JP2009521230A5

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Publication number: JP2009521230A5
Application number: JP2008547662A
Authority: JP
Filing date: 2006-12-22
Publication date: 2010-02-18
Anticipated expiration: 2026-12-22

Claims

第１のプローブおよび第２のプローブを含むプローブペアであって、該第１のプローブが、
（ａ）（ｉ）第１のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第１の標識結合領域；（ｉｉ）第２のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第２の標識結合領域（該第１の標識結合領域とオーバーラップしない）；を含む第１の分子と、
（ｂ）該第１の分子に結合された第１の標的特異的配列と、
を含む複合体であり、
該第２のプローブが、（ｉ）第２の標的特異的配列；（ｉｉ）場合により、第３のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第３の標識結合領域；および（ｉｉｉ）場合により、第２の分子に結合されたアフィニティータグ；を含む第２の分子であり、
該第１の標的特異的配列および該第２の標的特異的配列が、同一の標的分子の異なる領域に結合し、
該標的分子が、天然に存在する分子または天然に存在する分子のｃＤＮＡまたは該ｃＤＮＡの相補体であり、
該プローブペアがその標的分子に結合された時、該第１および該第２のシグナルの同一性ならびにそれらの互いの相対位置が、該標的分子を同定するコードの少なくとも一部を構成する、上記プローブペア。
第１のプローブおよび第２のプローブを含むプローブペアであって、該第１のプローブが、
（ａ）（ｉ）第１のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第１の標識結合領域；（ｉｉ）第２のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第２の標識結合領域；を含む第１の分子と、
（ｂ）該第１の分子に結合された第１の標的特異的配列と、
を含む複合体であり、
該第２のプローブが、（ｉ）第２の標的特異的配列；（ｉｉ）場合により、第３のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第３の標識結合領域；および（ｉｉｉ）場合により、第２の分子に結合されたアフィニティータグ；を含む第２の分子であり、
該第１の標的特異的配列および該第２の標的特異的配列が、同一の標的分子の異なる領域に結合し、
該第１のシグナルおよび該第２のシグナルが、空間的もしくは分光的に識別可能であり、
該標的分子が、天然に存在する分子または天然に存在する分子のｃＤＮＡまたは該ｃＤＮＡの相補体であり、
該プローブペアがその標的分子に結合された時、該第１および該第２のシグナルの同一性ならびにそれらの互いの相対位置が、該標的分子を同定するコードの少なくとも一部を構成する、上記プローブペア。
前記第１および前記第２の標識結合領域が所定のヌクレオチド配列である、請求項１または２に記載のプローブペア。
第１のＤＮＡ分子が前記第１の標識結合領域にハイブリダイズされ、この第１のＤＮＡ分子に、前記第１のシグナルを構成する光を放出する前記１つ以上の標識モノマーが結合され；かつ第２のＤＮＡ分子が前記第２の標識結合領域にハイブリダイズされ、この第２のＤＮＡ分子に、前記第２のシグナルを構成する光を放出する前記１つ以上の標識モノマーが結合される、請求項３に記載のプローブペア。
第１のＲＮＡ分子が前記第１の標識結合領域にハイブリダイズされ、この第１のＲＮＡ分子に、前記第１のシグナルを構成する光を放出する前記１つ以上の標識モノマーが結合され；かつ第２のＲＮＡ分子が前記第２の標識結合領域にハイブリダイズされ、この第２のＲＮＡ分子に、前記第２のシグナルを構成する光を放出する前記１つ以上の標識モノマーが結合される、請求項３に記載のプローブペア。
前記第１のプローブがアフィニティータグをさらに含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載のプローブペア。
前記第２のプローブがアフィニティータグを含む、請求項１〜６に記載のプローブペア。
前記第２のプローブが、第３のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第３の標識結合領域を含む、請求項１〜７に記載のプローブペア。
前記第３の標識結合領域が所定のヌクレオチド配列であり、かつ第３のＲＮＡ分子が前記第３の標識結合領域にハイブリダイズされ、この第３のＲＮＡ分子に、前記第３のシグナルを構成する光を放出する前記１つ以上の標識モノマーが結合される、請求項８に記載のプローブペア。
前記プローブペアがその標的分子に結合された時、前記コードが、前記第１のシグナル、前記第２のシグナル、および前記第３のシグナルの同一性とそれらの互いの相対位置とを含む、請求項９に記載のプローブペア。
前記コードが、前記第１および前記第２のシグナルの同一性と、それらの互いの相対位置と、前記シグナルの少なくとも１つから生じるスポットのサイズと、を含む、請求項１または２に記載のプローブペア。
前記第１および前記第２の分子が核酸分子である、請求項７に記載のプローブペア。
前記標識結合領域および前記標的特異的配列が所定のヌクレオチド配列である、請求項１２に記載のプローブペア。
前記１つ以上の標識モノマーが、それらのそれぞれの結合領域にハイブリダイズされた核酸に共有結合される、請求項１３に記載のプローブペア。
前記核酸が、１つ以上の非共有結合架橋核酸を介してそれぞれの結合領域にハイブリダイズされる、請求項１４に記載のプローブペア。
前記第２の分子が、第４のシグナルを構成する光を放出する１つ以上の標識モノマーが結合される第４の標識結合領域（前記第３の標識結合領域とオーバーラップしない）をさらに含む、請求項７に記載のプローブペア。
前記プローブペアがその標的分子に結合された時、前記コードが、前記第１のシグナル、前記第２のシグナル、前記第３のシグナル、および前記第４のシグナルの同一性とそれらの互いの相対位置とを含む、請求項１６に記載のプローブペア。
前記第１の標識結合領域に結合された標識モノマーが同一の波長の光を放出し、この光が前記第１のシグナルを構成し、かつ前記第２の標識結合領域に結合された標識モノマーが同一の波長の光を放出し、この光が前記第２のシグナルを構成する、請求項１に記載のプローブペア。
前記第１のシグナルおよび前記第２のシグナルの少なくとも一方が、複数の異なる波長の光を含む、請求項１に記載のプローブペア。
前記第１および前記第２のシグナルが分光的に識別可能である、請求項１に記載のプローブペア。
前記第１および前記第２のＲＮＡ分子が、それぞれ、１００〜３，０００ヌクレオチドの長さである、請求項５に記載のプローブペア。
生体分子サンプル中の標的分子を検出する方法であって、（ｉ）該サンプルを、該標的分子への前記第１の標的特異的配列および前記第２の標的特異的配列の結合を可能にする条件下で請求項１〜２１のいずれか１項に記載のプローブペアに、接触させることと、（ｉｉ）該標的分子を同定するコードを検出することと、を含む、上記方法。
前記生体分子サンプル中の前記標的分子の量を定量することをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
前記第１および前記第２の標的特異的配列のそれぞれの濃度が、前記標的分子の濃度を超える、請求項２２または２３に記載の方法。