JPH09509581A - 酵母株および修飾アルブミン - Google Patents

酵母株および修飾アルブミン

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Abstract

(57)【要約】 アルブミン、例えばヒトアルブミンが、酵母アスパルチルプロテアーゼ3(Yap3p)またはその等価物を欠き、それによって45kDアルブミン断片の産生を減少させるように変異された酵母で発現および分泌される。それ以上の減少はKex2p機能を更に欠失させることで達成される。一方、Yap3p開裂をうけにくい修飾アルブミン、例えば、R410A、K413QおよびK414Qであるヒトアルブミン、が製造される。

Description

【発明の詳細な説明】 酵母株および修飾アルブミン 発明の分野 本発明は酵母種による組換えヒトアルブミン(rHA)の産生に関する。背景および先行技術 ヒト血清アルブミン(HSA)は血清の浸透圧のかなりの割合に関与する58 5アミノ酸のタンパク質であって、内在および外来リガンドのキャリアとしても 機能する。それは臨床的に重度熱傷、ショックまたは血液喪失の患者の治療に用 いられ、現在ヒト血液からの抽出により商業上産生されている。微生物での組換 えヒトアルブミン(rHA)の産生は、EP 330 451およびEP 36 1 991に開示されている。 近年、酵母種はrHA(Sleep et al,1990,1991 ;Fleer et al,1991)を含め た異種タンパク質(Romanos et al,1992で総説されている)の産生用の宿主生物 として広く用いられている。酵母は容易に遺伝子操作しやすく、単純培地で高細 胞密度まで増殖させることができ、しかも真核細胞として分泌および細胞質ゾル タンパク質の産生に適している。 S.CerevisiaeがrHAを産生するために利用される場合、主要分泌タンパク質 は成熟67kDaアルブミンである。しかしながら、rHAの45kDa N末 端断片も観察される(Sleep et al,1990)。類似断片はrHAがKluyveromyces sp.(Sleep et al,1990)およびPichia pastoris(EP 510 693)で発現 されるときに得られる。その断片は成熟rHAと同様のN末端アミノ酸配列を有 するが、カルボキシ末端は異なり、下記のようにphe403とVal409との間に あり、最も共通した末端はLeu407およびVal409である(Geisow et al,1991)。 産生される断片の量は、分泌される全rHAのパーセンテージとして、利用さ れる株および分泌リーダー配列の双方に応じて変わるが、ゼロまで減少されない (Sleep et al,1990)。我々は、高細胞密度発酵(75〜100g/l細胞乾燥 重量)で産生される断片の量が振盪フラスコ培養の場合より約5倍高いことも発 見した。 45kDaアルブミン断片は血清由来ヒト血清アルブミン(HSA)で観察さ れず、組換え産物中では非天然同一物質としてその存在は望ましくない。本発明 で扱われる問題は、産物中における45kDa断片の量を減少させることである 。最も簡単で明らかなアプローチでは、EP 524 681(特に、第4頁1 7〜22行目参照)でGist-brocades により提案されたように、全鎖長アルブミ ンからそれを精製しなければならなかった。しかしながら、我々は異なるアプロ ーチ、即ち初めてその産生を回避する試みを選択した。 Sleep et al(1990)では、rHA断片が細胞内で産生されて、細胞外タンパク 質分解の結果ではないと仮定していた。これらの著者はGlu382からSer419 でHSA cDNAをコドン最適化したが、これはrHA断片の産生に効果を有 しなかった。彼らは、rHAアミノ酸配列に存在しうるKex2pプロセッシン グ部位Lys413Lys414が断片の異種カルボキシ末端に極めて近接しているが 、kex2宿主株(即ち、Kex2pプロテアーゼを産生しないような変異をK EX2遺伝子に有した株)の使用だけでなく、Lys414に関するコドンの部位 特異的変異誘発による起こりうる開裂部位の除去でもその断片の量を減少させな いと述べた。 (S.cerevisiaeで)yscA、yscB、yscY、yscS、他の液胞プロ ティナーゼ、yscD、yscE、yscF(kex2pに相当)、yscα、 yscIV、yscG、yscH、yscJ、yscEおよびkex1を含めて 、望ましいタンパク質産物を原則として分解できる酵母プロテアーゼは多数ある 。 Bourbonnais et al(1991)は一塩基性部位に特異的なS.cerevisiaeエンドプロ テアーゼ活性について記載しており、その例(Arg410)はアルブミンのこの 領域に存在する。この活性は酵母アスパルチルプロテアーゼ3(Yap3)によ ることが後でわかり(Bourbonnais et al,1993)、その酵素はそれが対合塩基性 残基の箇所で開裂するという特異性の点でKex2pと類似したエンドプロテア ーゼとしてEgel-Mitani et al(1990)により初めて記載された。更に研究では、 Yap3pが一塩基性部位と、塩基性残基対間およびそのC末端側を開裂できて 、双方のタイプの部位における開裂が配列関係に依存していることを示唆した( Azaryan et al,1993;Cawley el al,1993)。 既に開示されたように、rHA断片のC末端の領域は一塩基性(Arg410) および二塩基性部位(Lys413Lys414)の双方を含んでいる。しかしながら 、Kex2p様タンパク質分解活性がヒト細胞に存在して、一対のアルギニン残 基のC末端側にあるHSAのプロ配列の開裂に関与するとしても、上記断片はヒ トで産生されないことが知られている。これは塩基性残基Arg410、Lys413 およびLys414がこのKex2p様プロテアーゼにより認識されないことを示 し、ひいては分子のこの領域が分泌経路でプロテアーゼに接近できないことを示 唆している。このため、Yap3pプロテアーゼは45kDa断片の産生に関与 していることが予想できなかった。加えて、Egel-Mitani et al(1990,Yeast,6 ,127-137)はMFαプロフェロモンを開裂する上でYap3pがKex2pと類 似していることを示した。Kex2p機能の除去だけでは産生される断片の量を 減少させないが、Yap3p機能の除去が有益であるとは考えられたなかった。 実際に、Bourbonnais et al(1993)では、yap3株がプロソマ トスタチンをプロセッシングする上で減少した能力を有することを示し、したが って異種タンパク質の産生でyap3株を用いることから離れるように勧めた。発明の概要 上記問題の解決法は、本発明によれば、アルブミンの精製中に断片を除去する よりむしろ、初期発酵で断片の産生を避けるかまたは少くとも減少させることで ある。我々は、これまで存在することが知られた20種以上の酵母プロテアーゼ の中から、酵母で産生されるrHAの45kD断片に主に関与しているのが事実 上Yap3pプロテアーゼであることを発見した。本発明は、rHAが酵母種か ら分泌されるときに、産生される45kDa断片の量を実質上減少させるための 方法を提供する。断片量の減少は精製プロセスでrHAの回収率を改善し、しか も最終産物の品質を高くする。酵母のyap3株を用いた更にかつ完全に予想外 な効果は、それらがYap3p機能を有する株よりも30〜50%多くrHAを 産生できることである。この効果は〜15%から3‐5%へのrHA断片の減少 によるだけでは説明できない。 このように、本発明の一面では、アルブミンが培地中に分泌されるように培地 で酵母を培養することを含む、アルブミンを産生および分泌するように遺伝子修 飾された酵母からの分泌によりアルブミンを製造するための方法を提供し、この 方法は酵母細胞が減少したレベルの酵母アスパルチルプロテアーゼ3タンパク質 分解活性を有することを特徴とする。 好ましくは、上記タンパク質分解活性は、ポリペプチドにおける一塩基性部位 におよび対合塩基性アミノ酸に特異的なエンドプロテアーゼ活性である。 適切には、酵母は機能性YAP3遺伝子を欠いたS.cerevisiaeである。しかし ながら、本発明はS.cerevisiaeの使用に限定されず、その理由は45kDa断片 産生の問題が他の酵母属、例えばPichiaおよびKluyveromyces でもみられ、それ らが等価なプロテアーゼ(即ち、Yap3pタンパク質分解活性)を有すること を示しているからである;Clerc et al(1994),page 253参照。我々は、非Saccha romyces 属でYap3pのホモローグを位置決めするハイブリッド形成分析でこ のことを確認した。遺伝子は、一般的に翻訳産物の配列がYap3pと50%以 上の配列同一性を有するならば、ホモローグとみなされる。非Saccharomyces 属 において、Yap3p様プロテアーゼとその遺伝子は別々に命名してもよいが、 勿論これでそれらの本質が変わるわけではない。 断片のレベルは、前記のようにKex2p機能の除去だけでは断片のレベルに 影響を与えないが、Kex2p機能を実質上除去するだけでなくYap3pタン パク質分解活性も実質的に除去されるならば、更に一層減少させることができる 。Yap3pの場合のように、Kex2p機能もSaccharomyces に限定されない ;Gellissen et al(1992)参照、特に415〜416頁ではPichiaがKex2p 機能を有することを示している。Kluyveromyces lactisおよびYarrowia lipolyt ica でKex2p等価活性をコードする遺伝子がクローニングされた(Tanguy-R ougeau et al,1988 ;Enderlin & Ogrydziak,1994)。 プロテアーゼの活性を除去する適切な手段は、プロテアーゼをコードする宿主 遺伝子を壊して、それによりプロテアーゼに関する遺伝子の全部または一部を欠 いた非復帰株を作ることである(Rothstein,1983)。一方、活性は古典的変異誘 発操作によるか、または移転(transplacement)のプロセスで特異的点変異の導 入により減少または除去させることができる(Winston et al,1983)。好ましく は、酵素の活性は野生型レベルの多くて50%、更に好ましくは25%、10% または5%以下まで減少させ、最も好ましくは検出されない。Yap3pタンパ ク質分解活性のレベルは、45kDa断片の産生を調べるか、またはCawley et al(1993)でも用いられたAzaryan et al(1993)の125I‐βh‐リポタンパク質ア ッセイにより測定される。Kex2pタンパク質分解活性も同様に、例えばFull er et al(1989)で示されたような、公知アッセイにより測定される。 アルブミンはヒトアルブミンまたはその変種でも、いずれか他の動物からのア ルブミンであってもよい。 “変種”として、我々は保存的または非保存的な挿入、欠失および置換を含み 、このような変化はアルブミンの腫瘍的な(oncotic)、有用なリガンド結合ま たは非免疫原性を実質上変えない。特に、我々はヒトアルブミンの天然多型性変 種;Yap3pにより開裂される領域を含んだヒトアルブミンの断片、例えばY ap3p開裂領域(即ち、nは403‐419である)を含む十分長いEP 3 22 094に開示された断片(即ちHSA(1‐n)、nは369‐419で ある);アルブミン(またはそのYap3p開裂しうる部分)と他のタンパク質 との融合体、例えばWO 90/13653に開示された種類を含めている。 “保存的置換”とは、Gly、Ala;Val、Ile、Leu;Asp、G lu;Asn、Gln;Ser、Thr;Lys、Arg;およびPhe、Ty rのようなグループ内での交換を意味する。 このような変種は、下記のようなタンパク質工学および部位特異的変異誘発の 方法を用いて作ってもよい。 本発明の第二面では天然アルブミンと少くとも90%の配列同一性を有する修 飾アルブミンを提供するが、該天然アルブミンは酵母で発現されたときにS.cere visiae酵母アスパルチルプロテアーゼ3(Yap3p)による開裂をうけやすく 、その修飾アルブミンはこのような開裂を受けにくいことを特徴する。 好ましくは、修飾アルブミンは天然アルブミンタンパク質に存在する一塩基性 アミノ酸を欠く。適切には、上記一塩基性アミノ酸はアルギニンである。好まし くは、修飾アルブミンは天然アルブミンに存在する一対の塩基性アミノ酸、特に Lys、Lys;Lys、Arg;Arg、Lys;またはArg、Argのい ずれかを更に欠いている。このため、1つの具体的態様において、天然アルブミ ンはヒトアルブミンであり、修飾タンパク質はArg410と場合により Lys413Lys414リジンの一方または双方を欠いている。例えば、修飾アルブ ミンはアミノ酸置換(change)R410A、K413Q、K414Qを有するヒ トアルブミンである。牛血清アルブミンにおける等価修飾は、Arg408および /またはArg411Lys412の一方または双方を置換する。当業者であれば、他 のアルブミンで一塩基性部位と塩基性残基の対を容易に特定することができる。 残基の番号付けは正常成熟ヒトアルブミンの配列に相当する。アルブミンが特 定された位置のN末端側で残基の正味欠失または付加を有した変種(例えば多型 体)であるならば、番号付けは2つの配列が見掛け相同性を最大にするように並 べられたときに正常アルブミンの番号位置と整合させた変種アルブミンの残基に 関する。 本発明の第三面では、このような修飾アルブミンをコードしたポリヌクレオチ ドを提供する。 DNAはアルブミンを産生するために適切な酵母(そのDNAが修飾アルブミ ンに関するものか、またはYap3p機能を欠いた酵母)で発現される。このた め、アルブミンをコードするDNAは公知技術に従い用いられ、発現ベクターを 構築するためにここに含まれた開示から適切に修飾され、その後アルブミンの発 現および産生のため適切な酵母細胞を形質転換させるために用いられる。 アルブミンをコードするDNAは、適切な宿主中に導入のため様々な他のDN A配列に結合させてもよい。他のDNAは宿主の性質、宿主中へのDNAの導入 方式と、エピソーム保持または組込みが望まれるかどうかに依存する。 通常、DNAは発現のため適正な向きおよび正しい読み枠でプラスミドのよう な発現ベクター中に挿入される。次いでベクターは標準技術で宿主中に導入され るが、通常形質転換される宿主細胞と合うように選択することが必要である。 次いで、本発明の組換えDNAで形質転換された宿主細胞は、アルブミンを発 現および分泌させるために、ここで開示された教示から当業者に知られる適切な 条件下で十分な時間にわたり培養され、次いで公知のように回収することができ る。 有用な酵母プラスミドベクターはpRS403‐406およびpRS413‐ 416であり、通常Stratagene Cloning Systems,La Jolla,CA 92037,USAから入 手できる。プラスミドpRS403、pRS404、pRS405およびpRS 406はYeast Integrating プラスミド(YIp)であり、酵母選択マーカーH IS3、TRP1、LEU2およびURA3を組込む。プラスミドpRS413 ‐416はYeast Centromereプラスミド(YCp)である。他の酵母発現プラス ミドはEP‐A‐258 067、EP‐A‐286 424およびEP‐A‐ 424 117に開示されている。 本発明の修飾アルブミンをコードするポリヌクレオチドコード配列は、修飾ア ルブミンを産生する上で必要な追加の相違を加えてもよい。例えば、原コドンと 同様のアミノ酸をコードする異なるコドンに代えることができる。一方、置換コ ドンはアルブミンの活性または免疫原性に影響を与えないか、あるいはその活性 または免疫原性を改善し、しかもYap3pプロテアーゼ活性に対するその感受 性を減少させる、異なるアミノ酸をコードしていてもよい。例えば、部位特異的 変異誘発または他の技術もBotstein and Shortle(1985)に記載されたように、置 換、挿入、欠失および転位のような単一または複数変異を作るために用いること ができる。このような修飾コード配列はここに含まれる教示への公知技術の適用 により得られるため、このような修飾コード配列は本発明の範囲内に属する。 本発明の実施に有用と考えられる例示酵母属はPichia、Saccharomyces、Kluyv eromyces、Candida、Torulopsis、Hansenula(現在Pichiaに再分類されている) 、Histoplasma、Schizosaccharomyces、Citeromyces、Pachysolen、Debaromyces 、Metschunikowia、Rhodosporidium、Leucosporidium、Botryoascus、Sporidiob olus、Endomycopsisなどである。好ましい属はPichia、Saccharomyce s、Kluyveromyces、YarrowiaおよびHansenula からなる群より選択されるもので ある。Saccharomyces sp.の例はS.cerevisiae、S.italicusおよびS.rouxiiであ る。Kluyveromyces sp.の例はK.fragilisおよびK.lactisである。Hansenula(P ichia)sp.の例はH.polymorpha(現在Pichia angusta)、H.anomala(現在P.ano mala)およびP.pastorisである。Y.lipolyticaが適切なYarrowia種の例である。 S.cerevisiaeの形質転換方法はEP 251 744、EP 258 067 およびWO 90/01063で概説されており、それらすべてが引用すること により本明細書の開示の一部とされる。S.cerevisiaeに適したプロモーターには 、PGK1遺伝子、GAL1またはGAL10遺伝子、CYC1、PHO5、T RP1、ADH1、ADH2、グリセルアルデヒド‐3‐リン酸デヒドロゲナー ゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ 、トリオースリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、グルコキナ ーゼ、α‐接合因子フェロモン、a‐接合因子フェロモンに関する遺伝子に伴う プロモーター、PRB1プロモーター、GPD1プロモーター、および5′調節 領域の一部と他のプロモーターの5′調節領域の一部または上流活性化部位との ハイブリッドからなるハイブリッドプロモーター(例えば、EP‐A‐258 067のプロモーター)がある。 Schizosaccharomyces pombe で使用上便利な調節プロモーターは、Maundrell( 1990)で記載されたようなnmt遺伝子からのチアミン抑制プロモーターと、Hof fman & Winston(1990)で記載されたようなグルコース抑制fbp1遺伝子プロモ ーターである。 外来遺伝子の発現のためにPichiaを形質転換させる方法は例えばCregg et al (1993)および様々なPhillips特許(例えば、引用することにより本明細書の開示 の一部とされるUS 4 857 467)で開示され、Pichia発現キットはIn vitrogen BV,Leek,NetherlandsおよびInvitrogen Corp.San Diego,Californiaか ら市販されている。適切なプロモーターにはAOX1およびAOX2がある。 上記Gellissen et al(1992)論文とGleeson et al(1986)J.Gen.Microbiol., 132,3459-3465 にはHansenula ベクターの情報と形質転換を含んでいて、適切な プロモーターはMOX1およびFMD1であり、一方EP 361 991、Fl eer et al(1991)とRhone-Poulenc Rorer の他の公開文献ではKluyveromyces spp .で外来タンパク質を発現させる方法について開示していて、適切なプロモータ ーはPGK1である。 転写終結シグナルは、好ましくは、転写終結およびポリアデニル化に適したシ グナルを含む真核細胞遺伝子の3′フランキング配列である。適切な3′フラン キング配列は、例えば用いられる発現コントロール配列と天然で結合される遺伝 子の配列、即ちプロモーターに相当する。一方、それらは異なっていてもよく、 その場合にはS.cerevisiae ADH1遺伝子の終結シグナルが好ましい。 アルブミンは最初に分泌リーダー配列で発現されるが、それは選択された酵母 で有効ないかなるリーダーであってもよい。S.cerevisiaeで有用なリーダーには 接合因子αポリペプチド(MFα‐1)からのものと、EP‐A‐387 31 9のハイブリッドリーダーがある。このようなリーダー(またはシグナル)は、 成熟アルブミンが周囲培地中に放出される前に酵母で開裂される。酵母株がKe x2p活性(または相当物)を欠いている場合とyap3である場合には、Ke x2pによりアルブミンから開裂される必要のない分泌リーダーを選択すること が有利である。このようなリーダーには特開昭62‐096086(91/03 6516として特許)に開示されたS.cerevisiaeインベルターゼ(SUC2)、 酸ホスファターゼ(PHO5)、MFα‐1のプレ配列、β‐グルカナーゼ(B GL2)およびキラー毒素;S.diastaticus グルコアミラーゼII;S.carlsberge nsis α‐ガラクトシダーゼ(MEL1);K.lactisキラー毒素;Candidaグル コアミラーゼのものがある。 本発明の様々な非制限態様は例により、しかも添付図面を参考にして記載され る: 図1は変異rHA発現プラスミドの構築に関する全体スキームであり、HAは ヒトアルブミンコード配列、Lは分泌リーダーをコードする配列、PはPRB1 プロモーター、TはADH1ターミネーター、ampはアンピシリン耐性遺伝子 、およびLEU2はロイシン選択マーカーである。 図2はS.cerevisiaeにより分泌される変異rHAのWestern ブロット分析を表 した図であり、トラックAはDB1 cir°pAYE316(正常rHA)か らの培養上澄を表し、トラックBはDB1 cir+pAYE464(改変1) からの培養上澄を表し、トラックCはDB1 cir+pAYE468(改変3 )からの培養上澄を表す。 図3はpAYE515の構築スキームである。 図4は非還元10%SDS/PAGEにより分離された振盪フラスコ培養物か らの培養上澄の抗HSAWesternブロットの図として表された野生型およびプロ テアーゼ破壊株によるrHA断片産生の比較であり、トラックAはDB1 ci r°pAYE316に相当し、トラックBはDXY10 cir°pAYE31 6(yap3株)に相当し、トラックCはABB50 cir°pAYE316 (yap3、kex2株)に相当する。 図5は図4と同様であるが、フィードバッチ発酵からの培養上澄のCoomassie Brilliant Blue染色12.5%SDS Phastgel(Pharmacla)について示し、即 ちトラックDはHSA標準、トラックEはDB1 cir°pAYE316、ト ラックFはDB1 Δkex2 cir°pAYE522、およびトラックGは DXY10 cir°pAYE522に関する。 図6はpAYE519の構築スキームである。発明の具体的な説明 すべての標準組換えDNA操作は、他で指摘されないかぎりSambrook et al( 1989)に記載された通りである。HSAをコードするDNA配列は、EP 20 1 239に開示されたcDNAに由来している。 例1:HSA cDNAの修飾 rHA断片の作製でエンドプロテアーゼの役割を調べるために、HSA cD NA〔SEQ1(WO 90/01063の人工分泌リーダー配列をコードする 配列を含んでいる)〕を部位特異的変異誘発により修飾した。3つの別々な変化 をHSA配列(SEQ2)に加えた。変異原性プライマーFOG1を用いた第一 の場合ではArg410コドンだけを変化させ、それをAlaコドンに代えて、二 塩基性部位Lys413Lys414をそのままに残した。プライマーFOG2を用い た第二の変化では、LeuLeuValからAlaValAlaに、断片のC末 端残基を含めた残基407‐409を変化させた。プライマーFOG3を用いた 第三の変化では、ArgTyrThrLysLys(SEQ3)からAlaTy rThrGlnGln(SEQ4)に、残基410‐414を変化させた。その オリゴヌクレオチドはそうしたアミノ酸変化だけでなく、変化した配列の検出を 容易にするために変異体でPvuIIまたはSpeI制限部位を作る保存的塩基変 化についてもコードしていた。 HSA cDNAを含んだM13mp19クローン、mp19.7(EP 2 01 239;図2)の一本鎖DNAを、製造業者の指図に従いIn Vitro Mutag enesis System,Version 2(Amersham International plc)を用いて変異誘発反応 用の鋳型として用いた。個々のプラークを選択および配列決定して、変異の存在 について確認した。次いで二本鎖RF DNAを予想された変化のあるクローン から作り、変異のあるDNAをXbaI/SacI断片で切り出した(図1)。 これはpAYE309(EP 431 880;図2)の対応野生型断片を置換 するために用いた。プラスミド内における変異XbaI/SacI断片の存在は 、適宜にPvuIIまたはSpeIで切断することによりチェックした。これらの HindIII 断片を切り出し、発現ベクターpAYE219(図1)中に挿入し て、プラスミドpAYE464(改変1、R410A)、pAYE470(改変 2、L407A、L408VおよびV409A)およびpAYE468(改変3 、R410A、K413Q、K414Q)を作製した。これらの発現プラスミド は、後にADH1転写ターミネーターを続けた変異HAコード配列と枠内で融合 されたHSA/MFα1リーダー配列(WO 90/01063)の発現を行う S.cerevisiae PRB1プロモーター(WO 91/02057)を含んでいる 。プラスミドは、複製機能を示す2μmプラスミドの部分と、形質転換株選択用 のLEU2遺伝子も含んでいる。 pAYE464、pAYE470およびpAYE468を形質転換によりS.ce revisiae DB1 cir+(a、leu2;Sleep et al,1990)中に導入し、 個々の形質転換株をYEPS(1%w/v酵母抽出物、2%w/vペプトン、2 %w/vスクロース)10ml中30℃で3日間増殖させ、その後上澄をrHA 断片の存在について抗HSAWestern ブロットにより試験した。Western ブロッ トでは断片がpAYE464保有株によりなお産生されることを明らかに示した が、そのレベルは野生型rHAを発現するコントロールと比較してやや減少して いた。プラスミドpAYE470における変異は、断片の形成に影響を有しない ようであった。しかしながら、DB1 cir+pAYE468ではHSA関連 バンドの新たなパターンを示し、断片がほとんどまたは全くない。 DB1 cir+pAYE464およびDB1 cir+pAYE468の各々 の1例について、醗酵槽中最少培地でフィードバッチ培養により高細胞密度まで 増殖させた(Collins,1990)。簡単に言えば、10l 作業容量の醗酵槽に50 m l/l の濃縮塩混合液(表1)、10 ml/l の微量元素溶液(表2)、50 ml/ l のビタミン混合液(表3)および20g/l のスクロースを含有した初期バッチ 培地で5l まで満たした。100 ml/l の塩混合液、20 ml/l の微量元素溶液 、100 ml/l のビタミン溶液および500g/l のスクロースを含有した等容量 のフィード培地を計量ポンプで醗酵槽に接続された別のリザーバーに保った。p Hは水酸化アンモニウムまたは硫酸の自動添加により5.7±0.2で維持し、 温度は30℃に維持する。スターラー速度は1v/v/min 空気流速度で>20%空 気飽和の溶解酸素率を示すように調整した。 醗酵槽に緩衝最少培地〔Yeast 窒素ベース(アミノ酸なし、硫酸アンモニウム なし、Difco)1.7g/l、(NH42SO45g/l、クエン酸一水和物6.09g/ l、Na2HPO420.16g/l、スクロース20g/l、pH6.5〕で増殖させ たS.cerevisiaeの一夜培養物100mlを接種した。初期バッチ発酵を炭素源が 消費されるまで進行させてから、計量ポンプのスイッチを入れ、フィードの添加 をWang et al(1979)により開発されたものに基づくアルゴリズムを用いてコン ピューター制御した(マイクロMFCSシステム、B.Braun,Melsungen,Germany )。質量分析器は、発酵からの排ガスをモニターして、セットした増殖速度(例 えば0.1h-1)を維持するようにフィードの添加をコントロールするために、 コンピューターコントロールシステムと併用した。バイオマスへの炭素基質の最 大変換は呼吸係数を1.2以下に維持することで行い(Collins,1990)、こうす ると約100g/l 細胞乾燥重量の細胞密度が得られる。培養上澄をCoomassie 染 色SDS/PAGEおよびWestern ブロットにより野生型rHA産生株の場合と 比較した。これらは、一塩基性Arg410の除去(pAYE464)が有用な量 まで断片のレベルを減少させるが、双方の存在しうるプロテアーゼ部位の除去( pAYE468)だと45kDa断片をほぼ消失させることを示した(図2)。 存在しうるKex2p部位Lys413Lys414の除去効果の不在(Sleep et a l,1990およびここで記載されていない他の研究でも確認)はArg410の除去と 組み合わされていないので複雑な原因であることを示唆したが、上記データはr HA断片の生成が内部タンパク質分解攻撃によることを示唆した。変異rHAと 共に断片の量の減少は、原則として、プロテアーゼ開裂部位の除去によるのでは なく、分子の折りたたみの動力学上における変化の影響によるものであった。 例2:YAP3遺伝子の破壊 酵母アスパルチルプロテアーゼ3をコードするYAP3遺伝子はYAP3コー ド配列の部分を効果的に欠失させる遺伝子破壊プロセス(Rothstein,1983)によ り変異させ、それにより活性YAP3pの産生を妨げた。 YAP3遺伝子の5′および3′末端のPCR増幅に適した4種のオリゴヌク レオチド(Egel-Mitani et al,1990)を、Applied Biosystems 380B Oligonucle otide Synthesiser を用いて合成した。読者を助けるために、我々はSEQ15 としてYAP3遺伝子の配列を含めたが、その541‐2250はコード配列で ある。 5′末端 3′末端 PCR反応を行って、S.cerevisiaeゲノムcDNA(Clontech Laboratories Inc.)からのYAP3遺伝子の5′および3′末端を個別に増幅させた。条件は 次の通りであった:2.5μg/mlゲノムDNA、5μg/mlの各プライマーで40 サイクルにわたり、94℃で61秒間変性、37℃で121秒間アニーリング、 72℃で181秒間伸長させ、その後4℃浸漬し、製造業者の勧めに従いPerkin -Elmer-Cetus Thermal Cycler およびPerkin-Elmer-Cetus PCRキットを使用 した。産物はゲル電気泳動で分析したところ、予想サイズであることがわかった 。5′断片をSphIで切断し、pUC19HX(HindIII を欠いたpUC 19)のSphI部位中にクローニングして、pAYE511(図3)を得たが 、その方向はYAP3がpUC19HXポリリンカーのKpnI部位に転写され るようになっている。3′YAP3断片をHindIIIおよびAsp718(K pnIのアイソシゾマー)で切断し、HindIII/Asp718で切断された pUC19中に結合させて、pAYE512を得た。プラスミドDNA配列決定 をインサートで行って、望ましい配列がクローニングされたことを確認した。次 いでpAYE512のHindIII/Asp718をpAYE511の対応部位 中にサブクローニングしてpAYE513(図3)を得たが、YAP3の5′お よび3′領域はそれらの間にユニークHindIII部位を有して正しい向きをと っている。URA3遺伝子をHindIII断片としてYEp24(Botstein et a l,1979)から単離し、その後この部位中に挿入して、pAYE515(図3)を 得たが、そこではURA3がYAP3の5′および3′領域に隣接していて、Y AP3の反対方向に転写される。 株DB1 cir°pAYE316(Sleep et al,1991)のura3誘導体を ランダム化学的変異誘発と5‐フルオロオロチン酸耐性の選択により得た(Boek e et al,1987)。その株を緩衝最少培地100mlで一夜増殖させ、細胞を遠心 により集め、その後滅菌水で1回洗浄した。次いで細胞を滅菌水10mlに再懸 濁し、そのうち2mlを別の15ml Falcon管に入れた。次いでN‐メチル‐ N′‐ニトロ‐N‐ニトロソグアニジン(NTG)の5mg/ml 溶液を次のように 管に加えた:0μl、20μl、40μl、80μl または160μl。次いで細胞 を30℃で30分間インキュベートし、その後遠心して、滅菌水で3回洗浄 した。最後に、細胞を1mlYEP(1%w/v酵母抽出物、2%w/vBacto ペプトン)に再懸濁し、4℃で貯蔵した。変異原性処理から生き延びた細胞のパ ーセンテージは、2%w/vスクロース含有YEPプレート上にサンプルの希釈 物を塗布して、30℃で3日間インキュベートすることにより決定した。約50 %生存率を示した処理からの細胞を2%w/vスクロース含有YEPプレート上 で増殖させ、その後2%w/vスクロース含有YNB最少培地上でレプリカ培養 し、5‐フルオロオロチン酸(1 mg/ml)およびウラシル(50μg/ml)で補充 した。この培地で増殖できるコロニーを精製し、それらがウラシル補充なしだと 増殖できずに、この欠陥が形質転換によるURA3遺伝子の導入で直せることを 試験して確かめた。1つのこのような株、DBU3 cir°pAYE316を pAYE515のSphI/Asp718 YAP3‐URA3‐YAP3断片 で形質転換し、Ura+コロニーについて選択した。いくつかの形質転換株の切 断ゲノムDNAのサザンブロットをYAP3遺伝子の5′および3′末端でプロ ービングして、YAP3遺伝子の破壊を確かめた。2形質転換株のYEPS振盪 フラスコ上澄の抗HSA Westernブロットでは、YAP3の破壊がrHA断片レ ベルを著しく減少させることを示した。 DXY10 cir°pAYE316と表示される、DBU3 cir°pA YE316の1つのyap3誘導体を、最少培地で高細胞乾燥重量までフィード バッチ発酵により数回増殖させた。上澄をCoomassie 染色PAGEおよび抗HS A Westernブロットで試験したところ(図4および5)、rHA 45kDa断 片レベルの減少は明白であり、分解産物の量の評価はYAP3親でみられたレベ ルの1/3〜1/5である。産生されたrHAの量はyap3変異で悪影響をう けず、実際にDXY10 cir°pAYE316はYAP3相当物、DB1 cir°pAYE316よりも30〜50%多くrHAを産生することがわかっ た。HA配列からのリーダー配列の開裂が1対の塩基性残基に対してC末端側に あるという事実にもかかわらず、rHAは正しいN末端を有することがわかった 。 発酵ブロスを遠心して細胞を除去し、その後次のようにアフィニティクロマト グラフィー精製に付した。培養上澄をCibacron Blue F3GA Sepharoseカラム(Pha rmacia)に通して、その後pH8.0の0.1Mリン酸グリシン緩衝液で洗浄し た。次いでrHAを2M NaCl、0.1Mリン酸グリシン、pH8.0でカ ラムから溶出させたところ、それは純度>95%であった。それは当業界で知ら れる技術により更に精製してもよい。 一方、アルブミンは血清または発酵培地からアルブミンを精製するための様々 な公知技術、例えばWO 92/04367、Maurel et al(1989)、Curling(19 80)およびEP 524 681に開示された技術により培地から精製してもよ い。 例3:yap3株におけるKEX2遺伝子の破壊 Yap3およびKex2p活性を双方とも欠いた株を作製するために、酵母株 DXY10 cir°(pAYE316)のlys2誘導体をランダム化学的変 異誘発とα‐アミノアジペート耐性の選択により得た(Barnes and Thorner,1985 )。細胞を例2のように変異誘発させ、その後2%w/vスクロース含有YNB 最少培地に塗布し、唯一窒素源として2 mg/mlDL‐α‐アミノアジペートおよ び30μg/mlリジンで補充した。この培地で増殖できるコロニーを精製し、それ らがリジン補充なしだと増殖できずに、この欠陥が形質転換によるLYS2遺伝 子の導入で直せることを試験して確かめた。次いでこの株はKEX2コード配列 の部分を効果的に破壊する遺伝子破壊のプロセスにより変異させ、それにより活 性Kex2pの産生を妨げた。KEX2遺伝子の配列をSEQ14としてここに 再現しているが、その1329‐3773はコード配列である。 KEX2遺伝子の5′および3′末端のPCR増幅に適した4種のオリゴヌク レオチド(Fuller et al,1989)を、Applied Biosystems 380B Oligonucleotide Synthesiser を用いて合成した。 5′末端 3′末端 PCR反応を行って、S.cerevisiaeゲノムcDNA(Clontech Laboratories Inc.)からのKEX2遺伝子の5′および3′末端を個別に増幅させた。条件は 次の通りであった:2.5μg/mlゲノムDNA、5μg/mlの各プライマーで40 サイクルにわたり、94℃で61秒間変性、37℃で121秒間アニーリング、 72℃で181秒間伸長させ、その後4℃浸漬し、製造業者の勧めに従いPerkin -Elmer-Cetus Thermal Cycler およびPerkin-Elmer-Cetus PCRキットを使用 した。産物はゲル電気泳動で分析したところ、予想サイズであることがわかった (5′産物の場合0.9kbおよび3′産物の場合0.62kb)。5′産物を BamHIおよびHindIIIで切断し、3′産物をHindIIIおよびSalI で切断して、その後2つの断片をBamHIおよびSalIで切断されたpUC 19HX中に一緒にクローニングした。次いでS.cerevisiae LYS2遺伝子(B arnes & Thorner,1985)を含んだ4.8kbHindIII断片を得られたプラスミ ド中にHindIII(即ち2つのKEX2断片間)のところで挿入して、pAY E519(図6)を形成させた。 DXY10 cir°(pAYE316)のlys2誘導体、lys2‐16 をpAYE519の6.0kb KEX2‐LYS2‐KEX2断片で形質転換 し、Lys+コロニーについて選択した。いくつかの形質転換株の切断ゲノムD NAのSouthernブロットをKEX2遺伝子の5′および3′末端でプロービング して、KEX2遺伝子の破壊を確かめた。これら形質転換株のYEPS振盪フラ スコ培養上澄の抗HSA Westernブロットでは、下記例4でKEX2のみの破壊 効果の欠如にもかかわらず、yap3株におけるKEX2の破壊がrHA断片レ ベルを更になお減少させることを示した。1つのこのような株ABB50で産生 されるrHAの分析では、リーダー配列が不正確にプロセッシングされて、異常 N末端になることを示した。 株ABB50(pAYE316)をそのプラスミドから直して(Sleep et al, 1991)、類似プラスミドpAYE522で形質転換させたところ、ハイブリッド リーダー配列はS.cerevisiaeインベルターゼ(SUC2)リーダー配列に置き換 わって、コードされるリーダーおよびHSA配列とのジャンクションが下記の通 りになった: MLLQAFLFLLAGFAAKISA↓DAHKS (SEQ13) インベルターゼリーダー HSA この構築体では、HSAからリーダー配列の開裂がKex2プロテアーゼの活 性に依存していない。株ABB50(pAYE522)は同様に非常に低いレベ ルのrHA断片と共にrHAを産生することがわかったが、この場合だとN末端 は血清由来HSAのものに相当しており、即ちリーダー配列の効率的で正確な除 去があった。 例4:KEX2遺伝子単独の破壊(比較例) 例3に開示された場合と同様の方法により、KEX2遺伝子をS.cerevisiaeで 破壊した。この株はYap3pタンパク質分解活性を有しており、したがって本 発明の範囲内に属さなかった。この株をフィードバッチ発酵で増殖させたとき、 産生されたrHAは完全KEX2遺伝子を有する株で産生された場合と同様の断 片量を含有していた。加えて、rHAの全体レベルも減少しており、リーダー配 列は正確にプロセッシングされずに、異常N末端を生じた。 例5:Pichiaで相当プロテアーゼの同定 前記のように、非Saccharomyces 酵母も同様にrHAの望ましくない断片を産 生し、したがってYap3pタンパク質分解活性を有している。我々はプローブ としてS.cerevisiae YAP3遺伝子を用いてPichia angusta DNAのSouthe rnハイブリッド形成を行うことによりこれを確認した。特異的DNA断片を同定 したところ、P.angusta にYap3pタンパク質分解活性が存在するだけでなく 、YAP3遺伝子の特異的ホモローグも存在することを示した。 YAP3ホモローグの検出に用いられたSouthernハイブリッド形成の方法は、 標準操作(Sambrook et al,1989)を用いてPichia DNAのゲノムDNAライブ ラリーから遺伝子配列をクローニングするために応用することができる。Pichia sp.におけるYAP3ホモローグの破壊も、Saccharomyces について上記で用い られた場合と同様の技術を用いて行うことができる(cregg and Madden,1987)。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI C12P 21/02 A61K 37/02 ABN //(C12N 1/19 C12R 1:865) (C12P 21/02 C12R 1:865) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FR,GB,GR,IE,IT,LU,M C,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF,CG ,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,SN, TD,TG),AP(KE,MW,SD,SZ,UG), AM,AT,AU,BB,BG,BR,BY,CA,C H,CN,CA,DE,DK,EE,ES,FI,GB ,GE,HU,JP,KE,KG,KP,KR,KZ, LK,LR,LT,LU,LV,MD,MG,MN,M W,MX,NL,NO,NZ,PL,PT,RO,RU ,SD,SE,SG,SI,SK,TJ,TT,UA, UG,US,UZ,VN

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. アルブミンが培地中に分泌されるように培地で酵母を培養することを含 む、アルブミンを産生および分泌するように遺伝子修飾された酵母からの分泌に よりアルブミンを製造するための方法であって、該酵母細胞が減少したレベルの 酵母アスパルチルプロテアーゼ3タンパク質分解活性を有することを特徴とする 方法。 2. タンパク質分解活性が、ポリペプチドにおける一塩基性部位におよび一 対の塩基性アミノ酸に特異的なエンドプロテアーゼ活性である、請求項1に記載 の方法。 3. 酵母がS.cerevisiaeである、請求項1または2に記載の方法。 4. 酵母が機能性YAP3遺伝子またはそのホモローグを欠く、請求項1、 2または3に記載の方法。 5. 酵母細胞が減少したレベルのS.cerevisiae Kex2pタンパク質分解 活性を更に有する、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。 6. アルブミンがヒトアルブミンである、請求項1〜5のいずれか一項に記 載の方法。 7. アルブミンをコードするポリヌクレオチド配列と、第一ポリヌクレオチ ド配列から発現されたアルブミンを酵母から分泌させる分泌シグナルをコードす る第二ポリヌクレオチド配列とを含んだ酵母細胞の培養物であって、該酵母細胞 が減少したレベルの酵母アスパルチルプロテアーゼ3タンパク質分解活性を有す ることを特徴とする培養物。 8. アルブミンがヒトアルブミンである、請求項7に記載の培養物。 9. 酵母がS.cerevisiaeである、請求項7または8に記載の培養物。 10. シグナルが、酵母からアルブミンの放出前に、酵母により開裂される 、 請求項7〜9のいずれか一項に記載の培養物。 11. 酵母細胞が減少したレベルのKex2pタンパク質分解活性を更に有 する、請求項7〜10のいずれか一項に記載の培養物。 12. 分泌シグナルがKex2p以外のプロテアーゼによりアルブミンから 開裂される、請求項11に記載の培養物。 13. 天然アルブミンと少くとも90%の配列同一性を有する修飾アルブミ ンであって、該天然アルブミンは酵母で発現および分泌されたときに酵母アスパ ルチルプロテアーゼ3(Yap3p)による開裂をうけやすく、このような開裂 を受けにくいことを特徴とする修飾アルブミン。 14. 天然アルブミンタンパク質に存在する一塩基性アミノ酸を欠く、請求 項13に記載の修飾アルブミン。 15. 一塩基性アミノ酸がアルギニンである、請求項13または14に記載 の修飾アルブミン。 16. 天然アルブミンに存在する一対の塩基性アミノ酸を更に欠く、請求項 14または15に記載の修飾アルブミン。 17. 一対のアミノ酸がLys、Lys;Lys、Arg;Arg、Lys ;またはArg、Argである、請求項16に記載の修飾アルブミン。 18. 天然アルブミンがヒトアルブミンであり、修飾タンパク質がArg41 0 を欠き、場合により残基413および414が各々リジンまたはアルギニンで はない、請求項13に記載の修飾アルブミン。 19. アミノ酸置換R410A、K413Q、K414Qを有するヒトアル ブミンである、請求項18に記載の修飾アルブミン。 20. 請求項13〜19のいずれか一項に記載の修飾アルブミンをコードす るポリヌクレオチド。 21. 請求項20に記載されたポリヌクレオチドと、修飾アルブミンが酵母 で発現されるような転写シグナルと、そして修飾アルブミンが酵母から分泌され るように上記ポリヌクレオチドと隣接する更なるポリヌクレオチドとを含む酵母 。
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