JP6282746B2 - プシコースエピメラーゼをコードするポリヌクレオチド、およびこれを用いるプシコース生産方法。 - Google Patents

プシコースエピメラーゼをコードするポリヌクレオチド、およびこれを用いるプシコース生産方法。 Download PDF

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Description

プシコース3−エピメラーゼ、前記酵素をコードするポリヌクレオチド、前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクター、前記組み換えベクターを含む組み換え菌株、およびこれらプシコース製造における用途に関するものである。
プシコースは、果糖(D−fructose)の3番炭素のエピマーであって、果糖の70%に該当する甘味度を有している。しかし、果糖と異なり、体内で吸収時、ほとんど代謝されず、血糖調節、虫歯予防および肝での脂肪合成を阻害する機能性糖として多様な機能性食品などに使用することができる。
砂糖代替甘味料として多く使用されている糖アルコール類は、一定量以上摂取時、下痢を誘発するなどの副作用があるが、プシコースは知られた副作用がない。
したがってプシコースの甘味料としての関心が高まっているが、自然系に極めて珍しく存在する単糖類である希少糖に属するため、食品産業に適用するためには、プシコースを効率的に生産する技術の開発が必要である。
従来のプシコース生産は、モリブデン酸イオンの触媒作用を用いて果糖からプシコースを生産する化学的方法があり、最近知られた最も効率的な方法としては、アグロバクテリウムツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)由来のプシコースエピメラーゼによるプシコースを生産するような生物学的方法による生産方法に分かれる。化学的方法によるプシコース生産は糖蜜処理過程または葡萄糖異性化反応中にプシコースが非常に少量存在し、費用が多く消耗され、副産物が発生することが問題となっており、生物学的方法も収率が低く生産費用が高いという問題点がある。
したがって、副産物を生成せず、産業化に適した温度およびpH条件を示し高い収率でプシコースを生産できる方法が要求されている。
本発明の一例は、果糖をプシコースに転換する酵素のアミノ酸配列を提供する。
他の例は、前記酵素をコードするポリヌクレオチドを提供する。
他の例は、前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクターを提供する。
他の例は、前記組み換えベクターを含む組み換え菌株を提供する。
他の例は、前記酵素、これをコードするポリヌクレオチド、前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクター、および前記組み換えベクターを含む組み換え菌株からなる群より選択された1種以上を含むプシコース製造用組成物を提供する。
他の例は、前記酵素、これをコードするポリヌクレオチド、前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクター、および前記組み換えベクターを含む組み換え菌株からなる群より選択された1種以上を使用するプシコース製造方法を提供する。
本発明者らは、果糖をプシコースに転換する活性の高い新規なエンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)菌株を土壌から分離および同定した(Ensifer adhaerens SYG29;寄託番号:KCCM11405P)。エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)が有している全体遺伝子の中の果糖をプシコースに転換することができる酵素をコードするポリヌクレオチドを明らかにするために研究を行って、その塩基配列を最初に明らかにした。
また、これにより確保したポリヌクレオチドを組み換えベクターに挿入し発現させて果糖からプシコースを生成する活性を有する酵素を確保することによって本発明を完成するようになった。
即ち、本発明は、機能が明らかになっていない蛋白質のアミノ酸配列およびこれをコードする遺伝子の塩基配列を確認し、前記蛋白質がD−プシコース3−エピメラーゼ活性を有し高収率でプシコースを製造することができるのを確認して完成されたものであって、前記遺伝子および蛋白質プシコース生産における用途および前記蛋白質のD−プシコース3−エピメラーゼとしての用途を提供する。
本発明の一例は、配列番号1のアミノ酸配列を含む蛋白質を提供する。前記蛋白質は、果糖をプシコースに転換させる活性を有する蛋白質であり得る。したがって、他の例は、配列番号1のアミノ酸配列を含み、果糖をプシコースに転換させる活性を有するプシコースエピメラーゼを提供する。前記酵素は、D−プシコース3−エピマー化活性を有する酵素であり得る。例えば、前記蛋白質または酵素は、エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)に由来したものであり得るが、これに制限されるのではない。
前記蛋白質または酵素は、配列番号1のアミノ酸配列を有するものであり得るが、果糖をプシコースに転換する活性(例えば、D−プシコース3−エピマー化活性)が維持される限り、これに限定されず、配列番号1のアミノ酸の中の一部が置換、挿入および/または欠失された場合などを全て含むことができる。例えば、前記蛋白質または酵素は、果糖をプシコースに転換する活性を維持し、配列番号1のアミノ酸配列と70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、98%以上、または99%以上の相同性を有するアミノ酸配列を含むものであり得る。
前記配列番号1のアミノ酸配列または少なくとも70%以上の相同性のあるアミノ酸配列を有する蛋白質または酵素は、ソジウムドデシルスルフェートポリアクリルアミドゲル電気泳動法(SDS−PAGE)で測定された単量体の分子量が27〜33kDa、例えば、29〜31kDaであり得る。
他の例は、前記配列番号1のアミノ酸配列を有する蛋白質をコードするポリヌクレオチドを提供する。他の例は、前記蛋白質をコードするポリヌクレオチドを含む組み換えベクターを提供する。また他の例は、前記組み換えベクターを含む、即ち、前記組み換えベクターに形質転換された、組み換え菌株を提供する。前記組み換え菌株は、前記蛋白質を発現することができるのを特徴とする。
前記蛋白質をコードするポリヌクレオチドは、例えば、配列番号2の塩基配列、または前記塩基配列に対して実質的同一性を有する配列を含むものであり得る。前記の実質的な同一性は、配列番号2の塩基配列と任意の他の配列を最大限に対応するように整列し、その配列を分析して、前記任意の他の配列が配列番号2の塩基配列と70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、98%以上、または99%以上の配列相同性を有し、これからコードされた蛋白質が果糖をプシコースに転換する活性を維持することを意味する。
当該分野の通常の知識を有する技術者は、当該分野に公知された遺伝子組み換え技術などを用いて前記ポリヌクレオチドの塩基配列の中の一つまたはそれ以上の塩基を置換、付加または欠失させることによって、前記実質的相同性を有する範囲で同一の活性を有する酵素蛋白質をコードするポリヌクレオチドを製造することができるのを容易に理解することができる。このような相同性の比較は、市販されるコンピュータプログラムを用いて2つ以上の配列間の相同性を百分率(%)で計算して行うことができる。
前記ポリヌクレオチドは、それ自体で、または前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクターの形態で使用できる。前記組み換えベクターとは、作動可能なように連結された目的ポリヌクレオチドを伝達することができる組み換え核酸分子を意味し、前記目的ポリヌクレオチドはプロモーターおよび転写終結因子などからなる一つ以上の転写調節要素と作動可能に連結されているものであり得る。また、前記ポリヌクレオチドは、例えば、化学物質誘導性要素(inducible element)および温度敏感性要素(temperature sensitive element)などと作動可能に連結されてものであり得る。前記化学物質誘導性要素(inducible element)は、lacオペロン、T7プロモーター、trcプロモーターなどからなる群より選択されるものであり得る。前記T7プロモーターは、ウイルスであるT7ファージに由来したものであって、プロモーターと共にT7ターミネーターを含む。
前記組み換えベクターは、当業界に広く知られた方法を通じてクローニングのためのベクターまたは発現のためのベクターとして構築できる。前記組み換えベクターは、遺伝子組み換えに使用されてきたベクターであれば全て使用に適し、例えば、プラスミド発現ベクター、ウイルス発現ベクター(例えば、複製欠陥レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス)およびこれらと同等な機能を遂行できるウイルスベクターなどからなる群より選択されたものであり得るが、これらに限定されるのではない。例えば、前記組み換えベクターは、大腸菌内発現に適したpET、pBR、pTrc、pLex、pUCベクターなどからなる群より選択されたものから製作されたものであり得る。
前記組み換えベクターで形質転換させることができる宿主細胞は、前記蛋白質を発現(過発現)させることができる発現システムを有する全ての微生物の中から選択されたものであり、例えば、大腸菌であり得る。前記大腸菌としてBL21、JM109、K−12、LE392、RR1、DH5αまたはW3110などを例示することができ、例えば、BL21(DE3)菌株を使用することができるが、これに制限されるのではない。この他にも、前記宿主細胞としてバチルスサブチリス、バチルスチューリンゲンシスのようなバチルス属菌株、コリネバクテリウムグルタミクムのようなコリネバクテリア属菌株、サルモネラチフィムリウムなどのサルモネラ属菌株、その他セラチアマルセッセンスおよび多様なシュードモナス属菌株のような腸内菌と菌株などからなる群より選択された菌株を使用してもよい。
前記組み換えベクターで宿主細胞を形質転換させる方法は、当業界に公知された全ての形質転換方法を特別な制限なく選択して使用することができ、例えば、細菌原形質体の融合、電気穿孔法、推進体砲撃(projectile bombardment)、およびウイルスベクターを用いた感染などからなる群より選択されたものであり得る。
前述のように、前記配列番号1のアミノ酸配列を有する蛋白質は、果糖をプシコースに転換させるプシコース転換能に優れた酵素蛋白質である。したがって、前記配列番号1のアミノ酸配列を有する蛋白質またはこれを発現する組み換え菌株は、プシコース製造に有用に適用できる。
したがって、本発明の他の例は、前記配列番号1のアミノ酸配列を有する蛋白質、前記蛋白質をコードするポリヌクレオチド、前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクター、前記組み換えベクターを含む組み換え菌株、前記組み換え菌株の培養物、および前記組み換え菌株の破砕物からなる群より選択された1種以上を含む、プシコース製造用組成物を提供する。前記プシコース製造用組成物は、果糖を基質にして果糖からプシコースを製造するものであり得る。前記培養物は、前記組み換え菌株から生産された酵素蛋白質を含むものであって、前記組み換え菌株を含むか、菌株を含まない無細胞(cell−free)形態であり得る。前記破砕物は、前記組み換え菌株を破砕した破砕物または前記破砕物を遠心分離して得られた上澄み液を意味するものであって、前記組み換え菌株から生産された酵素蛋白質を含むものである。本明細書において、別途の言及がない限り、プシコースの製造に使用される組み換え菌株は、前記菌株の菌体、前記菌株の培養物および前記菌株の破砕物からなる群より選択された1種以上を意味するものとして使用される。
他の例は、前記配列番号1のアミノ酸配列を有する蛋白質、前記蛋白質をコードするポリヌクレオチド、前記ポリヌクレオチドを含む組み換えベクター、前記組み換えベクターを含む組み換え菌株、前記組み換え菌株の培養物、および前記組み換え菌株の破砕物(以下、‘酵素蛋白質など’)からなる群より選択された1種以上を使用するプシコース生産方法が提供される。前記プシコース生産方法は、前記酵素蛋白質などを果糖と反応させる段階を含む。一具体例で、前記酵素蛋白質などを果糖と反応させる段階は、前記蛋白質を果糖と接触させる段階によって遂行できる。一具体例で、前記酵素蛋白質などを果糖と接触させる段階は、例えば、前記酵素蛋白質などを果糖と混合する段階または前記酵素蛋白質などが固定化された担体に果糖を接触させる段階によって遂行できる。また他の例で、前記酵素蛋白質などを果糖と反応させる段階は前記組み換え菌株の菌体を果糖が含まれている培養培地で培養する段階によって遂行できる。このように前記酵素蛋白質などを果糖と反応させることによって果糖をプシコースに転換して果糖からプシコースを生産することができる。
前記プシコース生産方法において、効率的なプシコース生産のために、使用される蛋白質の量は、全体反応物基準に0.001mg/ml〜2.0mg/ml、0.003mg/ml〜2.0mg/ml、0.003mg/ml〜1.0mg/ml、0.01mg/ml〜2.0mg/ml、または0.01mg/ml〜1.0mg/mlであり得る。酵素の使用量が前記濃度より低ければプシコース転換効率が低くなることがあり、前記濃度より高ければ産業での経済性が低くなるので、前記範囲が適当である。
前記プシコース生産方法において、効率的なプシコース生産のために、基質として使用される果糖の濃度は全体反応物基準に40〜80%(w/v)、例えば、55〜75%(w/v)であり得る。果糖の濃度が前記範囲より低ければ経済性が低くなり、前記範囲より高ければ果糖がよく溶解されないので、果糖の濃度は前記範囲にすることがよい。前記果糖は緩衝溶液または水(例えば、蒸留水)に溶解された溶液状態で使用することができる。
前記酵素蛋白質は、アルカリ条件に行くほど活性が増加し、約pH7以上、または約pH7.5以上、例えば、pH7.5〜10の範囲で90%以上の活性を維持する(図5参照)。このような酵素蛋白質の最適条件を考慮する時、前記反応はpH7以上またはpH7.5以上、例えば、pH7〜11、pH7〜10、pH7〜9、pH7.5〜11、pH7.5〜10、またはpH7.5〜9の条件下で遂行できる。また、前記反応は、30℃以上、例えば、40℃以上の温度条件下で遂行できる。温度が70℃以上になれば、基質である果糖の褐変現象が起こることがあるので、前記反応は40〜70℃、例えば、42〜65℃、45〜62℃、50〜60℃、または52〜57℃の条件下で遂行できる。また、前記反応時間が長いほどプシコース転換率が高くなる。例えば、前記反応時間は1時間以上、例えば2時間以上、3時間以上、4時間以上、5時間以上または6時間以上とすることがよい。反応時間が48時間を超過すればプシコース転換率の増加率が微小であるか、むしろ減少するので、反応時間は48時間を超過しないのがよい。したがって、前記反応時間は1〜48時間、2〜48時間、3〜48時間、4〜48時間、5〜48時間、または6〜48時間とすることができ、産業的および経済的側面を考慮して、1〜48時間、2〜36時間、3〜24時間、3〜12時間、または3〜6時間程度にすることができるが、これに制限されるのではない。前記条件は、果糖からプシコースへの転換効率が最大化される条件として選定されたものである。
また、前記プシコース生産方法において、組み換え菌株を使用する場合、使用される菌株の菌体濃度は全体反応物を基準に5mg(dcw:乾燥細胞重量)/ml以上、例えば、5〜100mg(dcw)/ml、10〜90mg(dcw)/ml、20〜80mg(dcw)/ml、30〜70mg(dcw)/ml、40〜60mg(dcw)/ml、または45〜55mg(dcw)/mlであり得る。菌体濃度が前記範囲未満である場合にはプシコース転換活性が低いか殆どなく、前記範囲を超過すれば菌体が過度に多くなってプシコース転換反応の全体的な効率が低くなるので、菌体濃度は前記範囲にすることがよい。
前記プシコース転換酵素活性を有する酵素蛋白質は、金属イオンによって活性化が調節される金属酵素(metalloenzyme)特性を有するものであり得る。前記酵素蛋白質による反応を金属イオン存在下で行うことによって、プシコースの生産収率を増進させることができる。プシコース生産収率に寄与することができる金属イオンは、銅イオン、マンガンイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、カルシウムイオンなどからなる群より選択された1種以上であり、例えば、マンガンイオン、マグネシウムイオンなどからなる群より選択された1種以上であり得る。前記金属イオンの添加量が0.1mM未満である場合にはプシコース生産収率増進効果が微小であるので、前記金属イオンの添加量は0.1mM以上にすることができる。一方、前記金属イオンの添加量が5mMを超過すればその超過量に比べて効果が微小であるため、前記金属イオンの添加量は5mM以下にすることができる。例えば、前記金属イオンの添加量は0.1mM〜5mM、例えば、0.1〜2mM、または0.5mM〜1.5mM範囲にすることができる。
したがって、前記プシコース製造用組成物は前記金属イオンを追加的に含むことができ、金属イオンの種類と含量は前記のとおりである。また、前記プシコース生産方法は金属イオンを添加する段階を追加的に含むことができ、金属イオンの種類と添加量は前記のとおりである。一実施形態で、前記金属イオンは、基質である果糖に添加されるか、前記酵素蛋白質などと果糖との混合物に添加することができる。また他の実施形態で、前記金属イオンは、前記酵素蛋白質などが固定化された担体に添加されるか(果糖添加前)、前記酵素蛋白質などが固定化された担体と果糖との混合物に添加されるか(果糖添加後)、または果糖添加時に果糖と混合物の形態でまたはそれぞれ添加することができる。組み換え菌株を使用する場合、前記金属イオンが培養物に添加されるか、金属イオンが添加された培養培地で培養が遂行できる。
前記担体は、固定された菌株、または前記菌株から生産される酵素の活性が長期間維持される環境を造成することができるものであって、酵素固定化用途として使用できる公知された全ての担体であり得る。例えば、前記担体としてアルギン酸ナトリウム(soduim alginate)を使用することができる。アルギン酸ナトリウムは海藻類の細胞壁に豊富に存在する天然コロイド性多糖類であって、マンヌロン酸(β−D−mannuronic acid)とグルロン酸(α−L−gluronic acid)が造成されており、含量面では無作為にベータ−1,4結合をなして形成され、菌株または酵素が安定的に固定されて優れたプシコース収率を示すのに有利であり得る。一具体例で、プシコースの収率をより増進させるために、1.5〜4.0%(w/v)濃度のアルギン酸ナトリウム溶液(例えば、アルギン酸ナトリウム水溶液)、例えば、約2.5%の(w/v)濃度のアルギン酸ナトリウム溶液を菌株の固定化に使用することができる。例えば、菌株の菌体、前記菌株が生産した酵素を含む培養液、または前記菌株の破砕物の1〜2体積倍のアルギン酸ナトリウム水溶液に前記菌株の菌体、前記菌株が生産した酵素を含む培養物、または前記菌株の破砕物を添加して混合した後、前記得られた混合液を注射器ポンプと真空ポンプを用いて約0.2Mカルシウムイオン溶液に落としてビーズが生成されるようにすることによって、アルギン酸ナトリウム担体に菌株の菌体、前記菌株が生産した酵素を含む培養物、または前記菌株の破砕物が固定化させることができる。前記酵素は、前記菌株、菌株培養物または前記菌株の破砕物から通常の方法、例えば透析、沈殿、吸着、電気泳動、親和クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーなどの方法によって精製されたものであり得る。
一実施形態において、前記プシコースの生産方法は、配列番号1のアミノ酸配列、または前記配列番号1のアミノ酸配列と70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を含むプシコースエピメラーゼ蛋白質を準備および精製する段階;および前記蛋白質を果糖と反応させる段階を含むものであり得る。
好ましい他の実施形態において、前記プシコースの生産方法は、配列番号1のアミノ酸配列を有する蛋白質を発現する組み換え菌株を培養および回収する段階;および前記組み換え菌株または前記組み換え菌株から分離された酵素蛋白質を果糖と反応させる段階を含むものであり得る。
前記組み換え菌株の培養段階は、使用される菌株(宿主細胞)の特性により関連技術分野の当業者によって容易に選択される培地および培養条件下で遂行することができる。例えば、前記培養は連続、半連続、または回分式培養であり得るが、この方法に限定されたのではない。前記培地としては、大腸菌をはじめとする任意の宿主細胞、および細胞内容物を支持するかまたは含有することができる任意の培養培地、溶液、固体、半固体または剛性支持体を含み、例えば、2YT培地、LB培地、SOB培地、TB培地などからなる群より選択されたものであり得る。
前記組み換え菌株の培養物は、一般に宿主細胞(例えば、大腸菌)を培養することに適した条件を用いて得られる。例えば、前記組み換え菌株を35℃〜37℃および150〜250rpm条件下で振とう培養して培養物を得ることができる。また、前記酵素蛋白質の過発現を誘導するために当業界で通常使用する誘導物質を添加することができる。例えば、前記誘導要素がlacオペロンまたはtrcプロモーターである場合、LactoseまたはIPTG(イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド)であり得、前記誘導時期は当業者によって培養の適切な時期に行うことができる。
前記組み換え菌株は前記得られた培養物を遠心分離および/またはろ過などを行って得ることができ、また前記得られた菌株を均質化させ遠心分離して得られた上澄み液または前記上澄み液を分画化するか、クロマトグラフィーなどを通じて精製して酵素蛋白質を得ることができる。例えば、回収された菌株を50mMリン酸緩衝溶液で懸濁した後、破砕して遠心分離した後、上澄み液のみニッケル−NTAカラム(Qiagen)で吸着させた後、20mM、250mMイミダゾールの濃度で酵素蛋白質を回収することができる。
前記果糖と反応させる段階は、前記酵素蛋白質の最適活性化条件下に遂行することができる。例えば、pH7以上またはpH7.5以上、例えば、pH7〜11、pH7〜10、pH7〜9、pH7.5〜11、pH7.5〜10、またはpH7.5〜9、および/または40〜70℃、例えば、42〜65℃、45〜62℃、50〜60℃、または52〜57℃の温度条件下に遂行することができる。前記果糖は全体反応物基準に40〜75%(w/v)、例えば50〜75%(w/v)の濃度で使用できる。前記範囲で果糖を使用することによってより経済的で効率的にプシコースを生産することができる。
また、組み換え菌株を使用する場合、好ましくは果糖と反応させる前に前記回収された菌体を、例えば、0.85%(w/v)NaClなどを用いて2回以上洗浄して使用することができる。
また好ましくは、前記果糖と反応させる段階は、マンガンおよびマグネシウムからなる群より選択された1種以上の金属のイオンをさらに添加して遂行することができる。前記金属イオンは、0.1mM〜5mM、例えば、0.1〜2mM、または0.5mM〜1.5mM範囲で添加することができる。前記範囲に未達する場合、活性増加効果を十分に得ることができず、前記範囲を超過する場合、使用される量に比べて得るようになる活性増大効果が微小であるため好ましくない。
本発明の方法によって果糖から得られたプシコースは通常の方法によって精製することができ、このような方法は当業者に通常の技術に属する。例えば、遠心分離、ろ過、結晶化、イオン交換クロマトグラフィーおよびこれらの組み合わせからなる群より選択された一つ以上の方法によって行われ得る。
[発明の効果]
本発明による新規なプシコースエピメラーゼ蛋白質はプシコースを生産する活性を有している酵素であって、産業的に適用可能な条件で熱安定性が非常に優れていて半減期が長く高い収率で果糖からプシコースの大量生産が可能である。従って、本発明のD−プシコース 3−エピメラーゼとこれを用いたプシコースの生産方法は、多様な食品、医薬および化粧品用素材産業で有用に使用されることが期待される。
図1は、一実施形態の精製過程を示すSDS−PAGE図面である(lane1:粗酵素、lane2:硫酸アンモニウム、lane3:熱処理、lane4:Hi−trap Q、lane5、6:ヒドロキシアパタイト(Hydroxyapatite)、lane7、8、9、10:Hi−trap phenyl)。 図2は、一実施形態のD−プシコース3−エピメラーゼ蛋白質を発現するための組み換えベクターの切断地図(cleavage map)である。 図3は、一実施形態のD−プシコース3−エピメラーゼの活性を添加された金属イオンの種類によって示すグラフである。 図4は、一実施形態のD−プシコース3−エピメラーゼの温度による活性を示すグラフである。 図5は、一実施形態のD−プシコース3−エピメラーゼのpHによる活性を示すグラフである(■:Mcilvaine buffer、●:Glycine−NaOH buffer)。 図6は、一実施形態の55℃および60℃での一実施形態のD−プシコース 3−エピメラーゼの活性を時間別に示すグラフである。 図7は、一実施形態のLineweaver−Burk二重逆数作図を示すグラフである。 図8は、一実施形態のD−プシコース 3−エピメラーゼを用いた高濃度果糖からのプシコース生産効率(プシコース転換率)を示すグラフである。 図9は、一実施形態のD−プシコース 3−エピメラーゼを用いた高濃度果糖からのプシコース生産性をHPLCによって測定した結果を示すグラフである。 図10は、実施例1で使用された菌株が高濃度果糖からプシコースが生産されたのをHPLC分析で確認した結果を示すグラフである。 図11は、寄託菌株KCCM11405Pの16SリボソームRNAの塩基配列(5’→3’)を示したものである。
以下、本発明を具体的な実施例によってさらに詳しく説明する。しかし、本発明は下記の実施例に限定されたものでなく、本発明の思想と範囲内で様々な変形または修正が可能であるのは、この分野で当業者に明白なことである。したがって、添付された請求項は広く本発明の思想と範囲に符合するように解釈されなければならない。
実施例1.果糖をプシコースに転換する活性を有する土壌由来微生物エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)の培養
エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)菌株(Ensifer adhaerens SYG29;寄託番号:KCCM11405P)を1%プシコースが添加された最小培地(KHPO2.4g/L、KHPO5.6g/L、(NH・SO2.6g/L、MgSO・7HO0.1g/L、酵母エキス(yeast extract)1g/L)を用いて30℃で24時間振盪培養した。前記得られた培養物を4,000rpmで20分間遠心分離した後、菌体のみ回収した。
前記菌株は、次のような過程で選別されたプシコース生産菌株である:
根圏土壌1gを0.85%(w/v)NaCl10mLに懸濁し、100μl(microliter)を取って寒天培地に塗抹した後、30℃で培養した。前記寒天培地で形成されたコロニーのうちの形状と大きさが異なるコロニーを選別した後、最小培地(KHPO2.4g/L、KHPO5.6g/L、(NH・SO2.6g/L、MgSO・7HO0.1g/L、酵母エキス(yeast extract)1g/L)に接種して30℃で24時間振盪培養し、遠心分離した後、菌体のみ回収した。回収した菌体は50mMのPIPES(piperazine−N,N’−bis(2−ethanesulfonic acid))緩衝溶液(pH8.0)100μlに入れて浮遊させ、音波振動機(Ultrasonic processor.ColepParmer)を用いて破砕した。前記破砕液を12,000rpmで4℃で10分間遠心分離し、上澄み液を回収して酵素液(crude enzyme)として使用し、前記酵素液を10mMプシコースを基質にして30℃で8時間反応させた。
薄層クロマトグラフィー(TLC)および高性能液体クロマトグラフィー(HPLC)分析を通じて前記反応液でプシコースが果糖への転換が行われたのか確認した。前記薄層クロマトグラフィー分析は、横20cm、縦5cmのシリカゲル(Silica gel60F254(Merck、Germany))固定相とアセトニトリル(acetonitrile)と水を85:15条件で混合した移動相展開溶媒を用いて3分30秒間2回ずつ展開して行った。前記液体クロマトグラフィー分析は、Aminex HPX−87Cカラム(BIO−RAD)が装着されたHPLC(Agilent、USA)のRefractive Index Detectorを用いて(Agilent 1260 RID)行った。移動相溶媒は水を使用し、温度は80℃、流速は0.6ml/minにした。
前記TLC分析を通じてプシコースから果糖への転換が確認された菌株を選別して1%(w/v)果糖と0.05%(w/v)プシコースが添加された最小培地に接種して30℃で24時間振盪培養し、遠心分離した後、菌体のみ回収した。回収した菌体は0.85%(w/v)NaClで洗浄した後、菌体濃度40mg−dcw/ml条件で400g/L果糖と1mMマンガンイオンを添加した50mM PIPES buffer(pH8.0)を入れて浮遊させ、70℃で6時間菌体と果糖との反応を実施した。前記反応結果物を100℃で5分間加熱して反応を停止させ、HPLCを通じてプシコース生産を確認した。前記HPLC分析は、Aminex HPX−87Cカラム(BIO−RAD)が装着されたHPLC(Agilent、USA)のRefractive Index Detectorを用いて(Agilent 1260 RID)前述の条件(溶媒は:水、温度:80℃、流速:0.6ml/min)で行った。前記得られた結果を図10に示した。図10で確認されたように、HPLC分析を通じて果糖からプシコースを最も多く生産した菌株1種を最終選定した。
前記菌株は、2013年3月29日付で韓国微生物保存センターに寄託して受託番号KCCM11405Pを付与された。前記菌株の16SリボソームRNAの塩基配列(5’→3’)は図11に示した。
実施例2.エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)由来のプシコース転換酵素の精製
前記実施例1で回収された菌体を1mMのフッ化フェニルメチルスルホニル(phenylmethylsulfonyl fluoride)(PMSF)を含む50mMのPIPES緩衝溶液(pH7.0)に混濁させた後、音波振動機(Ultrasonic processor.ColepParmer)を用いて4℃で40分間破砕した。前記破砕液を13,000rpmで4℃で20分間遠心分離し、上澄み液を回収して粗酵素として使用した。
粗酵素を50−60%飽和度の固体硫酸アンモニウム[(NH・SO]を添加して蛋白質を沈殿させ、4℃で13,000rpmで20分間遠心分離して回収した後、50mMのPIPES緩衝溶液(pH7.0)で12時間透析して部分精製酵素を獲得した。
部分精製された酵素は60℃で10分間熱処理後、4℃で8,000rpmで20分間遠心分離した後に上澄み液を回収して50mMのTris−HCl(pH8.0)緩衝溶液で平衡化させた後、Hi−trap Q ion exchange chromatography column(Amersham Biosciences、Uppsala、Sweden)を実施した。結合蛋白質はNaClを用いて1.0Mまで濃度勾配を与えて溶出させた後、各分画の活性を測定し、活性の高い分画を集めて濃縮した。
Hi−trap Qによって分離した試料は10mMのリン酸ナトリウム(sodium phosphate)(pH6.8)緩衝溶液に平衡化させた後、Biogel hydroxyapatite column(Bio−Rad、Hercules、CA、USA)を実施した。前記結合された蛋白質を10−100mMのリン酸ナトリウム(sodium phosphate)(pH6.8)で濃度勾配を与えて溶出させた後、各分画の活性を測定し、活性の高い分画を集めて濃縮した。
Biogel hydroxyapatite columnによって分離した試料は1.5Mの硫酸アンモニウム(ammonium sulfate)を含む50mMのリン酸ナトリウム(sodium phosphate)(pH7.0)で平衡化した後、Hi−trap phenyl column(Amersham Biosciences、Uppsala、Sweden)に吸着させ、1.5−0Mの硫酸アンモニウム(ammonium sulfate)濃度勾配法を適用して分画を獲得した。
前記方法でエンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)菌株から酵素を5段階手続によって均一に精製し、その結果を表1に要約した。
各精製段階別精製程度を確認するために、SDS−PAGEを使用した。SDS−PAGEは12%ポリアクリルアミドゲル(polyacrylamide gel)を使用し、20mAを与えて実施した。前記得られた結果を図1に示した。図1で示されるように、精製された蛋白質が約30kDaの分子量を有することを確認した(図1)。前記精製された蛋白質を0.004mg/mlの濃度で果糖50mMと55℃条件下で10分間反応させた後、得られた結果物に対して実施例1に記載されたところと同様な方法でHPLC分析を行った。HPLC分析結果(HPLC条件は実施例1と同一)、前記精製された蛋白質は果糖からプシコースを生産する活性を有することを確認することができる。したがって、前記精製された蛋白質が果糖からプシコースを生産するD−プシコースエピメラーゼ(psicose epimerase)の活性を有することが分かる。
実施例3.D−プシコース3−エピメラーゼのN−末端アミノ酸配列の決定
前記で精製された蛋白質のN−末端アミノ酸配列は、イマス(E−Mass。Co)に依頼して分析した。N−末端の最初44個のアミノ酸残基はMQGFGVHTSMWTMNWDRPGAERAVAAAVKYAVDFIEIPMLNPPAであった。酵素のアミノ酸配列をGenBankに対するBLAST調査(NCBI)を通じて分析した。その結果、前記精製された蛋白質はシノリゾビウム属(Sinorhizobium fredii NGR234)のD−タガトースエピメラーゼ(tagatose epimerase)(accession number;YP002823363.1)と約80%の高い相同性を示した。
実施例4.D−プシコース3−エピメラーゼの遺伝子分離
4−1.蛋白質をコードするDNAを増幅させるための合成DNAプライマーの製造
プシコース転換酵素活性を有する蛋白質をコードするDNAを増幅させるための合成DNAプライマーを製造するために次のような実験を行った。前記実施例3でのエンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)由来プシコース転換酵素のN−末端アミノ酸配列のprotein blast(NCBI)分析結果を土台に80%以上の相同性がある酵素(Accession Nos.:YP002823363.1、YP006398480.1、YP005192599.1、NP437010.1)を選別して該当酵素が5’および3’末端に隣接した部位にそれぞれシュガーABCトランスポーター(sugar ABC transporter)および炭水化物キナーゼ(carbohydrate kinase)をコーディングするDNA配列を共通的に有する構造であることを確認した。
これにより、本発明のD−プシコース3−エピメラーゼ活性を有する蛋白質をコードする全体DNA配列(full DNA sequence)を探すために前記共通的に存在するシュガーABCトランスポーター(sugar ABC transporter)および炭水化物キナーゼ(carbohydrate kinase)構造遺伝子を含むプシコース転換酵素の全体配列を確保し、該当プシコース転換酵素活性を有する蛋白質をコードするDNAを増幅させるために下記の配列番号4、5、6および7の塩基配列を有する混合プライマーを製作した。
配列番号4:5’ ACA TGA TCG GCT CCA ATC TC 3’
配列番号5:5’ TAT TTG ATG AAG TCG CGT GC 3’
配列番号6:5’ GCA CGC GAC TTC ATC AAA TA 3’
配列番号7:5’ GGC CGA GAT ACC AGC GCG C 3’
4−2.エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)由来染色体DNA(chromosomal DNA)を用いたPCRによるプシコース転換酵素の一部を含有するDNA断片の取得
前記実施例1で準備された菌株の培養液5mlを遠心分離して集菌しGenomic DNA extraction kit(Bioneer社)を用いて、説明書方法に基づいて、菌体から染色体DNAを取得した。鋳型としてエンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)(Ensifer adhaerens SYG29;寄託番号:KCCM11405P)由来染色体DNA(chromosomal DNA)を使用し、それぞれ配列番号4と5、および6と7に記載された塩基配列を有する合成DNAプライマーを使用して、PCR技術で増幅を行った。増幅は、サーマルサイクラー(Thermal Cycler)(パーキンエルマー社(Perkin Elmer.Co.))を用いてそれぞれ94℃で1分、50℃で1分、72℃で1分からなる30回のサイクルで実施した。増幅生成物確認は、反応液2μlを1%アガロース電気泳動で行った。その結果、約1kbのDNA断片が増幅されていることが確認された。
それぞれのDNA断片の配列分析を通じてプシコース転換酵素をコードするポリヌクレオチド部分を確認し、これを土台にNdeIとXhoIを含む合成プライマー(配列番号8:5’ AGA TAT ACA TAT GCA GGG TTT TGG CGT CC 3’;配列番号9:5’ AAG GCT CGA GGA TCA ATC CGT ATT GCC GGG 3’)を製作して前記エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)由来染色体DNA(chromosomal DNA)に対してPCRを行った。増幅生成物確認は、反応液2μlを1%アガロース電気泳動で行った。その結果、約0.9kbのDNA断片が増幅されていることを確認し、配列分析を通じて配列番号2に示した。
またDNA断片の配列分析を通じてプロモーター(promoter)と予想されるDNA配列を確保し、これを配列番号3に示した。
4−3.D−プシコース3−エピメラーゼ遺伝子のクローニング
PCR増幅技術で確保したポリヌクレオチド(配列番号2)を制限酵素NdeIとXhoI(NEB)を用いて、発現ベクターであるpET21a(Nobagen)の同一な制限酵素部位に挿入し、組み換えベクターpET21a/プシコース3−エピメラーゼ(pET−EDPE)を製作した。(図2参照)。前記製作された組み換えベクターをヒートショック(heat shock)方法(Sambrook and Russell:Molecular Cloning)によって大腸菌BL21(DE3)(invitrogen)を形質転換して組み換え菌株を製造した。
形質転換された組み換え菌株を5mlLB−アンピシリン(LB−ampicillin)培地(Difco)に10CFU/mlの量で接種した後、600nmでの吸光度が1.5に到達するまで37℃、200rpmで振とう培養し、これを再び200mlLB−アンピシリン(LB−ampicillin)培地に接種、37℃の振とう培養機で培養した。この培養液の600nmで吸光度が0.5である時、0.1mMのIPTG(Isopropyl−β−D−thio−galactoside)を添加して目的酵素の過発現を誘導した。この時、過発現誘導時点から培養条件は16℃、150rpmに転換して16時間維持した。
その後、遠心分離機4000rpmで20分間遠心分離して菌体のみを回収した。回収した菌体は、0.85%(w/v)NaClで2回洗浄後、酵素精製に使用した。
実施例5.D−プシコース3−エピメラーゼの精製および特性確認
5−1.D−プシコース3−エピメラーゼの精製
前記実施例4−3で回収された菌体をlysis buffer(50mM Tris−HCl 300mM NaCl pH7.0、10mMイミダゾール)に混濁させた後、音波振動機(Ultrasonic processor.ColepParmer)を用いて4℃で20分間破砕した。破砕液を13000rpmで20分間遠心分離して上澄み液のみを集めた後、予めlysis bufferで平衡化させたNi−NTAカラム(Ni−NTA Superflow、Qiagen)に適用させた後、50mM Tris−HCl 300mm NaCl pH7.0に20mMイミダゾールと250mMイミダゾールが含まれている緩衝溶液を順次に流した。最後の過程である50mM Tris−HCl 300mM NaCl pH7.0、250mMイミダゾールを流すことによって目的蛋白質を精製した。溶出された蛋白質は酵素活性測定用緩衝溶液(50mM PIPES pH7.0)で転換した後、実験に使用した。
5−2.D−プシコース3−エピメラーゼの金属イオン要求性分析
前記実施例5−1で得られたD−プシコースエピメラーゼの金属イオン要求性を確認するために金属イオンのMgSOまたはMnClをそれぞれ1mMずつ処理して酵素活性を測定した。
前記酵素活性測定は、前記金属イオン存在下で50mM果糖と酵素0.5unit/mlが50mM PIPES(piperazine−N,N’−bis(2−ethanesulfonic acid))緩衝溶液(pH7.0)で55℃で酵素と反応させて分当り1マイクロモルのプシコースを生産する量を1unitと定義した。対照群(Non)として金属イオンを処理していないものを使用した。
前記酵素活性は生産されたプシコース量(mM)を使用された酵素量と反応時間に分けて計算し、プシコース量はHPLCで分析した。前記HPLC分析は、87C(BIO−RAD)カラムを用いて80℃で、移動相としては水100%(v/v)を0.6ml/min流速で流しながら行い、屈折率検出器(Refractive Index Detector)(Agilent 1260 TID)でプシコースを検出してプシコース生産性を分析した。
前記測定された各金属イオンを処理した酵素活性を対照群の酵素活性と比較して図3に示した。図3に示されているように、実施例5−1の酵素はマンガン、マグネシウムイオンによって活性が増加することが明らかになって金属イオン要求性があることが分かる。
5−3.D−プシコース3−エピメラーゼの温度、pH変化による活性分析
pHおよび温度変化によるプシコース3−エピメラーゼの活性を確認するために、多様なpHおよび温度で酵素と果糖基質を反応させて活性を確認した。
まず、pHを7.0にし、温度を40〜70℃範囲で変化させて、酵素活性を測定した。前記酵素活性測定は、実施例5−2の過程を参照した。前記得られた結果を図4に示した。図4に示されているように、前記酵素は50〜60℃範囲で高い転換率を示し、特に55℃で最大転換率を示すことが分かった。図4のY軸の相対的活性は、最もよく示された酵素活性を100にした時の相対値を意味する。
また、pH変換による活性を確認してみるために、前記方法を参照して、55℃でMcilvaine buffuer pH5.0−9.0、50mM Glycine−NaOH pH9.0−10.0の緩衝溶液をそれぞれ使用して酵素活性を測定した。前記得られた結果を図5に示した。図5に示されているように、前記酵素はアルカリ条件に行くほど高い活性を示し、pH7.5−10.0の範囲で90%以上の活性を維持した。この時、活性測定は50mM果糖、酵素0.5unit/mlでそれぞれのpHと温度範囲で10分間反応し、100℃で5分間加熱して反応を中止させた。
前記結果から分かるように、本発明によるプシコース3−エピメラーゼは比較的に広い温度およびpH範囲で活性の変化が大きくないことが確認され、これは産業的に使用するに適した利点であって、プシコース産業化に有利に使用されることが期待される。
5−4.D−プシコース3−エピメラーゼの熱安定性分析
温度変化によるプシコース3−エピメラーゼの安定性を確認するために、前記実施例5−1で精製された酵素を55℃および60℃で一定時間(8時間)熱処理した後、50mMの果糖を基質にして1mM MnClと酵素0.5unit/mlが含まれている50mM PIPES緩衝溶液でpH7.0および55℃条件下で10分間反応させて酵素活性を測定した。酵素活性は100℃で5分間加熱して中止させた。
前記熱処理時間によって得られた結果を図6に示した。図6のように、実施例5−1で精製された酵素の半減期は55℃と60℃それぞれ約22時間、7時間に計算された。これは従来に報告された大部分のプシコース3−エピメラーゼに比べて非常に高い値であって、本発明によるプシコース3−エピメラーゼが産業的に反応の容易な温度で熱安定性が優れていることを確認することができる。
5−5.D−プシコース3−エピメラーゼの反応速度(Kinetic parameter)分析
実施例5−1で精製したエンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)由来のプシコースエピメラーゼの酵素反応速度を確認してみるために動態パラメーター(kinetic parameter)分析を実施した。
基質である果糖の濃度を10〜50mM範囲で変化させながら、実施例5−1の酵素0.5unit/mlおよび1mM MnClが添加された50mM PIPES緩衝溶液pH7.0および55℃条件下で反応させて酵素活性を測定した。100℃で5分間加熱して酵素活性を中止させた。
前記得られた結果を図7に示した。図7に示された結果で酵素反応速度を単量体で計算した場合、果糖のKm値は18.6mMであり、kcatは2511.2min−1であった。前記酵素反応速度はミカエリスメンテン式(michaelis−menten equation)に基づいて計算した。
本発明によるプシコース3−エピメラーゼの果糖に対する触媒効率(catalytic efficiency)は135であって、従来に発表されたアグロバクテリウムツメファシエンス由来のプシコース3−エピメラーゼの触媒効率である85より高いことが明らかになった。
5−6.高濃度果糖からD−プシコース3−エピメラーゼによるプシコース生産
高濃度のプシコースを生産するために、実施例5−1で精製したD−プシコース3−エピメラーゼ0.1〜0.5mg/mlの濃度で55℃、50mM PIPES緩衝溶液pH7.0および1mM MnClの条件下で高濃度(400g/L)の果糖と反応させた。
前記実施例5−2と同様な方法で前記反応結果生産されたプシコース生産量を測定して果糖からプシコースへの転換率を測定した。使用された果糖が高濃度であるため、各時間別にサンプリングした溶液を20倍に希釈してHPLC分析を行った。
前記得られた結果を図8に示した。図8に示されているように、0.5mg/mlの濃度でプシコース最終生産量が118.6g/Lであり、プシコース転換率が約30%程度である。
一方、前記のように高濃度果糖での生物転換によるプシコース生産性をHPLCで測定してその結果を図9に示した。
寄託機関名:韓国微生物保存センター(国外)
受託番号:KCCM11405P
受託日付:20130329

Claims (12)

  1. エンシフェル・アダエレンス(Ensifer adhaerens)由来の、配列番号1のアミノ酸配列からなるプシコースエピメラーゼであって、マンガンイオンの存在下で測定したとき、55℃で酵素活性に最適な温度を有し、そして、55℃で、22時間の半減期を有する、プシコースエピメラーゼ
  2. 請求項1のプシコースエピメラーゼをコードするポリヌクレオチド。
  3. 配列番号2の塩基配列からなる、請求項2に記載のポリヌクレオチド。
  4. 請求項2のポリヌクレオチドを含む組み換えベクター。
  5. 請求項4の組み換えベクターを含む組み換え菌株。
  6. 請求項1に記載のプシコースエピメラーゼ、プシコースエピメラーゼをコードするポリヌクレオチドを含む(carrying)組み換えベクターを含む(harboring)組み換え菌株、前記組み換え菌株の培養物、および前記組み換え菌株の破砕物からなる群より選択された1種以上を含む、プシコース製造用組成物。
  7. 銅イオン、マンガンイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンからなる群より選択された1種以上の金属イオンを追加的に含む、請求項6に記載のプシコース製造用組成物。
  8. 請求項1に記載のプシコースエピメラーゼ、当該プシコースエピメラーゼをコードするポリヌクレオチドを含む(carrying)組み換えベクターを含む(harboring)組み換え菌株、前記組み換え菌株の培養物、および前記組み換え菌株の破砕物からなる群より選択された1種以上を果糖と反応させることを含む、プシコース生産方法。
  9. 前記反応に使用される果糖の濃度は55〜75%(w/w)である、請求項8に記載のプシコース生産方法。
  10. 前記反応はpH7〜10の条件下で行われる、請求項8に記載のプシコース生産方法。
  11. 前記反応は40〜70℃の条件下で行われる、請求項8に記載のプシコース生産方法。
  12. 銅イオン、マンガンイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンからなる群より選択された1種以上の金属イオンを添加する段階を追加的に含む、請求項8〜11のうちのいずれか一項に記載のプシコース生産方法。
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