JP2020503028A - 細菌メタゲノム解析による肺癌診断方法 - Google Patents
細菌メタゲノム解析による肺癌診断方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020503028A JP2020503028A JP2019534797A JP2019534797A JP2020503028A JP 2020503028 A JP2020503028 A JP 2020503028A JP 2019534797 A JP2019534797 A JP 2019534797A JP 2019534797 A JP2019534797 A JP 2019534797A JP 2020503028 A JP2020503028 A JP 2020503028A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- derived
- compared
- lung cancer
- rosa
- rae
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 title claims abstract description 134
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 134
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 134
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 title claims abstract description 103
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 66
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title abstract description 57
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title description 10
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims abstract description 74
- 230000007423 decrease Effects 0.000 claims abstract description 40
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 14
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 14
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 63
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 63
- 208000006673 asthma Diseases 0.000 claims description 34
- 208000006545 Chronic Obstructive Pulmonary Disease Diseases 0.000 claims description 23
- 241000606651 Rickettsiales Species 0.000 claims description 13
- 241000590020 Achromobacter Species 0.000 claims description 12
- 241000589519 Comamonas Species 0.000 claims description 12
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 11
- 241000131407 Brevundimonas Species 0.000 claims description 10
- 241001552883 Enhydrobacter Species 0.000 claims description 10
- 241000588621 Moraxella Species 0.000 claims description 10
- 241001655308 Nocardiaceae Species 0.000 claims description 10
- 241000316848 Rhodococcus <scale insect> Species 0.000 claims description 10
- 241000863430 Shewanella Species 0.000 claims description 10
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 claims description 10
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 claims description 10
- 241001141092 Thermomicrobia Species 0.000 claims description 10
- 241000589596 Thermus Species 0.000 claims description 10
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 10
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 claims description 10
- 241000193798 Aerococcus Species 0.000 claims description 9
- 241001430149 Clostridiaceae Species 0.000 claims description 9
- 241001453172 Fusobacteria Species 0.000 claims description 9
- 241001337904 Gordonia <angiosperm> Species 0.000 claims description 9
- 241000580482 Acidobacteria Species 0.000 claims description 8
- 241000193833 Bacillales Species 0.000 claims description 8
- 241000736131 Sphingomonas Species 0.000 claims description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 8
- 241000588923 Citrobacter Species 0.000 claims description 7
- 241001655307 Gordoniaceae Species 0.000 claims description 7
- 241000383839 Novosphingobium Species 0.000 claims description 7
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 claims description 7
- 241001148134 Veillonella Species 0.000 claims description 7
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 6
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 claims description 6
- 241000605059 Bacteroidetes Species 0.000 claims description 6
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 claims description 6
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 claims description 6
- 241001633102 Rhizobiaceae Species 0.000 claims description 6
- 241000328868 Solibacteres Species 0.000 claims description 6
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 229940039696 lactobacillus Drugs 0.000 claims description 6
- 241000589291 Acinetobacter Species 0.000 claims description 5
- 241000186046 Actinomyces Species 0.000 claims description 5
- 241000203716 Actinomycetaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000203809 Actinomycetales Species 0.000 claims description 5
- 241001112723 Aerococcaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000947856 Aeromonadales Species 0.000 claims description 5
- 241000589158 Agrobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000702460 Akkermansia Species 0.000 claims description 5
- 241000254837 Alkanindiges Species 0.000 claims description 5
- 241001135756 Alphaproteobacteria Species 0.000 claims description 5
- 241000379991 Anaerococcus Species 0.000 claims description 5
- 241001377008 Aurantimonadaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001112741 Bacillaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000304886 Bacilli Species 0.000 claims description 5
- 241000606126 Bacteroidaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000692822 Bacteroidales Species 0.000 claims description 5
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 claims description 5
- 241000868590 Barnesiellaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000606662 Bartonellaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001430332 Bifidobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001655328 Bifidobacteriales Species 0.000 claims description 5
- 241000186000 Bifidobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241001626906 Blastomonas Species 0.000 claims description 5
- 241000157902 Brachybacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000131971 Bradyrhizobiaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001655314 Brevibacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000186146 Brevibacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000253402 Burkholderiaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001216243 Butyricimonas Species 0.000 claims description 5
- 241001112722 Carnobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001291843 Caulobacteraceae Species 0.000 claims description 5
- 241001185306 Caulobacterales Species 0.000 claims description 5
- 241000852385 Chitinophagaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001142109 Chloroflexi Species 0.000 claims description 5
- 241000142757 Chromohalobacter Species 0.000 claims description 5
- 241000611330 Chryseobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000186031 Corynebacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000031711 Cytophagaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001074292 Deinococcaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000246067 Deinococcales Species 0.000 claims description 5
- 241000192093 Deinococcus Species 0.000 claims description 5
- 241001655313 Dermabacteraceae Species 0.000 claims description 5
- 241000579717 Dermacoccus Species 0.000 claims description 5
- 241001524109 Dietzia Species 0.000 claims description 5
- 241001655304 Dietziaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001143779 Dorea Species 0.000 claims description 5
- 241000588914 Enterobacter Species 0.000 claims description 5
- 241000305071 Enterobacterales Species 0.000 claims description 5
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000186394 Eubacterium Species 0.000 claims description 5
- 241001468125 Exiguobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000343503 Fimbriimonadaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001557981 Fimbriimonas Species 0.000 claims description 5
- 241001617393 Finegoldia Species 0.000 claims description 5
- 241000244332 Flavobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001141128 Flavobacteriales Species 0.000 claims description 5
- 241000230562 Flavobacteriia Species 0.000 claims description 5
- 241000589565 Flavobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241001183186 Fusobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001183197 Fusobacteriales Species 0.000 claims description 5
- 241000605909 Fusobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000626621 Geobacillus Species 0.000 claims description 5
- 241001655303 Geodermatophilaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000235796 Granulicatella Species 0.000 claims description 5
- 241001248432 Helicobacteraceae Species 0.000 claims description 5
- 241001223144 Hydrogenophilus Species 0.000 claims description 5
- 241001655312 Intrasporangiaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000579722 Kocuria Species 0.000 claims description 5
- 241001134638 Lachnospira Species 0.000 claims description 5
- 241001468155 Lactobacillaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000217859 Lautropia Species 0.000 claims description 5
- 241001453171 Leptotrichia Species 0.000 claims description 5
- 241000043362 Megamonas Species 0.000 claims description 5
- 241000253389 Methylobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000589323 Methylobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241001655310 Microbacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000192017 Micrococcaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000192041 Micrococcus Species 0.000 claims description 5
- 241000589289 Moraxellaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000186360 Mycobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000186359 Mycobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 claims description 5
- 241000588656 Neisseriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001212279 Neisseriales Species 0.000 claims description 5
- 241000785902 Odoribacter Species 0.000 claims description 5
- 241001029952 Odoribacteraceae Species 0.000 claims description 5
- 241000351207 Peptoniphilus Species 0.000 claims description 5
- 241001112744 Planococcaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000692843 Porphyromonadaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000605894 Porphyromonas Species 0.000 claims description 5
- 241001430313 Propionibacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000588769 Proteus <enterobacteria> Species 0.000 claims description 5
- 241000947836 Pseudomonadaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001248479 Pseudomonadales Species 0.000 claims description 5
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 claims description 5
- 241000232299 Ralstonia Species 0.000 claims description 5
- 241000948188 Rheinheimera Species 0.000 claims description 5
- 241001185307 Rhodobacterales Species 0.000 claims description 5
- 241001277912 Rhodocyclaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001212087 Rhodocyclales Species 0.000 claims description 5
- 241000131970 Rhodospirillaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000692845 Rikenellaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001176070 Rubellimicrobium Species 0.000 claims description 5
- 241001185313 Skermanella Species 0.000 claims description 5
- 241001660099 Sphingobacteriaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001141544 Sphingobacteriales Species 0.000 claims description 5
- 241000230565 Sphingobacteriia Species 0.000 claims description 5
- 241001136275 Sphingobacterium Species 0.000 claims description 5
- 241000131972 Sphingomonadaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000122971 Stenotrophomonas Species 0.000 claims description 5
- 241001129210 Thermaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000392412 Thermoleophilia Species 0.000 claims description 5
- 241000644105 Tissierellaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000043398 Trabulsiella Species 0.000 claims description 5
- 241001430183 Veillonellaceae Species 0.000 claims description 5
- 241001453327 Xanthomonadaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000947909 Xanthomonadales Species 0.000 claims description 5
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 claims description 5
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 5
- 241000949061 Armatimonadetes Species 0.000 claims description 4
- 241001141113 Bacteroidia Species 0.000 claims description 4
- 241000190834 Chromatiaceae Species 0.000 claims description 4
- 241001464948 Coprococcus Species 0.000 claims description 4
- 241000398941 Leptotrichiaceae Species 0.000 claims description 4
- 241000160321 Parabacteroides Species 0.000 claims description 4
- 241000186429 Propionibacterium Species 0.000 claims description 4
- 241000204102 Pseudonocardiaceae Species 0.000 claims description 4
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 4
- 241000343673 Cytophagia Species 0.000 claims description 3
- 241001129209 Deinococci Species 0.000 claims description 3
- 241000368135 Erythrobacteraceae Species 0.000 claims description 3
- 241000343539 Fimbriimonadia Species 0.000 claims description 3
- 241001183200 Fusobacteriia Species 0.000 claims description 3
- 241001655318 Nocardioidaceae Species 0.000 claims description 3
- 241000959851 Thermales Species 0.000 claims description 3
- 241001183192 Verrucomicrobiae Species 0.000 claims description 3
- 210000003763 chloroplast Anatomy 0.000 claims description 3
- 241000033356 Hymenobacter Species 0.000 claims 4
- 241001425419 Turicibacter Species 0.000 claims 4
- 241000186033 Alloiococcus Species 0.000 claims 2
- 241001535083 Dialister Species 0.000 claims 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 claims 2
- 241000588748 Klebsiella Species 0.000 claims 2
- 241000605947 Roseburia Species 0.000 claims 2
- 241000192031 Ruminococcus Species 0.000 claims 2
- 241001185305 Sphingomonadales Species 0.000 claims 2
- 241000123710 Sutterella Species 0.000 claims 2
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract description 16
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 14
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 abstract description 6
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 abstract description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 abstract 1
- 230000000235 effect on cancer Effects 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 15
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 12
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 9
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 5
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 5
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 4
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 4
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 4
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 4
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 3
- 241000343666 Cytophagales Species 0.000 description 3
- 241001301702 Dermacoccaceae Species 0.000 description 3
- 241000203578 Microbispora Species 0.000 description 3
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 3
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 241000589157 Rhizobiales Species 0.000 description 3
- 241001493533 Streptophyta Species 0.000 description 3
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 3
- 241001261005 Verrucomicrobia Species 0.000 description 3
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 3
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 3
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 3
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 238000012353 t test Methods 0.000 description 3
- 241001660769 Aeromonadaceae Species 0.000 description 2
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 2
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 2
- 241000191917 Hyphomicrobiaceae Species 0.000 description 2
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 description 2
- 241000107801 Shewanellaceae Species 0.000 description 2
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 description 2
- 241001183271 Verrucomicrobiaceae Species 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 208000000587 small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 241001185328 Acidobacteriaceae Species 0.000 description 1
- 206010008479 Chest Pain Diseases 0.000 description 1
- 206010011224 Cough Diseases 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 208000000059 Dyspnea Diseases 0.000 description 1
- 206010013975 Dyspnoeas Diseases 0.000 description 1
- 241000190844 Erythrobacter Species 0.000 description 1
- 208000000616 Hemoptysis Diseases 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 241000985607 Rhodospira Species 0.000 description 1
- 241000030357 Saprospirales Species 0.000 description 1
- 241000328896 Solibacterales Species 0.000 description 1
- 229910000831 Steel Inorganic materials 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 238000000703 high-speed centrifugation Methods 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000001144 hymen Anatomy 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 238000002705 metabolomic analysis Methods 0.000 description 1
- 244000005706 microflora Species 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 208000000649 small cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000010959 steel Substances 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000011277 treatment modality Methods 0.000 description 1
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 1
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/113—PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本発明は、細菌メタゲノム解析により肺癌を診断する方法に関し、さらに詳しくは被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム解析を行って特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することで肺癌を診断する方法に関する。環境に存在する細菌から分泌する細胞外小胞は体内に吸収されて癌発生に直接的な影響を及ぼし得、肺癌は症状が現れる前に早期診断が難しく効率的な治療が難しい実情であるため、本発明による人体由来サンプルを用いた細菌由来細胞外小胞に存在する遺伝子に対してメタゲノム解析により肺癌発病の危険度を事前に予測することで肺癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、また発病後にも早期診断することができて肺癌の発病率を低下させ、治療効果を高めることができる。【選択図】図６
Description
本発明は、細菌メタゲノム解析により肺癌を診断する方法に関し、さらに詳しくは被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム解析を行って特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することで肺癌を診断する方法に関する。
肺癌は肺に起源した悪性腫瘍であって、現代医学の発展にもかかわらず、５年生残率が５０％にもならない国内死亡原因の１位の癌である。肺癌は組織型によって大きく小細胞肺癌（ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒ）と非小細胞肺癌（ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒ）に区分され、前記小細胞肺癌は、治療法と予後面から他の種の肺癌と確実に区分される特徴を有しているので、肺癌は組織学的検査の結果が治療方針決定に最も重要である。
肺癌は、咳、喀血、胸痛、及び呼吸困難などの症状を示すが、症状が示されたときは既に進行した場合が多く、進行中であっても症状がない場合が多く、肺癌患者の５〜１５％だけが症状のない状態で診断を受けており、ほとんどは症状が示された後に肺癌診断を受けることになる。いまでも症状が現れる前に肺癌を早期に見つける公認の選別検査方法がないのが実情であり、胸部位のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）を利用した肺癌早期検診に対する研究が活発に行われているが、未だに有効性が立証されてない。したがって肺癌を早期に診断して治療有効性を高めることができる方法の開発が至急の実情であり、それに先立て肺癌の発病可否を事前に予測可能とすることで早期診断及び治療に対する対応方法を差別化させることが最も重要であるので、これに関する研究及び技術開発が要求さている。
一方、人体に共生する微生物は１００兆にも上っており、人間細胞よりも１０倍多く、微生物の遺伝子数は人間の遺伝子数の１００倍を上回るものとして知られている。微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａあるいはｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ）は与えられた居住地に存在する細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）、古細菌（ａｒｃｈａｅａ）、真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）を含む微生物群（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）をいい、腸内の微生物叢は人の生理現象に重要な役割をし、人体細胞と相互作用を介して人間の健康と疾病に大きな影響を及ぼすものと知られている。人体に共生する細菌は他の細胞への遺伝子、蛋白質などの情報を交換するためにナノメータ大きさの小胞（ｖｅｓｉｃｌｅ）を分泌する。粘膜は２００ナノメータ（ｎｍ）の大きさ以上の粒子が通過できない物理的な保護膜を形成して粘膜に共生する細菌の場合は粘膜を通過することができないが、細菌由来小胞は大きさがおおよそ１００ナノメータ以下であるので、比較的に自由に粘膜を通過して人体に吸収される。
肺癌の発生に係っては慢性閉塞性肺疾患（ｃｈｒｏｎｉｃ ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ ｐｕｌｍｏｎａｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ、ＣＯＰＤ）が重要な危険因子であって、臨床研究では喫煙と関係なく、慢性閉塞性肺疾患自体が肺癌発生の重要な危険因子である事実が報告された。また最近非喫煙者に肺癌発生が増加するという事実は肺癌発生に喫煙以外にも肺癌発生を誘発する原因因子が存在することを示唆する。
環境遺伝体学とも呼ばれるメタゲノム学は、環境から採取したサンプルから得たメタゲノム資料に対する分析学とすることができ、微生物が存在する自然環境におけるすべての微生物群の全ゲノム（ｇｅｎｏｍｅ）を総称する意味で１９９８年にＪｏ Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎにより初めて使用された（Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．， １９９８ Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． ５、 Ｒ２４５−２４９）。最近１６ｓリボソームＲＮＡ（１６ｓｒＲＮＡ）塩基配列を基盤とした方法で人間の微生物叢の細菌構成を系列化することが可能となって、次世代塩基配列解析（ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ， ＮＧＳ）プラットホームを介して細菌の塩基配列を解析する。しかし肺癌発病において、血液などの人体由来物において細菌由来小胞に存在するメタゲノム解析を介して肺癌の原因因子を同定し、肺癌を予測する方法については報告されたことがない。
本発明者は肺癌の原因因子を基盤に診断するために、被検体由来サンプルである血液で細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム解析を行い、その結果、肺癌の原因因子として作用し得る細菌由来細胞外小胞を同定したので、これに基づいて本発明を完成した。
ここで、本発明は、細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析により肺癌を診断するための情報提供方法を提供することを目的とする。
しかし、本発明が達成しようとする技術的課題は、上記で言及した課題に制限されず、言及しないまた他の課題は下記の記載から当業者に明確に理解されるであろう。
上記のような本発明の目的を達成するために本発明は下記の段階を含む、肺癌診断のための情報提供方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
そして、本発明は下記の段階を含む、肺癌診断方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
また、本発明は下記の段階を含む、肺癌発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
本発明の一実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の一実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の一実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＣｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＢａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５からなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５からなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＡｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＴｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
本発明のさらに他の実施形態において、前記被検体サンプルは血液であってもよい。
本発明のさらに他の実施形態において、前記血液は、全血、血清、血漿、または血液単核球であってもよい。
環境に存在する細菌から分泌する小胞は体内に吸収されて癌発生に直接的な影響を及ぼすものであって、肺癌は症状が現れる前に早期診断が難しく効率的な治療が難しい実情であるため、本発明による人体由来サンプルを用いた細菌または細菌由来細胞外小胞のメタゲノム解析により肺癌発病の危険度を事前に予測することで、肺癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、発病後にも早期診断ができて肺癌の発病率を低下させて治療効果を高めることができる。また、肺癌と診断された患者にメタゲノム解析により原因因子を予測し、原因因子に対する露出を阻止することで肺癌の経過を良くしたり、再発を防止することができる。
本発明は、細菌メタゲノム解析により肺癌を診断する方法に関し、本発明者は、被検体由来サンプルを用いて細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム解析を行い、肺癌の原因因子として作用し得る細菌由来細胞外小胞を同定した。
ここで、本発明は、（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む、肺癌診断のための情報提供方法を提供する。
本発明に用いる用語の「肺癌診断」は、患者に対して肺癌が発病する可能性があるか、肺癌が発病する可能性が相対的に高いか、または肺癌が既に発病したかの可否を判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対する肺癌発病危険度が高い患者として特別で適切な管理によって発病時期を遅らせるか発病しないようにするために用いられる。また、本発明の方法は、肺癌を早期に診断して最も適切な治療方式を選択することで、治療を決定するために臨床的に用いられ得る。
本発明の肺癌診断は、腺癌（ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）、小細胞肺癌（ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、及び扁平上皮癌（ｓｑｕａｍｏｕｓ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）のような多様な亜種の肺癌を同時に予測することができる長所を有する。
本発明に用いる用語の「メタゲノム（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ）」は、「群遺伝体」ともいい、土、動物の腸など孤立した地域内のすべてのウィルス、細菌、かびなどを含む遺伝体の総合を意味するもので、主に培養されない微生物を分析するために配列解析器を用いて一括で多くの微生物を同定することを説明する遺伝体の概念として用いられる。特に、メタゲノムは、一種のゲノムまたは遺伝体を言うのではなく、一環境単位のあらゆる種の遺伝体として一種の混合遺伝体を言う。これはオーミクス的に生物学が発展する過程で一種を定義する場合に機能的に既存の一種だけでなく、多様な種が互いに相互作用して完全な種を作るという観点からの用語である。技術的には早い配列解析法を用いて、種にかかわらずすべてのＤＮＡ、ＲＮＡを分析して、一環境内であらゆる種を同定して、相互作用、代謝作用を糾明する技法の対象である。本発明では、好ましく血清から分離した細菌由来細胞外小胞を用いてメタゲノム解析を実施した。
本発明において、前記被検体サンプルは血液であってもよく、前記血液は好ましく全血、血清、血漿、または血液単核球であってもよいが、これに制限されるものではない。
本発明の実施形態においては、正常人と肺癌患者の血液内の細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際に肺癌発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ目細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ属細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
本発明のさらに他の実施形態においては、慢性閉塞性肺疾患（ｃｈｒｏｎｉｃ ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ ｐｕｌｍｏｎａｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ、ＣＯＰＤ）患者と肺癌患者の血液内の細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際にＣＯＰＤ患者に肺癌発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５目細菌由来小胞が肺癌患者とＣＯＰＤ患者の間で有意な差があった（実施例５参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５科細菌由来小胞が肺癌患者とＣＯＰＤ患者の間で有意な差があった（実施例５参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ属細菌由来小胞が肺癌患者とＣＯＰＤ患者の間で有意な差があった（実施例５参照）。
本発明のさらに他の実施形態においては、喘息患者と肺癌患者の血液内の細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際に喘息患者に肺癌発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、ＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ目細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓ属細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
本発明は、上記のような実施例の結果を介して、血液から分離した細菌由来細胞外小胞に対してメタゲノム解析を実施することで正常人、ＣＯＰＤ患者、及び喘息患者と比較して肺癌患者から含量が有意に変化した細菌由来小胞を同定し、メタゲノム解析を介して前記各水準で細菌由来小胞の含量増減を分析することで肺癌を診断することができることを確認した。
以下、本発明の理解を深めるために好ましい実施例を提示する。しかし、下記の実施例は本発明をより理解しやすくするために提供するものあって、下記実施例により本発明の内容が限定されない。
実施例１．腸内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相分析
実施例１．腸内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相分析
腸内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身に吸収されるかを評価するために次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に蛍光で表示した腸内細菌と腸内細菌由来小胞をそれぞれ５０μｇの容量で胃腸管に投与して０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。マウス全体イメージを観察した結果、図１ａに示すように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）の場合には全身に吸収されなかったが、細菌由来小胞（ＥＶ）の場合には、投与後５分に全身に吸収されていて、投与３時間後には膀胱に蛍光が濃く観察されて小胞が泌尿器系に排泄されたことがわかった。また、小胞は投与１２時間まで体内に存在することがわかった。
腸内細菌と腸内細菌由来小胞が全身に吸収された後、多くの臓器に浸潤した様相を評価するために、蛍光で表示した５０μｇの細菌と細菌由来小胞を上記方法のように投与した後、１２時間目にマウスから血液（Ｂｌｏｏｄ）、心臓（Ｈｅａｒｔ）、肺（Ｌｕｎｇ）、肝臓（Ｌｉｖｅｒ）、腎臓（Ｋｉｄｎｅｙ）、脾臓（Ｓｐｌｅｅｎ）、脂肪組織（Ａｄｉｐｏｓｅｔｉｓｓｕｅ）、及び筋肉（Ｍｕｓｃｌｅ）を摘出した。前記摘出した組織から蛍光を観察した結果、図１ｂに示すように、前記腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）は各臓器に吸収されない一方、前記腸内の細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）は血液、心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、脂肪組織、及び筋肉に分布することを確認した。
実施例２．血液から小胞分離及びＤＮＡ抽出
実施例２．血液から小胞分離及びＤＮＡ抽出
血液から小胞を分離し、ＤＮＡを抽出するために、まずは１０ｍｌチューブに血液を注入し、遠心分離（３、５００ｘｇ、１０ｍｉｎ、４℃）を実施して浮遊物を沈めて上澄液だけを回収した後、新しい１０ｍｌチューブに移した。０．２２μｍフィルターを用いて前記回収した上澄液から細菌及び異物を除去した後、セントリプラップチューブ（ｃｅｎｔｒｉｐｒｅｉｇｕｇａｌ ｆｉｌｔｅｒｓ ５０ｋＤ）に移して１５００ｘｇ、４℃で１５分間遠心分離して５０ｋＤよりも小さい物質は捨て、１０ｍｌまで濃縮させた。再び０．２２μｍフィルターを用いてバクテリア及び異物を除去した後、Ｔｙｐｅ ９０ｔｉロータで１５０、０００ｘｇ、４℃で３時間超高速遠心分離方法を用いて上澄液を捨て、固まったｐｅｌｌｅｔを生理食塩水（ＰＢＳ）で融かして小胞を収得した。
前記方法により血液から分離した小胞１００μｌを１００℃で沸かして内部のＤＮＡを脂質の外に出るようにした後、氷で５分間冷やした。次に、残った浮遊物を除去するために１０、０００ｘｇ、４℃で３０分間遠心分離して上澄液だけを集めた後、Ｎａｎｏｄｒｏｐを用いてＤＮＡ量を定量した。その後に前記抽出したＤＮＡに細菌由来ＤＮＡが存在するかを確認するために下記表１に示した１６ｓ ｒＤＮＡ ｐｒｉｍｅｒでＰＣＲを行って前記抽出した遺伝子に細菌由来遺伝子が存在することを確認した。
上記の実施例２の方法で遺伝子を抽出した後、前記表１に示した１６Ｓ ｒＤＮＡプライマーを用いてＰＣＲを実施して遺伝子を増幅させ、シークエンシング（Ｉｌｌuｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ Ｆｌｏｗｇｒａｍ Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ ＦＬＸ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を用いてＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｑｕａｌｉｔｙ ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０ ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ ｃａｌｌ ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質の低い部分を除去した後、リード長が３００ｂｐｓ以上のものだけを用いていて（Ｓｉｃｋｌｅ ｖｅｒｓｉｏｎ １．３３）、結果分析のためにＯｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）はＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを用いてシーケンス類似度によってクラスターリングを行った。詳しくは、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シーケンス類似度を基準にクラスターリングをし、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ ＤＮＡシーケンスデータベース（１０８，４５３シーケンス）を用いて９７％以上のシーケンス類似度を有するバクテリアを分析した（ＱＩＩＭＥ）。
実施例４．正常人と肺癌患者血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の肺癌診断模型
実施例４．正常人と肺癌患者血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の肺癌診断模型
上記の実施例３の方法において、肺癌患者３１８人と、年齢と性別をマッチングした正常人２３４人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後に、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表２及び図２参照）。
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表３及び図３参照）。
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ目細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表４及び図４参照）。
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表５及び図５参照）。
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ属細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表６及び図６参照）。
実施例５．ＣＯＰＤ患者と肺癌患者の血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の肺癌診断模型
上記の実施例３の方法において、肺癌患者３１９人とＣＯＰＤ患者２０８人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５目細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発した場合、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表７及び図７参照）。
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５科細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表８及び図８参照）。
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ属細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表９及び図９参照）。
上記の実施例３の方法において、肺癌患者３０８人と喘息患者２７７人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後に、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１０及び図１０参照）。
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１１及び図１１参照）。
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、ＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ目細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された （表１２及び図１２参照）。
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１３及び図１３参照）。
血液内の細菌由来細胞外小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓ属細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１４及び図１４参照）。
上述した本発明の説明は例示のためのものであって、本発明が属する技術分野の通常の知識を有する者は本発明の技術的思想や必須な特徴を変更しなくても他の具体的な形態に容易に変形が可能であることが理解できるであろう。したがって以上に記述した実施例はすべての面から例示的なものであって、限定的でないことを理解すべきである。
本発明による人体由来サンプルを用いた細菌または細菌由来細胞外小胞のメタゲノム解析により肺癌発病の危険度を事前に予測することで肺癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、また発病後にも早期診断が可能で肺癌の発病率を低下させ治療効果を高めることができる。また、肺癌と診断された患者にメタゲノム解析により原因因子を予測して原因因子に対する露出を阻止することで肺癌の経過を良くしたり、再発を防止することができる。
Claims (32)
- （ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む、肺癌診断のための情報提供方法。 - 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＣｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＢａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５からなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５からなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＡｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＴｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記被検体サンプルは血液であることを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記血液は全血、血清、血漿、または血液単核球であることを特徴とする、請求項１５に記載の情報提供方法。
- （ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む、肺癌診断方法。 - 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＣｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＢａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５からなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５からなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＡｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＴｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記被検体サンプルは血液であることを特徴とする、請求項１７に記載の肺癌診断方法。
- 前記血液は全血、血清、血漿、または血液単核球であることを特徴とする、請求項３１に記載の肺癌診断方法。
Applications Claiming Priority (7)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR10-2016-0179225 | 2016-12-26 | ||
| KR20160179225 | 2016-12-26 | ||
| KR10-2017-0080905 | 2017-06-27 | ||
| KR1020170080906A KR101833504B1 (ko) | 2016-12-26 | 2017-06-27 | 세균 메타게놈 분석을 통한 폐암 진단방법 |
| KR10-2017-0080906 | 2017-06-27 | ||
| KR1020170080905A KR101833503B1 (ko) | 2016-12-26 | 2017-06-27 | 만성폐쇄성폐질환자에서 세균 메타게놈 분석을 통한 폐암 진단방법 |
| PCT/KR2017/015173 WO2018124617A1 (ko) | 2016-12-26 | 2017-12-21 | 세균 메타게놈 분석을 통한 폐암 진단 방법 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2020503028A true JP2020503028A (ja) | 2020-01-30 |
| JP6914551B2 JP6914551B2 (ja) | 2021-08-04 |
Family
ID=61726830
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2019534797A Active JP6914551B2 (ja) | 2016-12-26 | 2017-12-21 | 細菌メタゲノム解析による肺癌診断方法 |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20200157608A1 (ja) |
| EP (1) | EP3561069A4 (ja) |
| JP (1) | JP6914551B2 (ja) |
| KR (2) | KR101833503B1 (ja) |
| CN (3) | CN108265115A (ja) |
| WO (1) | WO2018124617A1 (ja) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2020513799A (ja) * | 2018-02-21 | 2020-05-21 | エムディー ヘルスケア インコーポレイテッドＭｄ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｉｎｃ． | クプリアウィドゥス属細菌由来のナノ小胞及びその使用 |
| WO2023042673A1 (ja) * | 2021-09-16 | 2023-03-23 | 国立研究開発法人物質・材料研究機構 | 膜小胞の検出方法、バイオマーカー配列の探索方法、膜小胞検出装置、バイオマーカー配列探索装置、プログラム、コンピュータ、及び、疾病バイオマーカーの探索方法 |
Families Citing this family (22)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102122898B1 (ko) * | 2018-02-26 | 2020-06-15 | 주식회사 엠디헬스케어 | 블라우티아 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102230479B1 (ko) * | 2018-02-26 | 2021-03-22 | 주식회사 엠디헬스케어 | 투리시박터 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118197B1 (ko) * | 2018-02-28 | 2020-06-02 | 주식회사 엠디헬스케어 | 마이크로코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102185985B1 (ko) * | 2018-03-05 | 2020-12-03 | 주식회사 엠디헬스케어 | 알로이오코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118996B1 (ko) * | 2018-03-06 | 2020-06-05 | 주식회사 엠디헬스케어 | 베일로넬라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| EP3864414A4 (en) * | 2018-10-13 | 2023-03-29 | Memorial Sloan-Kettering Cancer Center | METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE IDENTIFICATION AND TREATMENT OF SUBJECTS AT RISK OF A POOR RESPONSE TO CAR T CELL THERAPY |
| KR102356626B1 (ko) * | 2018-12-10 | 2022-01-28 | 주식회사 엠디헬스케어 | 웨이셀라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102286042B1 (ko) * | 2019-01-09 | 2021-08-03 | 주식회사 엠디헬스케어 | 데이노코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| JP7291424B2 (ja) * | 2019-01-09 | 2023-06-15 | エムディー ヘルスケア インコーポレイテッド | デイノコッカス属細菌由来ナノ小胞及びその用途 |
| KR102284589B1 (ko) * | 2019-01-09 | 2021-08-03 | 주식회사 엠디헬스케어 | 로도코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| WO2020145663A1 (ko) * | 2019-01-09 | 2020-07-16 | 주식회사 엠디헬스케어 | 로도코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102379022B1 (ko) * | 2019-05-24 | 2022-03-28 | 주식회사 엠디헬스케어 | qPCR 분석을 통한 위암 진단방법 |
| KR102304775B1 (ko) | 2020-01-29 | 2021-09-23 | 고려대학교 산학협력단 | 뇌 mri 분석을 이용한 만성폐쇄성폐질환 진단 방법 |
| CN111621577B (zh) * | 2020-03-09 | 2023-09-05 | 中国科学院亚热带农业生态研究所 | 一种基于鼻腔原核微生物相对丰度的评价保育猪个体所处生长环境温湿状态的方法 |
| MX2022015630A (es) * | 2020-06-11 | 2023-01-11 | Evelo Biosciences Inc | Composiciones y metodos para el tratamiento de enfermedades y trastornos usando vesiculas extracelulares microbianas de oscillospiraceae. |
| CN113262297A (zh) * | 2020-11-02 | 2021-08-17 | 中南大学湘雅二医院 | 一种基于巴氏菌的治疗性肺癌疫苗及其配置方法和应用 |
| CN112538545B (zh) * | 2020-12-15 | 2022-12-13 | 上海交通大学医学院 | 真菌微生物组作为标志物在制备治疗筛查和肺癌诊断中的应用 |
| CN112662795B (zh) * | 2021-01-26 | 2023-12-15 | 苏州系统医学研究所 | 用于感染性病原体检测的阳性对照品及其制备方法与应用 |
| CN113528427A (zh) * | 2021-06-22 | 2021-10-22 | 姜海涛 | 一种结直肠靶向载药外泌体及应用和治疗结直肠疾病药物 |
| EP4373976A1 (en) * | 2021-07-20 | 2024-05-29 | Micronoma, Inc. | Methods of disease diagnostics utilizing microbial extracellular vesicle (mev) analytes |
| CN113913333B (zh) * | 2021-10-20 | 2022-09-02 | 南京世和基因生物技术股份有限公司 | 一种肺癌诊断标志物及用途 |
| CN117004744B (zh) * | 2022-04-27 | 2024-05-24 | 数字碱基(南京)科技有限公司 | 一种基于血浆微生物dna特征的肺癌预后评估方法及模型 |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2013503858A (ja) * | 2009-09-04 | 2013-02-04 | イオン メディックス インコーポレイテッド | グラム陽性細菌由来細胞外ベシクル及びその用途 |
| JP2013521763A (ja) * | 2010-02-10 | 2013-06-13 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 肺癌検出用唾液バイオマーカー |
| WO2016085356A1 (en) * | 2014-11-28 | 2016-06-02 | Anagenix Ip Limited | Gold kiwifruit compositions and methods of preparation and use therefor |
| JP2019534828A (ja) * | 2016-09-22 | 2019-12-05 | エア・ベーサ・リミテッド | キャニスター及び弁 |
Family Cites Families (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2030623A1 (en) * | 2007-08-17 | 2009-03-04 | Nestec S.A. | Preventing and/or treating metabolic disorders by modulating the amount of enterobacteria |
| WO2011043538A2 (ko) * | 2009-10-08 | 2011-04-14 | 주식회사이언메딕스 | 실내 공기유래 세포밖 소포체를 포함하는 조성물 및 이의 용도 |
| KR101421779B1 (ko) * | 2011-04-08 | 2014-07-28 | 주식회사이언메딕스 | 아시네토박터 속 세균유래 세포밖 소포체 및 이의 용도 |
| KR20130021920A (ko) * | 2011-08-24 | 2013-03-06 | 포항공과대학교 산학협력단 | Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ 또는 Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ 유래 세포밖 소포체를 유효성분으로 함유하는 염증성 질환의 치료 또는 예방용 조성물 |
| KR101798176B1 (ko) * | 2014-12-16 | 2017-11-15 | 주식회사 엠디헬스케어 | 세균 유래의 나노소포체를 이용한 세균성 감염질환 원인균 동정방법 |
| KR20160101521A (ko) * | 2015-02-17 | 2016-08-25 | 이화여자대학교 산학협력단 | 세균 유래 세포밖 소포체를 이용한 호흡기 염증성 질환의 진단방법 |
| KR20160110232A (ko) * | 2015-03-11 | 2016-09-21 | 주식회사 엠디헬스케어 | 유산균 유래 세포밖 소포체를 유효성분으로 포함하는 염증질환의 예방 또는 치료용 조성물 |
-
2017
- 2017-06-27 KR KR1020170080905A patent/KR101833503B1/ko active IP Right Grant
- 2017-06-27 KR KR1020170080906A patent/KR101833504B1/ko active IP Right Grant
- 2017-08-31 CN CN201710770882.3A patent/CN108265115A/zh not_active Withdrawn
- 2017-08-31 CN CN201710769440.7A patent/CN108239670A/zh not_active Withdrawn
- 2017-12-21 JP JP2019534797A patent/JP6914551B2/ja active Active
- 2017-12-21 CN CN201780080645.2A patent/CN110382715B/zh active Active
- 2017-12-21 WO PCT/KR2017/015173 patent/WO2018124617A1/ko active Application Filing
- 2017-12-21 EP EP17888390.6A patent/EP3561069A4/en active Pending
- 2017-12-21 US US16/473,020 patent/US20200157608A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2013503858A (ja) * | 2009-09-04 | 2013-02-04 | イオン メディックス インコーポレイテッド | グラム陽性細菌由来細胞外ベシクル及びその用途 |
| JP2013521763A (ja) * | 2010-02-10 | 2013-06-13 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 肺癌検出用唾液バイオマーカー |
| WO2016085356A1 (en) * | 2014-11-28 | 2016-06-02 | Anagenix Ip Limited | Gold kiwifruit compositions and methods of preparation and use therefor |
| JP2019534828A (ja) * | 2016-09-22 | 2019-12-05 | エア・ベーサ・リミテッド | キャニスター及び弁 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| 小林孝史，ＮＧＳの新たな利用法：16S RRNAメタゲノム解析のポイント プロトコールのご紹介，ILLUMINA[ONL, JPN6021006856, ISSN: 0004526759 * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2020513799A (ja) * | 2018-02-21 | 2020-05-21 | エムディー ヘルスケア インコーポレイテッドＭｄ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｉｎｃ． | クプリアウィドゥス属細菌由来のナノ小胞及びその使用 |
| WO2023042673A1 (ja) * | 2021-09-16 | 2023-03-23 | 国立研究開発法人物質・材料研究機構 | 膜小胞の検出方法、バイオマーカー配列の探索方法、膜小胞検出装置、バイオマーカー配列探索装置、プログラム、コンピュータ、及び、疾病バイオマーカーの探索方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108265115A (zh) | 2018-07-10 |
| KR101833504B1 (ko) | 2018-03-05 |
| EP3561069A4 (en) | 2020-08-19 |
| JP6914551B2 (ja) | 2021-08-04 |
| CN108239670A (zh) | 2018-07-03 |
| US20200157608A1 (en) | 2020-05-21 |
| CN110382715B (zh) | 2024-01-02 |
| EP3561069A1 (en) | 2019-10-30 |
| KR101833503B1 (ko) | 2018-03-05 |
| CN110382715A (zh) | 2019-10-25 |
| WO2018124617A1 (ko) | 2018-07-05 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6914551B2 (ja) | 細菌メタゲノム解析による肺癌診断方法 | |
| JP6914553B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した慢性閉塞性気道疾患の診断方法 | |
| JP6846833B2 (ja) | 細菌メタゲノム解析による胃癌診断方法 | |
| JP6994776B2 (ja) | 微生物メタゲノム分析を通した乳癌の診断方法 | |
| JP6914554B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したパーキンソン病の診断方法 | |
| JP6914552B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した大腸腫瘍の判定方法 | |
| JP6830693B2 (ja) | 細菌メタゲノム解析による心臓疾患診断方法 | |
| KR102019646B1 (ko) | 미생물 메타게놈 분석을 통한 아토피피부염 진단방법 | |
| JP7089807B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した脳卒中の診断方法 | |
| JP2020537519A (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したアルツハイマー型認知症の診断方法 | |
| KR102183389B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 염증성장염 진단 방법 | |
| KR102019648B1 (ko) | 천식환자에서 세균 메타게놈 분석을 통한 폐암 진단방법 | |
| JP7152053B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したうつ病の診断方法 | |
| JP7084637B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した前立腺疾患の診断方法 | |
| JP6993723B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した自閉症の診断方法 | |
| KR101936006B1 (ko) | 미생물 메타게놈 분석을 통한 방광암 진단방법 | |
| KR102063196B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 과민성장증후군 진단방법 | |
| KR101995231B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 췌장암 진단방법 | |
| JP7112125B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したリンパ腫の診断方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190816 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20200630 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200702 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200916 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20210226 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210520 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20210622 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20210707 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6914551 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |