JP2008295444A5

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Publication number: JP2008295444A5
Application number: JP2007265917A
Authority: JP
Filing date: 2007-10-11
Publication date: 2009-02-12
Anticipated expiration: 2027-10-11

Claims

被験者から得た試料中の、下記（１）乃至（３）に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は該ポリペプチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、エキノダームマイクロチューブルアソシエートプロテインライク４（ＥＭＬ４）遺伝子とアナプラスチックリンフォーマキナーゼ（ＡＬＫ）遺伝子との融合遺伝子又は該融合遺伝子によってコードされる融合蛋白質の検出方法。
（１）配列番号２、配列番号７又は配列番号１３０で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、キナーゼ活性を有するポリペプチド、あるいは、配列番号２、配列番号７又は配列番号１３０で表されるアミノ酸配列において、１〜１０個のアミノ酸が欠失、置換、及び／又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかもキナーゼ活性を有するポリペプチド、
（２）配列番号２、配列番号７又は配列番号１３０で表されるアミノ酸配列との同一性が９０％以上であるアミノ酸配列を含み、しかもキナーゼ活性を有するポリペプチド、並びに、
（３）配列番号２、配列番号７又は配列番号１３０で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。
被験者から得た試料中の、請求項１の（１）乃至（３）に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、請求項１の融合遺伝子の検出方法。
被験者から得た試料中の、請求項１の（１）乃至（３）に記載のポリペプチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、請求項１の融合蛋白質の検出方法。
請求項１の（１）乃至（３）に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ＥＭＬ４遺伝子とＡＬＫ遺伝子との融合遺伝子の検出用キット。
ＥＭＬ４遺伝子をコードする部分から設計されるセンスプライマー及びＡＬＫをコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、ＥＭＬ４遺伝子とＡＬＫ遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、下記ａ）〜ｃ)からなる群より選択されるプライマーセット；
ａ）請求項１に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、
ｂ）配列番号４で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、
ｃ）配列番号５で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。
配列番号１、配列番号６又は配列番号１２９で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセットである、請求項５のプライマーセット。
配列番号１の塩基番号１から１７５９間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号１の塩基番号１７６０から３９２６間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセットであって、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが１ｋｂ以下である前記プライマーセット又はその相補鎖からなるプライマーセット。
配列番号６の塩基番号１から２２４２の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号６の塩基番号２２４３から３９３３の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセットであって、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが１ｋｂ以下である前記プライマーセット又はその相補鎖からなるプライマーセット。
配列番号４の塩基番号１から３６２９間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号４の塩基番号３６３０から３９７９間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセットであって、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが１ｋｂ以下である前記プライマーセット又はその相補鎖からなるプライマーセット。
配列番号５の塩基番号１から５７９の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号５の塩基番号５８０から８５３の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット又はその相補鎖からなるプライマーセット。
配列番号１２９の塩基番号１から７００間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号１２９の塩基番号７０１から１６９１間の任意の連続する少なくとも１６塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセットであって、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが１ｋｂ以下である前記プライマーセット又はその相補鎖からなるプライマーセット。