KR101797138B1 - 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물 - Google Patents

돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물 Download PDF

Info

Publication number
KR101797138B1
KR101797138B1 KR1020150045355A KR20150045355A KR101797138B1 KR 101797138 B1 KR101797138 B1 KR 101797138B1 KR 1020150045355 A KR1020150045355 A KR 1020150045355A KR 20150045355 A KR20150045355 A KR 20150045355A KR 101797138 B1 KR101797138 B1 KR 101797138B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
gene
syndrome virus
prrsv
gbp1
identifying
Prior art date
Application number
KR1020150045355A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20160116922A (ko
Inventor
김원일
김관석
Original Assignee
전북대학교 산학협력단
충북대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 전북대학교 산학협력단, 충북대학교 산학협력단 filed Critical 전북대학교 산학협력단
Priority to KR1020150045355A priority Critical patent/KR101797138B1/ko
Publication of KR20160116922A publication Critical patent/KR20160116922A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101797138B1 publication Critical patent/KR101797138B1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 바이오 마커, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물, 상기 조성물을 포함하는 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 키트 및 상기 조성물을 이용한 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 돼지의 GBP1 또는 CD163 유전자를 바이오 마커로 이용한 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 조성물을 이용 시, 육안으로 구별되지 않는 돼지의 PRRSV 저항성을 빠르고 정확하게 판별할 수 있어, 돼지 유통 시장의 질서 확립 등에 유용하게 이용 될 수 있다.

Description

돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물{Composition for resistance individual diagnosis of Porcine respiratory and reproductive syndrome virus}
본 발명은 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 바이오 마커, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물, 상기 조성물을 포함하는 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 키트 및 상기 조성물을 이용한 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법에 관한 것이다.
돼지 생식기 및 호흡기 증후군(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome: PRRS)은 돼지에서 유산, 생식기능 저하, 호흡기 증상에 의한 비육저하 및 폐사를 일으키는 질병으로, 우리나라를 포함한 전 세계 양돈 산업에 엄청난 경제적인 피해를 주고 있으며 현재 가장 중요한 바이러스 질병중의 하나로 간주되고 있다. 이 같은 질병의 중요성 때문에 PRRS의 원인체인 PRRS 바이러스(PRRSV)를 발견한 이후 약 20년 동안 이 바이러스에 대한 예방법을 개발하기 위하여 많은 노력이 투자되었음에도 아직까지 효과적인 예방법 및 관리법이 개발되어지지 않은 실정이다. PRRS 바이러스 제어를 위해 불활화 백신과 약독화 생백신 등 다양한 백신이 개발되었으나 오직 감염성이 확보된 약독화 백신만이 만족스러운 수준의 방어효과를 유도하는 것으로 밝혀졌다. 하지만, PRRS 바이러스가 유전적으로 매우 다양하게 존재하기 때문에 다양한 바이러스들 간의 교차면역의 부재함으로 백신만으로 PRRS 바이러스의 감염을 완벽하게 방어하기는 어렵다. PRRSV에 노출되어 동일한 환경에서 사육이 되는 돼지들이라도 감염에 대한 임상증상 및 피해는 개체적으로 매우 다양한 것으로 알려져 왔다. 따라서, 신속하면서도 정확하게 PRRSV에 대한 저항성이 높은 돼지를 선별하는 방법의 개발이 시급하다.
이에 본 발명자들은 PRRSV에 대한 저항성이 높은 돼지를 선발하기 위한 방법을 연구하던 중, 돼지의 GBP1 또는 CD163 유전자의 일부 염기서열을 이용하는 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물을 이용 시, 육안으로 구별되지 않는 돼지의 PRRSV 저항성을 빠르고 정확하게 판별할 수 있음을 확인하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 바이오 마커를 제공하는 것이다.
또한, 본 발명의 다른 목적은 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물을 제공하는 것이다.
또한, 본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 키트를 제공하는 것이다.
또한, 본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 이용한 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법을 제공하는 것이다.
상기와 같은 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GBP1(Guanylate-binding protein 1) 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기서열 부위; 또는
서열번호 2로 표시되는 CD163(Cluster of Differentiation 163) 유전자의 염기서열에서, 88번째 염기서열 부위;를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 바이오 마커를 제공한다.
또한, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GBP1 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기서열 부위; 또는 서열번호 2로 표시되는 CD163 유전자의 염기서열에서, 88번째 염기서열 부위;를 검출하는 제재를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계; 및 (b) 상기 조성물을 이용하여 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체를 판별하는 단계;를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법을 제공한다.
본 발명에 따른 돼지의 GBP1 또는 CD163 유전자를 바이오 마커로 이용한 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 조성물을 이용 시, 육안으로 구별되지 않는 돼지의 PRRSV 저항성을 빠르고 정확하게 판별할 수 있어, 돼지 유통 시장의 질서 확립 등에 유용하게 이용 될 수 있다.
도 1은 돼지의 PRRSV 저항성 평가를 위한 동물실험 디자인을 나타낸 도이다.
도 2는 PRRSV 공격감염 전후의 돼지 몸무게와 GBP1유전자의 유전형과의 상관관계를 나타낸 도이다.
도 3은 PRRSV 공격감염 전후의 PRRSV 혈중 농도와 GBP1 유전자 유전형과의 상관관계를 나타낸 도이다.
본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GBP1(Guanylate-binding protein 1) 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기서열 부위; 또는
서열번호 2로 표시되는 CD163(Cluster of Differentiation 163) 유전자의 염기서열에서, 88번째 염기서열 부위;를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 바이오 마커를 제공한다.
본 발명에서 용어 "GBP1 유전자"는 인터페론과 같은 사이토카인에 의해 유도가 되며 C형 간염바이러스 및 수포성 구내염 바이러스 등의 RNA 바이러스에 대한 방어와 관련이 있는 유전자이다.
본 발명에서 용어 "CD163 유전자"는 PRRSV의 감염세포인 폐포대식세포에 존재하며 PRRSV의 감염에 가장 중요한 리셉터를 암호화하는 유전자이다.
본 발명에서 용어 "개체"는 PRRSV 저항성을 확인하고자 하는 대상인 돼지를 의미한다.
본 발명에서 용어 "바이오 마커"는 DNA, RNA, 대사물질, 단백질 및 단백질 조각(potein fragments) 등에서 유래된 단일 분자 또는 분자들의 패턴을 근거로 한 분자적 정보로서 생명체내에서 유전적 또는 후생 유전적 변화의 영향으로 유발 된 신체의 변화를 감지할 수 있는 지표를 가리킨다. 바이오 마커는 혈중포도당 같은 저분자 물질에서 단백질이나 특정 핵산 같은 고분자물질까지 다양하며, 생화학의 발전과 더불어 진화해 온 개념이다.
또한, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GBP1 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기서열 부위; 또는 서열번호 2로 표시되는 CD163 유전자의 염기서열에서, 88번째 염기서열 부위;를 검출하는 제재를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 조성물을 제공한다.
상기 제재는 상기 염기서열 부위를 검출할 수 있는 프라이머 또는 프로브일 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.
상기 GBP1 유전자를 검출하는 제재는 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍일 수 있으며, 상기 GBP1 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기를 검출할 수 있는 모든 프라이머 또는 프로브가 본 발명의 범위에 속하는 것은 자명하다.
상기 CD163 유전자를 검출하는 제재는 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머쌍일 수 있으며, 상기 서열번호 2로 표시되는 CD163 유전자의 염기서열에서, 88 번째 염기를 검출할 수 있는 모든 프라이머 또는 프로브가 본 발명의 범위에 속하는 것은 자명하다.
본 발명에서 용어 "프라이머"는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
상기 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
본 발명에서 용어 "프로브"는 특정 표적 서열에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오티드를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 단일가닥 형태일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 상보적 뉴클레오티드에 수소 결합에 의하여 혼성화될 수 있는 성질을 갖는 것이면, 천연 뉴클레오티드로 구성된 것 뿐만 아니라, 천연 뉴클레오티드, 천연 뉴클레오티드의 유사체, 천연 뉴클레오티드의 당, 염기 또는 인산 부위가 변형되어 있는 뉴클레오티드 및 이들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 PNA를 포함한다. 또한, 상기 폴리뉴클레오티드는 예를 들면, 분석 반응에서 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그가 결합되어 있는 복합체의 검출의 편이를 위하여, 검출가능한 표지(예, Cy3, Cy5 형광성 물질)가 부착, 예를 들면, 3'말단 또는 5'말단에 부착되어 있는 것일 수 있다.
본 발명에서 용어 "유전자형"은 생물의 개체, 세포, 기관의 특징(character)을 결정하는 유전자의 구성으로, 유전 인자에 의해서 생물 내부적으로 결정되는 숨겨진 형질을 의미한다.
본 발명의 일실시에서는, 돼지에 PRRSV를 공격감염 시킨 후, 몸무게, 증체율, 혈중 바이러스 농도 등의 분석을 통해 돼지 GBP1 또는 CD163 유전자가 돼지의 PRRSV에 대한 저항성 보유 여부를 판별할 수 있는 바이오 마커로 활용될 수 있음을 확인하였다. 보다 구체적으로, PRRSV의 공격감염 이후의 돼지의 성장(몸무게, 증체량) 혈중 바이러스 농도 및 돼지의 유전자형의 상관관계를 분석하였으며, GBP1 유전자의 유전형(AA, AG, 및 GG) 또는 CD163 유전자의 유전형(TT, TC 및 CC)이 돼지의 PRRSV에 대한 저항성과 관련이 있음을 확인하였다.
특히, 서열번호 1로 표시되는 GBP1 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기서열 부위의 AA가 GG로 치환될 때, 이의 유전자형이 AG이면 다른 유전자형보다 PRRSV 공격 감염 이후 돼지의 몸무게 및 증체량이 더 높고, PRRSV 혈중 농도가 더 낮음을 확인하였다.
서열번호 2로 표시되는 CD163 유전자의 염기서열에서, 88번째 염기서열 부위의 C가 T로 치환되거나 혹은 치환되지 않을 때, 이의 유전자형이 CC이면 다른 유전자형보다 PRRSV 공격 감염 이후 돼지의 몸무게 및 증체량이 더 높고, PRRSV 혈중 농도가 더 낮음을 확인하였다. 따라서, 이를 이용 시 PRRSV 저항성 개체를 판단할 수 있음을 확인하였다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함할 수 있으며, 내열성 DNA 중합효소, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
또한, 본 발명은 (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계; 및 (b) 상기 조성물을 이용하여 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체를 판별하는 단계;를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법을 제공한다.
상기 (a)단계의 시료는 털, 뇨, 혈액, 각종 체액, 분리된 조직, 분리된 세포 및 타액으로 이루어진 군에서 선택되는 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
상기 (b) 단계에서 (a) 단계의 시료의 유전자형 분석 결과, 서열번호 1로 표시되는 GBP1 유전자의 염기서열에서, 206 내지 207번째 염기서열 부위의 AA가 GG로 치환될 때, 이의 유전자형이 AG이거나; 또는,
서열번호 2로 표시되는 CD163 유전자의 염기서열에서, 88번째 염기서열 부위의 C가 T로 치환되거나 혹은 치환되지 않을 때, 이의 유전자형이 CC이면, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체로 판별할 수 있다.
이하, 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1. 돼지의 PRRSV 저항성 평가를 위한 동물 실험의 실시
돼지의 PRRSV 저항성 평가를 위하여, PRRSV 공격감염 이후 면역 세포 증식(Immune cell population), 상기 PRRSV의 혈중 바이러스 농도(viremia) 농도, 돼지의 몸무게,증체량(Average daily weight gain, ADWG) 및 폐 조직의 미세 병변 정도(Microscopic Lesion score)를 분석하기 위해, 하기와 같은 동물 실험을 수행하였다.
보다 구체적으로, 국내 22곳의 양돈장의 4주령의 돼지 40마리를 검사한 결과, 균형 잡힌 비율의 유전형이 검출된 D 농장에서 돼지를 구입하였다. 그 후, 돼지를 같은 돈방에 사육하고 동일한 사육환경에서 7일간의 순치기간을 두었다. 상기 순치 기간 중 귀 조직을 채취하여 각 개체의 유전자 검사 실시하였다. 순치기간을 둔 후, 공격감염 전에 모든 21일된 돼지들의 체중을 측정하고 혈액을 채취하였다. 공격감염은 27일된 38 마리의 돼지들에 1×103 TCID50/ml로 준비된 북미형 PRRS 바이러스인 JA142 주를 근육주사하여 실시하였다. 나머지 2 마리의 자돈은 음성 대조군으로 유지하였다.
상기 PRRSV 공격감염 이후, 돼지 내 면역 세포 증식(Immune cell population)은 감염 당일, 감염 후 4일, 18일 및 25일에 확인하였다. 또한, PRRSV 혈중 바이러스 농도 (viremia) 농도는 돼지의 혈액을 매주 채쥐하여 확인하였다. 또한, 돼지의 몸무게 및 증체량(Average daily weight gain, ADWG)은 돼지의 공격감염 감염 전 6일, 감염 후 11일, 감염 후 25일에 체중을 확인하였다. 또한, 미세 병변 정도(Microscopic Lesion score)를 확인하기 위하여, 돼지를 안락사 시키고 폐, 편도, 림프절 등을 수거하여, 이의 병변을 육안적 또는 현미경적 병변을 스코어링(scoring)하여 병리검사를 실시하였다. 이상의 실험과정을 도 1에 나타내었다.
실시예 2. PRRSV 저항성 개체판별용 마커의 선정 및 유전형 확인
PRRSV 저항성 개체 판별용 마커의 선정 및 유전형을 확인하기 위하여, 하기와 같은 실험을 수행하였다.
PRRSV 저항성 개체 판별용 마커 후보로 돼지 GBP1 또는 CD163 유전자를 선택한 후, 상기 유전자의 핵산 다형성(nucleic acid polymorphism) 부위를 선정하였다. 구체적으로, 표 1에 나타낸 바와 같이, 서열번호 1로 표시되는 GBP1 유전자의 염기서열에서는, 206 내지 207번째 염기인 AA가 GG로 치환된 부위를 선정하였고, 상기 부위는 GBP1 유전자 Exon 2에 존재하며, 4번 염색체에 해당함을 확인하였다. 또한, 서열번호 2로 표시되는 CD163 유전자의 염기서열에서는, 88 번째 염기인 C가 T로 치환된 부위를 선정하였으며, 이는 5번 염색체에 해당함을 확인하였다.
또한, 상기 실시예 1에서 선발된 40 마리의 자돈들의 게놈 DNA를 분리한 후, 하기 표 2에 나타낸 프라이머 및 조건을 이용하여 PCR을 통해 GBP1 또는 CD163 유전자를 증폭하고 각각의 알맞은 제한효소를 이용하여 유전형을 분석하였다. 각 유전자에 따른 제한효소 처리를 하여 표 2에 나타나는 유전자 밴드의 유형에 따라, 각 유전자의 유전형을 결정하였다.
Gene Symbol Accession No . Location Polymorphisms Amino acid change
GBP1 NM_001128473 Exon2 c.[10A>G; 11A>G] p.Lys4Gly
CD163 DQ067278 3'UTR c.*146C>T
(c. = 코딩 DNA 참조 서열; p. =단백질 참조 서열; * = 종결 반응(stop) 코돈. 다형성은 상기 서열 다형성의 설명에 대한 명명법에 따라 명명되었다 (http://www.hgvs.org/mutnomen/).
프라이머 염기서열 (5‘-3’) Annealing 온도 Amplicon 사이즈 제한효소
GBP1-F GGATAACACTTCGGTAACTTGC 58 587 Bsu36I
GBP1-R GAAGGGGAAACTGAGACACAAT
CD163-F GACCTGGACTATTGAATGGC 53 139 Fnu4hI
CD163-R CATACAACTTTGAGTAGTCACTTC
유전자 밴드 유형 유전형
GBP1 587 AA
587, 385, 202 AG
385, 202 GG
CD163 139 TT
139, 87, 52 TC
87, 52 CC
유전자 유전형 동물수
GBP1 AA 18
AG 14
GG 6
CD163 TT 5
TC 16
CC 17
상기 표 3 및 표 4에 나타낸 바와 같이, 대조군 2마리와 공격 감염한 돼지 38마리의 유전형의 분포를 분석한 결과, GBP1 유전자의 유전형은 AA, AG, 및 GG임을 확인하였다. 또한 CD163 유전자의 유전형은 TT, TC 및 CC임을 확인하였다.
실시예 3. PRRSV 공격감염 후, 돼지 GBP1 또는 CD163 유전자의 유전형 분포율 및 PRRSV 저항성과 관련된 돼지 몸무게, 증체량 및 폐 조직의 미세 병변과의 상관관계 분석
PRRSV 공격감염 후, 돼지 GBP1 또는 CD163 유전자의 유전형 분포율 및 PRRSV 저항성과 관련된 돼지 몸무게, 증체량 및 폐 조직의 미세 병변과의 상관관계 분석하기 위하여, 하기와 같은 실험을 수행하였다.
보다 구체적으로, PRRSV 공격감염에 대한 돼지의 몸무게 및 증체량(Average daily weight gain, ADWG)을 확인하기 위하여, 돼지의 공격감염 감염 전 6일, 감염 후 11일 및 25일에 체중을 확인하였다. 또한, 미세 병변 정도(Microscopic Lesion score)를 확인하기 위하여, PRRSV에 공격 감염된 돼지를 안락사 시키고 폐, 편도, 림프절 등을 수거하여, 이의 병변을 육안적 또는 현미경적 병변을 스코어링(scoring)하여 병리검사를 실시하였다. PRRSV 공격감염 전후의 돼지 몸무게와 GBP1 유전자의 유전형과의 상관관계를 도 2에 나타내었다. 또한, PRRSV 공격감염 전후의 돼지 몸무게, 증체량 및 폐 조직의 병변 정도와 상기 2가지 유전자의 유전형과의 상관관계를 하기 표 5에 나타내었다.
Figure 112015031587341-pat00001
도 2 및 표 5에 나타낸 바와 같이, GBP1 유전자의 유전형 다형성(Polymorphism)은 유의적으로 공격감염 후 25일째(p = 0.0097)의 돼지 몸무게 및 PRRSV 공격감염 이후 증체량(p = 0.0229)과 관련이 있음을 확인하였다. 또한, 상기 GBP1 유전자의 유전형이 AG인 돼지는 AA 유전형인 돼지보다 특이적으로 더 몸무게가 많음을 확인하였다(p < 0.05). 또한, CD163 유전자는 공격감염 후 25일째의 돼지 몸무게와 관련있음을 확인하였다(p = 0.069). 그러나, 상기 2개의 유전자는 폐 조직의 미세 병변 정도와는 관련이 없음을 확인하였다.
실시예 4. PRRSV 공격감염 후, 돼지 GBP1 또는 CD163 유전자의 유전형 분포율과 PRRSV 혈중 바이러스 농도와의 상관관계 분석
PRRSV 공격감염 후, 돼지 GBP1 또는 CD163 유전자의 유전형 분포율과 PRRSV 혈중 바이러스 농도와의 상관관계를 분석하기 위하여, 하기와 같은 실험을 수행하였다.
보다 구체적으로, 돼지에 PRRSV 공격감염 시킨 후에, 감염 후 4일, 11일, 18일, 25일 및 평균 PRRSV 혈중 바이러스 농도와 GBP1 또는 CD163 유전자의 유전형과의 상관관계를 분석하였다. PRRSV 혈중 바이러스 농도와 GBP1 유전자 유전형과의 상관관계를 도 3에 나타내었다. 또한, PRRSV 공격감염 이후 돼지 내 PRRSV 혈중 바이러스 농도에 따른 상기 3가지 유전자의 유전형과의 관계를 표 6에 나타내었다.
Figure 112015031587341-pat00002
도 3 및 표 6에 나타낸 바와 같이, GBP1 유전자의 유전형 다형성은 공격감염 18일째의 PRRSV 혈중 바이러스 농도와 특이적으로 관련이 있음을 확인하였고(p = 0.031), 특히, GBP1 유전자의 AG 유전형 돼지가 AA 유전형 돼지보다 더 낮음을 확인하였다(p < 0.05). 또한, 상기 GBP1 유전자는 평균 혈중 바이러스 농도와도 관련이 있음을 확인하였다(p = 0.067). CD163 유전자의 유전형 다형성은 공격감염 18일째의 PRRSV 혈중 바이러스 농도(p = 0.061) 및 평균 혈중 바이러스 농도와 관련성이 있음을 확인하였다.
<110> INDUSTRIAL COOPERATION FOUNDATION CHONBUK NATIONAL UNIVERSITY Chungbuk National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Composition for resistance individual diagnosis of Porcine respiratory and reproductive syndrome virus <130> 1-162 <160> 6 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 587 <212> DNA <213> GBP1 gene of PRRSV <400> 1 ggataacact tcggtaactt gctaaaatga gtcagatttc cttcgtacct ctccctgttg 60 acacacaact tctggccatt gggggagggg gagatttatg agtccacctt ccggatgcca 120 tataactggt gacagtgttc cactttagac aggaggttct aatgcagccc gtctcctccc 180 ttgcagaccc ggggacatgg cctcarrggt gcacatgccc gaaccacagt gcctcattga 240 gaacatcaat gggcgactgg cggtgaaccc gaaagcgctg aagctcctgt ctgccatcaa 300 gcagcccctg gtggtggtgg ctatcgtggg cctgtaccgc acaggcaaat cctacctgat 360 gaacaagctg gctgggaaga acaagggtga gtggccccag caaaccgggc tgagcccctg 420 ctgtgcaccc gcactcccag caggcaggac cgtgaggccg ggagaggatg tcagaggcga 480 ggagacacgt taaagttaac tttcaatcca cagccccact ctcatcgtca ctctgacctc 540 aaagactcag ctcagcactc ttcatattgt gtctcagttt ccccttc 587 <210> 2 <211> 137 <212> DNA <213> CD163 gene of PRRSV <400> 2 cctggactat tgaatgagca agaatctgcc tcttacactg aagattacaa tacagtcctc 60 tgtctcctgg tattccaaag actgctgytg aatttctaaa gaatagattg gtgaatgtga 120 ctactcaaag ttgtatg 137 <210> 3 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for GBP1 <400> 3 ggataacact tcggtaactt gc 22 <210> 4 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for GBP1 <400> 4 gaaggggaaa ctgagacaca at 22 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for CD163 <400> 5 gacctggact attgaatggc 20 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for CD163 <400> 6 catacaactt tgagtagtca cttc 24

Claims (10)

  1. 서열번호 1로 표시되는 GBP1(Guanylate-binding protein 1) 유전자의 염기서열에서, 206 번째 및 207번째의 염기서열 AA가 AG 또는 GG로 치환되거나; 또는 치환되지 않은 부위; 또는
    서열번호 2로 표시되는 CD163(Cluster of Differentiation 163) 유전자의 염기서열에서, 88번째의 염기서열 C가 T로 치환되거나; 또는 치환되지 않은 부위;를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, PRRSV) 저항성 개체 판별용 바이오 마커 조성물.
  2. 서열번호 1로 표시되는 GBP1(Guanylate-binding protein 1) 유전자의 염기서열에서, 206 번째 및 207번째의 염기서열 AA가 AG 또는 GG로 치환되거나; 또는 치환되지 않은 부위; 또는
    서열번호 2로 표시되는 CD163(Cluster of Differentiation 163) 유전자의 염기서열에서, 88번째의 염기서열 C가 T로 치환되거나; 또는 치환되지 않은 부위;를 검출하는 제재를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물.
  3. 제2항에 있어서,
    상기 제재는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물.
  4. 제2항에 있어서,
    상기 GBP1 유전자를 검출하는 제재는 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍인 것을 특징으로 하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물.
  5. 제2항에 있어서,
    상기 CD163 유전자를 검출하는 제재는 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머쌍인 것을 특징으로 하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물.
  6. 제2항 내지 제5항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 키트.
  7. (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계; 및
    (b) 제2항 내지 제5항 중 어느 한 항의 조성물을 이용하여 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체를 판별하는 단계;를 포함하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 (a)단계의 시료는 털, 뇨, 혈액, 각종 체액, 분리된 조직, 분리된 세포 및 타액으로 이루어진 군에서 선택되는 1종 이상인 것을 특징으로 하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법.
  9. 제7항에 있어서,
    상기 (b) 단계에서 (a) 단계의 시료의 유전자형 분석 결과, GBP1 유전자의 유전자형이 AG인 경우, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체로 판별하는 것을 특징으로 하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법.
  10. 제7항에 있어서,
    상기 (b) 단계에서 (a) 단계의 시료의 유전자형 분석 결과, CD163 유전자의 유전자형이 CC인 경우, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체로 판별하는 것을 특징으로 하는, 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별 방법.
KR1020150045355A 2015-03-31 2015-03-31 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물 KR101797138B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020150045355A KR101797138B1 (ko) 2015-03-31 2015-03-31 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020150045355A KR101797138B1 (ko) 2015-03-31 2015-03-31 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20160116922A KR20160116922A (ko) 2016-10-10
KR101797138B1 true KR101797138B1 (ko) 2017-11-13

Family

ID=57145820

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020150045355A KR101797138B1 (ko) 2015-03-31 2015-03-31 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR101797138B1 (ko)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110885902B (zh) * 2018-09-10 2022-10-21 北京亿森宝生物科技有限公司 用于检测猪蓝耳病毒并鉴别从中猪蓝耳病毒高致病经典变异株的冻干微芯片、试剂盒及方法
KR102292075B1 (ko) * 2019-12-13 2021-08-23 대한민국 돼지 생식기호흡기증후군 진단 및 저항성 개체 판별용 조성물

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
NCBI GenBank Locus No. DQ067278(공개일: 2007. 6. 29.).
NCBI GenBank Locus No. KF977840(공개일: 2014. 2. 2.).

Also Published As

Publication number Publication date
KR20160116922A (ko) 2016-10-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR101823368B1 (ko) 돈육내 다가 불포화지방산 함량 조절용 snp 마커 및 그의 용도
KR101677517B1 (ko) 돼지의 육질형질 수준 및 흑모색 판단용 snp 마커 및 이의 용도
CN110878377B (zh) 非洲猪瘟病毒强弱毒荧光定量pcr鉴别诊断试剂盒
KR101797138B1 (ko) 돼지생식기호흡기증후군바이러스 저항성 개체 판별용 조성물
KR102059503B1 (ko) 돼지생식기호흡기증후군 바이러스 저항성 개체 판별을 위한 단일염기다형성 마커 조성물
KR20140118236A (ko) 돼지의 유두 수 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR20230101589A (ko) 돼지 유행성 설사병 바이러스 검출용 조성물 및 이를 이용한 돼지 유행성 설사병 바이러스 검출 방법
CN110484629B (zh) 一种与三疣梭子蟹生长性状相关的微卫星标记、其引物及应用
CN101967479A (zh) 与鸡后期体重相关的分子标记及其应用
EP1930446A2 (en) Method for obtaining information regarding quantity of DNA after non-methylated cytosine converting treatment in analysis of DNA methylation
KR101557071B1 (ko) 한우의 육질 등급 예측용 유전자 마커
KR101823374B1 (ko) 축진 듀록 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 축진 듀록 식별 방법
KR101823372B1 (ko) 우리흑돈 품종 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 우리흑돈 품종 식별 방법
KR101758609B1 (ko) 일본뇌염바이러스 검출 및 유전자형 판별용 조성물
KR101784163B1 (ko) 돼지의 등지방두께 저감 판단용 snp 마커 및 이의 용도
KR100904772B1 (ko) 유전자칩, 이를 이용한 돼지콜레라 바이러스 또는소바이러스성설사증 바이러스 유전자의 검사방법 및 그를포함하는 진단키트
CN116445596B (zh) 一种用于人类基因分型的产品、方法及其用途
CN112538538B (zh) 用于脓肿分枝杆菌检测的试剂盒及系统
KR102532166B1 (ko) 돼지열병을 유발하는 바이러스의 검출 또는 판별을 위한 조성물 및 방법
KR101584601B1 (ko) 한우의 근내지방도 예측용 유전자 마커
Wang et al. Genome-Wide Association Study on Two Immune-Related Traits in Jinghai Yellow Chicken
JP2005095043A (ja) 感染による病変の程度を予測するためのデータを収集する方法
CN107828889B (zh) 一种用于hla-drb1*03基因定性检测的pcr扩增引物及试剂盒
KR101924093B1 (ko) E형 간염 바이러스 유전자형 3 및 4 진단용 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단 방법
KR101821541B1 (ko) 돈육내 팔미톨레인산 함량 조절용 snp 마커 및 그의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
E902 Notification of reason for refusal
E902 Notification of reason for refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant