DE19615803A1 - CELO-Virus - Google Patents
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Description
Die große Familie der Adenoviren wird nach ihrem Wirt in
Adenoviren, die Säugetiere infizieren (die
Mastadenoviridae) und Adenoviren, die Vögel infizieren
(die Aviadenoviridae) unterteilt. Das CELO-Virus
("Chicken Embryo Lethal Orphan"; Übersichtsartikel von
McFerran, et al., 1977; McCracken und Adair, 1993) wurde
1957 als infektiöses Agens identifiziert (Yates und Fry,
1957). Das CELO-Virus wird als Geflügel-Adenovirus Typ 1
(FAV-1) klassifiziert und erregte zunächst aufgrund
seiner Eigenschaft, in Baby-Hamstern tumorigen zu sein,
Interesse. Da jedoch eine Infektion mit dem CELO-Virus
keine ernsten gesundheitlichen und wirtschaftlichen
Folgen hat, schwand das Interesse an diesem Virus in den
letzten Jahren. Die FAV-1-Adenoviren können aus gesunden
Hühnern isoliert werden und verursachen keine
Erkrankung, wenn sie experimentell wieder in Hühner
eingeführt werden (Cowen, et al., 1978). Ihre Isolierung
aus erkrankten Vögeln ist wahrscheinlich das Ergebnis
einer Adenovirus-Replikation in einem Wirt, der aufgrund
anderer Einflußfaktoren ein geschwächtes Immunsystem
hat.
Die allgemeine strukturelle Organisation von CELO-Virus
ist mit einem icosahedralen Kapsid von 70-80 nm,
aufgebaut aus Hexon- und Pentonstrukturen, ähnlich wie
bei den Säugetier-Adenoviren (Laver, et al., 1971). Das
CELO-Virus-Genom ist ein lineares, doppelsträngiges DNA-
Molekül, wobei die DNA innerhalb des Virions von
viruskodierte Kernproteinen kondensiert wird (Laver, et
al., 1971; Li, et al., 1984b). Das CELO-Virus-Genom hat
kovalent gebundene terminale Proteine (Li, et al.,
1983) und das Genom hat invertierte terminale
Wiederholungen ("Inverted Terminal Repeats", ITRs), wenn
auch kürzer als die Säugetier-ITRs (Aleström, et al.,
1982b; Sheppard und Trist, 1992). Das CELO-Virus kodiert
eine Protease mit 61-69% Homologie zu den Säugetier-
Adenovirus-Proteasen (Cai und Weber, 1993).
Es gibt deutliche Unterschiede zwischen CELO-Virus und
den Mastadenoviren. CELO-Virus hat ein größeres Genom,
mit einer nur in zwei kurzen Regionen des CELO-Virus-
Genoms (durch Hybridisierung) festzustellenden
Sequenzhomologie zu Ad5 (Aleström, et al., 1982a). Vom
CELO-Virion wurde berichtet, daß es an jedem Vertex zwei
Fasern unterschiedlicher Länge hat. Das CELO-Virus kann
die E1A-Funktionen von Ad5 nicht komplementieren, und
die Replikation von CELO-Virus wird durch die Aktivität
von Ad5E1 nicht erleichtert (Li, et al., 1984c).
Im Rahmen der vorliegenden Erfindung wurde eine
vollständige Sequenzanalyse des CELO-Virus vorgenommen;
einerseits weil es für das Verständnis der Biologie von
Adenoviren nützlich ist, die genomische Organisation
eines Adenovirus aufzuklären, der von den im allgemeinen
studierten Säugetier-Adenoviren weit entfernt ist. Da
wahrscheinlich die Übertragungs- und
Überlebensbedingungen für ein Virus, das eine Vogelart
infiziert, anders sind als für Säugetierviren, ist es
möglich, daß die Vogel-Adenoviren neue Virusfunktionen
erworben haben oder ein größeres Maß an Variabilität
zeigen als die Mastadenoviridae. Die vollständige CELO-
Virus-Sequenz ermöglicht außerdem Änderungen im CELO-
Virus-Genom im Hinblick auf Funktionsanalysen.
Da sich Adenovirus-Vektoren als sehr leistungsfähige
Vektoren für den Gentransfer erwiesen haben
(Übersichtsartikel von Graham, 1990; Kozarsky und
Wilson, 1993; Trapnell und Gorziglia, 1994), ist die
vollständige CELO-Virus-Sequenz andererseits
insbesondere als Grundlage für die Herstellung neuer
rekombinanter Vektoren für den Gentransfer von
Interesse.
Die Sequenz-Analyse hat gezeigt, daß das CELO-Virus-
Genom 43.8 kb aufweist, womit es um mehr als 8 kb länger
ist als die humanen Subtypen Ad2 und Ad5. Die Gene für
die Hauptstrukturproteine (Hexon, Pentonbasis, IIIa,
Faser, pVI, pVII, pVIII) sind einerseits sowohl
vorhanden, andererseits befinden sie sich auch an den
entsprechenden Stellen im Genom. Die Gene der Early
Region 2 (E2; DNA-Bindungsprotein, DNA-Polymerase und
terminales Protein) sind ebenfalls vorhanden. Dem CELO-
Virus fehlen jedoch Sequenzen, die den Regionen E1, E3
und E4 der Säugetier-Adenoviren homolog sind. Es gibt
ungefähr 5 kb am linken Ende und 15 kb am rechten Ende
des CELO-Virus-Genoms, wo eine nur beschränkte oder gar
keine Homologie mit den Mastadenovirus-Genomen vorhanden
ist. Diese neuen Sequenzen enthalten eine Anzahl von
offenen Leserahmen, und es ist anzunehmen, daß diese für
Funktionen kodieren, die die fehlenden E1-, E3- und
möglicherweise E4-Regionen ersetzen.
Teile der CELO-Virus-Sequenz wurden bereits publiziert;
sie sind in Tabelle 1 aufgelistet, ebenso die
Unterschiede zwischen der aus der Datenbank bekannten
und der im Rahmen der vorliegenden Erfindung ermittelten
Sequenz. Aus Studien, die sich auf bestimmte virale Gene
konzentrierten, wurde ein Homologes des VA-RNA-Gens von
Mastadenovirus bekannt (Larsson, et al., 1986), und ein
Teil der Genomsequenz, die die Endoprotease trägt, wurde
beschrieben (Cai und Weber, 1993). Außerdem wurden
Fragmente des CELO-Virus-Genoms publiziert (Akopian, et
al., 1990; Akopian, et al., 1992; Hess, et al., 1995).
Die Sequenz der Pentonbasis von dem verwandten Virus
FAV-10 wurde ebenfalls berichtet (Sheppard und Trist,
1992) . Einige weitere Sequenzfragmente wurden in der
Datenbank hinterlegt und sind ebenfalls in Tabelle 1
angegeben. Insgesamt waren ca. 50% des CELO-Virus-
Genoms in Form von Fragmenten verfügbar (insgesamt ca.
24 kb). Die im Rahmen der vorliegenden Erfindung
erhaltene Sequenz ist vollständig und hat den Vorteil,
daß sie von einem einzigen Isolat erhalten wurde.
Die vollständige Sequenz des CELO-Virus, die in Fig. 5
dargestellt ist, zeigt eine große Anzahl von
auffallenden Unterschieden zwischen Ad2 und dem CELO-
Virus. Die Organisation der erkennbaren offenen
Leserahmen (ORFs) des CELO-Virus-Genoms auf der
Grundlage der Sequenzanalyse, im Vergleich mit Ad2, ist
in Fig. 1A dargestellt: Die Figur zeigt eine Übersicht
der genomischen Organisation von Ad2/5 und CELO-Virus.
Die Pfeile geben die Lage der kodierenden Regionen an,
jedoch nicht die genauen Spaltmuster der Genprodukte.
Das Muster des CELO-Virus gibt auch (in den ersten
6.000 bp und in den letzten 13.000 bp) alle nicht
zugeordneten offenen Leserahmen an, die mit einem
Methionin beginnen und die für mehr als
99 Aminosäurereste kodieren. Die zentrale Region der
beiden Genome, die aufgrund der Dot-Matrix-Analyse
Homologie zeigen (vgl. Fig. 3) sowie die Regionen an den
Enden des CELO-Virus-Genoms, die keine Homologie zu
anderen Adenoviren aufweisen ("Unique to CELO") sind
angegeben. Die Abkürzungen in der Figur, die auch denen
in den Tabellen entsprechen, bedeuten: PB, Pentonbasis;
EP, Endoproteinase; DBP, DNA-Bindungsprotein; bTP,
pre-terminal Protein; pol, DNA-Polymerase.
Das sequenzierte CELO-Virus-Genom weist eine Länge von
43.804 bp auf und hat einen Gehalt an G+C von 54.3%. Es
wurde bereits früher vermutet, daß das CELO-Virus-Genom
viel größer ist als die Mastadenovirus-Genome mit 34-
36 kb; es wurde gefunden, daß die CELO-Virus-DNA ein
Gewicht von 30 × 106 Dalton, bestimmt nach seinem
Sedimentationskoeffizienten, aufweist (Laver, et al.,
1971), im Vergleich zu 24 × 106 Dalton für Ad2 (Green,
et al., 1967). Die Größe des CELO-Virus-Genoms, bestimmt
durch Addition der Restriktionsfragmente, beträgt ca.
43 kb (Cai und Weber, 1993; Denisova, et al., 1979).
Eine Pulsed Field Gel Analyse des aus gereinigten
Virionen isolierten CELO-Virus-Genoms ist in Fig. 2A
gezeigt und wird mit der aus Ad5 d11014 isolierten DNA
(34.600 bp; Bridge und Ketner, 1989) oder Wildtyp Ad5-
Virionen (35.935 bp; vt300; Chroboczek, et al., 1992;
Jones und Shenk, 1978) verglichen; als Größenmarker
wurde eine Mischung von nicht-gespaltener Bakteriophagen
λ-DNA und λ-DNA, gespalten mit fünf verschiedenen
Restriktionsenzymen (Biorad), verwendet (Spuren 1 und 7
zeigen die Molekulargewichtsmarker, Spur 2 die DNA von
Ad5 d11014, Spur 3 die DNA von Ad5 wt300, Spur 4 die
CELO-Virus-DNA, Spur 5 die DNA von OTE, Spur 6 die DNA
von Indiana C). Fig. 2A zeigt, daß das CELO-Virus Genom
eine Länge von 44 kb aufweist. Aus dieser Analyse ist
ersichtlich, daß das CELO-Virus-Genom tatsächlich
wesentlich größer ist als das Genom des Säugetiervirus.
Berechnungen auf der Grundlage der Wanderung von
Fragmenten des Lambda-Bakteriophagen ergeben für das
CELO-Virus-Genom eine Größe von 43 kb. Die aus zwei
weiteren FAV-1-Isolaten, Indiana C und OTE, extrahierte
DNA co-migriert mit der CELO-Virus-Spezies, was ein
weiterer Beweis für die Größe des CELO-Virus-Genoms ist.
Fig. 2B zeigt, daß die auf dem bakteriellen Plasmid
pBR327 enthaltene CELO-Virus-Sequenz dieselbe Größe
aufweist.
Es existiert keine identifizierbare El-Region. Es konnte
keine signifikante Homologie zwischen dem CELO-Virus-
Genom und den ersten 4.000 bp von Ad2 festgestellt
werden. Es gibt einige kleine offene Leserahmen in den
ersten 5.000 bp von CELO-Virus, die möglicherweise
einige der E1-Aufgaben erfüllen. Ein offener Leserahmen
am rechten Ende des Virus-Genoms (GAM-1) kann E1B 19K in
funktionellen Assays ersetzen, ohne daß eine
signifikante Homologie zwischen GAM-1 und E1B 19K
besteht. Um zu bestätigen, daß das linke Ende vom
Wildtyp CELO-Virus-Genom stammt und nicht die Sequenz
einer klonierten Variante darstellt, wurden verschiedene
Tests durchgeführt: Vergleich der direkten
Sequenzanalyse von CELO-Virionen an drei verschiedenen
Stellen mit den entsprechenden Stellen der klonierten
Sequenzen; Southern Analysen mit DNA aus verschiedenen
Virusisolaten, die dieselben Restriktionsfragmente
ergaben; Pulsed Field Gelelektrophorese verschiedener
Virus-Genome, die keine Heterogenizität zeigte.
Es gibt keine identifizierbare E3-Region; die beiden
kleinen offenen Leserahmen in der entsprechenden Region
von CELO-Virus haben keine signifikante Homologie mit
beschriebenen E3-Funktionen.
Es gibt eine Gruppe von kleinen offenen Leserahmen
zwischen 36.000 und 31.000, deren Lage auf die
Säugetiervirus-E4-Region hinweist, jedoch mit
zusätzlichen 8 kb Sequenz am rechten Ende des CELO-
Virus.
Es wurde auch keine Protein IX ähnliche Sequenz
identifiziert (das Protein IX ist für die Hexon-Hexon-
Wechselwirkungen und die Stabilität der
Säugetieradenovirus-Virionen wesentlich).
Auch ein Protein V-Gen wurde nicht identifiziert.
Folgende Regionen sind zwischen CELO-Virus und Ad2
konserviert: Der zentrale Anteil des CELO-Virus-Genoms,
vom IVa2-Gen (ca. ab Nukleotid (nt) 5.000) auf dem
linken Strang bis zu den Fasergenen am rechten Strang
(ca. bis nt 33.000) ist wie bei den Mastadenoviren
organisiert, und die meisten der wichtigen viralen Gene
können sowohl nach Position als auch durch
Sequenzhomologie identifiziert werden. Frühere Studien
zur Homologie zwischen CELO und Ad2 (Aleström, et al.,
1982a) zeigten zwei Regionen des CELO-Virus, die mit der
Ad2-Sequenz kreuzhybridisieren. Diese beiden Fragmente
sind nt 5.626 bis 8.877 (kodierend für IVa2 und den
Carboxy-Terminus der DNA-Polymerase) und nt 17.881 bis
21.607 (kodierend für das Hexon). Die in Fig. 3
dargestellte Dot Matrix-Analyse (durchgeführt unter
Verwendung des UWGCG-Programms Compare mit einem Fenster
von 30 und einer Stringenz von 20; zusammengefaßt in
Fig. 1A) zeigt, daß die gesamte DNA-Sequenzhomologie
zwischen CELO-Virus und Ad5 in der mittleren Region des
CELO-Virus-Genoms kartiert. Das kann deshalb erwartet
werden, weil in dieser zentralen Region die
Kapsidproteine kodiert sind und die Grobstruktur des
CELO-Virions mit dem Kapsid des Säugetieradenovirus
vergleichbar ist (Laver, et al., 1971; Li, et al.,
1984a). Die Gene, die für Proteine kodieren, die den
humanen Adenovirusproteinen Hexon, IIIa, Pentonbasis,
Protein VI und Protein VIII entsprechen, sind vorhanden
und zwar in der erwarteten Reihenfolge und Lage (Fig. 1A
und Tabelle 2A; Tabelle 2B zeigt nicht zugeordnete
offene Leserahmen, die für Genprodukte mit mehr als 99
Aminosäureresten kodieren) . Jeder Vertex des
Mastadenovirus-Virions enthält ein Pentamer des
Pentonbasisproteins in Verbindung mit einer einzigen
Faser, bestehend aus drei Kopien des Faserpolypeptids.
Ad2 hat, wie die meisten Mastadenoviren, ein einziges
Fasergen, manche Adenovirustypen haben zwei Fasergene.
Das CELO-Virus-Genom kodiert für zwei Faserpolypeptide
verschiedener Länge und Sequenz.
In der Region E2 wurden DNA-Bindungsproteine
identifiziert (Li, et al., 1984c); es wurden vier
Proteine mit ähnlichen Peptidkarten beschrieben, was auf
einen einzigen Vorläufer schließen läßt, der dann
gespalten oder abgebaut wird. Der linke offene
Leserahmen des CELO-Virus-Genoms, beginnend bei
nt 23.224, liegt in der erwarteten DNA-Bindungsprotein-
Region. Die Gene, kodierend für DNA-Polymerase und pTP
(pre-terminal Protein) sind vorhanden und in den
erwarteten Positionen (Fig. 1A, Tabelle 2A).
Im Hinblick auf die Herstellung von Vektoren auf der
Grundlage des CELO-Virus ist es von Interesse, die
Mechanismen zu identifizieren, die das CELO-Virus
verwendet, um nahezu 44 kb DNA in ein Virion zu
verpacken, das eine ähnliche Größe aufweist wie die
humanen Adenoviren, die hinsichtlich ihrer
Verpackungskapazität starken Beschränkungen unterworfen
sind (Bett, et al., 1983; Caravokyri und Leppard, 1995;
Ghosh-Choudhury, 1987). Eine Möglichkeit besteht darin,
daß das CELO-Virion, obwohl größenmäßig beinahe
identisch mit Ad2 und Ad5, genügend erweiterte Struktur
hat, um das größere Genom unterzubringen. Eine
alternative Hypothese ist, daß CELO über einen anderen
Mechanismus der DNA-Kondensierung verfügt und daher
Unterschiede in der Ausstattung mit Kernproteinen
aufweist, die für die DNA-Verpackung zuständig sind.
Laver, et al., 1971 identifizierten zwei Proteine im
Kern von CELO-Virus und bemerkten das Fehlen eines
Protein V-ähnlichen Moleküls. Li, et al., 1984b,
verwendeten eine Elektrophorese mit höherer Auflösung
und berichteten eine Kernstruktur mit drei Polypeptiden
(20 kD, 12 kD und 9.5 kD). Aus beiden Befunden läßt sich
schließen, daß dem CELO-Virus das größere basische
Kernprotein V (41 kD), das in Säugetieradenoviren
vorkommt, fehlen dürfte. Vielleicht ist das Fehlen von
Protein V und/oder die Gegenwart von kleineren,
basischen Proteinen für die zusätzliche
Verpackungskapazität des CELO-Virions verantwortlich.
Das kleinste der von Li, et al., 1984b, identifizierten
CELO-Virus-Kernproteine (9.5 kD) assoziiert am engsten
mit der Virus-DNA, ähnlich wie das Protein VII des
humanen Adenovirus. Ein offener Leserahmen, der ein
Protein mit 8.597 D mit 72 Aminosäuren erwarten läßt,
liegt bei nt 16.679; das kodierte Protein ist reich an
Arginin (32.9 Mol%) und enthält zwei Spaltstellen für
Protease (pVII von Ad2 hat nur eine Spaltstelle). Ein
offener Leserahmen, der ein Protein mit 19.777 D mit
188 Aminosäureresten erwarten läßt, liegt bei nt 16.929.
Das Protein hat Protease-Spaltstellen nach den
Resten 22, 128 und 145, und die carboxy-terminalen Reste
haben Homologie mit pX von Mastadenovirus. Fig. 4 zeigt
die Aminosäuresequenzen von Protein VII und pX von
verschiedenen Mastadenoviren im Vergleich zum CELO-Virus
sowie die Kernproteine Core 2 und Core 1 von FAV-10. Die
Sequenzen wurden unter Verwendung des UWGCG Bestfit
Programms mit einer Lückengewichtung ("Gap Weight") von
3.0 und einer Gewicht und der Lückenlänge ("Gap Length
Weight") von 0.1 angeordnet. Die Proteasespaltstellen
von Adenovirus sind unterstrichen. In diesem
Zusammenhang ist es von Interesse, daß das aus 19 Resten
bestehende Mastadenovirus-DNA-Bindungsprotein der
Bezeichnung "mu" durch zwei Proteasespaltungen des pX-
Vorläufers gebildet wird (Hosokava und Sung, 1976; Weber
und Anderson, 1988; Anderson, et al., 1989; ). Eine
Spaltung des 188 Reste aufweisenden Proteins nach den
Resten 128 und 145 würde ein aus 17 Resten bestehendes
mu-ähnliches basisches Protein (41% Arginin, 12%
Lysin) ergeben. Die nicht gespaltene Form des Proteins
ist ebenfalls stark basisch; die nichtgespaltenen Kopien
dieses Proteins könnten den von Li, et al., 1984b,
beobachteten 20 kD Kernprotein entsprechen; ein drittes
von diesen Autoren identifiziertes 12 kD Kernprotein
konnte noch nicht zugeordnet werden.
Im CELO-Virus-Genom wurden ferner einige neue oder nicht
zugeordnete offene Leserahmen gefunden. Eine
Zusammenstellung dieser offenen Leserahmen ist in
Tabelle 2A gezeigt; diese offenen Leserahmen sind auch
in Fig. 1A angegeben. Diese Zusammenstellung wurde auf
die Sequenzen von nt 0-6.000 sowie 31.000-43.804
beschränkt und nur ORFs, die einen Methioninrest
enthalten sowie für ein Protein von <99 Aminosäureresten
kodieren, sind angegeben. Wie bereits erwähnt, gibt es
einen ORF bei nt 1999, der für ein Protein mit
Homologien zu Parvovirus-REP kodiert, und einen ORF bei
nt 794 mit Homologie zu dUTPase und Ad2 E4 ORF1.
Der vorliegenden Erfindung lag die Aufgabe zugrunde, ein
neues CELO-Virus bereitzustellen.
Auf der Grundlage der vollständigen CELO-Virus-Genom-
Sequenz betrifft die vorliegende Erfindung somit ein
CELO-Virus, das durch in vitro Manipulation von
genomischer CELO-Virus-DNA erhältlich ist.
Das erfindungsgemäße, von der genomischen DNA
abgeleitete CELO-Virus enthält in einer bevorzugten
Ausführungsform den linken und rechten terminalen Repeat
sowie das Verpackungssignal und weist in davon
verschiedenen Regionen der CELO-Virus-DNA-Modifikationen
in Form von Insertionen und/oder Deletionen und/oder
Mutationen auf.
Der linke bzw. rechte terminale Repeat ("Inverted
Terminal Repeat", ITR) erstreckt sich von den
Nukleotiden 1-68 bzw. von den Nukleotiden 43734-43804,
das Verpackungssignal (auch "Psi" bezeichnet)
erstreckt sich von den Nukleotiden 70-200. Durch
Modifikationen in anderen als diesen DNA-Abschnitten
wird bewirkt, daß die durch die Modifikation betroffenen
Gene nicht-funktionell bzw. deletiert werden.
Bevorzugt werden Modifikationen des CELO-Virus-Genoms
vorgenommen, die auf einem Abschnitt der CELO-Virus-DNA
liegen, der die Nukleotide von ca. 201-ca. 5.000
umfaßt (im Anschluß an den linken terminalen Repeat der
Abschnitt am linken Ende, im folgenden als "Abschnitt A"
bezeichnet) und/oder auf einem Abschnitt, der die
Nukleotide von ca. 31.800-ca. 43.734 umfaßt (der vor
dem rechten terminalen Repeat gelegene Abschnitt am
rechten Ende, im folgenden "Abschnitt B" bezeichnet)
und/oder auf einem Abschnitt, der die Nukleotide von
ca. 28.114-30.495 umfaßt (die Region des Faser 1 Gens.
Ein CELO-Virus, dem bestimmte Gene nicht-funktionell
bzw. deletiert sind, z. B. Gene, die die Immunantwort des
Wirts beeinflussen, wie Gegenspieler von Genen der E3-
Region von Säugetier-Adenoviren, kann als Vakzin
verwendet werden.
In einer Ausführungsform der Erfindung enthält das CELO-
Virus eine oder mehrere Fremd-DNA-Moleküle, insbesondere
eine in einem Wirtsorganismus zu exprimierende Fremd-
DNA. In dieser Ausführungsform fungiert das CELO-Virus
als Vektor, der die Fremd-DNA in höhere eukaryotische
Zellen, Gewebe oder Organismen, insbesondere Säugetiere
und Vögel, transportieren und zur Expression bringen
kann.
Geeignete Insertionsstellen für die Fremd-DNA sind die
Abschnitte A und/oder B und/oder C.
Die Fremd-DNA ersetzt vorzugsweise eine oder mehrere
Sequenzen aus diesen Abschnitten ersetzen.
In einer Ausführungsform der Erfindung ist das
erfindungsgemäße CELO-Virus auf einem Plasmid, das in
Bakterien oder Hefe replizierbar ist und nach Einbringen
in geeignete Zellen Viruspartikel liefert, enthalten.
Beispiele für geeignete Zellen sind Vogelembryonieren-
oder -leberzellen.
Im Hinblick auf die Anwendung des eines rekombinanten
CELO-Virus-Vektors für die Gentherapie kann die Fremd-
DNA aus einem oder mehreren therapeutisch wirksamen
Genen bestehen. Beispiele sind Gene, kodierend für
Immunmodulatoren bzw. Modulatoren von
Entzündungsprozessen (Zytokine wie IL-2, GM-CSF, IL-1,
IL-6, IL-12; Interferone, Tumorantigene, IKB und
Derivate von IKB, denen Serinphosphorylierungsstellen
fehlen (Traenckner, et al., 1995) oder denen
Lysinubiquitinierungsstellen fehlen; Glucocorticoid-
Rezeptoren; Enzyme wie Katalase,
Mangansuperoxiddismutase, Glutathionperoxydase, LIP-
Mitglieder der C/EBP-Familie wie LIP oder LAP (Descombes
und Schibler, 1991), ADF (Tagaya, et al., 1989)), Gene,
die die Apoptose beeinflussen (Mitglieder der Bcl-2-
Familie, wie Bcl-2, Adenovirus E1B19K, Mcl-2; BAX;
IRF-2; Mitglieder der ICE-Proteasefamilie; Varianten von
cJun, wie TAM-67 (Brown, et al., 1991); Adenovirus EIA;
p53) und Gene, die für andere therapeutische Proteine
kodieren (z. B. Gerinnungsfaktoren wie Faktor VIII oder
Ix; Wachstumsfaktoren wie Erythropoetin; das Zystische
Fibrose Transmembranregulatorgen (CFTR); Dystrophin und
seine Derivate; Globin; der LDL-Rezeptor; Gene, die bei
lysosomalen Speicherkrankheiten fehlen, wie
β-Glucuronidase; etc.).
Im Hinblick auf die Herstellung von zellulären
Tumorvakzinen oder für pharmazeutische
Zusammensetzungen, mit denen die Immunantwort auf Tumore
verstärkt werden soll, kodiert die Fremd-DNA für
immunstimulierende Proteine oder Tumorantigene bzw.
Fragmente davon.
Die therapeutisch wirksame DNA kann auch für Antisense-
Moleküle kodieren, die in der Zielzelle die Expression
von Genen bzw. die Transkription bestimmter RNA-
Sequenzen verhindern.
Im Hinblick auf die Anwendung des rekombinanten CELO-
Virus-Vektors als Vakzine kodiert die Fremd-DNA für eine
oder mehrere Antigene, die im behandelten Individuum
eine Immunantwort hervorrufen.
In einer Ausführungsform der Erfindung kodiert die
Fremd-DNA für ein Antigen, das von einem Humanpathogen,
insbesondere einem Erreger von Infektionskrankheiten,
abgeleitet ist.
Epitope, die von rekombinanten CELO-Viren exprimiert
werden können, umfassen von beliebigen humanen viralen
Pathogenen, wie HIV, Hepatitis A, B, C, Hantavirus,
Poliovirus, Influenzavirus, Respiratory Syncytiavirus,
Masern-, Mumps-, Rubella-, Papilloma- und vielen anderen
Viren abgeleitete Epitope. Zu nicht-viralen Pathogenen
zählen Trypanosomen (Verursacher von Schlafkrankheit und
Chagas′ Krankheit), Leishmania, Plasmodium Falciparum
(Malaria), diverse bakterielle Pathogene, wie die
Erreger von Tuberkulose, Lepra, Pseudomonas aeruginosa
(Komplikationen in zystischer Fibrose) und viele andere.
Eine Übersicht über Vakzine auf der Grundlage von
Mastadenoviren ist in Tabelle 3 gegeben; die dort
bespielhaft angeführten Epitope können auch verwendet
werden, um in einen Vektor auf der Grundlage des CELO-
Virus eingefügt zu werden.
Im Hinblick auf die Anwendung des rekombinanten CELO-
Virus-Vektors als Impfstoff im Veterinärbereich, z. B.
für Vogel-, insbesondere Geflügelvakzine, kodiert die
Fremd-DNA in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform
für ein Antigen, abgeleitet von einem Protein eines
Erregers von Tierkrankheiten, insbesondere infektiösen
Vogelerkrankungen.
Bespiele für Erreger von Vogelerkrankungen sind Avian
Infectious Bronchitis Virus (IBV, ein Coronavirus; Jia,
et al., 1995; Ignjatovic und McWaters, 1991; Kusters, et
al., 1990; Lenstra, et al., 1989; Cavanagh, et al.,
1988; Cunningham, 1975), Avian Influenza Virus
(Orthomyxovirus Type A; Kodihalli, et al., 1994;
Treanor, et al., 1991; Tripathy und Schnitzlein, 1991),
Fowlpox-Virus (McMillen, et al., 1994), Avian Infectious
Laryngotracheitis Virus (Guo, et al., 1994; Scholz, et
al., 1993; Keeler, et al., 1991), Mycoplasma
Gallisepticum (Nascimento, et al., 1993), Avian
Pasteurella Multocida (Wilson, et al., 1993; Lee, et
al., 1991; Hertman, et al., 1980; Hertman, et al.,
1979), Avian Reovirus (Ni und Kemp, 1992; Huang, et al.,
1987), Marek′s Disease Virus (MDV; Malkinson, et al.,
1992; Scott, et al., 1989), Puten-Herpesvirus (HVT,
Herpesvirus of Turkeys), Newcastle Disease Virus (NDV;
Cosset, et al., 1991; Morrison, et al., 1990), Avian
Paramyxovirus Typ 1 (Jestin, et al., 1989), Avipoxvirus
Isolate (Schnitzlein, et al., 1988), wie Juncopox,
Pigeon Pox, und Feld- (Field) und Vakzinstämme von
Vogelpoxviren, Avian Encephalomyelitis Virus (Shafren
und Tannock, 1991; Nicholas, et al., 1987; Deshmukh, et
al., 1974), Avian Sarcoma Virus, Rotavirus (Estes und
Graham, 1985), Avian Reovirus (Haffer, 1984; Gouvea, et
al., 1983; Gouvea und Schnitzer, 1982), H7 Influenza-
Virus (Fynan, et al., 1993).
Außer DNA-Sequenzen, die für therapeutisch wirksame
Genprodukte bzw. für Antigene kodieren, kann die Fremd-
DNA für Proteine bzw. Proteinfragmente kodieren, die das
Verhalten des CELO-Virus, insbesondere seine
Bindungsfähigkeit an die Zellen, im Hinblick auf die
Anwendung auf Säugetiere insbesondere an
Säugetierzellen, verändern. Beispiele für derartige
Proteine sind Faser- oder Pentonbasisproteine von
Säugtier- und anderen Adenoviren, Oberflächenproteine
anderer Viren, sowie Liganden, die die Fähigkeit haben,
an Säugetierzellen zu binden und das CELO-Virus in die
Zellen zu transportieren. Zu geeigneten Liganden zählen
Transferrin von verschiedenen Säugetierspezies, Lektine,
Antikörper bzw. Antikörperfragmente, etc. Dem Fachmann
sind derartige Liganden bekannt, weitere Beispiele sind
der WO 93/07283 entnehmbar.
Das rekombinante CELO-Virus kann eine oder mehrere
Fremd-DNA-Moleküle enthalten, diese können entweder in
Tandem oder, entfernt voneinander, in verschiedene
Abschnitte der CELO-Virus-Sequenz eingefügt werden.
Die Fremd-DNA steht unter der Kontrolle von
regulatorischen Sequenzen, geeignete Promotoren sind
z. B. der CMV-Immediate Early Promotor/Enhancer, der Rous
Sarcoma Virus LTR, der Adenovirus Major Late Promotor,
der CELO-Virus Major Late Promotor.
Die Eignung des CELO-Virus für die Herstellung von
Vektoren sowie die Vorteile dieser Vektoren und ihrer
Anwendungen beruhen insbesondere auf folgenden
Eigenschaften des CELO-Virus:
- i) Sicherheit: Das CELO-Virus repliziert natürlicherweise nicht in Säugetierzellen. Daher können Vektoren auf der Grundlage dieses Virus in Menschen verwendet werden, ohne daß die Gefahr besteht, daß eine anschließende Infektion mit einem Wildtyp- Humanadenovirus den Vektor komplementieren und die Replikation ermöglichen könnte. Dies stellt einen Vorteil gegenüber den derzeit verwendeten Ad2- und Ad5-Vektoren dar.
- ii) Erhöhte Verpackungskapazität: Das CELO-Virus-Genom ist ca. 44 kb lang, im Vergleich zu den 36 kb des Ad5-Genoms. Beide Viren haben vergleichbare Virion- Ausmaße, so daß mit einem CELO-Virus-Vektor die Möglichkeit besteht, das bei Ad5 vorhandene strikte Verpackungslimit von 35 kb zu erweitern. Aufgrund der im Rahmen der vorliegenden Erfindung durchgeführten Sequenzierung wurden DNA-verpackende Kernproteine des CELO-Virus identifiziert, und es wurden auffallende Unterschiede zu Ad2 festgestellt, die für die erhöhte Verpackungskapazität verantwortlich sein könnten. Es existieren ca. 13 kb an den beiden Enden des CELO-Virus, die nicht für Strukturproteine (z. B. Kapsidkomponenten) oder für Proteine, die direkt für die Virusreplikation benötigt werden (z. B. DNA-Polymerase) kodieren dürften. Für die Herstellung von Vektoren können diese Sequenzen auf dem CELO-Virus-Genom entfernt und, falls erforderlich, durch komplementierende Zellinien ersetzt werden. Von diesen Sequenzen ist anzunehmen, daß sie für die Immunfunktionen oder die apoptotischen Funktionen (z. B. GAM-1) der Wirtszelle kodieren oder daß sie an der Aktivierung der Wirtszelle für die Virusreplikation beteiligt sind (Gegenspieler zu den E1-, E3- und E4- Regionen von Ad2). Dabei handelt es sich um die Gentypen, die entweder für das Viruswachstum in der Zellkultur entbehrlich sind, wie die E3-Gene von Ad2 (Wold and Gooding, 1991; Gooding, 1992), oder die leicht aus dem Virus entfernt und von einer komplementierenden Zellinie exprimiert werden können, wie die E1-Region in 293-Zellen (Graham, et al, 1977) und die E4-Region in W162-Zellen (Weinberg und Ketner, 1983).
- iii) Stabilität: Das CELO-Virion ist bemerkenswert stabil. Die Infektivität und die Fähigkeit, DNA zu transportieren, überdauern eine Behandlung bei 60°C während 30 min. Vergleichweise verliert Ad5 zwei Zehnerpotenzen an Infektivität bei 48°C und ist bei 52°C komplett inaktiviert. Vermutlich entwickelte das CELO- Virus seine Hitzestabilität nicht natürlicherweise, die Hitzestabilität dürfte vielmehr auf eine Reaktion auf einen anderen Typ von selektivem Druck auf das Virion hinweisen. Die natürliche Route der CELO-Virus-Infektion ist eine fäkal-orale, welche erfordert, daß das Virion den Kontakt mit einer in chemischer Hinsicht rauhen Umwelt mit extremen pH-Werten sowie mit Proteasen überleben kann. Für besondere Anwendungen in der Gentherapie wäre ein noch widerstandsfähigeres Virus erwünscht, das z. B. im Verdauungstrakt oder in der Lunge eines Patienten mit zystischer Fibrose überleben würde.
- iv) Zielgerichtete Anwendung: Das CELO-Virus bindet von
sich aus nur schwach an Säugetierzellen und erfordert
für einen effizienten Eintritt in die Zelle den Zusatz
eines Liganden (Transferrin oder Lectin; Cotten, et al.,
1993). Daher können rekombinante CELO-Virionen in
menschliche Zellen nicht eindringen, woraus sich
folgende Anwendungsmöglichkeiten ergeben:
Das Virus kann, wie oben angegeben, genetisch verändert werden, um an seiner Oberfläche Liganden exprimieren, die einen zielgerichteten Transport ermöglichen, wie z. B. spezifische Peptide, oder Fasern und/oder Pentonbasen von humanen Adenoviren.
Eine weitere Möglichkeit besteht in der chemischen Modifikation des Virus, um daran spezifische Liganden wie Transferrin zu koppeln, wie z. B. in der WO 94/24299 vorgeschlagen, ferner kann das Virus biotinyliert (WO 93/07283) und über Streptavidin an biotinylierte Liganden, wie Weizenkeimagglutinin oder andere Lectine (WO 93/07283) gebunden werden. CELO-Virus-Vektoren weisen somit nicht die Nachteile humaner Adenoviren auf, die zwar eine gute Bindungsfähigkeit an menschliche Zellen aufweisen, jedoch für eine spezifische, zielgerichteten, durch den Liganden vermittelten Anwendung maskiert werden müssen. - v) Anwendbarkeit für Vakzine: Das CELO-Virus ist selten mit Erkrankungen in Vögeln verbunden, was darauf hinweist, daß es eine starke protektive Immunantwort in Vogelwirten hervorruft. Der CELO-Virus-Vektor kann auf einfache Weise für die Expression neuer Vakzinepitope angepaßt werden.
Im Hinblick auf die Entfernung von Regionen der CELO-
Virus-DNA wurde aus den beim Mastadenovirus gewonnenen
Erkenntnissen gefolgert, daß bei Entfernung der
zentralen Abschnitte des CELO-Genoms diese Abschnitte in
trans, z. B. von einer Verpackungszellinie, zur Verfügung
gestellt werden müssen. Diese Beschränkung beruht auf
der großen Menge von Virionbestandteilen, die für den
Zusammenbau des Virus notwendig sind, sowie der
Notwendigkeit, eine Zellinie herzustellen, die die
entsprechenden Mengen dieser Proteine ohne Toxizität
produzieren kann.
Die bisher in dieser Hinsicht erfolgreicheren Ansätze
bei Mastadenoviren bestanden im Herstellen von
Zellinien, die regulatorische Proteine (E1-, E4-
Regionen) oder enzymatische Proteine (DNA-Polymerase,
DNA-Bindungsprotein) exprimieren, weil diese Proteine
während einer produktiven Virusinfektion nicht in großen
Mengen benötigt werden.
Ausgehend von der Analyse der bekannten CELO-Gene werden
die Abschnitte des Genoms von nt ca. 12.000 bis ca.
33.000, die für Strukturkomponenten des Virus kodieren,
vorzugsweise nicht unterbrochen. Die Region von ca.
nt 5.000 bis ca. 12.000 kodiert für die E2-Gene IVa2
(ein viraler Transkriptionsfaktor), die virale DNA-
Polymerase (POL) und das terminale Virusprotein (Viral
Terminal Protein; pTP). Diese Gene sind für die Funktion
von Mastadenoviren essentiell; sie dürften demnach auch
für das CELO-Virus essentiell sein. Es sind jedoch
grundsätzlich auch Deletionen solch essentieller Gene
möglich, sofern sie in trans, z. B. von einer
Verpackungslinie, produziert werden können. Es wurde
z. B. eine Verpackungszellinie hergestellt, die
Ad5-DNA-Polymerase produziert, womit die Deletion dieses
Gens aus dem Virusgenom ermöglicht wurde. Auf ähnliche
Weise kann bei der Konstruktion von CELO-Virus-Vektoren
vorgegangen werden, indem Abschnitte oder die gesamte
Region von nt 5.000 bis 12.000 aus dem CELO-Virus
entfernt und die entsprechenden Funktionen in trans von
einer Verpackungszellinie beigesteuert werden.
Eine weitere mögliche Einschränkung besteht hinsichtlich
des vermutlichen Major Late Promotor, der vorläufig der
Region bei ca. nt 7.000 zugeordnet wurde (TATA-Box bei
nt 7.488). In den Mastadenoviren ist dieser Promotor
wesentlich, um die späte Genexpression zu treiben. Daher
muß jede Änderung in der Region bei nt 7.000 des CELO-
Genoms in einer Weise vorgenommen werden, die die
Promotorfunktion dieser Region erhält.
In Tabelle 4 sind die Sequenzelemente des CELO-Virus-
Genoms aufgelistet und im Hinblick auf ihre Deletion
und/oder Mutation bei der Herstellung von CELO-Virus-
Vektoren in verschiedene Kategorien eingeteilt (in
Tab. 4 bedeuten L1, L2, etc. "Late Message 1, 2, etc.,
entsprechend der bei Mastadenoviren üblichen
Bezeichnung):
Zur Kategorie 1 zählen Sequenzelemente, die in cis benötigt werden und daher nicht in trans von einer komplementierenden Zellinie oder von einem komplementierenden Plasmid zur Verfügung gestellt werden können. Diese Abschnitte sind erforderlich und daher auf dem erfindungsgemäßen CELO-Virus vorhanden es sind der linke und rechte terminale Repeat sowie das Verpackungssignal.
Zur Kategorie 1 zählen Sequenzelemente, die in cis benötigt werden und daher nicht in trans von einer komplementierenden Zellinie oder von einem komplementierenden Plasmid zur Verfügung gestellt werden können. Diese Abschnitte sind erforderlich und daher auf dem erfindungsgemäßen CELO-Virus vorhanden es sind der linke und rechte terminale Repeat sowie das Verpackungssignal.
Sequenzen der Kategorie 2 kodieren für Proteine, die für
die Virionproduktion in großen Mengen benötigt werden.
Diese Proteine können gegebenenfalls von einem Gen, das
in einer komplementierenden Zellinien oder auf einem
komplementierenden Plasmid enthalten ist, produziert
werden. Weitere Sequenzen der Kategorie 2 sind der Major
Late Promotor, die Tripartite Leader-Sequenz, ferner die
Splice Acceptor Sites (SA) oder die
Polyadenylierungsstellen (poly A Sites) von Genen, die
essentiell sind und nicht in trans zur Verfügung
gestellt werden können.
Grundsätzlich muß beachtet werden, daß bei
Modifikationen der CELO-Virus-DNA, die an Grenzen von
Genen vorgenommen werden, gegebenenfalls vorhandene
Steuerungssignale, z. B. PolyA-Stellen, möglichst nicht
unterbrochen bzw. anderswie beeinträchtigt werden.
Die auf dem CELO-Virus deletierten bzw. nicht
funktionellen Gene können in trans, z. B. von
komplementierenden Zellinien, bereitgestellt werden.
Komplementierende Zellinien ("Helferzellen") können auf
literaturbekannte Weise, analog wie Helferzellen, die
Funktionen von Säugetieradenoviren komplementieren,
hergestellt werden. Dazu wird das relevante CELO-Virus-
Gen auf einem Plasmid, vorzugsweise in Kombination mit
einem selektierbaren Marker, in Zellen eingeführt, die
die Replikation von CELO-Virus erlauben, vorzugsweise in
immortalisierte Zellinien wie LMH (Kawaguchi, et al.,
1987) oder immortalisierte Wachtelzellinien, wie z. B.
von Guilhot et al. 1993, beschieben.
Statt die im Vektor deletierten Regionen des CELO-Virus
durch eine Zellinie zur Verfügung zu stellen, können die
Deletionen auch durch eine auf einem Plasmid enthaltene
Kopie des betreffenden Gens komplementiert werden. Dafür
kann z. B. die in der WO 96/03517 verwendete Methode
angewendet werden, wobei ein eine Deletion enthaltender
CELO-Virus-Vektor als Bestandteil eines
Transfektionskomplexes, enthaltend ein Konjugat aus
Polylysin und einem UV/Psoralen-inaktivierten Adenovirus
und gegebenenfalls Transferrin-Polylysin, in
embryonische Hühnernierenzellen oder -leberzellen,
embryonische oder immortalisierte Wachtelzellen, z. B.
Leber- oder Nierenzellen, eingebracht wird und wobei in
dem Transfektionskomplex außerdem ein Plasmid enthalten
ist, das eine Kopie des Gens trägt, das dem CELO-Virus-
Vektor fehlt. Die Kombination von Genen, die auf dem
Vektor enthalten sind, und Genen, die das Plasmid trägt,
resultiert in einem normalen Virus-Replikationszyklus.
(Ähnliche Ansätze wurden bei Mastadenovirussystemen
verwendet, um E1-defiziente (Goldsmith, et al., 1994)
bzw. E4-defiziente (Scaria, et al., 1995) Adenoviren zu
komplementieren.
Eine weitere Möglichkeit, die dem CELO-Virus fehlenden
Gene zu ersetzen, besteht in der Verwendung von
Helferviren.
Zu CELO-Virus-Genen der Kategorie 3 zählen die Sequenzen
auf den Abschnitten A, B und C. Dabei handelt es sich um
Sequenzen, die für ein Protein oder ein RNA-Molekül
kodieren, das für die Wechselwirkung mit der
Wirtszellmaschinerie oder mit dem Wirtsimmunsystem
erforderlich ist. Diese Proteine sollten in niedrigeren
Konzentrationen erforderlich oder für die Kultivierung
des Virus in der Gewebekultur entbehrlich sein.
Bevorzugt werden somit in den erfindungsgemäßen CELO-
Virus-Vektoren die Gene der Kategorie 3 durch das
interessierende Gen ersetzt; erforderlichenfalls können
komplementierende Zellinien oder Plasmide bzw.
Helferviren hergestellt werden, die die entsprechenden
Genprodukte produzieren.
In einer Ausführungsform der Erfindung enthalten die
erfindungsgemäßen Vektoren das interessierende Gen
anstelle eines der Fasergene. Das CELO-Virus hat zwei
Faserproteine (Laver, et al., 1971; Gelderblom und
Maichle-Lauppe, 1982; Li, et al., 1984a) . Es ist
anzunehmen, daß eine der Fasern des CELO-Virus nicht für
den Zusammenbau des Virions und die Infektivität
erforderlich ist. Diese Annahme wird gestützt durch
elektronenmikroskopische Beobachtungen, daß die längere
Faser (Faser 1) mit der Pentonbasis entlang der Seite
des Komplexes assoziieren dürfte, während die kürzere
Faser (Faser 2) aus der Mitte der Pentonbasis
herausragt, ähnlich wie die Penton/Faserkomplexe bei den
Mastadenoviren (Hess, et al., 1995). In Adenoviren mit
nur einer einzigen Faser ist das Fasermolekül für den
Zusammenbau des Virus erforderlich; in Abwesenheit von
Faser werden keine stabilen reifen Viren gebildet. Das
CELO-Virion dürfte daher Faser 2 für die Stabilität und
als Liganden benötigen, während Faser 1 nur
Ligandenfunktion hat. Im Rahmen der vorliegenden
Erfindung wurde die Richtigkeit der Annahme, daß von den
zwei Fasergenen des CELO-Virus das Fasergen 1
überflüssig ist und durch das interessierenden Gen
ersetzt werden kann, bestätigt, indem das Faser 1-Gen
entfernt und durch eine Luciferaseexpressionseinheit
ersetzt wurde.
Andere Beispiele sind Insertionen in der Region A
und/oder B. Die Insertionen können vorgenommen werden,
indem natürlicherweise in der CELO-Virus-DNA in diesen
Abschnitten vorkommende Restriktionsenzymschnittstellen
benutzt werden, z. B. die in Abschnitt B vorkommende
FseI-Schnittstelle bei Position 35.693; die Insertion
kann in diese Schnittstelle direkt, bzw. über diese
Schnittstelle hinweg oder in der Nähe dieser
Schnittstelle vorgenommen werden, oder diese
Schnittstelle wird benutzt, um Rekombination in der
Nachbarschaft die erleichtern. Eine weitere Möglichkeit
besteht darin, mittels herkömmlicher Methoden der
rekombinanten DNA-Technik künstliche
Restriktionsenzymschnittstellen einzufügen.
Für die Herstellung von rekombinantem CELO-Virus wird
bevorzugt so vorgegangen, daß man ein kleines Fragment
aus der relevanten Region von CELO-Virus, in die das
Fremdgen eingesetzt werden soll, auf einem bakteriellen
Plasmid subkloniert, um zu erreichen, daß
Restriktionsstellen, die auf dem CELO-Virus-Genom
mehrmals vorkommen, auf dem Plasmid nur einmal
vorkommen. Diese Restriktionsstellen werden verwendet,
um eine Region aus dem kleinen Fragment zu entfernen.
Für die Herstellung des CELO-Virus-Vektors wird diese
Region durch Fremd-DNA ersetzt. Die Fremd-DNA kann
lediglich aus einem Linker mit einer nur einmal
vorkommen Restriktionsstelle bestehen, oder aus einer
für ein Protein oder für ein Antigen kodierenden
Sequenz. Die Sequenz kann auch für Reportergen mit einer
nur einmal vorkommenden Restriktionsstelle kodieren.
Dadurch wird die weitere Manipulation des CELO-Virus
erleichtert, indem die Fremd-DNA, kodierend für ein
therapeutisch wirksames Genprodukt oder für ein Antigen,
in diese Restriktionsstelle inseriert wird, gleichzeitig
ermöglicht das Reportergen eine rasche Information über
die Effizienz des Vektors, indem das Plasmid in Zellen
eingebracht wird und die Expression des Reportergens
verfolgt wird.
Fig. 1A Vergleich der genomischen Organisation von
Ad2/5 mit dem CELO-Virus;
Fig. 1B Restriktionskarte des CELO-Virus-Genoms;
Fig. 2A und 2B Pulsed Field gelelektrophoretische
Analyse der Genomgröße von Adenoviren;
Fig. 2C Charakterisierung von Plasmid-klonierten Kopien
des CELO-Virus-Genoms mittels
Restriktionsendonukleasen;
Fig. 3 Dot Matrix-Analyse der DNA-Sequenzhomologie
zwischen CELO-Virus und Ad2;
Fig. 4 Aminosäuresequenzen von Protein VII und pX von
verschiedenen Mastadenoviren im Vergleich mit CELO-
Virus und den Kernproteinen Core 2 und Core 1;
Fig. 5 DNA-Sequenz des CELO-Virus-Genoms;
Fig. 6 Konstruktion eines Plasmids, das das CELO-Genom
in seiner gesamten Länge enthält;
Fig. 7 Herstellung eines CELO-Vektors von einer auf
einem Plasmid enthaltenen Kopie des CELO-Virus-Genoms.
In den Beispielen wurden, wenn nicht anders angegeben,
die folgenden Materialien und Methoden verwendet:
Ein Plaque-gereinigtes Isolat von CELO-Virus (FAV-1,
Phelps-Stamm), das als Ausgangsmaterial für die DNA
sowohl für die direkte Sequenzierung als auch für die
Bildung bakterieller Plasmidklone verwendet wurde, wurde
in 9 Tage alten pathogenfreien Hühnerembryos gezüchtet,
wie von Cotten, et al., 1993, beschrieben. Die FAV-1-
Isolate OTE (Kawamura, et al., 1963) und Indiana C
(Calnek und Cowen, 1975; Cowen, et al., 1978) wurden in
Hühnerembryonierenzellen gezüchtet. Das Virus wurde aus
der Allantoisflüssigkeit oder aus infizierten
Embryonierenzellen mittels Auftrennung in CsCl-
Gradienten gereinigt, wie von Laver, et al., 1971, und
Cotten, et al., 1993, beschrieben. Virus-DNA wurde durch
Behandlung der gereinigten Virionen mit Proteinase K
(0.1 mg/ml) und SDS (0.2%) bei 56°C, 45 min lang, und
anschließender Gleichgewichtszentrifugation der DNA in
einem CsCl-Gradienten in Gegenwart von Ethidiumbromid
isoliert. Nach dem zweiten Gradienten wurde das
Ethidiumbromid durch Extraktion mit CsCl-gesättigtem
Isopropanol entfernt und die Virus-DNA ausgiebig gegen
10 mM Tris, 0.1 mM EDTA, pH 8 dialysiert.
Die Nieren von 14 Tage alten Hühnerembryos wurden
gesammelt, in PBS gewaschen und mit Pankreastrypsin
(2.5 mg/ml in PBS) bei 37°C verdaut. Die dispergierten
Zellen wurden mit einem gleichen Volumen fötalem
Kälberserum gemischt, die Zellen durch Zentrifugation
gewonnen, einmal mit FCK-Medium gewaschen und in
demselben Medium wieder aufgenommen. (Das FCK-Medium ist
Medium 199 mit Earle′s Salzen (Sigma M2154), ergänzt mit
10% Tryptosephosphat (Sigma T8159), mit 10% fötalem
Kälberserum, 2 mM Glutamin, 100 µg/ml Streptomycin,
100 IU/ml Penicillin.) Die Zellen wurden in 175 cm²
Gewebekulturflaschen ausplattiert (2 Embryonieren pro
Flasche), bei 37°C/5% CO2 aufbewahrt und 24 bis 48 h
später infiziert. Die Zellen wurden mit ca.
1.000 Viruspartikeln pro Zelle infiziert und 3 bis 4
Tage nach der Infektion, wenn der zytopathische Effekt
vollständig war, geerntet.
Aliquots von gereinigter Adenovirus-DNA (10-20 ng)
wurden auf ein 1% Agarose-Gel (BioRad, PFC-Agarose)
geladen und unter Verwendung eines BioRad CHEF Mapper
Pulsed Field Elektrophoresesystems (Fig. E-Modus) 24 h
lang in 0.5 × TBE, gekühlt auf 14°C, aufgetrennt. Die
Schaltzeit, sowohl in Vorwärts- als auch
Rückwärtsrichtung, wurde logarithmisch von 0.22 sec auf
0.92 sec mit einem Ramp-Faktor von 0.357 (21%)
verändert. Der Vorwärts-Spannungsgradient war 9 V/cm
(300 V), der Rückwärts-Spannungsgradient war 6 V/cm
(200 V). Nach dem Lauf wurde das Gel 25 min in 0.5 µg/ml
Ethidiumbromidlösung in Wasser gefärbt und anschließend
1 h lang entfärbt, bevor das DNA-Muster durch UV-
Beleuchtung sichtbar gemacht wurde.
Für die Sequenzierung wurden EcoR1- und HindIII-
Restriktionsfragmente von CELO-Virus-DNA in
pBlueScript SK(⁺) kloniert. Drei der EcoR1-Klone,
enthaltend die EcoR1-Fragmente C, D und E (vgl.
Fig. 1B), und fünf der HindIII-Klone, enthaltend die
HindIII-Fragmente F, A, G, B und E (vgl. Fig. 1B),
wurden für die Herstellung von Deletionen in einer
Richtung unter Verwendung von Exonuklease III ausgewählt
(in Fig. 1B sind die Spaltstellen für die
Restriktionsenzyme EcoR1, HindIII, BamHI und BglII
angegeben; die alphabetische Bezeichnung der EcoR1- und
HindIII-Fragmente - aufgrund ihrer relativen Größen -
ist ebenfalls angegeben). Diese Deletionsklone wurden
unter Verwendung des Taq Dyedeoxy Terminator Systems mit
dem automatischen Sequenzierapparat ABI 373 nach
Vorschrift des Herstellers sequenziert. Die
Sequenzanalyse der terminalen 2.000 bp am linken und der
1.000 bp am rechten Ende des CELO-Virus-Genoms, die
Sequenzierung zum Schließen der Lücken zwischen den
Fragmenten EcoR1 C/HindIII G und den Fragmenten
HindIII B/EcoR1 D sowie das Sequenzieren zwecks
Bestätigung der Sequenz an verschiedenen Stellen des
Genoms wurden durch direkte Sequenzierung der viralen
DNA vorgenommen. Alle Sequenzdaten sind das Ergebnis von
mindestens drei Sequenzreaktionen. Die Sequenzdaten
wurden unter Verwendung der Programme SeqEd (ABI) und
SeqMan (Lasergene) zusammengeführt. Die Sequenzanalyse
wurde unter Verwendung des Programms GCG der Universität
von Wisconsin durchgeführt.
Dafür wurde der bakterielle Vektor pBR327 (ATCC Nr.
37516) gewählt, weil er in bakteriellen Wirtsstämmen bei
einigermaßen geringer Kopienzahl behalten wird (statt
diesem Plasmid könnte jedes andere Plasmid mit geringer
Kopienzahl, wie pBR322, gleichermaßen verwendet werden)
Wesentlich war es, eine nur einmal vorkommende
Restriktionsstelle auf dem Vektor zu schaffen, die in
der CELO-Virus-Sequenz nicht aufscheint. Wie im
folgenden beschrieben, muß die Virus-Sequenz aus den
Plasmidvektorsequenzen herausgeschnitten werden, um eine
produktive Infektion zu injizieren, daher müssen
Restriktionsstellen, die die CELO-Sequenz flankieren
(die jedoch innerhalb der CELO-Sequenz nicht vorhanden
sind) in den Vektor eingebaut werden. In den
durchgeführten Versuchen wurde das Restriktionsenzym
SpeI gewählt; statt dessen können jedoch andere Enzyme,
die keine Erkennungsstellen in der CELO-Sequenz haben,
wie AscI, PacI und SfiI, verwendet werden.
Das Plasmid p327SpeI wurde hergestellt, indem ein SpeI-
Linker (New England Biolabs) in die Klenow-behandelte
EcoR1-Stelle von pBR327 ligiert wurde, wodurch die
EcoR1-Stelle zerstört und eine nur einmal vorkommende
SpeI-Stelle geschaffen wurde.
Es wurden die beiden terminalen HindIII-Fragmente
kloniert. Dazu wurde CsCl-gereinigte genomische CELO-DNA
mit HindIII verdaut und auf einem niedrigschmelzenden
Agarosegel (0.7% niedrigschmelzende Agarose in TAE)
aufgetrennt. Das 1601 bp linke Endfragment und das
959 bp rechte Endfragment wurden aus dem Gel
geschnitten, und jedes Gelfragment wurde in 300 µl
10 mM Tris, 1 mM EDTA pH 7.4 suspendiert und 10 min auf
70°C erhitzt, um die Agarose zu schmelzen. Die
terminalen Peptide wurden durch Zusatz von NaOH auf
0.3 N und Erhitzen auf 37°C während 90 min entfernt
(Hay, et al., 1984). Die Lösungen wurden dann auf
Raumtemperatur abgekühlt, dann wurden Tris pH 7.4 (auf
0.1 M) und HCl (auf 0.3 M) zugesetzt, um die NaOH zu
neutralisieren. Die Fragmente wurden 20 min auf 56°C
erhitzt und langsam (1 h lang) auf Raumtemperatur
abgekühlt, um das Reannealing zu erleichtern. Dann wurde
die DNA über eine Qiaquick-Säule gereinigt und 4 h lang
bei 16°C unter Verwendung einer Pharmacia
T4-Ligasereaktion (New England Biolabs) an einen
SpeI-Linker (New England Biolabs) ligiert. Die Ligase
wurde durch 10 minütiges Erhitzen auf 70°C inaktiviert,
überschüssiger Linker wurde entfernt (und ein zu SpeI
komplementärer Überhang gebildet) durch zweistündiges
Verdauen mit Restriktionsendonuklease SpeI. Die DNA-
Fragmente wurden wiederum mittels Qiaquick
Säulenchromatographie gereinigt und an mittels
SpeI/HindIII/Kälber-alkalische-Phosphatase behandeltes
p327SpeI ligiert. Das Ligationsprodukt wurde in den
Bakterienstamm DH5alpha transformiert, und es wurden
Plasmidklone identifiziert, die entweder das 1601 bp
linke Endfragment oder das 959 bp rechte Endfragment
(beide freigesetzt mittels SpeI/HindIII-Verdau) trugen.
Um die terminalen 300 bp beider Fragmente zu bestätigen,
wurde eine DNA-Sequenzanalyse durchgeführt.
Das 1601 bp linke End- und das 959 bp rechte Endfragment
wurden aus ihren Vektoren durch einen HindIII/SpeI-
Verdau herausgeschnitten, mittels Gelelektrophorese
aufgetrennt und durch Qiaquick-Chromatographie
gereinigt. Die beiden Fragmente wurden in ungefähr
äquimolaren Mengen gemischt und unter Verwendung der
Pharmacia T4-Ligasereaktion 30 min lang ligiert. Ein
Aliquot von SpeI/CIP-behandeltem p327Spel wurde
beigegeben und die Ligation 4 h lang fortgesetzt. Die
Ligationsmischung wurde in DH5alpha transformiert, und
es wurden Plasmidklone identifiziert, die das korrekte
Doppelinsert trugen (pWü#1 und pWü#3).
Die zweite HindIII-Stelle wurde entfernt durch Spalten
von pWü#3 mit ClaI und BamHI, Behandlung mit Klenow-
Enzym, Religieren, Transformieren von DH5alpha und
Auswahl eines Klons, dem das ClaI/BamHI (das eine
HindIII-Stelle enthalten hatte). Das erhaltene Plasmid
der Bezeichnung pWü-H35 enthielt nun eine einzige
HindIII-Stelle zwischen dem linken und dem rechten CELO-
Endfragment.
Das in c) erhaltene Plasmid pWü-H35 wurde mit HindIII
und CIP behandelt und auf einem niedrig schmelzenden
Agarosegel, gefolgt von Qiaquick-Chromatographie,
gereinigt. Der linearisierte Vektor pWü-H35 wurde mit
0.3 µg gereinigter CELO-Virus-DNA gemischt, dann wurden
der DNA-Mischung auf Eis 30 µl elektrokompetenter
Bakterienstamm JC8679 (Gillen, et al., 1974; Oliner, et
al., 1993) beigegeben. Zehn Minuten später wurde die
Mischung in eine BioRad Elektroporationskammer und mit
einer elektrischen Ladung von 2.4 kV gepulst (BioRad
Gene Pulser; Oliner, et al., 1993). Die Bakterien wurden
dann auf LB Ampicillinplatten plattiert und die
ampicillinresistenten Kolonien auf ihren Plasmidgehalt
untersucht. Die Rekombination zwischen den terminalen
CELO-Sequenzen auf pWü-H35 und den Enden der genomischen
CELO-DNA stellt die Zirkularität des linearisierten
Plasmids wieder her und erlaubt das Wachstum auf
Ampicillin. Ein Plasmid, das das CELO-Genom in seiner
gesamten Länge (full length) enthält, wurde
identifiziert, und dieses pCELO7 bezeichnete Plasmid für
die anschließenden Untersuchungen verwendet. In Fig. 2C
ist die Charakterisierung von Plasmid-klonierten Kopien
des CELO-Virus-Genoms dargestellt. Plasmid DNA von
Klonen der Bezeichnung pCELO7, 8, 9 und 13 oder DNA,
isoliert von gereinigtem CELO-Virus, wurde entweder mit
BglII (Spuren 2-6) oder HindIII (Spuren 7-11) verdaut
und auf einem 0.6% Agarosegel aufgetrennt, und die DNA
wurde mittels Ethidiumbromidfärbung sichtbar gemacht.
Der Molekulargewichtsmarker (Spuren 1 und 12) war
Bakteriophagen λ-DNA, geschnitten mit HindIII und EcoR1.
Die Größen einiger Molekulargewichtsfragmente (in
Basenpaaren) sind rechts in der Figur angegeben. Bei
jedem Enzym sind die beiden CELO-Endfragmente, die
während des Klonierens an das bakterielle Plasmid
gebunden werden (und die daher nach Restriktionsverdau
nicht freigesetzt werden) links in der Figur angegeben
(in Basenpaaren). Dies sind die Fragmente mit 5832 und
5102 bp mit BglII, bzw. 1601 und 959 mit HindIII.
Die Konstruktion von pCELO7 ist in Fig. 6 dargestellt.
pCELO7 wurde mit SpeI (welches an den Stellen spaltet,
die die Adenovirus-Termini flankieren) gespalten, mit
Phenol/Chloroform extrahiert und über eine HBS-
äquilibrierte Gelfiltrationssäule (Pharmacia Nick Säule)
geschickt, um Verunreinigungen zu entfernen. Die
gespaltene DNA wurde dann in Streptavidin-
Polylysin/Transferrin-Polylysin/Biotin-Adenovirus
(UV/Psoralen-inaktiviert) eingebaut, wie in der
WO 93/07283 beschrieben. Komplexe, enthaltend 0.5 µg
SpeI-gespaltenes pCELO7 plus 5.5 µg Carrier-DNA (pSP65;
Boehringer Mannheim), wurden verwendet, um primäre
embryonische Hühnernierenzellen zu transfizieren (die
Komplexe enthielten 4 mg DNA pro 180 cm² Flasche,
enthaltend ca. 3 × 106 Zellen), und die Zellen wurden
auf den durch die Virusreplikation verursachten
zytopathischen Effekt untersucht. Fünf Tage nach der
Transfektion, als sich die meisten der transfizierten
Zellen abgerundet und von der Plattenoberfläche gelöst
hatten, wurden die Zellen durch Zentrifugation gewonnen,
und das CELO-Virus wurde gereinigt, wie von Cotten, et
al., 1993, beschrieben. Die Virusausbeute vom Plasmid
klonierten CELO-Virus ist vergleichbar mit den
Ausbeuten, die bei Verwendung von reiner CELO-Virus-DNA
(gereinigt aus Virionen) erhalten werden.
Es gibt keine identifizierbaren viralen Strukturgene
jenseits der zwei Fasergene, mit der
L5-Polyadenylierungsstelle bei Position 31771. (Es gibt
ein kryptisches VA-Gen bei Position 39.841 bis 39.751.)
Es wurde daher untersucht, ob die Sequenzen zwischen ca.
32.000 und dem rechten ITR für das Wachstum des Virus in
Zellkultur notwendig sind. Dafür wurde eine Häufung von
sieben AseI-Stellen bei den Positionen 35.870, 36.173,
38.685. 38.692, 39.015, 42.348 und 42.373 ausgenutzt,
die sonst nirgends im CELO-Virus-Genom vorkommt. pCELO7
wurde mit AseI verdaut, religiert, und ein Plasmid, dem
die inneren AseI-Fragmente fehlen, wurde identifiziert
und als pALMCELO_35870-42373 bezeichnet. In diesem
Zusammenhang ist zu beachten, daß der Plasmidvektor
ebenfalls eine AseI-Stelle hat; diese befindet sich
jedoch im Ampicillinresistenzgen, und die Selektion auf
Ampicillinresistenz erfordert, daß alle positiven
Kolonien zumindest die beiden Fragmente haben, die die
rechten und linken Hälften des amp-Gens tragen.
Um die weiteren Manipulationen des Virus mit dem
fehlenden linken Ende des Genoms zu vereinfachen, wurde
pALMCELO_35870-42373 mit AseI (welches einmal im
Ampicillinresistenzgen des Plasmids und einmal bei
Position 35.870 schneidet) verdaut und an ein Linker-
Oligonukleotid TACCCTTAATTAAGGG ligiert, welches für
eine Schnittstelle für die Restriktions-Endonuklease
PacI sowie für Enden, die komplementär den beim AseI-
Verdau gebildeten sind, kodiert. Religierung, gefolgt
von Selektion auf Ampicillinresistenz, identifizierte
Plasmide, die das Oligonukleotid nicht an der AseI-
Stelle des Ampicillinresistenzgens integrierten.
Restriktionsverdau identifizierte ein Plasmid, das eine
PacI-Stelle an der früheren AseI-Stelle von CELO bei
Position 35.870 trug. Dieses Plasmid wurde als
pALMCELO_35870-42373P bezeichnet.
Die CELO-Fasergene sind auf einem HindIII-Fragment, das
sich von nt 27.060 bis 33.920 erstreckt (das HindIII B-
Fragment, vgl. die Restriktionskarte in Fig. 1B),
enthalten. Auf diesem Fragment, erstreckt sich die für
Faser 1 kodierende Sequenz von nt 1.054 bis 3.435. Das
5H3-Fragment wurde mit BglII (das bei nt 1.168
schneidet) und HpaI (das bei 3.440 schneidet) verdaut,
das BglII-Ende wurde mit Klenow-Enzym aufgefüllt und an
ein stumpfes CMV/Luciferase/β-Globin-
Spalt/Polyadenylierungssignal-Fragment aus dem Plasmid
pCMVL (Plank et al., 1992) ligiert, um das Plasmid
p5H_28227-30502(luc) zu bilden, dem beinahe die ganze
Faser 1-Sequenz fehlt, die durch eine
Luciferaseexpressionseinheit ersetzt ist.
Die relevanten Restriktionsschnittstellen in CELO sind
folgende:
Die Modifikationen, die auf p5H_28227-30502(luc)
vorgenommen worden waren, wurden auf folgende Weise in
das gesamte CELO-Genom eingeführt: Das
CELO/Luciferase/CELO-Fragment wurde aus
p5H_28227-30502(luc) als HindIII-Fragment
herausgeschnitten. Dieses Fragment wurde mit dem
26kbXbaI-Fragment (CELO-Nukleotide 1988-28608) und den
terminalen HpaI-Fragmenten, abgeleitet von pCELO7
(erhalten durch Schneiden mit hpaI, enthaltend das linke
Ende des CELO-Virus und pBR327-Sequenzen, definiert
durch die HpaI-Stellen) rekombiniert. Die drei DNA-
Fragmente (ca. je 50 ng) wurden in Wasser gemischt und
in JC8679-Zellen elektroporiert, wie oben beschrieben.
i) Herstellung eines linken Endfragments, enthaltend ein
CMV-Luciferasekonstruktur
Das EcoRI-Fragment der Bezeichnung 7R1 (Nukleotide von Position 79 bis 8877) wurde in ein pSP65-Derivat der Bezeichnung pAAALM (beschrieben in der WO 95/33062) kloniert. Das Plasmid wurde in den DAM-Methylase negativen Bakterienstamm JM110 transformiert, um eine Spaltung der ClaI-Stellen in dem Fragment zu ermöglichen. Das Plasmid wurde gereinigt, mit ClaI (bei Position 1083) und NcoI (bei Position 4334) geschnitten, mit Klenow-Enzym behandelt, um die überhängenden Enden aufzufüllen, und an ein stumpfes CMV/Luciferase/β- Globin-Spalt/Polyadenylierungssignal (Plank et al., 1992) ligiert. Das erhaltene Plasmid wurde p7R1_1083-4334Luc bezeichnet.
ii) Rekombination des Luciferase-Linkes-Ende-Fragments in eine komplette (full length) CELO-Sequenz
Das Plasmid p7R1_1083-4334Luc wurde gespalten mit Eco47 III, welches bei den CELO-Nukleotiden 937, 1292, 2300 und 8406 (die Stellen bei Nukleotid 1292 und 2300 fehlen in p7R1_1083-4334Luc) spaltet, um ein großes Fragment, enthaltend die Sequenz CELOnt937-1083/CMVLucPA/CELOnt4334-8406, freizusetzen. Dieses Fragment wurde in pCELO7 rekombiniert. pCELO7 wurde an der einzigen PmeI-Stelle bei CELO nt7433 gespalten und ausgiebig mit Kalbsdarmphosphatase dephosphoryliert. Das linearisierte pCELO7 wurde mit einem ca. 3- bis 5fachen molaren Überschuß von CELOnt937-1083/CMVLucPA/CELOnt4334-8406 gemischt. Die Mischung wurde in den Bakterienstamm JC8679 elektroporiert, und ampicillinresistente Kolonien wurden auf Plasmide untersucht, die die gewünschte rekombinante DNA enthalten. Das richtige Plasmid wurde identifiziert, mittels Restriktionsenzymanalyse charakterisiert und pCELOLucI bezeichnet.
iii) Ein Luciferase exprimierendes CELO-Virus wurde hergestellt, indem pCELOLucI in primäre embryonische Hühnernierenzellen transfiziert wurde, wie oben beschrieben.
Das EcoRI-Fragment der Bezeichnung 7R1 (Nukleotide von Position 79 bis 8877) wurde in ein pSP65-Derivat der Bezeichnung pAAALM (beschrieben in der WO 95/33062) kloniert. Das Plasmid wurde in den DAM-Methylase negativen Bakterienstamm JM110 transformiert, um eine Spaltung der ClaI-Stellen in dem Fragment zu ermöglichen. Das Plasmid wurde gereinigt, mit ClaI (bei Position 1083) und NcoI (bei Position 4334) geschnitten, mit Klenow-Enzym behandelt, um die überhängenden Enden aufzufüllen, und an ein stumpfes CMV/Luciferase/β- Globin-Spalt/Polyadenylierungssignal (Plank et al., 1992) ligiert. Das erhaltene Plasmid wurde p7R1_1083-4334Luc bezeichnet.
ii) Rekombination des Luciferase-Linkes-Ende-Fragments in eine komplette (full length) CELO-Sequenz
Das Plasmid p7R1_1083-4334Luc wurde gespalten mit Eco47 III, welches bei den CELO-Nukleotiden 937, 1292, 2300 und 8406 (die Stellen bei Nukleotid 1292 und 2300 fehlen in p7R1_1083-4334Luc) spaltet, um ein großes Fragment, enthaltend die Sequenz CELOnt937-1083/CMVLucPA/CELOnt4334-8406, freizusetzen. Dieses Fragment wurde in pCELO7 rekombiniert. pCELO7 wurde an der einzigen PmeI-Stelle bei CELO nt7433 gespalten und ausgiebig mit Kalbsdarmphosphatase dephosphoryliert. Das linearisierte pCELO7 wurde mit einem ca. 3- bis 5fachen molaren Überschuß von CELOnt937-1083/CMVLucPA/CELOnt4334-8406 gemischt. Die Mischung wurde in den Bakterienstamm JC8679 elektroporiert, und ampicillinresistente Kolonien wurden auf Plasmide untersucht, die die gewünschte rekombinante DNA enthalten. Das richtige Plasmid wurde identifiziert, mittels Restriktionsenzymanalyse charakterisiert und pCELOLucI bezeichnet.
iii) Ein Luciferase exprimierendes CELO-Virus wurde hergestellt, indem pCELOLucI in primäre embryonische Hühnernierenzellen transfiziert wurde, wie oben beschrieben.
Die Region zwischen der DraIII-Stelle (ursprünglich bei
nt 34.426 im CELO-Virus-Genom enthalten) und der XhoI-
Stelle (ursprünglich bei nt 36.648 im CELO-Virus-Genom
enthalten) wurden aus dem Plasmid pAALMH3, welches das
HindIII-Fragment von nt 33.920 bis nt 38.738, kloniert
in pAALM, enthält, entfernt. Dann wurde mit T4-DNA-
Polymerase behandelt, um stumpfe Enden herzustellen, und
mit dem CMV/Luciferase/β-Globin-Fragment (vgl.
Beispiel 4) ligiert. Damit wurde das Plasmid p7H3Δ
34426-36648 Luc erhalten. Das CELO/Luciferase/CELO-
Fragment wurde auf einem Hind3-Fragment
herausgeschnitten und in das CELO-Genom von pCELO7
mittels Rekombination über die nur einmal vorkommende
FseI-Stelle bei Position 35.694 inseriert. Dies ergab
das Plasmid pCELOA 34426-36648Luc. Verdau mit SpeI und
Transfektion in embryonale Hühnernierenzellen ergaben
ein Virus CELOA 34426-36648Luc. Im Anschluß wurden
weitere Insertionen, die die Luciferasesequenz durch
andere interessierende Gene ersetzen, durchgeführt,
indem die mit der Luciferasesequenz eingeführte, nur
einmal vorkommende PacI-Stelle benutzt wurde.
Fig. 7 zeigt die in diesem Beispiel angewendete
Klonierungstrategie in allgemeiner Form: Ein kleines
CELO-Fragment wird in ein Plasmid (enthaltend
Restriktionsstelle C) subkloniert; die
Restriktionsstellen A und B, die in diesem Plasmid nun
nur einmal vorkommen, werden verwendet, um die Sequenz
durch Fremd-DNA zu ersetzen. Als nächster Schritt wird
das gesamte Fragment, enthaltend die Fremd-DNA zwischen
CELO-Sequenzen, aus dem Plasmid herausgeschnitten und
mit dem Plasmid, das die gesamte CELO-DNA enthält und
das mit einem Restriktionsenzym (D)geschnitten wurde,
das die CELO-DNA nur einmal spaltet, gemischt. Mit
diesem Gemisch werden Bakterien (z. B. vom Stamm JC8679;
Oliner et al., 1993; oder einem anderen Bakterienstamm
mit ähnlicher Fähigkeit zur Rekombination)
transformiert; Rekombination liefert das gewünschte
Plasmid, enthaltend die Fremd-DNA als Insert im CELO-
Virus-Genom.
Die Plasmide pX7R1 und pX9R1 (beschrieben in der
WO 95/33062) wurden mittels Transferrinfektion, wie in
der WO 93/07283 beschrieben, in primäre embryonische
Wachtelnieren- oder -leberzellen eingebracht. Vier Tage
nach der Transfektion wurden die Zellen trypsinisiert
und bei 1/5 der ursprünglichen Dichte ausgesät. Die
Zellen wurden zweimal wöchentlich mit FCK-Medium
nachgefüttert. Klonale Linien wurden expandiert, und
Klone, die entweder das 7R1-, das 9R1-Plasmid oder beide
Plasmide trugen, wurden mittels PCR-Analyse
identifiziert. Die RNA-Expression von den integrierten
Plasmiden wurde mittels Northern Analyse bestimmt.
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Claims (26)
1. CELO-Virus, erhältlich durch in-vitro-Manipulation
von genomischer CELO-Virus-DNA.
2. CELO-Virus nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet,
daß es durch in-vitro-Manipulation einer Plasmid
klonierten CELO-Virus-DNA erhältlich ist.
3. CELO-Virus nach Anspruch 1 oder 2, dadurch
gekennzeichnet, daß es den linken und rechten
invertierten terminalen Repeat sowie das
Verpackungssignal enthält und in davon
verschiedenen Regionen der CELO-Virus-DNA
Modifikationen in Form von Insertionen und/oder
Deletionen und/oder Mutationen aufweist.
4. CELO-Virus nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet,
daß es Modifikationen aufweist, die auf einem
Abschnitt der CELO-Virus-DNA liegen, der die
Nukleotide von ca. 201-ca. 5.000 umfaßt und/oder
auf einem Abschnitt, der die Nukleotide von ca.
31.800-ca. 43.734 umfaßt und/oder auf einem
Abschnitt, der die Nukleotide von ca. 28.114-30.495
umfaßt.
5. CELO-Virus-DNA, enthalten auf einem Plasmid, das in
Bakterien oder Hefe replizierbar ist und nach
Einbringen in Zellen, gegebenenfalls gemeinsam mit
einem Plasmid, das ein der CELO-Virus gegebenenfalls
fehlendes, für die Entstehung reifer Viruspartikel
erforderliches Gen komplementiert, Viruspartikel
liefert.
6. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 3, 4
oder 5, enthaltend Fremd-DNA.
7. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 6,
enthaltend als Fremd-DNA eine für ein therapeutisch
wirksames Protein kodierende DNA.
8. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 7,
enthaltend als Fremd-DNA eine für ein
immunstimulierendes Protein kodierende DNA.
9. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 8,
enthaltend eine für ein Zytokin kodierende DNA.
10. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 6,
enthaltend als Fremd-DNA eine DNA, kodierend für ein
Tumorantigen oder ein Fragment davon.
11. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 6,
enthaltend als Fremd-DNA eine DNA, kodierend für ein
von einem Humanpathogen abgeleitetes Antigen.
12. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 6,
enthaltend als Fremd-DNA eine DNA, kodierend für ein
von einem Tierpathogen abgeleitetes Antigen.
13. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 12,
enthaltend als Fremd-DNA eine DNA, kodierend für ein
von einem Vogelpathogen abgeleitetes Antigen.
14. CELO-Virus oder CELO-Virus-DNA nach Anspruch 6,
enthaltend als Fremd-DNA eine DNA, kodierend für
einen Liganden für Säugetierzellen.
15. CELO-Virus-DNA nach einem der Ansprüche 6 bis 14,
dadurch gekennzeichnet, daß sie die Fremd-DNA in der
FseI-Schnittstelle bei Position 35.693 bzw. über
diese Schnittstelle hinweg oder in der Nähe dieser
Schnittstelle enthält.
16. Verfahren zur Herstellung von rekombinanter CELO-
Virus-DNA nach einem der Ansprüche 5 bis 15, dadurch
gekennzeichnet, daß man ein CELO-Virus-DNA-Fragment,
enthaltend zwei Restriktionsstellen, in ein
bakterielles Plasmid kloniert, daß man zwischen
diese auf dem Plasmid nur einmal vorkommenden
Restriktionsstellen die Fremd-DNA inseriert, daß man
das die Fremd-DNA enthaltende Fragment aus dem
Plasmid herausschneidet und mit einem Plasmid
mischt, das die gesamte CELO-Virus-DNA enthält und
das an einer nur einmal vorkommenden
Restriktionsschnittstelle geschnitten wurde, und daß
man mit diesem Gemisch von DNA-Molekülen Bakterien
transformiert und die Bakterien züchtet, wobei durch
Rekombination der DNA-Moleküle ein Plasmid erhalten
wird, das die gesamte CELO-Virus-DNA mit der Fremd-
DNA als Insert enthält.
17. Verfahren nach Anspruch 16, dadurch gekennzeichnet,
daß die Fremd-DNA ein Reportergen ist.
18. Verfahren nach Anspruch 17, dadurch gekennzeichnet,
daß das Reportergen eine Restriktionsschnittstelle
aufweist, in welche in einem zusätzlichen Schritt
eine in einem der Ansprüche 7 bis 10 definierte
Fremd-DNA inseriert wird.
19. Verfahren zur Herstellung von CELO-Virus nach einem
der Ansprüche 5 bis 14, dadurch gekennzeichnet, daß
man mit einem nach Anspruch 10 erhaltenen Plasmid,
gegebenenfalls gemeinsam mit einem Plasmid, das ein
der CELO-Virus gegebenenfalls fehlendes, für die
Entstehung reifer Viruspartikel erforderliches Gen
komplementiert, Vogelzellen transformiert und die
Zellen kultiviert, wobei CELO-Viruspartikel erhalten
werden.
20. Helferzellen, enthaltend, in ihrem Genom integriert,
CELO-Virusgene.
21. Helferzellen nach Anspruch 20, daß die Zellen
Vogelzellen sind.
22. Arzneimittel zur Anwendung in der Gentherapie,
enthaltend ein CELO-Virus nach Anspruch 7.
23. Vakzine gegen Infektionskrankheiten des Menschen,
enthaltend ein CELO-Virus nach Anspruch 11.
24. Vakzine gegen Infektionskrankheiten von Tieren,
enthaltend ein CELO-Virus nach Anspruch 12.
25. Vakzine gegen Infektionskrankheiten von Vögeln,
enthaltend ein CELO-Virus nach Anspruch 13.
26. CELO-Virus nach Anspruch 8, 9 oder 10 für die
Herstellung von Krebsvakzinen.
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