JP2019503711A - フルクトースからアロースを生産する菌株およびこれを用いたアロース生産方法 - Google Patents

フルクトースからアロースを生産する菌株およびこれを用いたアロース生産方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、フルクトースからアロースを生産する組換え菌株、前記菌株を含むフルクトース−含有原料からアロースを生産するアロース生産用組成物、およびこれを用いたアロースの製造方法に関するものである。
【選択図】図1

Description

本発明は、フルクトースからアロースを生産する組換え菌株、前記菌株を含むフルクトース−含有原料からアロースを生産するアロース生産用組成物、およびこれを用いたアロースの製造方法に関するものである。
アロース(D−allose)はグルコース(D−glucose)と3番炭素の−OH基方向のみ異なるエピマー(epimer)であって、プシコース(psicose)の異性体と知られた希少糖単糖類である。アロースは血栓形成、臓器移植手術患者の自己免疫反応および癌細胞の増殖を抑制する機能を有している。また、肝と脳の虚血後神経細胞の死滅を延長させる効果もあり、白血病患者の治療薬としても研究が行われている。
前記のような特徴により、アロースは医薬分野で次世代核心素材として高い利用価値があるが、自然系に極めて珍しく存在するため、産業的に適用するためには効率的な生産工程を開発することが必要である。従来にアロースは主に化学的合成方法によってのみ生産されたが、付加的な糖類の生成およびこれによる複雑な精製過程と工程上で化学的廃棄物が発生するという問題がある。
よって、最近は微生物が生産する酵素を用いてアロースを大量生産する方法が提案された。日本香川大学のイズモリグループで始めてシュードモナススタッツェリ(Pseudomonas stutzeri)由来のラムノース異性化酵素(L−rhamnose isomerase)を用いてプシコースからアロースを生産して報告したが(Journal of Fermentation and Bioengineering、85(5);539−541、1998)、前記酵素はアロース生成時に副産物として多量のアルトロース(D−altrose)も共に生成させる短所があった。
したがって、アルトロースのような副産物を生成せず、産業化に適した温度およびpH条件を示し、高い熱安定性を示し、高い収率でアロースを生産することができる酵素の開発が要求されている。
本発明の目的は、プシコースエピマー化酵素(psicose epimerase)をコードするヌクレオチド配列およびアロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列を含む組換えベクターを提供することである。
本発明の他の目的は、前記組換えベクターを含む組換え菌株を提供することである。
本発明の他の目的は、前記組換え菌株、前記組換え菌株の培養物、および前記組換え菌株の破砕物からなる群より選択された1種以上を含むアロース生産用組成物を提供することである。
本発明の他の目的は、組換え菌株、前記組換え菌株の培養物、およびこれらの混合物をフルクトース−含有原料と反応させる段階を含むフルクトース−含有原料からアロースを生産する方法を提供することである。
本発明の他の目的は、配列番号23または25のアミノ酸配列を含むフルクトースからアロース生産用融合蛋白質を提供することである。
本発明の他の目的は、前記フルクトース、プシコースおよびアロースを含む混合糖組成物を提供することである。
本発明は、フルクトースからアロースを生産する組換え菌株、前記菌株を含むフルクトース−含有原料からアロースを生産するアロース生産用組成物、およびこれを用いたアロースの製造方法に関するものである。
既存のアロースを化学的合成方法によって生産する場合、付加的な糖類の生成およびこれによる複雑な精製過程と工程上で化学的廃棄物が発生し、微生物を用いた方法はアロース生成時に副産物として多量のアルトロース(D−altrose)も共に生成させる短所があるので、アルトロースのような副産物を生成せず、産業化に適した温度およびpH条件を示し高い熱安定性を示し、高い収率でフルクトースからアロースを生産することができるアロースの製造方法を提供しようとする。
以下、本発明をさらに詳しく説明する。
ここに本発明の一つの様態は、プシコースエピマー化酵素(psicose epimerase)をコードするヌクレオチド配列およびアロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列を含む組換えベクターを提供する。
前記プシコースエピマー化酵素は、クロストリジウムシンデンス(Clostridium scindens)、エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)またはトレポネーマプリミティア(Treponema primitia)に由来したものであってもよい。
前記クロストリジウムシンデンス(Clostridium scindens)に由来したプシコースエピマー化酵素(以下、CDPE)は、フルクトースからプシコースを生産する活性を有する蛋白質である。例えば、前記CDPEは、配列番号1のアミノ酸配列を有しフルクトースからプシコースを生産する活性を有するものであってもよい。前記CDPEをコードするヌクレオチド配列は、配列番号1のアミノ酸配列を含むペプチドをコードするヌクレオチド配列、例えば、配列番号5の塩基配列および/または配列番号6の塩基配列を含んでもよい。
前記CDPEは、ソジウムドデシルスルフェートポリアクリルアミドゲル電気泳動法(SDS−PAGE)で測定された単量体の分子量が30〜37kDa、例えば30〜35kDaであるものであってもよい。前記CDPEの最適温度は40〜65、具体的に50〜65であってもよい。前記最適温度は、例えば、pH7.0、1mM Co2+存在下で5分間反応進行時の結果であり得るが、これに制限されない。また、前記蛋白質の最適pHは、pH6〜9、pH7〜9、pH7〜8.5、またはpH7〜8であってもよい。前記最適pHは例えば、60、1mM Co2+存在下で5分間反応進行の結果であり得るが、これに制限されるものではない。
前記エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)に由来したプシコースエピマー化酵素(以下、EDPE)は、フルクトースからプシコースを生産する活性を有する蛋白質である。例えば、前記EDPEは、配列番号2のアミノ酸配列を有しフルクトースからプシコースを生産する活性を有するものであってもよい。
前記EDPEをコードするヌクレオチド配列は、配列番号2のアミノ酸配列を含むペプチドをコードする核酸配列、例えば、配列番号7の塩基配列を含んでもよい。
前記トレポネーマプリミティア(Treponema primitia)に由来したプシコースエピマー化酵素(以下、TDPE)は、フルクトースからプシコースを生産する活性を有する蛋白質である。例えば、前記TDPEは、配列番号3のアミノ酸配列を有しフルクトースからプシコースを生産する活性を有するものであってもよい。
前記TDPEをコードするヌクレオチド配列は、配列番号3のアミノ酸配列を含むペプチドをコードするヌクレオチド配列、例えば、配列番号8の塩基配列および/または配列番号9の塩基配列を含んでもよい。
前記プシコースエピマー化酵素は、フルクトースをプシコースに転換する活性が維持される限り、配列番号1、配列番号2または配列番号3のアミノ酸のうちの一部が置換、挿入および/または欠失されたものであってもよい。例えば、前記プシコースエピマー化酵素は、配列番号1、配列番号2または配列番号3のアミノ酸配列と70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、または99%以上の相同性を有するアミノ酸配列を含むものであってもよい。
前記プシコースエピマー化酵素をコードするヌクレオチド配列は、クロストリジウムシンデンス(Clostridium scindens)、エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)またはトレポネーマプリミティア(Treponema primitia)から得られたプシコースエピマー化酵素のコーディングヌクレオチド配列であるか、大腸菌またはコリネバクテリウム属菌株で発現に最適化することができるように変形されたヌクレオチド配列であってもよい。
例えば、前記プシコースエピマー化酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号1のアミノ酸配列を含むペプチドをコーディングするヌクレオチド配列、配列番号2のアミノ酸配列を含むペプチドをコーディングするヌクレオチド配列または配列番号3のアミノ酸配列を含むペプチドをコーディングするヌクレオチド配列であってもよい。
具体的に、前記プシコースエピマー化酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号5〜配列番号9からなる群より選択されたヌクレオチド配列を含むものであってもよい。または、前記配列番号5〜配列番号9からなる群より選択されたヌクレオチド配列に対して実質的同一性を有するヌクレオチド配列を含むものであってもよい。
前記アロース異性化酵素は、パーセフォネラマリナ(Persephonella marina)EX−H1に由来したものであってもよく、好ましくは配列番号4のアミノ酸配列を含むペプチドを含むアロース異性化酵素であってもよい。
前記アロース異性化酵素は、プシコースをアロースに異性化する酵素活性が維持される限り、配列番号4のアミノ酸のうちの一部が置換、挿入および/または欠失されたものであってもよい。例えば、前記アロース異性化酵素は、配列番号4のアミノ酸配列と70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、または99%以上の相同性を有するアミノ酸配列を含むものであってもよい。
前記アロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列は、パーセフォネラマリナ(Persephonella marina)EX−H1から得られたアロース異性化酵素のコーディングヌクレオチド配列であるか、大腸菌またはコリネバクテリウム属菌株で発現に最適化することができるように変形されたヌクレオチド配列であってもよい。
例えば、前記アロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号4のアミノ酸配列を含むペプチドをコーディングするヌクレオチド配列であってもよい。例えば、配列番号10の塩基配列を含むヌクレオチドであってもよい。または前記配列番号10のヌクレオチド配列に対して実質的同一性を有するヌクレオチド配列を含むものであってもよい。
前記の実質的な同一性は、それぞれのヌクレオチド配列と任意の他のヌクレオチド配列をできる限り対応するように整列し、その配列を分析して、前記任意の他のヌクレオチド配列がそれぞれのヌクレオチド配列と70%以上、90%以上、または98%以上の配列相同性を有することを意味する。
当該分野の通常の知識を有する技術者は、当該分野に公知された遺伝子組換え技術などを用いて前記ヌクレオチド配列中の一つまたはそれ以上の塩基を置換、付加または欠失させることによって前記実質的相同性を有する範囲で同一な活性を有する酵素蛋白質をコードするヌクレオチド配列を製造することができるのを容易に理解できるはずである。このような相同性の比較は、市販されるコンピュータプログラムを用いて2つ以上の配列間の相同性を百分率(%)で計算して行うことができる。
本発明による具体的な酵素のアミノ酸配列を表1に、これをコードするヌクレオチド配列を下記表2〜3に例として記載する。





前記プシコースエピマー化酵素およびアロース異性化酵素は、リンカーペプチドで連結された一つの融合蛋白質であってもよい。
前記プシコースエピマー化酵素は、配列番号1〜3からなる群より選択されたアミノ酸配列を含むものであってもよい。また、前記アロース異性化酵素は、配列番号4のアミノ酸配列を含むものであってもよい。
前記リンカーペプチドは、1〜6個のアミノ酸配列からなるものであってもよい。前記リンカーペプチドが前記アミノ酸個数未満または超過であれば、二つの蛋白質を連結する時、互いの蛋白質の構造に否定的な影響を与えることがあるため、前記個数が適当である。
前記一つの融合された蛋白質は、配列番号23または25のアミノ酸配列を含むものであってもよい。
また、前記融合された蛋白質は、プシコースエピマー化酵素をコードするヌクレオチド配列およびアロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列が一つの融合されたヌクレオチド配列によってコードするものであってもよく、前記一つの融合されたヌクレオチド配列は配列番号22または配列番号24の塩基配列を含む配列であってもよい。

前記組換えベクターは、当業界に広く知られた方法によってクローニングのためのベクターまたは発現のためのベクターとして構築され得る(Francois Baneyx、current Opinion Biotechnology 1999、10:411−421)。前記組換えベクターは遺伝子組換えに用いられてきたベクターであれば全て使用可能であり、例えば、プラスミド発現ベクター、ウイルス発現ベクター(例えば、複製欠陥レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス)およびこれらと同等な機能を果たすことができるウイルスベクターなどからなる群より選択されたものであってもよいが、これらに限定されるのではない。
例えば、前記組換えベクターは、pACYC、RSF、pET、pKK223−3、pTrc99a、pKD、pXMJ19、pCES208ベクターなどからなる群より選択されたものから製作されたものであってもよく、好ましくはpACYCまたはRSFであってもよい。
前記組換えベクターとは作動可能なように連結された目的ポリヌクレオチドを伝達することができる組換え核酸分子を意味し、前記目的ポリヌクレオチドはプロモーターおよび転写終結因子などからなる一つ以上の転写調節要素と作動可能に連結されているものであってもよい。
前記転写終結因子は、rrnB、rrnB_T1、rrnB_T2、T7ターミネーターなどであってもよく、好ましくはpET21aベクターからPCRされたT7転写終結因子であってもよい。
本発明のまた他の様態は、前記組換えベクターで形質転換された組換え菌株に関するものである。
本発明による具体的な組換えベクターの開裂地図を図1〜図4に例示的に記載した。
前記組換えベクターで宿主細胞を形質転換させる方法は、当業界に公知された全ての形質転換方法を特別な制限なく選択して用いることができ、例えば、細菌原形質体の融合、電気穿孔法、推進体砲撃(projectile bombardment)、およびウイルスベクターを用いた感染などから選択されたものであってもよい。
本発明による形質転換された組換え菌株は高い安定性を有し、導入されたプシコースエピマー化酵素およびアロース異性化酵素を過発現することができ、したがって長期間安定的に高いアロース転換能を提供することができる。したがって、前記形質転換された組換え菌株はアロース製造に有用に適用され、アロース生産収率をより増進させることができる。
前記組換え菌株の培養は、適当な培地で当業界で知られている多様な培養方法によって行うことができる。前記培養方法の例には、回分式、連続式および流加式培養が含まれる。前記流加式培養には注入配置および反復注入配置培養が含まれるが、これに限定されるのではない。
本発明によって用いることができる培地は、一般に一つ以上の炭素供給源、窒素供給源、無機塩、ビタミンおよび(または)微量元素を含む。好ましい炭素供給源は、単糖類、二糖類または多糖類のような糖類である。窒素供給源は、一般に有機または無機窒素化合物、またはこれら化合物を含む物質である。窒素供給源の例としてはアンモニア気体またはアンモニウム塩、例えば硫酸アンモニウム、塩化アンモニウム、リン酸アンモニウム、炭酸アンモニウムまたは硝酸アンモニウム、ニトラート、ウレア、アミノ酸、または複合窒素供給源、例えばとうもろこし浸漬液、大豆粉末、大豆蛋白質、酵母抽出物、肉類抽出物などがある。窒素供給源は単独で、または混合物として使用することができる。
培地に存在し得る無機塩化合物は、カルシウム、マグネシウム、ナトリウム、コバルト、モリブデン、カリウム、マンガン、亜鉛、銅および鉄の塩化物、リン酸塩または硫酸塩を含む。リン供給源として、リン酸、リン酸二水素カリウムまたはリン酸水素二カリウム、または対応するナトリウム−含有塩を使用することができる。溶液中の金属イオンを維持させるために、培地にキレート剤を添加することができる。培地の全ての成分は加熱(1.5barおよび121℃で20分)または滅菌ろ過によって滅菌させる。これら成分は共に、または必要によって個別的に滅菌させることができる。培地の全ての成分は培養開始時に存在してもよく、または任意には連続または回分式に添加されてもよい。
本発明のまた他の様態は、前記組換え菌株の菌体および/または組換え菌株の培養物を含むアロース生産用組成物を提供する。
前記組成物は、フルクトース−含有原料からアロースを製造するものであってもよい。また、前記培養物は前記組換え菌株から生産された酵素を含むものであって、前記菌株を含むか、菌株を含まない無細胞(cell−free)形態であってもよい。
本明細書において、別途の言及がない限り、アロースの製造に使用される組換え菌株は前記菌株の菌体および/または前記菌株の培養物を意味するものとして使用される。
前記アロース生産用組成物において、前記アロースは、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物の形態のものであってもよく、例えば、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物100重量%基準に、フルクトース60〜63重量%、プシコース24〜26重量%およびアロース12〜15重量%を含む混合糖組成物の形態のものであってもよい。
前記組成物は、フルクトースから12%以上、例えば、12〜15%、12〜14%または12〜13%の転換率でアロースを生産するものであってもよい。フルクトースからプシコースを生産した後、プシコースからアロースを生産する2段階の工程による場合には約9%程度の転換率でアロースが生産され、一つの工程によって生産することができないため時間が長くかかり、生産費用が増加する問題点が生ずる。しかし、前記組成物を用いてアロースを生産する場合には、1段階の工程によってアロースを生産することができるので時間が短縮され生産費用を節減することができ、特に2段階の工程によって生産する場合より30%以上向上した収率でアロースを生産することができる。
前記組成物は、銅イオン、マンガンイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンからなる群より選択された1種以上の金属イオンを含まないものであってもよい。
本発明のまた他の様態は、前記組換え菌株の菌体および/または前記組換え菌株の培養物を含むアロース生産用組成物をフルクトース−含有原料と接触してアロースを生産する方法を提供する。
前記アロース生産方法は、前記組換え菌株をフルクトース−含有原料と反応させる段階を含む。一実施形態で、前記組換え菌株をフルクトースと反応させる段階は、前記組換え菌株の菌体をフルクトースが含まれている培養培地で培養する段階によって行うことができる。他の実施形態で、前記組換え菌株をフルクトースと反応させる段階は、前記組換え菌株(菌体および/または菌株の培養物)をフルクトースと接触させる段階、例えば、前記組換え菌株をフルクトースと混合する段階または前記組換え菌株が固定化された担体にフルクトースを接触させる段階によって行うことができる。このように組換え菌株をフルクトースと反応させることによってフルクトースをプシコースに転換し、プシコースをアロースに転換してフルクトースからアロースを生産することができる。
前記アロース生産方法において、前記アロースはフルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物の形態のものであってもよく、例えば、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物100重量%基準に、フルクトース60〜63重量%、プシコース24〜26重量%およびアロース12〜15重量%を含む混合糖組成物の形態のものであってもよい。
また、前記方法は、フルクトースから12%以上、例えば、12〜15%、12〜14%または12〜13%の転換率でアロースを生産するものであってもよい。
また、前記アロース生産方法において、効率的なプシコース生産のために、基質として使用されるフルクトースの濃度は、全体反応物基準に10〜80%(w/v)、20〜30%(w/v)、40〜80%(w/v)、10〜75%(w/v)、20〜75%(w/v)、30〜75%(w/v)、例えば、40〜75%(w/v)であってもよい。フルクトースの濃度が前記範囲より低ければ経済性が低くなり、前記範囲より高ければフルクトースがよく溶解されないので、フルクトースの濃度は前記範囲とすることがよい。前記フルクトースは、緩衝溶液または水(例えば、蒸留水)に溶解された溶液状態で使用することができる。
前記アロース生産方法において、前記反応は、pH6〜9、例えば、pH7〜9、pH7〜8またはpH8〜9の条件下で行うことができる。また、前記反応は、30以上、例えば40以上の温度条件下で行うことができる。温度が80以上になれば基質のフルクトースの褐変現象が起こることがあるので、前記反応は30〜80、例えば、35〜80、40〜80、35〜75、40〜75、35〜70または40〜70の条件下で行うことができる。
また、前記生産方法において、前記反応時間が長いほど、アロース転換率が高くなる。例えば、前記反応時間は1時間以上、例えば2時間以上、3時間以上、4時間以上、5時間以上または6時間以上とすることがよい。反応時間が48時間を超過すればアロース転換率の増加率が微少であるか、むしろ減少するので、反応時間は48時間を超過しないことがよい。したがって、前記反応時間は1〜48時間、2〜48時間、3〜48時間、4〜48時間、5〜48時間、または6〜48時間にしてもよく、産業的および経済的側面を考慮して、1〜48時間、2〜36時間、3〜24時間、3〜12時間、または3〜6時間程度にしてもよいが、これに制限されるものではない。前記条件は、フルクトースからアロースロへの転換効率が最大化される条件として選定されたものである。
また、前記アロース生産方法において、使用される組換え菌株の菌体濃度は、全体反応物基準に5mg(dcw:乾燥細胞重量)/ml以上、例えば、5〜100mg(dcw)/ml、10〜90mg(dcw)/ml、20〜80mg(dcw)/ml、30〜70mg(dcw)/ml、40〜60mg(dcw)/ml、または45〜55mg(dcw)/mlであってもよい。菌体濃度が前記範囲未満である場合にはアロース転換活性が低いか殆どなく、前記範囲を超過すれば菌体が過度に多くなりアロース転換反応の全体的な効率が低くなるので、菌体濃度は前記範囲とすることがよい。
また、前記アロース生産方法において、前記方法は、銅イオン、マンガンイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンからなる群より選択された1種以上の金属イオンを添加しないものであってもよい。
本発明のまた他の様態は、プシコースエピマー化酵素(psicose epimerase)およびアロース異性化酵素がリンカーペプチドで連結された融合蛋白質を含むフルクトースからアロース生産用酵素を提供する。
前記酵素は、フルクトースから12%以上、例えば、12〜15%、12〜14%または12〜13%の転換率でアロースを生産することを特徴とするものである。
また、前記プシコースエピマー化酵素は、配列番号1〜3からなる群より選択されたアミノ酸配列を含むものであってもよい。また、前記アロース異性化酵素は、配列番号4のアミノ酸配列を含むものであってもよい。
前記リンカーペプチドは、1〜6個のアミノ酸からなるものであってもよい。前記リンカーペプチドが前記アミノ酸個数未満であるか超過であれば、二つの蛋白質を連結する時、互いの蛋白質の構造に否定的な影響を与えることがあるため、前記個数が適当である。
前記一つの融合された蛋白質は、配列番号23または25のアミノ酸配列を含むものであってもよい。
本発明のまた他の様態は、生物学的方法で生産され、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物100重量%基準に、フルクトース60〜63重量%、プシコース24〜26重量%およびアロース12〜15重量%を含む混合糖組成物を提供する。
本発明は、フルクトースからアロースを生産する組換え菌株、前記組換え菌株を含むフルクトース−含有原料からアロースを生産するアロース生産用組成物、およびこれを用いたアロースの製造方法に関するものであって、本発明による組換え菌株および/またはこれを用いたアロースの製造方法を用いて、副産物を生成せず、産業化に適した温度およびpH条件を示し高い熱安定性を示し、高い収率でアロースを生産することができる。
本発明の一実施形態によってpACYCDuet−1ベクターにCDPEまたはTDPEとRPI遺伝子を導入した組換えベクターの開裂地図を示したものである。 本発明の一実施形態によってpACYCDuet−1ベクターにEDPEとRPI遺伝子を導入した組換えベクターの開裂地図を示したものである。 本発明の一実施形態によってRSFDuet−1ベクターにCDPEまたはTDPEとRPI遺伝子を導入した組換えベクターの開裂地図を示したものである。 本発明の一実施形態によってRSFDuet−1ベクターにEDPEとRPI遺伝子を導入した組換えベクターの開裂地図を示したものである。 本発明の一実施形態によるRSF_CDPE_RPI菌株の温度による細胞反応活性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_TDPE_RPI菌株の温度による細胞反応活性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_EDPE_RPI菌株の温度による細胞反応活性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_CDPE_RPI菌株のpHによる細胞反応活性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_TDPE_RPI菌株のpHによる細胞反応活性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_EDPE_RPI菌株のpHによる細胞反応活性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_CDPE_RPI菌株での酵素の金属イオン要求性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_TDPE_RPI菌株での酵素の金属イオン要求性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_EDPE_RPI菌株での酵素の金属イオン要求性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_CDPE_RPI菌株の細胞反応熱安定性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_TDPE_RPI菌株の細胞反応熱安定性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によるRSF_EDPE_RPI菌株の細胞反応熱安定性分析結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態による15%フルクトースからアロース生産結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態による50%フルクトースからアロース生産結果を示すグラフである。 本発明の一実施形態によってpACYCDuet−1ベクターにCDPEまたはTDPEとRPI遺伝子が融合された遺伝子を導入した組換えベクターの開裂地図を示したものである。 本発明の一実施形態による融合酵素の発現をSDS−PAGEを通じて確認した写真である。 本発明の一実施形態による融合酵素のアロース転換率を測定した結果を示すグラフである。
以下、本発明を下記の実施例によってさらに詳しく説明する。しかし、これら実施例は本発明を例示するためのものに過ぎず、本発明の範囲がこれら実施例によって限定されるのではない。
実施例1.デュエットプラスミドの製造および形質転換
遺伝子組換えによって、プシコースからアロースを生産するRPI酵素と共に一つの菌株で、フルクトースからプシコースを生産する酵素CDPE、EDPE、またはTDPEそれぞれを発現させるためのプラスミドを製作した。
具体的に、RPIコーディング配列を導入したベクターを製造するために、RPI蛋白質の配列番号4のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド(配列番号11)をNdeIとXhoI(NEB)を用いて発現ベクターのpACYC(NOVAGEN)またはRSF(NOVAGEN)の同一な制限酵素部位に挿入して組換えベクターを製造した。
その次に、プシコースエピメラーゼコーディング配列を導入したベクターを製造するために、先ずプシコースエピメラーゼコーディング配列を製造した。
具体的に、クロストリジウムシンデンス(Clostridium scindens)に由来した配列番号1のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド(Gene bank:EDS06411.1)、エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)に由来した配列番号2のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、トレポネーマプリミティア(Treponema primitia)に由来した配列番号3のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドとして(Gene bank:WP_010256447)、発現菌株として使用される大腸菌に最適化されるように元のコーディングポリヌクレオチドの塩基配列(それぞれ配列番号5、7および8)およびこれに変形が加わったポリヌクレオチド(それぞれ配列番号6および9)をバイオニア(Bioneer.Co、Korea)に依頼して合成した。
その次に、制限酵素NdeIとXhoI(NEB)を用いて、前記合成されたそれぞれのプシコースエピメラーゼコーディングポリヌクレオチドをRPI遺伝子が挿入された発現ベクターのpACYC(NOVAGEN)またはRSF(NOVAGEN)の同一な制限酵素部位に挿入し、RPIが含まれている組換えベクターにTDPE、CDPE、EDPEをそれぞれ挿入して一つのベクターに二つの遺伝子(RPI酵素遺伝子およびプシコースエピメラーゼ酵素遺伝子)が挿入されるようにした。前記制限酵素は下記表6に示した。
その次に、ヒートショック(heat shock)方法(Sambrook and Russell:Molecular Cloning)によって大腸菌BL21(DE3)(invitrogen)を前記製作したそれぞれの組換えベクターで形質転換して組換え大腸菌菌株を製造した。
前記製造された組換え大腸菌菌株を5ml LB−アンピシリン(LB−ampicilline)培地(Difco)に接種した後、600nmでの吸光度(OD)が1.5に到達するまで37℃、200rpmで振とう培養し、これを再び500ml LB−アンピシリン培地に接種した後、37℃の振とう培養機で種培養した。その次に、培養液の600nmで吸光度が0.5である時、1mMのIPTG(isopropyl−1−thio−β−D−galactopyranoside)を添加して目的酵素の過発現を誘導した。前記過発現誘導時点から培養条件を16℃および150rpmに転換して16時間維持した。
実施例2.アロース生産菌株の反応条件確立
2−1.温度による細胞反応活性分析
アロース生産最適温度を確認するために、10%(v/v)フルクトース1ml、50mM PIPESバッファー(pH7.0)溶液に、実施例2で分離された菌株の菌体濃度を5mg/ml_DCW範囲で、60℃下で2時間反応させ、基質反応停止のために5分間加熱して反応を終了(停止)させた後に、最大活性を示す温度を測定した。その次に、二時間のフルクトースからのアロース転換率を測定して、最適温度でのアロース転換率を100%にした時のそれぞれの温度でのアロース転換率の相対的な値で示した(図面のY軸値のRA(%))。その結果を下記表7および図5〜7に示した。
[計算式]
転換率(%)=(生産量/いれた基質量)*100
いれた基質量=残余フルクトース+プシコース残余量+アロース生産量
上記表7および図5〜7に示されているように、RSF_TDPE_RPIは55℃で(図5)最適の活性を示すのを、RSF_CDPE_RPI(図6)とRSF_EDPE_RPI(図7)は50℃で最適の活性を示すのを確認することができた。
2−2.pHによる細胞反応活性分析
pHによる細胞反応活性を分析するために、実施例1で分離された菌株の菌体濃度5mg/ml_DCWおよびフルクトース濃度10%(v/v)の緩衝溶液50mMクエン酸ナトリウム(sodium citrate、pH4〜5)、50mMリン酸ナトリウム(sodium phosphate、pH6〜8)、50mMグリシン水酸化ナトリウム(glycine NaOH、pH9〜10)をそれぞれ使用して各pH条件で50℃で2時間反応させ、基質反応停止のために5分間加熱して反応を終了(停止)させ、最大活性を示すpHを測定した。その次に、二時間のフルクトースからのアロース転換率を測定して、最適pHでのアロース転換率を100%にした時のそれぞれのpHでのアロース転換率の相対的な値で示した(図面のY軸値のRA(%))。その結果を下記表8および図8〜10に示した。
[計算式]
転換率(%)=(生産量/いれた基質量)*100
いれた基質量=残余フルクトース+プシコース残余量+アロース生産量
上記表8および図8〜10に示されているように、RSF_TDPE_RPIはpH7.0で最適の活性を示し(図8)、RSF_CDPE_RPI(図9)とRSF_EDPE_RPI(図10)はpH8.0で最適の活性を示した。
2−3.酵素の金属イオン要求性分析
金属イオン要求性を確認するために、10%(v/v)フルクトースを基質として使用し、前記実施例2で分離された菌株の菌体濃度5mg/ml_DCW、および50℃で、50mM PIPES緩衝溶液(pH7.0または8.0、各酵素の最適pHで遂行)に溶かした1mM金属イオン(CuCl、MnCl、FeSO、ZnSO、NiSO、またはCoCl)溶液をそれぞれ使用して2時間反応させ、基質反応停止のために5分間加熱して反応を終了(停止)させた後に、前記実施例3−1と同様な方法でHPLC分析を通じてアロース生産量を測定した。対照群(Non)としては金属イオンを処理していないものを使用した。
その結果を下記表9および図11〜13に示した。
上記表9および図11〜13に示されているように、CDPE_RPIの場合、Feイオンによって若干活性が増加したが(図11)、三つの酵素は全て大きく金属イオンに依存する結果を示しないのを確認した(図11〜13)。
即ち、既存のCDPE、TDPE、EDPEを単独で発現した場合には金属がなければ活性、転換率、熱安定性などが顕著に低下するが、二つの酵素を同時に一つのベクターで発現した時は、既存のそれぞれの酵素とは異なり金属イオンがなくても転換反応が起こるのを確認した。
2−4.細胞反応の熱安定性分析
細胞反応の熱安定性を確認するために、40〜50℃で24時間酵素に熱を加えた後、熱衝撃が加えられた菌株を反応に使用した。
具体的に、10%(v/v)フルクトースを基質として使用し、前記熱衝撃が加えられた菌株の菌体濃度5mg/ml_DCW、および50で、50mM PIPES緩衝溶液(pH7.0または8.0、各酵素の最適pHで遂行)をそれぞれ使用して2時間反応させ、基質反応停止のために5分間加熱して反応を終了(停止)させた。下記の計算式を通じてアロース転換率を測定した。その結果を下記表10(40℃)および表11(50℃)に示し、図14〜16に転換率をログ値に変換させて示した。
[計算式]
転換率(%)=(生産量/いれた基質量)*100
いれた基質量=残余フルクトース+プシコース残余量+アロース生産量

上記表10〜11および図14〜16に示されているように、40℃では20時間以上ある程度熱に酵素が耐える様相を示したが、各温度での半減期(Half−life)を比較してみる時、50℃では3時間程度熱衝撃が加えられた時に活性が半分に減ったのを確認した。
実施例3.アロース生産
3−1.15%(v/v)フルクトースからアロース生産反応
フルクトースからアロース生産を確認するために、基質として15%(v/v)フルクトース1mlと50mM PIPESバッファー(pH7.0または8.0、各酵素の最適pHで遂行)溶液に、実施例2で分離された菌株の菌体濃度を5mg/ml_DCW範囲で、50℃温度で0〜20時間反応させながら、時間別サンプリングをして下記の計算式を通じてアロース転換率を測定した。その結果を表12および図17に示した。
[計算式]
転換率(%)=(生産量/いれた基質量)*100
いれた基質量=残余フルクトース+プシコース残余量+アロース生産量
上記表12で確認できるように、12個の酵素反応転換分析結果、酵素ごとに若干の差はあるが、平均的にフルクトースから約13%程度の転換率でアロースを生産するのを確認することができた。
3−2.50%(v/v)フルクトースからアロース生産反応
フルクトースからアロース生産を確認するために、基質として50%(v/v)フルクトース1mlと50mM PIPEバッファー(pH7.0または8.0、各酵素の最適pHで遂行)溶液に、実施例2で分離された菌株の菌体濃度を5mg/ml_DCW範囲で、50下で0〜20時間反応させながら、時間別サンプリングをしてアロース転換率を測定した。その結果を表13および図18に示した。
上記表13で確認できるように、12個の酵素反応転換分析結果、酵素ごとに若干の差はあるが、平均的にフルクトースから約13%程度の転換率でアロースを生産するのを確認することができた。
実施例4.融合酵素プラスミドの製造および形質転換
エンシファーアドヘレンス(Ensifer adhaerens)に由来したプシコースエピマー化酵素のコーディング遺伝子を、大腸菌に最適化して変形した形態のポリヌクレオチド(配列番号6)で合成してEDPEと命名した。大腸菌に最適化したポリヌクレオチド、パーセフォネラマリナ(Persephonella marina)EX−H1のgDNAから確保したPRIのコーディング遺伝子(配列番号10)をPCRを通じてそれぞれの鋳型として確保し、これをオーバーラップPCR法で一つの鋳型に連結した(配列番号22)。
前記一つの鋳型に連結されたポリヌクレオチドを制限酵素NdeIとXhoIを用いて発現ベクターのpET21aの同一な制限酵素部位に挿入して組換えベクターを製造した。前記製造された組換えベクターの開裂地図を図19に開示した。
その次に、ヒートショック(heat shock)方法(Sambrook and Russell:Molecular Cloning)によって大腸菌BL21(DE3)(invitrogen)を前記製作した組換えベクターで形質転換して組換え菌株を製造した。
前記製造された組換え菌株を5ml LB−アンピシリン(LB−ampicilline)培地(Difco)に接種した後、600nmでの吸光度(OD)が1.5に到達するまで37℃、200rpmで振とう培養し、これを再び500ml LB−アンピシリン(LB−ampicilline)培地に接種した後、37℃の振とう培養機で種培養した。この培養液の600nmで吸光度が0.5である時、1mMのIPTG(isopropyl−1−thio−β−D−galactopyranoside)を添加して目的酵素の過発現を誘導した。前記過発現誘導時点から培養条件を16℃および150rpmに転換して16時間維持した。その後、8000rpmで20分間遠心分離して菌体のみを回収し、0.85%(w/v)NaClで2回洗浄した後、アロース生産および酵素精製に使用した。
実施例5.融合酵素を用いたアロース生産反応(酵素反応)
5−1:融合酵素の精製
前記実施例4で回収された菌体をlysis buffer(50mM Tris−HCl、pH7.0 300mM NaCl)に混濁させた後、音波振動機(Ultrasonic processor.ColepParmer)を用いて4℃で20分間破砕した。前記破砕液を13,000rpmで4℃で20分間遠心分離して上澄み液を回収し、予めlysis bufferで平衡させたNi−NTAカラム(Ni−NTA Superflow、Qiagen)に適用させた後、50mM Tris−HCl 300mM NaCl、pH7.0に20mMイミダゾールと250mMイミダゾールが含まれている緩衝溶液を順次に流した。溶出された目的蛋白質は酵素活性測定用緩衝溶液(50mM Tris−HCl、pH7.0)で転換してその次の実験に使用した。前記方法で部分精製された酵素が得られ、SDS−PAGEを通じて単量体の大きさが約47kDaであることを確認した(図20)。
5−2:フルクトースからアロース生産
フルクトースからアロース生産を確認するために、基質として50%(v/v)フルクトース1mlと50mM PIPESバッファー(pH7.0または8.0、各酵素の最適pHで遂行)溶液に、実施例6で精製された酵素の濃度を1.0mg/ml範囲で、50℃で24時間反応させながら、時間別サンプリングをしてアロース転換率を測定した。その結果を表14および図21に示した。
上記表14および図20で確認できるように、二つの酵素反応分析結果、24時間EDPE_RPI_FUSIONは約13.4%、CDPE_RPI_FUSIONは約13.1%の転換率でアロースを生産することを確認した。即ち、融合酵素の場合、発現率は減少したが、二つの酵素をそれぞれ発現させて反応する時と転換率においては類似した平衡値の13%に到達することを確認した。

Claims (27)

  1. プシコースエピマー化酵素(psicose epimerase)をコードするヌクレオチド配列およびアロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列を含む組換えベクター。
  2. 前記プシコースエピマー化酵素は、配列番号1〜3からなる群より選択されたアミノ酸配列を含むものである、請求項1に記載の組換えベクター。
  3. 前記アロース異性化酵素は、配列番号4のアミノ酸配列を含むものである、請求項1に記載の組換えベクター。
  4. 前記プシコースエピマー化酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号5〜9からなる群より選択された塩基配列を含むものである、請求項1に記載の組換えベクター。
  5. 前記アロース異性化酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号10の塩基配列を含むものである、請求項1に記載の組換えベクター。
  6. 前記プシコースエピマー化酵素およびアロース異性化酵素は、リンカーペプチドで連結された一つの融合蛋白質である、請求項1に記載の組換えベクター。
  7. 前記プシコースエピマー化酵素は配列番号1〜3からなる群より選択されたアミノ酸配列を含み、前記アロース異性化酵素は配列番号4のアミノ酸配列を含むものである、請求項6に記載の組換えベクター。
  8. 前記リンカーペプチドは、1〜6個のアミノ酸からなるものである、請求項6に記載の組換えベクター。
  9. 前記融合蛋白質は、配列番号23または25のアミノ酸配列を含むものである、請求項6に記載の組換えベクター。
  10. 前記融合蛋白質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号22または24の塩基配列を含むものである、請求項6に記載の組換えベクター。
  11. 請求項1〜10のうちのいずれか一項の組換えベクターで形質転換された組換え菌株、前記組換え菌株の培養物またはこれらの混合物を含む、フルクトース−含有原料からのアロース生産用組成物。
  12. 前記組成物は、12〜15%の転換率でフルクトースからアロースを生産することを特徴とする、請求項11に記載の組成物。
  13. 前記アロースは、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物100重量%基準に、フルクトース60〜63重量%、プシコース24〜26重量%、およびアロース12〜15重量%を含む混合糖組成物の形態である、請求項11に記載の組成物。
  14. 前記組成物は、銅イオン、マンガンイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンからなる群より選択された1種以上の金属イオンを含まないものである、請求項11に記載の組成物。
  15. 請求項1〜10のうちのいずれか一項の組換えベクターで形質転換された組換え菌株、前記組換え菌株の培養物、またはこれらの混合物をフルクトース−含有原料と反応させる段階を含むフルクトース−含有原料からアロース(allose)を生産する方法。
  16. 前記方法は、フルクトースから12〜15%の転換率でアロースを生産することを特徴とする、請求項15に記載の方法。
  17. 前記アロースは、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物100重量%基準に、フルクトース60〜63重量%、プシコース24〜26重量%、およびアロース12〜15重量%を含む混合糖組成物の形態である、請求項15に記載の方法。
  18. 前記反応に使用されるフルクトースの濃度は10〜80%(w/v)である、請求項15に記載の方法。
  19. 前記反応は、pH6〜9の条件下で行われる、請求項15に記載の方法。
  20. 前記反応は30℃〜80℃の温度条件下で行われる、請求項15に記載の方法。
  21. 前記方法は、銅イオン、マンガンイオン、カルシウムイオン、マグネシウムイオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンからなる群より選択された1種以上の金属イオンを添加する段階を含まない、請求項15に記載の方法。
  22. プシコースエピマー化酵素(psicose epimerase)およびアロース異性化酵素がリンカーペプチドで連結された融合蛋白質を含むフルクトースからのアロース生産用酵素。
  23. 前記プシコースエピマー化酵素は配列番号1〜3からなる群より選択された1種のアミノ酸配列を含むものであり、前記アロース異性化酵素は配列番号4のアミノ酸配列を含むものである、請求項22に記載の酵素。
  24. 前記リンカーペプチドは、1〜6個のアミノ酸配列からなるものである、請求項22に記載のフルクトースからのアロース生産用酵素。
  25. 前記融合蛋白質は、配列番号23または25のアミノ酸配列を含むものである、請求項22に記載のフルクトースからのアロース生産用酵素。
  26. 前記酵素は、フルクトースから12〜15%の転換率でアロースを生産することを特徴とする、請求項22に記載の酵素。
  27. 生物学的方法で生産され、フルクトース、プシコースおよびアロースから構成された糖類組成物100重量%基準に、フルクトース60〜63重量%、プシコース24〜26重量%、およびアロース12〜15重量%を含む混合糖組成物。
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