JP2023166402A - 最適化された抗ｔｌ１ａ抗体 - Google Patents

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Abstract

【課題】クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）などの炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の病因に関与する酵素を特異的に標的とする、ＩＢＤを処置するための新しい治療法を提供する。【解決手段】他の腫瘍壊死因子リガンド１Ａ（ＴＬ１Ａ）結合抗体と比較して、優れた治療面を有する抗体であって、該抗体は、高い結合親和性を依然として示しながらヒト生殖系列ネットワークへの高い配列相同性を有し、細菌と哺乳動物の培養物において高レベルで発現し、分解の増加と治療効果の減少につながる、脱アミド部位（ｄｅａｍｉｄａｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ）などのより小さい配列のライアビリィティ（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｌｉａｂｉｌｉｔｉｅｓ）を有する、ヒト化抗ＴＬ１Ａ抗体および医薬組成物を提供する。【選択図】図５

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０１８年４月２５日に出願された米国仮特許出願第６２／６６２，６０５号；および２０１８年１１月６日に出願された米国仮特許出願第６２／７５６，４９４号に基づく利益を主張するものであって、これらの出願は参照により本明細書に組み込まれる。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸管において炎症性疾病を引き起こす腸疾患の集まりを指す。ＩＢＤの正基準標本は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ）である。これらの疾患は流行しており、包括的に約１８６万人がＵＣであると診断され、包括的に約１３０万人がＣＤであると診断されている。
これらの形態の各々には、ＣＤとＵＣの患者の亜母集団に存在する、重症のＩＢＤの様々な無症状の表現型特性がある。そのような疾病の１つは閉塞性クローン病（ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ Ｃｒｏｈｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）であり、この病気は、腸壁における瘢痕組織の形成（線維性狭窄（ｆｉｂｒｏｓｔｅｎｏｓｉｓ））あるいは膨張に結びつく可能性がある長期的な炎症に起因し得る。両方の結果は、狭小化（すなわち閉塞）を引き起こす場合があり、これは、繊維症性狭窄または炎症性狭窄のいずれかとして知られている。重度の狭窄は、腸の閉塞を引き起こし、腹痛症、鼓脹、悪心、および排便できないことにつながる可能性がある。別の例として、腸閉塞症あるいは内部浸透性の瘻孔（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｐｅｎｅｔｒａｔｉｎｇ ｆｉｓｔｕｌａｓ）、またはその両方によって特徴付けられる浸透性疾患表現型は、しばしば、例えば、腹腔内敗血症などを含む、ＩＢＤに伴う合併症をもたらす。
残念ながら、ＩＢＤ患者に利用可能な治療の数は限られており、新しい治療方の開発は臨床試験での最適以下の結果によって妨げられている。ステロイドおよび腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）阻害剤などの既存の抗炎症性の治療は、典型的に、ＩＢＤを処置するための一次処置として使用される。あいにく、かなりの数の患者は、既存の抗炎症性の治療、特にＴＮＦ－α阻害剤に対する反応の不足または反応の消失を経験する。患者は、効果のない抗炎症性の治療で処置され、その病気は悪化する。狭窄形成術（腸の再成形）または切除術（腸の除去）の形態の外科手術は、一次治療に反応しない患者に対する唯一の処置オプションである。ＩＢＤのための外科的治療は侵襲的であり、手術を受けている患者の予測される３分の１に手術後のリスク、例えば、吻合部漏出、感染、および出血を引き起こす。
ＢＤの原因は、遺伝的に感受性が強い宿主において、ある環境要因が引き金となって起きる可能性がある、制御されていない免疫応答に関与していると思われる。処置に対する様々な反応およびその関連する副作用と相まって、病因および臨床経過の異質性（ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ）は、これらの疾患の処置への標的治療用アプローチが最良の治療方針であることを示唆する。しかし、ＩＢＤ患者、特に既存のＩＢＤ治療（例えば、抗ＴＮＦａ阻害剤）に非反応性であり得る患者に利用可能な標的療法はほとんどない。したがって、ＩＢＤの病因に関与する酵素を特異的に標的とする、ＩＢＤを処置するための新しい治療法が必要とされる。
本開示は、本明細書に開示される無症状の表現型によって特徴付けられるＩＢＤの中度から重度の形態（例えば、難治性疾患、狭窄疾患、浸透性疾患（ｐｅｎｅｔｒａｔｉｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ））を含む、ＩＢＤの処置に有用な抗体を提供する。本明細書に記載される抗体は、他の腫瘍壊死因子リガンド１Ａ（ＴＬ１Ａ）結合抗体と比較して、優れた治療面を有する。まず、本明細書に記載される抗体は、高い結合親和性を依然として示しながらヒト生殖系列ネットワークへの高い配列相同性を有し、細菌と哺乳動物の培養物において高レベルで発現し、分解の増加と治療効果の減少につながる、脱アミド部位（ｄｅａｍｉｄａｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ）などのより小さい配列のライアビリィティ（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｌｉａｂｉｌｉｔｉｅｓ）を有する。
ＴＬ１Ａおよび核酸をコードするＴＬ１Ａ（腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１５（ＴＮＦＳＦ１５）はＥｎｔｒｅｚ Ｇｅｎｅ： ９９６６； ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ： Ｏ９５１５０で提供される。ＴＬ１Ａは、ＴＣＲ刺激の存在下において、ＣＤ８（＋）細胞傷害性Ｔ細胞、ならびにＴｈ１、Ｔｈ２、およびＴｈ１７細胞の増殖とエフェクター機能を刺激する炎症性分子である。ＴＬ１Ａは、自然免疫反応と適応免疫応答を橋渡しし、Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｈ１７エフェクター細胞機能を増大させることにより適応免疫を調節することによって、ＩＢＤの病因に関与し、ならびにＴ細胞蓄積と炎症組織の免疫病理に関与すると考えられる。
ＴＮＦＳＦ１５遺伝子で同定された多型を含有する特定の遺伝子型は、ＩＢＤ（例えば、ＵＣあるいはＣＤ）またはＩＢＤの無症状の表現型が発生するリスクと関連し、したがって、そのＩＢＤ（例えば、ＵＣあるいはＣＤ）またはＩＢＤの無症状の表現型が発生するリスクを予測する。ＴＬ１Ａ ｍＲＮＡ発現は、これらのリスク遺伝子型を保有するＩＢＤであると診断された患者において高まる。したがって、ＴＬ１Ａ発現および／または活性の阻害は、ＩＢＤ（例えば、ＵＣならびにＣＤ）を含む様々なＴ細胞依存性自己免疫疾患の有望な治療方針である。
一態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書で提供され、前記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５４～５６４または５７４～５７７のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６５～５６８または５７８～５８１のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９または５７０のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７１～５７３または５８２～５８５のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域１と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域２と；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域４と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域１と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域２と；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域３と；（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域４と、を含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されように、Ｌ８クローンと比較してより強力な親和性で、あるいは２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメント、または医薬組成物は、炎症性腸疾患、クローン病、もしくは大腸炎の処置に使用するためのものである。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは核酸によってコードされる。ある実施形態では、細胞は核酸を含む。ある実施形態では、細胞は真核細胞である。ある実施形態では、細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を患う個体を処置するための方法が本明細書に記載され、ここで、上記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎であると診断されるか、または炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するためのものである。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を含む細胞を、培地中でインキュベートする工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、上記方法は、上記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントおよび薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載される。
他の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に提供され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５９によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６７によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７３のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域と、を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域１と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域２と；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域４と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域１と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域２と；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域３と；（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域４と、を含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、より強力な親和性あるいはＬ８クローンと比較して２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメント、または医薬組成物は、炎症性腸疾患、クローン病、もしくは大腸炎の処置に使用するためのものである。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは核酸によってコードされる。ある実施形態では、細胞は核酸を含む。ある実施形態では、細胞は真核細胞である。ある実施形態では、細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を患う個体を処置するための方法が本明細書に記載され、ここで、上記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎であると診断されるか、または炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するためのものである。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を含む細胞を、培地中でインキュベートする工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎処置を調製する方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、上記方法は、上記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントおよび薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載される。
他の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に提供され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６８によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域１と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域２と；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域４と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域１と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域２と；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域３と；（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域４と、を含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１１と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、より強力な親和性あるいはＬ８クローンと比較して２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメント、または医薬組成物は、炎症性腸疾患、クローン病、もしくは大腸炎の処置に使用するためのものである。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは核酸によってコードされる。ある実施形態では、細胞は核酸を含む。ある実施形態では、細胞は真核細胞である。ある実施形態では、細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を患う個体を処置するための方法が本明細書に記載され、ここで、上記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎である診断されるか、または炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するためのものである。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を含む細胞を、培地中でインキュベートする工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎処置を調製する方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、上記方法は、上記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントおよび薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載される。
他の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に提供され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５５によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６６によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域１と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域２と；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域４と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域１と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域２と；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域３と；（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域４と、を含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９３と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９２と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、より強力な親和性あるいはＬ８クローンと比較して２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメント、または医薬組成物は、炎症性腸疾患、クローン病、もしくは大腸炎の処置に使用するためのものである。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは核酸によってコードされる。ある実施形態では、細胞は核酸を含む。ある実施形態では、細胞は真核細胞である。ある実施形態では、細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を患う個体を処置するための方法が本明細書に記載され、ここで、上記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎であると診断されるか、または炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するためのものである。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を含む細胞を、培地中でインキュベートする工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎処置を調製する方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、上記方法は、上記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントおよび薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載される。
他の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に提供され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５８によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６６によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域１と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域２と；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域４と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域１と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域２と；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域３と；（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域４と、を含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０１と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５００と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、より強力な親和性あるいはＬ８クローンと比較して２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、炎症性腸疾患の処置に使用するためのものである。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは核酸によってコードされる。ある実施形態では、細胞は核酸を含む。ある実施形態では、細胞は真核細胞である。ある実施形態では、細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を患う個体を処置するための方法が本明細書に記載され、ここで、上記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎であると診断されるか、または炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するためのものである。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を含む細胞を、培地中でインキュベートする工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎処置を調製する方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、上記方法は、上記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントおよび薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載される。
他の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に提供され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６４によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６８によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域１と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域２と；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７または５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト重鎖フレームワーク領域４と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域１と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域２と；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域３と；（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９７％、あるいは９８％同一である、ヒト軽鎖フレームワーク領域４と、を含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１５と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１４と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、より強力な親和性あるいはＬ８クローンと比較して２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメント、または医薬組成物は、炎症性腸疾患、クローン病、もしくは大腸炎の処置に使用するためのものである。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは核酸によってコードされる。ある実施形態では、細胞は核酸を含む。ある実施形態では、細胞は真核細胞である。ある実施形態では、細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を患う個体を処置するための方法が本明細書に記載され、ここで、上記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎であると診断されるか、または炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物は、Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するためのものである。ある実施形態では、有効な量の抗体または抗原結合フラグメントまたは医薬組成物を個体に投与する工程を含む、個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、抗体または抗原結合フラグメントをコードする核酸を含む細胞を、培地中でインキュベートする工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎処置を調製する方法が本明細書に記載されている。ある実施形態では、上記方法は、上記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントおよび薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、炎症性腸疾患、クローン病あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法が本明細書に記載される。
他の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に提供され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、または５４１のいずれか１つからのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つからのＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域とを含み；ここで、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ法、Ｃｈｏｔｈｉａ法、あるいはＩＭＧＴ法、もしくはそれらの組み合わせによって定義される。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、または５４１のいずれか１つと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列含む重鎖可変領域と、（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、を含む。ある実施形態では、抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、より強力な親和性あるいはＬ８クローンと比較して２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、上記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラであるか、あるいはヒト化される。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２あるいは５４３に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、軽鎖定常領域を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４に記載されるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、抗体または抗原結合フラグメントは、抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を含む、医薬組成物の成分である。ある実施形態において、医薬組成物は静脈内投与のために製剤化される。
他の態様では、疾患または疾病に関連するリスク変異体（ｒｉｓｋ ｖａｒｉａｎｔ）を保有する個体の疾患または疾病を処置する方法が本明細書に記載され、上記方法は、この開示の有効な量の抗体または抗原結合フラグメントを、上記リスク変異体を保有する個体に投与する工程を含み、ここで、上記疾患または疾病は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、あるいは大腸炎の少なくとも１つを含む。ある実施形態では、個体は複数のリスク変異体を保有する。ある実施形態では、複数のリスク変異体は、少なくとも３、４、５、または１０のリスク変異体である。ある実施形態では、複数のリクス変異体の１つのリスク変異体は、疾患または疾病の無症状の表現型に関連する。ある実施形態では、疾患または疾病は、ＩＢＤ、ＣＤ、または大腸炎の少なくとも１つの重症型である。
典型的な実施形態が参照図面において例示される。本明細書に開示される実施形態および図面は、限定的なものではなく、例示的なものであると考慮されるべきことが意図されている。
キメラ５Ｃ３Ｄ１１ Ｆａｂ発現および抗原結合の定性的評価として実施された、フィルター・リフト・アッセイの結果を示す。フィルターの部分Ａは重鎖５Ｃ３Ｄ１１の発現を示し、フィルターの部分Ｂは軽鎖５Ｃ３Ｄ１１の発現を示し、およびフィルターの部分ＣはヒトＴＬ１Ａ抗原に結合する５Ｃ３Ｄ１１ Ｆａｂの結合を示す。 酵素結合免疫吸着定量法（ＥＬＩＳＡ）による、ヒトＴＬ１Ａへのキメラ５Ｃ３Ｄ１１およびヒト化クローン１２８３５抗体の結合を示す。 ヒトＴＬ１Ａに対するキメラ５Ｃ３Ｄ１１の高い感度および高い結合強度を実証する捕捉フィルター・リフト・アッセイ（ｃａｐｔｕｒｅ ｆｉｌｔｅｒ ｌｉｆｔ ａｓｓａｙ）の結果を示す。 ヒトＴＬ１Ａへの、ＣＤＲ移植抗体クローン１８－７、２１－３およびヒト化クローン１２８３５の結合を示す、ＥＬＩＳＡの結果を示す。 ヒト化クローン１２８３５のヒトＴＬ１Ａへの結合と比較した、ＣＤＲ移植抗体Ｌ８のヒトＴＬ１Ａへの結合を示す、ＥＬＩＳＡの結果を示す。 固定化Ｆａｂ（キメラ５Ｃ３Ｄ１１、ヒト化クローン１２８３５、クローン１８－７、クローン２１－３、およびＣＤＲ移植片クローンＬ８（ＣＤＲ ｇｒａｆｔ ｃｌｏｎｅ Ｌ８））の可溶性ヒトＴＬ１Ａ抗原への強力な結合を実証する、ＥＬＩＳＡの結果を示す。 ＥＬＩＳＡの結果を示し、この結果は、ＣＤＲ移植片（クローンＬ８）と比較した、重鎖ＣＤＲ３突然変異Ｈ３－７（Ｖ１０２Ｍ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４、３８、Ｈ３－７（Ｖ１０２Ｋ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３、３８、およびＨ３－７（Ｖ１０２Ｑ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５、３８、およびヒト化クローン１２８３５を有する抗ＴＬ１Ａ抗体の、ヒトＴＬ１Ａに対する親和性の増加を実証する。 ＥＬＩＳＡの結果を示し、この結果は、ＣＤＲ移植片クローンＬ８と比較した、重鎖ＣＤＲ３突然変異Ｈ３－７（Ｖ１０２Ｗ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６、３８、およびヒト化クローン１２８３５を有する抗ＴＬ１Ａの抗体の、ヒトＴＬ１Ａに対する親和性の増加を実証す。 ＥＬＩＳＡの結果を示し、この結果は、ＣＤＲ移植片クローンＬ８と比較した、軽鎖ＣＤＲ３突然変異Ｌ３－４（Ｓ９２Ｄ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７、４０、Ｌ３－４（Ｓ９２Ｅ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８、４０、Ｌ３－４（Ｓ９２Ｈ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９、４０、Ｌ３－４（Ｓ９２Ｎ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０、４０、およびヒト化クローン１２８３５を有する抗ＴＬ１Ａ抗体の、ヒトＴＬ１Ａに対する親和性の増加を実証する。 ＥＬＩＳＡの結果を示し、この結果は、ＣＤＲ移植片クローンＬ８と比較した、軽鎖ＣＤＲ３突然変異Ｌ３－４（Ｓ９２Ｑ）－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１、４０、およびヒト化クローン１２８３５を有する抗ＴＬ１Ａの抗体の、ヒトＴＬ１Ａに対する親和性の増加を実証する。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、固定化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証する、ＥＬＩＳＡを示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－３＊０１およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、固定化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証する、ＥＬＩＳＡを示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む固定化Ｆａｂの、可溶性のビオチン化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証する、ＥＬＩＳＡを示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む固定化Ｆａｂの、可溶性のビオチン化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証する、ＥＬＩＳＡを示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む固定化Ｆａｂの、可溶性のビオチン化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証する、ＥＬＩＳＡを示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－３＊０１およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上で移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む固定化Ｆａｂの、可溶性のビオチン化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証する、ＥＬＩＳＡを示す。 ５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、膜結合性（ｍｅｍｂｒａｎｅ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ）ヒトＴＬ１Ａへの結合を示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、ＴＲＡＩＬへの結合の欠如を示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、ＬＩＧＨＴへの結合の欠如を示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、Ｆａｓへの結合の欠如を示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－３＊０１およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１の上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、ＴＲＡＩＬへの結合の欠如を示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－３＊０１およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、ＬＩＧＨＴへの結合の欠如を示す。 ヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－３＊０１およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むＦａｂの、Ｆａｓへの結合の欠如を示す。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域（２１Ａ）を有するか、あるいはＩｇＧ２重鎖ならびにκ軽鎖定常領域（２１Ｂ）を有する５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む重、鎖可変領域および軽鎖可変領域の、固定化ヒトＴＬ１Ａへの結合を実証するＥＬＩＳＡを示す。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域（２２Ａ）を有するか、あるいはＩｇＧ２重鎖ならびにκ軽鎖定常領域（２２Ｂ）を有する５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む固定化重鎖可変領域および軽鎖可変領域への、可溶性のビオチン化ヒトＴＬ１Ａの結合を実証するＥＬＩＳＡを示す。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域、あるいはＩｇＧ２重鎖ならびにκ軽鎖定常領域を有する５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む重鎖可変領域および軽鎖可変領域の、ヒトＴＬ１Ａの膜結合型への結合の維持を実証する。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域を有するか、またはＩｇＧ２重鎖ならびにκ軽鎖定常領域を有する５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む重鎖可変領域および軽鎖可変領域の、ＴＮＦＳＦファミリーメンバーであるＦａｓ（２４Ａ）、ＴＲＡＩＬ（２４Ｂ）、またはＬＩＧＨＴ（２４Ｃ）への結合の欠如を実証するＥＬＩＳＡを示す。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域を有するか、またはＩｇＧ２重鎖ならびにκ軽鎖定常領域を有する５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む重鎖可変領域および軽鎖可変領域の、ＴＮＦＳＦファミリーメンバーであるＦａｓ（２４Ａ）、ＴＲＡＩＬ（２４Ｂ）、またはＬＩＧＨＴ（２４Ｃ）への結合の欠如を実証するＥＬＩＳＡを示す。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域を有するか、またはＩｇＧ２重鎖ならびにκ軽鎖定常領域を有する５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含む重鎖可変領域および軽鎖可変領域の、ＴＮＦＳＦファミリーメンバーであるＦａｓ（２４Ａ）、ＴＲＡＩＬ（２４Ｂ）、またはＬＩＧＨＴ（２４Ｃ）への結合の欠如を実証するＥＬＩＳＡを示す。 ＩｇＧ１重鎖（修飾された）ならびにκ軽鎖定常領域を有するヒト重鎖生殖系列ＩＧＨ１－４６＊０２およびヒト軽鎖生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１上に移植された５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ変異体を含むヒト化Ｉｇ構築物による、全血中のカニクイザルＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を示す。 本明細書に記載される抗体による、ヒト全血のＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を例示する。３つの異なるドナー（２６Ａ）、（２６Ｂ）、および（２６Ｃ）から得られた結果が示され、抗体濃度（ナノモル）がＸ軸に示される。 本明細書に記載される抗体による、ヒト全血のＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を例示する。３つの異なるドナー（２６Ａ）、（２６Ｂ）、および（２６Ｃ）から得られた結果が示され、抗体濃度（ナノモル）がＸ軸に示される。 本明細書に記載される抗体による、ヒト全血のＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を例示する。３つの異なるドナー（２６Ａ）、（２６Ｂ）、および（２６Ｃ）から得られた結果が示され、抗体濃度（ナノモル）がＸ軸に示される。 本明細書に記載される抗体による、カニクイザル全血のＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を例示する。３つの異なるドナー（２７Ａ）、（２７Ｂ）、および（２７Ｃ）から得られた結果が示され、抗体濃度（ナノモル）がＸ軸に示される。 本明細書に記載される抗体による、カニクイザル全血のＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を例示する。３つの異なるドナー（２７Ａ）、（２７Ｂ）、および（２７Ｃ）から得られた結果が示され、抗体濃度（ナノモル）がＸ軸に示される。 本明細書に記載される抗体による、カニクイザル全血のＴＬ１Ａ誘導ＩＦＮ－γ産生の阻害を例示する。３つの異なるドナー（２７Ａ）、（２７Ｂ）、および（２７Ｃ）から得られた結果が示され、抗体濃度（ナノモル）がＸ軸に示される。
腫瘍壊死因子様タンパク質（Ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ－ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）１Ａ（ＴＬ１Ａ）は、大腸炎およびクローン病（ＣＤ）の重症型を含む、重症の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の発現と重症度に関連している。加えて、前臨床およびヒト遺伝学関連データは、ＴＬ１Ａがクローン病の可能性のある治療標的であることを示唆している。本開示は、ＴＬ１Ａに対して最適化された抗体について記載し、ＩＢＤの処置のための新規治療法を提供する。
一態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５４～５６４または５７４～５７７のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６５～５６８または５７８～５８１のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９または５７０のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７１～５７３または５８２～５８５のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３と、を含む、軽鎖可変領域を含む。
別の態様では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、または５４１のいずれか１つと少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変領域と；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つと少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変領域と、を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、あるいは前述のものの組み合わせなどの、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介して、標的を認識し、その標的に特異的に結合する免疫グロブリン分子を指す。いくつかの実施形態において、抗体は、無傷のポリクローナル抗体、無傷のモノクローナル抗体、抗体フラグメント（Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ならびにＦｖフラグメントなど）、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）突然変異体、ＣＤＲ移植抗体、多特異性抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体の抗原決定部分を含む融合タンパク質、および、抗体が所望の生物学的活性を示す限り、抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を含む。抗体は、それぞれアルファ、ベータ、イプシロン、ガンマ、およびミューと呼ばれる重鎖定常ドメインの同一性に基づいて、免疫グロブリンの５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭのいずれか、あるいはそのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２）であり得る。免疫グロブリンの異なるクラスは、異なる周知のサブユット構造および３次元配置を有する。抗体はネイキッドであってもよいし、あるいは毒素やラジオアイソトープなどの他の分子に結合されてもよい。
いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸修飾が、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入され、それによって、Ｆｃ領域変異体が生成され得る。本明細書においてＦｃ領域は、定常領域の少なくとも一部を含有している免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域である。Ｆｃ領域は天然配列Ｆｃ領域および変異体Ｆｃ領域を含む。Ｆｃ領域変異体は、１以上のアミノ酸位置で、アミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４のＦｃ領域）を含み得る。
いくつかの実施形態において、この開示の抗体は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を低減させたか、あるいは補体を固定する能力を減少させた。このことは、標的機能の阻害が望まれる状況においては望ましいが、下流免疫応答の活性化は、望まれない副作用を引き起こす可能性がある。あるＦｃ領域は、エフェクター機能（例えば、ＩｇＧ２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４３）の自然な欠如を有しており、あるＦｃ領域は、エフェクター機能（例えば、修飾されたＩｇＧ１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２）を減少させる突然変異を含み得る。ある実施形態では、この開示の抗体はエフェクター機能を減少させた。ある実施形態では、この開示の抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４３に記載されるＩｇＧ２定常領域を含む。ある実施形態では、この開示の抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に記載される修飾されたＩｇＧ１定常領域を含む。
いくつかの実施形態において、本開示の抗体は、エフェクター機能のすべてではなく、その一部を保有する変異体であり、このことは、上記抗体を、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、特定のエフェクター機能（補体およびＡＤＣＣなど）は不必要または有害である用途のための望ましい候補にする。インビトロおよび／またはインビボの細胞毒性アッセイは、ＣＤＣおよび／またはＡＤＣＣ活性の減少／枯渇を確認するために実行され得る。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（したがって、おそらくＡＤＣＣ活性を欠いている）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にするために実行され得る。対象の分子のＡＤＣＣ活性を評価するインビトロのアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号および第５，８２１，３３７号に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法（例えば、ＡＣＴＩ（商標）およびＣｙｔｏＴｏｘの９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ）が使用されてもよい。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）単球、マクロファージ、およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を含む。
抗体は、半減期を増大させ、および／または新生児型Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合を改善することができる（例えば、米国特許出願第２００５／００１４９３４号を参照）。そのような抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含むことができ、および、Ｆｃ領域残基：ＥＵ番号方式にしたがって、２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、あるいは４３４の１つ以上において置換を有するＦｃ領域を含むことができる（例えば、米国特許第７，３７１，８２６を参照）。Ｆｃ領域変異体の他の例も企図される（例えば、Ｄｕｎｃａｎ ＆ Ｗｉｎｔｅｒ， Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８－４０（１９８８）；米国特許第５，６４８，２６０号および第５，６２４，８２１号；およびＷＯ９４／２９３５１を参照）。ある実施形態では、この開示の抗体は、Ｆｃ領域の変性の結果として、血清半減期を増大させた。ある実施形態では、その変性は、ＩｇＧ１に対するＭ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ突然変異、あるいはＩｇＧ１に対するＭ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ突然変異を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、抗体の可変領域を決定する抗原を有する抗体の一部を指す抗原結合フラグメントを含む。抗体フラグメントの例としては、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖフラグメント、線状抗体（ｌｉｎｅａｒ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、単鎖抗体、および抗体フラグメントから形成された多特異性抗体が挙げられる。
いくつかの実施形態において、ヒト化抗体は、最小限の非ヒト（例えば、マウス）配列を含有している特異的免疫グロブリン鎖、キメラ免疫グロブリン、またはそのフラグメントを有する非ヒト（例えば、マウス）の抗体の形態を指す。非限定的な例では、ヒト化抗体は、可変領域において約４０％未満の非ヒト配列含む。場合によっては、ヒト化抗体は、完全長の抗体配列において約２０％未満の非ヒト配列含む。場合によっては、ヒト化抗体は、所望の特異性、親和性、および能力を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、非ヒト種（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター）からのＣＤＲの残基によって交換されるヒト免疫グロブリンである。
いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、免疫グロブリン分子の配列が２つ以上の種に由来する抗体を指す。非限定的な例として、軽鎖と重鎖の両方の可変領域は、所望の特異性、親和性、および能力を有する哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギなど）のある種に由来する抗体の可変領域に対応するが、定常領域は、別の種（通常、ヒト）に由来する抗体中の配列と相同であり、その種において免疫応答を誘発することを回避する。
本明細書で使用されるように、用語「約」は、記載された量の１０％以内を意味する。
本明細書で使用されるように、「リスク変異体」は、個体の任意の遺伝子配列、典型的に、ＤＮＡ配列を意味し、その個体において表現型（例えば、炎症性腸疾患、クローン病、大腸炎、またはそれらの無症状の表現型）を発症させるリスクを増大させる。リスク変異体は、限定されることなく、一塩基多型（ＳＮＰ）、任意の長さのインデル、短いタンデム反復（ＳＴＲ）、および染色体転座（ｃｈｒｏｍｏｓｏｌ ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎｓ）、重複、あるいは欠失を含む。前記リスク変異体は、炎症性腸疾患、クローン病、または大腸炎の重症型に関連する変異体を含む。前記リスク変異体は、個体が炎症性腸疾患、クローン病、または大腸炎のための任意の現在の治療法を用いた処置に対して抵抗性である可能性があることを示し得る変異体を含む。本明細書で企図されるように、リスク変異体は、本明細書に記載される抗体のいずれかを用いた処置方法の決定を知らせるために使用することができる。
「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義である「相補性決定領域」、および「ＣＤＲ」という用語は、当技術分野において、抗体可変領域内のアミノ酸の隣接しない配列を指すことが知られており、それは、抗原特異性および／または結合親和性を与える。一般的に、各重鎖可変領域に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３）と、各軽鎖可変領域に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３）がある。「フレームワーク領域」および「ＦＲ」は、当技術分野において、重鎖と軽鎖の可変領域の非ＣＤＲ部分を指すことが知られている。一般的に、各完全長の重鎖可変領域に４つのＦＲ（ＦＲ－Ｈ１、ＦＲ－Ｈ２、ＦＲ－Ｈ３、およびＦＲ－Ｈ４）と、各完全長の軽鎖可変領域に４つのＦＲ（ＦＲ－Ｌ１、ＦＲ－Ｌ２、ＦＲ－Ｌ３、およびＦＲ－Ｌ４）がある。所与のＣＤＲまたはＦＲの正確なアミノ酸配列境界は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ． （１９９１）， “Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，” ５ｔｈ Ｅｄ． Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， Ｂｅｔｈｅｓｄａ， ＭＤ （“Ｋａｂａｔ”番号設定）， Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．， （１９９７） ＪＭＢ ２７３，９２７－９４８ （“Ｃｈｏｔｈｉａ”番号設定）；ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２６２：７３２－７４５ （１９９６）， “Ａｎｔｉｂｏｄｙ－ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ： Ｃｏｎｔａｃｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ，” Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２６２， ７３２－７４５．” （“Ｃｏｎｔａｃｔ”番号設定（ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｓｃｈｅｍｅ））；Ｌｅｆｒａｎｃ ＭＰ ｅｔ ａｌ．，“ＩＭＧＴ ｕｎｉｑｕｅ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ ａｎｄ Ｉｇ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ Ｖ－ｌｉｋｅ ｄｏｍａｉｎｓ，” Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ， ２００３ Ｊａｎ； ２７（１）：５５－７７ （“ＩＭＧＴ”番号設定）；Ｈｏｎｅｇｇｅｒ Ａ ａｎｄ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ Ａ， “Ｙｅｔ ａｎｏｔｈｅｒ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｓｃｈｅｍｅ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ： ａｎ ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏｏｌ，” Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， ２００１ Ｊｕｎ ８； ３０９（３）：６５７－７０， （“Ａｈｏ”番号設定）；および、Ｗｈｉｔｅｌｅｇｇ ＮＲ ａｎｄ Ｒｅｅｓ ＡＲ， “ＷＡＭ： ａｎ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｏｎ ｔｈｅ ＷＥＢ，” Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ． ２０００ Ｄｅｃ； １３（１２）：８１９－２４ （“ＡｂＭ”番号設定）によって記載されるものを含む、多くの周知のスキームのいずれかを使用して容易に決定され得る。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体のＣＤＲは、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＩＭＧＴ、Ａｈｏ、ＡｂＭ、またはそれらの組み合わせから選択される方法によって定義され得る。
いくつかの実施形態では、タンパク質に特異的に結合する抗体は、抗体が、無関係なタンパク質を含む代替物質よりも、より頻繁に、より迅速に、より長い持続時間で、より高い親和性で、または上記のいくつかの組み合わせで、タンパク質に対して反応するか、関連することを示す。
いくつかの実施形態では、用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」は、本明細書で交換可能に使用され、あらゆる長さのアミノ酸のポリマーを指す。ポリマーは、線状あるいは分岐状であってもよく、修飾されたアミノ酸を含み、および非アミノ酸によって中断される場合がある。この用語は、自然に、または、介入、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質修飾、アセチル化、リン酸化、あるいは他の操作もしくは修飾、例えば、別のポリペプチドとの融合、および／または結合（例えば、標識する成分を用いた）によって、修飾されているアミノ酸ポリマーも包含する。その定義には、当該技術分野で知られている他の修飾と同様に、例えば、アミノ酸（例えば、非天然アミノ酸など）の１つ以上のアナログを含有するポリペプチドも含まれる。
いくつかの実施形態では、「ポリヌクレオチド」、または「核酸」は、本明細書で互換的に使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドあるいは塩基、および／またはそれらのアナログ、もしくは、ＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼによりによりポリマーに組み込まれ得る任意の基質であってもよい。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド、例えば、限定されないが、メチル化ヌクレオチドおよびそれらのアナログまたは非ヌクレオチド成分を含み得る。ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの組み立ての前または後に与えられ得る。ポリヌクレオチドは、標識化成分との結合によってなど、重合の後にさらに修飾され得る。
参照ポリペプチド配列に対するパーセント（％）配列同一性は、最大パーセントの配列同一性を達成するために、必要であれば、配列を整列させてギャップを導入した後の、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列におけるアミノ酸残基のパーセンテージであり、任意の保存的置換を配列同一性の一部として考慮しない。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のための整列は、既知の様々な方法、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの、公的に入手可能なコンピューター・ソフトウェアを用いて達成可能である。比較される配列の全長にわたって最大の整列を達成するために必要とされるアルゴリズムを含む、配列を整列させるための適切なパラメーターが決定され得る。しかし、本明細書に記載される目的のために、％アミノ酸配列同一性値は配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ－２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ－２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ， Ｉｎｃ．によって作成され、ソースコードは、利用者文書とともにアメリカ合衆国著作権局（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．２０５５９）に提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７で登録されている。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ， Ｉｎｃ．， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， Ｃａｌｉｆ．から公的に利用可能であるか、またはソースコードからコンパイルされ得る。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ（登録商標） Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステムで使用するためにコンパイルされる必要がある。配列比較パラメーターはすべて、ＡＬＩＧＮ－２プログラムによって設定され、変化しない。
ＡＬＩＧＮ－２がアミノ酸配列比較のために利用される状況では、所与のアミノ酸配列Ｂへの、所与のアミノ酸配列Ｂとの、あるいは所与のアミノ酸配列Ｂに対する、所与のアミノ酸配列Ａの％アミノ酸配列同一性（これは、所々のアミノ酸配列Ｂへの、所々のアミノ酸配列Ｂとの、あるいは所々のアミノ酸配列Ｂに対する、特定の％アミノ酸配列同一性を有する所与のアミノ酸配列Ａとして、代替的に表現され得る）は、以下のように計算される：画分Ｘ／Ｙの１００倍、ここで、Ｘは、そのプログラムのＡとＢの整列において、配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ－２によって、同一の一致としてスコア化されたアミノ酸残基の数であり、および、ＹはＢ中のアミノ酸残基の合計数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、Ｂに対するＡの％アミノ酸配列同一性は、Ａに対するＢの％アミノ酸配列同一性と等しくないことが理解されよう。特に別記されない限り、本明細書で使用されるすべての％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ－２コンピュータプログラムを使用して、直前の段落に記載されるように得られる。
いくつかの実施形態において、「個体」、「被験体」という用語は交換可能に使用され、限定されないが、特定の処置のレシピエントとなるヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、および家畜ならびに狩猟動物を含む、任意の動物を指す。霊長類は、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、およびマカク、例えば、アカゲザルを含む。げっ歯類は、マウス、ラット、ヤマネズミ、フェレット、ウサギ、およびハムスターを含む。家畜ならびに狩猟動物は、雌ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、水牛、ネコ科の種（例えば、家ネコ）、イヌ科の種（例えば、イヌ、キツネ、オオカミ）、鳥（例えば、ニワトリ、エミュー、ダチョウ）、および魚（例えば、マス、ナマズ、ならびにサケ）を含む。様々な実施形態において、被験体は、処置が必要な疾病を患っているか、または有していると以前に診断あるいは特定されたことがある者であり得る。特定の実施形態では、被験体はヒトである。様々な他の実施形態では、疾病を患っているか、または有していると以前に診断あるいは特定されたことがある被験体は、疾病のための処置を受けたことがあっても、なくてもよい。さらに他の実施形態では、被験体は、疾病を有していると以前に診断されたことがない者（つまり、疾病の１つ以上危険因子を示す被験体）であってもよい。特定の疾病のための処置を「必要とする被験体」とは、その疾病を有しており、その疾病を有すると診断され、またはその疾病を発症するリスクがある被験体であり得る。いくつかの実施形態において、被験体は、本明細書に記載される疾患または疾病であると診断された「患者」である。
いくつかの実施形態において、用語「治療上有効な量」は、被験体または哺乳動物の疾患または疾病を「処置する」のに有効な、抗体、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、小有機分子、あるいは他の薬物の量を指す。場合によっては、治療上有効な量の薬物は、疾患または障害の症状の重症度を低下させる。いくつかの例では、疾患または障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、あるいは潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を含む。いくつかの例では、ＩＢＤ、ＣＤ、および／またはＵＣは、ＩＢＤ、ＣＤ、および／またはＵＣの重症型あるいは医学的に難治性（ｍｅｄｉｃａｌｌｙ ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ）の形態である。ＩＢＤ、ＣＤ、および／またはＵＣの症状の非限定的な例としては、限定されないが、下痢、熱、疲労、腹痛症、腹部痙攣、炎症、潰瘍、悪心、嘔吐、出血、血便、食欲不振、および体重の減少が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書で使用される用語「処置（ｔｒｅａｔ）」および「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」は、治療処置および予防手段の両方を指し、ここで、その目的は、標的とされた病理的疾病を予防あるいは遅延する（和らげる）こと、病理的疾病を予防すること、良好な全生存を追求するもしくは得ること、または、処置が最終的に成功しなかった場合であっても、個体が上記疾病を進行させる可能性を低減することである。本明細書で提供されるいくつかの態様では、処置を必要とする被験体は、疾患または疾病をすでに有している者、ならびに、疾患または疾病を発症しやすい者あるいは疾患または疾病が予防されるべき者を含む。疾患または疾病は、炎症性の疾患あるいは疾病、線維狭窄（ｆｉｂｒｏｓｔｅｎｏｔｉｃ）あるいは線維性疾患、チオプリン毒性、もしくはチオプリン毒性に関連する疾患、抗ＴＮＦ治療、ステロイド、あるいは免疫調節薬に対する非応答を含む。
抗ＴＬ１Ａ抗体
様々な実施形態は、ＴＬ１Ａに結合する抗体を提供する。いくつかの実施形態では、抗体は可溶性ＴＬ１Ａに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、膜結合型ＴＬ１Ａに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、４つの重鎖フレームワーク領域（ＨＣＦＲ）および３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）：ＨＣＦＲ１、ＨＣＤＲ１、ＨＣＦＲ２、ＨＣＤＲ２、ＨＣＦＲ３、ＨＣＤＲ３、およびＨＣＦＲ４を含む重鎖と；４つの軽鎖フレームワーク領域（ＬＣＦＲ）および３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）：ＬＣＦＲ１、ＬＣＤＲ１、ＬＣＦＲ２、ＬＣＤＲ２、ＬＣＦＲ３、ＬＣＤＲ３、およびＬＣＦＲ４を含む軽鎖とを含む、抗ＴＬ１Ａ抗体が提供される。抗ＴＬ１Ａ抗体は、本明細書に記載される、例えば、表１、２、３、実施例、およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１～５４、４９０～５８８で提供される、任意の領域を含み得る。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ抗体は、例えば、表２あるいは１９～２２に示される１つ以上のＣＤＲ突然変異を有する、本明細書で提供される可変ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ抗体は、表１９～２２に示される配列を含む１つ以上のＣＤＲを含む。
ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａ抗体は、表１９～２２に記載されるものに対応するＣＤＲを含む。ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａ抗体あるいは抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８４（ＤＴＹＭＨ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８５（ＰＡＳＧＨ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８６（ＳＧＧＬＰＤ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８７（ＡＳＳＳＶＳＹＭＹ）によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８（ＡＴＳＮＬＡＳ）によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８９（ＧＮＰＲＴ）によって記載されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。
ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５４～５６４または５７４～５７７のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６５～５６８または５７８～５８１のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９または５７０のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１と；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７１～５７３または５８２～５８５のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３とを含む、軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５９によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６７によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７３のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域と、を含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ１重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ２重鎖定常領域を含む。
ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６８によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１１と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ１重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ２重鎖定常領域を含む。
ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５５によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６６によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９３と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９２と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ１重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ２重鎖定常領域とを含む。
ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５８によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６６によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０１と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５００と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ１重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ２重鎖定常領域とを含む。
ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６４によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６８によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；を含む重鎖可変領域と、（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および、（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントが本明細書に記載され、上記抗体または抗原結合フラグメントは：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１５と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１４と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ１重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、抗体あるいは抗原結合フラグメントは、κ軽鎖定常領域とＩｇＧ２重鎖定常領域とを含む。
ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａ抗体あるいは抗原結合フラグメントでは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、または５４１のいずれか１つからのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つからのＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域とを含み、ここで、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ法、ＩＭＧＴ法、Ｃｈｏｔｈｉａ法、あるいはそれらの組み合わせによって定義される。ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、および５４１のいずれか１つと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、を含む。
ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体または抗原結合フラグメントは、重鎖可変領域であって：（ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるもとの少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１；（ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８４（ＤＴＹＭＨ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２；（ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８５（ＰＡＳＧＨ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７もしくは５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３と；（ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８６（ＳＧＧＬＰＤ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４；を含む重鎖可変領域と、軽鎖可変領域であって：（ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１；（ｉ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８７（ＡＳＳＳＶＳＹＭＹ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｊ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２；（ｋ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８（ＡＴＳＮＬＡＳ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；（ｌ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３；（ｍ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８９（ＧＮＰＲＴ）によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；（ｎ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４を含む、軽鎖可変領域とを含む。
様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖と含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１１と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１０と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９３と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９２と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０１と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５００と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複する、ＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は特異的にＴＬ１Ａの同じ領域に結合するか、または、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１５と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む重鎖と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１４と少なくとも約９０％、９２％、９５％、９８％、あるいは１００％同一の配列を含む軽鎖とを含む抗体が特異的に結合するＴＬ１Ａの領域と重複するＴＬ１Ａの領域に特異的に結合する。
様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａ抗体またはフラグメントは、少なくとも約１Ｅ－７、１Ｅ－８、１Ｅ－９、１Ｅ－１０、あるいは１Ｅ－１１のＴＬ１Ａに対して結合親和性を有する。場合によっては、結合親和性は約１Ｅ－９から約１Ｅ－１１である。
様々な実施形態は、参照抗体、例えば、本明細書に記載される任意の抗ＴＬ１Ａ抗体が結合するのと同じ、ＴＬ１Ａタンパク質またはその一部の領域に結合する抗ＴＬ１Ａ抗体を提供する。いくつかの実施形態において、参照抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５０、１２、ならびに１５２の重鎖ＣＤＲ、およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８、２１、および１５５の軽鎖ＣＤＲを含む。
抗ＴＬ１Ａ抗体（つまり、試験抗体）が、本明細書に記載される抗体が結合するのと同じ、ＴＬ１Ａタンパク質またはその一部の領域に結合するか否かを決定するための非限定的な方法が提供される。例示的な実施形態は競合アッセイを含む。例えば、上記方法は、試験抗体が、参照抗体とＴＬ１Ａタンパク質またはその一部との間の結合と競合することができるか否かを決定する工程、あるいは、参照抗体が、試験抗体とＴＬ１Ａタンパク質またはその一部との間の結合と競合することができるか否かを決定する工程を含む。例示的な方法は、抗ＴＬ１Ａの抗体が、ＴＬ１Ａと他の抗ＴＬ１Ａ抗体との間の結合と競合することができるか否かを評価するための、表面プラズモン共鳴の使用を含む。場合によっては、表面プラズモン共鳴が競合アッセイで利用される。非限定的な方法が実施例に記載されている。
本明細書に記載されるＴＬ１Ａ抗体は、ヒトＴＬ１Ａの特異的領域あるいはエピトープに結合する。これらの領域は、Ｔリンパ球からのインターフェロンγ分泌を阻害するのに有用なものとして、本明細書中で示される。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体と、ＴＬ１Ａへの結合を競争する抗体が本明細書に開示される。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体によって結合されたＴＬ１Ａの同じエピトープに結合する抗体が本明細書に開示される。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体によって結合されたＴＬ１Ａのエピトープと重複する分離エピトープに結合する抗体が本明細書に開示される。ある実施形態では、ＴＬ１Ａの同じエピトープに結合し、１つ以上のアミノ酸残基によってＴＬ１Ａのエピトープと重複する抗体、あるいは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２のアミノ酸を含む軽鎖可変領域とを含む抗体またはそのフラグメントと、ＴＬ１Ａのエピトープへの結合について競合する抗体が、本明細書で開示される。ある実施形態では、ＴＬ１Ａの同じエピトープに結合し、１つ以上のアミノ酸残基によってＴＬ１Ａのエピトープと重複する抗体、あるいは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１０のアミノ酸を含む軽鎖可変領域とを含む抗体またはそのフラグメントと、ＴＬ１Ａのエピトープへの結合について競合する抗体が、本明細書に開示される。ある実施形態では、ＴＬ１Ａの同じエピトープに結合し、１つ以上のアミノ酸残基によってＴＬ１Ａのエピトープと重複する抗体、あるいは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９３のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９２のアミノ酸を含む軽鎖可変領域とを含む抗体またはそのフラグメントと、ＴＬ１Ａのエピトープへの結合について競争する、抗体が本明細書に開示される。ある実施形態では、ＴＬ１Ａの同じエピトープに結合し、１つ以上のアミノ酸残基によってＴＬ１Ａのエピトープと重複する抗体、あるいは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５００のアミノ酸を含む軽鎖可変領域とを含む抗体またはそのフラグメントと、ＴＬ１Ａのエピトープへの結合について競争する、抗体が本明細書に開示される。ある実施形態では、ＴＬ１Ａの同じエピトープに結合し、１つ以上のアミノ酸残基によってＴＬ１Ａのエピトープと重複する抗体、あるいは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１４のアミノ酸を含む軽鎖可変領域とを含む抗体またはそのフラグメントと、ＴＬ１Ａのエピトープへの結合について競争する、抗体が本明細書に開示される。
抗体を生成する方法
様々な実施形態は、ポリペプチドまたはヌクレオチド配列を使用して生成される抗体を提供する。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体はヒト抗体あるいはヒト化抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は抗体フラグメントである。例えば、抗体は、Ｆａｂ、ｓｃＦｖ、あるいは（Ｆａｂ）２である。いくつかの実施形態では、抗体はキメラ抗体である。
本明細書に記載される抗体は、当技術分野において既知の任意の方法によって、特異的結合について分析され得る。使用することができる免疫学的アッセイとしては、限定されないが、ＢＩＡｃｏｒｅ分析、ＦＡＣＳ分析、免疫蛍光検査法、免疫細胞化学、ウェスタンブロット、放射線免疫検定法、ＥＬＩＳＡ、「サンドイッチ」免疫学的アッセイ、免疫沈降アッセイ、沈降反応、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散法、凝集アッセイ、補体固定アッセイ、イムノラジオメトリックアッセイ、蛍光免疫検定法、またプロテインＡ免疫学的アッセイなどの技術を使用する、競合ならびに非競合アッセイシステムが挙げられる。そのようなアッセイは、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， ｅｄｓ， １９９４， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌ． １， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋで提供される。
様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、限定されないが、ＤＲ３およびＴＲ６／ＤｃＲ３などの、ＴＬ１Ａ受容体のアンタゴニストである。ある実施形態では、抗体は、結合ＴＬ１Ａ受容体の１つ以上の活性の少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約５０％、少なくとも約７５％、少なくとも約９０％、あるいは約１００％を阻害する。ある実施形態では、抗体はヒト血液中でインターフェロンγ放出によって測定されるようなＴＬ１Ａ活性化を阻害する。ある実施形態では、抗体は、約１ナノモル～約１００ピコモルの間のＩＣ５０でヒト血液中のインターフェロンγ放出を阻害する。ある実施形態では、抗体は、約５００ピコモル～約１００ピコモルの間のＩＣ５０でヒト血液中のインターフェロンγ放出を阻害する。ある実施形態では、抗体は、約５００ピコモルのＩＣ５０でヒト血液中のインターフェロンγ放出を阻害する。ある実施形態では、抗体は、約２５０ピコモルのＩＣ５０でヒト血液中のインターフェロンγ放出を阻害する。
様々な実施形態において、モノクローナル抗体は、上述されるように、限定されないが、ハイブリドーマ法などの当技術分野において既知の方法を使用して調製され、その方法では、宿主動物が免疫化されて、免疫抗原に特異的に結合する抗体のリンパ球による産生を誘発する（Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ （１９７５） Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５）。ハイブリドーマは、選択された抗原に対して特異的に向けられるモノクローナル抗体を産生する。モノクローナル抗体は、インビトロまたはインビボのいずれかで増殖される場合、当技術分野において既知の技術によって培地または腹水から精製される。
いくつかの実施形態において、モノクローナル抗体は、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される組換えＤＮＡ法を使用して作られる。モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドは、成熟Ｂ細胞あるいはハイブリドーマ細胞から単離される。その後、重鎖および軽鎖をコードする単離されたポリヌクレオチドは、適切な発現ベクターにクローン化され、宿主細胞（例えば、大腸菌細胞、サルのＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、あるいは骨髄細胞）にトランスフェクトされると、モノクローナル抗体を生成する。モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドは、代替抗体を生成するために、組換えＤＮＡ技術を使用して、多くの異なる様式でさらに修飾され得る。
いくつかの実施形態では、キメラ抗体、つまり、異なる部分が、マウスのモノクローナル抗体に由来する可変領域、およびヒト免疫グロブリン定常領域（例えば、ヒト化抗体）を有するものなど、様々な動物種に由来する分子が生成され得る。Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ８１：８５１－８５５ （１９８４）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３１２：６０４－６０８ （１９８４）；Ｔａｋｅｄａ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３１４：４５２－４５４ （１９８５）に記載されるものなどの、様々な技術を使用して、キメラ抗体は産生され得る。
いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａのモノクローナル抗体は、ヒトの被験体に投与されると、抗原性およびＨＡＭＡ（ヒト抗マウス抗体）の応答を減少させるヒト化抗体である。ヒト化抗体は、当該技術分野で既知の様々な技術を使用して生成され得る。例えば、抗体は、（１）出発抗体の軽鎖および重鎖の可変ドメインのヌクレオチドおよび予測されたアミノ酸配列を決定すること；（２）ヒト化抗体を設計すること、例えば、ヒト化プロセス中に使用する抗体フレームワーク領域を決定すること；（３）実際のヒト化方法論／技術；および（４）ヒト化抗体のトランスフェクションおよび発現によって、ヒト化される（例えば、米国特許第５，５８５，０８９号；第６，８３５，８２３号；第６，８２４，９８９号を参照）。様々な実施形態において、ヒト化抗体は最適化され、ヒトの治療のための機能活性を維持しながら、潜在的免疫原性を減少させる。
ヒト化抗体はさらに、免疫化の際に、内因性免疫グロブリン産生がない状態で、ヒト抗体の十分なレパートリーを産生することができるヒト免疫グロブリン遺伝子座を含有しているトランスジェニックマウスにおいて作ることができる。このアプローチは、米国特許第５，５４５，８０６号；第５，５４５，８０６号；第５，５６９，８２５号；第５，６２５，１２６号；第５，６３３，４２５号；および第５，６６１，０１６号に記載される。ヒト化抗体はまた、例えば、ウサギおよびマウスなどの大動物中の親和性成熟ヒト様ポリクローナル抗体の産生を可能にする新規な遺伝子操作アプローチによって得られ得る。（例えば、米国特許第６，６３２，９７６号を参照。）
完全にヒト化された抗体は、ヒト由来のフレームワーク配列に埋め込まれる非ヒトの、例えば、げっ歯類由来のＣＤＲを含有する可変領域アミノ酸配列を最初に設計することにより作製され得る。非ヒトＣＤＲは所望の特異性を提供する。したがって、場合によっては、これらの残基は、本質的に不変の再成形された可変領域の設計に含まれる。場合によっては、修飾は、したがって、最小に抑えられ、抗体の特異性および親和性の変化が注視されるべきである。他方では、理論上のフレームワーク残基は、任意のヒト可変領域に由来する場合がある。１つの容認可能な、さらには、改善された親和性を示す再成形された抗体を作るために、再成形された可変領域を作り、および抗体親和性を保持するのに等しく適切であるヒトフレームワーク配列が選択されるべきである。ヒトフレームワークは生殖系列由来であってもよく、または非生殖系列（例えば、突然変異した、あるいは親和性成熟した）配列に由来してもよい。当技術分野において周知の遺伝子工学手法、例えば、限定されないが、ヒト抗体のライブラリのファージディスプレイ、トランスジェニックマウス、ヒト－ヒトのハイブリドーマ、ハイブリッドハイブリドーマ、Ｂ細胞不死化とクローニング、シングルセルＲＴ－ＰＣＲまたはＨｕＲＡｂテクノロジーが、ヒトフレームワークおよび非ヒトＣＤＲを含有するＤＮＡ配列を有するヒト化抗体を生成するために使用されてもよい。「ヒト化抗体」を得る方法は当業者に周知である（例えば、米国特許第５，８６１，１５５号、米国特許第６，４７９，２８４号、米国特許第６，４０７，２１３号、米国特許第５，６２４，８２１号、ＵＳ２００３１６６８７１、ＵＳ２００２００７８７５７、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ， ８６：１００２９－１００３２ （１９８９）、およびＨｏｄｇｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ９：４２１ （１９９１））。
ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａ抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で既知の様々な技術を使用して生成され得る。標的抗原に向けられる抗体を産生するインビトロで免疫化されたか、あるいは免疫化された個体から単離される不死化ヒトＢリンパ球が、生成され得る（例えば、Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ， Ａｌａｎ Ｒ． Ｌｉｓｓ， ｐ． ７７ （１９８５）； Ｂｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．， １９９１， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １４７ （１）：８６－９５； ａｎｄ Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ５，７５０，３７３を参照）。ヒト抗体はファージライブラリーから選択されてもよい。抗体ファージライブラリーの生成と使用の技術は、米国特許第５，９６９，１０８号，第６，１７２，１９７号，第５，８８５，７９３号，第６，５２１，４０４号；第６，５４４，７３１号；第６，５５５，３１３号；第６，５８２，９１５号；第６，５９３，０８１号；第６，３００，０６４号；第６，６５３，０６８号；第６，７０６，４８４号；ならびに７，２６４，９６３号；および、Ｒｏｔｈｅ ｅｔ ａｌ．， ２００７， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏ．， ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｍｂ．２００７．１２．０１８に記載されている。
キメラヒト化抗体およびキメラヒト抗体は、組換え発現によって産生され得る。組換えポリヌクレオチド構築物は、典型的には、天然に関連するあるいは異種のプロモーター領域を含む抗体鎖のコード配列に動作可能に連結された発現制御配列を含む。ある実施形態では、特に、これらのヒト化抗体のアミノ酸配列変異体が、抗体の結合親和性または抗体の他の生物学的特性を改善する場合には、生成されることが望ましいことがある。
ある実施形態では、抗体フラグメントは、ＩＢＤを処置し、および／または寛解させるために使用される。抗体フラグメントの産生のための様々な技術が知られている。通常、これらのフラグメントは、無傷の抗体のタンパク質消化によって得ることができる（例えば、Ｍｏｒｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．， １９９３， Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２４：１０７－１１７； Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．， １９８５， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２２９：８１）。Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ抗体フラグメントのすべてが、大腸菌あるいは他の宿主細胞中で発現され、および、大腸菌あるいは他の宿主細胞から分泌され、それにより、大量のこれらのフラグメントの産生を可能にすることができる。抗体フラグメントの生産のための他の技術が、当業者には明らかとなろう。
本開示に従って、技術は、ＴＬ１Ａに特異的な単鎖抗体の産生に適合し得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号）。加えて、方法は、ＴＬ１Ａに対する所望の特異性を有するモノクローナルＦＡｂフラグメント、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、あるいはそのホモログの迅速で効果的な同定を可能にするために、Ｆａｂ発現ライブラリ（例えば、Ｈｕｓｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６：１２７５－１２８１ （１９８９）を参照）の構築に適合され得る。抗体フラグメントは、当技術分野の技術によって生成されてもよく、その抗体フラグメントとしては、限定されないが、（ａ）抗体分子のペプシン処理によって生成されたＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｂ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を減少することにより生成されるＦＡｂフラグメント、（ｃ）パパインおよび還元剤を用いた抗体分子の処置により生成されるＦＡｂフラグメント、および（ｄ）Ｆｖフラグメントが挙げられる。
さらに、ＴＬ１Ａと抗体の関連性を提供する任意のタイプの可変領域を含む修飾抗体が、本明細書で提供される。当業者は、修飾抗体は、定常領域ドメインの１つ以上の少なくとも一部が、欠失させられたか、そうでなければ、ＴＬ１Ａを減少させるなどの所望の生化学的性質をもたらすように改変されている抗体（例えば、完全長の抗体あるいはその免疫反応性フラグメント）を含む場合があることを理解するだろう。ある実施形態では、重鎖および軽鎖の両方における可変領域は、１つ以上のＣＤＲの少なくとも部分的な置換によって、および、必要ならば、部分的なフレームワーク領域の置換と配列の変更によって改変される。いくつかの実施形態において、置換されたＣＤＲは、異なるクラスの抗体、例えば、異なる種および／またはその組み合わせからの抗体の同じクラス、同じサブクラスの抗体に由来することがある。いくつかの実施形態において、修飾抗体の定常領域はヒト定常領域を含む。本開示と適合する定常領域への修飾は、１つ以上のドメイン中の１つ以上のアミノ酸の付加、欠失、あるいは置換を含む。
様々な実施形態において、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合フラグメントの発現は、原核生物あるいは真核細胞のいずれかで生じ得る。適切な宿主には、インビボもしくはインサイチュのいずれかの酵母、昆虫、菌類、鳥および哺乳類の細胞を含む細菌あるいは真核生物の宿主、または、哺乳動物、昆虫、鳥あるいは酵母の起原の宿主細胞が含まれる。哺乳動物の細胞または組織は、ヒト、霊長類、ハムスター、ウサギ、げっ歯類、雌ウシ、ブタ、ヒツジ、ウマ、ヤギ、イヌ、あるいはネコ由来のものであるが、他の哺乳動物細胞が使用されてもよい。他の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原フラグメントは、宿主へトランスフェクトされることがある。
いくつかの実施形態において、発現ベクターは、本明細書に記載されるキメラのヒト化抗体または複合ヒト抗体（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）の産生のために、受容細胞株にトランスフェクトされる。様々な実施形態において、哺乳動物細胞は、抗体タンパク質の産生のための宿主として有用であり得、限定されないが、Ｖｅｒｏ（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８１）またはＣＨＯ－Ｋ１（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ６１）細胞、ＨｅＬａ細胞、およびＬ細胞などの、線維芽細胞起原の細胞を含み得る。ポリペプチドを発現するために使用され得る例示的な真核細胞としては、限定されないが、ＣＯＳ ７細胞を含むＣＯＳ細胞を含む；２９３－６Ｅ細胞を含む２９３細胞；ＣＨＯ－－ＳおよびＤＧ４４細胞を含むＣＨＯ細胞；ＰＥＲ．Ｃ６（商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）；および、ＮＳＯ細胞が挙げられる。いくつかの実施形態において、特定の真核生物の宿主細胞は、重鎖および／または軽鎖に対して所望の翻訳後修飾を行う能力に基づいて選択される。
無傷の異種のタンパク質を分泌することができる多くの適切な宿主細胞株が、当技術分野において開発されており、限定されないが、ＣＨＯ細胞株、様々なＣＯＳ細胞株、ＨｅＬａ細胞、Ｌ細胞、および多発性骨髄腫細胞株を含む。
キメラのヒト化抗体構築物または複合ヒト抗体構築物、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合フラグメントを有する発現ベクターは、細胞の宿主のタイプに基づいて、限定されないが、当業者に既知の形質転換、トランスフェクション、リポフェクション、結合（ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ）、エレクトロポレーション、直接マイクロインジェクション、および微粒子銃を含む任意の様々な適切な手段によって、適切な宿主細胞へ導入することができる。これらの細胞のための発現ベクターは、発現制御配列、例えば、複製開始点、プロモーター、エンハンサー、および必要な情報処理部位、例えば、リボソーム結合部位、ＲＮＡスプライス部位、ポリアデニル化部位、および転写ターミネーター配列を含み得る。
様々な実施形態において、酵母も、本明細書に記載される抗体分子またはペプチドの産生のための宿主として利用することができる。様々な他の実施形態では、菌種も、本明細書に記載される抗体分子またはペプチドの産生のための宿主として利用することができる。菌種の例としては、限定されないが、大腸菌、バチルス菌種、腸内細菌、および様々なシュードモナス種が挙げられる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される１つ以上の抗体あるいはその抗原結合フラグメントは、任意の適切な方法に従ってポリペプチドをコードする１つ以上の核酸分子を用いて操作されている（トランスジェニック）か、あるいはトランスフェクトされている、動物のインビボで生成することができる。トランスジェニック動物を生産する場合、導入遺伝子は、受精卵母細胞にマイクロインジェクされト得るか、あるいは、胚性幹細胞のゲノムに取り込まれ得、およびそのような細胞の神経核は除核卵母細胞に移される。一旦発現されると、抗体は、ＨＰＬＣ精製、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動などを含む当該技術の標準的な手順に従って精製され得る（一般的に、スコープ、タンパク質精製（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ， ＮＹ， １９８２）を参照）。
宿主中で発現されると、抗体全体、抗体フラグメント（例えば、個々の軽鎖および重鎖）、あるいは本開示の他の免疫グロブリン形態は、既知の技術（例えば、免疫吸着法、イムノアフィニティークロマトグラフィー、ＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）などのクロマトグラフィー法、硫酸アンモニウム沈殿法、ゲル電気泳動、あるいはこれらの任意の組み合わせによって、収集および精製され得る。一般的に、スコープ、タンパク質精製（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－ Ｖｅｒｌａｇ， ＮＹ， １９８２）を参照。少なくとも約９０％～９５％の相同性の実質的に純粋な免疫グロブリンが有利であり、特に医薬品使用のためには、９８％～９９％以上の相同性を有するものも有利である。必要に応じて部分的にあるいは均一的に精製されると、ヒト化抗体または複合ヒト抗体は、治療的に、あるいは免疫蛍光染色などのアッセイ手順の開発および実施に使用することができる。一般的に、Ｖｏｌｓ． Ｉ ＆ ＩＩ Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈ． （Ｌｅｆｋｏｖｉｔｓ ＆ Ｐｅｒｎｉｓ， ｅｄｓ．， Ａｃａｄ． Ｐｒｅｓｓ， ＮＹ， １９７９ ａｎｄ １９８１）を参照。
様々な実施形態は、本明細書で提供される抗ＴＬ１Ａの抗体またはフラグメントをコードする核酸を含む、遺伝子構築物を提供する。抗体の遺伝子構築物は、コードされた抗ＴＬ１Ａ抗体またはフラグメントの発現に適合し得る発現カセットの形態である場合がある。遺伝子構築物は、ベクターに取り込まれているか否かに関わらず、宿主細胞に導入され得る。例えば、遺伝子構築物はリポソームまたはウイルス粒子内に取り込まれてもよい。あるいは、精製された核酸分子は、当技術分野で既知の方法によって宿主細胞に直接挿入されてもよい。遺伝子構築物は、トランスフェクション、感染、エレクトロポレーション、細胞融合、プロトプラスト融合、マイクロインジェクション、または弾道衝撃（ｂａｌｌｉｓｔｉｃ ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）によって、宿主被験体の細胞へ直接導入することができる。
様々な実施形態は、本明細書で提供される抗体の遺伝子構築物を含む、組換えベクターを提供する。組換えベクターはプラスミド、コスミド、あるいはファージであってもよい。組換えベクターは、他の機能エレメント、例えば、遺伝子発現を開始する適切なプロモーターを含むことができる。
様々な実施形態は、本明細書に記載される遺伝子構築物および／または組換えベクターを含む宿主細胞を提供する。
様々な宿主系も、組換えタンパク質を発現するために有利に使用される。適切な哺乳動物宿主細胞株の例は、サル腎細胞のＣＯＳ－７株と、例えば、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、ＨｅＬａ細胞株、ならびにＢＨＫ細胞株を含む、適切なベクターを発現することができる他の細胞株とを含む。哺乳動物発現ベクターは、非転写エレメント、例えば、複製開始点、発現される遺伝子に連結された適切なプロモーターとエンハンサー、他の５’あるいは３’の隣接する非転写配列、および５’あるいは３’の非翻訳配列、例えば、必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナー部位と受容部位、および転写終結配列を含む。
形質転換された宿主によって作られたタンパク質は、任意の適切な方法に従って精製することができる。そのような標準的な分析法は、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、親和性、およびサイジングカラムクロマトグラフィー）、遠心分離、示差溶解度（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｓｏｌｕｂｉｌｉｔｙ）、あるいはタンパク質精製のための他の標準的技術を含む。ヘキサヒスチジンなどのアフィニティータグ、マルトース結合ドメイン、インフルエンザコート配列、およびグルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼは、タンパク質に結合し、適切なアフィニティーカラム上での継代による容易な精製を許可にする。単離されたタンパク質も、タンパク質分解、核磁気共鳴、およびＸ線結晶学などの技術を使用して、物理的に特徴づけられ得る。細菌培養で産生された組換え型タンパク質は、単離されてもよい。抗体および他のタンパク質の精製のための当技術分野における既知の方法は、例えば、米国特許出願公報第２００８／０１７７０４８号および第２００９／０１８７００５号に記載されるものを含む。
当業者は、コードされた配列中の１つのアミノ酸あるいはアミノ酸の僅かな割合を変更する核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の配列に対する個々の置換、欠失、あるいは付加は、「保存的に修飾された変異体」であり、そこでは、改変により、アミノ酸の化学的に類似するアミノ酸との置換をもたらし、標的抗原に特異的に結合する能力を保持することを認識するであろう。そのような保存的に修飾された変異体は、本開示と一致する多形性の変異体、異種間の同族体、ならびに対立遺伝子に加えられ、それらを除外しない。
所与のアミノ酸は、同様の物理化学的特性を有する残基によって置き換えること、例えば、ある脂肪族残基を別の脂肪族残基に置換すること（例えば、互いにＨｅ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、あるいはＡｌａ）、またはある極性残基を別の残基に置換すること（例えば、ＬｙとＡｒｇの間；ＧｌｕとＡｓｐとの間；あるいはＧｌｎとＡｓｎの間）ができる。他のそのような保存的置換（例えば、同様の疎水性特性を有する領域全体の置換）は、周知である。保存的アミノ酸置換を含むポリペプチドは、本明細書に記載されるアッセイのいずれか１つで試験され、所望の活性（例えば、天然ポリペプチドあるいは参照ポリペプチドの抗原結合性活性および特異性が保持される）を確認することができる。
特定の保存的置換は、例えば；ＡｌａからＧｌｙあるいはＳｅｒへと；ＡｒｇからＬｙｓへと；ＡｓｎからＧｉｎあるいはＨｉｓへと；ＡｓｐからＧｌｕへと；ＣｙｓからＳｅｒへと；ＧｉｎからＡｓｎへと；ＧｌｕからＡｓｐへと；ＧｌｙからＡｌａあるいはＰｒｏへと；ＨｉｓからＡｓｎあるいはＧｉｎへと；ｌｉｅからＬｅｕあるいはＶａｌへと；ＬｅｕからｌｉｅあるいはＶａｌへと；ＬｙｓからＡｒｇ、Ｇｉｎ、あるいはＧｌｕへと；ＭｅｔからＬｅｕ、Ｔｙｒ、あるいはｌｉｅへと；ＰｈｅからＭｅｔ、Ｌｅｕ、あるいはＴｙｒへと；ＳｅｒからＴｈｒへと；ＴｈｒからＳｅｒへと；ＴｒｐからＴｙｒへと；ＴｙｒからＴｒｐへと；および／またはＰｈｅから、Ｖａｌ、ｌｉｅあるいはＬｅｕへと行われる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗体および／またはその抗原結合フラグメントは、本明細書に記載される配列の変異体であってもよく、例えば、抗体ポリペプチドの保存的置換変異体であってもよい。いくつかの実施形態において、変異体は保存的に修飾された変異体である。変異体は、天然ポリペプチドあるいは参照ポリペプチドに対して実質的に相同性のポリペプチドを指し得るが、それは、１あるいは複数の欠失、挿入、または置換のために、天然あるいは参照ポリペプチドのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を有する。変異体ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列は、天然あるいは参照ＤＮＡ配列と比較すると、ヌクレオチドの１つ以上の付加、欠失、あるいは置換を包含しているが、活性（例えば、関連する標的のポリペプチドに対する抗原特異性結合活性）を保持する変異体タンパク質またはそのフラグメントをコードする、配列を包含する。
天然のアミノ酸配列の改変は、当業者に既知の多くの技術のいずれかによっても遂行することができる。突然変異は、特定の遺伝子座で、またはオリゴヌクレオチドに指向性突然変異誘発手法（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ－ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ）によって導入され得る。そのような改変を行うための技術は非常によく確立されており、例えば、Ｗａｌｄｅｒ ｅｔ ａｌ． （Ｇｅｎｅ ４２： １３３， １９８６）；Ｂａｕｅｒ ｅｔ ａｌ． （Ｇｅｎｅ ３７：７３， １９８５）；Ｃｒａｉｋ （ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， Ｊａｎｕａｒｙ １９８５， １２－１９）；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ． （Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ， Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ， １９８１）；および、米国特許第４，５１８，５８４号ならびに第４，７３７，４６２号に記載されるものを含む。
抗体のアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、当該技術分野で既知の様々な方法によって調製される。これらの方法としては、限定されないが、オリゴヌクレオチド媒介性（あるいは、部位指向性）突然変異誘発、ＰＣＲ突然変異誘発、および抗体の以前に調製された変異体あるいは非変異体バージョンのカセット変異導入による調製物が挙げられる。本明細書に記載される少なくとも１つの抗体、部分あるいはポリペプチドをコードする核酸配列は、ライゲーションのための平滑末端または突出末端ならびに制限酵素消化を含むがこれらに限定されない従来の技術に従って、ベクターＤＮＡと再結合することができる。そのような操作のための技術は、例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ｌａｂ． Ｍａｎｕａｌ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂ． Ｐｒｅｓｓ， ＮＹ， １９８２ ａｎｄ １９８９）に開示され、モノクローナル抗体分子または抗原結合領域をコードする核酸配列を構築するために使用され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする核酸が、ベクターによって構成される。本明細書に記載される態様のいくつかでは、本明細書に記載されている抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする核酸配列、あるいはその任意のモジュールは、ベクターに動作可能に連結される。用語「ベクター」とは、本明細書で使用されるように、宿主細胞への送達、あるいは異なる宿主細胞間での移動のために設計された核酸構築物を指す。本明細書で使用されるように、ベクターはウイルスあるいは非ウイルスであってもよい。用語「ベクター」は、調節エレメントと関係する場合に複製することができ、かつ遺伝子配列を細胞に移動させることができる遺伝要素を包含する。ベクターとしては、限定されないが、クローニングベクター、発現ベクター、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、染色体、ウイルス、ビリオンなどが挙げられる。
本明細書で使用されるように、用語「発現ベクター」は、ベクター上の転写制御配列に連結された配列のＲＮＡまたはポリペプチドの発現を指示するベクターを指す。用語「発現」とは、ＲＮＡおよびタンパク質の産生、および必要に応じて、タンパク質の分泌に関与する細胞内プロセスを指し、その細胞内プロセスには、適用可能であれば、限定されないが、例えば、転写、転写プロセシング、翻訳とタンパク質フォールディング、修飾、および処理が含まれる。「発現産物」は、遺伝子から転写されたＲＮＡと、および遺伝子から転写されたｍＲＮＡの翻訳によって得られたポリペプチドとを含む。用語「遺伝子」は、適切な制御配列に動作可能に連結されると、インビトロまたはインビボでＲＮＡに転写される（ＤＮＡ）核酸配列を意味する。遺伝子は、コード領域の前および後にある領域、例えば、５’非翻訳（５’ＵＴＲ）あるいは「リーダー」配列および３’ＵＴＲあるいは「トレーラー」配列、ならびに、個々のコードセグメント（エクソン）間の介在配列（イントロン）を含んでいても、含んでいなくてもよい。
本明細書で使用されるように、用語「ウイルスベクター」は、ウイルス起原の少なくとも１つの要素を含み、かつ、ウイルスベクター粒子にパッケージングされる能力を有する核酸ベクター構築物を指す。ウイルスベクターは、非本質的なウイルス遺伝子の代わりに、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性部分をコードする核酸を含有することができる。ベクターおよび／または粒子は、インビトロまたはインビボで任意の核酸を細胞に導入する（ｔｒａｎｓｆｅｒｒｉｎｇ）目的で利用されてもよい。ウイルスベクターの多数の形態が当技術分野において既知である。
「組換えベクター」によって、ベクターが、異種核酸配列、あるいはインビボで発現することができる「導入遺伝子」を含むことが意味される。
医薬組成物、投与、および投与量
提供される抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＩＢＤの処置などの治療用処置方法を含むがこれらに限定されない、様々な用途に有用である。使用方法は、インビトロ、エクスビボ、あるいはインビボの方法であり得る。ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＴＬ１Ａ受容体のためのアンタゴニストである。
ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａ抗体またはＴＬ１Ａ受容器アンタゴニストを用いて処置される疾患は、ＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、および／またはＭＲ－ＵＣである。
様々な実施形態において、医薬組成物は、任意の投与経路を介して送達するために製剤化される。「投与経路」とは、限定されないが、噴霧、経鼻、経口、経粘膜的、経皮的または非経口を含む、当該技術において既知の投与経路を指し得る。
「経皮的」投与は、塗り薬あるいは軟膏を使用して、または経皮パッチによって遂行され得る。
「非経口」は、一般的に、眼窩内、点滴、動脈内、嚢内、心臓内、皮内、筋肉内、腹腔内、肺内、脊髄内、胸骨内、鞘内、子宮内、静脈内、くも膜下、被膜下、皮下、経粘膜、または経気管を含む注射に通常は関連付けられる投与経路を指す。非経口経路を介して、組成物は、注入または注射のための溶液あるいは懸濁液の形態、あるいは凍結乾燥された粉末剤であり得る。
腸内経路を経由する場合、医薬組成物は、制御放出を可能にする錠剤、ゲルカプセル、糖衣錠、シロップ剤、懸濁液、溶液、粉末剤、果粒剤、乳剤、微粒子あるいはナノ粒子、または脂質ベシクルあるいはポリマーベシクルの形態であり得る。
局所的経路を経由する場合、医薬組成物は、皮膚と粘膜の処置のために製剤化され、軟膏剤、クリーム剤、乳剤、軟膏、粉末剤、浸透性パッド、液剤、ゲル剤、噴霧剤、ローション剤、または懸濁剤の形態である。それらはさらに、制御放出を可能にするミクロスフェアあるいはナノスフェア、または脂質ベシクルあるいはポリマーベシクル、またはポリマー貼付剤およびヒドロゲルであり得る。これらの局所的経路用の組成物は、臨床的適応に応じて無水形態または水性形態であり得る。
経眼の経路を経由する場合、それらは点眼剤の形態であり得る。
様々な実施形態では、薬剤は、注射によって、または経時的な長時間にわたる緩やかな注入によって、静脈内に投与されてもよい。所与の経路に適切な製剤を考慮すると、例えば、本明細書に記載の方法および組成物に有用な薬剤は、静脈内に、鼻腔内に、吸入によって、腹腔内に、筋肉内に、皮下に、窩内に投与することができ、および必要に応じて、蠕動性の手法または当業者に既知の他の手法によって送達され得る。特定の実施形態では、本明細書に使用される化合物は、ＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、および／またはＭＲ－ＵＣを患う患者に、経口的に、静脈内に、あるいは筋肉内に投与される。
医薬組成物はさらに、任意の薬学的に許容可能な担体も含有することができる。本明細書で使用されるように「薬学的に許容可能な担体」とは、体内のある組織、臓器、あるいは部分から体内の別の組織、臓器、あるいは部分へと対象の化合物を運ぶか、もしくは輸送することに関与する、薬学的に許容可能な物質、組成物、またはビヒクルを指す。例えば、担体は、液体または固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶剤、または封入材料（ｅｎｃａｐｓｕｌａｔｉｎｇ ｍａｔｅｒｉａｌ）、またはそれらの組み合わせであってもよい。担体の各成分は、製剤の他の成分と適合性でなければならないという点において、「薬学的に許容可能」でなければならない。担体の各成分はさらに、接触する可能性がある任意の組織あるいは臓器に接している使用に適していなければならず、毒性、刺激作用、アレルギー応答、免疫原性、あるいは治療効果を過度に上回る他の合併症のリスクを伴ってはならないことを意味する。
様々な実施形態において、治療上有効な量の抗ＴＬ１Ａの抗体と共に、薬学的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物が提供される。「薬学的に許容可能な賦形剤」とは、一般に安全で、無毒で、望ましい医薬組成物を調製するのに役立つ賦形剤を意味し、動物への使用ならびにヒトの製薬用途に許容可能な賦形剤を含んでいる。有効成分は、薬学的に許容可能かつ有効成分と適合性である賦形剤と混合され、および本明細書に記載される治療法で使用するのに適した量であり得る。そのような賦形剤は、固体、液体、半固体、または、エアゾール組成物の場合にはガスであってもよい。適切な賦形剤は、例えば、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、グリセロールモノステアレート、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、水、食塩水、ブドウ糖、プロピレングリコール、グリセリン、エタノール、マンニトール、ポリソルベートなど、およびそれらの組み合わせである。加えて、必要に応じて、組成物は、有効成分の効果を高めるまたは維持する、湿潤剤あるいは乳化剤、ｐＨ緩衝薬などの小量の補助物質を含んでいてもよい。本明細書に記載される治療用組成物は、薬学的に許容可能な塩を含むことができる。薬学的に許容可能な塩は、無機酸（例えば、塩化水素またはリン酸）、有機酸（例えば、酢酸、酒石酸またはマンデル酸）で形成された酸付加塩、例えば、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウムまたは水酸化鉄などの無機塩から形成された塩、およびイソプロピルアミン、トリメチルアミン、２－エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩から形成された塩を含む。液状組成物は、水に添加した、および水を排除した状態の液相、例えば、グリセリン、綿実油などの植物油、ならびに油－水エマルジョンを含有することができる。薬学的に許容できる担体は当該技術分野で周知である。特定の疾病または状態の処置に効果的である、使用される活性薬剤（つまり、抗体あるいはそのフラグメント）の量は、疾病または状態の性質に依存し、および標準的な臨床技術を用いて当業者によって決定され得る。
医薬組成物はさらに、経口投与のために、カプセル化され、錠剤にされ、または乳剤ないしシロップ剤として製剤化され得る。薬学的に許容可能な固体あるいは液体の担体は、組成物を増強し、安定させるために、または組成物の調製化を容易にするために添加されてもよい。液体の担体は、シロップ、落花生油、オリーブオイル、グリセリン、食塩水、アルコール、および水を含む。固体の担体は、デンプン、ラクトース、硫酸カルシウム、二水和物、白土、ステアリン酸マグネシウムあるいはステアリン酸、タルク、ペクチン、アラビアゴム、寒天またはゼラチンを含む。担体はさらに、モノステアリン酸グリセリンまたはジステアリン酸グリセリンなどの徐放性物質を、単独でまたはワックスと共に含んでもよい。
医薬品は、錠剤形態のために、必要に応じて、粉砕、混合、顆粒化、および圧縮を含む、あるいは硬カプセル形態のために、粉砕、混合、および充填を含む、薬学の従来の技術に従って作られる。液体担体が使用される時、調製物は、シロップ剤、エリキシル、エマルジョン、または水性あるいは非水性の懸濁液の形態である。そのような液体製剤は、直接経口投与されてもよいし、柔らかいゼラチンカプセル剤に充填されてもよい。
医薬組成物は、治療上有効な量で送達され得る。正確な治療上有効な量は、所与の被験体における処置の有効性の観点から、最も効果的な結果を生み出す組成物の量である。この量は、限定されないが、治療用化合物の特性（作用、薬物動態、薬力学、ならびにバイオアベイラビリティを含む）、被験体の生理的状態（年齢、性別、疾患のタイプとステージ、一般的な身体状況、所与の用量への反応性、ならびに薬物治療のタイプを含む）、薬学的に許容可能な担体または製剤内の担体の性質、および投与経路を含む様々な因子に依存して変わるだろう。臨床および薬学の分野の当業者は、慣例的な手順を通じて、例えば、化合物の投与に対する被験体の反応をモニタリングし、それに応じて用量を調整することによって、治療上有効な量を決定することができるであろう。さらなるガイダンスについては、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ （Ｇｅｎｎａｒｏ ｅｄ． ２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ ＰＡ， ＵＳＡ） （２０００）を参照。
有効な抗ＴＬ１Ａ抗体の典型的な投与量は、インビトロでの応答または動物モデルにおける応答によって、当業者に示される通りであり得る。そのような投与量は、典型的に、関連する生物学的活性を失うことなく、濃度または量を最大約一桁低減することができる。したがって、実際の投与量は、医師の判断、患者の状態、および、例えば、関連する初代培養細胞あるいは得られた生体サンプルなどの組織培養された組織サンプル（ｈｉｓｔｏｃｕｌｔｕｒｅｄ ｔｉｓｓｕｅ ｓａｍｐｌ）のインビトロでの応答性、または適切な動物モデルにおいて観察された応答に基づく治療方法の有効性に依存する。
疾患の処置のために、抗体の適切な投与量は、処置される疾患の種類、疾患の重症度と経過、疾患の反応性、治療目的または予防目的で抗体が投与されるか否か、以前の治療、および患者の病歴に依存する。投与量はさらに、何らかの併発症が起きた場合に個々の医師によって、および処置を行う医師の裁量で調整することができる。投与する医師は、最適な用量、投薬法、および反復率を決定することができる。ＴＬ１Ａ抗体は、１回のみ、または数日から数ヶ月続く一連の処置にわたって、または治癒するまで、または疾患状態の低下が達成される（例えば、ＩＢＤの処置または改善）まで、投与され得る。処置の期間は、被験体の臨床経過と治療への反応性に依存する。ある実施形態では、投与量は、体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ～１００ｍｇであり、毎日、毎週、毎月、毎年、１回以上与えることができる。全身投与の場合、被験体は、例えば、約０．１ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、１．０ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、２．５ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、２５ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、４０ｍｇ／ｋｇ、５０ ｍｇ／ｋｇ、またはそれ以上などの治療量を投与され得る。ある実施形態では、治療量は、一定の投与量（ｆｌａｔ ｄｏｓａｇｅ）として投与される、約１、３、１０、３０、１００、３００、６００、および８００ミリグラムから選択される。ある実施形態では、治療量は、一定の投与量として投与される、約１、２、３、４、５、６、７、８、あるいは９ミリグラムである。ある実施形態では、治療量は、一定の投与量として投与される、約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、あるいは９０ミリグラムである。ある実施形態では、治療量は、一定の投与量として投与される、約１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、あるいは９００ミリグラムである。ある実施形態では、治療量は、１キログラム当たり約５～約３０ミリグラムである。ある実施形態では、治療量は、毎週または隔週投与される、１キログラム当たり約５～約３０ミリグラムである。ある実施形態では、治療量は、１キログラム当たり約５、１０、１５、２０、２５、または３０ミリグラムである。ある実施形態では、治療量は、毎週または隔週で投与される、１キログラム当たり約５、１０、１５、２０、２５、あるいは３０ミリグラムである。
処置方法
様々な実施形態は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供し、上記方法は、被験体に本明細書に記載される抗ＴＬ１Ａの抗体を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、被験体は１以上のリスク遺伝子型を含む。いくつかの実施形態では、ＩＢＤはＩＢＤの重症型である。ＩＢＤの重症型は、本明細書に記載される無症状の表現型によって特徴付けられ得る。
様々な実施形態において、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法が本明細書で提供され、上記方法は：ＴＬ１Ａに特異的に結合する治療上有効な量の抗体あるいは抗原結合フラグメントを、被験体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５を含むＨＣＦＲ１、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９、１５０、４８４、および５５３から選択されるＨＣＤＲ１、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９、１５０、４８４、および５５３から選択される配列とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６を含むＨＣＦＲ２、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２、５７４～５６４、および５５４～５７７から選択されるＨＣＤＲ２、または、最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２、５７４～５６４、および５５４～５７７とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７および５８６～５８８から選択されるＨＣＦＲ３ または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７および５８６～５８８から選択される配列と異なる配列を含む配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５、１５２、５６５～５６８、および５７８～５８１から選択されるＨＣＤＲ３、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５、１５２、５６５～５６８、および５７８～５８１から選択される配列とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８を含むＨＣＦＲ４、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９を含むＬＣＦＲ１、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８７、５６９、および５７０から選択されるＬＣＤＲ１、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８７、５６９、および５７０とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０を含むＬＣＦＲ２、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８を含むＬＣＤＲ２、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１を含むＬＣＦＲ３、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７１～５７３および５８２～５８５から選択されるＬＣＤＲ３、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７１～５７３および５８２～５８５から選択される配列とは異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２を含むＬＣＦＲ４、または最大約５、４、３、あるいは２つのアミノ酸だけＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２とは異なる配列を含む。
本明細書に開示される被験体は、哺乳動物、例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、非ヒト霊長類、あるいは家畜であってもよい。いくつかの例では、被験体はヒトである。いくつかの例では、被験体はＩＢＤであると診断される患者である。いくつかの例では、被験体はＩＢＤであると診断されない。いくつかの例では、被験体は、本明細書に開示される疾患または疾病（例えば、腹痛症、筋痙攣、下痢、直腸出血、熱、体重減少、疲労、食欲不振、脱水、および栄養失調、貧血症、あるいは潰瘍）に関連する症状に苦しんでいる。
様々な実施形態において、被験体は、抗ＴＮＦ治療（例えば、アダリムマブ、セルトリズマブ、エタネルセプト、ゴリムマブ、インフリキシマブ）の誘導に反応性でない（抗ＴＮＦ非応答）か、または処置の一定期間後に前記抗ＴＮＦ治療に対する反応を消失する（抗ＴＮＦの応答消失）。様々な実施形態において、被験体は、抗ＴＮＦ非応答あるいは抗ＴＮＦ応答消失を発症させるリスクがある。いくつかの実施形態において、被験体は、本明細書に開示される抗ＴＬ１Ａ抗体を被験体に投与することによって処置され、ただし、被験体は、抗ＴＮＦ非応答あるいは抗ＴＮＦ応答消失を発症するリスクがあるか、または抗ＴＮＦ非応答あるいは抗ＴＮＦ応答消失に苦しんでいる。
様々な他の実施形態では、被験体は増加したＴＬ１Ａ発現を有すると決定される。いくつかの実施形態において、治療上有効な量の抗ＴＬ１Ａ抗体の投与は、処置された被験体のＴＬ１Ａの減少を引き起こす。
本明細書に開示される方法は、本明細書に記載される抗ＴＬ１Ａ抗体を被験体に投与することによって、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法が提供される。様々な実施形態において、ＩＢＤはクローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。いくつかの実施形態において、ＩＢＤはＩＢＤの重症型である。いくつかの実施形態において、ＩＢＤの重症型は無症状の表現型によって特徴付けられる。いくつかの実施形態において、ＩＢＤは中程度～重症型のＩＢＤである。いくつかの実施形態において、ＩＢＤは中程度型のＩＢＤである。
ＩＢＤの無症状の表現型としては、限定されないが、非狭窄、狭窄、狭窄と浸透、ならびに単離された内部浸透、疾患、および肛門周囲のＣＤ（ｐＣＤ）が挙げられる。狭窄は、腸の進行性狭窄である。内部浸透性の疾患は、腸と他の構造との間に異常な通路（瘻孔）を作る。ｐＣＤは、肛門のまわりの炎症を引き起こすクローン病の形態である。
ＩＢＤは難治性であり得る。用語「医学的に難治性（ｍｅｄｉｃａｌｌｙ ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ）」あるいは「難治性」は、本明細書で使用されるように、疾患の寛解を誘導するための標準的な処置の失敗を指す。いくつかの実施形態において、その病気は本明細書に開示される炎症性疾患を含む。難治性の炎症性疾患の非限定的な例は、難治性のクローン病、および難治性の潰瘍性大腸炎（例えば、ｍｒＵＣ）を含む。標準的処置の非限定的な例は、グルココルチコステロイド、抗ＴＮＦ治療、抗ａ４－ｂ７治療（ベドリズマブ）、抗ＩＬ１２ｐ４０治療（ウステキヌマブ）、サリドマイド、およびサイトキシン（Ｃｙｔｏｘｉｎ）を含む。いくつかの実施形態において、ＵＣは医学的に難治性ＵＣ（ｍｒＵＣ）である。いくつかの実施形態において、ＣＤは難治性である。
抗ＴＬ１Ａの抗体を被験体に投与する方法が本明細書に開示される。様々な実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体はヒト抗体である。様々な実施形態では、抗体はヒト化抗体である。様々な実施形態では、抗体は中和抗体である。
様々な態様では、抗ＴＬ１Ａの抗体は、本明細書に記載されるＩＢＤの処置のために被験体に投与される。様々な他の実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体は一連の処置において投与される。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ抗体および第２のＩＢＤ処置剤は、任意の順序で、または同時に投与され得る。選択された実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体は、以前に第２のＩＢＤ処置剤での処置を受けたことがある患者に投与される。ある他の実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体および第２のＩＢＤ処置剤は、実質的に同時にまたは同時に投与される。例えば、被験体は、第２のＩＢＤ処置剤での一連の処置を受けている間に、抗ＴＬ１Ａの抗体が与えられてもよい。ある実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体は、第２のＩＢＤ処置剤での処置の１年以内に投与される。ある他の実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体は、第２のＩＢＤ処置剤での任意の処置の１０、８、６、４、あるいは２ヶ月内に投与される。ある他の実施形態では、抗ＴＬ１Ａの抗体は、第２のＩＢＤ処置剤での任意の処置の４、３、２、あるいは１週間以内に投与される。いくつかの実施形態において、抗ＴＬ１Ａの抗体は、第２のＩＢＤ処置剤での任意の処置の５、４、３、２、あるいは１日以内に投与される。２つの処置剤が、わずか数時間あるいは数分以内に（つまり、同時に）被験体に投与され得ることがさらに理解されよう。
他のＩＢＤ処置剤としては、限定されないが、１）抗炎症薬（例えば、スルファサラジン、アザルフィジン、５－アミノサリチル酸、メサラミン、アサコール、リアルダ、Ｒｏｗａｓａ、Ｃａｎａｓａ、バルサラジド Ｃｏｌａｚａｌ、およびオルサラジン、ジペンタム（Ｄｉｐｅｎｔｕｍ）などであるがこれらに限定されない、アミノサリチル酸；２）コルチコステロイド（例えば、プレドニゾンおよびヒドロコルチゾン）；３）免疫系抑制因子（例えば、アザチオプリン、アザサン（Ａｚａｓａｎ）、イムラン、メルカプトプリン、プリネトール、Ｐｕｒｉｘａｎ、シクロスポリン、ゲングラフ（Ｇｅｎｇｒａｆ）、ネオーラルとサンディミュン、インフリキシマブ、レミケード、アダリムマブ、ヒュミラ、ゴリムマブ、ならびにシンポニー、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）－α阻害剤（例えば、インフリキシマブ）、メトトレキセート、リウマトレックス、ナタリズマブ、タイサブリ、ベドリズマブ、エンタイビオ、ウステキヌマブ、およびステラーラ；４）抗生物質（例えば、メトロニダゾール、フラジール、シプロフロキサシン、シプロ（Ｃｉｐｒｏ））；５）止痢薬（例えば、繊維サプリメント－メタムシル（Ｍｅｔａｍｕｃｉｌ）あるいはシトルセル（Ｃｉｔｒｕｃｅｌ））あるいはロペラミド；６）鎮痛剤（例えば、タイレノール、イブプロフェン、ナプロキセンナトリウム、およびジクロフェナクナトリウム）；ならびに７）外科手術（例えば、大腸の除去、部分的な消化管の除去、結腸切除、直腸結腸切除、および／または狭窄形成術）が挙げられる。いくつかの実施形態において、これらのＩＢＤ処置剤は、抗ＴＬ１Ａ抗体と組み合わせて投与され得る。抗体を用いた処置剤は、ＩＢＤ処置剤の投与前、ＩＢＤ処置剤の投与と同時に、あるいはＩＢＤ処置剤の投与後に行われてもよい。併用投与は、単一の医薬製剤での、あるいは別個の製剤を使用した同時投与、または、いずれかの順序での、しかし、一般に、活性薬剤がすべて生物学的活性を同時に発揮することができるような期間内での継続的な投与を含み得る。そのようなＩＢＤ処置剤のための任意の服薬スケジュールも、熟練した開業医によって決定されるように使用することができる。
いくつかの実施形態において、第２のＩＢＤ処置は抗体を含む。したがって、処置は、追加のＩＢＤ関連抗原に対する他の抗体（限定されないが、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）－αなど）と、本明細書で提供される抗体の併用投与を含み得る。併用投与は、単一の医薬製剤での、あるいは別個の製剤を使用した同時投与、またはいずれかの順序での、しかし、一般には、活性薬剤がすべて生物学的活性を同時に発揮することができるような期間内の継続的な投与を含むことができる。
キット
さらに、ＩＢＤ（例えば、ＣＤ、ＵＣ、および／またはｍｒＵＣ）を処置するキットが提供される。キットは、本明細書に記載される抗体を含み、それは本明細書に記載される方法を実施するために使用され得る。キットは、抗ＴＬ１Ａの抗体の投与によって、ＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、および／またはｍｒＵＣ患者を処置する本発明の方法を実行するのに有用である。キットは、本発明の組成物の少なくとも１つを含む、物質または構成要素の集合体である。したがって、いくつかの実施形態では、キットは、上に記載されるようなＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、および／またはＭＲ－ＵＣの処置のための、抗ＴＬ１Ａ抗体を含む組成物を含有している。他の実施形態では、キットは、すべての対照、アッセイを実施するための指示、および結果の分析ならびに提示のための任意の必要なソフトウェアを含む、ＴＬ１Ａのための検出アッセイを実施するのに必要なおよび／または十分な構成要素を含有する。
本発明のキットにおいて構成された構成要素の正確な性質は、その意図する目的に依存する。例えば、いくつかの実施形態は、ＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、および／またはＭＲ－ＵＣを処置する目的で構成される。一実施形態において、キットは、特に、哺乳動物の被験体を処置する目的で構成される。別の実施形態において、キットは、特に、ヒト被験体を処置する目的で構成される。さらなる実施形態において、キットは、限定されないが、家畜、家庭動物、および実験動物などの被験体を処置する、獣医学的な用途のために構成される。
使用説明書がキットに含まれ得る。「使用説明書」は、典型的には、ＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、および／またはＭＲ－ＵＣを処置あるいは緩和するなど、所望の結果を達成するためのキットの構成要素の使用に利用される技術を説明する明確な表現を含む。任意に、キットはまた、希釈剤、緩衝液、薬学的に許容可能な担体、注射器、カテーテル、アプリケーター、ピペッティング、または測定器、包帯材料（ｂａｎｄａｇｉｎｇ ｍａｔｅｒｉａｌｓ）、または当業者によって容易に認識される他の有用な道具などの他の有用な構成要素を含む。
キットにおいて組み立てられた物質または構成要素は、それらの操作性と有用性を維持する、好都合かつ適切な方法で保管されて、従事者に提供され得る。例えば、構成要素は、溶かされ、脱水され、または凍結乾燥された形態であってもよく；室温、冷蔵温度、あるいは冷凍温度で提供されてもよい。構成要素は典型的に適切な包装材料に含まれる。本明細書で利用されるように、句「包装材料」は、本発明の組成物などの、キットの内容物を収容するために使用される１つ以上の物理構造を指す。包装材料は、好ましくは、無菌の汚染物質を含まない環境を提供するために、周知の方法で構築される。キットに利用される包装材料は、遺伝子発現アッセイおよび処置剤の投与に慣習的に利用されるものである。本明細書で使用されるように、用語「包装」とは、個々のキットの構成要素を保持することができる、ガラス、プラスチック、紙、ホイルなどの適切な固体マトリクスまたは物質を指す。したがって、例えば、包装は、抗ＴＬ１Ａ抗体および／またはＴＬ１Ａのためのプライマーならびにプローブを含有する適切な量の本発明の組成物を含むために使用される、ガラスバイアルあるいはあらかじめ充填されたシリンジであり得る。包装材料は、通常、内容物、および／または、キットおよび／またはその構成要素の目的を示す外部ラベルを有する。
以下の例は、本明細書に記載される実施形態の例示であり、この開示の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。特定の材料が言及される限り、それは単なる例示目的のためのものであり、限定するようには意図されていない。当業者は、発明能力を行使することなく、かつ本開示の範囲から逸脱することなく、同等な手段または反応物を開発することができる。
実施例１：ヒト化抗ＴＬ１Ａ抗体の生成および特徴付け
マウス抗ＴＬ１Ａ抗体をヒト化し、潜在的免疫原性を減少させた。第１の変異体である１２８３５を生成し、Ｓそれは、ＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６を含む重鎖可変領域およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８を含む軽鎖可変領域を生成するために、ヒト可変領域フレームワークに移植されたマウス５Ｃ３Ｄ１１ ＣＤＲ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９、１２、１５、１８、２１、２４）からなる。残念ながら、クローン１２８３５は、９つのフレームワーク逆突然変異（マウスフレームワーク残基）を含有しており、不完全にヒト化された変異体になる。被験体が投与された抗体に対して免疫応答を引き起こす可能性を低減するために、完全なヒト化は重要である。結果的に、目標は、親１２８３５抗体の機能活性を保持しながら、より少ないマウスフレームワーク残基を含むヒト化抗体を生成することであった。残念ながら、配列の目視検査を使用すると、抗体の機能に重要なマウスフレームワーク残基と、重要ではないマウスフレームワーク残基を区別するのは簡単ではなく、したがって、どのアミノ酸残基が、対応するヒトフレームワーク残基によって置き換え得るかを区別することは簡単ではない。したがって、第１の工程として、最も近い完全なヒト生殖系列フレームワークへのＣＤＲ移植によって１２８３５を再ヒト化した（ＮＣＢＩのｉｇｂｌａｓｔツールによって決定されるＩＧＶ１－４６＊０２およびＩＧＫＶ３－２０＊０１）。このクローンはＬ８であり、５Ｃ３Ｄ１１およびＫａｂａｔ法、Ｃｈｏｔｈｉａ法、およびＩＭＧＴ法の組み合わせによって定義される１２８３５のＣＤＲを含む（ＨＣＤＲ１，ＧＦＤＩＱＤＴＹＭＨ；ＨＣＤＲ２，ＲＩＤＰＡＳＧＨＴＫＹＤＰＫＦＱＶ；ＨＣＤＲ３，ＳＲＳＧＧＬＰＤＶ；ＬＣＤＲ１，ＲＡＳＳＳＶＳＹＭＹ；ＬＣＤＲ２，ＡＴＳＮＬＡＳ；ＬＣＤＲ３，ＱＱＷＳＧＮＰＲＴ）。
本試験では、１２８３５の多くの変異体を作り、親１２８３５抗体の機能活性を保持するよりヒトに似た抗体を同定するために試験した。第１段階では、有意により少ないマウスフレームワーク残基を含有している変異体を同定した。その後、マウスフレームワーク残基を含有していないが、親１２８３５抗体の機能活性および／または親和性を保持する複数の変異体を同定するために、１２８３５のＣＤＲライブラリを１つの完全なヒト生殖系列フレームワークと組み合わせた。
ファージ発現系への、マウス５Ｃ３Ｄ１１およびヒト化構築物１２８３５のクローニング
マウス５Ｃ３Ｄ１１およびヒト化１２８３５の両方の重鎖可変領域ならびに軽鎖可変領域をコードするＤＮＡを、ヒトκ軽鎖定常ドメインならびにヒトＧ１重鎖定常ドメイン１を含有していたファージ発現ベクターへとクローン化した。加えて、そのベクターは、重鎖のカルボキシ末端終端（ｃａｒｂｏｘｙ－ｔｅｒｍｉｎａｌ ｅｎｄ）にｈｉｓ－タグおよび赤血球凝集素Ａタグを含有しており、精製ならびに検出を容易にする。ヒト定常ドメインを含有するファージ発現ベクターへのマウス可変領域のクローニングは、キメラ５Ｃ３Ｄ１１の発現を結果としてもたらす。
マウス５Ｃ３Ｄ１１重鎖可変領域ＤＮＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）および軽鎖可変領域ＤＮＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２および５をそれぞれ生成するための細菌発現に最適化されたコドンであった。ヒト化１２８３５の重鎖可変領域ＤＮＡは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５を生成するために最適化されたコドンであり、軽鎖可変領域ＤＮＡは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７を生成するために最適化されたコドンであった。
大腸菌の細胞膜周辺腔におけるＦａｂの発現および定量化
クローニングは、大腸菌の細胞膜周辺腔におけるＦａｂを発現および定量化することにより検証された。簡潔に言えば、培養物がＯＤ６００で０．９－１．１の密度に達するまで、ＸＬ－０細菌を３７°Ｃで２Ｘ ＹＴ培地で成長させ、その後、イソプロピルβ－Ｄ－チオガラクトシドを細胞に添加し、１ｍＭの最終濃度および３．０ｍＬの培養物を１４ｍＬのスナップトップチューブ（ｓｎａｐ－ｔｏｐ ｔｕｂｅ）に移した。各チューブを２５ｕＬの高力価のファージストックでトランスフェクトし、培養物を３７°Ｃの振盪機（２２５ｒｐｍ）に入れた。１時間後に、温度を２５°Ｃに変えて、培養物をさらに１４～１６時間成長させた。細胞を、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ ５８１０Ｒ遠心機（～３，２００ｘｇ）における３９００ｒｐｍで３０分間の遠心分離によって集め、上清をデカントし、および、その細胞を、０．３ｍＬの溶解緩衝液（３０ｍＭのＴｒｉｓ、ｐＨ８．０、２ｍＭのＥＤＴＡ、２０％のスクロース、２ｍｇ／ｍｌのリゾチーム、５Ｕ／ｍＬのＤＮａｓｅ Ｉ）に再撹拌し、１５分間の氷上に置いた。細胞懸濁液を１．５ｍＬのチューブに移し、細胞片をＥｐｐｅｎｄｏｒｆ ５４２４ 微量遠心管（～２１，０００ｘｇ）において１５，０００ｒｐｍで１５分間の遠心分離によって、ペレット化した。ペレットを乱すことなく上清を慎重に取り除き、使用するまで４°Ｃで保存した。
Ｆａｂ発現を定量化するために、９６ウェルのＣｏｓｔａｒ－３３６６プレートを、４°Ｃで、ＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌヒツジ抗ヒトＦｄ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ， Ｐｒｏｄ． ＃ ２０４６－０１， Ｌｏｔ ＃ Ａ７２１２－ＶＪ０６）の５０μｌ／ウェルで、一晩コーティングした。上記プレートを、０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０（ＰＢＳ－Ｔ）を含有するＰＢＳで３回洗浄し、５０μｌ／ウェルのサンプル希釈剤を添加した。ＰＢＳ－Ｔを用いてサンプル希釈を実施した。５００ｎｇ／ｍｌで始めて、連続的に３倍に希釈したヒトＦａｂ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ， Ｐｒｏｄ． ＃ ００９－０１０１５， Ｌｏｔ ＃ ３８５４３）を使用して、検量線を生成した。上記プレートを２５°Ｃで１時間インキュベートし、ＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、５０μｌ／ウェルの抗κ、ＰＢＳ－Ｔにおいて２５°Ｃで１時間１０，０００倍に希釈したＨＲＰコンジュゲート（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ， Ｐｒｏｄ． ＃ ２０６０－０５， Ｌｏｔ ＃ Ｋ３１１４－Ｓ５０６Ｂ）を用いてインキュベートした。上記プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、５０μｌ／ウェルの１－Ｓｔｅｐ Ｕｌｔｒａ ＴＭＢ－ＥＬＩＳＡ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃ ３４０２８， Ｌｏｔ ＃ ＳＦ２４０５２２１）で展開した。その反応を２ＮのＨ２ＳＯ４の添加により終了させ、および、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘプレートリーダーを使用して、Ａ６５０およびＡ４５０を、Ｈ２ＳＯ４の添加前後にそれぞれ測定した。
キメラ５Ｃ３Ｄ１１の特徴付けおよび１２８３５のフィルター・リフト・アッセイ
フィルター・リフト・アッセイは、重鎖および軽鎖の発現の特徴付けを容易にし、かつビオチン化された抗原への結合を介したＦａｂ構築物の機能活性を検証するために開発された。フィルター・リフト・アッセイを用いて、各ファージがそれぞれ異なるプラークを生成する条件下で、菌叢をファージに感染させた（より低速で成長する細菌のゾーン）。その菌叢上にニトロセルロースフィルターを置き、発現されたＦａｂを補足した。その後、フィルターを、免疫グロブリンあるいはペプチドタグに対して向けられたビオチン化抗原および／または試薬を用いて調査することができる。
高力価ファージストックの希釈剤（典型的に１０６倍）を、０．３５ｍｌのコンフルエントな大腸菌株ＸＬ培養物および２０μｇ／ｍｌのテトラサイクリンと組み合わせた。その混合物を、３．５ｍｌのトップアガー（ルリア培地（Ｌｕｒｉａ ｂｒｏｔｈ）中の０．７％のバクトアガー（Ｂａｃｔｏ－ａｇａｒ））と結合し、ＬＢ寒天プレート（ルリア培地の１．５％のバクトアガー）上に重ねた。上記プレートを３７°Ｃで６～８時間インキュベートし、その時点で、ニトロセルロースフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ ８２ｍｍの直径、０．４５μｍの孔径、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｒｏｄ． ＃１０４０１１１６）を上に置き、そのプレートを２５°Ｃで１２～１５時間インキュベートした。上記フィルターを取り除き、ＰＢＳ中で簡単にすすぎ、絶えず撹拌しながら、２５°Ｃで２時間、５％のＭ－Ｐブロッキング溶液に移した。
その後、上記フィルターを３つの部分（軽鎖発現を評価するために１つ、重鎖発現を評価するために１つ、抗原結合を評価するために１つ）に切断した。各部分を一次検出試薬に移した：ヤギ抗ヒトκ、軽鎖の検出のために５％のＭ－Ｐ中で１０００倍に希釈されたＨＲＰコンジュゲート（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ， Ｐｒｏｄ． ＃ ２０６０－０５， Ｌｏｔ ＃ Ｋ３１１４－Ｓ５０６Ｂ）、ラット抗ＨＡ、重鎖の検出のために５％のＭ－Ｐ中で１０００倍希釈されたＨＲＰコンジュゲート（Ｒｏｃｈｅ， Ｐｒｏｄ． ＃ １２０１３８１９００１）、または５％のＭ－Ｐ中の所望の濃度のビオチン化抗原。
ビオチンで抗原を標識するために、５００μｇのヒトＴＬ１Ａ（Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ， Ｐｒｏｄ． ＃ ３０Ｒ－ＡＴ０７０， Ｌｏｔ ＃ Ａ１３１０２３０２）を、１ｍｇ／ｍｌの水に再撹拌した。水中での懸濁後に、タンパク質を、７５ｍＭのアルギニンを有する１０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ ８．５）に入れた。６５ｍＭのＮａＣｌを有する１０ｍＭのリン酸塩緩衝液（ｐＨ８．０）で平衡化された、７Ｋ ＭＷのカットオフ、５ｍｌのＺｅｂａ スピン脱塩カラム（Ｚｅｂａ ｓｐｉｎ ｄｅｓａｌｔｉｎｇ ｃｏｌｕｍｎ）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｐｒｏｄ． ＃ ８９８９１）を使用して、Ｔｒｉｓおよびアルギニンを緩衝液交換によって除去した。タンパク質を回収した後直に、それを、５：１モル濃度で、２５°Ｃで３０分間、ＥＺ－Ｌｉｎｋ Ｓｕｌｆｏ－ＮＨＳ－ＬＣ－Ｂｉｏｔｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｐｒｏｄ． ＃ ２１３２７）と組み合わせることにより、ビオチン化した。その反応を７５０ｍＭのアルギニンの添加によって終了させることで、７５ｍＭの最終濃度を達成した。その反応物を氷に移し、４°Ｃで保存した。
フィルターを、絶えず撹拌しながら２５°Ｃで２時間インキュベートし、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で５回洗浄した（各洗浄は、絶えず撹拌しながら２分間）。ビオチン化抗原でプローブされたフィルターを、１０ｍｌの高感度ニュートラアビジン（Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｎｅｕｔｒａｖｉｄｉｎ）、ＰＢＳ中の１％のＢＳＡにおいて５０００倍に希釈されたＨＲＰコンジュゲート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃３１０３０）に移し、２５°Ｃで１時間インキュベートした。その後、上記フィルターを、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で５回洗浄した（各洗浄は、絶えず撹拌しながら２分間）。すべてのフィルターは、１－Ｓｔｅｐ Ｕｌｔｒａ ＴＭＢ－Ｂｌｏｔｔｉｎｇ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃３７５７４）で展開した。
このアプローチを使用して、重鎖（図１Ａ）および軽鎖（図１Ｂ）の発現を実証した。さらに、フィルターを８ｎＭのビオチン化ヒトＴＬ１Ａでプローブすると、細菌が機能性Ｆａｂを発現していたことを示す染色が観察された（図１Ｃ）。
ＥＬＩＳＡによるＦａｂ結合の特徴付け
フィルター・リフト・アッセイは、抗原結合性の定性的評価を提供する。より定量的な方法で、キメラ５Ｃ３Ｄ１１の結合活性をヒト化構築物１２８３５と比較するために、ＥＬＩＳＡが開発された。９６ウェル Ｃｏｓｔａｒ－３３６６を、ＰＢＳ中の５０μｌ／ウェルの２μｇ／ｍｌのヒトＴＬ１Ａ（Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ， Ｐｒｏｄ． ＃ ３０Ｒ－ＡＴ０７０， Ｌｏｔ ＃ Ａ１３１０２３０２）で、４°Ｃで一晩コーティングした。上記プレートをＰＢＳ－Ｔで１回すすぎ、ＰＢＳ中の１００μｌ／ウェルの１％のＢＳＡ（１％のＢＳＡ）で、２５°Ｃで１時間遮断した。１％のＢＳＡを使用してＦａｂサンプルを３倍に段階希釈し、２５°Ｃで１時間インキュベートした（５０μｌ／ウェル）。上記プレートをＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、５０μｌ／ウェルの抗ヒトκ、１％のＢＳＡ中で１０，０００倍に希釈されたＨＲＰコンジュゲート（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ， Ｐｒｏｄ． ＃ ２０６０－０５， Ｌｏｔ ＃ Ｋ３１１４－Ｓ５０６Ｂ）を、２５°Ｃで１時間添加した。特定のアッセイ（拡張洗浄フォーマット）では、上記プレートを、大量のＰＢＳ－Ｔ（最大１Ｌ）中に入れ、混合しながら２～５時間インキュベートし、その後、抗ヒトκ、ＨＲＰコンジュゲートを添加した。上記プレートを、ＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、５０μｌ／ウェルの１－Ｓｔｅｐ Ｕｌｔｒａ ＴＭＢ－ＥＬＩＳＡ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃ ３４０２８， Ｌｏｔ ＃ ＳＦ２４０５２２１）で展開した。その反応を２ＮのＨ２ＳＯ４の添加により終了させ、および、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘプレートリーダーを使用して、Ａ６５０およびＡ４５０を、Ｈ２ＳＯ４の添加前後にそれぞれ測定した。マウスＴＬ１Ａへの結合を測定するために、同じプロトコルを使用したが、上記プレートを２μｇ／ｍｌのマウスＴＬ１Ａ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ， Ｐｒｏｄ． ＃７５３００４， Ｌｏｔ ＃ Ｂ２０４６９１）でコーティングし、Ｆａｂサンプルを２倍に段階希釈した。
キメラ５Ｃ３Ｄ１１ Ｆａｂの結合活性を、ヒト化１２８３５Ｆａｂと比較した（図２）。ＩｇＧフォーマット（二価）での５Ｃ３Ｄ１１とヒト化１２８３５の結合活性は類似して見えたが、Ｆａｂフォーマット（一価）での１２８３５の結合活性は、キメラＦａｂと比較して多少減少したことが観察された（図２）。この矛盾は、真の親和性（一価のフォーマット）対同様のアビディティー（二価のフォーマット）の違いを反映する。一価のアッセイフォーマットを使用すると、キメラＦａｂは、ヒト化１２８３５Ｆａｂよりも２～３倍高い親和性であるように見える。
リフトアッセイの捕捉
ニトロセルロースフィルター（Ｗｈａｔｍａｎ ８２ｍｍの直径、０．４５μｍの孔径、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｒｏｄ． ＃１０４０１１１６）を、１０ｍｌの１０ｍｇ／ｍｌのヤギ抗ヒトκ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｐｒｏｄ． ＃２０６０－０１） 上に、２５°Ｃで２時間浮かせた。上記フィルターを短時間水浸させた後、取り除き、２５°Ｃで２時間、１０ｍｌの５％のＭ－Ｐに移した。上記フィルターを５％のＭ－Ｐから取り除き、ＰＢＳで簡単に１回すすぎ、風乾させた。その後、上記フィルターを、わずかな変更を伴う上述されるフィルター・リフト・アッセイと同じ方法で処理した。簡潔に言えば、高力価ファージストック（典型的に、１０６倍）の希釈剤を、０．３５ｍｌのコンフルエントな大腸菌株ＸＬ培養物および２０μｇ／ｍｌテトラサイクリンと組み合わせた。その混合物を、３．５ｍｌのトップアガー（ルリア培地（Ｌｕｒｉａ ｂｒｏｔｈ）中の０．７％のバクトアガー（Ｂａｃｔｏ－ａｇａｒ））と結合し、ＬＢ寒天プレート（ルリア培地の１．５％のバクトアガー）上に重ねた。上記プレートを３７°Ｃで６～８時間インキュベートし、その時点で、あらかじめ処理されたニトロセルロースフィルター（上述される）を上に置き、上記プレートを２５°Ｃで１２～１５時間インキュベートした。上記フィルターを取り除き、ＰＢＳ中で簡単にすすぎ、５％のＭ－Ｐ中の所望の濃度のビオチン化抗原に移した。上記フィルターを、絶えず撹拌しながら２５°Ｃで２時間インキュベートし、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で５回洗浄し（各洗浄は、絶えず撹拌しながら２分）、１０ｍｌの高感度ニュートラアビジン、ＰＢＳ中の１％のＢＳＡにおける５０００倍に希釈されたＨＲＰコンジュゲート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃３１０３０）に移し、２５°Ｃで１時間インキュベートした。その後、上記フィルターを、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で５回洗浄した（各洗浄は、絶えず撹拌しながら２分間）。フィルターはすべて、１－Ｓｔｅｐ Ｕｌｔｒａ ＴＭＢ－Ｂｌｏｔｔｉｎｇ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃３７５７４）で展開した。図３に示されるような展開されたフィルターは、ＴＬ１Ａに対する５Ｃ３Ｄ１１の高感度およびアビディティーを実証する。
１８－７および２１－３を含む複数の活性なヒト化クローンを同定するための、１２８３５からのマウスフレームワーク残基の除去
Ｋｕｎｋｅｌ突然変異誘発Ｋｕｎｋｅｌ ＴＡ １９８５． ＰＮＡＳ ８２：４８８－４９２）を使用して、マウスフレームワーク残基を除去した。簡潔に言えば、一本鎖Ｍ１３プラスミドを単離し、マウスフレームワーク残基の代わりに、ヒトをコードする変異導入用合成オリゴヌクレオチド（ｍｕｔａｇｅｎｉｃ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）でＤＮＡ複製のために刺激した。円を完成するために伸長した後、細菌の形質転換は、野生型（類がないマウスフレームワーク残基）プラスミドと突然変異した（ヒトフレームワーク残基）プラスミドの混合物をもたらした。突然変異誘発を複数の部位で同時に行い、マウスフレームワークとヒトフレームワークの突然変異の様々な組み合わせを含有しているクローンの混合物を含む小さなコンビナトリアルライブラリーを生成した。その後、その混合物をプレーティングし、捕捉リフトによってスクリーニングして、最も活性なフレームワークの組み合わせを同定した。
ＤＮＡ配列決定によって特徴付けられるライブラリークローン
Ｆａｂを大腸菌中で発現させ、ＥＬＩＳＡによって定量化し、および、固定化抗原に対して滴定することにより、結合活性をＥＬＩＳＡによって評価した。Ｆａｂの発現、ペリプラズム画分の単離、Ｆａｂ発現の定量化、およびＥＬＩＳＡによる抗原への結合をすべて、上述されるように行った。
このアプローチを使用して、異なる数のマウスフレームワーク残基を含有している複数の活性なクローンを同定した。様々な数の活性なクローンの例およびマウスフレームワーク残基の位置が、表３に要約されている。
ＣＤＲ移植構築物の合成
同定されたクローンの２つである１８－７と２１－３は、２つのマウスフレームワーク逆突然変異しか含有していなかった。クローン１８－７の軽鎖はマウスフレームワーク残基を含有しておらず、クローン２１－３の重鎖はマウスフレームワーク残基を含有していなかった。フレームワークコンビナトリアルライブラリーのスクリーニングは、ＣＤＲ移植変異体（重鎖および軽鎖の両方においてマウスフレームワーク残基がない）を同定しなかった。比較のために、Ｋｕｎｋｅｌ突然変異誘発を使用してＣＤＲ移植変異体を合成し、比較し、その結合活性をＥＬＩＳＡによって特徴付けた。ＣＤＲ移植構築物は抗原に結合したが、ヒト化１２８３５の変異体は、抗原に対するより強力な結合を一貫して示した（図４Ｂ）。
表３に示されるようなマウスフレームワーク残基の逆突然変異を作った後、重鎖可変領域フレームワーク１－３は、ヒト生殖系列ＩＧＨＶ１－４６＊０１、ＩＧＨＶ１－４６＊０２、およびＩＧＨＶ１－４６＊０３と同一であり、軽鎖可変領域フレームワークは、ヒト生殖系列ＩＧＫＶ３－２０＊０１と同一であった。
加えて、新規な重鎖可変領域がヒト生殖系列ＩＧＨＶ１－３＊０１に相同であるように、様々な逆突然変異を重鎖可変領域の第３のフレームワークに導入した（ＶＨ ＳＥＱ ＩＤ ５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、および５４１を参照）。総称して、これらの逆突然変異を含有しているクローンは、代替フレームワーク変異体（ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｖａｒｉａｎｔｓ）と呼ばれる。
代替ＥＬＩＳＡフォーマットでのヒト化変異体の特徴付け
クローンの相対的な発現レベルにかかわらず、異なる培養物から単離された異なるＦａｂクローンの相対親和度の迅速かつ直接的な比較（希釈系列が必要とされない単一のウェルの決定）を可能にする代替フォーマットを使用して、複数のＦａｂ変異体をＥＬＩＳＡによって特徴付けた（Ｗａｔｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ． １９９７， Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２５３）。異なる発現レベルにもかかわらず、プレートが異なるＦａｂで飽和しているため、このアッセイは、変異体の相対的な結合強度のより定量的な比較を可能にする。したがって、Ｆａｂ定量化アッセイにおける多様性（ｖａｒｉａｔｉｏｎ）によって引き起こされた、結合プロファイルのわずかな差が除去される。簡潔に言えば、９６ウェル Ｃｏｓｔａｒ－３３６６プレートを、５０μｌ／ウェルの２μｇ／ｍｌヤギ抗ヒトκ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｐｒｏｄ． ＃２０６０－０１）で、２５°Ｃで２時間コーティングし、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で１回洗浄し、５０μｌ／ウェルのサンプルＦａｂで２５°Ｃで２時間インキュベートした。上記プレートを、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で４回洗浄し、ビオチン化抗原の５０μｌ／ウェルの系列希釈を用いて、２５°Ｃで２時間インキュベートした。ビオチン化抗原の調製物は上述されている。上記プレートを、ＰＢＳ－０．０５％のＴｗｅｅｎ ２０で４回洗浄し、５０μｌ／ウェルの高感度ニュートラアビジン、ＰＢＳ中の１％のＢＳＡで５０００倍希釈されたＨＲＰコンジュゲート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃３１０３０）で、２５°Ｃで１時間インキュベートした。上記プレートを、ＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、５０μｌ／ウェルの１－Ｓｔｅｐ Ｕｌｔｒａ ＴＭＢ－ＥＬＩＳＡ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｒｏｄ． ＃ ３４０２８， Ｌｏｔ ＃ ＳＦ２４０５２２１）で展開した。その反応を２ＮのＨ２ＳＯ４の添加により終了させ、および、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘプレートリーダーを使用して、Ａ６５０およびＡ４５０を、Ｈ２ＳＯ４の添加前後にそれぞれ測定した。
キメラＦａｂは、代替ＥＬＩＳＡフォーマットにおいて、ＣＤＲ移植Ｆａｂよりも強力に抗原に結合する（図５、白丸と黒丸を比較）。ヒト化１２８３５クローンは、キメラと比較して結合がわずかに減少し（白三角形と白丸を比較）、その後に、クローン１８－７および２１－３が続く。クローン２１－３の結合は、ＣＤＲ移植変異体に最も類似し、このことは、マウス重鎖フレームワーク逆突然変異の１つが、親（野生型）ＣＤＲとの完全な結合活性を維持するのに重要であり得ることを示唆している。
実施例２：最適化されたＣＤＲを有する抗ＴＬ１Ａ抗体の生成および特徴付け
ＣＤＲ移植構築物（完全なヒト、生殖系列フレームワーク）の結合活性を回復および改善することができるＣＤＲ突然変異を同定するために、標的アミノ酸をコードするコドンがＮＮＫと取り替えられた縮重オリゴヌクレオチドを使用して、Ｋｕｎｋｅｌ突然変異誘発によって全６つのＣＤＲの各位置（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）をそれぞれ変異誘発した。最初に、１つのライブラリをＨＣＤＲ３およびＬＣＤＲ３の各位置で合成した。３２のコドン／２０のアミノ酸／１の終止コドンの理論的多様性を有するこれらの位置ライブラリを、捕捉リフトによってスクリーニングした。ある場合では、各位置をそれ自体でスクリーニングした（ライブラリの理論的多様性は３２と等しい）が、他の場合では、特定のＣＤＲの位置をプールし、ＣＤＲライブラリとしてスクリーニングした（ライブラリの理論的多様性は、プールされた位置の数の３２倍と等しい；例えば、ＨＣＤＲ３は７つの位置からなり、したがって、理論的なライブラリのサイズは、３２×７＝２２４メンバーであった）。ライブラリを、１５～１，０００ｐＭの範囲のビオチン化されたヒトＴＬ１Ａの濃度でスクリーニングした。陽性プラークを選んで配列決定した。上述のように、Ｆａｂを発現させ、ペリプラズム画分から単離し、ＥＬＩＳＡによって特徴付けた。ＬＣＤＲ３ならびにＨＣＤＲ３の初期スクリーンのいくつかについて、捕捉リフトスクリーニング、ＤＮＡ配列決定、およびＥＬＩＳＡによる相対的な結合活性の要約が表４と５にそれぞれ示される。全６つのＣＤＲのより徹底的な捕捉リフトスクリーニングの結果が、表６～１２に要約される。
加えて、代替重鎖可変領域フレームワークを使用して構築されたＬＣＤＲ３およびＨＣＤＲ３のライブラリを作り、捕捉リフトによってスクリーニングした（表１３および１４）。代替フレームワーク上に構築されたＣＤＲライブラリのスクリーニングは、ＶＨ１－４６＊０１フレームワーク上で同定されたいくつかの突然変異を同定しただけでなく、以前は同定されなかった新規な突然変異も同定した（例えば、重鎖ＣＤＲ３ Ｌ９８Ｓ、Ｖ１０２Ｈ、Ｖ１０２Ｆ、ならびに軽鎖ＣＤＲ３ Ｓ９２Ａ、Ｓ９２ＦとＳ９２Ｙ）。
実施例３．突然変異した（Ｓ９３）重鎖を使用した、最適化されたＣＤＲを有する抗ＴＬ１Ａ抗体の生成および特徴付け
ＣＤＲ移植重鎖（ＣＤＲ移植された、および２１－３）を含有しているクローンは、重鎖位置９３でマウス逆突然変異（Ｓ）を含有していたクローンよりも低い結合活性を有していた。この理由のために、さらなるＨＣＤＲ３ライブラリを構築した。すべての位置の縮重オリゴヌクレオチドを突然変異誘発に先立って混合することを除いて、ライブラリを上記の通りに構築し、および、各位置を別々に調べるのとは対照的に、ライブラリを合成してプールとして発現させた。Ｌ８重鎖骨格（Ｓ９３Ａ）上で実施されたＨＣＤＲ３の位置スクリーニングと同様に、ＨＣＤＲ３の位置１０２は、捕捉リフトフォーマットにおいて抗原結合性を増強した複数の突然変異をもたらした。重鎖Ｓ９３鋳型に基づくＨＣＤＲ３ライブラリのスクリーニングは、重鎖Ａ９３鋳型上で同定されたいくつかの突然変異を同定したが、以前は同定されなかった新規な突然変異（例えば、重鎖ＣＤＲ３ Ｖ１０２ＩおよびＶ１０２Ｙ）も同定した。捕捉リフトスクリーニングおよびＤＮＡ配列決定の要約を表１５に示す。
実施例４．潜在的配列のライアビリィティの特定およびエンジニアリング
既知のＰＤＢ抗体構造に基づく、ＣＤＲ移植構築物Ｌ８の可変領域の構造的相同性モデルを、分子操作環境（ＭＯＥ）２０１８．０１ソフトウェア（Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ， Ｍｏｎｔｒｅａｌ， Ｃａｎａｄａ）を使用して作った。上記モデルおよびＢｉｏＭＯＥ予測アルゴリズムを使用して、配列ライアビリィティ評価を実施した。加えて、既知の潜在的に不安定な配列モチーフに基づいた潜在的配列ライアビリティについて、変異体１２８３５およびＬ８を分析した（Ｊａｒａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｐｈａｒｍ． Ｓｃｉ． １０４：１８８５－１８９８ （２０１５）； Ｓｙｄｏｗ ｅｔ ａｌ．， ＰＬＯＳ ＯＮＥ ９：ｅ１００７３６ （２０１４）； ＶｌａｓａｋおよびＩｏｎｅｓｃｕ ｍＡｂｓ ３：２５３－２６３ （２０１１））。これらのアプローチを使用して、複数の残基を、以下を含む潜在的に不安定なものとして同定した：軽鎖Ｍ３３、Ｗ３５、Ｗ４７、Ｗ９１、およびＮ９４；重鎖Ｄ３１Ｔ３２、Ｍ３４、Ｄ５２Ｐ５２ａ、Ｍ６９、およびＷ１０３（表１７に要約される；ＦＲはフレームワークを指定する）。
ＣＤＲ内にあるすべての潜在的に不安定な部位での徹底的な捕捉リフトスクリーニングを実施して、抗原結合を保ちながら、これらの残基を除去することができるアミノ酸置換を同定した。一例として、１つのスクリーンを軽鎖ＣＤＲ３ Ｎ９４（潜在的な脱アミド部位）に集中させた。ＬＣＤＲ３位置９４の初期の捕捉リフトスクリーンは、野生型の配列に対して増強された親和性を示した突然変異を同定しなかった。したがって、これらの潜在的に不安定な残基を除去するための容認可能な突然変異を同定するべく、初期の捕捉リフトスクリーンの条件を変更した。特に、野生型配列がシグナルを提供しなかった濃度の抗原でスクリーニングを行う代わりに、抗原濃度を上げて、野生型配列を発現するクローンをリフト上で目に見えるようにした。このようにして、野生型配列に類似する親和性で結合するが、問題のある残基を除去する変異体を同定することができる。
ＬＣＤＲ３位置９４ライブラリについて、およそ３，０００のクローンをプレーティングし、捕捉リフトによって分析した。１０００ｐＭのヒトＴＬ１Ａを使用して捕捉リフトをスクリーニングし、８つの最も暗い染色強度と６つのより明るい染色強度を示すプラークを選択し、配列決定した。その結果を表１６にまとめた。予想通りに、上記最も暗い染色プラークのうち２つは、野生型残基であるＮ９４を発現した。しかし、他の６つの暗い染色プラークはＴ９４を発現し、このことは、変異体Ｎ９４Ｔが野生型配列の結合親和性を大部分維持し、潜在的脱アミド部位を除去することを示している。加えて、より明るい染色プラークから、５つの異なる配列を同定した。これらはＤ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、およびＳを含んでいた。これらの代替配列はまた、親和性が野生型配列より多少低い可能性があるが、別の場所で同定された他の、より高い親和性突然変異と結合すると、すべてがＮ９４の代わりとして機能することができる。
実施例５．大腸菌における増強された発現を与える突然変異の同定
捕捉リフトによるＣＤＲライブラリのスクリーニング中に同定された特定の突然変異は、ＥＬＩＳＡフォーマットにおいて、増強された結合を常に示すわけではないが、可溶性Ｆａｂを他の変異体より高いレベルで細菌の細胞膜周辺腔において一貫して発現した。特に、この現象は、重鎖ＣＤＲ２位置Ｖ６５（Ｖ６５Ｇ、Ｖ６５Ｔ、およびＶ６５Ｋ）および軽鎖ＣＤＲ１位置Ｒ２４（Ｒ２４Ｇ）で観察された。これらの結果は驚くべきものであった。なぜなら、捕捉リフトスクリーニングフォーマットは、様々な発現レベルの影響を最小限に抑えるように構成される一方で、シグナル強度に対する親和性の影響を最大化するからである。結果的に、その突然変異が、哺乳動物の発現系での無傷の免疫グロブリンとして発現される候補に発現および／または熱安定性の利点を与えるか否かを決定するために、これらの突然変異に注目し、親和性を増強した突然変異を含んでいた後のコンビナトリアルライブラリーに統合した。
実施例６．コンビナトリアルＨＣＤＲ３ならびにＬＣＤＲ３突然変異を有する抗ＴＬ１Ａ抗体の生成および特徴付け
ＨＣＤＲ３とＬＣＤＲ３の両方における有益突然変異（ｂｅｎｅｆｉｃｉａｌ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ）の初期の同定に基づいて、さらなるライブラリを合成し、発現させ、スクリーニングして、結合親和性をさらに改善することができる独立した突然変異の組み合わせを同定した。位置の走査において同定された突然変異のサブセットをコードするオリゴヌクレオチドを使用して、上記ライブラリを２つの部位の突然変異誘発によって構築した。野生型残基をコードするオリゴヌクレオチドも含まれていた。このコンビナトリアルライブラリーは、３０の異なる変異体：野生型（突然変異なし）、単一突然変異（表４および５に示されるような位置スクリーンで同定された変異体と重複）を含む９つの変異体、および２０の固有の組み合わせを含有していた。２００ｐＭの抗原での捕捉リフトスクリーニングは、２１の活性なクローンを同定した。２１のクローンのＤＮＡ配列決定は、他の組み合わせよりも特定の組み合わせを頻繁に同定した（表１８）。
その後、複数のコンビナトリアルライブラリーを合成し、発現させ、スクリーニングした（以下に詳細）。一般的に、これらのライブラリは、親和性を改善すると同定された突然変異（実施例２および３）を、潜在的に不安定な残基を改変した突然変異（実施例４）、および増強された熱安定性／発現を潜在的に与えた突然変異（実施例５）と組み合わせた。コンビナトリアルライブラリーを、複数のＥＬＩＳＡフォーマットでスクリーニングして、さらなる開発のために最良の特性（親和性、選択性、膜結合性ＴＬ１Ａへの結合、開発可能性）を有するクローンを同定した。表１９～２２に要約されるように、様々なＶＨ生殖系列鋳型を利用して、最適化された多様なＣＤＲ配列を有する複数の変異体を同定した。
表１９～２２に示されるＣＤＲを有するＦａｂを、複数のフォーマットでヒトＴＬ１Ａへの結合について試験した。初めに、ヒトＴＬ１ＡをＥＬＩＳＡプレートの表面上で固定化し、図８および９に示されるように可溶性Ｆａｂ変異体を滴定した。次に、一定（飽和）量の溶解可能なＦａｂ変異体を、ＥＬＩＳＡプレートの表面上で捕捉し、図１０～１３に示されるように、可溶性のビオチン化されたヒトＴＬ１Ａを滴定した。両方のＥＬＩＳＡフォーマットでは、Ｆａｂ変異体はすべて、ヒトＴＬ１Ａに結合し、ＣＤＲ移植変異体であるＬ８に対して、有意に増強された結合を示した。加えて、変異体はすべてよく結合したか、または異体１２８３５と比べてより良く結合した一方で、フレームワーク中にマウス逆突然変異を持っていないか、あるいは有意に少ないマウス逆突然変異を有していた。その結果、これらの実験は、高い結合親和性と、ヒト生殖系列Ｉｇ配列への高い相同性の両方を示した、抗ＴＬＩＡ可変領域の１セットを明らかにした。
すべてのＦａｂ変異体を、膜結合性ヒトＴＬ１Ａに結合について試験した。これらの試験では、ヒトＴＬ１ＡでトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞株を使用した。膜結合型ヒトＴＬ１Ａを発現する２９３の細胞を、５％のＣＯ２を有する３７°Ｃのインキュベータにおいて、Ｌ－グルタミン、グルコース、ピルビン酸ナトリウム、およびフェノールレッド（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ ｃａｔ＃１１９９５－０６５）と、１０％のウシ胎仔血清、１Ｘペニシリン・ストレプトマイシン（Ｆｉｓｈｅｒ ｃａｔ＃１５１４０１２２）、および２μｇ／ｍｌのピューロマイシン（Ｇｉｂｃｏ ｃａｔ＃Ａ１１１３８－０３）を含むＤＭＥＭ中で維持した。アッセイの３日前に、Ｔ－７５フラスコがアッセイの日に９０－９５％のコンフルエントであるように、そのフラスコに３×１０６の細胞を播種した。培地を吸引し、細胞単層を５ｍｌのＰＢＳで優しく洗浄した。上記単層に対して、１０ｍｌの氷冷の１％のＢＳＡ／ＰＢＳを繰り返しピペッティングすることによって、付着細胞を除去した。細胞を計数し、分析される各サンプルについて５×１０５を等分した。上記細胞を、３００ｘｇで、４°Ｃで、５分間遠心分離機にかけることにより集め、洗浄液を廃棄した。上記細胞を、１％のＢＳＡ／ＰＢＳ中で希釈された１００μｌのＦａｂあるいはＩｇＧにおいて再撹拌し、氷上に３０分間置いた。次に、上記細胞を１ｍｌの１％のＢＳＡ／ＰＢＳで洗浄し、３００ｘｇで、４°Ｃで、５分間遠心分離機にかけることにより集めた。洗浄液を廃棄し、ＢＳＡ／ＰＢＳにおいて１：２００に希釈された１００のμｌの二次ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトκＦＩＴＣ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ ｃａｔ＃２０６２－０２）またはヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトＩｇＧ ＰＥ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ ｃａｔ＃２０４３－０９）コンジュゲートを添加した。細胞を３０分間の氷上に置いた。最後に、細胞を３００ｘｇで、４°Ｃで、５分間遠心分離機にかけることにより集め、１ｍｌのＢＳＡ／ＰＢＳで洗浄した。洗浄液を除去し、細胞を５００μｌの１％のＢＳＡ／ＰＢＳにおいて再撹拌した。１つのサンプルごとに１滴のＳｙｔｏｘ ＡＡＤｖａｎｃｅｄ ＲｅａｄｙＦｌｏｗ試薬（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ ｃａｔ＃Ｒ３７１７３）を添加し、サンプルをＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で分析した。図１４に示されるように、変異体はすべて、膜結合性ヒトＴＬ１Ａに結合した。
次に、すべてのＦａｂ変異体を、他のＴＮＦＳＦメンバーであるＴＲＡＩＬ、ＬＩＧＨＴ、およびＦａｓに対するヒトＴＬ１Ａの選択性について特徴付けた。簡潔に言えば、ＥＬＩＳＡプレートを、４°ＣでＰＢＳ中の１μｇ／ｍｌの５０μｌ／ウェル抗原（Ｆａｓ／ＴＮＦＳＦ６， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， ｃａｔ． ｎｏ． １２６－ＦＬ／ＣＦ； ＴＲＡＩＬ／ＴＮＦＳＦ１０， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， ｃａｔ． ｎｏ． ３７５－ＴＬ／ＣＦ； ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， ｃａｔ． ｎｏ． ６６４－ＬＩ／ＣＦ）で一晩コーティングした。上記プレートを、ＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、１００のμｌの１％のＢＳＡ／ＰＢＳでブロックした。上記ブロックを廃棄し、Ｆａｂ変異体または対照抗体（Ｆａｓ／ＴＮＦＳＦ６， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， ｃａｔ． ｎｏ． ＡＦ１２６； ＴＲＡＩＬ／ＴＮＦＳＦ１０， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， ｃａｔ． ｎｏ． ＡＦ３７５； ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， ｃａｔ． ｎｏ． ＡＦ６６４）を、５０μｌの１％のＢＳＡ／ＰＢＳにおいて滴定し、２５°Ｃで１時間インキュベートした。上記プレートを、ＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＨＲＰ標識二次抗体（ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ＨＲＰ－ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ）（１％のＢＳＡ／ＰＢＳ中で５，０００倍に希釈）を、２５°Ｃで１時間添加した。上記プレートをＰＢＳＴで３回洗浄した。図１５～２０に示されるように、変異体のいずれも、関連するファミリーメンバーへの検出可能な結合を示しておらず、このことは、ヒト生殖系列フレームワーク鋳型を使用してより高い親和性を操作しながら、ヒトＴＬ１Ａ対他のＴＮＦＳＦファミリーメンバーの選択性を維持したことを示している。
実施例７：様々なＩｇＧ定常領域上で発現された、選択されたヒト化変異体の特徴付け
上の表１９ならびに２０からの、クローン１４、１７Ｌ、２３、３４、４７、および５３の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を、κ軽鎖定常領域、および修飾ＩｇＧ１またはＩｇＧ２の重鎖骨格のそれぞれへとクローン化した。修飾ＩｇＧ１骨格およびＩｇＧ２を選択し、抗体の潜在的なエフェクター機能を減少させた。一過性発現および精製の特徴を以下の表２３に示す。これらの変異体では、そのすべてが、ＩｇＧ２よりも修飾ＩｇＧ１としてより良く発現した。さらに、得られた収率は、細菌中の発現に対する特定の突然変異の影響に関して行われた観察と一致していた（実施例５を参照）。特異的に、最も高く発現する変異体１４、３４、および４７がすべて、重鎖ＣＤＲ２ Ｖ６５Ｇ、Ｖ６５Ｔ、またはＶ６５Ｋで突然変異を含有していたが、最も低く発現する変異体１７Ｌ、２３、および５３は突然変異を含有していなかった。
一般的に、抗原でコーティングされたプレートに結合するＥＬＩＳＡ（図２１）によって、および可溶性のビオチン化された抗原のＥＬＩＳＡ捕捉（図２２）によって評価されるように、両方のフォーマットにおいて（修飾ＩｇＧ１およびＩｇＧ２）ヒトＴＬ１Ａへのすべての変異体の結合が保たれた。加えて、膜結合性ヒトＴＬ１Ａへの結合は、ＩｇＧ２（図２３）として発現された場合の変異体５３を例外として、すべての変異体で保たれた。最後に、いずれのクローンも、ＴＮＦＳＦファミリーメンバーであるＦａｓ、ＴＲＡＩＬ、またはＬＩＧＨＴへの認識できる結合を示さなかったため、ヒトＴＬ１Ａ対他のＴＮＦＳＦメンバーの選択性が維持された（図２４）。
実施例８：全血アッセイにおける効能と種の選択性の特徴付け
ＩｇＧ１（改変）およびＩｇＧ２として発現された、本明細書に記載される変異体の中和活性および効力を、健康なドナーを使用して、ヒト全血アッセイにおいて試験した。このアッセイは、Ｃａｓｓａｔｅｌｌａ ｅｔ ａｌ．， “Ｓｏｌｕｂｌｅ ＴＮＦ－ｌｉｋｅ ｃｙｔｏｋｉｎｅ （ＴＬ１Ａ） ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ ｍｏｎｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ” Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００７ Ｊｕｎ １； １７８（１１）：７３２５－３３を変更したものであり、および、ＴＬ１Ａおよびその受容体ＤＲ３がアップレギュレートならびに活性化される条件下でのＩＦＮ－γの産生を測定した。このアッセイでは、可溶性で膜結合性のＴＬ１Ａが産生される。このアッセイの結果により、大腸炎のマウスモデルにおけるインビボでの結果と相関することが示された。Ｔａｋｅｄａｔｓｕ， “ＴＬ１Ａ （ＴＮＦＳＦ１５） ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｃｈｒｏｎｉｃ ｃｏｌｉｔｉｓ ｂｙ ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ ｂｏｔｈ Ｔ－ｈｅｌｐｅｒ １ ａｎｄ Ｔ－ｈｅｌｐｅｒ １７ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ． ２００８ Ａｕｇ； １３５（２）： ５５２－５６７．を参照。
簡潔に言えば、９６ウェルプレートを、ＰＢＳ中のヒトガンマグロブリンで、４°Ｃで一晩コーティングし、ＰＢＳで洗浄し、２５°Ｃで、少なくとも１時間抗ヒトＩｇＧ（Ｆｃフラグメント特異的）でインキュベートして、免疫複合体（ＩＣ）を生成した。使用する直前に、上記プレートをＰＢＳで３回洗浄した。採取された血液サンプルをＩＬ－１２およびＩＬ－１８で処理し、抗体をサンプルにおいて滴定し、サンプルをプレートに添加し、３７°Ｃで２４時間静置した。次に、１００μｌのＰＢＳ／５％のＢＳＡを各ウェルに添加し、混合した。上記プレートを５００ｇで５分間遠心分離機にかけ、その後、ＩＦＮ－γ測定のために～１５０μｌの希釈された血漿を集めた。血液の割合が高い（９５％）ため、プレートからの細胞血漿の収集をより容易にするために、ＰＢＳを添加した。値が標準曲線の直線範囲内にあることを確実にするために、すべてのサンプルを希釈する。すべての変異体は、ＩｇＧのフォーマット（修飾ＩｇＧ１またはＩｇＧ２）にかかわらず、ＩＦＮ－γ産生の強力な阻害を示した（表２４）。比較のために、マウス親抗体５Ｃ３Ｄ１１およびヒト化１２８３５の典型的なＩＣ５０値は、それぞれ１．３８±０．９５ｎＭ（ドナーｎ＝１６）および９．２８±１０．７１ｎＭ（ドナーｎ＝４）である。
次に、カニクイザルＴＬ１Ａを有する最適化されたヒト化変異体の交差反応性を評価するために、カニクイザルから得られた血液を使用して、サンプルを同じアッセイで評価した。完全な滴定を実施するのではなく、上記アッセイを、単一の濃度（１０ｎＭ）で変異体を試験したことを除いて、ヒト全血を利用したアッセイと同様に実施した。すべての変異体はＩＦＮ－γ産生を阻害したが、変異体４７および５３は、変異体１４、２３、または３４、およびマウス５Ｃ３Ｄ１１の程度までは阻害しなかった（図２５）。これらのデータは、最適化されたヒト化変異体が、カニクイザルＴＬ１Ａへの交差反応性を保ったことを実証する。
ＴＬ１Ａ抗体の中和も、エフェクターがないＩｇＧ１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２に示される）分子としてフォーマットし、ＣＨＯ細胞から発現させて精製し、上述のようなヒト（図２６Ａ－Ｃ）およびカニクイザル（図２７Ａ－Ｃ）の全血を使用して、効力検定で試験した。結果を以下の表２５に要約する。
これらの実験では、すべての変異体が活性かつ強力であることが立証され、変異体１４および３４は、典型的に、ヒト血液で最も大きい効力を示す。すべての変異体は、カニクイザル血液を使用して強力になる。変異体１４、２３、および３４は、ヒトおよびカニクイザルＴＬ１Ａと同様の効力を示し、その一方で、変異体５３は、ヒトＴＬ１Ａに対して～２倍より大きな効力を示す。
実施例９：競合アッセイ
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用する結合競合アッセイを実施して、試験抗ＴＬ１Ａ抗体が、本明細書に記載される任意の抗ＴＬ１Ａ抗体と同じＴＬ１Ａ上の領域に結合するか否かを評価した。
Ｂｉａｃｏｒｅ ２０００または３０００機器を使用して、参照抗体を、カルボキシメチル化したデキストラン・センサチップ表面（ＣＭＳ）上へのアミン結合（ａｍｉｎｅ ｃｏｕｐｌｉｎｇ）によって直接固定化した。少なくとも１００の応答単位（ＲＵ）の固定化された抗体上の結合レベルを達成するために、８．１ｍＭのＮａ２ＨＰＯ４、１．４７ｍＭのＫＦ２ＰＯ４、ｐＨ７．２、２３７ｍＭのＮａＣＩ、２．７ｍＭのＫＣＩ、３．４ｍＭのＥＤＴＡ、および０．０１％のＴｗｅｅｎ ２０（ＰＢＳ－ＮＥＴ）において１０ｎＭに希釈された、組換え可溶性ヒトＴＬ１ＡまたはマウスＴＬ１Ａが、１０ＲＩ／分の流量で、約１分間注入される。その後、ＴＬ１Ａ上の潜在的な結合部位をすべて飽和させるために、参照抗体を３０ｎＭで５分間注入する。参照抗体を繰り返し注入することで、この飽和を確認する。次に、対照としてのＰＢＳ－ＮＥＴまたはＰＢＳ－ＮＥＴ中の試験抗体を単独で、３０ｎＭで５分間注入する。試験抗体が第１の抗体で飽和したＴＬ１Ａに結合する場合、これは、参照抗体と比較して、試験抗体がＴＬ１Ａ上の非競合部位に結合することを示す。試験抗体が飽和したＴＬ１Ａに結合しない場合、これは、２つの抗体が同じ領域に結合するか、またはＴＬ１Ａへの結合と競合することを示す。この戦略は繰り返すことができ、試験抗体を固定化し、および、試験抗体がＴＬ１Ａと結合した後に参照抗体を注入する。各サイクルが反復され得る。各サイクルの終わりに、固定化された抗体表面を、３ＭのＭｇＣｌ２の３０秒のパルスによって、または０．１％のＴＦＡと、その後のＰＢＳ－ＮＥＴの２回の連続する１５秒のパルスによって、再生成する。注入はすべて、１０Ｈｚの採取率（ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｒａｔｅ）で２５°Ｃで実施する。すべてのセンサーグラムが、制御表面（ｃｏｎｔｒｏｌ ｓｕｒｆａｃｅ）および緩衝液注射の両方を使用することにより、二重参照される。
ＳＰＲを使用する他の結合競合アッセイを実施して、試験抗ＴＬ１Ａ抗体が、本明細書に記載される抗ＴＬ１Ａ抗体と同じＴＬ１Ａ上の領域に結合するか否かを評価する。参照抗体を、アレイにわたって３つあるいは４つの様々な密度で結合されたアミンによって、ＳＰＲチップに固定化する。増加する濃度系列でＴＬ１Ａタンパク質を注入して、競合ビニング（ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｏｎ ｂｉｎｎｉｎｇ）実験中の速度論的パラメーターおよび注入のための適切な濃度を推定した。ビニング実験のための最適な抗原濃度が決定されると、再生条件（典型的に短時間の低いｐＨ注入）を評価して、ビニングアッセイのサイクル間の再生に最適な条件を確立する。
ビニングは予備混合アプローチを用いて実施され、そのアプローチでは、アレイ上に、中程度の濃度のＴＬ１Ａが単独で注入されるか、または飽和抗体濃度（例えば、３０－５０μｇ／ｍＬ）の試験抗体にあらかじめ複合化された状態で注入される。試験抗体が固定化され、参照抗体がＴＬ１Ａにあらかじめ複合化されるようにアッセイを実施することができる。固定化された抗体の固有の領域に結合するクローンは、シグナルの増加をもたらす一方、競合的なクローンは抗原結合性シグナルを減少させる。すべてのクローンが、リガンドと分析物の両方として試験されるように、競合アッセイを実行する。
実施例１０：他の抗ＴＬ１Ａ抗体に結合する５Ｃ３Ｄ１１の比較
２つのエピトープビニング試験を実施して、表２６に示されるように、５Ｃ３Ｄ１１および１２８３５によって認識されるエピトープを、１Ｄ１、１６８１、１Ｂ４、および１Ａ９を含む他のＴＬ１Ａ抗体によって認識されるエピトープと比較した。
アビディティー効果を最小限に抑えるために、第１の試験で平面のカルボキシメチルデキストラン表面センサチップを使用し（Ｘａｎｔｅｃ Ｐｒｏｄ． ＃ＳＰＭＸＣＭＤＰ）、第２の試験でＨＣ３０Ｍセンサチップを使用した（Ｘａｎｔｅｃ Ｐｒｏｄ． ＃ＳＰＭＸＨＣ３０Ｍ）。連続フローマイクロスポッティングのための泳動緩衝液（ｒｕｎｎｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ）はＨＢＳ－ＥＰ＋であり、流量は６５μｌ／分であった。１００ｍＭのＭＥＳ、ｐＨ５．５において、チップを、１８ｍＭのＥＤＣおよび４．５ｎＭのｓｕｌｆｏ－ＮＨＳで７分間活性化した。その後、抗体を２つの複製プリント（ｒｅｐｌｉｃａｔｅ ｐｒｉｎｔｓ）で１５分間固定化した。上記抗体を、１０ｍＭの酢酸塩（ｐＨ４．５）中の１０μｇ／ｍｌに希釈した。上記抗体を、プレート全体の３つの場所で３倍の系列希釈で滴定し、異なるスポット密度の濃度系列を確立した。各抗体を８回、つまり４回希釈の各々で２回、スポットした。これにより、１０×８アレイを作製した。残りの活性基を、１Ｍのエタノールアミン（ｐＨ８．５）を使用して、７分のクエンチで中和した。抗原がホモ三量体タンパク質であり、およびＩｇＧが二価性であるため、予備混合条件を使用してエピトープビニングを実施した。
第１のエピトープビニング試験－ＴＬ１Ａを５０ｎＭ（３．３μｇ／ｍｌ）の最終濃度で調製し、３３３ｎＭ（５０μｇ／ｍｌ）の分析物（溶液相抗体）、あるいは泳動緩衝液（対照）と混合した。ＩｇＧフォーマットでのサンプルでは、５０μｇ／ｍｌは３３３ｎＭであり、Ｆａｂフォーマットでのサンプルでは、５０μｇ／ｍｌは１μＭである。混合サンプルをアレイ上に５分間注入し、Ｐｉｅｒｃｅ ＩｇＧ溶出緩衝液および５ＭのＮａＣｌ（１Ｍの最終濃度）の４：１の混合物を使用して、各サイクル後に３０秒間再生成した。
第２のエピトープビニング試験－ＴＬ１Ａを５０ｎＭ（３．３μｇ／ｍｌ）の最終濃度で調製し、１μＭ（１５０ｇ／ｍｌ）のＩｇＧあるいは２μＭ（２００μｇ／ｍｌ）のＦａｂ分析物（溶液相抗体）と、または泳動緩衝液（対照）と混合した。抗体サンプルを２倍に段階希釈することを７回行った（ＩｇＧで最終７．８ｎＭ、Ｆａｂで最終１５ｎＭ）。混合サンプルをアレイ上に５分間注入し、Ｐｉｅｒｃｅ ＩｇＧ溶出緩衝液および５ＭのＮａＣｌ（１Ｍの最終濃度）の４：１の混合物を使用して、各サイクル後に３０秒間再生成した。
エピトープビニング試験では、明確なシグナル（サンドイッチ）を固定化された５Ｃ３Ｄ１１および１２８３５を用いて観察し、対照抗体のすべてを分析物として試験した（表２７、上２列）。これらの結果は、５Ｃ３Ｄ１１と１２８３５が、他の抗体と同時にＴＬ１Ａに結合し、したがって、別個のエピトープを認識できることを示す。
実施例１１：抗ＴＬ１Ａ有効性のインビボでの評価
大腸炎の動物モデルにおいて抗ＴＬ１Ａ抗体の有効性を実施した。抗ＴＬ１Ａ抗体を、ジ－ニトロベンゼンスルホン酸あるいはトリ－ニトロベンゼンスルホン酸（Ｄ／ＴＮＢＳ）の直腸内投与によって引き起こされた急性結腸炎、または、オキサゾロン、および飲料水中のＤＳＳの投与あるいはＣＤ４５ＲＢｈｉ Ｔ細胞の移植によって引き起こされた慢性大腸炎のげっ歯類モデルにおいて試験した。ＤＮＢＳおよびオキサゾロンは局所的な潰瘍および炎症を引き起こす。ＤＳＳ投与は、びらん性病変および炎症性浸潤によって特徴付けられる、胃腸管の強い全身炎症を引き起こす。これらのすべてのモデルの症状は、通常、下痢、潜血、体重減少、および時折、直腸脱を含む。予防用モデルでは、抗体処置を、大腸炎誘導化合物の投与の開始時に始める。治療用モデルでは、抗体処置を、誘導を開始した数日後に始める。重量、便の硬さ、および潜血に対する処置の効果、ならびに、上皮の完全性および炎症性浸潤の程度に対する微視的効果が決定される。毎日の臨床スコアリングを、便の硬さおよび潜血の存在に基づいて実施し、疾患活動性指標（ＤＡＩ）スコアを得る。
実施例１２：第１相臨床試験
第１相臨床試験を実施し、クローン病を患う被験体において、本明細書で提供される抗ＴＬ１Ａの抗体の、安全性、耐容性、薬物動態学、および薬物動力学を評価する。
単一用量漸増（ＳＡＤ）群：各群の被験体（被験体は、リスク変異体の有無に基づいてグループ化される）は、単一用量の抗体またはプラセボのいずれかを受ける。例示的な投与は、１、３、１０、３０、１００、３００、６００、および８００ｍｇの抗体、または１キログラム当たり５～３０ミリグラムの間の抗体である。安全性モニタリングおよびＰＫ評価を所定時間実施する。ＰＫデータの評価に基づいて、および、抗体が耐容性が良いと考えられる場合、同じ群あるいは健康な被験者のさらなる群のいずれか内で用量漸増を行う。あらかじめ定義された最大の曝露に達していないか、または不耐性の副作用が明白にならない限り、最高用量に達するまで用量漸増を継続する。
複数用量漸増（ＭＡＤ）群：各群の被験体（被験体は、リスク変異体の有無に基づいてグループ化される）は、複数用量の抗体またはプラセボのいずれかを受ける。投与レベルおよび投与間隔を、ＳＡＤデータから安全であると予測されるものとして選択する。投与レベルおよび投与頻度は、適切な安全パラメーターがモニタリングされることを可能にするために、数日間定常状態で維持される体循環内の治療薬レベルを達成するように選択される。サンプルを採取し、分析して、ＰＫプロフィールを決定する。
包含基準：１８～５５歳の間の妊娠の可能性がない健康な被験者。健康は、詳細な病歴、血圧と脈拍数測定を含む十分な身体診察、１２誘導心電図、および臨床検査によって特定された、臨床的に関連する異常がないこととして定義される。出産の可能性がないメスの被験体は、以下の基準の少なくとも１つを満たしていなければならない：（１）以下のように定義される閉経後状態に達した：代替の病理学的あるいは生理学的な原因がない状態で、少なくとも１２ヶ月間連続して定期的な月経が停止する；および、閉経後のメスの実験室での参照範囲（ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ’ｓ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｒａｎｇｅ）内の血清卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）レベルを有している；（２）実証された子宮摘出および／または両側卵巣摘出を受けている；（３）卵巣不全が医学的に確認されている。他のすべてのメスの被験体（卵管結紮を行ったメス、ならびに子宮摘出、両側卵巣摘出、および／または卵巣不全の記録のないメスを含む）は、出産の可能性があると考えられる。１７．５～３０．５ｋｇ／ｍ２の肥満度指数（ＢＭＩ）；および、全体重＞５０ｋｇ（１１０ｌｂｓ）。被験体（あるいは、法定代理人）に試験のすべての適切な態様について通知されたことを示す、個人的に署名され、かつ日付が記入されたインフォームドコンセント書類の証拠。
健康な被験者の２つの群：リスク変異体（その存在がクローン病に対する感受性の増加に関連する）を有する被験体の群と、リスク変異体を欠いている被験体の群を選択する。
除外基準：臨床的に有意な、血液、腎、内分泌腺、肺性、胃腸、心臓血管、肝臓、精神医学、神経学、またはアレルギー性の疾患（薬物アレルギーを含むが、投与時に未処置かつ無症状の季節性アレルギーは含まない）の証拠あるいは病歴。以下の血清学的試験のいずれかの陽性結果の病歴または現在の陽性結果を有する被験者：Ｂ型肝炎表面抗原（ＨＢｓＡｇ）、Ｂ型肝炎コア抗体（ＨＢｃＡｂ）、抗肝炎Ｃ抗体（ＨＣＶ Ａｂ）、あるいはヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）。治療薬に対するアレルギーまたはアナフィラキシー反応の病歴を有する被験者。３０日以内（あるいは、現場の要件によって規定されるように、いずれか長い方で）の治験薬を用いた処置、または試験薬物の第１の投与に先行する生物製剤の５半減期あるいは１８０日の処置。妊娠しているメス；母乳で育てているメス；および出産の可能性のあるメス。
主要評価項目：用量制限的または耐え難い処置に関連する有害事象（ＡＥ）の発生率［時間枠：１２週］。処置下で発現したＡＥ（ＴＥＡＥ）の発生率、重症度、ならびに因果関係、および処置下で発現した有害事象による離脱（ｗｉｔｈｄｒａｗａｌｓ）［時間枠：１２週］。異常な検査所見の発生率および規模［時間枠：１２週］。バイタルサイン、血圧（ＢＰ）、および心電図（ＥＣＧ）パラメーターの異常な、かつ臨床的に関連する変化［時間枠：１２週］。
副次的評価項目：単一用量漸増：最高血漿中濃度（Ｃｍａｘ）［時間枠：１２週］。単一用量漸増：最高血漿中濃度（Ｔｍａｘ）に達するまでの時間［時間枠：１２週］。単一用量漸増：０時間～１４日（ＡＵＣ１４日）の血漿濃度－時間のプロファイル下の面積［時間枠：１２週］。単一用量漸増：推定された０時間～無限の時間（ＡＵＣｉｎｆ）の血漿濃度－時間のプロファイル下の面積［時間枠：１２週］。単一用量漸増：０時間～最終定量可能時間（ＡＵＣｌａｓｔ）の血漿濃度－時間のプロファイル下の面積［時間枠：１２週］。単一用量漸増：用量正規化最大血漿濃度（Ｄｏｓｅ ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ ｍａｘｉｍｕｍ ｐｌａｓｍａ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ）（Ｃｍａｘ［ｄｎ］）［時間枠：１２週］。単一用量漸増：推定された０時間～無限の時間（ＡＵＣｉｎｆ［ｄｎ］）の血漿濃度－時間のプロファイル下の用量正規化面積［時間枠：１２週］。単一用量漸増：０時間～最終定量可能時間（ＡＵＣｌａｓｔ［ｄｎ］）の血漿濃度－時間下の用量正規化面積［時間枠：１２週］。単一用量漸増：血漿減衰半減期（ｔ１／２）［時間枠：１２週］。血漿減衰半減期は、血漿濃度が２分の１減少するのに測定された時間である。単一用量漸増：平均滞留時間（ＭＲＴ）［時間枠：１２週］。単一用量漸増：定常状態（Ｖｓｓ）の分布容積［時間枠：６週間］。分布容積は、薬物の所望の血中濃度を産生するために、薬物の総量が均一に分布される必要がある理論上の容積として定義される。常状態分布容積（Ｖｓｓ）は、定常状態の分布の見かけ容積である。単一用量漸増：全身クリアランス （ＣＬ）［時間枠：６］。ＣＬは、原薬が身体から取り除かれる速度の定量的尺度である。
複数用量漸増の第１の用量：最高血漿中濃度（Ｃｍａｘ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の第１の用量：最高血漿中濃度（Ｔｍａｘ）に達するまでの時間［時間枠：１２週］。複数用量漸増の第１の用量：０時間～τ時間の血漿濃度－時間のプロファイル下の面積、τ＝２週間の投与間隔（ＡＵＣτ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の第１の用量：用量正規化最大血漿濃度（Ｃｍａｘ［ｄｎ］）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の第１の用量：０時間～τ時間の血漿濃度－時間のプロファイル下の用量正規化面積、τ＝２週間の投与間隔（ＡＵＣτ［ｄｎ］）［時間枠：１２週］。血漿減衰半減期（ｔ１／２）［時間枠：１２週］。血漿減衰半減期は、血漿濃度が２分の１減少するのに測定された時間である。複数用量漸増の第１の用量：平均滞留時間（ＭＲＴ）［時間枠：１２週］。見かけの分布容積（Ｖｚ／Ｆ）［時間枠：１２週］。分布容積は、薬物の所望の血漿濃度を産生するために、薬物の総量が均一に分布される必要がある理論上の容積として定義される。経口投与後の見かけの分布容積（Ｖｚ／Ｆ）は吸収された割合によって影響を受ける。複数用量漸増の第１の用量：定常状態（Ｖｓｓ）の分布容積［時間枠：１２週］。分布容積は、薬物の所望の血中濃度を産生するために、薬物の総量が均一に分布される必要がある理論上の容積として定義される。常状態分布容積（Ｖｓｓ）は、定常状態の分布の見かけ容積である。複数用量漸増の第１の用量：見かけの経口クリアランス（ＣＬ／Ｆ）［時間枠：１２週］。薬物のクリアランスは、薬物が通常の生物学的プロセスによって代謝されるか、または除去される速度の尺度である。経口投与後に得られたクリアランス（見かけの経口クリアランス）は、吸収された用量の割合によって影響を受ける。クリアランスは集団薬物動態（ＰＫ）モデリングから推定される。薬物クリアランスは、原薬が血液から取り除かれる速度の定量的尺度である。複数用量漸増の第１の用量：全身クリアランス（ＣＬ）［時間枠：１２週］。ＣＬは、原薬が身体から取り除かれる速度の定量的尺度である。
複数用量漸増の複数用量：最高血漿中濃度（Ｃｍａｘ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：最高血漿中濃度（Ｔｍａｘ）に達するまでの時間［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：０時間～τ時間の血漿濃度－時間のプロファイル下の面積、τ＝２週間の投与間隔（ＡＵＣτ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：用量正規化最大血漿濃度（Ｃｍａｘ［ｄｎ］）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：０時間～τ時間の血漿濃度－時間のプロファイル下の用量正規化面積、τ＝２週間の投与間隔（ＡＵＣτ［ｄｎ］）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：血漿減衰半減期（ｔ１／２）［時間枠：１２週］。血漿減衰半減期は、血漿濃度が２分の１減少するのに測定された時間である。複数用量漸増の複数用量：見かけの分布容積（Ｖｚ／Ｆ）［時間枠：１２週］。分布容積は、薬物の所望の血漿濃度を産生するために、薬物の総量が均一に分布される必要がある理論上の容積として定義される。経口投与後の見かけの分布容積（Ｖｚ／Ｆ）は吸収された割合によって影響を受ける。複数用量漸増の複数用量：定常状態（Ｖｓｓ）の分布容積［時間枠：１２週］。分布容積は、薬物の所望の血中濃度を産生するために、薬物の総量が均一に分布される必要がある理論上の容積として定義される。常状態分布容積（Ｖｓｓ）は、定常状態の分布の見かけ容積である。
複数用量漸増の複数用量：見かけの経口クリアランス（ＣＬ／Ｆ）［時間枠：１２週］。薬物のクリアランスは、薬物が通常の生物学的プロセスによって代謝されるか、または除去される速度の尺度である。経口投与後に得られたクリアランス（見かけの経口クリアランス）は、吸収された用量の割合によって影響を受ける。クリアランスは集団薬物動態（ＰＫ）モデリングから推定された。薬物クリアランスは、原薬が血液から取り除かれる速度の定量的尺度である。複数用量漸増の複数用量：全身クリアランス （ＣＬ）［時間枠：１２週］。ＣＬは、原薬が身体から取り除かれる速度の定量的尺度である。複数用量漸増の複数用量：最低血漿中トラフ濃度（Ｃｍｉｎ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：定常状態の平均濃度（Ｃａｖ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：蓄積比（Ｒａｃ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増の複数用量：ピーク値トラフ値変動（ＰＴＦ）［時間枠：１２週］。複数用量漸増のさらなるパラメーター：対応する静注投与量での皮下投与のためのバイオアベイラビリティ（Ｆ）の推定［時間枠：１２週］。単一用量漸増および複数用量漸増の両方のための免疫原性：抗薬物抗体（ＡＤＡ）の開発［時間枠：１２週］。
実施例１３：第１ｂ相臨床試験
第１ｂ非盲検の臨床試験を実施して、クローン病に関連するリスク変異体を有する患者に対する、本明細書で提供される抗ＴＬ１Ａ抗体の有効性を評価する。
群：リスク変異体（その存在がクローン病に対する感受性の増加に関連する）に対して陽性である、１０人の患者に抗体を投与する。リスク変異体に対して陰性である５－１０人の患者に抗体を投与する。患者をリアルタイムでモニタリングする。内視鏡検査と生検に中央準備（Ｃｅｎｔｒａｌ ｒｅａｄｙ）を使用し、リーダー（ｒｅａｄｅｒｓ）は処置とエンドポイントの時点に盲目であった。
包含基準：被験者の２つの群：リスク変異体（その存在がクローン病に対する感受性の増加に関連する）を有する被験体の群と、リスク変異体を欠いている被験体の群を選択する。
主要評価項目：クローン病の簡易な内視鏡スコア（ＳＥＳＣＤ）、クローン病活性指数（ＣＤＡＩ）、および患者報告アウトカム（ＰＲＯ）を報告した。リスク変異体陽性群がベースラインから５０％の減少を示している場合、第２ａ相臨床試験を実施する。
包含基準：ＰＲＯ組み入れ基準：２以上の腹痛症スコアおよび／または４以上の排便回数スコア。主要評価項目（Ｐｒｉｍａｒｙ ｏｕｔｃｏｍｅ）は、０または１の疼痛コアおよび３以下の排便回数スコアであり、ベースラインから悪化しない。内視鏡検査組み入れ基準：結腸が関与する場合、ＳＥＳＣＤ回腸を４と６のスコアのみで入力する。主要内視鏡検査項目（Ｐｒｉｍａｒｙ ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ ｏｕｔｃｏｍｅ）は、平均のＳＥＳＣＤの４０－５０％のδである。
実施例１４：第２ａ相臨床試験
第２ａ相臨床試験を実施し、クローン病を患う被験体において、本明細書で提供される抗ＴＬ１Ａの抗体の有効性を評価する。
群：１つの群当たり４０人の患者（抗体およびプラセボの群）を、抗体またはプラセボで１２週間治療する。各群の２０人の患者を最高用量で処置し、主要評価項目においてプラセボと処置された群との間の４０－５０％のδ（ＳＥＳＣＤ、ＣＤＡＩ、ＰＲＯにおけるベースラインから５０％の減少）を探した後、中間解析を実施する。
主要な評価項目：クローン病の簡易な内視鏡スコア（ＳＥＳＣＤ）、クローン病活性指数（ＣＤＡＩ）、および患者報告アウトカム（ＰＲＯ）を報告した。
包含基準：ＰＲＯ組み入れ基準：２以上の腹痛症スコアおよび／または４以上の排便回数スコア。主要評価項目は、０または１の疼痛コアおよび３以下の排便回数スコアであり、ベースラインから悪化しない。内視鏡検査組み入れ基準：結腸が関与する場合、ＳＥＳＣＤ回腸のみが、４と６のスコアで組み入れられる。主要内視鏡検査項目は、平均のＳＥＳＣＤの４０－５０％のδである。
様々な実施形態が、上の詳細な説明に記載されている。これらの記載は上述の実施形態を直接説明しているが、当業者には、本明細書に示され、かつ記載される特定の実施形態に対する、変更および／または変形を想到することができると理解される。この記載の範囲内にあるそのような変更または変形は、同様にその中に含まれるように意図されている。具体的に注記されていない限り、本明細書および請求項の中の単語ならびに句は、適用可能な分野の当業者にとって、通常かつ慣れ親しまれている意味を与えられていることが、発明者により意図されている。
本出願の出願時に出願人に既知の様々な実施形態の前述の説明が提示され、それは、例示および説明の目的のために意図されている。本記載は、包括的となるようにも、または開示される正確な形態に限定されるようにも意図されておらず、多くの変更および変形が、上記の教示に照らして可能となる。記載される実施形態は、原理および実際的応用を説明し、かつ、当業者が、考慮される特定の使用に適するように、随意に様々な変更がなされた実施形態を利用することを可能にするのに役立つ。それゆえ、本開示は、開示される特定の形態に限定されないことが、意図されている。
特定の実施形態が示され、かつ記載されてきたが、変更および改変が、本明細書の教示に基づいて本開示およびその広範囲の態様から逸脱することなく行われ得ることが当業者には明白であり、それゆえ、添付の請求項はその範囲内に、そのような変更および改変が全て、本開示の真の精神および範囲内にあるように包含する。通常、本明細書で使用される用語は、包袋禁反言（“ｏｐｅｎ” ｔｅｒｍｓ）として一般的に意図されていることは、当業者により理解されている（例えば、用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」は、「～を含むがこれらに限定されない」として解釈され、用語「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」は「少なくとも～を有する」として解釈され、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」は、「～を含むがこれらに限定されない」として解釈されるべきである）。
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９０ （Ｌ８； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９１ （Ｌ８； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１０ （クローン ２３； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１１ （クローン ２３； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１２ （クローン Ａ１； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１３ （クローン Ａ１； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１４ （クローン ５３； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１５ （クローン ５３； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１７ （クローン Ｅ１； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１８ （クローン ３－１７Ｌ Ｖ－Ａ； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１９ （クローン ３－１７Ｌ Ｖ－Ａ； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２０ （クローン ３－１７Ｌ； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２１ （クローン ３－１７Ｌ； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２２ （クローン Ｌ８ｍｏｄ； ＶＬ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２３ （クローン Ｌ８ｍｏｄ； ＶＨ）
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ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３７ （クローン Ｌ３－１３； ＶＨ）
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＦＤＩＱＤＴＹＭＨＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＲＩＤＰＡＳＧＨＴＫＹＤＰＫＦＱＧＲＡＴＩＴＴＤＴＳＡＳＴＡＹＬＱＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＳＧＧＬＰＤＦＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３８ （クローン Ｈ２－２； ＶＬ）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＳＳＶＳＹＭＹＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＡＴＳＮＬＡＳＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＷＳＧＮＰＲＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３９ （クローン Ｈ２－２； ＶＨ）
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＦＤＩＱＤＴＹＭＨＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＲＩＤＰＡＳＧＨＳＫＹＤＰＫＦＱＶＲＡＴＩＴＴＤＴＳＡＳＴＡＹＬＱＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＳＧＧＬＰＤＦＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４０ （クローン Ｈ２－５； ＶＬ）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＳＳＶＳＹＭＹＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＡＴＳＮＬＡＳＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＷＳＧＮＰＲＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４１ （クローン Ｈ２－５； ＶＨ）
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＦＤＩＱＤＴＹＭＨＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＲＩＤＰＡＳＧＨＹＫＹＤＰＫＦＱＶＲＡＴＩＴＴＤＴＳＡＳＴＡＹＬＱＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＳＧＧＬＰＤＦＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４２ ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｇ１
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＡＡＧＡＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４３ Ｇ２定常ドメイン
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＶＡＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＶＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４４ κ定常ドメイン
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４５ （Ｌ８ ＨＦＲ１）
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４６ （Ｌ８ ＨＦＲ２）
ＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４７ （Ｌ８ ＨＦＲ３）
ＲＶＴＭＴＲＤＴＳＴＳＴＶＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４８ （Ｌ８ ＨＦＲ４）
ＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４９ （Ｌ８ ＬＦＲ１）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５０ （Ｌ８ ＬＦＲ２）
ＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５１ （Ｌ８ ＬＦＲ３）
ＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５２ （Ｌ８ ＬＦＲ４）
ＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８６ （ＶＨ ＦＲ３）
ＲＡＴＩＴＴＤＴＳＡＳＴＡＹＬＱＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８７ （ＶＨ ＦＲ３）
ＲＶＴＩＴＲＤＴＳＡＳＴＶＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８８ （ＶＨ ＦＲ３）
ＲＶＴＩＴＲＤＴＳＡＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣ

Claims (48)

  1. ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントであって：
    （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；
    （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５４～５６４あるいは５７４～５７７のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および、
    （ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６５～５６８あるいは５７８～５８１のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；
    を含む重鎖可変領域と、
    （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９あるいは５７０のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；
    （ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および、
    （ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７１～５７３あるいは５８２～５８５のいずれか１つによって記載されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３
    を含む軽鎖可変領域と、
    を含む、
    ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  2. （ａ）ＨＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｂ）ＨＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５９によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｃ）ＨＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６７によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｄ）ＬＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｅ）ＬＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含み；および、
    （ｆ）ＬＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７３によって記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  3. （ａ）ＨＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｂ）ＨＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６３によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｃ）ＨＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６８によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｄ）ＬＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｅ）ＬＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含み；および、
    （ｆ）ＬＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２によって記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  4. （ａ）ＨＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｂ）ＨＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５５によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｃ）ＨＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６６によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｄ）ＬＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｅ）ＬＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含み；および、
    （ｆ）ＬＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２によって記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  5. （ａ）ＨＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｂ）ＨＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５８によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｃ）ＨＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６６によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｄ）ＬＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｅ）ＬＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含み；および、
    （ｆ）ＬＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２によって記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  6. （ａ）ＨＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５３によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｂ）ＨＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６４によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｃ）ＨＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６８によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｄ）ＬＣＤＲ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６９によって記載されるアミノ酸配列を含み；
    （ｅ）ＬＣＤＲ２は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８８によって記載されるアミノ酸配列を含み；および、
    （ｆ）ＬＣＤＲ３は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７２によって記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  7. ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントであって、前記抗体または抗原結合フラグメントは：
    （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、または５４１のいずれか１つから選択される、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と；
    （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つから選択される、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変領域と；を含み、
    ここで、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ法、Ｃｈｏｔｈｉａ法、あるいはＩＭＧＴ法、あるいはそれらの組み合わせによって定義される、
    ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  8. （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４５に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域１と；
    （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４６に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域２と；
    （ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４７あるいは５８６～５８８に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域３と；
    （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４８に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト重鎖フレームワーク領域４と；
    （ｅ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４９に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域１と；
    （ｆ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５０に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域２と；
    （ｇ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５１に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域３と；および、
    （ｈ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５２に記載されるものと少なくとも９５％同一であるヒト軽鎖フレームワーク領域４と、
    を含む、請求項１－７のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  9. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３、５１１、４９３、５０１、または５１５のいずれか１つと少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２、５１０、４９２、５００、または５１４のいずれか１つに少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、を含む、請求項１－８のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  10. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３、５１１、４９３、５０１、または５１５のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２、５１０、４９２、５００、または５１４のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、を含む、請求項１－８のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  11. ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントであって、前記抗体または抗原結合フラグメントは：
    （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１、４９３、４９５、４９７、４９９、５０１、５０３、５０５、５０７、５０９、５１１、５１３、５１５、５１７、５１９、５２１、５２３、５２５、５２７、５２９、５３１、５３３、５３５、５３７、５３９、または５４１のいずれか１つと少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変領域と；
    （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０、４９２、４９４、４９６、４９８、５００、５０２、５０４、５０６、５０８、５１０、５１２、５１４、５１６、５１８、５２０、５２２、５２４、５２６、５２８、５３０、５３２、５３４、５３６、５３８、または５４０のいずれか１つと少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変領域と、
    を含む、
    ＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  12. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  13. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０３のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０２のアミノ酸配列を含む、請求項１２に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  14. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１１と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１０と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  15. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１１のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１０のアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  16. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９３と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９２と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  17. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９３のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９２のアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  18. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０１と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５００と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  19. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０１のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５００のアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  20. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１５と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１４と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  21. 重鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１５のアミノ酸配列を含み；軽鎖可変領域は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１４のアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  22. 前記抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、Ｌ８クローンと比較してより強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、前記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列とを含む、請求項１－２１のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  23. 前記抗体は、ＥＬＩＳＡによって決定されるように、Ｌ８クローンと比較して少なくとも２倍強力な親和性でヒトＴＬ１Ａに結合し、ここで、前記Ｌ８クローンは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９１によって記載される重鎖可変領域アミノ酸配列と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９０によって記載される軽鎖可変領域アミノ酸配列と、を含む、請求項２２に記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  24. 前記抗体または抗原結合フラグメントはキメラであるか、あるいはヒト化される、請求項１－２３のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  25. 前記抗体または抗原結合フラグメントはＩｇＧ抗体である、請求項１－２３のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  26. 前記抗体または抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、単一ドメイン抗体、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、あるいはナノボディを含む、請求項１－２５のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  27. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２または５４３によって記載されるアミノ酸配列を含む重鎖定常領域を含む、請求項１－２６のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  28. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４２によって記載されるアミノ酸配列を含む重鎖定常領域を含む、請求項１－２６のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  29. 前記抗体または抗原結合フラグメントは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４４によって記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域を含む、請求項１－２６のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  30. 前記抗体または抗原結合フラグメントは、Ｔリンパ球からのインターフェロンγのＴＬ１Ａ誘導分泌を阻害する、請求項１－２９のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント。
  31. 請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントと、薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤とを含む、医薬組成物。
  32. 静脈内投与のために製剤化される、請求項３１の医薬組成物。
  33. 炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎の処置で使用される、請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント、あるいは、請求項３１または３２に記載の医薬組成物。
  34. 個体の炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎を処置する方法であって、前記方法は、
    有効な量の請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント、あるいは請求項３１または３２に記載の医薬組成物を、前記個体に投与する工程を含み、ここで、前記個体は、炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎であると診断されるか、もしくは炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎に罹患している疑いがある、
    方法。
  35. Ｔリンパ球によるインターフェロンγ分泌の防止あるいは減少に使用するための、請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント、あるいは請求項３１または３２に記載の医薬組成物。
  36. 個体におけるＴリンパ球によるインターフェロンγ分泌を防ぐか、あるいは減少させる方法であって、前記方法は、
    有効な量の請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント、あるいは請求項３１または３２に記載の医薬組成物を、前記個体に投与する工程を含む、
    方法。
  37. 請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードする、核酸。
  38. 請求項３７に記載の核酸を含む細胞。
  39. 前記細胞は真核細胞である、請求項３８に記載の細胞。
  40. 前記細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、請求項３８の細胞。
  41. 炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法であって、前記方法は、
    請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントを培地へと分泌するのに十分な条件下で、請求項３８～４０のいずれか１つに記載の細胞を前記培地中でインキュベートする工程を含む、
    方法。
  42. 前記培地を少なくとも１つの精製工程に供する工程をさらに含む、請求項４１に記載する方法。
  43. 炎症性腸疾患、クローン病、あるいは大腸炎の処置剤を調製する方法であって、前記方法は、
    請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント、および薬学的に許容可能な賦形剤、担体、あるいは希釈剤を混合する工程を含む、
    方法。
  44. 疾患または疾病に関連するリスク変異体を保有する個体の疾患あるいは疾病を処置する方法であって、前記方法は、
    有効な量の請求項１～３０のいずれか１つに記載のＴＬ１Ａに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメント、あるいは請求項３１または３２に記載の医薬組成物を、前記疾患または疾病のリスク変異体を保有する前記個体に投与する工程を含み、ここで、前記疾患または疾病は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、もしくは大腸炎の少なくとも１つを含む、
    方法。
  45. 前記個体は複数のリスク変異体を保有する、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記複数のリスク変異体は、少なくとも３、４、５、または１０のリスク変異体である、請求項４５に記載の方法。
  47. リスク変異体あるいは複数のリスク変異体は、前記疾患または疾病の無症状の表現型に関連する、請求項４４～４６のいずれか１つに記載の方法。
  48. 前記疾患または疾病は、ＩＢＤ、ＣＤ、あるいは大腸炎の少なくとも１つの重症型である、請求項４４に記載の方法。
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