JP2007521017A - 固定化捕捉プローブを用いる遺伝子発現分析法の最適化 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】
プローブおよびターゲットの処理法(エンジニアリング)、ターゲット鎖およびプローブの固定化(グラフト)層の弾性的性質その他種々の要因によるプローブとターゲットの親和性定数Kの変化に関するアッセイ信号の解析を含む、試料中のオリゴヌクレオチドの多重化解析法、およびダイナミックレンジ圧縮、オンチップ信号増幅等のアッセイ信号強度調整、配列の高度の類似性を示すメッセージの存在量の定量的測定のためのハイブリダイゼーションおよび伸長を媒介とする検出法の組み合わせ、たとえばmRNAの3'末端付近に位置する未翻訳のAUリッチな部分配列群の相対的発現レベルの同時測定と分類、および単一のカラーラベルのみを必要とする減算的遺伝子示差発現分析の新規な方法を開示する。
【選択図】図26
Description
本出願は、米国暫定出願No.60/515,611(2003年10月28日出願)および同No.60/544533(2004年2月14日出願)に対する優先権を主張する。
本出願に含まれる研究の一部はDAPRA契約により実施されたものであり、したがって本出願の権利の一部はアメリカ合衆国政府機関に帰属する可能性がある。
遺伝子発現分析:細胞周期の進行、細胞の分化、細胞死などの基本的な生物学的過程は遺伝子発現パターンの変化に関連し、したがって遺伝子発現パターンは分子レベルでこれらの過程を追跡する手段となり得る。遺伝子発現パターンは治療薬への曝露によって変化するため、新規な薬物の有効性の分子的指標として有用であり、薬物のターゲットの確認にも利用できる。現在遺伝子発現分析はターゲットの発見に関連してますます重要性を増しつつある。
遺伝子発現分析は、一つの反応で複数の対象物質を同時に分析(多重化分析)できるような平行アッセイ法を用いて行えば、実用性が大いに改善される。しばしば行われる方法(たとえばU.Maskos, E.M. Southern, Nucleic Acids Res. 20, 1679-1684 (1992); S.P.A. Fodor et al., Science 251, 767-773 (1991)を参照)では、平面状の基板上に形成したオリゴヌクレオチドの捕捉プローブ(場合によってはcDNA分子)のアレイを用い、プローブ・ターゲット複合体の形成が可能な条件のもとで核酸試料を含む溶液をアレイに接触させる。溶液には特定の組織から抽出したmRNA或いはmRNAからの逆転写(RT)により形成したcDNAを含ませることができる。複合体の形成(ハイブリダイゼーション)が完了した後、未結合のターゲット分子を除去し、アレイの各位置について強度を記録する。これらの強度は捕捉されたターゲットの量を反映する。強度パターンを解析すれば試料中で発現したmRNAの存在量に関する情報が得られる。この多重化アッセイ法は分子医学や生物医学研究の分野で核酸や蛋白質の分析に次第に普及しつつある。
しかしながら空間的に符号化されたプローブアレイは、指定された遺伝子群の発現の定量的分析には一般には不適当である。すなわち、オリゴヌクレオチドの光化学的in situ合成では、アレイを変更するために時間と費用がかかるため、十分な柔軟性を持つ開放的な試験方法とは言えない。このため、限定された遺伝子のみを用いればよい用途においては、プローブの選択に自由度のある「スポット」、又は印刷アレイが好まれる。しかし「スポッティング」には依然として技術的に困難な問題がある。これは一般に定量分析には不適当な、標準的な「ストリップ」法アッセイの問題とも類似している。すなわち被覆が一様でなく、また個々のスポット内での固定化プローブの配向やアクセシビリティが不確実であるため再現性が劣ることが大きな問題として残る。さらに「バックグラウンド」強度を抑止するために高価な共焦点レーザー走査装置が必要であり、またプローブの被覆の不均一性を考慮して、以後のデータ処理の早い段階から統計解析を行う必要がある。いま一つの問題点は、スポットアレイのフットプリントが比較的大きく、したがって試薬の所要量が大きいことである。最後に、大規模な診断に必要な量を賄うためのスケールアップは、たとえば本発明の好ましい実施態様において符号化微粒子の平面アレイの形で利用されるようなバッチ法に比べて複雑であり、経済的に不利である。
先行技術における最も普通の方法は、複数個のターゲット配列の定量および識別のためにプローブとターゲットの多重化ハイブリダイゼーションを唯一の工程として使用するものであるが、ハイブリダイゼーションは多重化法においては特異性に欠ける場合がある(米国特許出願No.10/271,602, "Multiplexed Analysis of Polymorphic Loci by Concurrent Interrogation and Enzyme-Mediated Detection"(2002年10月15日出願)に示された論議を参照)。特異性を向上させるためにスポットアレイに長いプローブを使用した多重化ハイブリダイゼーションの方式も用いられている。たとえばAgilent, EP 127209には長さ10〜30、好ましくは約25のプローブが開示されており、これによってスポットしたプローブの捕捉配列のランダムな障害とアクセシビリティの制約を補償することは可能である。すなわち、スポットされたアレイにおいてプローブ・ターゲット複合体が形成される際には通常はプローブの長さ全体が関係することはなく、ランダムに接近できる部分配列のみが関係する。しかし本明細書で述べるように、固相においては長いプローブを使用することは有効ではなく、また特異性の欠如の問題は依然として残る。本明細書で述べるように、交差ハイブリダイゼーションは通常強度パターンが歪められ、したがってプライマーとプローブの設計を、たとえば同時に出願されている米国特許出願No.10/892,514, "Concurrent Optimization in Selection of Primer and Capture Probe Sets for Nuclear Acid Analysis"(2004年7月15日出願)の方法を用いて注意深く行い、非同族のプローブとターゲットの分子的相互作用を考慮して注意深く分析を行わないと、定量分析は不可能になる。
これら標準的方法の問題点、および絶対発現レベルの定量測定における重大な不確実性や誤差の可能性を考慮して、実際上好まれる方法は示差発現分析である。この方法では、正常な組織または細胞と疾患その他の異常を持つ組織または細胞、或いは正常(「野生種」)植物と遺伝子組み換え植物における発現パターンの差を特徴づける。一般に行われている方法によれば、平板状の基板に一組のcDNAクローンを「スポット」してプローブアレイを形成し、正常および変異体起源のDNAを接触させる。起源の異なるDNAには異なった標識が施されており、プローブ・ターゲット複合体により形成されるパターンを2つのカラーチャンネルで記録することができるので、正常・変異両試料の発現比を求めることができる(たとえば米国特許No.6,110,426 (Stanford University)を参照)。2色蛍光検出のシステムは煩雑であり、スポットまたはその他の方法で符号化されたプローブアレイを読み取るために必要なレーザー走査装置を入念に較正する必要があり、また2つのカラーチャンネルを別個に走査しなければならない。このような難点は本発明に開示される減算法による示差発現分析により克服され、検出色は1色で済む。
一般的に行われている多重化発現プロファイリングの方法によれば、試料中のmRNA分子の逆転写により対応するcDNAを作成し、これをスポッティングまたはin situ合成により形成したオリゴヌクレオチドの捕捉プローブのアレイに接触させる。Lockhart et al.(米国特許No.6,410,229)は、cRNAを生成させるのにmRNAをcDNAに逆転写し、これを高率の標識(平均して8個中1個のdNTP)のもとでcRNAに転写し、第二の「修飾」段階を用いて合成オリゴヌクレオチドプローブのアレイで検出するという複雑なプロトコルを提示している。このように煩瑣で誤りが入りやすい、かつ高価なプロセスは方法を複雑にするばかりでなく、たとえば増幅の非線形性などによりメッセージ存在量の最終測定値の不確実性を著しく増大させることになる。
溶液中のDNAは鎖のエントロピーで決まるポリマー特性を持つことが知られている(Larson et al., "Hydrodynamics of a DNA molecule in a flow field", Physical Review E 55: 1794-97 (1997)を参照)。特に単鎖DNA (ss)DNAは可撓性が大きく、そのことは実験的に興味のある条件のほとんどにおいて、持続長がヌクレオチド(nt)数個の程度にすぎないことに現れている。これは二本鎖DNAよりも相当に短い (Marko JP, Siggia ED: "Fluctuations and supercoiling of DNA", 22:625, 506-508 (1994))。したがって固定化プローブによるssDNAの捕捉では分子の立体構造の自由度に著しい制約が加わることになる。同時に、もし二重体が形成されれば、固相法による核酸分析では、侵入するターゲットの鎖に弾性変形で対応しなければならない。ターゲットとプローブの分子のポリマーとしての立体的位置関係の適合性については、核酸分析手法の設計においてこれまで十分な注意が払われてこなかった。
本明細書には、プローブおよびターゲットの処理法「エンジニアリング」、ターゲット鎖およびプローブの固定化(「グラフト」)層の弾性的性質その他種々の要因によるプローブとターゲットの親和性定数Kの変化に関するアッセイ信号の解析を含む、試料中のオリゴヌクレオチドの多重化解析法、およびダイナミックレンジ圧縮、オンチップ信号増幅等のアッセイ信号強度調整、配列の高度の類似性を示すメッセージの存在量の定量的測定のためのハイブリダイゼーションおよび伸長を媒介とする検出法の組み合わせ、たとえばmRNAの3'末端付近に位置する未翻訳のAUリッチな部分配列群の相対的発現レベルの同時測定と分類、および単一のカラーラベルのみを必要とする減算的遺伝子示差発現分析の新規な方法を開示する。
− ターゲット(トランスクリプト)の長さと立体構造を制御すること;
− トランスクリプト内の捕捉部分配列の選択を制御すること、すなわちトランスクリプトの5'末端に隣接する部分配列を優先的に捕捉させること;
− 溶液中のターゲット濃度を制御すること;
− グラフトしたプローブ層の配置を制御すること;
− イオン強度とpHを制御し二重体の生成をプローブ・ターゲット領域に限定し、ターゲットの溶液中への再アニーリングを最小限にすること;
− メッセージ在量の広いダイナミックレンジ(全反応容積10 mmolあたり約1〜10,000fmol)に対応するため、下記によってアッセイ信号強度のダイナミックレンジを調節すること。
− プローブ長さとターゲットの相互作用に応じてプローブ密度を制御することで、ターゲットの捕捉に影響する充填制約を制御すること。
− アレイの組成、すなわち結合部位の数を制御すること。
− トランスクリプトの長さ、トランスクリプトの存在量、標識密度を制御すること。
− 伸長を媒介とする配列固有の信号増幅により、感度を向上させること。
− ハイブリダイゼーションを媒介とする分析と、伸長を媒介とする分析とを組み合わせて高度に相同的な配列を検出することにより、特異性を向上させること。
− 単一の色を用いて「変異」および「正常」試料における特定遺伝子の発現レベルの差を検出できる減算法により示差発現分析を実施すること。
本明細書では、複数の核酸を対象とする、固定化オリゴヌクレオチドプローブへの捕捉による濃度(「存在量」)の決定方法、特に指定された遺伝子の組の発現レベルの同時(「多重化」)分析の信頼性を向上させるための系統的方法を含む、方法・プロトコル・設計を開示する。より特定的には、多重化遺伝子発現分析の感度、特定性およびダイナミックレンジを最適化する方法、更には単一の検出色のみを用いる減算法による示差発現分析を含むアッセイプロトコルを開示する。またターゲットと固定化プローブの相互作用の現象的記述を導入し、この過程を支配する親和性定数の実際の値を評価する。色で符号化した微粒子上の捕捉プローブの平面状アレイを形成する好ましい実施態様によれば、本明細書に記述するサイトカイン標準パネルの場合のようにターゲットの増幅を行う必要がなく、試料採取からデータ解析までの多重化発現分析を僅か3時間或いはそれ以下で行うことも可能である(図1及び図2)。本明細書ではこれらの方法および設計を、固定化オリゴヌクレオチドプローブによるターゲット核酸鎖の捕捉を含む種々の問題に適用する例によって説明する。
I.1 ハイブリダイゼーション複合体(「二重体」)生成を支配する配列固有の親和性:
ハイブリダイゼーションによって媒介される2つのオリゴヌクレオチドの複合体の形成(「アニーリング」)の標準的な解析においては質量作用の法則を用いて、複合(結合)したプローブとターゲットの濃度c = [TP]と未複合(未結合、遊離)プローブの濃度(好ましくは符号化されたビード上の)p = [P]および未複合ターゲットの濃度t = [T]とを次のように関係づける:
[TP] = K[T][P]
または
c = Kpt
ΔGC = ΔGNucleation + ΣiεNN-pairs(ΔHi + TΔSi)
ここにΔHiとΔSiはそれぞれエンタルピー、エントロピーを示す。条件ΔGC = 0から、二重体の安定度を評価するのに広く用いられている溶融温度TMが求められる。
KSS = K0esp(-ΔGC/kT)
ここにK0は定数、kはBoltzmann定数である。
[T]min = [PT]min/K[P]0 = [PT]min/1.7×1010/M×105
ここに[PT]minは確実に検出されるために必要なプローブ・ターゲット複合体のビード当たり最小数であり、[PT]min = 103に対して[T]min ≒ 0.6×10-12 pMが得られる。この値は細胞1個あたりコピー1個のメッセージ存在量に相当する。
後述するように、ターゲットの大きさと立体構造、基板に固定化されたプローブの大きさ、立体構造、配置はプローブとターゲットの相互作用に大きく影響し、NNモデルから予測されたプローブとターゲットの親和性と実際の親和性との間に大きな乖離を生ずる原因となる。
長さ25〜175 ntの合成DNAターゲットの広い濃度範囲、および長さ15〜35 ntの捕捉プローブに対して結合等温線を作成した(表I-1および実施例Iを参照)。
プローブとターゲットの捕捉効率に対するターゲット鎖の長さの影響を調べるため、長さ25, 40, 90, 175 ntで共通の部分配列を含む合成DNA(表I-1参照)の末端を蛍光標識し、READ法に従って平面状アレイに配列した、色で符号化した直径3.2 mmのビード上の19 ntの捕捉プローブとハイブリダイズさせた。代表的な結合曲線から、ターゲット長さLの影響が大きいことが知られる。図3Aに示すように、飽和以下のいずれのターゲット濃度においても、ターゲットが長いほど得られる信号強度は小さくなる。ここで信号強度は各曲線について、飽和時の値を用いて規格化されている。
図3に19 ntのプローブについて示したような結合曲線を、長さ15〜35 ntの一群の捕捉プローブに対して作成した。図6A、6Bには175 ntのターゲットに対する結合曲線を、質量作用の法則へのあてはめと共に示す。ここで上記のようにI 〜nFc(nFは分子あたりの蛍光標識の平均数)と仮定している。この組から、あてはめによって親和性定数としてK* 〜5×107/Mが得られ、これはNNモデルから予測される値の約1/20である(表I-2参照)。ターゲットの長さを25, 90, 175 ntにそれぞれ固定したときの信号強度とプローブ長さとの関係を図7A〜7Cに示す。予想されるとおり強度プロファイルは、NNモデルから予測される値よりは小さいが、短いプローブに対するほど高くなる。しかしながら4点のターゲット長さすべてに対して、プローブ長さ約30 ntでプロファイルはピークに達するか、または飽和する。これはNNモデルでは全く予想されない効果であり、後述するように、ターゲットが固定化プローブに捕捉されるためには、接近するターゲット鎖のみならず捕捉プローブ層にも弾性変形が起こらなければならないことを示唆するものである。
更に、合成ターゲットの場合のように、逆転写で得られたcDNA(以下「トランスクリプト」とも呼ぶ)の長さLを減少させると、同じmRNA濃度から得られた長いトランスクリプトに比べてアッセイ信号強度が系統的かつ顕著に増大することが示される。1200 ntのカナマイシンmRNA (Promega)について後述するように、適切な逆転写プライマーを選択することにより長さが約1000 ntから約50 ntにわたる種々のcDNAが生成する(実施例III)。cDNAの5'末端付近に捕捉部分配列を置くと更に信号が強化される。したがって捕捉プローブは望ましい形として、トランスクリプトの5'末端に近接した部分配列に適合するように設計した(図8A)。いずれの強化効果もターゲットと固定化プローブとの相互作用を支配する自由エネルギーに立体構造が大きく寄与していることを示すものである。これらの効果の結果として、配列に依存する親和性Kssは有効親和性K*(L) < Kssまで減少する。このことは固定化捕捉プローブおよびトランスクリプトの設計に対して、特に基板表面の利用可能な面積のうち吸着されたターゲットの占める部分の比率がある特性値γ* = c*/cmaxを超えるとき、重要な意味を持つ。
いくつかの場合に、1つのmRNAテンプレートから複数のcDNAトランスクリプトを作成する可能性を考慮して複数の逆転写プライマーを使用した(図8A)。この過程ではmRNAの3'末端付近に位置する第1の逆転写プライマー含む短いcDNAが、mRNAの3'末端からより遠くにある第2の逆転写プライマーを含むより長いcDNAトランスクリプトで置換される。各cDNAに対して1つ以上の捕捉プローブ(この場合19 nt)が供給されるようにした(実施例IV)。多重化発現追跡のための実施態様においては、たとえば図9に示した形のREAD法を使用する。
I.2.1項に述べたモデル化合物のタイトレーションの結果から、トランスクリプトの長さを縮小することにより実際にアッセイ信号が顕著に強化されることが確認された。
タイトレーション曲線を直線化吸着等温線の形で表現すれば更に洞察を深めることができる。この表現は質量作用の法則から直接得られる。反応 P(プローブ)+ T(ターゲット)<−> C(プローブ・ターゲット複合体)に対する質量作用の法則は c = Kpt と書くことができる。ここにc, p, tはそれぞれの濃度、Kは親和性定数である。p = c - p0, t = c - t0(p0, t0はそれぞれプローブとターゲットの初期濃度)と置くと、c = K(c - p0)(p - t0) となり、ここに述べる実験のようにc << t0 であればc = K(p0 - c)t0或いはc = p0 - c/Kt0となる。タイトレーションの結果をこの形で表現すると(前記と同じくIはcに比例する、すなわちI 〜nFcと仮定する。nFはトランスクリプトあたりの蛍光発色団の数を示す)、cとc/Kt0との直線関係が明瞭になり、切片からp0が、勾配からKが求められる。特に、本文に述べたとおり、勾配の急激な変化は領域の移行を示す。
本明細書にはまた、捕捉部分配列を長いトランスクリプトの5'末端付近に置くことによって、捕捉効率、したがってアッセイ信号および感度を支配する有効親和性が増大することを開示する。このことは1200 ntのカナマイシンmRNAについて、逆転写プライマーならびに内部および末端プローブのアラインメントを示す図12Aに表されている。図12Bは500 ntのトランスクリプトを2つの異なった(組の)19量体プローブに捕捉した場合のタイトレーションの結果を比較したもので、プローブの一方はトランスクリプトの5'末端付近の部分配列に、他方はトランスクリプト内部の部分配列にそれぞれ適合するものである。「末端」捕捉プローブを用いたときは「内部」捕捉プローブに比べて約1.5倍のアッセイ信号強度が記録されている。これらの結果を吸着等温線の形に変換すれば(図13)、捕捉部分配列をトランスクリプトの5'末端付近にとることが、長さを縮小した場合と類似の効果を持つことがわかる。このことは、末端部分配列を捕捉する際にはプローブ層もターゲットも立体構造の変化が少なくてすみ、したがって後述のように鎖のエントロピーに由来される反発効果が少ない点で、短いターゲットを使用するのと等価であるとの見方を支持するものである。
「診断」のための発現プロファイリングにおいて検出すべきトランスクリプトの配列をアプリオリに知ることができれば、ターゲットの特定の配列に適合する捕捉プローブの設計が可能になり、好ましくは末端捕捉プローブを選択することによる感度の向上、c*以上または以下の作業領域を選択することによるダイナミックレンジの調節、および特異性の最適化を図ることができる。その方法および設計の詳細は米国特許出願No.10/892,514に詳述されている。
固定化プローブへのターゲットのハイブリダイゼーションを支配する有効親和性定数K* = K*(L)を最大化するため、ターゲットの長さLを最小化する。
与えられたターゲット長さに対して、指定された捕捉部分配列をできるだけターゲットの5'末端に近く置く。
特定のターゲットと固定化プローブとの相互作用を支配する有効親和性定数K*を制御するために、希釈領域で大きいK*を実現するか、濃縮領域で小さいK*を実現するかを選択する。
存在量の大きいメッセージに対してはK*を小さくするため長いトランスクリプトを作成し、存在量の小さいメッセージに対してはK*を大きくするため短いトランスクリプトを作成することにより、与えられたメッセージ存在量の範囲に対応する信号強度の範囲を圧縮する。
ターゲット濃度の定量分析を行うため、捕捉プローブの長さを、与えられたプローブのグラフト密度に対する最大値以内に限定し、或いはグラフト密度を所望のプローブ長さに対して飽和を避ける限度内に限定する。
グラフト密度 σ を、ターゲットの進入速度を実質的に低下させない限りで最大化する。ただし σ を飽和時のターゲットあたりプローブ数の予め定められた小さい倍数に限定する。
ターゲット・ターゲット二重体の生成を最小限とするように、バルクのイオン強度(および可能ならば pH)を、プローブ層内で著しく小さくならない限度内で調節する。
II.1 一般的記述
第I章に述べた観察結果を説明し、設計ルールを精密化して、最適なプローブ層とターゲットの立体構造を選択するための体系的な設計方法を確立するため、本発明においては一本鎖DNA(ss)DNAまたはRNAターゲットが、予め指定された「捕捉部分配列」に相補的な末端グラフトプローブ層に捕捉される過程の現象論的モデルを開示する。具体的にはこのモデルは、捕捉プローブと指定されたターゲットの部分配列との二重体の形成を、ターゲットの一部がプローブ層内に侵入することを要する吸着過程と見なす。その過程にはプローブ層の弾性変形、およびターゲット(の一部)の空間的限定(配置エントロピーの減少を伴う)が含まれる。このようにこのモデルでは固定化プローブとターゲットの複合体の形成を、プローブの「単分子層」が末端グラフトによってプローブとターゲットの「二重層」に変化する、グラフトの過程と見なす。
一つの見方として、ここに示すモデルは変形可能な基板への多価電解質の吸着過程に類似するものである。この基板は多価電解質「ブラシ」、或いはある条件のもとでは末端グラフトされたポリマー「ブラシ」の特徴を持つ(図14、Pincus, Macromolecules 24, 2912-2919 (1991)(本明細書を構成するものとして援用)、またFleer et al., Sec. 4 in: "Polymers at Interfaces", Chapman Hall, 1993を参照)。面密度 σ の末端グラフトされたプローブ層において、隣接プローブ間の特性距離d (σ 〜d2)と、各プローブの緩んだ(「マッシュルーム型」)構造の特性寸法 ζ⊥とは相互に関係づけられ、ζ⊥^<< dである限りは各マッシュルームの立体構造は隣接するマッシュルームの影響を受けないが、プローブ鎖が重なるようになるとマッシュルーム構造は拘束を受け、プローブ層は鎖の末端が自由表面を向いた「ブラシ」状の形をとる(Fleer et al., op. cit.; Milner, Witten & Cates, Macromolecules 21, 2610-2619 (1988))。
別の見方としてこのモデルは、空気-水界面または油-水界面に吸着された、燐脂質、界面活性剤、或いはある種のペプチドのような両親媒性分子の単分子膜(「Langmuir膜」)に蛋白質などの溶質が吸着される過程に類似している。このような膜に溶質分子を挿入するには膜が局所的に圧縮されなければならず、この圧縮は横方向の圧縮の場合と同様に鎖の充填状態と立体構造の変化を伴う。配向と立体構造の自由度の相互作用は、グラフト密度の関数として種々の相を生ずるが、現在の目的のために関心が持たれるのは横方向の圧縮率の高い共存領域である。以下の議論では高分子理論の用語を用いるが、界面に吸着された両親媒性分子の膜(「Langmuir膜」)の既知の相的挙動に依拠して、短いプローブ鎖に対して可能ないかなる拡張或いは精密化も本明細書の範囲内に属する。
末端グラフトされたプローブの層にターゲット(の一部)が進入すると、局所的にセグメント濃度が増加し、それに応じて浸透圧が発生する。さらにターゲットの進入によって層の弾性変形が生ずるが、これは図14に示すように鎖の伸長によって媒介される。浸透圧と鎖の伸長による弾性的エネルギーは進入するターゲットに対する反発力として働き、二重体生成の自由エネルギーに反発力の項GPを生じさせる。コロイド懸濁液のエントロピー的安定化に寄与するのはこの反発自由エネルギーであるが、グラフト層の最適な立体構造はそれに接触するコロイド粒子の上で鎖の相互浸透を最小にするようなものであり、ここで目的とする捕捉プローブ層の立体構造の最適化はターゲット鎖の層内への進入を容易にすることである。
K* 〜exp(-ΔG* C/RT) < KSS 〜exp(-ΔGC/RT)
また溶融温度も低下し、T* M < TMとなる。ここにT* Mは条件 ΔG(T* M) = Δ G* C (T* M) = 0から定まり、TMは条件 ΔG(TM) = 0から定まる。このように配列固有の値には大きな補正を見込む必要があり、実際、弾性効果によって二重体形成が完全に抑止されることもある。
プローブ層の立体構造:優先グラフト密度:
与えられたグラフト密度 σ に対して、プローブ鎖の横方向の変位s^がdと同程度に、
すなわち、(Pはプローブ長さ、aはモノマーまたはセグメントの大きさ)となると、マッシュルーム型構造における隣接する鎖の重なりが生ずるようになる。ν = 1/2のときこの条件はa2P 〜d2 〜1/σ、したがってP 〜1/σa2となる。対象の捕捉プローブに対して好ましい長さPが与えられると、これ故にグラフティング密度は、好ましくはσ<1/a2Pのように最適化される。
ターゲット鎖またはその一部が末端グラフトされたプローブのブラシに進入すると、局所的セグメント密度φ が増大する。面積A0、厚さD = D(σ)のブラシがnp本の鎖を含んでいる場合、φ 〜S/ A0D(σ) 〜(np/A0)P/ D(σ)(Pは鎖1本あたりセグメント数)、したがって φ 〜sP/D(σ)である。φが増加すれば浸透圧 P 〜φw(wは特性指数)が増
大し、層の圧縮率が減少する。セグメントが加わればその度に弾性変形が起こる。たとえば小球の連なりから成るブラシ(図14)では弾性変形により小球の特性寸法 xPが減少し、同時に鎖セグメントの伸長とそれに伴うブラシの厚さD = D(σ)の減少による自由エネルギー増加分も減少する。各小球がPB個のセグメントを含むとすれば、したがって
である。各プローブ鎖の長さがPでブラシの厚さにわたってP/PB個の小球を含むとすれば、であり、ζP 〜σ-1/2とすればD 〜aPσ1/3となる。すなわちグラフト密度を増加させると鎖の伸長により層の厚さが増加する。このようなスケール関係は、鎖の弾性における反発力(排除容積効果、静電的相互作用など)と吸引力とのバランスから全く一般的に生ずるものである。
共有結合を介した末端グラフトによるプローブ層の形成で実現されるグラフト密度は、固相基板上の担体面に存在する吸着部位の横方向の密度により限定されるのでない限り、特性的吸着(結合)エネルギー(プローブあたりの)と、プローブ層が成長する際に追加されるプローブに対応するために必要な弾性変形などの反発力とのバランスを反映する。すなわちグラフト密度は鎖ごとの特性面積AP 〜d2 〜1/σ を定義する。この場合グラフト密度は固相担体の共有結合的官能化に関する条件、特にプローブ濃度およびインキュベーション条件を反映する。
nt)の最大数の推定値として
(図6B)を用い、各ターゲットが大きさの等しいプローブに捕捉されてハイブリダイズすると仮定すると、ターゲット捕捉後の平均分子面積はAp 〜π(1.6 mm)2/2×6×105 〜0.65×103A2と推定され、これはプローブのグラフト密度
に対応する捕捉前の値の2倍に相当する。このことから、グラフトの過程は「自己限定的」であって、少なくともここで引用する実験に用いられている固相担体の形成の条件では、末端グラフトされたプローブの立体構造は緩んだ状態ではなく、部分的に伸長した構造であると考えられる。部分的伸長は特性半径
の小球の伸長した列の構造(Tinland et. al., op. cit.)と適合する。ここにRG,Pは溶液中で拘束を受けないプローブ鎖の回転半径を表す。すなわち自己限定的過程で形成されたブラシにおいては
である。
吸着の希釈領域と濃縮領域:ターゲットの進入に対するプローブ層の弾性的応答に関する議論から、吸着等温線の希釈領域と濃縮領域との間の移行(図10A)が、プローブ・ターゲット複合層の弾性変形によって起こることが推定される。移行の起こる点c*(L)に対して、限られたものではあるが利用できるデータからc* 〜1/L3/2と推定される(図11)。
第二の場合について導いた式は、図11に支援した境界線に従って希釈領域の実現を保証するようにプローブ層のグラフト密度を最適化するために使用できる設計ルールを示している。すなわち:
に依存することを説明するためにも用いられる。したがって有限容積を占める有限の部分配列が容積RG,T 3 〜L3νのコイル内に見出される確率は 〜1/L3ν, ν = 3/5に従って変化する。
本発明の好ましい実施態様に関連して本明細書に述べるグラフト密度の典型的な値、すなわち3.2 mmのビード1個あたり約106(または約3×1012/cm2)は、層内の空間電荷密度zCPの大きい値に対応する。たとえば長さP = 20のオリゴヌクレオチドに対して、対応するプローブ層の厚さD 〜50 Aとすると、プローブ鎖の濃度CP 〜106/(p(3.2)2D) 〜10 mM、したがってバックボーンの(完全解離した)燐酸基に関係する電荷の局所的濃度はfCP 〜200 mM (f = 20)となる。
C+ = (1/2)fCP{1 + (1 + 4CBulk 2/fCP2)}1/2
が得られ、したがって
となる。このスケールは鎖の間の平均距離d、したがってグラフト密度によって決まる。ζE < Dの極限では任意の電荷f > 0に対して鎖が伸長し、グラフト密度に関わりなくブラシ厚さが最大となる。グラフト密度が十分小さく、ターゲットの進入に対応できるなら、そのような層への捕捉は「剣山型」の立体構造で、プローブ層の著しい弾性変形なく進行する。小球型の立体構造に従う鎖の伸長への復帰は、遊離の共イオンおよび対イオンを添加し、それらのイオンに関連するDebye遮蔽長さκFree -1が ζE と同程度、したがって ζEκFree > 1となるようにその濃度を選ぶことで実現される。そのように遮蔽されたブラシでは、内部の立体構造は定性的には小球の連鎖から成る半希釈ポリマーブラシに類似するが、電気化学的平衡を維持するためバルク溶液の条件に応答する。
この場合、ターゲットが曝露される塩溶液の濃度が通常は二重体を生成しないと考えられる1 mMであっても(Primrose, "Principles of Genome Analysis", Blackwell Science, 1995)、一旦プローブ層に進入すればこれより遥かに高い局所的塩濃度に遭遇し、静電的遮蔽の条件も二重体生成に有利である。すなわちプローブ層は、バルク溶液内の極めて苛酷な、ssDNAまたはRNAの二次的構造の生成に不利な名目的条件においても、プローブとターゲットのハイブリダイゼーションが可能な局所的化学環境を提供する。このようにしてバルクではdsDNAの再アニーリングを防止しつつプローブ層内では(局所的に)二重体を生成させることが可能である。このシナリオは好ましくは次のルールで実現される。
この章では感度・ダイナミックレンジ・アッセイの特異性の最適化に関する、特に高度に相同的なメッセージの存在量の多重分析に関する種々の方法を開示し、更に単一の検出色のみを用いる減算法示差発現分析の設計戦略を開示する。
核酸分析においては、分析対象のターゲットの濃度が広範囲にわたって変化することがある。たとえば多重化発現追跡においては、対象とするメッセージの存在量は細胞1個あたりmRNAコピー1〜2個に対応する低濃度から104個以上に対応する高濃度にまでわたることが多い。最弱から最強に至るトランスクリプトの信号を同時に検出するために必要な4桁のダイナミックレンジは多くのカメラや記録装置の能力を超える。プローブとターゲットの親和性を変化させること、およびアレイの組成に関するいくつかの方法によって、既知の、或いは予想されるメッセージ存在量に対応して信号強度を調整することが可能である。
対象とするmRNAの部分配列から所望の長さのcDNAトランスクリプトを作成するための逆転写プライマーの選択、および細くのためのターゲットの5'末端配列の選択を本明細書の考察に従って行うことにより、プローブとターゲットの親和性を調節することができ、ターゲットの捕捉を示すアッセイ信号のダイナミックレンジの調整が可能である。
アッセイ設計の最も簡単なケースは、逆転写のみが要求され増幅が不要な場合であって、cDNA濃度は試料中のmRNAの存在量を反映する。すなわちターゲットの存在量が与えられる。このときトランスクリプトの長さ、或いは捕捉部分配列の位置を正しく選べば感度を最大にし、かつ有効親和性係数の調節によって信号のダイナミックレンジを圧縮することができる。
より一般的に、最適なトランスクリプト長さの選択が更に制約される場合がある。たとえば本明細書で論じるように相同性の高い配列を分析する場合、5'末端付近の部分配列が試料中のターゲットの多く、或いは全部に共通であって、特定のターゲットを同定するため、さもなければ望ましい長さよりも長いcDNAを作成せざるを得ないことがある。そのような場合には、与えられた長さLに対して、ターゲットの存在量t0を、希なメッセージに対してはc*以下、一般的なメッセージに対してはc*以上の領域で作業できるように選択する(たとえば1回以上の減算増幅による、後述)ことが好ましい。
コピー数の少ないトランスクリプトの検出感度を高める別の方法は、トランスクリプトの中央部でなく5'末端付近に存在するターゲット部分配列に対応する捕捉プローブを用いることである。I章に述べたとおり、ターゲットの中央部は末端付近よりも接近しにくく、したがってプローブ層の大きい変形を必要とし、したがって有効親和性係数は小さい。
SelectFinalTargetAbundance(L,L*,C)
SelectTargetLength(C,C*,S)
SelectCaptureSequence(ProbeSeq)
特定のターゲットの予想される濃度に対して、特定のタイプのプローブの数を適合させることによって、ダイナミックレンジと検出感度を更に改善することができる。特に本発明における好ましい方法であるREAD法においては、プローブの数は特定のタイプの微小球(ビード)の数(以下「重複数」とも呼ぶ)を変化させることで容易に調節できる。設計ルールは、異なったタイプのビードの最適相対存在量を選択することを規定する。
K
P + T ←−→R PT
と書かれる。質量作用の法則は、その基本形においてはビード上の複合体分子の数[PT]、ビード上の未複合受容体部位の数[P]、反応に関与し得る遊離リガンド分子の総数[T]の関係を表し、数学的には下記の形である。
K= [PT]/[P][T]
ビード上の受容体分子Pは濃度[p]0(p0)でビードに固定化されており、分析対象におけるリガンド分子Tの初期濃度は[T]0(t0) mol/l (M)である。
K = c/(p0 - c)(t0 -NBc/VNA)
と書ける。複合体の数cは各ビードに対する蛍光信号強度に正比例する。
ランダムに符号化されたアレイ内部での与えられた種類のビードの数を制御することは、所望の限界内の信号強度を発生させるのに好ましい手段である。1つのリガンドが1つの受容体に結合する最も簡単な場合には、ビードの数を図17の屈曲点Cknee = 1 + X以下に減らすことで最大の占有率が得られる。
前述したように、多重化アッセイでは検出すべきリガンドの濃度に大きな差があることが多い。この濃度幅に対応する広範囲の信号を与えられた検出器のダイナミックレンジで処理するには、多重化反応に用いる各種類のビードの数を、それぞれに対応する分析対象の予想濃度に応じて調節することが一般的に望ましい。具体的には、低濃度の対象物質による弱い信号を検出可能になるように増強し、同時に高濃度の物質による強い信号を検出装置の飽和限界を超えない程度まで減衰させることが好ましい。
1. p0,iの既知の、または予想される値に基づいて受容体・リガンドの対の各々についてYi dを設定する。
2. 分析対象物質の濃度と親和性係数の積としてXiを計算する。
3. 受容体・リガンドの対の各々についてCi d = Xi/Yi d - 1/(1 - Yi d)を計算する。
4. 各タイプのビードの望ましい数をNB,i d = Ci dVNA/p0,iKiとして計算する。
本明細書で述べるように、有効親和性定数は長さに依存して大きく変化することがある。たとえばカナマイシンの場合、濃縮領域においてKeff(L = 50 nt)/Keff(L = 1000 nt) 〜10である。トランスクリプトの長さの選択とビードの重複数との相乗効果が極めて劇的である例を図18に示す。これは実施例Vのプロトコルに従い、反応容積20 mmol中に10,000 fmol存在するカナマイシンcDNAの検出に約3000個のビードを、反応容積20 mmol中に2 fmol存在するIL-8のcDNAの検出に約100個のビードをそれぞれ用いて作成した図である。
この例は、捕捉されたターゲットの信号強度が更に、溶液中のターゲット鎖の絡み合いに起因する影響を受けることを示すものである。すなわち、溶液中のターゲット濃度がある閾値t*を超えるとターゲット鎖の重なりが始まる。ターゲットがL個のヌクレオチドを含み、かつ空間構造がガウス型コイルであるとすれば、ターゲット濃度は簡単にt* = L/R3 〜a-3L1-3ν、或いはν = 3/5とすればt* 〜L-4/5となり、すなわちターゲットの容積分率は Φ* 〜L-4/5となる。長いターゲットに対してはφは極めて小さく、たとえば
である。例として
, L = 1000とすると回転半径は,
分子容積は
となり、103 fmolが分子1012個に相当するとすれば、ターゲットの占める容積は,
したがって
である。すなわちこの例では、カナマイシンの1000 ntのトランスクリプトの捕捉効率はターゲットの絡み合いによって更に低下すると予想される。
希釈領域を支配する親和性定数は配列固有の親和性定数KSSに近づくので、存在量の低いメッセージを検出するために、特に本明細書において高度に相同的な配列の分析に関連して述べるように短いcDNAの設計が困難または不可能であるときに好適である。存在量の最も小さいトランスクリプトの濃度を希釈領域に対応する検出範囲に含ませるためにPCRサイクルを少数、たとえば3〜4回に限定するような逆転写PCRプロトコルを作成することが可能である。
より一般的には、高存在量と低存在量のメッセージの信号によるトランスクリプトの濃度を、ターゲットの長さに関わらず、予め定めた狭い濃度範囲内へイコライズすることが望ましい。この例ではターゲットを2つまたはそれ以上の群に分けて別個に多重化ターゲット増幅を行うことにより、高存在量のメッセージに対する増幅サイクル数を少なく、低存在量のメッセージに対する増幅サイクル数を多くする。
希釈領域における作業では少数の捕捉トランスクリプトを検出する必要があるが、標識したdNTPを高い比率で含有させることによりこれが容易になる。本明細書に述べる例では、8 molの非標識dCTPに対して1 molの標識dCTPの比率で典型的な標識密度1:64が達成される。150 ntのトランスクリプトに対してはこの比はnF(150nt) 〜3を意味し、混合物中の更に短いトランスクリプトに対してはそれに応じて低い値となる。また逆転写の過程で2種類以上の標識dNTPを加えれば単位長さあたり標識数は更に増加する。たとえばある反応混合物に対してビオチンdATPとビオチンdCTPを共に用いれば一方のみを使用した場合よりも単位長さあたり標識が増加する。逆転写反応における試薬として標識ビオチンdATPと非標識ビオチンdATPを1:6.25の比率で用いた実験(詳細略)では、対照の末端標識cDNAに比べて、1000 ntのカナマイシンcDNAには約20個の標識ヌクレオチドが存在していた。
感度と特異性:
短い標識cDNAを生成させるアッセイ設計を用いて今日までに得られた結果によれば、mRNAまたはcDNAの増幅を用いず新規な増幅方法を使用して、長さ50〜70 ntのカナマイシンcDNAの標識断片を反応容積10 ml中1 fmolのレベルで検出するのに十分な感度が得られている(図19)。
より高い感度を達成するため、プローブの配列固有の伸長に続いて蛍光プローブによる修飾を用いて、cDNA捕捉後に信号を1桁増強する方法を開示する。この伸長媒介プロセス(図22)は数分間で実行でき、またたとえば低存在量のメッセージのみに対してcDNAの逆転写標識と組み合わせて選択的にも、或いはすべてのメッセージに対しても行うことができる。
複数のトランスクリプトと固定化した配列固有の検出プローブとの相互作用は、複数の競合反応の平衡とそれに対応する共親和性によって支配され、あるプローブと反応に関与し得るすべてのターゲットの部分配列との、またあるターゲット部分配列と一群の検出プローブとの相互作用の強さはこれらの因子によって測られる。多成分のプローブ・ターゲット反応系において、あるターゲットがそれに対応するもの以外の捕捉プローブと相互作用すれば、速度および平衡に対して好ましくない干渉が生ずる可能性がある。
交差反応の危険はトランスクリプトが長いほど、また反応に関わるトランスクリプトの数が多いほど大きくなる。これは第1の(適合的な)部分配列に似た第2の部分配列に出会う条件付確率が、ターゲット配列が長いほど大きくなるからである。捕捉の特異性を向上させるための方法として、先行技術では予想される各ターゲットにそれぞれ対応する2つ以上のプローブを用いる「多座」方式の捕捉が知られている。しかしこの方式は、プローブアレイの設計が複雑になり、かつプローブの追加によって交差反応の危険も大きくなるため、多重化定量分析には一般に不適当である。
hMAPとeMAPの組み合わせ:
本発明による他のアッセイ方式は、遺伝子ファミリーのメンバーが、(i) 配列に、たとえば3個またはそれ以上のヌクレオチドの挿入のような顕著な差異があり、かつ (ii) 配列が実質的に相同であるが一塩基変異多形(SNP)のような僅かな差異を持つような部分配列を近接して持つ場合に、メンバーを検出するのに有用である。そのような配列は実質的な類似性のため、従来のハイブリダイゼーションによるアッセイ法では交差ハイブリダイゼーションが多く起こり、識別が困難である。
感染やストレスへの過渡的応答においてはメッセンジャーRNA(mRNA)の代謝回転が起こる。哺乳類細胞では大部分のmRNAは分解の最初の段階としてポリ(A)鎖の短縮を示す。mRNA分子の実質的な不安定化には3'非翻訳領域(UTR)のアデニレート・ウリジレート(AU)リッチな要素が関与する。疾病状態ではAUリッチ要素(ARE)を含む多くのmRNAが発現し、疾病反応における遺伝子発現を選択的に促進または阻害するように働くことがある。AREモチーフの中核となるのはAUUUAの5塩基配列である。AREには複数個のAUUUAモチーフが分散して含まれていることもあり、しばしばそれに近接してUリッチな配列またはUストレッチが存在する。AREには様々な種類のものが知られている。
ここに詳述するような応用においては、問題とするターゲットと実質的に相同な配列を持つ数百数千のターゲットの集合の中から特定のターゲットを検出する必要がある。このような状況では、要求される配列の選択性はハイブリダイゼーションで実現できる限界を超える。適当なプライマーとプローブの組の選択については同時出願のNo.60/487,451(前記)に詳論されている。ここでは逆転写または増幅の少なくともいずれかによる配列固有の転換、およびハイブリダイゼーション(hMAP)または伸長(eMAP)による多重化検出の組み合わせを要する、具体的なアッセイ設計およびアッセイプロトコルをいくつか開示する。これらのアッセイ設計および本発明の方法論の例として、いくつかの具体例を以下に述べる。
本発明による今ひとつのアッセイ方式は、遺伝子ファミリーに属する高度に相同的なメンバーを識別するのに有用であり、一連の伸長を介する検出法によるもので、伸長生成物を形成し得る部分集合をそれ以外の部分集合から、第1の色の検出標識を含めることにより識別する。次に伸長生成物中の特定の部分配列を同定することにより、第一の部分集合のメンバーを更に識別することができる。この識別には第2の色の識別ラベルで修飾したハイブリダイゼーションプローブを使用する。この方法の詳細は多型の「位相整合」に関連して米国特許出願No.10/271,602 "Multiplexed Analysis of Polymorphic Loci by Concurrent Interrogation and Enzyme-Mediated Detection"(2002年10月15日出願)に記載されており、また図27〜29に関連して実施例IXに更に記述されている(図27のDNA配列はSEQ ID NO.12, 図28のDNA配列はSEQ ID NO.13である)。
本発明によるアッセイ方式の一つである減算式ハイブリダイゼーションは、異なるmRNAの示差的発現の決定に用いられる(図30)。この方法はたとえば、健常者と患者とでmRNAレベルが異なるようなある種の疾患ないし状態の診断に有効である。この方式では、指定されたmRNAを健常者(normal, N)と罹患者(variant, V)から抽出し、両試料のmRNA濃度を同一にする。これはたとえば両試料に共通の標準mRNAを含めることにより実現される。
ランダム符号化アレイ検出法(READ):
多重化定量分析の方法においては、符号化された微小球(ビード)に付着させたオリゴヌクレオチドのアレイを用い、その解読によって符号化ビードの各種類上のプローブを同定することが好ましい。符号化したビードの組は平面基板上にランダムな平面状アレイとして配列することが好ましく、これによって顕微鏡による検査・分析が可能になる。ビード1個に結合したターゲットの量は信号強度を監視することにより知ることができる。符号化ビードに施す標識、およびアレイ内のプローブに結合したトランスクリプトに施す標識は、異なった色を区別し得るフィルターを用いて識別できる蛍光標識であることが好ましい。このアッセイ方式は米国特許出願No.10/204,799 "Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays"(2002年8月23日出願)(本明細書を構成するものとして援用)に更に詳しく記述されている。
プローブを付着させる粒子の材質としては、たとえばプラスチック、セラミック、ガラス、ポリスチレン、メチルスチレン、アクリルポリマー、常磁性材料、トリアゾル、黒鉛、二酸化チタン、ラテックス、セファロースなどの架橋デキストラン、セルロース、ナイロン、架橋ミセル、テフロンなどが可能である(たとえばBangs Laboratories, Fishers, IN発行の"Microsphere Detection Guide"を参照)。粒子は必ずしも球形である必要はなく、また多孔質であってもよい。粒子の寸法はnm級(たとえば100 nm)からmm級(たとえば1 mm)まで可能であるが、約0.2〜200 mmが好ましく、0.5〜5 mmが更に好ましい。
アッセイにおいては配列固有のプローブ、いわゆる捕捉プローブセットを使用する。捕捉プローブセットの各メンバーは、好ましくは同時出願のNo.10/847,046 "Hybridization-Mediated Analysis of Polymorphism (hMAP)"(2004年5月17日出願)に記載の方法により、1つの対応cDNAターゲット分子に相補的な固有の領域を持つように設計される。前述のとおり捕捉プローブセットの各メンバーの相補的領域の長さは、結合の親和力を調節するために異なる場合がある。
これらのアッセイに使用する全RNAは分離後cDNAに逆転写し、このcDNA分子をdNTPまたはddNTPとDNAポリメラーゼを含む溶液の存在下で添加して、ターゲットの5'末端と完全に適合する相補的配列を持つプローブ上でcDNAを伸長させる。dNTP/ddNTP混合物は、伸長したターゲットに蛍光標識を導入するため、少なくとも1つの標識dNTPまたはddNTPを含む。cDNAターゲット分子は前述のように蛍光標識され、その蛍光標識密度(たとえば蛍光標識されたdNTPの導入の程度)は、対応するmRNAの予想発現レベルの高低によって異なる。更に、トランスクリプトのプローブとの結合領域がハイブリダイゼーションのパターンに影響し、プローブが末端に結合する方が容易である。詳細は後述の実施例において示す。
特定のプローブの組み合わせを含むアレイを作成するには、符号化しプローブで修飾したビードをプールしてアレイに構成する。アレイの構成法には多くの方法があるが、その一つにLEAPSO (Light-Controlled Electrokinetic Assembly of Particles Near Surfaces)と呼ばれるものがあり、米国特許No. 6,251,69(本明細書を構成するものとして援用)に記述されている。この方法ではまず平面電極と、それに実質的に平行な第2の平面電極のサイドイッチ構造を作成し、両電極間のギャップに電解質溶液のような分極性液体を満たす。第2の平面電極の内表面には低インピーダンスの部分が得られるようなパターンを設ける。次にビードをギャップに入れ、ギャップに交流電圧を印加すると、ビードは第2の平面電極上でパターンに従ってランダムに符号化されたアレイを形成する。或いは第2の平面電極上の照明パターンを利用することもできる。この方法で得られるアレイは、その特徴の密度を極めて高くとることができる。粒子アレイを構成する別の方法は米国特許出願No. 10/192,352 "Arrays of Microparticles and Methods of Preparation Thereof"(2002年7月9日出願)に記載されている。
本発明によるアッセイでは、一群の粒子を明確な化学的または物理的特性によって符号化し、アッセイ前後において粒子の種類を決定できるようにする。解読を行うには、アッセイの前または後にアレイ中の符号化粒子の空間分布を記録することにより解読イメージを得る。この分布は捕捉プローブセットのメンバーの空間分布に対応する。
捕捉されたターゲットの検出を容易にするため、逆転写中に予め定められたモル比の標識dNTPを加えることによりcDNAを蛍光標識する。加えるdNTPの総量は逆転写で得られるトランスクリプトの長さによって異なる。本発明によるアッセイは、ハイブリダイゼーションに媒介される捕捉の代わりに、或いはこれに加えて、伸長に媒介される捕捉をも包含する。すなわちdNTPまたはddNTPおよびDNAポリメラーゼを含む溶液の存在下でcDNAを添加し、3'末端が捕捉されたターゲットと相補的なプローブに付着したcDNAを伸長させる。伸長させたプローブに蛍光標識を導入するため、dNTP/ddNTP混合物に少なくとも1つの標識dNTPまたはddNTPを含有させる。
アレイ中の粒子を解読しプローブに捕捉されたcDNA分子のアレイからのアッセイ信号を検出するには蛍光顕微鏡を用いる。解読装置の蛍光フィルターセットは、粒子の染色に用いた符号化色素の発生する蛍光を識別できるように設計され、他のフィルターセットはトランスクリプト/単位複製配列に関係する色素によるアッセイ信号を識別できるように設計される。解読イメージおよびアッセイイメージの記録装置にはCCDカメラを組み込むことができる。アッセイイメージを解析して、信号の空間分布とそれに対応するアレイ中の符号化粒子の空間分布との相関から捕捉されたターゲットの各々を同定する。
解読の前または後に、符号化粒子のアレイをcDNAターゲット分子に、粒子上のプローブによる捕捉が可能な条件化で接触させる。反応時間の経過後に符号化粒子アレイを1x TMACで洗浄して残留する遊離cDNAおよび弱く結合したcDNA分子を除去する。ハイブリダイゼーションによるアッセイに代わって、或いはこれに加えて、本発明のアッセイは伸長による検出法をも包含する。
長さが異なる25量体から175量体までにわたる合成DNAポリヌクレオチドターゲットを合成し(IDT, Madison, WIによる)。長いターゲットはそれぞれ短いターゲットを内部の部分配列として含んでいる。Cy5蛍光標識を用いてすべてのターゲットの5'末端を標識した。長さ15〜35 ntのアミン修飾(5'末端)オリゴヌクレオチドプローブも同様に合成した(IDT, Madison, WI)。配列の詳細を表I-1に示した。
市販のQuantiBRITEO PE フィコエリスリン蛍光定量キット(Becton-Dickinson, Franklin Lakes, NJ製)を用いた実験を行った。このキットは6.6 mmのポリマービードの表面に既知量のフィコエリスリン(PE)分子を結合させたものである。ビードに由来する蛍光強度の定量測定のため、ビードのランダム平面アレイをシリコンウェハー表面に構成し、適当な蛍光フィルターとCCDカメラを備えた蛍光顕微鏡を用いて、粒子表面のPEの蛍光発色団からの蛍光の強度を表面に付着したPE発色団の数(データは製造者による)の関数として追跡した。この実験では測定に150 Wのキセノンアークランプを備えたNikon Eclipse E-600FNエピ蛍光顕微鏡、Nikon 20x 0.75 NA対物鏡、R&B PEフィルターキューブ(Chroma Technology Corp., Battleboro, VT)を用いた。イメージは冷却した16ビットCCDカメラ(Apogee Instruments Inc.)により記録した。この実験における露出/積分時間は500 msであった。イメージの取得と解析にはパソコン上のMATLABOを用いて開発したユーザーインターフェイス付きプログラムを使用した。結果を図4に示す。これにより粒子1個あたり約100個(すなわち1個/mm2)のPE分子がこの方法で検出できることがわかる。
多重化発現追跡の典型的な実験プロトコルは次のとおりである。本発明の方法に従って最適状態を確立するプロトコルを以下に述べる。本発明の方法による信号増幅を含むプロトコル全体は3時間以内に完了可能である(図1、図2参照)。
Qiagenシリカゲル膜を用いて、全RNAを血液または組織検体から分離する。対象とするmRNAの配列と相補的な配列を持つDNAオリゴヌクレオチドを添加し、mRNAのcDNAへの逆転写を準備する。
mRNAを含む溶液を65°Cで、典型的には5分間加熱し、プライマーのアニーリングによるmRNAの変性を容易にする。ついで溶液を室温まで、典型的には2°C/minの速度で徐冷し、逆転写酵素(たとえばContech Superscript III)と蛍光標識dNTP(典型的には標識と非標識のモル比1:8)を添加して逆転写反応を開始する。標識cDNAの合成の後、RNアーゼを用いてRNAテンプレートを消化する。
READ方式に従い、シリコンチップ上の、DNAオリゴヌクレオチド捕捉プローブを付着させた色符号化微粒子のアレイ(図9)に蛍光標識cDNAを1x TMAC緩衝液中で50°Cで30分間アニールさせる。ハイブリダイゼーションに続いて1x TMAC緩衝液で3回洗浄し、各回ごとに緩衝液を交換する。
米国暫定出願No.10/714,203 "Analysis, Secure Access to, and Transmission of Array Images"(2003年11月14日出願)に詳述されているアレイ自動イメージングシステムを用い、即時イメージング(天啓的には積分時間1秒以下)により、得られた蛍光のパターンを蛍光イメージとして記録する。手動の蛍光顕微鏡を用いることもできる。本明細書に記載の方法でアッセイイメージを解析することにより強度を定量的に測定する。この方法の詳細はNo.10/714,203明細書に記述されている。
実施例IVA:mpmp逆転写法の設計とトランスクリプトの標識
Cy3修飾逆転写プライマー6種と微小球上の複数の捕捉プローブを用いるmpmp逆転写法を、1:2の比率で順次希釈した一連のカナマイシン溶液の各1回ずつの反応に適用した。長さ79〜150 ntの断片の混合物を作成し、各断片にCy3修飾dCTPを、標識・非標識dCTPの平均モル比1:16(したがって平均標識密度1:64)で導入した。
Cy3修飾逆転写プライマー1種または2種と微粒子上の捕捉プローブを用いるmpmp逆転写法を用い、濃度が25 nMから50 pMまで順次減少する一連のカナマイシンmRNA溶液の各々に対して逆転写反応を実行した。具体的には、逆転写プライマーと捕捉プローブの組み合わせ3種を用いて、70 ntまたは50 ntのcDNA断片の生成と分析を試みた。各断片にCy3修飾dCTPを、標識・非標識dCTPの平均モル比1:8で導入することにより、トランスクリプトのCy3標識密度も倍増(1:64から1:32へ)した。Cy3標識逆転写プライマーを用いると50 ntのトランスクリプト1個あたり平均2〜3個のCy3標識を含むこととなる。
ターゲットの配置エントロピーがcDNAの検出感度に決定的な影響を与える要因であることが確認され、更にいくつかのアッセイ計画において、カナマイシンの1200 ntのモデルmRNAから得られたトランスクリプトの長さを約150 ntから更に短縮して約50 ntとし、Cy3標識密度を倍増することにより、アッセイ信号を予想どおり約5倍に増強することができた。これは検出限界約50 pMに相当する。
アッセイの感度とダイナミックレンジを更に改善するため、アッセイ条件の最適化を行った。具体的には、カナマイシンmRNAのタイトレーションにおける逆転写プライマー濃度を1/25にし(50 mMから2 mMへ)、ハイブリダイゼーション時間を半分に短縮した(50°Cで30分から15分へ)。
実施例IIIに示したmpmp逆転写法アッセイの性能を更に向上させるため、最高の成績を収めた50 ntのカナマイシントランスクリプトに対して、逆転写反応温度を厳格に制御するようプロトコルを最適化した。サーモサイクラーの温度プロファイルをプログラム化し、逆転写プライマーのアニーリング・転写の条件をより厳密に制御することにより、蛍光信号強度を2〜3倍に増強することができた(図19)。具体的にはサーモサイクラー(Perkin-Elmer)を用い、下記の温度プロファイルで実施例IIIの逆転写反応を実施した。
RNA変性:65°C、5分
アニーリング:45°C、30分
SuperScript IIIの熱不活化:85°C、5分
保持:4°C
複数のmRNAメッセージを含むヒト臨床試料に典型的に見られるような複雑な環境で特定のmRNAを検出する際に実現可能な特異性のレベルを更に評価するため、細菌に由来する未知の全RNAによるバックグラウンドをヒト胎盤全RNA(Ambion)で置き換えて一連のスパイク実験を行った。ヒト胎盤全RNAは、臨床試料中のヒトインターロイキンまたはその他のサイトカインのような特定のRNA種の発現パターンを決定する際の条件を近似するものとして、より現実的である。
本明細書に示したアッセイ方式は診断のために使用することができ、またある場合には治療と共に用いることができる。
たとえば国際出願No. WO 03/008552には、遺伝子発現プロファイルによる混合系統白血病(MLL)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)の診断方法が記載されている。これらのアッセイ方法は他の遺伝子の発現プロファイルの分析、たとえばHerceptinO投与に先立つHer-2の分析にも用いられる。遺伝子発現プロファイルはまた臓器移植の決定や感染性病原体の診断にも有用である。医薬の標的への効果も発現プロファイルに基づいて解析することができる。サイトカインに数種の多形が存在することは、疾病への感受性或いは移植拒絶反応の出現を示すことがあり、これも本明細書に示した方式により解析することが可能である。本発明の方法のその他の応用例としては、特定の遺伝子の発現パターンの変化に現れる感染/病原体への曝露に対する宿主の応答の解析がある。
米国では年間10万人以上の死亡と200万人以上の入院が医薬品の副作用によるものとされており、そのうちの相当部分が個人の遺伝的変異に起因している。薬物療法の結果として遺伝的変異を検出する間接的方法は特定のバイオマーカーの遺伝子発現レベルを追跡することである。
ヒトサイトカインのin vivoトランスクリプト9種の作成:臨床的に有意義なマーカーのパネルについて遺伝子発現プロファイリングを行うための専用ビードチップを開発するための第一歩として、表III-1に示すヒトサイトカインmRNAターゲット9種の対照系を設計した。
トウモロコシの同系交配系統B73およびBSSS53において、ゼイン遺伝子のいくつかのmRNA配列は、945 ntの全長にわたって95〜99%の相同性を示す。BSSS53系統の高度に発現したmRNA配列の検出に用いるターゲット固有の変異(赤で示す)に対する、捕捉および伸長プローブの位置を図27, 28に示す。
3'末端にTを持つプローブ16を第1の種類のビードに固定化し、アニール条件下で7種の増幅済み遺伝子トランスクリプトのプールに接触させる。ハイブリダイゼーションに続く伸長によって、2つの遺伝子16, 31が他から識別され、そのプローブを持つビードからのTMRAの蛍光で検出される。同時に3'末端にCを持つプローブ31を他の種類のビードに固定化し、アニール条件下で7種の増幅済み遺伝子トランスクリプトのプールに接触させ、ハイブリダイゼーションに続く伸長反応の後、特定の符号を持つビードからのTMRAの蛍光で検出する。
アッセイの次の段階として、伸長後のプローブ16から、95°Cでの変性反応によりターゲット16を除去する。
次に伸長した単鎖プローブ16を短いCy5標識検出プローブ16に、二重体形成の溶融温度(Tm = 49°C)でハイブリダイズさせる。このためには配列中央部にCを持つ適合するプローブを使用する。指定の溶融温度(Tm)でハイブリダイゼーションが起こり、Cy5の蛍光が第1の種類のビードで検出されれば、プール中に遺伝子16が存在したことが示される。このように、この設計ではプローブ31を持つビードに由来するTMRA信号は遺伝子31の存在を確証し、プローブ16を持つビードに由来するCy5信号と共に記録されたTMRA信号は遺伝子16の存在を確証する。
Claims (62)
- 溶液中で行われるアッセイで検出される、複数の核酸ターゲットと同ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的な複数のオリゴヌクレオチドとの二重体の数の著しい減少を防止する方法であって、前記オリゴヌクレオチドは固相担体の表面に付着し、ターゲットとオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションに続いてアッセイ信号を発生させ、前記固相担体に付着するオリゴヌクレオチドの単位表面積あたり密度を、前記著しい減少が起こると予測される限界値以下の値に選定する方法。
- 前記固相担体に更に二官能性ポリマー成分を付着させ、ついで前記二官能性ポリマー成分にオリゴヌクレオチドを付着させる、請求項1の方法。
- 前記二官能性ポリマー成分の、前記固相担体に付着させたときの表面積が既知である、請求項2の方法。
- 前記二官能性ポリマー成分が、概略分子量が既知のポリエチレングリコールである、請求項2の方法。
- 前記二官能性ポリマー成分がニュートラビジンなどの蛋白質である、請求項2の方法。
- 前記限界値がオリゴヌクレオチドの長さが増大すると共に減少する、請求項1の方法。
- 前記限界値が、前記表面上で隣接するオリゴヌクレオチドが相互に重なる領域を持たないとの条件のもとで決定される、請求項1の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドおよび前記ターゲットが共にRNAまたはDNAである、請求項1の方法。
- 溶液中で行われるアッセイで検出される、複数の核酸ターゲットと同ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的な複数のオリゴヌクレオチドとの二重体の数の著しい減少を防止する方法であって、前記オリゴヌクレオチドは固相担体の表面に付着し、ターゲットとオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションに続いてアッセイ信号を発生させ、P個のヌクレオチドから成りnP個(n 3 1)の電離可能な基を有するオリゴヌクレオチドの有効電荷fnP (f < 1)を調節し、プローブが完全には伸長しないようにするため前記溶液中のターゲットの濃度を調節する方法。
- 前記オリゴヌクレオチドを既知の単位面積あたり密度で固相担体に付着させる、請求項9の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドが前記溶液と化学平衡にある、請求項9の方法。
- ターゲット核酸と二重体を形成することによって捕捉するための、表面上のオリゴヌクレオチド層の密度を最適化する方法であって、前記オリゴヌクレオチドが直線寸法aのモノマーP個から成り、オリゴヌクレオチドの一端を表面に付着させ、オリゴヌクレオチド相互間の横方向の間隔をdとするときd > aPν (ν = 3/5)とする方法。
- ターゲット核酸と二重体を形成することによって捕捉するための、表面上のオリゴヌクレオチド層の密度を最適化する方法であって、前記オリゴヌクレオチドが直線寸法aのモノマーP個から成り、オリゴヌクレオチドの一端を表面に付着させ、前記二重体が表面上で占める面積をζPT 2、オリゴヌクレオチド相互間の横方向の平均間隔をdとするときd > ζPTとする方法。
- 付着がオリゴヌクレオチドの5'末端に位置させた官能性成分を介して行われる、請求項9または13の方法。
- 付着がオリゴヌクレオチドの指定位置の官能性成分を介して行われる、請求項9または13の方法。
- 付着が選ばれた寸法の二官能性ポリマースペーサーの末端官能基を介して行われ、同スペーサーが第2の末端官能基を介してオリゴヌクレオチドの5'末端に共有結合する、請求項9または13の方法。
- 二重体の形成を実質的に固相担体に近接した溶液の領域に限定する方法であって、二重体はバルク溶液中で多数の核酸ターゲットと同ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的な多数のオリゴヌクレオチドとの間にバルク溶液中で形成され、同オリゴヌクレオチドは固相担体の表面に付着し、前記溶液中の塩濃度をバルク溶液中における二重体の形成に必要な最小値或いはそれ以下に調節することによる方法。
- 前記領域が電荷を有するターゲットと、電荷を有する、或いは有しないオリゴヌクレオチドを含む、請求項17の方法。
- 前記最小値が一価塩の濃度10 mMである、請求項17の方法。
- 核酸ターゲットと同ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドとの間の二重体形成を含み、オリゴヌクレオチドが固相担体の表面に付着しているアッセイにおいて、核酸ターゲットとオリゴヌクレオチドとの相互作用を支配する親和性係数を調節する方法であって、指定された長さのターゲットと溶液中のターゲット濃度との両者を調節して、(i)特定の長さのターゲットに対しては、ターゲット濃度が上限値を超えないように、または(ii)特定のターゲット濃度に対しては、ターゲットの長さが最大値を超えないように調節することで、希望する親和性定数を達成する方法。
- 核酸ターゲットと同ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドとの間の二重体形成を含み、オリゴヌクレオチドが固相担体の表面に付着しているアッセイにおいて、核酸ターゲットとオリゴヌクレオチドとの相互作用を支配する親和性係数を調節する方法であって、
ターゲットの長さと濃度との組み合わせを選択して、下記のように親和性定数を希望する値まで増加または減少させる方法。
(i)親和性定数を減少させるため、特定の長さのターゲットに対してはターゲットの濃度が限界値を超えるように、または特定のターゲット濃度に対してはターゲットの長さが限界値を超えるように調節する。または、
(ii)親和性定数を増加させるため、特定の長さのターゲットに対してはターゲットの濃度が限界値を超えないように、または特定のターゲット濃度に対してはターゲットの長さが限界値を超えないように調節する。 - ターゲットが、対応するmRNAの逆転写によって生成したcDNAであり、ターゲットの長さを逆転写プライマーのmRNA上の位置を選択することにより調節する、請求項20または21の方法。
- ターゲットが、対応するmRNAの逆転写によって生成したcDNAであり、ターゲットの濃度をターゲット増幅サイクルの回数を変化させることにより調節する、請求項20または21の方法。
- 調節の順序として、好ましくは最初にRNAの3'末端付近の逆転写プライマーの位置を調節してターゲットの長さをなるべく短くし、次に親和性定数を顕著に減少させない範囲で濃度をなるべく高くする、請求項20または21の方法。
- 試料中のmRNAから逆転写された複数のcDNAの部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドのアレイを用いる、試料からのmRNA発現の分析方法であって、DNAトランスクリプトの一部が他のDNAトランスクリプトと異なる配列を有し、DNAトランスクリプトオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションに従うアッセイ信号を生ずる方法において、特定の部分配列を含みコピー数が少ない、ないし他のDNAトランスクリプトに比してコピー数が少ない選択されたDNAトランスクリプトからのアッセイ信号を、
(a)アレイ中のオリゴヌクレオチド(またはその部分配列)に相補的な、指定された部分配列を含む選択されたDNAトランスクリプトの指定された濃度に対して、前記選択されたDNAトランスクリプトの前記オリゴヌクレオチドへの親和性が、指定された部分配列を含むが長さがこれより短いDNAトランスクリプトのそれよりも小さくなるような、前記選択されたDNAトランスクリプトの長さを決定し、
(b)前記長さよりも短い選択されたDNAトランスクリプトのみの逆転写によるか、或いは他の方法により、アッセイにおける前記長さより長い選択されたDNAトランスクリプトのオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを阻害することにより、前記選択されたDNAトランスクリプトと前記オリゴヌクレオチドとの親和力を増加させる
ことにより増強する方法。 - 指定された部分配列と異なる部分配列を含む、他の少なくとも1組の選択されたDNAトランスクリプトについて前記工程(a)および(b)を反復する、請求項25の方法。
- 選択されたDNAトランスクリプトとプローブのハイブリダイゼーションの後、標識したヌクレオチドによりプローブを伸長させたときにアッセイ信号が発生する、請求項25の方法。
- 選択されたDNAトランスクリプトに導入された標識により、プローブとのハイブリダイゼーションの後にアッセイ信号が発生する、請求項25の方法。
- 標識がCy3である、請求項28の方法。
- 前記選択されたDNAトランスクリプトにおいて指定のヌクレオチド数あたりの標識の数を増加させることによりアッセイ信号を更に強化する、請求項28の方法。
- 逆転写に先立ち、前記トランスクリプトの溶液中においてdNTPの非標識:標識の比率を増加させることにより、前記トランスクリプト中の指定のヌクレオチド数あたりの標識の数を増加させる、請求項30の方法。
- 逆転写反応中に溶液中の特定塩基に対する標識dNTPの量を制御することにより、前記トランスクリプト中の指定のヌクレオチド数あたりの標識の数を増加させる、請求項30の方法。
- 前記トランスクリプトの溶液中にビオチン-dATPおよびビオチン-dCTPが共に存在する、請求項32の方法。
- 核酸ターゲットと、固相担体表面に付着して層を形成し前記ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドとの間の二重体形成を含み、ターゲットとオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの後にアッセイ信号が発生するアッセイにおいて、前記ターゲット中の部分配列をターゲットの5'末端に近く位置させることにより、アッセイにより検出し得る二重体の数を増加させる方法。
- 指定の長さを超えないようにターゲットを選択する、請求項34のアッセイ。
- 前記ターゲットがmRNAから逆転写されたcDNAであり、配列固有の逆転写プライマーの選択によって部分配列の位置とターゲットの長さを調節する、請求項34または35のアッセイ。
- 試料中のmRNAから逆転写された、選択されたDNAトランスクリプトに相補的なオリゴヌクレオチドのアレイを用いて試料からのmRNAの発現を分析する方法であって、トランスクリプトと、固相担体表面に付着して層を形成し前記ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドとの間の二重体形成の検出を含み、ターゲットとオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの後にアッセイ信号が発生するアッセイにおいて、前記選択されたDNAトランスクリプトと末端または末端付近において二重体を形成するオリゴヌクレオチドを使用することにより、アッセイにより検出し得る二重体の数を増加させる方法。
- 前記末端が5'末端である、請求項37の方法。
- アッセイ信号が、トランスクリプトとオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの後、オリゴヌクレオチドが標識ヌクレオチドにより伸長したときに発生する、請求項37の方法。
- 異なった部分配列を含む数種の異なった核酸ターゲットの多重化分析の強化方法であって、核酸ターゲットと、固相担体表面に付着して層を形成し前記ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドとの間の二重体形成の検出を含み、ターゲットとオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの後にアッセイ信号が発生するアッセイに基づき、溶液中の核酸ターゲットの濃度が既知または予測可能なとき、ターゲットが指定の濃度より多く存在する、またはそのように予測されるならば、二重体の親和性係数が顕著に減少する最小長さを超えるようにターゲット長さを選択し、ターゲットが指定の濃度より少なく存在する、またはそのように予測されるならば、前記二重体の親和性係数の顕著な減少を避けるため最小長さを超えないようにターゲット長さを選択する方法。
- ターゲット長さのある値に対してターゲット濃度のある値を対応させる関数を評価し、ついで位置を決定することにより、前記最小長さを決定する、請求項1の方法。
- 核酸ターゲットと同ターゲット中の部分配列に全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドとの間の二重体形成を含み、オリゴヌクレオチドが固相担体の表面に付着しているアッセイにおいて、核酸ターゲットとオリゴヌクレオチドとの相互作用を支配する親和性係数を調節する方法であって、ターゲットの長さと濃度との組み合わせを選択して、下記のように親和性定数を希望する値まで増加または減少させる方法。
(i)親和性定数を減少させるため、特定の長さのターゲットに対してはターゲットの濃度が限界値を超えるように、または特定のターゲット濃度に対してはターゲットの長さが限界値を超えるように調節する。または
(ii)親和性定数を増加させるため、特定の長さのターゲットに対してはターゲットの濃度が限界値を超えないように、または特定のターゲット濃度に対してはターゲットの長さが限界値を超えないように調節する。 - 一群の核酸配列の内部での対立遺伝子の濃度を決定する方法であって、配列固有の、捕捉により媒介される伸長によって、前記対立遺伝子を検出し、伸長生成物を修飾して、修飾により発声する信号の強度が伸長生成物の量に比例させることにより、その相対存在量を決定する方法。
- 前記修飾段階が伸長生成物と蛍光標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションにより行われる、請求項43の方法。
- 実質的に相同な核酸群内で指定された核酸ターゲットを識別し検出する方法であって; 前記ターゲット内の配列を増幅または逆転写し、固相担体に付着した、前記配列内の部分配列と全体的または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの3'末端が整列した部分配列内のヌクレオチドと相補的ならば伸長する条件下で前記ターゲットと接触させ;
伸長生成物と全体的または部分的に相補的な標識プローブをハイブリダイズ条件下で前記伸長生成物と接触させ、ハイブリダイゼーションを検出する方法。 - オリゴヌクレオチドが5'末端を介して固相担体に付着している、請求項45の方法。
- 前記伸長を、少なくとも1つの蛍光標識dNTPが伸長生成物に導入されるような条件で実施する、請求項45の方法。
- 前記伸長を、少なくとも1つの、後に蛍光成分で修飾できるように修飾したdNTPが伸長生成物に導入されるような条件で実施する、請求項45の方法。
- 前記伸長を、数個の、後に蛍光成分で修飾できるように修飾したdNTPが伸長生成物に導入されるような条件で実施する、請求項48の方法。
- 前記修飾したdNTPがビオチニル化され、蛍光成分がフィコエリスリンと共有的に結合したストレプトアビジンである、請求項48または49の方法。
- 特定の生物種に由来する、関連するゲノム配列のファミリーの差異を検出する方法において、ファミリーメンバーが2つまたはそれ以上の関連する類似した部分配列を有し、同部分配列の少なくとも1つ(S1)が、いくつかのファミリーメンバーの中で、3つまたはそれ以上の連続するヌクレオチドにおいて配列が異なり、また前記関連する部分配列の少なくとも1つ(S2)が、いくつかのファミリーメンバーの中で、3つ未満の連続するヌクレオチドにおいて配列が異なるとき、
部分配列S1およびS2を含む関連ゲノム配列を増幅するか、または部分配列S1およびS2を含むmRNA領域を逆転写して、少なくとも4つの異なったオリゴヌクレオチド集合、すなわち
(i)部分配列S1に由来するオリゴヌクレオチド(配列F1S1)と部分配列S2に由来するオリゴヌクレオチド(配列F1S2);
(ii)部分配列S1に由来するオリゴヌクレオチド(配列F2S1)と部分配列S2に由来するオリゴヌクレオチド(配列F1S2);
(iii)部分配列S1に由来するオリゴヌクレオチド(配列F1S1)と部分配列S2に由来するオリゴヌクレオチド(配列F2S2);
(iv)部分配列S1に由来するオリゴヌクレオチド(配列F2S1)と部分配列S2に由来するオリゴヌクレオチド(配列F2S2);
を作成し、F1S1にハイブリダイズし得る第1のオリゴヌクレオチドプローブ集合と、F2S1にハイブリダイズし得る第2のオリゴヌクレオチドプローブ集合と、F1S2にハイブリダイズし得る第3のオリゴヌクレオチドプローブ集合と、F2S2にハイブリダイズし得る第4のオリゴヌクレオチドプローブ集合とを準備し、各オリゴヌクレオチド集合を相互に区別し得るように符号化した、二重アッセイ方式を用いる方法において、4つのオリゴヌクレオチド集合と4つのオリゴヌクレオチドプローブ集合とのハイブリダイゼーションの後に、F1S1またはF2S1を含むオリゴヌクレオチドは第1の色により標識されている故に検出可能である一方、F1S2またはF2S2を含むオリゴヌクレオチドは伸長反応の後に検出可能な第2の色により標識され;
前記4つのオリゴヌクレオチド集合と4つのオリゴヌクレオチドプローブ集合とを、ハイブリダイゼーションおよび伸長が可能な条件のもとで接触させることにより、F1S1またはF2S1を含むオリゴヌクレオチドが第1の色により標識されている故に検出可能である一方、F1S2またはF2S2を含むオリゴヌクレオチドは伸長反応の後に検出可能な第2の色により標識され;
第1と第2の色の存在を検出・分析してハイブリダイゼーションと伸長のパターンを解析し;
同解析に基づき4組のオリゴヌクレオチド(F1S1, F2S1, F1S2, F2S2)のいずれが試料中に存在するかを決定する方法。 - 4つのオリゴヌクレオチドプローブ集合の符号化を、異なった組を異なって符号化されたビードに付着させることによって行う、請求項51の方法。
- オリゴヌクレオチドプローブを伸長し、伸長生成物が、本願書類に記載の標識されたヌクレオチドを含む、請求項51の方法。
- オリゴヌクレオチドプローブ集合のメンバーを、標識プライマーを用いた逆転写を行うことにより標識する、請求項51の方法。
- 2種の異なった、しかし類似した部分配列である正常型および変異型を含むゲノムDNAを有する被験者群におけるmRNAの示差的発現を決定する方法であって、
(i)被験者のゲノムDNAの、正常型および変異型部分配列を含む領域から生成されたmRNAを逆転写して、正常型部分配列に由来する部分配列を含む第1のcDNA鎖と、変異型部分配列に由来する部分配列を含む第2のcDNA鎖を形成し;
(ii)第1のcDNA鎖または第2のcDNA鎖に対して、全体的或いは部分的に相補的なアンチセンスcDNAを生成させ、アニール条件下でアンチセンスcDNAが第1または第2のcDNA鎖とアニールして二重鎖cDNAを形成するようにし;
(iii)アンチセンスcDNAと相補的なcDNA鎖(第1または第2のcDNA鎖)とが二重鎖cDNAを形成するようなアニール条件を実現し;
(iv)上記の段階(iii)で得られた二重鎖cDNAの一方の鎖を消化して単鎖アンチセンスcDNA鎖を得;
(v)単鎖アンチセンスcDNA鎖が他のcDNA鎖(第1または第2のcDNA鎖)とアニールするようなアニール条件を実現し;
(vi)上記の段階(v)の後で残存する第1または第2のcDNA鎖があるかどうかを決定する方法。 - 段階(ii)で生成するアンチセンスDNAが消化のための識別用タグを有する、請求項55の方法。
- 第1および第2のcDNA鎖とハイブリダイズし同定のために符号化されているプローブを用いて段階(vi)を実行する、請求項55の方法。
- cDNA鎖が予め標識されており、ハイブリダイゼーションの後に検出可能な信号を発生する、請求項57の方法。
- プローブを更に、検出可能な信号を発生する標識が伸長生成物に導入されるような条件で伸長する、請求項57の方法。
- プローブを符号化されたビードに付着させることにより符号化する、請求項57の方法。
- 逆転写に用いる逆転写プライマーを標識する、請求項55の方法。
- 標識の信号強度の差を用いて、段階(v)の後で過剰の第1または第2のcDNA鎖が残留しているか否かを決定する、請求項61の方法。
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR102052853B1 (ko) * | 2019-05-20 | 2020-01-08 | 주식회사 바이오루츠 | 핵산서열 검출 방법, 다중 핵산마커 검출 방법 및 이를 위한 키트 |
Families Citing this family (47)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE69737883T2 (de) | 1996-04-25 | 2008-03-06 | Bioarray Solutions Ltd. | Licht-regulierte, elektrokinetische zusammensetzung von partikeln an oberflächen |
WO2001098765A1 (en) * | 2000-06-21 | 2001-12-27 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis |
US9709559B2 (en) | 2000-06-21 | 2017-07-18 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays |
US7262063B2 (en) | 2001-06-21 | 2007-08-28 | Bio Array Solutions, Ltd. | Directed assembly of functional heterostructures |
EP1463825B1 (en) | 2001-10-15 | 2017-12-06 | BioArray Solutions Ltd. | Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection |
AU2003298655A1 (en) | 2002-11-15 | 2004-06-15 | Bioarray Solutions, Ltd. | Analysis, secure access to, and transmission of array images |
WO2005029705A2 (en) * | 2003-09-18 | 2005-03-31 | Bioarray Solutions, Ltd. | Number coding for identification of subtypes of coded types of solid phase carriers |
WO2005031305A2 (en) * | 2003-09-22 | 2005-04-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules |
CA2899287A1 (en) | 2003-10-28 | 2005-05-12 | Bioarray Solutions Ltd. | Optimization of gene expression analysis using immobilized capture probes |
US20050089916A1 (en) * | 2003-10-28 | 2005-04-28 | Xiongwu Xia | Allele assignment and probe selection in multiplexed assays of polymorphic targets |
CN1882703B (zh) | 2003-10-29 | 2011-07-06 | 佰尔瑞溶液有限公司 | 通过断裂双链脱氧核糖核酸进行多元核酸分析 |
US7363170B2 (en) * | 2004-07-09 | 2008-04-22 | Bio Array Solutions Ltd. | Transfusion registry network providing real-time interaction between users and providers of genetically characterized blood products |
US7848889B2 (en) | 2004-08-02 | 2010-12-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification |
US8486629B2 (en) | 2005-06-01 | 2013-07-16 | Bioarray Solutions, Ltd. | Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation |
US20070243534A1 (en) * | 2006-04-12 | 2007-10-18 | Michael Seul | Probe density considerations and elongation of self-complementary looped probes where probes are attached to a solid phase |
US8383338B2 (en) | 2006-04-24 | 2013-02-26 | Roche Nimblegen, Inc. | Methods and systems for uniform enrichment of genomic regions |
US10522240B2 (en) | 2006-05-03 | 2019-12-31 | Population Bio, Inc. | Evaluating genetic disorders |
US7702468B2 (en) * | 2006-05-03 | 2010-04-20 | Population Diagnostics, Inc. | Evaluating genetic disorders |
US8009889B2 (en) * | 2006-06-27 | 2011-08-30 | Affymetrix, Inc. | Feature intensity reconstruction of biological probe array |
WO2008070352A2 (en) | 2006-10-27 | 2008-06-12 | Complete Genomics, Inc. | Efficient arrays of amplified polynucleotides |
US8951731B2 (en) | 2007-10-15 | 2015-02-10 | Complete Genomics, Inc. | Sequence analysis using decorated nucleic acids |
ES2397683T3 (es) * | 2008-02-29 | 2013-03-08 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Método y sistemas para el enriquecimiento uniforme de regiones genómicas |
US8862410B2 (en) | 2010-08-02 | 2014-10-14 | Population Diagnostics, Inc. | Compositions and methods for discovery of causative mutations in genetic disorders |
CN102183497B (zh) * | 2011-02-15 | 2012-07-04 | 中国科学院化学研究所 | 一种聚合物薄膜中单分子链扩散运动轨迹的测定方法 |
EP2744916A4 (en) * | 2011-07-13 | 2015-06-17 | Primeradx Inc | MULTIMODAL METHODS FOR SIMULTANEOUS DETECTION AND QUANTIFICATION OF MULTIPLE NUCLEIC ACIDS IN A SAMPLE |
DK2766483T3 (da) | 2011-10-10 | 2022-04-19 | Hospital For Sick Children | Fremgangsmåder og sammensætninger til screening for og behandling af udviklingsforstyrrelser |
US9042630B2 (en) | 2011-10-26 | 2015-05-26 | Definiens Ag | Biomarker evaluation through image analysis |
EP2773779B1 (en) | 2011-11-04 | 2020-10-14 | Population Bio, Inc. | Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating neurological conditions |
US9447458B2 (en) | 2011-11-16 | 2016-09-20 | Canon U.S. Life Sciences, Inc. | Detection of neighboring variants |
DK2812452T3 (da) | 2012-02-09 | 2020-06-29 | Population Bio Inc | Fremgangsmåder og sammensætninger til screening og behandling af udviklingsforstyrrelser |
CA2882079A1 (en) * | 2012-05-30 | 2015-01-29 | Dow Agrosciences Llc | Floury 2 gene-specific assay in maize for floury (fl2) trait introgression |
EP2895621B1 (en) | 2012-09-14 | 2020-10-21 | Population Bio, Inc. | Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating neurological conditions |
EP2900835A4 (en) | 2012-09-27 | 2016-05-11 | Population Diagnotics Inc | METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTING AND TREATING DEVELOPMENTAL DISORDERS |
US9591268B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-03-07 | Qiagen Waltham, Inc. | Flow cell alignment methods and systems |
CA2996445A1 (en) | 2014-09-05 | 2016-03-10 | Eli Hatchwell | Methods and compositions for inhibiting and treating neurological conditions |
CA3126055A1 (en) * | 2016-09-30 | 2018-04-05 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
US20210072255A1 (en) | 2016-12-16 | 2021-03-11 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | System and method for protein corona sensor array for early detection of diseases |
US10240205B2 (en) | 2017-02-03 | 2019-03-26 | Population Bio, Inc. | Methods for assessing risk of developing a viral disease using a genetic test |
KR102091867B1 (ko) * | 2017-12-18 | 2020-03-20 | 고려대학교 산학협력단 | 부호화된 수화겔 입자의 제조 방법 및 그에 따라 제조된 부호화된 수화겔 입자 |
EP3625368B8 (en) | 2018-08-08 | 2022-12-14 | PML Screening, LLC | Methods for assessing the risk of developing progressive multifocal leukoencephalopathy caused by john cunningham virus by genetic testing |
KR20220078560A (ko) | 2019-08-05 | 2022-06-10 | 시어 인코퍼레이티드 | 샘플 제조, 데이터 생성, 및 단백질 코로나 분석을 위한 시스템 및 방법 |
US11062187B1 (en) * | 2019-09-15 | 2021-07-13 | Gideon Samid | Shapeless—a new language concept and related technology |
WO2021146184A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Fluent Biosciences Inc. | Single cell sequencing |
US11512337B2 (en) | 2020-01-13 | 2022-11-29 | Fluent Biosciences Inc. | Emulsion based drug screening |
WO2021146166A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Fluent Biosciences Inc. | Methods and systems for single cell gene profiling |
WO2021146183A1 (en) * | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Fluent Biosciences Inc. | Reverse transcription during template emulsification |
WO2021188500A1 (en) | 2020-03-16 | 2021-09-23 | Fluent Biosciences Inc. | Multi-omic analysis in monodisperse droplets |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20020137074A1 (en) * | 2000-11-21 | 2002-09-26 | Piunno Paul A.E. | Selectivity of nucleic acid diagnostic and microarray technologies by control of interfacial nucleic acid film chemistry |
Family Cites Families (577)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4575407A (en) * | 1962-12-03 | 1986-03-11 | Diller Isaac M | Product and process for the activation of an electrolytic cell |
US3329638A (en) | 1963-09-05 | 1967-07-04 | Monsanto Co | Multilayered polymeric latices with hydrophilic surface layer |
US3574614A (en) | 1967-01-06 | 1971-04-13 | Xerox Corp | Process of preparing multiple copies from a xeroprinting master |
US3989775A (en) | 1971-03-01 | 1976-11-02 | Bakelite Xylonite Limited | Method of making a retro-reflective beaded material |
US3790492A (en) * | 1971-03-11 | 1974-02-05 | Atomic Energy Commission | Method for production of uniform microspheres |
US3982182A (en) | 1973-08-13 | 1976-09-21 | Coulter Electronics, Inc. | Conductivity cell for particle study device |
US3998525A (en) | 1973-10-26 | 1976-12-21 | American Cyanamid Company | Edge lighted electrochromic displays |
US3957741A (en) | 1974-01-17 | 1976-05-18 | California Institute Of Technology | Crosslinked, porous, polyacrylate beads |
BE833512A (fr) | 1974-09-17 | 1976-03-17 | Nouvelle composition de latex charge par un compose hydrophobe, sa preparation et son application photographique | |
DE2502621C3 (de) | 1975-01-23 | 1978-09-14 | Kernforschungsanlage Juelich Gmbh, 5170 Juelich | Messung elastischer und dielektrischer Eigenschaften der Membran lebender Zellen |
GB1568111A (en) * | 1975-07-22 | 1980-05-29 | Phosphor Prod Co Ltd | Electroluminescent devices |
US4275053A (en) | 1975-08-14 | 1981-06-23 | Mt. Sinai School Of Medicine Of The City University Of New York | Blood cell typing and compatibility test procedure |
US4003713A (en) * | 1975-08-14 | 1977-01-18 | Bowser Everett N | Multiple test tube evaporator |
US4046667A (en) | 1975-10-30 | 1977-09-06 | Pen Kem, Inc. | Microelectrophoresis apparatus |
US4143203A (en) * | 1976-03-19 | 1979-03-06 | Amicon Corporation | Particulate support material |
US4326008A (en) | 1976-08-27 | 1982-04-20 | California Institute Of Technology | Protein specific fluorescent microspheres for labelling a protein |
US4075013A (en) * | 1976-09-13 | 1978-02-21 | Ward Anthony T | Electrophotochemical preparation of selenium photoconductive members |
US4102990A (en) | 1977-12-05 | 1978-07-25 | General Electric Company | Electrophoretic assay for antigen-antibody reaction based on particle-particle coupling |
AU530410B2 (en) | 1978-02-21 | 1983-07-14 | Sintef | Preparing aqueous emulsions |
US4258001A (en) * | 1978-12-27 | 1981-03-24 | Eastman Kodak Company | Element, structure and method for the analysis or transport of liquids |
US4267235A (en) | 1979-03-19 | 1981-05-12 | California Institute Of Technology | Polyglutaraldehyde microspheres |
IT1145696B (it) | 1979-08-24 | 1986-11-05 | Rhone Poulenc Ind | Procedimento di preparazione di perle magnetiche di polimeri vinilaromatici |
US4421896A (en) | 1979-11-13 | 1983-12-20 | The Dow Chemical Company | Method of coupling a protein to a polymer particle containing hydrazide groups in a polymer latex and the products formed therefrom |
US4806776A (en) * | 1980-03-10 | 1989-02-21 | Kley Victor B | Electrical illumination and detecting apparatus |
FR2480764B1 (fr) | 1980-04-18 | 1985-10-04 | Rhone Poulenc Spec Chim | Latex de polymeres magnetiques et procede de preparation |
US4383529A (en) | 1980-11-03 | 1983-05-17 | Wescor, Inc. | Iontophoretic electrode device, method and gel insert |
DE3116995A1 (de) | 1981-04-29 | 1982-11-25 | Röhm GmbH, 6100 Darmstadt | Latex zur immobilisierung von biologisch wirksamen substanzen |
JPS5844340A (ja) | 1981-09-10 | 1983-03-15 | Kureha Chem Ind Co Ltd | 電気泳動度測定装置 |
NO155316C (no) * | 1982-04-23 | 1987-03-11 | Sintef | Fremgangsmaate for fremstilling av magnetiske polymerpartikler. |
US4499052A (en) * | 1982-08-30 | 1985-02-12 | Becton, Dickinson And Company | Apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
US4717655A (en) * | 1982-08-30 | 1988-01-05 | Becton, Dickinson And Company | Method and apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
US4994373A (en) * | 1983-01-27 | 1991-02-19 | Enzo Biochem, Inc. | Method and structures employing chemically-labelled polynucleotide probes |
US4487855A (en) | 1983-02-15 | 1984-12-11 | Shih Yen Jer | Colored latexes; methods for making same and colored finely divided products |
US4824941A (en) | 1983-03-10 | 1989-04-25 | Julian Gordon | Specific antibody to the native form of 2'5'-oligonucleotides, the method of preparation and the use as reagents in immunoassays or for binding 2'5'-oligonucleotides in biological systems |
US4672040A (en) | 1983-05-12 | 1987-06-09 | Advanced Magnetics, Inc. | Magnetic particles for use in separations |
DE3322373C2 (de) | 1983-05-19 | 1986-12-04 | Ioannis Dr. 3000 Hannover Tripatzis | Testmittel und Verfahren zum Nachweis von Antigenen und/oder Antikörpern |
US4497208A (en) * | 1983-06-23 | 1985-02-05 | Matec, Inc. | Measurement of electro-kinetic properties of a solution |
US4591550A (en) | 1984-03-01 | 1986-05-27 | Molecular Devices Corporation | Device having photoresponsive electrode for determining analytes including ligands and antibodies |
US4665020A (en) | 1984-05-30 | 1987-05-12 | United States Department Of Energy | Flow cytometer measurement of binding assays |
US4647544A (en) * | 1984-06-25 | 1987-03-03 | Nicoli David F | Immunoassay using optical interference detection |
SE454885B (sv) | 1984-10-19 | 1988-06-06 | Exploaterings Ab Tbf | Polymerbelagda partiklar med immobiliserade metalljoner pa sin yta jemte forfarande for framstellning derav |
US5073498A (en) | 1984-12-24 | 1991-12-17 | Caribbean Microparticles Corporation | Fluorescent alignment microbeads with broad excitation and emission spectra and its use |
US4774189A (en) | 1984-12-24 | 1988-09-27 | Flow Cytometry Standards Corp. | Fluorescent calibration microbeads simulating stained cells |
US4702598A (en) | 1985-02-25 | 1987-10-27 | Research Corporation | Flow cytometer |
US4613559A (en) | 1985-04-01 | 1986-09-23 | Xerox Corporation | Process for colored toner compositions with controlled charges thereon |
US5354825A (en) * | 1985-04-08 | 1994-10-11 | Klainer Stanley M | Surface-bound fluorescent polymers and related methods of synthesis and use |
US4753775A (en) | 1985-04-12 | 1988-06-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Rapid assay processor |
US4806313A (en) * | 1985-04-12 | 1989-02-21 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Rapid assay processor |
US4602989A (en) | 1985-09-17 | 1986-07-29 | Dorr-Oliver Incorporated | Method and apparatus for determining the zeta potential of colloidal particles |
US4679439A (en) | 1985-09-17 | 1987-07-14 | Dorr-Oliver Incorporated | Method and apparatus for measuring the unsteady sedimentation potential of colloidal particles |
US4795698A (en) * | 1985-10-04 | 1989-01-03 | Immunicon Corporation | Magnetic-polymer particles |
US4663408A (en) | 1985-12-30 | 1987-05-05 | Exxon Research And Engineering Company | Tetrapolymers of N-vinyl pyrrolidone/acrylamide/salt of acrylic acid/N-alkyl acrylamide |
US4680332A (en) | 1986-01-24 | 1987-07-14 | Xerox Corporation | Ink jet compositions and process for preparation thereof |
US5604099A (en) * | 1986-03-13 | 1997-02-18 | Hoffmann-La Roche Inc. | Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids |
JPS62265567A (ja) | 1986-05-12 | 1987-11-18 | Seitetsu Kagaku Co Ltd | 血液型判定方法 |
US4851331A (en) | 1986-05-16 | 1989-07-25 | Allied Corporation | Method and kit for polynucleotide assay including primer-dependant DNA polymerase |
GB8612087D0 (en) | 1986-05-19 | 1986-06-25 | Ici Plc | Hybridisation probes |
US5114864A (en) | 1986-06-25 | 1992-05-19 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensors, apparatus, and detection methods using fluid erodible controlled release polymers for delivery of reagent formulations |
US4822746A (en) | 1986-06-25 | 1989-04-18 | Trustees Of Tufts College | Radiative and non-radiative energy transfer and absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors |
US5252494A (en) | 1986-06-25 | 1993-10-12 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensors, apparatus, and detection methods using controlled release polymers and reagent formulations held within a polymeric reaction matrix |
US5143853A (en) | 1986-06-25 | 1992-09-01 | Trustees Of Tufts College | Absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors |
US5254477A (en) | 1986-06-25 | 1993-10-19 | Trustees Of Tufts College | Flourescence intramolecular energy transfer conjugate compositions and detection methods |
CA1340806C (en) | 1986-07-02 | 1999-11-02 | James Merrill Prober | Method, system and reagents for dna sequencing |
US4791310A (en) | 1986-10-02 | 1988-12-13 | Syracuse University | Fluorescence microscopy |
US5015452A (en) | 1986-11-17 | 1991-05-14 | Clarkson University | Process for synthesis of uniform colloidal particles of rare earth oxides |
DE3681176D1 (de) | 1986-12-01 | 1991-10-02 | Molecular Biosystems Inc | Verfahren zur erhoehung der empfindlichkeit von nukleinsaeure-hybridisierungstesten. |
US4891324A (en) * | 1987-01-07 | 1990-01-02 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Particle with luminescer for assays |
US5132097A (en) | 1987-02-11 | 1992-07-21 | G.D. Research | Apparatus for analysis of specific binding complexes |
US4911806A (en) * | 1987-02-27 | 1990-03-27 | Biotronics | Method and apparatus for separating particles in liquid suspension utilizing oscillating electric and magnetic fields |
US5155044A (en) | 1987-03-13 | 1992-10-13 | Coulter Electronics, Inc. | Lysing reagent system for isolation, identification and/or analysis of leukocytes from whole blood samples |
US5241012A (en) | 1987-05-19 | 1993-08-31 | Applied Immune Sciences, Inc. | Activated and conjugated polystyrene substrate |
US5389549A (en) * | 1987-05-29 | 1995-02-14 | Toa Medical Electronics Co., Ltd. | Method for classifying leukocytes and a reagent used therefor |
SE458968B (sv) | 1987-06-16 | 1989-05-22 | Wallac Oy | Biospecifikt analysfoerfarande foer flera analyter i vilket ingaar partikelraekning och maerkning med fluorescerande maerksubstanser |
US5132242A (en) | 1987-07-15 | 1992-07-21 | Cheung Sau W | Fluorescent microspheres and methods of using them |
US5194300A (en) * | 1987-07-15 | 1993-03-16 | Cheung Sau W | Methods of making fluorescent microspheres |
US5807755A (en) | 1987-08-06 | 1998-09-15 | Multilyte Limited | Determination of ambient concentrations of several analytes |
US5395688A (en) | 1987-10-26 | 1995-03-07 | Baxter Diagnostics Inc. | Magnetically responsive fluorescent polymer particles |
US6013531A (en) * | 1987-10-26 | 2000-01-11 | Dade International Inc. | Method to use fluorescent magnetic polymer particles as markers in an immunoassay |
US5091206A (en) * | 1987-10-26 | 1992-02-25 | Baxter Diagnostics Inc. | Process for producing magnetically responsive polymer particles and application thereof |
US4832814A (en) | 1987-12-28 | 1989-05-23 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Electrofusion cell and method of making the same |
JPH0694483B2 (ja) * | 1988-01-29 | 1994-11-24 | 三田工業株式会社 | 粒径の増大した単分散重合体粒子の製造方法 |
US4920056A (en) | 1988-02-19 | 1990-04-24 | The Dow Chemical Company | Apparatus and method for automated microbatch reaction |
US4873102A (en) | 1988-03-14 | 1989-10-10 | Manchium Chang | Magnetic particles |
US5244630A (en) | 1988-04-22 | 1993-09-14 | Abbott Laboratories | Device for performing solid-phase diagnostic assay |
US5002867A (en) * | 1988-04-25 | 1991-03-26 | Macevicz Stephen C | Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes |
US6054270A (en) | 1988-05-03 | 2000-04-25 | Oxford Gene Technology Limited | Analying polynucleotide sequences |
US5700637A (en) | 1988-05-03 | 1997-12-23 | Isis Innovation Limited | Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays |
NO164622C (no) | 1988-05-11 | 1990-10-24 | Tore Lindmo | Binaer immunometrisk partikkelbasert metode for maaling av spesifikke serum-antigener ved hjelp av vaeskestroemsmikrofotometri og et ferdigpreparert maaloppsett derav. |
US5185066A (en) * | 1988-08-11 | 1993-02-09 | Helena Laboratories Corporation | Immunofixation electrophoresis control system |
US5173159A (en) | 1988-09-06 | 1992-12-22 | Bertin & Cie | Multiple electrophoresis method for the controlled migration of macromolecules through rectangular gel plates |
US6147198A (en) * | 1988-09-15 | 2000-11-14 | New York University | Methods and compositions for the manipulation and characterization of individual nucleic acid molecules |
US6150089A (en) | 1988-09-15 | 2000-11-21 | New York University | Method and characterizing polymer molecules or the like |
GB8822228D0 (en) | 1988-09-21 | 1988-10-26 | Southern E M | Support-bound oligonucleotides |
US5266427A (en) | 1988-10-18 | 1993-11-30 | Nippondenso Co., Ltd. | Display board and method for producing the same |
US5779976A (en) | 1988-11-03 | 1998-07-14 | Igen International, Inc. | Apparatus for improved luminescence assays |
FR2638848B1 (fr) | 1988-11-04 | 1993-01-22 | Chemunex Sa | Procede de detection et/ou de dosage dans un milieu liquide ou semi-liquide d'au moins une substance organique, biologique ou medicamenteuse soluble, par une methode d'agglutination |
US5512439A (en) | 1988-11-21 | 1996-04-30 | Dynal As | Oligonucleotide-linked magnetic particles and uses thereof |
US5536648A (en) | 1988-12-09 | 1996-07-16 | Amrad Corporation Limited | Amplified DNA assay using a double stranded DNA binding protein |
US5856092A (en) * | 1989-02-13 | 1999-01-05 | Geneco Pty Ltd | Detection of a nucleic acid sequence or a change therein |
US5234809A (en) | 1989-03-23 | 1993-08-10 | Akzo N.V. | Process for isolating nucleic acid |
FR2645160B1 (ja) | 1989-03-31 | 1992-10-02 | Rhone Poulenc Chimie | |
US6610256B2 (en) | 1989-04-05 | 2003-08-26 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Image processing and analysis of individual nucleic acid molecules |
US5075217A (en) | 1989-04-21 | 1991-12-24 | Marshfield Clinic | Length polymorphisms in (dC-dA)n ·(dG-dT)n sequences |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
US5698271A (en) | 1989-08-22 | 1997-12-16 | Immunivest Corporation | Methods for the manufacture of magnetically responsive particles |
GB8920571D0 (en) | 1989-09-12 | 1989-10-25 | Carr Robert J G | Examination of objects of macromolecular size |
US5545522A (en) | 1989-09-22 | 1996-08-13 | Van Gelder; Russell N. | Process for amplifying a target polynucleotide sequence using a single primer-promoter complex |
US5736349A (en) | 1989-09-29 | 1998-04-07 | Nippon Paint Co., Ltd. | Magnetic particle and immunoassay using the same |
ATE106566T1 (de) | 1989-11-21 | 1994-06-15 | Bayer Ag | Optischer biosensor. |
CA2046894C (en) | 1989-12-14 | 1999-10-19 | Dade International Inc. | Magnetically responsive fluorescent polymer particles and application thereof |
US5523231A (en) | 1990-02-13 | 1996-06-04 | Amersham International Plc | Method to isolate macromolecules using magnetically attractable beads which do not specifically bind the macromolecules |
JPH03236777A (ja) | 1990-02-14 | 1991-10-22 | Toto Ltd | 酵素の固定化方法 |
US6013431A (en) | 1990-02-16 | 2000-01-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining specific nucleotide variations by primer extension in the presence of mixture of labeled nucleotides and terminators |
US5189549A (en) | 1990-02-26 | 1993-02-23 | Molecular Displays, Inc. | Electrochromic, electroluminescent and electrochemiluminescent displays |
US5126239A (en) | 1990-03-14 | 1992-06-30 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Process for detecting polymorphisms on the basis of nucleotide differences |
US5326692B1 (en) | 1992-05-13 | 1996-04-30 | Molecular Probes Inc | Fluorescent microparticles with controllable enhanced stokes shift |
US5723218A (en) | 1990-04-16 | 1998-03-03 | Molecular Probes, Inc. | Dipyrrometheneboron difluoride labeled flourescent microparticles |
DE69032425T2 (de) | 1990-05-11 | 1998-11-26 | Microprobe Corp | Teststreifen zum Eintauchen für Nukleinsäure-Hybridisierungsassays und Verfahren zur kovalenten Immobilisierung von Oligonucleotiden |
WO1991019023A2 (en) | 1990-05-25 | 1991-12-12 | Savin Corporation | Electrophoretically deposited particle coatings and structures made therefrom |
US5147777A (en) | 1990-06-18 | 1992-09-15 | Eastman Kodak Company | Biologically active reagents prepared from carboxy-containing polymer, analytical element and methods of use |
US5650489A (en) | 1990-07-02 | 1997-07-22 | The Arizona Board Of Regents | Random bio-oligomer library, a method of synthesis thereof, and a method of use thereof |
US5281370A (en) * | 1990-08-22 | 1994-01-25 | University Of Pittsburgh Of The Commonwealth System Of Higher Education | Method of making solid crystalline narrow band radiation filter |
DE4026978A1 (de) | 1990-08-25 | 1992-02-27 | Bayer Ag | Auf traegern angebrachte ein- oder mehrlagige schichtelemente und ihre herstellung |
US5266497A (en) | 1990-08-31 | 1993-11-30 | Japan Synthetic Rubber Co., Ltd. | Immunochromatographic assay with improved colored latex |
EP0478319B1 (en) | 1990-09-28 | 1997-04-02 | Kabushiki Kaisha Toshiba | Gene detection method |
US6149789A (en) | 1990-10-31 | 2000-11-21 | Fraunhofer Gesellschaft Zur Forderung Der Angewandten Forschung E.V. | Process for manipulating microscopic, dielectric particles and a device therefor |
DE4035714A1 (de) | 1990-11-09 | 1992-05-27 | Fraunhofer Ges Forschung | Verfahren zur messung des dipolmoments von in einem fluid geloesten molekuelen und/oder der konzentration von molekuelen mit einem dipolmoment in einem fluid |
AU9115891A (en) | 1990-11-14 | 1992-06-11 | Siska Diagnostics, Inc. | Non-isotopic detection of nucleic acids using a polystyrene support-based sandwich hybridization assay and compositions useful therefor |
ATE199054T1 (de) | 1990-12-06 | 2001-02-15 | Affymetrix Inc A Delaware Corp | Verbindungen und ihre verwendung in einer binären synthesestrategie |
NL9002764A (nl) | 1990-12-14 | 1992-07-01 | Tno | Elektrode, voorzien van een polymeerbekleding met een daaraan gebonden redox-enzym. |
US5266238A (en) | 1990-12-24 | 1993-11-30 | American Cyanamid Company | Narrow band radiation filter films |
US5225900A (en) | 1990-12-31 | 1993-07-06 | Xerox Corporation | Method of storing information within a reproduction system |
US5105305A (en) | 1991-01-10 | 1992-04-14 | At&T Bell Laboratories | Near-field scanning optical microscope using a fluorescent probe |
US5128006A (en) | 1991-01-23 | 1992-07-07 | At&T Bell Laboratories | Deposition of diamond films on semicondutor substrates |
US5244636A (en) | 1991-01-25 | 1993-09-14 | Trustees Of Tufts College | Imaging fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently detecting multiple analytes of interest in a fluid sample |
US5244813A (en) | 1991-01-25 | 1993-09-14 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensor, apparatus, and methods for detecting an organic analyte in a fluid or vapor sample |
US5320814A (en) | 1991-01-25 | 1994-06-14 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently visualizing and chemically detecting multiple analytes of interest in a fluid sample |
US5308749A (en) | 1991-01-25 | 1994-05-03 | Eastman Kodak Company | Method of preparing biologically active reagents from succinimide-containing polymers, analytical element and methods of use |
US5250264A (en) | 1991-01-25 | 1993-10-05 | Trustees Of Tufts College | Method of making imaging fiber optic sensors to concurrently detect multiple analytes of interest in a fluid sample |
US5364759B2 (en) | 1991-01-31 | 1999-07-20 | Baylor College Medicine | Dna typing with short tandem repeat polymorphisms and identification of polymorphic short tandem repeats |
US5784162A (en) | 1993-08-18 | 1998-07-21 | Applied Spectral Imaging Ltd. | Spectral bio-imaging methods for biological research, medical diagnostics and therapy |
JPH04271359A (ja) * | 1991-02-27 | 1992-09-28 | Ricoh Co Ltd | 乾式現像剤 |
US6004744A (en) | 1991-03-05 | 1999-12-21 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer |
RU1794088C (ru) | 1991-03-18 | 1993-02-07 | Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср | Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени |
US6451968B1 (en) | 1991-05-24 | 2002-09-17 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Peptide nucleic acids |
JPH05226637A (ja) | 1991-06-28 | 1993-09-03 | Oki Electric Ind Co Ltd | 微細物の配列方法並びにこれを用いたバイオ素子の製造方法、超微粒子の配列方法、微細配線法及び偏光子の製造方法 |
DE69227112D1 (de) | 1991-07-16 | 1998-10-29 | Transmed Biotech Inc | Verfahren und zusammensetzungen für die gleichzeitige analyse einer vielzahl von analyten |
US5187096A (en) * | 1991-08-08 | 1993-02-16 | Rensselaer Polytechnic Institute | Cell substrate electrical impedance sensor with multiple electrode array |
ES2102518T3 (es) | 1991-08-28 | 1997-08-01 | Becton Dickinson Co | Motor de atraccion por gravitacion para el agrupamiento autoadaptativo de corrientes de datos n-dimensionales. |
US5474796A (en) | 1991-09-04 | 1995-12-12 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface |
GB9119940D0 (en) | 1991-09-18 | 1991-10-30 | Hare Peter F J O | Polypeptide inhibitor of viral replication |
US5639603A (en) | 1991-09-18 | 1997-06-17 | Affymax Technologies N.V. | Synthesizing and screening molecular diversity |
WO1993006121A1 (en) | 1991-09-18 | 1993-04-01 | Affymax Technologies N.V. | Method of synthesizing diverse collections of oligomers |
US5993935A (en) | 1991-10-11 | 1999-11-30 | 3M Innovative Properties Company | Covalently reactive particles incorporated in a continous porous matrix |
ATE161964T1 (de) | 1991-10-15 | 1998-01-15 | Multilyte Ltd | Bindungstest unter benutzung eines markierten reagens |
US6048690A (en) | 1991-11-07 | 2000-04-11 | Nanogen, Inc. | Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis |
US5849486A (en) | 1993-11-01 | 1998-12-15 | Nanogen, Inc. | Methods for hybridization analysis utilizing electrically controlled hybridization |
US5605662A (en) | 1993-11-01 | 1997-02-25 | Nanogen, Inc. | Active programmable electronic devices for molecular biological analysis and diagnostics |
US6017696A (en) * | 1993-11-01 | 2000-01-25 | Nanogen, Inc. | Methods for electronic stringency control for molecular biological analysis and diagnostics |
US5632957A (en) | 1993-11-01 | 1997-05-27 | Nanogen | Molecular biological diagnostic systems including electrodes |
IL103674A0 (en) | 1991-11-19 | 1993-04-04 | Houston Advanced Res Center | Method and apparatus for molecule detection |
US5846708A (en) | 1991-11-19 | 1998-12-08 | Massachusetts Institiute Of Technology | Optical and electrical methods and apparatus for molecule detection |
US5652059A (en) | 1991-11-20 | 1997-07-29 | Bar Ilan University | Method for attaching microspheres to a substrate |
US5326691A (en) | 1991-11-21 | 1994-07-05 | John Hozier | Micro-libraries and methods of making and manipulating them methods for generating and analyzing micro-libraries |
US5412087A (en) | 1992-04-24 | 1995-05-02 | Affymax Technologies N.V. | Spatially-addressable immobilization of oligonucleotides and other biological polymers on surfaces |
US5348853A (en) | 1991-12-16 | 1994-09-20 | Biotronics Corporation | Method for reducing non-specific priming in DNA amplification |
US5172631A (en) * | 1991-12-23 | 1992-12-22 | Pitney Bowes Inc. | Replaceable postage meter indicia |
US5248772A (en) | 1992-01-29 | 1993-09-28 | Coulter Corporation | Formation of colloidal metal dispersions using aminodextrans as reductants and protective agents |
US5221417A (en) | 1992-02-20 | 1993-06-22 | At&T Bell Laboratories | Conductive adhesive film techniques |
JPH07112539B2 (ja) * | 1992-04-15 | 1995-12-06 | 工業技術院長 | 微小粒子の作製方法及びその装置 |
US5667667A (en) | 1992-04-24 | 1997-09-16 | Isis Innovation Limited | Electrochemical treatment of surfaces |
US5308586A (en) | 1992-05-01 | 1994-05-03 | General Atomics | Electrostatic separator using a bead bed |
US5498392A (en) | 1992-05-01 | 1996-03-12 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale polynucleotide amplification device and method |
US5587128A (en) | 1992-05-01 | 1996-12-24 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale polynucleotide amplification devices |
HU9201687D0 (en) | 1992-05-21 | 1992-08-28 | Arpad Furka | Preparation of sets from peptid mixtures with polycomponents and their use for the identification of biologically active peptides |
GB9211176D0 (en) | 1992-05-27 | 1992-07-08 | Central Blood Lab Authority | Assay |
CA2115342C (en) | 1992-06-17 | 2003-08-26 | Robert B. Wallace | A method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
DE69303022T2 (de) | 1992-06-24 | 1997-01-23 | Lyons | Tastatur-aufbau |
EP0606422B1 (en) | 1992-07-02 | 1997-09-03 | SOINI, Erkki | Biospecific multiparameter assay method |
US5329461A (en) | 1992-07-23 | 1994-07-12 | Acrogen, Inc. | Digital analyte detection system |
US5674698A (en) | 1992-09-14 | 1997-10-07 | Sri International | Up-converting reporters for biological and other assays using laser excitation techniques |
US5415835A (en) | 1992-09-16 | 1995-05-16 | University Of New Mexico | Method for fine-line interferometric lithography |
KR960003373B1 (ko) | 1992-09-29 | 1996-03-09 | 후지쓰 가부시키가이샤 | 프로그래머블 논리회로 |
US5565324A (en) | 1992-10-01 | 1996-10-15 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
US5714340A (en) * | 1992-12-22 | 1998-02-03 | Johnson & Johnson Clinical Diagnostics, Inc. | Immunoassay elements having a receptor zone |
US5298741A (en) | 1993-01-13 | 1994-03-29 | Trustees Of Tufts College | Thin film fiber optic sensor array and apparatus for concurrent viewing and chemical sensing of a sample |
JPH08505531A (ja) | 1993-01-15 | 1996-06-18 | ザ パブリック ヘルス リサーチ インスティチュート オブ ザ シティー オブ ニューヨーク インク | Rnaバイナリ・プローブとリボザイムリガーゼを用いたrna検定法 |
US5637508A (en) | 1993-03-26 | 1997-06-10 | Geo-Centers, Inc. | Biomolecules bound to polymer or copolymer coated catalytic inorganic particles, immunoassays using the same and kits containing the same |
US5639606A (en) | 1993-04-06 | 1997-06-17 | The University Of Rochester | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
US5643765A (en) | 1993-04-06 | 1997-07-01 | University Of Rochester | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
JP2842758B2 (ja) | 1993-05-10 | 1999-01-06 | 株式会社日立製作所 | 自動分析装置 |
US5840485A (en) | 1993-05-27 | 1998-11-24 | Selectide Corporation | Topologically segregated, encoded solid phase libraries |
NZ267843A (en) | 1993-05-27 | 1997-10-24 | Selectide Corp | Libraries of synthetic test compound attached to separate phase synthesis supports |
US5528392A (en) | 1993-06-07 | 1996-06-18 | Fuji Photo Film Co., Ltd. | Image-forming apparatus having liquid crystal and photoconductive members and using the same light beam for reading and writing |
CA2123940A1 (en) | 1993-06-21 | 1994-12-22 | Philip A. Guadagno | Electrophoresis plate |
US5837832A (en) | 1993-06-25 | 1998-11-17 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes on biological chips |
US5837501A (en) | 1993-07-09 | 1998-11-17 | Akzo Nobel N.V. | Nucleic acid quantitation by co-amplification of target with multiple internal controls |
US5648124A (en) | 1993-07-09 | 1997-07-15 | Seradyn, Inc. | Process for preparing magnetically responsive microparticles |
US6087186A (en) | 1993-07-16 | 2000-07-11 | Irori | Methods and apparatus for synthesizing labeled combinatorial chemistry libraries |
GB9315847D0 (en) | 1993-07-30 | 1993-09-15 | Isis Innovation | Tag reagent and assay method |
RU2041261C1 (ru) | 1993-08-11 | 1995-08-09 | Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН | Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей |
US5382512A (en) * | 1993-08-23 | 1995-01-17 | Chiron Corporation | Assay device with captured particle reagent |
US6251687B1 (en) | 1993-09-24 | 2001-06-26 | Biosite Diagnostics, Inc. | Fluorescence energy transfer and intramolecular energy transfer in particles using novel compounds |
EP0723598B1 (en) | 1993-09-27 | 2004-01-14 | Arch Development Corporation | Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing |
US5447440A (en) | 1993-10-28 | 1995-09-05 | I-Stat Corporation | Apparatus for assaying viscosity changes in fluid samples and method of conducting same |
US6068818A (en) | 1993-11-01 | 2000-05-30 | Nanogen, Inc. | Multicomponent devices for molecular biological analysis and diagnostics |
US6319472B1 (en) | 1993-11-01 | 2001-11-20 | Nanogen, Inc. | System including functionally separated regions in electrophoretic system |
US6309602B1 (en) | 1993-11-01 | 2001-10-30 | Nanogen, Inc. | Stacked, reconfigurable system for electrophoretic transport of charged materials |
US5965452A (en) | 1996-07-09 | 1999-10-12 | Nanogen, Inc. | Multiplexed active biologic array |
US6254827B1 (en) | 1993-11-01 | 2001-07-03 | Nanogen, Inc. | Methods for fabricating multi-component devices for molecular biological analysis and diagnostics |
JPH09508353A (ja) | 1993-11-02 | 1997-08-26 | アフィマックス テクノロジーズ ナムローゼ フェンノートシャップ | 分子多様性の合成及びスクリーニング |
US5610287A (en) | 1993-12-06 | 1997-03-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for immobilizing nucleic acid molecules |
GB9326450D0 (en) | 1993-12-24 | 1994-02-23 | Multilyte Ltd | Binding assay |
US5496997A (en) | 1994-01-03 | 1996-03-05 | Pope; Edward J. A. | Sensor incorporating an optical fiber and a solid porous inorganic microsphere |
GB9401833D0 (en) | 1994-02-01 | 1994-03-30 | Isis Innovation | Method for discovering ligands |
DE69531542T2 (de) | 1994-02-07 | 2004-06-24 | Beckman Coulter, Inc., Fullerton | Ligase/polymerase-vermittelte analyse genetischer elemente von einzelnukleotid-polymorphismen und ihre verwendung in der genetischen analyse |
US6090555A (en) | 1997-12-11 | 2000-07-18 | Affymetrix, Inc. | Scanned image alignment systems and methods |
US5468649A (en) | 1994-02-15 | 1995-11-21 | Abbott Laboratories | Process for labeling acridinium to microparticles and application in an instrument |
IL108726A (en) | 1994-02-22 | 1999-12-31 | Yissum Res Dev Co | Electrobiochemical method and system for the determination of an analyte which is a member of a recognition pair in a liquid medium and electrodes therefor |
GB9404709D0 (en) | 1994-03-11 | 1994-04-27 | Multilyte Ltd | Binding assay |
US5599666A (en) | 1994-03-28 | 1997-02-04 | Promega Corporation | Allelic ladders for short tandem repeat loci |
IL109240A (en) * | 1994-04-07 | 1998-02-22 | Yeda Res & Dev | Ion exchange membranes |
US5602042A (en) * | 1994-04-14 | 1997-02-11 | Cytyc Corporation | Method and apparatus for magnetically separating biological particles from a mixture |
US5571639A (en) * | 1994-05-24 | 1996-11-05 | Affymax Technologies N.V. | Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks |
DE4421901A1 (de) * | 1994-06-23 | 1996-01-04 | Bayer Ag | Ein DNA-Schnelltest zum Nachweis von chinolonresistenten Staphylococcus aureus Erregern in klinischem Probenmaterial |
US5549974A (en) | 1994-06-23 | 1996-08-27 | Affymax Technologies Nv | Methods for the solid phase synthesis of thiazolidinones, metathiazanones, and derivatives thereof |
US5763198A (en) | 1994-07-22 | 1998-06-09 | Sugen, Inc. | Screening assays for compounds |
AU2990595A (en) | 1994-07-26 | 1996-02-22 | Sydney Brenner | Multidimensional conduit combinatorial library synthesis device |
US6001229A (en) | 1994-08-01 | 1999-12-14 | Lockheed Martin Energy Systems, Inc. | Apparatus and method for performing microfluidic manipulations for chemical analysis |
US5512490A (en) | 1994-08-11 | 1996-04-30 | Trustees Of Tufts College | Optical sensor, optical sensing apparatus, and methods for detecting an analyte of interest using spectral recognition patterns |
US5582988A (en) | 1994-09-15 | 1996-12-10 | Johnson & Johnson Clinical Diagnostics, Inc. | Methods for capture and selective release of nucleic acids using weakly basic polymer and amplification of same |
US5705628A (en) | 1994-09-20 | 1998-01-06 | Whitehead Institute For Biomedical Research | DNA purification and isolation using magnetic particles |
JP2792532B2 (ja) | 1994-09-30 | 1998-09-03 | 日本電気株式会社 | 半導体装置の製造方法及び半導体ウエハー |
CA2118048C (en) | 1994-09-30 | 2003-04-08 | James W. Schumm | Multiplex amplification of short tandem repeat loci |
US5843660A (en) | 1994-09-30 | 1998-12-01 | Promega Corporation | Multiplex amplification of short tandem repeat loci |
US6103379A (en) | 1994-10-06 | 2000-08-15 | Bar-Ilan University | Process for the preparation of microspheres and microspheres made thereby |
US5604097A (en) * | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5556752A (en) | 1994-10-24 | 1996-09-17 | Affymetrix, Inc. | Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA |
ES2227940T3 (es) | 1994-10-25 | 2005-04-01 | United Parcel Service Of America, Inc. | Camara electronica automatica para captar una imagen de etiqueta. |
US5585069A (en) * | 1994-11-10 | 1996-12-17 | David Sarnoff Research Center, Inc. | Partitioned microelectronic and fluidic device array for clinical diagnostics and chemical synthesis |
GB2295152A (en) | 1994-11-18 | 1996-05-22 | Pfizer Ltd | Preparation of a library of compounds by solid-phase synthesis |
US5527710A (en) | 1994-12-02 | 1996-06-18 | Igen, Inc. | Rate measurements of biomolecular reactions using electrochemiluminescence |
US5789147A (en) | 1994-12-05 | 1998-08-04 | New York Blood Center, Inc. | Method for concentrating white cells from whole blood by adding a red cell sedimentation reagent to whole anticoagulated blood |
KR0158780B1 (ko) | 1994-12-22 | 1998-11-16 | 가네꼬 히사시 | 화학 증착법에 의한 박막형성 방법 및 장치 |
US5567304A (en) | 1995-01-03 | 1996-10-22 | Ibm Corporation | Elimination of island formation and contact resistance problems during electroetching of blanket or patterned thin metallic layers on insulating substrate |
US5834590A (en) | 1995-02-22 | 1998-11-10 | Eastern Virginia Medical School Of The Medical College Of Hampton Roads | Ingap protein involved in pancreatic islet neogenesis |
US5959098A (en) | 1996-04-17 | 1999-09-28 | Affymetrix, Inc. | Substrate preparation process |
CA2704228C (en) | 1995-03-10 | 2013-10-22 | Meso Scale Technologies, Llc | Multi-array, multi-specific electrochemiluminescence testing |
US6207369B1 (en) | 1995-03-10 | 2001-03-27 | Meso Scale Technologies, Llc | Multi-array, multi-specific electrochemiluminescence testing |
WO1996030392A1 (en) | 1995-03-28 | 1996-10-03 | Novartis Ag | Process for the production of combinatorial compound libraries |
GB9507238D0 (en) | 1995-04-07 | 1995-05-31 | Isis Innovation | Detecting dna sequence variations |
US5751629A (en) | 1995-04-25 | 1998-05-12 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
US5961923A (en) | 1995-04-25 | 1999-10-05 | Irori | Matrices with memories and uses thereof |
US5690894A (en) * | 1995-05-23 | 1997-11-25 | The Regents Of The University Of California | High density array fabrication and readout method for a fiber optic biosensor |
US5545531A (en) | 1995-06-07 | 1996-08-13 | Affymax Technologies N.V. | Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays |
DE69632324T2 (de) | 1995-06-07 | 2005-06-16 | PerSeptive Biosystems, Inc., Framingham | Pna-dna-chimäre und pna-synthone zu deren herstellung |
HUP9900910A2 (hu) | 1995-06-07 | 1999-07-28 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonukleotid jelzések osztályozáshoz és azonosításhoz |
WO1996042012A1 (en) | 1995-06-08 | 1996-12-27 | Visible Genetics Inc. | Nanofabricated separation matrix for analysis of biopolymers and methods of making and using same |
US5716852A (en) * | 1996-03-29 | 1998-02-10 | University Of Washington | Microfabricated diffusion-based chemical sensor |
US5728529A (en) | 1995-06-23 | 1998-03-17 | Baylor College Of Medicine | Alternative dye-labeled ribonucleotides, deoxyribonucleotides, and dideoxyribonucleotides for automated DNA analysis |
JP2965131B2 (ja) | 1995-07-07 | 1999-10-18 | 東洋紡績株式会社 | 核酸結合用磁性担体およびそれを用いる核酸単離方法 |
US6515649B1 (en) * | 1995-07-20 | 2003-02-04 | E Ink Corporation | Suspended particle displays and materials for making the same |
DE19528029B4 (de) * | 1995-07-31 | 2008-01-10 | Chemagen Biopolymer-Technologie Aktiengesellschaft | Magnetische Polymerpartikel auf der Basis von Polyvinylalkohol, Verfahren für ihre Herstellung und Verwendung |
EP0845039A2 (en) | 1995-08-17 | 1998-06-03 | The Regents Of The University Of California | Genes and proteins controlling cholesterol synthesis |
US5660990A (en) | 1995-08-18 | 1997-08-26 | Immunivest Corporation | Surface immobilization of magnetically collected materials |
US6200737B1 (en) | 1995-08-24 | 2001-03-13 | Trustees Of Tufts College | Photodeposition method for fabricating a three-dimensional, patterned polymer microstructure |
US5633724A (en) | 1995-08-29 | 1997-05-27 | Hewlett-Packard Company | Evanescent scanning of biochemical array |
US5994066A (en) | 1995-09-11 | 1999-11-30 | Infectio Diagnostic, Inc. | Species-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories |
EP0852004B1 (en) | 1995-10-11 | 2011-01-19 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens |
US5981180A (en) | 1995-10-11 | 1999-11-09 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
US5866331A (en) * | 1995-10-20 | 1999-02-02 | University Of Massachusetts | Single molecule detection by in situ hybridization |
US6015664A (en) * | 1995-11-03 | 2000-01-18 | Mcw Research Foundation | Multiplex PCR assay using unequal primer concentrations to detect HPIV 1,2,3 and RSV A,B and influenza virus A, B |
US5744299A (en) | 1995-11-03 | 1998-04-28 | Mcw Research Foundation | Human parainfluenza virus-1 assay |
US5722470A (en) | 1995-11-09 | 1998-03-03 | Glaxo Group Limited | Bead dispensing device and methods |
US5763175A (en) | 1995-11-17 | 1998-06-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides |
US5763263A (en) | 1995-11-27 | 1998-06-09 | Dehlinger; Peter J. | Method and apparatus for producing position addressable combinatorial libraries |
US5633972A (en) | 1995-11-29 | 1997-05-27 | Trustees Of Tufts College | Superresolution imaging fiber for subwavelength light energy generation and near-field optical microscopy |
US5814524A (en) | 1995-12-14 | 1998-09-29 | Trustees Of Tufts College | Optical sensor apparatus for far-field viewing and making optical analytical measurements at remote locations |
US6156502A (en) | 1995-12-21 | 2000-12-05 | Beattie; Kenneth Loren | Arbitrary sequence oligonucleotide fingerprinting |
US20010018514A1 (en) | 1998-07-31 | 2001-08-30 | Mcgall Glenn H. | Nucleic acid labeling compounds |
US5766963A (en) | 1996-01-26 | 1998-06-16 | Pharmacopeia, Inc. | Combination hydroxypropylamine library |
DE29601618U1 (de) | 1996-01-31 | 1996-07-04 | InViTek GmbH, 13125 Berlin | Vorrichtung zur gleichzeitigen multiplen Isolierung |
US5723233A (en) | 1996-02-27 | 1998-03-03 | Lsi Logic Corporation | Optical proximity correction method and apparatus |
CA2247625C (en) | 1996-02-29 | 2006-05-30 | Minnesota Mining And Manufacturing Company | Display brightness enhancement film |
US6297062B1 (en) | 1996-03-07 | 2001-10-02 | Bio-Magnetics Ltd. | Separation by magnetic particles |
US5747349A (en) | 1996-03-20 | 1998-05-05 | University Of Washington | Fluorescent reporter beads for fluid analysis |
US6193866B1 (en) * | 1996-03-27 | 2001-02-27 | Curagen Corporation | Separation of charged particles by a spatially and temporally varying electric field |
US6074609A (en) | 1996-04-24 | 2000-06-13 | Glaxo Wellcome Inc. | Systems for arraying beads |
US7144119B2 (en) | 1996-04-25 | 2006-12-05 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
US6958245B2 (en) | 1996-04-25 | 2005-10-25 | Bioarray Solutions Ltd. | Array cytometry |
US7041510B2 (en) | 1996-04-25 | 2006-05-09 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
US6387707B1 (en) | 1996-04-25 | 2002-05-14 | Bioarray Solutions | Array Cytometry |
DE69737883T2 (de) | 1996-04-25 | 2008-03-06 | Bioarray Solutions Ltd. | Licht-regulierte, elektrokinetische zusammensetzung von partikeln an oberflächen |
US6083699A (en) | 1996-05-01 | 2000-07-04 | Visible Genetics Inc. | Method for bi-directional sequencing of nucleic acid polymers |
US5900949A (en) | 1996-05-23 | 1999-05-04 | Hewlett-Packard Company | CCD imager for confocal scanning microscopy |
JP3445455B2 (ja) * | 1996-05-24 | 2003-09-08 | ペンタックス株式会社 | 画像記録装置 |
CA2255774C (en) | 1996-05-29 | 2008-03-18 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
US5989835A (en) | 1997-02-27 | 1999-11-23 | Cellomics, Inc. | System for cell-based screening |
CN1173776C (zh) | 1996-06-28 | 2004-11-03 | 卡钳技术有限公司 | 在微规模流体性设备里的高通过量的筛选分析系统 |
NL1003570C2 (nl) | 1996-07-11 | 1998-01-15 | Stichting Centraal Lab | Methode voor antigeen- en antistofbepaling in de bloedgroepserologie. |
US6075905A (en) | 1996-07-17 | 2000-06-13 | Sarnoff Corporation | Method and apparatus for mosaic image construction |
EP0914626A4 (en) | 1996-07-25 | 2002-02-20 | Anvik Corp | MASKLESS AND DISCONTINUOUS LITHOGRAPHIC SYSTEM INCLUDING A LIGHT SPACE MODULATOR |
US6312134B1 (en) | 1996-07-25 | 2001-11-06 | Anvik Corporation | Seamless, maskless lithography system using spatial light modulator |
GB9615775D0 (en) | 1996-07-26 | 1996-09-04 | British Tech Group | Apparatus and method for characterising particles using dielectrophoresis |
US6506564B1 (en) | 1996-07-29 | 2003-01-14 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
ATE309556T1 (de) * | 1996-08-01 | 2005-11-15 | Loctite Ireland Ltd | Verfahren zur erzeugung einer monoschicht von teilchen und damit hergestellte produkte |
ATE239225T1 (de) | 1996-08-02 | 2003-05-15 | Dionex Corp | Injektion durch elektromigration von einer mikroreservoir elektrode in ein kapillares separationssystem |
US5831046A (en) | 1996-08-05 | 1998-11-03 | Prolinx, Incorporated | Boronic acid-contaning nucleic acid monomers |
US5792430A (en) | 1996-08-12 | 1998-08-11 | Monsanto Company | Solid phase organic synthesis device with pressure-regulated manifold |
US6203993B1 (en) | 1996-08-14 | 2001-03-20 | Exact Science Corp. | Methods for the detection of nucleic acids |
DE19633997C1 (de) | 1996-08-23 | 1998-03-26 | Univ Stuttgart | Bildübertragende Objektfernuntersuchungseinrichtung |
US5766711A (en) | 1996-08-29 | 1998-06-16 | Barmakian; Andrew | Composite camel structure and method for manufacture |
US6120666A (en) | 1996-09-26 | 2000-09-19 | Ut-Battelle, Llc | Microfabricated device and method for multiplexed electrokinetic focusing of fluid streams and a transport cytometry method using same |
US6124092A (en) | 1996-10-04 | 2000-09-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Multiplex polynucleotide capture methods and compositions |
US6449562B1 (en) * | 1996-10-10 | 2002-09-10 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and method |
US6209589B1 (en) | 1996-10-21 | 2001-04-03 | Smithkline Beecham Plc | Apparatus and method for distributing beads |
US5786219A (en) | 1996-10-28 | 1998-07-28 | Molecular Probes, Inc. | Microspheres with fluorescent spherical zones |
US6018350A (en) * | 1996-10-29 | 2000-01-25 | Real 3D, Inc. | Illumination and shadow simulation in a computer graphics/imaging system |
CA2189486A1 (en) | 1996-11-04 | 1998-05-04 | Yves St-Pierre | Analysis of enzyme activity using immobilized fluorescence-labeled substrates |
US20020031841A1 (en) | 1996-11-06 | 2002-03-14 | Asher Sanford A. | Colorimetric reagent |
US6133436A (en) | 1996-11-06 | 2000-10-17 | Sequenom, Inc. | Beads bound to a solid support and to nucleic acids |
US5900481A (en) | 1996-11-06 | 1999-05-04 | Sequenom, Inc. | Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports |
US5965235A (en) | 1996-11-08 | 1999-10-12 | The Procter & Gamble Co. | Three-dimensional, amorphous-patterned, nesting-resistant sheet materials and method and apparatus for making same |
US5776711A (en) | 1996-11-12 | 1998-07-07 | The Regents Of The University Of California | Simultaneous human ABO and RH(D) blood typing or antibody screening by flow cytometry |
US5855753A (en) * | 1996-11-26 | 1999-01-05 | The Trustees Of Princeton University | Method for electrohydrodynamically assembling patterned colloidal structures |
EP1015872B1 (en) | 1996-12-12 | 2005-03-02 | Prolume, Ltd. | Apparatus and method for detecting and identifying infectious agents |
US5905024A (en) | 1996-12-17 | 1999-05-18 | University Of Chicago | Method for performing site-specific affinity fractionation for use in DNA sequencing |
US6025905A (en) * | 1996-12-31 | 2000-02-15 | Cognex Corporation | System for obtaining a uniform illumination reflectance image during periodic structured illumination |
EP2295988A2 (en) | 1996-12-31 | 2011-03-16 | High Throughput Genomics, Inc. | Multiplexed molecular analysis apparatus and its fabrication method |
AU6024598A (en) | 1997-01-10 | 1998-08-03 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Hybridization-based genetic amplification and analysis |
US6027945A (en) * | 1997-01-21 | 2000-02-22 | Promega Corporation | Methods of isolating biological target materials using silica magnetic particles |
US5939021A (en) | 1997-01-23 | 1999-08-17 | Hansen; W. Peter | Homogeneous binding assay |
US5812272A (en) | 1997-01-30 | 1998-09-22 | Hewlett-Packard Company | Apparatus and method with tiled light source array for integrated assay sensing |
JP3630906B2 (ja) | 1997-02-18 | 2005-03-23 | キヤノン株式会社 | 立体画像表示装置 |
DK0975800T3 (da) | 1997-02-27 | 2003-09-22 | Ingeneus Corp | Analyse af nukleotider i opløsning under anvendelse af PNA-prober |
US6023540A (en) | 1997-03-14 | 2000-02-08 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensor with encoded microspheres |
US6327410B1 (en) | 1997-03-14 | 2001-12-04 | The Trustees Of Tufts College | Target analyte sensors utilizing Microspheres |
JP2001523096A (ja) | 1997-03-21 | 2001-11-20 | エム ユー エス シー ファンデーション フォーリサーチ ディベロップメント | 乳癌の診断および治療のための方法ならびに組成物 |
US6235471B1 (en) * | 1997-04-04 | 2001-05-22 | Caliper Technologies Corp. | Closed-loop biochemical analyzers |
WO1998048783A1 (en) * | 1997-04-30 | 1998-11-05 | Point Biomedical Corporation | Microparticles useful as ultrasonic contrast agents and for delivery of drugs into the bloodstream |
US6106685A (en) | 1997-05-13 | 2000-08-22 | Sarnoff Corporation | Electrode combinations for pumping fluids |
EP0988398A4 (en) * | 1997-05-21 | 2005-05-18 | Clontech Lab Inc | Nucleic Acid Arrays |
DE69838067T2 (de) | 1997-05-23 | 2008-03-13 | Bioarray Solutions Ltd. | Farbkodierung und in situ abfrage von matrix-gekoppelten chemischen verbindungen |
US5948627A (en) | 1997-05-30 | 1999-09-07 | One Lambda | Immunobead flow cytometric detection of anti-HLA panel-reactive antibody |
US5876946A (en) | 1997-06-03 | 1999-03-02 | Pharmacopeia, Inc. | High-throughput assay |
JP3693352B2 (ja) | 1997-06-13 | 2005-09-07 | アフィメトリックス インコーポレイテッド | プローブアレイを使用して、遺伝子多型性を検出し、対立遺伝子発現をモニターする方法 |
US6060243A (en) | 1997-07-17 | 2000-05-09 | Procrea Biosciences Inc. | Primers for obtaining highly informative DNA markers |
AU8908198A (en) | 1997-08-15 | 1999-03-08 | Hyseq, Inc. | Methods and compositions for detection or quantification of nucleic acid species |
US7099777B1 (en) | 1997-09-05 | 2006-08-29 | Affymetrix, Inc. | Techniques for identifying confirming mapping and categorizing nucleic acids |
US6130101A (en) | 1997-09-23 | 2000-10-10 | Molecular Probes, Inc. | Sulfonated xanthene derivatives |
US6540895B1 (en) | 1997-09-23 | 2003-04-01 | California Institute Of Technology | Microfabricated cell sorter for chemical and biological materials |
US5948621A (en) | 1997-09-30 | 1999-09-07 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Direct molecular patterning using a micro-stamp gel |
US7115884B1 (en) | 1997-10-06 | 2006-10-03 | Trustees Of Tufts College | Self-encoding fiber optic sensor |
KR20010031140A (ko) | 1997-10-14 | 2001-04-16 | 루미넥스 코포레이션 | 정밀 형광염료 입자 및 그의 제조방법 그리고 그의 사용 |
US6014451A (en) * | 1997-10-17 | 2000-01-11 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Remote imaging system for plant diagnosis |
US6077669A (en) | 1997-11-04 | 2000-06-20 | Becton Dickinson And Company | Kit and method for fluorescence based detection assay |
US5922617A (en) | 1997-11-12 | 1999-07-13 | Functional Genetics, Inc. | Rapid screening assay methods and devices |
EP0965044B1 (en) | 1997-11-18 | 2003-03-19 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Multiplex flow immunoassays with magnetic particles as solid phase |
US6013449A (en) * | 1997-11-26 | 2000-01-11 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Probe-based analysis of heterozygous mutations using two-color labelling |
US6232066B1 (en) | 1997-12-19 | 2001-05-15 | Neogen, Inc. | High throughput assay system |
US6238869B1 (en) * | 1997-12-19 | 2001-05-29 | High Throughput Genomics, Inc. | High throughput assay system |
WO1999035499A1 (en) | 1997-12-30 | 1999-07-15 | Remacle Jose | Method comprising capture molecule fixed on disc surface |
AU2322099A (en) | 1998-01-16 | 1999-08-02 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
US6200814B1 (en) | 1998-01-20 | 2001-03-13 | Biacore Ab | Method and device for laminar flow on a sensing surface |
US6167910B1 (en) * | 1998-01-20 | 2001-01-02 | Caliper Technologies Corp. | Multi-layer microfluidic devices |
DE69907630T2 (de) | 1998-01-22 | 2004-02-26 | Luminex Corp., Austin | Mikropartikel mit multiplen fluoreszenz-signalen |
US6123263A (en) | 1998-01-29 | 2000-09-26 | Meta Holdings Corporation | Hand held dataform reader having strobing ultraviolet light illumination assembly for reading fluorescent dataforms |
US6238863B1 (en) | 1998-02-04 | 2001-05-29 | Promega Corporation | Materials and methods for indentifying and analyzing intermediate tandem repeat DNA markers |
AU758463B2 (en) | 1998-02-04 | 2003-03-20 | Applied Biosystems, Llc | Determination of a genotype of an amplification product at multiple allelic sites |
US5994079A (en) | 1998-02-06 | 1999-11-30 | Digene Corporation | Direct detection of RNA mediated by reverse transcriptase lacking RNAse H function |
US6349144B1 (en) * | 1998-02-07 | 2002-02-19 | Biodiscovery, Inc. | Automated DNA array segmentation and analysis |
DE69900462T2 (de) | 1998-02-11 | 2002-07-11 | Pe Corp Ny Foster City | Konjugate von dns und pns und verfahren zu deren herstellung |
US6122599A (en) | 1998-02-13 | 2000-09-19 | Mehta; Shailesh | Apparatus and method for analyzing particles |
US6096368A (en) | 1998-02-19 | 2000-08-01 | Delsys Pharmaceutical Corporation | Bead transporter chucks using repulsive field guidance and method |
GB9803684D0 (en) | 1998-02-24 | 1998-04-15 | Genevac Ltd | Method and apparatus for controlling temperature during evaporation of samples |
US6318970B1 (en) | 1998-03-12 | 2001-11-20 | Micralyne Inc. | Fluidic devices |
US5988432A (en) | 1998-03-25 | 1999-11-23 | Sarnoff Corporation | Bead manipulating chucks with bead size selector |
ATE340870T1 (de) | 1998-04-03 | 2006-10-15 | Compound Therapeutics Inc | Adressierbare protein arrays |
DE19815129A1 (de) | 1998-04-03 | 1999-10-07 | Basf Ag | Präzipitierte, wasserunlösliche Farbstoffe in kolloid-disperser Form |
US6022716A (en) | 1998-04-10 | 2000-02-08 | Genset Sa | High throughput DNA sequencing vector |
US5952131A (en) | 1998-04-27 | 1999-09-14 | Xerox Corporation | Core and shell matrix compositions and processes |
US6355419B1 (en) | 1998-04-27 | 2002-03-12 | Hyseq, Inc. | Preparation of pools of nucleic acids based on representation in a sample |
US20030087228A1 (en) | 1998-05-06 | 2003-05-08 | Cynthia Bamdad | Electronic detection of nucleic acids using monolayers |
WO1999060170A1 (en) | 1998-05-21 | 1999-11-25 | Hyseq, Inc. | Linear arrays of immobilized compounds and methods of using same |
US6251592B1 (en) | 1998-05-26 | 2001-06-26 | Procrea Biosciences Inc. | STR marker system for DNA fingerprinting |
US6139831A (en) | 1998-05-28 | 2000-10-31 | The Rockfeller University | Apparatus and method for immobilizing molecules onto a substrate |
US6699659B2 (en) | 1998-06-01 | 2004-03-02 | Affymetrix, Inc. | Products and methods for analyzing nucleic acids including identification of substitutions, insertions and deletions |
US6251595B1 (en) | 1998-06-18 | 2001-06-26 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and devices for carrying out chemical reactions |
US6290839B1 (en) | 1998-06-23 | 2001-09-18 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Systems for electrophoretic transport and detection of analytes |
EP2045334A1 (en) | 1998-06-24 | 2009-04-08 | Illumina, Inc. | Decoding of array sensors with microspheres |
EP1092047B1 (en) | 1998-07-02 | 2009-08-26 | Gen-Probe Incorporated | Molecular torches |
AR020329A1 (es) | 1998-07-09 | 2002-05-08 | Boehringer Ingelheim Pharma | UNA SUSTANCIA, EN PARTICULAR UNA RIBOZIMA, CAPAZ DE INHIBIR LA EXPRESION DE PRESENILINA 2, UNA MOLECULA DE DNA RECOMBINANTE QUE CODIFICA DICHA RIBOZIMA, UNVECTOR RECOMBINANTE QUE COMPRENDE EL cDNA CORRESPONDIENTE A DICHA RIBOZIMA, UNA CELULA HOSPEDADORA QUE COMPRENDE DICHO VECTOR RECOMBINANTE, UNA C |
US6406921B1 (en) | 1998-07-14 | 2002-06-18 | Zyomyx, Incorporated | Protein arrays for high-throughput screening |
US6908770B1 (en) | 1998-07-16 | 2005-06-21 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Fluid based analysis of multiple analytes by a sensor array |
US5998175A (en) | 1998-07-24 | 1999-12-07 | Lumigen, Inc. | Methods of synthesizing and amplifying polynucleotides by ligation of multiple oligomers |
DE69800630T2 (de) | 1998-07-29 | 2001-08-23 | Agilent Technologies Inc | Chip zur elektroforetischen Trennung von Molekülen und Verfahren zur Verwendung desselben |
ES2222719T3 (es) | 1998-07-30 | 2005-02-01 | Oakville Trading Hong Kong Limited | Procedimiento para preparar conjugados reticulados solubles en agua. |
US6132685A (en) | 1998-08-10 | 2000-10-17 | Caliper Technologies Corporation | High throughput microfluidic systems and methods |
US6126731A (en) | 1998-08-21 | 2000-10-03 | Idea Development Company | Polymerizable ink composition |
US6306643B1 (en) | 1998-08-24 | 2001-10-23 | Affymetrix, Inc. | Methods of using an array of pooled probes in genetic analysis |
US6136468A (en) | 1998-08-25 | 2000-10-24 | Timer Technologies, Llc | Electrochemical cell with deferred assembly |
WO2000013004A2 (en) | 1998-08-26 | 2000-03-09 | Trustees Of Tufts College | Combinatorial polymer synthesis of sensors for polymer-based sensor arrays |
JP3829491B2 (ja) * | 1998-08-27 | 2006-10-04 | 株式会社日立製作所 | プローブチップ、プローブチップ作成方法、試料検出方法、及び試料検出装置 |
DE19940751A1 (de) | 1998-08-28 | 2000-03-02 | Febit Ferrarius Biotech Gmbh | Lichtemissions-Detektionseinrichtung |
US6642062B2 (en) | 1998-09-03 | 2003-11-04 | Trellis Bioinformatics, Inc. | Multihued labels |
US6136171A (en) | 1998-09-18 | 2000-10-24 | The University Of Utah Research Foundation | Micromachined electrical field-flow fractionation system |
JP2002526908A (ja) * | 1998-09-30 | 2002-08-20 | ケイデンス デザイン システムズ インコーポレイテッド | ブロックをベースとする設計方法 |
AU6277799A (en) | 1998-10-02 | 2000-04-26 | Eli Lilly And Company | Il-17 homolog nucleic acids, polypeptides, vectors, host cells, methods and usesthereof |
WO2000022172A1 (en) | 1998-10-13 | 2000-04-20 | Clontech Laboratories, Inc. | Nucleic acid arrays |
US6480791B1 (en) | 1998-10-28 | 2002-11-12 | Michael P. Strathmann | Parallel methods for genomic analysis |
WO2000026920A1 (fr) | 1998-10-29 | 2000-05-11 | Hitachi, Ltd. | Dispositif de circuit integre semi-conducteur |
US6187540B1 (en) * | 1998-11-09 | 2001-02-13 | Identigene, Inc. | Method of newborn identification and tracking |
US20030012699A1 (en) * | 1998-11-18 | 2003-01-16 | Thomas Moore | Simultaneous handling of magnetic beads in a two-dimensional arrangement |
US6271856B1 (en) | 1998-11-19 | 2001-08-07 | Paraform, Inc. | Creating and modifying parameterizations of surfaces |
GB9825958D0 (en) | 1998-11-26 | 1999-01-20 | Smith James L | Load-bearing structures |
US6872546B1 (en) | 1998-12-23 | 2005-03-29 | Human Genome Sciences, Inc. | Hyaluronan-binding proteins and encoding genes |
US6429027B1 (en) | 1998-12-28 | 2002-08-06 | Illumina, Inc. | Composite arrays utilizing microspheres |
EP1141384A2 (en) | 1999-01-06 | 2001-10-10 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for accelerating identification of single nucleotide polymorphisms and alignment of clones in genomic sequencing |
EP1151139A2 (en) | 1999-01-25 | 2001-11-07 | UT-Battelle, LLC | Multifunctional and multispectral biosensor devices and methods of use |
JP3756007B2 (ja) | 1999-01-28 | 2006-03-15 | 富士写真フイルム株式会社 | 乾式分析方法及び乾式分析要素 |
DE19904674A1 (de) | 1999-02-04 | 2000-08-31 | Haemosys Gmbh | Verfahren zur Bestimmung der Konzentration von Thrombininhibitoren |
US20020150909A1 (en) | 1999-02-09 | 2002-10-17 | Stuelpnagel John R. | Automated information processing in randomly ordered arrays |
US6294063B1 (en) | 1999-02-12 | 2001-09-25 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method and apparatus for programmable fluidic processing |
US6153389A (en) | 1999-02-22 | 2000-11-28 | Haarer; Brian K. | DNA additives as a mechanism for unambiguously marking biological samples |
US6215894B1 (en) | 1999-02-26 | 2001-04-10 | General Scanning, Incorporated | Automatic imaging and analysis of microarray biochips |
CN1185492C (zh) * | 1999-03-15 | 2005-01-19 | 清华大学 | 可单点选通式微电磁单元阵列芯片、电磁生物芯片及应用 |
US6403309B1 (en) | 1999-03-19 | 2002-06-11 | Valigen (Us), Inc. | Methods for detection of nucleic acid polymorphisms using peptide-labeled oligonucleotides and antibody arrays |
US6175518B1 (en) * | 1999-03-30 | 2001-01-16 | Hewlett-Packard Company | Remote register hierarchy accessible using a serial data line |
EP1190092A2 (en) | 1999-04-06 | 2002-03-27 | Yale University | Fixed address analysis of sequence tags |
DE19916921A1 (de) | 1999-04-14 | 2000-10-19 | Fraunhofer Ges Forschung | Elektrisches Sensorarray |
US6908737B2 (en) | 1999-04-15 | 2005-06-21 | Vitra Bioscience, Inc. | Systems and methods of conducting multiplexed experiments |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US6858403B2 (en) * | 1999-05-11 | 2005-02-22 | M-Biotech, Inc. | Polymer matrix containing catalase co-immobilized with analytic enzyme that generates hydrogen peroxide |
IT1309430B1 (it) | 1999-05-18 | 2002-01-23 | Guerrieri Roberto | Metodo ed apparato per la manipolazione di particelle per mezzo delladielettroforesi |
AU7569600A (en) | 1999-05-20 | 2000-12-28 | Illumina, Inc. | Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays |
US6132997A (en) | 1999-05-28 | 2000-10-17 | Agilent Technologies | Method for linear mRNA amplification |
CA2309528C (en) | 1999-06-08 | 2007-10-09 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | Simultaneous determination of forward and reverse abo blood group |
WO2001001184A1 (en) | 1999-06-25 | 2001-01-04 | Gim Systems Ltd. | Scanning microscope by lcd |
WO2001006249A2 (en) | 1999-07-02 | 2001-01-25 | Conceptual Mindworks, Inc. | Organic semiconductor recognition complex and system |
AU5785400A (en) * | 1999-07-02 | 2001-01-22 | Symyx Technologies, Inc. | Polymer brushes for immobilizing molecules to a surface or substrate, where the polymers have water-soluble or water-dispersible segments and probes bonded thereto |
US6268219B1 (en) | 1999-07-09 | 2001-07-31 | Orchid Biosciences, Inc. | Method and apparatus for distributing fluid in a microfluidic device |
WO2001007506A2 (en) | 1999-07-23 | 2001-02-01 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Microfabricated devices and method of manufacturing the same |
US6713309B1 (en) | 1999-07-30 | 2004-03-30 | Large Scale Proteomics Corporation | Microarrays and their manufacture |
US20020015952A1 (en) | 1999-07-30 | 2002-02-07 | Anderson Norman G. | Microarrays and their manufacture by slicing |
WO2001018524A2 (en) | 1999-08-30 | 2001-03-15 | Illumina, Inc. | Methods for improving signal detection from an array |
BE1012894A3 (nl) | 1999-09-14 | 2001-05-08 | Atlas Copco Airpower Nv | Gecombineerd radiaal-axiaal glijlager. |
US6319674B1 (en) | 1999-09-16 | 2001-11-20 | Agilent Technologies, Inc. | Methods for attaching substances to surfaces |
US6844156B2 (en) * | 1999-10-19 | 2005-01-18 | The United States Of America As Represented By The Department Of Veterans Affairs | Methods for identifying a preferred liver transplant donor |
US6287778B1 (en) | 1999-10-19 | 2001-09-11 | Affymetrix, Inc. | Allele detection using primer extension with sequence-coded identity tags |
US6077674A (en) | 1999-10-27 | 2000-06-20 | Agilent Technologies Inc. | Method of producing oligonucleotide arrays with features of high purity |
AU1601701A (en) | 1999-11-15 | 2001-05-30 | John G. Hartwell | Methods for generating single stranded cdna fragments |
US6451191B1 (en) | 1999-11-18 | 2002-09-17 | 3M Innovative Properties Company | Film based addressable programmable electronic matrix articles and methods of manufacturing and using the same |
WO2001040786A1 (en) | 1999-12-01 | 2001-06-07 | The Regents Of The University Of California | Electric-field-assisted fluidic assembly of inorganic and organic materials, molecules and like small things including living cells |
US6361916B1 (en) | 1999-12-14 | 2002-03-26 | Eastman Kodak Company | Loaded latex compositions with dye and stabilizer |
US20020007122A1 (en) | 1999-12-15 | 2002-01-17 | Howard Kaufman | Methods of diagnosing disease |
WO2001048242A2 (en) | 1999-12-29 | 2001-07-05 | Mergen Ltd. | Methods for amplifying and detecting multiple polynucleotides on a solid phase support |
WO2001049240A2 (en) | 2000-01-05 | 2001-07-12 | Novartis Ag | Hydrogels |
DE60125713T2 (de) | 2000-01-11 | 2007-11-08 | Clinical Micro Sensors, Inc., Pasadena | Patrone, die einen Biochip enthält |
EP1252513A4 (en) | 2000-01-25 | 2007-07-18 | Affymetrix Inc | METHOD, SYSTEM AND SOFTWARE FOR OFFERING A GENOMIC WEB PORTAL |
DE60126742T2 (de) * | 2000-02-02 | 2007-10-25 | The Procter & Gamble Company, Cincinnati | Flexibles fertigungssystem |
AU3806701A (en) | 2000-02-07 | 2001-08-14 | Illumina Inc | Nucleic acid detection methods using universal priming |
ATE492652T1 (de) | 2000-02-07 | 2011-01-15 | Illumina Inc | Nukleinsäuredetektionsverfahren mit universellem priming |
WO2001059432A2 (en) | 2000-02-10 | 2001-08-16 | Illumina, Inc. | Array of individual arrays as substrate for bead-based simultaneous processing of samples and manufacturing method therefor |
US7003144B2 (en) * | 2000-02-11 | 2006-02-21 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Vessel delineation in magnetic resonance angiographic images |
EP1130113A1 (en) | 2000-02-15 | 2001-09-05 | Johannes Petrus Schouten | Multiplex ligation dependent amplification assay |
US6993156B1 (en) * | 2000-02-18 | 2006-01-31 | Microsoft Corporation | System and method for statistically comparing and matching plural sets of digital data |
US20030154108A1 (en) | 2000-03-01 | 2003-08-14 | Gambro, Inc. | Extracorporeal blood processing information management system |
EP1238361A1 (en) | 2000-03-01 | 2002-09-11 | Gambro, Inc. | Extracorporeal blood processing information management system |
US6358387B1 (en) | 2000-03-27 | 2002-03-19 | Caliper Technologies Corporation | Ultra high throughput microfluidic analytical systems and methods |
WO2001078087A2 (en) | 2000-04-06 | 2001-10-18 | Luminex Corporation | Magnetically-responsive microspheres |
DE10020704B4 (de) | 2000-04-27 | 2006-09-28 | Bioref Gmbh | Biochip zur Archivierung und labormedizinischen Analyse von biologischem Probenmaterial, Verfahren zu dessen Herstellung sowie dessen Verwendung in diagnostischen Verfahren |
AU2001270504A1 (en) * | 2000-05-04 | 2001-11-12 | Syngenta Participations Ag | Novel assay for nucleic acid analysis |
US7682837B2 (en) | 2000-05-05 | 2010-03-23 | Board Of Trustees Of Leland Stanford Junior University | Devices and methods to form a randomly ordered array of magnetic beads and uses thereof |
WO2001085914A2 (en) | 2000-05-11 | 2001-11-15 | Becton, Dickinson And Company | System for identifying clusters in scatter plots using smoothed polygons with optimal boundaries |
AU2001261463A1 (en) * | 2000-05-12 | 2001-11-26 | University Of Cincinnati | Magnetic bead-based arrays |
ES2164632T3 (es) | 2000-05-16 | 2002-03-01 | Biochip Technologies Gmbh | Sistema enlazador destinado a activar superficies para bioconjugacion, y procedimiento para su utilizacion. |
US20020120409A1 (en) * | 2000-05-19 | 2002-08-29 | Affymetrix, Inc. | Methods for gene expression analysis |
US6645432B1 (en) | 2000-05-25 | 2003-11-11 | President & Fellows Of Harvard College | Microfluidic systems including three-dimensionally arrayed channel networks |
DE10027776A1 (de) | 2000-06-07 | 2002-02-14 | Roche Diagnostics Gmbh | Neuartige core-shell Partikel |
WO2001098765A1 (en) | 2000-06-21 | 2001-12-27 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis |
US9709559B2 (en) | 2000-06-21 | 2017-07-18 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays |
JP4233238B2 (ja) | 2000-07-06 | 2009-03-04 | 富士フイルム株式会社 | インク用着色微粒子分散物、それを用いたインクジェット記録用インクおよびインクジェット記録方法 |
DE10042023C2 (de) * | 2000-08-08 | 2003-04-10 | Biognostic Ag | Kapseln, die feste Teilchen signalerzeugender Substanzen einkapseln, und deren Verwendung bei Bioassays zum Nachweis von Zielmolekülen in einer Probe |
US7244598B2 (en) | 2000-08-14 | 2007-07-17 | Surface Logix, Inc. | Biomolecule arrays |
US20020182609A1 (en) | 2000-08-16 | 2002-12-05 | Luminex Corporation | Microsphere based oligonucleotide ligation assays, kits, and methods of use, including high-throughput genotyping |
US6670128B2 (en) | 2000-08-16 | 2003-12-30 | Whatman, Inc. | Transfusion medicine leukodepletion filter devices as a source of genetic material for genotyping studies |
US7062092B2 (en) | 2000-08-22 | 2006-06-13 | Affymetrix, Inc. | System, method, and computer software product for gain adjustment in biological microarray scanner |
EP2390819A1 (en) | 2000-08-22 | 2011-11-30 | Affymetrix, Inc. | System, method, and computer software product for controlling biological microarray scanner |
US7998746B2 (en) * | 2000-08-24 | 2011-08-16 | Robert Otillar | Systems and methods for localizing and analyzing samples on a bio-sensor chip |
US6713257B2 (en) * | 2000-08-25 | 2004-03-30 | Rosetta Inpharmatics Llc | Gene discovery using microarrays |
US6521747B2 (en) * | 2000-08-28 | 2003-02-18 | Genaissance Pharmaceuticals, Inc. | Haplotypes of the AGTR1 gene |
US7057704B2 (en) | 2000-09-17 | 2006-06-06 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
US6498863B1 (en) | 2000-09-20 | 2002-12-24 | Media Cybernetics Inc. | Method, system, and product for analyzing a digitized image of an array to create an image of a grid overlay |
US20050100896A1 (en) | 2000-09-23 | 2005-05-12 | Miller Jeffery L. | Identification of the dombrock blood group glycoprotein as a polymorphic member of the adp-ribosyltransferase gene family |
WO2002031501A1 (en) | 2000-10-12 | 2002-04-18 | Amnis Corporation | Methods for synthesizing reporter labeled beads |
WO2002031182A2 (en) | 2000-10-12 | 2002-04-18 | Amnis Corporation | Method and apparatus for reading reporter labeled beads |
US20030045005A1 (en) | 2000-10-17 | 2003-03-06 | Michael Seul | Light-controlled electrokinetic assembly of particles near surfaces |
US7130458B2 (en) * | 2000-10-24 | 2006-10-31 | Affymetrix, Inc. | Computer software system, method, and product for scanned image alignment |
US6528264B1 (en) | 2000-11-01 | 2003-03-04 | Corning Incorporated | Polymer support for DNA immobilization |
AU2001213911A1 (en) | 2000-11-02 | 2002-05-15 | Jandratek Gmbh | Surfaces comprising a hydrophilic spacer, covalently bonded to hydrogels |
FR2817266B1 (fr) | 2000-11-29 | 2004-01-16 | Commissariat Energie Atomique | Micro reseau statique de sondes biologiques ou chimiques, immobilisees sur un support par attraction magnetique |
US6905881B2 (en) | 2000-11-30 | 2005-06-14 | Paul Sammak | Microbead-based test plates and test methods for fluorescence imaging systems |
US20020081027A1 (en) | 2000-12-21 | 2002-06-27 | Motorola, Inc. | Method for electronic transport of digital ink |
US20040115671A1 (en) | 2001-01-18 | 2004-06-17 | Zlokovic Berislav V | Gene expression profiling of endothelium in alzheimer's disease |
US7015047B2 (en) | 2001-01-26 | 2006-03-21 | Aviva Biosciences Corporation | Microdevices having a preferential axis of magnetization and uses thereof |
EP1355823A4 (en) | 2001-01-29 | 2005-04-20 | Caliper Life Sciences Inc | NON-MECHANICAL VALVES FOR FLUID SYSTEMS |
US20030165865A1 (en) | 2001-01-29 | 2003-09-04 | Hinkel Christopher A. | Methods of analysis of nucleic acids |
US7407746B2 (en) | 2001-02-08 | 2008-08-05 | Ngk Insulators, Ltd. | Biochip and method for producing the same |
US20030077607A1 (en) | 2001-03-10 | 2003-04-24 | Hopfinger Anton J. | Methods and tools for nucleic acid sequence analysis, selection, and generation |
US6706163B2 (en) | 2001-03-21 | 2004-03-16 | Michael Seul | On-chip analysis of particles and fractionation of particle mixtures using light-controlled electrokinetic assembly of particles near surfaces |
WO2002079490A2 (en) | 2001-03-28 | 2002-10-10 | Nanosphere, Inc. | Bio-barcodes based on oligonucleotide-modified particles |
US20020142318A1 (en) | 2001-03-30 | 2002-10-03 | Cattell Herbert F. | Chemical array reading |
CA2444467A1 (en) | 2001-04-18 | 2002-10-24 | Ulrich J. Krull | Gradient resolved hybridisation platform |
GB0110053D0 (en) | 2001-04-24 | 2001-06-13 | Axis Shield Asa | Assay |
JP3761418B2 (ja) | 2001-05-10 | 2006-03-29 | Hoya株式会社 | 化合物結晶およびその製造法 |
US6808908B2 (en) | 2001-05-30 | 2004-10-26 | Porex Technologies Corporation | Functionalized porous substrate for binding chemical and biological moieties |
US6689478B2 (en) * | 2001-06-21 | 2004-02-10 | Corning Incorporated | Polyanion/polycation multilayer film for DNA immobilization |
US7262063B2 (en) | 2001-06-21 | 2007-08-28 | Bio Array Solutions, Ltd. | Directed assembly of functional heterostructures |
JP2003009862A (ja) * | 2001-07-04 | 2003-01-14 | Takara Bio Inc | cDNAの標識方法 |
US7172804B2 (en) | 2001-07-17 | 2007-02-06 | Northwestern University | Film-immobilized capture particles |
US7285412B2 (en) * | 2001-07-27 | 2007-10-23 | Surface Logix Inc. | Device for magnetic immobilization of cells |
US20030040129A1 (en) * | 2001-08-20 | 2003-02-27 | Shah Haresh P. | Binding assays using magnetically immobilized arrays |
US6503680B1 (en) * | 2001-08-29 | 2003-01-07 | Xerox Corporation | Latex processes |
DE10239504A1 (de) | 2001-08-29 | 2003-04-24 | Genovoxx Gmbh | Verfahren zur Analyse von Nukleinsäurekettensequenzen und der Genexpression |
US20030062422A1 (en) | 2001-09-10 | 2003-04-03 | Fateley William G. | System and method for encoded spatio-spectral information processing |
JP4685294B2 (ja) | 2001-09-18 | 2011-05-18 | 株式会社カネカ | 新規ペプチド、生産方法、新規吸着体、吸着器および吸着方法 |
US7195913B2 (en) | 2001-10-05 | 2007-03-27 | Surmodics, Inc. | Randomly ordered arrays and methods of making and using |
US20030148335A1 (en) | 2001-10-10 | 2003-08-07 | Li Shen | Detecting targets by unique identifier nucleotide tags |
EP1463825B1 (en) | 2001-10-15 | 2017-12-06 | BioArray Solutions Ltd. | Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection |
US6927018B2 (en) | 2001-10-29 | 2005-08-09 | Hewlett-Packard Development Company, L.P. | Three dimensional printing using photo-activated building materials |
CA2466164A1 (en) | 2001-10-30 | 2003-05-08 | Nanomics Biosystems Pty, Ltd. | Device and methods for directed synthesis of chemical libraries |
US6838289B2 (en) * | 2001-11-14 | 2005-01-04 | Beckman Coulter, Inc. | Analyte detection system |
US6792355B2 (en) | 2001-12-21 | 2004-09-14 | Triad Therapeutics, Inc. | Methods for determining polypeptide structure, function or pharmacophore from comparison of polypeptide sequences |
US7335153B2 (en) * | 2001-12-28 | 2008-02-26 | Bio Array Solutions Ltd. | Arrays of microparticles and methods of preparation thereof |
DE10164309A1 (de) | 2001-12-28 | 2003-07-10 | Fraunhofer Ges Forschung | Verbesserte strukturiert-funktionale Bindematrices für Biomoleküle |
US20030152931A1 (en) | 2002-02-11 | 2003-08-14 | Chung-Fan Chiou | Nucleic acid detection device and method utilizing the same |
JP2003263507A (ja) | 2002-03-12 | 2003-09-19 | Nippon Colin Co Ltd | 統計医学情報提供方法および装置 |
US20030186220A1 (en) | 2002-03-28 | 2003-10-02 | Jizhong Zhou | Detecting microorganisms using whole genomic DNA or RNA microarray |
WO2003092546A2 (en) | 2002-04-30 | 2003-11-13 | Cook Urological Inc. | Sling for supporting tissue |
US6730515B2 (en) | 2002-06-11 | 2004-05-04 | Eastman Kodak Company | Micro-array calibration means |
US7041453B2 (en) | 2002-08-22 | 2006-05-09 | Bioarray Solutions Ltd. | Molecular constructs and methods of use for detection of biochemical reactions |
US7157228B2 (en) | 2002-09-09 | 2007-01-02 | Bioarray Solutions Ltd. | Genetic analysis and authentication |
DE10246285B4 (de) | 2002-10-02 | 2007-10-04 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Anordnung und Verfahren zum Beladen eines Laderaumes mit Stückgütern |
US7401028B2 (en) | 2002-11-08 | 2008-07-15 | Deakter Daniel R | System and process for matching patients with clinical medical trials |
AU2003298655A1 (en) | 2002-11-15 | 2004-06-15 | Bioarray Solutions, Ltd. | Analysis, secure access to, and transmission of array images |
US7141217B2 (en) | 2002-12-05 | 2006-11-28 | Uop Llc | Elevated pressure apparatus and method for generating a plurality of isolated effluents |
US6869798B2 (en) | 2003-04-17 | 2005-03-22 | Clinical Diagnostics Solutions, Inc. | Lytic reagent composition for leukocyte differential analysis |
US20040229269A1 (en) | 2003-05-15 | 2004-11-18 | Ghazala Hashmi | Hybridization-mediated analysis of polymorphisms |
US20040259852A1 (en) | 2003-06-18 | 2004-12-23 | White Hillary D. | Trandsdermal compositions and methods for treatment of fibromyalgia and chronic fatigue syndrome |
WO2005031305A2 (en) | 2003-09-22 | 2005-04-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules |
WO2005033895A2 (en) | 2003-10-03 | 2005-04-14 | Cira Discovery Sciences, Inc. | Method and apparatus for discovering patterns in binary or categorical data |
CA2544262A1 (en) | 2003-10-28 | 2005-05-12 | Bioarray Solutions Ltd. | Gel-shell beads with adsorbed or bound biomolecules |
US20050089916A1 (en) | 2003-10-28 | 2005-04-28 | Xiongwu Xia | Allele assignment and probe selection in multiplexed assays of polymorphic targets |
CA2899287A1 (en) | 2003-10-28 | 2005-05-12 | Bioarray Solutions Ltd. | Optimization of gene expression analysis using immobilized capture probes |
CN1882703B (zh) | 2003-10-29 | 2011-07-06 | 佰尔瑞溶液有限公司 | 通过断裂双链脱氧核糖核酸进行多元核酸分析 |
US20050112585A1 (en) * | 2003-11-21 | 2005-05-26 | Dominic Zichi | Method for adjusting the quantification range of individual analytes in a multiplexed assay |
US20080261205A1 (en) | 2004-02-06 | 2008-10-23 | Canadian Blood Services | Method for the Simultaneous Determination of Blood Group and Platelet Antigen Genotypes |
EP1564306B1 (en) | 2004-02-17 | 2013-08-07 | Affymetrix, Inc. | Methods for fragmenting and labeling DNA |
US7842456B2 (en) | 2004-02-20 | 2010-11-30 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Reagents, kits and methods for immunodetection of epitopes on molecules |
EP1591534A1 (en) | 2004-04-01 | 2005-11-02 | Stichting Sanquin Bloedvoorziening | A method of genotyping blood cell antigens and a kit suitable for genotyping blood cell antigens |
US7848889B2 (en) | 2004-08-02 | 2010-12-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification |
US7501253B2 (en) | 2004-09-21 | 2009-03-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | DNA fingerprinting using a branch migration assay |
US8486629B2 (en) | 2005-06-01 | 2013-07-16 | Bioarray Solutions, Ltd. | Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation |
EP2385141B1 (en) | 2005-10-07 | 2013-08-07 | SpeeDx Pty Ltd | Multicomponent nucleic acid enzymes and methods for their use |
US20070243534A1 (en) | 2006-04-12 | 2007-10-18 | Michael Seul | Probe density considerations and elongation of self-complementary looped probes where probes are attached to a solid phase |
CN100466552C (zh) | 2006-09-28 | 2009-03-04 | 华为技术有限公司 | Ngn系统和用于该系统的端到端跟踪方法和装置 |
US8190622B2 (en) | 2008-01-11 | 2012-05-29 | UberMedia, Inc. | Data picker application |
US7812589B2 (en) | 2008-08-28 | 2010-10-12 | Qualitau, Inc. | Modified current source (MCS) with seamless range switching |
DE102008045650A1 (de) | 2008-09-02 | 2010-03-04 | Siemens Aktiengesellschaft | Stromschiene und Stromschienensystem in Flachprofil-Ausführung mit mehreren Teilleiterschienen mit Ausnehmung an der Schmalseite zum Einrasten von Kontaktfederelementen |
US20100062518A1 (en) | 2008-09-09 | 2010-03-11 | Sukanta Banerjee | Concentrating White Blood Cells for DNA Extraction from a Leukodepleted Blood Sample |
WO2010098765A1 (en) | 2009-02-27 | 2010-09-02 | Leslie Cifuentes French | Dispenser and applicator that bring reactive substances into contact with each other at the time of use |
JP4617386B2 (ja) | 2009-06-11 | 2011-01-26 | シャープ株式会社 | 蒸気調理器 |
-
2004
- 2004-10-26 CA CA2899287A patent/CA2899287A1/en not_active Abandoned
- 2004-10-26 US US10/974,036 patent/US7563569B2/en active Active
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- 2004-10-26 JP JP2006538164A patent/JP2007521017A/ja active Pending
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- 2004-10-26 AU AU2004286252A patent/AU2004286252A1/en not_active Abandoned
-
2006
- 2006-04-25 IL IL175183A patent/IL175183A0/en unknown
-
2009
- 2009-06-08 US US12/480,215 patent/US8795960B2/en active Active
-
2012
- 2012-03-29 JP JP2012078294A patent/JP2012152219A/ja active Pending
-
2014
- 2014-04-21 US US14/257,294 patent/US9637777B2/en active Active
-
2017
- 2017-04-19 US US15/491,127 patent/US10407718B2/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20020137074A1 (en) * | 2000-11-21 | 2002-09-26 | Piunno Paul A.E. | Selectivity of nucleic acid diagnostic and microarray technologies by control of interfacial nucleic acid film chemistry |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR102052853B1 (ko) * | 2019-05-20 | 2020-01-08 | 주식회사 바이오루츠 | 핵산서열 검출 방법, 다중 핵산마커 검출 방법 및 이를 위한 키트 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2544041A1 (en) | 2005-05-12 |
US20090263820A1 (en) | 2009-10-22 |
US7563569B2 (en) | 2009-07-21 |
NZ547492A (en) | 2009-12-24 |
WO2005042763A2 (en) | 2005-05-12 |
US20160215327A1 (en) | 2016-07-28 |
US20060035240A1 (en) | 2006-02-16 |
US10407718B2 (en) | 2019-09-10 |
CA2899287A1 (en) | 2005-05-12 |
US9637777B2 (en) | 2017-05-02 |
EP1692298A4 (en) | 2008-08-13 |
US20170218437A1 (en) | 2017-08-03 |
WO2005042763A3 (en) | 2007-09-27 |
US20170088885A9 (en) | 2017-03-30 |
CA2544041C (en) | 2015-12-08 |
EP1692298A2 (en) | 2006-08-23 |
AU2004286252A1 (en) | 2005-05-12 |
US8795960B2 (en) | 2014-08-05 |
JP2012152219A (ja) | 2012-08-16 |
IL175183A0 (en) | 2006-09-05 |
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