KR20210121016A - 병리학적 표본의 모바일 디지털 공간 프로파일링을 위한 방법, 장치, 시스템 및 디바이스 - Google Patents
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Abstract
본 개시의 실시예는 하나 이상의 관심 영역(ROI)을 이미징한 후 예를 들어, UV광을 사용하여 하나 이상의 ROI에서 항체로부터 올리고스를 절단하고(“광절단”), 나중에 혼성화 및 계수를 위해 광절단된 올리고스를 수집하도록 구성된 소형의, 모바일, 디지털 공간 프로파일링(DSP) 시스템 및 관련 장치, 디바이스, 방법에 관한 것이다.
Description
관련 출원
본 출원은, 2019년 12월 21일에 출원된 미국 특허 가출원 제62/783,735호의 이익 및 우선권을 주장하며, 이 출원의 전체 개시내용은 참조에 의해 여기에 포함된다.
개시내용의 분야
본 개시내용의 실시예는 병리학적 표본의 생화학적 특성화를 위한 모바일 디지털 공간 프로파일링에 관한 것이다.
생물학적 연구 및 임상 병리학에서, 조직 내 생체 분자의 공간적 배열에 대한 정보는 질병 상태 및 병인을 결정하는데 중요하다. 그러나, 현재의 방법은 정량적이지 않거나 파괴적이거나 공간 정보가 부족한 “로우 플렉스(low-plex)”이다. 이러한 요구를 충족시키기 위해, 고정된 조직 샘플에서 생물학적 종의 상대적인 양을 정량화 하는 디지털 공간 프로파일링(DSP: Digital Spatial Profiling) 방법이 개발되었다. 이러한 방법은 DNA, RAN 및 단백질을 표적으로 하며, 이는 DNA 기반의 형광 바코드의 사용으로 인해 질병 상태 및/또는 병인을 결정하기 위한 적절한(또는 더 많은)양의 정보를 수집하는 “하이 플렉스(high-plex)” 이다. 각 바코드는 분자 인식 모이어티(moiety)에 결합된 올리고 핵산염과 연관되며, 이는 자외선을 사용하여 절단되고 용액에서 복구될 수 있다. 그 후 바코드는 샘플 내 분자의 상대적인 양을 결정하기 위해 사용된다. 이 방법은 많은 이점을 가지고 있지만, 시장에는 가벼운 대안을 위한 여지가 있다.
일부 실시예의 요약
본 개시내용의 실시예는 축소된 크기, 디지털 공간 프로파일링(DSP) 시스템 및 관련 장치, 디바이스 및 방법에 관한 것이다. 이전의 모든 것은 조직의 하나 이상의 관심 영역(ROI; regions-of-interest)을 이미징 하고, UV광을 사용하여 하나 이상의 ROI에서 올리고스(즉, 올리고머)를 항체에서 분리(광 절단(photo-cleaving))하고, 나중에 혼성화 및 계수화 할 수 있는 광 절단 올리고스를 수집(예를 들어, Nanostring® nCounter 기술 사용)하도록 구성될 수 있다. 일부 실시예에서, 이러한 기능은 또한 모바일 형태로 제공될 수 있으며, 또한(일부 실시예에서), 소형의 형태로 제공될 수 있다.
따라서, 그러한 소형의 모바일 DSP 시스템은 일부 실시예에서, 예를 들어 전원, 프로세서, UV원(UVS), 예를 들어, LED, LED 어레이, 형광 전구, 백열 전구, 아크 램프, 금속 할로겐화 램프와 같은 명시야 이미징을 위한 가시광원(VLS), UV원으로부터 UV 광 및/또는 가시광원으로부터 가시광으로 조직 샘플을 선택적으로 비추도록 구성된 포토 마스킹 수단, 위에 조직을 갖는 슬라이드의 적어도 일부를 수용하도록 구성된 챔버(여기서 챔버는 조직용 액체 환경으로 구성될 수 있음) 및 UVS 및/또는 VLS를 조직, 슬라이드, 챔버, 포토 마스킹 수단, 개인용 모바일 컴퓨팅 디바이스(PMD)에 작동 가능하게 연결된 카메라 센서 중 적어도 하나 상에 지향시키는 것 및/또는 초점을 맞추는 것 중 적어도 하나를 수행하도록 구성된 광학 수단(일부 실시예에서는 챔버 외부에 제공될 수 있음)을 포함하는 DSP 시스템의 적어도 하나의 구성요소를 포함하는 하우징 또는 다른 구조를 포함할 수 있다. PMD는 전화, 태블릿, 노트북 및 데스크톱을 포함할 수 있다. 작동 가능하게 연결된 카메라 센서는 PMD의 내부 또는 통합형 이거나 PMD의 외부일 수 있다. 하우징 또는 챔버 중 적어도 하나는 카메라 센서가 조직을 이미징 할 수 있도록 PMD에 제거 가능하게 부착되도록 구성된다.
이러한 실시예는 다음의 피처, 구조, 기능, 단계 및/또는 설명 중 적어도 하나 이상을 추가로 포함할 수 있으며(일부 실시예에서는 복수, 추가 실시예에서는 모두), 또 다른 실시예를 생성한다:
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포토 마스킹 수단은 선택적으로 배면광을 갖는 LCD를 포함할 수 있다.
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VLS는 LCD 배면광 또는 별도의 외부 가시광원을 포함할 수 있다;
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광학 수단은 집광 렌즈, 스캔 렌즈 중 적어도 하나, 복수 또는 모두를 포함할 수 있는 UVS를 위한 제1 세트, 이색성 거울 및 대물 렌즈를 포함할 수 있는 제2 광학세트 포함할 수 있다;
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이색성 거울은 여러 광원의 빛을 하나의 광축으로 재지향시키도록 구성된다;
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포토 마스킹 수단은 관심 영역(ROI)에서만 조직에 도달하도록 UV 및 가시광 중 적어도 하나를 구성하기 위해 프로그래밍 가능한 개구(aperture)로 구성된 LCD를 포함할 수 있다;
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챔버는 슬라이드를 수용하도록 구성된 슬롯을 포함할 수 있다;
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포토 마스크는 다음 중 적어도 하나를 포함할 수 있다: 디지털 마이크로-미러 디바이스(DMD), 실리콘 상의 액정(LCoS) 디스플레이, 유기 발광 다이오드(OLED), 마이크로 발광 다이오드(μLED) 어레이, 광섬유번들(a fiber optic bundle), 액정 디스플레이(LCD), 스캐닝 레이저 및 물리적 장벽;
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포토 마스킹 수단은 픽셀 그리드를 포함하는 LCD를 포함할 수 있으며, 여기서 LCD는 조직으로부터 미리 결정된 거리에 배열되고, 여기서:
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미리 결정된 거리는 조직이 픽셀 그리드에 의해 가려지지 않도록 구성될 수 있다;
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미리 결정된 거리는 대략 0.01에서 5mm 사이일 수 있다;
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미리 결정된 거리는 대략 0.50에서 2.5mm 사이일 수 있다;
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미리 결정된 거리는 대략 0.75에서 2.25mm 사이일 수 있고; 또는
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미리 결정된 거리는 대략 1에서 2mm 사이일 수 있고/있거나
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미리 결정된 거리는 적어도 조직의 명확한 시각화를 제공하거나 UV광의 확산을 최소화하도록 구성될 수 있다;
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포토 마스킹 수단은 다음 중 적어도 하나를 제공하도록 구성될 수 있다: 대략 50 내지 300mm사이의 조명 해상도, 대략 1-12.5 cm2 또는 5-12.5 cm2 사이의 시야 및/또는 대략 1-5x 또는 1-3x사이의 배율;
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하우징, 챔버 및 슬롯 중 적어도 하나는 슬라이드가 그것에 대해 상대적으로 이동할 수 있도록 구성되고, 여기서
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슬라이드의 상대적 이동은 조직 이미징을 위해 구성될 수 있다;
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하우징, 챔버 및 슬롯 중 적어도 하나는 적어도 하나의 용액을 수용 및/또는 회수하도록 구성되며, 여기서 적어도 하나의 용액의 수용 및/또는 회수는 유체 수송을 통할 수 있고, 여기서 유체 수송은 피펫팅(pipetting) 및 모세관 작용 중 적어도 하나를 포함할 수 있으며, 피펫팅은 수동 또는 로봇 수단을 통한 자동일 수 있다;
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하우징은 다음 중 적어도 하나를, 일부 실시예에서는 복수를, 일부 실시예에서는 전부를 포함하거나 포함할 수 있다: 복수의 스캐폴드(scaffold), PMD 프레임, 적어도 하나의 대물 렌즈 프레임, 적어도 하나의 슬라이드 프레임, 포토 마스킹 프레임, 적어도 하나의 집광 프레임 및 적어도 하나의 열 관리 수단;
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열 관리 수단은 열 싱크, 열 펌프, 팬(fan), 액체 냉각 시스템 및 펠티에 (Peltier) 디바이스 중 적어도 하나를 포함할 수 있다;
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하우징은 복수의 대물 렌즈 프레임 중 단일 대물 렌즈 프레임을 제거 가능하게 수용하도록 구성될 수 있고, 여기서 각각은 상이한 대물 렌즈 및 해당 배율을 가지며, 여기서:
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각 대물 렌즈 프레임은 카메라 센서와 다른 간격을 제공하도록 구성될 수 있다; 및/또는
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적어도 하나의 열 관리 수단은 복수의 열 싱크 클립을 포함할 수 있다;
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PMD를 더 포함할 수 있고;
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PMD는 다음 중 적어도 하나를, 일부 실시예에서는 복수를, 일부 실시예에서는 전부를 포함할 수 있다: PMD 프로세서, 디스플레이, 슬라이드에 배열된 조직을 이미징 하기위한 카메라 센서 및 정보를 원격 장치에 직접 또는 네트워크를 통해 통신하기 위한 제1 무선 통신 수단 및 선택적으로 로컬 디바이스와 통신하기위한 제2 무선 통신 수단; 및/또는
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제2 무선 통신 수단은 블루투스, Wi-Fi 또는 적외선 중 적어도 하나를 포함할 수 있다;
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소프트웨어 어플리케이션은 모바일 디바이스가 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 표시하도록 구성될 수 있고 프로세서에서 작동하도록 구성될 수 있으며, GUI는 조직 슬라이드의 카메라 센서를 통해 획득되고 PMD의 디스플레이에 표시되는 조직 이미지의 관심 영역(ROI)을 선택하기 위해 사용자 입력을 수신하도록 구성될 수 있다;
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시스템은 암시야 현미경, 명시야 현미경, 위상차 현미경, 형광 현미경 및 자외선 표면 자극이 있는 현미경 중 적어도 하나를 위해 추가로 구성될 수 있다;
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펌프 시스템은 용액의 흐름을 슬라이드에 제공하도록 구성되고, 여기서 용액은 버퍼 및/또는 조직 얼룩일 수 있다;
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온도 센서는 하우징 및 챔버 중 적어도 하나에서 온도를 결정하도록 구성될 수 있다;
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프로세서는 다음과 같이 구성될 수 있다:
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온도 센서로부터 감지된 온도에 해당하는 입력을 수신 및/또는
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다음 중 적어도 하나: 감지된 온도가 미리 결정된 온도보다 더 클 때 UVS를 끄고; 감지된 온도가 미리 결정된 양보다 더 클 때 시각적 및 청각적 경고 중 적어도 하나를 제공함;
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밀봉 수단은 조직 위의 액체 환경을 유지하도록 구성될 수 있고; 및
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수동 유체 수집 안내 수단은 다음일 수 있다:
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조직에 근접하게 배열되고,
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조직으로부터 용액을 피펫팅하는 것을 가능하게 하도록 구성되고, 및
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그리드 장벽을 포함할 수 있고, 여기서 그리드 장벽은 밀봉 수단내에 또는 근접하게 구성될 수 있거나 유동 셀(flow cell)로서 또는 유동 셀로 구성될 수 있고/있거나 그리드 장벽은 챔버 내에 또는 근접하게 배열될 수 있다.
일부 실시예에서, 수동 유체 수집 안내 수단은 마이크로어레이를 포함할 수 있고, 여기서 마이크로 어레이는 유동 셀로서 또는 유동 셀로 구성될 수 있고/있거나 마이크로어레이는 챔버 내에 또는 근접하게 배열될 수 있다.
일부 실시예에서, 디지털 공간 프로파일링 시스템이 제공되고 다음 중 적어도 하나, 일부 실시예에서는 복수 및 일부 실시예에서는 전부를 포함한다: 프로세서를 갖는 휴대용 모바일 디바이스(PMD), 디스플레이, 슬라이드에 배열된 조직을 이미징 하기 위한 카메라 센서 및 정보를 원격 장치에 직접 또는 네트워크를 통해 통신하기 위한 통신 수단, 프로세서에서 동작하고, 조직 슬라이드의 카메라 센서를 통해 획득되고 디스플레이에 표시되는 조직 이미지의 관심 영역(ROI)을 선택하기 위해 사용자 입력을 수신하도록 구성된 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 모바일 디바이스에게 표시하게 하도록 구성된 소프트웨어 어플리케이션, 다음 중 적어도 하나, 일부 실시예에서는 복수, 일부 실시예에서는 전부를 포함할 수 있는 DSP 시스템의 적어도 하나의 구성요소를 포함하는 하우징 또는 다른 구조: UV 원(UVS), 명시야 이미징을 위한 가시광원(VLS), UV원으로부터 UV 또는 가시광원으로부터 가시광으로 조직을 선택적으로 비추도록 구성된 포토 마스킹 수단, 슬라이드를 수용하도록 구성된 슬롯 및 슬롯을 통해 그 위에 조직이 있는 슬라이드의 적어도 일부를 수용하도록 구성된 챔버. 챔버는 조직을 위해 수성 환경으로 구성될 수 있다. 시스템은 또한 조직, 챔버, 포토 마스킹 수단 및 카메라 센서 중 적어도 하나 상에 UVS 및/또는 VLS를 지향시키는 것 및/또는 초점을 맞추는 것 중 적어도 하나를 수행하도록 구성된 광학 수단을 포함할 수 있다. 하우징, 슬롯 및/또는 챔버는 카메라 센서가 조직을 이미징 할 수 있도록 PMD에 제거 가능하게 부착되도록 구성될 수 있고, 통신 수단은 무선 통신 수단일 수 있다.
일부 실시예에서, 디지털 공간 프로파일링(DSP) 방법이 제공되고 다음 중 적어도 하나, 일부 실시예에서는 복수, 일부 실시예에서는 전부를 포함한다: 개시된 시스템, 장치 및 디바이스에 따른 시스템, 장치 및/또는 디바이스를 선택적으로 제공하는 단계, 개인용 모바일 디바이스(PMD)에서 소프트웨어 어플리케이션을 시작하는 단계, 조직 샘플을 갖는 슬라이드를 삽입하여- 조직은 이전에 항체 용액과 접합되고 삽입전에 버퍼 용액으로 덮힘- 이미징을 위해 챔버에 의해 수용되고 포토마스크와 정렬되게 하는 단계, 조직에 조명 광을 제공하는 단계, PMD의 카메라 센서로 조직 샘플을 이미징하고 PMD 디스플레이를 통해 이미지를 표시하는 단계, GUI를 통해 표시된 포토마스크의 복수의 마커를 선택하는 단계로서, 그러한 선택은 직사각형의 윤곽을 형성함, GUI를 통해 ROI를 선택하는 단계, PMD를 DSP 시스템에 무선으로 연결하는 단계, 조명 광을 중단하는 단계, 조직에서 올리고스를 절단하기에 충분한 미리 결정된 시간 동안 조직을 UV 조명에 노출시키는 단계, 및 절단 된 올리고스를 포함하는 조직으로부터의 용액을 수집하는 단계.
이러한 실시예는 다음의 피처, 구조, 기능, 단계 및/또는 설명 중 적어도 하나 이상을 추가적으로 포함할 수 있고(일부 실시예에서는 복수, 추가 실시예에서는 전부), 또 다른 실시예를 생성한다:
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포토 마스크를 교정하기 위해 슬라이드를 삽입하기 전에 포토 마스크를 이미징하는 단계, 및
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선택된 마커에 의해 윤곽선이 표시된 직사각형의 크기를 변경하는 단계, 여기서 변경된 사이즈는 지정된 복수의 크기 중 하나에 해당할 수 있음.
일부 실시예에서, 하나 이상의 컴퓨터 프로세서가 본 개시에 의해 제시된 임의의 방법 실시예의 하나 이상의 단계를 수행할 수 있도록 하기 위한 명령이 저장된 비 일시적 컴퓨터 판독 매체가 제공된다.
일부 실시예에서, 정보를 원격 장치에 직접 또는 네트워크를 통해 통신하기 위한 제1 무선 통신 수단은 통신 인프라를 통한 ROI의 원격 선택 및/또는 건강 평가 또는 상담과 같은 의료 서비스의 전달을 허락한다.
본 개시의 이들 및 다른 실시예는 도면을 참조하면 더 명확해 질 것이며, 그에 대한 간략한 설명은 아래에 제공되고, 다음의 개시의 적어도 일부의 실시예의 추가적인 세부사항이 아래에 제공된다.
도 1a는 본 개시의 적어도 일부 실시예에 따라 소형, 모바일, 디지털 공간 프로파일링(DSP) 시스템에 의해 수행되는 일부 단계의 개요의 도식적인 개략도를 도시한다.
도 1ba은 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템을 사용하는 하나 이상의 관심 영역(ROI)을 이미징 하기 위한 프로세스의 개략도를 도시한다.
도 1bb는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 개략도를 도시한다.
도 1c는 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 설계 고려사항의 차트이다.
도 1d는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 일부 구성요소의 사시도이다.
도 2a는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2b는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 일부를 나타내는 LCD 마스킹 구성요소의 개략도이다.
도 2ca은 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2cb는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2cc은 시스템의 UV LED의 사용을 예시하는, 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2d는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 UV LED구성요소에 의한 UV 조명의 감쇠를 도시한다.
도 2ea 내지 2ee는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한 슬라이드 내/외부의 유체 피펫팅 및 밀봉 기능을 도시한다.
도 3a는 도 2a에 도시된 것과 유사하게, 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 개략도를 도시한다.
도 3b는 본 개시의 일부 실시예에 따라, 상이한 현미경 양식을 달성하기 위한 예시적인 디스플레이 패턴을 도시한다.
도 4a 및 4b는 본 개시의 일부 실시예에 따라, 디지털 마이크로-미러 디바이스(DMD/실리콘 상의 액정(LCoS)), 반사 마스크 구조 및 동작을 도시하는 개략도이다.
도 4c는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP의 개략도이며; 스캐닝 레이저의 구조 및 동작을 설명한다.
도 4d는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한 교정 방식을 도시한다.
도 5a 내지 5e는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한 예시적인 스캐폴드 및 프레임을 도시한다.
도 5f는 본 개시의 일부 실시예에 따른 예시적인 DSP 시스템 하우징 구조를 도시한다.
도 6은 본 개시의 일부 실시예에 따라, DSP 시스템의 열 관리를 위한 예시적인 회로를 도시한다.
도 7a 내지 7dg은 본 개시의 일부 실시예에 따라, DSP/PMD 시스템/디바이스에 대한 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)의 스크린 샷을 도시한다.
도 8a-b는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에서, 슬라이드 상의 조직으로/로부터 유체를 전달하기 위한 수단을 도시한다.
도 9a-c는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한, 개구부, 다른 구조, 구성 및/또는 관련 데이터의 예시적인 패턴을 도시한다.
도 10a 내지 10fd는 본 개시의 일부 실시예에 따라 슬라이드 및/또는 분석(assay)(예: 96 웰 플레이트)으로/로부터의 유체 수송의 예를 도시한다.
도 1ba은 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템을 사용하는 하나 이상의 관심 영역(ROI)을 이미징 하기 위한 프로세스의 개략도를 도시한다.
도 1bb는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 개략도를 도시한다.
도 1c는 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 설계 고려사항의 차트이다.
도 1d는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 일부 구성요소의 사시도이다.
도 2a는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2b는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 일부를 나타내는 LCD 마스킹 구성요소의 개략도이다.
도 2ca은 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2cb는 본 개시의 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2cc은 시스템의 UV LED의 사용을 예시하는, 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다.
도 2d는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 UV LED구성요소에 의한 UV 조명의 감쇠를 도시한다.
도 2ea 내지 2ee는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한 슬라이드 내/외부의 유체 피펫팅 및 밀봉 기능을 도시한다.
도 3a는 도 2a에 도시된 것과 유사하게, 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 개략도를 도시한다.
도 3b는 본 개시의 일부 실시예에 따라, 상이한 현미경 양식을 달성하기 위한 예시적인 디스플레이 패턴을 도시한다.
도 4a 및 4b는 본 개시의 일부 실시예에 따라, 디지털 마이크로-미러 디바이스(DMD/실리콘 상의 액정(LCoS)), 반사 마스크 구조 및 동작을 도시하는 개략도이다.
도 4c는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP의 개략도이며; 스캐닝 레이저의 구조 및 동작을 설명한다.
도 4d는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한 교정 방식을 도시한다.
도 5a 내지 5e는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한 예시적인 스캐폴드 및 프레임을 도시한다.
도 5f는 본 개시의 일부 실시예에 따른 예시적인 DSP 시스템 하우징 구조를 도시한다.
도 6은 본 개시의 일부 실시예에 따라, DSP 시스템의 열 관리를 위한 예시적인 회로를 도시한다.
도 7a 내지 7dg은 본 개시의 일부 실시예에 따라, DSP/PMD 시스템/디바이스에 대한 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)의 스크린 샷을 도시한다.
도 8a-b는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에서, 슬라이드 상의 조직으로/로부터 유체를 전달하기 위한 수단을 도시한다.
도 9a-c는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대한, 개구부, 다른 구조, 구성 및/또는 관련 데이터의 예시적인 패턴을 도시한다.
도 10a 내지 10fd는 본 개시의 일부 실시예에 따라 슬라이드 및/또는 분석(assay)(예: 96 웰 플레이트)으로/로부터의 유체 수송의 예를 도시한다.
본 개시의 일부 실시예는 소형의, 모바일, 디지털 공간 프로파일링(DSP) 시스템(및 관련 장치, 디바이스 및 방법)이 제공되고, 하나 이상의 관심 영역(ROI)을 이미징하고 각 ROI에서 올리고스를 항체에서 절단하기 위해 UV광을 사용하도록 구성되며, 광 절단된 올리고스를 수집한다(예를 들어, nanostring® nCounter 기술을 사용하여 나중에 혼성화 및 계수하기 위해). 본 개시의 일부 이러한 실시예는 도 1c의 차트에 도시된 바와 같이 DSP 시스템에 대한 고려 사항을 추가로 설계하는 것이다.
본 개시의 적어도 일부 실시예에 의해 수행되는 단계 중 개략적인 개요가 도 1a에 도시된다(이는 도 1ba에 개략적으로 설명된 프로세스의 일부이다). 특히, 조직은 DSP 시스템에 의해 이미징 되어 형광태그가 부착된 항체(101)를 찾고, ROI가 결정되고 UV로 조명하고 모세관 수단(103)을 통해 DNA 태그를 수집한 다음, 수집된 DNA는 플레이트의 바코드와 특정 ROI에 대한 인덱스 수(105)에 혼성화 된다.
보다 구체적으로, 일부 실시예에 따르면, 그리고 도 1ba에 도시된 바와 같이, 프로세스는 올리고 접합 항체(102)를 갖는 조직으로 슬라이드를 얼룩지게 함으로써 시작되고, 슬라이드는 그 후 DSP 시스템으로 이미징 되며(일부 실시예에 따르면), 하나 이상의 ROI가 선택된다(104). 하나 이상의 ROI가 그 후 UV광(106)에 노출되어, 하나 이상의 ROI에서 올리고핵산염(올리고스)를 항체에서 절단한다. 거기에서, 절단된 올리고스는 예를 들어, 마이크로 모세관 장치를 통해 슬라이드로부터 흡인된다(108). 수집된 올리고스는 그 후 분석(예를 들어, 96 웰 플레이트)에 배치될 수 있다(110). 이 프로세스는 선택된 각 ROI에 대해 반복된다(112). 올리고스가 분석에 분배된 후, 올리고스는 바코드에 혼성화 되고 그 후 정량화 시스템을 통해 정량화된다(114)(예를 들어, NanoString nCounter® 플랫폼 시스템).
도 1bb는 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 예시적인 블록도를 도시한다. 도시된 바와 같이, 프로세서(예를 들어, "Raspberry Pi", "Arduino Uno" 등)(120)는 카메라(122), UV 편광판(예)이 있는 LCD(124), UV LED(124a) 및/또는 UV LED 드라이버(124b) 및 명시야 이미징을 위해 사용되는 가시 LED 어레이(예)와 통신(예: 디지털)한다. 공급되는 전력은 AC 또는 DC일 수 있고, 예를 들어 포토 마스킹 수단, UV 및 가시광원과 임의의 통신 수단에 제공될 수 있는, 시스템에 전력을 공급하는데 적절한 양의 전력(예: 25와트 이하)을 공급할 수 있다. 따라서, 구성요소(예: 프로세서, UV LED, UV LED 드라이버, 가시 LED 어레이등)는 일반적인, 표준 AC 전원공급장치(128)(예: 벽 콘센트 또는 전용 전원 공급), 및/또는 dc 전원(예: 12V 전원공급장치(130))으로부터 전력을 수신하도록 구성될 수 있다. 프로세서는 프로세서가 이러한 구성요소 중 하나 이상을 제어하게 하기 위해 프로세서에서 작동할 수 있는 컴퓨터 명령을 포함하거나 이에 액세스할 수 있으며, 또한 모바일 디바이스(132) 또는 다른 원격 컴퓨팅 디바이스/시스템(예: 데스크톱, 노트북, 서버)으로/로부터 획득되거나 필요한 정보를 전달하기 위해 명령(및 필요한 경우 관련 하드웨어, 예를 들어, 와이파이, 블루투스, 셀룰러, 무선)을 포함할 수 있다. 원격 디바이스는 (일부 실시예에 따라)시스템에 의해 수행되는 결과 및/또는 지시된 프로세스를 검토하기 위해 병리학자(134)에 의해 액세스 가능하다. 도 1bb는 또한 일부 실시예에 따라 도시되는 상이한 프로세스(예를 들어, 전력, 제어, 인터페이스 및 입/출력)에 관한 범례(136)를 포함한다. 다시 말하지만, 프로세서는 조정 가능한 조리개 크기 및 위치를 가진 포토 마스크의 생성을 가능하게 하는 그래픽 지원을 제공하도록 구성될 수 있을 뿐 아니라, 예를 들어 검은색 또는 어두운 색 배경에 4개의 흰 점(480) 또는 모서리(482), 흰색 또는 밝은색 배경에 청록색 직사각형(484) 또는 검은색 또는 어두운 배경에 단일 픽셀 조명(486)을 포함하는 도 4d에 도시된 교정 그리드(예를 들어, 개인용 모바일 디바이스 어플리케이션용)를 제공하도록 구성될 수 있다. 일부 실시예에서, 시작 시, 프로세서는 교정 그리드가 LCD에 표시되도록 하고, 좌표가 DSP의 프로세서로 전송(예: 블루투스를 통한 페어링)될 때까지 대기하도록 구성될 수 있다. 일단 수신되면, 적절한 포토 마스크가 사용자가 선택한 ROI를 강조 표시하도록 LCD에 표시되고, 배경 조명은 꺼지고, UV원은 예를 들어 3분, 2분, 1분 또는 30초와 같은 미리 결정된 시간 동안 켜진다.
따라서, 일부 실시예에서, 그 예가 도 1d에 도시되고, 디지털 공간 프로파일링(DSP) 시스템(140)이 제공되고, 하우징, 전원, 프로세서, UV LED와 같은 UV원, 명시야 이미징을 위한 가시광원(VLS)(예: LCD 배면광), UV원으로부터 UV광 및/또는 가시광원으로부터 가시광과 조직 샘플을 선택적으로 비추도록 구성된 포토마스킹 수단(예: LCD) 및 예를 들어 슬롯(도시되지 않음)을 통해 조직을 갖는 슬라이드의 적어도 일부를 수신하도록 구성된 DSP 시스템(예: 하우징 내 챔버) 내의 챔버(도시되지 않음)중의 적어도 하나, 일부 실시예에서는 복수, 또다른 추가적인 실시예에서는 전부를 포함한다. 모바일 디바이스(142) 또한 시스템의 일부이다(일부 실시예에 따라).
도 2a는 본 개시의 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 적어도 일부의 개략도이다. 도시된 바와 같이, 시스템(200)은 대물 렌즈(202), LCD(206), 이색성 거울(208), LCD 배면광(210), UV LED(214) 및 집광 렌즈(212)를 포함한다. 조직 샘플(205)을 포함하는 유리 슬라이드(204)는 이미징 및 빛, UV 등에 노출시키기 위해 배열된 시스템의 일부에 배치된다. 도시된 예에서, 슬라이드는 LCD 포토마스킹 수단에 인접하거나 가까이 배치된다. 이미저(imager), 즉, 카메라를 포함하는 모바일 디바이스(216)는 슬라이드 상의 조직을 이미징 하기 위해 시스템 내에 배열된다. 도 2ca은 도 2a와 유지하지만, 일부 실시예에 따라 특정 구성요소가 시스템의 다른 구성요소 사이에 배치되는 거리의 예를 포함한다. 따라서, 일부 실시예에서, 포토마스킹 수단은 바람직하게는 조직으로부터 미리결정된 거리에 배열되고, 그 거리는 조직이 픽셀 그리드에 의해 가려지지 않도록 구성될 수 있다. 미리 결정된 거리는 약 0.01에서 5mm사이, 약 0.05에서 2.5mm 사이, 약 0.75에서 약 2.25mm 사이 또는 약 1에서 2mm사이일 수 있다. 추가적으로, 미리 결정된 거리는 조직의 명확한 시각화를 제공하고, UV 광의 확산을 최소화하는 것 중 적어도 하나로 구성될 수 있다. 일부 실시예에서, 포토 마스킹 수단은 예를 들어, 약 50 내지 300nm 사이의 조명 해상도, 약 1-5 cm2사이의 시야 및/또는 약 1-3x 사이의 배율을 제공하도록 구성된다.
도 2b는 전압 “on”(221)과 전압 “off”(223)를 갖는 LCD 포토마스크/기능(219)의 분해도의 개략도를 도시한다. 따라서, 일부 실시예에서, LCD(219)는 편광 필터(220), 투명 전극(222), 액정(224), 제2 투명 전극(226), 제2 편광 필터(228) 및 스크린(230)을 포함한다. 전압이 켜질 때(221), 스크린은 어둡고 처음에 수신된 편광되지 않은 빛(가시 및/또는 UV)이 LCD를 통과하지 못하도록 차단된다. 전압이 꺼지면(223), 수신된 편광되지 않은 빛이 스크린을 통과할 수 있다. 따라서, LCD의 구조와 빛을 통과 및 차단을 위해 하나 이상의 픽셀의 “ON-OFF”를 통해 포토 마스크로서 수행하는 방법을 도시한다.
도 2a와 유사하게, 도 2cb 및 2cc은 일부 실시예에 따른 DSP 시스템의 동작을 도시하고, LCD(206) 및 수반되는 편광 필터(220, 228)가 LCD 마스킹의 작용으로 UV에 오직 하나 이상의 선택된 ROI만 노출되도록 하는 방법을 도시한다. 도 2cb에서, 시스템은 임의의 조직(ROI 또는 기타)이 UV에 노출되기 전에 표시되어 조직이 백색 LED광에 의해 조명될 수 있고(따라서, 사용자는 하나 이상의 ROI를 선택할 수 있음), 도 2cc은 LCD 마스크의 작용에 의한 UV광에 대한 선택된 ROI의 노출을 보여준다. 특히, LCD(206)는 조직 샘플의 ROI를 제외한 모든 영역으로의 UV의 통과를 차단할 수 있다. 일부 실시예에서, 백색 LED광을 확산시키기 위해 확산기(232)가 포함될 수 있다. 일부 실시예에서, UV광은 예를 들어(일부 실시예에서) 포토 마스킹 수단을 사용하여 감쇠될 수 있다(예를 들어, 도 2d 참조).
슬라이드는 박스의 상단 또는 측면의 개방과 같은 “박스” 배치를 통해(예를 들어, 힌지를 통해), 일부 실시예에 따라 DSP 시스템의 챔버(및/또는 하우징)으로 수용될 수 있다. 슬라이드는 챔버(또는 챔버, 광학 및/또는 UV/광원을 포함하는 하우징)에 관련되어 이동할 수 있고, 여기서 챔버는 조직을 위한 액체 환경으로 구성될 수 있고, 예를 들어, 개스킷(gasket), 슬라이드를 도시하는 도 2ea 내지 도 2ee를 참조(도 2ea 및 함께 사용될 수 있는 개스킷 구성; 도 2eb 및 2ec)하여 당 업계에서 널리 알려진 임의의 밀봉 수단에 의해 액체 유출로부터 밀봉될 수 있다. 이러한 슬라이드 및 개스킷 구성은 예를 들어 슬라이드 상의 그리고 개스킷(239)상의 자기 수단(magnetic means)(240A 및 240B)을 이용할 수 있고, 여기서 예를 들어 자기 수단은 슬라이드와 개스킷 사이의 결합된 부착을 위해 슬라이드 및 개스킷/하우징/프레임 중 하나 및/또는 다른 하나에서 영구적이고 전자기적일 수 있다. 슬라이드와 개스킷 구성은 도 2ec에 도시된 바와 같이 그리드 장벽(242) 과 같은 가이드 수단(일부 실시예에서, 가이드라고 지칭될 수 있음)을 포함할 수 있고, 이는 수동으로 또는 기계/로봇식으로 절단된 올리고스의 유도 피펫팅을 허용하기 위해 슬라이드 및 개스킷 구성 내부 또는 근처에 구성될 수 있다. 도 2ed 및 2ee는 모세관 작용을 통해 유체(및 분배 유체)를 수집하도록 구성된 모세관 튜브(243)의 그리드(242)의 사용을 도시한다. 도시된 바와 같이, 그리드는 예를 들어 개스킷(239)과 같은 시스템의 구성요소 내에 맞도록 구성될 수 있다. 도시된 바와 같이, 그리드(242)와 튜브(243)는 개스킷(239)에 삽입될 수 있다.
시스템은 또한 조직, 챔버, 포토 마스킹 수단 및 개인용 모바일 컴퓨팅 디바이스(PMD)에 작동 가능하게 연결된 카메라 센서(예: 폰 카메라)중 적어도 하나 상에 UVS 및/또는 VLS를 지향시키는 것 및/또는 초점을 맞추는 것 중 적어도 하나를 수행하도록 구성된 광학 수단(예: 대물 렌즈를 포함하는 렌즈 등)을 포함할 수 있다. 하우징 및 챔버 중 적어도 하나는 카메라 센서가 조직을 이미징 할 수 있도록 PMD에 제거 가능하게 부착되도록 구성된다. 도 3a는 일부 실시예에 따라 시스템의 개략도를 도시한다(도 2a와 유사). 도 3b는 일부 실시예에 따라, 명시야(302), 암시야(304), 위상 기울기(306A, 306B), 3D(308) 및 초해상도(310)를 포함하는 DSP 시스템에 대한 상이한 현미경 양식을 달성하기 위해 디스플레이 될 수 있는 상이한 패턴을 도시한다.
일부 실시예에 따라, 광학 수단은 UV 원 및 VLS (일부 실시예에서, 이러한 구조는 광학 수단에서 분리된 것으로 간주될 수 있음), 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 집광 렌즈, 스캔 렌즈, 이색성 거울, 포토 마스킹 수단(아래 및 본 명세서의 다른 곳 참조), 대물 렌즈, 카메라(예: 카메라가 있는 개인용 모바일 디바이스). 일부 실시예에서, 광학 수단은 UV원으로부터 UV, VLS로부터 가시 광 또는 LCD 배면광 으로부터 가시광 또는 백색광으로 조직 샘플을 조명하도록 구성된다. 이색성 거울은 다수의 소스(예: 두(2) 소스)로부터 광축(일부 실시예에서, 단일 광축)으로 빛의 방향수정을 할 수 있도록 구성되어, 사용자가 결정한 위치에 있는 샘플에만 도달한다.
상기 일부 실시예에 따라 언급된 바와 같이, 포토 마스킹 수단은 LCD(예를 들어, 도 2a에 도시된 바와 같이 배면광을 포함할 수 있음), 관심 영역(ROI)에서만 조직에 도달하도록 UV 및 가시 또는 백색 광 중 적어도 하나를 구성하도록 프로그래밍 가능한 개구로서 구성된 LCD, 디지털 마이크로 미러 디바이스(DMD), 실리콘 상의 액정(LCoS) 디스플레이, 유기 발광 다이오드(OLED), 마이크로 발광 다이오드(μLED) 어레이, 광섬유 번들, 액정 디스플레이(LCD), 스캐닝 레이저 및 물리적 장벽을 포함할 수 있다. 포토 마스킹 수단이 LCD를 포함하는 일부 실시예에서, LCD는 픽셀 그리드를 포함할 수 있다.
일부 실시예에 따라 DSP 시스템에 해당하는 도 4a 및 4b는 도 2a 및 2b와 유사하지만, 디지털 마이크로 미러 장치(DMD/실리콘 상의 액정(LCoS)), 포토 마스킹 수단의 형태에 대응하는 반사 마스크 구조 및 동작을 도시한다. DMD는 일반적으로 포토 마스킹에 사용되는 “픽셀”에 대응하는 에레이로 배열된(예: 직사각형) 다수(예: 수십만)의 미세 거울을 표면에 갖는 칩이다. 거울은 개별적으로 회전(예, ±10-12°)되어, 켜짐 또는 꺼짐 상태로 전환할 수 있다. 켜짐 상태에서, 광원으로부터의 빛은 렌즈에 반사되고(픽셀이 밝게 표시됨), 꺼짐 상태에서, 빛은 다른 곳(예: 열 싱크)으로 향하여 픽셀이 어둡게 표시되도록 한다. 따라서, 도시된 바와 같이, 조직(405)이 있는 조직 슬라이드(403) 시스템에 배치되고, 여기서 렌즈(407) 및 이색성 거울(407)을 통해 백색광(410)으로 조명될 수 있다. DMD/LCoS(420)은 마스킹을 수행하여 슬라이드(403)상의 조직 샘플(405a) 내의 특정 ROI(403b)로 UV광(414)이 향하도록 한다. 도 4ba 및 4bb는 DMD/LCoS 구성요소의 기능을 도시한다(예를 들어, 독립적으로 이동 가능한 마이크로 거울(450), 2차 거울(452) 및 실리콘 칩(454)).
일부 실시예에 따른 DSP 시스템에 대응하는 도 4c는 도 4a 및 4b와 유사하지만, 포토 마스킹 수단의 또 다른 형태에 해당하는 스캐닝 레이저 시스템(438)을 사용한다. 스캐닝 레이저는 일반적으로 예를 들어, 스캔 렌즈(440)를 통해(그 다음 LED(410) 및 렌즈(407)과는 다른 이색성 거울(408), 카메라(416), 렌즈(402), 슬라이드(403), 조직(405a)의 다른 알려진 구성요소를 통해) 적어도 2차원으로 레이저(442)로부터 레이저 빔을 지향시킬 수 있는 XY 갈바노 미터 거울(444)과 같은 이동 가능한 거울을 포함한다. 스캐닝은 래스터 스캐닝 또는 벡터 스캐닝의 형태일 수 있다. 스캐닝 할 때, 스캐닝 레이저는 포토 마스킹에 사용되는 “픽셀”에 해당하는 조명을 받는 조직의 부분으로만 향한다.
일부 실시예에 따르면, DSP를 위한 하우징/프레임 구조는 예를 들어 스캐폴드, PMD 프레임, 대물 렌즈 프레임, 슬라이드 프레임, 포토 마스킹 프레임, 집광 프레임 및 일부 실시예에서 적어도 하나의 열 관리 수단 중 하나 이상을 포함하는 복수의 구성요소를 포함할 수 있다. 도 5a 내지 5e는 DSP에 대한 다양한 스캐폴드 및 프레임을 도시한다(예를 들어, 하우징을 형성하거나 함께일 수 있다): 도 5aa, 5ab - 집광 렌즈를 하우징 하기위한 집광 프레임; 도 5ba 및 5bb - 포토 마스킹 수단(예: LCD)을 고정하기 위한 LCD, 이색성, 배면광 프레임; 도 5bc - LCD와 렌즈(예: 이색성)를 고정하기 위한 하우징/프레임, 도 5bd - 제어기가 있는 LCD와 렌즈(예: 이색성)를 고정하기 위한 하우징/프레임; 도 5c - 하우징/챔버에 대해 PMD를 고정하기 위한 PMD 및/또는 대물 프레임; 도 5d - 다양한 용도(예: 하우징/챔버 지원)를 위한 스캐폴드; 및 도 5e - 슬롯을 통해 챔버에 의해 수용될 슬라이드를 고정하기 위한 슬라이드 프레임. 하우징은 복수의 대물 렌즈 프레임 중 단일 대물 렌즈 프레임을 제거 가능하게 수용하도록 구성될 수 있으며, 여기서 각각은 서로 다른 대물 렌즈 및 해당 배율을 갖는다. 각 대물 렌즈 프레임은 카메라 센서로부터 상이한 간격을 제공하고, 다른 프레임으로 쉽게 교체되도록 구성될 수 있다. 그러한 프레임의 예는 서포트, 스캐폴드 등이 있다. 도 5f는 다양한 프레임과 스캐폴드를 사용하여 조립된 DSP 시스템의 사시도이다.
열 관리 수단은 열 싱크, 열 펌프, 팬, 액체 냉각 시스템 및 펠티에 장치 중 적어도 하나를 포함할 수 있는 DSP 시스템의 일부 실시예에 포함될 수 있다. 도 6은 일부 실시예에 따라 아날로그-디지털 컨버터(예: 아두이노(Arduino) ADC)를 통해 프로세서로 동작 가능하게 연결될 수 있는 DSP의 열 관리를 위한 예시적인 회로를 도시한다. 열 관리 수단은 또한 복수의 열 싱크 클립을 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, PMD가 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 표시하도록 구성될 수 있는 프로세서 상에서 동작할 수 있도록 구성될 수 있는 소프트웨어 어플리케이션(예: 모바일 어플리케이션)이 포함되고, GUI는 조직 슬라이드의 카메라 센서를 통해 획득되고 PMD의 디스플레이에 표시되는 조직 이미지의 관심 영역(ROI)을 선택하기 위해 사용자 입력을 수신하도록 구성될 수 있다. 도 7a 내지 7b는 일부 실시예에 따른 GUI의 예시적인 스크린 샷을 도시한다. 일부 실시예에서, 모바일 어플리케이션은 예를 들어, LCD의 기능적 교정을 제공하도록 구성된다. 예를 들어, LCD상에 나타나는 조명의 복수(예: 정사각/지사각형의 4개 모서리)의 픽셀은 4개의 코너내의 위치(x와 y의 비율)로 ROI를 설정하도록 사용자에 의해 선택(예를 들어, GUI를 사용하여)될 수 있다; 예를 들어, 도 7a 내지 7b상의 왼쪽 이미지 참조(예를 들어, LCD 교정 도식에 대한 도 4d 참조). 어플리케이션은 또한 이미지 상의 위치 기록을 포함하는 선택된 ROI를 표시할 수 있고, ROI는 변경되거나 실수 시 즉시 다시 선택되거나 크기가 증가 또는 감소될 수 있다.
도 7c는 일부 실시예에 따라 예시적인 소프트웨어 어플리케이션의 예시적인 스크린 샷을 도시한다. 도면의 가장 왼쪽 상단에서 시작하여, 왼쪽에서 오른쪽으로, 그후 아래에서, 왼쪽에서 오른쪽으로 진행하는 모바일 어플리케이션의 GUI는 관심 영역의 “시작”버튼을 누르고(터치 스크린을 통해) 선택함으로써 조직 이미징 프로세스를 허용한다(그 조직을 갖는 슬라이드가 챔버에서 수용된 후). 그 후, 조직이 이미징 되고, 그 중에는 이미지 캡처 동안 조직 샘플에 가시광을 제공하기 위해 VLS을 제어하는 것이 포함된다. 그 후, 이미지는 예를 들어 LCD상의 적어도 하나(바람직 하게는 복수)의 마커(예: 포토 마스킹 수단)를 사용하여 교정된다.
다음으로, 예를 들어, ROI는 터치 스크린을 통해 사용자에 의해 선택되고, 어플리케이션을 동작시키는 PMD는 DSP(예: 블루투스) 페어링/연결된다. 그 후, ROI의 좌표는 DSP로 전송되고, UV조명이 시작되어 광 절단가능 링커를 통해 항체에 결합된 올리고스를 절단한다.
도 7da 내지 7dg은 일부 실시예에 따른 GUI/소프트웨어 어플리케이션에 대한 예시적인 스크린샷에 해당한다:
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도 7da : 시작 GUI 스크린샷;
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도 7db : 모서리 선택 확인 스크린샷;
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도 7dc : ROI 확인 스크린샷;
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도 7dd : 새로운 좌표의 선택 및 좌표 전송 스크린샷;
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도 7de : 선택된 ROI의 조명 시작 스크린샷;
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도 7df : 정확한 ROI 위치 확인 스크린샷; 및/또는 (실시예에 따라)
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도 7dg : ROI 이미징 완료 및 계속되는 다음 ROI 스크린샷.
일부 실시예에서, 구조 및 관련 구조는 슬라이드 상의 조직으로 및 그로부터 유체를 전달하기 위해 제공된다. 예를 들어, 도 8a에 도시된 바와 같이, 절단된 올리고스는 흡인되고, 이는 수동으로 또는 기계/로봇을 통해, 피펫팅을 통해 수행될 수 있다. 이는 조직 샘플/슬라이드 위에 제공된 개구부/구멍을 통해(및/또는 챔버의 일부로서, 예를 들어, 적어도 일부), 또는 예를 들어 유동 셀을 통해 수행될 수 있다. 안내 수단은 슬라이드 상의 조직으로부터 유체를 전달하기 위한 모세관 수단을 포함하는 슬라이드 및 개스킷 구성내에 또는 근접하게 구성될 수 있다(예: 도 2ed, 2ee 참조). 도 9a 내지 9c는 그러한 개구부, 다른 구조, 구성 및/또는 그에 관계된 관련 데이터와 같은 예시적인 패턴을 도시한다. 이러한 유체 관련 구조 및/또는 기능은 슬라이드로 및/또는 로부터 용액의 흐름을 제공하도록(예: 완충 용액 공급) 구성된 펌프 시스템을 포함할 수 있다. 절단된 올리고스는 수동으로 또는 기계/로봇을 통해, 도 8에 도시된 바와 같이 그리드 장벽과 같은 안내 수단을 통한 피펫팅을 통해 흡인될 수 있다. 안내 수단은 도 2ec에 도시된 바와 같이 슬라이드와 개스킷 구성내에 또는 근접하게 구성될 수 있다.
도 10a 내지 10fd는 본 개시의 일부 실시예에 따라 슬라이드 및/또는 분석(예: 96 웰 플레이트)으로/로부터의 예시적인 유체 수송을 도시한다. 예를 들어, 도 10a는 슬라이드에서(예를 들어) 유체(예: 올리고스)를 회수하기 위한 피펫 가이드(1005)를 도시한다. 가이드의 사시도는 도 10b에 도시되고, 상면도는 도 10c에 도시된다. 포인트(1010)는 피펫을 정확한 위치로 안내하기 위해 ROI 위의 대응하는 어레이 구멍을 조명하는 LCD “개구부” 로부터의 배면광을 도시한다. 예를 들어, 도 10ea 내지 도 10ec은 샘플을 수집하기 위해, 결정된 ROI를 시각화 하기 위해 백색/가시광에의 노출을 포함하는 단계(도 10ea), 가이드를 삽입하고 ROI위치를 식별하는 단계(도 10eb), 및 그 후 샘플을 회수하기 위해 피펫을 삽입하는 단계(도 10ec)의 예시적인 단계를 보여준다. 이는 각 ROI에 대해 반복된다.
도 10fa은 샘플(1030)위에 가이드(1020)가 있는 마이크로 모세관 어레이(예: 96 웰 형식)을 도시한다. 도 10fb는 마이크로 모세관 어레이가 위의 샘플과 함께 사용될 수 있는 개구부/구멍의 수를 도시한다. 도 10fc은 열에 의해 제거될 수 있는 얇은 파라필름 층, 광 분해성 재료의 플러그 및/또는 마이크로 유체 밸브일 수 있는 하나 이상의 모세관 튜브의 상부 상의 밀폐된 캡(예를 들어)(1040)의 사용을 도시한다. 도 10fd는 일부 실시예에서 모세관 작용을 비교적 짧은 시간(예: 몇 초 이하)만큼 지연시키기 위해 사용될 수 있는 하나 이상의 모세관 튜브의 바닥에 있는 플러그(1050)의 사용을 도시하고, 이는 UV 조명 동안은 유체/샘플의 흡입이 나타나지 않지만 그 후 즉시 시작할 수 있는 기능을 할 수 있다. 이러한 플러그는 가용성 재료(예: 소금, 설탕)의 층과 광 분해성 층(예: UV 분해성) 중 적어도 하나를 포함할 수 있다.
본 명세서에서 다양한 발명의 실시예가 설명되고 도시되지만, 당업자는 개시된 기능을 수행하고/하거나 여기서 기재된 결과 및/또는 하나 이상의 이점을 얻기 위해 다양한 다른 수단, 기능, 단계, 및/또는 구조(소프트웨어 코드를 포함함)를 쉽게 구상할 것이고, 이러한 각각의 변형 및/또는 수정은 여기서 설명된 발명의 실시예의 범위에 있는 것으로 간주된다. 보다 일반적으로, 당업자는 본 명세서에서 설명된 모든 파라미터 및 구성이 예시적은 것으로 의도되고, 실제 파라미터 및 구성은 특정 어플리케이션 또는 발명의 교시가 사용되는 어플리케이션에 의존한다는 것을 쉽게 인식할 것이다. 당업자는 단지 일상적인 실험을 사용하여 본 명세서에서 설명된 특정 발명의 실시예에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 따라서, 전술한 실시예는 단지 예로서 제시되었으며, 본 개시 및 그와 동등한 것에 의해 지원되는 임의의 청구항의 범위 내에서, 발명의 실시예는 구체적으로 설명되고 청구된 것과는 달리 실시될 수 있다는 것을 이해해야 한다. 본 개시의 발명의 실시예는 여기에 설명된 각각의 개별적 피처, 시스템, 장치, 디바이스, 단계, 코드, 기능 및/또는 방법에 관한 것이다. 또한, 이러한 피처, 시스템, 장치, 디바이스, 단계, 코드, 기능 및/또는 방법이 상호 일관성이 없다면, 이러한 피처, 시스템, 장치, 디바이스, 단계, 코드, 기능 및/또는 방법의 2개 이상의 임의의 조합은 본 개시의 발명의 범위 내에 포함된다. 추가 실시예는 특히 하나 이상의 피처/기능/단계가 결여되어 종래 기술에 비해 특허 가능할 수 있다(즉, 그러한 실시예에 관한 청구항은 종래의 기술로부터의 이러한 청구항과 구별하기 위해 하나 이상의 부정적 제한을 포함할 수 있다).
본 개시의 전술한 실시예는 임의의 다양한 방식으로 구현될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시예는 하드웨어, 소프트웨어 또는 이들의 조합을 사용하여 구현될 수 있다(예를 들어, 언급된 바와 같이). 실시예의 임의의 양상이 소프트웨어에서 적어도 부분으로 구현될 때, 소프트웨어 코드는 단일 컴퓨터에 제공되든 여러 컴퓨터에 분산되어 있든 상관없이 임의의 적절한 프로세서 또는 프로세서, 서버 등의 집합에서 실행될 수 있다.
이와 관련하여, 여기에 개시된 다양한 실시예는 하나 이상의 컴퓨터 또는 다른 프로세서에서 실행될 때, 위에서 논의한 기술의 다양한 실시예를 구현하는 방법을 수행하는 하나 이상의 프로그램으로 인코딩된 컴퓨터 판독가능 저장 매체(또는 다수의 컴퓨터 판독가능 저장 미디어)(예: 컴퓨터 메모리, 하나 이상의 플로피 디스크, 콤팩트 디스크, 광학 디스크, 자기 테이프, 플래시 메모리, FPGA 또는 다른 반도체 장치에서의 회로 구성 또는 다른 유형의 컴퓨터 저장 매체 또는 비일시적 매체)로서 적어도 부분적으로 구현될 수 있다. 컴퓨터 판독가능 매체 또는 미디어는 전송가능할 수 있어서, 프로그램 또는 그 위에 저장된 프로그램이 하나 이상의 상이한 컴퓨터 또는 다른 프로세서에 로딩되어 전술한 바와 같이 본 기술의 다양한 측면을 구현할 수 있다.
용어 “프로그램”, “소프트웨어”, “코드” 또는 “소프트웨어 코드”는 전술한 바와 같이 본 기술의 다양한 측면을 구현하기 위한 컴퓨터 또는 다른 프로세서를 프로그래밍 하는데 사용될 수 있는 임의의 유형의 컴퓨터 코드 또는 컴퓨터 실행가능 명령 세트를 지칭하기 위해 일반적인 의미로 사용된다. 추가적으로, 이 실시예의 일 양태에 따르면, 본 기술의 방법의 수행이 실행될 때 하나 이상의 컴퓨터 프로그램은 컴퓨터 또는 프로세서에 상주할 필요가 없고, 네트워크 상에서 및/또는 네트워크를 통해 본 기술의 다양한 측면을 구현하기 위해 다수의 상이한 컴퓨터 또는 프로세서 사이에 모듈식 방식으로 분산될 수 있음을 인식해야 한다.
컴퓨터 실행가능 명령어는 하나 이상의 컴퓨터 또는 다른 장치에 의해 수행되는 프로그램 모듈 또는 컨테이너와 같은 다양한 형태일 수 있다. 일반적으로, 프로그램 모듈은 특정 작업을 수행하거나 특정 추상 데이터 유형을 구현하는 루틴, 프로그램, 개체, 구성요소, 데이터 구조 등을 포함한다. 일반적으로 프로그램 모듈의 기능은 다양한 실시예에서 원하는 대로 결합되거나 나뉠 수 있다.
본 출원이 어디서나 제시된 특허, 특허 출원, 기사, 웹 페이지, 서적 등 포함하지만, 이에 제한되지 않는 출판물 또는 기타 문서에 대한 모든 참조가 여기에 참조로서 포함된다. 더욱이, 여기에서 정의되고 사용된 모든 정의는 사전 정의, 참조로 통합된 문서의 정의 및/또는 정의된 용어의 일반적 의미를 제어하는 것으로 이해되어야 한다.
본 명세서 및 청구범위에서 사용된 부정관사 “a” 및 “an”은 반대로 명확하게 표시되지 않는 한, “적어도 하나”를 의미하는 것으로 이해되어야 한다.
본 명세서 및 청구범위에 사용된 “및/또는”이라는 문구는 그렇게 결합된 요소, 즉 일부 경우에 결합족으로 존재하고 다른 경우에는 분리적으로 존재하는 요소의 “하나 또는 둘 모두”를 의미하는 것으로 이해되어야 한다. “및/또는”으로 나열된 여러 요소는 동일한 방식 즉, 이렇게 결합된 구성요소의 “하나 이상”으로 해석되어야 한다. “및/또는”절에 의해 구체적으로 식별된 요소와 관련이 있는지 여부에 대해 구체적으로 식별된 요소 이외의 다른 요소가 선택적으로 존재할 수 있다. 따라서, 비 제한적인 예로서, “포함하는”과 같은 개방형 언어와 함께 사용될 때, “A 및/또는 B”에 대한 언급은 일 실시예에서 A만을 지칭할 수 있고(B와 다른 요소를 선택적으로 포함함); 다른 실시예에서, B만을 지칭할 수 있으며(A와 다른 요소를 선택적으로 포함함); 또 다른 실시예에서, A와 B모두를 포함하는(다른 요소를 선택적으로 포함함) 등이다.
명세서 및 청구범위에서 여기에 사용된 바와 같이 “또는”은 위에 정의된 “및/또는”과 같은 의미를 가지는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 목록에서 항목을 구분할 때 “또는” 또는 “및/또는”은 포괄적인 것으로 해석되어야 한다. 즉, 요소의 수 또는 목록 중 하나 이상을 포함하고 선택적으로 목록에 없는 항목을 추가하는 것을 포함한다. “다음 중 하나만” 또는 “다음 중 정확히 하나” 반대로 명확하게 표시된 용어만이 또는 청구범위에 “다음으로 구성되는”이 사용될 때, 요소의 수 또는 목록 중 정확히 하나의 요소만을 포함하는 것을 의미한다. 일반적으로, 여기에 사용된 용어 “또는”은”둘 중 하나”, “~중 하나”, “오직 하나” 또는 “정확히 하나”와 같은 배타성 용어가 선행될 때, 배타적 대안(즉, “둘 다가 아닌 어느 한쪽”)을 나타내는 것으로 해석되어야 한다. 청구범위에서 “필수적으로 포함하는”이 사용될 때, 특허법 분야에서 사용되는 일반적 의미를 갖는다.
본 명세서 및 청구범위에서 사용된 바와 같이, 하나 이상의 요소의 목록과 관련하여 “적어도 하나”라는 문구는 요소의 목록에서 임의의 하나 이상의 요소로부터 선택된 적어도 하나의 요소를 의미하는 것으로 이해되어야 하며, 다만 요소의 목록에 구체적으로 나열된 각각의 모든 요소 중 하나 이상을 반드시 포함해야 하는 것은 아니고 요소 목록의 요소의 임의의 조합을 제외하지 않는다. 이 정의는 또한 “적어도 하나”라는 문구가 참조하는 요소 목록 내에서 구체적으로 식별된 요소와 관련이 있는지 여부에 관계없이, 요소가 특별히 식별된 요소 이외의 요소가 선택적으로 존재할 수 있도록 한다. 따라서, 비제한적인 예로서, “A 및 B중 적어도 하나”(또는 동등하게, “A 또는 B 중 적어도 하나” 또는 동등하게 “A 및/또는 B 중 적어도 하나”)는 일 실시예에서, B는 존재하지 않고 하나 이상의 A를 선택적으로 포함하는 적어도 하나의 A(및 선택적으로 B와 상이한 요소를 포함함); 다른 실시예에서, A는 존재하지 않고 하나 이상의 B를 선택적으로 포함하는 적어도 하나의 B(및 선택적으로 A와 상이한 요소를 포함함); 또 다른 실시예에서, 하나 이상의 A를 선택적으로 포함하는 적어도 하나의 A와, 하나 이상의 B를 선택적으로 포함하는 적어도 하나의 B(및 선택적으로 다른 요소를 포함함); 등을 나타낼 수 있다.
청구범위 및 위의 명세서에서, “포함하는(comprising)”, 포함하는(including)”, “갖는(having)”, “포함하는(containing)”, “포함하는(involving)”, “보유하는(holding)”, “구성된(comprised of,)”와 같은 모든 과도적인 용어 등은 개방형, 즉 제한되지 않지만 포함하는 것을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. 미국 특허청 특허 심사 절차 매뉴얼, 섹션(2111.03.)에 명시된 바와 같이, 과도적인 용어 “다음으로 구성된(consisting of)” 및 “필수적으로 포함하는(consisting essentially of)”은 각각 폐쇄 또는 반폐쇄적인 용어이다.
Claims (36)
- 디지털 공간 프로파일링(DSP) 시스템에 있어서,
상기 DSP 시스템의 적어도 하나의 구성요소를 포함하기 위한 하우징 또는 다른 구조를 포함하고,
상기 하우징 또는 다른 구조는 :
전원;
프로세서;
UV 원(UVS);
명시야 이미징을 위한 가시광원(VLS);
상기 UV원으로부터 UV 광 및/또는 상기 가시광원으로부터 가시광으로 조직 샘플을 선택적으로 비추도록 구성된 포토 마스킹 수단;
위에 상기 조직을 갖는 슬라이드의 적어도 일부를 수용하도록 구성된 챔버 -상기 챔버는 조직용 액체 환경으로 구성됨-; 및
상기 조직, 상기 챔버, 상기 포토 마스킹 수단 및 개인용 모바일 컴퓨팅 디바이스(PMD)에 작동 가능하게 연결된 카메라 센서 중 적어도 하나 상에 상기 UVS 및/또는 VLS를 지향시키는 것 및/또는 초점을 맞추는 것 중 적어도 하나를 수행하도록 구성된 광학 수단을 포함하고,
상기 하우징 및/또는 상기 챔버는 상기 카메라 센서가 상기 조직을 이미징 할 수 있도록 상기 PMD에 제거 가능하게 부착되도록 구성되도록 구성되는 DSP 시스템. - 제1항에 있어서,
무선 통신 수단을 더 포함하는 DSP 시스템. - 제1항에 있어서,
상기 포토 마스킹 수단은 배면광을 갖는 LCD를 포함하고, 상기 VLS는 상기 LCD 배면광 또는 외부 VLS를 포함하고;
상기 광학 수단은 집광 렌즈 또는 스캔렌즈를 포함하는 상기 UVS에 대한 제1 세트, 이색성 거울, 및 대물 렌즈를 포함하는 제2 광학 세트를 포함하고;
상기 이색성 거울은 여러 광원의 빛을 하나의 광축으로 재지향시키도록 구성되고;
상기 포토 마스킹 수단은 관심 영역(ROI)에서만 상기 조직에 도달하도록 UV 또는 가시광 중 적어도 하나를 구성하기 위해 프로그래밍 가능한 개구로서 구성된 LCD를 포함하고;
상기 챔버는 상기 슬라이드를 수용하도록 구성된 슬롯을 포함하고; 및/또는
상기 포토 마스크는 디지털 마이크로-미러 디바이스(DMD), 실리콘 상의 액정(LCoS) 디스플레이, 유기 발광 다이오드(OLED), 마이크로 발광 다이오드(μLED) 어레이, 광섬유 번들, 액정 디스플레이(LCD), 스캐닝 레이저 및 물리적 장벽 중 적어도 하나를 포함하는 DSP 시스템. - 제3항에 있어서,
상기 포토 마스킹 수단은 픽셀 그리드를 포함하는 LCD를 포함하고, 상기 LCD는 상기 조직으로부터 미리 결정된 거리에 배열되고,
상기 미리 결정된 거리는 상기 조직이 상기 픽셀 그리드에 의해 가려지지 않도록 구성되고;
상기 미리 결정된 거리는 대략적으로 0.01에서 5mm, 0.5에서 2.5mm, 0.75에서 2.25mm 또는 1에서 2mm 사이로 선택되고; 및/또는
상기 미리 결정된 거리는 조직의 명확한 시각화를 제공하고/하거나 UV광의 확산을 최소화하도록 구성되는 DSP 시스템. - 제1항에 있어서,
상기 시스템은:
상기 슬라이드에 용액의 흐름을 제공하도록 구성된 펌프 시스템, 및/또는
상기 프로세서 상에서 동작하고 상기 모바일 디바이스가 상기 카메라 센서를 통해 획득되고 상기 PMD의 디스플레이 상에 제시되는 조직 이미지의 적어도 하나의 관심 영역(ROI)를 선택하기위해 사용자 입력을 수신하도록 구성된 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 표시하게 하도록 구성된 소프트웨어 어플리케이션을 더 포함하고,
상기 포토 마스킹 수단은 대략적으로 50-300 nm 사이의 조명 해상도, 대략적으로 5-12 cm2사이의 시야 및 대략적으로 1-5x 사이의 배율 중 적어도 하나를 제공하도록 구성되고,
상기 하우징, 상기 챔버, 슬롯 중 적어도 하나는 적어도 하나의 용액을 수용 및/또는 회수하도록 구성되고,
상기 하우징은 복수의 스캐폴드, PMD 프레임, 적어도 하나의 대물 렌즈 프레임, 적어도 하나의 슬라이드 프레임, 포토 마스킹 프레임, 적어도 하나의 집광 프레임 및 적어도 하나의 열 관리 수단을 포함하고,
상기 하우징은 각각이 상이한 대물 렌즈 및 해당 배율을 갖는 복수의 대물 렌즈 프레임 중 단일 대물 렌즈 프레임을 제거 가능하게 수용하도록 구성되고, 및/또는
상기 시스템은 암시야 현미경(dark-field microscopy), 명시야 현미경, 위상차 현미경, 형광 현미경 및 자외선 표면 자극이 있는 현미경 중 적어도 하나를 위해 추가로 구성되는 시스템. - 제1항 내지 5항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 포토 마스킹 수단은 대략 50 내지 300mm사이의 조명 해상도, 대략 5-12 cm2 사이의 시야 및 대략 1-5x 사의 배율 중 적어도 하나를 제공하도록 구성되는 시스템. - 제1항 내지 6항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하우징, 상기 챔버 및 상기 슬롯 중 적어도 하나는 상기 슬라이드가 그것에 대해 상대적으로 이동할 수 있도록 구성되는 시스템. - 제7항에 있어서,
상기 슬라이드의 상대적 이동은 조직 이미징을 위한 것인 시스템. - 제1항 내지 8항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하우징, 상기 챔버 및 상기 슬롯 중 적어도 하나는 적어도 하나의 용액을 수용 및/또는 회수하도록 구성되는 시스템. - 제9항에 있어서,
상기 적어도 하나의 용액의 수용 및/또는 회수는 유체 수송을 통하는 것인 시스템. - 제10항에 있어서,
상기 유체 수송은 피펫팅(pipetting) 및 모세관 작용 중 적어도 하나를 포함하고, 상기 피펫팅은 수동이거나 로봇 수단을 통한 자동일 수 있는 시스템. - 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하우징은 복수의 스캐폴드, PMD 프레임, 적어도 하나의 대물 렌즈 프레임, 적어도 하나의 슬라이드 프레임, 포토 마스킹 프레임, 적어도 하나의 집광 프레임 및 적어도 하나의 열 관리 수단을 포함하는 시스템. - 제12항에 있어서,
상기 열 관리 수단은 열 싱크, 열 펌프, 팬, 액체 냉각 시스템 및 펠티에(Peltier) 디바이스 중 적어도 하나를 포함하는 시스템. - 제1항 내지 13항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하우징은 각각이 상이한 대물 렌즈와 해당 배율을 갖는 복수의 대물 렌즈 프레임 중 단일 대물 렌즈 프레임을 제거 가능하게 수용하도록 구성되는 시스템. - 제14항에 있어서,
상기 각각의 대물 렌즈 프레임은 상기 카메라 센서와 상이한 간격을 제공하도록 구성되는 시스템. - 제15항에 있어서,
상기 적어도 하나의 열 관리 수단은 복수의 열 싱크 클립을 포함하는 시스템. - 제1항 내지 16항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 PMD를 더 포함하는 시스템. - 제17항에 있어서,
상기 PMD는 PMD 프로세서, 디스플레이, 상기 슬라이드상에 배열된 상기 조직을 이미징 하기 위한 상기 카메라 센서 및 정보를 원격 디바이스에 직접 또는 네트워크를 통해 통신하기 위한 제1 무선 통신 수단 및 선택적으로, 로컬 디바이스와 통신하기 위한 제2 무선 통신 수단을 포함하는 시스템. - 제18항에 있어서,
상기 제2 무선 통신 수단은 블루투스, Wi-Fi 또는 적외선 중 적어도 하나를 포함하는 시스템. - 제1항 내지 19항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 프로세서에서 동작하고, 상기 모바일 디바이스가 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 표시하게 하도록 구성된 소프트웨어 어플리케이션을 더 포함하고, 상기 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)는 조직 슬라이드의 상기 카메라 센서를 통해 획득되고 상기 PMD의 디스플레이에 제시되는 조직 이미지의 관심 영역(ROI)을 선택하기 위해 사용자 입력을 수신하도록 구성된 시스템. - 제1항 내지 20항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 시스템은 암시야 현미경, 명시야 현미경, 위상차 현미경, 형광 현미경 및 자외선 표면 자극이 있는 현미경 중 적어도 하나를 위해 추가로 구성된 시스템. - 제6항 내지 21항 중 어느 한 항에 있어서,
용액의 흐름을 상기 슬라이드에 제공하도록 구성된 펌프 시스템을 더 포함하는 시스템. - 제22항에 있어서,
상기 용액은 버퍼인 시스템. - 제1항에 있어서,
상기 하우징 및 챔버 중 적어도 하나에서 온도를 결정하도록 구성된 온도 센서를 더 포함하는 시스템. - 제2항 내지 23항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 하우징 및 챔버 중 적어도 하나에서 온도를 결정하도록 구성된 온도 센서를 더 포함하는 시스템. - 제25항에 있어서,
상기 프로세서는:
상기 온도 센서로부터 감지된 온도에 해당하는 입력을 수신하고,
상기 감지된 온도가 미리 결정된 온도보다 더 크면 상기 UVS를 끄는 것, 및 상기 감지된 온도가 미리 결정된 양보다 더 크면 시각적 및 청각적 경고 중 적어도 하나를 제공하는 것 중 적어도 하나를 수행하도록 구성되는 시스템. - 제1항 내지 26항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 조직 위의 액체 환경을 유지하는 밀봉 수단, 및/또는
상기 조직에 근접하게 배열되고, 상기 조직으로부터 용액을 피펫팅하는 것을 가능하게 하도록 구성된 수동 유체 수집 안내 수단을 더 포함하는 시스템. - 제27항에 있어서,
상기 수동 유체 수집 안내 수단은 마이크로 어레이를 포함하는 시스템. - 제28항에 있어서,
상기 마이크로 어레이는 유동 셀로서 또는 유동 셀로 구성되고/거나 상기 챔버 내에 또는 근접하게 배열되고; 및/또는
상기 수동 유체 수집 안내 수단은 그리드 장벽을 포함하는 시스템. - 제29항에 있어서,
상기 그리드 장벽은 상기 밀봉 수단내에 또는 근접하게 배열된 시스템. - 디지털 공간 프로파일링 시스템에 있어서,
프로세서, 디스플레이, 슬라이드 상에 배열된 조직을 이미징 하기위한 카메라 센서 및 정보를 원격 디바이스에 직접 또는 네트워크를 통해 통신하기 위한 통신 수단을 갖는 휴대용 모바일 디바이스(PMD);
상기 프로세서에서 동작하고, 상기 모바일 디바이스가 조직 슬라이드의 상기 카메라 센서를 통해 획득되고 상기 디스플레이에 제시되는 조직 이미지의 관심 영역(ROI)을 선택하기 위해 사용자 입력을 수신하도록 구성된 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 표시하게 하도록 구성된 소프트웨어 어플리케이션; 및
상기 DSP 시스템의 적어도 하나의 구성요소를 포함하기 위한 하우징 또는 다른 구조를 포함하고,
상기 하우징 또는 다른 구조는:
UV원(UVS);
명시야 이미징을 위한 가시광원(VLS);
상기 UV원으로부터 UV광 또는 상기 가시광원으로부터 가시광으로 상기 조직을 선택적으로 조명하도록 구성된 포토 마스킹 수단;
상기 슬라이드를 수용하도록 구성된 슬롯;
상기 슬롯을 통해 그 위에 조직을 가지는 상기 슬라이드의 적어도 일부를 수용하도록 구성된 챔버-상기 챔버는 조직을 위한 수성 환경으로 구성됨-; 및
상기 조직, 상기 챔버, 상기 포토 마스킹 수단 및 상기 카메라 센서 중 적어도 하나 상에 상기 UVS 및/또는 상기 VLS를 지향시키는 것 및/또는 초점을 맞추는 것 중 적어도 하나를 수행하도록 구성된 광학 수단을 포함하고,
상기 하우징, 슬롯 및/또는 챔버는 상기 카메라 센서가 상기 조직을 이미징 할 수 있도록 상기 PMD에 제거 가능하게 부착되도록 구성되는 시스템. - 제31항에 있어서,
상기 통신 수단은 무선 통신 수단인 시스템. - 디지털 공간 프로파일링(DSP)방법에 있어서,
제1항 내지 43항 중 어느 한 항에 따른 상기 시스템을 선택적으로 제공하는 단계;
상기 PMD에서 소프트웨어 어플리케이션을 시작하는 단계;
조직 샘플을 갖는 슬라이드를 삽입하여-상기 조직은 이전에 항체 용액과 접합되고, 삽입 전에 버퍼 용액으로 덮힘-, 이미징을 위해 상기 챔버에 의해 수용되고 상기 포토 마스크와 정렬되게 하는 단계;
상기 조직에 조명 광을 제공하는 단계;
상기 PMD의 상기 카메라 센서로 상기 조직 샘플을 이미징하고 상기 PMD 디스플레이를 통해 상기 이미지를 표시하는 단계;
상기 GUI를 통해 표시된 상기 포토 마스크의 복수의 마커를 선택하는 단계로서, 그러한 선택은 직사각형의 윤곽을 형성하는 단계;
상기 GUI를 통해 ROI를 선택하는 단계;
상기 PMD를 상기 DSP 시스템에 무선으로 연결하는 단계;
조명 광을 중단하는 단계;
상기 조직에서 올리고스를 절단하기에 충분한 미리 결정된 시간 동안 상기 조직을 UV 조명에 노출시키는 단계; 및
절단된 올리고스를 포함하는 상기 조직으로부터의 상기 용액을 수집하는 단계를 포함하는 방법. - 제33항에 있어서,
상기 포토 마스크를 교정하기 위해 상기 슬라이드를 삽입하기 전에 상기 포토마스크를 이미징 하는 단계, 및/또는 상기 선택된 마커들에 의해 윤곽선이 표시된 상기 직사각형의 크기를 변경하는 단계를 더 포함하는 방법. - 제34항에 있어서,
상기 변경된 크기는 복수의 지정된 크기 중 하나에 해당하는 방법. - 비일시적 컴퓨터 판독 가능 매체에 있어서,
하나 이상의 컴퓨터 프로세서가 본 명세서에 개시된 상기 방법 실시예들의 하나 이상의 단계를 수행할 수 있도록 하기 위한 명령어가 저장된 매체.
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