ES2573484T3 - Análisis automatizado de patrones de interacción sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificación de alelos - Google Patents
Análisis automatizado de patrones de interacción sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificación de alelos Download PDFInfo
- Publication number
- ES2573484T3 ES2573484T3 ES05789862.9T ES05789862T ES2573484T3 ES 2573484 T3 ES2573484 T3 ES 2573484T3 ES 05789862 T ES05789862 T ES 05789862T ES 2573484 T3 ES2573484 T3 ES 2573484T3
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- probe
- alleles
- allele
- pattern
- target
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/40—Population genetics; Linkage disequilibrium
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Physiology (AREA)
- Ecology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
Método para asignaciones de alelos donde las asignaciones se realizan basándose en someter una muestra que incluye ácido nucleico diana a un ensayo de hibridación o ensayo de elongación mediado por captura, o ambos, y donde se analizan varios marcadores polimórficos, presentes en alelos del ácido nucleico diana, comprendiendo el método: determinar un patrón de intensidad de señales de ensayo generado por interacciones sonda-diana para generar un patrón de reacción designando como positivas aquellas intensidades de señal que superan un umbral predeterminado y designando como negativas aquellas intensidades de señal que no superan el umbral predeterminado, binarizando de ese modo dicho patrón de intensidad de señales de ensayo generado por interacciones sonda-diana donde cada una de dicha intensidad corresponde al número de acontecimientos de hibridación o elongación correspondientes, según sea aplicable; realizar asignaciones de alelos basándose en comparar y hacer coincidir dicho patrón de reacción con un patrón de reacción de referencia similar que representa combinaciones de dos o más alelos de referencia, tal como se enumera en una colección de referencia de alelos para el ácido nucleico diana en construcción; y designar, como nuevos alelos, los que tienen patrones de reacción que difieren de patrones de reacción de referencia que representan combinaciones de dos o más alelos de referencia mediante una disparidad mínima predeterminada.
Description
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
DESCRIPCION
Analisis automatizado de patrones de interaccion sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificacion de alelos
Antecedentes
Patrones de interaccion complejos como marcadores de diagnostico - Los formatos de ensayo paralelos, que permiten el analisis simultaneo (“multiplexado”) de multiples loci geneticos en una sola reaccion, son muy adecuados para la determinacion de configuraciones de diana espedficas (“alelos”) encontradas en una muestra dada y para la monitorizacion de marcadores cuantitativos tales como los niveles de expresion de genes designados o los niveles de biomarcadores de protema circulantes que se manifiestan por sf mismos en patrones de interaccion de receptor- ligando. En lo que sigue, la referencia a interacciones sonda-diana pretende referirse a esta situacion mas general. Mediante el estudio de la(s) diana(s) con un conjunto seleccionado de sondas de oligonucleotido (vease, por ejemplo, la patente estadounidense n.° 5.837.832, titulada “Arrays of nucleic acid probes on biological chips”) y el analisis de los patrones de interacciones espedficas de una o mas secuencias diana con ese conjunto de sondas, pueden identificarse rapidamente alelos y combinaciones de alelos.
Esta capacidad de diagnostico probablemente desempenara un papel cada vez mas importante en el estudio de enfermedades complejas tales como artritis, diabetes y cancer, incluyendo la evaluacion de la predisposicion a desarrollar una enfermedad que tienen herencia compleja y que requiere la interpretacion de todo un conjunto de marcadores moleculares. Sin embargo, el analisis de los resultados (en forma de un patron de lecturas de intensidad producido en un ensayo multiplexado que refleja la fuerza de la interaccion de una o mas diana(s) con el conjunto de sondas seleccionado) se enfrenta al reto formidable de interpretar el patron de interaccion mapeandolo para validar combinaciones de alelos o evaluando la predisposicion o el riesgo, a la vez que tambien se determina la fiabilidad y la “exclusividad” de la asignacion.
Un modelo: Tipificacion molecular de HLA - El analisis de polimorfismos en el complejo de genes del antfgeno leucocitario humano (HLA) proporciona un modelo de la complejidad implicada en analizar la asociacion de enfermedades, sirviendo de ese modo para delinear los requisitos que han de abordarse mediante un analisis automatizado rapido y fiable. El complejo de HLA comprende multiples loci altamente polimorficos que codifican para antfgenos variables mediando una respuesta inmunitaria a medula osea o tejido “extrano”. En la actualidad se han identificado como alelos de clase I 282 HLA-A, 540 HLA-B y 136 HLA-C alelos, y como alelos de clase II 418 HLA- DRB, 24 HLA-DQA1 y 53 HLA-DQB1. Muchas secuencias de alelos conocidos aparecen en bases de datos publicas, por ejemplo, la base de datos IMGT/HLA,
www.ebi.ac.uk/imgt/hla/intro.html) para antfgenos leucocitarios humanos.
www.ebi.ac.uk/imgt/hla/intro.html) para antfgenos leucocitarios humanos.
Se han usado ampliamente ensayos de hibridacion paralelos (“multiplexados”) de diversos formatos para tipificacion molecular de HLA lo que requiere una combinacion unica de rendimiento y fiabilidad en la identificacion de alelos o grupos de alelos asociados con antfgenos de clase I y clase II espedficos. En el contexto de la tipificacion molecular de HLA, las metodologfas de ensayo convencionales de la tecnica recurren a un formato de “transferencia puntual inversa”. Segun este formato, se exponen sondas, situadas en un conjunto de bandas bien separadas, en una tira estrecha de membrana de nailon u otro material de sustrato, a una disolucion de diana(s) en condiciones que permiten la captura de la(s) diana(s) para producir, en una etapa de coloracion posterior, senales colorimetricas. Otros metodos de la tecnica incluyen el uso de sondas presentadas sobre micropartfculas codificadas que se suspenden en una disolucion diana y se analizan mediante citometna de flujo (vease “Products”
http://www.onelambda.com). Un metodo reciente proporciona un entorno de ensayo integrado usando matrices planas de micropartfculas codificadas dispuestas sobre chips de silicio (vease, por ejemplo, la solicitud aceptada con n.° de serie 09/690.040, asignada a BioArray Solutions, Ltd.).
http://www.onelambda.com). Un metodo reciente proporciona un entorno de ensayo integrado usando matrices planas de micropartfculas codificadas dispuestas sobre chips de silicio (vease, por ejemplo, la solicitud aceptada con n.° de serie 09/690.040, asignada a BioArray Solutions, Ltd.).
En la tecnica anterior se ha descrito el diseno de formatos de ensayo paralelos para el analisis de loci polimorficos tales como el complejo de HLA, especialmente la seleccion de conjuntos de pares de cebadores y sondas, asf como en varias solicitudes en tramitacion junto con la presente (vease, por ejemplo, Concurrent Optimization in Selection of Primer and Capture Probe Sets for Nucleic Acid Analysis”, presentado el 15/7/2004 y cedida a BioArray solutions, Ltd.).
Complementariedad de secuencia y representacion binaria - La interpretacion de patrones de interaccion sonda- diana implica la tarea de hacer coincidir una cadena binaria (“patron de reaccion”) derivada de un patron de intensidad de senales experimental con una (o mas) combinaciones de alelos o de establecer la validez de nuevos alelos.
Cada alelo tendra subsecuencias que son perfectamente complementarias, y otras que no son complementarias a un conjunto de sondas construido para estudiar la diana. Esta configuracion se representa en la tecnica por un codigo binario que proporciona la base para asignaciones de alelos. Es decir, mediante la asignacion a cada sonda con coincidencia perfecta de una puntuacion “+” (en el presente documento indicada mediante “8”), y a cada sonda sin coincidencia de una puntuacion de “-” (en el presente documento indicada mediante “1”), se construye una
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
cadena binaria para representar el patron de interaccion del conjunto de sondas elegido con una combinacion de alelos espedfica encontrada. El diccionario que muestra la correspondencia entre alelos y cadenas binarias se conoce en la tecnica como la “tabla de resultados positivos”.
El patron de reaccion (producido por los conjuntos de sondas seleccionados) puede corresponder a mas de una combinacion de alelos individual, y el grado de ambiguedad (“degeneracion”) determina la precision (“resolucion”) que puede obtenerse en la identificacion de combinaciones de alelos. En general, el grado de resolucion puede aumentarse mediante la adicion de sondas al conjunto.
Las intensidades de senal de ensayo reflejan la fuerza de las interacciones sonda-diana. Una sonda ideal produce una senal de ensayo de alta intensidad cuando es perfectamente complementaria (“con coincidencia”) con su subsecuencia diana en una muestra dada y de otro modo produce una intensidad de senal de ensayo de baja intensidad. Es decir, la distribucion de intensidades de senal de una sonda de este tipo a lo largo de un gran conjunto de muestras, presentana de manera ideal dos picos distintos, lo que sugiere una segmentacion de intensidades de senal en subpoblaciones que reflejan configuraciones de secuencia de sonda y diana “con coincidencia” o “sin coincidencia”.
Sin embargo, en la practica, la interaccion de una o mas dianas polimorficas con una multiplicidad de sondas puede producir una amplia variedad de intensidades de senal de ensayo. Por ejemplo, pueden reducirse intensidades de senal de ensayo de otro modo positivas, o pueden potenciarse intensidades de senal de ensayo de otro modo negativas, “extendiendo” de ese modo las distribuciones de intensidades individuales. Por ejemplo, la hibridacion sonda-diana se debilita cuando una sonda se encuentra en una subsecuencia diana un alelo que comprende polimorfismos distintos del polimorfismo “designado” de la sonda. A la inversa, una hibridacion sonda-diana puede potenciarse inesperadamente cuando una sonda, a la vez que presenta una ausencia de coincidencia significativa con la diana dentro de su subsecuencia designada, coincide con un alelo espedfico en una subsecuencia no designada.
Como con la binarizacion, generalmente las subpoblaciones se delinean mediante la seleccion de un umbral. Particularmente cuando las distribuciones de senales de ensayo no son bimodales, la seleccion del umbral representa una etapa inicial cntica en el analisis.
En el contexto de la tipificacion molecular de HLA, el amplio analisis necesario de patrones de interaccion y asignacion de alelos se basa actualmente en un grado sustancial en la experiencia de los especialistas. Estos especialistas y expertos emplean, habitualmente con un soporte informatico mmimo, un proceso que lleva mucho tiempo, diffcil y a menudo subjetivo de establecimiento, revision y refinamiento (“redaccion”) de modo interactivo de asignaciones de alelos, a menudo con referencia a compilaciones impresas de alelos conocidos (por ejemplo, la base de datos mantenida por el Programa Nacional de Donantes de Medula Osea) y “tablas de resultados positivos” correspondientes.
Como con la tipificacion molecular de antfgenos leucocitarios y antfgenos eritrocitarios, el analisis y la interpretacion fiables y rapidos de patrones de interaccion sonda-diana complejos representa un requisito previo para la validacion significativa de conjuntos de marcadores geneticos para validar estos “factores de prediccion” de predisposicion de enfermedad o capacidad de respuesta al tratamiento en poblaciones de pacientes de tamano suficiente para permitir conclusiones estadfsticamente significativas. Surgen retos similares en otras areas, por ejemplo: en relacion con el analisis de polimorfismos geneticos en el analisis de mutacion para examen de portador y diagnostico y evaluacion de riesgo asociado; y en relacion con la evaluacion de la predisposicion a adquirir enfermedades geneticas de herencia compleja que puede manifestarse por sf misma en forma de un conjunto completo de marcadores polimorficos o perfiles de expresion genica.
Sena deseable un sistema de software conveniente que recurra a algoritmos informaticos y procedimientos robustos para el analisis e interpretacion automatizados de patrones y que proporcione un entorno integrado para la revision interactiva y redaccion de asignaciones asf como para la gestion y la visualizacion de datos.
Pastinen et al., ensena una deteccion de alelos de dos colores partiendo de la pagina n mediante la determinacion de una intensidad de senal a una primera longitud de onda (CY5 a 670 nm) y una segunda longitud de onda (CY3 a 570 nm). Posteriormente, la primera intensidad de senal CY5 (muestra de prueba) se divide entre la segunda intensidad de senal CY3 (muestra de control). Estos valores ajustados se usan entonces para calcular la proporcion de intensidades de senal entre las muestras de prueba y control.
Sumario
El objeto anterior se logra mediante un metodo para asignaciones de alelos segun la reivindicacion 1. Pueden derivarse realizaciones preferidas de las reivindicaciones dependientes respectivas.
Se divulgan adicionalmente metodos y algoritmos (y su implementacion) que soportan el analisis automatizado y la revision y la mejora interactivas (“redaccion”) del analisis dentro de un entorno de software integrado, para
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
asignaciones de alelos automatizadas. La implementacion, preferiblemente con un sistema de software y un programa denominado el programa de asignacion de alelos automatizada (“AAA”), proporciona una multiplicidad de funcionalidades incluyendo: Gestion de datos por medio de una interfaz integrada para una base de datos portatil para permitir la visualizacion, importacion, exportacion y creacion de informes resumen personalizables; Configuracion del sistema (“ajuste”) incluyendo autorizacion de usuario, analisis de conjunto de entrenamiento y enmascaramiento de sonda; Analisis de patrones incluyendo coincidencia de cadenas e inversion de sonda; y Redaccion interactiva que combina calculos de bases de datos en tiempo real y edicion de “corta y pega”, generando declaraciones de “advertencia” y anotacion de soporte.
Umbralizacion - Metodos de seleccion y refino de umbrales tal como se divulga, incluyendo una generalizacion de la representacion binaria obtenida segregando distribuciones de intensidad de sonda en tres o mas subpoblaciones.
Determinacion de umbral inicial- Tambien se divulga un metodo de ajuste de umbrales por medio del analisis de un conjunto de referencia (“entrenamiento”) y seleccionando, para cada sonda en un conjunto de sondas seleccionado, un umbral que maximiza el grado de concordancia de los resultados de ensayo y los alelos asignados con los proporcionados para el conjunto de entrenamiento. El metodo de determinacion de los ajustes de umbral iniciales tambien proporciona una cifra de merito (“bondad”) como metodo de base de evaluar la robustez de ese umbral: Un metodo relacionado de determinacion de umbral inicial divulgado en el presente documento aplica un algoritmo de binarizacion a perfiles de intensidad de sonda individuales. Refinamiento de umbral: Coincidencia de patrones- Se divulga un metodo de refino de patrones haciendo coincidir una cadena binaria experimental (“patron de reaccion”), producida mediante la aplicacion de ajustes de umbral iniciales, con un compendio de patrones de reaccion correspondientes a combinaciones de alelos validas. El sistema de software en el presente documento soporta un modo de alterar (“invertir”) bits espedficos dentro de la cadena (“palabra”) experimental. El programa identifica sondas, y combinaciones de sondas, como candidatas para “inversion” con el fin de producir la concordancia completa o parcial entre la “palabra” experimental modificada y la palabra o palabras mas cercanas, en el diccionario. La inversion de una sonda (para determinadas muestras en el conjunto que esta considerandose) corresponde a un refinamiento en el ajuste de umbral para esa sonda.
Enmascaramiento de sonda - Tambien se divulga una caractenstica de programa que soporta un modo de configuracion (“ajuste”) en el que sondas seleccionadas pueden excluirse temporalmente del analisis (“emascararse”). Tambien pueden enmascararse senales de ensayo producidas por sondas que no contribuyen significativamente a discriminar entre alelos (o que puede considerarse que producen patrones de intensidad de baja fiabilidad) cuando se analizan los resultados, y entonces visualizarse solo si su contribucion se considera necesaria.
Datos estad^sticos de frecuencia de alelos - En otro aspecto, el sistema de software proporciona un metodo para realizar un seguimiento y presentar la frecuencia relativa de aparicion de grupos de alelos (y combinaciones de los mismos).
“Redaccion” interactiva - El sistema de software proporciona un entorno integrado para facilitar el acceso simultaneo a los datos que estan analizandose y a bases de datos y tablas de resultados positivos que estan consultandose, por ejemplo en el transcurso de la redaccion. Se proporcionan operaciones de “cortar y pegar” en multiples pantallas para permitir la edicion rapida y conveniente de asignaciones automatizadas (“programa”) incluyendo una funcion de anotacion.
Pruebas de confirmacion para resolucion de ambiguedad - El programa tambien alberga informacion adicional que ayuda a la resolucion de ambiguedades por medio de amplificacion espedfica de grupo o por medio del uso de analisis de polimorfismos mediado por elongacion (vease “Multiplexed Analysis of Polimorphic Loci by Concurrent Interrogation and Enzyme-Mediated Detection” presentada el 15/10/2002; n.° de serie 10/271,602).
Analisis distribuido: Procesamiento, analisis, interpretacion, archivo - La arquitectura del sistema de software soporta un modo de analisis distribuido, que permite diferentes funciones tales como registro de imagenes de ensayo, analisis automatizado, redaccion interactiva y evaluacion y “aprobacion final” y generacion de informes que va a realizarse por diferentes individuos en diferentes ubicaciones geograficas. Este modo de analisis distribuido amplfa las capacidades de laboratorios de prueba individuales para ampliar sus menus de pruebas respectivos sin la necesidad de especializacion local relacionada con las muchas areas de especializacion distintas. Por ejemplo, pueden elegirse ubicaciones centrales de pruebas para facilitar la recogida de muestras de pacientes, mientras que medicos acreditados pueden revisar y liberar resultados de prueba finales desde una ubicacion diferente, a la vez que sirven a multiples centros de prueba.
Tambien se divulga un metodo y pseudocodigo para el analisis de alelos completamente automatizado, que se expone a continuacion.
Breve descripcion de los dibujos
La figura 1A ilustra un conjunto de intensidades de senal de ensayo registradas para la sonda HA109 en el analisis de un conjunto de entrenamiento de muestras. Mediante un metodo independiente, la intensidad de sonda
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
normalizada se puntuo negativa para muestras marcadas “-” y positiva para muestras marcadas “+”.
La figura 1B muestra una determinacion de umbral para una sonda en un conjunto entrenamiento de sondas, donde el valor de umbral se representa en el eje X, y la medicion de umbral se representa sobre el eje Y. El umbral optimo produce la medicion maxima en Y, que es 1 en este caso.
La figura 1C muestra los ajustes del sistema para varias sondas de HLA diferentes. La tolerancia de asignacion de alelos (vease la figura 2) se introduce en los recuadros de texto. Para HLA-A se permite un maximo de 6 inversiones; para HLA-B 8 inversiones; y HLA-DR 5 inversiones. A cada sonda puede asignarse segun se requiera, alta confianza, baja confianza o no usarse. El conjunto de sondas central (vease la figura 3) consiste solo en las sondas de alta confianza, mientras que el conjunto de sondas expandido incluye las sondas de alta y baja confianza. Mediante el cambio de estos ajustes, puede cambiarse interactivamente el conjunto central y el conjunto expandido. Por ejemplo, HA120 puede ajustarse como alta confianza y HA121 como baja confianza.
Las figuras 2A a 2C muestran, respectivamente, la intensidad normalizada (“proporcion”) para las sondas HB103, HB123A, HB154, ordenadas en orden de proporcion creciente para ilustrar una discontinuidad en el perfil de proporcion de sondas. HB103 (figura 2A) tiene la mayor diferencia en el perfil de proporcion. HB123A (figura 2B) no tiene un salto obvio en el perfil. HB154 (figura 2C) tiene dos saltos en el perfil. En el patron de reaccion, 8 indica positivo, 1 indica negativo (sin senal) y 0 indica que la sonda no se usa.
La figura 3 es un ejemplo de asignacion de alelos, donde el patron de reaccion se muestra en la primera fila, oscilando entre 0 y 8, y la cadena de hibridacion es el patron mostrado en las columnas. Las columnas 119, 121, 122, 135A, 142A y 145 son sondas de baja confianza. Puesto que solo hay una asignacion sugerida, el conjunto de sondas expandido esta vacfo.
La figura 4 es el patron de reaccion y la tabla de resultados positivos para una reaccion a modo de ejemplo entre sondas y una diana, que tambien muestra una captura de pantalla del programa para realizar redaccion manual, asignacion de alelos y un lugar para insertar comentarios.
La figura 5 es un grafico de barras para la distribucion de la frecuencia de alelos de una poblacion particular.
La figura 6 es un grafico de barras que muestra la comparacion entre estudios de genotipado notificados de una distribucion de alelos en una poblacion “judfa normal”, y los resultados experimentales para tal poblacion.
La figura 7 es una captura de pantalla que ilustra la informacion resumen de asignaciones para un panel designado “03250443,” e incluye el nombre del panel, el nombre de la muestra, la posicion de la muestra, la asignacion de alelos, las sondas de inversion, mensaje de advertencia y comentarios.
La figura 8A es un perfil de proporcion de sondas.
La figura 8B es la derivada numerica que muestra los puntos de inflexion derivados de la figura 8A.
Descripcion detallada
Tras el registro de un patron de intensidad de senales de ensayo para una muestra dada, se realiza una secuencia de etapas analfticas para identificar la combinacion de alelos correspondiente.
2.1 Conversion de patrones de intensidad de ensayo en cadenas binarias
Intensidades de senal de ensayo normalizadas: Perfiles de intensidad de sonda - Determinados metodos para sondar polimorfismos dentro de un acido nucleico diana tales como el analisis de polimorfismos mediado por elongacion (eMAP™, tambien denominado en el presente documento “elongacion mediada por captura”), divulgado en la solicitud de patente estadounidense en tramitacion junto con la presente con n.° de serie 10/271.602 (PCT/US02/33012) producen senales de ensayo que se basan en un proceso de reconocimiento molecular cuya alta especificidad produce una distribucion de senales de ensayo aproximadamente “binaria”. En cambio, metodos tales como el analisis de polimorfismos multiplexado mediado por hibridacion (hMAP™, solicitud de patente estadounidense con n.° de serie 10/847.046) producen intensidades de senal de ensayo que reflejan la afinidad eficaz que rige la interaccion de cada sonda en un conjunto de tales sondas multiples con la diana. Para corregir variaciones en el trasfondo, en la concentracion de la diana original o en otras condiciones experimentales, se normalizan las interacciones sonda-diana que registran intensidades de senal experimentales usando senales registradas a partir de sondas de control positivas y negativas (y pares sonda-diana) incluidas en la reaccion.
A partir de cada intensidad de senal, habitualmente se resta el valor medio, Ik, para el tipo k° de sonda que incluye la senal de control positiva, Ipc, y la senal de control negativa, Inc, y el resultado se divide entre la senal de control positiva corregida para obtener una intensidad normalizada (proporcion):
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
r - (I - Inc) / (Ipc - Inc)
Para facilitar una evaluacion del rendimiento de cualquier sonda dada en el panel, se construye un perfil de intensidad de sonda, tambien denominado en el presente documento perfil de proporcion, ordenando los valores de r registrados para esa sonda a lo largo de un conjunto de muestras, normalmente 100 muestras, por ejemplo, en orden ascendente. Ejemplos de tales perfiles se muestran en las figuras 2A-2C, donde la figura 2A ilustra un perfil que presenta una transicion brusca de gran amplitud desde valores de r inferiores hasta superiores, mientras que la figura 2B ilustra un perfil que presenta una transicion gradual de amplitud pequena.
Para metodos tales como hMAP, las intensidades de senal normalizadas se convierten primero en una representacion binaria: si r supera un umbral ajustado previamente, T, la puntuacion binaria correspondiente es positiva, s - 1 (tambien indicada en el presente documento como “8”), de lo contrario es negativa, s - -1 (tambien indicada en el presente documento como “1”). En las subsecciones siguientes se divulgan metodos de implementacion de esta etapa cntica de procesamiento de senales.
2.2 Determinacion de umbrales: Binarizacion - Se divulga un algoritmo para la determinacion y el refinamiento iterativo de ajustes de umbral de binarizacion. Al igual que para la etapa analoga en el analisis de imagenes de convertir intensidades de pfxeles en escala de grises en una representacion “en blanco y negro”, la binarizacion asigna intensidades de senal de ensayo normalizadas a uno de dos subconjuntos. Esto no resulta problematico siempre que la distribucion de intensidades de senal normalizadas para un conjunto de muestras en consideracion tenga una forma bimodal que presente picos bien separados: entonces puede situarse un umbral casi en cualquier parte entre los dos picos sin afectar al resultado; la figura 2A corresponde a un histograma bimodal. Sin embargo, en otros casos, cuando los picos separados no estan claramente resueltos, la binarizacion presenta una fuente de incertidumbre o error potencial: la asignacion de valores de intensidad espedficos a uno u otro subconjunto dependera de manera sensible de la colocacion precisa del umbral; la figura 2B corresponde a un caso de este tipo.
Ajustes de umbral iniciales: Analisis de conjuntos de “entrenamiento” - Los ajustes de umbral iniciales pueden basarse en el analisis de una referencia o “conjunto de entrenamiento”. Preferiblemente, las muestras de referencia se eligen para reflejar caractensticas del grupo de muestras de interes; por ejemplo la frecuencia predominante de aparicion de combinaciones de alelos y haplotipos. Tal informacion puede proporcionar restricciones adicionales sobre asignaciones de alelos probables. A continuacion se elaboran metodos de recogida y analisis estadfstico automatizados de los datos estadfsticos de la poblacion de muestra.
Se analiza un conjunto de referencia (“entrenamiento”) de S muestras, con patron de reaccion de referencia determinado y validado de manera independiente {ok, 1 k Pt}, y asignaciones de alelos determinadas y validadas de manera independiente, con un conjunto seleccionado de sondas P, para obtener el patron de intensidad normalizada (proporcion) {rk; 1 k P} y, para cada sonda, k, en el conjunto seleccionado (vease tambien a continuacion), se determina un umbral, Tk, para maximizar la concordancia entre el patron de reaccion real, sk - sk(7"), y el patron de referencia {ok, 1 k Pt}.
Es decir, para cada sonda en el conjunto real, se determina un umbral para cada sonda mediante el analisis del perfil de intensidad normalizado a lo largo del conjunto de entrenamiento de S muestras para maximizar la correlacion cruzada C - Hi ((r - Tk) * oi) /Hi |(r - Tk)|, 1 i S. A su vez, para cada sonda, para encontrar el maximo de la funcion C, el ajuste de umbral, Tk, se aumenta gradualmente hasta que el signo de la cantidad r - Tk coincide con el del bit correspondiente, oi, en el patron de referencia. Para las sondas usadas en el ensayo, pero no en el estudio del conjunto de entrenamiento, se “retrocalcula” un patron de reaccion a partir de la tabla de resultados positivos usando los alelos asignados. La figura 1B ilustra la forma de la funcion C - C(T), rmin T rmax. El ajuste de umbral se elige para maximizar la funcion C.
El pseudocodigo para determinar el ajuste de umbral inicial es el siguiente:
/*
** p es el patron de intensidad normalizada (“proporcion") para una muestra dada; la binarizacion convertira ** cada patron de intensidad en un patron de reaccion compuesto por P bits; habra ** S de tales patrones:
** 7res el conjunto de perfiles de sonda; habra P de tales perfiles, cada uno con un umbral T;
** res el conjunto de umbrales optimos (iniciales), que va a determinarse mediante la maximizacion de C;
*/
Generar perfiles de sonda p S, k P) /* ordenar los patrones de reaccion
por sonda */
{
PARA (cada sonda)
{
Extraer Intensidad (de los patrones de reaccion)
Ordenar intensidades de sonda();
}
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
}
/*
**maximizar C = Si ((r - Tk) * o) /S \(r - Tk)\
** ri indica los elementos del perfil de proporcion R */ */
Encontrar umbral (R, S S) {
Cmax =
T = rmtn,
DO
{
SI ((C = Si ((n -T) * o) /Si \(r, - T)\) > Cmax) Cmax = C; T = T+ AT;
} MIENTRAS QUE (T <= rmax);
Volver (T);
}
Determinar umbrales iniciales()
{
Generar perfiles de sonda (p, S, k P) PARA (cada perfil de proporcion P, k)
{
Tk = Encontrar umbral (k, Sk, S)
}
Volver (T)
}
“Bondad” de los ajustes de umbral - Los ajustes de umbral pueden ser robustos para algunas sondas, pero menos robustos para otras sondas en el conjunto. Es dedr, cuando la composicion de las dos subpoblaciones de muestras, generada por la aplicacion de un umbral T al perfil de intensidad de sonda cambia en respuesta a un pequeno cambio en el valor T aT + AT oT - AT, donde AT /T << 1, entonces ese umbral no es robusto y la confianza estadfstica es baja.
Para permitir la colocacion de intervalos de confianza en ajustes de umbral individuales tambien se divulga en el presente documento un factor de merito (“bondad de umbral”). Esto se deriva de la forma del pico de la funcion C = C(T), producida en el transcurso de maximizar la correlacion cruzada con un conjunto de asignaciones para un conjunto de entrenamiento. Cuanto mas pronunciado es el pico en la funcion, mas sensible es el valor seleccionado de T para pequenas variaciones en T, tal como se ilustra en la figura 1B.
Una “bondad”, G, de un umbral seleccionado mediante el metodo de maximizacion de la correlacion cruzada, C, tal como acaba de describirse, se define tal como sigue:
G = (Cl + Cr) / 2CMax,
en la que Cmsx, Cl y Cr, respectivamente, indican el valor maximo de C, Cl el valor de C obtenido cuando se disminuye el valor de umbral en un 30% y Cr el valor de C obtenido cuando se aumenta el valor de umbral en un 30%.
Pesos - Una vez que se ha determinado un umbral, T, puede reformularse el perfil de intensidad de sonda, {ri, 1 i S} de forma en escala, Wi = (ri - T)/T, en la que los pesos, Wi, representan la magnitud relativa de intensidades de senal individuales (normalizadas). El sistema de software descrito en el presente documento (designado “AAA”) realiza un seguimiento de pesos y los presenta en uno de varios formatos, por ejemplo, mediante una simple clasificacion en “Cerrado” (“C”, w 0,5) o “Distante” (“D”) en relacion con “inversion” de bits, tal como se comenta adicionalmente a continuacion.
2.3 Coincidencia de cadenas: Correlaciones dentro de patrones de interaccion sonda-diana
El analisis de patrones de intensidad experimentales se dirige a identificar, o identificar aproximadamente, el/los alelo(s) diana subyacentes. Para este fin, se binarizan patrones de intensidad mediante la aplicacion de un conjunto de umbrales, y la cadena binaria resultante (“patron de reaccion”) se compara con combinaciones de pares de tales cadenas correspondientes a alelos conocidos enumerados en una “tabla de resultados positivos.” Cada entrada en una “tabla de resultados positivos” representa un alelo valido y proporciona una secuencia binaria en la que cada posicion contiene una puntuacion de “Coincidencia” o “Sin coincidencia” que hace referencia al grado de complementariedad del alelo con la sonda en esa posicion (vease la figura 3A). Los alelos se designan mediante codigos de 4 dfgitos y se agrupan mediante los 2 dfgitos principales en grupos de antfgenos.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
Correccion de errores mediante coincidencia de cadenas: “Inversiones" - Para identificar los alelos diana, se compara el patron de reaccion binario, {sk, l k P}, bit por bit, con todas las cadenas de referencia que representan combinaciones de 2 alelos; estas se generan mediante la aplicacion de una operacion O en las entradas de la tabla de resultados positivos. La coincidencia de cadenas de bits completas refuerza las correlaciones y permite un metodo de “correccion de errores” dando la vuelta (“invirtiendo”) bits individuales en la cadena segun se considere necesario con el fin de producir una coincidencia con una cadena de referencia valida. Este proceso es parecido a comprobar errores topograficos para reducir palabras validas; cambiando la letra “t” en “valit” por “d”, se obtiene una palabra valida en ingles; se obtiene otras palabra valida en ingles cambiando “i” por “u” y “t” por “u”, pero “valit” esta mas “proxima” a “valid” que a “value”, y por tanto es mas probable que la primera represente la palabra deseada.
De manera analoga, el programa AAA esta disenado para encontrar cadenas de bits validas mas proximas (“palabras”) que representen alelos validos, tal como se identifica, por ejemplo, en una base de datos que puede introducirse en el programa AAA. El programa AAA enumera las cadenas validas “mas proximas”, agrupadas mediante codigos de “grupos” de 2 dfgitos comunes, en el orden de distancia de Hamming creciente (es decir, el numero de bits sin coincidencia) para la cadena experimental. Espedficamente, el programa identifica los bits sin coincidencia y sugiere las “inversiones” necesarias, concretamente “de 1 a 8” o “de 8 a 1,” lo que producina una coincidencia completa entre la cadena experimental y las cadenas validas adicionales dentro de una distancia de Hamming maxima ajustada previamente.
El programa AAA tambien permite una busqueda mas profunda del espacio de cadenas de referencia con el fin de producir una lista de “casi coincidencias” (vease el menu desplegable ilustrado en la figura 4). Este analisis ampliado frecuentemente revela posibles cadenas alternativas que representan asignaciones de alelos mas probables basandose en consideraciones adicionales tales como la frecuencia de aparicion de determinados alelos o haplotipos en la poblacion de interes. Esta caractenstica reduce sustancialmente el tiempo y el esfuerzo invertidos en la edicion interactiva.
Distancia entre cadenas - Dentro de cada grupo, las cadenas correspondientes a combinaciones de alelos validas se ordenan en el orden de distancia de Hamming ponderada creciente a partir del patron de reaccion. Esta funcion de distancia se define en terminos de los pesos, Wi = r - T)/T, asociados con las sondas sin coincidencia. Por ejemplo, suponiendo que hay M sin coincidencia, una posible funcion de distancia es:
X2
(1/M)Z
sondas sin coincidencia
W2
2.4 Refinamiento de umbral iterativo
De manera ideal, el procedimiento de coincidencia de cadenas que acaba de describirse producira una coincidencia inequvoca entre el patron de reaccion y una cadena que representa una combinacion de alelos valida. Sin embargo, aun cuando se denomine una coincidencia perfecta, esta denominacion puede no ser inequvoca si implica bajos pesos para una o mas de las sondas. Es decir, en la practica, el patron de reaccion puede contener falsos negativos o falsos positivos, dependiendo del ajuste de umbral para sondas individuales y los pesos de intensidades normalizadas. Especialmente la confianza estadfstica asociada con ajustes de umbral de sondas que tienen perfiles de proporcion continuos para el conjunto de muestras que esta considerandose sera baja, y por tanto resulta beneficioso tener un proceso de ajuste (“ajuste fino”) de tales ajustes de umbral.
El procedimiento de coincidencia de cadenas proporciona una base para el refinamiento de los umbrales iniciales. Despues de todo, invertir una sonda es equivalente a ajustar el umbral correspondiente para cambiar el signo de la proporcion normalizada en relacion con el ajuste de umbral. Es decir, si tras un paso inicial de asignacion de alelos automatizada para un conjunto de muestras, una determinada sonda se “disminuye” de manera sistematica, o bien como falso positivo o bien como falso negativo, esto es una indicacion de que esta vigente un refinamiento de umbral para esa sonda. Por consiguiente, la optimizacion de umbral implica un proceso iterativo de ajustar los ajustes de umbral de una o mas sondas “disminuidas” para minimizar el numero total de inversiones identificadas por el programa AAA. Dado que este proceso de optimizacion de umbral se basa en coincidencia de cadenas, en lugar de en la inspeccion de perfiles de razon de sonda individuales, como en la etapa de ajuste de umbrales iniciales, la optimizacion de umbral refleja las correlaciones entre multiples sondas en el conjunto y mejora la confianza estadfstica. El refinamiento de umbral puede realizarse de manera continua usando muestras analizadas como un conjunto de referencia que se expande de manera continua. En esta aplicacion, cada nuevo conjunto de muestras se convierte en un nuevo conjunto de entrenamiento.
En general, el numero de inversiones incluso tras la optimizacion de umbral permanecera finito. En tales casos, deben tenerse en cuenta los pesos asociados con las inversiones indicadas. El programa AAA designa de manera conveniente proporciones de “inversiones” o bien como “Proxima” (C, r 0,5) al umbral, o bien como “Distante” (D) del umbral. El punto de corte representa un parametro de rendimiento ajustable que puede ajustarse de manera mas o menos conservativa, implicando generalmente un ajuste mas conservativo un mayor grado de revision y edicion interactiva, tal como se comenta en mayor detalle a continuacion. Una necesidad de invertir sondas “distantes”, es decir aquellas que tienen un gran peso, con el fin de obtener una coincidencia representa una indicacion de que
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
puede estar disponible un nuevo alelo.
El pseudocodigo a continuacion resume el procedimiento de refinamiento de umbral tal como se implementa en el sistema de software AAA de la invencion.
/* calcular la asignacion de alelos para una lista de muestras, entonces /*identificary analizar las sondas invertidas para esa lista
Calcular asignacion (listas de muestras);
Obtener inversiones (listas de muestras);
Analizar inversiones();
/* Seleccionar sondas que requieren refinamiento de umbral Conjunto de sondas = Seleccionar sondas();
/* para cada sonda, encontrar el umbral optimo minimizando el numero de inversiones PARA cada (sonda en el conjunto de sondas)
{
To = Obtener el umbral inicial (sonda);
PARA (T = To-intervalo; T<=To+intervalo; T+=delta T)
umbral
{
Volver a calcular la asignacion (listas de muestras);
Inversiones totales = Analizar inversiones() /* volver a analizar
las sondas invertidas y obtener el numero de inversiones totales
}
Encontrar las inversiones totales m^n.Q; /* encontrar inversiones
totales mm.
totales
/* obtener el umbral inicial /* ajustar
/* el nuevo umbral sera el que minimiza las inversiones totales Tnuevo = Obtener nuevo umbral (sonda);
}
A continuacion se exponen caractensticas adicionales incluidas en el sistema de software AAA.
Modificacion de conjuntos de sondas - Un patron de reaccion binario particular puede coincidir con mas de un alelo, y a menudo lo hara si la cadena de bits tiene solo algunos elementos (“8s” y “1s”) y la diana incluye multiples regiones polimorficas. El grado de ambiguedad se calcula enumerando simplemente el numero de alelos no resueltos (“degenerados”). El alargamiento de la cadena, mediante la inclusion de sondas adicionales, puede proporcionar un medio para lograr la resolucion aumentada con el fin de resolver ambiguedades.
Enmascaramiento de sonda: Conjuntos de sondas central y expandido - A continuacion se describe un metodo para la designacion interactiva de conjuntos centrales y conjuntos expandidos de sondas, junto con una caractenstica de “enmascaramiento de sonda”, que puede usarse para corregir senales de aquellas sondas que no funcionan tan bien como otras. En el enmascaramiento de sondas se ignoran los resultados de aquellas sondas que se hibridan con una amplia variedad de muestras, en lugar de solo con muestras particulares con alelos particulares. Un nivel tan amplio de hibridacion puede resultar de hibridacion cruzada o de sondas que seleccionan como diana subsecuencias que se expresan ampliamente.
El sistema de software AAA proporciona una pantalla de configuracion (“ajuste”) que permite al usuario designar sondas dentro de un panel para formar parte de un conjunto central o un conjunto expandido. La funcion de enmascaramiento de sonda induce a los usuarios a introducir una lista de sondas que han de ignorarse (“enmascaradas”) en el primer paso de la asignacion de alelos automatizada (es decir, el programa calcula primero las asignaciones basandose en un conjunto de sondas central que se hibridan mas estrechamente. El objetivo de usar el conjunto central es obtener una asignacion de nivel de grupo para alelos (es decir, un grupo de varios alelos posibles) que usan sondas que proporcionan discriminacion de nivel de grupo con un alto nivel de confianza.
En el modo de enmascaramiento de sonda, el programa AAA realiza en primer lugar asignaciones de nivel de grupo usando solo el conjunto de sondas central. En un segundo paso (opcional), la asignacion puede refinarse repitiendo el calculo con el conjunto extendido que contiene todas las sondas en el conjunto central, asf como las sondas menos fiables restantes. El segundo paso producira asignaciones adicionales que siguen siendo compatibles con las
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
asignaciones realizadas en el primer paso. El programa tambien realiza este segundo paso siempre que el primer paso no produzca una asignacion de nivel de grupo unica.
El conjunto extendido es util para guiar la “redaccion” y permite que el usuario seleccione la asignacion de alelos mas probable. En algunos casos, puede ser necesario generar y usar la version complementaria (por ejemplo, antisentido) de una o mas sondas (y los transcritos y amplicones correspondientes) para evitar hibridacion cruzada excesiva. En tales casos, las sondas no complementarias se excluyen entonces de los pasos primero y/o segundo.
Datos estad^sticos de la poblacion: Analisis de distribucion de la frecuencia de alelos - La tasa de recurrencia de cada alelo depende de la poblacion sobre la que esta realizandose la tipificacion de HLA. Para un panel que contiene un gran numero de muestras, la aparicion de un alelo particular es representativa de su abundancia o excepcionalidad en toda la poblacion de interes. Puede calcularse la distribucion de alelos en una poblacion de etnia conocida para un panel.
Se usaron los resultados para un conjunto de paneles del programa de base de datos AAA para calcular la frecuencia de alelos. El programa asigna a cada muestra un conjunto de dos alelos basandose en su patron de reaccion a lo largo de todo el conjunto de sondas. Los calculos de frecuencia se basan en asignaciones de alelos de dos dfgitos. Los dos primeros dfgitos de las asignaciones de alelos para todas muestras se extraen y se compilan en un unico vector. Se calcula un histograma que enumera cada alelo con el numero de veces que se encuentra en el panel (su recuento). Se calcula la frecuencia cuando el recuento se normaliza por el numero total de asignaciones.
Un objetivo de realizar un seguimiento de los datos estadfsticos de la frecuencia de alelos, tal como se implementa en el programa, es proporcionar ayudas de edicion, tales como indicaciones de advertencia siempre que se identifica un alelo poco frecuente. Esto ayudara en el caso de asignaciones degeneradas, donde es posible mas de una unica asignacion. En tales casos, pueden eliminarse manualmente aquellas asignaciones que implican alelos poco frecuentes. En el caso de asignaciones individuales, una indicacion de este tipo de alelos poco frecuentes garantiza que las asignaciones se comprueban manualmente, y o bien se verifican o bien se invierten.
“Redaccion” interactiva - Tras las asignaciones de alelos automatizadas usando el programa y los metodos descritos anteriormente, las supuestas asignaciones pueden “editarse” frente a o bien una base de datos de alelos que indica alelos conocidos, o bien mediante una combinacion de datos experimentales para alelos (que forma un conjunto de referencia que se expande continuamente) y una base de datos de alelos. Una ilustracion de las etapas clave se facilita en un ejemplo.
Los pesos representan una medida de confianza en el bit asignado a cualquier intensidad de sonda dada: es menos probable que los bits se asignen incorrectamente y por tanto es menos probable que se ejecuten las inversiones, cuanto mayor sea el peso de una senal de intensidad de sonda espedfica (o una funcion adecuada basandose en esos pesos). Por tanto, los pesos pueden ayudar a guiar la redaccion interactiva.
Se dispone de otra grna en forma de frecuencias de alelos en toda la poblacion, o en una subpoblacion que esta monitorizandose. De nuevo, las muestras analizadas forman una base de datos de referencia en expansion continua, que se anaden al conjunto de entrenamiento cuyas frecuencias de alelos (y haplotipo) se adaptan en tiempo real.
Deteccion de nuevos alelos - Pueden indicarse nuevos alelos mediante dianas que producen patrones de reaccion binarios que pueden hacerse coincidir con cadenas de referencia existentes que representan combinaciones de alelos conocidos solo invirtiendo sondas que tienen pesos significativos. Esto se comenta en mayor detalle en el ejemplo I (Asignacion de alelos) a continuacion.
Generalizacion de representacion binaria - El programa AAA tambien alberga representaciones de patrones de intensidad distintos de la representacion binaria y las cadenas binarias correspondientes (“palabras”).
Alfabeto de tres letras y tablas de resultados positivos - Como generalizacion inmediata, deben considerarse representaciones que recurren a un alfabeto de tres o mas letras. Una representacion de tres letras de este tipo surge de manera natural cuando se proporciona un par sondas degeneradas para uno o mas de los sitios diana polimorficos designados. Por ejemplo, en un enfoque nuevo que recurre al formato de analisis de polimorfismos multiplexados mediado por elongacion (eMAP) para analizar mutaciones en un conjunto de genes que codifican para antfgenos de grupo sangumeo humano, se proporciona un par de sondas de elongacion degeneradas para cada uno de los sitios variables designados. Los miembros del par difieren en o cerca de sus extremos 3' terminales, estando designado un miembro para coincidir con el alelo diana normal esperado, estando designado el otro miembro para coincidir con el alelo variante esperado. Solo se elonga la sonda de elongacion que coincide con la diana de manera que se produce una senal de ensayo correspondiente asociada con los productos de elongacion (vease la solicitud estadounidense con n.° de serie 10/271.602). Es decir, eMAP produce uno de tres valores posibles en cada sitio polimorfico designado, concretamente normal, variante (mutante “homocigoto”), o heterocigoto.
La representacion refleja los tres posibles desenlaces de la determinacion de eMAP en cada sitio designado,
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
concretamente:
- sonda normal con coincidencia, sonda variante sin coincidencia: normal - indicado mediante 1
- sonda normal sin coincidencia, sonda variante con coincidencia: variante - indicado mediante -1
- sonda normal con coincidencia, sonda variante con coincidencia: heterocigoto - indicado mediante 0
Esto refleja las posibles combinaciones de los alelos subyacentes, concretamente AA (normal o “de tipo natural”), BB (variante, homocigoto) y AB o BA (heterocigoto). Una tabla de resultados positivos para los sitios de interes estara compuesta por codigos de letras que se combinan mediante normas ya expuestas.
El ejemplo III ilustra el uso de un alfabeto de 3 letras (1, 0, -1) para representar combinaciones bialelicas observadas.
Umbrales superior e inferior - Una representacion de tres letras tambien surge, de manera analoga, en relacion con la introduccion de un umbral superior y uno inferior. Para cada sonda que esta considerandose, un ensayo intensidad de senal por debajo del umbral inferior corresponde a una ausencia de coincidencia con ambos alelos diana, un ensayo intensidad de senal por encima del umbral inferior, pero por debajo del umbral superior, corresponde a una coincidencia con un alelo pero no con el otro, y un ensayo intensidad de senal por encima del umbral superior corresponde a una coincidencia con ambos alelos.
Las designacion de bits negativos y positivos puede realizarse con confianza aumentada si se definen dos umbrales, que segregan intensidades de ensayo normalizadas registradas para cualquier sonda dada en tres subpoblaciones. Las tres subpoblaciones senan aquellas para las que: (i) una sonda dada presenta ausencia de coincidencia con ambos alelos asignados (1,1), (ii) una sonda coincide con un alelo (1, 8; 8, 1) y (iii) una sonda coincide con ambos alelos (8, 8).
Debido a la posible existencia del segundo (8, 8) umbral, sena posible establecer un umbral para una sonda particular de manera incorrecta; es decir, el umbral para una sonda (8, 8) diferente de una sonda (8, 1), podna identificarse de manera incorrecta como el umbral para una sonda (8, 1) diferente de una sonda (1, 1). Las designaciones de umbral incorrectas de este tipo pueden detectarse y corregirse mediante el refinamiento y la expansion continuados del conjunto de entrenamiento, y/o comprobando de manera doble las asignaciones de alelos frente a referencias de la base de datos de alelos conocidos y garantizando la coherencia.
Otra situacion en la que han de considerarse las necesidades, es que las intensidades de ensayo normalizadas registradas para cualquier sonda dada que estan por encima del segundo umbral (superior), podnan deberse a la reaccion con la subsecuencia diana designada en ambos alelos (indicando un homocigoto) o podnan deberse a la reaccion con dos alelos independientes, que de manera coincidente, son reactivos con esa sonda. De nuevo, esta situacion puede detectarse y corregirse mediante el refinamiento y la expansion continuados del conjunto de entrenamiento, y/o comprobando de manera doble las asignaciones de alelos frente a referencias de la base de datos de alelos conocidos.
En la determinacion de la ubicacion de umbrales, cuando hay mas de un umbral para una sonda particular, puede examinarse la proporcion de perfiles de intensidad (tal como se muestra en las figuras 2A a 2C; veanse tambien las figuras 8A y 8B). Pero si no hay inflexion pronunciada en el perfil, tal como se ilustra claramente en la figura 2B, pueden localizarse los puntos de inflexion, y por tanto los umbrales, adoptando la derivada numerica usando un filtro de desconvolucion. Los resultados de adoptar la derivada numerica de esta manera se muestran en la figura 8A, que es un perfil de proporcion, y en la figura 8B, que es la derivada numerica que muestra los puntos de inflexion derivados de la figura 8A.
Digitalizacion de patrones analogos - Tambien pueden digitalizarse intensidades normalizadas, en lugar de binarizarse, con cualquier grado deseable de precision superior a la permitida por la binarizacion. Por ejemplo, en lugar de dos subpoblaciones, podna escogerse segregar intensidades en ocho subpoblaciones o 16 subpoblaciones. Inherente a esta representacion es la informacion representada en forma de pesos en la representacion binaria comentada anteriormente en el presente documento. Cada intensidad normalizada digitalizada representa de hecho una medida de la coafinidad de una interaccion sonda-diana particular (vease la solicitud estadounidense n.° 10/204.799 “Multianalyte Molecular Analysis”; documento WO 01/98765). Se comparan patrones de reaccion digitalizados experimentales y patrones digitalizados de referencia por medio del calculo de correlaciones cruzadas usando metodos convencionales.
Acceso a distancia para multiples usuarios, servidor de aplicaciones - el uso de un programa tambien permite el establecimiento de una red para permitir el analisis, la redaccion y la notificacion a distancia de los resultados de asignacion de alelos. Por ejemplo, puede accederse a una base de datos que forma parte del entorno de software AAA a traves de una conexion de red segura. El programa AAA tambien soporta un modo de servicio de aplicacion que permite la edicion interactiva desde una ubicacion distinta de la ubicacion del laboratorio experimental.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
Realizacion preferida de analisis multiplexado: Deteccion de matrices codificadas al azar - En un formato de analisis multiplexado, las sondas de deteccion se presentan en micropartfculas codificadas (“perlas”). Se asocian marcadores con las dianas. Las perlas codificadas unidas a las sondas en la matriz son preferiblemente fluorescentes y pueden distinguirse usando filtros que permiten la discriminacion entre diferentes tonos. Preferiblemente, se disponen conjuntos de perlas codificadas en forma de una matriz plana al azar sobre un sustrato plano, permitiendo de ese modo el examen y el analisis mediante microscopfa. Se monitoriza la intensidad de los marcadores diana para indicar la cantidad de diana unida por perla. Este formato de ensayo se explica en detalle adicional en la publicacion internacional n.° WO 01/98765 titulada: “Multianalyte molecular analysis”.
Se dispone de varios metodos de produccion de firmas opticas, por ejemplo mediante captura de dianas marcadas o mediante elongacion de sonda mediada por diana (eMAP), realizandose esta ultima preferiblemente usando oligonucleotidos espedficos de alelos inmovilizados que pueden actuar como cebadores de una reaccion de elongacion catalizada por polimerasa. (vease, por ejemplo, la publicacion internacional n.° WO 03/034029). Se producen una o mas dianas adecuadas, por ejemplo, mediante transcripcion inversa de ARN y/o amplificacion de ADN genomico, seguido opcionalmente por etapas adicionales tales como fragmentacion (vease la solicitud provisional estadounidense 60/515.413), desnaturalizacion o seleccion de cadenas (solicitud estadounidense con n.° de serie 10/847.046).
Posteriormente al registro de una imagen de decodificacion de la matriz de perlas, se expone la matriz a las dianas en condiciones que permiten la captura de sondas presentadas por partfculas. Tras un tiempo de reaccion adecuado, se lava la matriz de partfculas codificadas para retirar dianas restantes libres y debilmente apareadas. Entonces se obtiene una imagen del ensayo para registrar la senal optica de los complejos sonda-diana en la matriz (o para registrar la senal de las sondas alargadas, en el caso de elongacion mediada por captura en el formato de ensayo que esta usandose). Puesto que cada tipo de partfcula se asocia de manera unica con una sonda espedfica de secuencia, la etapa de descodificacion permite la identificacion de moleculas diana apareadas determinada a partir de la fluorescencia de cada tipo particular de partfcula.
Se usa un microscopio de fluorescencia para la descodificacion. Los conjuntos de filtro de fluorescencia en el descodificador estan disenados para distinguir la fluorescencia producida por colorantes de codificacion usados para tenir partfculas, mientras que otros conjuntos de filtro estan disenados para distinguir senales de ensayo producidas por los colorantes asociados con las dianas. Puede incorporarse una camara CCD en el sistema para el registro de imagenes de descodificacion y ensayo. La imagen del ensayo se analiza para determinar la identidad de cada una de las dianas capturadas correlacionando la distribucion espacial de las senales en la imagen del ensayo con la distribucion espacial de las partfculas codificadas correspondientes en la matriz.
En este formato de analisis multiplexado, existe una limitacion en el numero de tipos de sonda, porque el numero total de tipos de perla en la matriz esta limitado por el metodo de codificacion usado (por ejemplo, el numero de colores distinguibles disponibles) y por los lfmites de la instrumentacion usada para la interpretacion, por ejemplo, el tamano del campo en el microscopio usado para leer la matriz. Tambien debe considerarse, al seleccionar las sondas, que determinados tipos de sonda se hibridan mas eficazmente a su diana que otros, en las mismas condiciones. La eficacia de la hibridacion puede resultar afectada por varios factores incluyendo la interferencia entre sondas vecinas, la longitud de la sonda y la secuencia de la sonda, y, significativamente, por la temperatura a la que se realiza el apareamiento. Una eficacia de hibridacion baja puede dar como resultado una senal falsa negativa. Por consiguiente, un diseno de ensayo debe intentar corregir un apareamiento sonda/diana de poca eficacia de este tipo.
Una vez realizado un ensayo real, puede usarse el sistema de obtencion de imagenes de matriz (tal como se describe en la solicitud estadounidense con n.° de serie 10/714.203) para generar una imagen del ensayo, que puede usarse para determinar la intensidad de las senales de hibridacion de diversas perlas (sondas). La imagen del ensayo puede aplicarse entonces mediante un sistema para asignacion de alelos automatica, tal como se describe en el presente documento.
Ejemplos
I. Asignacion de alelos - A modo de ilustracion (vease tambien la “ilustracion de captura de pantalla” en la figura 3), AAA, usando el conjunto de sondas central de sondas, enumera dos asignaciones de alelos en grupo sugeridas, concretamente A*03 + A*29 y A*29 + A*74. Los dos grupos se ordenan en el orden de los pesos de las ondas invertidas. Cuanto menor es el peso, mayor es el orden de los grupos. Si el conjunto de sonda central produce asignaciones sugeridas degeneradas, como en este caso, el analisis se repite automaticamente usando el conjunto de sondas expandido. Este segundo paso produce una asignacion sugerida de A*03 + A*29 lo que requerina la inversion de HA120+, lo que indica que HA120 puede representar un falso positivo. El patron de reaccion y la tabla de resultados positivos (para alelos de HLA-A) tambien se presentan en la captura de pantalla. En el patron de reaccion, 8 indica que la sonda es positiva, 1 negativa y 0 significa que la sonda no se usa.
En el modo de redaccion manual, el usuario puede editar las asignaciones de alelos iniciales comprobando las referencias conocidas para los alelos identificados en los conjuntos central y expandido, y adaptando entonces las cadenas de bits a las esperadas a partir de los alelos conocidos. La verificacion de los resultados experimentales
5
10
15
20
25
30
35
40
frente a alelos conocidos de esta manera proporciona una validacion de los resultados de ensayo, y un medio de editar la cadena de bits. El usuario escoge A*03011 y A*2901101 como asignacion, HA120 como sonda de inversion en un modo de redaccion manual en la figura 4.
EJEMPLO II: Datos estadfsticos de la frecuencia de alelos
Se examinaron 1155 usando un panel de HLA-A, y se analizaron los patrones de intensidad de muestra usando el programa AAA para obtener asignaciones de alelos en grupos de dos dfgitos. En la tabla 1 se muestran el recuento y la frecuencia relativa de aparicion de denominaciones de grupo calculadas por el programa AAA, inmediatamente a continuacion.
- N.° de alelo
- Recuento Frecuencia
- 01
- 332 0,144
- 02
- 448 0,194
- 03
- 251 0,109
- 11
- 139 0,060
- 23
- 86 0,037
- 24
- 260 0,113
- 25
- 30 0,013
- 26
- 203 0,088
- 29
- 87 0,038
- 30
- 105 0,045
- 31
- 46 0,020
- 32
- 66 0,029
- 33
- 86 0,037
- 34
- 6 0,003
- 36
- 4 0,002
- 43
- 0 0,000
- 66
- 25 0,011
- 68
- 100 0,043
- 69
- 28 0,012
- 74
- 5 0,002
- 80
- 3 0,001
- 2310
El grafico de barras para la siguiente distribucion se muestra en la figura 1. Resulta evidente que los alelos 01, 02 y 03 son mucho mas abundantes en esta poblacion mientras que los alelos 36, 43 y 80 son comparativamente poco frecuentes.
EJEMPLO III. Captura de pantalla de informacion resumen de asignaciones
La captura de pantalla en la figura 3 ilustra la informacion resumen de asignaciones para el panel 03250443. Incluye el nombre del panel, el nombre de la muestra, la posicion de la muestra, la asignacion de alelos, las sondas de inversion, mensaje de advertencia y comentarios. La asignacion de alelos enumera la asignacion de nivel de alelos mediante un algoritmo informatico. Las inversiones y los mensajes de advertencia tambien se presentaran segun una asignacion informatica. Si hay redaccion manual, la asignacion de alelos se realizara segun la eleccion del redactor manual. Vease la figura 4 para una ilustracion de la redaccion manual. Tambien se presentan el comentario y las inversiones introducidas durante cualquier redaccion manual. Las sondas de inversion se insertaran en una cadena (manual) en el extremo, lo que indica que se genera mediante redaccion manual.
El software enumera los dos primeros dfgitos en la asignacion de alelos y los siguientes dfgitos, si es aplicable. Por ejemplo, A*24(020101) indica que la denominacion de dos dfgitos es A*24. La ventana de informacion resumen presenta toda la informacion vital en una ventana, lo que facilita examinar y navegar a traves de diferentes muestras.
EJEMPLO IV: Alfabeto de tres letras. TipiUcacion molecular de ant^genos de grupo sangumeo
En un conjunto de aproximadamente 500 muestras clmicas y controles, se identificaron varias combinaciones de alelos mediante un diseno de ensayo eMAP, disenado para sondar antfgenos de grupo sangumeo minoritarios incluyendo Duffy (FYA/FYB), GATA, Landsteiner-Weiner (LWA/LWB), Colton (CoA/CoB), Scianna (SC1/SC2), Diego (DIA/DIB) y Dombrock (DoA/DoB), comprendiendo este ultimo tres mutaciones. Vease la tabla 2 a continuacion.
TABLA 2 - Combinaciones de alelos observadas de antfgenos de grupo sangumeo humano minoritarios
- ID de la
- FYA/FYB GATA LWA/LWB CoA/CoB SC1/SC2 DIB/DIA DO-793 DO-624 DO-378
- muestra
- N21 BAS
- -1 -1 1 1 1 1 -1 -1 -1
- N40 BAS
- -1 0 1 1 1 1 -1 -1 -1
- M17
- 0 0 1 1 1 1 -1 -1 -1
- A10
- -1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1
- A4
- 0 1 1 1 1 1 -1 -1 -1
- A1
- 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1
- N39 BAS
- -1 -1 1 1 1 1 -1 -1 0
- N71
- -1 0 1 1 1 1 -1 -1 0
- N62-BAS
- 0 0 1 1 1 1 -1 -1 0
- N66-BAS
- -1 -1 1 1 1 1 -1 -1 1
- 1
- -1 0 1 1 1 1 -1 -1
- 1
- N72
- -1 1 1 1 1 1 -1 -1 1
- M12
- -1 1 1 1 1 1 -1 -1 1
- 16
- -1 -1 1 1 1 1 0 0 -1
- 34
- -1 0 1 1 1 1 0 0 -1
- A21
- -1 1 1 1 1 1 0 0 -1
- N34 BAS
- 0 0 1 1 1 1 0 0 -1
- A28
- 0 1 1 1 1 1 0 0 -1
- A14
- 1 1 1 1 1 1 0 0 -1
- N70
- -1 -1 1 1 1 1 0 0 0
- A6
- 0 1 1 1 1 1 0 0 0
- A7
- 1 1 1 1 1 1 0 0 0
- N78-BAS
- -1 -1 1 1 1 1 0 0 1
- 2
- -1 1 1 1 1 1 1 1 0
- M23
- 0 1 1 1 1 1 1 1 0
- U79
- 1 1 1 1 1 1 1 1 0
- N35 BAS
- -1 -1 1 1 1 1 1 1 1
- N51
- -1 0 1 1 1 1 1 1 1
- A9
- -1 1 1 1 1 1 1 1 1
- 26
- -1 1 1 1 0 1 1 1 1
- 62
- -1 1 1 1 1 1 1 1 1
- N51-BAS
- 0 0 1 1 1 1 1 1 1
- A25
- 0 1 1 1 1 1 1 1 1
- N7 BAS
- 1 1 1 1 1 1 1 1 1
EJEMPLO V: Establecimiento de relaciones con enfermedades y estados
Tambien pueden usarse asignaciones de alelos determinadas por los metodos anteriores para establecer riesgo o 5 presencia de enfermedades o estados. Se conoce bien que determinados trastornos inmunitarios estan asociados con el locus de HLA. Si se conocen los alelos asociados pueden escribirse y si se desconocen pueden usarse los metodos descritos en el presente documento para establecer una base de datos de alelos para indicar el riesgo o la presencia de enfermedades o estados. La base de datos puede actualizarse de manera continua basandose en la monitorizacion de pacientes cuyas muestras se usaron en la base de datos; es decir, cuando se produce un 10 determinado desarrollo de la enfermedad, sus alelos pueden analizarse para determinar coincidencias con aquellos con una enfermedad o estado particular.
Debe entenderse que los terminos, expresiones y ejemplos en el presente documento son a modo de ejemplo y no limitativos, y que la invencion se define unicamente en las reivindicaciones que siguen, e incluye todos los 15 equivalentes del contenido de las reivindicaciones. Las etapas del metodo en las reivindicaciones no estan necesariamente en orden, y a menos que se especifique en la reivindicacion, pueden llevarse a cabo en cualquier orden, incluyendo el especificado en las reivindicaciones.
Claims (9)
- 101520
- 2.25
- 3.
- 4. 30
- 5.
- 6. 35
- 7.40 8.
- 9.45
- 10.50REIVINDICACIONESMetodo para asignaciones de alelos donde las asignaciones se realizan basandose en someter una muestra que incluye acido nucleico diana a un ensayo de hibridacion o ensayo de elongacion mediado por captura, o ambos, y donde se analizan varios marcadores polimorficos, presentes en alelos del acido nucleico diana, comprendiendo el metodo:determinar un patron de intensidad de senales de ensayo generado por interacciones sonda-diana para generar un patron de reaccion designando como positivas aquellas intensidades de senal que superan un umbral predeterminado y designando como negativas aquellas intensidades de senal que no superan el umbral predeterminado, binarizando de ese modo dicho patron de intensidad de senales de ensayo generado por interacciones sonda-diana donde cada una de dicha intensidad corresponde al numero de acontecimientos de hibridacion o elongacion correspondientes, segun sea aplicable;realizar asignaciones de alelos basandose en comparar y hacer coincidir dicho patron de reaccion con un patron de reaccion de referencia similar que representa combinaciones de dos o mas alelos de referencia, tal como se enumera en una coleccion de referencia de alelos para el acido nucleico diana en construccion;y designar, como nuevos alelos, los que tienen patrones de reaccion que difieren de patrones de reaccion de referencia que representan combinaciones de dos o mas alelos de referencia mediante una disparidad minima predeterminada.Metodo segun la reivindicacion 1, en el que dicho patron de reaccion se edita basandose en la comparacion con el patron de reaccion de referencia.Metodo segun la reivindicacion 1, que incluye ademas la etapa de realizar asignaciones de alelos iniciales que luego se confirman o cambian tras dichas etapas de comparacion y coincidencia.Metodo segun la reivindicacion 1, en el que el patron de reaccion de referencia similar es el patron de reaccion de referencia mas similar.Metodo segun la reivindicacion 1 o 4, realizado mediante un sistema informatico de software.Metodo segun la reivindicacion 1, en el que el ensayo de hibridacion genera una senal de ensayo positiva cuando tiene lugar la hibridacion.Metodo segun la reivindicacion 1, en el que el ensayo de elongacion mediado por captura genera una senal de ensayo positiva cuando tiene lugar la elongacion.Metodo segun la reivindicacion 6, en el que el ensayo de elongacion mediado por captura genera una senal de ensayo positiva cuando tiene lugar la elongacion.Metodo segun la reivindicacion 1, que incluye ademas la etapa de restar de cada intensidad de senal, I, la senal de control negativa, Inc, y dividir el resultado entre la senal de control positiva corregida, Ipc - Inc, para obtener una intensidad normalizada (proporcion):r = (I - Inc) / (Ipc - Inc)Metodo segun la reivindicacion 1, que incluye ademas la etapa de seleccionar dicho umbral predeterminado para maximizar la similitud entre dicho patron de reaccion y un patron de reaccion de referencia.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US10/909,638 US7848889B2 (en) | 2004-08-02 | 2004-08-02 | Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification |
US909638 | 2004-08-02 | ||
PCT/US2005/027359 WO2006017473A2 (en) | 2004-08-02 | 2005-08-02 | Automated analysis of multiplexed probe-traget interaction patterns: pattern matching and allele identification |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
ES2573484T3 true ES2573484T3 (es) | 2016-06-08 |
Family
ID=35733441
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
ES05789862.9T Active ES2573484T3 (es) | 2004-08-02 | 2005-08-02 | Análisis automatizado de patrones de interacción sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificación de alelos |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US7848889B2 (es) |
EP (1) | EP1774323B1 (es) |
JP (2) | JP5171254B2 (es) |
CA (1) | CA2575921C (es) |
ES (1) | ES2573484T3 (es) |
PT (1) | PT1774323E (es) |
WO (1) | WO2006017473A2 (es) |
Families Citing this family (18)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2288760T3 (es) | 1996-04-25 | 2008-01-16 | Bioarray Solutions Ltd. | Ensamblaje electrocinetico controlado por luz de particulas proximas a superficies. |
CA2635452A1 (en) | 2000-06-21 | 2001-12-27 | Bioarray Solutions, Ltd. | Looped probe design to control hybridization stringency |
US9709559B2 (en) | 2000-06-21 | 2017-07-18 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays |
US7262063B2 (en) | 2001-06-21 | 2007-08-28 | Bio Array Solutions, Ltd. | Directed assembly of functional heterostructures |
EP2722395B1 (en) | 2001-10-15 | 2018-12-19 | Bioarray Solutions Ltd | Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection |
AU2003298655A1 (en) | 2002-11-15 | 2004-06-15 | Bioarray Solutions, Ltd. | Analysis, secure access to, and transmission of array images |
US7927796B2 (en) | 2003-09-18 | 2011-04-19 | Bioarray Solutions, Ltd. | Number coding for identification of subtypes of coded types of solid phase carriers |
CA2539824C (en) | 2003-09-22 | 2015-02-03 | Xinwen Wang | Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules |
EP1692298A4 (en) | 2003-10-28 | 2008-08-13 | Bioarray Solutions Ltd | OPTIMIZATION OF GENE EXPRESSION ANALYSIS USING IMMOBILIZED CATCHES |
US7049077B2 (en) | 2003-10-29 | 2006-05-23 | Bioarray Solutions Ltd. | Multiplexed nucleic acid analysis by fragmentation of double-stranded DNA |
US7848889B2 (en) | 2004-08-02 | 2010-12-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification |
US20070026391A1 (en) * | 2005-04-11 | 2007-02-01 | Ghc Technologies, Inc. | Methods and compositions for identifying chemical or biological agents using multiplexed labeling and colocalization detection |
US8486629B2 (en) | 2005-06-01 | 2013-07-16 | Bioarray Solutions, Ltd. | Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation |
US20070243534A1 (en) * | 2006-04-12 | 2007-10-18 | Michael Seul | Probe density considerations and elongation of self-complementary looped probes where probes are attached to a solid phase |
EP2152908B1 (en) * | 2007-05-03 | 2017-03-15 | One Lambda, Inc. | Methods of screening for binding interaction using sets of microparticles and unique probes |
WO2019040362A2 (en) * | 2017-08-19 | 2019-02-28 | Bioinventors & Entrepreneurs Network, Llc | ALLELICAL PARTITION MODELING TO IDENTIFY ANTI-HLA ANTIBODIES AND OTHER ALLOANTICORPS AND SELECTION OF CELL AND GRAFLE DONORS |
CN110087073B (zh) * | 2019-05-13 | 2021-01-26 | 绍兴文理学院 | 一种多阈值串匹配数据压缩方法 |
CN110457368B (zh) * | 2019-07-26 | 2023-07-21 | 广州市广百物流有限公司 | 一种供应链的可视化方法、系统及存储介质 |
Family Cites Families (571)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4575407A (en) | 1962-12-03 | 1986-03-11 | Diller Isaac M | Product and process for the activation of an electrolytic cell |
US3329638A (en) | 1963-09-05 | 1967-07-04 | Monsanto Co | Multilayered polymeric latices with hydrophilic surface layer |
US3574614A (en) | 1967-01-06 | 1971-04-13 | Xerox Corp | Process of preparing multiple copies from a xeroprinting master |
US3989775A (en) | 1971-03-01 | 1976-11-02 | Bakelite Xylonite Limited | Method of making a retro-reflective beaded material |
US3790492A (en) | 1971-03-11 | 1974-02-05 | Atomic Energy Commission | Method for production of uniform microspheres |
US3982182A (en) | 1973-08-13 | 1976-09-21 | Coulter Electronics, Inc. | Conductivity cell for particle study device |
US3998525A (en) | 1973-10-26 | 1976-12-21 | American Cyanamid Company | Edge lighted electrochromic displays |
US3957741A (en) | 1974-01-17 | 1976-05-18 | California Institute Of Technology | Crosslinked, porous, polyacrylate beads |
BE833512A (fr) | 1974-09-17 | 1976-03-17 | Nouvelle composition de latex charge par un compose hydrophobe, sa preparation et son application photographique | |
DE2502621C3 (de) | 1975-01-23 | 1978-09-14 | Kernforschungsanlage Juelich Gmbh, 5170 Juelich | Messung elastischer und dielektrischer Eigenschaften der Membran lebender Zellen |
GB1568111A (en) | 1975-07-22 | 1980-05-29 | Phosphor Prod Co Ltd | Electroluminescent devices |
US4003713A (en) | 1975-08-14 | 1977-01-18 | Bowser Everett N | Multiple test tube evaporator |
US4275053A (en) | 1975-08-14 | 1981-06-23 | Mt. Sinai School Of Medicine Of The City University Of New York | Blood cell typing and compatibility test procedure |
US4046667A (en) | 1975-10-30 | 1977-09-06 | Pen Kem, Inc. | Microelectrophoresis apparatus |
US4143203A (en) | 1976-03-19 | 1979-03-06 | Amicon Corporation | Particulate support material |
US4326008A (en) | 1976-08-27 | 1982-04-20 | California Institute Of Technology | Protein specific fluorescent microspheres for labelling a protein |
US4075013A (en) | 1976-09-13 | 1978-02-21 | Ward Anthony T | Electrophotochemical preparation of selenium photoconductive members |
US4102990A (en) | 1977-12-05 | 1978-07-25 | General Electric Company | Electrophoretic assay for antigen-antibody reaction based on particle-particle coupling |
AU530410B2 (en) | 1978-02-21 | 1983-07-14 | Sintef | Preparing aqueous emulsions |
US4258001A (en) | 1978-12-27 | 1981-03-24 | Eastman Kodak Company | Element, structure and method for the analysis or transport of liquids |
US4267235A (en) | 1979-03-19 | 1981-05-12 | California Institute Of Technology | Polyglutaraldehyde microspheres |
IT1145696B (it) | 1979-08-24 | 1986-11-05 | Rhone Poulenc Ind | Procedimento di preparazione di perle magnetiche di polimeri vinilaromatici |
US4421896A (en) | 1979-11-13 | 1983-12-20 | The Dow Chemical Company | Method of coupling a protein to a polymer particle containing hydrazide groups in a polymer latex and the products formed therefrom |
US4806776A (en) | 1980-03-10 | 1989-02-21 | Kley Victor B | Electrical illumination and detecting apparatus |
FR2480764B1 (fr) | 1980-04-18 | 1985-10-04 | Rhone Poulenc Spec Chim | Latex de polymeres magnetiques et procede de preparation |
US4383529A (en) | 1980-11-03 | 1983-05-17 | Wescor, Inc. | Iontophoretic electrode device, method and gel insert |
DE3116995A1 (de) | 1981-04-29 | 1982-11-25 | Röhm GmbH, 6100 Darmstadt | Latex zur immobilisierung von biologisch wirksamen substanzen |
JPS5844340A (ja) | 1981-09-10 | 1983-03-15 | Kureha Chem Ind Co Ltd | 電気泳動度測定装置 |
NO155316C (no) | 1982-04-23 | 1987-03-11 | Sintef | Fremgangsmaate for fremstilling av magnetiske polymerpartikler. |
US4499052A (en) | 1982-08-30 | 1985-02-12 | Becton, Dickinson And Company | Apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
US4717655A (en) | 1982-08-30 | 1988-01-05 | Becton, Dickinson And Company | Method and apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
US4994373A (en) | 1983-01-27 | 1991-02-19 | Enzo Biochem, Inc. | Method and structures employing chemically-labelled polynucleotide probes |
US4487855A (en) | 1983-02-15 | 1984-12-11 | Shih Yen Jer | Colored latexes; methods for making same and colored finely divided products |
US4824941A (en) | 1983-03-10 | 1989-04-25 | Julian Gordon | Specific antibody to the native form of 2'5'-oligonucleotides, the method of preparation and the use as reagents in immunoassays or for binding 2'5'-oligonucleotides in biological systems |
US4672040A (en) | 1983-05-12 | 1987-06-09 | Advanced Magnetics, Inc. | Magnetic particles for use in separations |
DE3322373C2 (de) | 1983-05-19 | 1986-12-04 | Ioannis Dr. 3000 Hannover Tripatzis | Testmittel und Verfahren zum Nachweis von Antigenen und/oder Antikörpern |
US4497208A (en) | 1983-06-23 | 1985-02-05 | Matec, Inc. | Measurement of electro-kinetic properties of a solution |
US4591550A (en) | 1984-03-01 | 1986-05-27 | Molecular Devices Corporation | Device having photoresponsive electrode for determining analytes including ligands and antibodies |
US4665020A (en) | 1984-05-30 | 1987-05-12 | United States Department Of Energy | Flow cytometer measurement of binding assays |
US4647544A (en) | 1984-06-25 | 1987-03-03 | Nicoli David F | Immunoassay using optical interference detection |
SE454885B (sv) | 1984-10-19 | 1988-06-06 | Exploaterings Ab Tbf | Polymerbelagda partiklar med immobiliserade metalljoner pa sin yta jemte forfarande for framstellning derav |
US4774189A (en) | 1984-12-24 | 1988-09-27 | Flow Cytometry Standards Corp. | Fluorescent calibration microbeads simulating stained cells |
US5073498A (en) | 1984-12-24 | 1991-12-17 | Caribbean Microparticles Corporation | Fluorescent alignment microbeads with broad excitation and emission spectra and its use |
US4702598A (en) | 1985-02-25 | 1987-10-27 | Research Corporation | Flow cytometer |
US4613559A (en) | 1985-04-01 | 1986-09-23 | Xerox Corporation | Process for colored toner compositions with controlled charges thereon |
US5354825A (en) | 1985-04-08 | 1994-10-11 | Klainer Stanley M | Surface-bound fluorescent polymers and related methods of synthesis and use |
US4806313A (en) | 1985-04-12 | 1989-02-21 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Rapid assay processor |
US4753775A (en) | 1985-04-12 | 1988-06-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Rapid assay processor |
US4679439A (en) | 1985-09-17 | 1987-07-14 | Dorr-Oliver Incorporated | Method and apparatus for measuring the unsteady sedimentation potential of colloidal particles |
US4602989A (en) | 1985-09-17 | 1986-07-29 | Dorr-Oliver Incorporated | Method and apparatus for determining the zeta potential of colloidal particles |
US4795698A (en) | 1985-10-04 | 1989-01-03 | Immunicon Corporation | Magnetic-polymer particles |
US4663408A (en) | 1985-12-30 | 1987-05-05 | Exxon Research And Engineering Company | Tetrapolymers of N-vinyl pyrrolidone/acrylamide/salt of acrylic acid/N-alkyl acrylamide |
US4680332A (en) | 1986-01-24 | 1987-07-14 | Xerox Corporation | Ink jet compositions and process for preparation thereof |
US5604099A (en) | 1986-03-13 | 1997-02-18 | Hoffmann-La Roche Inc. | Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids |
JPS62265567A (ja) | 1986-05-12 | 1987-11-18 | Seitetsu Kagaku Co Ltd | 血液型判定方法 |
US4851331A (en) | 1986-05-16 | 1989-07-25 | Allied Corporation | Method and kit for polynucleotide assay including primer-dependant DNA polymerase |
GB8612087D0 (en) | 1986-05-19 | 1986-06-25 | Ici Plc | Hybridisation probes |
US5143853A (en) | 1986-06-25 | 1992-09-01 | Trustees Of Tufts College | Absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors |
US4822746A (en) | 1986-06-25 | 1989-04-18 | Trustees Of Tufts College | Radiative and non-radiative energy transfer and absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors |
US5114864A (en) | 1986-06-25 | 1992-05-19 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensors, apparatus, and detection methods using fluid erodible controlled release polymers for delivery of reagent formulations |
US5254477A (en) | 1986-06-25 | 1993-10-19 | Trustees Of Tufts College | Flourescence intramolecular energy transfer conjugate compositions and detection methods |
US5252494A (en) | 1986-06-25 | 1993-10-12 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensors, apparatus, and detection methods using controlled release polymers and reagent formulations held within a polymeric reaction matrix |
CA1340806C (en) | 1986-07-02 | 1999-11-02 | James Merrill Prober | Method, system and reagents for dna sequencing |
US4791310A (en) | 1986-10-02 | 1988-12-13 | Syracuse University | Fluorescence microscopy |
US5015452A (en) | 1986-11-17 | 1991-05-14 | Clarkson University | Process for synthesis of uniform colloidal particles of rare earth oxides |
ATE66695T1 (de) | 1986-12-01 | 1991-09-15 | Molecular Biosystems Inc | Verfahren zur erhoehung der empfindlichkeit von nukleinsaeure-hybridisierungstesten. |
US4891324A (en) | 1987-01-07 | 1990-01-02 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Particle with luminescer for assays |
US5132097A (en) | 1987-02-11 | 1992-07-21 | G.D. Research | Apparatus for analysis of specific binding complexes |
US4911806A (en) | 1987-02-27 | 1990-03-27 | Biotronics | Method and apparatus for separating particles in liquid suspension utilizing oscillating electric and magnetic fields |
US5155044A (en) | 1987-03-13 | 1992-10-13 | Coulter Electronics, Inc. | Lysing reagent system for isolation, identification and/or analysis of leukocytes from whole blood samples |
US5241012A (en) | 1987-05-19 | 1993-08-31 | Applied Immune Sciences, Inc. | Activated and conjugated polystyrene substrate |
US5389549A (en) | 1987-05-29 | 1995-02-14 | Toa Medical Electronics Co., Ltd. | Method for classifying leukocytes and a reagent used therefor |
SE458968B (sv) | 1987-06-16 | 1989-05-22 | Wallac Oy | Biospecifikt analysfoerfarande foer flera analyter i vilket ingaar partikelraekning och maerkning med fluorescerande maerksubstanser |
US5132242A (en) | 1987-07-15 | 1992-07-21 | Cheung Sau W | Fluorescent microspheres and methods of using them |
US5194300A (en) | 1987-07-15 | 1993-03-16 | Cheung Sau W | Methods of making fluorescent microspheres |
US5807755A (en) | 1987-08-06 | 1998-09-15 | Multilyte Limited | Determination of ambient concentrations of several analytes |
US5091206A (en) | 1987-10-26 | 1992-02-25 | Baxter Diagnostics Inc. | Process for producing magnetically responsive polymer particles and application thereof |
US6013531A (en) | 1987-10-26 | 2000-01-11 | Dade International Inc. | Method to use fluorescent magnetic polymer particles as markers in an immunoassay |
US5395688A (en) | 1987-10-26 | 1995-03-07 | Baxter Diagnostics Inc. | Magnetically responsive fluorescent polymer particles |
US4832814A (en) | 1987-12-28 | 1989-05-23 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Electrofusion cell and method of making the same |
JPH0694483B2 (ja) | 1988-01-29 | 1994-11-24 | 三田工業株式会社 | 粒径の増大した単分散重合体粒子の製造方法 |
US4920056A (en) | 1988-02-19 | 1990-04-24 | The Dow Chemical Company | Apparatus and method for automated microbatch reaction |
US4873102A (en) | 1988-03-14 | 1989-10-10 | Manchium Chang | Magnetic particles |
US5244630A (en) | 1988-04-22 | 1993-09-14 | Abbott Laboratories | Device for performing solid-phase diagnostic assay |
US5002867A (en) | 1988-04-25 | 1991-03-26 | Macevicz Stephen C | Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes |
US6054270A (en) | 1988-05-03 | 2000-04-25 | Oxford Gene Technology Limited | Analying polynucleotide sequences |
US5700637A (en) | 1988-05-03 | 1997-12-23 | Isis Innovation Limited | Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays |
NO164622C (no) | 1988-05-11 | 1990-10-24 | Tore Lindmo | Binaer immunometrisk partikkelbasert metode for maaling av spesifikke serum-antigener ved hjelp av vaeskestroemsmikrofotometri og et ferdigpreparert maaloppsett derav. |
US5185066A (en) | 1988-08-11 | 1993-02-09 | Helena Laboratories Corporation | Immunofixation electrophoresis control system |
US5173159A (en) | 1988-09-06 | 1992-12-22 | Bertin & Cie | Multiple electrophoresis method for the controlled migration of macromolecules through rectangular gel plates |
US6150089A (en) | 1988-09-15 | 2000-11-21 | New York University | Method and characterizing polymer molecules or the like |
US6147198A (en) | 1988-09-15 | 2000-11-14 | New York University | Methods and compositions for the manipulation and characterization of individual nucleic acid molecules |
GB8822228D0 (en) | 1988-09-21 | 1988-10-26 | Southern E M | Support-bound oligonucleotides |
US5266427A (en) | 1988-10-18 | 1993-11-30 | Nippondenso Co., Ltd. | Display board and method for producing the same |
US5779976A (en) | 1988-11-03 | 1998-07-14 | Igen International, Inc. | Apparatus for improved luminescence assays |
FR2638848B1 (fr) | 1988-11-04 | 1993-01-22 | Chemunex Sa | Procede de detection et/ou de dosage dans un milieu liquide ou semi-liquide d'au moins une substance organique, biologique ou medicamenteuse soluble, par une methode d'agglutination |
US5512439A (en) | 1988-11-21 | 1996-04-30 | Dynal As | Oligonucleotide-linked magnetic particles and uses thereof |
US5536648A (en) | 1988-12-09 | 1996-07-16 | Amrad Corporation Limited | Amplified DNA assay using a double stranded DNA binding protein |
US5856092A (en) | 1989-02-13 | 1999-01-05 | Geneco Pty Ltd | Detection of a nucleic acid sequence or a change therein |
US5234809A (en) | 1989-03-23 | 1993-08-10 | Akzo N.V. | Process for isolating nucleic acid |
FR2645160B1 (es) | 1989-03-31 | 1992-10-02 | Rhone Poulenc Chimie | |
US6610256B2 (en) | 1989-04-05 | 2003-08-26 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Image processing and analysis of individual nucleic acid molecules |
US5075217A (en) | 1989-04-21 | 1991-12-24 | Marshfield Clinic | Length polymorphisms in (dC-dA)n ·(dG-dT)n sequences |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
US5698271A (en) | 1989-08-22 | 1997-12-16 | Immunivest Corporation | Methods for the manufacture of magnetically responsive particles |
GB8920571D0 (en) | 1989-09-12 | 1989-10-25 | Carr Robert J G | Examination of objects of macromolecular size |
US5545522A (en) | 1989-09-22 | 1996-08-13 | Van Gelder; Russell N. | Process for amplifying a target polynucleotide sequence using a single primer-promoter complex |
US5736349A (en) | 1989-09-29 | 1998-04-07 | Nippon Paint Co., Ltd. | Magnetic particle and immunoassay using the same |
EP0429907B1 (de) | 1989-11-21 | 1994-06-01 | Bayer Ag | Optischer Biosensor |
DK0463144T3 (da) | 1989-12-14 | 1997-03-10 | Dade Int Inc | På magnetisme reagerende fluorscerende polymerpartikler og anvendelse deraf |
US5523231A (en) | 1990-02-13 | 1996-06-04 | Amersham International Plc | Method to isolate macromolecules using magnetically attractable beads which do not specifically bind the macromolecules |
JPH03236777A (ja) | 1990-02-14 | 1991-10-22 | Toto Ltd | 酵素の固定化方法 |
US6013431A (en) | 1990-02-16 | 2000-01-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining specific nucleotide variations by primer extension in the presence of mixture of labeled nucleotides and terminators |
US5189549A (en) | 1990-02-26 | 1993-02-23 | Molecular Displays, Inc. | Electrochromic, electroluminescent and electrochemiluminescent displays |
US5126239A (en) | 1990-03-14 | 1992-06-30 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Process for detecting polymorphisms on the basis of nucleotide differences |
US5723218A (en) | 1990-04-16 | 1998-03-03 | Molecular Probes, Inc. | Dipyrrometheneboron difluoride labeled flourescent microparticles |
US5326692B1 (en) | 1992-05-13 | 1996-04-30 | Molecular Probes Inc | Fluorescent microparticles with controllable enhanced stokes shift |
EP0745689A3 (en) | 1990-05-11 | 1996-12-11 | Microprobe Corporation | A dipstick for a nucleic acid hybridization assay |
WO1991019023A2 (en) | 1990-05-25 | 1991-12-12 | Savin Corporation | Electrophoretically deposited particle coatings and structures made therefrom |
US5147777A (en) | 1990-06-18 | 1992-09-15 | Eastman Kodak Company | Biologically active reagents prepared from carboxy-containing polymer, analytical element and methods of use |
US5650489A (en) | 1990-07-02 | 1997-07-22 | The Arizona Board Of Regents | Random bio-oligomer library, a method of synthesis thereof, and a method of use thereof |
US5281370A (en) | 1990-08-22 | 1994-01-25 | University Of Pittsburgh Of The Commonwealth System Of Higher Education | Method of making solid crystalline narrow band radiation filter |
DE4026978A1 (de) | 1990-08-25 | 1992-02-27 | Bayer Ag | Auf traegern angebrachte ein- oder mehrlagige schichtelemente und ihre herstellung |
US5266497A (en) | 1990-08-31 | 1993-11-30 | Japan Synthetic Rubber Co., Ltd. | Immunochromatographic assay with improved colored latex |
EP0478319B1 (en) | 1990-09-28 | 1997-04-02 | Kabushiki Kaisha Toshiba | Gene detection method |
US6149789A (en) | 1990-10-31 | 2000-11-21 | Fraunhofer Gesellschaft Zur Forderung Der Angewandten Forschung E.V. | Process for manipulating microscopic, dielectric particles and a device therefor |
DE4035714A1 (de) | 1990-11-09 | 1992-05-27 | Fraunhofer Ges Forschung | Verfahren zur messung des dipolmoments von in einem fluid geloesten molekuelen und/oder der konzentration von molekuelen mit einem dipolmoment in einem fluid |
JPH06502766A (ja) | 1990-11-14 | 1994-03-31 | アクゾ・ノベル・ナムローゼ・フェンノートシャップ | ポリスチレン支持体ベース−サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイ法を用いる核酸の非同位体検出およびそれに用いる組成物 |
ATE199054T1 (de) | 1990-12-06 | 2001-02-15 | Affymetrix Inc A Delaware Corp | Verbindungen und ihre verwendung in einer binären synthesestrategie |
NL9002764A (nl) | 1990-12-14 | 1992-07-01 | Tno | Elektrode, voorzien van een polymeerbekleding met een daaraan gebonden redox-enzym. |
US5266238A (en) | 1990-12-24 | 1993-11-30 | American Cyanamid Company | Narrow band radiation filter films |
US5225900A (en) | 1990-12-31 | 1993-07-06 | Xerox Corporation | Method of storing information within a reproduction system |
US5105305A (en) | 1991-01-10 | 1992-04-14 | At&T Bell Laboratories | Near-field scanning optical microscope using a fluorescent probe |
US5128006A (en) | 1991-01-23 | 1992-07-07 | At&T Bell Laboratories | Deposition of diamond films on semicondutor substrates |
US5250264A (en) | 1991-01-25 | 1993-10-05 | Trustees Of Tufts College | Method of making imaging fiber optic sensors to concurrently detect multiple analytes of interest in a fluid sample |
US5244636A (en) | 1991-01-25 | 1993-09-14 | Trustees Of Tufts College | Imaging fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently detecting multiple analytes of interest in a fluid sample |
US5308749A (en) | 1991-01-25 | 1994-05-03 | Eastman Kodak Company | Method of preparing biologically active reagents from succinimide-containing polymers, analytical element and methods of use |
US5320814A (en) | 1991-01-25 | 1994-06-14 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently visualizing and chemically detecting multiple analytes of interest in a fluid sample |
US5244813A (en) | 1991-01-25 | 1993-09-14 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensor, apparatus, and methods for detecting an organic analyte in a fluid or vapor sample |
US5364759B2 (en) | 1991-01-31 | 1999-07-20 | Baylor College Medicine | Dna typing with short tandem repeat polymorphisms and identification of polymorphic short tandem repeats |
US5784162A (en) | 1993-08-18 | 1998-07-21 | Applied Spectral Imaging Ltd. | Spectral bio-imaging methods for biological research, medical diagnostics and therapy |
JPH04271359A (ja) | 1991-02-27 | 1992-09-28 | Ricoh Co Ltd | 乾式現像剤 |
US6004744A (en) | 1991-03-05 | 1999-12-21 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer |
RU1794088C (ru) | 1991-03-18 | 1993-02-07 | Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср | Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени |
US6451968B1 (en) | 1991-05-24 | 2002-09-17 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Peptide nucleic acids |
JPH05226637A (ja) | 1991-06-28 | 1993-09-03 | Oki Electric Ind Co Ltd | 微細物の配列方法並びにこれを用いたバイオ素子の製造方法、超微粒子の配列方法、微細配線法及び偏光子の製造方法 |
DE69227112D1 (de) | 1991-07-16 | 1998-10-29 | Transmed Biotech Inc | Verfahren und zusammensetzungen für die gleichzeitige analyse einer vielzahl von analyten |
US5187096A (en) | 1991-08-08 | 1993-02-16 | Rensselaer Polytechnic Institute | Cell substrate electrical impedance sensor with multiple electrode array |
JP2581514B2 (ja) | 1991-08-28 | 1997-02-12 | ベクトン・ディッキンソン・アンド・カンパニー | N次元データストリームを適応的に自動クラスタリングする重力アトラクターエンジン |
US5474796A (en) | 1991-09-04 | 1995-12-12 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface |
US5639603A (en) | 1991-09-18 | 1997-06-17 | Affymax Technologies N.V. | Synthesizing and screening molecular diversity |
EP0773227A1 (en) | 1991-09-18 | 1997-05-14 | Affymax Technologies N.V. | Diverse collections of oligomers in use to prepare drugs, diagnostic reagents, pesticides or herbicides |
GB9119940D0 (en) | 1991-09-18 | 1991-10-30 | Hare Peter F J O | Polypeptide inhibitor of viral replication |
US5993935A (en) | 1991-10-11 | 1999-11-30 | 3M Innovative Properties Company | Covalently reactive particles incorporated in a continous porous matrix |
US5516635A (en) | 1991-10-15 | 1996-05-14 | Ekins; Roger P. | Binding assay employing labelled reagent |
US6017696A (en) | 1993-11-01 | 2000-01-25 | Nanogen, Inc. | Methods for electronic stringency control for molecular biological analysis and diagnostics |
US5849486A (en) | 1993-11-01 | 1998-12-15 | Nanogen, Inc. | Methods for hybridization analysis utilizing electrically controlled hybridization |
US5605662A (en) | 1993-11-01 | 1997-02-25 | Nanogen, Inc. | Active programmable electronic devices for molecular biological analysis and diagnostics |
US6048690A (en) | 1991-11-07 | 2000-04-11 | Nanogen, Inc. | Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis |
US5632957A (en) | 1993-11-01 | 1997-05-27 | Nanogen | Molecular biological diagnostic systems including electrodes |
IL103674A0 (en) | 1991-11-19 | 1993-04-04 | Houston Advanced Res Center | Method and apparatus for molecule detection |
US5846708A (en) | 1991-11-19 | 1998-12-08 | Massachusetts Institiute Of Technology | Optical and electrical methods and apparatus for molecule detection |
US5652059A (en) | 1991-11-20 | 1997-07-29 | Bar Ilan University | Method for attaching microspheres to a substrate |
US5326691A (en) | 1991-11-21 | 1994-07-05 | John Hozier | Micro-libraries and methods of making and manipulating them methods for generating and analyzing micro-libraries |
US5412087A (en) | 1992-04-24 | 1995-05-02 | Affymax Technologies N.V. | Spatially-addressable immobilization of oligonucleotides and other biological polymers on surfaces |
US5348853A (en) | 1991-12-16 | 1994-09-20 | Biotronics Corporation | Method for reducing non-specific priming in DNA amplification |
US5248772A (en) | 1992-01-29 | 1993-09-28 | Coulter Corporation | Formation of colloidal metal dispersions using aminodextrans as reductants and protective agents |
US5221417A (en) | 1992-02-20 | 1993-06-22 | At&T Bell Laboratories | Conductive adhesive film techniques |
JPH07112539B2 (ja) | 1992-04-15 | 1995-12-06 | 工業技術院長 | 微小粒子の作製方法及びその装置 |
US5667667A (en) | 1992-04-24 | 1997-09-16 | Isis Innovation Limited | Electrochemical treatment of surfaces |
US5498392A (en) | 1992-05-01 | 1996-03-12 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale polynucleotide amplification device and method |
US5587128A (en) | 1992-05-01 | 1996-12-24 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale polynucleotide amplification devices |
US5308586A (en) | 1992-05-01 | 1994-05-03 | General Atomics | Electrostatic separator using a bead bed |
HU9201687D0 (en) | 1992-05-21 | 1992-08-28 | Arpad Furka | Preparation of sets from peptid mixtures with polycomponents and their use for the identification of biologically active peptides |
GB9211176D0 (en) | 1992-05-27 | 1992-07-08 | Central Blood Lab Authority | Assay |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
WO1993025563A1 (en) | 1992-06-17 | 1993-12-23 | City Of Hope | A method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
EP0647338B1 (en) | 1992-06-24 | 1996-06-05 | LYONS, Timothy, Simon | A keyboard assembly |
AU4329093A (en) | 1992-07-02 | 1994-01-31 | Erkki Soini | Biospecific multiparameter assay method |
US5329461A (en) | 1992-07-23 | 1994-07-12 | Acrogen, Inc. | Digital analyte detection system |
US5674698A (en) | 1992-09-14 | 1997-10-07 | Sri International | Up-converting reporters for biological and other assays using laser excitation techniques |
US5415835A (en) | 1992-09-16 | 1995-05-16 | University Of New Mexico | Method for fine-line interferometric lithography |
KR960003373B1 (ko) | 1992-09-29 | 1996-03-09 | 후지쓰 가부시키가이샤 | 프로그래머블 논리회로 |
US5565324A (en) | 1992-10-01 | 1996-10-15 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
US5714340A (en) | 1992-12-22 | 1998-02-03 | Johnson & Johnson Clinical Diagnostics, Inc. | Immunoassay elements having a receptor zone |
US5298741A (en) | 1993-01-13 | 1994-03-29 | Trustees Of Tufts College | Thin film fiber optic sensor array and apparatus for concurrent viewing and chemical sensing of a sample |
JPH08505531A (ja) | 1993-01-15 | 1996-06-18 | ザ パブリック ヘルス リサーチ インスティチュート オブ ザ シティー オブ ニューヨーク インク | Rnaバイナリ・プローブとリボザイムリガーゼを用いたrna検定法 |
US5637508A (en) | 1993-03-26 | 1997-06-10 | Geo-Centers, Inc. | Biomolecules bound to polymer or copolymer coated catalytic inorganic particles, immunoassays using the same and kits containing the same |
US5643765A (en) | 1993-04-06 | 1997-07-01 | University Of Rochester | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
US5639606A (en) | 1993-04-06 | 1997-06-17 | The University Of Rochester | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
JP2842758B2 (ja) | 1993-05-10 | 1999-01-06 | 株式会社日立製作所 | 自動分析装置 |
JP3394777B2 (ja) | 1993-05-27 | 2003-04-07 | セレクタイド コーポレーション | 位相学的に分離された、コードされた固相ライブラリー |
US5840485A (en) | 1993-05-27 | 1998-11-24 | Selectide Corporation | Topologically segregated, encoded solid phase libraries |
US5528392A (en) | 1993-06-07 | 1996-06-18 | Fuji Photo Film Co., Ltd. | Image-forming apparatus having liquid crystal and photoconductive members and using the same light beam for reading and writing |
CA2123940A1 (en) | 1993-06-21 | 1994-12-22 | Philip A. Guadagno | Electrophoresis plate |
US5837832A (en) | 1993-06-25 | 1998-11-17 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes on biological chips |
US5648124A (en) | 1993-07-09 | 1997-07-15 | Seradyn, Inc. | Process for preparing magnetically responsive microparticles |
US5837501A (en) | 1993-07-09 | 1998-11-17 | Akzo Nobel N.V. | Nucleic acid quantitation by co-amplification of target with multiple internal controls |
US6087186A (en) | 1993-07-16 | 2000-07-11 | Irori | Methods and apparatus for synthesizing labeled combinatorial chemistry libraries |
GB9315847D0 (en) | 1993-07-30 | 1993-09-15 | Isis Innovation | Tag reagent and assay method |
RU2041261C1 (ru) | 1993-08-11 | 1995-08-09 | Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН | Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей |
US5382512A (en) | 1993-08-23 | 1995-01-17 | Chiron Corporation | Assay device with captured particle reagent |
US6251687B1 (en) | 1993-09-24 | 2001-06-26 | Biosite Diagnostics, Inc. | Fluorescence energy transfer and intramolecular energy transfer in particles using novel compounds |
PL180521B1 (pl) | 1993-09-27 | 2001-02-28 | Arch Dev Corp | Sposoby i zestawy do identyfikacji sekwencji nukleotydowychw docelowym kwasie nukleinowym PL PL PL PL PL PL PL |
US5447440A (en) | 1993-10-28 | 1995-09-05 | I-Stat Corporation | Apparatus for assaying viscosity changes in fluid samples and method of conducting same |
US6309602B1 (en) | 1993-11-01 | 2001-10-30 | Nanogen, Inc. | Stacked, reconfigurable system for electrophoretic transport of charged materials |
US6319472B1 (en) | 1993-11-01 | 2001-11-20 | Nanogen, Inc. | System including functionally separated regions in electrophoretic system |
US6068818A (en) | 1993-11-01 | 2000-05-30 | Nanogen, Inc. | Multicomponent devices for molecular biological analysis and diagnostics |
US5965452A (en) | 1996-07-09 | 1999-10-12 | Nanogen, Inc. | Multiplexed active biologic array |
US6254827B1 (en) | 1993-11-01 | 2001-07-03 | Nanogen, Inc. | Methods for fabricating multi-component devices for molecular biological analysis and diagnostics |
BR9407947A (pt) | 1993-11-02 | 1996-11-26 | Affymax Tech Nv | Processo para sintetizar moléculas diversas em uma pluralidade de substratos e uma coleçao molecular etiquetade para realizaçao reaçoes de copulaçao em contas em paralelo para triar uma coleçao molecular etiquetada para detectar a presença de um ou mais diferentes etiquetas e para determinar a sequência de síntese aparelho para reaçoes de copulaçao paralelas em suportes sólidos bloco de alinhamento ótico para uso com um detector ótico sistemas de distribuiçao para distribuir reagentes dispositiv |
US5610287A (en) | 1993-12-06 | 1997-03-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for immobilizing nucleic acid molecules |
GB9326450D0 (en) | 1993-12-24 | 1994-02-23 | Multilyte Ltd | Binding assay |
US5496997A (en) | 1994-01-03 | 1996-03-05 | Pope; Edward J. A. | Sensor incorporating an optical fiber and a solid porous inorganic microsphere |
GB9401833D0 (en) | 1994-02-01 | 1994-03-30 | Isis Innovation | Method for discovering ligands |
WO1995021271A1 (en) | 1994-02-07 | 1995-08-10 | Molecular Tool, Inc. | Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysistm of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis |
US6090555A (en) | 1997-12-11 | 2000-07-18 | Affymetrix, Inc. | Scanned image alignment systems and methods |
US5468649A (en) | 1994-02-15 | 1995-11-21 | Abbott Laboratories | Process for labeling acridinium to microparticles and application in an instrument |
IL108726A (en) | 1994-02-22 | 1999-12-31 | Yissum Res Dev Co | Electrobiochemical method and system for the determination of an analyte which is a member of a recognition pair in a liquid medium and electrodes therefor |
GB9404709D0 (en) | 1994-03-11 | 1994-04-27 | Multilyte Ltd | Binding assay |
US5599666A (en) | 1994-03-28 | 1997-02-04 | Promega Corporation | Allelic ladders for short tandem repeat loci |
IL109240A (en) | 1994-04-07 | 1998-02-22 | Yeda Res & Dev | Ion exchange membranes |
US5602042A (en) | 1994-04-14 | 1997-02-11 | Cytyc Corporation | Method and apparatus for magnetically separating biological particles from a mixture |
US5571639A (en) | 1994-05-24 | 1996-11-05 | Affymax Technologies N.V. | Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks |
US5549974A (en) | 1994-06-23 | 1996-08-27 | Affymax Technologies Nv | Methods for the solid phase synthesis of thiazolidinones, metathiazanones, and derivatives thereof |
DE4421901A1 (de) | 1994-06-23 | 1996-01-04 | Bayer Ag | Ein DNA-Schnelltest zum Nachweis von chinolonresistenten Staphylococcus aureus Erregern in klinischem Probenmaterial |
US5763198A (en) | 1994-07-22 | 1998-06-09 | Sugen, Inc. | Screening assays for compounds |
WO1996003212A1 (en) | 1994-07-26 | 1996-02-08 | Sydney Brenner | Multidimensional conduit combinatorial library synthesis device |
US6001229A (en) | 1994-08-01 | 1999-12-14 | Lockheed Martin Energy Systems, Inc. | Apparatus and method for performing microfluidic manipulations for chemical analysis |
US5512490A (en) | 1994-08-11 | 1996-04-30 | Trustees Of Tufts College | Optical sensor, optical sensing apparatus, and methods for detecting an analyte of interest using spectral recognition patterns |
US5582988A (en) | 1994-09-15 | 1996-12-10 | Johnson & Johnson Clinical Diagnostics, Inc. | Methods for capture and selective release of nucleic acids using weakly basic polymer and amplification of same |
US5705628A (en) | 1994-09-20 | 1998-01-06 | Whitehead Institute For Biomedical Research | DNA purification and isolation using magnetic particles |
US5843660A (en) | 1994-09-30 | 1998-12-01 | Promega Corporation | Multiplex amplification of short tandem repeat loci |
CA2118048C (en) | 1994-09-30 | 2003-04-08 | James W. Schumm | Multiplex amplification of short tandem repeat loci |
JP2792532B2 (ja) | 1994-09-30 | 1998-09-03 | 日本電気株式会社 | 半導体装置の製造方法及び半導体ウエハー |
US6103379A (en) | 1994-10-06 | 2000-08-15 | Bar-Ilan University | Process for the preparation of microspheres and microspheres made thereby |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5556752A (en) | 1994-10-24 | 1996-09-17 | Affymetrix, Inc. | Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA |
EP0788634B1 (en) | 1994-10-25 | 2000-03-08 | United Parcel Service Of America, Inc. | Automatic electronic camera for label image capture |
US5585069A (en) | 1994-11-10 | 1996-12-17 | David Sarnoff Research Center, Inc. | Partitioned microelectronic and fluidic device array for clinical diagnostics and chemical synthesis |
GB2295152A (en) | 1994-11-18 | 1996-05-22 | Pfizer Ltd | Preparation of a library of compounds by solid-phase synthesis |
US5527710A (en) | 1994-12-02 | 1996-06-18 | Igen, Inc. | Rate measurements of biomolecular reactions using electrochemiluminescence |
US5789147A (en) | 1994-12-05 | 1998-08-04 | New York Blood Center, Inc. | Method for concentrating white cells from whole blood by adding a red cell sedimentation reagent to whole anticoagulated blood |
KR0158780B1 (ko) | 1994-12-22 | 1998-11-16 | 가네꼬 히사시 | 화학 증착법에 의한 박막형성 방법 및 장치 |
US5567304A (en) | 1995-01-03 | 1996-10-22 | Ibm Corporation | Elimination of island formation and contact resistance problems during electroetching of blanket or patterned thin metallic layers on insulating substrate |
US5834590A (en) | 1995-02-22 | 1998-11-10 | Eastern Virginia Medical School Of The Medical College Of Hampton Roads | Ingap protein involved in pancreatic islet neogenesis |
US5959098A (en) | 1996-04-17 | 1999-09-28 | Affymetrix, Inc. | Substrate preparation process |
EP2280268B1 (en) | 1995-03-10 | 2014-09-03 | Meso Scale Technologies, LLC. | Multi-array, multi-specific electrochemiluminescence testing |
US6207369B1 (en) | 1995-03-10 | 2001-03-27 | Meso Scale Technologies, Llc | Multi-array, multi-specific electrochemiluminescence testing |
AU5110096A (en) | 1995-03-28 | 1996-10-16 | Novartis Ag | Process for the production of combinatorial compound libraries |
GB9507238D0 (en) | 1995-04-07 | 1995-05-31 | Isis Innovation | Detecting dna sequence variations |
US5961923A (en) | 1995-04-25 | 1999-10-05 | Irori | Matrices with memories and uses thereof |
US5751629A (en) | 1995-04-25 | 1998-05-12 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
US5690894A (en) | 1995-05-23 | 1997-11-25 | The Regents Of The University Of California | High density array fabrication and readout method for a fiber optic biosensor |
WO1996040709A1 (en) | 1995-06-07 | 1996-12-19 | Perseptive Biosystems, Inc. | Pna-dna chimeras and pna synthons for their preparation |
EP0832287B1 (en) | 1995-06-07 | 2007-10-10 | Solexa, Inc | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5545531A (en) | 1995-06-07 | 1996-08-13 | Affymax Technologies N.V. | Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays |
AU702083B2 (en) | 1995-06-08 | 1999-02-11 | Bayer Healthcare Llc | Micro-electrophoresis chip for moving and separating nucleicacids and other charged molecules |
US5716852A (en) | 1996-03-29 | 1998-02-10 | University Of Washington | Microfabricated diffusion-based chemical sensor |
US5728529A (en) | 1995-06-23 | 1998-03-17 | Baylor College Of Medicine | Alternative dye-labeled ribonucleotides, deoxyribonucleotides, and dideoxyribonucleotides for automated DNA analysis |
JP2965131B2 (ja) | 1995-07-07 | 1999-10-18 | 東洋紡績株式会社 | 核酸結合用磁性担体およびそれを用いる核酸単離方法 |
US6515649B1 (en) | 1995-07-20 | 2003-02-04 | E Ink Corporation | Suspended particle displays and materials for making the same |
DE19528029B4 (de) | 1995-07-31 | 2008-01-10 | Chemagen Biopolymer-Technologie Aktiengesellschaft | Magnetische Polymerpartikel auf der Basis von Polyvinylalkohol, Verfahren für ihre Herstellung und Verwendung |
CA2229605A1 (en) | 1995-08-17 | 1997-02-27 | The Regents Of The University Of California | Genes and proteins controlling cholesterol synthesis |
US5660990A (en) | 1995-08-18 | 1997-08-26 | Immunivest Corporation | Surface immobilization of magnetically collected materials |
US6200737B1 (en) | 1995-08-24 | 2001-03-13 | Trustees Of Tufts College | Photodeposition method for fabricating a three-dimensional, patterned polymer microstructure |
US5633724A (en) | 1995-08-29 | 1997-05-27 | Hewlett-Packard Company | Evanescent scanning of biochemical array |
US5994066A (en) | 1995-09-11 | 1999-11-30 | Infectio Diagnostic, Inc. | Species-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories |
ATE496288T1 (de) | 1995-10-11 | 2011-02-15 | Luminex Corp | Gleichzeitige mehrfachanalyse klinischer proben |
US5981180A (en) | 1995-10-11 | 1999-11-09 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
US5866331A (en) | 1995-10-20 | 1999-02-02 | University Of Massachusetts | Single molecule detection by in situ hybridization |
US6015664A (en) | 1995-11-03 | 2000-01-18 | Mcw Research Foundation | Multiplex PCR assay using unequal primer concentrations to detect HPIV 1,2,3 and RSV A,B and influenza virus A, B |
US5744299A (en) | 1995-11-03 | 1998-04-28 | Mcw Research Foundation | Human parainfluenza virus-1 assay |
US5722470A (en) | 1995-11-09 | 1998-03-03 | Glaxo Group Limited | Bead dispensing device and methods |
US5763175A (en) | 1995-11-17 | 1998-06-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides |
US5763263A (en) | 1995-11-27 | 1998-06-09 | Dehlinger; Peter J. | Method and apparatus for producing position addressable combinatorial libraries |
US5633972A (en) | 1995-11-29 | 1997-05-27 | Trustees Of Tufts College | Superresolution imaging fiber for subwavelength light energy generation and near-field optical microscopy |
US5814524A (en) | 1995-12-14 | 1998-09-29 | Trustees Of Tufts College | Optical sensor apparatus for far-field viewing and making optical analytical measurements at remote locations |
US6156502A (en) | 1995-12-21 | 2000-12-05 | Beattie; Kenneth Loren | Arbitrary sequence oligonucleotide fingerprinting |
US20010018514A1 (en) | 1998-07-31 | 2001-08-30 | Mcgall Glenn H. | Nucleic acid labeling compounds |
US5766963A (en) | 1996-01-26 | 1998-06-16 | Pharmacopeia, Inc. | Combination hydroxypropylamine library |
DE29601618U1 (de) | 1996-01-31 | 1996-07-04 | InViTek GmbH, 13125 Berlin | Vorrichtung zur gleichzeitigen multiplen Isolierung |
US5723233A (en) | 1996-02-27 | 1998-03-03 | Lsi Logic Corporation | Optical proximity correction method and apparatus |
CA2247625C (en) | 1996-02-29 | 2006-05-30 | Minnesota Mining And Manufacturing Company | Display brightness enhancement film |
US6297062B1 (en) | 1996-03-07 | 2001-10-02 | Bio-Magnetics Ltd. | Separation by magnetic particles |
US5747349A (en) | 1996-03-20 | 1998-05-05 | University Of Washington | Fluorescent reporter beads for fluid analysis |
US6193866B1 (en) | 1996-03-27 | 2001-02-27 | Curagen Corporation | Separation of charged particles by a spatially and temporally varying electric field |
US6074609A (en) | 1996-04-24 | 2000-06-13 | Glaxo Wellcome Inc. | Systems for arraying beads |
US7041510B2 (en) | 1996-04-25 | 2006-05-09 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
US6958245B2 (en) | 1996-04-25 | 2005-10-25 | Bioarray Solutions Ltd. | Array cytometry |
US6387707B1 (en) | 1996-04-25 | 2002-05-14 | Bioarray Solutions | Array Cytometry |
US7144119B2 (en) | 1996-04-25 | 2006-12-05 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
ES2288760T3 (es) | 1996-04-25 | 2008-01-16 | Bioarray Solutions Ltd. | Ensamblaje electrocinetico controlado por luz de particulas proximas a superficies. |
US6083699A (en) | 1996-05-01 | 2000-07-04 | Visible Genetics Inc. | Method for bi-directional sequencing of nucleic acid polymers |
US5900949A (en) | 1996-05-23 | 1999-05-04 | Hewlett-Packard Company | CCD imager for confocal scanning microscopy |
JP3445455B2 (ja) | 1996-05-24 | 2003-09-08 | ペンタックス株式会社 | 画像記録装置 |
CA2255774C (en) | 1996-05-29 | 2008-03-18 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
US5989835A (en) | 1997-02-27 | 1999-11-23 | Cellomics, Inc. | System for cell-based screening |
CA2258489C (en) | 1996-06-28 | 2004-01-27 | Caliper Technologies Corporation | High-throughput screening assay systems in microscale fluidic devices |
NL1003570C2 (nl) | 1996-07-11 | 1998-01-15 | Stichting Centraal Lab | Methode voor antigeen- en antistofbepaling in de bloedgroepserologie. |
US6075905A (en) | 1996-07-17 | 2000-06-13 | Sarnoff Corporation | Method and apparatus for mosaic image construction |
US6312134B1 (en) | 1996-07-25 | 2001-11-06 | Anvik Corporation | Seamless, maskless lithography system using spatial light modulator |
WO1998004950A1 (en) | 1996-07-25 | 1998-02-05 | Anvik Corporation | Seamless, maskless lithography system using spatial light modulator |
GB9615775D0 (en) | 1996-07-26 | 1996-09-04 | British Tech Group | Apparatus and method for characterising particles using dielectrophoresis |
US6506564B1 (en) | 1996-07-29 | 2003-01-14 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
ATE309556T1 (de) | 1996-08-01 | 2005-11-15 | Loctite Ireland Ltd | Verfahren zur erzeugung einer monoschicht von teilchen und damit hergestellte produkte |
WO1998005950A1 (en) | 1996-08-02 | 1998-02-12 | Dionex Corporation | Electromigration injection from a microreservoir-electrode in capillary separation systems |
US5831046A (en) | 1996-08-05 | 1998-11-03 | Prolinx, Incorporated | Boronic acid-contaning nucleic acid monomers |
US5792430A (en) | 1996-08-12 | 1998-08-11 | Monsanto Company | Solid phase organic synthesis device with pressure-regulated manifold |
US6203993B1 (en) | 1996-08-14 | 2001-03-20 | Exact Science Corp. | Methods for the detection of nucleic acids |
DE19633997C1 (de) | 1996-08-23 | 1998-03-26 | Univ Stuttgart | Bildübertragende Objektfernuntersuchungseinrichtung |
US5766711A (en) | 1996-08-29 | 1998-06-16 | Barmakian; Andrew | Composite camel structure and method for manufacture |
US6120666A (en) | 1996-09-26 | 2000-09-19 | Ut-Battelle, Llc | Microfabricated device and method for multiplexed electrokinetic focusing of fluid streams and a transport cytometry method using same |
US6124092A (en) | 1996-10-04 | 2000-09-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Multiplex polynucleotide capture methods and compositions |
US6209589B1 (en) | 1996-10-21 | 2001-04-03 | Smithkline Beecham Plc | Apparatus and method for distributing beads |
US5786219A (en) | 1996-10-28 | 1998-07-28 | Molecular Probes, Inc. | Microspheres with fluorescent spherical zones |
US6018350A (en) | 1996-10-29 | 2000-01-25 | Real 3D, Inc. | Illumination and shadow simulation in a computer graphics/imaging system |
CA2189486A1 (en) | 1996-11-04 | 1998-05-04 | Yves St-Pierre | Analysis of enzyme activity using immobilized fluorescence-labeled substrates |
US6133436A (en) | 1996-11-06 | 2000-10-17 | Sequenom, Inc. | Beads bound to a solid support and to nucleic acids |
US5900481A (en) | 1996-11-06 | 1999-05-04 | Sequenom, Inc. | Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports |
US20020031841A1 (en) | 1996-11-06 | 2002-03-14 | Asher Sanford A. | Colorimetric reagent |
US5965235A (en) | 1996-11-08 | 1999-10-12 | The Procter & Gamble Co. | Three-dimensional, amorphous-patterned, nesting-resistant sheet materials and method and apparatus for making same |
US5776711A (en) | 1996-11-12 | 1998-07-07 | The Regents Of The University Of California | Simultaneous human ABO and RH(D) blood typing or antibody screening by flow cytometry |
US5855753A (en) | 1996-11-26 | 1999-01-05 | The Trustees Of Princeton University | Method for electrohydrodynamically assembling patterned colloidal structures |
EP1015872B1 (en) | 1996-12-12 | 2005-03-02 | Prolume, Ltd. | Apparatus and method for detecting and identifying infectious agents |
US5905024A (en) | 1996-12-17 | 1999-05-18 | University Of Chicago | Method for performing site-specific affinity fractionation for use in DNA sequencing |
JP4663824B2 (ja) | 1996-12-31 | 2011-04-06 | ハイ スループット ジェノミクス インコーポレイテッド | 多重化分子分析装置および方法 |
US6025905A (en) | 1996-12-31 | 2000-02-15 | Cognex Corporation | System for obtaining a uniform illumination reflectance image during periodic structured illumination |
AU6024598A (en) | 1997-01-10 | 1998-08-03 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Hybridization-based genetic amplification and analysis |
US6027945A (en) | 1997-01-21 | 2000-02-22 | Promega Corporation | Methods of isolating biological target materials using silica magnetic particles |
US5939021A (en) | 1997-01-23 | 1999-08-17 | Hansen; W. Peter | Homogeneous binding assay |
US5812272A (en) | 1997-01-30 | 1998-09-22 | Hewlett-Packard Company | Apparatus and method with tiled light source array for integrated assay sensing |
JP3630906B2 (ja) | 1997-02-18 | 2005-03-23 | キヤノン株式会社 | 立体画像表示装置 |
AU736701B2 (en) | 1997-02-27 | 2001-08-02 | Ingeneus Corporation | Assaying nucleotides in solution using PNA probes |
US6023540A (en) | 1997-03-14 | 2000-02-08 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensor with encoded microspheres |
US6327410B1 (en) | 1997-03-14 | 2001-12-04 | The Trustees Of Tufts College | Target analyte sensors utilizing Microspheres |
EP1007535A4 (en) | 1997-03-21 | 2003-01-02 | Musc Found For Res Dev | METHOD AND PREPARATIONS FOR DIAGNOSTIC AND TREATMENT OF BREAST CANCER |
US6235471B1 (en) | 1997-04-04 | 2001-05-22 | Caliper Technologies Corp. | Closed-loop biochemical analyzers |
US6193951B1 (en) | 1997-04-30 | 2001-02-27 | Point Biomedical Corporation | Microparticles useful as ultrasonic contrast agents |
US6106685A (en) | 1997-05-13 | 2000-08-22 | Sarnoff Corporation | Electrode combinations for pumping fluids |
JP4302780B2 (ja) | 1997-05-23 | 2009-07-29 | バイオアレイ ソリューションズ エルエルシー | マトリックスで結合された化合物の色別コード化とインシトゥ探索 |
US5948627A (en) | 1997-05-30 | 1999-09-07 | One Lambda | Immunobead flow cytometric detection of anti-HLA panel-reactive antibody |
US5876946A (en) | 1997-06-03 | 1999-03-02 | Pharmacopeia, Inc. | High-throughput assay |
WO1998056954A1 (en) | 1997-06-13 | 1998-12-17 | Affymetrix, Inc. | Method to detect gene polymorphisms and monitor allelic expression employing a probe array |
US6060243A (en) | 1997-07-17 | 2000-05-09 | Procrea Biosciences Inc. | Primers for obtaining highly informative DNA markers |
EP1012335A4 (en) | 1997-08-15 | 2004-06-09 | Hyseq Inc | METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION OR QUANTIFICATION OF NUCLEIC ACID SPECIES |
US7099777B1 (en) | 1997-09-05 | 2006-08-29 | Affymetrix, Inc. | Techniques for identifying confirming mapping and categorizing nucleic acids |
US6540895B1 (en) | 1997-09-23 | 2003-04-01 | California Institute Of Technology | Microfabricated cell sorter for chemical and biological materials |
US6130101A (en) | 1997-09-23 | 2000-10-10 | Molecular Probes, Inc. | Sulfonated xanthene derivatives |
US5948621A (en) | 1997-09-30 | 1999-09-07 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Direct molecular patterning using a micro-stamp gel |
US7115884B1 (en) | 1997-10-06 | 2006-10-03 | Trustees Of Tufts College | Self-encoding fiber optic sensor |
JP4357112B2 (ja) | 1997-10-14 | 2009-11-04 | ルミネックス コーポレイション | 精密蛍光染色された粒子及びその製造及び使用方法 |
US6014451A (en) | 1997-10-17 | 2000-01-11 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Remote imaging system for plant diagnosis |
US6077669A (en) | 1997-11-04 | 2000-06-20 | Becton Dickinson And Company | Kit and method for fluorescence based detection assay |
US5922617A (en) | 1997-11-12 | 1999-07-13 | Functional Genetics, Inc. | Rapid screening assay methods and devices |
EP1248110A3 (en) | 1997-11-18 | 2005-01-26 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Multiplex flow immunoassays with magnetic particles as solid phase |
US6013449A (en) | 1997-11-26 | 2000-01-11 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Probe-based analysis of heterozygous mutations using two-color labelling |
US6232066B1 (en) | 1997-12-19 | 2001-05-15 | Neogen, Inc. | High throughput assay system |
JP2002501174A (ja) | 1997-12-30 | 2002-01-15 | ルマクル,ジョゼ | ディスク表面上に固定された捕獲分子を含む方法 |
WO1999036564A1 (en) | 1998-01-16 | 1999-07-22 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
US6167910B1 (en) | 1998-01-20 | 2001-01-02 | Caliper Technologies Corp. | Multi-layer microfluidic devices |
US6200814B1 (en) | 1998-01-20 | 2001-03-13 | Biacore Ab | Method and device for laminar flow on a sensing surface |
JP3468750B2 (ja) | 1998-01-22 | 2003-11-17 | ルミネックス コーポレイション | 多数の蛍光シグナルを有する微小粒子 |
US6123263A (en) | 1998-01-29 | 2000-09-26 | Meta Holdings Corporation | Hand held dataform reader having strobing ultraviolet light illumination assembly for reading fluorescent dataforms |
US6238863B1 (en) | 1998-02-04 | 2001-05-29 | Promega Corporation | Materials and methods for indentifying and analyzing intermediate tandem repeat DNA markers |
ATE469982T1 (de) | 1998-02-04 | 2010-06-15 | Life Technologies Corp | Bestimmung des genotyps eines amplifikationsproduktes an mehreren allelen stellen |
US5994079A (en) | 1998-02-06 | 1999-11-30 | Digene Corporation | Direct detection of RNA mediated by reverse transcriptase lacking RNAse H function |
US6349144B1 (en) | 1998-02-07 | 2002-02-19 | Biodiscovery, Inc. | Automated DNA array segmentation and analysis |
CA2320390C (en) | 1998-02-11 | 2010-06-08 | Perkin-Elmer Corporation | Pna and dna conjugates and methods for preparation thereof |
US6122599A (en) | 1998-02-13 | 2000-09-19 | Mehta; Shailesh | Apparatus and method for analyzing particles |
US6096368A (en) | 1998-02-19 | 2000-08-01 | Delsys Pharmaceutical Corporation | Bead transporter chucks using repulsive field guidance and method |
GB9803684D0 (en) | 1998-02-24 | 1998-04-15 | Genevac Ltd | Method and apparatus for controlling temperature during evaporation of samples |
US6318970B1 (en) | 1998-03-12 | 2001-11-20 | Micralyne Inc. | Fluidic devices |
US5988432A (en) | 1998-03-25 | 1999-11-23 | Sarnoff Corporation | Bead manipulating chucks with bead size selector |
DE19815129A1 (de) | 1998-04-03 | 1999-10-07 | Basf Ag | Präzipitierte, wasserunlösliche Farbstoffe in kolloid-disperser Form |
IL138668A0 (en) | 1998-04-03 | 2001-10-31 | Phylos Inc | Addressable protein arrays |
US6022716A (en) | 1998-04-10 | 2000-02-08 | Genset Sa | High throughput DNA sequencing vector |
US6355419B1 (en) | 1998-04-27 | 2002-03-12 | Hyseq, Inc. | Preparation of pools of nucleic acids based on representation in a sample |
US5952131A (en) | 1998-04-27 | 1999-09-14 | Xerox Corporation | Core and shell matrix compositions and processes |
US20030087228A1 (en) | 1998-05-06 | 2003-05-08 | Cynthia Bamdad | Electronic detection of nucleic acids using monolayers |
AU4194899A (en) | 1998-05-21 | 1999-12-06 | Hyseq, Inc. | Linear arrays of immobilized compounds and methods of using same |
US6251592B1 (en) | 1998-05-26 | 2001-06-26 | Procrea Biosciences Inc. | STR marker system for DNA fingerprinting |
US6139831A (en) | 1998-05-28 | 2000-10-31 | The Rockfeller University | Apparatus and method for immobilizing molecules onto a substrate |
US6699659B2 (en) | 1998-06-01 | 2004-03-02 | Affymetrix, Inc. | Products and methods for analyzing nucleic acids including identification of substitutions, insertions and deletions |
US6251595B1 (en) | 1998-06-18 | 2001-06-26 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and devices for carrying out chemical reactions |
US6290839B1 (en) | 1998-06-23 | 2001-09-18 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Systems for electrophoretic transport and detection of analytes |
EP2360271A1 (en) | 1998-06-24 | 2011-08-24 | Illumina, Inc. | Decoding of array sensors with microspheres |
US6361945B1 (en) | 1998-07-02 | 2002-03-26 | Gen-Probe Incorporated | Molecular torches |
AR020329A1 (es) | 1998-07-09 | 2002-05-08 | Boehringer Ingelheim Pharma | UNA SUSTANCIA, EN PARTICULAR UNA RIBOZIMA, CAPAZ DE INHIBIR LA EXPRESION DE PRESENILINA 2, UNA MOLECULA DE DNA RECOMBINANTE QUE CODIFICA DICHA RIBOZIMA, UNVECTOR RECOMBINANTE QUE COMPRENDE EL cDNA CORRESPONDIENTE A DICHA RIBOZIMA, UNA CELULA HOSPEDADORA QUE COMPRENDE DICHO VECTOR RECOMBINANTE, UNA C |
US6406921B1 (en) | 1998-07-14 | 2002-06-18 | Zyomyx, Incorporated | Protein arrays for high-throughput screening |
US6908770B1 (en) | 1998-07-16 | 2005-06-21 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Fluid based analysis of multiple analytes by a sensor array |
US5998175A (en) | 1998-07-24 | 1999-12-07 | Lumigen, Inc. | Methods of synthesizing and amplifying polynucleotides by ligation of multiple oligomers |
DE69800630T2 (de) | 1998-07-29 | 2001-08-23 | Agilent Technologies, Inc. | Chip zur elektroforetischen Trennung von Molekülen und Verfahren zur Verwendung desselben |
CA2336564C (en) | 1998-07-30 | 2011-06-28 | Amdex A/S | Method for preparing water-soluble cross-linked conjugates |
US6132685A (en) | 1998-08-10 | 2000-10-17 | Caliper Technologies Corporation | High throughput microfluidic systems and methods |
US6126731A (en) | 1998-08-21 | 2000-10-03 | Idea Development Company | Polymerizable ink composition |
US6306643B1 (en) | 1998-08-24 | 2001-10-23 | Affymetrix, Inc. | Methods of using an array of pooled probes in genetic analysis |
US6136468A (en) | 1998-08-25 | 2000-10-24 | Timer Technologies, Llc | Electrochemical cell with deferred assembly |
WO2000013004A2 (en) | 1998-08-26 | 2000-03-09 | Trustees Of Tufts College | Combinatorial polymer synthesis of sensors for polymer-based sensor arrays |
JP3829491B2 (ja) | 1998-08-27 | 2006-10-04 | 株式会社日立製作所 | プローブチップ、プローブチップ作成方法、試料検出方法、及び試料検出装置 |
JP2002523781A (ja) | 1998-08-28 | 2002-07-30 | フェビット フェラリウス バイオテクノロジー ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング | 生化学的反応支持体の製造および/または製造のための方法および装置 |
US6642062B2 (en) | 1998-09-03 | 2003-11-04 | Trellis Bioinformatics, Inc. | Multihued labels |
US6136171A (en) | 1998-09-18 | 2000-10-24 | The University Of Utah Research Foundation | Micromachined electrical field-flow fractionation system |
AU6277799A (en) | 1998-10-02 | 2000-04-26 | Eli Lilly And Company | Il-17 homolog nucleic acids, polypeptides, vectors, host cells, methods and usesthereof |
WO2000022172A1 (en) | 1998-10-13 | 2000-04-20 | Clontech Laboratories, Inc. | Nucleic acid arrays |
US6480791B1 (en) | 1998-10-28 | 2002-11-12 | Michael P. Strathmann | Parallel methods for genomic analysis |
US6452851B1 (en) | 1998-10-29 | 2002-09-17 | Hitachi, Ltd. | Semiconductor integrated circuit device |
US6187540B1 (en) | 1998-11-09 | 2001-02-13 | Identigene, Inc. | Method of newborn identification and tracking |
US20030012699A1 (en) | 1998-11-18 | 2003-01-16 | Thomas Moore | Simultaneous handling of magnetic beads in a two-dimensional arrangement |
US6271856B1 (en) | 1998-11-19 | 2001-08-07 | Paraform, Inc. | Creating and modifying parameterizations of surfaces |
GB9825958D0 (en) | 1998-11-26 | 1999-01-20 | Smith James L | Load-bearing structures |
US6872546B1 (en) | 1998-12-23 | 2005-03-29 | Human Genome Sciences, Inc. | Hyaluronan-binding proteins and encoding genes |
US6429027B1 (en) | 1998-12-28 | 2002-08-06 | Illumina, Inc. | Composite arrays utilizing microspheres |
AU780119B2 (en) | 1999-01-06 | 2005-03-03 | Cornell Research Foundation Inc. | Accelerating identification of single nucleotide polymorphisms and alignment of clones in genomic sequencing |
WO2000043552A2 (en) | 1999-01-25 | 2000-07-27 | Ut-Battelle, Llc | Multifunctional and multispectral biosensor devices and methods of use |
JP3756007B2 (ja) | 1999-01-28 | 2006-03-15 | 富士写真フイルム株式会社 | 乾式分析方法及び乾式分析要素 |
DE19904674A1 (de) | 1999-02-04 | 2000-08-31 | Haemosys Gmbh | Verfahren zur Bestimmung der Konzentration von Thrombininhibitoren |
US20020150909A1 (en) | 1999-02-09 | 2002-10-17 | Stuelpnagel John R. | Automated information processing in randomly ordered arrays |
AU771458B2 (en) | 1999-02-09 | 2004-03-25 | Illumina, Inc. | Automated information processing in randomly ordered arrays |
US6294063B1 (en) | 1999-02-12 | 2001-09-25 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method and apparatus for programmable fluidic processing |
US6153389A (en) | 1999-02-22 | 2000-11-28 | Haarer; Brian K. | DNA additives as a mechanism for unambiguously marking biological samples |
US6215894B1 (en) | 1999-02-26 | 2001-04-10 | General Scanning, Incorporated | Automatic imaging and analysis of microarray biochips |
CN1185492C (zh) | 1999-03-15 | 2005-01-19 | 清华大学 | 可单点选通式微电磁单元阵列芯片、电磁生物芯片及应用 |
US6403309B1 (en) | 1999-03-19 | 2002-06-11 | Valigen (Us), Inc. | Methods for detection of nucleic acid polymorphisms using peptide-labeled oligonucleotides and antibody arrays |
JP2002540802A (ja) | 1999-04-06 | 2002-12-03 | イェール ユニバーシティ | 配列標識の固定されたアドレス分析 |
DE19916921A1 (de) | 1999-04-14 | 2000-10-19 | Fraunhofer Ges Forschung | Elektrisches Sensorarray |
US6908737B2 (en) | 1999-04-15 | 2005-06-21 | Vitra Bioscience, Inc. | Systems and methods of conducting multiplexed experiments |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
WO2001054813A2 (en) | 2000-01-11 | 2001-08-02 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Devices and methods for biochip multiplexing |
US6858403B2 (en) | 1999-05-11 | 2005-02-22 | M-Biotech, Inc. | Polymer matrix containing catalase co-immobilized with analytic enzyme that generates hydrogen peroxide |
IT1309430B1 (it) | 1999-05-18 | 2002-01-23 | Guerrieri Roberto | Metodo ed apparato per la manipolazione di particelle per mezzo delladielettroforesi |
EP2360270B1 (en) | 1999-05-20 | 2016-11-09 | Illumina, Inc. | Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays |
FR2793809B1 (fr) * | 1999-05-20 | 2006-07-28 | Biomerieux Sa | Procede d'analyse de la predisposition genetique d'un patient a au moins une maladie et amplification adaptee a un tel procede |
US6132997A (en) | 1999-05-28 | 2000-10-17 | Agilent Technologies | Method for linear mRNA amplification |
CA2309528C (en) | 1999-06-08 | 2007-10-09 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | Simultaneous determination of forward and reverse abo blood group |
WO2001001184A1 (en) | 1999-06-25 | 2001-01-04 | Gim Systems Ltd. | Scanning microscope by lcd |
WO2001006249A2 (en) | 1999-07-02 | 2001-01-25 | Conceptual Mindworks, Inc. | Organic semiconductor recognition complex and system |
EP1208126B1 (en) | 1999-07-02 | 2006-04-12 | Symyx Technologies, Inc. | Polymer brushes for immobilizing molecules to a surface or substrate, where the polymers have water-soluble or water-dispersible segments and probes bonded thereto |
US6268219B1 (en) | 1999-07-09 | 2001-07-31 | Orchid Biosciences, Inc. | Method and apparatus for distributing fluid in a microfluidic device |
JP2003505260A (ja) | 1999-07-23 | 2003-02-12 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ ユニバーシテイ オブ イリノイ | 微小成形加工された装置及びその製造方法 |
US20020015952A1 (en) | 1999-07-30 | 2002-02-07 | Anderson Norman G. | Microarrays and their manufacture by slicing |
US6713309B1 (en) | 1999-07-30 | 2004-03-30 | Large Scale Proteomics Corporation | Microarrays and their manufacture |
CA2382436C (en) | 1999-08-30 | 2011-05-17 | Illumina, Inc. | Methods for improving signal detection from an array |
BE1012894A3 (nl) | 1999-09-14 | 2001-05-08 | Atlas Copco Airpower Nv | Gecombineerd radiaal-axiaal glijlager. |
US6319674B1 (en) | 1999-09-16 | 2001-11-20 | Agilent Technologies, Inc. | Methods for attaching substances to surfaces |
US6844156B2 (en) | 1999-10-19 | 2005-01-18 | The United States Of America As Represented By The Department Of Veterans Affairs | Methods for identifying a preferred liver transplant donor |
US6287778B1 (en) | 1999-10-19 | 2001-09-11 | Affymetrix, Inc. | Allele detection using primer extension with sequence-coded identity tags |
US6077674A (en) | 1999-10-27 | 2000-06-20 | Agilent Technologies Inc. | Method of producing oligonucleotide arrays with features of high purity |
AU1601701A (en) | 1999-11-15 | 2001-05-30 | John G. Hartwell | Methods for generating single stranded cdna fragments |
US6451191B1 (en) | 1999-11-18 | 2002-09-17 | 3M Innovative Properties Company | Film based addressable programmable electronic matrix articles and methods of manufacturing and using the same |
AU2427301A (en) | 1999-12-01 | 2001-06-12 | Regents Of The University Of California, The | Electric-field-assisted fluidic assembly of inorganic and organic materials, molecules and like small things including living cells |
US6361916B1 (en) | 1999-12-14 | 2002-03-26 | Eastman Kodak Company | Loaded latex compositions with dye and stabilizer |
US6902935B2 (en) | 1999-12-15 | 2005-06-07 | Medispectra, Inc. | Methods of monitoring effects of chemical agents on a sample |
JP4860869B2 (ja) | 1999-12-29 | 2012-01-25 | オックスフォード ジーン テクノロジー アイピー リミティド | 固相支持体上の複数のポリヌクレオチドを増幅し、検出する方法 |
AU4232701A (en) | 2000-01-05 | 2001-07-16 | Novartis Ag | Hydrogels |
CA2398382A1 (en) | 2000-01-25 | 2001-08-02 | Affymetrix, Inc. | Method, system and computer software for providing a genomic web portal |
WO2001056523A1 (en) | 2000-02-02 | 2001-08-09 | The Procter & Gamble Company | Flexible manufacturing system |
CA2401962A1 (en) | 2000-02-07 | 2001-08-09 | Illumina, Inc. | Nucleic acid detection methods using universal priming |
DK1259643T3 (da) | 2000-02-07 | 2009-02-23 | Illumina Inc | Fremgangsmåde til detektion af nukleinsyre ved anvendelse af universel priming |
AU2001239760B2 (en) | 2000-02-10 | 2005-11-24 | Illumina, Inc. | Array of individual arrays as substrate for bead-based simultaneous processing of samples and manufacturing method therefor |
EP1272976A1 (en) | 2000-02-11 | 2003-01-08 | THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA, as represented by THE SECRETARY, DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES | Vessel delineation in magnetic resonance angiographic images |
EP1130113A1 (en) | 2000-02-15 | 2001-09-05 | Johannes Petrus Schouten | Multiplex ligation dependent amplification assay |
US6993156B1 (en) | 2000-02-18 | 2006-01-31 | Microsoft Corporation | System and method for statistically comparing and matching plural sets of digital data |
US20030154108A1 (en) | 2000-03-01 | 2003-08-14 | Gambro, Inc. | Extracorporeal blood processing information management system |
US7072769B2 (en) | 2000-03-01 | 2006-07-04 | Gambro, Inc. | Extracorporeal blood processing information management system |
US6358387B1 (en) | 2000-03-27 | 2002-03-19 | Caliper Technologies Corporation | Ultra high throughput microfluidic analytical systems and methods |
AU4989501A (en) | 2000-04-06 | 2001-10-23 | Luminex Corp | Magnetically-responsive microspheres |
DE10020704B4 (de) | 2000-04-27 | 2006-09-28 | Bioref Gmbh | Biochip zur Archivierung und labormedizinischen Analyse von biologischem Probenmaterial, Verfahren zu dessen Herstellung sowie dessen Verwendung in diagnostischen Verfahren |
US7682837B2 (en) | 2000-05-05 | 2010-03-23 | Board Of Trustees Of Leland Stanford Junior University | Devices and methods to form a randomly ordered array of magnetic beads and uses thereof |
JP2004501358A (ja) | 2000-05-11 | 2004-01-15 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 最適な境界を有する平滑化された多角形を使用して散布図中のクラスタを識別するシステム |
US20040009614A1 (en) | 2000-05-12 | 2004-01-15 | Ahn Chong H | Magnetic bead-based arrays |
ES2164632T3 (es) | 2000-05-16 | 2002-03-01 | Biochip Technologies Gmbh | Sistema enlazador destinado a activar superficies para bioconjugacion, y procedimiento para su utilizacion. |
US6645432B1 (en) | 2000-05-25 | 2003-11-11 | President & Fellows Of Harvard College | Microfluidic systems including three-dimensionally arrayed channel networks |
DE10027776A1 (de) | 2000-06-07 | 2002-02-14 | Roche Diagnostics Gmbh | Neuartige core-shell Partikel |
CA2635452A1 (en) | 2000-06-21 | 2001-12-27 | Bioarray Solutions, Ltd. | Looped probe design to control hybridization stringency |
US9709559B2 (en) | 2000-06-21 | 2017-07-18 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays |
JP4233238B2 (ja) | 2000-07-06 | 2009-03-04 | 富士フイルム株式会社 | インク用着色微粒子分散物、それを用いたインクジェット記録用インクおよびインクジェット記録方法 |
DE10042023C2 (de) | 2000-08-08 | 2003-04-10 | Biognostic Ag | Kapseln, die feste Teilchen signalerzeugender Substanzen einkapseln, und deren Verwendung bei Bioassays zum Nachweis von Zielmolekülen in einer Probe |
JP2004522935A (ja) | 2000-08-14 | 2004-07-29 | サーフェイス ロジックス,インコーポレイティド | 生体分子アレイ |
WO2002014560A1 (en) | 2000-08-16 | 2002-02-21 | Whatman, Inc. | Transfusion medicine leukodepletion filter devices as a source of genetic material for genotyping studies |
US20020182609A1 (en) | 2000-08-16 | 2002-12-05 | Luminex Corporation | Microsphere based oligonucleotide ligation assays, kits, and methods of use, including high-throughput genotyping |
US6789040B2 (en) | 2000-08-22 | 2004-09-07 | Affymetrix, Inc. | System, method, and computer software product for specifying a scanning area of a substrate |
EP2390819A1 (en) | 2000-08-22 | 2011-11-30 | Affymetrix, Inc. | System, method, and computer software product for controlling biological microarray scanner |
US7998746B2 (en) | 2000-08-24 | 2011-08-16 | Robert Otillar | Systems and methods for localizing and analyzing samples on a bio-sensor chip |
US6713257B2 (en) | 2000-08-25 | 2004-03-30 | Rosetta Inpharmatics Llc | Gene discovery using microarrays |
US6521747B2 (en) | 2000-08-28 | 2003-02-18 | Genaissance Pharmaceuticals, Inc. | Haplotypes of the AGTR1 gene |
US7057704B2 (en) | 2000-09-17 | 2006-06-06 | Bioarray Solutions Ltd. | System and method for programmable illumination pattern generation |
US6498863B1 (en) | 2000-09-20 | 2002-12-24 | Media Cybernetics Inc. | Method, system, and product for analyzing a digitized image of an array to create an image of a grid overlay |
AU2001294699A1 (en) | 2000-09-23 | 2002-04-29 | New York Blood Center | Identification of the dombrock blood group glycoprotein as a polymorphic member of the adp-ribosyltransferase gene family |
AU2002211899A1 (en) | 2000-10-12 | 2002-04-22 | Amnis Corporation | Methods for synthesizing reporter labeled beads |
JP3996056B2 (ja) | 2000-10-12 | 2007-10-24 | アムニス コーポレイション | レポーターラベルビードを読み取るための方法および装置 |
US20030045005A1 (en) | 2000-10-17 | 2003-03-06 | Michael Seul | Light-controlled electrokinetic assembly of particles near surfaces |
US7130458B2 (en) | 2000-10-24 | 2006-10-31 | Affymetrix, Inc. | Computer software system, method, and product for scanned image alignment |
US6528264B1 (en) | 2000-11-01 | 2003-03-04 | Corning Incorporated | Polymer support for DNA immobilization |
EP1330649A1 (de) | 2000-11-02 | 2003-07-30 | Jandratek GmbH | Oberflächen mit kovalent gebundenem hydrophilem spacer an hydrogelen |
US20020137074A1 (en) | 2000-11-21 | 2002-09-26 | Piunno Paul A.E. | Selectivity of nucleic acid diagnostic and microarray technologies by control of interfacial nucleic acid film chemistry |
FR2817266B1 (fr) | 2000-11-29 | 2004-01-16 | Commissariat Energie Atomique | Micro reseau statique de sondes biologiques ou chimiques, immobilisees sur un support par attraction magnetique |
US6905881B2 (en) | 2000-11-30 | 2005-06-14 | Paul Sammak | Microbead-based test plates and test methods for fluorescence imaging systems |
US20020081027A1 (en) | 2000-12-21 | 2002-06-27 | Motorola, Inc. | Method for electronic transport of digital ink |
US20040115671A1 (en) | 2001-01-18 | 2004-06-17 | Zlokovic Berislav V | Gene expression profiling of endothelium in alzheimer's disease |
US7015047B2 (en) | 2001-01-26 | 2006-03-21 | Aviva Biosciences Corporation | Microdevices having a preferential axis of magnetization and uses thereof |
EP1355823A4 (en) | 2001-01-29 | 2005-04-20 | Caliper Life Sciences Inc | NON-MECHANICAL VALVES FOR FLUID SYSTEMS |
US20030165865A1 (en) | 2001-01-29 | 2003-09-04 | Hinkel Christopher A. | Methods of analysis of nucleic acids |
US7407746B2 (en) | 2001-02-08 | 2008-08-05 | Ngk Insulators, Ltd. | Biochip and method for producing the same |
US20030077607A1 (en) | 2001-03-10 | 2003-04-24 | Hopfinger Anton J. | Methods and tools for nucleic acid sequence analysis, selection, and generation |
US6706163B2 (en) | 2001-03-21 | 2004-03-16 | Michael Seul | On-chip analysis of particles and fractionation of particle mixtures using light-controlled electrokinetic assembly of particles near surfaces |
JP4146239B2 (ja) | 2001-03-28 | 2008-09-10 | ナノスフェアー インコーポレイテッド | オリゴヌクレオチド修飾粒子をベースとするバイオバーコード |
US20020142318A1 (en) | 2001-03-30 | 2002-10-03 | Cattell Herbert F. | Chemical array reading |
WO2002084285A2 (en) | 2001-04-18 | 2002-10-24 | Krull Ulrich J | Gradient resolved hybridisation platform |
GB0110053D0 (en) | 2001-04-24 | 2001-06-13 | Axis Shield Asa | Assay |
JP3761418B2 (ja) | 2001-05-10 | 2006-03-29 | Hoya株式会社 | 化合物結晶およびその製造法 |
US6808908B2 (en) | 2001-05-30 | 2004-10-26 | Porex Technologies Corporation | Functionalized porous substrate for binding chemical and biological moieties |
US7262063B2 (en) | 2001-06-21 | 2007-08-28 | Bio Array Solutions, Ltd. | Directed assembly of functional heterostructures |
US6689478B2 (en) | 2001-06-21 | 2004-02-10 | Corning Incorporated | Polyanion/polycation multilayer film for DNA immobilization |
US7172804B2 (en) | 2001-07-17 | 2007-02-06 | Northwestern University | Film-immobilized capture particles |
US7285412B2 (en) | 2001-07-27 | 2007-10-23 | Surface Logix Inc. | Device for magnetic immobilization of cells |
US20030040129A1 (en) | 2001-08-20 | 2003-02-27 | Shah Haresh P. | Binding assays using magnetically immobilized arrays |
US6503680B1 (en) | 2001-08-29 | 2003-01-07 | Xerox Corporation | Latex processes |
DE10239504A1 (de) | 2001-08-29 | 2003-04-24 | Genovoxx Gmbh | Verfahren zur Analyse von Nukleinsäurekettensequenzen und der Genexpression |
US20030062422A1 (en) | 2001-09-10 | 2003-04-03 | Fateley William G. | System and method for encoded spatio-spectral information processing |
JP4685294B2 (ja) | 2001-09-18 | 2011-05-18 | 株式会社カネカ | 新規ペプチド、生産方法、新規吸着体、吸着器および吸着方法 |
US7195913B2 (en) | 2001-10-05 | 2007-03-27 | Surmodics, Inc. | Randomly ordered arrays and methods of making and using |
US20030148335A1 (en) | 2001-10-10 | 2003-08-07 | Li Shen | Detecting targets by unique identifier nucleotide tags |
EP2722395B1 (en) | 2001-10-15 | 2018-12-19 | Bioarray Solutions Ltd | Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection |
US6927018B2 (en) | 2001-10-29 | 2005-08-09 | Hewlett-Packard Development Company, L.P. | Three dimensional printing using photo-activated building materials |
WO2003038558A2 (en) | 2001-10-30 | 2003-05-08 | Nanomics Biosystems Pty, Ltd. | Device and methods for directed synthesis of chemical libraries |
US6838289B2 (en) | 2001-11-14 | 2005-01-04 | Beckman Coulter, Inc. | Analyte detection system |
US6792355B2 (en) | 2001-12-21 | 2004-09-14 | Triad Therapeutics, Inc. | Methods for determining polypeptide structure, function or pharmacophore from comparison of polypeptide sequences |
US7335153B2 (en) | 2001-12-28 | 2008-02-26 | Bio Array Solutions Ltd. | Arrays of microparticles and methods of preparation thereof |
DE10164309A1 (de) | 2001-12-28 | 2003-07-10 | Fraunhofer Ges Forschung | Verbesserte strukturiert-funktionale Bindematrices für Biomoleküle |
US20030152931A1 (en) | 2002-02-11 | 2003-08-14 | Chung-Fan Chiou | Nucleic acid detection device and method utilizing the same |
JP2003263507A (ja) | 2002-03-12 | 2003-09-19 | Nippon Colin Co Ltd | 統計医学情報提供方法および装置 |
US20030186220A1 (en) | 2002-03-28 | 2003-10-02 | Jizhong Zhou | Detecting microorganisms using whole genomic DNA or RNA microarray |
AU2003231229A1 (en) | 2002-04-30 | 2003-11-17 | Cook Biotech Incorporated | Sling for supporting tissue |
US6730515B2 (en) | 2002-06-11 | 2004-05-04 | Eastman Kodak Company | Micro-array calibration means |
US7041453B2 (en) | 2002-08-22 | 2006-05-09 | Bioarray Solutions Ltd. | Molecular constructs and methods of use for detection of biochemical reactions |
US7157228B2 (en) | 2002-09-09 | 2007-01-02 | Bioarray Solutions Ltd. | Genetic analysis and authentication |
DE10246285B4 (de) | 2002-10-02 | 2007-10-04 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Anordnung und Verfahren zum Beladen eines Laderaumes mit Stückgütern |
US7401028B2 (en) | 2002-11-08 | 2008-07-15 | Deakter Daniel R | System and process for matching patients with clinical medical trials |
AU2003298655A1 (en) | 2002-11-15 | 2004-06-15 | Bioarray Solutions, Ltd. | Analysis, secure access to, and transmission of array images |
US7141217B2 (en) | 2002-12-05 | 2006-11-28 | Uop Llc | Elevated pressure apparatus and method for generating a plurality of isolated effluents |
US6869798B2 (en) | 2003-04-17 | 2005-03-22 | Clinical Diagnostics Solutions, Inc. | Lytic reagent composition for leukocyte differential analysis |
US20040229269A1 (en) | 2003-05-15 | 2004-11-18 | Ghazala Hashmi | Hybridization-mediated analysis of polymorphisms |
US20040259852A1 (en) | 2003-06-18 | 2004-12-23 | White Hillary D. | Trandsdermal compositions and methods for treatment of fibromyalgia and chronic fatigue syndrome |
CA2539824C (en) | 2003-09-22 | 2015-02-03 | Xinwen Wang | Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules |
US7761238B2 (en) | 2003-10-03 | 2010-07-20 | Allan Robert Moser | Method and apparatus for discovering patterns in binary or categorical data |
EP1692298A4 (en) | 2003-10-28 | 2008-08-13 | Bioarray Solutions Ltd | OPTIMIZATION OF GENE EXPRESSION ANALYSIS USING IMMOBILIZED CATCHES |
JP2007518065A (ja) | 2003-10-28 | 2007-07-05 | バイオアレイ ソリューションズ リミテッド | 吸着又は結合生体分子を有するゲル−シェルビード |
US20050089916A1 (en) | 2003-10-28 | 2005-04-28 | Xiongwu Xia | Allele assignment and probe selection in multiplexed assays of polymorphic targets |
US7049077B2 (en) | 2003-10-29 | 2006-05-23 | Bioarray Solutions Ltd. | Multiplexed nucleic acid analysis by fragmentation of double-stranded DNA |
US20050112585A1 (en) | 2003-11-21 | 2005-05-26 | Dominic Zichi | Method for adjusting the quantification range of individual analytes in a multiplexed assay |
CA2897983A1 (en) | 2004-02-06 | 2005-08-18 | Canadian Blood Services | A method for the simultaneous determination of blood group and platelet antigen genotypes |
EP1564306B1 (en) | 2004-02-17 | 2013-08-07 | Affymetrix, Inc. | Methods for fragmenting and labeling DNA |
AU2005216136A1 (en) | 2004-02-20 | 2005-09-09 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Reagents, kits and methods for immunodetection of epitopes on molecules |
EP1591534A1 (en) | 2004-04-01 | 2005-11-02 | Stichting Sanquin Bloedvoorziening | A method of genotyping blood cell antigens and a kit suitable for genotyping blood cell antigens |
US7848889B2 (en) | 2004-08-02 | 2010-12-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification |
US7501253B2 (en) | 2004-09-21 | 2009-03-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | DNA fingerprinting using a branch migration assay |
US8486629B2 (en) | 2005-06-01 | 2013-07-16 | Bioarray Solutions, Ltd. | Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation |
KR101379621B1 (ko) | 2005-10-07 | 2014-04-11 | 존슨 앤드 존슨 리서치 피티와이 리미티드 | 다성분 핵산 효소 및 이의 사용 방법 |
US20070243534A1 (en) | 2006-04-12 | 2007-10-18 | Michael Seul | Probe density considerations and elongation of self-complementary looped probes where probes are attached to a solid phase |
CN100466552C (zh) | 2006-09-28 | 2009-03-04 | 华为技术有限公司 | Ngn系统和用于该系统的端到端跟踪方法和装置 |
US8190622B2 (en) | 2008-01-11 | 2012-05-29 | UberMedia, Inc. | Data picker application |
US7812589B2 (en) | 2008-08-28 | 2010-10-12 | Qualitau, Inc. | Modified current source (MCS) with seamless range switching |
DE102008045650A1 (de) | 2008-09-02 | 2010-03-04 | Siemens Aktiengesellschaft | Stromschiene und Stromschienensystem in Flachprofil-Ausführung mit mehreren Teilleiterschienen mit Ausnehmung an der Schmalseite zum Einrasten von Kontaktfederelementen |
US20100062518A1 (en) | 2008-09-09 | 2010-03-11 | Sukanta Banerjee | Concentrating White Blood Cells for DNA Extraction from a Leukodepleted Blood Sample |
WO2010098765A1 (en) | 2009-02-27 | 2010-09-02 | Leslie Cifuentes French | Dispenser and applicator that bring reactive substances into contact with each other at the time of use |
JP4617386B2 (ja) | 2009-06-11 | 2011-01-26 | シャープ株式会社 | 蒸気調理器 |
-
2004
- 2004-08-02 US US10/909,638 patent/US7848889B2/en active Active
-
2005
- 2005-08-02 ES ES05789862.9T patent/ES2573484T3/es active Active
- 2005-08-02 PT PT05789862T patent/PT1774323E/pt unknown
- 2005-08-02 WO PCT/US2005/027359 patent/WO2006017473A2/en active Application Filing
- 2005-08-02 JP JP2007524901A patent/JP5171254B2/ja active Active
- 2005-08-02 CA CA 2575921 patent/CA2575921C/en active Active
- 2005-08-02 EP EP05789862.9A patent/EP1774323B1/en active Active
-
2010
- 2010-12-06 US US12/961,086 patent/US20110077167A1/en not_active Abandoned
-
2011
- 2011-09-29 JP JP2011214277A patent/JP5650083B2/ja active Active
- 2011-11-16 US US13/297,487 patent/US9147037B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2015
- 2015-09-11 US US14/851,844 patent/US20160002714A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2575921C (en) | 2014-04-08 |
CA2575921A1 (en) | 2006-02-16 |
JP5171254B2 (ja) | 2013-03-27 |
EP1774323A4 (en) | 2008-09-03 |
US20120065099A1 (en) | 2012-03-15 |
PT1774323E (pt) | 2016-06-06 |
US9147037B2 (en) | 2015-09-29 |
JP5650083B2 (ja) | 2015-01-07 |
JP2008507993A (ja) | 2008-03-21 |
EP1774323B1 (en) | 2016-03-02 |
US20060025930A1 (en) | 2006-02-02 |
JP2012065653A (ja) | 2012-04-05 |
US20160002714A1 (en) | 2016-01-07 |
WO2006017473A3 (en) | 2007-04-12 |
US7848889B2 (en) | 2010-12-07 |
WO2006017473A2 (en) | 2006-02-16 |
US20110077167A1 (en) | 2011-03-31 |
EP1774323A2 (en) | 2007-04-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
ES2573484T3 (es) | Análisis automatizado de patrones de interacción sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificación de alelos | |
US20200395100A1 (en) | Population based treatment recommender using cell free dna | |
US20190316209A1 (en) | Multi-Assay Prediction Model for Cancer Detection | |
ES2441807T3 (es) | Diagnóstico de aneuploidía cromosómica fetal utilizando secuenciación genómica | |
ES2965274T3 (es) | Cariotipado molecular prenatal no invasivo a partir de plasma materno | |
KR101542529B1 (ko) | 대립유전자의 바이오마커 발굴방법 | |
Olson et al. | Variant calling and benchmarking in an era of complete human genome sequences | |
JP2005512175A (ja) | 複合遺伝子学的分類子の遺伝子特徴を識別する方法 | |
KR20020075265A (ko) | 임상 진단 서비스를 제공하는 방법 | |
KR20140061223A (ko) | 차세대 시퀀싱 데이터의 질병변이마커 검출 방법 | |
KR20150024232A (ko) | 질병에 대한 약물 내성 유전체로부터 내성 원인 마커의 발굴 방법 | |
CN112435712B (zh) | 用于分析基因测序数据的方法及系统 | |
CN109524060A (zh) | 一种遗传病风险提示的基因测序数据处理系统与处理方法 | |
Leung et al. | Gene selection for brain cancer classification | |
US11935627B2 (en) | System and method for text-based biological information processing with analysis refinement | |
CN116434830B (zh) | 基于ctDNA多位点甲基化的肿瘤病灶位置识别方法 | |
US20230260598A1 (en) | Approaches to normalizing genetic information derived by different types of extraction kits to be used for screening, diagnosing, and stratifying patients and systems for implementing the same | |
Ferreira et al. | Deep exponential families for single-cell data analysis | |
Haas | Bioinformatic tool developments with applications to RNA-seq data analysis and clinical cancer research | |
Ferreira et al. | Identifying hierarchical cell states and gene signatures with deep exponential families for single-cell transcriptomics | |
Orr et al. | PATH-22. COMPARISON OF SUPERVISED CLASSIFICATION METHODS FOR CENTRAL NERVOUS SYSTEM TUMORS BASED ON DNA-METHYLATION | |
CN111876485A (zh) | 一种特征mRNA表达谱组合及头颈鳞状细胞癌早期预测方法 | |
Cheng | New microarray image segmentation using Segmentation Based Contours method | |
Tolosi | Analysis of Array CGH Data for the Estimation of Genetic Tumor Progression | |
Scheetz | Development of genomic resources for the rat: An EST map and analysis of alternative polyadenylation |