JP5831455B2 - モルホリノ核酸誘導体 - Google Patents

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Description

本発明は、新規なモルホリノ核酸誘導体に関するものである。
塩基部分がグアニンであるモルホリノ核酸モノマー(以下、「Gモノマー」という。)は、グアニンの6位の炭素原子に酸素原子が結合している。そのため、グアニンの6位水酸基が保護されていないGモノマーを使用してモルホリノ核酸オリゴマーを合成した場合、副反応が生じ得る。例えば、縮合工程において、グアニンの6位水酸基が他のモルホリノ核酸モノマーの活性部位と反応してホスホリル体を形成し、これが脱保護工程で用いられるアンモニアと反応して、グアニンがジアミノプリンに変換されることがある。このような副反応は、目的物の合成収率を低下させる大きな要因となる。
上記副反応を抑えるべく、AVI BIOPHARMA社は、グアニンの6位水酸基がピバロイルオキシベンジル(POB基)で保護されたGモノマーを報告している(例えば、特許文献1参照。)。しかしながら、POB基は、脱保護工程において4−メチレンシクロヘキサ−2,5−ジエノンに変換され、これがモルホリノ核酸オリゴマーのモルホリンのNH部分に付加して副生成物を形成する。
その他に、特許文献1はグアニンの6位水酸基の他の保護基についても報告している。かかる他の保護基として、特許文献1では、例えば、4−ニトロフェネチル、フェニルスルホニルエチル、メチルスルホニルエチルが開示されている。しかし、これらの保護基は、脱保護工程において、例えば、4−ニトロスチレンのような反応活性種に変換され、これがモルホリノ核酸オリゴマーのモルホリンのNH部分に付加して副生成物を形成する。また、t−ブチルジメチルシリル等のシリル系保護基が知られているが、これは、モルホリノ核酸オリゴマーの合成条件下では不安定であり脱離し易いため、グアニンの6位水酸基が保護されていないGモノマーと同様の副反応が報告されている。更に、フェニルエーテル系保護基やカーバメート系保護基が知られているが、これらは脱保護工程において当該保護基の脱離が不完全であったり、縮合工程における縮合効率の悪化することが報告されている。
WO2009/064471 A1
本発明の目的は、主として、効率的にモルホリノ核酸オリゴマーを合成するための新規なモルホリノ核酸誘導体、及び、その誘導体の原料を提供することにある。
本発明者は、次の一般式(1)で表される化合物(以下、「本発明化合物」という。)又はその塩が、モルホリノ核酸オリゴマーの合成原料、又は、その合成原料を得るための原料として有用であることを見出し、本発明を完成した。
Figure 0005831455
式中、Rは、水素又は次の一般式(2)で表される基を表す。
Figure 0005831455

[式中、*は、結合位置を表す。R11、R12、R13は、同一又は異なって、水素、アルキル又はアルコキシを表す。]
は、次の一般式(3)又は(4)で表される基を表す。
Figure 0005831455

[式中、*は、前記と同義である。Rは、アルキル、アリールメチル、又は、アリールオキシメチルを表す。
、Rは、同一又は異なって、アルキルを表す。]
は、トリアルキルシリル若しくはジフェニルアルキルシリルで保護されていてもよい水酸基、又は次の一般式(5)で表される基を表す。
Figure 0005831455

[式中、*は、前記と同義である。XはO又はSを表す。
Yはジアルキルアミノ、又はアルコキシを表す。
Zはハロゲンを表す。]

本発明として、上記本発明化合物又はその塩を挙げることができる。
以下に、本明細書で記載している用語について詳述する。
「アルキル」としては、例えば、直鎖状又は分枝鎖状の炭素数1〜8のアルキル、具体的には、例えばメチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、sec−ブチル、tert−ブチル、n−ペンチル、イソペンチル、n−ヘキシル、イソヘキシル、n−ヘプチル、イソヘプチル、n−オクチルを挙げることができる。なかでも、炭素数1〜6のアルキルが好ましく、炭素数1〜3のアルキルがより好ましい。
「トリアルキルシリル」、「ジフェニルアルキルシリル」、「ジアルキルアミノ」の「アルキル」部分としては、上記「アルキル」と同じものを挙げることができる。
「アリールメチル」、「アリールオキシメチル」、「アリールスルホニル」の「アリール」部分としては、炭素数6〜10のもの、例えば、フェニル、1−ナフチル、2−ナフチルを挙げることができる。なかでもフェニルが好ましい。
「アルコキシ」としては、例えば、直鎖状又は分枝鎖状の炭素数1〜8のアルコキシ、具体的には、例えばメトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、t−ブトキシ、n−ペンチルオキシ、n−ヘキシルオキシ、n−ヘプチルオキシ、n−オクチルオキシを挙げることができる。
「ハロゲン」としては、例えば、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素を挙げることができる。なかでも塩素が好ましい。
「アシル」としては、直鎖状若しくは分枝鎖状のアルカノイル、又はアロイルを挙げることができる。アルカノイルとしては、例えば、ホルミル、アセチル、2−メチルアセチル、2,2−ジメチルアセチル、プロピオニル、ブチリル、イソブチリル、ペンタノイル、2,2−ジメチルプロピオニル、ヘキサノイルが挙げられる。アロイルとしては、例えば、ベンゾイル、トルオイル、ナフトイルを挙げることができる。かかるアロイルは置換可能な位置において置換されていてもよく、アルキルで置換されていてもよい。
「核酸塩基」としては、例えば、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、シトシン、チミン、ウラシル又はそれらの修飾塩基を挙げることができる。かかる修飾塩基としては、例えば、シュードウラシル、3−メチルウラシル,ジヒドロウラシル、5−アルキルシトシン(例えば、5−メチルシトシン)、5−アルキルウラシル(例えば、5−エチルウラシル)、5−ハロウラシル(5−ブロモウラシル)、6−アザピリミジン、6−アルキルピリミジン(6−メチルウラシル)、2−チオウラシル、4−チオウラシル、4−アセチルシトシン、5−(カルボキシヒドロキシメチル) ウラシル、5’−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウラシル、5−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、1−メチルアデニン、1−メチルヒポキサンチン、2,2−ジメチルグアニン、3−メチルシトシン、2−メチルアデニン、2−メチルグアニン、N−メチルアデニン、7−メチルグアニン、5−メトキシアミノメチル−2−チオウラシル、5−メチルアミノメチルウラシル、5−メチルカルボニルメチルウラシル、5−メチルオキシウラシル、5−メチル−2−チオウラシル、2−メチルチオ−N−イソペンテニルアデニン、ウラシル−5−オキシ酢酸、2−チオシトシン、プリン、2,6−ジアミノプリン、2−アミノプリン、イソグアニン、インドール、イミダゾール、キサンチンが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
本発明化合物の中で、次の化合物(a)〜(c)、又は、その塩が好ましい。
(a) N−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン、
(b) N−{(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル}−N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン、
(c) [(2S,6R)−6−{N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート。
CE−Gモノマー(定義は、表1を参照)を用いて合成された未精製のモルホリノ核酸オリゴマーのHPLCクロマトグラムのチャートを表す。縦軸は強度(mAU)、横軸は保持時間(分)をそれぞれ表す。 POB−Gモノマー(定義は、表1を参照)を用いて合成された未精製のモルホリノ核酸オリゴマーのHPLCクロマトグラムのチャートを表す。縦軸は強度(mAU)、横軸は保持時間(分)をそれぞれ表す。 CE−Gモノマーを用いて合成された未精製のモルホリノ核酸オリゴマーのMSスペクトルチャートを表す。縦軸はイオン強度(a.u.)を、横軸は質量電荷比(m/z)をそれぞれを表す。 POB−Gモノマーを用いて合成された未精製のモルホリノ核酸オリゴマーのMSスペクトルチャートを表す。縦軸はイオン強度(a.u.)を、横軸は質量電荷比(m/z)をそれぞれ表す。
本発明の実施の形態について説明する。
以下に示す製造方法において、原料が反応に影響を及ぼす置換基(例えば、ヒドロキシ、アミノ、カルボキシ)を有する場合は、原料をあらかじめ公知の方法に従い、適当な保護基で保護した後に反応を行う。保護基は、最終的に、接触還元、アルカリ処理、酸処理などの公知の方法に従い脱離することができる。
本発明化合物の製法
本発明化合物は、公知化合物又は容易に製造可能な中間体から、例えば、以下の製法1〜製法3を実施することにより製造することができる。
製法1 R がトリアルキルシリルオキシ、又はジフェニルアルキルシリルオキシである場合
Figure 0005831455

式中、Rは、前記と同義である。Rは、トリアルキルシリル、又はジフェニルアルキルシリルを表す。Rは、1個〜3個のアルキルで置換されていてもよいアリールスルホニルを表す。R14は、前記の一般式(2)で表される基を表す。
本反応は、化合物(6)と2−シアノエタノールとの縮合反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
2−シアノエタノールの使用量は、化合物(6)に対して、モル比で1倍量〜20倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1.2倍量〜10倍量の範囲内である。使用する溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、及び、N,N−ジメチルホルムアミド、並びに、これら任意の混合溶媒を挙げることができる。特に、ジクロロメタンが好ましい。本工程で使用しうる「塩基」としては、例えば、N−メチルピロリジン、及び、1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エン、並びに、これらの混合物を挙げることができる。かかる塩基の使用量は、化合物(6)に対して、モル比で1倍量〜20倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1倍量〜10倍量の範囲内である。反応温度は0℃〜50℃の範囲内が適当である。また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度などによって異なるが、通常1時間〜30時間の範囲内が適当である。
原料化合物である化合物(6)は、例えば、WO2009/064471の実施例1 化合物4の調製の項に記載の方法に準じて製造することができる。
製法2 R がヒドロキシルである場合
Figure 0005831455

式中、R、R、R14は、前記と同義である。
本反応は、化合物(1A)のRを脱離するための反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
本工程で使用しうる「Rを脱離するための試薬」としては、例えば、テトラブチルアンモニウムフロリド、アミンとフッ化水素酸との塩又は適当な溶媒中においてアミンとフッ化水素酸とを任意の比で混合したものを挙げることができる。
使用する溶媒としては、例えば、テトラヒドロフラン(THF)、アセトニトリル、ジクロロメタン、トルエン、ジメチルスルホキシド、及び、N,N−ジメチルホルムアミド、並びに、これら任意の混合溶媒を挙げることができる。特に、THF、ジクロロメタンが好ましい。
化合物(1A)の種類、用いるRを脱離するための試薬、使用する溶媒等によって異なるが、本工程で使用しうるRを脱離するための試薬の使用量としては、化合物(1A)に対して、モル比で1倍量〜10倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1.2倍量〜5倍量の範囲内である。反応温度は0℃〜50℃の範囲内が適当である。また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、通常1時間〜30時間の範囲内が適当である。
製法3 R が次の一般式(5)で表される基である場合
Figure 0005831455

[式中、X、Y、Z、*は、前記と同義である。]
Figure 0005831455

式中、R、R14、X、Y、Zは、前記と同義である。
本反応は、化合物(1B)をホスホロアミド化するための反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
使用する溶媒は、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、THFを挙げることができる。
本工程で使用しうる化合物(9)の使用量は、化合物(1B)に対して、モル比で1倍量〜10倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1.2倍量〜5倍量の範囲内である。
本工程で使用しうる「活性化剤」としては、例えば、1H−テトラゾール、5−エチルチオテトラゾール、4,5−ジクロロイミダゾール、4,5−ジシアノイミダゾール、N−メチルイミダゾール、4−ジメチルアミノピリジンを挙げることができる。特にN−メチルイミダゾールが好ましい。かかる「活性化剤」の使用量は、化合物(9)に対して、モル比で0.2倍量〜3倍量の範囲内が適当であり、好ましくは0.5倍量〜2倍量の範囲内である。
本工程で使用しうる「塩基」としては、例えば、N−エチルモルホリンを挙げることができる。かかる塩基の使用量は、化合物(9)に対して、モル比で0.8倍量〜5倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1倍量〜3倍量の範囲内である。反応温度は0℃〜80℃の範囲内が適当である。また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、通常1時間〜30時間の範囲内が適当である。
製法4 R が水素である場合
Figure 0005831455

式中、R、R、R14は、前記と同義である。
本反応は、化合物(1D)のR14を脱保護するための反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
本工程で使用しうる「酸」、即ち「R14を脱離するための試薬」としては、例えば、酢酸、塩酸又は燐酸を挙げることができる。かかる酸の使用量は、化合物(1D)に対して、モル比で1倍量〜1000倍量の範囲内が適当であり、好ましくは10倍量〜100倍量の範囲内である。
使用する溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、メタノール、水を挙げることができる。
また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、通常0.5時間〜5時間の範囲内が適当である。
モルホリノ核酸オリゴマーの製法

好ましいモルホリノ核酸オリゴマーは、以下の式で表わされる基を構成単位とするオリゴマーである。
Figure 0005831455

(式中、Baseは、核酸塩基を表す。X、Yは、前記と同義である。)
モルホリノ核酸オリゴマーは、例えば、WO1991/009033、又はWO2009/064471に従って製造することができる。特に、モルホリノ核酸オリゴマーは、WO2009/064471に記載の方法に従って製造するか、又は以下に示す方法に従って製造することができる。
モルホリノ核酸オリゴマーの1つの態様として、例えば、次の一般式(I)で表される化合物(以下、モルホリノ核酸オリゴマー(I)という。)を挙げることができる。
Figure 0005831455

[式中、Base、X、Yは、前記と同義であり;
nは、1〜99の範囲内にある任意の整数であり、好ましくは、18〜28の範囲内にある任意の整数である。]
モルホリノ核酸オリゴマー(I)は、公知の方法に従い製造することができるが、例えば、下記工程の操作を実施することにより製造することができる。
下記工程に使用されている化合物及び試薬は、モルホリノ核酸オリゴマーの製造に一般的に使用されているものであれば特に限定されない。
また、下記のすべての工程は、液相法又は固相法(マニュアル又は市販の固相自動合成機を用いる)で実施することができる。固相法でモルホリノ核酸オリゴマーを製造する場合、操作手順の簡便化及び合成の正確性の点から自動合成機を用いる方法が望ましい。
(1)工程A:
次の一般式(II)で表される化合物(以下、化合物(II)という。)に酸を作用させることによって、次の一般式(III)で表される化合物(以下、化合物(III)という。)を製造する工程。
Figure 0005831455

[式中、n、X、Yは、前記と同義であり;
は,独立して、保護されていてもよい核酸塩基を表し;
は、トリチル基、モノメトキシトリチル基、又はジメトキシトリチル基を表し;
Lは、水素、アシル、又は次の一般式(IV)で表される基(以下、「基(IV)」という。)を表す。]
Figure 0005831455

に係る「核酸塩基」としては、Baseと同じ「核酸塩基」を挙げることができる。但し、Bに係る核酸塩基のアミノ基又は水酸基は保護されていてもよい。
かかるアミノ基の保護基としては、核酸の保護基として使用されるものであれば特に制限されず、具体的には、例えば、ベンゾイル、4−メトキシベンゾイル、アセチル、プロピオニル、ブチリル、イソブチリル、フェニルアセチル、フェノキシアセチル、4−tert−ブチルフェノキシアセチル、4−イソプロピルフェノキシアセチル、(ジメチルアミノ)メチレンを挙げることができる。水酸基の保護基としては、例えば、2−シアノエチル 、4−ニトロフェネチル、フェニルスルホニルエチル、メチルスルホニルエチル、トリメチルシリルエチル、置換可能な任意の位置で1〜5個の電子吸引性基で置換されていてもよいフェニル、ジフェニルカルバモイル、ジメチルカルバモイル、ジエチルカルバモイル、メチルフェニルカルバモイル、1−ピロリジニルカルバモイル、モルホリノカルバモイル、4−(tert−ブチルカルボキシ)ベンジル、4−[(ジメチルアミノ)カルボキシ]ベンジル、4−(フェニルカルボキシ)ベンジルを挙げることができる(例えば、WO2009/064471参照)。なかでも、グアニンの6位水酸基の保護基は、2−シアノエチル が好ましい。
「固相担体」としては、核酸の固相反応に使用しうる担体であれば特に制限されないが、例えば、(i)モルホリノ核酸誘導体の合成に使用しうる試薬(例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラゾール、N−メチルイミダゾール、ピリジン、無水酢酸、ルチジン、トリフルオロ酢酸)にほとんど溶解せず、(ii)モルホリノ核酸誘導体の合成に使用しうる試薬に対して化学的に安定であり、(iii)化学修飾ができ、(iv)望ましいモルホリノ核酸誘導体の装填ができ、(v)処理中にかかる高圧に耐える十分な強度をもち、(vi)一定の粒径範囲と分布であるものが望ましい。具体的には、膨潤性ポリスチレン(例えば、アミノメチルポリスチレン樹脂 1%ジベンジルベンゼン架橋(200〜400メッシュ)(2.4〜3.0mmol/g)(東京化成社製)、Aminomethylated Polystyrene Resin・HCl[ジベンジルベンゼン1%,100〜200メッシュ](ペプチド研究所社製))、非膨潤性ポリスチレン(例えば、Primer Support(GE Healthcare社製))、PEG鎖結合型ポリスチレン(例えば、NH−PEG resin(渡辺化学社製)、TentaGel resin)、定孔ガラス(controlled pore glass;CPG)(例えば、CPG社製)、オキサリル化−定孔ガラス(例えば、Alulら,Nucleic Acids Research,Vol.19,1527(1991)を参照)、TentaGel支持体−アミノポリエチレングリコール誘導体化支持体(例えば、Wrightら,Tetrahedron Letters,Vol.34,3373(1993)を参照)、Poros−ポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマーを挙げることができる。
「リンカー」としては、通常核酸やモルホリノ核酸誘導体を連結するために使用される公知のものを用いることができるが、例えば、3−アミノプロピル、スクシニル、2,2’−ジエタノールスルホニル、ロングチェーンアルキルアミノ(LCAA)を挙げることができる。
本工程は、化合物(II)に酸を作用させることにより実施することができる。
本工程に使用しうる「酸」としては、例えば、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸又はトリクロロ酢酸を挙げることができる。酸の使用量としては、例えば、化合物(II)1モルに対して、モル比で0.1倍量〜1000倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1倍量〜100倍量の範囲内である。
また、前記酸と一緒に、有機アミンを使用することができる。有機アミンとしては、特に限定されるものではないが、例えば、トリエチルアミンを挙げることができる。有機アミンの使用量は、例えば、酸1モルに対して、モル比で0.01倍量〜10倍量の範囲内が適当であり、好ましくは、0.1倍量〜2倍量の範囲内である。
本工程において酸と有機アミンとの塩又は混合物を使用する場合には、例えば、トリフルオロ酢酸とトリエチルアミンの塩又は混合物を挙げることができ、より具体的には、トリフルオロ酢酸2当量に対してトリエチルアミン1当量を混合したものを挙げることができる。
本工程に使用しうる酸は、0.1%〜30%の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類(エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど)、水又はこれらの混合物を挙げることができる。
上記反応における反応温度は、例えば、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。
反応時間は、使用する酸の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当である。好ましくは、1分〜5時間の範囲内である。
また、本工程が終了した後、必要に応じて、系中に存在する酸を中和するために塩基を添加することができる。「塩基」としては、特に限定されないが、例えば、ジイソプロピルアミンが挙げられる。塩基は、0.1%(v/v)〜30%(v/v)の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。
本工程に用いる溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類(エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど)、水又はこれらの混合物を挙げることができる。反応温度は、例えば、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。
反応時間は、使用する塩基の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当であり、好ましくは、1分〜5時間の範囲内である。
なお、化合物(II)において、n=1であって、Lが基(IV)である、次の一般式(IIa)で表される化合物(以下、化合物(IIa)という。)は、以下の方法に従って製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、R、リンカー、固相担体は、前記と同義である。]
工程1:
次の一般式(V)で表される化合物にアシル化剤を作用させることによって、次の一般式(VI)で表される化合物(以下、化合物(VI)という。)を製造する工程。
Figure 0005831455

[式中、B、R、リンカーは、前記と同義であり;
は、水酸基、ハロゲン、又は、アミノを表す。]
本工程は、化合物(V)を出発原料として、公知のリンカーの導入反応により実施することができる。
特に、次の一般式(VIa)で表される化合物は、化合物(V)と無水コハク酸とを用いてエステル化反応として知られた方法を実施することにより製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、Rは、前記と同義である。]
工程2:
化合物(VI)に縮合剤等を作用させることによって、固相担体と反応させ、化合物(IIa)を製造する工程。
Figure 0005831455

[式中、B、R、R、リンカー、固相担体は、前記と同義である。]
本工程は、化合物(VI)と固相担体とを用いて縮合反応として知られた方法により製造することができる。
化合物(II)において、n=2〜99の整数であって、Lが基(IV)である、次の一般式(IIa2)で表される化合物は、化合物(IIa)を出発原料とし、本明細書に記載のモルホリノ核酸オリゴマーの製法にかかる工程A及び工程Bを所望の回数繰り返し実施することにより製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、X、Y、R、リンカー、固相担体は、前記と同義であり;
n’は、1〜98の整数を表す。]
また、化合物(II)において、n=1であって、Lが水素である、次の一般式(IIb)で表される化合物は、例えば、WO1991/009033に記載の方法により製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、Rは、前記と同義である。]
化合物(II)において、n=2〜99の整数であって、Lが水素である、次の一般式(IIb2)で表される化合物は、化合物(IIb)を出発原料とし、本明細書に記載のモルホリノ核酸オリゴマーの製法にかかる工程A及び工程Bを所望の回数繰り返し実施することにより製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、n’、R、X、Yは、前記と同義である。]
また、化合物(II)において、n=1であって、Lがアシルである、次の一般式(IIc)で表される化合物は、化合物(IIb)に対してアシル化反応として知られた方法を実施することにより製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、Rは、前記と同義であり;
は、アシルを表す。]
化合物(II)において、n=2〜99の整数であって、Lがアシルである、次の一般式(IIc2)で表される化合物は、化合物(IIc)を出発原料とし、本明細書に記載のモルホリノ核酸オリゴマーの製法にかかる工程A及び工程Bを所望の回数繰り返し実施することにより製造することができる。
Figure 0005831455

[式中、B、n’、R、R、X、Yは、前記と同義である。]
(2)工程B:
化合物(III)に塩基存在下にモルホリノモノマー化合物を作用させることによって、次の一般式(VII)で表される化合物(以下、化合物(VII)という。)を製造する工程。
Figure 0005831455

[式中、B、L、n、R、X、Yは、前記と同義である。]
本工程は、化合物(III)に塩基存在下にモルホリノモノマー化合物を作用させることにより実施することができる。
モルホリノモノマー化合物としては、例えば、次の一般式(VIII)で表される化合物を挙げることができる。
Figure 0005831455

[式中、B、R、X、Y、Zは前記と同義である。]
本工程に使用しうる「塩基」としては、例えば、ジイソプロピルアミン、トリエチルアミン、又は、N−エチルモルホリンを挙げることができる。塩基の使用量としては、例えば、化合物(III)1モルに対して、モル比で1倍量〜1000倍量の範囲内が適当であり、好ましくは10倍量〜100倍量の範囲内である。
本工程に使用しうるモルホリノモノマー化合物および塩基は、0.1%〜30%の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、N,N−ジメチルイミダゾリドン、N−メチルピペリドン、DMF、ジクロロメタン、アセトニトリル、テロラヒドロフラン 、又はこれらの混合物を挙げることができる。
反応温度は、例えば、0℃〜100℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、10℃〜50℃の範囲内である。
反応時間は、使用する塩基の種類、反応温度によって異なるが、通常1分〜48時間の範囲内が適当であり、好ましくは、30分〜24時間の範囲内である。
さらに本工程の終了後、必要に応じて、アシル化剤を添加することができる。「アシル化剤」としては、例えば、無水酢酸、酢酸クロライド、フェノキシ酢酸無水物を挙げることができる。アシル化剤は、例えば、0.1%〜30%の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類(エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど)、水又はこれらの混合物を挙げることができる。
また、必要であれば、アシル化剤と一緒に、例えば、ピリジン、ルチジン、コリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、N−エチルモルホリンの塩基を使用することができる。アシル化剤の使用量としては、モル比で0.1倍量〜10000倍量の範囲内が好ましく、1倍量〜1000倍量の範囲内がより好ましい。塩基の使用量としては、例えば、アシル化剤1モルに対して、モル比で0.1倍量〜100倍量の範囲内が適当であり、好ましくは倍量〜10倍量の範囲内である。
本反応の反応温度は、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。反応時間は、例えば、使用するアシル化剤の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当であり、好ましくは、1分から5時間の範囲内である。
(3)工程C:
工程Bにおいて製造される化合物(VII)において、脱保護剤を用いて保護基を脱離し、一般式(IX)で表される化合物を製造する工程。
Figure 0005831455

[式中、Base、B、L、n、R、X、Yは、前記と同義である。]
本工程は、化合物(VII)に脱保護剤を作用させることにより実施することができる。
「脱保護剤」としては、例えば、濃アンモニア水、メチルアミンを挙げることができる。本工程に使用しうる「脱保護剤」は、例えば、水、メタノール、エタノール、イソプロピルアルコール、アセトニトリル、テトラヒドロフラン、DMF、N,N−ジメチルイミダゾリドン、N−メチルピペリドン又はこれらの混合溶媒で希釈して使用することもできる。なかでも、エタノールが好ましい。脱保護剤の使用量としては、例えば、化合物(VII)1モルに対して、例えば、モル比で1倍量〜100000倍量の範囲内が適当であり、好ましくは10倍量〜1000倍量の範囲内である。
反応温度は、例えば、15℃〜75℃の範囲内が適当であり、好ましくは40℃〜70℃の範囲内であり、より好ましくは50℃〜60℃の範囲内である。脱保護反応時間は、化合物(VII)の種類、反応温度等によって異なるが、10分〜30時間の範囲内が適当であり、好ましくは30分〜24時間の範囲内であり、より好ましくは5時間〜20時間の範囲内である。
(4)工程D:
工程Cに製造される化合物(IX)に酸を作用させることによって、モルホリノ核酸オリゴマー(I)を製造する工程。
Figure 0005831455

[式中、Base、n、R、X、Yは、前記と同義である。]
本工程は、化合物(IX)に酸を加えることによって実施することができる。
本工程に使用しうる「酸」としては、例えば、トリクロロ酢酸、ジクロロ酢酸、酢酸、リン酸及び塩酸を挙げることができる。酸の使用量としては、例えば、溶液のpHが0.1〜4.0の範囲内になるように使用するのが適当であり、より好ましくは1.0〜3.0の範囲内になるように使用する。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、水、又はこれらの混合溶媒を挙げることができる。
反応温度は、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。脱保護反応時間は、化合物(IX)の種類、反応温度等によって異なるが、0.1分〜5時間の範囲内が適当であり、好ましくは1分〜1時間の範囲内であり、より好ましくは1分〜30分の範囲内である。
モルホリノ核酸オリゴマー(I)は、本工程で得られた反応混合物から通常の分離精製手段、例えば、抽出、濃縮、中和、濾過、遠心分離、再結晶、CからC18の逆相カラムクロマトグラフィー、陽イオン交換カラムクロマトグラフィー、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー、ゲルろ過カラムクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、透析、限界ろ過などの手段を単独若しくは組み合わせて用いることにより得ることができ、所望のモルホリノ核酸オリゴマー(I)を単離精製することができる(例えば、WO1991/09033を参照)。
逆相クロマトグラフィーを用いてモルホリノ核酸オリゴマー(I)を精製する場合には、溶出溶媒として、例えば20mMのトリエチルアミン/酢酸緩衝液とアセトニトリルの混合溶液を使用することができる。
また、イオン交換クロマトグラフィーを用いてモルホリノ核酸オリゴマー(I)を精製する場合には、例えば、1Mの食塩水と10mMの水酸化ナトリウム水溶液の混合溶液を使用することができる。
本発明化合物は、そのままモルホリノ核酸オリゴマーの合成原料モノマー、又は、その原料モノマーを合成するための原料として用いることができるが、公知の方法により塩の形にして用いることもできる。このような塩としては、塩酸、臭化水素酸、硫酸、燐酸などの鉱酸の塩、酢酸、クエン酸、酒石酸、マレイン酸、コハク酸、フマル酸、p−トルエンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、メタンスルホン酸などの有機酸の塩などを挙げることができる。
本発明化合物、又はその塩の中には、不斉炭素を有するものも存在するが、各光学異性体及びそれらの混合物のいずれも本発明に含まれる。光学異性体は、例えば、上記のようにして得られたラセミ体から、その塩基性を利用して光学活性な酸(酒石酸、ジベンゾイル酒石酸、マンデル酸、10−カンファースルホン酸等)を用いて公知の方法により光学分割するか、予め調製した光学活性な化合物を原料に用いて製造することができる。その他、キラルカラムを用いた光学分割や不斉合成により製造することもできる。

また、本発明化合物、又はその塩に幾何異性体や互変異性体が存在する場合は、いずれか一方の異性体のみならず、それらの混合物も本発明化合物に含まれる。
このようにして、製造される本発明化合物、又はその塩は、それ自体公知の手段、例えば、濃縮、液性変換、転溶、溶媒抽出、結晶化、再結晶、分留、クロマトグラフィーにより分離精製することができる。

以下に参考例、実施例、製造例、試験例を揚げて本発明を更に詳しく説明するが、本発明はこれらのみに限定されない。
参考例1 −{(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)モルホリン−2−イル}−N −(フェノキシアセチル)グアニン p−トルエンスルホン酸塩

工程1 N−(フェノキシアセチル)グアノシン
グアノシン(100g)を80℃で減圧下、24時間乾燥した。ピリジン(脱水,500ml)、ジクロロメタン(脱水,500ml)を加え、アルゴン雰囲気下、0℃にてクロロトリメチルシラン(401mL)を滴下し室温で3時間撹拌した。再度氷冷し、フェノキシアセチルクロライド(66.3g)を滴下し、氷冷下、更に3時間撹拌した。反応液にメタノール(500ml)を加え、室温で終夜撹拌後、減圧下で溶媒を留去した。残渣にメタノール(500ml)を加え、減圧下で濃縮することを3回行った。残渣に水(4L)を加え氷冷下1時間撹拌し、析出物をろ取した。これを、水、次いで、冷メタノールで洗浄し、乾燥して目的化合物を150.2g得た(参考:Org.Lett.(2004),Vol.6,No.15,2555−2557)。

工程2 N−{(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)モルホリン−2−イル}−N−(フェノキシアセチル)グアニン p−トルエンスルホン酸塩
工程1で得られた化合物(30g)をメタノール(480ml)に懸濁し、氷冷下、2N塩酸(130ml)を加えた。次いで、四ほう酸アンモニウム4水和物(56.8g)、過ヨウ素酸ナトリウム(16.2g)をこの順で加え、室温で3時間撹拌した。反応液を氷冷し、不溶物をろ過して除き、これをメタノール(100ml)で洗浄した。ろ液と洗浄液を合わせて氷冷し、2−ピコリンボラン(11.52g)を加えて20分間撹拌後、p−トルエンスルホン酸・1水和物(54.6g)をゆっくり加えて、4℃で終夜撹拌した。析出物をろ取し、冷メタノール(500ml)で洗浄後、乾燥して目的化合物を17.7g得た(収率:43.3%)。

H−NMR(DMSO−d):δ 9.9−9.2(2H,br),8.35(1H,s),7.55(2H,m),7.35(2H,m),7.10(2H,d,J=7.82Hz),7.00(3H,m),5.95(1H,dd,J=10.64,2.42Hz),4.85(2H,s),4.00(1H,m),3.90−3.60(2H,m),3.50−3.20(5H,m),2.90(1H,m),2.25(3H,s)
参考例2 アミノメチルポリスチレン樹脂(GEヘルスケア社製、Custom Primer Support Amino 200、28−9229−46)に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸の製造
アルゴン雰囲気下、N−{1−[(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]−2−オキソ−1,2−ジヒドロピリミジン−4−イル}ベンズアミド0.46gと4−ジメチルアミノピリジン(4−DMAP)0.15gをジクロロメタン10mLに懸濁し、無水コハク酸0.12gを加え、室温で3時間撹拌した。反応液にメタノール1mLを加え、減圧濃縮した。残渣に酢酸エチルと0.5Mのリン酸二水素カリウム水溶液を用いて抽出操作を行った。得られた有機層を0.5Mのリン酸二水素カリウム水溶液、水、飽和食塩水の順で洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮した。
得られた残渣をピリジン(脱水)50mLに溶解し、4−DMAP 0.1g、1−エチル−3‐(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩1.5gを加えた。次いで、アミノメチルポリスチレン樹脂(GEヘルスケア社製、Custom Primer Support Amino 200、28−9229−46)5.0g、トリエチルアミン1.7mLを加え、室温で6日間振とうした。反応後、樹脂をろ取した。得られた樹脂をピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥した。得られた樹脂にテトラヒドロフラン(脱水)40mL、無水酢酸3mL、2,6−ルチジン3mLを加え、室温で1.5時間振とうした。樹脂をろ取し、ピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥し、5.0gの標記化合物を得た。
当該目的物のローディング量は、公知の方法を用いて、樹脂1g当たりのトリチルのモル量を409nmにおけるUV吸光度を測定することにより決定した。樹脂のローディング量は、46.3μmol/gであった。

UV測定条件
機器:U−2910(日立製作所)
溶媒:メタンスルホン酸
波長:265 nm
ε値:45000

参考例3 アミノメチルポリスチレン樹脂(1%DVB架橋、東京化成工業社製、A1543)に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸の製造
アルゴン雰囲気下、N−{1−[(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]−2−オキソ−1,2−ジヒドロピリミジン−4−イル}ベンズアミド30 gと4−ジメチルアミノピリジン(4−DMAP)9.6gをジメチルホルムアミド60mLに懸濁し、無水コハク酸7.86gを加え、室温で2時間撹拌した。反応液に1Mのリン酸二水素カリウム水溶液を加えて、酢酸エチルで抽出操作を行った。得られた有機層を1Mのリン酸二水素カリウム水溶液、水、飽和食塩水の順で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、減圧濃縮して粗結晶34.0gを得た。
得られた粗結晶の29.5gをピリジン(脱水)300mLに溶解し、4−DMAP 5.1g、1−エチル−3‐(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩20.1gを加えた。次いで、アミノメチルポリスチレン樹脂(1%DVB架橋、東京化成工業社製、A1543)25.0g、トリエチルアミン24mLを加え、室温で3日間振とうした。反応後、樹脂をろ取した。得られた樹脂をピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥した。得られた樹脂にテトラヒドロフラン(脱水)300mL、無水酢酸30mL、2,6−ルチジン30mLを加え、室温で2.5時間振とうした。樹脂をろ取し、ピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥し、33.2gの標記化合物を得た。
当該目的物のローディング量は、公知の方法を用いて、樹脂1g当たりのトリチルのモル量を409nmにおけるUV吸光度を測定することにより決定した。樹脂のローディング量は、292.4μmol/gであった。

UV測定条件
機器:U−2910(日立製作所)
溶媒:メタンスルホン酸
波長:265 nm
ε値:45000
実施例1 [(2S,6R)−6−{N −(フェノキシアセチル)−O −(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート
工程1 N−{(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル}−N−(フェノキシアセチル)グアニンの製造
−{(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)モルホリン−2−イル}−N−(フェノキシアセチル)グアニン p−トルエンスルホン酸塩(2.0g)(参考例1)をジクロロメタン(30ml)に懸濁し、氷冷下、トリエチルアミン(13.9g)、トリチルクロリド(18.3g)を加えて、室温で1時間撹拌した。反応液を飽和重曹水、次いで水で洗浄後、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮した。残渣に0.2Mクエン酸ナトリウム緩衝液(pH3)/メタノール(1:4(v/v),40ml)を加えて撹拌し、次いで水(40ml)を加えて氷冷下1時間撹拌した(懸濁状態)。これをろ取し、冷メタノールで洗浄、乾燥して目的化合物を1.84g得た(収率:82.0%)。

工程2 N−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N−(フェノキシアセチル)グアニンの製造
工程1で得られた化合物(38.3g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、氷冷下、イミダゾール(4.64g)、t−ブチルジメチルシリルクロリド(9.47g)をこの順で加え、室温で1時間撹拌した。反応液を0.2Mクエン酸ナトリウム緩衝液(pH3)、次いで、飽和食塩水で洗浄後、有機層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として44.1gを得た。

工程3 N−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N−(フェノキシアセチル)−O−トリイソプロピルベンゼンスルホニルグアニンの製造
工程2で得られた化合物(44.1g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、氷冷下、4−ジメチルアミノピリジン(0.64g)、トリエチルアミン(29.2mL)、トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド(19.0g)を加えて室温で1時間撹拌した。反応液を1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液で洗浄後、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として60.5gを得た。

工程4 N−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニンの製造
工程3で得られた化合物(60.5g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、氷冷下、N−メチルピロリジン(54.5mL)を加えて1時間撹拌した。反応液にエチレンシアノヒドリン(37.2g)、次いで1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エン(11.96g)を加え、氷冷下、更に2時間撹拌した。反応液を1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液、次いで水で洗浄後、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として72.4gを得た。

工程5 N−[(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニンの製造
工程4で得られた化合物(72.4g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、トリエチルアミントリヒドロフルオリド(21.1g)を加えて室温で17時間撹拌した。反応液を冷飽和重曹水に注ぎ、中和後ジクロロメタン層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(PSQ100B(冨士シリシア化学株式会社製、以下同じ。))により精製し、目的化合物を14.3g得た(工程2からの収率:39.2%)。

工程6 [(2S,6R)−6−{N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデートの製造
アルゴン雰囲気下、THF(86mL)にジメチルアミノホスホリルジクロリド(4.03mL)を加え氷冷し、これにN−メチルイミダゾール(3.37mL)を加えた。反応液は懸濁状態になった。5分後、工程5で得られた化合物(11.86g)を粉末のまま加え、更に5分間撹拌して、N−エチルモルホリン(2.16mL)を加えた後、室温で3時間撹拌した。反応液を氷冷した1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液に注ぎ、酢酸エチル(300ml)で抽出操作を行った。次いで、有機層を飽和食塩水で洗浄し、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(PSQ100B)により精製し、目的化合物を9.9g得た(収率:70.7%)。

H−NMR(CDCl):δ 8.85(1H,bs),7.85(1H,d,J=3.45Hz),7.60−7.00(20H,m),6.30(1H,d,J=9.51Hz),4.90−4.70(4H,m),4.60−4.40(1H,m),4.20−4.00(1H,m),3.50(1H,d,J=11.28Hz),3.25(1H,d,J=10.21Hz),3.00(2H,t,J=6.56Hz),2.65(6H,dd,J=13.89,4.1Hz),1.85−1.55(2H,m)

31P−NMR(CDCl):δ 20.7097,20.3500
以下の製造例、又は試験例に用いるモルホリノモノマー化合物の構造式と略称を表1に示す。
Figure 0005831455


製造例1 CE−Gを用いた、塩基配列が5’−CAGTGC−3’である、下記構造を有するモルホリノ核酸オリゴマーの合成
Figure 0005831455

[工程1]アミノメチルポリスチレン樹脂に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸(参考例2)216mg(10 μmol)を合成用カラムに移し入れ、自動合成機(Oligopilot 10:GE healthcare社製)に装填した。その他、必要な試薬類も調製し装填した。固相合成は50℃で(カラムオーブンを使用)、表2の合成条件で合成を行った。

Figure 0005831455

※ モノマー溶液とアクティベーター溶液は、6:4の体積比に設定した。

なお、デブロック溶液としては、3%(w/v)トリクロロ酢酸を含有するジクロロメタン溶液を用いた。アクティベーターとしては、20%(v/v)のN,N−ジイソプロピルエチルアミン、および、10%(v/v)のテトラヒドロフランを含有するアセトニトリル溶液を用いた。
モルホリノモノマー化合物として、表1に記載のA、C、T、及びCE−Gを用いた。
モルホリノモノマー溶液としては、上記モルホリノモノマー化合物を0.13−0.15Mになるように、テトラヒドロフランで溶解したものを用いた (A,C:0.14M; T:0.15M ; CE−G:0.13M)。

[工程2]
[工程1]で得られたモルホリノ核酸オリゴマーが担持されたアミノメチルポリスチレン樹脂を反応容器から回収し、2時間以上室温で減圧乾燥した。乾燥したアミノメチルポリスチレン樹脂に担持されたモルホリノ核酸オリゴマーの10mgを反応容器に入れ、28%アンモニア水−エタノール(1/3)1.0mLを加え、55℃で15時間撹拌した。アミノメチルポリスチレン樹脂をろ別し、エタノール1.0mLで洗浄した。得られたろ液にエチルエーテル10mLを加えた。遠心後に上澄みを除去し、減圧乾燥することで目的物を白色沈殿として得た。
MALDI−TOF−MS 計算値:1921.66
測定値:1917.69
製造例2 POB−Gを用いた、塩基配列が5’−CAGTGC−3’である、モルホリノ核酸オリゴマーの合成
CE−Gモノマーの代わりに、[(2S,6R)−6−{N−(フェノキシアセチル)−O−(ピバロイルオキシベンジル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート(WO2009/064471 A1参照、以下、POG-Gという(表1参照)。)を使用して、製造例1の[工程1]、[工程2]と同様の方法で、製造例1と同じ配列のモルホリノ核酸オリゴマーを製造した。
製造例3 塩基配列が、5’−CCTCCGGTTCTGAAGGTGTT−3’である、モルホリノ核酸オリゴマーの合成
アミノメチルポリスチレン樹脂に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸(参考例3)6.02g(1.75mmol)を反応槽に移し入れ、ジクロロメタン90mLを添加し、30分間静置した。ろ過後、表3の合成サイクルを開始した。標記化合物の塩基配列になるよう、各サイクルにおいて所望のモルホリノモノマー化合物を添加した。
Figure 0005831455

※1 固相担体が膨潤して撹拌可能になる最少量。
※2 10merまで90min,
11−21merは300min。
なお、デブロック溶液としては、トリフルオロ酢酸(2当量)とトリエチルアミン(1当量)の混合物を3%(w/v)になるように、1%(v/v)のエタノールと10%(v/v)の2,2,2−トリフルオロエタノールを含有するジクロロメタン溶液で溶解したものを用いた。中和溶液としては、N,N−ジイソプロピルエチルアミンを5%(v/v)になるように、25%(v/v)の2−プロパノールを含有するジクロロメタン溶液で溶解したものを用いた。
カップリング溶液Aとしては、モルホリノモノマー化合物(A、C、T、及びCE−G)を0.15Mになるように、10%(v/v)のN,N−ジイソプロピルエチルアミンを含有する1,3−ジメチル−2−イミダゾリジノンで溶解したものを用いた。カップリング溶液Bとしては、N,N−ジイソプロピルエチルアミンを10%(v/v)になるように、1,3−ジメチル−2−イミダゾリジノンで溶解したものを用いた。キャッピング溶液としては、ジクロロメタンに対して20%(v/v)の無水酢酸と30%(v/v)の2,6−ルチジンを溶解したものを使用した。
上記で合成したモルホリノ核酸オリゴマーが担持されたアミノメチルポリスチレン樹脂を反応容器から回収し、2時間以上室温で減圧乾燥した。乾燥したアミノメチルポリスチレン樹脂に担持されたモルホリノ核酸オリゴマーを反応容器に入れ、28%アンモニア水−エタノール(1/4)350mLを加え、55℃で15時間撹拌した。アミノメチルポリスチレン樹脂をろ別し、水−エタノール(1/4)150mLで洗浄した。得られたろ液を減圧濃縮した。得られた残渣を20mMの酢酸−トリエチルアミン緩衝液(TEAA緩衝液)とアセトニトリルの混合溶媒(4/1)400mLに溶解し、メンブレンフィルターでろ過した。得られたろ液を逆相HPLCにて精製した。使用した条件は、表4の通りである。
Figure 0005831455
各フラクションを分析して目的物を回収し、減圧濃縮して淡黄色固体を得た。得られた固体に10mMのリン酸水溶液200mLを加え、懸濁させた。2Mのリン酸水溶液10mLを加え、15分間攪拌した。さらに、2Mの水酸化ナトリウム水溶液15mLを加えて中和した。さらに、2Mの水酸化ナトリウム水溶液20mLを加えてアルカリ性とし、メンブレンフィルター(0.22μm)でろ過した。10mMの水酸化ナトリウム水溶液180mLで洗いこみ、目的物(5.8g、収率50%)を含む水溶液(400mL)を得た。

ESI−TOF−MS 計算値:6609.62
測定値:6609.09

試験例1 本発明化合物(CE−G)を用いて製造されたモルホリノ核酸オリゴマー(製造例1)と、先行技術化合物(POB−G)を用いて製造されたモルホリノ核酸オリゴマー(製造例2)との比較
(1)合成されたモルホリノ核酸オリゴマーの純度ないし収量の比較
製造例1の[工程1]、及び製造例2の[工程1]と同じ操作で得られた、モルホリノ核酸オリゴマーが担持されたアミノメチルポリスチレン樹脂を、それぞれ濃アンモニア水/エタノール混合液で処理し、モルホリノ核酸オリゴマーを固相担体から切り出した。担体を濾過にて除去した後、ろ液に大過剰のエーテルを添加して遠心分離に供し、上澄み液を除いて、当該オリゴマーの粗生成物を固形物として回収した。固形物を乾燥後、水(20ml)に溶解し、このうち5μlを採取してHPLCに供し、当該未精製の混合物中に含まれる標記モルホリノ核酸オリゴマーの含有量を測定した。結果をそれぞれ図1及び図2のHPLCクロマトグラムに示す。
なお、測定条件は以下の通りである。

測定条件:
HPLC装置
送液ユニット:LC−10AT VP(島津製作所社製)
検出器:SPD−10AVP (島津製作所社製)
逆相HPLCカラム
XBridge<2.5μm,φ4.6mm x 50mm>(Waters社製)
カラム温度:60℃
移動相
グラジエント:リニアグラジエント20分(B液:0−40%)
A液:50mM トリエチルアミン−酢酸緩衝液
B液:アセトニトリル
移動相の流量:0.75ml/分
紫外線可視分光器検出波長:260nm
図1及び図2のHPLCクロマトグラムを解析して得られた、未精製の混合物中に含まれる標記モルホリノ核酸オリゴマーの面積百分率(%)及び、ピーク面積(μAU・sec)を表5に示す。
Figure 0005831455
表5の結果から、モルホリノ核酸オリゴマーの合成において、CE−Gモノマーを用いた場合は、POB−Gモノマーを用いた場合と比較して、面積百分率が高く、ピーク面積が大きいことから、合成されたモルホリノ核酸オリゴマーの純度が高く、収量が多いと言えるので、本発明は先行技術よりも優れていることが明らかである。
(2)合成されたモルホリノ核酸オリゴマーのMSスペクトル分析による比較
上記(1)で得られたそれぞれの未精製のモルホリノ核酸オリゴマーについて、MSスペクトル(MALDI−TOF−MS;Autoflex/Bruker Daltonics社製)を測定し、それぞれ図3及び図4のMSスペクトラムを得た。

その結果、POB−Gモノマーを用いた場合(図4)には、CE−Gモノマーを用いた場合(図3)では確認されない副生成物の存在が確認された。当該副生成物の分子量の測定値は、標記モルホリノ核酸オリゴマーの基準ピークよりも106大きいものであり、WO2009/064471で報告されているp−ヒドロキシベンジル付加体であると推定された。

一方、CE−Gモノマーを用いた場合、CE基はβ−脱離するにもかかわらず、アクリロニトリルの付加体は検出されなかったので(図3)、CE−Gモノマーはモルホリノ核酸オリゴマーの合成において優れている。

Claims (6)

  1. 次の一般式(1)で表される化合物又はその塩。
    Figure 0005831455

    式中、Rは、水素又は次の一般式(2)で表される基を表す。
    Figure 0005831455

    [式中、*は、結合位置を表す。R11、R12、R13は、同一又は異なって、水素、アルキル又はアルコキシを表す。]
    は、次の一般式(3)又は(4)で表される基を表す。

    Figure 0005831455

    [式中、*は、前記と同義である。Rは、アルキル、アリールメチル、又はアリールオキシメチルを表す。
    、Rは、同一又は異なって、アルキルを表す。]
    は、トリアルキルシリル若しくはジフェニルアルキルシリルで保護されていてもよい水酸基、又は次の一般式(5)で表される基を表す。
    Figure 0005831455

    [式中、*は、前記と同義である。XはO又はSを表す。
    Yはジアルキルアミノ、又はアルコキシを表す。
    Zはハロゲンを表す。]
  2. XがO、Yがジアルキルアミノ、Zが塩素である、請求項1記載の化合物又はその塩。
  3. がt−ブチルジメチルシリル又はt−ブチルジフェニルシリルで保護されていてもよい水酸基である、請求項1記載の化合物又はその塩。
  4. がフェノキシメチルである、請求項1記載の化合物又はその塩。
  5. が、トリチル、4−メトキシトリチル、4−メチルトリチル、4,4’−ジメチルトリチル、4,4’−ジメトキシトリチル、又は4,4’,4’’−トリメチルトリチルである、請求項1記載の化合物又はその塩。
  6. 次の化合物(1)〜(3)のいずれかである、請求項1記載の化合物又はその塩。
    (1)N−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン、
    (2)N−{(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル}−N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン、
    (3)[(2S,6R)−6−{N−(フェノキシアセチル)−O−(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート
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