KR20180088874A - 펩타이드 올리고뉴클레오타이드 컨쥬게이트 - Google Patents
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Abstract
본 명세서에 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트가 제공된다. 또한 중추 신경계 장애, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 대상에게 본 명세서에 기재된 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함한다.
Description
서열 목록
본 출원은 컴퓨터 판독가능한 포맷인 서열 목록과 함께 출원되고 있다. 서열 목록은 4,076 바이트의 크기로 2016 년 12월 13일에 제작된, 파일명 586558SPT-002PC_SL.txt로 제공된다. 서열 목록의 컴퓨터 판독가능한 포맷의 정보는 그 전체가 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
관련 출원의 상호 참조
본 출원은 2015년 12월 15일자, 미국 가출원번호 제62/267,723호의 우선권을 주장하며, 상기 문헌은 본 명세서에 그 전체가 참조 문헌으로 포함된다.
안티센스 기술(antisense technology)은 선택적인 스플라이스 생성물을 포함하여 하나 이상의 특정 유전자 산물의 발현을 조절하는 수단을 제공하며, 다수의 치료, 진단 및 연구 분야에서 독특하게 사용할 수 있다. 안티센스 기술의 원리는, 표적 핵산에 하이브리드화하는 안티센스 화합물, 예를 들면 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide)가 다수의 안티센스 기전 중 임의의 하나를 통해, 전사, 스플라이싱 또는 번역과 같은 유전자 발현 활성을 조절하는 것이다. 안티센스 화합물의 서열 특이성은 표적 확인 및 유전자 기능화를 위한 도구, 뿐만 아니라 질병과 관련된 유전자의 발현을 선택적으로 조절하는 치료제로서도 매력적이다.
안티센스 기술의 분야에서 상당한 진전이 있었지만, 당업계에서는 올리고 뉴클레오타이드 및 개선된 안티센스 또는 항원 성능을 가지는 펩타이드-올리고뉴클레오타이드-컨쥬게이트(peptide-oligonucleotide-conjugate)에 대한 필요성이 여전히 남아있다. 개선된 안티센스 또는 항원 성능은, 적어도, 예를 들어 다음을 포함한다: 더 낮은 독성, 서열 선택성을 손상시키지 않으면서 DNA 및 RNA에 대한 보다 강한 친화도, 개선된 약동학 및 조직 분포, 개선된 세포 전달, 및 신뢰할 수 있고 통제가능한 생체 내 분포.
본 명세서에 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트가 제공된다. 또한 질병의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법에 제공되며, 상기 방법은 대상에게 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함한다.
따라서, 하나의 양태에서, 본 명세서에 화학식 I의 펩타이드-올리고뉴클레오타이드-컨쥬게이트:
(I)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이 제공되며, 여기서 R1, R2, R3, R4, 및 z는 본 발명에 정의된 바와 같다.
하나의 구체예에서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ia의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(Ia)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이며, 여기서 R2, R5, R7, R8, R12, 및 z는 본 발명에 정의된 바와 같다.
또 다른 구체예에서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ib의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(Ib)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이며, 여기서 R2, R4, R7, R8, R12, 및 z는 본 발명에 정의된 바와 같다.
또 다른 구체예에서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(Ic)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이며, 여기서 R1, R2, R3, R12, 및 z는 본 발명에 정의된 바와 같다.
또 다른 양태에서, 본 명세서에 중추 신경계 장애, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 대상에게 화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함한다.
도 1은 PPMO-5 및 PPMO-1의 제조에 사용되는 일반 합성 반응식을 나타낸다.
도 2은 PPMO-4의 제조에 사용되는 일반 합성 반응식을 나타낸다.
도 3은 본 명세서에 기재된 다른 링커와 비교한 경우 PEG-3 링커의 % 엑손 23 스키핑이 효능을 개선함을 나타낸다 (QC = 대퇴 사두근, HT = 심장, DP = 횡경막).
도 4는 PPMO-8와 비교하여 Apa 링커 또는 모든-D 아미노산의 % 엑손 23 스키핑이 효능을 개선함을 나타낸다.
도 5는 PPMO-2 및 PPMO-8와 비교하여 PEG-3 링커 화합물 효능을 비교한다.
도 6은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서 BUN (혈액 우레아 질소) 수준을 나타낸다. BUN 수준은 PPMO-8와 비교하여 증가한다.
도 7은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서, ALT (알라닌 아미노트랜스퍼레이스), 알칼리성 포스파테이스, 트라이글리세라이드, 크레아티닌, 및 AST (아스파테이트 아미노트랜스퍼레이스)의 혈청 화학물질 수준을 나타낸다 (점선/음영 영역은 각각, 내부 처리하지 않은 데이터베이스로부터 평균 및 SD를 나타낸다).
도 8은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서, 클로라이드, 포스포러스, 포타슘, 및 소듐의 혈청 화학물질 수준을 나타낸다 (점선/음영 영역은 각각, 내부 처리하지 않은 데이터베이스로부터 평균 및 SD를 나타낸다).
도 9은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서 KIM-1 수준을 나타낸다 (점선/음영 영역은 각각, 내부 처리하지 않은 데이터베이스로부터 평균 및 SD를 나타낸다).
도 10은 PPMO-4, PPMO- 2, 및 PPMO-8의 % 엑손 23 스키핑 및 KIM-1 수준을 비교한다.
도 2은 PPMO-4의 제조에 사용되는 일반 합성 반응식을 나타낸다.
도 3은 본 명세서에 기재된 다른 링커와 비교한 경우 PEG-3 링커의 % 엑손 23 스키핑이 효능을 개선함을 나타낸다 (QC = 대퇴 사두근, HT = 심장, DP = 횡경막).
도 4는 PPMO-8와 비교하여 Apa 링커 또는 모든-D 아미노산의 % 엑손 23 스키핑이 효능을 개선함을 나타낸다.
도 5는 PPMO-2 및 PPMO-8와 비교하여 PEG-3 링커 화합물 효능을 비교한다.
도 6은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서 BUN (혈액 우레아 질소) 수준을 나타낸다. BUN 수준은 PPMO-8와 비교하여 증가한다.
도 7은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서, ALT (알라닌 아미노트랜스퍼레이스), 알칼리성 포스파테이스, 트라이글리세라이드, 크레아티닌, 및 AST (아스파테이트 아미노트랜스퍼레이스)의 혈청 화학물질 수준을 나타낸다 (점선/음영 영역은 각각, 내부 처리하지 않은 데이터베이스로부터 평균 및 SD를 나타낸다).
도 8은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서, 클로라이드, 포스포러스, 포타슘, 및 소듐의 혈청 화학물질 수준을 나타낸다 (점선/음영 영역은 각각, 내부 처리하지 않은 데이터베이스로부터 평균 및 SD를 나타낸다).
도 9은 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 다양한 투여 수준에서 KIM-1 수준을 나타낸다 (점선/음영 영역은 각각, 내부 처리하지 않은 데이터베이스로부터 평균 및 SD를 나타낸다).
도 10은 PPMO-4, PPMO- 2, 및 PPMO-8의 % 엑손 23 스키핑 및 KIM-1 수준을 비교한다.
본 명세서에 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트가 제공된다. 또한 질병의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법에 제공되며, 상기 방법은 대상에게 본 발명의 펩타이드-올리고뉴클레오타이드-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함한다. 본 명세서에 기재된 올리고머, 및 이에 따른 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 천연 또는 비변형 올리고뉴클레오타이드에 대한 서열 선택성을 손상시키지 않으면서, DNA 및 RNA에 대한 강한 친화성을 나타낸다. 일부 구체예에서, 본 발명의 올리고머는 RNase H의 절단을 최소화하거나, 방지한다. 일부 구체예에서, 본 발명의 안티센스 올리고머는 RNase H를 활성화시키지 않는다.
본 명세서에 기재된 펩타이드는 이에 상응하는 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트에 더 낮은 독성, 서열 선택성을 손상시키지 않으면서 올리고머에 대한 강한 친화도, 개선된 약동학 및 조직 분포, 개선된 세포 전달, 및 신뢰할 수 있고 통제가능 생체 내 분포를 부여한다.
정의
본 발명을 기재하기 위해 사용되는 다양한 용어의 정의가 하기 열거된다. 이러한 정의는 특정한 경우에 달리 제한되지 않는 한, 개별적으로 또는 더 큰 그룹의 일부로, 본 명세서 및 청구항 전반에 걸쳐 사용되는 용어에 적용된다.
용어 “약”은 당업자에 의해 이해될 것이며, 사용되는 맥락에 따라 어느 정도까지 변할 것이다. 본 명세서에서 사용 시 양, 일시적 지속기간, 등과 같은 측정 가능한 값을 지칭하는 경우, 용어 “약”은 이러한 변동이 개시된 방법을 수행하기에 적합한, ± 5%, ± 1%, 및 ±0.1%를 포함하는, ±20% 또는 ±10%의 변동을 포함하는 것으로 의미된다.
용어 “알킬”은, 특정 구체예에서, 1 내지 6개, 또는 1 내지 8개의 탄소 원자를 각각 포함하는 포화, 직선형- 또는 분지형-사슬 탄화수소 모이어티를 지칭한다. C1-6-알킬 모이어티의 예로는, 메틸, 에틸, 프로필, 아이소프로필, n-뷰틸, tert-뷰틸, 네오펜틸, n-헥실 모이어티를 포함하지만, 이에 제한되지 않고; C1-8-알킬 모이어티의 예로는, 메틸, 에틸, 프로필, 아이소프로필, n-뷰틸, tert-뷰틸, 네오펜틸, n-헥실, 헵틸, 및 옥틸 모이어티를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
알킬 치환체 내 탄소 원자의 수는 접두사 “Cx-y”로 표시될 수 있고, x는 치환체 내 탄소 원자의 최소값이며 y는 치환체 내 탄소 원자의 최대값이다. 마찬가지로, Cx 사슬은 x개의 탄소 원자를 포함하는 알킬 사슬을 의미한다.
용어 “헤테로알킬”은, 달리 명시되지 않는 한, 그 자체로서 또는 또 다른 용어와 조합으로, 명시된 수의 탄소 원자 및 O, N, 및 S로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 또는 두 개의 헤테로 원자로 구성된, 안정한 직선형 또는 분지형 사슬 알킬 그룹을 의미하며, 여기서 질소 및 황 원자는 선택적으로 산화될 수 있고, 질소 헤테로원자는 선택적으로 사차화될 수 있다. 헤테로원자(들)은 헤테로알킬 그룹의 나머지와 헤테로알킬 그룹의 가장 먼 원위 탄소 원자에 부착될 뿐만 아니라 부착된 단편 사이에 포함하는 헤테로알킬 그룹의 임의의 위치에 위치될 수 있다 예로는 다음을 포함한다: -O-CH2-CH2-CH3, -CH2-CH2-CH2-OH, -CH2-CH2-NH-CH3, -CH2-S-CH2-CH3, 및 -CH2-CH2-S(=0)-CH3. 최대 두 개의 헤테로원자는, 예를 들어, -CH2-NH-OCH3, 또는 -CH2-CH2-S-S-CH3와 같이 연속적일 수 있다.
용어 “아릴”은, 달리 명시되지 않는 한, 단독으로 또는 다른 용어와 조합으로 사용되는 경우, 하나 이상의 고리 (일반적으로 1, 2, 또는 3개의 고리)를 포함하는 카보사이클릭 방향족 시스템을 의미하며, 여기서 이러한 고리는 바이페닐과 같이 펜던트 형식으로 함께 접합될 수 있거나, 또는 나프탈렌과 같이 접합될 수 있다. 아릴 그룹의 예로는 페닐, 안트라실, 및 나프틸을 포함한다. 다양한 구체예에서, 아릴 그룹의 예로는 페닐 (예컨대, C6-아릴) 및 바이페닐 (예컨대, C12-아릴)을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 아릴 그룹은 6 내지 16개의 탄소 원자를 가진다. 일부 구체예에서, 아릴 그룹은 6 내지 12개의 탄소 원자를 가진다 (예컨대, C6-12-아릴). 일부 구체예에서, 아릴 그룹은 6개의 탄소 원자를 가진다 (예컨대, C6-아릴).
본 명세서에서 사용 시, 용어 “헤테로아릴” 또는 “헤테로방향족”은 방향족 특성을 가지는 헤테로사이클을 지칭한다. 헤테로아릴 치환체는 탄소 원자의 수에 의해 정의될 수 있고, 예컨대, C1-9-헤테로아릴은 헤테로아릴 그룹 내 헤테로원자의 수를 포함하지 않는 탄소 원자의 수를 나타낸다. 예를 들어, C1-9-헤테로아릴은 추가적인 1 내지 4개의 헤테로원자를 포함할 것이다. 폴리사이클릭 헤테로아릴은 부분적으로 포화된 하나 이상의 고리를 포함할 수 있다. 헤테로아릴의 비제한적 예로는 피리딜, 피라진일, 피리미딘일 (예컨대, 2- 및 4- 피리미딘일 포함), 피리다진일, 싸이엔일, 퓨릴, 피롤릴 (예컨대, 2-피롤릴 포함), 이미다졸릴, 싸이아졸릴, 옥사졸릴, 피라졸릴 (예컨대, 3- 및 5-피라졸릴 포함), 아이소싸이아졸릴, 1,2,3-트라이아졸릴, 1,2,4-트라이아졸릴, 1,3,4-트라이아졸릴, 테트라졸릴, 1,2,3-싸이아다이아졸릴, 1,2,3-옥사다이아졸릴, 1,3,4-싸이아다이아졸릴 및 1,3,4-옥사다이아졸릴을 포함한다.
폴리사이클릭 헤테로사이클 및 헤테로아릴의 비제한적인 예로는, 인돌릴 (예컨대, 3-, 4-, 5-, 6- 및 7-인돌릴 포함), 인돌린일, 퀴놀릴, 테트라하이드로퀴놀릴, 아이소퀴놀릴 (예컨대, 1- 및 5-아이소퀴놀릴 포함), 1,2,3,4-테트라하이드로아이소퀴놀릴, 시놀린일, 퀴녹살린일 (예컨대, 2- 및 5- 퀴녹살린일 포함), 퀴나졸린일, 프탈라진일, 1,8-나프티리딘일, 1,4-벤조다이옥산일, 쿠마린, 다이하이드로쿠마린, 1,5-나프티리딘일, 벤조퓨릴 (예컨대, 3-, 4-, 5-, 6- 및 7-벤조퓨릴 포함), 2,3-다이하이드로벤조퓨릴, 1,2-벤즈아이소옥사졸릴, 벤조싸이엔일 (예컨대, 3-, 4-, 5-, 6-, 및 7-벤조싸이엔일 포함), 벤즈옥사졸릴, 벤조싸이아졸릴 (예컨대, 2-벤조싸이아졸릴 및 5-벤조싸이아졸릴 포함), 퓨린일, 벤즈이미다졸릴 (예컨대, 2- 벤즈이미다졸릴 포함), 벤조트라이아졸릴, 싸이오잔틴일, 카바졸릴, 카볼린일, 아크리딘일, 피롤리지딘일, 및 퀴놀리지딘일을 포함한다.
용어 “보호 그룹” 또는 “화학적 보호 그룹”은 화합물의 일부 또는 모든 반응성 모이어티를 차단하고, 보호 그룹이 제거될 때까지 이러한 반응성 모이어티가 화학 반응에 참여하는 것을 방지하는 화학적 모이어티를 지칭하며, 예를 들어, 이러한 모이어티는 T.W. Greene, P.G.M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3rd ed. John Wiley & Sons (1999)에 열거 및 기재되어 있다. 상이한 보호 그룹이 사용되는 경우, 각각의 (상이한) 보호 그룹은 상이한 수단에 의해 제거될 수 있는 것이 유리할 수 있다. 완전히 상이한 반응 조건 하에서 제거되는 보호 그룹은 이러한 보호 그룹을 차별적으로 제거할 수 있도록 한다. 예를 들어, 보호 그룹은 산, 염기, 및 수소 첨가 분해에 의해 제거될 수 있다. 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, 다이메톡시트라이틸, 아세탈 및 tert-뷰틸다이메틸실릴과 같은 그룹은 산 불안정성이며, 수소 첨가 분해에 의해 제거될 수 있는 Cbz 그룹 및 염기 불안정성인 Fmoc 그룹으로 보호된 아미노 그룹의 존재하에, 카복시 및 하이드록시 반응성 모이어티를 보호하도록 사용될 수 있다. 카복실산 모이어티는 염기 불안정성 그룹 예컨대, 비제한적으로, 메틸, 또는 에틸로 차단될 수 있고, 하이드록시 반응성 모이어티는 산 불안정성 그룹, 예컨대, 둘 모두 산 및 염기에 안정성이지만, 가수분해로 제거할 수 있는 (hydrolytically removable) tert-뷰틸 카바메이트 또는 카바메이트로 차단된 아민의 존재하에, 염기 불안정성 그룹 예컨대 아세틸렌으로 차단될 수 있다.
카복실산 및 하이드록실 반응성 모이어티는 또한 가수분해로 제거할 수 있는 보호 그룹, 예컨대 벤질 그룹으로 차단될 수 있는 반면, 아민 그룹은 염기 불안정성 그룹, 예컨대 Fmoc으로 차단될 수 있다. 화학식 (I)의 화합물의 합성에 특히 유용한 아민 보호 그룹은 트라이플루오로아세트아마이드이다. 카복실산 반응성 모이어티는 산화적-제거 가능한 보호 그룹, 예컨대 2,4-다이메톡시벤질으로 차단될 수 있는 반면, 공존하는 아미노 그룹은 플루오라이드 불안정성 실릴 카바메이트로 차단될 수 있다.
알릴 차단 그룹은 안정하기 때문에 산- 및 염기-보호 그룹의 존재하에 유용하며, 이후 금속 또는 파이-산 촉매에 의해 제거될 수 있다. 예를 들어, 알릴-차단된 카복실산은 불안정성 t-뷰틸 카바메이트 또는 염기-불안정성 아세테이트 아민 보호 그룹의 존재하에 산 팔라듐(O)-촉매 반응으로 탈보호될 수 있다. 또 다른 형태의 보호 그룹은 화합물 또는 중간체가 부착될 수 있는 수지(resin)이다. 잔기가 수지에 부착되는 한, 작용성 그룹은 차단되며 반응할 수 없다. 수지로부터 방출되면, 작용성 그룹은 반응할 수 있다.
용어 “핵염기,” “염기-짝짓기 모이어티,” “핵염기-짝짓기 모이어티,” 또는 “염기”는 뉴클레오사이드, 뉴클레오타이드, 및/또는 모폴리노 소단위의 헤테로사이클릭 고리 부분을 지칭한다. 핵염기는 자연적으로 존재할 수 있거나, 또는 이러한 자연적으로 존재하는 핵염기의 변형 또는 유사체일 수 있으며, 예컨대, 핵염기의 하나 이상의 질소 원자는 각 경우에 독립적으로 탄소로 대체될 수 있다. 예시적인 유사체로는 하이포잔틴 (뉴클레오사이드 이노신의 염기 성분); 2, 6-다이아미노퓨린; 5-메틸 사이토신; C5-프로파인일-변형 피리미딘; 10-(9-(아미노에톡시)페녹사진일) (G-클램프) 등을 포함한다.
염기-짝짓기 모이어티의 추가적인 예로는, 아실 보호 그룹에 의해 보호된 각각의 아미노 그룹을 가지는 우라실, 타이민, 아데닌, 사이토신, 구아닌 및 하이포잔틴 (이노신), 2-플루오로우라실, 2-플루오로사이토신, 5- 브로모우라실, 5-아이오도우라실, 2,6- 다이아미노퓨린, 아자사이토신, 피리미딘 유사체 예컨대 슈도아이소사이토신 및 슈도우라실 미 다른 변형 핵염기 예컨대 8 -치환된 퓨린, 잔틴, 또는 하이포잔틴 (잔틴 및 하이포잔틴은 천연 분해 생성물임)을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048, Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196 및 Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313에 개시된 변형 핵염기가 또한 고려되며, 상기 문헌의 내용은 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
염기-짝짓기 모이어티의 추가적인 예로는, 하나 이상의 벤젠 고리가 추가된 확장된-크기의 핵염기를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. Glen Research catalog (www.glenresearch.com); Krueger AT et al., Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150; Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943; Renner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6 , 553-543; Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733; Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 622-627에 기재된 핵염기 대체가 본 명세서에 기재된 올리고머의 합성에 유용한 것으로 고려되며, 상기 문헌의 내용은 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다. 확장된-크기의 핵염기의 예를 하기에 도시된다:
용어 “올리고뉴클레오타이드” 또는 “올리고머”는 복수의 연결된 뉴클레오사이드, 뉴클레오타이드, 또는 뉴클레오사이드 및 뉴클레오타이드의 조합을 포함하는 화합물을 지칭한다. 본 명세서에 제공된 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오타이드는 모폴리노 올리고뉴클레오타이드이다.
용어 “모폴리노 올리고뉴클레오타이드(morpholino oligonucleotide)” 또는 “PMO”는 포스포아미데이트(phosphoramidate) 또는 포스포로다이아미데이트(phosphorodiamidate) 연결부에 의해 함께 연결된 모폴리노 소단위를 가지며, 하나의 소단위의 모폴리노 질소가 인접한 소단위의 5'- 고리 외 탄소에 접합하는 변형 올리고뉴클레오타이드를 지칭한다. 각각의 모폴리노 소단위는 핵염기-특이적 수소 결합에 의해, 표적 핵염기에 결합하기 효과적인 핵염기- 짝짓기 모이어티를 포함한다.
용어 “안티센스 올리고머,” “안티센스 화합물” 및 “안티센스 올리고뉴클레오타이드”는 상호교환적으로 사용되며, 각각 연결된 염기-짝짓기 모이어티를 포함하는 소단위의 서열을 지칭하고, 이는 Watson-Crick 염기 짝짓기에 의해 핵산 (일반적으로 RNA)에서 염기-짝짓기 모이어티가 표적 서열에 하이브리드화하도록 하는 소단위간 연결부에 의해 연결되어, 표적 서열 내에서 핵산:올리고머 헤테로듀플렉스를 형성한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 (완벽한) 또는 거의 (충분한) 서열 상보성을 가질 수 있고; 올리고머의 말단 근처에서의 서열의 변화가 일반적으로 내부의 변형보다 바람직하다.
이러한 안티센스 올리고머는 mRNA의 번역을 차단 또는 억제하거나 또는 천연 또는 비정상적 pre-mRNA 스플라이싱 처리를 억제/변경하도록 설계될 수 있으며, 하이브리드화하는 표적 서열에 "지향(directed to)" 또는 "표적화(targeted against)"된다고 할 수 있다. 표적 서열은 일반적으로 mRNA의 AUG 개시 코돈, 번역 억제 올리고머 또는 전-처리된 mRNA의 스플라이싱 부위, 스플라이싱 억제 올리고머 (Splice Suppressing Oligomer, SSO)를 포함하는 영역이다. 스플라이싱 부위에 대한 표적 서열은 전-처리된 mRNA에서 정상 스플라이싱 수용체 접합의 그 5' 말단의 1 내지 약 25 염기쌍 다운스트림을 갖는 mRNA 서열을 포함할 수 있다. 다양한 구체예에서, 표적 서열은 스플라이싱 부위를 포함하거나 전적으로 엑손 코딩 서열 내에 포함되거나 또는 스플라이싱 수용체 또는 공여체 부위에 걸쳐있는 전-처리된 mRNA의 임의의 영역일 수 있다. 올리고머는, 보다 일반적으로, 상기 기재된 방식으로 표적의 핵산에 대해 표적화되는 경우, 생물학적으로 관련된 표적, 예컨대 단백질, 바이러스, 또는 박테리아에 대해 "표적화"된다는 것으로 알려져있다.
안티센스 올리고뉴클레오타이드 및 표적 RNA는, 각각의 분자에서 충분한 수의 상응하는 위치가 올리고뉴클레오타이드와 표적 사이에서 안정하고 특이적인 결합이 일어나도록 서로 수소 결합할 수 있는 뉴클레오타이드에 의해 점유되는 경우, 서로에 대해서 상보적이다. 따라서, "특이적으로 혼성화될 수 있는(specifically hybridizable)" 및 "상보적"은, 올리고뉴클레오타이드와 표적 간에 안정하고 특이적인 결합이 일어나기에 충분한 정도의 상보성 또는 정확한 짝짓기를 나타내는데 사용되는 용어이다. 당업계에서는, 올리고뉴클레오타이드의 서열이 특이적으로 혼성화될 수 있는 이의 표적 서열의 서열과 100% 상보적일 필요는 없다는 것이 이해된다. 표적 분자에 대한 올리고뉴클레오타이드의 결합이 표적 RNA의 정상 기능을 방해하는 경우 올리고뉴클레오타이드는 특이적으로 혼성화될 수 있고, 특이적인 결합이 요구되는 조건 하에서, 즉, 생체 내 검정 또는 치료학적 치료의 경우에는 생리학적 조건하에서, 및 시험관 내 검정의 경우에는 검정이 수행되는 조건하에서, 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 비-표적 서열에 대한 비-특이적 결합을 피하기에 충분한 정도의 상보성이 있다.
올리고뉴클레오타이드는 또한 핵염기 (보통 당업계에서 간단하게 “염기”로 지칭됨) 변형체 또는 치환체를 포함할 수 있다. 변형된 또는 치환된 염기를 포함하는 올리고뉴클레오타이드는, 핵산에서 발견되는 가장 일반적인 하나 이상의 퓨린 또는 피리미딘 염기가 덜 일반적인 또는 비-천연의 염기로 대체된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 구체예에서, 핵염기는 퓨린 염기의 N9 원자, 또는 피리미딘 염기의 N1 원자에서, 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드의 모폴린 고리에 공유 결합된다.
퓨린 염기는 이미다졸 고리에 접합된 피리미딘 고리를 포함하며, 다음의 일반 화학식으로 기재된다:
퓨린
아데닌 및 구아닌은 핵산에서 가장 일반적으로 발견되는 두 개의 퓨린 핵염기이다. 이들은 N6-메틸아데닌, N2-메틸구아닌, 하이포잔틴, 및 7- 메틸구아닌을 포함하지만 이에 제한되지 않는, 기타 자연적으로 존재하는 퓨린으로 치환될 수 있다.
피리미딘 염기는 6-원 피리미딘 고리를 포함하며, 다음의 일반 화학식으로 기재된다:
피리미딘
사이토신, 우라실, 및 타이민 핵산에서 가장 일반적으로 발견되는 피리미딘 염기이다. 이들은 5- 메틸사이토신, 5-하이드록시메틸사이토신, 슈도우라실, 및 4-싸이오우라실을 포함하지만 이에 제한되지 않는, 기타 자연적으로 존재하는 피리미딘으로 치환될 수 있다. 하나의 구체예에서, 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드는 우라실 대신에 타이민 염기를 포함한다.
다른 변형 또는 치환된 염기로는, 2,6- 다이아미노퓨린, 오로트산, 아그마티딘, 라이시딘, 2-싸이오피리미딘 (예컨대 2-싸이오우라실, 2- 싸이오타이민), G-클램프 및 이의 유도체, 5-치환된 피리미딘 (예컨대 5-할로우라실, 5- 프로피닐우라실, 5-프로피닐사이토신, 5-아미노메틸우라실, 5-하이드록시메틸우라실, 5- 아미노메틸사이토신, 5-하이드록시메틸사이토신, Super T), 7-디아자구아닌, 7-디아자아데닌, 7-아자-2,6-다이아미노퓨린, 8-아자-7-디아자구아닌, 8-아자-7-디아자아데닌, 8 - 아자-7-디아자-2,6- 다이아미노퓨린, Super G, Super A, 및 N4-에틸사이토신, 또는 이의 유도체; N2-사이클로펜틸구아닌(cPent-G), N2-사이클로펜틸-2-아미노퓨린 (cPent-AP), 및 N2-프로필-2-아미노퓨린 (Pr-AP), 슈도우라실 또는 이의 유도체; 및 변성(degenerate) 또는 보편적인 염기, 예컨대 2,6-다이플루오로톨루엔 또는 무염기 예컨대 무염기성 부위 (예컨대 1 - 디옥시리보스, 1,2-다이디옥시리보스, 1-디옥시-2- O-메틸리보스; 또는 고리 산소가 질소로 대체된 피롤리딘 유도체 (아자리보스))를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 슈도우라실은 우리딘에서와 같이 규칙적 N-글리코사이드보다는 C-글리코사이드를 가지는 우라실의 자연적으로 존재하는 이성질체 버전이다.
특정한 변형 또는 치환된 핵염기는 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 결합 친화성을 증가시키는데 특히 유용하다. 이들은 5- 치환된 피리미딘, 6-아자피리미딘 및 N-2, N-6 및 0-6 치환된 퓨린을 비롯한, 2-아미노프로필아데닌, 5-프로피닐우라실 및 5-프로피닐사이토신을 포함한다. 다양한 구체예에서, 핵염기는 5-메틸사이토신 치환체를 포함할 수 있으며, 이는 핵산 이중 가닥 안정성을 0.6-1.2 ℃ 증가시키는 것으로 밝혀졌다.
일부 구체예에서, 변형 또는 치환된 핵염기는 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 정제를 용이하게 하는데 유용하다. 예를 들어, 특정 구체예에서, 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 3개 이상 (예컨대, 3, 4, 5, 6개 이상) 연속적인 구아닌 염기를 포함할 수 있다. 특정 안티센스 올리고뉴클레오타이드에서, 3개 이상의 연속적 구아닌 염기의 스트링은 올리고뉴클레오타이드의 응집을 야기하여, 정제를 어렵게 한다. 이러한 안티센스 올리고뉴클레오타이드에서, 하나 이상의 연속적 구아닌은 이노신으로 치환될 수 있다. 3개 이상의 연속적 구아닌염기의 스트링에서 하나 이상의 구아닌을 이노신으로 치환하면 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 응집을 감소시켜, 정제를 용이하게 할 수 있다.
본 명세서에 제공된 올리고뉴클레오타이드는 합성되며 생물학적 기원의 안티센스 조성물을 포함하지 않는다. 본 발명의 분자는 또한 섭취, 분포, 또는 흡수를 보조하기 위해, 예를 들면, 리포솜, 수용체 표적화된 분자, 경구, 직장, 국소 또는 다른 제형, 또는 이들의 조합으로, 다른 분자, 분자 구조 또는 화합물의 혼합물과 혼합, 캡슐화, 접합 또는 그렇지 않으면 연계될 수 있다.
용어 “상보적” 및 “상보성”은 Watson-Crick 염기-짝짓기 규칙에 관련된 올리고뉴클레오타이드 (즉, 뉴클레오타이드의 서열)를 지칭한다. 예를 들어, 서열 “T-G-A (5'-3')”은 서열 “T-C-A (5'-3')”에 상보적이다. 상보성은 “부분적”일 수 있으며, 핵산의 염기 중 오직 일부만 염기 짝짓기 규칙에 따라 매치된다. 또는, 핵산 사이에 “완전한”, “전체의” 또는 “완벽한” (100%) 상보성이 존재할 수 있다. 핵산 가닥 사이의 상보성의 정도는 핵산 가닥 사이의 하이브리드화 효율 및 강도에 상당한 영향을 미친다. 완벽한 상보성이 보통 바람직하지만, 일부 구체예는 표적 RNA에 대한 하나 이상의, 그러나 바람직하게 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1 개의 미스매치를 포함할 수 있다. 이러한 하이브리드화는 표적 서열에 대한 안티센스 올리고머의 “거의” 또는 “실질적인” 상보성으로, 뿐만 아니라 정확한 상보성으로 발생할 수 있다. 일부 구체예에서, 올리고머는 표적 서열에 대해 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% 또는 100% 상보성으로 하이브리드화할 수 있다. 올리고머 내의 임의의 위치에서 변이가 포함된다. 특정 구체예에서, 올리고머의 말단 근처의 서열 변이는 일반적으로 내부에서의 변이보다 바람직하며, 존재하는 경우, 일반적으로 5'-말단, 3'-말단, 또는 두 말단 모두의 약 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1개 뉴클레오타이드 내에 존재한다.
용어 “TEG,” “EG3,” 또는 “트라이에틸렌 글리콜 꼬리”는 예컨대, 3'- 또는 5'-말단에서 올리고머에 대해 컨쥬게이트된 트라이에틸렌 글리콜 모이어티를 지칭한다. 예를 들어, 일부 구체예에서, “TEG”는, 예를 들어, 화학식 (I) 또는 (Ic)의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 중 R3는 다음의 화학식인 화합물을 포함한다:
용어 “펩타이드”는 복수의 연결된 아미노산을 포함하는 화합물을 지칭한다. 본 명세서에 제공되는 펩타이드는 세포-침투 펩타이드인 것으로 고려될 수 있다.
용어 “세포-침투 펩타이드” 및 “CPP”는 상호교환적으로 사용되며, 양이온성 세포-침투 펩타이드를 지칭하고, 또한 수송 펩타이드, 담체 펩타이드, 또는 펩타이드 형질도입 도메인으로 불린다. 본 명세서에 제공되는 펩타이드는 주어진 세포 배양군의 세포의 100% 내에서 세포 침투를 유도하는 능력을 가지고 전신 투여시 생체 내 다수의 조직 내에서 거대분자 전좌를 가능하게 한다. 다양한 구체예에서, 본 발명의 CPP 구체예는 아르기닌-풍부 펩타이드를 포함할 수 있고, 이는 하기 추가적으로 기재된다.
용어 "치료"는 질환의 완화를 위해 사용되는 하나 이상의 특정 절차의 적용을 지칭한다. 특정 구체예에서, 특정 절차는 하나 이상의 약제학적 작용제의 투여이다. 개체 (예컨대, 인간과 같은 포유동물) 또는 세포의 "치료"는 개체 또는 세포의 자연 경과를 변경하려는 시도에 사용되는 임의의 유형의 개입이다. 치료는 약제학적 조성물의 투여를 포함하지만 이에 제한되지 않으며, 예방학적으로, 또는 병리학적 사건의 개시 또는 병인적 제제와의 접촉 후에 수행될 수 있다. 특정 구체예에서, 치료는 약제학적 조성물의 투여를 포함하지만 이에 제한되지 않으며, 병리학적 사건의 개시 또는 병인적 제제와의 접촉 후에 수행될 수 있다. 치료는 질환 또는 병태의 증상 또는 병리학에 대한 임의의 바람직한 효과를 포함하며, 예를 들면 치료되는 질환 또는 병태의 하나 이상의 측정가능한 마커에서의 최소 변화 또는 개선을 포함할 수 있다. 또한, "예방적" 치료가 포함되며, 치료되는 질환 또는 병태의 진행 속도를 줄이거나, 그 질환 또는 병태의 발병을 지연시키거나, 또는 그 발병의 중증도를 줄이는 방향으로 진행될 수 있다. "유효량" 또는 "치료학적 유효량"은, 바람직한 치료 효과를 생성시키는데 효과적인, 단일 용량 또는 일련의 용량의 일부로서 포유동물 대상에게 투여되는 치료 화합물, 예컨대 안티센스 올리고머의 양을 지칭한다.
용어 “완화”는 적어도 하나의 병태 또는 질환의 지표의 중증도를 감소시키는 것을 의미한다. 특정 구체예에서, 완화는 하나 이상의 병태 또는 질환의 지표의 진행을 지연시키거나 또는 늦추는 것을 포함한다. 지표의 중증도는 당업자에게 공지된 주관적 또는 객관적 측정에 의해 결정될 수 있다.
본 명세서에서 사용 시, “약제학적으로 허용되는 염”은 개시된 올리고뉴클레오타이드의 유도체를 지칭하며, 모체 올리고뉴클레오타이드는 존재하는 산 또는 염기 모이어티를 이의 염 형태로 전환시켜 변형된다. 적합한 염의 목록은 Remington's Pharmaceutical Sciences, 17th ed., Mack Publishing Company, Easton, Pa., 1985, p. 1418 and Journal of Pharmaceutical Science, 66, 2 (1977)에 기술되어 있으며, 상기 문헌 각각은 그 전체가 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
펩타이드-올리고머-컨쥬게이트
본 명세서에 올리고머의 활성, 세포 분포, 또는 세포 흡수를 향상시키는 하나 이상의 모이어티, 예컨대 세포-침투 펩타이드에 화학적으로 연결된 올리고머 (예컨대, 안티센스 화합물)이 제공된다. 올리고머는, 추가적으로, 올리고머의 활성, 세포 분포, 또는 세포 흡수를 추가적으로 향상시키는 하나 이상의 헤테로알킬 모이어티 (예컨대, 폴리에틸렌 글리콜)에 화학적으로 연결될 수 있다. 하나의 예시적인 구체예에서, 아르기닌-풍부 폴리펩타이드는 이의 N-말단 또는 C-말단 잔기가 안티센스 화합물의 말단에, 또는 안티센스 화합물의 내부에 공유 결합된다.
이에 따라, 하나의 양태에서, 본 명세서에 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(I)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이 제공되며,
여기서:
R3는 OH, -N(H)CH2C(O)NH2, -N(C1-6-알킬)CH2C(O)NH2,
으로부터 선택되고;
R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이며, 여기서 x는 3-10이고, 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬이거나, 또는 R5는 -C(O)C1-6 알킬, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, -(C1-6- 알킬)R6, -(C1-6 헤테로알킬)-R6, 아릴-R6, 헤테로아릴-R6, -C(O)O-(C1-6 알킬)- R6, -C(O)O-아릴-R6, -C(O)O-헤테로아릴-R6, 및 R12으로 구성된 군으로부터 선택되고;
R6는 OH, SH, 및 NH2으로부터 선택되거나, 또는 R6는 고체 지지체에 공유 결합된 O, S, 또는 NH이고;
R1은, 독립적으로, 각각의 경우에, OH, -NR7R12, 또는 -NR7R8이고;
각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에, H 또는 -C1-6 알킬이고;
R2는, 독립적으로, 각각의 경우에, H, 핵염기 및 화학적 보호-그룹으로 작용기화된 핵염기로 구성된 군으로부터 선택되고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 피리딘, 피리미딘, 트라이아지난, 퓨린, 및 디아자-퓨린으로부터 선택되는 C3-6 헤테로사이클릭 고리를 포함하고;
z는 8-40이고;
R4는 H, -C1-6 알킬, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 스테아로일, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, 다이메톡시트라이틸, 트라이메톡시트라이틸,
R9은 -C(O)(CH2)6 C(O)- 또는 -C(O)(CH2)2S2(CH2)2 C(O)-이고;
R10은 -(CH2)2OC(O)N((CH2)6N(H)C(=NH)NH2)2이고;
R11은 OH 및 -NR7R8으로부터 선택되고;
R12는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고;
p는 2, 3, 4, 또는 5이고;
R13은 결합이거나, 또는 R13은 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R15 및 R19는, 독립적으로, 각각의 경우에, H, -C1-4 알킬, -CH(-C1-4 알킬)2, 및-(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되고;
t 및 w는, 독립적으로, 각각의 경우에, 2, 3, 4, 또는 5이고;
R14는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R17은 H 또는 -C1-4 알킬이고;
R20은 H, -C1-4 알킬, -CH(-C1-4 알킬)2, 및 -(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되고;
v 및 q는, 독립적으로, 각각의 경우에, 2, 3, 4, 또는 5이고;
R16은 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R21 및 R22는, 독립적으로, 각각의 경우에, H 또는
-C1-4 알킬이고;
R18은 H, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 및 스테아로일으로 구성된 군으로부터 선택되고;
r은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9이고;
y 및 u는, 독립적으로, 각각의 경우에, 2, 3, 4, 또는 5이고;
단, 다음의 조건 중 하나가 존재한다: 1) R1은 NR7R12이고; 2) R4은 R12이고; 또는 3) R3은
화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 구체예에서, R4는 H, -C1-6 알킬, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 스테아로일, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, 다이메톡시트라이틸, 트라이메톡시트라이틸, 및 R12로부터 선택된다.
또 다른 구체예에서, R3은
R4는 R12이다.
또 다른 구체예에서, R3는 -OH, -N(C1-6-알킬)CH2C(O)NH2,
으로부터 선택된다.
또 다른 구체예에서, R4는 H, -C(O)CH3, 트라이틸, 4-메톡시트라이틸, 벤조일, 스테아로일, 및 R12으로부터 선택된다.
또 다른 구체예에서, R3은 -OH, -N(C1-6-알킬)CH2C(O)NH2, 및
R4는 R12이다.
또 다른 구체예에서, R3은
또 다른 구체예에서, R4는 H, -C(O)CH3, 트라이틸, 4-메톡시트라이틸, 벤조일, 및 스테아로일으로부터 선택된다.
또 다른 구체예에서, R4는 H 및 -C(O)CH3으로부터 선택된다.
또 다른 구체예에서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ia의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트이고:
(Ia),
여기서 R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이며, 여기서 x는 3-10이고, 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬이고, 또는 R5는 -C(O)C1-6 알킬, 트라이틸, 및 모노메톡시트라이틸으로 구성된 군으로부터 선택된다.
화학식 I 또는 화학식 Ia의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 구체예에서, R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이고, 여기서 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬이다.
화학식 I 또는 화학식 Ia의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R5는 -C(O)(O-CH2CH2)3OH이다.
또 다른 구체예에서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ib의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트이고:
(Ib),
여기서 R4는 H, -C1-6 알킬, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 스테아로일, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, 다이메톡시트라이틸, 및 트라이메톡시트라이틸으로부터 선택된다.
화학식 I 또는 화학식 lb의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 구체예에서, R4는 H, C1-6 알킬, -C(O)CH3, 벤조일, 및 스테아로일으로부터 선택된다.
화학식 Ib의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 구체예에서, R4는 H 및 -C(O)CH3으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 구체예에서, R16은 구성된 군 으로부터 선택된다:
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R16은
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R14는 다음으로 구성된 군으로부터 선택된다:
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R12는
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, r은 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, r은 5, 6, 또는 7이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, r은 6이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R13은 결합이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, z는 8-25이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, z는 15-25이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, z는 10-20이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R1은 독립적으로 NR7R8이고, 여기서 각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에, C1-3-알킬이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R1은 N(CH3)2이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 피리딘, 피리미딘, 트라이아지난, 퓨린, 및 디아자- 퓨린으로부터 선택되는 C4-6-헤테로사이클릭 고리를 포함한다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 피리미딘, 트라이아지난, 퓨린, 및 디아자- 퓨린으로부터 선택되는 C4-6-헤테로사이클릭 고리를 포함한다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 아데닌, 2,6-다이아미노퓨린, 7-디아자-아데닌, 구아닌, 7-디아자-구아닌, 하이포잔틴, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 및 우라실으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 아데닌, 구아닌, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 우라실, 및 하이포잔틴으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R15는 H, CH3, -CH(CH3)2, 및 -(CH2)3 NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R19는 H, CH3, -CH(CH3)2, 및 -(CH2)3 NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R20은 H, CH3, -CH(CH3)2, 및 -(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R17은 H 또는 CH3이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R17은 H이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R21은 H 또는 CH3이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R21은 H이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R22는 H 또는 CH3이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R22는 H이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R6은 OH, SH, 및 NH2로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R7 및 R8 은, 독립적으로, 각각의 경우에, H 또는 CH3이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 각각의 R7 및 R8은 CH3이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, n은 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, p는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, t는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, w는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, v는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, x는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, y는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, u는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, q는 3 또는 4이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R18은 H, -C(O)C1-C3 알킬, 벤조일, 및 스테아로일으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R18은 H 또는 -C(O)C1-C3 알킬이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R18은 H 또는 -C(O)CH3이다.
또 다른 구체예에서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(Ic)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이며,
여기서:
R3는 OH,
R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이며, 여기서 x는 3-10이고, 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬이거나, 또는 R5은 -C(O)C1-6 알킬이고;
R1은, 독립적으로, 각각의 경우에, OH 또는 -NR7R8이고;
각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에 -C1-6 알킬이고;
R2는 독립적으로, 각각의 경우에, H, 아데닌, 2,6-다이아미노퓨린, 7-디아자-아데닌, 구아닌, 7-디아자-구아닌, 하이포잔틴, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 및 우라실으로 구성된 군으로부터 선택되고;
z는 8-40이고;
R12는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고;
p는 2, 3, 4, 또는 5이고;
R13는 결합이고;
R14는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R17은 H 또는 -C1-4 알킬이고;
R16은 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R21은 H 또는 -C1-4 알킬이고;
R18은 H 또는 -C(O)C1-6 알킬이고;
r은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9이다.
화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 구체예에서, R3는
R5는 -C(O)(O-C2-6-알킬)3OH 또는 -C(O)C1-6 알킬이다.
화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R1 은, 독립적으로, 각각의 경우에, OH 또는 -N(C1-6 알킬)2이다.
화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R2는, 독립적으로, 각각의 경우에, 아데닌, 구아닌, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 우라실, 및 하이포잔틴으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R14는
R17은 H이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R16은
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, r은 5, 6, 또는 7이다.
화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염의 또 다른 구체예에서, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
여기서 R18은 H 및 -C(O)CH3이다.
화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R18은 H이다.
화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, R18은 -C(O)CH3이다.
화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 택일적인 구체예에서, 다음의 조건 중 적어도 하나가 존재한다: 1) R1은 NR7R12이고; 2) R4은 R12이고; 또는 3) R3은
(즉, 조건 1, 2, 및 3 중 임의의 하나, 임의의 둘, 또는 세 조건 모두가 존재한다).
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 올리고뉴클레오타이드는 RNA 표적에 대한 서열 상보성을 가지는 표적 서열을 포함한다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, RNA 표적은 세포 RNA 표적이다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 표적 서열은 RNA 표적에 결합하기에 충분한 서열 상보성을 가진다.
본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 또 다른 구체예에서, 표적 서열은 RNA 표적에 대해 완벽한 서열 상보성을 가진다.
일부 구체예에서, 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 불용매화된다. 다른 구체예에서, 하나 이상의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 용매화물 형태이다. 당업계에 공지된 바와 같이, 용매화물은 약제학적으로 허용되는 용매, 예컨대 물, 에탄올, 등 중 어느 하나일 수 있다.
화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 및 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트가 중성 형태로 도시되지만, 일부 구체예에서, 이들 펩타이드-올리고뉴클레오타이드-컨쥬게이트는 약제학적으로 허용되는 염의 형태로 사용된다.
올리고머
모폴리노 기반의 소단위의 중요한 성질은 다음을 포함한다: 1) 안정하고, 비하전된 또는 양으로 하전된 백본 연결부에 의해 올리고머 형태로 연결될 수 있는 능력; 2) 형성된 중합체가 상보적-염기 표적 핵산을 비롯한, 표적 RNA와 하이브리드화할 수 있고, 상대적으로 짧은 올리고머 (예컨대, 10-15개의 염기)에서 TM이 약 45 ℃ 이상인, 뉴클레오타이드 염기 (예컨대 아데닌, 사이토신, 구아닌, 타이미딘, 우라실, 5-메틸-사이토신 및 하이포잔틴)를 지지하는 능력; 3) 3) 올리고뉴클레오타이드가 포유동물 세포로 능동적으로 또는 수동적으로 수송되는 능력; 및 4) RNAse 및 RNase H 분해를 각각 저지하는 올리고뉴클레오타이드 및 올리고뉴클레오타이드:RNA 헤테로듀플렉스의 능력.
올리고머와 표적 서열 사이 형성된 이중 가닥의 안정성은 결합 TM 및 세포 효소 절단에 대한 이중 가닥의 순응성의 함수이다. 상보적-서열 RNA에 대한 올리고머의 TM은 종래의 방법, 예컨대 Hames et al., Nucleic Acid Hybridization, IRL Press, 1985, pp. 107-108 또는 Miyada C. G. and Wallace R. B., 1987, Oligomer Hybridization Techniques, Methods Enzymol. Vol. 154 pp. 94-107에 기재된 방법에 의해 측정될 수 있다. 특정 구체예에서, 안티센스 올리고머는 상보적-서열 RNA에 대하여 체온을 초과하며, 및 일부 구체예에서는 약 45℃ 또는 50℃를 초과하는 결합 TM을 가질 수 있다. 60-80℃ 이상의 TM 범위가 포함된다. 공지된 원리에 따르면, 상보적-기반의 RNA에 대한 올리고머의 TM은 듀플렉스에서 C:G 쌍으로 된 염기의 비율을 증가시키거나, (염기쌍에서) 헤테로듀플렉스의 길이를 증가시키거나 둘 모두에 의해 증가될 수 있다. 동시에, 세포 흡수를 최적화하기 위해, 올리고머의 크기를 제한하는 것이 유리할 수 있다. 이러한 이유로, 본 발명의 화합물은 25개 이하의 염기 길이에서 높은 TM (45-50 ℃ 이상)을 나타내는 화합물을 포함한다.
올리고머가 pre-mRNA 분자 내의 의도된 위치에 선택적으로 결합할 수 있는 한 올리고머의 길이는 다양할 수 있다. 이러한 서열의 길이는 본 명세서에 기재된 선택 절차에 따라 결정될 수 있다. 일반적으로, 올리고머는 길이가 약 8개의 뉴클레오타이드 내지 길이가 최대 약 50개의 뉴클레오타이드일 것이다. 예를 들어, 올리고머 (z)의 길이는 8-40, 8-25, 15-25, 10-20 또는 약 18개일 수 있다. 그러나, 범위 내 임의의 길이의 뉴클레오타이드가 본 명세서에서 기재된 방법에 사용될 수 있다는 것이 이해될 것이다.
일부 구체예에서, 안티센스 올리고머는 염기 변형체 또는 치환체를 포함한다. 예를 들어, 특정 핵염기는 본 명세서에 기재된 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 결합 친화도를 증가시키도록 선택될 수 있다. 이러한 핵염기로는 5-치환된 피리미딘, 6-아자피리미딘 및 N- 2, N-6 및 O-6 치환된 퓨린, 예컨대 2- 아미노프로필아데닌, 5-프로피닐우라실, 5- 프로피닐사이토신 및 2,6-다이아미노퓨린을 포함한다. 5- 메틸사이토신 치환체는 핵산 이중 가닥 안정성을 0.6-1.2 ℃ 증가시키는 것으로 밝혀졌으며, 본 명세서에 기재된 안티센스 올리고머 내로 혼입될 수 있다. 하나의 구체예에서, 올리고머의 적어도 하나의 피리미딘 염기는 5-치환된 피리미딘 염기를 포함하며, 여기서 피리미딘 염기는 사이토신, 타이민 및 우라실으로 구성된 군으로부터 선택된다. 하나의 구체예에서, 5-치환된 피리미딘 염기는 5- 메틸사이토신이다. 또 다른 구체예에서, 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 퓨린 염기는 N-2, N-6 치환된 퓨린 염기를 포함한다. 하나의 구체예에서, N-2, N-6 치환된 퓨린 염기는 2, 6-다이아미노퓨린이다.
모폴리노 기반의 올리고머 (안티센스 올리고머 포함)는, 예를 들어, 미국 특허 5,698,685; 5,217,866; 5,142,047; 5,034,506; 5,166,315; 5,185,444; 5,521,063; 5,506,337, 8,299,206; 및 8,076,476;; PCT 특허 출원 WO 2009/064471 및 WO 2012/043730; 및 Summerton et al. 1997, Antisense and Nucleic Acid Drug Development, 7, 187-195에 상세히 기재되며, 상기 문헌들은 그 전체가 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다.
본 명세서에 기재된 뉴클레오타이드 모이어티의 다양한 구체예가 표 1에 제공된다.
표 1: 뉴클레오타이드 모이어티의 다양한 구체예.
일부 구체예에서, 본 명세서에 기재된 올리고머는 불용매화된다. 다른 구체예에서, 하나 이상의 올리고머는 용매화물 형태이다. 당업계에 공지된 바와 같이, 용매화물은 약제학적으로 허용되는 용매, 예컨대 물, 에탄올, 등 중 어느 하나일 수 있다.
펩타이드
본 명세서에 제동되는 올리고머는 CPP에 컨쥬게이트된 올리고머 모이어티를 포함한다. 일부 구체예에서, CPP는 세포 내로 화합물의 수송을 향상시키기에 효과적인 아르기닌-풍부 펩타이드 수송 모이어티일 수 있다. 수송 모이어티는, 일부 구체예에서, 올리고머의 말단에 부착된다. 펩타이드는, 이 사이의 모든 정수를 포함하여, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 내의 주어진 세포 배양군의 세포에 세포 침투를 유도하는 능력을 가지고, 전신 투여시 생체 내 다수의 조직 내에서 거대분자 전좌를 가능하게 한다. 하나의 구체예에서, 세포-침투 펩타이드는 아르기닌-풍부 펩타이드 수송체일 수 있다. 다양한 구체예에서, 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 CPP와 안티센스 올리고뉴클레오타이드 사이에 링커로서 글리신을 활용할 수 있다.
상기 기재된 수송 모이어티는 부착된 수송 모이어티의 부재하에 올리고머의 흡수에 대해, 부착된 올리고머의 세포 도입을 상당히 향상시키는 것으로 밝혀졌다. 흡수는 컨쥬게이트 되지 않은 화합물보다 적어도 10배, 및, 일부 구체예에서, 20배 향상될 수 있다.
아르기닌-풍부 펩타이드 수송체 (즉, 세포-침투 펩타이드)의 사용은 본 발명의 실시에 특히 유용하다. 특정 펩타이드 수송체는 안티센스 화합물을 근육 세포를 비롯한 1차 세포 내로 운반할 때 매우 효과적인 것으로 밝혀졌다.
방법
본 명세서에 중추 신경계 장애, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 대상에게 화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함한다.
따라서, 하나의 양태에서, 본 명세서에 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 대상에게 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함한다.
하나의 구체예에서, 근육 질환은 뒤시엔느 근이영양증(Duchenne Muscular Dystrophy)이다.
또 다른 구체예에서, 바이러스성 감염은 마르부르그 바이러스(marburg virus), 에볼라 바이러스(ebola virus), 인플루엔자 바이러스(influenza virus), 및 뎅기 바이러스(dengue virus)로 구성된 군으로부터 선택되는 바이러스에 의해 야기된다.
또 다른 구체예에서, 박테리아 감염은 결핵균(마이코박테리움 투베르쿨로시스, Mycobacterium tuberculosis)에 의해 야기된다.
또 다른 구체예에서, 중추 신경계 장애는 척수성 근위축(spinal muscular atrophy)이다.
본 명세서에서 고려되는 대상은 일반적으로 인간이다. 그러나, 상기 대상은 치료를 필요로 하는 임의의 포유동물일 수 있다. 이에 따라, 본 명세서에서 기재된 방법은 인간 및 수의과 용도 모두에 적용될 수 있다.
투여/용량
치료 조성물의 제형 및 후속의 투약 (투여)는 당업자에게 공지되어 있다. 투여는, 며칠에서 몇 개월까지 지속되거나, 또는 질환 상태의 충분한 감소가 달성될 때까지의 치료 과정으로, 치료되는 질환 상태의 중증도 및 반응성에 의존적이다. 최적의 투약 계획은 환자 몸의 약물 축적의 측정으로부터 계산될 수 있다.
당업자는 최적의 투여량, 투여 방법론 및 반복률을 쉽게 결정할 수 있다. 최적의 투여량은 개별적인 올리고머의 상대적 효력에 따라 다양할 수 있으며, 일반적으로 시험관 내 및 생체 내 동물 모델에서 효과적인 것으로 밝혀진 EC50에 기초하여 추정될 수 있다. 일반적으로, 투여량은 0.01μg 내지 100g/체중 kg이고, 매일, 매주, 매월 또는 매년 1회 이상 또는 2년 내지 20년마다 1회로 제공될 수 있다. 당업자는 체액 또는 조직 내에서 약물의 측정된 체류 시간 및 농도에 기초하여 투여에 대한 반복률을 쉽게 추정할 수 있다. 성공적인 치료 후, 질환 상태의 재발을 방지하기 위해 환자에게 유지 요법을 실시하게 하는 것이 바람직할 수 있으며, 여기서 상기 올리고머는 0.01μg 내지 100 g/체중 kg의 범위인 유지 용량으로 매일 1회 이상 내지 20년에 한 번으로 투여된다.
일부 구체예에서, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 (화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트)는 단독으로 투여된다.
일부 구체예에서, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 치료학적 유효량 또는 투여량으로 투여된다. "치료학적 유효량"은 그 자체로 환자에게 투여되는 경우, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염을 효과적으로 치료하는 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 (화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트)의 양이다. 특정한 대상에 대해 주어진 경우에, "치료학적 유효량"으로 입증된 양은 고려되는 질환 또는 병태에 대해 유사한 치료를 받은 대상의 100%에게 효과적이지 않을 수 있지만, 이러한 투여량은 당업자에 의해 "치료학적 유효량"으로 간주된다. 치료학적 유효량에 해당하는 올리고뉴클레오타이드의 양은 질환의 유형, 질환의 단계, 치료되는 환자의 연령 및 다른 사실에 강하게 의존한다.
상이한 구체예에서, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 (화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트) 및 사용되는 유효량에 의존하여, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염에 관련된 유전자의 발현을 조절할 수 있다.
펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 (화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트)의 양이 중추 신경계 장애, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염을 효과적으로 치료하는 동안, 이러한 양은, 환자에게 과도하게 독성을 가지지 않는 것이 바람직하다 (즉, 이러한 양은 의학적 지침에 의해 정해진 독성 한계 이내가 바람직하다). 일부 구체예에서, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염의 과도한 독성을 방지하거나 보다 효과적인 치료 또는 둘 모두를 제공하기 위해, 총 투여된 투여량에 대한 제한이 제공된다. 일반적으로, 본 명세서에서 고려된 양은 1일당이지만; 반나절 및 2-일 또는 3-일 주기도 또한 본 명세서에서 고려된다.
중추 신경계 장애, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염을 치료하기 위해 상이한 투여 요법이 사용될 수 있다. 일부 구체예에서, 1일 투여량, 예컨대 상기에 기재된 임의의 예시적인 투여량이 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10일 동안 1회, 2회, 3회, 또는 4회/1일 투여된다. 치료되는 질환의 상태 및 중증도에 의존하여, 보다 짧은 치료 시간 (예컨대, 최대 5일)이 높은 투여량으로 사용될 수 있거나, 또는 더 긴 치료 시간 (예를 들면, 10 일 이상, 또는 주, 또는 개월 이상)이 낮은 투여량으로 사용될 수 있다. 일부 구체예에서, 1회- 또는 2회-1일 투여량은 격일으로 투여된다.
순수한 형태 또는 적절한 약제학적 조성물로, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 (화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트), 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염 또는 용매화물 형태는 기술 분야 내 공지된 임의의 허용된 투여 방식 또는 제제를 통해 투여될 수 있다. 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는, 예를 들어, 경구, 비강, 비경구 (정맥내, 근육내, 또는 피하), 국소, 경피, 질내, 방광내, 대장내, 또는 직장내로 투여될 수 있다. 투여 형태는, 정확한 투여량의 간단한 투여에 적합한 단위 투여 형태로, 예를 들면, 고형, 반-고형, 동결 건조된 분말, 또는 액체 복용 형태, 예컨대, 정제, 알약, 연질 탄성 또는 경질 젤라틴 캡슐, 분말, 용액, 현탁액, 좌약, 에어로졸, 등일 수 있다. 특정한 투여 경로는 경구로서, 특히 편리한 1일 투여량 요법이 치료될 질환의 중증도에 따라 조정될 수 있다.
보조제 및 아쥬반트로는, 예를 들어, 보존제, 습윤제, 현탁제, 감미제, 풍미제, 향료, 유화제 및 분산제를 포함할 수 있다. 미생물의 활동의 방지는 일반적으로 다양한 항세균제 및 항진균제, 예컨대, 파라벤, 클로로뷰탄올, 페놀, 아스코르브산 등에 의해 제공된다. 등장제, 예컨대 당, 소듐 클로라이드, 등이 또한 포함될 수 있다. 주사가능한 약제학적 형태의 지연된 흡수는, 흡수를 지연시키는 물질, 예를 들어, 알루미늄 모노스테아레이트 및 젤라틴의 사용에 의해 초래될 수 있다. 보조제는 또한 습윤제, 유화제, pH 완충제, 및 산화 방지제, 예컨대, 시트르산, 소르비탄 모노라우레이트, 트라이에탄올아민 올레이트, 뷰틸화된 하이드록시톨루엔 등을 포함할 수 있다.
고체 투여 형태는 코팅물 및 쉘, 예컨대 장용 코팅 및 당업계에 공지된 다른 것으로 제조될 수 있다. 이는 진정제를 함유할 수 있고, 장관의 특정 부분에서 지연 방식으로 활성 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 방출하는 조성을 가질 수 있다. 사용될 수 있는 내포된 조성물의 예로는 중합체 물질 및 왁스이다. 활성 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 또한, 경우에 따라, 상기-언급된 부형제 중 하나 이상과 함께 마이크로캡슐화된 형태일 수 있다.
경구 투여를 위한 액체 투여 형태는 약제학적으로 허용가능한 에멀젼제, 용액제, 현탁액제, 시럽제, 및 엘릭서제를 포함한다. 고체 투여 형태는, 예를 들어, 본 명세서에 기재된 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염, 및 선택적인 약제학적 아쥬반트를, 담체, 예컨대, 물, 식염수, 수용성 덱스트로스, 글리세롤, 에탄올 등; 가용화제 및 에멀전화제, 예를 들어, 에틸 알코올, 아이소프로필 알코올, 에틸 카보네이트, 에틸 아세테이트, 벤질 알코올, 벤질 벤조에이트, 프로필렌글리콜, 1,3- 뷰틸렌글리콜, 다이메틸 폼아마이드; 오일, 특히, 면실유, 땅콩유, 옥수수유, 올리브유, 피마자유 및 참깨씨유, 글리세롤, 테트라하이드로퍼퓨릴 알코올, 폴리에틸렌글리콜 및 소르비탄의 지방산 에스터; 또는 이러한 물질의 혼합물, 등에 용해, 분산, 등에 의해 제조되어, 용액 또는 현탁액을 형성할 수 있다.
일반적으로, 의도한 투여 방식에 의존하여, 약제학적으로 허용되는 조성물은 약 1 중량% 내지 약 99 중량%의 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염, 및 99 중량% 내지 1 중량%의 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함할 것이다. 한 예에서, 조성물은 약 5 중량% 내지 약 75 중량%의 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이며, 나머지는 적합한 약제학적 부형제일 것이다.
고체 투여 형태의 실제 제조 방법은 당업자에게 공지되어 있거나, 명백할 것이다. 예를 들어, Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. (Mack Publishing Company, Easton, Pa., 1990)를 참조한다.
키트
다른 구체예에서, 키트가 제공된다. 본 발명에 따른 키트는 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 조성물을 포함하는 패키지(들)을 포함한다. 일부 구체예에서, 키트는 화학식 I, 화학식 Ia, 화학식 Ib, 또는 화학식 Ic, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염에 따른 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 포함한다.
어구 "패키지"는 본 명세서에 제시된 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 또는 조성물을 포함하는 임의의 용기를 의미한다. 일부 구체예에서, 패키지는 박스 또는 포장일 수 있다. 의약품 포장에 사용하기 위한 포장재는 당업자에게 공지되어 있다. 약제학적 포장재의 예로는, 병, 튜브, 흡입기, 펌프, 백, 바이알, 용기, 주사기, 병 및 선택된 제형 및 의도된 투여 및 치료의 방식에 적합한 임의의 포장재를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
키트는 또한 패키지 내에 포함되어 있지 않지만 패키지 외부에 부착된 품목, 예를 들어, 피펫을 함유할 수 있다.
키트는 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 또는 조성물을 환자에게 투여하기 위한 지침을 추가적으로 포함할 수 있다. 키트는 또한 관리 기관, 예컨대 미국 식품 의약품 안전청(United States Food and Drug Administration)에 의해 본 명세서에서 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 승인된 용도에 대한 지침을 포함할 수 있다. 키트는 또한 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트에 대한 표시(labeling) 또는 제품 설명서(product insert)를 포함할 수 있다. 패키지(들) 또는 임의의 제품 설명서(들), 또는 둘 모두는, 관리 기관에 의해 승인될 수 있다. 키트는 패키지에 고체 상태 또는 액체 상태로 (예컨대 완충액으로 제공) 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 포함할 수 있다. 키트는 또한 방법을 수행하기 위한 용액을 제조하기 위한 완충액, 및 하나의 용기에서 또 다른 용기로 액체를 전달하기 위 한 피펫을 포함할 수 있다.
실시예
하기 실시예는 설명의 목적으로, 및 본 발명의 특정한 구체적인 구체예를 기재하기 위해 제시된다. 그러나, 청구항의 범위는 어떠한 방식으로도 본 명세서에 제시된 실시예에 의해 제한되지 않아야 한다. 개시된 구체예에 대한 다양한 변경 및 변형은 당업자에게 명백할 것이며, 이러한 변경 및 변형은 본 발명의 화학 구조, 치환체, 유도체, 제제 또는 방법에 관한 것들을 포함하지만, 이에 제한되지 않으며, 본 발명의 사상, 및 첨부된 청구항의 범위를 을 벗어나지 않고 이루어질 수 있다.
본 명세서의 반응식에서 구조의 변수의 정의는 본 명세서에 제시된 화학식의 상응하는 위치의 정의에 상응한다.
실시예 1: PPMO-5 및 PPMO-1의 합성
도 1에 나타난 바와 같이, 실온에서 DMSO 중의, 하기 표 la에 기재된 PMO (PPMO-3, 1 당량), Fmoc-아미노-PEGm-프로피온산 (5 당량), HATU (5 당량)의 혼합물에 DIPEA (10 당량)를 첨가하였다. 4 시간 동안 교반한 후, 과량의 4-메틸피페리딘을 첨가하고, 실온에서 밤새 계속 교반하였다. 미정제 생성물을 탈이온수로 희석한 다음, SPE (Amberchrom CG300M)으로 정제하였다. 동결 건조에 의해 백색 분말로서 생성물을 수득하였고, 이의 구조를 LC/MS로 확인하였다.
실온에서 DMSO 중의 상기 생성물, Ac-R6-Gly (4 당량; 서열 식별 번호:1), 및 HATU (4 당량)의 혼합물에 DIPEA (10 당량)를 첨가하고 4 시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 탈이온수로 희석하고 ISCO 크로마토그래피 시스템 (SCX 컬럼, 소스 30초, 이동상 (pH = 7): 용매 A: 20 mM NaHPO4/25% ACN (pH = 7); 용매 B: 1.5 M 구아니딘 하이드로클로라이드, 20 mM NaH2PO4/25% ACN으로 정제한 다음, SPE (Amberchrom CG300M)으로 탈염하였다. 동결 건조에 의해 백색 분말로서 생성물을 수득하였고, 이의 구조를 LC/MS로 확인하였다.
표 1a
실시예 2: PPMO-4의 합성
도 2에 나타난 바와 같이, 실온에서 DMSO 중의 PMO (PPMO-3, 1 당량) 및 "P3P" 링커 (2.5 당량)의 혼합물에 N-에틸 모폴린 (2.5 당량)을 첨가하였다. 2 시간 동안 교반한 후, 모폴린 (3 당량)을 첨가하고 반응 혼합물을 실온에서 1 시간 동안 교반하였다. 과량의 50 mM CYTFA 용액을 첨가하고 1 시간 동안 교반한 다음, 1 M Na2HPO4 용액을 첨가하여 상기 용액을 염기화시켰다. 미정제 생성물을 탈이온수로 희석하고 SPE (Amberchrom CG300M)로 정제하였다. 동결 건조에 의해 백색 분말로서 생성물을 수득하였고, 이의 구조를 LC/MS로 확인하였다.
실온에서 DMSO 중의 상기 생성물, Ac-R6-Gly (4 당량; 서열 식별 번호:1), 및 HATU (4 당량)의 혼합물에 DIPEA (10 당량)를 첨가하고 4 시간 동안 교반하였다. 미정제 생성물을 탈이온수로 희석하고 ISCO 크로마토그래피 시스템 (SCX 컬럼, 소스 30초, 이동상 (pH = 7): 용매 A: 20 mM NaHPO4/25% ACN (pH = 7); 용매 B: 1.5 M 구아니딘 하이드로클로라이드, 20 mM NaH2PO4/25% ACN으로 정제한 다음, SPE (Amberchrom CG300M)으로 탈염하였다. 동결 건조에 의해 백색 분말로서 생성물을 수득하였고, 이의 구조를 LC/MS로 확인하였다.
실시예 3: MDX 마우스에서 링커 변형 화합물의 효능에 대한 용량 반응
본 연구의 목적은 마우스에서 용량 반응 연구로 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 효능을 비교하기 위한 것이었다. 펩타이드와 PMO 사이의 간격은 효능을 조절한다. 따라서, 3, 4, 및 8의 PEG 길이를 사용하여 Ac-R6-Gly (서열 식별 번호:1)와 PMO 사이 간격을 체계적으로 증가시켰다. 또한, Ac-R6-Gly (서열 식별 번호:1)의 모든-D 아미노산 버전 및 Ac-R6-Apa (서열 식별 번호:4) (4-아미노 페닐 아세트산; 방향족, 소수성 링커)를 사용하였다 (표 2).
연구는 다음의 동물 건강 법규를 준수하여 수행하였다: 미 농무부(USDA) 동물 복지법 9 CFR 조항 1-3. 연방 공보 제39129호, 1993년 7월 22일자. 동물 보호는 연구 프로토콜에 따라 미 농무부 동물 복지법에 명시된 법규 (9 CFR 조항 1, 2, 및 3) 및 실험실 동물의 관리 및 사용 안내서 (ILAR 발행물 1996, 미국 학술 연구원)에 명시된 조건을 준수하였다.
시험 물질
시험되는 선택된 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트가 표 2에 기재된다 (펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 식염수에서 제제화하여 5 ℃에서 저장하였다).
표 2.
*G = Gly, Ac = 아세틸렌, R = Arg, M23D = 5'-GCT ATT ACC TTA ACC CAG-3' (서열 식별 번호:2)
시험 시스템
연구에 사용되는 동물이 표 3에 기재된다.
표 3.
동물을 수령하고, 풀어서 케이지에 넣었다. 각 동물에 대해 시각적 건강 검진을 수행하여 털(coat), 사지 및 구멍(orifice)의 평가를 포함하였다. 자세 또는 움직임에 임의의 이상 징후가 있는지 각 동물을 검사하였다. 마우스는 실험 절차의 시작 전 최소 8 또는 9 일 (각각, 코호트 1과 2)동안 순응했다.
동물은 공인된 조사된 접촉 침구가 있는 투명한 폴리카보네이트 마이크로아이솔레이터 케이지에, 케이지 당 최대 5 마리를 수용하였다. 케이지는 동물 복지법 (모든 개정안 포함) 및 실험실 동물의 관리 및 사용 안내서 (미국 학술 연구원, 워싱턴, D.C., 1996)에 명시된 표준을 준수하였다. 타원형 펠렛의 배합 사료 (Certified Pico lab Rodent 20 Diet) (PMI Feeds Inc., Richmond, Indiana, USA)는 무제한으로 제공되었다. 탈이온수는 연구 기간 내내 동물에게 무제한으로(ad libitum) 입수할 수 있었다. Enrich-o-cob 베딩 및 위생 처리된 이글루 및/또는 터널을 농축물로서 제공하였다. 본 연구를 방해할 것으로 예상되는 사료, 물, 농축물 또는 침구에 알려진 오염원은 발견되지 않았다. 환경 제어는 온도를 18 ℃ 내지 26 ℃ (64 ℉ 내지 79 ℉), 상대 습도가 30% 내지 70%로 유지하도록 설정하였다. 이러한 파라미터를 적어도 매일 1회 기록하였다. 12:12 시간의 빛:어둠 주기를 유지하였다.
실험 절차
동물을 표 4에 지정된 케이지 무게에 근거한 처리 그룹으로 무작위 추출하였다.
표 4. 치료 그룹
연구 중 투여한 날을 연구 제1일으로 지정하였다. 각각의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 투여 전 대략 10 초간 볼텍싱하였고, 꼬리 정맥을 통해 느린 푸시 볼러스 (~5 초; 200 μL)로 투여하였다. 투약은 2일에 걸쳐 실시하였다. 동일한 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여한 모든 동물은 동일한 날에 투여되었다. 투여가 불가능하거나 투여 실패, 또는 투여 직후 사망하여 치료 그룹으로 배정된 동물은 여분의 마우스로 대체되었다. 남은 여분의 동물은 아래에 명시된대로 검체를 채취하고 조직을 수집하였다.
매일 1 번씩 빈사 (moribundity) 및 사망률(mortality)에 대하여 동물을 관찰하였다. 특히 사망이 임박한 것으로 보이는 동물은 Numira Biosciences의 표준 운영 절차에 따라 인도적으로 안락사시켰다. 도착 후 하루 뒤, 투약일 및 부검일에 체중을 기록했다. 주입의 내약성을 평가하기 위해, 투여 후 0 분, 15 분 및 2 시간에 상세한 임상 관찰을 실시하고 기록했다.
다음 예정된 관찰 때까지 생존할 확률이 낮은 동물은 체중을 줄이고 안락사시켰다. 죽은 채 발견된 동물의 체중을 측정하였고, 사망 시간은 가능한 한 가깝게 추정하였다. 혈액과 조직 샘플은 수집하지 않았다.
제8일에 (투여 후 7일), 임의의 치료되지 않거나 여분의 동물을 비롯한 모든 동물을 이산화탄소를 사용하여 인도적으로 안락사시켰다. 안락사는 2007년 6월, 안락사에 대하여 승인된 미국 수의 의학협회 (AVMA) 가이드라인에 따라 수행하였다.
부분 전체 부검은 결과의 검사 및 문서화를 포함하였다. 모든 외부 표면 및 구멍을 평가하였다. 조직의 수집 중에 관찰된 모든 이상들은 완전하게 기술하고 기록하였다. 추가의 조직은 취하지 않았다.
안락사의 15 분 이내에 조직을 채취하였다. 사용된 모든 기구 및 도구는 치료 그룹 사이에 변경하였다. 모든 조직은 급속 냉동하여 수집 후 가능하면 빨리 < -70℃에서 저장하였다. 다음의 조직을 채취하였다: 간, 신장, 심장, 대퇴 사두근, 및 횡경막.
결과 - 동물 건강 및 체중
동물 #2407은 도착 시 체중이 낮았으며 아팠다. 이는 연구에 배치하지 않고 인도적으로 안락사시켰다. TG (치료 그룹) 4 (40 mg/kg의 PPMO-4), TG 5 (80 mg/kg의 PPMO-4) 및TG 20 (80 mg/kg의 PPMO-6)의 동물은 모두 15 분 관찰에서 회복이 느린 것으로 나타났지만 2 시간 관찰에 의해 회복되었다. 동물 2356, TG 14, (40 mg/kg의 PPMO-5)은 투여 후 다음 날 죽은채로 발견되었다. 부검 당시, 동물 2406, TG 1 (5 mg/kg의 PPMO-4)은 오른쪽 눈을 감은 상태였고, 이로부터 하얀 물질이 흘러 나왔다. 또한 부검 당시, 동물 2422, TG 18 (20 mg/kg의 PPMO-6)은 왼쪽 신장에 소량의 체액이있는 것으로 나타났다. 연구를 통해 동물의 체중을 표 5에 나타내었다.
표 5. 개별 체중 (g)
결과 - PCR 분석
GE Illustra RNAspin 96 웰 추출 키트를 사용하여 마우스의 대퇴 사두근, 심장, 및 횡경막 조직으로부터 RNA를 정제하였다 요약하여, 지르코니아 비드 (Biospec)가있는 플레이트에서 약 20-30 mg의 용해된 완충액에 400 μL의 용해 완충액(RA1 + 1% 2-머캅토에탄올을 첨가하고 1750 RPM에서 4x8 분에 GenoGrinder (Spex Sample Prep)를 사용하여 균질화하였다; 각 실행 사이에 냉각하였다. RNA 정제를 위해 균질물을 GE RNAspin Illustra 96 웰 프로토콜에 따라 즉시 처리하였다. 전체 RNA는 Nanodrop 2000 분광 광도계 (Thermo Scientific)를 사용하여 정량화하였다.
RNA는 고전적인 중첩(naested) PCR 반응으로 분석하였다. 달리 명시되지 않는 한, RT-PCR 시약은 Invitrogen로부터 입수하였다. PCR 반응은 CFX96 또는 S1000 유전자 증폭기(BioRad)에서 수행하였다. 최종 cDNA 생성물을 NuPage 10% TBE 겔 (Invitrogen)에서 200 V으로, 실온에서 1 시간 동안 분리하였다. Typhoon Trio (GE Healthcare)으로 670 BP 30 Cy5 방출 필터를 사용하여 스캔하고 겔을 스캔하고 ImageQuant 소프트웨어를 사용하여 분석하였다.
PCR 분석에 사용된 프라이머는 다음과 같다: 디스트로핀 외부 정방향 (5'-CAATGTTTCTGGATGCAGACTTTGTGG-3 '; 서열 식별 번호:9), 디스트로핀 외부 역방향 (5'- GTTCAGCTTCACTCTTTATCTTCTGCC-3'; SEQ ID N0:10), 디스트로핀 내부 정방향 (5 '-CACATCTTTGATGGTGTGAGG-3 '; 서열 식별 번호: 11), 및 디스트로핀 내부 역방향 (5 '-CAACTTCAGCCATCCATTTCTG-3 '; 서열 식별 번호: 12). 표 6에 기재된 프로토콜에 따라 PCR 반응을 실시하였고, 결과를 표 7 및 도 3-5에 요약하였다.
표 6. PCR 방법
표 7. % 엑손 23 스키핑의 요약
실시예 4: MDX 마우스에서 링커-변형 화합물의 최대 내성 용량 연구
표 8에 나타난 요법에 따라 마우스에서, 선택된 본 발명의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 최대 내성 용량 (MTD)을 측정하였다. 결과가 표 9에 요약되며, PPMO-5를 제외한 모든 화합물은 MTD가 150 내지 200 mg/kg이었음을 나타낸다. PPMO-5는 MTD가 >200 mg/kg이었다. MTD 연구 동안 생존 관찰을 표 10에 요약하였다.
표 8. MTD 연구
표 9. MTD % 생존률
표 10. MTD 생존 관찰
요약하여, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 링커 길이를 변형시키면 효능이 개선되지만, 내약성이 감소될 수 있다. PPMO-4는 PPMO-8보다 개선된 효능을 나타냈고 (PPMO-4의 ED40는 대략 PPMO- 8의 3배 초과), 검정된 모든 유형의 조직에서 PPMO-2보다 우수한 효능을 나타냈다. PEG-3 링커가 효능, 뿐만 아니라 독성을 증가시키는 것으로 나타남에 따라, 독성도 또한 링커 길이에 의해 영향을 받는 것으로 보인다 (도 10).
모든 화합물은 50mg/kg에서 시작하여 KIM-1이 10 배 이상 상승한 것으로 나타났으며, 이는 화합물이 내약성이 없음을 의미한다 (도9). PPMO-1과 PPMO-7의 200 mg/kg 용량은 예상보다 낮은 KIM-1을 나타냈고, 이는 PPMO-2에서 이전에 발견되었으며 신장에서 심한 괴사로 인한 것일 수 있다. PPMO-7 (모든 D-아미노산)은 효능을 향상 시켰지만, 특히 용량이 높은 경우에는 내약성이 없으며, 간 및 신장 혈청 화학 지표를 증가시켰다 (도 7). PPMO-6는 또한 효능을 개선시켰지만 내약성이 높지 않고 KIM-1 수치가 증가하지 않았다 (도 6-9).
실시예 5: 치료 계수
치료 계수 (TI)는 다음의 식에 따라 결정될 수 있다:
여기서 ED는 효과적인 용량(effective dose)을 지칭한다.
중요하게, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트의 독성은 두 단계로 설명될 수 있다: t1 및 t2. t1은 급속 사망 또는 48 시간 이내 사망을 지칭하며, 대부분 심폐 기능 붕괴에 기인한다. t2는 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 수 주의 투여한 이후 관찰되는 만성 신장 독성을 지칭한다. 본 명세서에 기재된 MTD 측정은 t1 독성 (48 시간 종점)을 지칭한다.
이에 따라, 대퇴 사두근 샘플에서 측정한 바와 같이, PPMO-8의 TI는 16.6이다 (400 mg/kg MTD; 24 mg/kg ED40). PPMO-8와 비교하여 PPMO-4가 낮은 MTD를 가지지만, 효과적인 용량은 PPMO-8의 절반이며, 그 결과 TI가 14.6로 낮았다. 마찬가지로, PPMO-2는 MTD가 약 60 mg/kg이고, 및 ED40 가 10 mg/kg이며, 그 결과 TI가 6이었다.
참조에 의한 통합
본 명세서 전반에 걸쳐 인용된 모든 참고 문헌 (참고 문헌, 발행된 특허, 공개된 특허 출원 및 공동-계류중인 특허 출원 포함)의 내용은 본 명세서에 그 전체가 명백하게 통합된다. 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술 및 과학 용어들은 당업자에게 통상적으로 공지된 의미와 일치한다.
균등물
당업자는 일상적인 실험을 사용하여 본 명세서에 기재된 발명의 특정 구체예에 대한 다수의 균등물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 균등물은 특허 청구 범위에 의해 포함되는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING
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<210> 1
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Acetylation
<400> 1
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Gly
1 5
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
morpholino oligonucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(18)
<223> Morpholino-based oligomer; nucleotide moieties according to Table
1
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(18)
<223> Phosphoramidate or phosphorodiamidate linkage between nucleotides
<400> 2
gctattacct taacccag 18
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
morpholino oligonucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(19)
<223> Morpholino-based oligomer; nucleotide moieties according to Table
1
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(19)
<223> Phosphoramidate or phosphorodiamidate linkage between nucleotides
<400> 3
gctattacct taacccagt 19
<210> 4
<211> 6
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Acetylation
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Arg-APA
<400> 4
Arg Arg Arg Arg Arg Arg
1 5
<210> 5
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Acetylation
<220>
<221> MOD_RES
<222> (7)..(7)
<223> Gly-PIP-PEG3
<400> 5
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Gly
1 5
<210> 6
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Acetylation
<220>
<221> MOD_RES
<222> (7)..(7)
<223> Gly-PEG4
<400> 6
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Gly
1 5
<210> 7
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Acetylation
<220>
<221> MOD_RES
<222> (7)..(7)
<223> Gly-PEG8
<400> 7
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Gly
1 5
<210> 8
<211> 7
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Acetylation
<220>
<221> MOD_RES
<222> (1)..(6)
<223> D-amino acid
<400> 8
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Gly
1 5
<210> 9
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer
<400> 9
caatgtttct ggatgcagac tttgtgg 27
<210> 10
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer
<400> 10
gttcagcttc actctttatc ttctgcc 27
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer
<400> 11
cacatctttg atggtgtgag g 21
<210> 12
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer
<400> 12
caacttcagc catccatttc tg 22
Claims (74)
- 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(I)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로서,
여기서:
R3는 OH, -N(H)CH2C(O)NH2, -N(C1-6-알킬)CH2C(O)NH2,
이고;
R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이며, 여기서 x는 3-10이고, 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬이거나, 또는 R5는 -C(O)C1-6 알킬, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, -(C1-6- 알킬)R6, -(C1-6 헤테로알킬)-R6, 아릴-R6, 헤테로아릴-R6, -C(O)O-(C1-6 알킬)- R6, -C(O)O-아릴-R6, -C(O)O-헤테로아릴-R6, 및 R12으로 구성된 군으로부터 선택되고;
R6는 OH, SH, 및 NH2으로부터 선택되거나, 또는 R6는 고체 지지체에 공유 결합된 O, S, 또는 NH이고;
R1은, 독립적으로, 각각의 경우에, OH, -NR7R12, 또는 -NR7R8이고;
각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에, H 또는 -C1-6 알킬이고;
R2는, 독립적으로, 각각의 경우에, H, 핵염기 및 화학적 보호-그룹으로 작용기화된 핵염기로 구성된 군으로부터 선택되고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 피리딘, 피리미딘, 트라이아지난, 퓨린, 및 디아자-퓨린으로부터 선택되는 C3-6 헤테로사이클릭 고리를 포함하고;
z는 8-40이고;
R4는 H, -C1-6 알킬, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 스테아로일, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, 다이메톡시트라이틸, 트라이메톡시트라이틸,
및 R12로부터 선택되고;
R9은 -C(O)(CH2)6C(O)- 또는 -C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)-이고;
R10은 -(CH2)2OC(O)N((CH2)6N(H)C(=NH)NH2)2이고;
R11은 OH 및 -NR7R8으로부터 선택되고;
R12는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고;
p는 2, 3, 4, 또는 5이고;
R13은 결합이거나, 또는 R13은 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R15 및 R19는, 독립적으로, 각각의 경우에, H, -C1-4 알킬, -CH(-C1-4 알킬)2, 및-(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되고;
t 및 w는, 독립적으로, 각각의 경우에, 2, 3, 4, 또는 5이고;
R14는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R17은 H 또는 -C1-4 알킬이고;
R20은 H, -C1-4 알킬, -CH(-C1-4 알킬)2, 및 -(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되고;
v 및 q는, 독립적으로, 각각의 경우에, 2, 3, 4, 또는 5이고;
R16은 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R21 및 R22는, 독립적으로, 각각의 경우에, H 또는 -C1-4 알킬이고;
R18은 H, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 및 스테아로일으로 구성된 군으로부터 선택되고;
r은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9이고;
y 및 u는, 독립적으로, 각각의 경우에, 2, 3, 4, 또는 5이고;
단, 다음의 조건 중 하나가 존재하며: 1) R1은 NR7R12이고; 2) R4은 R12이고; 또는 3) R3은
인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제1항에 있어서, R4는 H, -C1-6 알킬, -C(O)C1-6 알킬, 벤조일, 스테아로일, 트라이틸, 모노메톡시트라이틸, 다이메톡시트라이틸, 트라이메톡시트라이틸, 및 R12으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항, 제2항 및 제4항 중 어느 한 항에 있어서, R4는 H, -C(O)CH3, 트라이틸, 4-메톡시트라이틸, 벤조일, 스테아로일, 및 R12으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제7항에 있어서, R4는 H, -C(O)CH3, 트라이틸, 4-메톡시트라이틸, 벤조일, 및 스테아로일으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제8항에 있어서, R4는 H 및 -C(O)CH3으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 또는 제10항에 있어서, 여기서 R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이며, 여기서 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 또는 제11항에 있어서, R5는 -C(O)(O-CH2CH2)3OH인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 또는 제13항에 있어서, R4는 H, C1-6 알킬, -C(O)CH3, 벤조일, 및 스테아로일으로부터 선택되는 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제14항에 있어서, R4는 H 및 -C(O)CH3으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, r은 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, r은 5, 6, 또는 7인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, r은 6인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, R13은 결합인 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, z는 8-25인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, z는 15-25인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, z는 10-20인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서,
각각의 R1은 독립적으로 NR7R8이고, 여기서 각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에, C1-3-알킬인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 R1은 N(CH3)2인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서,
각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 피리딘, 피리미딘, 트라이아지난, 퓨린, 및 디아자-퓨린으로부터 선택되는 C4-6-헤테로사이클릭 고리를 포함하는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서,
각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 피리미딘, 트라이아지난, 및 디아자-퓨린으로부터 선택되는 C4-6-헤테로사이클릭 고리를 포함하는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서,
각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 아데닌, 2,6-다이아미노퓨린, 7-디아자-아데닌, 구아닌, 7-디아자-구아닌, 하이포잔틴, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 및 우라실으로 구성된 군으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서,
각각의 R2는 핵염기이고, 여기서 핵염기는, 독립적으로, 각각의 경우에, 아데닌, 구아닌, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 우라실, 및 하이포잔틴으로 구성된 군으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제1항 내지 제22항 및 제24항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, R15는 H, CH3, -CH(CH3)2, 및 -(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제22항 및 제24항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, R19는 H, CH3, -CH(CH3)2, 및 -(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제17항 및 제19항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, R20은 H, CH3, -CH(CH3)2, 및 -(CH2)3NH-C(=NH)-NH2으로 구성된 군으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, R17은 H 또는 CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, R17은 H인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제37항에 있어서, R21은 H 또는 CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, R21은 H인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제16항 및 제18항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, R22는 H 또는 CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제16항 및 제18항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, R22는 H인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제3항, 제5항, 제8항 내지 제10항 및 제14항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, R6는 OH, SH, 및 NH2으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제26항 및 제29항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에, H 또는 CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제26항 및 제29항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 R7 및 R8은 CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, n은 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, p는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제22항 및 제24항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, t는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제22항 및 제24항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, w는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제17항 및 제19항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, v는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제17항 및 제19항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, x는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제16항 및 제18항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, y는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제16항 및 제18항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, u는 3 또는 4인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, R18은 H, -C(O)C1-C3 알킬, 벤조일, 및 스테아로일인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, R18은 H 또는 -C(O)C1-C3 알킬인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, R18은 H 또는 -C(O)CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항에 있어서, 화학식 I의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트는 화학식 Ic의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트:
(Ic)
또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로서,
여기서:
R3는 OH,
이고;
R5는 -C(O)(O-알킬)xOH이며, 여기서 x는 3-10이고, 각각의 알킬 그룹은, 독립적으로, 각각의 경우에, C2-6-알킬이거나, 또는 R5은 -C(O)C1-6 알킬이고;
R1은, 독립적으로, 각각의 경우에, OH 또는 -NR7R8이고;
각각의 R7 및 R8은, 독립적으로, 각각의 경우에 -C1-6 알킬이고;
R2는 독립적으로, 각각의 경우에, H, 아데닌, 2,6-다이아미노퓨린, 7-디아자-아데닌, 구아닌, 7-디아자-구아닌, 하이포잔틴, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 및 우라실으로 구성된 군으로부터 선택되고;
z는 8-40이고;
R12는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고;
p는 2, 3, 4, 또는 5이고;
R13는 결합이고;
R14는 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R17은 H 또는 -C1-4 알킬이고;
R16은 다음으로 구성된 군으로부터 선택되고:
R21은 H 또는 -C1-4 알킬이고;
R18은 H 또는 -C(O)C1-6 알킬이고;
r은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염. - 제56항 또는 제57항 중 어느 한 항에 있어서, R1은 독립적으로, 각각의 경우에, OH 또는 -N(C1-6 알킬)2인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제56항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, R2는, 독립적으로, 각각의 경우에, 아데닌, 구아닌, 사이토신, 5-메틸-사이토신, 타이민, 우라실, 및 하이포잔틴으로 구성된 군으로부터 선택되는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, r은 5, 6, 또는 7인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제56항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, R18은 H인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제56항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, R18은 -C(O)CH3인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제1항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오타이드는 RNA 표적에 서열 상보성을 가지는 표적 서열을 포함하는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제66항에 있어서, RNA 표적은 세포 RNA 표적인, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제66 또는 67항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열은 RNA 표적에 결합하기에 충분한 서열 상보성을 가지는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 제66항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 서열은 RNA 표적에 완벽한 서열 상보성을 가지는, 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
- 중추 신경계 장애, 근육 질환, 바이러스성 감염, 또는 박테리아 감염의 치료를 필요로 하는 대상에서 이를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 대상에게 제1항 내지 제69항 중 어느 한 항의 펩타이드-올리고머-컨쥬게이트를 투여하는 것을 포함하는, 방법.
- 제70항에 있어서, 근육 질환은 뒤시엔느 근이영양증(Duchenne Muscular Dystrophy)인, 방법.
- 제70항에 있어서, 바이러스성 감염은 마르부르그 바이러스(marburg virus), 에볼라 바이러스(ebola virus), 인플루엔자 바이러스(influenza virus, 및 뎅기 바이러스(dengue virus)로 구성된 군으로부터 선택되는 바이러스에 의해 야기되는, 방법.
- 제70항에 있어서, 박테리아 감염은 결핵균(마이코박테리움 투베르쿨로시스, Mycobacterium tuberculosis)에 의해 야기되는, 방법.
- 제70항에 있어서, 중추 신경계 장애는 척수성 근위축(spinal muscular atrophy)인, 방법.
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