JP2018527902A5

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Publication number: JP2018527902A5
Application number: JP2018502120A
Authority: JP
Filing date: 2016-07-15
Publication date: 2019-09-12
Anticipated expiration: 2036-07-15

Claims

（１）組織サンプル中の少なくとも１つのタンパク質標的を、標的結合ドメインシグナルオリゴヌクレオチド、および標的結合ドメインとシグナルオリゴヌクレオチドとの間に位置する光切断モチーフを含む少なくとも１つのプローブと接触させ；
（２）該シグナルオリゴヌクレオチドを放出するのに十分な光で該組織サンプルの特定の位置を照射し；および
（３）放出されたシグナルオリゴヌクレオチドを近位溶液から回収し、該近位溶液は照射された位置の上に直接に溶出される；
（４）放出されたシグナルオリゴヌクレオチドを同定し、それによって、照射された組織サンプル中の特定の位置の少なくとも１つのタンパク質標的を検出すること、
を含む、方法。
前記検出が、少なくとも１つのタンパク質標的の同一性および量を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも１つのタンパク質標的が、少なくとも２つの異なったタンパク質標的または同じタンパク質標的の少なくとも２つのコピーを含む、請求項１または２に記載の方法。
前記検出が、異なったタンパク質標的のそれぞれの量を比較することを含む、請求項３に記載の方法。
前記組織サンプルの少なくとも第二の特定の位置に対して少なくともステップ（２）〜（４）を反復することを更に含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
前記検出が、特定の位置内の少なくとも１つのタンパク質標的の量を、少なくとも第二の特定の位置の量と比較することを含む、請求項５に記載の方法。
前記特定の位置および前記少なくとも第二の特定の位置が、同じ細胞型である、請求項５または６に記載の方法。
前記特定の位置および前記少なくとも第二の特定の位置が、異なった細胞型である、請求項５または６に記載の方法。
前記検出が、前記特定の位置の少なくとも１つのタンパク質標的の量と、少なくとも１つの第二の特定の位置の少なくとも１つのタンパク質標的の量とを比較することを含む、請求項８に記載の方法。
細胞型が、正常細胞および異常細胞から独立に選択される、請求項７または８に記載の方法。
前記組織サンプルが、表面に直接固定されるか、または表面に間接的に固定される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
前記組織サンプルが、２〜１０００μｍ厚の組織切片である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
前記組織切片が、ホルマリンで固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルから得られる、請求項１２に記載の方法。
前記組織サンプルが少なくとも１つの細胞を含み、当該少なくとも１つの細胞が、培養細胞、初代細胞、または外植片からの解離細胞である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
前記組織サンプルが、固定されるかまたは固定されていない、請求項１２または１４に記載の方法。
前記組織サンプルが、ステップ（２）の前に染色または標識され、それによって、染色または標識された細胞の細胞下構造、細胞構造、または組織関連構造の視覚化を可能にする、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
前記シグナルオリゴヌクレオチドが、一本鎖核酸または部分的に二本鎖核酸である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
前記逆精製が、放出されたシグナルオリゴヌクレオチドから完全なプローブ分子を取り出すために使用される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
前記逆精製が、完全なプローブを、完全なプローブの一部に相補的な固定されたオリゴヌクレオチドまたは完全なプローブの一部を認識し、結合する固定化抗体もしくはタンパク質結合モチーフと接触させることを含む親和性精製を含む、請求項１８に記載の方法。
前記完全なプローブの標的結合ドメインが、普遍的な精製タグ、あるいは、固定されたオリゴヌクレオチドに部分的に相補的であるか、または固定化抗体もしくはタンパク質結合モチーフによって認識されるか、または結合されることができる配列を含む、請求項１９に記載の方法。
前記照射が、アーク燈、レーザー、集束ＵＶ光源、および発光ダイオード（ＬＥＤ）から成る群から選択される光源によって供給される、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
前記照射が、組織サンプルの特定の位置の少なくとも１つの細胞下構造に行われる、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
前記検出が、組織サンプルの少なくとも１つの細胞下構造内の少なくとも１つのタンパク質標的の量を決定することを含む、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
前記照射が、アーク燈、レーザー、集束ＵＶ光源、および発光ダイオード（ＬＥＤ）から成る群から選択される光源によって供給され、かつ、該光源が、組織サンプルの特定の位置の少なくとも１つの細胞下構造に照射され、そして、組織サンプルの少なくとも第二の特定の位置の少なくとも１つの細胞下構造に照射される、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
前記検出が、組織サンプルの特定の位置の少なくとも１つの細胞下構造内の少なくとも１つのタンパク質標的の量と、組織サンプルの少なくとも第二の特定の位置の少なくとも１つの細胞下構造内のものとを比較することを含む、請求項２４に記載の方法。
前記標的結合ドメインが、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドから成る群から選択される、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
前記検出が、ポリメラーゼ反応、逆転写酵素反応、オリゴヌクレオチドマイクロアレイへのハイブリダイゼーション、質量分析法、蛍光分子ビーコンへのハイブリダイゼーション、シークエンシング反応、または分子バーコードを含む、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
前記タンパク質標的が、完全なタンパク質、複数のポリペプチド、ポリペプチド、またはペプチドである、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
前記近位溶液が、吸引することによって回収される、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
前記吸引が、ピペット、毛細管、マイクロアレイピン、および／または穴を備えたフローセルによってである、請求項２９に記載の方法。
前記毛細管が、光を組織サンプルの特定の位置まで透過させることができる光学デバイスを備えている、請求項３０に記載の方法。
前記光が、ＵＶ光である、請求項３１に記載の方法。
前記ピペットまたはマイクロアレイピンが、複数のピペットまたはマイクロアレイピンを備えたアレイに取り付けられる、請求項３２に記載の方法。
前記近位溶液が、陰イオン性重合体、好ましくは硫酸デキストラン、および／またはサケ精子ＤＮＡを含む、請求項１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
前記回収したシグナルオリゴヌクレオチドが、陰イオン性重合体、好ましくは硫酸デキストラン、および／またはサケ精子ＤＮＡを含む溶液に加えられる、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
前記方法が、レーザー走査デバイスを使用して関心領域に照射をおこなうことを更に含む、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
前記方法が、デジタルミラーデバイス（ＤＭＤ）を使用して関心領域に照射をおこなうことを更に含む、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
前記方法が、サンプルに関する同時の空間分解タンパク質検出を提供する、請求項１〜３７のいずれか１項に記載の方法。
前記検出が、＞５ログの線形ダイナミックレンジを含むデジタル読み出し値を提供することを含む、請求項１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
前記組織サンプルが、スライドに接着され、最初に、蛍光を使用して画像化され、次に、タンパク質発現が、前記組織サンプルからデジタル的にカウントされる、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の方法。
前記プローブが、０．０１ｎＭ〜５ｎＭ以下の濃度にて用意される、請求項１〜４０のいずれか１項に記載の方法。
前記プローブが、０．０１ｎＭ〜１ｎＭ以下の濃度にて用意される、請求項４１に記載の方法。
前記プローブが、０．０１ｎＭ〜０．４ｎＭ以下の濃度にて用意される、請求項４２に記載の方法。
前記プローブが、０．０１ｎＭ〜０．２ｎＭ以下の濃度にて用意される、請求項４３に記載の方法。