JP4986325B2 - ポリ(3−ヒドロキシ−ブチレート−コ−3−ヒドロキシヘキサノエートの製造のためのトランスジェニック系 - Google Patents
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Description
(発明の背景)
本発明は、概して、ポリヒドロキシアルカノエート材料の分野に関し、そしてより詳細には、その生産の改善された方法に関する。
【0002】
ポリヒドロキシアルカノエート(PHA)は、天然の熱可塑性のポリエステルであり、そして莫大な種々の適用(消費者向け包装、使い捨てのダイヤパー(diaper)裏打ち、ゴミ袋、食品向け製品および医療向け製品を含む)において使用するための従来のポリマー技術によって処理され得る。ポリヒドロキシアルカノエートを天然で産生する微生物からPHAポリマーを産生するために使用され得る方法は、米国特許第4,910,145(Holmesら);Byrom、「Miscellaneous Biomaterials」、Biomaterials(Byrom編)333−59頁(MacMillan Publishers、London1991);HockingおよびMarchessault、「Biopolyesters」、Chemistry and Technology of Biodegradable Polymers(Griffin編)48−96頁(Chapman & Hall、London 1994);Holmes、「Biologically Produced(R)−3−hydroxyalkanoate Polymers and Copolymers」、Developments in Crystalline Polymers(Bassett編)第2巻、1−65頁(Elsevier、London 1988);Laffertyら、「Microbial Production of Poly−b−hydroxybutyric acid」、Biotechnology(RehmおよびReed編)第66巻、135−76頁(Verlagsgesellschaft、Weinheim 1988);MuellerおよびSeebach、Angew.Chem.Int.Ed.Engl.32.477−502(1993)に記載されている。ポリヒドロキシブチレート(PHB)の産生のための天然の生合成経路を図1に示す。
【0003】
天然または遺伝子操作された生物においてPHAを産生するための方法は、Steinbuechel、「Polyhydroxyalkanoic Acid」、Biomaterials(Byrom編)123−213頁(MacMillan Publishers、London 1991);WilliamsおよびPeoples、CHEMTECH、26:38−44(1996);SteinbuechelおよびWiese、Appl.Microbiol.Biotechnol.、37:691−97(1992);米国特許第5,245,023号;同第5,250,430号;同第5,480,794号;同第5,512,669号;同第5,534,432号(PeoplesおよびSinskey)(これらはまた、レダクターゼ、チオラーゼ、およびPHBポリメラーゼをコードする遺伝子を開示および請求している);Agostiniら、Polym.Sci.、Part A−1、9:2775−87(1971);Grossら、Macromolecules、21:2657−68(1988);Duboisら、Macromolecules、26:4407−12(1993);Le BorgneおよびSpassky、Polymer、30:2312−19(1989);TanahashiおよびDoi、Macromolecules、24:5732−33(1991);Horiら、Macromolecules、26:4388−90(1993);Kemnitzerら、Macromolecules、26:1221−29(1993);Horiら、Macromolecules、26:5533−34(1993);HockingおよびMarchessault、Polym.Bull.、30:163−70(1993);Xieら、Macromolecules、30:6997−98(1997);ならびに米国特許第5,563,239号(Hubbsら)によって記載されている。PHAの産生のための一般的な経路を図2に示す。対応するラクトンの直接縮合および開環重合を含む合成ポリマーの合成アプローチは、JesudasonおよびMarchessault、Macromolecules 27:2595−602(1994);米国特許第5,286,842号(Kimura);米国特許第5,563,239号(Hubbsら);米国特許第5,516,883号(Horiら);米国特許第5,461,139号(Gondaら);およびカナダ国特許出願第2,006,508号において記載されている。WO95/15260は、ポリ(3−ヒドロキシブチレート−コ−3−ヒドロキシバレレートpoly(3−ヒドロキシブチレート−coヒドロキシバレレート)(PHBV)フィルムの製造を記載し、そして米国特許第4,826,493号および同第4,880,592号(Martiniら)は、PHBおよびPHBVのフィルムの製造を記載する。米国特許第5,292,860号(Shiotaniら)は、PHAコポリマーであるポリ(3−ヒドロキシブチレート−コ−3−ヒドロキシヘキサノエート)(PHBH)の製造を記載する。
【0004】
今日まで、PHAは、限定されて市販されており、コポリマーPHBVのみが進展された量で利用可能である。このコポリマーは、細菌Ralstonia eutrophaの醗酵によって生産されている。他のPHAの生産のための醗酵プロセスが開発されている(WilliamsおよびPeoples、CHEMTECH 26:38−44(1996))。植物の作物もまた、これらのポリマーを生産するために遺伝子操作されており、植物油とも遜色ない費用構造および石油ベースのポリマーに対する直接の費用競争力を提供する(WilliamsおよびPeoples、CHEMTECH 26:38−44(1996))。
【0005】
いくつかの因子が、PHAの経済的な生物学的生産に重要である。これは、基質の費用、醗酵時間、および下流の処理の効率を含む。日用品の大規模発酵について、一般に、プラスミドベースの系では、プラスミドを維持する過剰な負担および安定な発現を維持する際の問題に起因して、満足行かないものであることが知られている。
【0006】
3−ヒドロキシ−コ−ヒドロキシアルカノエート(3H−コ−HH)を含むPHAの産生のための公知の生物学的系では非効率的である。例えば、Shimamuraら、Macromolecules、27:878(1994)は、Aeromonas caviaeが、オリーブ油またはC12〜C18の脂肪酸上で増殖させる場合に3−ヒドロキシブチレートおよび3−ヒドロキシヘキサノエート(3HH)から構成されるPHAを合成することを開示する。3HHモノマーの部分は、炭素源の濃度および醗酵時間に依存して決定され、そして25%のレベルの量であり得る(Doiら、Macromolecules、28:4822(1995))。3HH基質レベルの増加の結果として、そのPHAの結晶性、融点およびガラス転移温度が減少する。物理的特性におけるこれらの変化は、Alcaligenes faecalis由来のPHBデポリメラーゼによる分解に対する感受性の増加をもたらす。PHBコポリマーにおける低レベルの3HHを取り込む他の天然の微生物は、Comamonas testosteroniおよびBacillus cereusである(Huismanら、Appl.Environ.Microbiol.55:1949(1989);Caballeroら、Int.J Biol.Macromol.、17:86(1995))。Thiocapsia pfenigiiまたはChromatium vinosumのいずれか由来のphb遺伝子が導入された組換えPseudomonas putida GPp104株もまた、主要成分として、3−ヒドロキシヘキサノエートを有するPHAを蓄積した。
【0007】
PHAは、一般に、以下のポリマー組成物に基づいて2つのクラスに分類される:短い側鎖のPHAおよび長い側鎖のPHA。一方の群由来のモノマーの他方に属するPHAの組込みは、通常、低レベルに限定される。モノマーが両方のPHAについて豊富にあるいくつかの場合において、その細菌は、一般に、別個のPHA顆粒を産生する。この顆粒は各々、1つの型のPHAを含む。従って、PHAポリメラーゼの基質特異性は、短い側鎖(C4およびC5)について、または中程度の側鎖(C8〜C10)について、最適であるように一般化され得る。個々の微生物によって合成されるPHAの組成物に基づいて、3−ヒドロキシヘキサノエートを取り込むPHAポリメラーゼが同定され得る。従って、A.caviae、C.testosteroniおよびT.pfenigii由来のPHAポリメラーゼは、PHAへ3−ヒドロキシヘキサノエートを取り込むことについて公知であるが、他方、Paracoccus denitrificans、Sphaerotilus natansおよびRhodococcus sp.由来の酵素は、3−ヒドロキシバレレートについて優先性を有する。後者の生物由来のPHAポリメラーゼはまた、C4を超えるC5についてのそれらの優先性に起因して、PHB−コ−HHコポリマーを作製するにおいて有用である。しかし、不幸にも、これらの細菌は、一般に、低増殖速度を有し、しばしば、破壊して開口することが困難で、そして遺伝子操作に対して限定された受容性のみを有する。従って、効率よく、より費用効果のある、生物学的系による3H−コ−HHを含むPHAの産生方法を開発することが所望される。
【0008】
従って、本発明の課題は、3−ヒドロキシヘキサノエートモノマー(HHPHA)を含むポリヒドロキシアルカノエートポリマーの産生のための遺伝子操作された系を提供することである。
【0009】
本発明の別の課題は、ブチレートもしくはブタノールのようなより経済的な原料からの3−ヒドロキシヘキサンモノマーを産生するために使用され得る有意な変異を提供することである。
【0010】
本発明のさらなる課題は、炭化水素の原料に由来する細胞性代謝物を、3−ヒドロキシヘキサノエートコモノマーの産生のためのブチリル−CoAへと変換するために適切な遺伝子を提供することである。
【0011】
本発明の別の課題は、3−ヒドロキシヘキサノエートをコモノマーとして含有するPHAを産生するための改善された方法を提供することである。
【0012】
本発明のなお別の課題は、3−ヒドロキシヘキサノエートモノマーの内因生合成のための生物学的系における新たな経路を提供することである。
【0013】
本発明のさらなる課題は、発現が充分かつ安定である、3−ヒドロキシヘキサノエートを含むPHAの産生のための、遺伝子操作された生物学的系を提供することである。
【0014】
(発明の要旨)
3−ヒドロキシ−コ−ヒドロキシヘキサノエート(3H−コ−HH)を含むPHAの産生のための生物学的系が、より速い増殖速度を有するトランスジェニック生物を用いること、および/またはこれらの生物を遺伝子操作して、より安価な原料(例えば、ブチレートまたはブタノール)から、あるいは、その細胞性中間体をブチルル−CoAへと変換し、それによってトランスジェニック生物を使用してPHA産生の費用を改善し得る酵素をコードする遺伝子を取り込むことによってグルコースから直接、コモノマー3−ヒドロキシヘキサン酸を生成することによって改善され得ることが発見された。これらの過程は、Escherichia coliのような遺伝子操作された細菌に基づくか、またはR.eutrophaおよびP.putidaのようなPHA産生体由来のPHA生合成遺伝子を含む産生系のような植物作物に基づく。この方法の好ましい実施形態において、さらなる遺伝子は、トランスジェニックPHBプロデューサーに導入され、それによって、PHAに取り込まれる3HHのようなモノマーを合成する新たな株を作製する。
【0015】
この方法の好ましい実施形態において、貯蔵ポリマーPHAを通常産生しない微生物を遺伝子操作して、PHAシンターゼ遺伝子および以下をコードする遺伝子からなる群より選択されるさらなる導入遺伝子を導入することによってPHAを生成する:β−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、β−ケトアシル−CoAレダクターゼ、エノイル−CoAヒドラターゼおよびβ−ヒドロキシアシル−ACP−補酵素Aトランスフェラーゼ(ACPはアシルキャリヤータンパク質の省略形である)。これらの遺伝子は、好ましくは、3HHポリマーの産生のために有利である、コードされる酵素の基質特性に基づいて選択される。より経済的な原料(例えば、ブチレートまたはブタノール)から3−ヒドロキシヘキサンモノマーを産生するために使用され得る有用な変異が記載される。これらの変異は、当業者に公知の標準的な技術によって記載される本発明を実施するために適切な細菌において容易に生成され得る。
【0016】
3−ヒドロキシヘキサノエートをコモノマーとして含むPHAを合成するトランスジェニック生物を操作するための方法が開発された。これらの系の好ましい実施形態において、この方法を使用して、以下のいずれかを操作する:(1)Escherichia coli、Klebsiella、Ralstonia eutropha、Alcaligenes latus、Pseudomonas putidaまたはPHAを合成し得る他の微生物のような細菌、あるいは(2)油作物の種(例えば、Brassica、ヒマワリ、ダイズ、トウモロコシ、ベニバナ、アマ、パームまたはココヤシ)またはデンプン蓄積植物(例えば、ポテト、タピオカ、またはキャッサバ)のような、高等植物。これらをスクリーニングして、代謝中間体を、R−3−ヒドロキシヘキサノイルCoAへの変化のために所望される酵素活性(特にブチリルCoAデヒドロゲナーゼ活性およびアシルCoA:ACPトランスフェラーゼ活性)を同定する。後者の変換は、単一のタンパク質によるか、またはチオエステラーゼおよびアシルCoAシンターゼ活性の組合せによるかのいずれかで触媒される。通常の細胞代謝物の、3−ヒドロキシヘキサノエートへのフラックスは、3つの異なる経路の1つ以上を介して再配向される。これらの3つの経路は、3−ヒドロキシヘキサノエートを、以下のいずれかにより生成する:(1)Clostridium acetobutylicium由来のブチレート醗酵経路を用いる、(2)E.coli由来の脂肪酸生合成経路を用いる、または(3)Pseudomonas putida由来の脂肪酸酸化複合体を用いること。導入遺伝子由来の機能的PHAシンターゼを発現する細菌、およびトランスジェニック植物作物におけるこれらの遺伝子を発現するための方法が記載されることを実施例が実証する。
【0017】
クロトニルCoAをブチリルCoAへと変換する酵素をコードする遺伝子を選択する方法、ならびにPHA生合成のために、アシルACP中間体をアシルCoAへ、またはアシルCoA前駆体へと変換する酵素を同定するスクリーニング方法が提供される。PHAポリメラーゼをコードする遺伝子が染色体に組み込まれ、そしてPHA合成を支持するレベルにまで発現されるトランスジェニックE.coli株が提供される。そのようなトランスジェニック株(これはまた、染色体における特異的な変異を有する)は、異なる生物学的供給源からゲノムライブラリーを用いてこれらの活性の選択およびスクリーニングを可能にする。
【0018】
3−ヒドロキシヘキサノエートモノマーの内因生合成のための生物学的系における新たな経路を操作するための方法が記載される。好ましい実施形態において、E.coliは、細胞代謝物を、3−ヒドロキシヘキサノイルCoAへと変換する酵素をコードする遺伝子をE.coliに導入することによって、唯一の炭素源として、安価な炭化水素供給源(例えば、グルコース、スクロース、キシロース、およびラクトース)またはそのような炭化水素および脂肪酸の混合物のいずれかからPHBHを合成するように操作される。組換えE.coli株における効率よいPHA合成のために、その経路に関与する遺伝子のすべての発現が適切であることが重要である。この目的のために、目的の遺伝子がプラスミドのような、内因的にコピー数効果および結果的に高発現レベルを生じる染色体外DNA分子から発現され得るか、またはそれらの遺伝子は、染色体から発現され得る。日用品の大規模醗酵のために、一般に、プラスミドベースの系は、そのプラスミドを維持することの過度の負担および安定な発現の問題に起因して、満足行かないことが知られている。これらの欠点は、染色体にコードされた酵素を用いるか、ならびに/または目的の遺伝子に先行する転写シグナルおよび翻訳シグナルを、改善して、発現を充分かつ安定にすることによって、克服され得る。
【0019】
(発明の詳細な説明)
任意のHA産生生物の代謝(細菌および植物作物を含む)は、代謝操作によってPHA合成についての特異的代謝物を供給するように再配向され得る。このアプローチを有効にするために、共通の代謝中間体から所望のモノマーへと導く新たな生物学的経路を開発することが必要である。そのような経路は、1つの生物に存在することは必要ではない。なぜなら、個々の工程は、遺伝子操作技術を用いて選択された産生生物において再構成され得るからである。補完された原料に由来する代替のモノマーを取り込むように開発されたプロセスは、特定の欠点を有する。第一に、醗酵槽に補完的原料を加えることは費用が高い。なぜなら、それらは、インフラストラクチャを拡張し、そしてさらなる品質管理を課すからである。第二に、原料におけるモノマー前駆体の添加は厳密に管理されて、モノマープールおよびPHA組成物の安定な組成を達成する必要があるからである。
【0020】
従って、R.eutropha、C.Testosteroni、A.latus、A.vinelandiiおよびP.denitrificansのような生物、ならびに異種遺伝子(単数または複数)からのPHAシンターゼを発現するトランスジェニックの微生物および植物作物の系においてPHBHを産生させることを可能にする、代謝操作方法における類似のアプローチが開発されてきた。
【0021】
(I.ポリヒドロキシアルカノエート)
いくつかの型のPHAが公知である。それらの側鎖の長さおよび生合成のためのそれらの経路に従って、2つのグループへとPHAを大まかに分けることが有用である。短い側鎖を有するもの(例えば、ポリヒドロキシブチレート(PHB)、R−3−ヒドロキシ酪酸単位のホモポリマー)は、結晶性で熱可塑性であり;長い側鎖を有するPHAは、よりエラストマー性である。前者のポリマーは、約70年間知られている(LemoigneおよびRoukhelman 1925)が、後者のポリマーは、比較的最近の発見である(deSmetら、J.Bacteriol.、154:870−78(1983))。しかし、この命名の前に、R−3−ヒドロキシ酪酸単位およびC5〜C16のより長い側鎖の両方を含む単位微生物起源のPHAが同定されていた(WallenおよびRowheder、Environ.Sci.Technol.、8:576−79(1974))。D−3−ヒドロキシ酪酸、および1つ以上の、5〜16炭素原子を含む長い側鎖のヒドロキシ酸単位のコポリマーを産生する多数の細菌がより最近になって同定された(SteinbuchelおよびWiese、Appl.Microbiol.Biotechnol.、37:691−97(1992);Valentinら、Appl.Microbiol.Biotechnol.、36:507−14(1992);Valentinら、Appl.Microbiol.Biotechnol.、40:710−16(1994);Abeら、Int.J Biol.Macromol.、16:115−19(1994);Leeら、Appl.Microbiol.Biotechnol.、42:901−09(1995);Katoら、Appl.Microbiol.Biotechnol.、45:363−70(1996);Valentinら、Appl.Microbiol.Biotechnol.、46:261−67(1996);米国特許第4,876,331号(Doi))。特異的な2成分コポリマーの有用な例は、PHB−コ−3−ヒドロキシヘキサノエートが挙げられる(Brandlら、Int.J Biol.Macromol.、11:49−55(1989);AmosおよびMcInerey、Arch.Microbiol.、155:103−06(1991);米国特許第5,292,860号(Shiotaniら))。他の代表的なPHAは、SteinbuechelおよびValentin、FEMS Microbiol.Lett.、128:219−28(1995)に記載されている。化学合成方法もまた適用されて、適用試験のために、この型のラセミPHBコポリマーが調製されている(PCT WO 95/20614、PCT WO 95/20615、およびPCT WO96/20621)。
【0022】
このポリマーの有用な分子量は、約10、000ダルトンと4、000、000ダルトンとの間であり、そして好ましくは、約50、000ダルトンと1、500、000ダルトンとの間である。PHAは、好ましくは、以下の式の1つ以上の単位を含む:
−OCR1R2(CR3R4)nCO−
ここで、nは0であるか整数であり;そして
R1、R2、R3およびR4は、独立して、飽和および不飽和の、炭化水素ラジカル、ハロ置換ラジカルおよびヒドロキシ置換ラジカル、ヒドロキシラジカル、ハロゲンラジカル、窒素置換ラジカル、酸素置換ラジカルおよび水素原子から選択される。
【0023】
モノマー単位は、一般に、ヒドロキシブチレート、ヒドロキシバレレート、ヒドロキシヘキサノエート、ヒドロキシヘプタノエート、ヒドロキシオクタノエート、ヒドロキシノナノエート、ヒドロキシデカノエート、ヒドロキシウンデカノエート、およびヒドロキシドデカノエートの単位を包含する。PHAは、モノマーおよびポリマーならびに3−ヒドロキシ酸、4−ヒドロキシ酸および5−ヒドロキシ酸の誘導体を包含し得る。
【0024】
(II.ポリヒドロキシアルカノエートの調製の方法)
PHAは、生物学的供給源(例えば、天然にPHAを産生し、そして培養条件および原料の操作によって所望のPHAを産生するように誘導され得る微生物、本明細書において記載されるように遺伝子操作されたこれらまたは他の微生物、あるいはPHAを産生するように遺伝子操作された植物のような高等生物)から調製され得る。
【0025】
(PHA合成のために必要とされる酵素の基質特異性)
PHAシンターゼ遺伝子の適切な供給源は、当業者に周知な方法によって脂肪酸で増殖される場合に産生されるPHAの組成を分析すること、次いでPHAシンターゼ遺伝子を単離することによって容易に同定される。有用なPHAシンターゼ遺伝子は、例えば、以下から単離されている:Aeromonas caviae(FukuiおよびDoi、J Bacteriol.179:4821−30(1997))、Rhodospirillum rubrum(米国特許第5,849,894号)、Rhodococcus ruber(PieperおよびSteinbuechel、FEMS Microbiol. Lett.96(l):73−80(1992))、ならびにNocardia corallina(Hallら、Can.J Microbiol. 44:687−91(1998))。
【0026】
PHBポリメラーゼについてのインビトロ研究は、Z.ramigera I−16−M由来の酵素が、3−ヒドロキシ−ブチリルCoAのR異性体に対して厳密に特異的であることが示されている(Fukuiら、Arch.Microbiol.、110:149(1976))。R.eutropha由来のPHBポリメラーゼは、3−ヒドロキシブチリルCoAモノマーについて高度に特異的であり、そして3−ヒドロキシバレリルCoAに対して7.5%のみの活性を示す。3−ヒドロキシヘキサノイルCoAまたはより長い3−ヒドロキシアシルCoAでは、インビトロ研究において、活性は検出されなかった(Haywoodら、FEMS Microbiol.Lett.、57:1(1989))。
【0027】
Z.ramigera由来のNADPH結合アセトアセチルCoA還元酵素は、アセトアセチルCoAで最も活性であるが、一方、3−ケトバレリルCoA(最大活性の41%)および3−ケトヘキサノイルCoA(0.6%)もまた、この酵素に対する基質であった(Plouxら、Eur.J.Biochem.、174:177(1988))。R.eutrophaにおいて、3−ケトバレリルCoAおよび3−ケトヘキサノイルCoAについての還元酵素活性は、アセトアセチルCoAについて決定された活性のそれぞれ48%および3.6%である(Haywoodら、FEMS Microbiol.Lett.、52:259(1988))。さらに、R.eutrophaは、C4基質およびC8基質について最も高いS−3−ヒドロキシアシル−CoA活性に対してNADH依存性の活性を有する。
【0028】
R.eutrophaはまた、アセトアセチルCoA基質に対して最も高い活性および3−ケトバレリルCoA基質に対して最大の活性の3%のみを有する、2つの3−ケトチオラーゼ(AおよびB)を有する(Haywoodら、FEMS Microbiol.Lett.、52:91(1988))。酵素Aは、これら2つの基質に対して10倍活性であり、そして厳密に特異的であるが、酵素Bもまた、より高い3−ケトアシルCoAの活性に対して1〜2%の活性を有する。
【0029】
要約すると、R.eutrophaまたはZ.ramigera由来のPHB酵素による3−ヒドロキシヘキサノイル−CoAモノマーの合成は、3−ケトヘキサノイル−CoAに対して有利な基質特異性を有するチオラーゼ遺伝子および/または還元酵素遺伝子を同定し、そして使用することによって改善され得る。従って、PHA生合成のために、3−ヒドロキシヘキサノイルCoAを提供し得る活性をコードする遺伝子を同定し、そして単離することが必要である。
【0030】
(Nocardia salmonicolor由来のphb遺伝子の同定および単離)
N.salmonicolorは、炭素供給源として単糖上で増殖する場合、高レベルの3−ヒドロキシバレレートを、PHAに組み入れることが公知であるRhodococcus属の1つのメンバーである。この特性は、N.salmonicolor由来のPHB生合成酵素は、おそらく他のPHB合成酵素(例えば、R.eutropha由来のPHB生合成酵素)より広い基質範囲を有するだろうことを示唆する。PHBポリメラーゼおよびアセトアセチルCoA還元酵素をコードする遺伝子は、Rhodococcus ruber由来のphaC遺伝子のヌクレオチド配列ならびに公知のアセチルCoAデヒドロゲナーゼのN末端部分およびC末端部分の領域において保存された領域に基づいたプライマーを使用した、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅された。N.salmonicolor由来のphbB遺伝子およびphbC遺伝子を含むDNAフラグメントが、プローブとして、対応するPCR産物を用いたサザンブロットによるゲノム消化において同定された。3.6kb BamHI(phbC)および4.2kb PvuII(phbB)フラグメントが、pUC119にクローン化され、そしてプローブとして、対応するPCR産物を使用したコロニーブロッティングにより同定された。
【0031】
(Clostridium acetobutylicum由来のブチラート発酵経路を用いたR−3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの内因性形成)
R−3−ヒドロキシヘキサノイルCoA形成を生じる生合成経路は、図4に示されるようなモノマー前駆体へ後に縮小され得る3−ケトヘキサノイルCoAへのブチリルCoAの伸長を含む。ブチリルCoAは、ブチラート発酵生物(例えば、C.acetobutylicum)により、アセチルCoAから4工程経路で形成される。3−ケトヘキサノイルCoAへのブチリルCoAの伸長は、チオラーゼによって触媒される。従って、完全な経路は、(1)PHB生合成チオラーゼ、(2)ブチリルCoAを形成するC.acetobutylicum由来の3つの酵素、(3)3−ケトヘキサノイルCoAに特異的な第2のチオラーゼ、(4)この基質に特異的な還元酵素、および(5)3−ヒドロキシブチリルCoAおよび3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの両方を受容するPHBポリメラーゼを含む。
【0032】
ブチラート発酵に関与するC.acetobutylicum遺伝子座は、5つの酵素/タンパク質(クロトナーゼ(crt)、ブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(bcd)、電子伝達のための2ETFタンパク質(etfAおよびetfB)、および3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(hbd))をコードする(Boyntonら、J.Bacteriol.178:3015(1996))。これらの遺伝子が単離された別の微生物は、Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticumである(van Rinsum、GenBank Acc.no.)。Hbdおよびcrtは、同様にC.difficileから単離された(Mullanyら、FEMS Microbiol.Lett.124:61(1994))。3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ活性は、Dastricha ruminatium(Yarlettら、Biochem.J.228:187(1995))、Butyrivibrio fibrisolvens(MillerおよびJenesel、J.Bacteriol.、138:99(1979))、Treponema phagedemes(GeorgeおよびSmibert、J.Bacteriol.、152:1049(1982))、Acidaminococcus fermentans(HartelおよびBuckel、Arch.Microbiol.、166:350(1996))、Clostridium kluyveri(Madanら、Eur.J.Biochem.、32:51(1973))、Syntrophospora bryanti(DongおよびSatams、Antonie van Leeuwenhoek、67:345(1995))において検出され;クロトナーゼ活性は、Buryrivibrio fibrisolvens(MillerおよびJenesel、J.Bacteriol.、138:99(1979))において検出され;そしてブチリルCoAデヒドロゲナーゼ活性は、Megasphaera elsdenii(WilliamsonおよびEngel、Biochem.J.、218:521(1984))、Peptostreptococcus elsdenii(EngelおよびMassay、Biochem.J.、1971、125:879)、Syntrophospora bryanti(DongおよびStams、Antonie van Leeuwenhoek、67:345(1995))、およびTreponema phagedemes(GeorgeおよびSmibert、J.Bacteriol.、152:1049(1982))において検出された。
【0033】
今までのところ公知である全てのCoA関連チオラーゼについて、この反応は、主に異化方向に進行する。また、phbAによってコードされるチオラーゼは、好ましくはアセトアセチルCoAを分解する。従って、3−ケトヘキサノイルCoAへの生合成経路において、異化チオラーゼは、この反応が還元酵素およびPHAポリメラーゼによって異化方向へと向かわされている場合、使用され得る。公知のチオラーゼに加え、これらの酵素をコードする遺伝子は、細菌、哺乳動物および植物の範囲から得られ得る。実際、E.coliは、生化学的および生理学的の両方であまり特徴付けられていない5つのチオラーゼを有する。これらのチオラーゼの2つは、以前同定された遺伝子(fadAおよびatoB)によってコードされるが、一方他の3つは、研究されていないオープンリーディングフレームによってコードされる。これらのチオラーゼは過剰発現され、そしてインビトロアッセイにおいて異なる基質を用いてアッセイされた。還元酵素遺伝子およびポリメラーゼ遺伝子は、N.salmonicolorまたはC6モノマーを取り込む任意の他のPHAプロデューサーから取られる。
【0034】
(脂肪酸酸化経路によるR−3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの内因性形成)
P.putidaにおいて、PHA生合成についてのモノマーは、アルカンまたは酸化されたアルカンが、炭素供給源およびエネルギー供給源として提供される場合、脂肪酸酸化経路から誘導される。PHA生合成に導かれるこの経路における中間体は、S−3−ヒドロキシアシルCoA(好ましくはC8〜C10)であると推定され、これは、FaoAB複合体によるR異性体へのエピマー化を受ける。エピメラーゼおよびPHAポリメラーゼの組み合わせた作用は、PHAに対してC6〜C14のモノマーを提供する。結果として、このエピメラーゼおよびPHAポリメラーゼを受容する3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの組み合わせは、図5によって示されるように、トランスジェニック生物体において脂肪酸からPHBHを合成するための生合成能力を提供する。3HBモノマーとしての発酵産生に有用な供給原料である脂肪酸および炭水化物の混合物は、アセチルCoAから誘導され得るが、一方、3HH成分は脂肪酸からである。植物作物について、3−ヒドロキシヘキサノエートモノマーの合成は、アセチルCoAから同化的に進行するか、または脂肪酸から異化的に進行する。
【0035】
エピメラーゼ活性は、E.coli(FadAB)(Pramanikら、J.Bateriol.137:469(1979))およびP.fragi FaoAB(Imamuraら、J.Biochem.107:184(1990))由来の脂肪酸酸化複合体において検出されている。P.putida KT2442由来のFaoAB複合体を、サブユニットを過剰発現ベクターpTrcNにおいてクローニングした後に試験し、そしてこの複合体が3−ヒドロキシオクタノイルCoAに対してエピメラーゼ活性を示し、3−ヒドロキシブチリルCoAに対して限定された活性を示し、そして3−ヒドロキシオクタノイルCoAに対してほとんど検出可能でないレベルを示した。これらの結果は、FaoAB複合体がP.putidaにおけるPHA経路の基質特異性の決定因子であり得ることを示唆する。結果として、他の供給源からのFaoAB複合体は、組換え生物、原核生物または原始生物における新規3−ヒドロキシアシルCoAプールを生成するために使用され得る。相同な遺伝子は、P.putida KT2442においてfaoAB遺伝子を同定するための同じ方法を使用して、R.eutropha、A.latus、C.testosteroni、P.denitrificans、R.ruberならびに他のPHAおよび非PHAプロデューサーのような細菌から容易に単離される。
【0036】
(脂肪酸生合成経路を介したR−3−ヒドロキシオクタノイルCoAの内因性形成)
P.putidaおよびP.aeruginosaは、糖上で増殖する場合、中程度の鎖長の3−ヒドロキシ脂肪酸から構成されるPHAを合成する。これらのPHAにおいて優勢なモノマーは、3−ヒドロキシデカノエートである。類似の経路は、図6によって示されるように、E.coli、R.EutrophaおよびP.putidaのような組換え微生物ならびにトランスジェニック脂肪種子作物のいずれかにおいてPHBHの合成について操作され得る。3−ヒドロキシブチリルCoAおよび3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの前駆体を受容するポリメラーゼに加えて、3−ヒドロキシアシルACPを3−ヒドロキアシルCoAに変換するか、または3−ケトアシルACPを3−ケトアシルCoAに変換する酵素活性もまた、必要である。この活性がP.putidaに存在することから、対応する遺伝子がスクリーニング手順により同定および単離され得る。脂肪酸生合成の調節解除およびこの経路における活性の増加は、引き続いて、PHBH形成のための基質を提供する。
【0037】
この経路における重要な酵素活性は、3−ヒドロキシアシルACPのCoA誘導体への変換である。チオエステラーゼおよびアシルCoAシンターゼは周知であり、その組み合わせ作用が、この工程を達成し得る。あるいは、新規活性、アシルACP:CoAトランスフェラーゼは、PHA経路におけるこの工程を容易にし得、そして結果として、炭水化物のような酸化された炭素供給源からPHAを産生する細菌において同定され得る。
【0038】
(増殖特徴)
効率的なPHA産生のために、菌株が、接種の作業および産生の行為の期間の間、そのバイオポリマーを合成するための能力を失わないことが重要である。phb遺伝子のいずれかの損失が、産生物の損失を生じるが、他方、新規モノマーを提供する遺伝子のいずれかの損失が、異種の産生物の形成を生じる。これらは共に望ましくなく、従って菌株の安定な増殖が必要である。実施例に記載される菌株の遺伝子の組込みは、250,000Lの工業用発酵容器における産生に十分な、少なくとも50世代にわたり安定であるように決定される。
【0039】
これらの組換えPHAプロデューサーの増殖および形態は、染色体上のphb遺伝子の存在によって損なわれない。この選択手順の間、個々の構成要素は、栄養要求性菌株の単離を迂回して、最小の培地プレート上で選択される。異なるphb構成要素の増殖速度は、PHB産生株を誘導する野生型E.coliの増殖速度と類似した。E.coli染色体へのphb遺伝子の追加は、これらの菌株の下流プロセッシングに影響しなかった。なぜなら、これらが依然として従来の方法によって容易に溶解したからである。
【0040】
(III.組成物のための適用)
PHAは、成形適用、特に、消費パッケージングアイテム(例えば、瓶、化粧用容器、オムツシート、ペン、ゴルフのティー、および個人用アイテム(例えば、米国特許第3,072,538号;同第3,107,172号;および同第4,900,299号(これらは、成形されたタンポンアプリケーターを記載する)))のための成形適用において、ならびに純粋なPHAもしくはブレンドのフィルムまたは他の材料(例えば、デンプンエステルもしくは合成ポリマー)とのPHAのラミネートにおいて、使用され得る。多くの適用において、このポリマーは、まず繊維に形成され、次いで、この繊維を使用して、不織布のような材料が構築される。
【0041】
このポリマーはまた、熱融解接着調合物および圧力感受性接着調合物において、ならびにトナーにおいて使用される石油化学ポリマーおよび顕色剤組成物(米国特許第5,004,664号)に代わるために、ならびにイオン電導性ポリマー電解質(米国特許第5,266,422号)として、使用され得る。ポリヒドロキシアルカノエートポリマーの多くの特徴は、このポリヒドロキシアルカノエートポリマーを、金属粉末、セラミック粉末または金属/セラミック粉末の加工のための結合剤として、特に魅力的にする。
【0042】
PHAの独特な特徴の1つは、それらが、2つの別個の物理的形態(アモルファス顆粒としてか、または結晶固体としてのいずれか)において存在し得ることである。従って、PHAは、ラテックスを形成するために使用され得る。PCT WO 91/13207は、コーティング紙のためのPHAラテックス組成物を記載する。GB 2 292 648 Aは、建築用コーティング調合物におけるPHAラテックスの使用を記載する。PCT WO 96/00263は、食物コーティング(特に、チーズコーティング)としてのPHAラテックスの使用を記載する。PCT WO 92/09211および米国特許第5,229,158号は、生クリーム代用物としての使用のためのPHA顆粒組成物の使用を記載する。PCT WO 92/09210および米国特許第5,225,227号は、食物における風味送達剤としてのPHAの使用を記載する。
【0043】
PHAは、ますます利用可能になってきているので、PHAはまた、加工補助剤として作用する適用における、それらの適合性について試験されている。1つの例は、PCT WO 96/17369に記載されるようなCRTチューブ成分の生成におけるPHAラテックスの使用である。この適用におけるPHAの有用性の重要な特徴は、そのコーティング系が有機溶媒を使用しないこと、およびそのコーティング系が、引き続くオーブン処理の間に、従来の系よりも低いエネルギーを使用して、容易に除去され得ることである。
【0044】
PHAは、ヒドロキシ酸モノマー組成物に依存して、広範な種々の型において生成され得る(SteinbuchelおよびValentin,FEMS Microbiol.Lett.128:219−28(1995))。ポリメラーゼ酵素がプラスミドにコードされる生物中で合成されたPHAは、ポリメラーゼ酵素が染色体にコードされる生物中で合成されたPHAと比較して、より低い分子量を有する傾向がある(Huismanら、「Synthesis of poly(3−hydroxyalkanoates)by mutant and recombinant Pseudomonas strains」Appl.Microb.Biotech.38:1−5(1992))。この広範なポリマー組成物は、等しく広範なポリマー物理特性(40〜180℃の範囲の融点、−35〜5℃の範囲のガラス転移温度、結晶化の速度を制御する能力と合わせられる0%〜80%の範囲の結晶化度、および5〜500%の範囲の破断伸び(elongation to break)を含む)を反映する。例えば、ポリ(3−ヒドロキシブチレート)は、ポリプロピレンの特徴と類似の特徴を有し、一方、ポリ(3−ヒドロキシオクタノエート)((R)−3−ヒドロキシオクタノエートと(R)−3−ヒドロキシヘキサノエートとのコポリマー)型は、むしろエラストマーと類似に挙動し、そしてより長い側鎖を有するPHAは、むしろワックスと類似に挙動する。PHAはまた、可塑化され得、そして他のポリマーまたは薬剤とともにブレンドされ得る。
【0045】
広範なポリマー組成物は、等しく広範なポリマー物理特性(有機溶媒中の溶解度(これは、選り抜きの広範な溶媒を提供する)を含む)を反映する。例えば、(R)−3−ヒドロキシブチレートと他のヒドロキシ酸コモノマーとのコポリマーは、PHBホモポリマーの溶解度特徴と有意に異なる溶解度特徴を有する。例えば、アセトンは、PHBに対して良溶媒ではないが、6〜12個の炭素原子を含有する(R)−3−ヒドロキシ酸との(R)−3−ヒドロキシブチレートコポリマーを溶解するためには非常に有用である(Abeら、Int.J Biol.Macromol.16:115−19(1994);Katoら、Appl.Microbiol.Biotechnol.45:363−70(1996))。同様に、Mitomoら、Reports on Progress in Polymer Physics in Japan,37:128−29(1994)は、アセトン中に15〜75mol%の4−ヒドロキシブチレート残基を含むコポリエステルであるポリ(3−ヒドロキシブチレート−コ−4−ヒドロキシブチレート)の溶解度を記載する。一定範囲のPHAのために適切な多くのさらなる溶媒は、例えば、米国特許第5,213,976号;米国特許第4,968,611号;JP 95,135,985;JP 95,79,788;PCT WO 93/23554;DE 19533459;PCT WO 97/08931;およびBrazil Pedido PI BR 93 02,312に記載されている。
【0046】
本明細書中に記載される組成物ならびにその調製の方法およびその使用は、以下の限定しない実施例によってさらに記載される。
【0047】
(実施例において使用される材料および方法)
DNAの操作を、Qiagenプラスミド調製キットまたはQiagen染色体DNA調製キットを製造業者の推奨に従って用いて精製した、プラスミドおよび染色体DNAで実施した。DNAを、制限酵素(New England Biolabs,Beverly,MA)を製造業者の推奨に従って使用して、消化した。DNAフラグメントを、Qiagenキットを使用して0.7%アガロース−Tris/酢酸/EDTAゲルから単離した。オリゴヌクレオチドは、BiosynthesisまたはGenesysから購入した。DNA配列を、Perkin−Elmer ABI 373A配列決定装置を使用して、自動配列決定によって決定した。DNAを、Gibco−BRL(Gaithersburg,Md)のPCR−mixおよびEricomp DNA増幅装置を使用して、50μlの容量でのポリメラーゼ連鎖反応を用いて、増幅した。増殖培地および標準的なクローニング手順は、Sambrookら(1992、Molecular Cloning、a laboratory manual、第2版、Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY)によって記載される通りであった。
【0048】
精製したポリマーまたは凍結乾燥した細胞塊上で実施するガスクロマトグラフィー(GC)分析によって、PHAを分析した。約20mgのサンプルを、内部標準として添加した2mg/mLの安息香酸と共に、(容量で)90%の1−ブタノールおよび10%の濃塩酸を含む混合物2mL中で、110℃、3時間の抽出およびブタノール分解(butanolysis)に同時に供した。生じた混合物の水溶性の成分は、3mLの水で抽出して除去した。有機相(全体の流速が2mL/分で分離比が1:50の1μL)を、FID検出器を備えるHP 5890 GC(Hewlett−Packard Co、Palo Alto、CA)で、SPB−1融合シリカキャピラリーGCカラム(30m、内径0.32mm、0.25μmの膜、Supelco、Bellefonte、Pa.)を用いて、次のような温度プロファイルで分析した。80℃で2分間、1分間あたり10℃づつ250℃まで上昇、250℃で2分。内部標準として、安息香酸ブチルを使用した。
【0049】
(実施例1:PHBHの産生を改良するのに適したN.salmonicolor由来の遺伝子の単離)
染色体にコードされたN.salmonicolor由来のPHAポリメラーゼを発現するトランスジェニックE.coli株を、構築した。N.salmonicolor由来のPHBポリメラーゼ遺伝子を単離し、そしてこの遺伝子の融合体を、Pseudomonas酵素の末端の10個の残基を含む、Z.ramigera由来のPHAポリメラーゼ遺伝子の翻訳配列を用いて産生した。次いで、プロモーターのないクロラムフェニコールトランスフェラーゼ遺伝子を、phbC−cat融合体を作製するためにそのハイブリットphbC遺伝子の後に配置した。この融合体を、pLOFシステムまたはpUTシステム(Herreroら)を使用して、E.coliの染色体にランダムに挿入し、この融合体を発現するクローンを、クロラムフェニコール含有増殖培地上で選択した。この融合体の発現を、より高いレベルのクロラムフェニコールに耐性で誘導体を選択することによって、結果的に増加させた。
【0050】
PhaCを、以下の反応混合物:50mlの最終容量中の45mlのPCR Supermix(Gibco BRL、Gaithersburg、MD)、20pmolのプライマーRSCP1(SEQ ID NO:1)
(5’GATGCCGGTCGACCCGCGGGACCGCCGCTTCTCC)およびRSPC2(SEQ ID NO:2)
(5’TCAGCTGAAGACGTACGTACCCGGAGC)
中で、95℃で60秒、55℃で60秒、および72℃で210秒の30サイクル、その後の生成物伸長工程(68℃で7分)によって、N.salmonicolor染色体DNAから増幅した。N.salmonicolorレダクターゼ遺伝子を、以下の反応:50mlの最終容量中の45mlのPCR Supermix(Gibco BRL、Gaithersburg、MD)、1mMのプライマーRD−up(SEQ ID NO:3)
(5’CGIGTIGCICTIGTIACIGG)
およびRD−dwn(SEQ ID NO:4)
(5’CCCATGTACAGICCICCGTT)
中で、95℃で60秒、60℃で60秒、および72℃で210秒の30サイクル、その後の生成物伸長工程(68℃で7分)によって増幅した。PCR生成物をゲル精製し、そしてpCR2.1(Invitrogen、CA)にクローン化した。引き続いて、ポリメラーゼおよびレダクターゼをコードする精製したフラグメントを、サザンブロット実験に使用し、3.6kb phaCフラグメントならびにphaBを含む4.6kb BamHIフラグメントおよび4.2kb Pvullフラグメントを同定した。対応するサイズの染色体フラグメントを、ゲル精製し、pUC19にクローン化し、そして所望の挿入物を含むクローンを、プローブとして精製したphbC遺伝子およびphbB遺伝子を使用する、コロニーブロットハイブリダイゼーションによって同定した。
【0051】
PHBHの効率的な合成は、生合成の経路に含まれる酵素をコードする遺伝子の適切な発現を必要とするので、N.salmonicolor由来のphaC遺伝子を、図6に示されるように、この遺伝子の5’末端に強力な翻訳シグナルを操作するために再構築した。PhaCを、プライマーC7−5’(SEQ ID NO:5)
(5’AAGTCGACCATGCATCCGATCGGCTGGGGT)
およびC7−3’(SEQ ID NO:6)
(5’ACGCTGTTCAGATCTTCGCAAGATGAATGCTAACG)
を使用して、95℃で30秒、60℃で30秒、および72℃で2分を伴う熱サイクルプログラム、その後の伸長工程(72℃で7分)によって増幅した。この反応混合物は、47mlのPCR Supermix(Gibco−BRL)、各々0.1nmolのプライマー、およびテンプレートとして約0.05mgのpCR2.1−phaC7を含んでいた。このPCR生成物を、フェノール抽出により精製し、そしてNsilおよびBglIIを用いて消化した。次いで、この制限フラグメントを、pMSXC5catのPstIおよびBamHI部位にクローン化した。pMSXC5catは、Z.ramigera(phaC5)由来のPHAポリメラーゼ遺伝子およびクロラムフェニコール耐性遺伝子の転写融合体を含む。得られたプラスミドは、翻訳融合体を含み、これは、PhaC5由来の10個のN末端アミノ酸の、N.salmonicolor PHAポリメラーゼとのハイブリッドポリメラーゼを生じる。引き続いて、得られたプラスミドpMSXC7catをAccI、HindIII、およびFspIで消化し、その後、phaCフラグメントを、FseI/EcoRI消化したpMSXp11AB5kanおよびSmaI/EcoRI消化したpMSXp13AB5kan中のp11およびp13プロモーターの後にクローニングするために単離した。p11C7catおよびp13C7catを含むフラグメントを、AvrIIフラグメントとして単離し、pLOFHgのSfiI部位に挿入し、そしてE.coli MBX427の染色体に組み込み、pMLXp11C7catおよびpMLXp13C7catを得た。
【0052】
代替的3−ヒドロキシヘキサノイルCoA受容PHAポリメラーゼ遺伝子は、このモノマーを取り込むことが示されている生物から得られ得、この生物としては、A.caviae、C.testosteroni、T.pfenigii、ならびにおそらくP.denitrificansおよびS.natansが挙げられる。これらの遺伝子は、上記と同じ手順に従って、E.coliにおいて発現され得る。
【0053】
(実施例2:ブチレートからの、E.coliにおけるPHBH合成)
R−3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの内因性合成は、アセチルCoAとのブチリルCoAの縮合、それに続く還元工程の後に、進行し得る。この経路は、広範な基質範囲のレダクターゼおよび3−ヒドロキシヘキサノイルCoAを受容するポリメラーゼのみを必要とする。ブチレートは、E.coliによって取りこまれ、そしてatoDA遺伝子産物によってブチリルCoAに変換される。ブチリルCoAの分解は、ブチレートによって誘導されないatoBおよびfadレギュロンに依存する。
【0054】
プラスミドpMBXc12J12を、A.caviae PHBポリメラーゼ遺伝子(Fukui&Doi、J.Bactiriol.179:4821−30(1997))を含む2.4KbのApoIフラグメントをpUC18のEcoRI部位に挿入することによって構築した。プラスミドpSU18−ABIは、ベクターpSU18(Martinezら、Gene66:1659−20(1988))において、IPTG誘導性プロモーター制御下のR.eutropha phbAB遺伝子を含む。PHBHは、以下のように、プラスミドpMBXC12J12およびpSU18−ABIを含む、E.coli MBX1325(株DC679(mel、fadR、atoC(con)adhC81)(Clark&Rod、J.Mol.Biol.Evol.25:151(1987)と同一である)において、グルコースおよびブチレートから産生された。この形質転換細胞(1L)を、20mMブチレートを含むLB中で24時間30℃にて増殖させ、そして遠心分離によって収集した。PHAポリマーを、16時間のクロロホルム抽出によって、凍結乾燥細胞から精製し、そして5〜10倍過剰のメタノ−ル中でPHAを沈殿させた。沈殿したポリマーを、ガスクロマトグラフィーによって分析し、そして1.0%HHコモノマーを含むPHBHコポリマーとして同定した。
【0055】
(実施例3:ブチレート発酵経路を使用する、E.coliにおけるPHBH合成)
ブチレート発酵経路を、図3に示す。3−ヒドロキシヘキサノエート合成に必要な酵素は、phbAX、hbd、crt、bdh、phbAy、phbBおよびphbCによってコードされ、ここでxおよびyは、同一のチオラーゼか、または異なるチオラーゼを示す。これらの遺伝子の供給源は、Z.ramigera(phbAxy )、C.acetobutylicum(hbd、crt、bdh)およびN.salmonicolor(phbBおよびphbC)である。
【0056】
Crtおよびhbdを、テンプレートとしてpC10(Boyntonら)を使用して、以下のプライマー:
【0057】
【化1】
【0058】
を使用するポリメラーゼ連鎖反応によって単離した。
PCR産物を精製し、EcoRI/SacI(crt)またはKpnI/SmaI(hbd)を用いて消化し、そして引き続いてpUC18−Sfiの対応部位にクローン化し、pMSXcrt−hbdを得た。
【0059】
Bdhを、テンプレートとしてpC10(Boyntonら)を使用しそして以下のプライマー:
【0060】
【化2】
【0061】
を使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、単離した。
PCR産物を精製し、PstI/SphIを用いて消化し、そして引き続いてpMSXcrt−hbdの対応部位にクローン化し、pMSXcrt−hbd−bcdを得た。
【0062】
pC10に由来するもとのオペロンは、推定電子伝達鎖をコードするetfABを含んでいた。crt−hbd−bcdオペロンは、このオペロンの非存在下において活性でないかもしれないので、etfA遺伝子およびetfB遺伝子を、以下のプライマー:
【0063】
【化3】
【0064】
を用いてpC10(Boyntonら)から増幅した。PCR産物を精製し、BamHIおよびSalIを用いて消化し、そして引き続いてpUC18−SfiIの対応部位にクローン化し、pMSXetfABを得た。このetfAB遺伝子は、pMSXcrt−hbd−bcdプラスミド内に、BamHI/SalI部位において容易にクローン化され得る。
【0065】
(実施例4:脂肪酸酸化経路を使用した、E.coliにおけるPHBH合成)
脂肪酸酸化経路を、図4に示す。R−3ヒドロキシヘキサノイルCoAは、S−3−ヒドロキシヘキサノイル−CoAのエピマー化、3−ケトヘキサノイル−CoAの還元、またはD特異的ヒドラターゼによるエノイル−CoAの水和によって脂肪酸酸化中間体から得られ得る。E.coli株MBX240は、1コピーのR.eutropha phbC遺伝子を、染色体へ挿入することによって構築された、株XL1−Blue(Stratagene,San Diego,CA)の誘導株である。この株は、糖または脂肪酸からPHAを生成しない。なぜなら、アセチル−CoAまたは脂肪酸酸化中間体を、R−3−ヒドロキシアシル−CoAモノマーに変換するための酵素が存在しないからである。エノイル−CoAヒドラターゼをコードするphaJ遺伝子(FukuiおよびDoi,J. Bacteriol.179:4821−30(1997))を、以下のプライマー:
【0066】
【化4】
【0067】
およびLife Technologies(Gaithersburg,MD)から得られたPCR反応混合物を使用して、ポリメラーゼ連鎖反応によって、A.caviae株FA−440(受託番号FERM BP 3432(米国特許第5,292,860号)のもとでJapanese Culture Collectionから得た)から調製した染色体DNAから単離した。このPCRプログラムは、(95℃、45秒;55℃、45秒;72℃、1分)の30サイクルであった。PCRの後に、このDNAフラグメントを、EcoRIおよびPstIを用いて完了するまで消化し、ゲル精製し、そしてプラスミドpUC18Sfi(Herreroら)のEcoRI/PstI部位へ連結し、プラスミドpMTXJ12を得た。プラスミドpMTXJ12を含むE.coli MBX240の形質転換体を、10mM オクタノエートおよび1mM オレアートならびに100μg/mlのアンピシリンを含む、Luria−Bertani培地中で増殖させた。37℃で48時間の増殖後、50mlの細胞を、遠心分離によって収集し、そして凍結乾燥した。凍結乾燥した細胞を、8mlのクロロホルムで16時間抽出し、そしてPHAを10倍過剰のエタノール中で、4℃で沈殿させた。この沈殿したポリマーを、ガスクロマトグラフィによって分析し、そして2.6% HHコモノマーを含むPHBHコポリマーとして同定した。
【0068】
(実施例5:A.caviae PHBポリメラーゼ遺伝子ならびにR.eutrophのチオラーゼ遺伝子およびレダクターゼ遺伝子を発現するE.coliにおける、ブタノールからのPHBHコポリマーの生成)
PHBHを、以下の通りに、プラスミドpMBXC12J12およびpSU18−AB1を含むE.coli MBX1326(株DC698(mel、fadR atoC(con)adhC81、adhR30 aceX)、ClarkおよびRod、J.Mol.Biol.Evol.25:151(1987)と同一)において、グルコースおよびブチラートから生成した。この形質転換細胞を、1L当たり5gのブタノールを含む1LのLB培地で増殖させた。細胞を、実施例1の通りに収集し、そして分析した。遺伝子操作された細胞は、1.2% HHを含むPHBHコポリマーを生成した。
【0069】
(実施例6:脂肪酸生合成経路を使用した、E.coliにおけるPHBH合成)
脂肪酸生合成経路を、図5に示す。R−3−ヒドロキシヘキサノイルCoAもまた、脂肪酸生合成由来の中間体から提供され得る。P.Putidaにおいて、3−ヒドロキシアシルCoAは、この細菌がグルコースまたは他の炭水化物上で増殖する場合に、この経路から提供される。この経路は、アシルACPをアシルCoAに変換する活性、ACP/CoAトランスアシラーゼによって触媒される反応、またはアシルACPチオエステラーゼおよびアシルCoAシンターゼの組み合わせ作用によって触媒される反応を必要とする。PHB生合成遺伝子を発現し、そして構成的脂肪酸生合成レギュロン(fadR+)を有するE.coli株(例えば、MBX689)へのこの経路の導入は、R−3−ヒドロキシヘキサノイルCoAの合成を生じる。
【0070】
ACPからCoAへのトランスアシル化を容易にする酵素をコードする遺伝子を、以下のスクリーニングにおいて単離する。このスクリーニングは、図10に示されるようなV.fischeri由来のlux系を使用する。lux遺伝子の誘導は、自己誘導物質である3−ケトヘキサノイルホモセリンラクトンの合成に依存する。この分子の前駆物質は、S−アデノシルメチオニンおよび3−ケトヘキサノイルACPである。E.coli CGSC5638は、マロニルトランスアシラーゼをコードするfabD遺伝子において変異を有し(Bouquinら、Mol.Gen.Genet.246:628(1995))、そしてアセトアセチルACPを合成できない。ヘキサノエートを、長側鎖脂肪酸の合成のためにこれらの細胞に提供する。さらに、fadR変異を導入して、ヘキサノエートを3−ケトヘキサノイルCoAへ分解する。細胞が、lux系の発現を誘導するために、3−ケトヘキサノイルCoAを、3−ケトヘキサノイルACPに変換しなければならない。次いで、種々の生物の遺伝子ライブラリーを、この宿主においてスクリーニングし得、lux発現を誘導する能力について陽性のクローンを選択し得る。このlux発現は、誘導物質である3−ケトヘキサノイルホモセリンラクトンの形成に起因する、光の放射として同定する。遺伝子ライブラリーを、ゲノムDNAを単離し、そしてプラスミドベクターにDNAフラグメントの代表的な収集物をクローニングすることによって、選り抜きの生物から容易に構築する。代表的なライブラリーは、5,000〜100,000の個々のコロニーを有するべきである。ライブラリーは、pLAFR3のようなベクター中にある広範な宿主範囲のライブラリーか、またはpUC19もしくはpBR322のようなベクター中にあるE.coliライブラリーのいずれかとして作製する。ライブラリーの型および選り抜きの宿主にそのライブラリーを導入する方法に依存して、そのゲノムDNAフラグメントは、大きい(17〜30kb)か、または比較的小さい(2〜6kb)かのいずれかである。ライブラリーを、使用する宿主およびベクターに依存して、エレクトロポレーション、形質転換または接合によってスクリーニング株に導入する。
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1は、PHBの生合成のための経路の模式図である。
【図2】 図2は、PHAの生合成のための一般的な経路の模式図である。
【図3】 図3は、Clostridium acetbutylicumのブチレート醗酵経路を用いたPHBHの生合成のための好ましい経路の模式図である。
【図4】 図4は、脂肪酸酸化経路を用いたPHBHの生合成のための好ましい経路の模式図である。
【図5】 図5は、脂肪酸経路を用いたPHBHの生合成のための好ましい経路の模式図である。
【図6】 図6は、N.salmonicolorからのPHAポリメラーゼのE.coliの染色体上への組込みのための、pMLXpIIC7catおよびpMLXp13C7catの構築の模式図である。
【図7】 図7は、E.coli fadB変異の補完による、クロトナーゼおよびヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ遺伝子についての選択の模式図である。
【図8】 図8は、表現型的にはfadE欠損である、E.coli株の補完による、ブチリルCoAデヒドロゲナーゼ遺伝子についての選択の模式図である。
【図9】 図9は、P.putidaからのPHAポリメラーゼ遺伝子phaCを用いてE.coliにおけるPHBH組換え経路についての選択の模式図である。
【図10】 図10は、Vibrio fischeri lux系の使用による、アシルACPからアシルCoAへと変換する酵素をコードする遺伝子についての好ましいスクリーニング手順の模式図である。
【配列表】
Claims (6)
- 3−ヒドロキシヘキサノエートを含むポリヒドロキシアルカノエートの生物学的生成のための方法であって、ブチリル−CoAおよびアセチル−CoAを3−ケトヘキサノイル−CoAに変換する酵素をコードする3−ケトチオラーゼ遺伝子、3−ケトヘキサノイル−CoAを3−ヒドロキシヘキサノイル−CoAに変換するアセトアセチル−CoAレダクターゼをコードするレダクターゼ遺伝子、および3−ヒドロキシブチリル−CoAおよび3−ヒドロキシヘキサノイル−CoAを重合させるポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼをコードする遺伝子を発現する遺伝子操作された細菌、ならびに基質としてブタノールおよび/またはブチレートを供給する工程を包含し、前記3つの酵素がポリヒドロキシブチレート−コ−3−ヒドロキシヘキサノエートを生成するために十分な量発現され、前記細菌がブタノールまたはブチレートを利用し得る、前記方法。
- 前記ポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼ遺伝子が前記細菌の染色体内に組み込まれる、請求項1に記載の方法。
- 3−ヒドロキシヘキサノエートのコポリマーを生成するための請求項1に記載の方法であって、Aeromonas caviae、Comamonas testosteroni、Thiocapsia pfenigii、Chromatium vinosum、Bacillus cereus、Nocardia carolina、Nocardia salmonicolor、Rhodococcus ruber、Rhodococcus rhodocrousおよびRhodospirilum rubrumからなる群より選択される細菌に由来するポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼ遺伝子を供給する工程を含む、前記方法。
- 前記細菌が、E.Coli、Klebsiella、Ralstonia、Alcaligenes、PseudomonasおよびAzotobacterからなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記細菌がD−特異的エノイル−CoAヒドラターゼをコードする遺伝子を発現する、請求項1に記載の方法。
- 前記細菌が3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼおよびブチリル−CoAデヒドロゲナーゼを発現する、請求項1に記載の方法。
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