JP2020511149A - パラインフルエンザウイルスを検出または定量化するための組成物および方法 - Google Patents

パラインフルエンザウイルスを検出または定量化するための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

例えば、核酸増幅およびハイブリダイゼーションアッセイを使用して、ヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−１）核酸、ＨＰＩＶ−２核酸、ＨＰＩＶ−３核酸、および／またはＨＰＩＶ−４核酸を検出または定量化するための組成物、方法、キット、および使用が提供される。いくつかの実施形態では、組成物、方法、キット、および使用は、ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、および／またはＨＰＩＶ−３のＨＮ遺伝子、および／またはＨＰＩＶ−４のＮＰ遺伝子を標的とする。

Description

本出願は、２０１７年３月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／４７６，４３５号の利益を主張し、これはあらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書の実施形態は、より特定的には、ヒトパラインフルエンザウイルス１、２、３、および４（ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、およびＨＰＩＶ−４）を含むウイルスを検出するための組成物および方法を使用することによる、病原体の検出の分野に関する。
ヒトパラインフルエンザウイルスは、パラミクソウイルス科の一員であり、ネガティブセンス一本鎖ＲＮＡウイルスである。１〜４型のＨＰＩＶが同定されており、４型は亜型４ａおよび４ｂを含む。ＨＰＩＶは、風邪に似た症状、気道の病気、クループ（特にＨＰＩＶ−１と２）、ならびに細気管支炎、気管支炎、および／または肺炎（特にＨＰＩＶ−３）を引き起こし得る。ＨＰＩＶは、咳もしくはくしゃみによるものを含む空気を介して、握手もしくは他の接触を含む密接な対人接触により、またはウイルスにさらされた物体もしくは表面への接触によるものなど、呼吸器ウイルスに共通する様式で広がる。
ＨＰＩＶ感染症に対する既知のワクチンも特定の抗ウイルス治療もないが、症状を管理することはできる。ＨＰＩＶによって引き起こされ得る様々な症状、および風邪、インフルエンザ、細菌性肺炎などの他の呼吸器感染症との類似性を考えると、適切な治療を円滑に進め、不要または無効な薬剤の投与を避けるために、ＨＰＩＶ感染症を迅速に同定することが重要である。
増幅ベースのアプローチ、例えばＴａｑＭａｎ（商標）ＲＴ−ＰＣＲを含む、核酸ベースの検出技術は、ＨＰＩＶの迅速な検出および定量化を提供する。しかしながら、様々な型および亜型にわたるおよびそれら内のＨＰＩＶ配列の不均一性は、そのような技術の感度および／または特異性の問題を引き起こし得る。したがって、ＨＰＩＶの高感度かつ特異的な検出および定量化を可能にする組成物および方法が必要とされている。本開示は、これらのニーズを満たすこと、他の利益を提供すること、または少なくとも公衆に有用な選択を提供することを目的としている。
したがって、少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、１２９５〜１３０５位、１３５０〜１３６０位、および／または１３８０〜１３９０位の範囲に位置する少なくとも１つのヒトパラインフルエンザウイルス３（ＨＰＩＶ−３）位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−３アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキットが本明細書で提供される。
少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む、組成物またはキットであって、（ａ）第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１２７０位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成されるか、または
（ｂ）第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ ３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ ３の１４３７位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ ３アンプリコンを生成するように構成される、組成物またはキットが本明細書で提供される。
試料中のＨＰＩＶ−３を検出する方法であって、
試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、ＨＰＩＶ−３核酸の存在下で少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成する核酸増幅反応を組成物中で行うことと、少なくとも１つのアンプリコンの有無を検出することと、を含み、
第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、１２９５〜１３０５位、１３５０〜１３６０位、および／または１３８０〜１３９０位内に位置する少なくとも１つのヒトパラインフルエンザウイルス３（ＨＰＩＶ−３）位置を含むＨＰＩＶ−３アンプリコンを増幅するように構成される、方法もまた本明細書で提供される。
試料中のＨＰＩＶ−３を検出する方法であって、
試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、ＨＰＩＶ−３核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成する核酸増幅反応を組成物中で行うことと、
少なくとも１つのアンプリコンの有無を検出することと、を含み、
（ａ）第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１２７０位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成されるか、または（ｂ）第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１４３７位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成される、方法もまた本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、アンプリコンは、ＨＰＩＶ−３の１３０５位を含む。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、ＨＰＩＶ−３の１３８０位を含む。
いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号２５からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、配列番号２５の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のオリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号３６からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３６の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマーは、配列番号３６の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号２８からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２８の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、配列番号２８の配列を含む。
いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下で、第２のオリゴマーは、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号３７からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３７の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマーは、配列番号３７の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１のオリゴマーは、少なくとも１つの５−メチルシトシン残基を含む。いくつかの実施形態では、第１のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分は５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第１のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマーは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分は５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第２のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物またはキットは、アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のオリゴマーをさらに含み、第３のオリゴマーは、検出可能な標識を含む。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、アンプリコンの有無は、アンプリコンへの第３のオリゴマーのハイブリダイゼーションの発生または不発生に従って検出される。
本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−３核酸は、ＨＰＩＶ−３アンプリコンの生成をモニタリングすることによって定量化される。
いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号３１、３２、３３、３４、または３５からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３１の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号３１の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３２の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号３２の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３３の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号３３の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３４の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号３４の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号３５の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号２６、２７、２８、２９、または３０からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２６の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号２６の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２７の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号２７の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２８の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号２８の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２９の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、配列番号２９の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第３のオリゴマーは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分は５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第３のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。
いくつかの実施形態では、組成物またはキットは、第３のオリゴマーとは異なる第４のオリゴマーをさらに含み、第４のオリゴマーは、アンプリコンにハイブリダイズするように構成され、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、第４のオリゴマーは、配列番号３１、３２、３３、３４、または３５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第４のオリゴマーは、配列番号２６、２７、２８、２９、または３０の配列を含む。いくつかの実施形態では、第４のオリゴマーは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、第４のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分は５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第４のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物またはキットは、第１のヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−１）増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーをさらに含み、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３０〜４９０位または９６０〜１１００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−１の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−１アンプリコンを増幅するように構成される。
少なくとも第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３０〜４９０位または９６０〜１１００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−１の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−１アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキットもまた本明細書で提供される。
試料中のＨＰＩＶ−１を検出する方法であって、
試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、ＨＰＩＶ−１核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−１アンプリコンを生成する核酸増幅反応を組成物中で行うことと、
少なくとも１つのアンプリコンの有無を検出することと、を含み、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３０〜４９０位または９６０〜１１００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−１の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−１アンプリコンを増幅するように構成される、方法もまた本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−１の９７０位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−１の１０９８位を含む部位にハイブリダイズするように構成される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号６からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号６の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号６の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号２４からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２４の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号２４の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−１の３３１位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−１の４８６位を含む部位にハイブリダイズするように構成される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号１７からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号１７の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号１７の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号２２からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号２２の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーは、配列番号２２の配列を含む。
いくつかの実施形態では、組成物またはキットは、ＨＰＩＶ−１アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーをさらに含み、第３のオリゴマーは、検出可能な標識を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号５、７、８、９、１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２３、または１２５からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、７５または７６、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号５、７、８、９、１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２３、または１２５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号５、７、２１、２３、または１２５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号８、９、２０、または１２５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号１２、１３、１４、または１５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号１６、１８、または１９の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号１０からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号１０の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号１０の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号１１からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号１１の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーは、配列番号１１の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１、第２、および第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれぞれは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−１オリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−１オリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物は、第１のヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−２）増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーをさらに含み、第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６００〜１７００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−２の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−２アンプリコンを増幅するように構成される。
少なくとも第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
第１のＨＰＩＶ ２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ ２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ ２の１６００〜１７００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ ２の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ ２アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキットもまた本明細書で提供される。
試料中のＨＰＩＶ−２を検出する方法であって、
試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、ＨＰＩＶ−２核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−２アンプリコンを生成する核酸増幅反応を組成物中で行うことと、
少なくとも１つのアンプリコンの有無を検出することと、を含み、
第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６００〜１７００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−２の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−２アンプリコンを増幅するように構成される、方法もまた本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−２の１６０３位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−２の１６９８位を含む部位にハイブリダイズするように構成される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−２核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号４４からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号４４の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号４４の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−２核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号４０からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号４０の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号４０の配列を含む。
いくつかの実施形態では、組成物またはキットは、ＨＰＩＶ−２アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーをさらに含み、第３のオリゴマーは、検出可能な標識を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号３８、３９、４１、４２、４３、または４５からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号３８、３９、４１、４２、４３、または４５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号４５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号４３の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号４２の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号４１の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号３９の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーは、配列番号３８の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１、第２、および第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれぞれは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−２オリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分は５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−２オリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物またはキットは、第１のヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−４）増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーをさらに含み、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の６２０〜７４０位、２１３０〜２４１０位、２５２０〜３０４０位、または１００９０〜１１９８０位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−４の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−４アンプリコンを増幅するように構成される。
少なくとも第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーを含む組成物またはキットも本明細書で提供され、ここで、
第１のＨＰＩＶ ４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ ４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ ４の６２０〜７４０位、２１３０〜２４１０位、２５２０〜３０４０位、または１００９０〜１１９８０位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ ４の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ ４アンプリコンを増幅するように構成される。
試料中のＨＰＩＶ−４を検出する方法であって、
試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、ＨＰＩＶ−４核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−４アンプリコンを生成する核酸増幅反応を組成物中で行うことと、
少なくとも１つのアンプリコンの有無を検出することと、を含み、
第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の６２０〜７４０位、２１３０〜２４１０位、２５２０〜３０４０位、または１００９０〜１１９８０位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−４の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−４アンプリコンを増幅するように構成される、方法もまた本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の１００９４位、１０２０５位、または１０２４８位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の１１６８５位、１１７３９位、または１１９８１位を含む部位にハイブリダイズするように構成される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号７９、８０、８１、８２、９７、９８、９９、または１００からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号７９、８０、８１、８２、９７、９８、９９、または１００の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号７９、８０、８１、８２、９７、９８、９９、または１００の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号５４、６３、６４、１１３、１１４、または１１５からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号５４、６３、６４、１１３、１１４、または１１５の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号５４、６３、６４、１１３、１１４、または１１５の配列を含む。
いくつかの実施形態では、組成物またはキットは、ＨＰＩＶ−４アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーをさらに含み、第３のオリゴマーは、検出可能な標識を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号５３、５５、５８、６０、６２、６５、６７、６８、７６、８３、８４、８５、８６、９２、９４、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、または１１２からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号５３、５５、５８、６０、６２、６５、６７、６８、７６、８３、８４、８５、８６、９２、９４、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、または１１２の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号５３、５５、５８、６０、６２、６５、６７、６８、７６、８３、８４、８５、８６、９２、９４、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、または１１２の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の６２５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の７３８位を含む部位にハイブリダイズするように構成される。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号７８からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号７８の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号７８の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号５６からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号５６の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、配列番号５６の配列を含む。
いくつかの実施形態では、組成物またはキットは、ＨＰＩＶ−４アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーをさらに含み、第３のオリゴマーは、検出可能な標識を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号７１からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号７１の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号７１の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の２１２８位、２３５２位、２３８６位、２３８８位、２４０４位、または２５２４位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４の２９０７位、３００６位、または３０３９位を含む部位にハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号７２または１２４からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号７２または１２４の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号７２または１２４の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号５０、５１、５２、９３、９５、または９６からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号５０、５１、５２、９３、９５、または９６の配列を含む。いくつかの実施形態では、第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号５０、５１、５２、９３、９５、または９６の配列を含む。
いくつかの実施形態では、組成物またはキットは、ＨＰＩＶ−４アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーをさらに含み、第３のオリゴマーは、検出可能な標識を含む。
いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを配列番号４６、４７、４８、４９、５９、６１、６９、７０、７２、７３、７４、７５、７７、８８、９０、９１、１１６、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、または１２３からなる配列を有するオリゴマーと競合する。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、最大２つのミスマッチを有する配列番号４６、４７、４８、４９、５９、６１、６９、７０、７２、７３、７４、７５、７７、８８、９０、９１、１１６、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、または１２３の配列を含む。いくつかの実施形態では、第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーは、配列番号４６、４７、４８、４９、５９、６１、６９、７０、７２、７３、７４、７５、７７、８８、９０、９１、１１６、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、または１２３の配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１、第２、および第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれぞれは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−４オリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分は５−メチル化されている。いくつかの実施形態では、第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−４オリゴマー中のＣ残基の実質的に全ては５−メチル化されている。
本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、核酸増幅反応はサーマルサイクリングを含む。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、核酸増幅反応は逆転写を含む。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、核酸増幅反応はＲＴ−ＰＣＲを含む。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１つの検出可能な標識は蛍光性である。いくつかの実施形態では、蛍光標識を含む少なくとも１つのオリゴマーは、クエンチャーをさらに含む。いくつかの実施形態では、蛍光標識を含む少なくとも１つのオリゴマーは、伸長不能なオリゴマーである。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、核酸増幅反応は、５’から３’（5’-to-3’）エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを用いたＰＣＲ、およびフルオロフォアおよびクエンチャーを含むプローブオリゴマーを用いたアンプリコンの検出を含み、ポリメラーゼによるプローブのエキソヌクレアーゼ分解は、クエンチャーによる蛍光のクエンチングを低減する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または少なくとも３つのオリゴマーは、少なくとも１つの非ワトソンクリック（ＮＷＣ）位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、またはＨＰＩＶ−４にハイブリダイズするように構成されたオリゴマーのうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つはそれぞれ、少なくとも１つのＮＷＣ位置を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または少なくとも３つのオリゴマーは、縮重位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、またはＨＰＩＶ−４にハイブリダイズするように構成されたオリゴマーのうちの少なくとも１、２、３、または４つはそれぞれ、少なくとも１つの縮重位置を含む。
いくつかの実施形態では、第１および第２の増幅オリゴマー、第１および第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマー、第１および第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマー、ならびに／または第１および第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーは、約１０〜６０塩基長、約１４〜５０塩基長、約１４〜４０塩基長、約１４〜３５塩基長、または約１５〜３０塩基長の標的ハイブリダイズ領域を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−３アンプリコン、ＨＰＩＶ−１アンプリコン、ＨＰＩＶ−２アンプリコン、および／またはＨＰＩＶ−４アンプリコンは、約５０〜１０００ヌクレオチド長、約５０〜１００ヌクレオチド長、約１００〜２００ヌクレオチド長、約２００〜３００ヌクレオチド長、約３００〜４００ヌクレオチド長、約４００〜５００ヌクレオチド長、約５００〜６００ヌクレオチド長、約６００〜７００ヌクレオチド長、約７００〜８００ヌクレオチド長、約８００〜９００ヌクレオチド長、約９００〜１０００ヌクレオチド長、または約１０００〜２０００ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている組成物は、水性、凍結、または凍結乾燥されている。
試料中のＨＰＩＶ−１核酸、ＨＰＩＶ−２核酸、ＨＰＩＶ−３核酸、および／またはＨＰＩＶ−４核酸を検出または定量化するための本明細書に開示された組成物またはキットの使用もまた本明細書に開示される。
定義
本教示を詳細に説明する前に、本開示が特定の組成物またはプロセスステップに限定されず、それらは変化し得ることを理解されたい。本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の言及を含むことに留意されたい。したがって、例えば、「１つのオリゴマー（an oligomer）」への言及は、複数のオリゴマーなどを含む。接続詞「または」は、包括的な意味が文脈において不合理でない限り、包括的な意味で、すなわち、「および／または」と同等であると解釈されるべきである。
本開示で考察される温度、濃度、時間などの前に黙示的な「約」があり、これによりわずかで非実質的な逸脱が本明細書の教示の範囲内であることが理解されよう。一般に、「約」という用語は、組成物の活性または安定性に有意な影響を及ぼさない組成物の成分の量の非実質的な変動を示す。全ての範囲は、「端点を含まない」などの明示的な除外がない場合には端点を包含すると解釈されるべきである。したがって、例えば、「１０〜１５以内」には１０および１５の値が含まれる。また、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」、「含有すること（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」の使用は、限定を意図するものではない。上記の概要および詳細な説明は両方とも、例示的かつ説明的なものにすぎず、教示を限定するものではないことを理解されたい。参照により組み込まれるいかなる資料も本開示の明示的内容と矛盾する限りにおいて、明示的内容が優先する。
特に記述がない限り、様々な構成要素を「含むこと」を列挙する本明細書中の実施形態は、列挙された構成要素「からなる」または「から本質的になる」とも企図され、様々な構成要素「からなること」を列挙する本明細書中の実施形態は、列挙された構成要素「を含む」または「から本質的になる」とも企図され、また、様々な構成要素「から本質的になること」を列挙する本明細書中の実施形態は、列挙された構成要素「からなる」または「を含む」とも企図される（この互換性は、特許請求の範囲におけるこれらの用語の使用には適用されない）。「から本質的になる」とは、本明細書に記載の組成物および方法の基本的および新規の特徴を実質的に変化させない追加の成分、組成物、または方法ステップがそれらの組成物または方法に含まれ得ることを意味する。そのような特徴は、ＨＰＩＶ核酸を他の既知の呼吸器病原体と区別する特異性を伴って、必要に応じて、ウイルスのコピー約１〜１００ＴＣＩＤ５０／ｍｌを検出することができる感度で、必要に応じて、サイクル増幅反応が使用される場合には増幅反応の開始から約６０分以内および／または約４０サイクル以内で、試料中に存在するＨＰＩＶ核酸配列を検出する能力を含む。
「生物学的」または「臨床」試料を含む「試料」または「標本」は、例えば、鼻咽頭もしくは咽喉拭い液、鼻もしくは気管支もしくは気管支肺胞洗浄物（broncheoaveolar wash）、鼻吸引液、痰、他の呼吸組織もしくは滲出液、リンパ節を含む生検組織、または血液もしくは尿などの体液を含む、パラインフルエンザウイルス標的核酸を含み得る、生きているまたは死んだヒトまたは動物に由来する組織または材料を指す。試料を組織または細胞構造を物理的または機械的に破壊し、酵素、緩衝剤、塩、界面活性剤などを含有し得る溶液中に細胞内核酸を放出するように処理して、分析用試料を調製してもよい。
「核酸」および「ポリヌクレオチド」とは、従来のＲＮＡ、ＤＮＡ、混合ＲＮＡ−ＤＮＡ、およびそれらの類似体であるポリマーを含むポリヌクレオチドを形成するために一緒に連結された窒素複素環塩基または塩基類似体を有するヌクレオシドまたはヌクレオシド類似体を含む多量体化合物を指す。核酸「骨格」は、糖−ホスホジエステル結合、ペプチド−核酸結合（「ペプチド核酸」またはＰＮＡ；ＰＣＴ第ＷＯ９５／３２３０５号）、ホスホロチオエート結合、メチルホスホネート結合、またはそれらの組み合わせのうちの１つ以上を含む様々な結合から構成され得る。核酸の糖部分は、リボース、デオキシリボース、または置換、例えば、２’メトキシ置換もしくは２’ハロゲン化物置換を有する類似の化合物であり得る。窒素塩基は、従来の塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｕ）、それらの類似体（例えば、イノシンもしくは他のもの；Ｔｈｅ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ５−３６，Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，１１ｔｈ ｅｄ．，１９９２を参照されたい）、プリンまたはピリミジンの誘導体（例えば、Ｎ４−メチルデオキシグアノシン、デアザ−もしくはアザ−プリン、デアザ−もしくはアザ−ピリミジン、５位もしくは６位に置換基を有するピリミジン塩基、２位、６位、または８位に置換基を有するプリン塩基、２−アミノ−６−メチルアミノプリン、Ｏ６−メチルグアニン、４−チオ−ピリミジン、４−アミノ−ピリミジン、４−ジメチルヒドラジン−ピリミジン、およびＯ４−アルキル−ピリミジン；米国特許第５，３７８，８２５号およびＰＣＴ第ＷＯ９３／１３１２１号）であり得る。核酸は、骨格がポリマーの位置に対して窒素塩基を含まない、１つ以上の「無塩基」残基を含み得る（米国特許第５，５８５，４８１号）。核酸は、従来のＲＮＡもしくはＤＮＡ糖、塩基および結合のみを含んでもよく、または従来の構成要素および置換の両方（例えば、２’メトキシ結合を有する従来の塩基、または従来の塩基と１つ以上の塩基類似体との両方を含むポリマー）を含んでもよい。核酸は、「ロックド核酸」（ＬＮＡ）、糖立体配置を模倣するＲＮＡ中にロックされた二環式フラノース単位を有する１つ以上のＬＮＡヌクレオチドモノマーを含む類似体を含み、これは相補的ＲＮＡおよびＤＮＡ配列に対するハイブリダイゼーション親和性を増強する（Ｖｅｓｔｅｒ ａｎｄ Ｗｅｎｇｅｌ，２００４，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４３（４２）：１３２３３−４１）。ハイブリダイゼーション複合体の安定性に影響を及ぼし得るオリゴマーの実施形態には、ＰＮＡオリゴマー、２’−メトキシもしくは２’−フルオロ置換ＲＮＡを含むオリゴマー、またはハイブリダイゼーション複合体の全電荷、電荷密度、もしくは立体会合（ｓｔｅｒｉｃ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）に影響を及ぼすオリゴマー（荷電された結合（例えば、ホスホロチオエート）もしくは中性基（例えば、メチルホスホネート）を含有するオリゴマーを含む）が含まれる。別に示さない限り、５−メチルシトシンは、ＲＮＡまたはＤＮＡ骨格（またはそれらの混合物）を含む上述の骨格／糖／結合のいずれかと共に使用され得る。オリゴヌクレオチド、アンプリコン、または他の核酸の長さについての範囲に言及する場合、その範囲は全ての整数を含む（例えば、１９〜２５個の連続したヌクレオチド長には、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、および２５個が含まれる）ことが理解される。
「アンチセンス」、「ネガディブセンス」、「ネガディブ鎖」ＨＰＩＶ核酸は、感染性ウイルス（またはその断片）中に存在するＨＰＩＶの配列を指す。「センス」、「ポジティブセンス」、または「ポジティブ鎖」ＨＰＩＶ核酸は、感染性ウイルス（またはその断片）中に存在するＨＰＩＶ配列の相補物である。ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、およびＨＰＩＶ−４の例示的な部分は、以下の配列表に提供される（簡潔にするために、当該技術分野で既知である完全ＨＰＩＶゲノムは含まれていない）。ＨＰＩＶ配列の位置またはヌクレオチドは、それぞれ、配列番号１〜４の以下の位置を参照して定義される。配列番号１の最初のヌクレオチドはＨＰＩＶ−１の２０１位である。配列番号２の最初のヌクレオチドはＨＰＩＶ−２の１４０１位である。配列番号３の最初のヌクレオチドはＨＰＩＶ−３の１１０１位である。配列番号４の最初のヌクレオチドはＨＰＩＶ−４の５０１位である。別に示さない限り、「ＨＰＩＶ核酸にハイブリダイズする」は、ＨＰＩＶ核酸のセンス鎖またはアンチセンス鎖、例えば、ゲノム（アンチセンス）鎖、センス転写物、またはｄｓＤＮＡ ＨＰＩＶ配列のいずれかの鎖にハイブリダイズすることを含む。
「Ｃ残基」は、文脈が別に示さない限り、メチル化および非メチル化シトシンを含む。
「ＲＮＡおよびＤＮＡ等価物」とは、本質的に同じ相補的塩基対ハイブリダイゼーション特性を有するＲＮＡおよびＤＮＡ分子を意味する。ＲＮＡおよびＤＮＡ等価物は異なる糖部分（すなわちリボース対デオキシリボース）を有し、ＲＮＡ中のウラシルおよびＤＮＡ中のチミンの存在によって異なり得る。等価物は特定の配列に対して同程度の相補性を有するので、ＲＮＡ等価物とＤＮＡ等価物との間の相違は相同性の相違には寄与しない。別に示さない限り、ＨＰＩＶ核酸への言及には、ＨＰＩＶ ＲＮＡおよびそのＤＮＡ等価物が含まれる。
「オリゴマー」または「オリゴヌクレオチド」は、一般に１，０００ヌクレオチド（ｎｔ）未満の核酸を指し、約２〜５ｎｔの下限および約５００〜９００ｎｔの上限を有するサイズ範囲のものを含む。いくつかの特定の実施形態は、約５〜１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０ｎｔの下限および約５０〜６００ｎｔの上限を有するサイズ範囲のオリゴマーであり、他の特定の実施形態は、約１０〜２０ｎｔの下限および約２２〜１００ｎｔの上限を有するサイズ範囲のオリゴマーである。オリゴマーは、天然に存在する供給源から精製されてもよいが、任意の周知の酵素的または化学的方法を使用することによって合成されてもよい。オリゴマーは機能名（例えば、捕捉プローブ、プライマー、またはプロモータープライマー）によって称される場合があるが、当業者はそのような用語がオリゴマーを指すことを理解するであろう。
「アンプリコン」または「増幅産物」とは、核酸増幅反応において生成され、かつ標的核酸に由来する核酸分子を意味する。アンプリコンまたは増幅産物は、標的核酸と同じまたは反対のセンスのものであり得る標的核酸配列を含む。
「増幅オリゴヌクレオチド」または「増幅オリゴマー」とは、標的核酸またはその相補体にハイブリダイズし、かつ核酸増幅反応に関与する、例えばプライマーまたはプロモーター−プライマーとして働く、オリゴヌクレオチドを指す。特定の増幅オリゴマーは、標的核酸配列の領域またはその相補鎖に相補的である、少なくとも約１０個の連続した塩基、および必要に応じて少なくとも１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続した塩基を含む。連続した塩基は、増幅オリゴマーが結合する標的配列に対して少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または完全に相補的であり得る。当業者は、記載された範囲がその範囲内の全ての整数および有理数（例えば、９２％または９８．３７７％）を含むことを理解するであろう。特定の増幅オリゴマーは、約１０〜約６０塩基長であり、必要に応じて修飾ヌクレオチドを含み得る。
「プライマー」とは、鋳型核酸とハイブリダイズし、かつ重合によって伸長される３’末端を有するオリゴマーを指す。プライマーは、例えば標的配列に対して非相補的である５’領域を含めることによって、必要に応じて修飾されてもよい。そのような修飾は、タグ、プロモーター、またはプライマーもしくは標的オリゴヌクレオチドを操作もしくは増幅するために使用されるもしくは有用な他の配列などの機能性付加を含むことができる。
転写媒介増幅の文脈内では、５’プロモーター配列で修飾されたプライマーは「プロモーター−プライマー」と称される場合がある。分子生物学または生物化学の分野の当業者は、プライマーとして機能することができるオリゴマーが５’プロモーター配列を含むように修飾されてから、プロモーター−プライマーとして機能することができ、同様に、任意のプロモーター−プライマーがその５’プロモーター配列の有無に関わらずにプライマーとして機能することができることを理解するであろう。
「核酸増幅」とは、標的核酸配列、もしくはその相補的配列、またはそれらの断片の複数のコピー（すなわち、完全標的核酸より少なく含む増幅配列）を生成する任意のインビトロ手順を指す。核酸増幅手順の例には、転写媒介増幅（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＴＭＡ）、核酸配列ベース増幅（ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｂａｓｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＮＡＳＢＡ）など（例えば、米国特許第５，３９９，４９１号、同第５，５５４，５１６号、同第５，４３７，９９０号、同第５，１３０，２３８号、同第４，８６８，１０５号、および同第５，１２４，２４６号）、レプリカーゼ媒介増幅（例えば、米国特許第４，７８６，６００号）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第４，８００，１５９号）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、欧州特許出願第０３２０３０８号）、ヘリカーゼ依存性増幅（例えば、米国特許第７，２８２，３２８号）、ならびに鎖置換増幅（ｓｔｒａｎｄ−ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＳＤＡ）（例えば、米国特許第５，４２２，２５２号）などの転写関連方法が含まれる。増幅は線形または指数関数的であり得る。レプリカーゼ媒介増幅は、自己複製ＲＮＡ分子、およびＱＢレプリカーゼなどのレプリカーゼを使用する。ＰＣＲ増幅は、ＤＮＡポリメラーゼ、プライマー、および熱サイクリングステップを使用して、ＤＮＡまたはｃＤＮＡの２つの相補鎖の複数のコピーを合成する。ＬＣＲ増幅は、少なくとも４つの別々のオリゴヌクレオチドを使用して、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、および変性の複数サイクルを使用することによって標的およびその相補鎖を増幅する。ヘリカーゼ依存性増幅は、ヘリカーゼを使用して、ＤＮＡ二本鎖の２つの鎖を分離して一本鎖鋳型を生成し、続いて鋳型にハイブリダイズする配列特異的プライマーのハイブリダイゼーションおよびＤＮＡポリメラーゼによる伸長を行い、標的配列を増幅する。ＳＤＡは、標的配列を含む半修飾（ｈｅｍｉｍｏｄｉｆｉｅｄ）ＤＮＡ二本鎖の一方の鎖にニックを入れる（ｎｉｃｋ）制限エンドヌクレアーゼの認識部位を含有するプライマーを使用し、続いて、一連のプライマー伸長および鎖置換ステップで増幅を行う。特定の実施形態はＰＣＲまたはＴＭＡを使用するが、本明細書に開示されるオリゴマーが他の増幅方法におけるプライマーとして容易に使用され得ることは当業者に明らかである。
転写関連増幅は、最終的に核酸鋳型から複数のＲＮＡ転写物を生成するために、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、リボヌクレオシド三リン酸、プロモーター含有オリゴヌクレオチドを使用し、必要に応じて、他のオリゴヌクレオチドを含み得る（米国特許第５，３９９，４９１号および同第５，５５４，５１６号，Ｋａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．、米国特許第５，４３７，９９０号，Ｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．、ＰＣＴ第ＷＯ８８／０１３０２号および同第ＷＯ８８／１０３１５号，Ｇｉｎｇｅｒａｓ ｅｔ ａｌ．、米国特許第５，１３０，２３８号，Ｍａｌｅｋ ｅｔ ａｌ．、米国特許第４，８６８，１０５号および同第５，１２４，２４６号，Ｕｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．、ＰＣＴ第ＷＯ９４／０３４７２号，ＭｃＤｏｎｏｕｇｈ ｅｔ ａｌ．、ＰＣＴ第ＷＯ９５／０３４３０号，ならびにＲｙｄｅｒ ｅｔ ａｌ．に詳細に記載される）。ＴＭＡを使用する方法は、以前に詳細に記載されている（米国特許第５，３９９，４９１号および同第５，５５４，５１６号）。
リアルタイムでアンプリコンを検出するサイクリック増幅法において、「閾値サイクル（Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｃｙｃｌｅ）」（Ｃｔ）という用語は、標的の増幅に関連するシグナルの出現時間の尺度であり、一般に、正規化レポーターシグナルの標準偏差の１０倍である。増幅が「閾値サイクル」に達すると、一般に、プローブが結合する配列の陽性の増幅産物があると考えられる。次いで、増幅産物の同一性を、ゲル電気泳動、核酸配列決定、および他のそのような分析手順などの当業者に既知の方法によって決定することができる。
本明細書で使用される場合、「相対蛍光単位」（「ＲＦＵ」）という用語は、蛍光強度の測定単位である。ＲＦＵは、測定に使用される検出手段の特性により変化し、試料と対照との間の相対強度を比較するための測定として使用することができる。分析感度（検出限界またはＬｏＤ）は、５０％組織培養感染量（ｍｅｄｉａｎ ｔｉｓｓｕｅ ｃｕｌｔｕｒｅ ｉｎｆｅｃｔｉｖｅ ｄｏｓｅ）（ＴＣＩＤ５０／ｍｌ）から決定される。ＴＣＩＤ５０／ｍｌは、播種された細胞培養物の５０％において病理学的変化を生じる病原体の量である。
「検出プローブ」または「プローブ」とは、標的核酸の検出のために、核酸ハイブリダイゼーションを促進する条件下で増幅配列を含む標的配列に特異的にハイブリダイズするオリゴマーを指す。検出は直接的（すなわち、標的に直接ハイブリダイズするプローブ）または間接的（すなわち、プローブを標的に連結させる中間構造体にハイブリダイズするプローブ）のいずれかであり得る。プローブの標的配列は一般に、プローブが特異的にハイブリダイズするより大きな配列内の特定の配列を指す。検出プローブは、標的特異的配列および非標的相補的配列を含み得る。そのような非標的相補的配列には、検出および／または増幅を容易にするために使用することができる、ヘアピン構造などの所望の二次または三次構造を付与する配列（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、同第６，８３５，５４２号、および同第６，８４９，４１２号）が含まれ得る。定義された配列のプローブは、化学合成、および組換え核酸分子からのインビトロまたはインビボ発現などによる当業者に既知の技術によって生成することができる。
「ハイブリダイゼーション」または「ハイブリダイズする」とは、２つの完全または部分的に相補的な核酸鎖が、平行方向または逆平行方向で、特定のハイブリダイゼーションアッセイ条件下で一体になり、二本鎖領域を有する安定な構造を形成する能力を意味する。ハイブリッドと呼ばれることもあるこの二本鎖構造の２つの構成鎖は、水素結合によって結び付いている。これらの水素結合は、最も一般的には、単一核酸鎖上の塩基アデニンおよびチミンもしくはウラシル（ＡおよびＴまたはＵ）またはシトシンおよびグアニン（ＣおよびＧ）を含むヌクレオチド間で形成されるが、塩基対合はこれらの「正準（ｃａｎｏｎｉｃａｌ）」対のメンバーではない塩基間で形成することもできる。非正準塩基対合は当該技術分野で周知である。（例えば、Ｒ．Ｌ．Ｐ．Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ（１１ｔｈ ｅｄ．１９９２）を参照されたい。）
「優先的にハイブリダイズする」とは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、増幅または検出プローブオリゴマーがその標的核酸にハイブリダイズして安定なオリゴマー：標的ハイブリッドを形成することができるが、十分な数の安定なオリゴマー：非標的ハイブリッドを形成しないことを意味する。標的核酸に優先的にハイブリダイズする増幅および検出オリゴマーは、標的核酸を増幅および検出するのに有用であるが、非標的生物、特に系統発生的に密接に関連した生物には有用ではない。したがって、オリゴマーは、非標的核酸よりも十分に高い程度で標的核酸にハイブリダイズし、当業者が、必要に応じて、特定のインフルエンザウイルスに由来する核酸を増幅し、および／またはその存在（または非存在）を正確に検出することを可能にする。一般に、オリゴヌクレオチド配列とその標的配列との間の相補性の程度を低下させることは、その標的領域へのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの程度または比率を低下させるであろう。しかしながら、１つ以上の非相補的ヌクレオシドまたは核酸塩基を含めることは、オリゴヌクレオチドが非標的生物を識別する能力を促進し得る。
優先的ハイブリダイゼーションは、当該技術分野で既知であり、かつ本明細書、例えば以下に提供される実施例などに記載される技術を使用して測定することができる。いくつかの実施形態では、試験試料中の標的ハイブリダイゼーションシグナルと非標的ハイブリダイゼーションシグナルとの間に少なくとも１０倍の差、少なくとも１００倍の差、または少なくとも１，０００倍の差がある。いくつかの実施形態では、試験試料中の非標的ハイブリダイゼーションシグナルは、バックグラウンドシグナルレベル以下である。
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」または「ストリンジェントな条件」とは、オリゴマーが、標的核酸（ＨＰＩＶ核酸など）に優先的にハイブリダイズすることを可能とするが、密接に関連する非標的核酸に由来する核酸にはハイブリダイズすることを可能としない条件を意味する。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の定義は変わらないが、ストリンジェントなハイブリダイゼーションに使用することができる実際の反応環境は、オリゴマーのＧＣ含量および長さ、オリゴマー配列と試験試料中に存在し得る非標的核酸配列との間の類似性の程度、ならびに標的配列を含む要因によって変わり得る。ハイブリダイゼーション条件には、温度およびハイブリダイゼーション試薬または溶液の組成が含まれる。１つ以上のＨＰＩＶ株に由来する標的核酸を本開示のオリゴマーを用いて増幅および／または検出するための例示的なハイブリダイゼーションアッセイ条件は、一価の塩、例えばＫＣｌなどの塩濃度が約０．６〜０．９Ｍの範囲にある場合、約６０℃の温度に対応する。特定のハイブリダイゼーションアッセイ条件は、実施例の節で後述する。他の許容されるストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、当業者によって容易に確認され得る。
言及されるオリゴマーと「ＨＰＩＶ核酸へのハイブリダイゼーションについて、ストリンジェントな条件下で競合する」とは、オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、その標的ＨＰＩＶ配列への言及されるオリゴマーの結合を実質的に減少させ、競合するオリゴマーは、過剰に供給されたときに、飽和濃度以下において、言及されるオリゴマーの結合を約２０％、３０％、４０％、５０％、もしくはそれより多く低減することができるか、または競合するオリゴマーのＴｍが、標的に対して、言及されるオリゴマーのＴｍの約５℃、４℃、３℃、２℃、もしくは１℃より高いかもしくはその範囲内であることを意味する。好適なオリゴヌクレオチド競合アッセイ条件および手順は当該技術分野で既知である。
「アッセイ条件」とは、標的核酸へのオリゴヌクレオチドの安定したハイブリダイゼーションを可能にする条件を意味する。アッセイ条件は、標的核酸へのオリゴヌクレオチドの優先的ハイブリダイゼーションを必要としない。
「標識」または「検出可能な標識」は、検出されるプローブまたは検出可能なシグナルを生じさせるプローブに直接的または間接的に結合された部分または化合物を指す。直接的結合は、共有結合または非共有相互作用（例えば、水素結合、疎水性もしくはイオン相互作用、およびキレートもしくは配位錯体形成）を使用し得るが、間接的結合は、架橋部分またはリンカー（例えば抗体または追加のオリゴヌクレオチドを介する）を使用し得、これらは検出可能なシグナルを増幅する。任意の検出可能な部分は、例えば、放射性核種、ビオチンもしくはアビジンなどのリガンド、酵素、酵素基質、反応性基、検出可能な色を付与する色素もしくは粒子（例えば、ラテックスもしくは金属ビーズ）などの発色団、蛍光化合物（例えば、生物発光化合物、燐光化合物、または化学発光化合物）、および蛍光化合物（すなわち、フルオロフォア）を使用し得る。フルオロフォアの実施形態には、約４９５〜６５０ｎｍの範囲の光を吸収し、かつ約５２０〜６７０ｎｍの範囲の光を発するものが含まれ、これらにはＦＡＭ（商標）、ＴＥＴ（商標）、ＣＡＬ ＦＬＵＯＲ（商標）（ＯｒａｎｇｅまたはＲｅｄ）、およびＱＵＡＳＡＲ（商標）化合物として既知であるものが含まれる。フルオロフォアは、フルオロフォアに近接したときに光を吸収してバックグラウンド蛍光を低減するクエンチャー分子と組み合わせて使用されてもよい。そのようなクエンチャーは当該技術分野で周知であり、例えば、ＢＬＡＣＫ ＨＯＬＥ ＱＵＥＮＣＨＥＲ（商標）（もしくはＢＨＱ（商標））またはＴＡＭＲＡ（商標）化合物を含む。特定の実施形態には、混合物中の結合標識プローブが非結合標識プローブと比較して検出可能な変化を示す均質系において検出可能である「均質な検出可能標識」が含まれ、これは、ハイブリダイズしていない標識プローブからハイブリダイズした標識プローブを物理的に取り除くことなく標識を検出することを可能にする（例えば、米国特許第５，２８３，１７４号、同第５，６５６，２０７号、および同第５，６５８，７３７号）。特定の均一な検出可能な標識には、アクリジニウムエステル（「ＡＥ」）化合物、例えば周知の標準的ＡＥまたはＡＥ誘導体（米国特許第５，６５６，２０７号、同第５，６５８，７３７号および同第５，６３９，６０４号）を含む、化学発光化合物が含まれる。標識を合成する方法、標識を核酸に結合する方法、および標識からのシグナルを検出する方法は周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９）第１０章、および米国特許第５，６５８，７３７号、同第５，６５６，２０７号、同第５，５４７，８４２号、同第５，２８３，１７４号、および同第４，５８１，３３３号、ならびに欧州特許出願第０７４７７０６号）。ＡＥ化合物を核酸に結合する特定の方法は既知である（例えば、米国特許第５，５８５，４８１号および米国特許第５，６３９，６０４号、第１０欄第６行〜第１１欄第３行、および実施例８を参照されたい）。特定のＡＥ標識位置は、プローブの中央領域およびＡ／Ｔ塩基対の領域付近、プローブの３’もしくは５’末端、またはプローブが所望の標的配列と比較して検出すべきではない既知の配列とのミスマッチ部位もしくはその付近である。他の検出可能に標識されたプローブには、ＴａｑＭａｎ（商標）プローブ、分子トーチ、および分子ビーコンが含まれる。ＴａｑＭａｎ（商標）プローブは供与体および受容体標識を含み、ここで、クエンチャーの存在からフルオロフォアを放出するために増幅中にプローブを酵素的に分解すると蛍光が検出される。分子トーチおよびビーコンは、開放および閉鎖配置で存在し、閉鎖配置はフルオロフォアをクエンチし、開放位置はフルオロフォアをクエンチャーから分離して蛍光を可能にする。標的へのハイブリダイゼーションは、そうでなければ閉じたプローブを開く。
配列が完全に相補的である必要はないが、２つの核酸配列の安定なハイブリダイゼーション、例えばプローブおよび標的配列の安定なハイブリッドを可能にする場合、配列は「十分に相補的」である。すなわち、「十分に相補的な」配列は、標準的な塩基対合（例えば、Ｇ：Ｃ、Ａ：Ｔ、またはＡ：Ｕ）を使用することにより、一連の相補的ヌクレオチドのサブセット間の水素結合によって別の配列にハイブリダイズするが、２つの配列は、配列全体が適切なハイブリダイゼーション条件で安定なハイブリダイゼーション複合体を形成する限り、相補的ではない１つ以上の残基（無塩基位置を含む）を含み得る。十分に相補的な配列は、互いにハイブリダイズする配列において少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または完全に相補的であり得る。適切なハイブリダイゼーション条件は、当業者に周知であり、配列組成に基づいて予測することができ、または日常的な試験を使用することによって経験的に決定することができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ． ａｔ §§１．９０〜１．９１，７．３７〜７．５７，９．４７〜９．５１および１１．４７〜１１．５７，特に§§９．５０〜９．５１，１１．１２〜１１．１３，１１．４５〜１１．４７および１１．５５〜１１．５７）。
「伸長不能な」オリゴマーは、伸長を防ぐためにその３’末端またはその近くにブロッキング部分を含む。３’末端付近のブロッキング基は、いくつかの実施形態において、３’末端から５残基以内であり、ポリメラーゼのオリゴマーへの結合を制限するのに十分に大きく、他の実施形態は、３’末端に共有結合したブロッキング基を含有する。多くの異なる化学基、例えば、アルキル基、非ヌクレオチドリンカー、アルカン−ジオールジデオキシヌクレオチド残基、およびコルジセピンが、３’末端をブロックするために使用され得る。ブロッキング部分のさらなる例には、３’−デオキシヌクレオチド（例えば、２’，３’−ジデオキシヌクレオチド）；３’−リン酸化ヌクレオチド；フルオロフォア、クエンチャー、または伸長を妨害する他の標識；反転（ｉｎｖｅｒｔｅｄ）ヌクレオチド（例えば、露出した５’−ＯＨもしくはホスフェートを必要に応じて有する３’から３’へのホスホジエステルを介して前のヌクレオチドに結合される）；またはポリメラーゼによる新生（ｎａｓｃｅｎｔ）核酸鎖のさらなる伸長を妨げるためにオリゴヌクレオチドに結合されたタンパク質もしくはペプチドが含まれる。本開示の伸長不能なオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０塩基長であり得、最大１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、またはそれより長いヌクレオチド長までであり得る。検出可能な標識を含む伸長不能なオリゴヌクレオチドをプローブとして使用することができる。
特に特許請求の範囲における「配列番号Ｘの配列」への言及は、別に示さない限り、対応する配列表の記載の塩基配列を指し、骨格（例えば、ＲＮＡ、２’−Ｏ−Ｍｅ ＲＮＡ、もしくはＤＮＡ）の同一性も塩基修飾（例えば、シトシン残基のメチル化）も必要としない。
オリゴマー中の「縮重」位置とは、２つ以上の塩基対がオリゴマーの集団中に存在する位置を指す。例えば、配列番号５において、３番目のヌクレオチドはＹであり、これはＣまたはＴ／Ｕを表す。縮重位置を有するオリゴマーは、縮重位置の導入が所望される合成ステップにおいて、所望の縮重の組み合わせに対応するヌクレオチド前駆体の混合物を提供することによって合成することができる。
オリゴマー中の「非ワトソンクリック」（ＮＷＣ）位置は、オリゴマーが、Ｇ−Ｕ、Ｇ−Ｔ、またはＧ−Ａなど（ＧまたはＵ／Ｔ／Ａのいずれかはオリゴマー中の塩基であり得る）の非ワトソンクリック対合により、少なくとも１つのＨＰＩＶ標的配列にハイブリダイズするように構成されている位置を指す。いくつかの実施形態では、ＮＷＣ位置は、ゆらぎ（Ｇ−Ｕ）またはプリン−プリン（Ｇ−Ａ）対を介してハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、ＮＷＣ位置は、Ｇ−Ｔ対を介してハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、ＮＷＣ位置は、Ｇ−Ｕ対を介してハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、ＮＷＣ位置は、Ｇ−Ａ対を介してハイブリダイズするように構成される。
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学的および技術的用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。一般的な定義は、分子生物学の分野に関連する技術書、例えば、ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ ＯＦ ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ ＡＮＤ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ，第２版（Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ）またはＴＨＥ ＨＡＲＰＥＲ ＣＯＬＬＩＮＳ ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ ＯＦ ＢＩＯＬＯＧＹ（Ｈａｌｅ ＆ Ｍａｒｈａｍ，１９９１，Ｈａｒｐｅｒ Ｐｅｒｅｎｎｉａｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ）に見出すことができる。
例示的な組成物、キット、方法、および使用
本開示は、試料からのＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、および／またはＨＰＩＶ−４を増幅させる、検出する、または定量化するのに有用なオリゴマー、組成物、およびキットを提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴマーは、例えばキットまたは組成物中に提供される。オリゴマーは一般に、例えば、ＨＰＩＶ核酸に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ領域（ｔａｒｇｅｔ−ｈｙｂｒｉｄｉｚｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）を含む。異なる長さおよび塩基組成のオリゴマーを使用してＨＰＩＶ核酸を増幅することができるが、いくつかの実施形態では、本開示のオリゴマーは、約１０〜６０塩基長、約１４〜５０塩基長、約１４〜４０塩基長、約１４〜３５塩基長、または約１５〜３０塩基長の標的ハイブリダイズ領域を有する。いくつかの実施形態では、オリゴマーは、プロモーターなどの、標的ハイブリダイズ領域に加えて第２の配列領域を含み、これは標的ハイブリダイズ領域の５’に位置することができる。いくつかの実施形態では、オリゴマーは、第２の配列領域を含まない。
いくつかの実施形態では、一方のオリゴマーがＨＰＩＶ核酸のセンス鎖とハイブリダイズするように構成され、他方がＨＰＩＶ核酸のアンチセンス鎖とハイブリダイズするように構成されている、一対のオリゴマーが提供される。そのようなオリゴマーは、ＰＣＲまたは他の形態の増幅のためのプライマー対を含む。
いくつかの実施形態では、１つ以上のオリゴマー、例えば、プライマー対、またはプライマー対および必要に応じて標識されている（例えば、プローブとして使用するための）第３のオリゴマーは、ＨＰＩＶヘマグルチニン−ノイラミニダーゼ（ＨＮ）遺伝子にハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、ＨＮ遺伝子は、ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、またはＨＰＩＶ−３ ＨＮ遺伝子である。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−１およびＨＰＩＶ−２；ＨＰＩＶ−１およびＨＰＩＶ−３；ＨＰＩＶ−２およびＨＰＩＶ−３；またはＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、およびＨＰＩＶ−３のＨＮ遺伝子に集合的にハイブリダイズする、複数のオリゴマー、例えば、複数のプライマー対、または複数のプライマー対および（例えばプローブとして使用するために）必要に応じて標識された第３のオリゴマーが提供される。
いくつかの実施形態では、１つ以上のオリゴマー、例えばプライマー対、またはプライマー対および（例えばプローブとして使用するために）必要に応じて標識された第３のオリゴマーは、ＨＰＩＶヌクレオカプシド（ＮＰ）遺伝子にハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、ＮＰ遺伝子は、ＨＰＩＶ−４ａまたはＨＰＩＶ−４ｂ ＮＰ遺伝子などのＨＰＩＶ−４ ＮＰ遺伝子である。いくつかの実施形態では、１つ以上オリゴマーは、ＨＰＩＶ−４ａまたはＨＰＩＶ−４ｂ ＮＰ遺伝子のいずれかまたは両方とハイブリダイズするように構成される。
いくつかの実施形態では、１つ以上のオリゴマーは、縮重位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−１プライマー、ＨＰＩＶ−１プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−１プローブは、縮重位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−３プライマー、ＨＰＩＶ−３プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−３プローブは、縮重位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−４プライマー、ＨＰＩＶ−４プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−４プローブは、縮重位置を含む。いくつかの実施形態では、縮重位置は、Ｙ、Ｒ、Ｓ、Ｗ、Ｋ、またはＭである。縮重位置（例えば、Ｙ、Ｒ、Ｓ、Ｗ、Ｋ、またはＭ）を有する例示的なオリゴマーは、以下の配列表に列挙される。
いくつかの実施形態では、１つ以上のオリゴマーは、非ワトソンクリック（ＮＷＣ）位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−１プライマー、ＨＰＩＶ−１プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−１プローブは、ＮＷＣ位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−２プライマー、ＨＰＩＶ−２プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−２プローブは、縮重位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−２プライマー、ＨＰＩＶ−２プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−２プローブは、ＮＷＣ位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−３プライマー、ＨＰＩＶ−３プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−３プローブは、ＮＷＣ位置を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−４プライマー、ＨＰＩＶ−４プライマー対、および／またはＨＰＩＶ−４プローブは、ＮＷＣ位置を含む。
例示的なＮＷＣ位置には、配列表中の様々な例示的なオリゴマー中のＵ残基が含まれる。さらなる例示的なＮＷＣ位置には、配列番号３８の１１位のＧおよび配列番号７８の８位のＧが含まれる。
いくつかの実施形態では、セット、キット、組成物、または反応混合物中の１つ以上のオリゴマーは、メチル化シトシン（例えば、５−メチルシトシン）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー中のシトシンの少なくとも約半分は、メチル化されている。いくつかの実施形態では、オリゴマー中のシトシンの全てまたは実質的に全て（例えば、１つまたは２つを除く全て）は、メチル化されている。いくつかの実施形態では、３’末端または３’末端の２、３、４もしくは５塩基内のシトシンは、メチル化されていない。
例示的なプライマー対および必要に応じた第３のオリゴマーを以下の表に記載する。
Figure 2020511149
Figure 2020511149
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いくつかの実施形態では、標識を含むオリゴマーが提供される。このようなオリゴマーは、プローブとして使用することができる。いくつかの実施形態では、標識されたオリゴマーは、表Ａのオリゴマー３の列に記載された配列番号に対応する配列を有する。いくつかの実施形態では、標識は、非ヌクレオチド標識である。好適な標識には、検出可能な光シグナルを放出する化合物、例えば、均一な混合物中で検出することができるフルオロフォアまたは発光（例えば、化学発光）化合物が含まれる。１つより多い標識、および１つより多くの種類の標識が特定のプローブ上に存在し得るか、または検出は、各プローブが検出可能なシグナルを生じる化合物で標識されているプローブの混合物の使用に頼り得る（例えば、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，１８０，３４０号および同第６，３５０，５７９号を参照されたい）。標識は、共有結合、キレート化、およびイオン相互作用を含む様々な手段によってプローブに付着させることができるが、いくつかの実施形態では、標識は共有結合的に付着させる。例えば、いくつかの実施形態では、検出プローブは、例えば、アクリジニウムエステル（ＡＥ）化合物などの結合された化学発光標識を有する（例えば、米国特許第５，１８５，４３９号；同第５，６３９，６０４号；同第５，５８５，４８１号；および同第５，６５６，７４４号を参照されたい）。蛍光標識または化学発光標識などの標識は、非ヌクレオチドリンカーによってプローブに結合することができる（例えば、米国特許第５，５８５，４８１号；同第５，６５６，７４４号；および同第５，６３９，６０４号を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、蛍光標識を含む）は、第１の標識と相互作用する第２の標識をさらに含む。例えば、第２の標識はクエンチャーであり得る。そのようなプローブは、ＴａｑＭａｎ（商標）アッセイにおいて使用することができ、ここでは、例えば、プローブを標的またはアンプリコンにハイブリダイズさせ、続いて５’から３’エキソヌクレアーゼ活性を含むポリメラーゼによる核酸分解することによって、蛍光標識が放出され、それにより蛍光が増加するか、または第２の標識との相互作用とは無関係の蛍光がもたらされる。
いくつかの用途において、検出前にハイブリダイズしていないプローブの除去を最初に必要とせずに試験試料中のプローブ：標的二本鎖の検出を容易にするために、少なくともある程度の自己相補性を示す１つ以上のプローブを使用する。そのような検出プローブの具体的な実施形態は、例えば、一般にヘアピンと呼ばれる立体配座などの、分子内ハイブリダイゼーションによって保持される立体配座を形成するプローブを含む。好適なヘアピンプローブには、「分子トーチ（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｔｏｒｃｈ）」（例えば、米国特許第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号を参照されたい）、ならびに「分子ビーコン（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｅａｃｏｎ）」（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号および米国特許第５，３１２，７２８号を参照されたい）が含まれる。分子トーチは、結合領域（例えば、−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）３−リンカー）によって接続され、かつ所定のハイブリダイゼーションアッセイ条件下で互いにハイブリダイズする、自己相補性の異なる領域（造語「標的結合ドメイン」および「標的閉鎖ドメイン」）を含む。適切な標的または変性条件に曝露されると、分子トーチの２つの相補的領域（完全にまたは部分的に相補的であり得る）が融解し、所定のハイブリダイゼーションアッセイ条件が回復したときに標的結合ドメインが標的配列へのハイブリダイゼーションに利用可能になる。分子トーチは、標的結合ドメインが標的閉鎖ドメインよりも標的配列へのハイブリダイゼーションを促進するように設計されている。分子トーチの標的結合ドメインおよび標的閉鎖ドメインは、分子トーチが標的核酸にハイブリダイズするときとは対照的に、分子トーチが自己ハイブリダイズするときには異なるシグナルが生じるように位置付けられた相互作用標識（例えば、蛍光／クエンチャー）を含み、それにより、それに関連する実行可能な標識を有するハイブリダイズしていないプローブの存在下で試験試料中のプローブ：標的二本鎖を検出することを可能にする。
本開示に関連して使用され得る相互作用する供与体／受容体標識対の例には、ＦＲＥＴと非ＦＲＥＴ対とを区別しようとせずに、フルオレセイン／テトラメチルローダミン、ＩＡＥＤＡＮＳ／フルオロレセイン（fluororescein）、ＥＤＡＮＳ／ＤＡＢＣＹＬ、クマリン／ＤＡＢＣＹＬ、フルオレセイン／フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ／ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、フルオレセイン／ＤＡＢＣＹＬ、ルシファーイエロー／ＤＡＢＣＹＬ、ＢＯＤＩＰＹ／ＤＡＢＣＹＬ、エオシン／ＤＡＢＣＹＬ、エリスロシン／ＤＡＢＣＹＬ、テトラメチルローダミン／ＤＡＢＣＹＬ、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ／ＤＡＢＣＹＬ、ＣＹ５／ＢＨ１、ＣＹ５／ＢＨ２、ＣＹ３／ＢＨ１、ＣＹ３／ＢＨ２、およびフルオレセイン／ＱＳＹ７色素が含まれる。当業者であれば、供与体色素と受容体色素が異なる場合、受容体の増感蛍光の出現または供与体蛍光の消光によって、エネルギー移動が検出され得ることを理解するであろう。ＤＡＢＣＹＬおよびＱＳＹ７色素などの非蛍光受容体は、直接（すなわち、非増感）受容体励起から生じるバックグラウンド蛍光の潜在的な問題を有利に排除する。供与体−受容体対の一方のメンバーとして使用され得る例示的なフルオロフォア部分には、フルオレセイン、ＲＯＸ、およびＣＹ色素（例えば、ＣＹ５）が含まれる。供与体−受容体対の他方のメンバーとして使用され得る例示的なクエンチャー部分には、ＤＡＢＣＹＬおよびＢｉｏｓｅａｒｃｈ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｎｏｖａｔｏ，Ｃａｌｉｆ．）から入手可能なＢＬＡＣＫ ＨＯＬＥ ＱＵＥＮＣＨＥＲ部分が含まれる。
いくつかの実施形態では、標識オリゴマー（例えばプローブ）は、伸長不能である。例えば、標識オリゴマーは、３’末端３’−デオキシヌクレオチド（例えば、末端２’，３’−ジデオキシヌクレオチド）、３’末端反転ヌクレオチド（例えば、最後のヌクレオチドが、３’から３’へのホスホジエステル結合またはその類似体、例えばホスホロチオエートによって最後から２番目のヌクレオチドに結合されるように反転されている）、または結合したフルオロフォア、クエンチャー、もしくは伸長を妨げる他の標識（おそらく末端ヌクレオチドの３’位を介して結合するが、必ずしもそうとは限らない）を有する、３’−リン酸化によって伸長不能にすることができる。いくつかの実施形態では、３’末端ヌクレオチドは、メチル化されていない。
試料中のＨＰＩＶ標的核酸の存在もしくは不存在を決定するまたはその量を定量化するための反応混合物もまた、本開示によって提供される。本開示による反応混合物は、以下：ＨＰＩＶ標的核酸の増幅のための本明細書に記載のオリゴマーの組み合わせ、およびＨＰＩＶ増幅産物の存在もしくは不存在を決定するための本明細書に記載の検出プローブオリゴマー、のうちの少なくとも１つ以上を含む。反応混合物は、例えば、捕捉プローブ、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＵＳ２０１３／０２０９９９２に記載されるようなポリ（ｋ）捕捉プローブなどの多数の必要に応じた成分をさらに含んでもよい。増幅反応混合物については、反応混合物は、典型的には、インビトロでの増幅を行うのに好適である他の試薬、例えば、緩衝液、塩溶液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、およびｄＴＴＰ、ならびに／またはＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰおよびＵＴＰ）、ならびに／または酵素（例えば、熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ、もしくは逆転写酵素、および／またはＲＮＡポリメラーゼ）などを含み、典型的には、ＨＰＩＶ標的核酸が存在してもまたは存在しなくてもよい試験試料成分を含むであろう。反応混合物は、ＨＰＩＶゲノムの１つの標的領域のみのための増幅オリゴマーを含んでもよく、または同じかもしくは異なるタイプもしくは亜型、例えばＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、およびＨＰＩＶ−４のうちの１つ、２つ、３つ、もしくは４つの複数のＨＰＩＶ標的領域のための増幅オリゴマーを含んでもよい。加えて、増幅オリゴマーの組み合わせと共に検出プローブを含む反応混合物については、反応混合物のための増幅オリゴマーおよび検出プローブオリゴマーの選択は、共通の標的領域によって連結される（すなわち、反応混合物は、反応混合物の増幅オリゴマーの組み合わせによって増幅可能な配列に結合するプローブを含むであろう）。
いくつかの実施形態では、反応混合物は、ＫＣｌを含む。いくつかの実施形態では、ＫＣｌ濃度は、約５０ｍＭである。いくつかの実施形態では、ＫＣｌ濃度は、約５０ｍＭ超、例えば約６０〜１５０ｍＭ、約７５〜１２５ｍＭ、約８０〜１２０ｍＭ、約８５〜１１５ｍＭ、または約９０〜１１０ｍＭである。いくつかの実施形態では、ＫＣｌ濃度は、５５〜６５、６５〜７５、７５〜８５、８５〜９５、９５〜１０５、１０５〜１１５、１１５〜１２５、１２５〜１３５、または１３５〜１４５であり、上記の各々はｍＭであり、必要に応じて「約」で修飾される。いくつかの実施形態では、本開示による組成物は、例えば、上記濃度のいずれかのＫＣｌを含む。いくつかの実施形態では、本開示による方法は、例えば、上記濃度のいずれかのＫＣｌの存在下で、増幅反応を行うことを含む。
本明細書に記載の方法を実施するためのキットもまた、本開示によって提供される。本開示によるキットは、以下：ＨＰＩＶ標的核酸の増幅のための本明細書に記載の増幅オリゴマーの組み合わせ、およびＨＰＩＶ増幅産物の有無を決定するための本明細書に記載の少なくとも１つの検出プローブオリゴマー、のうちの少なくとも１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意のオリゴマーの組み合わせがキット中に存在する。キットは、例えば、捕捉プローブ、例えば、ＵＳ２０１３／０２０９９９２に記載されるようなポリ（ｋ）捕捉プローブなどの多数の必要に応じた成分をさらに含んでもよい。キット中に存在し得る他の試薬は、インビトロ増幅を実施するのに好適な試薬、例えば、緩衝液、塩溶液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ならびに／またはＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰおよびＵＴＰ）、ならびに／または酵素（例えば、熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ、もしくは逆転写酵素、および／またはＲＮＡポリメラーゼ）などを含む。本明細書に記載のオリゴマーは、様々な異なる実施形態で包装され得、当業者は、本開示が多くの異なるキット構成を包含することを理解するであろう。例えば、キットは、ＨＰＩＶゲノムの１つの標的領域のみのための増幅オリゴマーを含んでもよく、または同じかもしくは異なるタイプもしくは亜型の複数のＨＰＩＶ標的領域、例えばＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、およびＨＰＩＶ−４のうちの１つ、２つ、３つ、もしくは４つのための増幅オリゴマーを含んでもよい。加えて、増幅オリゴマーの組み合わせと共に検出プローブを含むキットについては、キットのための増幅オリゴマーおよび検出プローブオリゴマーの選択は、共通の標的領域によって連結される（すなわち、キットは、キットの増幅オリゴマーの組み合わせによって増幅可能な配列に結合するプローブを含むであろう）。ある特定の実施形態では、キットは、本開示による方法を実施するための１組の指示をさらに含み、指示は、添付文書および／またはキットもしくはその構成要素の包装に関連し得る。
本明細書に開示されるあらゆる方法が、本方法の目的に向けられた本方法に関与する材料の対応する使用の開示としても理解されるべきである。ＨＰＩＶ配列を含むオリゴマーのうちのいずれか、およびそのようなオリゴマーを含む任意の組み合わせ（例えば、キットおよび組成物）はまた、ＨＰＩＶの検出または定量化における使用、およびＨＰＩＶの検出または定量化のための組成物の調製における使用のために開示されるものとして理解されるべきである。
大まかに述べると、方法は、以下の構成要素：ＨＰＩＶ核酸（例えば、臨床試料などの試料由来）が捕捉オリゴマーにアニールされた標的捕捉；捕捉オリゴマーと会合していない材料を除去するための単離、例えば、洗浄；増幅；および増幅と共にリアルタイムで実施され得るアンプリコン検出、例えば、アンプリコン定量化、のうちの１つ以上を含むことができる。ある特定の実施形態は、上記のステップの各々を伴う。ある特定の実施形態は、指数関数的増幅を含み、必要に応じて先行する線形増幅ステップを伴う。ある特定の実施形態は、指数関数的増幅およびアンプリコン検出を伴う。ある特定の実施形態は、上に列挙した構成要素のうちのいずれか２つを伴う。ある特定の実施形態は、すぐ上に列挙した任意の２つの構成要素、例えば、洗浄および増幅または増幅および検出を伴う。
いくつかの実施形態では、増幅は、ＨＰＩＶ標的核酸に対応するＨＰＩＶ核酸標的領域を増幅させるために、試料を少なくとも２つのオリゴマーと接触させることであって、オリゴマーが上記の少なくとも２つの増幅オリゴマー（例えば、指数関数的増幅のために、センス方向に配向した１つ以上およびアンチセンス方向に配向した１つ以上）を含む、接触させることと、（２）インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、試料中に存在する任意のＨＰＩＶ標的核酸が、増幅産物を生成するための鋳型として使用される、実施することと、（３）増幅産物の有無を検出し、それにより試料中のＨＰＩＶの有無を決定するか、または試料中のＨＰＩＶ核酸の量を定量化することと、を含む。
本開示に従った検出方法は、方法のその後のステップに供される試料を得るステップをさらに含むことができる。ある特定の実施形態では、使用される試料を「得ること」は、例えば、方法の１つ以上のステップが実施される試験施設または他の場所で試料を受け取ること、および／または方法の１つ以上のステップが実施される施設内の場所から（例えば、貯蔵施設または他の保管所から）試料を取り出すことを含む。
ある特定の実施形態では、方法は、例えば、捕捉ステップ前などの増幅前に、ＨＰＩＶ標的核酸を試料中の他の成分から精製することをさらに含む。そのような精製は、試料中に含有される生物を他の試料成分から分離および／もしくは濃縮するか、または非核酸試料成分、例えば、タンパク質、炭水化物、塩、脂質などを除去もしくは分解する方法を含んでもよい。いくつかの実施形態では、試料中のＤＮＡは、例えば、ＤＮａｓｅを用いて分解され、必要に応じて、ＤＮａｓｅを除去もしくは不活性化するか、または分解されたＤＮＡを除去する。
特定の実施形態では、標的核酸を精製することは、標的核酸を捕捉して、標的核酸を他の試料成分から特異的または非特異的に分離することを含む。非特異的標的捕捉法は、実質的に水性の混合物からの核酸の選択的沈殿、他の試料成分を除去するために洗浄される支持体への核酸の付着、またはＨＰＩＶ核酸および他の試料成分を含有する混合物から核酸を物理的に分離する他の手段を伴ってもよい。
標的捕捉は、典型的には、ハイブリダイズ条件下でＨＰＩＶ標的配列にハイブリダイズする１つ以上の捕捉プローブオリゴマーを含有する液相混合物中で生じる。捕捉プローブテールを含む実施形態については、捕捉プローブテールが固定化プローブにハイブリダイズするようにハイブリダイズ条件を調整することによって、ＨＰＩＶ標的：捕捉プローブ複合体が捕捉される。ある特定の実施形態は、常磁性ビーズなどの微粒子固体支持体を使用する。
単離は、捕捉の後に続くことができ、固体支持体上の複合体は、他の試料成分から分離される。単離は、任意の適切な技術、例えば、ＨＰＩＶ標的配列と会合した支持体を１回以上（例えば、２回または３回）洗浄して、他の試料成分および／または結合していないオリゴマーを除去することによって達成することができる。常磁性ビーズなどの微粒子固体支持体を使用する実施形態では、ＨＰＩＶ標的と会合した粒子は、洗浄溶液中で懸濁され、いくつかの実施形態では磁力を使用することによって、洗浄溶液から回収され得る。取り扱いステップ数を制限するために、支持体上の複合体中のＨＰＩＶ標的配列を増幅オリゴマーと単に混合し、増幅ステップを進めることによって、ＨＰＩＶ標的核酸を増幅してもよい。
ＨＰＩＶ標的配列を指数関数的に増幅させることは、増幅する標的領域に隣接する少なくとも２つの増幅オリゴマーを使用するインビトロ増幅反応を利用する。いくつかの実施形態では、上記の少なくとも第１および第２のオリゴマーが提供される。いくつかの実施形態では、ＨＰＩＶ−１核酸、ＨＰＩＶ−２核酸、ＨＰＩＶ−３核酸、またはＨＰＩＶ−４核酸のうちの少なくとも２つ、３つ、または４つにハイブリダイズするように構成されたオリゴマー対を含む複数のオリゴマー対が提供される。増幅反応は循環的または等温的であり得る。好適な増幅方法としては、例えば、レプリカーゼ媒介増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および転写媒介または転写関連増幅（ＴＭＡ）が挙げられる。
検出ステップは、例えば、増幅産物を標識された検出プローブとハイブリダイズし、標識されたプローブから（いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーション後にプローブから放出された標識から、を含む）生じるシグナルを検出することなどによって、増幅された標的配列に特異的に関連するシグナルを検出するための様々な既知の技術のいずれかを使用して実施され得る。いくつかの実施形態では、標識プローブは、上述のように、クエンチャーまたは第１の標識と相互作用する他の部分などの第２の部分を含む。検出ステップはまた、例えば、その核酸塩基配列の全部または一部分など、増幅配列に関する追加の情報を提供し得る。検出は、増幅反応が完了した後に実施され得るか、または標的領域を例えばリアルタイムで増幅させることと同時に実施され得る。一実施形態では、検出ステップにより、均一な検出、例えば、ハイブリダイズしていないプローブを混合物から除去することなく、ハイブリダイズしたプローブの検出が可能となる（例えば、米国特許第５，６３９，６０４号および同第５，２８３，１７４号を参照されたい）。いくつかの実施形態では、核酸は、検出可能な電荷などの物理的変化を結果として生じる表面と会合している。増幅された核酸は、それらをマトリックスの中または上で濃縮し、核酸またはそれらと関連する色素（例えば、臭化エチジウムまたはサイバーグリーンなどの挿入剤）を検出するか、または溶液相中の核酸と関連する色素の増加を検出することによって検出され得る。他の検出方法は、増幅した産物中の配列に特異的にハイブリダイズして、プローブ：産物複合体の存在を検出するように構成された核酸検出プローブを使用してよい、または増幅産物と関連する検出可能なシグナルを増幅させ得るプローブの複合体を使用することによってもよい（例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５，４２４，４１３号、同第５，４５１，５０３号、および同第５，８４９，４８１号）。増幅産物と特異的に会合する直接的または間接的に標識されたプローブは、試料中の標的核酸の存在を示す検出可能なシグナルを提供する。特に、増幅産物は、ＨＰＩＶゲノムＲＮＡ中の標的配列またはＨＰＩＶゲノムＲＮＡ中の配列に相補的な標的配列を含有し、プローブは、増幅産物中に含有される配列に直接または間接的に結合して、試験した試料中のＨＰＩＶ核酸の存在を示す。
増幅ステップの終わり近くまたは終わりに増幅産物を検出する実施形態では、増幅産物へのプローブのハイブリダイゼーションを示すシグナルを提供するために、線状検出プローブが使用され得る。そのような検出の一例は、標的核酸にハイブリダイズする発光標識プローブを使用する。次いで、発光標識は、非ハイブリダイズプローブから加水分解される。検出は、ルミノメーターを使用して化学発光によって実施される（例えば、国際特許出願公開第ＷＯ８９／００２４７６号を参照されたい）。リアルタイム検出を使用する他の実施形態では、検出プローブは、例えば、プローブが増幅産物に結合するときに検出されるレポーター部分で標識される分子ビーコン、分子トーチ、またはハイブリダイゼーションスイッチプローブなどのヘアピンプローブであってもよい。そのようなプローブは、標的ハイブリダイズ配列および非標的ハイブリダイズ配列を含み得る。そのようなプローブの様々な形態は、例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、同第５，９２５，５１７号、同第６，１５０，０９７号、同第６，８４９，４１２号、同第６，８３５，５４２号、同第６，５３４，２７４号、および同第６，３６１，９４５号、ならびに米国特許出願公開第２００６／００６８４１７Ａ１号および同第２００６／０１９４２４０Ａ１号に記載されている。
以下の実施例は、ある特定の開示された実施形態を例示するように提供され、本開示の範囲をいかなる方法でも制限するものとして解釈されるべきではない。
一般的な試薬および方法．別に示さない限り、増幅はＡＢＩ ７５００ ＦＡＳＴ（登録商標）機器を用いて実施した。増幅標的または対照として使用されるウイルス分離株を、好適な培地、例えばＭｉｃｒｏ Ｔｅｓｔ Ｍ４培地（Ｒｅｍｅｌ Ｉｎｃ．カタログ番号Ｒ１２５００）、Ｍｉｃｒｏ Ｔｅｓｔ Ｍ５ウイルス輸送培地（Ｒｅｍｅｌ，Ｉｎｃ．カタログ番号Ｒ１２５１５）、Ｍｉｃｒｏ Ｔｅｓｔ Ｍ６ウイルス輸送培地（Ｒｅｍｅｌ，Ｉｎｃ．カタログ番号Ｒ１２５３０）、Ｍｉｃｒｏ Ｔｅｓｔ Ｍ４ＲＴウイルス輸送培地（Ｒｅｍｅｌ，Ｉｎｃ．カタログ番号Ｒ１２５０５）、またはＣｏｐａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ輸送培地（Ｃｏｐａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．、カタログ番号３３０Ｃ）中に希釈した。米国特許出願公開第２０１３／０２０９９９２号に記載されるような非特異的標的捕捉手順を用いて、核酸をウイルス分離株から抽出した。
ＨＰＩＶ−１〜ＨＰＩＶ−３の結果を、Ｌｏｅｆｆｅｌｈｏｌｚ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４９：４０８３−４０８８（２０１１）で論じられるＰｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ＋（商標）アッセイを用いて並行して得た結果と比較した。
ＨＰＩＶ−４（亜型４ａおよび４ｂを含む）の結果を、ＦＤＡ承認（ＦＤＡ ｃｌｅａｒｅｄ）ＨＰＩＶ−４アッセイ（ｅＳｅｎｓｏｒ（登録商標）呼吸器ウイルスパネル（ＧｅｎＭａｒｋ Ｄｘ）、ｘＴＡＧ（商標）呼吸器ウイルスパネル（Ｌｕｍｉｎｅｘ）、またはＢｉｏｆｉｒｅ ＦｉｌｍＡｒｒａｙ（登録商標）呼吸器パネル（ＢｉｏｆｉｒｅＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ））と比較した。ＦｉｌｍＡｒｒａｙ（登録商標）呼吸パネルは、上記のＬｏｅｆｆｅｌｈｏｌｚ ｅｔ ａｌ．でも論じられている。それらの３つのＦＤＡ承認アッセイのうちの１つによってＨＰＩＶ−４について陽性であると以前に特性評価された試料を、本開示のオリゴマーを用いて試験した。不一致の試料は、Ｃｅｐｈｅｉｄ ＳｍａｒｔＣｙｃｌｅｒ ＩＩの代替の緩衝液および酵素系を使用して開発中に得られた結果と比較した。
ＰＣＲ反応は、典型的には以下のように組み立てた：
１９．０５μＬ Ｓｕｐｅｒｍｉｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ ＧｏＴａｑ（登録商標）Ｓｕｐｅｒｍｉｘ）
０．３５μＬ Ｒｏｃｈｅ ＭＭＬＶ逆転写酵素（３５Ｕ）
０．６μＬ ＧｏＴａｑ ＭＤＸ Ｈｏｔｓｔａｒｔ Ｔａｑ（３Ｕ）
５μＬの核酸（好適な希釈液中のプライマー、プローブ、および標的）
＝２５μＬ総反応体積。
実施例１−オリゴマー設計考慮事項
ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、およびＨＰＩＶ−３については、ヘマグルチニン−ノイラミニダーゼ（ＨＮ）遺伝子を標的とした。ＨＰＩＶ−４ａおよび４ｂの検出のためにヌクレオキャプシドタンパク質遺伝子（ＮＰ）を標的とした。同じセットのプライマーおよびプローブを用いてＨＰＩＶ−４ａおよびＨＰＩＶ−４ｂを検出することができると決定された。
呼吸器系ウイルス株間の配列保存が欠如していることに起因して、および既知のミスマッチに対応するために、例えばプライマーおよびＴａｑＭａｎ（商標）プローブにおいて、縮重塩基および非ワトソンクリック（ＮＷＣ）塩基が考慮された。本発明者らが収集した配列データのレビューに基づいて、ＮＷＣ塩基対合（デオキシグアノシン／デオキシウリジンまたはデオキシグアノシン／デオキシアデノシン）および／または縮重ヌクレオチド（ここでは、オリゴマーの集団が、縮重位置において塩基対の一方または他方を有する個々の分子を有する）をある特定の配置に導入した。非ワトソンクリック塩基の使用により、単一検出オリゴヌクレオチドの使用が容易になり、したがって、製造および品質管理が簡素化され、より再現性のあるプロセスが可能になるが、アニールされたオリゴマーの融点（Ｔｍ）および非ワトソンクリック塩基対を含有する標的に対するアッセイ感度を低下し得る。いくつかのオリゴマーでは、５−メチルシトシン塩基を用いて、（対応する非メチル化オリゴマーと比較して）オリゴヌクレオチドに導入された各５−メチルシトシンについてＴｍを約０．５〜１．３℃上昇させることによって二本鎖の安定性を高めた。シトシンメチル化は一般に、非ワトソンクリック塩基対合を使用したオリゴマーの比較的低い安定性を改善することができることが見出された。
実施例２−非ワトソンクリック塩基対の評価
ＮＷＣ塩基対を使用するオリゴマーを試験するために、好適な培地で希釈した参照株を上記のように抽出し、自家生成のインビトロ転写物（ＩＶＴ）をＲＮａｓｅ阻害剤／水中に希釈した。縮重塩基または非ワトソンクリック塩基のいずれかおよび５−メチルシトシンを含有する標的特異的オリゴを用いて３つのアニーリング温度（５７℃、６０℃、および６５℃）で、各参照株またはＩＶＴを試験した。参照株またはＩＶＴは、縮重塩基および非ワトソンクリック塩基の位置においてＮＣＢＩデータベースで観察された様々な変異の組み合わせと一致するように選択された。例えば、ＡおよびＧが異なる株で観察された場合、ＵがＮＷＣオリゴマーで使用され（結果として、標準的なＡ−Ｕ塩基対合またはＧ−ＵゆらぎＮＷＣ塩基対合のいずれかを生じ）、ＣおよびＡが異なる株で観察された場合、ＧがＮＷＣオリゴマーで使用された（結果として、標準的なＣ−Ｇ塩基対合またはＡ−Ｇプリン−プリンＮＷＣ塩基対合のいずれかを生じた）。プローブとして使用されるＮＷＣオリゴマーは、オリゴマーがＮＷＣ位置でＵ、Ｇ、またはＡを含むように、必要に応じて標的ＨＰＩＶアンプリコンのプラス鎖またはマイナス鎖にハイブリダイズするように設計された。プライマーとして使用されるＮＷＣオリゴマーは、そのバリアントまたは補体が、オリゴマーがハイブリダイズする鎖中にＵおよびＡ、ＧおよびＡ、ＣおよびＡ、またはＣおよびＵ、またはＵおよびＧのいずれかを主に含有する部位でハイブリダイズするように設計された。
非ワトソンクリック塩基対合を含むプライマーの試験により、ＰＣＲ中に５−メチルシトシン塩基がＴｍおよびＤＮＡへのプライマーの結合安定性を増大させ、それにより、それらが縮重塩基を有するプライマーを使用した場合に見出されるものと同様のＣｔ値を生じさせることが実証された。例えば、ＮＷＣ塩基対合およびシトシンメチル化の実施により、５７℃および６０℃のアニール温度での縮重塩基オリゴヌクレオチドと比較して、ＨＰＩＶ−２では０〜１．９ＣｔおよびＨＰＩＶ−３では０〜３．２Ｃｔの範囲の増加がもたらされた。６５℃のアニール温度では、ＮＷＣオリゴマーは縮重塩基オリゴヌクレオチドと等しいかまたはそれより早いＣｔを生じた。多くの場合、６５℃で、縮重塩基オリゴヌクレオチドでは検出されなかった。
非ワトソンクリック塩基対縮重塩基の評価のために、非ワトソンクリックオリゴヌクレオチドについてのＨＰＩＶ−２およびＨＰＩＶ−３プローブはライセンスフリーのフルオロフォアおよびクエンチャーを利用したが、縮重塩基オリゴヌクレオチドはライセンスされたフルオロフォアおよびＢｉｏｓｅａｒｃｈから入手したクエンチャーを利用した。これは、利用可能なライセンスフリーのプローブの量が限られていたためであった。ライセンスされたフルオロフォアおよびクエンチャーと比較した場合、Ｃｔ値の増加がライセンスフリーのフルオロフォアで観察されており、この増加はおそらく非ワトソンクリック塩基を含有するＨＰＩＶ−２およびＨＰＩＶ−３オリゴヌクレオチドで観察されたＣｔシフトの原因である。ＨＰＩＶ−４縮重およびＮＷＣ反応は同じフルオロフォア／クエンチャー対を利用し、Ｃｔシフトは５７℃で１．４〜３．１Ｃｔであり、６０℃でわずか０．４〜１．４Ｃｔであった。
非ワトソンクリック／５−メチルシトシンプローブとＨＰＩＶ−３用の縮重塩基プローブとの両方についてライセンスフリーのフルオロフォアとクエンチャーが利用可能である場合、それらを５７℃のアニールステップを用いて実行し、この可能性を試験した。各ＨＰＩＶ−３ ＩＶＴ株または参照株を、両方のオリゴヌクレオチドを用いて三重に試験した。非ワトソンクリック／５−メチルシトシンオリゴヌクレオチドを用いて試験した試料の平均Ｃｔ値は、縮重塩基オリゴヌクレオチドを用いて試験した試料のＣｔよりも一貫して早かった。１つのＩＶＴは、縮重塩基オリゴヌクレオチドを用いた３つの複製のうちの１つにおいて陽性であったが、非ワトソンクリック／５−メチルシトシンオリゴヌクレオチドを用いた３つの複製全てにおいて陽性であった。他の全ての試料は両方の混合物で陽性であった。試験した唯一のＨＰＩＶ−３試料の総数は７個であった。
５−メチルシトシンを有する非ワトソンクリック塩基の導入は、非縮重位置のみを有するオリゴマーと比較して製造および品質管理試験を複雑にし得る縮重塩基の使用を回避する許容できる解決策である。縮重塩基なしおよび／またはＮＷＣ対合に関与するように設計された塩基なしで、１つ、いくつか（例えば、約半分）、もしくは全ての位置に５−メチルシトシンを含有するオリゴマーを使用することも可能であり、これは１つまたはいくつか（例えば、２つもしくは３つもしくは４つ）の塩基におけるミスマッチ（ウイルスの中の系統間（ｉｎｔｅｒｓｔｒａｉｎ）配列変動に起因する）に寛容であり、なおもオリゴマーとして、例えばプライマーおよび／またはプローブとして機能することができる。
実施例３−臨床標本の検出および反応性
本開示の例示的なプライマー対およびプローブを使用し、一般的な試薬および方法の節において上述したようにして、候補オリゴマーの臨床感度を評価した。７３個のＨＰＩＶ−１、１１４個のＨＰＩＶ−２、１９２個のＨＰＩＶ−３、および５４個のＨＰＩＶ−４の試料を抽出し、試験した。ＨＰＩＶ−４試料はまた、Ｃｅｐｈｅｉｄ ＳｍａｒｔＣｙｃｌｅｒ ＩＩおよびＰｒｏｍｅｇａから入手した試薬を用いて試験し、ＨＰＩＶ−４臨床標本の検出結果を比較し、不一致を解消した。
１つのＨＰＩＶ−２試料は、本開示のオリゴマーを用いた初期試験で陰性であり、１つのＨＰＩＶ−２試料は、Ｐｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ＋（商標）アッセイで陰性であった。両方の試料を再試験したところ、本開示のオリゴマーで陽性であった。
Ｐｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ＋（商標）アッセイによって見逃された５つのＨＰＩＶ−３試料が、本開示のオリゴマーによって検出された。
ＨＰＩＶ−４試料は、上記のようにＦＤＡ承認アッセイによって以前に特性評価された。初期試験中、７つの試料が本開示のオリゴマーで陰性であった。次いで、より低い閾値および追加の５０ｍＭ ＫＣｌ（合計１００ｍＭ）を用いて、感度を改善するようにＨＰＩＶ−４検出を改変し、７つのＨＰＩＶ−４試料のうち５つが陽性であった。本開示のオリゴマーのＨＰＩＶ−４検出のヒット率は、５２／５４、すなわち９６．３％であった。２つのＨＰＩＶ−４陰性試料は、代替の緩衝液／酵素系を用いてＣｅｐｈｅｉｄ ＳｍａｒｔＣｙｃｌｅｒ ＩＩで試験した場合、同じプライマーおよびプローブを使用した初期の開発中にＨＰＩＶ−４陽性として以前に特性評価された。核酸の安定性は、複数回の凍結／融解のために損なわれていた可能性があり、したがって、試料を再度抽出し、追加のＫＣｌ（合計１００ｍＭ）を用いて本開示のオリゴマーで二重に試験した。これらの複製物はそれぞれ、ＨＰＩＶ−４について陽性であった。
Figure 2020511149
利用可能なヒトパラインフルエンザ株の数が限られているために、１つのＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−４ａ、およびＨＰＩＶ−４ｂ、１つのＨＰＩＶ−４（利用可能な亜型なし）、ならびに２つのＨＰＩＶ−３培養および力価臨床分離株（ｔｉｔｅｒｅｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｓｏｌａｔｅｓ）を上記のように抽出し、反応性を試験した。ＡＢＩ７５００ ＦＡＳＴ（登録商標）上で、６つの複製物で、２つ〜３つの異なる濃度において、本開示のオリゴマーおよびＰｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ（商標）アッセイ（ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２およびＨＰＩＶ−３）を使用して、各臨床分離株を試験した。
本開示のオリゴマーとＰｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ＋（商標）アッセイとの間の追加の株についてのＬｏＤは、ＨＰＩＶ−１（１０１ＴＣＩＤ５０／ｍｌ）およびＨＰＩＶ−２（１０３ＴＣＩＤ５０／ｍｌ）について同じであった。ＨＰＩＶ−３株のうちの一方は、両方のアッセイで同じＬｏＤ（１０１ＴＣＩＤ５０／ｍｌ）を有していたが、他方は、最も高い試験濃度である１０２ＴＣＩＤ５０／ｍｌで０の複製物を検出したＰｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ＋（商標）アッセイと比較して、本開示のオリゴマーで少なくとも２ｌｏｇ良好であった（１０１ＴＣＩＤ５０／ｍｌ）。ＨＰＩＶ−４ａ、ＨＰＩＶ−４ｂ、および亜型ａとしてもｂとしても指定されていない１つのＨＰＩＶ−４株について、ＬｏＤを確立した。表２は反応性データを含む。標的核酸は、ＴｒｉＣｏｒｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ研究所（ニューメキシコ州アルバカーキ）、ＺｅｐｔｏＭｅｔｒｉｘ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ニューヨーク州バッファロー）、およびＡＴＣＣ（バージニア州マナサス）から入手した以前に特性評価されたストック生物から単離した。
Figure 2020511149
ＨＰＩＶ−３に使用されるオリゴマーは、ヌクレオチド１３５５、１３８０、および１４３７を含む位置（それぞれフォワードプライマー、プローブ、およびリバースプライマー）にハイブリダイズした。オリゴマーがＨＰＩＶ−３についてハイブリダイズした部位は、１３４９〜１３７１位、１３７２〜１３９８位、および１４２６〜１４４８位（それぞれフォワードプライマー、プローブ、およびリバースプライマー）であり、配列番号３の番号付けに関して、オリゴマーがＨＰＩＶ−３についてハイブリダイズした部位は、それぞれ、フォワードプライマー、プローブおよびリバースプライマーで２４９〜２７１位、２７２〜２９８位、および３２６〜３４８位であった。配列は、配列番号２８、３３、および３７（それぞれフォワードプライマー、プローブ、およびリバースプライマー）であった。配列番号３４〜３５および３１〜３２は、配列番号３３と同じ遺伝子座を標的とし、配列番号３３と同様に機能し得る。
実施例４−分析感度
参照株を好適な培地中に希釈し、プールされた陰性鼻咽頭スワブ試料に４つの濃度でスパイクし、上記のように抽出した。各濃度を６つの複製物中で抽出し、複製物からの核酸は合わせなかった。各抽出から、３〜４つの複製物を使用して、各アッセイで試験した合計２０の複製物について、本開示のオリゴマーおよびＰｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ＋（商標）アッセイを試験した。アッセイはＡＢＩ ７５００ ＦＡＳＴ（登録商標）で行った。
ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、およびＨＰＩＶ−３についての検出限界（ＬｏＤ）は、本開示のオリゴマーとＰｒｏｄｅｓｓｅ（登録商標）ＰｒｏＰａｒａｆｌｕ（商標）アッセイとの間でほぼ同じであった。ＨＰＩＶ−１ ＬｏＤは１０１ＴＣＩＤ５０／ｍｌ、ＨＰＩＶ−２は１００ＴＣＩＤ５０／ｍｌ、およびＨＰＩＶ−３は１０１ＴＣＩＤ５０／ｍｌである。ＨＰＩＶ−４ａおよび４ｂのＬｏＤはそれぞれ、１０２ＴＣＩＤ５０／ｍｌおよび１００ＴＣＩＤ５０／ｍｌとして確立された。
配列表
以下の表において、ＩＵＰＡＣヌクレオチドコードを使用して、縮重（混合）位置（Ｙ＝ＣまたはＴ、Ｒ＝ＡまたはＧ、Ｗ＝ＡまたはＴ、Ｓ＝ＧまたはＣ、Ｋ＝ＧまたはＴ、Ｍ＝ＡまたはＣなど）を同定し、組成物またはキット中の個々の分子は、ＩＵＰＡＣコードに対応するヌクレオチドのいずれかを有し得る。
Figure 2020511149
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Claims (165)

  1. 少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    前記第１の増幅オリゴマーおよび第２の増幅オリゴマーが、１２９５〜１３０５位、１３５０〜１３６０位、および／または１３８０〜１３９０位の範囲に位置する少なくとも１つのヒトパラインフルエンザウイルス３（ＨＰＩＶ−３）位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−３アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキット。
  2. 少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    （ａ）前記第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１２７０位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成される、または
    （ｂ）前記第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１４３７位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成される、組成物またはキット。
  3. 試料中のＨＰＩＶ−３を検出する方法であって、
    前記試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、
    ＨＰＩＶ−３核酸の存在下で、少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成する核酸増幅反応を前記組成物中で行うことと、
    少なくとも１つの前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
    前記第１の増幅オリゴマーおよび前記第２の増幅オリゴマーが、１２９５〜１３０５位、１３５０〜１３６０位、および／または１３８０〜１３９０位内に位置する少なくとも１つのヒトパラインフルエンザウイルス３（ＨＰＩＶ−３）位置を含むＨＰＩＶ−３アンプリコンを増幅するように構成される、方法。
  4. 試料中のＨＰＩＶ−３を検出する方法であって、
    前記試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、
    ＨＰＩＶ−３核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成する核酸増幅反応を前記組成物中で行うことと、
    少なくとも１つの前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
    （ａ）前記第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１２７０位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成される、または
    （ｂ）前記第１の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３の１４３７位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第１および第２の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−３アンプリコンを生成するように構成される、方法。
  5. 前記アンプリコンが、ＨＰＩＶ−３の１３０５位を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  6. 前記アンプリコンが、ＨＰＩＶ−３の１３５５位を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  7. 前記アンプリコンが、ＨＰＩＶ−３の１３８０位を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  8. 前記第１のオリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号２５からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  9. 前記第１のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２５の配列を含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  10. 前記第１のオリゴマーが、配列番号２５の配列を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  11. 前記第２のオリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号３６からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１〜６または８〜１０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  12. 前記第２のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３６の配列を含む、請求項１〜６または８〜１１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  13. 前記第２のオリゴマーが、配列番号３６の配列を含む、請求項１〜６または８〜１２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  14. 前記第１のオリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号２８からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１〜４、６〜７、または１１〜１３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  15. 前記第１のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２８の配列を含む、請求項１〜４、６〜７、または１１〜１４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  16. 前記第１のオリゴマーが、配列番号２８の配列を含む、請求項１〜４、６〜７、または１１〜１５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  17. 前記第２のオリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号３７からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１〜１０または１４〜１６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  18. 前記第２のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３７の配列を含む、請求項１〜１０または１４〜１７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  19. 前記第２のオリゴマーが、配列番号３７の配列を含む、請求項１〜１０または１４〜１８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  20. 前記第１のオリゴマーが、少なくとも１つの５−メチルシトシン残基を含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  21. 前記第１のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  22. 前記第１のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  23. 前記第２のオリゴマーが、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  24. 前記第２のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  25. 前記第２のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  26. 前記組成物またはキットが、前記アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のオリゴマーをさらに含み、前記第３のオリゴマーが、検出可能な標識を含む、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  27. 前記アンプリコンの有無が、前記アンプリコンへの前記第３のオリゴマーのハイブリダイゼーションの発生または不発生によって検出される、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記ＨＰＩＶ−３核酸が、前記ＨＰＩＶ−３アンプリコンの生成をモニタリングすることによって定量化される、請求項３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記第３のオリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号３１、３２、３３、３４、または３５からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  30. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３１の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  31. 前記第３のオリゴマーが、配列番号３１の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  32. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３２の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  33. 前記第３のオリゴマーが、配列番号３２の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  34. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３３の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  35. 前記第３のオリゴマーが、配列番号３３の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  36. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３４の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  37. 前記第３のオリゴマーが、配列番号３４の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  38. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３５の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  39. 前記第３のオリゴマーが、配列番号３５の配列を含む、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  40. 前記第３のオリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号２６、２７、２８、２９、または３０からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  41. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２６の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  42. 前記第３のオリゴマーが、配列番号２６の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  43. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２７の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  44. 前記第３のオリゴマーが、配列番号２７の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  45. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２８の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  46. 前記第３のオリゴマーが、配列番号２８の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  47. 前記第３のオリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２９の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  48. 前記第３のオリゴマーが、配列番号２９の配列を含む、請求項２６〜２８または４０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  49. 前記第３のオリゴマーが、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項２６〜４８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  50. 前記第３のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項２６〜４９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  51. 前記第３のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項２６〜５０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  52. 前記組成物またはキットが、前記第３のオリゴマーとは異なる第４のオリゴマーをさらに含み、前記第４のオリゴマーが、前記アンプリコンにハイブリダイズするように構成され、検出可能な標識を含む、請求項２６〜５１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  53. 前記第４のオリゴマーが、配列番号３１、３２、３３、３４、または３５の配列を含む、請求項５２に記載の組成物、キット、または方法。
  54. 前記第４のオリゴマーが、配列番号２６、２７、２８、２９、または３０の配列を含む、請求項５２に記載の組成物、キット、または方法。
  55. 前記第４のオリゴマーが、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項５２〜５４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  56. 前記第４のオリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項５２〜５５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  57. 前記第４のオリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項５２〜５６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  58. 第１のヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−１）増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーをさらに含み、
    前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３０〜４９０位または９６０〜１１００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−１の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−１アンプリコンを増幅するように構成される、請求項１〜５７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  59. 少なくとも第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３０〜４９０位または９６０〜１１００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−１の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−１アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキット。
  60. 試料中のＨＰＩＶ−１を検出する方法であって、
    前記試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、
    ＨＰＩＶ−１核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−１アンプリコンを生成する核酸増幅反応を前記組成物中で行うことと、
    少なくとも１つの前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
    前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３０〜４９０位または９６０〜１１００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−１の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−１アンプリコンを増幅するように構成される、方法。
  61. 前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の９７０位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の１０９８位を含む部位にハイブリダイズするように構成される、請求項５８〜６０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  62. 前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号６からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項５８〜６１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  63. 前記第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、最大２までつのミスマッチを有する配列番号６の配列を含む、請求項５８〜６２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  64. 前記第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号６の配列を含む、請求項５８〜６２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  65. 前記第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号２４からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項５８〜６４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  66. 前記第２のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２４の配列を含む、請求項５８〜６５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  67. 前記第２のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号２４の配列を含む、請求項５８〜６５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  68. 前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の３３１位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−１の４８６位を含む部位にハイブリダイズするように構成される、請求項５８〜５９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  69. 前記第１のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号１７からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項５８〜５９または６８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  70. 前記第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号１７の配列を含む、請求項５８〜５９または６８〜６９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  71. 前記第１のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号１７の配列を含む、請求項５８〜５９または６８〜６９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  72. 前記第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−１核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号２２からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項５８〜５９または６８〜７１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  73. 前記第２のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号２２の配列を含む、請求項５８〜５９または６８〜７２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  74. 前記第２のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号２２の配列を含む、請求項５８〜５９または６８〜７２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  75. 前記組成物またはキットが、前記ＨＰＩＶ−１アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーをさらに含み、前記第３のオリゴマーが、検出可能な標識を含む、請求項５８〜７４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  76. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号５、７、８、９、１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２３、または１２５からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項７５に記載の組成物、キット、または方法。
  77. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号５、７、８、９、１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２３、または１２５の配列を含む、請求項７５または７６に記載の組成物、キット、または方法。
  78. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号５、７、２１、２３、または１２５の配列を含む、請求項７７に記載の組成物、キット、または方法。
  79. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号８、９、２０、または１２５の配列を含む、請求項７７に記載の組成物、キット、または方法。
  80. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号１２、１３、１４、または１５の配列を含む、請求項７７に記載の組成物、キット、または方法。
  81. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号１６、１８、または１９の配列を含む、請求項７７に記載の組成物、キット、または方法。
  82. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号１０または１１からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項７５に記載の組成物、キット、または方法。
  83. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号１０または１１の配列を含む、請求項７５または８２に記載の組成物、キット、または方法。
  84. 前記第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーが、配列番号１０または１１の配列を含む、請求項７５または８２に記載の組成物、キット、または方法。
  85. 前記第１、第２、および第３のＨＰＩＶ−１オリゴマーのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれぞれが、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項５８〜８４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  86. 前記第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−１オリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項５８〜８４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  87. 前記第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−１オリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項５８〜８４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  88. 第１のヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−２）増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーをさらに含み、
    前記第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６００〜１７００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−２の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−２アンプリコンを増幅するように構成される、請求項１〜８７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  89. 少なくとも第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    前記第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６００〜１７００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−２の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−２アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキット。
  90. 試料中のＨＰＩＶ−２を検出する方法であって、
    前記試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、
    ＨＰＩＶ−２核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−２アンプリコンを生成する核酸増幅反応を前記組成物中で行うことと、
    少なくとも１つの前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
    前記第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６００〜１７００位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−２の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−２アンプリコンを増幅するように構成される、方法。
  91. 前記第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６０３位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−２の１６９８位を含む部位にハイブリダイズするように構成される、請求項８８〜９０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  92. 前記第１のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−２核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号４４からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項８８〜９１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  93. 前記第１のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号４４の配列を含む、請求項８８〜９２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  94. 前記第１のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号４４の配列を含む、請求項８８〜９２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  95. 前記第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−２核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号４０からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項８８〜９４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  96. 前記第２のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号４０の配列を含む、請求項８８〜９５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  97. 前記第２のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号４０の配列を含む、請求項８８〜９５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  98. 前記組成物またはキットが、前記ＨＰＩＶ−２アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーをさらに含み、前記第３のオリゴマーが、検出可能な標識を含む、請求項８８〜９７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  99. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号３８、３９、４１、４２、４３、または４５からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項９８に記載の組成物、キット、または方法。
  100. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号３８、３９、４１、４２、４３、または４５の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  101. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号４５の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  102. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号４３の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  103. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号４２の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  104. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号４１の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  105. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号３９の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  106. 前記第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーが、配列番号３８の配列を含む、請求項９８または９９に記載の組成物、キット、または方法。
  107. 前記第１、第２、および第３のＨＰＩＶ−２オリゴマーのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれぞれが、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項８８〜１０６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  108. 前記第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−２オリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項８８〜１０７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  109. 前記第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−２オリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項８８〜１０７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  110. 第１のヒトパラインフルエンザウイルス１（ＨＰＩＶ−４）増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーをさらに含み、
    前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の６２０〜７４０位、２１３０〜２４１０位、２５２０〜３０４０位、または１００９０〜１１９８０位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−４の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−４アンプリコンを増幅するように構成される、請求項１〜１０９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  111. 少なくとも第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
    前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の６２０〜７４０位、２１３０〜２４１０位、２５２０〜３０４０位、または１００９０〜１１９８０位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−４の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−４アンプリコンを増幅するように構成される、組成物またはキット。
  112. 試料中のＨＰＩＶ−４を検出する方法であって、
    前記試料を少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーと接触させ、それにより組成物を形成することと、
    ＨＰＩＶ−４核酸の存在下で、ＨＰＩＶ−４アンプリコンを生成する核酸増幅反応を前記組成物中で行うことと、
    少なくとも１つの前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
    前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーおよび第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の６２０〜７４０位、２１３０〜２４１０位、２５２０〜３０４０位、または１００９０〜１１９８０位内に位置する少なくとも１つのＨＰＩＶ−４の位置を含む少なくとも約５０ヌクレオチド長のＨＰＩＶ−４アンプリコンを増幅するように構成される、方法。
  113. 前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の１００９４位、１０２０５位、または１０２４８位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の１１６８５位、１１７３９位、または１１９８１位を含む部位にハイブリダイズするように構成される、請求項１１０〜１１２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  114. 前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号７９、８０、８１、８２、９７、９８、９９、または１００からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１１０〜１１３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  115. 前記第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号７９、８０、８１、８２、９７、９８、９９、または１００の配列を含む、請求項１１０〜１１４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  116. 前記第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号７９、８０、８１、８２、９７、９８、９９、または１００の配列を含む、請求項１１０〜１１４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  117. 前記第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号５４、６３、６４、１１３、１１４、または１１５からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１１０〜１１６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  118. 前記第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号５４、６３、６４、１１３、１１４、または１１５の配列を含む、請求項１１０〜１１７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  119. 前記第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号５４、６３、６４、１１３、１１４、または１１５の配列を含む、請求項１１０〜１１７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  120. 前記組成物またはキットが、前記ＨＰＩＶ−４アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーをさらに含み、前記第３のオリゴマーが、検出可能な標識を含む、請求項１１０〜１１９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  121. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号５３、５５、５８、６０、６２、６５、６７、６８、７６、８３、８４、８５、８６、９２、９４、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、または１１２からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１２０に記載の組成物、キット、または方法。
  122. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号５３、５５、５８、６０、６２、６５、６７、６８、７６、８３、８４、８５、８６、９２、９４、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、または１１２の配列を含む、請求項１２０〜１２１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  123. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号５３、５５、５８、６０、６２、６５、６７、６８、７６、８３、８４、８５、８６、９２、９４、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、または１１２の配列を含む、請求項１２０〜１２１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  124. 前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の６２５位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２のＨＰＩＶ−４の増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の７３８位を含む部位にハイブリダイズするように構成される、請求項１１０〜１１２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  125. 前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号７８からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１１０〜１１２または１２４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  126. 前記第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号７８の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１２４〜１２５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  127. 前記第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号７８の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１２４〜１２５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  128. 前記第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号５６からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１１０〜１１２または１２４〜１２７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  129. 前記第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号５６の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１２４〜１２８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  130. 前記第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号５６の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１２４〜１２８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  131. 前記組成物またはキットが、前記ＨＰＩＶ−４アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーをさらに含み、前記第３のオリゴマーが、検出可能な標識を含む、請求項１１０〜１１２または１２４〜１３０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  132. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号７１からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１３１に記載の組成物、キット、または方法。
  133. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号７１の配列を含む、請求項１３１または１３２に記載の組成物、キット、または方法。
  134. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号７１の配列を含む、請求項１３１または１３２に記載の組成物、キット、または方法。
  135. 前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の２１２８位、２３５２位、２３８６位、２３８８位、２４０４位、または２５２４位を含む部位にハイブリダイズするように構成され、前記第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ＨＰＩＶ−４の２９０７位、３００６位、または３０３９位を含む部位にハイブリダイズするように構成される、請求項１１０〜１１２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  136. 前記第１のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号７２または１２４からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１１０〜１１２または１３５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  137. 前記第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号７２または１２４の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１３５〜１３６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  138. 前記第１のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号７２または１２４の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１３５〜１３６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  139. 前記第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−４核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号５０、５１、５２、９３、９５、または９６からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１１０〜１１２または１３５〜１３８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  140. 前記第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する、配列番号５０、５１、５２、９３、９５、または９６の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１３５〜１３９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  141. 前記第２のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号５０、５１、５２、９３、９５、または９６の配列を含む、請求項１１０〜１１２または１３５〜１３９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  142. 前記組成物またはキットが、前記ＨＰＩＶ−４アンプリコンにハイブリダイズするように構成された第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーをさらに含み、前記第３のオリゴマーが、検出可能な標識を含む、請求項１１０〜１１２または１３５〜１４１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  143. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、ストリンジェントな条件下で、ＨＰＩＶ−３核酸へのハイブリダイゼーションを、配列番号４６、４７、４８、４９、５９、６１、６９、７０、７２、７３、７４、７５、７７、８８、９０、９１、１１６、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、または１２３からなる配列を有するオリゴマーと競合する、請求項１４２に記載の組成物、キット、または方法。
  144. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、最大２つまでのミスマッチを有する配列番号４６、４７、４８、４９、５９、６１、６９、７０、７２、７３、７４、７５、７７、８８、９０、９１、１１６、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、または１２３の配列を含む、請求項１４２または１４３に記載の組成物、キット、または方法。
  145. 前記第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーが、配列番号４６、４７、４８、４９、５９、６１、６９、７０、７２、７３、７４、７５、７７、８８、９０、９１、１１６、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、または１２３の配列を含む、請求項１４２または１４３に記載の組成物、キット、または方法。
  146. 前記第１、第２、および第３のＨＰＩＶ−４オリゴマーのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれぞれが、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項１１０〜１４５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  147. 前記第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−４オリゴマー中のＣ残基のうちの少なくとも約半分が、５−メチル化されている、請求項１１０〜１４６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  148. 前記第１、第２、および／または第３のＨＰＩＶ−４オリゴマー中のＣ残基の実質的に全てが、５−メチル化されている、請求項１１０〜１４７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  149. 前記核酸増幅反応が、サーマルサイクリングを含む、請求項３〜５８、６０〜８８、または９０〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
  150. 前記核酸増幅反応が、逆転写を含む、請求項３〜５８、６０〜８８、または９０〜１４９のいずれか一項に記載の方法。
  151. 前記核酸増幅反応が、ＲＴ−ＰＣＲを含む、請求項３〜５８、６０〜８８、または９０〜１５０のいずれか一項に記載の方法。
  152. 少なくとも１つの検出可能な標識が、蛍光性である、請求項２６〜５８、６１〜８８、または９１〜１５１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  153. 蛍光標識を含む少なくとも１つのオリゴマーが、クエンチャーをさらに含む、請求項１５２に記載の組成物、キット、または方法。
  154. 蛍光標識を含む少なくとも１つのオリゴマーが、伸長不能なオリゴマーである、請求項１５２または１５３に記載の組成物、キット、または方法。
  155. 前記核酸増幅反応が、５’から３’のエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを用いたＰＣＲ、ならびにフルオロフォアおよびクエンチャーを含むプローブオリゴマーを使用してアンプリコンを検出することを含み、前記ポリメラーゼによる前記プローブのエキソヌクレアーゼ分解が、前記クエンチャーによる蛍光のクエンチングを低減する、請求項３〜５８、６０〜８８、または９０〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
  156. 少なくとも１つ、少なくとも２つ、または少なくとも３つのオリゴマーが、少なくとも１つの非ワトソンクリック（ＮＷＣ）位置を含む、請求項１〜１５５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  157. ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、またはＨＰＩＶ−４にハイブリダイズするように構成されたオリゴマーのうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つがそれぞれ、少なくとも１つのＮＷＣ位置を含む、請求項１５６に記載の組成物、キット、または方法。
  158. 少なくとも１つ、少なくとも２つ、または少なくとも３つのオリゴマーが、縮重位置を含む、請求項１〜１５７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  159. ＨＰＩＶ−１、ＨＰＩＶ−２、ＨＰＩＶ−３、またはＨＰＩＶ−４にハイブリダイズするように構成されたオリゴマーのうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つがそれぞれ、少なくとも１つの縮重位置を含む、請求項１５８に記載の組成物、キット、または方法。
  160. 前記第１および第２の増幅オリゴマー、前記第１および第２のＨＰＩＶ−１増幅オリゴマー、前記第１および第２のＨＰＩＶ−２増幅オリゴマー、および／または前記第１ならびに第２のＨＰＩＶ−４増幅オリゴマーが、約１０〜６０塩基長、約１４〜５０塩基長、約１４〜４０塩基長、約１４〜３５塩基長、または約１５〜３０塩基長の標的ハイブリダイズ領域を含む、請求項１〜１５９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  161. 前記ＨＰＩＶ−３アンプリコン、前記ＨＰＩＶ−１アンプリコン、前記ＨＰＩＶ−２アンプリコン、および／または前記ＨＰＩＶ−４アンプリコンが、約５０〜１０００ヌクレオチド長、約５０〜１００ヌクレオチド長、約１００〜２００ヌクレオチド長、約２００〜３００ヌクレオチド長、約３００〜４００ヌクレオチド長、約４００〜５００ヌクレオチド長、約５００〜６００ヌクレオチド長、約６００〜７００ヌクレオチド長、約７００〜８００ヌクレオチド長、約８００〜９００ヌクレオチド長、約９００〜１０００ヌクレオチド長、または約１０００〜２０００ヌクレオチド長である、請求項１〜１６０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
  162. 請求項１〜２、５〜５９、６１〜８９、９１〜１１１、１１３〜１４８、または１５３〜１６１のいずれか一項に記載のキット。
  163. 請求項１〜２、５〜５９、６１〜８９、９１〜１１１、１１３〜１４８、または１５３〜１６１のいずれか一項に記載の組成物。
  164. 水性、凍結、または凍結乾燥である、請求項１６３に記載の組成物。
  165. 試料中のＨＰＩＶ−１核酸、ＨＰＩＶ−２核酸、ＨＰＩＶ−３核酸、および／またはＨＰＩＶ−４核酸を検出または定量化するための、請求項１６２〜１６４のいずれか一項に記載の組成物またはキットの使用。
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