KR20140047138A - Kif5b 유전자와 ret 유전자와의 융합 유전자, 및 당해 융합 유전자를 표적으로 한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법 - Google Patents
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Abstract
암에 있어서, 약제에 의한 치료의 유효성을 예측하는 지표가 될 수 있는 유전자를 동정하고, 당해 유전자를 표적으로 하여 약제에 의한 치료의 유효성을 예측하는 신규한 방법을 제공하는 것을 목적으로 하여, 폐선암의 전(全)트랜스크립톰 시퀀싱을 행했다. 그 결과, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 인프레임(in-frame) 융합 전사 산물을 동정했다. 또한, 이 KIF5B-RET 유전자 융합은, 일본인 폐선암의 6/319(2%), 미국인 폐선암의 1/80(1%)에 검출되었다. 그리고, 이 7예는 어느 것이나 EGFR, KRAS, ALK 암 유전자와 같은 공지의 활성화 변이를 나타내지 않으므로, 당해 유전자 융합은, 암화에 있어서의 책임 변이(드라이버 변이)인 것이 판명되었다. 당해 유전자 융합은, RET 티로신키나아제 단백질의 항상적인 활성화를 초래하는 것이라고 생각되므로, 당해 유전자 융합이 검출되는 환자에 대해서는, RET 티로신키나아제에 대한 저해제에 의한 치료가 유효한 것을 알아냈다.
Description
본 발명은, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합 유전자에 관한 것이다. 또한, 이 융합 유전자를 표적으로 한 RET 단백질 티로신키나아제에 대한 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은, 이 유효성의 판정을 이용한 암의 치료 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은, 이들 방법에 사용하기 위한 분자에도 관한 것이다.
암은 일본에 있어서의 사인의 제1위를 차지하는 질병이며, 그 치료법의 개선이 요망되고 있다. 특히 폐암은, 일본뿐만 아니라 세계에 있어서도 암사(癌死)의 필두 요인이며, 연간 100만 명 이상의 죽음을 초래한다. 폐암은 크게 소세포 폐암과 비소세포 폐암으로 나눠지며, 또한 비소세포 폐암은, 폐선암(lung adenocarcinoma, LADC), 폐편평상피암, 대세포암의 3종류로 나눠진다. 그리고, 이들 중, 폐선암은 비소세포 폐암의 약 50%를 차지하고, 그 빈도는 상승하고 있다(비특허문헌 1).
폐선암에 관해서는, 상당한 부분이, 암 유전자의 활성화에 의해 발생하는 것이 밝혀져 있다. 그리고, 암 유전자의 활성화에 있어서는, EGFR 유전자(10∼40%)나 KRAS 유전자(10∼20%)의 체세포 변이, ALK 유전자와 EML4(echinoderm microtubule-associated protein-like 4) 유전자와의 융합이나 ALK 유전자와 KIF5B 유전자와의 융합 등(5%)이 상호 배타적으로 발생하고 있는 것도 밝혀져 있다(비특허문헌 2∼6).
폐선암을 포함하여 인간의 암에 있어서, 발생에 관여하는 변이 유전자(변이 단백질)나 융합 유전자(융합 단백질) 등의 암 유전자를 동정하는 것은, 이들 유전자를 표적으로 한 신규한 암 치료 방법이나 암 검사 방법의 개발에 크게 기여하기 때문에, 강하게 요망되고 있다.
특히, 진행한 폐암에 있어서는, 약제에 의한 치료가 주체가 되지만, 개개의 증례에서 약제에 대한 반응성이 크게 다르기 때문에, 어떤 약제가 치료 효과를 갖는지를 예측하는 수단이 요망되고 있다. 그 때문에, 상술한 바와 같이, 변이 유전자나 융합 유전자와 같은, 그 예측의 지표가 될 수 있는 분자의 동정이 진행되고 있으며, 예를 들면, EGFR나 ALK 단백질을 표적으로 한 티로신키나아제 저해제는 EGFR 변이나 ALK 융합을 가지는 폐선암의 치료에 특히 유효한 것이 밝혀져 있다. 또한, 폐암의 4∼5%에 존재하는 ALK 티로신키나아제 유전자의 융합을 검출하는 수법이 ALK 단백질의 티로신키나아제에 대한 저해제 적응예의 선출법(選出法)으로서 개발되어, 임상 시험이 진행되고 있다.
그러나, 폐암을 포함한 암에 있어서의 융합 유전자 등의 해명은 아직 충분하다고는 할 수 없어, 약제에 의한 치료의 유효성을 예측하는 지표가 될 수 있는 변이 유전자나 융합 유전자의 동정이 요망되고 있는 것이 현상황이다.
Herbst, R. S. 등, The New England journal of medicine, 2008년, 359권, 1367∼1380페이지
Paez, J. G. 등, Science, 2004년, 304권, 1497∼1500페이지
Takeuchi, K. 등, Clin Cancer Res, 2009년, 15권, 3143∼3149페이지
Soda, M. 등, Nature, 2007년, 448권, 561∼566페이지
Janku, F. 등, Nat Rev Clin Oncol, 2010년, 7권, 401∼414페이지
Lovly, C. M. 등, Nat Rev Clin Oncol, 2011년, 8권, 68∼70페이지
본 발명은, 상기 종래 기술이 갖는 과제에 감안하여 이루어진 것으로서, 그 목적은, 폐암 등에 있어서 약제에 의한 치료의 유효성을 예측하는 지표가 될 수 있는 유전자를 동정하는 것에 있다. 또한, 당해 유전자를 표적으로 하여 약제에 의한 치료의 유효성을 예측하는 신규한 방법을 제공하는 것에 있다. 또한, 본 발명은, 당해 유전자를 표적으로 한 약제에 의한 치료의 유효성의 예측에 의거하여, 폐암 등을 치료하는 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다. 또한 본 발명의 목적은, 이들 방법에 있어서 당해 유전자의 검출에 사용되는 분자를 제공하는 것에 있다.
본 발명자들은, 상기 목적을 달성하기 위해 예의 연구를 거듭한 결과, 30예의 폐선암의 전(全)트랜스크립톰 시퀀싱에 의해, 키네신 패밀리 멤버 5B(KIF5B) 유전자와 RET 수용체형 티로신키나아제 암 유전자(RET 유전자)와의 인프레임(in-frame) 융합 전사 산물을 동정했다. 이 융합 유전자는 제10 염색체 p11, q11 영역 간의 역위에 의해 생기는 것이었다. 이 KIF5B-RET 유전자 융합은, 일본인 폐선암의 6/319(2%)에 검출되었지만, 당해 유전자 융합이 검출된 6예는 어느 것이나 EGFR 변이, KRAS 변이, ALK 융합과 같은 공지의 암 유전자 활성화 변이를 나타내지 않았다. 또한, 이 융합 전사 산물은 미국인 유래의 폐선암에 있어서도 존재하고 있었다(1/80(1%)). 이들 사실로부터, 당해 유전자 융합은, 넓은 인종에 있어서, 암화에 있어서의 책임 변이(드라이버 변이)인 것이 밝혀졌다.
이 유전자 융합은, RET 티로신키나아제의 항상적인 활성화를 초래하는 것이라고 생각되며, 이러한 활성화가 발생하고 있는 환자에 있어서는, RET 티로신키나아제에 대한 저해제가 치료에 있어서 유효성을 나타내는 것이라고 생각된다. 이 때문에, 본 발명자들은, 폐암 등에 있어서, 당해 유전자 융합을 표적으로 하여 약제에 의한 치료의 유효성을 예측하는 것이 가능하며, 또한, 이 예측에 있어서 약제에 의한 치료가 유효하다고 판정된 환자에 당해 약제를 투여하면, 효율적으로 치료를 행하는 것이 가능한 것을 알아내어, 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
따라서, 본 발명은, KIF5B와 RET와의 융합 폴리펩티드, 이 폴리펩티드의 존재를 지표로 한 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법, 이 유효성의 판정을 이용한 암의 치료 방법, 및, 이들의 방법에 사용하기 위한 분자에 관한 것으로서, 보다 상세하게는, 이하의 발명을 제공하는 것이다.
(1) KIF5B 단백질의 N말단 부분과, RET 단백질의 C말단 부분이 융합하고 있는 폴리펩티드.
(2) (1)에 기재된 폴리펩티드를 코드하는 폴리뉴클레오티드.
(3) RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법으로서, 환자로부터 단리한 시료에 있어서의 (2)에 기재된 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재를 검출하는 공정을 포함하고, 상기 폴리뉴클레오티드의 존재가 검출되면, 상기 환자에 있어서의 상기 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정되는 방법.
(4) (3)에 기재된 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하기 위한 약제로서, 적어도 15염기의 쇄 길이를 갖는 하기 (a)∼(c)에 기재 중 어느 하나인 폴리뉴클레오티드, 또는, 하기 (d)에 기재된 항체를 포함하는 약제
(a) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브 및 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 하나의 프로브인 폴리뉴클레오티드
(b) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점에 하이브리다이즈하는 프로브인 폴리뉴클레오티드
(c) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점을 사이에 두도록 설계된 한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드
(d) KIF5B 단백질과 RET 단백질이 융합하고 있는 폴리펩티드에 결합하는 항체.
(5) 암을 치료하는 방법으로서, (3)에 기재된 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정된 환자에, 상기 RET 티로신키나아제 저해제를 투여하는 공정을 포함하는 방법.
(6) RET 티로신키나아제 저해제를 유효 성분으로 하는 암의 치료제로서, (3)에 기재된 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정된 환자에 투여되는 치료제.
본 발명에 의하면, 암에 대한 치료의 유효성을 예측하는 것, 특히 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 예측하는 것이 가능해진다. 이에 따라, 약제를 투여하는 것이 유효하지 않다고 생각되는 암 환자에의 약제의 투여를 회피할 수 있으므로, 효율적인 암 치료를 실현하는 것이 가능해진다.
도 1은 야생형 KIF5B 및 RET 단백질의 구조(도 1 상부의 「KIF5B」 및 「RET」), 폐선암 환자에 있어서 동정한 4개의 KIF5B-RET 융합 배리언트(도 1 하부의 「1∼4」), 및 각각의 배리언트에 있어서의 절단점(도 1 상부의 「KIF5B」 및 「RET」에 붙어 있는 선(1, 2, 3, 4, 1-3)을 나타내는 개략도이다. 또, 도 1 중 「TM」은 막 관통 도메인을 나타낸다.
도 2는 폐선암 환자(증례 : BR0020)에 있어서의 KIF5B-RET 융합 전사 산물을 나타내는 개략도이다. 또, 도 2의 상부는 페어드엔드 리드(paired-end read) 해석의 결과를 나타내고, 하부는 정크션 리드 해석의 결과를 나타낸다. 또한, 각 핵산(A, T, G, C)은 각각 도면 중에 나타낸 대응하는 색으로 식별되어 있다.
도 3은 각 폐선암 환자에 있어서의 KIF5B-RET 융합(도 3의 상부), RET 키나아제 도메인(엑손12-13, 도 3의 중부), 글리세르알데히드-3-인산데히드로게나아제(GAPDH, 내부 표준, 도 3의 하부)를 RT-PCR에 의해 검출한 결과를 나타내는 전기 영동의 사진이다. 또 도 3 중, 「T」는 각 폐선암 환자의 폐선암 조직의 결과를 나타내고, 「N」은 각 폐선암 환자의 비암 폐조직의 결과를 나타낸다(도 5에 있어서도 동일). 또한, BR0019는 KIF5B-RET 융합 음성 폐선암의 증례이며, BR0020, BR1001, BR1002, BR0030, BR1003 및 BR1004는 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암의 증례이다(도 5에 있어서도 동일). 또한 「NTC」는 주형 DNA 없음의 음성 대조의 결과를 나타낸다.
도 4는 KIF5B-RET 융합 전사 산물의 cDNA를 생어(Sanger) 시퀀싱에 의해 분석한 결과를 나타내는 전기 영동도이다. 또, KIF5B-RET-F1 프라이머 및 KIF5B-RET-R1 프라이머를 사용하여 증폭한 RT-PCR 산물을, KIF5B-RET-F1(BR0020, BR1001, BR1002 및 BR0030) 프라이머 및 KIF5B-F-orf2438(BR1003 및 BR1004) 프라이머를 사용하여, 다이렉트 시퀀싱했다.
도 5는 각 폐선암 환자에 있어서의 KIF5B-RET 융합을 게놈 PCR에 의해 검출한 결과를 나타내는 전기 영동의 사진이다. 도 5 중, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점(절단점 결합부)을 포함하는 DNA 단편의 증폭에 사용한 프라이머의 위치를 사진 밑에 나타낸다. 또 「int」는 인트론을 나타내고, 「ex」는 엑손을 나타낸다. 또한, BR0030 및 BR1004의 비암 폐조직에 보여진 비특이 밴드를 애스터리스크로 나타낸다.
도 6은 KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점을 포함하는 게놈 단편을 생어 시퀀싱에 의해 분석한 결과를 나타내는 전기 영동도이다. 또, PCR 산물은 다이렉트 시퀀싱에 의해 분석하고, 각각의 샘플의 증폭 및 시퀀싱에는, 하기 프라이머를 사용했다. BR0020 : KIF5B-int15-F1/KIF5B-RET-R1 및 RET-int11-R0.5, BR1001 : KIF5B-int15-F1/KIF5B-RET-R1 및 RET-int11-R1, BR1002 : KIF5B-int15-F2/RET-int11-R3 및 KIF5B-int15-F3.5, BR0030 : KIF5B-ex16-F1/KIF5B-RET-R1 및 KIF5B-ex16-F1, BR1003 : KIF5B-ex23-F1/KIF5B-RET-R1 및 KIF5B-ex23-F1 또한, 융합점에 있어서의 중복 뉴클레오티드는 BR1002 및 BR0030에 붙인 사각으로 나타내고, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점에 있어서의 삽입(insertion) 뉴클레오티드는 BR1001 및 BR1003에 붙인 사각으로 나타낸다.
도 7은 KIF5B-RET 융합점을 포함하는 게놈 단편을 생어 시퀀싱에 의해 분석한 결과(특히 RET 엑손7-RET 인트론7을 포함하는 349bp의 게놈 단편이 절단점 결합부에 삽입되어 있는 것)를 나타내는 전기 영동도이다. 또, KIF5B-ex24-F1 프라이머 및 RET-int7-R1 프라이머를 사용하여 증폭한 PCR 산물을, RET-int7-R2 프라이머를 사용하여 다이렉트 시퀀싱했다.
도 8은 KIF5B 유전자와 RET 유전자가 융합하고 있는 6증례 중 2증례(BR0020 및 BR1001)에 있어서의, 염색체 10번의 게놈 카피수를 조사한 결과를 나타내는 개략도이다. 또, 카피수는 CNAG 프로그램 분석에 의해 추정했다(도 9에 있어서도 동일). 또한 도면 중, 레퍼런스 게놈 상의 KIF5B 유전자 및 RET 유전자의 위치 및 방향은 화살표에 의해 나타낸다(도 9에 있어서도 동일).
도 9는 KIF5B 유전자와 RET 유전자가 융합하고 있는 6증례 중 2증례(BR0012 및 BR0005)에 있어서의, 염색체 10번의 게놈 카피수를 조사한 결과를 나타내는 개략도이다.
도 10은 KIF5B-RET 융합에 관여하는 추정 염색체 재구성(배리언트1)을 나타내는 개략도이다.
도 11은 형광 표지한 DNA 프로브를 사용하여 시행한 in situ 하이브리다이제이션에 의해 검출된 BR0020증례에서의 KIF5B-RET 융합을 일으키는 염색체 역위를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 400배)이다. 당해 증례에 있어서는, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 프로브(5'RET, 도면 중 적색의 형광 스포트)와, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 프로브(3'RET, 도면 중 녹색의 형광 스포트)와의 시그널의 분리(split, 도면 중 화살표로 가리켜져 있는 개소)가 검출되었다. 또한, 도 11의 하부에 각 프로브 군이 하이브리다이즈하는 게놈 상의 위치를 나타낸다.
도 12는 헤마톡실린-에오진 염색한 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암(BR1004)에 있어서의 대표적인 조직 구조를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 50배)이다. 또, 이 폐선암세포에 있어서, 클라라(Clara)세포 또는 Ⅱ형 폐상피세포 분화가 인정되었다. 또한, 이들의 종양세포는 비후한 폐포 격벽에 따라, 종양 변연부에 신장하여 있었다(좌측의 슬라이드). 또한, 그 중앙부에 있어서 유두상의 증식도 인정되었다(우측의 슬라이드).
도 13은 갑상선 전사 인자-1(TTF-1)에 대한 면역 염색을 행한 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암(BR1004)에 있어서의 대표적인 조직 구조를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 50배)이다. 또, 이 폐선암세포에 있어서, TTF-1의 핵에 있어서의 미만성의 강한 발현이 관찰되었다.
도 14는 U133A 플러스 2.0 마이크어레이 분석에 의해, 폐선암(ADC) 및 비암 폐조직(N)에 있어서의 RET의 발현 레벨을 평가한 결과를 나타내는 플롯도이다. 또, RET의 발현 레벨은, 211421 s at 프로브(ret proto-oncogene(multiple endocrine neoplasia and medullary thyroid carcinoma 1, Hirschsprung disease))를 사용하여 평가했다. 또한 도 14 중, 「+」는 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암을 평가한 결과를 나타내고, 「-」은 KIF5B-RET 융합 음성 폐선암을 평가한 결과를 나타낸다. 또한, 도 14 중의 P값은, 발현 레벨의 차를 U 검정에 의해 평가하여 얻어진 값이다.
도 15는 KIF5B-RET 융합 양성의 폐선암 종양 샘플(BR1004)에 있어서의 RET 단백질의 면역 조직학적 염색의 결과를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 50배)이다. 또, 이 폐선암 종양 샘플에 있어서, RET 단백질은 선암세포의 세포질에 과립상으로 발현하고 있는 것이 인정되었다.
도 16은 RET 융합은 인정되지 않지만, RET 유전자의 발현 레벨이 높은 2증례에 있어서의, 염색체 10번의 게놈 카피수를 조사한 결과를 나타내는 개략도이다. 또, 카피수는 CNAG 프로그램 분석에 의해 추정했다. 또한 도면 중, KIF5B 유전자 및 RET 유전자의 위치 및 방향은 화살표에 의해 나타낸다.
도 17은 폐선암 및 비암 폐조직 유래의 시퀀스 리드의 분포를 RET 자전사 산물(NM_020975.4)에 따라 나타낸 결과를 나타낸 도면이다. 또, KIF5B-RET 융합 양성 샘플 BR0020 유래의 시퀀스 리드는 융합점의 하류에 거의 위치하고 있었다. 한편, 융합은 확인되고 있지 않지만, RET 유전자의 발현이 인정되는 6샘플(도 17 중, 애스터리스크에 의해 마크한 샘플)에 있어서는, RET 전사 산물 전체에 걸쳐 시퀀스 리드는 분포하고 있으며, 또한 변이는 검출되지 않았다. 또 도 17 중 「RET 발현」에는, 올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이에 의해 평가한 RET의 발현 레벨을 나타낸다.
도 18은 USA 코호트 유래의 폐선암 증례에 있어서, RT-PCR에 의해, KIF5B-RET 융합 전사 산물(배리언트1, 도 18의 상부) 및 GAPDH(내부 표준, 도 18의 하부)를 검출한 결과를 나타내는 전기 영동의 사진이다. 또 도 18 중, 「T」는 상기 코호트의 폐선암 조직의 결과를 나타내고, 「N」은 상기 코호트의 비암 폐조직의 결과를 나타낸다. 「USA1580」은 USA 코호트 유래의 폐선암 증례를 나타낸다.
도 19는 USA 코호트 유래의 폐선암 증례에 있어서의 KIF5B-RET 융합 전사 산물(배리언트1)의 cDNA를 생어 시퀀싱에 의해 분석한 결과를 나타내는 전기 영동도이다.
도 2는 폐선암 환자(증례 : BR0020)에 있어서의 KIF5B-RET 융합 전사 산물을 나타내는 개략도이다. 또, 도 2의 상부는 페어드엔드 리드(paired-end read) 해석의 결과를 나타내고, 하부는 정크션 리드 해석의 결과를 나타낸다. 또한, 각 핵산(A, T, G, C)은 각각 도면 중에 나타낸 대응하는 색으로 식별되어 있다.
도 3은 각 폐선암 환자에 있어서의 KIF5B-RET 융합(도 3의 상부), RET 키나아제 도메인(엑손12-13, 도 3의 중부), 글리세르알데히드-3-인산데히드로게나아제(GAPDH, 내부 표준, 도 3의 하부)를 RT-PCR에 의해 검출한 결과를 나타내는 전기 영동의 사진이다. 또 도 3 중, 「T」는 각 폐선암 환자의 폐선암 조직의 결과를 나타내고, 「N」은 각 폐선암 환자의 비암 폐조직의 결과를 나타낸다(도 5에 있어서도 동일). 또한, BR0019는 KIF5B-RET 융합 음성 폐선암의 증례이며, BR0020, BR1001, BR1002, BR0030, BR1003 및 BR1004는 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암의 증례이다(도 5에 있어서도 동일). 또한 「NTC」는 주형 DNA 없음의 음성 대조의 결과를 나타낸다.
도 4는 KIF5B-RET 융합 전사 산물의 cDNA를 생어(Sanger) 시퀀싱에 의해 분석한 결과를 나타내는 전기 영동도이다. 또, KIF5B-RET-F1 프라이머 및 KIF5B-RET-R1 프라이머를 사용하여 증폭한 RT-PCR 산물을, KIF5B-RET-F1(BR0020, BR1001, BR1002 및 BR0030) 프라이머 및 KIF5B-F-orf2438(BR1003 및 BR1004) 프라이머를 사용하여, 다이렉트 시퀀싱했다.
도 5는 각 폐선암 환자에 있어서의 KIF5B-RET 융합을 게놈 PCR에 의해 검출한 결과를 나타내는 전기 영동의 사진이다. 도 5 중, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점(절단점 결합부)을 포함하는 DNA 단편의 증폭에 사용한 프라이머의 위치를 사진 밑에 나타낸다. 또 「int」는 인트론을 나타내고, 「ex」는 엑손을 나타낸다. 또한, BR0030 및 BR1004의 비암 폐조직에 보여진 비특이 밴드를 애스터리스크로 나타낸다.
도 6은 KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점을 포함하는 게놈 단편을 생어 시퀀싱에 의해 분석한 결과를 나타내는 전기 영동도이다. 또, PCR 산물은 다이렉트 시퀀싱에 의해 분석하고, 각각의 샘플의 증폭 및 시퀀싱에는, 하기 프라이머를 사용했다. BR0020 : KIF5B-int15-F1/KIF5B-RET-R1 및 RET-int11-R0.5, BR1001 : KIF5B-int15-F1/KIF5B-RET-R1 및 RET-int11-R1, BR1002 : KIF5B-int15-F2/RET-int11-R3 및 KIF5B-int15-F3.5, BR0030 : KIF5B-ex16-F1/KIF5B-RET-R1 및 KIF5B-ex16-F1, BR1003 : KIF5B-ex23-F1/KIF5B-RET-R1 및 KIF5B-ex23-F1 또한, 융합점에 있어서의 중복 뉴클레오티드는 BR1002 및 BR0030에 붙인 사각으로 나타내고, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점에 있어서의 삽입(insertion) 뉴클레오티드는 BR1001 및 BR1003에 붙인 사각으로 나타낸다.
도 7은 KIF5B-RET 융합점을 포함하는 게놈 단편을 생어 시퀀싱에 의해 분석한 결과(특히 RET 엑손7-RET 인트론7을 포함하는 349bp의 게놈 단편이 절단점 결합부에 삽입되어 있는 것)를 나타내는 전기 영동도이다. 또, KIF5B-ex24-F1 프라이머 및 RET-int7-R1 프라이머를 사용하여 증폭한 PCR 산물을, RET-int7-R2 프라이머를 사용하여 다이렉트 시퀀싱했다.
도 8은 KIF5B 유전자와 RET 유전자가 융합하고 있는 6증례 중 2증례(BR0020 및 BR1001)에 있어서의, 염색체 10번의 게놈 카피수를 조사한 결과를 나타내는 개략도이다. 또, 카피수는 CNAG 프로그램 분석에 의해 추정했다(도 9에 있어서도 동일). 또한 도면 중, 레퍼런스 게놈 상의 KIF5B 유전자 및 RET 유전자의 위치 및 방향은 화살표에 의해 나타낸다(도 9에 있어서도 동일).
도 9는 KIF5B 유전자와 RET 유전자가 융합하고 있는 6증례 중 2증례(BR0012 및 BR0005)에 있어서의, 염색체 10번의 게놈 카피수를 조사한 결과를 나타내는 개략도이다.
도 10은 KIF5B-RET 융합에 관여하는 추정 염색체 재구성(배리언트1)을 나타내는 개략도이다.
도 11은 형광 표지한 DNA 프로브를 사용하여 시행한 in situ 하이브리다이제이션에 의해 검출된 BR0020증례에서의 KIF5B-RET 융합을 일으키는 염색체 역위를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 400배)이다. 당해 증례에 있어서는, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 프로브(5'RET, 도면 중 적색의 형광 스포트)와, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 프로브(3'RET, 도면 중 녹색의 형광 스포트)와의 시그널의 분리(split, 도면 중 화살표로 가리켜져 있는 개소)가 검출되었다. 또한, 도 11의 하부에 각 프로브 군이 하이브리다이즈하는 게놈 상의 위치를 나타낸다.
도 12는 헤마톡실린-에오진 염색한 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암(BR1004)에 있어서의 대표적인 조직 구조를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 50배)이다. 또, 이 폐선암세포에 있어서, 클라라(Clara)세포 또는 Ⅱ형 폐상피세포 분화가 인정되었다. 또한, 이들의 종양세포는 비후한 폐포 격벽에 따라, 종양 변연부에 신장하여 있었다(좌측의 슬라이드). 또한, 그 중앙부에 있어서 유두상의 증식도 인정되었다(우측의 슬라이드).
도 13은 갑상선 전사 인자-1(TTF-1)에 대한 면역 염색을 행한 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암(BR1004)에 있어서의 대표적인 조직 구조를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 50배)이다. 또, 이 폐선암세포에 있어서, TTF-1의 핵에 있어서의 미만성의 강한 발현이 관찰되었다.
도 14는 U133A 플러스 2.0 마이크어레이 분석에 의해, 폐선암(ADC) 및 비암 폐조직(N)에 있어서의 RET의 발현 레벨을 평가한 결과를 나타내는 플롯도이다. 또, RET의 발현 레벨은, 211421 s at 프로브(ret proto-oncogene(multiple endocrine neoplasia and medullary thyroid carcinoma 1, Hirschsprung disease))를 사용하여 평가했다. 또한 도 14 중, 「+」는 KIF5B-RET 융합 양성 폐선암을 평가한 결과를 나타내고, 「-」은 KIF5B-RET 융합 음성 폐선암을 평가한 결과를 나타낸다. 또한, 도 14 중의 P값은, 발현 레벨의 차를 U 검정에 의해 평가하여 얻어진 값이다.
도 15는 KIF5B-RET 융합 양성의 폐선암 종양 샘플(BR1004)에 있어서의 RET 단백질의 면역 조직학적 염색의 결과를 나타내는 현미경 사진(관찰 배율 : 50배)이다. 또, 이 폐선암 종양 샘플에 있어서, RET 단백질은 선암세포의 세포질에 과립상으로 발현하고 있는 것이 인정되었다.
도 16은 RET 융합은 인정되지 않지만, RET 유전자의 발현 레벨이 높은 2증례에 있어서의, 염색체 10번의 게놈 카피수를 조사한 결과를 나타내는 개략도이다. 또, 카피수는 CNAG 프로그램 분석에 의해 추정했다. 또한 도면 중, KIF5B 유전자 및 RET 유전자의 위치 및 방향은 화살표에 의해 나타낸다.
도 17은 폐선암 및 비암 폐조직 유래의 시퀀스 리드의 분포를 RET 자전사 산물(NM_020975.4)에 따라 나타낸 결과를 나타낸 도면이다. 또, KIF5B-RET 융합 양성 샘플 BR0020 유래의 시퀀스 리드는 융합점의 하류에 거의 위치하고 있었다. 한편, 융합은 확인되고 있지 않지만, RET 유전자의 발현이 인정되는 6샘플(도 17 중, 애스터리스크에 의해 마크한 샘플)에 있어서는, RET 전사 산물 전체에 걸쳐 시퀀스 리드는 분포하고 있으며, 또한 변이는 검출되지 않았다. 또 도 17 중 「RET 발현」에는, 올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이에 의해 평가한 RET의 발현 레벨을 나타낸다.
도 18은 USA 코호트 유래의 폐선암 증례에 있어서, RT-PCR에 의해, KIF5B-RET 융합 전사 산물(배리언트1, 도 18의 상부) 및 GAPDH(내부 표준, 도 18의 하부)를 검출한 결과를 나타내는 전기 영동의 사진이다. 또 도 18 중, 「T」는 상기 코호트의 폐선암 조직의 결과를 나타내고, 「N」은 상기 코호트의 비암 폐조직의 결과를 나타낸다. 「USA1580」은 USA 코호트 유래의 폐선암 증례를 나타낸다.
도 19는 USA 코호트 유래의 폐선암 증례에 있어서의 KIF5B-RET 융합 전사 산물(배리언트1)의 cDNA를 생어 시퀀싱에 의해 분석한 결과를 나타내는 전기 영동도이다.
<KIF5B-RET 융합 폴리펩티드 및 당해 폴리펩티드를 코드하는 폴리뉴클레오티드>
후술의 실시예에 있어서 나타내는 바와 같이, KIF5B 단백질과 RET 단백질과의 융합예가 폐선암에 있어서 처음으로 밝혀졌다. 따라서, 본 발명은, KIF5B 단백질의 N말단 부분과, RET 단백질의 C말단 부분이 융합하고 있는 폴리펩티드(이하, 「KIF5B-RET 융합 폴리펩티드」라고도 함)를 제공한다. 또한, 본 발명은, 당해 폴리펩티드를 코드하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드」라고도 함)를 제공한다.
본 발명에 따른 「KIF5B(키네신 패밀리 멤버 5B, KINESIN FAMILY MEMBER 5B) 단백질」은, KNS1(키네신1, KINESIN1) 단백질, UKHC(키네신, 중쇄, 유비쿼터스; KINESIN, HEAVYCHAIN, UBIQUITOUS) 단백질 또는 KINH 단백질이라고도 불리는 단백질이며, 인간에 있어서는 10p11.2에 좌승(座乘)하고 있는 유전자에 코드되어 있는 단백질이다. 본 발명에 있어서, 「KIF5B 단백질」은, 인간 유래의 것이라면, 전형적으로는 서열 번호: 2에 기재된 아미노산 서열로 이루어지는 단백질이다. 또한, 본 발명에 있어서, 「KIF5B 단백질의 N말단 부분」이란, 전형적으로는, 상기 KIF5B 단백질의 N말단 측에 있는 모터 영역과 코일드 코일 도메인(coiled-coil domain)의 일부 또는 전부를 포함하는 것이다(도 1 참조).
본 발명에 따른 「RET(트랜스펙션 중의 재구성, REARRANGED DURING TRANSFECTION) 단백질」은, RET 티로신키나아제 단백질 또는 RET 수용체형 티로신키나아제 단백질이라고도 불리며, 인간에 있어서 10q11.2에 좌승하고 있는 유전자에 코드되어 있는 단백질이다. 본 발명에 있어서, 「RET 단백질」은, 인간 유래의 것이라면, 전형적으로는 서열 번호: 4에 기재된 아미노산 서열로 이루어지는 단백질이다. 또한, 본 발명에 있어서, 「RET 단백질의 C말단 부분」이란, 전형적으로는, 상기 RET 단백질의 C말단 측에 있는 키나아제 도메인을 포함하는 것이다(도 1 참조).
또한, 본 발명의 「KIF5B 단백질의 N말단 부분과, RET 단백질의 C말단 부분이 융합하고 있는 폴리펩티드」로서는, 후술의 실시예에 있어서 나타내는 바와 같이, 10p11.2와 10q11.2의 영역 간의 역위에 의해 생긴 융합 유전자가 코드하는 폴리펩티드이면 되지만, 전형적으로는, 상기 KIF5B 단백질의 N말단 측에 있는 모터 영역과 코일드 코일 도메인의 일부 또는 전부를 포함하는 폴리펩티드와 상기 RET 단백질의 C말단 측에 있는 키나아제 도메인을 포함하는 폴리펩티드가 융합하고 있는 폴리펩티드이며, 예를 들면, 서열 번호: 6, 8, 10 또는 12에 기재된 아미노산 서열로 이루어지는 폴리펩티드이다.
본 발명에 따른 「KIF5B 단백질」, 「RET 단백질」, 및 「KIF5B-RET 융합 폴리펩티드」의 아미노산 서열은, 자연계에 있어서(즉, 비인공적으로) 변이할 수 있다. 또한, 인위적으로 아미노산에 변이를 도입할 수도 있다. 따라서, 이러한 변이체도 본 발명에 포함된다.
KIF5B-RET 융합 폴리펩티드의 변이체로서는, 서열 번호: 6, 8, 10 또는 12에 기재된 아미노산 서열에 있어서 1 혹은 복수의 아미노산이 치환, 결실, 부가, 및/또는 삽입된 아미노산 서열로 이루어지는 단백질을 들 수 있다. 여기에서 「복수」란, 통상, 50아미노산 이내, 바람직하게는 30아미노산 이내, 보다 바람직하게는 10아미노산 이내, 특히 바람직하게는 수 개의 아미노산 이내(예를 들면, 5아미노산 이내, 3아미노산 이내, 2아미노산 이내, 1아미노산)이다.
또한, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드의 변이체로서는, 서열 번호: 5, 7, 9 또는 11에 기재된 염기 서열로 이루어지는 DNA와 스트린젠트(stringent)한 조건으로 하이브리다이즈하는 DNA가 코드하는 폴리펩티드를 들 수 있다. 하이-스트린젠시한 하이브리다이즈의 조건으로서, 예를 들면, 0.2xSSC, 65℃라는 조건을 들 수 있고, 로우-스트린젠시한 하이브리다이즈의 조건으로서, 예를 들면, 2.0xSSC, 50℃라는 조건을 들 수 있다.
또한, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드의 변이체로서는, 서열 번호: 6, 8, 10 또는 12에 기재된 아미노산 서열과 80% 이상(예를 들면, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상)의 상동성을 갖는 아미노산 서열로 이루어지는 폴리펩티드를 들 수 있다. 서열의 상동성은, BLASTX 또는 BLASTP(아미노산 레벨)의 프로그램(Altschul et al. J. Mol. Biol., 215 : 403-410, 1990)을 이용하여 결정할 수 있다. 당해 프로그램은, Karlin 및 Altschul에 의한 알고리즘 BLAST(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87 : 2264-2268, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90 : 5873-5877, 1993)에 의거하고 있다. BLASTX 등에 의해 아미노산 서열을 해석할 경우에는, 파라미터는, 예를 들면 score=50, wordlength=3으로 한다. 또한, Gapped BLAST 프로그램을 사용하여, 아미노산 서열을 해석하는 경우에는, Altschul 등(Nucleic Acids Res. 25 : 3389-3402, 1997)에 기재되어 있는 바와 같이 행할 수 있다. BLAST와 Gapped BLAST 프로그램을 사용할 경우에는, 각 프로그램의 디폴트 파라미터를 사용한다. 이들의 해석 방법의 구체적인 수법은 공지이다.
본 발명의 「KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 폴리뉴클레오티드」에는, 당해 폴리펩티드를 코드하는 mRNA, 당해 폴리펩티드를 코드하는 cDNA, 당해 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA 등이 포함된다. 본 발명의 KIF5B-RET 폴리펩티드를 코드하는 cDNA의 전형예는, 서열 번호: 5, 7, 9 또는 11에 기재된 DNA 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드이다.
또, 본 발명의 폴리뉴클레오티드는, 당업자라면 KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합 유전자를 유지하는 폐선암 등으로부터 조제한 cDNA의 라이브러리 또는 게놈 DNA의 라이브러리로부터 공지의 하이브리다이제이션 기술을 이용하여 추출할 수 있다. 또한, 상기 폐선암 등으로부터 조제한 mRNA, cDNA 또는 게놈 DNA를 주형으로 하여 공지의 유전자 증폭 기술(PCR)을 이용하는 것에 의해 증폭하여, 조제할 수도 있다. 또한, 천연형 KIF5B 유전자와 천연형 RET 유전자의 cDNA를 재료로 하고, PCR, 제한 효소 처리, 부위 특이적 변이 유발(site-directed mutagenesis)법(Kramer, W. & Fritz, HJ., Methods Enzymol, 1987, 154, 350.) 등의 공지의 유전자 증폭 기술이나 재조합 기술을 이용하여 조제할 수도 있다.
또한, 이와 같이 하여 조제한 폴리뉴클레오티드를 적당한 발현 벡터에 삽입하고, 당해 벡터를 무세포 단백질 합성계(예를 들면, 망상 적혈구 추출액, 소맥 배아 추출액)에 도입하여 인큐베이션하는 것에 의해, 또한 당해 벡터를 적당한 세포(예를 들면, 대장균, 효모, 곤충세포, 동물세포)에 도입하고, 얻어진 형질 전환체를 배양하는 것에 의해, 본 발명의 폴리펩티드를 조제할 수 있다.
<RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법>
후술의 실시예에 있어서 나타내는 바와 같이, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합은 암에 있어서의 책임 변이이며, 당해 융합에 의해 RET 티로신키나아제 단백질의 발현의 항진, 나아가서는 RET 티로신키나아제 단백질의 항상 활성화가 생기고, 암의 악성화 등에 기여하고 있는 것이 밝혀졌다. 그 때문에, 이러한 융합이 검출되는 암 환자에 있어서는, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 치료가 유효한 개연성이 높다.
따라서, 본 발명은, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법으로서, 환자로부터 단리한 시료에 있어서의 KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재를 검출하는 공정을 포함하고, 상기 폴리뉴클레오티드의 존재가 검출되면, 상기 환자에 있어서의 상기 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정되는 방법을 제공한다.
본 발명에 있어서 「환자」란, 암으로 이환(罹患)하고 있는 인간뿐만 아니라, 암으로 이환하고 있다고 의심되는 인간이어도 된다. 본 발명의 방법을 적용하는 대상이 되는 「암」으로서는, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합 유전자의 발현이 인정되는 암이면 특히 제한은 없다. 바람직하게는 폐암이며, 더 바람직하게는 비소세포 폐암이며, 특히 바람직하게는 폐선암이다.
본 발명에 있어서 「시료」란, 생체 시료(예를 들면, 세포, 조직, 장기, 체액(혈액, 림프액 등), 소화액, 객담, 폐포·기관지 세정액, 뇨(尿), 변(便))뿐만 아니라, 이들의 생체 시료로부터 얻어지는 핵산 추출물(게놈 DNA 추출물, mRNA 추출물, mRNA 추출물로부터 조제된 cDNA 조제물이나 cRNA 조제물 등)이나 단백질 추출물도 포함한다. 또한, 상기 시료는, 포르말린 고정 처리, 알코올 고정 처리, 동결 처리 또는 파라핀 포매 처리가 실시되어 있는 것이어도 된다.
또한, 게놈 DNA, mRNA, cDNA 또는 단백질은, 당업자라면 상기 시료의 종류 및 상태 등을 고려하여, 거기에 적합한 공지의 수법을 선택하여 조제하는 것이 가능하다.
본 발명에 있어서 암 치료의 유효성을 평가하는 대상이 되는 「RET 티로신키나아제 저해제」로서는, RET 티로신키나아제의 기능을 직접적으로 또는 간접적으로 억제할 수 있는 물질이면 특히 제한은 없다. RET 티로신키나아제를 저해할 수 있는 한, 다른 티로신키나아제를 저해하는 물질이어도 된다. 본 발명에 적용할 수 있는 공지의 RET 티로신키나아제 저해제로서는, 예를 들면, 4-(4-브로모-2-플루오로아닐리노)-6-메톡시-7-(1-메틸피페리딘-4-일메톡시)퀴나졸린(일반명 : 반데타닙(Vandetanib); VEGFR, EGFR 및 RET를 표적으로 하는 화합물), 4-[4-[3-[4-클로로-3-(트리플루오로메틸)페닐]우레이도]페녹시]-N-메틸피리딘-2-카르보아미드(일반명 : 소라페닙(Sorafenib); BRAF 및 RET 등을 표적으로 하는 화합물), N-[2-(디에틸아미노)에틸]-5-[(Z)-(5-플루오로-2-옥소-1,2-디히드로-3H-인돌-3-일리덴)메틸]-2,4-디메틸-1H-피롤-3-카르복시아미드 모노[(2S)-2-히드록시숙시네이트](일반명 : 수니티닙(Sunitinib); PDGFR, VEGFR, RET 등을 표적으로 하는 화합물), N-(3,3-디메틸인돌린-6-일)-2-(피리딘-4-일메틸아미노)니코틴아미드(일반명 : 모테사닙(Motesanib); PDGFR, VEGFR, RET 등을 표적으로 하는 화합물), XL184/카보잔티닙(XL184/Cabozantinib; VEGFR, MET, RET 등을 표적으로 하는 화합물)을 들 수 있다.
본 발명에 있어서 「KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재의 검출」은, 상기 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA나 상기 게놈 DNA로부터의 전사 산물을 대상으로 하여 직접적으로 행할 수 있지만, 상기 전사 산물로부터의 번역 산물(상기 융합 폴리펩티드)을 대상으로 하여 간접적으로 행할 수도 있다.
또한, 상기 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA는, 10p11.2와 10q11.2의 영역 간의 역위에 의해 형성되는 것이기 때문에, 「KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재의 검출」에 있어서는, 이 역위라는 현상을 검출해도 된다. 이러한 역위의 검출에 있어서는, 예를 들면, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역과, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역과의 분리를 검출해도 되며, 또한, RET 유전자의 카드헤린(cadherin) 리피트의 코드 영역 및 당해 영역보다도 5' 측의 상류 영역과, RET 유전자의 막 관통 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역과의 분리를 검출해도 되며, 또한, KIF5B 유전자의 코일드 코일 도메인의 일부 또는 전부의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역과, KIF5B 유전자의 코일드 코일 도메인의 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역과의 분리를 검출해도 된다.
본 발명에 있어서의 「KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재의 검출」에는, 공지의 수법을 사용할 수 있다. 「상기 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA」를 대상으로 하는 경우에 있어서는, 예를 들면, 형광 등을 사용한 in situ 하이브리다이제이션(ISH), 게놈 PCR법, 다이렉트 시퀀싱, 서던 블로팅, 게놈 마이크로 어레이 해석을 사용할 수 있다. 또한, 「상기 게놈 DNA로부터의 전사 산물」을 대상으로 하는 경우에 있어서는, 예를 들면, RT-PCR법, 다이렉트 시퀀싱, 노던 블로팅, 도트 블롯법, cDNA 마이크로 어레이 해석을 사용할 수 있다.
치료 또는 진단의 과정에서 얻어지는 생체 시료(생검 샘플 등)는, 포르말린 고정되어 있는 것이 많지만, 이 경우에는, 검출 대상인 게놈 DNA가 포르말린 고정하에 있어서도 안정하고 있으며, 검출 감도가 높다는 관점에서, in situ 하이브리다이제이션을 사용하는 것이 호적하다.
in situ 하이브리다이제이션에 있어서는, 상기 생체 시료에, 적어도 15염기의 쇄 길이를 갖는 하기 (a) 또는 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드를 하이브리다이즈시키는 것에 의해, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA를 검출할 수 있다.
(a) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브 및 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 하나의 프로브인 폴리뉴클레오티드
(b) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점에 하이브리다이즈하는 프로브인 폴리뉴클레오티드.
본 발명에 따른 KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드는, 인간 유래의 것이라면, 전형적으로는 Genbank 액세션 번호 NT_008705.16으로 특정되는 게놈의 서열 중 32237938∼32285371번째의 DNA 서열로 이루어지는 유전자이다.
또한, 본 발명에 따른 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드는, 인간 유래의 것이라면, 전형적으로는 Genbank 액세션 번호 NT_033985.7로 특정되는 게놈의 서열 중 1217582∼1270862번째의 DNA 서열로 이루어지는 유전자이다.
그러나, 유전자의 DNA 서열은, 그 변이 등에 의해, 자연계에 있어서(즉, 비인공적으로) 변이할 수 있다. 따라서, 이러한 천연의 변이체도 본 발명의 대상이 될 수 있다(이하, 동일).
본 발명의 (a)에 기재된 폴리뉴클레오티드는, 당해 폴리뉴클레오티드의 표적 염기 서열인, KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드 또는 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 것에 의해, 상기 생체 시료에 있어서의 KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA의 존재를 검출할 수 있는 것이면 되지만, 바람직하게는, 하기 (a1)∼(a4)에 기재된 폴리뉴클레오티드이다.
(a1) KIF5B 유전자의 코일드 코일 도메인의 일부 또는 전부의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「5'KIF5B 프로브1」이라고도 함)와, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「3'RET 프로브1」이라고도 함)의 조합
(a2) RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「5'RET 프로브1」이라고도 함)와, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(3'RET 프로브1)의 조합
(a3) RET 유전자의 카드헤린 리피트의 코드 영역 및 당해 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「5'RET 프로브2」라고도 함)와, RET 유전자의 막 관통 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「3'RET 프로브2」라고도 함)의 조합
(a4) KIF5B 유전자의 코일드 코일 도메인의 일부 또는 전부의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(5'KIF5B 프로브1)와, KIF5B 유전자의 코일드 코일 도메인의 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드(이하, 「3'KIF5B 프로브1」이라고도 함)의 조합.
본 발명에 있어서, in situ 하이브리다이제이션에 사용되는 상기 (a1)에 기재된 폴리뉴클레오티드가 하이브리다이즈하는 영역(표적 염기 서열)으로서는, 표적 염기 서열에 대한 특이성 및 검출의 감도의 관점에서, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점으로부터 1000000염기 이내의 영역인 것이 바람직하고, 또한, in situ 하이브리다이제이션에 사용되는 상기 (a2)∼(a4)에 기재된 폴리뉴클레오티드가 하이브리다이즈하는 영역으로서는, 동(同)관점에서, KIF5B 유전자 또는 RET 유전자에 있어서의 절단점으로부터 1000000염기 이내의 영역인 것이 바람직하다.
또한, 본 발명에 있어서, in situ 하이브리다이제이션에 사용되는 상기 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드는, 당해 폴리뉴클레오티드의 표적 염기 서열인, KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점에 하이브리다이즈하는 것에 의해, 상기 생체 시료에 있어서의 KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA의 존재를 검출할 수 있는 것이면 되지만, 전형예로서는, 서열 번호: 5, 7, 9 또는 11에 기재된 염기 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드를 코드하는 게놈 DNA에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드, 예를 들면, 도 6 및 도 7에 기재된 KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합점에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드이다.
또한, 본 발명에 있어서, in situ 하이브리다이제이션에 사용되는 상기 (a) 또는 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드는, 표적 염기 서열에 대한 특이성 및 검출의 감도의 관점에서, 상기 표적 염기 서열 전체를 커버할 수 있는, 복수종의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 집단인 것이 바람직하다. 이러한 경우, 당해 집단을 구성하는 폴리뉴클레오티드의 길이는 적어도 15염기이지만, 100∼1000염기인 것이 바람직하다.
in situ 하이브리다이제이션에 사용되는 상기 (a) 또는 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드는, 검출을 위해, 형광 색소 등에 의해 표지되어 있는 것이 바람직하다. 이러한 형광 색소로서는, 예를 들면, DEAC, FITC, R6G, TexRed, Cy5를 들 수 있지만, 이들에 제한되지 않는다. 또한, 형광 색소 이외에 DAB 등의 색소(chromogen)나 효소적 금속 침착에 의거하는 은 등에 의해, 상기 폴리뉴클레오티드를 표지해도 된다.
in situ 하이브리다이제이션에 있어서, 5'KIF1B 프로브1과 3'RET 프로브1을 사용할 경우, 5'RET 프로브1과 3'RET 프로브1을 사용할 경우, 5'RET 프로브2와 3'RET 프로브2를 사용할 경우, 5'KIF1B 프로브1과 3'KIF1B 프로브1을 사용할 경우, 이들 프로브는 서로 다른 색소로 표지되어 있는 것이 바람직하다. 그리고, 이렇게 다른 색소로 표지한 프로브의 조합을 사용하여 in situ 하이브리다이제이션을 행했을 경우, 5'KIF1B 프로브1의 표지가 발하는 시그널(예를 들면, 형광)과 3'RET 프로브1의 표지가 발하는 시그널의 겹침이 관찰되었을 때에 KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA를 검출할 수 있었다고 판정할 수 있다. 한편, 5'RET 프로브1의 표지가 발하는 시그널과 3'RET 프로브1의 표지가 발하는 시그널의 분리, 5'RET 프로브2의 표지가 발하는 시그널과 3'RET 프로브2의 표지가 발하는 시그널의 분리 또는 5'KIF1B 프로브1의 표지가 발하는 시그널과 3'KIF1B 프로브1의 표지가 발하는 시그널의 분리가 관찰되었을 때에 KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA를 검출할 수 있었다고 판정할 수 있다.
또, 폴리뉴클레오티드의 표지는, 공지의 수법에 의해 행할 수 있다. 예를 들면, 닉(nick) 트랜슬레이션법이나 랜덤 프라임법에 의해, 형광 색소 등에 의해 표지된 기질 염기를 폴리뉴클레오티드에 편성하여, 당해 폴리뉴클레오티드를 표지할 수 있다.
in situ 하이브리다이제이션에 있어서, 상기 (a) 또는 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드와 상기 생체 시료를 하이브리다이즈시킬 때의 조건은, 당해 폴리뉴클레오티드의 길이 등의 여러 요인에 의해 변동할 수 있지만, 하이-스트린젠시한 하이브리다이즈의 조건으로서, 예를 들면, 0.2xSSC, 65℃라는 조건을 들 수 있고, 로우-스트린젠시한 하이브리다이즈의 조건으로서, 예를 들면, 2.0xSSC, 50℃라는 조건을 들 수 있다. 또, 당업자라면, 염 농도(SSC의 희석률 등)와 온도 외, 예를 들면, 계면 활성제(NP-40 등)의 농도, 포름아미드의 농도, pH 등의 여러 조건을 적의 선택함으로써, 상기 조건과 같은 스트린젠트한 하이브리다이제이션의 조건을 실현할 수 있다.
상기 (a) 또는 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드를 사용하여, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA를 검출하는 방법으로서는, 상기 in situ 하이브리다이제이션 이외에, 서던 블로팅, 노던 블로팅 및 도트 블로팅을 들 수 있다. 이들 방법에 있어서는, 상기 생체 시료로부터 얻어지는 핵산 추출물을 전사한 멤브레인에, 상기 (a) 또는 (b)에 기재된 폴리뉴클레오티드를 하이브리다이즈시키는 것에 의해, 상기 융합 유전자를 검출한다. 상기 (a)의 폴리뉴클레오티드를 사용했을 경우, KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 폴리뉴클레오티드가, 멤브레인에 있어서 전개된 동일한 밴드를 인식했을 경우에, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA를 검출할 수 있었다고 판정할 수 있다.
상기 (b)의 폴리뉴클레오티드를 사용하여 KIF5B-RET 융합 폴리펩티드를 코드하는 게놈 DNA를 검출하는 방법으로서는, 또한, 게놈 마이크로 어레이 해석이나 DNA 마이크로 어레이 해석을 들 수 있다. 이들 방법에 있어서는, 상기 (b)의 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정한 어레이를 제작하고, 당해 어레이 상의 폴리뉴클레오티드에 상기 생체 시료를 접촉시키는 것에 의해, 당해 게놈 DNA를 검출한다.
PCR이나 시퀀싱에 있어서는, 상기 생체 시료로부터 조제한 DNA(게놈 DNA, cDNA)나 RNA를 주형으로 하여 KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 일부 또는 전부를 특이적으로 증폭하기 위해서, 하기 (c)의 폴리뉴클레오티드를 사용할 수 있다.
(c) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점을 사이에 두도록 설계된 한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드
「한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드」는, 표적이 되는 상기 융합 폴리뉴클레오티드 등의 염기 서열에 있어서, 한쪽의 프라이머가 KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하고, 다른쪽의 프라이머가 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프라이머 세트이다. 이들 폴리뉴클레오티드의 길이는, 통상 15∼100염기이며, 바람직하게는 17∼30염기이다.
또한, 본 발명의 (c)에 기재된 폴리뉴클레오티드는, PCR법에 의한 검출의 정밀도나 감도의 관점에서, KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점으로부터 5000염기 내의 상기 융합 폴리뉴클레오티드의 염기 서열과 상보적인 서열인 것이 바람직하다.
「한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드」는, 표적이 되는 KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드 등의 염기 서열에 의거하고, 공지의 수법에 의해 적의 설계할 수 있다. 공지의 수법으로서는, 예를 들면, Primer Express 소프트웨어(등록상표, ABI사제)를 이용하는 방법을 들 수 있다.
「한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드」의 적합한 예로서는, KIF5B-RET-F1, KIF5B-int15-F1, KIF5B-int15-F2, KIF5B-ex16-F1, KIF5B-ex23-F1, KIF5B-ex24-F1, KIF5B-F-orf2438 및 KIF5B-int15-F3.5로 이루어지는 군에서 선택되는 1의 프라이머와, KIF5B-RET-R1, RET-int11-R3, RET-int7-R1, RET-int11-R0.5, RET-int11-R1, RET-int7-R2 및 RET-R-orf2364로 이루어지는 군에서 선택되는 1의 프라이머로 이루어지는 프라이머 세트를 들 수 있고, 보다 바람직하게는, KIF5B-RET-F1 및 KIF5B-RET-R1, KIF5B-int15-F1 및 KIF5B-RET-R1, KIF5B-int15-F2 및 RET-int11-R3, KIF5B-ex16-F1 및 KIF5B-RET-R1, KIF5B-ex23-F1 및 KIF5B-RET-R1, KIF5B-ex24-F1 프라이머 및 RET-int7-R1 프라이머를 들 수 있다. 또, 이들의 프라이머의 서열 및 하이브리다이즈하는 유전자의 위치에 대해서는, 후술의 표 1 및 서열표를 참조한다.
본 발명에 있어서, KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 번역 산물을 검출하는 방법으로서는, 예를 들면, 면역 염색법, 웨스턴 블로팅법, ELISA법, 플로우 사이토메트리법, 면역 침강법, 항체 어레이 해석을 들 수 있다. 이들 방법에 있어서는, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드에 결합하는 항체가 사용된다. 이러한 항체로서는, 예를 들면, KIF5B 단백질과 RET 단백질과의 융합점을 포함하는 폴리펩티드에 특이적인 항체(이하, 「융합점 특이적 항체」라고도 함), RET 단백질의 상기 융합점보다 C말단 측의 영역으로 이루어지는 폴리펩티드에 결합하는 항체(이하, 「RET-C말 항체」라고도 함), KIF5B 단백질의 상기 융합점보다 N말단 측의 영역으로 이루어지는 폴리펩티드에 결합하는 항체(이하, 「KIF5B-N말 항체」라고도 함)를 들 수 있다. 여기에서, 「융합점 특이적 항체」이란, 상기 융합점을 포함하는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하지만, 야생형(정상형) KIF5B 단백질 및 야생형(정상형) RET 단백질 중 어디에도 결합하지 않는 항체를 의미한다.
KIF5B-RET 융합 폴리펩티드는, 상기 융합점 특이적 항체에 의해, 또한, 상기 RET-C말 항체와 상기 KIF5B-N말 항체의 조합에 의해 검출할 수 있다. 단, 예를 들면, 정상 폐세포에서는 RET 단백질의 발현은 거의 검출되지 않기 때문에, 면역 염색법에 있어서, RET-C말 항체를 단독으로 사용한 경우에도, 폐선암 조직에 있어서의 KIF5B-RET 융합 폴리펩티드의 존재를 검출할 수 있다.
「KIF5B-RET 융합 폴리펩티드에 결합하는 항체」는, 당업자라면 적의 공지의 수법을 선택하여 조제할 수 있다. 이러한 공지의 수법으로서는, 상기 RET 단백질의 C말단 부분으로 이루어지는 폴리펩티드, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드, 상기 KIF5B 단백질의 N말단 부분으로 이루어지는 폴리펩티드 등을 면역 동물에 접종하고, 당해 동물의 면역계를 활성화시킨 후, 당해 동물의 혈청(폴리클로널 항체)을 회수하는 방법이나, 하이브리도마, 재조합 DNA법, 파지 디스플레이법 등의 모노클로널 항체의 제작 방법을 들 수 있다. 표지 물질을 결합시킨 항체를 사용하면, 당해 표지를 검출하는 것에 의해, 표적 단백질을 직접 검출하는 것이 가능하다. 표지 물질로서는, 항체에 결합할 수 있고, 검출 가능한 것이면 특히 제한되는 경우는 없고, 예를 들면, 퍼옥시다아제, β-D-갈락토시다아제, 마이크로 퍼옥시다아제, 호스래디쉬(horseradish) 퍼옥시다아제(HRP), 플루오레세인이소티오시아네이트(FITC), 로다민이소티오시아네이트(RITC), 알칼리포스파타아제, 비오틴, 및 방사성 물질 등을 들 수 있다. 또한, 표지 물질을 결합시킨 항체를 사용하여 표적 단백질을 직접 검출하는 방법 이외에, 표지 물질을 결합시킨 2차 항체, 프로테인G 또는 프로테인A 등을 사용하여 표적 단백질을 간접적으로 검출하는 방법을 이용할 수도 있다.
상기의 방법에 의해, 환자로부터 단리한 시료에 있어서, KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재가 검출되었을 경우, 당해 환자는, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정되며, 한편, KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재가 검출되지 않은 경우에는, 당해 환자는, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 낮다고 판정된다.
<RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하기 위한 약제>
상술한 바와 같이, 적어도 15염기의 쇄 길이를 갖는, 하기 (a)∼(c)에 기재 중 어느 하나인 폴리뉴클레오티드는, KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재의 검출에 호적하게 사용할 수 있다.
(a) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브 및 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 하나의 프로브인 폴리뉴클레오티드
(b) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점에 하이브리다이즈하는 프로브인 폴리뉴클레오티드
(c) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점을 사이에 두도록 설계된 한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드.
따라서, 본 발명은, 이들 폴리뉴클레오티드를 포함한, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하기 위한 약제도 제공하는 것이다.
이들 폴리뉴클레오티드는, 표적 유전자의 특정한 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 갖는다. 여기에서 「상보적」이란, 하이브리다이즈하는 한, 완전히 상보적이 아니어도 된다. 이들 폴리뉴클레오티드는, 당해 특정의 염기 서열에 대하여, 통상, 80% 이상, 바람직하게는 90% 이상, 보다 바람직하게는 95% 이상, 특히 바람직하게는 100%의 상동성을 갖는다.
또, (a)∼(c)의 폴리뉴클레오티드는, DNA여도 RNA여도 되며, 또한 그 일부 또는 전부에 있어서, PNA(polyamide nucleic acid, 펩티드 핵산), LNA(등록상표, locked nucleic acid, Bridged Nucleic Acid, 가교화 핵산), ENA(등록상표, 2'-O,4'-C-Ethylene-bridged nucleic acids), GNA(Glycerol nucleic acid, 글리세롤 핵산), TNA(Threose nucleic acid, 트레오스 핵산) 등의 인공 핵산에 의해, 뉴클레오티드가 치환되어 있는 것이어도 된다.
또한, 상술한 바와 같이, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드에 결합하는 항체는, KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 번역 산물의 검출에 호적하게 사용할 수 있다. 따라서, 본 발명은, 당해 항체를 포함한, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하기 위한 약제도 제공하는 것이다.
본 발명의 약제에 있어서는, 유효 성분으로서의 상기 물질(폴리뉴클레오티드, 항체)에 가하여, 약리학상 허용되는 다른 성분을 포함할 수 있다. 이러한 다른 성분으로서는, 예를 들면, 완충제, 유화제, 현탁제, 안정제, 방부제, 생리 식염 등을 들 수 있다. 완충제로서는 인산염, 시트르산염, 아세트산염 등을 사용할 수 있다. 유화제로서는 아라비아 고무, 알긴산나트륨, 트라간트 등을 사용할 수 있다. 현탁제로서는 모노스테아르산글리세린, 모노스테아르산알루미늄, 메틸셀룰로오스, 카르복시메틸셀룰로오스, 히드록시메틸셀룰로오스, 라우릴황산나트륨 등을 사용할 수 있다. 안정제로서는 프로필렌글리콜, 디에틸린아황산염, 아스코르브산 등을 사용할 수 있다. 방부제로서는 아지드화나트륨, 염화벤잘코늄, 파라옥시벤조산, 클로로부탄올 등을 사용할 수 있다.
또한, 폴리뉴클레오티드나 항체를 포함하는 표품(標品)에 더해서, 폴리뉴클레오티드나 항체에 부가한 표지의 검출에 필요한 기질, 양성 대조(예를 들면, KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드, KIF5B-RET 융합 폴리펩티드, 또는 이들을 유지하는 세포 등)나 음성 대조, in situ 하이브리다이제이션 등에 있어서 사용되는 대비 염색용 시약(DAPI 등), 항체의 검출에 필요한 분자(예를 들면, 2차 항체, 프로테인G, 프로테인A), 시료의 희석이나 세정에 사용하는 완충액 등의 표품을 조합시켜, 본 발명의 방법에 사용하기 위한 키트로 할 수도 있다. 당해 키트에는, 당해 키트의 사용 설명서를 포함시킬 수 있다. 본 발명은, 상기 본 발명의 방법에 사용하기 위한 키트도 제공하는 것이다.
<암을 치료하는 방법, 암의 치료제>
상술한 바와 같이, 본 발명의 방법에 의해 KIF5B-RET 융합 폴리뉴클레오티드의 존재가 검출된 환자는, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 생각된다. 이 때문에, 암 환자 중, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합 유전자를 유지하는 환자에 선택적으로, RET 티로신키나아제 저해제를 투여하는 것에 의해, 효율적으로 암의 치료를 행하는 것이 가능하다. 따라서, 본 발명은, 암을 치료하는 방법으로서, 상기 본 발명의 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정된 환자에, 상기 RET 티로신키나아제 저해제를 투여하는 공정을 포함하는 방법을 제공하는 것이다.
또한, 본 발명은, RET 티로신키나아제 저해제를 유효 성분으로 하는 암의 치료제로서, 상기 본 발명의 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정된 환자에 투여되는 치료제를 제공하는 것이다.
「RET 티로신키나아제 저해제」로서는, 상술한 바와 같이, RET 티로신키나아제의 기능을 직접적으로 또는 간접적으로 억제할 수 있는 물질이면 특히 제한은 없다. RET 티로신키나아제를 저해할 수 있는 한, 다른 티로신키나아제를 저해하는 물질이어도 된다. 본 발명에 적용할 수 있는 공지의 RET 티로신키나아제 저해제로서는, 예를 들면, 4-(4-브로모-2-플루오로아닐리노)-6-메톡시-7-(1-메틸피페리딘-4-일메톡시)퀴나졸린(일반명 : 반데타닙(Vandetanib); VEGFR, EGFR 및 RET를 표적으로 하는 화합물), 4-[4-[3-[4-클로로-3-(트리플루오로메틸)페닐]우레이도]페녹시]-N-메틸피리딘-2-카르보아미드(일반명 : 소라페닙(Sorafenib); BRAF 및 RET 등을 표적으로 하는 화합물), N-[2-(디에틸아미노)에틸]-5-[(Z)-(5-플루오로-2-옥소-1,2-디히드로-3H-인돌-3-일리덴)메틸]-2,4-디메틸-1H-피롤-3-카르복시아미드 모노[(2S)-2-히드록시숙시네이트](일반명 : 수니티닙(Sunitinib); PDGFR, VEGFR, RET 등을 표적으로 하는 화합물), N-(3,3-디메틸인돌린-6-일)-2-(피리딘-4-일메틸아미노)니코틴아미드(일반명 : 모테사닙(Motesanib); PDGFR, VEGFR, RET 등을 표적으로 하는 화합물), XL184/카보잔티닙(XL184/Cabozantinib; VEGFR, MET, RET 등을 표적으로 하는 화합물)을 들 수 있다.
환자에의 RET 티로신키나아제 저해제의 투여 방법은, 당해 저해제의 종류나 암의 종류 등에 따라 적의 선택되지만, 예를 들면, 경구, 정맥 내, 복강 내, 경피, 근육 내, 기관 내(에어로졸), 직장 내, 질 내 등의 투여 형태를 채용할 수 있다.
[실시예]
이하, 실시예에 의거하여 본 발명을 보다 구체적으로 설명하지만, 본 발명은 이하의 실시예에 한정되는 것은 아니다.
<샘플>
일본인 코호트는 1997년부터 2008년에 국립 암 연구 센터 중앙병원에서 외과적 절제를 받은 319예의 폐선암 환자로 이루어진다. USA(UMD) 코호트는 1987년부터 2009년에 볼티모어 대도시권(Metropolitan Baltimore) 지구의 병원에서 리쿠르트되었다. 또한, 모든 종양은 악성 종양의 TNM 분류에 따라 병리학적으로 진단되었다.
토탈 RNA는, 대략 나누어서 동결한 조직 샘플로부터 제조자의 인스트럭션을 따라 트리졸 시약을 사용하여 추출하고, 모델2100 바이오 애널라이저(model 2100 bioanalyzer, 애질런트·테크놀로지사제)를 사용하여 질(質)의 검정을 행했다. 결과, 모든 샘플이 6을 초과하는 RIN(RNA integrity number)값을 나타냈다. 또한, 조직 샘플로부터는, QIAamp DNA 미니 키트(등록상표, 기아겐사제)를 사용하여 게놈 DNA도 추출했다. 또, 이 연구는, 본 연구에 따른 조직의 윤리 심사원회의 승인을 얻어서 진행되었다.
<RNA 시퀀싱>
RNA 시퀀싱을 위한 cDNA 라이브러리는 제조자의 표준 프로토콜에 따라, mRNA-Seq 샘플 조제 키트(일루미나사제)를 사용하여 조제했다. 간결히 설명하면 2㎍의 토탈 RNA로부터 poly-A(+)RNA를 정제하고, 프래그먼테이션 완충액에서 94℃, 5분 가열함으로써 단편화한 후, 2본쇄 cDNA 합성에 사용했다. 얻어진 2본쇄 cDNA를 PE 어댑터 DNA에 라이게이션한 후, 250∼300bp(삽입 DNA 사이즈 : 150∼200bp)의 프랙션을 겔 정제하고, 15사이클의 PCR로 증폭했다. 그리고, 이와 같이 생성한 라이브러리를 게놈 애널라이저Ⅱx 시퀀서(GAⅡx, 일루미나사제)를 사용한 50-bp 페어드엔드 시퀀스에 제공했다.
<융합 전사 산물의 검출>
융합 전사 산물의 검출은, Totoki Y 등, Nat Genet., 2011년 5월, 43권, 5호, 464∼469페이지에 기재된 방법을 개변하여 행했다. 간결히 설명하면 우선 처음에, 같은 염기 서열의 페어드엔드 리드를, 이들은 PCR 증폭 과정에서 생성한 것이라고 생각되므로 제거했다. 이어서, BOWTIE 프로그램(Version0.12.5)을 사용하여, 페어드엔드 리드를 RefSeq 데이터베이스(File : human. rna. fna from ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq, Date : Sep 20, 2010)에 등록되어 있는 인간 RNA 서열에 대하여 2염기 이하의 미스매치를 허락하는 조건으로 맵핑했다. 그리고, 적정한 간격과 방향으로 동일 RNA 서열에 맵핑되는 "적정한" 리드 페어를 제거했다. 이어서, 복수의 게놈 좌위에 히트하는 리드를 제거한 후에, 리드의 "클러스터"를 구축했다.
다음으로, 융합 전사 산물을 시사하는 "페어 클러스터"를 이하의 해석 조건에 의해 선출했다.
(I) 최대의 삽입 서열 길이에 해당하는 거리 내에 정렬되는 리드로 이루어지는 "클러스터"를 순방향, 역방향 각각의 얼라인먼트로부터 구축한다(두 개의 리드는 그 종점이 최대의 삽입 서열 길이에 해당하는 거리보다 떨어져 있지 않으면 동일한 클러스터에 위치시킴).
(Ⅱ) 가장 왼쪽 또는 오른쪽에 위치하는 리드 간의 거리가 삽입 서열 길이보다도 크면 버린다.
(Ⅲ) 한쪽의 서열이 "순방향 클러스터", 다른 한쪽의 서열이 "역방향 클러스터"에 위치하면, 그 페어드엔드 리드를 선출한다(이 "순방향 클러스터"와 "역방향 클러스터"를 합쳐서 "페어 클러스터"라고 부름).
(IV) 적어도 한쪽의 페어드엔드 리드가 기준 인간 RNA 서열에 완전 일치하는 페어 클러스터를 선출한다.
(V) 염기의 다양성에 의해 잘못 선택된 유전자 페어를 제거한다. 이 목적을 위하여, BLASTN 프로그램을 사용하여, 페어 클러스터에 포함되는 페어드엔드 리드를 인간 기준 RNA 서열에 대하여 정렬했다. 다음으로, 한쪽의 끝의 서열이 페어 클러스터에 정렬되며, 다른 한쪽이 적정한 거리와 방향으로 동일한 RNA 서열에 정렬되었을 경우, 그 유전자 페어를 제외했다. 컷오프값으로서, 예측값 1000을 사용했다.
그리고, 하나의 폐선암 샘플에 있어서 20을 초과하는 페어드엔드 리드가 얻어지고, 3예의 비암 폐조직 중 어디에도 나타나지 않은 유전자 페어를 픽업했다. 하나의 유전자 영역 내, 혹은 인접한 유전자 영역에 맵핑된 페어 클러스터는 그들이 RefSeq 데이터베이스에 미등록의 선택적 스플라이싱·리드 스루 전사 산물일 가능성이 있으므로, 추가의 해석으로부터 제외했다. 융합 경계점을 넘는 정크션 리드를 MapSplice(Version1.14.1) 소프트웨어를 사용하여 탐색했다. 이때, 각각의 유전자에 대한 리드 클러스터 영역과 인접하는 300bp의 영역으로 이루어지는 게놈 DNA 서열 두 개를 연결시켜서 하나의 DNA 서열을 만들고, 이 DNA에 대하여 MapSplice 소프트웨어를 사용하여 정크션 리드를 탐색했다.
<RT-PCR, 게놈 PCR, 생어 시퀀싱>
토탈 RNA(500ng)를 수퍼 스크립트Ⅲ 역전사 효소(등록상표, 인비트로젠사제)를 사용하여 역전사했다. 그리고, 얻어진 cDNA(10ng의 토탈 RNA에 상당) 혹은 10ng의 게놈 DNA를 KAPA Taq DNA 폴리머라제(KAPA바이오시스템스사제)를 사용한 PCR 증폭에 제공했다. 반응은 다음 조건하 서멀 사이클러 내에서 행했다 : 95℃ 30초, 60℃ 30초, 72℃ 2분을 40사이클, 그 후 72℃ 10분 최종 신장 반응. 또한, 글리세르알데히드-3-인산데히드로게나아제(GAPDH)를 코드하는 유전자를 cDNA 합성의 효율의 평가를 위해 증폭했다. 또한, PCR 산물은 BigDye 터미네이터 키트와 ABI 3130xl DNA 시퀀서(어플라이드바이오시스템스사제)를 사용하여, 양방향에 염기 서열을 직접 결정했다. 또, 본 연구에서 사용한 프라이머를 표 1에 나타낸다.
[표 1]
<EGFR, KRAS, ALK 변이의 해석>
모든 폐선암 조직의 게놈 DNA에 있어서의, EGFR 및 KRAS 유전자의 체세포 변이에 대해서는, 「Takano, T. 등, J Clin Oncol., 2005년, 23권, 6829∼6837페이지」에 기재된 고해상도 융해(high-resolution melting, HRM)법을 사용하여 해석했다. 또한, 같은 조직에 유래하는 토탈 RNA에 대해서, multiplex 역전사 PCR법을 사용하여 ALK/EML4 또는 ALK/KIF5B 융합 전사 산물의 발현을 조사했다.
<게놈 카피수 해석>
폐선암의 게놈 카피수는, 본 발명자에 의한 과거의 보고(Iwakawa, R. 등, 「MYC Amplification as a Prognostic Marker of Early Stage Lung Adenocarcinoma Identified by Whole Genome Copy Number Analysis」, Clin Cancer Res., 2010년 12월 10일 온라인)에 기재한 바와 같이, 진칩 인간 맵핑 250-K SNP 어레이(GeneChip Human Mapping 250-K SNP arrays, 등록상표, 어피메트릭스사제)와 어피메트릭스사제 진칩 맵핑 어레이용 카피수 애널라이저(CNAG) 소프트웨어(Nannya, Y. 등, Cancer Res., 2005년, 65권, 6071∼6079페이지 참조)를 사용하여 결정했다.
<마이크로 어레이 해석과 데이터 처리>
전부, 228예를 발현 프로파일 해석에 제공했다. 토탈 RNA(100ng)를 5×메가 스크립트 T7 키트로 라벨하고, 어피메트릭스 U133 플러스 2.0 어레이로 해석했다. 얻어진 데이터는 MAS5 알고리즘으로 정규화하고, 54, 4675 프로브의 평균 발현 레벨을 각각의 샘플에서 1000이 되도록 했다.
<면역 조직 화학 해석>
파라핀 블록을 4㎛ 두께로 박절(薄切)하고, 실란 코팅 슬라이드에 발부(發付)했다. 이어서, 박절 절편을 자일렌·알코올 계열로 탈파라핀·친수화하고, 슬라이드를 3% 과산화수소수로 20분 처리함으로써 내인성 퍼옥시다아제를 블록하고, 다음으로 탈이온수로 2∼3분 세정했다. 항원 부활화는 targeted retrieval 용액을 사용하여 95도의 온욕을 40분 행했다. 슬라이드를 세정 후, 5% 정상 동물 혈청으로 10분 반응시켜, 비특이 반응을 블로킹하고, 1차 항체로서 RET(1:250희석, 3454_1클론) 및 TTF1(1:100희석, 8G7G3/1클론)을 사용하여, 실온에서 1시간 인큐베이션했다. 검출은 TTF1에 대해서는 Envision-Plus 시스템을 사용하여, RET에 대해서는 EnVision-FLEX 처리 후에 LINKER 시약을 추가하여, 각각 검출했다. 세정 후, 발색은 3,3'-디아미노벤지딘 용액을 사용하여 5분간 반응시켜, 유수 세정 후에 헤마톡실린에 의한 카운터 염색으로 가시화했다. 또, TTF1에 대해서는 종양세포에 있어서의 10%를 초과하는 핵 염색, RET에 대해서는 세포질 염색을 양성으로 판단했다.
<형광 in situ 하이브리다이제이션(FISH)>
우선 1일째에, 면역 염색과 마찬가지로, 박절 절편을 탈파라핀·친수화 후 풍건을 행했다. 풍건 후, 상온의 0.2N 염산에 20분간 정치하고, 또한 상온의 정제수에 3분간 정치하고, 그 후, 상온의 세정 완충액(2×SSC Wash Buffer)으로 3분간 정치했다. 이어서, 85℃ 전처리액(Pretreatment Solution)에 30분간 정치하고, 그 후 세정 완충액(2×SSC Wash Buffer)으로 2회 세정을 행했다. 이어서, 37℃의 프로테아제 용액에 60분간 정치하여, 효소 처리를 행하고, 2×SSC Wash Buffer으로 2회 세정 행했다.
이어서, 상온의 10% 중성 완충 포르말린에 10분간 정치하여 재고정을 행하고, 상온의 세정 완충액(2×SSC Wash Buffer)으로 2회 세정 행했다. 그리고, 알코올 계열로 탈수 후 풍건시켰다.
KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합 유전자의 검출에는, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합 유전자의 형성에 의해 생기는, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역과, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역과의 분리(split)를 검출할 수 있도록 설계된 하기 프로브의 세트를 사용했다.
5'RET 프로브1 : BAC 클론 DNA(GSP1506F09)를 커버하는 100∼1000염기의 쇄를 갖는, TexRed로 표지된 프로브 군(가부시키가이샤 GSP겐큐쇼제)
3'RET 프로브1 : FITC로 표지된 BAC 클론 DNA(GSP1877H08, GSP1018G02, GSP1070C12, GSP0369G08 또는 GSP0075D03)를 커버하는 100∼1000염기의 쇄를 갖는, TexRed로 표지된 프로브 군(가부시키가이샤 GSP겐큐쇼제).
또, 이들 프로브의 표지는 닉 트랜슬레이션법으로 행했다. 또한, 이들 프로브 군이 하이브리다이즈하는 게놈 상의 위치를 도 11의 하부에 나타낸다.
그리고, 상기 포르말린 고정한 박절 절편에 상기 DNA 프로브 혼합액을 10㎕ 첨가하고, 커버 유리를 올려, 페이퍼 본드로 씰했다. 이어서, 하이브리다이저(제품명 : Thermo Brite(등록상표), 애보트재팬사제)를 사용하여, 75℃에서 5분간 인큐베이트한 후, 또한 37℃에서 72시간∼96시간 인큐베이트하는 것에 의해, 하이브리다이제이션을 행했다.
인큐베이트 후에, 페이퍼 본드를 제거하고, 상온의 포스트하이브리다이제이션 세정 완충액(2xSSC/0.3% NP-40 pH7∼7.5)에 커버 유리를 올린 표본을 넣고, 5분 방치한 후, 커버 유리를 벗겼다. 이어서, 72±1℃로 가온한 포스트하이브리다이제이션 세정 완충액(2xSSC/0.3% NP-40 pH7∼7.5)에 표본을 넣고, 30초∼1분 정치했다.
이어서, 알루미늄박으로 차광한 2×SSC Wash Buffer를 넣은 상온의 코플린 자(Coplin jar)에 표본을 옮겼다. 그리고, DAPI 10㎕을 슬라이드 유리에 첨가하는 것에 의해 대비 염색을 행하고, 커버 유리를 올려, 매니큐어로 커버 유리를 고정화했다.
판정은 형광 현미경하에서 행하고, 종양 50세포에서, 적색의 RET 유래의 시그널 및 녹색의 센트로미어 10 유래의 시그널에 있어서의 융합, 분리 및 단독 시그널을 각각 카운트했다.
(실시예1)
우선, 치료 표적이 될 수 있는 신규 키메라 융합 전사 산물을 동정하기 위해서, 30예의 폐선암과 3예의 부수 비암 폐조직의 전트랜스크립톰 시퀀싱(RNA 시퀀싱, Meyerson, M. 등, Nat Rev Genet, 2010년, 11권, 685∼696페이지)을 행했다. 또, 이들 30예의 폐선암은, EML4-ALK 융합을 갖는 2예, EGFR 변이를 갖는 2예, KRAS 변이를 갖는 2예, 그리고, EGFR/KRAS/ALK 변이를 갖지 않는 24예였다(표 2 참조).
[표 2]
그리고, 상기 RNA 시퀀싱으로 얻어진 2×107 이상의 페어드엔드 리드를 해석하고, 역전사(RT)-PCR 산물의 생어 시퀀싱을 행했다. 얻어진 결과를 표 2, 도 1 및 도 2에 나타낸다.
표 2에 나타낸 결과로부터 밝혀진 바와 같이, EML4-ALK의 2예를 포함하는 7개의 융합 전사 산물이 동정되어, 이들 중에서, 염색체 10p11.2에 존재하는 KIF5B 유전자와 염색체 10q11.2에 존재하는 RET 유전자의 융합이 증례 BR0020에 있어서 검출되었다(도 1의 KIF5B-RET 배리언트1, 도 2 참조).
또, RET 유전자에 대해서는, KIF5B 이외의 다른 유전자와의 융합이 갑상선 유두암에 있어서의 driver 변이(책임 변이)인 것이 나타나 있다(Mani, R. S. 등, Nat Rev Genet, 2010년, 11권, 819∼829페이지, 및 Wells, S. A., Jr. 등, Clin Cancer Res, 2009년, 15권, 7119∼7123페이지 참조). 그러나, 폐선암을 포함한 암과 KIF5B-RET 융합 전사 산물과의 관계는 알려져 있지 않았기 때문에, 이 융합 유전자에 대하여 착목하여 해석을 더 진행시켰다.
(실시예2)
다음으로, 전트랜스크립톰 시퀀싱을 행한 30예를 포함하는 319예의 일본의 폐선암을 대상으로 삼은 RT-PCR 스크리닝과 PCR 산물의 생어 시퀀싱을 행했다. 얻어진 결과를 표 3, 도 3 및 도 4에 나타낸다.
[표 3]
표 3, 도 3 및 도 4에 나타내는 바와 같이, 2.0%(6/319)의 증례에 있어서, KIF5B-RET 융합 전사 산물을 발현하고 있는 것이 밝혀졌다. 또한, 4개의 배리언트가 동정되어, 그 전부가 인프레임인 것도 밝혀졌다. 또한, 이들의 융합 전사 산물에 코드되는 단백질은, KIF5B의 코일드 코일 도메인과 RET의 키나아제 도메인을 가지고 있는 것도 밝혀졌다(도 1 참조). 또, 이 KIF5B의 코일드 코일 도메인은, KIF5B의 호모다이머 형성에 있어서 기능하는 것이 알려져 있기 때문에(Hirokawa, N., Nat Rev Mol Cell Biol, 2009년, 10권, 682∼696페이지), PTC-RET나 KIF5B-ALK 융합과 마찬가지로, KIF5B-RET 단백질은 KIF5B의 코일드 코일 도메인을 개재하여 호모다이머를 형성하고, RET의 키나아제 기능의 항상적인 활성화를 초래하는 것이 상정된다.
또한, KIF5B-RET 융합은, 다른 주요한 타입의 폐암(0/205 편평상피암, 0/20 소세포암)이나 40예의 폐선암을 포함하는 90의 폐암세포주에서는 검출되지 않았다. 또, 이들의 폐암세포주에 대해서는, Blanco, R. 등, Hum Mutat, 2009년, 30권, 1199∼1206페이지를 참조한다.
(실시예3)
다음으로, 6예의 RET 융합 양성예의 게놈 PCR 해석을 행했다. 얻어진 결과를 도 5∼10에 나타낸다.
도 5∼7에 나타내는 바와 같이, 인간 염색체 10p11.2의 KIF5B 인트론 15, 16, 24와 염색체 10q11.2의 RET 인트론 7, 11이 체세포 레벨로 융합하고 있는 것이 밝혀졌다.
또한, 이들의 결과로부터, 또한 도 8 및 도 9에 나타내는 바와 같이, 양 좌위에서 게놈 카피수의 변화가 생겨 있지 않으므로, 도 10에 나타내는 바와 같은 제10 염색체의 센트로미어 영역에서 장완(長腕)과 단완(短腕)의 사이에서 염색체 역위가 생긴 것을 나타내고 있는 것도 밝혀졌다.
또한, RET 융합 양성예의 게놈에 있어서의 절단점 주변의 DNA 서열은, 유의한 상동성을 나타내고 있지 않았다. 또한, 증례 BR0020에서는, 절단점은 뉴클레오티드의 겹침이나 삽입 없이 결합하여 있는 것에 대해, 다른 증례에 있어서는, 삽입(BR1001 및 BR1003)이나 겹침(BR1002 및 BR0030)이 생겨 있는 것이 밝혀졌다(도 6 참조). 또한, 증례 BR1004에서는, 349bp의 DNA 단편의 삽입을 동반하는 결합을 알아냈다(도 7 참조).
따라서, 이들의 결과는 인간 암에서 알려진 것 외의 많은 염색체 전좌예(Mani, R.S. 등, Nat Rev Genet, 2010년, 11권, 819∼829페이지 참조)와 합치하고 있기 때문에, KIF5B-RET 융합은, 비상동 말단 결합을 통한 잘못된 DNA 2본쇄 절단의 수복에 의해 형성된 것을 시사하고 있다.
(실시예4)
다음으로, RET 융합 양성예(BR0020)의 형광 in situ 하이브리다이제이션 해석을 행했다. 얻어진 결과를 도 11에 나타낸다. 도 11에서 나타낸 결과로부터 밝혀진 바와 같이, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역보다도 5' 측의 상류 영역에 하이브리다이즈하는 프로브(5'RET 프로브1)와, RET 유전자의 키나아제 도메인의 코드 영역 및 당해 코드 영역보다도 3' 측의 하류 영역에 하이브리다이즈하는 프로브(3'RET 프로브1)를 사용했을 경우, 프로브 시그널의 분리(split)가 검출되었다.
(실시예5)
다음으로, KIF5B-RET 융합을 가지는 전 6예의 폐선암에 있어서 다른 공지의 변이(EGFR, KRAS 및 ALK 변이, 비특허문헌 1, 5 및 7 참조)의 유무를 조사했다. 얻어진 결과를 표 4에 나타낸다. 또한, KIF5B-RET 융합을 가지는 전 6예의 폐선암의 병리학적 소견에 대해서도 관찰했다. 얻어진 결과를 도 11 및 도 12에 나타낸다. 또, 표 4 및 표 5에 기재된 「ADC」는 「선암」인 것을 나타낸다.
[표 4]
표 4에 나타낸 결과로부터 밝혀진 바와 같이, 상기 전 6예의 어느 것이나, EGFR, KRAS, ALK 변이가 음성, 즉 triple negative 증례이며, RET 융합과 다른 암 유전자 변화와는 상호 배타적인 관계에 있었다. 또, 모든 증례에 있어서, 폐선암의 마커인 갑상선 전사 인자-1(TTF1)은 양성이었다.
따라서, 이 결과로부터, KIF5B-RET 융합이 책임 변이이며, triple negative 폐선암의 5.5%(6/109)의 원인이 되는 것이 시사되었다.
또한, 도 12 및 도 13에 나타내는 바와 같이, KIF5B-RET 융합 양성 종양은 유두상 혹은 폐포상피 치환성의 증식 형태를 나타내고, 고·중 정도의 분화도를 나타내고 있는 것이 밝혀졌다.
(실시예6)
다음으로, KIF5B-RET 융합 양성 폐선암에 있어서의 RET의 발현 레벨을 조사했다. 얻어진 결과를 도 3, 도 14, 도 15 및 표 4에 나타낸다.
도 3 및 도 14에 나타내는 바와 같이, KIF5B-RET 융합 양성 폐선암은 융합 음성 폐선암이나 비암 폐조직보다도 높은 RET 발현 레벨을 나타냈다(도 3 참조). 또한, 6예의 융합 양성예를 포함한 228예의 유전자 발현 데이터에 의해서도, RET 발현 레벨의 그 경향은 확인할 수 있었다(도 14 참조).
또한 도 15에 나타낸 결과로부터 밝혀진 바와 같이, RET 단백질의 C말단 영역에 대한 항체를 사용한 면역 조직 화학 해석에서는, 검색한 융합 양성예의 종양세포의 세포질 내에 RET 양성의 염색상이 보였다(도 15 및 표 4 참조). 한편, 비암 폐세포나 몇 개의 융합 음성예의 종양세포에서는, 그러한 염색상은 보이지 않았다.
또, KIF5B-RET 융합이 없는 폐선암의 일부(22%, 48/222)에 있어서도, 비암 폐조직보다도 높은 레벨의 RET 유전자의 발현이 보였다. 6예의 그러한 증례(표 5 참조)에 대해서는, RNA 시퀀싱으로 해석했지만, KIF5B 이외의 유전자에의 RET 유전자의 융합이나 RET 유전자의 체세포 변이, RET 좌위의 카피수 증가는 알 수 없었다(도 16 및 도 17 참조).
[표 5]
(실시예7)
폐선암에 있어서의 암 유전자 변이의 분포는 민족에 따라 다른 것이 나타나 있다. 아시아인에서는 비아시아인보다도 EGFR 변이의 빈도가 높고(50% vs 10%), KRAS 변이에서는 반대의 경향이 있다(10% vs 30%). 그 한편, ALK 융합에 있어서는 동등한 것(5%)이 알려져 있다(비특허문헌 6, 및 Shigematsu, H. 등, J Natl Cancer Inst, 2005년, 97권, 339∼346페이지 참조). 그래서, 비아시아인에 있어서의 KIF5B-RET 융합의 분포를 알기 위해서, USA 코호트 유래의 선암 증례(표 3 참조)에 있어서의 KIF5B-RET 융합의 빈도를 조사했다. 얻어진 결과를 도 18 및 도 19에 나타낸다.
도 18 및 도 19에 나타낸 결과로부터 밝혀진 바와 같이, 배리언트1 전사 산물은 USA 증례에 있어서 1/80(1.3%) 검출되며, 그 1예는 코카시안(caucasian)이었다. 이 증례는, 상기의 일본인 증례와 같이 EGFR, KRAS, ALK 변이가 음성, 즉 트리플 네가티브(triple negative) 증례이며, 상기 3 변이와 KIF5B-RET 융합과는 상호 배타적인 관계에 있는 것이 밝혀졌다.
따라서, KIF5B-RET 융합은 아시아인, 비아시아인 모두 폐선암의 1∼3%에 보이고 있는 것이 밝혀졌다. 또, 1예의 RET 융합을 가지는 비아시아인 증례는 흡연자이지만, 6예의 일본인 융합 양성 증례는 비흡연자이며, KIF5B-RET 융합 양성 증례에 있어서의 흡연에 의한 영향은 불분명하다.
이상 설명한 바와 같이, 본 발명에 의하면, RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 예측하는 것이 가능해진다.
RET 수용체형 티로신키나아제에 대한 저해 효과를 가지는 저해제는 이미 암 의료에 도입되어 있다. FDA 승인 저해제, 예를 들면 반데타닙이나 소라페닙은 비소세포 폐암에 대하여 항암 활성을 갖는 것이 나타나 있다. 상기와 같이, KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 인프레임 융합이 복수예에서 생겨 있다. 또한 KIF5B 유전자와 RET 유전자와의 융합은, EGFR/KRAS/ALK 변이형 종양으로부터 괴리하고 있다. 따라서, KIF5B-RET 융합은, 기존의 티로신키나아제 저해제의 표적이 될 수 있다. 또한, KIF5B-RET 융합은 일본인을 포함하는 아시아인에 한하지 않고, 구미인(歐米人)에 있어서도 인정된다. 따라서, 본 발명의 방법은, 폭넓은 인종에 있어서, 암 치료의 효율을 높이는 동시에, 매우 유용하다.
서열 번호1
<223> KIF5B cDNA
서열 번호3
<223> RET cDNA
서열 번호5
<223> KIF5B-RET 융합 배리언트1
서열 번호7
<223> KIF5B-RET 융합 배리언트2
서열 번호9
<223> KIF5B-RET 융합 배리언트3
서열 번호11
<223> KIF5B-RET 융합 배리언트4
서열 번호13∼28
<223> 인공적으로 합성된 프라이머의 서열
SEQUENCE LISTING
<110> NATIONAL CANCER CENTER
<110> LSIP, LLC
<120> FUSION GENE OF KIF5B GENE AND RET GENE, AND METHOD FOR DETERMINING EFFECTIVENESS OF CANCER TREATMENT TARGETING FUSION GENE
<130> IBPF12-524WO
<150> JP2011/171256
<151> 2011-08-04
<160> 28
<170> PatentIn version 3.1
<210> 1
<211> 5905
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (471)..(3362)
<223> KIF5B cDNA
<400> 1
ctcctcccgc accgccctgt cgcccaacgg cggcctcagg agtgatcggg cagcagtcgg 60
ccggccagcg gacggcagag cgggcggacg ggtaggcccg gcctgctctt cgcgaggagg 120
aagaaggtgg ccactctccc ggtccccaga acctccccag cccccgcagt ccgcccagac 180
cgtaaagggg gacgctgagg agccgcggac gctctccccg gtgccgccgc cgctgccgcc 240
gccatggctg ccatgatgga tcggaagtga gcattagggt taacggctgc cggcgccggc 300
tcttcaagtc ccggctcccc ggccgcctcc acccggggaa gcgcagcgcg gcgcagctga 360
ctgctgcctc tcacggccct cgcgaccaca agccctcagg tccggcgcgt tccctgcaag 420
actgagcggc ggggagtggc tcccggccgc cggccccggc tgcgagaaag atg gcg 476
Met Ala
1
gac ctg gcc gag tgc aac atc aaa gtg atg tgt cgc ttc aga cct ctc 524
Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg Pro Leu
5 10 15
aac gag tct gaa gtg aac cgc ggc gac aag tac atc gcc aag ttt cag 572
Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys Phe Gln
20 25 30
gga gaa gac acg gtc gtg atc gcg tcc aag cct tat gca ttt gat cgg 620
Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe Asp Arg
35 40 45 50
gtg ttc cag tca agc aca tct caa gag caa gtg tat aat gac tgt gca 668
Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp Cys Ala
55 60 65
aag aag att gtt aaa gat gta ctt gaa gga tat aat gga aca ata ttt 716
Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr Ile Phe
70 75 80
gca tat gga caa aca tcc tct ggg aag aca cac aca atg gag ggt aaa 764
Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu Gly Lys
85 90 95
ctt cat gat cca gaa ggc atg gga att att cca aga ata gtg caa gat 812
Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val Gln Asp
100 105 110
att ttt aat tat att tac tcc atg gat gaa aat ttg gaa ttt cat att 860
Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe His Ile
115 120 125 130
aag gtt tca tat ttt gaa ata tat ttg gat aag ata agg gac ctg tta 908
Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp Leu Leu
135 140 145
gat gtt tca aag acc aac ctt tca gtt cat gaa gac aaa aac cga gtt 956
Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn Arg Val
150 155 160
ccc tat gta aag ggg tgc aca gag cgt ttt gta tgt agt cca gat gaa 1004
Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro Asp Glu
165 170 175
gtt atg gat acc ata gat gaa gga aaa tcc aac aga cat gta gca gtt 1052
Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val Ala Val
180 185 190
aca aat atg aat gaa cat agc tct agg agt cac agt ata ttt ctt att 1100
Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe Leu Ile
195 200 205 210
aat gtc aaa caa gag aac aca caa acg gaa caa aag ctg agt gga aaa 1148
Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser Gly Lys
215 220 225
ctt tat ctg gtt gat tta gct ggt agt gaa aag gtt agt aaa act gga 1196
Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys Thr Gly
230 235 240
gct gaa ggt gct gtg ctg gat gaa gct aaa aac atc aac aag tca ctt 1244
Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys Ser Leu
245 250 255
tct gct ctt gga aat gtt att tct gct ttg gct gag ggt agt aca tat 1292
Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser Thr Tyr
260 265 270
gtt cca tat cga gat agt aaa atg aca aga atc ctt caa gat tca tta 1340
Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp Ser Leu
275 280 285 290
ggt ggc aac tgt aga acc act att gta att tgc tgc tct cca tca tca 1388
Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro Ser Ser
295 300 305
tac aat gag tct gaa aca aaa tct aca ctc tta ttt ggc caa agg gcc 1436
Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln Arg Ala
310 315 320
aaa aca att aag aac aca gtt tgt gtc aat gtg gag tta act gca gaa 1484
Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr Ala Glu
325 330 335
cag tgg aaa aag aag tat gaa aaa gaa aaa gaa aaa aat aag atc ctg 1532
Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys Ile Leu
340 345 350
cgg aac act att cag tgg ctt gaa aat gag ctc aac aga tgg cgt aat 1580
Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp Arg Asn
355 360 365 370
ggg gag acg gtg cct att gat gaa cag ttt gac aaa gag aaa gcc aac 1628
Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys Ala Asn
375 380 385
ttg gaa gct ttc aca gtg gat aaa gat att act ctt acc aat gat aaa 1676
Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn Asp Lys
390 395 400
cca gca acc gca att gga gtt ata gga aat ttt act gat gct gaa aga 1724
Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala Glu Arg
405 410 415
aga aag tgt gaa gaa gaa att gct aaa tta tac aaa cag ctt gat gac 1772
Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu Asp Asp
420 425 430
aag gat gaa gaa att aac cag caa agt caa ctg gta gag aaa ctg aag 1820
Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys Leu Lys
435 440 445 450
acg caa atg ttg gat cag gag gag ctt ttg gca tct acc aga agg gat 1868
Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg Arg Asp
455 460 465
caa gac aat atg caa gct gag ctg aat cgc ctt caa gca gaa aat gat 1916
Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu Asn Asp
470 475 480
gcc tct aaa gaa gaa gtg aaa gaa gtt tta cag gcc cta gaa gaa ctt 1964
Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu Glu Leu
485 490 495
gct gtc aat tat gat cag aag tct cag gaa gtt gaa gac aaa act aag 2012
Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys Thr Lys
500 505 510
gaa tat gaa ttg ctt agt gat gaa ttg aat cag aaa tcg gca act tta 2060
Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala Thr Leu
515 520 525 530
gcg agt ata gat gct gag ctt cag aaa ctt aag gaa atg acc aac cac 2108
Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr Asn His
535 540 545
cag aaa aaa cga gca gct gag atg atg gca tct tta cta aaa gac ctt 2156
Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys Asp Leu
550 555 560
gca gaa ata gga att gct gtg gga aat aat gat gta aag cag cct gag 2204
Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln Pro Glu
565 570 575
gga act ggc atg ata gat gaa gag ttc act gtt gca aga ctc tac att 2252
Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu Tyr Ile
580 585 590
agc aaa atg aag tca gaa gta aaa acc atg gtg aaa cgt tgc aag cag 2300
Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys Lys Gln
595 600 605 610
tta gaa agc aca caa act gag agc aac aaa aaa atg gaa gaa aat gaa 2348
Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu Asn Glu
615 620 625
aag gag tta gca gca tgt cag ctt cgt atc tct caa cat gaa gcc aaa 2396
Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln His Glu Ala Lys
630 635 640
atc aag tca ttg act gaa tac ctt caa aat gtg gaa caa aag aaa aga 2444
Ile Lys Ser Leu Thr Glu Tyr Leu Gln Asn Val Glu Gln Lys Lys Arg
645 650 655
cag ttg gag gaa tct gtc gat gcc ctc agt gaa gaa cta gtc cag ctt 2492
Gln Leu Glu Glu Ser Val Asp Ala Leu Ser Glu Glu Leu Val Gln Leu
660 665 670
cga gca caa gag aaa gtc cat gaa atg gaa aag gag cac tta aat aag 2540
Arg Ala Gln Glu Lys Val His Glu Met Glu Lys Glu His Leu Asn Lys
675 680 685 690
gtt cag act gca aat gaa gtt aag caa gct gtt gaa cag cag atc cag 2588
Val Gln Thr Ala Asn Glu Val Lys Gln Ala Val Glu Gln Gln Ile Gln
695 700 705
agc cat aga gaa act cat caa aaa cag atc agt agt ttg aga gat gaa 2636
Ser His Arg Glu Thr His Gln Lys Gln Ile Ser Ser Leu Arg Asp Glu
710 715 720
gta gaa gca aaa gca aaa ctt att act gat ctt caa gac caa aac cag 2684
Val Glu Ala Lys Ala Lys Leu Ile Thr Asp Leu Gln Asp Gln Asn Gln
725 730 735
aaa atg atg tta gag cag gaa cgt cta aga gta gaa cat gag aag ttg 2732
Lys Met Met Leu Glu Gln Glu Arg Leu Arg Val Glu His Glu Lys Leu
740 745 750
aaa gcc aca gat cag gaa aag agc aga aaa cta cat gaa ctt acg gtt 2780
Lys Ala Thr Asp Gln Glu Lys Ser Arg Lys Leu His Glu Leu Thr Val
755 760 765 770
atg caa gat aga cga gaa caa gca aga caa gac ttg aag ggt ttg gaa 2828
Met Gln Asp Arg Arg Glu Gln Ala Arg Gln Asp Leu Lys Gly Leu Glu
775 780 785
gag aca gtg gca aaa gaa ctt cag act tta cac aac ctg cgc aaa ctc 2876
Glu Thr Val Ala Lys Glu Leu Gln Thr Leu His Asn Leu Arg Lys Leu
790 795 800
ttt gtt cag gac ctg gct aca aga gtt aaa aag agt gct gag att gat 2924
Phe Val Gln Asp Leu Ala Thr Arg Val Lys Lys Ser Ala Glu Ile Asp
805 810 815
tct gat gac acc gga ggc agc gct gct cag aag caa aaa atc tcc ttt 2972
Ser Asp Asp Thr Gly Gly Ser Ala Ala Gln Lys Gln Lys Ile Ser Phe
820 825 830
ctt gaa aat aat ctt gaa cag ctc act aaa gtg cac aaa cag ttg gta 3020
Leu Glu Asn Asn Leu Glu Gln Leu Thr Lys Val His Lys Gln Leu Val
835 840 845 850
cgt gat aat gca gat ctc cgc tgt gaa ctt cct aag ttg gaa aag cga 3068
Arg Asp Asn Ala Asp Leu Arg Cys Glu Leu Pro Lys Leu Glu Lys Arg
855 860 865
ctt cga gct aca gct gag aga gtg aaa gct ttg gaa tca gca ctg aaa 3116
Leu Arg Ala Thr Ala Glu Arg Val Lys Ala Leu Glu Ser Ala Leu Lys
870 875 880
gaa gct aaa gaa aat gca tct cgt gat cgc aaa cgc tat cag caa gaa 3164
Glu Ala Lys Glu Asn Ala Ser Arg Asp Arg Lys Arg Tyr Gln Gln Glu
885 890 895
gta gat cgc ata aag gaa gca gtc agg tca aag aat atg gcc aga aga 3212
Val Asp Arg Ile Lys Glu Ala Val Arg Ser Lys Asn Met Ala Arg Arg
900 905 910
ggg cat tct gca cag att gct aaa cct att cgt ccc ggg caa cat cca 3260
Gly His Ser Ala Gln Ile Ala Lys Pro Ile Arg Pro Gly Gln His Pro
915 920 925 930
gca gct tct cca act cac cca agt gca att cgt gga gga ggt gca ttt 3308
Ala Ala Ser Pro Thr His Pro Ser Ala Ile Arg Gly Gly Gly Ala Phe
935 940 945
gtt cag aac agc cag cca gtg gca gtg cga ggt gga gga ggc aaa caa 3356
Val Gln Asn Ser Gln Pro Val Ala Val Arg Gly Gly Gly Gly Lys Gln
950 955 960
gtg taa tcgtttatac atacccacag gtgttaaaaa gtaatcgaag tacgaagagg 3412
Val
acatggtatc aagcagtcat tcaatgacta taacctctac tcccttggga ttgtagaatt 3472
ataactttta aaaaaaatgt ataaattata cctggcctgt acagctgttt cctacctact 3532
cttcttgtaa actctgctgc ttcccaacac aactagagtg caattttggc atcttaggag 3592
ggaaaaagga cagtttacaa ctgtggccct atttattaca cagtttgtct atcgtgtctt 3652
aaatttagtc tttactgtgc caagctaact gtaccttata ggactgtact ttttgtattt 3712
tttgtgtatg tttatttttt aatctcagtt taaattacct agctgctact gcttcttgtt 3772
tttcttttcc tattaaaacg tcttcctttt tttttcttaa gagaaaatgg aacatttagg 3832
ttaaatgtct ttaaatttta ccacttaaca acactacatg cccataaaat atatccagtc 3892
agtactgtat tttaaaatcc cttgaaatga tgatatcagg gttaaaatta cttgtattgt 3952
ttctgaagtt tgctcctgaa aactactgtt tgagcactga aacgttacaa atgcctaata 4012
ggcatttgag actgagcaag gctacttgtt atctcatgaa atgcctgttg ccgagttatt 4072
ttgaatagaa atattttaaa gtatcaaaag cagatcttag tttaagggag tttggaaaag 4132
gaattatatt tctctttttc ctgattctgt actcaacaag tcttgatgga attaaaatac 4192
tctgctttat tctggtgagc ctgctagcta atataagtat tggacaggta ataatttgtc 4252
atctttaata ttagtaaaat gaattaagat attataggat taaacataat tttatacggt 4312
tagtacttta ttggccgacc taaatttata gcgtgtggaa attgagaaaa atgaagaaac 4372
aggacagata tatgatgaat taaaaatata tataggtcaa ttttggtctg aaatccctga 4432
ggtgttttta acctgctaca ctaatttgta cactaattta tttctttagt ctagaaatag 4492
taaattgttt gcaagtcact aataatcatt agataaatta ttttcttggc catagccgat 4552
aattttgtaa tcagtactaa gtgtatacgt atttttgcca ctttttcctc agatgattaa 4612
agtaagtcaa cagcttattt taggaaactg taaaagtaat agggaaagag atttcactat 4672
ttgcttcatc agtggtaggg gggcggtgac tgcaactgtg ttagcagaaa ttcacagaga 4732
atggggattt aaggttagca gagaaacttg gaaagttctg tgttaggatc ttgctggcag 4792
aattaacttt ttgcaaaagt tttatacaca gatatttgta ttaaatttgg agccatagtc 4852
agaagactca gatcataatt ggcttatttt tctatttccg taactattgt aatttccact 4912
tttgtaataa ttttgattta aaatataaat ttatttattt atttttttaa tagtcaaaaa 4972
tctttgctgt tgtagtctgc aacctctaaa atgattgtgt tgcttttagg attgatcaga 5032
agaaacactc caaaaattga gatgaaatgt tggtgcagcc agttataagt aatatagtta 5092
acaagcaaaa aaagtgctgc caccttttat gatgattttc taaatggaga aacatttggc 5152
tgcatccaca tagaccttta tgttttgttt tcagttgaaa acttgcctcc tttggcaaca 5212
ttcgtaaatg aagcagaatt tttttttctc ttttttccaa atatgttagt tttgttcttg 5272
taagatgtat catgggtatt ggtgctgtgt aatgaacaac gaattttaat tagcatgtgg 5332
ttcagaatat acaatgttag gtttttaaaa agtatcttga tggttctttt ctatttataa 5392
tttcagactt tcataaagtg taccaagaat ttcataaatt tgttttcagt gaactgcttt 5452
ttgctatggt aggtcattaa acacagcact tactcttaaa aatgaaaatt tctgatcatc 5512
taggatattg acacatttca atttgcagtg tctttttgac tggatatatt aacgttcctc 5572
tgaatggcat tgatagatgg ttcagaagag aaactcaatg aaataaagag aatatttatt 5632
catggcgatt aattaaatta tttgcctaac ttaagaaaac tactgtgcgt aactctcagt 5692
ttgtgcttaa ctccatttga catgaggtga cagaagagag tctgagtcta cctgtggaat 5752
atgttggttt attttcagtg cttgaagata cattcacaaa tacttggttt gggaagacac 5812
cgtttaattt taagttaact tgcatgttgt aaatgcgttt tatgtttaaa taaagaggaa 5872
aattttttga aatgtaaaaa aaaaaaaaaa aaa 5905
<210> 2
<211> 963
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 2
Met Ala Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg
1 5 10 15
Pro Leu Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys
20 25 30
Phe Gln Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe
35 40 45
Asp Arg Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp
50 55 60
Cys Ala Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr
65 70 75 80
Ile Phe Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu
85 90 95
Gly Lys Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val
100 105 110
Gln Asp Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe
115 120 125
His Ile Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp
130 135 140
Leu Leu Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn
145 150 155 160
Arg Val Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro
165 170 175
Asp Glu Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val
180 185 190
Ala Val Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe
195 200 205
Leu Ile Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser
210 215 220
Gly Lys Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys
225 230 235 240
Thr Gly Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys
245 250 255
Ser Leu Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser
260 265 270
Thr Tyr Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp
275 280 285
Ser Leu Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro
290 295 300
Ser Ser Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln
305 310 315 320
Arg Ala Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr
325 330 335
Ala Glu Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys
340 345 350
Ile Leu Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp
355 360 365
Arg Asn Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys
370 375 380
Ala Asn Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn
385 390 395 400
Asp Lys Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala
405 410 415
Glu Arg Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu
420 425 430
Asp Asp Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys
435 440 445
Leu Lys Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg
450 455 460
Arg Asp Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu
465 470 475 480
Asn Asp Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu
485 490 495
Glu Leu Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys
500 505 510
Thr Lys Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala
515 520 525
Thr Leu Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr
530 535 540
Asn His Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys
545 550 555 560
Asp Leu Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln
565 570 575
Pro Glu Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu
580 585 590
Tyr Ile Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys
595 600 605
Lys Gln Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu
610 615 620
Asn Glu Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln His Glu
625 630 635 640
Ala Lys Ile Lys Ser Leu Thr Glu Tyr Leu Gln Asn Val Glu Gln Lys
645 650 655
Lys Arg Gln Leu Glu Glu Ser Val Asp Ala Leu Ser Glu Glu Leu Val
660 665 670
Gln Leu Arg Ala Gln Glu Lys Val His Glu Met Glu Lys Glu His Leu
675 680 685
Asn Lys Val Gln Thr Ala Asn Glu Val Lys Gln Ala Val Glu Gln Gln
690 695 700
Ile Gln Ser His Arg Glu Thr His Gln Lys Gln Ile Ser Ser Leu Arg
705 710 715 720
Asp Glu Val Glu Ala Lys Ala Lys Leu Ile Thr Asp Leu Gln Asp Gln
725 730 735
Asn Gln Lys Met Met Leu Glu Gln Glu Arg Leu Arg Val Glu His Glu
740 745 750
Lys Leu Lys Ala Thr Asp Gln Glu Lys Ser Arg Lys Leu His Glu Leu
755 760 765
Thr Val Met Gln Asp Arg Arg Glu Gln Ala Arg Gln Asp Leu Lys Gly
770 775 780
Leu Glu Glu Thr Val Ala Lys Glu Leu Gln Thr Leu His Asn Leu Arg
785 790 795 800
Lys Leu Phe Val Gln Asp Leu Ala Thr Arg Val Lys Lys Ser Ala Glu
805 810 815
Ile Asp Ser Asp Asp Thr Gly Gly Ser Ala Ala Gln Lys Gln Lys Ile
820 825 830
Ser Phe Leu Glu Asn Asn Leu Glu Gln Leu Thr Lys Val His Lys Gln
835 840 845
Leu Val Arg Asp Asn Ala Asp Leu Arg Cys Glu Leu Pro Lys Leu Glu
850 855 860
Lys Arg Leu Arg Ala Thr Ala Glu Arg Val Lys Ala Leu Glu Ser Ala
865 870 875 880
Leu Lys Glu Ala Lys Glu Asn Ala Ser Arg Asp Arg Lys Arg Tyr Gln
885 890 895
Gln Glu Val Asp Arg Ile Lys Glu Ala Val Arg Ser Lys Asn Met Ala
900 905 910
Arg Arg Gly His Ser Ala Gln Ile Ala Lys Pro Ile Arg Pro Gly Gln
915 920 925
His Pro Ala Ala Ser Pro Thr His Pro Ser Ala Ile Arg Gly Gly Gly
930 935 940
Ala Phe Val Gln Asn Ser Gln Pro Val Ala Val Arg Gly Gly Gly Gly
945 950 955 960
Lys Gln Val
<210> 3
<211> 5629
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (191)..(3535)
<223> RET cDNA
<400> 3
agtcccgcga ccgaagcagg gcgcgcagca gcgctgagtg ccccggaacg tgcgtcgcgc 60
ccccagtgtc cgtcgcgtcc gccgcgcccc gggcggggat ggggcggcca gactgagcgc 120
cgcacccgcc atccagaccc gccggcccta gccgcagtcc ctccagccgt ggccccagcg 180
cgcacgggcg atg gcg aag gcg acg tcc ggt gcc gcg ggg ctg cgt ctg 229
Met Ala Lys Ala Thr Ser Gly Ala Ala Gly Leu Arg Leu
1 5 10
ctg ttg ctg ctg ctg ctg ccg ctg cta ggc aaa gtg gca ttg ggc ctc 277
Leu Leu Leu Leu Leu Leu Pro Leu Leu Gly Lys Val Ala Leu Gly Leu
15 20 25
tac ttc tcg agg gat gct tac tgg gag aag ctg tat gtg gac cag gcg 325
Tyr Phe Ser Arg Asp Ala Tyr Trp Glu Lys Leu Tyr Val Asp Gln Ala
30 35 40 45
gcc ggc acg ccc ttg ctg tac gtc cat gcc ctg cgg gac gcc cct gag 373
Ala Gly Thr Pro Leu Leu Tyr Val His Ala Leu Arg Asp Ala Pro Glu
50 55 60
gag gtg ccc agc ttc cgc ctg ggc cag cat ctc tac ggc acg tac cgc 421
Glu Val Pro Ser Phe Arg Leu Gly Gln His Leu Tyr Gly Thr Tyr Arg
65 70 75
aca cgg ctg cat gag aac aac tgg atc tgc atc cag gag gac acc ggc 469
Thr Arg Leu His Glu Asn Asn Trp Ile Cys Ile Gln Glu Asp Thr Gly
80 85 90
ctc ctc tac ctt aac cgg agc ctg gac cat agc tcc tgg gag aag ctc 517
Leu Leu Tyr Leu Asn Arg Ser Leu Asp His Ser Ser Trp Glu Lys Leu
95 100 105
agt gtc cgc aac cgc ggc ttt ccc ctg ctc acc gtc tac ctc aag gtc 565
Ser Val Arg Asn Arg Gly Phe Pro Leu Leu Thr Val Tyr Leu Lys Val
110 115 120 125
ttc ctg tca ccc aca tcc ctt cgt gag ggc gag tgc cag tgg cca ggc 613
Phe Leu Ser Pro Thr Ser Leu Arg Glu Gly Glu Cys Gln Trp Pro Gly
130 135 140
tgt gcc cgc gta tac ttc tcc ttc ttc aac acc tcc ttt cca gcc tgc 661
Cys Ala Arg Val Tyr Phe Ser Phe Phe Asn Thr Ser Phe Pro Ala Cys
145 150 155
agc tcc ctc aag ccc cgg gag ctc tgc ttc cca gag aca agg ccc tcc 709
Ser Ser Leu Lys Pro Arg Glu Leu Cys Phe Pro Glu Thr Arg Pro Ser
160 165 170
ttc cgc att cgg gag aac cga ccc cca ggc acc ttc cac cag ttc cgc 757
Phe Arg Ile Arg Glu Asn Arg Pro Pro Gly Thr Phe His Gln Phe Arg
175 180 185
ctg ctg cct gtg cag ttc ttg tgc ccc aac atc agc gtg gcc tac agg 805
Leu Leu Pro Val Gln Phe Leu Cys Pro Asn Ile Ser Val Ala Tyr Arg
190 195 200 205
ctc ctg gag ggt gag ggt ctg ccc ttc cgc tgc gcc ccg gac agc ctg 853
Leu Leu Glu Gly Glu Gly Leu Pro Phe Arg Cys Ala Pro Asp Ser Leu
210 215 220
gag gtg agc acg cgc tgg gcc ctg gac cgc gag cag cgg gag aag tac 901
Glu Val Ser Thr Arg Trp Ala Leu Asp Arg Glu Gln Arg Glu Lys Tyr
225 230 235
gag ctg gtg gcc gtg tgc acc gtg cac gcc ggc gcg cgc gag gag gtg 949
Glu Leu Val Ala Val Cys Thr Val His Ala Gly Ala Arg Glu Glu Val
240 245 250
gtg atg gtg ccc ttc ccg gtg acc gtg tac gac gag gac gac tcg gcg 997
Val Met Val Pro Phe Pro Val Thr Val Tyr Asp Glu Asp Asp Ser Ala
255 260 265
ccc acc ttc ccc gcg ggc gtc gac acc gcc agc gcc gtg gtg gag ttc 1045
Pro Thr Phe Pro Ala Gly Val Asp Thr Ala Ser Ala Val Val Glu Phe
270 275 280 285
aag cgg aag gag gac acc gtg gtg gcc acg ctg cgt gtc ttc gat gca 1093
Lys Arg Lys Glu Asp Thr Val Val Ala Thr Leu Arg Val Phe Asp Ala
290 295 300
gac gtg gta cct gca tca ggg gag ctg gtg agg cgg tac aca agc acg 1141
Asp Val Val Pro Ala Ser Gly Glu Leu Val Arg Arg Tyr Thr Ser Thr
305 310 315
ctg ctc ccc ggg gac acc tgg gcc cag cag acc ttc cgg gtg gaa cac 1189
Leu Leu Pro Gly Asp Thr Trp Ala Gln Gln Thr Phe Arg Val Glu His
320 325 330
tgg ccc aac gag acc tcg gtc cag gcc aac ggc agc ttc gtg cgg gcg 1237
Trp Pro Asn Glu Thr Ser Val Gln Ala Asn Gly Ser Phe Val Arg Ala
335 340 345
acc gta cat gac tat agg ctg gtt ctc aac cgg aac ctc tcc atc tcg 1285
Thr Val His Asp Tyr Arg Leu Val Leu Asn Arg Asn Leu Ser Ile Ser
350 355 360 365
gag aac cgc acc atg cag ctg gcg gtg ctg gtc aat gac tca gac ttc 1333
Glu Asn Arg Thr Met Gln Leu Ala Val Leu Val Asn Asp Ser Asp Phe
370 375 380
cag ggc cca gga gcg ggc gtc ctc ttg ctc cac ttc aac gtg tcg gtg 1381
Gln Gly Pro Gly Ala Gly Val Leu Leu Leu His Phe Asn Val Ser Val
385 390 395
ctg ccg gtc agc ctg cac ctg ccc agt acc tac tcc ctc tcc gtg agc 1429
Leu Pro Val Ser Leu His Leu Pro Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Val Ser
400 405 410
agg agg gct cgc cga ttt gcc cag atc ggg aaa gtc tgt gtg gaa aac 1477
Arg Arg Ala Arg Arg Phe Ala Gln Ile Gly Lys Val Cys Val Glu Asn
415 420 425
tgc cag gca ttc agt ggc atc aac gtc cag tac aag ctg cat tcc tct 1525
Cys Gln Ala Phe Ser Gly Ile Asn Val Gln Tyr Lys Leu His Ser Ser
430 435 440 445
ggt gcc aac tgc agc acg cta ggg gtg gtc acc tca gcc gag gac acc 1573
Gly Ala Asn Cys Ser Thr Leu Gly Val Val Thr Ser Ala Glu Asp Thr
450 455 460
tcg ggg atc ctg ttt gtg aat gac acc aag gcc ctg cgg cgg ccc aag 1621
Ser Gly Ile Leu Phe Val Asn Asp Thr Lys Ala Leu Arg Arg Pro Lys
465 470 475
tgt gcc gaa ctt cac tac atg gtg gtg gcc acc gac cag cag acc tct 1669
Cys Ala Glu Leu His Tyr Met Val Val Ala Thr Asp Gln Gln Thr Ser
480 485 490
agg cag gcc cag gcc cag ctg ctt gta aca gtg gag ggg tca tat gtg 1717
Arg Gln Ala Gln Ala Gln Leu Leu Val Thr Val Glu Gly Ser Tyr Val
495 500 505
gcc gag gag gcg ggc tgc ccc ctg tcc tgt gca gtc agc aag aga cgg 1765
Ala Glu Glu Ala Gly Cys Pro Leu Ser Cys Ala Val Ser Lys Arg Arg
510 515 520 525
ctg gag tgt gag gag tgt ggc ggc ctg ggc tcc cca aca ggc agg tgt 1813
Leu Glu Cys Glu Glu Cys Gly Gly Leu Gly Ser Pro Thr Gly Arg Cys
530 535 540
gag tgg agg caa gga gat ggc aaa ggg atc acc agg aac ttc tcc acc 1861
Glu Trp Arg Gln Gly Asp Gly Lys Gly Ile Thr Arg Asn Phe Ser Thr
545 550 555
tgc tct ccc agc acc aag acc tgc ccc gac ggc cac tgc gat gtt gtg 1909
Cys Ser Pro Ser Thr Lys Thr Cys Pro Asp Gly His Cys Asp Val Val
560 565 570
gag acc caa gac atc aac att tgc cct cag gac tgc ctc cgg ggc agc 1957
Glu Thr Gln Asp Ile Asn Ile Cys Pro Gln Asp Cys Leu Arg Gly Ser
575 580 585
att gtt ggg gga cac gag cct ggg gag ccc cgg ggg att aaa gct ggc 2005
Ile Val Gly Gly His Glu Pro Gly Glu Pro Arg Gly Ile Lys Ala Gly
590 595 600 605
tat ggc acc tgc aac tgc ttc cct gag gag gag aag tgc ttc tgc gag 2053
Tyr Gly Thr Cys Asn Cys Phe Pro Glu Glu Glu Lys Cys Phe Cys Glu
610 615 620
ccc gaa gac atc cag gat cca ctg tgc gac gag ctg tgc cgc acg gtg 2101
Pro Glu Asp Ile Gln Asp Pro Leu Cys Asp Glu Leu Cys Arg Thr Val
625 630 635
atc gca gcc gct gtc ctc ttc tcc ttc atc gtc tcg gtg ctg ctg tct 2149
Ile Ala Ala Ala Val Leu Phe Ser Phe Ile Val Ser Val Leu Leu Ser
640 645 650
gcc ttc tgc atc cac tgc tac cac aag ttt gcc cac aag cca ccc atc 2197
Ala Phe Cys Ile His Cys Tyr His Lys Phe Ala His Lys Pro Pro Ile
655 660 665
tcc tca gct gag atg acc ttc cgg agg ccc gcc cag gcc ttc ccg gtc 2245
Ser Ser Ala Glu Met Thr Phe Arg Arg Pro Ala Gln Ala Phe Pro Val
670 675 680 685
agc tac tcc tct tcc ggt gcc cgc cgg ccc tcg ctg gac tcc atg gag 2293
Ser Tyr Ser Ser Ser Gly Ala Arg Arg Pro Ser Leu Asp Ser Met Glu
690 695 700
aac cag gtc tcc gtg gat gcc ttc aag atc ctg gag gat cca aag tgg 2341
Asn Gln Val Ser Val Asp Ala Phe Lys Ile Leu Glu Asp Pro Lys Trp
705 710 715
gaa ttc cct cgg aag aac ttg gtt ctt gga aaa act cta gga gaa ggc 2389
Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu Gly Glu Gly
720 725 730
gaa ttt gga aaa gtg gtc aag gca acg gcc ttc cat ctg aaa ggc aga 2437
Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu Lys Gly Arg
735 740 745
gca ggg tac acc acg gtg gcc gtg aag atg ctg aaa gag aac gcc tcc 2485
Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu Asn Ala Ser
750 755 760 765
ccg agt gag ctt cga gac ctg ctg tca gag ttc aac gtc ctg aag cag 2533
Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val Leu Lys Gln
770 775 780
gtc aac cac cca cat gtc atc aaa ttg tat ggg gcc tgc agc cag gat 2581
Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys Ser Gln Asp
785 790 795
ggc ccg ctc ctc ctc atc gtg gag tac gcc aaa tac ggc tcc ctg cgg 2629
Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly Ser Leu Arg
800 805 810
ggc ttc ctc cgc gag agc cgc aaa gtg ggg cct ggc tac ctg ggc agt 2677
Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr Leu Gly Ser
815 820 825
gga ggc agc cgc aac tcc agc tcc ctg gac cac ccg gat gag cgg gcc 2725
Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp Glu Arg Ala
830 835 840 845
ctc acc atg ggc gac ctc atc tca ttt gcc tgg cag atc tca cag ggg 2773
Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser Gln Gly
850 855 860
atg cag tat ctg gcc gag atg aag ctc gtt cat cgg gac ttg gca gcc 2821
Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu Ala Ala
865 870 875
aga aac atc ctg gta gct gag ggg cgg aag atg aag att tcg gat ttc 2869
Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser Asp Phe
880 885 890
ggc ttg tcc cga gat gtt tat gaa gag gat tcc tac gtg aag agg agc 2917
Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys Arg Ser
895 900 905
cag ggt cgg att cca gtt aaa tgg atg gca att gaa tcc ctt ttt gat 2965
Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp
910 915 920 925
cat atc tac acc acg caa agt gat gta tgg tct ttt ggt gtc ctg ctg 3013
His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu
930 935 940
tgg gag atc gtg acc cta ggg gga aac ccc tat cct ggg att cct cct 3061
Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro Pro
945 950 955
gag cgg ctc ttc aac ctt ctg aag acc ggc cac cgg atg gag agg cca 3109
Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu Arg Pro
960 965 970
gac aac tgc agc gag gag atg tac cgc ctg atg ctg caa tgc tgg aag 3157
Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys Trp Lys
975 980 985
cag gag ccg gac aaa agg ccg gtg ttt gcg gac atc agc aaa gac ctg 3205
Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys Asp Leu
990 995 1000 1005
gag aag atg atg gtt aag agg aga gac tac ttg gac ctt gcg gcg 3250
Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ala
1010 1015 1020
tcc act cca tct gac tcc ctg att tat gac gac ggc ctc tca gag 3295
Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu
1025 1030 1035
gag gag aca ccg ctg gtg gac tgt aat aat gcc ccc ctc cct cga 3340
Glu Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg
1040 1045 1050
gcc ctc cct tcc aca tgg att gaa aac aaa ctc tat ggc atg tca 3385
Ala Leu Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser
1055 1060 1065
gac ccg aac tgg cct gga gag agt cct gta cca ctc acg aga gct 3430
Asp Pro Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala
1070 1075 1080
gat ggc act aac act ggg ttt cca aga tat cca aat gat agt gta 3475
Asp Gly Thr Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val
1085 1090 1095
tat gct aac tgg atg ctt tca ccc tca gcg gca aaa tta atg gac 3520
Tyr Ala Asn Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp
1100 1105 1110
acg ttt gat agt taa catttctttg tgaaaggtaa tggactcaca aggggaagaa 3575
Thr Phe Asp Ser
acatgctgag aatggaaagt ctaccggccc tttctttgtg aacgtcacat tggccgagcc 3635
gtgttcagtt cccaggtggc agactcgttt ttggtagttt gttttaactt ccaaggtggt 3695
tttacttctg atagccggtg attttccctc ctagcagaca tgccacaccg ggtaagagct 3755
ctgagtctta gtggttaagc attcctttct cttcagtgcc cagcagcacc cagtgttggt 3815
ctgtgtccat cagtgaccac caacattctg tgttcacatg tgtgggtcca acacttacta 3875
cctggtgtat gaaattggac ctgaactgtt ggatttttct agttgccgcc aaacaaggca 3935
aaaaaattta aacatgaagc acacacacaa aaaaggcagt aggaaaaatg ctggccctga 3995
tgacctgtcc ttattcagaa tgagagactg cggggggggc ctgggggtag tgtcaatgcc 4055
cctccagggc tggaggggaa gaggggcccc gaggatgggc ctgggctcag cattcgagat 4115
cttgagaatg attttttttt aatcatgcaa cctttcctta ggaagacatt tggttttcat 4175
catgattaag atgattccta gatttagcac aatggagaga ttccatgcca tctttactat 4235
gtggatggtg gtatcaggga agagggctca caagacacat ttgtcccccg ggcccaccac 4295
atcatcctca cgtgttcggt actgagcagc cactacccct gatgagaaca gtatgaagaa 4355
agggggctgt tggagtccca gaattgctga cagcagaggc tttgctgctg tgaatcccac 4415
ctgccaccag cctgcagcac accccacagc caagtagagg cgaaagcagt ggctcatcct 4475
acctgttagg agcaggtagg gcttgtactc actttaattt gaatcttatc aacttactca 4535
taaagggaca ggctagctag ctgtgttaga agtagcaatg acaatgacca aggactgcta 4595
cacctctgat tacaattctg atgtgaaaaa gatggtgttt ggctcttata gagcctgtgt 4655
gaaaggccca tggatcagct cttcctgtgt ttgtaattta atgctgctac aagatgtttc 4715
tgtttcttag attctgacca tgactcataa gcttcttgtc attcttcatt gcttgtttgt 4775
ggtcacagat gcacaacact cctccagtct tgtgggggca gcttttggga agtctcagca 4835
gctcttctgg ctgtgttgtc agcactgtaa cttcgcagaa aagagtcgga ttaccaaaac 4895
actgcctgct cttcagactt aaagcactga taggacttaa aatagtctca ttcaaatact 4955
gtattttata taggcatttc acaaaaacag caaaattgtg gcattttgtg aggccaaggc 5015
ttggatgcgt gtgtaataga gccttgtggt gtgtgcgcac acacccagag ggagagtttg 5075
aaaaatgctt attggacacg taacctggct ctaatttggg ctgtttttca gatacactgt 5135
gataagttct tttacaaata tctatagaca tggtaaactt ttggttttca gatatgctta 5195
atgatagtct tactaaatgc agaaataaga ataaactttc tcaaattatt aaaaatgcct 5255
acacagtaag tgtgaattgc tgcaacaggt ttgttctcag gagggtaaga actccaggtc 5315
taaacagctg acccagtgat ggggaattta tccttgacca atttatcctt gaccaataac 5375
ctaattgtct attcctgagt tataaaagtc cccatcctta ttagctctac tggaattttc 5435
atacacgtaa atgcagaagt tactaagtat taagtattac tgagtattaa gtagtaatct 5495
gtcagttatt aaaatttgta aaatctattt atgaaaggtc attaaaccag atcatgttcc 5555
tttttttgta atcaaggtga ctaagaaaat cagttgtgta aataaaatca tgtatcataa 5615
aaaaaaaaaa aaaa 5629
<210> 4
<211> 1114
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 4
Met Ala Lys Ala Thr Ser Gly Ala Ala Gly Leu Arg Leu Leu Leu Leu
1 5 10 15
Leu Leu Leu Pro Leu Leu Gly Lys Val Ala Leu Gly Leu Tyr Phe Ser
20 25 30
Arg Asp Ala Tyr Trp Glu Lys Leu Tyr Val Asp Gln Ala Ala Gly Thr
35 40 45
Pro Leu Leu Tyr Val His Ala Leu Arg Asp Ala Pro Glu Glu Val Pro
50 55 60
Ser Phe Arg Leu Gly Gln His Leu Tyr Gly Thr Tyr Arg Thr Arg Leu
65 70 75 80
His Glu Asn Asn Trp Ile Cys Ile Gln Glu Asp Thr Gly Leu Leu Tyr
85 90 95
Leu Asn Arg Ser Leu Asp His Ser Ser Trp Glu Lys Leu Ser Val Arg
100 105 110
Asn Arg Gly Phe Pro Leu Leu Thr Val Tyr Leu Lys Val Phe Leu Ser
115 120 125
Pro Thr Ser Leu Arg Glu Gly Glu Cys Gln Trp Pro Gly Cys Ala Arg
130 135 140
Val Tyr Phe Ser Phe Phe Asn Thr Ser Phe Pro Ala Cys Ser Ser Leu
145 150 155 160
Lys Pro Arg Glu Leu Cys Phe Pro Glu Thr Arg Pro Ser Phe Arg Ile
165 170 175
Arg Glu Asn Arg Pro Pro Gly Thr Phe His Gln Phe Arg Leu Leu Pro
180 185 190
Val Gln Phe Leu Cys Pro Asn Ile Ser Val Ala Tyr Arg Leu Leu Glu
195 200 205
Gly Glu Gly Leu Pro Phe Arg Cys Ala Pro Asp Ser Leu Glu Val Ser
210 215 220
Thr Arg Trp Ala Leu Asp Arg Glu Gln Arg Glu Lys Tyr Glu Leu Val
225 230 235 240
Ala Val Cys Thr Val His Ala Gly Ala Arg Glu Glu Val Val Met Val
245 250 255
Pro Phe Pro Val Thr Val Tyr Asp Glu Asp Asp Ser Ala Pro Thr Phe
260 265 270
Pro Ala Gly Val Asp Thr Ala Ser Ala Val Val Glu Phe Lys Arg Lys
275 280 285
Glu Asp Thr Val Val Ala Thr Leu Arg Val Phe Asp Ala Asp Val Val
290 295 300
Pro Ala Ser Gly Glu Leu Val Arg Arg Tyr Thr Ser Thr Leu Leu Pro
305 310 315 320
Gly Asp Thr Trp Ala Gln Gln Thr Phe Arg Val Glu His Trp Pro Asn
325 330 335
Glu Thr Ser Val Gln Ala Asn Gly Ser Phe Val Arg Ala Thr Val His
340 345 350
Asp Tyr Arg Leu Val Leu Asn Arg Asn Leu Ser Ile Ser Glu Asn Arg
355 360 365
Thr Met Gln Leu Ala Val Leu Val Asn Asp Ser Asp Phe Gln Gly Pro
370 375 380
Gly Ala Gly Val Leu Leu Leu His Phe Asn Val Ser Val Leu Pro Val
385 390 395 400
Ser Leu His Leu Pro Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Val Ser Arg Arg Ala
405 410 415
Arg Arg Phe Ala Gln Ile Gly Lys Val Cys Val Glu Asn Cys Gln Ala
420 425 430
Phe Ser Gly Ile Asn Val Gln Tyr Lys Leu His Ser Ser Gly Ala Asn
435 440 445
Cys Ser Thr Leu Gly Val Val Thr Ser Ala Glu Asp Thr Ser Gly Ile
450 455 460
Leu Phe Val Asn Asp Thr Lys Ala Leu Arg Arg Pro Lys Cys Ala Glu
465 470 475 480
Leu His Tyr Met Val Val Ala Thr Asp Gln Gln Thr Ser Arg Gln Ala
485 490 495
Gln Ala Gln Leu Leu Val Thr Val Glu Gly Ser Tyr Val Ala Glu Glu
500 505 510
Ala Gly Cys Pro Leu Ser Cys Ala Val Ser Lys Arg Arg Leu Glu Cys
515 520 525
Glu Glu Cys Gly Gly Leu Gly Ser Pro Thr Gly Arg Cys Glu Trp Arg
530 535 540
Gln Gly Asp Gly Lys Gly Ile Thr Arg Asn Phe Ser Thr Cys Ser Pro
545 550 555 560
Ser Thr Lys Thr Cys Pro Asp Gly His Cys Asp Val Val Glu Thr Gln
565 570 575
Asp Ile Asn Ile Cys Pro Gln Asp Cys Leu Arg Gly Ser Ile Val Gly
580 585 590
Gly His Glu Pro Gly Glu Pro Arg Gly Ile Lys Ala Gly Tyr Gly Thr
595 600 605
Cys Asn Cys Phe Pro Glu Glu Glu Lys Cys Phe Cys Glu Pro Glu Asp
610 615 620
Ile Gln Asp Pro Leu Cys Asp Glu Leu Cys Arg Thr Val Ile Ala Ala
625 630 635 640
Ala Val Leu Phe Ser Phe Ile Val Ser Val Leu Leu Ser Ala Phe Cys
645 650 655
Ile His Cys Tyr His Lys Phe Ala His Lys Pro Pro Ile Ser Ser Ala
660 665 670
Glu Met Thr Phe Arg Arg Pro Ala Gln Ala Phe Pro Val Ser Tyr Ser
675 680 685
Ser Ser Gly Ala Arg Arg Pro Ser Leu Asp Ser Met Glu Asn Gln Val
690 695 700
Ser Val Asp Ala Phe Lys Ile Leu Glu Asp Pro Lys Trp Glu Phe Pro
705 710 715 720
Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu Gly Glu Gly Glu Phe Gly
725 730 735
Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu Lys Gly Arg Ala Gly Tyr
740 745 750
Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu Asn Ala Ser Pro Ser Glu
755 760 765
Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val Leu Lys Gln Val Asn His
770 775 780
Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys Ser Gln Asp Gly Pro Leu
785 790 795 800
Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly Ser Leu Arg Gly Phe Leu
805 810 815
Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr Leu Gly Ser Gly Gly Ser
820 825 830
Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp Glu Arg Ala Leu Thr Met
835 840 845
Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser Gln Gly Met Gln Tyr
850 855 860
Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile
865 870 875 880
Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ser
885 890 895
Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys Arg Ser Gln Gly Arg
900 905 910
Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp His Ile Tyr
915 920 925
Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu Trp Glu Ile
930 935 940
Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro Pro Glu Arg Leu
945 950 955 960
Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu Arg Pro Asp Asn Cys
965 970 975
Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys Trp Lys Gln Glu Pro
980 985 990
Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys Asp Leu Glu Lys Met
995 1000 1005
Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ala Ser Thr Pro
1010 1015 1020
Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu Glu Glu Thr
1025 1030 1035
Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg Ala Leu Pro
1040 1045 1050
Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro Asn
1055 1060 1065
Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr
1070 1075 1080
Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn
1085 1090 1095
Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp
1100 1105 1110
Ser
<210> 5
<211> 5498
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (471)..(3401)
<223> KIF5B-RET fusion variant1
<400> 5
ctcctcccgc accgccctgt cgcccaacgg cggcctcagg agtgatcggg cagcagtcgg 60
ccggccagcg gacggcagag cgggcggacg ggtaggcccg gcctgctctt cgcgaggagg 120
aagaaggtgg ccactctccc ggtccccaga acctccccag cccccgcagt ccgcccagac 180
cgtaaagggg gacgctgagg agccgcggac gctctccccg gtgccgccgc cgctgccgcc 240
gccatggctg ccatgatgga tcggaagtga gcattagggt taacggctgc cggcgccggc 300
tcttcaagtc ccggctcccc ggccgcctcc acccggggaa gcgcagcgcg gcgcagctga 360
ctgctgcctc tcacggccct cgcgaccaca agccctcagg tccggcgcgt tccctgcaag 420
actgagcggc ggggagtggc tcccggccgc cggccccggc tgcgagaaag atg gcg 476
Met Ala
1
gac ctg gcc gag tgc aac atc aaa gtg atg tgt cgc ttc aga cct ctc 524
Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg Pro Leu
5 10 15
aac gag tct gaa gtg aac cgc ggc gac aag tac atc gcc aag ttt cag 572
Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys Phe Gln
20 25 30
gga gaa gac acg gtc gtg atc gcg tcc aag cct tat gca ttt gat cgg 620
Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe Asp Arg
35 40 45 50
gtg ttc cag tca agc aca tct caa gag caa gtg tat aat gac tgt gca 668
Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp Cys Ala
55 60 65
aag aag att gtt aaa gat gta ctt gaa gga tat aat gga aca ata ttt 716
Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr Ile Phe
70 75 80
gca tat gga caa aca tcc tct ggg aag aca cac aca atg gag ggt aaa 764
Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu Gly Lys
85 90 95
ctt cat gat cca gaa ggc atg gga att att cca aga ata gtg caa gat 812
Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val Gln Asp
100 105 110
att ttt aat tat att tac tcc atg gat gaa aat ttg gaa ttt cat att 860
Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe His Ile
115 120 125 130
aag gtt tca tat ttt gaa ata tat ttg gat aag ata agg gac ctg tta 908
Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp Leu Leu
135 140 145
gat gtt tca aag acc aac ctt tca gtt cat gaa gac aaa aac cga gtt 956
Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn Arg Val
150 155 160
ccc tat gta aag ggg tgc aca gag cgt ttt gta tgt agt cca gat gaa 1004
Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro Asp Glu
165 170 175
gtt atg gat acc ata gat gaa gga aaa tcc aac aga cat gta gca gtt 1052
Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val Ala Val
180 185 190
aca aat atg aat gaa cat agc tct agg agt cac agt ata ttt ctt att 1100
Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe Leu Ile
195 200 205 210
aat gtc aaa caa gag aac aca caa acg gaa caa aag ctg agt gga aaa 1148
Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser Gly Lys
215 220 225
ctt tat ctg gtt gat tta gct ggt agt gaa aag gtt agt aaa act gga 1196
Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys Thr Gly
230 235 240
gct gaa ggt gct gtg ctg gat gaa gct aaa aac atc aac aag tca ctt 1244
Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys Ser Leu
245 250 255
tct gct ctt gga aat gtt att tct gct ttg gct gag ggt agt aca tat 1292
Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser Thr Tyr
260 265 270
gtt cca tat cga gat agt aaa atg aca aga atc ctt caa gat tca tta 1340
Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp Ser Leu
275 280 285 290
ggt ggc aac tgt aga acc act att gta att tgc tgc tct cca tca tca 1388
Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro Ser Ser
295 300 305
tac aat gag tct gaa aca aaa tct aca ctc tta ttt ggc caa agg gcc 1436
Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln Arg Ala
310 315 320
aaa aca att aag aac aca gtt tgt gtc aat gtg gag tta act gca gaa 1484
Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr Ala Glu
325 330 335
cag tgg aaa aag aag tat gaa aaa gaa aaa gaa aaa aat aag atc ctg 1532
Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys Ile Leu
340 345 350
cgg aac act att cag tgg ctt gaa aat gag ctc aac aga tgg cgt aat 1580
Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp Arg Asn
355 360 365 370
ggg gag acg gtg cct att gat gaa cag ttt gac aaa gag aaa gcc aac 1628
Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys Ala Asn
375 380 385
ttg gaa gct ttc aca gtg gat aaa gat att act ctt acc aat gat aaa 1676
Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn Asp Lys
390 395 400
cca gca acc gca att gga gtt ata gga aat ttt act gat gct gaa aga 1724
Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala Glu Arg
405 410 415
aga aag tgt gaa gaa gaa att gct aaa tta tac aaa cag ctt gat gac 1772
Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu Asp Asp
420 425 430
aag gat gaa gaa att aac cag caa agt caa ctg gta gag aaa ctg aag 1820
Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys Leu Lys
435 440 445 450
acg caa atg ttg gat cag gag gag ctt ttg gca tct acc aga agg gat 1868
Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg Arg Asp
455 460 465
caa gac aat atg caa gct gag ctg aat cgc ctt caa gca gaa aat gat 1916
Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu Asn Asp
470 475 480
gcc tct aaa gaa gaa gtg aaa gaa gtt tta cag gcc cta gaa gaa ctt 1964
Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu Glu Leu
485 490 495
gct gtc aat tat gat cag aag tct cag gaa gtt gaa gac aaa act aag 2012
Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys Thr Lys
500 505 510
gaa tat gaa ttg ctt agt gat gaa ttg aat cag aaa tcg gca act tta 2060
Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala Thr Leu
515 520 525 530
gcg agt ata gat gct gag ctt cag aaa ctt aag gaa atg acc aac cac 2108
Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr Asn His
535 540 545
cag aaa aaa cga gca gct gag atg atg gca tct tta cta aaa gac ctt 2156
Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys Asp Leu
550 555 560
gca gaa ata gga att gct gtg gga aat aat gat gta aag gag gat cca 2204
Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Glu Asp Pro
565 570 575
aag tgg gaa ttc cct cgg aag aac ttg gtt ctt gga aaa act cta gga 2252
Lys Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu Gly
580 585 590
gaa ggc gaa ttt gga aaa gtg gtc aag gca acg gcc ttc cat ctg aaa 2300
Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu Lys
595 600 605 610
ggc aga gca ggg tac acc acg gtg gcc gtg aag atg ctg aaa gag aac 2348
Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu Asn
615 620 625
gcc tcc ccg agt gag ctt cga gac ctg ctg tca gag ttc aac gtc ctg 2396
Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val Leu
630 635 640
aag cag gtc aac cac cca cat gtc atc aaa ttg tat ggg gcc tgc agc 2444
Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys Ser
645 650 655
cag gat ggc ccg ctc ctc ctc atc gtg gag tac gcc aaa tac ggc tcc 2492
Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly Ser
660 665 670
ctg cgg ggc ttc ctc cgc gag agc cgc aaa gtg ggg cct ggc tac ctg 2540
Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr Leu
675 680 685 690
ggc agt gga ggc agc cgc aac tcc agc tcc ctg gac cac ccg gat gag 2588
Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp Glu
695 700 705
cgg gcc ctc acc atg ggc gac ctc atc tca ttt gcc tgg cag atc tca 2636
Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser
710 715 720
cag ggg atg cag tat ctg gcc gag atg aag ctc gtt cat cgg gac ttg 2684
Gln Gly Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu
725 730 735
gca gcc aga aac atc ctg gta gct gag ggg cgg aag atg aag att tcg 2732
Ala Ala Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser
740 745 750
gat ttc ggc ttg tcc cga gat gtt tat gaa gag gat tcc tac gtg aag 2780
Asp Phe Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys
755 760 765 770
agg agc cag ggt cgg att cca gtt aaa tgg atg gca att gaa tcc ctt 2828
Arg Ser Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu
775 780 785
ttt gat cat atc tac acc acg caa agt gat gta tgg tct ttt ggt gtc 2876
Phe Asp His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val
790 795 800
ctg ctg tgg gag atc gtg acc cta ggg gga aac ccc tat cct ggg att 2924
Leu Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile
805 810 815
cct cct gag cgg ctc ttc aac ctt ctg aag acc ggc cac cgg atg gag 2972
Pro Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu
820 825 830
agg cca gac aac tgc agc gag gag atg tac cgc ctg atg ctg caa tgc 3020
Arg Pro Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys
835 840 845 850
tgg aag cag gag ccg gac aaa agg ccg gtg ttt gcg gac atc agc aaa 3068
Trp Lys Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys
855 860 865
gac ctg gag aag atg atg gtt aag agg aga gac tac ttg gac ctt gcg 3116
Asp Leu Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala
870 875 880
gcg tcc act cca tct gac tcc ctg att tat gac gac ggc ctc tca gag 3164
Ala Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu
885 890 895
gag gag aca ccg ctg gtg gac tgt aat aat gcc ccc ctc cct cga gcc 3212
Glu Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg Ala
900 905 910
ctc cct tcc aca tgg att gaa aac aaa ctc tat ggc atg tca gac ccg 3260
Leu Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro
915 920 925 930
aac tgg cct gga gag agt cct gta cca ctc acg aga gct gat ggc act 3308
Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr
935 940 945
aac act ggg ttt cca aga tat cca aat gat agt gta tat gct aac tgg 3356
Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn Trp
950 955 960
atg ctt tca ccc tca gcg gca aaa tta atg gac acg ttt gat agt 3401
Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp Ser
965 970 975
taacatttct ttgtgaaagg taatggactc acaaggggaa gaaacatgct gagaatggaa 3461
agtctaccgg ccctttcttt gtgaacgtca cattggccga gccgtgttca gttcccaggt 3521
ggcagactcg tttttggtag tttgttttaa cttccaaggt ggttttactt ctgatagccg 3581
gtgattttcc ctcctagcag acatgccaca ccgggtaaga gctctgagtc ttagtggtta 3641
agcattcctt tctcttcagt gcccagcagc acccagtgtt ggtctgtgtc catcagtgac 3701
caccaacatt ctgtgttcac atgtgtgggt ccaacactta ctacctggtg tatgaaattg 3761
gacctgaact gttggatttt tctagttgcc gccaaacaag gcaaaaaaat ttaaacatga 3821
agcacacaca caaaaaaggc agtaggaaaa atgctggccc tgatgacctg tccttattca 3881
gaatgagaga ctgcgggggg ggcctggggg tagtgtcaat gcccctccag ggctggaggg 3941
gaagaggggc cccgaggatg ggcctgggct cagcattcga gatcttgaga atgatttttt 4001
tttaatcatg caacctttcc ttaggaagac atttggtttt catcatgatt aagatgattc 4061
ctagatttag cacaatggag agattccatg ccatctttac tatgtggatg gtggtatcag 4121
ggaagagggc tcacaagaca catttgtccc ccgggcccac cacatcatcc tcacgtgttc 4181
ggtactgagc agccactacc cctgatgaga acagtatgaa gaaagggggc tgttggagtc 4241
ccagaattgc tgacagcaga ggctttgctg ctgtgaatcc cacctgccac cagcctgcag 4301
cacaccccac agccaagtag aggcgaaagc agtggctcat cctacctgtt aggagcaggt 4361
agggcttgta ctcactttaa tttgaatctt atcaacttac tcataaaggg acaggctagc 4421
tagctgtgtt agaagtagca atgacaatga ccaaggactg ctacacctct gattacaatt 4481
ctgatgtgaa aaagatggtg tttggctctt atagagcctg tgtgaaaggc ccatggatca 4541
gctcttcctg tgtttgtaat ttaatgctgc tacaagatgt ttctgtttct tagattctga 4601
ccatgactca taagcttctt gtcattcttc attgcttgtt tgtggtcaca gatgcacaac 4661
actcctccag tcttgtgggg gcagcttttg ggaagtctca gcagctcttc tggctgtgtt 4721
gtcagcactg taacttcgca gaaaagagtc ggattaccaa aacactgcct gctcttcaga 4781
cttaaagcac tgataggact taaaatagtc tcattcaaat actgtatttt atataggcat 4841
ttcacaaaaa cagcaaaatt gtggcatttt gtgaggccaa ggcttggatg cgtgtgtaat 4901
agagccttgt ggtgtgtgcg cacacaccca gagggagagt ttgaaaaatg cttattggac 4961
acgtaacctg gctctaattt gggctgtttt tcagatacac tgtgataagt tcttttacaa 5021
atatctatag acatggtaaa cttttggttt tcagatatgc ttaatgatag tcttactaaa 5081
tgcagaaata agaataaact ttctcaaatt attaaaaatg cctacacagt aagtgtgaat 5141
tgctgcaaca ggtttgttct caggagggta agaactccag gtctaaacag ctgacccagt 5201
gatggggaat ttatccttga ccaatttatc cttgaccaat aacctaattg tctattcctg 5261
agttataaaa gtccccatcc ttattagctc tactggaatt ttcatacacg taaatgcaga 5321
agttactaag tattaagtat tactgagtat taagtagtaa tctgtcagtt attaaaattt 5381
gtaaaatcta tttatgaaag gtcattaaac cagatcatgt tccttttttt gtaatcaagg 5441
tgactaagaa aatcagttgt gtaaataaaa tcatgtatca taaaaaaaaa aaaaaaa 5498
<210> 6
<211> 977
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 6
Met Ala Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg
1 5 10 15
Pro Leu Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys
20 25 30
Phe Gln Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe
35 40 45
Asp Arg Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp
50 55 60
Cys Ala Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr
65 70 75 80
Ile Phe Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu
85 90 95
Gly Lys Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val
100 105 110
Gln Asp Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe
115 120 125
His Ile Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp
130 135 140
Leu Leu Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn
145 150 155 160
Arg Val Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro
165 170 175
Asp Glu Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val
180 185 190
Ala Val Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe
195 200 205
Leu Ile Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser
210 215 220
Gly Lys Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys
225 230 235 240
Thr Gly Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys
245 250 255
Ser Leu Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser
260 265 270
Thr Tyr Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp
275 280 285
Ser Leu Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro
290 295 300
Ser Ser Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln
305 310 315 320
Arg Ala Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr
325 330 335
Ala Glu Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys
340 345 350
Ile Leu Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp
355 360 365
Arg Asn Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys
370 375 380
Ala Asn Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn
385 390 395 400
Asp Lys Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala
405 410 415
Glu Arg Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu
420 425 430
Asp Asp Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys
435 440 445
Leu Lys Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg
450 455 460
Arg Asp Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu
465 470 475 480
Asn Asp Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu
485 490 495
Glu Leu Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys
500 505 510
Thr Lys Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala
515 520 525
Thr Leu Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr
530 535 540
Asn His Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys
545 550 555 560
Asp Leu Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Glu
565 570 575
Asp Pro Lys Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr
580 585 590
Leu Gly Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His
595 600 605
Leu Lys Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys
610 615 620
Glu Asn Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn
625 630 635 640
Val Leu Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala
645 650 655
Cys Ser Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr
660 665 670
Gly Ser Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly
675 680 685
Tyr Leu Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro
690 695 700
Asp Glu Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln
705 710 715 720
Ile Ser Gln Gly Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg
725 730 735
Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys
740 745 750
Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr
755 760 765
Val Lys Arg Ser Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu
770 775 780
Ser Leu Phe Asp His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe
785 790 795 800
Gly Val Leu Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro
805 810 815
Gly Ile Pro Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg
820 825 830
Met Glu Arg Pro Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu
835 840 845
Gln Cys Trp Lys Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile
850 855 860
Ser Lys Asp Leu Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp
865 870 875 880
Leu Ala Ala Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu
885 890 895
Ser Glu Glu Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro
900 905 910
Arg Ala Leu Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser
915 920 925
Asp Pro Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp
930 935 940
Gly Thr Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala
945 950 955 960
Asn Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp
965 970 975
Ser
<210> 7
<211> 5687
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (471)..(3590)
<223> KIF5B-RET fusion variant2
<400> 7
ctcctcccgc accgccctgt cgcccaacgg cggcctcagg agtgatcggg cagcagtcgg 60
ccggccagcg gacggcagag cgggcggacg ggtaggcccg gcctgctctt cgcgaggagg 120
aagaaggtgg ccactctccc ggtccccaga acctccccag cccccgcagt ccgcccagac 180
cgtaaagggg gacgctgagg agccgcggac gctctccccg gtgccgccgc cgctgccgcc 240
gccatggctg ccatgatgga tcggaagtga gcattagggt taacggctgc cggcgccggc 300
tcttcaagtc ccggctcccc ggccgcctcc acccggggaa gcgcagcgcg gcgcagctga 360
ctgctgcctc tcacggccct cgcgaccaca agccctcagg tccggcgcgt tccctgcaag 420
actgagcggc ggggagtggc tcccggccgc cggccccggc tgcgagaaag atg gcg 476
Met Ala
1
gac ctg gcc gag tgc aac atc aaa gtg atg tgt cgc ttc aga cct ctc 524
Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg Pro Leu
5 10 15
aac gag tct gaa gtg aac cgc ggc gac aag tac atc gcc aag ttt cag 572
Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys Phe Gln
20 25 30
gga gaa gac acg gtc gtg atc gcg tcc aag cct tat gca ttt gat cgg 620
Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe Asp Arg
35 40 45 50
gtg ttc cag tca agc aca tct caa gag caa gtg tat aat gac tgt gca 668
Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp Cys Ala
55 60 65
aag aag att gtt aaa gat gta ctt gaa gga tat aat gga aca ata ttt 716
Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr Ile Phe
70 75 80
gca tat gga caa aca tcc tct ggg aag aca cac aca atg gag ggt aaa 764
Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu Gly Lys
85 90 95
ctt cat gat cca gaa ggc atg gga att att cca aga ata gtg caa gat 812
Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val Gln Asp
100 105 110
att ttt aat tat att tac tcc atg gat gaa aat ttg gaa ttt cat att 860
Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe His Ile
115 120 125 130
aag gtt tca tat ttt gaa ata tat ttg gat aag ata agg gac ctg tta 908
Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp Leu Leu
135 140 145
gat gtt tca aag acc aac ctt tca gtt cat gaa gac aaa aac cga gtt 956
Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn Arg Val
150 155 160
ccc tat gta aag ggg tgc aca gag cgt ttt gta tgt agt cca gat gaa 1004
Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro Asp Glu
165 170 175
gtt atg gat acc ata gat gaa gga aaa tcc aac aga cat gta gca gtt 1052
Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val Ala Val
180 185 190
aca aat atg aat gaa cat agc tct agg agt cac agt ata ttt ctt att 1100
Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe Leu Ile
195 200 205 210
aat gtc aaa caa gag aac aca caa acg gaa caa aag ctg agt gga aaa 1148
Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser Gly Lys
215 220 225
ctt tat ctg gtt gat tta gct ggt agt gaa aag gtt agt aaa act gga 1196
Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys Thr Gly
230 235 240
gct gaa ggt gct gtg ctg gat gaa gct aaa aac atc aac aag tca ctt 1244
Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys Ser Leu
245 250 255
tct gct ctt gga aat gtt att tct gct ttg gct gag ggt agt aca tat 1292
Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser Thr Tyr
260 265 270
gtt cca tat cga gat agt aaa atg aca aga atc ctt caa gat tca tta 1340
Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp Ser Leu
275 280 285 290
ggt ggc aac tgt aga acc act att gta att tgc tgc tct cca tca tca 1388
Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro Ser Ser
295 300 305
tac aat gag tct gaa aca aaa tct aca ctc tta ttt ggc caa agg gcc 1436
Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln Arg Ala
310 315 320
aaa aca att aag aac aca gtt tgt gtc aat gtg gag tta act gca gaa 1484
Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr Ala Glu
325 330 335
cag tgg aaa aag aag tat gaa aaa gaa aaa gaa aaa aat aag atc ctg 1532
Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys Ile Leu
340 345 350
cgg aac act att cag tgg ctt gaa aat gag ctc aac aga tgg cgt aat 1580
Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp Arg Asn
355 360 365 370
ggg gag acg gtg cct att gat gaa cag ttt gac aaa gag aaa gcc aac 1628
Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys Ala Asn
375 380 385
ttg gaa gct ttc aca gtg gat aaa gat att act ctt acc aat gat aaa 1676
Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn Asp Lys
390 395 400
cca gca acc gca att gga gtt ata gga aat ttt act gat gct gaa aga 1724
Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala Glu Arg
405 410 415
aga aag tgt gaa gaa gaa att gct aaa tta tac aaa cag ctt gat gac 1772
Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu Asp Asp
420 425 430
aag gat gaa gaa att aac cag caa agt caa ctg gta gag aaa ctg aag 1820
Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys Leu Lys
435 440 445 450
acg caa atg ttg gat cag gag gag ctt ttg gca tct acc aga agg gat 1868
Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg Arg Asp
455 460 465
caa gac aat atg caa gct gag ctg aat cgc ctt caa gca gaa aat gat 1916
Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu Asn Asp
470 475 480
gcc tct aaa gaa gaa gtg aaa gaa gtt tta cag gcc cta gaa gaa ctt 1964
Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu Glu Leu
485 490 495
gct gtc aat tat gat cag aag tct cag gaa gtt gaa gac aaa act aag 2012
Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys Thr Lys
500 505 510
gaa tat gaa ttg ctt agt gat gaa ttg aat cag aaa tcg gca act tta 2060
Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala Thr Leu
515 520 525 530
gcg agt ata gat gct gag ctt cag aaa ctt aag gaa atg acc aac cac 2108
Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr Asn His
535 540 545
cag aaa aaa cga gca gct gag atg atg gca tct tta cta aaa gac ctt 2156
Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys Asp Leu
550 555 560
gca gaa ata gga att gct gtg gga aat aat gat gta aag cag cct gag 2204
Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln Pro Glu
565 570 575
gga act ggc atg ata gat gaa gag ttc act gtt gca aga ctc tac att 2252
Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu Tyr Ile
580 585 590
agc aaa atg aag tca gaa gta aaa acc atg gtg aaa cgt tgc aag cag 2300
Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys Lys Gln
595 600 605 610
tta gaa agc aca caa act gag agc aac aaa aaa atg gaa gaa aat gaa 2348
Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu Asn Glu
615 620 625
aag gag tta gca gca tgt cag ctt cgt atc tct caa gag gat cca aag 2396
Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln Glu Asp Pro Lys
630 635 640
tgg gaa ttc cct cgg aag aac ttg gtt ctt gga aaa act cta gga gaa 2444
Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu Gly Glu
645 650 655
ggc gaa ttt gga aaa gtg gtc aag gca acg gcc ttc cat ctg aaa ggc 2492
Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu Lys Gly
660 665 670
aga gca ggg tac acc acg gtg gcc gtg aag atg ctg aaa gag aac gcc 2540
Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu Asn Ala
675 680 685 690
tcc ccg agt gag ctt cga gac ctg ctg tca gag ttc aac gtc ctg aag 2588
Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val Leu Lys
695 700 705
cag gtc aac cac cca cat gtc atc aaa ttg tat ggg gcc tgc agc cag 2636
Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys Ser Gln
710 715 720
gat ggc ccg ctc ctc ctc atc gtg gag tac gcc aaa tac ggc tcc ctg 2684
Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly Ser Leu
725 730 735
cgg ggc ttc ctc cgc gag agc cgc aaa gtg ggg cct ggc tac ctg ggc 2732
Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr Leu Gly
740 745 750
agt gga ggc agc cgc aac tcc agc tcc ctg gac cac ccg gat gag cgg 2780
Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp Glu Arg
755 760 765 770
gcc ctc acc atg ggc gac ctc atc tca ttt gcc tgg cag atc tca cag 2828
Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser Gln
775 780 785
ggg atg cag tat ctg gcc gag atg aag ctc gtt cat cgg gac ttg gca 2876
Gly Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu Ala
790 795 800
gcc aga aac atc ctg gta gct gag ggg cgg aag atg aag att tcg gat 2924
Ala Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser Asp
805 810 815
ttc ggc ttg tcc cga gat gtt tat gaa gag gat tcc tac gtg aag agg 2972
Phe Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys Arg
820 825 830
agc cag ggt cgg att cca gtt aaa tgg atg gca att gaa tcc ctt ttt 3020
Ser Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe
835 840 845 850
gat cat atc tac acc acg caa agt gat gta tgg tct ttt ggt gtc ctg 3068
Asp His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu
855 860 865
ctg tgg gag atc gtg acc cta ggg gga aac ccc tat cct ggg att cct 3116
Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro
870 875 880
cct gag cgg ctc ttc aac ctt ctg aag acc ggc cac cgg atg gag agg 3164
Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu Arg
885 890 895
cca gac aac tgc agc gag gag atg tac cgc ctg atg ctg caa tgc tgg 3212
Pro Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys Trp
900 905 910
aag cag gag ccg gac aaa agg ccg gtg ttt gcg gac atc agc aaa gac 3260
Lys Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys Asp
915 920 925 930
ctg gag aag atg atg gtt aag agg aga gac tac ttg gac ctt gcg gcg 3308
Leu Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ala
935 940 945
tcc act cca tct gac tcc ctg att tat gac gac ggc ctc tca gag gag 3356
Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu Glu
950 955 960
gag aca ccg ctg gtg gac tgt aat aat gcc ccc ctc cct cga gcc ctc 3404
Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg Ala Leu
965 970 975
cct tcc aca tgg att gaa aac aaa ctc tat ggc atg tca gac ccg aac 3452
Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro Asn
980 985 990
tgg cct gga gag agt cct gta cca ctc acg aga gct gat ggc act 3497
Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr
995 1000 1005
aac act ggg ttt cca aga tat cca aat gat agt gta tat gct aac 3542
Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn
1010 1015 1020
tgg atg ctt tca ccc tca gcg gca aaa tta atg gac acg ttt gat 3587
Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp
1025 1030 1035
agt taacatttct ttgtgaaagg taatggactc acaaggggaa gaaacatgct 3640
Ser
1040
gagaatggaa agtctaccgg ccctttcttt gtgaacgtca cattggccga gccgtgttca 3700
gttcccaggt ggcagactcg tttttggtag tttgttttaa cttccaaggt ggttttactt 3760
ctgatagccg gtgattttcc ctcctagcag acatgccaca ccgggtaaga gctctgagtc 3820
ttagtggtta agcattcctt tctcttcagt gcccagcagc acccagtgtt ggtctgtgtc 3880
catcagtgac caccaacatt ctgtgttcac atgtgtgggt ccaacactta ctacctggtg 3940
tatgaaattg gacctgaact gttggatttt tctagttgcc gccaaacaag gcaaaaaaat 4000
ttaaacatga agcacacaca caaaaaaggc agtaggaaaa atgctggccc tgatgacctg 4060
tccttattca gaatgagaga ctgcgggggg ggcctggggg tagtgtcaat gcccctccag 4120
ggctggaggg gaagaggggc cccgaggatg ggcctgggct cagcattcga gatcttgaga 4180
atgatttttt tttaatcatg caacctttcc ttaggaagac atttggtttt catcatgatt 4240
aagatgattc ctagatttag cacaatggag agattccatg ccatctttac tatgtggatg 4300
gtggtatcag ggaagagggc tcacaagaca catttgtccc ccgggcccac cacatcatcc 4360
tcacgtgttc ggtactgagc agccactacc cctgatgaga acagtatgaa gaaagggggc 4420
tgttggagtc ccagaattgc tgacagcaga ggctttgctg ctgtgaatcc cacctgccac 4480
cagcctgcag cacaccccac agccaagtag aggcgaaagc agtggctcat cctacctgtt 4540
aggagcaggt agggcttgta ctcactttaa tttgaatctt atcaacttac tcataaaggg 4600
acaggctagc tagctgtgtt agaagtagca atgacaatga ccaaggactg ctacacctct 4660
gattacaatt ctgatgtgaa aaagatggtg tttggctctt atagagcctg tgtgaaaggc 4720
ccatggatca gctcttcctg tgtttgtaat ttaatgctgc tacaagatgt ttctgtttct 4780
tagattctga ccatgactca taagcttctt gtcattcttc attgcttgtt tgtggtcaca 4840
gatgcacaac actcctccag tcttgtgggg gcagcttttg ggaagtctca gcagctcttc 4900
tggctgtgtt gtcagcactg taacttcgca gaaaagagtc ggattaccaa aacactgcct 4960
gctcttcaga cttaaagcac tgataggact taaaatagtc tcattcaaat actgtatttt 5020
atataggcat ttcacaaaaa cagcaaaatt gtggcatttt gtgaggccaa ggcttggatg 5080
cgtgtgtaat agagccttgt ggtgtgtgcg cacacaccca gagggagagt ttgaaaaatg 5140
cttattggac acgtaacctg gctctaattt gggctgtttt tcagatacac tgtgataagt 5200
tcttttacaa atatctatag acatggtaaa cttttggttt tcagatatgc ttaatgatag 5260
tcttactaaa tgcagaaata agaataaact ttctcaaatt attaaaaatg cctacacagt 5320
aagtgtgaat tgctgcaaca ggtttgttct caggagggta agaactccag gtctaaacag 5380
ctgacccagt gatggggaat ttatccttga ccaatttatc cttgaccaat aacctaattg 5440
tctattcctg agttataaaa gtccccatcc ttattagctc tactggaatt ttcatacacg 5500
taaatgcaga agttactaag tattaagtat tactgagtat taagtagtaa tctgtcagtt 5560
attaaaattt gtaaaatcta tttatgaaag gtcattaaac cagatcatgt tccttttttt 5620
gtaatcaagg tgactaagaa aatcagttgt gtaaataaaa tcatgtatca taaaaaaaaa 5680
aaaaaaa 5687
<210> 8
<211> 1040
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 8
Met Ala Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg
1 5 10 15
Pro Leu Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys
20 25 30
Phe Gln Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe
35 40 45
Asp Arg Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp
50 55 60
Cys Ala Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr
65 70 75 80
Ile Phe Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu
85 90 95
Gly Lys Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val
100 105 110
Gln Asp Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe
115 120 125
His Ile Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp
130 135 140
Leu Leu Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn
145 150 155 160
Arg Val Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro
165 170 175
Asp Glu Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val
180 185 190
Ala Val Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe
195 200 205
Leu Ile Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser
210 215 220
Gly Lys Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys
225 230 235 240
Thr Gly Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys
245 250 255
Ser Leu Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser
260 265 270
Thr Tyr Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp
275 280 285
Ser Leu Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro
290 295 300
Ser Ser Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln
305 310 315 320
Arg Ala Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr
325 330 335
Ala Glu Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys
340 345 350
Ile Leu Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp
355 360 365
Arg Asn Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys
370 375 380
Ala Asn Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn
385 390 395 400
Asp Lys Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala
405 410 415
Glu Arg Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu
420 425 430
Asp Asp Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys
435 440 445
Leu Lys Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg
450 455 460
Arg Asp Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu
465 470 475 480
Asn Asp Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu
485 490 495
Glu Leu Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys
500 505 510
Thr Lys Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala
515 520 525
Thr Leu Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr
530 535 540
Asn His Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys
545 550 555 560
Asp Leu Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln
565 570 575
Pro Glu Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu
580 585 590
Tyr Ile Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys
595 600 605
Lys Gln Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu
610 615 620
Asn Glu Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln Glu Asp
625 630 635 640
Pro Lys Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu
645 650 655
Gly Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu
660 665 670
Lys Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu
675 680 685
Asn Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val
690 695 700
Leu Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys
705 710 715 720
Ser Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly
725 730 735
Ser Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr
740 745 750
Leu Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp
755 760 765
Glu Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile
770 775 780
Ser Gln Gly Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp
785 790 795 800
Leu Ala Ala Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile
805 810 815
Ser Asp Phe Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val
820 825 830
Lys Arg Ser Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser
835 840 845
Leu Phe Asp His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly
850 855 860
Val Leu Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly
865 870 875 880
Ile Pro Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met
885 890 895
Glu Arg Pro Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln
900 905 910
Cys Trp Lys Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser
915 920 925
Lys Asp Leu Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu
930 935 940
Ala Ala Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser
945 950 955 960
Glu Glu Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg
965 970 975
Ala Leu Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp
980 985 990
Pro Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly
995 1000 1005
Thr Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala
1010 1015 1020
Asn Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe
1025 1030 1035
Asp Ser
1040
<210> 9
<211> 6317
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (471)..(4220)
<223> KIF5B-RET fusion variant3
<400> 9
ctcctcccgc accgccctgt cgcccaacgg cggcctcagg agtgatcggg cagcagtcgg 60
ccggccagcg gacggcagag cgggcggacg ggtaggcccg gcctgctctt cgcgaggagg 120
aagaaggtgg ccactctccc ggtccccaga acctccccag cccccgcagt ccgcccagac 180
cgtaaagggg gacgctgagg agccgcggac gctctccccg gtgccgccgc cgctgccgcc 240
gccatggctg ccatgatgga tcggaagtga gcattagggt taacggctgc cggcgccggc 300
tcttcaagtc ccggctcccc ggccgcctcc acccggggaa gcgcagcgcg gcgcagctga 360
ctgctgcctc tcacggccct cgcgaccaca agccctcagg tccggcgcgt tccctgcaag 420
actgagcggc ggggagtggc tcccggccgc cggccccggc tgcgagaaag atg gcg 476
Met Ala
1
gac ctg gcc gag tgc aac atc aaa gtg atg tgt cgc ttc aga cct ctc 524
Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg Pro Leu
5 10 15
aac gag tct gaa gtg aac cgc ggc gac aag tac atc gcc aag ttt cag 572
Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys Phe Gln
20 25 30
gga gaa gac acg gtc gtg atc gcg tcc aag cct tat gca ttt gat cgg 620
Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe Asp Arg
35 40 45 50
gtg ttc cag tca agc aca tct caa gag caa gtg tat aat gac tgt gca 668
Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp Cys Ala
55 60 65
aag aag att gtt aaa gat gta ctt gaa gga tat aat gga aca ata ttt 716
Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr Ile Phe
70 75 80
gca tat gga caa aca tcc tct ggg aag aca cac aca atg gag ggt aaa 764
Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu Gly Lys
85 90 95
ctt cat gat cca gaa ggc atg gga att att cca aga ata gtg caa gat 812
Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val Gln Asp
100 105 110
att ttt aat tat att tac tcc atg gat gaa aat ttg gaa ttt cat att 860
Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe His Ile
115 120 125 130
aag gtt tca tat ttt gaa ata tat ttg gat aag ata agg gac ctg tta 908
Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp Leu Leu
135 140 145
gat gtt tca aag acc aac ctt tca gtt cat gaa gac aaa aac cga gtt 956
Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn Arg Val
150 155 160
ccc tat gta aag ggg tgc aca gag cgt ttt gta tgt agt cca gat gaa 1004
Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro Asp Glu
165 170 175
gtt atg gat acc ata gat gaa gga aaa tcc aac aga cat gta gca gtt 1052
Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val Ala Val
180 185 190
aca aat atg aat gaa cat agc tct agg agt cac agt ata ttt ctt att 1100
Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe Leu Ile
195 200 205 210
aat gtc aaa caa gag aac aca caa acg gaa caa aag ctg agt gga aaa 1148
Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser Gly Lys
215 220 225
ctt tat ctg gtt gat tta gct ggt agt gaa aag gtt agt aaa act gga 1196
Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys Thr Gly
230 235 240
gct gaa ggt gct gtg ctg gat gaa gct aaa aac atc aac aag tca ctt 1244
Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys Ser Leu
245 250 255
tct gct ctt gga aat gtt att tct gct ttg gct gag ggt agt aca tat 1292
Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser Thr Tyr
260 265 270
gtt cca tat cga gat agt aaa atg aca aga atc ctt caa gat tca tta 1340
Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp Ser Leu
275 280 285 290
ggt ggc aac tgt aga acc act att gta att tgc tgc tct cca tca tca 1388
Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro Ser Ser
295 300 305
tac aat gag tct gaa aca aaa tct aca ctc tta ttt ggc caa agg gcc 1436
Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln Arg Ala
310 315 320
aaa aca att aag aac aca gtt tgt gtc aat gtg gag tta act gca gaa 1484
Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr Ala Glu
325 330 335
cag tgg aaa aag aag tat gaa aaa gaa aaa gaa aaa aat aag atc ctg 1532
Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys Ile Leu
340 345 350
cgg aac act att cag tgg ctt gaa aat gag ctc aac aga tgg cgt aat 1580
Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp Arg Asn
355 360 365 370
ggg gag acg gtg cct att gat gaa cag ttt gac aaa gag aaa gcc aac 1628
Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys Ala Asn
375 380 385
ttg gaa gct ttc aca gtg gat aaa gat att act ctt acc aat gat aaa 1676
Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn Asp Lys
390 395 400
cca gca acc gca att gga gtt ata gga aat ttt act gat gct gaa aga 1724
Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala Glu Arg
405 410 415
aga aag tgt gaa gaa gaa att gct aaa tta tac aaa cag ctt gat gac 1772
Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu Asp Asp
420 425 430
aag gat gaa gaa att aac cag caa agt caa ctg gta gag aaa ctg aag 1820
Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys Leu Lys
435 440 445 450
acg caa atg ttg gat cag gag gag ctt ttg gca tct acc aga agg gat 1868
Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg Arg Asp
455 460 465
caa gac aat atg caa gct gag ctg aat cgc ctt caa gca gaa aat gat 1916
Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu Asn Asp
470 475 480
gcc tct aaa gaa gaa gtg aaa gaa gtt tta cag gcc cta gaa gaa ctt 1964
Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu Glu Leu
485 490 495
gct gtc aat tat gat cag aag tct cag gaa gtt gaa gac aaa act aag 2012
Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys Thr Lys
500 505 510
gaa tat gaa ttg ctt agt gat gaa ttg aat cag aaa tcg gca act tta 2060
Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala Thr Leu
515 520 525 530
gcg agt ata gat gct gag ctt cag aaa ctt aag gaa atg acc aac cac 2108
Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr Asn His
535 540 545
cag aaa aaa cga gca gct gag atg atg gca tct tta cta aaa gac ctt 2156
Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys Asp Leu
550 555 560
gca gaa ata gga att gct gtg gga aat aat gat gta aag cag cct gag 2204
Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln Pro Glu
565 570 575
gga act ggc atg ata gat gaa gag ttc act gtt gca aga ctc tac att 2252
Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu Tyr Ile
580 585 590
agc aaa atg aag tca gaa gta aaa acc atg gtg aaa cgt tgc aag cag 2300
Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys Lys Gln
595 600 605 610
tta gaa agc aca caa act gag agc aac aaa aaa atg gaa gaa aat gaa 2348
Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu Asn Glu
615 620 625
aag gag tta gca gca tgt cag ctt cgt atc tct caa cat gaa gcc aaa 2396
Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln His Glu Ala Lys
630 635 640
atc aag tca ttg act gaa tac ctt caa aat gtg gaa caa aag aaa aga 2444
Ile Lys Ser Leu Thr Glu Tyr Leu Gln Asn Val Glu Gln Lys Lys Arg
645 650 655
cag ttg gag gaa tct gtc gat gcc ctc agt gaa gaa cta gtc cag ctt 2492
Gln Leu Glu Glu Ser Val Asp Ala Leu Ser Glu Glu Leu Val Gln Leu
660 665 670
cga gca caa gag aaa gtc cat gaa atg gaa aag gag cac tta aat aag 2540
Arg Ala Gln Glu Lys Val His Glu Met Glu Lys Glu His Leu Asn Lys
675 680 685 690
gtt cag act gca aat gaa gtt aag caa gct gtt gaa cag cag atc cag 2588
Val Gln Thr Ala Asn Glu Val Lys Gln Ala Val Glu Gln Gln Ile Gln
695 700 705
agc cat aga gaa act cat caa aaa cag atc agt agt ttg aga gat gaa 2636
Ser His Arg Glu Thr His Gln Lys Gln Ile Ser Ser Leu Arg Asp Glu
710 715 720
gta gaa gca aaa gca aaa ctt att act gat ctt caa gac caa aac cag 2684
Val Glu Ala Lys Ala Lys Leu Ile Thr Asp Leu Gln Asp Gln Asn Gln
725 730 735
aaa atg atg tta gag cag gaa cgt cta aga gta gaa cat gag aag ttg 2732
Lys Met Met Leu Glu Gln Glu Arg Leu Arg Val Glu His Glu Lys Leu
740 745 750
aaa gcc aca gat cag gaa aag agc aga aaa cta cat gaa ctt acg gtt 2780
Lys Ala Thr Asp Gln Glu Lys Ser Arg Lys Leu His Glu Leu Thr Val
755 760 765 770
atg caa gat aga cga gaa caa gca aga caa gac ttg aag ggt ttg gaa 2828
Met Gln Asp Arg Arg Glu Gln Ala Arg Gln Asp Leu Lys Gly Leu Glu
775 780 785
gag aca gtg gca aaa gaa ctt cag act tta cac aac ctg cgc aaa ctc 2876
Glu Thr Val Ala Lys Glu Leu Gln Thr Leu His Asn Leu Arg Lys Leu
790 795 800
ttt gtt cag gac ctg gct aca aga gtt aaa aag agt gct gag att gat 2924
Phe Val Gln Asp Leu Ala Thr Arg Val Lys Lys Ser Ala Glu Ile Asp
805 810 815
tct gat gac acc gga ggc agc gct gct cag aag caa aaa atc tcc ttt 2972
Ser Asp Asp Thr Gly Gly Ser Ala Ala Gln Lys Gln Lys Ile Ser Phe
820 825 830
ctt gaa aat aat ctt gaa cag ctc act aaa gtg cac aaa cag gag gat 3020
Leu Glu Asn Asn Leu Glu Gln Leu Thr Lys Val His Lys Gln Glu Asp
835 840 845 850
cca aag tgg gaa ttc cct cgg aag aac ttg gtt ctt gga aaa act cta 3068
Pro Lys Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu
855 860 865
gga gaa ggc gaa ttt gga aaa gtg gtc aag gca acg gcc ttc cat ctg 3116
Gly Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu
870 875 880
aaa ggc aga gca ggg tac acc acg gtg gcc gtg aag atg ctg aaa gag 3164
Lys Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu
885 890 895
aac gcc tcc ccg agt gag ctt cga gac ctg ctg tca gag ttc aac gtc 3212
Asn Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val
900 905 910
ctg aag cag gtc aac cac cca cat gtc atc aaa ttg tat ggg gcc tgc 3260
Leu Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys
915 920 925 930
agc cag gat ggc ccg ctc ctc ctc atc gtg gag tac gcc aaa tac ggc 3308
Ser Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly
935 940 945
tcc ctg cgg ggc ttc ctc cgc gag agc cgc aaa gtg ggg cct ggc tac 3356
Ser Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr
950 955 960
ctg ggc agt gga ggc agc cgc aac tcc agc tcc ctg gac cac ccg gat 3404
Leu Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp
965 970 975
gag cgg gcc ctc acc atg ggc gac ctc atc tca ttt gcc tgg cag atc 3452
Glu Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile
980 985 990
tca cag ggg atg cag tat ctg gcc gag atg aag ctc gtt cat cgg 3497
Ser Gln Gly Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg
995 1000 1005
gac ttg gca gcc aga aac atc ctg gta gct gag ggg cgg aag atg 3542
Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met
1010 1015 1020
aag att tcg gat ttc ggc ttg tcc cga gat gtt tat gaa gag gat 3587
Lys Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp
1025 1030 1035
tcc tac gtg aag agg agc cag ggt cgg att cca gtt aaa tgg atg 3632
Ser Tyr Val Lys Arg Ser Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met
1040 1045 1050
gca att gaa tcc ctt ttt gat cat atc tac acc acg caa agt gat 3677
Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp
1055 1060 1065
gta tgg tct ttt ggt gtc ctg ctg tgg gag atc gtg acc cta ggg 3722
Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly
1070 1075 1080
gga aac ccc tat cct ggg att cct cct gag cgg ctc ttc aac ctt 3767
Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu
1085 1090 1095
ctg aag acc ggc cac cgg atg gag agg cca gac aac tgc agc gag 3812
Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu Arg Pro Asp Asn Cys Ser Glu
1100 1105 1110
gag atg tac cgc ctg atg ctg caa tgc tgg aag cag gag ccg gac 3857
Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys Trp Lys Gln Glu Pro Asp
1115 1120 1125
aaa agg ccg gtg ttt gcg gac atc agc aaa gac ctg gag aag atg 3902
Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys Asp Leu Glu Lys Met
1130 1135 1140
atg gtt aag agg aga gac tac ttg gac ctt gcg gcg tcc act cca 3947
Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ala Ser Thr Pro
1145 1150 1155
tct gac tcc ctg att tat gac gac ggc ctc tca gag gag gag aca 3992
Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu Glu Glu Thr
1160 1165 1170
ccg ctg gtg gac tgt aat aat gcc ccc ctc cct cga gcc ctc cct 4037
Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg Ala Leu Pro
1175 1180 1185
tcc aca tgg att gaa aac aaa ctc tat ggc atg tca gac ccg aac 4082
Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro Asn
1190 1195 1200
tgg cct gga gag agt cct gta cca ctc acg aga gct gat ggc act 4127
Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr
1205 1210 1215
aac act ggg ttt cca aga tat cca aat gat agt gta tat gct aac 4172
Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn
1220 1225 1230
tgg atg ctt tca ccc tca gcg gca aaa tta atg gac acg ttt gat 4217
Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp
1235 1240 1245
agt taacatttct ttgtgaaagg taatggactc acaaggggaa gaaacatgct 4270
Ser
1250
gagaatggaa agtctaccgg ccctttcttt gtgaacgtca cattggccga gccgtgttca 4330
gttcccaggt ggcagactcg tttttggtag tttgttttaa cttccaaggt ggttttactt 4390
ctgatagccg gtgattttcc ctcctagcag acatgccaca ccgggtaaga gctctgagtc 4450
ttagtggtta agcattcctt tctcttcagt gcccagcagc acccagtgtt ggtctgtgtc 4510
catcagtgac caccaacatt ctgtgttcac atgtgtgggt ccaacactta ctacctggtg 4570
tatgaaattg gacctgaact gttggatttt tctagttgcc gccaaacaag gcaaaaaaat 4630
ttaaacatga agcacacaca caaaaaaggc agtaggaaaa atgctggccc tgatgacctg 4690
tccttattca gaatgagaga ctgcgggggg ggcctggggg tagtgtcaat gcccctccag 4750
ggctggaggg gaagaggggc cccgaggatg ggcctgggct cagcattcga gatcttgaga 4810
atgatttttt tttaatcatg caacctttcc ttaggaagac atttggtttt catcatgatt 4870
aagatgattc ctagatttag cacaatggag agattccatg ccatctttac tatgtggatg 4930
gtggtatcag ggaagagggc tcacaagaca catttgtccc ccgggcccac cacatcatcc 4990
tcacgtgttc ggtactgagc agccactacc cctgatgaga acagtatgaa gaaagggggc 5050
tgttggagtc ccagaattgc tgacagcaga ggctttgctg ctgtgaatcc cacctgccac 5110
cagcctgcag cacaccccac agccaagtag aggcgaaagc agtggctcat cctacctgtt 5170
aggagcaggt agggcttgta ctcactttaa tttgaatctt atcaacttac tcataaaggg 5230
acaggctagc tagctgtgtt agaagtagca atgacaatga ccaaggactg ctacacctct 5290
gattacaatt ctgatgtgaa aaagatggtg tttggctctt atagagcctg tgtgaaaggc 5350
ccatggatca gctcttcctg tgtttgtaat ttaatgctgc tacaagatgt ttctgtttct 5410
tagattctga ccatgactca taagcttctt gtcattcttc attgcttgtt tgtggtcaca 5470
gatgcacaac actcctccag tcttgtgggg gcagcttttg ggaagtctca gcagctcttc 5530
tggctgtgtt gtcagcactg taacttcgca gaaaagagtc ggattaccaa aacactgcct 5590
gctcttcaga cttaaagcac tgataggact taaaatagtc tcattcaaat actgtatttt 5650
atataggcat ttcacaaaaa cagcaaaatt gtggcatttt gtgaggccaa ggcttggatg 5710
cgtgtgtaat agagccttgt ggtgtgtgcg cacacaccca gagggagagt ttgaaaaatg 5770
cttattggac acgtaacctg gctctaattt gggctgtttt tcagatacac tgtgataagt 5830
tcttttacaa atatctatag acatggtaaa cttttggttt tcagatatgc ttaatgatag 5890
tcttactaaa tgcagaaata agaataaact ttctcaaatt attaaaaatg cctacacagt 5950
aagtgtgaat tgctgcaaca ggtttgttct caggagggta agaactccag gtctaaacag 6010
ctgacccagt gatggggaat ttatccttga ccaatttatc cttgaccaat aacctaattg 6070
tctattcctg agttataaaa gtccccatcc ttattagctc tactggaatt ttcatacacg 6130
taaatgcaga agttactaag tattaagtat tactgagtat taagtagtaa tctgtcagtt 6190
attaaaattt gtaaaatcta tttatgaaag gtcattaaac cagatcatgt tccttttttt 6250
gtaatcaagg tgactaagaa aatcagttgt gtaaataaaa tcatgtatca taaaaaaaaa 6310
aaaaaaa 6317
<210> 10
<211> 1250
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 10
Met Ala Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg
1 5 10 15
Pro Leu Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys
20 25 30
Phe Gln Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe
35 40 45
Asp Arg Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp
50 55 60
Cys Ala Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr
65 70 75 80
Ile Phe Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu
85 90 95
Gly Lys Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val
100 105 110
Gln Asp Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe
115 120 125
His Ile Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp
130 135 140
Leu Leu Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn
145 150 155 160
Arg Val Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro
165 170 175
Asp Glu Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val
180 185 190
Ala Val Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe
195 200 205
Leu Ile Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser
210 215 220
Gly Lys Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys
225 230 235 240
Thr Gly Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys
245 250 255
Ser Leu Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser
260 265 270
Thr Tyr Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp
275 280 285
Ser Leu Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro
290 295 300
Ser Ser Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln
305 310 315 320
Arg Ala Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr
325 330 335
Ala Glu Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys
340 345 350
Ile Leu Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp
355 360 365
Arg Asn Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys
370 375 380
Ala Asn Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn
385 390 395 400
Asp Lys Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala
405 410 415
Glu Arg Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu
420 425 430
Asp Asp Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys
435 440 445
Leu Lys Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg
450 455 460
Arg Asp Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu
465 470 475 480
Asn Asp Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu
485 490 495
Glu Leu Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys
500 505 510
Thr Lys Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala
515 520 525
Thr Leu Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr
530 535 540
Asn His Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys
545 550 555 560
Asp Leu Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln
565 570 575
Pro Glu Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu
580 585 590
Tyr Ile Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys
595 600 605
Lys Gln Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu
610 615 620
Asn Glu Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln His Glu
625 630 635 640
Ala Lys Ile Lys Ser Leu Thr Glu Tyr Leu Gln Asn Val Glu Gln Lys
645 650 655
Lys Arg Gln Leu Glu Glu Ser Val Asp Ala Leu Ser Glu Glu Leu Val
660 665 670
Gln Leu Arg Ala Gln Glu Lys Val His Glu Met Glu Lys Glu His Leu
675 680 685
Asn Lys Val Gln Thr Ala Asn Glu Val Lys Gln Ala Val Glu Gln Gln
690 695 700
Ile Gln Ser His Arg Glu Thr His Gln Lys Gln Ile Ser Ser Leu Arg
705 710 715 720
Asp Glu Val Glu Ala Lys Ala Lys Leu Ile Thr Asp Leu Gln Asp Gln
725 730 735
Asn Gln Lys Met Met Leu Glu Gln Glu Arg Leu Arg Val Glu His Glu
740 745 750
Lys Leu Lys Ala Thr Asp Gln Glu Lys Ser Arg Lys Leu His Glu Leu
755 760 765
Thr Val Met Gln Asp Arg Arg Glu Gln Ala Arg Gln Asp Leu Lys Gly
770 775 780
Leu Glu Glu Thr Val Ala Lys Glu Leu Gln Thr Leu His Asn Leu Arg
785 790 795 800
Lys Leu Phe Val Gln Asp Leu Ala Thr Arg Val Lys Lys Ser Ala Glu
805 810 815
Ile Asp Ser Asp Asp Thr Gly Gly Ser Ala Ala Gln Lys Gln Lys Ile
820 825 830
Ser Phe Leu Glu Asn Asn Leu Glu Gln Leu Thr Lys Val His Lys Gln
835 840 845
Glu Asp Pro Lys Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys
850 855 860
Thr Leu Gly Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe
865 870 875 880
His Leu Lys Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu
885 890 895
Lys Glu Asn Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe
900 905 910
Asn Val Leu Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly
915 920 925
Ala Cys Ser Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys
930 935 940
Tyr Gly Ser Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro
945 950 955 960
Gly Tyr Leu Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His
965 970 975
Pro Asp Glu Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp
980 985 990
Gln Ile Ser Gln Gly Met Gln Tyr Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His
995 1000 1005
Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys
1010 1015 1020
Met Lys Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu
1025 1030 1035
Asp Ser Tyr Val Lys Arg Ser Gln Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp
1040 1045 1050
Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser
1055 1060 1065
Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu
1070 1075 1080
Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro Pro Glu Arg Leu Phe Asn
1085 1090 1095
Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu Arg Pro Asp Asn Cys Ser
1100 1105 1110
Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys Trp Lys Gln Glu Pro
1115 1120 1125
Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys Asp Leu Glu Lys
1130 1135 1140
Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ala Ser Thr
1145 1150 1155
Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu Glu Glu
1160 1165 1170
Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg Ala Leu
1175 1180 1185
Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro
1190 1195 1200
Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly
1205 1210 1215
Thr Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala
1220 1225 1230
Asn Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe
1235 1240 1245
Asp Ser
1250
<210> 11
<211> 7148
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (471)..(5051)
<223> KIF5B-RET fusion variant4
<400> 11
ctcctcccgc accgccctgt cgcccaacgg cggcctcagg agtgatcggg cagcagtcgg 60
ccggccagcg gacggcagag cgggcggacg ggtaggcccg gcctgctctt cgcgaggagg 120
aagaaggtgg ccactctccc ggtccccaga acctccccag cccccgcagt ccgcccagac 180
cgtaaagggg gacgctgagg agccgcggac gctctccccg gtgccgccgc cgctgccgcc 240
gccatggctg ccatgatgga tcggaagtga gcattagggt taacggctgc cggcgccggc 300
tcttcaagtc ccggctcccc ggccgcctcc acccggggaa gcgcagcgcg gcgcagctga 360
ctgctgcctc tcacggccct cgcgaccaca agccctcagg tccggcgcgt tccctgcaag 420
actgagcggc ggggagtggc tcccggccgc cggccccggc tgcgagaaag atg gcg 476
Met Ala
1
gac ctg gcc gag tgc aac atc aaa gtg atg tgt cgc ttc aga cct ctc 524
Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg Pro Leu
5 10 15
aac gag tct gaa gtg aac cgc ggc gac aag tac atc gcc aag ttt cag 572
Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys Phe Gln
20 25 30
gga gaa gac acg gtc gtg atc gcg tcc aag cct tat gca ttt gat cgg 620
Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe Asp Arg
35 40 45 50
gtg ttc cag tca agc aca tct caa gag caa gtg tat aat gac tgt gca 668
Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp Cys Ala
55 60 65
aag aag att gtt aaa gat gta ctt gaa gga tat aat gga aca ata ttt 716
Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr Ile Phe
70 75 80
gca tat gga caa aca tcc tct ggg aag aca cac aca atg gag ggt aaa 764
Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu Gly Lys
85 90 95
ctt cat gat cca gaa ggc atg gga att att cca aga ata gtg caa gat 812
Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val Gln Asp
100 105 110
att ttt aat tat att tac tcc atg gat gaa aat ttg gaa ttt cat att 860
Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe His Ile
115 120 125 130
aag gtt tca tat ttt gaa ata tat ttg gat aag ata agg gac ctg tta 908
Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp Leu Leu
135 140 145
gat gtt tca aag acc aac ctt tca gtt cat gaa gac aaa aac cga gtt 956
Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn Arg Val
150 155 160
ccc tat gta aag ggg tgc aca gag cgt ttt gta tgt agt cca gat gaa 1004
Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro Asp Glu
165 170 175
gtt atg gat acc ata gat gaa gga aaa tcc aac aga cat gta gca gtt 1052
Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val Ala Val
180 185 190
aca aat atg aat gaa cat agc tct agg agt cac agt ata ttt ctt att 1100
Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe Leu Ile
195 200 205 210
aat gtc aaa caa gag aac aca caa acg gaa caa aag ctg agt gga aaa 1148
Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser Gly Lys
215 220 225
ctt tat ctg gtt gat tta gct ggt agt gaa aag gtt agt aaa act gga 1196
Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys Thr Gly
230 235 240
gct gaa ggt gct gtg ctg gat gaa gct aaa aac atc aac aag tca ctt 1244
Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys Ser Leu
245 250 255
tct gct ctt gga aat gtt att tct gct ttg gct gag ggt agt aca tat 1292
Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser Thr Tyr
260 265 270
gtt cca tat cga gat agt aaa atg aca aga atc ctt caa gat tca tta 1340
Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp Ser Leu
275 280 285 290
ggt ggc aac tgt aga acc act att gta att tgc tgc tct cca tca tca 1388
Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro Ser Ser
295 300 305
tac aat gag tct gaa aca aaa tct aca ctc tta ttt ggc caa agg gcc 1436
Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln Arg Ala
310 315 320
aaa aca att aag aac aca gtt tgt gtc aat gtg gag tta act gca gaa 1484
Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr Ala Glu
325 330 335
cag tgg aaa aag aag tat gaa aaa gaa aaa gaa aaa aat aag atc ctg 1532
Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys Ile Leu
340 345 350
cgg aac act att cag tgg ctt gaa aat gag ctc aac aga tgg cgt aat 1580
Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp Arg Asn
355 360 365 370
ggg gag acg gtg cct att gat gaa cag ttt gac aaa gag aaa gcc aac 1628
Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys Ala Asn
375 380 385
ttg gaa gct ttc aca gtg gat aaa gat att act ctt acc aat gat aaa 1676
Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn Asp Lys
390 395 400
cca gca acc gca att gga gtt ata gga aat ttt act gat gct gaa aga 1724
Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala Glu Arg
405 410 415
aga aag tgt gaa gaa gaa att gct aaa tta tac aaa cag ctt gat gac 1772
Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu Asp Asp
420 425 430
aag gat gaa gaa att aac cag caa agt caa ctg gta gag aaa ctg aag 1820
Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys Leu Lys
435 440 445 450
acg caa atg ttg gat cag gag gag ctt ttg gca tct acc aga agg gat 1868
Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg Arg Asp
455 460 465
caa gac aat atg caa gct gag ctg aat cgc ctt caa gca gaa aat gat 1916
Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu Asn Asp
470 475 480
gcc tct aaa gaa gaa gtg aaa gaa gtt tta cag gcc cta gaa gaa ctt 1964
Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu Glu Leu
485 490 495
gct gtc aat tat gat cag aag tct cag gaa gtt gaa gac aaa act aag 2012
Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys Thr Lys
500 505 510
gaa tat gaa ttg ctt agt gat gaa ttg aat cag aaa tcg gca act tta 2060
Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala Thr Leu
515 520 525 530
gcg agt ata gat gct gag ctt cag aaa ctt aag gaa atg acc aac cac 2108
Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr Asn His
535 540 545
cag aaa aaa cga gca gct gag atg atg gca tct tta cta aaa gac ctt 2156
Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys Asp Leu
550 555 560
gca gaa ata gga att gct gtg gga aat aat gat gta aag cag cct gag 2204
Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln Pro Glu
565 570 575
gga act ggc atg ata gat gaa gag ttc act gtt gca aga ctc tac att 2252
Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu Tyr Ile
580 585 590
agc aaa atg aag tca gaa gta aaa acc atg gtg aaa cgt tgc aag cag 2300
Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys Lys Gln
595 600 605 610
tta gaa agc aca caa act gag agc aac aaa aaa atg gaa gaa aat gaa 2348
Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu Asn Glu
615 620 625
aag gag tta gca gca tgt cag ctt cgt atc tct caa cat gaa gcc aaa 2396
Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln His Glu Ala Lys
630 635 640
atc aag tca ttg act gaa tac ctt caa aat gtg gaa caa aag aaa aga 2444
Ile Lys Ser Leu Thr Glu Tyr Leu Gln Asn Val Glu Gln Lys Lys Arg
645 650 655
cag ttg gag gaa tct gtc gat gcc ctc agt gaa gaa cta gtc cag ctt 2492
Gln Leu Glu Glu Ser Val Asp Ala Leu Ser Glu Glu Leu Val Gln Leu
660 665 670
cga gca caa gag aaa gtc cat gaa atg gaa aag gag cac tta aat aag 2540
Arg Ala Gln Glu Lys Val His Glu Met Glu Lys Glu His Leu Asn Lys
675 680 685 690
gtt cag act gca aat gaa gtt aag caa gct gtt gaa cag cag atc cag 2588
Val Gln Thr Ala Asn Glu Val Lys Gln Ala Val Glu Gln Gln Ile Gln
695 700 705
agc cat aga gaa act cat caa aaa cag atc agt agt ttg aga gat gaa 2636
Ser His Arg Glu Thr His Gln Lys Gln Ile Ser Ser Leu Arg Asp Glu
710 715 720
gta gaa gca aaa gca aaa ctt att act gat ctt caa gac caa aac cag 2684
Val Glu Ala Lys Ala Lys Leu Ile Thr Asp Leu Gln Asp Gln Asn Gln
725 730 735
aaa atg atg tta gag cag gaa cgt cta aga gta gaa cat gag aag ttg 2732
Lys Met Met Leu Glu Gln Glu Arg Leu Arg Val Glu His Glu Lys Leu
740 745 750
aaa gcc aca gat cag gaa aag agc aga aaa cta cat gaa ctt acg gtt 2780
Lys Ala Thr Asp Gln Glu Lys Ser Arg Lys Leu His Glu Leu Thr Val
755 760 765 770
atg caa gat aga cga gaa caa gca aga caa gac ttg aag ggt ttg gaa 2828
Met Gln Asp Arg Arg Glu Gln Ala Arg Gln Asp Leu Lys Gly Leu Glu
775 780 785
gag aca gtg gca aaa gaa ctt cag act tta cac aac ctg cgc aaa ctc 2876
Glu Thr Val Ala Lys Glu Leu Gln Thr Leu His Asn Leu Arg Lys Leu
790 795 800
ttt gtt cag gac ctg gct aca aga gtt aaa aag agt gct gag att gat 2924
Phe Val Gln Asp Leu Ala Thr Arg Val Lys Lys Ser Ala Glu Ile Asp
805 810 815
tct gat gac acc gga ggc agc gct gct cag aag caa aaa atc tcc ttt 2972
Ser Asp Asp Thr Gly Gly Ser Ala Ala Gln Lys Gln Lys Ile Ser Phe
820 825 830
ctt gaa aat aat ctt gaa cag ctc act aaa gtg cac aaa cag ttg gta 3020
Leu Glu Asn Asn Leu Glu Gln Leu Thr Lys Val His Lys Gln Leu Val
835 840 845 850
cgt gat aat gca gat ctc cgc tgt gaa ctt cct aag ttg gaa aag cga 3068
Arg Asp Asn Ala Asp Leu Arg Cys Glu Leu Pro Lys Leu Glu Lys Arg
855 860 865
ctt cga gct aca gct gag aga gtg aaa gct ttg gaa tca gca ctg aaa 3116
Leu Arg Ala Thr Ala Glu Arg Val Lys Ala Leu Glu Ser Ala Leu Lys
870 875 880
gaa gct aaa gaa aat gca tct cgt gat cgc aaa cgc tat cag caa gaa 3164
Glu Ala Lys Glu Asn Ala Ser Arg Asp Arg Lys Arg Tyr Gln Gln Glu
885 890 895
gta gat cgc ata aag gaa gca gtc agg tca aag aat atg gcc aga aga 3212
Val Asp Arg Ile Lys Glu Ala Val Arg Ser Lys Asn Met Ala Arg Arg
900 905 910
ggg cat tct gca cag att gat gtg gcc gag gag gcg ggc tgc ccc ctg 3260
Gly His Ser Ala Gln Ile Asp Val Ala Glu Glu Ala Gly Cys Pro Leu
915 920 925 930
tcc tgt gca gtc agc aag aga cgg ctg gag tgt gag gag tgt ggc ggc 3308
Ser Cys Ala Val Ser Lys Arg Arg Leu Glu Cys Glu Glu Cys Gly Gly
935 940 945
ctg ggc tcc cca aca ggc agg tgt gag tgg agg caa gga gat ggc aaa 3356
Leu Gly Ser Pro Thr Gly Arg Cys Glu Trp Arg Gln Gly Asp Gly Lys
950 955 960
ggg atc acc agg aac ttc tcc acc tgc tct ccc agc acc aag acc tgc 3404
Gly Ile Thr Arg Asn Phe Ser Thr Cys Ser Pro Ser Thr Lys Thr Cys
965 970 975
ccc gac ggc cac tgc gat gtt gtg gag acc caa gac atc aac att tgc 3452
Pro Asp Gly His Cys Asp Val Val Glu Thr Gln Asp Ile Asn Ile Cys
980 985 990
cct cag gac tgc ctc cgg ggc agc att gtt ggg gga cac gag cct 3497
Pro Gln Asp Cys Leu Arg Gly Ser Ile Val Gly Gly His Glu Pro
995 1000 1005
ggg gag ccc cgg ggg att aaa gct ggc tat ggc acc tgc aac tgc 3542
Gly Glu Pro Arg Gly Ile Lys Ala Gly Tyr Gly Thr Cys Asn Cys
1010 1015 1020
ttc cct gag gag gag aag tgc ttc tgc gag ccc gaa gac atc cag 3587
Phe Pro Glu Glu Glu Lys Cys Phe Cys Glu Pro Glu Asp Ile Gln
1025 1030 1035
gat cca ctg tgc gac gag ctg tgc cgc acg gtg atc gca gcc gct 3632
Asp Pro Leu Cys Asp Glu Leu Cys Arg Thr Val Ile Ala Ala Ala
1040 1045 1050
gtc ctc ttc tcc ttc atc gtc tcg gtg ctg ctg tct gcc ttc tgc 3677
Val Leu Phe Ser Phe Ile Val Ser Val Leu Leu Ser Ala Phe Cys
1055 1060 1065
atc cac tgc tac cac aag ttt gcc cac aag cca ccc atc tcc tca 3722
Ile His Cys Tyr His Lys Phe Ala His Lys Pro Pro Ile Ser Ser
1070 1075 1080
gct gag atg acc ttc cgg agg ccc gcc cag gcc ttc ccg gtc agc 3767
Ala Glu Met Thr Phe Arg Arg Pro Ala Gln Ala Phe Pro Val Ser
1085 1090 1095
tac tcc tct tcc ggt gcc cgc cgg ccc tcg ctg gac tcc atg gag 3812
Tyr Ser Ser Ser Gly Ala Arg Arg Pro Ser Leu Asp Ser Met Glu
1100 1105 1110
aac cag gtc tcc gtg gat gcc ttc aag atc ctg gag gat cca aag 3857
Asn Gln Val Ser Val Asp Ala Phe Lys Ile Leu Glu Asp Pro Lys
1115 1120 1125
tgg gaa ttc cct cgg aag aac ttg gtt ctt gga aaa act cta gga 3902
Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu Gly
1130 1135 1140
gaa ggc gaa ttt gga aaa gtg gtc aag gca acg gcc ttc cat ctg 3947
Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu
1145 1150 1155
aaa ggc aga gca ggg tac acc acg gtg gcc gtg aag atg ctg aaa 3992
Lys Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys
1160 1165 1170
gag aac gcc tcc ccg agt gag ctt cga gac ctg ctg tca gag ttc 4037
Glu Asn Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe
1175 1180 1185
aac gtc ctg aag cag gtc aac cac cca cat gtc atc aaa ttg tat 4082
Asn Val Leu Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu Tyr
1190 1195 1200
ggg gcc tgc agc cag gat ggc ccg ctc ctc ctc atc gtg gag tac 4127
Gly Ala Cys Ser Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu Tyr
1205 1210 1215
gcc aaa tac ggc tcc ctg cgg ggc ttc ctc cgc gag agc cgc aaa 4172
Ala Lys Tyr Gly Ser Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg Lys
1220 1225 1230
gtg ggg cct ggc tac ctg ggc agt gga ggc agc cgc aac tcc agc 4217
Val Gly Pro Gly Tyr Leu Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser Ser
1235 1240 1245
tcc ctg gac cac ccg gat gag cgg gcc ctc acc atg ggc gac ctc 4262
Ser Leu Asp His Pro Asp Glu Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp Leu
1250 1255 1260
atc tca ttt gcc tgg cag atc tca cag ggg atg cag tat ctg gcc 4307
Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser Gln Gly Met Gln Tyr Leu Ala
1265 1270 1275
gag atg aag ctc gtt cat cgg gac ttg gca gcc aga aac atc ctg 4352
Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile Leu
1280 1285 1290
gta gct gag ggg cgg aag atg aag att tcg gat ttc ggc ttg tcc 4397
Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ser
1295 1300 1305
cga gat gtt tat gaa gag gat tcc tac gtg aag agg agc cag ggt 4442
Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys Arg Ser Gln Gly
1310 1315 1320
cgg att cca gtt aaa tgg atg gca att gaa tcc ctt ttt gat cat 4487
Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp His
1325 1330 1335
atc tac acc acg caa agt gat gta tgg tct ttt ggt gtc ctg ctg 4532
Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu
1340 1345 1350
tgg gag atc gtg acc cta ggg gga aac ccc tat cct ggg att cct 4577
Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro
1355 1360 1365
cct gag cgg ctc ttc aac ctt ctg aag acc ggc cac cgg atg gag 4622
Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu
1370 1375 1380
agg cca gac aac tgc agc gag gag atg tac cgc ctg atg ctg caa 4667
Arg Pro Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln
1385 1390 1395
tgc tgg aag cag gag ccg gac aaa agg ccg gtg ttt gcg gac atc 4712
Cys Trp Lys Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile
1400 1405 1410
agc aaa gac ctg gag aag atg atg gtt aag agg aga gac tac ttg 4757
Ser Lys Asp Leu Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu
1415 1420 1425
gac ctt gcg gcg tcc act cca tct gac tcc ctg att tat gac gac 4802
Asp Leu Ala Ala Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp
1430 1435 1440
ggc ctc tca gag gag gag aca ccg ctg gtg gac tgt aat aat gcc 4847
Gly Leu Ser Glu Glu Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala
1445 1450 1455
ccc ctc cct cga gcc ctc cct tcc aca tgg att gaa aac aaa ctc 4892
Pro Leu Pro Arg Ala Leu Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu
1460 1465 1470
tat ggc atg tca gac ccg aac tgg cct gga gag agt cct gta cca 4937
Tyr Gly Met Ser Asp Pro Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro
1475 1480 1485
ctc acg aga gct gat ggc act aac act ggg ttt cca aga tat cca 4982
Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro
1490 1495 1500
aat gat agt gta tat gct aac tgg atg ctt tca ccc tca gcg gca 5027
Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala
1505 1510 1515
aaa tta atg gac acg ttt gat agt taacatttct ttgtgaaagg 5071
Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp Ser
1520 1525
taatggactc acaaggggaa gaaacatgct gagaatggaa agtctaccgg ccctttcttt 5131
gtgaacgtca cattggccga gccgtgttca gttcccaggt ggcagactcg tttttggtag 5191
tttgttttaa cttccaaggt ggttttactt ctgatagccg gtgattttcc ctcctagcag 5251
acatgccaca ccgggtaaga gctctgagtc ttagtggtta agcattcctt tctcttcagt 5311
gcccagcagc acccagtgtt ggtctgtgtc catcagtgac caccaacatt ctgtgttcac 5371
atgtgtgggt ccaacactta ctacctggtg tatgaaattg gacctgaact gttggatttt 5431
tctagttgcc gccaaacaag gcaaaaaaat ttaaacatga agcacacaca caaaaaaggc 5491
agtaggaaaa atgctggccc tgatgacctg tccttattca gaatgagaga ctgcgggggg 5551
ggcctggggg tagtgtcaat gcccctccag ggctggaggg gaagaggggc cccgaggatg 5611
ggcctgggct cagcattcga gatcttgaga atgatttttt tttaatcatg caacctttcc 5671
ttaggaagac atttggtttt catcatgatt aagatgattc ctagatttag cacaatggag 5731
agattccatg ccatctttac tatgtggatg gtggtatcag ggaagagggc tcacaagaca 5791
catttgtccc ccgggcccac cacatcatcc tcacgtgttc ggtactgagc agccactacc 5851
cctgatgaga acagtatgaa gaaagggggc tgttggagtc ccagaattgc tgacagcaga 5911
ggctttgctg ctgtgaatcc cacctgccac cagcctgcag cacaccccac agccaagtag 5971
aggcgaaagc agtggctcat cctacctgtt aggagcaggt agggcttgta ctcactttaa 6031
tttgaatctt atcaacttac tcataaaggg acaggctagc tagctgtgtt agaagtagca 6091
atgacaatga ccaaggactg ctacacctct gattacaatt ctgatgtgaa aaagatggtg 6151
tttggctctt atagagcctg tgtgaaaggc ccatggatca gctcttcctg tgtttgtaat 6211
ttaatgctgc tacaagatgt ttctgtttct tagattctga ccatgactca taagcttctt 6271
gtcattcttc attgcttgtt tgtggtcaca gatgcacaac actcctccag tcttgtgggg 6331
gcagcttttg ggaagtctca gcagctcttc tggctgtgtt gtcagcactg taacttcgca 6391
gaaaagagtc ggattaccaa aacactgcct gctcttcaga cttaaagcac tgataggact 6451
taaaatagtc tcattcaaat actgtatttt atataggcat ttcacaaaaa cagcaaaatt 6511
gtggcatttt gtgaggccaa ggcttggatg cgtgtgtaat agagccttgt ggtgtgtgcg 6571
cacacaccca gagggagagt ttgaaaaatg cttattggac acgtaacctg gctctaattt 6631
gggctgtttt tcagatacac tgtgataagt tcttttacaa atatctatag acatggtaaa 6691
cttttggttt tcagatatgc ttaatgatag tcttactaaa tgcagaaata agaataaact 6751
ttctcaaatt attaaaaatg cctacacagt aagtgtgaat tgctgcaaca ggtttgttct 6811
caggagggta agaactccag gtctaaacag ctgacccagt gatggggaat ttatccttga 6871
ccaatttatc cttgaccaat aacctaattg tctattcctg agttataaaa gtccccatcc 6931
ttattagctc tactggaatt ttcatacacg taaatgcaga agttactaag tattaagtat 6991
tactgagtat taagtagtaa tctgtcagtt attaaaattt gtaaaatcta tttatgaaag 7051
gtcattaaac cagatcatgt tccttttttt gtaatcaagg tgactaagaa aatcagttgt 7111
gtaaataaaa tcatgtatca taaaaaaaaa aaaaaaa 7148
<210> 12
<211> 1527
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 12
Met Ala Asp Leu Ala Glu Cys Asn Ile Lys Val Met Cys Arg Phe Arg
1 5 10 15
Pro Leu Asn Glu Ser Glu Val Asn Arg Gly Asp Lys Tyr Ile Ala Lys
20 25 30
Phe Gln Gly Glu Asp Thr Val Val Ile Ala Ser Lys Pro Tyr Ala Phe
35 40 45
Asp Arg Val Phe Gln Ser Ser Thr Ser Gln Glu Gln Val Tyr Asn Asp
50 55 60
Cys Ala Lys Lys Ile Val Lys Asp Val Leu Glu Gly Tyr Asn Gly Thr
65 70 75 80
Ile Phe Ala Tyr Gly Gln Thr Ser Ser Gly Lys Thr His Thr Met Glu
85 90 95
Gly Lys Leu His Asp Pro Glu Gly Met Gly Ile Ile Pro Arg Ile Val
100 105 110
Gln Asp Ile Phe Asn Tyr Ile Tyr Ser Met Asp Glu Asn Leu Glu Phe
115 120 125
His Ile Lys Val Ser Tyr Phe Glu Ile Tyr Leu Asp Lys Ile Arg Asp
130 135 140
Leu Leu Asp Val Ser Lys Thr Asn Leu Ser Val His Glu Asp Lys Asn
145 150 155 160
Arg Val Pro Tyr Val Lys Gly Cys Thr Glu Arg Phe Val Cys Ser Pro
165 170 175
Asp Glu Val Met Asp Thr Ile Asp Glu Gly Lys Ser Asn Arg His Val
180 185 190
Ala Val Thr Asn Met Asn Glu His Ser Ser Arg Ser His Ser Ile Phe
195 200 205
Leu Ile Asn Val Lys Gln Glu Asn Thr Gln Thr Glu Gln Lys Leu Ser
210 215 220
Gly Lys Leu Tyr Leu Val Asp Leu Ala Gly Ser Glu Lys Val Ser Lys
225 230 235 240
Thr Gly Ala Glu Gly Ala Val Leu Asp Glu Ala Lys Asn Ile Asn Lys
245 250 255
Ser Leu Ser Ala Leu Gly Asn Val Ile Ser Ala Leu Ala Glu Gly Ser
260 265 270
Thr Tyr Val Pro Tyr Arg Asp Ser Lys Met Thr Arg Ile Leu Gln Asp
275 280 285
Ser Leu Gly Gly Asn Cys Arg Thr Thr Ile Val Ile Cys Cys Ser Pro
290 295 300
Ser Ser Tyr Asn Glu Ser Glu Thr Lys Ser Thr Leu Leu Phe Gly Gln
305 310 315 320
Arg Ala Lys Thr Ile Lys Asn Thr Val Cys Val Asn Val Glu Leu Thr
325 330 335
Ala Glu Gln Trp Lys Lys Lys Tyr Glu Lys Glu Lys Glu Lys Asn Lys
340 345 350
Ile Leu Arg Asn Thr Ile Gln Trp Leu Glu Asn Glu Leu Asn Arg Trp
355 360 365
Arg Asn Gly Glu Thr Val Pro Ile Asp Glu Gln Phe Asp Lys Glu Lys
370 375 380
Ala Asn Leu Glu Ala Phe Thr Val Asp Lys Asp Ile Thr Leu Thr Asn
385 390 395 400
Asp Lys Pro Ala Thr Ala Ile Gly Val Ile Gly Asn Phe Thr Asp Ala
405 410 415
Glu Arg Arg Lys Cys Glu Glu Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Lys Gln Leu
420 425 430
Asp Asp Lys Asp Glu Glu Ile Asn Gln Gln Ser Gln Leu Val Glu Lys
435 440 445
Leu Lys Thr Gln Met Leu Asp Gln Glu Glu Leu Leu Ala Ser Thr Arg
450 455 460
Arg Asp Gln Asp Asn Met Gln Ala Glu Leu Asn Arg Leu Gln Ala Glu
465 470 475 480
Asn Asp Ala Ser Lys Glu Glu Val Lys Glu Val Leu Gln Ala Leu Glu
485 490 495
Glu Leu Ala Val Asn Tyr Asp Gln Lys Ser Gln Glu Val Glu Asp Lys
500 505 510
Thr Lys Glu Tyr Glu Leu Leu Ser Asp Glu Leu Asn Gln Lys Ser Ala
515 520 525
Thr Leu Ala Ser Ile Asp Ala Glu Leu Gln Lys Leu Lys Glu Met Thr
530 535 540
Asn His Gln Lys Lys Arg Ala Ala Glu Met Met Ala Ser Leu Leu Lys
545 550 555 560
Asp Leu Ala Glu Ile Gly Ile Ala Val Gly Asn Asn Asp Val Lys Gln
565 570 575
Pro Glu Gly Thr Gly Met Ile Asp Glu Glu Phe Thr Val Ala Arg Leu
580 585 590
Tyr Ile Ser Lys Met Lys Ser Glu Val Lys Thr Met Val Lys Arg Cys
595 600 605
Lys Gln Leu Glu Ser Thr Gln Thr Glu Ser Asn Lys Lys Met Glu Glu
610 615 620
Asn Glu Lys Glu Leu Ala Ala Cys Gln Leu Arg Ile Ser Gln His Glu
625 630 635 640
Ala Lys Ile Lys Ser Leu Thr Glu Tyr Leu Gln Asn Val Glu Gln Lys
645 650 655
Lys Arg Gln Leu Glu Glu Ser Val Asp Ala Leu Ser Glu Glu Leu Val
660 665 670
Gln Leu Arg Ala Gln Glu Lys Val His Glu Met Glu Lys Glu His Leu
675 680 685
Asn Lys Val Gln Thr Ala Asn Glu Val Lys Gln Ala Val Glu Gln Gln
690 695 700
Ile Gln Ser His Arg Glu Thr His Gln Lys Gln Ile Ser Ser Leu Arg
705 710 715 720
Asp Glu Val Glu Ala Lys Ala Lys Leu Ile Thr Asp Leu Gln Asp Gln
725 730 735
Asn Gln Lys Met Met Leu Glu Gln Glu Arg Leu Arg Val Glu His Glu
740 745 750
Lys Leu Lys Ala Thr Asp Gln Glu Lys Ser Arg Lys Leu His Glu Leu
755 760 765
Thr Val Met Gln Asp Arg Arg Glu Gln Ala Arg Gln Asp Leu Lys Gly
770 775 780
Leu Glu Glu Thr Val Ala Lys Glu Leu Gln Thr Leu His Asn Leu Arg
785 790 795 800
Lys Leu Phe Val Gln Asp Leu Ala Thr Arg Val Lys Lys Ser Ala Glu
805 810 815
Ile Asp Ser Asp Asp Thr Gly Gly Ser Ala Ala Gln Lys Gln Lys Ile
820 825 830
Ser Phe Leu Glu Asn Asn Leu Glu Gln Leu Thr Lys Val His Lys Gln
835 840 845
Leu Val Arg Asp Asn Ala Asp Leu Arg Cys Glu Leu Pro Lys Leu Glu
850 855 860
Lys Arg Leu Arg Ala Thr Ala Glu Arg Val Lys Ala Leu Glu Ser Ala
865 870 875 880
Leu Lys Glu Ala Lys Glu Asn Ala Ser Arg Asp Arg Lys Arg Tyr Gln
885 890 895
Gln Glu Val Asp Arg Ile Lys Glu Ala Val Arg Ser Lys Asn Met Ala
900 905 910
Arg Arg Gly His Ser Ala Gln Ile Asp Val Ala Glu Glu Ala Gly Cys
915 920 925
Pro Leu Ser Cys Ala Val Ser Lys Arg Arg Leu Glu Cys Glu Glu Cys
930 935 940
Gly Gly Leu Gly Ser Pro Thr Gly Arg Cys Glu Trp Arg Gln Gly Asp
945 950 955 960
Gly Lys Gly Ile Thr Arg Asn Phe Ser Thr Cys Ser Pro Ser Thr Lys
965 970 975
Thr Cys Pro Asp Gly His Cys Asp Val Val Glu Thr Gln Asp Ile Asn
980 985 990
Ile Cys Pro Gln Asp Cys Leu Arg Gly Ser Ile Val Gly Gly His Glu
995 1000 1005
Pro Gly Glu Pro Arg Gly Ile Lys Ala Gly Tyr Gly Thr Cys Asn
1010 1015 1020
Cys Phe Pro Glu Glu Glu Lys Cys Phe Cys Glu Pro Glu Asp Ile
1025 1030 1035
Gln Asp Pro Leu Cys Asp Glu Leu Cys Arg Thr Val Ile Ala Ala
1040 1045 1050
Ala Val Leu Phe Ser Phe Ile Val Ser Val Leu Leu Ser Ala Phe
1055 1060 1065
Cys Ile His Cys Tyr His Lys Phe Ala His Lys Pro Pro Ile Ser
1070 1075 1080
Ser Ala Glu Met Thr Phe Arg Arg Pro Ala Gln Ala Phe Pro Val
1085 1090 1095
Ser Tyr Ser Ser Ser Gly Ala Arg Arg Pro Ser Leu Asp Ser Met
1100 1105 1110
Glu Asn Gln Val Ser Val Asp Ala Phe Lys Ile Leu Glu Asp Pro
1115 1120 1125
Lys Trp Glu Phe Pro Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu
1130 1135 1140
Gly Glu Gly Glu Phe Gly Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His
1145 1150 1155
Leu Lys Gly Arg Ala Gly Tyr Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu
1160 1165 1170
Lys Glu Asn Ala Ser Pro Ser Glu Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu
1175 1180 1185
Phe Asn Val Leu Lys Gln Val Asn His Pro His Val Ile Lys Leu
1190 1195 1200
Tyr Gly Ala Cys Ser Gln Asp Gly Pro Leu Leu Leu Ile Val Glu
1205 1210 1215
Tyr Ala Lys Tyr Gly Ser Leu Arg Gly Phe Leu Arg Glu Ser Arg
1220 1225 1230
Lys Val Gly Pro Gly Tyr Leu Gly Ser Gly Gly Ser Arg Asn Ser
1235 1240 1245
Ser Ser Leu Asp His Pro Asp Glu Arg Ala Leu Thr Met Gly Asp
1250 1255 1260
Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser Gln Gly Met Gln Tyr Leu
1265 1270 1275
Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile
1280 1285 1290
Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser Asp Phe Gly Leu
1295 1300 1305
Ser Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys Arg Ser Gln
1310 1315 1320
Gly Arg Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp
1325 1330 1335
His Ile Tyr Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu
1340 1345 1350
Leu Trp Glu Ile Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile
1355 1360 1365
Pro Pro Glu Arg Leu Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met
1370 1375 1380
Glu Arg Pro Asp Asn Cys Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu
1385 1390 1395
Gln Cys Trp Lys Gln Glu Pro Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp
1400 1405 1410
Ile Ser Lys Asp Leu Glu Lys Met Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr
1415 1420 1425
Leu Asp Leu Ala Ala Ser Thr Pro Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp
1430 1435 1440
Asp Gly Leu Ser Glu Glu Glu Thr Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn
1445 1450 1455
Ala Pro Leu Pro Arg Ala Leu Pro Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys
1460 1465 1470
Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro Asn Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val
1475 1480 1485
Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr
1490 1495 1500
Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala
1505 1510 1515
Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp Ser
1520 1525
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 13
aggaaatgac caaccaccag 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 14
tccaaattcg ccttctccta 20
<210> 15
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 15
ccataagtga aatgattgga ac 22
<210> 16
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 16
gatttgtatg ttgcagtagc tg 22
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 17
ggagttagca gcatgtcagc 20
<210> 18
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 18
gctcactaaa gtgcacaaac ag 22
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 19
gaagagggca ttctgcacag 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 20
ggaggctcca ggatactcgg 20
<210> 21
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 21
cctcctcggc cacatctg 18
<210> 22
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 22
agagtgctga gattgattct g 21
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 23
cccgagtagc taggattaca 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 24
atgacaggtg tggtcacagc 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 25
tatccacaca ttgggcccac 20
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<213> Artificial
<220>
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<400> 26
atggcagctg tgtcagcatg 20
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<212> DNA
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<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 27
attccctcgg aagaacttgg 20
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> Artificially synthesized primer sequence
<400> 28
gatgacatgt gggtggttga 20
Claims (6)
- KIF5B 단백질의 N말단 부분과, RET 단백질의 C말단 부분이 융합하고 있는 폴리펩티드.
- 제1항에 기재된 폴리펩티드를 코드하는 폴리뉴클레오티드.
- RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하는 방법으로서, 환자로부터 단리한 시료에 있어서의 제2항에 기재된 폴리뉴클레오티드의 존재 또는 비존재를 검출하는 공정을 포함하고, 상기 폴리뉴클레오티드의 존재가 검출되면, 상기 환자에 있어서의 상기 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정되는 방법.
- 제3항에 기재된 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성을 판정하기 위한 약제로서, 적어도 15염기의 쇄 길이를 갖는 하기 (a)∼(c)에 기재 중 어느 하나인 폴리뉴클레오티드, 또는, 하기 (d)에 기재된 항체를 포함하는 약제
(a) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브 및 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드에 하이브리다이즈하는 프로브로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 하나의 프로브인 폴리뉴클레오티드
(b) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점에 하이브리다이즈하는 프로브인 폴리뉴클레오티드
(c) KIF5B 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와 RET 단백질을 코드하는 폴리뉴클레오티드와의 융합점을 사이에 두도록 설계된 한 쌍의 프라이머인 폴리뉴클레오티드
(d) KIF5B 단백질과 RET 단백질이 융합하고 있는 폴리펩티드에 결합하는 항체. - 암을 치료하는 방법으로서, 제3항에 기재된 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정된 환자에, 상기 RET 티로신키나아제 저해제를 투여하는 공정을 포함하는 방법.
- RET 티로신키나아제 저해제를 유효 성분으로 하는 암의 치료제로서, 제3항에 기재된 방법에 의해 RET 티로신키나아제 저해제에 의한 암 치료의 유효성이 높다고 판정된 환자에 투여되는 치료제.
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