JP6731254B2 - 新規融合体及びその検出法 - Google Patents

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Description

本発明は、ＦＧＦＲ３キナーゼ領域を含む融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子、及びそれらの検出方法に関する。
本発明は、ＴＡＣＣ３の少なくとも一部を含む新規の融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子、及びそれらの検出方法に関する。
染色体転座の結果、本来は別々の遺伝子が融合して融合遺伝子が作られる。これまで慢性骨髄性白血病におけるＢＣＲ−ＡＢＬ１融合体や、肺がんにおけるＥＭＬ４−ＡＬＫ融合体、肺がんを含む種々のがんにおけるＲＯＳ１融合体のように、キナーゼ遺伝子の一部を構成要素に含む融合遺伝子はしばしば発がんに本質的な役割を担い、その機能を抑制する薬剤は極めて有効な抗がん剤となることが知られている（非特許文献１、特許文献１及び特許文献２）。
例えば、チロシンキナーゼ阻害剤のイレッサやタルセバの登場により、分子診断とがん治療効果の関係について、臨床で示されつつあり、分子診断による適応患者の選別により、患者を層別化した上での治療薬投与というコンセプトが広がりつつある。
ＦＧＦＲ３（Fibroblast Growth Factor Receptor 3）−ＴＡＣＣ３（Transforming, Acidic Coiled-coil Containing protein 3）融合体は、グリオブラストーマ（非特許文献２）、膀胱がん（特許文献３及び非特許文献３）及び肺がん（特許文献３及び非特許文献４）において、その存在が報告されていたが、女性生殖器がんではこれまで報告がなかった。また、ＦＧＦＲ３のキナーゼ領域が融合体の一部に成り得ること（すなわち、ＦＧＦＲ３のキナーゼ領域を含む融合体の存在）、及び、ＴＡＣＣ３が融合体の一部になり得ること（すなわち、ＴＡＣＣ３の少なくとも一部を含む融合体の存在）も、女性生殖器がんではこれまで報告がなかった。
特許第４３０３３０３号公報 ＷＯ２０１１／１６２２９５号パンフレット ＷＯ２０１３／１３３３５１号パンフレット
Lugo TG, Pendergast AM, Muller AJ, Witte ON. Tyrosine kinase activity and transformation potency of bcr-abl oncogene products. Science. 1990 Mar 2;247(4946):1079-1082 Singh D et al. Transforming fusions of FGFR and TACC genes in human glioblastoma. Science. 2012 Sep 7;337(6099):1231-1235. Williams SV et al. Oncogenic FGFR3 gene fusions in bladder cancer.Hum Mol Genet. 2013 Feb 15;22(4):795-803. Majewski IJ. Identification of recurrent FGFR3 fusion genes in lung cancer through kinome-centred RNA sequencing. J Pathol. 2013 Jul;230(3):270-276.
本発明の課題は、がんの新たな原因因子である融合体（融合タンパク質及び融合遺伝子）を解明したことに基づき、融合タンパク質又は当該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法、当該検出方法を用いたがんの診断方法、がん治療用医薬組成物の適用対象者の判定方法、前記検出方法のためのキット及びプライマーセット、前記融合タンパク質であるポリペプチドの活性及び／又は発現の阻害物質のスクリーニング方法、ならびに前記阻害物質を含有するがん治療用医薬組成物及び前記がん治療用医薬組成物を投与するがん治療方法を提供することにある。
本発明者は、子宮頚がん患者から得た検体における、ＴＡＣＣ３遺伝子の一部と、キナーゼであるＦＧＦＲ３遺伝子の一部との融合を確認し（実施例２）、これらの融合遺伝子が複数の子宮頚がん患者検体に存在すること（実施例３及び実施例４）を見出した。
本発明者は、これらの知見から、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法を提供し、そのためのキット及びプライマーセットを提供し、この融合タンパク質又は当該融合タンパク質をコードする融合遺伝子を検出することにより、ＦＧＦＲ３阻害物質を用いた治療の対象となるがん患者を判別することを可能とし、当該がん患者にＦＧＦＲ３阻害物質を投与する工程を含む、がんの治療方法を提供する。
本発明者は、これらの知見から、ＴＡＣＣ３融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法を提供し、そのためのキット及びプライマーセットを提供し、この融合タンパク質又は当該融合タンパク質をコードする融合遺伝子を検出することにより、ＴＡＣＣ３阻害物質を用いた治療の対象となるがん患者を判別することを可能とし、当該がん患者にＴＡＣＣ３阻害物質を投与する工程を含む、がんの治療方法を提供する。
本発明は、以下の発明に関する：
［１］ＦＧＦＲ３融合タンパク質。
［２］ＦＧＦＲ３とＴＡＣＣ３との融合タンパク質。
［３］以下の（ａ）〜（ｆ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［１］に記載の融合タンパク質：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［４］［１］〜［３］のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
［５］［４］に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
［６］［５］に記載のベクターで形質転換された細胞。
［７］被験者から得た試料中の、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法。
［８］前記検出方法が、ＦＧＦＲ３タンパク質の切断、又は、ＦＧＦＲ３タンパク質をコードする遺伝子の切断、を検出する工程を含む、［７］に記載の検出方法。
［９］前記検出方法が、ＦＧＦＲ３タンパク質とそれ以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む、［７］に記載の検出方法。
［１０］前記融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質である、［７］〜［９］のいずれか一項に記載の検出方法。
［１１］前記融合タンパク質が、以下の（ａ）〜（ｆ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［７］〜［１０］のいずれか一項に記載の検出方法：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［１２］前記ＦＧＦＲ３融合遺伝子が、［３］に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである、［７］〜［１１］のいずれか一項に記載の検出方法。
［１３］前記融合遺伝子が、ＤＮＡ又はｍＲＮＡである、［７］〜［１２］のいずれか一項に記載の検出方法。
［１４］前記試料が、女性生殖器由来試料である、［７］〜［１３］のいずれか一項に記載の検出方法。
［１５］前記女性生殖器が、子宮、膣、又は外陰である、［１４］に記載の検出方法。
［１６］前記女性生殖器が、子宮頚部、膣、又は外陰である、［１４］に記載の検出方法。
［１７］前記女性生殖器が、子宮頚部である、［１４］に記載の検出方法。
［１８］ＦＧＦＲ３遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キット。
［１９］ＦＧＦＲ３遺伝子と共にＦＧＦＲ３融合遺伝子を構成する他の遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キット。
［２０］ＦＧＦＲ３タンパク質をコードするポリヌクレオチドの、５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、前記ポリヌクレオチドの３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キット。
［２１］ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
［２２］以下の（ａ）〜（ｆ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［２３］ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域を特異的に認識できる抗ＦＧＦＲ３抗体、及び、ＦＧＦＲ３タンパク質のＣ末端側領域を特異的に認識できる抗ＦＧＦＲ３抗体を含む、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出用キット。
［２４］ＦＧＦＲ３タンパク質と共にＦＧＦＲ３融合タンパク質を構成する他のタンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出用キット。
［２５］前記他のタンパク質が、ＴＡＣＣ３タンパク質である、［２４］に記載のキット。
［２６］ＦＧＦＲ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマー及びＴＡＣＣ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは［２２］に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなり、センスプライマーは［２２］に記載のポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でアニールする核酸分子からなるプライマーセット。
［２７］ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、配列番号１、配列番号３、又は配列番号５に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。
［２８］以下の（ａ）〜（ｃ）からなる群から選択される、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、を含む、プライマーセット：
（ａ） 配列番号１の塩基番号１から２６２８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号１の塩基番号２６３５から５００４の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、
（ｂ） 配列番号３の塩基番号１から２６２８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号２６３５から３５６１間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、及び、
（ｃ） 配列番号５の塩基番号１から２５３６の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号５の塩基番号２５３７から３２７０間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー。
［２９］（１）［３］に記載のポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
（２）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現が阻害されるか否かを分析する工程、及び
（３）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質を選択する工程
を含む、前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質をスクリーニングする方法。
［３０］前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質が、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療剤である、［２９］に記載のスクリーニング方法。
［３１］前記がんが、女性生殖器がんである、［２９］又は［３０］に記載のスクリーニング方法。
［３２］前記がんが、子宮がん、膣がん、又は外陰がんである、［２９］又は［３０］に記載のスクリーニング方法。
［３３］前記がんが、子宮頚がん、膣がん、又は外陰がんである、［２９］又は［３０］に記載のスクリーニング方法。
［３４］前記がんが、子宮頚がんである、［２９］又は［３０］に記載のスクリーニング方法。
［３５］ＦＧＦＲ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質を含有する、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物。
［３６］前記ＦＧＦＲ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、［３５］に記載の医薬組成物。
［３７］前記ＦＧＦＲ３融合タンパク質が、［３］に記載のポリペプチドである、［３５］又は［３６］に記載の医薬組成物。
［３８］前記がんが、女性生殖器がんである、［３５］〜［３７］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［３９］前記がんが、子宮がん、膣がん、又は外陰がんである、［３５］〜［３７］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［４０］前記がんが、子宮頸がん、膣がん、又は外陰がんである、［３５］〜［３７］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［４１］前記がんが子宮頸がんである、［３５］〜［３７］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［４２］ＴＡＣＣ３融合タンパク質。
［４３］ＦＧＦＲ３とＴＡＣＣ３との融合タンパク質。
［４４］以下の（ａ）〜（ｆ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［４２］に記載の融合タンパク質：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［４５］［４２］〜［４４］のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
［４６］［４５］に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
［４７］［４６］に記載のベクターで形質転換された細胞。
［４８］被験者から得た試料中の、ＴＡＣＣ３融合タンパク質又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法。
［４９］前記検出方法が、ＴＡＣＣ３タンパク質の切断、又は、ＴＡＣＣ３タンパク質をコードする遺伝子の切断、を検出する工程を含む、［４８］に記載の検出方法。
［５０］前記検出方法が、ＴＡＣＣ３タンパク質とそれ以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む、［４８］に記載の検出方法。
［５１］前記融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質である、［４８］〜［５０］のいずれか一項に記載の検出方法。
［５２］前記融合タンパク質が、以下の（ａ）〜（ｆ）からなる群から選択されるポリペプチドである、［４８］〜［５１］のいずれか一項に記載の検出方法：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［５３］前記ＴＡＣＣ３融合遺伝子が、［４４］に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである、［４８］〜［５２］のいずれか一項に記載の検出方法。
［５４］前記融合遺伝子が、ＤＮＡ又はｍＲＮＡである、［４８］〜［５３］のいずれか一項に記載の検出方法。
［５５］前記試料が女性生殖器である、［４８］〜［５４］のいずれか一項に記載の検出方法。
［５６］前記女性生殖器が、子宮、膣、又は外陰である、［５５］に記載の検出方法。
［５７］前記女性生殖器が、子宮頸部、膣、又は外陰である、［５５］に記載の検出方法。
［５８］前記女性生殖器が、子宮頸部である、［５５］に記載の検出方法。
［５９］ＴＡＣＣ３遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＴＡＣＣ３遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
［６０］ＴＡＣＣ３遺伝子と共にＴＡＣＣ３融合遺伝子を構成する他の遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＴＡＣＣ３遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
［６１］ＴＡＣＣ３タンパク質をコードするポリヌクレオチドの、５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、前記ポリヌクレオチドの３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
［６２］ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
［６３］以下の（ａ）〜（ｆ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
［６４］ＴＡＣＣ３タンパク質のＮ末端側領域を特異的に認識できる抗ＴＡＣＣ３抗体、及び、ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域を特異的に認識できる抗ＴＡＣＣ３抗体を含む、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出用キット。
［６５］ＴＡＣＣ３タンパク質と共にＴＡＣＣ３融合タンパク質を構成する他のタンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出用キット。
［６６］前記他のタンパク質が、ＦＧＦＲ３タンパク質である、［６５］に記載のキット。
［６７］ＦＧＦＲ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマー及びＴＡＣＣ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは［６３］に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなり、センスプライマーは［６３］に記載のポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でアニールする核酸分子からなるプライマーセット。
［６８］ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、配列番号１、配列番号３、又は配列番号５に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。
［６９］以下の（ａ）〜（ｃ）からなる群から選択される、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、を含む、プライマーセット：
（ａ）配列番号１の塩基番号１から２６２８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号１の塩基番号２６３５から５００４の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、
（ｂ）配列番号３の塩基番号１から２６２８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号２６３５から３５６１間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、
（ｃ）配列番号５の塩基番号１から２５３６の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号５の塩基番号２５３７から３２７０間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー。
［７０］（１）［４４］に記載のポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
（２）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現が阻害されるか否かを分析する工程、及び
（３）前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質を選択する工程
を含む、前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質をスクリーニングする方法。
［７１］前記ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する物質が、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療剤である、［７０］に記載のスクリーニング方法。
［７２］前記がんが、女性生殖器がんである、［７０］又は［７１］に記載のスクリーニング方法。
［７３］前記がんが、子宮がん、膣がん、又は外陰がんである、［７０］又は［７１］に記載のスクリーニング方法。
［７４］前記がんが、子宮頸がん、膣がん、又は外陰がんである、［７０］又は［７１］に記載のスクリーニング方法。
［７５］前記がんが、子宮頸がんである、［７０］又は［７１］に記載のスクリーニング方法。
［７６］ＴＡＣＣ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質を含有する、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物。
［７７］前記ＴＡＣＣ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、［７６］に記載の医薬組成物。
［７８］前記ＴＡＣＣ３融合タンパク質が、［４４］に記載のポリペプチドである、［７６］又は［７７］に記載の医薬組成物。
［７９］前記がんが、女性生殖器がんである、［７６］〜［７８］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［８０］前記がんが、子宮がん、膣がん、又は外陰がんである、［７６］〜［７８］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［８１］前記がんが、子宮頸がん、膣がん、又は外陰がんである、［７６］〜［７８］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［８２］前記がんが、子宮頸がんである、［７６］〜［７８］のいずれか一項に記載の医薬組成物。
［８３］ＦＧＦＲ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療方法。
［８４］ＦＧＦＲ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質の、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の製造への使用。
［８５］前記ポリペプチドを発現している細胞が、［６］に記載の形質転換細胞である、［２９］〜［３４］のいずれかに記載のスクリーニング方法。
［８６］ＴＡＣＣ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質が、キナーゼ阻害剤である、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療方法。
［８７］ＴＡＣＣ３融合タンパク質の活性及び／又は発現を阻害する物質の、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の製造への使用。
［８８］前記ポリペプチドを発現している細胞が、［４７］に記載の形質転換細胞である、［７０］〜［７５］のいずれかに記載のスクリーニング方法。
本発明の検出方法は、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがん（特に女性生殖器がん）を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法によれば、被験者におけるＦＧＦＲ３融合体陽性のがんを診断することができ、更に、ＦＧＦＲ３阻害物質の適用対象者であるか否かを判定することができる。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、本発明の検出方法に用いることができる。更に、本発明の阻害物質スクリーニング方法によれば、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングすることができる。前記スクリーニング方法により得られた物質は、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができ、また、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療に用いることができる。
本発明の検出方法は、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがん（特に女性生殖器がん）を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法によれば、被験者におけるＴＡＣＣ３融合体陽性のがんを診断することができ、更に、ＴＡＣＣ３阻害物質の適用対象者であるか否かを判定することができる。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、本発明の検出方法に用いることができる。更に、本発明の阻害物質スクリーニング方法によれば、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングすることができる。前記スクリーニング方法により得られた物質は、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができ、また、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療に用いることができる。
≪定義等≫
＜融合点＞
本明細書における「ＦＧＦＲ３融合遺伝子における融合点」とは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子における、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドと、ＦＧＦＲ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドとが結合した箇所又は領域を意味する。
本明細書における「ＴＡＣＣ３融合遺伝子における融合点」とは、ＴＡＣＣ３融合遺伝子における、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドと、ＴＡＣＣ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドとが結合した箇所又は領域を意味する。
例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子が配列番号１で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）の場合、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端の塩基（第２６２８番）とインサート配列（AAACAG；第２６２９〜２６３４番）との結合箇所（第２６２８／２６２９番）、前記インサート配列（AAACAG）、及び、前記インサート配列（AAACAG）とＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端の塩基（第２６３５番）との結合箇所（第２６３４／２６３５番）を含む領域である。
また、配列番号３で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）の場合、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端の塩基（第２６２８番）とインサート配列（AAACAG；第２６２９〜２６３４番）との結合箇所、前記インサート配列（AAACAG）、及び、前記インサート配列（AAACAG）とＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端の塩基（第２６３５番）との結合箇所（第２６３４／２６３５番）を含む領域である。
さらに、配列番号５で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）の場合、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端の塩基（第２５３６番）と、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端の塩基（第２５３７番）の結合した箇所（第２５３６／２５３７番）である。
本明細書における「ＦＧＦＲ３融合タンパク質における融合点」とは、ＦＧＦＲ３融合タンパク質における、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドと、ＦＧＦＲ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドとが結合した箇所又は領域を意味する。
本明細書における「ＴＡＣＣ３融合タンパク質における融合点」とは、ＴＡＣＣ３融合タンパク質における、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドと、ＴＡＣＣ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子由来のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドとが結合した箇所又は領域を意味する。
例えば、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質が配列番号２で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント１の場合、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドのＣ末端のアミノ酸（第７９１番）とインサート配列（Asn-Ser；第７９２〜７９３番）との結合箇所（第７９１／７９２番）、前記インサート配列（Asn-Ser）、及び、前記インサート配列（Asn-Ser）とＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドのＮ末端のアミノ酸（第７９４番）との結合箇所（第７９３／７９４番）、を含む領域である。
また、配列番号４で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント２の場合、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドのＣ末端のアミノ酸（第７９１番）とインサート配列（Asn-Ser；第７９２〜７９３番）との結合箇所、前記インサート配列（Asn-Ser）、及び、前記インサート配列（Asn-Ser）とＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドのＮ末端のアミノ酸（第７９４番）との結合箇所（第７９３／７９４番）、を含む領域である。
さらに、配列番号６で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント３の場合、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドのＣ末端のアミノ酸（第７６０番）と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドのＮ末端のアミノ酸（第７６１番）の結合した箇所（第７６０／７６１番）である。
＜ＦＧＦＲ３遺伝子又はＦＧＦＲ３タンパク質の切断＞
更に、本明細書において、「ＦＧＦＲ３遺伝子の切断」又は「ＦＧＦＲ３遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等によりＦＧＦＲ３遺伝子の連続性が失われている状態、すなわち、ＦＧＦＲ３遺伝子がＦＧＦＲ３キナーゼ領域を含むポリヌクレオチドと、それ以外のポリヌクレオチドと、の少なくとも２つのポリヌクレオチドとに分かれている状態を指す。なお、ＦＧＦＲ３遺伝子の切断点（break point）は、ＦＧＦＲ３遺伝子が切断されてできたポリヌクレオチドの少なくとも一つがコードするタンパク質がＦＧＦＲ３キナーゼ活性を保持する範囲で限定されない。
また、「ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子の切断」又は「ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等により他の遺伝子の連続性が失われている状態、すなわち、他の遺伝子が少なくとも２つのポリヌクレオチドに分かれている状態を指す。
また、本明細書において、「ＦＧＦＲ３タンパク質の切断」又は「ＦＧＦＲ３タンパク質が切断されている」とは、ＦＧＦＲ３遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、ＦＧＦＲ３タンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、ＦＧＦＲ３タンパク質がＦＧＦＲ３キナーゼ領域を含むポリペプチドと、それ以外のポリペプチドと、の少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。なお、ＦＧＦＲ３タンパク質の切断点は、ＦＧＦＲ３タンパク質が切断されてできたポリペプチドの少なくとも一つがＦＧＦＲ３キナーゼ活性を保持する範囲で限定されない。
また、「ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質の切断」又は「ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質が切断されている」とは、他の遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、他のタンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、他のタンパク質が少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。
＜ＴＡＣＣ３遺伝子又はＴＡＣＣ３タンパク質の切断＞
更に、本明細書において、「ＴＡＣＣ３遺伝子の切断」又は「ＴＡＣＣ３遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等によりＴＡＣＣ３遺伝子の連続性が失われている状態を指す。なお、ＴＡＣＣ３遺伝子の切断点（break point）は、ＴＡＣＣ３遺伝子と共にＴＡＣＣ３融合遺伝子を構築する他の遺伝子がコードするタンパク質の機能（例えば、当該タンパク質がキナーゼドメインを有する場合、キナーゼ活性）を保持する範囲で限定されない。
また、「ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子の切断」又は「ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子が切断されている」とは、遺伝子の転座又は逆位等により他の遺伝子の連続性が失われている状態、すなわち、他の遺伝子が少なくとも２つのポリヌクレオチドに分かれている状態を指す。
また、本明細書において、「ＴＡＣＣ３タンパク質の切断」又は「ＴＡＣＣ３タンパク質が切断されている」とは、ＴＡＣＣ３遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、ＴＡＣＣ３タンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、ＴＡＣＣ３タンパク質が少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。なお、ＴＡＣＣ３タンパク質の切断点は、ＴＡＣＣ３タンパク質と共にＴＡＣＣ３融合タンパク質を構築する他のタンパク質の機能（例えば、当該他のタンパク質がキナーゼドメインを有する場合、キナーゼ活性）を保持する範囲で限定されない。
また、「ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質の切断」又は「ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質が切断されている」とは、他の遺伝子が、前述のように切断されている状態であることに基づき、他のタンパク質の連続性が失われている状態、すなわち、他のタンパク質が少なくとも２つのポリペプチドに分かれている状態を指す。
＜５’末端側領域／３’末端側領域、Ｎ末端側領域／Ｃ末端側領域＞
５’末端側領域とは、融合遺伝子の場合は、融合点より５’末端側のポリヌクレオチド、野生型遺伝子（融合遺伝子でない遺伝子）の場合は、当該野生型遺伝子が融合遺伝子を構築した場合の、切断点より５’末端側のポリヌクレオチドを示す。なお、５’末端側領域は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、及びｃＤＮＡのいずれにおける領域であってもよく、例えば、ゲノムＤＮＡの場合は、５’末端側ゲノム領域ともいう。
３’末端側領域とは、融合遺伝子の場合は、融合点より３’末端側のポリヌクレオチド、野生型遺伝子（融合遺伝子でない遺伝子）の場合は、当該野生型遺伝子が融合遺伝子を構築した場合の、切断点より３’末端側のポリヌクレオチドを示す。なお、３’末端側領域は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、及びｃＤＮＡのいずれにおける領域であってもよく、例えば、ゲノムＤＮＡの場合は、３’末端側ゲノム領域ともいう。
Ｎ末端側領域とは、融合タンパク質の場合は、融合点よりＮ末端側のポリペプチド、野生型タンパク質（融合タンパク質でないタンパク質）の場合は、当該野生型タンパク質が融合遺伝子を構築した場合の、切断点よりＮ末端側のポリヌクレオチドを示す。
Ｃ末端側領域とは、融合タンパク質の場合は、融合点よりＣ末端側のポリペプチド、野生型タンパク質（融合タンパク質でないタンパク質）の場合は、当該野生型タンパク質が融合遺伝子を構築した場合の、切断点よりＣ末端側のポリヌクレオチドを示す。
例えば、配列番号１で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）の場合、５’末端側領域は、第１〜２６２８番、３’末端側領域は、第２６３５〜５００４番の塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号２で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント１の場合、Ｎ末端側領域は、前記FGFR3ex18-TACC3ex4の５’末端側領域のＣＤＳ（配列番号１の第２５７〜２６２８番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号２の第１〜７９１番アミノ酸）であり、Ｃ末端側領域は、前記FGFR3ex18-TACC3ex4の３’末端側領域のＣＤＳ（配列番号１の第２６３５〜４８４６番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号２の第７９４〜１５２９番アミノ酸）である。
配列番号３で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）の場合、５’末端側領域は、第１〜第２６２８番、３’末端側領域は、第２６３５〜３５６１番の塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号４で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント２の場合、Ｎ末端側領域は、前記FGFR3ex18-TACC3ex9の５’末端側領域のＣＤＳ（配列番号３の第２５７〜２６２８番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号４の第１〜７９１番アミノ酸）であり、Ｃ末端側領域は、前記FGFR3ex18-TACC3ex9の３’末端側領域のＣＤＳ（配列番号３の第２６３５〜３４０３番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号４の第７９４〜１０４８番アミノ酸）である。
配列番号５で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）の場合、５’末端側領域は、第１〜第２５３６番、３’末端側領域は、第２５３７〜３２７０番の塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号６で表されるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント３の場合、Ｎ末端側領域は、前記FGFR3ex17-TACC3ex11の５’末端側領域のＣＤＳ（配列番号５の第２５７〜２５３６番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号６の第１〜７６０番アミノ酸）であり、Ｃ末端側領域は、前記GFR3ex17-TACC3ex11の３’末端側領域のＣＤＳ（配列番号５の第２５３７〜３１１２番塩基）にコードされるポリペプチド（配列番号６の第７６１〜９５１番アミノ酸）である。
＜ｃＤＮＡリファレンス配列＞
また、本明細書において、各由来遺伝子のｃＤＮＡリファレンス配列として、ＦＧＦＲ３はENST00000340107、ＴＡＣＣ３はENST00000313288を、タンパク質のアミノ酸リファレンス配列としては、ＦＧＦＲ３はENSP00000339824、ＴＡＣＣ３はENSP00000326550を用いた。
＜ストリンジェントな条件＞
本明細書における「ストリンジェントな条件」とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、「５×ＳＳＰＥ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、２００μｇ／ｍＬ鮭精子ＤＮＡ、４２℃オーバーナイト」、洗浄のための条件として、「０．５×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、４２℃」の条件である。「よりストリンジェントな条件」とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、「５×ＳＳＰＥ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、２００μｇ／ｍＬ鮭精子ＤＮＡ、４２℃オーバーナイト」、洗浄のための条件として、「０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃」の条件である。
＜腫瘍形成能＞
あるポリペプチドが「腫瘍形成能を有する」ことは、公知の方法、例えば、ＷＯ２０１１／１６２２９５の実施例４の方法で確認することができる。具体的には、当該ポリペプチドを発現するプラスミドを導入した宿主（３Ｔ３繊維芽細胞）をヌードマウスの皮下に接種し、腫瘍形成の有無で判断する方法で確認する。なお、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子については、導入細胞における形質転換及び導入細胞移植マウスにおける腫瘍形成能が示されており、本融合遺伝子又はその転写産物の存在は、発現部位におけるがんの原因であることが示唆されている（非特許文献２参照）。
≪本発明の検出方法に係る試料≫
＜対象臓器＞
本発明に係る検出方法は、対象臓器に生じるがんの検出に好適に用いることができる。被験者の被験部位（対象臓器）としては、女性生殖器が好ましく、子宮、膣、又は外陰であることが更に好ましく、子宮頚部、膣、又は外陰であることがより好ましく、子宮頚部であることが最も好ましい。
被験部位の組織型は、本発明に係る検出方法が適用可能な範囲で制限されず、扁平上皮組織でも、腺組織でもよいが、扁平上皮組織が好ましい。
＜被験者からの採取物＞
本発明に係る検出方法における、被験者から得た試料としては、被験者からの採取物（生体から分離した試料）、具体的には、任意の採取された体液（好ましくは血液）、被験者患部からの摘出検体、生検試料又は擦過検体、経血、子宮からの分泌液、洗浄液等を用いることができる。検出感度を考慮すると、前記対象臓器における被験部位の細胞が含まれる試料が好ましく、被験者の被験部位からの摘出検体又は生検試料が更に好ましい。
＜採取物の調製＞
本発明に係るＦＧＦＲ３融合遺伝子、又は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出方法は、被験者から得た試料の組織切片、又は、細胞懸濁液等を作成し、組織切片又は細胞懸濁液に含まれる細胞に対し、当業者に周知の技法により、ＦＧＦＲ３融合遺伝子、又は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することにより実施できる。あるいは、前述の被験者から得た試料から、可溶化液を調製し、ここに含まれる遺伝子、又は、タンパク質を抽出し、この抽出試料において、当業者に周知の技法により、ＦＧＦＲ３融合遺伝子、又は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出してもよい。なお、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出とは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子のゲノムＤＮＡの検出、当該ゲノムＤＮＡの転写産物であるｍＲＮＡ、又は、ｍＲＮＡを鋳型として得られるｃＤＮＡの検出のいずれであってもよい。
本発明に係るＴＡＣＣ３融合遺伝子、又は、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出方法は、被験者から得た試料の組織切片、又は、細胞懸濁液等を作成し、組織切片又は細胞懸濁液に含まれる細胞に対し、当業者に周知の技法により、ＴＡＣＣ３融合遺伝子、又は、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することにより実施できる。あるいは、前述の被験者から得た試料から、可溶化液を調製し、ここに含まれる遺伝子、又は、タンパク質を抽出し、この抽出試料において、当業者に周知の技法により、ＴＡＣＣ３融合遺伝子、又は、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出してもよい。なお、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出とは、ＴＡＣＣ３融合遺伝子のゲノムＤＮＡの検出、当該ゲノムＤＮＡの転写産物であるｍＲＮＡ、又は、ｍＲＮＡを鋳型として得られるｃＤＮＡの検出のいずれであってもよい。
≪本発明の検出方法に係る検出対象≫
本発明の検出方法には、被験者から得た試料中の、ＦＧＦＲ３融合体の検出方法、すなわち、ＦＧＦＲ３キナーゼ領域を含む融合タンパク質（「ＦＧＦＲ３融合タンパク質」ともいう）の検出方法、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子（「ＦＧＦＲ３融合遺伝子」ともいう）の検出方法が含まれる。
本発明の検出方法には、被験者から得た試料中の、ＴＡＣＣ３融合体の検出方法、すなわち、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出方法、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子（「ＴＡＣＣ３融合遺伝子」ともいう）の検出方法が含まれる。
＜ＦＧＦＲ３融合体：ＦＧＦＲ３融合タンパク質とＦＧＦＲ３融合遺伝子＞
本発明に係るＦＧＦＲ３融合体は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質とＦＧＦＲ３融合遺伝子を含む。
本発明に係るＦＧＦＲ３融合タンパク質は、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドと、ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドと、から構築される融合ポリペプチドであって、前記ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドは、ＦＧＦＲ３タンパク質における少なくともＦＧＦＲ３キナーゼ領域のポリペプチドを含み、ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドは、他のタンパク質における少なくとも一部のポリペプチドを含む範囲で特に制限されない。
前記他のタンパク質としては、ＦＧＦＲ３キナーゼドメインを含むＦＧＦＲ３タンパク質の一部と融合することにより、構築されたＦＧＦＲ３融合タンパク質が腫瘍形成能を有するものであれば特に制限されない。構築されたＦＧＦＲ３融合タンパク質において、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性化が恒常的に維持されることにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質が腫瘍形成能を有することが好ましい。
また、ＦＧＦＲ３融合タンパク質は、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性化が恒常的に維持され、構築されたＦＧＦＲ３融合タンパク質が腫瘍形成能を有する範囲で、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチド、及び、ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドのいずれでもない、第３のポリペプチドを含んでいてもよい。第３のポリペプチドは、ＦＧＦＲ３融合タンパク質のＮ末端に位置していても、Ｃ末端に位置していても、或いは、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドとＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとの間に位置していてもよい。
ＦＧＦＲ３融合タンパク質としては、前記他のタンパク質が、ＴＡＣＣ３タンパク質である融合タンパク質が特に好ましい。すなわち、少なくともＦＧＦＲ３キナーゼ領域のポリペプチドを含む、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドと、ＴＡＣＣ３タンパク質の少なくとも一部のポリペプチドを含む、ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドと、から構築された、ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質（以下、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質ともいう）であることが好ましい。
＜ＴＡＣＣ３融合体：ＴＡＣＣ３融合タンパク質とＴＡＣＣ３融合遺伝子＞
本発明に係るＴＡＣＣ３融合体は、ＴＡＣＣ３融合タンパク質とＴＡＣＣ３融合遺伝子を含む。
本発明に係るＴＡＣＣ３融合タンパク質は、ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドと、ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドと、から構築される融合ポリペプチドであって、前記ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドは、ＴＡＣＣ３タンパク質における少なくとも一部のポリペプチドを含み、ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドは、他のタンパク質における少なくとも一部のポリペプチドを含む範囲で特に制限されない。
前記他のタンパク質としては、ＴＡＣＣ３タンパク質の一部と融合することにより、構築されたＴＡＣＣ３融合タンパク質が腫瘍形成能を有するものであれば特に制限されない。当該他のタンパク質の有する機能性ドメイン（好ましくは、キナーゼドメイン）の活性化が恒常的に維持されることにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質が腫瘍形成能を有することが好ましい。
また、ＴＡＣＣ３融合タンパク質は、ＴＡＣＣ３タンパク質の一部と融合することによりＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質の機能性ドメインの活性化が恒常的に維持され、構築されたＴＡＣＣ３融合タンパク質が腫瘍形成能を有する範囲で、ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチド、及び、ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドのいずれでもない、第３のポリペプチドを含んでいてもよい。第３のポリペプチドは、ＴＡＣＣ３融合タンパク質のＮ末端に位置していても、Ｃ末端に位置していても、或いは、ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドとＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとの間に位置していてもよい。
ＴＡＣＣ３融合タンパク質としては、前記他のタンパク質が、ＦＧＦＲ３タンパク質である融合タンパク質が特に好ましい。すなわち、ＴＡＣＣ３タンパク質の少なくとも一部のポリペプチドを含む、ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドと、少なくともＦＧＦＲ３キナーゼ領域のポリペプチドを含む、ＦＧＦＲ３タンパク質の少なくとも一部のポリペプチドと、から構築された、ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質（以下、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質ともいう）であることが好ましい。
「ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質」としては、下記（ａ）〜（ｆ）に記載のポリペプチドが特に好ましい：
（ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｃ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ｄ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド（以下、相同ポリペプチドと称する）、及び
（ｆ）配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド（以下、機能的等価改変体と称する）。
配列番号２で表されるアミノ酸配列は、配列番号１で表される塩基配列、特には配列番号１の塩基番号２５７〜４８４６で表される塩基配列（ＣＤＳ）によりコードされる配列である。配列番号１で表される塩基配列は、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’−ＵＴＲ（５’非翻訳領域）配列、ＦＧＦＲ３遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン１８の９２番目の塩基まで、インサート配列であるＡＡＡＣＡＧ、及び、ＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン４からエクソン１６の停止コドン、及びＴＡＣＣ３遺伝子の３’−ＵＴＲ配列（３’非翻訳領域）の塩基配列からなる。配列番号１で表される塩基配列の内、塩基番号１〜２６２８の配列はＦＧＦＲ３遺伝子に由来し、塩基番号２６３５〜５００４の配列はＴＡＣＣ３遺伝子に由来する。本明細書において、配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、及び、これをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチド（配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む）を、FGFR3ex18−TACC3ex4融合体（または、FGFR3ex18−TACC3ex4という場合もある）と称する。
配列番号４で表されるアミノ酸配列は、配列番号３で表される塩基配列、特には配列番号３の塩基番号２５７〜３４０３で表される塩基配列（ＣＤＳ）によりコードされる配列である。配列番号３で表される塩基配列は、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’−ＵＴＲ配列、ＦＧＦＲ３遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン１８の９２番目の塩基まで、インサート配列であるＡＡＡＣＡＧ、ＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン９からエクソン１６の停止コドンまで、及びＴＡＣＣ３遺伝子の３’−ＵＴＲ配列の塩基配列からなる。配列番号３で表される塩基配列の内、塩基番号１〜２６２８の配列はＦＧＦＲ３遺伝子に由来し、塩基番号２６３５〜３５６１の配列はＴＡＣＣ３遺伝子に由来する。本明細書において、配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、及び、これをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチド（配列番号３で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む）を、FGFR3ex18−TACC3ex9融合体（または、FGFR3ex18−TACC3ex9という場合もある）と称する。
配列番号６で表されるアミノ酸配列は、配列番号５で表される塩基配列、特には配列番号５の塩基番号２５７〜３１１２で表される塩基配列（ＣＤＳ）によりコードされる配列である。配列番号５で表される塩基配列は、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’−ＵＴＲ配列、ＦＧＦＲ３遺伝子の開始コドンＡＴＧからエクソン１７まで、ＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン１１からエクソン１６の停止コドンまで、及びＴＡＣＣ３遺伝子の３’−ＵＴＲ配列の塩基配列からなる。配列番号５で表される塩基配列の内、塩基番号１〜２５３６の配列はＦＧＦＲ３遺伝子に由来し、塩基番号２５３７〜３２７０の配列はＴＡＣＣ３遺伝子に由来する。本明細書において、配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、及び、これをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチド（配列番号5で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む)を、FGFR3ex17−TACC3ex11融合体（または、FGFR3ex17−TACC3ex11という場合もある）と称する。
「機能的等価改変体」において置換、欠失、及び／又は挿入可能なアミノ酸数は、１〜数個であるが、好ましくは１〜１０個、更に好ましくは１〜７個、最も好ましくは１〜５個である。
「相同ポリペプチド」は、「配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド」であるが、該同一性が、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上、更に好ましくは９８％以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチドが好ましい。なお、「配列番号２、配列番号４、又は配列番号６で表されるアミノ酸配列との同一性が８０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド」には、前記同一性を示し、且つ、少なくとも１つの置換、欠失、及び／又は挿入（好ましくは置換）を有するポリペプチド（狭義の相同ポリペプチド）と、同一性が１００％であるポリペプチドとが含まれる。
なお、本明細書における前記「同一性」とは、ＮＥＥＤＬＥ ｐｒｏｇｒａｍ（J Mol Biol 1970; 48: 443-453）検索によりデフォルトで用意されているパラメータを用いて得られた値Ｉｄｅｎｔｉｔｙを意味する。前記のパラメータは以下のとおりである。
Ｇａｐ ｐｅｎａｌｔｙ ＝ １０
Ｅｘｔｅｎｄ ｐｅｎａｌｔｙ ＝ ０．５
Ｍａｔｒｉｘ ＝ ＥＢＬＯＳＵＭ６２
本発明に係るＦＧＦＲ３融合遺伝子は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドである。本明細書において、ＦＧＦＲ３融合タンパク質およびＦＧＦＲ３融合遺伝子をあわせて「ＦＧＦＲ３融合体」と称することがある。
本発明に係るＦＧＦＲ３融合体においては、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合体バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合体バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合体バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）が好ましい。特に、本発明に係るＦＧＦＲ３融合タンパク質においては、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）が好ましい。また、本発明に係るＦＧＦＲ３融合遺伝子においては、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）が好ましい。
本発明に係るＴＡＣＣ３融合遺伝子は、ＴＡＣＣ３融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドである。本明細書において、ＴＡＣＣ３融合タンパク質およびＴＡＣＣ３融合遺伝子をあわせて「ＴＡＣＣ３融合体」と称することがある。
本発明に係るＴＡＣＣ３融合体においては、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合体バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合体バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合体バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）が好ましい。特に、本発明に係るＴＡＣＣ３融合タンパク質においては、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）が好ましい。また、本発明に係るＴＡＣＣ３融合遺伝子においては、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント１（FGFR3ex18-TACC3ex4）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント２（FGFR3ex18-TACC3ex9）、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子バリアント３（FGFR3ex17-TACC3ex11）が好ましい。
≪本発明の検出方法の態様（融合タンパク質及び融合遺伝子の検出方法）≫
本発明の検出方法には、被験者から得た女性生殖器由来試料中の、ＦＧＦＲ３タンパク質の切断、又は、ＦＧＦＲ３タンパク質をコードするＦＧＦＲ３遺伝子の切断、を検出する工程を含む検出方法と、被験者から得た女性生殖器由来試料中の、ＦＧＦＲ３タンパク質とＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む検出方法が含まれる。
本発明の検出方法には、被験者から得た女性生殖器由来試料中の、ＴＡＣＣ３タンパク質の切断、又は、ＴＡＣＣ３タンパク質をコードするＴＡＣＣ３遺伝子の切断、を検出する工程を含む検出方法と、被験者から得た女性生殖器由来試料中の、ＴＡＣＣ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む検出方法が含まれる。
＜ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様＞
以下、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。
なお、以下の各態様における遺伝子の特定の領域の検出は、その例示に関わらず、あらかじめ解析した塩基配列に基づいて設計されたプローブ又はプライマーを用いて行っても、あるいは、シーケンシングによって行ってもよい。
〔ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（１）〕
〈ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（１−ａ）〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する一態様として、ＦＧＦＲ３融合遺伝子が構築されているとき、ＦＧＦＲ３遺伝子が２つ以上のポリヌクレオチドに切断されていることに基づき、ＦＧＦＲ３遺伝子が切断されている状態、すなわち、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域とＦＧＦＲ３遺伝子の３’末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子の３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で離れていることを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子が切断されている状態を前記方法で確認することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出してもよい。
〈ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＦＧＦＲ３遺伝子の、５’末端側領域と、３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域の発現量と、ＦＧＦＲ３遺伝子３’末端側領域の発現量とが異なる場合、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
あるいは、ＦＧＦＲ３遺伝子と共にＦＧＦＲ３融合遺伝子を構築しているＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子について、前記方法で確認することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出してもよい。
〈ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（１−ｃ）〉
他の一態様として、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の形成過程において、ＦＧＦＲ３遺伝子又はＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子の少なくとも一部の複製（duplication）を伴う場合、すなわち、ＦＧＦＲ３遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドと、ＦＧＦＲ３と共にＦＧＦＲ３融合遺伝子を構築しているＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドとからＦＧＦＲ３融合遺伝子が構築されている場合、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチド又は前記他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの重複を検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
〔ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（２）〕
ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する一態様として、ＦＧＦＲ３融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して構築されていることに基づき、ＦＧＦＲ３融合遺伝子における、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＦＧＦＲ３遺伝子以外の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で近接していることを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子が、ＴＡＣＣ３遺伝子の場合、すなわちＦＧＦＲ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子である場合、第２のプローブはＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いればよい。
〔ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（３）〕
ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する一態様として、ＦＧＦＲ３融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子由来ポリヌクレオチドとが、融合点において融合して構築されていることに基づき、ＦＧＦＲ３融合遺伝子における、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが、融合点を含んで連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にアニールする第１のプライマーと、ＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にアニールする第２のプライマーとを用いてＰＣＲ反応を行い、融合点の存在を示す所定のＰＣＲ産物が得られることを確認することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
＜ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様＞
以下、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。
〔ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様（１）〕
〈ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様（１−ａ）〉
ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様として、ＦＧＦＲ３融合遺伝子が構築されているとき、ＦＧＦＲ３遺伝子にコードされるＦＧＦＲ３タンパク質も切断されていることに基づき、ＦＧＦＲ３タンパク質が切断されている状態、すなわち、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域とＣ末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＦＧＦＲ３タンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在しないことを確認することにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＦＧＦＲ３タンパク質と共に融合タンパク質を構築しているＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質が切断されている状態を前記方法により確認することで、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出してもよい。
〈ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＦＧＦＲ３タンパク質の、Ｎ末端側領域と、Ｃ末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域の発現量と、ＦＧＦＲ３タンパク質Ｃ末端側領域の発現量とが異なることを指標として、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＦＧＦＲ３タンパク質と共にＦＧＦＲ３融合タンパク質を構築しているＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質について、前記方法で確認することにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出してもよい。
〔ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様（２）〕
ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する一態様では、ＦＧＦＲ３融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３タンパク質由来ポリペプチドと、ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合して構築されていることに基づき、ＦＧＦＲ３融合タンパク質における、ＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在することを確認することにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
〔ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様（３）〕
ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する一態様では、ＦＧＦＲ３融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３タンパク質由来ポリペプチドと、ＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合点で融合して構築されていることに基づき、ＦＧＦＲ３融合タンパク質における、前記融合点を含むＦＧＦＲ３タンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の融合点を含むポリペプチドを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法により、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
〔ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する態様（４）〕
ＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出する一態様では、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の活性を指標にＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、野生型ＦＧＦＲ３タンパク質に対して阻害活性のある物質を用いて野生型ＦＧＦＲ３タンパク質の活性を阻害した上で、ＦＧＦＲ３タンパク質のキナーゼ活性を測定し、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を含まない（野生型ＦＧＦＲ３タンパク質のみを含む）場合に比較して、活性が高いことを指標にＦＧＦＲ３融合タンパク質を検出することができる。なお、ＦＧＦＲ３タンパク質のキナーゼ活性の測定には当業者に周知の方法を適宜選択することができ、例えば、ＦＧＦＲ３によりリン酸化を受ける分子のリン酸化状態を検出してもよい。
なお、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質を構成する全長ポリペプチドの存在、あるいは、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の一部を構成するポリペプチドの存在を指標として行ってもよく、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の存在が確認できる範囲で制限されない。
＜ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様＞
以下、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。
なお、以下の各態様における遺伝子の特定の領域の検出は、その例示に関わらず、あらかじめ解析した塩基配列に基づいて設計されたプローブ又はプライマーを用いて行っても、あるいは、シーケンシングによって行ってもよい。
〔ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（１）〕
〈ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（１−ａ）〉
ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する一態様として、ＴＡＣＣ３融合遺伝子が構築されているとき、ＴＡＣＣ３遺伝子が２つ以上のポリヌクレオチドに切断されていることに基づき、ＴＡＣＣ３遺伝子が切断されている状態、すなわち、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側領域とＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で離れていることを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子が切断されている状態を前記方法で確認することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出してもよい。
〈ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＴＡＣＣ３遺伝子の、５’末端側領域と、３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側領域の発現量と、ＴＡＣＣ３遺伝子３’末端側領域の発現量とが異なる場合、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
あるいは、ＴＡＣＣ３遺伝子と共にＴＡＣＣ３融合遺伝子を構築しているＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子について、前記方法で確認することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出してもよい。
〈ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（１−ｃ）〉
他の一態様として、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の形成過程において、ＴＡＣＣ３遺伝子又はＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子の少なくとも一部の複製（duplication）を伴う場合、すなわち、ＴＡＣＣ３遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドと、ＴＡＣＣ３と共にＴＡＣＣ３融合遺伝子を構築しているＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子由来の重複したポリヌクレオチドとからＴＡＣＣ３融合遺伝子が構築されている場合、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチド又は前記他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの重複を検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
〔ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（２）〕
ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する一態様として、ＴＡＣＣ３融合遺伝子が、ＴＡＣＣ３遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して構築されていることに基づき、ＴＡＣＣ３融合遺伝子における、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＴＡＣＣ３遺伝子以外の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第１のプローブと、ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にハイブリダイズする第２のプローブを用い、当該２つの遺伝子領域が染色体上で近接していることを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子が、ＦＧＦＲ３遺伝子の場合、すなわちＴＡＣＣ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子である場合、第２のプローブはＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いればよい。
〔ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（３）〕
ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する一態様として、ＴＡＣＣ３融合遺伝子が、ＴＡＣＣ３遺伝子由来ポリヌクレオチドと、ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子由来ポリヌクレオチドとが、融合点において融合して構築されていることに基づき、ＴＡＣＣ３融合遺伝子における、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部と、ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの少なくとも一部とが、融合点を含んで連続して含まれる融合ポリヌクレオチドを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドの３’末端側領域に特異的にアニールする第１のプライマーと、ＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子由来のポリヌクレオチドの５’末端側領域に特異的にアニールする第２のプライマーとを用いてＰＣＲ反応を行い、融合点の存在を示す所定のＰＣＲ産物が得られることを確認することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
＜ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様＞
以下、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様について述べるが、これらに限定されるものではない。
〔ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様（１）〕
〈ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様（１−ａ）〉
ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様として、ＴＡＣＣ３融合遺伝子が構築されているとき、ＴＡＣＣ３遺伝子にコードされるＴＡＣＣ３タンパク質も切断されていることに基づき、ＴＡＣＣ３タンパク質が切断されている状態、すなわち、ＴＡＣＣ３タンパク質のＮ末端側領域とＣ末端側領域との連続性が失われていることを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３タンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在しないことを確認することにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＴＡＣＣ３タンパク質と共に融合タンパク質を構築しているＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質が切断されている状態を前記方法により確認することで、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出してもよい。
〈ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様（１−ｂ）〉
他の一態様として、ＴＡＣＣ３タンパク質の、Ｎ末端側領域と、Ｃ末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３タンパク質のＮ末端側領域の発現量と、ＴＡＣＣ３タンパク質Ｃ末端側領域の発現量とが異なることを指標として、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
あるいは、ＴＡＣＣ３タンパク質と共にＴＡＣＣ３融合タンパク質を構築しているＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質について、前記方法で確認することにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出してもよい。
〔ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様（２）〕
ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する一態様では、ＴＡＣＣ３融合タンパク質が、ＴＡＣＣ３タンパク質由来ポリペプチドと、ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合して構築されていることに基づき、ＴＡＣＣ３融合タンパク質における、ＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域に特異的に結合する第１の抗体と、ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質のＮ末端側領域に特異的に結合する第２の抗体を用い、当該２つの領域が、同一のタンパク質に存在することを確認することにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
〔ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様（３）〕
ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する一態様では、ＴＡＣＣ３融合タンパク質が、ＴＡＣＣ３タンパク質由来ポリペプチドと、ＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質由来のポリペプチドとが融合点で融合して構築されていることに基づき、ＴＡＣＣ３融合タンパク質における、前記融合点を含むＴＡＣＣ３タンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部と、前記他のタンパク質由来のポリペプチドの少なくとも一部が連続して含まれる融合ポリペプチドを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の融合点を含むポリペプチドを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法により、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
〔ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する態様（４）〕
ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出する一態様では、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の活性を指標にＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。
具体的には、例えば、ＴＡＣＣ３タンパク質と共に融合タンパク質を構築するＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質が酵素活性を有するタンパク質である場合、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を含まない（野生型ＴＡＣＣ３タンパク質のみを含む）場合に比較して、当該酵素活性が高いことを指標に、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出することができる。なお、酵素活性の測定には当業者に周知の方法を適宜選択することができ、例えば、前記他のタンパク質がキナーゼ活性を有するタンパク質（好ましくはＦＧＦＲ３タンパク質）である場合、ＴＡＣＣ３融合タンパク質によりリン酸化を受ける分子のリン酸化状態を検出してもよい。
なお、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出は、ＴＡＣＣ３融合タンパク質を構成する全長ポリペプチドの存在、あるいは、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の一部を構成するポリペプチドの存在を指標として行ってもよく、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の存在が確認できる範囲で制限されない。
≪検出方法に用いる技法≫
以下、ＦＧＦＲ３融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、又はｃＤＮＡ）の検出、ＴＡＣＣ３融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、又はｃＤＮＡ）の検出、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出の各工程及び各検出技法について、より詳細に説明するが、これらに制限されるものではない。
なお、被験者から得た試料から、遺伝子（ゲノムＤＮＡ、又は、ｍＲＮＡ）又は、タンパク質を抽出した場合、あるいは、組織切片、又は、細胞懸濁液等を作成した場合において、調製された試料においてＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子、あるいは、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出するために好適な技法は、当業者が適宜選択することができる。
＜融合遺伝子の検出＞
ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出は、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子のゲノムＤＮＡの検出、当該ゲノムＤＮＡの転写産物であるｍＲＮＡの検出、又は、ｍＲＮＡを鋳型として得られるｃＤＮＡの検出のいずれであってもよい。
被験者から得た試料中の、ＦＧＦＲ３融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、又は、ｍＲＮＡ）又はＴＡＣＣ３融合遺伝子（ゲノムＤＮＡ、又は、ｍＲＮＡ）を検出する技法としては、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部にハイブリダイズするプローブ（核酸プローブ等）を使用したハイブリダイゼーション技術、あるいは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部にアニールするプライマーを用いた遺伝子増幅技術等、遺伝子の検出に用いられる当業者に周知のいかなる技法、及び、これらの技法を応用した技法を用いることができる。
すなわち、ＰＣＲ、ＬＣＲ（Ligase chain reaction）、ＳＤＡ（Strand displacement amplification）、ＮＡＳＢＡ（Nucleic acid sequence-based amplification）、ＩＣＡＮ（Isothermal and chimeric primer-initiated amplification of nucleic acids）、ＬＡＭＰ（Loop-mediated isothermal amplification）法、ＴＭＡ法（Gen-Probe’s TMA system）、インサイチュハイブリダイゼーション法、マイクロアレイ法、ノーザンハイブリダイゼーション、サザンハイブリダイゼーション、ドットブロット法、ＲＮＡプロテクション法、ＤＮＡシーケンス、ＲＮＡシーケンス等のいかなる技法を用いてもよい。
〔ゲノムＤＮＡの検出〕
ゲノムＤＮＡの検出には、インサイチュハイブリダイゼーション技術を好適に用いることができる。インサイチュハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、例えば、公知のＦＩＳＨ法に従って実施することができる。又は、クロモジェニックインサイチュハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）法とシルバーインサイチュハイブリダイゼーション（ＳＩＳＨ）法を組み合わせたフュージョンアッセイ（fusion assay）で実施することができる。好適には、以下に詳述のＦＩＳＨ法スプリットアッセイ、又は、ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイで検出することができる。
あるいは、ゲノムＤＮＡの検出には、ＤＮＡシーケンス技術を好適に用いることができる。シーケンシングには、従来のサンガー法に基づくシーケンサーを使用してもよいが、解析の効率を考慮すると、次世代シーケンサーを使用することが好ましい（例えば、Metzker ML、Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46参照）。次世代シーケンサーとしては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のＭｉＳｅｑ/ＨｉＳｅｑ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｇｉｅｓ社のＳＯＬｉＤシステム、Ｒｏｃｈｅ社の４５４シーケンスシステム（ＧＳ ＦＬＸ＋／ＧＳ Ｊｕｎｉｏｒ）等が例示できる。シーケンシングにおいては、シーケンスキャプチャ技術等を用いて、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子が存在している可能性がある領域を濃縮（enrich）することで、解析の効率を向上させることができる。シーケンスキャプチャ技術としては、Ｒｏｃｈｅ社のＲｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社のＳｕｒｅ Ｓｅｌｅｃｔ等が例示できる。
以下に、ゲノムＤＮＡの検出のための代表的な方法を例示するが、これらに限定されるものではない。
〈ＦＩＳＨ法スプリットアッセイ〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子のＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、検出用プローブとして、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用する。正常な場合（野生型ＦＧＦＲ３遺伝子の場合）には、２つの遺伝子領域（各遺伝子ごとの５’末端側領域と３’末端側領域）が近接しているため、２つのシグナルが重なった色（例えば、赤色蛍光色素と緑色蛍光色素を使用する場合には、黄色）として検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が切断されている場合は、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出される。従って、ＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域とＦＧＦＲ３遺伝子３’末端側ゲノム領域とが染色体上で離れていることを検出することにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の存在を検出している。
また、ＴＡＣＣ３融合遺伝子のＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、検出用プローブとして、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用する。正常な場合（野生型ＴＡＣＣ３遺伝子の場合）には、２つの遺伝子領域（各遺伝子ごとの５’末端側領域と３’末端側領域）が近接しているため、２つのシグナルが重なった色（例えば、赤色蛍光色素と緑色蛍光色素を使用する場合には、黄色）として検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が切断されている場合は、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出される。従って、ＦＩＳＨ法スプリットアッセイでは、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域とＴＡＣＣ３遺伝子３’末端側ゲノム領域とが染色体上で離れていることを検出することにより、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の存在を検出している。
ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせ、あるいは、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、同遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用することにより、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
〈ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイ〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子のＦＩＳＨ法フュージョンアッセイでは、例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用することができる。正常な場合（野生型ＦＧＦＲ３遺伝子の場合）には、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が近接している場合は、２つのシグナルが重なった色（例えば、黄色）として検出される。
また、ＴＡＣＣ３融合遺伝子のＦＩＳＨ法フュージョンアッセイでは、例えば、ＴＡＣＣ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、検出用プローブとして、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものと、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域をカバーするポリヌクレオチドであって別の蛍光色素で標識したものとの組み合わせを使用することができる。正常な場合（野生型ＴＡＣＣ３遺伝子の場合）には、２種類の蛍光色素に由来するシグナル（例えば、赤色と緑色）が別々に離れて検出されるのに対して、転座又は逆位により２つの遺伝子領域が近接している場合は、２つのシグナルが重なった色（例えば、黄色）として検出される。
〈ＦＩＳＨ法を用いた遺伝子重複の検出〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、後述の実施例１で詳細に説明するように、検出用プローブとして、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域の少なくとも一部をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものを使用することができる。そして、野生型ＦＧＦＲ３遺伝子のみを含む場合に比較して強いシグナル、例えば、２倍以上のシグナルが得られることを検出することで、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＦＧＦＲ３遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子（例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、ＴＡＣＣ３遺伝子）の３’側ゲノム領域の検出用プローブを使用し、前記方法で、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出してもよい。
ＴＡＣＣ３融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、例えば、ＴＡＣＣ３融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、後述の実施例１で詳細に説明するように、検出用プローブとして、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域の少なくとも一部をカバーするポリヌクレオチドであって蛍光標識したものを使用することができる。そして、野生型ＴＡＣＣ３遺伝子のみを含む場合に比較して強いシグナル、例えば、２倍以上のシグナルが得られることを検出することで、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＴＡＣＣ３遺伝子由来のポリヌクレオチドと融合して融合遺伝子を構築している他の遺伝子（例えば、ＴＡＣＣ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、ＦＧＦＲ３遺伝子）の５’側ゲノム領域の検出用プローブを使用し、前記方法で、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出してもよい。
〈ＣＧＨアレイ解析を用いた遺伝子重複の検出〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子構築又はＴＡＣＣ３融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）アレイ解析（例えば、Agilent CGH/CNV Array解析；アジレントテクノロジー社）により、検出することができる。
〈次世代シーケンサーを用いた遺伝子重複の検出〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子構築又はＴＡＣＣ３融合遺伝子構築に伴う遺伝子重複は、次世代シーケンサーにより、検出することができる。具体的には、次世代シーケンサーを用いた解析において、遺伝子重複部分のカバレッジが高い（解析対象としたＤＮＡ断片のシーケンスをリファレンス配列にアノテーションした際の該当部分の冗長度が高い）ことを検出することで、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
〈検出に用いるプローブ（ゲノム用）〉
ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出するための、ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で（好ましくはよりストリンジェントな条件下で）ハイブリダイズするプローブが好ましい。
例えば、融合点を含むＦＧＦＲ３融合遺伝子のゲノムＤＮＡを検出する場合、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の融合点をはさんでその上流及び下流のそれぞれ１６塩基からなる、連続した少なくとも３２塩基の核酸分子、又はそれらの相補鎖を含むプローブを用いてもよい。
ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出するための、ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で（好ましくはよりストリンジェントな条件下で）ハイブリダイズするプローブが好ましい。
例えば、融合点を含むＴＡＣＣ３融合遺伝子のゲノムＤＮＡを検出する場合、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の融合点をはさんでその上流及び下流のそれぞれ１６塩基からなる、連続した少なくとも３２塩基の核酸分子、又はそれらの相補鎖を含むプローブを用いてもよい。
例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、ＦＩＳＨ法フュージョンアッセイに用いることのできるプローブとしては、ＦＧＦＲ３遺伝子又はＴＡＣＣ３遺伝子のいずれか一方の遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、残る一方の遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ（好ましくは、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ）を用いることができる。
一方、例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、ＦＩＳＨ法スプリットアッセイに用いることのできるプローブとしては、ＦＧＦＲ３遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ、あるいは、ＴＡＣＣ３遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＴＡＣＣ３遺伝子３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ（好ましくは、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとの組み合わせ）を用いることができる。
〔ｍＲＮＡの検出〕
ｍＲＮＡの検出は、ノーザンハイブリダイゼーション法等によりｍＲＮＡ自体を解析することにより行っても、又は、当業者に周知の方法によりｍＲＮＡを鋳型として合成した、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を解析することにより行ってもよい。
上記ＲＮＡの検出には、シーケンス技術を好適に用いることができる。シーケンシングには、解析の効率を考慮すると、次世代シーケンサーを使用することが好ましい（例えば、Metzker ML、Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46参照）。次世代シーケンサーとしては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のＭｉＳｅｑ/ＨｉＳｅｑ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｇｉｅｓ社のＳＯＬｉＤシステム、Ｒｏｃｈｅ社の４５４シーケンスシステム（ＧＳ ＦＬＸ＋／ＧＳ Ｊｕｎｉｏｒ）等が例示できる。シーケンシングにおいては、後述の遺伝子増幅反応方法、シーケンスキャプチャ技術等を用いて、ＦＧＦＲ３融合遺伝子が存在している可能性がある領域を濃縮（enrich）することで、解析の効率を向上させることができる。シーケンスキャプチャ技術としては、Ｒｏｃｈｅ社のＲｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社のＳｕｒｅ Ｓｅｌｅｃｔ等が例示できる。
〈遺伝子増幅反応方法による検出〉
ｍＲＮＡは、検出対象であるＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したプライマーを用いた、遺伝子増幅反応方法にて検出することができる。以下に、ｍＲＮＡの検出のための代表的な方法を例示するが、これらに限定されるものではない。
==ＰＣＲ法==
例えば、ＰＣＲ法では、ＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動によって分析し、エチジウムブロマイド染色等によって目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを確認できる。目的とするサイズの増幅断片が得られた場合は、被験者から得た試料において、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子が存在していたことになる。このように、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
本発明のＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出方法としては、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチドを遺伝子増幅反応により増幅する工程に加え、更に目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを検出する工程を含むことが好ましい。
ＰＣＲ法は、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子を定量的に検出することに適している。
従って、前述の<ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）>に記載のように、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによってＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。或いは、ＦＧＦＲ３遺伝子と共にＦＧＦＲ３融合遺伝子を構築しているＦＧＦＲ３遺伝子以外の他の遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによって、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出することができる。
また、前述の<ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する態様（１−ｂ）>に記載のように、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによってＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する方法に好適に用いることができる。あるいは、ＴＡＣＣ３遺伝子と共にＴＡＣＣ３融合遺伝子を構築しているＴＡＣＣ３遺伝子以外の他の遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量をそれぞれ特異的に検出し、その発現量の比を求めることによって、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出することができる。
なお、ＰＣＲ法、及び、これに用いるプライマー設計法は、公知の方法に従って当業者が行うことができる。
例えば、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、ＦＧＦＲ３遺伝子の３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを用いることができる。
例えば、ＴＡＣＣ３遺伝子の５’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマー、ならびに、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側領域を特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを用いることができる。
==リアルタイムＰＣＲ法==
更には、ＰＣＲ法においては、遺伝子の増幅過程においてＰＣＲ増幅モニター（リアルタイムＰＣＲ）法（Genome Res., 6(10), 986, 1996）を用いることにより、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出において、より定量的な解析を行うことが可能である。ＰＣＲ増幅モニター法としては、例えば、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７９００（ＰＥバイオシステムズ社）を用いることができる。リアルタイムＰＣＲは公知の方法であり、そのための装置及びキットは市販されており、これらを利用して簡便に行える。
より具体的には、例えばＦＧＦＲ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子であって、ｍＲＮＡを指標にしてＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出する場合、センスプライマー（５’−プライマー、フォワードプライマー）を、ＦＧＦＲ３遺伝子由来の任意の部分から、アンチセンスプライマー（３’−プライマー、リバースプライマー）を、ＴＡＣＣ３遺伝子由来の任意の部分から設計する。
また、例えばＴＡＣＣ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子であって、ｍＲＮＡを指標にしてＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出する場合、センスプライマー（５’−プライマー、フォワードプライマー）を、ＦＧＦＲ３遺伝子由来の任意の部分から、アンチセンスプライマー（３’−プライマー、リバースプライマー）を、ＴＡＣＣ３遺伝子由来の任意の部分から設計する。
==マルチプレックスＰＣＲ==
ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出するためのＰＣＲ法では、ＦＧＦＲ３遺伝子と融合してＦＧＦＲ３融合遺伝子を構成する他の各遺伝子、及び、複数の融合点に対応した上記センスプライマーを混ぜることにより、１反応液により全ての融合ポリヌクレオチドを検出するマルチプレックスＰＣＲ（Multiplex PCR）を設計することもできる。
ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出するためのＰＣＲ法では、ＴＡＣＣ３遺伝子と融合してＴＡＣＣ３融合遺伝子を構成する他の各遺伝子、及び、複数の融合点に対応した上記センスプライマーを混ぜることにより、１反応液により全ての融合ポリヌクレオチドを検出するマルチプレックスＰＣＲ（Multiplex PCR）を設計することもできる。
==質量分析による検出==
上記遺伝子増幅反応方法を用いた検出方法において、増幅断片の解析のために、特開2012-100628号公報に記載の質量分析法を用いることができる。
==検出に用いるプライマーセット==
本発明のＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出するための検出方法に用いられるプライマーセットは、検出対象であるＦＧＦＲ３融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出できるものであれば、特には限定されず、当業者が、検出対象ポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計することができる。
本発明のＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出するための検出方法に用いられるプライマーセットは、検出対象であるＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出できるものであれば、特には限定されず、当業者が、検出対象ポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計することができる。
ＰＣＲ増幅モニター法におけるプライマー設計は、プライマー設計ソフトウェア（例えば、Primer Express; PE Biosystems）などを利用してできる。また、ＰＣＲ産物のサイズが大きくなると増幅効率が悪くなるため、センスプライマーとアンチセンスプライマーは、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡを対象に増幅したときの増幅産物の大きさが１ｋｂ以下になるように設定するのが適切である。
〈ハイブリダイゼーション法による検出〉
ｍＲＮＡは、検出対象であるＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを用いた、ハイブリダイゼーション法にて検出することができる。
ハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション、ドットブロット法、ＤＮＡマイクロアレイ法、ＲＮＡプロテクション法などが挙げられる。
==プローブ（ｍＲＮＡ用）==
ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の少なくとも一部又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で（好ましくはよりストリンジェントな条件下で）ハイブリダイズするプローブが好ましい。
＜融合タンパク質の検出＞
被験者から得た試料中の、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３タンパク質を検出する技法としては、タンパク質を解析するために用いられる当業者に周知いかなる技法、又は、これらの技法を応用したいかなる技法を用いてもよい。
例えば、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出に用いる方法としては、ＦＧＦＲ３タンパク質、又は、ＦＧＦＲ３タンパク質と共にＦＧＦＲ３融合タンパク質を構築するＦＧＦＲ３タンパク質以外の他のタンパク質を特異的に認識する抗体、あるいは、ＦＧＦＲ３融合タンパクを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法（イムノアッセイ法）、酵素活性測定法（ＥＬＩＳＡ法）、２抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ法、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法、ウェスタンブロッティング法、免疫組織化学法、免疫沈降法、ｉＡＥＰ（intercalated antibody-enhanced polymer）法、ＦＲＥＴ法を例示することができる。あるいは、これらと組み合わせて、または単独で、質量分析法、アミノ酸シーケンス法を用いることができる。
例えば、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出に用いる方法としては、ＴＡＣＣ３タンパク質、又は、ＴＡＣＣ３タンパク質と共にＴＡＣＣ３融合タンパク質を構築するＴＡＣＣ３タンパク質以外の他のタンパク質を特異的に認識する抗体、あるいは、ＴＡＣＣ３融合タンパクを特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法（イムノアッセイ法）、酵素活性測定法（ＥＬＩＳＡ法）、２抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ法、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法、ウェスタンブロッティング法、免疫組織化学法、免疫沈降法、ｉＡＥＰ（intercalated antibody-enhanced polymer）法、ＦＲＥＴ法を例示することができる。あるいは、これらと組み合わせて、または単独で、質量分析法、アミノ酸シーケンス法を用いることができる。
以下に、タンパク質の検出のための代表的な方法を例示するが、これらに限定されるものではない。
〔検出に用いる代表的な手法〕
抗体を用いる検出方法としては、上記公知の方法によればよいが、例えば以下の方法を用いることができる。
〈免疫組織化学法〉
例えば、検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質の場合、検出対象の融合タンパク質が存在している可能性のある組織切片に対し、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＦＧＦＲ３抗体及びＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＴＡＣＣ３抗体を用いた免疫染色を行い、それらの抗体が近接していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。また、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＦＧＦＲ３タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いた免疫染色を行い、それらの抗体が離れて局在していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。また、ＴＡＣＣ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いた免疫染色を行い、それらの抗体が離れて局在していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。また、融合点を含むポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いた免疫染色を行い、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
〈ウェスタンブロッティング法〉
例えば、検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質の場合、検出対象の融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液を、当業者に周知の方法により電気泳動して細胞抽出液中のタンパク質を分離した後、メンブレンにブロッティングする。
そして、タンパク質がブロッティングされたメンブレンに対し、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＦＧＦＲ３抗体及びＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域に結合する抗ＴＡＣＣ３抗体を用いた免疫染色を行い、メンブレン上の所望の位置に、抗ＦＧＦＲ３抗体と抗ＴＡＣＣ３抗体が結合していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
また、融合点を含むポリペプチドに特異的に結合する抗体を用い、当該抗体がメンブレン上の所望の位置に結合していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
あるいは、抗ＦＧＦＲ３抗体を用い、当該抗体が、メンブレン上のＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質に結合していることを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。この際、メンブレン上で野生型ＦＧＦＲ３タンパク質が予測される位置とは異なる位置に抗ＦＧＦＲ３抗体が結合することを指標に、検出対象の融合タンパク質の存在を検出してもよい。
抗ＴＡＣＣ３抗体を用い、抗ＦＧＦＲ３抗体を用いた場合と同じ原理で、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質を検出してもよい。
〈免疫沈降法〉
例えば、検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質の場合、検出対象の融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液に対し、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＦＧＦＲ３抗体又はＴＡＣＣ３タンパク質Ｃ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＴＡＣＣ３抗体のいずれか一方の抗体で免疫沈降を行い、その沈降物に対して残るもう一方の抗体で検出することで、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。上記の通り、免疫沈降と検出をした後、更には、検出抗体により、検出したポリペプチドが目的の検出対象ポリペプチドの大きさであることを確認することが好ましい。
あるいは、検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液に対し、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＦＧＦＲ３抗体で免疫沈降を行い、更にその沈降物の質量分析を行うことにより、野生型ＦＧＦＲ３と異なる質量の抗ＦＧＦＲ３抗体と結合するタンパク質の存在を確認することで、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
検出対象のＴＡＣＣ３融合タンパク質が存在している可能性のある細胞抽出液に対し、ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに結合する抗ＴＡＣＣ３抗体で免疫沈降を行い、さらにその沈降物の質量分析を行うことにより、野生型ＴＡＣＣ３と異なる質量の抗ＴＡＣＣ３抗体と結合するタンパク質の存在を確認することで、検出対象の融合タンパク質の存在を検出することもできる。
〔検出に用いる抗体〕
なお、本発明に係る検出方法に用いる抗体は、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質の所望の部位に特異的に結合する範囲で特に制限されず、モノクローナル抗体であってもポリクローナル抗体であってもよく、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体を組みあわせて用いることもできる。前記抗体としては、免疫グロブリンそれ自体であっても、抗原結合能を保持した抗体断片、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）2、又はＦｖでもよい。また、抗体の結合を検出するため、当業者に周知のいかなる標識やシグナル増幅法が用いられてもよい。
＜標識手法＞
上記遺伝子（ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）及びタンパク質の検出方法において、プローブ、プライマー、増幅産物、抗体等の標識は公知の技術を用いればよい。例えば、蛍光標識、化学発光標識、放射性標識、酵素標識、ビオチン標識、アビジン標識等を挙げることができる。
プローブを用いた検出方法において、プローブを標識する場合、その標識方法は上記のとおり、公知の方法によればよく、例えば、ＢＡＣクローンから、標識された核酸プローブを作製する場合、ニックトランスレーション、ランダムプライム法等の公知手法を用いることができる。またその際、ビオチン−ｄＵＴＰ（例えば、Roche Applied Science社製）を用いてプローブをビオチン標識し、アビジンと結合させた、蛍光体、放射性同位体、酵素等、を更に処理することでプローブを標識することができる。
抗体を用いた検出方法において、抗体を標識する場合、その標識方法は上記のとおり、公知の方法によればよいが、例えば、下記の標識方法が挙げられる。
〔ｉＡＥＰ（intercalated antibody-enhanced polymer）法〕
検出対象となるタンパク質に結合する第一抗体と、ポリマー試薬の間に介在抗体を入れることにより、染色感度を上げることが可能である（Takeuchiら、Clin Cancer Res, 2009 May 1; 15(9):3143-3149）。
〔蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）〕
２つの抗体の近接を検出する手法として、例えば、ＦＲＥＴ現象を利用したプローブ（ＦＲＥＴプローブ）を用いることができる。抗体の一つをドナー蛍光物質（ＣＦＰ等）で標識し、他の抗体をアクセプター蛍光物質（ＹＦＰ等）で標識した場合、両者が十分に近い距離にあると、ＦＲＥＴ現象により、ＹＦＰが励起状態となり、基底状態に戻る際に蛍光を発する。この蛍光を検出することで、２つの抗体が近接していることを検出することができる。
≪ＦＧＦＲ３阻害物質による治療の適用対象の判定≫
本発明の検出方法における検出対象のＦＧＦＲ３融合遺伝子又は検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質が、被験者から得た試料から検出された場合は、当該被験者は、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんを有する対象（患者）であり、ＦＧＦＲ３阻害物質による治療の適用対象となる。
≪ＴＡＣＣ３阻害物質による治療の適用対象の判定≫
本発明の検出方法における検出対象のＴＡＣＣ３融合遺伝子又は検出対象のＴＡＣＣ３融合タンパク質が、被験者から得た試料から検出された場合は、当該被験者は、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんを有する対象（患者）であり、ＴＡＣＣ３阻害物質による治療の適用対象となる。
≪検出用キット≫
本発明の検出用キットには、検出対象のＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キット、又は、検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出用キットが含まれる。
本発明の検出用キットには、検出対象のＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット、又は、検出対象のＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出用キットが含まれる。
本発明の検出対象のＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キット、又は、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キットには、本発明の検出方法においてＦＩＳＨ法フュージョンアッセイ又はＦＩＳＨ法スプリットアッセイに用いることのできるプローブ、あるいは、本発明の検出方法における検出対象のＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅できるように設計したセンス及びアンチセンスプライマーが含まれる。センス及びアンチセンスプライマーセットは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチドであり、かつ、増幅対象であるポリヌクレオチドの増幅用のプライマーとして機能するポリヌクレオチドのセットである。
また、本発明の検出対象のＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出用キットには、本発明の検出方法に用いることができる抗体が含まれる。
＜プローブ＞
本発明のＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キットは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチド、又は、その相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、前記ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出できるプローブを１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。
本発明のＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キットは、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部のポリヌクレオチド、又は、その相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、前記ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出できるプローブを１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。
プローブとして、前述の≪検出方法に用いる技法≫に記載したいずれか１種類以上のプローブが例示できる。
例えば、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子がＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の場合、ＦＧＦＲ３遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上の（好ましくは２種類以上の）プローブ、又は、ＴＡＣＣ３遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上の（好ましくは２種類以上の）プローブ、のいずれかのみを含んでも、ＦＧＦＲ３遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブ、及び、ＴＡＣＣ３遺伝子由来ポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブ、の両方を含んでも、あるいは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の融合点を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブ、又は、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の融合点を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズする１種類以上のプローブを含んでもよい。
＜プライマーセット＞
本発明のＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出用キットは、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出できるプライマーセットを１セット、あるいは、２セット以上の組み合わせで含むことができる。
本発明のＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キットは、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の少なくとも一部を特異的に増幅でき、ＴＡＣＣ３融合遺伝子を検出できるプライマーセットを１セット、あるいは、２セット以上の組み合わせで含むことができる。
プライマーセットとして、前述の≪本発明の検出方法の態様≫又は≪検出方法に用いる技法≫に記載したいずれか１種類以上のプライマーセットが例示できる。
本発明のプライマーセットには、好ましくは、
（１）ＦＧＦＲ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマー及びＴＡＣＣ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは「検出対象ポリヌクレオチド」にストリンジェントな条件下（好ましくは、よりストリンジェントな条件下）でアニールする核酸分子（好ましくは、少なくとも１６塩基の核酸分子）からなり、センスプライマーは「検出対象ポリヌクレオチド」の相補鎖にストリンジェントな条件（好ましくは、よりストリンジェントな条件下）でアニールする核酸分子（好ましくは、少なくとも１６塩基の核酸分子）からなるプライマーセット、が含まれる。
また、前記プライマーセット（１）のより具体的な態様として、本発明のプライマーセットには、以下の（２）〜（６）のプライマーセットが含まれる。
（２）配列番号１（FGFR3ex18−TACC3ex4）の塩基番号１から２６３４間の、好ましくは塩基番号１から２６２８間の、任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号１の塩基番号２６２９から５００４間の、好ましくは塩基番号２６３５から５００４間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
（３）配列番号３（FGFR3ex18−TACC3ex9）の塩基番号１から２６３４間の、好ましくは塩基番号１から２６２８間の、任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号３の塩基番号２６２９から３５６１間の、好ましくは塩基番号２６３５から３５６１間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
（４）配列番号５（FGFR3ex17−TACC3ex11）の塩基番号１から２５３６間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号５の塩基番号２５３７から３２７０間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
（５）配列番号１、３、及び、５で表されるＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出するための、以下のプライマーセット。
fgfr3-1781-F：GTGAAGATGCTGAAAGACGATG（配列番号１４）
tacc3-2559-R：GGTCAGCTCCTCGTTCTCTTTAG（配列番号１５）
（６）配列番号１、３、及び、５で表されるＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出するための、以下のプライマーセット。
fgfr3-1990-F：CTACTCCTTCGACACCTGCAAG（配列番号７）
tacc3-2612-R：CCGTGGAGGTCAGATCTTCTC（配列番号８）
（７）配列１、３、及び、５で表されるＦＧＦＲ３融合遺伝子を検出するための、以下のプライマーと、当該プライマーと共に３’−ＲＡＣＥ法を実施できる任意のアンチセンスプライマーとからなる、プライマーセット。
fgfr3-2022-F：AGCAGCTCACCTTCAAGGACCTGG（配列番号１３）
また、本発明のプライマーセットは、前述の〈遺伝子増幅反応方法による検出〉==ＰＣＲ法==に記載のように、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量を検出するためのプライマーセット、又は、ＦＧＦＲ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築する他の遺伝子の５’末端側領域と３’末端側領域の発現量を検出するためのプライマーセットであってもよい。
このようなプライマーセットとして、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側領域と、３’末端側領域とをそれぞれ検出するための以下の（８）、（９）のプライマーセットを例示できる。
（８）ＦＧＦＲ３遺伝子 ５’末端側領域検出用プライマーセット。
fgfr3-469-F：CACTGTCTGGGTCAAGGATG （配列番号９）
fgfr3-651-R：TCCCCGTCTTCGTCATCTC（配列番号１０）
（９）ＦＧＦＲ３遺伝子 ３’末端側領域検出用プライマーセット。
fgfr3-3213-F：CTGAAATTACGGGTACCTGAAG（配列番号１１）
fgfr3-3352-R：TCCGTTGTACCAGCCTTTTC（配列番号１２）
これらのプライマーセット（１）〜（９）においては、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーの選択位置の間隔が１ｋｂ以下であるか、あるいは、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが１ｋｂ以下であることが好ましい。
また、本発明のプライマーは、通常、１５〜４０塩基、好ましくは１６〜２４塩基、更に好ましくは１８〜２４塩基、特に好ましくは２０〜２４塩基の鎖長を有する。
本発明のプライマーセットは、本発明の検出方法において、検出対象ポリヌクレオチドを増幅及び検出するために用いることができる。また、本発明のプライマーセットに含まれる各プライマーは、特に限定されるものではないが、例えば、化学合成法によって製造することができる。
＜抗体＞
本発明のＦＧＦＲ３融合タンパク質の検出用キットには、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の任意の部位に特異的に結合する抗体を１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。具体的には、前述の＜融合タンパク質の検出＞に記載した抗体が例示できる。
本発明のＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出用キットには、ＴＡＣＣ３融合タンパク質の任意の部位に特異的に結合する抗体を１種類、あるいは、２種類以上の組み合わせで含むことができる。具体的には、前述の＜融合タンパク質の検出＞に記載した抗体が例示できる。
例えば、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質が、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質の場合、ＦＧＦＲ３タンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の（好ましくは２種類以上の）抗体、又は、ＴＡＣＣ３タンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の（好ましくは２種類以上の）抗体、のいずれかのみを含んでも、ＦＧＦＲ３タンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の抗体、及び、ＴＡＣＣ３タンパク質由来ポリペプチドに結合する１種類以上の抗体、の両方を含んでも、あるいは、ＦＧＦＲ３融合タンパク質の融合点を含むポリペプチドに結合する１種類以上の抗体、又は、ＴＡＣＣ３融合遺伝子の融合点を含むポリヌクレオチドに結合する１種類以上の抗体を含んでもよい。
≪阻害物質のスクリーニング方法≫
＜ポリペプチドを阻害する物質をスクリーニングする工程＞
本発明の、阻害物質のスクリーニング方法は、前記検出対象ポリペプチドを阻害する物質をスクリーニングすることができ、
（１）検出対象ポリペプチド、又は前記ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を接触させる工程、
（２）前記ポリペプチドが阻害されるか否かを分析する工程、及び
（３）前記ポリペプチドを阻害する物質を選択する工程
を含む。
本明細書において、「ポリペプチドの阻害」には、ポリペプチドの活性の阻害と、ポリペプチドの発現の阻害とが含まれる。また、「阻害」は、少なくとも一部の阻害を意味する。
＜阻害物質スクリーニング工程とその指標＞
本発明のスクリーニング方法には、
（Ａ）精製又は粗製のポリペプチドを用いて、インビトロでポリペプチドの活性阻害を指標とする方法、
（Ｂ）ポリペプチドを発現している細胞を用いて、ポリペプチドの活性阻害を指標とする方法、
（Ｃ）ポリペプチドを発現している細胞を用いて、ポリペプチドの発現阻害を指標とする方法
が含まれる。
〔（Ａ）精製又は粗製ポリペプチドを用い、活性阻害を指標とする方法〕
前記方法（Ａ）には、インビトロでポリペプチドに試験物質を添加して接触させる工程、前記試験物質により前記ポリペプチドの活性が阻害されたか否かを、対照（試験物質を接触させなかったポリペプチド）と比較して分析する工程、ポリペプチドの活性を阻害した物質を選択する工程を含む方法が含まれる。
インビトロにおけるポリペプチド活性の測定は、公知のキナーゼ活性測定法を用いることができ、例えば、キナーゼ反応により生成するＡＤＰ量を指標としても、あるいは、ポリペプチドのチロシンリン酸化レベルを指標としてもよく、市販のキナーゼ活性測定キットを用いることもできる。
〔（Ｂ）ポリペプチド発現細胞を用い、活性阻害を指標とする方法〕
前記方法（Ｂ）には、ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を添加して接触させる工程、前記試験物質により前記ポリペプチドの活性が阻害されたか否かを、対照（試験物質を接触させなかった細胞）と比較して分析する工程、ポリペプチドの活性を阻害した物質を選択する工程を含む方法が含まれる。
前記細胞におけるポリペプチド活性の測定は、公知のキナーゼ活性測定法を用いることができ、例えば、キナーゼ反応により生成するＡＤＰ量を指標としても、あるいは、ポリペプチドのチロシンリン酸化レベルを指標としてもよく、市販のキナーゼ活性測定キットを用いることもできる。
〔（Ｃ）ポリペプチド発現細胞を用い、発現阻害を指標とする方法〕
前記方法（Ｃ）には、ポリペプチドを発現している細胞に試験物質を添加して接触させる工程、前記試験物質により前記ポリペプチドの発現が阻害されたか否かを、対照（試験物質を接触させなかった細胞）と比較して分析する工程、ポリペプチドの発現を阻害した物質を選択する工程を含む方法が含まれる。
前記細胞におけるポリペプチドの発現は、タンパク質又はｍＲＮＡの量を測定することにより分析することができる。タンパク質量の測定には、例えば、ＥＬＩＳＡ法、イムノブロット法を用いることができ、ｍＲＮＡ量の測定には、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ法、ノーザンブロット法を用いることができる。
ここで、ＦＧＦＲ３融合遺伝子は、腫瘍形成能を有する遺伝子である。従って、本発明の阻害物質スクリーニング方法で選択したポリペプチド阻害物質は、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効物質又はその候補物質として有用であり、本発明方法は、所望により、前記阻害物質がＦＧＦＲ３融合体陽性のがんに対する治療活性を有することを確認する工程を更に含むことができる。
また、ＴＡＣＣ３融合遺伝子は、腫瘍形成能を有する遺伝子である。従って、本発明の阻害物質スクリーニング方法で選択したポリペプチド阻害物質は、ＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療薬又はその候補物質として有用であり、本発明方法は、所望により、前記阻害物質がＴＡＣＣ３融合体陽性のがんに対する治療活性を有することを確認する工程を更に含むことができる。
前記確認工程は、公知の評価系を用いて実施することができ、例えば、培養細胞を用いるインビトロ評価系、腫瘍細胞を移植した担がんモデル動物を用いる評価系などを挙げることができる。
前記ポリペプチド発現細胞は、本発明のポリヌクレオチドを、常法に従って、所望の細胞に導入することで得ることもできる（例えば、Molecular Cloning: A Laboratory Manual 4th Edition（2012）、Cold Spring Harbor Laboratory Press参照）。具体的には、例えば、本発明のＦＧＦＲ３融合遺伝子又はＴＡＣＣ３融合遺伝子であるｃＤＮＡを、組換えベクターに導入し、これを更に細胞に導入することで、前記ポリペプチド発現細胞（形質転換細胞）を得ることができる。
≪阻害物質を含有するがん治療用医薬組成物≫
本発明の、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがん（例えば、子宮がん）の治療用医薬組成物は、ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質を含む。例えば、本発明の阻害物質スクリーニング方法で得られる阻害物質（例えば、低分子化合物、二重鎖核酸（ｓｉＲＮＡを含む）、タンパク質（抗体又は抗体断片を含む）、ペプチド、又はそれ以外の化合物）を有効成分として含有し、所望により、製剤学的に許容される担体を含有することができる。
本発明のＴＡＣＣ３融合体陽性のがんの治療用医薬組成物は、ＴＡＣＣ３融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質を含む。例えば、本発明の阻害物質スクリーニング方法で得られる阻害物質（例えば、低分子化合物、二重鎖核酸（ｓｉＲＮＡを含む）、タンパク質（抗体又は抗体断片を含む）、ペプチド、又はそれ以外の化合物）を有効成分として含有し、所望により、製剤学的に許容される担体を含有することができる。
＜ＦＧＦＲ３融合遺伝子又は転写産物、あるいは、ＴＡＣＣ３融合遺伝子又は転写物に対する阻害物質＞
ＦＧＦＲ３融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質としては、キナーゼ阻害剤、例えば、ＦＧＦＲ３阻害物質、又は、ＦＧＦＲ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築するもう一方の遺伝子又はその転写物質に対する阻害物質を挙げることができる。
ＴＡＣＣ３融合遺伝子又はその転写産物に対する阻害物質としては、キナーゼ阻害剤、例えば、ＴＡＣＣ３阻害物質、又は、ＴＡＣＣ３遺伝子と共に融合遺伝子を構築するもう一方の遺伝子又はその転写物質に対する阻害物質を挙げることができる。
〔低分子化合物〕
前記阻害物質のうち、低分子化合物の具体例としては、
LY287455（(R)-(E)-2-(4-(2-(5-(1-(3,5-Dichloropyridin-4-yl)ethoxy)-1H-indazol-3yl)vinyl)-1H-pyrazol-1-yl)ethanol、Zhao G et al. Mol Cancer Ther. 2011 Nov;10(11):2200-2010参照）、PD173074（1-tert-butyl-3-[6-(3,5-dimethoxy-phenyl)-2-(4-diethylamino-butylamino)-pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-urea、Miyake M et al. J Pharmacol Exp Ther. 2010 Mar;332(3):795-802参照）、SU5402（3-[(3-(2-carbox-yethyl)-4-methylpyrrol-2-yl)methylene]-2-indolinone)、Grand EK et al. Leukemia. 2004 May;18(5):962-966参照）、dovitinib（TKI-258、CHI-258、4-amino-5-fluoro-3-[6-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazole-2-yl]quinolin-2(1H)-one、Trudel S et al. Blood. 2005 Apr 1;105(7):2941-2948参照）、masitinib （4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-N-(4-methyl-3-{[4-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenyl)benzamide、Dubreuil P et al. PLoS One. 2009 Sep 30;4(9):e7258参照）、Ponatinib（3-[2-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-yl)ethynyl]-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzamide、Katoh, M. and Nakagama, H. Med. Res. Rev. 2013 May. doi: 10.1002/med.21288参照）、TAS-2985（Taiho Pharmaceutical Co Ltd）、
JNJ-42756493（Janssen Biotech Inc）、lenvatinib（4-{3-chloro-4-[(cyclopropylcarbamoyl)amino]phenoxy}-7-methoxyquinoline-6-carboxamide）、BGJ-398（3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxy-phenyl)-1-{6-[4-(4-ethyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-pyrimidin-4-yl}-1-methyl-urea、Cheng T et al. PLoS One. 2013;8(2):e57284参照）、AZD-4547（N-[5-[2-(3,5-Dimethoxyphenyl)ethyl]-2H-pyrazol-3-yl]-4-(3,5-diemthylpiperazin-1-yl)benzamide、Gavine PR et al. Cancer Res. 2012 Apr 15;72(8):2045-2056参照）、KHS-101(N4-isobutyl-N2-((2-phenylthiazol-4-yl)methyl)pyrimidine-2,4-diamine, Sigma-Aldrich, Wurdak H. et al., Proc Natl Acad Sci USA. 2010 Sep 21;107(38):16542-7参照)、および、これらの薬学的に許容される塩等を挙げることができる。
〔二重鎖核酸〕
二重鎖核酸は、二重鎖の核酸（ＲＮＡ又はＤＮＡ）部分と、好ましくはセンス鎖及びアンチセンス鎖の３’末端のオーバーハングとからなり、ＲＮＡｉを誘導する。ＲＮＡｉは進化的に保存された現象で、ＲＮａｓｅIIIエンドヌクレアーゼによって生じる２１〜２３塩基の二重鎖核酸を介して起こる（Genes Dev. 15, 485-490, 2001）。３’側のオーバーハングはそれぞれ１又は２塩基の任意の核酸であるが、２塩基が好ましい。なお、前記塩基数（２１〜２３塩基）は、オーバーハングを含むセンス鎖又はアンチセンス鎖の各々の塩基数である。また、センス鎖及びアンチセンス鎖は、同じ塩基数であることもできるし、異なる塩基数であることもできるが、同じ塩基数であることが好ましい。
二重鎖核酸の３’側オーバーハングを構成するリボ核酸としては、例えば、Ｕ（ウリジン）、Ａ（アデノシン）、Ｇ（グアノシン）、又はＣ（シチジン）を用いることができ、３’側のオーバーハングを構成するデオキシリボ核酸としては、例えば、ｄＴ（デオキシチミジン）、ｄＡ（デオキシアデノシン）、ｄＧ（デオキシグアノシン）、又はｄＣ（デオキシシチジン）を用いることができる。
本発明の医薬組成物の有効成分として用いることのできる二重鎖核酸は、ＦＧＦＲ３融合遺伝子に対する阻害作用又はＴＡＣＣ３融合遺伝子に対する阻害作用を有するものであれば、特に限定されない。例えば、二重鎖部分が融合点を含むポリヌクレオチドの塩基配列、例えば、配列番号１の第２６２８番〜第２６３５番を含む塩基配列、配列番号３の第２６２８番〜第２６３５番を含む塩基配列、或いは、配列番号５の第２５３６番〜第２５３７番を含む塩基配列に基づいて設計することができる。あるいは、二重鎖部分が、キナーゼ部分をコードするポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計することができる。本発明の二重鎖核酸は、常法（例えば、J. Am. Chem. Soc., 120, 11820-11821, 1998; 及びMethods, 23, 206-217, 2001）により製造することができる。また、二重鎖核酸を委託製造する会社（例えば、ＲＮＡｉ社）は、当業者によく知られており、二重鎖核酸の製造に利用できる。また、ｓｉＲＮＡ配列設計システム（商用ｓｉＤｉｒｅｃｔ（登録商標）；ＲＮＡｉ社）により、二重鎖核酸を設計することができる。
〔タンパク質・抗体〕
本発明の医薬組成物の有効成分として用いることのできる抗体は、ＦＧＦＲ３融合遺伝子の転写産物又はＴＡＣＣ３融合遺伝子の転写物、好ましくは、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３遺伝子の転写産物を阻害するものであれば、限定されない。例えば、ＦＧＦＲ３融合タンパク質又はＴＡＣＣ３融合タンパク質の活性、好ましくはキナーゼ活性を阻害するものが挙げられる。
以下、実施例によって本発明を具体的に説明するが、これらは本発明の範囲を限定するものではない。
なお、実施の形態及び実施例に特に説明がない場合には、J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis (Ed.), Molecular cloning, a laboratory manual (3rd edition), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (2001); F. M. Ausubel, R. Brent, R. E. Kingston, D. D. Moore, J.G. Seidman, J. A. Smith, K. Struhl (Ed.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons Ltd.などの標準的なプロトコール集に記載の方法、あるいはそれを修飾したり、改変した方法を用いる。また、市販の試薬キットや測定装置を用いている場合には、特に説明が無い場合、それらに添付のプロトコールを用いる。
［実施例１］臨床検体での遺伝子異常のＦＩＳＨ法による検出
臨床検体での遺伝子異常をＦＩＳＨ法で検出した。手術により摘出され、２０％ホルマリンで固定化されパラフィンに包埋された子宮がん組織を４μｍの厚さで切り、スライドガラス上に乗せ病理切片を作製した。ＦＩＳＨ法は文献（Takeuchi K, Choi YL, Soda M, Inamura K, Togashi Y, Hatano S, Enomoto M, Takada S, Yamashita Y, Satoh Y, Okumura S, Nakagawa K, Ishikawa Y, Mano H. Multiplex reverse transcription-PCR screening for EML4-ALK fusion transcripts. Clin Cancer Res. 2008;14:6618-6624.）の方法に従い行った。作製した未染色の切片は、Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ＦＩＳＨアクセサリーキット（Dako社）で処理し、続いて、赤（TexasRed）の蛍光標識したＦＧＦＲ３遺伝子５’末端側領域をカバーするＢＡＣ（bacterial artificial chromosome）クローン（クローン番号RP11-585J22）と、緑（FITC）の蛍光標識したＦＧＦＲ３遺伝子３’末端側領域をカバーするＢＡＣクローン（クローン番号 RP11-241P10およびRP11-262P20）とを用いてハイブリダイゼーションした。更に続いて４，６−ジアミノ−２−フェニルインドール（4,6-diamino-2-phenylindole）で染色を行った。蛍光観察は蛍光顕微鏡ＢＸ５１（Olympus社）を使用した。約２４０例の病理検体での検討から、緑シグナル（FITC）が通常のＦＧＦＲ３遺伝子領域の構造異常がない場合に比べて強く認められた、１例のＦＧＦＲ３遺伝子領域のゲノム構造異常を示唆する検体（子宮頚がん患者由来）を見出した。また、このＦＧＦＲ３遺伝子領域のゲノム構造異常は、上記検出されたシグナルパターンから、同一染色体上でＦＧＦＲ３遺伝子の重複を伴っていることが示唆された。
［実施例２］ＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出（ＲＴ−ＰＣＲ（１））
融合点を含む領域を直接増幅するＲＴ−ＰＣＲで融合遺伝子の検出を行い、融合遺伝子ががん組織に存在していることを示した。具体的には、実施例１でＦＧＦＲ３遺伝子領域のゲノム構造異常が示唆された検体由来ＲＮＡテンプレートからｃＤＮＡを合成し、このｃＤＮＡに対して、ＦＧＦＲ３遺伝子上に設計したセンスプライマーfgfr3-1990-F（配列番号７、表１）と、ＴＡＣＣ３遺伝子上に設計したアンチセンスプライマーTACC3-2612-R（配列番号８、表１）と、を使用してＰＣＲを行った。
その結果、約３０００ｂｐおよび約１５００ｂｐの異なるサイズの増幅産物が得られ、ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子の融合遺伝子の存在、さらには複数のバリアントの存在が示唆された。
さらに、これらのＤＮＡ断片を精製し、常法に従いＴＡクローニング（pT7Blue-2）後にシーケンス解析した。その結果、ＦＧＦＲ３遺伝子のキナーゼ領域を含む一部が、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’側の一部に融合していることが明らかとなった。また、その融合は、ＦＧＦＲ３遺伝子のエクソン１８とＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン４との間、または、ＦＧＦＲ３遺伝子のエクソン１８とＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン９との間で生じていることが判明した。
［実施例３］ＦＧＦＲ３融合遺伝子の同定（３’−ＲＡＣＥ）
実施例１で使用した約２４０例の病理検体について、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側を、センスプライマーfgfr3-469-F（配列番号９）および、アンチセンスプライマーfgfr3-651-R（配列番号１０）のプライマーセットを用いて、また、ＦＧＦＲ３遺伝子の３’末端側を、センスプライマーfgfr3-3213-F（配列番号１１）および、アンチセンスプライマーfgfr3-3352-R（配列番号１２）のプライマーセットを用いて、それぞれリアルタイムＰＣＲ法をおこない、発現量の違いを比較した。その結果、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側の発現量が、３’末端側の発現量に比して高い検体が複数認められた。この中から、ＦＧＦＲ３遺伝子の５’末端側の発現量が、３’末端側の発現量に比して、特に高い検体を５例選択し、これらの組織由来のＲＮＡをテンプレートに３’−ＲＡＣＥキット（SMARTer（登録商標）RACE cDNA Amplification Kit; Clonetech社）のプロトコールに従い、ＦＧＦＲ３遺伝子キナーゼ領域の３’側に存在する遺伝子を調べた。
具体的には、ファーストストランドｃＤＮＡ（1st strand cDNA）合成は、臨床検体由来のＲＮＡ０．５μｇを用いて行った。さらに、３’−ＲＡＣＥ（rapid amplification of cDNA ends）ＰＣＲは、キットに含まれるＵＰＭプライマー、センスプライマー（配列番号１３）、および、ＤＮＡポリメラーゼ（AmpliTaq Gold（登録商標）；ライフテクノロジーズジャパン株式会社）を用いて行った。
本ＲＡＣＥ産物を電気泳動し、１−２ｋｂｐ付近のＤＮＡ断片を精製し、常法に従いＴＡクローニング後に、ＭｉＳｅｑ（イルミナ社）を用いてシーケンス解析した。その結果、ＦＧＦＲ３遺伝子のキナーゼ領域を含む５’末端側の一部が、ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側の一部に融合していることが明らかとなった。
また、その融合は、ＦＧＦＲ３遺伝子のエクソン１８とＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン４（配列番号１、FGFR3ex18-TACC3ex4、バリアント１）、ＦＧＦＲ３遺伝子のエクソン１８とＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン９（配列番号３、FGFR3ex18-TACC3ex9、バリアント２）、または、ＦＧＦＲ３遺伝子のエクソン１７とＴＡＣＣ３遺伝子のエクソン１１（配列番号５、FGFR3ex17-TACC3ex11、バリアント３）との間で生じていることが判明した。
FGFR3ex18-TACC3ex4においては、ＦＧＦＲ３はエクソン１８の９２番塩基まで（エクソン１８の残り１６６５塩基を含まず）、その後、６塩基の挿入があり、ＴＡＣＣ３のエクソン４の頭から融合していた。FGFR3ex18-TACC3ex9においては、ＦＧＦＲ３はエクソン１８の９２番塩基まで（エクソン１８の残り１６６５塩基を含まず）、その後、６塩基の挿入があり、ＴＡＣＣ３のエクソン９の頭から融合していた。FGFR3ex17-TACC3ex11においては、ＦＧＦＲ３はエクソン１７の末尾まで、その後ＴＡＣＣ３のエクソン１１の頭から融合していた。
［実施例４］ＦＧＦＲ３融合遺伝子の検出（ＲＴ−ＰＣＲ（２））
実施例３においてＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の存在が確認できた３種のバリアント（FGFR3ex18-TACC3ex4、FGFR3ex18-TACC3ex9、および、FGFR3ex17-TACC3ex11）を含む４検体からｍＲＮＡを回収し、ＦＧＦＲ３遺伝子上に設計したセンスプライマーfgfr3-1781-F（配列番号１４、表１）およびＴＡＣＣ３遺伝子上に設計したアンチセンスプライマーtacc3-2559-R（配列番号１５、表１）のプライマーペアを用いて、ＲＴ−ＰＣＲを実施した。
その結果、上記３種のバリアントに相当する長さ（3024bp、1581bp、1290bp）のＰＣＲ増幅産物が得られた。したがって、上記プライマーペアを用いて、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子のバリアント群、好ましくは、FGFR3ex18-TACC3ex4、FGFR3ex18-TACC3ex9、および、FGFR3ex17-TACC3ex11の3バリアント、について、PCRによる検出を行うことが可能であることが明らかとなった。
女性生殖器がんにおいて、これらの融合遺伝子及びその転写産物の存在は報告されておらず、初めて示されたものであった。また、女性生殖器がんにおけるＦＧＦＲ３融合遺伝子およびその転写産物の存在もこれまで報告はなく、初めて示されたものであった。
当該融合遺伝子については、導入細胞における形質転換及び導入細胞移植マウスにおける腫瘍形成能が示されており、本融合遺伝子又はその転写産物の存在は、発現部位におけるがんの原因であることが示唆されている（非特許文献１参照）。
Figure 0006731254
以上より、本発明において、一部の女性生殖器がん患者においてＦＧＦＲ３遺伝子の融合遺伝子が存在し、その遺伝子ががんの原因となっていることが明らかとなった。すなわち、ＦＧＦＲ３阻害物質による治療の対象となるがん患者を、ＦＧＦＲ３融合体、すなわち、ＦＧＦＲ３融合遺伝子およびその転写産物を検出することで、好ましくは、FGFR3ex18-TACC3ex4、FGFR3ex18-TACC3ex9、および、FGFR3ex17-TACC3ex11、並びにそれらの転写産物を検出することで、選別できることが明らかとなった。
本発明の検出方法は、ＦＧＦＲ３融合体陽性のがん患者の判定に有用である。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、前記検出方法に用いることができる。本発明の阻害物質スクリーニング方法は、当該融合体陽性のがん患者の治療に有効な物質をスクリーニングするのに用いることができる。前記スクリーニングにより得られる物質は、当該融合体陽性のがんの治療用医薬組成物の有効成分として使用することができる。前記検出方法により、当該融合体陽性のがん患者と判定された患者に、前記物質を投与することにより、がんを治療することができる。
以上、本発明を特定の態様に沿って説明したが、当業者に自明の変形や改良は本発明の範囲に含まれる。
配列表の配列番号７〜１５の配列で表される塩基配列は、合成プライマー配列である。

Claims (11)

  1. 子宮がんを検出するために、被験者の子宮がん由来試料中の、ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質とから構築される融合タンパク質の存在、又は、前記融合タンパク質をコードする融合遺伝子の存在、を検出する工程を含む、前記融合タンパク質、又は該融合タンパク質をコードする融合遺伝子の検出方法であって、
    前記融合タンパク質が、以下の（Ａ）及び（Ｂ）からなる群から選んだ融合タンパク質である、前記検出方法：
    （Ａ）ＦＧＦＲ３タンパク質に由来する領域の最終エクソンが、ＦＧＦＲ３タンパク質のエクソン１８であり、ＴＡＣＣ３タンパク質に由来する領域の最初のエクソンが、ＴＡＣＣ３タンパク質のエクソン４である、融合タンパク質；
    （Ｂ）ＦＧＦＲ３タンパク質に由来する領域の最終エクソンが、ＦＧＦＲ３タンパク質のエクソン１８であり、ＴＡＣＣ３タンパク質に由来する領域の最初のエクソンが、ＴＡＣＣ３タンパク質のエクソン９である、融合タンパク質。
  2. 前記融合タンパク質が、以下の（ａ）〜（ｅ）からなる群から選択されるポリペプチドである、請求項１に記載の検出方法：
    （ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
    （ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
    （ｃ）配列番号２、又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
    （ｄ）配列番号２、又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
    （ｅ）配列番号２、又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
  3. 前記融合遺伝子が、請求項２に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである、請求項１又は２に記載の検出方法。
  4. 前記融合遺伝子が、ＤＮＡ又はｍＲＮＡである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の検出方法。
  5. ＴＡＣＣ３遺伝子の３’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第１のプローブと、ＦＧＦＲ３遺伝子５’末端側ゲノム領域を特異的に認識できる第２のプローブとを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
  6. ＦＧＦＲ３タンパク質とＴＡＣＣ３タンパク質との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット。
  7. 以下の（ａ）〜（ｅ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合遺伝子の検出用キット：
    （ａ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
    （ｂ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
    （ｃ）配列番号２、又は配列番号４で表されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、
    （ｄ）配列番号２、又は配列番号４で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、及び
    （ｅ）配列番号２、又は配列番号４で表されるアミノ酸配列において、１又は数個のアミノ酸が欠失、置換、及び／若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。
  8. ＴＡＣＣ３タンパク質のＣ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体と、ＦＧＦＲ３タンパク質のＮ末端側領域のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合タンパク質の検出用キット。
  9. ＦＧＦＲ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるセンスプライマー及びＴＡＣＣ３タンパク質をコードするポリヌクレオチド部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは請求項７に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなり、センスプライマーは請求項７に記載のポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でアニールする核酸分子からなる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるプライマーセット。
  10. ＦＧＦＲ３遺伝子とＴＡＣＣ３遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、配列番号１、又は配列番号３に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でアニールする核酸分子からなるセンスプライマーを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるプライマーセット。
  11. 以下の（ａ）及び（ｂ）からなる群から選択される、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の検出方法に用いるプライマーセット：
    （ａ） 配列番号１の塩基番号１から２６２８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号１の塩基番号２６３５から５００４の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー、
    （ｂ） 配列番号３の塩基番号１から２６２８の間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー、及び配列番号３の塩基番号２６３５から３５６１間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー。
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