JP2812678B2 - ヒトパピローマウイルスの核酸プローブ - Google Patents
ヒトパピローマウイルスの核酸プローブInfo
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Description
【０００１】本発明の技術分野は、標識化された一本鎖
ＤＮＡ又はＲＮＡ核酸配列からなるプローブの分野であ
る。そのようなプローブは当業者に周知であり、様々な
経路、特に遺伝子工学又はマニュアルもしくはオートマ
チック直接合成によって得ることができる。
ＤＮＡ又はＲＮＡ核酸配列からなるプローブの分野であ
る。そのようなプローブは当業者に周知であり、様々な
経路、特に遺伝子工学又はマニュアルもしくはオートマ
チック直接合成によって得ることができる。
【０００２】これらの核酸配列は相補的ＤＮＡ配列又は
ｍＲＮＡと対合してハイブリッドを形成する性質を有し
ているが、対合する配列が元来二重鎖である時は、場合
によっては予め変性させておく。この変性は高イオン強
度の媒体中高温で又は塩基性媒体中でインキュベートし
て行なうことができる。これらのハイブリッドは検出可
能となる。
ｍＲＮＡと対合してハイブリッドを形成する性質を有し
ているが、対合する配列が元来二重鎖である時は、場合
によっては予め変性させておく。この変性は高イオン強
度の媒体中高温で又は塩基性媒体中でインキュベートし
て行なうことができる。これらのハイブリッドは検出可
能となる。
【０００３】ハイブリッドの検出は種々な方法で実施す
ることができる。プローブは核酸プローブの標識化のた
めの公知の方法のうち１つによって標識化することがで
きる。それは例えば32Ｐによる放射性標識化でも、又は
非放射性プローブの場合には公知の例えば酵素的標識化
であってもよい。場合によっては、プローブはその使用
時には標識化されておらず、ハイブリッド形成後に検出
可能となるように、例えばビオチンで、化学的に修飾さ
れる。
ることができる。プローブは核酸プローブの標識化のた
めの公知の方法のうち１つによって標識化することがで
きる。それは例えば32Ｐによる放射性標識化でも、又は
非放射性プローブの場合には公知の例えば酵素的標識化
であってもよい。場合によっては、プローブはその使用
時には標識化されておらず、ハイブリッド形成後に検出
可能となるように、例えばビオチンで、化学的に修飾さ
れる。
【０００４】更に詳しくは、本発明はウイルスＤＮＡと
のハイブリッド形成により様々なタイプのヒトパピロー
マ（ｐａｐｉｌｌｏｍａ）ウイルスの検出を可能にする
核酸プローブに関する。特に、現在ＤＮＡ配列がすべて
公知となっている８つのタイプのヒトパピローマウイル
ス（ＨＰＶ）、即ちタイプＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、ＨＰ
Ｖ６ｂ、ＨＰＶ８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１
８及びＨＰＶ３３に関する。
のハイブリッド形成により様々なタイプのヒトパピロー
マ（ｐａｐｉｌｌｏｍａ）ウイルスの検出を可能にする
核酸プローブに関する。特に、現在ＤＮＡ配列がすべて
公知となっている８つのタイプのヒトパピローマウイル
ス（ＨＰＶ）、即ちタイプＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、ＨＰ
Ｖ６ｂ、ＨＰＶ８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１
８及びＨＰＶ３３に関する。
【０００５】女性の１０％はＨＰＶウイルスに感染して
いる。ウイルスは子宮頚部細胞中に存在しており、相当
数で頚部の形成異常病変及び／又は悪性病変を引き起こ
す。様々なタイプのＨＰＶウイルスの中では、ＨＰＶ１
６及びＨＰＶ１８が最も頻繁にこれらの病変に関与して
いるものと思われる。
いる。ウイルスは子宮頚部細胞中に存在しており、相当
数で頚部の形成異常病変及び／又は悪性病変を引き起こ
す。様々なタイプのＨＰＶウイルスの中では、ＨＰＶ１
６及びＨＰＶ１８が最も頻繁にこれらの病変に関与して
いるものと思われる。
【０００６】ＨＰＶは、直径６０ｎｍのタンパク質キャ
プシドで包まれた約８０００塩基対の環状二本鎖ＤＮＡ
ゲノムによって特徴付けられる。ウイルスは非組込みエ
ピソーム状態で非悪性病変部位に存在する。これらの場
合において、細胞分化障害が観察され、かつ分化最終段
階においてウイルス粒子の産生も観察される。子宮がん
になってしまうと、ウイルスの特定ＤＮＡ配列のいくつ
かが細胞ＤＮＡ内に様々に組込まれることが観察され
る。
プシドで包まれた約８０００塩基対の環状二本鎖ＤＮＡ
ゲノムによって特徴付けられる。ウイルスは非組込みエ
ピソーム状態で非悪性病変部位に存在する。これらの場
合において、細胞分化障害が観察され、かつ分化最終段
階においてウイルス粒子の産生も観察される。子宮がん
になってしまうと、ウイルスの特定ＤＮＡ配列のいくつ
かが細胞ＤＮＡ内に様々に組込まれることが観察され
る。
【０００７】頚部におけるＨＰＶウイルスの検出は、ク
ローニングされかつアイソトープで標識化されたウイル
スＤＮＡ断片からなる分子プローブの使用によって行な
われる。
ローニングされかつアイソトープで標識化されたウイル
スＤＮＡ断片からなる分子プローブの使用によって行な
われる。
【０００８】ＨＰＶ感染症の疫学的研究及びルーチン的
診断の枠内において、非アイソトープ的に標識化されか
つその場で使用可能な合成ＤＮＡプローブの使用に基づ
く迅速簡易な特異的かつ感受的方法を開発することが有
用である。かかる目的において、異なるタイプのＨＰＶ
ウイルスの特異的領域が、そこから相補的な相同性合成
プローブを誘導するために、ＤＮＡレベルで確認され
る。ＨＰＶ１、ＨＰＶ５、ＨＰＶ６、ＨＰＶ１１、ＨＰ
Ｖ１６、ＨＰＶ１８及びＨＰＶ３３のヌクレオチド配列
は公知である。
診断の枠内において、非アイソトープ的に標識化されか
つその場で使用可能な合成ＤＮＡプローブの使用に基づ
く迅速簡易な特異的かつ感受的方法を開発することが有
用である。かかる目的において、異なるタイプのＨＰＶ
ウイルスの特異的領域が、そこから相補的な相同性合成
プローブを誘導するために、ＤＮＡレベルで確認され
る。ＨＰＶ１、ＨＰＶ５、ＨＰＶ６、ＨＰＶ１１、ＨＰ
Ｖ１６、ＨＰＶ１８及びＨＰＶ３３のヌクレオチド配列
は公知である。
【０００９】本発明の目的は、特に前記の有効なすべて
の様々なタイプのＨＰＶウイルスに特徴的であるプロー
ブ、即ちできるだけ長い核酸配列を有しかつ様々なタイ
プのＨＰＶウイルスに共通なプローブを提供することで
ある。
の様々なタイプのＨＰＶウイルスに特徴的であるプロー
ブ、即ちできるだけ長い核酸配列を有しかつ様々なタイ
プのＨＰＶウイルスに共通なプローブを提供することで
ある。
【００１０】本発明のもう１つの目的は、様々なタイプ
のＨＰＶウイルスの各々にとり特異的であってかつ安定
的対合性（ｍａｔｃｈｉｎｇ）を確実にもつプローブを
提供することである。
のＨＰＶウイルスの各々にとり特異的であってかつ安定
的対合性（ｍａｔｃｈｉｎｇ）を確実にもつプローブを
提供することである。
【００１１】以上のように、様々なタイプのヒトパピロ
ーマウイルス、特にＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、ＨＰＶ６
ｂ、ＨＰＶ８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８及
びＨＰＶ３３を識別せずに検出するために有用な核酸プ
ローブを提供することが本発明の目的であって、このプ
ローブは下記オリゴマー： Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ （Ｘ＝Ｔ又はＵ） 又は、ウイルスの標的ＤＮＡが最初に二重鎖であってプ
ローブで探索する前に変性されている場合又はｍＲＮＡ
がプローブの対象とする場合には、一方でＡ及びＸ、他
方でＣ及びＧを交換することによる、その相補鎖（ｃｏ
ｍｐｌｅｍｅｎｔ）であることを特徴とする。
ーマウイルス、特にＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、ＨＰＶ６
ｂ、ＨＰＶ８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８及
びＨＰＶ３３を識別せずに検出するために有用な核酸プ
ローブを提供することが本発明の目的であって、このプ
ローブは下記オリゴマー： Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ （Ｘ＝Ｔ又はＵ） 又は、ウイルスの標的ＤＮＡが最初に二重鎖であってプ
ローブで探索する前に変性されている場合又はｍＲＮＡ
がプローブの対象とする場合には、一方でＡ及びＸ、他
方でＣ及びＧを交換することによる、その相補鎖（ｃｏ
ｍｐｌｅｍｅｎｔ）であることを特徴とする。
【００１２】Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ、Ｕはそれぞれ塩基アデニ
ン、チミン、シトシン、グアニン及びウラシルに対応す
るヌクレオチドを表わす。 配列Ｔ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｔ
は、特に８タイプのＨＰＶウイルスの各々のＤＮＡにお
いて、少なくとも１０塩基鎖長の配列の中から実際に同
一であることが見出された唯一の配列である。この配列
は、様々なタイプのウイルスにおいて下記位置に１番目
のヌクレオチドがある、コード鎖上に位置する配列に対
応する： ＨＰＶ１ａの場合：１０２９位 ＨＰＶ５ の場合：１１９０位 ＨＰＶ６ｂの場合：１０７６位 ＨＰＶ８ の場合：１１７４位 ＨＰＶ１１の場合：１０７６位 ＨＰＶ１６の場合：１１２１位 ＨＰＶ１８の場合：１１６７位 ＨＰＶ３３の場合：１１３２位
ン、チミン、シトシン、グアニン及びウラシルに対応す
るヌクレオチドを表わす。 配列Ｔ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｔ
は、特に８タイプのＨＰＶウイルスの各々のＤＮＡにお
いて、少なくとも１０塩基鎖長の配列の中から実際に同
一であることが見出された唯一の配列である。この配列
は、様々なタイプのウイルスにおいて下記位置に１番目
のヌクレオチドがある、コード鎖上に位置する配列に対
応する： ＨＰＶ１ａの場合：１０２９位 ＨＰＶ５ の場合：１１９０位 ＨＰＶ６ｂの場合：１０７６位 ＨＰＶ８ の場合：１１７４位 ＨＰＶ１１の場合：１０７６位 ＨＰＶ１６の場合：１１２１位 ＨＰＶ１８の場合：１１６７位 ＨＰＶ３３の場合：１１３２位
【００１３】異なるタイプのＨＰＶウイルスに共通した
核酸プローブを提供することも本発明の目的であって、
このプローブは各々が既に標的とされている１２オリゴ
ヌクレオチドの共通配列を含みしかも８タイプのＨＰＶ
ウイルスに対応するヌクレオチドで上流及び下流が伸長
されている６種のオリゴマーの混合物からなることを特
徴とする。これらの伸長部分は、８タイプのＨＰＶウイ
ルスに共通した配列Ｔ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−
Ａ−Ａ−Ｇ−Ｔを直接取囲むヌクレオチドと対合するヌ
クレオチドから構成される。これらのオリゴマーのう
ち、４つはそれぞれ異なるタイプのウイルスと関連して
おり、５番目のものはウイルス６ｂ及び１１に共通であ
って、もう１つはウイルス５及び８に共通している。
核酸プローブを提供することも本発明の目的であって、
このプローブは各々が既に標的とされている１２オリゴ
ヌクレオチドの共通配列を含みしかも８タイプのＨＰＶ
ウイルスに対応するヌクレオチドで上流及び下流が伸長
されている６種のオリゴマーの混合物からなることを特
徴とする。これらの伸長部分は、８タイプのＨＰＶウイ
ルスに共通した配列Ｔ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−
Ａ−Ａ−Ｇ−Ｔを直接取囲むヌクレオチドと対合するヌ
クレオチドから構成される。これらのオリゴマーのう
ち、４つはそれぞれ異なるタイプのウイルスと関連して
おり、５番目のものはウイルス６ｂ及び１１に共通であ
って、もう１つはウイルス５及び８に共通している。
【００１４】例えば、１２ヌクレオチド共通配列を各ウ
イルスタイプに対応する１〜１０個のヌクレオチドで各
端部上において伸長させることが可能である。
イルスタイプに対応する１〜１０個のヌクレオチドで各
端部上において伸長させることが可能である。
【００１５】共通配列の各端部において６又は７個以内
のヌクレオチドを伸長することにより、６種の下記オリ
ゴマー又はそれらの相補鎖が得られる： ＨＰＶ１ａの場合 Ａ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ｘ（配列
番号２） ＨＰＶ６ｂ及びＨＰＶ１１の場合 Ａ−Ｇ−Ｇ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ｇ（配列
番号３） ＨＰＶ８及びＨＰＶ５の場合 Ｃ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ
−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ａ
（配列番号４） ＨＰＶ１６の場合 Ａ−Ｇ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｇ−Ｇ（配列
番号５） ＨＰＶ１８の場合 Ａ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ａ−Ｇ（配列
番号６） ＨＰＶ３３の場合 Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｇ（配列
番号７）
のヌクレオチドを伸長することにより、６種の下記オリ
ゴマー又はそれらの相補鎖が得られる： ＨＰＶ１ａの場合 Ａ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ｘ（配列
番号２） ＨＰＶ６ｂ及びＨＰＶ１１の場合 Ａ−Ｇ−Ｇ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ｇ（配列
番号３） ＨＰＶ８及びＨＰＶ５の場合 Ｃ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ
−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ａ
（配列番号４） ＨＰＶ１６の場合 Ａ−Ｇ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｇ−Ｇ（配列
番号５） ＨＰＶ１８の場合 Ａ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ａ−Ｇ（配列
番号６） ＨＰＶ３３の場合 Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ
−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｇ（配列
番号７）
【００１６】これらのオリゴマーは、各タイプのＨＰＶ
ウイルスについて下記位置のウイルスＤＮＡ標的配列に
対応する： ＨＰＶ１ａの場合：１０２３位 ＨＰＶ５ の場合：１１８３位 ＨＰＶ６ｂの場合：１０７０位 ＨＰＶ８ の場合：１１６７位 ＨＰＶ１１の場合：１０７０位 ＨＰＶ１６の場合：１１１５位 ＨＰＶ１８の場合：１１６１位 ＨＰＶ３３の場合：１１２６位
ウイルスについて下記位置のウイルスＤＮＡ標的配列に
対応する： ＨＰＶ１ａの場合：１０２３位 ＨＰＶ５ の場合：１１８３位 ＨＰＶ６ｂの場合：１０７０位 ＨＰＶ８ の場合：１１６７位 ＨＰＶ１１の場合：１０７０位 ＨＰＶ１６の場合：１１１５位 ＨＰＶ１８の場合：１１６１位 ＨＰＶ３３の場合：１１２６位
【００１７】共通配列の各端部において４塩基伸長させ
た場合は５０〜５２℃程度の半ハイブリッド形成温度を
示す配列を与えるのみである。他方、上流及び下流双方
において６塩基以上伸長させた場合には、ウイルス中に
存在する正確な配列と対応することから、６０〜７０℃
程度の半ハイブリッド形成温度が得られる。
た場合は５０〜５２℃程度の半ハイブリッド形成温度を
示す配列を与えるのみである。他方、上流及び下流双方
において６塩基以上伸長させた場合には、ウイルス中に
存在する正確な配列と対応することから、６０〜７０℃
程度の半ハイブリッド形成温度が得られる。
【００１８】したがって、ＨＰＶ１ａの標的配列（１０
２３位）の場合には、プローブは６０℃の予想半ハイブ
リッド形成温度を有する： ＨＰＶ５ の場合（１１８３位）Ｔ＝６２℃ ＨＰＶ６ｂの場合（１０７０位）Ｔ＝６４℃ ＨＰＶ８ の場合（１１６７位）Ｔ＝６２℃ ＨＰＶ１１の場合（１０７０位）Ｔ＝６４℃ ＨＰＶ１６の場合（１１１５位）Ｔ＝６４℃ ＨＰＶ１８の場合（１１６１位）Ｔ＝６２℃ ＨＰＶ３３の場合（１１２６位）Ｔ＝７０℃
２３位）の場合には、プローブは６０℃の予想半ハイブ
リッド形成温度を有する： ＨＰＶ５ の場合（１１８３位）Ｔ＝６２℃ ＨＰＶ６ｂの場合（１０７０位）Ｔ＝６４℃ ＨＰＶ８ の場合（１１６７位）Ｔ＝６２℃ ＨＰＶ１１の場合（１０７０位）Ｔ＝６４℃ ＨＰＶ１６の場合（１１１５位）Ｔ＝６４℃ ＨＰＶ１８の場合（１１６１位）Ｔ＝６２℃ ＨＰＶ３３の場合（１１２６位）Ｔ＝７０℃
【００１９】公知のヒトパピローマウイルスすべてに共
通したこれらのオリゴヌクレオチドプローブは、パピロ
ーマウイルスに起因した疾患の迅速的診断を可能にす
る。
通したこれらのオリゴヌクレオチドプローブは、パピロ
ーマウイルスに起因した疾患の迅速的診断を可能にす
る。
【００２０】本発明のもう１つの目的は、各々が他のタ
イプのものよりも１つのタイプのヒトパピローマウイル
スに特異的である一組の８種の核酸プローブ、即ち下記
オリゴマー又はそれらの相補鎖を提供することである。 ＨＰＶ１ａの場合： オリゴマー Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ｃ−Ａ−Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ａ
−Ｇ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ａ−Ｃ（配列
番号８） ＨＰＶ５の場合： オリゴマー Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ａ−Ｘ
−Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ
（配列番号９） ＨＰＶ６ｂの場合： オリゴマー Ｃ−Ａ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ａ
−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ａ−Ａ
（配列番号１０） ＨＰＶ８の場合： オリゴマー Ａ−Ｃ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ
−Ｃ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ａ（配列
番号１１） ＨＰＶ１１の場合： オリゴマー Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ｃ−Ｇ−Ｇ
−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ｇ（配列番号
１２） ＨＰＶ１６の場合： オリゴマー Ｃ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ａ
−Ｃ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ａ−Ｘ（配列番号
１３） ＨＰＶ１８の場合： オリゴマー Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ
−Ｘ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ｃ−Ａ−Ｇ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ｇ（配列
番号１４） ＨＰＶ３３の場合： オリゴマー Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｇ
−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ｃ−Ａ
（配列番号１５） （Ｘ＝Ｔ又はＵ）
イプのものよりも１つのタイプのヒトパピローマウイル
スに特異的である一組の８種の核酸プローブ、即ち下記
オリゴマー又はそれらの相補鎖を提供することである。 ＨＰＶ１ａの場合： オリゴマー Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ｃ−Ａ−Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ａ
−Ｇ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ａ−Ｃ（配列
番号８） ＨＰＶ５の場合： オリゴマー Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ａ−Ｘ
−Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｘ−Ｘ−Ａ
（配列番号９） ＨＰＶ６ｂの場合： オリゴマー Ｃ−Ａ−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ａ
−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ａ−Ａ
（配列番号１０） ＨＰＶ８の場合： オリゴマー Ａ−Ｃ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ
−Ｃ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ａ（配列
番号１１） ＨＰＶ１１の場合： オリゴマー Ｇ−Ｇ−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ｃ−Ｇ−Ｇ
−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ａ−Ｇ（配列番号
１２） ＨＰＶ１６の場合： オリゴマー Ｃ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ａ
−Ｃ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ｇ−Ｃ−Ｃ−Ｃ−Ａ−Ｘ（配列番号
１３） ＨＰＶ１８の場合： オリゴマー Ｃ−Ｇ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｘ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｃ
−Ｘ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ｃ−Ａ−Ｇ−Ｃ−Ｘ−Ｘ−Ｇ（配列
番号１４） ＨＰＶ３３の場合： オリゴマー Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｃ−Ｃ−Ｘ−Ｃ−Ｃ−Ｇ−Ｇ
−Ｘ−Ｘ−Ａ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−Ａ−Ｇ−Ａ−Ｃ−Ａ
（配列番号１５） （Ｘ＝Ｔ又はＵ）
【００２１】プローブで探索されるＤＮＡが最初に二重
鎖であってハイブリッド形成しうるように変性されてい
る場合又はｍＲＮＡがプローブで探索される場合には、
相補的オリゴマーの使用を考えることができる。 ＨＰＶ１ａの場合の選択的オリゴマーは２１個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの１０５２位に
対応し、７２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ５の場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマー
からなり、この配列はウイルスＤＮＡの１８０１位に対
応し、６８℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ６ｂの場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの４７６１位に
対応し、７０℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ８の場合の選択的オリゴマーは２１個のモノマー
からなり、この配列はウイルスＤＮＡの３３４４位に対
応し、７２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１１の場合の選択的オリゴマーは２０個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの３４１６位に
対応し、７２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１６の場合の選択的オリゴマーは２０個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの６９５位に対
応し、６４℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１８の場合の選択的オリゴマーは２１個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの３４４８位に
対応し、６４℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ３３の場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの４４７４位に
対応し、６８℃の半ハイブリッド形成温度を有する。
鎖であってハイブリッド形成しうるように変性されてい
る場合又はｍＲＮＡがプローブで探索される場合には、
相補的オリゴマーの使用を考えることができる。 ＨＰＶ１ａの場合の選択的オリゴマーは２１個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの１０５２位に
対応し、７２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ５の場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマー
からなり、この配列はウイルスＤＮＡの１８０１位に対
応し、６８℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ６ｂの場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの４７６１位に
対応し、７０℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ８の場合の選択的オリゴマーは２１個のモノマー
からなり、この配列はウイルスＤＮＡの３３４４位に対
応し、７２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１１の場合の選択的オリゴマーは２０個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの３４１６位に
対応し、７２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１６の場合の選択的オリゴマーは２０個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの６９５位に対
応し、６４℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１８の場合の選択的オリゴマーは２１個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの３４４８位に
対応し、６４℃の半ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ３３の場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなり、この配列はウイルスＤＮＡの４４７４位に
対応し、６８℃の半ハイブリッド形成温度を有する。
【００２２】８種のヒトパピローマウイルスのうちいず
れか１つに対して特異的なこの第二組目のプローブ類の
目的は、これらのウイルスによる感染症の診断試験用の
選択的要素として使用されることである。第二組目の８
種の一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ核酸プローブを提供するこ
とも本発明の目的であって、各々が他のタイプよりも１
つのタイプのヒトパピローマウイルスに対して特異的で
ある。それらは前記のもの以外の別の選択的プローブで
ある。
れか１つに対して特異的なこの第二組目のプローブ類の
目的は、これらのウイルスによる感染症の診断試験用の
選択的要素として使用されることである。第二組目の８
種の一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ核酸プローブを提供するこ
とも本発明の目的であって、各々が他のタイプよりも１
つのタイプのヒトパピローマウイルスに対して特異的で
ある。それらは前記のもの以外の別の選択的プローブで
ある。
【００２３】これらのプローブは、下記オリゴマーを含
む標識核酸配列である： ＨＰＶ１ａの場合：ＣＸＧＸＣＣＣＸＸＣＸＧＣＧＣＧ
ＡＧＡＣＧＸ（配列番号１６） ＨＰＶ５ の場合：ＸＸＧＸＡＸＧＧＧＡＸＣＧＧＧＧ
ＧＣＧＸＸＸＡ（配列番号１７） ＨＰＶ６ｂの場合：ＧＧＣＡＡＸＣＡＸＸＡＡＣＧＣＡ
ＧＧＧＧＣＧ（配列番号１８） ＨＰＶ８ の場合：ＧＣＡＧＣＸＣＡＧＸＣＣＧＣＧＧ
ＣＸＣＣ（配列番号１９） ＨＰＶ１１の場合：ＧＡＡＧＣＸＣＸＣＣＣＡＡＧＣＣ
ＸＧＣＸＡＸＸ（配列番号２０） ＨＰＶ１６の場合：ＡＣＣＡＧＡＧＡＣＡＡＣＸＧＡＸ
ＣＸＣＸＡＣＸＧ（配列番号２１） 及び ：ＡＣＡＡＧＣＡＧＡＡＣＣＧＧＡＣ
ＡＧＡＧＣＣＣＡ（配列番号２２） ＨＰＶ１８の場合：ＣＣＣＡＸＸＧＸＡＸＣＡＣＣＣＡ
ＣＧＧＣＣＣ（配列番号２３） ＨＰＶ３３の場合：ＧＸＣＣＸＣＣＧＧＸＸＡＣＸＧＸ
ＡＧＡＣＡＣＸ（配列番号２４） 上記配列は、ウイルスＤＮＡの直接すなわちコード鎖の
配列に対応し、二重鎖ＤＮＡが変性されている場合に
は、反対鎖とハイブリッド形成することができる。
む標識核酸配列である： ＨＰＶ１ａの場合：ＣＸＧＸＣＣＣＸＸＣＸＧＣＧＣＧ
ＡＧＡＣＧＸ（配列番号１６） ＨＰＶ５ の場合：ＸＸＧＸＡＸＧＧＧＡＸＣＧＧＧＧ
ＧＣＧＸＸＸＡ（配列番号１７） ＨＰＶ６ｂの場合：ＧＧＣＡＡＸＣＡＸＸＡＡＣＧＣＡ
ＧＧＧＧＣＧ（配列番号１８） ＨＰＶ８ の場合：ＧＣＡＧＣＸＣＡＧＸＣＣＧＣＧＧ
ＣＸＣＣ（配列番号１９） ＨＰＶ１１の場合：ＧＡＡＧＣＸＣＸＣＣＣＡＡＧＣＣ
ＸＧＣＸＡＸＸ（配列番号２０） ＨＰＶ１６の場合：ＡＣＣＡＧＡＧＡＣＡＡＣＸＧＡＸ
ＣＸＣＸＡＣＸＧ（配列番号２１） 及び ：ＡＣＡＡＧＣＡＧＡＡＣＣＧＧＡＣ
ＡＧＡＧＣＣＣＡ（配列番号２２） ＨＰＶ１８の場合：ＣＣＣＡＸＸＧＸＡＸＣＡＣＣＣＡ
ＣＧＧＣＣＣ（配列番号２３） ＨＰＶ３３の場合：ＧＸＣＣＸＣＣＧＧＸＸＡＣＸＧＸ
ＡＧＡＣＡＣＸ（配列番号２４） 上記配列は、ウイルスＤＮＡの直接すなわちコード鎖の
配列に対応し、二重鎖ＤＮＡが変性されている場合に
は、反対鎖とハイブリッド形成することができる。
【００２４】勿論、一方でＡ及びＸ、他方でＣ及びＧを
交換することにより相補的オリゴマーを用いることも可
能である。これらの相補的オリゴマーは、ウイルスのメ
ッセンジャーＲＮＡとハイブリッド形成せしめられるプ
ローブとして特に有用である。上記配列において、Ａ、
Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵはそれぞれ塩基アデニン、チミン、シ
トシン、グアニン及びウラシルに対応するヌクレオチド
を表わし、ＸはＴ又はＵを表わすことを再度記載する。
交換することにより相補的オリゴマーを用いることも可
能である。これらの相補的オリゴマーは、ウイルスのメ
ッセンジャーＲＮＡとハイブリッド形成せしめられるプ
ローブとして特に有用である。上記配列において、Ａ、
Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵはそれぞれ塩基アデニン、チミン、シ
トシン、グアニン及びウラシルに対応するヌクレオチド
を表わし、ＸはＴ又はＵを表わすことを再度記載する。
【００２５】ＨＰＶ１ａの場合の選択的オリゴマーは２
２個のモノマーからなる。この配列の最初のヌクレオチ
ドは、ウイルスＤＮＡコード鎖の３４４８位に対応す
る。配列は３４６９位で終結する。この配列はＨＰＶ１
ａウイルスのＥ３遺伝子中に存在する部位に対応し、７
２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。ＨＰＶ５の場
合の選択的オリゴマーは２３個のモノマーからなる。こ
の位置はＥ１遺伝子中に存在するウイルスＤＮＡの１８
００−１８２２位に対応し、７０℃の半ハイブリッド形
成温度を有する。 ＨＰＶ６ｂの場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなる。この位置はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡの４７５５−４７７６位に対応し、７０℃の半
ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ８の場合の選択的オリゴマーは２０個のモノマー
からなる。この位置はＥ１遺伝子中に存在するウイルス
ＤＮＡ１２０８−１２２７位に対応し、７０℃の半ハイ
ブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１１の場合の選択的オリゴマーは２３個のモノマ
ーからなる。この位置はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡ４６３７−４６５９位に対応し、７０℃の半ハ
イブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１６の場合の第一選択オリゴマーは２４個のモノ
マーからなる。この配列はＥ７遺伝子中に存在するウイ
ルスＤＮＡ６０９−６３２位に対応し、７０℃の半ハイ
ブリッド形成温度を有する。 ウイルスＨＰＶ１６の場合、モノマー２４個の第二の特
異的プローブが決定されたが、これはＴ又はＵ塩基を欠
くＥ７遺伝子中に存在し、６９０−７１３位に位置す
る。 ＨＰＶ１８の場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなる。この配列はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡ５４８６−５５０７位に対応し、７２℃の半ハ
イブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ３３の場合の選択的オリゴマーは２３個のモノマ
ーからなる。この配列はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡ４４７５−４４９７位に対応し、７０℃の半ハ
イブリッド形成温度を有する。
２個のモノマーからなる。この配列の最初のヌクレオチ
ドは、ウイルスＤＮＡコード鎖の３４４８位に対応す
る。配列は３４６９位で終結する。この配列はＨＰＶ１
ａウイルスのＥ３遺伝子中に存在する部位に対応し、７
２℃の半ハイブリッド形成温度を有する。ＨＰＶ５の場
合の選択的オリゴマーは２３個のモノマーからなる。こ
の位置はＥ１遺伝子中に存在するウイルスＤＮＡの１８
００−１８２２位に対応し、７０℃の半ハイブリッド形
成温度を有する。 ＨＰＶ６ｂの場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなる。この位置はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡの４７５５−４７７６位に対応し、７０℃の半
ハイブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ８の場合の選択的オリゴマーは２０個のモノマー
からなる。この位置はＥ１遺伝子中に存在するウイルス
ＤＮＡ１２０８−１２２７位に対応し、７０℃の半ハイ
ブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１１の場合の選択的オリゴマーは２３個のモノマ
ーからなる。この位置はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡ４６３７−４６５９位に対応し、７０℃の半ハ
イブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ１６の場合の第一選択オリゴマーは２４個のモノ
マーからなる。この配列はＥ７遺伝子中に存在するウイ
ルスＤＮＡ６０９−６３２位に対応し、７０℃の半ハイ
ブリッド形成温度を有する。 ウイルスＨＰＶ１６の場合、モノマー２４個の第二の特
異的プローブが決定されたが、これはＴ又はＵ塩基を欠
くＥ７遺伝子中に存在し、６９０−７１３位に位置す
る。 ＨＰＶ１８の場合の選択的オリゴマーは２２個のモノマ
ーからなる。この配列はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡ５４８６−５５０７位に対応し、７２℃の半ハ
イブリッド形成温度を有する。 ＨＰＶ３３の場合の選択的オリゴマーは２３個のモノマ
ーからなる。この配列はＬ２遺伝子中に存在するウイル
スＤＮＡ４４７５−４４９７位に対応し、７０℃の半ハ
イブリッド形成温度を有する。
【００２６】更にもう一組の、各々が他のウイルスタイ
プに比べてある１つのＨＰＶウイルスタイプに特異的で
あるプローブを提供することも、本発明の目的である。
これらのプローブはモノマー３５個の鎖長を有する。そ
れらは上に述べた特異的プローブを、そのマークされた
領域を上流又は下流で伸長させたものである。これらの
オリゴマーもウイルスのＤＮＡコード鎖に対応する。し
たがって、特にメッセンジャーＲＮＡとハイブリッド形
成しうる相補的配列を提供することも、本発明の目的で
ある。
プに比べてある１つのＨＰＶウイルスタイプに特異的で
あるプローブを提供することも、本発明の目的である。
これらのプローブはモノマー３５個の鎖長を有する。そ
れらは上に述べた特異的プローブを、そのマークされた
領域を上流又は下流で伸長させたものである。これらの
オリゴマーもウイルスのＤＮＡコード鎖に対応する。し
たがって、特にメッセンジャーＲＮＡとハイブリッド形
成しうる相補的配列を提供することも、本発明の目的で
ある。
【００２７】これら新規の特異的プローブは標識核酸配
列からなり、下記オリゴマーを有する： ＨＰＶ１ａの場合：ＸＧＸＣＣＣＸＸＣＸＧＣＧＣＧＡ
ＧＡＣＧＸＸＧＧＡＡＧＸＡＸＡＣＡＣＡ．（配列番号
２５） この配列はウイルスのＤＮＡコード鎖の３４４９−３４
８２位に対応し、Ｅ３遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ５ の場合：ＸＧＸＡＸＧＧＧＡＸＣＧＧＧＧＧ
ＣＧＸＸＸＡＧＣＣＡＸＧＧＡＣＣＡＸＡ．（配列番号
２６） この配列はウイルスＤＮＡの１８０１−１８３５位に対
応し、Ｅ１遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ６ｂの場合：ＧＣＡＡＸＣＡＸＸＡＡＣＧＣＡＧ
ＧＧＧＣＧＣＣＸＧＡＡＡＸＸＧＸＧＣＣ．（配列番号
２７） この配列はウイルスＤＮＡの４７５６−４７９０位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ８ の場合：ＧＣＡＧＣＸＣＡＧＸＣＣＧＣＧＧ
ＣＸＣＣＡＧＸＣＡＡＸＡＸＣＡＣＸＧＸ．（配列番号
２８） この配列はウイルスＤＮＡの１２０８−１２４２位に対
応し、Ｅ１遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ１１の場合：ＸＡＸＡＸＡＣＣＣＸＸＧＧＧＡＡ
ＧＣＸＣＸＣＣＣＡＡＧＣＣＸＧＣＸＡＸ．（配列番号
２９） この配列はウイルスＤＮＡの４６２４−４６５８位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ１６の場合：ＸＧＸＸＡＧＡＸＸＸＧＣＡＡＣＣ
ＡＧＡＧＡＣＡＡＣＸＧＡＸＣＸＣＸＡＣ．（配列番号
３０） この配列はウイルスＤＮＡの５９６−６３０位に対応
し、Ｅ７遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ１８の場合：ＣＣＣＡＸＸＧＸＡＸＣＡＣＣＣＡ
ＣＧＧＣＣＣＣＸＧＣＣＸＣＸＡＣＡＣＡ．（配列番号
３１） この配列はウイルスＤＮＡの５４８６−５５２０位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ３３の場合：ＸＣＣＸＣＣＧＧＸＸＡＣＸＧＸＡ
ＧＡＣＡＣＸＧＸＸＧＧＡＣＣＸＸＸＡＧ．（配列番号
３２） この配列はウイルスＤＮＡの４４７６−４５１０位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 各々が各タイプのヒトパピローマウイルスに特異的であ
るが但しこれらウイルスの各々のゲノムのＥ７領域中に
常に位置するような他の核酸プローブを提供すること
も、本発明の目的である。事実、これらＨＰＶウイルス
の各々のゲノムのＥ７遺伝子は、悪性細胞ＤＮＡ中への
これらウイルスの組込みと最も関係がある。
列からなり、下記オリゴマーを有する： ＨＰＶ１ａの場合：ＸＧＸＣＣＣＸＸＣＸＧＣＧＣＧＡ
ＧＡＣＧＸＸＧＧＡＡＧＸＡＸＡＣＡＣＡ．（配列番号
２５） この配列はウイルスのＤＮＡコード鎖の３４４９−３４
８２位に対応し、Ｅ３遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ５ の場合：ＸＧＸＡＸＧＧＧＡＸＣＧＧＧＧＧ
ＣＧＸＸＸＡＧＣＣＡＸＧＧＡＣＣＡＸＡ．（配列番号
２６） この配列はウイルスＤＮＡの１８０１−１８３５位に対
応し、Ｅ１遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ６ｂの場合：ＧＣＡＡＸＣＡＸＸＡＡＣＧＣＡＧ
ＧＧＧＣＧＣＣＸＧＡＡＡＸＸＧＸＧＣＣ．（配列番号
２７） この配列はウイルスＤＮＡの４７５６−４７９０位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ８ の場合：ＧＣＡＧＣＸＣＡＧＸＣＣＧＣＧＧ
ＣＸＣＣＡＧＸＣＡＡＸＡＸＣＡＣＸＧＸ．（配列番号
２８） この配列はウイルスＤＮＡの１２０８−１２４２位に対
応し、Ｅ１遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ１１の場合：ＸＡＸＡＸＡＣＣＣＸＸＧＧＧＡＡ
ＧＣＸＣＸＣＣＣＡＡＧＣＣＸＧＣＸＡＸ．（配列番号
２９） この配列はウイルスＤＮＡの４６２４−４６５８位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ１６の場合：ＸＧＸＸＡＧＡＸＸＸＧＣＡＡＣＣ
ＡＧＡＧＡＣＡＡＣＸＧＡＸＣＸＣＸＡＣ．（配列番号
３０） この配列はウイルスＤＮＡの５９６−６３０位に対応
し、Ｅ７遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ１８の場合：ＣＣＣＡＸＸＧＸＡＸＣＡＣＣＣＡ
ＣＧＧＣＣＣＣＸＧＣＣＸＣＸＡＣＡＣＡ．（配列番号
３１） この配列はウイルスＤＮＡの５４８６−５５２０位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 ＨＰＶ３３の場合：ＸＣＣＸＣＣＧＧＸＸＡＣＸＧＸＡ
ＧＡＣＡＣＸＧＸＸＧＧＡＣＣＸＸＸＡＧ．（配列番号
３２） この配列はウイルスＤＮＡの４４７６−４５１０位に対
応し、Ｌ２遺伝子中に位置している。 各々が各タイプのヒトパピローマウイルスに特異的であ
るが但しこれらウイルスの各々のゲノムのＥ７領域中に
常に位置するような他の核酸プローブを提供すること
も、本発明の目的である。事実、これらＨＰＶウイルス
の各々のゲノムのＥ７遺伝子は、悪性細胞ＤＮＡ中への
これらウイルスの組込みと最も関係がある。
【００２８】この第三組目の特異的プローブ類は、それ
らが７０℃の半ハイブリッド形成温度を有するような鎖
長のオリゴヌクレオチドからなる。それらは下記オリゴ
マー又はそれらの相補鎖である：
らが７０℃の半ハイブリッド形成温度を有するような鎖
長のオリゴヌクレオチドからなる。それらは下記オリゴ
マー又はそれらの相補鎖である：
【表１】
【００２９】他のウイルスタイプ以外の各々のＨＰＶウ
イルスタイプのＥ７領域における一組の新規な特異的核
酸プローブを提供することが、本発明のもう１つの目的
であって、これらのプローブは３５個のモノマー鎖長の
オリゴヌクレオチド、即ち下記オリゴマー又はそれらの
相補鎖からなる：
イルスタイプのＥ７領域における一組の新規な特異的核
酸プローブを提供することが、本発明のもう１つの目的
であって、これらのプローブは３５個のモノマー鎖長の
オリゴヌクレオチド、即ち下記オリゴマー又はそれらの
相補鎖からなる：
【表２】
【００３０】これらのプローブ群は、前記プローブと同
様に、ウイルスＤＮＡのコード鎖及び特にメッセンジャ
ーＲＮＡとハイブリッド形成しうる反対鎖たるそれらの
相補鎖に対応する。示された位置は前記の場合の直接鎖
に対応している。
様に、ウイルスＤＮＡのコード鎖及び特にメッセンジャ
ーＲＮＡとハイブリッド形成しうる反対鎖たるそれらの
相補鎖に対応する。示された位置は前記の場合の直接鎖
に対応している。
【００３１】本発明は、粘膜に属する皮膚の腫瘍の原因
をなし、肛門性器（ａｎｏｇｅｎｉｔａｌ）がん又は口
腔、鼻及び副鼻管のがんを引き起こすＨＰＶウイルスを
識別しうるプローブにも関する。
をなし、肛門性器（ａｎｏｇｅｎｉｔａｌ）がん又は口
腔、鼻及び副鼻管のがんを引き起こすＨＰＶウイルスを
識別しうるプローブにも関する。
【００３２】粘膜腫瘍を起こすＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８
及びＨＰＶ３３で構成されるウイルスサブグループの特
異的プローブを提供することも本発明の目的であって、
それらは下記配列： ＸＸＡＧＧＣＡＣＡＸＡＸＸＸＸ（配列番号４９） 又はその相補鎖を有することを特徴とする。この配列は
ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８又はＨＰＶ３３に共通であっ
て、他のタイプのＨＰＶウイルスには存在していない。
それはコード鎖に関して番号付けした下記位置に存在し
ている。
及びＨＰＶ３３で構成されるウイルスサブグループの特
異的プローブを提供することも本発明の目的であって、
それらは下記配列： ＸＸＡＧＧＣＡＣＡＸＡＸＸＸＸ（配列番号４９） 又はその相補鎖を有することを特徴とする。この配列は
ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８又はＨＰＶ３３に共通であっ
て、他のタイプのＨＰＶウイルスには存在していない。
それはコード鎖に関して番号付けした下記位置に存在し
ている。
【表３】
【００３３】粘膜腫瘍を起こすサブグループＨＰＶ１
６、ＨＰＶ１８の特異的プローブを提供することも本発
明の目的であって、それらは下記配列： ＡＸＡＸＣＡＡＡＸＡＸＸＡＧＸＧＡＡＧＸ（配列番号
５０） 又はその相補鎖を有することを特徴とする。この配列は
ＨＰＶ１６及びＨＰＶ１８に共通であって、他のいずれ
のタイプのＨＰＶウイルスにも存在していない。それは
下記位置（コード鎖に関して番号付け）に存在してい
る。
６、ＨＰＶ１８の特異的プローブを提供することも本発
明の目的であって、それらは下記配列： ＡＸＡＸＣＡＡＡＸＡＸＸＡＧＸＧＡＡＧＸ（配列番号
５０） 又はその相補鎖を有することを特徴とする。この配列は
ＨＰＶ１６及びＨＰＶ１８に共通であって、他のいずれ
のタイプのＨＰＶウイルスにも存在していない。それは
下記位置（コード鎖に関して番号付け）に存在してい
る。
【表４】
【００３４】最後に、皮膚腫瘍を起こすＨＰＶ５及びＨ
ＰＶ８からなるウイルスサブグループの特異的プローブ
を提供することも本発明の目的であって、それは鎖長５
６塩基の断片を有することを特徴とし、コード鎖に関し
て規定されるその配列は下記のとおりである： ＣＡＡＡＣＡＡＣＡＧＸＸＧＣＸＧＡＣＡＡＸＡＸＸＸ
ＸＡＡＡＡＸＡＸＧＧＣＡＧＸＧＣＸＧＧＸＧＸＡＸＸ
ＸＸＸＸＧＧ（配列番号５１） それは下記位置（コード鎖に関して番号付け）に存在し
ている。
ＰＶ８からなるウイルスサブグループの特異的プローブ
を提供することも本発明の目的であって、それは鎖長５
６塩基の断片を有することを特徴とし、コード鎖に関し
て規定されるその配列は下記のとおりである： ＣＡＡＡＣＡＡＣＡＧＸＸＧＣＸＧＡＣＡＡＸＡＸＸＸ
ＸＡＡＡＡＸＡＸＧＧＣＡＧＸＧＣＸＧＧＸＧＸＡＸＸ
ＸＸＸＸＧＧ（配列番号５１） それは下記位置（コード鎖に関して番号付け）に存在し
ている。
【表５】
【００３５】この断片内において、７０℃程度の半ハイ
ブリッド形成温度を有する更に短い配列を選択すること
もできる。これら様々な可能性の中では、下記配列： ＸＡＸＧＧＣＡＧＸＧＣＸＧＧＸＧＸＡＸＸＸＸＸＸＧ
（配列番号５２） 又はその相補鎖を有するプローブが特記される。この配
列は（コード鎖に関してナンバーリングした場合）ＨＰ
Ｖ５の４４８０−４５０４位及びＨＰＶ８の４４１３−
４４３７位に対応する。
ブリッド形成温度を有する更に短い配列を選択すること
もできる。これら様々な可能性の中では、下記配列： ＸＡＸＧＧＣＡＧＸＧＣＸＧＧＸＧＸＡＸＸＸＸＸＸＧ
（配列番号５２） 又はその相補鎖を有するプローブが特記される。この配
列は（コード鎖に関してナンバーリングした場合）ＨＰ
Ｖ５の４４８０−４５０４位及びＨＰＶ８の４４１３−
４４３７位に対応する。
【００３６】選択されたプローブは、ＨＰＶウイルスサ
ブグループの各々に共通であって、サブグループの各々
の固定を可能化し、しかもそれらの選択能を介してそれ
らを他から区別することができる。特に32ｐのような放
射性標識及びビオチンのような酵素標識の中から選択さ
れる公知のＤＮＡ又はＲＮＡプローブ標識化方法の１つ
によって標識化されていることを特徴とする核酸プロー
ブ、並びにこのプローブが、ＨＰＶウイルスのＤＮＡ
（二重鎖であるならば予め変性させておいてもよい）又
はＲＮＡ配列とハイブリッド形成することを特徴とする
本発明プローブによるＨＰＶウイルスタイプ又はＨＰＶ
ウイルスサブグループの検出方法を提供することも、本
発明の目的である。
ブグループの各々に共通であって、サブグループの各々
の固定を可能化し、しかもそれらの選択能を介してそれ
らを他から区別することができる。特に32ｐのような放
射性標識及びビオチンのような酵素標識の中から選択さ
れる公知のＤＮＡ又はＲＮＡプローブ標識化方法の１つ
によって標識化されていることを特徴とする核酸プロー
ブ、並びにこのプローブが、ＨＰＶウイルスのＤＮＡ
（二重鎖であるならば予め変性させておいてもよい）又
はＲＮＡ配列とハイブリッド形成することを特徴とする
本発明プローブによるＨＰＶウイルスタイプ又はＨＰＶ
ウイルスサブグループの検出方法を提供することも、本
発明の目的である。
【００３７】本発明の他の利点及び特徴は下記説明から
明らかになるであろう。添付図面中において、図１は本
発明のＨＰＶ合成プローブとＨＰＶウイルスＤＮＡとの
選択的ハイブリッド形成に対応したゲルを表わしてい
る： １．放射性ラムダＤＮＡＥｃｏＲＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断
片−サイズ標準 ２．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ６ｂウイルスＤＮＡ ３．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１１ウイルスＤＮＡ ４．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１６ウイルスＤＮＡ ５．ＥｃｏＲＩで切断されたＨＰＶ１８ウイルスＤＮＡ Ａ．ＨＰＶ６ｂの特異的プローブ Ｂ．ＨＰＶ１１の特異的プローブ Ｃ．ＨＰＶ１６の特異的プローブ Ｄ．ＨＰＶ１８の特異的プローブ；
明らかになるであろう。添付図面中において、図１は本
発明のＨＰＶ合成プローブとＨＰＶウイルスＤＮＡとの
選択的ハイブリッド形成に対応したゲルを表わしてい
る： １．放射性ラムダＤＮＡＥｃｏＲＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断
片−サイズ標準 ２．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ６ｂウイルスＤＮＡ ３．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１１ウイルスＤＮＡ ４．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１６ウイルスＤＮＡ ５．ＥｃｏＲＩで切断されたＨＰＶ１８ウイルスＤＮＡ Ａ．ＨＰＶ６ｂの特異的プローブ Ｂ．ＨＰＶ１１の特異的プローブ Ｃ．ＨＰＶ１６の特異的プローブ Ｄ．ＨＰＶ１８の特異的プローブ；
【００３８】− 図２は、ゲノムＤＮＡと本発明の特異
的ＨＰＶプローブとのハイブリッド形成に対応するゲル
をしめす： １．ラムダＥｃｏＲＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断片−放射性サ
イズ標準 ２．なし ３．ＥｃｏＲＩで切断されたヒトゲノムＤＮＡ（１０μ
ｇ） ４．なし ５．ＨＰＶ特異性プローブ（６ｂ、１１、１６又は１
８）とハイブリッド形成させたＨＰＶウイルス（６ｂ、
１１、１６又は１８）のＤＮＡ；
的ＨＰＶプローブとのハイブリッド形成に対応するゲル
をしめす： １．ラムダＥｃｏＲＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断片−放射性サ
イズ標準 ２．なし ３．ＥｃｏＲＩで切断されたヒトゲノムＤＮＡ（１０μ
ｇ） ４．なし ５．ＨＰＶ特異性プローブ（６ｂ、１１、１６又は１
８）とハイブリッド形成させたＨＰＶウイルス（６ｂ、
１１、１６又は１８）のＤＮＡ；
【００３９】− 図３は、ＨＰＶクローンとすべてのウ
イルスタイプに共通するプローブとのハイブリッド形成
に対応したゲルを表わしている：
イルスタイプに共通するプローブとのハイブリッド形成
に対応したゲルを表わしている：
【００４０】− 図４は、合成ＨＰＶ特異性プローブと
ＨＰＶウイルスＤＮＡとの選択的ハイブリッド形成につ
いて示している： ａ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ６ｂウイルスＤＮＡ ｂ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１１ウイルスＤＮＡ ｃ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１６ウイルスＤＮＡ ｄ．ＥｃｏＲＩで切断されたＨＰＶ１８ウイルスＤＮＡ Ａ．ＨＰＶ６ｂの特異的プローブ Ｂ．ＨＰＶ１１の特異的プローブ Ｃ．ＨＰＶ１６の特異的プローブ Ｄ．ＨＰＶ１８の特異的プローブ；
ＨＰＶウイルスＤＮＡとの選択的ハイブリッド形成につ
いて示している： ａ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ６ｂウイルスＤＮＡ ｂ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１１ウイルスＤＮＡ ｃ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１６ウイルスＤＮＡ ｄ．ＥｃｏＲＩで切断されたＨＰＶ１８ウイルスＤＮＡ Ａ．ＨＰＶ６ｂの特異的プローブ Ｂ．ＨＰＶ１１の特異的プローブ Ｃ．ＨＰＶ１６の特異的プローブ Ｄ．ＨＰＶ１８の特異的プローブ；
【００４１】− 図５は、ＨＰＶゲノムＥ７領域に対す
る合成プローブとＨＰＶウイルスのＤＮＡとの選択的ハ
イブリッド形成について示している： ａ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ６ｂウイルスＤＮＡ ｂ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１１ウイルスＤＮＡ ｃ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１６ウイルスＤＮＡ ｄ．ＥｃｏＲＩで切断されたＨＰＶ１８ウイルスＤＮＡ Ａ．ＨＰＶ６ｂの特異的プローブ Ｂ．ＨＰＶ１１の特異的プローブ Ｃ．ＨＰＶ１６の特異的プローブ Ｄ．ＨＰＶ１８の特異的プローブ １：放射性ラムダＤＮＡＥｃｏＲＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断
片−サイズ標準
る合成プローブとＨＰＶウイルスのＤＮＡとの選択的ハ
イブリッド形成について示している： ａ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ６ｂウイルスＤＮＡ ｂ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１１ウイルスＤＮＡ ｃ．ＢａｍＨＩで切断されたＨＰＶ１６ウイルスＤＮＡ ｄ．ＥｃｏＲＩで切断されたＨＰＶ１８ウイルスＤＮＡ Ａ．ＨＰＶ６ｂの特異的プローブ Ｂ．ＨＰＶ１１の特異的プローブ Ｃ．ＨＰＶ１６の特異的プローブ Ｄ．ＨＰＶ１８の特異的プローブ １：放射性ラムダＤＮＡＥｃｏＲＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断
片−サイズ標準
【００４２】実施例１ 公知のヒトパピローマウイルスすべてに共通したオリゴ
ヌクレオチドプローブの決定 パピローマウイルスに起因する疾患の迅速な診断を可能
にするプローブを製造するために、現在公知の配列、即
ち現時点では下記ウイルス：ＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、Ｈ
ＰＶ６ｂ、ＨＰＶ８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ
１８及びＨＰＶ３３の配列を有するすべてのウイルスに
共通した配列で最も長いものに関する研究が続けられて
きた。フォートラン（ＦＯＲＴＲＡＮ）プログラムが問
題の研究に関して開発された。通常のアルゴリスムはこ
のように長い配列を数個処理するには適さない。そのプ
ログラムは、それに供される配列の各々について、第一
の配列から抽出されるすべての可能なブロックを用い探
索するものであるが、これらのブロックは鎖長１０〜２
０塩基の間で連続的な値をもつ。プログラムはこの探索
で調べたすべての配列で完全に保存されているブロック
があればそれを知らせる。 見出された最長の共通配列、即ち１２塩基の断片（Ｔ−
Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｔ）（配列
番号１）は、様々な配列中において下記位置に存在して
いる：
ヌクレオチドプローブの決定 パピローマウイルスに起因する疾患の迅速な診断を可能
にするプローブを製造するために、現在公知の配列、即
ち現時点では下記ウイルス：ＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、Ｈ
ＰＶ６ｂ、ＨＰＶ８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ
１８及びＨＰＶ３３の配列を有するすべてのウイルスに
共通した配列で最も長いものに関する研究が続けられて
きた。フォートラン（ＦＯＲＴＲＡＮ）プログラムが問
題の研究に関して開発された。通常のアルゴリスムはこ
のように長い配列を数個処理するには適さない。そのプ
ログラムは、それに供される配列の各々について、第一
の配列から抽出されるすべての可能なブロックを用い探
索するものであるが、これらのブロックは鎖長１０〜２
０塩基の間で連続的な値をもつ。プログラムはこの探索
で調べたすべての配列で完全に保存されているブロック
があればそれを知らせる。 見出された最長の共通配列、即ち１２塩基の断片（Ｔ−
Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｔ）（配列
番号１）は、様々な配列中において下記位置に存在して
いる：
【表６】 １２塩基断片は短すぎて実験条件によってはうまく機能
しないので、この配列を上流及び下流で伸長させた。各
端部で４塩基伸長させただけでは、５０〜５２℃程度の
半ハイブリッド形成温度を有する配列しか得られなかっ
た。したがって、それを上流及び下流双方で６又は７個
の塩基、どちらも各々ウイルス中に存在する正確な配列
によって伸長し、下記配列を得た：
しないので、この配列を上流及び下流で伸長させた。各
端部で４塩基伸長させただけでは、５０〜５２℃程度の
半ハイブリッド形成温度を有する配列しか得られなかっ
た。したがって、それを上流及び下流双方で６又は７個
の塩基、どちらも各々ウイルス中に存在する正確な配列
によって伸長し、下記配列を得た：
【表７】 これらのプローブのうちあるものは若干短縮してもよ
く、またＨＰＶ８に対して特異的なものはほぼ同様な半
変性温度を獲得するために必要であれば伸長させてもよ
い。ＨＰＶ６ｂ及びＨＰＶ１１の場合得られた配列は同
一で、ＨＰＶ５及びＨＰＶ８の場合もそうである。した
がって、オリゴヌクレオチド混合物は異なる分子を６種
だけ含んでいる。
く、またＨＰＶ８に対して特異的なものはほぼ同様な半
変性温度を獲得するために必要であれば伸長させてもよ
い。ＨＰＶ６ｂ及びＨＰＶ１１の場合得られた配列は同
一で、ＨＰＶ５及びＨＰＶ８の場合もそうである。した
がって、オリゴヌクレオチド混合物は異なる分子を６種
だけ含んでいる。
【００４３】これら６種のオリゴヌクレオチドを混合す
ることにより、ヒトパピローマウイルスの１種のＤＮＡ
を含むあらゆる系に関し非常に特徴的なハイブリッド形
成シグナルを得ることができる。
ることにより、ヒトパピローマウイルスの１種のＤＮＡ
を含むあらゆる系に関し非常に特徴的なハイブリッド形
成シグナルを得ることができる。
【００４４】実施例２ 公知タイプのＨＰＶの各々に特異的なプローブの決定
（第一組のプローブ） 操作は鎖長約２０塩基のオリゴヌクレオチドプローブの
探索からなり、それらは現在公知の完全配列をもつ８種
のヒトパピローマウイルスのうちどれか１つに対して各
々特異的であるように選択された。それらの目的は、そ
れらウイルスによる感染症の診断試験のための選択的要
素として使用することである。
（第一組のプローブ） 操作は鎖長約２０塩基のオリゴヌクレオチドプローブの
探索からなり、それらは現在公知の完全配列をもつ８種
のヒトパピローマウイルスのうちどれか１つに対して各
々特異的であるように選択された。それらの目的は、そ
れらウイルスによる感染症の診断試験のための選択的要
素として使用することである。
【００４５】この目的のために、フォートランプログラ
ムからなる特別のソフトウェアが開発されたが、これは
最も保存されていない領域を検出するためにいくつかの
大きな配列を比較するためである。このプログラムは段
階的フィルターのように機能し、その連続的実行の各々
の時点で、他の関連配列の各々において全く同一で存在
する配列の領域をマークするものである。各実行後、探
索される相同部分の鎖長は初期値２５と最終値８の間で
１単位ずつ短縮される。
ムからなる特別のソフトウェアが開発されたが、これは
最も保存されていない領域を検出するためにいくつかの
大きな配列を比較するためである。このプログラムは段
階的フィルターのように機能し、その連続的実行の各々
の時点で、他の関連配列の各々において全く同一で存在
する配列の領域をマークするものである。各実行後、探
索される相同部分の鎖長は初期値２５と最終値８の間で
１単位ずつ短縮される。
【００４６】連続的実行の各々の時点で各標的配列によ
りマークされた参照配列の各バージョンは別々に保存さ
れる。次いで第二のプログラムがマークされた様々な配
列の間からマークされない領域を決定するが、これはふ
るい分けの各連続的段階において行われる。アウトプッ
ト時点で、有用領域のリストが得られる。これらの領域
から選択するには前記ふるい分け実行中における領域環
境を調べることによって行なわれ、その結果選択される
オリゴマーは他のウイルスのＤＮＡ配列と最小の相同性
しか示さない。例えば最初の一組の下記オリゴマーが得
られたが、各々は選択されるウイルスの関数として命名
されている：
りマークされた参照配列の各バージョンは別々に保存さ
れる。次いで第二のプログラムがマークされた様々な配
列の間からマークされない領域を決定するが、これはふ
るい分けの各連続的段階において行われる。アウトプッ
ト時点で、有用領域のリストが得られる。これらの領域
から選択するには前記ふるい分け実行中における領域環
境を調べることによって行なわれ、その結果選択される
オリゴマーは他のウイルスのＤＮＡ配列と最小の相同性
しか示さない。例えば最初の一組の下記オリゴマーが得
られたが、各々は選択されるウイルスの関数として命名
されている：
【表８】
【００４７】次いで、上記各々のプローブは、“ミスマ
ッチ”（ｍｉｓｍａｔｃｈ）1 及び“ギャップ”（ｇａ
ｐ）2 を用いるセラーズ（ｓｅｌｌｅｒｓ）及びゴード
（Ｇｏａｄ）の問題解決手段によって各々のＨＰＶ配列
と比較された。この処理結果では、選択されたプローブ
が非相同配列に対して７５％以上の相同性を有していな
いことを示している。得られた結果は下記表１に示され
ている。各場合において、対形成可能塩基／“ミスマッ
チ”／“ギャップ”の数、が示されている。1 “ミスマッチ”：水素結合形成に不適な塩基の対形
成；したがってこの対形成ハイブリッド形成領域の安定
化に役立たず、他方たびたび脱安定化作用を有する。2 “ギャップ”：２つの核酸領域で対形成させようとす
る場合、ハイブリッド形成領域の全体的安定性を最大化
するためには配列の一方において１個又は数個の非対形
成塩基を存在させることが必要になることもある；この
タイプの“ジャンプ”（ｊｕｍｐ）は通常ハイブリッド
の全体的安定性にとって否定的役割を果たす。
ッチ”（ｍｉｓｍａｔｃｈ）1 及び“ギャップ”（ｇａ
ｐ）2 を用いるセラーズ（ｓｅｌｌｅｒｓ）及びゴード
（Ｇｏａｄ）の問題解決手段によって各々のＨＰＶ配列
と比較された。この処理結果では、選択されたプローブ
が非相同配列に対して７５％以上の相同性を有していな
いことを示している。得られた結果は下記表１に示され
ている。各場合において、対形成可能塩基／“ミスマッ
チ”／“ギャップ”の数、が示されている。1 “ミスマッチ”：水素結合形成に不適な塩基の対形
成；したがってこの対形成ハイブリッド形成領域の安定
化に役立たず、他方たびたび脱安定化作用を有する。2 “ギャップ”：２つの核酸領域で対形成させようとす
る場合、ハイブリッド形成領域の全体的安定性を最大化
するためには配列の一方において１個又は数個の非対形
成塩基を存在させることが必要になることもある；この
タイプの“ジャンプ”（ｊｕｍｐ）は通常ハイブリッド
の全体的安定性にとって否定的役割を果たす。
【表９】 すべての場合がエラーシグナル又はやっかいなバックグ
ラウンドノイズの危険性なしに高度に特異的なハイブリ
ッド形成を保証している。
ラウンドノイズの危険性なしに高度に特異的なハイブリ
ッド形成を保証している。
【００４８】実施例３ ＨＰＶプローブと異なるウイルスＤＮＡとのハイブリッ
ド形成 ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のゲノムをｐＢＲ３２
２でクローニングされたものから得た。クローン６ｂ、
１１、１６をＢａｍＨＩで切断し、クローン１８をＥｃ
ｏＲＩで切断して、ｐＢＲ３２２からウイルスのゲノム
（約８ｋｂ）を分離した。 ａ）クローンの増幅 クローン中におけるＨＰＶゲノムの存在を制限切断によ
り確認した。次いでクローンを増幅させ、ＤＮＡを塩化
セシウム勾配により精製した。
ド形成 ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のゲノムをｐＢＲ３２
２でクローニングされたものから得た。クローン６ｂ、
１１、１６をＢａｍＨＩで切断し、クローン１８をＥｃ
ｏＲＩで切断して、ｐＢＲ３２２からウイルスのゲノム
（約８ｋｂ）を分離した。 ａ）クローンの増幅 クローン中におけるＨＰＶゲノムの存在を制限切断によ
り確認した。次いでクローンを増幅させ、ＤＮＡを塩化
セシウム勾配により精製した。
【００４９】 ｂ）アガロースゲル上でのＨＰＶウイルスＤＮＡの分離 各ＤＮＡ２μｇを、クローン６ｂ、１１及び１６の場合
ＢａｍＨＩで又はクローン１８の場合ＥｃｏＲＩで切断
した。各ＤＮＡ２μｇを４つの０．８％アガロースゲル
（５００ｎｇＤＮＡ／クローン／ゲル）上で、放射性標
識サイズラベル（ラムダＨｉｎｄＩＩＩ−ＥｃｏＲＩ）
近くでかつ並行に泳動させた。ＴＢＥ１Ｘ（トリス９０
ｍＭ、ＥＤＴＡ２．５ｍＭ、ホウ酸９０ｍＭ、ｐＨ８）
中８０ボルトで３時間の泳動後、ゲルを３０分間（Ｎａ
ＯＨ ０．５Ｍ、ＮａＣｌ ０．５Ｍ）変性し、水洗
し、しかる後室温で３０分間（ＮａＣｌ １．５Ｍ、ト
リスＨＣｌ ０．５Ｍ、ｐＨ８）中和した。次いでゲル
をワットマン（Ｗｈａｔｍａｎ）３ＭＭ紙上に移し、サ
ランラップでカバーし、室温で１時間及び６０℃で１時
間減圧乾燥させた。
ＢａｍＨＩで又はクローン１８の場合ＥｃｏＲＩで切断
した。各ＤＮＡ２μｇを４つの０．８％アガロースゲル
（５００ｎｇＤＮＡ／クローン／ゲル）上で、放射性標
識サイズラベル（ラムダＨｉｎｄＩＩＩ−ＥｃｏＲＩ）
近くでかつ並行に泳動させた。ＴＢＥ１Ｘ（トリス９０
ｍＭ、ＥＤＴＡ２．５ｍＭ、ホウ酸９０ｍＭ、ｐＨ８）
中８０ボルトで３時間の泳動後、ゲルを３０分間（Ｎａ
ＯＨ ０．５Ｍ、ＮａＣｌ ０．５Ｍ）変性し、水洗
し、しかる後室温で３０分間（ＮａＣｌ １．５Ｍ、ト
リスＨＣｌ ０．５Ｍ、ｐＨ８）中和した。次いでゲル
をワットマン（Ｗｈａｔｍａｎ）３ＭＭ紙上に移し、サ
ランラップでカバーし、室温で１時間及び６０℃で１時
間減圧乾燥させた。
【００５０】 ｃ） 32 Ｐによる特異的ＨＰＶプローブの標識化 ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８に特徴的な合成オリゴ
マーを合成した。
マーを合成した。
【表１０】 これらの配列はＨＰＶの非コード鎖と相補的である。４
種のオリゴマーを下記操作に従いキネーション（Ｋｉｎ
ａｔｉｏｎ）によって32Ｐで標識化した：各オリゴマー
１μｇを最終容量３０μｌ中ガンマ32ＰＡＴＰ３０μＣ
ｉ（３０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ）、Ｔ４ポリヌクレオチド
キナーゼ５単位、ｐＨ８の６７ｍＭトリスＨＣｌ、１０
ｍＭ、ＭｇＣｌ2 、１０ｍＭジチオスレイトールと混合
し、３７℃で４５分間インキュベートした。標識オリゴ
マーをセファデックスＧ５０（Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ５
０）クロマトグラフィーにより遊離ヌクレオチドから分
離した。得られた特異的活性は、反応に供されたオリゴ
マー１μｇにつき６５×１０6 ｃｐｍであった。
種のオリゴマーを下記操作に従いキネーション（Ｋｉｎ
ａｔｉｏｎ）によって32Ｐで標識化した：各オリゴマー
１μｇを最終容量３０μｌ中ガンマ32ＰＡＴＰ３０μＣ
ｉ（３０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ）、Ｔ４ポリヌクレオチド
キナーゼ５単位、ｐＨ８の６７ｍＭトリスＨＣｌ、１０
ｍＭ、ＭｇＣｌ2 、１０ｍＭジチオスレイトールと混合
し、３７℃で４５分間インキュベートした。標識オリゴ
マーをセファデックスＧ５０（Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ５
０）クロマトグラフィーにより遊離ヌクレオチドから分
離した。得られた特異的活性は、反応に供されたオリゴ
マー１μｇにつき６５×１０6 ｃｐｍであった。
【００５１】 ｄ）ゲル上における標識プローブとのハイブリッド形成 アガロースゲルを水中に数分間浸漬することによってワ
ットマン紙から分離した。各ゲルを、放射性オリゴマー
２×１０6 ｃｐｍ／ｍｌ、０．１％ＳＤＳ、１００℃で
１０分間変性したサケ精子ＤＮＡ１００μｇ／ｍｌ、５
×ＳＳＰＥ（ＮａＣｌ ０．９Ｍ、ＮａＨ2 ＰＯ4 、Ｅ
ＤＴＡ ５ｍＭ、ｐＨ８）含有のハイブリッド形成用混
合物５ｍｌ中で、４種の放射性標識オリゴマーのうち１
種とハイブリッド形成させた。インキュベートはシール
されたプラスチック製バック中で行ない、浴中６０℃で
１４時間撹拌した。
ットマン紙から分離した。各ゲルを、放射性オリゴマー
２×１０6 ｃｐｍ／ｍｌ、０．１％ＳＤＳ、１００℃で
１０分間変性したサケ精子ＤＮＡ１００μｇ／ｍｌ、５
×ＳＳＰＥ（ＮａＣｌ ０．９Ｍ、ＮａＨ2 ＰＯ4 、Ｅ
ＤＴＡ ５ｍＭ、ｐＨ８）含有のハイブリッド形成用混
合物５ｍｌ中で、４種の放射性標識オリゴマーのうち１
種とハイブリッド形成させた。インキュベートはシール
されたプラスチック製バック中で行ない、浴中６０℃で
１４時間撹拌した。
【００５２】ｅ）洗浄及び露出 ゲルを環境温度で１５分間しかる後１時間の２回、６０
℃で１０分間、最終に環境温度で１時間にわたり６×Ｓ
ＳＣ（０．９Ｍ ＮａＣｌ、９０ｍＭクエン酸三ナトリ
ウム、ｐＨ７）で洗浄した。１枚のワットマン紙上にお
き、サランラップでカバー後、ゲルを２枚の強化スクリ
ーン間で−７０℃にて１４時間露出下においた〔フィル
ムコダックＸ−オーマットＳ（Ｘ−ＯｍａｔＳ）〕。
℃で１０分間、最終に環境温度で１時間にわたり６×Ｓ
ＳＣ（０．９Ｍ ＮａＣｌ、９０ｍＭクエン酸三ナトリ
ウム、ｐＨ７）で洗浄した。１枚のワットマン紙上にお
き、サランラップでカバー後、ゲルを２枚の強化スクリ
ーン間で−７０℃にて１４時間露出下においた〔フィル
ムコダックＸ−オーマットＳ（Ｘ−ＯｍａｔＳ）〕。
【００５３】ｆ）結果 クローンＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のＤＮＡ含有
の４つの同一ゲルは４種のオリゴマーのうち１種と各々
ハイブリッド形成した。ゲルＡではＨＰＶ６ｂのみがプ
ローブ６ｂで認識され；ゲルＢではＨＰＶ１１のみがプ
ローブ１１で認識され；ゲルＣではＨＰＶ１６のみがプ
ローブ１６で認識され；最後にゲルＤではＨＰＶ１８の
みがプローブ１８で認識されることが観察された。各プ
ローブは他のＨＰＶタイプを排除して対応ＨＰＶのみを
認識することが観察される（図１）。ヒトゲノムＤＮＡにおけるＨＰＶプローブのハイブリッ
ド形成 更に、リンパ球から単離されＥｃｏＲＩで切断されたゲ
ノムＤＮＡ４×１０μｇ及びＨＰＶクローン４種中１種
のＤＮＡ２００ｎｇを４つのゲル上に加えた。各ゲルを
ゲル上に存在するＨＰＶタイプに対応したプローブとハ
イブリッド形成させ（陽性コントロール）、前記のよう
に洗浄した。７０時間の露出後、ヒトゲノムＤＮＡに関
して試験された４タイプのプローブの特異的ハイブリッ
ド形成は全く痕跡も検出されなかった（図２）。
の４つの同一ゲルは４種のオリゴマーのうち１種と各々
ハイブリッド形成した。ゲルＡではＨＰＶ６ｂのみがプ
ローブ６ｂで認識され；ゲルＢではＨＰＶ１１のみがプ
ローブ１１で認識され；ゲルＣではＨＰＶ１６のみがプ
ローブ１６で認識され；最後にゲルＤではＨＰＶ１８の
みがプローブ１８で認識されることが観察された。各プ
ローブは他のＨＰＶタイプを排除して対応ＨＰＶのみを
認識することが観察される（図１）。ヒトゲノムＤＮＡにおけるＨＰＶプローブのハイブリッ
ド形成 更に、リンパ球から単離されＥｃｏＲＩで切断されたゲ
ノムＤＮＡ４×１０μｇ及びＨＰＶクローン４種中１種
のＤＮＡ２００ｎｇを４つのゲル上に加えた。各ゲルを
ゲル上に存在するＨＰＶタイプに対応したプローブとハ
イブリッド形成させ（陽性コントロール）、前記のよう
に洗浄した。７０時間の露出後、ヒトゲノムＤＮＡに関
して試験された４タイプのプローブの特異的ハイブリッ
ド形成は全く痕跡も検出されなかった（図２）。
【００５４】実施例４ すべての公知ＨＰＶタイプに共通したプローブとＨＰＶ
クローンとのハイブリッド形成 ａ）ゲルの調製 ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のクローンをＢａｍＨ
Ｉ又はＥｃｏＲＩで切断した。各クローン６００ｎｇを
同時に４つのゲル上で、他のクローンと一緒にしかも放
射ラベルしたラムダＨｉｎｄＩＩＩ−ＥｃｏＲＩサイズ
標準（１５０ｎｇＤＮＡ／クローン／ゲル）の近くで分
離泳動させた。８０ボルトで３時間泳動後、ゲルを変性
し、中和し、減圧乾燥した。
クローンとのハイブリッド形成 ａ）ゲルの調製 ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のクローンをＢａｍＨ
Ｉ又はＥｃｏＲＩで切断した。各クローン６００ｎｇを
同時に４つのゲル上で、他のクローンと一緒にしかも放
射ラベルしたラムダＨｉｎｄＩＩＩ−ＥｃｏＲＩサイズ
標準（１５０ｎｇＤＮＡ／クローン／ゲル）の近くで分
離泳動させた。８０ボルトで３時間泳動後、ゲルを変性
し、中和し、減圧乾燥した。
【００５５】 ｂ）共通プローブのキネーション（リン酸化、 32 Ｐで標
識） 配列が公知であるすべてのウイルスタイプに共通した最
長配列をコンピューターで決定した。この共通配列は１
２塩基の断片であった。この断片は短かすぎるため、プ
ローブをこの断片から上流で６塩基（プローブ８の場合
は７塩基）及び下流で６塩基伸長させた。配列は下記の
とおりであった：
識） 配列が公知であるすべてのウイルスタイプに共通した最
長配列をコンピューターで決定した。この共通配列は１
２塩基の断片であった。この断片は短かすぎるため、プ
ローブをこの断片から上流で６塩基（プローブ８の場合
は７塩基）及び下流で６塩基伸長させた。配列は下記の
とおりであった：
【表１１】 これらのプローブはコード鎖と相補的であった。プロー
ブ６ｂ及び１１は完全同一であったため、２つのうち１
つのみを合成した（プローブ６ｂ／１１）。これらのプ
ローブを前記キネーションにより32Ｐで標識化した。
ブ６ｂ及び１１は完全同一であったため、２つのうち１
つのみを合成した（プローブ６ｂ／１１）。これらのプ
ローブを前記キネーションにより32Ｐで標識化した。
【００５６】ｃ）ゲルのハイブリッド形成 各ゲルをシールされたプラスチック製バック内の０．１
％ＳＤＳ、変性サケ精子ＤＮＡ１００μｇ／ｍｌ、５×
ＳＳＰＥ含有のハイブリッド形成用混合物５ｍｌ中６０
℃で１５時間にわたりプローブとハイブリッド形成させ
た。ハイブリッド形成用混合物Ａは各プローブ（１ａ、
６ｂ／１１、８／５、１６、１８及び３３）１０6 ｃｐ
ｍ／ｍｌを含有していた。混合物Ｂはプローブ６ｂ／１
１を除く各プローブ１０6 ｃｐｍ／ｍｌを含有してい
た。混合物Ｃはプローブ１６を除く各プローブ１０6 ｃ
ｐｍ／ｍｌを含有していた。混合物Ｄはプローブ１８を
除く各プローブ１０6 ｃｐｍ／ｍｌを含有していた。
％ＳＤＳ、変性サケ精子ＤＮＡ１００μｇ／ｍｌ、５×
ＳＳＰＥ含有のハイブリッド形成用混合物５ｍｌ中６０
℃で１５時間にわたりプローブとハイブリッド形成させ
た。ハイブリッド形成用混合物Ａは各プローブ（１ａ、
６ｂ／１１、８／５、１６、１８及び３３）１０6 ｃｐ
ｍ／ｍｌを含有していた。混合物Ｂはプローブ６ｂ／１
１を除く各プローブ１０6 ｃｐｍ／ｍｌを含有してい
た。混合物Ｃはプローブ１６を除く各プローブ１０6 ｃ
ｐｍ／ｍｌを含有していた。混合物Ｄはプローブ１８を
除く各プローブ１０6 ｃｐｍ／ｍｌを含有していた。
【００５７】ｄ）洗浄及び露出 ４つのゲルを室温で１時間、６０℃で１０分間、しかる
後再度室温で１時間にわたり６×ＳＳＣで洗浄した。ゲ
ルを２枚の強化スクリーン間において−８０℃で２時間
露出した。
後再度室温で１時間にわたり６×ＳＳＣで洗浄した。ゲ
ルを２枚の強化スクリーン間において−８０℃で２時間
露出した。
【００５８】ｅ）結果（図３） すべてのウイルスタイプに共通したプローブとＨＰＶク
ローンとのハイブリッド形成
ローンとのハイブリッド形成
【表１２】 Ａ．すべてのプローブ（１ａ、６ｂ／１１、１６、１
８、３３）とハイブリッド形成 Ｂ．プローブ６ｂ／１１を除くすべてのプローブとハイ
ブリッド形成 Ｃ．プローブ１６を除くすべてのプローブとハイブリッ
ド形成 Ｄ．プローブ１８を除くすべてのプローブとハイブリッ
ド形成 これらの結果は、共通プローブが実験においてすべての
プローブとハイブリッド形成し、しかも同一実験条件下
であっても共通配列の伸長端の特異性によりクローン間
の差異を識別しうることを明確に示している。
８、３３）とハイブリッド形成 Ｂ．プローブ６ｂ／１１を除くすべてのプローブとハイ
ブリッド形成 Ｃ．プローブ１６を除くすべてのプローブとハイブリッ
ド形成 Ｄ．プローブ１８を除くすべてのプローブとハイブリッ
ド形成 これらの結果は、共通プローブが実験においてすべての
プローブとハイブリッド形成し、しかも同一実験条件下
であっても共通配列の伸長端の特異性によりクローン間
の差異を識別しうることを明確に示している。
【００５９】実施例５ ＨＰＶ特異性プローブと様々なウイルスＤＮＡとのハイ
ブリッド形成 （第二又は第三組のプローブ） ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のゲノムをｐＢＲ３２
２でクローニングされたものから得た。クローン６ｂ、
１１、１６をＢａｍＨＩでかつクローン１８をＥｃｏＲ
Ｉで切断し、ウイルスのゲノム（約８ｋｂ）をｐＢＲ３
２２から分離した。
ブリッド形成 （第二又は第三組のプローブ） ＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のゲノムをｐＢＲ３２
２でクローニングされたものから得た。クローン６ｂ、
１１、１６をＢａｍＨＩでかつクローン１８をＥｃｏＲ
Ｉで切断し、ウイルスのゲノム（約８ｋｂ）をｐＢＲ３
２２から分離した。
【００６０】ａ）クローンの増幅 クローン中におけるＨＰＶゲノムの存在は、制限分解に
より確認された。クローンを増幅し、ＤＮＡをセシウム
クロライド勾配により精製した。
より確認された。クローンを増幅し、ＤＮＡをセシウム
クロライド勾配により精製した。
【００６１】 ｂ）アガロースゲル上でのＨＰＶウイルスＤＮＡの分離 各ＤＮＡ１．６μｇをクローン６ｂ、１１及び１６の場
合ＢａｍＨＩで又はクローン１８の場合ＥｃｏＲＩで切
断した。各ＤＮＡ１．６μｇを同時に８つの０．８％ア
ガロースゲル（２００ｎｇＤＮＡ／クローン／ゲル）上
において放射性標識サイズラベル（ラベルＨｉｎｄＩＩ
Ｉ−ＥｃｏＲＩ）に隣接させて泳動させた。ＴＢＥ１×
（トリス９０ｍＭ、ＥＤＴＡ２．５ｍＭ、ホウ酸９０ｍ
Ｍ、ｐＨ８）中８０ボルトで３時間の泳動後、ゲルを３
０分間（ＮａＯＨ ０．５Ｍ、ＮａＣｌ １．５Ｍ）変
性し、水洗し、しかる後室温で３０分間（ＮａＣｌ１．
５Ｍ、トリスＨＣｌ ０．５Ｍ、ｐＨ８）中和した。次
いでゲルをワットマン３ＭＭ紙上に移し、サランラップ
でカバーし、室温で１時間及び６０℃で１時間減圧乾燥
した。
合ＢａｍＨＩで又はクローン１８の場合ＥｃｏＲＩで切
断した。各ＤＮＡ１．６μｇを同時に８つの０．８％ア
ガロースゲル（２００ｎｇＤＮＡ／クローン／ゲル）上
において放射性標識サイズラベル（ラベルＨｉｎｄＩＩ
Ｉ−ＥｃｏＲＩ）に隣接させて泳動させた。ＴＢＥ１×
（トリス９０ｍＭ、ＥＤＴＡ２．５ｍＭ、ホウ酸９０ｍ
Ｍ、ｐＨ８）中８０ボルトで３時間の泳動後、ゲルを３
０分間（ＮａＯＨ ０．５Ｍ、ＮａＣｌ １．５Ｍ）変
性し、水洗し、しかる後室温で３０分間（ＮａＣｌ１．
５Ｍ、トリスＨＣｌ ０．５Ｍ、ｐＨ８）中和した。次
いでゲルをワットマン３ＭＭ紙上に移し、サランラップ
でカバーし、室温で１時間及び６０℃で１時間減圧乾燥
した。
【００６２】 ｃ） 32 Ｐによる特異的ＨＰＶプローブの標識化
【表１３】 更に、各々がヒトパピローマウイルスのうち１タイプと
特異的であるが但しこれらウイルスの各々のゲノムのＥ
７領域中に位置する第三組目のプローブを同様に合成し
た。
特異的であるが但しこれらウイルスの各々のゲノムのＥ
７領域中に位置する第三組目のプローブを同様に合成し
た。
【表１４】
【００６３】これらの２組において、プローブはＨＰＶ
の反対鎖に対応し、示された位置は直接鎖上でマークさ
れている。８つのオリゴマーを下記操作に従いキネーシ
ョンによって32Ｐで標識化した：各オリゴマー０．１μ
ｇを最終容量３０μｌ中ガンマ32Ｐ ＡＴＰ３０μＣｉ
（３０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ）、Ｔ４ポリヌクレオチドキ
ナーゼ５単位、ｐＨ８の６７ｍＭトリスＨＣｌ、１０ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ2 、１０ｍＭジチオスレイトールと混合
し、３７℃で４５分間インキュベートした。標識オリゴ
マーをセファデックスＧ５０クロマトグラフィーにより
遊離ヌクレオチドから分離した。得られた特異的活性
は、反応に供されたオリゴマー５×１０8 ｃｐｍ／μｇ
であった。
の反対鎖に対応し、示された位置は直接鎖上でマークさ
れている。８つのオリゴマーを下記操作に従いキネーシ
ョンによって32Ｐで標識化した：各オリゴマー０．１μ
ｇを最終容量３０μｌ中ガンマ32Ｐ ＡＴＰ３０μＣｉ
（３０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ）、Ｔ４ポリヌクレオチドキ
ナーゼ５単位、ｐＨ８の６７ｍＭトリスＨＣｌ、１０ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ2 、１０ｍＭジチオスレイトールと混合
し、３７℃で４５分間インキュベートした。標識オリゴ
マーをセファデックスＧ５０クロマトグラフィーにより
遊離ヌクレオチドから分離した。得られた特異的活性
は、反応に供されたオリゴマー５×１０8 ｃｐｍ／μｇ
であった。
【００６４】 ｄ）ゲル上における標識プローブとのハイブリッド形成 アガロースゲルを、それらを水中に数分間浸漬すること
によってワットマン紙から分離した。各ゲルを放射性オ
リゴマー２×１０6 ｃｐｍ／ｍｌ、０．１％ＳＤＳ、１
００℃で１０分間変性されたサケ精子ＤＮＡ１００μｇ
／ｍｌ、５×ＳＳＰＥ（ＮａＣｌ ０．９Ｍ、ＮａＨ2
ＰＯ4 ５０ｍＭ、ＥＤＴＡ ５ｍＭ、ｐＨ８）含有の
ハイブリッド形成用混合物５ｍｌ中で、４種の放射性標
識オリゴマーのうち１種とハイブリッド形成させた。イ
ンキュベートをシールされたプラスチック製バック中で
行ない、浴中６５℃で約１４時間撹拌した。
によってワットマン紙から分離した。各ゲルを放射性オ
リゴマー２×１０6 ｃｐｍ／ｍｌ、０．１％ＳＤＳ、１
００℃で１０分間変性されたサケ精子ＤＮＡ１００μｇ
／ｍｌ、５×ＳＳＰＥ（ＮａＣｌ ０．９Ｍ、ＮａＨ2
ＰＯ4 ５０ｍＭ、ＥＤＴＡ ５ｍＭ、ｐＨ８）含有の
ハイブリッド形成用混合物５ｍｌ中で、４種の放射性標
識オリゴマーのうち１種とハイブリッド形成させた。イ
ンキュベートをシールされたプラスチック製バック中で
行ない、浴中６５℃で約１４時間撹拌した。
【００６５】ｅ）洗浄及び露出 ゲルを室温で１５分間しかる後１時間の２回、６５℃で
１０分間、最後に室温で１時間にわたり６×ＳＳＣ
（０．９Ｍ ＮａＣｌ、９０ｍＭクエン酸三ナトリウ
ム、ｐＨ７）で洗浄した。１枚のワットマン紙上にお
き、サランラップでカバー後、ゲルを２枚の強化スクリ
ーン間で−７０℃にて２〜１４時間露出下においた（フ
ィルムコダックＸ−オーマットＳ）。
１０分間、最後に室温で１時間にわたり６×ＳＳＣ
（０．９Ｍ ＮａＣｌ、９０ｍＭクエン酸三ナトリウ
ム、ｐＨ７）で洗浄した。１枚のワットマン紙上にお
き、サランラップでカバー後、ゲルを２枚の強化スクリ
ーン間で−７０℃にて２〜１４時間露出下においた（フ
ィルムコダックＸ−オーマットＳ）。
【００６６】ｆ）結果 クローンＨＰＶ６ｂ、１１、１６及び１８のＤＮＡを含
有した２組の４つの同一ゲルは、２組の特異的プローブ
のオリゴマー４種のうち１種と各々ハイブリッド形成し
た。ＨＰＶ６ｂのみがプローブ６ｂで認識され（図４Ａ
及び５Ａ）、ＨＰＶ１１のみがプローブ１１で認識され
（図４Ｂ及び５Ｂ）、ＨＰＶ１６のみがプローブ１６で
認識され（図４Ｃ及び５Ｃ）、最終にＨＰＶ１８のみが
プローブ１８で認識される（図４Ｄ及び５Ｄ）ことが判
明する。各プローブは他のＨＰＶタイプを排除して対応
ＨＰＶのみを認識した。
有した２組の４つの同一ゲルは、２組の特異的プローブ
のオリゴマー４種のうち１種と各々ハイブリッド形成し
た。ＨＰＶ６ｂのみがプローブ６ｂで認識され（図４Ａ
及び５Ａ）、ＨＰＶ１１のみがプローブ１１で認識され
（図４Ｂ及び５Ｂ）、ＨＰＶ１６のみがプローブ１６で
認識され（図４Ｃ及び５Ｃ）、最終にＨＰＶ１８のみが
プローブ１８で認識される（図４Ｄ及び５Ｄ）ことが判
明する。各プローブは他のＨＰＶタイプを排除して対応
ＨＰＶのみを認識した。
【００６７】実施例６ ＨＰＶ感染症の検出感度を高めるために、専門科学誌で
現在ＰＣＲ〔ポリチェイン反応（ｐｏｌｙｃｈａｉｎ
ｒｅａｃｔｉｏｎ）〕と呼ばれているＤＮＡ酵素的増幅
技術をＨＰＶのＤＮＡ増大用に適用した。このステップ
は、本明細書中で前記された検出特異性を残存させつつ
感度を増加させることがねらいであった。したがって、
増幅用に選択されたウイルスゲノム領域はＥ７遺伝子の
プローブの標的セグメントであった。増幅特異性は、プ
ローブ標的配列の各端部において熱安定性ポリメラーゼ
で重合化せしめられる出発配列を限定することによって
確保される。したがって、数対のプライマーの各々の配
列は、それらが関与するウイルスの遺伝子断片を他のす
べてを排除して特異的に増幅するように選択された。し
かも、その対形成に係わる各プライマーの相対的位置
は、各ウイルスＤＮＡに関する異なるサイズの断片を増
幅させ、及び電気泳動ゲル上におけるそれらの長さに基
づく増幅断片の分離によってヒトパピローマウイルスの
タイプの迅速かつ直接的同定を可能ならしめるように選
択された。プライマーの配列選択のための他の基準は、
熱安定性ポリメラーゼの至適機能温度において、増幅さ
れるＤＮＡの相補的配列と特異的ハイブリッド形成しう
るにちがいないそれらの組成及び鎖長を考慮することで
ある。酵素的増幅反応に際しオリゴマー性プライマーと
して機能する下記配列は、前記基準を考慮して規定され
た。
現在ＰＣＲ〔ポリチェイン反応（ｐｏｌｙｃｈａｉｎ
ｒｅａｃｔｉｏｎ）〕と呼ばれているＤＮＡ酵素的増幅
技術をＨＰＶのＤＮＡ増大用に適用した。このステップ
は、本明細書中で前記された検出特異性を残存させつつ
感度を増加させることがねらいであった。したがって、
増幅用に選択されたウイルスゲノム領域はＥ７遺伝子の
プローブの標的セグメントであった。増幅特異性は、プ
ローブ標的配列の各端部において熱安定性ポリメラーゼ
で重合化せしめられる出発配列を限定することによって
確保される。したがって、数対のプライマーの各々の配
列は、それらが関与するウイルスの遺伝子断片を他のす
べてを排除して特異的に増幅するように選択された。し
かも、その対形成に係わる各プライマーの相対的位置
は、各ウイルスＤＮＡに関する異なるサイズの断片を増
幅させ、及び電気泳動ゲル上におけるそれらの長さに基
づく増幅断片の分離によってヒトパピローマウイルスの
タイプの迅速かつ直接的同定を可能ならしめるように選
択された。プライマーの配列選択のための他の基準は、
熱安定性ポリメラーゼの至適機能温度において、増幅さ
れるＤＮＡの相補的配列と特異的ハイブリッド形成しう
るにちがいないそれらの組成及び鎖長を考慮することで
ある。酵素的増幅反応に際しオリゴマー性プライマーと
して機能する下記配列は、前記基準を考慮して規定され
た。
【表１５】 同一実験でも、本発明の他のプローブの特異的、特に本
発明のウイルスサブグループの特異的プローブの特異性
を立証している。
発明のウイルスサブグループの特異的プローブの特異性
を立証している。
【００６８】
配列番号：１ 配列の長さ：１２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルス 配列 TAAAACGAAA GT配列番号：２ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（１０２３−
１０４６位） 配列 ATGCTTTAAA ACGAAAGTTA CTTT 配列番号：３ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（１０７０−
１０９３位）、ＨＰＶ１１（１０７０−１０９３位） 配列 AGGACCTAAA ACGAAAGTAT TTAG 配列番号：４ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（１１６７−１
１９１位），ＨＰＶ５（１１８３−１２０７位） 配列 CAAAAACTAA AACGAAAGTA TCTTA 配列番号：５ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（１１１５−
１１３８位） 配列 AGGTTCTAAA ACGAAAGTAT TTGG 配列番号：６ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（１１６１−
１１８４位） 配列 ATGTTTTAAA ACGAAAGTTT GCAG 配列番号：７ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（１１２６−
１１４９位） 配列 GTGCACTAAA ACGAAAGTTT GCCG 配列番号：８ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（１０５２−
１０７２位） 配列 CCTCAGGCGA GAAGCGCGGA C 配列番号：９ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（１８０１−１
８２２位） 配列 TGTATGGGAT CGGGGGCGTT TA 配列番号：１０ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４７６１−
４７８２位） 配列 CATTAACGCA GGGGCGCCTG AA 配列番号：１１ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（３３４４−３
３６４位） 配列 ACACCGCCGC CAAGACCCCC A 配列番号：１２ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（３４１６−
３４３５位） 配列 GGCGTGTCGG CGCCGCCTAG 配列番号：１３ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６９５−７
１４位） 配列 CAGAACCGGA CAGAGCCCAT 配列番号：１４ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（３４４８−
３４６８位） 配列 CGGTATCCGC TACTCAGCTT G 配列番号：１５ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（４４７４−
４４９４位） 配列 CGTCCTCCGG TTACTGTAGA CA 配列番号：１６ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（３４４８−
３４６９位） 配列 CTGTCCCTTC TGCGCGAGAC GT 配列番号：１７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（１８００−１
８２２位） 配列 TTGTATGGGA TCGGGGGCGT TTA 配列番号：１８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４５７７−
４７７６位） 配列 GGCAATCATT AACGCAGGGG CG 配列番号：１９ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（１２０８−１
２２７位） 配列 GCAGCTCAGT CCGCGGCTCC 配列番号：２０ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１（４６３７−４
６５９位） 配列 GAAGCTCTCC CAAGCCTGCT ATT 配列番号：２１ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６０９−６
３２位） 配列 ACCAGAGACA ACTGATCTCT ACTG 配列番号：２２ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６９０−７
１３位） 配列 ACAAGCAGAA CCGGACAGAG CCCA 配列番号：２３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（５４８６−
５５０７位） 配列 CCCATTGTAT CACCCACGGC CC 配列番号：２４ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（４４７５−
４４９７位） 配列 GTCCTCCGGT TACTGTAGAC ACT 配列番号：２５ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（３４４９−
３４８３位） 配列 TGTCCCTTCT GCGCGAGACG TTGGAAGTAT ACACA 配列番号：２６ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（１８０１−１
８３５位） 配列 TGTATGGGAT CGGGGGCGTT TAGCCATGGA CCATA 配列番号：２７ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４７５６−
４７９０位） 配列 GCAATCATTA ACGCAGGGGC GCCTGAAATT GTGCC 配列番号：２８ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（１２０８−１
２４４位） 配列 GCAGCTCAGT CCGCGGCTCC AGTCAATATC ACTGT 配列番号：２９ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（４６２４−
４６５８位） 配列 TATATACCCT TGGGAAGCTC TCCCAAGCCT GCTAT 配列番号：３０ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（５９６−６
３０位） 配列 TGTTAGATTT GCAACCAGAG ACAACTGATC TCTAC 配列番号：３１ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（５４８６−
５５２０位） 配列 CCCATTGTAT CACCCACGGC CCCTGCCTCT ACACA 配列番号：３２ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（４４７６−
４５１０位） 配列 TCCTCCGGTT ACTGTAGACA CTGTTGGACC TTTAG 配列番号：３３ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（７１１−７
３１位） 配列 GACCGTCCTC GCGGATCACA G 配列番号：３４ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（７８８−８１
１位） 配列 GCCTGACAAC GAAAGGATCT CTTA 配列番号：３５ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（６４１−６
６７位） 配列 GACGAAGTGG ACGGACAAGA TTC 配列番号：３６ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（８５６−８７
９位） 配列 TGTCAACGCA ACTGATTCGG GTAT 配列番号：３７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（６３４−６
５６位） 配列 TGAGGTGGAC AAGGTGGACA AAC 配列番号：３８ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７４０−７
６２位） 配列 AGTGTGACTC TACGCTTCGG TTG 配列番号：３９ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（７８４−８
０８位） 配列 TTGTAAGTGT GAAGCCAGAA TTGAG 配列番号：４０ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（７８８−８
１１位） 配列 AGCAAGTGAC CTACGAACCA TACA 配列番号：４１ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（７１１−７
４５位） 配列 GACCGTCCTC GCGGATCACA GCGCCATTAG ACAGC 配列番号：４２ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（７８３−８１
７位） 配列 GAGGAGCCTG ACAACGAAAG GATCTCTTAC AAAGT 配列番号：４３ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（６３５−６
６９位） 配列 GAGGTGGACG AAGTGGACGG ACAAGATTCA CAACC 配列番号：４４ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（８５１−８８
５位） 配列 CTTTTTGTCA ACGCAACTGA TTCGGGTATC AGGAC 配列番号：４５ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（６２８−６
６２位） 配列 AGAAGATGAG GTGGACAAGG TGGACAAACA AGACG 配列番号：４６ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７３５−７
６９位） 配列 TTGCAAGTGT GACTCTACGC TTCGGTTGTG CGTAC 配列番号：４７ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（７７９−８
１３位） 配列 ATGTGTTGTA AGTGTGAAGC CAGAATTGAG CTAGT 配列番号：４８ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（７８３−８
１７位） 配列 AGTACAGCAA GTGACCTACG AACCATACAG CAACT 配列番号：４９ 配列の長さ：１５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７６９８−
７７１２），ＨＰＶ１８（７６８６−７７００），ＨＰ
Ｖ３３（７７４１−７７５５） 配列 TTAGGCACAT ATTTT 配列番号：５０ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（１８４０−
１８５９），ＨＰＶ１８ （１９１０−１９２９） 配列 ATATCAAATA TTAGTGAAGT 配列番号：５１ 配列の長さ：５６ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（４４５０−４
５０５），ＨＰＶ８（４３８３−４４３８） 配列 CAAACAACAG TTGCTGACAA TATTTTAAAA TATGGCAGTG CTGGTGTATT TTTTGG 配列番号：５２ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（４４８０−４
５０４），ＨＰＶ８（４４１３−４４３７） 配列 TATGGCAGTG CTGGTGTATT TTTTG 配列番号：５３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４７７６−
４７５５位） その他の情報：配列番号１８の相補鎖 配列 CGCCCTGCG TTAATGATTG CC 配列番号：５４ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（４６５９−
４６３２位） その他の情報：配列番号２０の相補鎖 配列 AAATAGCAGGC TTGGGAGAGC TTC 配列番号：５５ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６３２−６
０９位） その他の情報：配列番号２１の相補鎖 配列 CAGTAGAGAT CAGTTGTCTC TGGT 配列番号：５６ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ（５５０７−５４
８６位） その他の情報：配列番号２３の相補鎖 配列 GGGCCGTGGG TGATACAATG GG 配列番号：５７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（６６３−６
４１位） その他の情報：配列番号３５の相補鎖 配列 GAATCTTGTC CGTCCACTTC GTC 配列番号：５８ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（６５６−６
３４位） その他の情報：配列番号３７の相補鎖 配列 GTTTGTCCAC CTTGTCCACC TCA 配列番号：５９ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７６２−７
４０位） その他の情報：配列番号３８の相補鎖 配列 CAACCGAAGC GTAGAGTCAC ACT 配列番号：６０ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（８０８−７
８４） その他の情報：配列番号３９の相補鎖 配列 CTCAATTCTG GCTTCACACT TACAA 配列番号：６１ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（６７３−６
９４） 配列 GTTGCTTCCT GTGCCTATTG CG 配列番号：６２ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（７６２−７
４２） 配列 CAGAAGGAGT TCCTCCAGCT G 配列番号：６３ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（６９３−７１
５） 配列 ATTATTCTGG AGCTCAGTGA GGT 配列番号：６４ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（９４４−９２
２） 配列 ACAGTCAGGG CACAGGAGCT GC 配列番号：６５ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（５６２−５
８４） 配列 TGTATTAGAC CTGCAACCTC CAG 配列番号：６６ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（７８５−７
６４） 配列 TTCCCAACAG AAGCTGTTGC AC 配列番号：６７ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（７７９−８０
２） 配列： CTAGACATCG AAAGAACTGT ATTC 配列番号：６８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（９３４−９１
３） 配列 GCACTCAGGA CACAGAAGCT GT 配列番号：６９ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（５６２−５
８３） 配列： AGTACTAGAC CTGCAGCCTC CT 配列番号：７０ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（７６７−７
６４） 配列 GTAGTTGTCT GATGTCTCCT TC 配列番号：７１ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６９４−７
１３） 配列： GCAGAACCGG ACAGAGCCCA 配列番号：７２ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７９８−８
２０） 配列 GTGTGCCCAT TAACAGGTCT TCC 配列番号：７３ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（７４０−７
５９） 配列： GCCCGACGAG CCGAACCACA 配列番号：７４ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（８４８−８
２８） 配列 GGAATGCTCG AAGGTCGTCT G 配列番号：７５ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（６８１−７
００） 配列： GGCTTGGACC GGCCAGATGG 配列番号：７６ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（８５８−８
３８） 配列 GTGCACAGGT AGGGCACACA A
１０４６位） 配列 ATGCTTTAAA ACGAAAGTTA CTTT 配列番号：３ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（１０７０−
１０９３位）、ＨＰＶ１１（１０７０−１０９３位） 配列 AGGACCTAAA ACGAAAGTAT TTAG 配列番号：４ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（１１６７−１
１９１位），ＨＰＶ５（１１８３−１２０７位） 配列 CAAAAACTAA AACGAAAGTA TCTTA 配列番号：５ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（１１１５−
１１３８位） 配列 AGGTTCTAAA ACGAAAGTAT TTGG 配列番号：６ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（１１６１−
１１８４位） 配列 ATGTTTTAAA ACGAAAGTTT GCAG 配列番号：７ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（１１２６−
１１４９位） 配列 GTGCACTAAA ACGAAAGTTT GCCG 配列番号：８ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（１０５２−
１０７２位） 配列 CCTCAGGCGA GAAGCGCGGA C 配列番号：９ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（１８０１−１
８２２位） 配列 TGTATGGGAT CGGGGGCGTT TA 配列番号：１０ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４７６１−
４７８２位） 配列 CATTAACGCA GGGGCGCCTG AA 配列番号：１１ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（３３４４−３
３６４位） 配列 ACACCGCCGC CAAGACCCCC A 配列番号：１２ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（３４１６−
３４３５位） 配列 GGCGTGTCGG CGCCGCCTAG 配列番号：１３ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６９５−７
１４位） 配列 CAGAACCGGA CAGAGCCCAT 配列番号：１４ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（３４４８−
３４６８位） 配列 CGGTATCCGC TACTCAGCTT G 配列番号：１５ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（４４７４−
４４９４位） 配列 CGTCCTCCGG TTACTGTAGA CA 配列番号：１６ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（３４４８−
３４６９位） 配列 CTGTCCCTTC TGCGCGAGAC GT 配列番号：１７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（１８００−１
８２２位） 配列 TTGTATGGGA TCGGGGGCGT TTA 配列番号：１８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４５７７−
４７７６位） 配列 GGCAATCATT AACGCAGGGG CG 配列番号：１９ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（１２０８−１
２２７位） 配列 GCAGCTCAGT CCGCGGCTCC 配列番号：２０ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１（４６３７−４
６５９位） 配列 GAAGCTCTCC CAAGCCTGCT ATT 配列番号：２１ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６０９−６
３２位） 配列 ACCAGAGACA ACTGATCTCT ACTG 配列番号：２２ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６９０−７
１３位） 配列 ACAAGCAGAA CCGGACAGAG CCCA 配列番号：２３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（５４８６−
５５０７位） 配列 CCCATTGTAT CACCCACGGC CC 配列番号：２４ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（４４７５−
４４９７位） 配列 GTCCTCCGGT TACTGTAGAC ACT 配列番号：２５ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（３４４９−
３４８３位） 配列 TGTCCCTTCT GCGCGAGACG TTGGAAGTAT ACACA 配列番号：２６ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（１８０１−１
８３５位） 配列 TGTATGGGAT CGGGGGCGTT TAGCCATGGA CCATA 配列番号：２７ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４７５６−
４７９０位） 配列 GCAATCATTA ACGCAGGGGC GCCTGAAATT GTGCC 配列番号：２８ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（１２０８−１
２４４位） 配列 GCAGCTCAGT CCGCGGCTCC AGTCAATATC ACTGT 配列番号：２９ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（４６２４−
４６５８位） 配列 TATATACCCT TGGGAAGCTC TCCCAAGCCT GCTAT 配列番号：３０ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（５９６−６
３０位） 配列 TGTTAGATTT GCAACCAGAG ACAACTGATC TCTAC 配列番号：３１ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（５４８６−
５５２０位） 配列 CCCATTGTAT CACCCACGGC CCCTGCCTCT ACACA 配列番号：３２ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（４４７６−
４５１０位） 配列 TCCTCCGGTT ACTGTAGACA CTGTTGGACC TTTAG 配列番号：３３ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（７１１−７
３１位） 配列 GACCGTCCTC GCGGATCACA G 配列番号：３４ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（７８８−８１
１位） 配列 GCCTGACAAC GAAAGGATCT CTTA 配列番号：３５ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（６４１−６
６７位） 配列 GACGAAGTGG ACGGACAAGA TTC 配列番号：３６ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（８５６−８７
９位） 配列 TGTCAACGCA ACTGATTCGG GTAT 配列番号：３７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（６３４−６
５６位） 配列 TGAGGTGGAC AAGGTGGACA AAC 配列番号：３８ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７４０−７
６２位） 配列 AGTGTGACTC TACGCTTCGG TTG 配列番号：３９ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（７８４−８
０８位） 配列 TTGTAAGTGT GAAGCCAGAA TTGAG 配列番号：４０ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（７８８−８
１１位） 配列 AGCAAGTGAC CTACGAACCA TACA 配列番号：４１ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（７１１−７
４５位） 配列 GACCGTCCTC GCGGATCACA GCGCCATTAG ACAGC 配列番号：４２ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（７８３−８１
７位） 配列 GAGGAGCCTG ACAACGAAAG GATCTCTTAC AAAGT 配列番号：４３ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（６３５−６
６９位） 配列 GAGGTGGACG AAGTGGACGG ACAAGATTCA CAACC 配列番号：４４ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（８５１−８８
５位） 配列 CTTTTTGTCA ACGCAACTGA TTCGGGTATC AGGAC 配列番号：４５ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（６２８−６
６２位） 配列 AGAAGATGAG GTGGACAAGG TGGACAAACA AGACG 配列番号：４６ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７３５−７
６９位） 配列 TTGCAAGTGT GACTCTACGC TTCGGTTGTG CGTAC 配列番号：４７ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（７７９−８
１３位） 配列 ATGTGTTGTA AGTGTGAAGC CAGAATTGAG CTAGT 配列番号：４８ 配列の長さ：３５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（７８３−８
１７位） 配列 AGTACAGCAA GTGACCTACG AACCATACAG CAACT 配列番号：４９ 配列の長さ：１５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７６９８−
７７１２），ＨＰＶ１８（７６８６−７７００），ＨＰ
Ｖ３３（７７４１−７７５５） 配列 TTAGGCACAT ATTTT 配列番号：５０ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（１８４０−
１８５９），ＨＰＶ１８ （１９１０−１９２９） 配列 ATATCAAATA TTAGTGAAGT 配列番号：５１ 配列の長さ：５６ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（４４５０−４
５０５），ＨＰＶ８（４３８３−４４３８） 配列 CAAACAACAG TTGCTGACAA TATTTTAAAA TATGGCAGTG CTGGTGTATT TTTTGG 配列番号：５２ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（４４８０−４
５０４），ＨＰＶ８（４４１３−４４３７） 配列 TATGGCAGTG CTGGTGTATT TTTTG 配列番号：５３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（４７７６−
４７５５位） その他の情報：配列番号１８の相補鎖 配列 CGCCCTGCG TTAATGATTG CC 配列番号：５４ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（４６５９−
４６３２位） その他の情報：配列番号２０の相補鎖 配列 AAATAGCAGGC TTGGGAGAGC TTC 配列番号：５５ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６３２−６
０９位） その他の情報：配列番号２１の相補鎖 配列 CAGTAGAGAT CAGTTGTCTC TGGT 配列番号：５６ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ（５５０７−５４
８６位） その他の情報：配列番号２３の相補鎖 配列 GGGCCGTGGG TGATACAATG GG 配列番号：５７ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（６６３−６
４１位） その他の情報：配列番号３５の相補鎖 配列 GAATCTTGTC CGTCCACTTC GTC 配列番号：５８ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（６５６−６
３４位） その他の情報：配列番号３７の相補鎖 配列 GTTTGTCCAC CTTGTCCACC TCA 配列番号：５９ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７６２−７
４０位） その他の情報：配列番号３８の相補鎖 配列 CAACCGAAGC GTAGAGTCAC ACT 配列番号：６０ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（８０８−７
８４） その他の情報：配列番号３９の相補鎖 配列 CTCAATTCTG GCTTCACACT TACAA 配列番号：６１ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（６７３−６
９４） 配列 GTTGCTTCCT GTGCCTATTG CG 配列番号：６２ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１ａ（７６２−７
４２） 配列 CAGAAGGAGT TCCTCCAGCT G 配列番号：６３ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（６９３−７１
５） 配列 ATTATTCTGG AGCTCAGTGA GGT 配列番号：６４ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ５（９４４−９２
２） 配列 ACAGTCAGGG CACAGGAGCT GC 配列番号：６５ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（５６２−５
８４） 配列 TGTATTAGAC CTGCAACCTC CAG 配列番号：６６ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ６ｂ（７８５−７
６４） 配列 TTCCCAACAG AAGCTGTTGC AC 配列番号：６７ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（７７９−８０
２） 配列： CTAGACATCG AAAGAACTGT ATTC 配列番号：６８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ８（９３４−９１
３） 配列 GCACTCAGGA CACAGAAGCT GT 配列番号：６９ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（５６２−５
８３） 配列： AGTACTAGAC CTGCAGCCTC CT 配列番号：７０ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１１（７６７−７
６４） 配列 GTAGTTGTCT GATGTCTCCT TC 配列番号：７１ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（６９４−７
１３） 配列： GCAGAACCGG ACAGAGCCCA 配列番号：７２ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１６（７９８−８
２０） 配列 GTGTGCCCAT TAACAGGTCT TCC 配列番号：７３ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（７４０−７
５９） 配列： GCCCGACGAG CCGAACCACA 配列番号：７４ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ１８（８４８−８
２８） 配列 GGAATGCTCG AAGGTCGTCT G 配列番号：７５ 配列の長さ：２０ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（６８１−７
００） 配列： GGCTTGGACC GGCCAGATGG 配列番号：７６ 配列の長さ：２１ 配列の型：核酸 鎖の数：一本鎖 トポロジー：直鎖状 配列の種類：genomic DNA アンチセンス：Ｙｅｓ 起源：ヒトパピローマウイルスＨＰＶ３３（８５８−８
３８） 配列 GTGCACAGGT AGGGCACACA A
【図１】図１は、本発明のＨＰＶ合成プローブとＨＰＶ
ウイルスＤＮＡとの選択的ハイブリッド形成に対応した
ゲルを表わす図面である。
ウイルスＤＮＡとの選択的ハイブリッド形成に対応した
ゲルを表わす図面である。
【図２】図２は、ゲノムＤＮＡと本発明の特異的ＨＰＶ
プローブとのハイブリッド形成に対応したゲルを表わす
図面である。
プローブとのハイブリッド形成に対応したゲルを表わす
図面である。
【図３】図３は、ＨＰＶクローンとすべてのウイルスタ
イプに共通するプローブとのハイブリッド形成に対応し
たゲルを表わす図面である。
イプに共通するプローブとのハイブリッド形成に対応し
たゲルを表わす図面である。
【図４】図４は、ＨＰＶ合成特異性プローブとＨＰＶウ
イルスＤＮＡとの選択的ハイブリッド形成について示す
図面である。
イルスＤＮＡとの選択的ハイブリッド形成について示す
図面である。
【図５】図５は、ＨＰＶゲノムＥ７領域に対する合成プ
ローブとＨＰＶウイルスのＤＮＡとの選択的ハイブリッ
ド形成について示す図面である。
ローブとＨＰＶウイルスのＤＮＡとの選択的ハイブリッ
ド形成について示す図面である。
フロントページの続き (72)発明者 アレックス ボレン ベルギー国．1711 イテルビーク，ガー スビークストラート 65 (58)調査した分野(Int.Cl.6，ＤＢ名) C12Q 1/70
Claims (6)
- 【請求項１】 様々なタイプのヒトパピローマウイル
ス、特にＨＰＶ１ａ、ＨＰＶ５、ＨＰＶ６ｂ、ＨＰＶ
８、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８及びＨＰＶ３
３を識別せずに検出するために有用な標識核酸配列から
なる核酸プローブであって、 １２個のヌクレオチドＸ−Ａ−Ａ−Ａ−Ａ−Ｃ−Ｇ−Ａ
−Ａ−Ａ−Ｇ−Ｘ（式中、ＸはＴ又はＵである）のオリ
ゴマー又はその相補鎖を有することを特徴とする核酸プ
ローブ。 - 【請求項２】 請求項１記載の異なるタイプのＨＰＶウ
イルスに共通した核酸プローブであって、 請求項１記載の１２個のヌクレオチドの共通配列をすべ
て含み、各ウイルスタイプに対応するヌクレオチドで伸
長された６種のオリゴマーの混合物であることを特徴と
する核酸プローブ。 - 【請求項３】 １２個のヌクレオチドの共通配列が、８
種のウイルスタイプの各々に対応する１〜１０個のヌク
レオチドにより各端部において伸長されている請求項２
記載の核酸プローブ。 - 【請求項４】 下記６種のオリゴマー： 【化１】 又はそれらの相補鎖の混合物である請求項３記載のプロ
ーブ。 - 【請求項５】 プローブが、32ｐのような放射性標識及
びビオチンのような酵素標識の中から特に選択されるＤ
ＮＡ又はＲＮＡプローブの標識化のための公知の方法の
うち１つによって標識化されている、請求項１〜４のい
ずれか一項に記載の核酸プローブ。 - 【請求項６】 請求項１〜５のいずれか一項に記載のプ
ローブによるＨＰＶウイルスの検出方法であって、ＤＮ
Ａが二重鎖であるならば場合により予め変性させた、上
記ＨＰＶウイルスのＤＮＡ又はＲＮＡ配列と上記プロー
ブをハイブリッド形成させることを特徴とする方法。
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