JPH09509663A - 新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー化合物 - Google Patents

新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー化合物

Info

Publication number
JPH09509663A
JPH09509663A JP7522463A JP52246395A JPH09509663A JP H09509663 A JPH09509663 A JP H09509663A JP 7522463 A JP7522463 A JP 7522463A JP 52246395 A JP52246395 A JP 52246395A JP H09509663 A JPH09509663 A JP H09509663A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
compound
group
alkyl
carbon atoms
independently
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP7522463A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2972344B2 (ja
Inventor
クック,フィリップ・ダン
アセヴェド,オスカー
ハーバート,ノーマンド
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ionis Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Isis Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Isis Pharmaceuticals Inc filed Critical Isis Pharmaceuticals Inc
Publication of JPH09509663A publication Critical patent/JPH09509663A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP2972344B2 publication Critical patent/JP2972344B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Fee Related legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/06Phosphorus compounds without P—C bonds
    • C07F9/08Esters of oxyacids of phosphorus
    • C07F9/09Esters of phosphoric acids
    • C07F9/091Esters of phosphoric acids with hydroxyalkyl compounds with further substituents on alkyl

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Luminescent Compositions (AREA)
  • Polysaccharides And Polysaccharide Derivatives (AREA)

Abstract

(57)【要約】 構造(I)を有する化合物が提供される;式中L基は主鎖セグメントであり、YおよびT基は問題とする標的分子と相互作用するための官能基であり、Xは酸素または硫黄であり、およびE基はH、コンジュゲート基または化合物の合成の間に使用される中間体基であり、Hホスホネート型化学を使用して製造され、そこで官能基は酸化工程の間またはカップリング工程の間に付加される。

Description

【発明の詳細な説明】 新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー化合物関連出願 本発明は1994年2月23日に出願された米国特許出願第08/200,6 38号の一部継続出願である。前記特許出願の内容は本明細書に引用して含まれ ている。発明の技術分野 本発明はホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデート部分に共有結合で 結合された主鎖セグメントを有する単量体ユニットを含むオリゴマー化合物に関 する。官能基は独立して主鎖セグメント、ホスホルアミデートまたはホスホロチ オアミデート部分または両方に結合されている。置換は随意のテザー基を通して 達成できる。オリゴマーは単量体のランダムなまたは前もって決められた配列を 有するように合成される。ランダム化は主鎖セグメントで、またはホスホルアミ デートまたはホスホロチオアミデート部分において、多様な官能基の共有結合を 通して独立して達成される。単量体ユニット上の官能基または複数の官能基は、 なかんずく蛋白質、核酸、脂質およびその他の生物学的標的に対するオリゴマー 構造物の結合を可能にする。好適な態様において、本発明の化合物はホスホリパ ーゼA2のような酵素の阻害剤として;ウイルス、ミコバクテリア、バクテリア (グラム陽性およびグラム陰性)、原生動物および寄生虫のような病原体の阻害 剤として;PDGF(血小板由来増殖因子)、LTB4(ロイコトリエンB4) 、IL−6および補体C5Aのようなリガンドーレセプター相互作用の阻害剤と して;p50(NFkappaB蛋白質)およびfos/junのような転写因子を 含む蛋白質/蛋白質の相互作用の阻害剤として;およびICAM誘導(IL−1 β、TNFおよびLPSのような誘導剤を用いて)を含む細胞に基づく相互作用 の阻害に働く。別の好適な態様において、本発明の化合物は診断試薬として(上 に示した系の各々のための試験における診断試薬として)、およびアッセイにお ける試薬として、およびプローブとして使用される。発明の背景 伝統的な薬物発見法には所望の生物学的活性についての複雑な発酵ブロスおよ び植物抽出物のスクリーニング、または潜在的薬剤を評価するために多くの新規 化合物の化学合成が含まれる。生物起源の混合物をスクリーニングする利点は多 量の化合物を同時にスクリーニングできることであり、ある場合には予期できな かった活性を有する新規で複雑な天然の生成物の発見を導くことがある。欠点は 多くの異なった試料をスクリーニングせねばならないこと、およびしばしば痕跡 量しか存在しない活性化合物の同定に多くの精製過程を実施しなければならない ことである。一方、実験室合成は明白な生成物を与えるが、各々の新規構造の製 造には著しい量の資源を必要とする。一般的に、酵素構造の高度な解析に基づい て初めから活性化合物を設計することは成功していない。 各々の古典的方法の利点を最大にするために、いくつかのグループにより組み 合わせ非ランダム化のための新しい方法を開発された。選択技術がペプチド(G eysen,H.M.,Rodda,S.J.,Mason,T.J.,Tri bbick,G.& Schoofs,P.G.,J.Immun.Meth. 1987,102,259−274;Houghten,R.A.,Pinil la,C.,Blondelle,S.E.,Appel,J.R.,Dool ey,C.T.& Cuervo,J.H.,Nature,1991,354 ,84−86;Owens,R.A.,Gesellchen,P.D.,Ho uchins,B.J.& DiMarchi,R.D.,Biochem.B iophys.Res.Commun. ,1991,181,402−408参 照)および核酸(Wyatt,J.R.,et al.,Proc.Natl. Acad.Sci.USA ,(印刷中):Ecker,D.J.,Vicker s,T.A.,Hanecak,R.,Driver,V.& Anderso n,K.,Nucleic Acids Res.,1993,21,1853 −1856参照)および非ペプチド(Simon,R.J.,et al., roc.Natl.Acad.Sci.USA ,1992,89,9367−9 371;Zuckermann,R.N.,et al.,J.Amer.Ch em. Soc. ,1992,114,10646−10647;Bartlett,S anti,Simon,PCT WO91/19735;およびOhlmeye r,M.H.,et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA ,1993,90,10922−10926参照)のライブラリーに使用された 。これらの選択技術は反復合成およびだんだん単純化されたオリゴマーのサブセ ットのスクリーニングが含まれる。使用された単量体またはサブ単量体にはアミ ノ酸およびヌクレオチドが含まれ、これらの両方とも二機能性である。これらの 選択技術を用いると、細胞に基づいて、または精製された蛋白質標的との結合ま たは阻害に対してサブセットの活性がアッセイされる。 SURF(ランダム化された断片の合成的非ランダム化)と称される一つの技 術では、一つの固定された位置に既知の残基およびすべての他の位置に等モルの 残基の混合物を含むオリゴマーのサブセットが合成される。三つの単量体を含む (A、B、C)四残基長のオリゴマーのライブラリーに対して、三つのサブセッ トが合成されるであろう(NNAN、NNBN、NNCN、式中Nは三つの単量 体の各々の等しい取り込みを表している)。各々のサブセットは次に機能性アッ セイでスクリーニングされ、最良のサブセットが同定される(例えば、NNAN )。ライブラリーの第二の組が合成されスクリーニングされるが、ここで各々は 前ラウンドからの固定残基および第二の固定残基を含む(例えば、ANAN、B NAN、CNAN)。スクリーニングおよび合成の連続的ラウンドを通して、ア ッセイで活性を有する特異的配列が同定できる。SURF技術はEcker,D .J.,Vickers,T.A.,Hanecak,R.,Driver,V .& Anderson,K.,Nucleic Acids Res.,19 93,21,1853−1856に記載されている。SURF法はさらにPCT 特許出願WO 93/04204に開示されており、その全開示はここに引用し て含まれている。 ホスホルアミデートはOhtsuka,E.,et.al.,Nucleic Acids Research ,1976,3,653によりリボオリゴヌク レオチド合成のための保護基としての使用が示されている。5’末端にホスホル アミデート連結アミノ基を有するオリゴヌクレオチドはChu,B.C.F., e t.al.,Nucleic Acids Research,1983,11 ,6513により記述されている。ヌクレオチド間ホスホルアミデート結合を含 むオリゴデオキシヌクレオチド(DNA)はいくつかのグループにより合成され ている。しかしながら、各々のそのような合成において、ホスホルアミデート結 合は隣接するヌクレオシドの結合(即ち、ヌクレオチド間結合)のみに利用され てきた。これらの合成の一つはFroehler,B.,et.al.,Nuc leic Acids Research ,1988,16,4831−483 8により報告されている。Froehler,et al.により報告されてい るように、二量体から十五量体の範囲のデュープレックスの安定度を研究して、 相補的ジエステルオリゴヌクレオチドへハイブリダイズするオリゴヌクレオチド の能力が決定された。熱変性は、二量体および三量体では安定度が増加すること を示したが、より長い配列では安定度が悪くなることが示された。オリゴヌクレ オチドを含む他のホスホルアミダイトはEritja,R.et.al.,Te trahedron ,1990,45,721:およびJager,A.,et .al.,Biochemistry,1988,27,7237により記載さ れている。 1993年12月21日に発行された米国特許第5,272,250号にはホ ウ素化ホスホルアミデート化合物が開示されている。開示された化合物にはホス ホルアミデートの窒素へのテザー基を通して結合されたホウ素部分が含まれてい る。ホウ素化化合物は単量体としてかまたはヌクレオシドへ結合されて存在して いる。 ヒト免疫不全ウイルス1(HIV−1)のRNAに相補的な修飾オリゴデオキ シヌクレオチドがAgrawal,S.,et.al.,Proc.Natl. Acad.Sci USA .,1988,85,7079−7083により合成 された。この文献に記載されている中にホスホルアミデートオリゴヌクレオチド がある。これらのホスホルアミデートに結合されている基にはブチルアミン、ピ ペラジジンおよびモルホリンが含まれている。これらの化合物のその標的(即ち RNA)との相互作用は正常ワトソン/クリック水素結合を利用したアンチセン ス機構を通して行われた。ホスホルアミデートを含む同様のオリゴヌクレオチド はさらにDagle,et.al.,Nucleic Acids Resea rch ,1990,18,4751により記載されている。 ホスホルアミデートオリゴヌクレオチドはまた1986年10月14日に出願 された欧州特許出願第86307926.5号にも開示されている。この特許に おいては、ホスホルアミデート窒素上の置換に多くの官能基が使用されている。 前に参照した開示と同じように、この特許においてもホスホルアミデートを連結 している基はオリゴヌクレオチドのヌクレオシドである。 Letsinger,R.L.らにより(Proc.Natl.Acad.S ci.USA ,1989,86,6553−6556)ヌクレオシド間リン原子 へホスホルアミデート結合で繋がれたコレステロール基またはフェナントリジニ ウム基を含む異なった長さのオリゴヌクレオチドの一群が合成され、HIV−1 アッセイでの活性が試験された。二つの対応する米国特許U.S.4,547, 569および4,958,013は本質的に同一の構造を開示している。 1993年6月8日に発行された米国特許第5,218,103号において、 ホスホロチオアミデート オリゴヌクレオチドが開示されている。この特許で開 示されているホスホロチオアミデート オリゴヌクレオチドはホスホロチオアミ デート窒素が種々の基で置換されている。 1994年11月8日に発行された米国特許第5,362,899号において は、アルファ−アミノホスホン酸およびそれらの誘導体の立体特異的製造法が開 示されている。 前記の各々の開示において、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド残基以外の基 の間のホスホルアミデート結合の使用は知られていない。発明の目的 新規ホスホルアミデートオリゴマー化合物を提供するのが本発明の目的である 。 新規ホスホロチオアミデートオリゴマー化合物を提供するのが本発明のさらな る目的である。 固定配列された官能基を有する新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオア ミデートオリゴマー化合物を提供するのが本発明のさらに別の目的である。 ランダム配列された官能基を有する新規ホスホルアミデートおよびホスホロチ オアミデートオリゴマー化合物を提供するのが本発明のさらに別の目的である。 高度に多様な化学ライブラリーを提供するのが本発明の別の目的である。発明の簡単な説明 本発明は構造Iの単量体化合物を提供する: 構造I 式中: 各々のXは独立してOまたはSであり; 各々のYは[Q2j−Z2であり; 各々のTは独立して[Q1k−Z1であるか、またはYおよびTが一緒に窒素 へテロ環に組み込まれ; Q1、Q2および各々のLは独立してC2−C10ルキル、C2−C10アルケニル、 C2−C10アルキニル、C4−C7炭素環−アルキルまたは−アルケニル、ヘテロ 環、2から10の炭素原子を有しおよび1から4の酸素または硫黄原子を有する エーテル、ポリアルキレングリコール、またはC7−C14ラルキルであり、Lが ヘテロ環である場合は少なくとも一つのLは置換ピロリジンまたは天然の核塩基 ではなく、およびLがアルキルの場合は少なくとも一つのLは置換グリコールで はな い; E1およびE2は独立してH、ヒドロキシル保護基、活性化固体支持体、コンジュ ゲート基、レポーター基、ポリエチレングリコール、アルキル、オリゴヌクレオ チド、ペプチド核酸、ホスフェート、ホスファイト、活性化ホスフェートまたは 活性化ホスファイトであり+ jおよびkは独立して0または1であり; mは2から約50であり; Z1およびZ2は独立して、H、C1−C2アルキル、C2−C20アルケニル、C2 −C20アルキニル、C6−C14アリール、C7−C15アラルキル、ハロゲン、CH =O、OR1、SR2、NR34、C(=NH)NR34、CH(NR34)、N HC(=NH)NR34、CH(NH2)C(=O)OH、C(=O)NR34 、C(=O)OR5、金属配位基、レポーター基、窒素含有ヘテロ環、プリン、 ピリミジン、ホスフェート基、ポリエーテル基、またはポリエチレングリコール 基であり; AはL1、L1−G1、L2、L2−G2、NR34、H、窒素含有ヘテロ環、プリ ン、ピリミジン、ホスフェート基、ポリエーテル基、またはポリエチレングリコ ール基であり; JはL1、G3、L1−G3、またはG3−L1−G3であり; L1は1から約20の炭素原子を有するアルキル、2から約20の炭素原子を 有するアルケニル、または2から約20の炭素原子を有するアルキニルであり; L2は6から約14の炭素原子を有するアリールまたは7から15の炭素原子 を有するアラルキルであり; G1はハロゲン、OR1、SR2、NR34、C(=NH)NR34、NHC( =NH)NR34、CH=O、C(=O)OR5、CH(NR34)(C(=O )OR5)、C(=O)NR34、金属配位基、またはホスフェート基であり; G2はハロゲン、OH、SH、SCH3、またはNR34であり; G3はC(=O)、C(=S)、C(O)−O、C(O)−NH、C(S)− O、C(S)−NHまたはS(O)2であり; 各々のd1は独立して0または1であり; 各々のd2は独立して0から6であり: 各々のd3は独立して1から6であり; R1はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、またはヒドロキシル保護 基であり; R2はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、またはチオール保護基で あり; R3およびR4は独立してH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、または アミン保護基であり;および R5はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、または酸保護基である。 本発明はさらにホスホジエステルまたはホスホロチオエートオリゴヌクレオチ ドを含む第一の領域および上記構造I領域を含む第二の領域を有するキメラオリ ゴマー化合物も含み、ここでキメラ化合物の構造I領域のE1およびE2の一つは ホスホジエステルまたはホスホロチオエートオリゴヌクレオチドであり、E1お よびE2の他方はHである。別のキメラオリゴマー化合物においては、キメラ化 合物のホスホジエステルまたはホスホロチオエート領域は、各々が上記構造Iを 有する二つの領域の間に位置している。発明の詳細な説明 本発明の化合物は上記構造Iにより示されている。構造Iにおいて、括弧で囲 まれた部分が本明細書で単量体ユニットと称される。単量体ユニットはホスホル アミデートまたはホスホロチオアミデートが結合された主鎖セグメントからなる 。本発明の化合物は少なくとも二つのこれらの単量体ユニットからなっている。 単量体ユニットに含まれているものは官能基を有することができるホスホルアミ デートまたはホスホロチオアミデート部分である。ホスホルアミデートまたはホ スホロチオアミデート部分は、また種々の官能基を共有結合で結合できるであろ う主鎖セグメントに共有結合で結合されている。官能基は主鎖セグメントおよび ホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデートに直接的にまたは随意のテザ ー基を通して共有結合で結合されている。 主鎖セグメントおよびホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデート部分 は本発明のオリゴマー化合物へ”機能性”特性を与えるある種の他の基を連結す るための部位としても働いている。これらの官能基を変化させることにより本発 明の化合物内へ多様性が組み込まれる。 本発明の好適な態様において、官能基は好適にはH−ホスホネートまたはH− ホスホロチオアミデート中間体を利用してホスホルアミデートまたはホスホロチ オアミデート部分へ連結される。官能基はこれらの中間体へ酸化機構により連結 される。即ち、H−ホスホネートまたはH−ホスホロチオアミデート中間体を酸 化して最終的なホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデート状態とする。 本明細書の目的のためには、上記構造Iに関する文脈においてアルキル、アル ケニルおよびアルキニル基にはメチル、エチル、プロピル、ブチル、ペンチル、 ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル、ウンデシル、ドデシル、トリ デシル、テトラデシル、ペンタデシル、ヘキサデシル、ヘプタデシル、オクタデ シル、ノナデシル、エイコシルおよびその他の高級炭素アルキル基を含む置換お よび無置換直鎖、分岐鎖および脂環式炭化水素が含まれるがそれらに制限される わけではない。さらなる例としては2−メチルプロピル、2−メチル−4−エチ ルブチル、2,4−ジエチルプロピル、3−プロピルブチル、2,8−ジブチル デシル、6,6−ジメチルオクチル、6−プロピル−6−ブチルオクチル、2− メチルブチル、2−メチルペンチル、3−メチルペンチル、2−エチルヘキシル および他の分岐鎖基、アリル、クロチル、プロパルギル、2−ペンテニルおよび その他の不飽和基、シクロヘキサン、シクロペンタン、アダマンタンならびに他 の脂環式基、3−ペンタン−2−オン、3−メチル−2−ブタノール、2−シア ノオクチル、3−メトキシ−4−ヘプタナール、3−ニトロブチル、4−イソプ ロポキシドデシル、4−アジド−2−ニトロデシル、5−メルカプトノニル、4 −アミノ−1−ペンテニルならびに他の置換基が挙げられる。 さらに、本発明の文脈において、直鎖化合物とはアルキル、アルケニルまたは アルキニル化合物を含む脂肪族化合物のような鎖状化合物を意味している;本明 細書で使用される低級アルキル、アルケニルまたはアルキニルには、約1から約 6の炭素原子の炭化水素化合物が含まれるが、それらに制限されるわけではない 。本明細書で使用される分岐鎖化合物には、直鎖の炭素原子へさらに直鎖または 分 岐鎖が結合されたアルキル、アルケニルまたはアルキニルのような直鎖化合物が 含まれる。本明細書で使用される環状化合物は閉鎖式化合物、即ち、脂環式また は芳香族化合物のような炭素原子の環を意味している。直鎖、分岐鎖または環状 化合物は内部で中断されていてもよい(即ち、アルキルアルコキシまたはヘテロ 環式化合物)。本発明の文脈において、内部で中断されているとは炭素鎖がO、 NまたはSのようなヘテロ原子で中断されていてもよいことを意味している;し かしながら、所望されるなら炭素鎖はヘテロ原子を含まなくてもよい。 上に示したそのような化合物は置換されていてもまたは無置換でもよい。本発 明の文脈において置換または無置換とは、例えば化合物中の一つまたはそれ以上 の水素原子の代わりに種々の置換基の一つを化合物が有するかまたは置換基を有 していないことを意味している。本発明に従った置換基にはハロゲン(Cl、B r、F)、ヒドロキシル(OH)、チオール(SH)、ケト(C=O)、カルボ キシル(COOH)、エーテル、チオエーテル、アミジン(C(=NH)NR3 4)、グアニジン(NHC(=NH)NR34)、グルタミル(CH(NR34 )(C(=O)OR5)、ニトレート(ONO2)、ニトロ(NO2)、ニトリル (CN)、トリフルオロメチル(CF3)、トリフルオロメトキシ(OCF3)、 O−アルキル、S−アルキル、NH−アルキル、N−ジアルキル、O−アラルキ ル、S−アラルキル、NH−アラルキル、アミノ(NH2)、アジド(N3)、ヒ ドラジノ(NHNH2)、ヒドロキシルアミノ(ONH2)、スルホキシド(SO )、スルホン(SO2)スルフィド(S−)、ジスルフィド(S−S)、シリル 、ヘテロ環式、脂環式および炭素環式基が含まれるがそれらに制限されるわけで はない。好適な置換基にはハロゲン、アルコールおよびエーテル(OR1)、チ オールおよびチオエーテル(SR2)、アミン(NR34)、アミジン(C(= NH)NR34)、グアニジン(NHC(=NH)NR34)、アルデヒド(C H=O)、酸(C(=O)OH)、エステル(C(=O)OR5)、アミド(C (=O)NR34)およびグリシン(CH(NH2)(C(=O)OH)が含ま れる。 官能基を表す上記の基Y、TおよびAは”レター(letter)”として示 すことができる。そのような用語の使用は、主鎖セグメントおよびホスホルアミ デート部分またはホスホロチオアミデート部分上の異なった官能基が配列中にア ルファベットの文字のように位置している(前もって決定されたようにかまたは 無作為に選択されて)という事実を反映している−−従って用語”レター”。こ れらのレターは”反応性”または”非反応性”でありうる。反応性とは、それら が何らかの様式で(その必要はないが前もって定義できる)標的分子と相互作用 するであろうことを意味している。非反応性とは、実際には標的分子と相互作用 するかもしれないが、本来標的分子と相互作用するようには設計されていないこ とを意味しており、非反応性部分の本来の目的は分子に取り込み、分布、代謝ま たは同定に(それらに制限されるわけではない)影響を及ぼす他の特性を与える ことである。 本発明の実施に使用するのに適し、レターとして使用される官能基にはハロゲ ン;置換または無置換ヘテロ環式アルキルのような置換または無置換ヘテロ環式 化合物;ヘテロ環式アルキルアミン、ポリアルキルアミン、イミダゾール、イミ ダゾールアミド、アルキルイミダゾールのようなアミノ含有基;置換または無置 換アルデヒド;置換または無置換ケトン;置換または無置換エーテル;置換また は無置換エステル;約6から約20の炭素原子を有するアラルキルアミノ、約6 から約20の炭素原子を有するアミノアラルキルアミノのような約6から約20 の炭素原子を有する置換または無置換アリール化合物、アルキルオキシアリール 化合物またはアリルオキシアリール化合物が含まれるが、それらに制限されるわ けではない。 官能基は主鎖セグメントおよびホスホルアミデート部分またはホスホロチオア ミデート部分へ介在するテザー基とまたはテザー基なしで結合される。本発明の 文脈において、テザーとは”レター”を結合できる第二の官能基と一緒に本発明 のHホスホネート、Hホスホロチオエートまたは主鎖セグメントと反応するため の一級または二級アミンまたは他の適した基を有する二価または多価の基である 。そのようなテザーは合成されるオリゴマー化合物の直線状主鎖に関して間隔を 取って”レター”を位置させる、またはレター固有の部分にアミン基(ホスホル アミデート結合の形成に必要)をそれ自身含まないレターを結合するために使用 できる。必要な場合に適当なアミン官能基で置換されている場合、テザーとして 有用な化合物の特に好適な基としてはC2−C10アルキル、C2−C10アルケニル 、 C2−C10アルキニル、C4−C7炭素環−アルキルまたは−アルケニル、ヘテロ 環、2から10の炭素原子を有しおよび1から4の酸素または硫黄原子を有する エーテル、ポリアルキレングリコール、およびC7−C14アラルキル基が含まれ るが、それらに制限されるわけではない。本発明の実施に有用な他の代表的なテ ザー基は”チオール誘導化ヌクレオシドおよびオリゴヌクレオシド”と題して1 993年9月3日に出願された米国特許出願第08/116,801号、および ”アミン誘導化ヌクレオシドおよびオリゴヌクレオシド”と題して1993年9 月3日に出願された米国特許出願第117,363号に開示されており、その開 示はここに引用して含まれている。 アミンには一級および二級アミンおよびフタールイミドのような”マスクされ たアミン”を含む上記のアルキル、アルケニルおよびアリール基のすべてのアミ ンが含まれる。本発明のアミンにはまたポリアルキルアミノ化合物、アミノプロ ピルアミンのようなアミノアルキルアミンおよびさらにイミダゾール−1,2ま たは4−イループロピルアミンのようなヘテロ環式アルキルアミンも含まれてい ることを意味している。 本発明の実施に適した他の反応性官能基にはチオール(SH)、アルデヒド( C=O)またはアルコール(OH)官能性を有する化合物が含まれるが、それら に制限されるわけではない。 官能基としての使用に適した窒素含有ヘテロ環を含むヘテロ環にはイミダゾー ル、ピロール、ピラゾール、インドール、1H−インダゾール、α−カルボリン 、カルバゾール、フェノチアジン、フェノキサジン、テトラゾール、トリアゾー ル、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジンおよびモルホリン基が含まれるが、そ れらに制限されるわけではない。窒素ヘテロ環のより好適な群にはイミダゾール 、ピロールまたはカルバゾールが含まれる。イミダゾールが特に好適である。 官能基としての使用に適したプリンおよびピリミジンにはアデニン、グアニン 、シトシン、ウリジンおよびチミン、ならびにキサンチン、ヒポキサンチン、2 −アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの6−メチルおよび他のアルキル誘 導体、アデニンおよびグアニンの2−プロピルおよび他のアルキル誘導体、5− ハロウラシルおよびシトシン、6−アザウラシル、シトシンおよびチミン、5− ウ ラシル(プソイドウラシル)、4−チオウラシル、8−ハロ、アミノ、チオール 、チオアルキル、ヒドロキシルおよび他の8置換アデニンおよびグアニン、5− トリフルオロメチルおよび他の5置換ウラシルおよびシトシンおよび7−メチル グアニンのような他の合成および天然の核塩基が含まれる。別のプリンおよびピ リミジンとしては米国特許第3,687,808号、Concise Ency clopedia Of Polymer Science And Engi neering ,J.I.Kroschwitz,Ed.John Wiley & Sons,1990,ページ858−859およびEnglisch,e t al.,Angewandte Chemie,Internationa l Edition 1991,30,613に記載されているようなものも含 まれる。 本発明に従ったアリール基にはフェニルおよびナフチル基のような置換および 無置換芳香族炭化水素基が含まれるがそれらに制限されるわけではない。アラル キル基にはベンジルおよびキシリル基のようなアリールおよびアルキル官能性の 両方を有する基が含まれるがそれらに制限されるわけではない。 本発明に従った金属配位基にはヒドロキサム酸、カテコールアミド、アセチル アセトン、2,2’−ビピリジン、1,10−フェナントロリン、二酢酸、ピリ ジン−2−カルボキサミド、イソアルキルジアミン、チオカルバメート、オキザ レート、グリシル、ヒスチジルおよびテルピリジルが含まれるがそれらに制限さ れるわけではない。他の金属配位基も知られている;例えば、Mellor,D .P.,Chemistry of Chelation and Chela ting Agents in International Encyclo pedia of Pharmacology and Therapeuti cs ,Section 70,The Chelation of Heavy Metals,Levine,W.G.Ed.,Pergamon Pres s,Elmford,N.Y.,1979を参照されたい。 レターとして使用される非反応性官能基(薬力学特性を増強させる基のような )としては取り込みを改良し、分解に対する耐性を促進し、および/または標的 分子との配列特異性相互作用を強くするような基が含まれる。本発明の文脈にお い て、非反応性官能基はまた薬動学特性も増強し、そのような基は取り込み、分布 、代謝または排泄を改良する。非反応性官能基には上記のようなアルキル鎖、ポ リアミン、エチレングリコール、ポリアミド、アミノアルキル鎖、両親媒性部分 、レポーター基結合点および結合のための任意の好適な部位に結合されたインタ ーカレーターが含まれるが、それらに制限されるわけではない。 本発明に従った固体支持体には制御細孔ガラス(CPG)、オキザリル制御細 孔ガラス(例えば、Alul, et al.,Nucleic Acids Research 1991,19,1527を参照されたい)、TentaG el支持体−−アミノポリエチレングリコール誘導化支持体(例えば、Wrig ht,et al.,Tetrahedron Letters 1993,3 4,3373を参照されたい)またはPoros−−ポリスチレン/ジビニルベ ンゼンの共重合体が含まれる。 多くの置換基が本発明の化合物内へ保護された形で導入でき、後で脱保護され て最終的な所望の化合物を生成する。一般に、保護基は特定の反応条件に対して 化学官能性を不活性にし、分子の残りの部分には実質的に損傷を与えることなく 付加でき、分子中のそのような官能性から除去できる。例えば、Green a nd Wuts,Protective Grouos in Organic Svnthesis ,2d edition,John Wiley & S ons,New York,1991を参照されたい。例えば、アミノ基はフタ ルイミド基としてまたは9−フルオレニルメトキシカルボニル(FMOC)基と して保護でき、カルボキシル基はフルオレニルメチル基として保護できる。代表 的ヒドロキシル保護基はBeaucage,et al.,Tetrahedr on 1992,48,2223に記載されている。好適なヒドロキシル保護基 はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチ ル、9−フェニルキサンチン−9−イル(Pixyl)および9−(p−メトキ シフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)のような酸不安定性基である。 上に示したように、本発明の化合物においてある態様ではE1およびE2はコン ジュゲート基として選択される。本発明のコンジュゲート基としてはレポーター 酵素、レポーター分子、ステロイド、炭水化物、テルペン、ペプチド、蛋白質、 芳香族親油性分子、非芳香族親油性分子、リン脂質、インターカレーター、細胞 受容体結合分子、架橋剤、水溶性ビタミン、脂溶性ビタミン、RNA切断複合体 、金属キレート剤、ポルフィリン、アルキル化剤、高分子アミン、高分子グリコ ールおよびポリエーテルなどの高分子化合物が含まれる。典型的なコンジュゲー ト基にはコレステロール、リン脂質、ビオチン、フェナントロリン、フェナジン 、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレヤイン、ローダミ ン、クマリンおよび色素が含まれる。本発明の文脈において薬力学的特性を促進 する基には、オリゴマー取り込みを促進し、オリゴマーの分解に対する耐性を改 良しおよび/またはRNAとの配列特異性ハイブリッド形成を強くする基が含ま れる。本発明の文脈において薬動学的特性を促進する基には、オリゴマー取り込 み、分布、代謝または排泄を改良する基が含まれる。代表的コンジュゲート基は 1992年10月23日に出願された国際特許出願PCT/US92/0919 6、1993年9月3日に出願された米国特許出願第116,801号および米 国特許第5,218,105号に開示されている。上記の各々は本出願と共通し て譲渡されている。各々の全開示はここに引用して含まれている。 本発明の別の態様において、DMT除去に使用されるトリクロロ酢酸処理に安 定である酸不安定性基が使用され、BOC型保護基が好適に使用できる。それら は拡大TCA処理にも安定であるが、トリフルオロ酢酸溶液(例えば、CH2C l2溶液中5%)では除去される。本方法論に一致する別の保護基のタイプはア リルタイプである。このタイプの保護基は、オリゴマーが固体支持体に依然とし て結合されている間に特定の官能基の選択的脱保護が望まれる場合に特に有用で あり、新しい反応部位のカバーをはずすことを可能にしている。別の保護基の方 策もまた可能である:例えば光不安定性保護基もまたこの方法論と矛盾しない。 構造Iにおいて、E1およびE2はm単量体ユニット長であるオリゴマーの末端 に存在する。合成の間、末端は実際に作用末端であり、例えば構造の固体支持体 への結合などに使用でき、およびオリゴマー構造の伸長にも使用できる。 好適な固相合成において、E1は活性化固体支持体であるように選択され、お よびE2は合成が進むにつれ保護基またはHが交互になるように選択される。上 に示したようにLは、ホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデート部分( 官能 基Aがまた結合できる)へ直接的またはメチレンまたは他の基を通して結合され た主鎖セグメントである。前に示したように、官能基Aは、構造IにおいてJと 称される随意のテザー基を含んでいてもよい。Yは典型的には水素であるが、テ ザー基を有するまたは有しない官能基であってもよい。Tは水素、テザー基を有 するまたは有しない官能基であるか、またはYと一緒に窒素含有ヘテロ環を形成 する。A、TおよびYは前に定義された”レター”である。 Xは酸素かまたは硫黄である。XがOの場合、本発明の化合物はホスホルアミ デートと同定される。XがSである場合、化合物はホスホロチオアミデートと同 定される。ある態様において、各々のXはOであろう。ある態様において、各々 のXはSであろう。別の態様において、本発明の化合物にはOおよびSの混合物 が両方とも含まれている。 本発明のオリゴマー化合物は、前もって決められたまたはランダムなレターの 配列を有するように合成できる。従って、ある好適な態様においては、レターの 配列は前もって決められた配列である。別の好適な態様においては、レターの配 列はランダムである。さらに別の態様においては、配列は固定およびランダムの 間で調節される。このことは、例えば、前に参照したSURF法のようなある種 の組み合わせ法で特に有用である。 本発明のさらなる利点はレターの配列の変化性に加えてまたは代わりに非対称 配列の主鎖セグメントを有するオリゴマー化合物を合成する能力である。別の言 葉でいうと、主鎖セグメントをまたオリゴマー構造内で変化させることができる 。これは最終的に主鎖セグメントとして取り込まれる異なったデヒドラーゼ化合 物を使用することにより容易に達成される。 本発明の化合物を合成する好適な方法は固相合成である。代表的固相技術は標 準ホスホルアミダイト化学を利用したDNAおよびRNA合成に用いられるよう なものである(例えば、Protocols For Oligonucleo tides And Analogs ,Agrawal,S.,ed.,Hum ana Press,Totowa,NJ,1993参照)。 好適な固相合成は活性化ホスファイトとしてHホスホネートおよびHホスホノ チオエートを利用する。HホスホネートおよびHホスホノチオエートのリン原子 の化学はP(III)である。中間体化合物は続いて、レターに結合された一級ま たは二級アミンの存在下でP(V)状態に酸化される。レターは一級または二級 アミンにテザーでまたはテザーなしで結合されている。ある種の窒素含有ヘテロ 環は結合部分として使用され、そこでは窒素はリンに共有結合で結合されている 。固相合成に加えて、液相合成もまた本発明の化合物の合成に利用できる。液相 化学は、例えばFMOC、TBDMSまたはTPDMSのような塩基不安定性保 護基をE1への結合させることにより適応する。 ホスホネート水素化学は、オリゴマー内へ導入されるべき追加の化学修飾を可 能にする利点を有する。オリゴヌクレオチドホスホジエステルおよびホスホロチ オエート(Froehler,B.C.,Matteucci,M.D.Tet rahedron Lett .1986,27,469−472参照)、ならび にオリゴヌクレオチドホスホルアミデート(Froehler,B.C.Tet rahedron Lett .1986,27,5575−5579;Lets inger,R.L.,Singman,C.N.,Histand,G.,S alunkhe,M.J.Am.Chem.Soc.1988,110,447 0−4471参照)はこの方法を用いて製造されている。ホスホジエステルおよ びホスホルアミデートの両方を含むオリゴマーの合成ならびにホスホルアミデー トの合成に関連してのホスホルアミダイト化学の使用が報告されている(Jun g,P.M.,Histand,G.,Letsinger,R.L.Nucl eosides & Nucleotides ,1994,13,1597−1 605参照)。この後者の研究において、伸長しつつあるオリゴマーへホスホル アミダイトおよびH−ホスホネートを結合させ、続いて適当な酸化工程を行うこ とによりホスホジエステルおよびホスホルアミデートが交互にあるオリゴマーが 製造された。しかしながら、一般的に前に記載したすべての例において、オリゴ マーのすべてのホスホルアミデート結合に同一のアミン置換基が取り込まれてい る。 しかしながら、これらの研究は多様な官能基の取り込みのための追加の部位と してのホスホルアミデート結合を使用する適合性を示している。広範囲の種々の アミンが酸化工程で使用でき、本発明の単量体は必要な化学的性質を有する。す なわち、ホスホルアミデート結合を取り込む組み合わせライブラリーの製造のた め、本発明の単量体は対応するH−ホスホネートモノエステルへ変換される。本 発明の一つの態様においてこのことはホスファイト化試薬としてPCl3および イミダゾールを用いることにより達成された(Garegg,P.J.,Reg berg,T.,Stawinski,J.,Stromberg,R.Che m.Scr .1986,26,59−62参照)。これらのH−ホスホネート単 量体は塩化ピバロイル、塩化アダマントイルまたは他の適当な活性化剤により活 性化することにより固体支持体上でオリゴマー化される。中間体H−ホスホネー トジエステルは、例えば水性ピリジン中でヨウ素を用いて高収率でリン酸ジエス テルへ酸化できる。このことによりH−ホスホネートおよびホスホルアミダイト 法の結合効率の比較が可能である。両方の方法論で本質的に同じ結合効率が達成 された。H−ホスホネートジエステルはピリジン/CCl4(1:1)中で適当な アミンの10%溶液を用いることによりホスホルアミデートに変換される。これ らの条件下、H−ホスホネートジエステルはArbuzov反応を経て塩化ホス ホリルに酸化され、続いて一級または二級アミンにより塩素が置換される。第二 の工程は非常に一般的であることが証明されており、広範囲のアミンで満足すべ き収率が得られる。さらに、ホスホルアミデートの収率はホスホジエステルの収 率と同程度であった。 いくつかの型のライブラリーがこの方法論により得られる。最も単純な種類の ライブラリーは、リンが単一のアミンで置換されている2から10またはそれ以 上の単量体ユニットの長さの本発明の単量体の組(4から16またはそれ以上の 主鎖セグメントの組が典型的には使用された)から作製され、主鎖位置で単一の レターで置換することができる((J)d1およびA)。レターは随意のテザー基 を含んでいてもよい。これらのライブラリーはスプリットビーズ合成により製造 され、ホスホルアミダイト化学というよりもむしろH−ホスホネート合成プロト コールに従っている。中間体H−ホスホネートジエステルは最終工程までそのま ま残される。その時点でオリゴマーライブラリープールは適当な一級または二級 アミンを10%含むCCl4/ピリジンで酸化される。これによりすべての残基 間結合がホスホルアミデートへ変換される。 最終オリゴヌクレオチドがまた主鎖上に(例えば、(J)d1およびA位)”レ ター”を有する場合、ランダム化されるべき位置上の保護基は通常の試薬により 除去できる。個々のプールは通常の溶媒中で”レター”により処理される。高収 率を容易にするため、結合剤がしばしば使用されるであろう。いくつかの市販品 として入手可能な結合剤はベンゾトリアゾール−1−イルオキシ−トリス(ジメ チル−アミノ)ホスホニウム ヘキサフルオロホスフェート、[O−(7−アザ ベンゾトリアゾール−1−イル)−1,1,3,3,−テトラメチル]ウロニウ ム ヘキサフルオロホスフェート、HoBtおよびPyBOPである。従って、 このライブラリーは一定のホスホルアミダイト結合によって一緒に結合され、固 定された位置で特有のサブセットに分離された単量体のすべての可能な配列から 構成されている。ライブラリーの最終的性質は酸化工程で使用されるアミンの選 択、およびもし存在するなら主鎖へ結合されたレターによっても決定されるであ ろうことは明かである。従って、ライブラリー成分の水溶解性、薬動学および薬 力学は、アミンおよびレターの選択により変えることができる。 中間の酸化工程を行うことにより混合された結合を有するオリゴマーライブラ リーを製造することも可能である(Gryaznov,S.M.,Sokolo va,N.I.Tetrahedron Lett.1990,31,3205 −3208;Gryaznov,S.M.,Potapov,V.K.Tetr ahedron Lett .1991,32,3715−3718;Faroo qui,F.,Sarin,P.S.,Sun,D.,Letsinger,R .L.Bioconjugate Chem.,1991,2,422−426 ;Iso,Y.,Yoneda,F.,Ikeda,H.,Tanaka,K. ,Fuji,K.Tetrahedron Lett.1992,33,503 −506参照)。従って、オリゴマーライブラリーの一部はH−ホスホネート化 学により合成され、それはR2NH、CCl4/PyまたはS8、CS2/TEA またはH2O、CCl4/Pyで酸化でき、およびライブラリーの第二の部分が合 成され、試薬の第二の組で酸化される。これによりキメラライブラリーが創造さ れ、ここで各々のサブセット中のランダムオリゴマーのセグメントは分子の残り の部分と異なった結合を有する。この方法論を拡張し、各々の単量体結合後に異 なっ た酸化工程を行うことによりオリゴマーライブラリーの各々の位置に異なった結 合を取り込ませることが可能である。各々の酸化工程に続いて脱保護工程および 結合工程を加えることにより各々の主鎖セグメントに異なったレターを取り込ま せることも可能である。H−ホスホネートジエステル結合固体支持体の一部へ別 々の酸化を実施し、続いて単量体位置がランダム化されるのと同一の方法でサブ セットをプールすることにより結合が組み合わせ化できる。従って、各々の単量 体およびそれらの間の結合はスプリット合成法によりランダム化できる。 ”レター”はその各々のアミノ基に結合されており、それはさらにホスファイ ト基に結合され本発明のホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートを形 成する。この結合を達成できる一つの好適な方法は酸化による方法である。テザ ーでまたはテザーなしで一級または二級アミンへ結合された官能基の存在下、本 発明のH−ホスホネートまたはH−ホスホノチオエート中間体の酸化によりホス ホルアミデートまたはホスホロチオアミデートが形成されるであろう。従ってこ れらの官能基は生じるオリゴマー化合物に多様な性質(”多様性”)を提供する 。官能基には水素結合供与体および受容体、イオン性部分、極性部分、疎水性部 分、芳香族中心および電子供与体および受容体が含まれる。個々の反復単量体ユ ニットの性質は一緒になって、それらが見いだされるオリゴマーの性質に寄与す る。従って、そのようなオリゴマーのライブラリーは無数の性質を有するであろ う、即ち”多様性”。集合的に、オリゴマーを形成する単量体ユニットの性質は 、そのようなオリゴマーの性質に寄与しており、細胞、酵素または核酸標的部位 との相互作用にある種の特性を与えるであろう。 広い範囲の化学的多様性を有する組み合わせライブラリーを合成することが本 発明の重要な点である。化学的多様性はリン結合の性質を変化させることにより 一つのレベルで導入される。本発明に従うリン結合にはホスホルアミデート(O PN)およびホスホロチオアミデート(SPN)が含まれる。組み合わせライブ ラリーは単一の型のリン結合でも、またはオリゴマーの各々の位置でのSPNお よびOPNの混合物でも製造できる。例えば、単−OPN結合がSPNオリゴマ ーの任意の位置に選択的に導入できる。実際、SPNおよびOPN結合のすべて の可能な組み合わせが本発明のオリゴマー内に選択的に導入できる。オリゴマー の特定の位置での結合の型の存在または不在は分子の性質に絶大な影響を有する ことができる。 SURFライブラリーにいくつかのレベルで化学的多様性を発生させることが できる。以下に単量体の製造について説明した。これらの単量体は化学的多様性 の二つの特色を研究するために製造された:第一に化学的性質の範囲をカバーす る多くの官能基が利用できる。第二に、これらの官能基は、異なった様式でこれ らを提示し、または間隔をおいて存在させるように設計された異なったテザーに 結合することができ、種々の柔軟性が可能となる。以下の節では多様性の第三の レベル、すなわち残基間結合それ自体について説明する。適当な条件を使用する ことにより、オリゴマーの配列に関係なく、オリゴマーの任意の位置にホスホル アミデートまたはホスホロチオアミデート結合を導入することが可能である。 ホスホルアミデート結合の場合、誘導体化固体支持体のまたは結合された最後 の単量体ユニットのヒドロキシルからDMT基または他の適した保護基を除去し 、続いて標準条件下で遊離ヒドロキシルをホスホン酸誘導体化主鎖セグメントで 処理するとH−ホスホネートジエステルが得られるであろう。ピリジン/CCl4 (1:1)中、適当なアミンの10%溶液を用いるようなH−ホスホネートの 酸化によりホスホルアミデートが得られるであろう。 ホスホロチオアミデート結合の場合、誘導体化固体支持体のまたは結合された 最後の単量体ユニットのヒドロキシルからDMT基または他の適した保護基を除 去し、続いて米国特許第5,218,103号の実施例IIIのような条件下で遊 離ヒドロキシルをホスホロジアミダイト誘導体化主鎖セグメントで処理すると二 置換ホスホルアミダイトが得られるであろう。得られた二置換ホスホルアミダイ トを米国特許第5,218,103号の実施例IIIのような条件下でH2Sおよび テトラゾールでさらに処理するとH−ホスホノチオエートが得られるであろう。 米国特許第5,218,103号の実施例IVによるようなアミン”レター”存在 下でのH−ホスホノチオエートの酸化によりホスホロチオアミデートが得られる であろう。 本発明のオリゴマー化合物は前もって決定された配列または組み合わせ法を経 て決定された配列を有するように製造できる。一つの有用な組み合わせ法は上記 のSURF法であり、それは1991年8月23日に出願された米国特許出願第 749,000号および1992年8月21日に出願されたPCT特許出願US 92/07121(両方とも本出願と共通して譲渡されている)に開示および特 許請求されている。これらの出願の全開示はここに引用して含まれている。 SURF法の例は下記の表Iに示されている2’−O−メチルオリゴヌクレ オチドライブラリーである(Ecker et.al.、上記文献)。表IはR NAヘアピンに対する結合での2’−O−メチルオリゴヌクレオチドの選択が記 載されている。KD’すなわち結合定数はゲルシフトにより決定された。”X” は変化している位置を示すのに用いられ、下線はSURF法の連続的な反復の間 に固定された位置を示すのに用いられている。 このSURF法は単量体ユニットとして、ホスホジエステルまたはホスホロチオ エートとして天然に存在するヌクレオチドを用いるライブラリーを除いてライブ ラリーに対しては用いられていない。他の組み合わせ法は従来単量体ユニットと してアミノ酸を用いるライブラリーだけにのみ用いられてきた。 本発明の一つの態様は、構造Iを有する単量体化合物を上記SURF法または 他の組み合わせ法に包含させることである。自動化ホスホルアミダイトオリゴマ ー合成の利点は保持しつつ、これらのオリゴマー構造に付加された官能基をライ ブラリー内へ取り込ませることができる。本発明の一つの態様において、これら の官能基により達成される相互作用は以下の型である:水素結合供与体および受 容体、イオン性、極性、疎水性、芳香族性および電子供与体および受容体。好適 な官能基にはアミノエチル、カルボキシエチル、アデニルメチル、チミニルメチ ル、イミダゾリルメチル、ベンジル、ミリスチル、イソプロピルおよびテトラエ チレングリコール基が含まれる。 本発明の一つの利点は、本発明の単量体化合物の簡単な設計で何千もの化合物 に対するスクリーニング機構を有する合理的薬剤設計の合併を可能にすることで ある。このことは本発明の化合物をSURF法のような組み合わせ技術で使用す ることにより達成できる。そのような組み合わせ技術を利用するための好適な標 的分子はホスホリパーゼA2ファミリーである。 ホスホリパーゼA2(PLA2)は膜リン脂質のsn−2エステル結合を加水分 解する酵素のファミリーであり、遊離脂肪酸およびリゾリン脂質の放出を起こす (Dennis,E.Λ.,The Enzymes,Vol.16,pp30 7−353,Boyer,P.D.,ed.,Academic Press, New york,1983参照)。タイプIIPLA2レベルの上昇は多くのヒ ト 炎症性疾患と関連している。PLA2触媒反応は多くのプロ炎症性仲介物の放出 の律速段階である。アラキドン酸(sn−2位に共通して結合されている脂肪酸 )はロイコトリエン、プロスタグランジン、リポキシンおよびトロンボキサンの 前駆体として働いている。リゾリン脂質は血小板活性化因子の前駆体でありうる 。PLA2はプロ炎症性サイトカインにより制御されており、炎症カスケードの 中心的位置を占めている(例えば、Dennis,上記文献;Glaser,e t al.,Tios Reviews 1992,14,92;およびPru zanski,et al.,Inflammation 1992,16,4 51を参照されたい)。 これまで評価されたすべての哺乳類組織はPLA2活性を示した。少なくとも 三つの異なった型のPLA2がヒトにおいて観察されている:膵臓性(タイプI )、滑液性(タイプII)および細胞質性。さらなるイソ酵素が存在していること が研究により示唆されている。タイプIおよびタイプII(PLA2の分泌型)は 蛇毒から単離されたホスホリパーゼと強い類似性を共有している。PLA2酵素 は消化、細胞膜リモデリングおよび修復、および炎症性応答の仲介を含む正常な 機能のために重要である。細胞質性およびタイプII酵素の両方とも治療的標的と して興味をひかれる。タイプIIPLA2レベルの上昇は慢性関節リュウマチ、骨 関節炎、炎症性腸疾患および敗血病性ショックを含む種々の炎症性障害と関連し ており、この酵素の阻害剤は治療的有用性を有するようであることを示唆してい る。ある種の慢性炎症性障害で病理生理学的に観察されたPLA2の役割をさら に支持する観察とは、ラットの足しょ内へ(Vishwanath,et al .,Inflammation 1988,12,549)またはウサギの関節 空間へ(Bomalaski,et al.,J.Immunol.1991,146 ,3904)タイプIIPLA2を注射すると炎症性応答が得られたことで ある。注射前に蛋白質を変性させた場合は炎症性応答は得られなかった。 滑液からのタイプIIPLA2酵素は比較的小さな分子であり(約14kD)、 配列およびそのジスルフィド結合のパターンによりタイプI酵素(例えば膵臓性 )と区別できる。酵素の両方の型とも活性にカルシウムを必要とする。蛇毒およ び膵臓性PLA2からの分泌PLA2酵素の結晶構造(阻害剤とおよび阻害剤なし で) が報告されている(Scott,et al.,Science 1990, 50 ,1541)。最近、ヒト滑液からのPLA2の結晶構造が解読された(W ery,et al.,Nature 1991,352,79)。その構造は 触媒におけるカルシウムおよびアミノ酸残基の役割を明らかにした。カルシウム はルイス酸として働いて切れ易いエステルカルボニルを活性化し、脂質を結合し 、His−Asp側鎖の二個群が一般塩基触媒として働いて水分子を求核試薬に 活性化する。このことはアシル酵素中間体が存在しないことと一致し、セリンプ ロテアーゼの触媒機構にも匹敵する。触媒残基およびカルシウムイオンは酵素中 の深い裂け目(約14Å)の末端に存在する。この裂け目の壁はリン脂質の炭化 水素と接触し、疎水性および芳香族性残基からなっている。陽性に荷電したアミ ノ末端ヘリックスは疎水性裂け目の開口部に位置している。いくつかの証拠の系 列はN−末端ヘリックスは界面結合部位であることを示唆している(例えば、A chari,et al.,Cold Spring Harbor Symp .Quant.Biol .1987,52,441;Cho,et al., .Biol.Chem .1988,263,11237;Yang,et al .,Biochem.J.1989,262,855;およびNoelet a l.,J.Am.Chem.Soc.1990,112,3704を参照された い)。 近年、PLA2触媒によるリン脂質の加水分解の機構および特性の研究につい て多くの仕事が報告されている。インビトロアッセイにおいて、酵素が基質二重 層に吸着する間に遅延状態を示し、界面活性化と称される過程が起こっている。 この活性化には酵素/脂質の脱溶媒和が含まれるか、または裂け目開口部の周辺 の脂質の物理的状態が変化しているのであろう。この仮説が好まれる証拠はPL A2活性の急速な変化が膜プローブの蛍光の変化と同時に起こることを明らかに した研究からきている(Burack,et al.,Biochemistr 1993,32,583)。このことは界面活性化過程の間に脂質の再配置 が起こっていることを示唆している。PLA2活性は脂質の融解温度周辺(ゲル および液晶脂質が共存している領域)で最大である。このことはまたPLA2活 性が温度および基質の組成(両方とも境界領域により分離されている構造的に明 瞭な脂質配置を導く)に感受性があることとも矛盾しない。触媒反応中の脂質の 物理的状 態および酵素の位置を同時に同定するために蛍光顕微鏡が使用された(Grai nger,et al.,FEBS Lett.1989,252,73)。こ れらの研究はPLA2は液相および固相脂質の間の境界領域のみに結合している ことを明瞭に示している。 酵素により触媒される1,2−ジアシルグリセロリン脂質の二級エステル結合 の加水分解が比較的単純である一方、機構的および動力学的な様子は酵素−基質 相互作用が複雑であるためはっきりしない。PLA2の顕著な特徴は、最大の触 媒活性は凝集している基質(すなわち、その臨界ミヤル濃度より高い濃度のリン 脂質)に対して観察され、一方、単量体基質に対しては低いレベルの活性しか観 察されないことである。その結果、PLA2の競合阻害剤は酵素が基質二重層に 結合するまたは膜内へ分配される前に酵素の活性部位に対する高い親和性を有し 、およびリン脂質と活性部位を競合している。多くの阻害剤が生化学的アッセイ においてPLA2の阻害を約束しているようにみえるが(例えば、Yuan,e t al.,J.Am.Chem.Soc.1987,109,8071;Lo mbardo,et al.,J.Biol.Chem.1985,260,7 234;Campbell,et al.,J.Chem.Soc.,Chem .Commun .1988,1560;およびDavidson,et al. ,Bioche.Biophys.Res.Commun.1986,137, 587参照)、インビボ活性を記載している報告は少ない(例えば、Miyak e,et al.,J.Pharmacol.Exp.Ther.1992, 63 ,1302参照)。 一つの好適な実施態様において、本発明の単量体化合物に付加された官能基は 酵素PLA2との相互作用の能力(好適には阻害)で選択される。従って、本発 明の化合物はアトピー性皮膚炎および炎症性腸疾患を含む炎症性疾患の局所的お よび/または全身的処置に使用できる。 官能基の選択において、PLA2が両性イオンベシクルより陰性イオンベシク ルを好むことが利用できる。さらに、PLA2の天然の基質がホスフェート基を 含むため、ホスフェート基を有する本発明の化合物は利点を有する。 本発明のある種の化合物はPLA2酵素の裂け目への結合を容易にするために 芳 香族官能基を含む(Oinuma,et al.,J.Med.Chem.19 91,34,2260;Marki,et al.,Agents Actio ns 1993,38,202;およびTanaka,et al.,J.An tibiotics 1992,45,1071参照)。ベンジルおよび4−ヘ キシルベンジル基が好適な芳香族基である。本発明の化合物はさらにテトラエチ レングリコール基のような疎水性官能基を含むことができる。PLA2酵素は疎 水性チャンネルを有するため、疎水性はこの酵素の阻害剤の重要な性質と信じら れている。 PLA2アッセイはSURF法のような組み合わせスクリーニング法を用いて 達成できる。このアッセイでは、オリゴマーライブラリーはヒトII型PLA2酵 素活性の阻害でスクリーニングされた。典型的には、これらのライブラリーは約 8000の異なった化合物を含む。SURF技術の連続的反復がライブラリーか ら特異的オリゴマーを選択するために行われる。ライブラリーは阻害のさらなる 機構を決定するために他のインビトロアッセイでもさらにスクリーニングできる 。 組み合わせ法によるPLA2の強い結合オリゴマー阻害剤の同定を最大にする ため、ランダム化ライブラリーには典型的には官能基のアレイが含まれる。単量 体、Hホスホネートおよびホスホロジアミダイト誘導体化主鎖セグメントが相互 に作用する結合によりオリゴマーはオリゴヌクレオチド合成と同様の様式で組み 立てられ、好適にはホスホルアミダイト誘導体化主鎖セグメントの場合に前に記 載されたような適当な処理が続き、次にホスホルアミデートまたはホスホロチオ アミデート(結合された官能基を有するであろう)への変換を達成するために酸 化工程が続く。 本発明の一つの態様においては、さらなる官能基が主鎖セグメントへ結合され る。本発明のある別の態様において、普通は核塩基のみで占められる空間の領域 は、核塩基に加えて、核塩基により提供されるものと異なったリガンドーリガン ド相互作用を提供するために選択された他の官能基により占められているであろ う。この方法論は、広範囲の官能基を有する多数のモノマーの収斂的製造を提供 する。必要ならば、合成完了後のオリゴマーの一工程脱保護を可能にするため、 官能基は塩基不安定性保護基で保護できる。 本発明のある態様では、単量体ユニットはオリゴマー化合物のライブラリー内 へ取り込まれる。上記のSURF技術のような組み合わせスクリーニング技術の 、スクリーニングの連続するラウンドにおいて、複雑さの減少していくオリゴマ ーのサブセットが同定できる。本発明の一つの好適な態様では、主鎖セグメント は固定したまま保たれ、官能基がランダム化される。本発明の別の好適な態様で は、官能基は固定したまま保たれ、主鎖セグメントがランダム化される。本発明 の別の好適な態様では、官能基および主鎖セグメントが同時にランダム化される 。本発明のより好適な態様において、主鎖セグメントが固定したまま保たれ、官 能基がランダム化されている組み合わせライブラリーが製造される。 スクリーニングの第一段階で活性オリゴマーが同定された後、最も活性なオリ ゴマーのレターは好適にはさらに修飾される。例えば、もしスクリーニングの第 一段階でベンジル基を”レター”として含む活性化合物が得られたら、続いての スクリーニングの第二段階ではこの化合物の活性がこの芳香環への修飾(例えば 、置換)を含む化合物の活性と比較される。スクリーニングの第三段階では、ラ ンダム化主鎖セグメントの効果が研究される。この方法により、構造活性が段階 的に同定でき、次第により強力な酵素活性の阻害剤が決定できる。 組み合わせ技術により発生された活性配列を検出するため、選択された活性分 子の濃度は選ばれたアッセイの感度内で分子が検出できるように十分濃くなけれ ばならない。認識されるように、組み合わせ技術により生成されたサブセット内 の特異的オリゴマーの数は、オリゴマーの長さおよび使用された異なった単量体 ユニットの数に依存している。配列の数は、単量体の数をランダムな位置の数に 等しい数だけ累乗することにより決定できる。このことは表IIに示されている。 表IIはまた、サブセット濃度が100μM(典型的な高試験濃度)である場合の 各々の配列の濃度も示している。最初の概算として、単量体ユニットの数および その長さが、最終的なオリゴマー化合物に望まれる期待IC50(すなわち、50 %の酵素活性が阻害される濃度)の見積に基づくことができる。100nMの期 待IC50に対しては、表IIに示された複雑さは受容可能であり、すなわち、表II に示されたライブラリーは約100nMまたはそれ未満のIC50で特異的配列が 検出可能であろう複雑さを有する。 均一な主鎖セグメント長からなるライブラリーのために5つのレターを選択す る場合、ライブラリーは五つの単量体ユニットおよび一つの主鎖セグメントを有 するであろう。ライブラリーは単量体ユニットのホスホルアミデート位がレター XNNNN(式中、Nはレターの等モル混合物であり、Xは五つの各々異なった レターである)で置換されているであろうし、各々の主鎖セグメントへ結合され たレターを有しないか、または各々の主鎖セグメントで単一のレターで均一に置 換されているであろう。合成を容易にするため、固定位置を分子の”右”端に都 合よく選択できる。下記のようにPLA2活性のような活性の阻害をアッセイし た後、位置Xを最も大きな阻害を与える残基で固定し、続いて次のサブセットを 合成しスクリーニングする。非ランダム化が進むにつれ、固定位置をオリゴマー の”左”端に向かって移行させる。ユニークな阻害剤を決定するには5回の合成 およびスクリーニングが普通である。前に説明したように、ユニークな阻害剤は 主鎖セグメントのランダム化の影響および主鎖セグメントへ結合されたレターの 影響についてさらに研究できる。 本発明の単量体ユニットは標準Hホスホネート化学および同様なオリゴヌクレ オチドの合成に使用されてきたHホスホノチオエート化学を用いて連結されオリ ゴマー化合物を形成する。レターの結合速度は異なっているので、本発明の一つ の態様においては各々のランダム化された位置での各々のレターの取り込みが等 モルになるようにホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデートへ結合され る個々のレターの反応性が調節される。そのような反応性の調整の最適化は19 94年1月11日に出願され”ランダムオリゴヌクレオチドライブラリーおよび 同一のものを作製する方法”と題された米国特許出願第179,972号に開示 されている(また代理人ドケット番号ISIS−1009としても特定される) 。前記特許出願はこの出願と共通して譲渡されており、ここに引用して包含され ている。 SURFスクリーニング法において、オリゴマーの量は最初の回のスクリー ニングでの各々のサブセットの濃度が比較的高くなるように(約100μM)選 択される。現在のところDNA合成機を使用してオリゴマーを合成するのが好適 である。そのような合成機では、オリゴマーは1から4μmolのスケールで最 も都合よく合成される。ライブラリーのサブセットの濃度を約100μMとする と、アッセイは約200μL未満の少容量で好適に実施される。 上に示した構造Iにおいて、単量体ユニット(括弧内)は互いに連結させてホ モ高分子構造を形成するか、またはヌクレオシドおよび/または他の部分と連結 させてヘテロ高分子構造を形成することができる。例えば、天然に存在するまた は合成のオリゴヌクレオチドまたはペプチド、ペプトイド、ペブチド核酸、オリ ゴおよび/またはポリサッカライドのような他の合成または天然のオリゴマー化 合物の一つまたはそれ以上の領域または”ストレッチ”と連結された本発明の単 量体ユニットの一つまたはそれ以上の領域または”ストレッチ”を含むキメラ構 造が形成できる。さらに、構造Iを有するオリゴマー化合物は、”単量体ジオー ルおよびそれらから形成されるリン酸結合オリゴマー”と題され1994年1月 11日に出願された第179,970号の特許出願(また代理人ドケット番号I SIS−0868としても特定される)および”窒素含有結合を有するオリゴヌ クレオチド模倣物”と題され1994年1月11日に出願された第180,12 4号の特許出願(また代理人ドケット番号ISIS−1014としても特定され る)に開示されている化合物とともにキメラ構造内へ取り込ませることができる 。前記特許出願は本出願と同時に出願されており、共通して譲渡されており、お よび本明細書に引用して含まれている。 本発明の一つの態様において、構造Iに示したオリゴマー化合物は固定され、 前もって決められた”レター”の配列を有するように合成される。本発明の別の 態様において、構造Iに示したオリゴマー化合物はランダム配列を有するように 合成される。さらに、そのようなランダムに配列した化合物のライブラリーが製 造できる。この合成法は可変主鎖セグメントまたは可変ホスホルアミデートまた はホスホロチオアミデート位へ異なった官能基の結合によるライブラリーの構成 物の形成を強調している。 本発明の一つの態様において、官能基はホスホルアミデートまたはホスホロチ オアミデートジエステルオリゴマーへ付加される。二つのヒドロキシル基を有す る主鎖セグメントが標準条件(Oligonucleotide Synthe sis,A Practical Approach ,Gait.M,J.,E d.,IL:New York.,1984,Chapter 1)を用い、ジ メトキシトリチル基または他の適した保護基でヒドロキシルの一つが保護される 。この保護主鎖セグメントをさらに無水コハク酸と反応させて保護主鎖セグメン トスクシニル モノエステルを形成させる。このモノエステルを脱離基(例えば 、ペンタフルオロフェノールまたはパラニトロフェノール)で活性化し、標準法 (M.J.Gait,上記文献,Masad J.Damha,nucleic acids research ,1990,18,3813−3821)に従 って固体支持体(例えば、LCAA CPG)に誘導体化する。残った反応活性 部位を塞ぐために無水酢酸または他の適したキャップ形成剤を用いるキャップ形 成工程を実施する。DMT保護基を例えばジクロロ酢酸またはトリクロロ酢酸の 希薄溶液で除去し、固体支持体に結合した脱保護主鎖セグメントを形成させる。 H ホスホネート モノエステル−保護主鎖セグメントは標準法(Nucle ic Acids in Chemistrv and Biology ;Bl ackburn,G.M.,Gait M.J.,Eds.Chemical Synthesis;IL:New York,1990,Chapter 3 ,p.98)に従って保護主鎖セグメントをイミダゾールまたは他の適した塩基 の存在下でPCl3と反応させて製造し、保護Hホスホネートを形成させる。保 護Hホスホネートは例えばトリエチルアンモニウムまたはDBU塩として単離さ れる(Froehler,B.,et.al.,Nucleic Acids Research ,1988,16,4831−4838)。得られた保護Hホ スホネート単量体ユニット(塩として)は固体支持体に結合された脱保護主鎖セ グメントと縮合させ、固体支持体に一つの主鎖セグメントで結合されおよび他の 主鎖セグメントが保護されているHホスホネートジエステルを形成させる。 本発明の一つの態様において、Hホスホノチオエートジエステルは、1993 年6月8日付の米国特許第5,218,103号に含まれている方法に従って上 記のように製造された固体支持体に結合されている脱保護主鎖セグメントを、ト リエチルアミンまたは他の適した塩基の存在下でビス(ジイソプロピルアミノ) クロロホスフィンと反応させることにより製造される。得られた中間体は保護主 鎖セグメントと反応させ、続いて硫化水素で処理すると、固体支持体に結合され た一つの主鎖セグメントおよび他の保護主鎖セグメントに結合されているHホス ホノチオエートジエステルが形成される。 ”レター”は、既知の方法および技術を用いて随意のテザー基とアミノ基に共 有結合で結合され、単一レターの場合は一級アミンを、二つのレターが共有結合 で結合されている場合は二級アミンを形成する。一級または二級アミンは酸化を 通してHホスホネートジエステルまたはHホスホノチオエートジエステルへ結合 され、それによりホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデートが形成され る。上記工程を反復することにより前もって決められた配列のレターを有するホ スホルアミデートまたはホスホロチオアミデート主鎖オリゴマー構造が製造でき る。さらに、異なった長さおよび化学的複雑さの主鎖セグメントを用いると、最 終化合物の多様性に第二の次元を加えることができるであろう。 得られたオリゴマー化合物は標準条件(例えば水酸化アンモニウム)を用いて 固体支持体から切断される。希酸による脱トリチル化により最終オリゴマー化合 物が得られるであろう。 上記工程を修正すると、ホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデートに 共有結合で結合されているレターの固定/ランダム配列を有する本発明のオリゴ マー構造の合成が可能である。典型的には、一つまたはそれ以上の位置が固定さ れ、その他の位置がランダムであるオリゴマー構造が合成される。試験が進行す るにつれて、特異的化合物が同定されるまでより多くの位置が固定され、ランダ ムな位置は減少する。上記工程の順列はこれを可能にする。 最初の位置または任意の数の位置を固定するため、化合物の固体支持体側から 出発して、上記の工程に従い所望のアミンレターが合成が進むにつれて所望の位 置内へ連続的に酸化された。二つまたはそれ以上のアミンレターで単一の位置を ランダム化するために、選択されたレターが一緒に混合され、化合物はこの混合 物で酸化された。二つまたはそれ以上の位置をランダム化するには合成のその部 分の間の酸化工程を省略し、これらの位置は一つの位置のためと同様の方法でア ミンレターの混合物を用いて一工程で酸化する(例えば、一つ以上の位置が同時 に酸化できる)。 酸化工程で使用される混合物中の個々のアミン”レター”の濃度は、最終オリ ゴマーで等しいモル濃度になるように反応性に関して調節される。オリゴマー構 造中の個々のアミンレターのパーセントを計算するには、等しいモル量の前もつ て決定されているアミンレターを用いて試験オリゴマー化合物を合成する必要が ある。50−70℃、10%ギ酸によりレターをこのオリゴマーから切断し、H PLCにより分析する。個々のレターの濃度はそれらの既知のモル吸光係数から 評価できる。もしくは、オリゴマー構造とフタルアルデヒドおよび2−チオ酢酸 との反応により高い吸光係数を有するインドール誘導体が得られる(Bruck ner,R.,et al.,J.Chromatograohy,1989, 476,73)。この方法はアミンレターがUV−発色団でない場合に非常に有 用である。 ランダム化の別法ではオリゴマー化合物の合成の間に同時に一つの位置のラン ダム化が達成される。固体支持体を、ランダム化に使用されているアミンレター の数と一致する数に等しく分割する。固体支持体の各々の部分を異なったレター で別々に処理する。固体支持体を再合併させ、別の単量体ユニットを加え、すべ ての選択された部分がランダム化されるまで本方法を繰り返す。さらなる合成の ため固体支持体を再合併させる。この方法はビーズスプリッティングまたは樹脂 スプリッティングと称される。 ある種の組み合わせ法(例えばSURF、上記文献)において、一つのレター が固定して保たれ、残りの位置がランダム化される。もし所望のオリゴマーが6 mer(六つのユニット長のオリゴマー化合物)であるならば、六つのオリゴマ ーが合成される。オリゴマーはDNA合成機にて別々に6回合成される。各々の オリゴマーは六つのレターの一つでオリゴマーの最初の位置が固定して保たれお よび残りの位置は他の五つのレターの混合物ですべて一度に処理される。上述し たように混合物中の個々のレターの濃度はオリゴマーの各々の位置で等しいモル 比になるように反応性に関して前もって調整してある。もしくは、ビーズスプリ ッティング用い、固体支持体はレターの混合物中のレターの数と等しい量に分割 でき、別々に各々のレターで処理される。これを製造される6つのライブラリー の各々に対して行う。すべての部分がランダム化されたら、得られた6つのオリ ゴマーのライブラリーについて問題とするアッセイ(例えば上述のPLA2アッ セイ)で試験し、最も活性なものを決定する。最初のラウンドで最大の活性を示 すオリゴマーを第二ラウンドのために選ぶ。第二ラウンドにおいてはすべてのオ リゴの最初の位置はラウンド1で最大の活性を示した特定のレターで固定されて いる。最初の実験のように第二の位置がここで6つのレターで固定され同じ技術 が反復される。結局、最終ラウンドで化合物が同定され、そこではただ6つの異 な ったオリゴマーが6つのアッセイで試験される。 レターのランダム化に加えて、本発明はまた主鎖セグメント内を変化させるこ とも可能である。主鎖セグメントは構造Iに見られるように本発明のホスホルア ミデートまたはホスホロチオアミデート部分を連結するのに使用されている。従 って主鎖セグメントは本発明のホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデー トに”隣接(flank)”している。本発明の好適な態様において、主鎖セグ メントへの前駆体はポリオール化合物(最も単純であるのはエチレングリコール である)である。オリゴマー合成の間に異なった主鎖セグメント前駆体(例えば プロピレングリコール、ブチレングリコールまたはより高級な同族体)を用いる と、ホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデート部分間の距離が変化し、 本発明の化合物の多様性のレベルがより高くなる。環式構造およびヘテロ環の使 用により主鎖の剛性を改変することもできる。 主鎖セグメントはまた薬理学的およびその他の性質を促進する官能基を含むこ とができる。より精巧なユニットは本明細書の範囲内であると考えられる。この 変化性は本分野の現在の状態と比較した場合、ランダム化の項に新しい次元を加 えている。活性化合物が同定され、官能基が活性が最大になるように改良された 場合、次に所望の特性をさらに促進させるために主鎖セグメント改良が試験され る。このことは単に異なった主鎖セグメント前駆体を用いてホスホルアミデート またはホスホロチオアミデートの合成を改変することにより達成できるであろう 。 本発明の別の態様において、官能基はホスホルアミデートまたはホスホロチオ アミデート基およびオリゴマーを占める単量体ユニットの少なくとも一つの主鎖 セグメントの両方に結合されている。フルオレニルメチルカルボニル(fmoc )基と共有結合で結合されている窒素のような保護された反応性部位を有する主 鎖セグメントが上記のように固体支持体へ共有結合で結合される。反応性部位は Fmocに対するピペリジンのDMF溶液のような通常の試薬で脱保護され、結 合剤を用いて”レター”が反応性部位へ結合される。固体支持体結合主鎖セグメ ント上の保護基が除去され、それに保護された反応性部位を有する主鎖セグメン トへ共有結合で結合されたHホスホネートまたはホスホロジアミダイトが上記の ように共有結合で結合される。 上記のようなホスホルアミダイトの処理によりHホスホノチオエートが得られ るであろう。HホスホネートまたはHホスホノチオエートをアミン”レター”の 存在下で酸化するとホスホロチオアミデートまたはホスホルアミデートが得られ る。反応性部位をFmocに対するピペリジンのDMF溶液のような適当な試薬 で脱保護し、結合剤を用いて”レター”が反応性部位へ結合される。保護された 反応性部位を有する主鎖セグメントへ共有結合で結合されたHホスホネートまた はホスホロジアミダイトを、レターの結合を介して脱保護反応性部位へ付加する 過程を繰り返すと、所望の長さおよび主鎖セグメント、アミン官能基、主鎖官能 基および結合の型(例えばホスホルアミデートまたはホスホロチオアミデート) の配列のオリゴマー化合物の合成が達成されるであろう。得られたオリゴマー化 合物は標準条件(例えば水酸化アンモニウム)を用いて固体支持体から切断され る。希酸による脱トリチル化により最終オリゴマー化合物が得られるであろう。 前述の方法により均一またはランダム化された主鎖セグメント、主鎖レター、 アミンレターおよび結合型を有する本発明のオリゴマー構造を製造することが当 業者には可能である。本発明の一つの態様において、実質的にすべての主鎖ヤグ メント、主鎖レター、アミンレターおよび結合型は単量体ユニットの適切な部分 のためのシントンのプールからランダム化されたものである。本発明のさらに別 の態様において、構造Iの単量体ユニットからなるオリゴマー化合物は主鎖セグ メント、主鎖レター、アミンレターおよび結合型の前もって決定された配列を有 するように製造される。本発明の別の態様において、主鎖セグメント、主鎖レタ ー、アミンレターおよび結合型の少なくとも一つが固定して保たれ、一方残りの 主鎖セグメント、主鎖レター、アミンレターおよび結合型はランダム化されてい る。 官能基を有するオリゴマーユニットは以下の実施例に記載された方法により製 造される。必要な場合、反応性官能基は保護基により適切に保護される。保護基 はオリゴマー化合物の合成が完了したら除去される。通常、塩基不安定性保護基 が使用され、オリゴマーが樹脂から取り除かれるときに切断される。 実施例1 2−O−(ジメトキシトリチル)エタノール エチレングリコール(2.45ml,44mmol)の乾燥ピリジン(25m l)溶液を氷浴で0℃に冷却した。過剰のトリエチルアミン(7ml)および4 −ジメチルアミノピリジン触媒(120mg,1mmol)を加え、続いて30 分以上かけて塩化ジメトキシトリチル(7.42g,21.9mmol)を徐々 に加えた。混合物は0℃で1時間、次に室温で1時間撹拌した。得られた溶液は メタノールで反応を停止させ、減圧下蒸発乾固した。残渣は飽和NaHCO3に 溶解し、EtOAcで抽出した。EtOAc抽出物は冷飽和炭酸水素ナトリウム および食塩水で洗浄した。有機相を分離し、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過して 減圧下蒸発させた。得られた残渣は酢酸エチルーヘキサン(10から20%への 濃度勾配)を用いるシリカゲルでのフラッシュカラムクロマトグラフィーにより 精製した。表記化合物が単離され、5.53g(70%)が得られた。1H N MR:(CDCl3)δ 7.50−7.20,6.90−6.80(m,13 H,ArH),3.80(s,6H,OCH3),3.75(t,2H,CH2O H),3.25(t,2H,DMTOCH2)。 実施例2 2−O−(ジメトキシトリチル)エトキシホスホン酸 イミダゾール(4.29g,63mmol)の乾燥アセトニトリル(100m l)溶液に0℃でPCl3(1.77ml,20.3mmol)を30分以上か けて滴加した。得られた溶液はさらにトリエチルアミン(9.06ml,65m mol)で処理する。濃厚なスラリーに2−O−(ジメトキシトリチル)エタノ ール(2.10g,5.81mmol)の無水アセトニトリル(150ml)溶 液を30分以上かけて徐々に加えた。混合物は放置して室温まで暖め、15分間 撹拌した。1M TEABで混合物の反応を停止させ、混合物を真空下、最少容 量にまで蒸発させてジクロロメタンで抽出した(2x150ml)。ジクロロメ タン抽出物はTEABで洗浄し、真空下蒸発させた。残渣はジクロロメタン/1 %トリエチルアミン中0%から5%メタノールの濃度勾配を用いるシリカゲルで のフラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製すると、1.3gの純粋な物 質が得られた(43%)。1H NMR:(CDCl3)δ 7.50−7.20 ,6.90−6.80(m,13H,ArH),6.96(d,1H,JPH=6 24Hz,PH),4.06(m,2H,CH2OP),3.80(s,6H, OCH3),3.25(t,2H,DMTOCH2),3.05(q,6H,N( CH2CH33),1.25(t,9H,N(CH2CH33)。31P NMR: (CDCl3)5.89。 実施例3 2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシネート半エステルの合成 2−O−(ジメトキシトリチル)エタノール(1.0g,2.77mmol) 、トリエチルアミン(0.4ml,3mmol)および4−ジメチルアミノピリ ジン触媒(120mg,1mmol)の乾燥ジクロロメタン溶液に無水コハク酸 (410mg,0.41mmol)を加えた。混合物は50℃に1.5時間加熱 した後室温まで冷却した。混合物は室温に16時間保たれた。混合物を濾過し、 次に濾液をクロロホルム−メタノール−トリエチルアミンを用いるシリカゲルフ ラッシュカラムクロマトグラフィーで精製すると表記化合物をトリエチルアンモ ニウム塩として得た。1H NMR:(CDCl3)δ7.50−7.20,6. 90−6.80(m,13H,ArH),4.26(t,2H,CH2OCO) ,3.80(s,6H,OCH3),3.25(t,2H,DMTOCH2),3 .05(q,6H,N(CH2CH33),2.70(m,4H,OOCCH2C H2COO),1.25(t,9H,N(CH2CH33)。 実施例4 2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシネート半エステルによるLCAA CPGの誘導体化 2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシネート半エステルのトリエチル アンモニウム塩(135mg)をジクロロメタン(5ml)に溶解した。4−ジ メチルアミノビリジン触媒(40mg,0.2mmol)、続いてトルエン ジ イソシアネート(.029ml,0.2mmol)を加えた。長鎖アルキルアミ ン制御細孔ガラス(LCAA CPG)(1.0g)を加え、混合物は遮光して 16時間振とうした。混合物を濾過し、ジクロロメタン続いてジエチルエーテル で洗浄した(各々3x10ml)。CPGは16時間、ピリジン/水(4:1) 中で振とうし、濾過してピリジン(5x5ml)で洗浄した。乾燥CPGの試料 10mgを3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液で処理した。トリチルイオ ンの存在は誘導体化を定量的に実証している。ジメトキシトリチル陽イオンの吸 光度を測定することにより誘導体化は30μmol/gであることが測定された 。 実施例5 実施例4の誘導体化CPGへの2−O−(ジメトキシトリチル)エトキシ−ホス ホン酸の連続的結合によるオリゴマー合成 実施例4の誘導体化樹脂のジメトキシトリチル保護基を2%ジクロロ酢酸で処 理することにより除去し、乾燥アセトニトリルで洗浄した。次に樹脂をアセトニ トリル−ピリジン(4:1)で洗浄し、続いて20−30当量の2−O−(ジメ トキシトリチル)エトキシ−ホスホン酸および20−30当量のアダマンタンカ ルボニルクロライドのアセトニトリル−ピリジン溶液で同時に処理した。混合物 は合成容器中で試薬を循環させることにより10−15分間混合した。CPGは 次にアセトニトリル−ピリジンで簡単に洗浄し、すべての未反応ヒドロキシル基 を蓋するためにジイソプロピルホスファイト アダマンタンカルボニルクロライ ドで処理した。最後に、CPGをアセトニトリル−ピリジン、続いてアセトニト リルで洗浄した。結合効率の評価は、オリゴマーをアセトニトリル中ジクロロ酢 酸で処理し、続いてその一部の吸光度を498nmで測定することにより求めた 。 CPGは2%ジクロロ酢酸のアセトニトリル溶液で処理し、乾燥アセトニトリ ルで洗浄した。次にCPGをアセトニトリル−ピリジン(4:1)で洗浄し、続 いて20−30当量の2−O−(ジメトキシトリチル)エトキシ−ホスホン酸お よび20−30当量のアダマンタンカルボニルクロライドのアセトニトリル−ピ リジン溶液で同時に処理した。混合物は合成容器中で試薬を循環させることによ り10−15分間混合した。CPGは次にアセトニトリル−ピリジンで簡単に洗 浄し、ジイソプロピルホスファイト アダマンタンカルボニルクロライドで処理 した。最後に、CPGをアセトニトリル−ピリジン、続いてアセトニトリルで洗 浄すると誘導体化CPGが得られた。第二の結合効率の評価は前記のように行わ れるであろう。n回上記の方法を繰り返すと、n+1の主鎖セグメントおよび上 記のようにスクシネート基によりLCAA樹脂に繋がれたnのH−ホスホネート 結合を有するオリゴマーが得られるであろう。 実施例6 10−O−(ジメトキシトリチル)−1−デカノールの合成 過剰のトリエチルアミンを含むデカン−1,10−ジオールの乾燥ピリジン溶 液に6時間以上かけて1当量の塩化ジメトキシトリチルを添加した。得られた溶 液は減圧下蒸発乾固させ、残渣を塩化メチレンに再溶解し、冷飽和炭酸水素ナト リウム、水および食塩水で洗浄した。有機相を分離して硫酸ナトリウムで乾燥し 、濾過後再び減圧下蒸発させた。得られた残渣は酢酸エチル−ヘキサンを用いる シリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィーを行うと純粋な生成物が単離され る。H−NMRにより確認するとDMT基(マルチプレット、8.0−7.0p pm)、デカン基(マルチプレット、1.2−4.0ppm)およびアルコール (可変)のシグナルが得られた。 実施例7 10−O−(ジメトキシトリチル)デシルオキシ−ホスホン酸の合成 3当量のイミダゾールの乾燥アセトニトリル溶液に1当量のPCl3を30分 以上かけて滴加する。得られた溶液にさらに過剰のトリエチルアミンを加えて反 応を完全にする。1時間後、混合物に1当量の10−O−(ジメトキシトリチル )デカン−1,10−ジオールの乾燥アセトニトリル溶液を加え、混合物は室温 でさらに1時間撹拌した。この混合物を過剰の炭酸水素トリエチルアンモニウム 溶液(pH8)で処理すると表記化合物が得られた。本化合物は炭酸水素溶液を 酢酸エチルで繰り返し抽出することにより精製される。抽出物をプールし、炭酸 水素ナトリウムで乾燥させ、減圧下溶媒を蒸発させると化合物が得られ、それは さらに精製することなくそのままで使用される。31P NMR(ダブレット、6 p pm、JP-H=600Hz)および1H NMRによる確認によりDMTおよび1 0−O−(ジメトキシトリチル)デカンジオールのデカン基のシグナルおよびト リエチルアンモニウム基(ダブレット、トリプレット、3.2−2.2ppm) のシグナルが得られた。 実施例8 10−O−(ジメトキシトリチル)デシルスクシネート半エステルの合成 10−O−(ジメトキシトリチル)デカン−1,10−ジオールの乾燥ジクロ ロメタン溶液に1当量の無水コハク酸、過剰のトリエチルアミンおよび5モル% の4−ジメチルアミノピリジン触媒を加えた。混合物は無水条件下一夜撹拌した 後、ジクロロメタンで希釈した。この溶液は冷飽和炭酸水素ナトリウムおよび食 塩水で洗浄した。次に溶液を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過後減圧下で蒸発 乾固させた。得られた固形物は酢酸エチル−メタノール−トリエチルアミンを用 いるシリカゲルフラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製すると表記化合 物をトリエチルアンモニウム塩として得た。遊離酸はこの物質を水を含むメタノ ールと繰り返し共沸させることにより得られる。1H NMRによる確認により DMTおよび10−O−(ジメトキシトリチル)デカン−1,10−ジオールの デカン基のシグナルおよびクエン酸基(二つの非常に近接したダブレットのダブ レット、2.5−3.0ppm)のシグナルが得られた。 実施例9 10−O−(ジメトキシトリチル)デシルスクシネート半エステルによるLCA A CPGの誘導体化 市販品として得られた長鎖アルキルアミン基で誘導体化した制御細孔ガラス( LCAA CPG)の試料を乾燥アセトニトリルに懸濁する。別の乾燥容器にて 、10−O−(ジメトキシトリチル)デシルスクシネート半エステルを2当量の ペンタフルオロフェノール、過剰のトリエチルアミンおよび2当量のジシクロヘ キシル カルボジイミドで処理する。活性化10−O−(ジメトキシトリチル) デシルスクシネート半エステルを含む混合物はアルゴン下で1時間撹拌した後、 無水条件を保ちながらCPGの懸濁液に加える。混合物は6時間穏やかに振とう し、上澄み液を分離してさらに2回この過程を繰り返す。各々の処理に使用され た10−O−(ジメトキシトリチル)デシルスクシネート半エステルの量はLC AA CPGのグラム当たりの利用可能なアミン基の濃度に基づいており、一般 的に25−40ミリモル/グラムであることが観察された。CPGは次に無水酢 酸の希薄ピリジン溶液で1時間処理してすべての未反応アミン官能性を塞ぎ、数 回アセトニトリルで洗浄した。このCPGの誘導体化の程度は、正確に秤量した 生成CPGの試料を2%のジクロロ酢酸を含むアセトニトリルで処理し、上澄み 液の一部の吸光度を498nmで測定することにより決定された。 実施例10 誘導体化CPGへの10−O−(ジメトキシトリチル)デシル−ホスホン酸の連 続的結合によるオリゴマー合成 実施例9の誘導体化CPGのジメトキシトリチル保護基を2%ジクロロ酢酸で 処理することにより除去し、乾燥アセトニトリルで洗浄した。CPGをアセトニ トリル−ピリジン(1:1)で洗浄し、続いて10から30当量のトリエチルア ンモニウム塩としての10−O−(ジメトキシトリチル)デシル−ホスホン酸、 20−30当量のアダマンタンカルボニルクロライドのアセトニトリル−ピリジ ン溶液で同時に処理した。CPGは次にアセトニトリル−ピリジンで洗浄し、す べての未反応ヒドロキシル基を塞ぐためにジイソプロピルホスファイト アダマ ンタンカルボニルクロライド(0.2M)で処理した。最後に、CPGをアセト ニトリル−ピリジン(1:1)、続いてアセトニトリルで洗浄した。結合効率の 評価は、CPGをアセトニトリル中ジクロロ酢酸で処理し、続いてその一部の吸 光度を498nmで測定することにより求めた。n回上記の方法を繰り返すと、 n+1のデカンユニットおよびnのH−ホスホネート結合を有するオリゴマーが 得られるであろう。上記のようにオリゴマーはスクシネート基によりLCAA CPGに繋がれる。 実施例11 (N1−チミン)−2−酢酸 ブロモ酢酸メチル(25.5g,15.2ml,160mmol)をK2CO3 (44.2g,320mmol)およびチミン(20.2g,160mmol) の乾燥DMF(500ml)懸濁液に加え、一夜撹拌した。懸濁液を濾過し、溶 媒は減圧下除去した。残渣を120mlのH2Oおよび30mlの4N HCl に懸濁し、30分撹拌した後再び濾過した。固形物を250mlのH2Oに懸濁 し、100mlの2.5M NaOHを加えた。この溶液は加熱して沸騰させ、 冷却して濃HClでpH1の酸性とした。沈殿物を真空下で乾燥させると13. 6gの純生成物(73.6mmol,46%)が得られた。1H NMR:(D MSO−d6,200MHz)δ 7.48(s,1H,H6),4.37(s ,2H,CH2),1.76(s,3H,CH3)。 実施例12 N−4−ベンゾイル−1−シトシン−2−酢酸 シトシン半水和物(12.0g,100mmol)をピリジンと共沸させ、2 50mlの乾燥ピリジンに再懸濁した。塩化ベンゾイル(58ml,70.3g ,500mmol)を滴加した(発熱)。溶液はRTで一夜撹拌し、水(50m l)を注意して加えた。溶媒を蒸発させ、残渣は55gのNaOHを含む700 mlの水に溶解させた。溶液は物質が完全に溶解するまで1時間撹拌した。次に 濃HClを加えてpH4.0とし、白色沈殿を集めて1リットルのEtOH中で 沸騰させ、RTまで冷却して濾過すると16.1gの生成物が得られた(75% )。 N−4−ベンゾイル−1−シトシン(15.0g,69.7mmol)および K2CO3(9.7g,70mmol)のDMF(500ml)懸濁液にブロモ酢 酸メチル(6.6ml,10.7g,70mmol)を加えた。懸濁液は激しく 3日間撹拌した後濾過し、蒸発させた。残渣を水(120ml)および10ml の4N HClで15分間処理し、固形物を濾過して集めた。残渣は120ml の水に再懸濁し、60mlの2N NaOHを加えた。懸濁液はすべての固形物 が溶解するまでRTで45分間撹拌した。濃HClで溶液をpH2n酸性に調整 し、固形物を真空下60℃で乾燥させると11.6gの生成物が得られた(61 %)。 実施例13 (N6−ベンゾイル−9−アデニン)−2−酢酸 アデニン(25.0g,185mmol)のDMF(500ml)懸濁液に水 素化ナトリウム(8.20g,60%油溶液、205mmol)を加えた。撹拌 機を用いて2時間激しく撹拌すると、H2の発生が止み濃厚なスラリーが得られ た。ブロモ酢酸エチル(55.6g,36.9ml,333mmol)3時間以 上かけて滴加し、撹拌をさらに1時間続けた。水(10ml)およびH2SO4を pH4になるまで加えた。溶媒を蒸発させ残渣は500mlのH2Oに懸濁し、 濾過して水で洗浄した。残渣を400mlのEtOHから再結晶すると23.8 g(108mmol,58%)の純粋な生成物が得られた。 (9−アデニリル)−2−酢酸エチルエステル(6.06g,27.4mmo l)の乾燥ピリジン(250ml)懸濁液に塩化ベンゾイル(9.60ml,1 1.6g,82mmol)を加え、溶液を室温で4時間撹拌した。さらにメタノ ール(25ml)を加えて溶媒を蒸発させた。残渣を酢酸エチル(2x250m l)に溶解し、0.1N HCl、H2O、飽和NaHCO3、食塩水で洗浄し、 Na2SO4で乾燥した。有機抽出物を蒸発させ、固形残渣を0℃で250mlの THFに再溶解し、100mlの1M NaOHを加えた。溶液は0℃で1時間 撹拌し、濃HClでpH1の酸性にし、水性部分をエーテルで抽出した。ほとん どすぐに結晶化を始めた生成物を濾過して集めると、4.96g(61%)の生 成物が得られた。1H NMR:(DMSO−d6,200MHz)δ 8.8 6,8.84(d,H2,H8),8.1(d,2H,J=7.0Hz,ArH ),7.69−7.58(m,3H,Ar−H),5.22(s,2H,CH2 )。 実施例14 N−2−イソブチロイル−9−グアニリル−2−酢酸 2−アミノ−6−クロロプリン(10mmol)およびK2CO3(15mmo l)のDMF(25ml)懸濁液にブロモ酢酸エチル(10mmol)を加えた 。 混合物は24時間激しく撹拌し、濾過して溶媒を蒸発させた。残渣を25mlの ピリジンに再懸濁し、塩化イソブチロイル(20mmol)を加えた。18時間 撹拌後、水を加えて溶媒を除去した。残渣を1N HClに懸濁し、1時間加熱 還流した。懸濁液は次に0℃に冷却し、pH12までNaOHを加え1時間撹拌 した。溶液は次にpH3の酸性とし、生成物を濾過により集めた。 実施例15 2−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジオール 2−アミノール−1,3−プロパンジオール(3.48g,38.2mmol )およびNaHCO3(8.00g,95.2mmol)を150mlのH2O/ ジオキサン(1:1)に懸濁させた。フルオレニルメチル クロロホルメート( 11.4g,44.0mmol)のトルエン(25ml)を滴加する。滴加中の 反応液の温度は25℃以下に保たれた。混合物は一夜激しく撹拌した後、50m lの飽和NaHCO3溶液および50mlの水を加えて反応を停止させた。溶液 は100mlのジエチルエーテルで抽出する。水層を濃HClでpH1の酸性と して2回酢酸エチルで抽出し、有機抽出物は食塩水で洗浄する。溶液はMgSO 4で乾燥して濾過し、溶媒を真空下除去する。粗物質はシリカゲルカラムクロマ トグラフィーで精製すると表記化合物が得られる。 実施例16 1−O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジ オール N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジオール(13.79g,44 mmol)の乾燥ピリジン(250ml)溶液を氷浴で0℃に冷却する。過剰の トリエチルアミン(7ml)および4−ジメチルアミノピリジン触媒(120m g,1mmol)を加え、続いて30分以上かけて塩化ジメトキシトリチル(1 4.8g,44mmol)を加えた。混合物は反応が完了するまで0℃で撹拌す る。生じた溶液はメタノールで反応を停止させ、減圧下蒸発乾固させる。残渣は 飽和NaHCO3に溶解してEtOAcで抽出する。EtOAc抽出物は冷飽和 炭 酸水素ナトリウムおよび食塩水で洗浄する。有機層を分離して硫酸ナトリウムで 乾燥し、濾過して減圧下蒸発させた。得られた残渣はシリカゲルによるフラッシ ュカラムクロマトグラフィーにより精製すると表記化合物が得られる。 実施例17 1−O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−3−O−ホスホン酸 −1,3−プロパンジオール イミダゾール(4.29g,63mmol)の乾燥アセトニトリル(300m l)溶液に0℃にて30分以上かけてPCl3(1.77ml,20.3mmo l)を滴加する。得られた溶液はさらにトリエチルアミン(9.06ml,65 mmol)で処理する。濃厚なスラリーに1−O−ジメトキシトリチル−N−F moc−2−アミノ−1,3−プロパンジオール(3.58g,5.81mmo l)の無水アセトニトリル(150ml)溶液を30分以上かけてゆっくりと加 えた。混合物は放置して室温まで暖め、15分間撹拌した。混合物にピリジン/ 水9:1(100ml)を加えて反応を停止させ、真空下混合物を最少容量まで 蒸発させてジクロロメタンで抽出した(2x150ml)。ジクロロメタン抽出 液は水で洗浄し、真空下で蒸発させた。残渣をジクロロメタン/MeOH/ピリ ジンを用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製すると表記化合物 が得られる。 実施例18 1−O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジ オール スクシネート半エステル 1−O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパン ジオールを実施例3の方法により無水コハク酸で処理すると表記化合物が得られ る。 実施例19 1−O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジ オール スクシネート半エステルによるLCAA CPGの誘導体化 実施例4の方法によりLCAA CPGが1−O−ジメトキシトリチル−N− Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジオール スクシネート半エステルに より誘導体化され誘導体化樹脂が得られる。 実施例20 1−O−ジメトキシトリチル−2−アミノ−1,3−プロパンジオール スクシ ネート誘導体化樹脂 1−O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパン ジオール スクシネート誘導体化CPGのFmoc保護基はジメチルホルムアミ ド(DMF)中でピペリジンで処理することにより除去される。CPG結合1− O−ジメトキシトリチル−N−Fmoc−2−アミノ−1,3−プロパンジオー ルはDMF中、2当量のピペリジンで処理される。CPGは次にアセトニトリル /ピリジン1:1で洗浄された後、DMF中2当量のピベリジンで2回目の処理 が行われる。最後に、CPGをアセトニトリル/ピリジン、次にアセトニトリル で洗浄すると脱保護物質が得られる。 実施例21 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−(アセチルチミン)アミノ−1,3−プ ロパンジオール スクシネート誘導体化樹脂 方法A 1−O−ジメトキシトリチル−2−アミノ−1,3−プロパンジオール スク シネート誘導体化樹脂(2.0g,1.0mmo1/gm負荷,1%架橋)をジ クロロメタン(200mL)中で膨潤させ、1−カルボキシメチル チミン(2 .0g,10mmol)、[O−(7−アザベンゾトリアゾール−1−イル)− 1,1,3−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロホスフェート(3.8g ,10mmol)およびトリエチルアミン(2.0g,20mmol)を加えた 。反応混合物は40℃に18時間加熱し、冷却後、樹脂を5回ジクロロメタン( 50mL)次に3回ジエチルエーテル(100mL)で洗浄し、低真空下40℃ で1 8時間乾燥する。遊離流動性樹脂粉末はそのまま使用される。 方法B 1−O−ジメトキシトリチル−2−アミノ−1,3−プロパンジオール スク シネート誘導体化樹脂(2.0g,1.0mmol/gm負荷,1%架橋)をジ クロロメタン(200mL)中で膨潤させ、HOBt(0.1M)、PyBOP (0.1M)、N−メチルモルホリン(0.15M)をDMF溶液として加え、 続いて1−カルボキシメチル チミン(2.0g,10mmol)を加え、2− 3時間または一夜結合反応を進行させた。樹脂は5回ジクロロメタン(50mL )次に3回ジエチルエーテル(100ml)で洗浄し、低真空下40℃で18時 間乾燥する。遊離流動性樹脂粉末はそのまま使用される。 実施例22 n主鎖セグメントの連続的付加および官能化 誘導体化樹脂のジメトキシトリチル保護基を2%ジクロロ酢酸で処理すること により除去し、乾燥アセトニトリルで洗浄した。次に樹脂をアセトニトリル−ピ リジン(4:1)で洗浄し、続いて10当量の1−O−ジメトキシトリチル−N −Fmoc−2−アミノ−3−O−ホスホン酸−1,3−プロパンジオールおよ び30当量のアダマンタンカルボニルクロライドのアセトニトリル−ピリジン溶 液で同時にCPGを処理した。混合物は合成容器中で試薬を循環させることによ り2分間混合した。CPGは次にアセトニトリル−ピリジンで簡単に洗浄し、す べての未反応ヒドロキシル基を蓋するためにジイソプロピルホスファイト アダ マンタンカルボニルクロライドで処理した。CPGはアセトニトリル−ピリジン 、続いてアセトニトリルで洗浄した。得られたホスホン酸ジエステルは四塩化炭 素/ピリジン中、大過剰モルのジエチルアミン(アミンレター)と反応させた。 固体支持体は15分間振とうし、上澄みは濾過して除去する。固体支持体はピリ ジンで洗浄する。四塩化炭素/ピリジン中、大過剰モルのジエチルアミンで2回 目の処理を行い、続いて振とうさせるとホスホルアミデートへの効率的酸化が確 実になるであろう。Fmoc保護基は実施例20の方法により除去される。得ら れた遊離アミン基は実施例21の方法により1−カルボキシメチル チミンで処 理 する。この過程を2回繰り返すと、レターに対応するアセチルチミン基および主 鎖セグメント内の炭素に結合されたアミン基へ共有結合で結合されたテザーを有 する2merが得られる。ホスホルアミデート窒素に結合されている官能基はエ チル基である。この過程をn回繰り返すとn+1主鎖セグメント長の完全に官能 基化されたオリゴマーが得られるであろう。 オリゴマー配列の所望の長さおよびコンフィグレーションの最後の付加が完了 後、固体支持体をピリジン/アセトニトリルで洗浄し、濃水酸化アンモニウムを 用いて室温で3時間処理することにより樹脂からホスホルアミデートを切断する 。上澄み液を蒸発させ、ホスホルアミデートをRP−18 HPLCカラムで精 製すると最終オリゴマーが得られる。 実施例23 N−Fmoc−アスパラギン酸−β−ベンジルエステル 2−アミノアスパラギン酸−β−ベンジルエステル(150mmol)および ジイソプロピルエチルアミン(66.3ml,49.1g,380mmol)を 150mlH2O+300mlジオキサンに懸濁する。フルオレニルメチル ク ロロホルメート(43.25g,1.1当量)のジオキサン(100ml)溶液 を滴加した。滴加の間、反応液の温度は10℃を超えないようにする。混合物は 一夜激しく撹拌し、溶媒のほとんどを真空下除去する。水および飽和炭酸水素塩 溶液を加え(各々250ml)、溶液を250mlのジエチルエーテルで抽出し 、その液は廃棄する。水層は濃HClでpH1の酸性とし、2回酢酸エチルで抽 出して(2x300ml)有機抽出液は食塩水で洗浄する。溶液はMgSO4で 乾燥し、濾過後、真空下で溶媒を除去すると表記化合物が得られる。 実施例24 4−ヒドロキシ−2−N−Fmoc−アミノブタン酸 2−N−Fmoc−アスパラギン酸−β−ベンジルエステル(10mmol) を乾燥THF(100ml)に溶解し、0℃に冷却して水素化ホウ素リチウム( 15mmol)を加えた。溶液は0℃で撹拌し、その後出発物質が完全に消失 するまで室温で撹拌する。過剰の酢酸エチルを加え、溶液を0.1Mクエン酸溶 液、食塩水で洗浄しMgSO4で乾燥する。粗物質はフラッシュクロマトグラフ ィーにより精製すると表記化合物が得られる。 実施例25 4−O−ジメトキシトリチル-2−N−Fmoc−アミノブタン酸 4−ヒドロキシ−2−N−Fmoc−アミノブタン酸(30mmol)を乾燥 ピリジン(2x50ml)と共沸し、200mlの乾燥ピリジンに再溶解して氷 浴で冷却した。塩化ジメトキシトリチル(22.0g,65mmol)を30分 以上かけて少しづつ加え、その溶液はRTで一夜撹拌した。次に水(10ml) を加え、トリチルエステルが完全に加水分解されるまで溶液を撹拌した。減圧下 溶媒を除去する。残渣をCH2Cl2(300ml)に溶解し、150mlの0. 1Mクエン酸溶液、150mlの飽和NaHCO3、食塩水で洗浄し、MgSO4 で乾燥して蒸発させる。残渣はフラッシュクロマトグラフィーにより精製する。 実施例26 4−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−アミノブタン−1−オール 4−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−アミノブタン酸(140m mol)のTHF(500ml)溶液を撹拌し、RTでボラン−メチルスルフィ ド(290ml,21.8g,27.3ml)を滴加した。反応が完了するまで 撹拌が続けられる。メタノールを注意して加え(激しいH2発生)、得られた溶 液はさらに15分撹拌する。溶媒を減圧下で蒸発させ、得られたゴム状物は2x 300mlMeOHと共沸する。生成物はフラッシュクロマトグラフィーにより 精製する。 実施例27 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノ−4−O−ホスホ ン酸−1,4−ブタンジオール 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノブタン−1−オ ールを実施例17の方法により処理すると表記化合物が得られる。 実施例28 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノブタン−1−オー ル−コハク酸半エステル 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノブタン−1−オ ールを実施例18の方法により処理すると表記化合物が得られる。 実施例29 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノ−4−ホスホン酸 −1,4−ブタンジオール−コハク酸半エステルによるLCAA CPGの1− 誘導体化 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノブタン−1−オ ール−コハク酸半エステルを実施例19の方法に従って処理すると誘導体化樹脂 が得られる。 実施例30 1−O−ジメトキシトリチル−2−アミノ−4−ホスホン酸−1,4−ブタンジ オール誘導体化樹脂 実施例29の誘導体化樹脂を実施例20の方法により処理するとFmoc保護 基が除去されて表記化合物が結合された樹脂が得られる。 実施例31 1−O−ジメトキシトリチル−2−(2−N−アヤチルチミン)−アミノ−4− ホスホン酸−1,4−ブタンジオール誘導体化樹脂 実施例30の誘導体化樹脂を実施例21の方法によりN−1−チミン−2−酢 酸で処理すると表記化合物が結合された樹脂が得られる。 実施例32 2−アミノ−1,4−ブタンジオール主鎖セグメントを有する3−merの合成 実施例22の方法により1−O−ジメトキシトリチル−2−(2−N−アセチ ルチミン)−アミノ−4−ホスホン酸−1,4−ブタンジオール誘導体化樹脂を 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノ−4−ホスホン酸 −1,4−ブタンジオール、モルホリンおよびN−1−チミン酢酸で処理すると ホスホルアミデート置換基としてアミノ基およびモルホリン基に結合された2− N−アセチルチミンを有する3merが得られる。 実施例33 4−(N−Fmoc)−アミノ−グルタミン酸−γ−メチルエステル グルタミン酸−γ−メチルエステル(150mmol)およびジイソプロピル エチルアミン(66.3ml,49.1g,380mmol)を150mlH2 O+300mlジオキサンに懸濁する。フルオレニルメチル クロロホルメート (43.25g,1.1当量)のジオキサン(100ml)溶液を滴加した。滴 加の間、反応液の温度は10℃を超えないようにする。混合物は一夜激しく撹拌 し、溶媒のほとんどを真空下除去する。水および飽和炭酸水素塩溶液を加え(各 々250ml)、溶液を250mlのジエチルエーテルで抽出し、その液は廃棄 する。水層は濃HClでpH1の酸性とし、2回酢酸エチルで抽出して(2x3 00ml)有機抽出液は食塩水で洗浄する。溶液はMgSO4で乾燥し、濾過後 、真空下で溶媒を除去すると表記化合物が得られる。 実施例34 5−ヒドロキシ−4−N−Fmoc−アミノペンタン酸メチルエステル 4−(N−Fmoc)−アミノ−グルタミン酸−γ−メチルエステル(140 mmol)のTHF(500ml)溶液にボラン−メチルスルファイド(290 mmol,21.8g,27.3ml)をRTで滴加する(3頚フラスコ、スタ ーラー、凝縮器、滴下ロート)。H2の発生が止まったら、激しく撹拌しながら 溶液を加熱環流する。1時間後、白色沈殿が生成する。メタノールを注意して加 え(激しいH2の発生)、得られた溶液はさらに15分環流する。溶液をRTま で冷 却し、溶媒は減圧下で蒸発させ、残ったゴム状物は2x300mlのメタノール と共沸する。生成物はフラッシュクロマトグラフィーにより精製する。 実施例35 5−O−ジメトキシトリチル−4−Fmoc−アミノペンタン酸メチルエステル 5−ヒドロキシ−4−Fmoc−アミノペンタン酸メチルエステル(30mm ol)を乾燥ピリジン(2x50ml)と共沸し、200mlの乾燥ピリジンに 再溶解して氷浴で冷却した。塩化ジメトキシトリチル(11.0g,32.5m mol)を30分以上かけて少しづつ加え、その溶液は0℃で一夜撹拌した。次 にメタノール(10ml)を加え、減圧下溶媒を除去する。得られたゴム状物は トルエン(100ml)に再溶解し、濾過して塩酸ピリジニウムを除去し、再び 乾固する。残渣はCH2Cl2(300ml)に溶解し、150mlの0.1Mク エン酸溶液、150mlの飽和NaHCO3、食塩水で洗浄し、MgSO4で乾燥 して蒸発させる。生成物はフラッシュクロマトグラフィーにより精製する。 実施例36 5−O−ジメトキシトリチル−4−Fmoc−アミノペンタン−1−オール 5−O−ジメトキシトリチル−4−Fmoc−アミノペンタン酸メチルエステ ル(10mmol)を乾燥THF(100ml)に溶解し、0℃に冷却して水素 化ホウ素リチウム(10mmol)を加えた。溶液は0℃で撹拌し、その後出発 物質が完全に消失するまで室温で撹拌する。過剰の酢酸エチルを加え、溶液を0 .1Mクエン酸溶液、食塩水で洗浄しMgSO4で乾燥する。生成物をフラッシ ュクロマトグラフィーにより精製する。 実施例37 5−O−ジメトキシトリチル−4−Fmoc−アミノペンタン−1−オール ホ スホン酸水素塩 イミダゾール(6.81g,100mmol)を400mlの乾燥CH3CN に溶解して0℃に冷却する。三塩化リン(2.62ml,4.12g,30mm o l)、続いてトリエチルアミン(21ml,15.2g,150mmol)を滴 加する。濃厚なスラリーに変わり、それに5−O−ジメトキシトリチル−4−F moc−2−アミノ−1,5−ペンタンジオール(10mmol)のCH3CN (50ml)溶液を15分以上かけて加えた。加え終わったら氷浴を除き、溶液 はRTで30分撹拌する。100mlのピリジン/水(9:1)を加えることに より反応を停止させる。溶媒を除去し、残渣をCH2Cl2で抽出し(3x200 ml)、水で洗浄する。有機相はMgSO4で乾燥して減圧下濃縮する。生成物 は、CH2Cl2+1%ピリジン中のMeOH濃度勾配(1−10%)を用いるフ ラッシュクロマトグラフィーによりさらに精製する。 実施例38 5−O−ジメトキシトリチル−4−N−Fmoc−2−アミノ−1,5−ペンタ ンジオール−コハク酸半エステル 5−O−ジメトキシトリチル−4−N−Fmoc−2−アミノ−1,5−ペン タンジオールを実施例18の方法により処理すると表記化合物が得られる。 実施例39 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノ−5−ホスホン酸 −1,5−ペンタンジオール−コハク酸半エステルによるLCAA CPGの1 −誘導体化 1−O−ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノ−1,5−ペン タンジオール−コハク酸半エステルを実施例19の方法に従って処理すると誘導 体化樹脂が得られる。 実施例40 1−O−ジメトキシトリチル−2−アミノ−4−ホスホン酸−1,5−ペンタン ジオール誘導体化樹脂 実施例28の誘導体化樹脂を実施例20の方法により処理するとFmoc保護 基が除去されて表記化合物が結合された樹脂が得られる。 実施例41 1−O−ジメトキシトリチル−2(フェニルアセチル)−アミノ−5−ホスホン 酸−1,5−ペンタンジオール誘導体化樹脂 実施例29の誘導体化樹脂を実施例21の方法によりフェニル酢酸で処理する と表記化合物が結合された樹脂が得られる。 実施例42 2−アミノ−1,5−ペンタンジオール主鎖セグメントを有する3−merの合 成 実施例22の方法により1−O−ジメトキシトリチル−2(フェニルアセチル )−アミノ−5−ホスホン酸−1,5−ペンタンジオール誘導体化樹脂を1−O −ジメトキシトリチル−2−N−Fmoc−2−アミノ−5−ホスホン酸−1, 5−ペンタンジオール、モルホリンおよびフェニル酢酸で処理するとホスホルア ミデート置換基としてアミノ基およびモルホリン基に結合されたフェニルアセチ ルを有する3merが得られる。 実施例43A ホスホルアミデートにレターを有するオリゴマー化合物のためのH−ホスホネー ト結合におけるレターの酸化的取り込み 方法A:前もって決定されている配列でのレターの取り込み 固体支持体(例えばLCAA CPG)はエチレン主鎖セグメントのための実 施例4またはデシル主鎖セグメントのための実施例9の方法により第一の主鎖セ グメントで誘導体化される。次に、実施例5および10の方法により誘導体化固 体支持体上に所望のホスポン酸モノエステルが縮合される。得られたホスホン酸 ジエステルは大過剰モルの配列の次のアミンレターと反応させる。アミンレター は四塩化炭素/ピリジン溶液として加えられる。オリゴマー構造内の二つの隣接 した同様のレターの付加には、すべてのこれらのレターを支持するための主鎖が 合成されるまで酸化工程を遅らせ、このレターを有するであろうすべてのHホス ホネート部位が同時に酸化される。(ホスホルアミデートまたはホスホロチオア ミデート内へのレターの取り込みの効率を改良するため、結合剤、即ち1−(3 −ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(EDC)また はジシクロヘキシルカルボジイミド(DCC)またはトリフェニルホスフィンが 加えられる。)固体支持体は15分間振とうし、上澄みを濾過して除く。固体支 持体はピリジンで洗浄する。四塩化炭素/ピリジン中で大過剰モルのアミンレタ ーによる2回目の処理を行い続いて振とうするとホスホルアミデートへの効率的 な酸化が確かになる。上記の工程をオリゴマーのすべてのレターが付加されるま で繰り返す。オリゴマー配列の所望の長さおよびコンフィグレーションの最後の 付加が完了後、固体支持体をピリジン/アセトニトリルで洗浄し、濃水酸化アン モニウムを用いて室温で3時間処理することにより樹脂からホスホルアミデート を切断する。上澄み液を蒸発させ、RP−18 HPLCカラムでホスホルアミ デートを精製すると最終オリゴマーが得られる。 方法B:ランダム配列でのレターの取り込み 所望の長さのオリゴマーを合成するために実施例5および10に記載したオリ ゴマー合成法を繰り返す。オリゴマー上のアミンレターをランダム化するため、 上記方法1に記載したようなレター付加法に従うが、ただしランダム化のために 四塩化炭素中のアミンレターおよび適した共溶媒が混合物として添加される(好 適には相対的反応性を規格化されたもの)。アミンレターのこの混合物からのア ミンレターのランダムな分布は、アミンレターの混合物で前に処理し続いて後処 理して精製したオリゴマーをアミンレターを放出させるため10%ギ酸水溶液中 50−70℃で処理することにより実験的に実証できる。個々のアミンレターの 取り込みの実際のパーセントは反応混合物のHPLC分析により決定され、相対 的な個々の速度が計算される。相対的速度が一度決定されたら、さらなる配列の 反復において、これらの速度の相違を反映させるため混合物内のアミンレターの 濃度が調整される。 このランダム化法の変法において、そのすべての部位がランダム化されるべき 5merで酸化は同時に達成される。5mer主鎖は上記のように合成され、レ ターの混合物が添加される。主鎖合成完了後、アミンレターの酸化はすべての5 つの部位上で単一の工程のように達成される。 このランダム化法の別の変法において、第一の主鎖断片の合成完了後、樹脂は 5つの部分に分割され、各々の部分はアミンレターの一つで個々に酸化される。 樹脂の個々の部分は再結合され、主鎖は次のユニットで伸張される。樹脂は次に 再び分割され、個々の部分は各々アミンレターの一つで酸化される。このサイク ルを合成が完了するまで繰り返す。 方法C:固定/ランダム配列でのアミンレターの取り込み 上記1および2を結合させた方法が、オリゴマー構造を合成する時にある部分 を固定し、一方他の部分をランダム化するために使用できる。この方法はさらに SURF結合法と組み合わせて使用される。 実施例43B ホスホロチオアミデートにレターを有するオリゴマー化合物のためのH−ホスホ ノチオエート結合におけるレターの酸化的取り込み レターをホスホロチオアミデートに有する化合物のためのH−ホスホノチオエ ート結合でのレターの酸化的取り込みは以下のことを除き実施例43の方法を使 用して達成される。主鎖セグメントは固体支持体に結合される。主鎖セグメント 上の保護ヒドロキシル基が脱保護され、1993年6月8日に発行された米国特 許第5,218,103号に含まれている方法に従ってトリエチルアミンまたは 他の適当な塩基の存在下ビス(ジイソプロピルアミノ)クロロホスフィンで処理 される。得られた中間体は保護された主鎖セグメントと反応させ、続いて硫化水 素で処理してHホスホノチオエートジエステルを形成させる。上記実施例22に よりアミンレターで酸化的に処理するとホスホロチオアミデートが得られる。上 記実施例43の方法を改良すると、ホスホロチオアミデート結合を有する前もっ て決められた、ランダムな、または混合されたオリゴマー化合物の製造が可能で あろう。 実施例44A レターを有するオリゴマー化合物のためのH−ホスホネート結合におけるレター の酸化的取り込み 方法A:前もって決定されている配列でのレターの取り込み 固体支持体(例えばLCAA CPG)は1−O−ジメトキシトリチル−N− Fmoc−2−アミノ1,3−プロパンジオール主鎖のための実施例19の方法 により第一の主鎖セグメントが誘導体化される。2−アミノ基が脱保護され、実 施例20および21に方法により随意のテザーを有するレターで官能化される。 次に、実施例22の方法により誘導体化固体支持体上に所望のホスホン酸モノエ ステルが縮合される。得られたホスホン酸ジエステルは大過剰モルの配列の次の アミンレターと反応させる。アミンレターは四塩化炭素/ピリジン溶液として加 えられる。(ホスホルアミデート内へのレターの取り込みの効率を改良するため 、結合剤、即ち1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミ ド塩酸塩(EDC)またはジシクロヘキシルカルボジイミド(DCC)またはト リフェニルホスフィンが加えられる。)固体支持体は15分間振とうし、上澄み を濾過して除く。固体支持体はピリジンで洗浄する。四塩化炭素/ピリジン中で 大過剰モルのアミンレターによる2回目の処理を行い続いて振とうするとホスホ ルアミデートへの効率的な酸化が確かになる。固体支持体はピリジン続いてアセ トニトリルで洗浄する。主鎖セグメントの2−アミノ基が脱保護され、実施例2 0および21に方法により随意のテザーを有するレターで官能化される。上記の 工程をオリゴマーのすべてのレターが主鎖セグメントおよびホスホルアミデート 部位に付加されるまで繰り返される。この合成方法においては、すべてのレター は前もって形成されている。オリゴマー配列の所望の長さおよびコンフィグレー ションの最後の付加が完了後、固体支持体をピリジン/アセトニトリルで洗浄し 、濃水酸化アンモニウムを用いて室温で3時間処理することにより樹脂からホス ホルアミデートを切断する。上澄み液を蒸発させ、RP−18 HPLCカラム でホスホルアミデートを精製すると最終オリゴマーが得られる。 方法B:ランダム配列でのレターの取り込み 固体支持体(例えばLCAA CPG)は1−O−ジメトキシトリチル−N− Fmoc−2−アミノ1,3−プロパンジオール主鎖のための実施例19の方法 により第一の主鎖セグメントが誘導体化され、Fmoc保護基は適当な試薬で除 去される。樹脂を5つの部分に分け、各々の部分を別々に実施例20および21 の方法により随意のテザーを有する特定のレターで2−アミノ基で官能化する。 樹脂を合併し、実施例22の方法により誘導体化固体支持体上に所望のホスホン 酸モノエステルを縮合する。樹脂を5つの部分に分け、各々の部分を別々にアミ ンレターの1つで酸化する。個々の樹脂を再び合併して上記のようにFmoc基 を除去し、樹脂は再び5つの部分に分割して各々の部分は方法1の方法により随 意のテザーを有する5つのレターの1つで別々に処理する。このサイクルを合成 が完了するまで繰り返す。 方法C:固定/ランダム配列でのアミンレターの取り込み 上記1および2を結合させた方法が、オリゴマー構造を合成する時にある部分 を固定し、一方他の部分をランダム化するために使用できる。この方法はさらに SURF結合法と組み合わせて使用される。 実施例44B レターをホスホノチオエートおよび主鎖セグメントに有するオリゴマー化合物の ためのH−ホスホノチオエート結合でのレターの酸化的取り込み レターをホスホロチオアミデート結合および主鎖セグメントに有するオリゴマ ー化合物のためのH−ホスホノチオエート結合でのレターの酸化的取り込みは下 記のことを除いて実施例44Aの方法を用いて達成される。主鎖セグメントは固 体支持体上に結合される。保護活性部位を脱保護し、実施例20および21の方 法に従って随意のテザーを有するレターで官能化する。もしこの部分がランダム 化されるべきであるならば実施例44A方法Bのビーズ分割が実施される。主鎖 セグメント上の保護ヒドロキシル基が脱保護され、1993年6月8日に発行さ れた米国特許第5,218,103号に含まれている方法に従ってトリエチルア ミンまたは他の適当な塩基の存在下ビス(ジイソプロピルアミノ)クロロホスフ ィンで処理される。得られた中間体は保護された主鎖セグメントと反応させ、続 いて硫化水素で処理してHホスホノチオエートジエステルを形成させる。上記実 施例44A(方法A、BまたはC)によりアミンレターで酸化的に処理するとホ スホロチオアミデートが得られる。上記実施例44Aの方法を改良すると、ホス ホロチオアミデート結合を有する前もって決められた、ランダムな、または混合 されたオリゴマー化合物の製造が可能であろう。 実施例45 ベンジルアミンホスホルアミデートオリゴマー合成 固体支持体を実施例4のように2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシ ネート半エステルで誘導体化する。実施例5にように誘導体化樹脂上に2−O− (ジメトキシトリチル)エチルーホスホン酸を縮合する。6つの上記ホスホン酸 残基が取り込まれるまで実施例5の方法を繰り返す。得られた6merは実施例 22、方法1を用いて大過剰モルのベンジルアミンと四塩化炭素/ピリジン中で 処理する。固体支持体は15分間振とうして上澄みを濾過し、ピリジンで洗浄す る。四塩化炭素/ピリジン中で大過剰モルのベンジルアミンによる2回目の処理 を行い続いて振とうするとホスホルアミデートへの効率的な酸化が確かになる。 樹脂はピリジン/アセトニトリルで洗浄し、濃水酸化アンモニウムを用いて室温 で3時間処理することにより樹脂からホスホルアミデートを切断する。上澄み液 を蒸発させ、RP−18 HPLCカラムでホスホルアミデートを精製すると最 終オリゴマーが得られる。段階的Hホスホネート結合効率は実施例9に記載した ようにトリチルイオンの吸光度を測定することにより決定する。 実施例46 ランダムレターホスホルアミデートオリゴマー合成 樹脂を実施例4のように2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシネート 半エステルで誘導体化し、実施例5にように誘導体化樹脂上に2−O−(ジメト キシトリチル)エチル−ホスホン酸を縮合する。6つの上記ホスホン酸残基が取 り込まれるまで実施例5の方法を繰り返す。得られた6merは実施例43A、 方法Bを用いて四塩化炭素/ピリジン中、大過剰モルのベンジルアミン、2−( 2−アミノエチル)−1−メチルピロリジンおよびピペロニルアミンの等モル混 合物で処理する。樹脂は15分間振とうして上澄みを濾過し、ピリジンで洗浄す る。四塩化炭素/ピリジン中で大過剰モルのベンジルアミンによる2回目の処理 を行い続いて振とうするとホスホルアミデートへの効率的な酸化が確かになる。 樹脂はピリジン/アセトニトリルで洗浄し、濃水酸化アンモニウムを用いて室温 で3時間処理することにより樹脂からホスホルアミデートを切断する。上澄み液 を蒸発させ、RP−18 HPLCカラムでホスホルアミデートを精製すると最 終オリゴマーが得られる。段階的Hホスホネート結合効率は上記のようにトリチ ルイオンの吸光度を測定することにより決定されるであろう。 実施例47 ランダムレター/固定レターホスホルアミデートオリゴマー合成 樹脂を実施例4のように2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシネート 半エステルで誘導体化し、実施例5にように誘導体化樹脂上に2−O−(ジメト キシトリチル)エチル−ホスホン酸を縮合する。3つの上記ホスホン酸残基が取 り込まれるまで実施例5の方法を繰り返す。得られたトライマーは実施例43A 、方法Bに例示したように四塩化炭素/ピリジン中、大過剰モルのベンジルアミ ン、2−(2−アミノエチル)−1−メチルピロリジンおよびピペロニルアミン の混合物で処理する。樹脂をトリクロロ酢酸で脱トリチル化する。樹脂を実施例 5のように2−O−(ジメトキシトリチル)エチル−ホスホン酸で処理し、実施 例43B、方法Aによりベンジルアミンでさらに処理してオリゴマーの位置4を 固定する。樹脂はピリジン/アセトニトリルで洗浄し、濃水酸化アンモニウムを 用いて室温で3時間処理することにより樹脂からホスホルアミデートを切断する 。上澄み液を蒸発させ、RP−18 HPLCカラムでホスホルアミデートを精 製すると最終ランダム/固定オリゴマーが得られる。結合効率は実施例9のよう にトリチルイオンの吸光度を測定することにより決定される。 実施例48 固定または固定/ランダムレターを有し、さらに非対称テザー長を含むホスホル アミデートオリゴマー化合物の合成 実施例1の方法によりエチレングリコールを塩化ジメトキシトリチルで保護し 、実施例3の方法によりさらに無水コハク酸と反応させる。得られた2−O−( ジメトキシトリチル)エチルスクシネート半エステルを活性化し、実施例4の方 法によりLCAA CPG上に誘導体化する。1,3−プロパンジオールを実施 例1の方法により塩化ジメトキシトリチルで保護し、実施例2の方法によりPC l3と反応させると3−O−(ジメトキシトリチル)プロピル−ホスホン酸が得 られる。3−O−(ジメトキシトリチル)プロピル−ホスホン酸を2−O−(ジ メトキシトリチル)エチルスクシネート誘導体化LCAA CPGと実施例5の 方法により反応させると3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2−O −スクシニル−LCAA−CPG)−エトキシ]−Hホスホネートが得られる。 3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2−O−スクシニル−LCA A−CPG)−エトキシ]−Hホスホネートは次に実施例43Aの方法により( ただし、化合物は樹脂に結合されたままになっている)N−ブチルアミンで処理 すると3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2−O−スクシニル−L CAA−CPG)−エトキシ]−N−ブチル−ホスホルアミデートが得られる。 1,4−ブタンジオールを実施例1の方法により塩化ジメトキシトリチルで保護 し、実施例2の方法によりPCl3と反応させると4−O−(ジメトキシトリチ ル)ブチル−ホスホン酸が得られる。3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキ シ−[2−O−スクシニル−LCAA−CPG)−エトキシ]−N−ブチル−ホ スホルアミデートを脱トリチル化し、実施例5の方法により4−O−(ジメトキ シトリチル)ブチル−ホスホン酸と反応させ、さらに実施例43Aの方法により N−プロピルアミンで処理する。得られたダイマーは実施例43Aの方法を用い て固体支持体から切断し、HPLCにより精製する。得られたオリゴマーダイマ ーは2つのホスホルアミデート窒素が左から右へN−ブタンおよびN−プロパン で置換されている。ホスホルアミデートユニットはプロパン主鎖セグメントによ り分離されており、エチル主鎖セグメントが左におよびブチル主鎖セグメントが 右に隣接している。上記N−プロピルアミンをN−ブチルアミンおよびN−プロ ピル アミンの混合物に変えると、1つの位置がN−ブタンで置換されおよび第2の位 置がN−ブタンおよびN−プロパンの両方でランダムに置換されている2mer が得られる。 実施例49 ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィン−2−O−エチルスクシニル−LCA A−CPG 実施例4からの2−O−(ジメトキシトリチル)エチルスクシネート 半エス テル誘導体化固体支持体を標準法(例えば3%トリクロロ酢酸)を用いて脱トリ チル化し、さらに1993年6月8日付の米国特許第5,218,103号の実 施例IIIによりビス(ジイソプロピルアミノ)クロロホスフィンで処理すると固 体支持体結合ジアミダイトが生成する。 実施例50 2−O−ジメトキシトリチルエトキシ−ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィ ン−2−O−エチルスクシニル−LCAA−CPG 実施例24からのビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィン−2−O−エチル スクシニル−LCAA−CPGは次に米国特許第5,218,103号の実施例 IIIにより実施例1からの2−O−(ジメトキシトリチル)エタノールで処理す ると表記化合物が得られる。 実施例51 2−O−ジメトキシトリチルエトキシ−水素ホスホノチオエート−2−O−エチ ルスクシニル−LCAA−CPG 実施例25からの2−O−ジメトキシトリチルエトキシ−ビス(ジイソプロピ ルアミノ)ホスフィン−2−O−エチルスクシニル−LCAA−CPGを米国特 許第5,218,103号の実施例IIIにより硫化水素およびテトラゾールで処 理すると表記化合物が得られる。 実施例52 2−O−ジメトキシトリチルエトキシ−N−ブチルホスホロチオアミデート−2 −O−エチルスクシニル−LCAA−CPG 実施例26からの2−O−ジメトキシトリチルエトキシ−水素ホスホノチオエ ート−2−O−エチルスクシニル−LCAA−CPGを米国特許第5,218, 103号の実施例VIを利用し選択されたアミンレター(例えばN−ブチルアミン )存在下でI2で酸化すると表記化合物が得られる。 実施例53 水素ホスホノチオエートへのレターの酸化的取り込み(レターのランダム配列) 一般法 実施例1の方法によりエチレングリコールを塩化ジメトキシトリチルで保護し 、実施例3の方法によりさらに無水コハク酸と反応させる。得られた2−O−( ジメトキシトリチル)エチルスクシネート半エステルを活性化し、実施例4の方 法によりLCAA CPG上に誘導体化する。実施例16の方法によりビス(ジ イソプロピルアミノ)クロロホスフィンで処理すると固体支持体結合エトキシ− ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィンが得られる。固体支持体結合エトキシ −ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィンを実施例1の方法により製造された 3−O−(ジメトキシトリチル)プロパノールと反応させると3−O−(ジメト キシトリチル)プロポキシ−[(2−O−スクシニル−LCAA−CPG)−エ トキシ]−ジイソプロピルアミノホスホルアミダイトが得られる。3−O−(ジ メトキシトリチル)プロポキシ−[(2−O−スクシニル−LCAA−CPG) −エトキシ]−ジイソプロピルアミノホスホルアミダイトを実施例43Bの方法 により硫化水素で処理すると3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[( 2−O−スクシニル−LCAA−CPG)−エトキシ]−ジイソプロピルアミノ H ホスホノチオエートが得られる。 3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2−O−スクシニル−LCA A−CPG)−エトキシ]ジイソプロピルアミノ H ホスホノチオエートは実 施例43Aの方法によりN−ブチルアミンおよびN−プロピルアミンの等モル混 合物で処理すると3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ/ブトキシ−[2 −O−スクシニル−LCAA−CPG)−エトキシ]−N−(N−ブチル)−ホ スホロチオアミデートが得られる。1,4−ブタンジオールを実施例1の方法に より塩化ジメトキシトリチルで保護し、さらに実施例43Bの方法によりビス( ジイソプロピルアミノ)クロロホスフィンと反応させると4−O−(ジメトキシ トリチル)ブトキシ−ビス(ジイソプロピルアミノ)−ホスフィンが得られる。 3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2−O−スクシニル−LCAA −CPG)−エトキシ]−N−(N−ブチル)−ホスホロチオアミデートは実施 例5の方法により脱トリチル化し、さらに4−O−(ジメトキシトリチル)ブト キシ−ビス(ジイソプロピルアミノ)−ホスフィンと反応させる。実施例43B の方法に従って硫化水素で処理すると一置換ダイマーが得られる。一置換ダイマ ーを実施例43Aの方法によりN−ブチルアミンおよびN−プロピルアミンの等 モル混合物で処理すると二置換/ランダム化2merが得られる。これは実施例 20の方法に従って処理すると固体支持体からオリゴマー化合物が切断される。 それはさらにHPLCにより精製される。得られたオリゴマーダイマーは二つの ホスホロチオアミデート窒素が等モルランダム分布のN−ブタンおよびN−プロ パンにより置換されている。 実施例54 固定または固定/ランダムレターを有しおよび対称的テザー長を含むホスホロチ オアミデートオリゴマー化合物 実施例1の方法によりエチレングリコールを塩化ジメトキシトリチルで保護し 、実施例3の方法によりさらに無水コハク酸と反応させる。得られた2−O−( ジメトキシトリチル)エチルスクシネート半エステルを活性化し、実施例4の方 法によりLCAA CPG上に誘導体化する。実施例43Bの方法によりビス( ジイソプロピルアミノ)クロロホスフィンで処理すると固体支持体結合エトキシ −ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィンが得られる。固体支持体結合エトキ シ−ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィンを実施例1の方法により製造した 3−O−(ジメトキシトリチル)プロパノールと反応させると3−O−(ジメト キ シトリチル)プロポキシ−[(2−O−セコナール−LCAA−CPG)−エト キシ]−ジイソプロピルアミノホスホルアミダイトが得られる。3−O−(ジメ トキシトリチル)プロポキシ−[(2−O−スクシニル−LCAA−CPG)− エトキシ]−ジイソプロピルアミノホスホルアミダイトを実施例43Bの方法に より硫化水素で処理すると3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[(2 −O−ヤコナール−LCAA−CPG)−エトキシ]−ジイソプロピルアミノ H ホスホノチオエートが得られる。 3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2−O−スクシニル−LCA A−CPG)−エトキシ]ジイソプロビルアミノ H ホスホノチオエートは実 施例43Aの方法によりN−ブチルアミンで処理すると3−O−(ジメトキシト リチル)プロポキシ−[2−O−セコナール−LCAA−CPG)−エトキシ] −N−(N−ブチル)−ホスホロチオアミデートが得られる。1,4−ブタンジ オールを実施例1の方法により塩化ジメトキシトリチルで保護し、さらに実施例 43Bの方法によりビス(ジイソプロピルアミノ)クロロホスフィンと反応させ ると4−O−(ジメトキシトリチル)ブトキシ−ビス(ジイソプロピルアミノ) −ホスフィンが得られる。3−O−(ジメトキシトリチル)プロポキシ−[2− O−スクシニル−LCAA−CPG)−エトキシ]−N−(N−ブチル)−ホス ホロチオアミデートは実施例5の方法により脱トリチル化し、さらに4−O−( ジメトキシトリチル)ブトキシ−ビス(ジイソプロピルアミノ)−ホスフィンと 反応させる。実施例43Bの方法に従って硫化水素で処理すると一置換2mer が得られる。 一置換2merを実施例43Aの方法によりN−ブチルアミンで処理すると二 置換2merが得られる。実施例43Aの方法を利用し固体支持体からオリゴマ ー化合物が切断され、HPLCにより精製される。得られたオリゴマー2mer は二つのホスホロチオアミデート窒素が左から右へN−ブタンおよびN−プロパ ンにより置換されている。ホスホルアミデートユニットはプロパン主鎖セグメン トにより離されており、左はエチル主鎖セグメントおよび右はブチル主鎖セグメ ントが隣接している。上記N−プロピルアミンをN−ブチルアミンおよびN−プ ロピルアミンの混合物で置換すると位置1がN−ブタンで置換されおよび位置2 がN−ブタンおよびN−プロパンの両方でランダムに置換されている2merが 得られる。 実施例55 キメラオリゴマー構造 15merホスホロチオエート−ホスホルアミデート−ホスホロチオエートキ メラ化合物が自動化DNA合成機(Applied Biosystems モ デル380B)により、市販品として入手可能なオリゴヌクレオチド試薬および 本発明の化合物から標準ホスホルアミダイトおよびホスホロチオエート化学(O ligonucleotide Synthesis,A Practical Approach,M.J.Gait.,ed.,Oxford Unive rsity Press,New York,1990)を利用して合成される 。キメラ化合物は標準の3’から5’方向で合成された(3’が固体支持体に結 合されている)。オリゴマーのホスホロチオエート部分を発生させるためのホス ファイト結合の段階的チオ化は3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン 1 ,1−ジオキシドの0.2Mアセトニトリル溶液を用いて達成される。5mer オリゴヌクレオチドホスホロチオエートは標準固相化学を用いて合成され、固体 支持体に結合されたオリゴヌクレオチド配列TTTTTが得られる。5merは さらに実施例5の方法により2−O−ジメトキシトリチル−エチル−ホスホン酸 (実施例2)と反応させる。6番目にある得られたHホスホネートを実施例43 の方法によりベンジルアミンで酸化する。7位から10位は2−O−ジメトキシ トリチル−エチル−ホスホン酸とのカップリング、続いてのベンジルアミン存在 下での酸化による段階的様式で同様に置換される。末端ホスホルアミデートへ結 合された末端主鎖セグメントのジメトキシトリチル基は実施例5のような標準法 を用いて除去し、残りの5ヌクレオチドは上記標準法を用いて取り込まれた。固 体支持体から15merを切断し、15位のDMT基を脱保護すると15mer が得られる。 実施例56 PLA2アッセイ オリゴマーライブラリーは基質として3H−オレイン酸標識大腸菌(Fran son,et al.,J.Lipid Res.1974,15,380;お よびDavidson,et al.,J.Biol.Chem.1987,2 62,1698参照)を用いるアッセイでPLA2の阻害でスクリーニングされ る。バキュロウイルス系で発現され、部分的に精製されたタイプIIPLA2(最 初は滑液から単離された)が酵素源である。各々のオリゴマープールが水に連続 的に希釈される:各々のオリゴマーの10μlが10μlのPLA2、20μl の5xPLA2緩衝液(500mMトリス、7.0−7.5、5mM CaCl2 )および50μlの水と混合され室温で5分間インキュベートされた。各々のオ リゴマー試料は二重に試験される。この時点で10μlの3H大腸菌細胞が添加 される。この混合物は37℃で15分間インキュベートされた。 酵素反応は50μlの2M HClおよび50μlの脂肪酸を含まないBSA (20mg/ml PBS)を添加して停止させ、5秒間ボルテックスを行い5 分間高速で遠心分離する。各々の上澄みの165μlを6mlのシンチラント( ScintiVerse)を含むシンチレーションバイアル内へ入れ、Beck man 液体シンチレーションカウンターでcpmを測定する。対照としてオリ ゴマーなしの反応が、他の反応ならびにオリゴならびにPLA2を含まないベー スライン反応と並んで行われる。 実施例57 アッセイの確認 実施例56のPLA2試験系がグアノシンヌクレオチドの一つまたはそれ以上 の列を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチド(少なくとも列当たり3) を用いて確認された。これらのオリゴヌクレオチドのライブラリーはSURFス クリーニング法を用いてデコンボリュートされ、およびPLA2酵素に阻害効果 を有することが示された。いくらかの配列特異性でホスホロチオエートオリゴヌ クレオチドがPLA2を阻害することが解ったので、四つの天然の塩基を含む8 ヌクレオチドホスホロチオエートのライブラリーを用いて、SURFスクリーン として の適性についてアッセイ系が試験された。このライブラリーは他の系で使用する ために合成されており、すべてのサブセットはもはや利用可能ではない(下記、 表IIIにおいてダッシュで示されている)。SURF法を用い、ホスホロチオエ ートオリゴヌクレオチドによるPLA2活性の阻害にグアノシンの列が必要であ ることが確認された(下記、表III)。 アッセイはオリゴマーのサブセット間を区別するのに十分感度がよくおよび正 確であり阻害配列が選択できた。選択の最初の三つのラウンドの各々において、 最も活性なサブセットは容易に決定された。5ラウンド以降、少なくとも列に5 つのGを有するサブセットの活性はほとんど差がなく、末端の位置は阻害活性に は決定的ではないことを示唆している。より多くの位置が固定されるにつれ”勝 者”のIC50は良くなる(酵素活性が減少する)。アッセイの再現性の試験とし て単一配列(TTGGGGTT)の8ヌクレオチドホスホロチオエートオリゴヌ クレオチドが試験の各々のラウンドでアッセイされた。このオリゴヌクレオチド はアッセイの正確さの内部対照として働いた;各々のアッセイにおいてIC50は 8μMであった。 実施例58 PLA2に対するホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー 化合物のライブラリーのアッセイ ホスホルアミデートオリゴマー化合物を含む第一のライブラリー、およびホス ホロチオアミデートを含む第二のライブラリーがタイプIIPLA2の阻害剤同定 のためのPLA2アッセイで試験された。オリゴマーが基質よりは酵素に結合し ていることおよび選択されたオリゴマーの阻害がタイプIIPLA2に特異的であ ることを確認するために”勝者”の確認が行われた。基質として14C−ホスファ チジルエタノールアミン(14C−PE)(大腸菌膜ではなく)を用いるアッセイ は、基質ではなく酵素特異的であることを保証するために使用される。14C−P Eおよびデオキシコレートのミセルが酵素およびオリゴマーとインキュベートさ れる。 PLA2−触媒加水分解の結果として放出される14C−標識アラキドン酸は薄 層クロマトグラフィーにより基質から分離され、放射活性生成物が定量される。 ”勝者”はその活性を確認するためにホスファチジルエタノールアミン(ヒトタ イプIIPLA2の好適な基質)と比較される。他起源のPLA2(蛇毒、膵臓、蜂 毒)およびホスホリパーゼC、ホスホリパーゼDおよびリゾホスホリパーゼは阻 害がヒトタイプIIPLA2に対して特異的であることをさらに確認するために使 用でき る。 実施例59 生物試料中の特異的mRNAの検出のためのハイブリダイゼーションプローブ 他の細胞成分からmRNAを精製する必要なしに生物試料中の多くの種類のm RNAを確かに、迅速に、同時に定量するために、適した生物試料(すなわち、 血液運搬ウイルス、大便中の細菌病原体生成物、尿などの生物試料)から問題と するmRNAが標準微生物学的技術を用いて同定される。このmRNAの核酸配 列に相補的な”核塩基”官能基(アデニン、グアニン、チミンおよびシトシン) を有する本発明のオリゴマー化合物が上記実施例に従って製造される。オリゴマ ー化合物は、Pon,R.T.,Protocols for Oligonu cleotides and Analogs ,Agral,S.,Ed.,H umana Press,Totowa,NJ,1993,p465−496の 方法を利用して不溶性CPG固体支持体上に固定化される。 検査中の生物試料の既知の一部を、mRNAをオリゴマーへ一度にハイブリダ イズするのに十分なオリゴマーを有する不溶性CPG支持体とインキュベートし 、それによりmRNAをオリゴマーを通して固体支持体へ結合させる。これによ り、試料中に存在するmRNAをCPG支持体へ固定化する。他の非固定化物質 および成分は次に生物試料での使用に適した洗浄媒質でCPGから洗い流される 。生物試料中に存在するmRNAの量を示すため、支持体上のmRNAはエチジ ウムブロミド、ビオチンまたは市販の放射性ヌクレオチドで標識され、CPG支 持体上の固定化された標識の量が測定される。 当業者は本発明の好適な態様に対してなされるであろう多くの変更および変形 を理解するであろうし、そのような変更および変形は本発明の精神から離れるこ となく行えるであろう。従って、付随する請求の範囲は本発明の真の精神および 範囲内にあるすべてのそのような均等な変更を含む。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI A61K 31/70 AED 9051−4C A61K 31/70 AED C12N 9/99 9152−4B C12N 9/99 C12Q 1/68 7823−4B C12Q 1/68 Z (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FR,GB,GR,IE,IT,LU,M C,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF,CG ,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,SN, TD,TG),AP(KE,MW,SD,SZ,UG), AM,AT,AU,BB,BG,BR,BY,CA,C H,CN,CZ,DE,DK,ES,FI,GB,GE ,HU,JP,KE,KG,KP,KR,KZ,LK, LT,LU,LV,MD,MG,MN,MW,MX,N L,NO,NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE ,SI,SK,TJ,TT,UA,US,UZ,VN (72)発明者 ハーバート,ノーマンド アメリカ合衆国カリフォルニア州92007, カーディフ,モンゴメリー・アベニュー 1861

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. 下記の構造の化合物: [式中 各々のXは独立してOまたはSであり; 各々のYは[Q2j−Z2であり; 各々のTは独立して[Q1k−Z1であるか、またはYおよびTが一緒に窒素 へテロ環に組み込まれ; Q1、Q2および各々のLは独立してC2−C10アルキル、C2−C10アルケニル 、C2−C10アルキニル、C4−C7炭素環−アルキルまたは−アルケニル、ヘテ ロ環、2から10の炭素原子を有しおよび1から4の酸素または硫黄原子を有す るエーテル、ポリアルキレングリコール、またはC7−C14アラルキルであり、 Lがヘテロ環である場合は少なくとも一つのLは置換ピロリジンまたは天然の核 塩基ではなく、およびLがアルキルの場合は少なくとも一つのLは置換グリコー ルではない; E1およびE2は独立してH、ヒドロキシル保護基、活性化固体支持体、コンジ ュゲート基、レポーター基、ポリエチレングリコール、アルキル、オリゴヌクレ オチド、ペプチド核酸、ホスフェート、ホスファイト、活性化ホスフェートまた は活性化ホスファイトであり; jおよびkは独立して0または1であり; mは2から約50であり; Z1およびZ2は独立して、H、C1−C2アルキル、C2−C20アルケニル、C2 −C20アルキニル、C6−C14アリール、C7−C15アラルキル、ハロゲン、CH =O、OR1、SR2、NR34、C(=NH)NR34、CH(NR34)、N HC(=NH)NR34、CH(NH2)C(=O)OH、C(=O)NR34 、C(=O)OR5、金属配位基、レポーター基、窒素含有ヘテロ環、プリン、 ピリミジン、ホスフェート基、ポリエーテル基、またはポリエチレングリコール 基であり; AはL1、L1−G1、L2、L2−G2、NR34、H、窒素含有ヘテロ環、プリ ン、ピリミジン、ホスフェート基、ポリエーテル基、またはポリエチレングリコ ール基であり; JはL1、G3、L1−G3、またはG3−L1−G3であり; L1は1から約20の炭素原子を有するアルキル、2から約20の炭素原子を 有するアルケニル、または2から約20の炭素原子を有するアルキニルであり; L2は6から約14の炭素原子を有するアリールまたは7から15の炭素原子 を有するアラルキルであり; G1はハロゲン、OR1、SR2、NR34、C(=NH)NR34、NHC( =NH)NR34、CH=O、C(=O)OR5、CH(NR34)(C(=O )OR5)、C(=O)NR34、金属配位基、またはホスフェート基であり; G2はハロゲン、OH、SH、SCH3、またはNR34であり; G3はC(=O)、C(=S)、C(O)−O、C(O)−NH、C(S)− O、C(S)−NHまたはS(O)2であり; 各々のd1は独立して0または1であり; 各々のd2は独立して0から6であり; 各々のd3は独立して1から6であり; R1はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、またはヒドロキシル保護 基であり; R2はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、またはチオール保護基で あ り; R3およびR4は独立してH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、または アミン保護基であり;および R5はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、または酸保護基である] 。 2. Lが約2から約10の炭素を有するアルキルである請求項1に記載の化 合物。 3. YおよびTが一緒に窒素ヘテロ環に組み込まれている請求項1に記載の 化合物。 4. 前記ヘテロ環がピペリジンまたはビロリジンである請求項3に記載の化 合物。 5. E1がH、ヒドロキシル保護基、または活性化固体支持体である請求項 1に記載の化合物。 6. E2がトリチル、メトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはトリメ トキシトリチルである請求項1に記載の化合物。 7. E2がHまたはヒドロキシル保護基である請求項1に記載の化合物。 8. Z2がHである請求項1に記載の化合物。 9. Z1がプリンまたはピリミジンである請求項1に記載の化合物。 10. Z1がアデニン、グアニン、シトシン、ウリジンまたはチミンである請 求項9に記載の化合物。 11. Z1が1から約20の炭素原子を有するアルキルである請求項1に記載 の化合物。 12. Z1が6から約14の炭素原子を有するアリールまたは7から約15の 炭素原子を有するアラルキルである請求項1に記載の化合物。 13. Z1がフルオレニルメチル、フェニル、またはベンジルである請求項1 に記載の化合物。 14. Z1がポリエチレングリコールまたはグルタミルである請求項1に記載 の化合物。 15. mが約2から約25である請求項1に記載の化合物。 16. XがOである請求項1に記載の化合物。 17. XがSである請求項1に記載の化合物。 の化合物。 20. 少なくとも一つの前記L基が他の前記L基と異なっている請求項1に記 載の化合物。 21. ホスホジエステルまたはホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを含む 第一の領域および下記の構造を有する第二の領域を有するキメラオリゴマー化合 物: [式中 各々のXは独立してOまたはSであり; 各々のYは[Q2j−Z2であり; 各々のTは独立して[Q1k−Z1であるか、またはYおよびTが一緒に窒素 へテロ環に組み込まれ; Q1、Q2および各々のLは独立してC2−C10アルキル、C2−C10アルケニル 、 C2−C10アルキニル、C4−C7炭素環−アルキルまたは−アルケニル、ヘテロ 環、2から10の炭素原子を有しおよび1から4の酸素または硫黄原子を有する エーテル、ポリアルキレングリコール、またはC7−C14アラルキルであり、L がヘテロ環である場合は少なくとも一つのLは置換ピロリジンまたは天然の核塩 基ではなく、およびLがアルキルの場合は少なくとも一つのLは置換グリコール ではない; E1およびE2の一つがホスホジエステルまたはホスホロチオエートオリゴヌク レオチドを含む前記第一の領域であり、および前記E1およびE2の他方がH、ヒ ドロキシル保護基、活性化固体支持体、コンジュゲート基、レポーター基、ポリ エチレングリコール、アルキル、オリゴヌクレオチド、ペプチド核酸、ホスフェ ート、ホスファイト、活性化ホスフェートまたは活性化ホスファイトであり; jおよびkは独立して0または1であり; mは2から約50であり; Z1およびZ2は独立して、H、C1−C2アルキル、C2−C20アルケニル、C2 −C20アルキニル、C6−C14アリール、C7−C15アラルキル、ハロゲン、CH =O、OR1、SR2、NR34、C(=NH)NR34、CH(NR34)、N HC(=NH)NR34、CH(NH2)C(=O)OH、C(=O)NR34 、C(=O)OR5、金属配位基、レポーター基、窒素含有ヘテロ環、プリン、 ピリミジン、ホスフェート基、ポリエーテル基、またはポリエチレングリコール 基であり; AはL1、L1−G1、L2、L2−G2、NR34、H、窒素含有ヘテロ環、プリ ン、ピリミジン、ホスフェート基、ポリエーテル基、またはポリエチレングリコ ール基であり: JはL1、G3、L1−G3、またはG3−L1−G3であり; L1は1から約20の炭素原子を有するアルキル、2から約20の炭素原子を 有するアルケニル、または2から約20の炭素原子を有するアルキニルであり; L2は6から約14の炭素原子を有するアリールまたは7から15の炭素原子 を有するアラルキルであり; G1はハロゲン、OR1、SR2、NR34、C(=NH)NR34、NHC( = NH)NR34、CH=O、C(=O)OR5、CH(NR34)(C(=O) OR5)、C(=O)NR34、金属配位基、またはホスフェート基であり; G2はハロゲン、OH、SH、SCH3、またはNR34であり; G3はC(=O)、C(=S)、C(O)−O、C(O)−NH、C(S)− O、C(S)−NHまたはS(O)2であり; 各々のd1は独立して0または1であり; 各々のd2は独立して0から6であり; 各々のd3は独立して1から6であり; R1はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、またはヒドロキシル保護 基であり; R2はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、またはチオール保護基で あり; R3およびR4は独立してH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、または アミン保護基であり; R5はH、1から約6の炭素原子を有するアルキル、または酸保護基であり; および E1およびE2の一つは前記ホスホジエステルまたはホスホロチオエートオリゴ ヌクレオチドを含み、および前記E1およびE2の他方がH、ヒドロキシル保護基 またはコンジュゲート基である]。 22. Lが約2から約10の炭素を有するアルキルである請求項21に記載の 化合物。 23. YおよびTが一緒に窒素ヘテロ環に組み込まれている請求項21に記載 の化合物。 24. 前記ヘテロ環がピペリジンまたはピロリジンである請求項23に記載の 化合物。 25. E1がH、ヒドロキシル保護基、または活性化固体支持体である請求項 21に記載の化合物。 26. E2がトリチル、メトキシトリチル、ジメトキシトリチルまたはトリメ トキシトリチルである請求項21に記載の化合物。 27. E2がHまたはヒドロキシル保護基である請求項21に記載の化合物。 28. Z2がHである請求項21に記載の化合物。 29. Z1がプリンまたはピリミジンである請求項21に記載の化合物。 30. Z1がアデニン、グアニン、シトシン、ウリジンまたはチミンである請 求項29に記載の化合物。 31. Z1が1から約20の炭素原子を有するアルキルである請求項1に記載 の化合物。 32. Z1が6から約14の炭素原子を有するアリールまたは7から約15の 炭素原子を有するアラルキルである請求項21に記載の化合物。 33. Z1がフルオレニルメチル、フェニル、またはベンジルである請求項2 1に記載の化合物。 34. Z1がポリエチレングリコールまたはグルタミルである請求項21に記 載の化合物。 35. mが約2から約25である請求項21に記載の化合物。 36. XがOである請求項21に記載の化合物。 37. XがSである請求項21に記載の化合物。 記載の化合物。 40. 少なくとも一つの前記L基が他の前記L基と異なっている請求項21に 記載の化合物。
JP7522463A 1994-02-23 1995-02-23 新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー化合物 Expired - Fee Related JP2972344B2 (ja)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US08/200,638 US5637684A (en) 1994-02-23 1994-02-23 Phosphoramidate and phosphorothioamidate oligomeric compounds
US08/200,638 1994-02-23
US200,638 1994-02-23
PCT/US1995/002267 WO1995023160A1 (en) 1994-02-23 1995-02-23 Novel phosphoramidate and phophorothioamidate oligomeric compounds

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPH09509663A true JPH09509663A (ja) 1997-09-30
JP2972344B2 JP2972344B2 (ja) 1999-11-08

Family

ID=22742548

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP7522463A Expired - Fee Related JP2972344B2 (ja) 1994-02-23 1995-02-23 新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー化合物

Country Status (8)

Country Link
US (2) US5637684A (ja)
EP (1) EP0751948B1 (ja)
JP (1) JP2972344B2 (ja)
AT (1) ATE224908T1 (ja)
AU (1) AU677150B2 (ja)
CA (1) CA2184005C (ja)
DE (1) DE69528362D1 (ja)
WO (1) WO1995023160A1 (ja)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2013520206A (ja) * 2010-02-24 2013-06-06 ザ ブロード インスティテュート, インコーポレイテッド 感染性疾患の病原体およびそれらの薬剤感受性を診断する方法
WO2018230624A1 (ja) * 2017-06-16 2018-12-20 エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 修飾核酸モノマー化合物及びオリゴ核酸類縁体

Families Citing this family (334)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5962219A (en) * 1990-06-11 1999-10-05 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-selex
US5919965A (en) * 1995-01-18 1999-07-06 Genzyme Corporation Non-nucleotide phosphorus ester oligomers
US5969135A (en) * 1995-11-02 1999-10-19 Icn Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotide analogs with an amino acid or a modified amino alcohol residue
JP2000506513A (ja) * 1996-02-01 2000-05-30 ファーマジェニックス,インコーポレイテッド 非ヌクレオチドリンエステルオリゴマー
AU4585197A (en) 1996-09-20 1998-04-14 President And Fellows Of Harvard College Combinatorial approach for generating novel coordination complexes
US5908845A (en) * 1996-10-30 1999-06-01 Segev; David Polyether nucleic acids
WO1998021226A1 (fr) * 1996-11-13 1998-05-22 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Derive oligonucleotidique h-phosphonate et procede de production associe
US5789333A (en) * 1997-03-05 1998-08-04 Iowa State University Research Foundation, Inc. Catalyst system comprising a first catalyst system tethered to a supported catalyst
US7252950B1 (en) 1997-09-04 2007-08-07 The Regents Of The University Of California Assays for detecting modulators of cytoskeletal function
US7115884B1 (en) 1997-10-06 2006-10-03 Trustees Of Tufts College Self-encoding fiber optic sensor
WO1999034806A1 (en) 1998-01-08 1999-07-15 The Regents Of The University Of California KINESIN MOTOR MODULATORS DERIVED FROM THE MARINE SPONGE $i(ADOCIA)
US6764830B1 (en) 1998-01-23 2004-07-20 The Regents Of The University Of California Thermomyces lanuginosus kinesin motor protein and methods of screening for modulators of kinesin proteins
EP1090293B2 (en) 1998-06-24 2019-01-23 Illumina, Inc. Decoding of array sensors with microspheres
US20020172678A1 (en) 2000-06-23 2002-11-21 Napoleone Ferrara EG-VEGF nucleic acids and polypeptides and methods of use
US6492111B1 (en) * 1998-11-25 2002-12-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. In situ binary synthesis of biologically effective molecules
US6429027B1 (en) 1998-12-28 2002-08-06 Illumina, Inc. Composite arrays utilizing microspheres
EP1165787A2 (en) 1999-03-31 2002-01-02 The University of North Carolina at Chapel Hill Isolated dna encoding cullin regulators roc1 and roc2, isolated proteins encoded by the same, and methods utilizing the same
ATE553219T1 (de) 1999-04-20 2012-04-15 Illumina Inc Erkennung von nukleinsäurereaktionen auf bead- arrays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US6620584B1 (en) 1999-05-20 2003-09-16 Illumina Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays
ES2302701T3 (es) 1999-09-10 2008-08-01 Geron Corporation N3'-p5' tiofosforamidatos oligonucleotidicos: su sintesis y uso.
WO2001061043A2 (en) 2000-02-16 2001-08-23 Illumina, Inc. Parallel genotyping of multiple patient samples
IL151348A0 (en) 2000-04-13 2003-04-10 Univ Rockefeller Enhancement of antibody-mediated immune responses
DE10041539A1 (de) * 2000-08-24 2002-03-07 Febit Ferrarius Biotech Gmbh Neue Amiditderivate zur Synthese von Polymeren auf Oberflächen
AU2002211228A1 (en) * 2000-09-14 2002-03-26 Mount Sinai School Of Medicine Screening methods to identify g-proteins and other compounds which modulate phosphodiesterase (pde) activity
US20020115058A1 (en) * 2000-09-22 2002-08-22 Pedersen Finn Skou Methods for diagnosis and treatment of diseases associated with altered expression of Pik3r1
US20020164576A1 (en) * 2000-09-22 2002-11-07 Pedersen Finn Skou Methods for diagnosis and treatment of diseases associated with altered expression of Nrf2
US20030044803A1 (en) * 2000-09-22 2003-03-06 Pedersen Finn Skou Methods for diagnosis and treatment of diseases associated with altered expression of JAK1
US7045283B2 (en) 2000-10-18 2006-05-16 The Regents Of The University Of California Methods of high-throughput screening for internalizing antibodies
EP1736760A3 (en) 2000-12-11 2008-06-18 President And Fellows Of Harvard College Nanosensors
US7892730B2 (en) 2000-12-22 2011-02-22 Sagres Discovery, Inc. Compositions and methods for cancer
US20030232334A1 (en) * 2000-12-22 2003-12-18 Morris David W. Novel compositions and methods for cancer
US7645441B2 (en) * 2000-12-22 2010-01-12 Sagres Discovery Inc. Compositions and methods in cancer associated with altered expression of PRLR
US20030165878A1 (en) * 2000-12-22 2003-09-04 Morris David W. Novel compositions and methods in cancer associated with altered expression of MCM3AP
US20030087252A1 (en) * 2000-12-22 2003-05-08 Morris David W. Novel compositions and methods in cancer associated with altered expression of PRDM11
US20030099963A1 (en) * 2000-12-22 2003-05-29 Morris David W. Novel compositions and methods in cancer associated with altered expression of TBX21
US7820447B2 (en) 2000-12-22 2010-10-26 Sagres Discovery Inc. Compositions and methods for cancer
US7700274B2 (en) * 2000-12-22 2010-04-20 Sagres Discovery, Inc. Compositions and methods in cancer associated with altered expression of KCNJ9
US20030036854A1 (en) * 2001-02-06 2003-02-20 The Penn State Research Foundation Apparatus and method for designing proteins and protein libraries
EP1572871A4 (en) * 2001-04-20 2007-11-14 Sinai School Medicine T1R3, A NEW TASTE RECEPTOR
US7803982B2 (en) 2001-04-20 2010-09-28 The Mount Sinai School Of Medicine Of New York University T1R3 transgenic animals, cells and related methods
US6534646B2 (en) 2001-06-04 2003-03-18 Barrskogen, Inc. Oligonucleotide labeling reagents
US7393656B2 (en) * 2001-07-10 2008-07-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for risk stratification
US7381535B2 (en) 2002-07-10 2008-06-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior Methods and compositions for detecting receptor-ligand interactions in single cells
WO2003067210A2 (en) 2001-07-10 2003-08-14 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for detecting the activation state of the multiple proteins in single cells
EP2246438B1 (en) 2001-07-12 2019-11-27 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US20050287560A1 (en) * 2001-07-13 2005-12-29 Nanosphere, Inc. Method for preparing substrates having immobilized molecules and substrates
WO2003006676A2 (en) * 2001-07-13 2003-01-23 Nanosphere, Inc. Method for immobilizing molecules onto surfaces
US7297553B2 (en) * 2002-05-28 2007-11-20 Nanosphere, Inc. Method for attachment of silylated molecules to glass surfaces
JP2005515468A (ja) * 2001-08-20 2005-05-26 リジェネシス バイオリメディエイション プロダクツ 微分子の分析物のバイオセンサ
US20070098728A1 (en) * 2001-09-24 2007-05-03 Pedersen Finn S Novel compositions and methods in cancer
EP1448587B1 (en) 2001-10-01 2009-09-02 Mount Sinai School of Medicine Noonan syndrome gene
US20040166490A1 (en) * 2002-12-17 2004-08-26 Morris David W. Novel therapeutic targets in cancer
US20040126762A1 (en) * 2002-12-17 2004-07-01 Morris David W. Novel compositions and methods in cancer
US7510831B2 (en) * 2001-10-26 2009-03-31 Genencor International, Inc. Trichoderma reesei phytase enzymes, nucleic acids encoding such phytase enzymes, vectors and host cells incorporating same and methods of making and using same
US7220445B2 (en) * 2001-10-26 2007-05-22 Genecor International, Inc. Phytase enzymes, nucleic acid sequences encoding phytase enzymes and vectors and host cells incorporating same
US20040197778A1 (en) * 2002-12-26 2004-10-07 Sagres Discovery, Inc. Novel compositions and methods in cancer
US20060040262A1 (en) * 2002-12-27 2006-02-23 Morris David W Novel compositions and methods in cancer
US20040180344A1 (en) * 2003-03-14 2004-09-16 Morris David W. Novel therapeutic targets in cancer
EP1474432A1 (en) * 2002-02-04 2004-11-10 Biomira Inc. Immunostimulatory, covalently lipidated oligonucleotides
AU2003215240A1 (en) * 2002-02-14 2003-09-04 Illumina, Inc. Automated information processing in randomly ordered arrays
ATE431406T1 (de) 2002-02-25 2009-05-15 Genentech Inc Neuer typ-1-cytokinrezeptor glm-r
EP2093233A1 (en) 2002-03-21 2009-08-26 Sagres Discovery, Inc. Novel compositions and methods in cancer
US7332585B2 (en) 2002-04-05 2008-02-19 The Regents Of The California University Bispecific single chain Fv antibody molecules and methods of use thereof
US7297484B2 (en) 2002-04-26 2007-11-20 Idaho Technology Characterization of single stranded nucleic acids by melting analysis of secondary structure using double strand-specific nucleic acid dye
US20030220844A1 (en) * 2002-05-24 2003-11-27 Marnellos Georgios E. Method and system for purchasing genetic data
AU2003301353A1 (en) * 2002-10-18 2004-05-04 Cylene Pharmaceuticals Processes for identifying quadruplex-targeted antiviral molecules
AU2013202894B2 (en) * 2002-10-25 2014-09-25 Honeywell International, Inc. Compositions containing flourine substituted olefins
EP2112229A3 (en) 2002-11-25 2009-12-02 Sequenom, Inc. Methods for identifying risk of breast cancer and treatments thereof
EP1585974B1 (en) 2003-01-24 2013-02-27 University of Utah Methods of predicting mortality risk by determining telomere length
WO2004074321A2 (en) 2003-02-14 2004-09-02 Sagres Discovery, Inc. Therapeutic gpcr targets in cancer
US20040170982A1 (en) * 2003-02-14 2004-09-02 Morris David W. Novel therapeutic targets in cancer
US20070218071A1 (en) * 2003-09-15 2007-09-20 Morris David W Novel therapeutic targets in cancer
US7767387B2 (en) * 2003-06-13 2010-08-03 Sagres Discovery, Inc. Therapeutic targets in cancer
AU2003219576A1 (en) * 2003-04-03 2004-10-25 Korea Advanced Institute Of Science And Technology Conjugate for gene transfer comprising oligonucleotide and hydrophilic polymer, polyelectrolyte complex micelles formed from the conjugate, and methods for preparation thereof
US20050043510A1 (en) * 2003-04-10 2005-02-24 Moeckli Randolph A. Affinity purification system using troponin molecules as affinity ligands
US7709610B2 (en) 2003-05-08 2010-05-04 Facet Biotech Corporation Therapeutic use of anti-CS1 antibodies
US20050025763A1 (en) 2003-05-08 2005-02-03 Protein Design Laboratories, Inc. Therapeutic use of anti-CS1 antibodies
US20060286545A1 (en) * 2003-05-23 2006-12-21 Mount Sinai School Of Medicine Of New York University Viral vectors with improved properties
US20040259100A1 (en) 2003-06-20 2004-12-23 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US7572581B2 (en) * 2003-06-30 2009-08-11 Roche Molecular Systems, Inc. 2′-terminator nucleotide-related methods and systems
US7947817B2 (en) * 2003-06-30 2011-05-24 Roche Molecular Systems, Inc. Synthesis and compositions of 2'-terminator nucleotides
US20050095627A1 (en) * 2003-09-03 2005-05-05 The Salk Institute For Biological Studies Multiple antigen detection assays and reagents
US20070281896A1 (en) * 2003-09-30 2007-12-06 Morris David W Novel compositions and methods in cancer
US7259258B2 (en) * 2003-12-17 2007-08-21 Illumina, Inc. Methods of attaching biological compounds to solid supports using triazine
US20050136414A1 (en) * 2003-12-23 2005-06-23 Kevin Gunderson Methods and compositions for making locus-specific arrays
US7481997B1 (en) 2004-02-12 2009-01-27 Montana State University Snow mountain virus genome sequence, virus-like particles and methods of use
US20050266432A1 (en) * 2004-02-26 2005-12-01 Illumina, Inc. Haplotype markers for diagnosing susceptibility to immunological conditions
US7473551B2 (en) 2004-05-21 2009-01-06 Atonomics A/S Nano-mechanic microsensors and methods for detecting target analytes
US7745125B2 (en) * 2004-06-28 2010-06-29 Roche Molecular Systems, Inc. 2′-terminator related pyrophosphorolysis activated polymerization
US20060024677A1 (en) 2004-07-20 2006-02-02 Morris David W Novel therapeutic targets in cancer
US20060275792A1 (en) * 2004-11-15 2006-12-07 Lee Jun E Enhancement of nucleic acid amplification using double-stranded DNA binding proteins
US20060105348A1 (en) * 2004-11-15 2006-05-18 Lee Jun E Compositions and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
US7842794B2 (en) 2004-12-17 2010-11-30 Roche Molecular Systems, Inc. Reagents and methods for detecting Neisseria gonorrhoeae
EA011594B1 (ru) * 2004-12-30 2009-04-28 Синвеншен Аг Композиция, включающая агент, обеспечивающий сигнал, имплантируемый материал и лекарство
DE102004063599B4 (de) * 2004-12-30 2007-07-12 Bayer Innovation Gmbh Verkürzte Wundheilungsprozesse mittels neuartiger Faservliese
EP2014728A1 (en) * 2005-01-13 2009-01-14 Cinvention Ag Composite material coatings
JP2008528722A (ja) * 2005-01-24 2008-07-31 シンベンション アーゲー 金属含有コンポジット材料
CA2598840A1 (en) * 2005-03-18 2006-09-21 Cinvention Ag Process for the preparation of porous sintered metal materials
US20090264299A1 (en) * 2006-02-24 2009-10-22 Complete Genomics, Inc. High throughput genome sequencing on DNA arrays
EP3492602A1 (en) 2005-06-15 2019-06-05 Complete Genomics, Inc. Single molecule arrays for genetic and chemical analysis
US7919242B2 (en) 2005-06-30 2011-04-05 Roche Molecular Systems, Inc. Light emission modifiers and their uses in nucleic acid detection, amplification and analysis
EA200800196A1 (ru) * 2005-07-01 2008-06-30 Синвеншен Аг Способ изготовления пористого композиционного материала
BRPI0612602A2 (pt) * 2005-07-01 2010-11-23 Cinv Ag dispositivos médicos compreendendo um material compósito reticulado
EP1937753A1 (en) * 2005-10-18 2008-07-02 Cinvention Ag Thermoset particles and methods for production thereof
EP1948827B1 (en) 2005-10-21 2016-03-23 The Regents of The University of California C-kit oncogene mutations in melanoma
WO2007056113A2 (en) * 2005-11-02 2007-05-18 Cylene Pharmaceuticals, Inc. Methods for targeting quadruplex sequences
WO2007082352A1 (en) 2006-01-20 2007-07-26 Child Health Research Institute Inc Method of treatment, prophylaxis and diagnosis of pathologies of the bone
CA2643700A1 (en) 2006-02-24 2007-11-22 Callida Genomics, Inc. High throughput genome sequencing on dna arrays
US7914988B1 (en) 2006-03-31 2011-03-29 Illumina, Inc. Gene expression profiles to predict relapse of prostate cancer
WO2007133703A2 (en) * 2006-05-10 2007-11-22 Dxterity Diagnostics Detection of nucleic acid targets using chemically reactive oligonucleotide probes
US20080063637A1 (en) * 2006-05-19 2008-03-13 The Trustees Of Tufts College Regulation of oncogenesis by Akt-specific isoforms
WO2007137300A2 (en) 2006-05-23 2007-11-29 Bellicum Pharmaceuticals, Inc. Modified dendritic cells having enhanced survival and immunogenicity and related compositions and methods
US8637436B2 (en) 2006-08-24 2014-01-28 California Institute Of Technology Integrated semiconductor bioarray
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
EP2489745B1 (en) 2006-06-05 2017-01-11 California Institute Of Technology Real time micro arrays
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
WO2008014485A2 (en) 2006-07-28 2008-01-31 California Institute Of Technology Multiplex q-pcr arrays
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
WO2008033518A2 (en) 2006-09-13 2008-03-20 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Undercarboxylated/uncarboxylated osteocalcin increases beta-cell proliferation, insulin secretion, insulin sensitivity, glucose tolerance and decreases fat mass
KR20090067174A (ko) 2006-09-14 2009-06-24 더 리전트 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 뉴클레아제 활성 및 dna 풋프린팅을 위한 나노플라즈몬 분자 계측자
EP1914303A1 (en) * 2006-10-09 2008-04-23 Qiagen GmbH Thermus eggertssonii DNA polymerases
US7910302B2 (en) * 2006-10-27 2011-03-22 Complete Genomics, Inc. Efficient arrays of amplified polynucleotides
US20090111706A1 (en) 2006-11-09 2009-04-30 Complete Genomics, Inc. Selection of dna adaptor orientation by amplification
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US9938641B2 (en) * 2006-12-18 2018-04-10 Fluidigm Corporation Selection of aptamers based on geometry
US7858772B2 (en) * 2006-12-22 2010-12-28 Roche Molecular Systems, Inc. Compounds and methods for synthesis and purification of oligonucleotides
BRPI0806916A2 (pt) * 2007-01-19 2014-04-29 Cinv Ag Implante poroso, não degradável feito por moldagem de pó
BRPI0808049A2 (pt) * 2007-02-28 2014-06-24 Cinv Ag Sistema de cultivo de alta superfície com enchedor
WO2008104599A1 (en) * 2007-02-28 2008-09-04 Cinvention Ag High surface cultivation system bag
CN101646762A (zh) * 2007-02-28 2010-02-10 金文申有限公司 带有增加表面积之基底的高表面积培养系统
BRPI0807993A2 (pt) * 2007-02-28 2014-06-17 Cinv Ag Sistema de cultivo de alta superfície.
US20090136932A1 (en) * 2007-03-16 2009-05-28 Craighead Harold G Fibers with isolated biomolecules and uses thereof
WO2008141799A1 (en) * 2007-05-24 2008-11-27 Roche Diagnostics Gmbh Oligophosphoramidates
US8097422B2 (en) 2007-06-20 2012-01-17 Salk Institute For Biological Studies Kir channel modulators
CN101802182A (zh) 2007-08-21 2010-08-11 诺达利蒂公司 用于诊断、预后和治疗方法的方法
CA2699394C (en) 2007-09-17 2020-03-24 The Regents Of The University Of California Internalizing human monoclonal antibodies targeting prostate cancer cells in situ
US7820391B2 (en) 2007-11-06 2010-10-26 Osmetech Molecular Diagnostics Baseless nucleotide analogues and uses thereof
CN103290106B (zh) 2007-12-05 2015-07-29 考利达基因组股份有限公司 测序反应中碱基的有效确定
DK2231861T3 (en) * 2007-12-13 2015-01-19 Philip Morris Products Sa Transgenic plants modified to produce less cadmium transport, derivative products and related methods.
EP3360972B1 (en) 2008-01-17 2019-12-11 Sequenom, Inc. Single molecule nucleic acid sequence analysis processes
CA2717320A1 (en) * 2008-03-11 2009-09-17 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
US10150990B2 (en) 2008-04-21 2018-12-11 Roche Molecular Systems, Inc. Ribonucleotide tag nucleic acid detection
WO2009143365A2 (en) 2008-05-21 2009-11-26 Kinemed, Inc. Compositions and methods of treatment using modulators of motoneuron diseases
WO2010006291A1 (en) 2008-07-10 2010-01-14 Nodality, Inc. Methods for diagnosis, prognosis and treatment
WO2010007526A1 (en) 2008-07-17 2010-01-21 Andreas Pfuetzner Biomarkers for cardiodiabetes
AU2009270682B2 (en) 2008-07-17 2016-04-21 Ikfe Lnstitut Fur Klinische Forschung Und Entwicklung Gmbh Biomarkers for insulin resistance and beta-cell dysfunction
WO2010026450A1 (en) 2008-09-03 2010-03-11 Quantumdx Group Limited Sensing strategies and methods for nucleic acid detection using biosensors
EP2346889B1 (en) 2008-09-03 2015-11-11 Quantumdx Group Limited Design, synthesis and use of synthetic nucleotides comprising ionic reporter groups
US8962247B2 (en) 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
US8476013B2 (en) * 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
EP2342334A4 (en) 2008-09-29 2012-03-14 Univ Pennsylvania TARGETED VACCINES ON A TUMOR VASCULAR MARKER
DE102008043277A1 (de) * 2008-10-29 2010-05-06 Biotronik Vi Patent Ag Implantat aus einer biokorrodierbaren Eisen- oder Magnesiumlegierung
US8309306B2 (en) * 2008-11-12 2012-11-13 Nodality, Inc. Detection composition
EP2370450A1 (en) 2008-11-27 2011-10-05 Roche Diagnostics GmbH Directed synthesis of oligophosphoramidate stereoisomers
US20100256196A1 (en) 2008-12-04 2010-10-07 Ikfe Biomarkers for Atherosclerosis
US20110118134A1 (en) 2008-12-11 2011-05-19 Ikfe Gmbh Biomarkers for insulin sensitizer drug response
CN107083444B (zh) 2008-12-22 2023-03-14 犹他大学研究基金会 单色多重定量pcr
WO2010076655A1 (en) 2008-12-30 2010-07-08 Ikfe Gmbh Biomarkers for adipose tissue activity
US8206929B2 (en) 2009-01-07 2012-06-26 Roche Molecular Systems, Inc. Nucleic acid amplification with allele-specific suppression of sequence variants
US20100210541A1 (en) 2009-01-07 2010-08-19 Andreas Pfuetzner Biomarkers for Appetite Regulation
EP2391714B2 (en) 2009-01-30 2019-07-24 Whitehead Institute for Biomedical Research Methods for ligation and uses thereof
US20100233733A1 (en) * 2009-02-10 2010-09-16 Nodality, Inc., A Delaware Corporation Multiple mechanisms for modulation of the pi3 kinase pathway
ES2469092T3 (es) 2009-04-01 2014-06-17 Dxterity Diagnostics Incorporated Amplificación de sondas dependiente de ligamiento químico (CLPA)
WO2010118243A2 (en) 2009-04-08 2010-10-14 Genentech, Inc. Use of il-27 antagonists to treat lupus
US8871494B2 (en) 2009-04-24 2014-10-28 Wisconsin Alumni Research Foundation Over-production of secondary metabolites by over-expression of the VEA gene
US20100279882A1 (en) * 2009-05-01 2010-11-04 Mostafa Ronaghi Sequencing methods
WO2010148039A2 (en) 2009-06-15 2010-12-23 Complete Genomics, Inc. Methods and compositions for long fragment read sequencing
US8614081B2 (en) 2009-07-23 2013-12-24 Codexis, Inc. Nitrilase biocatalysts
US9523701B2 (en) 2009-07-29 2016-12-20 Dynex Technologies, Inc. Sample plate systems and methods
GB0913258D0 (en) 2009-07-29 2009-09-02 Dynex Technologies Inc Reagent dispenser
WO2011034668A1 (en) 2009-08-07 2011-03-24 Ohmx Corporation Enzyme triggered redox altering chemical elimination (e-trace) immunoassay
US9250234B2 (en) 2011-01-19 2016-02-02 Ohmx Corporation Enzyme triggered redox altering chemical elimination (E-TRACE) immunoassay
US8409802B2 (en) 2009-08-14 2013-04-02 Roche Molecular Systems, Inc. Format of probes to detect nucleic acid differences
US9459246B2 (en) 2009-09-08 2016-10-04 Nodality, Inc. Induced intercellular communication
US10072287B2 (en) 2009-09-10 2018-09-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods of targeted sequencing
US10174368B2 (en) 2009-09-10 2019-01-08 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods and systems for sequencing long nucleic acids
WO2011038228A1 (en) 2009-09-24 2011-03-31 President And Fellows Of Harvard College Bent nanowires and related probing of species
US8394948B2 (en) * 2009-09-30 2013-03-12 Glen Research Corporation Reagents utilizing a serinol scaffold for labeling synthetic oligonucleotides
BR112012010251A2 (pt) 2009-10-30 2018-03-20 The Board Of Trustes Of The Leland Stanford Junior Univ mutações de gna11 em melanoma
US8614071B2 (en) 2009-12-11 2013-12-24 Roche Molecular Systems, Inc. Preferential amplification of mRNA over DNA using chemically modified primers
ES2577017T3 (es) 2009-12-22 2016-07-12 Sequenom, Inc. Procedimientos y kits para identificar la aneuploidia
WO2011090971A2 (en) 2010-01-19 2011-07-28 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Osteocalcin as a treatment for male reproductive disorders
EP2525905B1 (en) 2010-01-19 2020-11-04 Illumina, Inc. Methods and compositions for processing chemical reactions
WO2011133931A1 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Genentech, Inc. Use of il-27 antagonists for treating inflammatory bowel disease
WO2011137533A1 (en) 2010-05-05 2011-11-10 The Governing Council Of The University Of Toronto Method of processing dried samples using digital microfluidic device
US9457079B2 (en) 2010-05-12 2016-10-04 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Methods for producing enteroendocrine cells that make and secrete insulin
US9228240B2 (en) 2010-06-03 2016-01-05 California Institute Of Technology Methods for detecting and quantifying viable bacterial endo-spores
EP2603607B1 (en) 2010-08-11 2016-04-06 Celula, Inc. Genotyping dna
EP2614159B1 (en) 2010-09-10 2017-11-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Size selection of dna for chromatin analysis
US8483969B2 (en) 2010-09-17 2013-07-09 Illuminia, Inc. Variation analysis for multiple templates on a solid support
US8753816B2 (en) 2010-10-26 2014-06-17 Illumina, Inc. Sequencing methods
CA2821299C (en) 2010-11-05 2019-02-12 Frank J. Steemers Linking sequence reads using paired code tags
EP2651448B1 (en) * 2010-12-13 2018-11-28 QuiaPEG Pharmaceuticals AB Water-soluble, non-peptidic, non-nucleotidic phosphoramidate functionalized polymers
US20120208189A1 (en) 2011-01-14 2012-08-16 Life Technologies Corporation Methods for isolation, identification, and quantification of mirnas
ES2568910T3 (es) 2011-01-28 2016-05-05 Illumina, Inc. Reemplazo de oligonucleótidos para bibliotecas etiquetadas en dos extremos y direccionadas
CN103403188B (zh) 2011-01-31 2016-03-30 伊鲁米那股份有限公司 用于降低核酸损伤的方法
EP2673380B1 (en) 2011-02-09 2018-12-12 Bio-Rad Laboratories, Inc. Analysis of nucleic acids
US20120208193A1 (en) 2011-02-15 2012-08-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detecting methylation in a subpopulation of genomic dna
US20120252682A1 (en) 2011-04-01 2012-10-04 Maples Corporate Services Limited Methods and systems for sequencing nucleic acids
WO2012149042A2 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
EP3378954B1 (en) 2011-04-29 2021-02-17 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species
JP6144255B2 (ja) 2011-05-13 2017-06-07 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア 細胞の選択的トランスフェクション用の光熱基板
CN106434871B (zh) 2011-05-17 2020-08-18 德克斯特里蒂诊断公司 用于检测目标核酸的方法与组合物
US8728987B2 (en) 2011-08-03 2014-05-20 Bio-Rad Laboratories, Inc. Filtering small nucleic acids using permeabilized cells
CA2847943C (en) 2011-09-23 2017-08-29 F.Hoffmann-La Roche Ag Use of g-clamp for improved allele-specific pcr
ES2660228T3 (es) 2011-10-14 2018-03-21 Becton Dickinson & Company Ciclado térmico de onda cuadrada
EP2768967B1 (en) 2011-10-17 2017-12-06 Ohmx Corporation Single, direct detection of hemoglobin a1c percentage using enzyme triggered redox altering chemical elimination (e-trace) immunoassay
GB2497838A (en) 2011-10-19 2013-06-26 Nugen Technologies Inc Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing
US20140242590A1 (en) 2011-10-28 2014-08-28 The Regents Of The University Of California Flt3 mutations associated with drug resistance in aml patients having activating mutations in flt3
US10837879B2 (en) 2011-11-02 2020-11-17 Complete Genomics, Inc. Treatment for stabilizing nucleic acid arrays
WO2013067349A1 (en) 2011-11-04 2013-05-10 Ohmx Corporation Novel chemistry used in biosensors
US10557136B2 (en) 2011-12-12 2020-02-11 Oncolmmunin Inc. In vivo delivery of oligonucleotides
US9745631B2 (en) 2011-12-20 2017-08-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods for diagnosing and treating oncogenic kras-associated cancer
US9115394B2 (en) 2011-12-22 2015-08-25 Roche Molecular Systems, Inc. Methods and reagents for reducing non-specific amplification
EP2798089B1 (en) 2011-12-30 2018-05-23 Bio-rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for performing nucleic acid amplification reactions
US9250203B2 (en) 2012-01-09 2016-02-02 Ohmx Corporation Enzyme cascade methods for E-TRACE assay signal amplification
CN105861487B (zh) 2012-01-26 2020-05-05 纽亘技术公司 用于靶向核酸序列富集和高效文库产生的组合物和方法
WO2013119888A1 (en) 2012-02-09 2013-08-15 President And Fellows Of Harvard College Selective nucleic acid amplification from nucleic acid pools
EP4155401A1 (en) 2012-03-02 2023-03-29 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US9359616B2 (en) 2012-05-21 2016-06-07 The Scripps Research Institute Ribosomal polynucleotides and related expression systems
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
WO2013177426A2 (en) 2012-05-24 2013-11-28 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Targeting the glutamine to pyruvate pathway for treatment of oncogenic kras-associated cancer
CA3114356C (en) 2012-06-12 2023-08-22 Quiapeg Pharmaceuticals Ab Conjugates of biologically active molecules to functionalized polymers
CN104619894B (zh) 2012-06-18 2017-06-06 纽亘技术公司 用于非期望核酸序列的阴性选择的组合物和方法
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
CA2878979C (en) 2012-07-13 2021-09-14 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
WO2014014518A1 (en) 2012-07-18 2014-01-23 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods for treating, preventing and predicting risk of developing breast cancer
US10870099B2 (en) 2012-07-26 2020-12-22 Illumina, Inc. Compositions and methods for the amplification of nucleic acids
EP2912432B1 (en) 2012-10-24 2018-07-04 Genmark Diagnostics Inc. Integrated multiplex target analysis
US20140322706A1 (en) 2012-10-24 2014-10-30 Jon Faiz Kayyem Integrated multipelx target analysis
WO2014142850A1 (en) 2013-03-13 2014-09-18 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
EP2971100A1 (en) 2013-03-13 2016-01-20 Sequenom, Inc. Primers for dna methylation analysis
CA2907357A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Kinemed, Inc. Biomarkers
US9453613B2 (en) 2013-03-15 2016-09-27 Genmark Diagnostics, Inc. Apparatus, devices, and methods for manipulating deformable fluid vessels
WO2016019393A1 (en) 2014-08-01 2016-02-04 Gpb Scientific, Llc Methods and systems for processing particles
WO2014144092A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Nugen Technologies, Inc. Sequential sequencing
CN105264127B (zh) 2013-03-15 2019-04-09 Gpb科学有限责任公司 颗粒的片上微流体处理
WO2014145075A2 (en) 2013-03-15 2014-09-18 The Trustees Of Princeton University Methods and devices for high throughpout purification
US10052364B2 (en) 2013-03-15 2018-08-21 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Osteocalcin as a treatment for cognitive disorders
EP2971160B1 (en) 2013-03-15 2018-05-30 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital assays for mutation detection
CA2912216A1 (en) 2013-05-22 2014-11-27 Telomere Diagnostics, Inc. Measures of short telomere abundance
WO2015013681A1 (en) 2013-07-25 2015-01-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Genetic assays
EP3033625B1 (en) 2013-08-13 2020-01-22 The Scripps Research Institute Cysteine-reactive ligand discovery in proteomes
KR20160068855A (ko) 2013-10-11 2016-06-15 제넨테크, 인크. Nsp4 억제제 및 사용 방법
WO2015057998A1 (en) 2013-10-16 2015-04-23 The University Of British Columbia Device for formulating particles at small volumes
US9498778B2 (en) 2014-11-11 2016-11-22 Genmark Diagnostics, Inc. Instrument for processing cartridge for performing assays in a closed sample preparation and reaction system
USD881409S1 (en) 2013-10-24 2020-04-14 Genmark Diagnostics, Inc. Biochip cartridge
EP3063272A2 (en) 2013-10-30 2016-09-07 Green Life Biotech, LLC Pathogenesis quantification systems and treatment methods for citrus greening blight
CN105849264B (zh) 2013-11-13 2019-09-27 纽亘技术公司 用于鉴别重复测序读数的组合物和方法
DK3556869T3 (da) 2013-11-26 2023-10-02 Illumina Inc Sammensætninger og fremgangsmåder til sekventering af polynukleotider
CN105940024B (zh) 2013-12-05 2019-03-15 生捷科技控股公司 修饰的表面
WO2015085274A1 (en) 2013-12-05 2015-06-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
EP3628747B1 (en) 2013-12-05 2022-10-05 Centrillion Technology Holdings Corporation Fabrication of patterned arrays
US9243289B2 (en) 2013-12-23 2016-01-26 Roche Molecular Systems, Inc. Method for screening reagents used in PCR assays
CN105917008B (zh) 2014-01-16 2020-11-27 启迪公司 用于前列腺癌复发的预后的基因表达面板
WO2015131107A1 (en) 2014-02-28 2015-09-03 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
US11365447B2 (en) 2014-03-13 2022-06-21 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
WO2015149006A2 (en) 2014-03-27 2015-10-01 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for modulating ncoa4-mediated autophagic targeting of ferritin
CN113403338A (zh) 2014-03-28 2021-09-17 华盛顿大学商业中心 乳腺癌和卵巢癌疫苗
US11060139B2 (en) 2014-03-28 2021-07-13 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
DK3126372T3 (en) 2014-03-30 2019-04-23 Cepheid MODIFIED THYMIN-POLYNUCLEOTID OIGOMER AND SIMILAR PROCEDURES
AU2015274660B2 (en) 2014-06-10 2020-07-16 Dxterity Diagnostics Incorporated Devices and methods for collecting and stabilizing biological samples
US10759836B2 (en) 2014-07-18 2020-09-01 University Of Washington Cancer vaccine compositions and methods of use thereof
US10913973B2 (en) 2014-09-17 2021-02-09 Board Of Regents, The University Texas System Methods and devices related to toehold-based strand displacement with loop-mediated isothermal amplification
EP3831481A1 (en) 2014-11-11 2021-06-09 Genmark Diagnostics Inc. Instrument and cartridge for performing assays in a closed sample preparation and reaction system
US10005080B2 (en) 2014-11-11 2018-06-26 Genmark Diagnostics, Inc. Instrument and cartridge for performing assays in a closed sample preparation and reaction system employing electrowetting fluid manipulation
US9598722B2 (en) 2014-11-11 2017-03-21 Genmark Diagnostics, Inc. Cartridge for performing assays in a closed sample preparation and reaction system
JP7175608B2 (ja) 2014-11-19 2022-11-21 ザ トラスティーズ オブ コロンビア ユニバーシティ イン ザ シティ オブ ニューヨーク 加齢に伴うフレイルのための治療としてのオステオカルシン
US9909169B2 (en) 2014-12-17 2018-03-06 Roche Molecular Systems, Inc. Allele-specific amplification of nucleic acids using blocking oligonucleotides for wild type suppression
JP2018501799A (ja) 2014-12-30 2018-01-25 テロメア ダイアグノスティクス インコーポレイテッド マルチプレックス定量的pcr
CA3174951A1 (en) 2015-02-10 2016-08-18 Illumina, Inc Methods and compositions for analyzing cellular components
US9708647B2 (en) 2015-03-23 2017-07-18 Insilixa, Inc. Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays
EP3274712A4 (en) 2015-03-27 2019-01-23 The Scripps Research Institute LIPID PROBES AND USES THEREOF
PL3277368T3 (pl) 2015-03-31 2021-01-25 Oncosec Medical Incorporated Układy do ulepszonej elektroporacji opartej na wykrywaniu tkanek
CN104845967B (zh) 2015-04-15 2020-12-11 苏州新海生物科技股份有限公司 寡聚核苷酸片段及使用其的选择性扩增目标核酸序列变异体的方法及应用
EP3289104B1 (en) 2015-04-29 2020-11-04 New York University Method for treating high-grade gliomas
WO2016197103A1 (en) 2015-06-05 2016-12-08 Miroculus Inc. Air-matrix digital microfluidics apparatuses and methods for limiting evaporation and surface fouling
EP3303548A4 (en) 2015-06-05 2019-01-02 Miroculus Inc. Evaporation management in digital microfluidic devices
EP3103885B1 (en) 2015-06-09 2019-01-30 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
WO2016201389A2 (en) 2015-06-12 2016-12-15 Alector Llc Anti-cd33 antibodies and methods of use thereof
US11136390B2 (en) 2015-06-12 2021-10-05 Alector Llc Anti-CD33 antibodies and methods of use thereof
WO2017027783A1 (en) 2015-08-13 2017-02-16 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for synchronising nucleic acid molecules
KR20180054639A (ko) 2015-08-28 2018-05-24 알렉터 엘엘씨 항-siglec-7 항체 및 이의 사용 방법
EP3347714B1 (en) 2015-09-10 2021-03-10 InSilixa Inc. Methods for multiplex quantitative nucleic acid amplification
US9499861B1 (en) 2015-09-10 2016-11-22 Insilixa, Inc. Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification
SG11201803567XA (en) 2015-10-29 2018-05-30 Alector Llc Anti-siglec-9 antibodies and methods of use thereof
PT3383920T (pt) 2015-11-30 2024-04-15 Univ California Entrega de carga útil específica para tumores e ativação imune utilizando um anticorpo humano que tem como alvo um antigénio altamente específico da superfície das células tumorais
CN108778477B (zh) 2016-01-06 2022-02-25 不列颠哥伦比亚大学 分叉混合器及其使用和制造方法
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
WO2017181163A2 (en) 2016-04-16 2017-10-19 Oncocyte Corporation Methods and compositions for detection and diagnosis of breast cancer
CN109415445A (zh) 2016-05-04 2019-03-01 阿比利塔生物公司 用于制备多跨膜蛋白的方法和平台
WO2017201315A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Roche Sequencing Solutions, Inc. Quantitative real time pcr amplification using an electrowetting-based device
CN116083539A (zh) 2016-06-09 2023-05-09 加利福尼亚大学董事会 纯化和扩增核酸的方法
WO2018039281A1 (en) 2016-08-22 2018-03-01 Miroculus Inc. Feedback system for parallel droplet control in a digital microfluidic device
EP3516401A1 (en) 2016-09-19 2019-07-31 Genmark Diagnostics Inc. Instrument for processing cartridge for performing assays in a closed sample preparation and reaction system
US11434301B2 (en) 2016-11-11 2022-09-06 The Regents Of The University Of California Anti-CD46 antibodies and methods of use
US11147249B2 (en) 2016-12-08 2021-10-19 Alector Llc Siglec transgenic mice and methods of use thereof
CN110383061A (zh) 2016-12-28 2019-10-25 米罗库鲁斯公司 数字微流控设备和方法
EP3570829A4 (en) 2017-01-18 2021-03-10 The Scripps Research Institute PHOTOREACTIVE LIGANDS AND USES THEREOF
US11981961B2 (en) 2017-01-24 2024-05-14 Vastogen, Inc. Methods for constructing copies of nucleic acid molecules
CN110545850A (zh) 2017-03-10 2019-12-06 奎亚培格制药公司 可释放的缀合物
WO2018187476A1 (en) 2017-04-04 2018-10-11 Miroculus Inc. Digital microfluidic apparatuses and methods for manipulating and processing encapsulated droplets
WO2018209092A1 (en) 2017-05-10 2018-11-15 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods and devices related to amplifying nucleic acid at a variety of temperatures
EP3625258A1 (en) 2017-05-16 2020-03-25 Alector LLC Anti-siglec-5 antibodies and methods of use thereof
US11413617B2 (en) 2017-07-24 2022-08-16 Miroculus Inc. Digital microfluidics systems and methods with integrated plasma collection device
BR112019023789A2 (pt) 2017-08-03 2020-07-28 Alector Llc anticorpos anti-cd33 e métodos de uso dos mesmos
EP3676009A4 (en) 2017-09-01 2021-06-16 Miroculus Inc. DIGITAL MICROFLUIDIC DEVICES AND THEIR METHODS OF USE
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
JP7038209B2 (ja) 2017-11-13 2022-03-17 エフ.ホフマン-ラ ロシュ アーゲー エピタコ電気泳動を使用する試料分析のための装置
US11728007B2 (en) 2017-11-30 2023-08-15 Grail, Llc Methods and systems for analyzing nucleic acid sequences using mappability analysis and de novo sequence assembly
US11470827B2 (en) 2017-12-12 2022-10-18 Alector Llc Transgenic mice expressing human TREM proteins and methods of use thereof
WO2019209946A1 (en) 2018-04-25 2019-10-31 Qiagen Sciences Llc Sequential paired-end sequencing
CN112469504A (zh) 2018-05-23 2021-03-09 米罗库鲁斯公司 对数字微流控中的蒸发的控制
CN112752768A (zh) 2018-07-27 2021-05-04 艾利妥 抗siglec-5抗体及其使用方法
WO2020053815A1 (en) 2018-09-12 2020-03-19 Quiapeg Pharmaceuticals Ab Releasable glp-1 conjugates
EP3853378A4 (en) 2018-09-21 2022-05-11 President and Fellows of Harvard College METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF DIABETES, AND METHODS FOR ENCOURAGEMENT OF MRNA ENCODING SECRETED PROTEINS
WO2020074742A1 (en) 2018-10-12 2020-04-16 F. Hoffmann-La Roche Ag Detection methods for epitachophoresis workflow automation
NL2022043B1 (en) 2018-11-21 2020-06-03 Akershus Univ Hf Tagmentation-Associated Multiplex PCR Enrichment Sequencing
EP3894598B1 (en) 2018-12-14 2024-01-03 Illumina Cambridge Limited Decreasing phasing with unlabeled nucleotides during sequencing
CN112639125A (zh) 2018-12-17 2021-04-09 伊卢米纳剑桥有限公司 用于多核苷酸测序的组合物
SG11202012758WA (en) 2018-12-17 2021-01-28 Illumina Cambridge Ltd Primer oligonucleotide for sequencing
CN113924041A (zh) 2019-03-14 2022-01-11 因斯利克萨公司 基于时间门控的荧光检测的方法和系统
EP3953041A4 (en) 2019-04-08 2023-01-25 Miroculus Inc. MULTIPLE CARTRIDGE DIGITAL MICROFLUIDIC APPARATUS AND METHODS OF USE
US20220325268A1 (en) 2019-05-14 2022-10-13 Roche Sequencing Solutions, Inc Devices and methods for sample analysis
US11377655B2 (en) 2019-07-16 2022-07-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Synthetic nucleic acids having non-natural structures
WO2021016614A1 (en) 2019-07-25 2021-01-28 Miroculus Inc. Digital microfluidics devices and methods of use thereof
CN114728996B (zh) 2019-09-10 2022-11-29 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 核苷酸的可逆修饰
WO2021243271A2 (en) 2020-05-29 2021-12-02 Front Range Biosciences, Inc. Methods and compositions for pathogen detection in plants
US20230002779A1 (en) 2020-06-29 2023-01-05 Front Range Biosciences, Inc. Characterization of plant cultivars based on terpene synthase gene profiles
JP2023534765A (ja) 2020-08-07 2023-08-10 フォーティス セラピューティクス,インク. 免疫複合体を標的とするcd46およびその使用方法
US20230096386A1 (en) 2021-09-30 2023-03-30 Illumina Cambridge Limited Polynucleotide sequencing
WO2023126457A1 (en) 2021-12-29 2023-07-06 Illumina Cambridge Ltd. Methods of nucleic acid sequencing using surface-bound primers
US11857961B2 (en) 2022-01-12 2024-01-02 Miroculus Inc. Sequencing by synthesis using mechanical compression

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) * 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US4547569A (en) * 1982-11-24 1985-10-15 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Intercalating agents specifying nucleotides
US4959463A (en) * 1985-10-15 1990-09-25 Genentech, Inc. Intermediates
US5218103A (en) * 1988-05-26 1993-06-08 University Patents, Inc. Nucleoside thiophosphoramidites
US4958013A (en) * 1989-06-06 1990-09-18 Northwestern University Cholesteryl modified oligonucleotides
US5578718A (en) * 1990-01-11 1996-11-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Thiol-derivatized nucleosides
IE66205B1 (en) * 1990-06-14 1995-12-13 Paul A Bartlett Polypeptide analogs
US5672472A (en) * 1991-08-23 1997-09-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthetic unrandomization of oligomer fragments
JP2823959B2 (ja) * 1991-10-24 1998-11-11 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド 改良された取り込みおよびその他の性質を持つ誘導化オリゴヌクレオチド
US5272250A (en) * 1992-07-10 1993-12-21 Spielvogel Bernard F Boronated phosphoramidate compounds
WO1994004550A1 (en) * 1992-08-21 1994-03-03 Triplex Pharmaceutical Corporation Cholesteryl-modified triple-helix forming oligonucleotides and uses thereof
US5362899A (en) * 1993-09-09 1994-11-08 Affymax Technologies, N.V. Chiral synthesis of alpha-aminophosponic acids
US5587471A (en) * 1994-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Method of making oligonucleotide libraries
US5519134A (en) * 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2013520206A (ja) * 2010-02-24 2013-06-06 ザ ブロード インスティテュート, インコーポレイテッド 感染性疾患の病原体およびそれらの薬剤感受性を診断する方法
US9885088B2 (en) 2010-02-24 2018-02-06 The Broad Institute, Inc. Rapid phenotypic diagnosis of pathogens and drug resistance using transcriptional expression signatures
US10982291B2 (en) 2010-02-24 2021-04-20 The Broad Institute, Inc. Methods of diagnosing infectious disease pathogens and their drug sensitivity
WO2018230624A1 (ja) * 2017-06-16 2018-12-20 エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 修飾核酸モノマー化合物及びオリゴ核酸類縁体
JPWO2018230624A1 (ja) * 2017-06-16 2020-06-11 エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 修飾核酸モノマー化合物及びオリゴ核酸類縁体
US11208429B2 (en) 2017-06-16 2021-12-28 Eisai R&D Management Co., Ltd. Modified nucleic acid monomer compound and oligonucleic acid analog

Also Published As

Publication number Publication date
EP0751948B1 (en) 2002-09-25
WO1995023160A1 (en) 1995-08-31
AU1969195A (en) 1995-09-11
EP0751948A1 (en) 1997-01-08
DE69528362D1 (de) 2002-10-31
US5717083A (en) 1998-02-10
EP0751948A4 (en) 1997-03-19
JP2972344B2 (ja) 1999-11-08
CA2184005C (en) 2000-01-25
ATE224908T1 (de) 2002-10-15
AU677150B2 (en) 1997-04-10
US5637684A (en) 1997-06-10
CA2184005A1 (en) 1995-08-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JPH09509663A (ja) 新規ホスホルアミデートおよびホスホロチオアミデートオリゴマー化合物
Uhlmann et al. Antisense oligonucleotides: a new therapeutic principle
US6593466B1 (en) Guanidinium functionalized nucleotides and precursors thereof
KR101881596B1 (ko) 인 원자 변형된 핵산의 합성 방법
US5714606A (en) Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
JP3831407B2 (ja) メチルホスホン酸エステル、その製造方法およびその使用
JPH09511250A (ja) 核酸治療に有用な修飾オリゴヌクレオチド及び中間体
US20030036066A1 (en) Linker phosphoramidites for oligonucleotide synthesis
CA2330192A1 (en) Activators for oligonucleotide synthesis
JPH02169598A (ja) 新規なハイドロゲンホスホノジチオエート組成物
US6649750B1 (en) Process for the preparation of oligonucleotide compounds
US5886177A (en) Phosphate linked oligomers
US5571937A (en) Complementary DNA and toxins
JP3072127B2 (ja) モノマージオールおよびそれらから形成されるホスフェート結合オリゴマー
US6184389B1 (en) Combinatorial libraries having aminodiol monomer subunits

Legal Events

Date Code Title Description
R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20070827

Year of fee payment: 8

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20080827

Year of fee payment: 9

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20090827

Year of fee payment: 10

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20100827

Year of fee payment: 11

LAPS Cancellation because of no payment of annual fees
S531 Written request for registration of change of domicile

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313531

R370 Written measure of declining of transfer procedure

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R370