JP6932923B2 - 改良Ｆｃ結合性タンパク質、当該タンパク質の製造方法および当該タンパク質を用いた抗体吸着剤 - Google Patents

改良Ｆｃ結合性タンパク質、当該タンパク質の製造方法および当該タンパク質を用いた抗体吸着剤 Download PDF

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本発明は、免疫グロブリンに親和性のあるＦｃ結合性タンパク質に関する。より詳しくは、本発明は、熱や酸、アルカリに対する安定性が野生型よりも高いＦｃ結合性タンパク質、当該タンパク質の製造方法、および当該タンパク質を不溶性担体に固定化して得られる抗体吸着剤に関する。
Ｆｃレセプターは、免疫グロブリン分子のＦｃ領域に結合する一群の分子である。個々の分子は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する認識ドメインによって、単一の、または同じグループの免疫グロブリンイソタイプをＦｃレセプター上の認識ドメインによって認識している。これによって、免疫応答においてどのアクセサリー細胞が動因されるかが決まってくる。Ｆｃレセプターは、さらにいくつかのサブタイプに分類することができ、ＩｇＧ（免疫グロブリンＧ）に対するレセプターであるＦｃγレセプター、ＩｇＥのＦｃ領域に結合するＦｃεレセプター、ＩｇＡのＦｃ領域に結合するＦｃαレセプター等がある。また各レセプターは更に細かく分類されており、Ｆｃγレセプターは、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩｂの存在が報告されている（非特許文献１）。
Ｆｃγレセプターの中でも、ＦｃγＲＩＩＩａはナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）やマクロファージなどの細胞表面に存在しており、ヒト免疫機構の中でも重要なＡＤＣＣ（抗体依存性細胞傷害）活性に関与している重要なレセプターである。このＦｃγＲＩＩＩａとヒトＩｇＧとの親和性は結合の強さを示す結合定数（ＫＡ）が１０７Ｍ−１以下であることが報告されている（非特許文献２）。ヒトＦｃγＲＩＩＩａのアミノ酸配列（配列番号１）はＵｎｉＰｒｏｔ（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：Ｐ０８６３７）などの公的データベースに公表されている。また、ヒトＦｃγＲＩＩＩａの構造上の機能ドメイン、細胞膜を貫通するためのシグナルペプチド配列、細胞膜貫通領域の位置についても同様に公表されている。図１にヒトＦｃγＲＩＩＩａの構造略図を示す。なお、図１中の番号はアミノ酸番号を示しており、その番号は配列番号１に記載のアミノ酸番号に対応する。すなわち、配列番号１中の１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から１６番目のアラニン（Ａｌａ）までがシグナル配列（Ｓ）、１７番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までが細胞外領域（ＥＣ）、２０９番目のバリン（Ｖａｌ）から２２９番目のバリン（Ｖａｌ）までが細胞膜貫通領域（ＴＭ）および２３０番目のリジン（Ｌｙｓ）から２５４番目のリジン（Ｌｙｓ）までが細胞内領域（Ｃ）とされている。なおＦｃγＲＩＩＩａはＩｇＧ１からＩｇＧ４まであるヒトＩｇＧサブクラスのうち、特にＩｇＧ１とＩｇＧ３に対し強く結合する一方、ＩｇＧ２とＩｇＧ４に対する結合は弱いことが知られている。
Ｔａｋａｉ．Ｔ．，Ｊｐｎ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２８，３１８−３２６，２００５ Ｊ．Ｇａｌｏｎ等，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２７，１９２８−１９３２，１９９７
本発明の課題は、特に熱や酸、アルカリに対する安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質、当該タンパク質の製造方法、および当該タンパク質を用いた抗体吸着剤を提供することにある。
本発明者らは上記の課題を解決すべく鋭意検討した結果、ヒトＦｃγＲＩＩＩａにおける安定性向上に関与したアミノ酸残基を特定し、当該アミノ酸残基を他のアミノ酸残基に置換した変異体が、熱や酸、アルカリに対して優れた安定性を有することを見出し、本発明を完成するに至った。
すなわち、本願は以下の（Ａ）から（Ｍ）に記載の態様を包含する：
（Ａ）
配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において以下の（１）から（２６）のうち少なくとも１つのアミノ酸置換が生じている、Ｆｃ結合性タンパク質。
（１）配列番号５２の３４番目のメチオニンがイソロイシンに置換
（２）配列番号５２の３６番目のスレオニンがセリンに置換
（３）配列番号５２の３８番目のアスパラギン酸がグリシンまたはバリンに置換
（４）配列番号５２の４１番目のリジンがアルギニンに置換
（５）配列番号５２の４３番目のグルタミン酸がバリンに置換
（６）配列番号５２の６６番目のアラニンがグルタミン酸に置換
（７）配列番号５２の７５番目のグルタミンがロイシンに置換
（８）配列番号５２の８０番目のグルタミン酸がグリシンに置換
（９）配列番号５２の８１番目のセリンがアスパラギンまたはアルギニンに置換
（１０）配列番号５２の９１番目のロイシンがアルギニンまたはイソロイシンに置換
（１１）配列番号５２の１３０番目のプロリンがロイシンに置換
（１２）配列番号５２の１３５番目のリジンがバリンに置換
（１３）配列番号５２の１４８番目のリジンがアルギニンに置換
（１４）配列番号５２の１６０番目のアスパラギンがアスパラギン酸に置換
（１５）配列番号５２の１６７番目のフェニルアラニンがセリンに置換
（１６）配列番号５２の１９６番目のアスパラギンがアスパラギン酸に置換
（１７）配列番号５２の２００番目のグルタミン酸がグリシンに置換
（１８）配列番号５２の２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に置換
（１９）配列番号５２の４５番目のイソロイシンがバリンに置換
（２０）配列番号５２の７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸またはチロシンに置換
（２１）配列番号５２の１１４番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に置換
（２２）配列番号５２の２０８番目のグルタミンがプロリンに置換
（２３）配列番号５２の９０番目のチロシンがフェニルアラニンに置換
（２４）配列番号５２の９２番目のイソロイシンがバリンに置換
（２５）配列番号５２の９６番目のスレオニンがセリンに置換
（２６）配列番号５２の１７７番目のリジンがアスパラギンに置換
（Ｂ）
配列番号６３、配列番号６７、配列番号７１、配列番号７９、配列番号８３、配列番号８５、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９５、配列番号９９、配列番号１０９、配列番号１１３、配列番号１１７のいずれかに記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含む、（Ａ）に記載のＦｃ結合性タンパク質。
（Ｃ）
配列番号６３、配列番号６７、配列番号７１、配列番号７９、配列番号８３、配列番号８５、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９５、配列番号９９、配列番号１０９、配列番号１１３、配列番号１１７のいずれかに記載のアミノ酸配列からなる、（Ａ）又は（Ｂ）に記載のＦｃ結合性タンパク質。
（Ｄ）
（Ａ）〜（Ｃ）いずれかに記載のＦｃ結合性タンパク質において、さらに以下の（２７）から（２９）のうち少なくとも１つのアミノ酸置換が生じている、Ｆｃ結合性タンパク質。
（２７）配列番号５２の８２番目のロイシンがヒスチジンまたはアルギニンに置換
（２８）配列番号５２の１６３番目のバリンがアスパラギン酸に置換
（２９）配列番号５２の１９２番目のバリンがフェニルアラニンに置換
（Ｅ）
（Ａ）から（Ｄ）のいずれかに記載のＦｃ結合性タンパク質を不溶性担体に固定化した吸着剤。
（Ｆ）
（Ｅ）に記載の吸着剤に、糖鎖を有する抗体を吸着させ、次いで溶出液により当該抗体を溶出させることを特徴とする、抗体の分離方法。
（Ｇ）
（Ｆ）に記載の方法において、抗体が有する糖鎖の違いにより溶出時間が異なる溶出液を用いて、吸着した抗体を糖鎖の違いにより順次溶出させることを特徴とする方法。
（Ｈ）
（Ｆ）または（Ｇ）に記載の分離方法を用いて抗体が有する糖鎖構造の違いを識別する方法。
（Ｉ）
（Ａ）から（Ｄ）のいずれかに記載のＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
（Ｊ）
（Ｉ）に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
（Ｋ）
（Ｊ）に記載の発現ベクターで宿主を形質転換して得られる形質転換体。
（Ｌ）
宿主が大腸菌である、（Ｋ）に記載の形質転換体。
（Ｍ）
（Ｋ）または（Ｌ）に記載の形質転換体を培養することによりＦｃ結合性タンパク質を発現させ、その培養物から発現されたＦｃ結合性タンパク質を回収する、Ｆｃ結合性タンパク質の製造方法。
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明のＦｃ結合性タンパク質は、抗体のＦｃ領域に結合性を持つタンパク質であり、配列番号１に記載のアミノ酸配列からなるヒトＦｃγＲＩＩＩａの細胞外領域（図１のＥＣの領域）のうち、少なくとも１７番目のグリシンから１９２番目のグルタミンまでのアミノ酸残基を含むタンパク質であって、但し当該１７番目から１９２番目までのアミノ酸残基において特定位置におけるアミノ酸置換が生じたタンパク質である。したがって、本発明のＦｃ結合性タンパク質は、細胞外領域のＮ末端側にあるシグナルペプチド領域（図１のＳ）の全てまたは一部を含んでもよいし、細胞外領域のＣ末端側にある細胞膜貫通領域（図１のＴＭ）および細胞内領域（図１のＣ）の全てまたは一部を含んでもよい。
前記特定位置におけるアミノ酸置換は、具体的には、配列番号１に記載のアミノ酸配列において、Ｍｅｔ１８Ｉｌｅ（この表記は、配列番号１の１８番目（配列番号５２では３４番目）のメチオニンがイソロイシンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｔｈｒ２０Ｓｅｒ、Ａｓｐ２２Ｇｌｙ、Ａｓｐ２２Ｖａｌ、Ｌｙｓ２５Ａｒｇ、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏ、Ａｌａ５０Ｇｌｕ、Ａｓｎ５６Ａｓｐ、Ａｓｎ５６Ｔｙｒ、Ｇｌｎ５９Ｌｅｕ、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙ、Ｓｅｒ６５Ａｓｎ、Ｓｅｒ６５Ａｒｇ、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ａｒｇ（この表記は、配列番号１の７５番目（配列番号５２では９１番目）のフェニルアラニンが一度ロイシンに置換され、さらにアルギニンに置換されたことを表す、以下同様）、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ｉｌｅ、Ｉｌｅ７６Ｖａｌ、Ｔｈｒ８０Ｓｅｒ、Ａｓｐ９８Ｇｌｕ、Ｐｒｏ１１４Ｌｅｕ、Ｌｙｓ１１９Ｖａｌ、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇ、Ａｓｎ１４４Ａｓｐ、Ｐｈｅ１５１Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１６１Ａｓｎ、Ａｓｎ１８０Ａｓｐ、Ｇｌｕ１８４Ｇｌｙ、Ａｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのうち、少なくとも１つの置換である。なお、野生型ＦｃγＲＩＩＩａには、Ｌｅｕ６６Ｈｉｓ、Ｌｅｕ６６Ａｒｇ、Ｇｌｙ１４７Ａｓｐ（配列番号５２の１６３番目ではグリシンがバリンに置換されている）、Ｐｈｅ１７６Ｖａｌのうち、１つ以上のアミノ酸置換が生じた変異体が知られているが、前記特定位置におけるアミノ酸置換以外にこれらのアミノ酸置換を含んでいてもよい。
アミノ酸置換を行なうことで本発明のＦｃ結合性タンパク質を作製する際、特定位置のアミノ酸残基については、抗体結合活性を有する限り前述したアミノ酸以外のアミノ酸に置換してもよい。その一例として、両アミノ酸の物理的性質と化学的性質またはそのどちらかが類似したアミノ酸間で置換する保守的置換があげられる。保守的置換は、Ｆｃ結合性タンパク質に限らず一般に、置換が生じているものと置換が生じていないものとの間でタンパク質の機能が維持されることが当業者において知られている。保守的置換の一例としては、グリシンとアラニン間、アスパラギン酸とグルタミン酸間、セリンとプロリン間、またはグルタミン酸とアラニン間に生じる置換があげられる（タンパク質の構造と機能，メディカル・サイエンス・インターナショナル社，９，２００５）。
本発明のＦｃ結合性タンパク質において、置換するアミノ酸の数に特に制限はない。一例として、以下の（ａ）から（ｍ）に示すＦｃ結合性タンパク質があげられる。これらのＦｃ結合性タンパク質は熱、酸またはアルカリに対する安定性が向上する点で好ましい。
（ａ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号６３に記のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｂ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号６７に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｃ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号７１に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｄ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号７９に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｅ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７８番目のヒスチジンがロイシンに、９０番目のチロシンがヒスチジンに、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号８３に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｆ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号８５に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｇ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、８０番目のグルタミン酸がグリシンに、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号８９に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｈ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンに、２０８番目のグルタミンがプロリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号９１に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｉ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に、９１番目のロイシンがイソロイシンに、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンに、２０８番目のグルタミンがプロリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号９５に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｊ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に、９１番目のロイシンがイソロイシンに、１１４番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンに、２０８番目のグルタミンがプロリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号９９に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｋ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に、９０番目のチロシンがフェニルアラニンに、９１番目のロイシンがイソロイシンに、９６番目のスレオニンがセリンに、１１４番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１３５番目のリジンがグルタミン酸に、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンに、２０８番目のグルタミンがプロリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号１０９に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｌ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に、９０番目のチロシンがフェニルアラニンに、９１番目のロイシンがイソロイシンに、９６番目のスレオニンがセリンに、１１４番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１３５番目のリジンがバリンに、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンに、２０８番目のグルタミンがプロリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号１１３に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
（ｍ）配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、５６番目のリジンがグルタミンに、７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に、８１番目のセリンがアルギニンに、９０番目のチロシンがフェニルアラニンに、９１番目のロイシンがイソロイシンに、９６番目のスレオニンがセリンに、１１４番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１３５番目のリジンがバリンに、１３８番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、１４８番目のリジンがアルギニンに、１５６番目のイソロイシンがメチオニンに、１５７番目のチロシンがフェニルアラニンに、１７４番目のヒスチジンがバリンに、２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に、２０６番目のイソロイシンがバリンに、２０８番目のグルタミンがプロリンにそれぞれ置換されているＦｃ結合性タンパク質（配列番号１１７に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸配列を含むＦｃ結合性タンパク質）。
本発明のＦｃ結合性タンパク質は、そのＮ末端側またはＣ末端側に、夾雑物質存在下の溶液から分離する際に有用なオリゴペプチドをさらに付加してもよい。前記オリゴペプチドとしては、ポリヒスチジン、ポリリジン、ポリアルギニン、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸等があげられる。また本発明のＦｃ結合性タンパク質をクロマトグラフィー用の支持体等の固相に固定化する際に有用な、システインを含むオリゴペプチドを、本発明のＦｃ結合性タンパク質のＮ末端側またはＣ末端側にさらに付加してもよい。Ｆｃ結合性タンパク質のＮ末端側またはＣ末端側に付加するオリゴペプチドの長さは、本発明のＦｃ結合性タンパク質のＩｇＧ結合性や安定性を損なわない限り特に制限はない。前記オリゴペプチドを本発明のＦｃ結合性タンパク質に付加させる際は、前記オリゴペプチドをコードするポリヌクレオチドを作製後、当業者に周知の方法を用いて遺伝子工学的にＦｃ結合性タンパク質のＮ末端側またはＣ末端側に付加させてもよいし、化学的に合成した前記オリゴペプチドを本発明のＦｃ結合性タンパク質のＮ末端側またはＣ末端側に化学的に結合させて付加させてもよい。さらに本発明のＦｃ結合性タンパク質のＮ末端側には、宿主での効率的な発現を促すためのシグナルペプチドを付加してもよい。宿主が大腸菌の場合における前記シグナルペプチドの例としては、ＰｅｌＢ、ＤｓｂＡ、ＭａｌＥ（ＵｎｉＰｒｏｔ Ｎｏ．Ｐ０ＡＥＸ９に記載のアミノ酸配列のうち１番目から２６番目までの領域）、ＴｏｒＴなどといったペリプラズムにタンパク質を分泌させるシグナルペプチドを例示することができる（特開２０１１−０９７８９８号公報）。
本発明のポリヌクレオチドの作製方法の一例として、
（Ｉ）本発明のＦｃ結合性タンパク質のアミノ酸配列からヌクレオチド配列に変換し、当該ヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを人工的に合成する方法や、
（ＩＩ）Ｆｃ結合性タンパク質の全体または部分配列をコードするポリヌクレオチドを直接人工的に、またはＦｃ結合性タンパク質のｃＤＮＡ等からＰＣＲ法といったＤＮＡ増幅法を用いて調製し、調製した当該ポリヌクレオチドを適当な方法で連結する方法、が例示できる。
前記（Ｉ）の方法において、アミノ酸配列からヌクレオチド配列に変換する際、形質転換させる宿主におけるコドンの使用頻度を考慮して変換するのが好ましい。一例として、宿主が大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）の場合は、アルギニン（Ａｒｇ）ではＡＧＡ／ＡＧＧ／ＣＧＧ／ＣＧＡが、イソロイシン（Ｉｌｅ）ではＡＴＡが、ロイシン（Ｌｅｕ）ではＣＴＡが、グリシン（Ｇｌｙ）ではＧＧＡが、プロリン（Ｐｒｏ）ではＣＣＣが、それぞれ使用頻度が少ないため（いわゆるレアコドンであるため）、それらのコドンを避けるように変換すればよい。コドンの使用頻度の解析は公的データベース（例えば、かずさＤＮＡ研究所のホームページにあるＣｏｄｏｎ Ｕｓａｇｅ Ｄａｔａｂａｓｅなど）を利用することによっても可能である。
本発明のポリヌクレオチドへ変異を導入する場合、エラープローンＰＣＲ法を用いることができる。エラープローンＰＣＲ法における反応条件は、Ｆｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに所望の変異を導入できる条件であれば特に限定はなく、例えば、基質である４種類のデオキシヌクレオチド（ｄＡＴＰ／ｄＴＴＰ／ｄＣＴＰ／ｄＧＴＰ）の濃度を不均一にし、ＭｎＣｌ２を０．０１から１０ｍＭ（好ましくは０．１から１ｍＭ）の濃度でＰＣＲ反応液に添加してＰＣＲを行なうことで、ポリヌクレオチドに変異を導入することができる。またエラープローンＰＣＲ法以外の変異導入方法としては、Ｆｃ結合性タンパク質の全体または部分配列を含むポリヌクレオチドに、変異原となる薬剤を接触・作用させたり、紫外線を照射したりして、ポリヌクレオチドに変異を導入して作製する方法があげられる。当該方法において変異原として使用する薬剤としては、ヒドロキシルアミン、Ｎ−メチル−Ｎ’−ニトロ−Ｎ−ニトロソグアニジン、亜硝酸、亜硫酸、ヒドラジン等、当業者が通常用いる変異原性薬剤を用いればよい。
本発明のＦｃ結合性タンパク質を発現させる宿主には特に制限はなく、一例として、動物細胞（ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ細胞、Ｈｅｌａ細胞、ＣＯＳ細胞等）、酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｊａｐｏｎｉｃｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｏｃｔｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ等）、昆虫細胞（Ｓｆ９、Ｓｆ２１等）、大腸菌（ＪＭ１０９株、ＢＬ２１（ＤＥ３）株、Ｗ３１１０株等）や枯草菌があげられる。なお動物細胞や大腸菌を宿主として用いると生産性の面で好ましく、大腸菌を宿主として用いるとさらに好ましい。
本発明のポリヌクレオチドを用いて宿主を形質転換する場合、本発明のポリヌクレオチドそのものを用いてもよいが、発現ベクター（例えば、原核細胞や真核細胞の形質転換に通常用いるバクテリオファージ、コスミドやプラスミド等）の適切な位置に本発明のポリヌクレオチドを挿入したものを用いると、より好ましい。なお当該発現ベクターは、形質転換する宿主内で安定に存在し複製できるものであれば特に制限はなく、大腸菌を宿主とする場合は、ｐＥＴプラスミドベクター、ｐＵＣプラスミドベクター、ｐＴｒｃプラスミドベクター、ｐＣＤＦプラスミドベクター、ｐＢＢＲプラスミドベクターを例示することができる。また前記適切な位置とは、発現ベクターの複製機能、所望の抗生物質マーカー、伝達性に関わる領域を破壊しない位置を意味する。前記発現ベクターに本発明のポリヌクレオチドを挿入する際は、発現に必要なプロモータといった機能性ポリヌクレオチドに連結される状態で挿入すると好ましい。当該プロモータの例として、宿主が大腸菌の場合は、ｔｒｐプロモータ、ｔａｃプロモータ、ｔｒｃプロモータ、ｌａｃプロモータ、Ｔ７プロモータ、ｒｅｃＡプロモータ、ｌｐｐプロモータ、さらにはλファージのλＰＬプロモータ、λＰＲプロモータがあげられ、宿主が動物細胞の場合は、ＳＶ４０プロモーター、ＣＭＶプロモーター、ＣＡＧプロモーターがあげられる。
前記方法により作製した、本発明のポリヌクレオチドを挿入した発現ベクター（以下、本発明の発現ベクターとする）を用いて宿主を形質転換するには、当業者が通常用いる方法で行なえばよい。例えば、宿主としてＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属に属する微生物（大腸菌ＪＭ１０９株、大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株、大腸菌Ｗ３１１０株等）を選択する場合には、公知の文献（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，２５６，１９９２）に記載の方法等により形質転換すればよい。なお宿主が動物細胞である場合にはエレクトロポレーションやリポフェクションを用いればよい。前述した方法で形質転換して得られた形質転換体は、適切な方法でスクリーニングすることにより、本発明のＦｃ結合性タンパク質を発現可能な形質転換体（以下、本発明の形質転換体とする）を取得することができる。
本発明の形質転換体から本発明の発現ベクターを調製するには、形質転換に用いた宿主に適した方法で、本発明の形質転換体から本発明の発現ベクターを抽出し調製すればよい。例えば、本発明の形質転換体の宿主が大腸菌の場合、形質転換体を培養して得られる培養物からアルカリ抽出法またはＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）等の市販の抽出キットを用いて調製すればよい。
本発明の形質転換体を培養し、得られた培養物から本発明のＦｃ結合性タンパク質を回収することで、本発明のＦｃ結合性タンパク質を製造することができる。なお本明細書において培養物とは、培養された本発明の形質転換体の細胞そのもののほか、培養に用いた培地も含まれる。本発明のタンパク質製造方法で用いる形質転換体は、対象宿主の培養に適した培地で培養すればよく、宿主が大腸菌の場合は、必要な栄養源を補ったＬＢ（Ｌｕｒｉａ−Ｂｅｒｔａｎｉ）培地が好ましい培地の一例としてあげられる。なお、本発明の発現ベクターの導入の有無により本発明の形質転換体を選択的に増殖させるために、培地に当該ベクターに含まれる薬剤耐性遺伝子に対応した薬剤を添加して培養すると好ましい。例えば、当該ベクターがカナマイシン耐性遺伝子を含んでいる場合は、培地にカナマイシンを添加すればよい。また培地には、炭素、窒素および無機塩供給源の他に、適当な栄養源を添加してもよく、所望により、グルタチオン、システイン、シスタミン、チオグリコレートおよびジチオスレイトールからなる群から選択される一種類以上の還元剤を含んでもよい。
さらにグリシンといった前記形質転換体から培養液へのタンパク質分泌を促す試薬を添加してもよく、具体的には、宿主が大腸菌の場合、培地に対してグリシンを２％（ｗ／ｖ）以下で添加すると好ましい。培養温度は宿主が大腸菌の場合、一般に１０℃から４０℃、好ましくは２０℃から３７℃、より好ましくは２５℃前後であるが、発現させるタンパク質の特性により選択すればよい。培地のｐＨは宿主が大腸菌の場合、ｐＨ６．８からｐＨ７．４、好ましくはｐＨ７．０前後である。また本発明のベクターに誘導性のプロモータが含まれている場合は、本発明のＦｃ結合性タンパク質が良好に発現できるような条件下で誘導をかけると好ましい。誘導剤としてはＩＰＴＧ（ｉｓｏｐｒｏｐｙｌ−β−Ｄ−ｔｈｉｏｇａｌａｃｔｏｐｙｒａｎｏｓｉｄｅ）を例示することができる。宿主が大腸菌の場合、培養液の濁度（６００ｎｍにおける吸光度）を測定し、約０．５から１．０となったときに適当量のＩＰＴＧを添加後、引き続き培養することで、Ｆｃ結合性タンパク質の発現を誘導することができる。ＩＰＴＧの添加濃度は０．００５から１．０ｍＭの範囲から適宜選択すればよいが、０．０１から０．５ｍＭの範囲が好ましい。ＩＰＴＧ誘導に関する種々の条件は当該技術分野において周知の条件で行なえばよい。
本発明の形質転換体を培養して得られた培養物から本発明のＦｃ結合性タンパク質を回収するには、本発明の形質転換体における本発明のＦｃ結合性タンパク質の発現形態に適した方法で、当該培養物から分離／精製して本発明のＦｃ結合性タンパク質を回収すればよい。例えば、培養上清に発現する場合は菌体を遠心分離操作によって分離し、得られる培養上清から本発明のＦｃ結合性タンパク質を精製すればよい。また、細胞内（ペリプラズムを含む）に発現する場合には、遠心分離操作により菌体を集めた後、酵素処理剤や界面活性剤等を添加したり、超音波やフレンチプレス等を用いて菌体を破砕して本発明のＦｃ結合性タンパク質を抽出した後、精製すればよい。本発明のＦｃ結合性タンパク質を精製するには、当該技術分野において公知の方法を用いればよく、一例として液体クロマトグラフィーを用いた分離／精製があげられる。液体クロマトグラフィーには、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ゲルろ過クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー等があり、これらのクロマトグラフィーを組み合わせて精製操作を行なうことにより、本発明のＦｃ結合性タンパク質を高純度に調製することができる。
得られた本発明のＦｃ結合性タンパク質のＩｇＧに対する結合活性を測定する方法としては、例えばＩｇＧに対する結合活性をＥｎｚｙｍｅ−Ｌｉｎｋｅｄ ＩｍｍｕｎｏＳｏｒｂｅｎｔ Ａｓｓａｙ（以下、ＥＬＩＳＡと表記）法や表面プラズモン共鳴法などを用いて測定すればよい。結合活性の測定に使用するＩｇＧは、ヒトＩｇＧが好ましく、ヒトＩｇＧ１やヒトＩｇＧ３が特に好ましい。
本発明のＦｃ結合性タンパク質を不溶性担体に結合させることで、本発明の吸着剤を製造することができる。前記不溶性担体には特に限定はなく、アガロース、アルギネート（アルギン酸塩）、カラゲナン、キチン、セルロース、デキストリン、デキストラン、デンプンといった多糖質を原料とした担体や、ポリビニルアルコール、ポリメタクレート、ポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）、ポリウレタンといった合成高分子を原料とした担体や、シリカなどのセラミックスを原料とした担体が例示できる。中でも、多糖質を原料とした担体や合成高分子を原料とした担体が不溶性担体として好ましい。前記好ましい担体の一例として、トヨパール（東ソー製）等の水酸基を導入したポリメタクリレートゲル、Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ（ＧＥヘルスケア製）等のアガロースゲル、セルファイン（ＪＮＣ製）等のセルロースゲルがあげられる。不溶性担体の形状については特に限定はなく、粒状物または非粒状物、多孔性または非多孔性、いずれであってもよい。
Ｆｃ結合性タンパク質を不溶性担体に固定化するには、不溶性担体にＮ−ヒドロキシコハク酸イミド（ＮＨＳ）活性化エステル基、エポキシ基、カルボキシル基、マレイミド基、ハロアセチル基、トレシル基、ホルミル基、ハロアセトアミド等の活性基を付与し、当該活性基を介してヒトＦｃ結合性タンパク質と不溶性担体とを共有結合させることで固定化すればよい。活性基を付与した担体は市販の担体をそのまま用いてもよいし、適切な反応条件で担体表面に活性基を導入して調製してもよい。活性基を付与した市販の担体としてはＴＯＹＯＰＥＡＲＬ ＡＦ−Ｅｐｏｘｙ−６５０Ｍ、ＴＯＹＯＰＥＡＲＬ ＡＦ−Ｔｒｅｓｙｌ−６５０Ｍ（いずれも東ソー製）、ＨｉＴｒａｐ ＮＨＳ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ ＨＰ Ｃｏｌｕｍｎｓ、ＮＨＳ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ４ Ｆａｓｔ Ｆｌｏｗ、Ｅｐｏｘｙ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ６Ｂ（いずれもＧＥヘルスケア製）、ＳｕｌｆｏＬｉｎｋ Ｃｏｕｐｌｉｎｇ Ｒｅｓｉｎ（サーモサイエンティフィック製）が例示できる。
一方、担体表面に活性基を導入する方法としては、担体表面に存在する水酸基やエポキシ基、カルボキシル基、アミノ基等に対して２個以上の活性部位を有する化合物の一方を反応させる方法が例示できる。当該化合物の一例のうち、担体表面の水酸基やアミノ基にエポキシ基を導入する化合物としては、エピクロロヒドリン、エタンジオールジグリシジルエーテル、ブタンジオールジグリシジルエーテル、ヘキサンジオールジグリシジルエーテルが例示できる。前記化合物により担体表面にエポキシ基を導入した後、担体表面にカルボキシル基を導入する化合物としては、２−メルカプト酢酸、３−メルカプトプロピオン酸、４−メルカプト酪酸、６−メルカプト酪酸、グリシン、３−アミノプロピオン酸、４−アミノ酪酸、６−アミノヘキサン酸を例示できる。
担体表面に存在する水酸基やエポキシ基、カルボキシル基、アミノ基にマレイミド基を導入する化合物としては、Ｎ−（ε−マレイミドカプロン酸）ヒドラジド、Ｎ−（ε−マレイミドプロピオン酸）ヒドラジド、４−［４−Ｎ−マレイミドフェニル］酢酸ヒドラジド、２−アミノマレイミド、３−アミノマレイミド、４−アミノマレイミド、６−アミノマレイミド、１−（４−アミノフェニル）マレイミド、１−（３−アミノフェニル）マレイミド、４−（マレイミド）フェニルイソシアナート、２−マレイミド酢酸、３−マレイミドプロピオン酸、４−マレイミド酪酸、６−マレイミドヘキサン酸、（Ｎ−［α―マレイミドアセトキシ］スクシンイミドエステル）、（ｍ−マレイミドベンゾイル）Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、（スクシンイミジル−４−［マレイミドメチル］シクロヘキサンー１−カルボニル−［６−アミノヘキサン酸］）、（スクシンイミジル−４−［マレイミドメチル］シクロヘキサンー１−カルボン酸）、（ｐ−マレイミドベンゾイル）Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、（ｍ−マレイミドベンゾイル）Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルを例示できる。
担体表面に存在する水酸基やアミノ基にハロアセチル基を導入する化合物としては、クロロ酢酸、ブロモ酢酸、ヨード酢酸、クロロ酢酸クロリド、ブロモ酢酸クロリド、ブロモ酢酸ブロミド、クロロ酢酸無水物、ブロモ酢酸無水物、ヨード酢酸無水物、２−（ヨードアセトアミド）酢酸−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、３−（ブロモアセトアミド）プロピオン酸−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、４−（ヨードアセチル）アミノ安息香酸−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルを例示できる。なお担体表面に存在する水酸基やアミノ基にω−アルケニルアルカングリシジルエーテルを反応させた後、ハロゲン化剤でω−アルケニル部位をハロゲン化し活性化する方法も例示できる。ω−アルケニルアルカングリシジルエーテルとしては、アリルグリシジルエーテル、３−ブテニルグリシジルエーテル、４−ペンテニルグリシジルエーテルを例示でき、ハロゲン化剤としてはＮ−クロロスクシンイミド、Ｎ−ブロモスクシンイミド、Ｎ−ヨードスクシンイミドを例示できる。
担体表面に活性基を導入する方法の別の例として、担体表面に存在するカルボキシル基に対して縮合剤と添加剤を用いて活性化基を導入する方法がある。縮合剤としては１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）、ジシクロヘキシルカルボジアミド、カルボニルジイミダゾールを例示できる。また添加剤としてはＮ−ヒドロキシコハク酸イミド（ＮＨＳ）、４−ニトロフェノール、１−ヒドロキシベンズトリアゾールを例示できる。
本発明のＦｃ結合性タンパク質を不溶性担体に固定化する際用いる緩衝液としては、酢酸緩衝液、リン酸緩衝液、ＭＥＳ緩衝液、ＨＥＰＥＳ緩衝液、トリス緩衝液、ホウ酸緩衝液を例示できる。固定化させるときの反応温度は、５℃から５０℃までの温度範囲の中から活性基の反応性や本発明のＦｃ結合性タンパク質の安定性を考慮の上、適宜設定すればよく、好ましくは１０℃から３５℃の範囲である。
本発明のＦｃ結合性タンパク質を不溶性担体に固定化して得られる本発明の吸着剤を用いて、糖鎖を有した抗体を分離するには、例えば、本発明の吸着剤を充填したカラムに糖鎖を有した抗体を含む緩衝液をポンプ等の送液手段を用いて添加することで、糖鎖を有した抗体を本発明の吸着剤に特異的に吸着させた後、適切な溶出液をカラムに添加することで、糖鎖を有した抗体を溶出すればよい。なお、糖鎖を有した抗体を含む緩衝液をカラムに添加する前に、適切な緩衝液を用いてカラムを平衡化すると、糖鎖を有した抗体をより高純度に分離できるため好ましい。緩衝液としてはリン酸緩衝液等、無機塩を成分とした緩衝液を例示することができる。なお緩衝液のｐＨは、ｐＨ３から１０、好ましくはｐＨ５から８である。本発明の吸着剤に吸着した、糖鎖を有した抗体を溶出させるには、糖鎖を有した抗体とリガンド（本発明のＦｃ結合性タンパク質）との相互作用を弱めればよく、具体的には、緩衝液によるｐＨ変化、カウンターペプチド、温度変化、塩濃度変化が例示できる。本発明の吸着剤に吸着した、糖鎖を有した抗体を溶出させるための溶出液の具体例として、本発明の吸着剤に糖鎖を有した抗体を吸着させる際に用いた溶液よりも酸性側の緩衝液があげられる。緩衝液の種類としては酸性側に緩衝能を有するクエン酸緩衝液、グリシン塩酸緩衝液、酢酸緩衝液を例示できる。緩衝液のｐＨは、抗体が有する機能を損なわない範囲で設定すればよく、好ましくはｐＨ２．５から６．０、より好ましくはｐＨ３．０から５．０、さらに好ましくはｐＨ３．３から４．０である。
なお糖鎖を有した抗体を含む溶液から、本発明の吸着剤を用いて前記抗体を分離する際、前記抗体が有する糖鎖構造の違いにより、抗体を順次溶出させ、その結果、抗体の溶出位置（溶出フラクション）が異なる溶出液を用いることが好ましい。従って、本発明の吸着剤を用いて抗体を分離することで、抗体が有する糖鎖構造の違いを識別することができる。識別可能な糖鎖の構造に特に限定はなく、一例として、ＣＨＯ細胞といった動物由来の細胞や、ピキア酵母やサッカロミセス酵母といった酵母を宿主として抗体を発現させたときに付加される糖鎖や、ヒト抗体が有する糖鎖や、化学合成法で抗体に付加した糖鎖があげられる。また本発明の吸着剤は、抗体が有する糖鎖構造の違いに基づき分離できる。
なお本発明の吸着剤により抗体の糖鎖構造の違いを識別できると前述したが、当該吸着剤に用いるＦｃ結合性タンパク質として、ＦｃγＲＩＩＩａ以外のＦｃレセプター（ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩｂ、ＦｃＲｎ）を用いた場合でも同様に糖鎖構造の違いを識別できる。
本発明の改良Ｆｃ結合性タンパク質は野生型のＦｃ結合性タンパク質と比べて、熱、酸またはアルカリに対して優れた安定性を有する。本発明の改良Ｆｃ結合性タンパク質をアフィニティ・リガンドとして用いた場合、アルカリによるカラム洗浄への安定性が高い。
ヒトＦｃγＲＩＩＩａの概略図である。図中の数字は配列番号１に記載のアミノ酸配列の番号を示している。図中のＳはシグナル配列、ＥＣは細胞外領域、ＴＭは細胞膜貫通領域、Ｃは細胞内領域を示している。 ＦｃＲ５ａ固定化ゲルを用いた抗体の溶出パターンを示した図である。図中のＦｒＡ、ＦｒＢはそれぞれフラクションＡ、フラクションＢの位置を示している。 ＦｃＲ５ａ固定化ゲルで分離した抗体のＡＤＣＣ活性を測定した結果を示した図である。 抗体に付加した糖鎖構造の一覧を示した図である。図中のＮ１からＮ６は表８のＮ１からＮ６に対応し、Ｍ１、Ｍ２およびＤ１は表９のＭ１、Ｍ２およびＤ１に対応している。 ＦｃＲ９固定化ゲルを用いた抗体の溶出パターンを示した図である。図中のＦｒＡ、ＦｒＢ、ＦｒＣはそれぞれフラクションＡ、フラクションＢ、フラクションＣの位置を示している。 ＦｃＲ９固定化ゲルで分離した抗体のＡＤＣＣ活性を測定した結果を示した図である。
以下、本発明をさらに詳細に説明するために実施例を示すが、本発明は実施例に限定されるものではない。
実施例１ Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ５ａへの変異導入およびライブラリーの作製
特開２０１５−０８６２１６号公報に記載の方法で作製したＦｃ結合性タンパク質ＦｃＲ５ａ（配列番号６）をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として特開２０１５−０８６２１６号公報に記載の方法で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ５ａ（当該発現ベクターのうちＦｃＲ５ａをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号７に示す）を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、６０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
Figure 0006932923
 （２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例２ 熱安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例１で作製したランダム変異ライブラリー（形質転換体）を、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地（ペプトン１６ｇ／Ｌ、酵母エキス１０ｇ／Ｌ、塩化ナトリウム５ｇ／Ｌ）２００μＬに接種し、９６穴ディープウェルプレートを用いて、３０℃で一晩振とう培養した。
（２）培養後、５μＬの培養液を５００μＬの０．０５ｍＭのＩＰＴＧ（ｉｓｏｐｒｏｐｙｌ−β−Ｄ−ｔｈｉｏｇａｌａｃｔｏｐｙｒａｎｏｓｉｄｅ）、０．３％のグリシンおよび５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地に植え継ぎ、９６穴ディープウェルプレートを用いて、さらに２０℃で一晩振とう培養した。
（３）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて２０倍に希釈し、更に０．１Ｍの炭酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ１０．０）で２０倍に希釈した。その後、希釈した溶液を４０℃で１５分間熱処理を行ない、１Ｍのトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（４）（３）の熱処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（３）の熱処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、それぞれ下記に示すＥＬＩＳＡ法にて測定し、熱処理を行なった時のＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、熱処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４−１）ヒト抗体であるガンマグロブリン製剤（化学及血清療法研究所製）を、９６穴マイクロプレートのウェルに１μｇ／ｗｅｌｌで固定化し（４℃で１８時間）、固定化終了後、２％（ｗ／ｖ）のＳＫＩＭ ＭＩＬＫ（ＢＤ製）および１５０ｍＭの塩化ナトリウムを含んだ２０ｍＭのトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．４）によりブロッキングした。
（４−２）洗浄緩衝液（０．０５％［ｗ／ｖ］のＴｗｅｅｎ ２０、１５０ｍＭのＮａＣｌを含む２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ７．４））で洗浄後、抗体結合活性を評価するＦｃ結合性タンパク質を含む溶液を添加し、Ｆｃ結合性タンパク質と固定化ガンマグロブリンとを反応させた（３０℃で１時間）。
（４−３）反応終了後、前記洗浄緩衝液で洗浄し、１００ｎｇ／ｍＬに希釈したＡｎｔｉ−６Ｈｉｓ抗体（Ｂｅｔｈｙｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ製）を１００μＬ／ｗｅｌｌで添加した。
（４−４）３０℃で１時間反応させ、前記洗浄緩衝液で洗浄した後、ＴＭＢ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（ＫＰＬ製）を５０μＬ／ｗｅｌｌで添加した。１Ｍのリン酸を５０μＬ／ｗｅｌｌで添加することで発色を止め、マイクロプレートリーダー（テカン製）にて４５０ｎｍの吸光度を測定した。
（５）（４）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ５ａと比較して熱安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（６）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を、チェーンターミネータ法に基づくＢｉｇ Ｄｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ＦＳ ｒｅａｄ Ｒｅａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（ライフサイエンス製）を用いてサイクルシークエンス反応に供し、全自動ＤＮＡシークエンサーＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ３７００ ＤＮＡ ａｎａｌｙｚｅｒ（ライフサイエンス製）にてヌクレオチド配列を解析した。なお当該解析の際、配列番号２（５’−ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧ−３’）または配列番号３（５’−ＴＡＴＧＣＴＡＧＴＴＡＴＴＧＣＴＣＡＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをシークエンス用プライマーとして使用した。
（５）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ５ａに対するアミノ酸置換位置および熱処理後の残存活性（％）をまとめたものを表２に示す。配列番号６に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅ（この表記は、配列番号１の２９番目（配列番号６では４５番目）のフェニルアラニンがイソロイシンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｐｈｅ２９Ｌｅｕ、Ｇｌｕ３９Ｇｌｙ、Ｇｌｎ４８Ａｒｇ、Ｔｙｒ５１Ｓｅｒ、Ｐｈｅ６１Ｔｙｒ、Ａｓｐ７７Ｇｌｙ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ９０Ａｒｇ、Ｇｌｎ１１２Ｌｅｕ、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕ、Ｌｙｓ１１９Ａｓｎ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｌｅｕ１４２Ｇｌｎ、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒ、Ｌｅｕ１７５Ａｒｇ、Ａｓｎ１８０ＳｅｒおよびＩｌｅ１８８Ｖａｌのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ５ａと比較し熱安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
 表２に示した、ＦｃＲ５ａからアミノ酸置換されたＦｃ結合性タンパク質のうち、Ｐｈｅ２９ＩｌｅおよびＶａｌ１１７Ｇｌｕのアミノ酸置換が生じたＦｃ結合性タンパク質をＦｃＲ７ａと命名し、ＦｃＲ７ａをコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターをｐＥＴ−ＦｃＲ７ａと命名した。ＦｃＲ７ａのアミノ酸配列を配列番号８に、ＦｃＲ７ａをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号９に示す。なお配列番号８において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ７ａのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号８において、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例３ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例２で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質の熱安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ７ａに集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）から（ｄ）に示す４種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ７ａに対し、さらにＰｈｅ１７１Ｓｅｒのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ８
（ｂ）ＦｃＲ８に対し、さらにＧｌｎ４８Ａｒｇのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ９
（ａ）ＦｃＲ８
実施例２で明らかとなった、熱安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅ、Ｖａｌ１１７ＧｌｕおよびＰｈｅ１７１Ｓｅｒを選択し、それらの置換をＦｃＲ５ａ（特開２０１５−０８６２１６号公報）に集積したＦｃＲ８を作製した。具体的には、ＦｃＲ７ａをコードするポリヌクレオチドに対して、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ８を作製した。
（ａ−１）実施例２で取得した、ｐＥＴ−ＦｃＲ７ａを鋳型としてＰＣＲを実施した。当該ＰＣＲにおけるプライマーは、配列番号２および配列番号１０（５’−ＡＣＣＡＧＣＣＣＡＣＧＧＣＡＧＧＡＡＴＡＧＣＴＧＣＣＧＣＴＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドを用いた。ＰＣＲは、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ８Ｆとした。
Figure 0006932923
 （ａ−２）実施例２で取得した、ｐＥＴ−ＦｃＲ７ａを鋳型とし、配列番号１１（５’−ＧＡＣＡＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＴＴＣＣＴＧＣＣＧＴＧＧＧＣＴＧ−３’）および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ａ−１）と同様に行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ８Ｒとした。
（ａ−３）（ａ−１）および（ａ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ８Ｆ、ｍ８Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ８Ｆとｍ８Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ８ｐを得た。
Figure 0006932923
 （ａ−４）（ａ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ８ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ７ａに１箇所アミノ酸置換を導入したＦｃＲ８をコードするポリヌクレオチドを作製した。
Figure 0006932923
 （ａ−５）（ａ−４）で得られたポリヌクレオチドを制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ａ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ５ａに対して３箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して８箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ８をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ８を得た。
（ａ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ８のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ８のアミノ酸配列を配列番号１２に、前記ＦｃＲ８をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１３に示す。なお配列番号１２において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ８のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号１２において、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ９
実施例２で明らかとなった、熱安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅ、Ｇｌｎ４８Ａｒｇ、Ｖａｌ１１７ＧｌｕおよびＰｈｅ１７１Ｓｅｒを選択し、それらの置換をＦｃＲ５ａ（特開２０１５−０８６２１６号公報）に集積したＦｃＲ９を作製した。具体的には、ＦｃＲ８をコードするポリヌクレオチドに対して、Ｇｌｎ４８Ａｒｇを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ９を作製した。
（ｂ−１）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ８を鋳型とし、配列番号３および配列番号１４（５’−ＧＴＧＡＣＣＣＴＴＡＡＡＴＧＣＣＧＧＧＧＣＧＣＧＴＡＴＡＧＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ａ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ９Ｆとした。
（ｂ−２）（ａ）で作製したｐＥＴ−ＦｃＲ８を鋳型とし、配列番号２および配列番号１５（５’−ＣＣＧＧＧＣＴＡＴＡＣＧＣＧＣＣＣＣＧＧＣＡＴＴＴＡＡＧＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ａ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ９Ｒとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ９Ｆ、ｍ９Ｒ）を混合後、（ａ−３）と同様の方法にてＰＣＲを行ない、ｍ９Ｆとｍ９Ｒを連結した。得られたＰＣＲ産物をｍ９ｐとした。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ９ｐを鋳型とし、配列番号１６（５’―ＴＡＧＣＣＡＴＧＧＧＣＡＴＧＣＧＴＡＣＣＧＡＡＧＡＴＣＴＧＣＣＧＡＡＡＧＣ―３’）および配列番号１７（５’―ＣＣＣＡＡＧＣＴＴＡＡＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＴＴＧＧＧＴＡＡＴＧＧＴＡＡＴＡＴＴＣＡＣＧＧＴＣＴＣＧＣＴＧＣ―３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとして、（ａ−４）と同様の方法でＰＣＲを行なった。これによりＦｃＲ９をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ５ａに対して４箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して９箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ９をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ９を得た。
（ｂ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ９のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ９のアミノ酸配列を配列番号１８に、前記ＦｃＲ９をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１９に示す。なお、配列番号１８において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ９のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号１８において、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例４ Ｆｃ結合性タンパク質の酸安定性評価
（１）特開２０１５−０８６２１６号公報に記載の方法で作製した野生型Ｆｃ結合性タンパク質（配列番号４）、実施例２で選択したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ７ａ）、および実施例３で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ８、ＦｃＲ９）を発現する形質転換体を、それぞれ５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む３ｍＬの２ＹＴ液体培地に接種し、３７℃で一晩、好気的に振とう培養することで前培養を行なった。
（２）５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加した２０ｍＬの２ＹＴ液体培地（ペプトン１６ｇ／Ｌ、酵母エキス１０ｇ／Ｌ、塩化ナトリウム５ｇ／Ｌ）に前培養液を２００μＬ接種し、３７℃で好気的に振とう培養を行なった。
（３）培養開始１．５時間後、培養温度を２０℃に変更して３０分間振とう培養した。その後、終濃度０．０１ｍＭとなるようＩＰＴＧを添加し、引き続き２０℃で一晩、好気的に振とう培養した。
（４）培養終了後、遠心分離により集菌し、ＢｕｇＢｕｓｔｅｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（タカラバイオ製）を用いてタンパク質抽出液を調製した。
（５）（４）で調製したタンパク質抽出液中の野生型Ｆｃ結合性タンパク質、ＦｃＲ７ａ、ＦｃＲ８およびＦｃＲ９の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、市販のＦｃγＲＩＩＩａの細胞外領域（Ｒ＆Ｄテクノロジーズ製：４３２５−ＦＣ−０５０）を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（６）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が３０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液１００μＬと０．１Ｍのグリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）２００μＬとを混合し、３０℃で２時間静置した。
（７）グリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）による酸処理を行なった後のタンパク質の抗体結合活性と、前記酸処理を行なわなかったときのタンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。その後、酸処理を行なった場合の抗体結合活性を、酸処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
結果を表６に示す。今回評価したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ７ａ、ＦｃＲ８、ＦｃＲ９）は、野生型Ｆｃ結合性タンパク質と比較し残存活性が高かった。このことから、当該改良Ｆｃ結合性タンパク質の酸安定性が野生型に比べて向上していることが確認された。
Figure 0006932923
 実施例５ システインタグを付加したＦｃＲ５ａ（ＦｃＲ５ａＣｙｓ）の作製
（１）特開２０１５−０８６２１６号公報に記載の方法で作製したｐＥＴ−ＦｃＲ５ａを鋳型としてＰＣＲを実施した。当該ＰＣＲにおけるプライマーは、配列番号１６および配列番号２０（５’−ＣＣＣＡＡＧＣＴＴＡＴＣＣＧＣＡＧＧＴＡＴＣＧＴＴＧＣＧＧＣＡＣＣＣＴＴＧＧＧＴＡＡＴＧＧＴＡＡＴＡＴＴＣＡＣＧＧＴＣＴＣＧＣＴＧＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドを用いた。ＰＣＲは、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル繰り返すことで実施した。
Figure 0006932923
 （２）（１）で得られたポリヌクレオチドを精製し、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化後、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、当該ライゲーション産物を用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（３）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢ培地にて培養後、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて、発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ５ａＣｙｓを抽出した。
（４）ｐＥＴ−ＦｃＲ５ａＣｙｓのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ５ａＣｙｓで発現されるポリペプチドのアミノ酸配列を配列番号２１に、当該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号２２にそれぞれ示す。なお配列番号２１において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ５ａのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２１６番目のグリシン（Ｇｌｙ）までがシステインタグ配列である。
実施例６ システインタグを付加したＦｃＲ９（ＦｃＲ９Ｃｙｓ）の作製
（１）実施例２（ｂ）で作製したｐＥＴ−ＦｃＲ９を鋳型とし、配列番号１６および配列番号２０に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、実施例５（１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。
（２）実施例５（２）と同様な方法で大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（３）得られた形質転換体を実施例５（３）と同様な方法で培養後、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて、発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ９Ｃｙｓを抽出した。
（４）ｐＥＴ−ＦｃＲ９Ｃｙｓのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ９Ｃｙｓで発現されるポリペプチドのアミノ酸配列を配列番号２３に、当該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号２４に、それぞれ示す。なお配列番号２３において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ９のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２１６番目のグリシン（Ｇｌｙ）までがシステインタグ配列である。
実施例７ ＦｃＲ５ａＣｙｓの調製
（１）実施例５で作製したＦｃＲ５ａＣｙｓを発現する形質転換体を２Ｌのバッフルフラスコに入った５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む４００ｍＬの２ＹＴ液体培地（ペプトン１６ｇ／Ｌ、酵母エキス１０ｇ／Ｌ、塩化ナトリウム５ｇ／Ｌ）に接種し、３７℃で一晩、好気的に振とう培養することで前培養を行なった。
（２）グルコース１０ｇ／Ｌ、酵母エキス２０ｇ／Ｌ、リン酸三ナトリウム十二水和物３ｇ／Ｌ、リン酸水素二ナトリウム十二水和物９ｇ／Ｌ、塩化アンモニウム１ｇ／Ｌおよび硫酸カナマイシン５０ｍｇ／Ｌを含む液体培地１．８Ｌに、（１）の培養液１８０ｍＬを接種し、３Ｌ発酵槽（バイオット製）を用いて本培養を行なった。温度３０℃、ｐＨ６．９から７．１、通気量１ＶＶＭ、溶存酸素濃度３０％飽和濃度の条件に設定し、本培養を開始した。ｐＨの制御には酸として５０％リン酸、アルカリとして１４％アンモニア水をそれぞれ使用し、溶存酸素の制御は撹拌速度を変化させることで制御し、撹拌回転数は下限５００ｒｐｍ、上限１０００ｒｐｍに設定した。培養開始後、グルコース濃度が測定できなくなった時点で、流加培地（グルコース２４８．９ｇ／Ｌ、酵母エキス８３．３ｇ／Ｌ、硫酸マグネシウム七水和物７．２ｇ／Ｌ）を溶存酸素（ＤＯ）により制御しながら加えた。
（３）菌体量の目安として６００ｎｍの吸光度（ＯＤ６００ｎｍ）が約１５０に達したところで培養温度を２５℃に下げ、設定温度に到達したことを確認した後、終濃度が０．５ｍＭになるようＩＰＴＧを添加し、引き続き２５℃で培養を継続した。
（４）培養開始から約４８時間後に培養を停止し、培養液を４℃で８０００ｒｐｍ、２０分間の遠心分離により菌体を回収した。
（５）回収した菌体を２０ｍＭのトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）に５ｍＬ／１ｇ（菌体）となるように懸濁し、超音波発生装置（インソネーター２０１Ｍ（商品名）、久保田商事製）を用いて、４℃で約１０分間、約１５０Ｗの出力で菌体を破砕した。菌体破砕液は４℃で２０分間、８０００ｒｐｍの遠心分離を２回行ない、上清を回収した。
（６）（５）で得られた上清を、あらかじめ２０ｍＭのトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）で平衡化した１４０ｍＬのＴＯＹＯＰＥＡＲＬ ＣＭ−６５０Ｍ（東ソー製）を充填したＶＬ３２×２５０カラム（メルクミリポア製）に流速５ｍＬ／分でアプライした。平衡化に用いた緩衝液で洗浄後、０．５Ｍの塩化ナトリウムを含む２０ｍＭのトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）で溶出した。
（７）（６）で得られた溶出液を、あらかじめ１５０ｍＭの塩化ナトリウムを含む２０ｍＭのトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．４）で平衡化したＩｇＧセファロース（ＧＥヘルスケア製）９０ｍＬを充填したＸＫ２６／２０カラムカラム（ＧＥヘルスケア製）にアプライした。平衡化に用いた緩衝液で洗浄後、０．１Ｍのグリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）で溶出した。なお溶出液は、溶出液量の１／４量の１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ８．０）を加えることでｐＨを中性付近に戻した。
前記精製により、高純度のＦｃＲ５ａＣｙｓを約２０ｍｇ得た。
実施例８ ＦｃＲ５ａ固定化ゲルの作製と抗体分離
（１）２ｍＬの分離剤用親水性ビニルポリマー（東ソー製：トヨパール）の表面の水酸基をヨードアセチル基で活性化後、実施例７で調製したＦｃＲ５ａＣｙｓを４ｍｇ反応させることにより、ＦｃＲ５ａ固定化ゲルを得た。
（２）（１）で調製したＦｃＲ５ａ固定化ゲル０．５ｍＬをφ４．６ｍｍ×７５ｍｍのステンレスカラムに充填した。
（３）ＦｃＲ５ａ固定化ゲルを充填したカラムをＡＫＴＡ Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（ＧＥヘルスケア製）につなげ、２０ｍＭの酢酸緩衝液（ｐＨ４．６）で平衡化した。
（４）２０ｍＭの酢酸緩衝液（ｐＨ４．６）で０．５ｍｇ／ｍＬに希釈したモノクローナル抗体（リツキサン、全薬工業製）を流速０．２ｍＬ／ｍｉｎにて０．４ｍＬアプライした。
（５）流速０．２ｍＬ／ｍｉｎのまま平衡化緩衝液で２５分洗浄後、２０ｍＭのグリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）によるｐＨグラジエント（２５分で２０ｍＭのグリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）が１００％となるグラジエント）で吸着したモノクローナル抗体を溶出した。
結果（溶出パターン）を図２に示す。モノクローナル抗体はＦｃＲ５ａと相互作用するため、ゲルろ過クロマトグラフイーのような単一のピークではなく、複数のピークに分離された。
実施例９ ＦｃＲ５ａ固定化ゲルで分離した抗体のＡＤＣＣ（抗体依存性細胞傷害作用）活性測定
（１）実施例８に記載の溶出条件でモノクローナル抗体を分離し、図２に記載の溶出パターン中のフラクションＡ（ＦｒＡ）およびフラクションＢ（ＦｒＢ）の部分を分取した。
（２）分取したＦｒＡおよびＦｒＢを限外ろ過膜（メルクミリポア社）で濃縮しながら、ＰＢＳ（Ｐｈｏｓｐｈａｔｅ Ｂｕｆｆｅｒｅｄ Ｓａｌｉｎｅ）（ｐＨ７．４）に緩衝液を交換した。
（３）濃縮、緩衝液交換したＦｒＡおよびＦｒＢに含まれる抗体、ならびに分離前のモノクローナル抗体の濃度を２８０ｎｍの吸光度で測定した。
（４）以下に示す方法で、ＦｒＡおよびＦｒＢに含まれる抗体が有するＡＤＣＣ活性を測定した。
（４−１）１．４ｍＬのＬｏｗ ＩｇＧ Ｓｅｒｕｍと３３．６ｍＬのＲＰＭＩ１６４０培地とを混合して調製したＡＤＣＣ Ａｓｓａｙ Ｂｕｆｆｅｒを用いて、ＦｒＡおよびＦｒＢに含まれる抗体ならびに分離前のモノクローナル抗体を３μｇ／ｍＬから１／３希釈で８段階の希釈系列を調製した。
（４−２）Ｒａｊｉ細胞をＡＤＣＣ Ａｓｓａｙ Ｂｕｆｆｅｒにて約５×１０５ｃｅｌｌｓ／ｍＬに調製し、９６ｗｅｌｌプレート（３９１７：コーニング社）に２５μＬ／ｗｅｌｌで加えた。
（４−３）Ｒａｊｉ細胞を加えたｗｅｌｌに（４−１）で調製したフラクションＡ、フラクションＢ、分離前のモノクローナル抗体、ブランク（ＡＤＣＣ Ａｓｓａｙ Ｂｕｆｆｅｒのみ）を２５μＬ／ｗｅｌｌ加えた。
（４−４）Ｅｆｆｅｃｔｏｒ細胞（プロメガ製）をＡＤＣＣ Ａｓｓａｙ Ｂｕｆｆｅｒにて約３．０×１０５ｃｅｌｌｓ／ｍＬに調製し、Ｒａｊｉ細胞および抗体を加えたｗｅｌｌに２５μＬ／ｗｅｌｌで加えた。その後、ＣＯ２インキュベーター（５％ＣＯ２、３７℃）にて６時間静置した。
（４−５）９６ｗｅｌｌプレートを室温で５分から３０分静置した後、Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ Ａｓｓａｙ Ｒｅａｇｅｎｔ（プロメガ製）を７５μＬ／ｗｅｌｌで加えた。室温で３０分反応させたのち、ＧｌｏＭａｘ Ｍｕｌｔｉ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（プロメガ製）で発光を測定した。
実施例８に記載の溶出条件で分取したＦｒＡおよびＦｒＢならびに分離前のモノクローナル抗体の発光強度を比較した結果を図３に示す。なお図３の結果は、測定した発光強度からブランクの発光強度を引いた値を示しており、発光強度が高いほど、ＡＤＣＣ活性が高いことを意味している。
ＦｒＡは分離前のモノクローナル抗体とほぼ同程度の発光強度であることからＡＤＣＣ活性はほぼ同等といえる。一方、ＦｒＢは分離前のモノクローナル抗体と比べて約３．２倍、ＦｒＡに比べても２．５倍に向上していた。つまり、ＦｒＢは分離前のモノクローナル抗体およびＦｒＡと比べてＡＤＣＣ活性が高いことが分かる。
実施例１０ ＦｃＲ５ａ固定化ゲルで分離した抗体の糖鎖解析
（１）実施例９（１）で分取したＦｒＡおよびＦｒＢ、ならびに分離前のモノクローナル抗体を１００℃、１０分の熱処理により変性後、グリコアミダーゼＡ／ペプシンおよびプロナーゼで順次処理し、ゲルろ過法による精製操作を経て糖鎖画分を取得した。
（２）（１）で得られた糖鎖をエバポレーターにて濃縮・乾燥後、酢酸溶媒下、２−アミノピリジン、次いでジメチルアミンボランを順次作用させて蛍光ラベル化糖鎖とし、ゲルろ過法により精製した。
（３）（２）で得られた蛍光ラベル化糖鎖を陰イオン交換カラム（ＴＳＫｇｅｌ ＤＥＡＥ−５ＰＷ、φ７．５ｍｍ×７．５ｃｍ：東ソー製）にて、中性糖鎖画分とモノシアリル化糖鎖画分に分離した。
（４）（３）で得られた中性糖鎖画分とモノシアリル化糖鎖画分をＯＤＳカラムを用いて、個々の糖鎖に単離した。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ分析により単離した糖鎖の分子量情報を取得後、ＯＤＳカラムクロマトグラフのリテンションタイムと照らし合わせて糖鎖構造を帰属した。
帰属した糖鎖構造（Ｎ１からＮ６、Ｍ１、Ｍ２およびＤ１）を図４に、中性糖鎖の組成比を表８に、モノシアリル化およびジシアリル化糖鎖の組成比を表９にそれぞれ示す。糖鎖構造Ｎ４＋Ｎ４’およびＮ６を有した抗体は、分離前およびＦｒＡと比較してＦｒＢで増加していた。一方、Ｎ１、Ｎ２＋Ｎ３’、Ｎ３およびＮ５を有した抗体は、分離前およびＦｒＡと比較してＦｒＢで減少していた。すなわちＮ４＋Ｎ４’およびＮ６糖鎖を持つ抗体はＦｃＲ５ａと強く結合し、Ｎ１、Ｎ２＋Ｎ３’、Ｎ３およびＮ５を有した抗体はＦｃＲ５ａとの結合が弱いことがわかる。またＭ１、Ｍ２およびＤ１を有した抗体は、分離前およびＦｒＡと比較してＦｒＢで増加していた。すなわちＭ１、Ｍ２およびＤ１糖鎖を持つ抗体はＦｃＲ５ａと強く結合することがわかる。
Figure 0006932923
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 前記結果と実施例９の結果とを合わせると、分離前およびＦｒＡと比較してＦｒＢで増加した糖鎖構造を有する抗体はＡＤＣＣ活性が高いことがわかる。すなわち、ＦｃＲ５ａ固定化ゲルは、抗体が有する糖鎖構造の違いを識別でき、かつ前記識別に基づきＡＤＣＣ活性の高い抗体を分離することができることがわかる。
実施例１１ ＦｃＲ９固定化ゲルの作製と抗体分離
（１）実施例６で作製したＦｃＲ９Ｃｙｓを発現する形質転換体を用いて、実施例７（１）から（４）と同様な方法で培養を行なった。
（２）実施例７と同様な方法で精製し、高純度のＦｃＲ９Ｃｙｓを約１０ｍｇ得た。
（３）実施例８（１）と同様な方法でＦｃＲ９Ｃｙｓ固定化ゲルを得た後、当該ゲル０．５ｍＬをφ４．０ｍｍ×４０ｍｍのステンレスカラムに充填した。
（４）ＦｃＲ９固定化ゲルを充填したカラムを高速液体クロマトグラフィー装置（東ソー製）につなげ、２０ｍＭの酢酸緩衝液（ｐＨ４．５）で平衡化した。
（５）ＰＢＳ（Ｐｈｏｓｐｈａｔｅ Ｂｕｆｆｅｒｅｄ Ｓａｌｉｎｅ）（ｐＨ７．４）で４．０ｍｇ／ｍＬに希釈したモノクローナル抗体（リツキサン、全薬工業製）を流速０．３ｍＬ／ｍｉｎにて０．１５ｍＬアプライした。
（６）流速０．３ｍＬ／ｍｉｎのまま平衡化緩衝液で２分洗浄後、１０ｍＭのグリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）によるｐＨグラジエント（３８分で１０ｍＭのグリシン塩酸緩衝液（ｐＨ３．０）が１００％となるグラジエント）で吸着したモノクローナル抗体を溶出した。
結果（溶出パターン）を図５に示す。モノクローナル抗体はＦｃＲ９と相互作用するため、ゲルろ過クロマトグラフィーのような単一のピークではなく、複数のピークに分離された。
実施例１２ ＦｃＲ９固定化ゲルで分離した抗体のＡＤＣＣ活性測定
（１）実施例１１の溶出条件でモノクローナル抗体を分離し、図５に記載の溶出パターン中のフラクションＡ（ＦｒＡ）、フラクションＢ（ＦｒＢ）およびフラクションＣ（ＦｒＣ）の部分を分取した。
（２）ＦｒＡ、ＦｒＢおよびＦｒＣに含まれる抗体、ならびに分離前のモノクローナル抗体の濃度を２８０ｎｍの吸光度で測定し、実施例９（４）と同様な方法でＡＤＣＣ活性を測定した。
結果を図６に示す。なお図６の結果は、測定した発光強度からブランクの発光強度を引いた値を示しており、発光強度が高いほど、ＡＤＣＣ活性が高いことを意味している。
ＦｒＡおよびＦｒＢは分離前のモノクローナル抗体よりＡＤＣＣ活性がやや低いといえる。一方、ＦｒＣは分離前のモノクローナル抗体と比べてＡＤＣＣ活性が約１．６倍に向上していた。つまり溶出の遅いＦｒＣは溶出の早いＦｒＡおよびＦｒＢならびに分離前のモノクローナル抗体と比べてＡＤＣＣ活性が高いことがわかる。また実施例１０より、本発明のＦｃ結合性タンパク質を固定化したゲルは、抗体が有する糖鎖構造の違いを識別できることから、ＦｒＣに含まれるＦｃＲ９と強く結合する抗体は、高いＡＤＣＣ活性を有した糖鎖構造を有する抗体であることが示唆される。
実施例１３ ＦｃＲ９への変異導入およびライブラリーの作製
実施例３（ｂ）で作製したＦｃＲ９をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例３（ｂ）で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ９を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ９を鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとした他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例１４ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例１３で作製したランダム変異ライブラリーを実施例２（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて１０倍に希釈し、等量の６０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合し、３０℃で１．５時間静置することでアルカリ処理した。その後、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定し、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ９と比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（５）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ９に対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表１０に示す。配列番号１８に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ｍｅｔ１８Ｉｌｅ（この表記は、配列番号１の１８番目（配列番号１８では３４番目）のメチオニンがイソロイシンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｇｌｕ２１Ｌｙｓ、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙ、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔ、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏ、Ｌｙｓ４６Ｇｌｕ、Ｐｈｅ６１Ｔｙｒ、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙ、Ｓｅｒ６５Ａｒｇ、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏ、Ａｓｐ７７Ｖａｌ、Ａｓｐ７７Ｇｌｕ、Ｖａｌ８１Ｍｅｔ、Ａｓｐ８２Ａｌａ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｇｌｕ１０３Ｖａｌ、Ｈｉｓ１０５Ａｒｇ、Ｇｌｕ１２０Ｖａｌ、Ｓｅｒ１７８ＡｒｇおよびＡｓｎ１８０Ｌｙｓのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ９と比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
 実施例１５ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例１４で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ９に集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）および（ｂ）に示す２種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ９に対し、さらにＧｌｕ２１Ｇｌｙ、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔ、Ｇｌｎ３３ＰｒｏおよびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ１２
（ｂ）ＦｃＲ９に対し、さらにＧｌｕ２１Ｇｌｙ、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔ、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏ、Ｓｅｒ６８ＰｒｏおよびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ１３
以下、各改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製方法を詳細に説明する。
（ａ）ＦｃＲ１２
実施例１４で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中からＧｌｕ２１Ｇｌｙ、Ｌｅｕ２３ＭｅｔおよびＳｅｒ１７８Ａｒｇを選択し、それらの置換をＦｃＲ９（実施例３（ｂ））に集積したＦｃＲ１２を作製した。具体的には、実施例１４で得られたＧｌｎ３３ＰｒｏおよびＳｅｒ１７８Ａｒｇの変異を含んだポリヌクレオチドに対して、Ｇｌｕ２１ＧｌｙおよびＬｅｕ２３Ｍｅｔを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ１２を作製した。
（ａ−１）実施例１４で取得した、ＦｃＲ９にＧｌｎ３３ＰｒｏおよびＳｅｒ１７８Ａｒｇの変異を含んだＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを鋳型としてＰＣＲを実施した。当該ＰＣＲにおけるプライマーは、配列番号３および配列番号２５（５’−ＣＴＡＧＣＣＡＴＧＧＧＣＡＴＧＣＧＴＡＣＣＧＧＡＧＡＴＡＴＧＣＣＧＡＡＡＧＣＧＧＡＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドを用いた。ＰＣＲは、鋳型とプライマー以外は表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ１２ｐとした。
（ａ−２）（ａ−１）で得られたｍ１２ｐを制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ａ−３）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ９に対して４箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して１３箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ１２をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ１２を得た。
（ａ−４）ｐＥＴ−ＦｃＲ１２のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ１２のアミノ酸配列を配列番号２６に、前記ＦｃＲ１２をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号２７に示す。なお配列番号２６において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ１２のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号２６において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目およびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ１３
実施例１４で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙ、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔ、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏ、Ｓｅｒ６８ＰｒｏおよびＳｅｒ１７８Ａｒｇを選択し、それらの置換をＦｃＲ９（実施例３（ｂ））に集積したＦｃＲ１３を作製した。具体的には、ＦｃＲ１２をコードするポリヌクレオチドに対して、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ１３を作製した。
（ｂ−１）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ１２を鋳型とし、配列番号３および配列番号２８（５’−ＣＡＣＡＡＴＧＡＡＡＧＣＣＴＧＡＴＴＣＣＣＡＧＣＣＡＧＧＣＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ１３Ｆとした。
（ｂ−２）（ａ）で作製したｐＥＴ−ＦｃＲ１２を鋳型とし、配列番号２および配列番号２９（５’−ＧＴＡＧＣＴＧＣＴＣＧＣＣＴＧＧＣＴＧＧＧＡＡＴＣＡＧＧＣＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｂ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ１３Ｒとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ１３Ｆ、ｍ１３Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理するＰＣＲを行ない、ｍ１３Ｆとｍ１３Ｒを連結した。得られたＰＣＲ産物をｍ１３ｐとした。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ１３ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとして、ＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１２に２箇所アミノ酸置換を導入したＦｃＲ１３をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ９に対して５箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して１４箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ１３をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ１３を得た。
（ｂ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ１３のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ１３のアミノ酸配列を配列番号３０に、前記ＦｃＲ１３をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号３１に示す。なお、配列番号３０において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ１３のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号３０において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目およびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例１６ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）特開２０１５−０８６２１６号公報に記載の方法で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ５ａ）、実施例３（ｂ）で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ９）、および実施例１５で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１２、ＦｃＲ１３）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ５ａ、ＦｃＲ９、ＦｃＲ１２およびＦｃＲ１３を調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ５ａ、ＦｃＲ９、ＦｃＲ１２およびＦｃＲ１３の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ９を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が３０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと４０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表１１に示す。実施例１５で作製したＦｃＲ１２、ＦｃＲ１３はＦｃＲ５ａ、ＦｃＲ９と比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ１２およびＦｃＲ１３のアルカリ安定性がＦｃＲ５ａ、ＦｃＲ９に比べて向上していることが確認された。
Figure 0006932923
 実施例１７ ＦｃＲ１３への変異導入およびライブラリーの作製
実施例１５（ｂ）で作製したＦｃＲ１３をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例１５（ｂ）で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ１３を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ１３を鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとした他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例１８ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例１７で作製したランダム変異ライブラリーを実施例２（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を以下に示す（ｉ）または（ｉｉ）の方法でアルカリ処理した。なおアルカリ処理後は、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（ｉ）純水にて５倍に希釈し、等量の８０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で２時間静置
（ｉｉ）純水にて２０倍に希釈し、等量の６０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で２時間静置
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定した。その後、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ１３と比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ１３に対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表１２（アルカリ処理は（ｉ）の条件）および表１３（アルカリ処理は（ｉｉ）の条件）に示す。配列番号３０に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基（配列番号１の１７番目から１９２番目に該当）を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ｍｅｔ１８Ｌｙｓ（この表記は、配列番号１の１８番目（配列番号３０では３４番目）のメチオニンがリジンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｍｅｔ１８Ｔｈｒ、Ｌｅｕ（Ｍｅｔ）２３Ａｒｇ（この表記は配列番号１番の２３番目（配列番号３０では３９番目）のロイシンが一度メチオニンに置換されさらにアルギニンに置換されたことを表す、以下同様）、Ｌｙｓ４６Ｉｌｅ、Ｇｌｎ（Ａｒｇ）４８Ｔｒｐ、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓ、Ｔｙｒ５１Ａｓｎ、Ｇｌｕ５４Ａｓｐ、Ｇｌｕ５４Ｇｌｙ、Ａｓｎ５６Ｓｅｒ、Ａｓｎ５６Ｉｌｅ、Ｐｈｅ６１Ｌｅｕ、Ｐｈｅ６１Ｔｙｒ、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙ、Ｉｌｅ６７Ｌｅｕ、Ｓｅｒ６９Ａｓｎ、Ａｌａ７１Ｔｈｒ、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ａｒｇ、Ａｌａ７８Ｇｌｕ、Ｖａｌ８１Ｇｌｕ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｕ８６Ａｓｐ、Ｇｌｎ９０Ｌｅｕ、Ｌｅｕ９３Ｇｌｎ、Ｐｒｏ１１４Ｌｅｕ、Ｌｙｓ１１９Ａｓｎ、Ｌｙｓ１１９Ｔｙｒ、Ｈｉｓ１２５Ｇｌｎ、Ｓｅｒ１３０Ｔｈｒ、Ｌｙｓ１３８Ａｒｇ、Ｇｌｎ１４３Ｈｉｓ、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌ、Ｌｙｓ１４９Ｍｅｔ、Ｐｈｅ１５１Ｔｙｒ、Ｈｉｓ１５３Ｔｙｒ、Ｔｙｒ１５８Ｐｈｅ、Ｌｙｓ１６１Ａｒｇ、Ｓｅｒ１６９Ｇｌｙ、Ａｓｎ１８０Ｓｅｒ、Ｔｈｒ１８５Ａｌａ、Ａｓｎ１８７Ｉｌｅ、Ａｓｎ１８７ＬｙｓおよびＴｈｒ１９１Ａｌａのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ１３と比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
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 表１２に示した、ＦｃＲ１３からアミノ酸置換されたＦｃ結合性タンパク質のうち、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのアミノ酸置換が生じたＦｃ結合性タンパク質をＦｃＲ１４と命名し、ＦｃＲ１４をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターをｐＥＴ−ＦｃＲ１４と命名した。ＦｃＲ１４のアミノ酸配列を配列番号３２に、ＦｃＲ１４をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号３３に示す。なお配列番号３２において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ１４のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号３２において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目およびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例１９ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例１８で明らかとなった、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｔｙｒ５１ＨｉｓおよびＧｌｕ５４Ａｓｐを選択し、それらの置換をＦｃＲ１４に集積することで、改良Ｆｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１６）を作製した。以下、作製方法を詳細に説明する。
（１）実施例１８で得られた、ｐＥＴ−ＦｃＲ１４を鋳型とし、配列番号３および配列番号３４（５’−ＴＧＣＣＧＧＧＧＣＧＣＧＣＡＴＡＧＣＣＣＧＧＡＴＧＡＴＡＡＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ１６Ｆとした。
（２）実施例１８で得られたｐＥＴ−ＦｃＲ１４を鋳型とし、配列番号２および配列番号３５（５’−ＧＧＴＧＣＴＧＴＴＡＴＣＡＴＣＣＧＧＧＣＴＡＴＧＣＧＣＧＣＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ１６Ｒとした。
（３）（１）および（２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ１６Ｆ、ｍ１６Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行ない最後に７２℃で５分間熱処理するＰＣＲを行ない、ｍ１６Ｆとｍ１６Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ１６ｐを得た。
（４）（３）で得られたＰＣＲ産物ｍ１６ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとして、ＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない最後に７２℃で５分間熱処理するＰＣＲを行なった。これによりＦｃＲ１４に２箇所アミノ酸置換を導入したＦｃＲ１６をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（５）（４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ１４に対して２箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して１７箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ１６をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ１６を得た。
（７）ｐＥＴ−ＦｃＲ１６のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ１６のアミノ酸配列を配列番号３６に、前記ＦｃＲ１６をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号３７に示す。なお、配列番号３６において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ１３のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号３６において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目およびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例２０ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）実施例１５（ｂ）で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１３）、実施例１８で取得したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１４）、および実施例１９で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１６）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ１３、ＦｃＲ１４およびＦｃＲ１６を調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ１３、ＦｃＲ１４およびＦｃＲ１６の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ９を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと６０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表１４に示す。実施例１８で作製したＦｃＲ１４、ＦｃＲ１６はＦｃＲ１３と比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ１３に比べてアルカリ安定性が向上していることが確認された。
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 実施例２１ ＦｃＲ１６への変異導入およびライブラリーの作製
実施例１９で作製したＦｃＲ１６をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例１９で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ１６を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ１６を鋳型とし、配列番号２および３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例２２ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例２１で作製したランダム変異ライブラリーを実施例２（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて２０倍に希釈し、等量の８０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。アルカリ処理後は、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定した。その後、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ１６と比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ１６に対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表１５に示す。配列番号３６に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基（配列番号１の１７番目から１９２番目に該当）を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ａｌａ７８Ｓｅｒ（この表記は、配列番号１の７８番目（配列番号３６では９４番目）のアラニンがセリンに置換されていることを表す、以下同様）、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｇｌｎ１０１Ａｒｇ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｇｌｎ１４３Ｈｉｓ、Ｔｙｒ１５８Ｈｉｓ、Ｌｙｓ１６１Ａｒｇ、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕ、Ｔｈｒ１８５Ａｌａ、Ａｓｎ１８７Ａｓｐ、Ａｓｎ１８７Ｔｙｒのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ１６と比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
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 実施例２３ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例２２で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ１６に集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）から（ｃ）に示す３種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ１６に対し、さらにＴｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ１９
（ｂ）ＦｃＲ１６に対し、さらにＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ２１
（ｃ）ＦｃＲ１６に対し、さらにＡｌａ７８Ｓｅｒ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８Ｈｉｓ、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕ、Ｔｈｒ１８５ＡｌａおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ２４
以下、各改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製方法を詳細に説明する。
（ａ）ＦｃＲ１９
実施例２２で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕを選択し、それらの置換をＦｃＲ１６（実施例１９）に集積したＦｃＲ１９を作製した。具体的には、実施例２２で得られたＴｈｒ１４０ＩｌｅおよびＴｙｒ１５８Ｈｉｓの変異を含んだポリヌクレオチドに対して、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ１９を作製した。
（ａ−１）実施例２２で取得した、ＦｃＲ１６にＴｈｒ１４０ＩｌｅおよびＴｙｒ１５８Ｈｉｓの変異を含んだＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号３および配列番号３８（５’−ＡＴＴＣＣＣＡＡＡＧＣＧＡＣＧＣＴＧＧＡＧＧＡＣＡＧＣＧＧＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ１９Ｆとした。
（ａ−２）実施例２２で取得した、ＦｃＲ１６にＴｈｒ１４０ＩｌｅおよびＴｙｒ１５８Ｈｉｓの変異を含んだＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号２および配列番号３９（５’−ＡＴＡＧＣＴＧＣＣＧＣＴＧＴＣＣＴＣＣＡＧＣＧＴＣＧＣＴＴＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ａ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ１９Ｒとした。
（ａ−３）（ａ−１）および（ａ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ１９Ｆ、ｍ１９Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ１９Ｆとｍ１９Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ１９ｐを得た。
（ａ−４）（ａ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ１９ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１６に３箇所アミノ酸置換を導入したＦｃＲ１９をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ａ−５）（ａ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ａ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ１６に対して３箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して２０箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ１９をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ１９を得た。
（ａ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ１９のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ１９のアミノ酸配列を配列番号４０に、前記ＦｃＲ１９をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号４１に示す。なお、配列番号４０において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ１９のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号４０において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅのイソロイシンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｈｉｓのヒスチジンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目およびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ２１
実施例２２で得られたＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１ＬｅｕおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだポリヌクレオチドに対して、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕを生じさせる変異導入を行ない、改良Ｆｃ結合性タンパク質を得た。なお前記変異のうちＡｓｎ１８７Ａｓｐは後述の（ｂ−９）の操作で欠失したため、本実験で実際に得られた改良Ｆｃ結合性タンパク質はＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕの置換をＦｃＲ１６（実施例１９）に集積したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ２１）である。
（ｂ−１）実施例２２で取得した、ＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１ＬｅｕおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号３および配列番号４２（５’−ＡＣＣＧＣＣＣＴＧＣＡＴＡＡＡＧＴＧＡＴＣＴＡＣＣＴＧＣＡＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キ
アゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２１−２Ｆとした。
（ｂ−２）実施例２２で取得した、ＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１ＬｅｕおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号２および配列番号４３（５’−ＴＴＧＣＡＧＧＴＡＧＡＴＣＡＣＴＴＴＡＴＧＣＡＧＧＧＣＧＧＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｂ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２１−２Ｒとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２１−２Ｆ、ｍ２１−２Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２１−２Ｆとｍ２１−２Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２１−２ｐを得た。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ２１−２ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０ＩｌｅおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃＲ２１−２をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で取得した、ＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０ＩｌｅおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃＲ２１−２をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号３および配列番号４４（５’−ＣＡＣＣＡＣＡＡＣＴＣＣＧＡＣＴＴＣＣＡＴＡＴＴＣＣＣＡＡＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２１−１Ｆとした。
（ｂ−６）（ｂ−４）で取得した、ＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０ＩｌｅおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃＲ２１−２をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号２および配列番号４５（５’−ＣＡＧＣＧＴＣＧＣＴＴＴＧＧＧＡＡＴＡＴＧＧＡＡＧＴＣＧＧＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｂ−５）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２１−１Ｒとした。
（ｂ−７）（ｂ−５）および（ｂ−６）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２１−１Ｆ、ｍ２１−１Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２１−１Ｆとｍ２１−１Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２１−１ｐを得た。
（ｂ−８）（ｂ−７）で得られたＰＣＲ産物ｍ２１−１ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃＲ２１−１をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−９）（ｂ−８）で取得した、ＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃＲ２１−１をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号１７および配列番号３８に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２１Ｆとした（本操作によりＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異が欠失している）。
（ｂ−１０）（ｂ−８）で取得した、ＦｃＲ１６にＡｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐの変異を含んだＦｃＲ２１−１をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号２５および配列番号３９に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｂ−９）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２１Ｒとした。
（ｂ−１１）（ｂ−９）および（ｂ−１０）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２１Ｆ、ｍ２１Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２１Ｆとｍ２１Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２１ｐを得た。
（ｂ−１２）（ｂ−１１）で得られたＰＣＲ産物ｍ２１ｐを鋳型とし、配列番号２５および配列番号１７に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１６に５箇所（Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕ）（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して２２箇所）アミノ酸置換を導入したＦｃＲ２１をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−１３）（ｂ−１２）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−１４）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ１６に対して５箇所アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ２１をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ２１を得た。
（ｂ−１５）ｐＥＴ−ＦｃＲ２１のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ２１のアミノ酸配列を配列番号４６に、前記ＦｃＲ２１をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号４７に示す。なお、配列番号４６において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２１のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号４６において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目
、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅのイソロイシンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｈｉｓのヒスチジンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目およびＳｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｃ）ＦｃＲ２４
実施例２２で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ａｌａ７８Ｓｅｒ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８Ｈｉｓ、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕ、Ｔｈｒ１８５ＡｌａおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐを選択し、それらの置換をＦｃＲ１６（実施例１９）に集積したＦｃＲ２４を作製した。具体的には、ＦｃＲ２１をコードするポリヌクレオチドに対して、Ａｌａ７８Ｓｅｒ、Ｔｈｒ１８５ＡｌａおよびＡｓｎ１８７Ａｓｐを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ２４を作製した。
（ｃ−１）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２１を鋳型とし、配列番号３および配列番号４８（５’−ＡＧＣＡＧＣＴＡＣＣＴＴＡＴＴＧＡＴＴＣＧＧＣＧＡＣＧＧＴＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２４−２Ｆとした。
（ｃ−２）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２１を鋳型とし、配列番号２および配列番号４９（５’−ＧＣＴＡＴＣＴＴＣＣＡＣＣＧＴＣＧＣＣＧＡＡＴＣＡＡＴＡＡＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｃ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２４−２Ｒとした。
（ｃ−３）（ｃ−１）および（ｃ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２４−２Ｆ、ｍ２４−２Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２１−２Ｆとｍ２１−２Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２４−２ｐを得た。
（ｃ−４）（ｃ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ２４−２ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１６にＡｌａ７８Ｓｅｒ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕの変異を含んだＦｃＲ２４−２をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｃ−５）（ｃ−４）で取得した、ＦｃＲ１６にＡｌａ７８Ｓｅｒ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕの変異を含んだＦｃＲ２４−２をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号３および配列番号５０（５’−ＡＡＡＡＡＴＧＴＧＡＧＣＡＧＣＧＡＧＧＣＣＧＴＧＧＡＴＡＴＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２４Ｆとした。
（ｃ−６）（ｃ−４）で取得した、ＦｃＲ１６にＡｌａ７８Ｓｅｒ、Ａｓｐ８２Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕ、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅ、Ｔｙｒ１５８ＨｉｓおよびＬｙｓ１６５Ｇｌｕの変異を含んだＦｃＲ２４−２をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号２５および配列番号５１（５’−ＧＧＴＡＡＴＧＧＴＡＡＴＡＴＣＣＡＣＧＧＣＣＴＣＧＣＴＧＣＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｃ−５）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２４Ｒとした。
（ｃ−７）（ｃ−５）および（ｃ−６）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２４Ｆ、ｍ２４Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２４Ｆとｍ２４Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２４ｐを得た。
（ｃ−８）（ｃ−７）で得られたＰＣＲ産物ｍ２４ｐを鋳型とし、配列番号２５および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ１６に８箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して２４箇所）アミノ酸置換を導入したＦｃＲ２４をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｃ−９）（ｃ−８）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｃ−１０）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ１６に対して８箇所アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ２４をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ２４を得た。
（ｃ−１１）ｐＥＴ−ＦｃＲ２４のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ２４のアミノ酸配列を配列番号５２に、前記ＦｃＲ２４をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号５３に示す。なお、配列番号５２において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２４のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。また配列番号５２において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅのイソロイシンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｈｉｓのヒスチジンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目およびＡｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例２４ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）実施例１９で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１６）、ならびに実施例２３で取得したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ１９、ＦｃＲ２１およびＦｃＲ２４）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ１６、ＦｃＲ１９、ＦｃＲ２１およびＦｃＲ２４を調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ１６、ＦｃＲ１９、ＦｃＲ２１およびＦｃＲ２４の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ１３を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと８０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表１６に示す。実施例２３で作製したＦｃＲ１９、ＦｃＲ２１およびＦｃＲ２４はＦｃＲ１６と比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ１６に比べてアルカリ安定性が向上していることが確認された。
Figure 0006932923
 実施例２５ ＦｃＲ２４への変異導入およびライブラリーの作製
実施例２３（ｃ）で作製したＦｃＲ２４をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例２３（ｃ）で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ２４を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ２４を鋳型とし、配列番号２および３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例２６ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例２５で作製したランダム変異ライブラリーを実施例３（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて２０倍に希釈し、等量の３００ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。アルカリ処理後は、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定した。その後、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ２４と比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ２４に対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表１７に示す。配列番号５２に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基（配列番号１の１７番目から１９２番目に該当）を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎ（この表記は、配列番号１の４０番目（配列番号５２では５６番目）のリジンがグルタミンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｌｙｓ４６Ａｓｎ、Ａｌａ５０Ｔｈｒ、Ａｓｎ５６Ｔｙｒ、Ｈｉｓ６２Ｌｅｕ、Ｓｅｒ６５Ｇｌｙ、Ｔｙｒ７４Ｈｉｓ、Ａｓｐ７７Ｖａｌ、Ｇｌｎ９０Ｌｅｕ、Ｌｙｓ１１９Ｔｈｒ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｈｉｓ１３７Ｇｌｎ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔ（この表記は、配列番号１の１４０番目（配列番号６では１５６番目）のスレオニンが一度イソロイシンに置換されさらにメチオニンに置換されたことを示す、以下同様）、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅ、Ｔｙｒ（Ｈｉｓ）１５８Ｌｅｕ、Ｌｅｕ１７５Ａｒｇ、Ａｓｎ１８０Ｌｙｓ、Ａｓｎ１８０Ｓｅｒ、Ｉｌｅ１９０Ｖａｌ、Ｔｈｒ１９１Ｉｌｅのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ２４と比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
 実施例２７ Ｔｈｒ１４０またはＴｙｒ１５８アミノ酸置換体の作製
実施例２２で明らかになったＦｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に寄与するアミノ酸置換のうち、配列番号１の１４０番目（配列番号５２では１５６番目）のスレオニン（Ｔｈｒ１４０）がイソロイシン（Ｉｌｅ）に、１５８番目（配列番号５２では１７４番目）のチロシン（Ｔｙｒ１５８）がヒスチジンにそれぞれ置換されることでアルカリ安定性が特に向上した。そこで、Ｔｈｒ１４０およびＴｙｒ１５８の他のアミノ酸への置換の有用性を確認するため、実施例２２（ｃ）で作製したＦｃＲ２４（配列番号５２）のうちＴｈｒ１４０（配列番号５２では１５６番目）またはＴｙｒ１５８（配列番号５２では１７４番目）を他のアミノ酸に置換したＦｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）Ｔｈｒ１４０アミノ酸置換体の作製
（ａ−１）実施例２２（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２４を鋳型とし、配列番号３および配列番号５４（５’−ＣＣＴＧＣＡＴＡＡＡＧＴＧＮＮＫＴＡＣＣＴＧＣＡＡＡＡＣＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表３に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。得られたＰＣＲ産物をＴ１４０ｐ１とした。
（ａ−２）実施例２２（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２４を鋳型とし、配列番号２および配列番号５５（５’−ＣＣＧＴＴＴＴＧＣＡＧＧＴＡＭＮＮＣＡＣＴＴＴＡＴＧＣＡＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表３に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。得られたＰＣＲ産物をＴ１４０ｐ２とした。
（ａ−３）（ａ−１）および（ａ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（Ｔ１４０ｐ１、Ｔ１４０ｐ２）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、Ｔ１４０ｐ１とＴ１４０ｐ２を連結したＰＣＲ産物Ｔ１４０ｐを得た。
（ａ−４）（ａ−３）で得られたＰＣＲ産物Ｔ１４０ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ２４）の１４０番目のアミノ酸が任意のアミノ酸に置換されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを得た。得られたポリヌクレオチドをＴ１４０ｐ３とした。
（ａ−５）（ａ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ａ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。
回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出し、ポリヌクレオチド領域の配列を実施例１（５）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析したところ、Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ２４のＴｈｒ１４０（配列番号５２では１５６番目のイソロイシン）がＡｌａ、Ａｒｇ、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、Ｐｈｅ、Ｔｈｒ、ＳｅｒまたはＶａｌに置換されたＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を得た。
（ｂ）Ｔｙｒ１５８アミノ酸置換体の作製
（ｂ−１）実施例２２（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２４を鋳型とし、配列番号３および配列番号５６（５’−ＣＡＡＣＴＣＣＧＡＣＴＴＣＮＮＫＡＴＴＣＣＣＡＡＡＧＣＧＡＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表３に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。得られたＰＣＲ産物をＹ１５８ｐ１とした。
（ｂ−２）実施例２２（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２４を鋳型とし、配列番号２および配列番号５７（５’−ＧＴＣＧＣＴＴＴＧＧＧＡＡＴＭＮＮＧＡＡＧＴＣＧＧＡＧＴＴＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表３に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。得られたＰＣＲ産物をＹ１５８ｐ２とした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（Ｙ１５８ｐ１、Ｙ１５８ｐ２）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、Ｙ１４０ｐ１とＹ１４０ｐ２を連結したＰＣＲ産物Ｙ１４０ｐを得た。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物Ｙ１４０ｐを鋳型とし、配列番号２３および配列番号２４に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ２４）の１５８番目のアミノ酸が任意のアミノ酸に置換されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを得た。得られたポリヌクレオチドをＹ１５８ｐ３とした。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。
回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出し、ポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析したところ、Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ２４のＴｙｒ１５８（配列番号５２では１７４番目のヒスチジン）がＡｌａ、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｃｙｓ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、Ｉｌｅ、Ｌｙｓ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、ＴｙｒまたはＶａｌに置換されたＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を得た。
実施例２８ Ｔｈｒ１４０またはＴｙｒ１５８アミノ酸置換体の評価
（１）実施例２７で作製したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃ結合タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ２４を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと、３００ｍＭ（Ｔｈｒ１４０アミノ酸置換体の場合）または３５０ｍＭ（Ｔｙｒ１５８アミノ酸置換体の場合）の水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
得られた結果を表１８（Ｔｈｒ１４０アミノ酸置換体の結果）および表１９（Ｔｙｒ１５８アミノ酸置換体の結果）に示す。なお表１８中のＩｌｅの結果、および表１９中のＨｉｓの結果は、ＦｃＲ２４に相当する。Ｔｈｒ１４０の場合（表１８）は、Ａｌａ、Ａｒｇ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、Ｐｈｅ、ＳｅｒまたはＶａｌに置換することで、Ｔｙｒ１５８の場合（表１９）は、Ｃｙｓ、Ｈｉｓ、Ｉｌｅ、Ｌｙｓ、Ｐｈｅ、ＴｒｐまたはＶａｌに置換することで、それぞれアルカリ安定性が向上することを確認した。
Figure 0006932923
Figure 0006932923
 表１９に示した、Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ２４のＴｙｒ１５８アミノ酸置換体のうち、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのアミノ酸置換が生じたＦｃ結合性タンパク質をＦｃＲ２４ｂと命名し、ＦｃＲ２４ｂをコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターをｐＥＴ−ＦｃＲ２４ｂと命名した。ＦｃＲ２４ｂのアミノ酸配列を配列番号５８に、ＦｃＲ２４ｂをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号５９に示す。なお配列番号５８において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２４ｂのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号５８において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅのイソロイシンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目およびＡｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例２９ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例２６で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ２４ｂに集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）から（ｅ）に示す４種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ２４ｂに対し、さらにＴｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔ（この表記は、配列番号１の１４０番目（配列番号５２では１５６番目）のスレオニンが一度イソロイシンに置換されさらにメチオニンに置換されたことを示す、以下同様）およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ２５
（ｂ）ＦｃＲ２４ｂに対し、さらにＡｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ２６
（ｃ）ＦｃＲ２４ｂに対し、さらにＬｙｓ４０Ｇｌｎ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ２７
（ｄ）ＦｃＲ２４ｂに対し、さらにＬｙｓ４０Ｇｌｎ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１４１ＰｈｅおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ２９
（ｅ）ＦｃＲ２４ｂに対し、さらにＬｙｓ４０Ｇｌｎ、Ｈｉｓ６２Ｌｅｕ、Ｔｙｒ７４Ｈｉｓ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１４１ＰｈｅおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌのアミノ酸置換を行ったＦｃＲ３１
以下、各改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製方法を詳細に説明する。
（ａ）ＦｃＲ２５
実施例２６で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ２４ｂ（実施例２８）に集積したＦｃＲ２５を作製した。具体的には、実施例２８で得られたＦｃＲ２４ｂをコードするポリヌクレオチド（配列番号５９）に対して、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ２５を作製した。
（ａ−１）実施例２６で取得した、ＦｃＲ２４にＴｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔの変異を含んだＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号３および配列番号６０（５’−ＣＣＣＴＧＣＡＴＡＡＡＧＴＧＡＴＧＴＡＣＣＴＧＣＡＡＡＡＣＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２４ｃＦとした。
（ａ−２）実施例２８で取得した、Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ２４ｂをコードするポリヌクレオチド（配列番号５９）を鋳型とし、配列番号２および配列番号６１（５’−ＣＧＴＴＴＴＧＣＡＧＧＴＡＣＡＴＣＡＣＴＴＴＡＴＧＣＡＧＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ａ−１）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２４ｃＲとした。
（ａ−３）（ａ−１）および（ａ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２４ｃＦ、ｍ２４ｃＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２４ｃＦとｍ２４ｃＲを連結したＰＣＲ産物ｍ２４ｃｐを得た。
（ａ−４）（ａ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ２４ｃｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ２４ｃをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ａ−５）（ａ−４）で取得した、ＦｃＲ２４ｂにＴｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔの変異を含んだＦｃＲ２４ｃをコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号２５および配列番号６２（５’−ＣＣＣＡＡＧＣＴＴＡＡＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＴＴＧＧＧＴＡＡＣＧＧＴＡＡＴＡＴＣＣＡＣＧＧＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。これによりＦｃＲ２４ｂに２箇所（Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌ）（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して２６箇所）アミノ酸置換を導入したＦｃＲ２５をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ａ−６）（ａ−５）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ａ−７）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ２４に対して２箇所アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ２５をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ２５を得た。
（ａ−８）ｐＥＴ−ＦｃＲ２５のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ２５のアミノ酸配列を配列番号６３に、前記ＦｃＲ２５をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号６４に示す。なお、配列番号６３において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）
から２０８番目のアミノ酸までがＦｃＲ２５のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目のアミノ酸から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）までがリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号６３において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ２６
実施例２６で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ２４ｂ（実施例２８）に集積したＦｃＲ２６を作製した。具体的には、ＦｃＲ２５をコードするポリヌクレオチド（配列番号６４）に対して、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ２６を作製した。
（ｂ−１）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２５を鋳型とし、配列番号３および配列番号６５（５’−ＧＴＴＣＡＡＡＧＡＧＧＧＧＧＡＡＣＣＧＡＴＴＣＡＴＣＴＧＣＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２６Ｆとした。
（ｂ−２）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２５を鋳型とし、配列番号２および配列番号６６（５’−ＣＧＣＡＧＡＴＧＡＡＴＣＧＧＴＴＣＣＣＣＣＴＣＴＴＴＧＡＡＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２６Ｒとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２６Ｆ、ｍ２６Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２６Ｆとｍ２６Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２６ｐを得た。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ２６ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ２６をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ２４ｂに対して３箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して２７箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ２６をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ２６を得た。
（ｂ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ２６のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ２６のアミノ酸配列を配列番号６７に、前記ＦｃＲ２６をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号６８に示す。なお、配列番号６７において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２６のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号６７において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｃ）ＦｃＲ２７
実施例２６で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ２４ｂ（実施例２８）に集積したＦｃＲ２７を作製した。具体的には、ＦｃＲ２６をコードするポリヌクレオチド（配列番号６８）に対して、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ２７を作製した。
（ｃ−１）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２６を鋳型とし、配列番号３および配列番号６９（５’−ＴＣＧＣＧＴＧＣＴＧＧＡＧＣＡＡＧＡＴＴＣＡＧＴＧＡＣＣＣＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２７Ｆとした。
（ｃ−２）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２６を鋳型とし、配列番号２および配列番号７０（５’−ＡＧＧＧＴＣＡＣＴＧＡＡＴＣＴＴＧＣＴＣＣＡＧＣＡＣＧＣＧＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２７Ｒとした。
（ｃ−３）（ｃ−１）および（ｃ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２７Ｆ、ｍ２７Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２７Ｆとｍ２７Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２７ｐを得た。
（ｃ−４）（ｃ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ２７ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ２７をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｃ−５）（ｃ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｃ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ２４ｂに対して４箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して２８箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ２７をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ２７を得た。
（ｃ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ２７のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ２７のアミノ酸配列を配列番号７１に、前記ＦｃＲ２７をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号７２に示す。なお、配列番号７１において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２７のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号７１において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｄ）ＦｃＲ２９
実施例２６で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１４１ＰｈｅおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ２４ｂ（実施例２８）に集積したＦｃＲ２９を作製した。具体的には、ＦｃＲ２７をコードするポリヌクレオチド（配列番号７２）に対して、Ｌｙｓ１１９ＧｌｕおよびＴｙｒ１４１Ｐｈｅを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ２９を作製した。
（ｄ−１）（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２７を鋳型とし、配列番号３および配列番号７３（５’−ＡＣＧＧＴＧＧＧＡＧＴＴＣＧＡＡＧＡＧＧＧＧＧＡＡＣＣＧＡＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２８Ｆとした。
（ｄ−２）（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２７を鋳型とし、配列番号２および配列番号７４（５’−ＡＴＣＧＧＴＴＣＣＣＣＣＴＣＴＴＣＧＡＡＣＴＣＣＣＡＣＣＧＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２８Ｒとした。
（ｄ−３）（ｄ−１）および（ｄ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２８Ｆ、ｍ２８Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２８Ｆとｍ２８Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２８ｐを得た。
（ｄ−４）（ｄ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ２８ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ２４にＬｙｓ４０Ｇｌｎ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０ＭｅｔおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌの変異を含んだ、Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ２８をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｄ−５）（ｄ−４）で取得した、ＦｃＲ２８をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号７５（５’−ＣＧＣＡＴＣＣＴＣＧＣＡＴＴＡＴＣＣＧＣＡＴＴＡＡＣＧＡＣＧ−３’）および配列番号７７（５’−ＣＣＧＴＴＴＴＧＣＡＧＧＡＡＣＡＴＣＡＣＴＴＴＡＴＧＣＡＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表７に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ２９Ｆとした。
（ｄ−６）（ｄ−４）で取得した、ＦｃＲ２８をコードするポリヌクレオチドを鋳型とし、配列番号７６（５’−ＧＣＴＴＣＣＴＴＴＣＧＧＧＣＴＴＴＧＴＴＡＧＣＡＧＣＣＧＧＡ−３’）および配列番号７８（５’−ＣＣＴＧＣＡＴＡＡＡＧＴＧＡＴＧＴＴＣＣＴＧＣＡＡＡＡＣＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、（ｄ−５）と同様の方法でＰＣＲを行なった。精製したＰＣＲ産物をｍ２９Ｒとした。
（ｄ−７）（ｄ−５）および（ｄ−６）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ２９Ｆ、ｍ２９Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ２９Ｆとｍ２９Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ２９ｐを得た。
（ｄ−８）（ｄ−７）で得られたＰＣＲ産物ｍ２９ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ２４ｂに６箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３０箇所）アミノ酸置換を導入したＦｃＲ２９をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｄ−９）（ｄ−８）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｄ−１０）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ２４ｂに対して６箇所アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ２９をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ２９を得た。
（ｄ−１１）ｐＥＴ−ＦｃＲ２９のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ２９のアミノ酸配列を配列番号７９に、前記ＦｃＲ２９をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号８０に示す。なお、配列番号７９において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２９のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号７９において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｅ）ＦｃＲ３１
実施例２６で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎ、Ｈｉｓ６２Ｌｅｕ、Ｔｙｒ７４Ｈｉｓ、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕ、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕ、Ｔｈｒ（Ｉｌｅ）１４０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１４１ＰｈｅおよびＩｌｅ１９０Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ２４ｂ（実施例２８）に集積したＦｃＲ３１を作製した。具体的には、ＦｃＲ２９をコードするポリヌクレオチド（配列番号８０）に対して、Ｈｉｓ６２ＬｅｕおよびＴｙｒ７４Ｈｉｓを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３１を作製した。
（ｅ−１）（ｄ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２９を鋳型とし、配列番号３および配列番号８１（５’−ＣＣＡＧＴＧＧＴＴＣＣＴＣＡＡＴＧＡＡＡＧＣＣＴＧＡＴＴＣＣＣＡＧＣＣＡＧＧＣＧＡＧＣＡＧＣＣＡＣＣＴＴＡＴＴＧＡＴＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３１Ｆとした。
（ｅ−２）（ｄ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ２９を鋳型とし、配列番号２および配列番号８２（５’−ＡＡＴＣＡＡＴＡＡＧＧＴＧＧＣＴＧＣＴＣＧＣＣＴＧＧＣＴＧＧＧＡＡＴＣＡＧＧＣＴＴＴＣＡＴＴＧＡＧＧＡＡＣＣＡＣＴＧＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３１Ｒとした。
（ｅ−３）（ｅ−１）および（ｅ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３１Ｆ、ｍ３１Ｒ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３１Ｆとｍ３１Ｒを連結したＰＣＲ産物ｍ３１ｐを得た。
（ｅ−４）（ｅ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３１ｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３１をコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｅ−５）（ｅ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｅ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ２４ｂに対して８箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３２箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３１をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３１を得た。
（ｅ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３１のヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３１のアミノ酸配列を配列番号８３に、前記ＦｃＲ３１をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号８４に示す。なお、配列番号８３において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ３１のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号８３において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｈｉｓ６２Ｌｅｕのロイシンは７８番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｔｙｒ７４Ｈｉｓのヒスチジンは９０番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例３０ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）実施例２３（ｃ）で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ２４）、ならびに実施例２９で取得したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ２５、ＦｃＲ２６、ＦｃＲ２７、ＦｃＲ２９およびＦｃＲ３１）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ２４、ＦｃＲ２５、ＦｃＲ２６、ＦｃＲ２７、ＦｃＲ２９およびＦｃＲ３１を調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ２４、ＦｃＲ２５、ＦｃＲ２６、ＦｃＲ２７、ＦｃＲ２９およびＦｃＲ３１の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ２４を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと４００ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表２０に示す。実施例２９で作製したＦｃＲ２５、ＦｃＲ２６、ＦｃＲ２７、ＦｃＲ２９およびＦｃＲ３１はＦｃＲ２４と比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ２４に比べてアルカリ安定性が向上していることが確認された。
Figure 0006932923
 実施例３１ ＦｃＲ２９への変異導入およびライブラリーの作製
実施例２９（ｄ）で作製したＦｃＲ２９をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例２９（ｄ）で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ２９を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ２９を鋳型とし、配列番号２および３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例３２ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例３１で作製したランダム変異ライブラリーを実施例２（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて２０倍に希釈し、等量の５５０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で１．５時間静置することでアルカリ処理した。アルカリ処理後は、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定した。その後、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ２９と比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ２９に対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表２１に示す。配列番号７９に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基（配列番号１の１７番目から１９２番目に該当）を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ｍｅｔ１８Ｉｌｅ（この表記
は、配列番号１の１８番目（配列番号５２では３４番目）のメチオニンがイソロイシンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｔｈｒ２０Ｓｅｒ、Ａｓｐ２２Ｇｌｙ、Ｌｙｓ２５Ａｒｇ、Ｖａｌ（Ｇｌｕ）２７Ｖａｌ（この表記は、配列番号１の２７番目（配列番号５２では４３番目）のバリンが一度グルタミン酸に置換されさらにバリンに置換されたことを示す、以下同様）、Ａｌａ５０Ｇｌｕ、Ｇｌｎ５９Ｌｅｕ、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙ
、Ｓｅｒ６５Ａｓｎ、Ｓｅｒ６５Ａｒｇ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ａｒｇ、Ｐｒｏ１１４Ｌｅｕ、Ｌｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌ、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇ、Ａｓｎ１４４Ａｓｐ、Ｐｈｅ１５１Ｓｅｒ、Ａｓｎ１８０Ａｓｐ、Ｇｌｕ１８４Ｇｌｙ、Ａｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ２９と比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
 実施例３２ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例３１で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ２９に集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）から（ｂ）に示す２種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ２９に対し、さらにＬｙｓ１３２Ａｒｇ（この表記は、配列番号１の１３２番目（配列番号５２では１４８番目）のリジンがアルギニンに置換されたことを示す、以下同様）およびＡｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕ（この表記は、配列番号１の１８７番目（配列番号５２では２０３番目）のアスパラギンが一度アスパラギン酸に置換されさらにグルタミン酸に置換されたことを示す、以下同様）のアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３０
（ｂ）ＦｃＲ２９に対し、さらにＧｌｕ６４Ｇｌｙ、Ｌｙｓ１３２ＡｒｇおよびＡｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３１ｂ
以下、各改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製方法を詳細に説明する。
（ａ）ＦｃＲ３０
実施例３１で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｌｙｓ１３２ＡｒｇおよびＡｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕを選択し、それらの置換をＦｃＲ２９（実施例３０）に集積したＦｃＲ３０を作製した。具体的には、実施例３１で得られた、Ｆｃ結合性タンパク質ＦｃＲ２９のＬｙｓ１３２がＡｒｇおよびＡｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕに置換体を発現する菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出した。これにより、ＦｃＲ２９に１箇所アミノ酸置換（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３１箇所）アミノ酸置換を導入したＦｃＲ３０をコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３０を得た。シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３０のアミノ酸配列を配列番号８５に、前記ＦｃＲ３０をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号８６に示す。なお、配列番号８５において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ２９のアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号８５において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ３１ｂ
実施例３１で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙ、Ｌｙｓ１３２ＡｒｇおよびＡｓｎ（Ａｓｐ）１８７Ｇｌｕを選択し、それらの置換をＦｃＲ２９（実施例２９（ｄ））に集積したＦｃＲ３１ｂを作製した。具体的には、ＦｃＲ３０をコードするポリヌクレオチド（配列番号８５）に対して、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３１ｂを作製した。
（ｂ−１）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３０を鋳型とし、配列番号３および配列番号８７（５’−ＧＴＧＧＴＴＣＣＡＣＡＡＴＧＧＡＡＧＣＣＴＧＡＴＴＣＣＣＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３１ｂＦとした。
（ｂ−２）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３０を鋳型とし、配列番号２および配列番号８８（５’−ＴＧＧＧＡＡＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＡＴＴＧＴＧＧＡＡＣＣＡＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３１ｂＲとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３１ｂＦ、ｍ３１ｂＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３１ｂＦとｍ３１ｂＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３１ｂｐを得た。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３１ｂｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３１ｂをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ２９に対して３箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３２箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３１ｂをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３１ｂを得た。
（ｂ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３１ｂのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３１ｂのアミノ酸配列を配列番号８９に、前記ＦｃＲ３１ｂをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号９０に示す。なお、配列番号８９において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のグルタミン（Ｇｌｎ）までがＦｃＲ３１ｂのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号８９において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ｇｌｕ６４Ｇｌｙのグリシンは８０番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｉｌｅのイソロイシンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ａｓｐのアスパラギン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例３３ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）実施例２９で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ２９）、ならびに実施例３２で取得したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ３０およびＦｃＲ３１ｂ）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ２９、ＦｃＲ３０およびＦｃＲ３１ｂを調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ２９、ＦｃＲ３０およびＦｃＲ３１ｂの抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ２９を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと６５０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表２２に示す。実施例３２で作製したＦｃＲ３０、ＦｃＲ３１ｂはＦｃＲ２９と比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ２９に比べてアルカリ安定性が向上していることが確認された。
Figure 0006932923
 実施例３４ ＦｃＲ３０への変異導入およびライブラリーの作製
実施例３２（ａ）で作製したＦｃＲ３０をコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例３２（ａ）で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ３０を用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ３０を鋳型とし、配列番号２および３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例３５ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例３４で作製したランダム変異ライブラリーを実施例２（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて２５倍に希釈し、等量の８００ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。アルカリ処理後は、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定した。その後、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ３０と比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ３０に対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表２３に示す。配列番号８５に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のグルタミンまでのアミノ酸残基（配列番号１の１７番目から１９２番目に該当）を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ａｓｐ２２Ｖａｌ（この表記は、配列番号１の２２番目（配列番号５２では３８番目）のアスパラギン酸がバリンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｐｈｅ（Ｉｌｅ）２９Ｖａｌ（この表記は、配列番号１の２９番目（配列番号５２では４５番目）のフェニルアラニンが一度イソロイシンに置換されさらにバリンに置換されたことを示す、以下同様）、Ｇｌｎ（Ａｒｇ）４８Ｇｌｎ、Ａｓｎ５６Ａｓｐ、Ａｓｎ５６Ｔｙｒ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ｉｌｅ、Ａｓｐ９８Ｇｌｕ、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ３０と比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
 実施例３６ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例３５で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ３０に集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）から（ｃ）に示す３種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ３０に対し、さらにＡｓｎ５６Ａｓｐ（この表記は、配列番号１の５６番目（配列番号５２では７２番目）のアスパラギンがアスパラギン酸に置換されたことを示す、以下同様）およびＧｌｎ１９２Ｐｒｏのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３２ｃ
（ｂ）ＦｃＲ３０に対し、さらにＡｓｎ５６Ａｓｐ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ｉｌｅ（この表記は、配列番号１の７５番目（配列番号５２では９１番目）のフェニルアラニンが一度ロイシンに置換されさらにイソロイシンに置換されたことを示す、以下同様）およびＧｌｎ１９２Ｐｒｏのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３２ｄ
（ｃ）ＦｃＲ３０に対し、さらにＡｓｎ５６Ａｓｐ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ｉｌｅ、Ａｓｐ９８ＧｌｕおよびＧｌｎ１９２Ｐｒｏのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３３
以下、各改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製方法を詳細に説明する。
（ａ）ＦｃＲ３２ｃ
実施例３５で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ａｓｎ５６ＡｓｐおよびＧｌｎ１９２Ｐｒｏを選択し、それらの置換をＦｃＲ３０（実施例３２（ａ））に集積したＦｃＲ３２ｃを作製した。具体的には、実施例３５で得られたＦｃ結合性タンパク質ＦｃＲ３０のＡｓｎ５６ＡｓｐおよびＧｌｎ１９２Ｐｒｏ置換体を発現する菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出した。これにより、ＦｃＲ３０に２箇所アミノ酸置換（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３２箇所）アミノ酸置換を導入したＦｃＲ３２ｃをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｃを得た。シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３２ｃのアミノ酸配列を配列番号９１に、前記ＦｃＲ３２をコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号９２に示す。
なお、配列番号９１において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３２ｃのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号９１において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｌｅｕのロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ３２ｄ
実施例３５で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ａｓｎ５６Ａｓｐ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５ＩｌｅおよびＧｌｎ１９２Ｐｒｏを選択し、それらの置換をＦｃＲ３０（実施例３２（ａ））に集積したＦｃＲ３２ｃを作製した。具体的には、ＦｃＲ３２ｃをコードするポリヌクレオチド（配列番号９２）に対して、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ｉｌｅを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３２ｄを作製した。
（ｂ−１）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｃを鋳型とし、配列番号３および配列番号９３（５’−ＧＧＣＧＡＧＣＡＧＣＴＡＣＡＴＴＡＴＴＧＡＴＴＣＧＧＣＧＡＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３２ｄＦとした。
（ｂ−２）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｃを鋳型とし、配列番号２および配列番号９４（５’−ＧＴＣＧＣＣＧＡＡＴＣＡＡＴＡＡＴＧＴＡＧＣＴＧＣＴＣＧＣＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３２ｄＲとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３２ｄＦ、ｍ３２ｄＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３２ｄＦとｍ３２ｄＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３２ｄｐを得た。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３２ｄｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３２ｄをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３０に対して３箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３３箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３２ｄをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｄを得た。
（ｂ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｄのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３２ｄのアミノ酸配列を配列番号９５に、前記ＦｃＲ３２ｄをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号９６に示す。なお、配列番号９５において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３２ｄのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号９５において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｉｌｅのイソロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｃ）ＦｃＲ３３ｃ
実施例３５で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ａｓｎ５６Ａｓｐ、Ｐｈｅ（Ｌｅｕ）７５Ｉｌｅ、Ａｓｐ９８ＧｌｕおよびＧｌｎ１９２Ｐｒｏを選択し、それらの置換をＦｃＲ３０（実施例３２（ａ））に集積したＦｃＲ３３ｃを作製した。具体的には、ＦｃＲ３２ｄをコードするポリヌクレオチド（配列番号９６）に対して、Ａｓｐ９８Ｇｌｕを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３３ｃを作製した。
（ｃ−１）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｄを鋳型とし、配列番号３および配列番号９７（５’−ＧＡＧＣＡＣＣＣＴＧＡＧＣＧＡＡＣＣＧＧＴＧＣＴＧＣＴＧＧＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３３ｃＦとした。
（ｃ−２）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３２ｄを鋳型とし、配列番号２および配列番号９８（５’−ＴＣＣＡＧＣＡＧＣＡＣＣＧＧＴＴＣＧＣＴＣＡＧＧＧＴＧＣＴＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３３ｃＲとした。
（ｃ−３）（ｃ−１）および（ｃ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３３ｃＦ、ｍ３３ｃＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３３ｃＦとｍ３３ｃＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３３ｃｐを得た。
（ｃ−４）（ｃ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３３ｃｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３３ｃをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｃ−５）（ｃ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｃ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３０に対して４箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３４箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３３ｃをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３３ｃを得た。
（ｃ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３３ｃのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３３ｃのアミノ酸配列を配列番号９９に、前記ＦｃＲ３３ｃをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１００に示す。なお、配列番号９９において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３３ｃのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号９９において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｉｌｅのイソロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ａｓｐ９８Ｇｌｕのグルタミン酸は１１４番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例３７ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）実施例３２（ａ）で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ３０）、ならびに実施例３６で取得したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ３２ｃ、ＦｃＲ３２ｄおよびＦｃＲ３３ｃ）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ３０、ＦｃＲ３２ｃ、ＦｃＲ３２ｄおよびＦｃＲ３３ｃを調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ３０、ＦｃＲ３２ｃ、ＦｃＲ３２ｄおよびＦｃＲ３３ｃの抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ３０を用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと９００ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で１時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表２４に示す。実施例３６で作製したＦｃＲ３２ｃ、ＦｃＲ３２ｄおよびＦｃＲ３３ｃはＦｃＲ３０と比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ３０に比べてアルカリ安定性が向上していることが確認された。
Figure 0006932923
 実施例３８ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
ＦｃＲ３３ｃに対し、さらにＴｈｒ（Ｍｅｔ）１４０Ｔｈｒ（この表記は、配列番号１の１４０番目（配列番号５２では１５６番目）のスレオニンが一度メチオニンに置換されさらにスレオニンに置換されたことを示す、以下同様）、Ｇｌｙ（Ｖａｌ）１４７ＧｌｙおよびＳｅｒ（Ａｒｇ）１７８Ｓｅｒのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３０ｅを作製した。具体的には、ＦｃＲ３３ｃをコードするポリヌクレオチド（配列番号１００）に対して、Ｔｈｒ（Ｍｅｔ）１４０Ｔｈｒ、Ｇｌｙ（Ｖａｌ）１４７ＧｌｙおよびＳｅｒ（Ａｒｇ）１７８Ｓｅｒを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３０ｅを作製した。具体的な作製方法は以下に示した。
（１）実施例３６（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３３ｃを鋳型とし、配列番号３および配列番号１０１（５’−ＧＣＡＴＡＡＡＧＴＧＡＣＣＴＴＣＣＴＧＣＡＡＡＡＣＧＧＣＡＡＧＧＧＣＣＧＣＡＡＧＴＡＴＴ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３１ｇＦとした。
（２）実施例３６（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３３ｃを鋳型とし、配列番号２および配列番号１０２（５’−ＡＡＴＡＣＴＴＧＣＧＧＣＣＣＴＴＧＣＣＧＴＴＴＴＧＣＡＧＧＡＡＧＧＴＣＡＣＴＴＴＡＴＧＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３１ｇＲとした。
（３）（１）および（２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３１ｇＦ、ｍ３１ｇＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３１ｇＦとｍ３１ｇＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３１ｇｐを得た。
（４）（３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３１ｇｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３１ｇをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（５）（４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３３ｃに対して２箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３１箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３１ｇをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３１ｇを得た。
（７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３１ｇのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行ない、ＦｃＲ３１ｇをコードするポリヌクレオチドの配列に問題がないことを確認した。
（８）（６）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３１ｇを鋳型とし、配列番号３および配列番号１０３（５’−ＣＧＴＧＧＧＣＴＧＧＴＧＧＧＣＡＧＣＡＡＡＡＡＴＧＴＧＡＧＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３０ｅＦとした。
（９）（７）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３１ｇを鋳型とし、配列番号２および配列番号１０４（５’−ＧＣＴＧＣＴＣＡＣＡＴＴＴＴＴＧＣＴＧＣＣＣＡＣＣＡＧＣＣＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３０ｅＲとした。
（１０）（８）および（９）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３０ｅＦ、ｍ３０ｅＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３０ｅＦとｍ３０ｅＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３０ｅｐを得た。
（１１）（１０）で得られたＰＣＲ産物ｍ３０ｅｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３０ｅをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（１２）（１１）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（１３）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３３ｃに対して３箇所アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３０ｅをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３０ｅを得た。
（１４）ｐＥＴ−ＦｃＲ３０ｅのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３０ｅのアミノ酸配列を配列番号１０５に、前記ＦｃＲ３０ｅをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１０６に示す。なお、配列番号１０５において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３０ｅのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号１０５において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｐｈｅ７５Ｉｌｅのイソロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ａｓｐ９８Ｇｌｕのグルタミン酸は１１４番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例３９ ＦｃＲ３０ｅへの変異導入およびライブラリーの作製
実施例３８で作製したＦｃＲ３０ｅをコードするポリヌクレオチド部分に、エラープローンＰＣＲによりランダムに変異導入を施した。
（１）鋳型として実施例３８で作製した発現ベクターｐＥＴ−ＦｃＲ３０ｅを用いてエラープローンＰＣＲを行なった。エラープローンＰＣＲは、ｐＥＴ−ＦｃＲ３０ｅを鋳型とし、配列番号２および３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いた他は表１に示す組成と同様の反応液を調製後、当該反応液を９５℃で２分間熱処理し、９５℃で３０秒間の第１ステップ、５０℃で３０秒間の第２ステップ、７２℃で９０秒間の第３ステップを１サイクルとする反応を３５サイクル行ない、最後に７２℃で７分間熱処理することで行なった。この反応によりＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに良好に変異が導入された。
（２）（１）で得られたＰＣＲ産物を精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ同制限酵素で消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションした。
（３）ライゲーション反応終了後、反応液をエレクトロポレーション法により大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株に導入し、５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含むＬＢプレート培地で培養後、プレート上に形成したコロニーをランダム変異ライブラリーとした。
実施例４０ アルカリ安定化Ｆｃ結合性タンパク質のスクリーニング
（１）実施例３９で作製したランダム変異ライブラリーを実施例２（１）から（２）に記載の方法で培養することでＦｃ結合性タンパク質を発現させた。
（２）培養後、遠心操作によって得られた、Ｆｃ結合性タンパク質を含む培養上清を純水にて２５倍に希釈し、等量の４００ｍＭの水酸化ナトリウム溶液と混合した後、３０℃で２時間静置することでアルカリ処理した。アルカリ処理後は、４倍量の１Ｍトリス緩衝液（ｐＨ７．０）でｐＨを中性付近に戻した。
（３）（２）に記載のアルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性と、（２）に記載のアルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法にてそれぞれ測定した。その後、アルカリ処理を行なったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、アルカリ処理を行なわなかったときのＦｃ結合性タンパク質の抗体結合活性で除することで、残存活性を算出した。
（４）（３）の方法で約２７００株の形質転換体を評価し、その中からＦｃＲ３０ｅと比較して安定性が向上したＦｃ結合性タンパク質を発現する形質転換体を選択した。選択した形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む２ＹＴ液体培地にて培養し、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて発現ベクターを調製した。
（５）得られた発現ベクターに挿入されたＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド領域の配列を実施例２（６）に記載の方法によりヌクレオチド配列を解析し、アミノ酸の変異箇所を特定した。
（４）で選択した形質転換体が発現するＦｃ結合性タンパク質の、ＦｃＲ３０ｅに対するアミノ酸置換位置およびアルカリ処理後の残存活性（％）をまとめたものを表２５に示す。配列番号１０５に記載のアミノ酸配列のうち、３３番目のグリシンから２０８番目のプロリンまでのアミノ酸残基（配列番号１の１７番目から１９２番目に該当）を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において、Ｓｅｒ６５Ａｒｇ（この表記は、配列番号１の６５番目（配列番号５２では８１番目）のセリンがアルギニンに置換されていることを表す、以下同様）、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｉｌｅ７６Ｖａｌ、Ｔｈｒ８０Ｓｅｒ、Ｌｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌ（この表記は、配列番号１の１１９番目（配列番号５２では１３５番目）のリジンが一度グルタミン酸に置換されさらにバリンに置換されたことを示す）のいずれかのアミノ酸置換が少なくとも１つ生じているＦｃ結合性タンパク質は、ＦｃＲ３０ｅと比較しアルカリ安定性が向上しているといえる。
Figure 0006932923
 実施例４１ 改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製
実施例４０で判明した、Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換をＦｃＲ３３ｃに集積することで、さらなる安定性向上を図った。置換アミノ酸の集積は、主にＰＣＲを用いて行ない、以下の（ａ）から（ｃ）に示す３種類の改良Ｆｃ結合性タンパク質を作製した。
（ａ）ＦｃＲ３３ｃに対し、さらにＴｙｒ７４Ｐｈｅ（この表記は、配列番号１の７４番目（配列番号５２では９０番目）のチロシンがフェニルアラニンに置換されたことを示す、以下同様）およびＴｈｒ８０Ｓｅｒのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３５ｂ
（ｂ）ＦｃＲ３３ｃに対し、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｔｈｒ８０ＳｅｒおよびＬｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌ（この表記は、配列番号１の１１９番目（配列番号５２では１３５番目）のリジンが一度グルタミン酸に置換されさらにバリンに置換されたことを示す、以下同様）のアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３５ｃ
（ｃ）ＦｃＲ３３ｃに対し、Ｓｅｒ６５Ａｒｇ、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｔｈｒ８０ＳｅｒおよびＬｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌのアミノ酸置換を行なったＦｃＲ３６ｂ
以下、各改良Ｆｃ結合性タンパク質の作製方法を詳細に説明する。
（ａ）ＦｃＲ３５ｂ
実施例４０で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｔｙｒ７４ＰｈｅおよびＴｈｒ８０Ｓｅｒを選択し、それらの置換をＦｃＲ３３ｃ（実施例３６（ｃ））に集積したＦｃＲ３５ｂを作製した。具体的には、ＦｃＲ３３ｃをコードするポリヌクレオチド（配列番号１００）に対して、Ｔｙｒ７４ＰｈｅおよびＴｈｒ８０Ｓｅｒを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３５ｂを作製した。
（ａ−１）実施例３６（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３３ｃを鋳型とし、配列番号３および配列番号１０７（５’−ＣＧＡＧＣＡＧＣＴＴＣＡＴＴＡＴＴＧＡＴＴＣＧＧＣＧＴＣＧＧＴＧＧＡＡＧＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３５ｂＦとした。
（ａ−２）実施例３６（ｃ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３３ｃを鋳型とし、配列番号２および配列番号１０８（５’−ＴＣＴＴＣＣＡＣＣＧＡＣＧＣＣＧＡＡＴＣＡＡＴＡＡＴＧＡＡＧＣＴＧＣＴＣＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３５ｂＲとした。
（ａ−３）（ａ−１）および（ａ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３５ｂＦ、ｍ３５ｂＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３５ｂＦとｍ３５ｂＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３５ｂｐを得た。
（ａ−４）（ａ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３５ｂｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３５ｂをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ａ−５）（ａ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ａ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３３ｃに対して２箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３５箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３５ｂをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｂを得た。
（ａ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｂのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３５ｂのアミノ酸配列を配列番号１０９に、前記ＦｃＲ３５ｂをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１１０に示す。なお、配列番号１０９において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３５ｂのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号１０９において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅのフェニルアラニンは９０番目、Ｐｈｅ７５Ｉｌｅのイソロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ｔｈｒ８０Ｓｅｒのセリンは９６番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ａｓｐ９８Ｇｌｕのグルタミン酸は１１４番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｇｌｕのグルタミン酸は１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｂ）ＦｃＲ３５ｃ
実施例４０で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｔｈｒ８０ＳｅｒおよびＬｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ３３ｃ（実施例３６（ｃ））に集積したＦｃＲ３５ｃを作製した。具体的には、ＦｃＲ３５ｂをコードするポリヌクレオチド（配列番号１１０）に対して、Ｌｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３５ｃを作製した。
（ｂ−１）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｂを鋳型とし、配列番号３および配列番号１１１（５’−ＣＡＣＧＧＴＧＧＧＡＧＴＴＣＧＴＡＧＡＧＧＧＧＧＡＡＣＣＧＡ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３５ｃＦとした。
（ｂ−２）（ａ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｂを鋳型とし、配列番号２および配列番号１１２（５’−ＴＣＧＧＴＴＣＣＣＣＣＴＣＴＡＣＧＡＡＣＴＣＣＣＡＣＣＧＴＧ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３５ｃＲとした。
（ｂ−３）（ｂ−１）および（ｂ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３５ｃＦ、ｍ３５ｃＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３５ｃＦとｍ３５ｃＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３５ｃｐを得た。
（ｂ−４）（ｂ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３５ｃｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３５ｃをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｂ−５）（ｂ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｂ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３３ｃに対して３箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３６箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３５ｃをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｃを得た。
（ｂ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｃのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３５ｃのアミノ酸配列を配列番号１１３に、前記ＦｃＲ３５ｃをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１１４に示す。なお、配列番号１１３において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３５ｃのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号１１３において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅのフェニルアラニンは９０番目、Ｐｈｅ７５Ｉｌｅのイソロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ｔｈｒ８０Ｓｅｒのセリンは９６番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ａｓｐ９８Ｇｌｕのグルタミン酸は１１４番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｖａｌのバリンは１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
（ｃ）ＦｃＲ３６ｂ
実施例４０で明らかとなった、アルカリ安定性向上に関与するアミノ酸置換の中から、Ｓｅｒ６５Ａｒｇ、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅ、Ｔｈｒ８０ＳｅｒおよびＬｙｓ（Ｇｌｕ）１１９Ｖａｌを選択し、それらの置換をＦｃＲ３３ｃ（実施例３６（ｃ））に集積したＦｃＲ３６ｂを作製した。具体的には、ＦｃＲ３５ｃをコードするポリヌクレオチド（配列番号１１４）に対して、Ｓｅｒ６５Ａｒｇを生じさせる変異導入を行なうことにより、ＦｃＲ３６ｂを作製した。
（ｃ−１）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｃを鋳型とし、配列番号３および配列番号１１５（５’−ＧＧＴＴＣＣＡＣＡＡＴＧＡＡＣＧＣＣＴＧＡＴＴＣＣＣＡＧＣＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３６ｂＦとした。
（ｃ−２）（ｂ）で作製した、ｐＥＴ−ＦｃＲ３５ｃを鋳型とし、配列番号２および配列番号１１６（５’−ＧＧＣＴＧＧＧＡＡＴＣＡＧＧＣＧＴＴＣＡＴＴＧＴＧＧＡＡＣＣ−３’）に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとした他は、表３に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行ない、最後に７２℃で５分間熱処理することで行なった。増幅したＰＣＲ産物をアガロースゲル電気泳動に供し、そのゲルからＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（キアゲン製）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物をｍ３６ｂＲとした。
（ｃ−３）（ｃ−１）および（ｃ−２）で得られた２種類のＰＣＲ産物（ｍ３６ｂＦ、ｍ３６ｂＲ）を混合し、表４に示す組成の反応液を調製した。当該反応液を９８℃で５分間熱処理後、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を５サイクル行なうＰＣＲを行ない、ｍ３６ｂＦとｍ３６ｂＲを連結したＰＣＲ産物ｍ３６ｂｐを得た。
（ｃ−４）（ｃ−３）で得られたＰＣＲ産物ｍ３６ｂｐを鋳型とし、配列番号２および配列番号３に記載の配列からなるオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとしてＰＣＲを行なった。ＰＣＲは、表５に示す組成の反応液を調製後、当該反応液を９８℃で５分間熱処理し、９８℃で１０秒間の第１ステップ、５５℃で５秒間の第２ステップ、７２℃で１分間の第３ステップを１サイクルとする反応を３０サイクル行なった。これによりＦｃＲ３６ｂをコードするポリヌクレオチドを作製した。
（ｃ−５）（ｃ−４）で得られたポリヌクレオチドを精製後、制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化し、あらかじめ制限酵素ＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩで消化した発現ベクターｐＥＴＭａｌＥ（特開２０１１−２０６０４６号公報）にライゲーションし、これを用いて大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）株を形質転換した。
（ｃ−６）得られた形質転換体を５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを添加したＬＢ培地で培養した。回収した菌体（形質転換体）からプラスミドを抽出することで、ＦｃＲ３３ｃに対して４箇所（野生型Ｆｃ結合性タンパク質に対して３７箇所）アミノ酸置換したポリペプチドである、ＦｃＲ３６ｂをコードするポリヌクレオチドを含むプラスミドｐＥＴ−ＦｃＲ３６ｂを得た。
（ｃ−７）ｐＥＴ−ＦｃＲ３６ｂのヌクレオチド配列の解析を、実施例２（６）と同様の方法で行なった。
シグナル配列およびポリヒスチジンタグを付加したＦｃＲ３６ｂのアミノ酸配列を配列番号１１７に、前記ＦｃＲ３６ｂをコードするポリヌクレオチドの配列を配列番号１１８に示す。なお、配列番号１１７において、１番目のメチオニン（Ｍｅｔ）から２６番目のアラニン（Ａｌａ）までがＭａｌＥシグナルペプチドであり、２７番目のリジン（Ｌｙｓ）から３２番目のメチオニン（Ｍｅｔ）までがリンカー配列であり、３３番目のグリシン（Ｇｌｙ）から２０８番目のプロリン（Ｐｒｏ）までがＦｃＲ３６ｂのアミノ酸配列（配列番号１の１７番目から１９２番目までの領域に相当）、２０９番目から２１０番目までのグリシン（Ｇｌｙ）がリンカー配列であり、２１１番目から２１６番目のヒスチジン（Ｈｉｓ）がタグ配列である。
また配列番号１１７において、Ｇｌｕ２１Ｇｌｙのグリシンは３７番目、Ｌｅｕ２３Ｍｅｔのメチオニンは３９番目、Ｖａｌ２７Ｇｌｕのグルタミン酸は４３番目、Ｐｈｅ２９Ｉｌｅのイソロイシンは４５番目、Ｇｌｎ３３Ｐｒｏのプロリンは４９番目、Ｔｙｒ３５Ａｓｎのアスパラギンは５１番目、Ｌｙｓ４０Ｇｌｎのグルタミンは５６番目、Ｇｌｎ４８Ａｒｇのアルギニンは６４番目、Ｔｙｒ５１Ｈｉｓのヒスチジンは６７番目、Ｇｌｕ５４Ａｓｐのアスパラギン酸は７０番目、Ａｓｎ５６Ａｓｐのアスパラギン酸は７２番目、Ｓｅｒ６５Ａｒｇのアルギニンは８１番目、Ｓｅｒ６８Ｐｒｏのプロリンは８４番目、Ｔｙｒ７４Ｐｈｅのフェニルアラニンは９０番目、Ｐｈｅ７５Ｉｌｅのイソロイシンは９１番目、Ａｌａ７８Ｓｅｒのセリンは９４番目、Ｔｈｒ８０Ｓｅｒのセリンは９６番目、Ａｓｐ８２Ｇｌｕのグルタミン酸は９８番目、Ａｓｎ９２Ｓｅｒのセリンは１０８番目、Ａｓｐ９８Ｇｌｕのグルタミン酸は１１４番目、Ｇｌｎ１０１Ｌｅｕのロイシンは１１７番目、Ｖａｌ１１７Ｇｌｕのグルタミン酸は１３３番目、Ｌｙｓ１１９Ｖａｌのバリンは１３５番目、Ｇｌｕ１２１Ｇｌｙのグリシンは１３７番目、Ａｓｐ１２２Ｇｌｕのグルタミン酸は１３８番目、Ｌｙｓ１３２Ａｒｇのアルギニンは１４８番目、Ｔｈｒ１４０Ｍｅｔのメチオニンは１５６番目、Ｔｙｒ１４１Ｐｈｅのフェニルアラニンは１５７番目、Ｇｌｙ１４７Ｖａｌのバリンは１６３番目、Ｔｙｒ１５８Ｖａｌのバリンは１７４番目、Ｌｙｓ１６５Ｇｌｕのグルタミン酸は１８１番目、Ｐｈｅ１７１Ｓｅｒのセリンは１８７番目、Ｓｅｒ１７８Ａｒｇのアルギニンは１９４番目、Ｔｈｒ１８５Ａｌａのアラニンは２０１番目、Ａｓｎ１８７Ｇｌｕのグルタミン酸は２０３番目およびＩｌｅ１９０Ｖａｌのバリンは２０６番目、Ｇｌｎ１９２Ｐｒｏのプロリンは２０８番目の位置にそれぞれ存在する。
実施例４２ Ｆｃ結合性タンパク質のアルカリ安定性評価
（１）実施例３６（ｃ）で作製したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ３３ｃ）、ならびに実施例４１で取得したＦｃ結合性タンパク質（ＦｃＲ３５ｂ、ＦｃＲ３５ｃおよびＦｃＲ３６ｂ）を発現する形質転換体を、実施例４の（１）から（４）に記載の方法で培養し、タンパク質を抽出することでＦｃＲ３３ｃ、ＦｃＲ３５ｂ、ＦｃＲ３５ｃおよびＦｃＲ３６ｂを調製した。
（２）（１）で調製したタンパク質抽出液中のＦｃＲ３３ｃ、ＦｃＲ３５ｂ、ＦｃＲ３５ｃおよびＦｃＲ３６ｂの抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。この時、精製し定量したＦｃＲ３３ｃを用いて検量線を作製し、濃度測定を行なった。
（３）各Ｆｃ結合性タンパク質の濃度が１０μｇ／ｍＬになるよう純水で希釈後、前記希釈した溶液５０μＬと９５０ｍＭの水酸化ナトリウム溶液５０μＬとを混合し、３０℃で１時間静置することでアルカリ処理した。その後、１Ｍトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．０）を４倍量加えることで中和し、Ｆｃ結合性タンパク質の抗体結合活性を、実施例２（４）に記載のＥＬＩＳＡ法によって測定した。
（４）アルカリ処理を行なった場合の抗体結合活性をアルカリ処理を行なわなかったときの抗体結合活性で除することで、残存活性を算出しアルカリ安定性を評価した。
結果を表２６に示す。実施例４１で作製したＦｃＲ３５ｂ、ＦｃＲ３５ｃおよびＦｃＲ３６ｂはＦｃＲ３３ｃと比較し残存活性が高いことから、ＦｃＲ３３ｃに比べてアルカリ安定性が向上していることが確認された。
Figure 0006932923

Claims (13)

  1. 以下の（ｉ）から（ｉｉｉ）から選択される耐アルカリ性の向上したＦｃ結合性タンパク質
    （ｉ）
    配列番号７９に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において以下の（１）から（１４）のうちから１つ選ばれるアミノ酸置換が生じている、Ｆｃ結合性タンパク質。
    （１）配列番号７９の３６番目のスレオニンがセリンに置換、１３０番目のプロリンがロイシンに置換、および２１０番目のグリシンがバリンに置換
    （２）配列番号７９の４１番目のリジンがアルギニンに置換、１３０番目のプロリンがロイシンに置換、および２００番目のグルタミン酸がグリシンに置換
    （３）配列番号７９の１４８番目のリジンがアルギニンに置換、および２０３番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に置換
    （４）配列番号７９の１４８番目のリジンがアルギニンに置換
    （５）配列番号７９の８０番目のグルタミン酸がグリシンに置換
    （６）配列番号７９の１９６番目のアスパラギンがアスパラギン酸に置換
    （７）配列番号７９の３４番目のメチオニンがイソロイシンに置換、および１３５番目のグルタミン酸がバリンに置換
    （８）配列番号７９の１７７番目のリジンがアスパラギンに置換
    （９）配列番号７９の９１番目のロイシンがアルギニンに置換、および１６０番目のアスパラギンがアスパラギン酸に置換
    （１０）配列番号７９の４３番目のグルタミン酸がバリンに置換
    （１１）配列番号７９の６６番目のアラニンがグルタミン酸に置換
    （１２）配列番号７９の３８番目のアスパラギン酸がグリシンに置換、および８１番目のセリンがアスパラギンに置換
    （１３）配列番号７９の７５番目のグルタミンがロイシンに置換
    （１４）配列番号７９の８１番目のセリンがアルギニンに置換、および１６７番目のフェニルアラニンがセリンに置換
    （ｉｉ）
    配列番号８５に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において以下の（１５）から（２０）のうちから１つ選ばれるアミノ酸置換が生じている、Ｆｃ結合性タンパク質。
    （１５）配列番号８５の７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に置換、および２０８番目のグルタミンがプロリンに置換
    （１６）配列番号８５の９１番目のロイシンがイソロイシンに置換
    （１７）配列番号８５の７２番目のアスパラギンがチロシンに置換
    （１８）配列番号８５の３８番目のアスパラギン酸がバリンに置換
    （１９）配列番号８５の１１４番目のアスパラギン酸がグルタミン酸に置換
    （２０）配列番号８５の４５番目のイソロイシンがバリンに置換、６４番目のアルギニンがグルタミンに置換、および７２番目のアスパラギンがアスパラギン酸に置換
    （ｉｉｉ）
    配列番号１０５に記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含み、但し当該３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基において以下の（２１）から（２４）のうちから１つ選ばれるアミノ酸置換が生じている、Ｆｃ結合性タンパク質。
    （２１）配列番号１０５の９０番目のチロシンがフェニルアラニンに置換、および９６番目のスレオニンがセリンに置換
    （２２）配列番号１０５の１３５番目のグルタミン酸がバリンに置換
    （２３）配列番号１０５の８１番目のセリンがアルギニンに置換
    （２４）配列番号１０５の９２番目のイソロイシンがバリンに置換
  2. 配列番号６３、配列番号６７、配列番号７１、配列番号７９、配列番号８３、配列番号８５、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９５、配列番号９９、配列番号１０９、配列番号１１３、配列番号１１７のいずれかに記載のアミノ酸配列のうち３３番目から２０８番目までのアミノ酸残基を含む、請求項１に記載のＦｃ結合性タンパク質。
  3. 配列番号６３、配列番号６７、配列番号７１、配列番号７９、配列番号８３、配列番号８５、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９５、配列番号９９、配列番号１０９、配列番号１１３、配列番号１１７のいずれかに記載のアミノ酸配列からなる、請求項１又は２に記載のＦｃ結合性タンパク質。
  4. 請求項１〜３いずれかに記載のＦｃ結合性タンパク質において、さらに以下の（２５）から（２７）のうち少なくとも１つのアミノ酸置換が生じている、Ｆｃ結合性タンパク質。
    （２５）配列番号５２の８２番目に相当するロイシンがヒスチジンまたはアルギニンに置換
    （２６）配列番号５２の１６３番目に相当するバリンがアスパラギン酸に置換
    （２７）配列番号５２の１９２番目に相当するバリンがフェニルアラニンに置換
  5. 請求項１から４のいずれかに記載のＦｃ結合性タンパク質を不溶性担体に固定化した吸着剤。
  6. 請求項５に記載の吸着剤に、糖鎖を有する抗体を吸着させ、次いで溶出液により当該抗体を溶出させることを特徴とする、抗体の分離方法。
  7. 請求項６に記載の方法において、抗体が有する糖鎖の違いにより溶出時間が異なる溶出液を用いて、吸着した抗体を糖鎖の違いにより順次溶出させることを特徴とする方法。
  8. 請求項６または７に記載の分離方法を用いて抗体が有する糖鎖構造の違いを識別する方法。
  9. 請求項１から４のいずれかに記載のＦｃ結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
  10. 請求項９に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  11. 請求項１０に記載の発現ベクターで宿主を形質転換して得られる形質転換体。
  12. 宿主が大腸菌である、請求項１１に記載の形質転換体。
  13. 請求項１１または１２に記載の形質転換体を培養することによりＦｃ結合性タンパク質を発現させ、その培養物から発現されたＦｃ結合性タンパク質を回収する、Ｆｃ結合性タンパク質の製造方法。
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