JP6871869B2 - 新規融合体及びその検出法 - Google Patents

Description

本発明は、ＲＥＴキナーゼ領域を含む新規の融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子、及びそれらの検出方法に関する。
本発明は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１の少なくとも一部を含む新規の融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子、及びそれらの検出方法に関する。

染色体転座の結果、本来は別々の遺伝子が融合して融合遺伝子が作られる。これまで慢性骨髄性白血病におけるＢＣＲ−ＡＢＬ１融合体や、肺がんにおけるＥＭＬ４−ＡＬＫ融合体、肺がんを含む種々のがんにおけるＲＯＳ１融合体のように、キナーゼ遺伝子の一部を構成要素に含む融合遺伝子はしばしば発がんに本質的な役割を担い、その機能を抑制する薬剤は極めて有効な抗がん剤となることが知られている（非特許文献１、特許文献１、及び特許文献２）。
例えば、チロシンキナーゼ阻害剤のクリゾチニブやエルロチニブの登場により、分子診断とがん治療効果の関係について、臨床で示されつつあり、分子診断による適応患者の選別により、患者を層別化した上での治療薬投与というコンセプトが広がりつつある。

ＲＥＴ（Ret proto-oncogene）は、膜貫通受容体型チロシンキナーゼであり、ＧＤＮＦが結合して２量体化したＧＦＲ−ａｌｐｈａと、細胞外ドメインを介して結合し、活性化される。活性化は細胞外のＲＥＴのカドヘリン様ドメインを介して、ＲＥＴが２量体を形成し、また、細胞内チロシンキナーゼドメインの自己リン酸化が起こる（非特許文献３）。
これまでに、異なるＲＥＴ融合遺伝子が原因であるがんが複数知られている。甲状腺乳頭がんにおけるＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ、肺がんにおけるＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ、慢性骨髄単球白血病におけるＢＣＲ−ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１ＯＰ−ＲＥＴ等が知られている（非特許文献２、非特許文献３、非特許文献４、及び非特許文献５）。ＲＥＴ遺伝子と他の遺伝子の再構成により生じた融合体は、恒常的にキナーゼドメインがリン酸化状態にあり、ＭＡＰＫ経路等にシグナルを送り続けることにより、細胞のがん化に繋がる。

特許第４３０３３０３号公報 ＷＯ２０１１／１６２２９５号パンフレット

Lugo, TG et al., Science. 247, 1079-1082 (1990). Santro, M et al., Oncogene. 9, 509-516 (1994). Takeuchi, K et al., Nat. Med. 18, 378-381 (2012). Mulligan, LM. Nat. Rev. 14, 173-186 (2014). Wang, R et al., J. Clin. Onco. 30, 4532-4539 (2012).

本発明の課題は、がんの新たな原因因子である融合体（融合タンパク質及び融合遺伝子）を解明したことに基づき、融合タンパク質又は当該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法、当該検出方法を用いたがんの診断方法、がん治療用医薬組成物の適用対象者の判定方法、前記検出方法のためのキット及びプライマーセット、前記融合タンパク質であるポリペプチドの活性及び／又は発現の阻害物質のスクリーニング方法、ならびに前記阻害物質を含有するがん治療用医薬組成物及び前記がん治療用医薬組成物を投与するがん治療方法を提供することにある。

本発明者は、大腸がん患者から得た検体から、ＮＣＯＡ４遺伝子の一部と、キナーゼであるＲＥＴ遺伝子の一部とが融合した融合遺伝子、及び、ＲＵＦＹ１遺伝子の一部と、キナーゼであるＲＥＴ遺伝子の一部とが融合した新規の融合遺伝子を単離同定し（実施例１〜３）、当該融合遺伝子が大腸がん患者検体に存在することを見出した（実施例４〜５）。
本発明者は、これらの知見から、ＲＥＴ融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法を提供し、そのためのキット及びプライマーセットを提供し、この融合タンパク質又は当該融合タンパク質をコードする融合遺伝子を検出することにより、ＲＥＴ阻害物質を用いた治療の対象となるがん患者を判別することを可能とし、当該がん患者にＲＥＴ阻害物質を投与する工程を含む、がんの治療方法を提供する。
本発明者は、これらの知見から、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法を提供し、そのためのキット及びプライマーセットを提供し、この融合タンパク質又は当該融合タンパク質をコードする融合遺伝子を検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１阻害物質を用いた治療の対象となるがん患者を判別することを可能とし、当該がん患者にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１阻害物質を投与する工程を含む、がんの治療方法を提供する。

本発明は、以下の発明に関する：
［１］被験者から得た試料中の、ＲＥＴ融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法。
［２］前記検出方法が、ＲＥＴタンパク質の切断、又は、ＲＥＴタンパク質をコードする遺伝子の切断、を検出する工程を含む、［１］に記載の検出方法。
［３］前記検出方法が、ＲＥＴタンパク質とそれ以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む、［１］に記載の検出方法。
［４］前記融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質である、［１］〜［３］のいずれかに記載の検出方法。
［５］前記融合タンパク質が、以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［１］〜［４］のいずれかに記載の検出方法：
（ａ）配列番号２（ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ）又は配列番号４（ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ）で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［６］前記ＲＥＴ融合遺伝子が、［５］に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである、［１］〜［５］のいずれかに記載の検出方法。
［７］前記融合遺伝子が、ＤＮＡ又はｍＲＮＡである、［１］〜［６］のいずれかに記載の検出方法。
［８］前記試料が、消化器由来試料である、［１］〜［７］のいずれかに記載の検出方法。
［９］前記消化器由来試料が、消化管由来試料である、［８］に記載の検出方法。
［１０］前記消化器由来試料が、下部消化管由来試料である、［８］に記載の検出方法。
［１１］前記消化器由来試料が、大腸由来試料である、［８］に記載の検出方法。
［１２］ＲＥＴ遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＲＥＴ遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット。
［１３］ＲＥＴ遺伝子と共にＲＥＴ融合遺伝子を構成する他の遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＲＥＴ遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット。
［１４］ＲＥＴタンパク質をコードするポリヌクレオチドの、５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、前記ポリヌクレオチドの３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット。
［１５］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット。
［１６］以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット：
（ａ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［１７］ＲＥＴタンパク質のＮ末端側領域を特異的に認識できる抗ＲＥＴ抗体、及び、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域を特異的に認識できる抗ＲＥＴ抗体を含む、ＲＥＴ融合タンパク質の検出用キット。
［１８］ＲＥＴタンパク質と共にＲＥＴ融合タンパク質を構成する他のタンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、ＲＥＴ融合タンパク質の検出用キット。
［１９］前記他のタンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質である、［１８］に記載のキット。
［２０］ＲＥＴタンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマー及びＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマーを含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子とＲＥＴ遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは［１６］に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなり、センスプライマーは［１６］に記載のポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でアニールする核酸分子からなるプライマーセット。
［２１］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子とＲＥＴ遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、配列番号１又は配列番号３に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。
［２２］以下の（ａ）〜（ｂ）からなる群から選択される、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、を含む、プライマーセット：
（ａ）配列番号１の塩基番号１から１９８４の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号１の塩基番号１９８５から５２７５の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、及び、
（ｂ）配列番号３の塩基番号１から１９１７の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号１９１８から５２０８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー。
［２３］（１）［５］に記載のポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
（２）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現が阻害されるか否かを分析する工程、及び
（３）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質を選択する工程
を含む、前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質をスクリーニングする方法。
［２４］前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質が、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療剤である、［２３］に記載のスクリーニング方法。
［２５］前記がんが、消化器がんである、［２４］に記載のスクリーニング方法。
［２６］前記がんが、消化管がんである、［２５］に記載のスクリーニング方法。
［２７］前記がんが、下部消化管がんである、［２５］に記載のスクリーニング方法。
［２８］前記がんが、大腸がんである、［２５］に記載のスクリーニング方法。
［２９］ＲＥＴ融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質を含有する、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療用医薬組成物。
［３０］前記ＲＥＴ融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、［２９］に記載の医薬組成物。
［３１］前記ＲＥＴ融合タンパク質が、［５］に記載のポリペプチドである、［２９］又は［３０］に記載の医薬組成物。
［３２］前記がんが、消化器がんである、［２９］〜［３１］のいずれかに記載の医薬組成物。
［３３］前記がんが、消化管がんである、［３２］に記載の医薬組成物。
［３４］前記がんが、下部消化管がんである、［３２］に記載の医薬組成物。
［３５］前記がんが、大腸がんである、［３２］に記載の医薬組成物。
［３６］ＲＥＴ融合タンパク質。
［３７］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１とＲＥＴとの融合タンパク質。
［３８］以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［３６］に記載の融合タンパク質：
（ａ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［３９］［３６］〜［３８］のいずれかに記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
［４０］［３９］に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
［４１］［４０］に記載のベクターで形質転換された細胞。
［４２］被験者から得た試料中の、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法。
［４３］前記検出方法が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の切断、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質をコードする遺伝子の切断、を検出する工程を含む、［４２］に記載の検出方法。
［４４］前記検出方法が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とそれ以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む、［４２］に記載の検出方法。
［４５］前記融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質である、［４２］〜［４４］のいずれかに記載の検出方法。
［４６］前記融合タンパク質が、以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［４２］〜［４５］のいずれかに記載の検出方法：
（ａ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［４７］前記ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、［４６］に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである、［４２］〜［４６］のいずれかに記載の検出方法。
［４８］前記融合遺伝子が、ＤＮＡ又はｍＲＮＡである、［４２］〜［４７］のいずれかに記載の検出方法。
［４９］前記試料が消化器由来試料である、［４２］〜［４８］のいずれかに記載の検出方法。
［５０］前記消化器由来試料が、消化管由来試料である、［４９］に記載の検出方法。
［５１］前記消化器由来試料が、下部消化管由来試料である、［４９］に記載の検出方法。
［５２］前記消化器由来試料が、大腸由来試料である、［４９］に記載の検出方法。
［５３］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キット。
［５４］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を構成する他の遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キット。
［５５］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質をコードするポリヌクレオチドの、５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、前記ポリヌクレオチドの３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キット。
［５６］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット。
［５７］以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット：
（ａ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［５８］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域を特異的に認識できる抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体、及び、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＣ末端側領域を特異的に認識できる抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体を含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出用キット。
［５９］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を構成する他のタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出用キット。
［６０］前記他のタンパク質が、ＲＥＴタンパク質である、［５９］に記載のキット。
［６１］ＲＥＴタンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマー及びＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマーを含む、ＲＥＴ遺伝子とＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは［５７］に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなり、センスプライマーは［５７］に記載のポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でアニールする核酸分子からなるプライマーセット。
［６２］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子とＲＥＴ遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、配列番号１又は配列番号３に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。
［６３］以下の（ａ）〜（ｂ）からなる群から選択される、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、を含む、プライマーセット：
（ａ）配列番号１の塩基番号１から１９８４の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号１の塩基番号１９８５から５２７５の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、及び、
（ｂ）配列番号３の塩基番号１から１９１７の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号１９１８から５２０８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー。
［６４］（１）［４６］に記載のポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
（２）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現が阻害されるか否かを分析する工程、及び
（３）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質を選択する工程
を含む、前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質をスクリーニングする方法。
［６５］前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療剤である、［６４］に記載のスクリーニング方法。
［６６］前記がんが、消化器がんである、［６５］に記載のスクリーニング方法。
［６７］前記がんが、消化管がんである、［６６］に記載のスクリーニング方法。
［６８］前記がんが、下部消化管がんである、［６６］に記載のスクリーニング方法。
［６９］前記がんが、大腸がんである、［６６］に記載のスクリーニング方法。
［７０］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質を含有する、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療用医薬組成物。
［７１］前記ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、［７０］に記載の医薬組成物。
［７２］前記ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、［４６］に記載のポリペプチドである、［７０］又は［７１］に記載の医薬組成物。
［７３］前記がんが、消化器がんである、［７０］〜［７２］のいずれかに記載の医薬組成物。
［７４］前記がんが、消化管がんである、［７３］に記載の医薬組成物。
［７５］前記がんが、下部消化管がんである、［７３］に記載の医薬組成物。
［７６］前記がんが、大腸がんである、［７３］に記載の医薬組成物。
［７７］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質。
［７８］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１とＲＥＴとの融合タンパク質。
［７９］以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［７７］に記載の融合タンパク質：
（ａ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［８０］［７７］〜［７９］のいずれかに記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
［８１］［８０］に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
［８２］［８１］に記載のベクターで形質転換された細胞。
［８３］ＲＥＴ融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療方法。
［８４］ＲＥＴ融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質の、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の製造への使用。
［８５］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療方法。
［８６］ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質の、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の製造への使用。

本発明の検出方法は、ＲＥＴ融合体陽性のがん（特に消化器がん）を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法によれば、被験者におけるＲＥＴ融合体陽性のがんを診断することができ、更に、ＲＥＴ阻害物質の適用対象者であるか否かを判定することができる。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、本発明の検出方法に用いることができる。更に、本発明の阻害物質スクリーニング方法によれば、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングすることができる。前記スクリーニング方法により得られた物質は、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができ、また、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療に用いることができる。
本発明の検出方法は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがん（特に消化器がん）を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法によれば、被験者におけるＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんを診断することができ、更に、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１阻害物質の適用対象者であるか否かを判定することができる。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、本発明の検出方法に用いることができる。更に、本発明の阻害物質スクリーニング方法によれば、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングすることができる。前記スクリーニング方法により得られた物質は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができ、また、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療に用いることができる。

ＮＩＨ３Ｔ３繊維芽細胞に融合遺伝子ＲＵＦＹ１−ＲＥＴを導入し、７日間培養後の状態を示す、図面に代わる顕微鏡写真である。 融合遺伝子ＲＵＦＹ１−ＲＥＴを導入した３Ｔ３繊維芽細胞を皮下に接種したヌードマウスにおける、接種後１乃至８日後の腫瘍サイズの経時的変化を示すグラフである。 ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するＢａ／Ｆ３細胞におけるＲＥＴ阻害剤（Vandetanib）に対する感受性を示すグラフである。 ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するＢａ／Ｆ３細胞におけるＲＥＴ阻害剤（Alectinib）に対する感受性を示すグラフである。 ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するＢａ／Ｆ３細胞におけるＲＥＴ阻害剤（Lenvatinib）に対する感受性を示すグラフである。 ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するＢａ／Ｆ３細胞におけるＲＥＴ阻害剤（Cabozantinib）に対する感受性を示すグラフである。 ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するＢａ／Ｆ３細胞を各ＲＥＴ阻害剤で処理した後、各培養細胞由来の抽出物のウェスタンブロッティングを実施した結果を示す、図面に代わる写真である。

≪定義等≫
＜融合点＞
本明細書における「ＲＥＴ融合遺伝子における融合点」とは、ＲＥＴ融合遺伝子における、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドと、ＲＥＴ遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドとが結合した箇所を意味する。
本明細書における「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子における融合点」とは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子における、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドとが結合した箇所を意味する。

例えば、ＲＥＴ融合遺伝子、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、配列番号１で表されるＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子（ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２）の場合、前記融合点とは、ＮＣＯＡ４遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端の塩基（第１９８４番）と、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端の塩基（第１９８５番）との結合した箇所（第１９８４／１９８５番）である。
また、ＲＥＴ融合遺伝子、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、配列番号３で表されるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子（ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２）の場合、前記融合点とは、ＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端の塩基（第１９１７番）と、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端の塩基（第１９１８番）との結合した箇所（第１９１７／１９１８番）である。

本明細書における「ＲＥＴ融合タンパク質における融合点」とは、ＲＥＴ融合タンパク質における、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドと、ＲＥＴ遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドとが結合した箇所を意味する。
本明細書における「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質における融合点」とは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質における、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドとが結合した箇所を意味する。

例えば、ＲＥＴ融合タンパク質、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、配列番号２で表されるＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、前記融合点とは、ＮＣＯＡ４タンパク質由来のポリペプチドのＣ末端のアミノ酸（第６１３番）と、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドのＮ末端のアミノ酸（第６１４番）との結合した箇所（第６１３／６１４番）である。
また、ＲＥＴ融合タンパク質、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、配列番号４で表されるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、前記融合点とは、ＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドのＣ末端のアミノ酸（第６３５番）と、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドのＮ末端のアミノ酸（第６３６番）との結合した箇所（第６３５／６３６番）である。

＜ＲＥＴ遺伝子又はＲＥＴタンパク質の切断＞
更に、本明細書において、「ＲＥＴ遺伝子の切断」又は「ＲＥＴ遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等によりＲＥＴ遺伝子の連続性が失われている状態、すなわち、ＲＥＴ遺伝子がＲＥＴキナーゼ領域を含むポリヌクレオチドと、それ以外のポリヌクレオチドと、の少なくとも２つのポリヌクレオチドとに分かれている状態を指す。なお、ＲＥＴ遺伝子の切断点（break point）は、ＲＥＴ遺伝子が切断されてできたポリヌクレオチドの少なくとも一つがコードするタンパク質がＲＥＴキナーゼ活性を保持する範囲で限定されない。
また、「ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子の切断」又は「ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等により他の遺伝子の連続性が失われている状態、すなわち、他の遺伝子が少なくとも２つのポリヌクレオチドに分かれている状態を指す。

また、本明細書において、「ＲＥＴタンパク質の切断」又は「ＲＥＴタンパク質が切断されている」とは、ＲＥＴ遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、ＲＥＴタンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、ＲＥＴタンパク質がＲＥＴキナーゼ領域を含むポリペプチドと、それ以外のポリペプチドと、の少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。なお、ＲＥＴタンパク質の切断点は、ＲＥＴタンパク質が切断されてできたポリペプチドの少なくとも一つがＲＥＴキナーゼ活性を保持する範囲で限定されない。
また、「ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質の切断」又は「ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質が切断されている」とは、他の遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、他のタンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、他のタンパク質が少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。

＜ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の切断＞
更に、本明細書において、「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の切断」又は「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等によりＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の連続性が失われている状態を指す。なお、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の切断点（break point）は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を構築する他の遺伝子がコードするタンパク質の機能（例えば、当該タンパク質がキナーゼドメインを有する場合、キナーゼ活性）を保持する範囲で限定されない。
また、「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子の切断」又は「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等により他の遺伝子の連続性が失われている状態、すなわち、他の遺伝子が少なくとも２つのポリヌクレオチドに分かれている状態を指す。

また、本明細書において、「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の切断」又は「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質が切断されている」とは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質が少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。なお、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の切断点は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を構築する他のタンパク質の機能（例えば、当該他のタンパク質がキナーゼドメインを有する場合、キナーゼ活性）を保持する範囲で限定されない。
また、「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質の切断」又は「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質が切断されている」とは、他の遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、他のタンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、他のタンパク質が少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。

＜５’末端側領域／３’末端側領域、Ｎ末端側領域／Ｃ末端側領域＞
５’末端側領域とは、融合遺伝子の場合は、融合点より５’末端側のポリヌクレオチド、野生型遺伝子（融合遺伝子でない遺伝子）の場合は、当該野生型遺伝子が融合遺伝子を構築した場合の、切断点より５’末端側のポリヌクレオチドを示す。なお、５’末端側領域は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、及びｃＤＮＡのいずれにおける領域であってもよく、例えば、ゲノムＤＮＡの場合は、５’末端側ゲノム領域ともいう。
３’末端側領域とは、融合遺伝子の場合は、融合点より３’末端側のポリヌクレオチド、野生型遺伝子（融合遺伝子でない遺伝子）の場合は、当該野生型遺伝子が融合遺伝子を構築した場合の、切断点より３’末端側のポリヌクレオチドを示す。なお、３’末端側領域は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、及びｃＤＮＡのいずれにおける領域であってもよく、例えば、ゲノムＤＮＡの場合は、３’末端側ゲノム領域ともいう。

Ｎ末端側領域とは、融合タンパク質の場合は、融合点よりＮ末端側のポリペプチド、野生型タンパク質（融合タンパク質でないタンパク質）の場合は、当該野生型タンパク質が融合遺伝子を構築した場合の、切断点よりＮ末端側のポリヌクレオチドを示す。
Ｃ末端側領域とは、融合タンパク質の場合は、融合点よりＣ末端側のポリペプチド、野生型タンパク質（融合タンパク質でないタンパク質）の場合は、当該野生型タンパク質が融合遺伝子を構築した場合の、切断点よりＣ末端側のポリヌクレオチドを示す。

例えば、配列番号１で表されるＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子（ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２）の場合、５’末端側領域は、第１〜第１９８４番、３’末端側領域は、第１９８５〜５２７５番の塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号２で表されるＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、Ｎ末端側領域は、前記ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２の５’末端側領域のＣＤＳ（配列番号１の第１４６〜１９８４番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号２の第１〜６１３番アミノ酸）であり、Ｃ末端側領域は、前記ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２の３’末端側領域のＣＤＳ（配列番号１の第１９８５〜３１９３番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号２の第６１４〜１０１５番アミノ酸）である。

配列番号３で表されるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子（ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２）の場合、５’末端側領域は、第１〜第１９１７番、３’末端側領域は、第１９１８〜５２０８番の塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号４で表されるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、Ｎ末端側領域は、前記ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２の５’末端側領域のＣＤＳ（配列番号３の第１３〜１９１７番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号４の第１〜６３５番アミノ酸）であり、Ｃ末端側領域は、前記ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２の３’末端側領域のＣＤＳ（配列番号３の第１９１８〜３１２６番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号４の第６３６〜１０３７番アミノ酸）である。

＜ｃＤＮＡリファレンス配列＞
また、本明細書において、各由来遺伝子のｃＤＮＡリファレンス配列として、ＲＥＴはENST00000355710、ＮＣＯＡ４はENST00000578454、ＲＵＦＹ１はENST00000319449を、タンパク質のアミノ酸リファレンス配列としては、ＲＥＴはENSP00000347942、ＮＣＯＡ４はENSP00000463027、ＲＵＦＹ１はENSP00000325594を用いた。

＜ストリンジェントな条件＞
本明細書における「ストリンジェントな条件」とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、「５×ＳＳＰＥ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、２００μｇ／ｍＬ鮭精子ＤＮＡ、４２℃オーバーナイト」、洗浄のための条件として、「０．５×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、４２℃」の条件である。「よりストリンジェントな条件」とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、「５×ＳＳＰＥ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、２００μｇ／ｍＬ鮭精子ＤＮＡ、４２℃オーバーナイト」、洗浄のための条件として、「０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃」の条件である。

＜腫瘍形成能＞
あるポリペプチドが「腫瘍形成能を有する」ことは、公知の方法、例えば、ＷＯ２０１１／１６２２９５の実施例４の方法、あるいは、後述の実施例６の方法で確認することができる。具体的には、当該ポリペプチドを発現するプラスミドを導入した宿主（３Ｔ３繊維芽細胞）をヌードマウスの皮下に接種し、腫瘍形成の有無で判断する方法で確認する。ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合体では、導入細胞における形質転換及び導入細胞移植マウスにおける腫瘍形成能が示されており、本融合遺伝子又はその転写産物の存在は、発現部位におけるがんの原因であることが示唆されている（非特許文献２参照）。

≪本発明の検出方法に係る試料≫
＜対象臓器＞
本発明に係る検出方法は、対象臓器に生じるがんの検出に好適に用いることができる。被験者の被験部位（対象臓器）としては、本発明に係る融合体が存在している範囲で限定されないが、消化器が好ましく、消化管がより好ましく、胃腸が更に好ましく、下部消化管が更に好ましく、大腸が特に好ましい。
被験部位の組織型は、本発明に係る検出方法が適用可能な範囲で制限されず、扁平上皮組織でも、腺組織でもよいが、扁平上皮組織が好ましい。

＜被験者からの採取物＞
本発明に係る検出方法における、被験者から得た試料としては、被験者からの採取物（生体から分離した試料）、具体的には、任意の採取された体液（好ましくは血液）、被験者患部からの摘出検体、生検試料又は擦過検体、糞便、尿、消化管洗浄液等を用いることができる。前記消化管洗浄液は、消化管全体の洗浄液であっても、あるいは、少なくとも被験部位を含む消化管の洗浄液、例えば、下部消化管の洗浄液、大腸の洗浄液であってもよい。検出感度を考慮すると、前記対象臓器における被験部位の細胞が含まれる試料が好ましく、被験者の被験部位からの摘出検体又は生検試料が更に好ましい。

＜採取物の調製＞
本発明に係るＲＥＴ融合遺伝子、又は、ＲＥＴ融合タンパク質の検出方法は、被験者から得た試料の組織切片、又は、細胞懸濁液等を作成し、組織切片又は細胞懸濁液に含まれる細胞に対し、当業者に周知の技法により、ＲＥＴ融合遺伝子、又は、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することにより実施できる。あるいは、前述の被験者から得た試料から、可溶化液を調製し、ここに含まれる遺伝子、又は、タンパク質を抽出し、この抽出試料において、当業者に周知の技法により、ＲＥＴ融合遺伝子、又は、ＲＥＴ融合タンパク質を検出してもよい。なお、ＲＥＴ融合遺伝子の検出とは、ＲＥＴ融合遺伝子のゲノムＤＮＡの検出、当該ゲノムＤＮＡの転写産物であるｍＲＮＡ、又は、ｍＲＮＡを鋳型として得られるｃＤＮＡの検出のいずれであってもよい。

本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出方法は、被験者から得た試料の組織切片、又は、細胞懸濁液等を作成し、組織切片又は細胞懸濁液に含まれる細胞に対し、当業者に周知の技法により、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することにより実施できる。あるいは、前述の被験者から得た試料から、可溶化液を調製し、ここに含まれる遺伝子、又は、タンパク質を抽出し、この抽出試料において、当業者に周知の技法により、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出してもよい。なお、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出とは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子のゲノムＤＮＡの検出、当該ゲノムＤＮＡの転写産物であるｍＲＮＡ、又は、ｍＲＮＡを鋳型として得られるｃＤＮＡの検出のいずれであってもよい。

≪本発明の検出方法に係る検出対象≫
本発明の検出方法には、被験者から得た試料中の、ＲＥＴ融合体の検出方法、すなわち、ＲＥＴキナーゼ領域を含む融合タンパク質（「ＲＥＴ融合タンパク質」ともいう）の検出方法、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子（「ＲＥＴ融合遺伝子」ともいう）の検出方法が含まれる。
本発明の検出方法には、被験者から得た試料中の、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体の検出方法、すなわち、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出方法、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子（「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子」ともいう）の検出方法が含まれる。

＜ＲＥＴ融合体：ＲＥＴ融合タンパク質とＲＥＴ融合遺伝子＞
本発明に係るＲＥＴ融合体は、ＲＥＴ融合タンパク質とＲＥＴ融合遺伝子を含む。
本発明に係るＲＥＴ融合タンパク質は、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドと、ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドと、から構築される融合ポリペプチドであって、前記ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドは、ＲＥＴタンパク質における少なくともＲＥＴキナーゼ領域のポリペプチドを含み、ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドは、他のタンパク質における少なくとも一部のポリペプチドを含む範囲で特に制限されない。

前記他のタンパク質としては、ＲＥＴキナーゼドメインを含むＲＥＴタンパク質の一部と融合することにより、構築されたＲＥＴ融合タンパク質が腫瘍形成能を有するものであれば特に制限されない。構築されたＲＥＴ融合タンパク質において、ＲＥＴキナーゼ活性化が恒常的に維持されることにより、ＲＥＴ融合タンパク質が腫瘍形成能を有することが好ましい。

また、ＲＥＴ融合タンパク質は、ＲＥＴキナーゼ活性化が恒常的に維持され、構築されたＲＥＴ融合タンパク質が腫瘍形成能を有する範囲で、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチド、及び、ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドのいずれでもない、第３のポリペプチドを含んでいてもよい。第３のポリペプチドは、ＲＥＴ融合タンパク質のＮ末端に位置していても、Ｃ末端に位置していても、或いは、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドとＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとの間に位置していてもよい。

ＲＥＴ融合タンパク質としては、前記他のタンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質である融合タンパク質が特に好ましい。すなわち、少なくともＲＥＴキナーゼ領域のポリペプチドを含む、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の少なくとも一部のポリペプチドを含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドと、から構築された、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質（以下、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合タンパク質又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質、あるいは、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質ともいう）であることが好ましい。

＜ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体：ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質とＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子＞
本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質とＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を含む。
本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドと、から構築される融合ポリペプチドであって、前記ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質における少なくとも一部のポリペプチドを含み、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドは、他のタンパク質における少なくとも一部のポリペプチドを含む範囲で特に制限されない。

前記他のタンパク質としては、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の一部と融合することにより、構築されたＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が腫瘍形成能を有するものであれば特に制限されない。当該他のタンパク質の有する機能性ドメイン（好ましくは、キナーゼドメイン）の活性化が恒常的に維持されることにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が腫瘍形成能を有することが好ましい。

また、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の一部と融合することによりＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質の機能性ドメインの活性化が恒常的に維持され、構築されたＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が腫瘍形成能を有する範囲で、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチド、及び、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドのいずれでもない、第３のポリペプチドを含んでいてもよい。第３のポリペプチドは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質のＮ末端に位置していても、Ｃ末端に位置していても、或いは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドとＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとの間に位置していてもよい。

ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質としては、前記他のタンパク質が、ＲＥＴタンパク質である融合タンパク質が特に好ましい。すなわち、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の少なくとも一部のポリペプチドを含む、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドと、少なくともＲＥＴキナーゼ領域のポリペプチドを含む、ＲＥＴタンパク質の少なくとも一部のポリペプチドと、から構築された、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質（以下、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合タンパク質又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質、あるいは、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質ともいう）であることが好ましい。

「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質」としては、下記（ａ）〜（ｄ）に記載のポリペプチドが特に好ましい：
（ａ）配列番号２（ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ）又は配列番号４（ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ）で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド（以下、相同ポリペプチドと称する）、及び
（ｄ）配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド（以下、機能的等価改変体と称する）。

配列番号２で表されるアミノ酸配列は、配列番号１で表される塩基配列、特には配列番号１の塩基番号１４６〜３１９３で表される塩基配列（ＣＤＳ）によりコードされる配列である。配列番号１で表される塩基配列は、ＮＣＯＡ４遺伝子の５’−ＵＴＲ配列、ＮＣＯＡ４遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン９まで、ＲＥＴ遺伝子のエクソン１２からエクソン２０の停止コドンまで、ＲＥＴ遺伝子の３’−ＵＴＲ配列の塩基配列からなる。配列番号１で表される塩基配列の内、塩基番号１〜１９８４の配列はＮＣＯＡ４遺伝子に由来し、塩基番号１９８５〜５２７５の配列はＲＥＴ遺伝子に由来する。本明細書において、配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、及び、これをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチド（配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む）を、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合体（または、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２という場合もある）と称する。

配列番号４で表されるアミノ酸配列は、配列番号３で表される塩基配列、特には配列番号３の塩基番号１３〜３１２６で表される塩基配列（ＣＤＳ）によりコードされる配列である。配列番号３で表される塩基配列は、ＲＵＦＹ１遺伝子の５’−ＵＴＲ配列、ＲＵＦＹ１遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン１６まで、ＲＥＴ遺伝子のエクソン１２からエクソン２０の停止コドンまで、及びＲＥＴ遺伝子の３’−ＵＴＲ配列の塩基配列からなる。配列番号３で表される塩基配列の内、塩基番号１３〜１９１７の配列はＲＵＦＹ１遺伝子に由来し、塩基番号１９１８〜３１２６の配列はＲＥＴ遺伝子に由来する。本明細書において、配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、及び、これをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチド（配列番号３で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む）を、ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合体（または、ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２という場合もある）と称する。

「機能的等価改変体」において置換、欠失、及び／又は挿入可能なアミノ酸数は、１〜数個であるが、好ましくは１〜１０個、更に好ましくは１〜７個、最も好ましくは１〜５個である。

「相同ポリペプチド」は、「配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド」であるが、該同一性が、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上、更に好ましくは９８％以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチドが好ましい。なお、「配列番号２又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド」には、前記同一性を示し、且つ、少なくとも１つの置換、欠失、及び／又は挿入（好ましくは置換）を有するポリペプチド（狭義の相同ポリペプチド）と、同一性が１００％であるポリペプチドとが含まれる。

なお、本明細書における前記「同一性」とは、ＮＥＥＤＬＥ ｐｒｏｇｒａｍ（J Mol Biol 1970; 48: 443-453）検索によりデフォルトで用意されているパラメータを用いて得られた値Ｉｄｅｎｔｉｔｙを意味する。前記のパラメータは以下のとおりである。
Ｇａｐ ｐｅｎａｌｔｙ ＝ １０
Ｅｘｔｅｎｄ ｐｅｎａｌｔｙ ＝ ０．５
Ｍａｔｒｉｘ ＝ ＥＢＬＯＳＵＭ６２

本発明に係るＲＥＴ融合遺伝子は、ＲＥＴ融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドである。本明細書において、ＲＥＴ融合タンパク質およびＲＥＴ融合遺伝子をあわせて「ＲＥＴ融合体」と称することがある。

本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドである。すなわち、ＮＣＯＡ４融合遺伝子は、ＮＣＯＡ４融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであり、ＲＵＦＹ１融合遺伝子は、ＲＵＦＹ１融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドである。本明細書において、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質およびＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子をあわせて「ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体」と称することがある。

本発明に係るＲＥＴ融合体においては、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合体バリアント、又はＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合体バリアントが好ましい。特に、本発明に係るＲＥＴ融合タンパク質においては、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合タンパク質バリアント、又はＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合タンパク質バリアントが好ましい。また、本発明に係るＲＥＴ融合遺伝子においては、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合遺伝子バリアント、又はＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合遺伝子バリアントが好ましい。

本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体においては、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合体バリアント、又はＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合体バリアントが好ましい。特に、本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質においては、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合タンパク質バリアント、又はＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合タンパク質バリアントが好ましい。また、本発明に係るＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子においては、ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２融合遺伝子バリアント、又はＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２融合遺伝子バリアントが好ましい。

≪本発明の検出方法の態様（融合タンパク質及び融合遺伝子の検出方法）≫
本発明の検出方法には、被験者から得た試料中の、ＲＥＴタンパク質の切断、又は、ＲＥＴタンパク質をコードするＲＥＴ遺伝子の切断、を検出する工程を含む検出方法と、被験者から得た試料中の、ＲＥＴタンパク質とＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む検出方法が含まれる。
本発明の検出方法には、被験者から得た試料中の、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の切断、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質をコードするＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の切断、を検出する工程を含む検出方法と、被験者から得た試料中の、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質とＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む検出方法が含まれる。

＜ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様＞
以下、ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。
なお、以下の各態様における遺伝子の特定の領域の検出は、その例示に関わらず、あらかじめ解析した塩基配列に基づいて設計されたプローブ又はプライマーを用いて行っても、あるいは、シーケンシングによって行ってもよい。

〔ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（１）〕
〈ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（１−ａ）〉
ＲＥＴ融合遺伝子を検出する一態様として、ＲＥＴ融合遺伝子が構築されているとき、ＲＥＴ遺伝子が２つ以上のポリヌクレオチドに切断されていることに基づき、ＲＥＴ遺伝子が切断されている状態、すなわち、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側領域とＲＥＴ遺伝子の３’末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で離れていることを検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子が切断されている状態を前記方法で確認することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出してもよい。

〈ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＲＥＴ遺伝子の、５’末端側領域と、３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。具体的には、例えば、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側領域の発現量と、ＲＥＴ遺伝子３’末端側領域の発現量とが異なる場合、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
あるいは、ＲＥＴ遺伝子と共にＲＥＴ融合遺伝子を構築しているＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子について、前記方法で確認することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出してもよい。

〈ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（１−ｃ）〉
他の一態様として、ＲＥＴ融合遺伝子の形成過程において、ＲＥＴ遺伝子又はＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子の少なくとも一部の複製（duplication）を伴う場合、すなわち、ＲＥＴ遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドと、ＲＥＴと共にＲＥＴ融合遺伝子を構築しているＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドとからＲＥＴ融合遺伝子が構築されている場合、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチド又は前記他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの重複を検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。

〔ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（２）〕
ＲＥＴ融合遺伝子を検出する一態様として、ＲＥＴ融合遺伝子が、ＲＥＴ遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して構築されていることに基づき、ＲＥＴ融合遺伝子における、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＲＥＴ遺伝子以外の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で近接していることを検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の場合、すなわちＲＥＴ融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子である場合、第１のプローブはＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いればよい。

〔ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（３）〕
ＲＥＴ融合遺伝子を検出する一態様として、ＲＥＴ融合遺伝子が、ＲＥＴ遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子由来ポリヌクレオチドとが、融合点において融合して構築されていることに基づき、ＲＥＴ融合遺伝子における、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが、融合点を含んで連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にアニールする第１のプライマーと、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にアニールする第２のプライマーとを用いてＰＣＲ反応を行い、融合点の存在を示す所定のＰＣＲ産物が得られることを確認することにより、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。

＜ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様＞
以下、ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。

〔ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様（１）〕
〈ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様（１−ａ）〉
ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様として、ＲＥＴ融合遺伝子が構築されているとき、ＲＥＴ遺伝子にコードされるＲＥＴタンパク質も切断されていることに基づき、ＲＥＴタンパク質が切断されている状態、すなわち、ＲＥＴタンパク質のＮ末端側領域とＣ末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＲＥＴタンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在しないことを確認することにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＲＥＴタンパク質と共に融合タンパク質を構築しているＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質が切断されている状態を前記方法により確認することで、ＲＥＴ融合タンパク質を検出してもよい。

〈ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＲＥＴタンパク質の、Ｎ末端側領域と、Ｃ末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。具体的には、例えば、ＲＥＴタンパク質のＮ末端側領域の発現量と、ＲＥＴタンパク質Ｃ末端側領域の発現量とが異なることを指標として、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＲＥＴタンパク質と共にＲＥＴ融合タンパク質を構築しているＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質について、前記方法で確認することにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出してもよい。

〔ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様（２）〕
ＲＥＴ融合タンパク質を検出する一態様では、ＲＥＴ融合タンパク質が、ＲＥＴタンパク質由来ポリペプチドと、ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合して構築されていることに基づき、ＲＥＴ融合タンパク質における、ＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在することを確認することにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。

〔ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様（３）〕
ＲＥＴ融合タンパク質を検出する一態様では、ＲＥＴ融合タンパク質が、ＲＥＴタンパク質由来ポリペプチドと、ＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合点で融合して構築されていることに基づき、ＲＥＴ融合タンパク質における、前記融合点を含むＲＥＴタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＲＥＴ融合タンパク質の融合点を含むポリペプチドを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法により、ＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。

〔ＲＥＴ融合タンパク質を検出する態様（４）〕
ＲＥＴ融合タンパク質を検出する一態様では、ＲＥＴ融合タンパク質の活性を指標にＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、野生型ＲＥＴタンパク質に対して阻害活性のある物質を用いて野生型ＲＥＴタンパク質の活性を阻害した上で、ＲＥＴタンパク質のキナーゼ活性を測定し、ＲＥＴ融合タンパク質を含まない（野生型ＲＥＴタンパク質のみを含む）場合に比較して、活性が高いことを指標にＲＥＴ融合タンパク質を検出することができる。なお、ＲＥＴタンパク質のキナーゼ活性の測定には当業者に周知の方法を適宜選択することができ、例えば、ＲＥＴによりリン酸化を受ける分子のリン酸化状態を検出してもよい。

なお、ＲＥＴ融合タンパク質の検出は、ＲＥＴ融合タンパク質を構成する全長ポリペプチドの存在、あるいは、ＲＥＴ融合タンパク質の一部を構成するポリペプチドの存在を指標として行ってもよく、ＲＥＴ融合タンパク質の存在が確認できる範囲で制限されない。

＜ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様＞
以下、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。
なお、以下の各態様における遺伝子の特定の領域の検出は、その例示に関わらず、あらかじめ解析した塩基配列に基づいて設計されたプローブ又はプライマーを用いて行っても、あるいは、シーケンシングによって行ってもよい。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（１）〕
〈ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（１−ａ）〉
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する一態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が構築されているとき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子が２つ以上のポリヌクレオチドに切断されていることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子が切断されている状態、すなわち、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側領域とＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の３’末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で離れていることを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子が切断されている状態を前記方法で確認することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出してもよい。

〈ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の、５’末端側領域と、３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側領域の発現量と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子３’末端側領域の発現量とが異なる場合、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を構築しているＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子について、前記方法で確認することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出してもよい。

〈ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（１−ｃ）〉
他の一態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の形成過程において、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子の少なくとも一部の複製（duplication）を伴う場合、すなわち、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を構築しているＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドとからＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が構築されている場合、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチド又は前記他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの重複を検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（２）〕
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する一態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して構築されていることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子における、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で近接していることを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子が、ＲＥＴ遺伝子の場合、すなわちＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子である場合、第２のプローブはＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いればよい。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（３）〕
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する一態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子由来ポリヌクレオチドとが、融合点において融合して構築されていることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子における、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが、融合点を含んで連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にアニールする第１のプライマーと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にアニールする第２のプライマーとを用いてＰＣＲ反応を行い、融合点の存在を示す所定のＰＣＲ産物が得られることを確認することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。

＜ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様＞
以下、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様（１）〕
〈ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様（１−ａ）〉
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が構築されているとき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子にコードされるＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質も切断されていることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質が切断されている状態、すなわち、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域とＣ末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在しないことを確認することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質と共に融合タンパク質を構築しているＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質が切断されている状態を前記方法により確認することで、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出してもよい。

〈ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質の、Ｎ末端側領域と、Ｃ末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域の発現量と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質Ｃ末端側領域の発現量とが異なることを指標として、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を構築しているＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質について、前記方法で確認することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出してもよい。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様（２）〕
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する一態様では、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来ポリペプチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合して構築されていることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質における、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在することを確認することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様（３）〕
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する一態様では、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来ポリペプチドと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合点で融合して構築されていることに基づき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質における、前記融合点を含むＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の融合点を含むポリペプチドを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法により、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。

〔ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する態様（４）〕
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出する一態様では、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の活性を指標にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質と共に融合タンパク質を構築するＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質が酵素活性を有するタンパク質である場合、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を含まない（野生型ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のみを含む）場合に比較して、当該酵素活性が高いことを指標に、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出することができる。なお、酵素活性の測定には当業者に周知の方法を適宜選択することができ、例えば、前記他のタンパク質がキナーゼ活性を有するタンパク質（好ましくはＲＥＴタンパク質）である場合、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質によりリン酸化を受ける分子のリン酸化状態を検出してもよい。

なお、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を構成する全長ポリペプチドの存在、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の一部を構成するポリペプチドの存在を指標として行ってもよく、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の存在が確認できる範囲で制限されない。

≪検出方法に用いる技法≫
以下、ＲＥＴ融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、又はｃＤＮＡ）の検出、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、又はｃＤＮＡ）の検出、ＲＥＴ融合タンパク質の検出、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出の各工程及び各検出技法について、より詳細に説明するが、これらに制限されるものではない。
なお、被験者から得た試料から、遺伝子（ゲノムＤＮＡ、又は、ｍＲＮＡ）又は、タンパク質を抽出した場合、あるいは、組織切片、又は、細胞懸濁液等を作成した場合において、調製された試料においてＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子、あるいは、ＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を検出するために好適な技法は、当業者が適宜選択することができる。

＜融合遺伝子の検出＞
ＲＥＴ融合遺伝子、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出は、ＲＥＴ融合遺伝子、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子のゲノムＤＮＡの検出、当該ゲノムＤＮＡの転写産物であるｍＲＮＡの検出、又は、ｍＲＮＡを鋳型として得られるｃＤＮＡの検出のいずれであってもよい。
被験者から得た試料中の、ＲＥＴ融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、又は、ｍＲＮＡ）又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、又は、ｍＲＮＡ）を検出する技法としては、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部にハイブリダイズするプローブ（核酸プローブ等）を使用したハイブリダイゼーション技術、あるいは、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部にアニールするプライマーを用いた遺伝子増幅技術等、遺伝子の検出に用いられる当業者に周知のいかなる技法、及び、これらの技法を応用した技法を用いることができる。
すなわち、ＰＣＲ、ＬＣＲ（Ligase chain reaction）、ＳＤＡ（Strand displacement amplification）、ＮＡＳＢＡ（Nucleic acid sequence-based amplification）、ＩＣＡＮ（Isothermal and chimeric primer-initiated amplification of nucleic acids）、ＬＡＭＰ（Loop-mediated isothermal amplification）法、ＴＭＡ法（Gen-Probe’s TMA system）、インサイチュハイブリダイゼーション法、マイクロアレイ法、ノーザンハイブリダイゼーション、サザンハイブリダイゼーション、ドットブロット法、ＲＮＡプロテクション法、ＤＮＡシーケンス、ＲＮＡシーケンス等のいかなる技法を用いてもよい。

〔ゲノムＤＮＡの検出〕
ゲノムＤＮＡの検出には、インサイチュハイブリダイゼーション技術を好適に用いることができる。インサイチュハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、例えば、公知のＦＩＳＨ法に従って実施することができる。又は、クロモジェニックインサイチュハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）法とシルバーインサイチュハイブリダイゼーション（ＳＩＳＨ）法を組み合わせたフュージョンアッセイ（fusion assay）で実施することができる。好適には、以下に詳述のＦＩＳＨ法スプリットアッセイ、又は、ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイで検出することができる。

あるいは、ゲノムＤＮＡの検出には、ＤＮＡシーケンス技術を好適に用いることができる。シーケンシングには、従来のサンガー法に基づくシーケンサーを使用してもよいが、解析の効率を考慮すると、次世代シーケンサーを使用することが好ましい（例えば、Metzker ML、Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46参照）。次世代シーケンサーとしては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のＭｉＳｅｑ/ＨｉＳｅｑ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｇｉｅｓ社のＳＯＬｉＤシステム、Ｒｏｃｈｅ社の４５４シーケンスシステム（ＧＳ ＦＬＸ＋／ＧＳ Ｊｕｎｉｏｒ）等が例示できる。シーケンシングにおいては、シーケンスキャプチャ技術等を用いて、融合遺伝子が存在している可能性がある領域を濃縮（enrich）することで、解析の効率を向上させることができる。シーケンスキャプチャ技術としては、Ｒｏｃｈｅ社のＲｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社のＳｕｒｅ Ｓｅｌｅｃｔ等が例示できる。
以下に、ゲノムＤＮＡの検出のための代表的な方法を例示するが、これらに限定されるものではない。

〈ＦＩＳＨ法スプリットアッセイ〉
ＲＥＴ融合遺伝子のＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、検出用プローブとして、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用する。正常な場合（野生型ＲＥＴ遺伝子の場合）には、２つの遺伝子領域（各遺伝子ごとの５’末端側領域と３’末端側領域）が近接しているため、２つのシグナルが重なった色（例えば、赤色蛍光色素と緑色蛍光色素を使用する場合には、黄色）として検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が切断されている場合は、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出される。従って、ＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側ゲノム領域とＲＥＴ遺伝子３’末端側ゲノム領域とが染色体上で離れていることを検出することにより、ＲＥＴ融合遺伝子の存在を検出している。

また、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子のＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、検出用プローブとして、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用する。正常な場合（野生型ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の場合）には、２つの遺伝子領域（各遺伝子ごとの５’末端側領域と３’末端側領域）が近接しているため、２つのシグナルが重なった色（例えば、赤色蛍光色素と緑色蛍光色素を使用する場合には、黄色）として検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が切断されている場合は、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出される。従って、ＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域と同遺伝子の３’末端側ゲノム領域とが染色体上で離れていることを検出することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の存在を検出している。

ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせ、あるいは、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用することにより、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。

〈ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイ〉
ＲＥＴ融合遺伝子のＦＩＳＨ法フュージョンアッセイでは、例えば、ＲＥＴ融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用することができる。正常な場合（野生型ＲＥＴ遺伝子の場合）には、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が近接している場合は、２つのシグナルが重なった色（例えば、黄色）として検出される。

また、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子のＦＩＳＨ法フュージョンアッセイでは、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用することができる。正常な場合（野生型ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の場合）には、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が近接している場合は、２つのシグナルが重なった色（例えば、黄色）として検出される。

〈ＦＩＳＨ法を用いた遺伝子重複の検出〉
ＲＥＴ融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、例えば、ＲＥＴ融合遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域の少なくとも一部をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものを使用することができる。そして、野生型ＲＥＴ遺伝子のみを含む場合に比較して強いシグナル、例えば、２倍以上のシグナルが得られることを検出することで、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＲＥＴ遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子（例えば、ＲＥＴ融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子）の５’側ゲノム領域の検出用プローブを使用し、前記方法で、ＲＥＴ融合遺伝子を検出してもよい。

ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域の少なくとも一部をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものを使用することができる。そして、野生型ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子のみを含む場合に比較して強いシグナル、例えば、２倍以上のシグナルが得られることを検出することで、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子（例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子がＲＥＴ−ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の場合、ＲＥＴ遺伝子）の３’側ゲノム領域の検出用プローブを使用し、前記方法で、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出してもよい。

〈ＣＧＨアレイ解析を用いた遺伝子重複の検出〉
ＲＥＴ融合遺伝子構築又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）アレイ解析（例えば、Agilent CGH/CNV Array解析；アジレントテクノロジー社）により、検出することができる。

〈次世代シーケンサーを用いた遺伝子重複の検出〉
ＲＥＴ融合遺伝子構築又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、次世代シーケンサーにより、検出することができる。具体的には、次世代シーケンサーを用いた解析において、遺伝子重複部分のカバレッジが高い（解析対象としたＤＮＡ断片のシーケンスをリファレンス配列にアノテーションした際の該当部分の冗長度が高い）ことを検出することで、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。

〈検出に用いるプローブ（ゲノム用）〉
ＲＥＴ融合遺伝子を検出するための、ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、ＲＥＴ融合遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で（好ましくはよりストリンジェントな条件下で）ハイブリダイズするプローブが好ましい。

例えば、融合点を含むＲＥＴ融合遺伝子のゲノムＤＮＡを検出する場合、ＲＥＴ融合遺伝子の融合点をはさんでその上流及び下流のそれぞれ１６塩基からなる、連続した少なくとも３２塩基の核酸分子、又はそれらの相補鎖を含むプローブを用いてもよい。

ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出するための、ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で（好ましくはよりストリンジェントな条件下で）ハイブリダイズするプローブが好ましい。

例えば、融合点を含むＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子のゲノムＤＮＡを検出する場合、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の融合点をはさんでその上流及び下流のそれぞれ１６塩基からなる、連続した少なくとも３２塩基の核酸分子、又はそれらの相補鎖を含むプローブを用いてもよい。

例えば、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイに用いることのできるプローブとしては、ＲＥＴ遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子のいずれか一方の遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、残る一方の遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ（好ましくは、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ）を用いることができる。
一方、例えば、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、ＦＩＳＨ法スプリットアッセイに用いることのできるプローブとしては、ＲＥＴ遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ（好ましくは、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ）を用いることができる。

〔ｍＲＮＡの検出〕
ｍＲＮＡの検出は、ノーザンハイブリダイゼーション法等によりｍＲＮＡ自体を解析することにより行っても、又は、当業者に周知の方法によりｍＲＮＡを鋳型として合成した、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を解析することにより行ってもよい。
上記ＲＮＡの検出には、シーケンス技術を好適に用いることができる。シーケンシングには、解析の効率を考慮すると、次世代シーケンサーを使用することが好ましい（例えば、Metzker ML、Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46参照）。次世代シーケンサーとしては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のＭｉＳｅｑ/ＨｉＳｅｑ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｇｉｅｓ社のＳＯＬｉＤシステム、Ｒｏｃｈｅ社の４５４シーケンスシステム（ＧＳ ＦＬＸ＋／ＧＳ Ｊｕｎｉｏｒ）等が例示できる。シーケンシングにおいては、後述の遺伝子増幅反応方法、シーケンスキャプチャ技術等を用いて、融合遺伝子が存在している可能性がある領域を濃縮（enrich）することで、解析の効率を向上させることができる。シーケンスキャプチャ技術としては、Ｒｏｃｈｅ社のＲｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社のＳｕｒｅ Ｓｅｌｅｃｔ等が例示できる。

〈遺伝子増幅反応方法による検出〉
ｍＲＮＡは、検出対象であるＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したプライマーを用いた、遺伝子増幅反応方法にて検出することができる。以下に、ｍＲＮＡの検出のための代表的な方法を例示するが、これらに限定されるものではない。

==ＰＣＲ法==
例えば、ＰＣＲ法では、ＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動によって分析し、エチジウムブロマイド染色等によって目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを確認できる。目的とするサイズの増幅断片が得られた場合は、被験者から得た試料において、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子が存在していたことになる。このように、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。
本発明のＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出方法としては、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチドを遺伝子増幅反応により増幅する工程に加え、更に目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを検出する工程を含むことが好ましい。

ＰＣＲ法は、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を定量的に検出することに適している。
従って、前述の<ＲＥＴ融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）>に記載のように、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによってＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。或いは、ＲＥＴ遺伝子と共にＲＥＴ融合遺伝子を構築しているＲＥＴ遺伝子以外の他の遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによって、ＲＥＴ融合遺伝子を検出することができる。
また、前述の<ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）>に記載のように、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによってＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する方法に好適に用いることができる。あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を構築しているＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子以外の他の遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによって、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出することができる。

なお、ＰＣＲ法、及び、これに用いるプライマー設計法は、公知の方法に従って当業者が行うことができる。
例えば、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、ＲＥＴ遺伝子の３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを用いることができる。
例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子の３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを用いることができる。

==リアルタイムＰＣＲ法==
更には、ＰＣＲ法においては、遺伝子の増幅過程においてＰＣＲ増幅モニター（リアルタイムＰＣＲ）法（Genome Res., 6(10), 986, 1996）を用いることにより、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出において、より定量的な解析を行うことが可能である。ＰＣＲ増幅モニター法としては、例えば、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７９００（ＰＥバイオシステムズ社）を用いることができる。リアルタイムＰＣＲは公知の方法であり、そのための装置及びキットは市販されており、これらを利用して簡便に行える。

より具体的には、例えばＲＥＴ融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子であって、ｍＲＮＡを指標にしてＲＥＴ融合遺伝子を検出する場合、センスプライマー（５’−プライマー、フォワードプライマー）を、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来の任意の部分から、アンチセンスプライマー（３’−プライマー、リバースプライマー）を、ＲＥＴ遺伝子由来の任意の部分から設計する。
また、例えばＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子であって、ｍＲＮＡを指標にしてＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出する場合、センスプライマー（５’−プライマー、フォワードプライマー）を、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来の任意の部分から、アンチセンスプライマー（３’−プライマー、リバースプライマー）を、ＲＥＴ遺伝子由来の任意の部分から設計する。

==マルチプレックスＰＣＲ==
ＲＥＴ融合遺伝子を検出するためのＰＣＲ法では、ＲＥＴ遺伝子と融合してＲＥＴ融合遺伝子を構成する他の各遺伝子、及び、複数の融合点に対応した上記センスプライマーを混ぜることにより、１反応液により全ての融合ポリヌクレオチドを検出するマルチプレックスＰＣＲ（Multiplex PCR）を設計することもできる。
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出するためのＰＣＲ法では、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と融合してＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を構成する他の各遺伝子、及び、複数の融合点に対応した上記センスプライマーを混ぜることにより、１反応液により全ての融合ポリヌクレオチドを検出するマルチプレックスＰＣＲ（Multiplex PCR）を設計することもできる。

==質量分析による検出==
上記遺伝子増幅反応方法を用いた検出方法において、増幅断片の解析のために、特開2012-100628号公報に記載の質量分析法を用いることができる。

==検出に用いるプライマーセット==
本発明のＲＥＴ融合遺伝子を検出するための検出方法に用いられるプライマーセットは、検出対象であるＲＥＴ融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＲＥＴ融合遺伝子を検出できるものであれば、特には限定されず、当業者が、検出対象ポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計することができる。
本発明のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出するための検出方法に用いられるプライマーセットは、検出対象であるＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出できるものであれば、特には限定されず、当業者が、検出対象ポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計することができる。
ＰＣＲ増幅モニター法におけるプライマー設計は、プライマー設計ソフトウェア（例えば、Primer Express; PE Biosystems）などを利用してできる。また、ＰＣＲ産物のサイズが大きくなると増幅効率が悪くなるため、センスプライマーとアンチセンスプライマーは、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡを対象に増幅したときの増幅産物の大きさが１ｋｂ以下になるように設定するのが適切である。

〈ハイブリダイゼーション法による検出〉
ｍＲＮＡは、検出対象であるＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを用いた、ハイブリダイゼーション法にて検出することができる。
ハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション、ドットブロット法、ＤＮＡマイクロアレイ法、ＲＮＡプロテクション法などが挙げられる。

==プローブ（ｍＲＮＡ用）==
ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で（好ましくはよりストリンジェントな条件下で）ハイブリダイズするプローブが好ましい。

＜融合タンパク質の検出＞
被験者から得た試料中の、ＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質を検出する技法としては、タンパク質を解析するために用いられる当業者に周知いかなる技法、又は、これらの技法を応用したいかなる技法を用いてもよい。

例えば、ＲＥＴ融合タンパク質の検出に用いる方法としては、ＲＥＴタンパク質、又は、ＲＥＴタンパク質と共にＲＥＴ融合タンパク質を構築するＲＥＴタンパク質以外の他のタンパク質を特異的に認識する抗体、あるいは、ＲＥＴ融合タンパクを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法（イムノアッセイ法）、酵素活性測定法（ＥＬＩＳＡ法）、２抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ法、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法、ウェスタンブロッティング法、免疫組織化学法、免疫沈降法、ｉＡＥＰ（intercalated antibody-enhanced polymer）法、ＦＲＥＴ法を例示することができる。あるいは、これらと組み合わせて、または単独で、質量分析法、アミノ酸シーケンス法を用いることができる。

例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出に用いる方法としては、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質と共にＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質を構築するＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質以外の他のタンパク質を特異的に認識する抗体、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパクを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法（イムノアッセイ法）、酵素活性測定法（ＥＬＩＳＡ法）、２抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ法、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法、ウェスタンブロッティング法、免疫組織化学法、免疫沈降法、ｉＡＥＰ（intercalated antibody-enhanced polymer）法、ＦＲＥＴ法を例示することができる。あるいは、これらと組み合わせて、または単独で、質量分析法、アミノ酸シーケンス法を用いることができる。
以下に、タンパク質の検出のための代表的な方法を例示するが、これらに限定されるものではない。

〔検出に用いる代表的な手法〕
抗体を用いる検出方法としては、上記公知の方法によればよいが、例えば以下の方法を用いることができる。

〈免疫組織化学法〉
例えば、検出対象のＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、検出対象の融合タンパク質が存在している可能性のある組織切片に対し、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＲＥＴ抗体及びＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体を用いた免疫染色を行い、それらの抗体が近接していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。また、ＲＥＴタンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いた免疫染色を行い、それらの抗体が離れて局在していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。また、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いた免疫染色を行い、それらの抗体が離れて局在していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。また、融合点を含むポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いた免疫染色を行い、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。

〈ウェスタンブロッティング法〉
例えば、検出対象のＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、検出対象の融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液を、当業者に周知の方法により電気泳動して細胞抽出液中のタンパク質を分離した後、メンブレンにブロッティングする。
そして、タンパク質がブロッティングされたメンブレンに対し、ＲＥＴタンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＲＥＴ抗体及びＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＣ末端側領域に結合する抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体を用いた免疫染色を行い、メンブレン上の所望の位置に、抗ＲＥＴ抗体と抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体が結合していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
また、融合点を含むポリペプチドに特異的に結合する抗体を用い、当該抗体がメンブレン上の所望の位置に結合していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
あるいは、抗ＲＥＴ抗体を用い、当該抗体が、メンブレン上のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質に結合していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。この際、メンブレン上で野生型ＲＥＴタンパク質が予測される位置とは異なる位置に抗ＲＥＴ抗体が結合することを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出してもよい。
抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体を用い、抗ＲＥＴ抗体を用いた場合と同じ原理で、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質を検出してもよい。

〈免疫沈降法〉
例えば、検出対象のＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、検出対象の融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液に対し、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＲＥＴ抗体又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体のいずれか一方の抗体で免疫沈降を行い、その沈降物に対して残るもう一方の抗体で検出することで、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。上記の通り、免疫沈降と検出をした後、更には、検出抗体により、検出したポリペプチドが目的の検出対象ポリペプチドの大きさであることを確認することが好ましい。

あるいは、検出対象のＲＥＴ融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液に対し、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＲＥＴ抗体で免疫沈降を行い、更にその沈降物の質量分析を行うことにより、野生型ＲＥＴと異なる質量の抗ＲＥＴ抗体と結合するタンパク質の存在を確認することで、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
検出対象のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液に対し、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体で免疫沈降を行い、さらにその沈降物の質量分析を行うことにより、野生型ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１と異なる質量の抗ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１抗体と結合するタンパク質の存在を確認することで、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。

〔検出に用いる抗体〕
なお、本発明に係る検出方法に用いる抗体は、ＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の所望の部位に特異的に結合する範囲で特に制限されず、モノクローナル抗体であってもポリクローナル抗体であってもよく、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体を組みあわせて用いることもできる。前記抗体としては、免疫グロブリンそれ自体であっても、抗原結合能を保持した抗体断片、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）₂、又はＦｖでもよい。また、抗体の結合を検出するため、当業者に周知のいかなる標識やシグナル増幅法が用いられてもよい。

＜標識手法＞
上記遺伝子（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）及びタンパク質の検出方法において、プローブ、プライマー、増幅産物、抗体等の標識は公知の技術を用いればよい。例えば、蛍光標識、化学発光標識、放射性標識、酵素標識、ビオチン標識、アビジン標識等を挙げることができる。
プローブを用いた検出方法において、プローブを標識する場合、その標識方法は上記のとおり、公知の方法によればよく、例えば、ＢＡＣクローンから、標識された核酸プローブを作製する場合、ニックトランスレーション、ランダムプライム法等の公知手法を用いることができる。またその際、ビオチン−ｄＵＴＰ（例えば、Roche Applied Science社製）を用いてプローブをビオチン標識し、アビジンと結合させた、蛍光体、放射性同位体、酵素等、を更に処理することでプローブを標識することができる。
抗体を用いた検出方法において、抗体を標識する場合、その標識方法は上記のとおり、公知の方法によればよいが、例えば、下記の標識方法が挙げられる。

〔ｉＡＥＰ（intercalated antibody-enhanced polymer）法〕
検出対象となるタンパク質に結合する第一抗体と、ポリマー試薬の間に介在抗体を入れることにより、染色感度を上げることが可能である（Takeuchiら、Clin Cancer Res, 2009 May 1; 15(9):3143-3149）。

〔蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）〕
２つの抗体の近接を検出する手法として、例えば、ＦＲＥＴ現象を利用したプローブ（ＦＲＥＴプローブ）を用いることができる。抗体の一つをドナー蛍光物質（ＣＦＰ等）で標識し、他の抗体をアクセプター蛍光物質（ＹＦＰ等）で標識した場合、両者が十分に近い距離にあると、ＦＲＥＴ現象により、ＹＦＰが励起状態となり、基底状態に戻る際に蛍光を発する。この蛍光を検出することで、２つの抗体が近接していることを検出することができる。

≪ＲＥＴ阻害物質による治療の適用対象の判定≫
本発明の検出方法における検出対象のＲＥＴ融合遺伝子又は検出対象のＲＥＴ融合タンパク質が、被験者から得た試料から検出された場合は、当該被験者は、ＲＥＴ融合体陽性のがんを有する対象（患者）であり、ＲＥＴ阻害物質による治療の適用対象となる。

≪ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１阻害物質による治療の適用対象の判定≫
本発明の検出方法における検出対象のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子又は検出対象のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、被験者から得た試料から検出された場合は、当該被験者は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんを有する対象（患者）であり、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１阻害物質による治療の適用対象となる。

≪検出用キット≫
本発明の検出用キットには、検出対象のＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット、又は、検出対象のＲＥＴ融合タンパク質の検出用キットが含まれる。
本発明の検出用キットには、検出対象のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キット、又は、検出対象のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出用キットが含まれる。

本発明の検出対象のＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キットには、本発明の検出方法においてＦＩＳＨ法フュージョンアッセイ又はＦＩＳＨ法スプリットアッセイに用いることのできるプローブ、あるいは、本発明の検出方法における検出対象のＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅できるように設計したセンス及びアンチセンスプライマーが含まれる。センス及びアンチセンスプライマーセットは、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチドであり、かつ、増幅対象であるポリヌクレオチドの増幅用のプライマーとして機能するポリヌクレオチドのセットである。

また、本発明の検出対象のＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出用キットには、本発明の検出方法に用いることができる抗体が含まれる。

＜プローブ＞
本発明のＲＥＴ融合遺伝子の検出用キットは、ＲＥＴ融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチド、又は、その相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、前記ＲＥＴ融合遺伝子を検出できるプローブを１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。
本発明のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キットは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチド、又は、その相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、前記ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出できるプローブを１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。

プローブとして、前述の≪検出方法に用いる技法≫に記載したいずれか１種類以上のプローブが例示できる。
例えば、ＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の場合、ＲＥＴ遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上の（好ましくは２種類以上の）プローブ、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上の（好ましくは２種類以上の）プローブ、のいずれかのみを含んでも、ＲＥＴ遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブ、及び、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブ、の両方を含んでも、あるいは、ＲＥＴ融合遺伝子の融合点を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブ、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の融合点を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブを含んでもよい。

＜プライマーセット＞
本発明のＲＥＴ融合遺伝子の検出用キットは、ＲＥＴ融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＲＥＴ融合遺伝子を検出できるプライマーセットを１セット、あるいは、２セット以上の組み合わせで含むことができる。
本発明のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キットは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子を検出できるプライマーセットを１セット、あるいは、２セット以上の組み合わせで含むことができる。
プライマーセットとして、前述の≪本発明の検出方法の態様≫又は≪検出方法に用いる技法≫に記載したいずれか１種類以上のプライマーセットが例示できる。

本発明のプライマーセットには、好ましくは、
（１）ＲＥＴタンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマー及びＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマーを含む、ＲＥＴ遺伝子とＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは「検出対象ポリヌクレオチド」にストリンジェントな条件下（好ましくは、よりストリンジェントな条件下）でアニールする核酸分子（好ましくは、少なくとも１６塩基の核酸分子）からなり、センスプライマーは「検出対象ポリヌクレオチド」の相補鎖にストリンジェントな条件（好ましくは、よりストリンジェントな条件下）でアニールする核酸分子（好ましくは、少なくとも１６塩基の核酸分子）からなるプライマーセット、が含まれる。

また、前記プライマーセット（１）のより具体的な態様として、本発明のプライマーセットには、以下の（２）〜（５）のプライマーセットが含まれる。

（２）配列番号１（ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２）の塩基番号１から１９８４の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号１の塩基番号１９８５から５２７５の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
（３）配列番号３（ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２）の塩基番号１から１９１７の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号１９１８から５２０８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
（４）配列番号１で表されるＲＥＴ融合遺伝子を検出するための、以下のプライマーセット。
ＮＣＯＡ４−１６６１Ｆ：ＣＴＧＧＡＧＡＡＧＡＣＡＡＧＴＧＧＣＴＧＣ（配列番号１２）
ＲＥＴ−２３８１Ｒ：ＣＡＧＧＣＣＣＣＡＴＡＣＡＡＴＴＴＧＡＴ（配列番号７）
（５）配列番号３で表されるＲＥＴ融合遺伝子を検出するための、以下のプライマーセット。
ＲＵＦＹ１−１４９２Ｆ：ＡＴＧＡＡＡＣＡＡＡＴＧＧＡＡＧＡＡＡＧＧＴＴＧ（配列番号１３）
ＲＥＴ−２３８１Ｒ：ＣＡＧＧＣＣＣＣＡＴＡＣＡＡＴＴＴＧＡＴ（配列番号７）

また、本発明のプライマーセットは、前述の〈遺伝子増幅反応方法による検出〉==ＰＣＲ法==に記載のように、ＲＥＴ遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量を検出するためのプライマーセット、又は、ＲＥＴ遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量を検出するためのプライマーセットであってもよい。

これらのプライマーセット（１）〜（５）においては、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーの選択位置の間隔が１ｋｂ以下であるか、あるいは、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが１ｋｂ以下であることが好ましい。
また、本発明のプライマーは、通常、１５〜４０塩基、好ましくは１６〜２４塩基、更に好ましくは１８〜２４塩基、特に好ましくは２０〜２４塩基の鎖長を有する。

本発明のプライマーセットは、本発明の検出方法において、検出対象ポリヌクレオチドを増幅及び検出するために用いることができる。また、本発明のプライマーセットに含まれる各プライマーは、特に限定されるものではないが、例えば、化学合成法によって製造することができる。

＜抗体＞
本発明のＲＥＴ融合タンパク質の検出用キットには、ＲＥＴ融合タンパク質の任意の部位に特異的に結合する抗体を１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。具体的には、前述の＜融合タンパク質の検出＞に記載した抗体が例示できる。
本発明のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出用キットには、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の任意の部位に特異的に結合する抗体を１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。具体的には、前述の＜融合タンパク質の検出＞に記載した抗体が例示できる。
例えば、ＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質が、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質の場合、ＲＥＴタンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の（好ましくは２種類以上の）抗体、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の（好ましくは２種類以上の）抗体、のいずれかのみを含んでも、ＲＥＴタンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の抗体、及び、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１タンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の抗体、の両方を含んでも、あるいは、ＲＥＴ融合タンパク質の融合点を含むポリペプチドに結合する１種類以上の抗体、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の融合点を含むポリヌクレオチドに結合する１種類以上の抗体を含んでもよい。

≪阻害物質のスクリーニング方法≫
＜ポリペプチドを阻害する物質をスクリーニングする工程＞
本発明の、阻害物質のスクリーニング方法は、前記検出対象ポリペプチドを阻害する物質をスクリーニングすることができ、
（１）検出対象ポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
（２）前記ポリペプチドが阻害されるか否かを分析する工程、及び
（３）前記ポリペプチドを阻害する物質を選択する工程
を含む。

本明細書において、「ポリペプチドの阻害」には、ポリペプチドの活性の阻害と、ポリペプチドの発現の阻害とが含まれる。また、「阻害」は、少なくとも一部の阻害を意味する。

＜阻害物質スクリーニング工程とその指標＞
本発明のスクリーニング方法には、
（Ａ）精製又は粗製のポリペプチドを用いて、インビトロでポリペプチドの活性阻害を指標とする方法、
（Ｂ）ポリペプチドを発現している細胞を用いて、ポリペプチドの活性阻害を指標とする方法、
（Ｃ）ポリペプチドを発現している細胞を用いて、ポリペプチドの発現阻害を指標とする方法
が含まれる。

〔（Ａ）精製又は粗製ポリペプチドを用い、活性阻害を指標とする方法〕
前記方法（Ａ）には、インビトロでポリペプチドに試験物質を添加して接触させる工程、前記試験物質により前記ポリペプチドの活性が阻害されたか否かを、対照（試験物質を接触させなかったポリペプチド）と比較して分析する工程、ポリペプチドの活性を阻害した物質を選択する工程を含む方法が含まれる。
インビトロにおけるポリペプチド活性の測定は、公知のキナーゼ活性測定法を用いることができ、例えば、キナーゼ反応により生成するＡＤＰ量を指標としても、あるいは、ポリペプチドのチロシンリン酸化レベルを指標としてもよく、市販のキナーゼ活性測定キットを用いることもできる。

〔（Ｂ）ポリペプチド発現細胞を用い、活性阻害を指標とする方法〕
前記方法（Ｂ）には、ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を添加して接触させる工程、前記試験物質により前記ポリペプチドの活性が阻害されたか否かを、対照（試験物質を接触させなかった細胞）と比較して分析する工程、ポリペプチドの活性を阻害した物質を選択する工程を含む方法が含まれる。
前記細胞におけるポリペプチド活性の測定は、公知のキナーゼ活性測定法を用いることができ、例えば、キナーゼ反応により生成するＡＤＰ量を指標としても、あるいは、ポリペプチドのチロシンリン酸化レベルを指標としてもよく、市販のキナーゼ活性測定キットを用いることもできる。

〔（Ｃ）ポリペプチド発現細胞を用い、発現阻害を指標とする方法〕
前記方法（Ｃ）には、ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を添加して接触させる工程、前記試験物質により前記ポリペプチドの発現が阻害されたか否かを、対照（試験物質を接触させなかった細胞）と比較して分析する工程、ポリペプチドの発現を阻害した物質を選択する工程を含む方法が含まれる。
前記細胞におけるポリペプチドの発現は、タンパク質又はｍＲＮＡの量を測定することにより分析することができる。タンパク質量の測定には、例えば、ＥＬＩＳＡ法、イムノブロット法を用いることができ、ｍＲＮＡ量の測定には、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ法、ノーザンブロット法を用いることができる。

ここで、ＲＥＴ融合遺伝子は、腫瘍形成能を有する遺伝子である。従って、本発明の阻害物質スクリーニング方法で選択したポリペプチド阻害物質は、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効物質又はその候補物質として有用であり、本発明方法は、所望により、前記阻害物質がＲＥＴ融合体陽性のがんに対する治療活性を有することを確認する工程を更に含むことができる。
また、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子は、腫瘍形成能を有する遺伝子である。従って、本発明の阻害物質スクリーニング方法で選択したポリペプチド阻害物質は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療薬又はその候補物質として有用であり、本発明方法は、所望により、前記阻害物質がＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんに対する治療活性を有することを確認する工程を更に含むことができる。
前記確認工程は、公知の評価系を用いて実施することができ、例えば、培養細胞を用いるインビトロ評価系、腫瘍細胞を移植した担がんモデル動物を用いる評価系などを挙げることができる。前記担がんモデル動物としては、手術により患者から摘出した腫瘍組織を、一度培養により細胞株として樹立してから移植することもできるし、あるいは、前記腫瘍組織を直接、移植することもできる。後者の担がんモデル動物は、ＰＤＸ（patient-derived xenograft）モデル動物として知られており、細胞株を移植したモデル動物と比較して、継代を繰り返した皮下腫瘍組織における遺伝子発現プロファイルが原発巣とより類似しているため、評価系として好ましい。

前記ポリペプチド発現細胞は、本発明のポリヌクレオチドを、常法に従って、所望の細胞に導入することで得ることもできる（例えば、Molecular Cloning: A Laboratory Manual 4th Edition（2012）、Cold Spring Harbor Laboratory Press参照）。具体的には、例えば、本発明のＲＥＴ融合遺伝子又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子であるｃＤＮＡを、組換えベクターに導入し、これを更に細胞に導入することで、前記ポリペプチド発現細胞（形質転換細胞）を得ることができる。

≪阻害物質を含有するがん治療用医薬組成物≫
本発明の、ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療用医薬組成物は、ＲＥＴ融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質を含む。例えば、本発明の阻害物質スクリーニング方法で得られる阻害物質（例えば、低分子化合物、二重鎖核酸（ｓｉＲＮＡを含む）、タンパク質（抗体又は抗体断片を含む）、ペプチド、又はそれ以外の化合物）を有効成分として含有し、所望により、製剤学的に許容される担体を含有することができる。
本発明のＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがんの治療用医薬組成物は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質を含む。例えば、本発明の阻害物質スクリーニング方法で得られる阻害物質（例えば、低分子化合物、二重鎖核酸（ｓｉＲＮＡを含む）、タンパク質（抗体又は抗体断片を含む）、ペプチド、又はそれ以外の化合物）を有効成分として含有し、所望により、製剤学的に許容される担体を含有することができる。

＜ＲＥＴ融合遺伝子又は転写産物、あるいは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子又は転写物に対する阻害物質＞
ＲＥＴ融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質としては、キナーゼ阻害剤、例えば、ＲＥＴ阻害物質、又は、ＲＥＴ遺伝子と共に融合遺伝子を構築するもう一方の遺伝子又はその転写物質に対する阻害物質を挙げることができる。
ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質としては、キナーゼ阻害剤、例えば、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１阻害物質、又は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１遺伝子と共に融合遺伝子を構築するもう一方の遺伝子又はその転写物質に対する阻害物質を挙げることができる。

〔低分子化合物〕
前記阻害物質のうち、低分子化合物の具体例としては、Vandetanib（AstraZeneca Pharmaceuticals）、Alectinib (F. Hoffmann-La Roche Ltd.)、Cabozantinib（Exelixis Inc.）、Sorafenib（Bayer Pharma AG）、Ponatinib（ARIAD Pharmaceuticals）、Nintendanib（Boehringer Ingelheim）、Lenvatinib（エーザイ株式会社）、Regorafenib（Bayer Healthcare Pharmaceuticals）、1-Ter-Butyl-3-P-Tolyl-1h-Pyrazolo[3,4-D]Pyrimidin-4-Ylamine、および、これらの薬学的に許容される塩等を挙げることができる。

〔二重鎖核酸〕
二重鎖核酸は、二重鎖の核酸（ＲＮＡ又はＤＮＡ）部分と、好ましくはセンス鎖及びアンチセンス鎖の３’末端のオーバーハングとからなり、ＲＮＡｉを誘導する。ＲＮＡｉは進化的に保存された現象で、ＲＮａｓｅIIIエンドヌクレアーゼによって生じる２１〜２３塩基の二重鎖核酸を介して起こる（Genes Dev. 15, 485-490, 2001）。３’側のオーバーハングはそれぞれ１又は２塩基の任意の核酸であるが、２塩基が好ましい。なお、前記塩基数（２１〜２３塩基）は、オーバーハングを含むセンス鎖又はアンチセンス鎖の各々の塩基数である。また、センス鎖及びアンチセンス鎖は、同じ塩基数であることもできるし、異なる塩基数であることもできるが、同じ塩基数であることが好ましい。

二重鎖核酸の３’側オーバーハングを構成するリボ核酸としては、例えば、Ｕ（ウリジン）、Ａ（アデノシン）、Ｇ（グアノシン）、又はＣ（シチジン）を用いることができ、３’側のオーバーハングを構成するデオキシリボ核酸としては、例えば、ｄＴ（デオキシチミジン）、ｄＡ（デオキシアデノシン）、ｄＧ（デオキシグアノシン）、又はｄＣ（デオキシシチジン）を用いることができる。

本発明の医薬組成物の有効成分として用いることのできる二重鎖核酸は、ＲＥＴ融合遺伝子に対する阻害作用又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子に対する阻害作用を有するものであれば、特に限定されない。例えば、二重鎖部分が融合点を含むポリヌクレオチドの塩基配列、例えば、配列番号１の第１９８４番〜第１９８５番を含む塩基配列、あるいは、配列番号３の第１９１７番〜第１９１８番を含む塩基配列に基づいて設計することができる。あるいは、二重鎖部分が、キナーゼ部分をコードするポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計することができる。本発明の二重鎖核酸は、常法（例えば、J. Am. Chem. Soc., 120, 11820-11821, 1998; 及びMethods, 23, 206-217, 2001）により製造することができる。また、二重鎖核酸を委託製造する会社（例えば、ＲＮＡｉ社）は、当業者によく知られており、二重鎖核酸の製造に利用できる。また、ｓｉＲＮＡ配列設計システム（商用ｓｉＤｉｒｅｃｔ（登録商標）；ＲＮＡｉ社）により、二重鎖核酸を設計することができる。

〔タンパク質・抗体〕
本発明の医薬組成物の有効成分として用いることのできる抗体は、ＲＥＴ融合遺伝子の転写産物又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合遺伝子の転写物、好ましくは、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１−ＲＥＴ遺伝子の転写産物を阻害するものであれば、限定されない。例えば、ＲＥＴ融合タンパク質又はＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合タンパク質の活性、好ましくはキナーゼ活性を阻害するものが挙げられる。

《本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、形質転換細胞》
＜本発明のポリペプチド＞
本発明の検出方法に係る検出対象であるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質は、それ自体、新規タンパク質である。
本発明のポリペプチドであるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質としては、下記（ａ）〜（ｄ）に記載のポリペプチドが好ましい：
（ａ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｃ）配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｄ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。

＜本発明のポリヌクレオチド＞
本発明の検出方法に係る検出対象であるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子は、それ自体、新規遺伝子である。
本発明のポリヌクレオチドは、本発明のポリペプチド（すなわち、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質）をコードするポリヌクレオチド（すなわち、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子）である限り、特に限定されるものではない。なお、「ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド」は、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子において翻訳領域のみからなるポリヌクレオチドであっても、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子のゲノムＤＮＡ全長であっても、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡやｃＤＮＡであってもよい。

＜本発明のベクター＞
本発明のベクターは、前記本発明のポリヌクレオチドを含む限り、特に限定されるものではなく、真核生物又は原核生物の宿主細胞を形質転換できる適当なベクターに当該ポリヌクレオチドを組み込むことにより調製することができる。前記ベクターは、当該ポリヌクレオチドの発現に必要な配列、例えば、プロモーター、エンハンサーを含むことができ、更に、宿主への導入確認に必要な配列、例えば、薬剤耐性遺伝子を含むことができる。

＜本発明の形質転換細胞＞
本発明の形質転換細胞は、本発明のベクターにより、適当な宿主細胞、例えば、真核生物又は原核生物の宿主細胞を形質転換することにより調製することができる。本発明の形質転換細胞は、本発明のポリペプチドを製造するのに用いることができる。

以下、実施例によって本発明を具体的に説明するが、これらは本発明の範囲を限定するものではない。
なお、実施の形態及び実施例に特に説明がない場合には、J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis (Ed.), Molecular cloning, a laboratory manual (3rd edition), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (2001); F. M. Ausubel, R. Brent, R. E. Kingston, D. D. Moore, J.G. Seidman, J. A. Smith, K. Struhl (Ed.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons Ltd.などの標準的なプロトコール集に記載の方法、あるいはそれを修飾したり、改変した方法を用いる。また、市販の試薬キットや測定装置を用いている場合には、特に説明が無い場合、それらに添付のプロトコールを用いる。

［実施例１］臨床検体でのＲＥＴ遺伝子異常のＦＩＳＨ法による検出
目的遺伝子の５’末端側領域及び３’末端側領域を異なる色素で染め、遺伝子の転座又は逆位等を観察する方法が知られている。ＦＩＳＨ法の一種であるこの方法はスプリットアッセイ（split assay）と呼ばれている。スプリットアッセイでは、染色体転座又は逆位等を調べたい目的遺伝子の５’末端側領域及び３’末端側領域のそれぞれを異なる蛍光色素で標識したプローブで染める。例えば、テキサスレッド（TexasRed）（赤）標識及びＦＩＴＣ（緑）標識した２種類のプローブにて蛍光標識することにより、正常な場合（融合遺伝子が構築されていない場合）は１つの黄色のシグナル（緑色と赤色のシグナルが近傍に存在している状態）として検出され、転座又は逆位等が起きている場合は、離れた緑色と赤色のシグナルとして検出される。

臨床検体でのＲＥＴ遺伝子異常をＦＩＳＨ法スプリットアッセイで検出した。手術により摘出され、２０％ホルマリンで固定化されパラフィンに包埋された大腸がん組織を４μｍの厚さで切り、スライドガラス上に乗せ病理切片を作製した。ＦＩＳＨ法は文献（Takeuchi K, Choi YL, Soda M, Inamura K, Togashi Y, Hatano S, Enomoto M, Takada S, Yamashita Y, Satoh Y, Okumura S, Nakagawa K, Ishikawa Y, Mano H. Multiplex reverse transcription-PCR screening for EML4-ALK fusion transcripts. Clin Cancer Res. 2008;14:6618-6624.）の方法に従い行った。作製した未染色の切片は、Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ＦＩＳＨアクセサリーキット（Dako社）で処理し、続いて、赤（TexasRed）の蛍光標識したＲＥＴ遺伝子５’末端側領域をカバーするＢＡＣ（bacterial artificial chromosome）クローン（クローン番号 RP11-124O11）と、緑（ＦＩＴＣ）の蛍光標識したＲＥＴ遺伝子３’末端側領域をカバーするＢＡＣクローン（クローン番号 RP11-351D16）とを用いてハイブリダイゼーションした。更に続いて４，６−ジアミノ−２−フェニルインドール（4,6-diamino-2-phenylindole）で染色を行った。蛍光観察は蛍光顕微鏡ＢＸ５１（Olympus社）を使用した。緑と赤のシグナルが離れて観察されるゲノム構造異常が示唆される切片を見出した。約１５００例の病理検体での検討から２例のＲＥＴ遺伝子領域のゲノム構造異常を示唆する検体（結腸がん患者由来）を見出した。

［実施例２］臨床検体でのＲＥＴ融合ポリヌクレオチド遺伝子の同定
ＦＩＳＨ法解析によりＲＥＴゲノム構造異常が示唆された組織由来のＲＮＡをテンプレートに、インバースＲＴ−ＰＣＲ法により、ＲＥＴ遺伝子キナーゼ領域の５’側に存在する遺伝子を調べた。
まず、逆転写及び二本鎖ｃＤＮＡ合成は、臨床検体由来のＲＮＡ０．５μｇと、ＲＥＴ遺伝子キナーゼコード領域に設計した逆転写プライマーＲＥＴ−２７４６Ｒ（配列番号５）とを用いて、cDNA Synthesis System（Roche）により行った。合成した二本鎖ｃＤＮＡを High Pure PCR Product Purification Kit（Roche）により精製した後、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ（TaKaRa）を用いて自己環状化（self-ligation）した。環状化ＤＮＡを鋳型として、第１回ＰＣＲ（フォワードプライマーＲＥＴ−２２７１Ｆ（配列番号６）とリバースプライマーＲＥＴ−２３８１Ｒ（配列番号７）との組合せ）と、第２回ＰＣＲ（フォワードプライマーＲＥＴ−２６０５Ｆ（配列番号８）とリバースプライマーＲＥＴ−２２０８Ｒ（配列番号９）との組合せ）とを行った後、得られたＰＣＲ産物を用いてダイレクトシークエンスを行った。本実施例及び以下の実施例で使用したプライマーの塩基配列を表１に示す。
その結果、ＮＣＯＡ４遺伝子又はＲＵＦＹ１遺伝子の一部がＲＥＴ遺伝子キナーゼ領域の５’側に融合していることが明らかとなった。

［実施例３］臨床検体でのＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリヌクレオチド遺伝子の単離
ＦＩＳＨ法解析によりＲＥＴゲノム構造異常が示唆され、融合する遺伝子が同定された大腸がん臨床検体由来のｃＤＮＡを鋳型として、ＤＮＡポリメラーゼ（PrimeStar HS DNAポリメラーゼ）を用いてＰＣＲを行い、増幅産物をｐＴ７Ｂｌｕｅ−２にクローニングした。ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリヌクレオチド遺伝子の単離用プライマーセットとしては、フォワードプライマーＲＵＦＹ１−５’ＵＴＲ（配列番号１０）とリバースプライマーＲＥＴ−３’ＵＴＲ（配列番号１１）との組合せを用いた。
得られた増幅産物（３１８７ｂｐ）の配列を確認した結果、ＲＵＦＹ１遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン１６までと、ＲＥＴ遺伝子のエクソン１２からエクソン２０の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド（ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２；配列番号３）が取得できた。なお、配列番号３の塩基配列における第１４０１番のＣ、第１７４０番のＡは、それぞれ、アミノ酸置換を伴わない一塩基多型（rs4701135、rs72824522）として報告されている。
また、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子については、前記実施例２の結果から、ＮＣＯＡ４遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン９までと、ＲＥＴ遺伝子のエクソン１２からエクソン２０の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド（ＮＣＯＡ４ｅｘ９−ＲＥＴｅｘ１２；配列番号１）であることを確認した。

［実施例４］ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出
表１に示すプライマーを用いて、融合部を含む領域を直接増幅するＲＴ−ＰＣＲで融合遺伝子の検出を行い、融合遺伝子ｃＤＮＡががん組織に存在していることを示した。具体的には、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子に関しては、検体由来ＲＮＡテンプレートに対して、ＮＣＯＡ４遺伝子上に設計したフォワードプライマーＮＣＯＡ４−１６６１Ｆ（配列番号１２）とＲＥＴ遺伝子上に設計したリバースプライマーＲＥＴ−２３８１Ｒ（配列番号７）とを使用してＰＣＲを行った。増幅産物を電気泳動したところ、プライマー設定位置から予想されるサイズのバンド（４２４ｂｐ）が観察された。ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子に関しては、検体由来ＲＮＡテンプレートに対して、ＲＵＦＹ１遺伝子上に設計したフォワードプライマーＲＵＦＹ１−１４９２Ｆ（配列番号１３）とＲＥＴ遺伝子上に設計したリバースプライマーＲＥＴ−２３８１Ｒ（配列番号７）とを使用してＰＣＲを行った。増幅産物を電気泳動したところ、プライマー設定位置から予想されるサイズのバンド（６５９ｂｐ）が観察された。臨床検体を用いた融合遺伝子の検出が、これらの遺伝子上にプライマーを設計することによって可能であることが示された。

［実施例５］臨床検体でのＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子のＦＩＳＨ法フュージョンアッセイによる検出
融合遺伝子がゲノム上で融合していることを確認するため、ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイにて検出を行った。
ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイでは染色体転座又は逆位等によって近接する二つの目的遺伝子領域を異なる蛍光色素で標識したプローブで染める。例えば、ＴｅｘａｓＲｅｄ（赤）標識及びＦＩＴＣ（緑）標識した２種類のプローブにて蛍光標識することにより、正常な場合（融合遺伝子が構築されていない場合）は赤と緑はそれぞれのシグナル（赤色と緑色のシグナルが離れて存在している状態）として検出され、転座又は逆位等が起きることにより２つの遺伝子領域が近接している場合は、赤色と緑色のシグナルが重なり黄色として検出される。

具体的には、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合遺伝子に関しては、赤（TexasRed）の蛍光標識をした、ＮＣＯＡ４遺伝子５’末端側領域をカバーするＢＡＣクローン（クローン番号 CTD-2299L6）と、緑（FITC）の蛍光標識をした、ＲＥＴ遺伝子３’末端側領域をカバーするＢＡＣクローン（クローン番号 RP11-351D16）との組み合わせを使用した。
ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子に関しては、赤（TexasRed）の蛍光標識をした、ＲＵＦＹ１遺伝子５’末端側領域をカバーするＢＡＣクローン（クローン番号 RP11-410B18）と、緑（FITC）の蛍光標識をした、ＲＥＴ遺伝子３’末端側領域をカバーするＢＡＣクローン（クローン番号 RP11-351D16）との組み合わせを使用した。
蛍光観察は蛍光顕微鏡ＢＸ５１（Olympus社）を使用した。実施例４において融合遺伝子が陽性であった病理切片上でのフュージョンアッセイの結果、ＮＣＯＡ４遺伝子５’末端側領域とＲＥＴ遺伝子３’末端側領域との近接したシグナル（黄）、あるいは、ＲＵＦＹ１遺伝子５’末端側領域とＲＥＴ遺伝子３’末端側領域との近接したシグナル（黄）が観察され、融合遺伝子が染色体転座又は逆位等により生成されたことが確かめられた。
この方法が当該融合遺伝子の存在を検出する方法として使えることがわかった。

［実施例６］ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドの腫瘍形成能の検討
本実施例では、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドをコードするｃＤＮＡとして、実施例３において大腸がん臨床検体から取得した配列番号３のＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子を使用して、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドの腫瘍形成能を検討した。前記ｃＤＮＡを発現ベクターｐＬｅｎｔｉ６（Invitrogen（登録商標）（Life Technologies社））に挿入して得られたｐＬｅｎｔｉ６−ＲＵＦＹ１−ＲＥＴをマウス繊維芽細胞株ＮＩＨ３Ｔ３細胞に導入し７日間培養したところ、図１に示すように形質転換フォーカスが観察された。遺伝子導入試薬のみの処理をしたＮＩＨ３Ｔ３細胞（ｃｏｎｔｒｏｌ）、ＬａｃＺを導入したＮＩＨ３Ｔ３細胞においては、形質転換フォーカスは認められなかった（図示せず）。すなわち、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するベクターを導入した場合に限り、形質転換フォーカスが観察された。

ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドを発現するベクターを導入したＮＩＨ３Ｔ３細胞、遺伝子導入試薬処理のみをおこなったＮＩＨ３Ｔ３細胞（ｃｏｎｔｒｏｌ）、ＬａｃＺを導入したＮＩＨ３Ｔ３細胞を、それぞれ、ヌードマウスの皮下に１×１０^６個ずつ接種したところ、融合ポリペプチドを発現するベクターを導入したＮＩＨ３Ｔ３細胞を接種したマウスにおいて腫瘍形成が確認された。遺伝子導入試薬処理のみをおこなったＮＩＨ３Ｔ３細胞（ｃｏｎｔｒｏｌ）を接種したマウスにおいては、腫瘍形成は確認されなかった。接種１日目以降の両マウスにおける腫瘍サイズを図２に示す。
この結果より、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドが腫瘍形成能を持っていたことから、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリヌクレオチドは、がんの原因遺伝子であることが示された。
なお、全長のＲＥＴポリペプチドをコードするｃＤＮＡをＮＩＨ３Ｔ３細胞に導入したところ、形質転換フォーカスは観察されず、全長のＲＥＴポリペプチドは腫瘍形成能を有しないことが確認された。

［実施例７］ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチド発現細胞の各ＲＥＴ阻害剤に対する感受性の検討
マウスリンパ系細胞株Ｂａ／Ｆ３細胞は、増殖因子であるＩＬ−３依存性細胞株であり、その増殖にＩＬ−３を必要とするが、がん化遺伝子（例えば、チロシンキナーゼ融合遺伝子）を導入することにより、ＩＬ−３を添加しなくても増殖できるようになることが知られている（Daley GQ and Baltimore D. Proc Natl Acad Sci USA. 1988 Dec;85(23):9312-9316.）。
本実施例では、親株Ｂａ/Ｆ３細胞及び実施例６で作製したｐＬｅｎｔｉ６−ＲＵＦＹ１−ＲＥＴを導入したＢａ／Ｆ３細胞について、細胞数２０００の状態から、所定濃度の各ＲＥＴ阻害剤（Vandetanib、Alectinib、Lenvatinib、Cabozantinib）を添加し、７２時間培養した後の細胞数をカウントすることにより、各ＲＥＴ阻害剤に対する感受性を検討した。より具体的な試験方法については、例えば、Ｋａｔａｙａｍａらの文献（Katayama R et al., Sci Transl Med, 2012(4):120ra17）を参照することができる。

結果を図３〜図６に示す。コントロールである親株Ｂａ／Ｆ３細胞（ＩＬ−３濃度＝０．５ｎｇ／ｍＬ）では、各ＲＥＴ阻害剤の濃度が細胞毒性を示す過剰量を超えない場合には、細胞増殖能に影響は認められなかった。一方、ｐＬｅｎｔｉ６−ＲＵＦＹ１−ＲＥＴを導入したＢａ／Ｆ３細胞（ＩＬ−３非添加）では、いずれのＲＥＴ阻害剤においても、濃度依存的に細胞増殖が顕著に抑制された。
この結果は、ＲＥＴ阻害剤が、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子陽性のがん患者の治療に有効であることを示すと同時に、ｐＬｅｎｔｉ６−ＲＵＦＹ１−ＲＥＴを導入したＢａ／Ｆ３細胞を用いる本評価系が、当該融合遺伝子陽性のがん患者の治療に有効な薬剤をスクリーニングするために用いることができることを示すものである。

［実施例８］ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチド発現細胞における各ＲＥＴ阻害剤によるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドの自己リン酸化抑制の検討
実施例７で確認した、各ＲＥＴ阻害剤によるＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチド発現細胞の増殖抑制が、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドのキナーゼ活性が阻害されたことによるものであることを確認するために、各ＲＥＴ阻害剤で処理した各培養細胞由来抽出物のウェスタンブロッティングを行った。
結果を図７に示す。抗体としては、抗リン酸化ＲＥＴ抗体（図７におけるｐＲＥＴ）、抗ＲＥＴ抗体（図７におけるＲＥＴ）を使用した。ＲＥＴのポリペプチド量については、各ＲＥＴ阻害剤の処理の有無（及び処理濃度）に関してほとんど差異は認められなかった。一方、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドのリン酸化は、各ＲＥＴ阻害剤による処理により、濃度依存的に顕著に減少しており、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドのキナーゼ活性が阻害されることにより、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合ポリペプチドの自己リン酸化が抑制されることが確認された。

以上より、本発明において、一部の消化器がん患者においてＲＵＦＹ１遺伝子とＲＥＴ遺伝子との融合遺伝子が存在し、その遺伝子ががんの原因となっていることが明らかとなった。即ち、ＲＥＴ阻害薬物治療の対象となるがん患者を、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子を検出することで、好ましくは、ＲＵＦＹ１ｅｘ１６−ＲＥＴｅｘ１２を検出することで選別できることが明らかとなった。

本発明の検出方法は、ＲＥＴ融合体陽性のがん患者の判定に有用である。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、前記検出方法に用いることができる。本発明の阻害物質スクリーニング方法は、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングするのに用いることができる。前記スクリーニングにより得られる物質は、当該融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができる。前記検出方法により、当該融合体陽性のがん患者と判定された患者に、前記物質を投与することにより、がんを治療することができる。
本発明の検出方法は、ＮＣＯＡ４又はＲＵＦＹ１融合体陽性のがん患者の判定に有用である。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、前記検出方法に用いることができる。本発明の阻害物質スクリーニング方法は、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングするのに用いることができる。前記スクリーニングにより得られる物質は、当該融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができる。前記検出方法により、当該融合体陽性のがん患者と判定された患者に、前記物質を投与することにより、がんを治療することができる。
以上、本発明を特定の態様に沿って説明したが、当業者に自明の変形や改良は本発明の範囲に含まれる。

配列表の配列番号５〜１３の配列で表される塩基配列は、合成プライマー配列である。

Claims (17)

1. ＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット。
2. 以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合遺伝子の検出用キット：
   （ａ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
   （ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
   （ｃ）配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
   （ｄ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
3. ＲＥＴ融合タンパク質を構成するＲＵＦＹ１タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＲＥＴタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、ＲＥＴ−ＲＵＦＹ１融合タンパク質の検出用キット。
4. ＲＥＴタンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマー及びＲＵＦＹ１タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマーを含む、ＲＥＴ遺伝子とＲＵＦＹ１遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは、
   （ａ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
   （ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
   （ｃ）配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は
   （ｄ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド
   のいずれかをコードするポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなり、
   センスプライマーは前記（ａ）〜（ｄ）のいずれかをコードするポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でアニールする核酸分子からなるプライマーセット。
5. ＲＵＦＹ１遺伝子とＲＥＴ遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、配列番号３に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。
6. ＲＵＦＹ１遺伝子とＲＥＴ遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、
   以下のセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、を含む、プライマーセット：配列番号３の塩基番号１から１９１７の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号１９１８から５２０８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー。
7. 以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチドである、ＲＵＦＹ１とＲＥＴとの融合タンパク質：
   （ａ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
   （ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
   （ｃ）配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
   （ｄ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
8. 請求項７に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
9. 請求項８に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
10. 請求項９に記載のベクターで形質転換された細胞。
11. （１）請求項７に記載の（ａ）〜（ｄ）のいずれかのポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
    （２）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現が阻害されるか否かを分析する工程、及び
    （３）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質を選択する工程
    を含む、前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質をスクリーニングする方法。
12. 前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質が、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合体陽性のがんの治療剤である、請求項１１に記載のスクリーニング方法。
13. 被験者から得た試料中の、ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法であって、
    前記検出方法が、ＲＵＦＹ１タンパク質とＲＥＴタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む、検出方法。
14. 前記ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子が、以下の（ａ）〜（ｄ）からなる群から選択されるポリペプチド、又はこれをコードするポリヌクレオチドである、請求項１３に記載の検出方法：
    （ａ）配列番号４（ＲＵＦＹ１−ＲＥＴ）で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
    （ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
    （ｃ）配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
    （ｄ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
15. 前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子のＤＮＡ又は転写産物であるｍＲＮＡを検出する、請求項１３又は１４記載の検出方法。
16. ＲＵＦＹ１遺伝子と共にＲＵＦＹ１融合遺伝子を構成するＲＥＴ遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＲＵＦＹ１遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＲＵＦＹ１融合遺伝子の検出用キット。
17. Ｖａｎｄｅｔａｎｉｂ、Ａｌｅｃｔｉｎｉｂ、Ｌｅｎｖａｔｉｎｉｂ、Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂのいずれかを有効成分として含む請求項７に記載の（ａ）〜（ｄ）のいずれかのＲＵＦＹ１−ＲＥＴ融合タンパク質陽性のがんの治療用医薬組成物。

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