JPS5993099A - オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法

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JPS5993099A
JPS5993099A JP58204305A JP20430583A JPS5993099A JP S5993099 A JPS5993099 A JP S5993099A JP 58204305 A JP58204305 A JP 58204305A JP 20430583 A JP20430583 A JP 20430583A JP S5993099 A JPS5993099 A JP S5993099A
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JP58204305A
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Kenichi Miyoshi
健一 三好
Toru Fuwa
不破 亨
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Wakunaga Pharmaceutical Co Ltd
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Wakunaga Pharmaceutical Co Ltd
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】
技術分野 本発明は、一般に、新規オリゴヌクレオチド誘導体に関
する。さらに具体的には、本発明は、ヌクレオチドの塩
基以外の部分にスペーサーを介して保護されたアミン基
を導入してなるオリゴヌクレオチド誘導体に関する。本
発明は、゛まだ、このようなヌクレオチド誘導体の製造
法にも関する。 先行技術 近年、核酸の化学合成は新しい保護基の導入あるいはト
リエステル法、ホスファイト法等の新しい縮合法のl:
j4’if=により飛躍的に発展している。また、遺伝
子工学の急速な進歩とあいまって、核酸の化学合成がこ
の分野でも重要な意義をもつようになってきた。例えば
、人工遺伝子を合成し、遺伝子組換え操作を利用して有
用物質の生芹が行なわれている(ヒト成長ホルモン: 
Nature+ 28L544 (1979)、白血球
由来インターフェロン:Nature、287+  4
11  (1980)。 捷た、ハイブリF法のための
ゾローグ(Nucl、 Ac1ds Res、+9、8
79 (1981))とじでや、mRNAあるいは一本
鎖DNAから逆転写酵素あるいはDNAポリメラーゼに
よって二本鎖DNA を合成する際に必・政な鋳型f)
NAに相補的なりNA断片(ゾライマー)として利用す
る例(Nucl、 Ac1ds Res、、 8.40
57(1980))もある。さらには、核酸を結合させ
た担体を用いるアフイニテイクロマトグラフイー用樹脂
として、オリゴ(dT)−セルロースまたはポリ(U)
−アカ。 −スカラムケ使って3′−末端にポリ(A)を含むRN
A ’((単141tするという応用例(J、 Blo
chem、+81 、941. (1977) )もあ
る。 このように、核酸の有機化学的合成手段は、遺伝子工学
、分子生物学等の分野の研死に多大な寄与ケもたらすも
のである。 本発明者らは、現在まで、オリゴヌクレオチドのイ旧幾
化学的合成分野で同相法を有力な合成手段とじて種々の
オリゴヌクレオチドの合成を行なってその応1−F4を
46を討してきたが、特にアフイニテイクロマトグラフ
イー用1封脂あるいは非放射性アフイニテイゾロープ等
を開発すべく鋭意努力を屯ねた結果、これらの製造の際
に有用な中間となるオリゴヌクレオチドを見出した。 硯在寸で開発あるいは市販されているアフイニテイクロ
マトグラフイー1旧◇1脂(Arch、 Bioche
m。 Bjophys、、 168.561(1974)、J
、旧ochem、。 83、783(1978)、特開昭52−25795号
、同53−101、:396号、同53−133283
号および同55−36277号各公報)や非放射性用ア
フイニテイゾローブ(Proc、 Natl、 Sc1
. USA、 78.6633−6637 (1981
) )に用いられているオリゴヌクレオチド誘導体の製
造法は、一般に@l戊にわたりめんどうであるという共
通の難点ケかかえていて応用範囲が限定されているのが
現状である。 要旨 本姥明に[上記の点に解決を与えることを目的とし、特
定のオリゴデオキシリボヌクレオチドのヌクレオチドの
塩基以外の時定部位にアミン基を導入してなるオリゴヌ
クレオチド誘導体によってこの目的を達成しようという
もので矛)る。 従って、本発明によるオリゴヌクレオチド誘導体は、下
式〔11“〕で示されるものであること、を特徴とする
ものである。 また、本発明による下式〔]\・′〕で示されるオリゴ
ヌクレオチ)′誘導体の製フ′〜法は、下式〔1〕で示
される化合物のR3ヲ除去したものと、下式[111’
)で示される化合物とを結卸させて下式CIV〕の化合
′吻を得ること、全特徴とするものである。 〔ただし、mおよびnにLそれぞれ0捷たは任意の自然
数であり、ROはリン酸基の保護基であり、R1は2価
の直鎖捷たは分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミ
ン基の保護基であり、R3はヌクレオチ1ごの3′−末
端リン酸基の保護基であり B/はヌクレオチドを構成
する塩基であって、必要に応じておよびRo 保1.りされたものである( V癌月Ja個存在すると
きは、それらは同一でも異なってもよい)。〕効果 本発明者らの合成したオリゴデオキシリボヌクレオチド
は、その合成の際の難点を回避j〜得るものであって、
以Fのような長所をもつ。 (イ)オリゴヌクレオチド中に存在する他の官能基(水
酸基、リン酸基、塩基部分のアミン基等)よりも反応性
が高いアミノ基を5′−末端延長上に有するので、この
部分で選択的に他の化合物の官能基(たとえば、−Co
oH1カルボン酸活性エステル、ブロムシアンで活性化
したOH基、その110)と結合さすることかできる。 (ロ)上記“アフイニテイクロマトグラフィー用樹脂や
非放射性アフイニテイプローブ等合成の際有用な中間体
となる。 (ハ)合成が容易で大量合成が可能である(特に本発明
者らが確立した同相合成法を併用すればその効果はさら
に大きい)。 本発明によるオリゴヌクレオチド誘導体は、前B′ 2′−デオキシリボヌクレオシFの3′−および5′−
水酸基を除いたデオキシリボヌクレオ・ンド残基な示す
のに慣用されているものであって、具体的には下記の構
造のものである。 B′ 置換基B′は、ヌクレオチドを構成する塩基であって必
要に応じて保護したもの、を示す。本発明で[必要に応
じて保護された]というときの[必要に応じて」という
ことは、当該デオキシリボヌクレオチド誘導体を合成し
あるいはこれを他の反応に供する場合にこの塩基をこれ
らの反応の際に他の試薬からの攻撃から保護する必要が
ある場合にtよ、ということを意味する。どのような1
局合にそのような保護が必要であるかあるいはどのよう
な保護基が訣用婆れるかに関しては、核酸合成に関する
文献または成叫たとえば後記したもの全参照することが
できる。B′の具体例は、通常はそれぞれアシル化した
アデニン、シトシンまたはグアニンあるいはヂミン(保
、穫不安)から選ばれたものである。化合′吻C■、l
]中にB′が複斂個イfイ王−rるときは、それらは同
一でも異なってもよい。 mおよびnはそれぞれ0′または自然数r示す。 本発明のオリゴヌクレオチド誘導体の重合度がm十〇で
表示されているのは、本発明の好捷しい製造法で重合度
がそれぞれmまたはnのフラクンヨン全縮合させている
ことによるものである(詳細後記)。その場合、mは実
用的には0〜6、特に1〜4、nirま実用的には0〜
40、背にO〜201 である。 基ROは、リン酸基を保護する置換基である。 基R1は、化合物〔1〜りの核酸部分とアミン基部分と
を連結する二価の直鎖せたは分岐鎖の炭化水素残糸、特
に炭素数2〜20程度のアルキレン基、である。 基R2は、5′−末端廷長上のアミン基の保護基である
。アミン基の保護基は種々あるが、本発明においては、
化合物〔1\・°〕の製造工程および、さらにその応用
から考えれば、各保護基の除去の際安定でありかつヌク
レオチドの部分を安ゲ1えな捷まで除去できるものが好
ましい。以−Hの6兄点からすれば、R2,!:L−’
rは、d−ルトニトロクエニルスルフェニル基(NFS
) tたはトリフルオロアセチル基(TFA)等があり
、なかでもトリフルオロアセチル基が好ましい。 基C0R4は通常のオリゴヌクレオチド合成の際に用い
られる3′−末端水酸基の保護基である。基R4は低級
アルキル基、アリール基(%にフェニル、またはメチル
置換フェニル)またVま固相合成法の際用いられる適当
なスベーザーをもつ4U体(ホリスチレン誘導体PL)
、シリカゲル誘導体、ポリアクリルアミド誘導体b)等
)がある。 a)  Chem、 Rev、 77、 183 (1
977)Forsuchr、 Chem、 Org、 
Naturstoffe。 32、297  (1975) b) J、 Am、 Chem、 Soc、 98.8
514 (1976)Nucl、  Ac1ds  R
eg、  4  、 1135  (197’7)# 
  #   4 、4391  (1977)#   
、   6  、1.265 (1979)〃N   
8  、5491  (1,980)Tetrahed
ron Letters+  197L 181.91
979、 3635 一般的説明 化合物〔1\I工すなわち本発明による刈りゴヌクレメ
チF誘導体は、合目的的な壮しはの方法によって鼾成す
ることができる。 一つの好寸しい方法は、前記の式〔■〕で示される化合
物のR3を除去したものと、式〔■′〕で示される化合
物と全結合させることからなるものである。 一方、化合物〔11〕、〔川′〕も合1」的的な任意の
方法、すなわち通常の核酸合成法で合成することができ
る。本う色明者らの同相合成法に従うのが好ましい(詳
細後記)。 第1図υよ、この好ましい合成法の一列を示すフローチ
ーヤ−1・である。フローチャー1・中の記号は下記の
意味合もつくその、を棧lいし詳ボIHは、前記および
イサバ己した〕1負っである。)Ro  リン酸ノ吉を
保護する16候基であって、通常オルトクロロフェニル
基が用いらilる。 R1二価の直鎖またrよ分岐鎖の炭化水素残基である。 R2アミノ基の保護基であって、通常トリフルオロアセ
チル基が用いられる。 R3他のすべての保護基が安定な条件で容易に脱111
f#されて、りン′酸ジエステル全力えることができる
16換基であって、通常/アノエチル基が用いられる。 COR4ifi常のオリゴヌクレオチド合成に用いられ
る3′−末端水酸基の保護基である。 R5通常のオリゴヌクレオチド合成の際に用いられる5
′−末端水酸基の保簡基であって、通常ジメトギシトリ
チル基である。 m  Oまたは任意の自然斂。 n O捷たは任意の自然数。 B′ 保護さ1また塩基を示すが、通′にはR6−4ン
ゾイルアデニン、N′−イソブチリルグアニン、R6−
ベンゾイルシトシンおよびチミン(すなわち、保祿不要
)より選択される。 化は物〔II〕の合成は、オリゴヌクレオチPの合成お
よび生成ヌクレオチrの5′−水酸基延長−ヒでの一級
゛アミノ基の導入からなる方法で行なうことができる。 その一実施態様Cよ、化合物
〔0〕の5′−水酸4をリ
ン酸化し、次いで化合物(1’:I’に結合させること
からなる(第1図参照)。リン酸化方法とl−では2価
のリン酸化試薬を用いるが、該試薬とR7で、ホスホ、
ジトリアゾリド、ホスホジクロリF捷たはホスホベンゾ
トリアシリF等がある。 とたろで化合物(03は、通常11知の核酸は酸洗に従
って合成できるが、本発明者らの確立した同相合成法に
従うのが好ま(−い(後記文献参照)。 寸だ、化合・吻C1,)は、アミノアルキレンアルコ−
ル(Nl2−R−OH)のアミノ基金R2で保護するこ
とによりイ!することかできる。なお、アミノアルキレ
ンアルコールはC2〜C12のものが市販されていて、
人手が容易である。 化合□吻(lll’lの合成eよ、既知のオリゴヌ酸洗
オチド什成法に従っても、本発明者らの同相合成法に従
って行なってもよい。一般に、オリゴヌクレオチド合成
−成法としては、トリエステル法、ホスファイト法およ
びそれぞれの固相法および液相法があるが、本発明者ら
の開発した同相合成法(F記文献参照)が好ま17い。 Terahedron Letters 1979 +
 3635(1979)Nucleic Ac1ds 
Re5earch 8.5473(1980)Nucl
eic  Ac1ds  Re5earch  8+ 
 5491(1980)Nucleic  Ac1ds
  Re5earch  8+  5507(1980
)Nucleic  Ac1ds  Re5earch
  Symposium  5eries7 .281
  (1980) 従って、化合物〔■′〕合成の一実施態様は、同相合成
法に従って化合物Cfl[lを合成し、この化合物の5
′−末端基(R5)を水酸化して得ることからなるもの
である(詳、Hllは後HC実験例参照のこと)。 基R5はオリゴヌクレオチrを合成する除に通常用いら
れる保護基であって、直鎖または分岐鎖のトリチル基が
用いられる。この場合、赫5の除去は、ベンゼンスルホ
ン酸、酢酸捷たは臭化亜鉛の1.0Mイソゾロ・にノー
ル−塩化メチレン溶液中で行なう−Pトの方法がある。 また、通常基R5としては、ノメトキシトリチルを用い
る。 なお、化合物
〔0〕および〔11〕等のオリゴヌクレオ
チドのけ酸洗は既に各種のものが公知であって保i塵基
の抽頌およびその導入ないし除去ならびに縮合その曲に
ついて上記以外の詳細は、核鷹の化学合成しこ関する成
蒔や総説、たとえば、[ヌクレオシド・ヌクレオチドの
合成」 (丸善1977年)、「核酸有機化学」 (化
学同人1979年)、「核酸」(朝食書店1979年)
、Tetrahedron、 34 +3143 (1
97s)、有機ば成化学、 34 、723(1978
)および化学の領域、 33 、566 (14779
1等全参照する仁とができる。 オリゴヌクレオチド誘導体(化合・吻〔■〕)は、上記
の化合物〔■〕と〔■′〕とを結合させることにより得
ることができる。 両者のf416合は、縮合剤の存在下におりて化合物C
DI′〕の5′−末端水酸基と化合物〔1]〕の3′−
末端リン酸基との脱水縄付によるリン酸結合全実現する
方法によってイiなうことができる。 コ(7) JJJ 合の縮合剤としては、トノルクロリ
ド、メ/テレンスルホニルクロリト、メンチレンスルホ
ニルテトラゾリrおよびメンチレンスルホニルニトロト
リアゾリr等があるがメンチレンスルホニルニトロトリ
アゾリドが好ましい。詳細な反応条件等は後記実験例を
参照されたい。 実施例 第2図のフローチーr−)に従って、本発明の化汁パ吻
(同図の化合物■)を#遺した。 第2図で、記号は次の意味を待つ。 B′ ベンゾイル化アデニン DMTr  ジメトキシトリチル CEシアンエチル TFA )リフルオロアセチル 2 実施例 (j−アミンヘキサノールIA7g (10mmol)
eジオキサン(15ml)にFILLNし、トリノルオ
ロアセチルーf−オニチル1.80m1 (14,4m
 mol)を加え、室温で一夜反応を行なう。反応終了
後、この溶液を濃縮し、残渣をエーテルに溶解し、水で
3回抽出を行なう。エーテル層を無水硫酸ナトリウムで
乾燥後、濃縮を行なう。残渣にエーテルを加えて溶解し
た後、ペンタンを加えて結晶化させることにより、粉末
状の化合物C(1):) (+−’)フルオロ−アセチ
ル−6−−7’ ミノヘキサノール)分1仔る。 次に、既知の方法で曾成した5′−ヒドロキシーノヌク
レオチt’ C(O)3800mg (0,71m m
ol)をピリノン共沸により無水にし、これにオルトク
ロロフェニルポスホロノトリアゾリI’(1゜Ommo
l)の・ジオキサン(6゜Om+)溶液を肌えて2時間
反応させ、A:j’eいて化合・吻〔(,1)) 30
(1mg (1、4m mo l )および1−ノブ−
ルーイミダゾール てさらに2時間反応させる。反応の終了全確認後、ピリ
ジン−水を加えて過剰のトリアゾリドを分解し、溶媒を
留去する。残漬をクロロホルムに溶解した後、水、0。 5Mリン酸二水素ナトリウム水溶孜、飽和炭酸水素ナト
リウムおよび5%塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、無水
硫酸ナトリウムで乾燥する。クロロホルム層を濃縮後、
シリカゲルカラムで精製(溶出液として0〜′4係のメ
タノール含有クロロホルムを使用)シ、目的物を含む溶
出液を(n縮後、この溶液をペンタン中に滴下しで、粉
末状の化合物〔(2)〕をイ4ネる。 一方、ジメトキシトリチルアデノシン/樹脂〔■〕″(
ここで1ソ1脂は担体に過ぎないが、樹脂に担持された
目的化合物は外画的には樹脂そのものと凌らないので間
服に担持された当該化合・(勿を以下において竿に1ケ
1脂と呼ぶことにする):300mg(0.33mmo
l)をイソゾロノミノール−塩化メチレン( 15: 
85) (v/v)浴?IEIOmlで3回洗浄後、臭
化唾鉛の1.0Mのイソゾロノミノール−塩化メチレン
溶液8mlで5分+t41ずつ4回反応させて伸4崩〔
q)]の脱i・リテル化物〔@」全得る。 1何脂〔@〕をイソプロ・ξノールー溶化メチレン溶液
10 m lで3回洗浄し、これにジヌクレオチド(0
)150mg(0.1mmol)のピリジン溶液を添加
後、共沸させてこの溶液系を無水とし、メシチレンスル
ボニルニトロトリアゾリド150mg (0.5mmo
l)と無水ピリジン2mlとを添加して90分間反応(
縮合)させる。反応後、ピリジンlomlで3回洗浄し
、触M’:#:(約long)のジメチルアミノピリジ
ンを含む無水酢酸−ピリ、ジン( 1 : 9)(V/
V)溶液1(1mlを添加し10分間反応させて未反応
5′−水酸基をアセチル化して保藺し、こhをピリジン
で洗浄して化合物〔@〕を得る。このような縮合反応操
作全6回くり返して、化合−吻〔(すn=12)i得る
。 次に、化合′吻[+3) n=12] 115mg (
3.45μmol)をtvJ脂○と同僚の方法で脱トリ
チル化した化合物[+3.)’ ] pこ、化合物C(
2.D 60mg (0.04mmol) f )リエ
ブールアミンービリジンー水(1:3:1,(φ))溶
液3mlで処理(脱/アノエチル化)した化合物〔(す
′〕・を加え、無水にしたのち、メシチレンスルボニル
ニトロトリアゾリド50mg (0.2mmol)およ
びピリジン1 mlを加えて90分間反応(縮合)させ
、反応終了後、樹脂をピリジンおよびメタノールで洗浄
し、乾燥して、完全に保循されたオリゴヌクレオチr誘
導体C(4)3を得る。 なお、化@物〔(初の確認を畠速液体クロマトグラフイ
ーで行なった。そのために保内基の除去を以下の条件で
行なった。すなわち、化ば物〔(4力15mgを0.5
 Mテトラメチルグアニジン−ピリジン−2−カルボア
ルドキシメイトの2オギサンー水(9: 1 (V/v
))溶液200μmを加え、遠沈管中、¥γ&Jで調時
間反応させる。反応後、濃アンモニア水(2゜5m1)
’z加えて密閉し、50°Cで一夜反応させる。反応路
r<a、j″′1過し、f液を濃縮後、水に溶+lI′
tさせてからエーテルで抽出を行なう。水層をa fi
l(後セファデックスG −50(φ1.5X120c
m。 溶出l&は0.05Mの重炭酸トリエチルアンモニウム
緩匍j液11117.5 )で脱塩精製(ッて、化合吻
〔14刀からすべて保躾基を除去した。このときの化合
物のセファデックスの溶出)ξターンおよび1.〜WI
 4 液体クロマトグラフィー(μ−Bondapak
 Cl8)で純度をA・対定した(祭の、岩田・ξター
ンヶ、それぞれf83図および肩も4図に7ドした。 同様の方法で式〔1)りで示される化合物をば成し、そ
の化合物の確認も同様の方法で行なった。なお、実j′
倹しl12右゛よび4についてのセファデックスと高速
液体クロマトグラフィーの結果を、それぞれ第5〜6図
および第7〜8図に示した。これらの結果から、化合物
の合成が確紹された。 ′まだ、上記実!険例1〜7の製造の際のB’、m。 n 、 R’、 R2および塩基配列を第1表に示した
。 第1表中、「化合I吻」とは、第2図中の化合・吻を示
す。
【図面の簡単な説明】
第1図は、本発明の化合物ケ合成する方法の一例を:示
すフローチャートである。 a(’+ 21N<1は、実験例で示した本化合物のフ
ローチャートである。 第3.5および7図tよ化付物〔■〕(それぞれ実験例
−1,2および4)の保護基金すべて除去したもの全セ
ファデックスG−50によるカラムクロマトグラフィー
にかけたときの溶出ノミターンである。 j134.6および8図は化合物[1t’) (実強例
−1,2および4)の保−基金すべて除去したものの高
速液体クロマトグラフィーの溶出パターンである。 出願人代理人  猪  股   清 早3図 分画数 免4図 保 持 時 間 (分) 県5図 分画数 第6図 保持時間(分) 屯7図 分画数 則8図

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、下式〔1〜r〕で示されるものであることを特徴と
    する、オリゴヌクレオチド誘導体。 〔ただし、mおよびnばそれぞれotたは任意の自然数
    であり、ROはリン酸基の保護基であ’)、R”は2価
    の直鎖または分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミ
    ン基の保護基であり、C0R4はヌクレオチドの3′−
    末端水酸基の保護基であり B/はヌクレオチrf:構
    成する塩基であっておよびRo 必要に応じて保護されたものであるCW窃I数岡存仕す
    るときはそれらは同一でも異なってもよい)。] 2、塩基B′がそれぞれ保護されたアデニン、シトシン
    およびグアニンならびにチミン(保護不要)からなる群
    より選ばれたものである、特許請求の範囲第1項記載の
    オリゴヌクレオチド誘導体。 記載のオリゴヌクレオチF:′誘導体。 4、 R1が炭素数2〜2oの直鎖または分岐鎖のアル
    キレン基である、特許請求の範囲第1〜3項のいずれか
    1項にi記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 5、 R2カオル1−ニトロフェニルスルフェニル基ま
    たはトリフルオロアセチル基である、特許請求の範囲第
    1〜4項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘
    導体。 6、 C0R4基のR4が低級アルキル基またはアリー
    ル基である、特許請求の範囲第1〜5項のいずれか1項
    にi記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 7、 C0R4基のR4がスベーザを介した担体であっ
    て、ポリスチレン誘導体、シリカゲル誘導体またはポリ
    アクリルアミド誘導体である、特許請求の範囲第1〜5
    項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 8、 mが0才たは6までの自然数、nが0または1(
    )までの自然数である、特許請求の範囲第1〜7項のい
    ずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 9、下式〔11〕で示憾れる化合物のR3を除去したも
    のと、上式〔10で示される化合物とを結合させて下式
    〔■〕の化合物を得ることを特徴とする、下式[IDで
    示されるオリゴヌクレオチド誘導体の製造法。 〔ただし、mおよびnはそれぞれOまたは任意の自然数
    であり、Roはリン酸基の保護基であり、R1ば2価の
    直鎖捷たは分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミン
    基の保護基であり、■七3はヌクレオチドの3′−末端
    リン酸基の保護基であり、C0R4はヌクレオチドの3
    ′−末端水酸基の保護基であり、13′はヌクレオチド
    k +41を成する塩基であって、心安に応じて保評さ
    れたものである仏虻( (複数個存在するときは、それらは同一でも異なっても
    よい)。〕 10、化合物〔■〕と〔■′〕との結合イ縮合剤の作用
    下で行なう、特許請求の範囲第9項記載の方法。 11、縮合剤がトシルクロリド、メシチレンスルホニル
    クロリド、メシチレンスルホニルテトラソリ臼すよびメ
    ンチレンスルホニルニトロトリアゾリドのいずれかであ
    る、特許請求の範囲第1O項記載の方法。
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