DE69530856T2 - Fur medizinische diagnose anzuwendende mikrogele und verfahren zu deren herstellung und verwendung - Google Patents

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microgel
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solid particles
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Paul Waterhouse
K. John STEVENS
Henryk Zaleski
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Description

  • 1. HINTERGRUND DER ERFINDUNG
  • Die vorliegende Erfindung betrifft Mikrogele für die Verwendung in der medizinischen Diagnose, insbesondere für die Sequenzierung von Nukleinsäuren, und Verfahren der Herstellung und Verwendung solcher Gele.
  • Die Sequenzierung von DNA kann mit Hilfe automatischer Systeme erfolgen, die für den Laboreinsatz ausgelegt sind. Verfahren und Vorrichtungen für die Sequenzierung von DNA sind in den US-Patenten Nr. 4,811,218, 4,823,007, 5,062,942, 5,091,652, 5,119,316 und 5,122,345 beschrieben.
  • Die allgemeine Methodik, die in diesen Systemen angewendet wird, beinhaltet das Aufbrechen der DNA-Probe mit Hilfe von Restriktions-Endonukleasen, das Vergrößern (beispielsweise mittels Polymerase-Kettenreaktion) des zu untersuchenden Restriktionsfragments, das Kombinieren der vergrößerten DNA mit einem Sequenzierungsprimer, der gleich den oder verschieden von den Vergrößerungsprimern sein kann, die Extension des Sequenzierungsprimers in Anwesenheit normalen Nukleotids (A, C, G und T) und eines kettenbeendenden Nukleotids, beispielsweise eines Dideoxynukleotids, das eine weitere Extension des Primers nach seiner Inkorporierung verhindert, und das Analysieren des Produktes im Hinblick auf die Länge der erhaltenen extendierten Fragmente. Die Analyse der Fragmente kann mittels Elektrophorese, beispielsweise auf einem Polyacrylamidgel, erfolgen.
  • Die internationale Patentschrift Nr. WO93/00986 beschreibt Elektrophoresegels mit einer Dicke von 25 bis 250 Mikrometern. Die Gele werden zwischen zwei zusammen geklammerten Platten gebildet, von denen eine bis zu einer Tiefe, die der gewünschten Geldicke entspricht, eingekerbt ist, um parallele Bahnen auszubilden, die dann mit Gel gefüllt werden.
  • Bei der Durchführung der Sequenzanalyse einer Nukleinsäure auf einem Gel haben die Merkmale des Gels, einschließlich Größe und Dicke, Einfluss auf die Zeit und die Kosten, die für die Analyse notwendig sind. Da es wünschenswert ist, die Zeit und die Kosten von Sequenzanalysen zu vermindern, um die Verfügbarkeit der Sequenzierung als diagnostischem Instrument zu verbessern, wäre es vorteilhaft, über ein Gel zu verfügen, das die Analyse sehr kleiner Mengen von Oligonukleotidfragmenten in sehr kurzer Zeit gestattet. Der Erfindung liegt die Aufgabe zugrunde, ein solches Gel zu schaffen.
  • Der Erfindung liegt weiterhin die Aufgabe zugrunde, Einweg- bzw. Wegwerf-Gelhalter zu schaffen, die einfach mit dem Gel zu füllen sind, um ein Gel für die rasche Analyse kleiner Proben bereitzustellen.
  • Der Erfindung liegt weiterhin die Aufgabe zugrunde, ein Verfahren der Herstellung von Gelen zu schaffen, die eine hohe Auflösung von Oligonukleotidfragmenten in kurzer Zeit erreichen.
  • Der Erfindung liegt weiterhin die Aufgabe zugrunde, ein Verfahren der Bewertung einer Probe zu schaffen, die unterschiedlich lange Oligonukleotidfragmente enthält.
  • II. ZUSAMMENFASSUNG DER ERFINDUNG
  • Diese und andere Aufgaben der Erfindung werden mit Hilfe eines Elektrophoresemikrogels gelöst, das in einem Gelhalter gebildet wird. Der Gelhalter umfasst
    • (a) ein oberes Substrat;
    • (b) ein unteres Substrat;
    • (c) Mittel zum dichten Verbinden des oberen Substrats mit dem unteren Substrat zum Ausbilden eines Gelraumes mit einer Dicke von 250 Mikrometern oder weniger, wobei die Mittel zum dichten Verbinden eine durch sie hindurch verlaufende Öffnung zum Füllen des Gelraumes mit einem nichtpolymerisierten Gel aufweisen; und
    • (c) eine Vielzahl fester Partikel, die zwischen dem oberen Substrat und dem unteren Substrat angeordnet sind und deren mittlerer Durchmesser im Wesentlichen der Dicke des Gelraumes entspricht.
  • Der Abstandhalter stellt einen Abstand von 250 Mikrometern oder weniger, vorzugsweise 25 bis 250 Mikrometer, zwischen dem oberen Substrat und dem unteren Substrat her. Die Ausbildung eines Gelraumes erfolgt durch das teilweise dichte Verbinden des oberen Substrats mit dem unteren Substrat, wobei eine Öffnung zum Einbringen des nichtpolymerisierten Gels gelassen wird. Dann wird der Gelraum mit einem nichtpolymerisierten oder teilpolymerisierten Gel gefüllt, das in dem Gelraum polymerisiert wird. Elektroden können auf die Substrate gedruckt sein, können in Kontakt mit einer exponierten Kante des Gels stehen, oder durch in eines der Substrate geschnittene Fenster anliegen.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung werden sortierte Kügelchen mit einem Durchmesser von 250 Mikrometern oder weniger, vorzugsweise 25 bis 250 Mikrometer, die in einem Klebstoff, beispielsweise einem Acrylklebstoff oder einem mit ultraviolettem Licht aktivierten Klebstoff, aufgeschlämmt sind oder mit Hilfe eines niedrig schmelzenden Glases mit dem Substrat verbunden sind, als Abstandhalter verwendet. Die Aufschlämmung wird auf die Oberfläche eines oder beider Substrates) gedruckt, um einen Abstandhalter mit der gewünschten Gestalt auszubilden, und dann mit Hilfe von Wärme oder Licht gehärtet. Auf Wunsch kann ein Klebstoff oder ein niedrig schmelzendes Glas, der/das feste Partikel enthält, auch verwendet werden, um Bahnen innerhalb des Gels auszubilden.
  • Der Abstand zwischen den Substraten kann auch mit Hilfe einer Vielzahl von Kügelchen hergestellt werden, die auf der Oberfläche der Substrate in dem Gelraum angeordnet sind. In diesem Fall können die Kanten mittels Klebstoff oder klebstoffbeschichtetem Kunststofffilm mit einer geeigneten Dicke dicht verbunden werden. Es ist ebenfalls möglich, dass Partikel sowohl in dem Klebstoff als auch in dem Gelraum angeordnet sind.
  • III. KURZE BESCHREIBUNG DER ZEICHNUNGEN
  • Es zeigt/zeigen:
  • 1 in schematischer Form eine auseinander gezogene Ansicht einer ersten Ausführungsform eines erfindungsgemäßen Mikrogels;
  • 2 in schematischer Form eine zweite Ausführungsform eines erfindungsgemäßen Mikrogels;
  • 3 in schematischer Form eine dritte Ausführungsform der Erfindung;
  • 4A und 4B eine weitere Ausführungsform der Erfindung;
  • 5A und 5B einen Gelbildungseinsatz, der für die praktische Umsetzung der beanspruchten Erfindung von Nutzen ist;
  • 6 einen erfindungsgemäßen Aufbringeinsatz;
  • 7A und 7B weitere Ausführungsformen erfindungsgemäßer Aufbringeinsätze und Gelbildungseinsätze;
  • 8 eine Vorrichtung zur Verwendung bei der erfindungsgemäßen Analyse von Oligonukleotidmischungen;
  • 9 eine Vorrichtung zur Verwendung bei der erfindungsgemäßen Analyse von Oligonukleotidmischungen;
  • 10 die Ergebnisse einer Analyse einer Mischung eines 30-mers und eines 31-mers mit Hilfe der vorliegenden Erfindung; und
  • 11A11F die Ergebnisse einer Analyse der ddT-Sequenzierungsreaktionen einer M13-DNA-Schablone.
  • IV. DETAILLIERTE BESCHREIBUNG DER ERFINDUNG
  • 1 zeigt eine auseinander gezogene Ansicht einer ersten Ausführungsform eines erfindungsgemäßen Mikrogels. Wie gezeigt, wird das Mikrogel aus einem unteren Substrat 1, einem oberen Substrat 2 und einem Abstandhalter 3, der zwischen den beiden Substraten angeordnet ist, gebildet. Der Abstandhalter 3 und die Innenflächen der beiden Substrate 1, 2 definieren einen Gelraum 4. In das obere Substrat 2 ist ein Schlitz 5 geschnitten, um das Aufbringen einer Probe auf das Gel zu gestatten, und die Schlitze 6 und 7 geschnitten, durch die hindurch Elektroden in Kontakt mit dem Gel gebracht werden können.
  • Das in 1 gezeigte Mikrogel kann mittels eines "Quetschfüll"-Verfahrens wie folgt hergestellt werden: Zuerst wird der Abstandhalter 3 an dem unteren Substrat befestigt. Dann wird der Bereich des Gelraumes 4 mit nichtpolymerisiertem oder teilpolymerisiertem Gel gefüllt, und das obere Substrat 2 über die Oberseite nach unten gedrückt. Das nichtpolymerisierte Gel füllt den Gelraum 4, wobei überschüssiges Gel allseitig zwischen den Kanten des Substrats heraus gedrückt wird. Das Gel wird dann polymerisiert, und überschüssiges Gel abgeschnitten.
  • 2 zeigt eine auseinander gezogene Ansicht einer zweiten Ausführungsform eines erfindungsgemäßen Mikrogels, die für eine andere Fülltechnik angepasst ist. In 2 erstreckt sich der Abstandhalter 23 nur entlang von drei Seiten des unteren Substrats 1 und lässt eine Öffnung 24 entlang der vierten Kante. Als Alternative zu den in 1 gezeigten Elektrodenschlitzen 6 und 7 können die Elektroden 26 und 27 in Form eines Films direkt auf dem oberen oder unteren Substrat angeordnet werden. Geeignete Elektrodenmaterialien sind dünne Filme aus leitenden Materialien, beispielsweise Indium-Zinn-Oxid (ITO) oder Platin. Lösungsgepufferte Elektroden, d. h. Elektroden, bei denen der elektrische Kontakt zwischen einer herkömmlichen metallischen (z. B. Platin-) Elektrode und dem Gel indirekt ist und durch eine konzentrierte Elektrolytlösung vermittelt wird, können ebenfalls verwendet werden.
  • Die Herstellung eines Mikrogels der in 2 gezeigten Art kann erfolgen, indem zuerst das untere Substrat 1, der Abstandhalter 23 und das obere Substrat 2 miteinander verbunden werden, so dass sie ein Gelhaltergefüge bilden. Dann wird das Gelhaltergefüge in einen Raum eingebracht und senkrecht angeordnet, so dass die Öffnung 24 nach unten gerichtet und über einem Vorratsbehälter mit nichtpolymerisiertem Gel befindlich ist. Der Raum wird dann entleert, das Gelhaltergefüge wird nach unten bewegt, so dass die Öffnung in das nichtpolymerisierte Gel eintaucht, und in den Raum wird mit positivem Druck wieder ein Gas eingeleitet, um das Gel in den Gelraum 4 des Gelhaltergefüges zu befördern. Im oberen Substrat dieser Ausführungsform sind keine Schlitze notwendig, da das Gel durch die Öffnung 24 hindurch exponiert ist, was ein Aufbringen über die Kante des Gels gestattet, wenngleich in dem oberen Substrat auf Wunsch ein oder mehrere Schlitze) für das Einbringen einer Probe oder der Elektroden vorgesehen sein kann/können.
  • Eine dritte Ausführungsform der Erfindung ist in 3 gezeigt. In diesem Fall wurden Abstandhalter verwendet, um Bahnmarkierer 30 innerhalb des Gelkörpers zu schaffen. Solche Bahnmarkierer können inkorporiert werden, um jede Bahn abzutrennen, jede vierte Bahn abzutrennen, oder in anderen solchen Intervallen, wie sie der Nutzer bevorzugt. In einer bevorzugten Konfiguration, in der Bahntrenner verwendet werden, ist das Gel in eine Anzahl gleich breiter Bahnen getrennt. Die Anzahl dieser Bahnen wird durch die Formel (A/4) bestimmt, worin A die Anzahl der nutzbaren Probeaufbringorte in dem Gel ist.
  • Ist das obere Substrat kürzer als das untere Substrat, wie in 3 gezeigt, hat es sich als vorteilhaft herausgestellt, dass sich die Bahnen über das Ende des oberen Substrats hinaus erstrecken, über zumindest einen Teil des sich weiter erstreckenden Abschnitts des unteren Substrats. Dies hat zur Folge, dass sich alle Bahnen individuell von unten nach oben füllen, und schließt die Möglichkeit aus, dass nichtpolymerisiertes Gel aus einer Bahn in eine benachbarte Bahn überläuft und bewirkt, das sich in der Mitte dieser Bahn eine Blase bildet.
  • 4A und 4B zeigen eine Abwandlung eines oberen Substrats 2, in das ein Fenster 5' geschnitten ist, um das Aufbringen einer Probe zu gestatten. Die Kanten des Fensters sind alle in einem Winkel von 90° geschnitten, ausgenommen die untere Kante 31, die mit einer Schrägung von 30 bis 60°, vorzugsweise 45°, geschnitten ist, wie am deutlichsten in 4B gezeigt ist. Diese Gestaltung gestattet ein verbessertes Aufbringen der Probe.
  • Insbesondere ein Mikrogel, in dem ein oberes Substrat verwendet wird, das wie in 4A und 4B gezeigt, geschnitten ist, wird vorzugsweise mit Hilfe eines Gelbildungseinsatzes der in 5A gezeigten Art gebildet. Dieser Einsatz weist einen Basisabschnitt 1 und einen Einsatzabschnitt 52 auf. Der Einsatzabschnitt ist an jedem Ende eingekerbt, so dass er schmaler ist als der Basisabschnitt. Die Größe jeder Einkerbung beträgt vorzugsweise 2–4 mm bis 5 mm. Die freie Kante des Einsatzabschnitts ist schräg, so dass sie zu der Schrägung passt, die in der Unterkante 31 des Fensters 5' ausgebildet ist, und die Gesamtgröße des Einsatzes ist so gewählt, dass sie das Einsetzen des Einsatzes in das Fenster 5' gestattet. Geeignete Abmessungen sind beispielsweise eine Breite von 12,5 cm, eine Gesamthöhe von 1,5 cm und eine Dicke von 1 mm. Auf einer Oberfläche des Basisabschnitts 31 kann ein Band oder ein Griff angeordnet sein, um die Entfernung zu erleichtern.
  • Der Gelbildungseinsatz wird vor der Polymerisation des Gels, vorzugsweise vor dem Füllen des Gelraumes, in dem Fenster angeordnet, wie in 5B gezeigt. Es kann Klebeband verwendet werden, um den Gelbildungseinsatz daran zu hindern, sich zu bewegen, und ihn dadurch gegenüber dem unteren Substrat festzustellen, so dass er nicht auf der injizierten Lösung schwimmt.
  • Wird die korrekte Menge polymerisierbarer Lösung in den Mikrogelhalter injiziert, füllt die Lösung den Mikrogelraum bis hinauf zu dem Gelbildungseinsatz, wo die Lösung teilweise um die Kanten des Gelbildungseinsatzes herum fließt und durch die Luftlöcher aus dem Mikrogelhalter austreten kann. Wird ein erheblicher Überschuss an Lösung in den Gelhalter injiziert, kann die Lösung auch über die Oberseite austreten. Das überschüssige Gel hat keine wesentlichen Auswirkungen für die Wirksamkeit der Polymerisation, das Aufbringen der Probe oder die Verwendung des Gels und kann auf Wunsch abgeschnitten werden.
  • Nach der UV-katalysierten Polymerisation ist es für die erfolgreiche Verwendung eines erfindungsgemäßen Mikrogels wichtig, den Gelbildungseinsatz vorsichtig zu entfernen, ohne das Gel zu beschädigen. Wird der Gelhalter nach der Polymerisation in die Ebene seiner Fläche geneigt, neigt der Gelbildungseinsatz dazu, nach vorn zu fallen. Es kann notwendig sein, leicht auf die untere Platte zu klopfen, um eine Entfernung des Gelbildungseinsatzes zu bewirken. Sobald sich eine Kante des Gelbildungseinsatzes aus der Ebene des oberen Substrates heraus gelöst hat, kann er ergriffen werden und vorsichtig von allem polymerisierten Gel abgezogen werden, das in Kontakt mit dem Gelbildungseinsatz ist. Alternativ dazu kann Klebeband, das auf der Außenseite des Gelbildungseinsatzes angebracht ist, verwendet werden, um den Gelbildungseinsatz von seiner Position weg zu ziehen. In beiden Fällen ist darauf zu achten, dass die glatte Gelkante, die sich entlang der Unterseite des Fensters des oberen Substrats gebildet hat, erhalten bleibt.
  • Die Entfernung des Gelbildungseinsatzes hat die Bildung einer Mulde zur Folge, die über die Breite des Gels verläuft und durch die schräge Kante des Fensters, das Gel selbst und das untere Substrat begrenzt wird und in welche die Probe eingebracht werden kann. In diese Mulde wird die Probe zum Zweck der Elektrophorese eingebracht.
  • Da diese Mulde ohne Unterbrechung über die Breite des Gels verläuft, fehlen die Schlitze, die normalerweise beim Aufbringen einer Probe auf ein Gel verwendet werden. Es ist daher wünschenswert, einen speziell angepassten Aufbringeinsatz der in 6 gezeigten Art zu verwenden, wenn eine Probe auf ein Gel aufgebracht wird, das wie vorstehend beschrieben gebildet wurde. Der Einsatz weist einen im Wesentlichen rechteckigen Basisabschnitt 61, der zwei lange Kanten und zwei kurze Kanten aufweist, und eine Vielzahl von Fingern 62, die sich von einer langen Kante des Basisabschnitts aus erstrecken, auf. Jeder der Finger hat vorzugsweise eine Breite von 0,5 bis 3 mm. Die Finger sind in gleichmäßigen Abständen von 2 bis 7 mm in einem Bereich entlang der langen Kante des Basisabschnitts angeordnet, der an einem Punkt beginnt und endet, der 2 bis 4 mm von der benachbarten kurzen Kante des Basisabschnitts entfernt ist, so dass die Finger in die Mulde passen. Die Finger weisen an ihrem distalen Ende weiterhin eine Schrägung von 30 bis 60° auf, so dass sie zur Schrägung des Aufbringeinsatzes und der Unterkante des Fensters passen. Der Einsatz wird in der Mulde angeordnet, die mittels des Gelbildungseinsatzes ausgebildet wurde, und dann wird eine Probe in die Zwischenräume zwischen den Fingern eingebracht.
  • Ein zweites, alternatives Verfahren zum Bereiten eines Mikrogels und zum Aufbringen auf dasselbe erfordert das Bilden des Mikrogels in der Anwesenheit eines Polymerisationskammeinsatzes, der eine Reihe von flachen Fortsätzen aufweist, die Vertiefungen für das Aufbringen der Probe auf das Gel ausbilden. Der Polymerisationskammeinsatz ersetzt während des Mikrogeleinfüll- und Polymerisationsprozesses den Gelbildungseinsatz. Die Abmessungen des Polymerisationskammeinsatzes entsprechen dem Gelbildungseinsatz, mit der Ausnahme, dass anstelle einer flachen Unterkante, die in einem Winkel von 45° schräg verläuft, um komplementär zu der Unterkante des Fensters in dem oberen Substrat zu sein, eine Kerbe von etwa 2 mm Breite und etwa 5 mm Tiefe in Abständen von z. B. 7 mm entlang der Unterkante angebracht wird. Das Ergebnis ist eine Reihe von Zähnen, wobei jeder Zahn eine Unterkante aufweist, die in einem Winkel von 45° schräg verläuft, um komplementär zu der Unterkante des Fensters in dem oberen Substrat zu sein. Nach seiner Anordnung in dem offenen Fenster des Mikrogelhalters kann der Polymerisationskammeinsatz mittels Klebeband an seinem Platz gehalten werden, so dass das gesamte Fenster komplett bedeckt ist. Dann wird in dem Klebeband eine Öffnung für die Luftlöcher angebracht. Anschließend wird Lösung in den Mikrogelhalter injiziert. Die Lösung füllt den Mikrogelraum und fließt in die Zwischenräume in den Zähnen des Polymerisationskammes. Überschüssige Lösung tritt aus den Luftlöchern aus. Die Lösung kann dann mittels UV-induzierter Katalyse polymerisiert wer den, wie in der Erfindung beschrieben. Nach Abschluss der Polymerisation werden das Klebeband und der Polymerisationskammeinsatz vorsichtig entfernt, und zurück bleibt eine Reihe von Gelsäulen, die senkrecht gegen das untere Substrat angeordnet sind. Die Gelsäulen bewirken die Definition von Vertiefungen, die verwendet werden können, um Proben, die mittels der herkömmlichen Verfahren aufgebracht wurden, zu trennen. Es hat sich gezeigt, dass Mikrogele verbesserte Aufbringungs- und Verwendungseigenschaften haben, wenn vor dem Bau des Mikrogelhalters die Gelraumseiten des oberen Substrats und des unteren Substrats mit Bind Silane (Pharmacia) behandelt werden.
  • 7A und 7B zeigen alternative Ausführungsformen für Füllstopfen und Aufbringkämme, die von Nutzen sind, wenn die Bahntrenner auf dem überstehenden Abschnitt des unteren Substrats (3) vorhanden sind. In diesen Fall sind entlang einer Oberfläche der Einsätze Kerben 101 ausgebildet, um die Bahntrenner aufzunehmen. Vorteilhaft sind die Kerben etwas breiter als die Bahntrenner, um zu gestatten, dass Luft und überschüssiges Gel während des Füllprozesses entweichen.
  • Das obere und das untere Substrat der erfindungsgemäßen Mikrogele sind vorzugsweise transparente Glasplatten. Beispielsweise ist 1 mm dickes, wenig fluoreszierendes Glas ein bevorzugtes Material für die Verwendung als oberes und unteres Substrat der Erfindung. Borsilikatglas mit einer Dicke von 1 mm, das eine größere UV-Licht-Durchlässigkeit aufweist, ist ein anderes bevorzugtes Material. Andere Materialien, beispielsweise Kunststoffe, können ebenfalls verwendet werden, unter der Voraussetzung, dass sie nicht in einem Bereich stark fluoreszieren, der die Erfassung einer lumineszierenden Markierung auf dem Nukleinsäurepolymer, das sequenziert wird, behindern oder die Polymerisation des Gels verhindern würde.
  • Die Abstandhalter 3 in den erfindungsgemäßen Mikrogelen dienen zur Schaffung eines Zwischenraumes zwischen dem oberen und dem unteren Substrat zum Zweck der Herstellung des Gelraumes. Erfindungsgemäß werden die Abstandhalter vorzugsweise so ausgewählt, dass dieser Zwischenraum etwa 25 bis 250 μm, vorzugsweise 25 bis 100 μm, groß ist. Kleinere Zwischenräume sind nicht wirklich praktisch, da dann eine größere Sorgfalt während der Herstellung erforderlich ist, beispielsweise die Verwendung von Reinraumverfahren, um zu verhindern, dass Staubpartikel, die bezogen auf den gewünschten Zwischenraum groß sein können, die Oberfläche des Substrats kontaminieren. Auch das Ausmaß, in dem beide Substrate flach sind, gewinnt mit abnehmender Größe der Zwischenräume an Bedeutung. Schließlich kann es notwendig sein, die Menge der Probe, die auf das Gel aufgebracht wird, zu vermindern, um einen Verlust der Auflösungsfähigkeit des Gels zu verhindern, der bedeutet, dass ein kleineres ausgesandtes Signal von der Probe zu erfassen ist. Zwischenräume, die größer sind als 250 mm, können verwendet werden, können jedoch weniger wünschenswert sein, da der elektrische Widerstand eines Gels jeder gegebenen Zusammensetzung zunimmt, je größer der Zwischenraum ist. Das heißt, dass in einem dickeren Gel für eine gegebene elektrische Feldstärke größere Ströme und somit eine größere widerstandsbedingte Aufheizung des Gels auftreten. Wird der Abstandhalter durch das Auftragen von Klebstoff auf ein oder beide Substrate) ausgebildet, ist es darüber hinaus notwendig, eine Klebschicht aufzubauen, die im Wesentlichen die gleiche Dicke aufweist wie der Zwischenraum. Es kann schwierig sein, einen Klebstoff zu finden, der viskos genug ist, um die Öffnungen zwischen den Partikeln des Abstandhalters zu überbrücken, nur minimal austritt, das Niederlassen des Substrats auf die Abstandhalter gestattet und Leerstellen minimiert, die im Zuge des Aufbringungsprozesses gebildet werden.
  • Eine Art von Abstandhalter, die bei der Erfindung von Nutzen ist, ist ein Polymerfilm, der mittels eines Klebstoffes auf dem oberen oder unteren Substrat angebracht wird. Beispielsweise kann ein mit einem Acrylatklebstoff beschichteter Vinylfilm auf die/das gewünschte Größe und Muster zugeschnitten werden, um Abstandhalter auszubilden. Geeignete Vinylfilme sind beispielsweise 1, 2 und 4 Milli-Inch dicke Filme, die von 3 M unter den Handelsnamen SCOTCHCAL verkauft werden.
  • Abstandhalter können auch durch Siebdrucken einer Aufschlämmung von Partikeln in einem härtbaren Material in dem gewünschten Muster auf das obere oder das untere Substrat ausgebildet werden. Beispielsweise ist ein UV-härtbarer und/oder wärmehärtbarer Acrylatklebstoff in dem sortierte Silikapartikel, die eine geeignete Größe zum Definieren des gewünschten Zwischenraumes zwischen den Substraten aufweisen, aufgeschlämmt wurden, ein bevor zugtes Material für die Verwendung bei der Ausbildung eines Abstandhalters mittels diese Mechanismus. Geeignete Klebstoffe sind beispielsweise CHIPBONDERTM # 346, 347, 360 und 3603, IMPRUVTM 349, 363, 365 und 366 und General Purpose Ultraviolet Adhesive 352 von Loctite und der Acrylatklebstoff Minico® M07950-R.
  • Eine Alternative zur Verwendung eines Klebstoffes ist das Bilden einer Mischung aus pulverisiertem niedrig schmelzendem Glas und festen Partikeln mit geeigneter Größe, um den Abstandhalter auszubilden. Dieses Gemisch wird mittels Siebdruck in dem gewünschten Muster auf das Substrat aufgebracht, beispielsweise so, dass Bahnen in dem Gelraum ausgebildet werden, und dann erwärmt, um das pulverisierte niedrig schmelzende Glas zu schmelzen. Nach dem Abkühlen erstarrt das niedrig schmelzende Glas wieder und verbindet so die festen Partikel mit dem Substrat. Zusätzlich kann das niedrig schmelzende Glas allein oder zusammen mit einem Klebstoff verwendet werden, um das obere und das untere Substrat miteinander zu verbinden.
  • Vorteilhaft hat das Glaspulver oder die "Fritte" einen Schmelztemperatur von etwa 400 bis 500°C, während die Schmelztemperaturen der festen Partikelkügelchen und der Substrate zwischen 600 und 800°C liegen. Ungeachtet dieses Unterschiedes in der Schmelztemperatur sollte Sorgfalt darauf verwendet werden, die Wärmeausdehnungskoeffizienten des Glaspulvers, der Substrate und der festen Partikel aufeinander abzustimmen, um Brüche oder Leerstellen infolge des Schrumpfens beim Abkühlen zu verhindern. Akzeptable Ergebnisse werden erzielt, wenn die Wärmeausdehnungskoeffizienten der Materialien in einem Bereich von etwa 10% voneinander liegen.
  • Dispersionen von Partikeln in einem Klebstoff können auch mit Hilfe einer Roboter-Leimpistole aufgetragen werden, die den Klebstoff in dem gewünschten Muster auf das Glassubstrat aufzeichnet. Dies hat gegenüber dem Siebdrucken den Vorteil, dass das Substrat mit nichts anderem in Berührung kommt als dem Klebstoff.
  • Abstandhalter können ausgebildet werden, indem dieses Verfahren auf einem einzigen Substrat zum Einsatz kommt. Es wird jedoch bevorzugt, dass zueinander passende Muster sowohl auf das obere als auch das untere Substrat gedruckt werden, die dann ausgerichtet und zusammengedrückt werden, um den Abstandhalter zwischen den beiden Substraten auszubilden. Dieses Verfahren bedingt zwar die Notwendigkeit einer sorgfältigen Ausrichtung, es hat sich jedoch gezeigt, dass es den Vorteil hat, die Bildung von Blasen und Leerstellen in den Abstandhalterlinien zu vermindern, und so ein einheitlicheres Produkt ergibt.
  • Der Abstand zwischen den beiden Substraten kann weiterhin durch eine Dispersion fester Kügelchen in dem Gel an sich definiert und aufrecht erhalten werden. Dies kann erreicht werden, indem vor der Ausbildung des Gelhalters eine Aufschlämmung von Kügelchen, beispielsweise Glaskügelchen, der geeigneten Größe in einem flüchtigen Lösungsmittel gleichmäßig auf der Innenfläche eines der Substrate verteilt wird. Das Lösungsmittel wird verdampft, und zurück bleiben die festen Partikel, die auf der Oberfläche des Substrats verteilt sind.
  • Die erfindungsgemäßen Gele bieten weiterhin den Vorteil einer hohen Einheitlichkeit von einem Gel zum nächsten. Dieser Vorteil leitet sich im Prinzip aus der Verwendung sorgfältig kontrollierter Abstandhalterdicken in einem Massenproduktionsverfahren ab.
  • Erfindungsgemäße Mikrogele können verwendet werden, um schnell und genau eine Mischung unterschiedlich langer, fluoreszierend markierter Oligonukleotidfragmente zu analysieren. Im Wesentlichen beinhaltet dieser Prozess zunächst das Aufbringen der Mischung auf einen Ursprungsort auf einem erfindungsgemäßen Mikrogel und das Anlegen eines Potenzials an das Elektrophoresegel, wodurch ein Strom durch das Elektrophoresegel fließt und die Oligonukleotidfragmente in der Mischung von dem Ursprungsort weg und durch einen Überwachungsort transportiert, der sich entfernt von dem Ursprungsort auf dem Gel befindet. Dann wird die fluoreszierende Emission von den Oligonukleotiden, die den Überwachungspunkt passieren, erfasst.
  • Wie vorstehend angemerkt, können Elektrodenkonfigurationen zum Anlegen des Potenzials an das Gel verschiedener Art sein. Durch diese Elektroden wird unter Verwendung einer standardmäßigen Elektrophorese-Stromquelle ein Feld von bis zu 350 V/cm, vorzugsweise 150–350 V/cm, angelegt. Diese hohe Feldstärke bietet den Vorteil, dass die Fragmente rasch durch das Gel wandern, was zur Folge hat, dass weniger Zeit für die Analyse der Fragmente notwendig ist. Die schnelle Wanderung vermindert auch den Einfluss der Diffusion von Fragmenten in dem Gel, was eine bessere Auflösung ergibt. Feldstärken dieser Größenordnung sind in einem Makrogel, d. h. einem Gel mit einer Dicke von 0,35 mm (350 mm) oder mehr, nicht praktikabel, wegen des enormen Stromflusses und der resultierenden Aufheizung, die auftreten würden.
  • 8 zeigt eine Vorrichtung für die Verwendung bei der Analyse von Oligonukleotidmischungen. In 8 sendet eine Lichtquelle 41, beispielsweise ein Argon-Ionenlaser, einen Anregungsstrahl 40 etwa parallel zur Oberfläche des Mikrogels 42 aus. Der Anregungsstrahl passiert einen Strahlausweiter 43 und einen Interferenzfilter 44, der unerwünschte Lichtwellenlängen entfernt, und trifft dann auf einen beugenden Spiegel 45, der so ausgewählt ist, dass er Licht mit der Anregungswellenlänge reflektiert, und Licht mit der Wellenlänge, welche die fluoreszierende Markierung aussendet, durch ihn hindurch tritt. Der beugende Spiegel 45 reflektiert den Anregungsstrahl 40 auf das Mikrogel 42. Passieren fluoreszierend markierte Oligonukleotide den Strahl, wird Licht in alle Richtungen ausgesandt, einschließlich zurück zu dem beugenden Spiegel 45. Dieses Licht 46 passiert den beugenden Spiegel 45, einen Interferenzfilter 47, der so ausgewählt ist, dass er die Emissionswellenlänge von Streu- und unspezifischer Fluoreszenz isoliert, und eine Linse 48, die den Strahl 46 auf einer Photovervielfacherröhre 49 fokussiert.
  • 9 zeigt eine alternative Vorrichtung für die Analyse von Oligonukleotidmischungen gemäß der Erfindung. Wie gezeigt, trifft der Anregungsstrahl 80 von der Lichtquelle 81 in einem Winkel a, der im Allgemeinen zwischen 45 und 65° beträgt, auf die Oberfläche des Mikrogels 82. Licht 86, das in Richtung einer Photovervielfacherröhre 89 ausgesandt wird, passiert optional Sammellinsen und Filter (nicht gezeigt).
  • Andere Vorrichtungen und Vorrichtungskonfigurationen können ebenfalls verwendet werden. Während beispielsweise die in 8 und 9 gezeigten Vorrichtungen Photovervielfacherröhren als Detektor verwenden, können auch andere Arten von Detektoren, beispielsweise Photodioden, verwendet werden. Photodioden können insbesondere in einer Vorrichtung von Nutzen sein, die eine Anordnung von Detektoren verwendet, die bezogen auf die erwarteten Bahnen einer Vielzahl von Proben auf einem einzelnen Gel ausgerichtet sind.
  • Dem Fachmann ist weiterhin klar, dass die Erfindung nicht auf die Verwendung von Argon-Ionenlasern als Lichtquelle beschränkt ist. Der Argon-Ionenlaser ist günstig, da seine Emission bei 488 nm wirksam ist, um Fluoreszein anzuregen, jedoch kann die Verwendung anderer Markierungen mit abweichenden Absorptionsmaxima für die Verwendung einer anderen Art von Laser oder für die Verwendung herkömmlicher Lichtquellen, beispielsweise Quecksilber- oder Xenonlampen, in Kombination mit geeigneten Filtern sprechen.
  • Die erfindungsgemäßen Mikrogelhalter können im Prinzip verwendet werden, um Mikrogele mit Hilfe jeder Art von gelbildendem Material, einschließlich Agarosegele, zu bilden. Bevorzugtes Gelmaterial ist jedoch ein Polyacrylamidgel. Erfindungsgemäße Polyacrylamidmikrogele können entweder mit Hilfe eines Katalysators, der eine chemische Vernetzung bewirkt, beispielsweise TEMED und Ammoniumpersulfat, oder eines photoaktivierten Vernetzungssystems, beispielsweise Riboflavin und ultraviolettes Licht oder Methylenblau und blaues (450 nm) Licht, gebildet werden.
  • Werden photopolymerisierte Gele in Kombination mit lichthärtbarem Klebstoff verwendet, kann es vorteilhaft sein, das Gel und den Klebstoff so auszuwählen, dass die Polymerisationswellenlängen für die beiden Systeme verschieden sind. Dies ergibt sich aus der Beobachtung, dass einige UV-aktivierte Klebstoffe Materialien enthalten, die das anschließende Härten von UV-gehärteten Gelen auslöschen, entweder durch Absorption des anregenden Lichts oder durch Auslöschen der angeregten Zustände des Gelpolymerisationsinitiators. Durch das Verlagern der Gelpolymerisation zu einer anderen Wellenlänge wird dieser Auslöscheffekt vermindert oder eliminiert.
  • Vor der Verwendung eines Gels für die Analyse von Oligonukleotidfragmenten kann es wünschenswert sein, bezüglich des Gels eine Vorlauf durchzuführen, d. h. ein Potenzialgefälle mit Laufpuffer anzulegen, jedoch keine Probe aufzubringen. Mit einem solchen Vorlauf können überschüssige, aus der Polymerisationsreaktion stammende Reaktanden entfernt werden, welche die Wanderung oder die Erfassung der Oligonukleotide behindern könnten. Da einige in dem Laufpuffer verwendete Bestandteile, vor allem Harnstoff, dazu tendieren können, Acrylamidgele abzubauen, kann zusätzlich die Lagerbeständigkeit des Mikro gels verbessert werden, indem diese Komponenten erst vor der tatsächlichen Durchführung der Analyse eingebracht werden.
  • Der Einsatz der Erfindung wird nunmehr durch die folgenden, nichtbeschränkenden Beispiele näher erläutert.
  • BEISPIEL 1
  • Es erfolgte die Bereitung von Gelen unter Verwendung von 6% Acrylamid (19 : 1 Acrylamid : Bis-acrylamid, 7 M Harnstoff, 0,6 × TBE) in Gelhaltern aus 1 mm dickem kalandriertem Glas. Die untere Platte wies eine 50 mm dicke Dichtung auf, welche die Kante der Platte umgab und eine mittige, 15 mm breite und 75 mm lange Öffnung ausbildete. In die Öffnung wurde nichtpolymerisiertes Gel eingebracht, und die obere Platte darüber angeordnet, um das Gel in seine gewünschte Dicke von 50 mm, wie durch den Dichtungsabstandhalter definiert, zu quetschen. Nach der Polymerisation wurde überschüssiges Gel rund um die Kanten der Glasplatte abgeschnitten.
  • Es wurde eine Testprobe bereitet, die eine Mischung von 0,1 ng/ml eines 30-mers mit der Sequenz
    Figure 00150001
    und 0,1 ng/ml eines 31-mers mit der Sequenz
    Figure 00150002
    enthielt.
  • Diese Oligonukleotide wurden durch einen kommerziellen Anbieter speziell hergestellter Oligonukleotide (Oligos etc.) gemäß den Anweisungen des Erfinders synthetisiert und an dem 5'-Ende mit Fluoreszein markiert.
  • 100 nl der Testprobe (mit einem Gehalt von ~ 100 Femtomol eines jeden Oligonukleotids) wurde mit Hilfe einer Kapillare über die Kante auf die Oberseite des Gels aufgebracht. Dann wurde ein Feld von 100 V/cm an das Gel angelegt, indem über jedes Ende des polymerisierten Gels eine Elektrode aus einem 0,25 mm dicken Streifen Indium-Zinn-Oxid mit einer Größe von 35 mm × 8 mm gelegt wurde und die Elektroden dann an eine Elektrophorese-Stromquelle angeschlossen wurden. Es wurde ein Argon-Ionenlaser-Erfassungssystem der in 8 gezeigten Art verwendet, um den Durchtritt der mit Fluoreszein markierten Oligonukleotide durch einen Punkt zu erfassen, der 55 bis 65 mm vom Ur sprungsort entfernt war. Das von der Photovervielfacherröhre erfasste Signal ist in 10 gezeigt. Das Signal wurde innerhalb einer Laufzeit von 3 Minuten in zwei Höchstwerte aufgelöst, die dem 30-mer (Höchstwert A) und dem 31-mer (Höchstwert B) entsprechen.
  • BEISPIEL 2
  • Es erfolgte die Bereitung einer UV-aktivierten Klebematrix unter Verwendung des Acrylatklebstoffes Minico® M07950-R von Emerson & Cuming Inc., Woburn, MA, gemischt mit 2 Gew.-% Sigma®-Glaskügelchen (106 Mikrometer und kleiner), die gefiltert wurden, um Kügelchen mit einer Größe von 45 bis 53 Mikrometer zu selektieren. Die Klebematrix wurde durch Siebdrucken in dem in 3 gezeigten Muster auf das untere Substrat aufgebracht. Dann wurde das obere Substrat auf dem unteren Substrat angeordnet, wie in 3 dargestellt. Die Substrate wurden anschließend 20 Watt starkem UVA-Licht (Wellenlänge 315–385 nm) ausgesetzt, um das Härten des Klebstoffs zu initiieren und die beiden Substrate miteinander zu verbinden.
  • Nach dem Härten des Klebstoffs wurde der Gelhalter waagerecht in einer rechteckigen Füllvorrichtung der Art angeordnet, wie sie in der US-Patentanmeldung Nr. 08/332,892 und der gleichzeitig eingereichten bibliographischen Kurzbeschreibung (CIP) derselben, die durch Bezugnahme hierin eingeschlossen werden, beschrieben ist. Kurz gesagt, wurde der Mikrogelhalter waagerecht in einen vierseitigen Füllrahmen gelegt und auf dem obersten Einlegeboden eines Füllraumes angeordnet. In dem Raum wurde eine ein Polyacrylamidgel bildende Lösung in den Gelhalter geleitet, der dann für einen Zeitraum, der ausreichte, um das Gel zu polymerisieren, ultraviolettem Licht von 20 Watt starken UVA-Lampen ausgesetzt wurde, die im Inneren des Füllraumes angeordnet waren.
  • Die eingesetzte gelbildende Lösung enthielt 6% Acrylamid (19 : 1 Bis-Acrylamid), 7 M Harnstoff in 0,6 × TBE und 10 ppm Riboflavin. Die Einbringung des Riboflavins erfolgte durch die Zugabe von 10 μl einer 0,4%-igen wässrigen Riboflavinlösung zu 25 ml Acrylamidlösung.
  • BEISPIEL 3
  • Eine UV-aktivierte Klebematrix der Art, wie sie in Beispiel 2 beschrieben ist, wurde durch Siebdrucken in dem in 2 gezeigten Muster auf das untere Substrat aufgebracht. Es wurde 1 ml einer Aufschlämmung aus 100% Ethanol und 1 Gew.-% Glaskügelchen (45 bis 53 Mikrometer) auf das untere Substrat aufgebracht und gleichmäßig auf demselben verteilt. Nach fünf Minuten bei Raumtemperatur wurde das obere Substrat über dem unteren Substrat angeordnet, wie in 2 dargestellt, und die Substrate wurden zusammengedrückt. Anschließend wurden die Substrate 20 Watt starkem UV-Licht (315–385 nm) ausgesetzt, um das Härten des Klebstoffs zu initiieren und die beiden Substrate zwecks Bildung eines Gelhalters miteinander zu verbinden.
  • Acrylamidlösung wurde in den Mikrogelhalter injiziert und polymerisiert, wie in Beispiel 2 beschrieben. Durch die Kraft der Injektion wurde ein Teil der kleinsten Glaskügelchen ausgewaschen. Diese Kügelchen ließen sich vor dem Einsetzen des Aufbringeinsatzes problemlos von der Oberseite des Gels entfernen.
  • BEISPIEL 4
  • Es erfolgte die Bereitung eines Mikrogels wie in Beispiel 2, unter Verwendung der Einsatzplatte während der Polymerisation des Mikrogels. Die Einsatzplatte wurde vorsichtig entfernt und durch den Aufbringeinsatz ersetzt. Der Mikrogelhalter wurde senkrecht in einer Elektrophoresevorrichtung angeordnet. Mit einer Pipette wurden 3 μl einer vorbereiteten Lösung, welche die Produkte einer vollständigen, mit Fluoreszein markierten ddT-DNA-Sequenzierungsreaktion von DNA der Schablone M13 enthielt, zusammen mit Methylenblau und Xylencyanol als zusätzlichen optischen Trennungsmarkierern in eine Einbringvertiefung eingebracht.
  • Durch Abdichten des Mikrogelfensters gegenüber einem TBE-Vorratsbehälter, der eine Platinelektrode enthielt, wurde eine TBE-Lösungs-Elektrode gebildet. Die "Unterseite" des Mikrogels wurde in einen TBE-Vorratsbehälter getaucht, der eine Platinelektrode enthielt. Die Rückseite des Mikrogelhalters wurde mittels Vakuumansaugung an einer Aluminiumplatte befestigt, um während der Elektrophorese Wärme abzuleiten. Zwischen den bei den Elektroden wurde ein elektrisches Potenzial angelegt und so ein elektrisches Feld von 300 V/cm durch das Mikrogel hindurch erzeugt.
  • Unter dem Einfluss der elektromotorischen Kraft, wanderten DNA-Fragmente durch das Mikrogel und durch die Erfassungszone. Es wurde ein Argon-Ionenlaser-Erfassungssystem der in 8 gezeigten Art verwendet, um den Durchtritt der mit Fluoreszein markierten Fragmente durch einen Punkt zu erfassen, der 100 mm vom Ursprungsort entfernt war. Das durch die Photovervielfacherröhre von den ddT-Reaktionen in Abhängigkeit von der Zeit erfasste Signal ist in 11A11F dargestellt. Wie in 11A11F zu sehen ist, werden ddT-Extensionsprodukte von 1 Nukleotid über den Primer hinaus 4,9 Minuten nach dem Beginn der Elektrophorese beobachtet. Fragmente von mindestens 300 Nukleotiden können innerhalb von 13,8 Minuten nach dem Beginn der Elektrophorese klar aufgelöst werden.
  • BEISPIEL 5
  • Es erfolgt die Bildung eines Mikrogels wie in Beispiel 2, mit der Ausnahme, dass anstelle von Riboflavin ein Methylenblau-Initiatorsystem verwendet wird. Dieses Initiatorsystem besteht aus 100 μM Methylenblau, 1 mM Natriumtoluensulfinat und 50 μM Diphenyliodoniumchlorid. Das Gel wird mit Hilfe einer Quelle blauen (450 nm) Lichts, beispielsweise einer Quarzhalogenlampe, polymerisiert.
  • BEISPIEL 6
  • Es erfolgt die Bereitung einer durch Siebdrucken aufbringbaren niedrig schmelzenden Glaszusammensetzung durch Kombinieren des Glases Nr. 7570, bezogen von der Ferro Corporation (Cleveland, Ohio), mit einem Bindemittel, identifiziert als Produkt Nr. 80 863 und verkauft von der Cerdec Corporation (Frankfurt, Deutschland), in einem Verhältnis von 10 : 3 oder 1 : 1, und 1 bis 10 Gew.-% fester Partikel in Form von Glaskügelchen, die wie in Beispiel 2 bereitet wurden. Das Glas Nr. 7570 hat eine Teilchengröße D50 von 30,99 Mikrometern, einen Wärmeausdehnungskoeffizienten (25–260°C) von 82,6 × 10–7/°C, eine Dichte von 5,36 g/cm3 und einen Erweichungspunkt von 449°C. Das Produkt Nr. 80 683 ist ein wasserlösliches Bindemittel, der üblicherweise für das Aufbringen von Glasuren auf Porzellan oder Keramik verwendet wird. Andere Pro dukte, die in dieser Eigenschaft verwendet werden können, sind beispielsweise METHOCEL-Bindemittel von Dow Chemical.
  • Nach dem Vermischen der drei Komponenten der Paste wird die Paste durch Siebdrucken in dem gewünschten Muster, beispielsweise den in 2 oder 3 gezeigten Mustern, auf eine Glassubstratplatte aufgebracht. Anschließend wird das Substrat 10 Minuten lang auf 125°C und 10 Minuten lang auf 320°C erhitzt, um die Paste für das dichte Verbinden vorzubereiten. Zum Zweck des dichten Verbindens wird die Platte 25 Minuten lang in einen 450°C heißen Ofen eingebracht, um das Glaspulver vorzuschmelzen. Dann wird auf der Oberseite der ersten Platte eine zweite Substratplatte angeordnet, so dass das vorgeschmolzene Material zwischen beiden angeordnet ist. Das Ganze wird dann weitere 25 Minuten lang in einen 470°C heißen Ofen eingebracht, wodurch eine endgültige Verbindung der Platten bewirkt wird. Um die Gleichmäßigkeit des Zwischenraumes zwischen den Platten sicherzustellen, wird auf die Außenseiten der Platten Druck ausgeübt. Dieser Druck kann durch Klammern, durch das Anordnen eines Gewichts auf dem obersten Substrat oder mit Hilfe eines luftgetriebenen, von oben einwirkenden Kolbens nach unten auf die Substrate ausgeübt werden.
  • SEQUENZAUFLISTUNG
    Figure 00190001
  • Figure 00200001
  • Figure 00210001

Claims (60)

  1. Mikrogelhalter, der umfasst (a) ein oberes Substrat; (b) ein unteres Substrat; (c) Mittel zum dichten Verbinden des oberen Substrats mit dem unteren Substrat, um einen Gelraum mit einer Dicke von 250 Mikrometern oder weniger auszubilden, wobei die Mittel zu dichten Verbinden eine durch sie hindurch gehende Öffnung zum Füllen des Gelraumes mit einem nichtpolymerisierten Gel aufweisen; und (d) eine Vielzahl fester Partikel, wobei die festen Partikel zwischen dem oberen und dem unteren Substrat angeordnet sind und einen mittleren Durchmesser aufweisen, der im Wesentlichen der Dicke des Gelraumes entspricht.
  2. Mikrogelhalter nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Mittel zum dichten Verbinden der Substrate einen Klebstoff umfasst, der zwischen dem oberen und dem unteren Substrat entlang von zumindest zwei gegenüberliegenden Kanten des oberen und des unteren Substrats aufgetragen wird.
  3. Mikrogelhalter nach Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel in dem Klebstoff dispergiert ist.
  4. Mikrogelhalter nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, dass die festen Partikel mit zumindest einem der Substrate mit Hilfe eines niedrig schmelzenden Glases verbunden sind.
  5. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass der Gelraum in eine Vielzahl von Bahnen geteilt ist.
  6. Mikrogelhalter nach Anspruch 5, dadurch gekennzeichnet, dass der Gelraum durch Klebstofflinien, die zumindest einen Teil der festen Partikel enthalten, in Bahnen geteilt ist.
  7. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 2, 3 oder 5 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff ein Acrylatklebstoff ist.
  8. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 2, 3 oder 5 bis 7, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff ein photoaktivierter Klebstoff ist.
  9. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass der Gelraum eine Dicke von 25 bis 250 Mikrometern aufweist.
  10. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass der Gelraum eine Dicke von 25 bis 100 Mikrometern aufweist.
  11. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass in das obere Substrat eine Probeneinbringöffnung geschnitten ist.
  12. Mikrogelhalter nach Anspruch 11, der weiterhin einen entfernbaren Klebestreifen umfasst, der über der Probeneinbringöffnung angebracht ist.
  13. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 12, dadurch gekennzeichnet, dass der Mikrogelhalter ein Wegwerf-Mikrogelhalter ist.
  14. Mikrogel zur elektrophoretischen Trennung von Proben, das umfasst (a) ein oberes Substrat; (b) ein unteres Substrat; (c) Mittel zum dichten Verbinden des oberen Substrats mit dem unteren Substrat, um einen Gelraum mit einer Dicke von 250 Mikrometern oder weniger auszubilden, wobei die Mittel zu dichten Verbinden eine durch sie hindurch gehende Öffnung zum Füllen des Gelraumes mit einem nichtpolymerisierten Elektrophoresegel aufweisen; (d) eine Vielzahl fester Partikel, wobei die festen Partikel zwischen dem oberen und dem unteren Substrat angeordnet sind und einen mittleren Durchmesser aufweisen, der im Wesentlichen der Dicke des Gelraumes entspricht; und (e) ein Elektrophoresegel, das in dem Gelraum angeordnet ist.
  15. Mikrogel nach Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, dass das Mittel zum dichten Verbinden der Substrate ein Klebstoff ist, der zwischen dem oberen und dem unteren Substrat entlang von zumindest zwei gegenüberliegenden Kanten des oberen und des unteren Substrats aufgetragen wird.
  16. Mikrogel nach Anspruch 14, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel in dem Klebstoff dispergiert ist.
  17. Mikrogel nach Anspruch 14 oder 15, dadurch gekennzeichnet, dass die festen Partikel mit zumindest einem der Substrate mit Hilfe eines niedrig schmelzenden Glases verbunden sind.
  18. Mikrogel nach einem der Ansprüche 14 bis 17, dadurch gekennzeichnet, dass der Gelraum in eine Vielzahl von Bahnen geteilt ist.
  19. Mikrogel nach Anspruch 18, dadurch gekennzeichnet, dass der Gelraum durch Klebstofflinien, die zumindest einen Teil der festen Partikel enthalten, in Bahnen geteilt ist.
  20. Mikrogel nach einem der Ansprüche 15, 16 oder 18 bis 19, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff ein Acrylatklebstoff ist.
  21. Mikrogel nach einem der Ansprüche 15, 16 oder 18 bis 20, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff ein lichthärtbarer Klebstoff ist.
  22. Mikrogel nach einem der Ansprüche 14 bis 21, dadurch gekennzeichnet, das der Gelraum eine Dicke von 25 bis 250 Mikrometern aufweist.
  23. Mikrogel nach einem der Ansprüche 14 bis 22, dadurch gekennzeichnet, dass in das obere Substrat eine Probeneinbringöffnung geschnitten ist.
  24. Mikrogel nach Anspruch 23, das weiterhin einen entfernbaren Klebestreifen umfasst, der über der Probeneinbringöffnung angebracht ist.
  25. Mikrogel nach einem der Ansprüche 14 bis 24, dadurch gekennzeichnet, dass das Mikrogel ein Wegwert-Mikrogel ist.
  26. Mikrogel nach einem der Ansprüche 14 bis 25, dadurch gekennzeichnet, dass das Elektrophoresegel ein Polyacrylamidgel ist.
  27. Mikrogel nach einem der Ansprüche 14 bis 26, dadurch gekennzeichnet, dass das Elektrophoresegel ein photopolymerisiertes Gel ist.
  28. Verfahren zur Herstellung eines Elektrophoresegels, das folgende Schritte umfasst: (a) Aufbringen einer Vielzahl fester Partikel auf eine Oberfläche eines ersten Substrats; (b) Ausbilden eines Gelhalters, der das erste Substrat und ein zweites Substrat umfasst, indem das erste Substrat mit dem zweiten Substrat teilweise dicht verbunden wird, so dass die Vielzahl fester Partikel zwischen dem ersten und dem zweiten Substrat angeordnet ist und so dass zwischen dem ersten Substrat und dem zweiten Substrat ein Gelraum mit einer Dicke von 250 Mikrometern oder weniger ausgebildet wird, wobei der Gelraum eine Öffnung zum Einbringen von Gel aufweist; (c) Füllen des Gelraums mit einem nichtpolymerisierten Gel; und (d) Polymersisieren des Gels in dem Gelraum, wobei die festen Partikel eine Größe aufweisen, die im Wesentlichen der Dicke des Gelraumes entspricht.
  29. Verfahren nach Anspruch 28, dadurch gekennzeichnet, dass die festen Partikel als Mischung mit einem pulverisierten, niedrig schmelzendem Glas auf das Substrat aufgebracht werden, und das weiterhin folgende Schritte umfasst: Erwärmen des Substrats, auf dem sich die festen Partikel und das pulverisierte, niedrig schmelzende Glas befinden, um das niedrig schmelzende Glas zu schmelzen, und Abkühlen des erwärmten Substrats, um das niedrig schmelzende Glas wieder erstarren zu lassen, wodurch die festen Partikel durch das wieder erstarrte Glas mit der Oberfläche des Substrats verbunden werden.
  30. Verfahren nach Anspruch 28 oder 29, dadurch gekennzeichnet, dass das erste Substrat mit dem zweiten Substrat mittels eines Klebstoffs dicht verbunden wird.
  31. Verfahren nach Anspruch 30, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff mittels Siebdruck aufgetragen wird.
  32. Verfahren nach Anspruch 30 oder 31, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel in dem Klebstoff dispergiert ist.
  33. Verfahren nach einem der Ansprüche 30 bis 32, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff ein Acrylatklebstoff ist.
  34. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 33, dadurch gekennzeichnet, dass der Abstand zwischen den Substraten 25 bis 100 Mikrometer beträgt.
  35. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 34, dadurch gekennzeichnet, dass das Gel Polyacrylamid ist.
  36. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 35, dadurch gekennzeichnet, dass das Gel in zwei oder mehr Bahnen geteilt ist.
  37. Verfahren nach Anspruch 36, dadurch gekennzeichnet, dass die Bahnen durch Klebstofflinien, die zumindest einen Teil der festen Partikel enthalten, getrennt sind.
  38. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 37, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel vor der Ausbildung des Gelraumes auf einer Oberfläche des oberen Substrats oder des unteren Substrats angeordnet wird, wodurch die Vielzahl von Partikeln in dem Gelraum des Mikrogels angeordnet wird.
  39. Verfahren nach Anspruch 38, dadurch gekennzeichnet, dass die festen Partikel auf dem oberen Substrat oder dem unteren Substrat durch Aufbringen einer Aufschlämmung von Partikeln in einer flüchtigen Flüssigkeit angeordnet werden, wobei die Flüssigkeit vor der Ausbildung des Gelraumes verdampft wird.
  40. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 39, dadurch gekennzeichnet, dass das Gel photopolymerisiert wird.
  41. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 40, das weiterhin den Schritt des Schneidens von Probeneinbring- und Elektrodenöffnungen in das obere Substrat vor dessen Einfügung in den Gelhalter umfasst.
  42. Verfahren nach Anspruch 41, dadurch gekennzeichnet, dass die Probeneinbring- und Elektrodenöffnungen vor dem Füllen des Gelraumes mittels eines entfernbaren Klebestreifens dicht verschlossen werden.
  43. Verfahren nach Anspruch 42, dadurch gekennzeichnet, dass der entfernbare Klebestreifen, den Durchtritt von UV-Licht gestattet.
  44. Verfahren nach einem der Ansprüche 28 bis 43, das weiterhin den Schritt des Schneidens einer im Wesentlichen rechteckigen Probeneinbringöffnung in das obere Substrat vor dessen Einfügung in einen Gelhalter umfasst, wobei die Probeneinbringöffnung nahe einem ersten Ende des oberen Substrats ausgebildet wird, so dass eine durch die Probeneinbringöffnung eingebrachte Probe zu einem zweiten, gegenüberliegenden Ende des oberen Substrats wandert.
  45. Verfahren nach Anspruch 44, dadurch gekennzeichnet, dass die Probeneinbringöffnung eine lange Kante aufweist, die dem zweiten Ende des Substrats am nächsten gelegen ist, und die lange Kante in einer Weise schräg ist, dass die Probeneinbringöffnung größere Abmessungen auf einer ersten Oberfläche aufweist als auf einer gegenüberliegenden zweiten Oberfläche, und wobei der Gelhalter so zusammengefügt wird, dass sich die erste Oberfläche auf der Innenseite des Gelhalters befindet.
  46. Verfahren nach Anspruch 45, das weiterhin den Schritt des Anordnens eines Einsatzes in der Probeneinbringöffnung vor der Polymerisation des Gels umfasst, dadurch gekennzeichnet, dass der Einsatz in einer Weise schräg ist, dass er zur Schrägung der Probeneinbringöffnung passt, so dass zwischen der schrägen Kante des oberen Substrats und dem Gel eine Mulde ausgebildet wird, in die das Gel eingebracht werden kann.
  47. Verfahren zum Analysieren einer Mischung markierter, unterschiedlich langer Oligonukleotidfragmente, das umfasst: (a) Aufbringen der Mischung auf einen Ursprungsort auf einem Mikrogel; (b) Anlegen eines Potenzials an das Elektrophoresegel, das eine elektrische Feldstärke von 100 V/cm oder mehr erzeugt, wodurch ein Strom durch das Elektrophoresegel fließt und die Oligonukleotidfragmente in der Mischung von dem Ursprungsort weg und durch einen Überwachungsort transportiert, der sich entfernt von dem Ursprungsort auf dem Gel befindet; und (c) Erfassen der Oligonukleotide, die den Überwachungspunkt passieren, dadurch gekennzeichnet, dass das Mikrogel umfasst: ein oberes Substrat und ein unteres Substrat, die dicht miteinander verbunden sind, um einen Gelraum mit einer Dicke von 250 Mikrometern oder weniger auszubilden, einen Vielzahl fester Partikel mit einem mittleren Durchmesser, der im Wesentlichen der Dicke des Gelraumes entspricht, wobei die Vielzahl fester Partikel in dem Gelraum angeordnet ist, und ein Elektrophoresegel, das in dem Gelraum angeordnet ist.
  48. Verfahren nach Anspruch 47, dadurch gekennzeichnet, dass das Elektrophoresegel Polyacrylamid ist.
  49. Verfahren nach Anspruch 47 oder 48, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel in einem Klebstoff dispergiert ist, der das obere Substrat dicht mit dem unteren Substrat verbindet.
  50. Verfahren nach Anspruch 49, dadurch gekennzeichnet, dass der Klebstoff ein Acrylatklebstoff ist.
  51. Verfahren nach Anspruch 47 oder 48, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel mit Hilfe eines niedrig schmelzenden Glases mit zumindest einem der Substrate verbunden ist.
  52. Verfahren nach einem der Ansprüche 47 bis 51, dadurch gekennzeichnet, dass die Oligonukleotidfragmente fluoreszierend markiert sind und während des Passierens des Überwachungspunktes mit Hilfe eines Fluoreszenzdetektors erfasst werden.
  53. Verfahren nach Anspruch 52, dadurch gekennzeichnet, dass die fluoreszierend markierten Oligonukleotide mit Hilfe eines Argon-Ionenlasers erfasst werden.
  54. Verfahren nach einem der Ansprüche 47 bis 53, dadurch gekennzeichnet, dass eine elektrische Feldstärke von mehr als 150 V/cm erzeugt wird.
  55. Verfahren nach einem der Ansprüche 47 bis 53, dadurch gekennzeichnet, dass eine elektrische Feldstärke von 250 bis 400 V/cm erzeugt wird.
  56. Verfahren nach einem der Ansprüche 47 bis 55, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein Teil der festen Partikel in dem Gel in dem Gelraum dispergiert ist.
  57. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 13, der weiterhin einen Aufbringeinsatz für die Verwendung beim Aufbringen einer Probe auf ein Elektrophoresegelumfasst, der umfasst: (a) einen im Wesentlichen rechtwinkligen ebenen Basisabschnitt, der zwei lange Kanten und zwei kurze Kanten und Ober- und Unterseiten aufweist; (b) eine Vielzahl von Fingern, die sich von einer ersten langen Kante des Basisabschnitts aus in einer Ebene mit den Ober- und Unterseiten des Basisabschnitts erstrecken, wobei jeder der Finger eine Breite von 0,5 bis 3 mm aufweist, die Finger in gleichmäßigen Abständen von 2 bis 7 mm in einem Bereich entlang der ersten langen Kante des Basisabschnitts angeordnet sind, der an einem Punkt beginnt und endet, der 2 bis 4 mm von der benachbarten kurzen Kante des Basisabschnitts entfernt ist, und jeder der Finger an seinem distalen Ende einen Spitzenabschnitt aufweist, der mit einer Schrägung von 30 bis 60° bezogen auf die Ebene des Basisabschnitts geschnitten ist, so dass die untere Oberfläche eines jeden Fingers länger ist als die obere Oberfläche.
  58. Mikrogelhalter nach Anspruch 57, dadurch gekennzeichnet, dass die Finger in dem Aufbringeinsatz an ihrem distalen Ende jeweils eine Schrägung von 45° aufweisen.
  59. Mikrogelhalter nach Anspruch 57 oder 58, dadurch gekennzeichnet, dass in der unteren Oberfäche des Aufbringeinsatzes eine Vielzahl von Kerben ausgebildet ist, die parallel zu den Fingern verlaufen und sich über den gesamten Aufbringeinsatz erstrecken.
  60. Mikrogelhalter nach einem der Ansprüche 1 bis 13, der weiterhin einen Fülleinsatz zur Verwendung beim Einfüllen eines Elektrophoresegels umfasst, der ein im Wesentlichen rechtwinkliges ebenes Körperteil umfasst, das zwei lange Kanten und zwei kurze Kanten und Ober- und Unterflächen aufweist, dadurch gekennzeichnet, dass eine erste der langen Kanten in einem Winkel von 30 bis 60° bezogen auf die Ebene des Körperteils schräg ist, so dass die untere Oberfläche des Körperteils größer ist als die obere Oberfläche, und in der unteren Oberfläche des Körperteils eine Vielzahl von Kerben ausgebildet ist, die parallel zu den kurzen Kanten verlaufen und sich von der einen langen Kante zur anderen erstrecken.
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