y el perfil biomarcador (prueba) del individuo que se comparan en los métodos de la presente invención se puede generar del mismo individuo, siempre que los perfiles de prueba y de referencia se generen a partir de muestras biológicas tomadas en diferentes puntos de tiempo y comparadas entre sí. Por ejemplo, se puede obtener una muestra de un individuo al comienzo de un periodo de estudio. Un perfil biomarcador de referencia tomado de aquella muestra se puede comparar entonces con los perfiles biomarcadores generados de muestras subsecuentes del mismo individuo. Tal comparación se puede utilizar, por ejemplo, para determinar el estado de la sepsis en el individuo mediante clasificaciones repetidas con el tiempo .

Las poblaciones de referencia se puede elegir de individuos que no tengan SIRS ( "SIRS-negativo" ) , de individuos que no tengan SIRS pero que padezcan un proceso infeccioso, de individuo que padezcan SIRS sin la presencia sepsis ("SIRS-positivo"), de individuos que padezcan la aparición de la sepsis, de individuos que sean sepsis-positivos y que padezcan una de las etapas en el avance de la sepsis, o de individuos con un trauma fisiológico que incremente el riesgo de desarrollar sepsis. Además, las poblaciones de referencia pueden ser SIRS-positivas y entonces subsecuentemente ser diagnosticadas con sepsis utilizando técnicas convencionales. Por ejemplo, una población de pacientes SIRS-positivos utilizados para generar el perfil de referencia, se puede diagnosticar con sepsis aproximadamente 24, 48, 72, 96 ó más horas después de que se toman las muestras biológicas de los mismos con los propósitos de generar un perfil de referencia. En una modalidad, la población de individuos SIRS-positivos se diagnóstica con sepsis utilizando técnicas convencionales aproximadamente 0-36 horas, aproximadamente 36-60 horas, aproximadamente 60-84 horas, o aproximadamente 84-108 horas después de se toman las muestras biológicas. Si el perfil biomarcador es indicativo de sepsis o una de sus etapas de avance, un médico puede comenzar un tratamiento antes de la manifestación de los síntomas clínicos de la sepsis. El tratamiento típicamente puede involucrar examinar al paciente para determinar la fuente de la infección. Una vez que se localiza la fuente, el médico clínico típicamente obtendrá cultivos del sitio de infección, preferiblemente antes de comenzar la terapia anti-microbiana empírica, relevante, y quizás medidas terapéuticas, complementarias, adicionales, tales como drenar un absceso o remover un catéter infectado. Las terapias para sepsis se revisan en Healy, supra. Los métodos de la presente invención comprenden comparar un perfil biomarcador del individuo con un perfil biomarcador de referencia. Como se utiliza en la presente, "comparación" incluye cualquier medio para discernir al menos una diferencia en los perfiles biomarcadores de referencia y del individuo. Por consiguiente, una comparación puede incluir una inspección visual del espectro cromatográfico, y una comparación puede incluir comparaciones aritméticas o estadísticas de valores asignados a los rasgos de los perfiles . Tales comparaciones estadísticas incluyen, pero no están limitadas a, aplicar una regla de decisión. Si los perfiles biomarcadores comprenden al menos un estándar interno, la comparación para discernir una diferencia en los perfiles biomarcadores también puede incluir rasgos de estos estándares internos, tal que los rasgos del biomarcador se correlacionen con los rasgos de los estándares internos. La comparación puede predecir, entre otros, los cambios para adquirir sepsis o SIRS; o la comparación puede confirmar la presencia o ausencia de sepsis o SIRS; o la comparación puede indicar la etapa de sepsis en la cual puede estar un individuo. La presente invención, por lo tanto, pasa por alto la necesidad de realizar ensayos intensivos en tiempo durante un periodo de monitoreo, asi como también la necesidad de identificar cada biomarcador. Aunque la invención no requiere un periodo de monitoreo para clasificar a un individuo, se entenderá que se pueden tomar clasificaciones repetidas del individuo, es decir, instantáneas repetidas, con el transcurso del tiempo hasta que el individuo ya no esté en peligro. Alternativamente, un perfil de biomarcadores obtenidos del individuo se puede comparar con uno o más perfiles de biomarcadores obtenidos del mismo individuo en diferentes puntos de tiempo. El artesano apreciará que cada comparación hecha en el proceso de clasificaciones repetidas es capaz de clasificar al individuo que tiene admisión en la población de referencia. Los individuos que tienen una variedad de condiciones fisiológicas correspondientes a las diversas etapas en el avance de la sepsis, de la ausencia de sepsis a MOD, se pueden distinguir por un perfil biomarcador característico. Como se utiliza en la presente, un "individuo" es un animal, población de referencia un mamífero, más preferiblemente un humano o un primate no-humano. Los términos "individuo", "sujeto" y "paciente" se usan indistintamente en la presente. El individuo puede ser normal, sospechoso de tener SIRS o sepsis, en peligro de desarrollar SIRS o sepsis. Aunque existen muchos biomarcadores conocidos que han estado involucrados en el avance de la sepsis, no todos estos marcadores aparecen en las etapas pre-clínicas iniciales. El subconjunto de biomarcadores característicos de sepsis en etapa temprana, de hecho, se puede determinar solamente mediante un análisis retrospectivo de muestras obtenidas de individuos que al final manifestaron síntomas de sepsis. Sin estar comprometida en teoría, aún una infección patológica inicial que resulta en sepsis, puede provocar cambios fisiológicos que se reflejan en cambios particulares en la expresión del biomarcador. Una vez que el biomarcador característico de una etapa de sepsis, por ejemplo, se determina, el perfil de biomarcadores de una muestra biológica obtenida de un individuo se puede comparar con este perfil de referencia para determinar si el sujeto de prueba también está en esa etapa particular de sepsis. El avance o progresión de una población de una etapa de sepsis a otra, o de normalidad (es decir, una condición caracterizada por no tener sepsis o SIRS) a sepsis o SIRS y viceversa, estará caracterizado por cambios en los perfiles biomarcadores , cuando ciertos biornareadores se expresan en niveles cada vez más superiores y la expresión de otros biomarcadores se vuelve sub-regulada . Estos cambios en los perfiles biomarcadores puede reflejar el establecimiento de una respuesta fisiológica en la población de referencia a la infección y/o inflamación, por ejemplo. El artesano experto apreciará que el perfil biomarcador de la población de referencia también cambiará cuando una respuesta fisiológica disminuya. Como se estableció anteriormente, una de las ventajas de la presente invención es la capacidad de clasificar a un individuo con un perfil biomarcador de una muestra biológica individual que tenga admisión en una población particular. El artesano apreciará, sin embargo, que la determinación de sí una respuesta fisiológica particular está siendo establecida o se está disminuyendo, se puede facilitar mediante una clasificación subsecuente en el individuo. Con este fin, la presente invención proporciona numerosos biomarcadores tanto que incrementan como disminuyen en nivel de expresión cuando se establece o disminuye una respuesta fisiológica a la sepsis o SIRS. Por ejemplo, un investigador puede seleccionar un rasgo de un perfil biomarcador del individuo que sea conocido por cambiar en intensidad como una respuesta fisiológica a la sepsis que se establece. Por ejemplo, un investigador puede seleccionar que se establezca una característica de un perfil de biomarcador de un individuo que se conoce que cambia en intensidad como una respuesta fisiológica a la sepsis. Una comparación del mismo rasgo o característica en un perfil de una muestra biológica subsecuente del individuo puede establecer sí el individuo está avanzando hacia una sepsis más severa o está avanzando a la normalidad. La identidad molecular de los biomarcadores no es esencial para la invención. De hecho, la presente invención no deberá estar limitada a los biomarcadores que previamente se han identificado. (Ver, por ejemplo, la Solicitud de Patente Norteamericana No. de Serie 10/400,275, presentada el 26 de Marzo del 2003) . Por lo tanto, se espera que se identifiquen los nuevos biomarcadores que son característicos de una población dada de individuos, especialmente una población en una de las etapas tempranas de la sepsis. En una modalidad de la presente invención, se identifica y aisla un biomarcador. Luego el mismo se puede utilizar para generar un anticuerpo de enlace específicamente, el cual puede facilitar la del biomarcador en una variedad de ensayos de diagnóstico. Para este propósito, cualquier inmunoensayo puede utilizar cualquier anticuerpo, fragmento o derivado de anticuerpo capaz de enlazar las moléculas del biomarcador (por ejemplo, fragmentos Fab, Fv, ó scFv) . Tales inmunoensayos son bien conocidos en la técnica. Si el biomarcador es una proteína, la misma se puede secuenciar y su gen de codificación se puede clonar utilizando técnicas bien establecidas. Los métodos de la presente invención se pueden emplear para seleccionar, por ejemplo, pacientes admitidos en una ICU. Una muestra biológica tal como, por ejemplo, sangre, se toma inmediatamente luego de la admisión. La mezcla compleja de proteínas y otras moléculas dentro de la sangre se resuelve como un perfil de biomarcadores . Esto se puede lograr a través del uso de cualquier técnica o combinación de técnicas que distinguen reproduciblemente estas moléculas en base a alguna propiedad física o química. En una modalidad, las moléculas se inmovilizan en una matriz y luego se separan y distinguen mediante espectrometría de masa mediante tiempo de vuelo por desorbción láser/ionización. Se crea un espectro mediante el patrón de desorpción característico que refleja la relación de masa/carga de cada molécula o sus fragmentos. En otra modalidad, los biomarcadores se seleccionan de las diversas especies de AENm obtenidas de un extracto celular, y un perfil se obtiene hibridizando la especie de ARNm del individuo con un arreglo de ADNcs . El uso de diagnóstico de arreglos de ADNc es bien conocido en la técnica. (Ver, por ejemplo, Zou, et. al., Oncogene 21: 4855-4862 (2002)). En aún otra modalidad, se puede obtener un perfil utilizando una combinación de métodos de separación de proteínas y ácido nucleico. La invención también proporciona equipos que son útiles en determinar el estado de la sepsis o en diagnosticar SIRS en un individuo . Los equipos de la presente invención comprenden al menos un biomarcador. Los biomarcadores específicos que son útiles en la presente invención se establecen en la presente. Los biomarcadores del equipo se pueden utilizar para generar perfiles biomarcadores de conformidad con la presente invención. Los ejemplos de clases de compuestos del equipo incluyen, pero no están limitados a, proteínas, y fragmentos de los mismos, péptidos, polipéptidos, proteoglicanos, glicoproteínas, lipoproteínas , carbohidratos, lípidos, ácidos nucleicos, sustancias químicas orgánicos e inorgánicos, y polímeros naturales y sintéticos. El (los) biomarcador (es) pueden ser parte de un arreglo, o los biomarcador (es) pueden estar empacados por separado y/o individualmente. El equipo también puede comprender al menos un estándar interno a ser utilizado en generar los perfiles biomarcadores de la presente invención. Asimismo, los estándares internos pueden ser cualquiera de las clases de compuestos descritos anteriormente . Los equipos de la presente invención también pueden contener reactivos que se pueden utilizar para etiquetar detectablemente contenidos en las muestras biológicas a partir de las cuales se generan los perfiles biomarcadores . Para este propósito, el equipo puede comprender un conjunto de anticuerpos o fragmentos funcionales de los mismos que se enlacen específicamente al menos a dos, tres, cuatro, cinco, 10, 20 ó más de los biomarcadores establecidos en cualquiera de las siguientes TABLAS que listan los biomarcadores. Los anticuerpos en sí mismos se pueden etiquetar detectablemente . El equipo también puede comprender un componente enlazador de biomarcadores, tales como un aptámero. Si los biomarcadores comprenden un ácido nucleico, el equipo puede proporcionar una sonda de oligonucleotidos que sea capaz de formar un dúplex con el biomarcador o con una hebra complementaria de un biomarcador. La sonda de oligonucleotidos se puede etiquetar detectablemente. Los equipos de la presente invención también pueden incluir excipientes farmacéuticos, diluyentes y/o adyuvantes cuando el biomarcador se va a utilizar para generar un anticuerpo. Los ejemplos de adyuvantes farmacéuticos incluyen, pero no están limitados a, conservadores, agentes humectantes, agentes emulsionantes, y agentes de dispersión. La prevención de la acción de los microorganismos se puede asegurar mediante la inclusión de varios agentes anti-bacterianos y anti-fúngicos, por ejemplo, parabeno, clorobutanol , fenol, ácido ascórbico, y similares. También puede ser deseable incluir agentes isotónicos tales como azúcares, cloruro' de sodio, y similares . Se puede producir una absorción prolongada de una forma farmacéutica inyectable mediante la inclusión de agentes los cuales retarden la absorción tales como monoestearato de aluminio y gelatina. Generación de Perfiles Biomarcadores De conformidad con una modalidad, los métodos de la presente invención comprenden obtener un perfil de biomarcadores de una muestra biológica tomada de un individuo. La muestra biológica puede ser sangre, plasma, suero, saliva, esputo, orina, fluido cerebroespinal, células, un extracto celular, una muestra de tejido, una biopsia de tejido, una muestra de materia fecal y similares. El perfil biomarcador de referencia se puede obtener, por ejemplo, de una población de individuos seleccionados del grupo que consiste de individuos SIRS-negativos, individuos SIRS-positivos, individuos que padezcan la aparición o comienzo de la sepsis e individuos que ya tengan sepsis. El perfil biomarcador de referencia de los individuos que ya tienen sepsis se puede obtener en cualquier etapa en el avance de la sepsis, tal como infección, bacteremia, sepsis severa, choque séptico o MOD. En una modalidad, se puede utilizar un método de separación para crear un perfil de biomarcadores, tal que SIRS analice solamente un subcon unto de biomarcadores dentro de la muestra. Por ejemplo, los biomarcadores que se analizan en una muestra pueden consistir de la especie de ARNm de un extracto celular, el cual ha sido fraccionado para obtener solamente los biomarcadores de ácido nucleico dentro de la muestra, o los biomarcadores pueden consistir de una fracción del complemento total de proteínas dentro de la muestra, la cual ha sido fraccionada mediante técnicas cromatográficas . Alternativamente, se puede crear un perfil de biomarcadores sin emplear un método de separación. Por ejemplo, una muestra biológica se puede examinar con un compuesto etiquetado que forma un complejo específico con un biomarcador en la muestra, donde la intensidad de la etiqueta en el complejo específico es una característica mensurable del biomarcador. Un compuesto adecuado para formar tal complejo específico es un anticuerpo etiquetado. En una modalidad, un biomarcador se mide utilizando un anticuerpo con un ácido nucleico amplificable tal como una etiqueta. En aún otra modalidad, la etiqueta del ácido nucleico se vuelve amplificable cuando dos anticuerpos, cada uno conjugado con una hebra de una etiqueta de ácido nucleico, interactúa con el biomarcador, tal que las dos hebras de ácido nucleico forman un ácido nucleico amplificable . En otra modalidad, el perfil biomarcador se puede derivar de un ensayo, tal como un arreglo, de ácidos nucleicos, donde los biomarcadores son los ácidos nucleicos o complementos de los mismos. Por ejemplo, los biomarcadores pueden ser ácidos ribonucleicos . El perfil biomarcador también se puede obtener utilizando un método seleccionado del grupo que consiste de resonancia magnética nuclear, arreglos de ácido nucleico, transferencia de puntos, transferencia de espacios, amplificación de trascripción inversa y análisis Northern. En otra modalidad, el perfil biomarcador se detecta inmunológicamente haciendo reaccionar anticuerpos, o fragmentos funcionales de los mismos, específicos para los biomarcadores. Un fragmento funcional de un anticuerpo es una porción de un anticuerpo que retiene al menos alguna capacidad para enlazarse al antígeno al cual se enlaza el anticuerpo completo. Los fragmentos, los cuales incluyen, pero no están limitados a, fragmentos scFv, fragmentos Fab y fragmentos F(ab)2, se pueden producir recombinantemente o producir enzimáticamente . En otra modalidad, las moléculas enlazadores especificas diferentes de los anticuerpos, tales como aptámeros, se pueden utilizar para enlazar los biomarcadores. En aún otra modalidad, el perfil biomarcador puede comprender un aspecto mensurable de un agente infeccioso o un componente del mismo. En aún otra modalidad, el perfil biomarcador puede comprender aspectos mensurables de moléculas pequeñas, las cuales pueden incluir fragmentos de proteínas de ácidos nucleicos, o las cuales pueden incluir metabolitos . Se pueden generar perfiles biomarcadores mediante el uso de uno o más métodos de separación. Por ejemplo, los métodos de separación adecuados pueden incluir un método de espectrometría de masas, tales como espectrometría de masas por ionización con electro-rocío (ESI-MS) , ESI-MS/ S, ESI-MS/ (MS)n, (n es un número entero mayor que cero) , espectrometría de masas mediante tiempo de vuelo por ionización y desorbción láser asistida con matriz (MALDI-TOF-MS) , espectrometría de masas mediante tiempo de vuelo con desorpción láser/ionización de superficie mejorada (SELDI-TOF-MS) , desorpción/ionización sobre silicio (DIOS), espectrometría de masas por iones secundarios (SIMS) , espectrometría de masas por ionización química con presión atmosférica (APCI-MS) , mediante tiempo de vuelo cuadrupolo (Q-TOF) , APCI-MS/MS, APCI- (MS) n, espectrometría de masas por fotoionización con presión atmosférica (APPI-MS) , APPI-MS/MS , y APPI-(MS)n. Otros métodos de espectrometría de masas pueden incluir, entre otros, espectrometría de masas de cuadrupolo mediante transformadas de fourier (FTMS) y trampa de iones. Otros métodos de separación adecuados pueden incluir partición mediante extracción química, cromatografía de columna, cromatografía de intercambio de iones, cromatografía de líquidos hidrófobos (fase inversa) , enfogue isoeléctrico, electroforesis unidimensional en gel de poliacrilamida (PAGE) , electroforesis bidimensional en gel de poliacrilamida (2D-PAGE) u otra cromatografía, tal como cromatografía de capa delgada, gases o líquidos, o cualquier combinación de las mismas. En una modalidad, la muestra biológica se puede fraccionar antes de la aplicación del método de separación. También se pueden generar perfiles biomarcadores mediante métodos que no requieren la separación de los biomarcadores mismos. Por ejemplo, se puede utilizar espectroscopia de resonancia magnética nuclear ( MR) para resolver un perfil de biomarcadores de una mezcla compleja de moléculas. Se describe un uso análogo de NMR para clasificar tumores en Hagberg, NMR Biomed. 11: 148-56 (1998), por ejemplo. Los procedimientos adicionales incluyen tecnologías de amplificación de ácido nucleico, las cuales se pueden utilizar para generar un perfil de biomarcadores sin la separación física de biomarcadores individuales. (Ver Stordeur et al., J". Immunol. Methods 259: 55-64 (2002) y Tan et al., Proc. Nat'l Acad. Sci . USA 99: 11387-11392 (2002), por ejemplo) . En una modalidad, se utiliza espectrometría de masas mediante tiempo de vuelo con desorpción láser/ionización para crear un perfil de biomarcadores donde los biomarcadores son proteínas o fragmentos de proteínas que han ionizado y vaporizado un soporte inmovilizante mediante radiación incidente con láser. Se crea entonces un perfil mediante el tiempo de vuelo característico para cada proteína, la cual depende de su relación de masa-a-carga {"m/z") . Se conocen en la técnica una variedad de técnicas de desorpción con láser/ionización . (Ver, por ejemplo, Guttman et al., Anal. Chem. 73: 1252-62 (2001) y Wei et al., Nature 399: 243-46 (1999) ) . La espectrometría de masas mediante tiempo de vuelo con desorpción láser/ionización permite la generación de grandes cantidades de información en un periodo de tiempo relativamente corto. Se aplica una muestra biológica a una de diversas variedades de un soporte que enlaza todos los biomarcadores , o un subconjunto de los mismos, en la muestra. Los lisados celulares o muestras se aplican directamente a estas superficies en volúmenes tan pequeños como 0.5 L, con o sin una previa purificación o fraccionación. Los lisados o la muestra se pueden concentrar o diluir antes de su aplicación sobre la superficie del soporte. La desorpción láser/ionización se utiliza entonces para generar un espectro de masa de la muestra, o muestras, en tan poco como tres horas .

En otra modalidad, el ARNm total de un extracto celular del individuo se analiza, y se utilizan las diversas especies de AR m que se obtienen de la muestra biológica como biomarcadores . Se pueden obtener perfiles, por ejemplo, hibridizando estos ARNms con un arreglo de sondas, el cual puede comprender oligonucleótidos o ADNcs, utilizando métodos estándar conocidos en la técnica. Alternativamente, los ARNms se pueden someter a los métodos de electroforesis en gel o transferencia tales como transferencias de puntos, transferencias de espacios o análisis Northern, todos los cuales son conocidos en la técnica. (Ver, por ejemplo, Sambrook et al. en "Molecular Cloning, 3rd ed.," Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (2001)). También se pueden obtener perfiles de ARNm mediante trascripción inversa seguido por amplificación y detección de los ADNcs resultantes, como se describe en Stordeur et al. supra, por ejemplo. En otra modalidad, el perfil se puede obtener utilizando una combinación de métodos, tales como un arreglo de ácido nucleico combinado con espectrometría de masas. Uso de un Algoritmo de Análisis de Datos En una modalidad, la comparación del perfil biomarcador del individuo con el perfil biomarcador de referencia comprende aplicar una regla de decisión. La regla de decisión puede comprender un algoritmo de análisis de datos, tal como un algoritmo de reconocimiento de formas por computadora. Otros algoritmos adecuados incluyen, pero no están limitados a, regresión logística o un algoritmo no-paramétrico que detecta diferencias en la distribución de los valores característicos (por ejemplo, la Prueba del Rango de los Signos Wilcoxon) . La regla de decisión puede estar basada en uno, dos, tres, cuatro, cinco, 10, 20 ó más rasgos. Aplicar la regla de decisión también puede comprender utilizar un algoritmo de jerarquía de clasificaciones. Por ejemplo, el perfil biomarcador de referencia puede comprender al menos tres rasgos, donde los rasgos son pronosticadores en un algoritmo de jerarquía de clasificaciones. El algoritmo de análisis de datos predice la admisión dentro de una población (o clase) con una exactitud con una exactitud de al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 80% y al menos aproximadamente 90%. Los algoritmos adecuados son conocidos en la técnica, algunos de los cuales se revisan en Hastie et al., supra. Tales algoritmos clasifican el espectro complejo de los materiales biológicos, tales como una muestra de sangre, para distinguir a los individuos como normales o como que posean niveles de expresión del biomarcador característicos de un estado de padecimiento particular. Aunque tales algoritmos se pueden utilizar para incrementar la velocidad y eficiencia de la solicitud de la regla de decisión y para evitar el prejuicio del investigador, un experto en la técnica se dará cuenta que no se requieren algoritmos automatizados para llevar a cabo los métodos de la presente invención. Se pueden aplicar algoritmos para la comparación de los perfiles biomarcadores, independientemente del método que se utilizó para generar el perfil biomarcador. Por ejemplo, se pueden aplicar algoritmos adecuados a los perfiles biomarcadores generados utilizando cromatografía de gases, como se describe en Harper, "Pyrolysis and GC in Polymer Analysis," Dekker, New York (1985). Además, Wagner et al., Anal. Chem. 74: 1824-35 (2002) describe un algoritmo que mejora la capacidad para clasificar a los individuos en base al espectro obtenido mediante espectrometría de masas con iones secundarios estáticos mediante tiempo de vuelo (TOF-SIMS) . Adicionalmente , Bright et al., J". Microbiol . Methods 48: 127- 38 (2002) describe un método para distinguir entre cepas bacterianas con alta certeza (relaciones de clasificación correctas en un 79-89%) mediante el análisis de espectro MA.LDI-TOF- S . Dalluge, Fresenius J. Anal. Chem. 366: 701-11 (2000) describe el uso del MALDI-TOF-MS y cromatografía de líquidos-espectrometría de masas por ionización con electro-rocío (LC/ESI-MS) para clasificar los perfiles de los biomarcadores en muestras biológicas complejas. Biomarcadores Los métodos de la presente invención se pueden llevar a cabo mediante la generación de un perfil biomarcador que es diagnóstico o predicción de sepsis o SIRS. Debido a que la generación de perfiles es suficiente para llevar a cabo la invención, los biomarcadores que constituyen no es necesario conocer o subsecuentemente identificar el perfil. Los biomarcadores que se pueden utilizar para generar los perfiles biomarcadores de la presente invención, pueden incluir aquéllos conocidos por ser informativos del estado del sistema inmune en respuesta a una infección; sin embargo, no todos estos biomarcadores pueden ser igualmente informativos. Estos biomarcadores pueden incluir hormonas, autoanticuerpos, receptores solubles e insolubles, factores de crecimiento, factores de transcripción, marcadores de superficie celular y marcadores solubles del hospedero o del patógeno mismo, tal como proteínas de recubrimiento, lipopolisacáridos (endotoxina) , ácidos lipoteicoicos , etc. Otros biomarcadores incluyen, pero no están limitados a, proteínas de superficie celular tales como proteínas CD64; proteínas CDllb; moléculas HLA Clase II, incluyendo proteínas HLA-DR y proteínas HLA-DQ; proteínas CD54; proteínas CD71; proteínas CD86; receptor del factor de necrosis tumoral de enlace de superficie (TNF-R) ; receptores de reconocimiento de patrones tales como receptores similares a los Toll; marcadores solubles tales como las interleucinas IL-1, IL-2, IL-4, IL-S, IL-8, IL-10, IL-11, IL-12, IL-13, y IL-18; factor alfa de necrosis tumoral (TNF- ) ; neopterina; proteína reactiva C (CRP) ; procalcitonina (PCT) ; 6-ceto Fia; tromboxano B2; leucotrienos B4, C3 , C4, C5, D4 y E4 ; interferón gamma (IFNy) ; interferón alfa/beta (IFN a/ß) linfotoxina alfa (LTa) ; componentes de complemento (C); factores activador de plaquetas (PAF) ; bradicinina; óxido nítrico (NO) ; factor estimulador de colonias de macrófagos de granulocitos (GM-CSF) ; factor inhibidor de macrófagos (MIF) ; antagonista del receptor de interleucina 1 (IL-lra) ; receptor del factor necrosis tumoral soluble (sTNFr) ,- receptores de interleucina soluble sIL-lr y sIL-2r; factor de crecimiento beta-transformador (TGFp) ; prostaglandina E2 (PGE2) ; factor estimulador de la colonia de granulocitos (G-CSF) ; y otros mediadores inflamatorios. (Revisado en Oberholzer et al., Shock 16: 83-96 (2001) y Vincent et al. en "The Sepsis Text," Carlet et al., eds . (Kluwer Academic Publishers, 2002). Los biomarcadores común y clínicamente asociados con bacteremia también son candidatos para biomarcadores útiles para la presente invención, dada la común y frecuente presencia de tales biomarcadores en muestras biológicas . Los biomarcadores pueden incluir compuestos de peso molecular bajo, los cuales pueden ser fragmentos de proteínas o ácidos nucleicos, o los mismos pueden incluir metabolitos. La presencia o concentración de los compuestos de peso molecular bajo, tales como metabolitos, puede reflejar un cambio fenotípico que está asociado con la sepsis y/o SIRS. En particular, los cambios en la concentración de biomarcadores de moléculas pequeñas puede estar asociado con cambios en el metabolismo celular que resulta de cualquiera de los cambios fisiológicos en respuesta al SIRS y/o sepsis, tales como hipotermia o hipertermia, ritmo cardiaco o ritmo de respiración incrementado, hipoxia en tejido, acidosis metabólica o MOD. Los biomarcadores también pueden incluir moléculas de ARN o ADN que codifican los biomarcadores de proteínas. Los biomarcadores también pueden incluir al menos una molécula involucrada en la modulación de leucocitos, tal como la activación de neutrófilos o desactivación de monocitos . La expresión incrementada de CD64 y CDllb se reconoce como un signo de activación de neutrófilos y monocitos. (Revisado en Oberholzer et al., supra y Vincent et al., supra.) . Entre aquellos biomarcadores que pueden ser útiles en la presente invención son aquéllos que están asociados con productos de la lisis de macrófagos, así como también los marcadores de los cambios en el metabolismo de la citocina. (Ver Gagnon et al., Cell 110: 119-31 (2002); Oberholzer, et. al., supra; Vincent, e . al. , supra) . Los biomarcadores también pueden incluir factores de señalización conocidos por estar involucrados o descubiertos por estar involucrados en el proceso inflamatorio. Los factores de señalización pueden iniciar una cascada intracelular de eventos, que incluyen el enlace de receptores, la activación de receptores, la activación de cinasas intracelulares, la activación de factores de trascripción, cambios en el nivel de trascripción y/o traducción de genes, y cambios en los procesos metabólicos, etc. Las moléculas de señalización y los procesos activados por estas moléculas se colectivamente se definen para los propósitos de la presente invención como "biomoléculas involucradas en la trayectoria de la sepsis" . Los biomarcadores de predicción relevantes pueden incluir biomoléculas involucradas en el camino de la sepsis. De conformidad con esto, aunque los métodos de la presente invención pueden utilizar una metodología imparcial para identificar los biomarcadores de predicción, será claro para el artesano que los grupos específicos de biomarcadores asociados con respuestas fisiológicas o con diversas rutas de señalización pueden ser el objeto de particular atención. Este es particularmente el caso donde los biomarcadores de una muestra biológica están en contacto con un arreglo que se puede utilizar para medir la cantidad de diversos biomarcadores a través de la interacción directa y específica con los biomarcadores (por ejemplo, un arreglo de anticuerpos o un arreglo de ácido nucleico) . En este caso, la elección de los componentes del arreglo puede estar basada en la sugerencia de que una ruta particular es relevante para la determinación del estado de la sepsis o SIRS en un individuo. La indicación de que una biomolécula particular tiene una característica que es una predicción o diagnóstico de sepsis o SIRS puede dar lugar a la expectativa de que otras biomoléculas que son fisiológicamente reguladas en un modo concertado asimismo puede proporcionar una rasgo de predicción o diagnóstico. El artesano apreciará, sin embargo, que tal expectativa puede no ser realizada debido a la complejidad de los sistemas biológicos. Por ejemplo, si la cantidad de un biomarcador de un ARNm específico fuera un rasgo de predicción, un cambio concertado en la expresión del ARNm de otro biomarcador podría no ser mensurable, si la expresión del otro biomarcador se reguló a un nivel de post-traducción. Además, el nivel de expresión del ARNm de un biomarcador puede ser afectado por múltiples rutas convergentes que pueden o no estar involucradas en una respuesta fisiológica a la sepsis.

Se pueden obtener biomarcadores de cualquier muestra biológica, la cual puede ser, a manera de ejemplo y no de limitación, sangre, plasma, saliva, suero, orina, fluido cerebroespinal, esputo, materia fecal, células y extractos celulares, u otra muestra de fluido biológico, muestra de tejido o biopsia de tejido de un hospedero o paciente. La muestra biológica precisa que se toma del individuo puede variar, aunque la toma de muestras es de preferencia mínimamente invasora y se realiza fácilmente mediante técnicas convencionales. La medición de un cambio fenotipico se puede llevar a cabo mediante cualquier técnica convencional . Se puede lograr la medición de la temperatura corporal, velocidad de respiración, pulso, presión sanguínea, u otros parámetros fisiológicos a través de observación y medición de clínica. Las mediciones de las moléculas de biomarcadores pueden incluir, por ejemplo, mediciones que indican la presencia, concentración, nivel de expresión, o cualquier otro valor asociado con una molécula del biomarcador. La forma de detección de moléculas biomarcadoras típicamente depende del método utilizado para formar un perfil de estos biomarcadores de una muestra biológica. Por ejemplo, se detectan biomarcadores separados mediante 2D-PAGE mediante teñido Coomassie Blue o mediante teñido de plata, los cuales están bien establecidos en la técnica. Aislamiento de Biomarcadores Utiles Se espera que los biomarcadores útiles incluirán biomarcadores que aún no han sido identificados o asociados con un estado fisiológico relevante. En un aspecto de la invención, los biomarcadores útiles se identifican como componentes de un perfil biomarcador de una muestra biológica. Tal identificación se puede hacer mediante cualquier procedimiento bien conocido en la técnica, incluyendo un inmunoensayo o microsecuenciación automatizada. Una vez que se ha identificado un biomarcador útil, el biomarcador se puede aislar por uno de muchos procedimientos de aislamiento bien conocidos. De conformidad con esto la invención proporciona un método para aislar un biomarcador que es un diagnóstico o predicción de sepsis que comprende obtener un perfil biomarcador de referencia obtenido de una población de individuos, identificar un rasgo del perfil biomarcador de referencia que es una predicción o diagnóstico de sepsis o una de las etapas en el avance de la sepsis, identificar un biomarcador que corresponda con ese rasgo, y aislar el biomarcador. Una vez aislado, el biomarcador se puede utilizar para generar anticuerpos que se enlacen al biomarcador si el mismo es una proteína, o el mismo se puede utilizar para desarrollar una sonda de oligonucleótidos específicos, si el mismo es un ácido nucleico, por ejemplo. El artesano o técnico experto apreciará fácilmente que los rasgos útiles pueden estar caracterizados además para determinar la estructura molecular del biomarcador. Los métodos para caracterizar biomoléculas de este modo son bien conocidos en la técnica e incluyen espectrometría de masas de alta resolución, espectrometría infrarroja, espectrometría ultravioleta y resonancia magnética nuclear. Los métodos para determinar la secuencia de nucleótidos de biomarcadores de ácido nucleico, la secuencia de aminoácidos de biomarcadores de polipéptidos , y la composición y la secuencia de biomarcadores de carbohidrato también son bien conocidos en la técnica. Aplicación de la Presente Invención a Pacientes con SIRS En una modalidad, los métodos descritos actualmente se utilizan para seleccionar pacientes con SIRS que particularmente están en riesgo de desarrollar sepsis. Una muestra biológica se toma de un paciente SIRS-positivo, y un perfil de biomarcadores en la muestra se compara con un perfil de referencia de individuos SIRS-positivos que avanzan eventualmente a sepsis. La clasificación del perfil biomarcador del paciente que corresponde al perfil de referencia de una población SIRS-positiva que avanza a sepsis es un diagnóstico de que el paciente SIRS-positivo asimismo avanzará a sepsis . Un régimen de tratamiento se puede iniciar entonces para evitar o prevenir el avance de la sepsis . En otra modalidad, los métodos actualmente descritos se utilizan para confirmar la sospecha clínica de que un paciente tiene SIRS. En este caso, un perfil de biomarcadores en una muestra se compara con las poblaciones de referencia de individuos que tienen SIRS o que no tienen SIRS. La clasificación del perfil biomarcador del paciente que corresponde a una población o la otra que se puede utilizar entonces para diagnosticar el individuo que tiene SIRS o que no tiene SIRS. EJEMPLOS Los siguientes ejemplos son representativos de las modalidades abarcadas por la presente invención y de ninguna manera limitan el asunto abarcado por la presente invención. 1.1 Muestras Biológicas Recibidas y Analizadas Se establecieron los perfiles de biomarcadores de referencia para dos poblaciones de pacientes voluntarios . La primera población ("el grupo con SIRS") representa a los pacientes quienes desarrollaron SIRS y quienes entraron al presente estudio en el "Día 1" peso no progresaron a sepsis durante su hospitalización. La segunda población ("el grupo con sepsis") representa los pacientes quienes del mismo modo desarrollaron SIRS y entraron al presente estudio en el Día 1 pero quienes progresaron a sepsis típicamente al menos varios días después de entrar al estudio. Se tomaron muestras de sangre de cada grupo de estudio aproximadamente cada 24 horas. La sospecha clínica de la sepsis en el grupo con sepsis ocurrió en el "tiempo 0" . "Tiempo 24 horas" y "Tiempo 48 horas" representan las muestras tomadas a las 24 horas y 48 horas respectivamente, después del día de la sospecha clínica del inicio de la sepsis en el grupo con sepsis. Es decir, las muestras del grupo con sepsis incluyeron aquellas tomadas en el día de entrada al estudio (Día 1) , 48 horas antes de la sospecha clínica de la sepsis (tiempo -48 horas) , 24 antes de la sospecha clínica de sepsis (tiempo -24 horas) , y en el día de la sospecha clínica de sepsis del inicios de la sepsis (tiempo 0) . 1.2 Análisis del AR m a partir de las muestras biológicas Muestras de sangre completa aisladas de un paciente se extrajeron para remover el ARNm usando los métodos conocidos por una persona con experiencia ordinaria en la técnica. Un procedimiento de aislamiento de ARW adecuado se encuentra, por ejemplo, en AR METHODOLOGIES , A LABORATORY GUIDE FOR ISOLATION AND CHARACTERIZATION, 2 ed. , R.E. Farell, Jr., ed Academic Press (1998) en pp 55-104. Se usó una técnica de aislamiento de ARN total a base de filtros, como se describe para su uso con el sistema de RNAqueous™ (Equipo de Aislamiento de ARN Total Libre de Fenol, # de catalogo 1912, versión 9908; Austin, Texas). Los procedimientos usados para el aislamiento de ARN y las manipulaciones subsecuentes se describen además en WO 03/040404, asignada a Source Precisión Medicine . Una vez aisladas, se amplificaron las especies de ARN usando cebadores específicos del mensaje o cebadores aleatorios. Los cebadores específicos se diseñaron a partir de los datos obtenidos de las bases de datos publicas, tales como Unigene (Nacional Center for Biotechnology Information, Nacional Library of Medicine, Bethesda, Maryland) . Los cebadores se diseñaron para amplificar las secuencias de ARN específicas presentes en la muestra, usando RT-PCR, usando los principios conocidos por una persona con experiencia ordinaria en la técnica. (Véase WO 03/040404, página 22, líneas -24-32) . Las secuencias de ARN se pueden amplificar usando un ya sea un formador de ciclos isotérmico o bien térmico tales como un formador de ciclos ABI9600, 9700, o 7700 (Applied Biosystems, Foster City, California) . Los ARN amplificados se pueden detectar después usando, por ejemplo, cebadores de detección de etiquetas fluorescentes como se describe en el sistema Taiman (Equipo de Reactivos de PCR, Protocolo, Número de parte 402823, revisión ? (1996), Applied Biosystems, Foster City, California) . La detección y cuantificación del ARN se puede llevar a cabo por medio de las técnicas bien conocidas en la técnica. (Véase, por ejemplo, WO 03/040404 en la página 23, líneas 5-13) . Enseguida del aislamiento del ARN a partir de la sangre de un paciente y la purificación del ARN, se uso el siguiente protocolo para amplificar el ARN y hacerlo reaccionar con un arreglo de expresión de gen de 72 miembros que tenía las sondas de ácido nucleico establecidas en la TABLA 1: Materiales 1. Paquete de Reactivos de Transcripción Inversa TaqMan de Applied Biosystems (N/P 808-0234). Componentes del Paquete: Amortiguador de RT 10X TaqMan, Cloruro de Magnesio 25 mM, mezcla deoxyNTP, Hexámeros Aleatorios, Inhibidor de RNasa, Transcriptasa Inversa MultiScribe (50 U/mL) y RNasa/DNasa libre de agua (Agua tratada por DEPC de Ambion (número de producto 9915G) , o equivalente) . Métodos 2. Muestras de ARN se removieron del congelador a -80°C, se descongelaron a la temperatura ambiente y se colocaron inmediatamente en hielo. 3. Se preparó el siguiente combinado de Reactivos de Transcriptasa Inversa para cada reacción de RT: Por Reacción (mL) Amortiguador de 10X RT 10.0 MgCl2 25 mM 22.0 dNTPs 20.0 Hexameros Aleatorios 5.0 Inhibidor de ARNasa 2.0 Transcriptasa Inversa 2.5 Agua 18.5 Total: 80.0 mi 4. Cada muestra de ARN se subió a un volumen total de 20 mL, en un tubo de microcentrifugadora de 1.5 mL y se agregaron 80 mL de la mezcla de reacción de RT. La solución se mezcló agitando con una pipeta arriba y abajo. 5. La mezcla se incubó a la temperatura ambiente por 10 minutos . 6. LA muestra se incubó después a 37°C por 1 hora. 7. La muestra se incubó finalmente a 90°C por 10 minutos . 8. Las muestras se hicieron girar durante un corto tiempo en una microcentrifugadora . 9. Las muestras se colocaron entonces en si la PCR debía llevarse a cabo inmediatamente. De otra manera, las muestras se almacenaron a -20°C para su uso futuro. 10. Se corrió el control de calidad de la PCR en todas las muestras de RT usando ARNr y ß-actina ARNm como controles.

El uso de la sonda de cebador con la primera hebra de ADNc era como se describe arriba. La medición de los ARNs amplificados que se enlazaron a arreglo de expresión del gen de 72 miembros se llevó a cabo de acuerdo con el siguiente procedimiento : Materiales 1. Mezcla de Cebador/Sonda 20X por cada gen de interés; Mezcla de Cebador/Sonda 20X para el control endógeno 18S; Mezcla Maestra de PCR Universal TaqMan de 2X; ADNc transcrito a partir del ARN extraído de las muestras de sangre,- Placas de Reacción Ópticas de 96-Pozos de Applied Biosystems; Tapas Ópticas de Applied Biosystems o película óptica-transparente; y Detector de Secuencias de 7700 prismas de Applied Biosystem. Métodos 2. Se prepararon reservas de cada mezcla Cebador/Sonda que contenían el Cebador/Sonda para el gene de interés, el Cebador/sonda para el control endógeno de 18S, y la Mezcla Maestra de PCR 2X. El siguiente ejemplo ilustra una preparación típica para un gen con muestras cuadruplicadas que prueban las dos condiciones (2 placas) .

IX (por pozo) Mezcla Maestra 2X 12.50 Mezcla de Cebador/Sonda 18S 20X 1.25 20X Mezcla Cebador sonda del Gen de Interés 1.25 Total 15.00 3. Las reservas de objetivos de ADNc se prepararon diluyendo 95 µ?, de ADNc en 2000 µ?, de agua. La cantidad de ADNc se ajustó para dar valores de Ct entre 10 y 18, típicamente entre 12 y 13. 3. 15 µL de la mezcla de Cebador/Sonda se vaciaron con una pipeta en los pozos apropiados de una placa de Reacción Óptica de 96 pozos de Applied Biosystems. 4. 10 µ? de la solución base de ADNc se vació con una pipeta en cada pozo de la Placa de Reacción Óptica de 96 Pozos de Applied Biosystems . 5. La placa se selló con Tapas Ópticas de Applied Biosystems, o película óptica-transparente. 6. La placa se analizó entonces usando un Detector de Secuencias de 7700 Prismas de AB. Cuando se usa un formato TagMan, el número de ciclos de amplificación requeridos para producir un nivel umbral de fluorescencia proporciona un estimado semi-cuantitativo de la cantidad de ARNm correspondiente a cada gen que estuvo en la muestra. Cuando se conduce de esta manera el coeficiente de variación promedio (SD/promedio x 100) de la medición es típicamente menor que el 5% y puede ser menor que el 2%. Un método para cuantificar la amplificación por PCR en tiempo real se describe en Hirayama et al., Blood 92: 46-52 (1998), por ejemplo. Los aspectos adicionales de la amplificación cuantitativa en tiempo real se describen en WO 03/040404 en las páginas 20-23, por ejemplo, y las variaciones de tales métodos son bien conocidas en la técnica. 1.3 Análisis de Datos y Resultados Para cada ejemplo, se midieron las concentraciones de los ARNm que se enlazan a las sondas de ADNc en el arreglo de expresión. En este ejemplo, cada AR m es un biomarcador, y la concentración de cada uno en la muestra puede ser una característica de ese biomarcador. La concentración de los biomarcadores se determinó por su habilidad para formar duplos específicos con las diversas sondas de ADNc en el arreglo. Las sondas de ADNc del arreglo corresponden a los genes que codifican las proteínas que incluyen varias citocinas, quimiocinas o factores de crecimiento, marcadores celulares, proteinasas, o inhibidores de proteinasa, receptores, reguladores de la transcripción, y enzimas, como se muestra en la TABLA 1. Las sondas indicadas con el asterisco están presentes en el arreglo descrito en las paginas 46-52 de WO 03/040404.

TABLA 1 Marcador Descripción Marcador Descripción APAFI Factor de Activación LI1A* Interleucina 1, de la Proteasa alfa Apoptotica 1 ARG2 Arginasa Extra- IL1B* Interleucina 1, Hepática beta BPI Aumentador IL1R1 Receptor de Bactericida/permeabiInter1eucina 1 , lidad tipo 1 CIQA* Componente IL1RN* Antagonista del Complementario 1, q Receptor de Interleucina 1 CALCA Péptido Relacionado IL2* Interleucina 2 con el Gen de Calcitonina/calcitoni na CASP1 Caspasa 1 IL4* Interleucina 4 CASP3 Caspasa 3 IL5* Interleucina 5 CCL3 ligando 3Quimiocina IL6* Interleucina 6 (porción CC) (interferón, beta 2) CC 1 Receptor 1 de IL8* Interleucina 8 Quimiocina (porción CC) CCR3 Receptor 3 de ITGAM Integrina, Quimiocina porción Alfa-M CC) CD14* Antígeno CD14 JUN Homólogo del oncogen del virus de sarcoma aviar v-jun CD1 * Antígeno de CD19 LBP Proteína de enlace a lipopolisacári- dos F3* Factor de SERPINE Inhibidor de la coagulación III 1* serina (o cisteina) proteasa, subtipo B (ovalbumina) , miembro 1 FCGR1A Fragmento Fe de IgG, SFTPD Surfactante, receptor de alta proteína D afinidad IA pulmonar asociada FTL Ferritina, STAT3 Transducción de polipéptido ligero señales y activador de la transcripción 3 GZMB Granzima B TGFB1* Factor beta 1 de crecimiento transforraante HM0X1* Hemo oxigenasa 1 TGFBR2 Receptor 2 del (desciclado) Factor beta de crecimiento transformante HSPA1A* Proteina del choque TIMP1* Inhibidor tisular térmico 70 de metaloproteinasa 1 ICAM1* Molécula de adhesión TLR2 Receptor tipo intracelular 1 Toll 2 IFI16 Proteina 16 inducible TLR4 Receptor tipo por interferona gamma Toll 4 IFNA2* Interferón alfa 2 TNF* Factor de necrosis tumoral alfa IFNG* Interferón gamma TNFRSF1 Superfamilia de 3B receptores del factor de necrosis tumoral, miembro 13b IL10* Interleucina 10 TNFSF13 Superfamilia del B factor (ligando) de necrosis tumoral, miembro 13b IL12B* Interleucxna 12 p40 TNFSF5* Superfamilia de factores (ligandos) de necrosis tumoral, miembro 6 IL13* Interleucxna 13 TNFSF6* Superfamilia de factores (ligandos) de necrosis tumoral, miembro 6 IL18* Interleucxna 18 TREMI Receptor de activación expresado en las células mieloides 1 IL18R1* Receptor 1 de la VEGF* Factor de interleucina 18 crecimiento endotelial vascular 1.3.1 Validación cruzada Se pueden usar varias técnicas para identificar las características que pueden informar una regla de decisiones para clasificar a los individuos en los grupos con SIRS o sepsis, las cuales se describe abajo. Una tendencia de la selección puede afectar la identificación de las características que informan una regla de decisiones, cuando la regla de decisiones se basa en un gran número de características de relativamente pocos perfiles de biomarcadores . (véase, Ambroise et al., Proc. Nat'l Acad. Sci.

EEUU 99: 6562-66 (2002)). La tendencia de la selección puede ocurrir cuando los datos se usan para seleccionar las características y la eficiencia se estima entonces condicionada a las características seleccionadas sin ninguna consideración hecha para la viabilidad en el proceso de selección. El resultado es una sobreestimación de la exactitud de la clasificación. Sin compensación en cuanto a la tendencia de la selección, las exactitudes de la clasificación pueden alcanzar el 100%, aun cuando la regla de decisiones se base en parámetros introducidos al azar. (Id.). La tendencia de la selección se puede evitar incluyendo la característica de selección en el proceso de estimación de la eficiencia, ya sea que el proceso de estimación de la eficiencia sea la validación cruzada 10 veces o un tipo de procedimiento por esfuerzo propio, (véase, por ejemplo, Hastie et al., supra, en 7.10-7.11, incorporado aquí como referencia). En una modalidad de la presente invención la eficiencia del modelo se mide por medio de validación cruzada diez veces. La validación cruzada diez veces procede dividiendo los datos en diez grupos exclusivos. Cada grupo a su vez se excluye, y se ajusta un modelo a los nueve grupos restantes. El modelo ajustado se aplica a cada grupo excluido, y se generan probabilidades de clase predichas . Las probabilidades de clase predichas se pueden comparar con los miembros de la clase actual simplemente generando las clases predichas por ejemplo, si se dice que la probabilidad de sepsis es más grande que 0.5, la clase predicha es sepsis. La desviación es una medida que compara las probabilidades con los resultados actuales. Como se usa aquí, la "desviación" se define como: ln(P( ¾my))+ ?HP{SIRS)) casos de SÍRS donde P es la probabilidad de la clase para la clase especifica. La desviación se minimiza cuando las probabilidades de clase son altas para las clases actuales. Dos modelos pueden hacer las mismas predicciones para los datos dados, aun un modelo preferido tiene una desviación predictiva más pequeña. Para cada una de las iteraciones en la validación cruzada diez veces, la desviación predicha se calcula para los casos excluidos del modelo ajustado durante esa iteración. El resultado es 10 desviaciones imparciales. Típicamente, estas diez desviaciones se suman para crear un resumen de la eficiencia del modelo (es decir, la exactitud) sobre el conjunto total de los datos. Puesto que de hecho se ajustaron 10 modelos diferentes, la validación cruzada no prueba la eficiencia de un modelo específico. En lugar de ello, se generaron los 10 modelos por medio de un proceso de modelado común, y la validación cruzada probó la eficiencia de este proceso. Un onceavo modelo que surge de este proceso tendría probablemente una eficiencia predictiva similar a aquella de los primeros 10. El uso de una validación cruzada 10 veces resulta típicamente en una eficiencia del modelo menor que el 100%, pero se espera que la eficiencia obtenida después de la validaron cruzada diez veces refleje más cercanamente una exactitud predictiva biológicamente significativa de la regla de decisiones, cuando se aplica a los perfiles de biomarcadores obtenidos a partir de las muestras fuera del grupo de entrenamiento. 1.3.2. Análisis del Árbol de Clasificaciones Una técnica para analizar estos datos es usar un algoritmo de árbol de clasificaciones que busca los patrones y relaciones en grupos de datos grandes. Un "árbol de clasificaciones" es una división recursiva para clasificar a un paciente particular en una clase especifica (por ejemplo, con sepsis o SIRS) usando una serie de preguntas que están diseñadas para colocar con exactitud al paciente en una de las clases. Cada pregunta indaga si la condición de un paciente satisface un predictor dado, con cada respuesta que se usa para guiar al usuario a lo largo del árbol de clasificaciones hasta que se puede determinar una clase en la cual cae el paciente. Como se usa aquí, un "predictor" es un intervalo de valores para una característica. En este ejemplo, la característica es una concentración de un biomarcador de ácido nucleico. Los biomarcadores de ácido nucleicos se pueden seleccionar a partir de aquellos listados en cualquiera de las TABLAS 2-10, pero los técnicos experimentados entenderán que pueden ser útiles para la invención otros marcadores de ácidos nucleicos. La "Condición" es el valor individual, único de la característica que se mide en el perfil de biomarcadores del individuo. En este ejemplo, los "nombres de clase" son sepsis y SIRS. Por lo tanto, el primer usuario del árbol de clasificaciones pregunta si la concentración del biomarcador, medida en el perfil de biomarcadores del individuo cae dentro de un rango dado del primer rango predictivo de la característica. La respuesta a la primera cuestión puede ser definitiva al determinar si el individuo tiene SIRS o sepsis. Por el contrario, la respuesta a la primera cuestión puede dirigir adicionalmente al usuario a preguntar si la concentración de un segundo biomarcador de ácido nucleico medida en el perfil de biomarcadores del individuo cae dentro de un rango dado del segundo rango predictivo de la característica. Otra vez, la respuesta a la segunda cuestión puede estar dispuesta o pueden dirigir al usuario adicionalmente a través del árbol de clasificaciones hasta que se determine una clasificación del paciente. 1.3.3. Árboles de Regresión Aditiva Múltiples Una técnica de modelado automatizada, flexible que utiliza árboles de regresión aditiva múltiples (MART) se usó para clasificar los conjuntos de características como pertenecientes a una o dos poblaciones. Un modelo MART utiliza un ajuste inicial, el cual especifica una constante que se aplica a todas las predicciones, seguido por una serie de árbol de regresión. Su ajuste se especifica por el número de puntos de decisión en cada árbol, el número de árboles a ajustar, y una "constante de nivel de división" que especifica cuan radicalmente un árbol particular puede influenciar el modelo MART. Para cada iteración, se ajusta un árbol de regresión para estimar la dirección de la pendiente masa pronunciada del criterio de ajuste. Un paso que tiene una longitud especificada por la constante de nivel de división se toma en esa dirección. El modelo MART consiste entonces del ajuste inicial más el paso proporcionado por el árbol de regresión. Las diferencias entre los valores observados y predichos se recalcula, y el ciclo procede otra vez, llevando a una refinación progresiva de la predicción. El proceso continua ya sea por un número predeterminado de ciclos o hasta que se active la regla de detención. El número de divisiones en cada árbol es un parámetro particularmente significativo. Si cada árbol tiene sólo una división, el modelo observa sólo una característica y no tiene la capacidad de combinar dos predoctores . Si cada árbol tiene dos divisiones, el modelo puede dar a cabida a interacciones de doble sentido entre las características. Con tres árboles, el modelo puede dar cabida a interacciones de tres sentidos, y etcétera. El valor de los grupos de características al predecir el estado de clase se determinó para los conjuntos de datos con características estado de clase conocidos (por ejemplo, con sepsis o con SIRS) . MART proporciona una medida de la contribución o importancia de las características individuales para la regla de decisiones de clasificación. Específicamente, el grado en el que una característica individual contribuye a la regla de decisiones sobre su selección en una división de árbol dada, se puede medir para proporcionar una jerarquía de características por medio de su importancia al determinar la regla de decisiones final. La repetición del análisis MART sobre el mismo conjunto de datos puede dar una jerarquía ligeramente diferente de las características, especialmente con respecto a aquellas características que son menos importantes al establecer la regla de decisiones. Los conjuntos de características predictivas y sus biomarcadores útiles correspondientes en la presente invención, pueden variar ligeramente por lo tanto de aquellos establecidos aquí.

Una implementación de la tecnología MART, se encuentra en un módulo, o "paquete" para el ambiente de programación estadístico R (ver Venables et al., en Modern Applied Statics with S, 4o ed. (Springer, 2002) ; www. r-proyect . Org) . Los resultados reportados en este documento se calcularon usando las versiones 1.7.0 y 1.7.1 de R. El módulo que implementa el MART, escrito por el Dr. Grez Ridgeway, se llama "gmb" y es de descarga gratuita (ver www. r-proyect-org) . El algoritmo MART es asequible a la validación cruzada diez veces. El parámetro de grado de división se estableció en 0.05, y la regla de detención interna del paquete gmb se baso en omitir el 20% de los casos de datos en cada iteración marcada. El grado de interacción se estableció en uno, de modo que no se consideraron las interacciones entre las características. El paquete gmb estima la importancia relativa de cada característica en una base porcentual, la cual se iguala acumulativamente al 100% para todas las características del perfil de biomarcadores . Las características con la importancia más alta, las cuales juntas suman al menos el 90% de la importancia total, se reportan como que tienen potencialmente el valor predictivo. Nótese que la regla de detención en el ajuste de cada modelo MART contribuye con un componente estocástico para el ajuste del modelo y la selección de la característica. Consecuentemente, las corridas del modelado MART múltiple en base a los mismos datos puede elegir conjuntos de características ligeramente, o posiblemente aun completamente diferentes. Tales conjuntos diferentes dan a conocer la misma información predictiva; por lo tanto, todos los conjuntos son útiles en la presente invención, se espera que ajustar los modelos MART un número suficiente de veces produzca todos los conjuntos posibles de características predictivas dentro de un perfil de biomarcadores . Por consiguiente, los conjuntos escritos de predoctores son solamente representativos de esos conjuntos de características que se pueden usar para clasificar a los individuos en las poblaciones. Los datos de los perfiles de biomarcadores de ácidos nucleicos obtenidas de varias muestras se analizaron usando el MART, como se describe arriba. En este análisis, la población con sepsis en el tiempo 0 horas consistió de 23 pacientes y la población con SIRS consistió de -24 pacientes, en tanto que las poblaciones en el tiempo -24 horas y tiempo -48 horas consistieron de -24 y 21 individuos con sepsis y SIRS respectivamente. Se analizaron las características correspondientes a todos los 72 de los biomarcadores listados en la TABLA 1. Para las poblaciones de tiempo 0 horas, el modelo ajustado incluyó 23 árboles, y el modelo no permitió interacciones entre las características. Usando la validación cruzada diez veces, el modelo clasificó correctamente a 19 de -24 pacientes con SIRS y 15 de 23 pacientes con sepsis, dando una sensibilidad del modelo de 65% y una especificidad de 79%. Los biomarcadores se jerarquizaron en orden de importancia, como se determinó por el modelo, en la TABLA 2. Todas las características con cero importancia se excluyeron. Los marcadores indicados con un signo de w~l" se expresaron en niveles progresivamente mayores en las poblaciones con sepsis positiva, cuando la sepsis progreso, en tanto que aquellos biomarcadores con un signo de "1" se expresaron en niveles progresivamente menores. TABLA 2 Importancia de las características mediante el análisis MART: muestras en el tiempo 0 horas Para las poblaciones de tiempo -24 horas, el modelo ajustado incluyó 12 árboles, y el modelo no permitió interacciones entre las características. Usando la validación cruzada diez veces, el modelo clasificó correctamente a 15 e 21 pacientes con SI S y 17 de -24 pacientes con sepsis, dando una sensibilidad del modelo de 71% y una especificidad de 71%. Los biomarcadores se jerarquizaron por orden de importancia, como se determinó por el modelo, el la TABLA 3. TABLA 3 Importancia de las características mediante el análisis MART: muestras en el tiempo -24 horas Para las poblaciones en el tiempo -48 horas, el modelo ajustado incluyó nueve árboles, y el modelo no permitió interacciones entre las características. Usando la validación cruzada diez veces, el modelo clasificó correctamente 8 de 21 pacientes con SIRS y 20 de 24 pacientes con sepsis, dando una sensibilidad del modelo de 83%, una especificidad de 38%, y una exactitud del 62%. Los biomarcadores se jerarquizaron por orden de importancia, como se determinó por el modelo, en la TABLA 4.

TABLA 4 Importancia de las características por medio del análisis ART: muestras en el tiempo -48 horas 1.3.4. Análisis de Regresión Logística La regresión logística proporciona aun otro medio para analizar un flujo de datos del análisis descrito arriba. La "intensidad de la señal" es equivalente a una concentración de un biomarcador de ácido nucleico particular. La ausencia de un biomarcador de ácido nucleico particular resulta en una intensidad de la señal de "0" . Las desviaciones estándar (SD) de las intensidades de las señales de un biomarcador de ácido nucleico dado se obtienen entonces a partir de los perfiles de las poblaciones con SIRS y con sepsis combinadas. Si no existe variación en la intensidad de la señal entre las poblaciones con SIRS y con sepsis (es decir, SD=0) , la intensidad de la señal no se considera adicionalmente . Antes del análisis de regresión, se escalan las intensidades de las señales usando los métodos bien conocidos en la técnica. Los algoritmos de escalamiento se describen de manera general en Hastie et al., supra en el Capítulo 11. 1.3.5. Análisis de La Prueba de Rango con Signo de Wilcoxon En aun otro método, se puede usar una prueba no paramétrica tal como una Prueba de Rango con Signo de Wilcoxon para identificar los biomarcadores individuales de interés . Las características en un perfil de biomarcadores se asignan a un "valor p" , el cual indica el grado de certidumbre con el cual se puede usar el biomarcador para clasificar a los individuos como pertenecientes a una población de referencia particular. En general, un valor p que tiene un valor predictivo es menor que aproximadamente 0.05. Los biomarcadores que tienen un valor o bajo se pueden usar por si solos para clasificar a los individuos. Alternativamente, las combinaciones de dos o más biomarcadores se pueden usar para clasificar a los individuos, donde las combinaciones se eligen en base al valor o relativo de un biomarcador, aquellos biomarcadores con los valores p más bajos se prefieren para una combinación dada de biomarcadores . Las combinaciones de al menos tres, cuatro, cinco, seis, 10, 20, o 30 o más biomarcadores también se pueden usar para clasificara a los individuos de esta manera. Los técnicos entenderán que el valor p relativo de cualquier biomarcador dado puede variar dependiendo del tamaño de la población de referencia. Usando la Prueba de Rango con Signo de Wilcoxon, a los biomarcadores que forman duplos específicos con (es decir, se hibridizan con) un arreglo de expresión que tiene las sondas listadas en la TABLA 1, se les signaron valores p a las características de los perfiles de biomarcadores obtenidos de las muestras biológicas tomadas en el tiempo 0 horas, el tiempo -24 horas, y el tiempo -48 horas. Estos valores p se listan en las TABLAS 5, 6 y 7, respectivamente. Para este análisis, las poblaciones con sepsis y con SIRS en el tiempo 0 (TABLA 5) constituyen 23 y 24 pacientes, respectivamente; y las poblaciones con sepsis y SIRS en el tiempo -24 horas y el tiempo -48 horas (TABLAS 6 y 7) constituyen 24 y 21 pacientes, respectivamente .

TABLA 5 Valores p para las características: tiempo 0 horas Biomarcador Valores P 1 FCGR1A 2.2792e-06 2 GD4 6.1183e-06 3 IL18R1 3.0476e-05 4 CD86 8.8376e-05 ARG2 2.3979e-04 6 IL1RN 3.8982e-04 7 MMP9 5.1390e-04 8 PLA2G7 7.1485e-04 9 IGAM 8.6695e-04 NFSF5 9.2451e-04 11 HSPA1A 2.4353e-03 12 LR4 3.6131e-03 13 NFSF13B 3.6140e-03 14 NOS3 4.0315e-03 IL10 4.8175e-03 16 CCR1 5.1829e-03 17 IFI16 5.4665e-03 18 NFSF6 6.1913T-03 19 IMP1 7.3280e-03 IL1R1 8.8140e-03 21 GFB1 1.1998e-02 22 IL1B 1.7946e-02 23 ICA 1 2.7022e-02 24 CD8A 2.9415e-02 LR2 3.3769e-02 26 CCR3 3.7145e-02 27 GFBR2 3.9687e-02 28 SERPINE1 4.3568e-02 TABLA 6 Valores p para las características: tiempo -24 horas TABLA 7 Valores p para las características : tiempo -48 horas Biomarcador Valores P 1 CD4 3.2310e-04 2 IL18R1 2.1669e-03 3 ARG2 2.6612e-03 4 TIMP1 7.8084e-03 5 MMP9 1.0743e-02 6 PLA2G7 1.1513e-02 7 FCGR1A 1.2753e-02 8 TNFSF6 2.5873e-02 9 IL1R1 4.0306e-02 10 BPI 4.1490e-02 Se puede usar alternativamente una prueba no paramétrica (por ejemplo la Prueba de Rango con Signo de Wilcoxon) para encontrar los valores p para las características que se basa en la aparición o desaparición progresiva de la característica en las poblaciones que están progresando hacia la sepsis. En esta forma de la prueba, se mide primero un valor de referencia para una característica dada, usando los datos del tiempo de entrada al estudio (muestras del Día 1) para los grupos con sepsis y SIRS. Se compara entonces la intensidad de la característica para las muestras de sepsis y SIRS en comparación con, por ejemplo, las muestras de tiempo -48 horas, para determinar si la intensidad de la característica se ha incrementado o disminuido desde su valor de referencia. Finalmente se asignan los valores p a la diferencia desde la referencia en una intensidad de la característica en las poblaciones con sepsis versus las poblaciones con SIRS. Los siguientes valores p listados en las TABLAS 8-10, se obtuvieron cuando se midieron estas diferencias en los valores p a partir de las referencias.

TABLA 8 Valores p para las características diferenciadas a partir la referencia: tiempo 0 horas Biomarcador Valor p 1 FCGR1A 2.6701e-05 2 IL1RN 1.6453e-03 3 IL18R1 3.2954e-03 4 MMP9 5.5538e-03 IGAM 5.8626e-03 6 IL1B 8.3804e-03 7 LR2 8.9614e-03 8 LR4 9.8975e-03 9 CD4 1.1616e-02 CCR1 1.1619e-02 11 NFSF13B 1.2183e-02 12 PLA2G7 1.3831e-02 13 CD86 1.7683e-02 14 IL10 2.8201e-02 CCR3 3.3319e-02 16 ICAM1 3.3319e-02 TABLA 9 Valores p para las características, diferenciados de la referencia: tiempo -24 horas TABLA 10 Valores de p para las características diferenciadas del la referencia: tiempo -48 horas Habiendo descrito hora completamente la invención con referencia a ciertas modalidades y detalles representativos, será aparente para una persona con experiencia ordinaria en la técnica que se pueden hacer cambios y modificaciones a la misma sin apartarse del espíritu o el ámbito de la invención expuesta aquí .

Claims (70)

1. REIVINDICACIONES 1. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) obtener un primer perfil de biomarcadores a partir de una primera muestra biológica tomada del individuo en un sólo punto en el tiempo; y (b) comparar dicho primer perfil de biomarcadores del individuo con un perfil de biomarcadores de referencia, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características o aspectos que son las características que se pueden medir de un ácido nucleico de respuesta de un huésped; y en donde dicha comparación determina el estado de la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente 60%.
2. 2. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) obtener un primer perfil de biomarcadores a partir de una primera muestra biológica del individuo; y (b) comparar el primer perfil de biomarcadores del individuo con un perfil de biomarcadores de referencia obtenido de una población de referencia, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden las características o aspectos que son características que se pueden medir de un ácido nucleico de respuesta de un huésped, en donde la comparación es capaz de clasificar el individuo como perteneciente a o no perteneciente a la población de referencia, y en donde la comparación determina el estado de la sepsis en el individuo.
3. 3. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) obtener un primer perfil de biomarcadores a partir de una primera muestra biológica del individuo; y (b) comparar el primer perfil de biomarcadores del individuo con un perfil de biomarcadores de referencia obtenido de las muestras biológicas de una población de referencia seleccionada a partir del grupo que consiste de una población normal de referencia, una población de referencia SIRS positiva, una población de referencia infectada/SIRS negativa, una población de referencia sepsis positiva, una población de referencia en una etapa en la progresión de la sepsis, una población de referencia SIRS positiva conformada como teniendo sepsis por medio de las técnicas convencionales, después de aproximadamente 0-36 horas, y una población de referencia SIRS positiva confirmada como que tiene sepsis por medio de las técnicas convencionales, después de aproximadamente 36-60 horas, y una población de referencia SIRS positiva confirmada como que tiene sepsis por medio de las técnicas convencionales, después de aproximadamente 60-48 horas, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprende características o aspectos que son características mesurables de un ácido nucleico de repuesta de un huésped, en donde la comparación es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, y en donde la comparación determina el estado de la sepsis en el individuo.
4. 4. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) comparar una característica mesurable de al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión entre (i) un primer perfil de biomarcadores obtenido de una primera muestra biológica del individuo y (ii) un perfil de biomarcadores obtenido de las muestras biológicas de una población de referencia; y (b) clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, en donde la comparación determina el estado de la sepsis en el individuo .
5. 5. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) seleccionar al menos dos características a partir de un conjunto de biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión en un primer perfil de biomarcadores generado a partir de una primera muestra biológica del individuo; y (b) comparar las al menos dos características con un conjunto de los mismos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión en un perfil de biomarcadores generados a partir de las muestras biológicas de una población de referencia, en donde la comparación es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia con una exactitud de al menos aproximadamente 60%, y en donde la comparación determina el estado de la sepsis en un individuo.
6. 6. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) determinar una abundancia o un cambio en una abundancia de al menos dos biomarcadores de respuesta del anfitrión contenidos en un primer perfil de biomarcadores obtenido a partir de una primera muestra biológica del individuo; y (b) comparar la abundancia o el cambio en la abundancia con una abundancia o un cambio en una abundancia de dichos al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión contenidos en las muestras biológicas de una población de referencia, en donde la comparación es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia; y en donde la comparación determina el estado de la sepsis en el individuo.
7. 7. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende: determinar los cambios en la abundancia de al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión contenidos en un primer perfil de biomarcadores obtenido a partir de una primera muestra biológica del individuo en comparación con los cambios en la abundancia de dichos al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión contenidos en las muestras biológicas de (i) una población de referencia que contrajo la sepsis y (ii) una población de referencia con SIRS, en donde los al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión se seleccionan a partir del grupo de los ácidos nucleicos establecidos en cualquiera de las TABLAS 2-10.
8. 8. Un método para determinar el estado de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende determinar una abundancia de al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión contenidos en un primer perfil de biomarcadores obtenido a partir de una primera muestra biológica del individuo, en comparación con una abundancia de dichos al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del individuo contenidos en las muestras biológicas de (i) una población de referencia que contrajo sepsis y (ii) una población de referencia con SIRS, caracterizado porque, los al menos dos biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión se seleccionan a partir del grupo de los ácidos nucleicos de respuesta del anfitrión establecidos en cualquiera de las TABLAS 2-10.
9. 9. El método de cualquiera de las reivindicaciones 4-6, caracterizado porque, los al menos dos biomarcadores de ácidos nucleicos se seleccionan a partir del grupo de los ácidos nucleicos establecidos en cualquiera de las TABLAS 2-10.
10. 10. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, la muestra biológica se selecciona a partir del grupo que consiste de sangre, fluido cerebro espinal, un extracto celular, una muestra de tejido, y una biopsia de tejido.
11. 11. El método de la reivindicación 1, caracterizado porque comprende además : (a) obtener un segundo perfil de biomarcadores a partir de una segunda muestra biológica tomada de un individuo; y (b) comparar el segundo perfil de marcadores del individuo con el perfil de biomarcadores de referencia; en donde el segundo perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden las características que son características mesurables de un ácido nucleico, en donde la segunda comparación es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, y en donde la segunda comparación determina el estado de la sepsis en el individuo.
12. 12. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque comprende además, repetir el método al menos una vez, en donde se obtiene un perfil de biomarcadores separado del individuo a partir de una muestra biológica separada tomada cada vez que se repite el método.
13. 13. El método de la reivindicación 12, caracterizado porque, las muestras biológicas del individuo se toman aproximadamente con 24 horas de diferencia.
14. 14. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, la determinación del estado de la sepsis en el individuo comprende predecir el inicio de la sepsis en el individuo .
15. 15. El método de la reivindicación 14, caracterizado porque, el inicio de la sepsis se predice al menos aproximadamente 24 horas antes de la determinación de la sepsis en el individuo usando las técnicas convencionales.
16. 16. El método de la reivindicación 14, caracterizado porque, el inicio de la sepsis se predice al menos aproximadamente 48 horas antes de la determinación de la sepsis en el individuo usando las técnicas convencionales.
17. 17. El método de la reivindicación 14, caracterizado porque, el inicio de la sepsis se predice al menos aproximadamente 96 horas antes de la determinación de la sepsis en el individuo usando las técnicas convencionales.
18. 18. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, la determinación del estado de la sepsis en el individuo comprende determinar la progresión de la sepsis en el individuo .
19. 19. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, la determinación del estado de la sepsis en el individuo comprende diagnosticar la sepsis en el individuo .
20. 20. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, la comparación comprende aplicar una regla de decisiones.
21. 21. El método de la reivindicación 20, caracterizado porque, aplicar la regla de decisiones comprende usar un algoritmo de análisis de datos.
22. 22. El método de la reivindicación 21, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos comprende en uso de un árbol de clasificación.
23. 23. El método de la reivindicación 21, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos es no parametrico.
24. 24. El método de la reivindicación 23, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos detecta las diferencias en una distribución de valores de la característica o aspecto.
25. 25. El método de la reivindicación 24, caracterizado porque, el algoritmo no paramétrico comprende usar una prueba de rango con signo de Wilcoxon.
26. 26. El método de la reivindicación 21, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos comprende usar un árbol de regresión aditivo múltiple.
27. 27. El método de la reivindicación 21, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos es una regresión logística.
28. 28. El método de la reivindicación 21, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos comprende al menos dos parámetros de entrada.
29. 29. El método de la reivindicación 28, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos comprende al menos cinco parámetros de entrada.
30. 30. El método de la reivindicación 29, caracterizado porgue, el algoritmo de análisis de datos comprende al menos diez parámetros de entrada.
31. 31. El método de la reivindicación 30, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos comprende al menos veinte parámetros de entrada.
32. 32. El método de la reivindicación 21, caracterizado porque, el algoritmo de análisis de datos utiliza al menos dos de las características establecidas en cualquiera de las TABLAS 2-10 como parámetros de entrada.
33. 33. El método de la reivindicación 20, caracterizado porque, la regla de decisiones determina el estado de la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente el 60%.
34. 34. El método de la reivindicación 33, caracterizado porque, la regla de decisiones determina el estado de la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente 70%.
35. 35. El método de la reivindicación 34, caracterizado porque, la regla de decisiones determina el estado de la sepsis en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente 80%.
36. 36. El método de la reivindicación 35, caracterizado porque, la regla de decisiones determina el estado de la sepsis con en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente 90%.
37. 37. El método de la reivindicación 33, caracterizado porque, la determinación del estado de la sepsis en el individuo se hace al menos aproximadamente 48 horas antes de la sospecha clínica de que el individuo tuvo sepsis, cuando se determina usando las técnicas convencionales .
38. 38. El método de la reivindicación 33, caracterizado porque, la regla de decisiones se ha sometido a la validación cruzada diez veces.
39. 39. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, el perfil de biomarcadores de referencia se obtiene a partir de una población que comprende a un sólo individuo .
40. 40. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, el perfil de biomarcadores de referencia se obtiene a partir de una población que comprende al menos dos individuos .
41. 41. El método de cualquiera de las reivindicaciones 40, caracterizado porque, el perfil de biomarcadores de referencia se obtiene a partir de una población que comprende al menos 20 individuos .
42. 42. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-2 y 4-8, caracterizado porque, el perfil de biomarcadores de referencia se obtiene a partir de una población seleccionada a partir del grupo que consiste de una población de referencia normal, una población de referencia SIRS positiva, una población de referencia infectada/SIRS negativa, una población de referencia sepsis positiva, una población de referencia en una etapa en la progresión de la sepsis, una población de referencia SIRS positiva confirmada como teniendo sepsis por medio de las técnicas convencionales, después de aproximadamente 0-36 horas, una población de referencia SIRS positiva confirmada como teniendo sepsis por medio de las técnicas convencionales, después de aproximadamente 36-60 horas, y una población de referencia SIRS positiva confirmada como teniendo sepsis por medio de las técnicas conocidas después de aproximadamente 60-48 horas.
43. 43. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8 caracterizado porque comprende además comparar un segundo perfil de biomarcadores del individuo con un perfil de biomarcadores de referencia, en donde el segundo perfil de biomarcadores se obtiene a partir de una segunda muestra biológica tomada del individuo.
44. 44. El método de la reivindicación 43, caracterizado porque, la segunda muestra biológica del individuo se toma aproximadamente 24 horas después de que la muestra biológica se toma del individuo.
45. 45. El método de la reivindicación 43, caracterizado porgue, el segundo perfil de biomarcadores se compara con un perfil de biomarcadores diferente que el primer perfil de biomarcadores .
46. 46. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprende un aspecto mesurable de al menos un ARNm.
47. 47. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicha muestra biológica se divide antes de dicha obtención de dicho primer perfil de biomarcadores del individuo .
48. 48. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, al menos un método de separación se usa para obtener dicho primer perfil de biomarcadores del individuo .
49. 49. El método de la reivindicación 48, caracterizado porque, al menos dos métodos de separación se usan para obtener dicho primer perfil de biomarcadores del individuo.
50. 50. El método de la reivindicación 48, caracterizado porque, el al menos un método de separación se selecciona a partir del grupo que consiste de fraccionamiento por extracción química, cromatografía de intercambio iónico, electroforesis en gel, y cualquier combinación de los mismos.
51. 51. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores y el perfil de biomarcadores de referencia comprende un aspecto mesurable de un ácido nucleico que codifica una proteína componente de un agente infeccioso.
52. 52. El método de la reivindicación 51, caracterizado porque, dicho componente es una proteína del revestimiento viral .
53. 53. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores del individuo y dicho perfil de biomarcadores de referencia comprende un aspecto mesurable de un biomarcador de ácido nucleico que codifica una proteína que es informativa del estado del sistema inmune en respuesta a la infección.
54. 54. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores del individuo y dicho perfil de biomarcadores de referencia comprenden un aspecto mesurable de un biomarcador de ácido nucleico que codifica una proteína seleccionada a partir del grupo que consiste de una hormona, un factor de crecimiento, un factor de la transcripción, un marcador de la superficie celular, y una proteína soluble derivada de las células.
55. 55. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores del individuo y dicho perfil de biornareadores de referencia comprende un aspecto mesurable de un biomarcador de ácido nucleico que codifica una proteína asociada con la bacteremia.
56. 56. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores del individuo y dicho perfil de biomarcadores de referencia comprenden un aspecto mesurable de un biomarcador de ácido nucleico que codifica una proteina asociada con la lisis por macrófagos .
57. 57. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores del individuo y dicho perfil de biomarcadores de referencia comprenden un aspecto mesurable de un biomarcador de ácido nucleico que codifica una proteína asociada con una vía de la sepsis.
58. 58. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, caracterizado porque, dicho primer perfil de biomarcadores del individuo y dicho perfil de biomarcadores de referencia comprenden un aspecto mesurable de un biomarcador de ácido nucleico que codifica una proteína asociada con una condición fisiológica seleccionada a partir del grupo que consiste de hipoxia del tejido, disfunción múltiple de órganos, y acidosis metabólica .
59. 59. Un método para predecir el inicio de la sepsis en un individuo, caracterizado porque comprende (a) medir un aspecto de al menos dos características en un perfil de biomarcadores , en donde el perfil de biomarcadores comprende al menos dos biomarcadores seleccionados a partir del grupo de biomarcadores de ácido nucleico de respuesta del anfitrión establecidos en cualquiera de las tablas 2-10; y (b) comparar el aspecto medido de dichas al menos dos características con el valor de un aspecto correspondiente de las mismas al menos dos características en una población de referencia, en donde una sola de tales comparaciones es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, y en donde la comparación predice el inicio de la sepsis en el individuo.
60. 60. El método de la reivindicación 59, caracterizado porque, dicha predicción del inicio de la sepsis se hace aproximadamente 12-36 horas antes del inicio de la sepsis, donde el inicio de la sepsis se determina por medio de las técnicas convencionales.
61. 61. El método de la reivindicación 59, caracterizado porque, dicha predicción del inicio de la sepsis de hace aproximadamente 36-60 horas antes del inicio de la sepsis, donde el inicio de la sepsis se determina por medio de las técnicas convencionales.
62. 62. El método de la reivindicación 59, caracterizado porque, dicha predicción del inicio de la sepsis se hace aproximadamente 60-84 horas antes del inicio de la sepsis, donde el inicio de la sepsis se determina por medio de las técnicas convencionales .
63. 63. un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) obtener un primer perfil de biomarcadores a partir de una muestra biológica tomada del individuo; y (b) comparar el primer perfil de biomarcadores del individuo con un perfil de biomarcadores de referencia obtenido de una población de referencia, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleico de respuesta del anfitrión, en donde una sola de tales comparaciones es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, y en donde la comparación diagnostica la SIRS en el individuo .
64. 64. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) obtener un perfil de biomarcadores del individuo en un sólo punto en el tiempo; y (b) comparar el perfil de biomarcadores del individuo con un perfil de biomarcadores de referencia, en donde el perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleico de respuesta del anfitrión, y en donde la comparación de los perfiles de biomarcadores puede diagnosticar la SIRS en el individuo con una exactitud de al menos aproximadamente 60%.
65. 65. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende (i) un primer perfil de biomarcadores generado a partir de una muestra biológica tomada del individuo en un sólo punto en el tiempo con (ii) un perfil de biomarcadores de referencia generado a partir de una población de referencia, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleico de respuesta del anfitrión, y en donde la comparación comprende aplicar una regla de decisiones que determina el estado de la SIRS en el individuo.
66. 66. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) obtener un primer perfil de biomarcadores a partir de una muestra biológica tomada del individuo; y (b) comparar el primer perfil de biomarcadores del individuo con el perfil de biomarcadores de referencia obtenido a partir de muestras biológicas de una población de referencia; en donde la población de referencia se selecciona a partir del grupo que consiste de una población de referencia normal, una población de referencia SIRS positiva, y una población de referencia infectada/SIRS negativa, una población de referencia sepsis positiva, una población de referencia en una etapa en la progresión de la sepsis, una población de referencia SIRS positiva confirmada como que tiene sepsis por medio de las técnicas convencionales después de aproximadamente 0-36 horas, una población de referencia SIRS positiva que se confirma como que tiene sepsis por medio de las técnicas convencionales después de aproximadamente 36-60 horas, una población de referencia SIRS positiva que se confirma como que tiene sepsis por medio de las técnicas convencionales después de aproximadamente 60-48 horas, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleico de respuesta del anfitrión, en donde una sola de tales comparaciones es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, y en donde la comparación diagnostica la SIRS en el individuo .
67. 67. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende comparar una característica mesurable de al menos un biomarcador entre (i) un primer perfil de biomarcadores obtenido a partir de una primera muestra biológica del individuo y (ii) un perfil de biomarcadores obtenido a partir de muestras biológicas de una población de referencia, en donde la comparación clasifica al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, en donde el primer perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleico de respuesta del anfitrión, y en donde la comparación diagnostica la SIRS en el individuo.
68. 68. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende (a) seleccionar al menos dos características a partir de un primer conjunto de biomarcadores en un perfil de biomarcadores generado a partir de una primera muestra biológica de un individuo; y (b) comparar las características con un conjunto de los mismos biomarcadores en un perfil de biomarcadores generado a partir de las muestras biológicas de una población de referencia, en donde una sola de tales comparaciones es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia con una exactitud de al menos aproximadamente 60%, en donde el perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleido de respuesta del anfitrión, y en donde la comparación diagnostica la SIRS en el individuo.
69. 69. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende: (a) determinar una abundancia o cambia en una abundancia de al menos dos biomarcadores contenidos en una primera muestra biológica de un individuo; y (b) comparar la abundancia o cambio en una abundancia de los biomarcadores en la muestra biológica del individuo con una abundancia o cambio en una abundancia de estos biomarcadores en las muestras biológicas de una población de referencia, en donde la comparación es capaz de clasificar al individuo como perteneciente a, o no perteneciente a la población de referencia, en donde el perfil de biomarcadores del individuo y el perfil de biomarcadores de referencia comprenden características que son características mesurables de un ácido nucleico de respuesta del anfitrión, y en donde la comparación diagnostica la SIRS en el individuo.
70. 70. Un método para diagnosticar la SIRS en un individuo, caracterizado porque comprende determinar la abundancia o un cambio en la abundancia de al menos un biomarcador obtenido a partir de una muestra biológica del individuo cuando se compara con una abundancia o cambio en una abundancia del al menos un biomarcador obtenido a partir de las muestras biológicas de una población de referencia normal, en donde los biomarcadores se seleccionan a partir del grupo que consiste de los ácidos nucleicos de respuesta del anfitrión listados en cualquiera de las tablas 2-10.