JP2013528357A - 強化又は抑制されたエフェクター機能を有する抗体 - Google Patents

強化又は抑制されたエフェクター機能を有する抗体 Download PDF

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Abstract

標的のＦｃ受容体に対する強化された選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数のＦｃ領域アミノ酸置換を含む、合理的に設計された抗体及びポリペプチドが提供される。ポリペプチドは、抗体治療法に組み込まれる場合に野生型Ｆｃ成分を有するものよりもそれらを有効にするために複数の位置で突然変異される。

Description

本出願は、２０１１年１月２６日に出願の米国特許仮出願第６１／４３６，５８４号及び２０１０年３月２９日に出願の米国特許仮出願第６１／３１８，５８３号への優先権を主張する。両方の仮出願の内容は、参照により本明細書に完全に組み込まれる。
本発明は、抗体、融合タンパク質及びポリペプチドに関する。具体的には、本発明は、標的のＦｃ受容体に対する強化された選択性及び結合親和性を相乗的に提供するＦｃ領域アミノ酸置換を含む、設計された抗体及びポリペプチドに関する。
抗体は、特定の抗原に対して結合特異性を示すタンパク質である。天然の抗体は、２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖で構成される、通常約１５０，０００ダルトンのヘテロテトラマー糖タンパク質である。各軽鎖は１つの共有結合性ジスルフィド結合によって重鎖に連結されるが、ジスルフィド結合の数は異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖の間で変化する。各重鎖及び軽鎖は、規則的に間隔のあいた鎖内部のジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、１つの末端に可変ドメイン（ＶＨ）と、続くいくつかの定常ドメインを有する。各軽鎖は、１つの末端に可変ドメイン（ＶＬ）を、及びその反対側末端に定常ドメインを有する。軽鎖の定常ドメインは重鎖の第一の定常ドメインに整列し、軽鎖可変ドメインは重鎖の可変ドメインに整列する。特定のアミノ酸残基が、軽鎖と重鎖の可変ドメインの間で界面を形成すると考えられている。
用語「可変」は、可変ドメインの特定の部分が抗体の間で配列が大きく異なり、それらが各特定の抗体のその特定の抗原に対する結合特異性を担うという事実を指す。しかし、可変性は抗体の可変ドメインを通して均一に分布しているとは限らない。それは、軽鎖及び重鎖両方の可変ドメインで、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは４つのＦＲを各々含み、その多くは、βシート立体配置を採用し、３つのＣＤＲによって接続され、それらは、βシート構造を接続し、場合によってはその一部を形成するループを形成する。各鎖のＣＤＲは、ＦＲによって非常に近接して一緒に保持され、他方の鎖のＣＤＲと一緒に抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．（１９９１）を参照）。
定常ドメインは、抗体を抗原に結合することに直接的に関与しないが、様々なエフェクター機能を示す。抗体又は免疫グロブリンは、それらの重鎖の定常領域のアミノ酸配列に従って、異なるクラスへ割り当てることができる。免疫グロブリンには５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、これらのいくつかはサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４；ＩｇＡ１及びＩｇＡ２にさらに分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常領域は、α、δ、ε、γ及びμとそれぞれ呼ばれている。様々なヒト免疫グロブリンクラスのうち、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＭだけが補体を活性化することが知られ、ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ３はＩｇＧ２及びＩｇＧ４より効果的にＡＤＣＣを媒介する。
抗体のパパイン消化は、Ｆａｂ断片と呼ばれる、それぞれ単一の抗原結合部位を有する２つの同一の抗原結合断片、及び残りの「Ｆｃ」断片を生成する。「Ｆｃ」断片の名称は容易に結晶化するその能力を反映する。ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域の結晶構造が決定されている（Ｄｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ２０：２３６１〜２３７０（１９８１））。ヒトＩｇＧ分子では、Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６のＮ末端側のパパイン切断によって生成される。Ｆｃ領域は、抗体のエフェクター機能にとって中心的である。
抗体のＦｃ領域によって媒介されるエフェクター機能は、２つのカテゴリーに分けることができる：（１）抗原への抗体の結合後に作動するエフェクター機能（これらの機能は補体カスケード又はＦｃ受容体（ＦｃＲ）担持細胞の関与を含む）；並びに（２）抗原結合と独立して作動するエフェクター機能（これらの機能は、循環中における持続性及びトランスサイトーシスによって細胞障壁を越えて輸送される能力を付与する）。Ｗａｒｄ及びＧｈｅｔｉｅ、Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ２：７７〜９４（１９９５）。
要求される抗原への抗体の結合は、その内在性の標的（例えば受容体又はリガンド）への外来抗原の結合を阻止するかもしれない中和作用を有するが、結合だけで外来抗原を除去することはできない。外来抗原を除去及び／又は破壊することに効率的であるためには、抗体はその抗原への高親和性結合及び効率的なエフェクター機能の両方を与えられる必要がある。
Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）
免疫系の細胞との抗体及び抗体抗原複合体の相互作用は、抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を含む様々な応答を実行する（Ｄａｅｒｏｎ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３〜２３４（１９９７）；Ｗａｒｄ及びＧｈｅｔｉｅ、Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：７７〜９４（１９９５）；並びにＲａｖｅｔｃｈ及びＫｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７〜４９２（１９９１）でレビューされている）。
いくつかの抗体エフェクター機能は、抗体のＦｃ領域に結合するＦｃ受容体（ＦｃＲ）によって媒介される。ＦｃＲは、免疫グロブリンアイソタイプへのそれらの特異性によって定義される。ＩｇＧ抗体のＦｃ受容体はＦｃγＲと呼ばれ、ＩｇＥについてはＦｃεＲ、ＩｇＡについてはＦｃαＲと呼ばれ、以下同様である。ＦｃγＲの３つのサブクラスがヒトで特定されている：ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）。各ＦｃγＲサブクラスは２つ又は３つの遺伝子によってコードされ、代替ＲＮＡのスパイシングは多重転写産物をもたらすので、ＦｃγＲアイソフォームには幅広い多様性が存在する。ＦｃγＲＩサブクラス（ＦｃγＲＩＡ、ＦｃγＲＩＢ及びＦｃγＲＩＣ）をコードする３つの遺伝子は、第１染色体の長腕の領域１ｑ２１．１にクラスターを形成し；ＦｃγＲＩＩアイソフォーム（ＦｃγＲＩＩＡ、ＦｃγＲＩＩＢ及びＦｃγＲＩＩＣ）をコードする遺伝子並びにＦｃγＲＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩＡ及びＦｃγＲＩＩＩＢ）をコードする２つの遺伝子は、全て領域１ｑ２２にクラスターを形成する。これらの異なるＦｃＲサブタイプは、異なる細胞型で発現される（Ｒａｖｅｔｃｈ及びＢｏｌｌａｒｄ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９：２７５〜２９０（２００１）でレビューされている）。例えば、ヒトでは、ＦｃγＲＩＩＩＢは好中球だけで見出されるが、ＦｃγＲＩＩＩＡはマクロファージ、単球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞及びＴ細胞の亜集団で見出される。特に、ＦｃγＲＩＩＩＡは、ＡＤＣＣに関係する細胞型の１つであるＮＫ細胞に存在する唯一のＦｃＲである。
ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩは、免疫グロブリンスーパーファミリー（ＩｇＳＦ）受容体である；ＦｃγＲＩはその細胞外ドメインに３つのＩｇＳＦドメインを有するが、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩはそれらの細胞外ドメインに２つだけのＩｇＳＦドメインを有する。
別の種類のＦｃ受容体は、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）である。ＦｃＲｎは主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）に構造的に類似し、β２−マイクログロブリンに非共有結合的に結合するα鎖からなる。
ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）は、いくつかのアイソフォーム、ＩＩａ、ＩＩｂｌ、Ｉｉｂ２、ＩＩｂ３及びＩＩｃを有し、最も広く分布しているヒトＦｃγＲ型であって、ほとんどのタイプの血中白血球、樹枝状細胞及び血小板で発現される。ＦｃγＲＩＩは、集合ＩｇＧへ結合するだけである低親和性受容体である。それは、ＩｇＧ２に結合することができる唯一のＦｃγＲクラスである。ＦｃγＲＩＩａは単球、マクロファージ、好中球、好酸球及び好塩基球を含む一定の範囲の細胞型で発現され、ＦｃγＲＩＩａはそのＩＴＡＭのモチーフを通して他の免疫グロブリン受容体と一緒にそれらを同時活性化することができる。ＦｃγＲＩＩａは、細胞に結合するＩｇＧ抗体に結合して、それらの細胞の溶解を引き起こす。この過程は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害と呼ばれている。ＦｃγＲＩＩｂも広く発現されるが、その阻害作用のために必要な免疫受容体であるチロシンベースの抑制性モチーフ（ＩＴＩＭ）を有する。ＦｃγＲＩＩｂは、それがＡｂ−Ａｇ複合体を通して表面の免疫グロブリンと架橋しているときに、負のシグナル伝達を引き起こすことによってＢ細胞の活性化を抑制することができる。ＦｃγＲを経るマクロファージ及び単球の活性化は、ＦｃγＲＩＩｂの同時ライゲーションによって抑制される。（Ａｒｍｏｕｒら（２００３）「ヒトＩｇＧ野生型及び突然変異体抗体によるヒトＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂ受容体への差別的結合（Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｂｉｎｄｉｎｇ ｔｏ ｈｕｍａｎ ＦｃγＲＩＩａ ａｎｄ ＦｃγＲＩＩｂ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｂｙ ｈｕｍａｎ ＩｇＧ ｗｉｌｄｔｙｐｅ ａｎｄ ｍｕｔａｎｔ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）」、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、４０：５８５〜５９３）。ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂの両方を発現させるためにトランスフェクトされた細胞は、ＦｃγＲＩＩａ単独を有する細胞と比較して低減された食作用を示し、抗腫瘍Ａｂの細胞傷害性はＦｃγＲＩＩｂ欠損マウスで強化された。（Ｈｕｎｔｅｒら（１９９８）「非食作用性のＦｃγ受容体によるＦｃγ受容体媒介食作用の阻害（Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｆｃγ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｐｈａｇｏｃｙｔｏｓｉｓ ｂｙ ｎｏｎｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ Ｆｃγ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）。」。Ｂｌｏｏｄ、９１：１７６２〜１７６８；及びＣｌｙｎｅｓら（２０００）「抑制性Ｆｃ受容体は腫瘍標的に対するインビボ細胞傷害性を調整する（Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ Ｆｃ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｍｏｄｕｌａｔｅ ｉｎ ｖｉｖｏ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ ａｇａｉｎｓｔ ｔｕｍｏｕｒ ｔａｒｇｅｔｓ）。」Ｎａｔ．Ｍｅｄ．６：４４３〜４４６）。したがって、ＦｃγＲの相対的結合親和性をＦｃγＲＩＩａからＦｃγＲＩＩｂに転換することは、例えばＢ細胞及び又はマクロファージ及び単球の活性化を抑制し、様々な自己免疫性疾患のような炎症性障害で免疫応答を弱めるために有用であろう。反対に、Ｆｃγの相対的結合親和性をＦｃγＲＩＩｂからＦｃγＲＩＩａに転換することはＡＤＣＣの強化に導き、例えば癌の処置で腫瘍細胞の殺滅を強化するために有用であろう。
ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）は、ＩｇＧ１及びＩｇＧ３に結合することができる２つのアイソフォームを有する。ＦｃγＲＩＩＩａは、ＩｇＧに中間の親和性を有し、マクロファージ、単球、ＮＫ細胞及びＴ細胞のサブセットで発現される。ＦｃγＲＩＩＩｂは、好中球で選択的に発現される低親和性受容体である。ＦｃγＲＩＩＩａは、ＦＣγＲＩＩａと同様に、細胞に結合するＩｇＧ抗体に結合して、ＡＤＣＣによるそれらの細胞の溶解を引き起こす。ＦｃγＲＩＩＩａは、細胞表面に結合するクラスター化ＩｇＧ分子に結合し、単量体のＩｇＧに結合しない。したがって、ＡＤＣＣは、標的細胞が抗体で覆われたときだけ起こる。抗体で覆われた標的細胞によるＦｃγＲＩＩＩａの組込みは、ＮＫ細胞がＩＦＮ−γなどのサイトカインを合成及び分泌し、並びにこの細胞型の細胞溶解性機能を媒介するそれらの顆粒内容を放出するように活性化させる。
さもなければ抑制性免疫応答からＡＤＣＣの誘導に、又はその逆にエフェクター機能を転換することによって抗体のエフェクター活性を変更することは、様々な疾患及び状態で処置結果を改善することにとって望ましい。Ｌａｚａｒら（２００６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、１０３：４００５、Ｓｔａｖｅｎｈａｇｅｎら（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６７：８８８２、Ｏｇａｎｅｓｙａｎら（２００８）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４５：１８７２、Ｖｅｒｉら（２００７）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、１２１：３９２及びＳｈｉｅｌｄｓら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１は、この研究領域での努力を開示する。
Ｐｒｅｓｔａら（米国特許：第６，７３７，０５６号）は、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドを開示する。開示される変異は、単一位置突然変異に基づく。アラニンスキャンを実施することによって、Ｐｒｅｓｔａらは、２３８、２６５、２６９、２７０、２９２、２９４、２９５、２９８、３０３、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３７３、３７６、４１４、４１６、４１９、４３５、４３８又は４３９位での単一位置Ｆｃ領域アミノ酸改変を開示する；これらの単一位置突然変異は、ＦｃγＲＩＩへの低減された結合をもたらすとされている。Ｐｒｅｓｔａらは、Ｆｃ領域全体の体系的アラニンスキャンは、２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９３、２９４、２９５、２９６、３０１、３０３、３２２、３２７、３２９、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１６、４３４、４３５又は４３７位のアミノ酸位置のいずれか１つでのＦｃ領域アミノ酸改変が、ＦｃγＲＩＩＩへの低減された結合をもたらすことを示すとされていることをさらに開示する。Ｐｒｅｓｔａらは、アラニンスキャンによって同じく特定される、Ｆｃ領域の２５５、２５６、２５８、２６７、２６８、２７２、２７６、２８０、２８３、２８５、２８６、２９０、３０１、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２６、３３０、３３１、３３７、３４０、３７８、３９８又は４３０位のアミノ酸位置のいずれか１つでの単一位置アミノ酸改変を含む、ＦｃγＲＩＩへの増強された結合を有するポリペプチドをさらに開示する。Ｐｒｅｓｔａらは、２つのＦｃアミノ酸位置が同時に突然変異する（すなわち、改変Ｓ３１７Ａ及びＫ３５３Ａ）ただ１つの例を開示しているが、Ｐｒｅｓｔａらは、これらの二重突然変異がＦｃγＲＩＩに対する改変ポリペプチドの所望の結合プロファイルを得ることにおいていかなる相乗効果を提供することも示唆していない。Ｐｒｅｓｔａらは、１つを超えるアミノ酸位置での同時改変の潜在的な相乗作用に関して、完全に沈黙している。
Ｌａｚａｒら（米国特許第７，３１７，０９１号）は、ＦｃγＲへの変更された結合をもたらすとされるＦｃ領域中の３３２位でのアミノ酸改変を含む抗体を開示する。Ｌａｚａｒらは、２３４、２３５、２３９、２４０、２４３、２６４、２６６、２７２、２７４、２７８、３２５、３２８、３３０及び３３２位での個々の置換がＦｃγＲへの結合をもたらすとすることを開示する。Ｌａｚａｒらは、人工のグリコフォームと組み合わされるときのＦｃ変異体の相乗効果を開示していると主張しているが、人工のグリコフォームが提供することができるさらなる相乗作用にかかわらず、同時改変Ｆｃアミノ酸位置の選択によって提供することができる可能な相乗作用に関してＬａｚａｒらは沈黙している。
Ｓｔａｖｅｎｈａｇｅｎ（米国特許第７，６３２，４９７号）は、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも１つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を有する分子を開示する。これらの改変分子は分子にエフェクター機能を付与するとしており、そこにおいて、親分子はこのエフェクター機能を検出可能に示さない。
治療的モノクローナル抗体中のＦｃ領域及びＦｃ領域に融合する可溶性ポリペプチドを最適化する現在の手法は、アラニンスクリーニング、部位特異的突然変異誘発などに基づく限定数の単一のアミノ酸変化に集中している。Ｆｃ領域を操作することにおける他の手法は、Ｆｃ領域機能を最適化するためのＦｃ領域のグリコシル化に集中している。なお他の手法は、エフェクター機能を欠く野生型分子を改変することによってエフェクター機能を付与するとされるが、野生型分子の既存のエフェクター機能を増加させるか、さもなければ改変するとされないＦｃ改変に集中している。
他のＦｃγ受容体と比較して非常に高い特異性で対象の特定のＦｃγＲに結合するように最適化されている、既知のＦｃタンパク質又はポリペプチドは現在存在しない。個々のＦｃ領域アミノ酸突然変異の特定のＦｃγ受容体との結合に対する効果は十分理解されているが、以前の試験は複数のアミノ酸への同時変化の効果を記載していない。さらに、先行技術は、検出可能なエフェクター機能を既に有する野生型分子のエフェクター機能の改変を含む、対象のＦｃγＲへの最適な結合を得るための、置換Ｆｃ領域アミノ酸の適する代替物を示唆していない。
したがって、当技術分野において、抗体又は融合タンパク質が選択されるＦｃγＲアイソフォームへの結合のために最適化されるように、Ｆｃ領域に複数の相乗的アミノ酸置換を含むポリペプチド及び抗体の必要性がある。
本組成物は、非常に高い特異性で標的のＦｃγＲに結合するＦｃ領域を含むポリペプチド、融合タンパク質及び抗体を提供する。これらのポリペプチド及び抗体は、Ｆｃ領域との各ＦｃγＲの結合の理論的分析、及び以降の標的Ｆｃ受容体に対する所望の選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数（３つ以上）のアミノ酸置換の設計によって設計される。したがって、本明細書で提供されるポリペプチド及びタンパク質は、野生型Ｆｃ領域と比較してＦｃ領域に複数の変異を含み、前記変異は考慮中のＦｃγＲへの特異性を向上させるように、及び各位置の最も好ましいアミノ酸の選択によって最適化されるエンタルピー及びエントロピーの因子に基づいて選択される結合プロファイルを得るように仕立てられる。
一実施形態は、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドを提供し、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して３つ以上のアミノ酸改変を含み、野生型Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し；３つ以上の改変のうちの少なくとも２つは、少なくとも２つの位置での単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってＦｃγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。
別の実施形態は、前記少なくとも３つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のＦｃγ受容体への強化された結合自由エネルギーを生じるが、第二のＦｃγ受容体への結合親和性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をアミノ酸改変がもたらすポリペプチドを提供する。第一のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩＩａ受容体であってよく、第二のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂであってよい。
別の実施形態は、アミノ酸改変が、好ましいＦｃγＲＩＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こすポリペプチドを提供する。
別の実施形態は、アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。
一実施形態は、第一のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩａ受容体であり、第二のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂであるポリペプチドを提供する。
一実施形態は、アミノ酸改変が、好ましいＦｃγＲＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こすポリペプチドを提供する。
一実施形態は、アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。
一実施形態は、強化された結合自由エネルギーを有するＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩｂ受容体であり、低減した結合親和性を有するＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩＩａ受容体又はＦｃγＲＩＩａ受容体であるポリペプチドを提供する。
一実施形態は、アミノ酸改変が好ましいＦｃγＲＩＩｂ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩａ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こすポリペプチドを提供する。
一実施形態は、アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩｂ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩａへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。
一実施形態は、野生型ポリペプチドと比較したとき、アミノ酸置換がＦｃγＲＩＩａ受容体、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体及びＦｃγＲＩＩｂ受容体への結合親和性を低減又は阻害するポリペプチドを提供する。
一実施形態は、野生型Ｆｃ領域を含むポリペプチドのＦｃγ受容体への結合がインビトロアッセイによって検出可能であるポリペプチドを提供する。
本発明の特定の実施形態では、最適化されたＦｃポリペプチド及びタンパク質を操作するための方法が提供される。本開示の目的は、Ｆｃ最適化の誘導に用いることができる設計戦略を提供することである。本開示のさらなる目的は、Ｆｃタンパク質の設計で用いることができるコンピュータースクリーニング方法を提供することである。本開示のさらなる目的は、実験的試験のためのライブラリーを生成するための方法を提供することである。本開示のさらなる目的は、最適化されたＦｃタンパク質を得るための実験的生成及びスクリーニング方法を提供することである。
特定の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質をコードする単離された核酸が提供される。特定の実施形態では、任意選択で制御配列に作動可能に連結される前記核酸を含むベクターが提供される。特定の実施形態では、ベクターを含む宿主細胞、及びＦｃタンパク質を生成し、任意選択で回収するための方法が提供される。
特定の実施形態では、本明細書で開示されるＦｃタンパク質を含む抗体及びポリペプチドが提供される。前記抗体及びポリペプチドは、治療製品での使用が可能である。
本開示は、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を含む抗体及びポリペプチド、並びに生理的又は薬学的に許容される担体又は希釈剤を含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本明細書で開示されるＦｃタンパク質を含む抗体及びポリペプチドの治療的及び診断的用途が提供される。
本明細書では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域は、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、野生型Ｆｃ領域又は１つ又は２つのアミノ酸改変だけを含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し；改変のうちの少なくとも２つは、単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってＦｃγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。特定の実施形態では、一方又は両方のアミノ酸改変は、ＥＵインデックスによる２３４位〜３３０位の間に位置する。特定の実施形態では、改変は、ＥＵインデックスによる３１７位及び３５３位での同時置換を含まない。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、ＥＵインデックスによる３３２位での置換を含まない。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ２３６Ａを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｑ／Ｓ２３９Ｅを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｋ３２６を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３６Ｓ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉを含む。
本明細書に記載のポリペプチドの特定の実施形態では、アミノ酸改変は、前記３つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のＦｃγ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、第二のＦｃγ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。これらの実施形態の一部では、第一のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩＩａ受容体であり、第二のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂである。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいＦｃγＲＩＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。
本明細書では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変は、２つのアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、ＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｈを含む。特定の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｈ２６８Ｄ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３６Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅを、或いはＨ２６８Ｄを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ及びＧ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅの群から選択される改変を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは改変Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含み、そこにおいてポリペプチドは、Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への向上した結合選択性を有する。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも１つを欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩａ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、ＦｃγＲＩＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ、Ａ３２７Ｌ及びＡ３３０Ｉを含む。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいＦｃγＲＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、ＦｃγＲＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ、Ｓ２３９Ｅ及びＨ２６８Ｄを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ／Ａ３３０Ｓを含む。
さらなる態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも１つを欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩｂ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、ＦｃγＲＩＩＩａ又はＦｃγＲＩＩａ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいＦｃγＲＩＩｂ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩａ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、ＦｃγＲＩＩｂ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩａへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２９８Ａ／Ｉ３３２Ｅを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｈ２６８Ｄ、Ｋ３２６Ａ、Ａ３２７Ｈを、或いはＥ２６９Ｌ及びＳ２９８Ａの一方又は両方を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｖ２６６Ｌ／Ｓ２６７Ｄを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｌ又はＬ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｅ／Ｎ３２５Ｌを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む。
本明細書に記載の特定の態様では、野生型Ｆｃ領域を含むポリペプチドのＦｃγ受容体への結合は、インビトロアッセイによって検出可能である。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、そこにおいて改変の１つは突然変異Ｓ２３９Ｅを含み、前記ポリペプチドはＳ２３９Ｅ突然変異を欠くポリペプチドと比較してＦｃγＲＩＩＩａ受容体への結合においてより高い選択性を有する。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、改変の１つは突然変異Ｓ２３９Ｅを含み、改変の１つは突然変異Ｓ２９８Ａを含み、前記ポリペプチドは、Ｓ２９８Ａ突然変異を欠くポリペプチドと比較してＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂ受容体への低減された結合親和性を有する。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、前記改変は、Ｄ２７０Ｌ／Ｙ３００Ｌ／Ａ３３０Ｋ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｆ、Ｇ２３７Ｆ／Ｖ２６６Ｌ／Ｓ２６７Ｄ、Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｌ、Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｅ／Ｎ３２５Ｌ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ、Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ、Ｇ２３６Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｈ２６８Ｅ／Ｄ２７０Ｅ／Ｓ２６７Ｇ、Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ／Ａ３３０Ｓ、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ２３６Ａ、Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｑ／Ｓ２３９Ｅ、Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｋ３２６及びＧ２３６Ｓ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉから選択される。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも４つのアミノ酸改変を含み、前記改変は、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈ、Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｈ２６８Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２９８Ａ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ及びＧ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅ、Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ及びＨ２６８Ｄ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈから選択される。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、少なくとも３つのアミノ酸改変は、Ｌ２３４Ｑ、Ｌ２３４Ｎ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３６Ｅ、Ｅ２３６Ｌ、Ｅ２３６Ｄ、Ｇ２３７Ｆ、Ｇ２３７Ｎ、Ｓ２３９Ｅ、Ｓ２３９Ｄ、Ｄ２６５Ｅ、Ｄ２６５Ｓ、Ｓ２６７Ｅ、Ｓ２６７Ｄ、Ｓ２６７Ｇ、Ｈ２６８Ｄ、Ｈ２６８Ｅ、Ｅ２６９Ｌ、Ｅ２６９Ｌ、Ｄ２７０Ｎ、Ｄ２７０Ｉ、Ｄ２７０Ｅ、Ｓ２９８Ａ、Ｋ３２６Ａ、Ｋ３２６Ｄ、Ａ３２７Ｈ、Ａ３２７Ｖ、Ａ３２７Ｌ、Ａ３２７Ｔ、Ａ３３０Ｖ、Ａ３３０Ｌ、Ａ３３０Ｗ、Ａ３３０Ｉ、Ａ３３０Ｓ、Ｉ３３２Ｌ、Ｉ３３２Ｄ及びＩ３３２Ｅからなる群から選択される。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて
前記変異体Ｆｃ領域はアミノ酸改変の組合せを含み、前記組合せは、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ；Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２６５Ｅ；Ｓ２３９Ｅ／Ｅ２６９Ｄ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｎ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｖ；Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｉ／Ｓ２３９Ｅ；Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ３２６Ａ；Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３２７Ｔ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ３２６Ａ；Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｔ／Ｋ３２６Ａ；Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３３０Ｗ／Ｉ３３２Ｄ／Ｓ２３９Ｅ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３２７Ｖ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｇ２３７Ｆ；Ｌ２３４Ｎ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ；Ｌ２３４Ｑ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ；Ｌ２３４Ｑ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２９８Ａ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｈ；Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ；Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ａ３２７Ｌ；Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｌ２３５Ａ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２６７Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２３９Ｅ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｇ２３６Ｅ；Ｉ３３２Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｉ３３２Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｅ；Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ；Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ／Ｇ２３７Ｆ；Ｓ２９８Ａ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ／Ｓ２３９Ｅ；Ｓ２９８Ａ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３３３Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｈ２６８Ｅ／Ｄ２７０Ｅ／Ｓ２６７Ｇ；Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ；Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ；Ａ３３０Ｓ／Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ；Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｓ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ及びＨ２６８Ｅ／Ｄ２７０／Ｅ／Ｓ２６７Ｇからなる群から選択される。
一態様では、本明細書で変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域がアミノ酸改変Ｈ２６８Ｄを含む場合、前記変異体は改変Ｓ２６７Ｅを含まない。
本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、親ポリペプチドのＦｃ領域はヒトＩｇＧ Ｆｃ領域である。これらの実施形態のいくつかでは、ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域は、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域である。
本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体である。
一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸が提供される。特定の実施形態では、核酸を含むベクターが提供される。
一態様では、本明細書に記載されるポリペプチド又はタンパク質を生成するための方法が提供され、前記方法は、（ｉ）前記ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現に適する条件下において培地中で培養すること；及び（ｉｉ）前記培地からポリペプチドを回収することを含む。
本明細書に記載される一態様では、癌標的抗原に特異的に結合する治療抗体が提供され、前記治療抗体は、本明細書に記載される変異体Ｆｃ領域ポリペプチドを含む。特定の実施形態では、治療抗体は、アバゴボマブ、アダリムマブ、アレムツズマブ、アウログラブ、バピネオズマブ、バシリキシマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ブリアキヌマブ、カナキヌマブ、カツマキソマブ、セルトリズマブペゴール、セツキシマブ、ダクリズマブ、デノスマブ、エファリズマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゴリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、イピリムマブ、ルミリキシマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、ムロモナブ、ミコグラブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ペルツズマブ、ラニビズマブ、レスリズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、トシリズマブ／アトリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｐｒｏｘｉｎｉｕｍ（商標）、Ｒｅｎｃａｒｅｘ（商標）、ウステキヌマブ、ザルツムマブ及び任意の他の抗体からなる群から選択される。特定の実施形態では、標的抗原は、ＩＬ−２Ｒのａ鎖（ＣＤ２５）、アミロイドベータ、抗ＥｐＣＡＭ×抗ＣＤ３、ＢＬｙＳ（又はＢＡＦＦ）、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ８０、ＣＴＬＡ−４、ＥＧＦＲ、ＥｐＣＡＭ、ＲＳＶのＦタンパク質、Ｇ２５０、糖タンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ Ｒ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ２／ｎｅｕ Ｒ、Ｈｓｐ９０、ＩｇＥ抗体、ＩＬ−１２／ＩＬ−２３、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−５、ＩＬ−６受容体、インテグリンアルファ４／ベータ１、ムチン１６／ＣＡ−１２５、ＲＡＮＫＬ、ＴＮＦアルファ、ＶＥＧＦ−Ａ及び他の治療的に有利な標的からなる群から選択される。
本明細書に記載される一態様では、癌抗原で特徴づけられる癌を有する患者で癌を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む。特定の実施形態では、患者はヒトである。
本明細書に記載される一態様では、免疫抗原で特徴づけられる免疫障害を有する患者で免疫障害を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療的に有効なポリペプチド、抗体又はタンパク質を前記患者に投与することを含む。
一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドの治療的有効量、及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が提供される。
本明細書に記載される一態様では、少なくとも３つのアミノ酸置換を有する変異体Ｆｃ領域を含み、野生型と比較して抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）の媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介において約１．５倍から約１００倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介において約２倍から約５０倍より有効である。
本明細書に記載される一態様では、少なくとも３つのアミノ酸置換を有する変異体Ｆｃ領域を含み、野生型と比較して炎症性免疫応答の阻害の媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約２倍より有効である。一部の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約１０倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約５０倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約１００倍より有効である。
本明細書では、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及び／又はＦｃγＲＩＩＩａへの計算された結合親和性に基づいてインシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定するための方法も提供される。特定の実施形態では、インシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定する方法は、前記Ｆｃ変異体ポリペプチドの静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合及びエントロピー効果をインシリコでさらに計算する。特定の実施形態では、インシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定する方法は、同定されたＦｃ変異体ポリペプチドを構築し、哺乳動物細胞において抗体のコンテクストで前記ポリペプチドを発現させることをさらに含む。
本発明の他の態様及び特徴は、本発明の具体的な実施形態の以下の記載を検討することにより、当分野の技術者に明らかになる。
参照による組込み
この明細書で指摘される全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個々の刊行物、特許又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的及び個々に示されるのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の特徴は、添付の請求項で詳細に示される。本発明の特徴及び利点のより深い理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明及び付随図への参照によって得られる。
Ａ３２７Ｈ及びＳ２３９Ｅ突然変異の効果を示す図である。結合境界面の部分は、抗体Ｆｃの鎖Ｂ（緑色）と様々なＦｃγ受容体（小麦色）の間に示される。野生型ＦｃからＦｃγＲＩＩＩａへの構造を上に示し、各受容体についてのＦｃ変異体によって誘発された構造及び動態力学の変化を下に示す。突然変異される側鎖位置は濃緑色で示し、残基標識は赤色である。破線は静電的相互作用を表し、距離をオングストローム（Å）で示す。ＦｃγＲＩＩａの場合、Ｈｉｓ１３４の２つの提示される立体構造は最大許容配座移動であり、明確性のために中間の配座異性体は省略される。
Ｓ２３９Ｅ突然変異の効果を示す図である。結合境界面の部分は、抗体Ｆｃの鎖Ａ（緑色）と受容体（小麦色）ＦｃγＲＩＩＩａ（左）並びにＦｃｇＲＩＩａ及びＩＩｂ（右）の間に示される。突然変異される側鎖位置は濃緑色で示し、残基標識は赤色である。破線は静電的相互作用を表し、距離をオングストローム（Å）で示す。ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂの両方は保存されたＴｙｒ１６０及びＴｈｒ１６１残基を含み、明確性のために一緒に示す。
Ｓ２９８Ａ突然変異の効果を示す図である。結合境界面の部分は、抗体Ｆｃの鎖Ｂ（緑色）と様々なＦｃγ受容体（小麦色）の間に示される。野生型（Ｗｉｌｄ−Ｔｙｐｅ）Ｆｃは左に示し、変異体（Ｖａｒｉａｎｔ）Ｆｃは右に示す。ＦｃγＲＩＩａ及びＩＩｂ受容体との相互作用は上に示し、ＦｃγＲＩＩＩａは下に示す。Ｓ２９８Ａ突然変異は赤色で表示し、破線は静電的相互作用を表し、分子間距離をオングストローム（Å）で示す。ＦｃγＲＩＩＩａ系の場合、Ｌｙｓ１２８及びＡｓｎ１２６の提示される立体構造は最大許容配座移動であり、明確性のために中間の配座異性体は省略される。
３つのＦｃγ受容体へのインビトロ結合プロファイルを示す図である。Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ変異体（左）及びＳ２３９Ｅ対照（右）のインビトロ結合（緑色）は、結合を野生型Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ抗体（青色）と比較してモル［Ｍ］で表す会合定数（ＫＡ）として報告する表面プラズモン共鳴を用いて測定した。
本明細書で開示される実施形態は、Ｆｃ領域に少なくとも３つの置換を含むポリペプチド、融合タンパク質及び抗体に向けられ、そこにおいて、ポリペプチドは、前記少なくとも３つの置換を欠くポリペプチドと比較してより高い特異性で標的ＦｃγＲ受容体に結合する。これらのポリペプチド及び抗体は、Ｆｃ領域との各ＦｃγＲの結合の理論的分析、及び以降の標的Ｆｃ受容体に対する強化された選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数のアミノ酸置換の設計によって設計される。したがって、本明細書で提供されるポリペプチド及びタンパク質は、野生型Ｆｃ領域と比較してＦｃ領域に複数の変異を含み、前記変異は考慮中のＦｃγＲへの特異性を向上させるように、及び各置換位置の最も好ましいアミノ酸の選択によって最適化されるエンタルピー及びエントロピーの因子に基づいて最大限エネルギー的に好ましい結合を得るために仕立てられる。
一実施形態は、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドを提供し、前記変異体Ｆｃ領域は、野生型Ｆｃ領域と比較して３つ以上のアミノ酸改変を含み、野生型Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し；３つ以上の改変のうちの少なくとも２つは、少なくとも２つの位置での単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってＦｃγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。
別の実施形態は、前記少なくとも３つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のＦｃγ受容体への強化された結合自由エネルギーを生じるが、第二のＦｃγ受容体への結合親和性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をアミノ酸改変がもたらすポリペプチドを提供する。特定の実施形態では、第一のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩＩａ受容体であり、第二のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂである。
別の実施形態は、アミノ酸改変が、好ましいＦｃγＲＩＩＩａ特異的静電相互作用、並びにＦｃγＲＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂ受容体への立体的反発を引き起こすポリペプチドを提供する。
別の実施形態は、アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。
別の実施形態は、アミノ酸置換が野生型Ｆｃと比較してＦｃγＲＩＩＩａとの結合境界面及びタンパク質間相互作用を保存し、ＦｃγＲＩＩａ受容体へのポリペプチドの結合の破壊をもたらすポリペプチドを提供する。
引用されるか下又は上で繰り返されるあらゆる特許、出願又は他の参考文献は、全ての目的のためにだけでなく詳述される提案のために参照により完全に組み込まれる。
以下の定義は、本明細書で提供される組成物及び方法を理解するために用いることができるが、科学的同等物を包含するものとする。
本明細書及び請求項全体にわたって、参照により本明細書で明示的に組み込まれるＫａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．（１９９１）におけるように、免疫グロブリン重鎖中の残基のナンバリングはＥＵインデックスのそれである。「ＫａｂａｔにおけるＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。
「親ポリペプチド」は、本明細書で開示されるＦｃ領域改変の１つ又は複数を欠き、本明細書で開示されるポリペプチド変異体と比較してエフェクター機能が異なるアミノ酸配列を含むポリペプチドである。親ポリペプチドは、天然配列のＦｃ領域又は既存のアミノ酸配列改変（付加、欠失及び／又は置換など）を有するＦｃ領域を含むことができる。
本明細書で用いるように、「相乗的」は、複数のアミノ酸置換で設計されるＦｃタンパク質のＦｃγＲ結合が、個々の置換で観察されるそれらの相加的結合より強いことを意味する。
用語「Ｆｃ領域」は、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために用いられる。「Ｆｃ領域」は、天然配列のＦｃ領域又は変異体Ｆｃ領域であってよい。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は異なることもあるが、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、通常Ｃｙｓ２２６位置のアミノ酸残基から、又はＰｒｏ２３０からそのカルボキシル末端に及ぶと定義される。免疫グロブリンのＦｃ領域は、２つの定常ドメイン、ＣＨ２及びＣＨ３を一般に含む。
ヒトＩｇＧのＦｃ領域の「ＣＨ２ドメイン」（「Ｃγ２」ドメインとも呼ばれる）は、通常、約２３１位のアミノ酸から約３４０位のアミノ酸に及ぶ。ＣＨ２ドメインは、別のドメインと緊密に対合しない点で特異である。むしろ、２つのＮ連結分枝状炭水化物鎖が、そのままの天然のＩｇＧ分子の２つのＣＨ２ドメインの間に挿入される。この炭水化物は、ドメイン間対合の代わりを提供し、ＣＨ２ドメインを安定させるのを助けることができると推測されている。Ｂｕｒｔｏｎ、Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２：１６１〜２０６（１９８５）。
「ＣＨ３ドメイン」は、Ｆｃ領域の残基Ｃ末端からＣＨ２ドメインまでの範囲（すなわちＩｇＧの約３４１位のアミノ酸残基から約４４７位のアミノ酸残基まで）を含む。
「機能的Ｆｃ領域」は、天然配列のＦｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」には、Ｃ１ｑ結合；補体依存性細胞傷害；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えばＢ細胞受容体；ＢＣＲ）の下方制御などが含まれる。そのようなエフェクター機能は、結合ドメイン（例えば抗体可変ドメイン）と結合するのにＦｃ領域を一般に必要とし、例えば本明細書で開示されるような様々なアッセイを用いて評価することができる。
「天然配列のＦｃ領域」は、自然界で見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同じアミノ酸配列を含む。天然配列のヒトＦｃ領域には、天然配列のヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域（非Ａ及びＡアロタイプ）；天然配列のヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域；天然配列のヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域；及び天然配列のヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、並びに天然に存在するその変異体が含まれる。
「変異体Ｆｃ領域」は、本明細書で規定される少なくとも１つの「アミノ酸改変」によって天然配列のＦｃ領域のそれと異なるアミノ酸配列を含む。変異体Ｆｃ領域は、天然配列のＦｃ領域又は親ポリペプチドのＦｃ領域と比較して少なくとも１つのアミノ酸置換、例えば、天然配列のＦｃ領域又は親ポリペプチドのＦｃ領域に約１から約１０個のアミノ酸置換、好ましくは約１から約５個のアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、本明細書の変異体Ｆｃ領域は、天然配列のＦｃ領域及び／又は親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約８０％の相同性、最も好ましくはそれと少なくとも約９０％の相同性、より好ましくはそれと少なくとも約９５％の相同性を有する。
「相同性」は、最大相同性百分率を達成するために、必要に応じて配列を整列させ、ギャップを導入した後に同一である、アミノ酸配列変異体中の残基の百分率と定義される。整列のための方法及びコンピュータープログラムは、当技術分野で周知である。１つのそのようなコンピュータープログラムはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって書かれた「Ａｌｉｇｎ２」であり、それは１９９１年１２月１０日にＵｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｏｆｆｉｃｅ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、Ｄ．Ｃ．２０５５９の利用者文書に登録された。
用語「Ｆｃ領域を含むポリペプチド」は、Ｆｃ領域を含む、抗体又はイムノアドヘシン（下の定義を参照）などのポリペプチドを指す。
用語「Ｆｃ受容体」又は「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体を記載するために用いられる。好ましいＦｃＲは、天然配列のヒトＦｃＲである。さらに、特定の実施形態では、ＦｃＲはＩｇＧ抗体に結合するもの（ガンマ受容体）であり、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体があり、対立遺伝子変異体或いはこれらの受容体の接合形も含まれる。ＦｃγＲＩＩ受容体にはＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「抑制性受容体」）が含まれ、それらはその細胞質ドメインが主に異なる類似したアミノ酸配列を有する。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメインに免疫受容体のチロシンベースの活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含む。抑制性受容体ＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに免疫受容体のチロシンベースの抑制モチーフ（ＩＴＩＭ）を含む。（Ｄａｅｒｏｎ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３〜２３４（１９９７）のレビューＭを参照）。ＦｃＲは、Ｒａｖｅｔｃｈ及びＫｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７〜９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌら、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５〜３４（１９９４）；及びｄｅ Ｈａａｓら、Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉ．Ｍｅｄ．１２６：３３０〜４１（１９９５）でレビューされている。将来同定されるものを含む他のＦｃＲは、本明細書で用語「ＦｃＲ」に包含される。本用語は、新生児受容体ＦｃＲｎも含み、それは胎児への母体のＩｇＧの移動を担う（Ｇｕｙｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））。
「抗体依存性細胞媒介細胞傷害」及び「ＡＤＣＣ」は、ＦｃＲを発現する非特異性の細胞傷害性細胞（例えばナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球及びマクロファージ）が標的細胞上の結合抗体を認識し、その後標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応を指す。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩだけを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞のＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ及びＫｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７〜９２（１９９１）の４６４ページの表３で要約されている。
「ヒトエフェクター細胞」は、１つ又は複数のＦｃＲを発現してエフェクター機能を発揮する白血球である。好ましくは、この細胞は少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現してＡＤＣＣエフェクター機能を発揮する。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞及び好中球が含まれ、ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が好ましい。エフェクター細胞は、その天然の供給源から、例えば本明細書に記載される血液又はＰＢＭＣから単離することができる。
「変更された」ＦｃＲ結合親和性又はＡＤＣＣ活性を有するポリペプチドとは、親ポリペプチド又は天然配列のＦｃ領域を含むポリペプチドと比較して、強化又は低減されたＦｃＲ結合活性及び／又はＡＤＣＣ活性を有するものである。ＦｃＲに対して「増強された結合を示す」ポリペプチドは、親ポリペプチドより優れた親和性で少なくとも１つのＦｃＲに結合する。ＦｃＲに対して「低減された結合を示す」ポリペプチドは、親ポリペプチドより劣る親和性で少なくとも１つのＦｃＲに結合する。ＦｃＲへの低減された結合を示すそのような変異体は、ＦｃＲに対してほとんど又は評価できるほどの結合を有さず、例えば本明細書の例で測定されるように、天然配列ＩｇＧのＦｃ領域と比較するとＦｃＲに対して例えば０〜２０％の結合である。
親ポリペプチドより「優れた親和性」でＦｃＲに結合するポリペプチドとは、結合アッセイでポリペプチド及び親ポリペプチドの量が事実上同じである場合に親抗体より実質的に優れた結合親和性で上記の特定されたＦｃＲのいずれか１つ又は複数に結合するものである。例えば、向上したＦｃＲ結合親和性を有するポリペプチドは、親ポリペプチドと比較して、ＦｃＲ結合親和性の約１．１５倍から約１００倍、例えば約１．２倍から約５０倍の向上を示すことができ、そこにおいて、ＦｃＲ結合親和性は、例えば本明細書の例で開示される通りに測定される。
親抗体より「ヒトエフェクター細胞の存在下で抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）をより効果的に媒介する」ポリペプチドとは、アッセイで用いられるポリペプチド変異体及び親抗体の量が事実上同じである場合に、インビトロ又はインビボにおいてＡＤＣＣの媒介に実質的により有効なものである。一般に、そのようなポリペプチドは、本明細書で開示されるインビトロのＡＤＣＣアッセイを用いて同定されるが、例えば動物モデルなどでのＡＤＣＣ活性を測定するための他のアッセイ又は方法が企図される。好ましいポリペプチドは、例えば本明細書で開示されるインビトロアッセイで、親より約１．５倍から約１００倍、例えば約２倍から約５０倍ＡＤＣＣの媒介に有効である。
「アミノ酸改変」は、所定のアミノ酸配列のアミノ酸配列での変化を指す。例示的な改変には、アミノ酸の置換、挿入及び／又は欠失が含まれる。特定の実施形態では、本明細書でアミノ酸改変は置換である。
例えばＦｃ領域の特定の位置での「アミノ酸改変」は、特定の残基の置換若しくは欠失、又は特定の残基に隣接する少なくとも１つのアミノ酸残基の挿入を指す。特定の残基に「隣接する」挿入は、その１残基から２残基以内の挿入を意味する。特定の実施形態では、挿入は特定の残基のＮ末端側又はＣ末端側である。
「アミノ酸置換」は、別の異なる「置換」アミノ酸残基による所定のアミノ酸配列内の少なくとも１つの既存のアミノ酸残基の置換を指す。置換残基（単数又は複数）は、「天然に存在するアミノ酸残基」（すなわち遺伝子コードによってコードされる）であってよく、以下からなる群から選択することができる：アラニン（Ａｌａ）；アルギニン（Ａｒｇ）；アスパラギン（Ａｓｎ）；アスパラギン酸（Ａｓｐ）；システイン（Ｃｙｓ）；グルタミン（Ｇｌｎ）；グルタミン酸（Ｇｌｕ）；グリシン（Ｇｌｙ）；ヒスチジン（Ｈｉｓ）；イソロイシン（Ｉｌｅ）：ロイシン（Ｌｅｕ）；リシン（Ｌｙｓ）；メチオニン（Ｍｅｔ）；フェニルアラニン（Ｐｈｅ）；プロリン（Ｐｒｏ）；セリン（Ｓｅｒ）；トレオニン（Ｔｈｒ）；トリプトファン（Ｔｒｐ）；チロシン（Ｔｙｒ）；及びバリン（Ｖａｌ）。好ましくは、置換残基はシステインでない。１つ又は複数の天然に存在しないアミノ酸残基による置換も、本明細書のアミノ酸置換の定義に包含される。「天然に存在しないアミノ酸残基」は、ポリペプチド鎖中の隣接するアミノ酸残基（単数又は複数）と共有結合することができる、上記の天然に存在するアミノ酸残基以外の残基を指す。天然に存在しないアミノ酸残基の例には、ノルロイシン、オルニチン、ノルバリン、ホモセリン、及びＥｌｌｍａｎら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．２０２：３０１〜３３６（１９９１）に記載されるものなどの他のアミノ酸残基類似体が含まれる。そのような天然に存在しないアミノ酸残基を生成するために、Ｎｏｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１８２（１９８９）及び上記のＥｌｌｍａｎらの手法を用いることができる。簡潔には、これらの手法は、天然に存在しないアミノ酸残基でサプレッサーｔＲＮＡを化学的に活性化することと、続くＲＮＡのインビトロ転写及び翻訳が含まれる。
「アミノ酸挿入」は、所定のアミノ酸配列への少なくとも１つのアミノ酸の組込みを指す。特定の実施形態では、挿入は１つ又は２つのアミノ酸残基の挿入からなる。特定の他の実施形態では、より大きな「ペプチド挿入」、例えば約３〜約５個の挿入、又は最高約１０個のアミノ酸残基の挿入さえ含まれる。これらの実施形態では、上で開示されるように、挿入される残基（単数又は複数）は天然に存在するか、天然に存在しない。
「アミノ酸欠失」は、所定のアミノ酸配列からの少なくとも１つのアミノ酸残基の除去を指す。
「ヒンジ領域」は、ヒトＩｇＧ１のＧｌｕ２１６からＰｒｏ２３０に及ぶと一般に定義される（Ｂｕｒｔｏｎ、Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２：１６１〜２０６（１９８５））。他のＩｇＧアイソタイプのヒンジ領域は、同じ位置に重鎖間Ｓ−Ｓ結合を形成する最初及び最後のシステイン残基を置くことによって、ＩｇＧ１配列と整列させることができる。
Ｆｃ領域の「より低いヒンジ領域」は、通常、ヒンジ領域のすぐＣ末端側のひと続きの残基、すなわちＦｃ領域の残基２３３から２３９と定義される。本開示の前には、ＦｃγＲ結合は、ＩｇＧのＦｃ領域のより低いヒンジ領域のアミノ酸残基に一般に帰された。
「Ｃ１ｑ」は、免疫グロブリンのＦｃ領域のための結合部位を含むポリペプチドである。Ｃ１ｑは、２つのセリンプロテアーゼＣ１ｒ及びＣ１ｓと一緒に、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）経路の最初の成分、複合体Ｃ１を形成する。ヒトＣ１ｑは、例えばＱｕｉｄｅｌ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．から市販品を購入することができる。
用語「結合ドメイン」は、別の分子に結合するポリペプチドの領域を指す。ＦｃＲの場合、結合ドメインは、Ｆｃ領域との結合を担うそのポリペプチド鎖の一部（例えばそのα鎖）を含むことができる。１つの有用な結合ドメインは、ＦｃＲのα鎖の細胞外ドメインである。
用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、具体的にはモノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、及び、それらが所望の生物的活性を示す限り抗体断片を包含する。
本明細書で定義されるように、「抗体断片」は手つかずの抗体の一部を含み、手つかずの抗体の抗原結合性若しくは可変領域、又はＦｃＲ結合能力を保持する抗体のＦｃ領域が一般に含まれる。抗体断片の例には、線状抗体；単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多重特異的抗体が含まれる。特定の実施形態では、抗体断片はヒンジの少なくとも一部、及び任意選択でＩｇＧ重鎖のＣＨ１領域を保持する。一部の実施形態では、抗体断片はＩｇＧ重鎖の定常領域全体を保持し、ＩｇＧ軽鎖を含む。
本明細書で用いる用語「モノクローナル抗体」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量存在するかもしれない可能な天然に存在する突然変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、単一の抗原部位に向けられる。さらに、異なる決定因子（エピトープ）に向けられる異なる抗体を一般的に含む、従来の（ポリクローナル）抗体調製物と対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子に向けられる。修飾子「モノクローナル」は、抗体が抗体の実質的に均一な集団から得られる特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の生成を必要とすると解釈されるべきでない。特定の実施形態では、本開示に従って用いられるモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５（１９７５）によって最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されるか、組換えＤＮＡ方法によって作製することができる（米国特許第４，８１６，５６７号を参照）。一部の実施形態では、「モノクローナル抗体」は、例えばＣｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４〜６２８（１９９１）及びＭａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１〜５９７（１９９１）に記載される技術を用いて、ファージ抗体ライブラリーから単離される。
本明細書のモノクローナル抗体には、具体的には、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の種に由来するか特定の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応配列と同一であるか相同的であり、鎖（単数又は複数）の残りは別の種に由来するか別の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応配列と同一であるか相同的である「キメラ」抗体（免疫グロブリン）、並びに所望の生物的活性を示す限りそのような抗体の断片が含まれる（米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：６８５１〜６８５５（１９８４））。
ヒト以外の（例えば、マウスの）抗体の「ヒト化」形は、ヒト以外の免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含むキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域からの残基が、所望の特異性、親和性及び能力を有する、マウス、ラット、ウサギ又はヒト以外の霊長類などのヒト以外の種（ドナー抗体）の超可変領域からの残基によって置換されるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）の残基は、対応するヒト以外の残基で置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体又はドナー抗体で見出されない残基を含むことができる。これらの改変は、抗体性能をさらに洗練するために加えられる。一般に、ヒト化抗体は、超可変ループの全部又は実質的に全部がヒト以外の免疫グロブリンのそれらに対応し、ＦＲ領域の全部又は実質的に全部がヒト免疫グロブリン配列のそれらである、少なくとも１つ、一般的に２つの可変ドメインの実質的に全部を含む。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、一般的にヒト免疫グロブリンのそれの少なくとも一部を任意選択でさらに含む。詳しくは、Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３〜３２９（１９８８）；及びＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３〜５９６（１９９２）を参照。
本明細書で用いるとき、用語「超可変領域」は、抗原結合を担う抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は、「相補性決定領域」若しくは「ＣＤＲ」からのアミノ酸残基（すなわち、軽鎖可変ドメインの残基２４〜３４（Ｌ１）、５０〜５６（Ｌ２）及び８９〜９７（Ｌ３）、並びに重鎖可変ドメインの残基３１〜３５（Ｈ１）、５０〜６５（Ｈ２）及び９５〜１０２（Ｈ３）；Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．（１９９１））及び／又は「超可変ループ」からの残基（すなわち、軽鎖可変ドメインの残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）及び９１〜９６（Ｌ３）、並びに重鎖可変ドメインの残基２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）及び９６〜１０１（Ｈ３）；Ｃｈｏｔｈｉａ及びＬｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１〜９１７（１９８７））を含む。「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基は、本明細書で定義される超可変領域の残基以外の可変ドメインの残基である。
本明細書で用いるように、用語「イムノアドヘシン」は、異種「アドヘシン」タンパク質の「結合ドメイン」（例えば受容体、リガンド又は酵素）と免疫グロブリンの定常ドメインとを組み合わせる抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは、抗体の抗原認識及び結合部位（抗原結合部位）以外である（すなわち、「異種」である）所望の結合特異性を有するアドヘシンアミノ酸配列と、免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合体を含む。
本明細書で用いる用語「リガンド結合ドメイン」は、任意の天然の細胞表面受容体、又は対応する天然の受容体の定性的リガンド結合能力を少なくとも保持する、任意のその領域若しくは誘導体を指す。具体的な実施形態では、受容体は、免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーと同種である細胞外ドメインを有する細胞表面ポリペプチドに由来する。免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーでないが、それにもかかわらずこの定義によって特別に包含される他の受容体は、サイトカインの受容体、特にチロシンキナーゼ活性を有する受容体（受容体チロシンキナーゼ）、ヘマトポイエチン及び神経成長因子受容体スーパーファミリーのメンバー、並びに細胞接着分子、例えば（Ｅ−、Ｌ−及びｐ−）セレクチンである。
用語「受容体結合ドメイン」は、細胞接着分子を含む受容体の任意の天然リガンド、又は対応する天然リガンドの定性的受容体結合能力を少なくとも保持するそのような天然リガンドの任意の領域若しくは誘導体を指すために用いられる。この定義には、具体的には、中でも、前述の受容体のためのリガンドに由来する結合性配列が含まれる。
「抗体−イムノアドヘシンキメラ」は、抗体の少なくとも１つの結合ドメイン（本明細書で定義される）と少なくとも１つのイムノアドヘシン（本出願で定義される）とを組み合わせる分子を含む。例示的な抗体−イムノアドヘシンキメラは、Ｂｅｒｇら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８８：４７２３〜４７２７（１９９１）及びＣｈａｍｏｗら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５３：４２６８（１９９４）に記載される二重特異的ＣＤ４−ＩｇＧキメラである。
「単離された」ポリペプチドは、その天然の環境の成分から同定、分離及び／又は回収されたものである。その天然の環境の混入成分は、ポリペプチドの診断的又は治療的用途を妨害するような物質であり、酵素、ホルモン及び他のタンパク性又は非タンパク性溶質を含めることができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、（１）ローリー法で測定して９５重量％を超えるポリペプチドまで、最も好ましくは９９重量％を超えるポリペプチドまで、（２）回転カップシークエネーターを用いてＮ末端若しくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度まで、又は（３）クマシーブルー、若しくは好ましくは銀染色を用いて還元条件か非還元条件下のＳＤＳ−ＰＡＧＥによって均一性まで精製される。ポリペプチドの天然の環境の少なくとも１つの成分が存在しないので、単離ポリペプチドには、組換え細胞中のｉｎ ｓｉｔｕポリペプチドが含まれる。しかし、通常は、単離ポリペプチドは、少なくとも１つの精製段階によって調製される。
「処置」は、治療的処置及び予防的又は防止的手段の両方を指す。処置を必要とする者には、障害を既に有する者だけでなく、障害を阻止すべき者が含まれる。
「障害」は、ポリペプチド変異体による処置が有益である任意の状態である。これには、哺乳動物が問題の障害を起こしやすくする病的状態を含む、慢性及び急性の障害又は疾患が含まれる。一実施形態では、障害は癌である。
本明細書で用いるとき、単語「標識」は、ポリペプチドと直接的又は間接的にコンジュゲートされる検出可能な化合物又は組成物を指す。特定の実施形態では、標識はそれ自体検出可能である（例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識）。一部の他の実施形態では、標識は、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変更を触媒する。例示的な実施形態は、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変更を触媒する酵素標識を含む。
「単離」核酸分子は、ポリペプチド核酸の天然の供給源中でそれが通常関連している少なくとも１つの混在核酸分子から同定及び分離される核酸分子である。単離核酸分子は、それが自然界で見出される形又は状況以外にある。したがって、単離核酸分子は、天然の細胞中に存在するような核酸分子と区別される。しかし、単離核酸分子には、例えば核酸分子が天然の細胞のそれと異なる染色体上の位置にある、そのポリペプチドを通常発現する細胞に含まれる核酸分子が含まれる。
表現「制御配列」は、特定の宿主生物体での作動可能に連結されたコード配列の発現のために必要なＤＮＡ配列を指す。原核生物に好適な制御配列には、例えば、プロモーター、任意選択でオペレーター配列、及びリボソーム結合部位が含まれる。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。
別の核酸配列と機能的関係に置かれるとき、核酸は「作動可能に連結される」。例えば、前駆配列又は分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に関与するタンパク質前駆体として発現される場合、そのポリペプチドのＤＮＡへ作動可能に連結され；プロモーター又はエンハンサーは、その配列の転写に影響を及ぼす場合、コード配列へ作動可能に連結され；或いは、リボソーム結合部位は、翻訳を促進するように置かれる場合、コード配列へ作動可能に連結される。一般に、「作動可能に連結される」は、連結されるＤＮＡ配列が連続していること、及び分泌リーダーの場合には、連続し、且つ読取相にあることを意味する。しかし、エンハンサーは連続している必要はない。結合は、都合のよい制限部位でのライゲーションによって達成される。そのような部位が存在しない場合には、合成オリゴヌクレオチドアダプター又はリンカーが従来の慣行に従って利用される。
本明細書で用いるように、表現「細胞」、「細胞系」及び「細胞培養物」は互換的に用いられ、全てのそのような呼称は後代を含む。したがって、単語「形質転換体」及び「形質転換細胞」には、一次対象細胞及び継代数に関係なくそれに由来する培養物が含まれる。故意又は偶発の突然変異のために、全ての後代のＤＮＡ内容が正確に同一でなくてもよいことがさらに理解される。当初形質転換された細胞でスクリーニングされたのと同じ機能又は生物的活性を有する突然変異体後代が含まれる。異なる呼称が意図される場合、それは文脈から明らかになる。
本明細書で用いられるとき、用語「分子複合体」は、２つ以上の異種分子（例えばポリペプチド）が互いに結合する（好ましくは非共有結合的に）ときに形成される、比較的安定した構造を指す。本明細書で好ましい分子複合体は、免疫複合体である。
「免疫複合体」は、少なくとも１つの標的分子及び少なくとも１つの異種Ｆｃ領域含有ポリペプチドが互いに結合してより大きな分子量の複合体を形成するときに形成される、比較的安定した構造を指す。免疫複合体の例は、抗原抗体凝集体及び標的分子−イムノアドヘシン凝集体である。本明細書で用いられる用語「免疫複合体」は、特に明記しない限り、生体外の複合体を指す（すなわち、自然界で見出すことができる形又は状況以外）。しかし、免疫複合体は、例えば哺乳動物で免疫複合体のクリアランスを評価するために、哺乳動物に投与されてもよい。
用語「標的分子」は、異種分子が結合することが可能であり、異種分子のために１つ又は複数の結合部位を有する分子、通常ポリペプチドを指す。用語「結合部位」は、別の分子が結合することができる分子の領域を指す。本明細書で「第一の標的分子」は、少なくとも２つの分析物分子が第一の標的分子に結合することができるように、分析物（例えばＦｃ領域含有ポリペプチド）のために少なくとも２つの異なる結合部位（例えば、２つから５つの別々の結合部位）を含む。好ましい実施形態では、２つ以上の結合部位は同一である（例えば、同じアミノ酸配列を有し、そこにおいて、標的分子はポリペプチドである）。「分析物」は、分析される物質である。好ましい分析物は、Ｆｃ受容体に結合するその能力について分析されるＦｃ領域含有ポリペプチドである。
「受容体」は、少なくとも１つのリガンドに結合することが可能なポリペプチドである。好ましい受容体は、細胞外リガンド結合ドメイン、及び任意選択で他のドメイン（例えば膜貫通ドメイン、細胞内ドメイン及び／又は膜アンカー）を有する細胞表面受容体である。本明細書に記載されるアッセイで評価される受容体は、手つかずの受容体又はその断片若しくは誘導体（例えば１つ又は複数の異種ポリペプチドと融合している受容体の結合ドメインを含む融合タンパク質）であってよい。さらに、結合特性について評価される受容体は、細胞中に存在するか単離されてもよく、任意選択でアッセイプレート又は他の固相の上にコーティングされてもよい。
熟語「低親和性受容体」は、対象のリガンドに弱い結合親和性、例えば約５０ｎＭの結合定数又はより悪い親和性を有する受容体を表す。例示的な低親和性受容体には、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩが含まれる。
本明細書で用いられる「エフェクター機能」は、Ｆｃ受容体又はリガンドとの抗体Ｆｃ領域の相互作用から生じる生化学事象を意味する。エフェクター機能には、ＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ及びＣＤＣが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いられる「エフェクター細胞」は、１つ又は複数のＦｃ受容体を発現して、１つ又は複数のエフェクター機能を媒介する免疫系の細胞を意味する。エフェクター細胞には、それらに限定されないが、単球、マクロファージ、好中球、樹枝状細胞、好酸球、肥満細胞、血小板、Ｂ細胞、大型顆粒リンパ球、ランゲルハンス細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、及びγＴ細胞が含まれ、それらに限定されないがヒト、マウス、ラット、ウサギ及びサルを含む任意の生物体に由来することができる。本明細書で「ライブラリー」は、それらに限定されないが、核酸若しくはアミノ酸配列の一覧、様々な位置の核酸若しくはアミノ酸置換の一覧、ライブラリー配列をコードする核酸を含む物理的ライブラリー、又は精製された形若しくは精製されていない形のいずれかのＦｃタンパク質（単数又は複数）を含む物理的ライブラリーを含む、任意の形の一組のＦｃタンパク質を意味する。
本明細書で用いられる「Ｆｃ融合」は、１つ又は複数のポリペプチドがＦｃ領域又はその誘導体に作動可能に連結されるタンパク質を意味する。本明細書でＦｃ融合は、先行技術で用いられるように、用語「イムノアドヘシン」、「Ｉｇ融合」、「Ｉｇキメラ」及び「受容体グロブリン」（時々ダッシュを伴う）と同義とする（Ｃｈａｍｏｗら、１９９６、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １４：５２〜６０；Ａｓｈｋｅｎａｚｉら、１９９７、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：１９５〜２００）。Ｆｃ融合は、免疫グロブリンのＦｃ領域を、一般に任意のタンパク質又は小分子であってよい融合パートナーと一体にする。Ｆｃ融合の非Ｆｃ部分、すなわち融合パートナーの役割は、標的結合を媒介することであり、したがって、それは抗体の可変領域と機能的に類似している。実質的にいかなるタンパク質又は小分子もＦｃと連結させて、Ｆｃ融合を生成することができる。タンパク質の融合パートナーには、受容体の標的結合領域、接着分子、リガンド、酵素、サイトカイン、ケモカイン又は他のいくつかのタンパク質若しくはタンパク質ドメインが含まれてもよいが、これらに限定されない。小分子融合パートナーには、Ｆｃ融合を治療標的に誘導する任意の治療薬を含めることができる。そのような標的は、疾患と関係している任意の分子、好ましくは細胞外の受容体であってよい。承認されているいくつかの小分子薬剤の標的である表面受容体の２つのファミリーは、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）及びＫ＋、Ｎａ＋、Ｃａ＋チャネルを含むイオンチャネルである。現在世界で市販されている全薬剤のほぼ７０％は、ＧＰＣＲを標的にする。したがって、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、例えば１つ又は複数のＧＡＢＡ受容体、プリン受容体、アドレナリン受容体、ヒスタミン受容体、オピオイド受容体、ケモカイン受容体、グルタミン酸受容体、ニコチン受容体、５ＨＴ（セロトニン）受容体及びエストロゲン受容体を標的にする小分子と融合させることができる。融合パートナーは、治療的に有用な標的を標的にするタンパク質の小分子模倣体であってよい。Ｆｃ融合パートナーの役割をすることができる特定の薬剤の具体例は、Ｌ．Ｓ．Ｇｏｏｄｍａｎら編、Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、第９版、１９９６）で見られる。融合パートナーには、既存の薬剤の既知の標的に結合する小分子及びタンパク質だけでなく、薬剤標的としてまだ存在しないオーファン受容体も含まれる。ゲノム及びプロテオームプロジェクトの完了は、創薬の推進力であることが判明し、これらのプロジェクトはオーファン受容体の発堀物を生んだ。これらの新しい分子を薬剤標的として検証して、それらを標的にするタンパク質及び小分子治療法を開発するために、壮大な可能性がある。そのようなタンパク質及び小分子治療法は、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を使用するＦｃ融合パートナーとして企図される。Ｆｃ融合を生成するために融合パートナーにＦｃを共有結合させるために、下で定義及び記載される様々なリンカーを用いることができる。
本明細書で用いられる「Ｆｃリガンド」は、抗体のＦｃ領域に結合してＦｃ−リガンド複合体を形成する任意の生物体からの分子、好ましくはポリペプチドを意味する。Ｆｃリガンドには、それらに限定されないが、ＦｃγＲ、ＦｃγＲ、ＦｃγＲ、ＦｃＲｎ、Ｃ１ｑ、Ｃ３、マンナン結合レクチン、マンノース受容体、ブドウ球菌プロンテインＡ、連鎖球菌プロテインＧ及びウイルスのＦｃγＲが含まれる。Ｆｃリガンドには、ＦｃγＲと同種のＦｃ受容体のファミリーであるＦｃ受容体同族体（ＦｃＲＨ）がさらに含まれる（Ｄａｖｉｓら、２００２、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ １９０：１２３〜１３６）。Ｆｃリガンドには、Ｆｃに結合する未発見分子を含めることができる。
本明細書で用いられる「ＩｇＧ」は、認識される免疫グロブリンガンマ遺伝子によって実質的にコードされる抗体クラスに属するポリペプチドを意味する。ヒトでは、このクラスはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４を含む。マウスでは、このクラスはＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３を含む。本明細書で「免疫グロブリン（Ｉｇ）」は、免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされる１つ又は複数のポリペプチドからなるタンパク質を意味する。免疫グロブリンには抗体が含まれるが、これに限定されない。免疫グロブリンは、それらに限定されないが完全長抗体、抗体断片及び個々の免疫グロブリンドメインを含むいくつかの構造形を有することができる。本明細書で「免疫グロブリン（Ｉｇ）ドメイン」は、タンパク質構造の当業技術者によって確認されるような、異なる構造実体として存在する免疫グロブリンの領域を意味する。Ｉｇドメインは、特徴的な直角位相サンドイッチ折畳みトポロジーを一般に有する。抗体のＩｇＧクラスの既知のＩｇドメインは、ＶＨ、Ｃγ１、Ｃγ２、Ｃγ３、ＶＬ及びＣＬである。
本明細書で用いられる「親ポリペプチド」又は「前駆体ポリペプチド」（Ｆｃ親又は前駆体を含む）は、その後改変されて変異体を生成するポリペプチドを意味する。前記親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、又は天然に存在するポリペプチドの変異体若しくは遺伝子操作版であってよい。親ポリペプチドはポリペプチドそれ自体、親ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ酸配列を指すことができる。したがって、本明細書で用いられる「親Ｆｃポリペプチド」は、改変されて変異体を生成する未改変のＦｃポリペプチドを意味し、本明細書で用いられる「親抗体」は、改変されて変異体抗体を生成する未改変の抗体を意味する。
本明細書で用いられる「残基」は、タンパク質中の位置及びその関連するアミノ酸主体を意味する。例えば、アスパラギン２９７（Ａｓｎ２９７とも呼ばれ、Ｎ２９７とも呼ばれる）は、ヒト抗体ＩｇＧ１中の残基である。
本明細書で用いられる「標的抗原」は、所与の抗体の可変領域が特異的に結合する分子を意味する。標的抗原は、タンパク質、炭水化物、脂質又は他の化合物であってよい。
本明細書で用いられる「標的細胞」は、標的抗原を発現する細胞を意味する。
本明細書で用いられる「可変領域」は、κ、λ及び重鎖免疫グロブリンの遺伝子座をそれぞれ構成するＶκ、Ｖλ及び／又はＶＨ遺伝子のいずれかによって実質的にコードされる１つ又は複数のＩｇドメインを含む免疫グロブリンの領域を意味する。
本明細書で用いられる「変異体ポリペプチド」は、少なくとも１つのアミノ酸改変によって親ポリペプチド配列のそれと異なるポリペプチド配列を意味する。変異体ポリペプチドはポリペプチドそれ自体、ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ配列を指すことができる。好ましくは、変異体ポリペプチドは、親ポリペプチドと比較して少なくとも１つのアミノ酸改変、例えば親と比較して約１つから約１０個のアミノ酸改変、好ましくは約１つから約５つのアミノ酸改変を有する。本明細書で変異体ポリペプチド配列は、好ましくは親ポリペプチド配列と少なくとも約８０％の相同性、最も好ましくは少なくとも約９０％の相同性、より好ましくは少なくとも約９５％の相同性を有する。したがって、本明細書で用いられる「Ｆｃタンパク質」は、少なくとも１つのアミノ酸改変によって親Ｆｃ配列のそれと異なるＦｃ配列を意味する。Ｆｃタンパク質はＦｃ領域を包含することができるだけであるか、又は抗体、Ｆｃ融合、若しくは実質的にＦｃによってコードされる他のポリペプチドのコンテクストで存在することができる。Ｆｃタンパク質はＦｃポリペプチドそれ自体、Ｆｃタンパク質ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ酸配列を指すことができる。例示的な実施形態では、本明細書に記載される変異体タンパク質は、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を含み、このように、Ｆｃタンパク質を有する抗体（及び対応する誘導体）、又はＦｃタンパク質を含むＦｃ融合タンパク質を含むことができる。さらに、場合によっては、Ｆｃは、野生型Ｆｃ又は「親」変異体と比較して変異体である。
用語「抗体依存性細胞媒介細胞傷害」（ＡＤＣＣ）は、特異抗体が結合した標的細胞を免疫系のエフェクター細胞がそれによって活発に溶解する、細胞媒介性免疫の機構を指す。本明細書に記載されるＦｃ領域変異体ポリペプチド及びタンパク質は、野生型Ｆｃ領域抗体と比較してＡＤＣＣをうまく調整する。特定の実施形態では、変異体ポリペプチドは、野生型Ｆｃ領域と比較して低減されたＡＤＣＣをもたらす。特定の他の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃ領域変異体は、対応する野生型Ｆｃ領域と比較してＡＤＣＣの増加をもたらす。
用語幾何学的測定基準は、バイオポリマーの構造単位又は残基（本明細書では互換的に用いられる）、タンパク質の場合アミノ酸の、複数の測定可能な物理的属性を記載する。幾何学的測定基準は、１）それぞれの残基の原子によって規定される二面、水平面若しくは他の測定可能な角度、２）同じ残基の原子間の距離若しくは別の残基の原子までの距離、並びに／又は３）同じ残基の原子と構造中の参照原子若しくは位置の間の距離のいずれかによって規定することができる。
残基集団は、単一の残基について得られた全ての断片又は試料の合計である。特定の実施形態では、集団は、分子動力学シミュレーションで捕捉されるフレーム数、又はモンテカルロ法シミュレーションからとられる試料数に等しい。
残基立体構造は、特定の残基構造に帰される幾何学的測定基準の観察された組合せによって規定される。残基クラスターは、規定の幾何学的測定基準の全て又は一部のクラスタリングに基づいて同じ立体構造を割り当てられた、複数の断片を指す。立体配置的頻度は、同じ残基立体構造を割り当てられたフレーム数を指す。
シミュレーションは、分子動力学又はモンテカルロに基づくサンプリング手法のいずれかによって実施される、立体配置的サンプリングの工程を指す。軌跡は、シミュレーションによって生成される立体配置的フレームを含む。グラフ理論は、数学及びコンピューター科学で用いられる用語を指す（例えば、Ｒｅｉｎｈａｒｄ Ｄｉｅｓｔｅｌ、Ｇｒａｐｈ Ｔｈｅｏｒｙ；第３版、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ ２００５を参照）。
用語クラスター化手段は、データセットから類似したデータポイントのクラスターを特定するために用いることができる、複数の数学的方法並びにそれらを実施するアルゴリズム及びプログラムを指す。
用語動力学交差相関方法は、その構造の別の立体配置状態に関して、分子動力学軌跡での分子構造の原子転位の交差相関マトリックスのグラフ表示を指す。
通常モードの分析は、分子システムの最小局所エネルギーについての特徴的な調和振動及び振動数の試験である。
弾力的な網目構造モデルは、残基対の間の相互作用に近似する調和スプリングの網目構造を含むものとしての、タンパク質構造の表示を指す。
本明細書では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、前記変異体Ｆｃ領域は野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含み、野生型Ｆｃ領域又は１つ若しくは２つのアミノ酸改変だけを含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し；改変のうちの少なくとも２つは、単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってＦｃγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。特定の実施形態では、一方又は両方のアミノ酸改変は、ＥＵインデックスによる２３４位〜３３０位の間に位置する。特定の実施形態では、改変は、ＥＵインデックスによる３１７位及び３５３位での同時置換を含まない。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、ＥＵインデックスによる３３２位での置換を含まない。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ２３６Ａを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｑ／Ｓ２３９Ｅを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｋ３２６を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３６Ｓ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉを含む。
本明細書に記載のポリペプチドの特定の実施形態では、アミノ酸改変は、前記３つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のＦｃγ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、第二のＦｃγ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。これらの実施形態の一部では、第一のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩＩａ受容体であり、第二のＦｃγ受容体はＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂである。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいＦｃγＲＩＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。
本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、アミノ酸改変は、２つのアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、ＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｈを含む。特定の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｈ２６８Ｄ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３６Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５ＳＩ３３２Ｅ、或いはＨ２６８Ｄを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ及びＧ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅの群から選択される改変を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは改変Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含み、そこにおいてポリペプチドは、Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への向上した結合選択性を有する。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも１つを欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩａ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、ＦｃγＲＩＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ、Ａ３２７Ｌ及びＡ３３０Ｉを含む。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいＦｃγＲＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、ＦｃγＲＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ、Ｓ２３９Ｅ及びＨ２６８Ｄを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ／Ａ３３０Ｓを含む。
さらなる態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも１つを欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩｂ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、ＦｃγＲＩＩＩａ又はＦｃγＲＩＩａ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいＦｃγＲＩＩｂ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩａ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、ＦｃγＲＩＩｂ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩａへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２９８Ａ／Ｉ３３２Ｅを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｈ２６８Ｄ、Ｋ３２６Ａ、Ａ３２７Ｈを、或いはＥ２６９Ｌ及びＳ２９８Ａの一方又は両方を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３７Ｆ／Ｖ２６６Ｌ／Ｓ２６７Ｄを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｌ又はＬ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｅ／Ｎ３２５Ｌを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む。
本明細書に記載の特定の態様では、野生型Ｆｃ領域を含むポリペプチドのＦｃγ受容体への結合は、インビトロアッセイによって検出可能である。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて改変の１つは突然変異Ｓ２３９Ｅを含み、前記ポリペプチドはＳ２３９Ｅ突然変異を欠くポリペプチドと比較してＦｃγＲＩＩＩａ受容体への結合においてより高い選択性を有する。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、改変の１つは突然変異Ｓ２３９Ｅを含み、改変の１つは突然変異Ｓ２９８Ａを含み、前記ポリペプチドは、Ｓ２９８Ａ突然変異を欠くポリペプチドと比較してＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂ受容体への低減された結合親和性を有する。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、前記改変は、Ｄ２７０Ｌ／Ｙ３００Ｌ／Ａ３３０Ｋ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｆ、Ｇ２３７Ｆ／Ｖ２６６Ｌ／Ｓ２６７Ｄ、Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｌ、Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｅ／Ｎ３２５Ｌ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ、Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ、Ｇ２３６Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｈ２６８Ｅ／Ｄ２７０Ｅ／Ｓ２６７Ｇ、Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ／Ａ３３０Ｓ、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ２３６Ａ、Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｑ／Ｓ２３９Ｅ、Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｋ３２６及びＧ２３６Ｓ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉから選択される。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも４つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、前記改変は、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈ、Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｈ２６８Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２９８Ａ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ及びＧ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅ、Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ及びＨ２６８Ｄ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈから選択される。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、前記少なくとも３つのアミノ酸改変は、Ｌ２３４Ｑ、Ｌ２３４Ｎ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３６Ｅ、Ｅ２３６Ｌ、Ｅ２３６Ｄ、Ｇ２３７Ｆ、Ｇ２３７Ｎ、Ｓ２３９Ｅ、Ｓ２３９Ｄ、Ｄ２６５Ｅ、Ｄ２６５Ｓ、Ｓ２６７Ｅ、Ｓ２６７Ｄ、Ｓ２６７Ｇ、Ｈ２６８Ｄ、Ｈ２６８Ｅ、Ｅ２６９Ｌ、Ｅ２６９Ｌ、Ｄ２７０Ｎ、Ｄ２７０Ｉ、Ｄ２７０Ｅ、Ｓ２９８Ａ、Ｋ３２６Ａ、Ｋ３２６Ｄ、Ａ３２７Ｈ、Ａ３２７Ｖ、Ａ３２７Ｌ、Ａ３２７Ｔ、Ａ３３０Ｖ、Ａ３３０Ｌ、Ａ３３０Ｗ、Ａ３３０Ｉ、Ａ３３０Ｓ、Ｉ３３２Ｌ、Ｉ３３２Ｄ及びＩ３３２Ｅからなる群から選択される。
一態様では、本明細書で、アミノ酸改変の組合せを含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、前記組合せは、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ；Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２６５Ｅ；Ｓ２３９Ｅ／Ｅ２６９Ｄ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｎ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｖ；Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｉ／Ｓ２３９Ｅ；Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ３２６Ａ；Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３２７Ｔ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ３２６Ａ；Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｔ／Ｋ３２６Ａ；Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３３０Ｗ／Ｉ３３２Ｄ／Ｓ２３９Ｅ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３２７Ｖ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｇ２３７Ｆ；Ｌ２３４Ｎ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ；Ｌ２３４Ｑ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ；Ｌ２３４Ｑ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２９８Ａ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｈ；Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ；Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ａ３２７Ｌ；Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｌ２３５Ａ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２６７Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２３９Ｅ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｇ２３６Ｅ；Ｉ３３２Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｉ３３２Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｅ；Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ；Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ／Ｇ２３７Ｆ；Ｓ２９８Ａ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ／Ｓ２３９Ｅ；Ｓ２９８Ａ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｈ２６８Ｅ／Ｄ２７０Ｅ／Ｓ２６７Ｇ；Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ；Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ；Ａ３３０Ｓ／Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ；Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｓ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ及びＨ２６８Ｅ／Ｄ２７０／Ｅ／Ｓ２６７Ｇからなる群から選択される。
一態様では、本明細書で、野生型Ｆｃ領域と比較して少なくとも３つのアミノ酸改変を含む変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Ｆｃ領域がアミノ酸改変Ｈ２６８Ｄを含む場合、前記変異体は改変Ｓ２６７Ｅを含まない。
本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、親ポリペプチドのＦｃ領域はヒトＩｇＧのＦｃ領域である。これらの実施形態のいくつかでは、ヒトＩｇＧのＦｃ領域は、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域である。
本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体である。
一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸が提供される。特定の実施形態では、前記核酸を含むベクターが提供される。
一態様では、本明細書に記載されるポリペプチド又はタンパク質を生成するための方法が提供され、前記方法は、（ｉ）前記ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現に適する条件下において培地中で培養すること；及び（ｉｉ）前記培地からポリペプチドを回収することを含む。
本明細書に記載の一態様では、本明細書に記載される変異体Ｆｃ領域ポリペプチドを含む、癌標的抗原に特異的に結合する治療抗体が提供される。特定の実施形態では、治療抗体は、アバゴボマブ、アダリムマブ、アレムツズマブ、アウログラブ、バピネオズマブ、バシリキシマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ブリアキヌマブ、カナキヌマブ、カツマキソマブ、セルトリズマブペゴール、セツキシマブ、ダクリズマブ、デノスマブ、エファリズマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゴリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、イピリムマブ、ルミリキシマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、ムロモナブ、ミコグラブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ペルツズマブ、ラニビズマブ、レスリズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、トシリズマブ／アトリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｐｒｏｘｉｎｉｕｍ（商標）、Ｒｅｎｃａｒｅｘ（商標）、ウステキヌマブ、ザルツムマブ及び任意の他の抗体からなる群から選択される。特定の実施形態では、標的抗原は、ＩＬ−２Ｒのａ鎖（ＣＤ２５）、アミロイドベータ、抗ＥｐＣＡＭ×抗ＣＤ３、ＢＬｙＳ（又はＢＡＦＦ）、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ８０、ＣＴＬＡ−４、ＥＧＦＲ、ＥｐＣＡＭ、ＲＳＶのＦタンパク質、Ｇ２５０、糖タンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ Ｒ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ２／ｎｅｕ Ｒ、Ｈｓｐ９０、ＩｇＥ抗体、ＩＬ−１２／ＩＬ−２３、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−５、ＩＬ−６受容体、インテグリンアルファ４／ベータ１、ムチン１６／ＣＡ−１２５、ＲＡＮＫＬ、ＴＮＦアルファ、ＶＥＧＦ−Ａ及び他の治療的に有利な標的からなる群から選択される。
本明細書に記載される一態様では、癌抗原で特徴づけられる癌を有する患者で癌を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む。特定の実施形態では、患者はヒトである。
本明細書に記載される一態様では、免疫抗原で特徴づけられる免疫障害を有する患者で免疫障害を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療的に有効なポリペプチド、抗体又はタンパク質を前記患者に投与することを含む。
一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドの治療的有効量、及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が提供される。
本明細書に記載される一態様では、少なくとも３つのアミノ酸置換を有する変異体Ｆｃ領域を含み、野生型と比較して、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）の媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介において約１．５倍から約１００倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介において約２倍から約５０倍より有効である。
本明細書に記載される一態様では、少なくとも３つのアミノ酸置換を有する変異体Ｆｃ領域を含み、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約２倍より有効である。一部の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約１０倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して。炎症性免疫応答の阻害の媒介において約５０倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約１００倍より有効である。
本明細書では、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及び／又はＦｃγＲＩＩＩａへの計算された結合親和性に基づいてインシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定するための方法も提供される。特定の実施形態では、インシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定する方法は、前記Ｆｃ変異体ポリペプチドの静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合及びエントロピー効果をインシリコでさらに計算する。特定の実施形態では、インシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定する方法は、同定されたＦｃ変異体ポリペプチドを構築し、哺乳動物細胞において抗体の形状で前記ポリペプチドを発現させることをさらに含む。
本明細書に記載されるＦｃポリペプチド及びタンパク質は、様々な特性について最適化することができる。最適化することができる特性には、強化又は低減されるＦｃγＲ親和性が含まれるが、これに限定されない。好ましい実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、ヒトの活性化ＦｃγＲＩ、好ましくはＦｃγＲＩＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｃ、ＦｃγＲＩＩＩａ及びＦｃγＲＩＩＩｂ、最も好ましくはＦｃγＲＩＩＩａへの強化される親和性を有するように最適化される。代替の好ましい実施形態では、Ｆｃタンパク質は、ヒトの抑制性受容体ＦγＲＩＩｂへの低減される親和性を有するように最適化される。これらの好ましい実施形態は、ヒトで強化された治療特性、例えば強化されたエフェクター機能及びより大きな抗癌効力を有する抗体及びＦｃ融合体を提供すると予想される。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、それらに限定されないがＦｃγＲＩＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩｃ、ＦｃγＲＩＩＩａ及びＦｃγＲＩＩＩｂを含むヒトＦｃγＲＩへの低減又は消去される親和性を有するように最適化される。これらの実施形態は、ヒトで強化された治療特性、例えば低減されたエフェクター機能及び低減された毒性を有する抗体及びＦｃ融合体を提供すると予想される。好ましい実施形態は、ヒトＦｃγＲへのＦｃ結合の最適化を含むが、代わりの実施形態では、本発明のＦｃポリペプチド及びタンパク質は、それらに限定されないがマウス、ラット、ウサギ及びサルを含むヒト以外の生物体からのＦｃγＲへの強化又は低減された親和性を有する。ヒト以外のＦｃγＲへの結合のために最適化されるＦｃタンパク質は、実験での用途を見出すことができる。例えば、所与の薬剤候補の効力、毒性及び薬物動態などの特性の試験を可能にするマウスモデルが様々な疾患のために利用できる。当技術分野で公知であるように、ヒト癌を模倣するためにマウスに癌細胞を移植又は注入することができ、これは異種移植と呼ばれる方法である。１つ又は複数のマウスＦｃγＲのために最適化されるＦｃタンパク質を含む抗体又はＦｃ融合体の試験は、抗体又はＦｃ融合体の効力、その作用機構などに関して価値ある情報を提供することができる。特定の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃポリペプチド及びタンパク質は、非グリコシル化型での強化される官能性及び／又は溶液特性のために最適化される。例示的な実施形態では、本明細書に記載される非グリコシル化Ｆｃタンパク質は、親Ｆｃポリペプチドの非グリコシル化型より大きな親和性でＦｃリガンドに結合する。前記Ｆｃリガンドには、それらに限定されないが、ＦｃγＲ、Ｃ１ｑ、ＦｃＲｎ、並びにプロテインＡ及びＧが含まれ、それらに限定されないがヒト、マウス、ラット、ウサギ又はサルを含む任意の供給源、好ましくはヒトに由来することができる。代わりの好ましい実施形態では、Ｆｃタンパク質は、親Ｆｃポリペプチドの非グリコシル化型より安定するように及び／又は可溶性であるように最適化される。前記の最適化された特性のいずれかを示すように操作されるか、示すことが予測されるＦｃタンパク質は、本明細書で「最適化されたＦｃタンパク質」と呼ばれる。
特定の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃポリペプチド及びタンパク質は、それら自体が広範囲の供給源に由来する親Ｆｃポリペプチドに由来する。一部の実施形態では、親Ｆｃポリペプチドは、それらに限定されないが、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、ラクダ、ラマ、ヒトコブラクダ、サルを含む任意の生物体、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒト及びマウスに由来する１つ又は複数のＦｃ遺伝子によって実質的にコードされる。一実施形態では、親Ｆｃポリペプチドは、親抗体と呼ばれる抗体を含む。特定の実施形態では、親抗体は完全にヒトであり、例えばトランスジェニックマウス（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎら、１９９７、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ８：４５５〜４５８）又は選択方法と一緒にヒト抗体ライブラリー（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら、１９９８、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ９：１０２〜１０８）を用いて得られる。親抗体は、天然に存在する必要はない。特定の実施形態では、親抗体は、それらに限定されないがキメラ抗体及びヒト化抗体を含む操作された抗体である（Ｃｌａｒｋ、２０００、Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１：３９７〜４０２）。特定の実施形態では、親抗体は、１つ又は複数の天然の抗体遺伝子によって実質的にコードされる抗体の操作変異体である。一実施形態では、当技術分野で公知であるように、親抗体は親和性成熟している。或いは、抗体は、例えば２００３年３月３日に出願の米国特許出願第１０／３３９，７８８号に記載されるように、他の方法で改変されている。
特定の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、抗体クラスのいずれかに属する免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされる。例示的な実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４を含むＩｇＧクラスの抗体に属する配列を含む抗体又はＦｃ融合体で有用である。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、ＩｇＡ（サブクラスＩｇＡ１及びＩｇＡ２を含む）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ又はＩｇＭクラスの抗体に属する配列を含む抗体又はＦｃ融合体で有用である。一部の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、複数のタンパク質鎖を含む。すなわち、一部の実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチドは、単量体、又はホモオリゴマー若しくはヘテロオリゴマーを含むオリゴマーである抗体又はＦｃ融合体で有用である。
一部の実施形態では、本発明の抗体はヒト配列に基づき、したがって、ヒト配列は「基礎」配列として用いられ、それに対してラット、マウス及びサルの配列などの他の配列が比較される。一次配列又は構造への相同性を確立するために、前駆体又は親Ｆｃポリペプチドのアミノ酸配列が本明細書で概説されるヒトＦｃ配列と直接比較される。当技術分野で公知の相同性整列プログラムの１つ又は複数を用いて（例えば種間で保存された残基を用いて）配列を整列させ、整列を維持するために（すなわち、不定の欠失及び挿入を通しての保存された残基の消去を避けること）必要な挿入及び欠失を可能にした後に、ヒトＦｃの一次配列の特定のアミノ酸に等しい残基が規定される。保存された残基の整列は、好ましくはそのような残基の１００％を保存するべきである。しかし、保存された残基の７５％を超えるかわずか５０％の整列も、等しい残基（「対応する残基」と呼ばれることもある）を規定するのに十分である。三次構造が決定されているＦｃポリペプチドの三次構造のレベルで相同性を判定することによって、等しい残基を規定することもできる。等しい残基は、親又は前駆体の特定のアミノ酸残基の主鎖原子の２つ以上の原子座標（ＮとＮ、ＣＡとＣＡ、ＣとＣ及びＯとＯ）が、整列後に０．１３ｎｍ以内、好ましくは０．１ｎｍであるものと定義される。Ｆｃポリペプチドの非水素タンパク質原子の原子座標の最大重複を与えるように最良のモデルが配向及び配置された後に、整列は達成される。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃポリペプチドは、それらに限定されないが、エフェクター機能又は１つ若しくは複数のＦｃリガンドとの相互作用を変更する改変を含む他のＦｃ改変と組み合わされる。特定の実施形態では、これらの組合せは、抗体又はＦｃ融合体で相加作用、相乗作用又は特性を提供する。一実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、他の公知のＦｃタンパク質と組み合わされる（Ｄｕｎｃａｎら、１９８８、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：５６３〜５６４；Ｌｕｎｄら、１９９１、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １４７：２６５７〜２６６２；Ｌｕｎｄら、１９９２、Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２９：５３〜５９；Ａｌｅｇｒｅら、１９９４、Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ ５７：１５３７〜１５４３；Ｈｕｔｃｈｉｎｓら、１９９５、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９２：１１９８０〜１１９８４；Ｊｅｆｆｅｒｉｓら、１９９５、Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｌｅｆｔ ４４：１１１〜１１７；Ｌｕｎｄら、１９９５、Ｆａｓｅｂ Ｊ９：１１５〜１１９；Ｊｅｆｆｅｒｉｓら、１９９６、Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｌｅｆｔ ５４：１０１〜１０４；Ｌｕｎｄら、１９９６、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １５７：４９６３〜４９６９；Ａｒｍｏｕｒら、１９９９、Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２９：２６１３〜２６２４；Ｉｄｕｓｏｇｉｅら、２０００、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６４：４１７８〜４１８４；Ｒｅｄｄｙら、２０００、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６４：１９２５〜１９３３；Ｘｕら、２０００、Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００：１６〜２６；Ｉｄｕｓｏｇｉｅら、２００１、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６６：２５７１〜２５７５；Ｓｈｉｅｌｄｓら、２００１、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７６：６５９１〜６６０４；Ｊｅｆｆｅｒｉｓら、２００２、Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｌｅｔｔ ８２：５７〜６５；Ｐｒｅｓｔａら、２００２、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｏｃ Ｔｒａｎｓ ３０：４８７〜４９０；Ｈｉｎｔｏｎら、２００４、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７９：６２１３〜６２１６）（米国特許第５，６２４，８２１号；米国特許第５，８８５，５７３号；米国特許第６，１９４，５５１号；ＰＣＴ ＷＯ００／４２０７２；ＰＣＴ ＷＯ９９／５８５７２；ＵＳ２００４／０００２５８７ Ａ１）。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、１つ又は複数の操作されたグリコフォームを含む抗体又はＦｃ融合体に組み込まれる。本明細書で用いられる「操作されたグリコフォーム」は、Ｆｃポリペプチドに共有結合する炭水化物組成物を意味し、前記炭水化物組成物は親Ｆｃポリペプチドのそれと化学的に異なる。操作されたグリコフォームは、それに限定されないがエフェクター機能の強化又は低減を含む様々な目的のために役立つことができる。操作されたグリコフォームは、当技術分野で公知である様々な方法によって生成することができる（Ｕｍａｎａら、１９９９、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １７：１７６〜１８０；Ｄａｖｉｅｓら、２００１、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ ７４：２８８〜２９４；Ｓｈｉｅｌｄｓら、２００２、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７７：２６７３３〜２６７４０；Ｓｈｉｎｋａｗａら、２００３、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：３４６６〜３４７３）；（米国特許第６，６０２，６８４号；米国特許出願第１０／２７７，３７０号；米国特許出願第１０／１１３，９２９号；ＰＣＴ ＷＯ００／６１７３９Ａ１；ＰＣＴ ＷＯ０１／２９２４６Ａ１；ＰＣＴ ＷＯ０２／３１１４０Ａ１；ＰＣＴ ＷＯ０２／３０９５４Ａ１）；（Ｐｏｔｅｌｌｉｇｅｎｔ（登録商標）技術［Ｂｉｏｗａ，Ｉｎｃ．、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、Ｎ．Ｊ．］；ＧｌｙｃｏＭＡｂ（登録商標）グリコシル化操作技術［ＧＬＹＣＡＲＴ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＡＧ、Ｚｕｒｉｃｈ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ］）。これらの技術の多くは、例えば、操作その他された様々な生物体若しくは細胞系（例えばＬｅｃ−１３ＣＨＯ細胞若しくはラットハイブリドーマＹＢ２／０細胞）でＦｃポリペプチドを発現させることによって、グリコシル化経路に関与する酵素（例えばＦＵＴ８［α１，６−フコシル転移酵素］及び／又はβ１−４−Ｎ−アセチルグルコサミン転移酵素ＩＩＩ［ＧｎＴＩＩＩ］）を調節することによって、又はＦｃポリペプチドが発現された後に炭水化物（単数又は複数）を改変することによって、Ｆｃ領域に共有結合する、フコシル化及び／又は二分化オリゴ糖のレベルを制御することに基づく。操作されたグリコフォームは、異なる炭水化物又はオリゴ糖を一般的に指す；したがって、Ｆｃポリペプチド、例えば抗体又はＦｃ融合体は、操作されたグリコフォームを含むことができる。或いは、操作されたグリコフォームは、異なる炭水化物又はオリゴ糖を含むＦｃポリペプチドを指すことができる。したがって、最適化された特性を有する抗体又はＦｃ融合体を生成することを目的として、他のＦｃ改変並びに未発見のＦｃ改変を有する本明細書に記載のＦｃタンパク質の組合せが企図される。
特定の実施形態では、本明細書に記載される変異体Ｆｃタンパク質及びポリペプチドは、抗体で有用である。本明細書で用いられる「本明細書に記載される抗体」は、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を含む抗体を意味する。実際、本発明は、Ｆｃを含む任意のタンパク質で有用であり、したがって、本明細書に記載されるＦｃポリペプチド及びタンパク質の適用は抗体に限定されない。本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、Ｆｃ融合体で有用である。本明細書で用いられる「本明細書に記載されるＦｃ融合体」は、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を含むＦｃ融合体を指す。Ｆｃ融合体は、サイトカイン、可溶性受容体ドメイン、接着分子、リガンド、酵素、ペプチド又は他のタンパク質若しくはタンパク質ドメインに作動可能に連結される本明細書に記載のＦｃタンパク質を含むことができ、それらに限定されないが、米国特許第５，８４３，７２５号；米国特許第６，０１８，０２６号；米国特許第６，２９１，２１２号；米国特許第６，２９１，６４６号；米国特許第６，３００，０９９号；米国特許第６，３２３，３２３号；ＰＣＴ ＷＯ００／２４７８２；及び（Ｃｈａｍｏｗら、１９９６、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １４：５２〜６０；Ａｓｈｋｅｎａｚｉら、１９９７、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：１９５〜２００）に記載されるＦｃ融合体が含まれる。
本明細書に記載されるタンパク質及びポリペプチドは、それらに限定されないが以下の一覧のタンパク質、以下の一覧のタンパク質に属するサブユニット、ドメイン、モチーフ及びエピトープを含む、事実上あらゆる抗原を標的にすることができる：ＣＤ２；ＣＤ３、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ４、ＣＤ１１、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１４、ＣＤ１６、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ２９、ＣＤ３０、ＣＤ３２、ＣＤ３３（ｐ６７タンパク質）、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ５２、ＣＤ５４、ＣＤ５６、ＣＤ８０、ＣＤ１４７、ＧＤ３、ＩＬ−１、ＩＬ−１Ｒ、ＩＬ−２、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−８、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３、インターフェロンα、インターフェロンβ、インターフェロンγ；ＴＮＦα、ＴＮＦβ２、ＴＮＦｃ、ＴＮＦαβ、ＴＮＦ−ＲＩ、ＴＮＦ−ＲＩＩ、ＦａｓＬ、ＣＤ２７Ｌ、ＣＤ３０Ｌ、４−１ＢＢＬ、ＴＲＡＩＬ、ＲＡＮＫＬ、ＴＷＥＡＫ、ＡＰＲＩＬ、ＢＡＦＦ、ＬＩＧＨＴ、ＶＥＧＩ、ＯＸ４０Ｌ、ＴＲＡＩＬ受容体−１、Ａ１アデノシン受容体、リンフォトキシンβ受容体、ＴＡＣＩ、ＢＡＦＦ−Ｒ、ＥＰＯ；ＬＦＡ−３、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−３、ＥｐＣＡＭ、インテグリンβ１、インテグリンβ２、インテグリンα４／β７、インテグリンα２、インテグリンα３、インテグリンα４、インテグリンα５、インテグリンα６、インテグリンαｖ、αＶβ３インテグリン、ＦＧＦＲ−３、ケラチノサイト増殖因子、ＶＬＡ−１、ＶＬＡ−４、Ｌ−セレクチン、抗Ｉｄ、Ｅセレクチン、ＨＬＡ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＴＬＡ−４、Ｔ細胞受容体、Ｂ７−１、Ｂ７−２、ＶＮＲインテグリン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、エオタキシン１、ＢＬｙＳ（Ｂリンパ球刺激因子）、補体Ｃ５、ＩｇＥ、第ＶＩＩ因子、ＣＤ６４、ＣＢＬ、ＮＣＡ９０、ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ−１）、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−２）、Ｈｅｒ３（ＥｒｂＢ−３）、Ｈｅｒ４（ＥｒｂＢ−４）、組織因子、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ、エンドセリン受容体、ＶＬＡ−４、ハプテンＮＰ−ｃａｐ若しくはＮＩＰ−ｃａｐ、Ｔ細胞受容体α／β、Ｅセレクチン、ジゴキシン、胎盤アルカリ性ホスファターゼ（ＰＬＡＰ）及び精巣ＰＬＡＰ様アルカリ性ホスファターゼ、トランスフェリン受容体、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ＣＥＡＣＡＭ５、ＨＭＦＧ ＰＥＭ、ムチンＭＵＣ１、ＭＵＣ１８、ヘパラナーゼＩ、ヒト心筋ミオシン、腫瘍関連糖タンパク質７２（ＴＡＧ−７２）、腫瘍関連抗原ＣＡ１２５、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、高分子量黒色腫関連抗原（ＨＭＷ−ＭＡＡ）、癌関連抗原、Ｇｃｏタンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ（ＧＰＩＩｂ／ＩＩＩａ）、Ｌｅｗｉｓ Ｙ関連炭水化物を発現する腫瘍関連抗原、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）ｇＨエンベロープ糖タンパク質、ＨＩＶ ｇｐ１２０、ＨＣＭＶ、呼吸器合胞体ウイルスＲＳＶ Ｆ、ＲＳＶＦ Ｆｇｐ、ＶＮＲインテグリン、ＩＬ−８、サイトケラチン腫瘍関連抗原、ＨｅｐＢ ｇｐ１２０、ＣＭＶ、ｇｐＩＩｂＩＩＩａ、ＨＩＶ ＩＩＩＢ ｇｐ１２０ Ｖ３ループ、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）Ｆｇｐ、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ｇＤ糖タンパク質、ＨＳＶ ｇＢ糖タンパク質、ＨＣＭＶ ｇＢエンベロープ糖タンパク質及びウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）毒素。
当業者は、前記の一覧の標的は、特定のタンパク質及び生体分子だけでなく、それらを含む生化学経路（単数又は複数）も指すことを理解するであろう。例えば、標的抗原としてのＣＴＬＡ−４への言及は、ＣＴＬＡ−４、Ｂ７−１、Ｂ７−２、ＣＤ２８及びこれらのタンパク質に結合する任意の他の未発見のリガンド又は受容体を含む、Ｔ細胞副刺激経路を構成するリガンド及び受容体も標的であることを意味する。したがって、本明細書で用いられる標的は、特定の生体分子だけでなく、前記標的と相互作用するタンパク質のセット及び前記標的が属する生化学経路のメンバーも指す。当業技術者は、Ｆｃ融合体を生成するために、前記の標的抗原、それらに結合するリガンド若しくは受容体、又はそれらの対応する生化学経路の他のメンバーのいずれかを、本明細書に記載されるＦｃタンパク質に作動可能に連結することができることをさらに理解する。したがって例えば、Ｆｃタンパク質を、ＥＧＦＲに結合するＥＧＦ、ＴＧＦα、又は発見されたか発見されていない任意の他のリガンドに作動可能に連結することによって、ＥＧＦＲを標的にするＦｃ融合体を構築することができた。したがって、ＥＧＦＲに結合するＥＧＦ、ＴＧＦα、又は発見されたか発見されていない任意の他のリガンドに結合するＦｃ融合体を生成するために、本明細書に記載されるＦｃタンパク質をＥＧＦＲに作動可能に連結することができた。したがって、Ｆｃ融合体を開発するために、リガンド、受容体又は他のタンパク質若しくはタンパク質ドメインであるかどうかにかかわらず、それらに限定されないが前記の標的、及びそれらの対応する生化学経路を構成するタンパク質を含む事実上あらゆるポリペプチドを、本明細書に記載されるＦｃタンパク質に作動可能に連結することができる。
臨床試験又は開発での使用が承認されているいくつかの抗体及びＦｃ融合体には、本明細書に記載されるＦｃタンパク質が有益である。前記抗体及びＦｃ融合体は、本明細書で「臨床製品及び候補」と呼ばれる。したがって好ましい実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、一定の範囲の臨床製品及び候補で有用であり得る。例えば、ＣＤ２０を標的にするいくつかの抗体には、本明細書に記載されるＦｃタンパク質が有益となることができる。例えば、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）、ＩＤＥＣ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）にかなり類似している抗体（例えば米国特許第５，７３６，１３７号を参照）、非ホジキンリンパ腫を処置するために承認されたキメラ抗ＣＤ２０抗体；ＨｕＭａｘ−ＣＤ２０、Ｇｅｎｍａｂによって現在開発されている抗ＣＤ２０、米国特許第５，５００，３６２号に記載される抗ＣＤ２０抗体、ＡＭＥ−１３３（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）、ｈＡ２０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．）及びＨｕｍａＬＹＭ（Ｉｎｔｒａｃｅｌ）で有用であり得る。ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ−１）、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−２）、Ｈｅｒ３（ＥｒｂＢ−３）、Ｈｅｒ４（ＥｒｂＢ−４）を含む上皮成長因子受容体のファミリーのメンバーを標的にするいくつかの抗体には、本明細書に記載されるＦｃタンパク質が有益となることができる。例えば、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）にかなり類似している抗体（例えば米国特許第５，６７７，１７１号を参照）、乳癌を処置するために承認されたヒト化抗Ｈｅｒ２／ｎｅｕ抗体；現在Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されているペルツズマブ（ｒｈｕＭａｂ−２Ｃ４、Ｏｍｎｉｔａｒｇ（登録商標））；米国特許第４，７５３，８９４号に記載される抗Ｈｅｒ２抗体；セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））、Ｉｍｃｌｏｎｅ）（米国特許第４，９４３，５３３号；ＰＣＴ ＷＯ９６／４０２１０）、様々な癌のために臨床試験中のキメラ抗ＥＧＦＲ抗体；現在Ａｂｇｅｎｉｘ／Ｉｍｍｕｎｅｘ／Ａｍｇｅｎによって開発されているＡＢＸ−ＥＧＦ（米国特許第６，２３５，８８３号）；現在Ｇｅｎｍａｂによって開発されているＨｕＭａｘ−ＥＧＦｒ（米国特許出願第１０／１７２，３１７号）；４２５、ＥＭＤ５５９００、ＥＭＤ６２０００及びＥＭＤ７２０００（Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ）（米国特許第５，５５８，８６４号；Ｍｕｒｔｈｙら１９８７、Ａｒｃｈ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ．２５２（２）：５４９〜６０；Ｒｏｄｅｃｋら、１９８７、Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．３５（４）：３１５〜２０；Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈら、１９９１、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．４（７）：７７３〜８３）；ＩＣＲ６２（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）（ＰＣＴ ＷＯ９５／２００４５；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉら、１９９３、Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｐｈｙｓ．１９９３、２２（１〜３）：１２９〜４６；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉら、１９９３、Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ．１９９３、６７（２）：２４７〜５３；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉら、１９９６、Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ、７３（２）：２２８〜３５；Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉら、２００３、Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ、１０５（２）：２７３〜８０）；ＴｈｅｒａＣＩＭ ｈＲ３（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃａｎａｄａ ａｎｄ Ｃｅｎｔｒｏ ｄｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉａ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ、Ｃｕｂａ（米国特許第５，８９１，９９６号；米国特許第６，５０６，８８３号；Ｍａｔｅｏら、１９９７、Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、３（１）：７１〜８１）；ｍＡｂ−８０６（Ｌｕｄｗｉｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｅ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ−Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ）（Ｊｕｎｇｂｌｕｔｈら２００３、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１００（２）：６３９〜４４）；ＫＳＢ−１０２（ＫＳ Ｂｉｏｍｅｄｉｘ）；ＭＲ１−１（ＩＶＡＸ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）（ＰＣＴ ＷＯ０１６２９３１Ａ２）；及びＳＣ１００（Ｓｃａｎｃｅｌｌ）（ＰＣＴ ＷＯ０１／８８１３８）で有用であり得る。別の好ましい実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ）、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病の処置のために現在承認されているヒト化モノクローナル抗体で有用であり得る。本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、それらに限定されないが、ムロモナブ−ＣＤ３（Ｏｒｔｈｏｃｌｏｎｅ ＯＫＴ３（登録商標））、Ｏｒｔｈｏ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｊｏｈｎｓｏｎ＆Ｊｏｈｎｓｏｎによって開発された抗ＣＤ３抗体、イブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、ＩＤＥＣ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧによって開発されたＣＤ２０抗体、ゲムツズマブオゾガマイシン（Ｍｙｌｏｔａｒｇ（登録商標））、Ｃｅｌｌｔｅｃｈ／Ｗｙｅｔｈによって開発された抗ＣＤ３３（ｐ６７タンパク質）抗体、アレファセプト（Ａｍｅｖｉｖｅ（登録商標））、Ｂｉｏｇｅｎによって開発された抗ＬＦＡ−３Ｆｃ融合体）、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｌｉｌｌｙによって開発されたアブシキシマブ（ＲｅｏＰｒｏ（登録商標））、Ｎｏｖａｒｔｉｓによって開発されたバシリキシマブ（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標））、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅによって開発されたパリビズマブ（Ｓｙｎａｇｉｓ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、Ｃｅｎｔｏｃｏｒによって開発された抗ＴＮＦα抗体、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、Ａｂｂｏｔｔによって開発された抗ＴＮＦα抗体、Ｈｕｍｉｃａｄｅ（登録商標）、Ｃｅｌｌｔｅｃｈによって開発された抗ＴＮＦα抗体、エタナーセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、Ｉｍｍｕｎｅｘ／Ａｍｇｅｎによって開発された抗ＴＮＦαＦｃ融合体、ＡＢＸ−ＣＢＬ、Ａｂｇｅｎｉｘによって開発されている抗ＣＤ１４７抗体、ＡＢＸ−ＩＬ８、Ａｂｇｅｎｉｘによって開発されている抗ＩＬ８抗体、ＡＢＸ−ＭＡ１、Ａｂｇｅｎｉｘによって開発されている抗ＭＵＣ１８抗体、ペムツモマブ（Ｒ１５４９、．ｓｕｐ．９０Ｙ−ｍｕＨＭＦＧ１）、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発中の抗ＭＵＣ１、Ｔｈｅｒｅｘ（Ｒ１５５０）、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されている抗ＭＵＣ１抗体、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されているＡｎｇｉｏＭａｂ（ＡＳ１４０５）、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されているＨｕＢＣ−１、Ａｎｔｉｓｏｍａによって開発されているＴｈｉｏｐｌａｔｉｎ（ＡＳ１４０７）、Ａｎｔｅｇｒｅｎ（登録商標））（ナタリズマブ）、Ｂｉｏｇｅｎによって開発されている抗α４β１（ＶＬＡ−４）及びα４β７抗体、ＶＬＡ−１ ｍＡｂ、Ｂｉｏｇｅｎによって開発されている抗ＶＬＡ−１インテグリン抗体、ＬＴＢＲ ｍＡｂ、Ｂｉｏｇｅｎによって開発されている抗リンフォトキシンβ受容体（ＬＴＢＲ）抗体、ＣＡＴ−１５２、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙによって開発されている抗ＴＧＦβ２抗体、Ｊ６９５、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ及びＡｂｂｏｔｔによって開発されている抗ＩＬ−１２抗体、ＣＡＴ−１９２、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ及びＧｅｎｚｙｍｅ開発されている抗ＴＧＦβ１抗体、ＣＡＴ−２１３、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙによって開発されている抗エオタキシン１抗体、ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ及びＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｃ．によって開発されている抗Ｂｌｙｓ抗体、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１ｍＡｂ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ及びＨｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．によって開発されている抗ＴＲＡＩＬ−Ｒ１抗体、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）（ベバシズマブ、ｒｈｕＭＡｂ−ＶＥＧＦ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗ＶＥＧＦ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗ＨＥＲ受容体ファミリー抗体、抗組織因子（ＡＴＦ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗組織因子抗体、Ｘｏｌａｉｒ（登録商標）（オマリズマブ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって開発されている抗ＩｇＥ抗体、Ｒａｐｔｉｖａ（登録商標）（エファリズマブ）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ及びＸｏｍａによって開発されている抗ＣＤ１ａ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ及びＭｉｌｌｅｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されているＭＬＮ−０２抗体（旧称ＬＤＰ−０２）、ＨｕＭａｘ ＣＤ４、Ｇｅｎｍａｂによって開発されている抗ＣＤ４抗体、ＨｕＭａｘ−ＩＬ１５、Ｇｅｎｍａｂ及びＡｍｇｅｎによって開発されている抗ＩＬ１５抗体、Ｇｅｎｍａｂ及びＭｅｄａｒｅｘによって開発されているＨｕＭａｘ−Ｉｎｆｌａｍ、ＨｕＭａｘ−癌、Ｇｅｎｍａｂ及びＭｅｄａｒｅｘ及びＯｘｆｏｒｄ ＧｃｏＳｃｉｅｎｃｅｓによって開発されている抗ヘパラナーゼＩ抗体、Ｇｅｎｍａｂ及びＡｍｇｅｎによって開発されているＨｕＭａｘ−リンパ腫、Ｇｅｎｍａｂによって開発されているＨｕＭａｘ−ＴＡＣ、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されているＩＤＥＣ−１３１及び抗ＣＤ４０Ｌ抗体、ＩＤＥＣ−１５１（クレノリキシマブ）、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗ＣＤ４抗体、ＩＤＥＣ−１１４、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗ＣＤ８０抗体、ＩＤＥＣ−１５２、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗ＣＤ２３、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによって開発されている抗マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）抗体、ＢＥＣ２、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗イディオタイプ抗体、ＩＭＣ−１Ｃ１１、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗ＫＤＲ抗体、ＤＣ１０１、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗ｆｌｋ−１抗体、Ｉｍｃｌｏｎｅによって開発されている抗ＶＥカドヘリン抗体、ＣＥＡ−Ｃｉｄｅ（登録商標）（ラベツズマブ）、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されている抗癌胎児性抗原（ＣＥＡ）抗体、ＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ（登録商標）（エプラツズマブ）、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されている抗ＣＤ２２抗体、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＡＦＰ−Ｃｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＭｙｅｌｏｍａＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＬｋｏＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓによって開発されているＰｒｏｓｔａＣｉｄｅ、ＭＤＸ−０１０、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されている抗ＣＴＬＡ４抗体、ＭＤＸ−０６０、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されている抗ＣＤ３０抗体、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されているＭＤＸ−０７０、Ｍｅｄａｒｅｘによって開発されているＭＤＸ−０１８、Ｏｓｉｄｅｍ（登録商標）（ＩＤＭ−１）、Ｍｅｄａｒｅｘ及びＩｍｍｕｎｏ−Ｄｅｓｉｇｎｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓによって開発されている抗Ｈｅｒ２抗体、ＨｕＭａｘ（登録商標）−ＣＤ４、Ｍｅｄａｒｅｘ及びＧｅｎｍａｂによって開発されている抗ＣＤ４抗体、ＨｕＭａｘ−ＩＬ１５、Ｍｅｄａｒｅｘ及びＧｅｎｍａｂによって開発されている抗ＩＬ１５抗体、ＣＮＴＯ １４８、Ｍｅｄａｒｅｘ及びＣｅｎｔｏｃｏｒ／Ｊ＆Ｊによって開発されている抗ＴＮＦα抗体、ＣＮＴＯ １２７５、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ／Ｊ＆Ｊによって開発されている抗サイトカイン抗体、ＭＯＲ１０１及びＭＯＲ１０２、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓによって開発されている抗細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）（ＣＤ５４）抗体、ＭＯＲ２０１、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓによって開発されている抗線維芽細胞成長因子受容体３（ＦＧＦＲ−３）抗体、Ｎｕ

ｖｉｏｎ（登録商標）（ビシリズマブ）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓによって開発されている抗ＣＤ３抗体、ＨｕＺＡＦ（登録商標）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓによって開発されている抗γインターフェロン抗体、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓによって開発されている抗直角位相５直角位相１インテグリン、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓによって開発されている抗ＩＬ−１２、ＩＮＧ−１、Ｘｏｍａによって開発されている抗Ｅｐ−ＣＡＭ抗体、並びにＭＬＮ０１、Ｘｏｍａによって開発されている抗β２インテグリン抗体を含む、他の臨床製品及び候補にかなり類似している様々な抗体又はＦｃ融合体で有用であり得る。
前記の抗体及びＦｃ融合体臨床製品及び候補へのＦｃポリペプチド、タンパク質の適用は、それらの正確な組成に限定されるものではない。一部の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、前記の臨床候補及び製品に、又はそれらにかなり類似する抗体及びＦｃ融合体に組み込まれる。特定の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、ヒト化、親和性成熟、操作又は他の方法で改変される前記の臨床候補及び製品のバージョンに組み込まれる。さらに、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を組み込む新しい抗体又はＦｃ融合体を構築するために、前記の臨床製品及び候補のポリペプチド全体を用いる必要はない。例えば、臨床製品又は候補抗体の可変領域だけ、かなり類似した可変領域、又は可変領域のヒト化、親和性成熟、操作若しくは改変されたバージョンを用いることができる。別の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質及びポリペプチドは、前記の臨床製品及び候補の１つと同じエピトープ、抗原、リガンド又は受容体に結合する抗体又はＦｃ融合体で用いられる。
一態様では、本明細書に記載されるＦｃポリペプチドは、広範囲の抗体及びＦｃ融合体生成物で用いられる。一実施形態では、本明細書に記載のＦｃポリペプチド又はタンパク質を含む抗体又はＦｃ融合体は、治療、診断又は研究用試薬、好ましくは治療試薬である。特定の他の実施形態では、抗体及びＦｃ融合体は、本明細書に記載されるＦｃに基づくポリペプチドを含み、農業又は工業用途のために用いられる。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるＦｃタンパク質及びポリペプチドは、実験的にスクリーニングされるライブラリーを構成する。特定の実施形態では、このライブラリーは、一覧の核酸又はアミノ酸配列を含む。特定の他の実施形態では、ライブラリーは、ライブラリー配列をコードする核酸又はポリペプチドの物理的組成物である。一部の実施形態では、Ｆｃタンパク質は、モノクローナル又はポリクローナルである抗体組成物で有用である。本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体は、中和性、抑制性又は刺激性であるアゴニスト、アンタゴニストを包含するが、これらに限定されない。例示的な実施形態では、本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体は、標的抗原、例えば癌細胞を有する標的細胞を死滅させるために用いられる。代わりの実施形態では、本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体は、例えばサイトカイン又はサイトカイン受容体に拮抗するために、標的抗原をブロックするか、拮抗するか、苦しませるために用いられる。代わりの実施形態では、本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体は、標的抗原をブロックするか、拮抗するか、苦しませるために、及び標的抗原を有する標的細胞を死滅させるために用いられる。
一部の実施形態では、本明細書で開示されるポリペプチドは、免疫応答を調節することにおいて、例えば自己免疫性疾患又は炎症性疾患に関連する免疫応答を抑制することにおいて有用である。そのようなポリペプチドは、自己免疫性障害を処置及び／又は予防することにおいて治療的有用性を有する。本明細書で開示されるポリペプチドの投与によって処置することができる自己免疫性障害の例には、それらに限定されないが、円形脱毛、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群、自己免疫性アジソン病、副腎の自己免疫性疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎及び精巣炎、自己免疫性血小板減少、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、腹腔スプルー皮膚炎、慢性疲労免疫不全症候群（ＣＦＩＤＳ）、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、チャーグ−ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、ＣＲＥＳＴ症候群、寒冷凝集素症、クローン病、円板状ループス、本態性混合寒冷グロブリン血、線維筋痛−筋炎、糸球体腎炎、グレーブス病、ギラン−バレー、橋本甲状腺炎、特発性肺線維症、特発性血小板減少紫斑病（ＩＴＰ）、ＩｇＡ神経病、若年性関節炎、扁平苔癬、エリテマトーデス、メニエール病、混合型結合組織病、多発硬化症、１型若しくは免疫介在性真正糖尿病、重症筋無力症、尋常天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性軟骨炎、多腺症候群、リウマチ性多筋痛、多発筋炎及び皮膚筋炎、原発性無ガンマグロブリン血症、原発性胆汁性肝硬変症、乾癬、乾癬性関節炎、レイノー現象、ライター症候群、慢性関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、スティッフマン症候群、全身性エリテマトーデス、エリテマトーデス、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、疱疹状皮膚炎血管炎などの脈管炎、白斑並びにヴェーゲナー肉芽腫症が含まれる。炎症性障害の例には、喘息、脳炎、炎症性腸疾患、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー障害、敗血性ショック、肺線維症、未分化脊椎関節症、未分化関節症、関節炎、炎症性骨溶解及び慢性のウイルス又は細菌感染から生じる慢性炎が含まれるが、これらに限定されない。本発明の方法によって予防、処置又は管理することができる炎症性障害の例には、喘息、脳炎、炎症性腸疾患、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー障害、敗血性ショック、肺線維症、未分化脊椎関節症、未分化関節症、関節炎、炎症性骨溶解及び慢性のウイルス又は細菌感染から生じる慢性炎が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載されるＦｃポリペプチドは、様々な治療目的のために用いられる。一部の実施形態では、Ｆｃポリペプチド及びタンパク質は、抗体関連の障害を処置するために患者に投与される。本明細書に記載される目的のための「患者」には、ヒト及び他の動物の両方が含まれ、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトである。したがって、本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体は、ヒトの療法及び獣医適用の両方を有する。好ましい実施形態では、患者は哺乳動物であり、最も好ましい実施形態では、患者はヒトである。本発明で用語「処置」は、治療的処置だけでなく、疾患又は障害のための予防的又は抑制的手段を含むものとする。したがって、例えば、疾患の開始より前の抗体又はＦｃ融合体の上首尾な投与は、疾患の処置をもたらす。別の例として、疾患の症状と闘うための、疾患の臨床症状の出現後の最適化された抗体又はＦｃ融合体の上首尾な投与は、疾患の処置を含む。「処置」は、疾患を根絶するための、疾患の出現の後の最適化された抗体又はＦｃ融合タンパク質の投与をさらに包含する。臨床症状の考えられる減少及びおそらく疾患の改善を伴う、開始後及び臨床症状の発症後の剤の上首尾な投与は、疾患の処置を含む。「処置を必要とする」対象には、疾患又は障害を既に起こしている哺乳動物だけでなく、疾患又は障害を予防すべき対象を含む、疾患又は障害を起こしやすい対象が含まれる。本明細書で、「抗体関連の障害」又は「抗体応答性の障害」若しくは「状態」若しくは「疾患」は、本明細書に記載される抗体又はＦｃ融合体を含む医薬組成物の投与によって改善させることができる障害を意味する。抗体関連の障害には、それらに限定されないが、自己免疫性疾患、免疫疾患、感染性疾患、炎症性疾患、神経系疾患、並びに癌を含む腫瘍学的及び新生物形成疾患が含まれる。本明細書で「癌」及び「癌性の」は、無秩序な細胞増殖を一般に特徴とする哺乳動物の生理的状態を指すか記載する。癌の例には、それらに限定されないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫（脂肪肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍、中皮腫、神経線維腫、髄膜腫、腺癌、黒色腫及び白血病又はリンパ性悪性腫瘍が含まれる。そのような癌のより具体的な例には、扁平細胞癌（例えば上皮扁平細胞癌）、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌及び肺の扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃腸の癌を含む胃部又は胃の癌、すい臓癌、グリア芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、肝癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、腎又は腎臓の癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、精巣癌、食道癌、胆管の腫瘍、並びに頭頚部癌が含まれる。さらに、本明細書に記載されるＦｃタンパク質は、それらに限定されないが、うっ血心不全（ＣＨＦ）、血管炎、酒さ、にきび、湿疹、心筋炎及び心筋の他の状態、全身性エリテマトーデス、糖尿病、脊椎障害、滑膜線維芽細胞及び骨髄基質；骨量減少；ページェット病、骨巨細胞腫；多発性骨髄腫；乳癌；不使用骨減少症；栄養失調、歯周疾患、ゴーシェ病、ランゲルハンス細胞組織球症、脊髄損傷、急性敗血性関節炎、骨軟化、クッシング症候群、単骨性線維性骨形成異常、多骨性線維性骨形成異常、歯周部再建及び骨折；サルコイドーシス；多発性骨髄腫；骨溶解性の骨癌、乳癌、肺癌、腎臓癌及び直腸癌；骨の転移、骨の疼痛管理及び体液性悪性カルシウム過剰血、強直性脊椎炎及び他の脊椎関節症；移植拒絶反応、ウイルス感染、血液学的新生物及び腫瘍様状態、例えばホジキンリンパ腫；非ホジキンリンパ腫（バーキットリンパ腫、小リンパ球性リンパ腫／慢性リンパ球性白血病、菌状息肉腫、外套細胞リンパ腫、小胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、周辺帯リンパ腫、毛様細胞性白血病及びリンパ形質細胞性白血病）、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病／リンパ腫、及びＴ細胞急性リンパ芽球性白血病／リンパ腫を含むリンパ球前駆体細胞の腫瘍、胸腺腫、末梢Ｔ細胞白血病、成人Ｔ細胞白血病／Ｔ細胞リンパ腫及び大顆粒リンパ性白血病を含む成熟したＴ細胞及びＮＫ細胞の腫瘍、ランゲルハンス細胞組織球症、成熟に伴うＡＭＬ、分化のないＡＭＬ、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病及び急性単球性白血病を含む急性骨髄性白血病などの骨髄性新生物、骨髄異形成症候群、及び慢性骨髄性白血病を含む慢性骨髄増殖性疾患、中枢神経系の腫瘍、例えば脳腫瘍（神経膠腫、神経芽細胞腫、神経膠星状細胞腫、髄芽細胞腫、脳室上衣細胞腫及び網膜芽細胞腫）、固形腫瘍（鼻咽頭癌、基底細胞癌、すい臓癌、胆管癌、カポジ肉腫、精巣癌、子宮、膣若しくは子宮頸の癌、卵巣癌、原発性肝癌又は子宮体癌、並びに脈管系の腫瘍（血管肉腫及び血管周囲細胞腫）、骨粗鬆症、肝炎、ＨＩＶ、ＡＩＤＳ、脊椎関節炎、慢性関節リウマチ、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、敗血症及び敗血症性ショック、クローン病、乾癬、強皮症、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、同種異系島移植片拒絶、血液学的悪性腫瘍、例えば多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、腫瘍、末梢神経損傷若しくは脱髄疾患と関連する炎症を含む状態を処置するために用いることができる。
一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、タンパク質の不適当な発現が関与する疾患を有する患者に投与される。本明細書に記載される範囲内で、これは、例えば存在するタンパク質の量の変化、突然変異体タンパク質の存在、又はその両方のために、異常なタンパク質を特徴とする疾患及び障害を含むものとする。過剰は、それらに限定されないが、分子レベルでの過剰発現、作用点での長期の若しくは蓄積された出現、又は正常なものと比較して増加したタンパク質の活性を含む、任意の原因に起因することができる。この定義には、タンパク質の減少を特徴とする疾患及び障害が含まれる。この減少は、それらに限定されないが、分子レベルでの低減された発現、作用点でのより短いか低減された出現、タンパク質の突然変異形、又は正常なものと比較して低下したタンパク質の活性を含む、任意の原因に起因することができる。タンパク質のそのような過剰又は減少は、正常な発現、出現又はタンパク質の活性と比較して測定することができ、前記測定は、本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体の開発及び／又は臨床試験で重要な役割を演ずることができる。
一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、患者に投与される唯一の治療活性剤である。或いは、本明細書に記載される抗体又はＦｃ融合体は、それらに限定されないが、細胞傷害剤、化学療法剤、サイトカイン、増殖阻害剤、抗ホルモン剤、キナーゼ阻害剤、抗血管新生剤、心臓保護剤又は他の治療薬を含む、１つ又は複数の他の治療薬と一緒に投与される。そのような分子は、意図される目的のために有効である量で一緒に最適に存在する。熟練した医師は、本明細書で有用な他の治療薬の適当な用量（単数又は複数）を経験的に決めることができる。本明細書に記載される抗体及びポリペプチドは、１つ又は複数の他の治療計画と同時に投与することができる。例えば、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、化学療法、放射線療法、又は化学療法及び放射線療法の両方と一緒に患者に投与することができる。一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はＦｃ融合体は、本明細書に記載されるＦｃタンパク質を含むか含まなくともよい１つ又は複数の抗体又はポリペプチドと一緒に投与することができる。
一実施形態では、本明細書に記載される抗体及びポリペプチドは、化学療法剤と一緒に投与される。本明細書で用いられる「化学療法剤」は、癌の処置で有用な化合物を意味する。化学療法剤の例には、それらに限定されないが、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル；ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ及びウレドーパなどのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスフォラミド、トリエチレンチオホスファオラミド及びトリメチロロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン；クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロルエタミン、酸化メクロルエタミン塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロソ尿素；アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなどの抗生物質；メトトレキセート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗物質；デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクシウリジン、５−ＦＵなどのピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤；フロリン酸などの葉酸補液；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルチン；ジアジクオン；エルホルミチン；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）；ラゾキサン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキサン、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、Ｎ．Ｊ．）及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ、Ａｎｔｏｎｙ、Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；シスプラチン及びカルボプラチンなどの白金類似体；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；キセローダ；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；エスペラマイシン；カペシタビン；チミジレート合成酵素阻害剤（Ｔｏｍｕｄｅｘなど）；セリコキシブ（ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標））又はＭＫ−０９６６（ＶＩＯＸＸ（登録商標））などのｃｏｘ−２阻害剤；並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体が含まれる。さらに、この定義には、例えばタモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）−イミダゾール、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン及びトレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ）を含む抗エストロゲン剤などの、腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害する作用をする抗ホルモン剤；並びにフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリンなどの抗アンドロゲン剤；並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体も含まれる。
特定の実施形態では、化学療法薬又は他の細胞傷害剤はプロドラッグとして投与される。本明細書で用いられる「プロドラッグ」は、親薬剤と比較して腫瘍細胞に対して細胞傷害性が低く、酵素によってより活性な親形態に活性化又は変換することが可能である、薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導形を意味する。例えば、Ｗｉｌｍａｎ、１９８６、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ、第６１５回会合Ｂｅｌｆａｓｔ、１４：３７５〜３８２；及びＳｔｅｌｌａら、「Ｐｒｏｄｒｕｇｓ：Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」、Ｄｉｒｅｃｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ、Ｂｏｒｃｈａｒｄｔら編：２４７〜２６７、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、１９８５を参照。本発明で有用であり得るプロドラッグには、それらに限定されないが、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、サルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸改変プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、任意選択で置換されたフェノキシアセトアミドを含むプロドラッグ又は任意選択で置換されたフェニルアセトアミドを含むプロドラッグ、５−フルオロシトシン、及びより活性な細胞傷害性遊離薬剤に変換することができる他の５−フルオロウリジンプロドラッグが含まれる。本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体と用いるためのプロドラッグ形態に誘導体化することができる細胞毒性薬の例には、それらに限定されないが前記の化学療法剤のいずれかが含まれる。
一部の実施形態では、本明細書に記載されるタンパク質及びポリペプチドは、他の治療計画と組み合わされる。例えば、一実施形態では、抗体又はＦｃ融合体で処置される患者は、放射線療法も受ける。放射線療法は、当技術分野で一般に使用され、当業者に公知であるプロトコルに従って投与することができる。そのような療法には、セシウム、イリジウム、ヨウ素又はコバルト放射線が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、放射線療法は全身照射法であるか、体内又は体表の特定の部位又は組織、例えば肺、膀胱又は前立腺に局所的に向けられる。一般的に、放射線療法は約１週から２週の期間にわたってパルス投与される。一部の実施形態では、放射線療法はより長い期間投与される。一実施形態では、放射線療法は、頭頚部癌を有する患者に約６週から約７週の間投与される。任意選択で、放射線療法は単一の用量として、又は複数の逐次的な用量として投与される。熟練した医師は、本明細書で有用な放射線療法の適当な線量（単数又は複数）を経験的に決めることができる。本発明の別の実施形態に従って、癌細胞をエキソビボで処置するために、本明細書に記載される抗体又はＦｃ融合体及び１つ又は複数の他の抗癌療法が使用される。そのようなエキソビボ処置は、骨髄移植、特に自家骨髄移植で役立つことができると考えられる。特定の実施形態では、レシピエント患者で移植の前に癌細胞を消滅させるか実質的に消滅させるために、抗体又はＦｃ融合体及び上記のものなどの１つ又は複数の他の抗癌療法による癌細胞を含む細胞又は組織（単数又は複数）の処置が採用される。特定の実施形態では、本発明のタンパク質及びＦｃ融合体は、手術などのさらなる他の治療技術と組み合わせて使用される。
代わりの実施形態では、本明細書に記載される抗体及びポリペプチドは、サイトカインと一緒に投与される。本明細書で用いられる「サイトカイン」は、細胞間媒介物として別の細胞に作用する１つの細胞集団によって遊離されるタンパク質の総称を意味する。そのようなサイトカインの例は、リンホカイン、モノカイン及び伝統的なポリペプチドホルモンである。サイトカインの中には、ヒト成長ホルモン、Ｎ−メチオニルヒト成長ホルモン及びウシの成長ホルモンなどの成長ホルモン；副甲状腺ホルモン；サイロキシン；インスリン；プロインスリン；リラキシン；プロリラキシン；卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）及び黄体形成ホルモン（ＬＨ）などの糖タンパクホルモン；肝増殖因子；線維芽細胞成長因子；プロラクチン；胎盤性ラクトゲン；腫瘍壊死因子α及びβ；ミュラー阻害物質；マウスのゴナドトロピン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮細胞増殖因子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；ＮＧＦ−βなどの神経成長因子；血小板増殖因子；ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなどの形質転換成長因子（ＴＧＦ）；インスリン様増殖因子−Ｉ及びＩＩ；エリスロポイエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロンα、β及びγなどのインターフェロン；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）などのコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；顆粒球マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；並びに顆粒球ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）；ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２などのインターロイキン（ＩＬ）；ＩＬ−１５、ＴＮＦα又はＴＮＦβなどの腫瘍壊死因子；並びにＬＩＦ及びｋｉｔリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子が含まれる。本明細書で用いるように、用語サイトカインには、天然供給源又は組換え体細胞培養からのタンパク質、及び天然配列のサイトカインの生物学的に活性な同等物が含まれる。
本明細書に記載されるＦｃ変異体タンパク質及びポリペプチドと一緒の投与のために、様々な他の治療薬が有用である。一実施形態では、タンパク質は抗血管新生剤と一緒に投与される。本明細書で用いられる「抗血管新生剤」は、血管の発達をブロックするか、ある程度妨害する化合物を意味する。抗血管新生因子は、例えば、血管形成の促進に関与する増殖因子又は増殖因子受容体に結合する小分子又はタンパク質、例えば抗体、Ｆｃ融合体又はサイトカインであってよい。本明細書で、好ましい抗血管新生因子は、血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）に結合する抗体である。代わりの実施形態では、抗体又はＦｃ融合体は、適応性免疫応答を誘導又は強化する治療薬、例えばＣＴＬＡ−４を標的にする抗体と一緒に投与される。代わりの実施形態では、抗体又はＦｃ融合体は、チロシンキナーゼ阻害剤と一緒に投与される。本明細書で用いられる「チロシンキナーゼ阻害剤」は、チロシンキナーゼのチロシンキナーゼ活性をある程度阻害する分子を意味する。そのような阻害剤の例には、それらに限定されないが、ＰＤ１５３０３５、４−（３−クロロアニリノ）キナゾリンなどのキナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ＣＧＰ５９３２６、ＣＧＰ６０２６１及びＣＧＰ６２７０６などのピローロピリミジン；ピラゾロピリミジン、４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５−ビス（４−フルロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含むチルホスチン；ＰＤ−０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒｔ）；アンチセンス分子（例えばＥｒｂＢコード核酸に結合するもの）；キノキサリン（米国特許第５，８０４，３９６号）；トリホスチン（米国特許第５，８０４，３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；Ｃ１−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）などのｐａｎ−ＥｒｂＢ阻害剤；アフィニタック（ＩＳＩＳ ３５２１；Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；イマチニブメシレート（ＳＴ１５７１、Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＰＫＩ １６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；Ｃ１−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；セマキシニブ（Ｓｕｇｅｎ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＩＮＣ−１−Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；又は以下の特許公報のいずれかに記載されるもの：米国特許第５，８０４，３９６号；ＰＣＴ ＷＯ９９／０９０１６（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎｉｍｉｄ）；ＰＣＴ ＷＯ９８／４３９６０（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＰＣＴ ＷＯ９７／３８９８３（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＰＣＴ ＷＯ９９／０６３７８（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＰＣＴ ＷＯ９９／０６３９６（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＰＣＴ ＷＯ９６／３０３４７（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ．）；ＰＣＴ ＷＯ９６／３３９７８（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＣＴ ＷＯ９６／３３９７（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＣＴ ＷＯ９６／３３９８０（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＺＤ１８３９、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）並びにＯＳＩ−７７４（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）、ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）が含まれる。
ポリペプチド（上の定義を参照）又は抗体若しくはポリペプチドコンジュゲート（下記の定義を参照）を生成するために、様々なリンカーが本発明で有用である。本明細書で「リンカー」、「リンカー配列」、「スペーサー」、「連結配列」又は文法上のその同等物は、２つの分子を接続し、しばしば２つの分子を好ましい立体配置に置く役目を果たす分子又は分子の群（単量体又はポリマーなど）を意味する。分子を一緒に共有結合するために、いくつかの戦略を用いることができる。これらには、タンパク質又はタンパク質ドメインのＮ末端とＣ末端間のポリペプチド結合、ジスルフィド結合による結合、及び化学的架橋試薬による結合が含まれるがこれらに限定されない。この実施形態の一態様では、リンカーは、組換え技術又はペプチド合成によって生成されるペプチド結合である。２つのポリペプチド鎖が接続される具体的な場合に適するリンカーの選択は、それらに限定されないが、２つのポリペプチド鎖の性質（例えば、それらが自然にオリゴマーを形成するかどうか）、知られている場合連結されるＮ末端とＣ末端の間の距離、並びに／又はタンパク質分解及び酸化に対するリンカーの安定性を含む様々なパラメータに依存する。さらに、リンカーは、柔軟性を提供するアミノ酸残基を含むことができる。したがって、リンカーペプチドは、アミノ酸残基Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ａｌａ又はＴｈｒを主に含むことができる。リンカーペプチドは、２つの分子が所望の活性を保持するようにそれらがお互いに対して正しい立体構造をとるような方法で２つの分子を連結するのに十分な長さを有するべきである。この目的に適する長さは、少なくとも１つ及び３０以下のアミノ酸残基を含む。好ましくは、リンカーの長さは約１から３０アミノ酸であり、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９及び２０アミノ酸の長さのリンカーが好ましい。さらに、リンカーペプチドへの組入れのために選択されるアミノ酸残基は、ポリペプチドの活性にあまり干渉しない特性を示すべきである。したがって、概してリンカーペプチドは、ポリペプチドの活性と矛盾するか、内部折畳みに干渉するか、又は受容体単量体ドメインの結合を強く阻止する単量体の１つ又は複数の中のアミノ酸残基と結合若しくは他の相互作用を形成する電荷を示すべきでない。有用なリンカーには、グリシン−セリンポリマー（例えば、（ＧＳ）ｎ、（ＧＳＧＧＳ）ｎ、（ＧＧＧＧＳ）ｎ及び（ＧＧＧＳ）ｎを含み、ｎは少なくとも１の整数である）、グリシン−アラニンポリマー、アラニン−セリンポリマー、及びＳｈａｋｅｒカリウムチャネルのためのつなぎ鎖などの他の弾力的なリンカー、及び当業者が理解する多種多様の他の弾力的なリンカーが含まれる。それらのアミノ酸の両方とも比較的構造化されてなく、したがって成分間で中性つなぎ鎖の役割をすることができるかもしれないので、グリシン−セリンポリマーが好ましい。第２に、セリンは親水性であり、したがって球状グリシン鎖となるかもしれないものを可溶化することができる。第３に、類似した鎖が、単鎖抗体などの組換え体タンパク質のサブユニットの結合で有効であることが明らかにされている。適するリンカーは、２つのポリペプチド鎖のギャップを埋めることができる天然に存在するモチーフの既知の三次元構造のデータベースのスクリーニングによって同定することもできる。好ましい実施形態では、ヒト患者で投与されるとき、リンカーは免疫原性でない。したがって、リンカーは、それらが低い免疫原性を有するか、低い免疫原性を有すると考えられるように選択することができる。例えば、ヒトに天然に存在するリンカーを選択することができる。好ましい実施形態では、リンカーは、抗体のＦａｂ及びＦｃ領域を連結する配列である、抗体のヒンジ領域の配列を有する。或いは、リンカーは、ヒンジ領域の一部を含む配列、又は抗体のヒンジ領域に実質的に類似する配列を有する。適するリンカーを得る別の方法は、ランダム突然変異生成を通して単純なリンカー、例えば（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎを最適化することによる。或いは、適するポリペプチドリンカーが規定されると、連結されるドメインとより最適に相互作用するアミノ酸を選択するために、さらなるリンカーポリペプチドを作製することができる。本発明で用いることができる他の種類のリンカーには、人工のポリペプチドリンカー及びインテインが含まれる。別の実施形態では、ジスルフィド結合が２つの分子を連結するように設計される。別の実施形態では、リンカーは化学的架橋剤である。例えば、それらに限定されないが、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能基誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣＬなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシニミヂルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トリエン２，６−ジイソシアネートなど）及びビス活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）を含む様々な二官能基タンパク質結合剤を用いることができる。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａら、１９７１、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８に記載される通りに調製することができる。化学的リンカーは、同位体のキレート化を可能にすることができる。例えば、炭素１４標識１−イソチオシアネートベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート化剤である（ＰＣＴ ＷＯ９４／１１０２６を参照）。リンカーは切断が可能であってよく、細胞中で細胞毒性薬の放出を促進する。例えば、酸に対して不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉら、１９９２、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７〜１３１）を用いることができる。或いは、それらに限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、又はポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールのコポリマーを含む様々な非タンパク性ポリマーは、リンカーとして有用であり得、すなわち、本明細書に記載されるＦｃ変異体を融合体パートナーへ連結させてＦｃ融合体を生成するか、本明細書に記載される抗体及びポリペプチドをコンジュゲートに連結するのに有用であり得る。
一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、本明細書でコンジュゲートと呼ぶ、別の治療的化合物にコンジュゲートされるか、作動可能に連結される。コンジュゲートは、細胞傷害剤、化学療法剤、サイトカイン、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤、毒素、放射性同位体又は他の治療的活性剤であってよい。化学療法剤、サイトカイン、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤及び他の治療薬は上で記載され、これらの前記治療薬の全ては、抗体又はＦｃ融合体コンジュゲートとして有用であり得る。代わりの実施形態では、抗体又はＦｃ融合体は、それらに限定されないが、その断片及び／又は変異体を含む小分子毒素、及び細菌、真菌、植物又は動物起源の酵素活性毒素を含む毒素にコンジュゲートされるか、作動可能に連結される。小分子毒素には、それらに限定されないがカリケアマイシン、マイタンシン（米国特許第５，２０８，０２０号）、トリコテン及びＣＣ１０６５が含まれる。本発明の一実施形態では、抗体又はポリペプチドは、１つ又は複数のマイタンシン分子（例えば抗体分子につき約１つから約１０個のマイタンシン分子）にコンジュゲートされる。マイタンシンは、例えば、Ｍａｙ−ＳＳ−Ｍｅへ変換することができ、それは、Ｍａｙ−ＳＨ３に還元し、改変された抗体又はＦｃ融合体と反応させて（Ｃｈａｒｉら、１９９２、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７〜１３１）、マイタンシノイド−抗体又はマイタンシノイド−Ｆｃ融合体コンジュゲートを生成することができる。対象の別のコンジュゲートは、１つ又は複数のカリケアマイシン分子にコンジュゲートされる抗体又はＦｃ融合体を含む。カリケアマイシン抗生物質ファミリーは、ピコモル以下の濃度で二本鎖ＤＮＡ切断を起こすことが可能である。アウリスタチンＥ（ＡＥ）及びモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）などのドラスタチン１０類似体は、本明細書に記載されるＦｃ変異体のためのコンジュゲートとして有用であり得る（Ｄｏｒｏｎｉｎａら、２００３、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２１（７）：７７８〜８４；Ｆｒａｎｃｉｓｃｏら、２００３、Ｂｌｏｏｄ １０２（４）：１４５８〜６５）。有用な酵素活性毒素には、それらに限定されないが、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素Ａ鎖（緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）から）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデッシンＡ鎖、α−サルシン、シナアブラギリ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ダイアンシンタンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ及びＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ）阻害剤、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテセンが含まれる。例えば、ＰＣＴ ＷＯ９３／２１２３２を参照。本発明は、本明細書に記載される抗体又はＦｃ融合体と、核溶解活性を有する化合物、例えばリボヌクレアーゼ又はデオキシリボヌクレアーゼ（ＤＮＡ分解酵素）などのＤＮＡエンドヌクレアーゼの間で形成されるコンジュゲート又は融合体をさらに企図する。
代わりの実施形態では、本明細書に記載されるＦｃ変異体タンパク質は、放射性同位体にコンジュゲートされるか作動可能に連結されて、放射性コンジュゲートを形成する。放射性コンジュゲート抗体及びＦｃ融合体の生成に、様々な放射性同位体を利用できる。例には、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射性同位体が含まれるが、これらに限定されない。
さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるＦｃ変異体は、腫瘍プリターゲッティングでの利用のために「受容体」（ストレプトアビジンなど）にコンジュゲートされ、そこにおいて、抗体−受容体又はＦｃ融合体−受容体コンジュゲートは患者へ投与され、その後清浄剤を用いて循環から未結合のコンジュゲートが除去され、次に細胞傷害剤（例えば放射性ヌクレオチド）にコンジュゲートされる「リガンド」（例えばアビジン）が投与される。代わりの実施形態では、抗体依存性酵素媒介プロドラッグ療法（ＡＤＥＰＴ）を用いるために、抗体又はＦｃ融合体は、酵素にコンジュゲートされるか、作動可能に連結される。抗体又はＦｃ融合体を、プロドラッグ（例えば、ペプチジル化学療法剤、ＰＣＴ ＷＯ８１／０１１４５を参照）を活性抗癌剤へ変換するプロドラッグ活性化酵素にコンジュゲートするか、作動可能に連結することによってＡＤＥＰＴを用いることができる。例えば、ＰＣＴ ＷＯ８８／０７３７８及び米国特許第４，９７５，２７８号を参照。ＡＤＥＰＴのために有用な免疫複合体の酵素成分には、プロドラッグをそのより活性な細胞傷害形に変換するような方法でプロドラッグに作用することが可能な任意の酵素が含まれる。
本発明の方法で有用である酵素には、それらに限定されないが、ホスフェート含有プロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用なアルカリ性ホスファターゼ；サルフェート含有プロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用なアリルスルファターゼ；非毒性５−フルオロシトシンを抗癌剤、５−フルオロウラシルに変換するのに有用なシトシンデアミナーゼ；ペプチド含有プロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用である、セラチアプロテアーゼ、サーモライシン、サブチリシン、カルボキシペプチダーゼ及びカテプシン（カテプシンＢ及びＬなど）などのプロテアーゼ；Ｄ−アミノ酸置換基を含むプロドラッグを変換するのに有用なＤ−アラニルカルボキシペプチダーゼ；グリコシル化されたプロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用なβ−ガラクトシダーゼ及びノイラミニダーゼなどの炭水化物切断酵素；αラクタムで誘導体化された薬剤を遊離薬剤に変換するのに有用なβラクタマーゼ；並びに、アミン窒素がフェノキシアセチル又はフェニルアセチル基でそれぞれ誘導体化された薬剤を遊離薬剤に変換するのに有用な、ペニシリンＶアミダーゼ又はペニシリンＧアミダーゼなどのペニシリンアミダーゼが含まれる。或いは、当技術分野で「アブザイム」としても知られる酵素活性を有する抗体は、本発明のプロドラッグを遊離の活性薬剤に変換するために用いることができる（例えば、Ｍａｓｓｅｙ、１９８７、Ｎａｔｕｒｅ ３２８：４５７〜４５８を参照）。腫瘍細胞集団へのアブザイムの送達のために、抗体−アブザイム及びＦｃ融合体−アブザイムコンジュゲートが調製されてもよい。
Ｆｃ変異体の他の改変は、様々な非タンパク性ポリマー、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン又はポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールのコポリマーの１つへ前記タンパク質又はポリペプチドを連結することを含む。
本明細書に記載されるＦｃ変異体タンパク質若しくはポリペプチド又はＦｃ融合体、及び１つ又は複数の治療的に活性な剤が製剤化されている、医薬組成物が包含される。本明細書に記載される抗体及びＦｃ融合体の製剤は、保管のために、任意選択の薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ第１６版、Ｏｓｏｌ，Ａ．編、１９８０）と一緒に所望の純度の前記抗体又はＦｃ融合体を混ぜることにより、凍結乾燥製剤又は水溶液の形で調製される。許容される担体、賦形剤又は安定剤は、用いられる投薬量及び濃度でレシピエントに無毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、酢酸塩及び他の有機酸などの緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存料（例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル若しくはベンジルアルコール；メチル若しくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レソルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン若しくは免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン若しくはリシンなどのアミノ酸；グルコース、マンノース若しくはデキストリンを含む単糖、二糖及び他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート化剤；ショ糖、マンニトール、トレハロース若しくはソルビトールなどの糖；甘味料及び他の香料；微結晶性セルロース、ラクトース、トウモロコシ及び他のデンプンなどの充填剤；結合剤；添加剤；着色剤；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えばＺｎ−タンパク質複合体）；並びに／又はＴＷＥＥＮ（登録商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（登録商標）若しくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤が含まれる。好ましい実施形態では、本明細書に記載される抗体又はＦｃ融合体を含む医薬組成物は、酸及び塩基付加塩の両方を含むものとする、薬学的に許容される塩として存在するものなどの水溶性形である。「薬学的に許容される酸付加塩」は、遊離塩基の生物学的効果を保持し、生物学的その他で望ましくなく、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機の酸、及び酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、琥珀酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸で形成される塩を指す。「薬学的に許容される塩基付加塩」には、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウムの塩などの無機の塩基に由来するものが含まれる。アンモニウム、カリウム、ナトリウム、カルシウム及びマグネシウム塩が特に好ましい。薬学的に許容される有機非毒性塩基に由来する塩には、一級、二級及び三級アミンの塩、天然に存在する置換されたアミンを含む置換されたアミン、環状アミン及び塩基性イオン交換樹脂、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン及びエタノールアミンが含まれる。インビボ投与のために用いられる製剤は、好ましくは無菌である。これは、滅菌濾過膜を通す濾過又は他の方法によって容易に達成される。
特定の実施形態では、本明細書で開示されるタンパク質及びポリペプチドは、免疫リポソームとして製剤化される。リポソームは、哺乳動物への治療薬の送達のために有用である、様々な種類の脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤を含む小さな小胞である。抗体又はＦｃ融合体を含むリポソームは、Ｅｐｓｔｅｉｎら、１９８５、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、８２：３６８８；Ｈｗａｎｇら、１９８０、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、７７：４０３０；米国特許第４，４８５，０４５号；米国特許第４，５４４，５４５号；及びＰＣＴ ＷＯ９７／３８７３１に記載されるような当技術分野で公知の方法によって調製される。強化された循環時間を有するリポソームが、米国特許第５，０１３，５５６号で開示される。リポソームの成分は、生物膜の脂質配置に類似した二重層構成で一般に配列される。特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成による、逆相蒸発方法によって生成することができる。リポソームは、所望の直径のリポソームを生成するための規定の孔径のフィルターを通して押し出される。化学療法剤又は他の治療的に活性な剤が、リポソームの中に任意選択で含まれる（Ｇａｂｉｚｏｎら、１９８９、Ｊ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ ８１：１４８４）。
特定の実施形態では、抗体、ポリペプチド及び他の治療的に活性な剤は、それらに限定されないが、コアセルベーション技術、界面重合（例えばヒドロキシメチルセルロース若しくはゼラチンのマイクロカプセル、又はポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセルを用いる）、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）並びにマクロエマルジョンを含む方法によって調製されるマイクロカプセルに封入される。そのような技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ第１６版、Ｏｓｏｌ，Ａ．編、１９８０で開示される。徐放性製剤を調製することができる。徐放性製剤の適する例には、固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、そのマトリックスは造形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形である。徐放性マトリックスの例には、ポリエステル、ヒドロゲル（例えばポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、又はポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸及びガンマエチル−Ｌ−グルタミン酸のコポリマー、非分解性エチレン−酢酸ビニル、分解可能な乳酸−グリコール酸コポリマー、例えばＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（登録商標）（乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドで構成される注射可能なマイクロスフェアである）、ポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸、並びにポリ−ＤＬ−ラクチド−グリコリドコポリマー（ＰＬＧ）のマトリックスに取り込まれた所望の生体活性分子で構成されるマイクロスフェアベースの送達系であるＰｒｏＬｅａｓｅ（登録商標）（Ａｌｋｅｒｍｅｓから市販されている）が含まれる。
実施形態では、製剤中の本明細書に記載される治療的に活性な抗体又はポリペプチドの濃度は、約０．１重量％から１００重量％まで変動する。一実施形態では、抗体又はポリペプチドの濃度は、０．００３モルから１．０モルの範囲である。患者を処置するために、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドの治療有効用量を投与することができる。本明細書で「治療有効用量」は、そのために投与される効果を生む用量を意味する。正確な用量は処置の目的に依存し、公知の技術を用いて当業技術者が確定することができる。投薬量は体重１ｋｇにつき０．０１から１００ｍｇの範囲又はそれ以上であってよく、例えば体重１ｋｇにつき０．１、１、１０又は５０ｍｇであり、１から１０ｍｇ／ｋｇが好ましい。当技術分野で公知であるように、抗体又はポリペプチドの分解、全身対局所送達、及び新しいプロテアーゼの合成速度の調整に加えて、年齢、体重、健康状態、性、食事、投与時間、薬剤相互作用及び状態の重症度の調整が必要なことがあり、それらは当業者が普段用いる実験で確認することができる。
本明細書に記載されるタンパク質又はポリペプチドを含む無菌水溶液の形の医薬組成物の投与は、それらに限定されないが、経口、皮下、静脈内、鼻腔内、大動脈内、経皮的、局所的（例えば、ゲル、膏薬、ローション、クリームなど）、腹腔内、筋肉内、肺内（例えば、Ａｒａｄｉｇｍから市販されているＡＥＲｘ（登録商標）吸入技術又はＩｎｈａｌｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓから市販されているＩｎｈａｎｃｅ（登録商標）肺送達系）、経膣的、非経口的、直腸又は眼内を含む様々な方法で実行される。場合によっては、例えば創傷、炎症などの処置のために、抗体又はポリペプチドを溶液又は噴霧液として直接的に適用してよい。当技術分野で公知であるように、医薬組成物は導入の方法に応じて製剤化することができる。
本明細書の教示に従って、ポリペプチドは、ＡＤＣＣ活性を向上又は低減させた変異体Ｆｃ領域で調製することができる。そのような分子は、異なる障害の処置で有用である。
特定の実施形態では、向上したＡＤＣＣ活性を有するポリペプチド変異体は、組織又は外来の微生物の破壊又は排除が望まれる疾患又は障害の処置で使用される。例えば、ポリペプチドは、癌；炎症性障害；感染症（例えば細菌、ウイルス、真菌又は酵母の感染症）；及び組織の除去が望まれる他の状態（甲状腺腫など）などを処置するために用いることができる。
ポリペプチド変異体が低減されたＡＤＣＣ活性を有する場合、そのような変異体は、長い半減期を有するＦｃ領域含有ポリペプチドが望まれるが、そのポリペプチドは望ましくないエフェクター機能（単数又は複数）を好ましくは有しない疾患又は障害を処置するために用いられる。例えば、一実施形態では、Ｆｃ領域含有ポリペプチドは、抗組織因子（ＴＦ）抗体；抗ＩｇＥ抗体；及び抗インテグリン抗体（例えば抗ａα４β７抗体）である。そのようなＦｃ領域含有ポリペプチドの所望の作用機構は、リガンド−受容体結合対をブロックすることであってよい。さらに、低減されたＡＤＣＣ活性を有するポリペプチドを含むＦｃ領域は、アゴニスト抗体であってよい。
一態様では、最適化されたＦｃタンパク質を選び出すためにその後実験によりスクリーニングされるＦｃタンパク質を生成するための方法が提供される。抗体の分子生物学、発現、精製及びスクリーニングのための一般的方法は、Ｈａｒｌｏｗ＆ＬａｎｅによるＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、１９８８に記載されている。
本明細書に記載される一実施形態は、Ｆｃ受容体への向上した選択性及び結合親和性を有するＦｃタンパク質を同定するための合理的な設計方法に関する。一態様では、本発明は、Ｆｃとその受容体の間の相互作用を起こさせる動的特性と関連する構造上の特徴を理解することを含む。本明細書に記載される別の実施形態は、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩＩａへのそれらの結合親和性、静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合ネットワーク、及びタンパク質分子の動的性質と関連するエントロピー効果に基づいてＦｃタンパク質ポリペプチドを同定するための方法を提供する。本発明の方法は、インシリコで同定された突然変異体を、例えば部位特異的突然変異誘発及び／又は新規合成によって構築すること、及びインビトロ検証のための哺乳動物細胞での発現をさらに可能にする。
本明細書に記載される一実施形態では、インシリコで同定されるＦｃタンパク質ポリペプチドは、宿主細胞に次にクローニングし、所望により発現させ、分析することができるメンバー配列をコードする核酸を作製するために、リバースエンジニアリングされる。これらの業務は、周知の手法を用いて実行される。例えば、本発明で有用であり得る様々な方法は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ−Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第３版（Ｍａｎｉａｔｉｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、２００１）に記載される。
それらに限定されないがインビトロアッセイ、インビボ及び細胞ベースのアッセイ、並びに選択技術を用いるものを含む様々な方法を用いてＦｃタンパク質はスクリーニングされる。スクリーニング手法では、オートメーション及びハイスループットスクリーニング技術を利用することができる。スクリーニングは、融合パートナー又は標識の使用を採用することができる。
設計戦略
標的のＦｃ受容体に対する強化された選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数のアミノ酸置換を有するＦｃタンパク質を設計するために、合理的な設計方法がとられた。この方法の中心となるのは、Ｆｃとその受容体の間の相互作用を起こさせる構造上の特徴及び関連する動的特性の理解である。ＦｃとＦｃγＲＩＩＩｂの間の公知の共複合体構造から始まり、問題の受容体ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩＩａのために相同性モデルが構築された。コンピューターによる構造及び動態力学に基づく技術の商標登録のセット（例えば、それらに限定されないが、ＺｙｍｅＣＡＤ（商標）及びＲｅｓｉｄｕｅＮｅｔｗｏｒｋｓ（商標）（ＷＯ２００９／０９８５９６、ＵＳ２００７０２７６７９１及びＵＳ２００８０１４７３６０に記載される））を適用して、これらのタンパク質間相互作用の構造機能相関への特異な識見が特定され、特定の例では向上した結合強度で様々なＦｃ受容体に優先的に結合すると予測された突然変異の特異な組合せの提案につながった。Ｆｃタンパク質を評価する主要な定量的測定基準は、結合エネルギーである。しかし、魅力的なＦｃタンパク質の選択では、静電気学、溶媒和、充填及び充填密度、水素結合ネットワーク及びタンパク質分子の動的性質と関連するエントロピー効果での変化などの、いくつかの他のパラメータも使用される。
ＷＯ２００９／０９８５９６は、分子に利用できる立体配置的空間のサンプリングに基づいて、バイオポリマーの構造単位（残基）の間でバイオポリマーのプロファイル及び相関を決定する方法及び系を提供する。これらの構造単位間の相関は、タンパク質中の結合残基ネットワークを見出すためにさらに用いられる。
一実施形態では、Ｆｃタンパク質の機能的及び／又は生物物理特性がインビトロアッセイでスクリーニングされる。アッセイは、それらに限定されないが、発色性、蛍光、発光又は同位体的標識を含む様々な検出方法を使用することができる。ＡＤＣＣを検出ためのアッセイには、それらに限定されないが、ＡＤＣＣリポーターアッセイ、細胞傷害性アッセイ、クロム放出アッセイ、ユウロピウム放出アッセイ、硫黄放出アッセイ及びフローサイトメトリーが含まれる。周知のアッセイの例は当技術分野で、例えば、Ｓｔａｖｅｎｈａｇｅｎら（２００７）「治療的抗体のＦｃ最適化は、低親和性活性化Ｆｃγ受容体を通してインビトロで腫瘍細胞を死滅させるそれらの能力を強化し、インビボで腫瘍拡大を制御する（Ｆｃ Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｅｎｈａｎｃｅｓ Ｔｈｅｉｒ Ａｂｉｌｉｔｙ ｔｏ Ｋｉｌｌ Ｔｏｍｏｒ Ｃｅｌｌｓ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌｓ Ｔｕｍｏｒ Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ Ｉｎ ｖｉｖｏ ｖｉａ ｌｏｗ−ａｆｆｉｎｉｔｙ Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ Ｆｃγ Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ）」、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６７：８８２及びＳｔａｖｅｎｈａｇｅｎら（２００８）「Ｆｃ最適化を通して治療的モノクローナル抗体の効力を強化する（Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｔｈｅ ｐｏｔｅｎｃｙ ｏｆ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｖｉａ Ｆｃ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ）」、Ａｄｖ．Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｇｕｌ．４８：１５２で見出すことができる。
本明細書に記載されるＦｃタンパク質を含む抗体及びポリペプチドの生物的特性は、細胞、組織及び全生物体の実験で特徴づけることができる。疾患若しくは疾患モデルに対する処置のための薬剤の効力を測定するために、又は薬剤の薬物動態学、毒性及び他の特性を測定するために、薬剤は、それらに限定されないがマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ及びサルを含む動物でしばしば試験される。治療法は、それらに限定されないがヌードマウス、ＳＣＩＤマウス、異種移植マウス及びトランスジェニックマウス（ノックイン及びノックアウトを含む）を含むマウスでしばしば試験される。
本発明は、以下の実施例を参照してより完全に理解される。しかし、それらは、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきでない。本明細書で指摘した全ての文献及び特許引用は、参照により明示的に組み込まれる。
（例１）選択されたＦｃγＲ結合プロファイルの生成について選択される突然変異の組合せを有するポリペプチドの合理的な設計の例示
ＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体を標的にする抗体：
ヒト上皮増殖因子受容体（ＨＥＲ）は細胞膜に埋め込まれるタンパク質であり、細胞の外から細胞の中へ分子シグナルを伝えて、遺伝子をオン／オフする。ＨＥＲタンパク質は、癌細胞で増幅されるか弱められる細胞の増殖、生存、接着、移動及び分化機能を調節する。ヒト上皮増殖因子受容体２’’−上皮増殖因子受容体ファミリーのメンバーは、乳癌により強い攻撃性を与えるタンパク質である。ＨＥＲ２／ｎｅｕは、ＣＤ３４０とも呼ばれている。乳癌の約１５〜２０％は、ＨＥＲ２／ｎｅｕ遺伝子の増幅又はそのタンパク質生成物の過剰発現を有する。乳癌でのこの受容体の過剰発現は、疾患再発の増加及び予後診断の悪化と関連している。その予後診断の役割並びにトラスツズマブへの応答を予測するその能力のために、乳房腫瘍はＨＥＲ２／ｎｅｕの過剰発現について日常的に検査される。過剰発現は、卵巣癌、胃癌及び子宮漿液子宮内膜癌などの生物学的に攻撃的な型の子宮癌などの他の癌でも起こる。
トラスツズマブは、ＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体の細胞外セグメントのドメインＩＶに結合するヒト化モノクローナル抗体である。トラスツズマブで処置される細胞は細胞周期のＧ１期に停止し、その結果増殖が低下する。トラスツズマブは、受容体の二量体化及び下流ＰＩ３Ｋカスケードを通すシグナル伝達の破壊につながるＨＥＲ２／ｎｅｕの下方制御によってその効果の一部を誘導することが示唆されている。その後Ｐ２７Ｋｉｐ１はリン酸化されず、核に入ってｃｄｋ２活性を阻害し、細胞周期の停止を引き起こすことができる。さらに、トラスツズマブは、抗血管新生因子の誘導及び血管新生促進因子の抑制の両方によって血管形成を抑制する。癌で観察される無秩序な増殖への寄与は、細胞外ドメインの放出をもたらすＨＥＲ２／ｎｅｕのタンパク分解性切断によるのであろうと考えられる。トラスツズマブは、乳癌細胞でＨＥＲ２／ｎｅｕ外部ドメイン切断を阻害することが明らかにされている。
選択されたＦｃγＲ結合プロファイルを生成する改変の組合せを含むポリペプチドの設計
本明細書で開示されるタンパク質及びポリペプチドのいくつかは、それぞれエンタルピー及びエントロピーの変化を指し示すタンパク質の相互作用及び動態力学に対する選択されたアミノ酸置換の影響に基づいて設計される。特に野生型の系と比較したタンパク質結合特性の相対的な変化を最適化することができる。
この例では、野生型抗体（トラスツズマブ／Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））と比較したとき、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への結合選択性を増加させるアミノ酸突然変異を選択することを目的としてポリペプチドは設計される。実施された合理的な設計は、四重変異体（Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ）をもたらした。下記の例では、選択性の設計目標が達成されたように、ＦｃγＲＩＩＩａ特異的静電相互作用を導入して、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂ受容体の両方へ立体反発を加える主な戦略が強調される。場合によっては、Ｆｃの１つの鎖の上の結合への突然変異の寄与は他の鎖と異なり、これらの鎖特異的な効果も実証される。４つの突然変異の各々の結果としての結合への特異的効果は、構造的及び動的変化の全体的な相乗的組合せであるＦｃ変異体の結合プロファイルと議論される。
立体選択性推進体としてのＡ３２７Ｈ
Ｈｉｓ３２７は野生型アラニンと比較して非常によりかさばった基であり、この置換はＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂに有害な反面、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体に最小限の影響を有する主な選択性推進体である。図１に示すように、野生型Ｆｃと比較すると、Ｈｉｓ３２７の追加でＦｃγＲＩＩＩａとの結合界面及びタンパク質間相互作用は保存され、このことは、これらの２つのパートナーの間で結合が影響を受けないことを示唆する。界面安定化のための主要な因子は、ＦｃγＲＩＩＩａのＴｙｒ１３２からの側鎖ヒドロキシル基の存在による。この非保存部分はＦｃγＲＩＩａに存在せず、したがってＨｉｓ３２７の追加は結合界面の大きな不安定化をもたらし、最も注目すべきことに受容体の近隣のＨｉｓ１３４残基で急速な動態が観察された（図１）。ＩＩａ受容体への結合が激しく破壊されることが予期される。
ＦｃγＲＩＩＩａ及びＦｃγＲＩＩａは、ＦｃへのＨｉｓ３２７の追加で差別的に影響を受ける保存されたＨｉｓ１３４残基を共有するが、ＦｃγＲＩＩｂはさらによりかさばったＡｒｇ１３４を含む。この残基もＨｉｓ１３４突然変異で不安定化されるが、それは、Ｆｃ上のセリン側鎖で安定する疑似良好立体構造を採用することができる（図１）。ＩＩｂ受容体へのＦｃの結合は低減されるが、安定化Ａｒｇ回転異性体（ｒｏｔｏｍｅｒ）のために消滅しないと予想される。
静電的一般安定剤及び選択性推進体としてのＳ２３９Ｅ
突然変異Ｓ２３９Ｅは受容体にＦｃ鎖特異的相互作用を提示し、それによって、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体のための一般安定化突然変異としての役割並びに選択性推進体としての役割の両方とも促進する。Ｆｃの鎖Ｂ上のＧｌｕ２３９（図１）は、保存されたＬｙｓ１２０残基と水素結合を形成することができるので、３つの全受容体にわたる一般安定化残基である。一般安定化残基は、多数の突然変異が制限領域内に導入される場合に結合界面の完全性が維持されることを保証するので、タンパク質変異体の設計で有益である。
Ｆｃの鎖Ａ（図２）に導入される場合、Ｓ２３９Ｅ突然変異は、非保存Ｌｙｓ１６１と二又の静電的相互作用を形成することができるので、向上したＦｃγＲＩＩＩａ結合のための選択性推進体であるが、ＦｃγＲＩＩａ及びＩＩｂ受容体のＴｈｒ１６１では強化された結合相互作用は可能でない。
立体的選択性及び静電的選択性の両方の推進体としてのＳ２９８Ａ
野生型抗体ＦｃのＳｅｒ２９８残基は、水素結合を通してＦｃγＲＩＩａ及びＩＩｂ受容体のＳｅｒ１２９と相互作用するが、受容体のＬｙｓ１２８は分子内で安定しており、いかなる結合相互作用にも関与しない（図３）。Ｓ２９８Ａ突然変異はＦｃと受容体の間の重要な静電結合パートナーの１つを除去し、したがって、ＦｃγＲＩＩａ及びＩＩｂ受容体への結合を大幅に減らすと予想される。
野生型Ｆｃは異なる機構を用いてＦｃγＲＩＩＩａ受容体に結合し、相互作用はＦｃ上のＳｅｒ２９８の骨格カルボニル基によって媒介され、Ｌｙｓ１２８は受容体からで、それは結合界面を部分的に占有することができる。この相互作用のために必要とされる側鎖の柔軟性及び動作は、分子動力学シミュレーションを用いて実証された（図３）。Ｓ２９８Ａ突然変異がＦｃに導入される場合、ＦｃγＲＩＩＩａのＬｙｓ１２８は結合立体構造中に「閉じ込められ」、前置される。
突然変異の相乗的組合せ
Ｆｃ設計方法で上記のコンピューター的及び構造的知見を合わせることによって、本開示は、野生型Ｆｃと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ結合を向上させたが、ＦｃγＲＩＩｂへの結合を低減させ、ＦｃγＲＩＩａへの結合を実質的に消滅させた新しい変異体を提供する。インビトロ結合アッセイで例示され、生じた結合プロファイルを図４に示す。
これらの結果は、これらの突然変異の予想外の相乗的性質も実証する（図４）。単一のＳ２３９Ｅ突然変異では、高度に相同の受容体の間で変異体が結合を明瞭に区別することができないことが示されている。Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ突然変異の組合せの追加で、ＦｃγＲＩＩＩａ選択性は向上した。
（例２）
設計された抗体のインビトロ及びエキソビボ検証
インシリコで設計されると、個々の抗体はＳｔａｖｅｎｈａｇｅｎら（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６７：８８２及びＳｔａｖｅｎｈａｇｅｎら（２００８）、Ａｄｖ．Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｇａｌ．、４８：１５２に記載される方法によって試験される。
簡潔には、各突然変異体の遺伝子は、例えば野生型フレームワークとしてトラスツズマブＩｇＧ１を用いて標準化学合成によって構築される。適するベクターへのクローニングの後、突然変異体Ｆｃポリペプチドは哺乳動物のＨＥＫ２９３細胞で発現される。ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩＩａもクローニングされてＨＥＫ２９３細胞で発現される。次に、３つの受容体の各々への抗体の結合親和性が表面プラズモン共鳴によって測定される。
表面プラズモン共鳴分析：抗体ＦｃへのＦｃγ受容体の親和性は、ＢＩＯ−ＲＡＤからのＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いてＳＰＲ（表面プラズモン共鳴）によって測定した。緩衝液（１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ ｐＨ６．８）中のＨＥＲ−２は、３０００ＲＵまでアミン結合を通してＣＭ５チップに固定化した。抗ＨＥＲ２ Ｆ（ａｂ）２を含む抗体フォーマットのＦｃ変異体を、３００ＲＵまでＨＥＲ−２表面に固定化した。流動緩衝液及び界面活性剤は、ｐＨ６．８に維持された。精製された分析物ＦｃＲをその流動緩衝液に希釈し、２０〜３０ｍｕｌ／分の流速で２分間注入し、続いてさらなる４分間解離させた。２０ｎＭから始まる各抗体の５つの２倍希釈溶液を、３反復で分析した。センソグラムを、１：１のラングミュア結合モデルに全般的にあてはめた。全ての実験は、室温で行われた。各変異体についてＳＰＲで測定されたインビトロ結合Ｋｄを、表１に示す。
抗体依存性細胞傷害分析：これらの実験では、ＳＫＢＲ−３細胞を標的細胞として用いた。低温保存されたＳＫＢＲ−３細胞の新しいバイアルを解凍し、強健な培養物を確立した。１０％ウシ胎児血清及び１％ＰｅｎＳｔｒｅｐを加えたＭｃＫｏｙの培地中で、ＳＫＢＲ−３細胞を維持した。約７５％の集密に到達後（約３〜４日ごと）、細胞を定期的に継代培養した。標的細胞（ＳＫＢＲ−３）への変異体抗体の結合を検証するために、全ての変異体及び陽性対照（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ）の結合曲線を得た。ＳＫＢＲ−３細胞をＰＢＳで洗浄し、１００μｌ容量のＰＢＳ／１％ＢＳＡ中に１本の管につき細胞数２×１０５でＦＡＣＳ（蛍光標示式細胞分取）管に再懸濁させた。抗体を管に加えて０．１、１及び１０μｇ／ｍｌの最終濃度を達成し、細胞を氷上で１時間インキュベートし、１％ＢＳＡ／ＰＢＳで洗浄し、ＦＩＴＣコンジュゲート抗ヒトＩｇＧの１：２００希釈溶液に再懸濁させた。細胞をさらに４０分間氷上でインキュベートし、再洗浄し、２００μｌのＰＢＳに再懸濁させた。１０μｌの１０ｍｇ／ｍｌヨウ化プロピジウムを各管に加え、試料をＦＡＣＳによって分析した。ＦＡＣＳゲートは、死細胞（ＰＩ＋）を排除するように設定した。各試料の平均蛍光強度（「ＭＦＩ」）を測定した。二次抗体で染色されたが一次抗体で染色されなかった細胞を、陰性対照として用いた。平均蛍光強度（「ＭＦＩ」）の倍数差から測られるように、全ての変異体はＨｅｒｃｅｐｔｉｎと同等レベルの結合を実証した。
適する細胞死を達成するためのエフェクター：標的細胞（Ｅ：Ｔ）比及びインキュベーション期間を確立するために、陽性対照としてＨｅｒｃｅｐｔｉｎを用いて予備ＡＤＣＣ実験を実施した。実験の１日前に、２００μｌの培地中に１ウェルにつき細胞数２×１０４で、ＳＫＢＲ−３細胞を平底９６穴プレートに播種した。フィコール密度勾配遠心分離を用いて５体の異なるドナーに由来する新しいバフィーコートからＰＢＭＣを精製し、ＰＢＳで３回洗浄し、１０％の熱不活性化ＦＢＳ及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−２を含むＲＰＭＩに再懸濁させた。２４時間後に、ＳＫＢＲ−３細胞を含む３つのウェルをトリプシン処理して細胞数を検証し、所望のＥ：Ｔ比を達成するために必要なＰＢＭＣの正確な数を決定した。アッセイの直前に標的細胞を１０μｇ／ｍｌのＣＦＳＥで標識した。抗体（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ）を１及び１０μｇ／ｍｌで細胞に加え、１５分間インキュベートした。次に、１０：１、５０：１及び１００：１のエフェクター：標的（Ｅ：Ｔ）比のＰＢＭＣを対応するウェルに加え、ウェルの底に細胞を集めるためにプレートを低いＲＰＭで短時間遠沈させた。次に、標準組織培養インキュベーターでプレートを４、８及び２４時間インキュベートした。処置の後、細胞を収集し、ヨウ化プロピジウム（「ＰＩ」）生存能力染色剤を含む４００μｌのＰＢＳに加え、ＦＡＣＳによって直ちに分析した。ＡＤＣＣ活性の程度は、ＰＩ＋緑色細胞（死滅標的）の頻度を全標的細胞（ＰＩ−及びＰＩ＋緑色細胞）の分画として測定することによって決定された。試験的なＡＤＣＣ実験は、ＳＫＢＲ３細胞でのＨｅｒｃｅｐｔｉｎのかなりのＡＤＣＣ活性を実証した。２４時間時には、より高いＥ：Ｔ比（５０：１及び１００：１）が多少の抗体非依存性細胞死をもたらすようであった。１及び１０μｇ／ｍｌの抗体濃度での細胞の死滅は区別できないので、ＡＤＣＣ活性は１μｇ／ｍｌを超えると飽和するようである。最適な結果は、１０：１のＥ：Ｔ比で２４時間時に観察された。
以降のＡＤＣＣ実験のために、５つのバフィーコートからのＰＢＭＣを、フィコール密度勾配遠心分離を用いて精製した。遠心及び洗浄の後、細胞を１００ｍｌの前加熱ＲＰＭＩに再懸濁させた。細胞を数え、生存能力はトリパンブルー排除で測定した。各ドナーから細胞の一定分量は、将来の使用のために低温保存された。Ｇ３８抗ＣＤ１６抗体はＶ及びＦ対立遺伝子の両方に等しい親和性で結合するという事実、並びにＦ対立遺伝子よりＶ対立遺伝子に低い親和性を有するＭＥＭ−１５４抗ＣＤ１６抗体を用いる染色とそれを比較することを活用する２抗体染色プロトコルを用いる、１５８Ｖ／Ｆ ＣＤ１６多形のためのＦＡＣＳベースの遺伝子タイピングのために、さらなる分量の細胞を用いた（Ｓ．Ｂｏｔｔｃｈｅｒら、２００５、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ、第３０６巻、１〜２号、１２８〜１３６頁）。ＣＤ１６遺伝子タイピングの結果に基づき、Ｆ／Ｖがヘテロ接合、高い細胞生存能力及び内在性細胞死のない３体のドナーからの試料を選択した。３反復のウェルで全てのデータポイントが得られ、各ドナーの生存能力は、同じドナーのＰＢＭＣと一緒に、しかし試験抗体なしでインキュベートされたＳＫＢＲ−３細胞の生存能力に標準化された。これらの試料の平均ＡＤＣＣ結果を、表１に要約する。
表１からわかるように、エキソビボＡＤＣＣアッセイは、設計された変異体が野生型抗体よりかなり低いＡＤＣＣを有していたことを明らかにした。このことは、本明細書に記載される変異が、ＡＤＣＣの調整で有用であることを示す。
（例３）
上記のコンピューター方法に基づく改変を含むさらなる抗体を表２に要約する。
（例４）
抗ＣＤ２０抗体を用いる非ホジキンリンパ腫の処置
本明細書に記載される改変の組合せを含む抗体は、軽度又は小胞のＮＨＬを有する患者に投与される。軽度又は小胞のＮＨＬの患者のための推奨投薬量は、毎週の合計４用量の３７５ｍｇ／ｍ２の静脈内注入である。患者の過半数では、これは外来診療所で２２日の期間で達成することができる。
投与の直前に、抗体調製物は、５％ブドウ糖水溶液又は０．９％塩化ナトリウム注射液で最終濃度１〜４ｍｇ／ｍＬに希釈される。注入液での調整を促進し、不注意な急速投与に起因する可能性のある有害作用を避けるために、１ｍｇ／ｍＬ希釈溶液が好ましい。調製された注入液は、ポリ塩化ビニル又はポリエチレン袋中で２〜８℃（３６〜４６°Ｆ）で２４時間、及び室温でさらなる１２時間安定である。保存剤が含まれていないので、未希釈薬剤の未使用の部分は廃棄されなくてはならない。
注入関連の影響の阻止を助けるために、各注入の３０〜６０分前に、アセトアミノフェン６５０〜１０００ｍｇ及びジフェンヒドラミン塩酸塩５０〜１００ｍｇを投与することができる。注入は、中心又は末梢の静脈内カテーテルによることができるが、潜在的に重大な注入関連の有害作用のリスクのために、絶対に静脈内のプッシュ又はボーラス注射によって与えるべきでない。他の溶液ではなく活性薬剤が最初から注入されることを保証するために、投与臨床医は、各注入を開始する前に、薬剤を含む溶液で静脈内投与管をプライミングしなければならない。最初の注入は５０ｍｇ／時間から開始されるべきであり、速度は、４００ｍｇ／時間の最大速度に到達するまで、耐えられるように３０分ごとに５０ｍｇ／時間ずつ増加させる。以降の注入は１００ｍｇ／時間から開始することができ、最大速度（４００ｍｇ／時間）が達成されるまで、耐えられるように３０分ごとに１００ｍｇ／時間ずつ増加される。大きな腫瘍負荷（白血球数、＞２５，０００／ｍｍ３）を有する患者では、２５ｍｇ／時間の初期注入速度を考慮するべきである。
（例５）
血清学的に活性な患者での全身性エリテマトーデスの処置
全ての対象は、本明細書に記載されるＦｃポリペプチド改変を組み込む抗ＣＤ２２抗体を毎月受け、初回投与は一月目の８日目及び１５日目で、疾患の進行又は対象による中止まで続く。薬剤は、１７．５バイアルに、１０ｍｇ／ｍｌの製剤で調製される。投与は、注入処置のためのビヒクル／緩衝液としてＰＢＳを用いて、遅い静脈内注入によって実施される。全ての患者は、１２週間の処置周期内に隔週の２用量で与えられる１２００ｍｇの抗体を投与される。処置患者の評価は、ＢＩＬＡＧ、ＳＬＥＤＡＩを評価する組み合わせの応答指数分析、並びに医師による全体的評価及び処置失敗状態を通して達成された。
（例６）
抗ＣＤ２２抗体を用いるＢＬＬの処置
用いた投薬量は、散在性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫で注入による１２０〜１０００ｍｇ／ｍ２である。
本明細書に記載されるアミノ酸改変を含む抗体の皮下投与
皮下免疫グロブリンは、２ｍＬ／時間の最大速度で、腹部の皮下組織中に週に２回又は３回注入される。２０ｍＬを注入するたびに、針を新しい場所へ移動させる。
（例７）
Ｂ型肝炎などの慢性疾患を制御するための免疫グロブリンの投与
処置として毎月１カ月に５０００ＩＵの本明細書に記載されるＦｃポリペプチドを組み込む抗Ｂ型肝炎抗体の連続投与は、患者自身の抗Ｂ型肝炎抗体の血清レベルの低下及び肝疾患症状の減少をもたらす。
（例８）
抗ＣＤ２０抗体を用いる臓器拒絶反応の処置
臓器移植患者の処置は、注入及び前処置のための上記のプロトコルに従って、本明細書で提供されるアミノ酸改変を含む抗ＣＤ２０抗体の１００から１０００ｍｇ／ｍ２の注入によって、毎週、隔週、隔月又は毎月行われる。
本明細書で開示されるポリペプチド及び方法は、以下の抗体のＦｃ領域への相乗的改良に基づいて抗体及びポリペプチドを開発するために、限定されずに用いられる：ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ）；アブシキシマブ（ＲｅｏＰｒｏ）；アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ）；アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）；セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）；エファリズマブ（Ｒａｐｔｉｖａ）；エタナーセプト（Ｅｎｂｒｅｌ）；ゲムツズマブオキソガマイシン（Ｍｙｌｏｔａｒｇ）；インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ）；ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ、別名Ａｎｔｅｇｒｅｎ）；オマリズマブ（Ｘｏｌａｉｒ）；パリビズマブ（Ｓｙａｎｇｉｓ）；リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ）；トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ）；ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｎｉ）；パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ）；カナキヌマブ（ＩＬＡＲＩＳ）；ウステキヌマブ（Ｓｔｅｌａｒａ）；デノスマブ（Ｐｒｏｌｉａ）；オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ）。
本発明の具体的な実施形態が本明細書で示され、記載されているが、そのような実施形態は例示のためだけに提供されることは当業者に明らかになる。本明細書に記載される本発明の実施形態への様々な代替物を本発明の実施で使用することができることを理解すべきである。以下の請求項が本発明の範囲を定義し、これらの請求項の範囲内の方法及び構造並びにそれらの同等物はそれに含まれるものとする。

Claims (65)

  1. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドであって、前記変異体Ｆｃ領域は、野生型Ｆｃ領域と比較して３つ以上のアミノ酸改変を含み、野生型Ｆｃ領域又は３つ以上のアミノ酸改変の１つだけを有する変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し、３つ以上の改変のうちの少なくとも２つは、少なくとも２つの位置での単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってＦｃγ受容体への選択された結合プロファイルを示す上記ポリペプチド。
  2. 前記アミノ酸改変が、前記３つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のＦｃγ受容体への強化された結合親和性及び／又は特異性をもたらすが、第二のＦｃγ受容体への結合親和性及び／又は特異性を低減するアミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす、請求項１に記載のポリペプチド。
  3. 前記第一のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩＩａ受容体であり、前記第二のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂである、請求項２に記載のポリペプチド。
  4. 前記アミノ酸改変が、好ましいＦｃγＲＩＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす、請求項１に記載のポリペプチド。
  5. 前記アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす、請求項１に記載のポリペプチド。
  6. 改変Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  7. 改変Ｈ２６８Ｄ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  8. 前記第一のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩａ受容体であり、前記第二のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩＩａ又はＦｃγＲＩＩｂである、請求項２に記載のポリペプチド。
  9. 前記アミノ酸改変が、好ましいＦｃγＲＩＩａ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩｂ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす、請求項１に記載のポリペプチド。
  10. 前記アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩａ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩｂへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす、請求項１に記載のポリペプチド。
  11. 前記第一のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩｂ受容体であり、前記第二のＦｃγ受容体がＦｃγＲＩＩＩａ受容体又はＦｃγＲＩＩａ受容体である、請求項２に記載のポリペプチド。
  12. 前記アミノ酸改変が、好ましいＦｃγＲＩＩｂ特異的相互作用並びに／又はＦｃγＲＩＩＩａ及び／若しくはＦｃγＲＩＩａ受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす、請求項１に記載のポリペプチド。
  13. 前記アミノ酸改変がＦｃγＲＩＩｂ受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でＦｃγＲＩＩＩａ及び／又はＦｃγＲＩＩａへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす、請求項１に記載のポリペプチド。
  14. 改変Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ／Ａ３３０Ｓを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  15. 改変Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  16. 改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  17. 改変Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  18. 改変Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  19. 改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  20. 改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｈを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  21. 改変Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  22. 改変Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  23. 野生型Ｆｃ領域を含むポリペプチドの、Ｆｃγ受容体への結合がインビトロアッセイによって検出可能である、請求項１に記載のポリペプチド。
  24. 前記３つ以上の改変が突然変異Ｓ２３９Ｅを含み、Ｓ２３９Ｅ突然変異を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への結合においてより高い選択性を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
  25. 前記３つ以上の改変が突然変異Ｓ２９８Ａを含み、Ｓ２９８Ａ突然変異を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂ受容体への低減された結合親和性を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
  26. アミノ酸改変Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含み、Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への向上した結合選択性を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
  27. アミノ酸改変Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含み、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への向上した結合選択性を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
  28. アミノ酸改変Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含み、Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ改変を欠くポリペプチドと比較して、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体への向上した結合選択性を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
  29. ３つのアミノ酸改変を含み、前記突然変異が、Ｄ２７０Ｌ／Ｙ３００Ｌ／Ａ３３０Ｋ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｆ、Ｇ２３７Ｆ／Ｖ２６６Ｌ／Ｓ２６７Ｄ、Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｇ／Ｎ３２５Ｌ及びＬ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｅ／Ｎ３２５Ｌから選択される、請求項１に記載のポリペプチド。
  30. Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ、Ｓ２３９Ｅ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ、Ｇ２３６Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｉ３３２Ｅ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｈ２６８Ｅ／Ｄ２７０Ｅ／Ｓ２６７Ｇ、Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄ／Ａ３３０Ｓ、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ、Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ２３６Ａ、Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｑ／Ｓ２３９Ｅ、Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｋ３２６及びＧ２３６Ｓ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉから選択される少なくとも３つのアミノ酸の改変を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  31. Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈ、Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｈ２６８Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２９８Ａ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ及びＧ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅ及びＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅから選択される少なくとも４つのアミノ酸の同時改変を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  32. アミノ酸改変Ｈ２６８Ｄ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  33. 抗体トラスツズマブ又はその抗原結合部分を含む、請求項１から３２までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
  34. １つ又は複数のアミノ酸改変がＥＵインデックスによる２３４位〜３３０位の間に位置する、請求項１に記載のポリペプチド。
  35. 少なくとも３つのアミノ酸改変が、Ｌ２３４Ｑ、Ｌ２３４Ｎ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３６Ｅ、Ｅ２３６Ｌ、Ｅ２３６Ｄ、Ｇ２３７Ｆ、Ｇ２３７Ｎ、Ｓ２３９Ｅ、Ｓ２３９Ｄ、Ｄ２６５Ｅ、Ｄ２６５Ｓ、Ｓ２６７Ｅ、Ｓ２６７Ｄ、Ｓ２６７Ｇ、Ｈ２６８Ｄ、Ｈ２６８Ｅ、Ｅ２６９Ｌ、Ｅ２６９Ｌ、Ｄ２７０Ｎ、Ｄ２７０Ｉ、Ｄ２７０Ｅ、Ｓ２９８Ａ、Ｋ３２６Ａ、Ｋ３２６Ｄ、Ａ３２７Ｈ、Ａ３２７Ｖ、Ａ３２７Ｌ、Ａ３２７Ｔ、Ａ３３０Ｖ、Ａ３３０Ｌ、Ａ３３０Ｗ、Ａ３３０Ｉ、Ａ３３０Ｓ、Ｉ３３２Ｌ、Ｉ３３２Ｄ及びＩ３３２Ｅからなる群から選択される、請求項１に記載のポリペプチド。
  36. 前記変異体Ｆｃ領域が、Ｌ２３５Ａ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ；Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２６５Ｅ；Ｓ２３９Ｅ／Ｅ２６９Ｄ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｎ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｖ；Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｉ／Ｓ２３９Ｅ；Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ３２６Ａ；Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３２７Ｔ／Ｅ２６９Ｌ／Ｋ３２６Ａ；Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｔ／Ｋ３２６Ａ；Ａ３３０Ｖ／Ｉ３３２Ｌ／Ｓ２３９Ｅ；Ａ３３０Ｗ／Ｉ３３２Ｄ／Ｓ２３９Ｅ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３２７Ｖ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２６５Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｈ／Ａ３３０Ｉ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３２７Ｖ／Ｇ２３７Ｆ；Ｌ２３４Ｎ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ；Ｌ２３４Ｑ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ；Ｌ２３４Ｑ／Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２９８Ａ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２７０Ｎ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｈ；Ｇ２３７Ｆ／Ａ３２７Ｌ／Ａ３３０Ｉ；Ｓ２３９Ｅ／Ａ３３０Ｉ／Ａ３２７Ｌ；Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｌ２３５Ａ／Ａ３２７Ｈ；Ｓ２６７Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｇ２３７Ｆ／Ｄ２７０Ｎ／Ｓ２３９Ｅ；Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ／Ｇ２３６Ｅ；Ｉ３３２Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｉ３３２Ｅ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｅ；Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２３９Ｅ／Ｇ２３７Ｆ；Ｓ２３９Ｅ／Ｈ２６８Ｄ／Ｇ２３７Ｆ；Ｓ２９８Ａ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ／Ｓ２３９Ｅ；Ｓ２９８Ａ／Ｇ２３７Ｆ／Ａ３３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｈ２６８Ｅ／Ｄ２７０Ｅ／Ｓ２６７Ｇ；Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ；Ｈ２６８Ｄ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ／Ｅ２６９Ｌ／Ｓ２９８Ａ；及びＡ３３０Ｓ／Ｄ２６５Ｅ／Ｓ２６７Ｄからなる群から選択されるアミノ酸改変の組合せを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  37. 前記変異体Ｆｃ領域が、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ；Ｓ２３７Ｆ／Ｓ２３９Ｅ／Ｄ２６５Ｅ及びＨ２６８Ｅ／Ｄ２７０／Ｅ／Ｓ２６７Ｇからなる群から選択されるアミノ酸改変の組合せを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
  38. 前記変異体Ｆｃ領域がアミノ酸改変Ｈ２６８Ｄを含み、改変Ｓ２６７Ｅを含まない、請求項１に記載のポリペプチド。
  39. 親ポリペプチドのＦｃ領域がヒトＩｇＧのＦｃ領域である、請求項１に記載のポリペプチド。
  40. ヒトＩｇＧのＦｃ領域がヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域である、請求項３９に記載のポリペプチド。
  41. 抗体である、請求項１に記載のポリペプチド。
  42. モノクローナル抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体である、請求項４１に記載の抗体。
  43. 請求項１に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
  44. 請求項４３に記載の核酸を含むベクター。
  45. 請求項１に記載のポリペプチドを生成するための方法であって、（ｉ）前記ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現に適する条件下において培地中で培養すること；及び（ｉｉ）前記培地からポリペプチドを回収することを含む上記方法。
  46. 請求項１に記載される変異体Ｆｃ領域を含む、癌標的抗原に特異的に結合する治療抗体。
  47. アバゴボマブ、アダリムマブ、アレムツズマブ、アウログラブ、バピネオズマブ、バシリキシマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ブリアキヌマブ、カナキヌマブ、カツマキソマブ、セルトリズマブペゴール、セツキシマブ、ダクリズマブ、デノスマブ、エファリズマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゴリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、イピリムマブ、ルミリキシマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、ムロモナブ、ミコグラブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ペルツズマブ、ラニビズマブ、レスリズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、トシリズマブ／アトリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｐｒｏｘｉｎｉｕｍ（商標）、Ｒｅｎｃａｒｅｘ（商標）、ウステキヌマブ、ザルツムマブ及び他の任意の抗体からなる群から選択される、請求項４６に記載の治療抗体。
  48. 前記標的抗原が、ＩＬ−２Ｒのａ鎖（ＣＤ２５）、アミロイドベータ、抗ＥｐＣＡＭ×抗ＣＤ３、ＢＬｙＳ（又はＢＡＦＦ）、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ８０、ＣＴＬＡ−４、ＥＧＦＲ、ＥｐＣＡＭ、ＲＳＶのＦタンパク質、Ｇ２５０、糖タンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ２／ｎｅｕＲ、Ｈｓｐ９０、ＩｇＥ抗体、ＩＬ−１２／ＩＬ−２３、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−５、ＩＬ−６受容体、インテグリンアルファ４／ベータ１、ムチン１６／ＣＡ−１２５、ＲＡＮＫＬ、ＴＮＦアルファ、ＶＥＧＦ−Ａ及び他の治療的に有利な標的からなる群から選択される、請求項４６に記載の治療抗体。
  49. 癌抗原で特徴づけられる癌を有する患者で癌を処置する方法であって、請求項４６に記載の治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む上記方法。
  50. 前記患者がヒトである、請求項４９に記載の方法。
  51. 免疫抗原で特徴づけられる免疫障害を有する患者で免疫障害を処置する方法であって、請求項４６に記載の治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む上記方法。
  52. 請求項１に記載のポリペプチドの治療的有効量及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  53. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介により有効である、請求項１に記載のポリペプチド。
  54. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介において約１．５倍から約１００倍より有効である、請求項５３に記載のポリペプチド。
  55. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、ＡＤＣＣの媒介において約２倍から約５０倍より有効である、請求項５３に記載のポリペプチド。
  56. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介により有効である、請求項１に記載のポリペプチド。
  57. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約２倍より有効である、請求項５６に記載のポリペプチド。
  58. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約１０倍より有効である、請求項５６に記載のポリペプチド。
  59. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約５０倍より有効である、請求項５６に記載のポリペプチド。
  60. 変異体Ｆｃ領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約１００倍より有効である、請求項５６に記載のポリペプチド。
  61. ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及び／又はＦｃγＲＩＩＩａへの計算された結合親和性に基づいてインシリコでＦｃ変異体ポリペプチドを同定するための方法。
  62. 前記Ｆｃ変異体ポリペプチドの静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合及びエントロピー効果をインシリコでさらに計算することを含む、請求項６１に記載の方法。
  63. 前記Ｆｃ変異体ポリペプチドを構築し、哺乳動物細胞において抗体のコンテクストで前記ポリペプチドを発現させることをさらに含む、請求項６１に記載の方法。
  64. アミノ酸改変は、ＥＵインデックスによる３１７位及び３５３位での同時改変を含まない、請求項１に記載のポリペプチド。
  65. アミノ酸改変は、ＥＵインデックスによる３３２位での置換を含まない、請求項１に記載のポリペプチド。
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