JP7209977B2 - ニコチンアミド誘導体を製造するための組換え微生物及び方法、並びにそれに用いられるベクター - Google Patents

ニコチンアミド誘導体を製造するための組換え微生物及び方法、並びにそれに用いられるベクター Download PDF

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Description

本発明は、ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)等のニコチンアミド誘導体(NAm誘導体)を製造するための新規な組換え微生物、及び、NAm誘導体を製造するための新規な製造方法に関すると共に、これらに用いられる新規なベクターに関する。
ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)は、リボース及びニコチンアミドに由来するヌクレオチドである。NADは、生体内の種々の酸化還元反応において補酵素として機能し、好気呼吸(酸化的リン酸化)の中心的な役割を果たしていることが知られている。生体内において、NADは、酸化型(NAD)及び還元型(NADH)の2つの状態を取り得る。本明細書において「NAD」という用語は、特に断り書きが無い限り、酸化型(NAD)及び還元型(NADH)の両者を包括的に表すものとする。
NADの生合成経路は複数存在するが、哺乳類細胞ではニコチンアミド(NAm)を出発物質とし、そこから2段階の酵素反応を経てNADを合成する経路が主である。第1段階では、細胞内に取り込まれたNAmが、5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸(PRPP)の存在下、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ(NAMPT:NMN合成酵素)により、ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)及びピロリン酸(P-Pi)に変換される。続く第2段階では、前段階で得られたNMNが、アデノシン三リン酸(ATP)の存在下、ニコチンアミド/ニコチン酸モノヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ(NMNAT)により、NADへと変換される。
ここで、上記生合成経路においてNADの前駆体となるNMNは、ミトコンドリアの活性化や、いわゆる長寿遺伝子であるサーチュイン遺伝子の活性化等、種々の機能を有することが知られている。特に生体内では、加齢に伴うNMN生成能力の低下により、NADも減少し、ミトコンドリアの活性低下や、細胞核の損傷が進むと考えられている。更には、インスリン抵抗性、糖尿病、癌、アルツハイマー病等の老化関連疾患に、NMNが関与しているとの報告もなされている。このため、NMNは、種々のリサーチツールやNADの合成中間体、更には薬効成分等として注目されている。
また、NMNは、NADの合成中間体のみならず、ニコチンアミドリボシド(NR)やニコチン酸モノヌクレオチド(NaMN)等の各種のニコチンアミド誘導体(NAm誘導体)の合成中間体としても、その利用が見込まれている。
Figure 0007209977000001
NMNの合成法としては、従来、有機合成による手法、NADの分解による手法、微生物を用いた合成生物学的手法等が知られている。
有機合成による手法は、D-リボースから数工程を経てNMNを合成する手法である(特許文献1:米国特許出願公開第2018/0291054号明細書)。しかし、本手法では、数段階の合成工程を要するために、合成に時間及びコストがかかる。
NADの分解による手法は、酵母に生合成させたNADを単離することなくそのまま酵素で分解してNMNを得る手法である(特許文献2:国際公開第2017/200050号)。しかし、本手法では、菌体当たりのNMNの生産性が非常に悪い。
微生物を用いた合成生物学的手法は、大腸菌等の宿主微生物を遺伝子組換えすることにより、前記の哺乳類におけるNADの主要生合成系の第1段階、即ち、NAm及びPRPPからNAMPTによりNMNへの変換を触媒する酵素(NAMPT:NMN合成酵素)と同様の酵素を発現する組換え微生物を構築し、得られた組換え微生物を用いてNMNを合成する手法である(特許文献3:国際公開第2015/069860号;非特許文献1:Mariescu et al., Scientific reports, August 16, 2018, Vol.8, No.1, pp.12278)。しかし、本手法では、NMNを生産するために長時間を要する上に、得られるNMNの量が少なく、実用に足る生産性が得られていない。
米国特許出願公開第2018/0291054号明細書 国際公開第2017/200050号 国際公開第2015/069860号
Mariescu et al., Scientific reports, August 16, 2018, Vol.8, No.1, pp.12278
以上の背景から、ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)等のニコチンアミド誘導体(NAm誘導体)を効率的に合成することが求められている。
本発明者等は上記課題に鑑み、微生物を用いた従来のNMNの合成生物学的生産系を検証し、これを改良するべく鋭意検討した結果、NMNの生合成の鍵となる酵素(NAMPT)として、優れた活性を有する特定の酵素を宿主微生物に組換え導入して発現させ、NMNの合成効率を強化することにより、NMNの生産効率が顕著に改善されることを見出した。また、NMN合成の反応物であるNAmやその誘導体であるNA(なお、NAm及びNAを総称して「ナイアシン」という場合がある。)の宿主微生物細胞への取り込みを促進するタンパク質(ナイアシン輸送体)、及び/又は、NMN等のNAm誘導体の宿主微生物細胞からの排出を促進するタンパク質(NAm誘導体輸送体)として、優れた活性を有する特定のタンパク質を、宿主微生物に組換え導入して発現させ、NAmの宿主微生物細胞への取り込み効率を強化することにより、NMNの生産効率が更に改善されることを見出した。また、NMN合成のもう一つの反応物であるPRPPの生合成系を構成する一連の酵素群のうち1又は2の酵素として、優れた活性を有する特定の酵素を宿主微生物に組換え導入して発現させ、PRPPの合成効率を強化することによっても、NMNの生産効率が更に改善されることを見出した。加えて、斯かるNMN系を利用すれば、NMNのみならずNAD、NR、NaMN等の他のNAm誘導体についても、高い効率での製造が可能となることを見出した。各種の本発明は、これらの新たな知見に基づきなされたものである。
即ち、本発明は以下に関する。
[1]ニコチンアミド誘導体を産生するための微生物であって、
前記微生物が、ニコチンアミド及び5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸からニコチンアミドモノヌクレオチドを生成するニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ(NAMPT)を発現する、及び/又は、前記NAMPTのアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより形質転換されてなるとともに、
前記NAMPTによるニコチンアミドからニコチンアミドモノヌクレオチドへの変換効率が、ヒトNAMPTの5倍以上である、組換え微生物。
[2]前記NAMPTが、配列番号3又は配列番号6に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドからなる、[1]の組換え微生物。
[3]前記微生物が更に、ニコチン酸及び/又はニコチンアミドの細胞内取り込みを促進するナイアシン輸送体を発現する、及び/又は、前記ナイアシン輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより形質転換されてなるとともに、
前記ナイアシン輸送体が、宿主微生物によるニコチン酸及び/又はニコチンアミドの細胞内取り込み効率を1.1倍以上に増加させる、[1]又は[2]の組換え微生物。
[4]前記ナイアシン輸送体が、配列番号9又は配列番号12に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドからなる、[3]の組換え微生物。
[5]前記微生物が更に、ニコチンアミド誘導体の細胞外排出を促進するニコチンアミド誘導体輸送体を発現する、及び/又は、前記ニコチンアミド誘導体輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより形質転換されてなるとともに、
前記ニコチンアミド誘導体輸送体が、宿主微生物によるニコチンアミド誘導体の細胞外排出効率を3倍以上に増加させる、[1]~[4]の組換え微生物。
[6]前記ニコチンアミド誘導体輸送体が、配列番号15に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドからなる、[5]の組換え微生物。
[7]前記微生物が更に、グルコース-6-リン酸から5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸を合成する経路を促進する1又は2以上の酵素を更に発現する、及び/又は、前記1又は2以上の酵素のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより更に形質転換されてなる、[1]~[6]の組換え微生物。
[8]前記1又は2以上の酵素が、ホスホグルコースイソメラーゼ、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、6-ホスホグルコノラクトナーゼ、6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ、リボース-5-リン酸イソメラーゼ、及びホスホリボシルピロリン酸シンターゼからなる群より選択される1又は2以上の酵素である、[7]の組換え微生物。
[9]前記ホスホグルコースイソメラーゼが、配列番号18に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドであり、
前記グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼが、配列番号21に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドであり、
前記6-ホスホグルコノラクトナーゼが、配列番号24に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドであり、
前記6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼが、配列番号27に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドであり、
前記リボース-5-リン酸イソメラーゼが、配列番号30又は33に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドであり、
前記ホスホリボシルピロリン酸シンターゼが、配列番号36に示すアミノ酸配列と80%以上の配列相同性を有するポリペプチドである、[8]の組換え微生物。
[10]前記ニコチンアミド誘導体が、ニコチンアミドモノヌクレオチド、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド、ニコチンアミドリボシド、ニコチン酸モノヌクレオチド、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸、及び、ニコチン酸アデニンジヌクレオチドからなる群より選択される、[1]~[9]の組換え微生物。
[11]組換え微生物が大腸菌又は酵母である、[1]~[10]の組換え微生物。
[12]ニコチンアミド誘導体を産生するための方法であって、[1]~[11]の組換え微生物にニコチンアミドを供給し、前記微生物により生成されたニコチンアミド誘導体を回収することを含む方法。
[13]回収されたニコチンアミド誘導体を精製することを更に含む[12]の方法。
[14]ニコチンアミド及び5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸からニコチンアミドモノヌクレオチドを生成するニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ(NAMPT)のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターであって、前記核酸が、配列番号2又は配列番号5に記載の塩基配列と80%以上の配列同一性を有する塩基配列を含むベクター。
[15]ニコチン酸及び/又はニコチンアミドの細胞内取り込みを促進するナイアシン輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターであって、前記核酸が、配列番号8又は配列番号11に記載の塩基配列と80%以上の配列同一性を有する塩基配列を含むベクター。
[16]ニコチンアミド誘導体の細胞外排出を促進するニコチンアミド誘導体輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターであって、前記核酸が、配列番号14に記載の塩基配列と80%以上の配列同一性を有する塩基配列を含むベクター。
本発明によれば、NMN等のNAm誘導体を効率的に合成することが可能となる。
図1は、本発明に係るNAm誘導体の合成生物学的生産系の例を模式的に示す図である。
以下、本発明を具体的な実施の形態に即して詳細に説明する。但し、本発明は以下に開示される実施の形態に束縛されるものではなく、本発明の趣旨を逸脱しない範囲において、任意の形態で実施することが可能である。
なお、本開示で引用する特許公報、特許出願公開公報、及び非特許文献は、何れもその全体が援用により、あらゆる目的において本開示に組み込まれるものとする。
また、本開示において「核酸」には、リボ核酸、デオキシリボ核酸、又は何れの核酸の修飾体も含まれ、また、一本鎖又は二本鎖の何れも含まれる。また、本開示における核酸(遺伝子)は、当業者に公知の公的機関のデータベース又は本明細書に開示する塩基配列に基づき作製したプライマー又はプローブ等を用いて、当業者に公知の任意の方法で調製することができる。例えば、各種のPCRその他の当業者に公知のDNA増幅技術を用いることにより、該遺伝子のcDNAとして容易に得ることができる。あるいは、当業者であれば、本明細書中に開示する配列情報に基づいて、適宜既存技術を用いて、核酸を合成することができる。
また、本開示において、核酸又は遺伝子がタンパク質又はポリペプチドを「コードする」とは、斯かるタンパク質又はポリペプチドをその活性を備えた状態で発現させることを意味している。また、本開示における「コードする」には、本発明に係るタンパク質を連続する構造配列(エクソン)としてコードすることと、該タンパク質を適当な介在配列(イントロン)を介してコードすることの両者が含まれる。
また、本開示において、核酸又は遺伝子のクローニングや、ベクターの設計及び作製、細胞への形質転換、タンパク質又はポリペプチドの発現等の遺伝子工学的な手法については、例えばSambrook, J. et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989等の記載を参照することができる。
[I.概要]
まず、本発明の概要から説明する。
前述のように、微生物を用いてニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)を合成生物学的に製造する試みとして、大腸菌等の宿主微生物を遺伝子組換えすることにより、前記の哺乳類におけるニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)の主要生合成系と同様の酵素を発現する組換え微生物を構築し、得られた組換え微生物を用いてNMNを合成する手法が提案されてきた(特許文献3:国際公開第2015/069860号;非特許文献1:Mariescu et al., Scientific reports, August 16, 2018, Vol.8, No.1, pp.12278)。しかし、斯かる従来の手法では、NMNを生産するために長時間を要する上に、得られるNMNの量が低く、実用に足る生産性が得られていないという課題があった。
本発明は、微生物を用いた従来のNMNの合成生物学的生産系に基づくNAm誘導体合成系であって、NAm誘導体の合成及び/又は輸送に関与する各種の酵素及び/又は輸送体タンパク質を微生物に導入して発現させることにより、NMN等のNAm誘導体の生産効率を向上させるものである。
本発明の一態様に係るNAm誘導体の合成生物学的生産系の例について、図1を用いてより具体的に説明する。但し、図1はあくまでも例示であり、本発明は図1に示す合成系に限定される訳ではない。
図1に示す合成生物学的NAm誘導体合成系は、宿主微生物細胞内に、一連の酵素群からなるNAm誘導体の合成系を含む。図1に示すように、NMN合成系の主反応経路は、NAm及びPRPPを、NMN及びP-Piに変換する反応経路である。
NAm誘導体合成系の主反応経路の一方の反応物であるNAmは、宿主微生物の細胞外から細胞内に取り込まれる。また、同様に宿主微生物の細胞外から細胞内に取り込まれるNAとNAmとは、ニコチンアミダーゼにより相互変換される。
NAm誘導体合成系の主反応経路の他方の反応物であるPRPPは、宿主微生物の細胞外から細胞内に取り込まれたグルコース(Glu)から、以下の一連の反応経路を経て合成される。
・ヘキソキナーゼ(HK)によるグルコース(Glu)からグルコース-6-リン酸(G6P)へのリン酸化。
・ホスホグルコースイソメラーゼ(PGI)によるフルクトース-6-リン酸(F6P)からグルコース-6-リン酸(G6P)への変換。
・グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ(GPD)によるG6Pから6-ホスホグルコノ-1,5-ラクトン(6PGL)への変換。
・6-ホスホグルコノラクトナーゼ(PGL)による6PGLから6-ホスホグルコン酸(6PG)への変換。
・6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ(PGD)による6PGからリブロース-5-リン酸(Ru5P)への変換。
・リボース-5-リン酸イソメラーゼ(RPI)によるRu5Pからリボース-5-リン酸(R5P)への変換。
・ホスホリボシルピロリン酸シンターゼ(PRS)によるR5Pから5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸(RRPP)への変換。
また、上記主反応により生成したNMNは、NMNATによりNADへ、ニコチンアミドヌクレオチドアミダーゼ(NANA)によりニコチン酸モノヌクレオチド(NaMN)へ、ニコチンアミドモノヌクレオチド-5-ヌクレオチダーゼ(NMNN)によりニコチンアミドリボシドへとそれぞれ変換され、適宜細胞外へと排出される。
本発明の一態様によれば、NMNの生合成の鍵となる酵素(NAMPT:NMN合成酵素)として、優れた活性を有する特定の酵素を宿主微生物に組換え導入して発現させ、NMNの合成効率を強化することにより、NAm誘導体の生産効率を改善する。
本発明の好ましい態様によれば、前記NAm誘導体合成系に対して、NAm及び/又はNA(ナイアシン)の宿主微生物細胞への取り込みを促進する輸送体タンパク質(ナイアシン輸送体)として、優れた活性を有する特定のタンパク質を、宿主微生物に組換え導入して発現させ、ナイアシンの宿主微生物細胞への取り込み効率を強化することにより、NAm誘導体の生産効率を更に改善する。
本発明の別の好ましい態様によれば、前記NAm誘導体合成系に対して、更にNMN合成のもう一つの反応物であるPRPPの生合成系を構成する一連の酵素群(GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRS)のうち1又は2の酵素として、優れた活性を有する特定の酵素を宿主微生物に組換え導入して発現させ、PRPPの合成効率を強化することにより、NAm誘導体の生産効率を更に改善する。
本発明の別の好ましい態様によれば、前記NAm誘導体合成系に対して、NAm誘導体の宿主微生物細胞からの排出を促進する輸送体タンパク質(NAm誘導体輸送体)として、優れた活性を有する特定のタンパク質を、宿主微生物に組換え導入して発現させ、産生されたNAm誘導体の宿主微生物細胞からの排出効率を強化することにより、NAm誘導体の生産効率を更に改善する。
特に、本発明では、前記NAm誘導体合成系に対して、前記特定のNAMPT(NMN合成酵素)、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及びPRPP合成酵素(GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRS)のうち複数、好ましくは全てを組合せて組換え微生物に導入することにより、最終的なNAm誘導体の生産効率は格段に改善されることになる。
本発明の合成系により製造されるNAm誘導体としては、これらに制限されるものではないが、NMNの他、NAD、ニコチンアミドリボシド(NR)、ニコチン酸モノヌクレオチド(NaMN)、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸(NADP)、ニコチン酸アデニンジヌクレオチド等が挙げられる。
次章以降の記載では、主に本発明の合成系によりNMNを合成する場合について説明するが、NMN以外のNAm誘導体を合成する場合についても以下に略述しておく。
例えば、本発明の合成系によるNADの合成は、NMN合成のための一連の遺伝子を組み込んだ宿主微生物に対して、更にNMNをNADへと変換するニコチンアミド/ニコチン酸モノヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ(NMNAT)を、前記と同様の手順により組換え導入して発現させ、NMNからNADへの変換効率を強化することにより、達成することができる。
また、本発明の合成系によるNADPの合成は、NMN合成のための一連の遺伝子を組み込んだ宿主微生物に対して、更に前述のNMNAT、及び、NADをNADPへと変換するNADキナーゼを、前記と同様の手順により組換え導入して発現させ、NMNからNADへの変換効率及びNADからNADPへの変換効率を強化することにより、達成することができる。
また、本発明の合成系によるNRの合成は、NMN合成のための一連の遺伝子を組み込んだ宿主微生物に対して、更にNMNをNRへと変換するニコチンアミドモノヌクレオチド-5-ヌクレオチダーゼ(NMNN)を、前記と同様の手順により組換え導入して発現させ、NMNからNRへの変換効率を強化することにより、達成することができる。
また、本発明の合成系によるNaMNの合成は、NMN合成のための一連の遺伝子を組み込んだ宿主微生物に対して、更にNMNをNaMNへと変換するニコチンアミドヌクレオチドアミダーゼ(NANA)を、前記と同様の手順により組換え導入して発現させ、NMNからNaMNへの変換効率を強化することにより、達成することができる。
以上の構成を有する本発明のNAm誘導体合成系を用いた方法によれば、従来の合成生物学的なNMNの生産方法と比較して、NMN等のNAm誘導体の生産効率を大幅に改善することができる。例えば、後述の実施例に示す結果によれば、本発明のNAm誘導体合成系を用いた方法では、従来の合成生物学的方法によるNMNの生産量と比較して、10倍を超える量のNMNが生産されることが分かる。また、本発明のNAm誘導体の合成系を用いた方法では、副産物が低減され、NMN等のNAm誘導体の選択性にも優れている。
[II.酵素]
次に、本発明で使用されるNAm誘導体の生産に関与する酵素について説明する。
なお、本開示において、2つのアミノ酸配列の「相同性」とは、両アミノ酸配列をアラインメントした際に各対応箇所に同一又は類似のアミノ酸残基が現れる比率であり、2つのアミノ酸配列の「同一性」とは、両アミノ酸配列をアラインメントした際に各対応箇所に同一のアミノ酸残基が現れる比率である。
なお、2つのアミノ酸配列の「相同性」及び「同一性」は、例えばEMBOSSパッケージ(EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite, Rice et al., 2000, Trends Genet. 16: 276-277)(好ましくはバージョン5.00又はそれ以降)のNeedleプログラムにより、Needleman-Wunschアルゴリズムを使用して決定することができる(Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48: 443-453)。
また、類似のアミノ酸としては、例えば以下に記載の構造・特性・側鎖の種類等に基づく分類において、同一の群に属するアミノ酸が挙げられる。
芳香族アミノ酸:F、H、W、Y;
脂肪族アミノ酸:I、L、V;
疎水性アミノ酸:A、C、F、H、I、K、L、M、T、V、W、Y;
荷電アミノ酸:D、E、H、K、R等:
正荷電アミノ酸:H、K、R;
負荷電アミノ酸:D、E;
極性アミノ酸:C、D、E、H、K、N、Q、R、S、T、W、Y;
小型アミノ酸:A、C、D、G、N、P、S、T、V等:
超小型アミノ酸:A、C、G、S;
脂肪族側鎖を有するアミノ酸:G、A、V、L、I;
芳香族側鎖を有するアミノ酸:F、Y、W;
硫黄含有側鎖を有するアミノ酸:C、M;
脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸:S、T;
塩基性側鎖を有するアミノ酸:K、R、H;
酸性アミノ酸及びそれらのアミド誘導体:D、E、N、Q。
(1)NAm及びPRPPからのNMNの合成を触媒する酵素(NMN合成酵素):
NAm及びPRPPからのNMNの合成を触媒するNMN合成酵素(NAMPT)としては、従来、種々の微生物に由来する種々の酵素が知られている。ひいては、斯かる公知の酵素を適宜選択して使用することが可能である。
本発明では、NMN合成酵素(NAMPT)として優れた活性を有する特定の酵素を使用することが好ましい。NAMPTの活性が低いと、基質であるNAm及びPRPPからのNMN生産の選択率が低下するからである。また、NMNを生産する時間を要することとなり、NMNの分解及び変換の影響を受けて、生産量が低下する可能性があるからである。斯かる高活性なNMN酵素を以下適宜「本発明のNMN合成酵素」という場合がある。但し、本発明で使用可能なNMN合成酵素(NAMPT)は、以下に限定されるものではない。
具体的に、本発明のNMN合成酵素(NAMPT)は、NAmからNMNへの変換効率(NAMPT変換効率)が、ヒトNAMPTのNAMPT変換効率と比較して、通常5倍以上、中でも7倍以上、更には9倍以上であることが好ましい。後述の[実施例]の欄に示すように、本発明者等の検討によれば、変換効率が2倍又は3倍のNAMPTを発現させた菌体では、ヒトNAMPTを発現させた菌体と同様にNMNの生産が確認されなかったが、変換効率が6倍のNAMPTを発現させた菌体では、ヒトNAMPTを発現させた菌体と比較して有意なNMNの生産増加が確認された。
NAMPTのNAMPT変換効率を測定する方法の具体例としては、例えば以下の方法が挙げられる。即ち、pRSFDuet-1にNAMPTを発現させるための遺伝子を挿入したプラスミドを、大腸菌(Escherichia coli:以下適宜「E. Coli」と表記する。)BL21(DE3)株に形質転換して構築株を作製し、5mLのLB培地が入った試験管に植菌して37℃、200rpmで12時間培養した後、培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように植菌して37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシドを終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養を行う。培養液30mLを50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収する。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収する。この操作を2回実施する。回収菌体をCell Lysis Buffer(MBL社製)15mLで懸濁し、一般に推奨される方法で菌体分解液(Lysate)を調製する。プロテインアッセイブラッドフォード試薬(和光純薬(株)製)を用いて菌体分解液のOD595を測定し、OD595が0.1となるように菌体分解液を水で希釈する。この希釈液をNAMPT溶液として、CycLexR NAMPT Colorimetric Assay Kit Ver.2(MBL社製)のOne-Step Assay Methodに準拠してNAMPT活性を測定する。測定には、SpectraMaxR iD3マルチモードマイクロプレートリーダー(モレキュラーデバイス社製)などが使用できる。本発明では、30℃で5分毎に60分まで450nmの吸光度を測定し、傾きが最大値となる3点の吸光度を選択して得られる傾きを、NAMPT変換効率と定義する。
但し、NAMPT変換効率の測定方法は、前記の具体例に限定されるものではなく、同等の値を与える方法であれば、別の評価方法を用いてもよい。
中でも、本発明のNMN合成酵素は、配列番号3又は配列番号6に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素であることが好ましい。
ここで、配列番号3は、スフィンゴピキシス・CI株(Sphingopyxis sp. C-1)由来のNAMPTのアミノ酸配列であり、配列番号1は、配列番号3のNAMPTをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号3のNAMPTをコードする塩基配列を、配列番号2に併せて示す。
また、配列番号6は、キチノファーガ・ピネンシス(Chitinophaga pinensis)由来のNAMPTのアミノ酸配列であり、配列番号4は、配列番号6のNAMPTをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号6のNAMPTをコードする塩基配列を、配列番号5に併せて示す。
具体的に、本発明のNMN合成酵素は、配列番号3又は配列番号6に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなることが好ましい。
(2)ナイアシンの細胞内取り込みを促進する輸送体タンパク質(ナイアシン輸送体):
NAm及び/又はNA(ナイアシン)の細胞内取り込みを促進する輸送体(ナイアシン輸送体)としても、従来、種々の微生物に由来する種々の輸送体タンパク質が知られている。ひいては、斯かる公知の輸送体タンパク質を適宜選択して使用することが可能である。
本発明では、ナイアシン輸送体として優れた活性を有する特定の輸送体タンパク質を使用することが好ましい。ナイアシン輸送体のナイアシン取り込み効率が低いと、PRPPと反応するNAmの細胞内での存在量が少ないため、基質であるNAm及びPRPPからのNMN生産の選択率が低下するからである。また、NMNを生産する時間を要することとなり、NMNの分解及び変換の影響を受けて、生産量が低下する可能性があるからである。斯かるナイアシン取り込み効率に優れた輸送体タンパク質を適宜「本発明のナイアシン輸送体」という場合がある。但し、本発明で使用可能なナイアシン輸送体は、以下に限定されるものではない。
具体的に、本発明のナイアシン輸送体は、宿主微生物によるニコチン酸及び/又はニコチンアミドの細胞内取り込み効率(ナイアシン取り込み効率)を、当該ナイアシン輸送体を発現しない宿主微生物のナイアシン取り込み効率と比較して、通常1.1倍以上、中でも1.2倍以上に増加させることが好ましい。ナイアシン取り込み効率が増加すると、ナイアシン輸送体を発現しない宿主微生物と比較して、NAmの濃度に応じた細胞内の存在量が多くなり、結果として、NMN生産量が増加する。
ナイアシン輸送体のナイアシン取り込み効率を測定する方法の具体例としては、例えば以下の方法が挙げられる。即ち、pCDFDuet-1に大腸菌(E. Coli)K12由来prs、rpiB、rpiA、gnd、pgl、zwf、及びpgiをこの順番で発現させるための遺伝子を挿入したプラスミドを、大腸菌(E. Coli)BL21(DE3)株をもとに構築した、NAMPT変換効率が200以上となるNAMPTを発現する株に形質転換した構築株を作製し、さらにその株に、pACYCDuet-1にナイアシン輸送体を発現させるための遺伝子を挿入したプラスミドを形質転換した構築株を作製し、使用する。構築株を5mLのLB培地が入った試験管に植菌して37℃、200rpmで12時間培養した後、培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように植菌して37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシドを終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養を行う。その後、培養液を50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収する。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収する。この操作を2回実施する。回収した菌体をOD600が10となるようにLB培地で懸濁し、100mL三角フラスコに10mLとなるように加え、そこにニコチンアミドを1g/L、D-グルコースを0.4g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.005mol/Lとなるように仕込み、30℃、200rpmで反応する。反応から1時間後及び2時間後に反応液を採取し、-30℃で凍結した後に溶解させ、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収する。これら回収した液体をHPLCにて分析し、NMN量を定量する。得られたNMN定量値を用いて、下記式(1)により、ナイアシン輸送体のナイアシン取り込み効率を求めることができる。
Figure 0007209977000002
但し、ナイアシン輸送体によるナイアシン取り込み効率の測定方法は、前記の具体例に限定されるものではなく、同等の値を与える方法であれば、別の評価方法を用いてもよい。
中でも、本発明のナイアシン輸送体は、配列番号9又は配列番号12に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素であることが好ましい。
ここで、配列番号9は、バークホルデリア・セノセパシア(Burkholderia cenocepacia)由来のナイアシン輸送体のアミノ酸配列であり、配列番号7は、配列番号9のナイアシン輸送体をコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号9のナイアシン輸送体をコードする塩基配列を、配列番号8に併せて示す。
また、配列番号12は、ストレプトコッカス・ヒューモニア(Streptococcus pneumoniae)TIGR4株由来のナイアシン輸送体のアミノ酸配列であり、配列番号10は、配列番号12のナイアシン輸送体をコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号12のナイアシン輸送体をコードする塩基配列を、配列番号11に併せて示す。
具体的に、本発明のナイアシン輸送体は、配列番号9又は配列番号12に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなることが好ましい。
(3)NAm誘導体の細胞外排出を促進する輸送体タンパク質(NAm誘導体輸送体):
NMN合成の生産物であるNMN、及び/又は、そこから派生して合成されるNRやNaMN等のNAm誘導体の細胞外排出を促進する輸送体(NAm誘導体輸送体)としても、従来、種々の微生物に由来する種々の輸送体タンパク質が知られている。ひいては、斯かる公知の輸送体タンパク質を適宜選択して使用することが可能である。
本発明では、NAm誘導体輸送体として優れた活性を有する特定の輸送体タンパク質を使用することが好ましい。NAm誘導体輸送体によるNAm誘導体の排出効率が低いと、NMNは細胞内に残存するため、NMNの分解及び変換の影響を受けて、生産量が低下する可能性があるからである。また、NAm誘導体輸送体によるNAm誘導体の排出効率が高いと、生産されるNMNが細胞外に存在するため、回収方法を大幅に簡略化することが期待できるからである。斯かるNAm誘導体排出効率に優れた輸送体タンパク質を適宜「本発明のNAm誘導体輸送体」という場合がある。但し、本発明で使用可能なNAm誘導体輸送体は、以下に限定されるものではない。
具体的に、本発明のNAm誘導体輸送体は、宿主微生物によるニコチンアミド誘導体の細胞外排出効率(NAm誘導体排出効率)を、当該NAm誘導体輸送体を発現しない宿主微生物のNAm誘導体排出効率と比較して、通常3倍以上、中でも5倍以上、更には7倍以上に増加させることが好ましい。
NAm誘導体輸送体によるNAm誘導体排出効率を測定する方法の具体例としては、特にNAm誘導体としてNMNを排出するNAm誘導体輸送体(NMN輸送体)を例に取ると、例えば以下の方法が挙げられる。即ち、pCDFDuet-1に大腸菌(E. Coli)K12由来prs、rpiB、rpiA、gnd、pgl、zwf、及びpgiをこの順番で発現させるための遺伝子を挿入したプラスミドを、大腸菌(E. Coli)BL21(DE3)株をもとに構築した、NAMPT変換効率が200以上となるNAMPTを発現する株に形質転換した構築株を作製し、さらにその株に、pACYCDuet-1にNMN輸送体を発現させるための遺伝子を挿入したプラスミドを形質転換した構築株を作製し、使用する。構築株を5mLのLB培地が入った試験管に植菌して37℃、200rpmで12時間培養した後、培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように植菌して37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシドを終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養を行う。その後、培養液を50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収する。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収する。この操作を2回実施する。回収した菌体をOD600が10となるようにLB培地で懸濁し、100mL三角フラスコに10mLとなるように加え、そこにニコチンアミドを1g/L、D-グルコースを0.4g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.005mol/Lとなるように仕込み、30℃、200rpmで反応する。反応2時間後に反応液を採取し、1つは-30℃で凍結した後に溶解させ、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収する。もう1つは凍結処理せず、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収する。これら回収した液体をHPLCにて分析し、NMN量を定量する。得られたNMN定量値を用いて、下記式(2)により、NMN輸送体のNMN排出効率を求めることができる。
Figure 0007209977000003
また、NMN以外のNAm誘導体を排出するNAm誘導体輸送体の場合も、これに準じた手法によりNAm誘導体の排出効率を求めることができる。
但し、NAm誘導体輸送体によるNAm誘導体排出効率の測定方法は、前記の具体例に限定されるものではなく、同等の値を与える方法であれば、別の評価方法を用いてもよい。
中でも、本発明のNAm誘導体輸送体は、配列番号15に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素であることが好ましい。
ここで、配列番号15は、バチルス・ミコイデス(Bacillus mycoides)由来のNAm誘導体輸送体(NMN輸送体)のアミノ酸配列であり、配列番号13は、配列番号15のNAm誘導体輸送体をコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号15のNAm誘導体輸送体をコードする塩基配列を、配列番号14に併せて示す。
具体的に、本発明のNAm誘導体輸送体は、配列番号15に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなることが好ましい。
(4)G6PからのPRPPの合成に関与する酵素(GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRS):
G6PからのPRPPの合成に関与する酵素である、ホスホグルコースイソメラーゼ(PGI)、グルコース6-リン酸デヒドロゲナーゼ(GPD)、6-ホスホグルコノラクトナーゼ(PGL)、6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ(PGD)、リボース-5-リン酸イソメラーゼ(RPI)、及びホスホリボシルピロリン酸シンターゼ(PRS)(これらを総称して適宜「PRPP合成関連酵素」と称する。)としても、従来、種々の微生物に由来する種々の酵素が知られており、各種の宿主微生物に応じた最適化も種々なされている。ひいては、斯かる公知の酵素を適宜選択して使用することが可能である。
本発明で特に使用が好ましいPRPP合成関連酵素の例を以下に挙げる。但し、本発明で使用可能なPRPP合成関連酵素は、以下に限定されるものではない。
ホスホグルコースイソメラーゼ(PGI)としては、配列番号18に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素である。
ここで、配列番号18は、大腸菌(E. coli)由来の酵素pgiのアミノ酸配列であり、配列番号16は、配列番号18の酵素pgiをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号18の酵素pgiをコードする塩基配列を、配列番号17に併せて示す。
具体的には、配列番号18に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなるPGIを使用することが好ましい。
グルコース6-リン酸デヒドロゲナーゼ(GPD)としては、配列番号21に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素である。
ここで、配列番号21は、大腸菌(E. coli)由来の酵素zwfのアミノ酸配列であり、配列番号19は、配列番号21の酵素zwfをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号21の酵素zwfをコードする塩基配列を、配列番号20に併せて示す。
具体的には、配列番号21に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなるGPDを使用することが好ましい。
6-ホスホグルコノラクトナーゼ(PGL)としては、配列番号24に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素である。
ここで、配列番号24は、大腸菌(E. coli)由来の酵素pglのアミノ酸配列であり、配列番号22は、配列番号24の酵素pglをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号24の酵素pglをコードする塩基配列を、配列番号23に併せて示す。
具体的には、配列番号24に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなるPGLを使用することが好ましい。
6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ(PGD)としては、配列番号27に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素である。
ここで、配列番号27は、大腸菌(E. coli)由来の酵素gndのアミノ酸配列であり、配列番号25は、配列番号27の酵素gndをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号27の酵素gndをコードする塩基配列を、配列番号26に併せて示す。
具体的には、配列番号27に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなるPGDを使用することが好ましい。
リボース-5-リン酸イソメラーゼ(RPI)としては、配列番号30又は配列番号33に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素である。
ここで、配列番号30は、大腸菌(E. coli)由来の酵素rpiAのアミノ酸配列であり、配列番号28は、配列番号30の酵素rpiAをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号30の酵素rpiAをコードする塩基配列を、配列番号29に併せて示す。
また、配列番号33は、大腸菌(E. coli)由来の酵素rpiBのアミノ酸配列であり、配列番号31は、配列番号33の酵素rpiBをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号33の酵素rpiBをコードする塩基配列を、配列番号32に併せて示す。
具体的には、配列番号30又は配列番号33に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなるRPIを使用することが好ましい。
ホスホリボシルピロリン酸シンターゼ(PRS)としては、配列番号36に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は、これと類似するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなる酵素である。
ここで、配列番号36は、大腸菌(E. coli)由来の酵素prsのアミノ酸配列であり、配列番号34は、配列番号36の酵素prsをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号36の酵素prsをコードする塩基配列を、配列番号35に併せて示す。
具体的には、配列番号36に示すアミノ酸配列に対して、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の相同性(好ましくは同一性)を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドからなるPRSを使用することが好ましい。
なお、前述したNMN合成酵素、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又は、PRPP合成酵素(GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRS)の由来は問わない。即ち、これらの酵素及び輸送体は各々、宿主生物が内因的に有するものでもよく、宿主生物に対して外因性のものを遺伝子組換え等により人為的に発現させてもよい。
また、前述した高い活性を有する本発明の酵素及び輸送体、特に本発明のNMN合成酵素は、宿主生物内で発現させたものを抽出や単離等の一般的な方法で回収して、酵素反応等の他の用途にも好適に使用することができる。
[III.ベクター]
次に、本発明で使用されるNMNの生産に関与する酵素を発現するためのベクターについて説明する。
本発明の一側面によれば、前述したNMN合成酵素、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又は、PRPP合成酵素(GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRS)のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターを作製し、斯かるベクターを用いて宿主生物にこれらの酵素・輸送体を導入する。ベクターに担持させる酵素・輸送体の組み合わせは制限されない。各酵素・輸送体をそれぞれ個別のベクターに担持させてもよく、二以上の酵素・輸送体を一つのベクターに纏めて担持させてもよい。
本発明におけるベクターの一例は、前述した本発明のNMN合成酵素(NAMPT)のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターである。斯かるベクターを適宜「本発明のNMN合成酵素ベクター」又は「本発明のNAMPTベクター」という場合がある。
中でも、本発明のNMN合成酵素ベクターは、本発明のNMN合成酵素をコードする核酸として、配列番号2又は配列番号5に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
本発明におけるベクターの別の一例は、前述した本発明のナイアシン輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターである。斯かるベクターを適宜「本発明のナイアシン輸送体ベクター」という場合がある。
中でも、本発明のナイアシン輸送体ベクターは、本発明のナイアシン輸送体をコードする核酸として、配列番号8又は配列番号11に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
本発明におけるベクターの別の一例は、前述した本発明のナイアシン輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターである。斯かるベクターを適宜「本発明のNAm誘導体輸送体ベクター」という場合がある。
中でも、本発明のNAm誘導体輸送体ベクターは、本発明のNAm誘導体輸送体をコードする核酸として、配列番号14に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
本発明におけるベクターの別の一例は、前述したPRPP合成酵素、具体的には、GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRSのうち1又は2以上のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターである。斯かるベクターを適宜「本発明のPRPP合成酵素ベクター」と総称する場合がある。また、具体的な酵素ベクターを、担持される核酸に対応する酵素名を付して、適宜「本発明のGPI酵素ベクター」等という場合がある。
中でも、本発明のGPIベクターは、本発明のGPIをコードする核酸として、配列番号17に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
また、本発明のGPDベクターは、本発明のGPDをコードする核酸として、配列番号20に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
また、本発明のPGLベクターは、本発明のPGLをコードする核酸として、配列番号23に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
また、本発明のPGDベクターは、本発明のPGDをコードする核酸として、配列番号26に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
また、本発明のRPIベクターは、本発明のRPIをコードする核酸として、配列番号29又は32に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
また、本発明のPRSベクターは、本発明のPRSをコードする核酸として、配列番号35に示す塩基配列と、80%以上、中でも85%以上、更には90%以上、とりわけ95%以上、又は96%以上、又は97%以上、又は99%以上、特に100%の同一性を有する塩基配列を有する核酸を担持することが好ましい。
なお、本開示において、二つ以上の酵素の核酸を担持するベクターは、酵素名をスラッシュで区切って表す。例えば「GPI/GPD/PGL/PGD/RPI/PRSベクター」とは、GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRSのアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターを意味する。
本開示において、ベクターは、対応する酵素のアミノ酸配列をコードする核酸領域(以下適宜「コーディング領域」という場合がある。)を有していれば、その形態は制限されず、例えば直鎖状ベクターでも、閉鎖環状ベクターでもよい。また、宿主細胞のゲノムに取り込まれるべきDNAは、単一のベクターにまとめて含まれていてもよく、複数のベクターに分割して含まれていてもよい。
本開示では、ベクターの複製能も特に制限されない。例えば、ベクターは自己複製型ベクター、即ち、宿主細胞の染色体外に存在し、染色体複製とは独立に複製されるベクターであってもよい。斯かる自己複製型ベクターの例としては、プラスミドベクター、染色体外要素、ミニ染色体、人工染色体等が挙げられる。この場合、ベクターは通常、前記の酵素をコードする核酸に加えて、自己複製に必要な機能要素、例えば複製起点等を含む。複製起点の種類は制限されないが、大腸菌宿主細胞内で使用可能な複製起点の例としては、pUC起点、RSF起点、p15A起点、ColDF13起点、ColE1起点、pBR322起点、pACYC起点、pSC101起点、f1起点、M13起点、BACベクターの起点、PACベクターの起点、及びコスミドベクター起点等が挙げられ、酵母宿主細胞内で使用可能な複製起点の例としては、2μ起点、ARS等が挙げられる。
或いは、本開示におけるベクターは、自己複製能を有さず、宿主細胞内に導入されると宿主細胞のゲノム内に組み込まれ、宿主ゲノムと一緒に複製されるものであってもよい。この場合、宿主細胞のゲノムに取り込まれるべき核酸は、単一のベクターにまとめて含まれていてもよく、複数のベクターに分割して含まれていてもよい。斯かる自己複製能を有さないベクターの例としては、ウイルスベクター、ファージベクター、コスミドベクター、フォスミドベクター等が挙げられる。
斯かる自己複製能を有さないベクターは、宿主細胞の所望の染色体内の所望の位置に対して、相同組換により正確に組み込まれるように構成してもよい。この場合、当該所望の組み込み位置の両側の塩基配列に対して相補的な塩基配列を有する一対のフランキング配列によって、宿主細胞のゲノムに取り込まれるべき核酸を挟み込むように構成すればよい。各フランキング配列の長さは特に制限されないが、例えば50塩基以上、又は100塩基以上、又は200塩基以上とすることができる。同組換には、各種の公知の組換え酵素を用いることもでき、λファージのRed組換え酵素やRacプロファージのRecE/RecT組換え酵素などが例示される。
或いは、斯かる自己複製能を有さないベクターは、宿主細胞のゲノムに対して、非相同組換により組み込まれるように構成してもよい。この場合、アグロバクテリウムのT-DNA由来のRB配列及びLB配列や、各種の公知のトランスポゾン配列によって、宿主細胞のゲノムに取り込まれるべき核酸を挟み込むように構成すればよい。また、ゲノム編集技術を用いて所望の核酸を宿主細胞のゲノム内に挿入してもよい。
本発明におけるベクターは、前述の酵素のコーディング領域と、自己複製用の配列やゲノムへの組み込み用の配列とに加えて、他の機能を有する核酸領域を有していてもよい。例としては、コーディング領域の発現を制御する調節配列や、選択マーカー遺伝子、マルチクローニングサイト等が挙げられる。
調節配列としては、プロモーター、リボソーム結合配列、エンハンサー、シスエレメント、ターミネーター等が挙げられる。斯かる調節配列としては、使用する宿主細胞の種類や酵素のサイズ等に応じて、任意の配列を適宜選択して使用することができる。具体例としては、限定されるものではないが、例えば、以下のものが挙げられる。
大腸菌宿主細胞内で使用可能なプロモーターの例としては、trpプロモーター、lacプロモーター、PLプロモーター、PRプロモーター、tacプロモーター、T7プロモーター、T5プロモーター等が挙げられ、酵母宿主細胞内で使用可能なプロモーターの例としては、gal1プロモーター、gal10プロモーター、ヒートショックタンパク質プロモーター、MFα1プロモーター、PHO5プロモーター、PGKプロモーター、GAPプロモーター、ADHプロモーター、AOX1プロモーター等が挙げられる。
各種の宿主細胞内で使用可能なリボソーム結合配列は、タンパク質が生合成を開始する際に、DNAから転写されたmRNAが宿主細胞内でリボソームに結合できるようにするリボソームの結合部位であれば、公知の任意の配列を用いることができる。
大腸菌宿主細胞内で使用可能なターミネーターの例としては、T7ターミネーター、fdファージターミネーター、T4ターミネーター、テトラサイクリン耐性遺伝子のターミネーター、大腸菌trpA遺伝子のターミネーター等が挙げられ、酵母宿主細胞内で使用可能なターミネーターの例としては、PGK1ターミネーター、CYC1ターミネーター、DIT1ターミネーター等が挙げられる。
なお、これらのプロモーター、リボソーム結合配列、ターミネーター等の調節配列は、前述の酵素のコーディング領域と作動式に連結し、これらの調節配列の制御下で、前述のコーディング領域から酵素が発現されるように構成することが好ましい。
或いは、宿主細胞又はベクターが有するプロモーター、エンハンサー、ターミネーター等の調節配列と、前述の酵素のコーディング領域とが作動式に連結されるように構成し、これらの宿主細胞又はベクターが有する調節配列の制御下で、前述のコーディング領域から酵素が発現されるように構成してもよい。
選択マーカー遺伝子は、ベクターの宿主細胞への導入や(自己複製能を有さないベクターの場合には)ゲノム内への組み込みが適切に行われたことを確認するために使用される。斯かる選択マーカー遺伝子としては、使用する宿主細胞の種類等に応じて、任意の配列を適宜選択して使用することができる。具体例としては、限定されるものではないが、大腸菌宿主細胞内で使用可能な選択マーカーの例としては、Ampr、Tetr、Cmr、Kmr、Spcr、Smr、Hygr、Gmr、Rifr、Zeocinr、Blasticidinr等が挙げられ、酵母宿主細胞内で使用可能な選択マーカーの例としては、URA3、TRP1、SUP4、ADE2、HIS3、LEU2、LYS2、KANMX、AUR1-C、CYH2、CAN1、PDR4、及びhphMX等が挙げられる。
なお、斯かる選択マーカー遺伝子は、宿主細胞内で適切に発現するように、プロモーター、エンハンサー、ターミネーター等の調節配列と作動式に連結し、自律的に発現可能なカセットとして構成することが好ましい。斯かる選択マーカー遺伝子の発現のための調節配列は、前述の酵素の発現のための調節配列とは個別に用意してもよいが、共通の調節配列を用いてもよい。
ベクターによる宿主細胞の形質転換後、選択マーカーを発現する細胞のみが生存できる選択条件下で形質転換細胞を培養することにより、ベクターの宿主細胞への導入や(自己複製能を有さないベクターの場合には)ゲノム内への組み込みが適切に行われた形質転換細胞のみを選択することが可能となる。
[IV.組換え微生物]
次に、本発明においてNMNを生産するために使用される組換え微生物について説明する。
本発明の一側面は、前述した本発明のNMN合成酵素、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又はPRPP合成酵素(GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及び/又はPRS)を発現する組換え微生物に関する。斯かる酵素を適宜「本発明の組換え微生物」という場合がある。
本発明の組換え微生物は、前述した本発明のベクターを用いて、宿主微生物を形質転換することにより得られる。本発明の組換え微生物及びその宿主微生物の生物種は特に限定されないが、細菌又は真菌であることが好ましい。具体例としては、限定されるものではないが、細菌の例としては、エシェリキア(大腸菌)属(Escherichia)、スタフィロコッカス(ブドウ球菌)属(Staphylococcus)、バシラス属(Bacillus)、シュードモナス属(Pseudomonas)、プロテウス属(Proteus)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium)、アクチノマイセス属(Actinomyces)等が挙げられるが、大腸菌(E. coli)等のエシェリキア(大腸菌)属や、コリネバクテリウム属等が好ましい。一方、真菌の例としては、酵母、糸状菌等が挙げられるが、酵母が好ましい。酵母の例としては、サッカロミケス属(Saccharomyces)、カンジダ属(Candida)、ヤロウィア属(Yarrowia)、ピキア属(Pichia)、クルイベロミセス属(Kluyveromyces)等が挙げられる。
なお、宿主微生物の種類によっては、NAMPT、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又はPRPP合成酵素に相当する内因性の酵素を発現する能力を有している場合がある。その場合には、斯かる内因性のNAMPT、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又はPRPP合成酵素を利用して、NMNの生合成を行うことが可能である。但し、宿主微生物がNAMPT、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又はPRPP合成酵素に相当する内因性の酵素を発現する能力を有している場合であっても、これらの酵素・輸送体をより高発現させ、最終的なNAm誘導体の生産効率を向上させる観点からは、これらの酵素・輸送体を発現するように宿主微生物を遺伝子組換えすることが好ましい。
具体的に、本発明の一態様によれば、組換え微生物は、少なくとも本発明のNMN合成酵素を発現するように遺伝子組換えされていることが望ましい。また、本発明の組換え微生物は、本発明のNAm誘導体輸送体及び/又はナイアシン輸送体を発現するように遺伝子組換えされていることがより好ましい。また、本発明の組換え微生物は、PRPP合成酵素、具体的には、GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRSのうち少なくとも何れか1つを発現するように遺伝子組換えされていることが好ましく、中でも何れか2つ、3つ、4つ、又は5つを発現するように遺伝子組換えされていることがより好ましく、GPI、GPD、PGL、PGD、RPI、及びPRSの6つ全てを発現するように遺伝子組換えされていることが更に好ましい。
また、本発明の組換え微生物を増殖させることにより得られる子孫も、前述した本発明のNMN合成酵素、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又はPRPP合成酵素を発現する能力を維持している限り、本発明の組換え微生物に該当する。
本発明の組換え微生物は、前述した本発明のNMN合成酵素、ナイアシン輸送体、NAm誘導体輸送体、及び/又はPRPP合成酵素を発現する能力を有していればよいが、目的とするNAm誘導体の生産効率を考慮して種々の改変を加えてもよい。
斯かる改変の例としては、目的とするNAm誘導体の産生効率の低下を招く各種酵素を遺伝子組み換えによりノックアウト又はノックダウンすることが挙げられる。
例えば、製造目的のNAm誘導体がNMNである場合は、前述したNMNを他の各種のNAm誘導体へと変換する酵素、具体的にはNMNをNADへと変換するニコチンアミド/ニコチン酸モノヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ(NMNAT)、NMNをニコチン酸モノヌクレオチド(NaMN)へと変換するニコチンアミドヌクレオチドアミダーゼ(NANA)、NMNをニコチンアミドリボシド(NR)へと変換するニコチンアミドモノヌクレオチド-5-ヌクレオチダーゼ(NMNN)等の酵素は、何れも不要であり、むしろこれらの酵素の存在はNMNの生産効率の低下につながるおそれがある。よって、これらの酵素の遺伝子をノックアウト又はノックダウンしてその発現を防止又は低減し、合成されたNMNが他のNAm誘導体へと変換されないようにすることが好ましい。
また、製造目的のNAm誘導体がNMN以外の誘導体、例えばNAD、NaMN、NR等である場合は、NMNを所望のNAm誘導体へと変換する酵素の遺伝子を(例えば外部からの遺伝子導入等の手段によって)促進すると共に、NMNをそれ以外の誘導体へと変換する酵素の遺伝子をノックアウト又はノックダウンしてその発現を防止又は低減し、合成されたNMNが所望のNAm誘導体以外のNAm誘導体へと変換されないようにすることが好ましい。さらに、本発明の菌体が生産したNMNを用いて、所望のNAm誘導体へと変換する酵素反応あるいは化学反応により、製造することもできる。
なお、各種酵素の遺伝子を組み換えによりノックアウト又はノックダウンする方法は、本技術分野では種々公知である。
別の改変の例としては、NMN合成反応の反応物であるNAmの細胞内取り込みや、生産されたNMNの細胞からの排出を促進するために、前述のナイアシン輸送体及び/又はNAm誘導体輸送体等の組換え導入発現に替えて、或いはこれらの組換え導入発現と共に、組換え微生物の細胞表面に対して物理的処理や化学的処理あるいはその両方を行うことが挙げられる。斯かる物理的処理としては、これらに制限されるものではないが、例えば、菌体の凍結処理、乾燥処理、超音波処理等の手段が挙げられる。斯かる化学的処理としては、これらに制限されるものではないが、例えば、Triton X-100、Triton X-114、NP-40、Tween-20、Tween-80、CHAPS等の界面活性剤の添加、アルコール類やキシレン等の有機溶剤の添加、Mn2+制限培養等の手段が挙げられる。
[V.NAm誘導体の製造方法]
次に、上述の組換え微生物を用いてNAm誘導体を生産する方法について説明する。
本発明の一側面は、NAm誘導体を産生するための方法であって、上述の本発明の組換え微生物にNAmを供給し、前記微生物により生成されたNAm誘導体を回収することを含む製造方法に関する。斯かる製造方法を適宜「本発明のNAm誘導体の製造方法」という場合がある。
以下、本発明のNAm誘導体の製造方法の各種の手順及び条件について、主にNAm誘導体がNMNであり、宿主微生物が大腸菌である場合を例に挙げて説明するが、本発明のNAm誘導体の製造方法の手順及び条件は以下に説明するものに限定されず、適宜変更を加えて実施することが可能である。
本発明の組換え微生物にNAmを供給する手法は、特に制限されない。例えば、本発明の組換え微生物が培地中で培養されている状態で、培地に対してNAmを直接加えればよい。但し、NAm誘導体の生産効率及び回収効率を考慮すると、培地を遠心分離等で除去し、得られた本発明の組換え微生物を別途、反応に適した組成を有する反応液に加えて発酵 することが好ましい。また、供給は一括でもよいが、連続的あるいは断続的に供給してもよい。
NAm誘導体生産時の反応液の組成は制限されるものではないが、例えば、培養に使用する各種培地、リン酸バッファー、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)等の水溶液もしくは水に、本発明の組換え微生物と、NAm誘導体合成反応の基質となるNAmとを、最少成分として含んでいればよい。但し、NAm誘導体の製造を促進するため、組換え微生物の栄養源となる、グルコース、グリセロール、フルクトース、でんぷん、廃糖蜜等の有機炭素源や炭酸塩等の無機炭素源と、リン酸二水素カリウムやリン酸水素二カリウム等のリン酸塩をリン成分として含むことが好ましい。また、適宜、ミネラル、窒素源、ATP等を加えることができる。
各種培地としては、NAm誘導体生産に悪影響しない培地であれば、一般に公知な合成培地や天然培地を使用することができる。
反応液の成分比率は、制限されないが、例えば以下のとおりである。
本発明の組換え微生物の細胞数は、特に制限されないが、少なすぎると希釈状態での反応となるため、十分に反応が進行せず、多すぎると目的のNAm誘導体生産以外の副反応が起こる場合がある。そのため、細胞数をその微生物に適した波長で測定した光学濃度(OD)で表すと、一般に、ODが1以上が好ましく、ODが5以上がより好ましく、ODが10以上がさらに好ましい。また、ODが500以下が好ましく、ODが300以下がより好ましい。例えば、大腸菌の場合、600nmの波長で測定したODを用いる。
NAmの濃度は、特に制限されないが、濃度が低いと、微生物内に取り込まれるNAm量が少なくなるため、所望の反応が有意に進行しない場合がある。また、濃度が高いと、微生物に対して負荷となる場合がある。そのため、通常10mg/L以上、中でも100mg/L以上、更には1000mg/L以上とすることが好ましく、また、通常300g/L以下、中でも250g/L以下、更には200g/L以下とすることが好ましい。
炭素源の濃度は、特に制限されないが、濃度が低いと、微生物内で十分な代謝が進行しない場合がある。また、濃度が高いと、微生物に対して負荷となる場合がある。そのため、通常10mg/L以上、中でも50mg/L以上、更には100mg/L以上とすることが好ましく、また、通常300g/L以下、中でも250g/L以下、更には200g/L以下とすることが好ましい。
リン成分は、特に制限されないが、濃度が低いと、微生物内で十分な代謝が進行しない場合がある。また、濃度が高いと、微生物に対して負荷となる場合がある。そのため、通常0.1mmol/L以上、中でも0.5mmol/L以上、更には1mmol/L以上とすることが好ましく、また、通常10mol/L以下、中でも5mol/L以下、更には1mol/L以下とすることが好ましい。
その他の成分についても、使用する微生物や反応液の成分量に合わせて、適量を加えることが好ましい。
反応液のこれらの成分は、全てを同時に混合してもよく、任意の順序で逐次的に混合してもよい。例えば、まずは本発明の組換え微生物及びNAm以外の成分を混合して基本組成の反応液を調製し、そこに本発明の組換え微生物を加え、本発明の組換え微生物が細胞活動及び増殖を開始した時点で、反応物であるNAmを加えてNAm誘導体の合成反応を開始してもよい。
なお、NAm誘導体合成反応の妨げとならない範囲であれば、本発明の組換え微生物の事前培養時に使用していた培地が、多少残存して反応液に混入していてもよい。
反応液のpHは、本発明の組換え微生物の至適pHとなるように適宜調整すればよいが、組換え微生物の耐久性やNAm誘導体の安定性の観点から、通常2以上、中でも3以上とすることが好ましく、また同様の理由で、通常9以下、中でも8以下とすることが好ましい。なお、pH調整のために、例えば炭酸カルシウム、無機もしくは有機の酸、アルカリ溶液、アンモニア、pH緩衝液等のpH調製剤を使用できる。
NAm誘導体生産時の反応条件は、制限されないが、例えば以下のとおりである。
反応時の温度は、本発明の組換え微生物の至適温度となるように適宜調整すればよいが、反応を進行させる観点から、通常15℃以上、中でも20℃以上とすることが好ましく、また、組換え微生物の耐久性やNAm誘導体の安定性の観点から、通常50℃以下、中でも40℃以下とすることが好ましい。
反応時の圧力も特に制限されないが、通常は常圧である。
反応時の雰囲気は、本発明の組換え微生物の至適雰囲気を選択すればよいが、例えば環境雰囲気下、好気性雰囲気下、低酸素雰囲気下、嫌気性雰囲気下等である。
反応時には適宜、反応液に対して震盪や攪拌を加えてもよい。
反応時間は、本発明の組換え微生物の種類や反応液の組成、反応条件等によっても異なるが、反応時間が短すぎると、十分にNAm誘導体生産が進行していない場合がある。また、反応時間が長すぎると、産生したNAm誘導体の変換や分解が起こる可能性がある。そのため、通常0.1時間以上、中でも0.3時間以上、更には0.5時間以上反応させることが好ましく、また、通常120時間以下、中でも96時間以下、更には72時間以下の反応時間とすることが好ましい。
反応方式は、使用する微生物や反応条件に応じて、一般に公知な方法を用いることができる。例えば、バッチ式、連続バッチ式、フローマイクロリアクター式、ループリアクター式、シングルユース式等が挙げられる。
反応後、本発明の組換え微生物により生産されたNAm誘導体を回収する。通常、生産されたNAm誘導体は本発明の組換え微生物の細胞膜を透過し、反応液に分泌されるので、反応液からNAm誘導体を単離・精製すればよい。
単離・精製の手法はとくに制限されるものではないが、菌体の除去、発酵培養上清の不純物除去、精製及び目的物の回収工程などの一般的な方法を用いることができる。また、これら工程は単独で使用することもできるが、2つ以上を組み合わせて使用することが好ましい。
菌体の除去工程は、一般に公知な方法を用いることができる。具体的には、遠心分離、膜分離などが挙げられる。
発酵培養上清の不純物除去工程は、一般に公知な方法を用いることができる。具体的には、活性炭処理、ろ過(具体的には逆浸透膜、ナノろ過膜、精密ろ過膜、限外膜ろ過膜、精密ろ過膜等によるろ過を含む)処理、イオン交換樹脂などが挙げられる。
精製及び目的物の回収工程は、一般に公知な方法を用いることができる。具体的には、アフィニティカラムクロマトグラフィー、減圧濃縮、膜濃縮、凍結乾燥、溶媒抽出、蒸留、クロマトカラムで分離する方法、イオン交換カラムで分離する方法、高速液体クロマトグラフ(HPLC)法、再結晶で析出させる方法等が挙げられる。
これらの工程は組み合わせて用いることができる。例えば、遠心分離、活性炭処理、イオン交換樹脂、ナノろ過膜処理、再結晶を組み合わせることによる単離・精製等を好適に用いることができる。
単離・精製を行う際のpHの範囲は特に限定されないが、NAm誘導体の安定性の観点から、通常2以上、中でも3以上が好ましく、また、通常9以下、中でも8以下の範囲が好ましい。なお、pHの調整は一般に公知な方法を用いることができ、例えば、炭酸カルシウム、無機又は有機の酸、アルカリ溶液、アンモニア、pH緩衝液等のpH調製剤を用いることができる。
単離・精製を行う際の温度は特に限定されないが、下限としては、通常10℃以上、中でも15℃以上、更には20℃以上が好ましい。前記下限よりも低いと、NAm誘導体が析出して所望の単離・精製工程が困難となる場合がある。一方、上限としては、通常50℃以下、中でも45℃以下、更には40℃以下が好ましい。前記上限よりも高いと、NAm誘導体が分解してしまう場合がある。但し、各種の単離・精製工程において加熱や冷却を行う場合には、一時的に前記の好適な範囲を外れてもよい。
単離・精製において再結晶を行う際のpHは特に限定されないが、NAm誘導体の安定性ならびに結晶化のし易さの観点から、pHを2から5の範囲に調整することが好ましく、pHを2から4の範囲に調整することがより好ましい。pHの調整に際して用いる酸は限定されないが、例えば塩酸、リン酸、酒石酸、リンゴ酸、安息香酸、酢酸、コハク酸、グルコン酸等の酸を用いることができる。中でも塩酸を好適に用いることができる。
なお、本発明の組換え微生物の細胞内にNAm誘導体が残存している場合には、ホモジナイゼーション、リゾチーム、超音波処理、凍結融解、フレンチプレス、及び他の化学的、機械的又は物理的細胞破壊方法等の手法で細胞膜を破壊し、NAm誘導体を反応液に放出させてから、NAm誘導体の単離・精製に供してもよい。
[VI.その他]
以上、本発明を具体的な実施の形態に即して詳細に説明したが、本発明は上述した実施の形態に束縛されるものではなく、本発明の趣旨を逸脱しない範囲において、任意の形態で実施することが可能である。
以下、実施例を挙げて本発明を更に詳細に説明する。但し、本発明は以下の実施例にも束縛されるものではなく、本発明の趣旨を逸脱しない範囲において、任意の形態で実施することが可能である。
[I.測定条件]
・NMN定量:
装置:LCMS-2020((株)島津製作所製)
検出器:254nm
カラム:TSKgel Amide-80、3μm、4.6mm×50mm
カラム温度:30℃
注入量:5μl
移動相:
A:0.1%ギ酸水
B:0.1%ギ酸含有アセトニトリル/メタノール(75/25)
〈条件〉
流量:1mL/分一定
移動相比:0→2分(B=98%一定)、2→6分(B=98→60%)、6→8分(B=60→45%)、8→12分(B=45→60%)、12→15分(B=60→98%)
測定時間:15.1分
定量方法:NMN標品を水で0g/L、0.01g/L、0.05g/L、0.1g/L、0.25g/L、1g/L、2.5g/Lに調製し、これらの測定によって得られたNMN面積値から検量線を作成し、各サンプルのNMN面積値からNMNを定量した。なお、0.01g/L未満は定量限界とした。
・菌体濃度(OD):
装置:UVmini-1240((株)島津製作所製)
測定波長:600nm
セル:1.5mLディスポセル(材質:PS)
測定方法:測定値が0.05から1.0未満の範囲に入るように菌体液を水で希釈する。同様の混合比で希釈した培地1mLをセルに加えて装置にセットしゼロ点補正した後、調製したサンプル液1mLをセルに加えて装置にセットし、OD600を測定した。
[II.材料]
・大腸菌:
BL21(DE3)株(NEB社製)
・ベクター:
pRSFDuet-1(Novagen社製)
pCDFDuet-1(Novagen社製)
pACYCDuet-1(Novagen社製)
・合成遺伝子:
キチノファーガ・ピネンシス(Chitinophaga pinensis)由来NAMPT(ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ:NMN合成酵素)
スフィンゴピキシス・CI株(Sphingopyxis sp. C-1)由来NAMPT
ホモサピエンス(Homo sapiens)由来NAMPT
バークホルデリア・セノセパシア(Burkholderia cenocepacia)由来niaP(ナイアシン輸送体)
ストレプトコッカス・ヒューモニア(Streptococcus pneumoniae)TIGR4株由来niaX(ナイアシン輸送体)
バチルス・ミコイデス(Bacillus mycoides)由来pnuC(ニコチンアミノモノヌクレオチド輸送体)
大腸菌(E. Coli)K12由来pgi(ホスホグルコースイソメラーゼ)
大腸菌(E. Coli)K12由来zwf(グルコース6-リン酸デヒドロゲナーゼ)
大腸菌(E. Coli)K12由来pgl(6-ホスホグルコノラクトナーゼ)
大腸菌(E. Coli)K12由来gnd(6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ)
大腸菌(E. Coli)K12由来rpiA(リボース-5-リン酸イソメラーゼ)
大腸菌(E. Coli)K12由来rpiB(リボース-5-リン酸イソメラーゼ)
大腸菌(E. Coli)K12由来prs(ホスホリボシルピロリン酸シンターゼ)
なお、配列番号39は、ホモサピエンス(Homo sapiens)由来NAMPTのアミノ酸配列であり、配列番号37は、配列番号39のNAMPTをコードする天然遺伝子の塩基配列である。なお、当該天然遺伝子の塩基配列を基に、宿主微生物での発現及び作用を改善するように発明者等が最適化を施して作製した、配列番号39のNAMPTをコードする塩基配列を、配列番号38に併せて示す。
・培地成分、基質成分:
D-グルコース(ナカライテスク(株)製)
ニコチンアミド(東京化成工業(株)製)
PBS((株)ニッポンジーン製)
リン酸バッファー:リン酸二水素カリウム(ナカライテスク(株)製)1Mとリン酸水素二カリウム(ナカライテスク(株)製)1Mを調製し、pH6.2となるように混合し、オートクレーブ滅菌して調製した。
LB培地:塩化ナトリウム(ナカライテスク(株)製)10g/L、トリプトン(ナカライテスク(株)製)10g/L、乾燥酵母エキス(ナカライテスク(株)製)5g/Lとなるように混合し、オートクレーブ滅菌して調製した。
M9培地:リン酸水素二ナトリウム(ナカライテスク(株)製)48mM、リン酸二水素カリウム(ナカライテスク(株)製)22mM、塩化アンモニウム(ナカライテスク(株)製)19mM、塩化ナトリウム(ナカライテスク(株)製)8.6mMとなるように混合し、オートクレーブ滅菌して調製した。
[III.ベクターの構築]
・pRSF-NAMPT CPの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したキチノファーガ・ピネンシス(Chitinophaga pinensis)由来NAMPTの合成遺伝子(配列番号5)を、制限酵素NcoIとEcoRIとで消化処理したpRSFDuet-1に連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素NcoIとEcoRIにより消化処理したpRSFDuet-1と、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpRSF-NAMPT CPを得た。
(NAMPT CP用プライマー対)
・フォワード(配列番号40):
AGGAGATATACCATGACCAAAGAAAACCTGATTCTGCTGGCAGATGCA
・リバース(配列番号41):
GCTCGAATTCGGATCTTAGATGGTTGCGTTTTTACGGATCTGCTCAAA
・pRSF-NAMPT SSCの構築
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したスフィンゴピキシス・CI株(Sphingopyxis sp. C-1)由来NAMPTの合成遺伝子(配列番号2)を、制限酵素NcoIとEcoRIとで消化処理したpRSFDuet-1に連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素NcoIとEcoRIにより消化処理したpRSFDuet-1と、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpRSF-NAMPT SSCを得た。
(NAMPT SSC用プライマー対)
・フォワード(配列番号42):
AGGAGATATACCATGAAGAATCTGATTCTGGCCACCGATAGCTATAAA
・リバース(配列番号43):
GCTCGAATTCGGATCTTAACGACCTTCGCTACGTTTACGAACTGCATC
・pRSF-NAMPT HSの構築
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したホモサピエンス(Homo sapiens)由来NAMPTの合成遺伝子(配列番号38)を、制限酵素NcoIとEcoRIとで消化処理したpRSFDuet-1に連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素NcoIとEcoRIにより消化処理したpRSFDuet-1と、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpRSF-NAMPT HSを得た。
(NAMPT HS用プライマー対)
・フォワード(配列番号44):
AGGAGATATACCATGAATCCGGCAGCAGAAGCCGAATTTAACATTCTG
・リバース(配列番号45):
GCTCGAATTCGGATCTTAATGATGTGCTGCTTCCAGTTCAATGTTCAG
・pCDF-prs→pgiの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化した大腸菌(E. Coli)K12由来のpgi、zwf、pgl、gnd、rpiA、rpiB、及びprsの各合成遺伝子(配列番号17、20、23、26、29、32、35)を、それぞれ連結可能な相同域ならびにprs以外はpCDFDuet-1と同じRBS領域を含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。最初に、prs、rpiB、rpiA、及びgndの断片を、制限酵素NcoIとSacIにより消化処理したpCDFDuet-1と、Gibson Assemblyシステムを用いて連結した。次に、得られたベクターを制限酵素SacIにより消化処理し、pgl、zwf、及びpgiの断片を、Gibson Assemblyシステムを用いて連結し、pCDF-prs→pgiを得た。
(pgi用プライマー対)
・フォワード(配列番号46):
CGTGATGGTCGTAGCTGGAATGAATTTGAATAAAAGGAGATATACCATGAAGAACATTAATCCGACACAG
・リバース(配列番号47):
ACTTAAGCATTATGCGGCCGCAAGCTTGTCGACCTGCAGGCGCGCCGTTAACCACGCCAGGCTTTATAAC
(zwf用プライマー対)
・フォワード(配列番号48):
GTCAGGGTCCGATGTGGGTTGTTGTTAATGCACATTAAAAGGAGATATACCATGGCAGTTACCCAGACCG
・リバース(配列番号49):
TTATTCAAATTCATTCCAGCTACG
(pgl用プライマー対)
・フォワード(配列番号50):
AGAAGGTGTGTTTCATACAGAATGGCTGGACTAAAAGGAGATATACCATGAAACAGACCGTGTATATTGC
・リバース(配列番号51):
TTAATGTGCATTAACAACAACCC
(gnd用プライマー対)
・フォワード(配列番号52):
TGGTACACCGGATGGTGTTAAAACCATTGTGAAATAAAAGGAGATATACCATGAGCAAACAGCAGATTGG
・リバース(配列番号53):
CATTATGCGGCCGCAAGCTTGTCGACCTGCAGGCGCGCCGAGCTCTTAGTCCAGCCATTCTGTATGAAAC
(rpiA用プライマー対)
・フォワード(配列番号54):
CAATTACCGCAATTGAACAGCGTCGCAATTAAAAGGAGATATACCATGACCCAGGATGAACTGAAAAAAG
・リバース(配列番号55):
TTATTTCACAATGGTTTTAACACCATC
(rpiB用プライマー対)
・フォワード(配列番号56):
AATGAAGAAAGCATTAGCGCCATGTTTGAACATTAAAAGGAGATATACCATGAAAAAAATCGCCTTTGGC
・リバース(配列番号57):
TTAATTGCGACGCTGTTC
(prs用プライマー対)
・フォワード(配列番号58):
ATTCCCCTGTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAATAAGGAGATATACCGTGCCGGATATGAAACTGTTTG
・リバース(配列番号59):
TTAATGTTCAAACATGGCGC
・pCDF-pgi→prsの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化した大腸菌(E. Coli)K12由来pgi、zwf、pgl、gnd、rpiA、rpiB、及びprsの合成遺伝子(配列番号17、20、23、26、29、32、35)を、それぞれ連結可能な相同域ならびにpgi以外はpCDFDuet-1と同じRBS領域を含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。最初に、pgi、zwf、pgl、及びgndの断片を、制限酵素NcoIとSacIにより消化処理したpCDFDuet-1と、Gibson Assemblyシステムを用いて連結した。次に、得られたベクターを制限酵素SacIにより消化処理し、rpiA、rpiB、及びprsの断片を、Gibson Assemblyシステムを用いて連結し、pCDF-pgi→prsを得た。
(pgi用プライマー対)
・フォワード(配列番号60):
TCCCCTGTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAATAAGGAGATATACCATGAAGAACATTAATCCGACACAG
・リバース(配列番号61):
TTAACCACGCCAGGCTTTATAAC
(zwf用プライマー対)
・フォワード(配列番号62):
ATGGTCTGATTAATCGTTATAAAGCCTGGCGTGGTTAAAAGGAGATATACCATGGCAGTTACCCAGACCG
・リバース(配列番号63):
TTATTCAAATTCATTCCAGCTACG
(pgl用プライマー対)
・フォワード(配列番号64):
CCGTGATGGTCGTAGCTGGAATGAATTTGAATAAAAGGAGATATACCATGAAACAGACCGTGTATATTGC
・リバース(配列番号65):
TTAATGTGCATTAACAACAACCC
(gnd用プライマー対)
・フォワード(配列番号66):
TCAGGGTCCGATGTGGGTTGTTGTTAATGCACATTAAAAGGAGATATACCATGAGCAAACAGCAGATTGG
・リバース(配列番号67):
CATTATGCGGCCGCAAGCTTGTCGACCTGCAGGCGCGCCGAGCTCTTAGTCCAGCCATTCTGTATGAAAC
(rpiA用プライマー対)
・フォワード(配列番号68):
AAGGTGTGTTTCATACAGAATGGCTGGACTAAAAGGAGATATACCATGACCCAGGATGAACTGAAAAAAG
・リバース(配列番号69):
TTATTTCACAATGGTTTTAACACCATC
(rpiB用プライマー対)
・フォワード(配列番号70):
GGTACACCGGATGGTGTTAAAACCATTGTGAAATAAAAGGAGATATACCATGAAAAAAATCGCCTTTGGC
・リバース(配列番号71):
TTAATTGCGACGCTGTTC
(prs用プライマー対)
・フォワード(配列番号72):
AAGCAATTACCGCAATTGAACAGCGTCGCAATTAAAAGGAGATATACCGTGCCGGATATGAAACTGTTTG
・リバース(配列番号73):
TCGACTTAAGCATTATGCGGCCGCAAGCTTGTCGACCTGCAGGCGCGCCGTTAATGTTCAAACATGGCGC
・pACYC-pgi→prsの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化した大腸菌(E. Coli)K12由来pgi、zwf、pgl、gnd、rpiA、rpiB、及びprsの合成遺伝子(配列番号17、20、23、26、29、32、35)を、それぞれ連結可能な相同域ならびにpgi以外はpACYCDuet-1と同じRBS領域を含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。最初に、pgi、zwf、pgl、及びgndの断片を、制限酵素NcoIとSacIにより消化処理したpACYCDuet-1と、Gibson Assemblyシステムを用いて連結した。次に、得られたベクターを制限酵素SacIにより消化処理し、rpiA、rpiB、及びprsの断片を、Gibson Assemblyシステムを用いて連結し、pACYC-pgi→prsを得た。
(pgi用プライマー対)
・フォワード(配列番号60:前出)
・リバース(配列番号61:前出)
(zwf用プライマー対)
・フォワード(配列番号62:前出)
・リバース(配列番号63:前出)
(pgl用プライマー対)
・フォワード(配列番号64:前出)
・リバース(配列番号65:前出)
(gnd用プライマー対)
・フォワード(配列番号66:前出)
・リバース(配列番号67:前出)
(rpiA用プライマー対)
・フォワード(配列番号68:前出)
・リバース(配列番号69:前出)
(rpiB用プライマー対)
・フォワード(配列番号70:前出)
・リバース(配列番号71:前出)
(prs用プライマー対)
・フォワード(配列番号72:前出)
・リバース(配列番号73:前出)
・pACYC-prs→pgiの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化した大腸菌(E. Coli)K12由来のpgi、zwf、pgl、gnd、rpiA、rpiB、及びprsの各合成遺伝子(配列番号17、20、23、26、29、32、35)を、それぞれ連結可能な相同域ならびにprs以外はpACYCDuet-1と同じRBS領域を含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。最初に、prs、rpiB、rpiA、及びgndの断片を、制限酵素NcoIとSacIにより消化処理したpACYCDuet-1と、Gibson Assemblyシステムを用いて連結した。次に、得られたベクターを制限酵素SacIにより消化処理し、pgl、zwf、及びpgiの断片を、Gibson Assemblyシステムを用いて連結し、pACYC-prs→pgiを得た。
(pgi用プライマー対)
・フォワード(配列番号46:前出)
・リバース(配列番号47:前出)
(zwf用プライマー対)
・フォワード(配列番号48:前出)
・リバース(配列番号49:前出)
(pgl用プライマー対)
・フォワード(配列番号50:前出)
・リバース(配列番号51:前出)
(gnd用プライマー対)
・フォワード(配列番号52:前出)
・リバース(配列番号53:前出)
(rpiA用プライマー対)
・フォワード(配列番号54:前出)
・リバース(配列番号55:前出)
(rpiB用プライマー対)
・フォワード(配列番号56:前出)
・リバース(配列番号57:前出)
(prs用プライマー対)
・フォワード(配列番号58:前出)
・リバース(配列番号59:前出)
・pACYC-niaP BCの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したバークホルデリア・セノセパシア(Burkholderia cenocepacia)由来niaPの合成遺伝子(配列番号8)を、制限酵素NcoIとEcoRIとで消化処理したpACYCDuet-1に連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素NcoIとEcoRIにより消化処理したpACYCDuet-1と、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpACYC-niaP BCを得た。
(niaP BC用プライマー対)
・フォワード(配列番号74):
AGGAGATATACCATGCCTGCAGCAACCGCACC
・リバース(配列番号75):
GCTCGAATTCGGATCTTAGCTTGCTTTATCTGCTGCTGTTGCCGGATAAC
・pACYC-niaX SPTの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したストレプトコッカス・ヒューモニア(Streptococcus pneumoniae)TIGR4株由来niaXの合成遺伝子(配列番号11)を、制限酵素NcoIとEcoRIとで消化処理したpACYCDuet-1に連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素NcoIとEcoRIにより消化処理したpACYCDuet-1と、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpACYC-niaX SPTを得た。
(niaX SPT用プライマー対)
・フォワード(配列番号76):
AGGAGATATACCTTGAGCGGTCTGCTGTATCACACCAGCGTTTATGCAG
・リバース(配列番号77):
GCTCGAATTCGGATCTTAGCGACGTTTACGCAGAACTTTATAAACTGCC
・pACYC-pnuC BMの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したバチルス・ミコイデス(Bacillus mycoides)由来pnuCの合成遺伝子(配列番号14)を、制限酵素NcoIとEcoRIとで消化処理したpACYCDuet-1に連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素NcoIとEcoRIにより消化処理したpACYCDuet-1と、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpACYC-pnuC BMを得た。
(pnuC BM用プライマー対)
・フォワード(配列番号78):
AGGAGATATACCATGGTTCGTAGTCCGCTGTTTCTGCTGATTAGCAGC
・リバース(配列番号79):
GCTCGAATTCGGATCTTAGATGTAGTTGTTCACGCGTTCACGTTCTTTATG
・pRSF-NAMPT CP+pnuC BMの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したバチルス・ミコイデス(Bacillus mycoides)由来pnuCの合成遺伝子(配列番号14)を、制限酵素BglIIとAvrIIとで消化処理したpRSF-NAMPT CPに連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素BglIIとAvrIIにより消化処理したpRSF-NAMPT CPと、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpRSF-NAMPT CP+pnuC BMを得た。
(pnuC BM用プライマー対part2)
・フォワード(配列番号80):
TATTAGTTAAGTATAAGAAGGAGATATACAATGGTTCGTAGTCCGCTGTTTCTGCTGATTAGCAGC
・リバース(配列番号81):
ATGCTAGTTATTGCTCAGCGGTGGCAGCAGTTAGATGTAGTTGTTCACGCGTTCACGTTCTTTATG
・pCDF-pgi→prs+niP BCの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したバークホルデリア・セノセパシア(Burkholderia cenocepacia)由来niaPの合成遺伝子(配列番号8)を、制限酵素BglIIとAvrIIとで消化処理したpCDF-pgi→prsに連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素BglIIとAvrIIにより消化処理したpCDF-pgi→prsと、In-Fusionクローニング法を用いて連結して、pCDF-pgi→prs+niP BCを得た。
(niaP BC用プライマー対part2)
・フォワード(配列番号82):
TATTAGTTAAGTATAAGAAGGAGATATACAATGCCTGCAGCAACCGCACC
・リバース(配列番号83):
ATGCTAGTTATTGCTCAGCGGTGGCAGCAGTTAGCTTGCTTTATCTGCTGCTGTTGCCGGATAAC
・pRSF-NAMPT HS+pnuC BMの構築:
大腸菌(E. Coli)で発現させるためにコドンを最適化したバチルス・ミコイデス(Bacillus mycoides)由来pnuCの合成遺伝子(配列番号14)を、制限酵素BglIIとAvrIIとで消化処理したpRSF-NAMPT HSに連結可能な相同域をそれぞれ含む下記プライマー対を用いてPCRにより増幅した。これを、制限酵素BglIIとAvrIIにより消化処理したpRSF-NAMPT HSと、In-Fusionクローニング法を用いて連結してpRSF-NAMPT HS+pnuC BMを得た。
(pnuC BM用プライマー対part2)
・フォワード(配列番号80:前出)
・リバース(配列番号81:前出)
[IV.生産株の構築]
・BL21/pRSF-NAMPT CP株(実施例1)の作製:
pRSF-NAMPT CPを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT SSC株の作製:
pRSF-NAMPT SSCを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT SSC株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株(実施例2、7)の作製:
pRSF-NAMPT CPとpCDF-prs→pgiを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pgi→prs株(実施例3)の作製:
pRSF-NAMPT CP及びpCDF-prs→pgiとpACYC-pgi→prsを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pgi→prs株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株(実施例4、8)の作製:
pRSF-NAMPT CP及びpCDF-prs→pgiとpACYC-niaP BCを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaX SPT株(実施例5、9)の作製:
pRSF-NAMPT CP及びpCDF-prs→pgiとpACYC-niaX SPTを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaX SPT株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pnuC BM株(実施例6、10)の作製:
pRSF-NAMPT CP及びpCDF-prs→pgiとpACYC-pnuC BMを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pnuC BM株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT CP+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株(実施例11)の作製:
pRSF-NAMPT CP+pnuC BM及びpCDF-pgi→prs+niaP BCとpACYC-prs→pgiを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT CP+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT HS株(比較例2)の作製:
pRSF-NAMPT HSを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT HS株を得た。
・BL21/pRSF-NAMPT HS+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株(比較例3)の作製:
pRSF-NAMPT HS+pnuC BM及びpCDF-pgi→prs+niaP BCとpACYC-prs→pgiを、ヒートショック法によりBL21(DE3)株に導入し、BL21/pRSF-NAMPT HS+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株を得た。
[V-1.ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)生産1]
・実施例1(BL21/pRSF-NAMPT CP株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株を、5mLのLB培地が入った試験管に植菌し、37℃、200rpmで12時間培養した。培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように加え、37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシド(ナカライテスク(株)製)を終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養した。その後、培養液を50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。この操作を2回実施した。回収した菌体をOD600が10となるようにLB培地で懸濁し、100mL三角フラスコに10mLとなるように加え、そこにニコチンアミドを1g/L、D-グルコースを0.4g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.005mol/Lとなるように仕込み、30℃、200rpmで反応した。2時間後に反応液を採取し、-30℃で凍結した後に溶解させ、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収した。この回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.03g/Lであった。
・実施例2(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.18g/Lであった。
・実施例3(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pgi→prs株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pgi→prs株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.22g/Lであった。
・実施例4(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.21g/Lであった。
・実施例5(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaX SPT株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaX SPT株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.23g/Lであった。
・実施例6(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pnuC BM株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pnuC BM株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.36g/Lであった。
・実施例7(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株を用いたNMN生産):
ニコチンアミドを1g/Lから2g/L、D-グルコースを0.4g/Lから1.0g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.005mol/Lから0.01mol/Lに変更した以外は実施例2と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.20g/Lであった。
・実施例8(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株に変更した以外は実施例7と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.31g/Lであった。
・実施例9(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaX SPT株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株をBL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaX SPT株株に変更した以外は実施例7と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.33g/Lであった。
・実施例10(BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pnuC BM株を用いたNMN生産):
回収した菌体をOD600が10となるようにLB培地の代わりにM9培地で懸濁した以外は実施例6と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.12g/Lであった。
・比較例1(BL21(DE3)株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21(DE3)株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は定量限界以下であった。
・比較例2(BL21/pRSF-NAMPT HS株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT HS株に変更した以外は実施例1と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は定量限界以下であった。
[V-2.ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)生産2]
・実施例11(BL21/pRSF-NAMPT CP+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT CP+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株に変更した以外は実施例1と同様に菌体を回収した。回収した菌体をOD600が40となるようにM9培地で懸濁し、100mL三角フラスコに10mLとなるように加え、そこにニコチンアミドを7g/L、D-グルコースを21g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.05mol/Lとなるように仕込み、30℃、200rpmで反応した。8時間後に反応液を採取し、-30℃で凍結した後に溶解させ、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収した。この回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は6.52g/Lであった。
・比較例3(BL21/pRSF-NAMPT HS+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株を用いたNMN生産):
BL21/pRSF-NAMPT CP+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株をBL21/pRSF-NAMPT HS+pnuC BM/pCDF-pgi→prs+niaP BC/pACYC-prs→pgi株に変更した以外は実施例11と同様に反応を行い、回収した液体をHPLCにて分析したところ、NMN量は0.04g/Lであった。
[VI.ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)精製1]
前処理されたNMN含有LB培地500mLを400rpmで撹拌しながら2時間かけてNF膜ろ過(SYNDER社製、NF-S)し、50mLまで膜濃縮を行った。得られた濃縮液を、終夜凍結乾燥行うことで、NMN含有粗体6.3gを得た。得られた粗体を15mLのmiliQ水に溶解し、0.22μmのフィルター濾過後HPLC分取を行うことで、NMN含有フラクションを得た(純度:64.56%)。NMN含有フラクションを再度凍結乾燥後、HPLC分取を行い、得られた高含有NMNフラクションを1N HClを用いてpH=3に調整し凍結乾燥してNMNを得た(純度:>99%)。
MS(ESI) :m/z 335[M+H]+ 1H-NMR (D2O) δ: 9.49 (1H, s), 9.30 (1H, d, J = 6.4 Hz), 9.00 (1H, d, J = 7.8 Hz) 8.31 (1H, dd, J = 7.8, 6.4), 6.32 (1H, d, J = 5.0 Hz), 4.79-4.65 (1H, m), 4.59 (1H, t, J = 5.0 Hz), 4.47-4.45 (1H, m)4.34-4.30 (1H, m), 4.18-4.13 (1H, m).
・分取条件:
装置: Agilent Infinity 1200分取HPLC
溶媒: A = 100%HO + 0.1%CHCOOH
B = 95%MeCN/5%HO + 0.1%CHCOOH
カラム: zic-HILIC、21.2mmI.D.×150mm、5μm、2本連結
ガードカラム:InertSustain Amide、7.6mmI.D.×30mm
カラム温度: RT℃
流速: 22.0mL/分
検出波長: 260、200nm(PDA)(260nmでUVトリガー分取)
グラジエント条件: 時間(分) Bsolv.(%)
0.00 84.00
50.0 84.00
50.1 45.00
58.0 45.00
58.1 84.00
65.0 STOP
フラクションボリューム:8.0mL
・分析条件:
装置: 島津IT-TOF/MS
溶媒: A = 100%HO + 0.1%CHCOOH
B = 95%MeCN/5%HO + 0.1%CHCOOH
カラム: zic-HILIC、4.6mmI.D.×150mm、5.0μm
カラム温度:25℃
流速: 1.2mL/分
検出波長: 200、260nm(PDA)
グラジエント条件: 時間(分) Bsolv.(%)
0.00 90.00
4.00 90.00
21.0 50.00
25.0 50.00
25.1 90.00
30.0 STOP
ネプライザガス流量:1.5mL/分
CDL温度: 200℃
ヒートブロック温度:200℃
検出器電圧: 1.65kV
MS検出範囲: Event1 MS 100~600
Event2 MS/MS 70~500
[VII.参考評価]
・NAMPT変換効率の評価:
BL21/pRSF-NAMPT CP株を5mLのLB培地が入った試験管に植菌して37℃、200rpmで12時間培養した後、培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように植菌して37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシドを終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養を行った。培養液30mLを50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。この操作を2回実施した。回収菌体をCell Lysis Buffer(MBL社製)15mLで懸濁し、一般に推奨される方法でLysateを調製した。プロテインアッセイブラッドフォード試薬(和光純薬(株)製)を用いてLysateのOD595を測定し、OD595が0.1となるようにLysate液を水で希釈した。この希釈液をNAMPT溶液として、CycLexR NAMPT Colorimetric Assay Kit Ver.2(MBL社製)のOne-Step Assay Methodに準拠してNAMPT変換効率を測定した。測定には、SpectraMaxR iD3マルチモードマイクロプレートリーダー(モレキュラーデバイス社製)を用いた。結果、NAMPT変換効率は230であった。
次に、BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21/pRSF-NAMPT SSC株に変更した以外は同様にしてNAMPT変換効率を測定した。結果、NAMPT変換効率は170であった。
比較として、BL21/pRSF-NAMPT CP株をBL21(DE3)株に変更した以外は同様にしてNAMPT変換効率を測定した。結果、NAMPT変換効率は9であった。
また、ヒトNAMPT(CycLexR NAMPT Colorimetric Assay Kit Ver.2(MBL社製)のヒトNAMPTを使用)をOD595が0.1となるように水で希釈し、得られた希釈液をNAMPT溶液として、CycLexR NAMPT Colorimetric Assay Kit Ver.2(MBL社製)のOne-Step Assay Methodに準拠してNAMPT変換効率を測定した。結果、NAMPT変換効率は22であった。
・niaPのニコチンアミド取り込み効率の評価:
BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-niaP BC株を5mLのLB培地が入った試験管に植菌して37℃、200rpmで12時間培養した後、培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように植菌して37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシドを終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養を行った。その後、培養液を50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。この操作を2回実施した。回収した菌体をOD600が10となるようにLB培地で懸濁し、100mL三角フラスコに10mLとなるように加え、そこにニコチンアミドを1g/L、D-グルコースを0.4g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.005mol/Lとなるように仕込み、30℃、200rpmで反応した。反応1時間後と2時間後に反応液を採取し、-30℃で凍結した後に溶解させ、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収した。これら回収した液体をHPLCにて分析し、NMN量を定量した。結果、niaPのニコチンアミド取り込み効率は81%であった。
また、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株を用いて同様に評価したところ、niaPのニコチンアミド取り込み効率は66%であった。
・pnuCのニコチンアミドモノヌクレオチド排出効率の評価:
BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi/pACYC-pnuC BM株を5mLのLB培地が入った試験管に植菌して37℃、200rpmで12時間培養した後、培養液を200mLのLB培地が入った500mL三角フラスコにOD600が0.03となるように植菌して37℃、200rpmで培養し、OD600が0.4となった時点で、イソプロピル-β-チオガラクトピラノシドを終濃度0.1mMとなるように添加し、25℃、200rpmで16時間培養を行った。その後、培養液を50mLコニカル管に移し、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。さらに、1×PBSを加えて洗浄を行い、3000gで5分間遠心分離し、菌体を回収した。この操作を2回実施した。回収した菌体をOD600が10となるようにLB培地で懸濁し、100mL三角フラスコに10mLとなるように加え、そこにニコチンアミドを1g/L、D-グルコースを0.4g/L、リン酸バッファー(pH6.2)を0.005mol/Lとなるように仕込み、30℃、200rpmで反応した。反応2時間後に反応液を採取し、1つは-30℃で凍結した後に溶解させ、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収した。もう1つは凍結処理せず、12000rpmで3分間遠心分離して上清を回収した。これら回収した液体をHPLCにて分析し、NMN量を定量した。結果、pnuCのニコチンアミドモノヌクレオチド排出効率は81%であった。
また、BL21/pRSF-NAMPT CP/pCDF-prs→pgi株を用いて同様に評価したところ、pnuCのニコチンアミドモノヌクレオチド排出効率は11%であった。
・NMN以外のNAm誘導体の生産:
実施例11で得られた反応8時間後のNMNを含む反応液に、アデノシン三リン酸(ATP)、ニコチンアミドモノヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ1(NMNAT1)(CycLexR NAMPT Colorimetric Assay Kit Ver.2(MBL社製)のATP及びNMNAT1を使用)を加えて、30℃で反応させたところ、NADの生成が確認された。さらに、アルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)とエタノール(CycLexR NAMPT Colorimetric Assay Kit Ver.2(MBL社製)のADH及びエタノールを使用)を加えて、30℃で反応させたところ、NADHの生成が確認された。
・ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)精製2:
遠心分離で菌体除去したNMN含有LB培地を活性炭処理し、その後、活性炭を分離除去した処理液を得た。その処理液から高分子量の不純物を除去するためにNF膜ろ過を行い、さらに不純物を除去するため、ろ液をイオン交換樹脂にて処理した。次に、処理液をNF膜を用いて濃縮し、さらにその濃縮液を遠心濃縮することでNMN含有濃縮液を得た。最終的に、NMN含有濃縮液に5mol/Lの塩酸水を添加してpH=3~4に調整した後、エタノールを適量添加し再結晶操作を行った。析出した固体を回収し、NMNの結晶を高純度で得た(HPLC純度>95%)。
本発明によれば、NMN等のNAm誘導体を効率的に生産することが可能である。中でもNMNは、種々のリサーチツールやNADの合成中間体、更には薬効成分等として有用性を有することから、本発明の産業上の価値は高い。

Claims (13)

  1. ニコチンアミド誘導体を産生するための微生物であって、
    前記微生物が、ニコチンアミド及び5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸からニコチンアミドモノヌクレオチドを生成するニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ(NAMPT)を発現する、及び/又は、前記NAMPTのアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより形質転換されてなるとともに、
    前記NAMPTが、配列番号3又は配列番号6に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドからなる、組換え微生物。
  2. 前記微生物が更に、ニコチン酸及び/又はニコチンアミドの細胞内取り込みを促進するナイアシン輸送体を発現する、及び/又は、前記ナイアシン輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより形質転換されてなるとともに、
    前記ナイアシン輸送体が、配列番号9又は配列番号12に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドからなる、請求項1記載の組換え微生物。
  3. 前記微生物が更に、ニコチンアミド誘導体の細胞外排出を促進するニコチンアミド誘導体輸送体を発現する、及び/又は、前記ニコチンアミド誘導体輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより形質転換されてなるとともに、
    前記ニコチンアミド誘導体輸送体が、配列番号15に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドからなる、請求項1又は2に記載の組換え微生物。
  4. 前記微生物が更に、グルコース-6-リン酸から5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸を合成する経路を促進する1又は2以上の酵素を更に発現する、及び/又は、前記1又は2以上の酵素のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターにより更に形質転換されてなる、請求項1~の何れか一項に記載の組換え微生物。
  5. 前記1又は2以上の酵素が、ホスホグルコースイソメラーゼ、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、6-ホスホグルコノラクトナーゼ、6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ、リボース-5-リン酸イソメラーゼ、及びホスホリボシルピロリン酸シンターゼからなる群より選択される1又は2以上の酵素である、請求項に記載の組換え微生物。
  6. 前記ホスホグルコースイソメラーゼが、配列番号18に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドであり、
    前記グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼが、配列番号21に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドであり、
    前記6-ホスホグルコノラクトナーゼが、配列番号24に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドであり、
    前記6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼが、配列番号27に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドであり、
    前記リボース-5-リン酸イソメラーゼが、配列番号30又は33に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドであり、
    前記ホスホリボシルピロリン酸シンターゼが、配列番号36に示すアミノ酸配列と90%以上の配列同一性を有するポリペプチドである、請求項に記載の組換え微生物。
  7. 前記ニコチンアミド誘導体が、ニコチンアミドモノヌクレオチド、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド、ニコチンアミドリボシド、ニコチン酸モノヌクレオチド、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸、及び、ニコチン酸アデニンジヌクレオチドからなる群より選択される、請求項1~の何れか一項に記載の組換え微生物。
  8. 組換え微生物が大腸菌又は酵母である、請求項1~の何れか一項に記載の組換え微生物。
  9. ニコチンアミド誘導体を産生するための方法であって、請求項1~の何れか一項に記載の組換え微生物にニコチンアミドを供給し、前記微生物により生成されたニコチンアミド誘導体を回収することを含む方法。
  10. 回収されたニコチンアミド誘導体を精製することを更に含む請求項に記載の方法。
  11. ニコチンアミド及び5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸からニコチンアミドモノヌクレオチドを生成するニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ(NAMPT)のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターであって、
    前記核酸が、配列番号2又は配列番号5に記載の塩基配列と99%以上の配列同一性を有する塩基配列を含むベクター。
  12. ニコチン酸及び/又はニコチンアミドの細胞内取り込みを促進するナイアシン輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターであって、
    前記核酸が、配列番号8又は配列番号11に記載の塩基配列と99%以上の配列同一性を有する塩基配列を含むベクター。
  13. ニコチンアミド誘導体の細胞外排出を促進するニコチンアミド誘導体輸送体のアミノ酸配列をコードする核酸を担持するベクターであって、
    前記核酸が、配列番号14に記載の塩基配列と99%以上の配列同一性を有する塩基配列を含むベクター。
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