JP2014020832A - 生体物質分析用フローセルと生体物質分析装置 - Google Patents

生体物質分析用フローセルと生体物質分析装置 Download PDF

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Abstract

【課題】生体物質分析において、蛍光を発する粒子の誤検出を防止し、光学的な検出を高感度かつ高精度に行う。
【解決手段】光透過性を有する上部基板310と、反射防止性を有する下部基板313と、前記上部基板310と前記下部基板313とに挟まれ、蛍光を発する粒子312が設置された流路311を有する内層部とを備える生体物質分析用フローセル104、および前記生体物質分析用フローセル104と、励起光を照射する照射部と、前記粒子312が発する蛍光を検出する光学検出部106とを備える生体物質分析装置。
【選択図】図4

Description

本発明は、生体物質分析用フローセルおよび生体物質分析装置に関する。
近年、DNAやRNAの塩基配列を決定する新しい技術が開発されてきている。基板に分析対象となるDNA断片を数多く固定して、これら数多くのDNA断片の塩基配列をパラレルに決定する方法が提案されている。
非特許文献1では、DNA断片を担時する担体として微粒子を用い、微粒子上でPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)を行う。その後、微粒子のサイズに穴径を合わせた数多くの穴を設けたプレートに、PCR増幅されたDNA断片を担持した微粒子を入れて、パイロシーケンス方式で塩基配列を読み出している。
また、非特許文献2では、DNA断片を担持する担体として微粒子を用い、微粒子上でPCRを行う。その後、微粒子をガラス基板上にばら撒いて固定し、ガラス基板上で酵素反応(ライゲーション)を行い、蛍光色素付き基質を取り込ませて蛍光の検出を行うことにより各断片の配列情報を得ている。非特許文献2の方式では、ガラス基板はフローセルという形態で使用される。
ここで、フローセルとは、1つまたは複数のチャンネルにおいて流路が存在し、スペーサをガラス基板とガラス基板で挟み込む形で接着または溶着されたものである。DNA断片を担時する微粒子は、フローセルの流路内壁に付着されている。前記微粒子が数万から数十万個含まれる範囲を励起光で一括照射し、それら数万から数十万個の微粒子から発せられる蛍光(正確には、微粒子に固定されたDNA断片に取り込まれた蛍光色素から発せられる蛍光)を1台のカメラで同時に検出する。このカメラを含む検出光学系はそれぞれの微粒子の位置を特定できる光学的な分解能と光の強度を計る機能を有しており、どの位置の微粒子がどのくらいの強度で光っているかを検出する。
以上のように、基板上に、核酸断片試料を数多く固定させることにより、パラレルに数多くの断片の配列情報を決定する方法が開発され、実用化されつつある。
特許文献1、特許文献2および特許文献3には、DNA断片を各種担体に固定したミクロな流体デバイスを用いて、DNA断片の塩基配列を分析する方法が開示されている。
特開2005-224110号公報 特開2005-130795号公報 特開2004-333255号公報
Marcel Margulies et al.,Nature,2005,vol.437,P376-380 Jay Shendure et al.,Science,2005,vol.309,P1728-1732
フローセルを用いたDNA塩基配列の分析においては、フローセル上に設置された個々に異なるDNA断片を結合させた粒子から発せられる蛍光を精密に区別して、それらの位置と色および光強度とを同時に検知することが求められる。この粒子の数は、数万以上に及ぶこともあり、これらの粒子から発せられる蛍光の検出には、極めて高い測定精度が求められている。しかしながら、フローセルの構造上、近接して存在している隣り合う粒子から発せられる光が相互に干渉するために、DNA塩基配列の分析精度があるレベル以上に上がらないという問題が存在することが判明してきた。
本発明はかかる状況に鑑みてなされたものであり、生体物質分析において、蛍光を発する粒子の誤検出を防止し、光学的な検出を高感度かつ高精度に行うことを課題としている。
本発明者らは、フローセル上に設置された数万オーダーの多数の粒子から発せられる蛍光の分析精度があるレベル以上に上がらない原因を鋭意検討した結果、分析対象の粒子に近接して存在する粒子から発せられる光が、フローセルを構成する下部基板と外部の空気層との界面において反射し、分析対象の粒子から発せられる光と混じり合うために分析誤差が生じているとする原因を解明するに至り、本発明に到達したものである。
即ち、本発明の生体物質分析用フローセルは、光透過性を有する上部基板と、反射防止性を有する下部基板と、前記上部基板と前記下部基板とに挟まれ、蛍光を発する粒子が設置された流路を有する内層部とを備えることを特徴とするものである。また、本発明の生体物質分析用フローセルは、光透過性を有する上部基板と、光透過性を有する下部基板と、前記上部基板と前記下部基板とに挟まれ、蛍光を発する粒子が設置された流路と反射防止性を有するスペーサ部とを有する内層部とを備えることを特徴とするものである。また、本発明の生体物質分析装置は、前記の生体物質分析用フローセルと、励起光を照射する照射部と、粒子が発する蛍光を検出する光学検出部とを備えることを特徴とするものである。
本発明は、生体物質分析において、蛍光を発する粒子の誤検出を防止し、光学的な検出を高感度かつ高精度に行うことが可能である。
本発明の実施形態の生体物質分析装置の概要図である。 本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルを生体物質分析装置に取り付ける状況を示す図である。 本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルと生体物質分析装置の一部の模式的断面図である。 (a)は、本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルの一部の模式的断面図である。(b)は、(a)の部分拡大図である。 (a)は、比較例の生体物質分析用フローセルの一部の模式的断面図である。(b)は、(a)の部分拡大図である。 本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルの構成を示す図である。
以下に、図面を参照しながら本発明の実施形態を詳細に説明する。尚、本発明の実施形態は以下に示す実施形態に限られるわけではない。但し、図1〜図3に示された内容と後述する図1〜図3に係る説明は、本発明の実施形態および比較例においても共通するものである。
本発明において、生体物質とは、DNAやRNA等の核酸、蛋白質、ペプチド、抗体、抗原、等の生体内において何らかの機能を発現する化学物質をいう。特に、単位となる化学物質が多数連結した高次構造を有し、個々の単位となる化学物質の配列により生体物質全体としての機能に係る化学物質をいう。本発明においては、生体物質の中でも、核酸が特に適性を有している。
本発明の生体物質分析用フローセルおよび生体物質分析装置を用いて種々の生体物質の分析を行うことができる。例えば、DNA配列(DNAシークエンス)の決定やハイブリダイゼーションを行うことが可能である。
図1を用いて、本発明の実施形態の生体物質分析装置の概要を説明する。ここでは、生体物質として核酸を対象として説明する。
本発明の実施形態の生体物質分析装置(核酸分析装置)101は、複数の試薬容器等を収容する試薬冷却保管庫102と、試薬容器の反応液を送液する送液機構103と、DNA断片を結合している微粒子が設置された流路を有するフローセル104と、フローセル104内の流路を温調する温調基板105と、微粒子に結合したDNA断片に取り込まれた蛍光物質が発する蛍光を検出する光学検出部106とを有する。事前に調整されたフローセル104の流路には、送液機構103によって核酸分析用の反応液が供給される。反応液によってフローセル104内の微粒子上で伸長反応が行われ、DNA断片に取り込まれた蛍光物質によって蛍光が発せられる。光学検出部106は、発せられた蛍光を検出して、塩基配列の分析が行われる。反応後の余分な反応液や洗浄液等は、廃液タンク107に収容される。
本発明の実施形態において、DNA配列の分析方法は特に限定されないが、例えば、段階的ライゲーション法を利用したDNA配列の分析方法(Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection)がある。段階的ライゲーション法とは、微粒子上の1本鎖DNAを鋳型に蛍光標識されたプローブを順次結合させ、2塩基ずつ配列を決定していく手法をいう。リガーゼによる酵素反応として、DNA断片のターゲット配列に対応する蛍光部分を含むオリゴヌクレオチドが結合して、伸長反応が引き起こされる。反応完了後、蛍光部分に4色の励起光を照射し、光学検出部で蛍光の検出が行われる。その後、蛍光部分は切断され、さらに伸長反応が行われ、次の配列に対応した蛍光が検出される。これらを繰り返すことにより、4色の蛍光色に対応した塩基配列が次々と決定され、最終的にDNA断片の塩基配列として決定される。この方法により、1サイクルで数十〜数百bpの解読を行うことができ、1ランで数十Gbのデータを解析することが可能である。段階的ライゲーション法においては、蛍光標識したオリゴヌクレオチドを繰り返しハイブリダイズすることで並列シーケンシングすることができる。
図2は、本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルを生体物質分析装置に取り付ける状況を示す図である。生体物質分析用フローセル(以下、「フローセル」と記載することがある。)104は、平面度の高い温調基板105の上に置かれ、カバ−108を押しつけながら取り付けることによって、生体物質分析装置の装着部109に装着される。フローセル104は、複数本を並列に並べることができる。図2においては6本のフローセル104が並列に並べられている。
また、DNA断片と反応液との反応を促進させるために、フローセル104内の流路を温調する温調基板105を有していることが望ましい。
図3は、本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルと生体物質分析装置の一部の模式的断面図である。図2の切断面A−Aにおける断面図として示してある。
励起光を照射する照射部は、ランプ301とミラー303と対物レンズ304から構成されている。ランプ301から発せられた蛍光物質励起のための励起光302は、ミラー303にて反射される。励起光302は、反射した後、対物レンズ304を通り、温調基板105の上に置かれたフローセル104の内層部の流路311に設置された粒子312に、上方から照射される。粒子312の表面に存在する蛍光物質は、励起光302によって励起され、蛍光307を発する。蛍光307は、上方にある対物レンズ304を通り、ミラー303、レンズ305を通過して、粒子312が発する蛍光を検出する光学検出部106を構成するカメラに到達する。
フローセル104は、光透過性を有する上部基板310と、下部基板313と、上部基板310と下部基板313とに挟まれ、蛍光を発する粒子312が設置された流路311を有する内層部と、を有している。フローセル104は、内層部の流路311の両端に、反応液を投入する流入口314と反応液を排液する流出口316とを備えている。
蛍光を発する粒子312は、フローセル104の内層部の流路311内にあり、光学検出部106によって粒子312が発する蛍光を検出することが可能であれば、どの位置に設置されていても構わない。図3においては、蛍光を発する粒子312は、フローセル104の内層部の流路311の上部、即ち上部基板310の下面に設置されている。
また、フローセル104と温調基板105との間には隙間、即ち、空気層315が存在している。これは、フローセル104の下面を温調基板105の上面と完全に一致させて製造することは困難だからである。
図4の(a)は、本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルの一部の模式的断面図であり、図4の(b)は、(a)の部分拡大図である。いずれの図も、図2の切断面B−Bにおける断面図として示してある。図2においてフローセル104は6本並列に存在しているが、図4(a)では、そのうちの3本を代表させて示してある。
図4の(a)において、図3と同様に、フローセル104は、光透過性を有する上部基板310と下部基板313と上部基板310と下部基板313とに挟まれ、蛍光を発する粒子312が設置された流路311を有する内層部を有している。流路311の両端は、スペーサ部407によって密封されている。フローセル104は、いくらか湾曲しているために、フローセル104と温調基板105との間には隙間、即ち、空気層315が存在している。さらに、本発明の実施形態として、下部基板313の空気層315側の表面には、反射防止性材料の層406が存在している。
図5の(a)は、比較例の生体物質分析用フローセルの一部の模式的断面図であり、図5の(b)は、(a)の部分拡大図である。いずれの図も、図2の切断面B−Bにおける断面図として示してある。図2においてフローセル104は6本並列に存在しているが、図5(a)では、そのうちの3本を代表させて示してある。
図5の(a)において、図4の(a)と同様に、フローセル104は、光透過性を有する上部基板310と下部基板313と上部基板310と下部基板313とに挟まれ、蛍光を発する粒子312が設置された流路311を有する内層部を有している。流路311の両端は、スペーサ部407によって密封されている。フローセル104は、いくらか湾曲しているために、フローセル104と温調基板105との間には隙間、即ち、空気層315が存在している。
図5の(b)を用いて、比較例について説明する。
フローセル104の内層部の流路311内に設置された粒子312に担持されたDNA断片に取り込まれた蛍光物質に励起光が照射されると、粒子312から全方向に放射状に蛍光411が発せられる。
発せられた蛍光411の一部は、光透過性を有する上部基板310を透過し、粒子312が発する蛍光を検出する光学検出部106に取り込まれる。発せられた蛍光411の他の一部は、下部基板313内を進み、下部基板313と温調基板105の間に存在する空気層315との界面で反射する。下部基板313と空気層315との界面で反射した一部の蛍光413は、前述の光路とは異なる光路を通り、光学検出部106に取り込まれる。
光学検出部106において検出された光の信号を、2次元の画像として観察すると、下部基板313と空気層315との界面で反射して、光学検出部106に取り込まれた蛍光413による光の信号は、当該蛍光の本来の発生源である粒子312が存在する位置とは異なる位置から発しているように観察される。こうした光の信号は、バックグラウンド光(迷光)となり、蛍光を発している粒子312の位置を正確に検出することの弊害となる。また、光学検出部106に取り込まれた蛍光413による光の信号が、当該蛍光の本来の発生源である粒子312と隣接する粒子312から発しているように観察されると(クロストーク)、分析ミスとなり、分析の信頼性を低下させる。これらの現象により、生体物質分析装置の精度は低下することとなる。
これらの現象は、蛍光強度が小さく、より高感度の検出をする際に、特に顕著となる。高感度の光学検出部106は、わずかな光でも検出するために、前述のような界面における反射光にも反応し、検出画像全体のバックグランドが明るくなってしまう。その結果、微弱な蛍光を発している粒子312を見落としたり、粒子312の位置を誤ったりする可能性が増大する。
図4の(b)を用いて、本発明の実施形態について説明する。
フローセル104の内層部の流路311内に設置された粒子312に担持されたDNA断片に取り込まれた蛍光物質に励起光が照射されると、粒子312から全方向に放射状に蛍光411が発せられる。
発せられた蛍光411の一部は、光透過性を有する上部基板310を透過し、粒子312が発する蛍光を検出する光学検出部106に取り込まれる。発せられた蛍光411の他の一部は、下部基板313内を進み、下部基板313の空気層315側の表面に存在する反射防止性材料の層406に入り、そのまま消滅する。ここでは、反射防止性材料の層406として、黒色の塗料膜を形成してある。
その結果、下部基板313と温調基板105の間に存在する空気層315との界面で反射して、光学検出部106に取り込まれるという現象が発生することを抑制することができる。そして、バックグラウンド光(迷光)が生じて、生体物質分析装置の精度が低下することを抑えることができる。即ち、蛍光を発する粒子312の誤検出を防止し、光学的な検出を高感度かつ高精度に行うことが可能となる。
本発明の実施形態の生体物質分析用フローセル104において、下部基板313は、粒子312が発する蛍光の一部が空気層315との界面で反射することがないように、反射防止性を有することが必要である。下部基板313を反射防止性にするためには、下部基板313が反射防止性材料からなる基板であってもよいし、反射防止性材料の層406を有する基板であってもよい。反射防止性材料の層406は、下部基板313の空気層315側の表面に存在していてもよいし、下部基板313の内層部側の表面に存在していてもよいし、両者の間の内部に存在していてもよいし、さらには前記のうちの複数を併用してあってもよい。
下部基板313に反射防止性材料の層406を成形するときは、反射防止性材料からなるフィルムやシートを下部基板313に積層してもよいし、印刷インキやコーティング剤として下部基板313の表面に塗布してもよい。反射防止性材料の層406を形成する際は、空気層が生じないように隙間なく取り付けることが重要である。また、反射防止性はフローセル104のうちの流路311において効果を有するものであるので、流路311が存在する部分に相当する下部基板313の部分にのみ反射防止性材料を用いてもよい。
ここで、反射防止性とは、粒子312が発する蛍光等を反射することが少ないことをいう。具体的には、入射された光に対して、反射される光の強度の比率が、50%以下、好ましくは20%以下、より好ましくは10%以下である物質が望ましい。一般に、核酸分析装置のような生体物質分析装置に用いられ、DNA断片に取り込まれる蛍光物質が発する蛍光は、可視光が多いことから、可視光に対して反射防止性を有するものであることが好ましい。可視光とは、おおよそ400〜700nmの波長を有する光である。
可視光の反射防止に有効な反射防止性材料の具体例としては、下記のものがある。
(1)黒色顔料あるいは黒色染料;カーボンブラックや黒鉛等の炭素系黒色顔料、鉄酸化物や銅とクロムの複合酸化物、銅、クロム、亜鉛の複合酸化物などの金属酸化物系黒色顔料、金属錯塩系黒色染料、等。
(2)上記の黒色顔料や黒色染料を含有する樹脂組成物(熱硬化性、熱可塑性);黒色の樹脂、塗料、インキ、コーティング剤、等。樹脂の具体例としては、アクリル樹脂、シクロオレフィンポリマー、等がある。
(3)上記の黒色顔料や黒色染料を含有するガラス、等。
(4)異なる屈折率材料の膜;フッ化マグネシウムや金属酸化物等の屈折率の異なる材料の単層あるいは多層膜を形成する。
下部基板313として、反射防止性材料の層406を成形するときは、反射防止性材料の層406以外の下部基板313の材料としては、後述する上部基板310と同様に、光透過性の材料である、ガラス、アクリル樹脂、ポリシクロオレフィン樹脂、等を使うことができる。
図6は、本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルの構成を示す図である。
本発明の実施形態の生体物質分析用フローセルは、上部基板310と下部基板313と上部基板310と下部基板313とに挟まれた内層部602とから構成されている。
内層部602は、蛍光を発する粒子が設置された流路と、流路の周囲に、流路に供給される反応液が漏れ出ないようにするためのスペーサ部407を有している。
上部基板310は、光透過性である。ここで、光透過性とは、粒子が発する蛍光等を透過することができ、光学検出部106によって検知することができることをいう。一般に、核酸分析装置のような生体物質分析装置に用いられ、DNA断片に取り込まれる蛍光物質が発する蛍光は、可視光が多いことから、可視光に対して透過性を有するものであることが好ましい。上部基板310として使用可能な光透過性の材料としては、ガラス、アクリル樹脂、ポリシクロオレフィン樹脂、等がある。
上部基板310は、光透過性に優れていることが必要であるため、薄くすることが望ましい。一方、下部基板313は、フローセル104としての取扱性に係るため、ある程度厚みを有し、機械的強度を有していることが望ましい。そのため、上部基板310の厚みは、下部基板313の厚みと同一かそれ以下であることが望ましい。
流路を有するフローセルの製造方法としては、以下のような方法がある。
(i)流路に相当する部分が空洞であり、流路の周囲のスペーサ部407のみからなるシートを上部基板310と下部基板313によって挟み込むことによって製造する。
(ii)上部基板310ないしは下部基板313の流路に相当する部分をくり抜くことによって製造する。
上記(i)の方法では、蛍光を発する粒子が設置された流路として形成されるためには、上部基板310ないしは下部基板313の流路に相当する部分に蛍光を発する粒子を予め設置しておくこととなる。粒子が発する蛍光をより精度よく検知するために、前記粒子は、上部基板310の下面に設置されていることが望ましい。
流路311の高さ、即ちスペーサ部407の厚さとしては、精度よく温調を行うためにも、1mm以下であることが望ましい。また、フローセル104の流路311には、1つ以上の反応液の流入口314と流出口316を有していることが望ましい。
本発明の実施形態において、蛍光を発する粒子312は、DNA断片等を結合している粒子312を予め作成して、上部基板310ないしは下部基板313上に固着剤等を用いて固定することができる。あるいは、予め粒子312を作成することはしないで、上部基板310ないしは下部基板313上に、粒子状の形状で、DNA断片等を結合している担体を直接、固着させていくこともできる。あるいは、DNA断片等を直接、上部基板310ないしは下部基板313上に点状に固定させることもできる。
蛍光を発する粒子312を上部基板310ないしは下部基板313に設置する際は、上記の予め作成した粒子や粒子状の担体やDNA断片等を固着させるために、基板上に予め無機酸化物からなる固定層を設けることが望ましい。固定層を設けることで、粒子や粒子状担体やDNA断片等をより強固に基板上に固定させることができる。無機酸化物としては、チタニア、ジルコニア、アルミナ、ゼオライト、五酸化バナジウム、シリカ、サファイア、酸化タングステン、五酸化タンタル、およびそれらの少なくとも2種類の混合物からなる群から選択することができる。
以上説明してきた本発明の実施形態とは異なる本発明の第2の実施形態について、以下説明する。本発明の第2の実施形態は、光透過性を有する上部基板と、光透過性を有する下部基板と、上部基板と下部基板とに挟まれ、蛍光を発する粒子が設置された流路と反射防止性を有するスペーサ部とを有する内層部、を備える生体物質分析用フローセルを用いるものである(不図示)。
本発明の第2の実施形態では、上部基板と下部基板はいずれも光透過性を有しており、励起光は、フローセルの上方から照射され、粒子が発する蛍光は、フローセルの下方にある光学検出部によって検出される。そのため、流路において粒子の発する蛍光の一部が下部基板と空気層との界面で反射されて、分析の弊害となることは少ない。
しかし、粒子の発する蛍光の一部がスペーサ部に漏れ出て、下方の光学検出部によって検出されて、分析の誤差を生じる懸念がある。そのため、スペーサ部が反射防止性を有することにより、スペーサ部に入射された蛍光の一部が反射されて、測定誤差が生じることを防止することができる。
101 生体物質分析装置(核酸分析装置)
102 試薬冷却保管庫
103 送液機構
104 フローセル
105 温調基板
106 光学検出部
107 廃液タンク
108 カバ−
109 装着部
301 ランプ
310 上部基板
311 流路
312 粒子
313 下部基板
315 空気層
406 反射防止性材料の層
407 スペーサ部
602 内層部

Claims (10)

  1. 光透過性を有する上部基板と、
    反射防止性を有する下部基板と、
    前記上部基板と前記下部基板とに挟まれ、蛍光を発する粒子が設置された流路を有する内層部と
    を備える生体物質分析用フローセル。
  2. 前記下部基板が、反射防止性材料からなる基板または反射防止性材料の層を備える基板であることを特徴とする請求項1に記載の生体物質分析用フローセル。
  3. 光透過性を有する上部基板と、
    光透過性を有する下部基板と、
    前記上部基板と前記下部基板とに挟まれ、蛍光を発する粒子が設置された流路と反射防止性を有するスペーサ部とを有する内層部と
    を備える生体物質分析用フローセル。
  4. 前記上部基板の厚みが前記下部基板の厚みと同一かそれ以下であることを特徴とする請求項1〜3のいずれか1項に記載の生体物質分析用フローセル。
  5. 前記粒子が上部基板の下面に設置されていることを特徴とする請求項1〜4のいずれか1項に記載の生体物質分析用フローセル。
  6. 前記生体物質が核酸である請求項1〜5のいずれか1項に記載の生体物質分析用フローセル。
  7. 前記粒子には核酸断片が結合していることを特徴とする請求項6に記載の生体物質分析用フローセル。
  8. 前記流路には核酸分析用の反応液が供給されることを特徴とする請求項6または7に記載の生体物質分析用フローセル
  9. 請求項1〜8のいずれか1項に記載の生体物質分析用フローセルと、
    励起光を照射する照射部と、
    前記粒子が発する蛍光を検出する光学検出部と
    を備える生体物質分析装置。
  10. さらに、前記生体物質分析用フローセルの流路を温調する温調基板を備えていることを特徴とする請求項9に記載の生体物質分析装置。
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