JP6480409B2 - アグリコシル化Fc含有ポリペプチド - Google Patents

アグリコシル化Fc含有ポリペプチド Download PDF

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、2013年3月14日に出願された、米国仮出願第61/784,669号の利益を主張するものである。上に特定された出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
配列表の参照
本出願は、電子的フォーマットの配列表と共に出願されている。配列表は、サイズが57,344バイトである、2014年3月13日に作成された、A−1892−WO−PCT_ST25.txtと題したテキストファイルとして提供される。配列表の電子的フォーマット中の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
IL−2は、IL−2結合時に細胞内シグナル伝達事象を一緒に活性化するIL−2Rβ及びIL−2Rγ、ならびにIL−2とIL−2Rβγとの間の相互作用を安定化する働きをするCD25(IL−2Rα)という3つの膜貫通受容体サブユニットに結合する。IL−2Rβγ によって送達されるシグナルは、PI3−キナーゼ、Ras−MAP−キナーゼ、及びSTAT5経路のシグナルを含む。
T細胞は、組織中に典型的に存在するIL−2の低濃度に応答するために、CD25の発現を必要とする。CD25を発現するT細胞には、自己免疫性炎症の抑制に必須のFOXP3+制御性T細胞(Treg細胞)、及びCD25を発現するために活性化されたFOXP3−T細胞の両方が含まれる。FOXP3−CD25+Tエフェクター細胞(Teff)は、CD4+またはCD8+のいずれかであり得、この両方が炎症、自己免疫、臓器移植片拒絶、または移植片対宿主病に寄与し得る。IL−2刺激性STAT5シグナル伝達は、正常なT−reg細胞の成長及び残存、ならびに高FOXP3発現にとって極めて重要である。
共同所有のWO第2010/085495号において、我々はTreg細胞を優先的に増殖または刺激するためのIL−2変異タンパク質の使用について説明している。対象に投与される場合、Treg細胞への効果は、炎症性及び自己免疫疾患を治療するのに有用である。その中に記載されるIL−2変異タンパク質は、インビボでTeff細胞を超えてTreg細胞を増殖させるのに有用であるが、ヒトの治療に最適な属性を有するIL−2変異タンパク質を形成することが望ましかった。
国際公開第2010/085495号
高収率の製造可能性に適し、かつ最適化された薬理学的活性を有するIL−2変異タンパク質が、本明細書に記載される。例示的なIL−2変異タンパク質に基づくヒト治療を生み出す試みにおいて、多くの予期せぬ予測不可能な観測が起こった。本明細書に記載されるIL−2変異タンパク質は、その試みの結果である。
本明細書に記載されるIL−2変異タンパク質は、IL−2に対する最小限の数の変化を有し、それにより、Tregの優先的な増殖及び活性化を維持しながら、IL−2変異タンパク質及び/または内因性IL−2に対する免疫応答を形成する見込みを減少させる。また、ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質は、対象に投与された場合に血清半減期を増加させる、例えば抗体Fc等の分子に融合される。IL−2変異タンパク質は、短い血清半減期(皮下注射の場合3〜5時間)を有する。本明細書に記載される例示的なIL−2変異タンパク質Fc融合物は、ヒトにおいて、少なくとも1日、少なくとも3日、少なくとも5日、少なくとも10日、少なくとも15日、少なくとも20日、または少なくとも25日の半減期を有する。IL−2変異タンパク質の薬物動態におけるこの効果は、IL−2変異タンパク質治療の、減少した、またはより少ない頻度の投与を可能にする。
また、薬学的大分子を作成する場合、凝集を最小限に抑え、分子の安定性を最大限にしながら、大分子を大量に生産する能力について考慮されなければならない。IL−2変異タンパク質Fc融合分子は、そのような属性を示す。
加えて、ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、IgG1 Fc領域を含有する。IgG1のエフェクター機能(例えば、ADCC活性)を無効にすることが望ましい場合、位置297におけるアスパラギンのグリシンへの変異(N297G、EU付番規定)が、大幅に改善された精製効率、及びアグリコシル化IgG1 Fcをもたらす他の変異を上回る生物物理学的特性を提供することが見出された。好ましい実施形態において、システインがFc中に設計されてジスルフィド結合を可能にし、これがアグリコシル化Fc含有分子の安定性を増加させた。アグリコシル化Fcの有用性は、IL−2変異タンパク質Fc融合構成を凌ぐ。したがって、N297G置換、及び任意に1つ以上の追加的な残基のシステインへの置換を含む、Fc含有分子、Fc融合物、及び抗体が本明細書に提供される。
本発明の別の態様は、グリコシル化されたペプチドリンカーを含む。N−グリコシル化に適する好ましいリンカーペプチドには、GGNGT(配列番号6)またはYGNGT(配列番号7)が含まれる。
短期間の刺激アッセイにおいて、IgG−FcのC末端への融合によるホモ二量体化は、低減された効力及びCD25に対する高親和性で、IL−2変異タンパク質の活性を変化させない。 示された変異を伴い、Fcヘテロ二量体の1つの側のC末端に融合されるIL−2変異タンパク質を、T細胞中のSTAT5リン酸化反応を刺激するそれらの能力について試験した。これらの変異タンパク質はまた、CD25に対する高親和性を付与する3つの変異(V69A、N71R、Q74P)を含有した。それらの活性を、Fc融合無しのIL−2の3つの形態(中空き記号)、WT IL−2、HaWT(CD25に対する高親和性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P)、及びHaD(CD25に対する高親和性、及び低減されたシグナル伝達活性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P、N88D)と比較した。ホスホ−STAT5応答を、ゲート化FOXP3+CD4+及びFOXP3−CD4+T細胞について示す。 示された変異を伴い、Fcヘテロ二量体の1つの側のC末端に融合されるIL−2変異タンパク質を、T細胞中のSTAT5リン酸化反応を刺激するそれらの能力について試験した。これらの変異タンパク質はまた、CD25に対する高親和性を付与する3つの変異(V69A、N71R、Q74P)を含有した。それらの活性を、Fc融合無しのIL−2の3つの形態(中空き記号)、WT IL−2、HaWT(CD25に対する高親和性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P)、及びHaD(CD25に対する高親和性、及び低減されたシグナル伝達活性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P、N88D)と比較した。ホスホ−STAT5応答を、ゲート化FOXP3+CD4+及びFOXP3−CD4+T細胞について示す。 Fcヘテロ二量体に融合するIL−2変異タンパク質の用量設定に応答する、T細胞サブセットの増殖。融合タンパク質の活性を、Fc融合無しのIL−2の3つの形態(中空き記号)、WT IL−2、HaWT(CD25に対する高親和性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P)、及びHaD(CD25に対する高親和性、及び低減されたシグナル伝達活性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P、N88D)と比較した。 Fcヘテロ二量体に融合するIL−2変異タンパク質の用量設定に応答する、NK細胞の増殖。融合タンパク質の活性を、Fc融合無しのIL−2の3つの形態(中空き記号)、WT IL−2、HaWT(CD25に対する高親和性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P)、及びHaD(CD25に対する高親和性、及び低減されたシグナル伝達活性)(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P、N88D)と比較した。 Fcホモ二量体、N297Gに融合するIL−2変異タンパク質の用量設定に応答する、T細胞サブセットの増殖。Fc変異タンパク質の活性を、WT IL−2(白丸)及びFc.WT(黒丸)と比較した。CD25に対する高親和性を付与する変異(HaMut1)は、V69A及びQ74Pであった。 Fcホモ二量体、N297Gに融合するIL−2変異タンパク質の用量設定に応答する、NK細胞の増殖。Fc変異タンパク質の活性を、WT IL−2(白丸)及びFc.WT(黒丸)と比較した。 CD25に対する高親和性を付与する変異を伴わないFc.IL−2変異タンパク質は、ヒト化マウスにおいてTreg増殖及びFOXP3発現上昇を促進する。 CD25に対する高親和性を付与する変異を伴わないFc.IL−2変異タンパク質は、ヒト化マウスにおいてTreg増殖及びFOXP3発現上昇を促進する。 Fc.IL−2変異タンパク質の低い週量(動物当たり0.5μg)は、Fc.N88D及びFc.WTに対してFc.V91Kについて観察される良好な活性を伴って、ヒト化マウスにおけるTreg増殖及びFOXP3発現上昇を促進する。 Fc.V91K及びFc.N88Dは、CD25との会合を通じて、活性化されたT細胞の表面上に存続する。
本明細書で使用されるセクションの見出しは、単に体系付けの目的のためであり、記載される主題の制限として解釈されるべきではない。本明細書の本文内に引用される全ての参考文献は、その全体が参照により明示的に組み込まれる。
組み換えDNA、オリゴヌクレオチド合成、組織培養及び転換、タンパク質精製等について、標準的な技術が使用され得る。酵素反応及び精製技術は、製造業者の仕様書に従って、または当分野において一般的に達成される通りに、もしくは本明細書に記載される通りに行われ得る。以下の手順及び技術は、当分野において公知の従来の方法に従って、ならびに本明細書を通して引用及び考察される、様々な一般的かつより特定の参考文献において説明される通りに概して行われ得る。例えば、任意の目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Sambrook et al.,2001,Molecular Cloning:A Laboratory Manuel,3rd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,cold Spring Harbor,N.Y.を参照されたい。特定の定義が提供されない限り、本明細書に記載される、分析化学、有機化学、ならびに医薬品化学及び薬化学に関連して使用される専門用語、ならびにそれらの実験室法及び技術は、当分野において公知であり、一般的に使用されるものである。化学合成、化学分析、薬剤、配合、ならびに患者の送達及び治療について、標準的な技術が使用され得る。
IL−2
本明細書に記載されるIL−2変異タンパク質は、野生型ヒトIL−2の変異型である。本明細書で使用する場合、「野生型ヒトIL−2」、「野生型IL−2」、または「WT IL−2」は、以下のアミノ酸配列を有するポリペプチドを意味することとする。
APTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFXQSIISTLT
Xは、C、S、V、またはAである(配列番号2)。
変異型は、野生型IL−2アミノ酸配列内に1つ以上の置換、欠損、または挿入を含有し得る。残基は、1文字のアミノ酸コードと、それに続くIL−2アミノ酸の位置とによって本明細書において指定され、例えばK35は、配列番号2の位置35におけるリジン残基である。置換は、1文字のアミノ酸コードと、それに続くIL−2アミノ酸の位置と、それに続く置換する1文字のアミノ酸コードとによって本明細書において指定され、例えばK35Aは、配列番号2の位置35におけるリジン残基の、アラニン残基での置換である。
IL−2変異タンパク質
T制御性(Treg)細胞を優先的に刺激する、ヒトIL−2変異タンパク質が本明細書に提供される。本明細書で使用する場合、「T制御性細胞を優先的に刺激する」とは、変異タンパク質が、CD3+FoxP3−T細胞を超えて、CD3+FoxP3+T細胞の増殖、残存、活性化、及び/または機能を促進することを意味する。Tregを優先的に刺激する能力を測定する方法は、末梢血中白血球の流動細胞計測法によって測定することができ、この中で、総CD4+T細胞中のFOXP3+CD4+T細胞のパーセンテージの増加、総CD8+T細胞中のFOXP3+CD8+T細胞のパーセンテージの増加、NK細胞に対するFOXP3+T細胞のパーセンテージの増加、及び/またはFOXP3+T細胞の表面上のCD25の発現レベルの、他のT細胞上のCD25発現の増加に対してより大きな増加が確認される。Treg細胞の優先的な成長はまた、重亜硫酸塩処理ゲノムDNAからのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)生成物の配列決定によって検出されるように、全血から抽出されるDNA中の脱メチル化CD3遺伝子に対する、脱メチル化FOXP3プロモーターDNA(すなわち、Treg特異的脱メチル化領域、またはTSDR)の増加した表現としても検出できる(J.Sehouli,et al.2011.Epigenetics 6:2,236−246)。
Treg細胞を優先的に刺激するIL−2変異タンパク質は、対象または末梢血液試料中において、CD3+FoxP3−T細胞を超える、CD3+FoxP3+T細胞の比率を、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも150%、少なくとも200%、少なくとも300%、少なくとも400%、少なくとも500%、少なくとも600%、少なくとも700%、少なくとも800%、少なくとも900%、または少なくとも1000%増加させる。
好ましいIL−2変異タンパク質としては、限定されるものではないが、配列番号2に示されるアミノ酸配列中にV91KまたはN88D置換を含む、IL−2変異タンパク質が挙げられる。例示的なIL−2変異タンパク質は、配列番号1において示される。C125A置換を含む、配列番号1に示されるアミノ酸配列が、特に好ましい。野生型IL−2配列に対する更なる変異の数を低減することが有利であり得るが、本発明は、V91KまたはN88D置換に加えて、切断もしくは追加的な挿入、欠損、または置換を有するIL−2変異タンパク質を、該変異タンパク質がTregを優先的に刺激する活性を維持するという条件で含む。したがって、実施形態は、Treg細胞を優先的に刺激し、配列番号2に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%同一である、V91KまたはN88Dを有するアミノ酸配列を含む、IL−2変異タンパク質を含む。特に好ましい実施形態において、そのようなIL−2変異タンパク質は、配列番号2に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を含む。
アミノ酸配列について、配列同一性及び/または類似性は、当分野で既知の標準的な技術を用いて決定されるが、これらの技術としては、限定されるものではないが、Smith and Waterman,1981,Adv.Appl.Math.2:482の局所配列同一性アルゴリズム、Needleman and Wunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443の配列同一性アラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman,1988,Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.85:2444の類似性検索法、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実装(GAP、BESTFIT、FASTA、及びTFASTA、Wisconsin Genetics Software Package、Genetics Computer Group、575 Science Drive、Madison、Wis)、Devereux et al.,1984,Nucl.Acid Res.12:387−395によって説明され、好ましくはデフォルト設定を使用するか、または検定によって使用する、Best Fit配列プログラムが挙げられる。好ましくは、パーセント同一性は、FastDBによって、以下のパラメーター、1のミスマッチペナルティー、1のギャップペナルティー、0.33のギャップサイズペナルティー、及び30のジョイニングペナルティーに基づいて計算される(“Current Methods in Sequence Comparison and Analysis,”Macromolecule Sequencing and Synthesis,Selected Methods and Applications,pp 127−149(1988),Alan R.Liss,Inc.)。
有用なアルゴリズムの例はPILEUPである。PILEUPは、累進性の、対でのアラインメントを用いて、一群の関連配列から複数の配列アラインメントを形成する。PILEUPはまた、アラインメントを形成するために使用されるクラスタリングの関係性を示すツリーを図化することができる。PILEUPは、Feng & Doolittle,1987,J.Mol.Evol.35:351−360の累進アライメント法の単純形を使用し、この方法はHiggins and Sharp,1989,CABIOS 5:151−153によって説明されるものと類似する。有用なPILEUPパラメーターは、3.00のデフォルトギャップ重、0.10のデフォルトギャップ長重、及び加重末端ギャップを含む。
有用なアルゴリズムの別の例は、Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215:403−410、Altschul et al.,1997,Nucleic Acids Res.25:3389−3402、及びKarin et al.,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:5873−5787に記載される、BLASTアルゴリズムである。特に有用なBLASTプログラムは、Altschul et al.,1996,Methods in Enzymology 266:460−480から得られた、WU−BLAST−2プログラムである。WU−BLAST−2はいくつかの検索パラメーターを用いるが、それらの大部分はデフォルト値に設定される。調節可能なパラメーターは以下の値、オーバーラップスパン=1、オーバーラップ部分=0.125、ワード閾値(T)=11で設定される。HSP S及びHSP S2パラメーターは動的値であり、特定の配列の構成と、目的とする配列がそれに対して検索されている、特定のデータベースの構成とに応じてプログラム自体によって確定されるものの、この値は感度を増加させるために調節され得る。
追加的な、有用なアルゴリズムは、Altschul et al.,1993,Nucl.Acids Res.25:3389−3402により報告されるような、ギャップ化BLASTである。ギャップ化BLASTは、BLOSUM−62置換スコア、つまり、9に設定した閾値Tパラメーター、非ギャップ化伸長を引き起こす2ヒット法、10+kのコストであるkの加重ギャップ長、16に設定したX、及びデータベース検索段階用に40に設定し、アルゴリズムの出力段階用に67に設定したXを使用する。ギャップ化アライメントは、約22ビットに対応するスコアによって引き起こされる。
アミノ酸配列変異を導入するための部位または領域は事前に決定され得るが、変異自体を事前に決定する必要はない。例えば、所定の部位における変異のパフォーマンスを最適化するために、ランダム突然変異誘発が、標的コドンまたは領域において実行され得、発現したIL−2変異タンパク質は、所望の活性の最適化な組み合わせについてスクリーニングされる。既知の配列を有するDNA中の事前に決定した部位での置換変異を作製するための技術は公知であり、例えば、M13プライマー突然変異誘発、及びPCR変異誘発である。変異体のスクリーニングは、例えば、本明細書に記載されるアッセイを用いて為され得る。
アミノ酸置換は、典型的には単一残基であり、挿入は通常、およそ、約1〜約20アミノ酸残基であるが、相当に大きな挿入物が許容され得る。欠損は、約1〜約20アミノ酸残基の範囲であるが、いくつかの場合、欠損は、遥かに大きくなり得る。
置換、欠損、挿入、またはそれらの任意の組合せが、最終的な誘導体または変異型に到達するために使用され得る。一般的に、これらの変化は、分子の変化、特に抗原結合タンパク質の免疫原性及び特異性の変化を最小限に抑えるために、数個のアミノ酸上で為される。しかし、より大きな変化が、ある特定の状況においては許容され得る。保存的置換は一般的に、表1として表される以下の表に従って行われる。
Figure 0006480409
機能または免疫学的同一性における実質的な変化は、表1に示される置換よりも保存的でない置換を選択することによって生じる。例えば、変化の領域におけるポリペプチド骨格の構造、例えば、αヘリックスまたはβシート構造、標的部位における分子の電荷もしくは疎水性、または側鎖の大きさにより有意に影響を与える置換が行われ得る。一般的にポリペプチドの特性に最も大きな変化を生むと予期される置換は、(a)例えばセリルもしくはトレオニル等の親水性残基が、例えばロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル、もしくはアラニル等の疎水性残基と(または残基に)置換される、(b)システインもしくはプロリンが、任意の他の残基と(または残基に)置換される、(c)例えばリジル、アルギニル、もしくはヒスチジル等の電気陽性の側鎖を有する残基が、例えばグルタミルもしくはアスパルチル等の電気陰性の残基と(または残基に)置換される、または(d)例えばフェニルアラニン等の、体積の大きい側鎖を有する残基が、例えばグリシン等の側鎖を有しないものと(またはそれに)置換される場合のものである。
変異型は典型的に、同一の定性的な生物学的活性を提示し、天然に存在する類似体と同一の免疫応答を誘発することになるが、変異体はまた、必要に応じてIL−2変異タンパク質の特性を修正するために選択される。代わりに、変異型は、IL−2変異タンパク質の生物学的活性が変化するように設計され得る。例えば、グリコシル化部位は、本明細書に考察されるように変化または除去され得る。
伸長した血清半減期を有するIL−2変異タンパク質
本明細書に提供されるIL−2変異タンパク質は、例えばTeff細胞またはNK細胞を超えて、優先してTreg細胞を増殖するため、患者に投与される場合の安全性特性は、野生型IL−2またはPROLEUKINのものとは異なるであろうことが予期される。野生型IL−2またはPROLEUKINに関連付けられる副作用としては、インフルエンザ様症状、寒気/悪寒、関節痛、発熱、発疹、掻痒症、注射部位反応、低血圧症、下痢、吐き気、不安症、混乱、及び鬱が挙げられる。本明細書に提供されるIL−2変異タンパク質は、そのような半減期の伸長が患者における副作用または有害事象の見込みまたは強度を増加させるようなリスクを増加させることなく、変異タンパク質の血清半減期を伸長する分子を含むように、またはそれに融合するように改変され得る。そのような伸長された血清半減期の変異タンパク質の皮下投与は、より少ない全身性の最大曝露(Cmax)を伴う遷延性の標的範囲を可能にし得る。伸長された血清半減期は、より少ない、またはより頻度の低い変異タンパク質の投与計画を可能にし得る。
本明細書に提供されるIL−2変異タンパク質の血清半減期は、当分野で既知の、本質的に任意の方法によって伸長され得る。そのような方法としては、新生児のFcγ受容体に結合するペプチドを含むように、または例えばIgGもしくはヒト血清アルブミン等の、伸長された血清半減期を有するタンパク質に結合するように、IL−2変異タンパク質の配列を改変することが挙げられる。他の実施形態において、IL−2変異タンパク質は、融合分子に伸長された半減期を付与するポリペプチドに融合される。そのようなポリペプチドとしては、新生児のFcγ受容体、ヒト血清アルブミン、または伸長された血清半減期を有するタンパク質に結合するポリペプチドに結合する、IgG Fcまたは他のポリペプチドが挙げられる。好ましい実施形態において、IL−2変異タンパク質は、IgG Fc分子に融合される。
IL−2変異タンパク質は、IgG Fc領域のN末端またはC末端に融合され得る。実施例において示されるように、IgG Fc領域のC末端への融合は、IgG FcのN末端に融合される場合よりも大きな度合いでIL−2変異タンパク質活性を維持する。
本発明の一実施形態は、IL−2変異タンパク質を抗体のFc領域に融合することによって形成される2つのFc融合ポリペプチドを含む、二量体を対象とする。例えば、融合タンパク質をコードする遺伝子融合を適切な発現ベクター中に挿入し、組み換え発現ベクターで形質転換された宿主細胞中で遺伝子融合を発現し、発現された融合タンパク質が抗体分子に非常に似たものを構築することを許容し、その上で鎖間結合がFc部分間で形成されて二量体を生むことによって、二量体を作製することができる。
本明細書で使用する場合、用語「Fcポリペプチド」または「Fc領域」には、抗体のFc領域由来のポリペプチドの天然形態及び変異タンパク質形態が含まれる。二量体化を促進するヒンジ領域を含有するそのようなポリペプチドの切断型もまた含まれる。ある特定の実施形態において、Fc領域は、抗体CH2及びCH3ドメインを含む。伸長された血清半減期と共に、Fc部分(及びそれから形成されるオリゴマー)を含む融合タンパク質は、プロテインAまたはプロテインGカラム上でのアフィニティークロマトグラフィーによる容易な精製という利点を提供する。好ましいFc領域は、IgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4を含む、ヒトIgGに由来する。本明細書において、Fc内の特定の残基が位置により特定される。全てのFc位置は、EU付番規定に基づく。
抗体のFc部分の機能のうちの1つは、抗体がその目標と結合するときに免疫系に連絡することである。これは「エフェクター機能」とみなされる。連絡は、抗体依存性細胞障害(ADCC)、抗体依存性細胞貪食(ADCP)、及び/または補体依存性細胞障害(CDC)につながる。ADCC及びADCPは、免疫系の細胞の表面上のFcとFc受容体との結合を通じて媒介される。CDCは、例えばC1q等の補体系のタンパク質とのFcの結合を通じて媒介される。
IgGサブクラスは、エフェクター機能を媒介するそれらの能力において相違する。例えば、IgG1は、ADCC及びCDCの媒介において、IgG2及びIgG4よりも遥かに優れている。したがって、エフェクター機能が望ましくない実施形態においては、IgG2 Fcが好ましいことになる。しかしながら、IgG2 Fc含有分子は、IgG1 Fc含有分子と比較して、製造がより困難であり、例えばより短い半減期等の、有する生物物理学的特性の魅力がより低いことが既知である。
抗体のエフェクター機能は、1つ以上の変異をFcに導入することによって増加または減少され得る。本発明の実施形態には、エフェクター機能を増加させるように設計されたFcを有する、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質が含まれる(両方ともその全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国第7,317,091号、及びStrohl,Curr.Opin.Biotech.,20:685−691,2009)。増加したエフェクター機能を有する例示的なIgG1 Fc分子としては、以下の置換を有するものが挙げられる。
S239D/I332E
S239D/A330S/I332E
S239D/A330L/I332E
S298A/D333A/K334A
P247I/A339D
P247I/A339Q
D280H/K290S
D280H/K290S/S298D
D280H/K290S/S298V
F243L/R292P/Y300L
F243L/R292P/Y300L/P396L
F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L
G236A/S239D/I332E
K326A/E333A
K326W/E333S
K290E/S298G/T299A
K290N/S298G/T299A
K290E/S298G/T299A/K326E
K290N/S298G/T299A/K326E
IgG Fc含有タンパク質のエフェクター機能を増加させる別の方法は、Fcのフコシル化を低減させることによるものである。Fcに結合する二分岐複合型オリゴ糖からのコアフコースの除去は、抗原結合またはCDCエフェクター機能を変化させることなく、ADCCエフェクター機能を大きく増加させる。例えば抗体等のFc含有分子のフコシル化を低減または無効にするためのいくつかの方法が既知である。それらとしては、FUT8ノックアウト細胞株、変異型CHO系Lec13、ラットハイブリドーマ細胞株YB2/0、特にFUT8遺伝子に対する小さな干渉RNAを含む細胞株、ならびにβ−1,4−N−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼIII及びゴルジα−マンノシダーゼIIを共発現する細胞株を含む、ある特定の哺乳動物細胞株における組み換え発現が挙げられる。代わりに、植物細胞、酵母菌、または大腸菌等の原核細胞等の非哺乳動物細胞中で、Fc含有分子を発現させてもよい。
本発明の好ましい実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、エフェクター機能を減少させるように設計されたFcを含む。減少したエフェクター機能を有する例示的なFc分子としては、以下の置換を有するものが挙げられる。
N297AまたはN297Q(IgG1)
L234A/L235A(IgG1)
V234A/G237A(IgG2)
L235A/G237A/E318A(IgG4)
H268Q/V309L/A330S/A331S(IgG2)
C220S/C226S/C229S/P238S(IgG1)
C226S/C229S/E233P/L234V/L235A(IgG1)
L234F/L235E/P331S(IgG1)
S267E/L328F(IgG1)
ヒトIgG1は、N297(EU付番規定)においてグリコシル化部位を有し、グリコシル化は、IgG1抗体のエフェクター機能に寄与することが既知である。例示的なIgG1配列が、配列番号3において提供される。群は、アグリコシル化抗体を作製するため、N297を変異させている。変異は、グルタミン等の、生理化学的な性質においてアスパラギンに類似するアミノ酸でN297を置換すること(N297Q)、または極性基無しでアスパラギンに擬するアラニンで置換すること(N297A)に焦点を有する。
本明細書で使用する場合、「アグリコシル化抗体」または「アグリコシル化fc」は、Fcの位置297におけるグリコシル化状態を指す。抗体または他の分子は、1つ以上の他の場所においてグリコシル化を含有し得るが、それでもなおアグリコシル化抗体、またはアグリコシル化Fc融合タンパク質とみなされ得る。
エフェクター機能の無いIgG1 Fcを作製する我々の試みにおいて、ヒトIgG1のアミノ酸N297のグリシンへの変異、すなわちN297Gが、その残基における他のアミノ酸置換を超えて、遥かに優れた精製効率及び生物物理学的特性を提供することが見出された。実施例8を参照されたい。したがって、好ましい実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、N297G置換を有するヒトIgG1 Fcを含む。N297G置換を含むFcは、分子がヒトIgG1 Fcを含む任意の構成中で有用であり、IL−2変異タンパク質Fc融合物の構成における使用に制限されるものではない。ある特定の実施形態において、抗体は、N297G置換を有するFcを含む。
N297G変異を有するヒトIgG1 Fcを含むFcはまた、更なる挿入、欠損、及び置換を含んでもよい。ある特定の実施形態において、ヒトIgG1 Fcは、N297G置換を含み、配列番号3に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一、少なくとも91%同一、少なくとも92%同一、少なくとも93%同一、少なくとも94%同一、少なくとも95%同一、少なくとも96%同一、少なくとも97%同一、少なくとも98%同一、または少なくとも99%同一である。特に好ましい実施形態において、C末端リジン残基は置換される、または欠損する。N297G置換、及びC末端リジンの欠損を含む、ヒトIgG1のアミノ酸配列は、配列番号4に示される。
アグリコシル化IgG1 Fc含有分子は、グリコシル化IgG1 Fc含有分子よりも安定性が低いことが示された。Fc領域は、アグリコシル化分子の安定性を増加させるために更に設計され得る。一部の実施形態において、二量体状態においてジスルフィド結合を形成するよう、1つ以上のアミノ酸が、システインに置換される。配列番号3に示されるアミノ酸配列の残基V259、A287、R292、V302、L306、V323、またはI332は、システインで置換され得る。好ましい実施形態において、残基の特定の対は、それらが優先的にジスルフィド結合を互いに形成し、したがってジスルフィド結合がスクランブルすることを制限または阻止するような置換である。好まれる対としては、限定されるものではないが、A287C及びL306C、V259C及びL306C、R292C及びV302C、ならびにV323C及びI332Cが挙げられる。
残基V259、A287、R292、V302、L306、V323、またはI332のうちの1つ以上がシステインで置換される、Fc含有分子が本明細書に提供される。好まれるFc含有分子としては、A287C及びL306C、V259C及びL306C、R292C及びV302C、またはV323C及びI332C置換を含むものが挙げられる。
例示的なFc含有分子は、以下を含む。
N297G、A287C、L306C置換及びC末端Kの欠損を伴うヒトIgG1 Fc
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNCKTKPREEQYGSTYRVVSVCTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVM(配列番号39)
N297G、V259C、L306C置換及びC末端Kの欠損を伴うヒトIgG1 Fc
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPECTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYGSTYRVVSVCTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号40)
N297G、R292C、V302C置換及びC末端Kの欠損を伴うヒトIgG1 Fc
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPCEEQYGSTYRCVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号41)
N297G、A287C、L306C置換を伴うヒトIgG1 Fc
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNCKTKPREEQYGSTYRVVSVCTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号42)
N297G、V259C、L306C置換を伴うヒトIgG1 Fc
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPECTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYGSTYRVVSVCTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号43)
N297G、R292C、V302C置換を伴うヒトIgG1 Fc
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPCEEQYGSTYRCVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号44)
IgG1 Fcに為され得る追加的な変異としては、Fc含有ポリペプチド内でヘテロ二量体形成を助長するものが挙げられる。一部の実施形態において、Fc領域は、細胞中で共発現された場合、2つの異なるFc含有ポリペプチド鎖のヘテロ二量体形成を助長する、「ノブ」及び「ホール」を形成するように設計されている。米国第7,695,963号。他の実施形態において、Fc領域は、細胞中で共発現された場合、2つの異なるFc含有ポリペプチドのホモ二量体形成を防止しながら、ヘテロ二量体形成を助長するように、静電ステアリングを使用するために改変される。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、WO第09/089,004号。好まれるヘテロ二量体Fcとしては、Fcの1つの鎖がD399K及びE356K置換を含み、Fcのもう一つの鎖がK409D及びK392D置換を含むものが挙げられる。他の実施形態において、Fcの1つの鎖はD399K、E356K、及びE357K置換を含み、Fcのもう一つの鎖がK409D、K392D、及びK370D置換を含む。
ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質が単量体である、すなわち単一のIL−2変異タンパク質分子のみを含有することが有利であり得る。そのような実施形態において、融合タンパク質のFc領域は、ヘテロ二量体形成を助長する1つ以上の変異を含有し得る。融合タンパク質は、IL−2変異タンパク質Fc融合ポリペプチド中のものへの相互変異だが、IL−2変異タンパク質を欠く相互変異を有するFc領域を伴って共発現する。2つのFc含有ポリペプチドのヘテロ二量体が形成される場合、結果として生じるタンパク質は単一のIL−2変異タンパク質のみを含む。
単量体のIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質を形成する別の方法は、IL−2変異タンパク質を単量体Fc、すなわち二量体化しないFc領域に融合させることである。安定した単量体Fcは、二量体化を防止し、分子を単量体形態に安定化する変異を含む。好ましい単量体Fcは、その全体が参照により本明細書に組み込まれるWO第2011/063348号において開示される。ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、位置392及び409における負に荷電されたアミノ酸を、Y349、L351、L368、V397、L398、F405、またはY407におけるトレオニン置換と共に含むFcを含む。
ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、FcとIL−2変異タンパク質との間のリンカーを含む。多くの異なるリンカーポリペプチドが当分野において既知であり、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の構成において使用され得る。好ましい実施形態において、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、FcとIL−2変異タンパク質との間に、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、またはYGNGT(配列番号7)からなるペプチドの1つ以上の複製を含む。一部の実施形態において、Fc領域とIL−2変異タンパク質領域との間のポリペプチド領域は、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、またはYGNGT(配列番号7)の単一の複製を含む。本明細書に示されるように、リンカーGGNGT(配列番号6)、またはYGNGT(配列番号7)は、適切な細胞中で発現される場合グリコシル化され、そのようなグリコシル化は、溶液中で、ならびに/またはインビボで投与される場合、タンパク質の安定化に役立ち得る。したがって、ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質融合タンパク質は、Fc領域とIL−2変異タンパク質領域との間のグリコシル化リンカーを含む。
ポリペプチドの構成中に配置された場合、グリコシル化リンカーは有用であり得ることが企図される。ポリペプチドのアミノ酸配列に挿入された、またはポリペプチドのアミノ酸配列内の1つ以上のアミノ酸を置き換える、GGNGT(配列番号6)、またはYGNGT(配列番号7)を含むポリペプチドが本明細書に提供される。好ましい実施形態において、GGNGT(配列番号6)、またはYGNGT(配列番号7)は、ポリペプチド三次構造のループ中に挿入される。他の実施形態において、ループの1つ以上のアミノ酸が、GGNGT(配列番号6)、またはYGNGT(配列番号7)で置き換えられる。
FcのC末端部分、及び/またはIL−2変異タンパク質のアミノ末端部分は、哺乳動物細胞中で発現された場合、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質のグリコシル化特性を変化させる1つ以上の変異を含有し得る。ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質は、例えばT3NまたはT3A等のT3置換を更に含む。IL−2変異タンパク質は、S5T等のS5置換を更に含み得る。
IL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の共有結合修飾が、本発明の範囲内に含まれ、常にではないが一般的に、翻訳後に為される。例えば、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の共有結合修飾のいくつかの種類が、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の特定のアミノ酸残基を、選択される側鎖、またはN末端もしくはC末端残基と反応可能である有機誘導体化剤と反応させることにより分子中に導入される。
システイニル残基は、最も一般的には、クロロ酢酸またはクロロアセトアミド等のα−ハロアセテート(及び対応するアミン)と反応させて、カルボキシメチル誘導体またはカルボキシアミドメチル誘導体を生み出す。システイニル残基はまた、ブロモトリフルオロアセトン、α−ブロモ−β−(5−イミドゾイル)プロピオン酸、クロロアセチルリン酸、N−アルキルマレイミド、3−ニトロ−2−ピリジルジスルフィド、メチル2−ピリジルジスルフィド、p−クロロ水銀安息香酸、2−クロロ水銀−4−ニトロフェノール、またはクロロ−7−ニトロベンゾ−2−オキサ−1,3−ジアゾールとの反応により、誘導体化され得る。
ヒスチジル残基は、pH5.5〜7.0におけるジエチルピロカーボネートとの反応により誘導体化されるが、これは、この作用剤が、ヒスチジル側鎖について比較的特異的であるためである。パラ−ブロモフェナシルブロミドもまた有用であり、反応は、好ましくは、pH6.0で0.1Mのナトリウムカコジレート中で行われる。
リジニル残基及びアミノ末端残基は、コハク酸または他のカルボン酸無水物と反応させる。これらの作用剤での誘導体化は、リジニル残基の電荷を逆転させる効果を有する。α−アミノ含有残基を誘導体化するための他の好適な試薬としては、例えばメチルピコリンイミデート等のイミドエステル、ピリドキサールリン酸、ピリドキサール、クロロボロヒドリド、トリニトロベンゼンスルホン酸、O−メチルイソ尿素、2,4−ペンタンジオン、及びグリオキシル酸とのトランスアミナーゼ触媒反応等が挙げられる。
アルギニル残基は、1種または複数種の従来の試薬、とりわけ、フェニルグリオキサール、2,3−ブタンジオン、1,2−シクロヘキサンジオン、及びニンヒドリンとの反応によって修飾される。グアニジン官能基のpKが高いため、アルギニン残基の誘導体化には、アルカリ性条件で反応を行うことが必要である。更に、これらの試薬は、リジンの基、ならびにアルギニンのε−アミノ基と反応しうる。
芳香族ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンとの反応によるチロシル残基中へのスペクトル標識の導入における特別の関心を伴い、チロシル残基の特異的修飾が為され得る。最も一般的には、N−アセチルイミジゾール及びテトラニトロメタンを使用して、それぞれ、O−アセチルチロシル種及び3−ニトロ誘導体を形成する。125Iまたは131Iを用いてチロシル残基をヨウ素化して、放射免疫測定法において使用するための標識タンパク質を調製するが、上に記載されるクロラミンT法が好適である。
カルボキシル側基(アスパルチルまたはグルタミル)は、例えば1−シクロヘキシル−3−(2−モルホリニル−4−エチル)カルボジイミド、または1−エチル−3−(4−アゾニア−4,4−ジメチルペンチル)カルボジイミド等の、式中のR及びR’が、任意に異なるアルキル基であるカルボジイミド(R’−N=C=N−R’)との反応によって選択的に修飾される。更に、アスパルチル残基及びグルタミル残基は、アンモニウムイオンとの反応によってアスパラギニル残基及びグルタミニル残基に変換される。
二官能剤での誘導体化は、様々な方法における使用のために、水不溶性支持体マトリックスまたは表面に抗原結合タンパク質を架橋するのに有用である。一般的に使用される架橋剤としては、例えば、1,1−ビス(ジアゾアセチル)−2−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、N−ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば4−アジドサリチル酸とのエステル、3,3’−ジチオビス(スクシンイミジルプロピオン酸)等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、及びビス−N−マレイミド−1,8−オクタン等の二官能性マレイミドが挙げられる。メチル−3−[(p−アジドフェニル)ジチオ]プロピオイミデート等の誘導体化剤は、光の存在下で架橋を形成可能な光活性化中間体を生む。代わりに、米国特許第3,969,287号、同第3,691,016号、同第4,195,128号、同第4,247,642号、同第4,229,537号、及び同第4,330,440号に記載される、臭化シアン活性化炭水化物等の反応性水不溶性マトリックス及び反応性基材が、タンパク質固定化のために採用される。
グルタミニル残基及びアスパラギニル残基は、多くの場合、それぞれ、対応するグルタミル残基及びアスパルチル残基へと脱アミド化される。代わりに、これらの残基は、弱酸性条件下で脱アミド化される。これらの残基のいずれの形態も、本発明の範囲内に包含される。
他の修飾としては、プロリン及びリジンのヒドロキシル化、セリル残基またはトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニン、及びヒスチジンの側鎖のα−アミノ基のメチル化(T.E.Creighton,Proteins:Structure and Molecular Properties,W.H.Freeman & Co.,San Francisco,1983,pp.79−86)、N末端アミンのアセチル化、ならびに任意のC末端カルボキシル基のアミド化が挙げられる。
本発明の範囲内に含まれる、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の共有結合修飾の別の形式は、タンパク質のグリコシル化パターンの改変を含む。当分野において既知であるように、グリコシル化パターンは、タンパク質の配列(例えば、下に考察される、特定のグリコシル化アミノ酸残基の存在もしくは非存在)、またはその中でタンパク質が生成される宿主細胞もしくは生物体の両方に依存し得る。特定の発現系が下で考察される。
ポリペプチドのグリコシル化は、典型的には、N−結合型またはO−結合型のいずれかである。N−結合型とは、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。式中のXがプロリン以外の任意のアミノ酸である、トリペプチド配列のアスパラギン−X−セリン、及びアスパラギン−X−トレオニンは、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素結合のための認識配列である。したがって、ポリペプチド中のこれらのトリペプチド配列のうちのいずれかの存在は、潜在的なグリコシル化部位を形成する。O−結合型グリコシル化とは、糖、N−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの1つの、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはトレオニンへの結合を指すが、5−ヒドロキシプロリンまたは5−ヒドロキシリジンもまた使用され得る。
IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質へのグリコシル化部位の付加は、上に記載されるトリペプチド配列のうちの1つ以上を含有するようにアミノ酸配列を改変することによって便宜的に達成され得る(N−結合型グリコシル化部位に対して)。改変はまた、出発配列に対する1つ以上のセリン残基またはトレオニン残基の付加またはそれらによる置換によって為され得る(O結合グリコシル化部位に対して)。簡便性のため、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質のアミノ酸配列は、好ましくは、所望のアミノ酸に翻訳されることになるコドンが生成されるように、特に、標的ポリペプチドをコードするDNAを事前選択された塩基において変異させることによって、DNAレベルでの変化を通じて改変される。
IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質上の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、タンパク質にグリコシドを化学的または酵素的に連結することによるものである。これらの手順は、N−及びO−結合型グリコシル化についてのグリコシル化能を有する宿主細胞におけるタンパク質の生成を必要としないという点において有利である。使用される連結モードに依存して、糖(複数可)は、(a)アルギニン及びヒスチジン、(b)遊離カルボキシル基、(c)例えばシステインのもの等の遊離スルフヒドリル基、(d)例えばセリン、トレオニン、もしくはヒドロキシプロリンのもの等の遊離ヒドロキシル基、(e)例えば、フェニルアラニン、チロシン、もしくはトリプトファンのもの等の芳香族残基、または(f)グルタミンのアミド基に結合され得る。これらの方法は、1987年9月11日に公開されたWO第87/05330号、及びAplin and Wriston,1981,CRC Crit.Rev.Biochem.,pp.259−306に記載される。
出発IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的または酵素的に達成され得る。化学的脱グリコシル化は、化合物、トリフルオロメタンスルホン酸または等価化合物へのタンパク質の曝露を必要とする。この処理は、ポリペプチドを不変のままにしつつ、結合糖(N−アセチルグルコサミンまたはN−アセチルガラクトサミン)以外の大部分または全ての糖の切断をもたらす。化学的脱グリコシル化は、Hakimuddin et al.,1987,Arch.Biochem.Biophys.259:52、及びEdge et al.,1981,Anal.Biochem.118:131により説明される。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Thotakura et al.,1987,Meth.Enzymol.138:350により説明されるように、様々なエンドグリコシダーゼ及びエキソグリコシダーゼの使用によって達成できる。潜在的なグリコシル化部位におけるグリコシル化は、Duskin et al.,1982,J.Biol.Chem.257:3105により説明されるように、化合物、ツニカマイシンの使用によって阻止され得る。ツニカマイシンは、タンパク質−N−グリコシド結合の形成を阻害する。
IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の共有結合修飾の別の形式は、米国特許第4,640,835号、同第4,496,689号、同第4,301,144号、同第4,670,417号、同第4,791,192号、または同第4,179,337号に示される様式で、限定されるものではないが、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレン等の様々なポリオールを含む様々な非タンパク質性ポリマーにIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質を連結することを含む。加えて、PEG等のポリマーの付加を助長するために、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質内の様々な位置でアミノ酸置換を為し得る。したがって、本発明の実施形態は、ペグ化されたIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質を含む。そのようなペグ化されたタンパク質は、ペグ化されていないタンパク質を超えて、増加した半減期、及び/または低減された免疫原性を有し得る。
IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド
IL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードする核酸が、本発明内に包括される。本発明の態様は、本明細書に記載されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド変異型(例えば、縮重による)を含む。好ましい実施形態において、単離された核酸によってコードされるポリペプチドは、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の構成要素である。
核酸の単離のためのプローブもしくはプライマーとして、またはデータベース検索のための問い合わせ配列として使用するための、本明細書に記載されるアミノ酸配列に対応するヌクレオチド配列は、アミノ酸配列からの「逆翻訳」によって獲得できる。公知のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)手順が、IL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードするDNA配列を単離及び増幅するために採用され得る。DNA断片の組み合わせの所望の終端を定義するオリゴヌクレオチドが、5’及び3’プライマーとして採用される。オリゴヌクレオチドは、追加的に、制限エンドヌクレアーゼのための認識部位を含有して、発現ベクターへの、DNA断片の増幅された組み合わせの挿入を助長し得る。PCR法は、Saiki et al.,Science 239:487(1988);Recombinant DNA Methodology,Wu et al.,eds.,Academic Press,Inc.,San Diego(1989),pp.189−196、及びPCR Protocols:A Guide to Methods and Applications,Innis et.al.,eds.,Academic Press,Inc.(1990)に記載される。
本発明の核酸分子は、一本鎖及び二本鎖形態の両方のDNA及びRNA、ならびに対応する相補的配列を含む。自然発生源から単離される核酸の場合、「単離核酸」は、核酸がそれから単離される生物体のゲノム中に存在する隣接遺伝子配列から切り離された核酸である。例えばPCR生成物、cDNA分子、またはオリゴヌクレオチド等の、鋳型から酵素的に、または化学的に合成される核酸の場合、そのようなプロセスから結果として得られる核酸は、単離核酸であることが理解される。単離核酸分子は、別個の断片の形態である、またはより大きい核酸構築物の構成要素としての核酸分子を指す。1つの好ましい実施形態において、核酸は、汚染内因性物質を実質的に含まない。核酸分子は、標準的な生化学的方法(Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY(1989)で概説されるもの等)によって、その構成要素ヌクレオチド配列の特定、操作、及び回収を可能にする、実質的に純粋な形態で、かつ量または濃度で少なくとも一度単離された、DNAまたはRNAに好ましくは由来している。そのような配列は、好ましくは、真核細胞遺伝子中に典型的に存在する、内部非翻訳配列またはイントロンによって中断されていない、オープンリーディングフレームの形態で、提供及び/または構築される。非翻訳DNAの配列は、オープンリーディングフレームからの5’または3’に存在し得、同配列は、コード領域の操作または発現に干渉しない。
本発明による変異型は、通常、カセットもしくはPCR変異導入法、または当分野において公知の他の技術を用いて、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードするDNA中のヌクレオチドの部位特異的変異によって調製されて、変異型をコードするDNAを生成し、その後本明細書に概説されるように、細胞培養物中で組み替えDNAを発現する。しかしながら、IL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合物は、確立された技術を用いて、インビトロ合成によって調製してもよい。変異型は典型的に、例えばTregの増殖等の、天然に存在する類似体と同一の定性的な生物学的活性を提示するが、下でより完全に概説されるように、修正された特性を有する変異型もまた選択され得る。
当業者によって理解されるように、遺伝子コードの縮重により、極度に多数の核酸を作製してもよく、この全てが本発明のIL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードする。したがって、特定のアミノ酸配列を特定した後、当業者は、コードされたタンパク質のアミノ酸配列を変化しない方法で1つ以上のコドンの配列を修飾するだけで、任意の数の異なる核酸を作製することができる。
本発明はまた、上記のような少なくとも1つのポリヌクレオチドを含む、プラスミド、発現ベクター、転写物、または発現カセットの形態で、発現系及び構築物を提供する。加えて、本発明は、そのような発現系または構築物を含む宿主細胞を提供する。
典型的には、宿主細胞のうちのいずれにおいても使用される発現ベクターは、プラスミド維持のため、ならびに外因性ヌクレオチド配列のクローニング及び発現のための配列を含有することになる。集合的に「フランキング配列」と呼ばれるそのような配列は、ある特定の実施形態において、典型的に、以下のヌクレオチド配列、プロモーター、1つ以上のエンハンサー配列、複製起点、転写終結配列、ドナー及び受容スプライス部位を含有する完全イントロン配列、ポリペプチド分泌のためのリーダー配列をコードする配列、リボソーム結合部位、ポリアデニル化配列、発現されるポリペプチドをコードする核酸を挿入するためのポリリンカー領域、及び選択可能なマーカー要素のうちの1つ以上を含むことになる。これらの配列のうちのそれぞれが、下で考察される。
任意に、ベクターは、「タグ」コード配列、すなわち、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質のコード配列の5’または3’末端に位置するオリゴヌクレオチド分子を含有してもよく、オリゴヌクレオチド配列は、ポリHis(hexaHis(配列番号21)等)、または市販の抗体が存在する、FLAG、HA(インフルエンザウイルス血球凝集素)、もしくはmyc等の別の「タグ」をコードする。このタグは、典型的には、ポリペプチドの発現時にポリペプチドに融合され、宿主細胞からのIL−2変異タンパク質の親和性精製または検出のための手段として働くことができる。親和性精製は、例えば、親和性マトリックスとしてのタグに対する抗体を用いる、カラムクロマトグラフィーによって、達成することができる。任意に、タグは、切断のためにある特定のペプチダーゼを使用すること等の様々な手段によって、精製されたIL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質から後に除去することができる。
フランキング配列は、同種(すなわち、宿主細胞と同じ種及び/または株由来)、異種(すなわち、宿主細胞種または株以外の種由来)、ハイブリッド(すなわち、1つ以上の供給源からのフランキング配列の組み合わせ)、合成、または天然であってもよい。したがって、フランキング配列源は、フランキング配列が宿主細胞機構において機能的であり、かつ宿主細胞機構によって活性化され得るという条件で、任意の原核もしくは真核生物、任意の脊椎もしくは無脊椎動物、または任意の植物であってもよい。
本発明のベクターにおいて有用なフランキング配列は、当分野で公知のいくつかの方法のいずれによっても獲得し得る。典型的には、本明細書で有用なフランキング配列は、マッピングによって、及び/または制限エンドヌクレアーゼ消化によって以前に特定されているものであり、したがって、適切な制限エンドヌクレアーゼを用いて、適正な組織源から単離することができる。いくつかの場合において、フランキング配列の完全ヌクレオチド配列が既知であり得る。ここで、フランキング配列は、本明細書に記載される、核酸合成またはクローニングのための方法を用いて合成してもよい。
フランキング配列の全てが既知であるか、一部分のみが既知であるかにかかわらず、フランキング配列は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いて、ならびに/または同一もしくは別の種からの、オリゴヌクレオチド及び/もしくはフランキング配列断片等の好適なプローブでゲノムライブラリーを選別することによって獲得し得る。フランキング配列が既知でない場合、フランキング配列を含有するDNAの断片が、例えば、コード配列、または1つもしくは複数の更に別の遺伝子を含有し得る、DNAのより大きい断片から単離されてもよい。単離は、適正なDNA断片を生成する制限エンドヌクレアーゼ消化と、それに続くアガロースゲル精製、Qiagen(登録商標)カラムクロマトグラフィー(Chatsworth,CA)を用いた単離とによって、または当業者に既知である他の方法によって達成されてもよい。この目的を達成するための好適な酵素の選択は、当業者にとって容易に明白であろう。
複製起点は、典型的には、商業的に購入されるそれら原核発現ベクターの一部であり、起点は、宿主細胞におけるベクターの増幅を補助する。選ばれたベクターが複製起点部位を含有しない場合、起点を既知の配列に基づいて化学的に合成し、ベクターに連結してもよい。例えば、プラスミドpBR322(New England Biolabs,Beverly,MA)からの複製起点は、大部分のグラム陰性菌にとって好適であり、様々なウイルス起源(例えば、SV40、ポリオーマ、アデノウイルス、水疱性口内炎ウイルス(VSV)、またはHPVもしくはBPV等のパピローマウイルス)が、哺乳動物細胞におけるクローニングベクターにとって有用である。概して、複製起点構成要素は、哺乳動物発現ベクターに必要とされない(例えば、SV40起源がしばしば使用されるのは、ただウイルス初期プロモーターも含有するからである)。
転写終結配列は、典型的には、ポリペプチドコード領域の末端に対して3’に位置し、転写を終結させる働きをする。通常、原核細胞における転写終結配列は、ポリT配列が後に続く、G−Cが豊富な断片である。配列は、ライブラリーから容易にクローン化されるか、またはベクターの一部として商業的に購入さえされるが、本明細書に記載されるもの等の核酸合成のための方法を用いて容易に合成することもできる。
選択可能なマーカー遺伝子は、選択的培地で成長させられる宿主細胞の残存及び成長に必要なタンパク質をコードする。典型的な選択マーカー遺伝子は、(a)抗生物質または他の毒素、例えば、原核宿主細胞用のアンピシリン、テトラサイクリン、またはカナマイシンへの耐性を付与するか、(b)細胞の栄養要求性欠乏を補完するか、または(c)複合または規定培地から利用できない決定的に重要な栄養素を供給する、タンパク質をコードする。特定の選択可能マーカーは、カナマイシン耐性遺伝子、アンピシリン耐性遺伝子、及びテトラサイクリン耐性遺伝子である。有利なことに、ネオマイシン耐性遺伝子もまた、原核及び真核宿主細胞の両方での選択に使用されてもよい。
他の選択可能な遺伝子が、発現されることになる遺伝子を増幅するために使用されてもよい。増幅は、成長または細胞生存のために重要なタンパク質の生成に必要とされる遺伝子が、組み換え細胞の継続的世代の染色体内で一列になって反復される、プロセスである。哺乳動物細胞にとって好適な選択可能マーカーの例としては、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)及びプロモーターを持たないチミジンキナーゼ遺伝子が挙げられる。哺乳動物細胞形質転換体は選択圧下に置かれ、形質転換体のみが、ベクターに存在する選択可能な遺伝子により、生存するように一意的に適合される。選択圧は、培地中の選択剤の濃度が連続して増加させられる条件下で、形質転換細胞を培養することによって課せられ、それにより、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質等の、選択可能な遺伝子及び別の遺伝子をコードするDNAの両方の増幅をもたらす。結果として、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質等の増加した量のポリペプチドが、増幅されたDNAから合成される。
リボソーム結合部位は、通常、mRNAの翻訳開始に必要であり、シャイン・ダルガーノ配列(原核生物)またはコザック配列(真核生物)によって特徴付けられる。本要素は、典型的には、プロモーターに対して3’、かつ発現されるポリペプチドのコード配列に対して5’に位置する。ある特定の実施形態において、1つ以上のコード領域が、内部リボソーム結合部位(IRES)に動作可能に連結され得、単一のRNA転写物からの2つのオープンリーディングフレームの翻訳を可能にする。
グリコシル化が真核宿主細胞発現系で所望される場合等のいくつかの場合において、グリコシル化または収率を改善するために、様々なプレまたはプロ配列を操作してもよい。例えば、特定の単一のペプチドのペプチダーゼ切断部位を改変するか、またはプロ配列を追加してもよく、これはまたグリコシル化にも影響を及ぼし得る。最終タンパク質生成物は、(成熟タンパク質の第1のアミノ酸に対する)−1位置で、完全には除去されていない場合がある、発現から起こる1つ以上の追加のアミノ酸を有し得る。例えば、最終タンパク質生成物は、アミノ末端に結合した、ペプチダーゼ切断部位において見出される、1つまたは2つのアミノ酸残基を有し得る。代わりに、いくつかの酵素切断部位の使用は、酵素が成熟ポリペプチド内のそのような領域で切断する場合、所望のポリペプチドのわずかに切断された形態をもたらし得る。
本発明の発現及びクローニングベクターは、典型的には、宿主生物によって認識され、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードする分子に動作可能に連結される、プロモーターを含有するであろう。プロモーターは、構造遺伝子の転写を制御する、構造遺伝子の開始コドンの上流(すなわち、5’)(概して約100〜1000bp以内)に位置する、非転写配列である。プロモーターは、従来、誘導性プロモーター及び構成的プロモーターの2つの部類のうちの1つにグループ分けされる。誘導性プロモーターは、栄養素の存在もしくは欠如、または温度の変化等の培養条件の何らかの変化に応答して、それらの制御下のDNAから増加したレベルの転写を開始する。一方、構成的プロモーターは、それらが動作可能に連結される遺伝子を均一に転写し、すなわち、遺伝子発現に対する制御をほとんど、または全く伴わない。様々な潜在的な宿主細胞によって認識される、多数のプロモーターが公知である。
酵母宿主と共に使用するために好適なプロモーターもまた、当分野において公知である。酵母エンハンサーが、有利なことに、酵母プロモーターと共に使用される。哺乳動物宿主細胞と共に使用するために好適なプロモーターは公知であり、限定されるものではないが、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス(アデノウイルス2等)、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、B型肝炎ウイルス、及び最も好ましくはシミアンウイルス40(SV40)等のウイルスのゲノムから獲得されるものを含む。他の好適な哺乳動物プロモーターとしては、異種哺乳動物プロモーター、例えば、熱ショックプロモーター及びアクチンプロモーターが挙げられる。
目的とされ得る追加的なプロモーターとしては、限定されるものではないが、SV40初期プロモーター(Benoist and Chambon,1981,Nature 290:304−310)、CMVプロモーター(Thornsen et al.,1984,Proc.Natl.Acad.U.S.A.81:659−663)、ラウス肉腫ウイルスの3’長末端反復に含有されるプロモーター(Yamamoto et al.,1980,Cell 22:787−797)、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター(Wagner et al.,1981,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:1444−1445)、メタロチオネイン遺伝子からのプロモーター及び制御配列(Prinster et al.,1982,Nature 296:39−42)、ならびにβ−ラクタマーゼプロモーター等の原核プロモーター(Villa−Kamaroff et al.,1978,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.75:3727−3731)、またはtacプロモーター(DeBoer et al.,1983,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.80:21−25)が挙げられる。また、組織特異性を提示し、遺伝子導入動物で利用されている以下の動物転写制御領域、すなわち膵腺房細胞において活性であるエラスターゼI遺伝子制御領域(Swift et al.,1984,Cell 38:639−646、Ornitz et al.,1986,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.50:399−409、MacDonald,1987,Hepatology 7:425−515)、膵臓β細胞において活性であるインスリン遺伝子制御領域(Hanahan,1985,Nature 315:115−122)、リンパ球系細胞において活性である免疫グロブリン遺伝子制御領域(Grosschedl et al.,1984,Cell 38:647−658、Adames et al.,1985,Nature 318:533−538、Alexander et al.,1987,Mol.Cell.Biol.7:1436−1444)、精巣、乳房、リンパ球系、及び肥満細胞において活性であるマウス乳癌ウイルス制御領域(Leder et al.,1986,Cell 45:485−495)、肝臓において活性であるアルブミン遺伝子制御領域(Pinkert et al.,1987,Genes and Devel.1 :268−276)、肝臓において活性であるαフェトプロテイン遺伝子制御領域(Krumlauf et al.,1985,Mol.Cell.Biol.5:1639−1648、Hammer et al.,1987,Science 253:53−58)、肝臓において活性であるα1アンチトリプシン遺伝子制御領域(Kelsey et al.,1987,Genes and Devel.1:161−171)、骨髄性細胞において活性であるβグロビン遺伝子制御領域(Mogram et al.,1985,Nature 315:338−340、Kollias et al.,1986,Cell 46:89−94)、脳の乏突起膠細胞において活性であるミエリン塩基性タンパク質遺伝子制御領域(Readhead et al.,1987,Cell 48:703−712)、骨格筋において活性であるミオシン軽鎖2遺伝子制御領域(Sani,1985,Nature 314:283−286)、ならびに視床下部において活性である性腺刺激放出ホルモン遺伝子制御領域(Mason et al.,1986,Science 234:1372−1378)も目的とする。
エンハンサー配列が、高等な真核生物による転写を増加させるためにベクターに挿入され得る。エンハンサーは、転写を増加させるようにプロモーターに作用する、通常は、長さが約10〜300bpである、DNAのシス作用要素である。エンハンサーは、配向及び位置に比較的依存せず、転写単位に対する5’及び3’の両方の位置で見出されている。哺乳動物遺伝子から入手可能であるいくつかのエンハンサー配列が、既知である(例えば、グロビン、エラスターゼ、アルブミン、αフェトプロテイン、及びインスリン)。しかしながら、典型的には、ウイルスからのエンハンサーが使用される。当分野で既知の、SV40エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、ポリオーマエンハンサー、及びアデノウイルスエンハンサーが、真核性プロモーターの活性のための例示的な増強要素である。エンハンサーは、コード配列に対して5’または3’のいずれかでベクター中に位置付けられてもよいが、典型的には、プロモーターからの部位5’に位置する。IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の細胞外分泌を促進するように、適切な天然または異種シグナル配列(リーダー配列またはシグナルペプチド)をコードする配列を、発現ベクター中に組み込むことができる。シグナルペプチドまたはリーダーの選択は、タンパク質が生成される宿主細胞の種類に依存し、異種シグナル配列が、天然シグナル配列を置き換えることができる。哺乳動物宿主細胞において機能的であるシグナルペプチドの実施例としては、以下の、米国特許第4,965,195号に記載されるインターロイキン−7(IL−7)のシグナル配列、Cosman et al.,1984,Nature 312:768に記載されるインターロイキン−2受容体のシグナル配列、EP特許第0367 566号に記載されるインターロイキン−4受容体シグナルペプチド、米国特許第4,968,607号に記載されるI型インターロイキン−1受容体シグナルペプチド、EP特許第0 460 846号に記載されるII型インターロイキン−1受容体シグナルペプチドが挙げられる。
ベクターは、ベクターが宿主細胞ゲノムに組み込まれたときに発現を助長する、1つ以上の要素を含有してもよい。実施例としては、EASE要素(Aldrich et al.2003 Biotechnol Prog.19:1433−38)、及びマトリックス結合領域(MAR)が挙げられる。MARは、クロマチンの構造的組織化を媒介し、「位置」効果から統合ベクターを遮蔽してもよい。したがって、MARは、ベクターが安定した形質移入体を形成するために使用されるときに特に有用である。いくつかの天然及び合成MAR含有核酸、例えば米国特許第6,239,328号、同第7,326,567号、同第6,177,612号、同第6,388,066号、同第6,245,974号、同第7,259,010号、同第6,037,525号、同第7,422,874号、同第7,129,062号が、当分野において既知である。
本発明の発現ベクターは、市販のベクター等の出発ベクターから構築されてもよい。そのようなベクターは、所望のフランキング配列の全てを含有してもよく、または含有しなくてもよい。本明細書に記載されるフランキング配列のうちの1つ以上がベクターにまだ存在していない場合、それらは、個別に獲得され、ベクターに結合させられ得る。フランキング配列のうちのそれぞれを獲得するために使用される方法は、当業者に公知である。
ベクターが構築され、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードする核酸分子がベクターの適正な部位に挿入された後、完成したベクターは、増幅及び/またはポリペプチド発現のために好適な宿主細胞中に挿入されてもよい。選択された宿主細胞への発現ベクターの形質転換は、形質移入、感染、リン酸カルシウム共沈、電気穿孔法、微量注入法、リポフェクション法、DEAE−デキストラン媒介形質移入、または他の既知の技術を含む公知の方法によって達成されてもよい。選択される方法は、部分的に、使用される宿主細胞の種類の関数であろう。これらの方法及び他の好適な方法が、当業者に公知であり、例えば、上記のSambrook et al.,2001に示される。
宿主細胞は、適切な条件下で培養されたとき、後に培地から(宿主細胞がそれを培地中へ分泌する場合)、またはそれを生成する宿主細胞から直接(それが分泌されない場合)収集することができる、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質を合成する。適切な宿主細胞の選択は、所望の発現レベル、活性(グリコシル化またはリン酸化等)のために望ましい、または必要であるポリペプチド修飾、及び生物学的に活性な分子に折り畳む簡便性等の様々の要因に依存するであろう。宿主細胞は、真核または原核であってもよい。
発現のための宿主として利用可能な哺乳動物細胞系が当分野において公知であり、限定されるものではないが、American Type Culture Collection(ATCC)から入手可能な不死化細胞系が挙げられ、本発明の組み換えポリペプチドを作製するために、当分野において既知の発現系で使用される任意の細胞系を使用することができる。一般に、宿主細胞は、所望のIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合をコードするDNAを含む組み換え発現ベクターで形質転換される。採用され得る宿主細胞の中には、原核生物、酵母菌、または高等な真核細胞がある。原核生物としては、例えば大腸菌または桿菌等の、グラム陰性またはグラム陽性生物体が挙げられる。高等な真核細胞としては、昆虫細胞及び哺乳動物起源の確立された細胞系が挙げられる。好適な哺乳動物宿主細胞系の例としては、サル腎臓細胞のCOS−7系(ATCC CRL 1651)(Gluzman et al.,1981,Cell 23:175)、L細胞、293細胞、C127細胞、3T3細胞(ATCC CCL 163)、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、またはVeggie CHO及び無血清培地で成長する関連細胞系等のそれらの誘導体(Rasmussen et al.,1998,Cytotechnology 28:31)、HeLa細胞、BHK(ATCC CRL 10)細胞系、ならびにMcMahan et al.,1991,EMBO J.10:2821によって説明されるようなアフリカミドリザル腎臓細胞系CVIに由来するCVI/EBNA細胞系(ATCC CCL 70)、例えば293、293 EBNA、またはMSR 293等のヒト胎児由来腎臓細胞、ヒト表皮A431細胞、ヒトColo205細胞、他の形質転換霊長類細胞系、正常二倍体細胞、一次組織のインビトロ培養に由来する細胞株、一次外植片、HL−60、U937、HaK、またはJurkat細胞が挙げられる。任意に、様々なシグナル変換またはレポーターアッセイでポリペプチドを使用することが望ましい場合、例えば、HepG2/3B、KB、NIH 3T3、またはS49等の哺乳動物細胞系を、ポリペプチドの発現に使用することができる。
代わりに、酵母菌等の下等な真核生物で、または細菌等の原核生物でポリペプチドを生成することが可能である。好適な酵母菌としては、サッカロミセス・セレビシア、シゾサッカロミセス・ポンベ、クリベロミセス株、カンジダ、または異種ポリペプチドを発現可能な任意の酵母菌株が挙げられる。好適な細菌株としては、大腸菌、枯草菌、ネズミチフス菌、または異種ポリペプチドを発現可能な任意の細菌株が挙げられる。ポリペプチドが酵母菌または細菌中で作製される場合、機能性ポリペプチドを獲得するために、例えば、適切な部位のリン酸化またはグリコシル化によって、その中で生成されるポリペプチドを修飾することが望ましくあり得る。そのような共有結合は、既知の化学的または酵素的方法を用いて達成することができる。
ポリペプチドはまた、本発明の単離核酸を1つ以上の昆虫発現ベクター中の好適な制御配列に動作可能に連結し、昆虫発現系を採用することによって、生成することもできる。バキュロウイルス/昆虫細胞発現系のための材料及び方法は、例えば、Invitrogen,San Diego,Calif.,U.S.A.からキット形態(MaxBac(登録商標)キット)で市販されており、そのような方法は、Summers and Smith,Texas Agricultural Experiment Station Bulletin No.1555(1987)、及びLuckow and Summers,Bio/Technology 6:47(1988)に記載されるように、当分野において公知である。無細胞翻訳系もまた、本明細書に開示される核酸構築物に由来するRNAを用いてポリペプチドを生成するために採用することができる。細菌、真菌、酵母菌、及び哺乳動物細胞宿主と共に使用するための適切なクローニング及び発現ベクターは、Pouwels et al.(Cloning Vectors:A Laboratory Manual,Elsevier,New York,1985)によって説明される。好ましくは、少なくとも1つの発現制御配列に動作可能に連結される、本発明の単離核酸を含む宿主細胞は、「組み換え宿主細胞」である。
ある特定の態様において、本発明は、T制御性細胞を刺激し、V91K置換と、配列番号1に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列とを含む、ヒトIL−2変異タンパク質をコードする単離核酸酸を含む。単離核酸は、本明細書に提供される例示的なIL−2変異タンパク質のいずれかを含み得る。
本明細書に記載される例示的なIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質のいずれかをコードする単離核酸もまた含まれる。好ましい実施形態において、抗体のFc部分及びヒトIL−2変異タンパク質は、単一のオープンリーディングフレーム内に、任意にFc領域とIL−2変異タンパク質との間にコードされたリンカーを伴ってコードされる。
別の態様において、プロモーターに動作可能に連結される、上記のIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターが本明細書に提供される。
別の態様において、上記のIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードする単離核酸を含む宿主細胞が、本明細書に提供される。宿主細胞は、大腸菌等の原核細胞であってもよく、あるいは哺乳動物細胞等の真核細胞であってもよい。ある特定の実施形態において、宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞系である。
別の態様において、ヒトIL−2変異タンパク質を作製する方法が、本明細書に提供される。本方法は、ヒトIL−2変異タンパク質に動作可能に連結されるプロモーターが発現される条件下で宿主細胞を培養することを含む。後に、ヒトIL−2変異タンパク質は、該培養物から収集される。IL−2変異タンパク質は、培地及び/または宿主細胞可溶化液から収集されてもよい。
別の態様において、ヒトIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質を作製する方法が、本明細書に提供される。本方法は、ヒトIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質に動作可能に連結されるプロモーターが発現される条件下で宿主細胞を培養することを含む。後に、ヒトIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、該培養物から収集される。ヒトIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、培地及び/または宿主細胞可溶化液から収集されてもよい。
薬学的組成物
一部の実施形態において、本発明は、治療有効量のIL−2変異タンパク質を、薬学的に有効な希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、防腐剤、及び/または補助剤と共に含む薬学的組成物を提供する。ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質は、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の構成内である。本発明の薬学的組成物としては、限定されるものではないが、液体、凍結、及び凍結乾燥組成物が挙げられる。
好ましくは、製剤物質は、採用される投与量及び濃度において受容者に対して非毒性である。特定の実施形態において、例えばIL−2変異タンパク質Fc融合物等の治療用分子を含有する、治療有効量のIL−2変異タンパク質を含む、薬学的組成物が提供される。
ある特定の実施形態において、本薬学的組成物は、例えば、本組成物のpH、モル浸透圧濃度、粘度、透明度、色、等張性、匂い、無菌性、安定性、溶解もしくは放出速度、吸着、または浸透を修正、維持、または保存するための製剤物質を含有してもよい。そのような実施形態において、好適な製剤物質としては、限定されるものではないが、アミノ酸(グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、プロリン、またはリジン等)、抗菌剤、酸化防止剤(アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウム、または亜硫酸水素ナトリウム等)、緩衝剤(ホウ酸塩、重炭酸塩、Tris−HCl、クエン酸塩、リン酸塩、または他の有機酸等)、増量剤(マンニトールまたはグリシン等)、キレート剤(エチレンジアミン四酢酸(EDTA)等)、錯化剤(カフェイン、ポリビニルピロリドン、β−シクロデキストリン、またはヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン等)、充填剤、単糖類、二糖類、及び他の炭水化物(グルコース、マンノース、またはデキストリン等)、タンパク質(血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン等)、着色、着味、及び賦形剤、乳化剤、親水性ポリマー(ポリビニルピロリドン等)、低分子量ポリペプチド、塩形成対イオン(ナトリウム等)、防腐剤(塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、または過酸化水素等)、溶媒(グリセリン、プロピレングリコール、またはポリエチレングリコール等)、糖アルコール(マンニトールまたはソルビトール等)、懸濁化剤、界面活性剤または湿潤剤(プルロニック、PEG、ソルビタンエステル、ポリソルベート20等のポリソルベート、ポリソルベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサパール等)、安定性強化剤(蔗糖またはソルビトール等)、張性強化剤(アルカリ金属ハロゲン化物、好ましくは塩化ナトリウムまたはカリウム、マンニトール、ソルビトール等)、送達ビヒクル、希釈剤、賦形剤及び/または配合剤が挙げられる。REMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES,18”Edition,(A.R.Genrmo,ed.),1990,Mack Publishing Companyを参照されたい。
ある特定の実施形態において、最適な薬学的組成物は、例えば意図された投与経路、送達形式、及び所望の投与量に応じて、当業者によって決定されることになる。例えば、上記のREMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCESを参照されたい。ある特定の実施形態において、そのような組成物は、本発明の抗原結合タンパク質の物理的状態、安定性、生体内放出速度、及び生体内排除速度に影響を及ぼし得る。ある特定の実施形態において、薬学的組成物中の一次ビヒクルまたは担体は、性質が水性または非水性のいずれであってもよい。例えば、好適なビヒクルまたは担体は、おそらくは非経口投与用の組成物において一般的な他の物質が補充された、注射用蒸留水、生理食塩水、または人工脳脊髄液であってもよい。中性緩衝食塩水または血清アルブミンと混合された食塩水が、更なる例示的なビヒクルである。特定の実施形態において、薬学的組成物は、約pH7.0〜8.5のトリス緩衝液、または約pH4.0〜5.5の酢酸緩衝液を含み、更に、ソルビトールまたはその好適な代替物を含んでもよい。本発明のある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質組成物は、所望の程度の純度を有する選択された組成物を、凍結乾燥ケーキまたは水溶液の形態の随意の製剤化剤(上記のREMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES)と混合することによって、貯蔵のために調製されてもよい。更に、ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質生成物は、蔗糖等の適切な賦形剤を用いて凍結乾燥物として製剤化されてもよい。
本発明の薬学的組成物は、非経口送達のために選択することができる。代わりに、本組成物は、吸入のため、または経口等の消化管を通じた送達のために選択されてもよい。そのような薬学的に許容される組成物の調製は、当分野の技能内である。製剤成分は、好ましくは、投与の部位に対して許容される濃度で存在する。ある特定の実施形態において、緩衝剤が、生理学的pHで、またはそれよりもわずかに低いpHで、典型的には約5〜約8のpH範囲内で本組成物を維持するために使用される。
非経口投与が企図される場合、本発明の使用のための本治療用組成物は、薬学的に許容されるビヒクル中に所望のIL−2変異タンパク質組成物を含む、発熱物質を含まない非経口的に許容される水溶液の形態で提供され得る。非経口注射用の特に好適なビヒクルは、無菌蒸留水であり、その中でIL−2変異タンパク質組成物が適正に保存された無菌等張液として製剤化される。ある特定の実施形態において、調製は、蓄積注射を介して送達することができる生成物の制御または持続放出を提供し得る、注射可能なミクロスフェア、生体内受食性粒子、高分子化合物(ポリ乳酸またはポリグリコール酸等)、ビーズ、またはリポソーム等の作用剤との、所望の分子の製剤化を伴うことができる。ある特定の実施形態において、循環において持続する期間を促進する効果を有する、ヒアルロン酸もまた使用されてもよい。ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質を導入するために、埋込型薬剤送達デバイスを使用してもよい。
持続または制御送達製剤中にIL−2変異タンパク質組成物を伴う製剤を含む、追加的な薬学的組成物が、当業者に明白となるであろう。リポソーム担体、生体内受食性微粒子または多孔質ビーズ、及び蓄積注射等の、様々な他の持続または制御送達手段を製剤化するための技法もまた、当業者に既知である。例えば、参照より組み込まれ、薬学的組成物の送達のための多孔質高分子微粒子の制御放出を説明する、国際特許出願第PCT/US93/00829号を参照されたい。持続放出調合剤は、例えばフィルムまたはマイクロカプセル等の成形された物品の形態で、半透性ポリマーマトリックスを含んでもよい。持続放出マトリックスとしては、ポリエステル、ヒドロゲル、(それぞれが参照により組み込まれる、米国特許第3,773,919号及び欧州特許出願公開第EP 058481号に開示されるような)ポリラクチド、L−グルタミン酸及びγエチル−L−グルタミン酸塩の共重合体(Sidman et al.,1983,Biopolymers 2:547−556)、ポリ(2−ヒドロキシエチル−メタクリレート)(Langer et al.,1981,J.Biomed.Mater.Res.15:167−277、及びLanger,1982,Chem.Tech.12:98−105)、エチレン酢酸ビニル(Langer et al.,1981、上記)、またはポリ−D(−)−3−ヒドロキシ酪酸(欧州特許出願公開第EP 133,988号)が挙げられ得る。持続放出組成物はまた、当分野で既知のいくつかの方法のうちのいずれかによって調製することができる、リポソームを含んでもよい。例えば、参照により組み込まれる、Eppstein et al.,1985,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.82:3688−3692、欧州特許出願公開第EP 036,676号、同第EP 088,046号、及び同第EP 143,949号を参照されたい。
生体内投与に使用される薬学的組成物は、典型的には、無菌調合剤として提供される。滅菌は、無菌濾過膜を通した濾過によって達成することができる。本組成物が凍結乾燥されるとき、この方法を用いた滅菌は、凍結乾燥及び再構成の前または後のいずれで行われてもよい。非経口投与用の組成物は、凍結乾燥形態で、または溶液中で保管することができる。非経口組成物は、概して、例えば静脈注射用溶液バッグ、または皮下注射針によって穿刺可能なストッパーを有するバイアル等の無菌アクセスポートを有する容器の中へ配置される。
本発明の態様は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際特許出願第WO 06138181A2号(第PCT/US2006/022599号)に記載されるように、薬学的組成物として使用することができる、自己緩衝性IL−2変異タンパク質製剤を含む。
上で考察されたように、ある特定の実施形態は、IL−2変異タンパク質組成物に加えて、本セクション及び本明細書の他の場所に例証的に記載される賦形剤等の1つ以上の賦形剤を含む、IL−2変異タンパク質組成物、特に、薬学的なIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質を提供する。賦形剤は、粘度の調整等の製剤の物理的、化学的、または生物学的性質を調整すること、ならびに/または有効性を改善するため、及び/もしくはそのような製剤を安定化するための本発明のプロセス、ならびに例えば、製造、出荷、保管、使用前調製、投与中、及びその後に発生する応力による、劣化及び腐敗に対する処理等の多種多様の目的で、この点に関して本発明で使用することができる。
それぞれが参照によりその全体で本明細書に組み込まれる、Arakawa et al.,“Solvent interactions in pharmaceutical formulations,”Pharm Res.8(3):285−91(1991)、Kendrick et al.,“Physical stabilization of proteins in aqueous solution,”RATIONAL DESIGN OF STABLE PROTEIN FORMULATIONS:THEORY AND PRACTICE,Carpenter and Manning,eds.Pharmaceutical Biotechnology.13:61−84(2002)、及びRandolph et al.,“Surfactant−protein interactions,”Pharm Biotechnol.13:159−75(2002)等の様々な解説が、具体的には、本発明による自己緩衝性タンパク質製剤用の賦形剤及び同賦形剤のプロセスに関する部分で、特に獣医学及び/またはヒト医療使用のためのタンパク質医薬製品及びプロセスに関して、タンパク質安定化、ならびにこの点に関して有用な製剤物質及び方法について利用可能である。
例えば、製剤のイオン強度及び/もしくは等張性を調整するため、ならびに/または本発明による組成物のタンパク質もしくは他の成分の可溶性及び/もしくは物理的安定性を改善するために、塩が、本発明のある特定の実施形態に従って使用されてもよい。
公知であるように、イオンは、タンパク質の表面上の荷電残基に結合することによって、ならびにタンパク質中の荷電及び極性基を遮蔽し、それらの静電相互作用、引力、及び反発相互作用の強度を低下させることによって、タンパク質の天然状態を安定化することができる。イオンはまた、特に、タンパク質の変性ペプチド結合(−−CONH)に結合することによって、タンパク質の変性状態を安定化することもできる。更に、タンパク質中の荷電及び極性基とのイオン相互作用はまた、分子間静電相互作用を低減させ、それにより、タンパク質凝集及び不溶性を阻止または低減することもできる。
イオン種は、タンパク質へのそれらの効果において有意に異なる。本発明による薬学的組成物を製剤化する際に使用することができる、イオン、及びタンパク質へのそれらの効果のいくつかのカテゴリーランキングが開発されている。一例は、イオン性及び極性非イオン性溶質を、溶液中のタンパク質の立体配座安定性へのそれらの効果別にランク付けする、ホフマイスター順列である。安定化溶質は、「コスモトロピック」と呼ばれる。不安定化溶質は、「カオトロピック」と呼ばれる。コスモトロープは、一般的に、溶液からタンパク質を沈殿させる(「塩析」)ために高濃度(例えば、1モル超の硫酸アンモニウム)で使用される。カオトロープは、一般的に、タンパク質を変性させるため、及び/または可溶化する(「塩溶」)ために使用される。「塩溶」及び「塩析」するイオンの相対的有効性が、ホフマイスター順列においてそれらの位置を定義する。
遊離アミノ酸を、増量剤、安定剤、及び酸化防止剤、ならびに他の標準用途として、本発明の様々な実施形態によるIL−2変異タンパク質製剤で使用することができる。製剤中のタンパク質を安定させるために、リジン、プロリン、セリン、及びアラニンを使用することができる。グリシンは、正しいケーキ構造及び性質を確保するための凍結乾燥において有用である。アルギニンは、液体及び凍結乾燥製剤の両方において、タンパク質凝集を妨げるのに有用であり得る。メチオニンは、酸化防止剤として有用である。
ポリオールは、例えばマンニトール、蔗糖、及びソルビトール等の糖、ならびに例えばグリセロール及びプロピレングリコール等の多価アルコール、ならびに本明細書の考察の目的で、ポリエチレングリコール(PEG)及び関連物質を含む。ポリオールは、コスモトロピックである。それらは、物理的及び化学的分解プロセスからタンパク質を保護するように、液体及び凍結乾燥製剤の両方で、有用な安定化剤である。ポリオールはまた、製剤の張性を調整するのに有用である。
本発明の選択実施形態で有用なポリオールの中には、凍結乾燥製剤中のケーキの構造的安定性を確保するために一般的に使用される、マンニトールがある。マンにトールは、ケーキへの構造的安定性を確保する。マンニトールは概して、凍結乾燥防止剤、例えば蔗糖と共に使用される。ソルビトール及び蔗糖は、張性を調整するための好ましい作用剤の中にあり、輸送中の凍結融解応力または製造プロセス中のバルクの調製に対して保護する安定剤である。グルコース及びラクトース等の還元糖(遊離アルデヒドまたはケトン基を含有する)は、表面リジン残基及びアルギニン残基を糖化し得る。故に、それらは概して、本発明による使用のための好ましいポリオールの中にはない。加えて、酸性条件下でフルクトース及びグルコースに加水分解され、結果として糖化を引き起こす蔗糖等の、そのような反応種を形成する糖もまた、この点に関して本発明の好ましいポリオールの中にはない。PEGは、タンパク質を安定化するために、ならびに抗凍結剤として有用であり、この点に関して本発明で使用することができる。
IL−2変異タンパク質製剤の実施形態は更に、界面活性剤を含む。タンパク質分子は、表面上の吸着の影響、ならびに空気−液体、固体−液体、及び液体−液体界面での変性及び結果的凝集の影響を受けやすい場合がある。これらの効果の増減は、概して、タンパク質濃度と逆比例する。これらの有害な相互作用の増減は、概して、タンパク質濃度と逆比例し、典型的には、物理的撹拌、例えば製品の出荷及び取扱中に発生するもの等によって悪化させられる。
界面活性剤は、表面吸着を防止、最小限化、または低減するために日常的に使用される。この点に関して本発明での有用な界面活性剤としては、ポリソルベート20、ポリソルベート80、ソルビタンポリエトキシレートの他の脂肪酸エステル、及びポロキサマー188が挙げられる。
界面活性剤はまた、タンパク質の立体配座安定性を制御するためにも一般的に使用される。任意の所与の界面活性剤が、典型的には、一部のタンパク質を安定させ、他のタンパク質を不安定化することになるため、この点に関する界面活性剤の使用は、タンパク質に特異的である。
ポリソルベートは、酸化分解の影響を受けやすく、多くの場合、供給されたときに、タンパク質残基側鎖、特にメチオニンの酸化を引き起こすために十分な量の過酸化物を含有する。結果として、ポリソルベートは、慎重に使用されるべきであり、使用される場合、それらの最低有効濃度で採用されるべきである。この点に関して、ポリソルベートは、賦形剤はそれらの最低有効濃度で使用されるべきであるという通則を例示する。
IL−2変異タンパク質製剤の実施形態は更に、1つ以上の酸化防止剤を含む。周囲酸素及び温度の適正なレベルを維持することによって、ならびに光への曝露を回避することによって、タンパク質の有害な酸化を医薬製剤においてある程度阻止することができる。タンパク質の酸化分解を阻止するために、酸化防止賦形剤も使用することができる。この点に関して有用な酸化防止剤の中には、還元剤、酸素/フリーラジカル捕捉剤、及びキレート剤がある。本発明による治療用タンパク質製剤で使用するための酸化防止剤は、好ましくは、水溶性であり、製品の有効期間全体を通してそれらの活性を維持する。EDTAが、この点に関して、本発明による好ましい酸化防止剤である。
酸化防止剤は、タンパク質を損傷し得る。例えば、特にグルタチオン等の還元剤が、分子内ジスルフィド結合を破壊し得る。したがって、本発明で使用するための酸化防止剤は、とりわけ、製剤中のタンパク質を自ら損傷する可能性を排除するか、または十分に低減するように選択される。
本発明による製剤は、タンパク質補因子であり、かつある特定のインスリン懸濁液を形成するために必要な亜鉛等の、タンパク質配位錯体を形成するために必要である金属イオンを含んでもよい。金属イオンはまた、タンパク質を分解する、一部のプロセスを妨げ得る。しかしながら、金属イオンはまた、タンパク質を分解する物理的及び化学的プロセスを触媒する。
アスパラギン酸のイソアスパラギン酸への異性化を妨げるために、マグネシウムイオン(10〜120mM)を使用することができる。Ca+2イオン(最大100mM)は、ヒトデオキシリボヌクレアーゼの安定性を増加させることができる。しかしながら、Mg+2、Mn+2、及びZn+2は、rhDNaseを不安定化させ得る。同様に、Ca+2及びSr+2は、因子VIIIを安定化することができ、それは、Mg+2、Mn+2及びZn+2、Cu+2及びFe+2によって不安定化し得、その凝集は、Al+3イオンによって増加し得る。
IL−2変異タンパク質製剤の実施形態は更に、1つ以上の防腐剤を含む。防腐剤は、同じ容器からの2回以上の抜き出しを伴う、複数投与非経口製剤を開発する場合に必要である。それらの主要な機能は、微生物成長を妨げ、薬剤製品の有効期間または使用期間全体を通して製品の無菌性を確保することである。一般的に使用されている防腐剤としては、ベンジルアルコール、フェノール、及びm−クレゾールが挙げられる。防腐剤は、小分子非経口剤との使用の長い歴史を有するが、防腐剤を含むタンパク質製剤の開発は困難であり得る。防腐剤はほぼ必ず、タンパク質への不安定化効果(凝集)を有し、これが、複数投与タンパク質製剤での防腐剤の使用を制限する主要な要因となっている。現在まで、ほとんどのタンパク質薬剤は、単回使用のためにのみ製剤化されている。しかしながら、複数投与製剤が可能である場合、それらは、患者の利便性及び増加した市場性を可能にするという追加される利点を有する。良好な例は、保存製剤の開発がより利便的な多用途注射ペン表現の商品化につながった、ヒト成長ホルモン(hGH)の例である。hGHの保存製剤を含有する、少なくとも4本のそのようなペンデバイスが、現在市場で入手可能である。Norditropin(液体、Novo Nordisk)、Nutropin AQ(液体、Genentech)、及びGenotropin(凍結乾燥−二重チャンバカートリッジ、Pharmacia & Upjohn)がフェノールを含有する一方で、Somatrope(Eli Lilly)は、m−クレゾールを伴って製剤化される。
いくつかの態様が、保存投与剤形の製剤化及び開発中に考慮される必要がある。薬剤製品中の有効防腐剤濃度は、最適化されなければならない。これは、タンパク質の安定性を損なうことなく抗菌有効性を付与する濃度範囲を伴う投与剤形で、所与の防腐剤を試験することを必要とする。
予期され得るように、防腐剤を含有する液体製剤の開発は、凍結乾燥製剤よりも困難である。凍結乾燥した製品は、防腐剤を伴わずに凍結乾燥し、使用時に希釈剤を含有する防腐剤と共に再構成することができる。これは、防腐剤がタンパク質と接触している時間を短縮し、関連付けられる安定性のリスクを有意に最小限化する。液体製剤では、防腐剤の有効性及び安定性が、製品有効期間(約18〜24ヶ月)全体にわたって維持されるべきである。留意するべき重要な点は、防腐剤の有効性が、活性薬剤及び全ての賦形剤構成要素を含有する最終製剤で実証されるべきであるということである。
IL−2変異タンパク質製剤は概して、とりわけ、生物学的利用能及び持続性の範囲を伴う、投与の特定の経路及び方法のために、特定の投与量及び投与の頻度のために、特定の疾患の特定の治療のために設計されることになる。したがって、製剤は、限定されるものではないが、経口、経耳、経眼、直腸、及び経膣を含む任意の好適な経路による、ならびに静脈内及び動脈内注射、筋肉内注射、及び皮下注射を含む非経口経路による送達について、本発明に従って設計され得る。
薬学的組成物がいったん製剤化されると、それは、溶剤、懸濁液、ゲル、乳剤、固体、結晶として、または乾燥もしくは凍結乾燥粉末として、無菌バイアル中に保存され得る。そのような製剤は、使用準備済みの形態、または投与前に再構成される形態(例えば凍結乾燥)のいずれで保存されてもよい。本発明はまた、単回用量投与単位を生成するためのキットも提供する。本発明のキットはそれぞれ、乾燥したタンパク質を有する第1の容器と、水性製剤を有する第2の容器との両方を含有し得る。本発明のある特定の実施形態において、単一及び複数のチャンバの、事前充填シリンジ(例えば、液体シリンジ及び凍結シリンジ)を含有するキットが提供される。
採用されるIL−2変異タンパク質を含有する薬学的組成物の治療有効量は、例えば治療上の構成及び目的に依存することになる。当業者ならば、治療のための適切な投与量レベルが、部分的には、送達される分子、IL−2変異タンパク質がそれのために使用されている兆候、投与の経路、ならびに患者の大きさ(体重、体表面、もしくは器官の大きさ)及び/または条件(年齢及び一般的な健康状態)に依存して変動することになることを認識するであろう。ある特定の実施形態において、臨床医は、最適な治療上の効果を獲得するために、投与量の滴定及び投与の経路の修正を行ってもよい。典型的な投与量は、上述の因子に依存して、約0.1μg/kg〜最大約1mg/kg以上の範囲であり得る。特定の実施形態において、投与量は、0.5μg/kg〜最大約100μg/kg、任意に2.5μg/kg〜最大約50μg/kgの範囲であり得る。
治療上の有効量のIL−2変異タンパク質は、好ましくは、病徴の重症度の軽減、病徴のない期間の頻度もしくは持続期間の増加、または疾患の苦痛による機能障害もしくは能力障害の阻止を結果としてもたらす。
薬学的組成物は、医療機器を用いて投与されてもよい。薬学的組成物を投与するための医療機器の例は、米国特許第4,475,196号、同第4,439,196号、同第4,447,224号、同第4,447,233号、同第4,486,194号、同第4,487,603号、同第4,596,556号、同第4,790,824号、同第4,941,880号、同第5,064,413号、同第5,312,335号、同第5,312,335号、同第5,383,851号、及び同第5,399,163号に記載され、これら全てが参照により本明細書に組み込まれる。
自己免疫障害または炎症性障害を治療する方法
ある特定の実施形態において、本発明のIL−2変異タンパク質は、自己免疫障害または炎症性障害を治療するために使用される。好ましい実施形態においては、IL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質が使用される。
本明細書に開示されるIL−2変異タンパク質での治療に特に適する障害としては、限定されるものではないが、炎症、自己免疫疾患、アトピー性疾患、傍腫瘍性自己免疫疾患、軟骨炎症、関節炎、関節リウマチ、若年性関節炎、若年性関節リウマチ、少関節型若年性関節リウマチ、多関節型若年性関節リウマチ、全身型若年性関節リウマチ、若年性強直性脊椎炎、若年性腸炎性関節炎、若年性反応性関節炎、若年性ライター症候群、SEA症候群(血清陰性、腱付着部症、関節症症候群)、若年性皮膚筋炎、若年性乾癬性関節炎、若年性強皮症、若年性全身性エリテマトーデス、若年性脈管炎、少関節型関節リウマチ、多関節型関節リウマチ、全身型関節リウマチ、強直性脊椎炎、腸炎性関節炎、反応性関節炎、ライター症候群、SEA症候群(血清陰性、腱付着部症、関節症症候群)、皮膚筋炎、乾癬性関節炎、強皮症、脈管炎、筋炎、多発性筋炎、皮膚筋炎、結節性多発性動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、サルコイドーシス、硬化症、原発性胆汁性硬化症、硬化性胆管炎、シェーグレン症候群、乾癬、尋常性乾癬、滴状乾癬、逆型乾癬、膿胞性乾癬、乾癬性紅皮症、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、スチル病、全身性エリテマトーデス(SLE)、重症筋無力症、炎症性腸疾患(IBD)、クローン病、潰瘍性大腸炎、小児脂肪便症、多発性硬化症(MS)、喘息、COPD、副鼻腔炎、ポリープを伴う副鼻腔炎、好酸球性食道炎、好酸球性気管支炎、ギラン・バレー疾患、I型糖尿病、甲状腺炎(例えばグレーブス病)、アジソン病、レイノー現象、自己免疫性肝炎、GVHD、移植拒絶反応、腎障害、C型肝炎誘発性脈管炎、妊娠の自然消失、及び同類のものが挙げられる。
好ましい実施形態において、自己免疫障害または炎症性障害は、狼瘡、移植片対宿主病、C型肝炎誘発性脈管炎、I型糖尿病、多発性硬化症、妊娠の自然消失、アトピー性疾患、及び炎症性腸疾患である。
Treg細胞を増殖させる方法
IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、対象または試料内でTreg細胞を増殖させるために使用され得る。Tregの非制御性T細胞に対する比率を増加させる方法が、本明細書に提供される。本方法は、T細胞の集団を、有効量のヒトIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合と接触させることを含む。比率は、T細胞の集団内におけるCD3+FOXP3+細胞のCD3+FOXP3−細胞に対する比率を決定することによって測定され得る。ヒト血液中の典型的なTreg頻度は、総CD4+CD3+T細胞の5〜10%であるが、このパーセンテージは、上に列挙された疾患においては、より低く、またはより高くあり得る。好ましい実施形態において、Tregのパーセンテージは、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも200%、少なくとも300%、少なくとも400%、少なくとも500%、少なくとも600%、少なくとも700%、少なくとも800%、少なくとも900%、または少なくとも1000%増加する。Treg中の最大の折り畳み増加は、特定の疾患について異なり得るが、IL−2変異タンパク質の治療を通じて獲得され得る最大Treg頻度は、総CD4+CD3+T細胞の50%または60%である。ある特定の実施形態において、IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質が、対象に投与され、対象の末梢血液内の制御性T細胞の非制御性T細胞に対する比率は増加する。
IL−2変異タンパク質及びIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、他の細胞型を超えて優先的にTregを増殖させるため、これらはまた、対象の末梢血液内の制御性T細胞(Treg)のナチュラルキラー(NK)細胞に対する比率の増加についても有用である。比率は、CD3+FOXP3+細胞の、CD16+、ならびに/またはCD19−及びCD3−であるCD56+リンパ球細胞に対する比率を決定することによって測定され得る。
IL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質が、患者の末梢血液内における、Tregの非制御性T細胞またはNK細胞に対する比率を有意に拡大すること無く、患者内の疾患または障害に治療上の効果を有し得ることが企図される。治療上の効果は、炎症または自己免疫の部位におけるIL−2変異タンパク質またはIL−2変異タンパク質Fc融合タンパク質の局在性活性によるものであり得る。
以下の実施例(実際の実施例及び予言的な実施例の両方)は、本発明の特定の実施形態または特徴を例証する目的のために提供されており、本発明の範囲を限定するようには意図されていない。
実施例1:CD25に対する高親和性を与える変異の数の低減
CD25に対する親和性の上昇及びIL−2Rβγを介したシグナル強度の低下を伴うIL−2変異タンパク質は、Tregの成長及び機能を優先的に促進する。潜在的な免疫原性を低減するために、CD25に対する高親和性の実現に必要な最小数の変異が求められた。IL−2の、その3つの受容体(PDBコード−2B5I)と複合した結晶構造は、V69A及びQ74Pが、CD25と相互作用する螺旋構造中に位置することを示す。これは、V69A及びQ74Pが高CD25結合親和性についての2つの独立したIL−2変異誘発スクリーンにおいてしばしば単離された理由を説明し得る(Rao et al.2005、Thanos et al.2006)。この実施例は、Raoらのスクリーンにおいて特定された、IL−2変異タンパク質“2−4”中のその他の変異のいずれがV69A及びQ74Pのみで観察される上記の親和性を増加させるために最も重要であるかということを探求する。以下のタンパク質を、活性化されたT細胞の表面上でのCD25に対する結合について流動細胞計測法によってスクリーニングした。全ての構築物がまた、精製及び検出のために、C末端FLAG及びポリ−Hisタグを含んだ。特異的変異を括弧内に提供する。
HaMut1D(V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号8)
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HaMut2D(N30S,V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号9)
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HaMut3D(K35R,V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号10)
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HaMut4D(T37A,V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号11)
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HaMut5D(K48E,V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号12)
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HaMut6D(E68D,V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号13)
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HaMut7D(N71R,V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号14)
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HaMut8D(K35R,K48E,E68D,N88D,C125A)(配列番号15)
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HaMut7Dは、元来の単離物“2−4”とほぼ同一の親和性(約200pM)でCD25と結合し、変異N71RがV69A、Q74Pのみで観察される上記の親和性(HaMut1D、約2nM)を大きく増加させることが可能であることを示した。その他の構築物は、WT IL−2の親和性よりも僅かしか高くない親和性を有するHaMut8Dを除いて、HaMut1Dと同様の、またはそれよりも僅かに高い親和性を有した。
実施例2:半減期の改善のためにIgG1−Fcドメインに融合するIL−2変異タンパク質
必要とされる投与頻度を低減させて、IL−2変異タンパク質を伴うTreg富化を達成するために、IL−2とIgG1−Fcドメインとの間の様々な融合物を評定した。Fcドメインは、標的細胞溶解等のIgG1によって媒介されるエフェクター機能を無効にする点変異を含んだ。我々の研究に利用したFcエフェクター機能変異は、A327Q、Ala Ala(L234A+L235A)、またはN297Gのいずれかであった。Treg選択的IL−2変異タンパク質はIL−2効力を部分的に低下させるため、IL−2Rシグナル伝達に有意に影響を及ぼさないような方法でIL−2をFcに融合させることが重要であった。したがって、Fc融合を伴う、またはそれを伴わないIL−2変異タンパク質を、IL−2R活性化について試験した。
Fc融合によるIL−2二量体化が、IL−2Rについての増加した結合活性によってIL−2Rシグナル伝達強度を増加するかどうかを判定するために、より弱いIL−2変異タンパク質(haD5)(米国第20110274650号)を、GGGGS(配列番号5)リンカー配列によって分離された、Fcのアミノ末端に融合した。この変異タンパク質は、IL−2Rシグナル伝達に影響を及ぼす3つの変異(E15Q、H16N、N88D)、CD25に対する高親和性を付与する8つの変異(N29S、Y31H、K35R、T37A、K48E、V69A、N71R、Q74P)(Rao et al.2005)、ならびにシステイン不対合及び凝集を阻止するC125Sを有した。この様式でのFcへの融合は、haD5の生物学的活性を完全に抑止する一方で、細胞表面のCD25に対するその高親和性結合は、おそらくは二量体化からの増加した結合活性によって増進された。
IL−2変異タンパク質を、Fc二量体の1つの鎖のみがIL−2ドメインを生み出すように、Fcヘテロ二量体のN末端またはC末端のいずれかにも融合させた。2つの非対称のFc鎖間のヘテロ二量体の対合を、一方のFc鎖上の導入されたリジンと、他方のFc鎖上の導入されたアスパラギン酸との間の静電相互作用によって促進した。IL−2変異タンパク質haD6を、1つのFc鎖または他方のN末端に、1つの構成が好ましい場合融合させ、haD6.FcDD及びhaD6.FcKKと呼ばれる2つのタンパク質構造を結果としてもたらした。また、変異タンパク質haMut7DをFcヘテロ二量体のC末端に、1つまたは2つのGGGGS(配列番号5)リンカーで融合させた(FcKK(G4S)haMut7D,FcKK(G4S)2haMut7D)。IL−2変異タンパク質haD6のFcヘテロ二量体のN末端への融合は、pSTAT5及びT細胞増殖実験の両方における遊離haD6に対する活性の部分的な喪失を結果としてもたらした。対照的に、1つまたは2ついずれかのGGGGS(配列番号5)リンカーでのhaMut7DのFcヘテロ二量体のC末端への融合は、haMut7Dの効力を変化させなかった。
IL−2変異タンパク質のFcホモ二量体のC末端への融合もまた調査した。総PBMCを、100ng/mlの抗CD3(OKT3)を用いて100ml当たり3億個の細胞で、T75組織培養フラスコ中で活性化した。培養の3日目に、細胞を3回洗浄し、3日間新鮮な培地中に静置した。次いで、IL−2変異型を用いて1pM〜10nMの範囲の10×用量滴定で、50μlの最終用量で、細胞を刺激した。STAT5リン酸化のレベルを、BD phosflow bufferキットを用いて測定した。手短に言えば、1mlのBD lyse/fix phosflow bufferを添加して、刺激を停止した。細胞を20分間37℃で固定し、CD4、CD25、FOXP3、及びpSTAT5を染色する前に、氷上で1×BD phosflow perm bufferを用いて透過処理した。
図1に見ることができるように、変異タンパク質haMut1D及びhaMut7Dの生物活性は、Fcホモ二量体のC末端への融合によっては変化しなかった。したがって、IL−2のN末端とFcのC末端との間の融合は、Fc.IL−2ホモ二量体の構成においてすら、IL−2変異タンパク質のアゴニスト活性を損なわなかった。これらの構築物において、製造の改善のために、C125Sの代わりにC125A変異を使用した。
実施例3:優先的なTregの成長を達成するためのIL−2変異タンパク質の効力の調整
IL−2変異タンパク質の初期パネルは、N88Dのみを含有するか、またはIL−2Rシグナル伝達に影響を及ぼす1つもしくは2つの追加の変異を伴ってN88Dを含有する。N88D系のアゴニズムと同様の、またはそれよりも僅かに強力なアゴニズムを伴う変異タンパク質を特定することを目指し、変異タンパク質の第2のパネルを、その全てが単一の点変異を有するように設計した。24個のシグナル伝達変異のパネルを、予期されたIL−2Rβ−相互作用性アミノ酸(結晶構造、PDBコード−2B5I)に基づき特定した。変異タンパク質とIL−2Rβとの間の結合自由エネルギーにおける予期された減少に基づき、特定の置換を選択した。結合自由エネルギーを、EGAD計算アルゴリズム(Handel’s Laboratory,University of California at San Diego,USA)を用いて計算した。変異体の結合自由エネルギーを、ΔΔGmut=μ(ΔGmut−ΔGwt)と定義する。ここで、μ(一般に、=0.1)は、実験的エネルギーと比較した場合に傾き1を有するように結合親和性における予期された変化を正規化するために使用される、スケーリング因子である(Pokala and Handel 2005)。解離(ΔG)の自由エネルギーを、錯体(ΔG束縛)と自由状態(ΔG自由)との間のエネルギー差異として定義した。解離エネルギーΔGmutを、それぞれの置換について計算した。
以下の置換(H16E、H16Q、L19K、D20R、D20K、D20H、D20Y、M23H、D84K、D84H、S87Y、N88D、N88K、N88I、N88H、N88Y、V91N、V91K、V91H、V91R、I92H、E95K、E95R、またはE95I)を伴うIL−2変異タンパク質のパネルを、Fcヘテロ二量体へのC末端融合物として発現させた。これらの構築物はまた、高CD25結合親和性についてのhaMut7変異(V69A、N71R、Q74P)及び効率的な折り畳みについてのC125Aも含有した。
実施例2のT細胞STAT5リン酸化アッセイにおける効力についてパネルをスクリーニングし、H16E、D84K、V91N、V91K、及びV91Rが、野生型IL−2よりも小さく、N88Dよりも大きい活性を有することを見出した(図2)。
H16E、D84K、V91N、V91K、及びV91Rは、野生型IL−2よりも小さく、N88Dよりも大きい活性を有した。
選択された変異タンパク質を、T細胞及びNKの成長アッセイにおいても試験した。
T細胞アッセイについては、総PBMCを、100ngのOKT3を用いて3百万/mlで活性化した。2日目に、細胞を3回洗浄し、5日間新鮮な培地中に静置した。次いで、細胞をCFSEでラベル付けし、更にFACS分析の前に7日間、IL−2含有培地中において、50万/ウェルの24ウェルプレート中で培養した。T細胞サブセットの増殖は、CSFE希釈物として図3に提示される(中央値CFSE蛍光)。
NK細胞アッセイについては、MACS選別CD16+NK細胞を、3日間、IL−2含有媒地中において、10万/ウェルの96ウェルプレート中で培養した。0.5μCiH−チミジンを、インキュベーションの最後の18時間の間に各ウェルに添加した。結果を図4に示す。
変異体H16E、D84K、V91N、V91K、及びV91R変異体は、WT IL−2と同様にTregの成長を刺激することができたが、他のT細胞に対してはおよそ10倍効力が低く(図3)、NK細胞に対してはおよそ100倍効力が低かった(図4)。
Fcヘテロ二量体と変異タンパク質haMut7(V69A、N71R、Q74P、C125A)との間の距離を一連の個別のアミノ酸切断によって低減させたFc.IL−2融合タンパク質の別個のパネルを設計した。
Figure 0006480409
切断1〜切断4は、STAT5リン酸化によって、ならびに図2、3、及び4について説明されたようなT細胞及びNK細胞増殖によって測定された、完全長の親構築物Fc.haMut7に等しい効力を有した。切断5及び切断6は、より弱い応答を刺激したが、これはN88D変異(haD及びhaMut7D)によって刺激された応答よりも強く、V91Kによって刺激された応答に非常に類似した。切断7はN88D変異タンパク質よりも弱く、切断8は活性をほぼ有さなかった。しかしながら、NK細胞について試験したときに、切断5及び切断6はV91Kよりも強いアゴニストであり、Treg選択性が、近位のFcドメインによる立体障害よりもむしろシグナル伝達変異によってより容易に達成されることを示した。
実施例4:Fcホモ二量体の構成中の高CD25親和性変異
高CD25結合親和性を付与した変異を、それらがCD25−高T細胞への指向性を増加させたため、かつそれらが長期のCD25::IL−2変異タンパク質会合及び遷延性のシグナル伝達を促進したため、有利であるとみなした。しかしながら、変異の数を低減することは、免疫原性潜在性を低減し得る。haMut1高親和性変異V69A及びQ74Pを伴う、ならびにそれらを伴わない、N88DまたはV91K変異タンパク質を、Fcホモ二量体のC末端への融合物として発現させ、生物活性について比較した。pSTAT5刺激アッセイにおいて、ホモ二量体化は、単量体変異タンパク質に対してシグナル強度において効果を全く有さなかった。高親和性変異V69A及びQ74Pの復帰変異もまた、pSTAT5シグナル伝達に影響を与えなかった。T細胞成長アッセイにおいて、高親和性変異は、従来のCD4 T細胞及びCD8 T細胞への活性を低減したが、制御性T細胞ではそうではなかった(図5)。高親和性変異はまた、NK細胞における増殖応答も変化させなかった(図6)。
高親和性変異がインビボでT細胞応答に影響を及ぼすかどうかを判定するために、ヒト化マウス(ヒトCD34+造血幹細胞で再構成されたNOD.SCID.Il2rg−nullマウス)にFc.Il−2変異タンパク質融合タンパク質を投与し、Treg発現を監視した。7週齢のNOD.SCID.Il2rg−null(NSG)マウス(Jackson Labs,Bar Harbor,ME)に放射線を照射し(180ラド)、94,000のヒト胎児肝臓CD34造血幹細胞で再構成した。21週目に、マウスをキメラ化率(PBLの流動細胞計測法によって決定)の等しい分配に基づいて6つの群に分類し、0日目及び7日目に、示されるFc.変異タンパク質融合タンパク質またはPBSの皮下注射1μgを投与した。11日目に、血中のT細胞サブセット頻度を、流動細胞計測法によって決定した。動物当たり1μgの低用量では、高親和性変異は、N88DまたはV91K変異のみで観察されたものを超えてTreg増殖を改善することはなかった(図7)。
Treg増殖は、FOXP3CD4T細胞が、ヒトB及びT細胞、ならびにマウス骨髄性細胞の混合物を含む総末梢血中白血球(PBL)に対して多量には増加しなかったという点において選択的である。更に、より高い用量では、高親和性変異は、CD25FOXP3T細胞における増加を促進し、したがってTreg選択性を低減した。したがって、Fcホモ二量体の構成中において、高親和性変異は、優先的なTregの成長を促進するために必要であるとはみなされなかった。
Fc.WT IgG1Fc(N297G_delK)::G4S::huIL−2(C125A)(配列番号16)
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Fc.haMut1V91K IgG1Fc(N297G_delK)::G4S::huIL−2(V69A,Q74P,V91K,C125A)(配列番号17)
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Fc.V91K IgG1Fc(N297G_delK)::G4S::huIL−2(V91K,C125A)(配列番号18)
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Fc.haMut1N88D IgG1Fc(N297G_delK)::G4S::huIL−2(V69A,Q74P,N88D,C125A)(配列番号19)
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Fc.N88D IgG1Fc(N297G_delK)::G4S::huIL−2(N88D,C125A)(配列番号20)
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実施例5:Fc.IL−2変異タンパク質の遷延性細胞表面CD25会合
ヒト化マウス研究からの予期せぬ結果は、それらの低下したシグナル伝達能力にもかかわらず、変異タンパク質が、Fc.WT IL−2に対してより頑強なTreg富化を誘発したことであった。Fc.WTで見られたものに対してより大きなTreg富化及びFOXP3発現上昇を、1μg/マウスの用量で(図7)、ならびに0.5μg/マウスのより少ない用量で(図8)観察した。このインビボの増加した効力は、T細胞による低下した消費からもたらされた可能性があり、Fc.IL−2変異タンパク質を遷延性のシグナル伝達についてより利用可能にする。
しかしながら、インビトロ及びインビボPK研究は、活性T細胞培養物または被投与マウスからの血清からの上清中のFc.WTに対して、Fc.V91KまたはFc.N88Dの有意に増加した持続性を実証できなかった。Fc融合物は2つのIL−2変異タンパク質ドメインを生み出すため、我々は、増加したエンドソームの再循環が、CD25についての増加した結合活性により遷延性の細胞表面会合をもたらし得ると判断した。実際、Fc.V91K及びFc.N88Dが、融合タンパク質の短時間の曝露に続いて前もって活性化されたT細胞の表面上において、Fc.WTよりも効率的に持続した(図9)。
主要なPBMCを、2日間、100ng/mlのOKT3を用いて予備刺激した。細胞を収集し、4回洗浄し、培地中で夜通し静置した。次いで、細胞を、37℃で30分間、400pMのFc.IL−2を用いてパルスした。パルス後、細胞を1回の洗浄後にT0として収集するか、あるいは12mlの温かい培地中で更に3回洗浄し、4時間培養した。細胞結合性Fc.IL−2を検出するため、細胞を抗ヒトIgG−FITC(Jackson Immunoresearch)及び抗CD25−APCで染色した。
実施例6:融合配列最適化
マウスにおける前臨床研究において、我々のFc.IL−2変異タンパク質は、無傷分子の血清濃度をヒトFc部分のみのものと比べた場合差別的な曝露を示し、循環するヒトFcカタボライトを示した。我々のFc.IL−2変異タンパク質のインビボの安定性及び薬物動態を最適化するために、全身性循環中の、ならびに細網内皮系を通じた再循環の間の、Fc.IL−2変異タンパク質のタンパク質分解におけるそれらの影響について融合配列修飾の特性を明らかにした。以下の構築物を、インビトロ及びインビボのタンパク質分解について評定した。
Figure 0006480409
安定性を、総ヒトFcの経時的な濃度を無傷Fc.IL−2変異タンパク質のものと比べる定量的免疫測定法によって測定した。Fc.IL−2変異タンパク質のタンパク質分解を、抗IL−2及び抗ヒトFc抗体を利用するウェスタンブロット解析と、それに続くカタボライトの免疫捕獲、及び質量分析法による特性評価によって実証した。インビトロ及びインビボ試料からの(Ala_Ala)_G4Sのカタボライトの質量分析法による特性評価は、FcドメインのC末端Lysをタンパク質分解の切断部位として特定した。FcドメインのC末端リジンの欠損または変異((N297G_delK)_G4S及び(N297G_KtoA)_AAPT)は、37℃のマウス血清中において、C末端リジンを伴うFc構築物((Ala_Ala)_G4S)と比較して、遷延性のインビトロ安定性をもたらした。この遷延性のインビトロ血清安定性は、Fc.IL−2変異タンパク質の血清濃度対時間曲線下面積(AUC)によって測定されるように、マウスにおけるより大きな曝露と換言された。C末端Fcリジンを欠くFc.IL−2変異タンパク質のこの遷延性の安定性はまた、カニクイザル及びヒトからの血清中において、インビトロで観察された。IL−2のThr−3のAlaへの変異((N297G_KtoA)_AAPA)は、マウス血清中において、ならびに組み換えヒトカテプシンD及びLを伴う別個のインキュベーション中において、((N297G_KtoA)_AAPTと比べて)37℃で減少したインビトロ安定性をもたらした。この減少したインビトロ血清安定性は、(N297G_KtoA)_AAPTと比べて、(N297G_KtoA)_AAPA)のインビボのマウスにおけるより低い曝露(AUC)と換言された。インビトロ及びインビボ試料からの(N297G_KtoA)_AAPAのカタボライトの質量分析法による特性評価は、IL−2変異タンパク質ドメインのLys8及びLys9を、(N297G_KtoA)_AAPTの同等の試料については観察されなかったタンパク質分解の影響を受けやすい残基として特定した。(N297G_KtoA)_AAPTの安定性に対する(N297G_KtoA)_AAPAの37℃での減少した安定性はまた、カニクイザル及びヒトからの血清中において、インビトロで観察された。
この領域におけるグリコシル化の重要性によって、ならびに融合タンパク質の製造可能性を潜在的に改良するために、融合配列を、O−結合型グリコシル化よりもむしろN−結合型グリコシル化を促進するために、以下のように改変した。
元来
Figure 0006480409
改変後
Figure 0006480409
実施例7:カニクイザルPK/PD判定
標準的なIL−2免疫刺激療法は、望ましくない副作用を回避するため、投与サイクルの間に薬剤を摂らない休日(曝露無し)を必要とする。対照的に、Treg増殖または刺激療法は、Treg刺激にとって十分ではあるが、免疫活性化につながる薬物濃度より最大曝露(血清Cmax)が下側である、持続性のトラフ薬物濃度(血清Cmin)を伴う遷延性の曝露を必要とし得る。この実施例は、最大曝露(血清Cmax)を炎症誘発性免疫活性化のために必要であると企図される薬物濃度の下側に維持しながら、伸長された標的範囲(血清Cmin)についてのカニクイザルにおける半減期伸長変異タンパク質の投与戦略を実証する。
カニクイザルに、Fc.V91K(IgG1Fc(N297G_delK)::G4S::huIL−2(V91K,C125A)を4つのグループ(A〜D)で投与し、3つのグループ(A〜C)には皮下で投与し、1つのグループ(D)には静脈内で投与する。各グループについて、生物学的に未成熟なオスのカニクイザルに、下に概説される投与戦略によって投与する。半減期伸長変異タンパク質の皮下投与は、より大きなリンパ吸収を可能にし得、より低い最大曝露(血清Cmax)及び/またはより頑強な薬理学的応答(Treg増殖)をもたらす。グループAについての投与戦略は、1サイクルの0、2、及び4日目の連続した10マイクログラム/キログラムの投与、ならびに14日目の10マイクログラム/キログラムからなり、50マイクログラム/キログラムのより高い初回量に類似する遷延性の標的範囲を、より低い最大曝露(Cmax)を維持しながら可能にする。グループBについての投与戦略は、グループAとの比較のため、0日目及び14日目の50マイクログラム/キログラムの投与である。グループCについての投与戦略は、0日目及び28日目の50マイクログラム/キログラムの投与である。これは、トラフ範囲がTreg富化を持続させるために必要とされるか、または薬剤を摂らない休日が投与サイクルの間で有益であるかということの判定を可能にする。静脈投与腕グループDについての投与戦略は、0日目の50マイクログラム/キログラムの投与であり、最大曝露(Cmax)及びTreg富化の差異を、皮下投与のものと比較することを可能にする。
薬物動態(無傷分子及び総ヒトFcについての定量的免疫測定法)、抗薬剤抗体、流出した可溶性CD25、ならびに血清サイトカイン(IL−1β、TNF−α、IFN−γ、IL−10、IL−5、IL−4、及びIL−13)を、各投与グループについて明示された以下の時間点で測定する。
グループA:投与前(第1サイクル、投与1)、48(投与前第1サイクル、投与2)、96(投与前第1サイクル、投与3)、100、104、120、168、216、264、336(投与前第2サイクル)、340、344、360、408、456、504、576、672、744、840、及び1008時間。
グループB:投与前(第1サイクル)、4、8、24、72、120、168、240、336(投与前第2サイクル)、340、344、360、408、456、504、576、672、744、840、及び1008時間。
グループC:投与前(第1サイクル)、4、8、24、72、120、168、240、336、408、504、672(投与前第2サイクル)、676、680、696、744、792、840、912、1008、1080、及び1176時間。
グループD:投与前(第1サイクル)、0.25、1、4、8、24、72、120、168、240、336、408、504、及び672時間。
薬動力学(末梢血液Treg、非制御性CD4及びCD8T細胞、ならびにNK細胞の免疫表現型検査及び列挙)を、各投与グループについて明示された以下の時間点で測定する。
グループA:投与前(第1サイクル、投与1)、96(投与前第1サイクル、投与3)、168、336(投与前第2サイクル)、456、及び576時間。
グループB:投与前(第1サイクル)、120、240、336(投与前第2サイクル)、456、及び576時間。
グループC:投与前(第1サイクル)、120、240、672(投与前第2サイクル)、792、及び912時間。
グループD:投与前(第1サイクル)、120、及び240時間。
血液学及び臨床化学を、全ての動物及び投与グループについて、投与グループごとに、投与前及び初回投与後24時間で評価した。以下のパラメーターを評定した。
血液学
・ 白血球数(全微分及び絶対微分)
・ 赤血球数
・ ヘモグロビン
・ ヘマトクリット値
・ 平均血球ヘモグロビン、平均血球体積、平均血球ヘモグロビン濃度(算定)
・ 網状赤血球絶対数
・ 血小板数
・ 血球形態学
・ 赤血球分布幅
・ 平均血小板容積
臨床化学
・ アルカリホスファターゼ
・ 総ビリルビン量(総ビリルビン量が1mg/dLを超える場合は直接型ビリルビンを用いる)
・ アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ
・ アラニンアミノトランスフェラーゼ
・ γグルタミルトランスフェラーゼ
・ 尿素窒素
・ クレアチニン
・ 総タンパク質量
・ アルブミン
・ グロブリン及びA/G(アルブミン/グロブリン)比(算定)
・ グルコース
・ 総コレステロール
・ トリグリセリド
・ 電解質(ナトリウム、カリウム、塩化物)
・ カルシウム
・ リン
実施例8:アグリコシル化IgG1 Fc
天然に存在するIgG抗体は、重鎖の定常ドメイン2(CH2)中にグリコシル化部位を有する。例えば、ヒトIgG1抗体は、位置Asn297(EU付番)に位置するグリコシル化部位を有する。現在まで、アグリコシル化抗体を作製するための方策は、Asn残基を、物理化学的性質の見地からAsnに類似するアミノ酸(例えば、Gln)で、または極性基無しのAsn側鎖に擬するAla残基で置き換えることを伴う。この実施例は、Asnをグリシンで置き換えること(N297G)の利点を実証する。N297G Fcは、より良好な生物物理学的特性、及び製造可能性属性(例えば、精製中の回収)を備えるアグリコシル化分子である。
Fc断片及びIgG抗体の複数の既知の結晶構造の検査は、グリコシル化ループ断片の周辺、特にグリコシル化された位置Asn297における相当な配座柔軟性を明らかにした。既知の結晶構造の多くにおいて、Asn297は、正の骨格二面角に適合した。Glyは、側鎖原子の欠如により、正の骨格二面角に適合するという高い傾向を有する。故に、この配座及び構造の理由に基づいて、Glyは、N297QまたはN297Aよりも良好なAsnのための置換であり得る。
Asn297をGlyで変異させることは、精製プロセスにおける遥かに改善された回収(または効率性)、及び生物物理学的特性を伴うアグリコシル化分子につながる。例えば、タンパク質Aプールからの回収のパーセンテージ(最終収率)は、N297Q変異体での45.6%及びN297A変異体での39.6%と比較すると、N297G変異体では82.6%であった。SPHPカラム分析は、N297Q及びN297A変異体についての、回収のより低いパーセンテージがテーリングピークによるものであることを明らかにし、これは高分子量凝集及び/またはミスフォールド種を示した。この結果は、より大きい、2Lスケールの泳動において再確認された。
生物薬学産業において、大規模な生産への潜在ニーズ、例えば薬剤として販売される可能性、を伴う分子は、その分子が大規模生産及び精製に適さないというリスクを軽減するために、多くの属性について評価される。製造可能性の評価において、N297Gは、pHの変化に対する頑強性を明らかにした。N297Gが凝集の問題を有さなかった一方で、N297Q及びN297Aは、それぞれ、凝集において20%及び10%の増加を有した。N297Gはより良好な製造可能性の属性を有するものの、N297Gは、それが試験された全ての機能アッセイにおいてN297Q及びN297Aに類似した。例えば、ADCCアッセイにおいて、N297Gは、N297Q及びN297Aに類似して、細胞傷害性を有さなかった。
実施例9:安定化アグリコシル化IgG1 Fc
この実施例は、設計されたジスルフィド結合(複数可)を導入することによって、IgG抗体足場の安定性を改善する方法について説明する。天然に存在するIgG抗体は、安定した分子である。しかしながら、一部の治療上の用途のために、変異の作製、またはアグリコシル化分子の形成が必要な場合がある。例えば、アグリコシル化IgG分子は、ADCC及びFcγ受容体への結合を回避するための必要性が存在する、治療上の兆候において使用され得る。しかしながら、アグリコシル化IgG1は、グリコシル化IgG1よりも遥かに低い融解温度を有する(CH2ドメインの融解温度は、約10℃、70℃から60℃へ減少する)。観察されるより低い融解温度は、アグリコシル化IgG1の様々な生物物理学的特性にネガティブな影響を及ぼす。例えば、アグリコシル化IgG1は、グリコシル化IgG1と比べて増加したレベルの凝集を低いpHにおいて有する。
ジスルフィド結合を設計するために、C−α原子間の距離計算を伴う構造に基づく方法を最初に使用して、Cysへの変異のためのFc領域中の54残基対を特定した。これらの54部位を4つの残基対(V259C−L306C、R292C−V302C、A287C−L306C、及びV323C−I332C)にまで更に絞り込んだ。使用された判定基準としては、(i)CH2ドメイン内の位置、(ii)ループ、ターン、及び糖から離れている、(iii)Fcγ受容体及びFcRn相互作用部位から離れている、(iv)溶媒接近性(好ましい埋設位置)等が挙げられる。
対のシステインの置換を、アグリコシル化N297G Fcの構成において形成した。非還元ペプチドマッピング分析は、4つの設計された部位のうちの3つが、予期したように、及びその構成において設計したようにジスルフィド結合を形成したことを明らかにした。V259C−L306C変異はジスルフィド結合を正しく形成せず、CH2ドメイン中に既に存在した元々のジスルフィドとの不対合につながった。その他の3つの設計、R292C−V302C、A287C−L306C、及びV323C−I332Cは、予測及び設計したように、ジスルフィド結合を正しく形成した。N297G変異へのジスルフィド結合の付加は、N297G変異単独を超える、熱安定性における約15℃の改善につながった。R292C−V302C、A287C−L306C、及びV323C−I332Cジスルフィド変異型のうち、R292C−V302C及びA287C−L306Cは、ラットに投与されたとき、良好な薬物動態を有した(それぞれ、11日間及び9日間のt1/2)。これは、5日間のt1/2を有した、以前に公開されたCH2ドメインジスルフィド結合L247C−K339C(Gong et al.,J.Biol.Chem.2009 284:14203−14210)についての、ラットで我々が観察した薬物動態特性とは対照的である。
CH2ドメイン中にジスルフィド結合を設計することは、グリコシル化IgG1分子と同等に、アグリコシル化分子の安定性を改善する(示差走査熱量測定によって決定される通り、融解温度における10〜15℃の改善)。本明細書に記載される設計された部位は、ジスルフィドがスクランブルすることにはつながらず、その集団のうちおよそ100%において予測された通りにジスルフィドが形成される。より重要なことに、公開されたCH2ドメイン中のジスルフィド結合部位とは異なり、本明細書に記載されるジスルフィド結合はラットのPKに影響を及ぼさない。
安定化アグリコシル化抗体の薬物動態(PK)特性を、カニクイザルにおいて判定した。N297G、A287C、及びL306C置換を有するIgG1抗体(Ab2−1)、及びN297G、R292C、及びV302C置換を有するIgG1抗体(Ab2−2)を、カニクイザルに5mg/kgで皮下注射した(N=2)。血清試料を、投与前、投与後0.5、2、8、24、48、96、168、336、504、672、840、1008、1176、1344、1512、及び1680時間で収集した。試料を、抗ヒトIgGサンドイッチELISA法を使用することによって、Ab2−1及びAb2−2抗体レベルについてアッセイした。PK研究試料中の血清ヒトIgGレベルを測定するために、以下の方法を使用し、ハーフエリアブラックプレート(Corning 3694)をPBS中2μg/mlの抗ヒトFc、抗体1.35.1で被覆し、次いで4℃で夜通しインキュベートした。次いでプレートを洗浄し、I−Block(商標)(Applied Biosystems)で、4℃で夜通しブロッキングした。試料を希釈する必要があった場合、カニクイザル血清中で試料を希釈した。次いで、基準及び試料を、1X PBS+1M NaCl+0.5% Tween 20、及び1%のBSA緩衝液(5%血清)中で1:20に希釈した。プレートを洗浄し、希釈された標準及び試料の50μlの試料を抗体1.35.1で被覆されたプレートに移し、室温で1.5時間インキュベートした。プレートを洗浄し、次いで100ng/mlのI−Block(商標)+5% BSAに結合する抗ヒトFc抗体21.1−HRPを50μl添加し、1.5時間インキュベートした。プレートを洗浄し、次いで50μlのPico基質を添加し、その後プレートをルミノメーターで直ぐに分析した。時間濃度データを、WinNonLin(登録商標)(Enterprise version 5.1.1,2006,Pharsight(登録商標)Corp.Mountain View,CA)で、非区画方法を用いて分析した。
カニクイザルにおけるAb2−1及びAb2−2抗体のPK曝露を、N297Gのみを有するIgG1抗体、及びN297G、L247C、及びK339Cを有するIgG1抗体と比較した。カニクイザルにおけるAb2−1及びAb2−2抗体のPK曝露は両方ともに、N297Gのみを有するIgG1抗体、及びN297G、L247C、及びK339Cを有するIgG1抗体よりも高かった。また、Ab2−2は、親IgG1抗体に匹敵する曝露及び放出を有した。

Claims (17)

  1. ヒトIgG1抗体のFc領域を含むポリペプチドであって、前記Fc領域が、N297G変異を含み、ヒトIgG1の前記Fc領域が、配列番号3に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有する、前記ポリペプチドであって、
    前記Fc領域が、配列番号3又は配列番号4に示されるアミノ酸配列において、EU付番規定に基づいた、A287C及びL306C置換、R292C及びV302C置換、又はV323C及びI332C置換を含む、ポリペプチド
  2. ヒトIgG1の前記Fc領域が、配列番号3に示されるアミノ酸配列と少なくとも95%の同一性を有する、請求項1に記載のポリペプチド。
  3. ヒトIgG1の前記Fc領域が、配列番号4に示されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のポリペプチド。
  4. 前記Fc領域が、配列番号3または配列番号4に示されるアミノ酸配列内にA287C及びL306C置換を含む、請求項に記載のポリペプチド。
  5. 前記Fc領域が、配列番号3または配列番号4に示されるアミノ酸配列内にR292C及びV302C置換を含む、請求項に記載のポリペプチド。
  6. 前記Fc領域が、配列番号3または配列番号4に示されるアミノ酸配列内にV323C及びI332C置換を含む、請求項に記載のポリペプチド。
  7. 請求項1〜のいずれかに記載のFc領域を含む、抗体。
  8. 請求項1〜のいずれかに記載のFc領域を含む、Fc融合タンパク質。
  9. 請求項1〜のいずれかに記載のポリペプチドをコードする、核酸。
  10. 請求項に記載の核酸を含む、発現ベクター。
  11. 請求項に記載の核酸を含む、宿主細胞。
  12. 請求項10に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
  13. 前記宿主細胞が、哺乳動物宿主細胞である、請求項11または請求項12に記載の前記宿主細胞。
  14. さらに、リンカーを含むポリペプチドであって、前記リンカーが、GGNGT(配列番号6)またはYGNGT(配列番号7)である、請求項1に記載のポリペプチド。
  15. 前記リンカーが、N−糖鎖付加を含む、請求項14に記載の前記ポリペプチド。
  16. 前記リンカーが、ポリペプチド構造中のループに挿入されるか、またはそれを置き換える、請求項14に記載のポリペプチド。
  17. アグリコシル化IgG1 Fc含有分子を作製する方法であって、
    a)哺乳動物細胞培養物中で、請求項1〜のいずれかに記載のポリペプチドをコードする核酸を発現することと、
    b)前記培養物からアグリコシル化IgG1 Fc含有分子を収集することと、を含む、方法。
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